[go: up one dir, main page]

RU2005113874A - Полипептиды, участвующие в биосинтезе спирамицинов, нуклеотидные последовательности, кодирующие эти полипептиды, и их применения - Google Patents

Полипептиды, участвующие в биосинтезе спирамицинов, нуклеотидные последовательности, кодирующие эти полипептиды, и их применения Download PDF

Info

Publication number
RU2005113874A
RU2005113874A RU2005113874/13A RU2005113874A RU2005113874A RU 2005113874 A RU2005113874 A RU 2005113874A RU 2005113874/13 A RU2005113874/13 A RU 2005113874/13A RU 2005113874 A RU2005113874 A RU 2005113874A RU 2005113874 A RU2005113874 A RU 2005113874A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
microorganism
gene
seq
sequence
polypeptide
Prior art date
Application number
RU2005113874/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2377304C2 (ru
Inventor
Мари-Элен БЛОНДЕЛЕ-РУО (FR)
Мари-Элен БЛОНДЕЛЕ-РУО
Элен ДОМИНГЕС (FR)
Элен ДОМИНГЕС
Эмманюэль ДАРБОН-РОНЖЕР (FR)
Эмманюэль ДАРБОН-РОНЖЕР
Клод ЖЕРБО (FR)
Клод ЖЕРБО
Анн ГОНДРАН (FR)
Анн ГОНДРАН
Фатма КАРРАЙ (FR)
Фатма КАРРАЙ
Патрисиа ЛАКРУА (FR)
Патрисиа ЛАКРУА
Натали ЭСТРЕШЕ-МЕРМЕ-БУВЬЕ (FR)
Натали ЭСТРЕШЕ-МЕРМЕ-БУВЬЕ
Жан-Люк ПЕРНОДЕ (FR)
Жан-Люк ПЕРНОДЕ
Карин ТЮФИЛЬ (FR)
Карин ТЮФИЛЬ
Original Assignee
Авентис Фарма С.А. (Fr)
Авентис Фарма С.А.
Снрс (Fr)
Снрс
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from FR0212489A external-priority patent/FR2845394A1/fr
Priority claimed from FR0302439A external-priority patent/FR2851773A1/fr
Application filed by Авентис Фарма С.А. (Fr), Авентис Фарма С.А., Снрс (Fr), Снрс filed Critical Авентис Фарма С.А. (Fr)
Publication of RU2005113874A publication Critical patent/RU2005113874A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2377304C2 publication Critical patent/RU2377304C2/ru

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/36Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Actinomyces; from Streptomyces (G)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/44Preparation of O-glycosides, e.g. glucosides
    • C12P19/60Preparation of O-glycosides, e.g. glucosides having an oxygen of the saccharide radical directly bound to a non-saccharide heterocyclic ring or a condensed ring system containing a non-saccharide heterocyclic ring, e.g. coumermycin, novobiocin
    • C12P19/62Preparation of O-glycosides, e.g. glucosides having an oxygen of the saccharide radical directly bound to a non-saccharide heterocyclic ring or a condensed ring system containing a non-saccharide heterocyclic ring, e.g. coumermycin, novobiocin the hetero ring having eight or more ring members and only oxygen as ring hetero atoms, e.g. erythromycin, spiramycin, nystatin

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Claims (95)

1. Полинуклеотид, кодирующий полипептид, участвующий в биосинтезе спирамицинов, отличающийся тем, что последовательность вышеуказанного полинуклеотида представляет собой
(а) одну из последовательностей SEQ ID №3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 28, 30, 34, 36, 40, 43, 45, 47, 49, 53, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 107, 109, 111, 113, 115, 118, 120, 141, 143, 145, 147 и 149;
(b) одну из последовательностей, образованных вариантами последовательностей (а);
(с) одну из последовательностей, являющихся производными последовательностей (а) и (b) в соответствии с вырожденностью генетического кода.
2. Полинуклеотид, гибридизующийся в условиях высокой жесткости по меньшей мере с одним из полинуклеотидов по п.1.
3. Полинуклеотид, обладающий по меньшей мере 70%, 80%, 85%, 90%, 95% или 98% идентичности по нуклеотидам с полинуклеотидом, включающим по меньшей мере 10, 12, 15, 18, 20-25, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, 1500, 1550, 1600, 1650, 1700, 1750, 1800, 1850 или 1900 последовательных нуклеотидов полинуклеотида по п.1.
4. Полинуклеотид по п.2, отличающийся тем, что он выделен из бактерии рода Streptomyces.
5. Полинуклеотид по п.4, отличающийся тем, что он кодирует протеин, участвующий в биосинтезе макролида.
6. Полинуклеотид по пп.2, 3, 4 или 5, отличающийся тем, что он кодирует протеин, обладающий активностью, подобной протеину, кодируемому полинуклеотидом, с которым он гибридизуется или обладает идентичностью.
7. Полипептид, образующийся в результате экспрессии полинуклеотида по п.1.
8. Полипептид, участвующий в биосинтезе спирамицинов, отличающийся тем, что последовательность вышеуказанного полипептида представляет собой
(а) одну из последовательностей SEQ ID №4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 27, 29, 31, 32, 33, 35, 37, 38, 39, 41, 42, 44, 46, 48, 50, 51, 52, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 108, 110, 112, 114, 116, 117, 119, 121, 142, 144, 146, 148 и 150;
(b) одну из последовательностей, таких, как указанные в п.(а), за исключением того, что по всей длине вышеуказанной последовательности одна или несколько аминокислот заменены, встроены или подвергнуты делеции без затрагивания функциональных свойств;
(с) одну из последовательностей, образованных вариантами последовательностей (а) и (b).
9. Полипептид, обладающий по меньшей мере 70%, 80%, 85%, 90%, 95% или 98% идентичности по аминокислотам с полипептидом, включающим по меньшей мере 10, 15, 20, 30-40, 50, 60, 70, 80, 90,100, 120, 140, 160, 180, 200, 220, 240, 260, 280, 300, 320, 340, 360, 380, 400, 420, 440, 460, 480, 500, 520, 540, 560, 580, 600, 620 или 640 последовательных аминокислот полипептида по п.8.
10. Полипептид по п.9, отличающийся тем, что он выделен из бактерии рода Streptomyces.
11. Полипептид по п.10, отличающийся тем, что он кодирует протеин, участвующий в биосинтезе макролида.
12. Полипептид по п.9, отличающийся тем, что он обладает активностью, подобной активности полипептида, с которым он имеет идентичность.
13. Рекомбинантная ДНК, отличающаяся тем, что она включает по меньшей мере один полинуклеотид по любому из п.1.
14. Рекомбинантная ДНК по п.13, отличающаяся тем, что указанная рекомбинантная ДНК встроена в вектор.
15. Рекомбинантная ДНК по п.14, отличающаяся тем, что вышеуказанный вектор выбирают среди бактериофагов, плазмид, фагемид, интегрирующих векторов, фосмид, космид, шаттл-векторов, ВАС или РАС.
16. Рекомбинантная ДНК по п.15, отличающаяся тем, что ее выбирают из pOS49.1, pOS49.11, pOS49.12, pOS49.14, pOS49.16, pOS49.28, pOS44.1, pOS49.2, pOS44.4, pSPM5, pSPM7, pOS49.67, pOS49.88, pOS49.106, pOS49.120, pOS49.107, pOS49.32, pOS49.43, pOS49.44, pOS49.50, pOS49.99, pSPM17, pSPM21, pSPM502, pSPM504, pSPM507, pSPM508, pSPM509, pSPM1, pBXL1111, pBXL1112, pBXL1113, pSPM520, pSPM521, pSPM522, pSPM523, pSPM524, pSPM525, pSPM527, pSPM528, pSPM34, pSPM35, pSPM36, pSPM37, pSPM38, pSPM39, pSPM40, pSPM41, pSPM42, pSPM43, pSPM44, pSPM45, pSPM47, pSPM48, pSPM50, pSPM51, pSPM52, pSPM53, pSPM55, pSPM56, pSPM58, pSPM72, pSPM73, pSPM515, pSPM519, pSPM74, pSPM75, pSPM79, pSPM83, pSPM107, pSPM543 и pSPM106.
17. Экспрессионный вектор, отличающийся тем, что он включает по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид по п.7 или 8.
18. Экспрессионная система, включающая соответствующий экспрессирующий вектор и клетку-хозяина, позволяющая осуществлять экспрессию одного или нескольких полипептидов по п.7 или 8.
19. Экспрессионная система по п.18, отличающаяся тем, что ее выбирают из прокариотных экспрессионных систем или эукариотных экспрессионных систем.
20. Экспрессионная система по п.19, отличающаяся тем, что ее выбирают из экспрессионных систем бактерии E. coli, бакуловирусных экспрессионных систем, позволяющих осуществлять экспрессию в клетках насекомых, экспрессионных систем, позволяющих осуществлять экспрессию в дрожжевых клетках, экспрессионных систем, позволяющих осуществлять экспрессию в клетках млекопитающих.
21. Клетка-хозяин, в которую введен по меньшей мере один полинуклеотид и/или по меньшей мере одна рекомбинантная ДНК и/или по меньшей мере один экспрессирующий вектор по п.1.
22. Способ продуцирования полипептида по п.7 или 8, отличающийся тем, что вышеуказанный способ включает следующие стадии:
а) инсерция по меньшей мере одной нуклеиновой кислоты, кодирующей вышеуказанный полипептид, в соответствующий вектор;
b) культивирование, на соответствующей культуральной среде, клетки-хозяина, предварительно трансформированной или трансфицированной вектором со стадии а);
с) рекуперация кондиционированной культуральной среды или клеточного экстракта;
d) выделение и очистка из вышеуказанной культуральной среды или из клеточного экстракта, полученной(ного) на стадии с), вышеуказанного полипептида;
е) в случае необходимости, охарактеризовывание продуцированного рекомбинантного полипептида.
23. Микроорганизм, блокируемый на стадии пути биосинтеза по меньшей мере одного макролида.
24. Микроорганизм по п.23, отличающийся тем, что его получают путем инактивации функции по меньшей мере одного протеина, участвующего в биосинтезе этого или этих макролидов в микроорганизме, являющемся продуцентом этого или этих макролидов.
25. Микроорганизм по п.24, отличающийся тем, что инактивацию этого или этих протеинов осуществляют путем мутагенеза в гене или генах, кодирующих вышеуказанный или вышеуказанные протеины, или путем экспрессии одной или нескольких антисмысловых РНК, комплементарных матричной РНК или матричным РНК, кодирующим вышеуказанный или вышеуказанные протеины.
26. Микроорганизм по п.25, отличающийся тем, что инактивацию этого или этих протеинов осуществляют за счет мутагенеза путем облучения, путем воздействия мутагенного химического агента, путем направленного мутагенеза или путем замены гена.
27. Микроорганизм по п.25, отличающийся тем, что мутагенез или мутагенезы осуществляют in vitro или in situ путем супрессии, замены, делеции и/или инсерции одного или нескольких оснований в случае рассматриваемого гена или рассматриваемых генов или путем генной инактивации.
28. Микроорганизм по п.23, отличающийся тем, что вышеуказанным микроорганизмом является бактерия рода Streptomyces.
29. Микроорганизм по п.28, отличающийся тем, что макролидом является спирамицин.
30. Микроорганизм по п.28, отличающийся тем, что вышеуказанным микроорганизмом является штамм S. ambofaciens.
31. Микроорганизм по п.23, отличающийся тем, что мутагенез осуществляют по меньшей мере в гене, включающем последовательность по п.1.
32. Микроорганизм по п.25, отличающийся тем, что мутагенез осуществляют в одном или нескольких генах, включающих одну из последовательностей, соответствующих одной или нескольким последовательностям SEQ ID №3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 28, 30, 34, 36, 40, 43, 45, 47, 49, 53, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 107, 109, 111, 113, 115, 118, 120, 141, 143, 145, 147 и 149.
33. Микроорганизм по п.32, отличающийся тем, что мутагенез состоит в генной инактивации гена, включающего последовательность, соответствующую последовательности SEQ ID №13.
34. Штамм Streptomyces ambofaciens, отличающийся тем, что он представляет собой штамм, выбираемый из одного из штаммов, депонированных в Национальной коллекции культур микроорганизмов (CNCM) 10 июля 2002 г. под регистрационным номером I-2909, I-2911, I-2912, I-2913, I-2914, I-2915, I-2916 или I-2917; штамма SPM510.
35. Способ получения медиатора биосинтеза макролида, отличающийся тем, что он включает следующие стадии:
а) культивирование, на соответствующей культуральной среде, микроорганизма по любому из пп.23-33 или 34;
b) рекуперация кондиционированной культуральной среды или клеточного экстракта;
с) выделение и очистка из вышеуказанной культуральной среды или из клеточного экстракта, полученной(ного) на стадии b), вышеуказанного медиатора биосинтеза.
36. Способ получения молекулы, происходящей от макролида, отличающийся тем, что получают медиатор биосинтеза согласно способу по п.35 и модифицируют таким образом продуцированный медиатор.
37. Способ получения по п.36, отличающийся тем, что вышеуказанный медиатор модифицируют химическим, биохимическим, ферментативным и/или микробиологическим способом.
38. Способ получения по п.37, отличающийся тем, что в вышеуказанный микроорганизм вводят один или несколько генов, кодирующих протеины, способные модифицировать медиатор, используя его в качестве субстрата.
39. Способ получения по п.36, отличающийся тем, что макролидом является спирамицин.
40. Способ получения по п.36, отличающийся тем, что используемым микроорганизмом является штамм S. ambofaciens.
41. Микроорганизм, продуцирующий спирамицин I, но не продуцирующий спирамицинов II и III.
42. Микроорганизм по п.41, отличающийся тем, что он включает совокупность генов, необходимых в биосинтезе спирамицина I, однако, ген, включающий последовательность SEQ ID №13 или один из ее вариантов или одну из последовательностей, являющихся их вариантом в соответствии с вырожденностью генетического кода, и кодирующий полипептид, соответствующий последовательности SEQ ID №14 или одному из ее вариантов, не экспрессирован или инактивирован.
43. Микроорганизм по п.42, отличающийся тем, что указанную инактивацию осуществляют путем мутагенеза в гене, кодирующем вышеуказанный протеин, или путем экспрессии антисмысловой РНК, комплементарной мРНК, кодирующей вышеуказанный протеин.
44. Микроорганизм по п.43, отличающийся тем, что указанный мутагенез осуществляют в промоторе этого гена, в кодирующей последовательности или некодирующей последовательности с целью инактивации кодируемого протеина или предотвращения его экспрессии или его трансляции.
45. Микроорганизм по п.44, отличающийся тем, что мутагенез осуществляют путем облучения, путем воздействия мутагенного химического агента, путем направленного мутагенеза или путем замены гена.
46. Микроорганизм по п.45, отличающийся тем, что мутагенез осуществляют in vitro или in situ путем супрессии, замены, делеции и/или инсерции одного или нескольких оснований в случае рассматриваемого гена или путем генной инактивации.
47. Микроорганизм по п.41 или 42, отличающийся тем, что вышеуказанный микроорганизм получают за счет экспрессии генов пути биосинтеза спирамицина, причем они не включают ген, содержащий последовательность, соответствующую SEQ ID №13, или один из ее вариантов или одну из последовательностей, являющихся их производной в соответствии с вырожденностью генетического кода, и кодирующий полипептид, соответствующий последовательности SEQ ID №14 или одному из ее вариантов.
48. Микроорганизм по п.41, отличающийся тем, что вышеуказанным микроорганизмом является бактерия рода Streptomyces.
49. Микроорганизм по п.48, отличающийся тем, что вышеуказанный микроорганизм получают из исходного штамма, продуцирующего спирамицины I, II и III.
50. Микроорганизм по п.49, отличающийся тем, что его получают путем мутагенеза в гене, включающем последовательность, соответствующую SEQ ID №13, или один из ее вариантов или одну из последовательностей, являющихся их вариантами в соответствии с вырожденностью генетического кода, и кодирующем полипептид, соответствующий последовательности SEQ ID №14 или одному из ее вариантов, обладающему такой же функцией.
51. Микроорганизм по п.50, отличающийся тем, что вышеуказанный микроорганизм получают из штамма S. ambofaciens, продуцирующего спирамицины I, II и III, в котором осуществляют генную инактивацию гена, включающего последовательность, соответствующую SEQ ID №13, или одну из последовательностей, являющихся ее производными в соответствии с вырожденностью генетического кода.
52. Штамм S. ambofaciens, отличающийся тем, что он представляет собой штамм, депонированный в Национальной коллекции культур микроорганизмов (CNCM) 10 июля 2002 г. под регистрационным номером I-2910.
53. Способ продуцирования спирамицина I, отличающийся тем, что он включает следующие стадии:
(а) культивирование, на соответствующей культуральной среде, микроорганизма по любому из пп.41-52;
(b) рекуперация кондиционированной культуральной среды или клеточного экстракта;
(с) выделение и очистка из вышеуказанной культуральной среды или из клеточного экстракта, полученной(ного) на стадии (b), спирамицина I.
54. Применение полинуклеотида по п.1 для повышения продуцирования макролидов микроорганизмом.
55. Мутантный микроорганизм, являющийся продуцентом макролида, отличающийся тем, что он имеет генетическую модификацию по меньшей мере в одном гене, включающем последовательность по п.1 и/или что он суперэкпрессирует по меньшей мере один ген, включающий последовательность по п.1.
56. Мутантный микроорганизм по п.55, отличающийся тем, что генетическая модификация состоит в супрессии, замене, делеции и/или инсерции одного или нескольких оснований в случае рассматриваемого гена или рассматриваемых генов с целью экспрессирования одного или нескольких протеинов, обладающих высшей активностью, или экспрессирования на более высоком уровне этого или этих протеинов.
57. Мутантный микроорганизм по п.55, отличающийся тем, что суперэкспрессии рассматриваемого гена достигают за счет увеличения числа копий этого гена и/или за счет введения более активного промотора, чем промотор дикого типа.
58. Мутантный микроорганизм по п.55 или 57, отличающийся тем, что суперэкспрессии рассматриваемого гена достигают за счет трансформации микроорганизма, являющегося продуцентом макролида, с помощью конструкции рекомбинантной ДНК по п.13, позволяющей осуществлять сверхпродуцирование этого гена.
59. Мутантный микроорганизм по п.55, отличающийся тем, что генетическую модификацию осуществляют в одном или нескольких генах, включающих одну из последовательностей, соответствующих одной или нескольким последовательностям SEQ ID №3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 28, 30, 34, 36, 40, 43, 45, 47, 49, 53, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 107, 109, 111, 113, 115, 118, 120, 141, 143, 145, 147 и 149, или один из ее вариантов или одну из последовательностей, являющихся их производными в соответствии с вырожденностью генетического кода.
60. Мутантный микроорганизм по п.55, отличающийся тем, что микроорганизм суперэкспрессирует один или несколько генов, включающих одну из последовательностей, соответствующих одной или нескольким последовательностям SEQ ID №3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 28, 30, 34, 36, 40, 43, 45, 47, 49, 53, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 107, 109, 111, 113, 115, 118, 120, 141, 143, 145, 147 и 149, или один из ее вариантов или одну из последовательностей, являющихся их производными в соответствии с вырожденностью генетического кода.
61. Мутантный микроорганизм по п.55, отличающийся тем, что вышеуказанным микроорганизмом является бактерия рода Streptomyces.
62. Мутантный микроорганизм по п.55, отличающийся тем, что макролидом является спирамицин.
63. Мутантный микроорганизм по п.61, отличающийся тем, что вышеуказанным микроорганизмом является штамм S. ambofaciens.
64. Способ продуцирования макролидов, отличающийся тем, что он включает следующие стадии:
(а) культивирование, на соответствующей культуральной среде, микроорганизма по любому из пп.55-62, или 63;
(b) рекуперация кондиционированной культуральной среды или клеточного экстракта;
(с) выделение и очистка из вышеуказанной культуральной среды или из клеточного экстракта, полученной(ного) на стадии (b), вышеуказанного продуцированного макролида или вышеуказанных продуцированных макролидов.
65. Применение последовательности и/или рекомбинантной ДНК и/или вектора по п.1 для получения гибридных антибиотиков.
66. Применение по меньшей мере одного полинуклеотида и/или по меньшей мере одной рекомбинантной ДНК и/или по меньшей мере одного экспрессирующего вектора и/или по меньшей мере одного полипептида и/или по меньшей мере одной клетки-хозяина по п.1 для осуществления одной или нескольких биоконверсий.
67. Полинуклеотид, отличающийся тем, что он является полинуклеотидом, комплементарным одному из полинуклеотидов по п.1.
68. Микроорганизм, являющийся продуцентом по меньшей мере одного спирамицина, отличающийся тем, что он суперэкспрессирует:
ген, который может быть получен за счет амплификации путем полимеразной цепной реакции (PCR)при использовании пары праймеров, имеющих следующие последовательности:
5' AAGCTTGTGTGCCCGGTGTACCTGGGGAGC 3' (SEQ ID №138) и
5' GGATCCCGCGACGGACACGACCGCCGCGCA 3' (SEQ ID №139),
и, в качестве матрицы, космиды pSPM36 или полной ДНК Streptomyces ambofaciens;
или ген, являющийся его производным в соответствии с вырожденностью генетического кода.
69. Микроорганизм по п.68, отличающийся тем, что он представляет собой бактерию рода Streptomyces.
70. Микроорганизм по п.69, отличающийся тем, что представляет собой бактерию вида Streptomyces ambofaciens.
71. Микроорганизм по п.68, отличающийся тем, что суперэкспрессии вышеуказанного гена достигают путем трансформации вышеуказанного микроорганизма экспрессирующим вектором.
72. Штамм Streptomyces ambofaciens, отличающийся тем, что он является штаммом OSC2/pSPM75(1) или штаммом OSC2/pSPM75(2), депонированным в Национальной коллекции культур микроорганизмов (CNCM), Институт Пастера, 25, rue du Docteur Roux, 75724 Париж, Cedex 15, Франция, 6 октября 2003 г. под регистрационным номером I-3101.
73. Рекомбинантная ДНК, отличающаяся тем, что она включает:
полинуклеотид, который может быть получен за счет амплификации путем полимеразной цепной реакции при использовании пары праймеров, имеющих следующие последовательности:
5' AAGCTTGTGTGCCCGGTGTACCTGGGGAGC 3' (SEQ ID №138) и
5' GGATCCCGCGACGGACACGACCGCCGCGCA 3' (SEQ ID №139),
и, в качестве матрицы, космиды pSPM36 или полной ДНК Streptomyces ambofaciens;
или фрагмент, включающий по меньшей мере 10, 12, 15, 18, 20-25, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1050, 1100, 1150, 1200, 1250, 1300, 1350, 1400, 1450, 1460, 1470, 1480, 1490 или 1500 последовательных нуклеотидов этого полинуклеотида.
74. Рекомбинантная ДНК по п.73, отличающаяся тем, что представляет собой вектор.
75. Рекомбинантная ДНК по п.74, отличающаяся тем, что представляет собой экспрессирующий вектор.
76. Клетка-хозяин, в которую введена по меньшей мере одна рекомбинантная ДНК по п.73.
77. Способ продуцирования полипептида, отличающийся тем, что вышеуказанный способ включает следующие стадии:
а) трансформация клетки-хозяина с помощью по меньшей мере одного экспрессирующего вектора по п.75;
b) культивирование, на соответствующей культуральной среде, вышеуказанной клетки-хозяина;
с) рекуперация кондиционированной культуральной среды или клеточного экстракта;
d) выделение и очистка из вышеуказанной культуральной среды или из клеточного экстракта, полученной(ного) на стадии с), вышеуказанного полипептида;
е) в случае необходимости, охарактеризовывание продуцированного рекомбинантного полипептида.
78. Микроорганизм по п.51, отличающийся тем, что генную инактивацию осуществляют путем делеции полноразмерного гена или части гена, включающего последовательность, соответствующую SEQ ID №13, или одну из последовательностей, являющихся ее производными в соответствии с вырожденностью генетического кода.
79. Микроорганизм по любому из п.41 или 42, отличающийся тем, что он, кроме того, суперэкспрессирует:
ген, который может быть получен за счет амплификации путем полимеразной цепной реакции при использовании пары праймеров, имеющих следующие последовательности:
5' AAGCTTGTGTGCCCGGTGTACCTGGGGAGC 3' (SEQ ID №138) и
5' GGATCCCGCGACGGACACGACCGCCGCGCA 3' (SEQ ID №139),
и, в качестве матрицы, космиды pSPM36 или полной ДНК Streptomyces ambofaciens;
или ген, являющийся его производным в соответствии с вырожденностью генетического кода.
80. Экспрессирующий вектор, отличающийся тем, что полинуклеотид, соответствующий последовательности SEQ ID №47, или полинуклеотид, являющийся его производным в соответствии с вырожденностью генетического кода, находится под контролем промотора, позволяющего осуществлять экспрессию протеина, кодируемого указанным полинуклеотидом, в Streptomyces ambofaciens.
81. Экспрессирующий вектор по п.80, отличающийся тем, что он представляет собой плазмиду pSPM524 или pSPM525.
82. Штамм Streptomyces ambofaciens, трансформированный вектором по п.80.
83. Штамм Streptomyces ambofaciens, трансформированный вектором по п.81.
84. Микроорганизм по п.41, отличающийся тем, что он, кроме того, суперэкспрессирует ген, соответствующий кодирующей последовательности SEQ ID №47 или кодирующей последовательности, являющейся ее производной в соответствии с вырожденностью генетического кода.
85. Микроорганизм по п.42, отличающийся тем, что он, кроме того, суперэкспрессирует ген, соответствующий кодирующей последовательности SEQ ID №47 или кодирующей последовательности, являющейся ее производной в соответствии с вырожденностью генетического кода.
86. Микроорганизм по п.84, отличающийся тем, что он является штаммом SPM502 pSPM525, депонированным в Национальной коллекции культур микроорганизмов (CNCM), Институт Пастера, 25, rue du Docteur Roux, 75724 Париж, Cedex 15, Франция, 26 февраля 2003 г. под регистрационным номером I-2977.
87. Способ продуцирования спирамицина (спирамицинов), отличающийся тем, что он включает следующие стадии:
(а) культивирование, на соответствующей культуральной среде, микроорганизма по любому из пп.68, 72, 78, 79, 82-85, 92 или 94;
(b) рекуперация кондиционированной культуральной среды или клеточного экстракта;
(с) выделение и очистка из вышеуказанной культуральной среды или из клеточного экстракта, полученной(ного) на стадии (b), спирамицинов.
88. Полипептид, отличающийся тем, что его последовательность включает последовательность SEQ ID №112 или последовательность SEQ ID №142.
89. Полипептид, отличающийся тем, что его последовательность соответствует последовательности, выражаемой кодирующей последовательностью:
гена, который может быть получен за счет амплификации путем полимеразной цепной реакции (PCR) при использовании пары праймеров, имеющих следующие последовательности:
5' AAGCTTGTGTGCCCGGTGTACCTGGGGAGC 3' (SEQ ID №138) и
5' GGATCCCGCGACGGACACGACCGCCGCGCA 3' (SEQ ID №139),
и, в качестве матрицы, космиды pSPM36 или полной ДНК Streptomyces ambofaciens;
или гена, являющегося его производным в соответствии с вырожденностью генетического кода.
90. Экспрессирующий вектор, позволяющий осуществлять экспрессию полипептида по пп.88, 89 или 95 в Streptomyces ambofaciens.
91. Экспрессирующий вектор по п.90, отличающийся тем, что он является плазмидой pSPM75.
92. Микроорганизм по п.68, отличающийся тем, что геном, который может быть получен за счет амплификации путем полимеразной цепной реакции, является ген, соответствующий кодирующей последовательности SEQ ID №141, или ген, являющийся его производным в соответствии с вырожденностью генетического кода.
93. Рекомбинантная ДНК по п.73, отличающаяся тем, что полинуклеотидом, который может быть получен за счет амплификации путем полимеразной цепной реакции, является полинуклеотид, сответствующий последовательности SEQ ID №141.
94. Микроорганизм по п.79, отличающийся тем, что геном, который может быть получен за счет амплификации путем полимеразной цепной реакции, является ген, соответствующий кодирующей последовательности SEQ ID №141, или ген, являющийся его производным в соответствии с вырожденностью генетического кода.
95. Полипептид, отличающийся тем, что его последовательностью является SEQ ID №142.
RU2005113874/13A 2002-10-08 2003-10-08 Полинуклеотид, кодирующий ацилтрансферазу, отвечающую за модификацию платенолида в положении 3 (варианты), полипептид, представляющий собой ацилтрансферазу, отвечающую за модификацию платенолида в положении 3 (варианты), бактериальный экспрессионный вектор (варианты), бактериальная экспрессионная система, бактериальная клетка-хозяин, способ продуцирования полипептида, штамм streptomyces ambofaciens, применение полинуклеотида (варианты), клетка бактерии streptomyces ambofaciens, клетка-хозяин streptomyces ambofaciens и способ получения полипептида RU2377304C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR0212489 2002-10-08
FR0212489A FR2845394A1 (fr) 2002-10-08 2002-10-08 Polypeptides impliques dans la biosynthese des spiramycines, sequences nucleotidiques codant ces polypeptides et leurs applications
FR0302439 2003-02-27
FR0302439A FR2851773A1 (fr) 2003-02-27 2003-02-27 Polypeptides impliques dans la biosynthese des spiramycines, sequences nucleotidiques codant ces polypeptides et leurs applications
US60/493,490 2003-08-07

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2005113874A true RU2005113874A (ru) 2006-02-27
RU2377304C2 RU2377304C2 (ru) 2009-12-27

Family

ID=36114221

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2005113874/13A RU2377304C2 (ru) 2002-10-08 2003-10-08 Полинуклеотид, кодирующий ацилтрансферазу, отвечающую за модификацию платенолида в положении 3 (варианты), полипептид, представляющий собой ацилтрансферазу, отвечающую за модификацию платенолида в положении 3 (варианты), бактериальный экспрессионный вектор (варианты), бактериальная экспрессионная система, бактериальная клетка-хозяин, способ продуцирования полипептида, штамм streptomyces ambofaciens, применение полинуклеотида (варианты), клетка бактерии streptomyces ambofaciens, клетка-хозяин streptomyces ambofaciens и способ получения полипептида

Country Status (5)

Country Link
US (1) US7579167B2 (ru)
DK (1) DK1905833T3 (ru)
ES (1) ES2552912T3 (ru)
HU (1) HUE026468T2 (ru)
RU (1) RU2377304C2 (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101914482B (zh) * 2010-07-23 2012-07-04 中国医学科学院医药生物技术研究所 一株异戊酰螺旋霉素i组分高含量、高产量基因工程菌
EP3325616A1 (en) 2015-07-24 2018-05-30 Novozymes, Inc. Polypeptides having arabinofuranosidase activity and polynucleotides encoding same
CN116333950A (zh) * 2022-08-24 2023-06-27 武汉大学 高产洋橄榄叶素的基因工程菌及其构建方法与应用

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5068189A (en) 1988-05-13 1991-11-26 Eli Lilly And Company Recombinant dna vectors encoding a 4"-o-isovaleryl acylase derived from a carbomycin biosynthetic gene, designated care, for use in streptomyces and other organisms
JP2749616B2 (ja) * 1988-05-24 1998-05-13 メルシャン株式会社 マクロライド抗生物質の4”位アシル化酵素をコードする遺伝子
US5098837A (en) * 1988-06-07 1992-03-24 Eli Lilly And Company Macrolide biosynthetic genes for use in streptomyces and other organisms
CZ289014B6 (cs) * 1989-09-27 2001-10-17 Dsm N. V. Vyčiątěná a izolovaná sekvence DNA kódující fungální fytázu, konstrukt pro expresi, vektory a transformované hostitelské buňky a způsob produkce fytázy
US5322937A (en) * 1990-06-01 1994-06-21 Mercian Corporation Genes encoding a 3-acylation enzyme for macrolide antibiotics
US5514544A (en) 1991-07-26 1996-05-07 Eli Lilly And Company Activator gene for macrolide biosynthesis
CA2197160C (en) 1996-02-22 2007-05-01 Stanley Gene Burgett Platenolide synthase gene
CA2197524A1 (en) 1996-02-22 1997-08-22 Bradley Stuart Dehoff Polyketide synthase genes
WO1999005283A2 (fr) 1997-07-25 1999-02-04 Hoechst Marion Roussel Genes de biosynthese et de transfert des 6-desoxyhexoses chez saccharopolyspora erythraea et chez streptomyces antibioticus et leur utilisation
CA2391131C (en) 2001-07-26 2004-10-12 Ecopia Biosciences Inc. Genes and proteins for rosaramicin biosynthesis

Also Published As

Publication number Publication date
DK1905833T3 (en) 2015-11-23
US20050202528A1 (en) 2005-09-15
HUE026468T2 (en) 2016-05-30
RU2377304C2 (ru) 2009-12-27
US7579167B2 (en) 2009-08-25
ES2552912T3 (es) 2015-12-03
HK1122330A1 (en) 2009-05-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11655464B2 (en) Alkaline protease mutant, and gene, engineered strain, preparation method and application thereof
KR102094875B1 (ko) 신규한 이소프로필말레이트 신타제 변이체 및 이를 이용한 l-류신의 생산 방법
CN101679490B (zh) 通过mRNA的稳定化提高目标产物的生产
US10633684B2 (en) Production of riboflavin
CN1831115B (zh) 嘌呤类物质产生菌及嘌呤类物质的制备方法
RU2000122755A (ru) Новые кодирующие нуклеотидные последовательности гена thre и способ ферментативного получения l-треонина с использованием коринебактерий
CN88100523A (zh) 生产酮古洛糖酸的方法
KR102617168B1 (ko) 쉬와넬라 오네이덴시스 유래 단백질을 발현하는 미생물, 및 이를 이용한 l-아미노산 생산 방법
CN113604445B (zh) 一种酪氨酸酶及其制备与应用
RU2221042C2 (ru) ПОЛИНУКЛЕОТИДНАЯ МОЛЕКУЛА, КОДИРУЮЩАЯ БЕЛОК-РЕГУЛЯТОР ВЫРАБОТКИ АВЕРМЕКТИНА В Streptomyces avermitilis (ВАРИАНТЫ), СОДЕРЖАЩИЕ ЕЕ ВЕКТОР КЛОНИРОВАНИЯ И ШТАММ; СПОСОБЫ СКРИНИНГА МУТАЦИИ В РЕГУЛЯТОРНОМ ГЕНЕ, ПОЛУЧЕНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКИ МОДИФИЦИРОВАННЫХ КЛЕТОК И ПОВЫШЕНИЯ СОДЕРЖАНИЯ АВЕРМЕКТИНОВ В КУЛЬТУРЕ
CN114107266B (zh) 耐热性提高的蛋白酶突变体及其编码基因和应用
RU2005113874A (ru) Полипептиды, участвующие в биосинтезе спирамицинов, нуклеотидные последовательности, кодирующие эти полипептиды, и их применения
JP6017514B2 (ja) 細胞内におけるdna増幅方法
KR101877120B1 (ko) 생물전환공정을 이용한 2'-데옥시시티딘의 제조방법
US20250002881A1 (en) Class ii, type v crispr systems
US7049097B2 (en) Antibiotics-independent vector for constant high-expression and method for gene expression using the same
KR102616694B1 (ko) 쉬와넬라 아틀란티카 유래 단백질을 발현하는 미생물, 및 이를 이용한 l-아미노산 생산 방법
JP2006501863A5 (ru)
EP3498727B1 (en) Microorganism having enhanced cellulose synthase gene stability and method of producing cellulose by using the same
CN119464346A (zh) 一种基于蔗糖致死基因的嗜盐菌质粒及其应用
US20110129894A1 (en) Secretion optimized microorganism
CN119685366A (zh) 提高红霉素产量的新方法
KR100629773B1 (ko) 대장균에서 발현가능한 guaA 유전자를 포함하는 벡터,이를 포함하는 에스케리키아 속 미생물, 및 상기 미생물을이용하여 5'-구아닐산 합성효소를 배지 중에축적시키는 방법
US20110165619A1 (en) Secretion Optimized Microorganism
JP5807866B2 (ja) プラスミドベクター