RU2019100095A - Направляемый олигонуклеотидами и отслеживаемый комбинаторный синтез кодируемых молекул-зондов - Google Patents
Направляемый олигонуклеотидами и отслеживаемый комбинаторный синтез кодируемых молекул-зондов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2019100095A RU2019100095A RU2019100095A RU2019100095A RU2019100095A RU 2019100095 A RU2019100095 A RU 2019100095A RU 2019100095 A RU2019100095 A RU 2019100095A RU 2019100095 A RU2019100095 A RU 2019100095A RU 2019100095 A RU2019100095 A RU 2019100095A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- integer
- coding
- building block
- oligonucleotide
- molecule
- Prior art date
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 title claims 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 title 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 title 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 27
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims 20
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 11
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 10
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 9
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 6
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 6
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 claims 5
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 claims 4
- 108020005098 Anticodon Proteins 0.000 claims 3
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 claims 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6811—Selection methods for production or design of target specific oligonucleotides or binding molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B10/00—Directed molecular evolution of macromolecules, e.g. RNA, DNA or proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/161—Modifications characterised by incorporating target specific and non-target specific sites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/30—Oligonucleotides characterised by their secondary structure
- C12Q2525/301—Hairpin oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
- C12Q2565/514—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the use of the arrayed oligonucleotides as identifier tags, e.g. universal addressable array, anti-tag or tag complement array
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B30/00—Methods of screening libraries
- C40B30/04—Methods of screening libraries by measuring the ability to specifically bind a target molecule, e.g. antibody-antigen binding, receptor-ligand binding
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (90)
1. Молекула согласно формуле (I),
где
G представляет собой олигонуклеотид, причем указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем указанные по меньшей мере два кодирующих участка являются одноцепочечными, и указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одно- или двухцепочечным;
H1 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H1 заканчивается на 5'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
H2 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем Н2 заканчивается на 3'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
D представляет собой первый структурный блок;
Е представляет собой второй структурный блок, причем D и Е являются одинаковыми или различными;
B1 представляет собой позиционный структурный блок, и М представляет собой целое число от 1 до 20;
В2 представляет собой позиционный структурный блок, и K представляет собой целое число от 1 до 20, причем B1 и В2 являются одинаковыми или различными, причем М и K являются одинаковыми или различными;
L1 представляет собой линкер, который функционально связывает H1 с D;
L2 представляет собой линкер, который функционально связывает Н2 с Е;
О представляет собой целое число от ноля до 1;
Р представляет собой целое число от ноля до 1;
при условии, что по меньшей мере один из О и Р представляет собой 1;
Y представляет собой целое число от 1 до 5;
W представляет собой целое число от 1 до 5; и
причем по меньшей мере один из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K определен одним из кодирующих участков, и причем по меньшей мере один из первого структурного блока D и второго структурного блока Е определен по меньшей мере одним концевым кодирующим участком.
2. Молекула по п. 1, отличающаяся тем, что G содержит последовательность, представленную формулой 
где С представляет собой кодирующий участок, Z представляет собой некодирующий участок, N представляет собой целое число от 1 до 20, и А представляет собой целое число от 1 до 20;
причем каждый некодирующий участок содержит от 4 до 50 нуклеотидов и необязательно является двухцепочечным.
3. Молекула по любому из пп. 1-2, отличающаяся тем, что один из О или Р представляет собой ноль.
4. Молекула по любому из пп. 1-3, отличающаяся тем, что по меньшей мере один из Y и W представляет собой целое число от 1 до 2.
5. Молекула по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что каждый кодирующий участок содержит от 6 до 50 нуклеотидов.
6. Молекула по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что по меньшей мере один из H1 и Н2 содержит от 20 до 90 нуклеотидов.
7. Молекула по любому из пп. 1-6, отличающаяся тем, что каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
8. Молекула по любому из пп. 1-7, отличающаяся тем, что Р представляет собой ноль, Y представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
9. Молекула по любому из пп. 1-8, отличающаяся тем, что О представляет собой ноль, W представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
10. Способ идентификации молекул-зондов, способных к связыванию или отбору молекулы-мишени, включающий:
обеспечение возможности контакта молекулы-мишени с пулом молекул-зондов, причем указанные молекулы-зонды представляют собой молекулы согласно п. 1,
удаление по меньшей мере одной молекулы-зонда, которая не связывается с указанной молекулой-мишенью,
амплификацию по меньшей мере одного олигонуклеотида G из по меньшей мере одной молекулы-зонда, которая не была удалена от молекулы-мишени, с образованием копии последовательности,
секвенирование по меньшей мере одного олигонуклеотида G указанной копии последовательности для идентификации по меньшей мере двух кодирующих участков указанной молекулы-зонда с целью последующей идентификации по меньшей мере одного из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K, и для идентификации по меньшей мере одного концевого кодирующего участка указанной молекулы-копии с целью последующей идентификации по меньшей мере одного из первого структурного блока D и второго структурного блока Е указанной молекулы-зонда.
11. Способ получения молекулы формулы (I), причем указанный способ включает:
обеспечение по меньшей мере одной гибридизационной матрицы, причем указанная по меньшей мере одна гибридизационная матрица содержит по меньшей мере один одноцепочечный олигомер-антикодон, иммобилизированный на указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрице, причем указанный по меньшей мере один одноцепочечный олигомер-антикодон, иммобилизированный на указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрице, способен к гибридизации с кодирующим участком молекулы формулы (II):
где
G представляет собой олигонуклеотид, причем указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем указанные по меньшей мере два кодирующих участка являются одноцепочечными, и указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одно- или двухцепочечным;
H1 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H1 заканчивается на 5'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
H2 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H2 заканчивается на 3'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
D представляет собой первый структурный блок;
Е представляет собой второй структурный блок, причем D и Е являются одинаковыми или различными;
B1 представляет собой позиционный структурный блок, и М представляет собой целое число от 1 до 20;
В2 представляет собой позиционный структурный блок, и K представляет собой целое число от 1 до 20, причем B1 и В2 являются одинаковыми или различными, причем М и K являются одинаковыми или различными;
L1 представляет собой линкер, который функционально связывает H1 с D;
L2 представляет собой линкер, который функционально связывает Н2 с Е;
О представляет собой целое число от ноля до 1;
Р представляет собой целое число от ноля до 1;
при условии, что по меньшей мере один из О и Р представляет собой 1;
Y представляет собой целое число от 1 до 5;
W представляет собой целое число от 1 до 5; и
причем по меньшей мере один из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K определен одним из кодирующих участков, и причем по меньшей мере один из первого структурного блока D и второго структурного блока Е определен по меньшей мере одним концевым кодирующим участком;
сортировку пула молекул формулы (II) на подпулы посредством гибридизации кодирующего участка подпула молекул формулы (II) с по меньшей мере одним одноцепочечным олигомером-антикодоном, иммобилизированным на указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрице;
стадию необязательного высвобождения подпула молекул формулы (II) с указанной по меньшей мере одной гибридизационной матрицы в отдельные контейнеры;
обеспечение по меньшей мере одного из структурных блоков B1 и В2; и
осуществление реакции по меньшей мере одного из структурных блоков B1 и В2 с молекулой формулы (II) для образования подпула молекул формулы (I):
где
G представляет собой олигонуклеотид, причем указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем каждый кодирующий участок является одноцепочечным, и по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одно- или двухцепочечным;
H1 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем H1 заканчивается на 5'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
Н2 представляет собой шпилечную структуру, содержащую олигонуклеотиды, причем Н2 заканчивается на 3'-конце и присоединен к концу олигонуклеотида G;
D представляет собой первый структурный блок;
Е представляет собой второй структурный блок, причем D и Е являются одинаковыми или различными;
B1 представляет собой позиционный структурный блок, и М представляет собой целое число от 1 до 20;
В2 представляет собой позиционный структурный блок, и K представляет собой целое число от 1 до 20, причем B1 и В2 являются одинаковыми или различными, причем М и K являются одинаковыми или различными;
L1 представляет собой линкер, который функционально связывает H1 с D;
L2 представляет собой линкер, который функционально связывает Н2 с Е;
О представляет собой целое число от ноля до 1;
Р представляет собой целое число от ноля до 1;
при условии, что по меньшей мере один из О и Р представляет собой 1;
Y представляет собой целое число от 1 до 5;
W представляет собой целое число от 1 до 5; и
причем по меньшей мере один из каждого позиционного структурного блока B1 в положении М и В2 в положении K определен одним из кодирующих участков, и причем по меньшей мере один из первого структурного блока D и второго структурного блока Е определен по меньшей мере одним концевым кодирующим участком.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанную молекулу формулы (II) получают путем:
обеспечения пула олигонуклеотидов, причем олигонуклеотид G' содержит по меньшей мере два кодирующих участка и по меньшей мере один концевой кодирующий участок, причем указанные по меньшей мере два кодирующих участка являются одноцепочечными, указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок является одноцепочечным, и указанный по меньшей мере один концевой кодирующий участок на 5' и/или 3'-конце олигонуклеотидов G' является отличным;
обеспечения по меньшей мере одного нагруженного антикодона-носителя, причем указанный по меньшей мере один нагруженный антикодон-носитель соответствует формуле 
и/или 
объединения пула олигонуклеотидов G' и по меньшей мере одного нагруженного антикодона-носителя;
образования связи 5'-конца по меньшей мере одного олигонуклеотида G' с 3'-концом H1, и/или образования связи 3'-конца по меньшей мере одного олигонуклеотида G' с 5'-концом Н2 для получения пула молекул формулы (II):
где G, H1, Н2, D, Е, B1, В2, L1, L2, О, Р, Y и W являются такими, как определено в п. 11, и М и K представляют собой единицу.
13. Способ по любому из пп. 11-12, дополнительно включающий:
удаление части олигонуклеотида от по меньшей мере одного концевого кодирующего участка молекулы формулы (I) или (II).
14. Способ по любому из пп. 11-13, дополнительно включающий:
лигирование по меньшей мере одного из H1 с G и Н2 - с G.
15. Способ по любому из пп. 11-14, отличающийся тем, что G содержит последовательность, представленную формулой 
где С представляет собой кодирующий участок, Z представляет собой некодирующий участок, N представляет собой целое число от 1 до 20, и А представляет собой целое число от 1 до 20;
причем каждый некодирующий участок содержит от 4 до 50 нуклеотидов и необязательно является двухцепочечным.
16. Способ по любому из пп. 11-15, отличающийся тем, что один из О или Р представляет собой ноль.
17. Способ по любому из пп. 11-16, отличающийся тем, что по меньшей мере один из Y и W представляет собой целое число от 1 до 2.
18. Способ по любому из пп. 11-17, отличающийся тем, что по меньшей мере один из Hi и Нг содержит от 20 до 90 нуклеотидов.
19. Способ по любому из пп. 11-18, отличающийся тем, что Р представляет собой ноль, Y представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов; или
О представляет собой ноль, W представляет собой целое число от 1 до 2, и каждый кодирующий участок содержит от 12 до 40 нуклеотидов.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201662351046P | 2016-06-16 | 2016-06-16 | |
| US62/351,046 | 2016-06-16 | ||
| PCT/US2017/036582 WO2017218293A1 (en) | 2016-06-16 | 2017-06-08 | Oligonucleotide directed and recorded combinatorial synthesis of encoded probe molecules |
Publications (4)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2019100095A true RU2019100095A (ru) | 2020-07-16 |
| RU2019100095A3 RU2019100095A3 (ru) | 2020-10-16 |
| RU2769571C2 RU2769571C2 (ru) | 2022-04-04 |
| RU2769571C9 RU2769571C9 (ru) | 2022-08-24 |
Family
ID=
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP3472376A1 (en) | 2019-04-24 |
| US11186836B2 (en) | 2021-11-30 |
| RU2769571C2 (ru) | 2022-04-04 |
| CN109312492A (zh) | 2019-02-05 |
| CN109312492B (zh) | 2022-10-04 |
| JP2019518031A (ja) | 2019-06-27 |
| EP3472376A4 (en) | 2019-12-18 |
| JP7283727B2 (ja) | 2023-05-30 |
| US20190169607A1 (en) | 2019-06-06 |
| US20220154179A1 (en) | 2022-05-19 |
| JP2023090988A (ja) | 2023-06-29 |
| WO2017218293A1 (en) | 2017-12-21 |
| RU2019100095A3 (ru) | 2020-10-16 |
| CN115820806A (zh) | 2023-03-21 |
| JP7587874B2 (ja) | 2024-11-21 |
| CA3024875A1 (en) | 2017-12-21 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7259182B2 (ja) | ｉｎ ｓｉｔｕ分子検出のためのハイブリダイゼーション連鎖反応法 | |
| JP6110297B2 (ja) | 高処理スクリーニング用の組合せ配列バーコード | |
| JP2017520251A5 (ru) | ||
| EP4361283A3 (en) | Methods of detecting an analyte | |
| RU2016132476A (ru) | Способы получения библиотек двухцепочечных днк и способы секвенирования для идентификации метилированных цитозинов | |
| RU2019142713A (ru) | Мультиплексная амплификация нуклеиновых кислот с введением концевых меток | |
| JP2016508715A5 (ru) | ||
| RU2013118722A (ru) | Прямой захват, амплификация и секвенирование днк-мишени с использованием иммобилизированных праймеров | |
| RU2019138705A (ru) | Транспозиция с сохранением сцепления генов | |
| JP2014504153A5 (ru) | ||
| RU2018105835A (ru) | Способы амплификации последовательностей нуклеиновых кислот | |
| JP2011526787A5 (ru) | ||
| FI3564394T3 (fi) | Menetelmä alukkeen polynukleotidien kirjastojen valmistamiseksi | |
| JP2010525813A5 (ru) | ||
| CN107849598A (zh) | 簇中的表面引物的增强利用 | |
| CN105647907A (zh) | 一种用于靶向杂交捕获的修饰性dna杂交探针的制备方法 | |
| JP2010539940A5 (ru) | ||
| RU2016145448A (ru) | Способ амплификации днк на основе внедрения в цепь | |
| RU2751359C2 (ru) | Нуклеотиды, меченные зарядом, и способы их применения | |
| ATE272722T1 (de) | Verfahren zur kontrollierbaren durchführung komplexer pcr-amplifikationen | |
| WO2002101088A3 (en) | In vitro capture of nucleic acids via modified oligonucleotides and magnetic beads | |
| FI3899037T3 (fi) | Menetelmiä polynukleotidiklusterin klonaalisuusprioriteetin parantamiseksi | |
| RU2019100095A (ru) | Направляемый олигонуклеотидами и отслеживаемый комбинаторный синтез кодируемых молекул-зондов | |
| ATE357515T1 (de) | Ligations-basierende synthese von oligonucleotiden mit blockstrukturen | |
| EP1634959A3 (en) | Method of designing probe set, microarray using it, and computer readable medium with a program for executing the said method |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| HZ9A | Changing address for correspondence with an applicant |