RU2010101882A - Направленная нуклеотидная замена при применении улучшенных модифицированных олигонуклеотидов - Google Patents
Направленная нуклеотидная замена при применении улучшенных модифицированных олигонуклеотидов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2010101882A RU2010101882A RU2010101882/10A RU2010101882A RU2010101882A RU 2010101882 A RU2010101882 A RU 2010101882A RU 2010101882/10 A RU2010101882/10 A RU 2010101882/10A RU 2010101882 A RU2010101882 A RU 2010101882A RU 2010101882 A RU2010101882 A RU 2010101882A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- nucleotide
- oligonucleotide
- nucleotides
- dna sequence
- modified
- Prior art date
Links
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title claims abstract 37
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 title claims 6
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Chemical class Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract 69
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract 51
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims abstract 34
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 claims abstract 18
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims abstract 12
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims abstract 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims abstract 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims 16
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 12
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 11
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims 7
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims 6
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 claims 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 4
- 230000008859 change Effects 0.000 claims 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 4
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 3
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 claims 3
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 claims 2
- 241000288906 Primates Species 0.000 claims 2
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 claims 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 claims 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine group Chemical group [C@@H]1([C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)N1C=NC=2C(N)=NC=NC12 OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 claims 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 2
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 claims 2
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 claims 2
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 claims 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 claims 2
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 claims 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 claims 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 claims 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 claims 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 claims 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 claims 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 claims 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 claims 1
- 210000004436 artificial bacterial chromosome Anatomy 0.000 claims 1
- 210000001106 artificial yeast chromosome Anatomy 0.000 claims 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 claims 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 claims 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims 1
- 230000009849 deactivation Effects 0.000 claims 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 claims 1
- 238000003209 gene knockout Methods 0.000 claims 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 claims 1
- 230000002363 herbicidal effect Effects 0.000 claims 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims 1
- 210000000415 mammalian chromosome Anatomy 0.000 claims 1
- 210000000745 plant chromosome Anatomy 0.000 claims 1
- 125000000561 purinyl group Chemical group N1=C(N=C2N=CNC2=C1)* 0.000 claims 1
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 claims 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 claims 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y202/00—Transferases transferring aldehyde or ketonic groups (2.2)
- C12Y202/01—Transketolases and transaldolases (2.2.1)
- C12Y202/01006—Acetolactate synthase (2.2.1.6)
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
1. Олигонуклеотид для направленного изменения дуплексной последовательности ДНК, где дуплексная последовательность ДНК содержит первую последовательность ДНК и вторую последовательность ДНК, которая является комплементарной первой последовательности ДНК, а олигонуклеотид содержит домен, который способен гибридизоваться с первой последовательностью ДНК, где домен содержит, по меньшей мере, один некомплементарный нуклеотид по отношению к первой последовательности ДНК, и где олигонуклеотид содержит, по меньшей мере, один участок, который содержит, по меньшей мере, два модифицированных нуклеотида, обладающих большей аффинностью связывания по сравнению с природными нуклеотидами A, C, T или G, где ! - по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид представляет собой LNA, которую располагают на расстоянии, по меньшей мере, одного нуклеотида, по меньшей мере, от одного некомплементарного нуклеотида, и где необязательно олигонуклеотид содержит не больше, чем приблизительно 50% LNA-модифицированных нуклеотидов; и ! - по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид представляет собой C7-пропинпурин или C5-пропинпиримидин. ! 2. Олигонуклеотид по п.1, в котором, по меньшей мере, 2, предпочтительно, по меньшей мере, 3, более предпочтительно, по меньшей мере, 4, даже более предпочтительно, по меньшей мере, 5, наиболее предпочтительно, по меньшей мере, 6 нуклеотидов представляют собой LNA. ! 3. Олигонуклеотид по п.1, в котором LNA независимо распределяют на расстоянии не больше, чем 10 нуклеотидов, предпочтительно не больше, чем 8 нуклеотидов, более предпочтительно не больше, чем 6 нуклеотидов, даже более предпочтительно не больше, чем 4, 3, и
Claims (42)
1. Олигонуклеотид для направленного изменения дуплексной последовательности ДНК, где дуплексная последовательность ДНК содержит первую последовательность ДНК и вторую последовательность ДНК, которая является комплементарной первой последовательности ДНК, а олигонуклеотид содержит домен, который способен гибридизоваться с первой последовательностью ДНК, где домен содержит, по меньшей мере, один некомплементарный нуклеотид по отношению к первой последовательности ДНК, и где олигонуклеотид содержит, по меньшей мере, один участок, который содержит, по меньшей мере, два модифицированных нуклеотида, обладающих большей аффинностью связывания по сравнению с природными нуклеотидами A, C, T или G, где
- по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид представляет собой LNA, которую располагают на расстоянии, по меньшей мере, одного нуклеотида, по меньшей мере, от одного некомплементарного нуклеотида, и где необязательно олигонуклеотид содержит не больше, чем приблизительно 50% LNA-модифицированных нуклеотидов; и
- по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид представляет собой C7-пропинпурин или C5-пропинпиримидин.
2. Олигонуклеотид по п.1, в котором, по меньшей мере, 2, предпочтительно, по меньшей мере, 3, более предпочтительно, по меньшей мере, 4, даже более предпочтительно, по меньшей мере, 5, наиболее предпочтительно, по меньшей мере, 6 нуклеотидов представляют собой LNA.
3. Олигонуклеотид по п.1, в котором LNA независимо распределяют на расстоянии не больше, чем 10 нуклеотидов, предпочтительно не больше, чем 8 нуклеотидов, более предпочтительно не больше, чем 6 нуклеотидов, даже более предпочтительно не больше, чем 4, 3, или 2 нуклеотида с обеих сторон некомплементарного основания.
4. Олигонуклеотид по п.1, в котором 2, предпочтительно 3, более предпочтительно 4, даже более предпочтительно 5, наиболее предпочтительно 6 нуклеотидов представляют собой LNA.
5. Олигонуклеотид по п.1, в котором не больше, чем 40% модифицированных нуклеотидов олигонуклеотида представляют собой производные LNA, предпочтительно не больше, чем 30%, более предпочтительно не больше, чем 25%, даже более предпочтительно не больше, чем 20%, наиболее предпочтительно не больше, чем 10%.
6. Олигонуклеотид по п.1, в котором модифицированный нуклеотид независимо располагают с 5' стороны и/или с 3' стороны от некомплементарного основания.
7. Олигонуклеотид по п.6, в котором два LNA-модифицированных нуклеотида, расположенных на одной из 5' или 3' стороны некомплементарного основания, разделяют друг от друга, по меньшей мере, одним, предпочтительно, по меньшей мере, двумя парами оснований (нуклеотидов).
8. Олигонуклеотид по п.1, в котором пурин представляет собой аденозин или гуанозин, и/или пиримидин представляет собой цитозин, урацил или тимидин.
9. Олигонуклеотид по п.1, в котором независимо, по меньшей мере, 10% пиримидинов и/или пуринов заменяют их соответствующими пропинилированными производными, предпочтительно, по меньшей мере, 50%, более предпочтительно, по меньшей мере, 75%, наиболее предпочтительно, по меньшей мере, 90%.
10. Олигонуклеотид по п.1, в котором модифицированный нуклеотид представляет собой пиримидин.
11. Олигонуклеотид по п.1, в котором модифицированный нуклеотид представляет собой пурин.
12. Олигонуклеотид по п.1, в котором, по меньшей мере, два модифицированных нуклеотида представляют собой пропинилированные нуклеотиды, независимо выбранные из пропинилированных пуринов и пропинилированных пиримидинов.
13. Олигонуклеотид по п.1, в котором олигонуклеотид содержит, по меньшей мере, 2 участка, предпочтительно, по меньшей мере, 3 участка, которые независимо содержат, по меньшей мере, 2, более предпочтительно, по меньшей мере, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 модифицированных нуклеотидов.
14. Олигонуклеотид по п.13, в котором участки располагают вблизи или на 3'-конце, 5'-конце и/или они включают или фланкируют положение некомплементарного основания.
15. Олигонуклеотид по п.1, в котором нуклеотид в положении некомплементарного основания является немодифицированным.
16. Олигонуклеотид по п.1, в котором, по меньшей мере, один из пропинмодифицированных нуклеотидов помещают в соседнее положение от некомплементарного основания, предпочтительно в пределах 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9 или 10 нуклеотидов от некомплементарного основания.
17. Олигонуклеотид по п.1, имеющий длину от 10 до 500 нуклеотидов.
18. Олигонуклеотид по п.1, в котором (модифицированный) участок представляет собой домен.
19. Олигонуклеотид по любому из предшествующих пунктов.
20. Способ направленного изменения дуплексной акцепторной последовательности ДНК, включающий смешение дуплексной акцепторной последовательности ДНК с донорным олигонуклеотидом, где дуплексная акцепторная последовательность ДНК содержит первую последовательность ДНК и вторую последовательность ДНК, которая является комплементарной первой последовательности ДНК, и где донорный олигонуклеотид содержит домен, который содержит, по меньшей мере, один некомплементарный нуклеотид по отношению к дуплексной акцепторной последовательности ДНК, которую нужно изменить, предпочтительно, по отношению к первой последовательности ДНК, и где олигонуклеотид содержит участок, который содержит, по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид, обладающий большей аффинностью связывания по сравнению с природными A, C, T или G, и где модифицированный нуклеотид связывается сильнее с нуклеотидом в противоположном положении в первой последовательности ДНК по сравнению с природным нуклеотидом, комплементарным нуклеотиду в противоположном положении в первой последовательности ДНК, в присутствии белков, которые способны осуществлять направленную нуклеотидную замену, и где модифицированный олигонуклеотид определен по пп.1-19.
21. Способ по п.20, в котором изменение осуществляют в клетке, предпочтительно выбранной из группы, состоящей из клетки растения, клетки гриба, клетки грызуна, клетки примата, клетки человека или клетки дрожжей.
22. Способ по п.20, где белки получают из клеточного экстракта.
23. Способ по любому из пп.20-22, где клеточный экстракт выбирают из группы, состоящей из экстракта клеток растения, экстракта клеток гриба, экстракта клеток грызуна, экстракта клеток примата, экстракта клеток человека или экстракта клеток дрожжей.
24. Способ по п.20, в котором изменение представляет собой делецию, замещение или вставку, по меньшей мере, одного нуклеотида.
25. Способ по п.20, в котором клетка представляет собой эукариотическую клетку, клетку растения, клетку млекопитающего, не являющегося человеком, или клетку человека.
26. Способ по п.20, в котором ДНК-мишень получают из грибов, бактерий, растений, млекопитающих или человека.
27. Способ по п.20, в котором дуплексную ДНК получают из геномной ДНК, линейной ДНК, искусственных хромосом млекопитающих, искусственных хромосом бактерий, искусственных хромосом дрожжей, искусственных хромосом растений, ядерной хромосомной ДНК, хромосомной ДНК органелл, эписомальной ДНК.
28. Способ по п.20 для изменения клетки, исправления мутации восстановлением дикого типа, введения мутации, дезактивации фермента нарушением кодирующего участка, изменения биоактивности фермента изменением кодирующего участка, изменения белка нарушением кодирующего участка.
29. Применение олигонуклеотида, как он определен по пп.1-19, для изменения клетки, исправления мутации восстановлением дикого типа, введения мутации, дезактивации фермента нарушением кодирующего участка, изменения биоактивности фермента изменением кодирующего участка, изменения белка нарушением кодирующего участка, рапарации некомплементарного нуклеотида, направленного изменения генетического материала (растения), включая генную мутацию, направленную репарацию гена и генный нокаут.
30. Применение олигонуклеотида, как он определен по пп.1-19, для улучшенного направленного изменения дуплексной последовательности ДНК, дуплексная последовательность ДНК содержит первую последовательность ДНК и вторую последовательность ДНК, которая является комплементарной первой последовательности ДНК, олигонуклеотид содержит домен, который способен гибридизоваться с первой последовательностью ДНК, где домен содержит, по меньшей мере, один некомплементарный нуклеотид по отношению к первой последовательности ДНК, и где олигонуклеотид содержит, по меньшей мере, один участок, который содержит, по меньшей мере, два модифицированных нуклеотида, обладающих большей аффинностью связывания по сравнению с природными нуклеотидами A, C, T или G, где
- по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид представляет собой LNA, который располагают на расстоянии, по меньшей мере, одного нуклеотида, по меньшей мере, от одного некомплементарного нуклеотида, и где, необязательно, олигонуклеотид содержит не больше, чем приблизительно 50% LNA-модифицированных нуклеотидов; и
- по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид представляет собой C7-пропинпурин или C5-пропинпиримидин.
31. Применение олигонуклеотида, как он определен по пп.1-19, в способе для придания гербицидной устойчивости растениям.
32. Набор, содержащий олигонуклеотид, как он определен по пп.1-19.
33. Модифицированный генетический материал, полученный способом по пп.20-28.
34. Клетка, содержащая модифицированный генетический материал по п.32.
35. Способ увеличения эффективности направленной нуклеотидной замены дуплексной ДНК, включающий
(a) получение олигонуклеотида, содержащего домен, который способен гибридизоваться с первой последовательностью ДНК указанного дуплекса, где указанной домен содержит:
(i) по меньшей мере, один некомплементарный нуклеотид по отношению к первой последовательности ДНК; и
(ii) по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид, обладающий повышенной аффинностью связывания, и
(b) увеличение расстояния между указанным модифицированным нуклеотидом и указанным некомплементарным нуклеотидом до приблизительно 8 или меньше нуклеотидов; и
(c) выделение олигонуклеотида для применения в направленной нуклеотидной замене.
36. Олигонуклеотид для направленного изменения дуплексной ДНК, где указанной олигонуклеотид содержит домен, который способен гибридизоваться с первой последовательностью ДНК указанного дуплекса, и указанный домен содержит:
(a) по меньшей мере, первый некомплементарный нуклеотид по отношению к первой последовательности ДНК;
(b) по меньшей мере, один участок, содержащий, по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид, обладающий повышенной аффинностью связывания, где указанный модифицированный нуклеотид представляет собой LNA, где указанный модифицированный нуклеотид располагают на расстоянии не больше, чем 8 нуклеотидов от указанного некомплементарного нуклеотида.
37. Олигонуклеотид по п.36, в котором модифицированный нуклеотид располагают на расстоянии не больше, чем 8 нуклеотидов от указанного некомплементарного нуклеотида.
38. Олигонуклеотид по п.36, в котором модифицированный нуклеотид располагают на расстоянии не больше, чем 6 нуклеотидов от указанного некомплементарного нуклеотида.
39. Олигонуклеотид по п.36, в котором модифицированный нуклеотид располагают на расстоянии не больше, чем 4 нуклеотида от указанного некомплементарного нуклеотида.
40. Олигонуклеотид по п.36, в котором модифицированный нуклеотид располагают на расстоянии не больше, чем 2 нуклеотида от указанного некомплементарного нуклеотида.
41. Олигонуклеотид по п.36, в котором указанный домен содержит 2 LNA.
42. Олигонуклеотид для направленной нуклеотидной замены в дуплексной ДНК, где указанный олигонуклеотид содержит:
(a) модифицированный нуклеотид; и
(b) некомплементарный нуклеотид по отношению к цепи указанной дуплексной ДНК, где указанный модифицированный нуклеотид располагают на расстоянии приблизительно 1 нуклеотида от указанного некомплементарного нуклеотида.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NLPCT/NL2007/000159 | 2007-06-22 | ||
| NL2007000159 | 2007-06-22 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2010101882A true RU2010101882A (ru) | 2011-07-27 |
Family
ID=38556385
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2010101882/10A RU2010101882A (ru) | 2007-06-22 | 2008-06-19 | Направленная нуклеотидная замена при применении улучшенных модифицированных олигонуклеотидов |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20100223691A1 (ru) |
| EP (1) | EP2167660A1 (ru) |
| JP (1) | JP5467999B2 (ru) |
| KR (1) | KR20100051795A (ru) |
| CN (1) | CN101868542A (ru) |
| AU (1) | AU2008269778A1 (ru) |
| BR (1) | BRPI0811710A2 (ru) |
| CA (1) | CA2690510A1 (ru) |
| IL (1) | IL202530A0 (ru) |
| NZ (1) | NZ582721A (ru) |
| RU (1) | RU2010101882A (ru) |
| WO (1) | WO2009002150A1 (ru) |
Families Citing this family (29)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AR025996A1 (es) | 1999-10-07 | 2002-12-26 | Valigen Us Inc | Plantas no transgenicas resistentes a los herbicidas. |
| SI2465341T1 (sl) | 2006-01-12 | 2015-04-30 | Cibus Europe B.V. | Mutantni epsps |
| AU2008338530A1 (en) | 2007-12-14 | 2009-06-25 | Minitube Of America, Inc. | Gender-specific separation of sperm cells and embryos |
| AU2007362895B2 (en) | 2007-12-21 | 2013-09-26 | Keygene N.V. | An improved mutagenesis method using polyethylene glycol mediated introduction of mutagenic nucleobases into plant protoplasts |
| WO2011032034A2 (en) | 2009-09-10 | 2011-03-17 | University Of Idaho | Nucleobase-functionalized conformationally restricted nucleotides and oligonucleotides for targeting nucleic acids |
| US20130023051A1 (en) | 2009-12-21 | 2013-01-24 | Keygene N.V. | Techniques for transfecting protoplasts |
| DK2857512T3 (en) * | 2010-12-02 | 2016-10-03 | Keygene Nv | Targeted DNA change |
| CA2822720C (en) | 2010-12-24 | 2020-05-12 | Bayer Cropscience Nv | Brassica plant comprising a mutant alcatraz allele |
| WO2012148275A1 (en) | 2011-04-29 | 2012-11-01 | Keygene N.V. | Glyphosate resistance enhancement |
| US9885082B2 (en) | 2011-07-19 | 2018-02-06 | University Of Idaho | Embodiments of a probe and method for targeting nucleic acids |
| EP2554045A1 (en) | 2011-08-04 | 2013-02-06 | Rijk Zwaan Zaadteelt en Zaadhandel B.V. | Method for systemically influencing processes in the male meiocyte |
| WO2014006162A1 (en) | 2012-07-06 | 2014-01-09 | Bayer Cropscience Nv | Brassica plants with modified seed oil composition |
| IN2014DN11215A (ru) | 2012-07-06 | 2015-10-02 | Bayer Cropscience Nv | |
| CA2878287A1 (en) | 2012-07-06 | 2014-01-09 | Bayer Cropscience Nv | Soybean rod1 gene sequences and uses thereof |
| UA120836C2 (uk) | 2013-04-05 | 2020-02-25 | Байєр Кропсаєнс Нв | Рослина brassica, яка містить мутантні da1 алелі |
| US20160367587A1 (en) * | 2013-06-12 | 2016-12-22 | Oncoimmunin, Inc. | Systemic In Vivo Delivery of Oligonucleotides |
| AU2014286296B2 (en) | 2013-07-01 | 2020-04-09 | Basf Se | Methods and means for modulating flowering time in monocot plants |
| EP3835430B1 (en) | 2014-07-24 | 2023-08-16 | Abbott Molecular Inc. | Compositions and methods for the detection and analysis of mycobacterium tuberculosis |
| US20170298379A1 (en) | 2014-10-03 | 2017-10-19 | Vib Vzw | Functional mutant alleles of ein5 for yield increase |
| WO2016050512A1 (en) | 2014-10-03 | 2016-04-07 | Bayer Cropscience Nv | Methods and means for increasing stress tolerance and biomass in plants |
| US10494642B2 (en) | 2015-04-28 | 2019-12-03 | Basf Agricultural Solutions Seed, Us Llc | Brassica plants with modified seed oil composition |
| EP3322483A4 (en) | 2015-07-14 | 2019-01-02 | Abbott Molecular Inc. | Compositions and methods for identifying drug resistant tuberculosis |
| MA42983A (fr) | 2015-10-16 | 2018-08-22 | Bayer Cropscience Nv | Plantes brassica dotées de propriétés modifiées de production de semences |
| CA3086620A1 (en) | 2018-01-12 | 2019-07-18 | Basf Se | Gene underlying the number of spikelets per spike qtl in wheat on chromosome 7a |
| NL2020823B1 (en) | 2018-04-25 | 2019-11-05 | Univ Delft Tech | NAD+ dependent 7ß-hydroxysteroid dehydrogenase |
| JP7396770B2 (ja) | 2018-07-12 | 2023-12-12 | キージーン ナムローゼ フェンノートシャップ | 植物細胞におけるゲノム編集のためのｖ型ｃｒｉｓｐｒ／ヌクレアーゼシステム |
| US12460221B2 (en) | 2018-09-07 | 2025-11-04 | Basf Plant Science Company Gmbh | Method for the production of high levels of PUFA in plants |
| EP3874048A1 (en) | 2018-11-01 | 2021-09-08 | Keygene N.V. | Dual guide rna for crispr/cas genome editing in plants cells |
| CN121443735A (zh) * | 2023-04-26 | 2026-01-30 | 优乐斯治疗株式会社 | 用于改变靶核苷酸序列的非天然型多核苷酸 |
Family Cites Families (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AP2002002638A0 (en) * | 2000-03-27 | 2002-09-30 | Univ Delaware | Targeted chromosomal genomic alternations with modified single stranded oligonucleotides. |
| US6936467B2 (en) * | 2000-03-27 | 2005-08-30 | University Of Delaware | Targeted chromosomal genomic alterations with modified single stranded oligonucleotides |
| WO2002026967A2 (en) * | 2000-09-25 | 2002-04-04 | Thomas Jefferson University | Targeted gene correction by single-stranded oligodeoxynucleotides |
| US20050053981A1 (en) * | 2003-09-09 | 2005-03-10 | Swayze Eric E. | Gapped oligomeric compounds having linked bicyclic sugar moieties at the termini |
| US20050074801A1 (en) * | 2003-09-09 | 2005-04-07 | Monia Brett P. | Chimeric oligomeric compounds comprising alternating regions of northern and southern conformational geometry |
| WO2007073149A1 (en) * | 2005-12-22 | 2007-06-28 | Keygene N.V. | Alternative nucleotides for improved targeted nucleotide exchange |
-
2008
- 2008-06-19 JP JP2010513135A patent/JP5467999B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2008-06-19 EP EP08766724A patent/EP2167660A1/en not_active Withdrawn
- 2008-06-19 WO PCT/NL2008/000151 patent/WO2009002150A1/en not_active Ceased
- 2008-06-19 US US12/666,154 patent/US20100223691A1/en not_active Abandoned
- 2008-06-19 BR BRPI0811710-1A2A patent/BRPI0811710A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2008-06-19 RU RU2010101882/10A patent/RU2010101882A/ru not_active Application Discontinuation
- 2008-06-19 CA CA2690510A patent/CA2690510A1/en not_active Abandoned
- 2008-06-19 AU AU2008269778A patent/AU2008269778A1/en not_active Abandoned
- 2008-06-19 CN CN200880020319A patent/CN101868542A/zh active Pending
- 2008-06-19 NZ NZ582721A patent/NZ582721A/en not_active IP Right Cessation
- 2008-06-19 KR KR1020107001594A patent/KR20100051795A/ko not_active Ceased
-
2009
- 2009-12-06 IL IL202530A patent/IL202530A0/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| NZ582721A (en) | 2011-11-25 |
| BRPI0811710A2 (pt) | 2014-10-14 |
| JP2010530750A (ja) | 2010-09-16 |
| WO2009002150A1 (en) | 2008-12-31 |
| CN101868542A (zh) | 2010-10-20 |
| CA2690510A1 (en) | 2008-12-31 |
| AU2008269778A1 (en) | 2008-12-31 |
| KR20100051795A (ko) | 2010-05-18 |
| IL202530A0 (en) | 2011-08-01 |
| EP2167660A1 (en) | 2010-03-31 |
| JP5467999B2 (ja) | 2014-04-09 |
| US20100223691A1 (en) | 2010-09-02 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2010101882A (ru) | Направленная нуклеотидная замена при применении улучшенных модифицированных олигонуклеотидов | |
| RU2008130093A (ru) | Улучшенный направленный обмен нуклеотидов с пропинил-модифицированными олигонуклеотидами | |
| Lohaus et al. | Of dups and dinos: evolution at the K/Pg boundary | |
| Soltis et al. | Advances in the study of polyploidy since plant speciation | |
| Feldman et al. | Genomic asymmetry in allopolyploid plants: wheat as a model | |
| Bernardes et al. | Heterosis in hybrids within and between yeast species | |
| D’Alelio et al. | Internal transcribed spacer polymorphism in Pseudo-nitzschia multistriata (Bacillariophyceae) in the Gulf of Naples: recent divergence or intraspecific hybridization? | |
| Rushworth et al. | Boechera, a model system for ecological genomics | |
| Steenkamp et al. | Fungal species and their boundaries matter–Definitions, mechanisms and practical implications | |
| Bar-Zvi et al. | Hybrid vigor: The best of both parents, or a genomic clash? | |
| Kovalchuk et al. | Genome stability: from virus to human application | |
| Silar | Podospora anserina: from laboratory to biotechnology | |
| Longton | Reproductive biology in bryophytes the challenge and the opportunities | |
| Stelkens et al. | The evolutionary and ecological potential of yeast hybrids | |
| Sotero-Caio et al. | Integration of molecular cytogenetics, dated molecular phylogeny, and model-based predictions to understand the extreme chromosome reorganization in the Neotropical genus Tonatia (Chiroptera: Phyllostomidae) | |
| Casabianca et al. | Genome complexity of harmful microalgae | |
| RU2010130453A (ru) | Улучшенный способ мутагенеза с использованием полиэтиленгликоль-опосредованного введения мутагенных нуклеиновых оснований в растительные протопласты | |
| Wolfe et al. | Recurrent allopolyploidizations diversify ecophysiological traits in marsh orchids (Dactylorhiza majalis sl) | |
| Wielgoss et al. | Introgressive hybridization and latitudinal admixture clines in North Atlantic eels | |
| Rao et al. | DNA repetitive sequences-types, distribution and function: a review | |
| Michalak et al. | Nucleolar dominance and maternal control of 45S rDNA expression | |
| Shao et al. | Chimeric mitochondrial minichromosomes of the human body louse, Pediculus humanus: evidence for homologous and non-homologous recombination | |
| Demastes et al. | Phylogeography of the blue-spotted salamander, Ambystoma laterale (Caudata: Ambystomatidae) | |
| Catalán et al. | Advances on genomics, biology, ecology and evolution of Brachypodium, a bridging model grass system for cereals and biofuel grasses | |
| Xiao et al. | A novel strategy for genetic dissection of complex traits: the population of specific chromosome substitution strains from laboratory and wild mice |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20130306 |