RU2011144853A - Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile - Google Patents
Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile Download PDFInfo
- Publication number
- RU2011144853A RU2011144853A RU2011144853/10A RU2011144853A RU2011144853A RU 2011144853 A RU2011144853 A RU 2011144853A RU 2011144853/10 A RU2011144853/10 A RU 2011144853/10A RU 2011144853 A RU2011144853 A RU 2011144853A RU 2011144853 A RU2011144853 A RU 2011144853A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleotide
- deletion
- seq
- gene
- sample
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract 23
- 241000193163 Clostridioides difficile Species 0.000 title claims abstract 21
- 231100000033 toxigenic Toxicity 0.000 title claims abstract 3
- 230000001551 toxigenic effect Effects 0.000 title claims abstract 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims abstract 78
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims abstract 78
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract 67
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract 67
- 101150032575 tcdA gene Proteins 0.000 claims abstract 19
- 101150089436 tcdB gene Proteins 0.000 claims abstract 19
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims abstract 18
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims abstract 18
- 101150008941 cdtA gene Proteins 0.000 claims abstract 16
- 239000003053 toxin Substances 0.000 claims abstract 12
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 claims abstract 12
- 101150076489 B gene Proteins 0.000 claims abstract 10
- 101710112752 Cytotoxin Proteins 0.000 claims abstract 6
- 231100000599 cytotoxic agent Toxicity 0.000 claims abstract 6
- 239000002619 cytotoxin Substances 0.000 claims abstract 6
- 238000007403 mPCR Methods 0.000 claims abstract 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract 3
- 101710146739 Enterotoxin Proteins 0.000 claims abstract 2
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 claims abstract 2
- 101150108363 cdtB gene Proteins 0.000 claims abstract 2
- 239000000147 enterotoxin Substances 0.000 claims abstract 2
- 231100000655 enterotoxin Toxicity 0.000 claims abstract 2
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 claims abstract 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 27
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 claims 14
- 239000003269 fluorescent indicator Substances 0.000 claims 12
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 claims 10
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 claims 8
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims 4
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims 4
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 claims 2
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12R—INDEXING SCHEME ASSOCIATED WITH SUBCLASSES C12C - C12Q, RELATING TO MICROORGANISMS
- C12R2001/00—Microorganisms ; Processes using microorganisms
- C12R2001/01—Bacteria or Actinomycetales ; using bacteria or Actinomycetales
- C12R2001/145—Clostridium
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
1. Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма Clostridium difficile в пробе, в котором выполняют следующие стадии:а. предоставляют пробу;b. в мультиплексном ПЦР-анализеi) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия гена tcdB цитотоксина;ii) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия одной или нескольких из следующих делеций в гене tcdC,a) делеций 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347;b) делеций 36 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 301 до нуклеотида 336;c) делеций 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370;d) делеций 54 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 313 до нуклеотида 366;e) делеций единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,где мультиплексная ПЦР-амплификация является количественной ПЦР реального времени.2. Способ по п.1, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия делеций 1,8 т.п.н. гена tcdA энтеротоксина.3. Способ по п.1 или 2, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия cdtA и/или cdtB бинарного токсина.4. Способ по п.1 или 2, где эту пробу анализируют наа. присутствие или отсутствие всех из следующих делеций:b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370,с. делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,d. присутствие или отсутствие гена tcdB цитотоксина,е. присутствие или отсутствие делеции 1,8 т.п.н. tcdA иf. присутствие или отсутствие гена cdtA/B бинарного токсина.5. Способ по п.3, где эту пробу анализируют наа. присутствие или отсутствие всех из следующих делеции:b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклео�
Claims (18)
1. Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма Clostridium difficile в пробе, в котором выполняют следующие стадии:
а. предоставляют пробу;
b. в мультиплексном ПЦР-анализе
i) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия гена tcdB цитотоксина;
ii) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия одной или нескольких из следующих делеций в гене tcdC,
a) делеций 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347;
b) делеций 36 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 301 до нуклеотида 336;
c) делеций 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370;
d) делеций 54 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 313 до нуклеотида 366;
e) делеций единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,
где мультиплексная ПЦР-амплификация является количественной ПЦР реального времени.
2. Способ по п.1, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия делеций 1,8 т.п.н. гена tcdA энтеротоксина.
3. Способ по п.1 или 2, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия cdtA и/или cdtB бинарного токсина.
4. Способ по п.1 или 2, где эту пробу анализируют на
а. присутствие или отсутствие всех из следующих делеций:
b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370,
с. делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,
d. присутствие или отсутствие гена tcdB цитотоксина,
е. присутствие или отсутствие делеции 1,8 т.п.н. tcdA и
f. присутствие или отсутствие гена cdtA/B бинарного токсина.
5. Способ по п.3, где эту пробу анализируют на
а. присутствие или отсутствие всех из следующих делеции:
b. делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347, делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370,
с. делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1,
d. присутствие или отсутствие гена tcdB цитотоксина,
е. присутствие или отсутствие делеции 1,8 т.п.н. tcdA и
f. присутствие или отсутствие гена cdtA/B бинарного токсина
6. Способ по любому из пп.1, 2 и 5, в котором
а. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н., то эта проба оценивается как токсиногенный штамм Clostridium difficile,
b. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, присутствует делеция 18 п.н. и присутствует ген бинарного токсина cdtA/B, то эта проба оценивается как штамм риботипа 027 Clostridium difficile,
с. если присутствует последовательность гена tcdB, присутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, и отсутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 017 Clostridium difficile, и
d. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, присутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
7. Способ по п.3, в котором
а. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н., то эта проба оценивается как токсиногенный штамм Clostridium difficile,
b. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, присутствует делеция 18 п.н. и присутствует ген бинарного токсина cdtA/B, то эта проба оценивается как штамм риботипа 027 Clostridium difficile,
с. если присутствует последовательность гена tcdB, присутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, и отсутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 017 Clostridium difficile, и
d. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, присутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
8. Способ по п.4, в котором
а. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, не присутствует ни деления единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н., то эта проба оценивается как токсиногенный штамм Clostridium difficile,
b. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, присутствует делеция 18 п.н. и присутствует ген бинарного токсина cdtA/B, то эта проба оценивается как штамм риботипа 027 Clostridium difficile,
с. если присутствует последовательность гена tcdB, присутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, и отсутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 017 Clostridium difficile, и
d. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370, присутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
9. Способ по любому из пп.1, 2, 5, 7 и 8, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
10. Способ по п.3, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
11. Способ по п.4, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
12. Способ по п.6, где мультиплексную реакцию амплификации выполняют в замкнутой системе в присутствии флуоресцентных индикаторов в реакционной смеси (реакционных смесях), причем эти флуоресцентные индикаторы способны генерировать оптический сигнал, связанный с присутствием и/или количеством каждого ампликона в этой реакции амплификации, и позволяют осуществлять мониторинг этого оптического сигнала флуоресцентных индикаторов в этой реакции амплификации.
13. Способ по п.9, где эта замкнутая система дает оптические выходные данные для пользователя, указывающие оценивание пробы как штамм риботипа 027 Clostridium difficile, штамм риботипа 017 Clostridium difficile или штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
14. Способ по любому из пп.10-12, где эта замкнутая система дает оптические выходные данные для пользователя, указывающие оценивание пробы как штамм риботипа 027 Clostridium difficile, штамм риботипа 017 Clostridium difficile или штамм риботипа 078 Clostridium difficile.
15. Способ по п.1, где продукты амплификации в мультиплексном ПЦР-анализе имеют размер от 60 до 200 п.н.
16. Способ по п.1, где эта проба является фекалиями человека или животного.
17. Картридж замкнутой системы амплификации, содержащий один или несколько каналов или камер, содержащих праймеры и/или зонды, для амплификации и/или детектирования (i) гена tcdB цитотоксина, (ii) делеции 1,8 т.п.н. в гене tcdA, (iii) делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347 гена tcdC, (iv) делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370 гена tcdC, (v) делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1 и праймеры и/или зонды для детектирования гена cdtA/B бинарного токсина.
18. Набор для выполнения способа по любому из предыдущих пунктов, содержащий праймеры и/или зонды для амплификации и/или детектирования (i) гена tcdB цитотоксина, (ii) делеции 1,8 т.п.н. в гене tcdA, (iii) делеции 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347 гена tcdC, (iv) делеции 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 341 до нуклеотида 370 гена tcdC, (v) делеции единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1 и праймеры и/или зонды для (vi) детектирования гена cdtA/B бинарного токсина.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP09157547.2 | 2009-04-04 | ||
| EP09157547 | 2009-04-07 | ||
| PCT/IB2010/051396 WO2010116290A1 (en) | 2009-04-07 | 2010-03-31 | Method for the detection and characterization of a toxinogenic clostridium difficile strain |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2011144853A true RU2011144853A (ru) | 2013-05-20 |
| RU2612789C2 RU2612789C2 (ru) | 2017-03-13 |
Family
ID=42224104
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2011144853A RU2612789C2 (ru) | 2009-04-04 | 2010-03-31 | Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US20120028819A1 (ru) |
| EP (1) | EP2419527B1 (ru) |
| JP (1) | JP5859424B2 (ru) |
| KR (1) | KR101798211B1 (ru) |
| CN (1) | CN102378817B (ru) |
| BR (1) | BRPI1006757A2 (ru) |
| RU (1) | RU2612789C2 (ru) |
| WO (1) | WO2010116290A1 (ru) |
Families Citing this family (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20120028819A1 (en) | 2009-04-07 | 2012-02-02 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Method for the detection and characterization of a toxinogenic clostridium difficile strain |
| WO2012087135A1 (en) | 2010-12-22 | 2012-06-28 | Academisch Ziekenhuis Leiden H.O.D.N. Lumc | Genetic markers specific for clostridium difficile ribotypes 027 (nap01/b1; rt 027) and 078 (nap7/8; rt 078) and their use |
| GB201110712D0 (en) | 2011-06-23 | 2011-08-10 | Univ Ulster | Diagnostic methods |
| WO2013006793A2 (en) | 2011-07-06 | 2013-01-10 | Quest Diagnostics Investments Incorporated | Direct amplification and detection of viral and bacterial pathogens |
| GB201207998D0 (en) * | 2012-05-08 | 2012-06-20 | Univ Cardiff | A screening method for the detection of clostridium difficle |
| US9133527B2 (en) * | 2012-05-11 | 2015-09-15 | Techlab, Inc. | Cell wall protein CwpV (CD0514) as a diagnostic marker for Clostridium difficile ribotype 027 |
| KR101955329B1 (ko) * | 2012-06-08 | 2019-03-07 | 삼성전자주식회사 | 클로스트리디움 디피실리 균주 검출용 조성물과 키트 및 이를 이용한 검출 방법 |
| CN102952886A (zh) * | 2012-11-28 | 2013-03-06 | 中华人民共和国张家港出入境检验检疫局 | 艰难梭菌肠毒素a、b双重荧光定量pcr检测方法及检测用试剂盒 |
| WO2014164563A1 (en) | 2013-03-13 | 2014-10-09 | Quidel Corporation | Pcr assays and reagents for molecular detection of infectious agents |
| TWI504751B (zh) * | 2013-09-25 | 2015-10-21 | Univ Nat Cheng Kung | 檢測困難梭狀桿菌核醣分型027之序列、技術平台及其方法 |
| FI126289B (en) * | 2014-12-19 | 2016-09-15 | Mobidiag Ltd | Method for detecting the presence of a hypervirulent strain of Clostridium difficile |
| US20190211377A1 (en) * | 2016-12-22 | 2019-07-11 | Roche Molecular Systems, Inc. | Cobra probes to detect a marker for epidemic ribotypes of clostridium difficile |
| WO2019118735A1 (en) * | 2017-12-15 | 2019-06-20 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and methods for detecting toxigenic clostridium difficile |
| EP3822370A1 (en) | 2019-11-15 | 2021-05-19 | Curiosity Diagnostics Sp. z o.o. | Method of determining the presence of a hyper-virulent clostridioides difficile strain of the b1/nap1/027 group in a sample |
| CN111705150B (zh) * | 2020-08-19 | 2020-12-25 | 中南大学湘雅医院 | 用于检测艰难梭菌核糖体027型毒力调节基因tcdC的方法、引物和试剂盒 |
Family Cites Families (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5298421A (en) | 1990-04-26 | 1994-03-29 | Calgene, Inc. | Plant medium-chain-preferring acyl-ACP thioesterases and related methods |
| US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
| US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
| EP1033411B1 (en) | 1996-06-04 | 2006-02-22 | University of Utah Research Foundation | Fluorescent donor-acceptor pair |
| FR2812306B1 (fr) * | 2000-07-28 | 2005-01-14 | Gabriel Festoc | Systeme d'amplification en chaine par polymerse de sequences nucleiques cibles |
| CN101068932B (zh) * | 2004-10-27 | 2013-02-13 | 塞弗德公司 | 封闭系统多阶段核酸扩增反应 |
| US20070026426A1 (en) * | 2005-04-26 | 2007-02-01 | Applera Corporation | System for genetic surveillance and analysis |
| RU2348695C2 (ru) | 2006-05-23 | 2009-03-10 | Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии" | Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа |
| JP5596893B2 (ja) | 2006-11-10 | 2014-09-24 | キヤノン株式会社 | プローブセット、プローブ固定担体及び遺伝子検査方法 |
| US7687084B2 (en) | 2007-08-06 | 2010-03-30 | Tien Linsheng W | Cool-pet system |
| US9096638B2 (en) | 2007-09-06 | 2015-08-04 | Geneohm Sciences Canada, Inc. | Detection of toxigenic strains of Clostridium difficile |
| WO2009100215A2 (en) * | 2008-02-08 | 2009-08-13 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Detection of clostridium difficile |
| US20120028819A1 (en) | 2009-04-07 | 2012-02-02 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Method for the detection and characterization of a toxinogenic clostridium difficile strain |
-
2010
- 2010-03-31 US US13/262,844 patent/US20120028819A1/en not_active Abandoned
- 2010-03-31 BR BRPI1006757-4A patent/BRPI1006757A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2010-03-31 KR KR1020117026359A patent/KR101798211B1/ko active Active
- 2010-03-31 RU RU2011144853A patent/RU2612789C2/ru active
- 2010-03-31 CN CN201080014449.3A patent/CN102378817B/zh active Active
- 2010-03-31 JP JP2012504107A patent/JP5859424B2/ja active Active
- 2010-03-31 WO PCT/IB2010/051396 patent/WO2010116290A1/en not_active Ceased
- 2010-03-31 EP EP10713524.6A patent/EP2419527B1/en not_active Revoked
-
2017
- 2017-06-08 US US15/617,010 patent/US10876174B2/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP2419527A1 (en) | 2012-02-22 |
| US20120028819A1 (en) | 2012-02-02 |
| WO2010116290A1 (en) | 2010-10-14 |
| CN102378817A (zh) | 2012-03-14 |
| CN102378817B (zh) | 2015-09-30 |
| JP2012528567A (ja) | 2012-11-15 |
| US20180237827A1 (en) | 2018-08-23 |
| BRPI1006757A2 (pt) | 2020-03-10 |
| EP2419527B1 (en) | 2013-06-26 |
| KR20120005019A (ko) | 2012-01-13 |
| RU2612789C2 (ru) | 2017-03-13 |
| JP5859424B2 (ja) | 2016-02-10 |
| KR101798211B1 (ko) | 2017-11-15 |
| US10876174B2 (en) | 2020-12-29 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2011144853A (ru) | Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile | |
| JP2012528567A5 (ru) | ||
| Cabezas et al. | How to use molecular biology tools for the study of the anaerobic digestion process? | |
| AR119062A2 (es) | Evento de maíz mon 87411 | |
| GB2487341A (en) | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence selection and amplification | |
| MX2010000031A (es) | Deteccion mejorada de microorganismos. | |
| IS8314A (is) | Ákvörðun fjölkirnisraðar | |
| MX2007009809A (es) | Amplificacion de sonda por seleccion. | |
| Zhi et al. | Development of recombinase-aided amplification (RAA)-exo-probe and RAA-CRISPR/Cas12a assays for rapid detection of Campylobacter jejuni in food samples | |
| Mousavi-Sagharchi et al. | New insight in molecular detection of Mycobacterium tuberculosis | |
| Rajamani Sekar et al. | Strengthening the laboratory diagnosis of pathogenic Corynebacterium species in the Vaccine era | |
| CN102382879A (zh) | 荧光假单胞菌lamp检测试剂及试剂盒 | |
| WO2011148269A3 (en) | Differentiation of species within the mycobacterium tuberculosis complex | |
| ZA202205645B (en) | Identification and analysis of microbial samples by rapid incubation and nucleic acid enrichment | |
| Pinevich et al. | Testing culture purity in prokaryotes: criteria and challenges | |
| Somily et al. | The Laboratory Diagnosis of Clostridioides difficile Infection: An update of current laboratory practice | |
| Chen et al. | Diatom taxa identification based on single-cell isolation and rDNA sequencing | |
| Drigo et al. | The impact of porcine reproductive and respiratory syndrome virus genetic heterogeneity on molecular assay performances | |
| RU2014102106A (ru) | Композиции, способы и наборы для гибридизации нуклеиновой кислоты | |
| CN106591442A (zh) | 用于y染色体微缺失检测的引物组合及试剂盒 | |
| Gong et al. | Rapid and accurate detection of Salmonella enterica serovar Enteritidis using a one-step LAMP-CRISPR/Cas12b method | |
| Law et al. | A metagenomic study of bacterial communities associated with the saxitoxin producing dinoflagellate, Pyrodinium bahamense var. compressum. | |
| Ezzedine et al. | Exploring archaeal and bacterial diversity and co-occurrence in Lake Geneva | |
| Li et al. | Detection of microcystin-producing cyanobacteria in a reservoir by whole cell quantitative PCR | |
| WO2008102606A1 (ja) | ゲノムdna断片の増幅または欠失の検出方法 |