RU2011113978A - Способ создания диагностического маркера - Google Patents
Способ создания диагностического маркера Download PDFInfo
- Publication number
- RU2011113978A RU2011113978A RU2011113978/10A RU2011113978A RU2011113978A RU 2011113978 A RU2011113978 A RU 2011113978A RU 2011113978/10 A RU2011113978/10 A RU 2011113978/10A RU 2011113978 A RU2011113978 A RU 2011113978A RU 2011113978 A RU2011113978 A RU 2011113978A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- marker
- nucleotide
- markers
- population
- locus
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6811—Selection methods for production or design of target specific oligonucleotides or binding molecules
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Способ создания диагностического маркера в организме, включающий стадии: ! - выбора интересующего признака; ! - определения локуса, который связан с признаком; ! - определения положения локуса на генетической карте; ! - идентификации маркера, который расположен в пределах генетического расстояния от локуса; ! - получения популяции организма, в которой каждый представитель популяции содержит маркер; ! - определения нуклеотидной последовательности маркера для каждого из представителей популяции; ! - выравнивания нуклеотидных последовательностей маркеров; ! - выбора по меньшей мере одного положения в последовательности маркера, которое содержит один и тот же нуклеотид во всех маркерах популяции; ! - конструирования олигонуклеотида, который способен к гибридизации с последовательностью маркера, прилегающей к обеим сторонам от по меньшей мере одного положения, и где олигонуклеотид дополнительно содержит нуклеотид (маркерный нуклеотид) по меньшей мере в одном положении, который отличается от нуклеотида по меньшей мере в одном положении в маркере; ! - встраивания маркерного нуклеотида в ДНК организма, применяя направленную замену нуклеотида с использованием олигонуклеотида, тем самым встраивая уникальный и селектируемый SNP в маркере, связанном с признаком. ! 2. Способ по п.1, в котором маркер идентифицируют, применяя молекулярные маркерные технологии. ! 3. Способ по п.1 или 2, в котором маркер расположен на расстоянии, самое большое, 1 см, предпочтительно, самое большое, 0,1 см от признака. ! 4. Способ по п.1 или 2, в котором созданы два или более маркеров, которые независимо расположены на расстоянии, самое большое, 2 см, пр
Claims (13)
1. Способ создания диагностического маркера в организме, включающий стадии:
- выбора интересующего признака;
- определения локуса, который связан с признаком;
- определения положения локуса на генетической карте;
- идентификации маркера, который расположен в пределах генетического расстояния от локуса;
- получения популяции организма, в которой каждый представитель популяции содержит маркер;
- определения нуклеотидной последовательности маркера для каждого из представителей популяции;
- выравнивания нуклеотидных последовательностей маркеров;
- выбора по меньшей мере одного положения в последовательности маркера, которое содержит один и тот же нуклеотид во всех маркерах популяции;
- конструирования олигонуклеотида, который способен к гибридизации с последовательностью маркера, прилегающей к обеим сторонам от по меньшей мере одного положения, и где олигонуклеотид дополнительно содержит нуклеотид (маркерный нуклеотид) по меньшей мере в одном положении, который отличается от нуклеотида по меньшей мере в одном положении в маркере;
- встраивания маркерного нуклеотида в ДНК организма, применяя направленную замену нуклеотида с использованием олигонуклеотида, тем самым встраивая уникальный и селектируемый SNP в маркере, связанном с признаком.
2. Способ по п.1, в котором маркер идентифицируют, применяя молекулярные маркерные технологии.
3. Способ по п.1 или 2, в котором маркер расположен на расстоянии, самое большое, 1 см, предпочтительно, самое большое, 0,1 см от признака.
4. Способ по п.1 или 2, в котором созданы два или более маркеров, которые независимо расположены на расстоянии, самое большое, 2 см, предпочтительно, самое большое, 0,2 см от признака.
5. Способ по п.1 или 2, в котором организм представляет собой растение, животное или микроорганизм.
6. Способ по п.1 или 2, в котором организм представляет собой организм с низким уровнем полиморфизма, такой как хлопок (Gossipyum hirsutum), соевые бобы (Glycine max), культурный томат (Solanum esculentum), арбуз (Citrullus lanatus), огурец (Cucumis sativa).
7. Способ по п.1 или 2, в котором молекулярная маркерная технология выбрана из множественных маркерных технологий, предпочтительно, из группы, состоящей из AFLP, RAPD, SSR, SFP и/или SNP.
8. Способ по п.4, в котором по меньшей мере два молекулярных маркера независимо получены при помощи множественных маркерных технологий из группы, состоящей из AFLP, RAPD, SSR, SFP и/или SNP.
9. Способ по п.1 или 2, в котором ДНК организма происходит из линии-донора, подходящей для селекции.
10. Способ по п.1 или 2 для встраивания уникального и селектируемого маркера в многокопийный участок ДНК.
11. Применение способа для создания одного или нескольких искусственных маркеров в имеющемся селекционном материале.
12. Применение способа для встраивания одного или нескольких искусственных маркеров в генетически модифицированный материал.
13. Применение TNE для получения уникальных молекулярных маркеров в селекционном материале.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US9605408P | 2008-09-11 | 2008-09-11 | |
| US61/096,054 | 2008-09-11 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2011113978A true RU2011113978A (ru) | 2012-10-20 |
Family
ID=41528796
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2011113978/10A RU2011113978A (ru) | 2008-09-11 | 2009-09-04 | Способ создания диагностического маркера |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20110258711A1 (ru) |
| EP (2) | EP2342337B1 (ru) |
| JP (2) | JP5653921B2 (ru) |
| KR (1) | KR20110094268A (ru) |
| CN (1) | CN102159711B (ru) |
| AU (1) | AU2009292297B2 (ru) |
| BR (1) | BRPI0913477A2 (ru) |
| CA (1) | CA2737303C (ru) |
| IL (1) | IL211424A0 (ru) |
| MX (1) | MX2011002617A (ru) |
| RU (1) | RU2011113978A (ru) |
| WO (1) | WO2010030171A1 (ru) |
Families Citing this family (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2235187B1 (en) | 2007-12-21 | 2013-12-11 | Keygene N.V. | An improved mutagenesis method using polyethylene glycol mediated introduction of mutagenic nucleobases into plant protoplasts |
| CN102321619B (zh) * | 2011-01-28 | 2012-12-19 | 中国农业科学院棉花研究所 | 与棕色棉纤维色泽主效qtl连锁的分子标记及其应用 |
| CN103305506B (zh) * | 2011-03-03 | 2014-09-03 | 华中农业大学 | 一种鳜鱼驯食性状相关snp分子标记 |
| CN102653757B (zh) * | 2011-03-03 | 2014-02-26 | 华中农业大学 | 一种易驯食人工饲料鳜鱼相关基因snp分子标记 |
| CN103305505B (zh) * | 2011-03-03 | 2014-10-08 | 华中农业大学 | 一种用于筛选易驯食鳜鱼的分子标记 |
| CN104004749B (zh) * | 2013-02-27 | 2016-05-04 | 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 | 黄瓜黑色果刺基因b连锁的ssr标记引物及其应用 |
| CN103194444B (zh) * | 2013-04-11 | 2014-04-30 | 北京市农林科学院 | 西瓜果实苦味基因Bt连锁SNP位点及CAPS标记 |
| CN109152346B (zh) * | 2016-02-05 | 2022-03-08 | 瑞克斯旺种苗集团公司 | 西瓜中赋予对马铃薯y病毒属抗性的qtl |
| CN105925718B (zh) * | 2016-07-04 | 2019-04-26 | 扬州大学 | 一种培育高蛋白质含量粳稻的方法和分子标记 |
| CN106480172B (zh) * | 2016-08-03 | 2019-09-20 | 中国水稻研究所 | 一种利用全基因组测序进行分离鉴定与精细定位水稻农艺性状基因的方法 |
| EP3571925A1 (en) | 2018-05-24 | 2019-11-27 | KWS SAAT SE & Co. KGaA | Artificial marker allele |
Family Cites Families (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| DE733059T1 (de) | 1993-12-09 | 1997-08-28 | Univ Jefferson | Verbindungen und verfahren zur ortsspezifischen mutation in eukaryotischen zellen |
| JP2002534965A (ja) * | 1999-01-19 | 2002-10-22 | マキシジェン， インコーポレイテッド | 所望の特徴を有する文字ストリング、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを作製するための方法 |
| EP1212406A1 (en) | 1999-08-20 | 2002-06-12 | University Of Delaware | Cell-free assay for plant gene targeting and conversion |
| US6936467B2 (en) | 2000-03-27 | 2005-08-30 | University Of Delaware | Targeted chromosomal genomic alterations with modified single stranded oligonucleotides |
| AU4948801A (en) | 2000-03-27 | 2001-10-08 | Univ Delaware | Targeted chromosomal genomic alterations with modified single stranded oligonucleotides |
| EP1284985A2 (en) | 2000-05-17 | 2003-02-26 | University Of Delaware | Plant gene targeting using oligonucleotides |
| NZ524366A (en) | 2000-07-27 | 2005-12-23 | Univ Delaware | Methods for enhancing targeted gene alteration using oligonucleotides |
| ES2241730T3 (es) | 2001-09-28 | 2005-11-01 | THE PROCTER & GAMBLE COMPANY | Etiqueta mejorada para pilas envueltas con pelicula estirable. |
| US7566535B2 (en) * | 2002-03-07 | 2009-07-28 | University Of Delaware | Enhanced oligonucleotide-mediated nucleic acid sequence alteration |
| AU2003282477A1 (en) | 2002-10-07 | 2004-05-04 | Napro Bio Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for reducing screening in oligonucleotide-directed nucleic acid sequence alteration |
| WO2005049795A2 (en) | 2003-11-13 | 2005-06-02 | University Of Delaware | Mammalian cell lines for detecting, monitoring, and optimizing oligonucleotide-mediated chromosomal sequence alteration |
| US20070072815A1 (en) | 2004-05-04 | 2007-03-29 | Kmiec Eric B | Methods and kits to increase the efficiency of oligonucleotide-directed nucleic acid sequence alteration |
| EP1929036A1 (en) * | 2005-09-29 | 2008-06-11 | Keygene N.V. | Method and means for targeted nucleotide exchange |
-
2009
- 2009-09-04 BR BRPI0913477-8A patent/BRPI0913477A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2009-09-04 JP JP2011526822A patent/JP5653921B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2009-09-04 AU AU2009292297A patent/AU2009292297B2/en not_active Ceased
- 2009-09-04 RU RU2011113978/10A patent/RU2011113978A/ru unknown
- 2009-09-04 CN CN200980135585.5A patent/CN102159711B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2009-09-04 EP EP09788156.9A patent/EP2342337B1/en not_active Not-in-force
- 2009-09-04 WO PCT/NL2009/000172 patent/WO2010030171A1/en not_active Ceased
- 2009-09-04 KR KR1020117008309A patent/KR20110094268A/ko not_active Withdrawn
- 2009-09-04 US US13/063,495 patent/US20110258711A1/en not_active Abandoned
- 2009-09-04 EP EP15166638.5A patent/EP2998397B1/en not_active Not-in-force
- 2009-09-04 MX MX2011002617A patent/MX2011002617A/es not_active Application Discontinuation
- 2009-09-04 CA CA2737303A patent/CA2737303C/en not_active Expired - Fee Related
-
2011
- 2011-02-27 IL IL211424A patent/IL211424A0/en unknown
-
2014
- 2014-11-18 JP JP2014233452A patent/JP5973533B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2010030171A8 (en) | 2010-05-27 |
| JP2015037428A (ja) | 2015-02-26 |
| JP2012501674A (ja) | 2012-01-26 |
| AU2009292297B2 (en) | 2014-03-06 |
| EP2998397B1 (en) | 2017-11-01 |
| WO2010030171A1 (en) | 2010-03-18 |
| CA2737303A1 (en) | 2010-03-18 |
| AU2009292297A1 (en) | 2010-03-18 |
| MX2011002617A (es) | 2011-04-11 |
| EP2342337A1 (en) | 2011-07-13 |
| BRPI0913477A2 (pt) | 2015-07-28 |
| JP5973533B2 (ja) | 2016-08-23 |
| CN102159711B (zh) | 2014-01-29 |
| IL211424A0 (en) | 2011-05-31 |
| JP5653921B2 (ja) | 2015-01-14 |
| EP2342337B1 (en) | 2015-05-27 |
| EP2998397A1 (en) | 2016-03-23 |
| CA2737303C (en) | 2019-06-11 |
| CN102159711A (zh) | 2011-08-17 |
| KR20110094268A (ko) | 2011-08-23 |
| US20110258711A1 (en) | 2011-10-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2011113978A (ru) | Способ создания диагностического маркера | |
| JP2012501674A5 (ru) | ||
| Hayashi et al. | Development of PCR-based SNP markers for rice blast resistance genes at the Piz locus | |
| JP6393478B2 (ja) | トランスジェニック事象ｍｏｎ８７７１２に対応するダイズ植物および種子、ならびにそれを検出するための方法 | |
| ES2590177T3 (es) | Acontecimiento de planta de maíz MON87460 y composiciones y procedimientos para la detección del mismo | |
| AU2024202808A1 (en) | Compositions and methods for peronospora resistance in spinach | |
| NZ600376A (en) | Elite event ee-gm3 and methods and kits for identifying such event in biological samples | |
| CN104878091B (zh) | 用于检测玉米植物dbn9978的核酸序列及其检测方法 | |
| NZ600375A (en) | Herbicide tolerant soybean plants and methods for identifying same | |
| MX2010003891A (es) | Genes sinteticos que codifican cry1ac. | |
| CN109913573A (zh) | 小麦穗粒数主效qtl的紧密连锁的分子标记及其应用 | |
| CN108048594B (zh) | 一种与棉花黄萎病抗性有关的qtl/主效基因的分子标记 | |
| CN101736076A (zh) | 小麦抗白粉病基因的分子标记定位研究进展 | |
| CN106755438B (zh) | 一种用于鉴定鱼类增殖放流个体的引物、试剂盒及鉴别方法 | |
| KR101845027B1 (ko) | 전복류의 종구별, 유전자 다양성 또는 세대 간 연관관계 분석용 마이크로새틀라이트 마커군 및 이를 이용한 분석방법 | |
| CN104878003A (zh) | 一个棉花黄萎病抗性主效qtl及其连锁的分子标记 | |
| CN107164502A (zh) | 与甘蓝叶片表皮毛有无紧密相关的分子标记及其应用 | |
| CN103866006A (zh) | 小麦抗穗发芽QTL位点QPhs.sicau-3B.1的分子标记M3B-1a和M3B-2a及其应用 | |
| Alam et al. | Marker-assisted foreground selection for identification of salt tolerant rice genotypes | |
| CN104718293B (zh) | 大豆事件pDAB9582．816．15．1检测方法 | |
| Pérez-López et al. | Detection of maize bushy stunt phytoplasma in leafhoppers collected in native corn crops grown at high elevations in southeast Mexico | |
| CN1597969A (zh) | 一种双t－dna载体及其在无选择标记转基因水稻培育中的应用 | |
| Dubina et al. | Creation of blast disease-resistant rice varieties with modern DNA-markers | |
| CN105755164B (zh) | 鉴定双价抗除草剂基因棉花ggk2分子标记及应用 | |
| CN104846084B (zh) | 用于检测玉米植物dbn9927的核酸序列及其检测方法 |