[go: up one dir, main page]

RU1794088C - Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени - Google Patents

Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени

Info

Publication number
RU1794088C
RU1794088C SU4919321A SU4919321A RU1794088C RU 1794088 C RU1794088 C RU 1794088C SU 4919321 A SU4919321 A SU 4919321A SU 4919321 A SU4919321 A SU 4919321A RU 1794088 C RU1794088 C RU 1794088C
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
matrix
duplexes
nucleotide sequence
dna
washing
Prior art date
Application number
SU4919321A
Other languages
English (en)
Inventor
Константин Радиевич Храпко
Александр Анатольевич Хорлин
Игорь Борисович Иванов
Геннадий Моисеевич Ершов
Юрий Петрович Лысов
Владимир Леонидович Флорентьев
Андрей Дарьевич Мирзабеков
Original Assignee
Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср filed Critical Институт Молекулярной Биологии Ан@ Ссср
Priority to SU4919321A priority Critical patent/RU1794088C/ru
Priority to EP92907951A priority patent/EP0535242B1/en
Priority to US07/949,541 priority patent/US5552270A/en
Priority to JP4507532A priority patent/JPH06507486A/ja
Priority to PCT/RU1992/000052 priority patent/WO1992016655A1/ru
Priority to AT92907951T priority patent/ATE157706T1/de
Priority to DE69221980T priority patent/DE69221980T2/de
Application granted granted Critical
Publication of RU1794088C publication Critical patent/RU1794088C/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0046—Sequential or parallel reactions, e.g. for the synthesis of polypeptides or polynucleotides; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making molecular arrays
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00497—Features relating to the solid phase supports
    • B01J2219/00527—Sheets
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/0059—Sequential processes
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00596—Solid-phase processes
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00612—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports the surface being inorganic
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00614—Delimitation of the attachment areas
    • B01J2219/00621—Delimitation of the attachment areas by physical means, e.g. trenches, raised areas
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00605—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being directly bound or immobilised to solid supports
    • B01J2219/00623—Immobilisation or binding
    • B01J2219/00626—Covalent
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00639—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium
    • B01J2219/00641—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium the porous medium being continuous, e.g. porous oxide substrates
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00639—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium
    • B01J2219/00644—Making arrays on substantially continuous surfaces the compounds being trapped in or bound to a porous medium the porous medium being present in discrete locations, e.g. gel pads
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00659—Two-dimensional arrays
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00718—Type of compounds synthesised
    • B01J2219/0072—Organic compounds
    • B01J2219/00722—Nucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
    • Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
    • Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

Использование: молекул рна  биологи , в частности определение последовательности нуклеотидов в ДНК методом гибридизации . Сущность изобретени : на стекл нной подложке формируют матрицу из гел -носител , нанос т набор нуклеотидов, провод т гибридизацию с меченной тестируемой ДНК, гибридизацию и отмывку провод т при одинаковой температуре и определ ют одиночные замены оснований в тестируемой ДНК по анализу распределени  метки. Устройство дл  осуществлени  способа представл ет собой стекл нную подложку и матрицу, представл ющую собой одинаковые участки гел  толщиной 10-30 мкм с наибольшей длиной 25-100 мкм с рассто нием между участками, равным удвоенной наибольшей длине. 2 с.п. ф-лы, 7 ил. 1 табл. ел

Description

Изобретение относитс  к молекул рной биологии, в частности к определению последовательности нуклеотидов в ДНК методом гибридизации,
Известен р д методов анализа нуклео- тидной последовательности и распознавани  одиночных замен оснований при помощи гибридизации.
Распространенными  вл ютс  методики , которые заключаютс  в том, что тестиру- емый фрагмент ДНК закрепл ют на мембране и гибридизуют с меченными оли- гонуклеотидами.
Наиболее близким к за вл емому  вл етс  способ и устройство дл  определени  нуклеотидной последовательности ДНК,
включающий синтез олигонуклеотидов длиной от 8 до 20 нуклеотидов на стекл нной подложке-носителе, проведение гибридизации с радиактивно или флуоресцентно меченной тестируемой ДНК, определение наличи  одиночных замен в исследуемой последовательности по анализу радиографического рисунка или интенсивности флуоресценции в отдельных точках.
Однако известный способ не обладает достаточно высокой чувствительностью, громоздок, так как требует в случае анализа даже фрагмента тестируемой ДНК проведе1- ни  р да последовательных гибридизаций и соответственно последовательного досин- тезировани  используемой матрицы олиго
ю
4 О 00 00
со
нуклеотидов с шагом в одну букву во всех точках, где гибридизаци  не дает однозначной информации о последовательности, при этом каждый раз выбор новых оптимальных условий гибридизации (температуры, концентраций реагентов и т.д.) требует дополнительных значительных затрат при том, что упом нутые операции плохо или вообще не поддаютс  автоматизации.
Целью изобретени   вл етс  повышение чувствительности, точности и воспроизводимости способа и устройства, упрощение определени  известных точечных мутаций в нуклеотидной последовательности, снижв ние затрат и возможность.автоматизации процессов,
Поставленна  цель в способе достигаетс  тем, что меченную тестируемую ДНК гибридизуют со всем набором олигонуклео- тидных проб, иммобилизованных в  чейки гел -носител , нанесенного на подложку, гибридизацию и отмывку провод т при одинаковой температуре,
Поставленна  цель в устройстве достигаетс  тем, что матрица представл ет собой одинаковые участки гел  толщиной 10-3.0 мкм, наибольшей длиной 25-100 мкм и с .рассто нием между участками, равным удвоенной наибольшей длине.
Способ осуществл ют следующим образом .
Два предметных стекла, одно из которых предварительно обрабатывают Bind Silane, а другое - Repel Silane и покрывают тонким слоем TritonX-ЮО, устанавливают дистанционное помощью прокладок толщиной 10-30 м.км, образованный зазор в сэндвиче заполн ют гелеобразующим раствором и оставл ют до полного гелеоб- разовани , После этого верхнее стекло снимают . Стекло со слоем гел  обрабатывают 50%-ым раствором гидразина, подсушивают , часть гел  удал ют так, что на поверхности стекла остаютс  одинаковые участки- чейки гел  с наибольшей длиной 25-100 мкм и промежутками между ними, равными удвоенной наибольшей длине. .Полученную поверхность обрабатывают в течение 2-5 мин Repel Silane, промывают спиртом, затем бидистилл том и высушивают . Олигодезоксинуклеотиды, содержащие на 3 -конце 3-митилуридин, окисл ют 1 мМ периодатом натри  в течение 10 мин - 1 ч при комнатной температуре, осаждают 10-ю объемами 2%-го LiCICM в ацетоне и раствор ют в воде. Из необходимого набора в  чейки воздушно сухой матрицы нанос т одинаковые по объему микродозы окисленных олигонуклеотидов, причем в каждую  чейку строго одного типа. При этом их концентрации в микродозах различны и подобраны так, что соответствуют одинаковой оптимальной температуре гибридизации и плавлени  совершенных дуплексов, образованных иммобилизованными .олигонуклео- тидами с фрагментами ДНК. Гибридизацию флуоресцентно или радиоактивно меченных фрагментов тестируемой ДНК провод т при оптимальной температуре и влажности, нанос  ее на поверхность матрицы. Определ ют наличие одиночных замен в исследуемой последовательности по анализу радиографического рисунка или интенсивности флуоресценции в отдельных  чейках.
На фиг.1 представлено устройство в
разрезе (позици  а) и вид сверху (позици 
б); стекл нна  подложка 1,  чейки 2 гел , .
Способ по сн етс  следующим:
На фиг,2 - схема химических реакций
при иммобилизации олигонуклеотида в по- лиакриламидный гель-ПААГ; на фиг.З - кривые отмывки АТ-богатых (позици  а) и GC-богатых (позици  б) дуплексов (мисмат- чи выделены жирным шрифтом; М - матрица ); на фиг.4 - зависимость отмывки дуплекса (показан вверху рисунка; М - матрица ) от концентрации иммобилизованного олигонуклеотида. В п тне объемом 0,03 мм3 иммобилизовано 5 (1), 1,5(2), 0,5 (3) и 0,15 (4)
пмоль олигонуклеотида; на фиг.5 - уравни- ваниетемператур отмывки АТ-богатых и GC- богатых дуплексов путем подбора концентраций олигонуклеотидов, иммобилизованных в геле. (Структура дуплексов и
концентрации иммобилизованных олигонуклеотидов приведены на фиг,5 справа; М - матрица); на фиг.б - обнаружение мисмат- чей в дуплексах разного GC-состава на матрице с приведенными концентраци ми
иммобилизованных олигонуклеотидов. Гибридизацию и отмывку проводили при 35°С. Остаточна  радиоактивность приведена в процентах к уровню радиоактивности фрагмента ДНК, вз того дл  гибридизации; на
фиг.7 - гибридизаци  (позици  а) и отмывка (позици  б, в) флуоресцентно меченных фрагментов ДНК на гибридизационном чипе (1,4 - те же дуплексы, что и на фиг.З, позици  б). Размер квадратика 0,1 х 0,1 мм,
г-демонстраци  чувствительности метода:
 чейки 1, 2.и 3 содержат соответственно 1
фмоль, 100 амоль и 10 амоль тетраметилродаминового производного дезоксиуридина.
П р и м е р 1. Возможность использовани  гел  в качестве носител  в предлагае- .мом способе и устройстве подтверждаетс  следующим примером.
Олигонуклеотиды были синтезированы твердофазным фосфорамидитным методом
(сн тие защит проводили в насыщенном
водном растворе аммиака при 55°С в течение 12 ч) и очищены электрофорезом в ПА- АГ в денатурирующих услови х. Олигонуклеотиды метили Р(у PJATP и полинуклеотидкиназой Т4) по 5 -концу до специфической активности 3 мкКи/пмоль.
Из двух предметных стекол, одно из которых обработано Bind Silane, а другое - Repel Silane (LKB) и покрыто тонким слоем TritonX-ЮО, собирали сэндвич как дл  за- ливки плоских полиакрила мидных гелей с прокладкой толщиной 30 мкм. Сэндвич заполн ли раствором 8%-го акриламида, 30:1 N,N -метиленбисакриламида, персульфата аммони  и TEMED (как дл.  заливки ПААГ) и оставл ли дл  полимеризации на 1 ч. После полимеризации верхнее стекло снимали . Стекло со слоем полиакриламида обрабатывали в течение часа при комнатной температуре 50%-ным гидразином. Дл  формировани  матрицы часть гел  удал ли. Олигодезоксинуклеотиды, содержащие на 3 -конце 3-метилилуридин, окисл ли 1 мМ периодатом натри  в течение 1 ч при комнатной температуре, осаждали 10%-ю обь- емами 2%-го LJCI04 в ацетоне и раствор ли в воде. На воздушно сухую матрицу дл  иммобилизации с помощью микроманипул тора , снабженного дозатором с капилл рной насадкой, наносили капли по 0,5 мкл окисленного олигонуклеотида (в концентрации 10 пмоль/мкл, если не оговорено особо ), Пластинки помещали на А ч во влажную камеру, сушили 0,5 ч на открытом воздухе, промывали гибридизационным буфером (см. ниже), ополаскивали водой и хранили воздушно сухими при -20°С. Тонкие гели достаточно прочны и удобны в работе, позвол ют благодар  прозрачности определ ть интенсивность флуоресценции при помощи микроскопа. Суд  по изображени м то.зк иммобилизованных олигонуклео- тидов, гибридизованных с флуоресцентно мечеными фрагментами ДНК, олигонуклео- тиды иммобилизуютс  в виде компактного п тна площадью около 1 мм . Как правило, олигонуклеотиды иммобилизовали в  чейках квадратной матрицы, котора  в дальнейшем называетс  олигонуклеотидно.й матрицей.
В качестве линкера выбран 3-мети- луридин, присоединенный 5 -З1 -меж- нуклертидной фосфодиэфирной св зью к. иммобилизуемому олигонуклеотиду. Выбор 3-метилуридина определ лс  тем, что он не образует прочных водородных св зей ни с одним из природных оснований.
Окисление 3 -концевого рибонуклео- зида олигонуклеотида 1 Nal04 приводит к производному 2 несущему на 3 -конце диальдегидную группировку. С другой стороны , при обработке полиакриламида 3 гидразином часть амидных.групп замещаетс  нз гидразидные 4, которые легко реагируют с У -диальдегидом. При этом образуетс  относительно стабильное морфолиновое производное 5 (фиг.2).
Ход иммобилизации контролировали по 51 -32Р метке, введенной с помощью кина- зы в иммобилизуемые олигонуклеотиды. Выход иммобилизации, т.е. дол  олигонуклеотида , необратимо св завшегос  с гелем, 80%. При этом та же величина дл  неокисленного олигонуклеотида, использованного в качестве контрол  на неспецифическую сорбцию, составила менее 2%. Таким образом , дол  молекул, св занных специфически за 3 -конец, превышала 98%.
Св зь олигонуклеотида с полиакрила- мидом устойчива, и матрица выдерживает не менее 5-7 циклов гибридизации/отмывки без заметного изменени  гибридиэаци- онных свойств. Врем  полураспада св зи олигонуклеотид-гель при 60°С составл ет 2 ч, а при25°С-36ч,
Емкость носител  оценивали путем иммобилизации одного и того же количества 32Р-меченого олигонуклеотида, разбавленного немеченым до различной специфической активности. 100 пмоль холодного олигонуклеотида на точку (т.е. на 1 мм поверхности или 0,03 мм3 объема тел ) не на- сыщали св зывани . Аналогичные эксперименты с окисленным периодатом a показали, что емкость гел  составл ет около 1 нмоль на 1 мм поверхности гел . Это соответствует концентрации 30 мМ активных групп (концентраци  амидных групп в 8%-ном полиакриламиде составл ет 1 М).
П р и м е р 2, Гибридизаци  и дискриминаци  мисматчей в предлагаемом способе подтверждаетс  следующим примером.
.На подготовленной, как в примере 1, олигонуклеотидной матрице была проведена гибридизаци  четырех гептадекануклео- тмдов - сиквенсового праймера фага М13:5 -d(GTAAAACACGCCAGT) и трех его производных , отличающихс  одним основанием (подчеркнуто):
5 -d(GTAAAACGATGGCCAGT)
5 -d(CTAAAACGAAGGCCAGT)
5 -d(GTAAAACGACGGGCCAGT) с иммобилизованными в геле олигонуклео- тидами (длиной 7, 8, 9. 12 и 15 мономерных звеньев), полностью или частично комплементарными различным участкам гептаде- камеров.
Меченный фрагмент ДНК (0,1 мкКи, 30 фмоль). в 1 мкл буфера гибридизации (1 М
NaCI. 10 мМ фосфат, рН 7,0, 1 мМ EDTA) наносили на матрицу с иммобилизованными олигонуклеотидами так, что кажда  капл  гибрйдизационной смеси в точности покрывает точку иммобилизованного олиго- нуклеотида и инкубировали 1 ч при 0°С. Пластинку ополаскивали буфером гибридизации при 0°С, затем отмывали 10 раз по 1 мин 20 мл того же буфера при температуре, повышающейс  на 5°С на каждой ступени отмывки, После каждой ступени гибридиза- ционный сигнал регистрировали через свинцовый коллиматор в каждой точке счётчиком радиоактивности (Minlmonitor 125, Victoreen, США), снабженным сумматором импульсов.
Отношение остаточной радиоактивности к исходной в данной точке откладывали на графике в логарифмическом масштабе в зависимости от температуры. Соответствующую сглаженную кривую мы будем называть в дальнейшем кривой отмывки дуплекса (фиг;3).
В качестве меры стабильности дуплексов выбрали температуру отмывки (Tw), которую определили как температуру, при которой гибридизационный сигнал в соответствующей точке уменьшаетс  в 10 раз по отношению к исходному уровню. На фиг.З представлены кривые отмывки дуплексов, образованных праймером М13 или его аналогами с GC (фиг.З,а) и АТ-богатыми (фиг.З,б) октануклеотидами, иммобилизованными в геле, комплементарными двум различным участкам праймера М13, но образующими дефектные дуплексы с его производными (все дуплексы представлены на фиг.З). В дальнейшем 17-членные дезоксиолигонук- леотиды в отличие от иммобилизованных олигонуклеотидов мы будем называть фрагментами ДНК.
Кроме олигонуклеотидов, показанных на фиг.З, было исследовано значительное число 7-, 8-, 9-, 12- и 15-членников, полностью или частично комплементарных прай- меру М13, а также дуплексов, содержащих другие типы мисматчей. Данные по отмывке дуплексов гептадекадезоксинуклеотидов с иммобилизованными октадезоксинуклеоти- дами приведены в таблице.
Как видно из фиг.З и таблицы, почти всегда существует така  температура, при которой отношение гибридизационных сигналов полностью комплементарного и соот- ветствующего дефектного дуплекса достаточно велико (не менее 10 раз), чтобы надежно различить их. Исключение составл ют некоторые красные мисматчи, стабильность которых аномально высока, Однако этот факт ни в коей мере не ограничивает применимость предлагаемого способа . Действительно, при исследовании известных последовательностей (например, вы вление мутаций) всегда можно выбрать
такой иммобилизуемый олигонуклеотид, чтобы ожидаема  замена оснований оказалась внутри дуплекса. С другой стороны, при анализе неизвестной нуклеотидной последовательности (сиквенс ДНК) проблема
0 краевых мисматчей относительно легко решаетс  при обработке на ЭВМ результатов гибридизации фрагмента ДНК с полной олигонуклеотидной матрицей. Способ обладает большей устойчивостью за счет избыт5 ка информации (в случае гибридизации с октануклеотидами мы получаем 7-кратный избыток информации, причем любой нукле- отид фрагмента ДНК в шести случа х из восьми образует внутреннюю пару с иммо0 билизованным олигонуклеотидом и лишь в двух случа х - краевую).
Таким образом, сравнение кривых отмывки позвол ет различать полностью комплементарные и дефектные дуплексы и
5 таким образом обнаруживать одиночные замены оснований в ДНК.
Зависимость кривых отмывки дуплекса от объемной концентрации иммобилизованного олигонуклеотида в геле. Как видно из
0 фиг.4, Tw дуплекса сильно зависит от количества олигонуклеотида, иммобилизованного в п тне данного размера. Дл  исследованного интервала концентраций в
пределах экспериментальной ошибки тем5 пература отмывки дуплекса повышаетс  на
определенное число градусов при увеличе нии концентрации иммобилизованного олигонуклеотида в определенное число раз. Данное правило выполн етс  дл  всех исс0 ледованных дуплексов (на фиг.4 приведен один из многочисленных примеров).
Это позвол ет обнаруживать мисматчи в дуплексах разного GC-состава на одной пластинке. Как видно из фиг.З, показанные
5 там два иммобилизованных олигонуклеотида настолько различаютс  по GC-составу, что полностью комплементарный дуплекс АТ-богатого олигонуклеотида (фиг.З.а, крива  1) менее устойчив, чем дуплексы GC-бо0 гатого, содержащие мисматчи (фиг.36, кривые 2 и 3). Очевидно, что в такой ситуации гибридизаци  фрагмента ДНК с матрицей , на-которой иммобилизованы оба олигонуклеотида, при любой фиксирован5 ной тег.-песатуре не позвол ет узнать с точностью г.6 одного основани , имеютс  ли в данном фрагменте комплемента::мне им последовательности или нет.
Обнаруженна  нами зависимость Tw от концентрации иммобилизованного слигонуклеотида позвол ет решить проблему уравнивани  температур диссоциации дуплексов различного GC-соста ва наиболее простым и из щным способом . Как показано на фиг.5, кривые отмывки AT- и GC-бога- того дуплексов (A Tw 30°C при равных концентраци х) могут быть полностью совмещены путем подбора концентраций иммобилизованных олигонуклеотидов в соответствующих точках.
Можно совместить кривые отмывки дл  любого набора олигонуклеотидов и таким образом получить приведенную матрицу олигонуклеотидов. Температуры отмывки полностью комплементарных (совершенных ) дуплексов дл  всех точек такой матрицы близки между собой, что позвол ет с помощью всего одной отмывки при оптимальной температуре однозначно определить те точки матрицы, с которыми анализируемый фрагмент ДНК образовал совершенные дуплексы.
Дополнительное достоинство приведенной матрицы заключаетс  в том, что все ее точки можно не только отмывать, но и гибридизовать при той же оптимальной температуре , что существенно упрощает процедуру анализа. Гибридизаци  и отмывка при одной и той же оптимальной температуре увеличивает разрешение метода.
Указанный принцип проиллюстрирован в модельном эксперименте (фиг.6). Приведенную матрицу олигонуклеотидов (по три точки каждого из двух) гибридизовали и отмывали при 35°С. Соотношение остаточных сигналов однозначно показывает, в каких точках дуплексы были полностью комплементарными , несмотр  на то, что один из мисматчей - краевой GT, весьма устойчив,
П р и м е р 3. Повышение чувствительности , точности и воспроизводимости предлагаемого способа и устройства подтверждаетс  следующим примером.
Подготавливалась олигонуклеотидна  матрица, как в примере 1,
Дл  гибридизации были использованы фрагменты с флуоресцентной меткой тетраметилродамином-ТМР на 3 -конце, вводимой с помощью терминальной пол,- инуклеотидтрансферазы. Сравнение соответствующих кривых отмывки показало, что ТМР не вли ет на устойчивость дуплекса.
Использование флуоресцентной метки позволило проводить гибридизацию в микромасштабе . На фиг.7 представлены микрофотографии фрагмента микроматрицы, на которой октануклеотид 5 -d(GGCCGTCG) иммобилизован в квадратиках гел  со стороной 100 мкм. Такие микроматрицы мы будем называть гибридизационными чипами . Как видно на фиг.7. позици  а, гибридизаци  с таким чипом позвол ет весьма надежно детектировать замены отдельных оснований в последовательности (на фиг.7в 5 квадратик 1 правильный дуплекс квадратики 2, 3 и 4 дуплексы с мисматчами GA, GT и СС, соответственно).
Поскольку распределение флуоресцентной метки может быть измерено с очень
0 высокой чувствительностью и пространственным разрешением, например, при помощи микроскопа, то предел обнаружени  гибридизационного сигнала определ етс  только отношением сигнал/фон и не зави5 сит от размеров объекта, интенсивность флуоресценции которого измер етс . Следовательно , чувствительность обратно пропорциональна площади объекта, т.е.  чейки олигонуклеотидной матрицы в нашем слу0 чае. Действительно, миниатюризаци  матрицы позволила очень сильно повысить чувствительность способа. Так, квадратики, изображенные на фиг.7, позици  г, содержат соответственно Т фмоль, 100 амоль и 10
5 амоль тетраметилродаминового производного дезоксиуридина. При этом отношение сигнал/фон дл  квадратика гЗ равно 2, что достаточно дл  надежного определени  количества вещества.
0 Результаты модельных экспериментов, показывают принципиальную возможность анализа последовательности ДНК путем гибридизации со стандартным набором олигонуклеотидных проб, иммобилизован5 ных на одной пластинке (матрице). Метод позвол ет однозначно отличать правильные дуплексы от содержащих одну неправильную пару. Использование приведенных матриц делает практическую процедуру
0 простой и удобной. Применение, флуоресцентной метки существенно упрощает процесс считывани  информации. Наконец миниатюризаци  олигонуклеотидной матрицы , а в насто щее врем  получены чипы
5 с размером квадратиков гел  25 х 25 мкм, позволит не только экономить олигонуклео- тидный материал, что само по себе очень важно, но и автоматизировать как процедуру гибридизации и отмыв.ки, так и считыва0 ние и анализ информации.
Известно, что в мировой практике сто . имость определени  1-ой пары нуклеотидов составл ет 3-5 долларов. Основные
преимущества предлагаемого способа
5 (при соответствующей доработке известного аппаратурного обеспечени ) по сравнению с мировыми аналогами заключаетс  в более высокой производительности при более низкой стоимости .за счет использовани  микроколичеств реагентов, а так же
вследствие снижени  трудоемкости за счет возможности автоматизации всех процессов .
На известных мировых аналогах (к примеру, на модели секвинатора ТЕ2000 фирмы Hoefer Scientific Instruments США) цикл определени  последовательности ДНК длиной 500 пар нуклеотидов составл ет 22 ч. Из них 6 ч затрачиваетс  непосредственно на секвенирование и 16 ч на радиоавтографию и расшифровку. Количества используемых реагентов измер ютс  в граммах.
Другие известные аналоги обеспечивают примерно такую же производительность, Отличие состоит лишь в объеме сервиса, представл емого пользователю.
Предлагаемый способ и устройство могут обеспечить производительность в 400 раз большую при одновременном сокращении рутинного труда пользовател . При этом количества основных реагентов измер етс  в микрограммах.
Важно отметить, что в предлагаемом способе в основном используетс  не радиоактивна , а флуоресцентна  метка.

Claims (2)

  1. Формула изобретени 
    1, Способ определени  нуклеотидной последовательности ДНК, включающий нанесение на стекл нную подложку набора олигонуклеотидов, проведение гибридизации с меченной тестируемой ДНК, отмывку npj/i температуре плавлени  дуплексов, определение одиночных замен оснований в тестируемой ДНК по анализу распределени  метки, отличающийс  тем, что, с целью повышени  достоверности способа, упрощени  определени  известных точечных мутаций в нуклеотидной последовательности , на стекл нной .подложке
    предварительно формируют матрицу из ге- .л -носител , а гибридизацию и отмывку провод т при одинаковой температуре.
  2. 2. Устройство дл  определени  нуклеотидной последовательности ДНК, включающее стекл нную подложку и матрицу, отличающеес  тем, что, с целью повышени  достоверности определени  нуклеотидной последовательности, матрица представл ет собой одинаковые участки гел  толщиной 10-30 мкм и наибольшей длиной 25-100 мкм с рассто нием между участками, равным удвоенной наибольшей длине.
    Теплова  диссоциаци  совершенных дуплексов и дуплексов, содержащих одиночные
    мисматчи
    Данные усреднены по трем измерени м.
    Понижение температуры отмывки дефектного дуплекса по сравнению с совершенным. Примечание. Мисматчи выделены жирным шрифтом, М - матрица, символ d дл  удобства
    опущен.
    а а а п п. п п с ааапсапа а п о п п п п .а
    DDDDDDDD
    RtU
    «it. 2
    о: О (D
    D
    100
    Температура отмыбки, С
    rW
    GGCCGTCG /: З -TGACCGGCAGCAAAATG
    ,-Af
    GGCCGTCG 2: 3 -TGACCGGTAGCAAAATG
    Фиг. 3
    (-Л/
    GTCGTTTT 3 -TOACCGGCAGCAAAA Т G
    Фие.4
    Фиг. 5
    GTCGTTTT M З -TGACCGGCAGCAAAATG
    GTCGTTTT W
    З1-TGACCGG A AGCAAAATG
    GTCGTTTT W З -ТСАСССОтАОСААААТО
    IGGCCGTCG- J3 -TGACCGGAAGCAAAATG
    GGCCGTCG- 3 -TGACCGGTAGCA A AATG
    020 40 60 80 ОстаЬшиес  буплексы, %
    GGCCGTCG- З -TGACCGGCAGCAAAATG
    100
    Фиг. 6
    /
    J
    Фиг.7
SU4919321A 1991-03-18 1991-03-18 Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени RU1794088C (ru)

Priority Applications (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
SU4919321A RU1794088C (ru) 1991-03-18 1991-03-18 Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени
EP92907951A EP0535242B1 (en) 1991-03-18 1992-03-18 Method and device for determining nucleotide sequence of dna
US07/949,541 US5552270A (en) 1991-03-18 1992-03-18 Methods of DNA sequencing by hybridization based on optimizing concentration of matrix-bound oligonucleotide and device for carrying out same
JP4507532A JPH06507486A (ja) 1991-03-18 1992-03-18 Ｄｎａヌクレオチド配列決定方法およびそれを実施するための装置
PCT/RU1992/000052 WO1992016655A1 (fr) 1991-03-18 1992-03-18 Procede et dispositif de determination de la sequence de nucleotides d'adn
AT92907951T ATE157706T1 (de) 1991-03-18 1992-03-18 Verfahren und vorrichtung zur bestimmung von dns- nukleotid-sequenzen
DE69221980T DE69221980T2 (de) 1991-03-18 1992-03-18 Verfahren und vorrichtung zur bestimmung von dns-nukleotid-sequenzen

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
SU4919321A RU1794088C (ru) 1991-03-18 1991-03-18 Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени
PCT/RU1992/000052 WO1992016655A1 (fr) 1991-03-18 1992-03-18 Procede et dispositif de determination de la sequence de nucleotides d'adn

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU1794088C true RU1794088C (ru) 1993-02-07

Family

ID=21565119

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
SU4919321A RU1794088C (ru) 1991-03-18 1991-03-18 Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени

Country Status (7)

Country Link
US (1) US5552270A (ru)
EP (1) EP0535242B1 (ru)
JP (1) JPH06507486A (ru)
AT (1) ATE157706T1 (ru)
DE (1) DE69221980T2 (ru)
RU (1) RU1794088C (ru)
WO (1) WO1992016655A1 (ru)

Families Citing this family (212)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US6955915B2 (en) 1989-06-07 2005-10-18 Affymetrix, Inc. Apparatus comprising polymers
US6040138A (en) * 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US6309822B1 (en) 1989-06-07 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Method for comparing copy number of nucleic acid sequences
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US6551784B2 (en) 1989-06-07 2003-04-22 Affymetrix Inc Method of comparing nucleic acid sequences
US6406844B1 (en) 1989-06-07 2002-06-18 Affymetrix, Inc. Very large scale immobilized polymer synthesis
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US6346413B1 (en) 1989-06-07 2002-02-12 Affymetrix, Inc. Polymer arrays
US6919211B1 (en) 1989-06-07 2005-07-19 Affymetrix, Inc. Polypeptide arrays
US6416952B1 (en) 1989-06-07 2002-07-09 Affymetrix, Inc. Photolithographic and other means for manufacturing arrays
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
US6506558B1 (en) 1990-03-07 2003-01-14 Affymetrix Inc. Very large scale immobilized polymer synthesis
WO1992010588A1 (en) 1990-12-06 1992-06-25 Affymax Technologies N.V. Sequencing by hybridization of a target nucleic acid to a matrix of defined oligonucleotides
US6468740B1 (en) * 1992-11-05 2002-10-22 Affymetrix, Inc. Cyclic and substituted immobilized molecular synthesis
JPH0622798A (ja) * 1992-07-07 1994-02-01 Hitachi Ltd 塩基配列決定法
AU7212494A (en) * 1993-06-25 1995-01-17 Affymax Technologies N.V. Hybridization and sequencing of nucleic acids
RU2041261C1 (ru) * 1993-08-11 1995-08-09 Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН Способ изготовления матрицы для детектирования мисматчей
US7375198B2 (en) 1993-10-26 2008-05-20 Affymetrix, Inc. Modified nucleic acid probes
US6156501A (en) * 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
US6893816B1 (en) 1993-10-28 2005-05-17 Houston Advanced Research Center Microfabricated, flowthrough porous apparatus for discrete detection of binding reactions
US7582421B2 (en) * 1993-11-01 2009-09-01 Nanogen, Inc. Methods for determination of single nucleic acid polymorphisms using a bioelectronic microchip
US5824473A (en) * 1993-12-10 1998-10-20 California Institute Of Technology Nucleic acid mediated electron transfer
US5952172A (en) 1993-12-10 1999-09-14 California Institute Of Technology Nucleic acid mediated electron transfer
US6071699A (en) 1996-06-07 2000-06-06 California Institute Of Technology Nucleic acid mediated electron transfer
DE4344726C2 (de) * 1993-12-27 1997-09-25 Deutsches Krebsforsch Verfahren zum Nachweis von nicht balanciertem genetischen Material einer Spezies oder zum Nachweis der Genexpression in Zellen einer Spezies
AU695606B2 (en) * 1994-03-24 1998-08-20 Gamera Bioscience Corporation A DNA meltometer and methods of use thereof
US7323298B1 (en) 1994-06-17 2008-01-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Microarray for determining the relative abundances of polynuceotide sequences
US5620850A (en) 1994-09-26 1997-04-15 President And Fellows Of Harvard College Molecular recognition at surfaces derivatized with self-assembled monolayers
US6100026A (en) * 1995-04-25 2000-08-08 Irori Matrices with memories and uses thereof
US6284459B1 (en) 1995-04-25 2001-09-04 Discovery Partners International Solid support matrices with memories and combinatorial libraries therefrom
US6329139B1 (en) 1995-04-25 2001-12-11 Discovery Partners International Automated sorting system for matrices with memory
US6331273B1 (en) 1995-04-25 2001-12-18 Discovery Partners International Remotely programmable matrices with memories
US5961923A (en) * 1995-04-25 1999-10-05 Irori Matrices with memories and uses thereof
US6416714B1 (en) * 1995-04-25 2002-07-09 Discovery Partners International, Inc. Remotely programmable matrices with memories
US6017496A (en) 1995-06-07 2000-01-25 Irori Matrices with memories and uses thereof
US5751629A (en) 1995-04-25 1998-05-12 Irori Remotely programmable matrices with memories
US5925562A (en) * 1995-04-25 1999-07-20 Irori Remotely programmable matrices with memories
US5874214A (en) 1995-04-25 1999-02-23 Irori Remotely programmable matrices with memories
SE9502608D0 (sv) * 1995-07-14 1995-07-14 Pharmacia Biosensor Ab Method for nucleic acid senquencing
US6001571A (en) 1995-11-30 1999-12-14 Mandecki; Wlodek Multiplex assay for nucleic acids employing transponders
WO1997019958A1 (en) 1995-11-30 1997-06-05 Wlodek Mandecki Screening of drugs from chemical combinatorial libraries employing transponders
US5641634A (en) 1995-11-30 1997-06-24 Mandecki; Wlodek Electronically-indexed solid-phase assay for biomolecules
US6051377A (en) * 1995-11-30 2000-04-18 Pharmaseq, Inc. Multiplex assay for nucleic acids employing transponders
US5736332A (en) * 1995-11-30 1998-04-07 Mandecki; Wlodek Method of determining the sequence of nucleic acids employing solid-phase particles carrying transponders
US5908745A (en) * 1996-01-16 1999-06-01 University Of Chicago Use of continuous/contiguous stacking hybridization as a diagnostic tool
US7423143B2 (en) 1996-01-23 2008-09-09 Affymetrix. Inc. Nucleic acid labeling compounds
US6864059B2 (en) 1996-01-23 2005-03-08 Affymetrix, Inc. Biotin containing C-glycoside nucleic acid labeling compounds
EP0880598A4 (en) 1996-01-23 2005-02-23 Affymetrix Inc RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM
US6965020B2 (en) 1996-01-23 2005-11-15 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7282327B2 (en) 1996-01-23 2007-10-16 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US7291463B2 (en) 1996-01-23 2007-11-06 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US20010018514A1 (en) 1998-07-31 2001-08-30 Mcgall Glenn H. Nucleic acid labeling compounds
US5861247A (en) * 1996-01-26 1999-01-19 University Of Chicago Rapid method to detect duplex formation in sequencing by hybridization methods
EP2574617B1 (en) 1996-02-09 2016-04-20 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
US6852487B1 (en) 1996-02-09 2005-02-08 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
US6458530B1 (en) 1996-04-04 2002-10-01 Affymetrix Inc. Selecting tag nucleic acids
ES2288760T3 (es) 1996-04-25 2008-01-16 Bioarray Solutions Ltd. Ensamblaje electrocinetico controlado por luz de particulas proximas a superficies.
AU730633B2 (en) 1996-05-29 2001-03-08 Phillip Belgrader Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions
FR2750504B1 (fr) * 1996-06-27 1998-08-28 Appligene Oncor Procede d'analyse d'acides nucleiques par hybridation et dispositif pour sa mise en oeuvre
US6582921B2 (en) * 1996-07-29 2003-06-24 Nanosphere, Inc. Nanoparticles having oligonucleotides attached thereto and uses thereof
FR2754344B1 (fr) * 1996-10-04 1998-11-20 Bio Merieux Procede et dispositif de traitement par complexation d'un milieu liquide
US6875620B1 (en) 1996-10-31 2005-04-05 Agilent Technologies, Inc. Tiling process for constructing a chemical array
US7045285B1 (en) 1996-11-05 2006-05-16 Clinical Micro Sensors, Inc. Electronic transfer moieties attached to peptide nucleic acids
US7160678B1 (en) 1996-11-05 2007-01-09 Clinical Micro Sensors, Inc. Compositions for the electronic detection of analytes utilizing monolayers
US7014992B1 (en) 1996-11-05 2006-03-21 Clinical Micro Sensors, Inc. Conductive oligomers attached to electrodes and nucleoside analogs
US6096273A (en) * 1996-11-05 2000-08-01 Clinical Micro Sensors Electrodes linked via conductive oligomers to nucleic acids
US7393645B2 (en) * 1996-11-05 2008-07-01 Clinical Micro Sensors, Inc. Compositions for the electronic detection of analytes utilizing monolayers
US7381525B1 (en) * 1997-03-07 2008-06-03 Clinical Micro Sensors, Inc. AC/DC voltage apparatus for detection of nucleic acids
US5905024A (en) * 1996-12-17 1999-05-18 University Of Chicago Method for performing site-specific affinity fractionation for use in DNA sequencing
AU5716098A (en) * 1996-12-23 1998-07-17 University Of Chicago, The Customized oligonucleotide microchips as multiple biosensors
US6458584B1 (en) 1996-12-23 2002-10-01 University Of Chicago Customized oligonucleotide microchips that convert multiple genetic information to simple patterns, are portable and reusable
US5812272A (en) * 1997-01-30 1998-09-22 Hewlett-Packard Company Apparatus and method with tiled light source array for integrated assay sensing
US20030027126A1 (en) 1997-03-14 2003-02-06 Walt David R. Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
US7622294B2 (en) 1997-03-14 2009-11-24 Trustees Of Tufts College Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions
US6419883B1 (en) 1998-01-16 2002-07-16 University Of Washington Chemical synthesis using solvent microdroplets
WO1998041531A2 (en) 1997-03-20 1998-09-24 University Of Washington Solvent for biopolymer synthesis, solvent microdroplets and methods of use
US6028189A (en) * 1997-03-20 2000-02-22 University Of Washington Solvent for oligonucleotide synthesis and methods of use
US5981166A (en) * 1997-04-23 1999-11-09 Pharmaseq, Inc. Screening of soluble chemical compounds for their pharmacological properties utilizing transponders
US6013459A (en) * 1997-06-12 2000-01-11 Clinical Micro Sensors, Inc. Detection of analytes using reorganization energy
US6245506B1 (en) * 1997-07-30 2001-06-12 Bbi Bioseq, Inc. Integrated sequencing device
US6326489B1 (en) 1997-08-05 2001-12-04 Howard Hughes Medical Institute Surface-bound, bimolecular, double-stranded DNA arrays
US6066452A (en) * 1997-08-06 2000-05-23 Yale University Multiplex selection technique for identifying protein-binding sites and DNA-binding proteins
EP1021558A1 (en) 1997-10-10 2000-07-26 President And Fellows Of Harvard College Surface-bound, double-stranded dna protein arrays
US6511803B1 (en) 1997-10-10 2003-01-28 President And Fellows Of Harvard College Replica amplification of nucleic acid arrays
US6485944B1 (en) 1997-10-10 2002-11-26 President And Fellows Of Harvard College Replica amplification of nucleic acid arrays
WO1999019341A1 (en) * 1997-10-10 1999-04-22 President & Fellows Of Harvard College Replica amplification of nucleic acid arrays
WO1999036576A1 (en) * 1998-01-20 1999-07-22 Packard Bioscience Company Gel pad arrays and methods and systems for making them
US6289229B1 (en) 1998-01-20 2001-09-11 Scimed Life Systems, Inc. Readable probe array for in vivo use
EP1051517A2 (en) 1998-01-27 2000-11-15 Clinical Micro Sensors, Inc. Amplification of nucleic acids with electronic detection
US6686150B1 (en) 1998-01-27 2004-02-03 Clinical Micro Sensors, Inc. Amplification of nucleic acids with electronic detection
US6990221B2 (en) * 1998-02-07 2006-01-24 Biodiscovery, Inc. Automated DNA array image segmentation and analysis
US20020090639A1 (en) * 1998-02-26 2002-07-11 Mcginnis Ralph Evan Two dimensional linkage study methods and related inventions
US6376619B1 (en) * 1998-04-13 2002-04-23 3M Innovative Properties Company High density, miniaturized arrays and methods of manufacturing same
DE19819537A1 (de) * 1998-04-30 2000-03-16 Biochip Technologies Gmbh Analyse- und Diagnostikinstrument
US7087148B1 (en) 1998-06-23 2006-08-08 Clinical Micro Sensors, Inc. Binding acceleration techniques for the detection of analytes
US6761816B1 (en) 1998-06-23 2004-07-13 Clinical Micro Systems, Inc. Printed circuit boards with monolayers and capture ligands
WO2000008212A1 (en) * 1998-08-07 2000-02-17 Cellay, Llc Gel microdrops in genetic analysis
US6740518B1 (en) 1998-09-17 2004-05-25 Clinical Micro Sensors, Inc. Signal detection techniques for the detection of analytes
US6572830B1 (en) 1998-10-09 2003-06-03 Motorola, Inc. Integrated multilayered microfludic devices and methods for making the same
WO2000024941A1 (en) * 1998-10-27 2000-05-04 Clinical Micro Sensors, Inc. Detection of target analytes using particles and electrodes
US6545264B1 (en) 1998-10-30 2003-04-08 Affymetrix, Inc. Systems and methods for high performance scanning
US6156478A (en) * 1998-10-30 2000-12-05 3M Innovative Properties Company Photocurable and photopatternable hydrogel matrix based on azlactone copolymers
US6391937B1 (en) * 1998-11-25 2002-05-21 Motorola, Inc. Polyacrylamide hydrogels and hydrogel arrays made from polyacrylamide reactive prepolymers
AU772281B2 (en) * 1998-12-14 2004-04-22 Li-Cor Inc. A system and methods for nucleic acid sequencing of single molecules by polymerase synthesis
US6351712B1 (en) * 1998-12-28 2002-02-26 Rosetta Inpharmatics, Inc. Statistical combining of cell expression profiles
US6833267B1 (en) * 1998-12-30 2004-12-21 Clinical Micro Sensors, Inc. Tissue collection devices containing biosensors
US6500609B1 (en) 1999-02-11 2002-12-31 Scynexis Chemistry & Automation, Inc. Method and apparatus for synthesizing characterizing and assaying combinatorial libraries
US6245511B1 (en) 1999-02-22 2001-06-12 Vialogy Corp Method and apparatus for exponentially convergent therapy effectiveness monitoring using DNA microarray based viral load measurements
US20040111219A1 (en) * 1999-02-22 2004-06-10 Sandeep Gulati Active interferometric signal analysis in software
US6136541A (en) * 1999-02-22 2000-10-24 Vialogy Corporation Method and apparatus for analyzing hybridized biochip patterns using resonance interactions employing quantum expressor functions
US7014994B1 (en) 1999-03-19 2006-03-21 Cornell Research Foundation,Inc. Coupled polymerase chain reaction-restriction-endonuclease digestion-ligase detection reaction process
US6506594B1 (en) 1999-03-19 2003-01-14 Cornell Res Foundation Inc Detection of nucleic acid sequence differences using the ligase detection reaction with addressable arrays
US20020177135A1 (en) 1999-07-27 2002-11-28 Doung Hau H. Devices and methods for biochip multiplexing
US7312087B2 (en) * 2000-01-11 2007-12-25 Clinical Micro Sensors, Inc. Devices and methods for biochip multiplexing
US6942771B1 (en) * 1999-04-21 2005-09-13 Clinical Micro Sensors, Inc. Microfluidic systems in the electrochemical detection of target analytes
US6174683B1 (en) 1999-04-26 2001-01-16 Biocept, Inc. Method of making biochips and the biochips resulting therefrom
WO2000065098A2 (en) * 1999-04-27 2000-11-02 University Of Chicago Nucleotide extension on a microarray of gel-immobilized primers
US20030096321A1 (en) * 1999-05-19 2003-05-22 Jose Remacle Method for the identification and/or the quantification of a target compound obtained from a biological sample upon chips
US6964847B1 (en) 1999-07-14 2005-11-15 Packard Biosciences Company Derivative nucleic acids and uses thereof
US6346423B1 (en) 1999-07-16 2002-02-12 Agilent Technologies, Inc. Methods and compositions for producing biopolymeric arrays
US7371516B1 (en) 1999-07-16 2008-05-13 Rosetta Inpharmatics Llc Methods for determining the specificity and sensitivity of oligonucleo tides for hybridization
US7013221B1 (en) 1999-07-16 2006-03-14 Rosetta Inpharmatics Llc Iterative probe design and detailed expression profiling with flexible in-situ synthesis arrays
US6692915B1 (en) 1999-07-22 2004-02-17 Girish N. Nallur Sequencing a polynucleotide on a generic chip
ES2319380T3 (es) 1999-07-26 2009-05-07 Clinical Micro Sensors, Inc. Determinacion de secuencias de acido nucleico usando la deteccion electronica.
US6524863B1 (en) 1999-08-04 2003-02-25 Scynexis Chemistry & Automation, Inc. High throughput HPLC method for determining Log P values
US6413431B1 (en) 1999-08-10 2002-07-02 Scynexis Chemistry & Automation, Inc. HPLC method for purifying organic compounds
US6387273B1 (en) 1999-08-27 2002-05-14 Scynexis Chemistry & Automation, Inc. Sample preparation for high throughput purification
JP2003510054A (ja) * 1999-09-22 2003-03-18 モトローラ・インコーポレイテッド 単一ヌクレオチド多形性の平行遺伝子型決定のための三次元ミクロアレイシステム
US6731781B1 (en) * 1999-09-30 2004-05-04 Biodiscovery, Inc. System and method for automatically processing microarrays
US7099502B2 (en) * 1999-10-12 2006-08-29 Biodiscovery, Inc. System and method for automatically processing microarrays
US6361958B1 (en) * 1999-11-12 2002-03-26 Motorola, Inc. Biochannel assay for hybridization with biomaterial
US6790613B1 (en) 1999-11-12 2004-09-14 Amersham Biosciences Ab Method of preparing an oligonucleotide array
US6875619B2 (en) 1999-11-12 2005-04-05 Motorola, Inc. Microfluidic devices comprising biochannels
US6518024B2 (en) 1999-12-13 2003-02-11 Motorola, Inc. Electrochemical detection of single base extension
US6482638B1 (en) * 1999-12-09 2002-11-19 3M Innovative Properties Company Heat-relaxable substrates and arrays
US20030165987A1 (en) * 2000-02-18 2003-09-04 Aspira Biosystems, Inc. Compositions and methods for surface imprinting
CA2401118A1 (en) 2000-02-23 2001-08-30 Zyomyx, Inc. Microfluidic devices and methods
US7875442B2 (en) * 2000-03-24 2011-01-25 Eppendorf Array Technologies Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components
US7202026B2 (en) * 2000-03-24 2007-04-10 Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) Identification of a large number of biological (micro)organisms groups at different levels by their detection on a same array
US20080085515A1 (en) * 2000-03-24 2008-04-10 Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) Identification of multiple biological (micro) organisms by detection of their nucleotide sequences on arrays
US7205104B2 (en) 2000-03-24 2007-04-17 Eppendorf Array Technologies Sa (Eat) Identification of biological (micro) organisms by detection of their homologous nucleotide sequences on arrays
US7829313B2 (en) * 2000-03-24 2010-11-09 Eppendorf Array Technologies Identification and quantification of a plurality of biological (micro)organisms or their components
JP5508654B2 (ja) 2000-04-14 2014-06-04 コーネル・リサーチ・ファンデーション・インコーポレイテッド リガーゼ検出反応を用いた核酸配列の違いの検出のための位置特定可能なアレイの設計方法
EP1164201A1 (en) * 2000-06-14 2001-12-19 Facultés Universitaires Notre-Dame de la Paix Reverse detection for identification and/or quantification of nucleotide target sequences on biochips
US6602400B1 (en) 2000-06-15 2003-08-05 Motorola, Inc. Method for enhanced bio-conjugation events
CA2635452A1 (en) 2000-06-21 2001-12-27 Bioarray Solutions, Ltd. Looped probe design to control hybridization stringency
US9709559B2 (en) 2000-06-21 2017-07-18 Bioarray Solutions, Ltd. Multianalyte molecular analysis using application-specific random particle arrays
JP4382265B2 (ja) * 2000-07-12 2009-12-09 日本電気株式会社 酸化シリコン膜の形成方法及びその形成装置
US7807447B1 (en) 2000-08-25 2010-10-05 Merck Sharp & Dohme Corp. Compositions and methods for exon profiling
US6713257B2 (en) 2000-08-25 2004-03-30 Rosetta Inpharmatics Llc Gene discovery using microarrays
US20020142304A1 (en) * 2001-03-09 2002-10-03 Anderson Daniel G. Uses and methods of making microarrays of polymeric biomaterials
WO2002072779A2 (en) 2001-03-12 2002-09-19 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling compounds
US20030143556A1 (en) * 2001-04-03 2003-07-31 Gary Blackburn Nucleic acid reactions using labels with different redox potentials
US20050009101A1 (en) * 2001-05-17 2005-01-13 Motorola, Inc. Microfluidic devices comprising biochannels
US7262063B2 (en) 2001-06-21 2007-08-28 Bio Array Solutions, Ltd. Directed assembly of functional heterostructures
US6691042B2 (en) 2001-07-02 2004-02-10 Rosetta Inpharmatics Llc Methods for generating differential profiles by combining data obtained in separate measurements
WO2003004993A2 (en) * 2001-07-06 2003-01-16 Millipore Corporation Satterned composite membrane and stenciling method for the manufacture thereof
AU2002365110A1 (en) * 2001-07-10 2003-07-15 Massachusetts Institute Of Technology Small molecule microarrays
RU2206575C2 (ru) * 2001-07-25 2003-06-20 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН Композиция для иммобилизации биологических макромолекул в гидрогелях, способ приготовления композиции, биочип, способ проведения пцр на биочипе
CN1217009C (zh) * 2001-09-01 2005-08-31 三星电子株式会社 利用具有环氧基的星状聚乙二醇衍生物制备水凝胶生物芯片的方法
IL161391A0 (en) 2001-10-15 2004-09-27 Bioarray Solutions Ltd Multiplexed analysis of polymorphic loci by concurrent interrogation and enzyme-mediated detection
AU2002353997A1 (en) * 2001-11-01 2003-05-12 Rensselaer Polytechnic Institute In vitro metabolic engineering on microscale devices
US7687256B2 (en) * 2002-04-11 2010-03-30 Spire Corporation Surface activated biochip
US7601493B2 (en) * 2002-07-26 2009-10-13 Nanogen, Inc. Methods and apparatus for screening and detecting multiple genetic mutations
US20040028804A1 (en) * 2002-08-07 2004-02-12 Anderson Daniel G. Production of polymeric microarrays
US7512496B2 (en) * 2002-09-25 2009-03-31 Soheil Shams Apparatus, method, and computer program product for determining confidence measures and combined confidence measures for assessing the quality of microarrays
US7526114B2 (en) 2002-11-15 2009-04-28 Bioarray Solutions Ltd. Analysis, secure access to, and transmission of array images
US7541152B2 (en) * 2002-12-24 2009-06-02 Agilent Technologies, Inc. Integrated light source for diagnostic arrays
US20050038776A1 (en) * 2003-08-15 2005-02-17 Ramin Cyrus Information system for biological and life sciences research
US20050106596A1 (en) * 2003-08-27 2005-05-19 Third Wave Technologies, Inc. Nucleic acid analysis methods conducted in small reaction volumes
US20050136536A1 (en) * 2003-09-15 2005-06-23 Anderson Daniel G. Embryonic epithelial cells
WO2005029705A2 (en) 2003-09-18 2005-03-31 Bioarray Solutions, Ltd. Number coding for identification of subtypes of coded types of solid phase carriers
ES2375962T3 (es) 2003-09-22 2012-03-07 Bioarray Solutions Ltd Polielectrolito inmovilizado en superficie con múltiples grupos funcionales capaces de unirse covalentemente a biomoléculas.
JP2007521017A (ja) 2003-10-28 2007-08-02 バイオアレイ ソリューションズ リミテッド 固定化捕捉プローブを用いる遺伝子発現分析法の最適化
EP1694859B1 (en) 2003-10-29 2015-01-07 Bioarray Solutions Ltd Multiplexed nucleic acid analysis by fragmentation of double-stranded dna
US20050208199A1 (en) * 2004-03-18 2005-09-22 Julia Golova Methods and compositions for synthesis of 3'-aminolinkers
US7338763B2 (en) 2004-06-02 2008-03-04 Eppendorf Array Technologies S.A. Method and kit for the detection and/or quantification of homologous nucleotide sequences on arrays
US7848889B2 (en) 2004-08-02 2010-12-07 Bioarray Solutions, Ltd. Automated analysis of multiplexed probe-target interaction patterns: pattern matching and allele identification
CA2577741A1 (en) * 2004-08-18 2006-03-02 Abbott Molecular, Inc. Determining data quality and/or segmental aneusomy using a computer system
US20090087848A1 (en) * 2004-08-18 2009-04-02 Abbott Molecular, Inc. Determining segmental aneusomy in large target arrays using a computer system
EP1792263A2 (en) * 2004-09-02 2007-06-06 Vialogy Corporation Detecting events of interest using quantum resonance interferometry
US8486629B2 (en) 2005-06-01 2013-07-16 Bioarray Solutions, Ltd. Creation of functionalized microparticle libraries by oligonucleotide ligation or elongation
US8940143B2 (en) * 2007-06-29 2015-01-27 Intel Corporation Gel-based bio chip for electrochemical synthesis and electrical detection of polymers
US8053774B2 (en) 2005-06-06 2011-11-08 Intel Corporation Method and apparatus to fabricate polymer arrays on patterned wafers using electrochemical synthesis
AU2006279420B2 (en) 2005-08-16 2010-12-16 Merlogen, Llc Methods for identification of merle gene
EP1762628B1 (en) 2005-09-13 2008-03-12 Eppendorf Array Technologies SA Detection method of homologous sequences differing by one base on a microarray
US20090221441A1 (en) * 2005-11-01 2009-09-03 Rensselaer Polytechnic Institute Three-dimensional cellular array chip and platform for toxicology assays
US7285388B1 (en) 2006-04-07 2007-10-23 Merlogen, Llc Methods for identification of alport syndrome
US20080132429A1 (en) * 2006-05-23 2008-06-05 Uchicago Argonne Biological microarrays with enhanced signal yield
EP1912067A1 (en) * 2006-10-12 2008-04-16 Eppendorf Array Technologies S.A. Method for quantification of a target compound obtained from a biological sample upon chips
EP2101975A2 (en) 2006-11-03 2009-09-23 Trustees of Tufts College Biopolymer sensor and method of manufacturing the same
WO2008118211A2 (en) 2006-11-03 2008-10-02 Trustees Of Tufts College Biopolymer photonic crystals and method of manufacturing the same
US7892719B2 (en) * 2006-11-03 2011-02-22 Intel Corporation Photonic crystal EUV photoresists
EP2650112B1 (en) 2006-11-03 2016-08-24 Trustees Of Tufts College Nanopatterned biopolymer optical device and method of manufacturing the same
JP2010509644A (ja) 2006-11-03 2010-03-25 トラスティーズ オブ タフツ カレッジ バイオポリマー光導波路およびその製造方法
US7923237B2 (en) * 2006-12-28 2011-04-12 Intel Corporation Method and apparatus for combined electrochemical synthesis and detection of analytes
US8999724B2 (en) 2006-12-28 2015-04-07 Intel Corporation Method and apparatus for match quality analysis of analyte binding
US8614086B2 (en) * 2006-12-28 2013-12-24 Intel Corporation Quality control methods for the manufacture of polymer arrays
JP2011520111A (ja) * 2008-05-09 2011-07-14 リュー，ジーピン 分子検出システム
US8697605B2 (en) 2008-06-30 2014-04-15 Intel Corporation Polymer co-location in surface-attached biopolymers and arrays of biopolymers
US9567386B2 (en) 2010-08-17 2017-02-14 Ambrx, Inc. Therapeutic uses of modified relaxin polypeptides
CN103354838A (zh) 2011-02-10 2013-10-16 三菱丽阳株式会社 核酸的检测方法
US9926596B2 (en) 2011-05-27 2018-03-27 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
US10093975B2 (en) 2011-12-01 2018-10-09 Genapsys, Inc. Systems and methods for high efficiency electronic sequencing and detection
EP3556864B1 (en) 2014-04-18 2020-12-09 Genapsys, Inc. Methods and systems for nucleic acid amplification
EP3387154A4 (en) 2015-12-09 2019-05-15 Intuitive Biosciences, Inc. AUTOMATED SILVER FINISHING SYSTEM
US10371610B2 (en) 2016-02-23 2019-08-06 Noul Co., Ltd. Contact-type patch, staining method using the same, and manufacturing method thereof
KR102478639B1 (ko) 2016-02-23 2022-12-19 노을 주식회사 표지 물질을 저장하는 패치, 이를 이용하는 조직 진단 방법 및 장치
KR20170099738A (ko) 2016-02-23 2017-09-01 노을 주식회사 접촉식 염색 패치 및 그 제조 방법
CA3076378A1 (en) 2017-09-21 2019-03-28 Genapsys, Inc. Systems and methods for nucleic acid sequencing
TWI873119B (zh) * 2019-01-29 2025-02-21 美商伊路米納有限公司 流通槽及製備其之方法

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS6010174A (ja) * 1983-06-29 1985-01-19 Fuji Photo Film Co Ltd オ−トラジオグラフイ−による遺伝子のスクリ−ニング方法
CA1260372A (en) * 1984-04-27 1989-09-26 Elazar Rabbani Hybridization method for the detection of genetic materials
US4987066A (en) * 1986-11-07 1991-01-22 Max Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Process for the detection of restriction fragment length polymorphisms in eukaryotic genomes
US5202231A (en) * 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
EP0322311B1 (en) * 1987-12-21 1994-03-23 Applied Biosystems, Inc. Method and kit for detecting a nucleic acid sequence
GB8810400D0 (en) * 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
US5002867A (en) * 1988-04-25 1991-03-26 Macevicz Stephen C Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Cotton R.G.H. //Biochem. I. 1989, v, 263, pp. 1-10, Wallace et al. //Nucleic Acid. Res., 1979,v. 6, pp. 3543-3557. PCT/GB 89/00460, 1989, С 12 Q 1/68. *

Also Published As

Publication number Publication date
US5552270A (en) 1996-09-03
EP0535242A4 (en) 1993-08-11
WO1992016655A1 (fr) 1992-10-01
EP0535242A1 (en) 1993-04-07
DE69221980D1 (de) 1997-10-09
DE69221980T2 (de) 1998-02-12
ATE157706T1 (de) 1997-09-15
JPH06507486A (ja) 1994-08-25
EP0535242B1 (en) 1997-09-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU1794088C (ru) Способ определени нуклеотидной последовательности ДНК и устройство дл его осуществлени
US6602400B1 (en) Method for enhanced bio-conjugation events
Bock et al. Photoaptamer arrays applied to multiplexed proteomic analysis
Nakayama et al. DNA sensors using a ferrocene-oligonucleotide conjugate
EP1700912B1 (en) Method of detecting target molecule by using aptamer
US7056748B1 (en) Method for gold deposition
Ito et al. Quantitative analysis for solid-phase hybridization reaction and binding reaction of DNA binder to hybrids using a quartz crystal microbalance
EP1337665B1 (en) Immobilization of biopolymers to aminated substrates by direct adsorption
JP2002522749A (ja) 化学的または生物学的分析マルチポイントマイクロシステム
JPS61227591A (ja) 核酸塩基配列の分析方法、その方法を行うための担体、および担体の製造方法
CN109609333B (zh) 一种生物芯片及其制备方法
Siontorou et al. Detection of DNA hybridization using self‐assembled bilayer lipid membranes (BLMs)
US4975165A (en) Two-dimenstional electrophoretic separation of carbohydrates
AU2002367849A1 (en) Nucleic acid reactions using labels with different redox potentials
WO2002057488A2 (en) Gene detection method, detection device, and detection chip
CA2309384A1 (en) Multiple sequential polynucleotide displacement reactions for signal amplification and processing
CA2441180C (en) Method for electrochemical detection of nucleobase pair complementarity
WO2010060060A1 (en) Electrochemical methods of detecting nucleic acid hybridization
US5035786A (en) Fluorescent tag for sugar electrophoresis
CA2510721A1 (en) Method and device for pcr amplification and detection of nucleotide sequences
US5094740A (en) Two-dimensional electrophoretic separation of carbohydrates
US20030175737A1 (en) Quantifying target molecules contained in a liquid
US20020051975A1 (en) Reporterless genosensors using electrical detection methods
US20050069905A1 (en) Detection of molecular binding events
Palchetti et al. Electrochemical adsorption technique for immobilization of single-stranded oligonucleotides onto carbon screen-printed electrodes

Legal Events

Date Code Title Description
REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: MM4A

Effective date: 20050319

REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: NF4A

REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: PC4A

Effective date: 20080408

REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: QB4A

Effective date: 20080909

REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: QB4A

Effective date: 20100210

REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: QB4A

Effective date: 20100212

REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: QZ4A

Effective date: 20100210

REG Reference to a code of a succession state

Ref country code: RU

Ref legal event code: QZ41

Free format text: LICENCE FORMERLY AGREED ON 20100210

Effective date: 20110202