[go: up one dir, main page]

KR20190104030A - Crispr 이펙터 시스템 기반 진단 - Google Patents

Crispr 이펙터 시스템 기반 진단 Download PDF

Info

Publication number
KR20190104030A
KR20190104030A KR1020197019231A KR20197019231A KR20190104030A KR 20190104030 A KR20190104030 A KR 20190104030A KR 1020197019231 A KR1020197019231 A KR 1020197019231A KR 20197019231 A KR20197019231 A KR 20197019231A KR 20190104030 A KR20190104030 A KR 20190104030A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
rna
species
target
virus
crispr
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Ceased
Application number
KR1020197019231A
Other languages
English (en)
Inventor
오마르 아부다예
제임스 조셉 콜린스
조나단 구텐버그
펑 장
에릭 에스 랜더
Original Assignee
더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드
프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지
매사추세츠 인스티튜트 오브 테크놀로지
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=62491388&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=KR20190104030(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드, 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지, 매사추세츠 인스티튜트 오브 테크놀로지 filed Critical 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드
Priority to KR1020247025643A priority Critical patent/KR102898130B1/ko
Priority to KR1020247025644A priority patent/KR20240120757A/ko
Publication of KR20190104030A publication Critical patent/KR20190104030A/ko
Ceased legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases [RNase]; Deoxyribonucleases [DNase]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28—N-glycosides
    • C12P19/30—Nucleotides
    • C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6811—Selection methods for production or design of target specific oligonucleotides or binding molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

본 명세서에서 개시되는 실시형태는 아토몰라 감도로 강건한 CRISPR-기반 진단을 제공하기 위해 RNA 표적화 이펙터를 이용하였다. 본 명세서에서 개시되는 실시형태는 비슷한 수준의 감도로 DNA 및 RNA 둘 모두를 검출할 수 있고 단일 염기쌍 차이를 기반으로 비표적으로부터 표적을 구별할 수 있다. 게다가, 본 명세서에서 개시하는 실시형태는 편리한 유통 및 현장 진단 (POC) 적용분야를 위해 동결-건조 형태로 제조될 수 있다. 이러한 실시형태는 예를 들어, 바이러스 검출, 박테리아 균주 유형 분석, 민감한 유전자형 분석, 및 질환-연관 세포-무함유 DNA의 검출을 포함하는 인간 건강의 다양한 시나리오에서 유용하다.

Description

CRISPR 이펙터 시스템 기반 진단
연방정부 지원 연구에 관한 진술
본 발명은 미국 국립 보건원이 수여하는 보조금 번호 MH100706 및 MH110049, 및 미국 국방 위협 감소국이 수여하는 보조금 번호 HDTRA1-14-1-0006 하의 정부 지원으로 수행되었다. 정부는 본 발명의 일정 권리를 갖는다.
기술 분야
본 명세서에서 개시하는 주제는 일반적으로 CRISPR 이펙터 시스템의 사용과 관련된 신속한 진단에 관한 것이다.
핵산은 생물학적 정보의 보편적인 서명이다. 휴대용 플랫폼 상에서 높은 감도 및 단일-염기 특이도로 핵산을 신속하게 검출하는 능력은 많은 질환에 대한 진단 및 모니터링에 대변혁을 일으키고, 가치있는 역학 정보를 제공하며, 일반화가능한 과학 도구로서 역할을 하게 될 잠재성을 갖는다. 많은 방법들이 핵산을 검출하기 위해 개발되어 왔지만 (Du et al., 2017; Green et al., 2014; Kumar et al., 2014; Pardee et al., 2014; Pardee et al., 2016; Urdea et al., 2006), 그들은 불가피하게 감도, 특이도, 간단함 및 속도 간에 균형 유지를 겪게 된다. 예를 들어, qPCR 접근법은 민감하지만 값비싸고, 실험실 환경에서 고도로 훈련된 작업자에게 그 사용성이 제한되는, 복잡한 장비에 의존한다. 다른 접근법, 예컨대 등온성 핵산 증폭을 휴대용 플랫폼과 조합한 새로운 방법 (Du et al., 2017; Pardee et al., 2016)은 현장 진단 (POC) 환경에서 높은 검출 특이도를 제공하지만, 낮은 감도로 인해 어느 정도 제한된 응용성을 갖는다. 핵산 진단이 다양한 건강관리 응용 분야에서 점차적으로 적절해지고 있으므로, 저비용으로 높은 특이도 및 감도를 제공하는 검출 기술은 임상 및 기초 연구 환경에서 상당히 유용하다.
일 양상에서, 본 발명은 이펙터 단백질 및 상응하는 표적 분자에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA를 포함하는 CRISPR 시스템; RNA-기반 차폐성 구성체; 및 임의로, 샘플 중 표적 RNA 분자를 증폭시키기 위한 핵산 증폭 시약을 포함하는 핵산 검출 시스템을 제공한다. 다른 양상에서, 실시형태는 이펙터 단백질 및 기폭제 RNA에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA를 포함하는 CRISPR 시스템, RNA-기반 차폐성 구성체; 및 차폐된 RNA 중합효소 프로모터 결합 부위 또는 차폐된 프라이머 결합 부위를 포함하는 하나 이상의 검출 앱타머를 포함하는 폴리펩티드 검출 시스템을 제공한다.
추가 실시형태에서, 시스템은 핵산 증폭 시약을 더 포함할 수 있다. 핵산 증폭 시약은 RNA 중합효소 프로모터를 포함하는 프라이머를 포함할 수 있다. 일정 실시형태에서, 샘플 핵산은 증폭되어 RNA 중합효소 프로모터를 포함하는 DNA 주형이 수득되고, 그리하여, 표적 RNA 분자가 전사에 의해 생성될 수 있다. 핵산은 DNA일 수 있고 본 명세서에 기술된 임의 방법으로 증폭될 수 있다. 핵산은 RNA일 수 있고 본 명세서에 기술된 바와 같은 역전사 방법으로 증폭될 수 있다. 앱타머 서열은 프라이머 결합 부위의 비차폐 시에 증폭될 수 있고, 그리하여 기폭제 RNA가 증폭된 DNA 생성물로부터 전사된다. 표적 분자는 표적 DNA일 수 있고 시스템은 표적 DNA에 결합하고 RNA 중합효소 프로모터를 포함하는 프라이머를 더 포함할 수 있다.
예시적인 일 실시형태에서, CRISPR 시스템 이펙터 단백질은 RNA-표적화 이펙터 단백질이다. RNA-표적화 이펙터 단백질의 예는 Cas13b 및 C2c2 (Cas13a로 알려짐)를 포함한다. 본 명세서에서 용어 "C2c2"는 "Cas13a"와 상호교환적으로 사용된다는 것을 이해하게 될 것이다. 다른 일례의 실시형태에서, RNA-표적화 이펙터 단백질은 C2c2이다. 다른 실시형태에서, C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아 (Leptotrichia), 리스테리아 (Listeria), 코리네박터 (Corynebacter), 수테렐라 (Sutterella), 레지오넬라 (Legionella), 트레포네마 (Treponema), 필리팩터 (Filifactor), 유박테리움 (Eubacterium), 스트렙토코커스 (Streptococcus), 락토바실러스 (Lactobacillus), 마이코플라스마 (Mycoplasma), 박테로이데스 (Bacteroides), 플라비이볼라 (Flaviivola), 플라보박테리움 (Flavobacterium), 스파에로차에타 (Sphaerochaeta), 아조스피릴룸 (Azospirillum), 글루콘아세토박터 (Gluconacetobacter), 네이세리아 (Neisseria), 로세부리아 (Roseburia), 파르비바큘럼 (Parvibaculum), 스타필로코커스 (Staphylococcus), 니트라티프락토르 (Nitratifractor), 마이코플라스마 (Mycoplasma), 캄필로박터 (Campylobacter), 및 라크노스피라 (Lachnospira)로 이루어진 군으로부터 선택되는 속의 유기체로부터 유래하거나, 또는 C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아 샤히이 (Leptotrichia shahii), 렙토트리키아 와데이 (Leptotrichia wadei), 리스테리아 실리게리 (Listeria seeligeri), 클로스트리듐 아미노필럼 (Clostridium aminophilum), 카르노박테리움 갈리나럼 (Carnobacterium gallinarum), 팔루디박터 프로피오니시게네스 (Paludibacter propionicigenes), 리스테리아 웨이헨스테파넨시스 (Listeria weihenstephanensis)로 이루어진 군으로부터 선택되는 유기체이거나, 또는 C2c2 이펙터 단백질은 엘. 와데이 (L. wadei) F0279 또는 엘. 와데이 F0279 (Lw2) C2C2 이펙터 단백질이다. 다른 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 표적 RNA 또는 DNA에서 단일 뉴클레오티드 다형성, 전사물의 스플라이스 변이체, 또는 프레임시프트 돌연변이를 검출하도록 디자인된다.
다른 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 질환 상태에 대한 진단인 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 디자인된다. 여전히 추가의 실시형태에서, 질환 상태는 감염, 장기 질환, 혈액 질환, 면역계 질환, 암, 뇌 및 신경계 질환, 뇌분비 질환, 임신 또는 출산-관련 질환, 유전 질환, 또는 환경적-획득 질환이다. 여전히 추가의 실시형태에서, 질환 상태는 암 또는 자가면역 질환 또는 감염이다.
추가 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 암 특이적 체세포 돌연변이를 포함하는 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 디자인된다. 암 특이적 돌연변이는 약물 내성을 부여할 수 있다. 약물 내성 돌연변이는 이브루티닙, 엘로티닙, 이마티닙, 제피티닙, 크리조티닙, 트라스투주맙, 베무라페닙, RAF/MEK, 체크 포인트 차단 요법, 또는 항에스트로겐 요법을 사용하는 치료에 의해 유도될 수도 있다. 암 특이적 돌연변이는 프로그램된 사멸-리간드 1 (PD-L1), 안드로겐 수용체 (AR), 브루톤 티로신 키나제 (BTK), 상피 성장 인자 수용체 (EGFR), BCR-Abl, c-kit, PIK3CA, HER2, EML4-ALK, KRAS, ALK, ROS1, AKT1, BRAF, MEK1, MEK2, NRAS, RAC1, 및 ESR1로 이루어진 군으로부터 선택되는 단백질을 코딩하는 하나 이상의 유전자에 존재할 수 있다. 암 특이적 돌연변이는 CASP8, B2M, PIK3CA, SMC1A, ARID5B, TET2, ALPK2, COL5A1, TP53, DNER, NCOR1, MORC4, CIC, IRF6, MYOCD, ANKLE1, CNKSR1, NF1, SOS1, ARID2, CUL4B, DDX3X, FUBP1, TCP11L2, HLA-A, B 또는 C, CSNK2A1, MET, ASXL1, PD-L1, PD-L2, IDO1, IDO2, ALOX12B 및 ALOX15B로 이루어진 군으로부터 선택되는 유전자 내 돌연변이일 수 있거나, 또는 전체-염색체 사건을 제외한, 임의의 하기 염색체 밴드에 영향을 미치는, 카피수 획득일 수 있다: 6q16.1-q21, 6q22.31-q24.1, 6q25.1-q26, 7p11.2-q11.1, 8p23.1, 8p11.23-p11.21 (IDO1, IDO2 함유), 9p24.2-p23 (PDL1, PDL2 함유), 10p15.3, 10p15.1-p13, 11p14.1, 12p13.32-p13.2, 17p13.1 (ALOX12B, ALOX15B 함유), 및 22q11.1-q11.21.
추가 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 이형접합성 소실 (loss-of-heterozygosity) (LOH) 마커를 포함하는 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 디자인될 수 있다.
추가 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)을 포함하는 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 디자인될 수 있다. 질환은 심장 질환일 수 있고 표적 분자는 VKORC1, CYP2C9, 및 CYP2C19일 수 있다.
추가 실시형태에서, 질환 상태는 임신 또는 출산-관련 질환 또는 유전 질환일 수 있다. 샘플은 혈액 샘플 또는 점액질 샘플일 수 있다. 질환은 세염색체증 13, 세염색체증 16, 세염색체증 18, 클라인펠터 증후군 (47, XXY), (47, XYY) 및 (47, XXX), 터너 증후군, 다운 증후군 (세염색체증 21), 낭포성 섬유증, 헌팅톤 질환, 베타 탈라세미아, 근긴장성 이영양증, 겸상 적혈구 빈혈증, 포르피린증, 취약-X 염색체-증후군, 로버트슨 전좌증, 안젤만 증후군, 디조지 증후군 및 울프-허쉬호른 증후군으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
추가 실시형태에서, 감염은 바이러스, 박테리아, 또는 진균에 의해 야기되거나, 또는 감염은 바이러스 감염이다. 특별한 실시형태에서, 바이러스 감염은 이중-가닥 RNA 바이러스, 포지티브 센스 RNA 바이러스, 네거티브 센스 RNA 바이러스, 레트로바이러스, 또는 이의 조합에 의해 야기되거나, 또는 바이러스 감염은 코로나바이러스과 바이러스, 피코르나바이러스과 바이러스, 칼리시바이러스과 바이러스, 플라비바이러스과 바이러스, 토가바이러스과 바이러스, 보르나바이러스과, 필로바이러스과, 파라믹소바이러스과, 뉴모바이러스과, 라브도바이러스과, 아레나바이러스과, 부니아바이러스과, 오르쏘믹소바이러스과, 또는 델타바이러스에 의해 야기되거나, 또는 바이러스 감염은 코로나바이러스, SARS, 폴리오바이러스, 리노바이러스, A형 간염 바이러스, 노르와크 바이러스, 황열 바이러스, 웨스트나일 바이러스, C형 간염 바이러스, 뎅기열 바이러스, 지카 바이러스, 루벨라 바이러스, 로스 리버 바이러스, 신드비스 바이러스, 치쿤구니야 바이러스, 보르나병 바이러스, 에볼라 바이러스, 마르부르그 바이러스, 홍역 바이러스, 유행성이하선염 바이러스, 니파 바이러스, 헨드라 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 인간 호흡기 세포융합 바이러스, 공수병 바이러스, 라사 바이러스, 한타바이러스, 크림-콩고 출혈열 바이러스, 인플루엔자, 또는 D형 간염 바이러스에 의해 야기된다.
본 발명의 다른 실시형태에서, RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제하거나 또는 RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호를 차폐하거나, 또는 대신 검출가능한 음성 신호를 발생시켜서 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제하거나, 또는 RNA-기반 차폐성 구성체는 리포팅 구성체에 의해 코딩되는 유전자 생성물의 발생을 억제하는 침묵화 RNA를 포함하고, 여기서 유전자 생성물은 발현될 때 검출가능한 양성 신호를 발생시킨다.
추가 실시형태에서, RNA-기반 차폐성 구성체는 음성 검출가능한 신호를 발생시키는 리보자임이고, 양성 검출가능한 신호는 리보자임이 탈활성화되거나, 또는 리보자임이 기질을 제1 색상으로 전환시킬 때 발생되고 기질은 리보자임이 탈활성화될 때 제2 색상으로 전환된다.
다른 실시형태에서, RNA-기반 차폐제는 RNA 앱타머이거나, 또는 앱타머는 효소를 격리시키고, 여기서 효소는 기질에 대해 작용함으로써 앱타머로부터 방출시 검출가능한 신호를 발생시키거나, 또는 앱타머는 앱타머로부터 방출시 조합되어 검출가능한 신호를 발생시키는 작용제의 쌍을 격리시킨다.
다른 실시형태에서, RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 리간드 및 차폐성 성분이 부착되는 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 다른 실시형태에서, 검출가능한 리간드는 형광단이고 차폐성 성분은 소광제 분자이거나, 또는 표적 RNA 분자를 증폭시키기 위한 예컨대, 제한없이 NASBA 또는 RPA 시약이다.
다른 양상에서, 본 발명은 하나 이상의 개별 이산 부피 (discrete volume)를 포함하는 진단 장치를 제공하고, 각각의 개별 이산 부피는 CRISPR 이펙터 단백질, 상응하는 표적 분자에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA, RNA-기반 차폐성 구성체를 포함하고, 임의로 핵산 증폭 시약을 더 포함한다.
다른 양상에서, 본 발명은 하나 이상의 개별 이산 부피를 포함하는 진단 장치를 제공하고, 각각의 개별 이산 부피는 CRISPR 이펙터 단백질, 기폭제 RNA에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA, 차폐된 RNA 중합효소 프로모터 결합 부위 또는 차폐된 프라이머 결합 부위를 포함하는 하나 이상의 검출 앱타머를 포함하고, 임의로 핵산 증폭 시약을 더 포함한다.
일부 실시형태에서, 개별 이산 부피는 액적이거나, 또는 개별 이산 부피는 고형 기재 상에 한정되거나, 또는 개별 이산 부피는 마이크로웰이거나, 또는 개별 이산 부피는 기재, 예컨대 종이 기재 상에 한정된 스폿이다.
일 구체예에서, RNA 표적화 이펙터 단백질은 CRISPR 제VI형 RNA-표적화 이펙터 단백질 예컨대 C2c2 또는 Cas13b이다. 일정한 일례의 실시형태에서, C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아, 리스테리아, 코리네박터, 수테렐라, 레지오넬라, 트레포네마, 필리팩터, 유박테리움, 스트렙토코커스, 락토바실러스, 마이코플라스마, 박테로이데스, 플라비이볼라, 플라보박테리움, 스파에로차에타, 아조스피릴룸, 글루콘아세토박터, 네이세리아, 로세부리아, 파르비바큘럼, 스타필로코커스, 니트라티프락토르, 마이코플라스마 및 캄필로박터로 이루어진 군으로부터 선택되는 유기체로부터 유래되거나, 또는 C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아 샤히이, 엘. 와데이, 리스테리아 실리게리, 라크노스피라과 박테리아, 클로스트리듐 아미노필럼, 카르노박테리움 갈리나럼, 팔루디박터 프로피오니시게네스, 리스테리아 웨이헨스테파넨시스, 리스테리아과 박테리아, 및 로도박터 캡슐라터스로 이루어진 군으로부터 선택되고, C2c2 이펙터 단백질은 엘. 와데이 F0279 또는 엘. 와데이 F0279 (Lw2) C2c2 이펙터 단백질이다. 다른 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 질환 상태에 대한 진단인 하나 이상의 표적 RNA 서열에 결합되도록 디자인된다.
일정한 일례의 실시형태에서, RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제하거나, 또는 RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호를 차폐하거나, 또는 대신 검출가능한 음성 신호를 발생시켜서 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제시키거나, 또는 RNA-기반 차폐성 구성체는 리포팅 구성체에 의해 코딩되는 유전자 생성물의 생성을 억제하는 침묵화 RNA를 포함하고, 유전자 생성물은 발현 시 검출가능한 양성 신호를 발생시킨다.
다른 일례의 실시형태에서 RNA-기반 차폐성 구성체는 음성 검출가능한 신호룰 발생시키는 리보자임이고, 양성 검출가능한 신호는 리보자임이 탈활성화될 때 발생된다. 일례의 실시형태에서 리보자임은 기질을 제1 색상으로 전환시키고 기질은 리보자임이 탈활성화될 때 제2 색상으로 전환된다. 다른 일례의 실시형태에서 RNA-기반 차폐제는 효소를 격리시키는 앱타머이고, 여기서 효소는 기질에 대해 작용하여 앱타머로부터 방출시 검출가능한 신호를 발생시키거나, 또는 앱타머는 앱타머로부터 방출 시 조합되어 검출가능한 신호를 발생시키는 작용제의 쌍을 격리시킨다.
다른 일례의 실시형태에서 RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 리간드 올리고뉴클레오티드 및 차폐성 성분이 부착되는 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일정한 일례의 실시형태에서, 검출가능한 리간드는 형광단이고 차폐성 성분은 소광제 분자이다.
다른 양상에서, 본 발명은 샘플 중에서 표적 RNA를 검출하기 위한 방법을 제공하고, 이 방법은 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 개별 이산 부피에 분포시키는 단계로서, 개별 이산 부피는 이펙터 단백질을 포함하는 CRISPR 시스템, 하나 이상의 가이드 RNA, RNA-기반 차폐성 구성체를 포함하는 것인 단계; 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 가이드 RNA가 하나 이상의 표적 분자와 결합할 수 있는 충분한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계; 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 표적 분자의 결합을 통해서 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시키는 단계로서, CRISPR 이펙터 단백질의 활성화는 그 결과로 RNA-기반 차폐성 구성체의 변형이 야기되어 검출가능한 양성 신호가 생성되는 것인 단계; 및 검출가능한 양성 신호를 검출하는 단계로서, 검출가능한 양성 신호의 검출은 샘플 중 하나 이상의 표적 분자의 존재를 의미하는 것인 단계를 포함한다.
다른 양상에서, 본 발명은 샘플 중에서 펩티드를 검출하기 위한 방법을 제공하고, 이 방법은 샘플 또는 샘플의 세트를 개별 이산 부피의 세트에 분포시키는 단계로서, 개별 이산 부피는 펩티드 검출 앱타머, 이펙터 단백질을 포함하는 CRISPR 시스템, 하나 이상의 가이드 RNA, RNA-기반 차폐성 구성체를 포함하고, 펩티드 검출 앱타머는 차폐된 RNA 중합효소 부위를 포함하고 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 구성된 것인 단계; 샘플 또는 샘플의 세트를 펩티드 검출 앱타머가 하나 이상의 표적 분자에 결합할 수 있는 충분한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계로서, 상응하는 표적 분자에 앱타머의 결합은 RNA 중합효소 결합 부위를 노출시켜 그 결과로 기폭제 RNA의 RNA 합성을 야기시키는 것인 단계; 하나 이상의 가이드 RNA와 기폭제 RNA의 결합을 통해서 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시키는 단계로서, CRISPR 이펙터 단백질의 활성화는 그 결과로 RNA-기반 차폐성 구성체의 변형을 야기시켜 검출가능한 양성 신호가 생성되는 것인 단계; 및 검출가능한 양성 신호를 검출하는 단계로서, 검출가능한 양성 신호의 검출은 샘플 중 하나 이상의 표적 분자의 존재를 의미하는 것인 단계를 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 이러한 방법은 샘플 RNA 또는 기폭제 RNA를 증폭시키는 단계를 더 포함한다. 다른 실시형태에서, RNA를 증폭시키는 단계는 NASBA 또는 RPA에 의한 증폭을 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질은 CRISPR 제VI형 RNA-표적화 이펙터 단백질, 예컨대 C2c2 또는 Cas13b이다. 다른 일례의 실시형태에서, C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아, 리스테리아, 코리네박터, 수테렐라, 레지오넬라, 트레포네마, 필리팩터, 유박테리움, 스트렙토코커스, 락토바실러스, 마이코플라스마, 박테로이데스, 플라비이볼라, 플라보박테리움, 스파에로차에타, 아조스피릴룸, 글루콘아세토박터, 네이세리아, 로세부리아, 파르비바큘럼, 스타필로코커스, 니트라티프락토르, 마이코플라스마 및 캄필로박터로 이루어진 군으로부터 선택된 유기체로부터 유래되거나, 또는 C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아 샤히이, 엘. 와데이, 리스테리아 실리게리, 라크노스피라과 박테리아, 클로스트리듐 아미노필럼, 카르노박테리움 갈리나럼, 팔루디박터 프로피오니시게네스, 리스테리아 웨이헨스테파넨시스, 리스테리아과 박테리아, 및 로도박터 캡술라터스로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특별한 실시형태에서, C2c2 이펙터 단백질은 엘. 와데이 F0279 또는 엘. 와데이 F0279 (Lw2) C2C2 이펙터 단백질이다.
일정한 일례의 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 질환 상태에 대한 진단인 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 디자인된다. 일정한 다른 일례의 실시형태에서, 질환 상태는 감염, 장기 질환, 혈액 질환, 면역계 질환, 암, 뇌 및 신경계 질환, 뇌분비 질환, 임신 또는 출산-관련 질환, 유전 질환, 또는 환경적-획득 질환, 암, 또는 진균 감염, 박테리아 감염, 기생충 감염, 또는 바이러스 감염이다.
일정한 일례의 실시형태에서, RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제하거나, 또는 RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호를 차폐하거나, 또는 대신 검출가능한 음성 신호를 발생시켜 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제하거나, 또는 RNA-기반 차폐성 구성체는 리포팅 구성체에 의해 코딩되는 유전자 생성물의 생성을 억제하는 침묵화 RNA를 포함하고, 유전자 생성물은 발현시 검출가능한 양성 신호를 발생시키거나, 또는 RNA-기반 차폐성 구성체는 음성 검출가능한 신호를 발생시키는 리보자임이고, 양성 검출가능한 신호는 리보자임이 불활성화될 때 발생된다. 다른 일례의 실시형태에서, 리보자임은 기질을 제1 상태로 전환시키고 기질은 리보자임이 불활성화될 때 제2 상태로 전환되거나, 또는 RNA-기반 차폐제는 앱타머이거나, 또는 앱타머는 효소를 격리시키고, 여기서 효소는 기질에 대해 작용하여 앱타머로부터 방출시 검출가능한 신호를 발생시키거나, 또는 앱타머는 앱타머로부터 방출시 조합되어 검출가능한 신호를 발생시키는 작용제의 쌍을 격리시킨다. 여전히 추가의 실시형태에서, RNA-기반 차폐성 구성체는 RNA 올리고뉴클레오티드의 제1 말단 상에 검출가능한 리간드 및 RNA 올리고뉴클레오티드의 제2 말단 상에 차폐성 성분을 갖는 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하거나, 또는 검출가능한 리간드는 형광단이고 차폐성 성분은 소광제 분자이다.
일례의 실시형태의 이들 양상 및 다른 양상, 목적, 특성, 및 장점은 예시적인 일례의 실시형태의 하기 상세한 설명을 고려하여 당업자에게 자명해 질 것이다.
도 1은 예로서 C2c2 기반 CRISPR 이펙터 시스템의 개략도이다.
도 2는 (A) 렙토트리키아 와데이 유래 CRISPR/C2c2 유전자좌의 개략도를 제공한다. LwC2c2 및 LshC2c2 시스템 유래의 대표적인 crRNA 구조가 도시되어 있다 (SEQ ID NO. 142 및 143). (B) C2c2 활성에 대한 생체내 박테리아 어세이의 개략도. 프로토스페이서는 앰피실린-내성 플라스미드의 베타-락타마제 유전자의 상류에 클로닝되고, 이 구성체는 표적화 또는 비효적화 스페이서와 함께 C2c2를 발현하는 이. 콜라이를 형질전환시킨다. 성공적인 형질전환체는 활성을 정량하기 위해 계측된다. (C) LwC2c2 및 LshC2c2 생체내 활성의 정량 (n=2 생물학적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (D) LwC2c2의 최종 크기 배제 겔 여과. (E) LwC2c2 단계식 정제의 쿠마시 블루 염색된 아크릴아미드 겔. (F) 상이한 PFS 표적에 대한 LwC2c2의 활성. LwC2c2는 스페이서가 측접된 가변성 3' PFS를 갖는 형광성 RNA에 대해 표적화되었고, 반응 생성물은 변성 겔 상에서 가시화되었다. LwC2c2는 G PFS에 대해 약간의 선호도를 보인다.
도 3-6은 3시간 동안 5분 간격으로 측정된, (96+48)*2 = 288회 반응으로, crRNA, crRNA 무함유 조건, 기술적 중복물의 2개 풀로, 4종의 상이한 양의 단백질/crRNA (1:4, 1:16, 1:32, 1:64)에 의한 1 ㎍, 100 ng, 10 ng, 및 1 ng의 표적을 사용한 상이한 희석물에서 일례의 차폐성 구성체의 검출을 도시한다.
도 7 - 일정한 일례의 실시형태에 따라서, 차폐성 구성체 및 CRISPR 이펙터 단백질을 사용한 일례의 검출 계획의 계략도를 제공한다.
도 8 - 상이한 풀의 가이드 RNA를 사용해 표적을 검출할 때 시간 경과에 따른 형광도의 변화를 도시하는 그래프의 세트를 제공한다.
도 9 - CRISPR 이펙터 단백질의 다양한 농도에서 표적 RNA의 상이한 희석에 걸쳐 검출된 정규화된 형광도를 도시하는 그래프를 제공한다.
도 10 - NASBA 증폭 반응의 일반 단계를 도시하는 개략도이다.
도 11 - 3종의 상이한 프라이머 세트를 사용하여 NASBA에서 증폭시키고 나서 소광된 형광성 프로브를 사용한 C2c2 부차적 검출이 수행된 핵산 표적 ssRNA 1의 검출을 도시하는 그래프를 제공한다. (n=2 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄)
도 12 - 부차적 효과가 렌티바이러스 표적 RNA의 존재를 검출하는데 사용될 수 있다는 것을 보여주는 그래프를 제공한다.
도 13 - 부차적 효과 및 NASBA가 aM 농도에서 종을 검출할 수 있다는 것을 입증하는 그래프를 제공한다.
도 14 - 부차적 효과 및 NASBA가 저농도 샘플을 신속하게 구별한다는 것을 입증하는 그래프를 제공한다.
도 15 - 특정한 시점에서 정규화된 형광도가 샘플 투입 농도를 예측한다는 것을 도시한다. 증폭없이 Cas13a 검출에 의한 형광도 측정은 투입 RNA 농도와 상관성이 있다. (n=2 생물학적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 16 - 반응에 참여하는 성분을 보여주는 RPA 반응의 개략도를 제공한다.
도 17 - SHERLOCK의 개략도로서, RPA 또는 그에 따라 RT-RPA 단계의 도입을 통해서 DNA 또는 RNA 표적 둘 모두의 검출을 보여주는 개략도를 제공한다. 표적 RNA의 인식 시, 부차적 효과는 C2c2가 절단성 리포터를 절단하게 하여, 형광이 발생된다. RNA 또는 DNA의 단일-분자의 양은 리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA)을 통해서 DNA로 증폭될 수 있고 전사되어 RNA를 생성시키고, 그 이후에 C2c2에 의해 검출된다.
도 18 - C2c2 부차적 검출을 통해 검출된 ssRNA 표적의 개략도를 제공한다 (SEQ ID NO. 144 및 145).
도 19 - RPA를 사용한 단일분자 DNA 검출을 입증하는 그래프 세트를 제공한다 (즉, C2c2 첨가의 15분 이내).
도 20 - RPA 반응물에 T7 중합효소의 혼합이 DNA 검출에 부정적으로 영향을 미치지 않는다는 것을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다.
도 21 - RPA 반응물에 중합효소의 혼합이 DNA 검출에 부정적으로 영향을 미치지 않는다는 것을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다.
도 22 - RPA, T7 전사, 및 C2c2 검출 반응은 동시에 인큐베이션했을 때 단일 분자 검출을 달성하고 호환적이라는 것을 입증하는 그래프를 제공한다 (n=2 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 23 - 신속한 RPA-RNA 인큐베이션 시간의 효율을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다.
도 24 - T7 중합효소의 양 증가는 RPA-RNA에 대한 감도를 증대시킨다는 것을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다.
도 25 - 1.5x 효소에 의한 원-포트 반응을 사용한 RPA-DNA 검출 어세이의 결과를 도시한 그래프의 세트를 제공한다. 단일 분자 (2aM) 검출이 30분 정도로 조기에 획득되었다.
도 26 - RPA-DNA 원-포트 반응이 투입 농도에 비해 형광도의 정량적 감소를 입증한다는 것을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다. 적합화된 곡선은 표적 투입 농도 및 출력 형광도 간 상관성을 밝혀준다.
도 27 - (A) 증폭없는 RNA의 C2c2 검출은 50 fM에 이르는 농도에서 ssRNA 표적을 검출할 수 있고 (n=2 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄), (B) RPA-C2c2 반응이 단일-분자 DNA 검출을 할 수 있다 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄)는 것을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다.
도 28 - 일정한 일례의 실시형태에 따라서 발생된 C2c2 신호가 종이 기재 상에서 20 pM 표적을 검출할 수 있다는 것을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다.
도 29 - 특이적인 RNAse 억제제가 종이 상에서 배경 신호를 제거할 수 있다는 것을 보여주는 그래프를 제공한다.
도 30 - 유리 섬유 기재 상에서 일정한 일례의 실시형태에 따른 시스템을 사용한 검출을 보여주는 그래프의 세트이다.
도 31 - 다음을 제공하는 그래프의 세트를 제공한다: (A) 일정한 일례의 실시형태에 따른 지카 RNA 검출의 계략도. 렌티바이러스는 C2c2 부차적 검출에 의해 표적화된 지카 RNA 또는 상동성 뎅기 RNA 단편으로 패키징되었다. 배지는 48시간 후에 회수하여 열 용해, RT-RPA, 및 C2c2 검출을 수행한다. (B) RT-RAP-C2c2 검출은 지카 렌티바이러스 입자의 고도로 민감한 검출을 할 수 있다 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; *****, p<0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (C) 일정한 일례의 실시형태에 따른, 종이 상의 동결-건조된 C2c2를 사용한 지카 RNA 검출의 개략도. (D) 종이-기반 어세이는 지카 렌티바이러스 입자의 고도로 민감한 검출을 할 수 있다 (n-4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p<0.0001; **, p<0.01, 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 32 - 다음을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다: (A) 인간 혈청으로부터 단리된 지카 RNA의 C2c2 검출에 대한 개략도. 혈청 중 지카 RNA에 대해 역전사, RNA의 RNase H 분해, cDNA의 RPA, 및 C2c2 검출이 수행된다. (B) C2c2는 인간 지카 혈청 샘플의 고도로 민감한 검출을 할 수 있다. 표시된 지카 RNA의 농도는 qPCR로 검증하였다 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 33 - 다음을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다: (A) 동결-건조된 C2c2가 낮은 펨토몰라 범위에서 ssRNA 1의 민감한 검출을 할 수 있다. C2c2는 액상 형태 (B) 또는 동결 건조 (C)로 종이 상에서 200 pM ssRNA 1 표적의 신속한 검출을 할 수 있다. 반응은 용액 중 (D) (n=3) 및 동결-건조 형태 (E) (n=3)로 합성된 지카 RNA 단편의 민감한 검출을 할 수 있다. (F) 투입 농도 및 검출된 형광도 간 유의한 상관성을 보여주는 인간 지카 cDNA 검출에 대한 정량적 곡선. (G) ssRNA1 1의 C2c2 검출은 다양한 양의 인간 혈청 존재 하에서 수행되었다 (달리 표시하지 않으면 n=2 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 34 - (A) 범용 V3 RPA 프라이머 세트를 사용한 박테리아 게놈 유래의 16S rRNA 유전자의 C2c2 검출의 개략도, 및 (B) 일정한 일례의 실시형태에 따라 수행된 어세이를 사용한 이. 콜라이 또는 피. 애루지노사 gDNA의 민감하고 특이적인 검출을 획득하는 능력을 제공한다 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). Ec, 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli); Kp, 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae); Pa, 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa); Mt, 마이코박테리움 튜버큘로시스 (Mycobacterium tuberculosis); Sa, 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus).
도 35 - 다음을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다: (A) 클렙시엘라 뉴모니아에의 4종의 상이한 임상 단리주 유래의 2종의 상이한 카르바페넴-내성 유전자 (KPC 및 NDM-1)의 검출, 및 (B) 카르바페넴-내성 유전자의 검출 (파트 A)이 KPC 및 NDM-1 crRNA 어세이 간 신호의 비율로서 정규화된다 (n=2 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 36 - 다음을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다: (A) C2c2가 단일 미스매치에 민감하지 않지만, 추가의 미스매치를 갖는 crRNA와 로딩될 때 표적 내 단일 뉴클레오티드 편차를 구별할 수 있다. ssRNA 표적 1-3은 crRNA 내 다양한 위치에 합성 미스매치를 함유하는 10종의 스페이서를 갖는 11종의 crRNA로 검출되었다. 미스매치된 스페이서는 표적 1의 감소된 절단을 보이지 않았지만, 미스매치 표적 2 및 3의 억제된 절단을 보였다 (SEQ ID NO. 146 내지 159). (B) 합성 미스매치를 갖는 단일-염기 특이적 스페이서의 합리적 디자인을 위한 과정을 도시한 개략도. 합성 미스매치는 SNP 또는 관심 염기에 근접하여 위치된다 (SEQ ID NO. 160 내지 164). (C) 균주 SNP의 고도로 특이한 검출은 절두된 (23개 뉴클레오티드) crRNA에 의한 C2c2 검출을 사용하여 오직 하나의 뉴클레오티드가 상이한 아메리카 RNA 표적에 대해 지카 아프리카의 구별을 가능하게 한다 (n=2 기술적 복제물, 단측 스튜던트 t-검정; *, p < 0.05; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 37 - 다음을 입증하는 세트의 그래프를 제공한다: (A) 검출에 사용된 지카 균주 표적 영역 및 crRNA 서열의 개략도 (SEQ ID NO. 165 내지 170). 표적 내 SNP는 붉은색 또는 파란색으로 강조되고 가이드 서열 내 합성 미스매치는 붉은색으로 표시된다. (B) 균주 SNP의 고도로 특이적인 검출은 SHERLOCK을 사용하여 아메리카 RNA 표적에 대해 지카 아프리카 표적의 구별을 가능하게 한다 (n=2 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄) (SEQ ID NO. 171 내지 176). (C) 검출에 사용된 뎅기 균주 표적 영역 및 crRNA 서열의 개략도. 표적의 SNP는 붉은색 또는 파란색으로 강조되어 있고 가이드 서열의 합성 미스매치는 붉은색으로 표시된다. (D) 균주 SNP의 고도로 특이적인 검출은 SHERLOCK를 사용하여 균주 3 RNA 표적 대비 뎅기 균주 1의 구별을 가능하게 한다 (n=2 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 38 - 다음을 도시한 그래프의 세트를 제공한다: (A) C2c2로 검출된 인간 SNP의 위치를 도시한 서코스 그래프. (B) 일정한 일례의 실시형태에 따라서 수행된 어세이는 인간 SNP들을 구별할 수 있다. SHERLOCK은 인간 게놈의 4종의 상이한 SNP 부위에서 4종의 상이한 개체를 정확하게 유전자형분석할 수 있다. 각 개체에 대한 유전자형 및 대립유전자-감지 crRNA의 정체는 각 그래프의 아래에 주석을 달았다 (n=4 기술적 복제물; 양측 스튜던트 t-검정; *, p < 0.05; **, p < 0.01; ***, p < 0.001; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (C) 일정한 일례의 실시형태에 따른 cfDNA의 검출을 위한 과정의 개략도 (예컨대 암 돌연변이의 세포-무함유 DNA 검출). (D) EGFR L858R 및 BRAF V600E를 검출하기 위한 예로서 crRNA 서열. (SEQ ID NO. 177 내지 182). 세포-무함유 DNA의 암 돌연변이에 대해 어세이된 2종 게놈 유전자좌의 서열. 파란색으로 강조된 SNP를 갖는 표적 게놈 서열 및 붉은색으로 표시된 합성 미스매치를 갖는 돌연변이체/야생형 감지 crRNA 서열이 도시되어 있다.
도 39 - C2c2가 EGFR L858R (C) 또는 BRAF V600E (B) 소수 대립유전자 유래의 모의 세포-무함유 DNA 샘플에서 돌연변이체 소수 대립유전자를 검출할 수 있다는 것을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다. (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; *, p<0.05; **, p<0.01, ****, P<0.0001; 막대는 ± s.e.m.를 나타냄)
도 40 - 다음을 입증하는 그래프의 세트를 제공한다: (A) 어세이는 rs5082에서 유전자형을 구별할 수 있다 (n=4 기술적 복제물; *, p < 0.05; **, p < 0.01; ***, p < 0.001; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (B) 어세이는 원심분리하여, 변성 및 끓인 타액에서 직접 유래된 gDNA의 rs601338에서 유전자형을 구별할 수 있다 (n=3 기술적 복제물; *, p < 0.05; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 41 - 다음을 제공한다: (A) 오직 단일 미스매치만이 ssDNA 1과 상이한 표적의 배경에서 ssDNA 1에 대해 수행된 일례의 실시형태의 개략도. (B) 어세이는 미스매치된 배경 (ssDNA와 오직 단일 미스매치만 상이한 표적)의 존재 하에서 ssDNA 1의 단일 뉴클레오티드 특이성 검출을 획득한다. 표적 DNA의 다양한 농도를 하나의 미스매치를 갖는 과량의 배경 DNA와 조합하고 어세이로 검출하였다.
도 42 는 상이한 염료 Cy5를 갖는 차폐성 구성체가 또한 효과적인 검출을 가능하게 한다는 것을 보여주는 그래프이다.
도 43 은 금 나노입자 비색 기반 어세이의 개략도이다. AuNP는 DNA 링커 및 RNA 브릿지의 조합을 사용해 응집된다. RNase 활성의 첨가 시, ssRNA 브릿지가 절단되고 AuNP가 방출되어, 붉은색 쪽으로의 특징적인 색상 이동이 야기된다.
도 44 는 520 nm에서 분산된 나노입자의 색상 이동을 검출하는 능력을 도시하는 그래프이다. 나노입자는 도 43에 도시된 일례의 실시형태를 기반으로 하였고 다양한 농도에서 RNase A의 첨가를 사용해 분산되었다.
도 45 는 RNase 비색 시험이 정량적이라는 것을 도시하는 그래프이다.
도 46 은 분산된 나노입자에서 색상 이동이 시각적으로 검출가능하다는 것을 도시한 마이크로웰 플레이트의 사진이다.
도 47 은 비색 이동이 종이 기재 상에서 가시적이라는 것을 입증하는 사진이다. 시험은 10분 동안 37℃에서 유리 섬유 934-AH 상에서 수행되었다.
도 48 은 단백질 또는 소형 분자의 검출을 위한 일정한 일례의 실시형태에 따른 입체형태 전환 앱타머의 개략도이다. 결찰된 생성물 (B)은 미결찰된 투입 생성물을 검출할 수 없는 RNA-표적화 이펙터에 대한 완벽한 표적으로서 사용된다 (SEQ ID NO. 202 및 424).
도 49 는 앱타머-기반 결찰이 RPA-검출가능한 기재를 생성시킬 수 있다는 것을 보여주는 겔의 이미지이다. 앱타머는 다양한 수준의 트롬빈과 인큐베이션된 후에 프로브로 결찰되었다. 결찰된 구성체는 3분 RPA 반응을 위한 주형으로서 사용되었다. 500 nM 트롬빈은 배경값보다 유의하게 더 높은 수준의 증폭된 표적을 갖는다.
도 50 은 선택된 C2c2 오르쏘로그의 HEPN 도메인의 아미노산 서열을 도시한다 (SEQ ID NO. 204-233).
도 51 - RPA 증폭 (SHERLOCK)에 의한 RNA의 Cas13a 검출은 Cas13a 단독보다 훨씬 민감하게, ∼2 aM에 이르는 농도에서 ssRNA를 검출할 수 있다 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 52 - Cas13a 검출은 바이러스 및 박테리아 병원체를 감지하는데 사용될 수 있다. (A) 인간 임상 샘플로부터 단리된 ZIKV RNA의 SHERLOCK 검출의 개략도. (B) SHERLOCK은 인간 ZIKV-양성 혈청 (들) 또는 소변 (U) 샘플의 고도로 민감한 검출을 할 수 있다. 도시된 ZIKV RNA의 대략적인 농도는 qPCR에 의해 결정되었다. (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄; n.d., 검출 안됨).
도 53 - 프라이머 세트 2 (도 11의 것) 및 SHERLOCK과 NASBA에 의한 ssRNA 1의 검출의 비교. (n=2 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄)
도 54 - RPA 및 단일-반응 SHERLOCK에 의한 핵산 증폭. (A) 도 1C에서 사용된 희석물에 대한 ssRNA 1의 디지털-액적 PCR 정량. ddPCR 결과를 기반으로 희석물에 대해 조정된 농도는 막대 그래프 위에 표시된다. (B) 도 1D에서 사용된 희석물에 대한 ssDNA 1의 디지털-액적 PCR 정량. ddPCR 결과를 기반으로 희석물에 대해 조정된 농도는 막대 그래프 위에 표시된다. (C) RPA, T7 전사, 및 Cas13a 검출 반응은 상용성이고 동시에 인큐베이션 될 때 DNA 1의 단일 분자 검출을 획득한다. (n=3 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; n.s., 유의하지 않음; **, p < 0.01; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 55 - SHERLOCK과 다른 민감한 핵산 검출 도구의 비교. (A) 디지털-액적 PCR에 의한 ssDNA 1 연속 희석물의 검출 분석 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; n.s., 유의하지 않음; *, p < 0.05; **, p < 0.01; ****, p < 0.0001; 붉은색 선은 평균을 나타내고, 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄. 측정 카피/㎕가 10-1 미만인 샘플은 도시하지 않음). (B) 정량적 PCR에 의한 ssDNA 1 연속 희석물의 검출 분석 (n=16 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; n.s., 유의하지 않음; **, p < 0.01; ****, p < 0.0001; 붉은색 선은 평균을 나타내고, 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄. 상대적 신호가 10-10 미만인 샘플은 도시하지 않음). (C) SYBR Green II에 의한 RPA로 ssDNA 1 연속 희석물의 검출 분석 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; *, p < 0.05; **, p < 0.01; 붉은색 선은 평균을 나타내고, 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄. 상대적 신호가 100 미만인 샘플은 도시하지 않음). (D) SHERLOCK에 의한 ssDNA 1 연속 희석물의 검출 분석 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; **, p < 0.01; ****, p < 0.0001; 붉은색 선은 평균을 나타내고, 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄. 상대적 신호가 100 미만인 샘플은 도시하지 않음). (E) 4개 유형의 검출 방법에서 일련의 ssDNA 1 희석물에 대한 변동 계수 백분율. (F) 4개 유형의 검출 방법에서 6e2, 6e1, 6e0, 및 6e-1의 ssDNA 1 희석물에 대한 변동 계수의 평균 백분율 (막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 56 - 임상적 박테리아 단리주에서 카르바파넴 내성의 검출. 이. 콜라이 대조군 및 클렙시엘라 뉴모니아에의 5종의 임상 단리주 유래의 2종의 상이한 카르바페넴-내성 유전자 (KPC 및 NDM-1)의 검출 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; ****, p < 0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄; n.d., 검출 안됨).
도 57 - 표적 서열 내 단일 미스매치 및 절두된 스페이서에 대한 LwCas13a 감도의 특징규명. (A) (B)-(G)에서 사용된 절두된 스페이서 crRNA의 서열 (SEQ ID NO. 425-436). 또한 붉은색으로 강조된 단일한 염기쌍 편차를 갖는 ssRNA 1 및 2의 서열이 도시되어 있다. 합성 미스매치를 함유하는 crRNA는 붉은색으로 표시된 미스매치 위치를 보여준다. (B) 위치 1-7에 합성 미스매치를 갖는 28 nt 스페이서 crRNA의 경우 ssRNA 1 및 2에 대한 부차적 절단 활성 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (C) (B)에서 시험된 crRNA의 특이성 비율. 특이성 비율은 표적-적중 (on-target) RNA (ssRNA 1) 부차적 절단 대 표적-외 (off-target) RNA (ssRNA 2) 부차적 절단의 비율로서 계산된다 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (D) 위치 1-7에 합성 미스매치를 갖는 23 nt 스페이서 crRNA의 경우 ssRNA 1 및 2에 대한 부차적 절단 활성 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (E) (D)에서 시험된 crRNA의 특이성 비율. 특이성 비율은 표적-적중 RNA (ssRNA 1) 부차적 절단 대 표적-외 RNA (ssRNA 2) 부차적 절단의 비율로서 계산된다 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (F) 위치 1-7에 합성 미스매치를 갖는 20 nt 스페이서 crRNA의 경우 ssRNA 1 및 2에 대한 부차적 절단 활성 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (G) (F)에서 시험된 crRNA의 특이성 비율. 특이성 비율은 표적-적중 RNA (ssRNA 1) 부차적 절단 대 표적-외 RNA (ssRNA 2) 부차적 절단의 비율로서 계산된다 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 58 - 표적 서열 내 돌연변이에 대한 이상적인 합성 미스매치 위치의 동정. (A) ssRNA 1 및 ssRNA 사이의 돌연변이를 검출하기 위한 이상적인 합성 미스매치 위치의 평가를 위한 서열 (SEQ ID NO. 437 - 462). 각각의 표적 상에서, 색상 (붉은색) 표시된 위치에 합성 미스매치를 갖는 crRNA가 시험된다. 각각의 합성 미스매치 crRNA의 세트는 돌연변이 위치가 스페이서의 서열에 대한 위치로 이동되게 디자인된다. 스페이서는 돌연변가 스페이서 내 위치 3, 4, 5, 및 6에서 평가되도록 디자인된다. (B) 다양한 위치에 합성 미스매치를 갖는 crRNA의 경우 ssRNA 1 및 2에 대한 부차적 절단 활성. 스페이서:표적 듀플렉스 영역 내 위치 3, 4, 5 또는 6에 돌연변이를 갖는 crRNA의 4개 세트가 존재한다 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (C) (B)에서 시험된 crRNA의 특이성 비율. 특이성 비율은 표적-적중 RNA (ssRNA 1) 부차적 절단 대 표적-외 RNA (ssRNA 2) 부차적 절단의 비율로서 계산된다 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 59 - 추가 유전자좌에서 SHERLOCK에 의한 유전자형 분석 및 끓인 타액으로부터 직접 유전자형 분석. SHERLOCK은 원심분리되고, 변성된, 끓인 타액으로부터 직접 유래된 게놈 DNA의 rs601338 SNP 부위에서 유전자형들을 구별할 수 있다 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; **, p < 0.01; ****, p < 0.001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 60 - 정확한 유전자형 인간 SNP에 대한 합성 유전자형 표준물의 개발. (A) PCR-증폭된 유전자형 표준물에 대해 비교된 4 개체 각각에 대한 rs601338 SNP 부위에서의 SHERLOCK에 의한 유전자형 분석 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (B) PCR-증폭된 유전자형 표준물에 대해 비교된 4 개체 각각에 대한 rs4363657 SNP 부위에서의 SHERLOCK에 의한 유전자형 분석 (n=4 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). (C) rs601338 SNP 부위에서 각각의 개체 및 합성 표준물에 대한 SHERLOCK 결과 간 산출된 p-값의 히트맵. 히트맵은 각각의 대립유전자-감지 crRNA에 대해 도시된다. 히트맵 색상 맵은 비유의성 (p > 0.05)은 붉은색이고 유의성 (p < 0.05)은 파란색이도록 조정된다 (n=4 기술적 복제물, 일원 ANOVA). (D) rs4363657 SNP 부위에서 각각의 개별 및 합성 표준물에 대한 SHERLOCK 결과 간에 산출된 p-값의 히트맵. 히트맵은 대립유전자-감지 crRNA 각각에 대해 도시되어 있다. 히트맵 색상 맵은 비유의성 (p > 0.05)은 붉은색이고 유의성 (p < 0.05)은 파란색이도록 조정된다 (n=4 기술적 복제물, 일원 ANOVA). (E) SHERLOCK 유전자형 분석의 p-값 히트맵 결과를 이해하기 위한 가이드. 유전자형 분석은 개체 및 대립유전자 합성 표준물 간에 p-값 > 0.05에 상응하는 대립유전자를 선택하여 쉽게 판정될 수 있다. 붉은색 블록은 합성 표준물 및 개체의 SHERLOCK 결과 간 비유의한 편차 및 그에 따라 유전자형-양성 결과에 상응한다. 파란색 블록은 합성 표준물 및 개체의 SHERLOCK 결과 간 유의한 편차 및 그에 따라 유전자형-음성 결과에 상응한다.
도 61 - 미스매치된 배경 표적 중 소분획으로서 ssDNA 1의 검출. 인간 게놈 DNA의 배경 상에서 ssDNA 1의 연속 희석물의 SHERLOCK 검출. 검출하려는 ssDNA 1 표적 및 배경 게놈 DNA 간에 서열 유의성이 없어야 한다는 것을 주의한다 (n=2 기술적 복제물; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 62 - 지카 바이러스를 갖는 환자 유래의 소변 (A) 또는 혈청 (B) 샘플을 5분 동안 95℃ (소변) 또는 65℃ (혈청)에서 가열 불활성화시켰다. 일례의 실시형태에 따라서 1 마이크로리터의 불활성화된 소변 또는 혈청이 2시간 RPA 반응과 이후 3시간 C2c2/Cas13a 검출 반응을 위한 투입물로서 사용되었다. 오차 막대는 검출 반응에 대한 n=4 기술적 복제물을 기반으로 1 SD를 의미한다.
도 63 - 지카 바이러스를 갖는 환자 유래 소변 샘플은 5분 동안 95℃에서 열-불활성화되었다. 일례의 실시형태에 따라서, 1 마이크로리터의 불활성화된 소변을 30분 RPA 반응과 이후 3시간 (A) 또는 1시간 (B) C2c2/Cas13 검출 반응을 위한 투입물로서 사용하였다. 오차 막대는 검출 반응에 대한 n=4 기술적 복제물을 기반으로 1 SD를 의미한다.
도 64 - 지카 바이러스를 갖는 환자 유래 소변 샘플을 5분 동안 95℃에서 열-불활성화시켰다. 1 마이크로리터의 불활성화된 소변을 20분 RPA 반응과 이후에 1시간의 C2c2/Cas13a 검출 반응을 위한 투입물로서 사용하였다. 건강한 인간 소변은 음성 대조군으로서 사용하였다. 오차 막대는 검출 반응을 위한 n=4 기술적 복제물을 기반으로 1 SD를 의미한다.
도 65 - 지카 바이러스를 갖는 환자 유래의 소변 샘플은 5분 동안 95℃에서 열-불활성화시켰다. 1 마이크로리터의 불활성화된 소변을 20분 RPA 반응과 이후에 가이드 RNA의 존재 또는 부재 하에서 1시간 C2c2/Cas13a 검출 반응을 위한 투입물로서 사용하였다. 데이타는 가이드를 함유하는 검출 반응으로부터 가이드 무함유 검출 반응의 평균 형광도 값을 차감하여 정규화된다. 건강한 인간 소변은 음성 대조군으로서 사용되었다. 오차 막대는 검출 반응에 대한 n=4 기술적 복제물을 기반으로 1 SD를 의미한다.
도 66 - 일례의 실시형태에 따라서, 4종의 상이한 가이드 RNA 디자인에 의한 2종의 말라리아 특이적 표적의 검출을 도시한다 (SEQ ID NO. 463-474).
도 67 - 상이한 Cas13b 오르쏘로그의 편집 선호도를 도시하는 그래프를 제공한다. 핵심은 표 3을 참조한다.
도 68 - A) 상이한 편집 선호도의 상이한 Cas13b 오르쏘로그를 사용한 복합 어세이의 개략도, 및 B) Cas13b10 및 Cas13b5를 사용한 이러한 어세이의 실행가능성을 입증하는 데이타를 제공한다.
도 69 - Cas13b5 (프레보텔라 sp. MA2106) 및 Cas13b9 (프레보텔라 인터메디아) 오르쏘로그에 의한 이중 복합화를 도시한 그래프를 제공한다. 이펙터 단백질 및 가이드 서열 둘 모두가 동일한 반응에 함유되어 상이한 형광 판독 (폴리 U 530nm 및 폴리 A 485nm)을 사용하는 동일 반응에서 이중 복합화를 가능하게 하였다.
도 70 - 도 69와 동일하지만 이 예에서는 Cas13a (렙토리키아 와데이 LwaCas13a) 오르쏘로그 및 Cas13b 오르쏘로그 (프레보텔라 sp. MA2016, Cas13b5)를 사용하는 것을 제공한다.
도 71 - 일정한 일례의 실시형태에 따라, 표적화의 강건성을 결정하기 위해 다수 가이드 서열로 표적 서열을 틸팅하기 위한 방법을 제공한다 (SEQ. I.D. No. 475 및 476).
도 72 - Cas13 이펙터 단백질이 하이브리드화 연쇄 반응을 활성화시키도록, 본 명세서에 기술된 바와 같은 예를 들어 차폐성 구성체에 도입되는 개시제로서, 개시제를 해제시키는데 사용될 수 있다는 것을 보여주는 하이브리드 연쇄 반응 (HCR) 겔을 제공한다.
도 73 - 복합 용해물에서 슈도모나스 애루지노사를 검출하는 능력을 도시한 데이타를 제공한다.
도 74 - 일정한 일례의 실시형태에 따라 일정한 Cas13 오르쏘로그의 이온 선호도를 보여주는 데이타를 제공한다. 모든 표적 농도는 20 nM 투입량이었고 이온 농도는 (1 mM 및 10 mM)였다.
도 75 - Cas13b12가 절단을 위해 1 mM 징크 술페이트 선호도를 갖는 것을 보여주는 데이타를 제공한다.
도 76 - 완충제 최적화가 폴리 A 리포터 상의 Cas13b5의 노이즈에 대해 신호를 증대시킬 수 있다는 것을 보여주는 데이타를 제공한다. 이전 완충제는 40 mM의 Tris-HCL, 60 mM의 NaCl, 6 mM의 MgCl2, pH 7.3을 포함한다. 신규 완충제는 20 mM의 HEPES pH 6.8, 6 mM의 MgCl2 및 60 mM의 NaCl을 포함한다.
도 77 - VI-A/C형 Crispr 시스템 및 VI-B1형 및 B2형 시스템의 개략도를 비롯하여 대표적인 Cas13b 오르쏘로그의 계통도를 제공한다.
도 78 - 다양한 Cas13b 오르쏘로그의 상이한 뉴클레오티드 및 LwCas13a에 대한 상대적 절단 활성을 제공한다.
도 79 - 다양한 예의 Cas13 오르쏘로그의 상대적 감도를 보여주는 그래프를 제공한다.
도 80 - 일례의 실시형태를 사용하여 젭토 몰 (zM) 수준의 검출을 획득하는 능력을 보여주는 그래프를 제공한다.
도 81 - 상이한 편집 선호도를 갖는 Cas13 오르쏘로그 및 폴리 N 기반 차폐성 구성체를 사용한 복합 어세이의 개략도를 제공한다.
도 82 - 다양한 조건에서 슈도모나스의 검출 및 프라이머 최적화 실험의 결과를 보여주는 데이타를 제공한다.
도 83 - RNA-가이드된 RNA-표적화 효소의 Cas13b 패밀리의 생화학적 특징규명 및 증가된 감도 및 정량적 SHERLOCK을 예시한다. A) CRISPR-Cas13 유전자좌 및 crRNA 구조의 개략도. B) A, C, G, 또는 U 염기의 헥사머 동종중합체로 이루어진 센서 프로브에 의한 15종 Cas13b 오르쏘로그 표적화 ssRNA 1의 염기 선호도의 히트맵. C) LwaCas13a 및 PsmCas13b에 대한 절단 모티프 선호도 발굴 스크린 및 바람직한 2-염기 모티프의 개략도. 히트맵에 표시된 값은 모든 감손된 모티프에 걸친 각각의 2-염기의 계측치이다. 모티프는 -log2(표적/표적-무함유) 값이 LwaCas13a 조건 하에서 1.0 이상이거나 또는 PsmCas13b 조건 하에서 0.5 이상이면 감손된 것으로 간주된다. -log2(표적/표적-무함유) 값에서, 표적 및 표적-무함유는 각각 표적 및 표적-무함유 조건에서 모티프의 빈도를 표시한다. D) U6 또는 A6 센서 프로브에 의한 PsmCas13b 및 LwaCas13a 표적화 ssRNA 1의 오르쏘로그 염기 선호도. E) 뎅기 ssRNA 표적을 표적으로 하는 LwaCas13a 및 PsmCas13b에 의한 단일 분자 SHERLOCK 검출. F) ssRNA 표적 1을 표적화하는 증가된 감도를 위해 대량 반응 부피로 LwaCas13a 및 PsmCas13b에 의한 단일 분자 SHERLOCK 검출. G) 다양한 RPA 프라이머 농도에서 피. 애루지노사 합성 DNA의 정량. H) 검출된 형광도로 피. 애루지노사 합성 DNA 농도의 보정.
도 84 - 오르쏘고날 Cas13 효소에 의한 샘플-중 복합 SHERLOCK을 예시한다. A) 오르쏘고날 Cas13 효소를 사용한 샘플-중 복합화의 개략도. B) LwaCas13a 및 PsmCas13b 부차적 활성에 의한 20 nM의 지카 및 뎅기 합성 RNA의 샘플-중 다중화 검출. C) LwaCas13a 및 PsmCas13b에 의한 에스. 아우레우스 써모뉴클레아제 및 피. 애루지노사 아실트랜스퍼라제 합성 표적의 감소 농도에서 샘플-중 복합 RPA 및 부차적 검출. D) LwaCas13a 및 CcaCas13b에 의한 rs601338에서 인간 샘플을 사용한 복합 유전자형 분석. E) 질환 대립유전자의 검출, REPAIR 에 의한 교정, 및 REPAIR 교정의 평가에 대한 테라노스틱 시간표의 개략도. F) LwaCas13a 및 PsmCas13b에 의한 건강- 및 질환-모의 샘플 유래 APC 대립유전자의 샘플-중 복합 검출. G) 표적화된 APC 돌연변이에서 REPAIR 편집 효율의 정량화. H) LwaCas13a 및 PsmCas13b에 의한 REPAIR 표적화 및 비표적화 샘플 유래 APC 대립유전자의 샘플-중 복합 검출.
도 85 - 시험관내 부차적 활성을 위해 정제 및 평가된 15종의 Cas13b 오르쏘로그의 계통도를 제공한다. Cas13b 유전자 (파란색), Csx27/Csx28 유전자 (붉은색/노란색), 및 CRISPR 어레이 (회색)가 도시되어 있다.
도 86 - Cas13 오르쏘로그의 단백질 정제를 예시한다. A) 본 연구에서 사용된 Cas13b, LwCas13a 및 LbaCas13a에 대한 크기 배제 크로마토그래피의 크로마토그램. 측정된 UV 흡광도 (mAU)는 용리 부피 (mL)에 대해 표시되어 있다. B) 정제된 Cas13b 오르쏘로그의 SDS-PAGE 겔. 14종의 Cas13b 오르쏘로그를 좌측에서 우측으로 로딩한다. 단백질 래더는 좌측에 표시되어 있다. C) LbaCas13a 희석물 (우측) 및 BSA 표준물 적정 (좌측)의 최종 SDS-PAGE 겔. BSA의 5개 희석물 및 LbaCas13의 2개가 도시되어 있다.
도 87 - Cas13b 오르쏘로그 부차적 절단의 염기 선호도를 예시하는 그래프를 도시한다. A) 동종중합체 아데닌 센서 6개 뉴클레오티드 길이를 사용한 ssRNA 1을 표적화하는 14종의 Cas13b 오르쏘로그의 절단 활성. B) 동종중합체 우리딘 센서 6개 뉴클레오티드 길이를 사용한 ssRNA 1을 표적화하는 14종의 Cas13b 오르쏘로그의 절단 활성. C) 동종중합체 구아닌 센서 6개 뉴클레오티드 길이를 사용한 ssRNA 1을 표적화하는 14종의 Cas13b 오르쏘로그의 절단 활성. D) 동종중합체 시티딘 센서 6개 뉴클레오티드 길이를 사용한 ssRNA 1을 표적화하는 14종의 Cas13b 오르쏘로그의 절단 활성.
도 88 - Cas13 부차적 절단 후 무작위 모티프-라이브러리의 크기 분석을 도시한다. RNase 활성 이후에 라이브러리 크기의 변화를 보여주는 LwaCas13a-, PsmCas13b-, CcaCas13b-, 및 RNase A-처리된 라이브러리 샘플에 대한 생물분석기 추적. Cas13 오르쏘로그는 뎅기 ssRNA를 표적으로 하고 부차적 절단에 기인하여 무작위 모티프-라이브러리를 절단한다. 마커 표준물은 제1 레인에 표시되어 있다.
도 89 - RNase에 의한 절단 이후 다양한 모티프의 대표자를 도시한다. A) 5분 및 60분 시점에 LwaCas13a, PsmCas13b, CcaCas13b, 및 RNase A에 대한 표적 대 표적-무함유 비율의 모티프 분포를 도시하는 상자 그래프. RNase A 비율은 3종의 Cas13 표적-무함유 조건의 평균과 비교하였다. 비율은 또한 2개 절단 반응 복제물의 평균이다. B) 60분 시점에 LwaCas13a, PsmCas13b, CcaCas13b, 및 RNase A에 대한 농축된 모티프의 수. 농축 모티프는 1 (LwaCas13a, CcaCas13b, 및 RNase A) 또는 0.5 (PsmCas13b)의 -log2(표적/표적-무함유) 한계치 이상인 모티프로서 계산되었다. 1의 한계치는 적어도 50% 감손에 상응하는 산편 0.5의 한계치는 적어도 30% 감손에 해당된다. C) LwaCas13a, PsmCas13b, and CcaCas13b. LwaCas13a 및 CcaCas13b에 대해 농축된 모티프로부터 발생된 서열 로고는 예상한 바와 같이 강력한 U 선호도를 보인데 반해서, PsmCas13b는 동종중합체 부차적 활성 선호도와 일관되게, 모티프에 걸쳐 A 염기에 대한 고유한 선호도를 보인다. D) LwaCas13a, PsmCas13b, 및 CcaCas13b의 오르쏘고날 모티프 선호도를 보여주는 히트맵. 히트맵에 표시된 값은 각각의 도시된 모티프의 -log2(표적/표적-무함유) 값이다. -log2(표적/표적-무함유) 값에서, 표적 및 표적-무함유는 각각 표적 및 표적-무함유 조건에서 모티프의 빈도를 표시한다.
도 90 - 무작위 모티프 라이브러리 스크린에 의해 결정된 RNase의 단일-염기 및 2개-염기 선호도를 도시한다. A) 무작위 모티프 라이브러리 절단 스크린에 의해 결정된 60분 시점에서 LwaCas13a, PsmCas13b, CcaCas13b, 및 RNase A에 대한 단일 염기 선호도를 도시한 히트맵. 히트맵에 표시된 값은 모든 감소된 모티프에 걸쳐 각 염기의 계측치이다. 모티프는 -log2(표적/표적-무함유) 값이 LwaCas13a, CcaCas13b, 및 RNase A 조건의 경우 1.0 이상이거나 또는 PsmCas13b 조건에서 0.5 이상이면 감손으로 간주된다. -log2(표적/표적-무함유) 값에서, 표적 및 표적-무함유는 각각 표적 및 표적-무함유 조건에서 모티프의 빈도를 의미한다. B) 무작위 모티프 라이브러리 절단 스크린에 의해 결정된 CcaCas13b에 대한 2개-염기 선호도를 도시한 히트맵. 히트맵에 표시된 값은 모든 감소된 모티프에 걸쳐 각각 2개-염기의 계측치이다. 모티프는 -log2(표적/표적-무함유) 값이 LwaCas13a, CcaCas13b, 및 RNase A 조건에서 1.0 이상이거나 또는 PsmCas13b 조건에서 0.5 이상이면 감손으로 간주된다. -log2(표적/표적-무함유) 값에서, 표적 및 표적-무함유는 각각 표적 및 표적-무함유 조건에서 모티프의 빈도를 표시한다. C) 무작의 모티프 라이브러리 절단 스크린에 의해 결정된 RNase A에 대한 2개-염기 선호도를 도시하는 히트맵. 히트맵에 표시된 값은 모든 감소된 모티프에 걸쳐 각각의 2개-염기의 계측치이다. 모티프는 -log2(표적/표적-무함유) 값이 LwaCas13a, CcaCas13b, 및 RNase A 조건에서 1.0 이상이거나 또는 PsmCas13b 조건에서 0.5 이상이면 감손으로 간주된다. log2(표적/표적-무함유) 값에서, 표적 및 표적-무함유는 각각 표적 및 표적-무함유 조건에서 모티프의 빈도를 표시한다.
도 91 - 무작위 모티프 라이브러리 스크린에 의해 결정된 RNase의 3개-염기 선호도를 예시한다. 히트맵은 무작위 모티프 라이브러리 절단 스크린에 의해 결정된 60분 시점에 LwaCas13a, PsmCas13b, CcaCas13b, 및 RNase A에 대한 3개-염기 선호도를 표시한다. 히트맵에 표시된 값은 모든 감소된 모티프에 걸쳐 각각의 3개-염기의 계측치이다. 모티프는 -log2(표적/표적-무함유) 값이 LwaCas13a, CcaCas13b, 및 RNase A 조건에서 1.0 이상이거나 또는 PsmCas13b 조건에서 0.5 이상이면 감손으로 간주된다. -log2(표적/표적-무함유) 값에서, 표적 및 표적-무함유는 각각 표적 및 표적-무함유 조건에서 모티프의 빈도를 표시한다.
도 92 - 무작위 모티프 라이브러리 스크린에 의해 결정된 RNase의 4개-염기 선호도를 예시한다. 히트맵은 무작위 모티프 라이브러리 절단 스크린에 의해 결정된 60분 시점에 LwaCas13a, PsmCas13b, CcaCas13b, 및 RNase A에 대한 4개-염기 선호도를 도시한다. 히트맵에 표시된 값은 모든 감소된 모티프에 걸친 각각의 4개-염기의 계측치이다. 모티프는 -log2(표적/표적-무함유) 값이 LwaCas13a, CcaCas13b, 및 RNase A 조건에서 1.0 이상이거나 또는 PsmCas13b 조건에서 0.5 이상이면 감손으로 간주된다. -log2(표적/표적-무함유) 값에서, 표적 및 표적-무함유는 각각 표적 및 표적-무함유 조건에서 모티프의 빈도를 표시한다.
도 93 - 폴리-X 기질의 시험관 내 절단에 의한 Cas13 오르쏘로그의 염기 절단 선호도를 시험한 결과를 도시한다. A) crRNA 존재 및 부재로 인큐베이션된 LwaCas13a에 의한 폴리-U, C, G, 및 A 표적의 시험관내 절단. B) crRNA의 존재 및 부재로 인큐베이션된 CcaCas13b에 의한 폴리-U, C, G, 및 A 표적의 시험관 내 절단. C) crRNA의 존재 및 부재로 인큐베이션된 PsmCas13b에 의한 폴리-U, C, G, 및 A 표적의 시험관 내 절단.
도 94 - PsmCas13b 절단 활성의 완충제 최적화 결과를 도시한다. A) 다양한 완충제가 표적화 ssRNA 1을 표적화한 후 PsmCas13b에 대한 부차적 활성에 대한 그들 효과에 대해 시험된다. B) 최적화된 완충제는 상이한 PsmCas13b-crRNA 복합체 농도에서 본래 완충제와 비교된다.
도 95 - 부차적 절단을 위한 Cas13 오르쏘로그의 이온 선호도를 예시한다. A) 2가 양이온 Ca, Co, Cu, Mg, Mn, Ni, 및 Zn에 대해 형광성 폴리 U 센서를 사용한 PsmCas13b의 절단 활성. PsmCas13b는 합성 뎅기 ssRNA를 표적화하는 crRNA와 인큐베이션된다. B) 2가 양이온 Ca, Co, Cu, Mg, Mn, Ni, 및 Zn에 대해 형광성 폴리 A 센서를 사용한 PsmCas13b의 절단 활성. PsmCas13b는 합성 뎅기 ssRNA를 표적화하는 crRNA와 인큐베이션된다. C) 2가 양이온 Ca, Co, Cu, Mg, Mn, Ni, 및 Zn에 대해 형광성 폴리 U 센서를 사용한 Pin2Cas13b의 절단 활성. Pin2Cas13b는 뎅기 ssRNA를 표적화하는 crRNA와 인큐베이션된다. D) 2가 양이온 Ca, Co, Cu, Mg, Mn, Ni, 및 Zn에 대해 형광성 폴리 A 센서를 사용한 Pin2Cas13b의 절단 활성. Pin2Cas13b는 합성 뎅기 ssRNA를 표적화하는 crRNA와 인큐베이션된다. E) 2가 양이온 Ca, Co, Cu, Mg, Mn, Ni, 및 Zn에 대해 형광성 폴리 U 센서를 사용한 CcaCas13b의 절단 활성. CcaCas13b는 합성 뎅기 ssRNA를 표적화하는 crRNA와 인큐베이션된다. F) 2가 양이온 Ca, Co, Cu, Mg, Mn, Ni, 및 Zn에 대해 형광성 폴리 A 센서를 사용한 CcaCas13b의 절단 활성. CcaCas13b는 합성 뎅기 ssRNA를 표적화하는 crRNA와 인큐베이션된다.
도 96 - 아데닌 절단 선호도와 Cas13 오르쏘로그에 대한 절단 활성의 비교를 도시한다. A) 상이한 농도에서 합성 지카 표적을 표적화하는 각각의 crRNA와 인큐베이션된 PsmCas13b 및 LbaCas13a의 절단 활성 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; n.s., 유의하지 않음; *, p < 0.05; **, p < 0.01; ***, p < 0.001; ****, p<0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄). B) 상이한 농도에서 합성 뎅기 표적을 표적화하는 각각의 crRNA와 인큐베이션된 PsmCas13b 및 LbaCas13a의 절단 활성 (n=4 기술적 복제물, 양측 스튜던트 t-검정; n.s., 유의하지 않음; *, p < 0.05; **, p < 0.01; ***, p < 0.001; ****, p<0.0001; 막대는 평균 ± s.e.m.을 나타냄).
도 97 - LwaCas13a 및 PsmCas13b에 의한 SHERLOCK으로 지카 ssRNA 표적 4의 아토몰라 검출을 예시한다. A) LwaCas13a 및 폴리 U 센서에 의한 상이한 농도에서 지카 ssRNA의 SHERLOCK 검출. B) PsmCas13b 및 폴리 A 센서에 의한 상이한 농도에서 지카 ssRNA의 SHERLOCK 검출.
도 98 - CcaCas13b의 상이한 농도에서 SHERLOCK에 의한 뎅기 ssRNa의 아토몰라 검출을 예시한다.
도 99 - ssRNA 1를 틸팅하는 crRNA에 의한 Cas13 오르쏘로그 재프로그램가능성 시험. A) ssRNA1에 걸쳐 틸팅된 crRNA를 사용한 LwaCas13a 및 CcaCas13b의 절단 활성. B) ssRNA1에 걸쳐 틸팅된 crRNA를 사용한 PsmCas13b의 절단 활성.
도 100 - Cas13 오르쏘로그 절단에 대한 crRNA 스페이서 길이의 효과를 도시한다. A) 다양한 스페이서 길이의 ssRNA1-표적화 crRNA에 대한 PsmCas13b의 절단 활성. B) 다양한 스페이서 길이의 ssRNA1-표적화 crRNA에 의한 CcaCas13b의 절단 활성.
도 101 - 정량적 SHERLOCK을 위한 최적화된 프라이머 농도를 예시한다. A) 상이한 농도의 지카 RNA 표적 및 상보성 crRNA를 480 nM의 RPA 프라이머 농도에서 인큐베이션시킨 LwaCas13a의 SHERLOCK 운동학 곡선. B) 상이한 농도의 지카 RNA 표적 및 상보성 crRNA를 240 nM의 RPA 프라이머 농도에서 인큐베이션시킨 LwaCas13a의 SHERLOCK 운동학 곡선. C) 상이한 농도의 지카 RNA 표적 및 상보성 crRNA를 120 nM의 RPA 프라이머 농도에서 인큐베이션시킨 LwaCas13a의 SHERLOCK 운동학 곡선. D) 상이한 농도의 지카 RNA 표적 및 상보성 crRNA를 24 nM의 RPA 프라이머 농도에서 인큐베이션시킨 LwaCas13a의 SHERLOCK 운동학 곡선. E) 5가지 상이한 RPA 프라이머 농도: 480 nM, 240 nM, 120 nM, 60 nM 및 24 nM로 상이한 농도의 지카 RNA의 SHERLOCK 검출. F) 상이한 RPA 프라이머 농도에서 지카 표적 RNA 농도 및 SHERLOCK의 배경값 차감된 형광도 간 평균 R2 상관도. G) 10-배 연속 희석물 (검은색 점) 및 2-배 연속 희석물 (붉은색 점) 중 상이한 농도의 지카 RNA 표적의 정량적 SHERLOCK 검출. 120 nM의 RPA 프라이머 농도가 사용되었다.
도 102 - 지카 및 뎅기 표적의 복합 검출을 예시한다. A) 지카 ssRNA 표적을 표적화하는 LwaCas13a 및 뎅기 ssRNA 표적을 표적화하는 PsmCas13b를 사용한 복합 2-색상 검출. 양 표적은 20 nM로 투입되었다. 도시된 모든 데이타는 반응의 180분 시점을 나타낸다. B) 지카 ssRNA 표적을 표적화하는 LwaCas13a 및 뎅기 ssRNA 표적을 표적화하는 PsmCas13b를 사용한 복합 2-색상 검출. 양 표적은 200 pM로 투입된다. C) CcaCas13a 및 PsmCas13b 부차적 활성에 의한 20 pM의 지카 및 뎅기 합성 RNA의 샘플-중 복합 검출.
도 103 - 지카 및 뎅기 ssRNA의 샘플-중 복합 RNA 검출을 예시한다. PsmCas13b 및 CcaCas13b에 의한 지카 및 뎅기 합성 표적의 감소 농도에서 샘플-중 복합 RPA 및 부차적 검출.
도 104 - 돌연변이 및 REPAIR 편집의 비-복합 테라노스틱 검출을 예시한다. A) LwaCas13a에 의한 건강- 및 질환-모의된 샘플 유래 APC 대립유전자의 검출. B) REPAIR 표적화 및 비표적화 샘플 유래 APC 대립유전자에서 편집 보정의 LwaCas13a에 의한 검출.
도 105 - 금 나노입자 응집체에 의한 RNase 활성의 비색 검출을 예시한다. A) RNase 활성에 대한 금-나노입자 기반 비색 판독의 개략도. RNase 활성의 부재 하에서, RNA 링커는 금 나노입자를 응집시켜서, 붉은 색상의 상실을 초래한다. RNA 링커의 절단은 나노입자를 방출시키고 그 결과 붉은 색상 변화가 야기된다. B) RNase A의 다양한 유닛에서 RNase 분해의 120분 이후에 비색 리포터의 이미지. C) RNase A의 다양한 유닛 농도에서 분해에 의한 AuNP 비색 리포터의 520 nm 흡광도에서의 운동학. D) RNase A의 다양한 유닛 농도에서 120분의 분해 후 AuNP 비색 리포터의 520 nm 흡광도. E) RNase A의 다양한 유닛 농도에서 분해에 의한 AuNP 비색 리포터의 절반-A520 최대값까지의 시간.
도 106 - 대두 게놈 DNA 유래 CP4-EPSPS 유전자의 정량적 검출을 예시한다. A) 상이한 검출 시점에서 SHERLOCK 배경값 차감된 형광도 및 CP4-EPSPS 대두 백분율의 평균 상관 R2. 대두 백분율은 라운드-업 레디 (round-up ready) 및 야생형 대두의 혼합물에서 라운드-업 레디 대두의 양을 의미한다. CP4-EPSPS 유전자는 라운드-업 레디 대두에만 존재한다. B) 30분의 인큐베이션 시에 SHERLOCK 검출의 정량적 성질을 보여주는 상이한 대두 백분율에서의 CP4-EPSPS 내성 유전자의 SHERLOCK 검출. C) 상이한 대두 백분율에서 렉틴 유전자의 SHERLOCK 검출. 대두 백분율은 라운드-업 레디 및 야생형 대두의 혼합물 중 라운드-업 레디 대두의 양을 의미한다. 렉틴 유전자는 양쪽 유형이 대두에 존재하고 그러므로 라운드-업 레디 대두 백분율과 상관성을 보이지 않는다.
일례의 실시형태의 상세한 설명
일반 정의
달리 정의하지 않으면, 본 명세서에서 사용되는 기술 및 과학 용어는 본 개시내용이 속하는 분야의 당업자가 공통으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 분자 생물학의 공통 용어 및 기술의 정의는 다음의 문헌들에서 확인할 수 있다: [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition (1989) (Sambrook, Fritsch, and Maniatis)]; [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4th edition (2012) (Green and Sambrook)]; [Current Protocols in Molecular Biology (1987) (F.M. Ausubel et al. eds.)]; 연속 출판물 [Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.): PCR 2]: [A Practical Approach (1995) (M.J. MacPherson, B.D. Hames, and G.R. Taylor eds.)]: [Antibodies, A Laboratory Manual (1988) (Harlow and Lane, eds.)]: [Antibodies A Laboratory Manual, 2nd edition 2013 (E.A. Greenfield ed.)]; [Animal Cell Culture (1987) (R.I. Freshney, ed.)]; [Benjamin Lewin, Genes IX, published by Jones and Bartlet, 2008 (ISBN 0763752223)]; [Kendrew et al. (eds.), The Encyclopedia of Molecular Biology, published by Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0632021829)]; [Robert A. Meyers (ed.), Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 9780471185710)]; [Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994), March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)]; 및 [Marten H. Hofker and Jan van Deursen, Transgenic Mouse Methods and Protocols, 2nd edition (2011)].
본 명세서에서 사용되는 단수형 "한", "하나" 및 "그"는 문맥에서 명확하게 달리 명시하지 않으면 단수 및 복수 참조 둘 모두를 포함한다.
용어 "임의의" 또는 "임의로"는 후속 기술된 사건, 상황 또는 치환기가 존재할 수 있거나 또는 존재하지 않을 수 있고, 그 설명은 사건 또는 상황이 존재하는 예 및 그렇지 않은 예를 포함한다는 것을 의미한다.
종결점에 의한 수치 범위의 열거는 개별 범위 내에 포함되는 모든 수치 및 분수를 비롯하여 열거된 종결점을 포함한다.
측정가능한 값 예컨대 매개변수, 양, 시간 지속기간 등을 언급할 때 본 명세서에서 사용되는 용어 "약" 또는 "대략"은 명시된 값으로부터 및 그의 변동, 예컨대 명시된 값으로부터 및 그의 +/-10% 이하, +/-5% 이하, +/-1% 이하, 및 +/-0.1% 이하의 변동을, 이러한 변동이 개시된 발명을 수행하는데 적절하다면 포괄되는 것을 의미한다. 수식어 "약" 또는 "대략"이 언급하는 값이 그 자체로 역시 특별히, 그리고 바람직하게 개시된다는 것을 이해해야 한다.
본 명세서 전반에서 "하나의 실시형태", "일 실시형태", "일례의 실시형태"의 언급은 그 실시형태와 함께 기술된 특정한 특성, 구조 또는 특징이 본 발명의 적어도 한 실시형태에 포함된다는 것을 의미한다. 따라서, 본 명세서 전반의 다양한 부분에서 어구 "하나의 실시형태에서", "일 실시형태에서" 또는 "일례의 실시형태"의 출현은 반드시 동일한 실시형태를 언급하는 전부이지는 않지만, 그럴 수도 있다. 게다가, 특정한 특성, 구조 또는 특징은 하나 이상의 실시형태에서, 본 개시 내용으로부터 당업자에게 자명하게 되는 바와 같이, 임의의 적합한 방식으로 조합될 수 있다. 더 나아가서, 본 명세서에 기술된 일부 실시형태가 다른 실시형태에 포함된 일부는 포함하나 다른 특성은 포함하지 않지만, 이한 실시형태의 특성의 조합은 본 발명의 범주 내에 있다는 것을 의미한다. 예를 들어, 첨부된 청구항에서, 임의의 청구된 실시형태는 임의의 조합으로 사용될 수 있다.
"C2c2"는 이제 "Cas13a"를 의미하고, 이 용어는 달리 표시하지 않으면 본 명세서에서 상호교환적으로 사용된다.
본 명세서에서 인용되는 모든 출판물, 공개된 특허 문서, 및 특허 출원은 각각의 개별 출판물, 공개된 특허 문서, 또는 특허 출원이 참조로 포함되는 것으로 특별하고 개별적으로 표시되는 바와 같은 정도로 참조로 본 명세서에 포함된다.
개요
미생물 CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) 및 CRISPR-연관 (CRISPR-Cas) 적응 면역계는 프로그램가능한 엔도뉴클레아제, 예컨대 Cas9 및 Cpf1을 함유한다 (Shmakov et al., 2017; Zetsche et al., 2015). Cas9 및 Cpf1이 DNA를 표적화하지만, C2c2를 포함하는, 단일 이펙터 RNA-가이드된 RNase가 최근에 발견 (Shmakov et al., 2015)되었고 특징규명 (Abudayyeh et al., 2016; Smargon et al., 2017)되어, 특이적 RNA 감지를 위한 플랫폼을 제공한다. RNA-가이드된 RNase는 표적 RNA를 절단하기 위해 CRISPR RNA (crRNA)를 사용하여 쉽고 편리하게 재프로그램될 수 있다. 오직 이의 DNA 표적만을 절단하는 DNA 엔도뉴클레아제 Cas9 및 Cpf1과는 달리, C2c2와 같은 RNA-가이드된 RNase는 이의 RNA 표적을 절단한 이후에 활성인 채로 남아서, 근접한 비-표적화된 RNA의 "부차적" 절단을 초래한다 (Abudayyeh et al., 2016). 이러한 crRNA-프로그램된 부차적 RNA 절단 활성은 판독으로서 제공될 수 있는 시험관내 비특이적 RNA 분해 또는 생체내 프로그램된 세포 사멸을 촉발하여 특이적 RNA의 존재를 검출하기 위해 RNA-가이드된 RNase를 사용하는 기회를 제시한다 (Abudayyeh et al., 2016; East-Seletsky et al., 2016).
본 명세서에 개시된 실시형태는 아토몰라 감도로 강건한 CRISPR-기반 진단을 제공하기 위해 RNA 표적화 이펙터를 이용하였다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 비슷한 수준의 감도로 DNA 및 RNA 둘 모두를 검출할 수 있고, 단일 염기쌍 편차를 기반으로 비-표적과 표적을 구별할 수 있다. 게다가, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 편리한 유통 및 현장 (POC) 적용을 위한 동결-건조 형태로 제조될 수 있다. 이러한 실시형태는 예를 들어, 바이러스 검출, 박테리아 균주 유형 분석, 민감한 유전자형 분석, 및 질환-연관된 세포-무함유 DNA의 검출을 포함하는, 인간 건강의 다수 시나리오에서 유용하다. 쉬운 참조를 위해, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 SHERLOCK (Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter unLOCKing)이라고 할 수 있다.
일 양상에서, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 CRISPR 시스템, 상응하는 표적 분자에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA, 차폐성 구성체, 및 임의로 샘플 중 표적 핵산 분자를 증폭하기 위한 증폭 시약을 포함하는 핵산 검출 시스템에 관한 것이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 시스템은 하나 이상의 검출 앱타머를 더 포함할 수 있다. 하나 이상의 검출 앱타머는 RNA 중합효소 부위 또는 프라이머 결합 부위를 포함할 수 있다. 하나 이상의 검출 앱타머는 하나 이상의 표적 폴리펩티드에 특이적으로 결합하고, RNA 중합효소 부위 또는 프라이머 결합 부위는 오직 표적 펩티드에 검출 앱타머의 결합시에만 노출되도록 구성된다. RNA 중합효소 부위의 노출은 주형으로서 앱타머 서열을 사용하는 기폭제 RNA 올리고뉴클레오티드의 생성을 용이하게 한다. 따라서, 이러한 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 기폭제 RNA에 결합하도록 구성된다.
다른 양상에서, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 다수개의 개별 이산 부피를 포함하는 진단 장치에 관한 것이다. 각각의 개별 이산 부피는 CRISPR 이펙터 단백질, 상응하는 표적 분자에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA, 및 차폐성 구성체를 포함한다. 일정한 일례의 실시형태에서, RNA 증폭 시약은 개별 이산 부피에 사전-로딩될 수 있거나 또는 각각의 개별 이산 부피에 샘플의 첨가와 동시발생적으로 또는 후속하여 개별 이산 부피에 첨가될 수 있다. 장치는 미세유체 기반 장치, 착용형 장치, 또는 개별 이산 부피를 한정하는 가요성 재료 기재를 포함하는 장치일 수 있다.
다른 양상에서, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 샘플 또는 샘플의 세트를 개별 이산 부피의 세트에 분배시키는 단계를 포함하는, 샘플 내에서 표적 핵산을 검출하기 위한 방법에 관한 것으로서, 각각의 개별 이산 부피는 CRISPR 이펙터 단백질, 하나의 표적 올리고뉴클레오티드에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA, 및 차폐성 구성체를 포함한다. 이후에 샘플의 세트는 하나 이상의 가이드 RNA의 하나 이상의 표적 분자와의 결합을 허용하는데 충분한 조건 하에서 유지된다. 그 다음으로 하나 이상의 가이드 RNA의 표적 핵산과의 결합은 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시킨다. 활성화되면, CRISPR 이펙터 단백질은 예를 들어 차폐성 구성체를 절단시키고 차폐성 구성체를 탈활성화시켜서 검출가능한 양성 신호가 노출되거나, 방출되거나, 또는 발생된다. 개별 이산 부피에서 양성 검출가능한 신호의 검출은 표적 분자의 존재를 의미한다.
또 다른 양상에서, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 폴리펩티드를 검출하기 위한 방법에 관한 것이다. 폴리펩티드를 검출하기 위한 방법은 상기 기술된 표적 핵산을 검출하기 위한 방법과 유사하다. 그러나, 펩티드 검출 앱타머가 또한 포함된다. 펩티드 검출 앱타머는 상기 기술된 바와 같이 기능하고 표적 폴리펩티드에 결합시 기폭제 올리고뉴클레오티드의 생성을 촉진한다. 가이드 RNA는 기폭제 올리고뉴클레오티드를 인식하도록 디자인되어서 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시킨다. 활성화된 CRISPR 이펙터 단백질에 의한 차폐성 구성체의 탈활성화는 검출가능한 양성 신호의 노출, 방출, 또는 발생을 초래한다.
CRISPR 이펙터 단백질
일반적으로, 본 명세서 및 문헌, 예컨대 WO 2014/093622 (PCT/US2013/074667)에서 사용되는 CRISPR-Cas 또는 CRISPR 시스템은 Cas 유전자를 코딩하는 서열, tracr (trans-activating CRISPR) 서열 (예를 들어, tracrRNA 또는 활성 부분 tracrRNA), tracr-메이트 서열 ("직접 반복부" 및 내생성 CRISPR 시스템의 경우에 tracrRNA-프로세싱된 부분 직접 반복부를 포괄), 가이드 서열 (또한 내생성 CRISPR 시스템의 경우에 "스페이서"라고 함), 또는 그 용어가 본 명세서에서 사용되는 바와 같은 "RNA(들)" (예를 들어, 가이드 Cas에 대한 RNA(들), 예컨대 Cas9, 예를 들어, CRISPR RNA 및 트랜스활성화 (tracr) RNA 또는 단일 가이드 RNA (sgRNA) (키메라 RNA)) 또는 다른 서열 및 CRISPR 유전자좌 유래의 전사물을 포함하는, CRISPR-연관된 ("Cas") 유전자의 활성을 지정하거나 또는 이의 발현에 관여하는 전사물 및 다른 엘리먼트들을 집합적으로 의미한다. 일반적으로, CRISPR 시스템은 표적 서열의 부위에서 CRISPR 복합체의 형성을 촉진하는 엘리먼트를 특징으로 한다 (내생성 CRISPR 시스템의 경우에 프로토스페이서라고도 함). CRISPR 단백질이 C2c2 단백질인 경우에, tracrRNA는 필요하지 않다. C2c2는 문헌 [Abudayyeh et al. (2016) "C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector"; Science; DOI: 10.1126/science.aaf5573]; 및 [Shmakov et al. (2015) "Discovery and Functional Characterization of Diverse Class 2 CRISPR-Cas Systems", Molecular Cell, DOI: dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2015.10.008]에 기술되어 있고, 이들은 그 전문을 참조로 본 명세서에 포함된다. Cas13b는 문헌 [Smargon et al. (2017) "Cas13b Is a Type VI-B CRISPR-associated RNA-Guided RNases Differentially Regulated by Accessory Proteins Csx27 and Csx28," Molecular Cell. 65, 1-13; dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2016.12.023.]에 기술되어 있고, 이의 전문은 참조로 본 명세서에 포함된다.
일정 실시형태에서, 프로토스페이서 인접 모티프 (PAM) 또는 PAM-유사 모티프는 관심 표적 유전자좌와 본 명세서에 개시된 바와 같은 이펙터 단백질 복합체의 결합을 지정한다. 일부 실시형태에서, PAM은 5' PAM (즉, 프로토스페이서의 5' 말단의 상류에 위치)일 수 있다. 다른 실시형태에서, PAM은 3' PAM (즉, 프로토스페이서의 5' 말단의 하류에 위치)일 수 있다. 용어 "PAM"은 용어 "PFS" 또는 "프로토스페이서 측접 부위" 또는 "프로토스페이서 측접 서열"과 상호교환적으로 사용될 수 있다.
바람직한 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질은 3' PAM을 인식할 수 있다. 일정 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질은 5' H인 3' PAM을 인식할 수 있고, 여기서 H는 A, C 또는 U이다. 일정 실시형태에서, 이펙터 단백질은 렙토트리키아 샤히이 C2c2p, 보다 바람직하게 렙토트리키아 샤히이 DSM 19757 C2c2일 수 있고, 3' PAM은 5' H이다.
CRISPR 복합체의 형성에 있어서, "표적 서열"은 표적 서열과 가이드 서열 간 하이브리드화가 CRISPR 복합체의 형성을 촉진하는 경우에, 가이드 서열이 상보성을 갖도록 디자인된 서열을 의미한다. 표적 서열은 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 용어 "표적 RNA"는 표적 서열이거나 또는 그를 포함하는 RNA 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 달리 말해서, 표적 RNA는 gRNA, 즉 가이드 서열의 일부분이 상보성을 갖도로 디자인되고 CRISPR 이펙터 단백질 및 gRNA를 포함하는 복합체에 의해 매개되는 이펙터 기능이 지정되는 RNA 폴리뉴클레오티드일 수 있거나 또는 RNA 폴리뉴클레오티드의 일부분일 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적 서열은 세포의 핵 또는 세포질에 위치된다.
CRISPR 이펙터 단백질, 특히 C2c2를 코딩하는 핵산 분자는 유리하게 코돈 최적화된 CRISPR 이펙터 단백질이다. 코돈 최적화된 서열의 일례는 이러한 예에서 진핵생물, 예를 들어 인간에서의 발현 (즉, 인간에서 발현을 위해 최적화됨), 또는 본 명세서에 기술된 바와 같은 다른 진핵생물, 동물 또는 포유동물에서의 발현을 위해 최적화된 서열이고, 예를 들어 WO 2014/093622 (PCT/US2013/074667)의 SaCas9 인간 코돈 최적화된 서열을 참조한다. 이것이 바람직하지만, 다른 예가 가능하고 인간 이외의 다른 숙주 종에 대한 코돈 최적화, 또는 특별한 장기에 대한 코돈 최적화가 공지되어 있다는 것을 이해하게 될 것이다. 일부 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질을 코딩하는 효소 코딩 서열은 특정한 세포, 예컨대 진핵생물 세포에서의 발현을 위해 코돈 최적화된다. 진핵생물 세포는 제한없이 인간, 또는 본 명세서에 기술된 바와 같은 인간이외의 진핵생물 또는 동물 또는 포유동물, 예를 들어, 마우스, 래트, 토끼, 개, 가축, 또는 인간이외의 포유동물 또는 영장류를 포함하는, 특정한 유기체, 예컨대 식물 또는 포유동물의 것일 수 있거나 또는 그로부터 유래될 수 있다. 일부 실시형태에서, 인간 또는 동물에게 임의의 실질적인 의학적 이득없이 그들에게 고통을 야기할 가능성이 있는 인간의 생식선의 유전적 정체성을 변형시키기 위한 방법 및/또는 동물의 유전적 정체성을 변형시키기 위한 방법, 및 그러한 방법으로 초래된 동물은 배제될 수 있다. 일반적으로, 코돈 최적화는 천연 서열의 적어도 하나의 코돈 (예를 들어, 약 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50개, 또는 그 이상, 또는 이의 초과 코돈)을 천연 아미노산 서열을 유지시키면서 숙주 세포의 유전자에서 보다 빈번하게 또는 가장 빈번하게 사용되는 코돈으로 치환시켜 관심 숙주 세포에서의 증강된 발현을 위해 핵산 서열을 변형시키는 방법에 관한 것이다. 다양한 종은 특정한 아미노산의 일정 코돈에 대해 특정 편향성을 나타낸다. 코돈 편향성 (유기체 간 코돈 용법의 편차)은 종종 이후에 특히 번역하려는 코돈의 특성 및 특정한 전달 RNA (tRNA) 분자의 이용가능성에 의존적이라고 여겨지는, 메신저 RNA (mRNA)의 번역 효율과 상관있다. 세포에서 선택된 tRNA의 우세성은 일반적으로 펩티드 합성에서 가장 빈번하게 사용되는 코돈의 반영이다. 따라서, 유전자는 코돈 최적화를 기반으로 소정 유기체에서 최적 유전자 발현을 위해 재단될 수 있다. 코돈 용법 표는 예를 들어 kazusa.orjp/codon/에서 입수할 수 있는 "코돈 용법 데이타베이스"에서 쉽게 입수할 수 있고, 이들 표를 다양한 방식으로 조정할 수 있다. 문헌 [Nakamura, Y., et al. "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases: status for the year 2000" Nucl. Acids Res. 28:292 (2000)]을 참조한다. 특정한 숙주 세포에서 발현을 위해 특정한 서열을 코돈 최적화하기 위한 컴퓨터 알고리즘이 또한 이용가능하며, 예컨대 유전자 Forge (Aptagen; Jacobus, PA)를 또한 이용할 수 있다. 일부 실시형태에서, Cas를 코딩하는 서열에서 하나 이상의 코돈 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 50개, 또는 그 이상, 또는 모든 코돈)은 특정한 아미노산에 대해 가장 빈번하게 사용되는 코돈에 상응한다.
일정 실시형태에서, 본 명세서에서 기술되는 방법은 Cas 유전자이식 세포, 특히 C2c2 유전자이식 세포를 제공하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서 하나 이상의 가이드 RNA를 코딩하는 하나 이상의 핵산은 하나 이상의 관심 유전자의 프로모터를 포함하는 조절 엘리먼트와 세포에서 작동적으로 연결되어 제공되거나 또는 도입된다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "Cas 유전자이식 세포"는 Cas 유전자가 게놈에 통합된 세포, 예컨대 진핵생물 세포를 의미한다. 세포의 성질, 유형 또는 기원은 본 발명에 따라서 특별히 제한되지 않는다. 또한 Cas 이식유전자가 세포에 도입되는 방식은 다양할 수 있고 당분야에 공지된 바와 같은 임의의 방법일 수 있다. 일정 실시형태에서, Cas 유전자이식 세포는 단리된 세포에 Cas 이식유전자를 도입시켜 수득된다. 일정한 다른 실시형태에서, Cas 유전자이식 세포는 Cas 유전자이식 유기체로부터 세포를 단리하여 수득된다. 예로서, 제한없이, 본 명세서에서 언급되는 Cas 유전자이식 세포는 Cas 유전자이식 진핵생물, 예컨대 Cas 넉-인 진핵생물로부터 유래될 수 있다. 참조로 본 명세서에 포함되는 WO 2014/093622 (PCT/US13/74667)를 참조한다. Rosa 유전자좌를 표적화하는 것에 관한 Sangamo BioSciences, Inc.에게 양도된 미국 공개 특허 출원 제20120017290호 및 제 20110265198호의 방법은 본 발명의 CRISPR Cas 시스템을 이용하도록 변형될 수 있다. Rosa 유전자좌를 표적화하는 것에 관한 Cellectis에게 양도된 미국 공개 특허 출원 제20130236946호의 방법은 또한 본 발명의 CRISPR Cas 시스템을 이용하도록 변형될 수 있다. 추가 예로서 Cas9 넉-인 마우스를 설명하는 [Platt et. al. (Cell; 159(2):440-455 (2014))]를 참조하고, 이는 참조로 본 명세서에 포함된다. Cas 이식유전자는 Lox-Stop-polyA-Lox(LSL) 카세트를 더 포함할 수 있어서 Cas 발현이 Cre 리콤비나제에 의해 유도될 수 있게 한다. 대안적으로, Cas 유전자이식 세포는 단리된 세포에 Cas 이식유전자를 도입시켜서 수득될 수 있다. 이식유전자의 전달 시스템은 당분야에 충분히 공지되어 있다. 예로서, Cas 이식유전자는 역시 본 명세서의 다른 곳에 기술된 바와 같이, 벡터 (예를 들어, AAV, 아데노바이러스, 렌티바이러스) 및/또는 입자 및/또는 나노입자 전달을 통해서 예를 들어 진핵생물 세포에 전달될 수 있다.
본 명세서에서 언급하는 바와 같은 세포, 예컨대 Cas 유전자이식 세포는 표적 유전자좌로 Cas를 가이딩할 수 있는 RNA와 복합체 형성시 Cas의 서열 특이적 작용으로 발생된 돌연변이 또는 통합된 Cas 유전자를 갖는 것 이외에도 게놈 변경을 더 포함할 수 있다는 것을 당업자는 이해하게 될 것이다.
일정 양상에서 본 발명은 예를 들어 세포에 Cas 및/또는 Cas를 표적 유전자좌로 가이딩할 수 있는 RNA (즉, 가이드 RNA)를 전달 또는 도입시킬 뿐만 아니라, 이들 성분을 증식 (예를 들어, 원핵생물 세포에서)시키기 위한 벡터를 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 "벡터"는 한 환경에서 다른 환경으로 독립체의 전달을 허용하거나 또는 용이하게 하는 도구이다. 이것은 삽입된 절편의 복제가 일어나게 하기 위해서 다른 DNA 절편이 삽입될 수 있는 레플리콘, 예컨대 플라스미드, 파지 또는 코스미드이다. 일반적으로, 벡터는 적절한 제어 엘리먼트와 회합될 때 복제될 수 있다. 일반적으로, 용어 "벡터"는 연결된 다른 핵산을 수송할 수 있는 핵산 분자를 의미한다. 벡터는 제한없이, 단일-가닥, 이중-가닥, 또는 부분 이중-가닥인 핵산 분자; 하나 이상의 자유 말단을 포함하거나, 자유 말단이 없는 (예를 들어, 원형) 핵산 분자; DNA, RNA, 또는 둘 모두를 포함하는 핵산 분자; 및 당분야에 공지된 다른 다양한 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 벡터의 한 유형은 예컨대 표준 분자 클로닝 기술에 의해서 추가의 DNA 절편이 삽입될 수 있는 원형 이중 가닥 DNA 루프를 의미하는 "플라스미드"이다. 벡터의 다른 유형은 바이러스 벡터로서, 바이러스-유래 DNA 또는 RNA 서열이 바이러스 (예를 들어, 레트로바이러스, 복제 결함성 레트로바이러스, 아데노바이러스, 복제 결합성 아데노바이러스, 및 아데노-연합 바이러스 (AAV)) 내로의 패키징을 위해 벡터에 존재한다. 바이러스 벡터는 또한 숙주 세포로의 형질감염을 위해 바이러스가 운반하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일정 벡터는 그들이 도입되는 숙주 세포에서 자율 복제될 수 있다 (예를 들어, 박테리아 복제 기원을 갖는 박테리아 벡터 및 에피솜 포유동물 벡터). 다른 벡터 (예를 들어, 비에피솜 포유동물 벡터)는 숙주 세포로 도입시 숙주 세포의 게놈에 통합되고, 그리하여 숙주 게놈과 함께 복제된다. 게다가, 일정한 벡터는 그들이 작동적으로 연결된 유전자의 발현을 지시할 수 있다. 이러한 벡터는 본 명세서에서 "발현 벡터"라고 한다. 재조합 DNA 기술에서 이용되는 공통 발현 벡터는 종종 플라스미드의 형태이다.
재조합 발현 벡터는 숙주 세포에서 핵산의 발현에 적합한 형태인 본 발명의 핵산을 포함할 수 있고, 이것은 발현시키려는 핵산 서열에 작동적으로 연결되는, 발현에 사용하려는 숙주 세포를 기반으로 선택될 수 있는 하나 이상의 조절 엘리먼트를 재조합 발현 벡터가 포함한다는 것을 의미한다. 재조합 발현 벡터 내에서, "작동적으로 연결된"은 (예를 들어, 시험관내 전사/번역 시스템 또는 벡터가 숙주 세포로 발현될 때 숙주 세포에서) 관심 뉴클레오티드 서열이 뉴클레오티드 서열의 발현을 허용하는 방식으로 조절 엘리먼트(들)에 연결된 것을 의미하고자 한다. 재조합 및 클로닝 방법과 관련하여, US 2004-0171156 A1으로서 2004년 9월 2일에 공개된 미국 특허 출원 10/815,730을 언급하며, 이의 내용은 그 전문을 참조로 본 명세서에 포함된다. 따라서, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 CRISPR 이펙터 시스템을 포함하는 유전자이식 세포를 포함할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 유전자이식 세포는 개별 이산 부피로서 기능할 수 있다. 달리 말해서, 차폐성 구성체를 포함하는 샘플은 예를 들어 적합한 전달 소포체로 세포에 전달될 수 있고 표적이 절단 소포체에 존재하면 CRISPR 이펙터가 활성화되고 검출가능한 신호가 발생된다.
벡터 (들)는 조절 엘리먼트(들), 예를 들어, 프로모터(들)를 포함할 수 있다. 벡터(들)는 Cas 코딩 서열을 포함할 수 있고/있거나, 단일하지만, 가능하게는 또한 적어도 3개 또는 8개 또는 16개 또는 32개 또는 48개 또는 50개 가이드 RNA(들) (예를 들어, sgRNA) 코딩 서열, 예컨대 1-2개, 1-3개, 1-4개, 1-5개, 3-6개, 3-7개, 3-8개, 3-9개, 3-10개, 3-8개, 3-16개, 3-30개, 3-32개, 3-48개, 3-50개 RNA(들) (예를 들어, sgRNA)를 포함할 수도 있다. 각각의 RNA (예를 들어, sgRNA)를 위한 프로모터가 존재할 수 있는 단일 벡터에서, 유리하게 약 16개 이하의 RNA(들)가 존재할 때; 및, 단일 벡터가 16개 초과의 RNA(들)를 제공할 때, 하나 이상의 프로모터(들)는 하나를 초과하는 RNA(들)의 발현을 구동시킬 수 있으며, 예를 들어, 32개의 RNA(들)가 존재할 때, 각각의 프로모터는 2개의 RNA(들)의 발현을 구동시킬 수 있고, 48개 RNA(들)가 존재할 때, 각각의 프로모터는 3개의 RNA(들)의 발현을 구동시킬 수 있다. 단순 연산 및 충분히 확립된 클로닝 프로토콜 및 본 개시 내용의 교시에 의해서 당업자는 적합한 예시적인 벡터 예컨대 AAV, 및 적합한 프로모터 예컨대 U6 프로모터를 위한 RNA(들)에 대해 본 발명을 쉽게 실시할 수 있다. 예를 들어, AAV의 패키징 한계는 ∼4.7 kb이다. 단일 U6-gRNA의 길이 (클로닝용 제한효소 부위 포함)는 361 bp이다. 그러므로, 당업자는 약 12-16개, 예를 들어, 13개 U6-gRNA 카세트를 단일 벡터에 쉽게 적합화시킬 수 있다. 이것은 임의의 적합한 수단, 예컨대 TALE 어셈블리에 사용된 골든 게이트 전략 (genome-engineering.org/taleffectors/)에 의해 어셈블리될 수 있다. 당업자는 또한 대략 1.5배 만큼 U6-gRNA의 수를 증가시키기 위해서, 예를 들어 12-16개, 예를 들어, 13개에서 대략 18-24개, 예를 들어, 약 19개 U6-gRNA로 증가시키기 위해서 탠덤 가이드 전략을 사용할 수 있다. 그러므로, 당업자는 단일 벡터, 예를 들어 AAV 벡터에서 대략 18-24개, 예를 들어, 약 19개 프로모터-RNA, 예를 들어, U6-gRNA에 쉽게 도달할 수 있다. 벡터에서 RNA 및 프로모터의 수를 증가시키기 위한 추가 수단은 절단가능한 서열에 의해 이격된 RNA의 어레이를 발현시키기 위해 단일 프로모터 (예를 들어, U6)를 사용하는 것이다. 그리고 벡터에서 프로모터-RNA의 수를 증가시키기 위한 다른 추가 수단은 코딩 서열 또는 유전자의 인트론 내에서 절단가능한 서열에 의해 이격된 프로모터-RNA의 어레이를 발현시키는 것이고, 이러한 예에서 조직 특이적 방식으로 긴 RNA의 전사를 가능하게 하고 발현을 증가시킬 수 있는, 중합효소 II 프로모터를 사용하는 것이 유리하다. (예를 들어, nar.oxfordjournals.org/content/34/7/e53.short 및 nature.com/mt/journal/v16/n9/abs/mt2008144a.html을 참조함). 유리한 실시형태에서, AAV는 최대 약 50종 유전자를 표적화하는 U6 탠덤 gRNA를 패키징할 수 있다. 따라서, 당업자의 지식 및 본 개시 내용의 교시로부터 당업자는 특히 임의의 과도한 실험없이, 본 명세서에 기술된 RNA 또는 가이드의 수에 관하여 - 하나 이상의 프로모터에 작동적으로 또는 기능적으로 연결되거나 또는 제어 하에 있는 다수의 RNA 또는 가이드를 발현하는 벡터(들), 예를 들어 단일 벡터를 쉽게 만들고 사용할 수 있다.
가이드 RNA(들) 코딩 서열 및/또는 Cas 코딩 서열은 기능적으로 또는 작동적으로 조절 엘리먼트(들)에 연결될 수 있고 그리하여 조절 엘리먼트(들)는 발현을 구동시킨다. 프로모터(들)는 항상성 프로모터(들) 및/또는 조건적 프로모터(들) 및/또는 유도성 프로모터(들) 및/또는 조직 특이적 프로모터(들)일 수 있다. 프로모터는 RNA 중합효소, pol I, pol II, pol III, T7, U6, H1, 레트로바이러스, 라우스 육종 바이러스 (RSV) LTR 프로모터, 사이토메갈로바이러스 (CMV) 프로모터, SV40 프로모터, 디히드로폴레이트 리덕타제 프로모터, β-액틴 프로모터, 포스포글리세롤 키나제 (PGK) 프로모터, 및 EF1α 프로모터로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 유리한 프로모터는 프로모터 U6이다.
일부 실시형태에서, 핵산-표적화 시스템의 하나 이상의 엘리먼트는 내생성 CRISPR RNA-표적화 시스템을 포함하는 특정한 유기체로부터 유래된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 이펙터 단백질 CRISPR RNA-표적화 시스템은 제한없이 본 명세서에 기술된 HEPN 도메인, 당분야에 공지된 HEPN 도메인, 및 공통 서열 모티프와 비교하여 HEPN 도메인으로 인식되는 도메인을 포함하는, 적어도 하나의 HEPN 도메인을 포함한다. 몇몇 이러한 도메인이 본 명세서에 제공된다. 비제한적인 하나의 예에서, 공통 서열은 본 명세서에 제공되는 C2c2 또는 Cas13b 오르쏘로그의 서열로부터 유래될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 이펙터 단백질은 단일 HEPN 도메인을 포함한다. 일정한 다른 일례의 실시형태에서, 이펙터 단백질은 2종의 HEPN 도메인을 포함한다.
일례의 실시형태에서 이펙터 단백질은 RxxxxH 모티프 서열을 포함하는 하나 이상의 HEPN 도메인을 포함한다. RxxxxH 모티프 서열은 제한없이, 본 명세서에 기술된 HEPN 도메인 또는 당분야에 공지된 HEPN 도메인일 수 있다. RxxxxH 모티프 서열은 둘 이상의 HEPN 도메인의 일부를 조합하여 생성된 모티프 서열을 더 포함한다. 언급된 바와 같이, 공통 서열은 발명의 명칭 "신규 CRISPR 효소 및 시스템"의 U.S. 가출원 제62/432,240호, 2017년 3월 15일에 출원된 발명의 명칭 "신규 VI형 CRISPR 오르쏘로그 및 시스템"의 U.S. 가출원 제62/471,710호, 및 대리인 서류 번호 47627-05-2133으로 표지되고 2017년 4월 12일 출원된 발명의 명칭 "신규한 VI형 CRISPR 오르쏘로그 및 시스템"의 U.S. 가출원에 개시된 오르쏘로그의 서열로부터 유래될 수 있다.
본 발명의 일 실시형태에서, HEPN 도메인은 R{N/H/K}X1X2X3H의 서열을 포함하는 적어도 하나의 RxxxxH 모티프를 포함한다. 본 발명의 일 실시형태에서, HEPN 도메인은 R{N/H}X1X2X3H의 서열을 포함하는 RxxxxH 모티프를 포함한다. 본 발명의 일 실시형태에서, HEPN 도메인은 R{N/K}X1X2X3H의 서열을 포함한다. 일정 실시형태에서, X1 은 R, S, D, E, Q, N, G, Y, 또는 H이다. 일정 실시형태에서, X2 는 I, S, T, V, 또는 L이다. 일정 실시형태에서, X3 은 L, F, N, Y, V, I, S, D, E, 또는 A이다.
본 발명에 따라 사용을 위한 추가의 이펙터는 예를 들어, 제한되는 것은 아니나, cas1 유전자의 시작으로부터 20 kb 및 cas1 유전자의 끝으로부터 20 kb 이내에서, cas1 유전자에 대한 그들의 근접성으로 동정될 수 있다. 일정 실시형태에서, 이펙터 단백질은 적어도 하나의 HEPN 도메인 및 적어도 500개 아미노산을 포함하고, C2c2 이펙터 단백질은 천연적으로 Cas 유전자 또는 CRISPR 어레이의 상류 또는 하류의 20 kb 이내로 원핵생물 게놈에 존재한다. Cas 단백질의 비제한적인 예는 Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9 (Csn1 및 Csx12라고도 알려짐), Cas10, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1, Cse2, Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, 이의 상동체, 또는 이의 변형된 형태를 포함한다. 일정한 일례의 실시형태에서, C2c2 이펙터 단백질은 천연적으로 Cas 1 유전자의 상류 또는 하류의 20 kb 이내로 원핵생물 게놈에 존재한다. 용어 "오르쏘로그 (orthologue, 또는 ortholog) 및 "상동체 (homologue, 또는 homolog)는 당분야에 충분히 공지되어 있다. 추가의 지침에 의해서, 본 명세서에서 사용되는 단백질의 "상동체"는 상동체인 단백질과 동일하거나 또는 유사한 기능을 수행하는 동일한 종의 단백질이다. 그러나 상동성 단백질은 구조적으로 관련될 필요가 없거나, 또는 오직 부분적으로 구조적으로 관련된다. 본 명세서에서 사용되는 단백질의 "오르쏘로그"는 오르쏘로그인 단백질과 동일하거나 또는 유사한 기능을 수행하는 상이한 종의 단백질이다. 그러나 오르쏘로그 단백질은 구조적으로 관련될 필요가 없거나, 또는 오직 부분적으로 구조적으로 관련된다.
특히 실시형태, VI형 RNA-표적화 Cas 효소는 C2c2이다. 다른 일례의 실시형태에서, VI형 RNA-표적화 Cas 효소는 Cas 13b이다. 특히 실시형태, 본 명세서에서 언급되는 VI형 단백질 예컨대 C2c2의 상동체 또는 오르쏘로그는 VI형 단백질 예컨대 C2c2와 적어도 30%, 또는 적어도 40%, 또는 적어도 50%, 또는 적어도 60%, 또는 적어도 70%, 또는 적어도 80%, 보다 바람직하게 적어도 85%, 보다 더 바람직하게 적어도 90%, 예컨대 예를 들면 적어도 95%의 서열 상동성 또는 동일성 (예를 들어, 렙토트리키아 샤히이 C2c2, 라크노스피라과 박테리아 MA2020 C2c2, 라크노스피라과 박테리아 NK4A179 C2c2, 클로스트리듐 아미노필럼 (DSM 10710) C2c2, 카르노박테리움 갈리나럼 (DSM 4847) C2c2, 팔루디박터 프로피오니시게네스 (WB4) C2c2, 리스테리아 웨이헨스테파넨시스 (FSL R9-0317) C2c2, 리스테리아과 박테리아 (FSL M6-0635) C2c2, 리스테리아 뉴요켄시스 (FSL M6-0635) C2c2, 렙토트리키아 와데이 (F0279) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (SB 1003) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (R121) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (DE442) C2c2, 렙토트리키아 와데이 (Lw2) C2c2, 또는 리스테리아 실리게리 C2c2 중 임의의 야생형 서열 기반)을 갖는다. 추가 실시형태에서, 본 명세서에서 언급되는 VI형 단백질 예컨대 C2c2의 상동체 또는 오르소로그는 야생형 C2c2와 적어도 30%, 또는 적어도 40%, 또는 적어도 50%, 또는 적어도 60%, 또는 적어도 70%, 또는 적어도 80%, 보다 바람직하게 적어도 85%, 보다 더 바람직하게 적어도 90%, 예컨대 예를 들면 적어도 95%의 서열 동일성 (예를 들어, 렙토트리키아 샤히이 C2c2, 라크노스피라과 박테리아 MA2020 C2c2, 라크노스피라과 박테리아 NK4A179 C2c2, 클로스트리듐 아미노필럼 (DSM 10710) C2c2, 카르노박테리움 갈리나럼 (DSM 4847) C2c2, 팔루디박터 프로피오니시게네스 (WB4) C2c2, 리스테리아 웨이헨스테파넨시스 (FSL R9-0317) C2c2, 리스테리아과 박테리아 (FSL M6-0635) C2c2, 리스테리아 뉴요켄시스 (FSL M6-0635) C2c2, 렙토트리키아 와데이 (F0279) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (SB 1003) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (R121) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (DE442) C2c2, 렙토트리키아 와데이 (Lw2) C2c2, 또는 리스테리아 실리게리 C2c2 중 임의의 야생형 서열 기반)을 갖는다.
일정한 다른 일례의 실시형태에서, CRISPR 시스템 이펙터 단백질은 C2c2 뉴클레아제이다. C2c2의 활성은 2종 HEPN 도메인의 존재에 의존할 수 있다. 이들은 RNase 도메인, 즉 RNA를 절단하는 뉴클레아제 (특히 엔도뉴클레아제)인 것으로 확인되었다. C2c2 HEPN은 또한 DNA, 또는 잠재적으로 DNA 및/또는 RNA를 표적화할 수 있다. C2c2의 HEPN 도메인이 그들의 야생형 형태로, 적어도 RNA에 결합하여 절단시킬 수 있다는 것을 기초로, C2c2 이펙터 단백질이 RNase 기능을 갖는 것이 바람직하다. C2c2 CRISPR 시스템과 관련하여, 2016년 6월 17일에 출원된 U.S. 가출원 제62/351,662호 및 2016년 8월 17일에 출원된 U.S. 가출원 제62/376,377호를 참조한다. 또한 2016년 6월 17일 출원된 U.S. 가출원 제62/351,803호를 참조한다. 또한, 브로드 연구소 번호 10035.PA4 및 대리인 서류 번호 47627.03.2133을 보유하는 2016년 12월 8일 출원된 발명의 명칭 "신규 Crispr 효소 및 시스템"의 U.S. 가출원을 참조한다. 문헌 [East-Seletsky et al. "Two distinct RNase activities of CRISPR-C2c2 enable guide-RNA processing and RNA detection" Nature doi:10/1038/nature19802] 및 [Abudayyeh et al. "C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA targeting CRISPR effector" bioRxiv doi:10.1101/054742]을 더 참조한다.
CRISPR 시스템에서 RNase 기능은 공지되어 있으며, 예를 들어 mRNA 표적화는 일정 III형 CRISPR-Cas 시스템의 경우에 보고되었고 (Hale et al., 2014, Genes Dev, vol. 28, 2432-2443; Hale et al., 2009, Cell, vol. 139, 945-956; Peng et al., 2015, Nucleic Aids research, vol. 43, 406-417) 상당한 장점을 제공한다. 스타필로코커스 에피더미스 (Staphylococcus epidermis) III-A형 시스템에서, 표적 전역의 전사는 그 결과로 Cas10-Csm 리보뉴클레오단백질 이펙터 단백질 복합체 내의 독립적인 활성 부위에 의해 매개되는, 표적 DNA 및 이의 전사물의 절단을 야기시킨다 (Samai et al., 2015, Cell, vol. 151, 1164-1174). 따라서 본 이펙터 단백질을 통한 CRISPR-Cas 시스템, 조성물 또는 RNA 표적화 방법이 제공된다.
일 실시형태에서, Cas 단백질은 제한없이 렙토트리키아, 리스테리아, 코리네박터, 수테렐라, 레지오넬라, 트레포네마, 필리팩터, 유박테리움, 스트렙토코커스, 락토바실러스, 마이코플라스마, 박테로이데스, 플라비이볼라, 플라보박테리움, 스파에로차에타, 아조스피릴룸, 글루콘아세토박터, 네이세리아, 로세부리아, 파르비바큘럼, 스타필로코커스, 니트라티프락토르, 마이코플라스마 및 캄필로박터를 포함하는 속의 유기체의 C2c2 오르쏘로그일 수 있다. 이러한 속의 유기체 종이 달리 본 명세서에서 기술될 수 있다.
CRISPR-Cas 시스템 효소의 오르쏘로그를 동정하는 일부 방법은 관심 게놈에서 tracr 서열을 동정하는 단계를 포함할 수 있다. tracr 서열의 동정은 하기의 단계들과 관련될 수 있다: CRISPR 효소를 포함하는 CRISPR 영역을 동정하기 위해 데이타베이스에서 직접 반복부 또는 tracr 메이트 서열에 대한 검색 단계. 센스 및 안티센스 양쪽 방향으로 CRISPR 효소에 측접하는 CRISPR 영역에서 상동성 서열의 검색 단계. 전사 종결인자 및 2차 구조의 조사. 직접 반복부 또는 tracr 메이트 서열은 아니지만 직접 반복부 또는 tracr 메이트 서열와 50% 초과의 동일성을 갖는 잠재적 tracr 서열로서 임의 서열을 동정하는 단계. 잠재적 tracr 서열을 선택하고 그와 회합되는 전사 종결인자 서열을 분석하는 단계.
본 명세서에 기술된 임의의 기능성이 다수의 오르쏘로그 유래 단편을 포함하는 키메라 효소를 포함하여, 다른 오르쏘로그 유래 CRISPR 효소로 조작될 수 있다는 것을 이해하게 될 것이다. 이러한 오르쏘로그의 예는 본 명세서의 다른 부분에 기술되어 있다. 따라서, 키메라 효소는 제한없이 렙토트리키아, 리스테리아, 코리네박터, 수테렐라, 레지오넬라, 트레포네마, 필리팩터, 유박테리움, 스트렙토코커스, 락토바실러스, 마이코플라스마, 박테로이데스, 플라비이볼라, 플라보박테리움, 스파에로차에타, 아조스피릴룸, 글루콘아세토박터, 네이세리아, 로세부리아, 파르비바큘럼, 스타필로코커스, 니트라티프락토르, 마이코플라스마 및 캄필로박터를 포함하는 유기체의 CRISPR 효소 오르쏘로그의 단편을 포함할 수 있다. 키메라 효소는 제1 단편 및 제2 단편을 포함할 수 있고, 단편은 본 명세서에 언급된 속의 유기체 또는 본 명세서에 언급된 종의 유기체의 CRISPR 효소 오르쏘로그의 것일 수 있으며, 유리하게 단편은 상이한 종의 CRISPR 효소 오르쏘로그로부터 유래된다.
실시형태에서, 본 명세서에서 언급되는 바와 같은 C2c2 단백질은 또한 C2c2의 기능성 변이체 또는 이의 상동체 또는 오르쏘로그를 포괄한다. 본 명세서에서 사용 시 단백질의 "기능성 변이체"는 그 단백질의 활성을 적어도 부분적으로 보유하는 그러한 단백질의 변이체를 의미한다. 기능성 변이체는 다형체 등을 포함하여는, 돌연변이체 (삽입, 결실, 또는 치환 돌연변이체일 수 있음)를 포함할 수 있다. 기능성 변이체에는 또한 다른, 일반적으로 미관련된, 핵산, 단백질, 폴리펩티드 또는 펩티드와 이러한 단백질의 융합 생성물이 포함된다. 기능성 변이체는 천연 발생일 수 있거나 또는 만들어 진 것일 수 있다. 실시형태는 조작되거나 또는 비천연 발생된 VI형 RNA-표적화 이펙터 단백질을 포함할 수 있다.
일 실시형태에서, C2c2 또는 이의 오르쏘로그 또는 상동체를 코딩하는 핵산 분자(들)는 진핵생물 세포에서 발현을 위해 코돈-최적화될 수 있다. 진핵생물은 본 명세서에서 논의되는 바와 같을 수 있다. 핵산 분자(들)는 조작될 수 있거나 또는 비천연 발생일 수 있다.
일 실시형태에서, C2c2 또는 이의 오르쏘로그 또는 상동체는 하나 이상의 돌연변이를 가질 수 있다 (그에 따라 이를 코딩하는 핵산 분자(들)는 돌연변이(들)를 가질 수 있음). 돌연변이는 인공적으로 도입된 돌연변이일 수 있고 제한없이 촉매성 도메인에 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. Cas9 효소에 대한 촉매성 도메인의 예는 제한없이 RuvC I, RuvC II, RuvC III 및 HNH 도메인을 포함할 수 있다.
일 실시형태에서, C2c2 또는 이의 오르쏘로그 또는 상동체는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 돌연변이는 인공적으로 도입된 돌연변이일 수 있고 제한없이 촉매성 도메인에 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. Cas 효소에 대한 촉매성 도메인의 예는 제한없이 HEPN 도메인을 포함할 수 있다.
일 실시형태에서, C2c2 또는 이의 오르쏘로그 또는 상동체는 기능성 도메인에 작동적으로 연결되거나 또는 융합된 일반 핵산 결합 단백질로서 사용될 수 있다. 예시적인 기능성 도메인은 제한없이 번역 개시인자, 번역 활성인자, 번역 억제인자, 뉴클레아제, 특히 리보뉴클레아제, 스플라이시오솜, 비드, 광 유도성/제어성 도메인 또는 화학 유도성/제어성 도메인을 포함할 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아, 리스테리아, 코리네박터, 수테렐라, 레지오넬라, 트레포네마, 필리팩터, 유박테리움, 스트렙토코커스, 락토바실러스, 마이코플라스마, 박테로이데스, 플라비이볼라, 플라보박테리움, 스파에로차에타, 아조스피릴룸, 글루콘아세토박터, 네이세리아, 로세부리아, 파르비바큘럼, 스타필로코커스, 니트라티프락토르, 마이코플라스마, 및 캄필로박터로 이루어진 군으로부터 선택된 유기체로부터 유래될 수 있다.
일정 실시형태에서, 이펙터 단백질은 리스테리아 sp. C2c2p, 바람직하게 리스테리아 실리게리아 C2c2p, 보다 바람직하게 리스테리아 실리게리아 혈청형 1/2b str. SLCC3954 C2c2p일 수 있고 crRNA 서열은 5' 29-nt 직접 반복부 (DR) 및 15-nt 내지 18-nt 스페이서를 갖는 44 내지 47개 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
일정 실시형태에서, 이펙터 단백질은 렙토트리키아 sp. C2c2p, 바람직하게 렙토트리키아 샤히이 C2c2p, 보다 바람직하게 렙토트리키아 샤히이 DSM 19757 C2c2p일 수 있고, crRNA 서열은 적어도 24 nt의 5' 직접 반복부, 예컨대 5' 24-28-nt 직접 반복부 (DR) 및 적어도 14 nt의 스페이서, 예컨대 14-nt 내지 28-nt 스페이서, 또는 적어도 18 nt의 스페이서, 예컨대 19 nt, 20 nt, 21 nt, 22 nt, 또는 그 이상의 nt, 예컨대 18-28 nt, 19-28 nt, 20-28 nt, 21-28 nt, 또는 22-28 nt의 스페이서를 갖는, 42 내지 58개 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 이펙터 단백질은 렙토트리키아 sp., 렙토트리키아 와데이 F0279, 또는 리스테리아 sp., 바람직하게 리스테리아 뉴요켄시스 FSL M6-0635일 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 본 발명의 C2c2 이펙터 단백질은 제한없이, 하기의 21개 오르쏘로그 종 (다수 CRISPR 유전자좌 포함): 렙토트리키아 샤히이; 렙토트리키아 와데이 (Lw2); 리스테리아 실리게리 라크노스피라과 박테리아 MA2020; 라크노스피라과 박테리아 NK4A179; [클로스트리듐] 아미노필럼 DSM 10710; 카르노박테리움 갈리나럼 DSM 4847; 카르노박테리움 갈리나럼 DSM 4847 (제2 CRISPR 유전자좌); 팔루디박터 프로피오니시게네스 WB4; 리스테리아 웨이헨스테파넨시스 FSL R9-0317; 리스테리아과 박테리아 FSL M6-0635; 렙토트리키아 와데이 F0279; 로도박터 캡술라터스 SB 1003; 로도박터 캡술라터스 R121; 로도박터 캡술라터스 DE442; 렙토트리키아 부칼리스 C-1013-b; 허르비직스 헤미셀룰로실리티카; [유박테리움] 렉탈레; 유박테리아과 박테리아 CHKCI004; 블라우티아 sp. 마르세이유-P2398; 및 렙토트리키아 sp. 경구 분류군 879 str. F0557을 포함한다. 12종의 추가의 비제한적인 예는 라크노스피라과 박테리아 NK4A144; 클로로플렉서스 아그레간스 (Chloroflexus aggregans); 데메퀴나 아우란티아카 (Demequina aurantiaca); 탈라소스피라 (Thalassospira) sp. TSL5-1; 슈도부티리비브리오 (Pseudobutyrivibrio) sp. OR37; 부티리비브리오 (Butyrivibrio) sp. YAB3001; 블라우티아 (Blautia) sp. 마르세이유-P2398; 렙토트리키아 sp. 마르세이유-P3007; 박테로이데스 이후아에 (Bacteroides ihuae); 폴피로모나다과 (Porphyromonadaceae) 박테리아 KH3CP3RA; 리스테리아 리파리아 (Listeria riparia); 및 인솔리티스피릴럼 페레그리넘 (Insolitispirillum peregrinum)이다.
일정 실시형태에서, 본 발명에 따른 C2c2 단백질은 하기 표에 기술된 바와 같은 오르쏘로그 중 하나이거나 또는 그로부터 유래되거나, 또는 하기 표에 기술된 바와 같은 오르쏘로그 중 둘 이상의 키메라 단백질이거나, 또는 이종성/기능성 도메인과 융합되거나 또는 융합되지 않고, 본 명세서의 다른 곳에 정의된 바와 같은 사멸 C2c2, 분할 C2c2, 탈안정화 C2c2 등을 포함한, 하기 표에 기술된 바와 같은 오르쏘로그 중 하나의 돌연변이체 또는 변이체 (또는 키메라 돌연변이체 또는 변이체)이다.
일정한 일례의 실시형태에서, C2c2 이펙터 단백질은 하기 표 1로부터 선택된다.
표 1
Figure pct00001
Figure pct00002
상기 종의 야생형 단백질 서열은 하기 표 2에 열거되어 있다. 일정 실시형태에서, C2c2 단백질을 코딩하는 핵산 서열이 제공된다.
표 2
Figure pct00003
Figure pct00004
Figure pct00005
본 발명의 일 실시형태에서, 렙토트리키아 샤히이 C2c2, 라크노스피라과 박테리아 MA2020 C2c2, 라크노스피라과 박테리아 NK4A179 C2c2, 클로스트리듐 아미노필럼 (DSM 10710) C2c2, 카르노박테리움 갈리나럼 (DSM 4847) C2c2, 팔루디박터 프로피오니시게네스 (WB4) C2c2, 리스테리아 웨이헨스테파넨시스 (FSL R9-0317) C2c2, 리스테리아과 박테리아 (FSL M6-0635) C2c2, 리스테리아 뉴요켄시스 (FSL M6-0635) C2c2, 렙토트리키아 와데이 (F0279) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (SB 1003) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (R121) C2c2, 로도박터 캡술라터스 (DE442) C2c2, 렙토트리키아 와데이 (Lw2) C2c2, 또는 리스테리아 실리게리 C2c2 중 임의의 야생형 서열과 적어도 80% 서열 상동성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 이펙터 단백질이 제공된다.
본 발명의 일 실시형태에서, 이펙터 단백질은 제한없이 본 명세서에 기술된 공통 서열을 포함하는 VI형 이펙터 단백질 공통 서열과 적어도 80% 서열 상동성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.
본 발명에 따라서, 공통 서열은 제한없이 C2c2 기능을 매개하는 C2c2 오르쏘로그의 촉매성 잔기 및 HEPN 모티프를 포함하여, 보존된 아미노산 잔기 및 모티프의 위치를 찾는데 도움이 될 수 있는, 다수의 C2c2 오르쏘로그로부터 생성될 수 있다. Geneious 정렬을 사용하여 상기에 언급된 33종 오르쏘로그로부터 생성된, 이러한 공통 서열 하나는 하기의 서열이다:
Figure pct00006
Figure pct00007
다른 비제한적인 예에서, 공통 서열의 생성 및 보존된 잔기의 동정을 보조하기 위한 서열 정렬 도구는 MUSCLE 정렬 도구 (www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/)이다. 예를 들어, MUSCLE을 사용하여, C2c2 오르쏘로그 간에 보존된 하기 아미노산 위치를 렙토트리키아 와데이 C2c2에서 확인할 수 있다: K2; K5; V6; E301; L331; I335; N341; G351; K352; E375; L392; L396; D403; F446; I466; I470; R474 (HEPN); H475; H479 (HEPN), E508; P556; L561; I595; Y596; F600; Y669; I673; F681; L685; Y761; L676; L779; Y782; L836; D847; Y863; L869; I872; K879; I933; L954; I958; R961; Y965; E970; R971; D972; R1046 (HEPN), H1051 (HEPN), Y1075; D1076; K1078; K1080; I1083; I1090.
고도로 보존된 잔기를 보여주는 HEPN 도메인의 예시적인 서열 정렬은 도 50에 도시되어 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, RNA-표적화 이펙터 단백질은 VI형-B 이펙터 단백질, 예컨대 Cas13b 및 그룹 29 또는 그룹 30 단백질이다. 일정한 일례의 실시형태에서, RNA-표적화 이펙터 단백질은 하나 이상의 HEPN 도메인을 포함한다. 일정한 일례의 실시형태에서, RNA-표적화 이펙터 단백질은 C-말단 HEPN 도메인, N-말단 HEPN 도메인, 또는 둘 모두를 포함한다. 본 발명의 상황에서 사용될 수 있는 예의 VI-B형 이펙터 단백질의 경우, 발명의 명칭 "신규 CRISPR 효소 및 시스템"으로 2016년 10월 21일 출원된 US 특허 출원 제15/331,792호, 발명의 명칭 "신규 CRISPR 효소 및 시스템"으로 2016년 10월 21일 출원된 국제 특허 출원 번호 PCT/US2016/058302, 및 문헌 [Smargon et al. "Cas13b is a Type VI-B CRISPR-associated RNA-Guided RNase differentially regulated by accessory proteins Csx27 and Csx28" Molecular Cell, 65, 1-13 (2017); dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2016.12.023], 및 2017년 3월 15일에 출원된 발명의 명칭 "신규한 Cas13b 오르쏘로그 CRISPR 효소 및 시스템"의 양도된 U.S. 가출원을 참조한다. 특정한 실시형태에서, Cas13b 효소는 베르게이엘라 주헬컴 (Bergeyella zoohelcum)으로부터 유래된다. 일정한 다른 일례의 실시형태에서, 이펙터 단백질은 표 3에 열거된 임의의 서열과 적어도 80%의 서열 상동성을 갖는 아미노산 서열이거나 또는 그를 포함한다.
표 3
Figure pct00008
일정한 일례의 실시형태에서, Cas13b 오르쏘로그의 야생형 서열은 하기 표 4a 또는 4b에서 확인된다.
표 4a
Figure pct00009
Figure pct00010
Figure pct00011
표 4b
Figure pct00012
Figure pct00013
Figure pct00014
일정한 일례의 실시형태에서, RNA-표적화 이펙터 단백질은 2017년 6월 26일 출원된 U.S. 가출원 제62/525,165호, 및 2017년 8월 16일 출원된 PCT 출원 번호 US 2017/047193에 개시된 바와 같은 Cas13c 이펙터 단백질이다. Cas13c의 야생형 오르쏘로그 서열의 일례가 하기 표 5에 제공된다.
표 5
Figure pct00015
일정한 일례의 실시형태에서, Cas13 단백질은 하기 중 어느 하나로부터 선택될 수 있다.
표 6
Figure pct00016
Figure pct00017
가이드 서열
본 명세서에서 사용되는 용어 "가이드 서열", "crRNA", "가이드 RNA" 또는 "단일 가이드 RNA" 또는 "gRNA"는 표적 핵산 서열과 하이브리드화되고 표적 핵산 서열에 대한 가이드 서열 및 CRISPR 이펙터 단백질을 포함하는 RNA-표적화 복합체의 서열-특이적 결합을 유도하도록 표적 핵산 서열과 충분한 상보성을 갖는 임의의 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 일부 일례의 실시형태에서, 적합한 정렬 알고리즘을 사용하여 최적으로 정렬시킬 때, 상보성의 정도는 약 50%, 60%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97.5%, 99% 또는 그 이상이거나, 또는 이를 초과한다. 최적 정렬은 서열을 정렬시키기 위한 임의의 적합한 알고리즘의 사용으로 결정될 수 있고, 이의 비제한적인 예는 스미스-워터만 (Smith-Waterman) 알고리즘, 니들만-분치 (Needleman-Wunsch) 알고리즘, 버로우즈-휠러 (Burrows-Wheeler) 전환을 기반으로 하는 알고리즘 (예를 들어, Burrows Wheeler Aligner), ClustalW, Clustal X, BLAT, Novoalign (Novocraft Technologies; www.novocraft.com에서 입수가능), ELAND (Illumina, San Diego, CA), SOAP (soap.genomics.org.cn에서 입수가능), 및 Maq (maq.sourceforge.net에서 입수가능)을 포함한다. 표적 핵산 서열에 대해 핵산-표적화 복합체의 서열-특이적 결합을 유도하는 가이드 서열 (핵산-표적화 가이드 RNA 내)의 능력은 임의의 적합한 어세이를 통해서 평가될 수 있다. 예를 들어, 시험하려는 가이드 서열을 포함하여, 핵산-표적화 복합체를 형성시키는데 충분한 핵산-표적화 CRISPR 시스템의 성분은 예컨대 핵산-표적화 복합체의 성분을 코딩하는 벡터를 형질감염시킨 후, 예컨대 본 명세서에 기술된 바와 같은 서베이어 (Surveyor) 어세이를 통해서, 표적 핵산 서열 내 우선적인 표적화 (예를 들어, 절단)의 평가에 의해서, 상응하는 표적 핵산 서열을 갖는 숙주 세포에 제공될 수 있다. 유사하게, 표적 핵산 서열의 절단은 표적 핵산 서열, 시험하려는 가이드 서열 및 시험 가이드 서열과 상이한 대조 가이드 서열을 포함하는 핵산-표적화 복합체의 성분을 제공하고, 시험 및 대조 가이드 서열 반응 간 표적 서열에서 절단 속도 또는 결합을 비교하여 시험관에서 평가될 수 있다. 다른 어세이가 가능하고, 당업자가 발견하게 될 것이다. 가이드 서열, 및 그리하여 핵산-표적화 가이드는 임의의 표적 핵산 서열을 표적화하도록 선택될 수 있다. 표적 서열은 DNA일 수 있다. 표적 서열은 임의의 RNA 서열일 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적 서열은 메신저 RNA (mRNA), 프리-mRNA, 리보솜 RNA (rRNA), 전달 RNA (tRNA), 마이크로-RNA (miRNA), 소형 간섭 RNA (siRNA), 소형 핵 RNA (snRNA), 소형 핵소체 RNA (snoRNA), 이중 가닥 RNA (dsRNA), 넌-코딩 RNA (ncRNA), 장형 넌코딩 RNA (lncRNA), 및 소형 세포질 RNA (scRNA)로 이루어진 군으로부터 선택되는 RNA 분자 내 서열일 수 있다. 일부 바람직한 실시형태에서, 표적 서열은 mRNA, 프리-mRNA, 및 rRNA로 이루어진 군으로부터 선택되는 RNA 분자 내 서열일 수 있다. 일부 바람직한 실시형태에서, 표적 서열은 ncRNA, 및 lncRNA로 이루어진 군으로부터 선택되는 RNA 분자 내 서열일 수 있다. 일부 보다 바람직한 실시형태에서, 표적 서열은 mRNA 분자 또는 프리-mRNA 분자 내 서열일 수 있다.
일부 실시형태에서, 핵산-표적화 가이드는 핵산-표적화 가이드 내 2차 구조 정도를 감소시키도록 선택된다. 일부 실시형태에서, 핵산-표적화 가이드의 약 75%, 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 1%, 또는 그 이하의 뉴클레오티드가 최적으로 폴딩될 때 자가-상보성 염기쌍 형성에 참여한다. 최적 폴딩은 임의의 적합한 폴리뉴클레오티드 폴딩 알고리즘에 의해 결정될 수 있다. 일부 프로그램은 최소 깁스 (Gibbs) 자유 에너지를 계산하는 것을 기반으로 한다. 이러한 알고리즘의 일례는 문헌 [Zuker and Stiegler (Nucleic Acids Res. 9 (1981), 133-148)]에 기술된 바와 같이, mFold이다. 폴딩 알고리즘의 다른 예는 도심 구조 예측 알고리즘을 사용하여 비엔나 대학의 이론 화학 연구소 (Institute for Theoretical Chemistry at the University of Vienna)에서 개발한 온라인 웹서버 RNAfold이다 (예를 들어, [A.R. Gruber et al., 2008, Cell 106(1): 23-24]; 및 [PA Carr and GM Church, 2009, Nature Biotechnology 27(12): 1151-62] 참조).
일정 실시형태에서, 가이드 RNA 또는 crRNA는 직접 반복부 (DR) 서열 및 가이드 서열 또는 스페이서 서열을 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA 또는 crRNA는 가이드 서열 또는 스페이서 서열에 융합되거나 또는 연결된 직접 반복부 서열을 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있다. 일정 실시형태에서, 직접 반복부 서열은 가이드 서열 또는 스페이서 서열로부터 상류 (즉, 5')에 위치될 수 있다. 다른 실시형태에서, 직접 반복부 서열은 가이드 서열 또는 스페이서 서열로부터 하류 (즉, 3')에 위치될 수 있다.
일정 실시형태에서, crRNA는 스템 루프, 바람직하게 단일 스템 루프를 포함한다. 일정 실시형태에서, 직접 반복부 서열은 스템 루프, 바람직하게 단일 스템 루프를 형성한다.
일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 15 내지 35 nt이다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 적어도 15 뉴클레오티드이다. 일정 실시형태에서, 스페이서 길이는 15 내지 17 nt, 예를 들어, 15, 16, 또는 17 nt, 17 내지 20 nt, 예를 들어, 17, 18, 19, 또는 20 nt, 20 내지 24 nt, 예를 들어, 20, 21, 22, 23, 또는 24 nt, 23 내지 25 nt, 예를 들어, 23, 24, 또는 25 nt, 24 내지 27 nt, 예를 들어, 24, 25, 26, 또는 27 nt, 27-30 nt, 예를 들어, 27, 28, 29, 또는 30 nt, 30-35 nt, 예를 들어, 30, 31, 32, 33, 34, 또는 35 nt, 또는 35 nt 또는 그 이상이다.
일반적으로, CRISPR-Cas, CRISPR-Cas9 또는 CRISPR 시스템은 전술한 문헌, 예컨대 WO 2014/093622 (PCT/US2013/074667)에서 사용된 대로 일 수 있고 Cas 유전자, 특히 CRISPR-Cas9의 경우에 Cas9 유전자를 코딩하는 서열, tracr (trans-activating CRISPR) 서열 (예를 들어, tracrRNA 또는 활성 부분 tracrRNA), tracr-메이트 서열 (내생성 CRISPR 시스템의 경우에 "직접 반복부" 및 tracrRNA-프로세싱된 부분 직접 반복부 포함), 가이드 서열 (내생성 CRISPR 시스템의 경우에 "스페이서"라고도 함), 또는 이 용어가 본 명세서에서 사용되는 대로의 "RNA(들)" (예를 들어, 가이드 Cas9에 대한 RNA(들), 예를 들어, CRISPR RNA 및 트랜스활성화 (tracr) RNA 또는 단일 가이드 RNA (sgRNA) (키메라 RNA)) 또는 CRISPR 유전자좌 유래의 다른 서열 및 전사물을 포함하는, CRISPR-연관 ("Cas") 유전자의 활성의 발현 또는 그의 유도에 관여하는 전사물 및 다른 엘리먼트를 집합적으로 의미한다. 일반적으로, CRISPR 시스템은 표적 서열 (내생성 CRISPR 시스템의 경우에 프로토스페이서라고 함)의 부위에서 CRISPR 복합체의 형성을 촉진하는 엘리먼트를 특징으로 한다. CRISPR 복합체의 형성의 경우에서, "표적 서열"은 가이드 서열이 상보성을 갖도록 디자인된 서열을 의미하고, 여기서 표적 서열과 가이드 서열 간 하이브리드화는 CRISPR 복합체의 형성을 촉진한다. 표적 서열에 대한 상보성이 절단 활성을 위해 중요한 가이드 서열의 부분을 본 명세서에서 씨드 서열이라고 한다. 표적 서열은 임의의 폴리뉴클레오티드, 예컨대 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적 서열은 세포의 핵 또는 세포질에 위치되고, 세포 내에 존재하는 미토콘드리아, 세포소기관, 소포체, 리포솜 또는 입자 내 또는 그 유래의 핵산을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 특히 비-핵 용도의 경우, NLS는 바람직하지 않다. 일부 실시형태에서, CRISPR 시스템은 하나 이상의 핵 이출 신호 (NES)를 포함한다. 일부 실시형태에서, CRISPR 시스템은 하나 이상의 NLS 및 하나 이상의 NES를 포함한다. 일부 실시형태에서, 직접 반복부는 임의의 또는 전체의 하기 기준을 충족하는 반복적 모티프를 검색하여 인 실리코에서 동정될 수 있다: 1. II형 CRISPR 유전자좌에 측접하는 게놈 서열의 2 Kb 창에서 확인; 2. 20 내지 50 bp를 포괄; 및 3. 20 내지 50 bp 사이의 간격. 일부 실시형태에서, 이들 기준 중 2개가 사용될 수 있는데, 예를 들면 1 및 2, 2 및 3, 또는 1 및 3이 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 전체 3개 기준이 사용될 수 있다.
본 발명의 실시형태에서 용어 가이드 서열 및 가이드 RNA, 즉 Cas를 표적 게놈 유전자좌로 가이딩할 수 있는 RNA는 앞서 인용된 문헌 예컨대 WO 2014/093622 (PCT/US2013/074667)에서 처럼 상호교환적으로 사용된다. 일반적으로, 가이드 서열은 표적 서열과 하이브리드화하고 표적 서열로 CRISPR 복합체의 서열-특이적 결합을 유도하도록 표적 폴리뉴클레오티드 서열과 충분한 상보성을 갖는 임의의 폴리뉴클레오티드 서열이다. 일부 실시형태에서, 적합한 정렬 알고리즘을 사용하여 최적으로 정렬될 때, 가이드 서열과 이의 상응하는 표적 서열 간 상보성 정도는 약 50%, 60%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97.5%, 99% 이상이다. 최적 정렬은 서열을 정렬시키기 위한 임의의 적합한 알고리즘의 사용으로 결정될 수 있고, 이의 비제한적인 예는 스미스-워터만 알고리즘, 니들만-분치 알고리즘, 버로우즈-휠러 변환을 기반으로 하는 알고리즘 (예를 들어, Burrows Wheeler Aligner), ClustalW, Clustal X, BLAT, Novoalign (Novocraft Technologies; www.novocraft.com에서 입수가능), ELAND (Illumina, San Diego, CA), SOAP (soap.genomics.org.cn에서 입수가능), 및 Maq (maq.sourceforge.net에서 입수가능)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 가이드 서열은 약 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 75개 이상의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시형태에서, 가이드 서열은 약 75, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 표적 서열에 대한 CRISPR 복합체의 서열-특이적 결합을 유도하는 가이드 서열의 능력은 임의의 적합한 어세이를 통해서 평가될 수 있다. 예를 들어, 시험하려는 가이드 서열을 포함하여, CRISPR 복합체를 형성하는데 충분한 CRISPR 시스템의 성분은 CRISPR 서열의 성분을 코딩하는 벡터로 형질감염시킨 후, 예컨대 본 명세서에 기술된 바와 같은 서베이어 어세이에 의한 표적 서열 내 우선적인 절단의 평가를 통해서, 상응하는 표적 서열을 갖는 숙주 세포에 제공될 수 있다. 유사하게, 표적 폴리뉴클레오티드 서열의 절단은 표적 서열, 시험하려는 가이드 서열 및 시험 가이드 서열과 상이한 대조 가이드 서열을 포함한, CRISPR 복합체의 성분을 제공하고, 시험 및 대조 가이드 서열 반응 간 표적 서열에서의 결합 또는 절단 속도를 비교하여 시험관에서 평가될 수 있다. 다른 어세이가 가능하고, 당업자가 발견할 수 있을 것이다.
CRISPR-Cas 시스템의 일부 실시형태에서, 가이드 서열 및 이의 상응하는 표적 서열 간 상보성의 정도는 약 50%, 60%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97.5%, 99%, 또는 100% 이상일 수 있고; 가이드 또는 RNA 또는 sgRNA는 약 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 75개 이상의 뉴클레오티드 길이일 수 있거나; 또는 가이드 또는 RNA 또는 sgRNA는 약 75, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12개 이하의 뉴클레오티드 길이일 수 있고; 유리하게 tracr RNA는 30 또는 50개 뉴클레오티드 길이이다. 그러나, 본 발명의 일 양상은 표적-외 상호작용을 감소시키는 것이고, 예를 들어 낮은 상보성을 갖는 표적 서열과 가이드 상호작용을 감소시키는 것이다. 실제로, 예에서, CRISPR-Cas 시스템이 80% 초과 내지 약 95% 상보성, 예를 들어, 83%-84% 또는 88-89% 또는 94-95% 상보성을 갖는 표적-외 서열과 표적 서열을 구별 (예를 들면, 1, 2 또는 3개 미스매치를 갖는 18개 뉴클레오티드의 표적-외로부터 18개 뉴클레오티드를 갖는 표적 간 구별)을 할 수 있게 하는 돌연변이를 포함하는 것으로 확인된다. 따라서, 본 발명의 상황에서, 가이드 서열과 이의 상응하는 표적 서열간 상보성 정도는 94.5% 또는 95% 또는 95.5% 또는 96% 또는 96.5% 또는 97% 또는 97.5% 또는 98% 또는 98.5% 또는 99% 또는 99.5% 또는 99.9% 초과, 또는 100% 이다. 표적-외는 이 서열과 가이드 간에 100% 또는 99.9% 또는 99.5% 또는 99% 또는 99% 또는 98.5% 또는 98% 또는 97.5% 또는 97% 또는 96.5% 또는 96% 또는 95.5% 또는 95% 또는 94.5% 또는 94% 또는 93% 또는 92% 또는 91% 또는 90% 또는 89% 또는 88% 또는 87% 또는 86% 또는 85% 또는 84% 또는 83% 또는 82% 또는 81% 또는 80% 미만의 상보성이고, 표적-외 서열이 이 서열과 가이드 간에 100% 또는 99.9% 또는 99.5% 또는 99% 또는 99% 또는 98.5% 또는 98% 또는 97.5% 또는 97% 또는 96.5% 또는 96% 또는 95.5% 또는 95% 또는 94.5% 상보성인 것이 유리하다.
가이드 변형
일정 실시형태에서, 본 발명의 가이드는 비천연 발생 핵산 및/또는 비천연 발생 뉴클레오티드 및/또는 뉴클레오티드 유사체, 및/또는 화학적 변형을 포함한다. 비천연 발생 핵산은 예를 들어 천연 및 비천연 발생 뉴클레오티드의 혼합물을 포함한다. 비천연 발생 뉴클레오티드 및/또는 뉴클레오티드 유사체는 리보스, 포스페이트, 및/또는 염기 모이어티에서 변형될 수 있다. 본 발명의 일 실시형태에서, 가이드 핵산은 리보뉴클레오티드 및 비-리보뉴클레오티드를 포함한다. 이러한 일 실시형태에서, 가이드는 하나 이상의 리보뉴클레오티드 및 하나 이상의 데옥시리보뉴클레오티드를 포함한다. 본 발명의 일 실시형태에서, 가이드는 하나 이상의 비천연 발생 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 유사체 예컨대 포스포로티오에이트 연결, 보라노포스페이트 연결을 갖는 뉴클레오티드, 리보스 고리의 2' 및 4' 탄소 간에 메틸렌 브릿지를 포함하는 잠금 핵산 (LNA) 뉴클레오티드, 또는 브릿지된 핵산 (BNA)을 포함한다. 변형된 뉴클레오티드의 다른 예는 2'-O-메틸 유사체, 2'-데옥시 유사체, 2-티오우리딘 유사체, N6-메틸아데노신 유사체, 또는 2'-플루오로 유사체를 포함한다. 변형된 염기의 추가 예는 제한없이 2-아미노푸린, 5-브로모-우리딘, 슈도우리딘 (Ψ), N1-메틸슈도우리딘 (me1Ψ), 5-메톡시우리딘(5moU), 이노신, 7-메틸구아노신을 포함한다. 가이드 RNA 화학적 변형의 예는 제한없이, 하나 이상의 말단 뉴클레오티드에 2'-O-메틸 (M), 2'-O-메틸-3'-포스포로티오에이트 (MS), 포스포로티오에이트 (PS), S-제한된 에틸(cEt), 또는 2'-O-메틸-3'-티오PACE (MSP)의 도입을 포함한다. 이러한 화학적으로 변형된 가이드는 표적-적중 대 표적-외 특이성이 예측가능하지 않더라도, 비변형된 가이드와 비교하여 증가된 안정성 및 증가된 활성을 포함할 수 있다 ([Hendel, 2015, Nat Biotechnol. 33(9):985-9, doi: 10.1038/nbt.3290], 2015년 6월 29일 온라인 공개; [Ragdarm et al., 0215, PNAS, E7110-E7111; Allerson et al., J. Med. Chem. 2005, 48:901-904]; [Bramsen et al., Front. Genet., 2012, 3:154]; [Deng et al., PNAS, 2015, 112:11870-11875]; [Sharma et al., MedChemComm., 2014, 5:1454-1471]; [Hendel et al., Nat. Biotechnol. (2015) 33(9): 985-989]; [Li et al., Nature Biomedical Engineering, 2017, 1, 0066 DOI:10.1038/s41551-017-0066] 참조). 일부 실시형태에서, 가이드 RNA의 5' 및/또는 3' 말단은 형광성 염료, 폴리에틸렌 글리콜, 콜레스테롤, 단백질, 또는 검출 태그를 포함하는 다양한 기능성 모이어티에 의해 변형된다 ([Kelly et al., 2016, J. Biotech. 233:74-83] 참조). 일정 실시형태에서, 가이드는 표적 DNA에 결합하는 영역에 리보뉴클레오티드 및 Cas9, Cpf1, 또는 C2c1에 결합하는 영역에 하나 이상의 데옥시리보뉴클레오티드 및/또는 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 본 발명의 일정한 실시형태에서, 데옥시리보뉴클레오티드 및/또는 뉴클레오티드 유사체는 조작된 가이드 구조, 예컨데 제한없이, 5' 및/또는 3' 말단, 스템-루프 영역, 및 씨드 영역에 도입된다. 일정 실시형태에서, 변형은 스템-루프 영역의 5'-핸들에서는 아니다. 가이드의 스템-루프 영역의 5'-핸들 내 화학적 변형은 이의 기능을 없앨 수 있다 (문헌 [Li, et al., Nature Biomedical Engineering, 2017, 1:0066] 참조). 일정 실시형태에서, 가이드의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 또는 75개 뉴클레오티드가 화학적으로 변형된다. 일부 실시형태에서, 가이드의 3' 또는 5' 말단에서 3-5개 뉴클레오티드가 화학적으로 변형된다. 일부 실시형태에서, 오직 소수의 변형, 예컨대 2'-F 변형이 씨드 영역에 도입된다. 일부 실시형태에서, 2'-F 변형은 가이드의 3' 말단에서 도입된다. 일정 실시형태에서, 가이드의 5' 및/또는 3' 말단에서 3개 내지 5개 뉴클레오티드는 2'-O-메틸 (M), 2'-O-메틸-3'-포스포로티오에이트 (MS), S-제한된 에틸(cEt), 또는 2'-O-메틸-3'-티오PACE (MSP)에 의해 화학적으로 변형된다. 이러한 변형은 게놈 편집 효율을 증강시킬 수 있다 (문헌 [Hendel et al., Nat. Biotechnol. (2015) 33(9): 985-989] 참조). 일정 실시형태에서, 가이드의 모든 포스포디에스테르 결합은 유전자 파괴 수준을 증강시키기 위해서 포스포로티오에이트 (PS)로 치환된다. 일정 실시형태에서, 가이드의 5' 및/또는 3' 말단에서 5개 초과의 뉴클레오티드는 2'-O-Me, 2'-F 또는 S-제한된 에틸(cEt)로 화학적으로 변형된다. 이러한 화학적으로 변형된 가이드는 증강된 수준의 유전자 파괴를 매개할 수 있다 (문헌 [Ragdarm et al., 0215, PNAS, E7110-E7111] 참조). 본 발명의 일 실시형태에서, 가이드는 이의 3' 및/또는 5' 말단에서 화학적 모이어티를 포함하도록 변형된다. 이러한 모이어티는 제한없이 아민, 아지드, 알킨, 티오, 디벤조시클로옥틴 (DBCO), 또는 로다민을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 화학적 모이어티는 링커, 예컨대 알킬 사슬에 의해 가이드에 접합된다. 일정 실시형태에서, 변형된 가이드의 화학적 모이어티는 가이드를 다른 분자, 예컨대 DNA, RNA, 단백질, 또는 나노입자에 부착시키는데 사용될 수 있다. 이러한 화학적으로 변형된 가이드는 CRISPR 시스템에 의해 유전자 편집된 세포를 동정하거나 또는 농축시키는데 사용될 수 있다 (Lee et al., eLife, 2017, 6:e25312, DOI:10.7554 참조).
일정 실시형태에서, 본 명세서에서 제공되는 CRISPR 시스템은 가이드 서열을 포함하는 crRNA 또는 유사한 폴리뉴클레오티드를 이용할 수 있고, 여기서 폴리뉴클레오티드는 RNA, DNA 또는 RNA 및 DNA의 혼합물이고/이거나, 폴리뉴클레오티드는 하나 이상의 뉴클레오티드 유사체를 포함한다. 서열은 제한없이 천연 crRNA의 구조, 예컨대 벌지, 헤어핀 또는 스템 루프 구조를 포함하는, 임의 구조를 포함할 수 있다. 일정 실시형태에서, 가이드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드는 RNA 또는 DNA 서열일 수 있는 제2 폴리뉴클레오티드 서열과 듀플렉스를 형성한다.
일정한 실시형태에서, 화학적으로 변형된 가이드 RNA를 사용한다. 가이드 RNA 화학적 변형의 예는 제한없이, 하나 이상의 말단 뉴클레오티드에 2'-O-메틸 (M), 2'-O-메틸 3'포스포로티오에이트 (MS), 또는 2'-O-메틸 3'티오PACE (MSP)의 도입을 포함한다. 이러한 화학적으로 변형된 가이드 RNA는 표적-적중 대 표적-외 특이성이 예측가능하지 않더라도, 비변형된 가이드 RNA와 비교하여 증가된 안정성 및 증가된 활성을 포함할 수 있다 (문헌 [Hendel, 2015, Nat Biotechnol. 33(9):985-9] 참조, doi: 10.1038/nbt.3290, 2015년 6월 29일 온라인 공개). 화학적으로 변형된 가이드 RNA는 제한없이 포스포로티오에이트 연결을 갖는 RNA 및 리보스 고리의 2' 및 4' 탄소 사이에 메틸렌 브릿지를 포함하는 잠김 핵산 (LNA) 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시형태에서, 가이드 서열은 약 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 75개 이상의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시형태에서, 가이드 서열은 약 75, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 12개 이하의 뉴클레오티드 길이이다. 바람직하게 가이드 서열은 10 내지 30개 뉴클레오티드 길이이다. 표적 서열에 대한 CRISPR 복합체의 서열-특이적 결합을 유도하는 가이드 서열의 능력은 임의의 적합한 어세이로 평가될 수 있다. 예를 들어, 시험하려는 가이드 서열을 포함하는, CRISPR 복합체를 형성하는데 충분한 CRISPR 시스템의 성분은 예컨대 CRISPR 서열의 성분을 코딩하는 벡터로 형질감염시킨 후, 예컨대 서베이어 어세이를 통해서 표적 서열 내 우선적인 절단의 평가를 통해 상응하는 표적 서열을 갖는 숙주 세포에 제공될 수 있다. 유사하게, 표적 RNA의 절단은 표적 서열, 시험하려는 가이드 서열 및 시험 가이드 서열과 상이한 대조 가이드 서열을 포함하는, CRISPR 복합체의 성분을 제공하고, 시험 및 대조 가이드 서열 반응 간 표적 서열의 결합 또는 절단 속도를 비교하여 시험관에서 평가될 수 있다. 다른 어세이가 가능하며, 당업자가 발견하게 될 것이다.
일부 실시형태에서, 가이드에 대한 변형은 화학적 변형, 삽입, 결실 또는 분할이다. 일부 실시형태에서, 화학적 변형은 제한없이, 2'-O-메틸 (M) 유사체, 2'-데옥시 유사체, 2-티오우리딘 유사체, N6-메틸아데노신 유사체, 2'-플루오로 유사체, 2-아미노푸린, 5-브로모-우리딘, 슈도우리딘 (Ψ), N1-메틸슈도우리딘 (me1Ψ), 5-메톡시우리딘 (5moU), 이노신, 7-메틸구아노신, 2'-O-메틸-3'-포스포로티오에이트 (MS), S-제한된 에틸 (cEt), 포스포로티오에이트 (PS), 또는 2'-O-메틸-3'-티오PACE (MSP)의 도입을 포함한다. 일부 실시형태에서, 가이드는 하나 이상의 포스포로티오에이트 변형을 포함한다. 일정 실시형태에서, 가이드의 적어도 1, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 25개의 뉴클레오티드가 화학적으로 변형된다. 일정 실시형태에서, 씨드 영역 내 하나 이상의 뉴클레오티드가 화학적으로 변형된다. 일정 실시형태에서, 3'-말단의 하나 이상의 뉴클레오티드가 화학적으로 변형된다. 일정 실시형태에서, 5'-핸들의 어떠한 뉴클레오티드도 화학적으로 변형되지 않는다. 일부 실시형태에서, 씨드 영역 내 화학적 변형은 소수의 변형, 예컨대 2'-플루오로 유사체의 도입이다. 특정한 실시형태에서, 씨드 영역의 하나의 뉴클레오티드는 2'-플루오로 유사체로 치환된다. 일부 실시형태에서, 3'-말단의 5개 또는 10개 뉴클레오티드는 화학적으로 변형된다. Cpf1 CrRNA의 3'-말단에서 이러한 화학적 변형은 유전자 절단 효율을 개선시킨다 (문헌 [Li, et al., Nature Biomedical Engineering, 2017, 1:0066] 참조). 특별한 실시형태에서, 3'-말단의 5개 뉴클레오티드는 2'-플루오로 유사체로 치환된다. 특별한 실시형태에서, 3'-말단의 10개 뉴클레오티드는 2'-플루오로 유사체로 치환된다. 특별한 실시형태에서, 3'-말단의 5개 뉴클레오티드는 2'- O-메틸 (M) 유사체로 치환된다.
일부 실시형태에서, 가이드의 5'-핸들의 루프는 변형된다. 일부 실시형태에서, 가이드의 5'-핸들의 루프는 결실, 삽입, 분할, 또는 화학적 변형을 갖도록 변형된다. 일정 실시형태에서, 루프는 3개, 4개, 또는 5개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일정 실시형태에서, 루프는 UCUU, UUUU, UAUU, 또는 UGUU의 서열을 포함한다.
가이드 서열, 및 그리하여 핵산-표적화 가이드 RNA는 임의의 표적 핵산 서열을 표적화하도록 선택될 수 있다. CRISPR 복합체의 형성에 있어서, "표적 서열"은 가이드 서열이 상보성을 갖도록 디자인된 서열을 의미하고, 여기서 표적 서열과 가이드 서열간 하이브리드화는 CRISPR 복합체의 형성을 촉진한다. 표적 서열은 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 용어 "표적 RNA"는 표적 서열이거나 또는 그를 포함하는 RNA 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 달리 말해서, 표적 RNA는 gRNA, 즉 가이드 서열의 일부분이 상보성을 갖도록 디자인되고, CRISPR 이펙터 단백질 및 gRNA를 포함하는 복합체에 의해 매개되는 이펙터 기능이 유도되어 RNA 폴리뉴클레오티드 또는 RNA 폴리뉴클레오티드의 일부분일 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적 서열은 세포의 핵 또는 세포질에 위치된다. 표적 서열은 DNA일 수 있다. 표적 서열은 임의의 RNA 서열일 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적 서열은 메신저 RNA (mRNA), 프리-mRNA, 리보솜 RNA (rRNA), 전달 RNA (tRNA), 마이크로-RNA (miRNA), 소형 간섭 RNA (siRNA), 소형 핵 RNA (snRNA), 소형 핵 RNA (snoRNA), 이중 가닥 RNA (dsRNA), 넌코딩 RNA (ncRNA), 장형 넌코딩 RNA (lncRNA), 및 소형 세포질 RNA (scRNA)로 이루어진 군으로부터 선택되는 RNA 분자 내 서열일 수 있다. 일부 바람직한 실시형태에서, 표적 서열은 mRNA, 프리-mRNA, 및 rRNA로 이루어진 군으로부터 선택되는 RNA 분자 내 서열일 수 있다. 일부 바람직한 실시형태에서, 표적 서열은 ncRNA, 및 lncRNA로 이루어진 군으로부터 선택되는 RNA 분자 내 서열일 수 있다. 일부 더 바람직한 실시형태에서, 표적 서열은 mRNA 분자 또는 프리-mRNA 분자 내 서열일 수 있다.
일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 28개 미만의 뉴클레오티드이다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 적어도 18개 뉴클레오티드이고 28개 미만의 뉴클레오티드이다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 19개 내지 28개 뉴클레오티드이다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 19개 내지 25개 뉴클레오티드이다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 20개 뉴클레오티드이다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 23개 뉴클레오티드이다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA의 스페이서 길이는 25개 뉴클레오티드이다.
일정 실시형태에서, 절단 효율의 조정은 스페이서/표적을 따라서 미스매치의 위치를 포함하여, 스페이서 서열과 표적 서열 사이에 미스매치, 예를 들어 1개 이상의 미스매치, 예컨대 1개 또는 2개 미스매치의 도입에 의해 이용될 수 있다. 보다 중심 (즉, 3' 또는 5' 아님)에 이중 미스매치가 있을수록, 절단 효율이 더 영향받는다. 따라서, 스페이서를 따라서 미스매치 위치를 선택하여, 절단 효율을 조정할 수 있다. 예로서, 표적의 100% 미만의 절단이 바람직하면 (예를 들어, 세포 개체군에서), 스페이서 및 표적 서열 사이에 1개 이상, 예컨대 바람직하게 2개 미스매치가 스페이서 서열에 도입될 수 있다. 미스매치 위치의 스페이서를 따라서 더 중심일수록, 절단 백분율은 낮아진다.
일정한 일례의 실시형태에서, 절단 효율은 단일 뉴클레오티드, 예컨대 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP), 변이, 또는 (점) 돌연변이에 의해 달라지는 둘 이상의 표적을 구별할 수 있는 단일 가이드를 디자인하기 위해 이용될 수 있다. CRISPR 이펙터는 SNP (또는 다른 단일 뉴클레오티드 변이)에 대한 감도가 감소될 수 있고 일정한 수준의 효율로 SNP 표적을 절단하는 것을 계속할 수 있다. 따라서, 2개 표적, 또는 표적 세트의 경우에, 가이드 RNA는 표적 중 하나에 상보적인 뉴클레오티드 서열, 즉 표적-적중 SNP를 갖도록 디자인될 수 있다. 가이드 RNA는 합성 미스매치를 갖도록 더욱 디자인된다. 본 명세서에서 사용되는 "합성 미스매치"는 천연 발생 SNP의 상류 또는 하류에 도입된 비천연 발생 미스매치, 예컨대 상류 또는 하류에 최대로 5개 뉴클레오티드, 예를 들면 상류 또는 하류에 4, 3, 2, 또는 1개 뉴클레오티드, 바람직하게 상류 또는 상류에 최대로 3개 뉴클레오티드, 보다 바람직하게 상류 또는 하류에 최대로 2개 뉴클레오티드, 가장 바람직하게 상류 또는 하류에 (즉, SNP에 인접하여) 1개 뉴클레오티드를 의미한다. CRISPR 이펙터가 표적-적중 SNP에 결합할 때, 오직 단일 미스매치가 합성 미스매치와 형성될 것이고 CRISPR 이펙터는 계속 활성화되어서 검출가능한 신호가 생성되게 될 것이다. 가이드 RNA가 표적-외 SNP에 하이브리드화할 경우, 2개 미스매치는 SNP 유래 미스매치 및 합성 미스매치를 형성하게 될 것이고, 검출가능한 신호는 발생되지 않을 것이다. 따라서, 본 명세서에서 개시된 시스템은 개체군 내 SNP를 구별하도록 디자인될 수 있다. 예를 들어, 시스템은 단일 SNP 만큼 상이한 병원체 균주를 구별하거나, 또는 일정한 질환 특이적 SNP, 예컨대 제한없이, 질환 연관된 SNP, 예컨대 제한없이 암 연관된 SNP를 검출하기 위해 사용될 수 있다.
일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30에 위치된다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 SNP가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9에 위치되도록 디자인된다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 SNP가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7에 위치되도록 디자인된다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 SNP가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 3, 4, 5, 또는 6에 위치되도록 디자인된다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 SNP가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 3에 위치되도록 디자인된다.
일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 미스매치 (예를 들어, 합성 미스매치, 즉, SNP 이외의 추가의 돌연변이) 가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30에 위치되도록 디자인된다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 미스매치가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9에 위치되도록 디자인된다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 미스매치가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 4, 5, 6, 또는 7에 위치되도록 디자인된다. 일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 미스매치가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 5에 위치되도록 디자인된다.
일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 미스매치가 SNP의 상류에 2개 뉴클레오티드 (즉, 1개의 개재 뉴클레오티드)에 위치되도록 디자인된다.
일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 SNP의 하류에 2개 뉴클레오티드 (즉, 1개의 개재 뉴클레오티드)에 위치되도록 디자인된다.
일정 실시형태에서, 가이드 RNA는 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 5에 위치되고 SNP가 스페이서 서열 (5' 말단에서 시작)의 위치 3에 위치되도록 디자인된다.
본 명세서에 기술된 실시형태는 본 명세서에 논의된 바와 같은 벡터를 세포에 전달하는 단계를 포함하는 본 명세서에 논의된 바와 같은 진핵생물 세포 (시험관 내, 즉 단리된 진핵생물 세포)에서 하나 이상의 뉴클레오티드 변형을 유도하는 것을 이해한다. 돌연변이(들)는 가이드(들) RNA(들)를 통해서 세포(들)의 각각의 표적 서열에 하나 이상의 뉴클레오티드의 도입, 결실, 또는 치환을 포함할 수 있다. 돌연변이는 가이드(들) RNA(들)를 통해서 상기 세포(들)의 각각의 표적 서열에 1-75개 뉴클레오티드의 도입, 결실, 또는 치환을 포함할 수 있다. 돌연변이는 가이드(들) RNA(들)를 통해서 상기 세포(들)의 각각의 표적 서열에 1, 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 또는 75개 뉴클레오티드의 도입, 결실, 또는 치환을 포함할 수 있다. 돌연변이는 가이드(들) RNA(들)를 통해서 상기 세포(들)의 각각의 표적 서열에 5, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 또는 75개 뉴클레오티드의 도입, 결실 또는 치환을 포함할 수 있다. 돌연변이는 가이드(들) RNA(들)를 통해서 상기 세포(들)의 각각의 표적 서열에 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 또는 75개 뉴클레오티드의 도입, 결실 또는 치환을 포함한다. 돌연변이는 가이드(들) RNA(들)를 통해서 상기 세포(들)의 각각의 표적 서열에 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 또는 75개 뉴클레오티드의 도입, 결실, 또는 치환을 포함할 수 있다. 돌연변이는 가이드(들) RNA(들)를 통해서 상기 세포(들)의 각각의 표적 서열에 40, 45, 50, 75, 100, 200, 300, 400 또는 500개 뉴클레오티드의 도입, 결실, 또는 치환을 포함할 수 있다.
전형적으로, 내생성 CRISPR 시스템에 있어서, CRISPR 복합체 (표적 서열과 하이브리드화되고 하나 이상의 Cas 단백질과 복합체를 형성하는 가이드 서열을 포함)의 형성은 그 결과로 표적 서열 내 또는 그 근처 (예를 들어, 이로부터 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 50개 이상의 염기쌍 이내)에서 절단이 일어나지만, 특히 RNA 표적의 경우에, 예를 들면 2차 구조에 의존적일 수 있다.
RNA-기반 차폐성 구성체
본 명세서에서 사용되는, "차폐성 구성체"는 본 명세서에 기술된 활성화된 CRISPR 시스템 이펙터에 의해 절단될 수 있거나 또는 아니면 탈활성화될 수 있는 분자를 의미한다. 용어 "차폐성 구성체"는 또한 대안적으로 "검출 구성체"라고 할 수도 있다. 일정한 예의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 RNA-기반 차폐성 구성체이다. RNA-기반 차폐성 구성체는 CRISPR 이펙터 단백질에 의해 절단가능한 RNA 엘리먼트를 포함한다. RNA 엘리먼트의 절단은 작용제를 방출하거나 또는 검출가능한 신호가 생성될 수 있는 입체형태 변화를 일으킨다. RNA 엘리먼트가 검출가능한 신호의 발생을 방지하거나 또는 차폐시키는데 어떻게 사용될 수 있는가를 입증하는 일례의 구성체가 하기에 기술되며 본 발명의 실시형태는 이의 변이를 포함한다. 절단 전에, 또는 차폐성 구성체가 '활성' 상태일 때, 차폐성 구성체는 양성 검출가능한 신호의 발생 또는 검출을 차단한다. 일정한 예의 실시형태에서, 최소 배경 신호가 활성 RNA 차폐성 구성체의 존재 하에서 생성될 수 있다는 것을 이해하게 될 것이다. 양성 검출가능한 신호는 광학, 형광성, 화학발광성, 전기화학적 또는 당분야에 공지된 다른 검출 방법을 사용해 검출될 수 있는 임의의 신호일 수 있다. 용어 "양성 검출가능한 신호"는 차폐성 구성체의 존재 하에서 검출될 수 있는 다른 검출가능한 신호로부터 구별하는데 사용된다. 예를 들어, 일정한 실시형태에서, 제1 신호는 차폐제가 존재할 때 검출될 수 있고 (즉, 음성 검출가능한 신호), 그 이후에 이것은 활성화된 CRISPR 이펙터 단백질의 탈활성화 또는 절단 및 표적 분자의 검출 시에 제2 신호 (예를 들어, 양성 검출가능한 신호)로 전환된다.
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 유전자 생성물의 생성을 억제할 수 있다. 유전자 생성물은 샘플에 첨가되는 리포터 구성체에 의해 코딩될 수 있다. 차폐성 구성체는 RNA 간섭 경로에 관여하는 간섭 RNA, 예컨대 짧은 헤어핀 RNA (shRNA) 또는 소형 간섭 RNA (siRNA)일 수 있다. 차폐성 구성체는 또한 마이크로RNA (miRNA)를 포함할 수 있다. 존재하면, 차폐성 구성체는 유전자 생성물의 발현을 억제한다. 유전자 생성물은 달리 표지된 프로브, 앱타머, 또는 항체에 의해 검출가능한 형광성 단백질 또는 다른 RNA 전사물 또는 단백질일 수 있지만 차폐성 구성체의 존재를 위한 것일 수 있다. 이펙터 단백질의 활성화 시, 차폐성 구성체는 절단되거나 또는 아니면 침묵화되어서 양성 검출가능한 신호로서 유전자 생성물의 발현 및 검출을 가능하게 한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호를 발생시키는데 필요한 하나 이상의 시약을 격리시킬 수 있어서 차폐성 구성체로부터 하나 이상의 시약의 방출결과로 검출가능한 양성 신호의 발생이 야기된다. 하나 이상의 시약은 비색 신호, 화학발광성 신호, 형광성 신호, 또는 임의의 다른 검출가능한 신호를 생성하도록 조합될 수 있고 이러한 목적에 적합한 것으로 공지된 임의 시약을 포함할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 하나 이상의 시약은 하나 이상의 시약에 결합하는 RNA 앱타머에 의해 격리된다. 하나 이상의 시약은 이펙터 단백질이 표적 분자의 검출 시에 활성화되고 RNA 앱타머가 분해될 때 방출된다.
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 개별 이산 부피 (하기에 더욱 정의됨) 내 고형 기재 상에 고정될 수 있고 단일 시약을 격리시킨다. 예를 들어, 시약은 염료를 포함하는 비드일 수 있다. 고정된 시약에 의해 격리될 때, 개별 비드는 너무 확산되어서 검출가능한 신호를 발생시키지 못하지만, 차폐성 구성체로부터 방출 시 예를 들어 용액 농도의 단순 증가 또는 응집에 의해 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 고정된 차폐제는 표적 분자의 검출 시 활성화된 이펙터 단백질에 의해 절단될 수 있는 RNA-기반 앱타머이다.
일정한 다른 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 용액 중 고정 시약에 결합되고 그리하여 용액 중에 유리된 개별 표지된 결합 파트너에 결합하는 시약의 능력을 차단시킨다. 따라서, 샘플에 세척 단계의 적용 시, 표지된 결합 파트너는 표적 분자의 부재 하에서 샘플로부터 세척되어질 수 있다. 그러나, 이펙터 단백질이 활성화되면, 차폐성 구성체는 시약에 결합하는 차폐성 구성체의 능력을 간섭하도록 충분한 정도로 절단되어서, 표지된 결합 파트너가 고정된 시약에 결합할 수 있게 한다. 따라서, 표지된 결합 파트너는 세척 단계 이후에 잔존하여 샘플 중 표적 분자의 존재를 의미한다. 일정 양상에서, 고정된 시약에 결합하는 차폐성 구성체는 RNA 앱타머이다. 고정된 시약은 단백질일 수 있고 표지된 결합 파트너는 표지된 항체일 수 있다. 대안적으로, 고정된 시약은 스트렙타비딘일 수 있고 표지된 결합 파트너는 표지된 바이오틴일 수 있다. 상기 실시형태에서 사용되는 결합 파트너 상의 표지는 당분야에 공지된 임의의 검출가능한 표지일 수 있다. 또한, 다른 기지의 결합 파트너가 본 명세서에 기술된 전반적인 디자인에 따라서 사용될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 리보자임을 포함할 수 있다. 리보자임은 촉매적 특성을 갖는 RNA 분자이다. 리보자임은 천연적인 것 및 조작된 것 둘 모두가, 본 명세서에 개시된 이펙터 단백질에 의해 표적화될 수 있는 RNA를 포함하거나 또는 그로 이루어진다. 리보자임은 음성 검출가능한 신호를 발생시키거나 또는 양성 대조 신호의 발생을 방지하는 반응을 촉매하도록 선택될 수 있거나 또는 조작될 수 있다. 활성화된 이펙터 단백질에 의한 리보자임의 탈활성화시, 음성 대조 신호를 발생시키거나, 또는 양성 검출가능한 신호의 발생을 방지하는 반응은 제거되고 그리하여 양성 검출가능한 신호가 발생되는 것이 허용된다. 일례의 실시형태에서 리보자임은 비색 반응을 촉매하여 용액이 제1 색상을 나타내게 할 수 있다. 리보자임이 탈활성화될 때 그 용액은 제2 색상으로 변하게 되고, 제2 색상은 검출가능한 양성 신호이다. 리보자임이 비색 반응을 촉매하는데 사용될 수 있는 방법의 예는 문헌 [Zhao et al. "Signal amplification of glucosamine-6-phosphate based on ribozyme glmS," Biosens Bioelectron. 2014; 16:337-42]에 기술되어 있고, 이러한 시스템이 본 명세서에서 개시된 실시형태의 상황에서 작동되도록 어떻게 변형될 수 있는가의 예를 제공한다. 대안적으로, 리보자임은 존재할 때 예를 들어, RNA 전사물의 절단 생성물을 생성시킬 수 있다. 따라서, 양성 검출가능한 신호의 검출은 리보자임의 부재 하에서 오직 발생되는 비-절단된 RNA 전사물의 검출을 포함할 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 하나 이상의 시약은 단백질이 이 단백질에 대한 하나 이상의 RNA 앱타머의 결합에 의해 검출가능한 신호를 발생시킬 수 없도록 억제되거나 또는 격리되는, 검출가능한 신호, 예컨대 비색성, 화학발광성, 또는 형광성 신호의 발생을 촉진할 수 있는 단백질, 예컨대 효소이다. 본 명세서에 개시된 이펙터 단백질의 활성화 시, RNA 앱타머는 그들이 검출가능한 신호를 발생시키는 단백질의 능력을 더 이상 억제하지 않는 정도로 절단되거나 또는 분해된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 앱타머는 트롬빈 억제제 앱타머이다. 일정한 예의 실시형태에서, 트롬빈 억제제 앱타머는 GGGAACAAAGCUGAAGUACUUACCC (SEQ ID NO: 414)의 서열을 갖는다. 이러한 앱타머가 절단될 때, 트롬빈은 활성화되어질 것이고 펩티드 비색성 또는 형광성 기질을 절단하게 될 것이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 비색성 기질은 트롬빈에 대한 펩티드 기질에 공유 연결된 파라-니트로아닐리드 (pNA)이다. 트롬빈에 의한 절단 시, pNA는 방출되어 색상이 노란색이 되어서 육안으로 쉽게 볼 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 형광성 기질은 형광성 검출기를 사용하여 검출할 수 있는 7-아미노-4-메틸쿠마린, 파란색 형광단이다. 억제성 앱타머는 홀스래디쉬 퍼옥시다제 (HRP), 베타-갈락토시다제, 또는 송아지 알칼리 포스파타제 (CAP)에 대해서 사용될 수 있고 상기에 제시된 일반 원리 내에서 사용될 수 있다.
일정 실시형태에서, RNAse 활성은 효소-억제 앱타머의 절단을 통해 비색으로 검출된다. RNAse 활성을 비색 신호로 전환시키는 가능한 하나의 방식은 비색성 출력을 생성시킬 수 있는 효소의 재활성화와 RNA 앱타머의 절단을 커플링시키는 것이다. RNA 절단의 부재 하에서, 온전한 앱타머는 효소 표적에 결합하게 될 것이고 이의 활성을 억제하게 될 것이다. 이러한 판독 시스템의 장점은 효소가 추가의 증폭 단계를 제공한다는 것이고, 부차적 활성 (예를 들어, Cas13a 부차적 활성)을 통해서 앱타머로부터 유리되면, 비색성 효소는 비색성 생성물을 생성시키는 것을 계속하게 되어, 신호의 배가를 초래하게 될 것이다.
일정 실시형태에서, 비색성 판독으로 효소를 억제하는 현존 앱타머가 사용된다. 비색성 판독과 몇몇 앱타머/효소 쌍, 예컨대 트롬빈, 단백질 C, 호중구 엘라스타제, 및 서브틸리신이 존재한다. 이들 프로테아제는 pNA를 기반으로 비색성 기질을 갖고 상업적으로 입수가능하다. 일정 실시형태에서, 공통 비색성 효소를 표적화하는 신규 앱타머가 사용된다. 공통의 강건한 효소, 예컨대 베타-갈락토시다제, 홀스래디쉬 퍼옥시다제, 또는 송아지 장 알칼리 포스파타제는 선택 전략, 예컨대 SELEX에 의해 디자인된 조작된 앱타머에 의해 표적화될 수 있다. 이러한 전략은 나노몰라 결합 효율로 앱타머의 신속한 선택을 가능하게 하고 비색성 판독을 위한 추가의 효소/앱타머 쌍의 개발에 사용될 수 있다.
일정 실시형태에서, RNAse 활성은 RNA-속박된 억제제의 절단을 통해 비색적으로 검출된다. 많은 공통 비색성 효소는 경쟁적, 가역적 억제제를 가지며, 예를 들어, 베타-갈락토시다제는 갈락토스에 의해 억제될 수 있다. 많은 이들 억제제는 약하지만, 그들 효과는 국소 농도의 증가를 통해서 증가될 수 있다. RNAse 활성에 억제제의 국소 농도를 연결시켜서, 비색성 효소 및 억제제 쌍이 RNAse 센서로 조작될 수 있다. 소형-분자 억제제를 기반으로 하는 비색성 RNAse 센서는 3종의 성분: 비색성 효소, 억제제, 및 효소를 억제제에 속박시키는, 억제제와 효소 둘 모두에 공유 연결된 브릿징 RNA를 포함한다. 미절단된 입체형태에서, 효소는 소형 분자의 증가된 국소 농도에 의해 억제되며, RNA가 (예를 들어, Cas13a 부차적 절단에 의해) 절단되면, 억제제가 방출될 것이고 비색성 효소가 활성화될 것이다.
일정 실시형태에서, RNAse 활성은 G-사중체의 형성 및/또는 활성화를 통해 비색적으로 검출된다. DNA의 G 사중체는 헴 (철 (III)-프로토폴피린 IX)과 복합체를 형성하여 퍼옥시다제 활성을 갖는 DNAzyme을 형성할 수 있다. 퍼옥시다제 기질 (예를 들어, ABTS: (2,2'-아지노비스 [3-에틸벤조티아졸린-6-술폰산]-디암모늄 염))과 함께 공급되면, 과산화수소의 존재 하에서 G-사중체-헴 복합체는 기질의 산화를 야기시키고, 이어서 용액 중에 녹색 색상이 형성된다. 일례의 G-사중체 형성 DNA 서열은 GGGTAGGGCGGGTTGGGA (SEQ ID NO. 415)이다. 이러한 DNA 앱타머에 RNA 서열을 하이브리드화함으로써, G-사중체 구조의 형성이 제한될 것이다. RNAse 부차적 활성화 (예를 들어, C2c2-복합체 부차적 활성화) 시, RNA 스테이플은 절단되어서 G 사중체가 형성되고 헴이 결합하는 것을 가능하게 할 것이다. 이러한 전략은 색상 형성이 효소적이고, RNAse 활성화 이외에 추가 증폭이 존재한다는 것을 의미하기 때문에 특히 매력적이다.
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 개별 이산 부피 (하기에 더욱 정의됨) 내 고형 기재 상에 고정될 수 있고 단일 시약을 격리시킨다. 예를 들어, 시약은 염료를 포함하는 비드일 수 있다. 고정된 시약에 의해 격리될 때, 개별 비드는 너무 확산되어서 검출가능한 신호를 발생시킬 수 없지만, 차폐성 구성체로부터 방출 시, 예를 들어 용액 농도의 단순 증가 또는 응집에 의해 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 고정된 차폐제는 표적 분자의 검출 시 활성화된 이펙터 단백질에 의해 절단될 수 있는 RNA-기반 앱타머이다.
일례의 실시형태에서 차폐성 구성체는 검출제가 용액 중에서 응집 또는 분산되는지 여부에 의존하여 색상을 변화시키는 검출제를 포함한다. 예를 들어, 일정한 나노입자, 예컨대 콜로이드 금은 그들이 응집체에서 분산된 입자로 이동함에 따라 가시적인 보라색에서 붉은색 색상으로의 이동을 겪는다. 따라서, 일정한 예의 실시형태에서, 이러한 검출제는 하나 이상의 브릿지 분자에 의해 응집체로 유지될 수 있다. 예를 들어, 도 43을 참조한다. 브릿지 분자의 적어도 일부분은 RNA를 포함한다. 본 명세서에 개시된 이펙터 단백질의 활성화 시 브릿지 분자의 RNA 부분은 절단되어서 검출제가 분산될 수 있게 하고 그 결과 상응하는 색상 변화가 야기된다. 예를 들어, 도 46을 참조한다. 일정한 예의 실시형태에서, 브릿지 분자는 RNA 분자이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 검출제는 콜로이드 금속이다. 콜로이드 금속 재료는 액체, 히드로졸, 또는 금속 졸에 분산된 수-불용성 금속 입자 또는 금속성 화합물을 포함할 수 있다. 콜로이드 금속은 주기율표의 그룹 IA, IB, IIB 및 IIIB의 금속을 비롯하여, 전이 금속, 특히 그룹 VIII의 것으로부터 선택될 수 있다. 바람직한 금속은 금, 은, 알루미늄, 루테늄, 아연, 철, 니켈 및 칼슘을 포함한다. 다른 적합한 금속은 또한 모든 그들의 다양한 산화 상태로 하기의 것들을 포함한다: 리튬, 소듐, 마그네슘, 포타슘, 스칸듐, 티타늄, 바나듐, 크롬, 망간, 코발트, 구리, 갈륨, 스트론튬, 니오븀, 몰디브덴, 팔라듐, 인듐, 주석, 텅스텐, 레늄, 플래티늄 및 가돌리늄. 금속은 바람직하게 적절한 금속 화합물로부터 유래된, 이온 형태, 예를 들어 A13+, Ru3+, Zn2+, Fe3+, Ni2+ 및 Ca2+ 이온으로 제공된다.
RNA 브릿지가 활성화된 CRISPR 이펙터에 의해 절단될 때, 앞서 언급된 색상 이동이 관찰된다. 일정한 예의 실시형태에서, 입자는 콜로이드 금속이다. 일정한 다른 일례의 실시형태에서, 콜로이드 금속은 콜로이드 금이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 콜로이드 나노입자는 15 nm 금 나노입자 (AuNP)이다. 콜로이드 금 나노입자의 고유한 표먼 특성에 기인하여, 최대 흡광도는 용액 중에서 완전하게 분산될 때 520 nm에서 관찰되고 육안으로 붉은 색상으로 나타난다. AuNP의 응집시, 그들은 최대 흡광도에서 적색-이동을 나타내고 색상이 더 진하게 보여서, 결국 진보라색 응집체로서 용액으로부터 침전된다. 일정한 예의 실시형태에서, 나노입자는 나노입자의 표면으로부터 연장된 DNA 링커를 포함하도록 변형된다. 개별 입자는 RNA의 각 말단에서 DNA 링커의 적어도 일부분에 하이브리드화되는 단일-가닥 RNA (ssRNA) 브릿지에 의해 함께 연결된다. 따라서, 나노입자는 연결된 입자 및 응집체의 망을 형성하게 되어 진한 침전물로서 나타나게 될 것이다. 본 명세서에 개시된 CRISPR 이펙터의 활성화 시, ssRNA 브릿지는 절단되어서, 연결된 메쉬로부터 AU NPS를 방출시키고 가시적인 붉은 색상을 생성시킨다. 예시적인 DNA 링커 및 RNA 브릿지 서열은 하기에 열거된다. DNA 링커의 말단 상의 티올 링커는 AuNPS와의 표면 접합에 사용될 수 있다. 다른 형태의 접합이 사용될 수도 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, AuNP의 2개 집단이 생성될 수 있는데, 각각 하나는 각각의 DNA 링커용이다. 이것은 적절한 배향으로 ssRNA 브릿지의 적절한 결합을 촉진하는 것을 돕게될 것이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 제1 DNA 링커는 3' 말단에 의해 접합되는 한편 제2 DNA 링커는 5' 말단에 의해 접합된다.
Figure pct00018
일정한 다른 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 검출가능한 표지에 부착되는 RNA 올리고뉴클레오티드 및 그 검출가능한 표지의 차폐제를 포함할 수 있다. 이러한 검출가능한 표지/차폐제 쌍의 예는 형광단 및 형광단의 소광제이다. 형광단의 소광은 형광단 및 다른 형광단 또는 비형광성 분자 사이의 비형광성 복합체의 형성 결과로서 일어난다. 이러한 기전은 바닥-상태 복합체 형성, 정적 소광 또는 접합 소광으로서 알려져 있다. 따라서, RNA 올리고뉴클레오티드는 형광단 및 소광제가 접촉 소광이 일어나도록 충분히 가깝도록 디자인될 수 있다. 형광단 및 그들의 동족 소광제는 당분야에 공지되어 있고 당업자가 이러한 목적을 위해 선택할 수 있다. 특정한 형광단/소광제 쌍은 단지 형광단/소광제 쌍의 선택이 형광단의 차폐를 보장한다면, 본 발명의 상황에서 결정적인 것은 아니다. 본 명세서에 개시된 이펙터 단백질의 활성화 시, RNA 올리고뉴클레오티드는 절단되어서 접촉 소광 효과를 유지하는데 필요한 형광단 및 소광제 간 근접성을 잘라낸다. 따라서, 형광단의 검출은 샘플 중 표적 분자의 존재를 결정하는데 사용될 수 있다.
일정한 다른 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 하나 이상의 금속 나노입자, 예컨대 금 나노입자에 부착된 하나 이상의 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 차폐성 구성체는 닫힌 루프를 형성하는 다수개의 RNA 올리고뉴클레오티드에 의해 가교된 다수개의 금속 나노입자를 포함한다. 일 구체예에서, 차폐성 구성체는 닫힌 루프를 형성하는 3개 RNA 올리고뉴클레오티드에 의해 가교된 3개의 금 나노입자를 포함한다. 일부 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질에 의한 RNA 올리고뉴클레오티드의 절단은 금속 나논입자에 의해 생성되는 검출가능한 신호를 초래한다.
일정한 다른 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 하나 이상의 퀀텀 도트에 부착된 하나 이상의 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질에 의한 RNA 올리고뉴클레오티드의 절단은 퀀텀 도트에 의해 생성된 검출가능한 신호를 초래한다.
일례의 실시형태에서 차폐성 구성체는 퀀텀 도트를 포함할 수 있다. 퀀텀 도트는 표면에 부착된 다수의 링커 분자를 가질 수 있다. 링커 분자의 적어도 일부분은 RNA를 포함한다. 링커 분자는 한 말단에서 퀀텀 도트에 부착되고 링커의 말단부 또는 길이를 따라서 하나 이상의 소광제에 부착되어서 소광제가 퀀텀 도트의 소광이 일어나도록 충분한 근접성을 유지한다. 링커는 분지형일 수 있다. 상기와 같이, 퀀텀 도트/소광제 쌍은 단지 퀀텀 도트/소광제 쌍의 선택이 형광단의 차페를 보장한다면 결정적이지 않다. 퀀텀 도트 및 그들 동족 소광제는 당분야에 공지되어 있고 당업자가 이러한 목적을 위해 선택할 수 있다. 본 명세서에 개시된 이펙터 단백질의 활성화 시, 링커 분자의 RNA 부분은 절단되고 그리하여 소광 효과를 유지하는데 필요한 퀀텀 도트와 하나 이상의 소광제 간 근접성을 제거시킨다. 일정한 예의 실시형태에서, 퀀텀 도트는 스트렙타비딘 접합된다. RNA는 바이오틴 링커를 통해서 부착되고 서열 /5Biosg/UCUCGUACGUUC/3IAbRQSp/ (SEQ ID NO. 416) 또는 /5Biosg/UCUCGUACGUUCUCUCGUACGUUC/3IAbRQSp/ (SEQ ID NO. 417)을 갖는 소광 분자를 동원시키며, 여기서 /5Biosg/는 바이오틴 태그이고 /3lAbRQSp/는 아이오와 블랙 소광제이다. 절단 시, 본 명세서에 개시된 활성화된 이펙터에 의해서 퀀텀 도트는 가시적으로 형광발광하게 될 것이다.
유사한 방식으로, 형광 에너지 전이 (FRET) 는 검출가능한 양성 신호를 발생시키는데 사용될 수 있다. FRET는 여기된 단일항 상태의 더 높은 진동 준위로 에너지적으로 여기된 형광단 (즉, "도너 형광단") 유래의 광자가 다른 분자 (즉, "억셉터") 내 전자의 에너지 상태를 여기된 단일항 상태의 더 높은 진동 준위로 상승시키는 비복사 과정이다. 도너 형광단은 그 형광단의 특징적인 형광을 발광하지 않고 바닥 상태로 되돌아간다. 억셉터는 다른 형광단이거나 또는 비형광성 분자일 수 있다. 억셉터가 형광단이면, 전달된 에너지는 그 형광단의 특징적인 형광으로서 발광된다. 억셉터가 비형광성 분자이면, 흡광된 에너지는 열로서 손실된다. 따라서, 본 명세서에 개시된 실시형태의 상황에서, 형광단/소광제 쌍은 올리고뉴클레오티드 분자에 부착된 도너 형광단/억셉터 쌍으로 치환된다. 온전할 때, 차폐성 구성체는 억셉터에 의해 방출되는 형광 또는 열에 의해 검출되는 제1 신호 (음성 검출가능한 신호)를 발생시킨다. 본 명세서에 개시된 이펙터 단백질의 활성화 시 RNA 올리고뉴클레오티드는 절단되고 FRET는 파괴되어 도너 형광단의 형광이 이제 검출된다 (양성 검출가능한 신호).
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 긴 RNA가 짧은 뉴클레오티드로의 절단되는 것에 대응하여 그들 흡광도를 변화시키는 인터컬레이팅 염료의 사용을 포함한다. 몇몇 이러한 염료가 존재한다. 예를 들어, 파이로닌-Y는 RNA와 복합체를 형성하게 될 것이고 572 nm에서 흡광성을 갖는 복합체를 형성하게 될 것이다. RNA의 절단은 그 결과로 흡광성의 상실 및 색상 변화를 야기시킨다. 메틸렌 블루는 RNA 절단 시 688 nm에서 흡광성이 변화되어, 유사한 방식으로 사용될 수 있다. 따라서, 일정한 예의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 본 명세서에 개시된 이펙터 단백질에 의한 RNA의 절단 시 흡광성을 변화시키는 인터컬레이팅 염료 복합체 및 RNA를 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 HCR 반응을 위한 개시제를 포함할 수 있다. 예를 들어, [Dirks and Pierce. PNAS 101, 15275-15728 (2004)]를 참조한다. HCR 반응은 2개 헤어핀 종에서 위치 에너지를 이용한다. 헤어핀 중 하나에서 상응하는 영역에 대한 상보성 부분을 갖는 단일-가닥 개시제가 이전에 안정한 혼합물에 방출되는 경우, 이것은 한 종의 헤어핀을 개방시킨다. 그 다음으로, 이 과정은 다른 종의 헤어핀을 개방시키는 단일-가닥 영역을 노출시킨다. 그 다음으로, 이러한 과정은 본래 개시제와 동일한 단일 가닥 영역을 노출시킨다. 최종 사슬 반응은 헤어핀 공급이 고갈될 때까지 성장되는 니킹된 이중 헬릭스의 형성을 초래할 수 있다. 최종 생성물의 검출은 겔 상에서 또는 비색적으로 수행될 수 있다. 예시적인 비색성 검출 방법은 예를 들어, 문헌 [Lu et al. "Ultra-sensitive colorimetric assay system based on the hybridization chain reaction-triggered enzyme cascade amplification ACS Appl Mater Interfaces, 2017, 9(1):167-175], [Wang et al. "An enzyme-free colorimetric assay using hybridization chain reaction amplification and split aptamers" AnlaystAnalyst 2015, 150, 7657-7662], 및 [Song et al. "Non covalent fluorescent labeling of hairpin DNA probe coupled with hybridization chain reaction for sensitive DNA detection." Applied Spectroscopy, 70(4): 686-694 (2016)]에 개시된 것들을 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 HCR 개시제 서열, 및 개시제가 HCR 반응을 개시하는 것을 방지하는 절단성 구조 엘리먼트, 예컨대 루프 또는 헤어핀을 포함할 수 있다. 활성화된 CRISPR 이펙터 단백질에 의한 구조 엘리먼트의 절단 시에, 개시제는 방출되어 HCR 반응을 촉발시키고, 이의 검출은 샘플 중 하나 이상의 표적의 존재를 의미한다. 일정한 일례의 실시형태에서, 차폐성 구성체는 RNA 루프를 갖는 헤어핀을 포함한다. 활성화된 CRISRP 이펙터 단백질이 RNA 루프를 절단할 때, 개시제가 방출되어 HCR 반응을 촉발시킬 수 있다.
표적의 증폭
일정한 일례의 실시형태에서, 표적 RNA 및/또는 DNA는 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시키기 전에 증폭될 수 있다. 임의의 적합한 RNA 또는 DNA 증폭 기술이 사용될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, RNA 또는 DNA 증폭은 등온성 증폭이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 등온성 증폭은 핵산 서열분석-기반 증폭 (NASBA), 리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA), 루프-매개 등온성 증폭 (LAMP), 가닥 치환 증폭 (SDA), 헬리카제-의존적 증폭 (HDA), 또는 닉킹 효소 증폭 반응 (NEAR)일 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 비등온성 증폭 방법은 제한없이, PCR, 다중 치환 증폭 (MDA), 롤링 써클 증폭 (RCA), 리가제 연쇄 반응 (LCR), 또는 세분화 증폭 방법 (RAM)을 포함하는 것이 사용될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, RNA 또는 DNA 증폭은 RNA/DNA 듀플렉스를 형성하기 위해 서열-특이적 역방향 프라이머에 의한 표적 RNA의 역전사에 의해 개시되는 NASBA이다. 그 다음으로 RNase H는 RNA 주형을 분해하는데 사용되어서, 프로모터, 예컨대 T7 프로모터를 함유하는 전방향 프라이머가 결합되어 상보성 가닥의 연장을 개시할 수 있고, 이중-가닥 DNA 생성물이 생성된다. DNA 주형의 RNA 중합효소 프로모터-매개 전사가 표적 RNA 서열의 카피를 생성시킨다. 중요한 것은, 신규 표적 RNA 각각이 가이드 RNA에 의해 검출될 수 있고 그리하여 어세이의 감도를 더 증강시킬 수 있다는 것이다. 그러고 나서, 가이드 RNA에 의한 표적 RNA의 결합이 CRISPR 이펙터 단백질의 활성화를 야기시키고 방법은 상기 약술된 대로 진행된다. NASBA 반응은 예를 들어 대략 41℃에서 중간의 등온 조건 하에서 진행될 수 있다는 추가의 장점을 가져서, 임상 실험실로부터 멀리 떨어진 현장에서 조기 및 직접 검출을 위해 배치된 시스템 및 장치에 적합하다.
일정한 다른 일례의 실시형태에서, 리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA) 반응은 표적 핵산을 증폭시키는데 사용될 수 있다. RPA 반응은 듀플렉스 DNA의 상동성 서열과 서열-특이적 프라이머의 쌍을 형성할 수 있는 리콤비나제를 적용한다. 표적 DNA가 존재하면, DNA 증폭이 개시되고 다른 샘플 조작 예컨대 열 순환 또는 화학적 용융이 필요하지 않다. 전체 RPA 증폭 시스템은 건조된 제제로서 안정하고 냉장 없이 안전하게 수송될 수 있다. RPA 반응은 또한 37-42℃의 최적 반응 온도로 등온 온도에서 수행될 수 있다. 서열 특이적 프라이머는 검출하려는 표적 핵산 서열을 포함하는 서열을 증폭시키도록 디자인된다. 일정한 일례의 실시형태에서, RNA 중합효소 프로모터, 예컨대 T7 프로모터는 프라이머 중 하나에 첨가된다. 그 결과로 표적 서열 및 RNA 중합효소 프로모터를 포함하는 증폭된 이중-가닥 DNA 생성물이 얻어진다. RPA 반응 이후, 또는 그 동안, RNA 중합효소가 첨가되어 이중-가닥 DNA 주형으로부터 RNA를 생성시키게 될 것이다. 이어서, 증폭된 표적 RNA가 그 다음으로 CRISPR 이펙터 시스템에 의해 검출될 수 있다. 이러한 방식으로 표적 DNA는 본 명세서에 개시된 실시형태를 사용하여 검출될 수 있다. RPA 반응은 또한 표적 RNA를 증폭시키는데 사용될 수 있다. 표적 RNA는 먼저 역전사효소를 사용해 cDNA로 전환되고, 그 다음으로 제2 가닥 DNA 합성이 후속되며, 이 시점에 RPA 반응은 상기 약술된 대로 진행된다.
따라서, 일정한 예의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 시스템은 증폭 시약을 포함할 수 있다. 핵산의 증폭에 유용한 상이한 성분 또는 시약은 본 명세서에 기술되어 있다. 예를 들어, 본 명세서에 기술된 바와 같은 증폭 시약은 완충제, 예컨대 Tris 완충제를 포함할 수 있다. Tris 완충제는 예를 들어, 제한없이, 1 mM, 2 mM, 3 mM, 4 mM, 5 mM, 6 mM, 7 mM, 8 mM, 9 mM, 10 mM, 11 mM, 12 mM, 13 mM, 14 mM, 15 mM, 25 mM, 50 mM, 75 mM, 1 M 등의 농도를 포함하여, 바람직한 적용 또는 용도에 적절한 임의 농도로 사용될 수 있다. 당업자는 완충제 예컨대 본 발명에서 사용을 위한 Tris의 적절한 농도를 결정할 수 있을 것이다.
염, 예컨대 마그네슘 클로라이드 (MgCl2), 포타슘 클로라이드 (KCl), 또는 소듐 클로라이드 (NaCl)가 핵산 단편의 증폭을 개선시키기 위해서, 증폭 반응, 예컨대 PCR에 포함될 수 있다. 염 농도가 특정한 반응 및 적용분야에 의존적일 것이지만, 일부 실시형태에서, 특정한 크기의 핵산 단편은 특정한 염 농도에서 최적 결과를 생성시킬 수 있을 것이다. 바람직한 결과를 생성시키기 위해서, 더 큰 생성물은 변경된 염 농도, 전형적으로 더 낮은 염을 요구할 수 있는 한편, 더 작은 생성물의 증폭은 더 높은 염 농도에서 보다 양호한 결과를 생성시킬 수 있을 것이다. 당업자는 염 농도의 변경과 함께, 염의 존재 및/또는 농도가 생물학적 또는 화학적 반응의 엄격도를 변경시킬 수 있고, 그러므로 본 명세서에 기술된 바와 같이 본 발명의 반응을 위해 적절한 조건을 제공하는 임의의 염을 사용할 수 있다는 것을 이해하게 될 것이다.
생물학적 또는 화학적 반응의 다른 성분은 세포 안의 물질의 분석을 위해 세포를 파쇄하거나 또는 용해시키기 위해 세포 용해 성분을 포함할 수 있다. 세포 용해 성분은 제한없이, 세제, 상기 기술된 바와 같은 염, 예컨대 NaCl, KCl, 암모늄 술페이트 [(NH4)2SO4], 또는 다른 것들을 포함할 수 있다. 본 발명에 적절할 수 있는 세제는 Triton X-100, 소듐 도데실 술페이트 (SDS), CHAPS (3-[(3-콜아미도프로필)디메틸암모니오]-1-프로판술포네이트), 에틸 트리메틸 암모늄 브로마이드, 노닐 페녹시폴리에톡실에탄올 (NP-40)을 포함할 수 있다. 세제의 농도는 특정 적용분야에 의존적일 수 있고, 일부 경우에서 반응에 특이적일 수 있다. 증폭 반응은 예컨대 제한없이, 100 nM, 150 nM, 200 nM, 250 nM, 300 nM, 350 nM, 400 nM, 450 nM, 500 nM, 550 nM, 600 nM, 650 nM, 700 nM, 750 nM, 800 nM, 850 nM, 900 nM, 950 nM, 1 mM, 2 mM, 3 mM, 4 mM, 5 mM, 6 mM, 7 mM, 8 mM, 9 mM, 10 mM, 20 mM, 30 mM, 40 mM, 50 mM, 60 mM, 70 mM, 80 mM, 90 mM, 100 mM, 150 mM, 200 mM, 250 mM, 300 mM, 350 mM, 400 mM, 450 mM, 500 mM 등의 농도를 포함하여, 본 발명에 적절한 임의 농도로 사용되는 dNTP 및 핵산 프라이머를 포함할 수 있다. 유사하게, 본 발명에 따라서 유용한 중합효소는 Taq 중합효소, Q5 중합효소 등을 포함하는, 당분야에 공지되어 있고 본 발명에서 유용한 임의의 특이적이거나 또는 일반적인 중합효소일 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 증폭 시약은 핫-스타트 증폭에서 사용에 적절할 수 있다. 핫 스타트 증폭은 어댑터 분자 또는 올리고의 이량체화를 감소시키거나 또는 제거시키기 위해서, 또는 달리 원치않는 증폭 생성물 또는 인공물을 방지하고 바람직한 생성물의 최적 증폭을 수득하기 위해서 일부 실시형태에서 유리할 수 있다. 증폭에 사용을 위한 본 발명에 기술된 많은 성분이 또한 핫-스타트 증폭에서 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 핫-스타트 증폭에서 사용하기에 적절한 시약 또는 성분은 적절하다면 조성물 성분 중 하나 이상 대신에 사용될 수 있다. 예를 들어, 중합효소 또는 다른 시약은 특정한 온도 또는 다른 반응 조건에서 바람직한 활성을 나타내는 것이 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 시약은 핫-스타트 증폭에서 사용을 위해 디자인되거나 또는 최적화된 것을 사용할 수 있으며, 예를 들어, 중합효소는 전위 이후 또는 특정한 온도에 도달 이후에 활성화될 수 있다. 이러한 중합효소는 항체-기반 또는 앱타머-기반일 수 있다. 본 명세서에 기술된 바와 같은 중합효소는 당분야에 공지되어 있다. 이러한 시약의 예는 제한없이, 핫-스타트 중합효소, 핫-스타트 dNTP, 및 광-케이징된 dNTP를 포함할 수 있다. 이러한 시약은 공지되어 있고 당분야에서 입수가능하다. 당업자는 개별 시약에 적절하게 최적 온도를 결정할 수 있을 것이다.
핵산의 증폭은 특별한 열 순환 기계 또는 장비를 사용해 수행될 수 있고, 단일 반응으로 또는 대량으로 수행될 수 있어, 임의의 바람직한 횟수의 반응이 동시에 수행될 수 있다. 일부 실시형태에서, 증폭은 미세유체 또는 로봇식 장치를 사용해 수행될 수 있거나, 또는 바람직한 증폭을 달성하도록 온도의 수동 변경을 사용해 수행될 수도 있다. 일부 실시형태에서, 특정한 적용분야 또는 재료를 위한 최적 반응 조건을 수득하기 위해 최적화가 수행될 수 있다. 당업자는 충분한 증폭을 수득하도록 반응 조건을 이해하게 될 것이고 최적화시킬 수 있을 것이다.
일정 실시형태에서, 본 발명의 방법 또는 시스템에 의한 DNA의 검출은 검출 전에 (증폭된) DNA를 RNA로 전사시키는 것을 필요로 한다.
표적 RNA/DNA 농축
일정한 일례의 실시형태에서, 표적 RNA 또는 DNA는 먼저 표적 RNA 또는 DNA의 검출 또는 증폭 전에 농축될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 이러한 농축은 CRISPR 이펙터 시스템에 의한 표적 핵산의 결합에 의해 획득될 수 있다.
현재의 표적-특이적 농축 프로토콜은 프로브와의 하이브리드화 이전에 단일-가닥 핵산을 필요로 한다. 다양한 장점 중에서, 본 발명의 실시형태는 이러한 단계를 생략할 수 있고 이중 가닥 (부분 또는 완전 이중 가닥) DNA를 직접 표적화할 수 있다. 또한, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 등온 농축을 허용하는 보다 빠른 운동학 및 보다 용이한 작업흐름을 제공하는 효소-구동 표적화 방법이다. 일정한 예의 실시형태에서, 농축은 20-37℃ 정도로 낮은 온도에서 일어날 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 상이한 표적 핵산에 대한 가이드 RNA의 세트가 단일 어세이에서 사용되어, 다수의 표적 및/또는 단일 표적의 다수 변이체의 검출을 가능하게 한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 데드 CRISPR 이펙터 단백질은 용액 중에서 표적 핵산에 결합할 수 있고 그 이후에 상기 용액으로부터 단리될 수 있다. 예를 들어, 표적 핵산에 결합된 데드 CRISPR 이펙터 단백질은 데드 CRISPR 이펙터 단백질에 특이적으로 결합하는, 항체 또는 다른 분자, 예컨대 앱타머를 사용해 용액으로부터 단리될 수 있다.
다른 일례의 실시형태에서, 데드 CRISPR 이펙터 단백질은 고형 기재에 결합될 수 있다. 고정된 기재는 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드의 부착에 적절하거나 또는 적절하도록 변형될 수 있는 임의 재료를 의미할 수 있다. 가능한 기재는 제한없이, 유리 및 변형된 기능성 유리, 플라스틱 (아크릴, 폴리스티렌 및 스티렌과 다른 재료의 공중합체, 폴리프로필렌, 폴리에틸렌, 폴리부틸렌, 폴리우레탄, Teflon™ 등 포함), 다당류, 나일론 또는 니트로셀룰로스, 세라믹, 레진, 규소 및 변형 규소를 포함하는 실리카 또는 실리카-기반 재료, 탄소, 금속, 무기 유리, 플라스틱, 광학 섬유 번들 및 다양한 다른 중합체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 고형 지지체는 규칙적인 패턴으로 분자의 고정에 적합한 패턴화된 표면을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 패턴화된 표면은 고형 지지체의 노출된 층 내 또는 그 위의 상이한 영역의 배열을 의미한다. 일부 실시형태에서, 고형 지지체는 표면의 웰 또는 오목부의 어레이를 포함한다. 고형 지지체의 조성 및 기하학적 구조는 이의 용도에 따라 다양할 수 있다. 일부 실시형태에서, 고형 지지체는 평면 구조 예컨대 슬라이드, 칩, 마이크로칩 및/또는 어레이이다. 이와 같이, 기재의 표면은 평면층의 형태일 수 있다. 일부 실시형태에서, 일부 지지체는 플로우셀의 하나 이상의 표면을 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "플로우셀"은 하나 이상의 유체 시약이 흐를 수 있는 고형 표면을 포함하는 챔버를 의미한다. 본 개시 내용의 방법에서 쉽게 사용할 수 있는 예시적인 플로우셀 및 관련 유체 시스템 및 검출 플랫폼은 예를 들어, 문헌 [Bentley et al. Nature 456:53-59 (2008)], WO 04/0918497, US 7,057,026; WO 91/06678; WO 07/123744; US 7,329,492; US 7,211,414; US 7,315,019; US 7,405,281, 및 US 2008/0108082에 기술되어 있다. 일부 실시형태에서, 고형 지지체 또는 이의 표면은 비평면, 예컨대 튜브 또는 용기의 내부 또는 외부 표면이다. 일부 실시형태에서, 고형 지지체는 미세구 또는 비드를 포함한다. "미세구", "비드", "입자"는 제한없이, 플라스틱, 세라믹, 유리 및 폴리스티렌을 포함하는 다양한 재료로 만들어진 소형 개별 입자를 의미하는 것으로 고형 기재의 상황 내에서 의미하고자 한다. 일정 실시형태에서, 미세구는 자성 미세구 또는 비드이다. 대안적으로 또는 추가적으로, 비드는 다공성일 수 있다. 비드 크기는 나노미터, 예를 들어 100 nm에서 밀리미터, 예를 들어 1 mm의 범위이다.
다음으로, 표적 핵산을 함유하거나, 또는 함유하는 것으로 의심되는 샘플을 기재에 노출시켜서 결합된 데드 CRISPR 이펙터 단백질에 표적 핵산이 결합할 수 있게 할 수 있다. 비-표적 분자는 세척해 버릴 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 이후에, 표적 핵산은 본 명세서에 개시된 방법을 사용하여 추가 검출을 위해 CRISPR 이펙터 단백질/가이드 RNA 복합체로부터 방출될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 표적 핵산은 본 명세서에 기술된 바와 같이 먼저 증폭될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, CRISPR 이펙터는 결합 태그로 표지될 수 있다. 일정한 예의 실시형태에서, CRISPR 이펙터는 화학적으로 태그화될 수 있다. 예를 들어, CRISPR 이펙터는 화학적으로 바이오틴화될 수 있다. 다른 일례의 실시형태에서 CRISPR 이펙터에 융합체를 코딩하는 추가 서열을 첨가하여 융합체를 생성시킬 수 있다. 이러한 융합체의 일례는 고유한 15개 아미노산 펩티드 태그 상에 단일 바이오틴의 고도로 표적화된 효소 접합을 적용하는 AviTag™ 이다. 일정 실시형태에서, CRISPR 이펙터는 포획 태그 예컨대, 제한없이, GST, Myc, 헤마글루티닌 (HA), 녹색 형광성 단백질 (GFP), flag, His 태그, TAP 태그, 및 Fc 태그로 표지될 수 있다. 결합 태그는 융합체, 화학적 태그, 또는 포획 태그인지 여부와 무관하게, 표적 핵산에 결합되면 CRISPR 이펙터 시스템을 풀다운하거나 또는 고형 기재 상에 CRISPR 이펙터 시스템을 고정시키는데 사용될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 가이드 RNA는 결합 태그로 표지될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 전체 가이드 RNA는 하나 이상의 바이오틴화된 뉴클레오티드, 예컨대, 바이오틴화된 우라실을 도입시킨 시험관내 전사 (IVT)를 사용하여 표지될 수 있다. 일부 실시형태에서, 바이오틴은 화학적으로 또는 효소적으로 가이드 RNA에 첨가될 수 있고, 예컨대 가이드 RNA의 3' 말단에 하나 이상의 바이오틴 기의 첨가일 수 있다. 결합 태그는 예를 들어, 가이드 RNA/표적 핵산을 스트렙타비딘 코팅된 고형 기재에 노출시켜서, 결합이 발생된 이후 가이드 RNA/표적 핵산 복합체를 풀다운하는데 사용될 수 있다.
따라서, 일정한 예의 실시형태에서, 조작되거나 또는 비천연 발생된 CRISPR 이펙터는 농축 목적에 사용될 수 있다. 일 실시형태에서, 변형은 이펙터 단백질의 하나 이상의 아미노산 잔기의 돌연변이를 포함할 수 있다. 하나 이상의 돌연변이는 이펙터 단백질의 하나 이상의 촉매적으로 활성인 도메인에 존재할 수 있다. 이펙터 단백질은 상기 하나 이상의 돌연변이가 결여된 이펙터 단백질과 비교하여 뉴클레아제 활성이 감소될 수 있거나 또는 제거될 수 있다. 이펙터 단백질은 관심 표적 유전자좌에서 RNA 가닥의 절단을 유도하지 않을 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 하나 이상의 돌연변이는 2개의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 하나 이상의 아미노산 잔기는 C2c2 이펙터 단백질, 예를 들어, 조작되거나 또는 비천연 발생된 이펙터 단백질 또는 C2c2에서 변형된다. 특히 실시형태, 돌연변이된 아미노산 잔기의 하나 이상의 변형은 R597, H602, R1278 및 H1283 (Lsh C2c2 아미노산이라고 함)에 상응하는 C2c2에서의 것 중 하나 이상, 예컨대 돌연변이 R597A, H602A, R1278A 및 H1283A, 또는 Lsh C2c2 오르쏘로그의 상응하는 아미노산 잔기 중이다.
특히 실시형태, 돌연변이된 아미노산 잔기의 하나 이상의 변형은 C2c2 공통 번호매김에 따라서 K2, K39, V40, E479, L514, V518, N524, G534, K535, E580, L597, V602, D630, F676, L709, I713, R717 (HEPN), N718, H722 (HEPN), E773, P823, V828, I879, Y880, F884, Y997, L1001, F1009, L1013, Y1093, L1099, L1111, Y1114, L1203, D1222, Y1244, L1250, L1253, K1261, I1334, L1355, L1359, R1362, Y1366, E1371, R1372, D1373, R1509 (HEPN), H1514 (HEPN), Y1543, D1544, K1546, K1548, V1551, I1558에 상응하는 C2c2의 것들 중 하나이다. 일정 실시형태에서, 돌연변이된 아미노산 잔기의 하나 이상의 변형은 R717 및 R1509에 상응하는 C2c2의 것들 중 하나 이상이다. 일정 실시형태에서, 돌연변이된 아미노산 잔기의 하나 이상의 변형은 K2, K39, K535, K1261, R1362, R1372, K1546 및 K1548에 상응하는 C2c2의 것 중 하나 이상이다. 일정 실시형태에서, 상기 돌연변이는 그 결과로 변경되거나 또는 변형된 활성을 갖는 단백질을 야기시킨다. 일정 실시형태에서, 상기 돌연변이는 감소된 활성, 예컨대 감소된 특이성을 갖는 단백질을 야기시킨다. 일정 실시형태에서, 상기 돌연변이는 촉매 활성이 없는 단백질 (즉, "데드" C2c2)을 야기시킨다. 일 실시형태에서, 상기 아미노산 잔기는 Lsh C2c2 아미노산 잔기에 상응하거나, 또는 상이한 종 유래 C2c2 단백질의 상응하는 아미노산 잔기에 해당된다. 장치는 이들 단계를 용이하게 할 수 있다. 일부 실시형태에서, Cas13b 이펙터 및 하나 이상의 기능성 도메인의 융합 단백질의 크기를 감소시키기 위해서, Cas13b 이펙터의 C-말단은 이의 RNA 결합 기능을 여전히 유지하면서 절두될 수 있다. 예를 들어, 적어도 20개 아미노산, 적어도 50개 아미노산, 적어도 80개 아미노산, 또는 적어도 100개 아미노산, 또는 적어도 150개 아미노산, 또는 적어도 200개 아미노산, 또는 적어도 250개 아미노산, 또는 적어도 300개 아미노산, 또는 적어도 350개 아미노산, 또는 최대 120개 아미노산, 또는 최대 140개 아미노산, 또는 최대 160개 아미노산, 또는 최대 180개 아미노산, 또는 최대 200개 아미노산, 또는 최대 250개 아미노산, 또는 최대 300개 아미노산, 또는 최대 350개 아미노산, 또는 최대 400개 아미노산이 Cas13b 이펙터의 C-말단에서 절두될 수 있다. Cas13b 절두형이 특별한 예는 C-말단 Δ984-1090, C-말단 Δ1026-1090, 및 C-말단 Δ1053-1090, C-말단 Δ934-1090, C-말단 Δ884-1090, C-말단 Δ834-1090, C-말단 Δ784-1090, 및 C-말단 Δ734-1090을 포함하고, 여기서 아미노산 위치는 프레보텔라 sp. P5-125 Cas13b 단백질의 아미노산 위치에 상응한다.
상기 농축 시스템은 또한 일정한 핵산의 샘플을 감손시키는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 가이드 RNA는 샘플로부터 비-표적 RNA를 제거하기 위해 비-표적 RNA에 결합하도록 디자인될 수 있다. 일례의 실시형태에서 가이드 RNA는 특정한 핵산 변이를 보유하는 핵산에 결합하도록 디자인될 수 있다. 예를 들어, 소정 샘플에서 더 높은 카피수의 비-변이체 핵산이 예상될 수 있다. 따라서, 본 명세서에 개시된 실시형태는 또한 검출 CRISPR 이펙터 시스템이 소정 샘플에서 표적 변이체 서열을 검출할 수 있는 효율을 증가시키도록, 샘플로부터 비-변이체 핵산을 제거시키는데 사용될 수 있다.
검출가능한 양성 신호의 증폭 및/또는 증강
일정한 일례의 실시형태에서, 추가 변형은 검출가능한 양성 신호를 더 증폭시키는 것이 도입될 수 있다. 예를 들어, 활성화된 CRISPR 이펙터 단백질 부차적 활성화는 제2 표적 또는 추가 가이드 서열, 또는 둘 모두를 생성시키는데 사용될 수 있다. 일례의 실시형태에서 반응 용액은 고 농도에서 급등하는 제2 표적을 함유하게 된다. 제2 표적은 제1 표적 (즉, 어세이가 검출하도록 디자인된 표적)과 구별될 수 있고 일정 예에서 모든 반응 부피에 걸쳐 공통일 수 있다. 제2 표적을 위한 제2 가이드 서열은 예를 들어 제2 구조 특성 예컨대 RNA 루프를 갖는 헤어핀에 의해 보호될 수 있고, 제2 표적 또는 CRISPR 이펙터 단백질에 결합할 수 없다. 활성화된 CRISPR 이펙터 단백질 (즉, 용액 중 제1 표적(들)과 복합체의 형성에 의한 활성화 이후)에 의한 보호기의 절단 및 용액 중 자유 CRISPR 이펙터 단백질과 복합체의 형성 및 제2 표적에서 급증에 의한 활성화. 일정한 다른 일례의 실시형태에서, 유사한 개념이 제2 표적 서열에 대한 제2 가이드 서열에 대해 사용된다. 제2 표적 서열은 제2 표적 상의 보호기 또는 구조적 특성을 보호할 수 있다. 제2 표적으로부터 보호기의 절단은 추가의 CRISPR 이펙터 단백질/제2 가이드 서열/제2 표적 복합체를 형성하는 것을 가능하게 한다. 또 다른 예의 실시형태에서, 제1 표적(들)에 의한 CRISPR 이펙터 단백질의 활성화는 보호되거나 또는 원형화된 프라이머를 절단하는데 사용될 수 있고, 그 이후에 방출되어 제2 가이드 서열, 제2 표적 서열, 또는 둘 모두를 코딩하는 주형 상에서, 본 명세서에 개시된 것과 같은, 등온성 증폭 반응을 수행하게 된다. 이러한 증폭된 주형의 후속 전사는 제2 가이드 서열 및/또는 제2 표적 서열을 더 생성하게 되고, 그 다음으로 추가의 CRISPR 이펙터 단백질 부차적 활성화가 후속된다.
단백질의 검출
본 명세서에 개시된 시스템, 장치, 및 방법은 또한 특이적으로 구성된 폴리펩티드 검출 앱타머의 도입을 통해서 핵산의 검출 이외에도 폴리펩티드 (또는 다른 분자)의 검출에 적합화될 수 있다. 폴리펩티드 검출 앱타머는 상기 기술된 차폐성 구성체 앱타머와 별개이다. 첫번째로, 앱타머는 하나 이상의 표적 분자에 특이적으로 결합하도록 디자인된다. 일례의 실시형태에서 표적 분자는 표적 폴리펩티드이다. 다른 일례의 실시형태에서 표적 분자는 표적 화학적 화합물, 예컨대 표적 치료 분자이다. 소정 표적에 대한 특이성으로 앱타머를 디자인하고 선택하기 위한 방법, 예컨대 SELEX는 당분야에 공지되어 있다. 소정 표적에 대한 특이성 이외에도, 앱타머는 RNA 중합효소 프로모터 결합 부위를 도입시키도록 더욱 디자인된다. 일정한 일례의 실시형태에서, RNA 중합효소 프로모터는 T7 프로모터이다. 표적에 대한 앱타머 결합의 결합 이전에, RNA 중합효소 부위는 RNA 중합효소에 접근가능하지 않거나 또는 달리 인식가능하지 않다. 그러나, 앱타머는 표적의 결합 시 앱타머의 구조가 입체형태 변화를 겪어서 RNA 중합효소 프로모터가 노출되도록 구성된다. RNA 중합효소 프로모터의 하류의 앱타머 서열은 RNA 중합효소에 의한 기폭제 RNA 올리고뉴클레오티드의 생성을 위한 주형으로서 작용한다. 따라서, 앱타머의 주형 부분은 소정 앱타머 및 이의 표적을 식별하는 바코드 또는 다른 식별 서열을 더 도입시킬 수 있다. 상기 기술된 바와 같은 가이드 RNA는 이들 특이적 기폭제 올리고뉴클레오티드 서열을 인식하도록 디자인될 수 있다. 기폭제 올리고뉴클레오티드에 가이드 RNA의 결합은 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시키고, 이전에 기술된 바와 같이 차폐성 구성체를 탈활성화시켜서 양성 검출가능한 신호를 발생시키도록 진행된다.
따라서, 일정한 예의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 방법은 샘플 또는 샘플의 세트를 개별 이산 부피의 세트에 분배시키는 단계로서, 각각의 개별 이산 부피는 펩티드 검출 앱타머, CRISPR 이펙터 단백질, 하나 이상의 가이드 RNA, 차폐성 구성체를 포함하는 것인 단계, 및 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 표적 분자에 검출 앱타머의 결합을 허용하기에 충분한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계로서, 상응하는 표적에 대한 앱타머의 결합 결과로 RNA 중합효소 프로모터 결합 부위가 노출되어 기폭제 RNA의 합성이 RNA 중합효소 프로모터 결합 부위에 대한 RNA 중합효소의 결합에 의해 개시되는 것인 단계의 추가 단계를 포함한다.
다른 일례의 실시형태에서 앱타머의 결합은 표적 폴리펩티드에 앱타머의 결합 시 프라이머 결합 부위를 노출시킬 수 있다. 예를 들어, 앱타머는 RPA 프라이머 결합 부위를 노출시킬 수 있다. 따라서, 프라이머의 첨가 또는 포함은 증폭 반응, 예컨대 상기 약술된 RPA 반응에 공급될 것이다.
일정한 일례의 실시형태에서, 앱타머는 관심 표적에 결합 시 제2 구조를 변화시키고 단일-가닥 DNA의 신규 영역을 노출시키는, 입체형태-전환 앱타머일 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 단일-가닥 DNA의 이들 신규-영역은 결찰을 위한 기질로서 사용될 수 있고, 앱타머를 연장시키고 본 명세서에서 개시된 실시형태를 사용하여 특이적으로 검출될 수 있는 더 긴 ssDNA 분자를 생성시킬 수 있다. 앱타머 디자인은 포도당과 같은, 저-에피토프 표적의 검출을 위한 3원 복합체와 더 조합될 수 있다 (Yang et al. 2015: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.5b01634). 입체형태 이동 앱타머 및 상응하는 가이드 RNA (crRNA)의 예는 하기에 표시되어 있다.
Figure pct00019
장치
본 명세서에 기술된 장치는 진단 장치 상에서 구체화될 수 있다. 수많은 기재 및 구성이 사용될 수 있다. 장치는 장치 내 다수의 개별 이산 부피를 한정할 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 "개별 이산 부피"는 개별 공간, 예컨대 용기, 리셉타클, 또는 표적 분자의 이동을 방지 및/또는 억제하는 특성으로 한정될 수 있는 다른 한정된 부피 또는 공간, 예를 들어 물리적 특성, 예컨대 벽, 예를 들어, 불투과성 또는 반투과성일 수 있는, 웰의 벽, 튜브, 또는 액적의 표면에 의해 한정된 부피 또는 공간, 또는 다른 수단 예컨대 화학적, 확산 속도 제한, 전자기성, 또는 광 조사, 또는 한정된 공간 내에 샘플을 함유할 수 있는 이의 임의 조합에 의해 한정되는 부피 또는 공간을 의미한다. 개별 이산 부피는 분자 태그, 예컨대 핵산 바코드에 의해 식별될 수 있다. "확산 속도 제한" (확산 한정 부피)이란 확산이 한 스트림에서 다른 스트림으로 표적 분자의 이동을 제한하게 되는 2개의 평행한 층류 스트림의 경우에서 처럼 확산 제한이 효과적으로 공간 또는 부피를 한정하기 때문에 일정한 분자 또는 반응에만 접근가능한 공간을 의미한다. "화학적" 한정된 부피 또는 공간이란 예를 들어 겔 비드가 예컨대 비드의 내부로 진입할 수 있는 종의 선택을 가능하게 할 수 있는 비드의 표면 전하, 매트릭스 크기 또는 다른 물리적 특성에 의해서, 다른 것들은 아니지만, 비드로의 진입에 일정한 종을 배제할 수 있는 경우에, 그들의 화학적 또는 분자적 특성, 예컨대 크기때문에, 오직 일정한 표적 분자가 존재할 수 있는 공간을 의미한다. "전자기적으로" 한정된 부피 또는 공간이란 표적 분자 또는 그들 지지체의 전자기 특성 예컨대 전하 또는 자성이 자기장 내에서 또는 직접적으로 자석 상에서 자성 입자를 포획하는 것과 같이, 공간에서 일정한 영역을 한정하는데 사용될 수 있는 공간을 의미한다. "광학적으로" 한정된 부피란 한정된 공간 또는 부피내 표적 분자만이 표지될 수 있도록 가시광, 자외선, 적외선, 또는 다른 파장의 광으로 조사하여 한정될 수 있는 임의의 공간 영역을 의미한다. 무벽, 또는 반투과성 이산 부피의 사용의 한가지 장점은 일부 시약, 예컨대 완충제, 화학적 활성인자, 또는 다른 작용제가 이산 부피를 통해서 통과할 수 있는 한편, 다른 재료, 예컨대 표적 분자는 이산 부피 또는 공간에 유지될 수 있다는 것이다. 전형적으로, 이산 부피는 표지화를 가능하게 하는 조건 하에서 색인가능한 핵산 식별자로 표적 분자의 표지화에 적합한 유체 매질 (예를 들어, 수용액, 오일, 완충제, 및/또는 세포 성장을 지지할 수 있는 배지)을 포함할 수 있다. 개시된 방법에서 유용한 예시적인 이산 부피 또는 공간은 특히 액적 (예를 들어, 미세유체 액적 및/또는 에멀션 액적), 히드로겔 비드 또는 다른 중합체 구조 (예를 들어, 폴리에틸렌 글리콜 디아크릴레이트 비드 또는 아가로스 비드), 조직 슬라이드 (예를 들어, 화학적, 광학적, 또는 물리적 수단으로 한정된 특정한 영역, 부피 또는 공간을 갖는 고정 포르말린 파라핀 포매된 슬라이드), 정돈된 어레이 또는 무작위 패턴으로 시약을 배치하여 한정된 영역을 갖는 현미경 슬라이드, 튜브 (예컨대, 원심분리 튜브, 미세원심분리 튜브, 시험관, 큐벳, 코니칼 튜브 등), 병 (예컨대 유리병, 플라스틱병, 세라믹 병, 엘렌메이어 플라스크, 섬광 바이알 등), 웰 (예컨대 플레이트의 웰), 플레이트, 파이펫, 또는 파이펫 팁을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 구획은 유중수 에멀션 중 수성 액적이다. 특정한 실시형태에서, 정확하고 균일한 부피를 요구하는 본 명세서에 기술된 임의의 적용, 방법, 또는 시스템은 음향 액체 분배기의 사용을 채택할 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 장치는 많은 스폿이 한정될 수 있는 가요성 재료 기재를 포함한다. 진단 및 바이오센싱에서 사용이 적합한 가요성 기재 재료는 당분야에 공지되어 있다. 가요성 기재 재료는 식물 유래 섬유, 예컨대 셀룰로스계 섬유로 만들어질 수 있거나, 또는 가요성 중합체 예컨대 가요성 폴리에스테르 필름 및 다른 중합체 유형으로 제조될 수 있다. 각각의 한정된 스폿 내에서, 본 명세서에 기술된 시스템의 시약은 개별 스폿에 적용된다. 각각의 스폿은 상이한 가이드 RNA 또는 가이드 RNA의 세트를 제외하고, 동일한 시약을 함유할 수 있거나, 또는 적용가능한 경우에, 한번에 다수의 표적을 스크리닝하기 위한 상이한 검출 앱타머를 함유할 수 있다. 따라서, 본 명세서의 시스템 및 장치는 동일 표적의 존재에 대해서 다수의 공급원 (예를 들어, 상이한 개체 유래의 다수 임상 샘플) 유래 샘플을 스크리닝할 수 있거나, 또는 샘플 중 다수의 상이한 표적의 존재에 대해서 제한된 수의 표적, 또는 단일 샘플의 분취액 (또는 동일 공급원 유래 다수의 샘플)에 대해 스크리닝할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 시스템의 엘리먼트는 종이 또는 직물 기재 상에서 동결 건조된다. 일정한 예의 장치에서 사용할 수 있는 예시적인 가요성 재료 기반 기재는 문헌 [Pardee et al. Cell. 2016, 165(5):1255-66] 및 [Pardee et al. Cell. 2014, 159(4):950-54]에 개시되어 있다. 혈액을 포함한, 생물학적 유체에 사용을 위한 적합한 가요성 재료-기반 기재는 Shevkoplyas 등의 발명의 명칭 "종이 기반 진단 시험"의 국제 공개 특허 출원 WO/2013/071301, Siegel 등의 발명의 명칭 "종이-기반 미세유체 시스템"의 미국 공개 특허 출원 번호 2011/0111517, 및 문헌 [Shafiee et al. "Paper and Flexible Substrates as Materials for Biosensing Platforms to Detect Multiple Biotargets" Scientific Reports 5:8719 (2015)]에 개시되어 있다. 착용형 진단 장치에서 사용에 적합한 것들을 포함하여, 추가의 가요성 기반 재료는 문헌 [Wang et al. "Flexible Substrate-Based Devices for Point-of-Care Diagnostics" Cell 34(11):909-21 (2016)]에 개시되어 있다. 추가의 가요성 기반 재료는 니트로셀룰로스, 폴리카보네이트, 메틸에틸 셀룰로스, 폴리비닐리덴 플루오라이드 (PVDF), 폴리스티렌, 또는 유리 (예를 들어, US20120238008 참조)를 포함할 수 있다. 일정한 실시형태에서, 이산 부피는 소수성 표면, 예컨대 제한없이, 왁스, 포토레지스트, 또는 고형 잉크에 의해 이격된다.
일부 실시형태에서, 선량계 또는 뱃지는 사용자가 일정한 미생물 또는 다른 작용제에 노출을 통지하게 하는 센서 또는 지시자로서 제공하는 것이 제공될 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 기술된 시스템은 특정한 병원체를 검출하는데 사용될 수 있다. 유사하게, 상기 개시된 앱타머 기반 실시형태는 폴리펩티드를 비롯하여, 특이적 앱타머가 결합할 수 있는, 다른 작용제, 예컨대 화학제 둘 모두를 검출하는데 사용될 수 있다. 이러한 장치는 예를 들어, 생물전 또는 화학전 작용제 검출을 위해, 가능한 신속하게 잠재적으로 위험한 작용제에 노출에 관한 정보를 제공하기 위해서, 군인 또는 다른 병사를 비롯하여, 임상의, 연구자, 병원 의료진 등의 감시에 유용할 수 있다. 다른 실시형태에서, 이러한 감시 뱃지는 면역약화 환자, 화상 환자, 화학요법을 겪은 환자, 어린이, 또는 노령 개체에서 위험한 미생물 또는 병원체에 노출을 방지하기 위해 사용될 수 있다.
본 명세서에 기술된 시스템 및 장치를 사용하여 분석할 수 있는 샘플 공급원은 대상체의 생물학적 샘플 또는 환경 샘플을 포함한다. 환경 샘플은 표면 또는 유체를 포함할 수 있다. 생물학적 샘플은 제한없이, 타액, 혈액, 혈장, 혈청, 대변, 소변, 객담, 점액질, 림프, 활액, 척수액, 뇌척수액, 피부 또는 점막의 면봉표본 (swab), 또는 이의 조합을 포함할 수 있다. 일례의 실시형태에서, 환경 샘플은 식품 또는 다른 민감한 조성물 및 재료의 제조에서 사용되는 표면과 같은, 고형 표면으로부터 채취된다.
다른 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 시스템의 엘리먼트는 일회용 기재, 예컨대 표면 또는 샘플 유체를 면봉으로 닦는데 사용되는 면봉 또는 직물 상에 위치될 수 있다. 예를 들어, 시스템은 식품, 예컨대 과일 또는 야채의 표면을 면봉으로 닦아서 식품 상 병원체의 존재에 대해 시험하는데 사용될 수 있다. 유사하게, 일회용 기재는 일정한 미생물 또는 작용제의 검출을 위해서, 예컨대 검색 스크리닝에서 사용을 위해서 다른 표면을 면봉으로 닦는데 사용될 수 있다. 일회용 기재는 또한 포렌식에서 적용을 가질 수 있고, 여기서 CRISPR 시스템은 샘플에 존재하는 생물학적 물질의 유형을 결정하기 위해서 의심되거나, 또는 일정한 조직 또는 세포 마커를 식별하는데 사용할 수 있는, 예를 들어 식별 DNA SNP를 검출하도록 디자인된다. 유사하게, 일회용 기재는 환자 유래 샘플 - 예컨대 구강 유래 타액 샘플 - 또는 피부의 면봉표본을 수집하는데 사용될 수 있다. 다른 실시형태에서, 샘플 또는 면봉표본은 육류 제품 상 또는 그 안의 오염물의 존재 또는 부재를 검출하기 위해서 육류 제품에서 채취될 수 있다.
식품, 임상, 산업, 및 다른 환경 상황의 경우 근실시간 미생물 진단이 필요하다 (예를 들어, [Lu TK, Bowers J, and Koeris MS., Trends Biotechnol. 2013 Jun;31(6):325-7] 참조). 일정 실시형태에서, 본 발명은 병원체 (예를 들어, 캄필로박터 제주니 (Campylobacter jejuni), 클로스트리듐 퍼프린젠스 (Clostridium perfringens), 살모넬라 (Salmonella) spp., 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 바실러스 세레우스 (Bacillus cereus), 리스테리아 모노시토게네스 (Listeria monocytogenes), 시겔라 (Shigella) spp., 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcal aureus), 스타필로코커스 엔테리티스 (Staphylococcal enteritis), 스트렙토코커스 (Streptococcus), 비브리오 콜레라 (Vibrio cholerae), 비브리오 파라해몰리티커스 (Vibrio parahaemolyticus), 비브리오 벌니피커스 (Vibrio vulnificus), 여시니아 엔테로콜리티카 (Yersinia enterocolitica) 및 여시니아 슈도튜버큘로시스 (Yersinia pseudotuberculosis), 브루셀라 (Brucella) spp., 코리네박테리움 울세란스 (Corynebacterium ulcerans), 콕시엘라 부르네티이 (Coxiella burnetii), 또는 플레시오모나스 시겔로이데스 (Plesiomonas shigelloides))에 특이적인 가이드 RNA를 사용하는 식품유래 병원체의 신속한 검출을 위해 사용된다.
일정 실시형태에서, 장치는 플로우 스트립이거나 또는 그를 포함한다. 예를 들면, 측류 스트립은 색상을 통해 RNAse (예를 들어, C2c2) 검출을 가능하게 한다. RNA 리포터는 5' 말단에 부착된 제1 분자 (예컨대 예를 들면 FITC) 및 3' 말단에 부착된 제2 분자 (예컨대 예를 들면 바이오틴)를 갖도록 변형된다 (또는 역도 같음). 측류 스트립은 항-제1 분자 (예를 들어, 항-FITC) 항체가 제1 라인에서 하이브리드화되고 항-제2 분자 (예를 들어, 항-바이오틴) 항체는 제2 하류 라인에서 하이브리드화되는 2개 포획 라인을 갖도록 디자인된다. 반응물이 스트립 아래로 흐르면서, 미절단된 리포터는 제1 포획 라인에서 항-제1 분자 항체에 결합하게 되는 한편, 절단된 리포터는 제2 분자를 방출하게 되고 제2 포획 라인에서 제2 분자 결합을 가능하게 한다. 예를 들면 나노입자, 예컨대 금 나노입자에 접합된, 제2 분자 샌드위치 항체는 제1 또는 제2 라인에서 임의의 제2 분자에 결합하게 될 것이고 그 결과 강력한 판독치/신호 (예를 들어, 색상)를 야기시키게 될 것이다. 리포터가 더 절단되면서, 더 많은 신호가 제2 포획 라인에서 축적되어지고 적은 신호가 제1 라인에서 나타나게 될 것이다. 일정한 양상에서, 본 발명은 핵산 또는 폴리펩티드를 검출하기 위해서 본 명세서에 기술된 바와 같은 추적 스트립의 사용에 관한 것이다. 일정한 양상에서, 본 발명은 본 명세서에 정의된 바와 같은 플로우 스트립으로 핵산 또는 폴리펩티드를 검출하기 위한 방법, 예를 들어 (측면) 흐름 시험법 또는 (측면) 흐름 면역크로마토그래피 어세이에 관한 것이다.
일정한 일례의 실시형태에서, 장치는 상이한 액적 (즉, 개별 이산 부피)을 생성시키고/시키거나 병합시키는 미세유체 장치이다. 예를 들어, 액적의 제1 세트는 스크리닝하려는 샘플을 함유하게 형성될 수 있고 액적의 제2 세트는 본 명세서에 기술된 시스템의 엘리먼트를 함유하게 형성된다. 그 다음으로, 액적의 제1 및 제2 세트를 병합시키고 나서 본 명세서에 기술된 바와 같은 진단 방법은 병합된 액적 세트 상에서 수행된다. 본 명세서에 개시된 미세유체 장치는 실리콘-기반 칩일 수 있고 제한없이, 핫 엠보싱, 엘라스토머의 성형, 사출 성형, LIGA, 소프트 리쏘그라피, 규소 제작 및 관란 박막 프로세싱 기술을 포함한, 다양한 기술을 사용하여 제작될 수 있다. 미세유체 장치를 제작하기 위한 적합한 재료는 제한없이, 환형 올레핀 공중합체 (COC), 폴리카보네이트, 폴리(디메틸실록산) (PDMS), 및 폴리(메틸아크릴레이트) (PMMA)를 포함한다. 일 구체예에서, PDMS의 소프트 리쏘그라피는 미세유체 장치를 제조하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 몰드는 기재 내에서 흐름 채널, 밸브 및 필터의 위치를 한정하는 포토리쏘그라피를 사용해 제조될 수 있다. 기재 재료를 몰드에 붓고 경화되게 하여 스탬프를 생성시킨다. 그 다음으로, 스탬프는 고형 지지체, 예컨대 제한없이, 유리에 밀봉된다. 일부 단백질을 흡착하고 일정한 생물학적 프로세스를 억제할 수 있는, 일부 중합체, 예컨대 PDMS의 소수성 성질에 기인하여, 부동태화제가 필요할 수 있다 (Schoffner et al. Nucleic Acids Research, 1996, 24:375-379). 적합한 부동태화제는 당분야에 공지되어 있고, 제한없이, 실란, 파릴렌, n-도데실-b-D-마토시드 (DDM), 플루론산, Tween-20, 다른 유사한 계면활성제, 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 알부민, 콜라겐, 및 다른 유사한 단백질 및 펩티드를 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 시스템 및/또는 장치는 유세포측정 판독으로 전환을 위해 적합화될 수 있거나 또는 단일 실험에서 수백만 세포의 모든 민감하고 정량적인 측정을 가능하게 하고 현행 흐름-기반 방법, 예컨대 PrimeFlow 어세이 시에 개선된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 세포는 이후에 유세포측정에 의한 분석에 적합한 단일-세포 액적으로의 캐스트일 수 있는, 미중합된 겔 단량체를 함유하는 액적의 캐스트일 수 있다. 형광성 검출가능한 표지를 포함하는 검출 구성체는 미중합된 겔 단량체를 포함하는 액적으로의 캐스트일 수 있다. 겔 단량체의 중합 시 액적 내에 비드가 형성된다. 겔 중합은 자유-라디칼 형성을 통하기 때문에, 형광성 리포터는 겔에 공유 결합된다. 검출 구성체는 링커, 예컨대 아민을 포함하도록 더욱 변형될 수 있다. 소광제는 겔 형성 후에 첨가될 수 있고 링커를 통해서 리포터 구성체에 결합하게 될 것이다. 따라서, 소광제는 겔에 결합되지 않고, CRISPR 이펙터 단백질에 의해서 리포터가 절단될 때 자유롭게 확산된다. 액적에서 신호의 증폭은 하이브리드화 연쇄 반응 (HCR 개시제) 증폭과 검출 구성체를 커플링하여 획득될 수 있다. DNA/RNA 하이브리드 헤어핀은 RNase 민감성 도메인을 갖는 헤어핀 루프를 포함할 수 있는 겔에 도입될 수 있다. RNase 민감성 도메인을 갖는 헤어핀 루프 내에서 가닥 치환 토홀드를 보호함으로써, HCR 개시제는 CRISPR 이펙터 단백질에 의한 헤어핀 루프의 절단 이후에 선택적으로 탈보호될 수 있다. 토홀드 매개된 가닥 치환을 통해서 HCR 개시제의 탈보호 이후, 형광성 HCR 단량체는 겔로 세척되어서 개시제가 탈보호되는 경우에 신호를 증폭시킬 수 있게 한다.
본 발명이 상황에서 사용할 수 있는 미세유체 장치의 예는 문헌 [HouHour et al. "Direct DectectionDetection and drug-resistant profiling of bacteremias using inertial microfluidics" Lap Chip. 15(10):2297-2307 (2016)]에 기술되어 있다.
본 명세서에 기술된 시스템은 대상체의 생물학적 샘플, 예컨대 생물학적 유체를 클리닉 환경 외부에서 평가하고 의료 전문가가 접속할 수 있는 중심 서버에 원력으로 어세이의 결과를 보고하는 착용형 의료 장치에 더 도입될 수 있다. 장치는 Peeters 등의 발명의 명칭 "무바늘 혈액 채혈"의 미국 공개 특허 출원 번호2015/0342509, Andrew Conrad의 발명의 명칭 "나노입자 포레시스"의 미국 공개 특허 출원 번호 2015/0065821에 개시된 장치와 같은, 혈액을 자가-샘플채취하는 능력을 포함할 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 장치는 개별 웰, 예컨대 마이크로플레이트 웰을 포함할 수 있다. 마이크로플레이트 웰의 크기는 표준 6, 24, 96, 384, 1536, 3456, 또는 9600 크기-웰의 크기일 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 시스템의 엘리먼트는 동결 건조될 수 있고 유통 및 사용 전에 웰의 표면 상에 적용될 수 있다.
본 명세서에 개시된 장치는 입구 및 출구 포트를 더 포함할 수 있고, 이들은 차례로 밸브, 튜브, 채널, 챔버, 및 시린지 및/또는 장치 내부 및 외부로 유체의 유입 및 추출을 위한 펌프에 이후에 연결될 수 있다. 장치는 미세유체 장치 내에서 유체의 지향성 움직임을 가능하게 하는 유체 흐름 액츄에이터에 연결될 수 있다. 예시적인 액츄에이터는 제한없이, 시린지 펌프, 기계 작동식 재순환 펌프, 전기삼투 펌프, 벌브, 벨로우, 다이어프램, 또는 유체를 움직이게 하려는 버블을 포함한다. 일정한 일례의 실시형태에서, 장치는 장치를 통해서 유체를 움직이게 함께 작동하는 프로그램가능한 밸브를 갖는 제어기에 연결된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 장치는 하기에 더욱 상세하게 기술되는 제어기에 연결된다. 장치는 장치 상의 입구 포트에 삽입을 위한 금속 핀으로 종결되는 튜빙에 의해서 흐름 액츄에이터, 제어기, 및 샘플 로딩 장치에 연결될 수 있다.
본 명세서에 도시된 바와 같이, 시스템의 엘리먼트는 동결건조될 때 안정하고, 그러므로, 지지 장치를 필요로 하지 않는 실시형태가 또한 고려되며, 즉, 시스템은 본 명세서에 개시된 반응을 지지하게 되는 임의의 표면 또는 유체에 적용될 수 있고, 그 표면 또는 용액으로부터 양성 검출가능한 신호의 검출을 가능하게 한다. 동결-건조 이외에도, 시스템은 또한 펠렛화된 형태로 안정하게 저장되고 이용될 수 있다. 적합한 펠렛화 형태를 형성하는데 유용한 중합체는 당분야에 공지되어 있다.
일정 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질은 장치에서 각각의 이산 부피에 결합된다. 각각의 이산 부피는 상이한 표적 분자에 특이적인 상이한 가이드 RNA를 포함할 수 있다. 일정 실시형태에서, 샘플은 각각이 표적 분자에 특이적인 가이드 RNA를 포함하는 하나를 초과하는 이산 부피를 포함하는 고형 기재에 노출된다. 이론에 국한하지 않으나, 각각의 가이드 RNA는 샘플 유래의 이의 표적 분자를 포획하게 될 것이고 샘플은 개별 어세이로 나뉘어질 필요가 없다. 따라서, 중요한 샘플을 보존할 수 있다. 이펙터 단백질은 친화성 태그를 포함하는 융합 단백질일 수 있다. 친화성 태그는 당분야에 충분히 공지되어 있다 (예를 들어, HA 태그, Myc 태그, Flag 태그, His 태그, 바이오틴). 이펙터 단백질은 바이오틴 분자에 연결될 수 있고 이산 부피는 스트렙타비딘을 포함할 수 있다. 다른 실시형태에서, CRISPR 이펙터 단백질은 이펙터 단백질에 특이적인 항체에 의해 결합된다. CRISPR 효소에 결합하는 방법은 이전에 기술된 바 있다 (예를 들어, US20140356867A1 참조).
본 명세서에 개시된 장치는 또한 다른 방법에 의해 샘플을 분석하기 위해 당분야에 공지된 현장 (POC) 장치의 엘리먼트를 포함할 수 있다. 예를 들어, 문헌 [St John and Price, "Existing and Emerging Technologies for Point-of-Care Testing" (Clin Biochem Rev. 2014 Aug; 35(3): 155-167)]을 참조한다.
본 발명은 무선 랩-온-칩 (LOC) 진단 센서 시스템에 의해 사용될 수 있다 (예를 들어, 미국 특허 제9,470,699호 "Diagnostic radio frequency identification sensors and applications thereof" 참조). 일정한 실시형태에서, 본 발명은 무선 장치 (예를 들어, 휴대폰, 개인 정보용 단말기 (PDA), 타블렛)에 의해 제어되는 LOC에서 수행되고 결과가 상기 장치에 보고된다.
RFID (Radio frequency identification) 태그 시스템은 RFID 판독기 (인터로게이트라고도 함)에 의한 수신을 위해 데이타를 전송하는 RFID 태그를 포함한다. 전형적인 RFID 시스템에서, 개별 객체 (예를 들어, 상점 상품)는 트랜스폰더를 함유하는 상대적으로 소형의 태그가 장착된다. 트랜스폰더는 고유한 전자 제품 코드가 제공되는 메모리 칩을 갖는다. RFID 판독기는 통신 프로토콜의 사용을 통해서 태그 내 트랜스폰더를 활성화시키는 신호를 방출한다. 따라서, RFID 판독기는 태그에 대한 데이타를 읽고 쓸 수 있다. 추가적으로, RFID 태그 판독기는 RFID 태그 시스템 어플리케이션에 따라서 데이타를 처리한다. 현재, 수동형 및 능동형 RFID 태그가 존재한다. 수동형 RFID 태그 내부 전력원을 함유하지 않지만, FRID 판독기로부터 수신된 라디오 주파수 신호에 의해 작동된다. 대안적으로, 능동형 RFID 태그는 이 활성형 RFID 태그가 더 큰 전파 범위 및 메모리 용량을 보유할 수 있게 하는 내부 전력원을 함유한다. 수동형 대 능동형 태그의 사용은 특정한 적용 분야에 따라 좌우된다.
랩-온-더 칩 기술은 과학 문헌에 충분히 설명되어 있고, 다수의 미세유체 채널, 투입 또는 화학적 웰로 이루어진다. 웰 내에서의 반응은 RFID 전자 칩으로부터의 전도성 리드가 시험 웰 각각에 직접 연결될 수 있으므로 RFID 태그 기술을 사용하여 측정될 수 있다. 안테나는 장치의 후면 상에 직접적으로 또는 전자 칩의 다른 층에 장착되거나 또는 인쇄될 수 있다. 더 나아가서, 리드, 안테나 및 전자 칩은 LOC 칩에 내장될 수 있고, 그리하여 전극 또는 전자 장치의 단락을 방지한다. LOC가 복합체 샘플 분리 및 분석을 가능하게 하므로, 이러한 기술은 LOC 시험을 복잡하거나 또는 값비싼 판독기와 독립적으로 수행하는 것을 가능하게 한다. 대신 단순 무선 장치 예컨대 휴대폰 또는 PDA를 사용할 수 있다. 일 구체예에서, 무선 장치는 또한 보다 복잡한 LOC 분석을 위한 미세유체 채널의 분리 및 제어를 통제한다. 일 구체예에서, LED 및 다른 전자 측정 또는 감지 장치는 LOC-RFID 칩에 포함된다. 이론에 국한하려는 것이 아니나, 이러한 기술은 일회성이어서 분리 및 혼합을 요구하는 복잡한 시험을 실험실 밖에서 수행하는 것을 가능하게 한다.
바람직한 실시형태에서, LOC는 미세유체 장치일 수 있다. LOC는 수동형 칩일 수 있고, 여기서 칩은 무선 장치를 통해서 작동되고 제어된다. 일정 실시형태에서, LOC는 시약을 수용하기 위한 미세유체 채널 및 샘플을 도입시키기 위한 채널을 포함한다. 일정 실시형태에서, 무선 장치로부터의 신호는 전력을 LOC에 전달하여 샘플 및 어세이 시약의 혼합을 활성화시킨다. 특히, 본 발명의 경우에서, 시스템은 차폐제, CRISPR 이펙터 단백질, 및 표적 분자에 특이적인 가이드 RNA를 포함할 수 있다. LOC의 활성화 시, 미세유체 장치는 샘플 및 어세이 시약을 혼합할 수 있다. 혼합 시, 센서는 신호를 검출하고 결과를 무선 장치로 전송한다. 일정 실시형태에서, 비차폐제는 전도성 RNA 분자이다. 전도성 RNA 분자는 전도성 재료에 부착될 수 있다. 전도성 분자는 전도성 나노입자, 전도성 단백질, 단백질 또는 라텍스에 부착되는 금속 입자 또는 전도성인 다른 비드일 수 있다. 일정 실시형태에서, DNA 또는 RNA가 사용되면 전도성 분자는 부응하는 DNA 또는 RNA 가닥에 직접 부착될 수 있다. 전도성 분자의 방출은 센서에 걸쳐 검출될 수 있다. 어세이는 단일 단계 과정일 수 있다.
표면 면적의 전기 전도성은 측정할 수 있으므로 정밀하게 정량된 결과가 일회용 무선 RFID 전기-어세이에서 가능하다. 더 나아가서, 시험 면적은 매우 작아서 소정 면적에서 더 많은 시험을 수행할 수 있게 하여 그 결과로 비용이 절감될 수 있다. 일정 실시형태에서, 각각이 센서에 고정된 상이한 CRISPR 이펙터 단백질 및 가이드 RNA와 연합된 별개의 센서가 다수의 표적 분자를 검출하는데 사용된다. 이론에 국한하려는 것은 아니나, 상이한 센서의 활성화는 무선 장치에 의해 구별될 수 있다.
본 명세서에 기술된 전도성 방법 이외에도, 일회용 RFID 어세이를 위한 기본적인 저비용 통신 및 전력 플랫폼 때문에 RFID 또는 블루투스에 의존하는 다른 방법이 사용될 수 있다. 예를 들어, 광학 수단을 사용하여 소정 표적 분자의 존재 및 수준을 평가할 수 있다. 일정 실시형태에서, 광학 센서는 형광성 차폐제의 노출을 검출한다.
일정 실시형태에서, 본 발명의 장치는 어세이의 진단 판독을 위한 소형 휴대용 장치를 포함할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Vashist et al., Commercial Smartphone-Based Devices and Smart Applications for Personalized Healthcare Monitoring and Management, Diagnostics 2014, 4(3), 104-128]; [mReader from Mobile Assay; and Holomic Rapid Diagnostic Test Reader] 참조).
본 명세서에 언급된 바와 같이, 일정한 실시형태는 실시형태가 신호를 판독하기 위해 보다 복잡한 검출 장비로의 접근이 제한될 수 있는 자원 부족 환경 및/또는 POC 상황에서 이용될 때 일부 부수적인 이득을 갖는 비색성 변화를 통한 검출을 가능하게 한다. 그러나, 본 명세서에 개시된 휴대용 실시형태는 또한 가시 범위 밖의 신호의 검출할 수 있게 하는 소형 분광광도계와 커플링될 수 있다. 본 발명과 조합하여 사용할 수 있는 소형 분광광도계 장치의 예는 문헌 [Das et al. "Ultra-portable, wireless smartphone spectrophotometer for rapid, non-destructive testing of fruit ripeness." Nature Scientific Reports. 2016, 6:32504, DOI: 10.1038/srep32504]에 기술되어 있다. 마지막으로, 퀀텀 도트-기반 차폐성 구성체를 이용하는 일정한 구체예에서, 소형 UV 광, 또는 다른 적합한 장치의 사용은 퀀텀 도트에 의해 제공되는 거의 완전한 퀀텀 수율 덕분에 신호를 검출하는데 성공적으로 사용될 수 있다.
예시적인 방법 및 어세이
어세이 플랫폼의 저비용 및 적용성은 그 자체를 (i) 일반 RNA/DNA/단백질 정량, (ii) 신속한, 복합화된 RNA/DNA 및 단백질 발현 검출, 및 (iii) 임상 및 환경 샘플 둘 모두에서 표적 핵산, 펩티드 및 단백질의 민감한 검출을 포함하는 수많은 적용분야에 적합하게 한다. 추가적으로, 본 명세서에 개시된 시스템은 생물학적 상황, 예컨대 세포 내에서 전사물의 검출을 위해 적합화될 수 있다. 본 명세서에 기술된 CRISPR 이펙터의 고도의 특이적 성질을 고려하면, 살아있는 세포에서 질환-연관 돌연변이 또는 전사물의 대립유전자 특이적 발현을 추적하는 것을 가능하게 할 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 단일 표적에 특이적인 단일 가이드 서열은 별개 부피로 위치된다. 그 이후에 각각의 부피는 동일 샘플의 분취액 또는 상이한 샘플을 수용할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 다수 표적을 상이한 웰에스 스크리닝할 수 있도록 각각 개별 표적에 대한 다수 가이드 서열이 단일 웰에 위치될 수 있다. 일정한 예의 실시형태에서, 단일 부피 중 다수 가이드 RNA를 검출하기 위해서, 상이한 특이성을 갖는 다수의 이펙터 단백질을 사용할 수 있다. 예를 들어, 상이한 서열 특이성을 갖는 상이한 오르쏘로그가 사용될 수 있다. 예를 들어, 하나의 오르쏘로그는 A를 우선적으로 절단할 수 있지만, 나머지는 C, G, U/ T를 우선적으로 절단할 수 있다. 따라서, 단일 뉴클레오티드를 완전하게 포함하거나, 또는 그의 실질적 부분을 포함하는 차폐성 구성체가 생성될 수 있고, 그 각각은 상이한 파장에서 검출될 수 있는 상이한 형광단을 갖는다. 이러한 방식으로 최대 4종의 상이한 표적이 단일 개별 이산 부피에서 스크리닝될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 동일한 부류의 CRISPR 이펙터 단백질 유래의 상이한 오르쏘로그, 예컨대 2종 Cas13a 오르쏘로그, 2종 Cas13b 오르쏘로그, 또는 2종 Cas13c 오르쏘로그가 사용될 수 있다. 다양한 Cas13 단백질의 뉴클레오티드 선호도는 도 67에 도시되어 있다. 일정한 다른 일례의 실시형태에서, 상이한 뉴클레오티드 편집 선호도를 갖는 상이한 오르쏘로그 예컨대 Cas13a 및 Cas13b 오르쏘로그, 또는 Cas13a 및 Cas13c 오르쏘로그, 또는 Cas13b 오르쏘로그 및 Cas13c 오르쏘로그 등이 사용될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 폴리 U 선호도를 갖는 Cas13 단백질 및 폴리 A 선호도를 갖는 Cas13 단백질이 사용된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 폴리 U 선호도를 갖는 Cas13 단백질은 프레보텔라 인터메디아 Cas13b이다. 그리고 폴리 A 선호도를 갖는 Cas13 단백질은 프레보텔라 sp. MA2106 Cas13b 단백질 (PsmCas13b)이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 폴리 U 선호도를 갖는 Cas13 단백질은 렙토트리키아 와데이 Cas13a (LwaCas13a) 단백질이고 폴리 A 선호도를 갖는 Cas13 단백질은 프레보텔라 sp. MA2106 Cas13b 단백질이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 폴리 U 선호도를 갖는 Cas13 단백질은 카프노시토파가 카니몰서스 Cas13b 단백질 (CcaCas13b)이다.
단일 염기 편집 선호도 이외에도, 추가의 검출 구성체는 Cas 13 오르쏘로그의 다른 모티프 절단 선호도를 기반으로 디자인될 수 있다. 예를 들어, Cas13 오르쏘로그는 디뉴클레오티드 서열, 트리뉴클레오티드 서열, 또는 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개 뉴클레오티드 모티프를 포함하는 더 복잡한 모티프를 우선적으로 절단할 수 있다. 따라서, 본 명세서에서 개시된 실시형태의 복합 어세이의 상한은 구별가능한 검출가능한 표지의 개수로 주로 제한된다. 이러한 모티프를 식별하기 위한 예시적인 방법은 하기 작업예에 더 개시되어 있다.
본 명세서에서 입증하는 바와 같이, CRISPR 이펙터 시스템은 아토몰라 농도로 적은 표적 분자를 검출할 수 있다. 도 13, 14, 19, 22 및 하기 기술된 작업예를 참조한다. 상기 시스템의 감도에 기인하여, 신속하고 민감한 검출을 요구하는 많은 적용분아는 본 명세서에 개시된 실시형태로부터 이득을 얻을 수 있고, 본 발명의 범주 내로 고려된다. 예시적인 어세이 및 적용분야는 하기에 더욱 상세하게 설명된다.
미생물 적용분야
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 시스템, 장치 및 방법은 샘플, 예컨대 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중 하나 이상의 미생물제의 존재를 검출하는 것에 관한 것이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 미생물은 박테리아, 진균, 효모, 원생동물, 기생충, 또는 바이러스일 수 있다. 따라서, 본 명세서에 개시된 방법은 미생물 종의 신속한 동정, 미생물 단백질 (항원), 항체, 항체 유전자 존재의 모니터링, 일정 표현형 (예를 들어, 박테리아 내성)의 검출, 질환 진행 및/또는 집단발병의 모니터링, 및 항생제 스크리닝을 요구하는 다른 방법과 (또는 조합하여) 다른 방법에서 사용을 위해 적합화될 수 있다. 본 명세서에 개시된 실시형태의 신속하고 민감한 진단 능력, 단일 뉴클레오티드 편차에 이르는, 미생물 종 유형의 검출, 및 POC 장치로서 배치되는 능력 때문에, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 가이드 치료 계획, 예컨대 적절한 항생제 또는 항바이러스제의 선택에 사용될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 미생물 오염의 존재에 대해 환경 샘플 (공기, 물, 표면, 식품 등)을 스크리닝하는데 사용될 수 있다.
미생물 종, 예컨대 박테리아, 바이러스, 진균, 효모 또는 기생충 종 등을 동정하는 방법을 개시한다. 특히 본 명세서에서 개시된 실시형태는 단일 샘플 내에서, 또는 다수 샘플에 걸쳐서 미생물 종을 동정하고 구별하여, 많은 상이한 미생물의 인식을 가능하게 하는 방법 및 시스템을 기술한다. 본 발명의 방법은 샘플 중 표적 핵산 서열의 존재를 검출하여, 생물학적 또는 환경 샘플 중에서 하나 이상의 유기체, 예를 들어, 박테리아, 바이러스, 효모, 원생동물, 및 진균 또는 이의 조합 중 2종 이상 간에 구별하고, 병원체의 검출을 가능하게 한다. 샘플로부터 수득된 양성 신호는 미생물의 존재를 의미한다. 다수 미생물은 하나를 초과하는 이펙터 단백질의 사용을 적용하여, 본 발명의 방법 및 시스템을 사용해 동시에 동정될 수 있고, 여기서 각각의 이펙터 단백질 표적은 특이적 미생물 표적 서열이다. 이러한 방식으로, 임의 수의 미생물을 한번에 검출할 수 있는 다층 분석을 특정한 대상체에 대해 수행할 수 있다. 일부 실시형태에서, 다수 미생물의 동시 검출은 하나 이상의 미생물 종을 동정할 수 있는 프로브의 세트를 사용하여 수행할 수 있다.
샘플의 복합 분석은 샘플의 대규모 검출을 가능하게 하여 분석 시간 및 비용을 절감한다. 그러나, 복합 분석은 종종 생물학적 샘플의 이용가능성에 의해 제한된다. 그러나, 본 발명에 따라서, 복합 분석의 대안은 다수 이펙터 단백질을 단일 샘플에 첨가할 수 있고 각각의 차폐성 구성체는 개별 소광제 염료와 조합할 수 있도록 수행될 수 있다. 이러한 경우에서, 양성 신호는 단일 샘플 중 복합 검출을 위해 개별적으로 각각의 소광제 염료로부터 수득될 수 있다.
본 명세서는 샘플 중 하나 이상의 유기체의 둘 이상의 종을 구별하기 위한 방법을 개시한다. 이 방법은 또한 샘플 중 하나 이상의 유기체의 하나 이상의 종을 검출할 수 있게 한다.
미생물 검출
일부 실시형태에서, 샘플 중 미생물을 검출하기 위한 방법은 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 개별 이산 부피에 분배하는 단계로서, 개별 이산 부피는 본 명세서에 기술된 바와 같은 CRISPR 시스템을 포함하는 것인 단계; 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 미생물-특이적 표적의 결합을 가능하게 하는 충분한 조건 하에서 샘플 또는 샘플의 세트를 인큐베이션시키는 단계; 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 표적 분자의 결합을 통해서 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시키는 단계로서, CRISPR 이펙터 단백질의 활성화는 그 결과로 RNA-기반 차폐성 구성체의 변형을 야기하여 검출가능한 양성 신호가 발생되는 것인 단계; 및 검출가능한 양성 신호를 검출하는 단계로서, 검출가능한 양성 신호의 검출은 샘플 중 하나 이상의 표적 분자의 존재를 의미하는 것인 단계를 포함한다. 하나 이상의 표적 분자는 둘 이상의 미생물 종/균주를 서로 구별하는데 사용될 수 있는 표적 뉴클레오티드 타이드 서열을 포함하는 mRNA, gDNA (코딩 또는 넌코딩), trRNA, 또는 rRNA일 수 있다. 가이드 RNA는 표적 서열을 검출하도록 디자인될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 가이드 RNA와 표적 RNA 서열 간 하이브리드화를 개선시키는 일정 단계들을 또한 이용할 수 있다. 리보핵산 하이브리드화를 향상시키는 방법은 참조로 본 명세서에 포함된 발명의 명칭 "리보핵산 하이브리드화의 향상된 방법"의 WO 2015/085194에 개시되어 있다. 미생물-특이적 표적은 RNA 또는 DNA 또는 단백질일 수 있다. DNA 방법이면 본 명세서에 기술된 바와 같은 RNA 중합효소 프로모터를 도입한 DNA 프라이머의 사용을 더 포함할 수 있다. 표적이 단백질이면, 방법은 본 명세서에 기술된 단백질에 특이적인 단계 및 앱타머를 이용하게 될 것이다.
단일 뉴클레오티드 변이체의 검출
일부 실시형태에서, 하나 이상의 식별된 표적 서열은 본 명세서에 기술된 바와 같은 표적 서열에 특이적이고 그에 결합하는 가이드 RNA를 사용해 검출될 수 있다. 본 발명의 시스템 및 방법은 상이한 미생물 종에 존재하는 단일 뉴클레오티드 다형성을 구별할 수 있고, 그러므로, 본 발명에 따라서 다수 가이드 RNA의 사용은 종 간 구별하는데 사용될 수 있는 표적 서열의 수를 더 확장시키거나 또는 개선시킬 수 있다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 하나 이상의 가이드 RNA는 종, 속, 과, 목, 강, 문, 계, 또는 표현형, 또는 이의 조합에서 미생물 간을 구별할 수 있다.
rRNA 서열 기반 검출
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 장치, 시스템, 및 방법은 샘플 중 다수 미생물 종을 구별하는데 사용될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 동정은 16S, 23S, 및 5S 서브유닛을 포함하는, 리보솜 RNA 서열을 기반으로 할 수 있다. 관련 rRNA 서열을 동정하기 위한 방법은 미국 공개 특허 출원 번호 2017/0029872에 개시되어 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 가이드 RNA의 세트는 각각의 종 또는 균주에 고유한 가변 영역에 의해 각각의 종을 구별하도록 디자인될 수 있다. 가이드 RNA는 또한 속, 과, 목, 강, 문, 계 수준, 또는 이의 조합에서 미생물을 구별하는 RNA 유전자를 표적화하도록 디자인될 수 있다. 증폭이 사용되는 일정한 예의 실시형태에서, 증폭 프라이머의 세트는 리보솜 RNA 서열의 불변 영역에 측접하도록 디자인될 수 있고 가이드 RNA는 가변 내부 영역에 의해 각각의 종을 구별하도록 디자인될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 프라이머 및 가이드 RNA는 각각 16S 서브유닛 내 보존 및 가변 영역에 대해 디자인될 수 있다. 종 또는 종의 서브셋에 걸쳐 고유하게 가변적인 다른 유전자 또는 게놈 영역 예컨대 RecA 유전자 패밀리, RNA 중합효소 β 서브유닛이 역시 사용될 수 있다. 다른 적합한 계통 마커, 및 이를 동정하기 위한 방법은 예를 들어, 문헌 [Wu et al. arXiv:1307.8690 [q-bio.GN]]에 기술되어 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 방법 또는 진단은 동시에 다수의 계통 및/또는 표현형 수준에 걸쳐 미생물을 스크리닝하도록 디자인된다. 예를 들어, 방법 또는 진단은 상이한 가이드 RNA와 다수의 CRISPR 시스템의 사용을 포함할 수 있다. 가이드 RNA의 제1 세트는 예를 들어 마이코박테리아, 그람 양성, 및 그람 음성 박테리아를 구별할 수 있다. 이들 일반적인 부류들은 더욱 세분화될 수 있다. 예를 들어, 가이드 RNA는 그람 음성 박테리아 내에서 장내 및 비장내 박테리아를 구별하는 방법 또는 진단에서 디자인되어 사용될 수 있다. 가이드 RNA의 제2 세트는 속 또는 종 수준에서 미생물을 구별하도록 디자인될 수 있다. 따라서, 그들 부류 중 하나 내에 속하는 소정 샘플 중에서 동정되는 박테리아 종의 각각의 속에 대해 모든 마이코박테리아, 그람 양성, 그람 음성 (장내 및 비장내로 더 분류됨)을 동정하는 매트릭스가 생성될 수 있다. 다른 미생물 유형을 분류하기 위한 다른 수단이 또한 고려되고 상기 기술된 일반 구조를 따르게 될 것이다.
약제 내성에 대한 스크리닝
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 장치, 시스템 및 방법은 관심 미생물 유전자, 예를 들어 항생제 및/또는 항바이러스 내성 유전자에 대해 스크리닝하는데 사용될 수 있다. 가이드 RNA는 기지의 관심 유전자들을 구별하도록 디자인될 수 있다. 이후에, 임상 샘플을 포함한 샘플들은 이러한 유전자의 검출을 위해서 본 명세서에서 개시된 실시형태를 사용하여 스크리닝될 수 있다. POC에서 약제 내성에 대해 스크리닝하는 능력은 적절한 치료 계획을 선택하는데 있어 대단한 이득을 가지게 된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 항생제 내성 유전자는 KPC, NDM1, CTX-M15, OXA-48를 포함하는, 카르바페네마제이다. 다른 항생제 내성 유전자가 공지되어 있고 예를 들어 CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database)에서 확인할 수 있다 (Jia et al. "CARD 2017: expansion and model-centric curation of the Comprehensive Antibiotic Resistance Database." Nucleic Acids Research, 45, D566-573).
리바비린은 수많은 RNA 바이러스를 공격하는 효과적인 항바이러스제이다. 몇몇 임상적으로 중요한 바이러스는 구제역 바이러스 doi:10.1128/JVI.03594-13; 폴리오 바이러스 (Pfeifer and Kirkegaard. PNAS, 100(12):7289-7294, 2003); 및 C형 간염 바이러스 (Pfeiffer and Kirkegaard, J. Virol. 79(4):2346-2355, 2005)를 비롯하여 리바비린 내성을 진화시켜왔다. 많은 다른 지속성 RNA 바이러스, 예컨대 간염 바이러스 및 HIV는 현존하는 항바이러스 약제에 대한 내성을 진화시켜왔다: B형 간염 바이러스 (라미부딘, 테노포비어, 엔테카비어) doi:10/1002/hep22900; C형 간염 바이러스 (텔라프레비어, BILN2061, ITMN-191, SCh6, 보세프레비어, AG-021541, ACH-806) doi:10.1002/hep.22549; 및 HIV (다제 내성 돌연변이) hivb.standford.edu. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 특히 이러한 변이체를 검출하는데 사용될 수 있다.
약제 내성 이외에도, 본 명세서에서 개시된 실시형태로 검출할 수 있는 수많은 임상적으로 관련된 돌연변이, 예컨대 LCMV의 급성 감염에 비한 지속성 (doi:10.1073/pnas.1019304108), 및 에볼라의 증가된 감염성 (Diehl et al. Cell. 2016, 167(4):1088-1098) 등이 존재한다.
본 명세서의 다른 곳에 기술된 바와 같이, 밀접하게 관련된 미생물 종 (예를 들어, 소정 표적 서열에 오직 단일 뉴클레오티드 편차만 가짐)은 gRNA에 합성 미스매치의 도입에 의해 구별될 수 있다.
세트 커버 접근법
특정 실시형태에서, 예를 들어, 미생물의 정의된 세트 내의 모든 미생물 종을 동정할 수 있는 가이드 RNA의 세트가 디자인된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 가이드 RNA를 생성시키기 위한 방법은 참조로 본 명세서에 포함된, WO 2017/040316에 개시된 방법과 비교할 수 있다. WO 2017040316에 기술된 바와 같이, 세트 커버 해법은 전체 표적 서열 또는 표적 서열의 세트, 예를 들어 게놈 서열의 세트를 포괄하는데 필요한 최소 수의 표적 서열 프로브 또는 가이드 RNA를 동정할 수 있다. 세트 커버 접근법은 전형적으로 20 내지 50개 염기쌍 범위에서, 프라이머 및/또는 마이크로어레이 프로브를 동정하기 위해 이전에 사용되어왔다. 예를 들어, 하기의 문헌들을 참조한다: [Pearson et al., cs.virginia.edu/~robins/papers/primers_dam11_final.pdf.], [Jabado et al. Nucleic Acids Res. 2006 34(22):6605-11], [Jabado et al. Nucleic Acids Res. 2008, 36(1):e3 doi10.1093/nar/gkm1106], [Duitama et al. Nucleic Acids Res. 2009, 37(8):2483-2492], [Phillippy et al. BMC Bioinformatics. 2009, 10:293 doi:10.1186/1471-2105-10-293]. 그러나, 이러한 접근법은 일반적으로 각각의 프라이머/프로브를 k-량체로서 처리하는 단계 및 정확한 매치를 검색하는 단계 또는 접미사 어레이를 사용하여 부정확한 매치를 허용하는 단계를 포함하였다. 또한, 방법은 일반적으로 각각의 투입 서열이 오직 하나의 프라이머 또는 프로브에 의해 결합되는 것을 필요로 하고, 서열을 따라서 이러한 결합의 위치가 비관련적이도록 프라이머 또는 프로브를 선택하여 하이브리드화를 검출하는 2원 접근법을 취한다. 대안적인 방법은 표적 게놈을 사전 정해진 창으로 나누고 효과적으로 이들 창을 이원 접근법 하에서 개별 투입 서열로서 처리할 수 있으며, 즉, 그들은 소정 프로브 또는 가이드 RNA가 각각의 창 내에서 결합하는지 여부를 결정하고 모든 창이 일부 프로브 또는 가이드 RNA의 상태에 의해 결합되는 것을 요구한다. 효과적으로, 이들 접근법은 전체 투입 서열 또는 투입 서열의 사전-정의된 창으로서 세트 포괄 문제 내 "유니버스"의 각 엘리먼트를 처리하고, 각각의 엘리먼트는 엘리먼트 내에서 프로브 또는 가이드 RNA의 시작이 결합되면 "포괄됨"으로 간주된다. 이들 접근법은 상이한 프로브 또는 가이드 RNA 디자인이 소정 표적 서열을 포괄하도록 허용하는 유동성을 제한한다.
대조적으로, 본 명세서에 개시된 실시형태는 더 긴 프로브 또는 가이드 RNA 길이, 예를 들어, 하이브리드 선택 시퀀싱에 적합한 70 bp 내지 200 bp의 범위를 검출하는 것에 관한 것이다. 또한, 본 명세서에서 WO 2017/040316에 개시된 방법은 대량 및/또는 가변적 표적 서열 세트에서 모든 종 및/또는 균주 서열의 검출 시퀀싱을 동정하고 용이하게 할 수 있는 프로브 또는 가이드 RNA 세트를 한정할 수 있는 범-표적 서열 접근법을 취하도록 적용될 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 개시된 방법은 단일 어세이에서 다수의 상이한 바이러스, 또는 소정 바이러스의 모든 변이체를 동정하는데 사용될 수 있다. 더 나아가서, 본 명세서에 개시된 방법은 세트 커버 문제에서 "유니버스"의 각 엘리먼트를 표적 서열의 뉴클레오티드인 것으로 처리하고, 각 엘리먼트는 엘리먼트를 포함하는 표적 게놈의 일부 절편에 프로브 또는 가이드 RNA가 결합하는 한 "포괄됨"으로 간주된다. 이들 유형의 세트 커버 방법은 이전 방법의 이원 접근법 대신에 사용될 수 있고, 본 명세서에 개시된 방법은 어떻게 프로브 또는 가이드 RNA가 표적 서열과 하이브리드화할 수 있는가에 대한 더 나은 모델이 된다. 단지 소정 가이드 RNA 서열이 소정 창에 결합하는지 또는 결합하지 않는지를 질문하기 보다는, 이러한 접근법은 하이브리드화 패턴을 검출하는데 사용될 수 있으며, 즉, 소정 프로브 또는 가이드 RNA가 표적 서열 또는 표적 서열들에 결합하는 경우라면, 샘플로부터의 농축 및 임의의 그리고 모든 표적 서열의 시퀀싱을 할 수 있기에 충분한 정도로 표적 서열의 세트를 포괄하기 위해 필요한 프로브 또는 가이드 RNA의 최소 개수를 그들 하이브리드화 패턴으로부터 결정한다. 이들 하이브리드화 패턴은 기능 상실을 최소화하는 일정 매개변수를 한정하고, 그리하여 예를 들어, 각각의 종의 다양성을 반영하기 위해서, 매개변수를 각 종에 대해 다양화시킬 수 있는 방식을 비롯하여, 프로브 또는 가이드 RNA 디자인 상황에서 이전에 적용된 것과 같은, 세트 커버 해법의 간단한 적용을 사용해 획득할 수 없는 계산적으로 효율적인 방식으로 최소의 프로브 또는 가이드 RNA의 식별을 가능하게 한다.
다수 전사물 존재도를 검출하는 능력은 특정한 표현형을 의미하는 고유한 미생물 서명의 생성을 가능하게 할 수 있다. 다양한 기계 학습 기술은 유전자 서명을 유래시키는데 사용될 수 있다. 따라서, CRISPR 시스템의 가이드 RNA는 일정한 표현형을 검출하기 위해서 유전자 서명에 의해 한정되는 바이오마커의 상대적 수준을 동정 및/또는 정량하는데 사용될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 유전자 서명은 항생제에 대한 감수성, 항생제에 대한 내성, 또는 이의 조합을 의미한다.
본 발명의 일 양상에서, 방법은 하나 이상의 병원체를 검출하는 단계를 포함한다. 이러한 방식으로, 개별 미생물에 의한 대상체의 감염 간 구별이 수득될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이러한 구별은 특별한 질환, 예를 들어, 질환의 상이한 별형의 임상의에 의한 검출 또는 진단을 가능하게 할 수 있다. 바람직하게 병원체 서열은 병원체의 게놈 또는 이의 단편이다. 방법은 병원체의 진화를 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 병원체의 진화를 결정하는 단계는 병원체 돌연변이, 예를 들어 뉴클레오티드 결실, 뉴클레오티드 삽입, 뉴클레오티드 치환의 동정을 포함할 수 있다. 후자의 경우, 비동의성, 동의성, 및 넌코딩 치환이 존재한다. 돌연변이는 집단발병 동안 보다 빈번하게 비동의성이다. 방법은 상기 기술된 바와 같이 분석된 2개 병원체 서열 간 치환율을 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 돌연변이가 유해하거나 또는 심지어 적응성인지 여부는 기능적 분석을 필요로 하지만, 비동의성 돌연변이의 속도는 이러한 유행병의 계속적인 진행이 병원체 적응의 기회를 제공할 수 있다는 것을 시사하므로, 신속한 격리의 필요성을 강조한다. 따라서, 방법은 바이러스 적응의 위험성을 평가하는 단계를 더 포함할 수 있고, 여기서 비동의성 돌연변이의 수를 결정한다 (Gire, et al., Science 345, 1369, 2014).
미생물 집단발병의 모니터링
일부 실시형태에서, 본 병세서에 기술된 바와 같은 CRISPR 시스템 또는 이의 사용 방법은 병원체 집단발병의 진화를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 방법은 하나 이상의 대상체 유래의 다수개의 샘플로부터 하나 이상의 표적 서열을 검출하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서 표적 서열은 집단발병을 야기하는 미생물 유래의 서열이다. 이러한 방법은 병원체 전파의 패턴, 또는 병원체에 의해 야기되는 질병 집단발병에 관여하는 기전을 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다.
병원체 전파의 패턴은 병원체의 천연 병원소로부터의 계속적인 신규 전파 또는 천연 병원소로부터의 단일 전파 후 대상체 대 대상체 전파 (예를 들어, 인간 대 인간 전파) 또는 이 둘의 혼합을 포함할 수 있다. 일 구체예에서, 병원체 전파는 박테리아 또는 바이러스 전파일 수 있고, 이러한 경우에, 표적 서열은 바람직하게 미생물 게놈 또는 이의 단편일 수 있다. 일 구체예에서, 병원체 전파의 패턴은 병원체 전파의 조기 패턴, 즉 병원체 집단발병의 시작 시의 패턴이다. 집단발병의 시작 시 병원체 전파의 패턴 결정은 가능한 가장 빠른 시점에 집단발병을 중단시킬 가능성을 증가시키고 그리하여 지역 및 국가간 전파 확률을 감소시킨다.
병원체 전파의 패턴을 결정하는 단계는 본 명세서에 기술된 방법에 따라서 병원체 서열을 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 병원체 전파의 패턴을 결정하는 단계는 대상체 간 병원체 서열의 공유된 숙주 내 변이를 검출하는 단계 및 공유된 숙주내 변이가 시간적 패턴을 보이는지 여부를 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 관찰된 숙주내 및 숙주간 변이의 패턴은 전파 및 역학에 관한 중요한 통찰력을 제공한다 (Gire, et al., 2014).
시간적 패턴을 보이는 대상체 간 공유된 숙주내 변이의 검출은 다수 공급원으로부터의 대상체 감염 (중복감염), 샘플 오염 재발성 돌연변이 (돌연변이를 강화하기 위한 균형 선택이 있거나 없음), 또는 전파 사슬의 초기에 돌연변이에 의해 발생된 약간의 발산된 바이러스의 동시-전파에 의해 설명될 수 있기 때문에 대상체 간 (특히 인간 사이)에 전파 관련성을 의미한다 (Park, et al., Cell 161(7):1516-1526, 2015). 대상체 간 공유된 숙주내 변이의 검출은 공통 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP) 위치에 위치하는 숙주내 변이체의 검출을 포함할 수 있다. 공통 (SNP) 위치에 위치된 숙주내 변이체의 양성 검출은 숙주내 변이체에 대한 주요 설명으로서 중복감염 및 오염을 의미한다. 중복감염 및 오염은 숙주간 변이체로서 나타나는 SNP 빈도를 기반으로 구별될 수 있다 (Park, et al., 2015). 그렇지 않으면 중복감염 및 오염은 배제시킬 수 있다. 이 후자의 경우에, 대상체 간 공유된 숙주내 변이의 검출은 동의성 및 비동의성 변이체의 빈도를 평가하는 단계 및 동의성 및 비동의성 변이체의 빈도를 서로 비교하는 단계를 더 포함할 수 있다. 비동의성 돌연변이는 단백질의 아미노산을 변경시키는 돌연변이이고, 아마도 그 결과로 자연 선택을 겪은 미생물에서 생물학적 변화를 야기시킬 것으로 보인다. 동의성 치환은 아미노산 서열을 변경시키지 않는다. 동의성 및 비동의성 변이체의 동일한 빈도는 중성적으로 진화하는 숙주내 변이체를 의미한다. 동의성 및 비동의성 변이체의 빈도가 다르면, 숙주내 변이체는 아마도 균형 선택에 의해 유지될 것이다. 동의성 및 비동의성 변이체의 빈도가 낮으면, 이것은 재발성 돌연변이를 의미한다. 동의성 및 비동의성 변이체의 빈도가 높으면, 이것은 동시-전파를 의미한다 (Park, et al., 2015).
에볼라 바이러스처럼, 라사 바이러스 (LASV)는 사망률이 높은 출혈열을 야기시킬 수 있다. Andersen 등은 임상 및 설치류 저장 샘플로부터 거의 200종의 LASV 서열의 게놈 카탈로그를 생성시켰다 (Andersen, et al., Cell Volume 162, Issue 4, p 738-750, 13 August 2015). Andersen 등은 2013-2015 EVD 유행병이 인간-대-인간 전파에 의해 자극된데 반해, LASV 감염은 주로 병원소-대-인간 감염에 의한다는 것을 보여준다. Andersen 등은 서아프리카 전역에서 LASV의 확산을 밝혀주었고 이러한 이동은 LASV 게놈 존재비, 사망률, 코돈 적응, 및 번역 효율의 변화가 수반되었다는 것을 보여준다. 방법은 제1 병원체 서열을 제2 병원체 서열과 계통발생적으로 비교하는 단계, 및 제1 및 제2 병원체 서열 간 계통발생적 연결성이 존재하는지 여부를 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 제2 병원체 서열이 초기 기준 서열일 수 있다. 계통발생적 연결성이 존재하면, 방법은 제1 병원체 서열의 계통발생을 제2 병원체 서열에 기원시키는 단계를 더 포함할 수 있다. 따라서, 제1 병원체 서열의 계통을 구축하는 것이 가능하다 (Park, et al., 2015).
방법은 돌연변이가 유해성 또는 적응성인지 여부를 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 유해성 돌연변이는 전파-손상 바이러스 및 실활성 감염을 의미하고, 따라서 정상적으로 오직 개별 대상체에만 존재한다. 하나의 개별 대상체에 고유한 돌연변이는 계통수의 외부 분지에서 발생되는 것인데 반해, 내부 분지 돌연변이는 다수 샘플 (즉, 다수 대상체)에 존재하는 것이다. 더 높은 비율의 비동의성 치환은 계통수의 외부 분지를 특징으로 한다 (Park, et al., 2015).
계통수의 내부 분지에서, 선택은 유해성 돌연변이를 여과시켜 버릴 더 많은 기회를 가졌었다. 정의에 의해 내부 분지는 다수의 후손 계통을 생성시켰고 그러므로 아마도 적응 비용으로 돌연변이를 포함시킬 가능성이 덜할 것이다. 따라서, 더 낮은 비율의 비동의성 치환은 내부 분지를 의미한다 (Park, et al., 2015).
아마도 적응도에 대한 영향이 덜한, 동의성 돌연변이는 내부 및 외부 분지상에서 보다 비슷한 빈도로 발생하였다 (Park, et al., 2015).
시퀀싱된 표적 서열, 예컨대 바이러스 게놈을 분석하여, 2014년 에볼라 집단발병 동안과 같은 유행병 에피소드의 중증도에 대한 원인이 되는 기전을 발견하는 것이 가능하다. 예를 들어, 이전 집단발병 유래의 모든 20종 게놈에 대해서 2014년 집단발병의 게놈의 계통발생적 비교를 만든 Gire 등은 2014년 서아프리카 바이러스가 아마도 지난 십여년 내에 중앙 아프리카로부터 확산된 것으로 보인다고 제안한다. 다른 에볼라 바이러스 게놈으로부터의 분기를 이용하여 계통발생을 기원시키는 것은 문제가 있었다 (6, 13). 그러나, 가장 오래된 집단발병에 대해 계통수를 기원시키는 것은 샘플 날짜와 뿌리부터 첨단까지의 거리 사이에 강력한 상관성을 밝혀주었고, 치환율은 년간 부위 당 8 × 10-4 였다 (13). 이것은 가장 최근에 집단발병된 3건의 계통이 모두 대략 2004년 경에, 대체로 동일한 시점에 공통 조상으로부터 분기되었다는 것을 시사하고, 각각의 집단발병이 이의 천연 병원소의 동일한 유전적으로 다양한 바이러스 개체군으로부터의 독립적인 동물원성 감염 사건을 나타낸다는 가설을 뒷받침한다. 그들은 또한 2014 EBOV 집단발병이 천연 병원소로부터의 단일 전파와 그 이후 집단발병 동안 인간 대 인간 전파에 의해 야기되었을 것임을 발견하였다. 그들 결과는 또한 시에라리온에서의 유행병 에피소드가 대략 동일 시점에 기니로부터의 2종의 유전적으로 별개인 바이러스의 유입에 기인하였을 것이라고 시사한다 (Gire, et al., 2014).
특히 인간 대 인간 전파 덕분에, 라사 바이러스가 이의 원점으로부터 어떻게 확산되었는가를 결정하고 심지어 이러한 확산 400년의 역사를 역추적하는 것이 또한 가능하였다 (Andersen, et al., Cell 162(4):738-50, 2015).
2013-2015 EBOV 집단발병 동안 필요했던 작업 및 집단발병 현장에서 의료진이 직면했던 어려움과 관련하여, 보다 일반적으로, 본 발명의 방법은 소수의 선택된 프로브를 사용하여 시퀀싱을 수행하는 것을 가능하게 만들어서 시퀀싱을 가속화시킬 수 있고, 따라서 샘플 채취부터 결과 입수까지 필요한 시간을 단축시킬 수 있다. 뿐만 아니라, 키트 및 시스템은 현장에서 사용가능하게 디자인될 수 있어서 환자의 진단이 샘플을 국가 또는 세계의 다른 부분으로 수송하거나 또는 발송할 필요없이 쉽게 수행될 수 있다.
상기 기술된 임의의 방법에서, 표적 서열 또는 이의 단편의 시퀀싱은 상기 기술된 임의의 시퀀싱 방법을 사용할 수 있다. 뿐만 아니라, 표적 서열 또는 이의 단편의 시퀀싱은 근실시간 시퀀싱일 수 있다. 표적 서열 또는 이의 단편의 시퀀싱은 이전에 기술된 방법에 따라서 수행될 수 있다 (실험 과정: [Matranga et al., 2014]; 및 [Gire, et al., 2014]). 표적 서열 또는 이의 단편의 시퀀싱은 다수개의 표적 서열의 병행 시퀀싱을 포함할 수 있다. 표적 서열 또는 이의 단편의 시퀀싱은 Illumina 시퀀싱을 포함할 수 있다.
선택된 프로브의 하나 이상과 하이브리드화하는 표적 서역 또는 이의 단편의 분석은 동정 분석일 수 있는데, 표적 서열 또는 이의 단편과 선택된 프로브의 하이브리드화는 샘플 내에 표적 서열의 존재를 의미한다.
현재, 1차 진단은 환자가 갖고 있는 증상을 기반으로 한다. 그러나, 다양한 질환은 동일한 증상을 공유할 수 있으므로 진단은 통계에 많이 의존한다. 예를 들어, 말라리아는 감기-유사 증상: 두통, 발열, 오한, 관절통, 구토, 용혈성 빈혈, 황달, 소변 중 헤모글로빈, 망막 손상, 및 경련을 촉발시킨다. 이들 증상은 또한 패혈증, 위장염, 및 바이러스 질환에서 공통이다. 그들 중에서, 에볼라 출혈열은 하기의 증상, 발열, 인후염, 근육통, 두통, 구토, 설사, 발진, 간 및 신장 기능 감소, 내부 및 외부 출혈을 갖는다.
환자가 예를 들어 열대 아프리카의 의료단에 출석했을 때, 기초 진단은 통계적으로 아프리카의 그 지역 내에서 말라리아가 가장 개연성있는 질환이기 때문에 말라리아로 결론내릴 것이다. 그러한 결과로 환자가 실제로 그 질환에 걸리지 않았을지라도 말라리아에 대해 치료받게 되어 결국 환자는 올바르게 치료되지 않게 된다. 이러한 올바른 치료의 부족은 특히 환자가 걸린 질환이 빠른 진화를 나타낼 때 생명 위협적일 수 있다. 환자에게 제공된 치료가 비효과적이며 올바른 진단을 하여 환자에게 적절한 치료를 투여하는 것을 의료진이 깨닫기 전에 너무 늦을 수도 있다.
본 발명의 방법은 이러한 상황에 대한 해결책을 제공한다. 실제로, 가이드 RNA의 개수는 극적으로 감소될 수 있기 때문에, 다수의 질환, 예를 들어 바이러스 감염을 동시에 진단할 수 있도록, 단일 칩 상에, 하나의 질환에 대해 특이적인 각각의 그룹으로서 그룹들로 분배되는 선택된 프로브를 제공하는 것을 가능하게 만들며, 각 그룹은 하나의 질환에 특이적이다. 본 발명 덕분에, 3종이 넘는 질환을 단일 칩 상에서 진단할 수 있고, 바람직하게, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20종을 초과하는 질환을 동시에 진단할 수 있으며, 바람직하게 질환은 소정 지리적 영역의 개체군 내에서 가장 일반적으로 발병되는 것이다. 선택된 프로브의 각 그룹이 진단된 질환 중 하나에 대해 특이적이므로, 보다 정확한 진단을 수행할 수 있고, 따라서 환자에게 부적절한 치료를 투여할 위험성이 감소된다.
다른 경우에서, 바이러스 감염과 같은 질환은 임의의 증상없이 발병될 수 있거나, 또는 증상을 야기하지만 환자가 의료진에게 나타나기 전에 소멸되었다. 이러한 경우에, 환자는 임의의 의료 지원을 찾지 않거나 또는 출석날 증상의 부재로 인해 진단이 복잡해 진다.
본 발명은 또한 핵산, 예컨대 미가공, 비정제 샘플 중 mRNA의 검출을 기반으로 질환의 진단, 병원체의 동정 및 치료의 최적화를 위한 다른 방법과 함께 사용될 수 있다.
본 발명의 방법은 또한 이러한 상황을 해결하기 위한 강력한 도구를 제공한다. 실제로, 각각의 그룹이 소정 지역의 집단 내에서 발병된 가장 일반적인 질환 중 하나에 특이적인, 선택된 가이드 RNA의 다수 그룹이 단일 진단에 포함되므로, 의료진은 오직 환자로부터 채취된 생물학적 샘플을 칩과 접촉시키는 것만을 필요로 한다. 칩의 판독은 환자가 걸린 질환을 밝혀준다.
일부 경우에서, 환자는 특정 증상의 진단을 위해 의료진에 출석한다. 본 발명의 방법은 어떠한 질환이 이들 증상을 야기시켰는지를 식별할 뿐만 아니라 동시에 환자가 자각하지 못한 다른 질환을 앓고 있는지 여부를 결정하는 것을 가능하게 만든다.
이러한 정보는 집단발병의 기전을 찾을 때 최고로 중요할 것이다. 실제로, 동일한 바이러스를 갖는 환자 그룹은 또한 대상체 대 대상체 전파 연결성을 시사하는 시간적 패턴을 보인다.
미생물의 유전적 교란의 스크리닝
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 CRISPR 시스템은 미생물의 유전적 교란을 스크리닝하는데 사용될 수 있다. 이러한 방법은 예를 들어 미생물 경로 및 기능적 네트워크를 설계하기 위해 유용할 수 있다. 미생물 세포는 유전자 변형될 수 있고 그런 후에 상이한 실험 조건 하에서 스크리닝될 수 있다. 상기 기술된 바와 같이, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 복합적 방식으로 단일 개별 이산 부피에서 단일 표적, 또는 단일 샘플에서 다수 표적 분자에 대해 스크리닝될 수 있다. 유전자 변형된 미생물은 특정한 미생물 세포 또는 미생물 세포의 개체군에 의해 운반되는 특정한 유전자 변형을 식별하는 핵산 바코드 서열을 포함하도록 변형될 수 있다. 바코드는 식별자로서 사용되는 뉴클레오티드의 짧은 서열 (예를 들어, DNA, RNA, 또는 이의 조합)이다. 핵산 바코드는 4-100개 뉴클레오티드의 길이를 가질 수 있고 단일-가닥 또는 이중-가닥일 수 있다. 바코드로 세포를 식별하기 위한 방법은 당분야에 공지되어 있다. 따라서, 본 명세서에 기술된 CRISPR 이펙터 시스템의 가이드 RNA는 바코드를 검출하는데 사용될 수 있다. 양성 검출가능한 신호의 검출은 샘플에서 특정한 유전자 변형의 존재를 의미한다. 본 명세서에 개시된 방법은 시험되는 실험 조건 하에서 유전자 변형의 효과를 의미하는 상보성 유전자형 또는 표현형 판독을 검출하는 다른 방법과 조합될 수 있다. 스크리닝하려는 유전자 변형은 제한없이, 유전자 넉-인, 유전자 넉-아웃, 역위, 전좌, 전이, 또는 하나 이상의 뉴클레오티드 삽입, 결실, 치환, 돌연변이, 또는 기능적 결과 예컨대 변경된 단백질 안정성 또는 검출을 갖는 에피토프를 코딩하는 핵산의 첨가를 포함한다. 유사한 방식으로, 본 명세서에 기술된 방법은 유전자 조절 엘리먼트 및 유전자 발현 모듈의 특별한 배열의 기능성을 스크리닝하기 위해 합성 생물학 적용분야에서 사용될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 방법은 하이포모프를 스크리닝하는데 사용될 수 있다. 하이포모프의 생성 및 핵심 박테리아 기능성 유전자의 동정에서 그들의 용도 및 신규 항생제 치료제의 동정은 참조로 본 명세서에 포함된, 2016년 11월 4일 출원된 발명의 명칭 "미생물 균주의 복합 고해상 검출, 관련 키트, 진단 방법 및 스크리닝 어세이"의 PCT/US2016/060730에 개시된 바와 같다.
상이한 실험 조건은 상이한 화학제, 화학제의 조합, 상이한 농도의 화학제 또는 화학제의 조합, 화학제 또는 화학제의 조합에 대한 상이한 노출 기간, 상이한 물리적 변수, 또는 모두에 미생물의 노출을 포함할 수 있다. 일정한 예의 실시형태에서, 화학제는 항생제 또는 항바이러스제이다. 스크리닝하려는 상이한 물리적 매개변수는 상이한 온도, 대기압, 상이한 대기 및 비대기 가스 농도, 상이한 pH 수준, 상이한 배양 배지 조성, 또는 이의 조합을 포함할 수 있다.
환경 샘플 스크리닝
본 명세서에 개시된 방법은 표적 핵산 또는 폴리펩티드의 존재를 검출하여 오염에 대해 환경 샘플을 스크리닝하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 본 발명은 미생물을 검출하는 방법을 제공하고, 이 방법은 본 명세서에 기술된 바와 같은 CRISPR 시스템을 샘플에 노출시키는 단계; 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 미생물-특이적 표적 RNA 또는 하나 이상의 기폭제 RNA의 결합을 통해서 RNA 이펙터 단백질을 활성화시켜 검출가능한 양성 신호를 생성시키는 단계를 포함한다. 양성 신호가 검출될 수 있고 샘플 중 하나 이상의 미생물의 존재를 의미한다. 일부 실시형태에서, CRISPR 시스템은 본 명세서에 기술된 바와 같이 기재 상에 존재할 수 있고, 기재는 샘플에 노출될 수 있다. 다른 실시형태에서, 동일한 CRISPR 시스템, 및/또는 상이한 CRISPR 시스템이 기재 상의 다수의 별개 위치에 적용될 수 있다. 추가 실시형태에서, 상이한 CRISPR 시스템은 각 위치에서 상이한 미생물을 검출할 수 있다. 상기에 더욱 상술한 바와 같이, 기재는 예를 들어 제한없이, 종이 기재, 패브릭 기재, 또는 가요성 중합체-기반 기재를 포함하는, 가요성 재료 기재일 수 있다.
본 발명에 따라서, 기재는 샘플채취하려는 유체 중에 기재를 일시적으로 함침시키거나, 기재에 시험하려는 유체를 도포하거나, 또는 시험하려는 표면을 기재와 접촉시켜서, 수동적으로 샘플에 노출될 수 있다. 기재에 샘플을 유입시키는 임의의 수단이 적절하게 사용될 수 있다.
본 명세서에 기술된 바와 같이, 본 발명에서 사용을 위한 샘플은 생물학적 또는 환경 샘플, 예컨대 식품 샘플 (신선 과일 또는 채소, 육류), 음료 샘플, 종이 표면, 패브릭 표면, 금속 표면, 목재 표면, 플라스틱 표면, 토양 샘플, 담수 샘플, 폐수 샘플, 염수 샘플, 대기 공기 또는 다른 가스 샘플에의 노출, 또는 이의 조합일 수 있다. 예를 들어, 제한없이 금속, 목재, 플라스틱, 고무 등을 포함하는 임의의 재료로 만들어진 가정용/상업적/산업적 표면을 면봉으로 닦아서 오염을 시험할 수 있다. 토양 샘플은 병원성 박테리아 또는 기생충, 또는 다른 미생물의 존재, 환경적 목적 및/또는 인간, 동물 또는 식물 질환 검사를 위해 시험될 수 있다. 물 샘플 예컨대 담수 샘플, 폐수 샘플, 또는 염수 샘플은 예를 들어, 크립토스포리듐 파르븀, 지아르디아 람블리아, 또는 다른 미생물 오염의 존재를 검출하기 위해, 청정도 및 안정성, 및/또는 휴대성에 대해 평가될 수 있다. 추가 실시형태에서, 생물학적 샘플은 제한없이 조직 샘플, 타액, 혈액, 혈장, 혈청, 대변, 소변, 객담, 점액질, 림프, 활액, 뇌척수액, 복수, 흉수, 혈청종, 고름, 또는 피부 또는 점막 표면의 면봉표본을 포함하는 공급원으로부터 수득될 수 있다. 일부 특정한 실시형태에서, 환경 샘플 또는 생물학적 샘플은 미가공 샘플일 수 있고/있거나 하나 이상의 표적 분자는 방법의 적용 이전에 샘플로부터 정제되지 않을 수 있거나 또는 증폭되지 않을 수 있다. 미생물의 동정은 임의의 많은 적용분야에서 유용하고/하거나 필요할 수 있고, 따라서 당업자가 적절하다고 여기는 임의 출처 유래의 임의 유형의 샘플이 본 발명에 따라서 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 레스토랑 또는 다른 식품 제공처; 식품 표면에서의 박테리아, 예컨대 이. 콜라이에 의한 식품 오염의 점검; 살모넬라, 캄필로박터, 또는 이. 콜라이와 같은 병원체에 대한 물 검사; 또한 제조사 및 규제 기관에 의한, 육류원의 순도를 결정하기 위한 식품 품질 점검; 병원체 예컨대 레지오넬라에 의한 공기 오염의 확인; 맥주가 페디오코커스 및 락토바이러스와 같은 병원체에 의해 오염 또는 부패되었는지 여부 점검; 제조 동안 박테리아 또는 진균에 의한 살균 또는 미살균 치즈의 오염 점검이 있다.
본 발명에 따라서 미생물은 식품 또는 소모성 제품 부패를 초래하는 미생물 또는 병원성 미생물일 수 있다. 병원성 미생물은 병원성일 수 있거나 또는 아니면 인간, 동물 또는 식물에게 바람직하지 않을 수 있다. 인간 또는 동물 목적을 위해, 미생물은 질환을 야기할 수 있거나 또는 질병을 일으킬 수 있다. 본 발명의 동물 또는 수의학적 적용은 미생물에 감염된 동물을 식별할 수 있다. 예를 들어, 본 발명의 방법 및 시스템은 제한없이, 켄넬 코프, 공수병 바이러스, 및 심장사사충을 포함하는 병원체로 반려동물을 식별할 수 있다. 다른 실시형태에서, 본 발명의 방법 및 시스템은 육종 목적으로 친자 감별에 사용될 수 있다. 식물 미생물은 식물에 유해하거나 또는 질환을 초래할 수 있고, 수확량을 감소시킬 수 있거나 또는 색상, 맛, 견실성, 냄새와 같은 특성을 변경시킬 수 있고, 식품 또는 소비성 오염 목적의 경우, 미생물은 식품 또는 소모성 제품의 맛, 냄새, 색상, 견실성 또는 다른 상업적 특성에 부정적으로 영향을 미칠 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 미생물은 박테리아 종이다. 박테리아는 사이코트로프 (psychotroph), 대장균형, 락트산 박테리아, 또는 포자-형성 박테리아일 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 박테리아는 질환 또는 질병을 야기하는 임의의 박테리아 종일 수 있거나, 또는 아니면 원치않는 생성물 또는 특성을 일으킨다. 본 발명에 따라서 박테리아는 인간, 동물 또는 식물에 병원성일 수 있다.
샘플 유형
본 명세서에 개시된 방법에서 사용하기에 적절한 샘플은 유기체 또는 이의 일부분, 예컨대 식물, 동물, 박테리아 등으로부터 수득된 임의의 통상적인 생물학적 샘플을 포함한다. 특정 실시형태에서, 생물학적 샘플은 동물 대상체, 예컨대 인간 대상체로부터 수득된다. 생물학적 샘플은 제한없이, 단일 세포 유기체, 예컨대 박테리아, 효모, 원생동물, 및 아메바 등, 다세포 유기체 (예컨대 식물 또는 동물로서, 건강하거나 또는 외관상 건강한 인간 대상체 또는 진단 또는 검사해야 하는 병태 또는 질환, 예컨대 병원성 미생물, 예컨대 병원성 박테리아 또는 바이러스에 의한 감염에 걸린 인간 환자 유래 샘플 포함)를 포함한 임의의 살아있는 유기체로부터 수득되거나, 그로부터 배출되거나, 또는 분비되는 임의의 고형 또는 유체 샘플이다. 예를 들어, 생물학적 샘플은 예를 들어, 혈액, 혈장, 혈청, 소변, 대변, 객담, 점액질, 림프액, 활액, 담즙, 복수, 흉수, 혈청종, 타액, 뇌척수액, 수양액 또는 유리체액, 또는 임의의 신체 분비물, 여출액, 삼출액 (예를 들어, 농양 또는 감염 또는 염증의 임의의 다른 부위로부터 수득된 유체), 또는 관절로부터 수득된 유체 (예를 들어, 정상 관절 또는 질환, 예컨대 류마티스성 관절염, 골관절염, 통풍성 또는 패혈성 관절염에 걸린 관절), 또는 피부 또는 점막 표면의 면봉표본으로부터 수득된 생물학적 유체일 수 있다.
샘플은 또한 임의의 장기 또는 조직으로부터 수득된 샘플 (생검 또는 부검 표본, 예컨대 종양 생검 포함)일 수 있거나 또는 세포 (초대 세포 또는 배양 세포이건 무관) 또는 임의 세포, 조직 또는 장기에 의해 조건화된 배지를 포함할 수 있다. 예시적인 샘플은 제한없이, 세포, 세포 용해물, 혈액 도말 샘플, 세포원심분리 제조물, 세포학 도말 샘플, 체액 (예를 들어, 혈액, 혈장, 혈청, 타액, 객담, 소변, 기관지폐포 세척액, 정액 등), 조직 생검 (예를 들어, 종양 생검), 세침 흡인물, 및/또는 조직 절편 (예를 들어, 크라이오스태트 조직 절편 및/또는 파라핀-포매 조직 절편)을 포함한다. 다른 예에서, 샘플은 순환성 종양 세포 (세포 표면 마커로 식별할 수 있음)를 포함한다. 특정한 예에서, 샘플은 직접적으로 (예를 들어, 신선 또는 냉동) 사용되거나, 또는 사용 전에, 예를 들어 고정 (예를 들어, 포르말린 사용) 및/또는 왁스에 포매 (예컨대 포르말린-고정 파라핀-포매 (FFPE) 조직 샘플)에 의해 조작될 수 있다. 대상체로부터 조직을 수득하는 임의 방법이 이용될 수 있고, 사용되는 방법의 선택은 다양한 인자들 예컨대 조직의 유형, 대상체의 연령, 또는 의사가 이용가능한 절차에 의존하게 된다는 것을 이해하게 될 것이다. 이러한 샘플의 획득을 위한 표준 기술은 당분야에서 입수가능하다. 예를 들어, 문헌 [Schluger et al., J. Exp. Med. 176:1327-33 (1992)]; [Bigby et al., Am. Rev. Respir. Dis. 133:515-18 (1986)]; [Kovacs et al., NEJM 318:589-93 (1988)]; 및 [Ognibene et al., Am. Rev. Respir. Dis. 129:929-32 (1984)]을 참조한다.
다른 실시형태에서, 샘플은 환경 샘플, 예컨대 물, 토양, 또는 표면 예컨대 산업적 또는 의학적 표면일 수 있다. 일부 실시형태에서, 미국 공개 특허 출원 번호 2013/0190196에 개시된 바와 같은 방법은 고도의 감도 및 특이도로 미가공 세포 샘플로부터 직접적으로 유래된, 핵산 서명, 특히 RNA 수준의 검출에 적용될 수 있다. 각각의 관심 병원체에 특이적인 서열은 BLAST 소프트웨어에 의해서 다른 유기체의 모든 코딩 서열과 관심 병원체 유래 코딩 서열을 비교하여 동정될 수 있거나 또는 선택될 수 있다.
본 개시 내용의 몇몇 실시형태는 임상적 혈액 샘플을 성공적으로 분획화하기 위해 당분야에 공지된 절차 및 접근법의 사용을 포함한다. 예를 들어, 문헌 [Han Wei Hour et al., Microfluidic Devices for Blood Fractionation, Micromachines 2011, 2, 319-343]; [Ali Asgar S. Bhagat et al., Dean Flow Fractionation (DFF) Isolation of Circulating Tumor Cells (CTCs) from Blood, 15th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, October 2-6, 2011, Seattle, WA]; 및 국제 공개 특허 출원 번호 WO2011109762에 기술된 절차를 참조하고, 이들의 개시 내용은 본 명세서에 그들 전체로 참조로 포함된다. 혈액 샘플은 검사 목적을 위해 샘플 크기를 증가시키도록 일반적으로 배양으로 확장된다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 혈액 또는 다른 생물학적 샘플은 배양에 의한 확장 필요없이 본 명세서에 기술된 바와 같은 방법에서 사용될 수 있다.
또한, 본 개시 내용의 몇몇 실시형태는 그 개시 내용이 전체로 참조로 본 명세서에 포함되는, [Han Wei Hour et al., Pathogen Isolation from Whole Blood Using Spiral Microchannel, Case No. 15995JR, Massachusetts Institute of Technology, 원고 준비중]에 기술된 바와 같이, 나선형 마이크로채널을 사용하여 전혈로부터 병원체를 성공적으로 단리하기 위해 당분야에 공지된 절차 및 접근법의 사용을 포함한다.
본 명세서에서 개시된 실시형태의 증가된 감도로 인해, 일정한 예의 실시형태에서, 어세이 및 방법은 검출하려는 표적 분자를 샘플로부터 더 분획화시키거나 또는 정제시키지 않는 샘플 또는 미가공 샘플에 대해 수행될 수 있다.
미생물의 예
본 명세서에 개시된 실시형태는 수많은 상이한 미생물을 검출하는데 사용될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어 미생물은 박테리아, 진균, 원생동물, 기생충 및 바이러스를 포함한다.
박테리아
다음은 본 명세서에서 개시된 실시형태를 사용하여 검출될 수 있는 미생물 유형의 예시적인 목록을 제공한다. 일정한 일례의 실시형태에서, 미생물은 박테리아이다. 개시된 방법에 따라서 검출할 수 있는 박테리아의 예는 제한없이, 아시네토박터 바우만니이 (Acinetobacter baumanii), 악티노바실러스 (Actinobacillus) sp., 악티노마이세테스 (Actinomycetes), 악티노마이세트 (Actinomyces) sp. (예컨대 악티노마이세스 이스라엘리이 (Actinomyces israelii) 및 악티노마이세스 나에스룬디이 (Actinomyces naeslundii)), 애로모나스 (Aeromonas) sp. (예컨대 애로모나스 히드로필라 (Aeromonas hydrophila), 애로모나스 베로니이 (Aeromonas veronii) 생물형 소브리아 (애로모나스 소브리아 (Aeromonas sobria), 및 애로모나스 카비아에 (Aeromonas caviae)), 아나플라스마 파고시토필럼 (Anaplasma phagocytophilum), 아나플라스마 마르기날레 (Anaplasma marginale), 알칼리게네스 실로소시단스 (Alcaligenes xylosoxidans), 아시네토박터 바우마니이 (Acinetobacter baumanii), 악티노바실러스 악티노마이세템코미탄스 (Actinobacillus actinomycetemcomitans), 바실러스 (Bacillus) sp. (예컨대, 바실러스 안트라시스 (Bacillus anthracis), 바실러스 세레우스 (Bacillus cereus), 바실러스 서브틸리스 (Bacillus subtilis), 바실러스 투린지엔시스 (Bacillus thuringiensis), 및 바실러스 스테아로써모필러스 (Bacillus stearothermophilus)), 박테로이데스 (Bacteroides) sp. (예컨대, 박테로이데스 프라길리스 (Bacteroides fragilis)), 바르토넬라 (Bartonella) sp. (예컨대, 바르토넬라 바실리포르미스 (Bartonella bacilliformis) 및 바르토넬라 헨셀라에 (Bartonella henselae), 비피도박테리움 (Bifidobacterium) sp., 보르데텔라 (Bordetella) sp. (예컨대, 보르데텔라 퍼투시스 (Bordetella pertussis), 보르데텔라 파라퍼투시스 (Bordetella parapertussis), 및 포르데텔라 브론치셉티카 (Bordetella bronchiseptica)), 보렐리아 (Borrelia) sp. (예컨대, 보렐리아 레쿠렌티스 (Borrelia recurrentis), 및 보렐리아 부르그도르페리 (Borrelia burgdorferi)), 브루셀라 (Brucella) sp. (예컨대, 부루셀라 아보르투스 (Brucella abortus), 브루셀라 카니스 (Brucella canis), 브루셀라 멜린텐시스 (Brucella melintensis) 및 브루셀라 수이스 (Brucella suis)), 버크홀데리아 (Burkholderia) sp. (예컨대, 버크홀데리아 슈도말레이 (Burkholderia pseudomallei) 및 버크홀데리아 세파시아 (Burkholderia cepacia)), 캄필로박터 (Campylobacter) sp. (예컨대, 캄필로박터 제주니 (Campylobacter jejuni), 캄필로박터 콜라이 (Campylobacter coli), 캄필로박터 라리 (Campylobacter lari) 및 캄필로박터 페투스 (Campylobacter fetus)), 카프노시토파가 (Capnocytophaga) sp., 카디오박테리움 호미니스 (Cardiobacterium hominis), 클라미디아 트라코마티스 (Chlamydia trachomatis), 클라미도필라 뉴모니아에 (Chlamydophila pneumoniae), 클라미도필라 프시타시 (Chlamydophila psittaci), 시트로박터 (Citrobacter) sp. 콕시엘라 부르네티이 (Coxiella burnetii), 코리네박테리움 (Corynebacterium) sp. (예컨대, 코리네박테리움 디프테리아에 (Corynebacterium diphtheriae), 코리네박테리움 제이케움 (Corynebacterium jeikeum) 및 코리네박테리움 (Corynebacterium)), 클로스트리듐 (Clostridium) sp. (예컨대 클로스트리듐 퍼프린젠스 (Clostridium perfringens), 클로스트리듐 디피실 (Clostridium difficile), 클로스트리듐 보툴리늄 (Clostridium botulinum) 및 클로스트리듐 테타니 (Clostridium tetani)), 에이케넬라 코로덴스 (Eikenella corrodens), 엔테로박터 (Enterobacter) sp. (예컨대, 엔테로박터 애로제네스 (Enterobacter aerogenes), 엔테로박터 아글로머란스 (Enterobacter agglomerans), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae) 및 기회감염성 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 예컨대 장독소원성 이. 콜라이 (E. coli), 장침습성 이. 콜라이, 장병원성 이. 콜라이, 장출혈성 이. 콜라이, 장응집성 이. 콜라이 및 요로병원성 이. 콜라이를 포함한, 에스케리치아 콜라이), 엔테로코커스 (Enterococcus) sp. (예컨대, 엔테로코커스 패칼리스 (Enterococcus faecalis) 및 엔테로코커스 패시움 (Enterococcus faecium)), 엘리키아 (Ehrlichia) sp. (예컨대, 엘리키아 카페엔시아 (Ehrlichia chafeensia) 및 엘리키아 카니스 (Ehrlichia canis)), 에피더모피톤 플로코섬 (Epidermophyton floccosum), 에리시펠로트릭스 루시오파티아에 (Erysipelothrix rhusiopathiae), 유박테리움 (Eubacterium) sp., 프란시셀라 툴라렌시스 (Francisella tularensis), 푸소박테리움 뉴클레아텀 (Fusobacterium nucleatum), 가드네렐라 바지날리스 (Gardnerella vaginalis), 게멜라 모빌로럼 (Gemella morbillorum), 해모필러스 (Haemophilus) sp. (예컨대, 해모필러스 인플루엔자 (Haemophilus Influenzae), 해모필러스 두크레이이 (Haemophilus ducreyi), 해모필러스 애집티우스 (Haemophilus aegyptius), 해모필러스 파라인플루엔자에 (Haemophilus Parainfluenzae), 해모필러스 해몰리티커스 (Haemophilus haemolyticus) 및 해모필러스 파라해몰리티커스 (Haemophilus parahaemolyticus), 헬리코박터 (Helicobacter) sp. (예컨대, 헬리코박터 필로리 (Helicobacter pylori), 헬리코박터 시나에디 (Helicobacter cinaedi) 및 헬리코박터 펜넬리아에 (Helicobacter fennelliae)), 킨겔라 킨기이 (Kingella kingii), 클렙시엘라 (Klebsiella) sp. (예컨대, 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 클렙시엘라 그라눌로마티스 (Klebsiella granulomatis) 및 클렙시엘라 옥시토카 (Klebsiella oxytoca)), 락토바실러스 (Lactobacillus) sp., 리스테리아 모노시토제네스 (Listeria monocytogenes), 렙토스피라 인테로간스 (Leptospira interrogans), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 렙토스피라 인테로간스 (Leptospira interrogans), 펩토스트렙토코커스 (Peptostreptococcus) sp., 만헤이미아 헤몰리티카 (Mannheimia hemolytica), 마이크로스포럼 카니스 (Microsporum canis), 모라셀라 카타랄리스 (Moraxella catarrhalis), 모르가넬라 (Morganella) sp., 모빌룬커스 (Mobiluncus) sp., 마이크로코커스 (Micrococcus) sp., 마이코박테리움 (Mycobacterium) sp. (예컨대, 마이코박테리움 레프라에 (Mycobacterium leprae), 마이코박테리움 튜버큘로시스 (Mycobacterium tuberculosis), 마이코박테리움 파라튜버큘로시스 (Mycobacterium paratuberculosis), 마이코박테리움 인트라셀룰라레 (Mycobacterium intracellulare), 마이코박테리움 아비움 (Mycobacterium avium), 마이코박테리움 보비스 (Mycobacterium bovis), 및 마이코박테리움 마리넘 (Mycobacterium marinum)), 마이코플라즘 (Mycoplasm) sp. (예컨대, 마이코플라스마 뉴모니아에 (Mycoplasma pneumoniae), 마이코플라스마 호미니스 (Mycoplasma hominis) 및 마이코플라스마 제니탈리움 (Mycoplasma genitalium)), 노카르디아 (Nocardia) sp. (예컨대, 노카르디아 아스테로이데스 (Nocardia asteroides), 노카르디아 시리아시제오르기카 (Nocardia cyriacigeorgica) 및 노카르디아 브라실리엔시스 (Nocardia brasiliensis)), 네이세리아 (Neisseria) sp. (예컨대, 네이세리아 고도로에아에 (Neisseria gonorrhoeae) 및 네이세리아 메닌지티디스 (Neisseria meningitidis)), 파스퇴렐라 멀토시다 (Pasteurella multocida), 피티로스포럼 오르비쿨라레 (Pityrosporum orbiculare) (말라세지아 푸르푸르 (Malassezia furfur)), 플레시오모나스 시겔로이데스 (Plesiomonas shigelloides), 프레보텔라 (Prevotella) sp., 폴피로모나스 (Porphyromonas) sp., 프레보텔라 멜라니노제니카 (Prevotella melaninogenica), 프로테우스 (Proteus) sp. (예컨대, 프로테우스 불가리스 (Proteus vulgaris) 및 프로테우스 미라빌리스 (Proteus mirabilis)), 프로비덴시아 (Providencia) sp. (예컨대, 프로비덴시아 알칼리파시엔스 (Providencia alcalifaciens), 프로비덴시아 레트게리 (Providencia rettgeri) 및 프로비덴시아 스투아르티이 (Providencia stuartii)), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 프로피오니박테리움 아크네스 (Propionibacterium acnes), 로도코커스 에쿠이 (Rhodococcus equi), 리켓치아 (Rickettsia) sp. (예컨대, 리켓치아 리켓치이 (Rickettsia rickettsii), 리켓치아 아카리 (Rickettsia akari) 및 리켓치아 프로와제키이 (Rickettsia prowazekii), 오리엔티아 쯔쯔가무시 (Orientia tsutsugamushi) (이전: 리켓치아 쯔쯔가무시 (Rickettsia tsutsugamushi)) 및 리켓치아 티피 (Rickettsia typhi)), 로도코커스 (Rhodococcus) sp., 세라티아 마르세센스 (Serratia marcescens), 스테노트로포모나스 말토필라 (Stenotrophomonas maltophilia), 살모넬라 (Salmonella) sp. (예컨대, 살모넬라 엔테리카 (Salmonella enterica), 살모넬라 티피 (Salmonella typhi), 살모넬라 파라티피 (Salmonella paratyphi), 살모넬라 엔테리티디스 (Salmonella enteritidis), 살모넬라 콜레라수이스 (Salmonella cholerasuis) 및 살모넬라 티피뮤리움 (Salmonella typhimurium)), 세라티아 (Serratia) sp. (예컨대, 세라티아 마르세산스 (Serratia marcesans) 및 세라티아 리퀴파시엔스 (Serratia liquifaciens)), 시겔라 (Shigella) sp. (예컨대, 시겔라 디센테리아에 (Shigella dysenteriae), 시겔라 프렉스네리 (Shigella flexneri), 시겔라 보이디이 (Shigella boydii) 및 시겔라 손네이 (Shigella sonnei)), 스타필로코커스 (Staphylococcus) sp. (예컨대 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 스타필로코커스 에피더미디스 (Staphylococcus epidermidis), 스타필로코커스 헤몰리티커스 (Staphylococcus hemolyticus), 스타필로코커스 사프로피티커스 (Staphylococcus saprophyticus)), 스트렙토코커스 (Streptococcus) sp. (예컨대, 스트렙토코커스 뉴모니아에 (Streptococcus pneumoniae) (예를 들어, 클로람페니콜-내성 혈청형 4 스트렙토코커스 뉴모니아에, 스펙티노마이신-내성 혈청형 6B 스트렙토코커스 뉴모니아에, 스트렙토마이신-내성 혈청형 9V 스트렙토코커스 뉴모니아에, 에리쓰로마이신-내성 혈청형 14 스트렙토코커스 뉴모니아에, 옵토킨-내성 혈청형 14 스트렙토코커스 뉴모니아에, 리팜피신-내성 혈청형 18C 스트렙토코커스 뉴모니아에, 테트라사이클린-내성 혈청형 19F 스트렙토코커스 뉴모니아에, 페니실린-내성 혈청형 19F 스트렙토코커스 뉴모니아에, 및 트리메토프림-내성 혈청형 23F 스트렙토코커스 뉴모니아에, 클로람페니콜-내성 혈청형 4 스트렙토코커스 뉴모니아에, 스펙티노마이신-내성 혈청형 6B 스트렙토코커스 뉴모니아에, 스트렙토마이신-내성 혈청형 9V 스트렙토코커스 뉴모니아에, 옵토킨-내성 혈청형 14 스트렙토코커스 뉴모니아에, 리팜피신-내성 혈청형 18C 스트렙토코커스 뉴모니아에, 페니실린-내성 혈청형 19F 스트렙토코커스 뉴모니아에, 또는 트리메토프림-내성 혈청형 23F 스트렙토코커스 뉴모니아에), 스트렙토코커스 아갈락티아에 (Streptococcus agalactiae), 스트렙토코커스 뮤탄스 (Streptococcus mutans), 스트렙토코커스 피로제네스 (Streptococcus pyogenes), 그룹 A 스트렙토코커스, 스트렙토코커스 피로제네스, 그룹 B 스트렙토코커스, 스트렙토코커스 아갈락티아에, 그룹 C 스트렙토코커스, 스트렙토코커스 안지노서스 (Streptococcus anginosus), 스트렙토코커스 에퀴스밀리스 (Streptococcus equismilis), 그룹 D 스트렙토코커스, 스트렙토코커스 보비스 (Streptococcus bovis), 그룹 F 스트렙토코커스, 및 스트렙토코커스 안지노서스 그룹 G 스트렙토코커스), 스피릴럼 미너스 (Spirillum minus), 스트렙토바실러스 모닐리포르미 (Streptobacillus moniliformi), 트레포네마 (Treponema) sp. (예컨대, 트레포네마 카라테움 (Treponema carateum), 트레포네마 페테누에 (Treponema petenue), 트레포네마 팔리둠 (Treponema pallidum) 및 트레포네마 엔데미컴 (Treponema endemicum), 트리코피톤 루브럼 (Trichophyton rubrum), 티. 멘타그로피테스 (T. mentagrophytes), 프로테리마 위펠리이 (Tropheryma whippelii), 우레아플라스마 우레아리티컴 (Ureaplasma urealyticum), 베일로넬라 (Veillonella) sp., 비브리오 (Vibrio) sp. (예컨대, 비브리오 콜레라에 (Vibrio cholerae), 비브리오 파라헤몰리티커스 (Vibrio parahemolyticus), 비브리오 벌니피커스 (Vibrio vulnificus), 비브리오 파라해몰리티커스 (Vibrio parahaemolyticus), 비브리오 벌니피커스 (Vibrio vulnificus), 비브리오 알기놀리티커스 (Vibrio alginolyticus), 비브리오 미미커스 (Vibrio mimicus), 비브리오 홀리사에 (Vibrio hollisae), 비브리오 플루비알리스 (Vibrio fluvialis), 비브리오 멧치니코비이 (Vibrio metchnikovii), 비브리오 담셀라 (Vibrio damsela) 및 비브리오 퍼니시이 (Vibrio furnisii)), 여시니아 (Yersinia) sp. (예컨대, 여시니아 엔테로콜리티카 (Yersinia enterocolitica), 여시니아 페스티스 (Yersinia pestis), 및 여시니아 슈도튜버큘로시스 (Yersinia pseudotuberculosis)) 및 잔토모나스 말토필리아 (Xanthomonas maltophilia) 중 어느 하나 이상 (또는 이의 임의 조합)을 포함한다.
진균
일정한 일례의 실시형태에서, 미생물은 진균 또는 진균 종이다. 개시된 방법에 따라서 검출할 수 있는 진균의 예는 제한없이, 아스퍼질러스 (Aspergillus), 블라스토마이세스 (Blastomyces), 칸디디아시스 (Candidiasis), 콕시디오도마이코시스 (Coccidiodomycosis), 크립토코커스 네오포르만스 (Cryptococcus neoformans), 크립토코커스 가티 (Cryptococcus gatti), sp., 히스토플라스마 (Histoplasma) sp. (예컨대, 히스토플라스마 캡술라텀 (Histoplasma capsulatum)), 뉴모시스티스 sp. (예컨대, 뉴모시스티스 지로벡시이 (Pneumocystis jirovecii)), 스타키보트리스 (예컨대, 스타키보트리스 카르타럼 (Stachybotrys chartarum)), 무크로임코시스 (Mucroymcosis), 스포로트릭스 (Sporothrix), 진균성 눈 감염 백선, 엑세로힐럼 (Exserohilum), 클라도스포리움 (Cladosporium) 중 어느 하나 이상 (또는 이의 임의 조합)을 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 진균은 효모이다. 개시된 방법에 따라서 검출할 수 있는 효모의 예는 제한없이, 아스퍼질러스 (Aspergillus) 종 (예컨대, 아스퍼질러스 푸미가터스 (Aspergillus fumigatus), 아스퍼질러스 플라버스 (Aspergillus flavus) 및 아스퍼질러스 클라바터스 (Aspergillus clavatus)), 크립토코커스 (Cryptococcus) sp. (예컨대, 크립토코커스 네오포르만스 (Cryptococcus neoformans), 크립토코커스 가티 (Cryptococcus gattii), 크립토코커스 라우렌티이 (Cryptococcus laurentii) 및 크립토코커스 알비더스 (ryptococcus albidus)), 지오트리컴 (Geotrichum) 종, 사카로마이세스 (Saccharomyces) 종, 한세눌라 (Hansenula) 종, 칸디다 종 (예컨대 칸디다 알비칸스 (Candida albicans)), 클루이베로마이세스 (Kluyveromyces) 종, 데바리오마이세스 (Debaryomyces) 종, 피키아 (Pichia) 종, 또는 이의 조합 중 하나 이상 (또는 이의 조합)을 포함한다. 일정한 일례의 실시형태에서, 진균은 곰팡이이다. 곰팡이의 예는 제한없이, 제한없이, 페니실리움 (Penicillium) 종, 클라도스포리움 (Cladosporium) 종, 비소클라미스 (Byssochlamys) 종, 또는 이의 조합을 포함한다.
원생동물
일정한 일례의 실시형태에서, 미생물은 원생동물이다. 개시된 방법 및 장치에 따라서 검출할 수 있는 원생동물의 예는 제한없이, 유글레노조아 (Euglenozoa), 헤테로로보세아 (Heterolobosea), 디플로모나디다 (Diplomonadida), 아메보조아 (Amoebozoa), 블라스토시스틱 (Blastocystic), 및 아피콤플렉사 (Apicomplexa) 중 어느 하나 이상 (또는 이의 임의 조합)을 포함한다. 예시적인 유클레노자는 제한없이, 트리파노소마 크루지 (Trypanosoma cruzi) (샤가스 병), 티. 브루세이 감비엔스 (T. brucei gambiense), 티. 브루세이 로데시엔스 (T. brucei rhodesiense), 리슈마니아 브라질리엔시스 (Leishmania braziliensis), 엘. 인판텀 (L. infantum), 엘. 멕시카나 (L. mexicana), 엘. 마조르 (L. major), 엘. 트로피카 (L. tropica), 및 엘. 도노바니 (L. donovani)를 포함한다. 예시적인 헤테로로보세아는 제한없이, 내글레리아 파울러리 (Naegleria fowleri)를 포함한다. 예시적인 디플로모나디드는 제한없이, 지아르디아 인테스티날리스 (Giardia intestinalis) (지. 람블리아 (G. lamblia), 지. 듀오데날리스 (G. duodenalis))를 포함한다. 예시적인 아메보조아는 제한없이, 아칸타메바 카스텔라니이 (Acanthamoeba castellanii), 발라무티아 마드릴라리스 (Balamuthia madrillaris), 엔타메바 히스톨리티카 (Entamoeba histolytica)를 포함한다. 예시적인 블라스토시스트는 제한없이, 블라스토시스틱 호미니스 (Blastocystic hominis)를 포함한다. 예시적인 아피콤플렉사는 제한없이, 바베시아 미크로티 (Babesia microti), 크립토스포리듐 파르븀 (Cryptosporidium parvum), 시클로스포라 카이에타넨시스 (Cyclospora cayetanensis), 플라스모듐 팔시파럼 (Plasmodium falciparum), 피. 비박스 (P. vivax), 피. 오발레 (P. ovale), 피. 말라리아에 (P. malariae), 및 톡소플라스마 곤디 (Toxoplasma gondii)를 포함한다.
기생충
일정한 일례의 실시형태에서, 미생물은 기생충이다. 개시된 방법에 따라서 검출할 수 있는 기생충의 예는 제한없이, 온코세르카 (Onchocerca) 종 및 플라스모듐 (Plasmodium) 종 중 하나 이상 (또는 이의 임의 조합)을 포함한다.
바이러스
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 시스템, 장치, 및 방법은 샘플에서 바이러스를 검출하는 것에 관한 것이다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 (예를 들어, 대상체 또는 식물의) 바이러스 감염을 검출하거나, 또는 단일 뉴클레오티드 다형성이 상이한 바이러스 균주를 포함하여, 바이러스 균주의 결정에 사용될 수 있다. 바이러스는 DNA 바이러스, RNA 바이러스, 또는 레트로바이러스일 수 있다. 본 발명에서 유용한 바이러스의 비제한적인 예는 제한없이, 에볼라, 홍역, SARS, 치쿤구니야, 간염, 마르부르크, 황열, MERS, 뎅기, 라싸, 인플루엔자, 라브도바이러스 또는 HIV를 포함한다. 간염 바이러스는 A형 간염 바이러스, B형 간염 바이러스, 또는 C형 간염 바이러스를 포함할 수 있다. 인플루엔자 바이러스는 예를 들어, A형 인플루엔자 또는 B형 인플루엔자를 포함할 수 있다. HIV는 HIV 1 또는 HIV 2를 포함할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 바이러스 서열은 인간 호흡기 세포융합 바이러스, 수단 에볼라 바이러스, 분디분교 바이러스, 타이 포레스트 에볼라 바이러스, 레스톤 에볼라 바이러스, 아키모타, 아데스 플라비바이러스, 아구아카테 바이러스, 아까바네 바이러스, 알레티노피드 렙타레나바이러스, 알파우아요 맘마레나바이러스, 아마파리 엠마레나 바이러스, 안데스 바이러스, 아포이 바이러스, 아라반 바이러스, 아로아 바이러스, 아룸워트 바이러스, 대서양 연어 파라믹소바이러스, 오스트레일리아 박쥐 릿사바이러스, 조류 보르나바이러스, 조류 메타뉴모바이러스, 조류 파라믹소바이러스, 펭귄 또는 포클랜드섬 바이러스, BK 폴리오마바이러스, 바가자 바이러스, 반나 바이러스, 박쥐 헤르페스바이러스, 박쥐 사포바이러스, 베어 캐년 맘마레나바이러스, 베일롱 바이러스, 베타코로나바이러스, 베타파필로마바이러스 1-6, 반자 바이러스, 보켈로 박쥐 릿사바이러스, 보르나병 바이러스, 버번 바이러스, 소 헤파시바이러스, 소 파라인플루엔자 바이러스 3, 소 호흡기 세포융합 바이러스, 브라조란 바이러스, 부니암웨라 바이러스, 칼리시바이러스과 바이러스, 캘리포니아 뇌염 바이러스, 칸디루 바이러스, 개 디스템퍼 바이러스, 개 뉴모바이러스, 체다 바이러스, 세포융합제 바이러스, 세타시안 모르빌리바이러스, 찬디푸라 바이러스, 챠오양 바이러스, 차파레 맘마레나바이러스, 치쿤구니야 바이러스, 콜로버스 원숭이 파필로마바이러스, 콜로라도 진드기열 바이러스, 우두 바이러스, 크림-콩고 출혈열 바이러스, 쿨렉스 플라비바이러스, 쿠픽시 맘마레나바이러스, 뎅기 바이러스, 도브라바-벨그라데 바이러스, 동강 바이러스, 두그베 바이러스, 듀벤헤이즈 바이러스, 동부 말 뇌염 바이러스, 엔테베 박쥐 바이러스, 장바이러스 A-D, 유럽 박쥐 릿사바이러스 1-2, 이야크 바이러스, 고양이 모빌리바이러스, 페르-드-랑스 파라믹소바이러스, 피츠로이 리버 바이러스, 플라비바이러스과 바이러스, 플렉살 맘마레나바이러스, GB 바이러스 C, 가이로 바이러스, 제미서큘러바이러스, 거위 파라믹소바이러스 SF02, 그레이트 아일랜드 바이러스, 구아나리토 맘마레나바이러스, 한탄 바이러스, 한타바이러스 Z10, 하트랜드 바이러스, 헨드라 바이러스, A형 간염 바이러스/B/C/E, 간염 델타 바이러스, 인간 보카바이러스, 인간 코로나바이러스, 인간 내생성 레트로바이러스 K, 인간 장 코로나바이러스, 인간 생식기-연관 원형 DNA 바이러스-1, 인간 헤르페스바이러스 1-8, 인간 면역결핍 바이러스 1/2, 인간 마스타데노바이러스 A-G, 인간 파필로마바이러스, 인간 파라인플루엔자 바이러스 1-4, 인간 파라에코바이러스, 인간 피코르나바이러스, 인간 스마코바이러스, 이코마 릿사바이러스, 일헤우스 바이러스, 인플루엔자 A-C, 입피 맘마레나바이러스, 이르쿠트 바이러스, J-바이러스, JC 폴리오마바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 후닌 맘마레나바이러스, KI 폴리오마바이러스, 카디피로 바이러스, 카미티 리버 바이러스, 케두구 바이러스, 후잔트 바이러스, 코코베라 바이러스, 키아사누 삼림병 바이러스, 라고스 박쥐 바이러스, 란가트 바이러스, 라싸 맘마레나바이러스, 라티노 맘마레나바이러스, 레오파즈 힐 바이러스, 랴오닝 바이러스, 류간 바이러스, 로우비 바이러스, 루핑 일 바이러스, 룰요 맘마레나바이러스, 루나 맘마레나바이러스, 렁크 바이러스, 림프구성 맥락수막염 맘마레나바이러스, 릿사바이러스 오테르노, MSSI2＼.225 바이러스, 마츄포 맘마레나바이러스, 마마스트로바이러스 1, 만자닐라 바이러스, 마푸에라 바이러스, 마르부르그 바이러스, 마야로 바이러스, 홍역 바이러스, 메낭글 바이러스, 메르카데오 바이러스, 메르켈 세포 폴리오마바이러스, 중동 호흡기 증후군 코로나바이러스, 모발라 맘마레나바이러스, 모독 바이러스, 모이장 바이러스, 모콜로 바이러스, 원두증 바이러스, 몬타나 미오티스 류코엔찰리티스 (myotis leukoenchalitis) 바이러스, 모페이아 라사 바이러스 재편성체 29, 모페이아 맘마레나바이러스, 모로고로 바이러스, 모스만 바이러스, 유행성이하선염 바이러스, 쥣과동물 폐렴 바이러스, 머레이 밸리 뇌염 바이러스, 나리바 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 니파 바이러스, 노르와크 바이러스, 노르웨이 박쥐 헤파시바이러스, 은타야 바이러스, 오니옹-니옹 바이러스, 올리베로스 맘마레나바이러스, 옴스크 출혈열 바이러스, 오로퓨스 바이러스, 파라인플루엔자 바이러스 5, 파라나 맘마레나바이러스, 파라마타 리버 바이러스, 가성 우역 바이러스, 피찬드 맘마레나바이러스, 피코르나바이러스과 바이러스, 피리탈 맘마레나바이러스, 피시헤페바이러스 A, 돼지 파라인플루엔자 바이러스 1, 돼지 루불라바이러스, 파와산 바이러스, 영장류 T-림프친화성 바이러스 1-2, 영장류 적혈파보바이러스 1, 푼타 토로 바이러스, 푸울말라 바이러스, 꽝빈 바이러스, 공수병 바이러스, 라즈단 바이러스, 파충류 보르나바이러스 1, 리노바이러스 A-B, 리프트 밸리 발열 바이러스, 우역 바이러스, 리오 브라보 바이러스, 설치류 토크 테노 바이러스, 설치뤼 헤파시바이러스, 로스 리버 바이러스, 로타바이러스 A-I, 로얄 팜 바이러스, 루벨라 바이러스, 사비아 맘마레나바이러스, 세일럼 바이러스, 모래파리열 나폴리, 모래파리열 시칠리아 바이러스, 사포로 바이러스, 사투페리 바이러스, 물개 아넬로바이러스, 셈리키 포레스트 바이러스, 센다이 바이러스, 서울 바이러스, 세픽 바이러스, 중증 급성 호흡기 증후군-관련 코로나바이러스, 혈소판감소증 증후군 수반 중증 발열 바이러스, 샤몬다 바이러스, 시모니 박쥐 바이러스, 슈니 바이러스, 심부 바이러스, 원숭이 토크 테노 바이러스, 원숭이 바이러스 40-41, 신 놈브레 바이러스, 신드비스 바이러스, 소형 아넬로바이러스, 소수가 바이러스,스페인 염소 뇌염 바이러스, 스폰드웨니 바이러스, 세인트 루이스 뇌염 바이러스, 선샤인 바이러스, TTV-유사 미니 바이러스, 타카리브 맘마레나바이러스, 타일라 바이러스, 타마나 박쥐 바이러스, 타미아미 맘마레나바이러스, 템부수 바이러스, 토고토 바이러스, 토타팔라얌 바이러스, 진드기-매개 뇌염 바이러스, 티오만 바이러스, 토가바이러스과 바이러스, 토크 테노 카니스 바이러스, 토크 테노 두루쿨리 바이러스, 토크 테노 펠리스 바이러스, 토크 테노 미디 바이러스, 토크 테노 수스 바이러스, 토크테노 타카린 바이러스, 토크 테노 바이러스, 토크 테노 잘로퍼스 바이러스, 투호코 바이러스, 툴라 바이러스, 투파이아 파라믹소바이러스, 우수투 바이러스, 유우쿠니에미 바이러스, 백시니아 바이러스, 바리올라 바이러스, 베네수엘라 말 뇌염 바이러스, 수포성 구내염 인디아나 바이러스, WU 폴리오마바이러스, 웨셀스브론 바이러스, 서부 코카시안 박쥐 바이러스, 웨스트나일 바이러스, 서부 말 뇌염 바이러스, 화이트워터 아로요 맘마레나바이러스, 황열 바이러스, 요코세 바이러스, 유그 보그다노박 바이러스, 자이르 에볼라바이러스, 지카 바이러스, 또는 자이고사카로마이세스 바일리이 바이러스 Z 바이러스 서열일 수 있다. 검출할 수 있는 RNA 바이러스의 예는 코로나바이러스과 바이러스, 피코르나바이러스과 바이러스, 칼리시바이러스과 바이러스, 플라비바이러스과 바이러스, 토가바이러스과 바이러스, 보르나바이러스과, 필로바이러스과, 파라믹소바이러스과, 뉴모바이러스과, 라브도바이러스과, 아레나바이러스과, 부니아바이러스과, 오르쏘믹소바이러스과, 또는 델타바이러스 중 하나 이상 (또는 이의 임의 조합)을 포함한다. 일정한 일례의 실시형태에서, 바이러스는 코로나바이러스, SARS, 폴리오바이러스, 리노바이러스, A형 간염 바이러스, 노르와크 바이러스, 황열 바이러스, 웨스트나일 바이러스, C형 간염 바이러스, 뎅기열 바이러스, 지카 바이러스, 루벨라 바이러스, 로스 리버 바이러스, 신드비스 바이러스, 치쿤구니야 바이러스, 보르나병 바이러스, 에볼라 바이러스, 마르부르그 바이러스, 홍역 바이러스, 유행성이하선염 바이러스, 니파 바이러스, 헨드라 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 인간 호흡기 세포융합 바이러스, 공수병 바이러스, 라사 바이러스, 한타바이러스, 크림-콩고 출혈열 바이러스, 인플루엔자, 또는 D형 간염 바이러스이다.
일정한 일례의 실시형태에서, 바이러스는 담배 모자이크 바이러스 (TMV), 토마토 반점 위조 바이러스 (TSWV), 오이 모자이크 바이러스 (CMV), 감자 바이러스 Y (PVY), RT 바이러스 콜리플라워 모자이크 바이러스 (CaMV), 자두 곰보 바이러스 (PPV), 브롬 모자이크 바이러스 (BMV), 감자 바이러스 X (PVX), 감귤 트리스테자 바이러스 (CTV), 보리 황화 위축 바이러스 (BYDV), 감자 잎말린 바이러스 (PLRV), 토마토 덤불 위축 바이러스 (TBSV), 벼 퉁그로 구형 바이러스 (RTSV), 벼 누렁 얼룩 바이러스 (RYMV), 흰잎 벼 바이러스 (RHBV), 옥수수 라야도 피노 바이러스 (MRFV), 옥수수 난장이 모자이크 바이러스 (MDMV), 사탕수수 모자이크 바이러스 (SCMV), 고구마 모틀 바이러스 (SPFMV), 고구마 선켄 베인 클로스테로바이러스 (SPSVV), 포도 부채잎 바이러스 (GFLV), 포도 바이러스 A (GVA), 포도 바이러스 B (GVB), 포도 잎반점 바이러스 (GFkV), 포도 잎말린-연관 바이러스-1, 포도 잎말린-연관 바이러스-2, 및 포도 잎말린-연관 바이러스-3 (GLRaV-1, GLRaV-2, 및 GLRaV-3), 아라비스 모자이크 바이러스 (ArMV), 또는 루페스트리스 고접병-연관 바이러스 (RSPaV)를 포함하는 군으로부터 선택되는 식물 바이러스일 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 표적 RNA 분자는 상기 병원체의 일부이거나 또는 상기 병원체의 DNA 분자로부터 전사된다. 예를 들어, 표적 서열은 RNA 바이러스의 게놈에 포함될 수 있다. CRISPR 이펙터 단백질은 상기 병원체가 상기 식물을 감염시키거나 또는 감염시켰다면 상기 식물 중 상기 병원체의 상기 표적 RNA 분자를 가수분해시키는 것이 더 바람직하다. 따라서 CRISPR 시스템 (또는 이의 완료에 필요한 부분)이 치료적으로, 즉 감염이 일어난 이후에, 또는 예방적으로, 즉 감염이 일어나기 전에 적용되는 경우 둘 모두에서 식물 병원체 유래 표적 RNA 분자를 절단할 수 있는 것이 바람직하다.
일정한 일례의 실시형태에서, 바이러스는 레트로바이러스일 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태를 사용하여 검출할 수 있는 예시적인 레트로바이러스는 바이러스 속 알파레트로바이러스, 베타레트로바이러스, 감마레트로바이러스, 델타레트로바이러스, 엡실론레트로바이러스, 렌티바이러스, 스푸마바이러스, 또는 바이러스과 메타바이러스과, 슈도바이러스과, 및 레트로바이로스과 (HIV 포함), 헤파드나바이러스과 (B형 간염 바이러스 바이러스 포함), 및 콜리모바이러스과 (콜리플라워 모자이크 바이러스 포함) 중 하나 이상 또는 이의 임의 조합을 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 바이러스는 DNA 바이러스이다. 본 명세서에서 개시된 실시형태를 사용하여 검출할 수 있는 예시적인 DNA 바이러스는 다른 것들 중에서도, 바이러스과 미오바이러스과, 포도바이러스과, 시포바이러스과, 알로헤르페스바이러스과, 헤르페스바이러스과 (인간 헤르페스 바이러스 및 바리셀라 조스터 바이러스 포함), 말로코헤르페스바이러스과, 리포트릭스바이러스과, 루디바이러스과, 아데노바이러스과, 암풀라바이러스과, 아스코바이러스과, 아스파르바이러스과 (아프리카 돼지 열병 바이러스 포함), 배큘로바이러스과, 시카우다바이러스과, 클라바바이러스과, 코르티코바이러스과, 푸셀로바이러스과, 글로불로바이러스과, 굿타바이러스과, 하이트로사바이러스과, 이리도바이러스과, 마르세이유바이러스과, 미미바이러스과, 누디바이러스과, 니마바이러스과, 판도라바이러스과, 파필로마바이러스과, 피코드나바이러스과, 플라스마바이러스과, 폴리드나바이러스, 폴리오마바이러스과 (원숭이 바이러스 40, JC 바이러스, BK 바이러스 포함), 폭스바이러스과 (우두 및 천연두 포함), 스파에롤리포바이러스과, 텍티바이러스과, 투리바이러스과, 디노드나바이러스, 살테르프로바이러스, 리지도바이러스 중 하나 이상 (또는 이의 임의 조합)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 박테리아 감염을 갖는 것으로 의심되는 대상체에서 종-특이적 박테리아 감염을 진단하는 방법은 대상체로부터 박테리아 리보솜 리보핵산을 포함하는 샘플을 수득하는 단계; 샘플을 기술된 하나 이상의 프로브와 접촉시키는 단계, 및 샘플에 존재하는 박테리아 리보솜 리보핵산 서열과 프로브 간 하이브리드화를 검출하는 단계로서 설명되고, 여기서 하이브리드화의 검출은 대상체가 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 클렙시엘라 뉴코니아에 (Klebsiella pneumoniae), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 아시네토박터 바우만니이 (Acinetobacter baumannii), 칸디다 알비칸스 (Candida albicans), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae), 엔테로코커스 패카리스 (Enterococcus faecalis), 엔테로코커스 패시움 (Enterococcus faecium), 프로테우스 미라빌리스 (Proteus mirabilis), 스타필로코커스 아갈락티아에 (Staphylococcus agalactiae), 또는 스타필로코커스 말토필리아 (Staphylococcus maltophilia) 또는 이의 조합으로 감염된 것을 의미한다.
말라리아 검출 및 모니터링
말라리아는 플라스모듐 (Plasmodium) 기생충에 의해 야기되는 모기-매개 병상이다. 이 기생충은 감염된 암컷 아노펠레스 (Anopheles) 모기에게 물려서 사람에게 확산된다. 5종의 플라스모듐 종이 인간에서 말라리아를 야기시킨다: 플라스모듐 팔시파럼 (Plasmodium falciparum), 플라스모듐 비박스 (Plasmodium vivax), 플라스모듐 오발레 (Plasmodium ovale), 플라스모듐 말라리아에 (Plasmodium malariae), 및 플라스모듐 크노우레시 (Plasmodium knowlesi). 그들 중에서, 세계 보건 기구 (WHO)에 따라서, 플라스모듐 팔시파럼 및 플라스모듐 비박스가 가장 큰 위협의 원인이다. 피. 팔시파럼은 아프리카 대륙에서 가장 우세한 말라리아 기생충이고 전세계적으로 대부분의 말라리아-관련 사망의 원인이다. 피. 비박스는 사하라 사막 남부 아프리카 밖의 대부분의 국가에서 우세한 말라리아 기생충이다.
2015년에, 91개 국가 및 지역에서 말라리아 전파가 계속 진행되었다. 최근 WHO가 추산한 바에 따르면, 2015년에 2억 1,200만 건의 말라리아가 발생하였고, 429 000명이 사망하였다. 말라리아 전파가 높은 지역에서, 5세 이하의 어린이가 특히 감염, 질병 및 사망에 감수성이고, 전체 말라리아 사망 중 2/3 (70%) 이상이 이 연령군에서 발생한다. 2010년 내지 2015년 사이에, 5세 이하 말라리아 사망률은 전세계적으로 29%로 감소되었다. 그러나, 말라리아는 2분마다 어린이의 생명을 앗아가서, 여전히 5세 이하 어린이의 주요 사망인자로 남아있다.
WHO가 설명하는 바와 같이, 말라리아는 급성 열병이다. 비면역 개체에서, 증상은 감염성 모기 물림 이후 7일 또는 그 이후에 나타난다. 최초 증상 - 발열, 두통, 오한 및 구토 - 은 약할 수 있어서 말라리아로 인식하는 것이 어려울 수 있지만, 24시간 이내에 치료하지 않으면, 피. 팔시파럼 말라리아는 중증 질병으로 진행될 수 있고, 종종 사망을 초래할 수 있다.
중증 말라리아에 걸린 어린이는 빈번하게 하기 증상 중 하나 이상이 발생된다: 중증 빈혈증, 대사성 산증과 관련된 호흡 곤란, 또는 뇌 말라리아. 성인에서, 다기관 관여가 또한 빈번하다. 말라리아 풍토병 지역에서, 사람들은 부분 면역성이 생겨서, 무증상성 감염이 발생될 수 있다.
신속하고 효율적인 진단 검사의 개발은 공중 위생과 높은 관련성이 있다. 게다가, 말라리아의 조기 진단 및 치료는 질환을 감소시키고 사망을 방지할 뿐만 아니라 말라리아 전파를 감소시키는데 기여한다. WHO 권고에 따라서, 의심되는 말라리아의 모든 사례는 치료 투여 전에 기생충-기반 진단 검사 (특히 신속한 진단 검사 사용)를 사용해 확진해야만 한다 (["WHO Guidelines for the treatment of malaria", 3판, 2015년 5월 출간] 참고).
항말라리아 요법에 대한 내성은 치료 전략을 대폭적으로 감소시키는 중대한 건강 문제를 의미한다. 게다가, WHO 웹사이트에 보고된 바와 같이, 이전 세대 약물, 예컨대 클로로퀸 및 술파독신/피리메타민 (S)에 대한 피. 팔시파럼의 내성은 1950년대 및 1960년대에 널리 퍼지게 되었고, 말라리아 방제 노력을 약화시키고 어린이 생존 이득을 후퇴시켰다. 따라서, WHO는 항말라리아 약제 내성의 일상적인 모니터링을 권고한다. 실제로, 정확한 진단은 부적절한 치료를 피할 수 있고 항말라리아 약물에 대한 내성 확대를 제한할 수 있다.
이러한 맥락에서, 2015년 5월에 세계 보건 총회가 채택한 - 말라리아 2016-2030에 대한 WHO 세계 기술 전략 (WHO Global Technical Strategy for Malaria 2016-2030)은 모든 말라리아-풍토병 국가에 기술적 체계를 제공한다. 이것은 말라리아 방제 및 박멸을 위해 작업하면서 지역 및 국가 프로그램을 안내하고 지원하고자 하는 것이다. 전략은 다음을 포함하여, 야심적이지만 달성가능한 세계적 목표를 설정한다:
● 2030년까지 적어도 90%로 말라리아 사례 발병률 감소.
● 2030년까지 적어도 90%로 말라리아 사망률 감소.
● 2030년까지 적어도 35개 국가에서 말라리아 박멸.
● 모든 말라리아 청정 국가에서 말라리아의 부활 방지.
이러한 전략은 2년에 걸친 광범위한 협의 과정의 결과였고 70개 회원국의 400명이 넘는 기술 전문가의 참여가 수반되었다. 이것은 3개 핵심 축을 기반으로 한다:
● 말라리아, 예방, 진단 및 치료에 대한 보편적 접근 보장;
● 말라리아-청정 상태의 달성 및 박멸에 대한 노력 가속화; 및
● 말라리아 감시를 핵심 개입으로 전환.
플라스모듐에 대한 치료는 아릴-아미노 알콜 예컨대 퀴닌 또는 퀴닌 유도체 예컨대 클로로퀸, 아모디아퀸, 메플로퀸, 피페라퀸, 루메판트린, 프리마퀸; 친지성 히드록시나프토퀴논 유사체, 예컨대 아토바퀴온; 항엽산 약제, 예컨대 술파 약제 술파독신, 답손 및 피리메타민; 프로구아닐; 아토바퀴온/프로구아닐의 조합; 아테미신 약제; 및 이의 조합을 포함한다.
모기-매개 병원체의 존재에 대한 진단인 표적 서열은 그 게놈 유래 서열을 포함하여, 플라스모듐, 특히 인간에 영향을 미치는 플라스모디아 종 예컨대 플라스모듐 팔시파럼, 플라스모듐 비박스, 플라스모듐 오발레, 플라스모듐 말라리아에, 및 플라스모듐 크노우레시의 존재에 대한 진단인 서열을 포함한다.
플라스모듐, 특히 인간에 영향을 미치는 플라스모디아 종, 예컨대 플라스모듐 팔시파럼, 플라스모듐 비박스, 플라스모듐 오발레, 플라스모듐 말라리아에, 및 플라스모듐 노우레시에 대한 치료에 대한 약제 내성을 모니터링하기 위한 진단인 표적 서열.
추가 표적 서열은 플라스모듐 기생충에게 필수적인 생물학적 과정에 관여되는 단백질 및 특히 수송체 단백질, 예컨대 약제/대사산물 수송체 패밀리 유래 단백질, 기질 전좌에 관여되는 ATP-결합 카세트 (ABC) 단백질, 예컨대 ABC 수송체 C 서브패밀리 또는 Na+/H+ 교환체, 막 글루타티온 S-트랜스퍼라제; 폴레이트 경로에 관여되는 단백질, 예컨대 디히드롭테로에이트신타제, 디히드로폴레이트 리덕타제 활성 또는 디히드로폴레이트 리덕타제-티미딜레이트 신타제; 및 내부 미토콘트리아 막에 걸친 양자의 전좌에 관여되는 단백질 및 특히 시토크롬 b 복합체를 코딩하는 표적 분자/핵산 분자를 포함하는 서열을 포함한다. 추가의 표적은 또한 헴 중합효소를 코딩하는 유전자(들)를 포함할 수 있다.
추가 표적 서열은 피. 팔시파럼 클로로퀸 내성 수송체 유전자 (pfcrt), 피. 팔시파럼 다제 내성 수송체 1 (pfmdr1), 피. 팔시파럼 다제 내성-연관된 단백질 유전자 (Pfmrp), 피. 팔시파럼 Na+/H+ 교환체 유전자 (pfnhe), 피. 팔시파럼 이출 단백질 1을 코딩하는 유전자, 피. 팔시파럼 Ca2+ 수송 6 (pfatp6); 피. 팔시파럼 디히드롭테로에이트 신타제 (pfdhps), 디히드로폴레이트 리덕타제 활성 (pfdhpr) 및 디히드로폴레이트 리덕타제-티미딜레이트 신타제 (pfdhfr) 유전자, 시토크롬 b 유전자, GTP 시클로히드롤라제 및 Kelch13 (K13) 유전자를 비롯하여 다른 플라스모듐 종에서 그들의 기능적 이종성 유전자로부터 선택될 수 있는 필수적인 생물학적 과정에 관여되는 단백질을 코딩하는 표적 분자/핵산 분자를 포함한다.
수많은 돌연변이, 특히 단일 점 돌연변이는 현행 치료의 표적이고 특별한 내성 표현형과 연관된 단백질에서 동정되었다. 따라서, 본 발명은 모기-매개 기생충, 예컨대 플라스모듐의 다양한 내성 표현형의 검출을 가능하게 한다.
본 발명은 표적 핵산/분자에서 하나 이상의 돌연변이(들) 및 특히 하나 이상의 단일 뉴클레오티드 다형성을 검출하는 것을 가능하게 한다. 따라서, 하기의 돌연변이 중 어느 하나 또는 그들의 조합은 약제 내성 마커로서 사용될 수 있고 본 발명에 따라서 검출될 수 있다.
피. 팔시파럼 K13의 단일 점 돌연변이는 위치 252, 441, 446, 449, 458, 493, 539, 543, 553, 561, 568, 574, 578, 580, 675, 476, 469, 481, 522, 537, 538, 579, 584 및 719에서 하기의 단일 점 돌연변이, 특히 돌연변이 E252Q, P441L, F446I, G449A, N458Y, Y493H, R539T, I543T, P553L, R561H, V568G, P574L, A578S, C580Y, A675V, M476I; C469Y; A481V; S522C; N537I; N537D; G538V; M579I; D584V; 및 H719N을 포함한다. 이들 돌연변이는 일반적으로 아르테미신 약제 내성 표현형과 연관된다 (Artemisinin and artemisinin-based combination therapy resistance April 2016 WHO/HTM/GMP/2016.5).
피. 팔시파럼 디히드로폴레이트 리덕타제 (DHFR) (PfDHFR-TS, PFD0830w)에서, 중요한 다형성은 위치 108, 51, 59 및 164에 돌연변이, 특히 피리메타민에 대한 내성을 조정하는 108D, 164L, 51I 및 59R을 포함한다. 다른 다형성은 또한 술파독신에 대한 내성과 연관된 437G, 581G, 540E, 436A 및 613S를 포함한다. 추가의 관찰된 돌연변이는 Ser108Asn, Asn51Ile, Cys59Arg, Ile164Leu, Cys50Arg, Ile164Leu, Asn188Lys, Ser189Arg 및 Val213Ala, Ser108Thr 및 Ala16Val을 포함한다. 돌연변이 Ser108Asn, Asn51Ile, Cys59Arg, Ile164Leu, Cys50Arg, Ile164Leu은 피리메타민 기반 요법 및/또는 클로로구아닌-답손 병용 요법 내성과 연관된다. 시클로구아닐 내성은 이중 돌연변이 Ser108Thr 및 Ala16Val과 연관되는 것으로 보인다. dhfr의 증폭은 또한 내성 특히 피리메타민 내성과 높은 관련성이 있을 수 있다.
피. 팔시파럼 디히드롭테로에이트 신타제 (DHPS) (PfDHPS, PF08_0095)에서, 중요한 다형성은 위치 436, 437, 581 및 613에서의 돌연변이 Ser436Ala/Phe, Ala437Gly, Lys540Glu, Ala581Gly 및 Ala613Thr/Ser을 포함한다. 위치 581 및/또는 613의 다형성은 또한 술파독신-피리메타민 기반 요법에 대한 내성과 연관되었다.
피. 팔시파럼 클로로퀸-내성 수송체 (PfCRT)에서, 위치 76의 다형성, 특히 돌연변이 Lys76Thr은 클로로퀸에 대한 내성과 연관된다. 추가 다형성은 클로로퀸 내성과 연관될 수 있는 Cys72Ser, Met74Ile, Asn75Glu, Ala220Ser, Gln271Glu, Asn326Ser, Ile356Thr 및 Arg371Ile를 포함한다. PfCRT는 또한 잔기 S33, S411 및 T416에서 인산화되고, 이것은 단백질의 특이성 또는 수송 활성을 조절할 수 있다.
피. 팔시파럼 다제-내성 수송체 1 (PfMDR1) (PFE1150w)에서, 위치 86, 184, 1034, 1042에서의 다형성, 특히 Asn86Tyr, Tyr184-Phe, Ser1034Cys, Asn1042Asp 및 Asp1246Tyr이 동정되었고 루메판트린, 아르테미시닌, 퀴닌, 메오퀸, 할로판트린 및 클로로퀸에 대한 감수성에 영향을 미친다고 보고되었다. 추가적으로, PfMDR1의 증폭은 루메판트린, 아르테미시닌, 퀴닌, 메오퀸 및 할로판트린에 대한 감소된 감수성과 연관되고, PfMDR1의 탈증폭은 클로로퀸 내성의 증가를 초래한다. pfmdr1의 증폭이 또한 검출될 수 있다. PfMDR1의 인산화 상태가 또한 높은 관련성이 있다.
피. 팔시파럼 다제-내성 연관 단백질 (PfMRP) (유전자 참조 PFA0590w)에서, 위치 191 및/또는 437에서의 다형성, 예컨대 Y191H 및 A437S가 동정되었고 클로로퀸 내성 표현형과 연관되었다.
피. 팔시파럼 NA+/H+ 교환체 (PfNHE) (ref PF13_0019)에서, 미세부수체 ms4670에서 DNNND의 증가된 반복성은 퀴닌 내성에 대한 마커일 수 있다.
시토크롬 be 유전자 (cytb, mal_mito_3)에 의해 코딩되는 시토크롬 b 단백질의 유비퀴놀 결합 부위를 변경시키는 돌연변이는 아토바퀴온 내성과 연관된다. 위치 26, 268, 276, 133 및 280의 돌연변이, 특히 Tyr26Asn, Tyr268Ser, M1331 및 G280D는 아토바퀴온 내성과 연관될 수 있다.
예를 들어 피. 비박스에서 Pf MDR1의 상동체인 PvMDR1의 돌연변이는 클로로퀸 내성와 연관되는데, 특히 위치 976의 다형성 예컨대 돌연변이 Y976F이다.
상기 돌연변이는 단백질 서열과 관련하여 정의된다. 그러나, 당업자는 또한 핵산 표적 서열로서 동정되는, SNPS를 포함하는, 상응하는 돌연변이를 결정할 수 있다.
다른 동정된 약제-내성 마커는 예를 들어 그 내용이 참조로 본 명세서에 포함되는, 문헌 ["Susceptibility of Plasmodium falciparum to antimalarial drugs (1996-2004)"; WHO; Artemisinin and artemisinin-based combination therapy resistance (April 2016 WHO/HTM/GMP/2016.5)]; ["Drug-resistant malaria: molecular mechanisms and implications for public health" FEBS Lett. 2011 Jun 6;585(11):1551-62. doi:10.1016/j.febslet.2011.04.042. Epub 2011 Apr 23. Review. PubMed PMID: 21530510]에 기술된 바와 같이 당분야에 공지되어 있다.
본 발명에 따라서 검출할 수 있는 폴리펩티드와 관련하여, 본 명세서에 언근된 모든 유전자의 유전자 생성물은 표적으로서 사용될 수 있다. 부응하게, 이러한 폴리펩티드는 종 동정, 유형분석 및/또는 약제 내성의 검출에 사용될 수 있다는 것을 고려한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 시스템, 장치 및 방법은 샘플, 예컨대 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중에 하나 이상의 모기-매개 기생충의 존재를 검출하는 것에 관한 것이다. 일정한 일례의 실시형태에서, 기생충은 종 플라스모듐 팔시파럼, 플라스모듐 비박스, 플라스모듐 오발레, 플라스모듐 말라리아에 또는 플라스모듐 노우레시로부터 선택될 수 있다. 따라서, 본 명세서에 개시된 방법은 기생충 종의 신속 동정, 기생충의 존재 및 기생충 형태 (예를 들어 다양한 단계의 감염 및 기생충 생활-주기, 예컨대 적혈구-외부 주기, 적혈구내 주기, 포자생식 주기에 상응; 기생충 형태는 메로조이트, 스포로조이트, 스키존트, 가메토사이트를 포함)의 모니터링; 일정 표현형 (예를 들어, 병원체 약제 내성)의 검출, 질환 진행 및/또는 집단발병의 모니터링, 및 치료 (약제) 스크리닝을 필요로 하는 다른 방법과 함께 다른 방법에서 (또는 조합으로) 사용을 위해 적합화될 수 있다. 또한, 말라리아의 경우에, 감염성 물림 이후에 장시간이 지나갈 수 있는데, 즉 환자가 증상을 보이지 않는 긴 인큐베이션 기간이 지날 수 있다. 유사하게, 예방적 처치는 증상의 출현을 지연시킬 수 있고, 장기간의 무증상 기간이 또한 재발 전에 관찰될 수 있다. 이러한 지연은 오진단 또는 지연 진단을 쉽게 초래할 수 있고, 따라서 치료의 유효성을 손상시킬 수 있다.
본 명세서에 개시된 실시형태의 신속하고 민감한 진단 능력, 단일 뉴클레오티드 편차에 이르는, 기생충 유형의 검출, 및 POC 장치로서 배치되는 능력 때문에, 본 명세서에 개시된 실시형태는 치료 계획, 예컨대 적절한 치료 과정의 선택을 가이드하는데 사용될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 기생충의 존재 및 유형분석을 위해 환경 샘플 (모기 개체군 등)을 스크리닝하는데 사용될 수 있다. 실시형태는 또한 모기-매개 기생충 및 다른 모기-매개 병원체를 동시에 검출하도록 변형시킬 수 있다. 일부 예에서, 말라리아 및 다른 모기-매개 병원체는 초기에 유사한 증상으로 존재할 수 있다. 따라서, 신속하게 감염 유형을 구별하는 능력은 중요한 치료 결정을 인도할 수 있다. 말라리아와 함께 검출될 수 있는 다른 모기-매개 병원체는 뎅기, 웨스트나일 바이러스, 치쿤구니야, 황열, 필라리아증, 일본 뇌염, 세인트 루이스 뇌염, 서부 말 뇌염, 동부 말 뇌염, 베네수엘라 말 뇌염, 라크로스 뇌염, 및 지카를 포함한다.
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 장치, 시스템 및 방법은 샘플 중에서 다수의 모기-매개 기생충 종을 구별하는데 사용될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 동정은 18S, 16S, 23S, 및 5S 서브유닛을 포함하는, 리보솜 RNA 서열을 기반으로 할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 동정은 게놈에 다수 카피로 존재하는 유전자, 예컨대 CYTB와 같은 미토콘트리아 유전자의 서열을 기반으로 할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 동정은 고도로 발현되고/되거나 고도로 보존된 유전자 예컨대 GAPDH, 히스톤 H2B, 에놀라제, 또는 LDH의 서열을 기반으로 할 수 있다. 관련 rRNA 서열을 동정하기 위한 방법은 미국 공개 특허 출원 번호 2017/0029872에 개시되어 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 가이드 RNA의 세트는 각각의 종 또는 균주에 고유한 가변 영역에 의해 각각의 종을 구별하도록 디자인될 수 있다. 가이드 RNA는 또한 속, 과, 문, 강, 문계 수준, 또는 이의 조합에서 미생물을 구별하는 RNA 유전자를 표적화하도록 디자인될 수 있다. 증폭이 사용되는 일정한 예의 실시형태에서, 증폭 프라이머의 세트는 리보솜 RNA 서열의 측접하는 불변 영역에 대해 디자인될 수 있고 가이드 RNA는 가변 내부 영역에 의해 각각의 종을 구별하도록 디자인될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 프라이머 및 가이드 RNA는 개별적으로 16S 서브유닛 내의 보존 및 가변 영역에 대해 디자인될 수 있다. 종 또는 종의 서브유닛에 걸쳐서 고유하게 가변적인 다른 유전자 또는 게놈 영역 예컨대 RecA 유전자 패밀리, RNA 중합효소 β 서브유닛이 역시 사용될 수 있다. 다른 적합한 계통발생적 마커, 및 이를 동정하기 위한 방법은 예를 들어, [Wu et al. arXiv:1307.8690 [q-bio.GN]]에 기술되어 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 종 동정은 게놈에 다수 카피로 존재하는 유전자, 예컨대 CYTB와 같은 미토콘드리아 유전자를 기반으로 수행될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 종 동정은 고도로 발현되고/되거나 고도로 보존된 유전자 예컨대 GAPDH, 히스톤 H2B, 에놀라제, 또는 LDH를 기반으로 수행될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 방법 또는 진단은 다수의 계통발생 및/또는 표현형 수준에 걸쳐서 동시에 모기-매개 기생충을 스크리닝하도록 디자인된다. 예를 들어, 방법 또는 진단은 상이한 가이드 RNA와 다수의 CRISPR 시스템의 사용을 포함할 수 있다. 가이드 RNA의 제1 세트는 예를 들어 플라스모듐 팔시파럼 또는 플라스모듐 비박스 간에 구별할 수 있다. 이들 일반 부류는 더욱 세분화될 수 있다. 예를 들어, 가이드 RNA는 일반적으로 또는 특별한 약제 또는 약제의 조합에 대해서, 약제-내성 균주를 구별하는 방법 또는 진단에서 디자인되어 사용될 수 있다. 가이드 RNA의 제2 세트는 종 수준에서 미생물을 구별하도록 디자인될 수 있다. 따라서, 매트릭스는 약제 내성에 따라서 더욱 분류되는, 모든 모기-매개 기생충 종 또는 하위종을 동정하도록 생성될 수 있다. 전술한 내용은 단지 예시의 목적이다. 모기-매개 기생충의 다른 유형을 분류하기 위한 다른 수단이 또한 고려되고 상기 기술된 일반 구조를 따를 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 장치, 시스템 및 방법은 관심 모기-매개 기생충 유전자, 예를 들어 약제 내성 유전자에 대해서 스크리닝하는데 사용될 수 있다. 가이드 RNA는 기지의 관심 유전자를 구별하도록 디자인될 수 있다. 임상 샘플을 포함하는, 샘플들은 이후에 하나 이상의 이러한 유전자의 검출을 위해 본 명세서에 개시된 실시형태를 사용하여 스크리닝될 수 있다. POC에서 약제 내성에 대해 스크리닝하는 능력은 적절한 치료 계획을 선택하는데 엄청난 이득을 가지게 된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 약제 내성 유전자는 단백질 예컨대 수송체 단백질, 예컨대 약제/대사산물 수송체 패밀리 유래 단백질, 기질 전좌에 관여하는 ATP-결합 카세트 (ABC) 단백질, 예컨대 ABC 수송체 C 서브패밀리 또는 Na+/H+ 교환체; 폴레이트 경로에 관여하는 단백질, 예컨대 디히드롭테로에이트 신타제, 디히드로폴레이트 리덕타제 활성 또는 디히드로폴레이트 리덕타제-티미딜레이트 신타제; 및 내부 미토콘트리아 막에 걸쳐 양자의 전좌에 관여하는 단백질, 특히 시토크롬 b 복합체를 코딩하는 유전자이다. 추가의 표적은 또한 헴 중합효소를 코딩하는 유전자(들)를 포함할 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 약제 내성 유전자는 피. 팔시파럼 클로로퀸 내성 수송체 유전자 (pfcrt), 피. 팔시파럼 다제 내성 수송체 1 (pfmdr1), 피. 팔시파럼 다제 내성-연관된 단백질 유전자 (Pfmrp), 피. 팔시파럼 Na+/H+ 교환체 유전자 (pfnhe), 피. 팔시파럼 Ca2+ 수성 ATPase 6 (pfatp6), 피. 팔시파럼 디히드롭테로에이트 신타제 (pfdhps), 디히드로폴레이트 리덕타제 활성 (pfdhpr) 및 디히드로폴레이트 리덕타제-티미딜레이트 신타제 (pfdhfr) 유전자, 시토크롬 b 유전자, GTP 시클로히드롤라제 및 Kelch13 (K13) 유전자를 비롯하여 다른 플라스모듐 종의 그들의 기능적 이종성 유전자로부터 선택된다. 다른 동정된 약제-내성 마커는 예를 들어, 그 내용이 참조로 본 명세서에 포함되는, ["Susceptibility of Plasmodium falciparum to antimalarial drugs (1996-2004)"; WHO; Artemisinin and artemisinin-based combination therapy resistance (April 2016 WHO/HTM/GMP/2016.5)]; ["Drug-resistant malaria: molecular mechanisms and implications for public health" FEBS Lett. 2011 Jun 6;585(11):1551-62. doi:10.1016/j.febslet.2011.04.042. Epub 2011 Apr 23. Review. PubMed PMID: 21530510]에 기술된 바와 같이, 당분야에 공지되어 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 CRISPR 시스템, 검출 시스템 또는 이의 사용 방법은 모기-매개 기생충 집단발병의 진화를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 방법은 하나 이상의 대상체 유래의 다수개 샘플로부터 하나 이상의 표적 서열을 검출하는 단계로서, 표적 서열은 모기-매개 기생충 확산 또는 집단발병을 야기하는 서열인 단계를 포함할 수 있다. 이러한 방법은 모기-매개 기생충 전파의 패턴, 또는 모기-매개 기생충에 의해 야기된 질환 집단발병에 관여하는 기전을 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 샘플은 하나 이상의 인간으로부터 유래될 수 있고/있거나, 하나 이상의 모기로부터 유래될 수 있다.
병원체 전파의 패턴은 모기-매개 기생충의 천연 병원소로부터 계속되는 신규 전파 또는 천연 병원소로부터 단일 전파 이후 다른 전파 (예를 들어, 모기에 교차로) 또는 이 둘의 혼합을 포함할 수 있다. 일 구체예에서, 표적 서열은 바람직하게 모기-매개 기생충 게놈 내 서열 또는 이의 단편이다. 일 구체예에서, 모기-매개 기생충 전파의 패턴은 모기-매개 기생충 전파의 초기 패턴, 즉 모기-매개 기생충 집단발병의 시작시의 것이다. 집단발병의 시작 시에 모기-매개 기생충 전파의 패턴 결정은 가능한 가장 빠른 시간에 집단발병을 중단시킬 가능성을 증가시키고 그리하여 지역 및 국가간 전파 확률을 감소시킨다.
모기-매개 기생충 전파의 패턴 결정은 본 명세서에 기술된 방법에 따라서 모기-매개 기생충 서열을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 병원체 전파의 패턴을 결정하는 단계는 대상체 내에서 모기-매개 기생충 서열의 공유된 숙주내 변이를 검출하는 단계 및 공유된 숙주내 변이가 시간적 패턴을 보이는지 여부를 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 관찰된 숙주내 및 숙주간 변이의 패턴은 전파 및 역학에 관한 중요한 통찰을 제공한다 (Gire, et al., 2014).
본 명세서에 개시된 다른 샘플 유형 이외에도, 샘플은 하나 이상의 모기로부터 유래될 수 있고, 예를 들어 샘플은 모기 타액을 포함할 수 있다.
바이오마커 검출
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 시스템, 장치 및 방법은 바이오마커 검출에 사용될 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 개시된 시스템, 장치 및 방법은 SNP 검출 및/또는 유전자형 분석에 사용될 수 있다. 본 명세서에 개시된 시스템, 장치 및 방법은 또한 이상 유전자 발현을 특징으로 하는 임의의 질환 상태 또는 장애의 검출에 사용될 수 있다. 이상 유전자 발현은 발현된 유전자, 발현의 위치 및 발현도에서의 이상성을 포함한다. 다른 질환 중에서도 심혈관, 면역 장애, 및 암과 관련된 다수의 전사물 또는 단백질 마커가 검출될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 용해를 포함하는 질환, 예컨대 간 섬유증 및 억제성/폐색성 폐 질환의 세포-무함유 DNA 검출에 사용될 수 있다. 일정한 일례의 실시형태에서, 실시형태는 세포-무함유 DNA의 태아기 검사를 위한 보다 빠르고 보다 휴대가능한 검출에 이용될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 특히 심혈관 건강, 지질/대사성 서명, 인종성 식별, 친자 일치, 인간 ID (예를 들어, SNP 서명의 범죄 데이타베이스에 용의자 대조)와 연관된 상이한 SNP의 패널을 스크리닝하기 위해 사용될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 암 종양과 관련되고 그로부터 방출되는 돌연변이의 세포-무함유 DNA 검출에 사용될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 예를 들어, 소정 육류 제품에서 상이한 동물원의 신속한 검출을 제공하여, 육류 품질의 검출에도 사용될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 DNA와 관련된 유전자 편집 또는 GMO의 검출을 위해 사용될 수 있다. 본 명세서의 다른 곳에 기술된 바와 같이, 밀접하게 관련된 유전자형/대립유전자 또는 바이오마커 (예를 들어, 소정 표적 서열에 오직 단일 뉴클레오티드 편차를 가짐)는 gRNA에 합성 미스매치의 도입에 의해 구별될 수 있다.
일 양상에서, 본 발명은 샘플에서 표적 핵산을 검출하기 위한 방법에 관한 것으로서, 이 방법은
a. 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 개별 이산 부피에 분배하는 단계로서, 개별 이산 부피는 본 명세서에 기술된 바와 같이 본 발명에 따른 CRISPR 시스템을 포함하는 것인 단계;
b. 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 가이드 RNA의 하나 이상의 표적 분자와의 결합을 허용하기에 충분한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계;
c. 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 표적 분자의 결합을 통해서 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시키는 단계로서, CRISPR 이펙터 단백질의 활성화는 그 결과로 RNA-기반 차폐성 구성체의 변형을 야기시켜 검출가능한 양성 신호가 발생되는 것인 단계; 및
d. 검출가능한 양성 신호를 검출하는 단계로서, 검출가능한 양성 신호의 검출은 샘플 중 하나 이상의 표적 분자의 존재를 의미하는 것인 단계
를 포함한다.
바이오마커 샘플 유형
본 명세서에 기술된 어세이의 감도는 표적 핵산이 희석되거나 샘플 재료가 제한적인 샘플을 포함하여, 광범위하게 다양한 생물학적 샘플 중 표적 핵산의 검출에 충분히 적합하다. 바이오마커 스크리닝은 제한없이, 타액, 소변, 혈액, 대변, 객담, 및 뇌척수 유체를 포함하는, 수많은 샘플 유형에 대해 수행될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 유전자의 상향조절 및/또는 하향조절을 검출하기 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 샘플은 오직 과발현된 유전자만 어세이의 검출 한계값 이상으로 남도록 연속 희석될 수 있다.
일정 실시형태에서, 본 발명은 생물학적 유체 (예를 들어, 소변, 혈액 혈청 또는 혈청, 객담, 뇌척수 유체)의 샘플을 수득하는 단계, 및 DNA를 추출하는 단계를 제공한다. 검출하려는 돌연변이체 뉴클레오티드 서열은 거대 분자의 분획일 수 있거나, 또는 초기에 별개 분자로서 존재할 수 있다.
일정 실시형태에서, DNA는 암 환자의 혈장/혈청으로부터 단리된다. 비교를 위해서, DNA 샘플은 신생물 조직으로부터 단리되고 제2 샘플은 동일 환자 유래 비신생물성 조직 (대조군), 예를 들어 림프구로부터 단리될 수 있다. 비신생물성 조직은 상이한 장기 출처로부터 유래될 수 있거나 또는 신생물성 조직과 동일한 유형일 수 있다. 일정 실시형태에서, 혈액 샘플을 채혈하고 혈장은 원심분리를 통해서 혈액 세포로부터 즉시 분리시킨다. 혈청은 여과될 수 있고 DNA 추출 전까지 동결 저장될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 표적 핵산은 미가공 또는 미처리된 샘플, 예컨대 혈청, 혈청, 타액, 뇌척수액, 객담, 또는 소변으로부터 직접 검출된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 표적 핵산은 세포-무함유 DNA이다.
순환성 종양 조직
일 구체예에서, 순환성 세포 (예를 들어, 순환성 종양 세포 (CTC))는 본 발명으로 어세이될 수 있다. 본 명세서에 기술된 임의 방법에서 사용을 위한 순환성 종양 세포 (CTC)의 단리가 수행될 수 있다. 본 발명에서 사용할 수 있는 순환성 세포의 특이적이고 민감한 검출 및 포획을 달성하는 예시적인 기술은 설명된 바 있다 ([Mostert B, et al., Circulating tumor cells (CTCs): Detection methods and their clinical relevance in breast cancer. Cancer Treat Rev. 2009;35:463-474]; 및 [Talasaz AH, et al., Isolating highly enriched populations of circulating epithelial cells and other rare cells from blood using a magnetic sweeper device. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009; 106:3970-3975]). 105-106 말초 혈액 단핵 세포의 배경에서 하나 정도로 적은 CTC가 존재할 수 있다 (Ross A A, et al., Detection and viability of tumor cells in peripheral blood stem cell collections from breast cancer patients using immunocytochemical and clonogenic assay techniques. Blood. 1993,82:2605-2610). CellSearch® 플랫폼은 EPCAM-발현 상피 세포를 농축하기 위해 상피 세포 부착 분자 (EpCAM)에 대한 항체로 코팅된 면역자성 비드를 사용하고, 그 이후에 면역 염색하여 사이토케라틴 염색의 존재 및 백혈구 마커 CD45의 부재를 확인하여 포획 세포가 상피 종양 세포인 것을 확인한다 ([Momburg F, et al., Immunohistochemical study of the expression of a Mr 34,000 human epithelium-specific surface glycoprotein in normal and malignant tissues. Cancer Res. 1987;47:2883-2891]; 및 [Allard WJ, et al., Tumor cells circulate in the peripheral blood of all major carcinomas but not in healthy subjects or patients with nonmalignant diseases. Clin Cancer Res. 2004; 10:6897-6904]). 포획된 세포의 수는 진행성 질환을 갖는 유방, 직결장 및 전립선 암 환자에 대한 예후 중요성을 갖는 것을 유망하게 입증하였다 ([Cohen SJ, et al., J Clin Oncol. 2008;26:3213-3221]; [Cristofanilli M, et al. N Engl J Med. 2004;351:781-791]; [Cristofanilli M, et al., J Clin Oncol. 2005;23: 1420-1430]; 및 [de Bono JS, et al. Clin Cancer Res. 2008; 14:6302-6309]).
본 발명은 또한 CTC-칩 기술로 CTC를 단리하기 위해 제공된다. CTC-칩은 CTC가 결합하는 항-EpCAM 항체가 코팅된 수천개의 마이크로포스트를 함유하는 챔버를 통해서 혈액이 흐르는 미세유체 기반 CTC 포획 장치이다 (Nagrath S, et al. Isolation of rare circulating tumor cells in Cancer patients by microchip technology. Nature. 2007;450: 1235-1239). CTC-칩은 CellSearch® 시스템과 비교하여 CTC 계측치 및 순도의 유의한 증가를 제공하고 (Maheswaran S, et al. Detection of mutations in EGFR in circulating lung-cancer cells, N Engl J Med. 2008;359:366-377), 양쪽 플랫폼은 후속 분자 분석에 사용될 수 있다.
세포-무함유 염색질
일정 실시형태에서, 세포-무함유 크로마틴 단편을 본 발명에 따라서 단리하고 분석한다. 뉴클레오솜은 건강한 개체를 비롯하여 질환 상태에 의해 영향받은 개체의 혈청에서 검출될 수 있다 (Stroun et al., Annals of the New York Academy of Sciences 906: 161-168 (2000)). 게다가, 뉴클레오솜의 혈청 농도는 양성 및 악성 질환, 예컨대 암 및 자가면역 질환을 앓는 환자에서 상당히 더 높다 (Holdenrieder et al (2001) Int J Cancer 95, 1 14-120, Trejo-Becerril et al (2003) Int J Cancer 104, 663-668; Kuroi et al 1999 Breast Cancer 6, 361-364; Kuroi et al (2001) Int j Oncology 19, 143-148; Amoura et al (1997) Arth Rheum 40, 2217-2225; Williams et al (2001) J Rheumatol 28, 81-94). 이론에 국한하려는 것은 아니나, 종양 보유 환자에서 뉴클레오솜의 고농도는 증식하는 종양에서 자발적으로 발생되는, 아폽토시스로부터 유래된다. 혈액에서 순환하는 뉴클레오솜은 고유하게 변형된 히스톤을 함유한다. 예를 들어, 미국 공개 특허 출원 번호 2005/0069931 (2005년 3월 31일)은 질환의 진단 지시자로서 특이적 히스톤 N-말단 변형에 대해 유도된 항체의 사용에 관한 것으로서, 진단/스크리닝 목적을 위해 수반된 DNA의 정제 및 분석이 촉진되도록 환자의 혈액 또는 혈청 샘플로부터 뉴클레오솜을 단리하기 위해 이러한 히스톤-특이적 항체를 이용한다. 따라서, 본 발명은 예를 들어, 종양 돌연변이를 검출하고 모니터링하기 위해서 염색질 결합된 DNA를 사용할 수 있다. 변형된 히스톤과 회합된 DNA의 식별은 질환 및 선천적 결함의 진단 마커로서 역할할 수 있다.
따라서, 다른 실시형태에서, 단리된 염색질 단편은 순환성 염색질, 바람직하게 순환성 모노 및 올리고뉴클레오솜으로부터 유래된다. 단리된 염색질 단편은 생물학적 샘플로부터 유래될 수 있다. 생물학적 샘플은 이를 필요로 하는 대상체 또는 환자로부터 유래될 수 있다. 생물학적 샘플은 혈청, 혈장, 림프, 혈액, 혈액 분획, 소변, 활액, 척추액, 타액, 순환성 종양 세포 또는 점액일 수 있다.
세포-무함유 DNA (cfDNA)
일정 실시형태에서, 본 발명은 세포 무함유 DNA (cfDNA)를 검출하는데 사용될 수 있다. 혈장 또는 혈청 중 세포 무함유 DNA는 비침습성 진단 도구로서 사용될 수 있다. 예를 들어, 세포 무함유 태아 DNA가 연구되었고 호환성 RhD 인자의 검사,X-연결된 유전자 질병에 대한 성별 결정, 단일 유전자 질병에 대한 검사, 자간전증의 식별에 대해 최적화되었다. 예를 들어, 모계 혈장에서 cfDNA의 태아 세포 분획의 시퀀싱은 태아 염색체 이수성과 연관된 카피수 변화를 검출하기 위한 신뢰할만한 접근법이다. 다른 예의 경우, 암 환자로부터 단리된 cfDNA는 치료 결정과 관련된 핵심 유전자에서 돌연변이를 검출하는데 사용되었다.
일정한 일례의 실시형태에서, 본 개시 내용은 환자 샘플로부터 직접적으로 cfDNA를 검출하는 것을 제공한다. 일정한 다른 예의 실시형태에서, 본 개시 내용은 표적 cfDNA를 검출하기 전에 상기 개시된 농축 실시형태를 사용하여 cfDNA를 농축시키는 것을 제공한다.
엑소솜
일 구체예에서, 엑소솜은 본 발명에 의해 어세이될 수 있다. 엑소솜은 RNA를 함유하는 것으로 확인된 소형 세포외 소포체이다. 초원심분리, 여과, 화학적 침전, 크기 배제 크로마토그래피, 및 미세유체학에 의한 엑소솜의 단리는 당분야에 공지되어 있다. 일 실시형태에서 엑소솜은 엑소솜 바이오마커를 사용해 정제된다. 생물학적 샘플로부터 엑소솜의 단리 및 정제는 임의의 공지 방법으로 수행될 수 있다 (예를 들어, WO2016172598A1 참조).
SNP 검출 및 유전자형 분석
일정 실시형태에서, 본 발명은 생물학적 샘플 중에 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)의 존재를 검출하는데 사용될 수 있다. SNP는 출산 검사 (예를 들어, 성별 결정, 태아 결함)에 관한 것일 수 있다. 그들은 범죄 수사에 관한 것일 수 있다. 일 구체예에서, 범죄 수사의 용의자는 본 발명에 의해 식별될 수 있다. 이론에 국한하려는 것은 아니나, 핵산 기반 법의학 증거는 검사되는 샘플이 제한적일 수 있으므로 용의자 또는 피해자의 유전 물질을 검출하는데 이용할 수 있는 가장 민감한 어세이를 요구할 수 있다.
다른 실시형태에서, 질환과 연관된 SNP는 본 발명에 의해 포괄된다. 질환과 연관된 SNP는 당분야에서 충분히 공지되어 있고 당업자가 적합한 가이드 RNA를 디자인하기 위해 본 발명의 방법을 적용할 수 있다 (예를 들어, www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=human%5Borgn%5D 참조).
일 양상에서, 본 발명은 유전자형 분석, 예컨대 SNP 유전자형 분석을 위한 방법에 관한 것으로서, 이 방법은
a) 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 개별 이산 부피에 분배시키는 단계로서, 개별 이산 부피는 본 명세서에 기술된 바와 같은 본 발명에 따른 CRISPR 시스템을 포함하는 것인 단계;
b) 샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 가이드 RNA의 하나 이상의 표적 분자와의 결합을 허용하기에 충분한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계;
c) 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 표적 분자의 결합을 통해서 CRISPR 이펙터 단백질을 활성화시키는 단계로서, CRISPR 이펙터 단백질의 활성화는 그 결과로 RNA-기반 차폐성 구성체의 변형을 야기시켜서 검출가능한 양성 신호가 발생되는 것인 단계; 및
d) 검출가능한 양성 신호를 검출하는 단계로서, 검출가능한 양성 신호의 검출은 샘플 중에 특정한 유전자형을 특징으로 하는 하나 이상의 표적 분자의 존재를 의미하는 것인 단계
를 포함한다.
일정 실시형태에서, 검출가능한 신호는 예컨대 예를 들면 도 60의 일례의 실시형태에 예시된 바와 같은, 하나 이상의 표준 신호, 바람직하게 합성 표준 신호와 (예를 들어, 신호 강도의 비교에 의해) 비교된다. 일정 실시형태에서, 표준물은 특정한 유전자형이거나 또는 그에 상응한다. 일정 실시형태에서, 표준물은 특정한 SNP 또는 다른 (단일) 뉴클레오티드 변이를 포함한다. 일정 실시형태에서, 표준물은 (PCR-증폭된) 유전자형 표준물이다. 일정 실시형태에서, 표준물은 DNA이거나 또는 그를 포함한다. 일정 실시형태에서, 표준물은 RNA이거나 또는 그를 포함한다. 일정 실시형태에서, 표준물은 DNA로부터 전사된 RNA이거나 또는 그를 포함한다. 일정 실시형태에서, 표준물은 RNA로부터 역전사된 DNA이거나 또는 그를 포함한다. 일정 실시형태에서, 검출가능한 신호는 하나 이상의 표준물과 비교되고, 그 각각은 기지의 유전자형, 예컨대 SNP 또는 다른 (단일) 뉴클레오티드 변이에 상응한다. 일정 실시형태에서, 검출가능한 신호는 하나 이상의 표준 신호와 비교되고 비교는 단측 또는 양측 ANOVA 등에 의한, 통계 분석, 예컨대 모수 또는 비모수 통계 분석을 포함한다. 일정 실시형태에서, 검출가능한 신호는 하나 이상의 표준 신호와 비교되고 검출가능한 신호가 표준으로부터 (통계적으로) 유의하게 벗어나지 않는 경우에, 그 표현형은 상기 표준에 상응하는 유전자형으로서 결정된다.
다른 실시형태에서, 본 발명은 응급 약물유전체학에 대한 신속한 유전자형 분석을 가능하게 한다. 일 구체예에서, 단일 현장 어세이가 응급실로 옮겨온 환자를 유전자분석하는데 사용될 수 있다. 환자는 혈액 응고를 갖는 것으로 의심될 수 있고 응급의는 투여하기 위한 혈액 희석제의 용량을 결정하는 것이 필요하다. 예시적인 실시형태에서, 본 발명은 마커 예컨대 VKORC1, CYP2C9, 및 CYP2C19의 유전자분석을 기반으로 심근경색 또는 졸중 치료 동안 혈액 희석제의 투여를 위한 지침을 제공할 수 있다. 일 구체예에서, 혈액 희석제는 항응고제 와파린이다 (Holford, NH (December 1986). "Clinical Pharmacokinetics and Pharmacodynamics of Warfarin Understanding the Dose-Effect Relationship". Clinical Pharmacokinetics. Springer International Publishing. 11 (6): 483-504). 혈액 응고와 연관된 유전자는 당분야에 공지되어 있다 (예를 들어, US20060166239A1; [Litin SC, Gastineau DA (1995) "Current concepts in anticoagulant therapy". Mayo Clin. Proc. 70 (3): 266-72]; 및 [Rusdiana et al., Responsiveness to low-dose warfarin associated with genetic variants of VKORC1, CYP2C9, CYP2C19, and CYP4F2 in an Indonesian population. Eur J Clin Pharmacol. 2013 Mar;69(3):395-405] 참조). 특히, VKORC1 1639 (또는 3673) 단일-뉴클레오티드 다형성에서, 공통 ("야생형") G 대립유전자는 A 대립유전자로 치환된다. A 대립유전자 (또는 "A 일배체형")를 갖는 사람은 G 대립유전자 (또는 "비-A 일배체형")를 갖는 사람보다 덜 VKORC1을 생성시킨다. 이들 변이체의 출현율은 또한 인종에 따라 다양하며, 백인 중 37% 및 아프리카인의 14%가 A 대립유전자를 보유한다. 최종 결과는 응고 인자의 감소된 수이고, 그에 따라 응고 능력의 감소이다.
일정한 일례의 실시형태에서, 환자에서 SNP를 검출하기 위한 유전 물질의 이용가능성은 DNA 또는 RNA 샘플의 증폭없이 SNP를 검출하는 것을 가능하게 한다. 유전자형 분석의 경우에서, 시험되는 생물학적 샘플은 쉽게 수득된다. 일정한 일례의 실시형태에서, 본 발명의 인큐베이션 시간은 단축될 수 있다. 어세이는 효소 반응이 발생되는데 필요한 시간 기간에 수행될 수 있다. 당업자는 5분 동안 생물학적 반응 (예를 들어, 5분 결찰)을 수행할 수 있다. 본 발명은 혈액으로부터 DNA를 수득하기 위해서 자동화 DNA 추출 장치를 사용할 수 있다. 다음으로 DNA는 이펙터 단백질에 대한 표적 분자를 생성시키는 반응에 첨가될 수 있다. 표적 분자가 생성되면 즉시, 차폐제가 절단되어 신호가 검출될 수 있다. 예시적인 실시형태에서, 본 발명은 약제 (예를 들어, 혈액 희석제)를 투여하기 전에 유전자형을 결정하기 위해 PCR 신속 진단을 가능하게 한다. 증폭 단계가 사용되는 경우에서, 모든 반응은 한 단계 과정으로 동일 반응에서 일어난다. 바람직한 실시형태에서, POC 어세이는 시간 미만, 바람직하게 10분, 20분, 30분, 40분, 또는 50분으로 수행될 수 있다.
일정 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 시스템, 장치 및 방법은 장형 넌코딩 RNA (lncRNA)의 존재 또는 발현도를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 일정한 lncRNA의 발현은 질환 상태 및/또는 약제 내성과 연관된다. 특히 일정한 lncRNA (예를 들어, TCONS_00011252, NR_034078, TCONS_00010506, TCONS_00026344, TCONS_00015940, TCONS_00028298, TCONS_00026380, TCONS_0009861, TCONS_00026521, TCONS_00016127, NR_125939, NR_033834, TCONS_00021026, TCONS_00006579, NR_109890, 및 NR_026873)는 암 치료에 대한 내성, 예컨대 흑색종 (예를 들어, 결절성 흑색종, 악성 흑색점, 악성 흑색점 흑색종, 말단 흑자 흑색종, 표재 확산 흑색종, 점막 흑색종, 용종양 흑색종, 섬유조직형성 흑색종, 무멜라닌성 흑색종, 및 연조직 흑색종)을 치료하기 위한 하나 이상의 BRAF 억제제 (예를 들어, 베무라페닙, 다브라페닙, 소라페닙, GDC-0879, PLX-4720, 및 LGX818)에 대한 내성과 연관된다. 본 명세서에 기술된 다양한 실시형태를 사용하는 lncRNA의 검출은 질환 진단 및/또는 치료 옵션의 선택을 용이하게 할 수 있다.
일 구체예에서, 본 발명은 특히 요법의 신속한 투여가 치료 결과에 중요한 상황에서, 가이드 DNA- 또는 RNA-표적화 요법 (예를 들어, CRISPR, TALE, 징크 핑커 단백질, RNAi)을 인도할 수 있다.
LOH 검출
암 세포는 정상 세포와 비교했을 때 유전 물질 (DNA)의 상실을 겪는다. 전부는 아니지만, 거의 전부의 암이 겪는 유전자 물질의 이러한 결실은 "이형접합성의 상실" (LOH)이라고 한다. 이형접합성의 상실 (LOH)은 전체 유전자 및 주변 염색체 영역의 상실을 일으키는 총 염색체 사건이다. 이형접합성의 상실은 암에서의 일반적인 발생이고, 이것은 상실된 영역의 기능적 종양 억제인자 유전자의 부재를 의미할 수 있다. 그러나, 상실은 여전히 염색체 쌍의 나머지 염색체 상에 남은 하나의 기능성 유전자가 존재하기 때문에 침묵될 수 있다. 종양 억제인자 유전자의 나머지 카피는 점 돌연변이에 의해 불활성화될 수 있어서, 종양 억제인자 유전자의 상실을 초래할 수 있다. 암 세포 유래 유전 물질의 상실은 그 결과로 염색체 상의 특정한 유전자좌에서 세포 생존능 또는 세포 성장에 필수적인 유전자의 둘 이상의 대립유전자 중 하나의 선택적 상실을 야기시킬 수 있다.
"LOH 마커"는 정상 세포와 비교했을 때, 그 결실, 변경, 또는 증폭이 암 또는 다른 질환과 연관되는, 미세부수체 유전자좌로부터의 DNA이다. LOH 마커는 종종 종양 억제인자 유전자 또는 다른, 일반적으로 종양 관련 유전자의 상실과 연관된다.
용어 "미세부수체"은 인간 게놈에 광범위하게 분포된 DNA의 짧은 반복 서열을 의미한다. 미세부수체는 2 내지 5개 뉴클레오티드 길이의 범위인 직렬로 반복되는 (즉, 인접한) DNA 모티프의 부분이고, 전형적으로 5-50회 반복된다. 예를 들어, 서열 TATATATATA (SEQ ID NO. 418)은 디뉴클레오티드 미세부수체이고, GTCGTCGTCGTCGTC (SEQ ID NO. 419)는 트리뉴클레오티드 미세부수체이다 (A는 아데닌이고, G는 구아닌이고, C는 시토신이고, T는 티민임). 이러한 미세부수체의 반복 길이에서 체세포 변경은 종양의 특징적인 특성을 대표하는 것으로 확인되었다. 가이드 RNA는 이러한 미세부수체를 검출하도록 디자인될 수 있다. 뿐만 아니라, 본 발명은 검출가능한 신호의 정량을 기반으로 증폭 및 결실뿐만 아니라, 반복 길이에서의 변경을 검출하는데 사용될 수 있다. 일정한 미세부수체는 유전자의 조절 측접 또는 인트론 영역에, 또는 직접적으로 유전자의 코돈에 위치된다. 이러한 경우에서 미세부수체 돌연변이는 표현형 변화 및 질환, 특히 트리플렛 확장 질환, 예컨대 취약 X 증후군 및 헌팅톤 질환을 초래할 수 있다.
특별한 염색체 영역 상의 빈번한 이형접합성의 상실 (LOH)는 많은 종류의 악성종에서 보고되었다. 특별한 염색체 영역 상의 대립유전자 상실은 다양한 악성종에서 관찰되는 가장 일반적인 유전자 변형이며, 따라서 미세부수체 분석은 체액 유래 시료, 예컨대 폐암의 경우 객담 및 방광암의 경우 소변에서 암 세포의 DNA를 검출하기 위해 적용되었다 (Rouleau, et al. Nature 363, 515-521 (1993); 및 Latif, et al. Science 260, 1317-1320 (1993)). 더욱이, 가용성 DNA의 두드러지게 증가된 농도가 암 및 일부 다른 질환을 갖는 개체의 혈장에 존재하고, 이것은 세포 무함유 혈청 또는 혈장이 미세부수체 비정상성을 갖는 암 DNA를 검출하는데 사용될 수 있다는 것을 나타냄이 확립되었다 (Kamp, et al. Science 264, 436-440 (1994); 및 Steck, et al. Nat Genet. 15(4), 356-362 (1997)). 2개 그룹은 소세포 폐암 또는 두경부 암을 갖는 제한된 수의 환자의 혈장 또는 혈청에서 미세부수체 변경을 보고하였다 ([Hahn, et al. Science 271, 350-353 (1996)]; 및 [Miozzo, et al. Cancer Res. 56, 2285-2288 (1996)]). 흑색종 환자의 혈청 및 종양에서 이형접합성의 상실의 검출이 또한 이전에 확인되었다 (예를 들어, 미국 특허 번호 US6465177B1 참조).
따라서, 암을 앓고 있거나 또는 암의 위험성이 있는 대상체에서 LOH 마커를 검출하는 것이 유리하다. 본 발명은 종양 세포에서 LOH를 검출하는데 사용될 수 있다. 일 구체예에서, 순환성 종양 세포는 생물학적 샘플로서 사용될 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 혈청 또는 혈장으로부터 수득된 세포 무함유 DNA는 LOH를 비침습적으로 검출 및/또는 모니터링하는데 사용된다. 다른 실시형태에서, 생물학적 샘플은 본 명세서에 기술된 임의 샘플 (예를 들어, 방광암에 대한 소변 샘플)일 수 있다. 이론에 국한하려는 것은 아니나, 본 발명은 임의의 종래 방법과 비교하여 개선된 감도로 LOH 마커를 검출하는데 사용될 수 있고, 따라서, 돌연변이 사건의 조기 검출을 제공한다. 일 구체예에서, LOH는 생물학적 유체에서 검출되는 반면, LOH의 존재는 암의 발생과 연관된다. 본 명세서에 기술된 방법 및 시스템은 암과 연관된 특별한 대립유전자의 LOH를 검출하기 위한 비침습성의 신속하고 정확한 방법을 제공함으로써, 종래 기술, 예컨대 PCR 또는 조직 생검에 비해 상당한 진보를 나타낸다. 따라서, 본 발명은 화학예방, 화학요법, 면역요법 또는 다른 치료를 겪은 고위험 환자를 모니터링하고 고위험 집단을 스크리닝하기 위해 사용할 수 있는 방법 및 시스템을 제공한다.
본 발명의 방법은 오직 체액 예컨대 혈액으로부터의 DNA 추출만을 필요로 하기 때문에, 임의 시점에 반복적으로 한 환자에 대해 수행될 수 있다. 혈액은 수술 이전 또는 이후; 치료, 예컨대 화학요법, 방사선 요법, 유전자 요법 또는 면역요법 이전, 그 동안, 및 이후; 또는 질환 진행, 안정, 또는 재발에 대한 치료 후 추적 조사 동안 채혈되어 LOH에 대해 모니터링된다. 이론에 국한하려는 것은 아니지만, 또한 LOH 마커가 개별 환자의 종양에 특이적이므로, 그 환자에게 특이적인 LOH 마커에 의해 준임상 질환 존재 또는 재발을 검출하는데 본 발명의 방법아 사용될 수 있다. 본 발명은 또한 다수 전이가 존재할 수 있다면 종양 특이적 LOH 마커를 사용해 검출될 수 있다.
후성적 변형의 검출
암 또는 암 진행을 의미하는 히스톤 변이체, DNA 변형, 및 히스톤 변형이 본 발명에서 사용될 수 있다. 예를 들어, U.S. 공개 특허 출원 20140206014는 암 샘플이 건강한 대상체와 비교하여 상승된 뉴클레오솜 H2AZ, 마크로H2A1.1, 5-메틸시토신, P-H2AX(Ser139) 수준을 갖는다고 기술하고 있다. 개체에서의 암 세포의 존재는 암 세포의 증가된 아폽토시스의 결과로서 혈중 세포 무함유 뉴클레오솜의 더 높은 수준을 생성시킬 수 있다. 일 구체예에서, 아폽토시스와 연관된 마커에 대해 유도된 항체, 예컨대 H2B Ser 14(P)가 아폽토시스된 신생물 세포로부터 방출된 단일 뉴클레오솜을 확인하는데 사용될 수 있다. 따라서, 종양 세포로부터 발생된 DNA는 높은 감도 및 정확도로 본 발명에 따라 유리하게 분석될 수 있다.
태아기 스크리닝
일정 실시형태에서, 본 발명의 방법 및 시스템은 태아기 스크리닝에서 사용될 수 있다. 일정 실시형태에서, 세포-무함유 DNA는 태아기 스크리닝의 방법에서 사용된다. 일정 실시형태에서, 단일 뉴클레오솜 또는 올리고뉴클레오솜과 연관된 DNA는 본 발명으로 검출될 수 있다. 바람직한 실시형태에서, 단일 뉴클레오솜 또는 올리고뉴클레오솜과 연관된 DNA의 검출은 태아기 스크리닝을 위해 사용된다. 일정 실시형태에서, 세포-무함유 염색질 단편은 태아기 스크리닝의 방법에서 사용된다.
태아기 진단 또는 태아기 스크리닝은 태어나기 전 태아 또는 배아에서 질환 또는 병태의 검사를 의미한다. 목적은 선천성 결손증 예컨대 신경관 결손, 다운 증후군, 염색체 이상, 유전적 장애 및 다른 병태, 예컨대 이분 척추, 구개열, 테이 삭스 병, 겸상 적혈구 빈혈증, 탈라세미아, 낭포성 섬유증, 근이영양증, 및 취약 X 증후군을 검출하는 것이다. 스크리닝은 또한 태아 성별 판별에 사용될 수도 있다. 공통 검사 절차는 양수천자, 목덜미 투명대 초음파를 포함한 초음파검사, 혈청 마커 검사, 또는 유전자 스크리닝을 포함한다. 일부 경우에서, 검사는 태아가 유산될 것인지 여부를 결정하도록 투여되지만, 의사 및 환자는 이것이 또한 고위험 임신을 조기에 진단하는데 유용하다는 것을 확인하여 신생아가 적절한 관리를 받을 수 있는 3차 요양 병원에서 출산 일정을 잡을 수 있다.
산모의 혈액에 존재하는 태아 세포가 있고, 이들 세포는 태아 DNA-기반 진단을 위한 태아 염색체의 잠재적인 공급원이 존재한다는 것은 알려져 있었다. 추가적으로, 태아 DNA는 산모 혈액 중 총 DNA의 약 2 내지 10% 범위이다. 현재 이용가능한 태아 유전자 검사는 일반적으로 침습성 시술이 관여된다. 예를 들어, 임신 대략 10 내지 12주인 임산부에게 수행된 융모막 채취법 (CVS) 및 대략 14-16주에 수행된 양수천자는 모두 태아에서 염색체 이상성을 검사하기 위한 샘플을 수득하기 위해 침습성 시술을 함유한다. 이들 채취 시술을 통해 수득된 태아 세포는 일반적으로 세포유전 또는 형광성 제자리 하이브리드화 (FISH) 분석을 사용해 염색체 이상성에 대해 검사된다. 세포-무함유 태아 DNA는 임신 6주정도로 조기에 임산부의 혈장 및 혈청에 존재하는 것으로 확인되었고, 농도는 임신 동안 상승하여 출산전에 최고이다. 이들 세포는 임신 초기에 나타나므로, 그들은 정확하고, 비침습적인, 제1 삼분기 검사의 기초를 형성할 수 있다. 이론에 국한하려는 것은 아니나, 본 발명은 소량의 태아 DNA를 검출하는데 전례없는 감도를 제공한다. 이록에 국한하려는 것은 아니나, 풍부한 양의 산모 DNA가 일반적으로 관심 태아 DNA와 함께 부수적으로 회수되므로, 태아 DNA 정량 및 돌연변이 검출에서 감도가 감소된다. 본 발명은 예상치않게 높은 감도의 어세이를 통해서 이러한 문제를 극복한다.
히스톤의 H3 부류는 4종의 상이한 단백질 유형으로 이루어진다: 주요 유형, H3.1 및 H3.2; 대체 유형, H3.3; 및 고환 특이적 변이체, H3t. H3.1 및 H3.2은 밀접하게 관련되지만, 오직 Ser96에서만 상이하고, H3.1은 적어도 5개 아미노산 위치에서 H3.3과 상이하다. 또한, H3.1은 간, 신장 및 심장을 포함한 성인 조직에서 이의 존재와 비교하여, 태아 간에 고도로 농축되어 있다. 성인 인간 조직에서, H3.3 변이체는 H3.1 변이체보다 더 풍부한데 반해, 태아 간의 경우 그 반대가 사실이다. 본 발명은 태아 및 산모 세포 및/또는 태아 핵산을 모두 포함하는 산모의 생물학적 샘플에서 태아 뉴클레오솜 및 태아 핵산을 검출하기 위해 이들 차이를 이용할 수 있다.
일 구체예에서, 태아 뉴클레오솜은 혈액으로부터 수득될 수 있다. 다른 실시형태에서, 태아 뉴클레오솜은 자궁경관 점액 샘플로부터 수득된다. 일정 실시형태에서, 자궁경관 점액 샘플은 임신의 제2 삼분기의 초기 또는 임신의 제1 삼분기의 후기에 임산부로부터의 세척액 또는 면봉표본을 통해 수득된다. 샘플은 점액에 포획된 DNA를 방출시키기 위해 인큐베이터에 놓여질 수 있다. 인큐베이터는 37℃로 설정될 수 있다. 샘플은 대략 15분 내지 30분 동안 흔들어줄 수 있다. 점액은 DNA를 방출시키는 목적을 위해 뮤시나제로 더 용해될 수 있다. 샘플은 또한 태아뉴클레오솜을 방출시키도록 아폽토시스를 유도하기 위해서, 당분야에 충분히 공지된 바와 같이, 화학적 처리와 같은 조건이 가해질 수 있다. 따라서, 자궁경관 점액 샘플은 아폽토시스를 유도하는 작용제로 처리될 수 있고, 그리하여 태아 뉴클레오솜이 방출된다. 순환성 태아 DNA의 농축과 관련하여, 미국 공개 특허 출원 번호 20070243549 및 20100240054를 참조한다. 본 발명은 오직 소량의 뉴클레오솜 또는 DNA가 태아로부터 기원할 수 있는 경우에 태아기 스크리닝에 방법 및 시스템을 적용할 때 특히 유리하다.
본 발명에 따른 태아기 스크리닝은 제한없이, 세염색체증 13, 세염색체증 16, 세염색체증 18, 클라인펠터 증후군 (47, XXY), (47, XYY) 및 (47, XXX), 터너 증후군, 다운 증후군 (세염색체증 21), 낭포성 섬유증, 헌팅톤 질환, 베타 탈라세미아, 근긴장성 이영양증, 겸상 적혈구 빈혈증, 포르피린증, 취약-X 염색체-증후군, 로버트슨 전좌증, 안젤만 증후군, 디조지 증후군 및 울프-허쉬호른 증후군을 포함하는 질환을 위한 것일 수 있다.
본 발명의 몇몇 추가 양상은 미국 국립 보건원의 웹사이트 상에 주제 세부 항목 유전적 장애 (health.nih.gov/topic/Genetic Disorders의 웹사이트)에 기술된 광범위한 유전 질환과 연관된 결손을 진단, 예후 및/또는 치료하는 것에 관한 것이다.
암 및 암 약제 내성 검출
일정 실시형태에서, 본 발명은 암과 연관된 유전자 및 돌연변이를 검출하는데 사용될 수 있다. 일정 실시형태에서, 내성과 연관된 돌연변이가 검출된다. 내성 종양 세포의 증폭 또는 종양 세포의 클론 개체군에서 내성 돌연변이의 출현이 치료 동안 발생될 수 있다 (예를 들어, [Burger JA, et al., Clonal evolution in patients with chronic lymphocytic leukaemia developing resistance to BTK inhibition. Nat Commun. 2016 May 20;7:11589]; [Landau DA, et al., Mutations driving CLL and their evolution in progression and relapse. Nature. 2015 Oct 22;526(7574):525-30]; [Landau DA, et al., Clonal evolution in hematological malignancies and therapeutic implications. Leukemia. 2014 Jan;28(1):34-43]; 및 [Landau DA, et al., Evolution and impact of subclonal mutations in chronic lymphocytic leukemia. Cell. 2013 Feb 14;152(4):714-26] 참조). 따라서, 이러한 돌연변이의 검출은 고도로 민감한 어세이를 요구하고 모니터링은 반복적인 생검을 필요로 한다. 반복적인 생검은 불편하고, 침습적이며 값비싸다. 내성 돌연변이는 당분야에 공지된 종래 방법을 사용하여 혈액 샘플 또는 다른 비침습적으로 채취된 생물학적 샘플 (예를 들어, 혈액, 타액, 소변)에서 검출하는 것이 어려울 수 있다. 내성 돌연변이는 화학요법, 표적화 요법, 또는 면역요법에 대한 내성과 연관된 돌연변이를 의미할 수 있다.
일정 실시형태에서, 돌연변이는 암 진행을 검출하는데 사용될 수 있는 개별 암에서 발생된다. 일 구체예에서, 종양에 대항하는 T-세포 세포용해성 활성과 관련된 돌연변이가 특징규명되었고 본 발명에 의해 검출될 수 있다 (예를 들어, [Rooney et al., Molecular and genetic properties of tumors associated with local immune cytolytic activity, Cell. 2015 January 15; 160(1-2): 48-61] 참조). 개별 맞춤 요법이 이들 돌연변이의 검출을 기반으로 환자를 위해 개발될 수 있다 (예를 들어, WO2016100975A1 참조). 일정 실시형태에서, 세포용해성 활성과 연관된 암 특이적 돌연변이는 CASP8, B2M, PIK3CA, SMC1A, ARID5B, TET2, ALPK2, COL5A1, TP53, DNER, NCOR1, MORC4, CIC, IRF6, MYOCD, ANKLE1, CNKSR1, NF1, SOS1, ARID2, CUL4B, DDX3X, FUBP1, TCP11L2, HLA-A, B 또는 C, CSNK2A1, MET, ASXL1, PD-L1, PD-L2, IDO1, IDO2, ALOX12B 및 ALOX15B로 이루어진 군으로부터 선택된 유전자 내 돌연변이, 또는 카피수 획득일 수 있고, 임의의 하기 염색체 밴드에 영향을 미치는 전체-염색체 사건은 배제시킨다: 6q16.1-q21, 6q22.31-q24.1, 6q25.1-q26, 7p11.2-q11.1, 8p23.1, 8p11.23-p11.21 (IDO1, IDO2 함유), 9p24.2-p23 (PDL1, PDL2 함유), 10p15.3, 10p15.1-p13, 11p14.1, 12p13.32-p13.2, 17p13.1 (ALOX12B, ALOX15B 함유), 및 22q11.1-q11.21.
일정 실시형태에서, 본 발명은 치료 과정 동안 및 치료가 완료된 후 암 돌연변이 (예를 들어, 내성 돌연변이)를 검출하기 위해 사용된다. 본 발명의 감도는 치료 동안 발생된 클론 돌연변이의 비침습성 검출을 가능하게 할 수 있고 질환의 재발을 검출하는데 사용될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 마이크로RNA (miRNA) 및/또는 차등적으로 발현된 miRNA의 miRNA 서명의 검출은 암의 진행을 검출하거나 또는 모이터링하고/하거나 암 요법에 대한 약제 내성을 검출하는데 사용될 수 있다. 예로서, Nadal 등 (Nature Scientific Reports, (2015) doi:10.1038/srep12464)은 미소세포 폐암 (NSCLC)을 검출하는데 사용할 수 있는 mRNA 서명을 기술하고 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 세포의 클론 하위개체군 내 내성 돌연변이의 존재는 치료 계획을 결정하는데 사용될 수 있다. 다른 실시형태에서, 환자를 치료하기 위한 개별 맞춤 요법은 공통 종양 돌연변이를 기반으로 투여될 수 있다. 일정 실시형태에서, 공통 돌연변이는 치료에 대응하여 발생되고 약제 내성을 초래한다. 일정 실시형태에서, 본 발명은 돌연변이 또는 이러한 약제 내성 돌연변이를 보유하는 세포의 증폭을 획득한 세포에 대해 환자를 모니터링하는데 사용될 수 있다.
다양한 화학요법제, 특히 표적화 요법 예컨대 티로신 키나제 억제제에 의한 치료는 빈번하게 치료제의 활성에 저항하는 표적 분자 내 신규 돌연변이를 초래한다. 이러한 내성을 극복하기 위한 다중 전략은 이들 돌연변이에 의해 영향받지 않는 2세대 요법의 개발 및 내성 돌연변이의 하류에서 작용하는 것들을 포함하는 다중 작용제에 의한 치료를 포함하여, 평가되고 있다. 일례의 실시형태에서, 표적화 브루톤 티로신 키나제 (BTK)를 표적화하고 CLL 및 일정 림프종에 사용되는 분자인, 이브루티닙에 대한 공통 돌연변이는 위치 481 (BTK/C481S)에서 시스테인의 세린으로의 변화이다. 엘로티닙, 상피 성장 인자 수용체 (EGFR)의 티로신 키나제 도메인을 표적으로 하는 엘로티닙은 폐암의 치료에서 일반적으로 사용되며, 내성 종양이 요법 이후에 변함없이 발생된다. 내성 클론에서 발견되는 공통 돌연변이는 위치 790에서 트레오닌의 메티오닌으로의 돌연변이이다.
본 발명으로 검출될 수 있는 공통 내성 돌연변이 및 암 환자의 개체군 간에 공유되는 비침묵 돌연변이는 당분야에 공지되어 있다 (예를 들어, WO/2016/187508 참조). 일정 실시형태에서, 약제 내성 돌연변이는 이브루티닙, 엘로티닙, 이마티닙, 제피티닙, 크리조티닙, 트라스투주맙, 베무라페닙, RAF/MEK, 체크 포인트 차단 요법, 또는 항에스트로겐 요법을 사용한 치료에 의해 유도될 수 있다. 일정 실시형태에서, 암 특이적 돌연변이는 프로그램된 사멸-리간드 1 (PD-L1), 안드로겐 수용체 (AR), 브루톤 티로신 키나제 (BTK), 상피 성장 인자 수용체 (EGFR), BCR-Abl, c-kit, PIK3CA, HER2, EML4-ALK, KRAS, ALK, ROS1, AKT1, BRAF, MEK1, MEK2, NRAS, RAC1, 및 ESR1로 이루어진 군으로부터 선택되는 단백질을 코딩하는 하나 이상의 유전자에 존재한다.
면역 체크포인트는 면역 반응을 둔화시키거나 또는 중지시키고 면역 세포의 비제어 활성에 의한 과도한 조직 손상을 방지하는 억제성 경로이다. 일정 실시형태에서, 표적화된 면역 체크포인트는 프로그램된 사멸-1 (PD-1 또는 CD279) 유전자 (PDCD1)이다. 다른 실시형태에서, 표적화된 면역 체크포인트는 세포독성 T-림프구-연관 항원 (CTLA-4)이다. 추가의 실시형태에서, 표적화된 면역 체크포인트는 CD28 및 CTLA4 Ig 수퍼패밀리의 다른 구성원 예컨대 BTLA, LAG3, ICOS, PDL1 또는 KIR이다. 더욱 추가의 실시형태에서, 표적화된 면역 체크포인트는 TNFR 수퍼패밀리의 구성원 예컨대 CD40, OX40, CD137, GITR, CD27 또는 TIM-3이다.
최근에, 종양 및 그들 미세환경에서 유전자 발현은 단일 세포 수준에서 특징규명되었다 (예를 들어, [Tirosh, et al. Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single cell RNA-seq. Science 352, 189-196, doi:10.1126/science.aad0501 (2016))]; [Tirosh et al., Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma. Nature. 2016 Nov 10;539(7628):309-313. doi: 10.1038/nature20123. Epub 2016 Nov 2]; 및 국제 공개 특허 출원 번호 WO 2017004153 A1 참조). 일정 실시형태에서, 유전자 서명은 본 발명을 사용해 검출될 수 있다. 일 실시형태에서, 보체 유전자가 종양 미세환경에서 모니터링되거나 또는 검출된다. 일 실시형태에서 MITF 및 AXL 프로그램이 모니터링되거나 또는 검출된다. 일 구체예에서, 종양 특이적 줄기 세포 또는 전구체 세포 서명이 검출된다. 이러한 서명은 면역 반응의 상태 및 종양의 상태를 의미한다. 일정 실시형태에서, 증식, 치료에 대한 내성 및 면역 세포의 존재비 관점에서 종양의 상태를 검출할 수 있다.
따라서, 일정 실시형태에서, 본 발명은 특히 질환 재발 또는 공통 내성 돌 연변이의 발생을 모니터링하기 위해, 순환성 DNA, 예컨대 종양 DNA에 대한 저비용의 신속한, 복합 암 검출 패널을 제공한다.
면역요법 적용분야
본 명세서에서 개시된 실시형태는 또한 추가 면역요법 상황에서 유용할 수 있다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, 대상체에서 면역 반응을 진단, 예후화 및/또는 병기구분하는 방법은 하나 이상의 바이오마커의 발현, 활성 및/또는 기능의 제1 수준을 검출하는 단계 및 검출된 수준을 대조군 수준과 비교하는 단계를 포함하고 여기서 검출된 수준과 대조군 수준의 차이는 대상체에서 면역 반응의 존재를 의미한다.
일정 실시형태에서, 본 발명은 종양 침윤성 림프구 (TIL)의 기능이상 또는 활성화를 결정하는데 사용될 수 있다. TIL은 기지 방법을 사용하여 종양으로부터 단리될 수 있다. TIL은 양자 세포 전달 요법에서 그들을 사용할 수 있는지 여부를 결정하기 위해 분석될 수 있다. 추가적으로, 키메라 항원 수용체 T 세포 (CAR T 세포)는 그들을 대상체에게 투여하기 전에 기능이상 또는 활성화의 서명에 대해 분석될 수 있다. 기능이상 및 활성화된 T 세포에 대한 예시적인 서명은 기술되어 있다 (예를 들어, [Singer M, et al., A Distinct Gene Module for Dysfunction Uncoupled from Activation in Tumor-Infiltrating T Cells. Cell. 2016 Sep 8;166(6):1500-1511.e9. doi: 10.1016/j.cell.2016.08.052] 참조).
일부 실시형태에서, C2c2는 면역 세포, 예컨대 T 세포 (예를 들어, CD8+ 및/또는 CD4+ T 세포)의 상태를 평가하는데 사용된다. 특히, T 세포 활성화 및/또는 기능이상은 예를 들어 T 세포 상태 중 하나 이상과 연관된 유전자 또는 유전자 서명을 기반으로 결정될 수 있다. 이러한 방식으로, c2c2는 T 세포의 하나 이상의 하위개체군의 존재를 결정하는데 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, C2c2는 진단 어세이에서 사용될 수 있거나 또는 환자가 면역요법 또는 다른 유형의 요법을 투여하기에 적합한지 여부를 결정하는 방법으로서 사용될 수 있다. 예를 들어, 유전자 또는 바이오마커 서명의 검출은 환자가 소정 치료에 반응하는지 여부, 또는 환자가 반응하지 않으면, 이것이 T 세포 기능이상에 기인하는 것인지 여부를 결정하기 위해 c2c2를 통해서 수행할 수 있다. 이러한 검출은 환자가 수용하기에 최고로 적합한 유형의 요법에 관해 유용하다. 예를 들어, 환자가 면역요법을 수용하는지 여부.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 시스템 및 어세이는 임상의가 요법 (예를 들어, 양자 세포 전달 (ACT) 요법)에 대한 환자의 반응이 세포 기능이상에 기인하는지 여부, 및 그렇다면 바이오마커 서명에 걸친 상향조절 및 하향조절의 수준이 문제를 해결할 수 있게 할 것인지 여부를 확인할 수 있게 한다. 예를 들어, ACT를 받은 환자가 비반응성이면, ACT의 일부로서 투여된 세포는 세포 활성화 및/또는 기능이상 상태와 연관된 것으로 알려진 바이오마커 서명의 상대적 발현도를 결정하기 위해 본 명세서에 개시된 어세이를 통해 어세이될 수 있다. 특정한 억제성 수용체 또는 분자가 ACT 세포에서 상향조절되면, 환자는 그 수용체 또는 분자의 억제제로 처치될 수 있다. 특정한 자극성 수용체 또는 분자가 ACT 세포에서 하향 조절되면, 환자는 그 수용체 또는 분자의 효현제로 처치될 수 있다.
일정한 일례의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 시스템, 방법 및 장치는 특정한 세포 유형, 세포 표현형, 또는 세포 상태를 식별하는 유전자 서멸을 스크리닝하는데 사용될 수 있다. 유사하게, 압축 감지와 같은 방법의 사용을 통해서, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 전사체를 검출하는데 사용될 수 있다. 유전자 발현 데이타는 고도로 구조화되어서, 일부 유전자의 발현도는 다른 것들의 발현도를 예측한다. 유전자 발현 데이타가 고도로 구조적이라는 지식은 시스템에서 자유도의 수가 적다는 가정을 가능하게 하고, 이것은 상대적 유전자 존재비의 계산을 위한 기초가 빈약하다고 가정하는 것을 가능케 한다. 어떠한 유전자가 상호작용할 것인가에 대한 임의의 특별한 지식없이 언더샘플링하면서 비선형 상호작용 조건을 출원인이 회복할 수 있게 하는 몇몇 생물학적 동기 부여 가설을 만드는 것이 가능하다. 특히, 출원인이 유전자 상호작용을 저순위, 희박, 또는 이들의 조합이라고 가정한다면, 자유도의 진짜 수가 완전한 조합적 확장에 비해 작고, 이것은 출원인이 상대적으로 작은 수의 교란으로 지표를 추론할 수 있게 한다. 이들 가정으로 작업하여, 압축 감지 및 매트릭스 완성의 분석 이론을 사용하여 언더샘플링된 조합적 교란 실험을 디자인할 수 있다. 또한, 커넬-학습 프레임워크를 사용하여 임의의 개별 상호작용 계수를 직접적으로 학습하지 않고 조합적 교란의 예측 함수를 구축하여 언더샘플링을 적용할 수 있다. 압축 감지는 포괄적인 유전자-발현 프로파일을 수득하기 위해서 검출하려는 표적 전사물의 최소 수를 확인하기 위한 방식을 제공한다. 압축 감지를 위한 방법은 참조로 본 명세서에 포함되는, 2016년 10월 27일 출원된 PCT/US2016/059230 "Systems and Methods for Determining Relative Abundances of Biomolecules"에 개시되어 있다. 최소 전사물 표적 세트를 동정하기 위해 압축 감지와 같은 방법을 사용하게 되는 경우라면, 상응하는 가이드 RNA의 세트는 상기 전사물을 검출하도록 디자인될 수 있다. 따라서, 일정한 예의 실시형태에서, 세포의 유전자-발현 프로파일을 수득하기 위한 방법은 본 명세서에 개시된 실시형태를 사용하여, 세포 또는 세포 개체군의 유전자-발현 프로파일을 제공하는 최소 전사물 세트를 검출하는 단계를 포함한다.
유전자 편집 및/또는 표적-외 효과의 검출
본 명세서에서 개시된 실시형태는 바람직한 유전자 편집 또는 편집들이 성공적이었다는 것을 확증하고/하거나 임의의 표적-외 효과의 존재를 검출하기 위한 다른 유전자 편집 도구와 조합하여 사용될 수 있다. 편집된 세포는 하나 이상의 표적 유전자좌에 대해 하나 이상의 가이드를 사용하여 스크리닝될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 실시형태가 CRISPR 시스템을 사용하므로, 테라노스틱 적용이 또한 계획된다. 예를 들어, 본 명세서에 개시된 유전자형 분석 실시형태를 사용하여 적절한 표적 유전자좌를 선택하거나 또는 표적 편집을 필요로 하는 세포 또는 세포 개체군을 식별할 수 있다. 편집 효율을 결정하기 위해서 동일 또는 개별 시스템이 사용될 수 있다. 하기의 작업예에 기술된 바와 같이, 본 명세서에서 개시된 실시형태는 1주 내에 능률적인 테라노스틱 파이프라인을 디자인하는데 사용될 수 있다.
핵산 태그화된 항목의 검출
대안적으로, 본 명세서에 기술된 실시형태는 핵산 식별자를 검출하는데 사용될 수 있다. 핵산 식별자는 특정한 물품을 식별하는데 사용될 수 있는 넌-코딩 핵산이다. 일례의 핵산 식별자, 예컨대 DNA 워터마크는 [Heider and Barnekow. "DNA watermarks: A proof of concept" BMC Molecular Biology 9:40 (2008)]에 기술되어 있다. 　핵산 식별자는 또한 핵산 바코드일 수 있다. 핵산 기반 바코드는 회합된 분자, 예컨대 표적 분자 및/또는 표적 핵산에 대한 식별자로서 사용되는 짧은 뉴클레오티드 서열 (예를 들어, DNA, RNA, 또는 이의 조합)이다. 핵산 바코드는 적어도, 예를 들어, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100개 뉴클레오티드의 길이를 가질 수 있고, 단일-가닥 형태일 수 있거나 또는 이중-가닥 형태일 수 있다. 하나 이상의 핵산 바코드는 표적 분자 및/또는 표적 핵산에 부착, 또는 "태그화"될 수 있다. 이러한 부착은 직접적 (예를 들어, 표적 분자에 바코드의 공유 또는 비공유 결합)일 수 있거나 또는 간접적 (예를 들어, 추가 분자, 예를 들어, 특이적 결합제, 예컨대 항체 (또는 다른 단백질) 또는 바코드 수용 어댑터 (또는 다른 핵산 분자)를 통해서) 일 수 있다. 표적 분자 및/또는 표적 핵산은 조합적인 방식으로 다수 핵산 바코드, 예컨대 핵산 바코드 콘카테머로 표지될 수 있다. 전형적으로, 핵산 바코드는 특정한 구획 (예를 들어, 이산 부피)으로부터, 특정한 물리적 특성 (예를 들어, 친화성, 길이, 서열 등)을 갖는 것으로, 또는 일정한 치료 조건을 겪은 것으로, 표적 분자 및/또는 표적 핵산을 식별하는데 사용된다. 표적 분자 및/또는 표적 핵산은 모든 이들 특성 (및 그 이상)에 관한 정보를 제공하도록 다수의 핵산 바코드와 회합될 수 있다. 핵산-바코드를 생성시키는 방법은 예를 들어, 국제 공개 특허 출원 번호 WO/2014/047561에 개시되어 있다.
효소
본 출원은 RNA 절단 및 검출의 상이한 적용분야에 특히 적합하게 만드는 강건한 활성을 입증한 C2c2의 오르쏘로그를 더 제공한다. 이들 적용분아는 제한없이 본 명세서에 기술된 것들을 포함한다. 보다 특히, 시험된 다른 것들보다 강력한 활성을 갖는것으로 입증된 오르쏘로그는 렙토트리키아 와데이 (LwC2c2) 유기체로부터 동정된 C2c2 오르쏘로그이다. 따라서 본 출원은 관심 표적 유전자좌를 변형시키기 위한 방법을 제공하고, 이 방법은 C2c2 이펙터 단백질, 보다 특히 본 명세서에 기술된 바와 같이 증가된 활성을 갖는 C2c2 이펙터 단백질 및 하나 이상의 핵산 성분을 포함하는 비천연 발생되거나 또는 조작된 조성물을 상기 유전자좌에 전달하는 단계를 포함하고, 여기서 적어도 하나 이상의 핵산 성분은 조작되고, 하나 이상의 핵산 성분은 복합체를 관심 표적으로 지정하고 이펙터 단백질은 하나 이상의 핵산 성분과 복합체를 형성하며 복합체는 관심 표적 유전자좌에 결합한다. 특정한 실시형태에서, 관심 표적 유전자좌는 RNA를 포함한다. 본 출원은 RNA 서열 특이적 간섭, RNA 서열 특이적 유전자 조절, RNA 또는 RNA 생성물 또는 lincRNA 또는 넌-코딩 RNA, 또는 핵 RNA, 또는 mRNA의 스크리닝, 돌연변이유발법, 형광 제자리 하이브리드화, 또는 브리딩 (breeding)에서 증가된 활성을 갖는 Cc2 이펙터 단백질의 용도를 더 제공한다.
본 발명은 하기 실시예에서 더욱 설명되지만, 청구항에 기술된 본 발명의 범주를 제한하는 것이 아니다.
작업예
실시예 1 - 일반 프로토콜
DNA 및 RNA에 대한 C2c2 진단 검사를 수행하기 위해 2가지 방식을 제공한다. 이러한 프로토콜은 검출 앱타머의 전달 이후에 단백질 검출 변이체를 이용하여 사용될 수 있다. 첫번째는 증폭 및 C2c2 검출이 개별적으로 수행되는 2 단계 반응이다. 두번째는 모두 하나의 반응으로 조합된 경우이고 이를 2-단계 반응이라고 한다. 증폭이 보다 고농도 샘플의 경우에는 필요하지 않을 수 있으므로 증폭이 내장되지 않은 별개의 C2c2 프로토콜을 갖는 것이 좋다는 것을 염두해 두는 것이 중요하다.
Figure pct00020
반응 완충액은 40 mM Tris-HCl, 60 mM NaCl, pH 7.3이다.
이 반응은 20분 내지 3시간 동안 37℃에서 수행된다. 여기: 485 nm/20 nm, 방출: 528 nm/20 nm에서 판독한다. 단일 분자 감도에 대한 신호는 20분부터 시작하여 검출될 수 있지만 물론 감도는 보다 긴 반응 시간 동안 더 높다.
2 단계 반응:
Figure pct00021
Figure pct00022
이 반응물을 함께 혼합하고 그 다음으로 2 내지 3개 튜브의 동결-건조 효소 믹스에 재현탁시킨다. 5 ㎕의 280 mM MgAc를 믹스에 첨가하여 반응을 시작시킨다. 20분 동안 반응을 수행한다. 각 반응물은 20 ㎕여서 이것은 최대 5회 반응에 충분하다.
Figure pct00023
반응 완충액은 40 mM Tris-HCl, 60 mM NaCl, pH 7.3이다.
이것은 20분 내지 3시간 동안 수행된다. 최소 검출 시간은 단일 분자 감도를 확인하기 위해서 약 20분이다. 오직 감도를 증대시키기 위해서 보다 길게 반응을 수행한다.
Figure pct00024
참조한 NEB 키트는 HighScribe T7 고수율 키트이다. 완충액을 재현탁시키기 위해서, 1.5x 농도를 사용한다: 3개 튜브의 동결 건조 기질을 59 ㎕의 완충액에 재현탁시키고 상기 믹스에 사용된다. 각 반응물은 20 ㎕여서 이것은 5회 반응 가치에 충분하다. 이 반응물에 의한 단일 분자 감도는 30-40분 정도로 조기에 관찰되었다.
실시예 2 - 렙토트리키아 와데이 유래 C2C2는 DNA 및 RNA의 고도로 민감하고 특이적인 검출을 매개한다
신속하고, 저렴하며, 민감한 핵산 검출은 현장 병원체 검출, 유전자형 분석, 및 질환 모니터링을 보조할 수 있다. RNA-가이드된, RNA-표적화 CRISPR 이펙터 Cas13a (이전에 C2c2로 알려짐)는 표적 인식 시 잡다한 RNase 활성의 "부차적 효과"를 나타낸다. 출원인은 Cas13a의 부차적 효과를 등온성 증폭과 조합하여 CRISPR-기반 진단 (CRISPR-Dx)을 확립하여, 아토몰라 감도 및 단일-염기 미스매치 특이도의 신속한 DNA 또는 RNA 검출을 제공한다. 출원인은 지카 및 뎅기 바이러스의 특별한 균주를 검출하고, 병원성 박테리아, 유전자형 인간 DNA를 구별하고, 세포-무함유 종양 DNA 돌연변이를 동정하기 위해서, SHERLOCK (Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing)이라고 불리는 이러한 Cas13a-기반 분자 검출 플랫폼을 사용하였다. 더 나아가서, SHERLOCK 반응 시약은 저온-유통 독립성 및 장기간 저장을 위해 동결건조시킬 수 있고, 현장 적용을 위해 종이 상에서 쉽게 재구성될 수 있다.
휴대용 플랫폼 상에서 고감도 및 단일-염기 특이도로 핵산을 신속하게 검출하는 능력은 질환 진단 및 모니터링, 역학, 및 일반 실험실 작업에서 보조될 수 있다. 방법이 핵산 (1-6)을 검출하기 위해 존재하지만, 그들은 감도, 특이도, 간결도, 비용 및 속도 중에 균형을 유지한다. CRISPR (Microbial Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) 및 CRISPR-연관된 (CRISPR-Cas) 적응 면역계는 CRISPR-기반 진단 (CRISPR-Dx)에 영향을 비칠 수 있는 프로그램가능한 엔도뉴클레아제를 함유한다. 일부 Cas 효소는 표적 DNA를 표적으로 하지만 (7, 8), 단일 이펙터 RNA-가이드된 RNase, 예컨대 Cas13a (이전에 C2c2라고 함) (8)는 CRISPR RNA (crRNA) (9-11)에 의해 재프로그램화되어 특이적 RNA 감지를 위한 플랫폼을 제공할 수 있다. 이의 RNA 표적의 인식 시, 활성화된 Cas13a는 근처 비-표적화 RNA의 "부차적" 절단에 관여된다 (10). 이러한 crRNA-프로그램된 부차적 절단 활성은 Cas13a가 생체 내에서 프로그램된 세포 사멸을 촉발시키거나 (10) 또는 시험관내 표지된 RNA의 비특이적 분해 (10, 12)에 의해서 특이적 RNA의 존재를 검출하는 것을 가능하게 한다. 여기서 출원인은 표적의 실시한 검출을 가능하게 하는, 상업적 리포터 RNA (12)의 3 Cas13a-매개 부차적 절단 및 핵산 증폭을 기반으로 아토몰라 감도에 의한 SHERLOCK (Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing), 시험관내 핵산 검출 플랫폼 (12)을 기술한다 (도 17).
방법
C2c2 유전자좌의 클로닝 및 발현을 위한 단백질
박테리아 생체 내 효율성 어세이를 위해서, 렙토트리키아 와데이 F0279 및 렙토트리키아 샤히이 유래의 C2c2 단백질을 포유동물 발현을 위해 코돈-최적화된 유전자로서 주문하였고 (Genscript, Jiangsu, China) 베타-락타마제 표적화 또는 비표적화 스페이서가 측접된 상응하는 직접 반복부와 함께 pACYC184 골격부에 클로닝하였다. 스페이서 발현은 J23119 프로모터에 의해 구동시켰다.
단백질 정제를 위해서, 포유동물 코돈-최적화된 C2c2 단백질은 단백질 정제를 위해 박테리아 발현 벡터에 클로닝하였다 (6x His/Twin Strep SUMO, Ilya Finkelstein에게 선물로 받은 pET-기반 발현 벡터).
박테리아 생체 내 C2c2 효율성 어세이
LwC2c2 및 LshC2c2 생체 내 유효성 플라스미드 및 이전에 기술된 베타-락타마제 플라스미드 (Abudayyeh 2016)는 각각 90 ng 및 25 ng으로 NovaBlue Singles 컴피턴트 세포 (Millipore)에 동시-형질전환시켰다. 형질전환 이후에, 세포의 희석물을 암피실린 및 클로람페콜 LB-한천 플레이트 상에 플레이팅시켰고 밤새 37℃에서 인큐베이션시켰다. 콜로니는 다음 날 계측하였다.
핵산 표적 및 crRNA 제조
핵산 표적은 KAPA Hifi 핫 스타트 (Kapa Biosystems)에 의해 PCR 증폭시켰고, MinElute 겔 추출 키트 (Qiagen)를 사용하여 겔 추출하고 정제하였다. 정제된 dsDNA는 T7 중합효소와 밤새 30℃에서 HiScribe T7 Quick High Yield RNA 합성 키트 (New England Biolabs)를 사용하여 인큐베이션시켰고 RNA는 MEGAclear 전사 클린-업 키트 (Thermo Fisher)를 사용하여 정제하였다.
crRNA의 제조를 위해서, 구성체는 T7 프로모터 서열이 첨부된 DNA (Integrated DNA Technologies)로서 주문하였다. crRNA DNA는 짧은 T7 프라이머 (최종 농도 10 μM)와 어닐링시켰고 T7 중합효소와 밤새 37℃에서 HiScribe T7 Quick High Yield RNA 합성 키트 (New England Biolabs)를 사용하여 인큐베이션시켰다. crRNA는 RNAXP 클린 비드 (Beckman Coulter)를 사용하여 2x 비율의 비드 대 반응물 부피와, 추가의 1.8x 이소프로판올을 보충해 정제하였다 (Sigma).
NASBA 등온성 증폭
NASBA 반응의 상세한 설명은 [Pardee 2016]에 기술되어 있다. 20 ㎕의 총 반응 부피의 경우, 6.7 ㎕의 반응 완충액 (Life Sciences, NECB-24), 3.3 ㎕의 뉴클레오티드 믹스 (Life Sciences, NECN-24), 0.5 ㎕의 뉴클레아제-무함유수, 0.4 ㎕의 12.5 μM NASBA 프라이머, 0.1 ㎕의 RNase 억제제 (Roche, 03335402001) 및 4 ㎕의 RNA 앰플리콘 (또는 음성 대조군의 경우 물)을 4℃에서 어셈블리하여 2분 동안 65℃에서 인큐베이션시킨 후에 41℃에서 10분 동안 인큐베이션시켰다. 5 ㎕의 효소 믹스 (Life Sciences, NEC-1-24)를 각각의 반응물에 첨가하였고, 반응 혼합물을 41℃에서 2시간 동안 인큐베이션시켰다. 사용되는 NASBA 프라이머는 5'-AATTCTAATACGACTCACTATAGGGGGATCCTCTAGAAATATGGATT-3' (SEQ ID NO. 16) 및 5'-CTCGTATGTTGTGTGGAATTGT-3' (SEQ ID NO. 17)이었고, 밑줄 부분은 T7 프로모터 서열을 의미한다.
리콤비나제 중합효소 증폭
RPA 용 프라이머는 앰플리콘 크기 (100 내지 140 nt), 프라이머 용융 온도 (54℃ 내지 67℃) 및 프라이머 크기 (30 내지 35 nt)를 제외하고, 디폴트 매개변수를 사용하여 NCBI Primer blast (Ye et al., BMC Bioinformaics 13, 134 (2012))를 사용해 디자인되었다. 그 다음으로 프라이머는 DNA로서 주문하였다 (Integrated DNA Technologies).
RPA 및 RT-RPA 반응 작업은 280 mM MgAc가 주형 투입 전에 첨가된 것을 제외하고, 개별적으로 TwistAmp® Basic 또는 TwistAmp® Basic RT (TwistDx)의 지시대로 하였다. 반응은 달리 기술하지 않으면, 2시간 동안 37℃에서 1 ㎕의 투입량으로 작업하였다.
LwC2c2 단백질 정제
C2c2 박테리아 발현 벡터는 Rosetta™2(DE3) pLysS Singles 컴피턴트 세포 (Millipore)를 형질전환시켰다. 16 mL의 출발 배양물은 Terrific Broth 4 성장 배지 (12 g/L 트립톤, 24 g/L 효모 추출물, 9.4 g/L K2HPO, 2.2 g/L KH2P0O4, Sigma) (TB)에서 성장시켰고, 이것을 사용하여 4 L의 TB를 접종시켰고, 0.6의 OD600까지 37℃, 300 RPM에서 인큐베이션시켰다. 이 시점에, 단백질 발현은 500 μM의 최종 농도로 IPTG (Sigma)를 보충하여 유도시켰으며, 세포를 단백질 발현을 위해 18℃로 16시간 동안 냉각시켰다. 그 다음으로 세포는 5200 g, 15분, 4℃에서 원심분리되었다. 세포 펠렛을 수확하고 이후 정제를 위해서 -80℃에서 저장하였다.
단백질 정제의 모든 후속 단계는 4℃에서 수행되었다. 단백질 정제의 모든 후속 단계는 4℃에서 수행되었다. 세포 펠렛을 파쇄하여 프로테아제 억제제 (완전 초 EDTA-무함유 정제), 리소자임, 및 벤조나제가 보충된 용해 완충제 (20 mM Tris-Hcl, 500 mM NaCl, 1 mM DTT, pH 8.0)에 재현탁시키고 나서 하기 조건에 따라서 초음파처리하였다 (Sonifier 450, Branson, Danbury, CT): 1초 동안 100의 진폭 및 2초 정지로 총 10분의 초음파 처리 시간. 용해물은 1시간 동안 4℃에서 10,000 g로 원심분리하여 투명화시켰고 상청액을 Stericup 0.22 미크론 필터 (EMD Millipore)로 여과시켰다. 여과된 상청액은 StrepTactin 세파로스 (GE) 상에 도포하였고 1시간 동안 회전 인큐베이션시킨 후 단백질-결합된 StrepTactin 수지를 용해 완충액 중에서 3회 세척하였다. 수지를 250 유닛의 SUMO 프로테아제 (ThermoFisher)와 함께 SUMO 분해 완충액 (30 mM Tris-HCl, 500 mM NaCl 1 mM DTT, 0.15% Igepal (NP-40), pH 8.0)에 재현탁시켰고 4℃에서 밤새 회전하면서 인큐베이션시켰다. 분해는 SDS-PAGE 및 쿠마시 블루 염색으로 확인하였고 단백질 용리물은 수지를 스핀다운하여 단리시켰다. 단백질을 5 mL HiTrap SP HP 양이온 교환 컬럼 (GE Healthcare Life Sciences) 상에 FPLC (AKTA PURE, GE Healthcare Life Sciences)를 통해서 로딩하였고 용리 완충액 (20 mM Tris-HCl, 1 mM DTT, 5% 글리세롤, pH 8.0) 중 130 mM 내지 2 M NaCl의 염 농도 구배 상에서 용리시켰다. 최종 분획을 SDS-PAGE를 통해서 LwC2c2의 존재에 대해 시험하였고 단백질을 함유하는 분획을 모아서 원심분리 필터 유닛을 통해서 S200 완충액 (10 mM HEPES, 1 M NaCl, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT, pH 7.0) 중에 1 mL로 농축시켰다. 농축된 단백질은 FPLC를 통해서 겔 여과 컬럼 (Superdex®200 Increase 10/300 GL, GE Healthcare Life Sciences) 상에 로딩시켰다. 겔 여과로부터의 최종 분획을 SDS-PAGE를 통해 분석하였고 LwC2c2를 함유하는 분획을 모아서 저장 완충액 (600 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 5% 글리세롤, 2 mM DTT) 으로 교환시켜서 저장을 위해 -80℃에 냉동시켰다.
LwC2c2 부차적 검출
검출 어세이는 달리 표시하지 않으면, 뉴클레아제 어세이 완충액 (40 mM Tris-HCl, 60 mM NaCl, 6 mM MgCl2, pH 7.3) 중에 45 nM 정제된 LwC2c2, 22.5 nM crRNA, 125 nM 기질 리포터 (Thermo Scientific RNAse Alert v2), 2 ㎕의 쥣과동물 RNase 억제제, 100 ng의 배경 총 RNA 및 다양한 양의 투입 핵산 표적을 사용해 수행하였다. 투입물이 T7 프로모터를 포함하여 RPA 반응으로부터 증폭된 DNA라면, 상기 C2c2 반응은 1 mM ATP, 1 mM GTP, 1 mM UTP, 1 mM CTP 및 0.6 ㎕의 T7 중합효소 믹스 (NEB)를 포함하도록 변형시켰다. 반응은 5분마다 측정되는 형광 운동학으로 형광 플레이트 판독기 (BioTek) 상에서 1-3시간 동안 37℃ (달리 표시하지 않으면)에서 진행될 수 있게 하였다.
RPA-DNA 증폭, DNA에서 RNA로의 T7 중합효소 전환 및 C2c2 검출을 조합한 원-포트 반응을 RPA 증폭 믹스를 상기 반응 조건과 통합하여 수행하였다. 간략하게, 50 ㎕ 원-포트 어세이에서 0.48 μM 전방향 프라이머, 0.48 μM 역방향 프라이머, 1x RPA 재수화 완충액, 다양한 양의 DNA 투입물, 45 nM LwC2c2 재조합 단백질, 22.5 nM crRNA, 250 ng 배경 총 RNA, 200 nM 기질 리포터 (RNase alert v2), 4 ㎕ RNase 억제제, 2 mM ATP, 2 mM GTP, 2 mM UTP, 2 mM CTP, 1㎕ T7 중합효소 믹스, 5 mM MgCl2, 및 14 mM MgAc로 이루어졌다.
TaqMan 프로브에 의한 정량적 PCR (qPCR) 분석
SHERLOCK 정량을 다른 확립된 방법과 비교하기 위해서, ssDNA 1의 연속 희석물에 대한 qPCR을 수행하였다. TaqMan 프로브 및 프라이머 세트 (하기 서열)는 ssDNA 1에 대해 디자인되었고 IDT에 의해 합성하였다. 어세이는 TaqMan 패스트 어드밴스드 마스터 믹스 (Thermo Fisher)를 사용하여 수행하였고 Roche LightCycler 480 상에서 측정하였다.
Figure pct00025
SYBR Green II에 의한 실시간 RPA
SHERLOCK 정량을 다른 확립된 방법과 비교하기 위해서, 출원인은 ssDNA 1의 연속 희석물에 대해 RPA를 수행하였다. 실시간으로 DNA의 축적을 정량하기 위해서, 출원인은 핵산의 양과 상관있는 형광성 신호를 제공하는, 상기 기술된 전형적인 RPA 반응 혼합물에 1x SYBR Green II (Thermo Fisher)를 첨가하였다. 반응은 5분마다 측정되는 형광 운동학으로 형광 플레이트 판독기 (BioTek) 상에서 1시간 동안 37℃에서 진행될 수 있게 하였다.
렌티바이러스 제조 및 프로세싱
렌티바이러스 제조 및 프로세싱은 이전에 공지된 방법을 기반으로 하였다. 간략하게, 지카 또는 뎅기 RNA 단편을 포함하는 10 ㎍ pSB700 유도체, 7.5 ㎍ psPAX2, 및 2.5 ㎍ pMD2.G를 HeBS-CaCl2 방법을 사용하여 HEK293FT 세포 (Life Technologies, R7007)를 형질감염시켰다. 10% FBS, 1% 페니실린-스트렙토마이신 및 4 mM GlutaMAX (ThermoFisher Scientific)가 보충된 DMEM으로 배지를 교환시킨 후 28시간에, 상청액을 0.45 ㎛ 시린지 필터를 사용해 여과시켰다. ViralBind 렌티바이러스 정제 키트 (Cell Biolabs, VPK-104) 및 Lenti-X 농축기 (Clontech, 631231)를 사용하여 상청액으로부터 렌티바이러스를 정제하고 제조하였다. 바이러스 농도는 QuickTiter 렌티바이러스 키트 (Cell Biolabs, VPK-112)를 사용하여 정량하였다. 바이러스 샘플을 7% 인간 혈청 (Sigma, H4522)에 섞고, 95℃로 2분 동안 가열시켰으며 RPA의 투입물로서 사용하였다.
지카 인간 혈청 샘플의 단리 및 cDNA 정제
의심되는 지카 양성 인간 혈청 또는 소변 샘플을 AVL 완충액 (Qiagen)으로 불활성화시켰고 RNA의 단리는 QIAamp 바이러스 RNA 미니키트 (Qiagen)를 사용해 획득하였다. 단리된 RNA는 무작위 프라이머, dNTP, 및 샘플 RNA를 혼합한 후 7분 동안 70℃에서 열변성을 통하여 cDNA로 전환시켰다. 그 다음으로, 변성된 RNA를 Superscript III (Invitrogen)을 사용하여 22-25℃에서 10분, 50℃에서 45분, 55℃에서 15분, 및 80℃에서 10분 동안 인큐베이션시켜서 역전사시켰다. 다음으로, cDNA를 20분 동안 37℃에서 RNAse H (New England Biolabs)와 인큐베이션시켜서 RNA:cDNA 하이브리드의 RNA를 파괴시켰다. 　
인간 타액으로부터의 게놈 DNA 추출
2 mL의 타액을 채혈 전에 30분 음식 또는 음료 섭취를 제한시킨 지원자로부터 채혈하였다. 이어서 샘플을 키트 프로토콜에서 추천하는 대로 QIAamp® DNA 혈액 미니 키트 (Qiagen)를 사용하여 처리하였다. 끓인 타액 샘플의 경우, 400 ㎕의 포스페이트 완충된 염수 (Sigma)를 100 ㎕의 지원자 타액에 첨가하였고 5분 동안 1800 g에서 원심분리시켰다. 상청액을 버리고 펠렛을 0.2% Triton X-100 (Sigma)이 첨가된 포스페이트 완충 염수에 재현탁시킨 후 95℃에서 5분 동안 인큐베이션시켰다. 1 ㎕의 샘플을 RPA 반응의 직접 투입물로서 사용하였다.
동결-건조 및 종이 침착
유리 섬유 필터 종이 (Whatman, 1827-021)를 90분 동안 오토클레이브시켰고 (Consolidated Stills and Sterilizers, MKII), 5% 뉴클레아제-무함유 BSA (EMD Millipore, 126609-10GM)에서 밤새 차단시켰다. 종이를 1회 뉴클레아제-무함유수 (Life technologies, AM9932)로 세정한 후, 그들을 4% RNAsecureTM (Life technologies, AM7006)와 60℃에서 20분 동안 인큐베이션시켰고 3회 더 뉴클레아제-무함유수로 더 세정하였다. 처리된 종이를 20분 동안 80℃의 핫플레이트 (Cole-Parmer, IKA C-Mag HS7) 상에서 사용 전에 건조시켰다. 앞서 표시된 바와 같은 1.8 ㎕의 C2c2 반응 혼합물을 검은색, 투명 바닥 384-웰 플레이트 (Corning, 3544)에 위치시킨 디스크 (2 mm) 상에 놓았다. 건조-동결 시험을 위해서, 반응 혼합물 디스크를 함유하는 플레이트를 액체 질소에서 순간 동결시켰고 문헌 [Pardee et al.] (2)에 기술된 바와 같이 밤새 동결-건조시켰다. RPA 샘플을 뉴클레아제-무함유수에 1:10으로 희석시켰고, 1.8 ㎕의 혼합물을 종이 디스크 상에 로딩하였고 37℃에서 플레이트 판독기 (BioTek Neo)를 사용하여 인큐베이션시켰다.
박테리아 게놈 DNA 추출
CRE 검출을 포함하는 실험의 경우에, 박테리아 배양을 용원성 액체배지 (LB)에서 대수기-중간 시기까지 성장시킨 후, 펠렛화하였고 적절하다면 그람 음성 또는 그람 양성 박테리아에 대한 제조사의 프로토콜을 사용해 Qiagen DNeasy 혈액 및 조직 키트를 사용해 gDNA 추출 및 정제를 수행하였다. gDNA는 Quant-It dsDNA 어세이에 의해서 Qubit 형광계 상에서 정량하였고 이의 품질은 Nanodrop 분광광도계 상에서 200-300 nm 흡광 스펙트럼을 통해 평가하였다.
이. 콜라이와 피. 애루지노사를 구별하는 실험의 경우에, 박테리아 배양은 루리아-버타니 (Luria-Bertani) (LB) 액체 배지에서 초기 정지기까지 성장시켰다. 1.0 mL의 이. 콜라이 및 피. 애루지노사 모두를 휴대용 박테리아 gDNA 추출 키트 (Claremont BioSolutions)를 사용하여 처리하였다. 1X 결합 완충액을 박테리아 배양물에 첨가하고 나서 3분 동안 배터리-충전된 용해 카트리지를 통해 통과시켰다. 수중 0.5X 결합 완충액을 세척 용액으로서 사용한 후 150 ㎕의 물로 용리하였다.
디지탈 액적 PCR 정량
도 1C에서 사용된 ssDNA 1 및 ssRNA 1 표준 희석물의 농도를 확인하기 위해서, 출원인은 디지털-액적 PCR (ddPCR)을 수행하였다. DNA 정량화를 위해서, ssDNA 1 서열을 표적화하도록 디자인된 PrimeTime qPCR 프로브/프라이머 어세이에 의해 프로브를 위해 ddPCR 수퍼믹스 (dUTP 없음)를 사용해 액적을 만들었다. RNA 정량을 위해, ssRNA 1 서열을 표적화하도록 디자인된 PrimeTime qPCR 프로브/프라이머 어세이에 의해 프로브에 대해 1-단계 RT-ddPCR 키트를 사용해 액적을 만들었다. 액적은 QX200 액적 발생기 (BioRad)를 사용하는 경우에 생성시켰고 PCR 플레이트로 옮겼다. 액적-기반 증폭은 키트의 프로토콜에 기술된 대로 열순환기 상에서 수행하였고 핵산 농도를 QX200 액적 판독기 상에서의 측정을 통해 후속하여 결정하였다.
인간 유전자형분석을 위한 합성 표준물
인간 샘플 유 전자형의 정확한 콜링을 위한 생성물을 생성시키기 위해서, 출원인은 2종의 동형접합 유전자형 각각을 대표하는 인간 게놈 DNA로부터 ∼200 bp 영역을 증폭하기 위해서 SNP 주변 프라이머를 디자인하였다. 그 다음으로 이형접합 표준물은 1:1 비율로 동형접합 표준물을 혼합하여 만들었다. 이들 표준물을 균등한 게놈 농도 (∼0.56 fg/㎕)로 희석하였고 진짜 인간 샘플과 함께 SHERLOCK을 위한 투입물로서 사용하였다.
종양 돌연변이체 세포-무함유-DNA (cfDNA)의 검출
실제 환자 cfDNA 샘플을 모의하는 모의 cfDNA 표준물을 상업적 제조사 (Horizon Discovery Group)로부터 구매하였다. 이들 표준물을 BRAF V600E 및 EGFR L858R 돌연변이체에 대한 4개 대립유전자 분획 (100% WT 및 0.1%, 1%, 및 5% 돌연변이체)으로서 제공하였다. 3 ㎕의 이들 표준물을 SHERLOCK에 투입물로서 제공하였다.
형광 데이타의 분석
배경값 차감된 형광도 데이타를 계산하기 위해서, 샘플의 초기 형광도를 차감하여 상이한 조건 사이의 비교를 가능하게 하였다. 배경값 조건에 대한 형광도 (투입물 없거나 또는 crRNA 없는 조건)는 샘플로부터 차감하여 배경값 차감된 형광도를 생성시켰다.
균주 구별 또는 SNP에 대한 가이드 비율은, 샘플-대-샘플 전체 변이에 대해 조정하기 위해서, 각각의 가이드를 가이드 값의 합으로 나누어 계산하였다. 균주 구별 또는 SNP에 대한 crRNA 비율은 하기 식에 따라서 샘플-대-샘플 전체 변이를 조정하도록 계산되었다:
Figure pct00026
여기서 Ai 및 Bi는 소정 개체에 대해서, 각각 대립유전자 A 또는 대립유전자 B를 감지하는 crRNA의 기술적 복제물 i에 대한 SHERLOCK 강도 값을 의미한다. 어세이는 전형적으로 crRNA 당 4개 기술적 복제물을 가지므로, m 및 n은 4와 같고 분모는 소정 SNP 유전자좌 및 개체에 대한 전체 8종의 crRNA SHERLOCK 강도 값의 합과 같다. 2종의 crRNA가 존재하기 때문에, 개체에 대한 crRNA의 각각에 걸쳐서 crRNA 비율 평균은 항상 합이 2이게 될 것이다. 그러므로, 동형접합의 이상적인 경우에서, 양성 대립유전자 crRNA에 대한 평균 crRNA 비율은 2이게 될 것이고, 음성 대립유전자 crRNA에 대한 평균 crRNA 비율은 0이게 될 것이다. 이형접합의 이상적인 경우에, 2종 crRNA의 각각에 대한 평균 crRNA 비율은 1이게 될 것이다.
LwCas13a 절단 요건의 특징규명
프로토스페이서 측접 부위 (PFS)는 Cas13a에 의한 강건한 리보뉴클레아제 활성에 필요한 표적 부위 근처에 존재하는 특이적 모티프이다. PFS는 표적 부위의 3'에 위치되고 H (G 아님)로서 본 그룹에 의해 LshCas13a에 대해 이전에 특징규명되었다 (1). 이러한 모티프가 프로토스페이서 인접 모티프 (PAM), DNA 표적화 클래스 2 시스템을 위한 서열 제한과 유사하지만, 내생성 시스템 내 CRISPR 유전자좌의 자가 표적화를 방지하는데 관여되지 않으므로 기능적으로 상이하다. Cas13a의 향후 구조적 연구는 Cas13a:crRNA 표적 복합체 형성 및 절단 활성에 대한 PFS의 중요도를 밝혀주게 될 것으로 보인다.
출원인은 이. 콜라이로부터 재조합 LwCas13a 단백질을 정제하였고 (도 2D-E) 각각의 가능한 프로토스페이서 측접 부위 (PFS) 뉴클레오티드 (A, U, C 또는 G)에 의해 173-nt ssRNA를 절단하는 이의 능력을 어세이하였다 (도 2F). LshCas13a와 유사하게, LwCas13a는 A, U, 또는 C PFS를 갖는 표적을 강건하게 절단할 수 있고, G PFS를 갖는 ssRNA 상에서는 활성이 덜하다. G PGS를 갖는 ssRNA 1에 대한 약한 활성이 관찰되었지만, 출원인은 G PFS 모티를 갖는 2개 표적 부위에 대한 강건한 검출을 여전히 확인하였다 (표 3; rs601338 crRNA 및 지카 표적화 crRNA 2). H PFS가 모든 상황에서 요구되는 것으로 보이지는 않으며, 많은 경우에 강력한 절단 또는 부차적 활성이 G PFS에 의해서 획득될 수 있는 것으로 보인다.
리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA) 및 다른 등온성 증폭 전략의 설명
리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA)은 3종의 필수 효소: 리콤비나제, 단일-가닥 DNA-결합 단백질 (SSB), 및 가닥 치환 중합효소로 이루어진 등온성 증폭 기술이다. RPA는 약 37℃의 일정한 온도에서 효소가 모두 가동되므로 온도 조절을 필요로 하지 않으면서, 다른 증폭 전략, 특히 중합효소 사슬 반응 (PCR)에 존재하는 많은 기술적 어려움을 극복한다. RPA는 생체내 DNA 복제 및 복구에 의해 고무된 효소적 접근법으로 이중-가닥 주형의 전반적 용융 및 프라이머 어닐링을 위한 온도 순환 주기를 교체한다. 리콤비나제-프라이머 복합체는 이중-가닥 DNA를 포괄하고 상보성 부위에서 가닥 교환을 촉진한다. 가닥 교환은 SSB에 의해 안정화되고, 프라이머가 결합된 채로 유지될 수 있게 한다. 리콤비나제의 자발적 탈조립은 이의 ADP-결합 상태에서 발생되어서, 가닥-치환 중합효소가 침입하여 프라이머를 확장시켜서, 현장 및 필드 상황에서 이용불가능한 복잡한 장비없이 증폭을 가능하게 한다. 37-42℃의 온도 범위에서 이러한 과정의 순환적 반복은 기하급수적 DNA 증폭을 일으킨다. 본래 배합은 가닥-치환 중합효소로서 바실러스 서브틸리스 Pol I (Bsu), 리콤비나제로서 T4 uvsX, 및 단일-가닥 DNA 결합 단백질로서 T4 gp32를 공개하였지만 (2), 본 실험에서 사용된 TwistDx가 판매하는 현행 배합에서 어떠한 성분이 존재하는지는 불분명하다.
추가적으로, RPA는 많은 제한을 갖는다:
1) Cas13a 검출은 정량적이지만 (도 15), 실시간 RPA 정량은 리콤비나제가 모든 이용가능한 ATP를 이용할 때 이의 신속한 포화로 인해 어려울 수 있다. 실시간 PCR은 증폭을 순환시키는 능력으로 인해 정량적인 한편, RPA는 증폭의 속도를 강력하게 제어하는 기전을 갖지 않는다. 증폭 속도를 감소시키기 위해서, 예컨대 이용가능한 마그네슘 또는 프라이머 농도를 감소시키기 위해, 반응 온도를 저하시키기 위해, 또는 비효율적인 프라이머를 디자인하기 위해서 일정한 조절을 할 수 있다. 정량적 SHERLOCK의 일부 예가, 예컨대 도 31, 32, 및 52에서 관찰되지만, 항상 그러한 경우는 아니지만 주형에 의존적일 수 있다.
2) RPA 효율성은 프라이머 디자인에 민감할 수 있다. 제조하는 전형적으로 평균 GC 함량 (40-60%)으로 효율적인 리콤비나제 결합을 보장하도록 보다 긴 프라이머를 디자인하고 고도로 민감한 프라이머 쌍을 찾기 위해 최대 100개 프라이머 쌍을 스크리닝하는 것을 추천한다. 출원인은 오직 2개 프라이머 쌍은 단일 분자 감도로 아토몰라 시험을 달성하기 위해 디자인되어야 한다는 것을 SHERLOCK으로 확인하였다. 이러한 강건성은 앰플리콘 증폭에서 임의의 비효율성을 오프셋시키는 항상적으로 활성인 Cas13a 부차적 활성에 의한 신호의 추가적 증폭에 기인하는 듯 하다. 이러한 품질은 도 34에서의 본 박테리아 병원체 동정을 위해 특히 중요하다. RPA에 관여되는 용융 단계가 존재하지 않기 때문에 고도로 구조적인 영역 예컨대 16S rRNA 유전자 부위를 박테리아 게놈에서 증폭시켜서 이슈들을 실험하였다. 따라서, 프라이머의 2차 구조가 증폭 효율 및 그에 따라 감도를 제한하는 이슈가 된다. 본 명세서에서 개시된 실시형태는 Cas13a로부터의 추가적인 신호 증폭 때문에 이들 RPA-특이적 이슈에도 불구하고 성공적이라고 여겨졌다.
3) 증폭 서열 길이는 효율적인 RPA를 위해 짧아야 한다 (100-200 bp). 대부분의 적용을 위해서, 이것은 중요한 이슈는 아니며 아마도 장점이다 (예를 들어, 평균 단편 길이가 160 bp인 cfDNA 검출). 예컨대 범용 프라이머가 박테리아 검출에 바람직하고 구별을 위한 SNP가 거대 영역 상에 확산된 경우에, 때때로 큰 앰플리콘 길이가 중요하다.
SHERLOCK의 모듈성은 임의의 증폭 기술, 심지어 비등온성 접근법을 T7 전사 및 Cas13a 검출 이전에 사용되는 것을 가능하게 한다. 이러한 모듈성은 T7 프로모터를 임의의 증폭된 DNA 투입물에 대해 검출을 수행할 수 있게 하는 단일 반응으로 T7 및 Cas13a 단계의 상용성에 의해 가능하게 된다. RPA를 사용하기 전에, 핵산 서열 기반 증폭 (NASBA) (3, 4)은 본 검출 어세이를 위해 시도되었다 (도 10). 그러나, NASBA는 Cas13a의 감도를 극적으로 개선시키지는 않았다 (도 11 및 53). 검출 전에 적용될 수 있는 다른 증폭 기술은 PCR, 루프 매개된 등온성 증폭 (LAMP) (5), 가닥 치환 증폭 (SDA) (6), 헬리카제-의존적 증폭 (HDA) (7), 및 닉킹 효소 증폭 반응 (NEAR) (8)을 포함한다. 임의의 등온 기술을 교환하는 능력은 SHERLOCK이 임의의 한 증폭 기술의 특별한 한계를 극복할 수 있게 한다.
조작된 미스매치의 디자인
출원인은 LshCas13a 표적 절단이 표적:crRNA 듀플렉스에 둘 이상의 미스매치가 존재할 때 감소되었지만 단일 미스매치에 의해 비교적 영향을 받지 않는다는 것을 입증하였고, 이러한 관찰은 출원인이 LwCas13a 부차적 절단에 대해 확인하였다 (도 36A). 출원인은 crRNA 스페이서 서열에 추가적인 돌연변이를 도입함으로써, 오직 단일 미스매치만이 존재하므로, 출원인은 표적-적중 부차적 절단을 유지하면서 추가의 미스매치 (총 2개 미스매치)에 의해 표적에 대해 부차적 절단을 탈안정화시키게 되었다고 가정하였다. 증가된 특이성을 조작하는 확률을 시험하기 위해서, 출원인은 ssRNA 1을 표적화하는 다수의 crRNA를 디자인하였고 단일 미스매치만큼 차이나는 표적의 부차적 절단을 최소화시키고 표적-적중 부차적 절단을 최적화하기 위해서 crRNA의 길이에 걸쳐 미스매치를 포함시켰다 (도 36A). 출원인은 이들 미스매치가 ssRNA 1의 부차적 절단을 감소시키지 않지만, 추가의 미스매치를 포함하는 표적 (ssRNA 2)에 대한 신호를 유의하게 감소시킨 것을 관찰하였다. ssRNA 1 및 2를 최고로 구별하는 디자인된 crRNA는 ssRNA 2 미스매치에 가까운 합성 미스매치를 포함하여, 하이브리드화된 RNA에 "버블", 또는 뒤틀림을 생성시켰다. 표적에 존재하는 합성 미스매치 및 추가의 미스매치의 합동 (즉, 이중 미스매치)에 의해 야기된 감도의 손실은 연속하거나 또는 근접한 이중 미스매치에 대한 LshCas13a 및 LwCas13a의 감도와 일치되고 단일-뉴클레오티드 구별을 할 수 있는 crRNA의 합리적 디자인의 기초를 제시한다 (도 36B).
ZIKV 및 DENV 균주의 미스매치 검출을 위해서, 본 전체 길이 crRNA는 2개 미스매치를 함유하였다 (도 37A, B). 균주 간 높은 서열 분기성에 기인하여, 출원인은 2개 게놈 간 오직 단일 뉴클레오티드 편차를 갖는 28 nt의 연속되는 스트렛치를 발현할 수 없었다. 그러나, 출원인은 보다 짧은 crRNA가 여전히 기능할 것으로 예측하였고, 스페이서 서열에 합성 미스매치 및 표적 서열에 오직 하나의 미스매치를 포함하는 2종의 ZIKV 균주 내 표적에 대해 보다 짧은 23 nt의 crRNA를 디자인하였다. 이들 crRNA는 여전히 ZIKV의 아프리카 및 아메리카 균주를 구별할 수 있었다 (도 36C). 23 nt 및 20 nt crRNA의 후속 시험은 스페이서 길이의 감소가 활성을 감소시키지만 단일 미스매치를 구별하는 능력을 유지하거나 또는 증강시키는 것을 보여준다 (도 57A-G). 단일-뉴클레오티드 돌연변이 구별을 촉진하기 위해 어떻게 합성 미스매치를 도입시킬 수 있는가를 더욱 이해하기 위해서, 출원인은 3종의 상이한 스페이서 길이: 28, 23, 및 20 nt에서 스페이서의 처음 7개 위치에 걸쳐 합성 미스매치를 틸팅시켰다 (도 57A). 제3 위치에 돌연변이를 갖는 표적 상에서, LwCas13a는 표적-적중 활성의 더 낮은 수준에도 불구하고, 보다 짧은 스페이서 길이에서 개선된 감도로, 스페이서의 위치 5에 합성 미스매치가 존재할 때 최고 특이도를 보인다 (도 57B-G). 출원인은 또한 위치 3-6에 걸쳐 표적 돌연변이를 이동시켰고 돌연변이 주변 스페이서에서 합성 미스매치를 틸팅시켰다 (도 58).
합성 표준물을 사용하는 SHERLOCK에 의한 유전자형 분석
SNP 유전자좌의 PCR 증폭으로 생성된 합성 표준물의 평가는 유전자형의 정확한 동정을 가능하게 한다 (도 60A,B). 개체의 샘플 및 합성 표준물의 SHERLOCK 결과 간 모든 비교를 계산함으로써 (ANOVA), 가장 유사한 SHERLOCK 검출 강도를 갖는 합성 표준물을 찾아서 각각의 개체의 유전자형을 동정할 수 있다 (도 60C, D). 이러한 SHERLOCK 유전자형 분석 접근법은 임의의 SNP 유전자좌에 대해 일반화가능하다 (도 60E).
SHERLOCK은 입수가능하고, 적합화가능한 CRISPR-Dx 플랫폼이다 .
SHERLOCK의 비용 분석을 위해서, crRNA의 합성을 위한 DNA 주형, RPA에서 사용되는 프라이머, 공통 완충액 (MgCl2, Tris HCl, 글리세롤, NaCl, DTT), 유리 미세섬유 필터 종이, 및 RNAsecure 시약을 포함한, 무시할만한 비용으로 결정된 시약은 생략하였다. DNA 주형의 경우, IDT로부터의 울트라머 합성은 40회 시험관내 전사 반응 (각각 ∼10,000 반응에 충분함)을 위한 재료는 ∼$70로 제공되어, crRNA 합성에 무시할만한 비용을 첨가한다. RPA 프라이머의 경우, 30 nt DNA 프라이머의 25 nmole IDT 합성은 ∼$10로 구입가능하여, 5000 SHERLOCK 반응에 적합한 재료를 제공하였다. 유리 미세섬유 종이는 $0.50/시트로 이용가능하고, 수백회 SHERLOCK 반응에 충분하다. 4% RNAsecure 시약은 $7.20/mL의 비용이 들며, 500회 시험에 충분하다.
또한, 모든 실험의 경우, 종이-기반 어세이를 제외하고, 384-웰 플레이트 (Corning 3544) $0.036/반응의 비용으로 사용되었다. 무시할만한 비용으로 인해, 이것은 전체 비용 분석에 포함되지 않았다. 추가적으로, SHERLOCK-POC는 플라스틱 용기의 사용을 필요로 하지 않는데, 종이 상에서 쉽게 수행될 수 있기 때문이다. 본 명세서에 사용되는 SHERLOCK에 대한 판독 방법은 필터 세트 또는 모노크로메이트가 장착된 플레이트 판독기였다. 자본 투자로서, 판독기의 비용은 계산에 포함되지 않았는데, 더 ?은 반응이 장비 상에서 실시되므로 비용이 급격하게 감소되어 무시할만하기 때문이다. POC 적용을 위해서, 더 싸고 휴대가능한 대안이 사용될 수 있는데, 예컨대 휴대용 분광광도계 (9) 또는 휴대용 전자 판독기 (4)는 < $200로 장비의 비용을 절감시킨다. 이러한 보다 휴대가능한 해법은 대량 장비와 비교하여 판독의 속도 및 용이함을 줄이게 되는 한편, 보다 광범위한 사용을 가능하게 한다.
결과
본 명세서에 기술된 어세이 및 시스템은 일반적으로 증폭 및 검출의 2-단계 과정을 포함할 수 있다. 제1 단계 동안, RNA 또는 DNA인 핵산 샘플은 예를 들어 등온성 증폭에 의해 증폭된다. 제2 단계에서, 증폭된 DNA는 RNA로 전사되고 그 이후에 표적 핵산 서열의 존재를 검출하기 위해서 프로그램된 CRISPR 이펙터, 예컨대 C2c2, 및 crRNA와 인큐베이션시킨다. 검출할 수 있기 위해서, 소광된 형광단으로 표지된 리포터 RNA가 반응에 첨가된다. 리포터 RNA의 부차적 절단은 그 결과로 형광단이 탈소광을 야기시키고 핵산 표적의 실시한 검출을 가능하게 한다 (도 17A).
강건한 신호 검출을 획득하기 위해서, C2c2의 오르쏘로그는 유기체 렙토트리키아 와데이 (LwC2c2)로부터 동정되었고 평가되었다. LwC2c2 단백질의 활성은 이것을 이. 콜라이에서 합성 CRISPR 어레이와 함께 발현시키고, 앰피실린 선별 하에서 박테리아의 사멸을 초래하는, 베타-락타마제 mRNA 내 표적 부위를 절단하도록 프로그래밍하여 평가하였다 (도 2B). LwC2c2 유전자좌에서 LshC2c2 유전자좌에 비해 적은 생존 이. 콜라이 콜로니가 관찰되어서, LwC2c2 오르쏘로그의 더 높은 절단 활성이 입증되었다 (도 2C). 다음으로 인간-코돈 최적화된 LwC2c2 단백질을 이. 콜라이로부터 정제하였고 (도 2D-E) 173-nt ssRNA를 절단하는 이의 능력은 상이한 프로토스페이서 측접 부위 (PFS) 뉴클레오티드에 의해 어세이하였다 (도 2F). LwC2c2는 가능한 4종의 PFS 표적 각각을 절단할 수 있었고, G PFS를 갖는 ssRNA에 대해 약간 적은 활성을 가졌다.
LwC2c2 RNase 부차적 활성의 실시간 측정은 상업적으로 이용가능한 RNA 형광 플레이트 판독기를 사용하여 측정하였다 (도 17A). LwC2c2 활성의 기준치 감도를 결정하기 위해서, LwC2c2는 ssRNA 표적 1 (ssRNA 1) 및 ssRNA 표적 내 부위에 상보성인 crRNA와, RNA 센서 프로브와 함께 인큐베이션시켰다 (도 18). 이것은 다른 최신 핵산 검출 기술 (Pardee et al., 2014) 보다 더 민감하지만, 펨토몰라 이하의 검출 성능을 요구하는 많은 진단 적용에 충분히 민감하지 않은 ∼50 fM의 감도를 산출하였다 (도 27A) (Barletta et al., 2004; Emmadi et al., 2011; Rissin et al., 2010; Song et al., 2013).
감도를 증가시키기 위해서, 등온성 증폭 단계가 LwC2c2와의 인큐베이션 이전에 첨가되었다. LwC2c2-매개 검출과 이전에 사용된 등온성 증폭 접근법 예컨대 핵산 서열 기반 증폭 (NASBA)(Compton, 1991; Pardee et al., 2016)과의 커플링은 일정한 정도로 감도를 개선시켰다 (도 11). 대안적인 등온성 증폭 접근법, 리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA) (Piepenburg et al., 2006)은 2시간 내에 기하급수적으로 DNA를 증폭시키기 위해 사용될 수 있는 것을 시험하였다. RPA 프라이머 상에 T7 RNA 중합효소 프로모터를 첨가함으로써, 증폭된 DNA는 LwC2c2에 의한 후속 검출을 위해 RNA로 전환될 수 있다 (도 17). 따라서, 일정한 예의 실시형태에서, 어세이는 RPA에 의한 증폭, DAN에서 RNA로의 T7 RNA 중합효소 전환, 및 소광된 리포터로부터 형광의 후속 검출, C2c2 노출에 의한 RNA의 후속 검출의 조합을 포함한다.
ssRNA 1의 합성된 DNA 형태에 대해 예시적인 방법을 사용하여, 반응 당 1-10 분자 범위에서 아토몰라 감도를 획득하는 것이 가능하였다 (도 27B, 좌측). 검출의 정확도를 검증하기 위해서, 투입 DNA의 농도는 디지털-액적 PCR에 의해 정량하였고 최저 검출가능한 표적 농도 (2 aM)가 마이크로리터 당 단일 분자의 농도에서였다는 것을 확인하였다. 역전사 단계의 첨가로, RPA는 또한 RNA를 dsDNA 형태로 증폭시킬 수 있어서, ssRNA 1에 대해 아토몰라 감도를 획득할 수 있게 한다 (도 27B, 우측). 유사하게, RNA 표적의 농도는 디지털-액적 PCR에 의해 확인하였다. POC 진단 시험으로서 기능하는 일례의 방법의 가변성을 평가하기 위해서, 단일 반응에서 기능하는 모든 성분 - RPA, T7 중합효소 증폭, 및 LwC2c2 검출 - 의 능력을 시험하였고 원-포트 형태의 어세이로 아토몰라 감도를 확인하였다 (도 22).
어세이는 액체 또는 종이 상에서 민감한 바이러스 검출을 할 수 있다
다음으로 어세이가 고감도를 요구하는 감염성 질환 적용시에 효과적이고 휴대용 진단으로 이득을 얻을 수 있는지 여부를 결정하였다. 모델 시스템에서 검출을 시험하기 위해서, 지카 바이러스의 RNA 단편을 보유하는 렌티바이러스 및 관련 플라비바이러스 뎅기 (Dejnirattisai et al., 2016)를 생성시켰고 바이러스 입자의 수를 정량하였다 (도 31A). 모의군 바이러스의 수준은 2 aM에 이르기까지 검출하였다. 동시에, 지카 및 뎅기 RNA 단편을 함유하는 이들 대용 바이러스 간 분명한 구별을 보여주는 것이 또한 가능하였다 (도 31B). 어세이가 유통을 위한 저온 유통 체계에 대한 의존성을 제거하기 위해 동결-건조와 상용성인지 여부를 결정하기 위해서, 반응 성분을 동결-건조시켰다. 동결건조된 성부을 재수화시키기 위해 샘플을 사용한 후, 20 fM의 ssRNA 1이 검출되었다 (도 33A). 자원-부족한 POC 상황은 사용 편이성으로 인해 종이 시험으로 이득을 얻을 수 있으므로, 유리 섬유 종이 상에서 C2c2 검출의 활성을 또한 평가하였고 종이-스폿팅된 C2c2 반응이 표적 검출할 수 있다는 것을 확인하였다 (도 33B). 조합하여, C2c2 검출 반응의 동결 건조 및 종이-스폿팅은 그 결과로 ssRNA 1의 민감한 검출을 야기시켰다 (도 33C). 유사한 수준의 감도가 또한 용액 중 LwC2c2 및 동결 건조 LwC2c2 간에 합성 지카 바이러스 RNa 단편의 검출에 대해 관찰되었고, 동결건조된 SHERLOCK의 강건함 및 신속한, POC 지카 바이러스 진단에 대한 가능성을 입증하였다 (도 33D-E). 이러한 목적을 위해서, 어세이의 POC 변동의 능력을 시험하여 뎅기 RNA로부터 지카 RNA를 구별하는 능력을 결정하였다 (도 31C). 종이-스폿팅 및 동결건조가 판독의 절대 신호를 약간 감소시켰지만, 어세이는 뎅기 대조군 서열을 갖는 모의군 바이러스의 검출과 비교하여, 20 aM 정도로 낮은 농도에서 모의군 지카 바이러스를 여전히 유의하게 검출하였다 (도 31D).
인간에서 지카 바이러스 RNA 수준은 환자 타액에서 3 x 106 카피/mL (4.9 fM) 및 환자 혈청에서 7.2 x 105 카피/mL (1.2 fM) 정도로 낮은 것으로 보고되었다 (Barzon et al., 2016; Gourinat et al., 2015; Lanciotti et al., 2008). 수득된 환자 샘플로부터 1.25 x 103 카피/mL (2.1 aM) 정도로 낮은 농도가 관찰되었다. 어세이가 저-역가 임상 단리주의 지카 바이러스 검출을 할 수 있는지 여부를 평가하기 위해서, 바이러스 RNA를 환자로부터 추출하였고 역전사시켰고 최종 cDNA를 어세이를 위한 투입물로서 사용하였다 (도 32A). 지카 인간 혈청 샘플에 대한 유의한 검출은 1.25 카피/㎕ (2.1 aM)에 이르는 농도에서 관찰되었다 (도 32B). 뿐만 아니라, 환자 샘플 유래의 신호는 지카 바이러스 RNA 카피수를 예측하였고 바이러스 존재량을 예측하는데 사용될 수 있었다 (도 31F). 핵산 정제가 이용불가능한 질환 상황의 경우에 광범위한 적용가능성을 시험하기 위해서, 인간 혈청에 섞인 ssRNA 1의 검출을 시험하였고, 어세이가 2% 이하의 혈청 수준에서 활성화되었다는 것을 결정하였다 (도 33G).
박테리아 병원체 구별 및 유전자 구별
어세이가 박테리아 병원체를 구별하는데 사용될 수 있는지 여부를 결정하기 위해서, 보존된 측접 영역이 박테리아 종에 걸쳐 유니버설 RNA 프라이머를 사용가능하게 하고, 가변 내부 영역이 종을 구별할 수 있게 하므로, 16S V3 영역이 초기 표적으로서 선택되었다. 5종의 가능한 표적화 crRNA의 패널을 병원성 균주 및 단리된 이. 콜라이 및 슈도모나스 애루지노사 gDNA에 대해 디자인하였다 (도 34A). 이 어세이는 이. 콜라이 또는 피. 애루지노사 gDNA를 구별할 수 있었고 다른 종의 crRNA에 대한 낮은 배경값 신호를 나타내었다 (도 34 A, B).
어세이는 또한 관심 박테리아 유전자, 예컨대 항생제-내성 유 전자를 신속하게 검출하고 구별하도록 적합화될 수 있다. 카르바페넴-내성 엔테로박테리아 (CRE)는 중요한 신흥 공중 보건 도전이다 (Gupta et al., 2011). 시험이 카르바페넴-내성 유전자를 구별할 수 있는지, 카르바페넴-내성 유전자를 검출하는 어세이의 능력을 평가하였다. 클렙시엘유라 뉴모니아는 클렙시엘라 뉴모니아에 카르바페네마제 (KPC) 또는 뉴 델리 메탈로-베타-락타마제 1 (NDM-1) 내성 유전자를 보유하는 임상 단리주로부터 수득하였고 유전자를 구별하기 위해 crRNA를 디자인하였다. 모든 CRE는 이들 내성 유전자가 결여된 박테리아에 대해 유의한 신호를 가졌고 (도 35A), 내성의 KPC 및 NDM-1 균주를 유의하게 구별할 수 있었다 (도 35B).
CRISPR RNA- 가이드된 RNase의 단일-염기 미스매치 특이도
일정한 CRISPR RNA-가이드된 RNase 오르쏘로그, 예컨대 LshC2c2는 단일-염기 미스매치를 쉽게 구별하지 못한다는 것이 확인되었다 (Abudayyeh et al., 2016). 본 명세서에서 입증하는 바와 같이, LwC2c2는 또한 이러한 특성을 공유한다 (도 37A). LwC2c2 절단의 특이도를 증가시키기 위해서, 미스매치에 대한 총 감도를 증가시키고 단일-염기 미스매치 감도를 가능하게 하는, crRNA:표적 듀플렉스에 합성 미스매치를 도입시키기 위한 시스템을 개발하였다. 표적 1에 대한 다수 crRNA가 디자인되었고 crRNA의 길이에 걸쳐 미스매치를 포함시켜서 (도 37A) 표적-적중 절단을 최적화시켰고 단일 미스매치 만큼 상이한 표적의 절단을 최소화시켰다. 이들 미스매치는 ssRNA 표적 1의 절단 효율을 감소시키지 않았지만, 추가 미스매치를 포함하는 표적 (ssRNA 표적 2)에 대한 신호는 유의하게 감소시켰다. 표적 1 및 2를 최선으로 구별하는 디자인된 crRNA는 표적 2 미스매치에 가깝게 합성 미스매치를 포함하여, 사실상 "버블"을 생성시켰다. 표적에 존재하는 합성 미스매치 및 추가 미스매치의 합동 (즉, 이중 미스매치)에 의해 야기된 감도의 손실은 연속되거나 또는 가까운 이중 미스매치에 대한 LshC2c2의 감도와 일치되고 (Abudayyeh et al., 2016) 단일-뉴클레오티드 구별을 할 수 있는 crRNA의 합리적 디자인을 위한 형태를 제시한다 (도 37B).
단일-염기 미스매치를 인식하도록 C2c2를 조작할 수 있다는 것을 입증되었으므로, 이러한 조작된 특이도가 밀접하게 관련된 바이러스 병원체를 구별하는데 사용될 수 있는지 여부를 결정하였다. 다수의 crRNA는 지카 바이러스의 아프리카 또는 아메리카 균주 (도 37A) 및 뎅기 바이러스의 균주 1 또는 3 (도 37C)을 검출하도록 디자인되었다. 이들 crRNA는 스페이서 서열 내에 합성 미스매치를 포함하였고, 합성 미스매치에 기인하여 표적-적중 균주와 듀플렉스 형성될 때 단일 버블을 형성되게 하였다. 그러나, 합성 미스매치 스페이서가 표적-외 균주와 듀플렉스 형성될 때, 2개 버블이 합성 미스매치 및 SNP 미스매치로 인해 형성된다. 합성 미스매치 crRNA는 표적-외 균주보다 유의하게 더 높은 신호를 갖는 그의 상응하는 균주를 검출하였고 강건한 균주 구별을 가능하게 하였다 (도 37B, 37D). 균주 간 유의한 서열 유사성에 기인하여, 참된 단일-뉴클레오티드 균주 구별을 입증하기 위해서 2개 게놈 간에 오직 단일 뉴클레오티드 차이를 갖는 28 nt의 연속적인 스트렛치를 찾는 것이 가능하지 않았다. 그러나, 그들이 LshC2c2를 갖고 (Abudayyeh et al., 2016), 따라서 보다 짧은 23-nt crRNA는 스페이서 서열에 합성 미스매치 및 표적 서열에 오직 하나의 미스매치를 포함하는 2종의 지카 균주의 표적에 대해 디자인되었으므로, 보다 짧은 crRNA가 여전히 기능성일 것으로 예측되었다. 이들 crRNA는 고감도로 지카의 아프리카 및 아메리카 균주를 여전히 구별할 수 있었다 (도 36C).
타액으로부터 정제된 DNA를 사용한 신속한 유전자형 분석
인간 타액으로부터 신속한 유전자형 분석은 응급 약물유전체 상황 또는 재택 진단에서 유용할 수 있다. 유전자형분석을 위한 본 명세서에 개시된 실시형태의 가능성을 입증하기 위해서, 5개 유전자좌가 표준시험법 (gold standard)으로서 23andMe 유전자형 데이타를 사용해 C2c2 검출을 벤치마킹하기 위해 선택되었다 (Eriksson et al., 2010) (도 38A). 5개 유전자좌는 약제, 예컨대 스타틴 또는 아세타미노펜에 대한 감도, 노로바이러스 감수성, 및 심장 질환의 위험성을 포함하여, 광범위한 기능적 연관성을 포괄한다 (표 7).
표 7
Figure pct00027
4명 인간 대상체 유래의 타액을 채취하였고 1시간 이내에 간단한 상업적 키트를 사용해 게놈 DNA를 정제하였다. 4명 대상체는 5개 유전자좌에 걸쳐 유전자형의 다양한 세트를 가졌고, 유전자형 분석을 위한 어세이를 벤치마킹하기 위해 충분히 넓은 샘플 공간을 제공한다. 5개의 SNP 유전자좌 각각의 경우, 대상체의 게놈 DNA는 적절한 프라이머에 의한 RPA를 사용해 증폭하였고 그 이후에 2종의 가능한 대립유전자 중 하나를 특이적으로 검출하도록 디자인된 crRNA의 쌍 및 LwC2c2로 검출하였다 (도 38B). 어세이는 높은 유의성으로 대립유전자를 구별하고 동형접합 및 이형접합 유전자형 둘 모두를 추론하기에 충분히 특이적이었다. DNA 추출 프로토콜이 검출 전에 타액에 대해 수행되었기 때문에, 임의의 추가 추출없이 5분 동안 95℃로 가열된 타액을 사용하여 POC 유전자형분석을 보다 더 처리가능하게 만들 수 있는지 여부를 결정하기 위해 어세이를 시험하였다. 어세이는 그 타액이 5분 동안 가열 후 증폭 및 C2c2 검출을 겪은 2명 환자를 올바르게 유전자형분석할 수 있었다 (도 40B).
저-대립유전자 분획에서 cfDNA 중 암성 돌연변이의 검출
어세이가 표적 중 단일 뉴클레오티드 편차에 고도로 특이적이기 때문에, 시험은 어세이가 세포-무함유 DNA (cfDNA)에서 암 돌연변이를 검출하기에 충분히 민감한지 여부를 결정하기 위해 고안되었다. cfDNA 단편은 적은 비율 (0.1% 내지 5%)의 야생형 cfDNA 단편이었다 (Bettegowda et al., 2014; Newman et al., 2014; Olmedillas Lopez et al., 2016; Qin et al., 2016). cfDNA 분야에서 상당한 도전은 이들 돌연변이를 검출하는 것인데 그들이 전형적으로 혈액 중 배경으로 발견되는 높은 수준의 비-돌연변이된 DNA를 고려하면 발견되는 것이 어렵기 때문이다 (Bettegowda et al., 2014; Newman et al., 2014; Qin et al., 2016). POC cfDN 암 검사는 또한 특히 차도에 대한 위험성이 있는 환자에 대해, 암 존재의 정기적 스크리닝을 위해 유용할 수 있다.
야생형 배경에서 돌연변이체 DNA를 검출하는 어세이의 능력을, crRNA 표적 부위에 단일 돌연변이를 갖는 ssDNA1의 배경에서 dsDNA 표적 1을 희석하여 결정하였다 (도 41A-B). LwC2c2는 배경 dsDNA의 0.1% 정도로 낮은 수준까지 그리고 dsDNA 1의 아토몰라 농도 내에서 dsDNA 1을 감지할 수 있다. 이러한 결과는 배경 돌연변이체 dsDNA 1의 LwC2c2 절단이 0.1% 대립유전자 분획에서 표적-적중 dsDNA의 강건한 검출을 가능하게 하도록 충분히 낮다는 것을 보여준다. 0.1% 미만의 수준에서, 배경 활성은 올바른 표적의 임의의 추가의 유의한 검출을 막는 문제일 수 있다.
어세이가 임상적으로 관련된 범위에서 대립유전자 분획을 갖는 합성 표적을 감지할 수 있기 때문에, 어세이가 cfDNA에서 암 돌연변이를 검출할 수 있는지 여부를 평가하였다. 2종의 상이한 암 돌연변이, EGFR L858R 및 BRAF V600E에 대한 RPA 프라이머를 디자인하였고, 상업적 cfDNA 표준물은 시험하려는 실제 인간 cfDNA 샘플을 닮은 5%, 1%, 및 0.1%의 대립유전자 분획인 것을 사용하였다. 야생형 대립유전자와 돌연변이체 대립유전자를 구별할 수 있는 crRNA의 쌍을 사용하여 (도 38C), 돌연변이체 유전자좌 둘 모두에 대한 0.1% 대립유전자 분획의 검출을 달성하였다 (도 39 A-B).
고찰
등온성 증폭 및 소광된 형광 프로브와 C2c2의 천연 특성을 조합함으로써, 본 명세서에 개시된 어세이 및 시스템은 RNA 및 DNA를 검출하기 위한 다재다능하고, 강건한 방법으로서, 감염성 질환 적용 및 신속한 유전자형 분석을 포함한 다양한 신속 진단에 적합하다는 것이 입증되었다. 본 명세서에 개시된 어세이 및 시스템의 주요 장점은 새로운 POC 검사가 $0.6/검사 정도로 낮은 비용으로 수일 내에 재디자인되고 합성될 수 있다는 것이다.
많은 인간 질환 적용이 단일 미스매치를 검출하는 능력을 필요로 하므로, crRNA의 스페이서 서열에 합성 미스매치를 도입시켜 표적 서열 내 단일 미스매치에 고도로 특이적이도록 crRNA를 조작하여 합리적인 접근법을 개발하였다. CRISPR 이펙터에 의해 특이도를 획득하기 위한 다른 접근법은 십여개의 가이드 디자인에 대한 스크리닝-기반 방법에 의존적이다 (Chavez et al., 2016). 디자인된 미스매치 crRNA를 사용하여, 단일 미스매치가 상이한 부위에서 지카 및 뎅기 바이러스 균주의 구별, 인간 타액 gDNA로부터 SNP의 신속한 유전자형 분석, 및 cfDNA 샘플에서 암 돌연변이의 검출을 입증하였다.
어세이 플랫폼의 저비용 및 적용성은 그 자체로 (i) 특이적 qPCR 어세이, 예컨대 Taqman을 대신하여 일반적인 RNA/DNA 정량 경험, (ii) 마이크로어레이와 유사한 신속한, 복합 RNA 발현 검출, 및 (iii) 다른 민감한 검출 적용, 예컨대 식품 중 다른 공급원 유래 핵산 오염의 검출을 포함하는, 추가 적용에 제공된다. 추가적으로, C2c2는 잠재적으로 생물학적 환경, 예컨대, 세포에서 전사물의 검출을 위해 사용될 수 있고, C2c2 검출의 고도로 특이적인 성질을 고려하면, 살아있는 세포에서 질환-연관된 돌연변이 또는 전사물의 대립유전자 특이적 발현을 추적하는 것이 가능할 수 있다. 앱타머의 광범위한 이용가능성을 사용하여, 앱타머에 의한 단백질의 검출을 RPA에 대한 은성 증폭 부위의 노출과 커플링시킨 후 C2c2 검출을 후속하여 단백질을 감지하는 것이 가능할 수도 있다.
CRISPR-Cas13a/C2c2에 의한 핵산 검출: 아토몰라 감도 및 단일 뉴클레오티드 특이도
강건한 신호 검출을 획득하기 위해서, 출원인은 렙토트리키아 샤히이 (LshCas13a)에 비해 더 큰 RNA-가이드된 RNase 활성을 나타내는, 렙토트리키아 와데이 (LwCas13a) 유래 Cas13a의 오르쏘로그를 동정하였다 (10) (도 2, 또한 상기 "LwCas13a 요건의 특징규명" 참조). ssRNA 표적 1 (ssRNA 1), crRNA, 및 리포터 (소광된 형광 RNA)와 인큐베이션된 LwCas13a (도 18) (13)는 ∼50 fM의 검출 감도를 산출하였고 (도 51, 15), 많은 진단 적용에 충분하게 민감하지 않다 (12, 14-16). 그러므로 출원인은 Cas13a-based 검출과 상이한 등온성 증폭 단계를 조합하는 것을 조사하였다 (도 10, 11, 53, 16) (17, 18). 조사된 방법 중에서, 리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA) (18)은 최대 감도를 제공하였고 T7 전사와 커플링되어 LwCas13a에 의한 후속 검출을 위해 증폭된 DNA를 RNA로 전환시킬 수 있다 (역시 상기 "리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA) 및 다른 등온성 증폭 전략의 설명" 참조). 출원인은 RPA에 의한 증폭, 증폭된 DNA를 RNA로의 T7 RNA 중합효소 전사, 및 SHERLOCK으로서 리포터 신호의 Cas13a 부차적 RNA 절단-매개 방출에 의한 표적 RNA의 검출의 이러한 조합을 의미한다.
출원인은 RNA (역전사와 커플링했을 경우) 또는 DNA 표적의 검출을 위해 SHERLOCK의 감도를 먼저 결정하였다. 출원인은 디지털-액적 PCR (ddPCR)로 검증한 바와 같이, RNA 및 DNA 둘 모두에 대해 단일 분자 감도를 획득하였다 (도 27, 51, 54A, B). 아토몰라 감도가 모든 SHERLOCK 성분이 단일 반응으로 조합되었을 때 유지되어서, 현장 (POC) 진단으로서 이 플랫폼의 가변성을 입증하였다 (도 54C). SHERLOCK은 그 둘 모두가 민감한 핵산 검출법으로 확립된 ddPCR 및 정량적 PCR (qPCR)과 유사한 수준의 감도를 갖는데 반해, RPA 단독은 낮은 수준의 표적을 검출할 만큼 충분히 민감하지 않았다 (도 55A-D). 게다가, SHERLOCK은 복제물에 걸쳐 변동 계수에 의해 측정하였을 시, ddPCR, qPCR, 및 RPA 보다 적은 변동을 보인다 (도 55E-F).
다음으로 출원인은 고감도를 요구하는 감염성 질환 적용분야에서 SHERLOCK이 효과적인지 여부를 조사하였다. 출원인은 지카 바이러스 (ZIKV) 또는 관련 플라비바이러스 뎅기 (DENV)의 게놈 단편을 보유하는 렌티바이러스를 생성시켰다 (19) (도 31A). SHERLOCK은 2 aM에 이르기 까지 바이러스 입자를 검출하였고 ZIKV 및 DENV를 구별할 수 있었다 (도 31B). 필드에서 SHERLOCK의 잠재적인 사용을 조사하기 위해서, 출원인은 먼저 동결건조시키고 후속하여 재수화시킨 Cas13acrRNA 복합체 (20)가 20 fM의 비증폭된 ssRNA 1을 검출할 수 있고 (도 33A) 표적 검출은 또한 유리 섬유 종이 상에서 가능하였다 (도 33B)는 것을 입증하였다. SHERLOCK의 다른 성분은 또한 동결-건조로 처리할 수 있고: RPA는 대기 온도에서 동결건조된 시약으로서 제공되고, 출원인은 T7 중합효소가 동결-건조를 견딘다는 것을 이전에 입증하였다 (2). 조합하여, Cas13a 검출 반응물의 동결-건조 및 종이-스폿팅은 그 결과로 수성 반응과 비슷한 수준으로 ssRNA 1의 민감한 검출을 야기하였다 (도 33C-E). 종이-스폿팅 및 동결건조는 판독의 절대 신호를 약간 감소시켰지만, SHERLOCK (도 31C)은 20 aM 정도로 낮은 농도에서 모의군 ZIKV 바이러스를 쉽게 검출할 수 있었다 (도 31D). SHERLOCK은 또한 역가가 2 x 103 카피/mL (3.2 aM) 정도로 낮을 수 있는 임상 단리물 (혈청, 소변 또는 타액) 중에서 ZIKV를 검출할 수 있다 (21). 환자 혈청 또는 소변 샘플로부터 추출하였고 cDNA로 역전사된 ZIKV RNA (도 32E 및 52A)는 1.25 x 103 카피/mL (2.1 aM)에 이르는 농도에서 검출될 수 있었고, qPCR을 통해 확인된 바와 같다 (도 32F 및 52B). 뿐만 아니라, 환자 샘플 유래 신호는 ZIKV RNA 카피수를 예측하였고 바이러스 존재량을 예측하는데 사용할 수 있었다 (도 33F). 핵산 정제없이 샘플 검출을 모의하기 위해서, 출원인은 인간 혈청에 섞인 ssRNA 1의 검출을 측정하였고, Cas13a가 2% 정도로 많은 혈청을 함유하는 반응물 중에서 RNA를 검출할 수 있었다 (도 33G). 본 명세서에서 개시된 실시형태에 대한 다른 중요한 역학적 적용은 박테리아 병원체의 동정 및 특이적 박테리아 유전자의 검출이다. 출원인은 보존된 측접 영역이 유니버설 RPA 프라이머를 박테리아 종에 걸쳐 사용하는 것이 가능하고 가변 내부 영역이 종의 구별을 가능하게 하는 16S rRNA 유전자 V3 영역을 표적으로 하였다. 이. 콜라이 및 슈도모나스 애루지노사로부터 단리된 gDNA 및 상이한 병원체 균주에 대한 5종의 가능한 표적화 crRNA의 패널 (도 34A)에서, SHERLOCK은 정확하게 균주를 유전자형 분석하였고 낮은 교차-반응성을 보였다 (도 34B). 추가적으로, 출원인은 2종의 상이한 내성 유전자: 클렙시엘라 뉴모니아에 카르바페네마제 (KPC) 및 뉴 델리 메탈로-베타-락타마제 1 (NDM-1)에 의해 클렙시엘라 뉴모니아에의 임상 단리주들을 구별하기 위해 SHERLOCK을 사용할 수 있었다 (22) (도 56).
SHERLOCK의 특이도를 증가시키기 위해서, 출원인은 단일-염기 미스매치가 상이한 표적들을 LwCas13a가 구별할 수 있게 하는 crRNA:표적 듀플렉스에 합성 미스매치를 도입시켰다 (도 36A,B; 상기 "조작된 미스매치의 디자인" 참조). 출원인은 ZIKV의 아프리카 또는 아메리카 균주 (도 37A) 및 DENV의 균주 1 또는 3 (도 37C)을 검출하기 위해 스페이서 서열에 합성 미스매치를 갖는 다수의 crRNA를 디자인하였다. 합성 미스매치 crRNA는 표적-외 균주보다 유의하게 더 높은 신호를 갖는 그들의 상응하는 균주를 검출하였고 (양측 스튜던트 t-검정; p < 0.01), 단일 미스매치를 기반으로 강건한 균주 구별을 가능하게 하였다 (도 37B, D, 36C). 추가의 특징규명은 Cas13a 검출이 돌연변이가 스페이서의 위치 3에 존재하고 합성 미스매치가 위치 5에 존재할 때 표적-적중 감도를 유지하면서 최대 특이도를 달성한다는 것을 밝혔다 (도 57 및 58). 단일-염기 차이를 검출하기 위한 능력은 신속한 인간 유전자형분석을 위해 SHERLOCK을 사용하는 기회를 열어준다. 출원인은 광범위한 건강-관련 단일-뉴클레오티드 다형성 (SNP)을 포괄하는 5개 유전자좌를 선택하였고 (표 1) 이들 SNP에서 표준시험법으로서 23andMe 유전자형분석 데이타를 사용하여 SHERLOCK 검출을 벤치마킹하였다 (23) (도 38A). 출원인은 관심 유전자좌에 걸쳐 다양한 유전자형을 갖는 4명 인간 대상체로부터 타액을 채취하였고, 상업적 컬럼 정제 또는 5분간 직접 가열을 통해서 게놈 DNA를 추출하였다 (20). SHERLOCK은 동형접합 및 이형접합 유전자형 둘 모두를 추론하기에 충분한 특이도 및 높은 유의성으로 대립유전자를 구별하였다 (도 38B, 40, 59, 60; 또한 상기 "합성 표준물을 사용한 SHERLOCK에 의한 유전자형 분석" 참조). 마지막으로, 출원인은 환자 혈액 중 높은 야생형 DNA의 수준으로 인해 도전과제가 되는, 세포 무함유 (cf) DNA 단편에서 낮은 빈도의 암 돌연변이를 SHERLOCK이 검출할 수 있는지 여부를 결정하고자 하였다 (24-26). 출원인은 먼저 SHERLOCK이 게놈 DNA의 배경에서 희석된 아토몰라 농도에서 ssDNA 1을 검출할 수 있다는 것을 발견하였다 (도 61). 다음으로, 출원인은 SHERLOCK이 또한 임상적으로 관련있는 범위인, 0.1% 정도로 낮은 배경 DNA 수준에서 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)-함유 대립유전자를 검출할 수 있다는 것을 발견하였다 (도 41A, B). 다음으로, 출원인은 0.1%로 낮은 대립유전자 분획을 갖는 모의군 cfDNA 샘플에서, 2종의 상이한 암 돌연변이, EGFR L858R 및 BRAF V600E를 검출할 수 있다는 것을 입증하였다 (도 38,39) (20).
SHERLOCK 플랫폼은 (i) 특이적 qPCR 어세이, 예컨대 TaqMan 대신 일반적인 RNA/DNA 정량, (ii) 신속한, 복합 RNA 발현 검출, 및 (iii) 다른 민감한 검출 적용분야, 예컨대 핵산 오염의 검출을 포함하는 추가 적용분야를 제공한다. 추가적으로, Cas13a는 잠재적으로 생물학적 환경 내에서 전사물을 검출할 수 있었고 살아있는 세포 내 질환-연관 돌연변이 또는 전사물의 대립유전자-특이적 발현을 추적할 수 있었다. SHERLOCK은 감염성 질환 적용분야 및 민감한 유전자형 분석을 포함하는 신속한 진단에 적합한, RNA 및 DNA를 검출하기 위한 다재다능하고, 강건한 방법이다. SHERLOCK 종이 검사는, 거의 모든 시험된 crRNA가 높은 감도 및 특이도를 일으켰으므로, 신뢰를 갖고, 수일 내에 $0.61/검사 정도로 낮은 비용으로 재디자인 및 합성될 수 있다 (상기 "SHERLOCK은 입수가능하고, 적합화가능한 CRISPR-Dx 플랫폼이다" 참조). 이들 품질은 CRISPR-Dx의 능력을 강조하고 생물학적 분자의 신속하고, 강건하며 민감한 검출을 위한 새로운 길을 열어준다.
표 8
Figure pct00028
Figure pct00029
표 9
Figure pct00030
Figure pct00031
Figure pct00032
Figure pct00033
표 10
Figure pct00034
표 11
Figure pct00035
실시예 3 - 오르쏘로그 염기 선호도를 사용한 Cas13b 오르쏘로그의 특징규명
출원인은 SHERLOCK 검출 기술을 개선시키기 위해 새로운 후보물을 찾기 위해서 RNA-가이드된 RNA-표적화 효소의 최근에 정의된 VI형 CRISPR-Cas13b 패밀리의 14종 오르쏘로그를 생화학적으로 특징규명하였다 (도 83A 및 85). 출원인은 이. 콜라이에서 14종의 Cas13b 오르쏘로그를 이종성으로 발현시킬 수 있었고 시험관내 RNase 활성 어세이를 위해 단백질을 정제하였다 (도 86). 상이한 Cas13 오르쏘로그가 최적 절단 활성을 위해 다양한 염기 선호도를 가질 수 있기 때문에, 출원인은 오르쏘로그 절단 선호도를 평가하기 위해서, 5종의 A들, G들, C들, 또는 U들로 이루어진 형광성 RNase 동종중합체 센서를 생성시켰다. 출원인은 각각의 오르쏘로그를 합성 173nt ssRNA 1을 표적화하는 이의 동족 crRNA와 인큐베이션시켰고 동종중합체 형광 센서를 사용하여 부차적 절단 활성을 측정하였다 (도 83B 및 87).
실시예 4 - 라이브러리를 사용한 모티프 발굴 스크리닝
다양한 Cas13a 및 Cas13b 오르쏘로그의 절단 선호도의 다양성을 더 조사하기 위해서, 출원인은 부차적 활성에 대응하여 엔도뉴클레아제 활성에 선호되는 모티프를 특징규명하기 위해 라이브러리-기반 접근법을 개발하였다. 출원인은 미절단된 서열의 판독 및 증폭을 가능하게 하는 불변 DNA 핸들이 측접된 축퇴성 6-량체 RNA 리포터를 사용하였다 (도 83C). 이 라이브러리와 부차적 활성화 Cas13 효소의 인큐베이션은 그 결과로 검출가능한 절단을 야기시켰고 표적 RNA의 첨가에 의존적이었다 (도 88). 격감된 모티프의 시퀀싱은 염기-선호도를 의미하는, 분해 시간 동안 라이브러리의 스큐의 증가를 밝혀내었고 (도 89A), 한계 비율 이상의 서열의 선택은 효소의 절단에 상응하는 수 농축된 서열을 생성시켰다 (도 89B). 농축된 모티프로부터의 서열 로고는 LwaCas13a 및 CcaCas13b에 대해 관찰된 U-선호도 및 PsmCas13b의 A-선호도를 재현시켰다 (도 89C). 출원인은 또한 독립적인 판독을 가능하게 하기 위해서, 다른 것들은 아니고, 오직 하나의 오르쏘로그에 대해서만 절단을 보인 다수 서열을 결정하였다 (도 89D).
효소 선호도의 특이적 하위-모티프를 이해하기 위해서, 출원인은 단일-염기 선호도에 대해 격감된 모티프를 분석하였고 (도 90A), 이것은 시험된 동종중합체 모티프를 비롯하여 2-염기 모티프의 경우에도 일치되었다 (도 83C 및 90B). 이들 2-염기 모티프는 특히 LwaCas13a 및 PsmCas13b의 경우에 보다 복잡한 선호도가 밝혀졌는데, TA, GA, 및 AT 2염기 서열을 선호하였다. 고차원 모티프는 또한 추가의 선호도를 밝혀주었다 (도 91 및 92).
출원인은 표적의 시험관내 분해에 의해 LwaCas13a, PsmCas13b, 및 CcaCas13b의 부차적 선호도를 확인하였다 (도 93). PsmCas13b의 약한 분해를 개선시키기 위해서, 출원인은 완충액 조성 및 효소 농도를 최적화시켰다 (도 94A, B). PsmCas13b 및 Cas13b 오르쏘로그에 대해 시험된 다른 이가 양이온은 큰 효과를 갖지 않았다 (도 95A-F). 출원인은 또한 2개 RNA 표적에 대해서 PsmCas13b를 이전에 특징규명된 A-선호도 Cas13 패밀리 구성원과 비교하였고 비슷하거나 또는 개선된 감도를 확인하였다 (도 96A, B). 이들 결과로부터, 출원인은 독립 리포터에 의한 개별 반응으로, LwaCas13a 및 PsmCas13b의 운동학을 비교하였고, 2개 채널 간에 낮은 수준의 혼선을 확인하였다 (도 83D).
실시예 5 - LwaCas13a , PsmCas13b , 및 CcaCas13b에 의한 단일 분자 검출
SHERLOCK 기술의 핵심 특성은 LwaCas13a 부차적 RNase 활성에 의해서 단일 분자 검출 (2 aM 또는 1 분자/㎕)을 가능하게 하는 것이다. Cas13b 효소의 감도를 특징규명하기 위해서, 출원인은 PsmCas13b 및 CcaCas13b, 우리딘 선호도를 갖는 다른 고도의 활성 Cas13b 효소에 의해 SHERLOCK을 수행하였다 (도 83E). 출원인은 LwaCas13a, PsmCas13b, 및 CcaCas13b가 2종의 상이한 RNA 표적인, ssRNA 1 및 합성 지카 ssRNA의 2 aM 검출을 달성할 수 있었다는 것을 발견하였다 (도 83E; 97, 및 98). 이들 3종 효소에 의한 표적화의 강건성을 조사하기 위해서, 출원인은 ssRNA 1에 걸쳐 균일하게 공간을 차지하는 11종의 상이한 crRNA를 디자인하였고 LwaCas13a가 가장 일관적으로 신호 검출을 달성하는 한편, CcaCas13b 및 Psmcas13b는 둘 모두가 crRNA에서 crRNA까지의 검출에서 훨씬 더 가변성을 보인다는 것을 발견하였다 (도 99). 검출을 위한 최적 crRNA를 동정하기 위해서, 출원인은 PsmCas13b 및 CcaCas13b의 스페이서 길이를 34-12 nt로 다양화시켰고 PsmCas13b가 30 nt의 스페이서 길이에서 최고 감도를 가진 한편, CcaCas13b는 28 nt의 스페이서 길이 이상에서 균등한 감도를 갖는다는 것을 발견하였다 (도 100). 출원인은 또한 SHERLOCK에 더 큰 샘플 부피 투입을 가능하게 하는, 검출 한계가 2 aM 이상이 될 수 있는지 여부를 시험하였다. 증폭전 RPA 단계의 규모 확장에 의해서, 출원인은 LwaCas13a 및 PsmCas13b가 200, 20, 및 2 zM 투입 샘플에 대해 유의한 검출 신호를 제공할 수 있고 250 ㎕ 및 540 ㎕의 부피 투입을 가능하게 한다는 것을 발견하였다.
실시예 6 - RPA와 정량적 SHERLOCK
SHERLOCK이 대수적 증폭에 의존하므로, 핵산의 정확한 정량이 어려울 수 있다. 출원인은 RPA 단계의 효율 감소는 SHERLOCK 반응의 신호 및 투입량 간 상관성을 개선시킬 수 있다고 가정하였다. 출원인은 SHERLOCK 검출의 운동학이 다양한 샘플 농도에 걸쳐 프라이머 농도에 대해 매우 민감하다는 것을 관찰하였다 (도 101A-D). 출원인은 프라이머 농도를 희석시켰고, 이것은 신호와 정량 정확도 둘 모두를 증가시켰다 (도 83G 및 101E). 이러한 관찰은 프라이머-이량체 형성의 감소에 기인한 것일 수 있고, 보다 효과적인 증폭을 가능하게 하는 한편 포화를 방지한다. 120 nM의 프라이머 농도는 신호와 투입 간에 최대 상관성을 나타내었다 (도 101F). 이러한 정확도는 아토몰라 범위에 이르는 광범위한 농도에 걸쳐 지속가능하였다 (도 83H 및 101G).
실시예 7 - 오르쏘고날 Cas13 오르쏘로그에 의해 2 색상 복합화
핵산 진단의 유리한 특성은 복합화된 검출 패널 또는 샘플 대조군을 가능하게 하는, 다수 샘플 투입물을 동시에 검출하는 능력이다. Cas13 효소의 오르쏘고날 염기 선호도는 복합화된 SHERLOCK를 갖는 기회를 제공한다. 출원인은 상이한 염기 정체성 및 형광단 색상의 형광 동종중합체 센서를 통해서 동일 반응에서 상이한 Cas13 효소의 부차적 활성을 어세이할 수 있어서, 다수 표적을 동시에 측정할 수 있게 한다 (도 84A). 이러한 개념을 입증하기 위해서, 출원인은 지카 바이러스 ssRNA에 대해 LwaCas13a crRNA 및 뎅기 바이러스 ssRNA에 대해 PsmCas13b crRNA를 디자인하였다. 출원인은 동일한 반응으로 Cas13-crRNA 복합체의 양쪽 세트에 의한 이러한 어세이가, 지카 또는 뎅기 DNA, 또는 둘 모두가 반응에 존재한다면, 식별해낼 수 있다는 것을 확인하였다 (도 84B). 출원인은 또한 CcaCas13b 및 PsmCas13b 간 오르쏘고날 선호도로 인해, 이들 2개 효소가 또한 지카 및 뎅기 표적의 복합 검출에 영향을 줄 수 있다는 것을 확인하였다 (도 102). 출원인은 복합화된 RPA 프라이머 및 Cas13-crRNA 복합체 둘 모두를 함유하는, 전체 SHERLOCK 반응에 대해 이러한 개념을 성공적으로 확장시킬 수 있었다. 출원인은 피. 애루지노사에 대해 LwaCas13a crRNA 및 에스. 아우레우스에 대해 PsmCas13b crRNA를 디자인하였고 아토몰라 범위까지 양쪽 DNA 표적을 검출할 수 있었다 (도 84C). 유사하게, PsmCas13b 및 LwaCas13a 둘 모두를 사용하여, 출원인은 SHERLOCK을 사용해 지카 및 뎅기 RNA의 아토몰라 복합 검출을 달성할 수 있었다 (도 103).
출원인은 LwaCas13a가 단일 뉴클레오티드 변이체 검출을 할 수 있고 인간 타액으로부터 신속한 유전자형 분석을 위해 적용될 수 있지만, 검출이 2개 개별 반응: 각각의 대립유전자-감지 crRNA를 위한 하나씩을 요구한다는 것을 확인하였다. 단일-반응 SHERLOCK 유전자형분석을 할 수 있기 위해서, 출원인은 노로바이러스 내성과 연관된 알파(1,2)-푸코실트랜스퍼라제 FUT2 유전자의 변이체인, rs601338 SNP의 A-대립유전자에 대해 PsmCas13b crRNA 및 G-대립유전자에 대해 LwaCas13a crRNA를 디자인하였다. 이러한 단일-샘플 복합화 접근법을 사용하여, 출원인은 그들의 타액을 사용해 4명의 상이한 인간 대상체를 성공적으로 유전자형분석할 수 있었고 그들이 동형접합 또는 이형접합인지 여부를 정확하게 식별할 수 있었다.
효소의 Cas13 패밀리의 다능성을 더 돋보이게 하기 위해서, 출원인은 동반 진단 및 요법 그 자체로서 제공되는 Cas13을 포함하는 치료 접근법을 모의하였다. 출원인은 최근에 REPAIR (RNA Editing for Programmable A to I Replacement)라고 하는 시스템을 사용하여, 유전 질환의 교정 돌연변이에 대해 사용될 수 있는, 전사물의 프로그램가능한 RNA 편집을 위해 PspCas13b를 개발하였다. 진단은 치료 결정을 인도하거나 또는 치료의 결과를 모니터링하기 위해서 요법과 쌍을 이룰 때 매우 유용할 수 있기 때문에, 출원인은 SHERLOCK이 REPAIR 치료를 인도하기 위해 유전자형분석에 사용될 수 있고 또한 요법의 편집 효율을 추적하기 위해 편집된 RNA에 대한 판독으로서 사용될 수 있다고 생각하였다 (도 84E). 출원인은 대장 및 직장에 암이 관여되는 유전 장애인 가족성 선종성 용종증 1에서 APC 돌연변이 (APC:c.1262G>A)를 교정하기 위한 이러한 테라노스틱 개념을 입증하기 위해 선택하였다. 출원인은 APC 유전자의 건강 및 돌연변이체 cDNA를 디자인하였고 이들로 HEK293FT 세포를 형질감염시켰다. 출원인은 이들 세포로부터 DNA를 수확할 수 있었고 LwaCas13a 및 PsmCas13b에 의한 단일-샘플 복합화 SHERLOCK을 사용해 올바른 샘플을 성공적으로 유전자형 분석할 수 있었다 (도 84F). 동시에, 출원인은 REPAIR 시스템에 대한 가이드 RNA를 디자인하여 클로닝하였고 가이드 RNA 및 dPspCas13b-ADAR2dd(E488Q) REPAIR 시스템에 의해 질환 유전자형을 갖는 세포를 형질감염시켰다. 48시간 후에, 출원인은 RNA를 수확하였고, 출원인은 이것을 편집 결과를 검출하기 위한 SHERLOCK 및 편집율을 확인하기 위한 차세대 시퀀싱 (NGS) 분석을 위한 투입물로 분할하였다. 시퀀싱은 출원인이 REPAIR 시스템에 의해 43% 편집을 달성하였고 (도 84G), 건강-감지 crRNA가 비표적화 가이드 대조군 조건보다 더 높은 신호를 보였으며 질환-감지 crRNA가 신호의 감소를 보였음에 따라, SHERLOCK으로 이것을 검출할 수 있었다는 것을 밝혀내었다 (도 84H 및 104). 전체적으로 이러한 어세이를 위한 시약의 디자인 및 합성은 3일이 걸렸고, 유전자형분석은 1일이 걸렸으며, REPAIR에 의한 보정 및 편집율 감지는 3일이 걸려서, 단지 7일간 지속되는 전체 테라노스틱스 파이프라인을 산출하였다.
출원인은 렙토트리키아 와데이 유래의 VI형 RNA-가이드된 RNA-표적화 CRISPR-Cas13a 오르쏘로그를 사용한 핵산의 고도의 민감하고 특이적인 검출을 입증하였다. 출원인은 Cas13b 효소 패밀리가 생화학적으로 활성이고 SHERLOCK에 의한 핵산의 복합 검출을 처리할 수 있게 만드는 고유한 특성을 갖는다는 것을 더욱 확인하였다. Cas13b 효소의 오르쏘고날 염기 선호도를 특징규명함으로써, 출원인은 LwaCas13a가 인식하지 않는 PsmCas13b에 의해 인식되는 형광성 RNA 센서의 특이적 서열을 발견하였다. 출원인은 2개의 상이한 표적의 샘플-중 복합 검출을 가능하게 만들기 위해서 이들 염기 선호도에 영향을 미칠 수 있었고, 바이러스 균주를 구별하고 개체의 유전자형 분석을 위한 이러한 특성의 활용성을 보여주었다. 추가적으로, 증폭전 단계의 조작을 통해서, SHERLOCK은 정량적으로 만들어질 수 있어서, 투입 핵산 농도 또는 정량의 개산 (approximation)을 가능하게 한다. 출원인은 추가적으로 오르쏘고날 PsmCas13b가 단일 문자 검출을 할 수 있고 부피 규모 확장을 통해서 출원인이 최대 ∼0.5 mL로, 2 zM의 농도에 이르기까지 샘플의 검출을 수행할 수 있다는 것을 확인하였다.
SHERLOCK에 의한 복합 검출은 다수 반응을 공간적으로 수행함으로써 가능하지만, 오르쏘고날 염기 선호도를 통한 샘플-중 복합화는 많은 표적을 규모에 있어서 더 저렴한 비용으로 검출할 수 있게 한다. 출원인은 여기서 2-투입 복합화를 확인하였지만, 절단 모티프 스크린은 추가의 오르쏘고날 절단 센서의 디자인을 가능하게 한다 (도 90). 그 둘 모두가 동일한 우리딘 동종중합체를 절단하고 그리하여 동종중합체 센서에 의해 측정시 오르쏘고날이 아닌 LwaCas13a 및 CcaCas13b (도 83B)가, 모티프 스크리닝에 의해 매우 고유한 절단 선호도를 보였다 (도 90). 추가의 Cas13a, Cas13b, 및 Cas13c 오르쏘로그를 스크리닝함으로써, 많은 오르쏘로그가 고유한 6-량체 모티프 선호도를 밝혀낼 것이고, 이것은 이론적으로 스펙트럼적으로 고유한 형광 센서의 개수에 의해서만 제한되는 고도의 복합 SHERLOCK을 가능하게 할 수 있을 것이다. 고도의 복합 SHERLOCK은 많은 기술적 적용, 특히 복합 투입 감지 및 논리적 계산을 포함하는 것들을 가능하게 한다.
시각적이고, 보다 민감한, 복합 판독을 위한 Cas13-기반 검출의 이들 추가의 개량은 특히 휴대용 및 무장비 분석이 필요한 상황에서 핵산 검출의 증가된 적용을 가능하게 한다. 신속한 복합 유전자형분석으로, 약물유전체학 결정, 들판의 다수 작물 특성에 대한 검사, 또는 공존 병원체의 존재에 대한 평가를 알아낼 수 있다. 신속한, 등온 판독은 전력 또는 휴대용 판독기가 이용불가능한 상황에서, 심지어 순환성 DNA와 같은 희귀 종에 대해서, 이러한 검출의 접근가능성을 증가시킨다. 개선된 CRISPR-기반 핵산 검사는 농업, 병원체 검출, 및 만성 질환에서 핵산의 존재를 이해하는 것을 보다 용이하게 만든다.
***
본 발명의 기술된 방법, 약학 조성물 및 키트의 다양한 변형 및 이형은 본 발명의 범주 및 사조를 벗어나지 않고 당업자에게 분명해질 것이다. 본 발명이 특별한 실시형태와 함께 기술되어 있지만, 더욱 변형될 수 있으며 청구되는 본 발명이 이러한 특별한 실시형태에 과도하게 제한되어서는 안된다는 것이 이해될 것이다. 실제로, 당업자에게 자명한 본 발명을 수행하기 위해 기술된 방식의 다양한 변형은 본 발명의 범주 내에 포함되는 것으로 의도된다. 본 출원은 일반적으로 본 발명의 원리에 따른 본 발명의 임의의 이형, 용도, 또는 개조를 포괄하는 것으로 의도되고, 본 개시내용으로부터의 이러한 이탈의 포함은 본 발명이 속하는 분야 내에서 공지의 통상적인 관례 내에 있으며 이전에 기재된 본 명세서의 본질적인 특성에 적용될 수 있다.
SEQUENCE LISTING <110> The BROAD Institute, Inc. Massachusetts Institute of Technology The President and Fellows of Harvard College Abudayyeh, Omar Collins, James Gootenburg, Jonathan Zhang, Feng <120> CRISPR Effector System Based Diagnostics <130> BROD-0845WP <150> US 62/432,553 <151> 2016-12-09 <150> US 62/568,268 <151> 2017-10-04 <150> US 62/456,645 <151> 2017-02-08 <150> US 62/471,930 <151> 2017-03-15 <150> US 62/484,869 <151> 2017-04-12 <160> 622 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1440 <212> PRT <213> Leptotrichia shahii <400> 1 Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 1 5 10 15 Lys Asp Phe Lys Ile Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 20 25 30 Gly Asn Lys Tyr Ile Leu Asn Ile Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 35 40 45 Ile Asp Asn Asn Lys Phe Ile Arg Lys Tyr Ile Asn Tyr Lys Lys Asn 50 55 60 Asp Asn Ile Leu Lys Glu Phe Thr Arg Lys Phe His Ala Gly Asn Ile 65 70 75 80 Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Gly Ile Ile Arg Ile Glu Asn Asn 85 90 95 Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr Ile Glu Ala Tyr 100 105 110 Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Gly Ile Thr Lys Lys Lys Ile 115 120 125 Ile Asp Glu Ala Ile Arg Gln Gly Ile Thr Lys Asp Asp Lys Lys Ile 130 135 140 Glu Ile Lys Arg Gln Glu Asn Glu Glu Glu Ile Glu Ile Asp Ile Arg 145 150 155 160 Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser Ile Ile Leu Arg 165 170 175 Ile Ile Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser Ile Tyr Glu Ile 180 185 190 Phe Lys Asn Ile Asn Met Ser Leu Tyr Lys Ile Ile Glu Lys Ile Ile 195 200 205 Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 210 215 220 Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asp Lys Ile Asp Val Ile Leu Thr 225 230 235 240 Asn Phe Met Glu Ile Arg Glu Lys Ile Lys Ser Asn Leu Glu Ile Leu 245 250 255 Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Gly Gly Asp Lys Lys Lys Ser 260 265 270 Lys Asn Lys Lys Met Leu Val Glu Lys Ile Leu Asn Ile Asn Val Asp 275 280 285 Leu Thr Val Glu Asp Ile Ala Asp Phe Val Ile Lys Glu Leu Glu Phe 290 295 300 Trp Asn Ile Thr Lys Arg Ile Glu Lys Val Lys Lys Val Asn Asn Glu 305 310 315 320 Phe Leu Glu Lys Arg Arg Asn Arg Thr Tyr Ile Lys Ser Tyr Val Leu 325 330 335 Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys Ile Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 340 345 350 Lys Ile Val Lys Phe Phe Val Glu Asn Ile Lys Asn Asn Ser Ile Lys 355 360 365 Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Ala Glu Phe Lys Ile Asp Glu Leu Ile 370 375 380 Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu Ile 385 390 395 400 Phe Gly Ile Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 405 410 415 Phe Ser Lys Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys Ile Ile Tyr 420 425 430 Arg Tyr Leu Lys Gly Arg Ile Glu Lys Ile Leu Val Asn Glu Gln Lys 435 440 445 Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys Ile Glu Ile Glu Lys Ile Leu Asn 450 455 460 Glu Ser Ile Leu Ser Glu Lys Ile Leu Lys Arg Val Lys Gln Tyr Thr 465 470 475 480 Leu Glu His Ile Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp Ile Asp 485 490 495 Met Thr Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 500 505 510 Glu Leu Asp Leu Glu Leu Ile Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 515 520 525 Leu Asn Lys Ile Phe Ser Arg Glu Asn Ile Asn Asn Asp Glu Asn Ile 530 535 540 Asp Phe Phe Gly Gly Asp Arg Glu Lys Asn Tyr Val Leu Asp Lys Lys 545 550 555 560 Ile Leu Asn Ser Lys Ile Lys Ile Ile Arg Asp Leu Asp Phe Ile Asp 565 570 575 Asn Lys Asn Asn Ile Thr Asn Asn Phe Ile Arg Lys Phe Thr Lys Ile 580 585 590 Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg Ile Leu His Ala Ile Ser Lys Glu Arg 595 600 605 Asp Leu Gln Gly Thr Gln Asp Asp Tyr Asn Lys Val Ile Asn Ile Ile 610 615 620 Gln Asn Leu Lys Ile Ser Asp Glu Glu Val Ser Lys Ala Leu Asn Leu 625 630 635 640 Asp Val Val Phe Lys Asp Lys Lys Asn Ile Ile Thr Lys Ile Asn Asp 645 650 655 Ile Lys Ile Ser Glu Glu Asn Asn Asn Asp Ile Lys Tyr Leu Pro Ser 660 665 670 Phe Ser Lys Val Leu Pro Glu Ile Leu Asn Leu Tyr Arg Asn Asn Pro 675 680 685 Lys Asn Glu Pro Phe Asp Thr Ile Glu Thr Glu Lys Ile Val Leu Asn 690 695 700 Ala Leu Ile Tyr Val Asn Lys Glu Leu Tyr Lys Lys Leu Ile Leu Glu 705 710 715 720 Asp Asp Leu Glu Glu Asn Glu Ser Lys Asn Ile Phe Leu Gln Glu Leu 725 730 735 Lys Lys Thr Leu Gly Asn Ile Asp Glu Ile Asp Glu Asn Ile Ile Glu 740 745 750 Asn Tyr Tyr Lys Asn Ala Gln Ile Ser Ala Ser Lys Gly Asn Asn Lys 755 760 765 Ala Ile Lys Lys Tyr Gln Lys Lys Val Ile Glu Cys Tyr Ile Gly Tyr 770 775 780 Leu Arg Lys Asn Tyr Glu Glu Leu Phe Asp Phe Ser Asp Phe Lys Met 785 790 795 800 Asn Ile Gln Glu Ile Lys Lys Gln Ile Lys Asp Ile Asn Asp Asn Lys 805 810 815 Thr Tyr Glu Arg Ile Thr Val Lys Thr Ser Asp Lys Thr Ile Val Ile 820 825 830 Asn Asp Asp Phe Glu Tyr Ile Ile Ser Ile Phe Ala Leu Leu Asn Ser 835 840 845 Asn Ala Val Ile Asn Lys Ile Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val 850 855 860 Trp Leu Asn Thr Ser Glu Tyr Gln Asn Ile Ile Asp Ile Leu Asp Glu 865 870 875 880 Ile Met Gln Leu Asn Thr Leu Arg Asn Glu Cys Ile Thr Glu Asn Trp 885 890 895 Asn Leu Asn Leu Glu Glu Phe Ile Gln Lys Met Lys Glu Ile Glu Lys 900 905 910 Asp Phe Asp Asp Phe Lys Ile Gln Thr Lys Lys Glu Ile Phe Asn Asn 915 920 925 Tyr Tyr Glu Asp Ile Lys Asn Asn Ile Leu Thr Glu Phe Lys Asp Asp 930 935 940 Ile Asn Gly Cys Asp Val Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys Ile Val Ile 945 950 955 960 Phe Asp Asp Glu Thr Lys Phe Glu Ile Asp Lys Lys Ser Asn Ile Leu 965 970 975 Gln Asp Glu Gln Arg Lys Leu Ser Asn Ile Asn Lys Lys Asp Leu Lys 980 985 990 Lys Lys Val Asp Gln Tyr Ile Lys Asp Lys Asp Gln Glu Ile Lys Ser 995 1000 1005 Lys Ile Leu Cys Arg Ile Ile Phe Asn Ser Asp Phe Leu Lys Lys 1010 1015 1020 Tyr Lys Lys Glu Ile Asp Asn Leu Ile Glu Asp Met Glu Ser Glu 1025 1030 1035 Asn Glu Asn Lys Phe Gln Glu Ile Tyr Tyr Pro Lys Glu Arg Lys 1040 1045 1050 Asn Glu Leu Tyr Ile Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn Ile Gly 1055 1060 1065 Asn Pro Asn Phe Asp Lys Ile Tyr Gly Leu Ile Ser Asn Asp Ile 1070 1075 1080 Lys Met Ala Asp Ala Lys Phe Leu Phe Asn Ile Asp Gly Lys Asn 1085 1090 1095 Ile Arg Lys Asn Lys Ile Ser Glu Ile Asp Ala Ile Leu Lys Asn 1100 1105 1110 Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly Tyr Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Lys 1115 1120 1125 Tyr Ile Lys Lys Leu Lys Glu Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn 1130 1135 1140 Ile Gln Asn Lys Asn Tyr Lys Ser Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Arg 1145 1150 1155 Val Ser Glu Tyr Lys Lys Ile Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr 1160 1165 1170 Leu Asn Lys Ile Glu Ser Tyr Leu Ile Asp Ile Asn Trp Lys Leu 1175 1180 1185 Ala Ile Gln Met Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr Ile Val 1190 1195 1200 Asn Gly Leu Arg Glu Leu Gly Ile Ile Lys Leu Ser Gly Tyr Asn 1205 1210 1215 Thr Gly Ile Ser Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly 1220 1225 1230 Phe Tyr Thr Thr Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser 1235 1240 1245 Tyr Lys Lys Phe Glu Lys Ile Cys Tyr Gly Phe Gly Ile Asp Leu 1250 1255 1260 Ser Glu Asn Ser Glu Ile Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser Ile Arg 1265 1270 1275 Asn Tyr Ile Ser His Phe Tyr Ile Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp 1280 1285 1290 Tyr Ser Ile Ala Glu Gln Ile Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser 1295 1300 1305 Tyr Ser Thr Arg Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu 1310 1315 1320 Val Phe Lys Lys Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys 1325 1330 1335 Lys Phe Lys Leu Ile Gly Asn Asn Asp Ile Leu Glu Arg Leu Met 1340 1345 1350 Lys Pro Lys Lys Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser 1355 1360 1365 Asp Tyr Ile Lys Asn Leu Ile Ile Glu Leu Leu Thr Lys Ile Glu 1370 1375 1380 Asn Thr Asn Asp Thr Leu Lys Arg Pro Ala Ala Thr Lys Lys Ala 1385 1390 1395 Gly Gln Ala Lys Lys Lys Lys Gly Ser Tyr Pro Tyr Asp Val Pro 1400 1405 1410 Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr 1415 1420 1425 Asp Val Pro Asp Tyr Ala Glu Lys Ile Ile Glu Asn 1430 1435 1440 <210> 2 <211> 1197 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei <400> 2 Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly Ile Ser His Lys Lys Tyr Ile Glu 1 5 10 15 Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 20 25 30 Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser Ile Arg Leu Asp Ile Tyr Ile Lys Asn 35 40 45 Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg Ile Arg Arg Glu Asn Leu 50 55 60 Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu 65 70 75 80 Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gln Asp Lys Asn Tyr 85 90 95 Ser Glu Glu Asp Ile Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 100 105 110 Ser Val Leu Lys Lys Ile Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 115 120 125 Leu Glu Ile Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys Ile Asn 130 135 140 Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gln Lys Ile 145 150 155 160 Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn Ile 165 170 175 Ile Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr Ile Asn 180 185 190 Asn Val Gln Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp Ile Glu 195 200 205 Lys Leu Phe Phe Leu Ile Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 210 215 220 Ile Arg Glu Tyr Tyr His Lys Ile Ile Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 225 230 235 240 Asn Phe Ala Lys Ile Ile Tyr Glu Glu Ile Gln Asn Val Asn Asn Ile 245 250 255 Lys Glu Leu Ile Glu Lys Ile Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser 260 265 270 Gln Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 275 280 285 Asn Ile Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu Ile Glu Met Ser Gln 290 295 300 Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn Ile Ser Asn Asp 305 310 315 320 Lys Ile Lys Arg Ile Phe Glu Tyr Gln Asn Leu Lys Lys Leu Ile Glu 325 330 335 Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 340 345 350 Tyr Asn Tyr Tyr Leu Gln Val Gly Glu Ile Ala Thr Ser Asp Phe Ile 355 360 365 Ala Arg Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn Ile Ile Gly Val 370 375 380 Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn Ile Leu Glu Thr Glu Asn 385 390 395 400 Glu Asn Asp Ile Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 405 410 415 Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys Ile Tyr Asn 420 425 430 Glu Asn Lys Gln Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 435 440 445 Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu Ile Glu Asp Phe Phe Ala 450 455 460 Asn Ile Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val His Phe 465 470 475 480 Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp Ile Phe Ala Phe Lys Asn Ile Ala 485 490 495 Pro Ser Glu Ile Ser Lys Lys Met Phe Gln Asn Glu Ile Asn Glu Lys 500 505 510 Lys Leu Lys Leu Lys Ile Phe Lys Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 515 520 525 Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val Ile Ile Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 530 535 540 Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn Ile Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 545 550 555 560 Leu Tyr Asn Lys Ile Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp 565 570 575 Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gln Ile Tyr Leu Leu 580 585 590 Lys Asn Ile Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Asn Ser 595 600 605 Lys Val Phe Phe Lys Ile Thr Asn Glu Val Ile Lys Ile Asn Lys Gln 610 615 620 Arg Asn Gln Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gln Lys Phe Glu Asn Ile 625 630 635 640 Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala Ile Ile Gln Ser Arg Glu 645 650 655 Met Ile Asn Asn Gln Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr Ile Asp Phe 660 665 670 Ile Gln Gln Ile Phe Leu Lys Gly Phe Ile Asp Tyr Leu Asn Lys Asn 675 680 685 Asn Leu Lys Tyr Ile Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp Ile 690 695 700 Phe Ser Lys Ile Lys Ile Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 705 710 715 720 Ile Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu Ile Pro His 725 730 735 Glu Ile Asn Glu Phe Val Arg Glu Ile Lys Leu Gly Lys Ile Leu Lys 740 745 750 Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu Ile Leu Lys Leu Leu Asn 755 760 765 His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr Gln Ser 770 775 780 Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu Ile Asn Leu 785 790 795 800 Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala 805 810 815 Asn Glu Ile Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys Ile Lys Asp 820 825 830 Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys Ile Tyr Phe Asp Gly 835 840 845 Glu Asn Ile Ile Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn Ile Lys Lys Tyr Gly 850 855 860 Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys Ile 865 870 875 880 Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu Ile Glu 885 890 895 Lys Asn Tyr Thr Met Gln Gln Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 900 905 910 Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 915 920 925 Ala Ile Gly Asn Ile Gln Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 930 935 940 Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gln Gly Leu Leu Leu Lys Ile Leu His 945 950 955 960 Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser Ile Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 965 970 975 Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr Ile Glu Glu Ile Phe Asn 980 985 990 Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly Gln Ile Val Glu 995 1000 1005 Lys Tyr Ile Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1010 1015 1020 Lys Arg Ser Ile Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys Gln 1025 1030 1035 Glu Lys Lys Asp Leu Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His Phe Asn 1040 1045 1050 Tyr Ile Pro His Ala Glu Ile Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 1055 1060 1065 Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Ile 1070 1075 1080 Met Lys Ser Ile Val Asp Ile Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 1085 1090 1095 Thr Phe Lys Ile Gly Ala Asp Lys Lys Ile Glu Ile Gln Thr Leu 1100 1105 1110 Glu Ser Glu Lys Ile Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1115 1120 1125 Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1130 1135 1140 Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu Lys Arg Pro Ala Ala Thr 1145 1150 1155 Lys Lys Ala Gly Gln Ala Lys Lys Lys Lys Gly Ser Tyr Pro Tyr 1160 1165 1170 Asp Val Pro Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1175 1180 1185 Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1190 1195 <210> 3 <211> 1120 <212> PRT <213> Listeria seeligeri <400> 3 Met Trp Ile Ser Ile Lys Thr Leu Ile His His Leu Gly Val Leu Phe 1 5 10 15 Phe Cys Asp Tyr Met Tyr Asn Arg Arg Glu Lys Lys Ile Ile Glu Val 20 25 30 Lys Thr Met Arg Ile Thr Lys Val Glu Val Asp Arg Lys Lys Val Leu 35 40 45 Ile Ser Arg Asp Lys Asn Gly Gly Lys Leu Val Tyr Glu Asn Glu Met 50 55 60 Gln Asp Asn Thr Glu Gln Ile Met His His Lys Lys Ser Ser Phe Tyr 65 70 75 80 Lys Ser Val Val Asn Lys Thr Ile Cys Arg Pro Glu Gln Lys Gln Met 85 90 95 Lys Lys Leu Val His Gly Leu Leu Gln Glu Asn Ser Gln Glu Lys Ile 100 105 110 Lys Val Ser Asp Val Thr Lys Leu Asn Ile Ser Asn Phe Leu Asn His 115 120 125 Arg Phe Lys Lys Ser Leu Tyr Tyr Phe Pro Glu Asn Ser Pro Asp Lys 130 135 140 Ser Glu Glu Tyr Arg Ile Glu Ile Asn Leu Ser Gln Leu Leu Glu Asp 145 150 155 160 Ser Leu Lys Lys Gln Gln Gly Thr Phe Ile Cys Trp Glu Ser Phe Ser 165 170 175 Lys Asp Met Glu Leu Tyr Ile Asn Trp Ala Glu Asn Tyr Ile Ser Ser 180 185 190 Lys Thr Lys Leu Ile Lys Lys Ser Ile Arg Asn Asn Arg Ile Gln Ser 195 200 205 Thr Glu Ser Arg Ser Gly Gln Leu Met Asp Arg Tyr Met Lys Asp Ile 210 215 220 Leu Asn Lys Asn Lys Pro Phe Asp Ile Gln Ser Val Ser Glu Lys Tyr 225 230 235 240 Gln Leu Glu Lys Leu Thr Ser Ala Leu Lys Ala Thr Phe Lys Glu Ala 245 250 255 Lys Lys Asn Asp Lys Glu Ile Asn Tyr Lys Leu Lys Ser Thr Leu Gln 260 265 270 Asn His Glu Arg Gln Ile Ile Glu Glu Leu Lys Glu Asn Ser Glu Leu 275 280 285 Asn Gln Phe Asn Ile Glu Ile Arg Lys His Leu Glu Thr Tyr Phe Pro 290 295 300 Ile Lys Lys Thr Asn Arg Lys Val Gly Asp Ile Arg Asn Leu Glu Ile 305 310 315 320 Gly Glu Ile Gln Lys Ile Val Asn His Arg Leu Lys Asn Lys Ile Val 325 330 335 Gln Arg Ile Leu Gln Glu Gly Lys Leu Ala Ser Tyr Glu Ile Glu Ser 340 345 350 Thr Val Asn Ser Asn Ser Leu Gln Lys Ile Lys Ile Glu Glu Ala Phe 355 360 365 Ala Leu Lys Phe Ile Asn Ala Cys Leu Phe Ala Ser Asn Asn Leu Arg 370 375 380 Asn Met Val Tyr Pro Val Cys Lys Lys Asp Ile Leu Met Ile Gly Glu 385 390 395 400 Phe Lys Asn Ser Phe Lys Glu Ile Lys His Lys Lys Phe Ile Arg Gln 405 410 415 Trp Ser Gln Phe Phe Ser Gln Glu Ile Thr Val Asp Asp Ile Glu Leu 420 425 430 Ala Ser Trp Gly Leu Arg Gly Ala Ile Ala Pro Ile Arg Asn Glu Ile 435 440 445 Ile His Leu Lys Lys His Ser Trp Lys Lys Phe Phe Asn Asn Pro Thr 450 455 460 Phe Lys Val Lys Lys Ser Lys Ile Ile Asn Gly Lys Thr Lys Asp Val 465 470 475 480 Thr Ser Glu Phe Leu Tyr Lys Glu Thr Leu Phe Lys Asp Tyr Phe Tyr 485 490 495 Ser Glu Leu Asp Ser Val Pro Glu Leu Ile Ile Asn Lys Met Glu Ser 500 505 510 Ser Lys Ile Leu Asp Tyr Tyr Ser Ser Asp Gln Leu Asn Gln Val Phe 515 520 525 Thr Ile Pro Asn Phe Glu Leu Ser Leu Leu Thr Ser Ala Val Pro Phe 530 535 540 Ala Pro Ser Phe Lys Arg Val Tyr Leu Lys Gly Phe Asp Tyr Gln Asn 545 550 555 560 Gln Asp Glu Ala Gln Pro Asp Tyr Asn Leu Lys Leu Asn Ile Tyr Asn 565 570 575 Glu Lys Ala Phe Asn Ser Glu Ala Phe Gln Ala Gln Tyr Ser Leu Phe 580 585 590 Lys Met Val Tyr Tyr Gln Val Phe Leu Pro Gln Phe Thr Thr Asn Asn 595 600 605 Asp Leu Phe Lys Ser Ser Val Asp Phe Ile Leu Thr Leu Asn Lys Glu 610 615 620 Arg Lys Gly Tyr Ala Lys Ala Phe Gln Asp Ile Arg Lys Met Asn Lys 625 630 635 640 Asp Glu Lys Pro Ser Glu Tyr Met Ser Tyr Ile Gln Ser Gln Leu Met 645 650 655 Leu Tyr Gln Lys Lys Gln Glu Glu Lys Glu Lys Ile Asn His Phe Glu 660 665 670 Lys Phe Ile Asn Gln Val Phe Ile Lys Gly Phe Asn Ser Phe Ile Glu 675 680 685 Lys Asn Arg Leu Thr Tyr Ile Cys His Pro Thr Lys Asn Thr Val Pro 690 695 700 Glu Asn Asp Asn Ile Glu Ile Pro Phe His Thr Asp Met Asp Asp Ser 705 710 715 720 Asn Ile Ala Phe Trp Leu Met Cys Lys Leu Leu Asp Ala Lys Gln Leu 725 730 735 Ser Glu Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Phe Ser Cys Ser Leu Gln Ser 740 745 750 Thr Glu Glu Ile Ser Thr Phe Thr Lys Ala Arg Glu Val Ile Gly Leu 755 760 765 Ala Leu Leu Asn Gly Glu Lys Gly Cys Asn Asp Trp Lys Glu Leu Phe 770 775 780 Asp Asp Lys Glu Ala Trp Lys Lys Asn Met Ser Leu Tyr Val Ser Glu 785 790 795 800 Glu Leu Leu Gln Ser Leu Pro Tyr Thr Gln Glu Asp Gly Gln Thr Pro 805 810 815 Val Ile Asn Arg Ser Ile Asp Leu Val Lys Lys Tyr Gly Thr Glu Thr 820 825 830 Ile Leu Glu Lys Leu Phe Ser Ser Ser Asp Asp Tyr Lys Val Ser Ala 835 840 845 Lys Asp Ile Ala Lys Leu His Glu Tyr Asp Val Thr Glu Lys Ile Ala 850 855 860 Gln Gln Glu Ser Leu His Lys Gln Trp Ile Glu Lys Pro Gly Leu Ala 865 870 875 880 Arg Asp Ser Ala Trp Thr Lys Lys Tyr Gln Asn Val Ile Asn Asp Ile 885 890 895 Ser Asn Tyr Gln Trp Ala Lys Thr Lys Val Glu Leu Thr Gln Val Arg 900 905 910 His Leu His Gln Leu Thr Ile Asp Leu Leu Ser Arg Leu Ala Gly Tyr 915 920 925 Met Ser Ile Ala Asp Arg Asp Phe Gln Phe Ser Ser Asn Tyr Ile Leu 930 935 940 Glu Arg Glu Asn Ser Glu Tyr Arg Val Thr Ser Trp Ile Leu Leu Ser 945 950 955 960 Glu Asn Lys Asn Lys Asn Lys Tyr Asn Asp Tyr Glu Leu Tyr Asn Leu 965 970 975 Lys Asn Ala Ser Ile Lys Val Ser Ser Lys Asn Asp Pro Gln Leu Lys 980 985 990 Val Asp Leu Lys Gln Leu Arg Leu Thr Leu Glu Tyr Leu Glu Leu Phe 995 1000 1005 Asp Asn Arg Leu Lys Glu Lys Arg Asn Asn Ile Ser His Phe Asn 1010 1015 1020 Tyr Leu Asn Gly Gln Leu Gly Asn Ser Ile Leu Glu Leu Phe Asp 1025 1030 1035 Asp Ala Arg Asp Val Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala 1040 1045 1050 Val Ser Lys Ser Leu Lys Glu Ile Leu Ser Ser His Gly Met Glu 1055 1060 1065 Val Thr Phe Lys Pro Leu Tyr Gln Thr Asn His His Leu Lys Ile 1070 1075 1080 Asp Lys Leu Gln Pro Lys Lys Ile His His Leu Gly Glu Lys Ser 1085 1090 1095 Thr Val Ser Ser Asn Gln Val Ser Asn Glu Tyr Cys Gln Leu Val 1100 1105 1110 Arg Thr Leu Leu Thr Met Lys 1115 1120 <210> 4 <211> 1340 <212> PRT <213> Lachnospiraceae bacterium MA2020 <400> 4 Met Gln Ile Ser Lys Val Asn His Lys His Val Ala Val Gly Gln Lys 1 5 10 15 Asp Arg Glu Arg Ile Thr Gly Phe Ile Tyr Asn Asp Pro Val Gly Asp 20 25 30 Glu Lys Ser Leu Glu Asp Val Val Ala Lys Arg Ala Asn Asp Thr Lys 35 40 45 Val Leu Phe Asn Val Phe Asn Thr Lys Asp Leu Tyr Asp Ser Gln Glu 50 55 60 Ser Asp Lys Ser Glu Lys Asp Lys Glu Ile Ile Ser Lys Gly Ala Lys 65 70 75 80 Phe Val Ala Lys Ser Phe Asn Ser Ala Ile Thr Ile Leu Lys Lys Gln 85 90 95 Asn Lys Ile Tyr Ser Thr Leu Thr Ser Gln Gln Val Ile Lys Glu Leu 100 105 110 Lys Asp Lys Phe Gly Gly Ala Arg Ile Tyr Asp Asp Asp Ile Glu Glu 115 120 125 Ala Leu Thr Glu Thr Leu Lys Lys Ser Phe Arg Lys Glu Asn Val Arg 130 135 140 Asn Ser Ile Lys Val Leu Ile Glu Asn Ala Ala Gly Ile Arg Ser Ser 145 150 155 160 Leu Ser Lys Asp Glu Glu Glu Leu Ile Gln Glu Tyr Phe Val Lys Gln 165 170 175 Leu Val Glu Glu Tyr Thr Lys Thr Lys Leu Gln Lys Asn Val Val Lys 180 185 190 Ser Ile Lys Asn Gln Asn Met Val Ile Gln Pro Asp Ser Asp Ser Gln 195 200 205 Val Leu Ser Leu Ser Glu Ser Arg Arg Glu Lys Gln Ser Ser Ala Val 210 215 220 Ser Ser Asp Thr Leu Val Asn Cys Lys Glu Lys Asp Val Leu Lys Ala 225 230 235 240 Phe Leu Thr Asp Tyr Ala Val Leu Asp Glu Asp Glu Arg Asn Ser Leu 245 250 255 Leu Trp Lys Leu Arg Asn Leu Val Asn Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Glu 260 265 270 Ser Ile Arg Asp Tyr Ser Tyr Thr Lys Glu Lys Ser Val Trp Lys Glu 275 280 285 His Asp Glu Gln Lys Ala Asn Lys Thr Leu Phe Ile Asp Glu Ile Cys 290 295 300 His Ile Thr Lys Ile Gly Lys Asn Gly Lys Glu Gln Lys Val Leu Asp 305 310 315 320 Tyr Glu Glu Asn Arg Ser Arg Cys Arg Lys Gln Asn Ile Asn Tyr Tyr 325 330 335 Arg Ser Ala Leu Asn Tyr Ala Lys Asn Asn Thr Ser Gly Ile Phe Glu 340 345 350 Asn Glu Asp Ser Asn His Phe Trp Ile His Leu Ile Glu Asn Glu Val 355 360 365 Glu Arg Leu Tyr Asn Gly Ile Glu Asn Gly Glu Glu Phe Lys Phe Glu 370 375 380 Thr Gly Tyr Ile Ser Glu Lys Val Trp Lys Ala Val Ile Asn His Leu 385 390 395 400 Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met 405 410 415 Lys Glu Leu Ser Ser Pro Gly Asp Ile Glu Pro Gly Lys Ile Asp Asp 420 425 430 Ser Tyr Ile Asn Gly Ile Thr Ser Phe Asp Tyr Glu Ile Ile Lys Ala 435 440 445 Glu Glu Ser Leu Gln Arg Asp Ile Ser Met Asn Val Val Phe Ala Thr 450 455 460 Asn Tyr Leu Ala Cys Ala Thr Val Asp Thr Asp Lys Asp Phe Leu Leu 465 470 475 480 Phe Ser Lys Glu Asp Ile Arg Ser Cys Thr Lys Lys Asp Gly Asn Leu 485 490 495 Cys Lys Asn Ile Met Gln Phe Trp Gly Gly Tyr Ser Thr Trp Lys Asn 500 505 510 Phe Cys Glu Glu Tyr Leu Lys Asp Asp Lys Asp Ala Leu Glu Leu Leu 515 520 525 Tyr Ser Leu Lys Ser Met Leu Tyr Ser Met Arg Asn Ser Ser Phe His 530 535 540 Phe Ser Thr Glu Asn Val Asp Asn Gly Ser Trp Asp Thr Glu Leu Ile 545 550 555 560 Gly Lys Leu Phe Glu Glu Asp Cys Asn Arg Ala Ala Arg Ile Glu Lys 565 570 575 Glu Lys Phe Tyr Asn Asn Asn Leu His Met Phe Tyr Ser Ser Ser Leu 580 585 590 Leu Glu Lys Val Leu Glu Arg Leu Tyr Ser Ser His His Glu Arg Ala 595 600 605 Ser Gln Val Pro Ser Phe Asn Arg Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro 610 615 620 Ser Ser Leu Ser Glu Gln Arg Ile Thr Pro Lys Phe Thr Asp Ser Lys 625 630 635 640 Asp Glu Gln Ile Trp Gln Ser Ala Val Tyr Tyr Leu Cys Lys Glu Ile 645 650 655 Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gln Ser Lys Glu Ala Tyr Lys Leu Phe Arg 660 665 670 Glu Gly Val Lys Asn Leu Asp Lys Asn Asp Ile Asn Asn Gln Lys Ala 675 680 685 Ala Asp Ser Phe Lys Gln Ala Val Val Tyr Tyr Gly Lys Ala Ile Gly 690 695 700 Asn Ala Thr Leu Ser Gln Val Cys Gln Ala Ile Met Thr Glu Tyr Asn 705 710 715 720 Arg Gln Asn Asn Asp Gly Leu Lys Lys Lys Ser Ala Tyr Ala Glu Lys 725 730 735 Gln Asn Ser Asn Lys Tyr Lys His Tyr Pro Leu Phe Leu Lys Gln Val 740 745 750 Leu Gln Ser Ala Phe Trp Glu Tyr Leu Asp Glu Asn Lys Glu Ile Tyr 755 760 765 Gly Phe Ile Ser Ala Gln Ile His Lys Ser Asn Val Glu Ile Lys Ala 770 775 780 Glu Asp Phe Ile Ala Asn Tyr Ser Ser Gln Gln Tyr Lys Lys Leu Val 785 790 795 800 Asp Lys Val Lys Lys Thr Pro Glu Leu Gln Lys Trp Tyr Thr Leu Gly 805 810 815 Arg Leu Ile Asn Pro Arg Gln Ala Asn Gln Phe Leu Gly Ser Ile Arg 820 825 830 Asn Tyr Val Gln Phe Val Lys Asp Ile Gln Arg Arg Ala Lys Glu Asn 835 840 845 Gly Asn Pro Ile Arg Asn Tyr Tyr Glu Val Leu Glu Ser Asp Ser Ile 850 855 860 Ile Lys Ile Leu Glu Met Cys Thr Lys Leu Asn Gly Thr Thr Ser Asn 865 870 875 880 Asp Ile His Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Glu Tyr Ala Glu Tyr Ile 885 890 895 Ser Gln Phe Val Asn Phe Gly Asp Val His Ser Gly Ala Ala Leu Asn 900 905 910 Ala Phe Cys Asn Ser Glu Ser Glu Gly Lys Lys Asn Gly Ile Tyr Tyr 915 920 925 Asp Gly Ile Asn Pro Ile Val Asn Arg Asn Trp Val Leu Cys Lys Leu 930 935 940 Tyr Gly Ser Pro Asp Leu Ile Ser Lys Ile Ile Ser Arg Val Asn Glu 945 950 955 960 Asn Met Ile His Asp Phe His Lys Gln Glu Asp Leu Ile Arg Glu Tyr 965 970 975 Gln Ile Lys Gly Ile Cys Ser Asn Lys Lys Glu Gln Gln Asp Leu Arg 980 985 990 Thr Phe Gln Val Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp Ile Val Glu 995 1000 1005 Tyr Ser Glu Ile Ile Asn Glu Leu Tyr Gly Gln Leu Ile Lys Trp 1010 1015 1020 Cys Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe Gln Leu Gly Phe 1025 1030 1035 His Tyr Leu Cys Leu Asn Asn Ala Ser Ser Lys Glu Ala Asp Tyr 1040 1045 1050 Ile Lys Ile Asn Val Asp Asp Arg Asn Ile Ser Gly Ala Ile Leu 1055 1060 1065 Tyr Gln Ile Ala Ala Met Tyr Ile Asn Gly Leu Pro Val Tyr Tyr 1070 1075 1080 Lys Lys Asp Asp Met Tyr Val Ala Leu Lys Ser Gly Lys Lys Ala 1085 1090 1095 Ser Asp Glu Leu Asn Ser Asn Glu Gln Thr Ser Lys Lys Ile Asn 1100 1105 1110 Tyr Phe Leu Lys Tyr Gly Asn Asn Ile Leu Gly Asp Lys Lys Asp 1115 1120 1125 Gln Leu Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Val Ala Glu 1130 1135 1140 His Glu Asn Ile Ile Ile Phe Arg Asn Glu Ile Asp His Phe His 1145 1150 1155 Tyr Phe Tyr Asp Arg Asp Arg Ser Met Leu Asp Leu Tyr Ser Glu 1160 1165 1170 Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Leu Arg Lys Asn 1175 1180 1185 Val Val Asn Met Leu Tyr Asn Ile Leu Leu Asp His Asn Ile Val 1190 1195 1200 Ser Ser Phe Val Phe Glu Thr Gly Glu Lys Lys Val Gly Arg Gly 1205 1210 1215 Asp Ser Glu Val Ile Lys Pro Ser Ala Lys Ile Arg Leu Arg Ala 1220 1225 1230 Asn Asn Gly Val Ser Ser Asp Val Phe Thr Tyr Lys Val Gly Ser 1235 1240 1245 Lys Asp Glu Leu Lys Ile Ala Thr Leu Pro Ala Lys Asn Glu Glu 1250 1255 1260 Phe Leu Leu Asn Val Ala Arg Leu Ile Tyr Tyr Pro Asp Met Glu 1265 1270 1275 Ala Val Ser Glu Asn Met Val Arg Glu Gly Val Val Lys Val Glu 1280 1285 1290 Lys Ser Asn Asp Lys Lys Gly Lys Ile Ser Arg Gly Ser Asn Thr 1295 1300 1305 Arg Ser Ser Asn Gln Ser Lys Tyr Asn Asn Lys Ser Lys Asn Arg 1310 1315 1320 Met Asn Tyr Ser Met Gly Ser Ile Phe Glu Lys Met Asp Leu Lys 1325 1330 1335 Phe Asp 1340 <210> 5 <211> 1437 <212> PRT <213> Lachnospiraceae bacterium NK4A179 <400> 5 Met Lys Ile Ser Lys Val Arg Glu Glu Asn Arg Gly Ala Lys Leu Thr 1 5 10 15 Val Asn Ala Lys Thr Ala Val Val Ser Glu Asn Arg Ser Gln Glu Gly 20 25 30 Ile Leu Tyr Asn Asp Pro Ser Arg Tyr Gly Lys Ser Arg Lys Asn Asp 35 40 45 Glu Asp Arg Asp Arg Tyr Ile Glu Ser Arg Leu Lys Ser Ser Gly Lys 50 55 60 Leu Tyr Arg Ile Phe Asn Glu Asp Lys Asn Lys Arg Glu Thr Asp Glu 65 70 75 80 Leu Gln Trp Phe Leu Ser Glu Ile Val Lys Lys Ile Asn Arg Arg Asn 85 90 95 Gly Leu Val Leu Ser Asp Met Leu Ser Val Asp Asp Arg Ala Phe Glu 100 105 110 Lys Ala Phe Glu Lys Tyr Ala Glu Leu Ser Tyr Thr Asn Arg Arg Asn 115 120 125 Lys Val Ser Gly Ser Pro Ala Phe Glu Thr Cys Gly Val Asp Ala Ala 130 135 140 Thr Ala Glu Arg Leu Lys Gly Ile Ile Ser Glu Thr Asn Phe Ile Asn 145 150 155 160 Arg Ile Lys Asn Asn Ile Asp Asn Lys Val Ser Glu Asp Ile Ile Asp 165 170 175 Arg Ile Ile Ala Lys Tyr Leu Lys Lys Ser Leu Cys Arg Glu Arg Val 180 185 190 Lys Arg Gly Leu Lys Lys Leu Leu Met Asn Ala Phe Asp Leu Pro Tyr 195 200 205 Ser Asp Pro Asp Ile Asp Val Gln Arg Asp Phe Ile Asp Tyr Val Leu 210 215 220 Glu Asp Phe Tyr His Val Arg Ala Lys Ser Gln Val Ser Arg Ser Ile 225 230 235 240 Lys Asn Met Asn Met Pro Val Gln Pro Glu Gly Asp Gly Lys Phe Ala 245 250 255 Ile Thr Val Ser Lys Gly Gly Thr Glu Ser Gly Asn Lys Arg Ser Ala 260 265 270 Glu Lys Glu Ala Phe Lys Lys Phe Leu Ser Asp Tyr Ala Ser Leu Asp 275 280 285 Glu Arg Val Arg Asp Asp Met Leu Arg Arg Met Arg Arg Leu Val Val 290 295 300 Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Asp Asp Ser Lys Leu Ser Asp Val Asn Glu 305 310 315 320 Lys Phe Asp Val Trp Glu Asp His Ala Ala Arg Arg Val Asp Asn Arg 325 330 335 Glu Phe Ile Lys Leu Pro Leu Glu Asn Lys Leu Ala Asn Gly Lys Thr 340 345 350 Asp Lys Asp Ala Glu Arg Ile Arg Lys Asn Thr Val Lys Glu Leu Tyr 355 360 365 Arg Asn Gln Asn Ile Gly Cys Tyr Arg Gln Ala Val Lys Ala Val Glu 370 375 380 Glu Asp Asn Asn Gly Arg Tyr Phe Asp Asp Lys Met Leu Asn Met Phe 385 390 395 400 Phe Ile His Arg Ile Glu Tyr Gly Val Glu Lys Ile Tyr Ala Asn Leu 405 410 415 Lys Gln Val Thr Glu Phe Lys Ala Arg Thr Gly Tyr Leu Ser Glu Lys 420 425 430 Ile Trp Lys Asp Leu Ile Asn Tyr Ile Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Met 435 440 445 Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met Asp Glu Leu Asn Ala Ser Asp 450 455 460 Lys Lys Glu Ile Glu Leu Gly Lys Ile Ser Glu Glu Tyr Leu Ser Gly 465 470 475 480 Ile Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Leu Ile Lys Ala Glu Glu Met Leu Gln 485 490 495 Arg Glu Thr Ala Val Tyr Val Ala Phe Ala Ala Arg His Leu Ser Ser 500 505 510 Gln Thr Val Glu Leu Asp Ser Glu Asn Ser Asp Phe Leu Leu Leu Lys 515 520 525 Pro Lys Gly Thr Met Asp Lys Asn Asp Lys Asn Lys Leu Ala Ser Asn 530 535 540 Asn Ile Leu Asn Phe Leu Lys Asp Lys Glu Thr Leu Arg Asp Thr Ile 545 550 555 560 Leu Gln Tyr Phe Gly Gly His Ser Leu Trp Thr Asp Phe Pro Phe Asp 565 570 575 Lys Tyr Leu Ala Gly Gly Lys Asp Asp Val Asp Phe Leu Thr Asp Leu 580 585 590 Lys Asp Val Ile Tyr Ser Met Arg Asn Asp Ser Phe His Tyr Ala Thr 595 600 605 Glu Asn His Asn Asn Gly Lys Trp Asn Lys Glu Leu Ile Ser Ala Met 610 615 620 Phe Glu His Glu Thr Glu Arg Met Thr Val Val Met Lys Asp Lys Phe 625 630 635 640 Tyr Ser Asn Asn Leu Pro Met Phe Tyr Lys Asn Asp Asp Leu Lys Lys 645 650 655 Leu Leu Ile Asp Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu Arg Ala Ser Gln Val 660 665 670 Pro Ser Phe Asn Lys Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro Ala Leu Val 675 680 685 Arg Asp Lys Asp Asn Leu Gly Ile Glu Leu Asp Leu Lys Ala Asp Ala 690 695 700 Asp Lys Gly Glu Asn Glu Leu Lys Phe Tyr Asn Ala Leu Tyr Tyr Met 705 710 715 720 Phe Lys Glu Ile Tyr Tyr Asn Ala Phe Leu Asn Asp Lys Asn Val Arg 725 730 735 Glu Arg Phe Ile Thr Lys Ala Thr Lys Val Ala Asp Asn Tyr Asp Arg 740 745 750 Asn Lys Glu Arg Asn Leu Lys Asp Arg Ile Lys Ser Ala Gly Ser Asp 755 760 765 Glu Lys Lys Lys Leu Arg Glu Gln Leu Gln Asn Tyr Ile Ala Glu Asn 770 775 780 Asp Phe Gly Gln Arg Ile Lys Asn Ile Val Gln Val Asn Pro Asp Tyr 785 790 795 800 Thr Leu Ala Gln Ile Cys Gln Leu Ile Met Thr Glu Tyr Asn Gln Gln 805 810 815 Asn Asn Gly Cys Met Gln Lys Lys Ser Ala Ala Arg Lys Asp Ile Asn 820 825 830 Lys Asp Ser Tyr Gln His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Val Asn Leu Arg 835 840 845 Lys Ala Phe Leu Glu Phe Ile Lys Glu Asn Tyr Ala Phe Val Leu Lys 850 855 860 Pro Tyr Lys His Asp Leu Cys Asp Lys Ala Asp Phe Val Pro Asp Phe 865 870 875 880 Ala Lys Tyr Val Lys Pro Tyr Ala Gly Leu Ile Ser Arg Val Ala Gly 885 890 895 Ser Ser Glu Leu Gln Lys Trp Tyr Ile Val Ser Arg Phe Leu Ser Pro 900 905 910 Ala Gln Ala Asn His Met Leu Gly Phe Leu His Ser Tyr Lys Gln Tyr 915 920 925 Val Trp Asp Ile Tyr Arg Arg Ala Ser Glu Thr Gly Thr Glu Ile Asn 930 935 940 His Ser Ile Ala Glu Asp Lys Ile Ala Gly Val Asp Ile Thr Asp Val 945 950 955 960 Asp Ala Val Ile Asp Leu Ser Val Lys Leu Cys Gly Thr Ile Ser Ser 965 970 975 Glu Ile Ser Asp Tyr Phe Lys Asp Asp Glu Val Tyr Ala Glu Tyr Ile 980 985 990 Ser Ser Tyr Leu Asp Phe Glu Tyr Asp Gly Gly Asn Tyr Lys Asp Ser 995 1000 1005 Leu Asn Arg Phe Cys Asn Ser Asp Ala Val Asn Asp Gln Lys Val 1010 1015 1020 Ala Leu Tyr Tyr Asp Gly Glu His Pro Lys Leu Asn Arg Asn Ile 1025 1030 1035 Ile Leu Ser Lys Leu Tyr Gly Glu Arg Arg Phe Leu Glu Lys Ile 1040 1045 1050 Thr Asp Arg Val Ser Arg Ser Asp Ile Val Glu Tyr Tyr Lys Leu 1055 1060 1065 Lys Lys Glu Thr Ser Gln Tyr Gln Thr Lys Gly Ile Phe Asp Ser 1070 1075 1080 Glu Asp Glu Gln Lys Asn Ile Lys Lys Phe Gln Glu Met Lys Asn 1085 1090 1095 Ile Val Glu Phe Arg Asp Leu Met Asp Tyr Ser Glu Ile Ala Asp 1100 1105 1110 Glu Leu Gln Gly Gln Leu Ile Asn Trp Ile Tyr Leu Arg Glu Arg 1115 1120 1125 Asp Leu Met Asn Phe Gln Leu Gly Tyr His Tyr Ala Cys Leu Asn 1130 1135 1140 Asn Asp Ser Asn Lys Gln Ala Thr Tyr Val Thr Leu Asp Tyr Gln 1145 1150 1155 Gly Lys Lys Asn Arg Lys Ile Asn Gly Ala Ile Leu Tyr Gln Ile 1160 1165 1170 Cys Ala Met Tyr Ile Asn Gly Leu Pro Leu Tyr Tyr Val Asp Lys 1175 1180 1185 Asp Ser Ser Glu Trp Thr Val Ser Asp Gly Lys Glu Ser Thr Gly 1190 1195 1200 Ala Lys Ile Gly Glu Phe Tyr Arg Tyr Ala Lys Ser Phe Glu Asn 1205 1210 1215 Thr Ser Asp Cys Tyr Ala Ser Gly Leu Glu Ile Phe Glu Asn Ile 1220 1225 1230 Ser Glu His Asp Asn Ile Thr Glu Leu Arg Asn Tyr Ile Glu His 1235 1240 1245 Phe Arg Tyr Tyr Ser Ser Phe Asp Arg Ser Phe Leu Gly Ile Tyr 1250 1255 1260 Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Leu Lys Tyr Arg 1265 1270 1275 Lys Asn Val Pro Thr Ile Leu Tyr Asn Ile Leu Leu Gln His Phe 1280 1285 1290 Val Asn Val Arg Phe Glu Phe Val Ser Gly Lys Lys Met Ile Gly 1295 1300 1305 Ile Asp Lys Lys Asp Arg Lys Ile Ala Lys Glu Lys Glu Cys Ala 1310 1315 1320 Arg Ile Thr Ile Arg Glu Lys Asn Gly Val Tyr Ser Glu Gln Phe 1325 1330 1335 Thr Tyr Lys Leu Lys Asn Gly Thr Val Tyr Val Asp Ala Arg Asp 1340 1345 1350 Lys Arg Tyr Leu Gln Ser Ile Ile Arg Leu Leu Phe Tyr Pro Glu 1355 1360 1365 Lys Val Asn Met Asp Glu Met Ile Glu Val Lys Glu Lys Lys Lys 1370 1375 1380 Pro Ser Asp Asn Asn Thr Gly Lys Gly Tyr Ser Lys Arg Asp Arg 1385 1390 1395 Gln Gln Asp Arg Lys Glu Tyr Asp Lys Tyr Lys Glu Lys Lys Lys 1400 1405 1410 Lys Glu Gly Asn Phe Leu Ser Gly Met Gly Gly Asn Ile Asn Trp 1415 1420 1425 Asp Glu Ile Asn Ala Gln Leu Lys Asn 1430 1435 <210> 6 <211> 1385 <212> PRT <213> Clostridium aminophilum DSM10710 <400> 6 Met Lys Phe Ser Lys Val Asp His Thr Arg Ser Ala Val Gly Ile Gln 1 5 10 15 Lys Ala Thr Asp Ser Val His Gly Met Leu Tyr Thr Asp Pro Lys Lys 20 25 30 Gln Glu Val Asn Asp Leu Asp Lys Arg Phe Asp Gln Leu Asn Val Lys 35 40 45 Ala Lys Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asn Gln Ser Lys Ala Glu Glu Asp 50 55 60 Asp Asp Glu Lys Arg Phe Gly Lys Val Val Lys Lys Leu Asn Arg Glu 65 70 75 80 Leu Lys Asp Leu Leu Phe His Arg Glu Val Ser Arg Tyr Asn Ser Ile 85 90 95 Gly Asn Ala Lys Tyr Asn Tyr Tyr Gly Ile Lys Ser Asn Pro Glu Glu 100 105 110 Ile Val Ser Asn Leu Gly Met Val Glu Ser Leu Lys Gly Glu Arg Asp 115 120 125 Pro Gln Lys Val Ile Ser Lys Leu Leu Leu Tyr Tyr Leu Arg Lys Gly 130 135 140 Leu Lys Pro Gly Thr Asp Gly Leu Arg Met Ile Leu Glu Ala Ser Cys 145 150 155 160 Gly Leu Arg Lys Leu Ser Gly Asp Glu Lys Glu Leu Lys Val Phe Leu 165 170 175 Gln Thr Leu Asp Glu Asp Phe Glu Lys Lys Thr Phe Lys Lys Asn Leu 180 185 190 Ile Arg Ser Ile Glu Asn Gln Asn Met Ala Val Gln Pro Ser Asn Glu 195 200 205 Gly Asp Pro Ile Ile Gly Ile Thr Gln Gly Arg Phe Asn Ser Gln Lys 210 215 220 Asn Glu Glu Lys Ser Ala Ile Glu Arg Met Met Ser Met Tyr Ala Asp 225 230 235 240 Leu Asn Glu Asp His Arg Glu Asp Val Leu Arg Lys Leu Arg Arg Leu 245 250 255 Asn Val Leu Tyr Phe Asn Val Asp Thr Glu Lys Thr Glu Glu Pro Thr 260 265 270 Leu Pro Gly Glu Val Asp Thr Asn Pro Val Phe Glu Val Trp His Asp 275 280 285 His Glu Lys Gly Lys Glu Asn Asp Arg Gln Phe Ala Thr Phe Ala Lys 290 295 300 Ile Leu Thr Glu Asp Arg Glu Thr Arg Lys Lys Glu Lys Leu Ala Val 305 310 315 320 Lys Glu Ala Leu Asn Asp Leu Lys Ser Ala Ile Arg Asp His Asn Ile 325 330 335 Met Ala Tyr Arg Cys Ser Ile Lys Val Thr Glu Gln Asp Lys Asp Gly 340 345 350 Leu Phe Phe Glu Asp Gln Arg Ile Asn Arg Phe Trp Ile His His Ile 355 360 365 Glu Ser Ala Val Glu Arg Ile Leu Ala Ser Ile Asn Pro Glu Lys Leu 370 375 380 Tyr Lys Leu Arg Ile Gly Tyr Leu Gly Glu Lys Val Trp Lys Asp Leu 385 390 395 400 Leu Asn Tyr Leu Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Val Gly Lys Ala Val Phe 405 410 415 His Phe Ala Met Glu Asp Leu Gly Lys Thr Gly Gln Asp Ile Glu Leu 420 425 430 Gly Lys Leu Ser Asn Ser Val Ser Gly Gly Leu Thr Ser Phe Asp Tyr 435 440 445 Glu Gln Ile Arg Ala Asp Glu Thr Leu Gln Arg Gln Leu Ser Val Glu 450 455 460 Val Ala Phe Ala Ala Asn Asn Leu Phe Arg Ala Val Val Gly Gln Thr 465 470 475 480 Gly Lys Lys Ile Glu Gln Ser Lys Ser Glu Glu Asn Glu Glu Asp Phe 485 490 495 Leu Leu Trp Lys Ala Glu Lys Ile Ala Glu Ser Ile Lys Lys Glu Gly 500 505 510 Glu Gly Asn Thr Leu Lys Ser Ile Leu Gln Phe Phe Gly Gly Ala Ser 515 520 525 Ser Trp Asp Leu Asn His Phe Cys Ala Ala Tyr Gly Asn Glu Ser Ser 530 535 540 Ala Leu Gly Tyr Glu Thr Lys Phe Ala Asp Asp Leu Arg Lys Ala Ile 545 550 555 560 Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Thr Phe His Phe Thr Thr Leu Asn Lys Gly 565 570 575 Ser Phe Asp Trp Asn Ala Lys Leu Ile Gly Asp Met Phe Ser His Glu 580 585 590 Ala Ala Thr Gly Ile Ala Val Glu Arg Thr Arg Phe Tyr Ser Asn Asn 595 600 605 Leu Pro Met Phe Tyr Arg Glu Ser Asp Leu Lys Arg Ile Met Asp His 610 615 620 Leu Tyr Asn Thr Tyr His Pro Arg Ala Ser Gln Val Pro Ser Phe Asn 625 630 635 640 Ser Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Arg Leu Phe Leu Ser Asn Thr Leu 645 650 655 Asn Thr Asn Thr Ser Phe Asp Thr Glu Val Tyr Gln Lys Trp Glu Ser 660 665 670 Gly Val Tyr Tyr Leu Phe Lys Glu Ile Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu Pro 675 680 685 Ser Gly Asp Ala His His Leu Phe Phe Glu Gly Leu Arg Arg Ile Arg 690 695 700 Lys Glu Ala Asp Asn Leu Pro Ile Val Gly Lys Glu Ala Lys Lys Arg 705 710 715 720 Asn Ala Val Gln Asp Phe Gly Arg Arg Cys Asp Glu Leu Lys Asn Leu 725 730 735 Ser Leu Ser Ala Ile Cys Gln Met Ile Met Thr Glu Tyr Asn Glu Gln 740 745 750 Asn Asn Gly Asn Arg Lys Val Lys Ser Thr Arg Glu Asp Lys Arg Lys 755 760 765 Pro Asp Ile Phe Gln His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Arg Thr Leu Gln 770 775 780 Glu Ala Phe Ala Ile Tyr Ile Arg Arg Glu Glu Phe Lys Phe Ile Phe 785 790 795 800 Asp Leu Pro Lys Thr Leu Tyr Val Met Lys Pro Val Glu Glu Phe Leu 805 810 815 Pro Asn Trp Lys Ser Gly Met Phe Asp Ser Leu Val Glu Arg Val Lys 820 825 830 Gln Ser Pro Asp Leu Gln Arg Trp Tyr Val Leu Cys Lys Phe Leu Asn 835 840 845 Gly Arg Leu Leu Asn Gln Leu Ser Gly Val Ile Arg Ser Tyr Ile Gln 850 855 860 Phe Ala Gly Asp Ile Gln Arg Arg Ala Lys Ala Asn His Asn Arg Leu 865 870 875 880 Tyr Met Asp Asn Thr Gln Arg Val Glu Tyr Tyr Ser Asn Val Leu Glu 885 890 895 Val Val Asp Phe Cys Ile Lys Gly Thr Ser Arg Phe Ser Asn Val Phe 900 905 910 Ser Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Ala Tyr Ala Asp Tyr Leu Asp Asn 915 920 925 Tyr Leu Gln Phe Lys Asp Glu Lys Ile Ala Glu Val Ser Ser Phe Ala 930 935 940 Ala Leu Lys Thr Phe Cys Asn Glu Glu Glu Val Lys Ala Gly Ile Tyr 945 950 955 960 Met Asp Gly Glu Asn Pro Val Met Gln Arg Asn Ile Val Met Ala Lys 965 970 975 Leu Phe Gly Pro Asp Glu Val Leu Lys Asn Val Val Pro Lys Val Thr 980 985 990 Arg Glu Glu Ile Glu Glu Tyr Tyr Gln Leu Glu Lys Gln Ile Ala Pro 995 1000 1005 Tyr Arg Gln Asn Gly Tyr Cys Lys Ser Glu Glu Asp Gln Lys Lys 1010 1015 1020 Leu Leu Arg Phe Gln Arg Ile Lys Asn Arg Val Glu Phe Gln Thr 1025 1030 1035 Ile Thr Glu Phe Ser Glu Ile Ile Asn Glu Leu Leu Gly Gln Leu 1040 1045 1050 Ile Ser Trp Ser Phe Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gln 1055 1060 1065 Leu Gly Phe His Tyr Leu Cys Leu His Asn Asp Thr Glu Lys Pro 1070 1075 1080 Ala Glu Tyr Lys Glu Ile Ser Arg Glu Asp Gly Thr Val Ile Arg 1085 1090 1095 Asn Ala Ile Leu His Gln Val Ala Ala Met Tyr Val Gly Gly Leu 1100 1105 1110 Pro Val Tyr Thr Leu Ala Asp Lys Lys Leu Ala Ala Phe Glu Lys 1115 1120 1125 Gly Glu Ala Asp Cys Lys Leu Ser Ile Ser Lys Asp Thr Ala Gly 1130 1135 1140 Ala Gly Lys Lys Ile Lys Asp Phe Phe Arg Tyr Ser Lys Tyr Val 1145 1150 1155 Leu Ile Lys Asp Arg Met Leu Thr Asp Gln Asn Gln Lys Tyr Thr 1160 1165 1170 Ile Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Thr Asp Glu His 1175 1180 1185 Asp Asn Ile Thr Asp Val Arg Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr 1190 1195 1200 Tyr Ala Thr Ser Asp Glu Asn Ala Met Ser Ile Leu Asp Leu Tyr 1205 1210 1215 Ser Glu Ile His Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Tyr Gln 1220 1225 1230 Lys Asn Val Ala Asn Met Leu Glu Asn Ile Leu Leu Arg His Phe 1235 1240 1245 Val Leu Ile Arg Pro Glu Phe Phe Thr Gly Ser Lys Lys Val Gly 1250 1255 1260 Glu Gly Lys Lys Ile Thr Cys Lys Ala Arg Ala Gln Ile Glu Ile 1265 1270 1275 Ala Glu Asn Gly Met Arg Ser Glu Asp Phe Thr Tyr Lys Leu Ser 1280 1285 1290 Asp Gly Lys Lys Asn Ile Ser Thr Cys Met Ile Ala Ala Arg Asp 1295 1300 1305 Gln Lys Tyr Leu Asn Thr Val Ala Arg Leu Leu Tyr Tyr Pro His 1310 1315 1320 Glu Ala Lys Lys Ser Ile Val Asp Thr Arg Glu Lys Lys Asn Asn 1325 1330 1335 Lys Lys Thr Asn Arg Gly Asp Gly Thr Phe Asn Lys Gln Lys Gly 1340 1345 1350 Thr Ala Arg Lys Glu Lys Asp Asn Gly Pro Arg Glu Phe Asn Asp 1355 1360 1365 Thr Gly Phe Ser Asn Thr Pro Phe Ala Gly Phe Asp Pro Phe Arg 1370 1375 1380 Asn Ser 1385 <210> 7 <211> 1175 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum DSM4847 <400> 7 Met Arg Ile Thr Lys Val Lys Ile Lys Leu Asp Asn Lys Leu Tyr Gln 1 5 10 15 Val Thr Met Gln Lys Glu Glu Lys Tyr Gly Thr Leu Lys Leu Asn Glu 20 25 30 Glu Ser Arg Lys Ser Thr Ala Glu Ile Leu Arg Leu Lys Lys Ala Ser 35 40 45 Phe Asn Lys Ser Phe His Ser Lys Thr Ile Asn Ser Gln Lys Glu Asn 50 55 60 Lys Asn Ala Thr Ile Lys Lys Asn Gly Asp Tyr Ile Ser Gln Ile Phe 65 70 75 80 Glu Lys Leu Val Gly Val Asp Thr Asn Lys Asn Ile Arg Lys Pro Lys 85 90 95 Met Ser Leu Thr Asp Leu Lys Asp Leu Pro Lys Lys Asp Leu Ala Leu 100 105 110 Phe Ile Lys Arg Lys Phe Lys Asn Asp Asp Ile Val Glu Ile Lys Asn 115 120 125 Leu Asp Leu Ile Ser Leu Phe Tyr Asn Ala Leu Gln Lys Val Pro Gly 130 135 140 Glu His Phe Thr Asp Glu Ser Trp Ala Asp Phe Cys Gln Glu Met Met 145 150 155 160 Pro Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Lys Phe Ile Glu Arg Lys Ile Ile Leu 165 170 175 Leu Ala Asn Ser Ile Glu Gln Asn Lys Gly Phe Ser Ile Asn Pro Glu 180 185 190 Thr Phe Ser Lys Arg Lys Arg Val Leu His Gln Trp Ala Ile Glu Val 195 200 205 Gln Glu Arg Gly Asp Phe Ser Ile Leu Asp Glu Lys Leu Ser Lys Leu 210 215 220 Ala Glu Ile Tyr Asn Phe Lys Lys Met Cys Lys Arg Val Gln Asp Glu 225 230 235 240 Leu Asn Asp Leu Glu Lys Ser Met Lys Lys Gly Lys Asn Pro Glu Lys 245 250 255 Glu Lys Glu Ala Tyr Lys Lys Gln Lys Asn Phe Lys Ile Lys Thr Ile 260 265 270 Trp Lys Asp Tyr Pro Tyr Lys Thr His Ile Gly Leu Ile Glu Lys Ile 275 280 285 Lys Glu Asn Glu Glu Leu Asn Gln Phe Asn Ile Glu Ile Gly Lys Tyr 290 295 300 Phe Glu His Tyr Phe Pro Ile Lys Lys Glu Arg Cys Thr Glu Asp Glu 305 310 315 320 Pro Tyr Tyr Leu Asn Ser Glu Thr Ile Ala Thr Thr Val Asn Tyr Gln 325 330 335 Leu Lys Asn Ala Leu Ile Ser Tyr Leu Met Gln Ile Gly Lys Tyr Lys 340 345 350 Gln Phe Gly Leu Glu Asn Gln Val Leu Asp Ser Lys Lys Leu Gln Glu 355 360 365 Ile Gly Ile Tyr Glu Gly Phe Gln Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val 370 375 380 Phe Ala Thr Ser Ser Leu Lys Asn Ile Ile Glu Pro Met Arg Ser Gly 385 390 395 400 Asp Ile Leu Gly Lys Arg Glu Phe Lys Glu Ala Ile Ala Thr Ser Ser 405 410 415 Phe Val Asn Tyr His His Phe Phe Pro Tyr Phe Pro Phe Glu Leu Lys 420 425 430 Gly Met Lys Asp Arg Glu Ser Glu Leu Ile Pro Phe Gly Glu Gln Thr 435 440 445 Glu Ala Lys Gln Met Gln Asn Ile Trp Ala Leu Arg Gly Ser Val Gln 450 455 460 Gln Ile Arg Asn Glu Ile Phe His Ser Phe Asp Lys Asn Gln Lys Phe 465 470 475 480 Asn Leu Pro Gln Leu Asp Lys Ser Asn Phe Glu Phe Asp Ala Ser Glu 485 490 495 Asn Ser Thr Gly Lys Ser Gln Ser Tyr Ile Glu Thr Asp Tyr Lys Phe 500 505 510 Leu Phe Glu Ala Glu Lys Asn Gln Leu Glu Gln Phe Phe Ile Glu Arg 515 520 525 Ile Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu Tyr Tyr Pro Leu Lys Ser Leu Glu 530 535 540 Lys Leu Phe Ala Lys Lys Glu Met Lys Phe Ser Leu Gly Ser Gln Val 545 550 555 560 Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Val Lys Lys Gly His Ser 565 570 575 Tyr Gln Thr Ala Thr Glu Gly Thr Ala Asn Tyr Leu Gly Leu Ser Tyr 580 585 590 Tyr Asn Arg Tyr Glu Leu Lys Glu Glu Ser Phe Gln Ala Gln Tyr Tyr 595 600 605 Leu Leu Lys Leu Ile Tyr Gln Tyr Val Phe Leu Pro Asn Phe Ser Gln 610 615 620 Gly Asn Ser Pro Ala Phe Arg Glu Thr Val Lys Ala Ile Leu Arg Ile 625 630 635 640 Asn Lys Asp Glu Ala Arg Lys Lys Met Lys Lys Asn Lys Lys Phe Leu 645 650 655 Arg Lys Tyr Ala Phe Glu Gln Val Arg Glu Met Glu Phe Lys Glu Thr 660 665 670 Pro Asp Gln Tyr Met Ser Tyr Leu Gln Ser Glu Met Arg Glu Glu Lys 675 680 685 Val Arg Lys Ala Glu Lys Asn Asp Lys Gly Phe Glu Lys Asn Ile Thr 690 695 700 Met Asn Phe Glu Lys Leu Leu Met Gln Ile Phe Val Lys Gly Phe Asp 705 710 715 720 Val Phe Leu Thr Thr Phe Ala Gly Lys Glu Leu Leu Leu Ser Ser Glu 725 730 735 Glu Lys Val Ile Lys Glu Thr Glu Ile Ser Leu Ser Lys Lys Ile Asn 740 745 750 Glu Arg Glu Lys Thr Leu Lys Ala Ser Ile Gln Val Glu His Gln Leu 755 760 765 Val Ala Thr Asn Ser Ala Ile Ser Tyr Trp Leu Phe Cys Lys Leu Leu 770 775 780 Asp Ser Arg His Leu Asn Glu Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Phe Lys 785 790 795 800 Gln Ser Arg Ile Lys Phe Asn His Thr Gln His Ala Glu Leu Ile Gln 805 810 815 Asn Leu Leu Pro Ile Val Glu Leu Thr Ile Leu Ser Asn Asp Tyr Asp 820 825 830 Glu Lys Asn Asp Ser Gln Asn Val Asp Val Ser Ala Tyr Phe Glu Asp 835 840 845 Lys Ser Leu Tyr Glu Thr Ala Pro Tyr Val Gln Thr Asp Asp Arg Thr 850 855 860 Arg Val Ser Phe Arg Pro Ile Leu Lys Leu Glu Lys Tyr His Thr Lys 865 870 875 880 Ser Leu Ile Glu Ala Leu Leu Lys Asp Asn Pro Gln Phe Arg Val Ala 885 890 895 Ala Thr Asp Ile Gln Glu Trp Met His Lys Arg Glu Glu Ile Gly Glu 900 905 910 Leu Val Glu Lys Arg Lys Asn Leu His Thr Glu Trp Ala Glu Gly Gln 915 920 925 Gln Thr Leu Gly Ala Glu Lys Arg Glu Glu Tyr Arg Asp Tyr Cys Lys 930 935 940 Lys Ile Asp Arg Phe Asn Trp Lys Ala Asn Lys Val Thr Leu Thr Tyr 945 950 955 960 Leu Ser Gln Leu His Tyr Leu Ile Thr Asp Leu Leu Gly Arg Met Val 965 970 975 Gly Phe Ser Ala Leu Phe Glu Arg Asp Leu Val Tyr Phe Ser Arg Ser 980 985 990 Phe Ser Glu Leu Gly Gly Glu Thr Tyr His Ile Ser Asp Tyr Lys Asn 995 1000 1005 Leu Ser Gly Val Leu Arg Leu Asn Ala Glu Val Lys Pro Ile Lys 1010 1015 1020 Ile Lys Asn Ile Lys Val Ile Asp Asn Glu Glu Asn Pro Tyr Lys 1025 1030 1035 Gly Asn Glu Pro Glu Val Lys Pro Phe Leu Asp Arg Leu His Ala 1040 1045 1050 Tyr Leu Glu Asn Val Ile Gly Ile Lys Ala Val His Gly Lys Ile 1055 1060 1065 Arg Asn Gln Thr Ala His Leu Ser Val Leu Gln Leu Glu Leu Ser 1070 1075 1080 Met Ile Glu Ser Met Asn Asn Leu Arg Asp Leu Met Ala Tyr Asp 1085 1090 1095 Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr Lys Ser Met Ile Lys Ile Leu 1100 1105 1110 Asp Lys His Gly Met Ile Leu Lys Leu Lys Ile Asp Glu Asn His 1115 1120 1125 Lys Asn Phe Glu Ile Glu Ser Leu Ile Pro Lys Glu Ile Ile His 1130 1135 1140 Leu Lys Asp Lys Ala Ile Lys Thr Asn Gln Val Ser Glu Glu Tyr 1145 1150 1155 Cys Gln Leu Val Leu Ala Leu Leu Thr Thr Asn Pro Gly Asn Gln 1160 1165 1170 Leu Asn 1175 <210> 8 <211> 1164 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum DSM4847 <400> 8 Met Arg Met Thr Lys Val Lys Ile Asn Gly Ser Pro Val Ser Met Asn 1 5 10 15 Arg Ser Lys Leu Asn Gly His Leu Val Trp Asn Gly Thr Thr Asn Thr 20 25 30 Val Asn Ile Leu Thr Lys Lys Glu Gln Ser Phe Ala Ala Ser Phe Leu 35 40 45 Asn Lys Thr Leu Val Lys Ala Asp Gln Val Lys Gly Tyr Lys Val Leu 50 55 60 Ala Glu Asn Ile Phe Ile Ile Phe Glu Gln Leu Glu Lys Ser Asn Ser 65 70 75 80 Glu Lys Pro Ser Val Tyr Leu Asn Asn Ile Arg Arg Leu Lys Glu Ala 85 90 95 Gly Leu Lys Arg Phe Phe Lys Ser Lys Tyr His Glu Glu Ile Lys Tyr 100 105 110 Thr Ser Glu Lys Asn Gln Ser Val Pro Thr Lys Leu Asn Leu Ile Pro 115 120 125 Leu Phe Phe Asn Ala Val Asp Arg Ile Gln Glu Asp Lys Phe Asp Glu 130 135 140 Lys Asn Trp Ser Tyr Phe Cys Lys Glu Met Ser Pro Tyr Leu Asp Tyr 145 150 155 160 Lys Lys Ser Tyr Leu Asn Arg Lys Lys Glu Ile Leu Ala Asn Ser Ile 165 170 175 Gln Gln Asn Arg Gly Phe Ser Met Pro Thr Ala Glu Glu Pro Asn Leu 180 185 190 Leu Ser Lys Arg Lys Gln Leu Phe Gln Gln Trp Ala Met Lys Phe Gln 195 200 205 Glu Ser Pro Leu Ile Gln Gln Asn Asn Phe Ala Val Glu Gln Phe Asn 210 215 220 Lys Glu Phe Ala Asn Lys Ile Asn Glu Leu Ala Ala Val Tyr Asn Val 225 230 235 240 Asp Glu Leu Cys Thr Ala Ile Thr Glu Lys Leu Met Asn Phe Asp Lys 245 250 255 Asp Lys Ser Asn Lys Thr Arg Asn Phe Glu Ile Lys Lys Leu Trp Lys 260 265 270 Gln His Pro His Asn Lys Asp Lys Ala Leu Ile Lys Leu Phe Asn Gln 275 280 285 Glu Gly Asn Glu Ala Leu Asn Gln Phe Asn Ile Glu Leu Gly Lys Tyr 290 295 300 Phe Glu His Tyr Phe Pro Lys Thr Gly Lys Lys Glu Ser Ala Glu Ser 305 310 315 320 Tyr Tyr Leu Asn Pro Gln Thr Ile Ile Lys Thr Val Gly Tyr Gln Leu 325 330 335 Arg Asn Ala Phe Val Gln Tyr Leu Leu Gln Val Gly Lys Leu His Gln 340 345 350 Tyr Asn Lys Gly Val Leu Asp Ser Gln Thr Leu Gln Glu Ile Gly Met 355 360 365 Tyr Glu Gly Phe Gln Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val Phe Ala Ser 370 375 380 Ser Ser Leu Arg Asn Ile Ile Gln Ala Thr Thr Asn Glu Asp Ile Leu 385 390 395 400 Thr Arg Glu Lys Phe Lys Lys Glu Leu Glu Lys Asn Val Glu Leu Lys 405 410 415 His Asp Leu Phe Phe Lys Thr Glu Ile Val Glu Glu Arg Asp Glu Asn 420 425 430 Pro Ala Lys Lys Ile Ala Met Thr Pro Asn Glu Leu Asp Leu Trp Ala 435 440 445 Ile Arg Gly Ala Val Gln Arg Val Arg Asn Gln Ile Phe His Gln Gln 450 455 460 Ile Asn Lys Arg His Glu Pro Asn Gln Leu Lys Val Gly Ser Phe Glu 465 470 475 480 Asn Gly Asp Leu Gly Asn Val Ser Tyr Gln Lys Thr Ile Tyr Gln Lys 485 490 495 Leu Phe Asp Ala Glu Ile Lys Asp Ile Glu Ile Tyr Phe Ala Glu Lys 500 505 510 Ile Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu Gln Tyr Ser Met Lys Asp Leu Glu 515 520 525 Lys Leu Phe Ser Asn Lys Glu Leu Thr Leu Ser Leu Gly Gly Gln Val 530 535 540 Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Tyr Lys Gln Gly Tyr Phe 545 550 555 560 Tyr Gln Asn Glu Lys Thr Ile Glu Leu Glu Gln Phe Thr Asp Tyr Asp 565 570 575 Phe Ser Asn Asp Val Phe Lys Ala Asn Tyr Tyr Leu Ile Lys Leu Ile 580 585 590 Tyr His Tyr Val Phe Leu Pro Gln Phe Ser Gln Ala Asn Asn Lys Leu 595 600 605 Phe Lys Asp Thr Val His Tyr Val Ile Gln Gln Asn Lys Glu Leu Asn 610 615 620 Thr Thr Glu Lys Asp Lys Lys Asn Asn Lys Lys Ile Arg Lys Tyr Ala 625 630 635 640 Phe Glu Gln Val Lys Leu Met Lys Asn Glu Ser Pro Glu Lys Tyr Met 645 650 655 Gln Tyr Leu Gln Arg Glu Met Gln Glu Glu Arg Thr Ile Lys Glu Ala 660 665 670 Lys Lys Thr Asn Glu Glu Lys Pro Asn Tyr Asn Phe Glu Lys Leu Leu 675 680 685 Ile Gln Ile Phe Ile Lys Gly Phe Asp Thr Phe Leu Arg Asn Phe Asp 690 695 700 Leu Asn Leu Asn Pro Ala Glu Glu Leu Val Gly Thr Val Lys Glu Lys 705 710 715 720 Ala Glu Gly Leu Arg Lys Arg Lys Glu Arg Ile Ala Lys Ile Leu Asn 725 730 735 Val Asp Glu Gln Ile Lys Thr Gly Asp Glu Glu Ile Ala Phe Trp Ile 740 745 750 Phe Ala Lys Leu Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu Leu Arg Asn Glu 755 760 765 Met Ile Lys Phe Lys Gln Ser Ser Val Lys Lys Gly Leu Ile Lys Asn 770 775 780 Gly Asp Leu Ile Glu Gln Met Gln Pro Ile Leu Glu Leu Cys Ile Leu 785 790 795 800 Ser Asn Asp Ser Glu Ser Met Glu Lys Glu Ser Phe Asp Lys Ile Glu 805 810 815 Val Phe Leu Glu Lys Val Glu Leu Ala Lys Asn Glu Pro Tyr Met Gln 820 825 830 Glu Asp Lys Leu Thr Pro Val Lys Phe Arg Phe Met Lys Gln Leu Glu 835 840 845 Lys Tyr Gln Thr Arg Asn Phe Ile Glu Asn Leu Val Ile Glu Asn Pro 850 855 860 Glu Phe Lys Val Ser Glu Lys Ile Val Leu Asn Trp His Glu Glu Lys 865 870 875 880 Glu Lys Ile Ala Asp Leu Val Asp Lys Arg Thr Lys Leu His Glu Glu 885 890 895 Trp Ala Ser Lys Ala Arg Glu Ile Glu Glu Tyr Asn Glu Lys Ile Lys 900 905 910 Lys Asn Lys Ser Lys Lys Leu Asp Lys Pro Ala Glu Phe Ala Lys Phe 915 920 925 Ala Glu Tyr Lys Ile Ile Cys Glu Ala Ile Glu Asn Phe Asn Arg Leu 930 935 940 Asp His Lys Val Arg Leu Thr Tyr Leu Lys Asn Leu His Tyr Leu Met 945 950 955 960 Ile Asp Leu Met Gly Arg Met Val Gly Phe Ser Val Leu Phe Glu Arg 965 970 975 Asp Phe Val Tyr Met Gly Arg Ser Tyr Ser Ala Leu Lys Lys Gln Ser 980 985 990 Ile Tyr Leu Asn Asp Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Ile Arg Asp Trp Glu 995 1000 1005 Val Asn Glu Asn Lys His Leu Phe Gly Thr Ser Ser Ser Asp Leu 1010 1015 1020 Thr Phe Gln Glu Thr Ala Glu Phe Lys Asn Leu Lys Lys Pro Met 1025 1030 1035 Glu Asn Gln Leu Lys Ala Leu Leu Gly Val Thr Asn His Ser Phe 1040 1045 1050 Glu Ile Arg Asn Asn Ile Ala His Leu His Val Leu Arg Asn Asp 1055 1060 1065 Gly Lys Gly Glu Gly Val Ser Leu Leu Ser Cys Met Asn Asp Leu 1070 1075 1080 Arg Lys Leu Met Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr 1085 1090 1095 Lys Ala Ile Ile Lys Ile Leu Asp Lys His Gly Met Ile Leu Lys 1100 1105 1110 Leu Thr Asn Asn Asp His Thr Lys Pro Phe Glu Ile Glu Ser Leu 1115 1120 1125 Lys Pro Lys Lys Ile Ile His Leu Glu Lys Ser Asn His Ser Phe 1130 1135 1140 Pro Met Asp Gln Val Ser Gln Glu Tyr Cys Asp Leu Val Lys Lys 1145 1150 1155 Met Leu Val Phe Thr Asn 1160 <210> 9 <211> 1154 <212> PRT <213> Paludibacter propionicigenes WB4 <400> 9 Met Arg Val Ser Lys Val Lys Val Lys Asp Gly Gly Lys Asp Lys Met 1 5 10 15 Val Leu Val His Arg Lys Thr Thr Gly Ala Gln Leu Val Tyr Ser Gly 20 25 30 Gln Pro Val Ser Asn Glu Thr Ser Asn Ile Leu Pro Glu Lys Lys Arg 35 40 45 Gln Ser Phe Asp Leu Ser Thr Leu Asn Lys Thr Ile Ile Lys Phe Asp 50 55 60 Thr Ala Lys Lys Gln Lys Leu Asn Val Asp Gln Tyr Lys Ile Val Glu 65 70 75 80 Lys Ile Phe Lys Tyr Pro Lys Gln Glu Leu Pro Lys Gln Ile Lys Ala 85 90 95 Glu Glu Ile Leu Pro Phe Leu Asn His Lys Phe Gln Glu Pro Val Lys 100 105 110 Tyr Trp Lys Asn Gly Lys Glu Glu Ser Phe Asn Leu Thr Leu Leu Ile 115 120 125 Val Glu Ala Val Gln Ala Gln Asp Lys Arg Lys Leu Gln Pro Tyr Tyr 130 135 140 Asp Trp Lys Thr Trp Tyr Ile Gln Thr Lys Ser Asp Leu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Ser Ile Glu Asn Asn Arg Ile Asp Leu Thr Glu Asn Leu Ser Lys Arg 165 170 175 Lys Lys Ala Leu Leu Ala Trp Glu Thr Glu Phe Thr Ala Ser Gly Ser 180 185 190 Ile Asp Leu Thr His Tyr His Lys Val Tyr Met Thr Asp Val Leu Cys 195 200 205 Lys Met Leu Gln Asp Val Lys Pro Leu Thr Asp Asp Lys Gly Lys Ile 210 215 220 Asn Thr Asn Ala Tyr His Arg Gly Leu Lys Lys Ala Leu Gln Asn His 225 230 235 240 Gln Pro Ala Ile Phe Gly Thr Arg Glu Val Pro Asn Glu Ala Asn Arg 245 250 255 Ala Asp Asn Gln Leu Ser Ile Tyr His Leu Glu Val Val Lys Tyr Leu 260 265 270 Glu His Tyr Phe Pro Ile Lys Thr Ser Lys Arg Arg Asn Thr Ala Asp 275 280 285 Asp Ile Ala His Tyr Leu Lys Ala Gln Thr Leu Lys Thr Thr Ile Glu 290 295 300 Lys Gln Leu Val Asn Ala Ile Arg Ala Asn Ile Ile Gln Gln Gly Lys 305 310 315 320 Thr Asn His His Glu Leu Lys Ala Asp Thr Thr Ser Asn Asp Leu Ile 325 330 335 Arg Ile Lys Thr Asn Glu Ala Phe Val Leu Asn Leu Thr Gly Thr Cys 340 345 350 Ala Phe Ala Ala Asn Asn Ile Arg Asn Met Val Asp Asn Glu Gln Thr 355 360 365 Asn Asp Ile Leu Gly Lys Gly Asp Phe Ile Lys Ser Leu Leu Lys Asp 370 375 380 Asn Thr Asn Ser Gln Leu Tyr Ser Phe Phe Phe Gly Glu Gly Leu Ser 385 390 395 400 Thr Asn Lys Ala Glu Lys Glu Thr Gln Leu Trp Gly Ile Arg Gly Ala 405 410 415 Val Gln Gln Ile Arg Asn Asn Val Asn His Tyr Lys Lys Asp Ala Leu 420 425 430 Lys Thr Val Phe Asn Ile Ser Asn Phe Glu Asn Pro Thr Ile Thr Asp 435 440 445 Pro Lys Gln Gln Thr Asn Tyr Ala Asp Thr Ile Tyr Lys Ala Arg Phe 450 455 460 Ile Asn Glu Leu Glu Lys Ile Pro Glu Ala Phe Ala Gln Gln Leu Lys 465 470 475 480 Thr Gly Gly Ala Val Ser Tyr Tyr Thr Ile Glu Asn Leu Lys Ser Leu 485 490 495 Leu Thr Thr Phe Gln Phe Ser Leu Cys Arg Ser Thr Ile Pro Phe Ala 500 505 510 Pro Gly Phe Lys Lys Val Phe Asn Gly Gly Ile Asn Tyr Gln Asn Ala 515 520 525 Lys Gln Asp Glu Ser Phe Tyr Glu Leu Met Leu Glu Gln Tyr Leu Arg 530 535 540 Lys Glu Asn Phe Ala Glu Glu Ser Tyr Asn Ala Arg Tyr Phe Met Leu 545 550 555 560 Lys Leu Ile Tyr Asn Asn Leu Phe Leu Pro Gly Phe Thr Thr Asp Arg 565 570 575 Lys Ala Phe Ala Asp Ser Val Gly Phe Val Gln Met Gln Asn Lys Lys 580 585 590 Gln Ala Glu Lys Val Asn Pro Arg Lys Lys Glu Ala Tyr Ala Phe Glu 595 600 605 Ala Val Arg Pro Met Thr Ala Ala Asp Ser Ile Ala Asp Tyr Met Ala 610 615 620 Tyr Val Gln Ser Glu Leu Met Gln Glu Gln Asn Lys Lys Glu Glu Lys 625 630 635 640 Val Ala Glu Glu Thr Arg Ile Asn Phe Glu Lys Phe Val Leu Gln Val 645 650 655 Phe Ile Lys Gly Phe Asp Ser Phe Leu Arg Ala Lys Glu Phe Asp Phe 660 665 670 Val Gln Met Pro Gln Pro Gln Leu Thr Ala Thr Ala Ser Asn Gln Gln 675 680 685 Lys Ala Asp Lys Leu Asn Gln Leu Glu Ala Ser Ile Thr Ala Asp Cys 690 695 700 Lys Leu Thr Pro Gln Tyr Ala Lys Ala Asp Asp Ala Thr His Ile Ala 705 710 715 720 Phe Tyr Val Phe Cys Lys Leu Leu Asp Ala Ala His Leu Ser Asn Leu 725 730 735 Arg Asn Glu Leu Ile Lys Phe Arg Glu Ser Val Asn Glu Phe Lys Phe 740 745 750 His His Leu Leu Glu Ile Ile Glu Ile Cys Leu Leu Ser Ala Asp Val 755 760 765 Val Pro Thr Asp Tyr Arg Asp Leu Tyr Ser Ser Glu Ala Asp Cys Leu 770 775 780 Ala Arg Leu Arg Pro Phe Ile Glu Gln Gly Ala Asp Ile Thr Asn Trp 785 790 795 800 Ser Asp Leu Phe Val Gln Ser Asp Lys His Ser Pro Val Ile His Ala 805 810 815 Asn Ile Glu Leu Ser Val Lys Tyr Gly Thr Thr Lys Leu Leu Glu Gln 820 825 830 Ile Ile Asn Lys Asp Thr Gln Phe Lys Thr Thr Glu Ala Asn Phe Thr 835 840 845 Ala Trp Asn Thr Ala Gln Lys Ser Ile Glu Gln Leu Ile Lys Gln Arg 850 855 860 Glu Asp His His Glu Gln Trp Val Lys Ala Lys Asn Ala Asp Asp Lys 865 870 875 880 Glu Lys Gln Glu Arg Lys Arg Glu Lys Ser Asn Phe Ala Gln Lys Phe 885 890 895 Ile Glu Lys His Gly Asp Asp Tyr Leu Asp Ile Cys Asp Tyr Ile Asn 900 905 910 Thr Tyr Asn Trp Leu Asp Asn Lys Met His Phe Val His Leu Asn Arg 915 920 925 Leu His Gly Leu Thr Ile Glu Leu Leu Gly Arg Met Ala Gly Phe Val 930 935 940 Ala Leu Phe Asp Arg Asp Phe Gln Phe Phe Asp Glu Gln Gln Ile Ala 945 950 955 960 Asp Glu Phe Lys Leu His Gly Phe Val Asn Leu His Ser Ile Asp Lys 965 970 975 Lys Leu Asn Glu Val Pro Thr Lys Lys Ile Lys Glu Ile Tyr Asp Ile 980 985 990 Arg Asn Lys Ile Ile Gln Ile Asn Gly Asn Lys Ile Asn Glu Ser Val 995 1000 1005 Arg Ala Asn Leu Ile Gln Phe Ile Ser Ser Lys Arg Asn Tyr Tyr 1010 1015 1020 Asn Asn Ala Phe Leu His Val Ser Asn Asp Glu Ile Lys Glu Lys 1025 1030 1035 Gln Met Tyr Asp Ile Arg Asn His Ile Ala His Phe Asn Tyr Leu 1040 1045 1050 Thr Lys Asp Ala Ala Asp Phe Ser Leu Ile Asp Leu Ile Asn Glu 1055 1060 1065 Leu Arg Glu Leu Leu His Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val 1070 1075 1080 Ser Lys Ala Phe Ile Asp Leu Phe Asp Lys His Gly Met Ile Leu 1085 1090 1095 Lys Leu Lys Leu Asn Ala Asp His Lys Leu Lys Val Glu Ser Leu 1100 1105 1110 Glu Pro Lys Lys Ile Tyr His Leu Gly Ser Ser Ala Lys Asp Lys 1115 1120 1125 Pro Glu Tyr Gln Tyr Cys Thr Asn Gln Val Met Met Ala Tyr Cys 1130 1135 1140 Asn Met Cys Arg Ser Leu Leu Glu Met Lys Lys 1145 1150 <210> 10 <211> 970 <212> PRT <213> Listeria weihenstephanensis FSLR9-0317 <400> 10 Met Leu Ala Leu Leu His Gln Glu Val Pro Ser Gln Lys Leu His Asn 1 5 10 15 Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro Lys 20 25 30 Phe Gln Asn Met Ile Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His Val 35 40 45 Gln Phe Cys Leu Thr Asp Ile Ala Val Pro Ala Ile Arg Asp Leu Asp 50 55 60 Glu Ile Lys Pro Asp Trp Gly Ile Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro Tyr 65 70 75 80 Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr Ile His Tyr Lys Gln Thr Thr Ile Gln 85 90 95 Lys Ser Ile Glu Gln Asn Lys Ile Gln Ser Pro Asp Ser Pro Arg Lys 100 105 110 Leu Val Leu Gln Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro Leu 115 120 125 Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala Glu 130 135 140 Ser Phe Lys Val Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr Lys 145 150 155 160 Ile Lys Ala Cys Leu Gln Gln His Gln Arg Asn Ile Leu Asp Glu Leu 165 170 175 Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn Gln Tyr Gly Ile Glu Val Lys Lys Tyr 180 185 190 Ile Gln Arg Tyr Phe Pro Ile Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys His 195 200 205 Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu Ile Glu Ser Thr Val Glu 210 215 220 Gln Gln Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu Gln Gly Lys 225 230 235 240 Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu Gln Asp 245 250 255 Ile Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe Ile Asn Ala Cys Ala 260 265 270 Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met Ile Leu Asn Pro Glu Cys Glu Lys 275 280 285 Asp Ile Leu Gly Lys Gly Asp Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser Thr 290 295 300 Thr Gln Ser Asp Val Val Lys Lys Met Ile Pro Phe Phe Ser Asp Glu 305 310 315 320 Ile Gln Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala Ile Trp Ala Ile Arg Gly Ser 325 330 335 Ile Gln Gln Ile Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser Trp 340 345 350 Lys Ser Ile Leu Lys Ile Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn Met 355 360 365 Lys Tyr Thr Asp Ser Asp Met Gln Lys Leu Met Asp Lys Asp Ile Ala 370 375 380 Lys Ile Pro Asp Phe Ile Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly Ile Ile 385 390 395 400 Arg Phe Tyr Ser His Asp Lys Leu Gln Ser Ile Trp Glu Met Lys Gln 405 410 415 Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe Lys 420 425 430 Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr Gln Thr Ser Lys Asn Arg Tyr 435 440 445 Tyr Asp Leu Gly Leu Thr Thr Phe Asp Ile Leu Glu Tyr Gly Glu Glu 450 455 460 Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr Gln Gln 465 470 475 480 Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala Ala 485 490 495 Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gln Gln Asp Ala Lys Ala 500 505 510 Phe Ile Asn Ile Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp Tyr 515 520 525 Met Gly Tyr Val Gln Gly Gln Ile Ala Ile His Glu Asp Ser Thr Glu 530 535 540 Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe Ile Ser Gln Val Phe Ile Lys 545 550 555 560 Gly Phe Asp Ser His Met Arg Ser Ala Asp Leu Lys Phe Ile Lys Asn 565 570 575 Pro Arg Asn Gln Gly Leu Glu Gln Ser Glu Ile Glu Glu Met Ser Phe 580 585 590 Asp Ile Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Asn Lys Asp Asp Tyr Ile 595 600 605 Ala Phe Trp Thr Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu 610 615 620 Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu Gln 625 630 635 640 Glu Ile Ile Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn Asp 645 650 655 Trp Lys Gln Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys Ile Met Lys 660 665 670 Gly Tyr Val Gly Glu Glu Leu Tyr Gln Arg Glu Pro Tyr Arg Gln Ser 675 680 685 Asp Gly Lys Thr Pro Ile Leu Phe Arg Gly Val Glu Gln Ala Arg Lys 690 695 700 Tyr Gly Thr Glu Thr Val Ile Gln Arg Leu Phe Asp Ala Ser Pro Glu 705 710 715 720 Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn Ile Thr Glu Trp Glu Arg Gln Lys Glu 725 730 735 Thr Ile Glu Glu Thr Ile Glu Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu Trp 740 745 750 Glu Lys Asn Pro Lys Lys Pro Gln Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu Tyr 755 760 765 Lys Glu Cys Cys Asp Ala Ile Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn Lys 770 775 780 Thr Thr Leu Val Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu Ile Glu Ile 785 790 795 800 Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala Ile Ala Asp Arg Asp Phe Gln 805 810 815 Cys Met Ala Asn Gln Tyr Phe Lys His Ser Gly Ile Thr Glu Arg Val 820 825 830 Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser Ile Lys Lys Leu Asp Thr 835 840 845 Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg Asn 850 855 860 His Ile Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr Leu 865 870 875 880 Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu Ile Phe Lys Tyr Asp Arg Lys 885 890 895 Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu Ile Asp Ile Leu Asp Arg His 900 905 910 Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg Leu 915 920 925 Val Ile Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly Glu Lys 930 935 940 Lys Ile Asp Asn Gly Tyr Ile Glu Thr Asn Gln Val Ser Glu Glu Tyr 945 950 955 960 Cys Gly Ile Val Lys Arg Leu Leu Glu Ile 965 970 <210> 11 <211> 1051 <212> PRT <213> Listeriaceae bacterium FSLM6-0645 <400> 11 Met Lys Ile Thr Lys Met Arg Val Asp Gly Arg Thr Ile Val Met Glu 1 5 10 15 Arg Thr Ser Lys Glu Gly Gln Leu Gly Tyr Glu Gly Ile Asp Gly Asn 20 25 30 Lys Thr Thr Glu Ile Ile Phe Asp Lys Lys Lys Glu Ser Phe Tyr Lys 35 40 45 Ser Ile Leu Asn Lys Thr Val Arg Lys Pro Asp Glu Lys Glu Lys Asn 50 55 60 Arg Arg Lys Gln Ala Ile Asn Lys Ala Ile Asn Lys Glu Ile Thr Glu 65 70 75 80 Leu Met Leu Ala Val Leu His Gln Glu Val Pro Ser Gln Lys Leu His 85 90 95 Asn Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro 100 105 110 Lys Phe Gln Asn Met Ile Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His 115 120 125 Val Gln Phe Cys Leu Thr Asp Ile Ala Val Pro Ala Ile Arg Asp Leu 130 135 140 Asp Glu Ile Lys Pro Asp Trp Gly Ile Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro 145 150 155 160 Tyr Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr Ile His Tyr Lys Gln Thr Thr Ile 165 170 175 Gln Lys Ser Ile Glu Gln Asn Lys Ile Gln Ser Pro Asp Ser Pro Arg 180 185 190 Lys Leu Val Leu Gln Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro 195 200 205 Leu Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala 210 215 220 Glu Ser Phe Lys Leu Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr 225 230 235 240 Lys Ile Lys Ala Cys Leu Gln Gln His Gln Arg Asn Ile Leu Asp Glu 245 250 255 Leu Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn Gln Tyr Gly Ile Glu Val Lys Lys 260 265 270 Tyr Ile Gln Arg Tyr Phe Pro Ile Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys 275 280 285 His Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu Ile Glu Ser Thr Val 290 295 300 Glu Gln Gln Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu Gln Gly 305 310 315 320 Lys Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu Gln 325 330 335 Asp Ile Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe Ile Asn Ala Cys 340 345 350 Ala Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met Ile Leu Asn Pro Glu Cys Glu 355 360 365 Lys Asp Ile Leu Gly Lys Gly Asn Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser 370 375 380 Thr Thr Arg Ser Asp Val Val Lys Lys Met Ile Pro Phe Phe Ser Asp 385 390 395 400 Glu Leu Gln Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala Ile Trp Ala Ile Arg Gly 405 410 415 Ser Ile Gln Gln Ile Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser 420 425 430 Trp Lys Ser Ile Leu Lys Ile Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn 435 440 445 Met Lys Tyr Ala Asp Ser Asp Met Gln Lys Leu Met Asp Lys Asp Ile 450 455 460 Ala Lys Ile Pro Glu Phe Ile Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly Val 465 470 475 480 Val Arg Phe Tyr Arg His Asp Glu Leu Gln Ser Ile Trp Glu Met Lys 485 490 495 Gln Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe 500 505 510 Lys Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr Gln Thr Ser Lys Asn Arg 515 520 525 Tyr Tyr Asn Leu Asp Leu Thr Thr Phe Asp Ile Leu Glu Tyr Gly Glu 530 535 540 Glu Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr Gln 545 550 555 560 Gln Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala 565 570 575 Ala Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gln Gln Asp Ala Lys 580 585 590 Ala Phe Ile Asn Ile Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp 595 600 605 Tyr Met Gly Tyr Val Gln Gly Gln Ile Ala Ile His Glu Asp Ser Ile 610 615 620 Glu Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe Ile Ser Gln Val Phe Ile 625 630 635 640 Lys Gly Phe Asp Arg His Met Arg Ser Ala Asn Leu Lys Phe Ile Lys 645 650 655 Asn Pro Arg Asn Gln Gly Leu Glu Gln Ser Glu Ile Glu Glu Met Ser 660 665 670 Phe Asp Ile Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Asn Lys Asp Asp Tyr 675 680 685 Ile Ala Phe Trp Ile Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser 690 695 700 Glu Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu 705 710 715 720 Gln Glu Ile Ile Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn 725 730 735 Asp Trp Lys Gln Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys Ile Met 740 745 750 Lys Gly Tyr Val Val Glu Glu Leu Tyr Gln Arg Glu Pro Tyr Arg Gln 755 760 765 Ser Asp Gly Lys Thr Pro Ile Leu Phe Arg Gly Val Glu Gln Ala Arg 770 775 780 Lys Tyr Gly Thr Glu Thr Val Ile Gln Arg Leu Phe Asp Ala Asn Pro 785 790 795 800 Glu Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn Leu Ala Glu Trp Glu Arg Gln Lys 805 810 815 Glu Thr Ile Glu Glu Thr Ile Lys Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu 820 825 830 Trp Ala Lys Asn Pro Lys Lys Pro Gln Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu 835 840 845 Tyr Lys Glu Cys Cys Asp Ala Ile Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn 850 855 860 Lys Thr Thr Leu Ala Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu Ile Glu 865 870 875 880 Ile Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala Ile Ala Asp Arg Asp Phe 885 890 895 Gln Cys Met Ala Asn Gln Tyr Phe Lys His Ser Gly Ile Thr Glu Arg 900 905 910 Val Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser Ile Lys Lys Leu Asp 915 920 925 Thr Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg 930 935 940 Asn His Ile Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr 945 950 955 960 Leu Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu Ile Phe Lys Tyr Asp Arg 965 970 975 Lys Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu Ile Asp Ile Leu Asp Arg 980 985 990 His Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg 995 1000 1005 Leu Val Ile Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly 1010 1015 1020 Gly Lys Lys Ile Asp Gly Gly Tyr Ile Glu Thr Asn Gln Val Ser 1025 1030 1035 Glu Glu Tyr Cys Gly Ile Val Lys Arg Leu Leu Glu Met 1040 1045 1050 <210> 12 <211> 1152 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei F0279 <400> 12 Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly Ile Ser His Lys Lys Tyr Ile Glu 1 5 10 15 Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 20 25 30 Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser Ile Arg Leu Asp Ile Tyr Ile Lys Asn 35 40 45 Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg Ile Arg Arg Glu Asn Leu 50 55 60 Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu 65 70 75 80 Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gln Asp Lys Asn Tyr 85 90 95 Ser Glu Glu Asp Ile Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 100 105 110 Ser Val Leu Lys Lys Ile Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 115 120 125 Leu Glu Ile Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys Ile Asn 130 135 140 Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gln Lys Ile 145 150 155 160 Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn Ile 165 170 175 Ile Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr Ile Asn 180 185 190 Asn Val Gln Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp Ile Glu 195 200 205 Lys Leu Phe Phe Leu Ile Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 210 215 220 Ile Arg Glu Tyr Tyr His Lys Ile Ile Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 225 230 235 240 Asn Phe Ala Lys Ile Ile Tyr Glu Glu Ile Gln Asn Val Asn Asn Ile 245 250 255 Lys Glu Leu Ile Glu Lys Ile Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser 260 265 270 Gln Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 275 280 285 Asn Ile Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu Ile Glu Met Ser Gln 290 295 300 Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn Ile Ser Asn Asp 305 310 315 320 Lys Ile Lys Arg Ile Phe Glu Tyr Gln Asn Leu Lys Lys Leu Ile Glu 325 330 335 Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 340 345 350 Tyr Asn Tyr Tyr Leu Gln Val Gly Glu Ile Ala Thr Ser Asp Phe Ile 355 360 365 Ala Arg Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn Ile Ile Gly Val 370 375 380 Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn Ile Leu Glu Thr Glu Asn 385 390 395 400 Glu Asn Asp Ile Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 405 410 415 Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys Ile Tyr Asn 420 425 430 Glu Asn Lys Gln Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 435 440 445 Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu Ile Glu Asp Phe Phe Ala 450 455 460 Asn Ile Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val His Phe 465 470 475 480 Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp Ile Phe Ala Phe Lys Asn Ile Ala 485 490 495 Pro Ser Glu Ile Ser Lys Lys Met Phe Gln Asn Glu Ile Asn Glu Lys 500 505 510 Lys Leu Lys Leu Lys Ile Phe Lys Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 515 520 525 Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val Ile Ile Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 530 535 540 Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn Ile Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 545 550 555 560 Leu Tyr Asn Lys Ile Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp 565 570 575 Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gln Ile Tyr Leu Leu 580 585 590 Lys Asn Ile Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Asn Ser 595 600 605 Lys Val Phe Phe Lys Ile Thr Asn Glu Val Ile Lys Ile Asn Lys Gln 610 615 620 Arg Asn Gln Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gln Lys Phe Glu Asn Ile 625 630 635 640 Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala Ile Ile Gln Ser Arg Glu 645 650 655 Met Ile Asn Asn Gln Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr Ile Asp Phe 660 665 670 Ile Gln Gln Ile Phe Leu Lys Gly Phe Ile Asp Tyr Leu Asn Lys Asn 675 680 685 Asn Leu Lys Tyr Ile Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp Ile 690 695 700 Phe Ser Lys Ile Lys Ile Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 705 710 715 720 Ile Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu Ile Pro His 725 730 735 Glu Ile Asn Glu Phe Val Arg Glu Ile Lys Leu Gly Lys Ile Leu Lys 740 745 750 Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu Ile Leu Lys Leu Leu Asn 755 760 765 His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr Gln Ser 770 775 780 Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu Ile Asn Leu 785 790 795 800 Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala 805 810 815 Asn Glu Ile Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys Ile Lys Asp 820 825 830 Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys Ile Tyr Phe Asp Gly 835 840 845 Glu Asn Ile Ile Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn Ile Lys Lys Tyr Gly 850 855 860 Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys Ile 865 870 875 880 Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu Ile Glu 885 890 895 Lys Asn Tyr Thr Met Gln Gln Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 900 905 910 Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 915 920 925 Ala Ile Gly Asn Ile Gln Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 930 935 940 Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gln Gly Leu Leu Leu Lys Ile Leu His 945 950 955 960 Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser Ile Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 965 970 975 Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr Ile Glu Glu Ile Phe Asn 980 985 990 Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly Gln Ile Val Glu 995 1000 1005 Lys Tyr Ile Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1010 1015 1020 Lys Arg Ser Ile Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys Gln 1025 1030 1035 Glu Lys Lys Asp Leu Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His Phe Asn 1040 1045 1050 Tyr Ile Pro His Ala Glu Ile Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 1055 1060 1065 Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Ile 1070 1075 1080 Met Lys Ser Ile Val Asp Ile Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 1085 1090 1095 Thr Phe Lys Ile Gly Ala Asp Lys Lys Ile Glu Ile Gln Thr Leu 1100 1105 1110 Glu Ser Glu Lys Ile Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1115 1120 1125 Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1130 1135 1140 Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu 1145 1150 <210> 13 <211> 1285 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus SB1003 <400> 13 Met Gln Ile Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr Ile Ser Glu Phe Gly Asp 1 5 10 15 Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys Ile Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 20 25 30 Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu Ile Gly 35 40 45 Gln Trp Ile Ser Gly Ile Asp Lys Ile Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 50 55 60 Lys Ser Asp Gly Lys Ala Ile His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met Gln 65 70 75 80 Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 85 90 95 Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp Gln Phe Lys Arg Arg 100 105 110 Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gln Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 115 120 125 Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gln Ala Phe His Gly Arg 130 135 140 Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 145 150 155 160 Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg Ile Asp Gly 165 170 175 Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 180 185 190 Val Ala Arg Ala Leu Gly Ile Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 195 200 205 Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu Ile Gln Thr Tyr Phe 210 215 220 Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 225 230 235 240 Ser Ala Ala Gln Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gln Val Ser Gly Arg Ser 245 250 255 Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 260 265 270 Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 275 280 285 Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 290 295 300 Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 305 310 315 320 Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 325 330 335 Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gln Gln Ala Gly Asp 340 345 350 Leu Ala Gln Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly Gln Thr Glu Ile Lys 355 360 365 Glu Ser Glu Ile Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 370 375 380 Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp Ile Asp Pro Met Gly Lys Ile Val Asn 385 390 395 400 Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn Ile Arg Gln 405 410 415 Val Ile Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 420 425 430 Ile Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 435 440 445 Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 450 455 460 Asn Gln Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu Ile 465 470 475 480 Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 485 490 495 His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala Ile Arg Ala Ile Ile 500 505 510 Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 515 520 525 Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 530 535 540 Tyr Ser Glu Ile Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 545 550 555 560 Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 565 570 575 Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 580 585 590 Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 595 600 605 Lys Ala Arg Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 610 615 620 Ala Tyr Ala Ser Gly Ile Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 625 630 635 640 Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala Gln Ser Val Asn Val Thr 645 650 655 Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Thr Ser Arg Leu Arg Pro 660 665 670 Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 675 680 685 Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gln Ile Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 690 695 700 Glu Asn Ala Arg Lys Gln Ala Glu Phe Ile Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 705 710 715 720 Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr Ile Arg Ala Lys Gly Phe Asp 725 730 735 Trp Ile Leu Lys Ile Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 740 745 750 Val Leu Pro Glu Pro Ile Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gln 755 760 765 Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 770 775 780 Asn Leu Leu His Gln Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gln Gly Lys Tyr 785 790 795 800 Glu Leu Val Gln Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gln Ala Asp Ala Arg Arg 805 810 815 Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 820 825 830 Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 835 840 845 Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 850 855 860 Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 865 870 875 880 Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 885 890 895 Arg Gly Leu Arg Gln Ile Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 900 905 910 Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 915 920 925 Ala Glu Ile Glu Asp Glu Thr Gln Glu Lys Ser Gln Ile Val Ala Ala 930 935 940 Gln Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 945 950 955 960 Lys Thr Ile Ser Pro Glu Glu Arg Gln Ser Tyr Ala Ala Ala Ile Lys 965 970 975 Thr Ile Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 980 985 990 His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val Ile Gly Arg Leu Ile 995 1000 1005 Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu Ile 1010 1015 1020 Asn Ala Ser Lys Gln Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1025 1030 1035 Ile Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr Gln Thr Arg Lys 1040 1045 1050 Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1055 1060 1065 Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1070 1075 1080 Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser Ile Leu Asp Met 1085 1090 1095 Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gln Met Lys Asp His 1100 1105 1110 Leu Leu Gln Asp Ala Thr Ile Thr Gln Ala Ala Ile Lys His Leu 1115 1120 1125 Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1130 1135 1140 Ala Arg Phe Ser Gln Asp Tyr Leu Gln Met Val Ala Ala Val Phe 1145 1150 1155 Asn Gly Ser Val Gln Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1160 1165 1170 Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala Gln Ser Gln 1175 1180 1185 Pro Asp Gln Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1190 1195 1200 Leu Pro Pro Pro Gln Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1205 1210 1215 Lys Val Ile Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1220 1225 1230 Val Ala Gly Asn Ile Gly Leu His Ile Ser Arg Leu Arg Arg Ile 1235 1240 1245 Arg Glu Asp Ala Ile Ile Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1250 1255 1260 Glu Ile Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1265 1270 1275 Ala Asp Leu Val Arg Ile Asp 1280 1285 <210> 14 <211> 1285 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus R121 <400> 14 Met Gln Ile Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr Ile Ser Glu Phe Gly Asp 1 5 10 15 Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys Ile Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 20 25 30 Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu Ile Gly 35 40 45 Gln Trp Ile Ser Gly Ile Asp Lys Ile Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 50 55 60 Lys Ser Asp Gly Lys Ala Ile His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met Gln 65 70 75 80 Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 85 90 95 Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp Gln Phe Lys Arg Arg 100 105 110 Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gln Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 115 120 125 Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gln Ala Phe His Gly Arg 130 135 140 Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 145 150 155 160 Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg Ile Asp Gly 165 170 175 Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 180 185 190 Val Ala Arg Ala Leu Gly Ile Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 195 200 205 Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu Ile Gln Thr Tyr Phe 210 215 220 Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 225 230 235 240 Ser Ala Ala Gln Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gln Val Ser Gly Arg Ser 245 250 255 Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 260 265 270 Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 275 280 285 Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 290 295 300 Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 305 310 315 320 Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 325 330 335 Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gln Gln Ala Gly Asp 340 345 350 Leu Ala Gln Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly Gln Thr Glu Ile Lys 355 360 365 Glu Ser Glu Ile Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 370 375 380 Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp Ile Asp Pro Met Gly Lys Ile Val Asn 385 390 395 400 Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn Ile Arg Gln 405 410 415 Val Ile Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 420 425 430 Ile Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 435 440 445 Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 450 455 460 Asn Gln Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu Ile 465 470 475 480 Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 485 490 495 His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala Ile Arg Ala Ile Ile 500 505 510 Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 515 520 525 Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 530 535 540 Tyr Ser Glu Ile Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 545 550 555 560 Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 565 570 575 Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 580 585 590 Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 595 600 605 Lys Ala Arg Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 610 615 620 Ala Tyr Ala Ser Gly Ile Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 625 630 635 640 Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala Gln Ser Val Asn Val Thr 645 650 655 Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 660 665 670 Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 675 680 685 Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gln Ile Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 690 695 700 Glu Asn Ala Arg Lys Gln Ala Glu Phe Ile Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 705 710 715 720 Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr Ile Arg Ala Lys Gly Phe Asp 725 730 735 Trp Ile Leu Lys Ile Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 740 745 750 Val Leu Pro Glu Pro Ile Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gln 755 760 765 Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 770 775 780 Asn Leu Leu His Gln Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gln Gly Lys Tyr 785 790 795 800 Glu Leu Val Gln Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gln Ala Asp Ala Arg Arg 805 810 815 Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 820 825 830 Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 835 840 845 Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 850 855 860 Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 865 870 875 880 Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 885 890 895 Arg Gly Leu Arg Gln Ile Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 900 905 910 Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 915 920 925 Ala Glu Ile Glu Asp Glu Thr Gln Glu Lys Ser Gln Ile Val Ala Ala 930 935 940 Gln Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 945 950 955 960 Lys Thr Ile Ser Pro Glu Glu Arg Gln Ser Tyr Ala Ala Ala Ile Lys 965 970 975 Thr Ile Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 980 985 990 His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val Ile Gly Arg Leu Ile 995 1000 1005 Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu Ile 1010 1015 1020 Asn Ala Ser Lys Gln Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1025 1030 1035 Ile Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr Gln Thr Arg Lys 1040 1045 1050 Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1055 1060 1065 Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1070 1075 1080 Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser Ile Leu Asp Met 1085 1090 1095 Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gln Met Lys Asp His 1100 1105 1110 Leu Leu Gln Asp Ala Thr Ile Thr Gln Ala Ala Ile Lys His Leu 1115 1120 1125 Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1130 1135 1140 Ala Arg Phe Ser Gln Asp Tyr Leu Gln Met Val Ala Ala Val Phe 1145 1150 1155 Asn Gly Ser Val Gln Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1160 1165 1170 Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala Gln Ser Gln 1175 1180 1185 Pro Asp Gln Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1190 1195 1200 Leu Pro Pro Pro Gln Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1205 1210 1215 Lys Val Ile Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1220 1225 1230 Val Ala Gly Asn Ile Gly Leu His Ile Ser Arg Leu Arg Arg Ile 1235 1240 1245 Arg Glu Asp Ala Ile Ile Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1250 1255 1260 Glu Ile Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1265 1270 1275 Ala Asp Leu Val Arg Ile Asp 1280 1285 <210> 15 <211> 1285 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus DE442 <400> 15 Met Gln Ile Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr Ile Ser Glu Phe Gly Asp 1 5 10 15 Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys Ile Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 20 25 30 Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu Ile Gly 35 40 45 Gln Trp Ile Ser Gly Ile Asp Lys Ile Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 50 55 60 Lys Ser Asp Gly Lys Ala Ile His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met Gln 65 70 75 80 Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 85 90 95 Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp Gln Phe Lys Arg Arg 100 105 110 Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gln Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 115 120 125 Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gln Ala Phe His Gly Arg 130 135 140 Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 145 150 155 160 Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg Ile Asp Gly 165 170 175 Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 180 185 190 Val Ala Arg Ala Leu Gly Ile Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 195 200 205 Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu Ile Gln Thr Tyr Phe 210 215 220 Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 225 230 235 240 Ser Ala Ala Gln Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gln Val Ser Gly Arg Ser 245 250 255 Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 260 265 270 Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 275 280 285 Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 290 295 300 Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 305 310 315 320 Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 325 330 335 Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gln Gln Ala Gly Asp 340 345 350 Leu Ala Gln Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly Gln Thr Glu Ile Lys 355 360 365 Glu Ser Glu Ile Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 370 375 380 Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp Ile Asp Pro Met Gly Lys Ile Val Asn 385 390 395 400 Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn Ile Arg Gln 405 410 415 Val Ile Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 420 425 430 Ile Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 435 440 445 Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 450 455 460 Asn Gln Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu Ile 465 470 475 480 Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 485 490 495 His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala Ile Arg Ala Ile Ile 500 505 510 Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 515 520 525 Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 530 535 540 Tyr Ser Glu Ile Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 545 550 555 560 Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 565 570 575 Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 580 585 590 Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 595 600 605 Lys Ala Arg Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 610 615 620 Ala Tyr Ala Ser Gly Ile Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 625 630 635 640 Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala Gln Ser Val Asn Val Thr 645 650 655 Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 660 665 670 Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 675 680 685 Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gln Ile Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 690 695 700 Glu Asn Ala Arg Lys Gln Ala Glu Phe Ile Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 705 710 715 720 Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr Ile Arg Ala Lys Gly Phe Asp 725 730 735 Trp Ile Leu Lys Ile Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 740 745 750 Val Leu Pro Glu Pro Ile Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gln 755 760 765 Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 770 775 780 Asn Leu Leu His Gln Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gln Gly Lys Tyr 785 790 795 800 Glu Leu Val Gln Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gln Ala Asp Ala Arg Arg 805 810 815 Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 820 825 830 Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 835 840 845 Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 850 855 860 Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 865 870 875 880 Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 885 890 895 Arg Gly Leu Arg Gln Ile Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 900 905 910 Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 915 920 925 Ala Glu Ile Glu Asp Glu Thr Gln Glu Lys Ser Gln Ile Val Ala Ala 930 935 940 Gln Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 945 950 955 960 Lys Thr Ile Ser Pro Glu Glu Arg Gln Ser Tyr Ala Ala Ala Ile Lys 965 970 975 Thr Ile Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 980 985 990 His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val Ile Gly Arg Leu Ile 995 1000 1005 Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu Ile 1010 1015 1020 Asn Ala Ser Lys Gln Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1025 1030 1035 Ile Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr Gln Thr Arg Lys 1040 1045 1050 Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1055 1060 1065 Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1070 1075 1080 Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser Ile Leu Asp Met 1085 1090 1095 Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gln Met Lys Asp His 1100 1105 1110 Leu Leu Gln Asp Ala Thr Ile Thr Gln Ala Ala Ile Lys His Leu 1115 1120 1125 Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1130 1135 1140 Ala Arg Phe Ser Gln Asp Tyr Leu Gln Met Val Ala Ala Val Phe 1145 1150 1155 Asn Gly Ser Val Gln Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1160 1165 1170 Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala Gln Ser Gln 1175 1180 1185 Pro Asp Gln Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1190 1195 1200 Leu Pro Pro Pro Gln Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1205 1210 1215 Lys Val Ile Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1220 1225 1230 Val Ala Gly Asn Ile Gly Leu His Ile Ser Arg Leu Arg Arg Ile 1235 1240 1245 Arg Glu Asp Ala Ile Ile Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1250 1255 1260 Glu Ile Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1265 1270 1275 Ala Asp Leu Val Arg Ile Asp 1280 1285 <210> 16 <211> 47 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 16 aattctaata cgactcacta tagggggatc ctctagaaat atggatt 47 <210> 17 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 17 ctcgtatgtt gtgtggaatt gt 22 <210> 18 <211> 59 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 18 aattctaata cgactcacta tagggatcct ctagaaatat ggattacttg gtagaacag 59 <210> 19 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 19 gataaacaca ggaaacagct atgaccatga ttacg 35 <210> 20 <211> 54 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 20 aattctaata cgactcacta taggccgctg ctaatgatag gttgctactc acaa 54 <210> 21 <211> 34 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 21 tcaatgtcag tcaccactat tccatccaca acag 34 <210> 22 <211> 45 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 22 gaaattaata cgactcacta tagggcgtgg cgcactacat gtact 45 <210> 23 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 23 tgtcaatgtc agtcaccact attccatcca 30 <210> 24 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 24 aattctaata cgactcacta tagggtccag actcctacgg gaggcwgca 49 <210> 25 <211> 52 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 25 tttcgctcta ttctcatcag tttcatgtcc tgtgtcatta ccgcggctgc tg 52 <210> 26 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 26 ggtacacttc aggtatattt gaggttcatt c 31 <210> 27 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 27 gaaattaata cgactcacta taggggttga tatgtcagag ctttccagag aaataa 56 <210> 28 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 28 acactaatat tgattccttc agatatggac t 31 <210> 29 <211> 55 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 29 gaaattaata cgactcacta tagggatcgt tattcttacg cgttgtcatt gaaag 55 <210> 30 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 30 gaatctcttg aacccagtag gcagaggttg 30 <210> 31 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 31 gaaattaata cgactcacta tagggaaagg cctaagtgtc cttctaccat tattttg 57 <210> 32 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 32 tttgtttttg atgttgttgt tgtttttgtg tc 32 <210> 33 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 33 gaaattaata cgactcacta tagggaatgc attcatagcc aaattctact ggaaata 57 <210> 34 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 34 gagtacgtcc gcttcaccgg ctacccctgc tc 32 <210> 35 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 35 gaaattaata cgactcacta tagggatagt cccctcggcg aacatggacc cctacaa 57 <210> 36 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 36 gaaattaata cgactcacta tagggtcatg aagacctcac agtaaaaata ggtgatt 57 <210> 37 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 37 attcttacca tccacaaaat ggatccagac aa 32 <210> 38 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 38 gaaattaata cgactcacta taggggcagc atgtcaagat cacagatttt ggg 53 <210> 39 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 39 cctccttctg catggtattc tttctcttc 29 <210> 40 <211> 47 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 40 aattctaata cgactcacta tagggggatc ctctagaaat atggatt 47 <210> 41 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 41 ctcgtatgtt gtgtggaatt gt 22 <210> 42 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 42 aattctaata cgactcacta tagggggatc ctctagaaat atggattac 49 <210> 43 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 43 aaacacagga aacagctatg ac 22 <210> 44 <211> 49 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 44 aattctaata cgactcacta taggcctcta gaaatatgga ttacttggt 49 <210> 45 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 45 cgtatgttgt gtggaattgt ga 22 <210> 46 <211> 60 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 46 gaaattaata cgactcacta tagggctgtc ttgtctctca tggccgctgg ctggcttttc 60 <210> 47 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 47 cgtacacacc gatggagccg ccaaagtcct gtt 33 <210> 48 <211> 60 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 48 gaaattaata cgactcacta tagggagcaa atggaaactg gcgaccaacg gtttggcgat 60 <210> 49 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 49 actgccccga aacccggcat gtcgagatag ga 32 <210> 50 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 50 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 51 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 51 uagauugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 52 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 52 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc auguagugcg ccacgagcaa 60 aaugaug 67 <210> 53 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 53 cauguagugc gccacgagca aaaugaug 28 <210> 54 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 54 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu gcugccugca gcccugggau 60 caaguac 67 <210> 55 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 55 ugcugccugc agcccuggga ucaaguac 28 <210> 56 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 56 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cuuuacuccc uuccuccccg 60 cugaaag 67 <210> 57 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 57 acuuuacucc cuuccucccc gcugaaag 28 <210> 58 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 58 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca ccucaucgcc uuccuccccg 60 cugaaag 67 <210> 59 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 59 accucaucgc cuuccucccc gcugaaag 28 <210> 60 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 60 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cuuacugccc uuccucccaa 60 cuuaaag 67 <210> 61 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 61 acuuacugcc cuuccuccca acuuaaag 28 <210> 62 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 62 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aacccggacc uucgucgaug 60 gugaaag 67 <210> 63 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 63 gaacccggac cuucgucgau ggugaaag 28 <210> 64 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 64 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu uacacauaug uucuucccua 60 auaacag 67 <210> 65 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 65 uuacacauau guucuucccu aauaacag 28 <210> 66 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 66 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca ugguuccgcg acgagguugg 60 ucagcgc 67 <210> 67 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 67 augguuccgc gacgagguug gucagcgc 28 <210> 68 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 68 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc ugccagacau ucggugcgag 60 cuggcgg 67 <210> 69 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 69 cugccagaca uucggugcga gcuggcgg 28 <210> 70 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 70 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca agauugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 71 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 71 aagauugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 72 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 72 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu ugauugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 73 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 73 uugauugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 74 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 74 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu acauugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 75 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 75 uacauugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 76 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 76 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu aguuugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 77 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 77 uaguuugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 78 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 78 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agaaugcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 79 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 79 uagaaugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 80 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 80 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauagcugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 81 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 81 uagauagcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 82 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 82 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuccugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 83 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 83 uagauuccug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 84 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 84 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuggugu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 85 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 85 uagauuggug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 86 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 86 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauugcagu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 87 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 87 uagauugcag uucuaccaag uaauccau 28 <210> 88 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 88 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauugcucu ucuaccaagu 60 aauccau 67 <210> 89 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 89 uagauugcuc uucuaccaag uaauccau 28 <210> 90 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 90 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauacuucau gaugccagcu 60 gcuguuc 67 <210> 91 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 91 ggauacuuca ugaugccagc ugcuguuc 28 <210> 92 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 92 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauuguucau gaugccagcu 60 gcuguuc 67 <210> 93 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 93 ggauuguuca ugaugccagc ugcuguuc 28 <210> 94 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 94 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguacuucau gaugccagcu 60 gccguuc 67 <210> 95 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 95 ggguacuuca ugaugccagc ugccguuc 28 <210> 96 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 96 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguuguucau gaugccagcu 60 gccguuc 67 <210> 97 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 97 ggguuguuca ugaugccagc ugccguuc 28 <210> 98 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 98 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg guuuaauccc uucuggugug 60 uugaugu 67 <210> 99 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 99 gguuuaaucc cuucuggugu guugaugu 28 <210> 100 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 100 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg guaaaauccc uucuggugug 60 uugaugu 67 <210> 101 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 101 gguaaaaucc cuucuggugu guugaugu 28 <210> 102 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 102 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguuaauccc uucuggugug 60 uuuaugu 67 <210> 103 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 103 ggguuaaucc cuucuggugu guuuaugu 28 <210> 104 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 104 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg ggaaaauccc uucuggugug 60 uuuaugu 67 <210> 105 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 105 gggaaaaucc cuucuggugu guuuaugu 28 <210> 106 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 106 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauacuucau gaugccagcu 60 gc 62 <210> 107 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 107 ggauacuuca ugaugccagc ugc 23 <210> 108 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 108 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gauuguucau gaugccagcu 60 gc 62 <210> 109 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 109 ggauuguuca ugaugccagc ugc 23 <210> 110 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 110 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguacuucau gaugccagcu 60 gc 62 <210> 111 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 111 ggguacuuca ugaugccagc ugc 23 <210> 112 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 112 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg gguuguucau gaugccagcu 60 gc 62 <210> 113 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 113 ggguuguuca ugaugccagc ugc 23 <210> 114 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 114 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu acuacgcuuc agccuacugc 60 aaaucca 67 <210> 115 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 115 uacuacgcuu cagccuacug caaaucca 28 <210> 116 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 116 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu auuacgcuuc agccuacugc 60 aaaucca 67 <210> 117 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 117 uauuacgcuu cagccuacug caaaucca 28 <210> 118 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 118 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg acagaaaugu ccuuuuccca 60 auccuau 67 <210> 119 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 119 gacagaaaug uccuuuuccc aauccuau 28 <210> 120 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 120 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg auagaaaugu ccuuuuccca 60 auccuau 67 <210> 121 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 121 gauagaaaug uccuuuuccc aauccuau 28 <210> 122 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 122 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca ccgacucuuu uuuguauuuc 60 caguaga 67 <210> 123 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 123 accgacucuu uuuuguauuu ccaguaga 28 <210> 124 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 124 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cugacucuuu uuuguauuuc 60 caguaga 67 <210> 125 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 125 acugacucuu uuuuguauuu ccaguaga 28 <210> 126 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 126 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc uacaccuucu accaccaccu 60 ccgccag 67 <210> 127 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 127 cuacaccuuc uaccaccacc uccgccag 28 <210> 128 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 128 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc ugcaccuucu accaccaccu 60 ccgccag 67 <210> 129 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 129 cugcaccuuc uaccaccacc uccgccag 28 <210> 130 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 130 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg agagcaacag gaagcaggau 60 uccaagu 67 <210> 131 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 131 gagagcaaca ggaagcagga uuccaagu 28 <210> 132 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 132 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aaagcaacag gaagcaggau 60 uccaagu 67 <210> 133 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 133 gaaagcaaca ggaagcagga uuccaagu 28 <210> 134 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 134 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc caggccaaaa ucugugaucu 60 ugacaug 67 <210> 135 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 135 ccaggccaaa aucugugauc uugacaug 28 <210> 136 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 136 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc ccggccaaaa ucugugaucu 60 ugacaug 67 <210> 137 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 137 cccggccaaa aucugugauc uugacaug 28 <210> 138 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 138 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu caguguagcu agaccaaaau 60 caccuau 67 <210> 139 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 139 ucaguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28 <210> 140 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 140 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu cuguguagcu agaccaaaau 60 caccuau 67 <210> 141 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 141 ucuguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28 <210> 142 <211> 44 <212> RNA <213> Leptotrichia wadei <220> <221> misc_feature <222> (16)..(44) <223> N represents any nucleotide <400> 142 gcaaggggac uaaaacnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnn 44 <210> 143 <211> 44 <212> RNA <213> Leptotrichia wadei <220> <221> misc_feature <222> (7)..(44) <223> "n" represents any nucleotide <400> 143 cgaaggggac uaaaacnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnn 44 <210> 144 <211> 70 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 144 uacccgggga uccucuagaa auauggauua cuugguagaa cagcaaucua cucgaccugc 60 aggcaugcaa 70 <210> 145 <211> 44 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> "n" represents any nucleotide <400> 145 gcaaggggac naaaacuaga uugcuguucu accaaguaau ccau 44 <210> 146 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 146 tagattgctg 10 <210> 147 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 147 aagattgctg 10 <210> 148 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 148 ttgattgctg 10 <210> 149 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 149 tacattgctg 10 <210> 150 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 150 tagtttgctg 10 <210> 151 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 151 tagaatgctg 10 <210> 152 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 152 tagatagctg 10 <210> 153 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 153 tagattcctg 10 <210> 154 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 154 tagattggtg 10 <210> 155 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 155 tagattgcag 10 <210> 156 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 156 tagattgctc 10 <210> 157 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 157 atctaacgac 10 <210> 158 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 158 atgtaacgac 10 <210> 159 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 159 atgtatcgac 10 <210> 160 <211> 58 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 160 gugcugccca gaagagaaca gcagcuggca ucaugaagaa ucccguugug gauggaau 58 <210> 161 <211> 44 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 161 gcaaggggac uaaaacggau acuucaugau gccagcugcu guuc 44 <210> 162 <211> 58 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 162 gugcugccca gaagagaaca gcagcuggca ucaugaagaa ucccguugug gauggaau 58 <210> 163 <211> 44 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 163 gcaaggggac uaaaacggau acuucaugau gccagcugcu guuc 44 <210> 164 <211> 58 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 164 gugcugccca gaagagaacg gcagcuggca ucaugaagaa ccccguugug gauggaau 58 <210> 165 <211> 58 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 165 gugcugccca gaagagaaca gcagcuggca ucaugaagaa ucccguugug gauggaau 58 <210> 166 <211> 28 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 166 ggauuguuca ugaugccagc ugcuguuc 28 <210> 167 <211> 44 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 167 gcaaggggac uaaaacggau acuucaugau gccagcugcu guuc 44 <210> 168 <211> 58 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 168 gugcugccca gaagagaacg gcagcuggca ucaugaagaa cccuguugug gauggaau 58 <210> 169 <211> 28 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 169 ggguacuuca ugaugccagc ugccguuc 28 <210> 170 <211> 44 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 170 gcaaggggac uaaaacgggu uguucaugau gccagcugcc guuc 44 <210> 171 <211> 58 <212> RNA <213> Flavivirus sp. <400> 171 aaaugcugcu ggacaacauc aacacaccag aagggauuau accagcucuc uuugaacc 58 <210> 172 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 172 gguaaaaucc cuucuggugu guugaugu 28 <210> 173 <211> 44 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 173 gcaaggggac uaaaacgguu uaaucccuuc ugguguguug augu 44 <210> 174 <211> 58 <212> RNA <213> Flavivirus sp <400> 174 aaaugcuccu ugacaacaua aacacaccag aagggauuau cccagcccuc uuugagcc 58 <210> 175 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 175 uguauuugug uggucuuccc uaauuggg 28 <210> 176 <211> 44 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 176 gcaaggggac uaaaacggga aaaucccuuc ugguguguuu augu 44 <210> 177 <211> 39 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 177 caccgcagca ugucaagauc acagauuuug ggcgggcca 39 <210> 178 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 178 cccggccaaa aucugugauc uugacaug 28 <210> 179 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 179 ccaggccaaa aucugugauc uugacaug 28 <210> 180 <211> 39 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 180 caguaaaaau aggugauuuu ggucuagcua cagagaaau 39 <210> 181 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 181 ucuguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28 <210> 182 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 182 ucaguguagc uagaccaaaa ucaccuau 28 <210> 183 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 183 ttataactat tcctaaaaaa aaaaa 25 <210> 184 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 184 aaaaaaaaaa ctcccctaat aacaat 26 <210> 185 <211> 45 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 185 ggguaggaau aguuauaauu ucccuuuccc auuguuauua gggag 45 <210> 186 <211> 66 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 186 tgtggttggt gtggttggtt catggtcata ttggtttttt tttttttttc caaccacagt 60 ctctgt 66 <210> 187 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 187 ggttggtagt ctcgaattgc tctctttcac tggcc 35 <210> 188 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 188 gaaattaata cgactcacta tagggggttg gttcatggtc atattggt 48 <210> 189 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 189 gaaattaata cgactcacta tagggggttg gtgtggttgg ttcatggtca tattggt 57 <210> 190 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 190 ggccagtgaa agagagcaat tcgagactac c 31 <210> 191 <211> 64 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 191 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacccag ugaaagagag caauucgaga 60 cuac 64 <210> 192 <211> 64 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 192 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacaaag agagcaauuc gagacuacca 60 acca 64 <210> 193 <211> 64 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 193 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacagac uaccaaccac agagacugug 60 guug 64 <210> 194 <211> 106 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 194 gttagatcgc aagcatatca ttgcgcttgc gatctaactg ctgcgccgcc gggaaaatac 60 tgtacggtta gatcgcatag tctcgaattg ctctctttca ctggcc 106 <210> 195 <211> 71 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 195 gttagatcgc aagcatatca ttgcgcttgc gatctaactg ctgcgccgcc gggaaaatac 60 tgtacggtta g 71 <210> 196 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 196 atcgcatagt ctcgaattgc tctctttcac tggcc 35 <210> 197 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 197 gaaattaata cgactcacta tagggatcgc aagcatatca ttgcgcttgc 50 <210> 198 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 198 ggccagtgaa agagagcaat tcgagactat g 31 <210> 199 <211> 64 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 199 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacccag ugaaagagag caauucgaga 60 cuau 64 <210> 200 <211> 64 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 200 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacagag caauucgaga cuaugcgauc 60 uaac 64 <210> 201 <211> 64 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 201 gauuuagacu accccaaaaa cgaaggggac uaaaacacua ugcgaucuaa ccguacagua 60 uuuu 64 <210> 202 <211> 66 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 202 tgtggttggt gtggttggtt catggtcata ttggtttttt tttttttttc caaccacagt 60 ctctgt 66 <210> 203 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 203 ggttggtagt ctcgaattgc tctct 25 <210> 204 <211> 18 <212> PRT <213> Leptotrichia shahii <400> 204 Ile Arg Lys Phe Thr Lys Ile Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg Ile Leu 1 5 10 15 His Ala <210> 205 <211> 15 <212> PRT <213> Leptotrichia shahii <400> 205 Ser Ile Arg Asn Tyr Ile Ser His Phe Tyr Ile Val Arg Asn Pro 1 5 10 15 <210> 206 <211> 18 <212> PRT <213> Lachnospiraceae bacterium MA2020 <400> 206 Leu Tyr Ser Leu Lys Ser Met Leu Tyr Ser Met Arg Asn Ser Ser Phe 1 5 10 15 His Phe <210> 207 <211> 15 <212> PRT <213> Lachnospiraceae bacterium MA2020 <400> 207 Ile Phe Arg Asn Glu Ile Asp His Phe His Tyr Phe Tyr Asp Arg 1 5 10 15 <210> 208 <211> 18 <212> PRT <213> Lachnospiraceae <400> 208 Leu Thr Asp Leu Lys Asp Val Ile Tyr Ser Met Arg Asn Asp Ser Phe 1 5 10 15 His Tyr <210> 209 <211> 15 <212> PRT <213> Lachnospiraceae <400> 209 Glu Leu Arg Asn Tyr Ile Glu His Phe Arg Tyr Tyr Ser Ser Phe 1 5 10 15 <210> 210 <211> 18 <212> PRT <213> Clostridium aminophilum DSM 10710 <400> 210 Ala Asp Asp Leu Arg Lys Ala Ile Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Thr Phe 1 5 10 15 His Phe <210> 211 <211> 15 <212> PRT <213> Clostridium aminophilum DSM 10710 <400> 211 Asp Val Arg Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr Tyr Ala Thr Ser 1 5 10 15 <210> 212 <211> 18 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <400> 212 Ile Trp Ala Leu Arg Gly Ser Val Gln Gln Ile Arg Asn Glu Ile Phe 1 5 10 15 His Ser <210> 213 <211> 15 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum <400> 213 Lys Ile Arg Asn Gln Thr Ala His Leu Ser Val Leu Gln Leu Glu 1 5 10 15 <210> 214 <211> 18 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <400> 214 Leu Trp Ala Ile Arg Gly Ala Val Gln Arg Val Arg Asn Gln Ile Phe 1 5 10 15 His Gln <210> 215 <211> 15 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum DSM 4847 <400> 215 Glu Ile Arg Asn Asn Ile Ala His Leu His Val Leu Arg Asn Asp 1 5 10 15 <210> 216 <211> 18 <212> PRT <213> Paludibacter propionicigenes WB4 <400> 216 Leu Trp Gly Ile Arg Gly Ala Val Gln Gln Ile Arg Asn Asn Val Asn 1 5 10 15 His Tyr <210> 217 <211> 15 <212> PRT <213> Paludibacter propionicigenes WB4 <400> 217 Asp Ile Arg Asn His Ile Ala His Phe Asn Tyr Leu Thr Lys Asp 1 5 10 15 <210> 218 <211> 18 <212> PRT <213> Listeria weihenstephanensis FSL R9-0317 <400> 218 Ile Trp Ala Ile Arg Gly Ser Ile Gln Gln Ile Arg Asn Glu Val Tyr 1 5 10 15 His Cys <210> 219 <211> 15 <212> PRT <213> Listeria weihenstephanensis FSL R9-0317 <400> 219 Asn Ala Arg Asn His Ile Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys 1 5 10 15 <210> 220 <211> 18 <212> PRT <213> Listeriaceae bacterium FSL M6-0635 <400> 220 Ile Trp Ala Ile Arg Gly Ser Ile Gln Gln Ile Arg Asn Glu Val Tyr 1 5 10 15 His Cys <210> 221 <211> 15 <212> PRT <213> Listeriaceae bacterium FSL M6-0635 <400> 221 Asn Ala Arg Asn His Ile Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys 1 5 10 15 <210> 222 <211> 18 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei F0279 <400> 222 Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn Gln Thr Phe 1 5 10 15 His Leu <210> 223 <211> 15 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei F0279 <400> 223 Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His Phe Asn Tyr Ile Pro His Ala 1 5 10 15 <210> 224 <211> 18 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus SB 1003 <400> 224 Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn Gln Thr Phe 1 5 10 15 His Leu <210> 225 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 225 Gln Thr Arg Lys Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala 1 5 10 15 <210> 226 <211> 18 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus R12 <400> 226 Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn Gln Thr Phe 1 5 10 15 His Leu <210> 227 <211> 15 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus R121 <400> 227 Gln Thr Arg Lys Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala 1 5 10 15 <210> 228 <211> 18 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus DE442 <400> 228 Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg Asn Gln Thr Phe 1 5 10 15 His Leu <210> 229 <211> 15 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus DE-442 <400> 229 Gln Thr Arg Lys Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala 1 5 10 15 <210> 230 <211> 18 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei (Lw2) <400> 230 Phe Ala Asn Ile Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val 1 5 10 15 His Phe <210> 231 <211> 15 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei (Lw2) <400> 231 Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His Phe Asn Tyr Ile Pro His Ala 1 5 10 15 <210> 232 <211> 18 <212> PRT <213> Listeria seeligen <400> 232 Ser Trp Gly Leu Arg Gly Ala Ile Ala Pro Ile Arg Asn Glu Ile Ile 1 5 10 15 His Leu <210> 233 <211> 15 <212> PRT <213> Listeria seeligen <400> 233 Glu Lys Arg Asn Asn Ile Ser His Phe Asn Tyr Leu Asn Gly Gln 1 5 10 15 <210> 234 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 234 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agaaugcugu ucuaccaagu 60 aa 62 <210> 235 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 235 uagaaugcug uucuaccaag uaa 23 <210> 236 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GGGGAUUUAGACUACCCCAAAAACGAAGGGGACUAAAACUAGAUAGCUGUUCUACCAAGUAA <400> 236 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauagcugu ucuaccaagu 60 aa 62 <210> 237 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 237 uagauagcug uucuaccaag uaa 23 <210> 238 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 238 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuccugu ucuaccaagu 60 aa 62 <210> 239 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 239 uagauuccug uucuaccaag uaa 23 <210> 240 <211> 59 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 240 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca agauugcugu ucuaccaag 59 <210> 241 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 241 aagauugcug uucuaccaag 20 <210> 242 <211> 59 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 242 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu ugauugcugu ucuaccaag 59 <210> 243 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 243 uugauugcug uucuaccaag 20 <210> 244 <211> 59 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 244 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu aguuugcugu ucuaccaag 59 <210> 245 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 245 uaguuugcug uucuaccaag 20 <210> 246 <211> 59 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 246 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agaaugcugu ucuaccaag 59 <210> 247 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 247 uagaaugcug uucuaccaag 20 <210> 248 <211> 59 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 248 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauagcugu ucuaccaag 59 <210> 249 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 249 uagauagcug uucuaccaag 20 <210> 250 <211> 59 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 250 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu agauuccugu ucuaccaag 59 <210> 251 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> UAGAUUCCUGUUCUACCAAG <400> 251 uagauuccug uucuaccaag 20 <210> 252 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 252 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacc uagauugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 <210> 253 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 253 cuagauugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 254 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 254 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aagauugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 <210> 255 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Seqeunce <220> <223> Synthetic <400> 255 gaagauugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 256 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 256 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uugauugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 <210> 257 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 257 guugauugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 258 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 258 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uaguuugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 <210> 259 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 259 guaguuugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 260 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 260 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uagaaugcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 <210> 261 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 261 guagaaugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 262 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 262 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg uagauagcug uucuaccaag 60 uaaucca 67 <210> 263 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 263 guagauagcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 264 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 264 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca cuagauugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 <210> 265 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 265 acuagauugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 266 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 266 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca gaagauugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 <210> 267 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 267 agaagauugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 268 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 268 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guugauugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 <210> 269 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 269 aguugauugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 270 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 270 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guaguuugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 <210> 271 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 271 aguaguuugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 272 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 272 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guagaaugcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 <210> 273 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 273 aguagaaugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 274 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 274 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca guagauagcu guucuaccaa 60 guaaucc 67 <210> 275 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 275 aguagauagc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 276 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 276 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg acuagauugc uguucuacca 60 aguaauc 67 <210> 277 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 277 gacuagauug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 278 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 278 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg agaagauugc uguucuacca 60 aguaauc 67 <210> 279 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 279 gagaagauug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 280 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 280 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguugauugc uguucuacca 60 aguaauc 67 <210> 281 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 281 gaguugauug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 282 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 282 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguaguuugc uguucuacca 60 aguaauc 67 <210> 283 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 283 gaguaguuug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 284 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 284 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguagaaugc uguucuacca 60 aguaauc 67 <210> 285 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 285 gaguagaaug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 286 <211> 67 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 286 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacg aguagauagc uguucuacca 60 aguaauc 67 <210> 287 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 287 gaguagauag cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 288 <211> 176 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 288 gggggccagu gaauucgagc ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa ucuacucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 <210> 289 <211> 176 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 289 gggggccagu gaauucgagc ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa ucuagucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 <210> 290 <211> 176 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 290 gggggccagu gaauucgagc ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa ucuaaucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 <210> 291 <211> 176 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 291 gggggccagu gaauucgagc ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa ucuauucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 <210> 292 <211> 173 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 292 ggccagtgaa ttcgagctcg gtacccgggg atcctctaga aatatggatt acttggtaga 60 acagcaatct actcgacctg caggcatgca agcttggcgt aatcatggtc atagctgttt 120 cctgtgttta tccgctcaca attccacaca acatacgagc cggaagcata aag 173 <210> 293 <211> 189 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 293 gagtacgtcc gcttcaccgg ctacccctgc tcctggacct tctaccacca cctccgccag 60 gagatcctcc aggagttcac cctgcacgac cacgtgcggg aggaggccca gaagttcctg 120 cggggcctgc aggtgaacgg gagccggccg ggcacctttg taggggtcca tgttcgccga 180 ggggactat 189 <210> 294 <211> 334 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 294 agcuggagug uuguuuggua ugggcaaagg gaugccauuc uacgcauggg acuuuggagu 60 cccgcugcua augauagguu gcuacucaca auuaacaccc cugacccuaa uaguggccau 120 cauuuugcuc guggcgcacu acauguacuu gaucccaggg cugcaggcag cagcugcgcg 180 ugcugcccag aagagaacgg cagcuggcau caugaagaac ccuguugugg auggaauagu 240 ggugacugac auugacacaa ugacaauuga cccccaagug gagaaaaaga ugggacaggu 300 gcuacucaua gcaguagccg ucuccagcgc caua 334 <210> 295 <211> 334 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 295 ggcagcuaua uugaugggac uugacaaggg auggccaaua ucgaagaugg acauaggagu 60 uccacuucuc gccuuagggu gcuauuccca ggugaaccca uugacacuga cagcggcggu 120 guugauguua guggcucauu augccauaau uggaccagga cugcaagcaa aggccacuag 180 agaagcucaa aaaaggacag cggccggaau aaugaaaaau ccaaccguag acgggauugu 240 ugcaauagac uuggauccug ugguuuauga uacaaaauuu gaaaaacagc uaggccaaau 300 aauguuacug auacuuugua caucacagau ccuc 334 <210> 296 <211> 337 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 296 gggagcugga guguuguuug guaugggcaa agggaugcca uucuacgcau gggacuuugg 60 agucccgcug cuaaugauag guugcuacuc acaauuaaca ccccugaccc uaauaguggc 120 caucauuuug cucguggcgc acuacaugua cuugauccca gggcugcagg cagcagcugc 180 gcgugcugcc cagaagagaa cggcagcugg caucaugaag aacccuguug uggauggaau 240 aguggugacu gacauugaca caaugacaau ugacccccaa guggagaaaa agaugggaca 300 ggugcuacuc auagcaguag ccgucuccag cgccaua 337 <210> 297 <211> 173 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 297 gggaaccuug auaguggcua ucauucugcu uguggcacac uauauguacu ugaucccagg 60 ccuacaggca gcagcagcgc gugcugccca gaagagaaca gcagcuggca ucaugaagaa 120 ucccguugug gauggaauag ugguaacuga cauugacaca augacaauug acc 173 <210> 298 <211> 173 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 298 ggggacccua auaguggcca ucauuuugcu cguggcgcac uacauguacu ugaucccagg 60 gcugcaggca gcagcugcgc gugcugccca gaagagaacg gcagcuggca ucaugaagaa 120 cccuguugug gauggaauag uggugacuga cauugacaca augacaauug acc 173 <210> 299 <211> 173 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 299 gggaguacau auucaggggc caaccucuca acaaugacga agaccaugcu cacuggacag 60 aagcaaaaau gcugcuggac aacaucaaca caccagaagg gauuauacca gcucucuuug 120 aaccagaaag ggagaaguca gccgccauag acggugaaua ccgccugaag ggu 173 <210> 300 <211> 173 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 300 gggaguacau uuacauggga cagccuucaa acaacgauga ggaucacgcu cauuggacag 60 aagcaaaaau gcuccuugac aacauaaaca caccagaagg gauuauccca gcccucuuug 120 agccggagag aggaaaaagu gcagcaauag acggggaaua cagacugcgg ggu 173 <210> 301 <211> 176 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 301 gggggccagu gaauucgagc ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcaa uguacucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 <210> 302 <211> 176 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 302 gggggccagu gaauucgagc ucgguacccg gggauccucu agaaauaugg auuacuuggu 60 agaacagcua uguacucgac cugcaggcau gcaagcuugg cguaaucaug gucauagcug 120 uuuccugugu uuauccgcuc acaauuccac acaacauacg agccggaagc auaaag 176 <210> 303 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 303 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaaca agauugcugu ucuaccaagu 60 aa 62 <210> 304 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 304 aagauugcug uucuaccaag uaa 23 <210> 305 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 305 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu ugauugcugu ucuaccaagu 60 aa 62 <210> 306 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 306 uugauugcug uucuaccaag uaa 23 <210> 307 <211> 62 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 307 ggggauuuag acuaccccaa aaacgaaggg gacuaaaacu aguuugcugu ucuaccaagu 60 aa 62 <210> 308 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 308 uaguuugcug uucuaccaag uaa 23 <210> 309 <211> 1159 <212> PRT <213> Leptorichia buccalis C-1013-b <400> 309 Met Lys Val Thr Lys Val Gly Gly Ile Ser His Lys Lys Tyr Thr Ser 1 5 10 15 Glu Gly Arg Leu Val Lys Ser Glu Ser Glu Glu Asn Arg Thr Asp Glu 20 25 30 Arg Leu Ser Ala Leu Leu Asn Met Arg Leu Asp Met Tyr Ile Lys Asn 35 40 45 Pro Ser Ser Thr Glu Thr Lys Glu Asn Gln Lys Arg Ile Gly Lys Leu 50 55 60 Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Met Val Tyr Leu Lys Asp Asn Thr Leu 65 70 75 80 Ser Leu Lys Asn Gly Lys Lys Glu Asn Ile Asp Arg Glu Tyr Ser Glu 85 90 95 Thr Asp Ile Leu Glu Ser Asp Val Arg Asp Lys Lys Asn Phe Ala Val 100 105 110 Leu Lys Lys Ile Tyr Leu Asn Glu Asn Val Asn Ser Glu Glu Leu Glu 115 120 125 Val Phe Arg Asn Asp Ile Lys Lys Lys Leu Asn Lys Ile Asn Ser Leu 130 135 140 Lys Tyr Ser Phe Glu Lys Asn Lys Ala Asn Tyr Gln Lys Ile Asn Glu 145 150 155 160 Asn Asn Ile Glu Lys Val Glu Gly Lys Ser Lys Arg Asn Ile Ile Tyr 165 170 175 Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asp Ala Tyr Val Ser Asn Val 180 185 190 Lys Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Glu Glu Asp Ile Ala Lys Leu 195 200 205 Val Leu Glu Ile Glu Asn Leu Thr Lys Leu Glu Lys Tyr Lys Ile Arg 210 215 220 Glu Phe Tyr His Glu Ile Ile Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu Asn Phe 225 230 235 240 Ala Lys Ile Ile Tyr Glu Glu Ile Gln Asn Val Asn Asn Met Lys Glu 245 250 255 Leu Ile Glu Lys Val Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser Gln Val 260 265 270 Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys Asn Ile 275 280 285 Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu Ile Glu Met Ser Gln Leu Leu 290 295 300 Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn Ile Ser Asn Asp Lys Ile 305 310 315 320 Lys Arg Ile Phe Glu Tyr Gln Asn Leu Lys Lys Leu Ile Glu Asn Lys 325 330 335 Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys Tyr Asn 340 345 350 Tyr Tyr Leu Gln Asp Gly Glu Ile Ala Thr Ser Asp Phe Ile Ala Arg 355 360 365 Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn Ile Ile Gly Val Ser Ser 370 375 380 Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn Ile Leu Glu Thr Glu Asn Glu Asn 385 390 395 400 Asp Ile Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn Lys Gly 405 410 415 Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys Ile Tyr Asn Glu Asn 420 425 430 Lys Lys Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser Tyr Asp 435 440 445 Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu Ile Glu Asp Phe Phe Ala Asn Ile 450 455 460 Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val His Phe Asn Leu 465 470 475 480 Glu Leu Glu Gly Lys Asp Ile Phe Ala Phe Lys Asn Ile Ala Pro Ser 485 490 495 Glu Ile Ser Lys Lys Met Phe Gln Asn Glu Ile Asn Glu Lys Lys Leu 500 505 510 Lys Leu Lys Ile Phe Arg Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe Arg Tyr 515 520 525 Leu Glu Lys Tyr Lys Ile Leu Asn Tyr Leu Lys Arg Thr Arg Phe Glu 530 535 540 Phe Val Asn Lys Asn Ile Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys Leu Tyr 545 550 555 560 Ser Arg Ile Asp Asp Leu Lys Asn Ser Leu Gly Ile Tyr Trp Lys Thr 565 570 575 Pro Lys Thr Asn Asp Asp Asn Lys Thr Lys Glu Ile Ile Asp Ala Gln 580 585 590 Ile Tyr Leu Leu Lys Asn Ile Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Tyr Phe 595 600 605 Met Ser Asn Asn Gly Asn Phe Phe Glu Ile Ser Lys Glu Ile Ile Glu 610 615 620 Leu Asn Lys Asn Asp Lys Arg Asn Leu Lys Thr Gly Phe Tyr Lys Leu 625 630 635 640 Gln Lys Phe Glu Asp Ile Gln Glu Lys Ile Pro Lys Glu Tyr Leu Ala 645 650 655 Asn Ile Gln Ser Leu Tyr Met Ile Asn Ala Gly Asn Gln Asp Glu Glu 660 665 670 Glu Lys Asp Thr Tyr Ile Asp Phe Ile Gln Lys Ile Phe Leu Lys Gly 675 680 685 Phe Met Thr Tyr Leu Ala Asn Asn Gly Arg Leu Ser Leu Ile Tyr Ile 690 695 700 Gly Ser Asp Glu Glu Thr Asn Thr Ser Leu Ala Glu Lys Lys Gln Glu 705 710 715 720 Phe Asp Lys Phe Leu Lys Lys Tyr Glu Gln Asn Asn Asn Ile Lys Ile 725 730 735 Pro Tyr Glu Ile Asn Glu Phe Leu Arg Glu Ile Lys Leu Gly Asn Ile 740 745 750 Leu Lys Tyr Thr Glu Arg Leu Asn Met Phe Tyr Leu Ile Leu Lys Leu 755 760 765 Leu Asn His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr 770 775 780 Gln Ser Ala Asn Lys Glu Glu Ala Phe Ser Asp Gln Leu Glu Leu Ile 785 790 795 800 Asn Leu Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu 805 810 815 Glu Ala Asp Glu Ile Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Gly Asn Lys Val 820 825 830 Lys Asp Asn Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys Ile Tyr Phe 835 840 845 Asp Gly Glu Asn Ile Ile Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn Ile Lys Lys 850 855 860 Tyr Gly Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Asp Lys Ala Gly Tyr 865 870 875 880 Lys Ile Ser Ile Glu Glu Leu Lys Lys Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu 885 890 895 Ile Glu Lys Asn His Lys Met Gln Glu Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala 900 905 910 Arg Pro Arg Lys Asp Glu Lys Phe Thr Asp Glu Asp Tyr Glu Ser Tyr 915 920 925 Lys Gln Ala Ile Glu Asn Ile Glu Glu Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys 930 935 940 Val Glu Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gln Gly Leu Leu Leu Arg Ile 945 950 955 960 Leu His Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser Ile Trp Glu Arg Asp Leu Arg 965 970 975 Phe Arg Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn Gln Tyr Ile Glu Glu Ile 980 985 990 Phe Asn Phe Glu Asn Lys Lys Asn Val Lys Tyr Lys Gly Gly Gln Ile 995 1000 1005 Val Glu Lys Tyr Ile Lys Phe Tyr Lys Glu Leu His Gln Asn Asp 1010 1015 1020 Glu Val Lys Ile Asn Lys Tyr Ser Ser Ala Asn Ile Lys Val Leu 1025 1030 1035 Lys Gln Glu Lys Lys Asp Leu Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His 1040 1045 1050 Phe Asn Tyr Ile Pro His Ala Glu Ile Ser Leu Leu Glu Val Leu 1055 1060 1065 Glu Asn Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn 1070 1075 1080 Ala Val Met Lys Ser Val Val Asp Ile Leu Lys Glu Tyr Gly Phe 1085 1090 1095 Val Ala Thr Phe Lys Ile Gly Ala Asp Lys Lys Ile Gly Ile Gln 1100 1105 1110 Thr Leu Glu Ser Glu Lys Ile Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys 1115 1120 1125 Lys Lys Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Lys Leu 1130 1135 1140 Val Lys Ile Met Phe Glu Tyr Lys Met Glu Glu Lys Lys Ser Glu 1145 1150 1155 Asn <210> 310 <211> 1285 <212> PRT <213> Herbinix hemicellulosilytica <400> 310 Met Lys Leu Thr Arg Arg Arg Ile Ser Gly Asn Ser Val Asp Gln Lys 1 5 10 15 Ile Thr Ala Ala Phe Tyr Arg Asp Met Ser Gln Gly Leu Leu Tyr Tyr 20 25 30 Asp Ser Glu Asp Asn Asp Cys Thr Asp Lys Val Ile Glu Ser Met Asp 35 40 45 Phe Glu Arg Ser Trp Arg Gly Arg Ile Leu Lys Asn Gly Glu Asp Asp 50 55 60 Lys Asn Pro Phe Tyr Met Phe Val Lys Gly Leu Val Gly Ser Asn Asp 65 70 75 80 Lys Ile Val Cys Glu Pro Ile Asp Val Asp Ser Asp Pro Asp Asn Leu 85 90 95 Asp Ile Leu Ile Asn Lys Asn Leu Thr Gly Phe Gly Arg Asn Leu Lys 100 105 110 Ala Pro Asp Ser Asn Asp Thr Leu Glu Asn Leu Ile Arg Lys Ile Gln 115 120 125 Ala Gly Ile Pro Glu Glu Glu Val Leu Pro Glu Leu Lys Lys Ile Lys 130 135 140 Glu Met Ile Gln Lys Asp Ile Val Asn Arg Lys Glu Gln Leu Leu Lys 145 150 155 160 Ser Ile Lys Asn Asn Arg Ile Pro Phe Ser Leu Glu Gly Ser Lys Leu 165 170 175 Val Pro Ser Thr Lys Lys Met Lys Trp Leu Phe Lys Leu Ile Asp Val 180 185 190 Pro Asn Lys Thr Phe Asn Glu Lys Met Leu Glu Lys Tyr Trp Glu Ile 195 200 205 Tyr Asp Tyr Asp Lys Leu Lys Ala Asn Ile Thr Asn Arg Leu Asp Lys 210 215 220 Thr Asp Lys Lys Ala Arg Ser Ile Ser Arg Ala Val Ser Glu Glu Leu 225 230 235 240 Arg Glu Tyr His Lys Asn Leu Arg Thr Asn Tyr Asn Arg Phe Val Ser 245 250 255 Gly Asp Arg Pro Ala Ala Gly Leu Asp Asn Gly Gly Ser Ala Lys Tyr 260 265 270 Asn Pro Asp Lys Glu Glu Phe Leu Leu Phe Leu Lys Glu Val Glu Gln 275 280 285 Tyr Phe Lys Lys Tyr Phe Pro Val Lys Ser Lys His Ser Asn Lys Ser 290 295 300 Lys Asp Lys Ser Leu Val Asp Lys Tyr Lys Asn Tyr Cys Ser Tyr Lys 305 310 315 320 Val Val Lys Lys Glu Val Asn Arg Ser Ile Ile Asn Gln Leu Val Ala 325 330 335 Gly Leu Ile Gln Gln Gly Lys Leu Leu Tyr Tyr Phe Tyr Tyr Asn Asp 340 345 350 Thr Trp Gln Glu Asp Phe Leu Asn Ser Tyr Gly Leu Ser Tyr Ile Gln 355 360 365 Val Glu Glu Ala Phe Lys Lys Ser Val Met Thr Ser Leu Ser Trp Gly 370 375 380 Ile Asn Arg Leu Thr Ser Phe Phe Ile Asp Asp Ser Asn Thr Val Lys 385 390 395 400 Phe Asp Asp Ile Thr Thr Lys Lys Ala Lys Glu Ala Ile Glu Ser Asn 405 410 415 Tyr Phe Asn Lys Leu Arg Thr Cys Ser Arg Met Gln Asp His Phe Lys 420 425 430 Glu Lys Leu Ala Phe Phe Tyr Pro Val Tyr Val Lys Asp Lys Lys Asp 435 440 445 Arg Pro Asp Asp Asp Ile Glu Asn Leu Ile Val Leu Val Lys Asn Ala 450 455 460 Ile Glu Ser Val Ser Tyr Leu Arg Asn Arg Thr Phe His Phe Lys Glu 465 470 475 480 Ser Ser Leu Leu Glu Leu Leu Lys Glu Leu Asp Asp Lys Asn Ser Gly 485 490 495 Gln Asn Lys Ile Asp Tyr Ser Val Ala Ala Glu Phe Ile Lys Arg Asp 500 505 510 Ile Glu Asn Leu Tyr Asp Val Phe Arg Glu Gln Ile Arg Ser Leu Gly 515 520 525 Ile Ala Glu Tyr Tyr Lys Ala Asp Met Ile Ser Asp Cys Phe Lys Thr 530 535 540 Cys Gly Leu Glu Phe Ala Leu Tyr Ser Pro Lys Asn Ser Leu Met Pro 545 550 555 560 Ala Phe Lys Asn Val Tyr Lys Arg Gly Ala Asn Leu Asn Lys Ala Tyr 565 570 575 Ile Arg Asp Lys Gly Pro Lys Glu Thr Gly Asp Gln Gly Gln Asn Ser 580 585 590 Tyr Lys Ala Leu Glu Glu Tyr Arg Glu Leu Thr Trp Tyr Ile Glu Val 595 600 605 Lys Asn Asn Asp Gln Ser Tyr Asn Ala Tyr Lys Asn Leu Leu Gln Leu 610 615 620 Ile Tyr Tyr His Ala Phe Leu Pro Glu Val Arg Glu Asn Glu Ala Leu 625 630 635 640 Ile Thr Asp Phe Ile Asn Arg Thr Lys Glu Trp Asn Arg Lys Glu Thr 645 650 655 Glu Glu Arg Leu Asn Thr Lys Asn Asn Lys Lys His Lys Asn Phe Asp 660 665 670 Glu Asn Asp Asp Ile Thr Val Asn Thr Tyr Arg Tyr Glu Ser Ile Pro 675 680 685 Asp Tyr Gln Gly Glu Ser Leu Asp Asp Tyr Leu Lys Val Leu Gln Arg 690 695 700 Lys Gln Met Ala Arg Ala Lys Glu Val Asn Glu Lys Glu Glu Gly Asn 705 710 715 720 Asn Asn Tyr Ile Gln Phe Ile Arg Asp Val Val Val Trp Ala Phe Gly 725 730 735 Ala Tyr Leu Glu Asn Lys Leu Lys Asn Tyr Lys Asn Glu Leu Gln Pro 740 745 750 Pro Leu Ser Lys Glu Asn Ile Gly Leu Asn Asp Thr Leu Lys Glu Leu 755 760 765 Phe Pro Glu Glu Lys Val Lys Ser Pro Phe Asn Ile Lys Cys Arg Phe 770 775 780 Ser Ile Ser Thr Phe Ile Asp Asn Lys Gly Lys Ser Thr Asp Asn Thr 785 790 795 800 Ser Ala Glu Ala Val Lys Thr Asp Gly Lys Glu Asp Glu Lys Asp Lys 805 810 815 Lys Asn Ile Lys Arg Lys Asp Leu Leu Cys Phe Tyr Leu Phe Leu Arg 820 825 830 Leu Leu Asp Glu Asn Glu Ile Cys Lys Leu Gln His Gln Phe Ile Lys 835 840 845 Tyr Arg Cys Ser Leu Lys Glu Arg Arg Phe Pro Gly Asn Arg Thr Lys 850 855 860 Leu Glu Lys Glu Thr Glu Leu Leu Ala Glu Leu Glu Glu Leu Met Glu 865 870 875 880 Leu Val Arg Phe Thr Met Pro Ser Ile Pro Glu Ile Ser Ala Lys Ala 885 890 895 Glu Ser Gly Tyr Asp Thr Met Ile Lys Lys Tyr Phe Lys Asp Phe Ile 900 905 910 Glu Lys Lys Val Phe Lys Asn Pro Lys Thr Ser Asn Leu Tyr Tyr His 915 920 925 Ser Asp Ser Lys Thr Pro Val Thr Arg Lys Tyr Met Ala Leu Leu Met 930 935 940 Arg Ser Ala Pro Leu His Leu Tyr Lys Asp Ile Phe Lys Gly Tyr Tyr 945 950 955 960 Leu Ile Thr Lys Lys Glu Cys Leu Glu Tyr Ile Lys Leu Ser Asn Ile 965 970 975 Ile Lys Asp Tyr Gln Asn Ser Leu Asn Glu Leu His Glu Gln Leu Glu 980 985 990 Arg Ile Lys Leu Lys Ser Glu Lys Gln Asn Gly Lys Asp Ser Leu Tyr 995 1000 1005 Leu Asp Lys Lys Asp Phe Tyr Lys Val Lys Glu Tyr Val Glu Asn 1010 1015 1020 Leu Glu Gln Val Ala Arg Tyr Lys His Leu Gln His Lys Ile Asn 1025 1030 1035 Phe Glu Ser Leu Tyr Arg Ile Phe Arg Ile His Val Asp Ile Ala 1040 1045 1050 Ala Arg Met Val Gly Tyr Thr Gln Asp Trp Glu Arg Asp Met His 1055 1060 1065 Phe Leu Phe Lys Ala Leu Val Tyr Asn Gly Val Leu Glu Glu Arg 1070 1075 1080 Arg Phe Glu Ala Ile Phe Asn Asn Asn Asp Asp Asn Asn Asp Gly 1085 1090 1095 Arg Ile Val Lys Lys Ile Gln Asn Asn Leu Asn Asn Lys Asn Arg 1100 1105 1110 Glu Leu Val Ser Met Leu Cys Trp Asn Lys Lys Leu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 Glu Phe Gly Ala Ile Ile Trp Lys Arg Asn Pro Ile Ala His Leu 1130 1135 1140 Asn His Phe Thr Gln Thr Glu Gln Asn Ser Lys Ser Ser Leu Glu 1145 1150 1155 Ser Leu Ile Asn Ser Leu Arg Ile Leu Leu Ala Tyr Asp Arg Lys 1160 1165 1170 Arg Gln Asn Ala Val Thr Lys Thr Ile Asn Asp Leu Leu Leu Asn 1175 1180 1185 Asp Tyr His Ile Arg Ile Lys Trp Glu Gly Arg Val Asp Glu Gly 1190 1195 1200 Gln Ile Tyr Phe Asn Ile Lys Glu Lys Glu Asp Ile Glu Asn Glu 1205 1210 1215 Pro Ile Ile His Leu Lys His Leu His Lys Lys Asp Cys Tyr Ile 1220 1225 1230 Tyr Lys Asn Ser Tyr Met Phe Asp Lys Gln Lys Glu Trp Ile Cys 1235 1240 1245 Asn Gly Ile Lys Glu Glu Val Tyr Asp Lys Ser Ile Leu Lys Cys 1250 1255 1260 Ile Gly Asn Leu Phe Lys Phe Asp Tyr Glu Asp Lys Asn Lys Ser 1265 1270 1275 Ser Ala Asn Pro Lys His Thr 1280 1285 <210> 311 <211> 1344 <212> PRT <213> Eubacterium rectale <400> 311 Met Leu Arg Arg Asp Lys Glu Val Lys Lys Leu Tyr Asn Val Phe Asn 1 5 10 15 Gln Ile Gln Val Gly Thr Lys Pro Lys Lys Trp Asn Asn Asp Glu Lys 20 25 30 Leu Ser Pro Glu Glu Asn Glu Arg Arg Ala Gln Gln Lys Asn Ile Lys 35 40 45 Met Lys Asn Tyr Lys Trp Arg Glu Ala Cys Ser Lys Tyr Val Glu Ser 50 55 60 Ser Gln Arg Ile Ile Asn Asp Val Ile Phe Tyr Ser Tyr Arg Lys Ala 65 70 75 80 Lys Asn Lys Leu Arg Tyr Met Arg Lys Asn Glu Asp Ile Leu Lys Lys 85 90 95 Met Gln Glu Ala Glu Lys Leu Ser Lys Phe Ser Gly Gly Lys Leu Glu 100 105 110 Asp Phe Val Ala Tyr Thr Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Lys Tyr 115 120 125 Asp Thr Gln Glu Phe Asp Ser Leu Ala Ala Met Val Val Phe Leu Glu 130 135 140 Cys Ile Gly Lys Asn Asn Ile Ser Asp His Glu Arg Glu Ile Val Cys 145 150 155 160 Lys Leu Leu Glu Leu Ile Arg Lys Asp Phe Ser Lys Leu Asp Pro Asn 165 170 175 Val Lys Gly Ser Gln Gly Ala Asn Ile Val Arg Ser Val Arg Asn Gln 180 185 190 Asn Met Ile Val Gln Pro Gln Gly Asp Arg Phe Leu Phe Pro Gln Val 195 200 205 Tyr Ala Lys Glu Asn Glu Thr Val Thr Asn Lys Asn Val Glu Lys Glu 210 215 220 Gly Leu Asn Glu Phe Leu Leu Asn Tyr Ala Asn Leu Asp Asp Glu Lys 225 230 235 240 Arg Ala Glu Ser Leu Arg Lys Leu Arg Arg Ile Leu Asp Val Tyr Phe 245 250 255 Ser Ala Pro Asn His Tyr Glu Lys Asp Met Asp Ile Thr Leu Ser Asp 260 265 270 Asn Ile Glu Lys Glu Lys Phe Asn Val Trp Glu Lys His Glu Cys Gly 275 280 285 Lys Lys Glu Thr Gly Leu Phe Val Asp Ile Pro Asp Val Leu Met Glu 290 295 300 Ala Glu Ala Glu Asn Ile Lys Leu Asp Ala Val Val Glu Lys Arg Glu 305 310 315 320 Arg Lys Val Leu Asn Asp Arg Val Arg Lys Gln Asn Ile Ile Cys Tyr 325 330 335 Arg Tyr Thr Arg Ala Val Val Glu Lys Tyr Asn Ser Asn Glu Pro Leu 340 345 350 Phe Phe Glu Asn Asn Ala Ile Asn Gln Tyr Trp Ile His His Ile Glu 355 360 365 Asn Ala Val Glu Arg Ile Leu Lys Asn Cys Lys Ala Gly Lys Leu Phe 370 375 380 Lys Leu Arg Lys Gly Tyr Leu Ala Glu Lys Val Trp Lys Asp Ala Ile 385 390 395 400 Asn Leu Ile Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn 405 410 415 Phe Ala Leu Asp Asp Ile Trp Lys Asp Lys Lys Asn Lys Glu Leu Gly 420 425 430 Ile Val Asp Glu Arg Ile Arg Asn Gly Ile Thr Ser Phe Asp Tyr Glu 435 440 445 Met Ile Lys Ala His Glu Asn Leu Gln Arg Glu Leu Ala Val Asp Ile 450 455 460 Ala Phe Ser Val Asn Asn Leu Ala Arg Ala Val Cys Asp Met Ser Asn 465 470 475 480 Leu Gly Asn Lys Glu Ser Asp Phe Leu Leu Trp Lys Arg Asn Asp Ile 485 490 495 Ala Asp Lys Leu Lys Asn Lys Asp Asp Met Ala Ser Val Ser Ala Val 500 505 510 Leu Gln Phe Phe Gly Gly Lys Ser Ser Trp Asp Ile Asn Ile Phe Lys 515 520 525 Asp Ala Tyr Lys Gly Lys Lys Lys Tyr Asn Tyr Glu Val Arg Phe Ile 530 535 540 Asp Asp Leu Arg Lys Ala Ile Tyr Cys Ala Arg Asn Glu Asn Phe His 545 550 555 560 Phe Lys Thr Ala Leu Val Asn Asp Glu Lys Trp Asn Thr Glu Leu Phe 565 570 575 Gly Lys Ile Phe Glu Arg Glu Thr Glu Phe Cys Leu Asn Val Glu Lys 580 585 590 Asp Arg Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Tyr Met Phe Tyr Gln Val Ser Glu 595 600 605 Leu Arg Asn Met Leu Asp His Leu Tyr Ser Arg Ser Val Ser Arg Ala 610 615 620 Ala Gln Val Pro Ser Tyr Asn Ser Val Ile Val Arg Thr Ala Phe Pro 625 630 635 640 Glu Tyr Ile Thr Asn Val Leu Gly Tyr Gln Lys Pro Ser Tyr Asp Ala 645 650 655 Asp Thr Leu Gly Lys Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu Leu Lys Glu 660 665 670 Ile Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu Gln Ser Asp Arg Ala Leu Gln Leu Phe 675 680 685 Glu Lys Ser Val Lys Thr Leu Ser Trp Asp Asp Lys Lys Gln Gln Arg 690 695 700 Ala Val Asp Asn Phe Lys Asp His Phe Ser Asp Ile Lys Ser Ala Cys 705 710 715 720 Thr Ser Leu Ala Gln Val Cys Gln Ile Tyr Met Thr Glu Tyr Asn Gln 725 730 735 Gln Asn Asn Gln Ile Lys Lys Val Arg Ser Ser Asn Asp Ser Ile Phe 740 745 750 Asp Gln Pro Val Tyr Gln His Tyr Lys Val Leu Leu Lys Lys Ala Ile 755 760 765 Ala Asn Ala Phe Ala Asp Tyr Leu Lys Asn Asn Lys Asp Leu Phe Gly 770 775 780 Phe Ile Gly Lys Pro Phe Lys Ala Asn Glu Ile Arg Glu Ile Asp Lys 785 790 795 800 Glu Gln Phe Leu Pro Asp Trp Thr Ser Arg Lys Tyr Glu Ala Leu Cys 805 810 815 Ile Glu Val Ser Gly Ser Gln Glu Leu Gln Lys Trp Tyr Ile Val Gly 820 825 830 Lys Phe Leu Asn Ala Arg Ser Leu Asn Leu Met Val Gly Ser Met Arg 835 840 845 Ser Tyr Ile Gln Tyr Val Thr Asp Ile Lys Arg Arg Ala Ala Ser Ile 850 855 860 Gly Asn Glu Leu His Val Ser Val His Asp Val Glu Lys Val Glu Lys 865 870 875 880 Trp Val Gln Val Ile Glu Val Cys Ser Leu Leu Ala Ser Arg Thr Ser 885 890 895 Asn Gln Phe Glu Asp Tyr Phe Asn Asp Lys Asp Asp Tyr Ala Arg Tyr 900 905 910 Leu Lys Ser Tyr Val Asp Phe Ser Asn Val Asp Met Pro Ser Glu Tyr 915 920 925 Ser Ala Leu Val Asp Phe Ser Asn Glu Glu Gln Ser Asp Leu Tyr Val 930 935 940 Asp Pro Lys Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn Ile Val His Ser Lys Leu 945 950 955 960 Phe Ala Ala Asp His Ile Leu Arg Asp Ile Val Glu Pro Val Ser Lys 965 970 975 Asp Asn Ile Glu Glu Phe Tyr Ser Gln Lys Ala Glu Ile Ala Tyr Cys 980 985 990 Lys Ile Lys Gly Lys Glu Ile Thr Ala Glu Glu Gln Lys Ala Val Leu 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp Ile Val 1010 1015 1020 Glu Tyr Gly Glu Ile Ile Asn Glu Leu Leu Gly Gln Leu Ile Asn 1025 1030 1035 Trp Ser Phe Met Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gln Leu Gly 1040 1045 1050 Phe His Tyr Asp Cys Leu Arg Asn Asp Ser Lys Lys Pro Glu Gly 1055 1060 1065 Tyr Lys Asn Ile Lys Val Asp Glu Asn Ser Ile Lys Asp Ala Ile 1070 1075 1080 Leu Tyr Gln Ile Ile Gly Met Tyr Val Asn Gly Val Thr Val Tyr 1085 1090 1095 Ala Pro Glu Lys Asp Gly Asp Lys Leu Lys Glu Gln Cys Val Lys 1100 1105 1110 Gly Gly Val Gly Val Lys Val Ser Ala Phe His Arg Tyr Ser Lys 1115 1120 1125 Tyr Leu Gly Leu Asn Glu Lys Thr Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1130 1135 1140 Ile Phe Glu Val Val Ala Glu His Glu Asp Ile Ile Asn Leu Arg 1145 1150 1155 Asn Gly Ile Asp His Phe Lys Tyr Tyr Leu Gly Asp Tyr Arg Ser 1160 1165 1170 Met Leu Ser Ile Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr 1175 1180 1185 Asp Ile Lys Tyr Gln Lys Asn Val Leu Asn Leu Leu Gln Asn Ile 1190 1195 1200 Leu Leu Arg His Asn Val Ile Val Glu Pro Ile Leu Glu Ser Gly 1205 1210 1215 Phe Lys Thr Ile Gly Glu Gln Thr Lys Pro Gly Ala Lys Leu Ser 1220 1225 1230 Ile Arg Ser Ile Lys Ser Asp Thr Phe Gln Tyr Lys Val Lys Gly 1235 1240 1245 Gly Thr Leu Ile Thr Asp Ala Lys Asp Glu Arg Tyr Leu Glu Thr 1250 1255 1260 Ile Arg Lys Ile Leu Tyr Tyr Ala Glu Asn Glu Glu Asp Asn Leu 1265 1270 1275 Lys Lys Ser Val Val Val Thr Asn Ala Asp Lys Tyr Glu Lys Asn 1280 1285 1290 Lys Glu Ser Asp Asp Gln Asn Lys Gln Lys Glu Lys Lys Asn Lys 1295 1300 1305 Asp Asn Lys Gly Lys Lys Asn Glu Glu Thr Lys Ser Asp Ala Glu 1310 1315 1320 Lys Asn Asn Asn Glu Arg Leu Ser Tyr Asn Pro Phe Ala Asn Leu 1325 1330 1335 Asn Phe Lys Leu Ser Asn 1340 <210> 312 <211> 1373 <212> PRT <213> Eubacteriaceae bacterium CHKCI004 <400> 312 Met Lys Ile Ser Lys Glu Ser His Lys Arg Thr Ala Val Ala Val Met 1 5 10 15 Glu Asp Arg Val Gly Gly Val Val Tyr Val Pro Gly Gly Ser Gly Ile 20 25 30 Asp Leu Ser Asn Asn Leu Lys Lys Arg Ser Met Asp Thr Lys Ser Leu 35 40 45 Tyr Asn Val Phe Asn Gln Ile Gln Ala Gly Thr Ala Pro Ser Glu Tyr 50 55 60 Glu Trp Lys Asp Tyr Leu Ser Glu Ala Glu Asn Lys Lys Arg Glu Ala 65 70 75 80 Gln Lys Met Ile Gln Lys Ala Asn Tyr Glu Leu Arg Arg Glu Cys Glu 85 90 95 Asp Tyr Ala Lys Lys Ala Asn Leu Ala Val Ser Arg Ile Ile Phe Ser 100 105 110 Lys Lys Pro Lys Lys Ile Phe Ser Asp Asp Asp Ile Ile Ser His Met 115 120 125 Lys Lys Gln Arg Leu Ser Lys Phe Lys Gly Arg Met Glu Asp Phe Val 130 135 140 Leu Ile Ala Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Thr Tyr Asn Gln Glu 145 150 155 160 Val Phe Asp Ser Arg Lys Ala Ala Thr Val Phe Leu Lys Asn Ile Gly 165 170 175 Lys Lys Asn Ile Ser Ala Asp Asp Glu Arg Gln Ile Lys Gln Leu Met 180 185 190 Ala Leu Ile Arg Glu Asp Tyr Asp Lys Trp Asn Pro Asp Lys Asp Ser 195 200 205 Ser Asp Lys Lys Glu Ser Ser Gly Thr Lys Val Ile Arg Ser Ile Glu 210 215 220 His Gln Asn Met Val Ile Gln Pro Glu Lys Asn Lys Leu Ser Leu Ser 225 230 235 240 Lys Ile Ser Asn Val Gly Lys Lys Thr Lys Thr Lys Gln Lys Glu Lys 245 250 255 Ala Gly Leu Asp Ala Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Gln Ile Asp Glu Asn 260 265 270 Ser Arg Met Glu Tyr Leu Lys Lys Leu Arg Arg Leu Leu Asp Thr Tyr 275 280 285 Phe Ala Ala Pro Ser Ser Tyr Ile Lys Gly Ala Ala Val Ser Leu Pro 290 295 300 Glu Asn Ile Asn Phe Ser Ser Glu Leu Asn Val Trp Glu Arg His Glu 305 310 315 320 Ala Ala Lys Lys Val Asn Ile Asn Phe Val Glu Ile Pro Glu Ser Leu 325 330 335 Leu Asn Ala Glu Gln Asn Asn Asn Lys Ile Asn Lys Val Glu Gln Glu 340 345 350 His Ser Leu Glu Gln Leu Arg Thr Asp Ile Arg Arg Arg Asn Ile Thr 355 360 365 Cys Tyr His Phe Ala Asn Ala Leu Ala Ala Asp Glu Arg Tyr His Thr 370 375 380 Leu Phe Phe Glu Asn Met Ala Met Asn Gln Phe Trp Ile His His Met 385 390 395 400 Glu Asn Ala Val Glu Arg Ile Leu Lys Lys Cys Asn Val Gly Thr Leu 405 410 415 Phe Lys Leu Arg Ile Gly Tyr Leu Ser Glu Lys Val Trp Lys Asp Met 420 425 430 Leu Asn Leu Leu Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr 435 440 445 His Phe Ala Leu Asp Asp Ile Trp Lys Ala Asp Ile Trp Lys Asp Ala 450 455 460 Ser Asp Lys Asn Ser Gly Lys Ile Asn Asp Leu Thr Leu Lys Gly Ile 465 470 475 480 Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Met Val Lys Ala Gln Glu Asp Leu Gln Arg 485 490 495 Glu Met Ala Val Gly Val Ala Phe Ser Thr Asn Asn Leu Ala Arg Val 500 505 510 Thr Cys Lys Met Asp Asp Leu Ser Asp Ala Glu Ser Asp Phe Leu Leu 515 520 525 Trp Asn Lys Glu Ala Ile Arg Arg His Val Lys Tyr Thr Glu Lys Gly 530 535 540 Glu Ile Leu Ser Ala Ile Leu Gln Phe Phe Gly Gly Arg Ser Leu Trp 545 550 555 560 Asp Glu Ser Leu Phe Glu Lys Ala Tyr Ser Asp Ser Asn Tyr Glu Leu 565 570 575 Lys Phe Leu Asp Asp Leu Lys Arg Ala Ile Tyr Ala Ala Arg Asn Glu 580 585 590 Thr Phe His Phe Lys Thr Ala Ala Ile Asp Gly Gly Ser Trp Asn Thr 595 600 605 Arg Leu Phe Gly Ser Leu Phe Glu Lys Glu Ala Gly Leu Cys Leu Asn 610 615 620 Val Glu Lys Asn Lys Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Val Leu Phe Tyr Lys 625 630 635 640 Gln Glu Asp Leu Arg Val Phe Leu Asp Lys Leu Tyr Gly Lys Glu Cys 645 650 655 Ser Arg Ala Ala Gln Ile Pro Ser Tyr Asn Thr Ile Leu Pro Arg Lys 660 665 670 Ser Phe Ser Asp Phe Met Lys Gln Leu Leu Gly Leu Lys Glu Pro Val 675 680 685 Tyr Gly Ser Ala Ile Leu Asp Gln Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu 690 695 700 Phe Lys Glu Val Tyr Tyr Asn Leu Phe Leu Gln Asp Ser Ser Ala Lys 705 710 715 720 Ala Leu Phe Glu Lys Ala Val Lys Ala Leu Lys Gly Ala Asp Lys Lys 725 730 735 Gln Glu Lys Ala Val Glu Ser Phe Arg Lys Arg Tyr Trp Glu Ile Ser 740 745 750 Lys Asn Ala Ser Leu Ala Glu Ile Cys Gln Ser Tyr Ile Thr Glu Tyr 755 760 765 Asn Gln Gln Asn Asn Lys Glu Arg Lys Val Arg Ser Ala Asn Asp Gly 770 775 780 Met Phe Asn Glu Pro Ile Tyr Gln His Tyr Lys Met Leu Leu Lys Glu 785 790 795 800 Ala Leu Lys Met Ala Phe Ala Ser Tyr Ile Lys Asn Asp Lys Glu Leu 805 810 815 Lys Phe Val Tyr Lys Pro Thr Glu Lys Leu Phe Glu Val Ser Gln Asp 820 825 830 Asn Phe Leu Pro Asn Trp Asn Ser Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Ile Ser 835 840 845 Glu Val Lys Asn Ser Pro Asp Leu Gln Lys Trp Tyr Ile Val Gly Lys 850 855 860 Phe Met Asn Ala Arg Met Leu Asn Leu Leu Leu Gly Ser Met Arg Ser 865 870 875 880 Tyr Leu Gln Tyr Val Ser Asp Ile Gln Lys Arg Ala Ala Gly Leu Gly 885 890 895 Glu Asn Gln Leu His Leu Ser Ala Glu Asn Val Gly Gln Val Lys Lys 900 905 910 Trp Ile Gln Val Leu Glu Val Cys Leu Leu Leu Ser Val Arg Ile Ser 915 920 925 Asp Lys Phe Thr Asp Tyr Phe Lys Asp Glu Glu Glu Tyr Ala Ser Tyr 930 935 940 Leu Lys Glu Tyr Val Asp Phe Glu Asp Ser Ala Met Pro Ser Asp Tyr 945 950 955 960 Ser Ala Leu Leu Ala Phe Ser Asn Glu Gly Lys Ile Asp Leu Tyr Val 965 970 975 Asp Ala Ser Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn Ile Ile Gln Ala Lys Leu 980 985 990 Tyr Ala Pro Asp Met Val Leu Lys Lys Val Val Lys Lys Ile Ser Gln 995 1000 1005 Asp Glu Cys Lys Glu Phe Asn Glu Lys Lys Glu Gln Ile Met Gln 1010 1015 1020 Phe Lys Asn Lys Gly Asp Glu Val Ser Trp Glu Glu Gln Gln Lys 1025 1030 1035 Ile Leu Glu Tyr Gln Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp 1040 1045 1050 Leu Ser Glu Tyr Gly Glu Leu Ile Asn Glu Leu Leu Gly Gln Leu 1055 1060 1065 Ile Asn Trp Ser Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gln 1070 1075 1080 Leu Gly Phe His Tyr Ser Cys Leu Met Asn Glu Ser Lys Lys Pro 1085 1090 1095 Asp Ala Tyr Lys Thr Ile Arg Arg Gly Thr Val Ser Ile Glu Asn 1100 1105 1110 Ala Val Leu Tyr Gln Ile Ile Ala Met Tyr Ile Asn Gly Phe Pro 1115 1120 1125 Val Tyr Ala Pro Glu Lys Gly Glu Leu Lys Pro Gln Cys Lys Thr 1130 1135 1140 Gly Ser Ala Gly Gln Lys Ile Arg Ala Phe Cys Gln Trp Ala Ser 1145 1150 1155 Met Val Glu Lys Lys Lys Tyr Glu Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1160 1165 1170 Leu Phe Glu Val Val Lys Glu His Asp Asn Ile Ile Asp Leu Arg 1175 1180 1185 Asn Lys Ile Asp His Phe Lys Tyr Tyr Gln Gly Asn Asp Ser Ile 1190 1195 1200 Leu Ala Leu Tyr Gly Glu Ile Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp 1205 1210 1215 Met Lys Tyr Arg Asn Asn Val Leu Asn His Leu Gln Asn Ile Leu 1220 1225 1230 Leu Arg His Asn Val Ile Ile Lys Pro Ile Ile Ser Lys Asp Lys 1235 1240 1245 Lys Glu Val Gly Arg Gly Lys Met Lys Asp Arg Ala Ala Phe Leu 1250 1255 1260 Leu Glu Glu Val Ser Ser Asp Arg Phe Thr Tyr Lys Val Lys Glu 1265 1270 1275 Gly Glu Arg Lys Ile Asp Ala Lys Asn Arg Leu Tyr Leu Glu Thr 1280 1285 1290 Val Arg Asp Ile Leu Tyr Phe Pro Asn Arg Ala Val Asn Asp Lys 1295 1300 1305 Gly Glu Asp Val Ile Ile Cys Ser Lys Lys Ala Gln Asp Leu Asn 1310 1315 1320 Glu Lys Lys Ala Asp Arg Asp Lys Asn His Asp Lys Ser Lys Asp 1325 1330 1335 Thr Asn Gln Lys Lys Glu Gly Lys Asn Gln Glu Glu Lys Ser Glu 1340 1345 1350 Asn Lys Glu Pro Tyr Ser Asp Arg Met Thr Trp Lys Pro Phe Ala 1355 1360 1365 Gly Ile Lys Leu Glu 1370 <210> 313 <211> 1334 <212> PRT <213> Lachnospiraceae bacterium NK4A144 <400> 313 Met Lys Ile Ser Lys Val Asp His Thr Arg Met Ala Val Ala Lys Gly 1 5 10 15 Asn Gln His Arg Arg Asp Glu Ile Ser Gly Ile Leu Tyr Lys Asp Pro 20 25 30 Thr Lys Thr Gly Ser Ile Asp Phe Asp Glu Arg Phe Lys Lys Leu Asn 35 40 45 Cys Ser Ala Lys Ile Leu Tyr His Val Phe Asn Gly Ile Ala Glu Gly 50 55 60 Ser Asn Lys Tyr Lys Asn Ile Val Asp Lys Val Asn Asn Asn Leu Asp 65 70 75 80 Arg Val Leu Phe Thr Gly Lys Ser Tyr Asp Arg Lys Ser Ile Ile Asp 85 90 95 Ile Asp Thr Val Leu Arg Asn Val Glu Lys Ile Asn Ala Phe Asp Arg 100 105 110 Ile Ser Thr Glu Glu Arg Glu Gln Ile Ile Asp Asp Leu Leu Glu Ile 115 120 125 Gln Leu Arg Lys Gly Leu Arg Lys Gly Lys Ala Gly Leu Arg Glu Val 130 135 140 Leu Leu Ile Gly Ala Gly Val Ile Val Arg Thr Asp Lys Lys Gln Glu 145 150 155 160 Ile Ala Asp Phe Leu Glu Ile Leu Asp Glu Asp Phe Asn Lys Thr Asn 165 170 175 Gln Ala Lys Asn Ile Lys Leu Ser Ile Glu Asn Gln Gly Leu Val Val 180 185 190 Ser Pro Val Ser Arg Gly Glu Glu Arg Ile Phe Asp Val Ser Gly Ala 195 200 205 Gln Lys Gly Lys Ser Ser Lys Lys Ala Gln Glu Lys Glu Ala Leu Ser 210 215 220 Ala Phe Leu Leu Asp Tyr Ala Asp Leu Asp Lys Asn Val Arg Phe Glu 225 230 235 240 Tyr Leu Arg Lys Ile Arg Arg Leu Ile Asn Leu Tyr Phe Tyr Val Lys 245 250 255 Asn Asp Asp Val Met Ser Leu Thr Glu Ile Pro Ala Glu Val Asn Leu 260 265 270 Glu Lys Asp Phe Asp Ile Trp Arg Asp His Glu Gln Arg Lys Glu Glu 275 280 285 Asn Gly Asp Phe Val Gly Cys Pro Asp Ile Leu Leu Ala Asp Arg Asp 290 295 300 Val Lys Lys Ser Asn Ser Lys Gln Val Lys Ile Ala Glu Arg Gln Leu 305 310 315 320 Arg Glu Ser Ile Arg Glu Lys Asn Ile Lys Arg Tyr Arg Phe Ser Ile 325 330 335 Lys Thr Ile Glu Lys Asp Asp Gly Thr Tyr Phe Phe Ala Asn Lys Gln 340 345 350 Ile Ser Val Phe Trp Ile His Arg Ile Glu Asn Ala Val Glu Arg Ile 355 360 365 Leu Gly Ser Ile Asn Asp Lys Lys Leu Tyr Arg Leu Arg Leu Gly Tyr 370 375 380 Leu Gly Glu Lys Val Trp Lys Asp Ile Leu Asn Phe Leu Ser Ile Lys 385 390 395 400 Tyr Ile Ala Val Gly Lys Ala Val Phe Asn Phe Ala Met Asp Asp Leu 405 410 415 Gln Glu Lys Asp Arg Asp Ile Glu Pro Gly Lys Ile Ser Glu Asn Ala 420 425 430 Val Asn Gly Leu Thr Ser Phe Asp Tyr Glu Gln Ile Lys Ala Asp Glu 435 440 445 Met Leu Gln Arg Glu Val Ala Val Asn Val Ala Phe Ala Ala Asn Asn 450 455 460 Leu Ala Arg Val Thr Val Asp Ile Pro Gln Asn Gly Glu Lys Glu Asp 465 470 475 480 Ile Leu Leu Trp Asn Lys Ser Asp Ile Lys Lys Tyr Lys Lys Asn Ser 485 490 495 Lys Lys Gly Ile Leu Lys Ser Ile Leu Gln Phe Phe Gly Gly Ala Ser 500 505 510 Thr Trp Asn Met Lys Met Phe Glu Ile Ala Tyr His Asp Gln Pro Gly 515 520 525 Asp Tyr Glu Glu Asn Tyr Leu Tyr Asp Ile Ile Gln Ile Ile Tyr Ser 530 535 540 Leu Arg Asn Lys Ser Phe His Phe Lys Thr Tyr Asp His Gly Asp Lys 545 550 555 560 Asn Trp Asn Arg Glu Leu Ile Gly Lys Met Ile Glu His Asp Ala Glu 565 570 575 Arg Val Ile Ser Val Glu Arg Glu Lys Phe His Ser Asn Asn Leu Pro 580 585 590 Met Phe Tyr Lys Asp Ala Asp Leu Lys Lys Ile Leu Asp Leu Leu Tyr 595 600 605 Ser Asp Tyr Ala Gly Arg Ala Ser Gln Val Pro Ala Phe Asn Thr Val 610 615 620 Leu Val Arg Lys Asn Phe Pro Glu Phe Leu Arg Lys Asp Met Gly Tyr 625 630 635 640 Lys Val His Phe Asn Asn Pro Glu Val Glu Asn Gln Trp His Ser Ala 645 650 655 Val Tyr Tyr Leu Tyr Lys Glu Ile Tyr Tyr Asn Leu Phe Leu Arg Asp 660 665 670 Lys Glu Val Lys Asn Leu Phe Tyr Thr Ser Leu Lys Asn Ile Arg Ser 675 680 685 Glu Val Ser Asp Lys Lys Gln Lys Leu Ala Ser Asp Asp Phe Ala Ser 690 695 700 Arg Cys Glu Glu Ile Glu Asp Arg Ser Leu Pro Glu Ile Cys Gln Ile 705 710 715 720 Ile Met Thr Glu Tyr Asn Ala Gln Asn Phe Gly Asn Arg Lys Val Lys 725 730 735 Ser Gln Arg Val Ile Glu Lys Asn Lys Asp Ile Phe Arg His Tyr Lys 740 745 750 Met Leu Leu Ile Lys Thr Leu Ala Gly Ala Phe Ser Leu Tyr Leu Lys 755 760 765 Gln Glu Arg Phe Ala Phe Ile Gly Lys Ala Thr Pro Ile Pro Tyr Glu 770 775 780 Thr Thr Asp Val Lys Asn Phe Leu Pro Glu Trp Lys Ser Gly Met Tyr 785 790 795 800 Ala Ser Phe Val Glu Glu Ile Lys Asn Asn Leu Asp Leu Gln Glu Trp 805 810 815 Tyr Ile Val Gly Arg Phe Leu Asn Gly Arg Met Leu Asn Gln Leu Ala 820 825 830 Gly Ser Leu Arg Ser Tyr Ile Gln Tyr Ala Glu Asp Ile Glu Arg Arg 835 840 845 Ala Ala Glu Asn Arg Asn Lys Leu Phe Ser Lys Pro Asp Glu Lys Ile 850 855 860 Glu Ala Cys Lys Lys Ala Val Arg Val Leu Asp Leu Cys Ile Lys Ile 865 870 875 880 Ser Thr Arg Ile Ser Ala Glu Phe Thr Asp Tyr Phe Asp Ser Glu Asp 885 890 895 Asp Tyr Ala Asp Tyr Leu Glu Lys Tyr Leu Lys Tyr Gln Asp Asp Ala 900 905 910 Ile Lys Glu Leu Ser Gly Ser Ser Tyr Ala Ala Leu Asp His Phe Cys 915 920 925 Asn Lys Asp Asp Leu Lys Phe Asp Ile Tyr Val Asn Ala Gly Gln Lys 930 935 940 Pro Ile Leu Gln Arg Asn Ile Val Met Ala Lys Leu Phe Gly Pro Asp 945 950 955 960 Asn Ile Leu Ser Glu Val Met Glu Lys Val Thr Glu Ser Ala Ile Arg 965 970 975 Glu Tyr Tyr Asp Tyr Leu Lys Lys Val Ser Gly Tyr Arg Val Arg Gly 980 985 990 Lys Cys Ser Thr Glu Lys Glu Gln Glu Asp Leu Leu Lys Phe Gln Arg 995 1000 1005 Leu Lys Asn Ala Val Glu Phe Arg Asp Val Thr Glu Tyr Ala Glu 1010 1015 1020 Val Ile Asn Glu Leu Leu Gly Gln Leu Ile Ser Trp Ser Tyr Leu 1025 1030 1035 Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gln Leu Gly Phe His Tyr Met 1040 1045 1050 Cys Leu Lys Asn Lys Ser Phe Lys Pro Ala Glu Tyr Val Asp Ile 1055 1060 1065 Arg Arg Asn Asn Gly Thr Ile Ile His Asn Ala Ile Leu Tyr Gln 1070 1075 1080 Ile Val Ser Met Tyr Ile Asn Gly Leu Asp Phe Tyr Ser Cys Asp 1085 1090 1095 Lys Glu Gly Lys Thr Leu Lys Pro Ile Glu Thr Gly Lys Gly Val 1100 1105 1110 Gly Ser Lys Ile Gly Gln Phe Ile Lys Tyr Ser Gln Tyr Leu Tyr 1115 1120 1125 Asn Asp Pro Ser Tyr Lys Leu Glu Ile Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1130 1135 1140 Val Phe Glu Asn Ile Asp Glu His Asp Asn Ile Thr Asp Leu Arg 1145 1150 1155 Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr Tyr Ala Tyr Gly Asn Lys Met 1160 1165 1170 Ser Leu Leu Asp Leu Tyr Ser Glu Phe Phe Asp Arg Phe Phe Thr 1175 1180 1185 Tyr Asp Met Lys Tyr Gln Lys Asn Val Val Asn Val Leu Glu Asn 1190 1195 1200 Ile Leu Leu Arg His Phe Val Ile Phe Tyr Pro Lys Phe Gly Ser 1205 1210 1215 Gly Lys Lys Asp Val Gly Ile Arg Asp Cys Lys Lys Glu Arg Ala 1220 1225 1230 Gln Ile Glu Ile Ser Glu Gln Ser Leu Thr Ser Glu Asp Phe Met 1235 1240 1245 Phe Lys Leu Asp Asp Lys Ala Gly Glu Glu Ala Lys Lys Phe Pro 1250 1255 1260 Ala Arg Asp Glu Arg Tyr Leu Gln Thr Ile Ala Lys Leu Leu Tyr 1265 1270 1275 Tyr Pro Asn Glu Ile Glu Asp Met Asn Arg Phe Met Lys Lys Gly 1280 1285 1290 Glu Thr Ile Asn Lys Lys Val Gln Phe Asn Arg Lys Lys Lys Ile 1295 1300 1305 Thr Arg Lys Gln Lys Asn Asn Ser Ser Asn Glu Val Leu Ser Ser 1310 1315 1320 Thr Met Gly Tyr Leu Phe Lys Asn Ile Lys Leu 1325 1330 <210> 314 <211> 500 <212> PRT <213> Chlorofexus aggregans <400> 314 Met Thr Asp Gln Val Arg Arg Glu Glu Val Ala Ala Gly Glu Leu Ala 1 5 10 15 Asp Thr Pro Leu Ala Ala Ala Gln Thr Pro Ala Ala Asp Ala Ala Val 20 25 30 Ala Ala Thr Pro Ala Pro Ala Glu Ala Val Ala Pro Thr Pro Glu Gln 35 40 45 Ala Val Asp Gln Pro Ala Thr Thr Gly Glu Ser Glu Ala Pro Val Thr 50 55 60 Thr Ala Gln Ala Ala Ala His Glu Ala Glu Pro Ala Glu Ala Thr Gly 65 70 75 80 Ala Ser Phe Thr Pro Val Ser Glu Gln Gln Pro Gln Lys Pro Arg Arg 85 90 95 Leu Lys Asp Leu Gln Pro Gly Met Glu Leu Glu Gly Lys Val Thr Ser 100 105 110 Ile Ala Leu Tyr Gly Ile Phe Val Asp Val Gly Val Gly Arg Asp Gly 115 120 125 Leu Val His Ile Ser Glu Met Ser Asp Arg Arg Ile Asp Thr Pro Ser 130 135 140 Glu Leu Val Gln Ile Gly Asp Thr Val Lys Val Trp Val Lys Ser Val 145 150 155 160 Asp Leu Asp Ala Arg Arg Ile Ser Leu Thr Met Leu Asn Pro Ser Arg 165 170 175 Gly Glu Lys Pro Arg Arg Ser Arg Gln Ser Gln Pro Ala Gln Pro Gln 180 185 190 Pro Arg Arg Gln Glu Val Asp Arg Glu Lys Leu Ala Ser Leu Lys Val 195 200 205 Gly Glu Ile Val Glu Gly Val Ile Thr Gly Phe Ala Pro Phe Gly Ala 210 215 220 Phe Ala Asp Ile Gly Val Gly Lys Asp Gly Leu Ile His Ile Ser Glu 225 230 235 240 Leu Ser Glu Gly Arg Val Glu Lys Pro Glu Asp Ala Val Lys Val Gly 245 250 255 Glu Arg Tyr Gln Phe Lys Val Leu Glu Ile Asp Gly Glu Gly Thr Arg 260 265 270 Ile Ser Leu Ser Leu Arg Arg Ala Gln Arg Thr Gln Arg Met Gln Gln 275 280 285 Leu Glu Pro Gly Gln Ile Ile Glu Gly Thr Val Ser Gly Ile Ala Thr 290 295 300 Phe Gly Ala Phe Val Asp Ile Gly Val Gly Arg Asp Gly Leu Val His 305 310 315 320 Ile Ser Ala Leu Ala Pro His Arg Val Ala Lys Val Glu Asp Val Val 325 330 335 Lys Val Gly Asp Lys Val Lys Val Lys Val Leu Gly Val Asp Pro Gln 340 345 350 Ser Lys Arg Ile Ser Leu Thr Met Arg Leu Glu Glu Glu Gln Pro Ala 355 360 365 Thr Thr Ala Gly Asp Glu Ala Ala Glu Pro Ala Glu Glu Val Thr Pro 370 375 380 Thr Arg Arg Gly Asn Leu Glu Arg Phe Ala Ala Ala Ala Gln Thr Ala 385 390 395 400 Arg Glu Arg Ser Glu Arg Gly Glu Arg Ser Glu Arg Gly Glu Arg Arg 405 410 415 Glu Arg Arg Glu Arg Arg Pro Ala Gln Ser Ser Pro Asp Thr Tyr Ile 420 425 430 Val Gly Glu Asp Asp Asp Glu Ser Phe Glu Gly Asn Ala Thr Ile Glu 435 440 445 Asp Leu Leu Thr Lys Phe Gly Gly Ser Ser Ser Arg Arg Asp Arg Asp 450 455 460 Arg Arg Arg Arg His Glu Asp Asp Asp Asp Glu Glu Met Glu Arg Pro 465 470 475 480 Ser Asn Arg Arg Gln Arg Glu Ala Ile Arg Arg Thr Leu Gln Gln Ile 485 490 495 Gly Tyr Asp Glu 500 <210> 315 <211> 249 <212> PRT <213> Demequina aurantiaca <400> 315 Met Asp Leu Thr Trp His Ala Leu Leu Ile Leu Phe Ile Val Ala Leu 1 5 10 15 Leu Ala Gly Phe Leu Asp Thr Leu Ala Gly Gly Gly Gly Leu Leu Thr 20 25 30 Val Pro Ala Leu Leu Leu Thr Gly Ile Pro Pro Leu Gln Ala Leu Gly 35 40 45 Thr Asn Lys Leu Gln Ser Ser Phe Gly Thr Gly Met Ala Thr Tyr Gln 50 55 60 Val Ile Arg Lys Lys Arg Val His Trp Arg Asp Val Arg Trp Pro Met 65 70 75 80 Val Trp Ala Phe Leu Gly Ser Ala Ala Gly Ala Val Ala Val Gln Phe 85 90 95 Ile Asp Thr Asp Ala Leu Leu Ile Ile Ile Pro Val Val Leu Ala Leu 100 105 110 Val Ala Ala Tyr Phe Leu Phe Val Pro Lys Ser His Leu Pro Pro Pro 115 120 125 Glu Pro Arg Met Ser Asp Pro Ala Tyr Glu Ala Thr Leu Val Pro Ile 130 135 140 Ile Gly Ala Tyr Asp Gly Ala Phe Gly Pro Gly Thr Gly Ser Leu Tyr 145 150 155 160 Ala Leu Ser Gly Val Ala Leu Arg Ala Lys Thr Leu Val Gln Ser Thr 165 170 175 Ala Ile Ala Lys Thr Leu Asn Phe Ala Thr Asn Phe Ala Ala Leu Leu 180 185 190 Val Phe Ala Phe Ala Gly His Met Leu Trp Thr Val Gly Ala Val Met 195 200 205 Ile Ala Gly Gln Leu Ile Gly Ala Tyr Ala Gly Ser His Met Leu Phe 210 215 220 Arg Val Asn Pro Leu Val Leu Arg Val Leu Ile Val Val Met Ser Leu 225 230 235 240 Gly Met Leu Ile Arg Val Leu Leu Asp 245 <210> 316 <211> 1235 <212> PRT <213> Thalassospira sp. TSL5-1 <400> 316 Met Arg Ile Ile Lys Pro Tyr Gly Arg Ser His Val Glu Gly Val Ala 1 5 10 15 Thr Gln Glu Pro Arg Arg Lys Leu Arg Leu Asn Ser Ser Pro Asp Ile 20 25 30 Ser Arg Asp Ile Pro Gly Phe Ala Gln Ser His Asp Ala Leu Ile Ile 35 40 45 Ala Gln Trp Ile Ser Ala Ile Asp Lys Ile Ala Thr Lys Pro Lys Pro 50 55 60 Asp Lys Lys Pro Thr Gln Ala Gln Ile Asn Leu Arg Thr Thr Leu Gly 65 70 75 80 Asp Ala Ala Trp Gln His Val Met Ala Glu Asn Leu Leu Pro Ala Ala 85 90 95 Thr Asp Pro Ala Ile Arg Glu Lys Leu His Leu Ile Trp Gln Ser Lys 100 105 110 Ile Ala Pro Trp Gly Thr Ala Arg Pro Gln Ala Glu Lys Asp Gly Lys 115 120 125 Pro Thr Pro Lys Gly Gly Trp Tyr Glu Arg Phe Cys Gly Val Leu Ser 130 135 140 Pro Glu Ala Ile Thr Gln Asn Val Ala Arg Gln Ile Ala Lys Asp Ile 145 150 155 160 Tyr Asp His Leu His Val Ala Ala Lys Arg Lys Gly Arg Glu Pro Ala 165 170 175 Lys Gln Gly Glu Ser Ser Asn Lys Pro Gly Lys Phe Lys Pro Asp Arg 180 185 190 Lys Arg Gly Leu Ile Glu Glu Arg Ala Glu Ser Ile Ala Lys Asn Ala 195 200 205 Leu Arg Pro Gly Ser His Ala Pro Cys Pro Trp Gly Pro Asp Asp Gln 210 215 220 Ala Thr Tyr Glu Gln Ala Gly Asp Val Ala Gly Gln Ile Tyr Ala Ala 225 230 235 240 Ala Arg Asp Cys Leu Glu Glu Lys Lys Arg Arg Ser Gly Asn Arg Asn 245 250 255 Thr Ser Ser Val Gln Tyr Leu Pro Arg Asp Leu Ala Ala Lys Ile Leu 260 265 270 Tyr Ala Gln Tyr Gly Arg Val Phe Gly Pro Asp Thr Thr Ile Lys Ala 275 280 285 Ala Leu Asp Glu Gln Pro Ser Leu Phe Ala Leu His Lys Ala Ile Lys 290 295 300 Asp Cys Tyr His Arg Leu Ile Asn Asp Ala Arg Lys Arg Asp Ile Leu 305 310 315 320 Arg Ile Leu Pro Arg Asn Met Ala Ala Leu Phe Arg Leu Val Arg Ala 325 330 335 Gln Tyr Asp Asn Arg Asp Ile Asn Ala Leu Ile Arg Leu Gly Lys Val 340 345 350 Ile His Tyr His Ala Ser Glu Gln Gly Lys Ser Glu His His Gly Ile 355 360 365 Arg Asp Tyr Trp Pro Ser Gln Gln Asp Ile Gln Asn Ser Arg Phe Trp 370 375 380 Gly Ser Asp Gly Gln Ala Asp Ile Lys Arg His Glu Ala Phe Ser Arg 385 390 395 400 Ile Trp Arg His Ile Ile Ala Leu Ala Ser Arg Thr Leu His Asp Trp 405 410 415 Ala Asp Pro His Ser Gln Lys Phe Ser Gly Glu Asn Asp Asp Ile Leu 420 425 430 Leu Leu Ala Lys Asp Ala Ile Glu Asp Asp Val Phe Lys Ala Gly His 435 440 445 Tyr Glu Arg Lys Cys Asp Val Leu Phe Gly Ala Gln Ala Ser Leu Phe 450 455 460 Cys Gly Ala Glu Asp Phe Glu Lys Ala Ile Leu Lys Gln Ala Ile Thr 465 470 475 480 Gly Thr Gly Asn Leu Arg Asn Ala Thr Phe His Phe Lys Gly Lys Val 485 490 495 Arg Phe Glu Lys Glu Leu Gln Glu Leu Thr Lys Asp Val Pro Val Glu 500 505 510 Val Gln Ser Ala Ile Ala Ala Leu Trp Gln Lys Asp Ala Glu Gly Arg 515 520 525 Thr Arg Gln Ile Ala Glu Thr Leu Gln Ala Val Leu Ala Gly His Phe 530 535 540 Leu Thr Glu Glu Gln Asn Arg His Ile Phe Ala Ala Leu Thr Ala Ala 545 550 555 560 Met Ala Gln Pro Gly Asp Val Pro Leu Pro Arg Leu Arg Arg Val Leu 565 570 575 Ala Arg His Asp Ser Ile Cys Gln Arg Gly Arg Ile Leu Pro Leu Ser 580 585 590 Pro Cys Pro Asp Arg Ala Lys Leu Glu Glu Ser Pro Ala Leu Thr Cys 595 600 605 Gln Tyr Thr Val Leu Lys Met Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg Ala Trp 610 615 620 Leu Ala Gln Gln Asn Ser Thr Ile Leu Asn His Tyr Ile Asp Ser Thr 625 630 635 640 Ile Ala Arg Thr Asp Lys Ala Ala Arg Asp Met Asn Gly Arg Lys Leu 645 650 655 Ala Gln Ala Glu Lys Asp Leu Ile Thr Ser Arg Ala Ala Asp Leu Pro 660 665 670 Arg Leu Ser Val Asp Glu Lys Met Gly Asp Phe Leu Ala Arg Leu Thr 675 680 685 Ala Ala Thr Ala Thr Glu Met Arg Val Gln Arg Gly Tyr Gln Ser Asp 690 695 700 Gly Glu Asn Ala Gln Lys Gln Ala Ala Phe Ile Gly Gln Phe Glu Cys 705 710 715 720 Asp Val Ile Gly Arg Ala Phe Ala Asp Phe Leu Asn Gln Ser Gly Phe 725 730 735 Asp Phe Val Leu Lys Leu Lys Ala Asp Thr Pro Gln Pro Asp Ala Ala 740 745 750 Gln Cys Asp Val Thr Ala Leu Ile Ala Pro Asp Asp Ile Ser Val Ser 755 760 765 Pro Pro Gln Ala Trp Gln Gln Val Leu Tyr Phe Ile Leu His Leu Val 770 775 780 Pro Val Asp Asp Ala Ser His Leu Leu His Gln Ile Arg Lys Trp Gln 785 790 795 800 Val Leu Glu Gly Lys Glu Lys Pro Ala Gln Ile Ala His Asp Val Gln 805 810 815 Ser Val Leu Met Leu Tyr Leu Asp Met His Asp Ala Lys Phe Thr Gly 820 825 830 Gly Ala Ala Leu His Gly Ile Glu Lys Phe Ala Glu Phe Phe Ala His 835 840 845 Ala Ala Asp Phe Arg Ala Val Phe Pro Pro Gln Ser Leu Gln Asp Gln 850 855 860 Asp Arg Ser Ile Pro Arg Arg Gly Leu Arg Glu Ile Val Arg Phe Gly 865 870 875 880 His Leu Pro Leu Leu Gln His Met Ser Gly Thr Val Gln Ile Thr His 885 890 895 Asp Asn Val Val Ala Trp Gln Ala Ala Arg Thr Ala Gly Ala Thr Gly 900 905 910 Met Ser Pro Ile Ala Arg Arg Gln Lys Gln Arg Glu Glu Leu His Ala 915 920 925 Leu Ala Val Glu Arg Thr Ala Arg Phe Arg Asn Ala Asp Leu Gln Asn 930 935 940 Tyr Met His Ala Leu Val Asp Val Ile Lys His Arg Gln Leu Ser Ala 945 950 955 960 Gln Val Thr Leu Ser Asp Gln Val Arg Leu His Arg Leu Met Met Gly 965 970 975 Val Leu Gly Arg Leu Val Asp Tyr Ala Gly Leu Trp Glu Arg Asp Leu 980 985 990 Tyr Phe Val Val Leu Ala Leu Leu Tyr His His Gly Ala Thr Pro Asp 995 1000 1005 Asp Val Phe Lys Gly Gln Gly Lys Lys Asn Leu Ala Asp Gly Gln 1010 1015 1020 Val Val Ala Ala Leu Lys Pro Lys Asn Arg Lys Ala Ala Ala Pro 1025 1030 1035 Val Gly Val Phe Asp Asp Leu Asp His Tyr Gly Ile Tyr Gln Asp 1040 1045 1050 Asp Arg Gln Ser Ile Arg Asn Gly Leu Ser His Phe Asn Met Leu 1055 1060 1065 Arg Gly Gly Lys Ala Pro Asp Leu Ser His Trp Val Asn Gln Thr 1070 1075 1080 Arg Ser Leu Val Ala His Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Ala 1085 1090 1095 Lys Ser Val Ile Glu Met Leu Ala Arg Glu Gly Phe Asp Leu Asp 1100 1105 1110 Trp Gly Ile Gln Thr Asp Arg Gly Gln His Ile Leu Ser His Gly 1115 1120 1125 Lys Ile Arg Thr Arg Gln Ala Gln His Phe Gln Lys Ser Arg Leu 1130 1135 1140 His Ile Val Lys Lys Ser Ala Lys Pro Asp Lys Asn Asp Thr Val 1145 1150 1155 Lys Ile Arg Glu Asn Leu His Gly Asp Ala Met Val Glu Arg Val 1160 1165 1170 Val Gln Leu Phe Ala Ala Gln Val Gln Lys Arg Tyr Asp Ile Thr 1175 1180 1185 Val Glu Lys Arg Leu Asp His Leu Phe Leu Lys Pro Gln Asp Gln 1190 1195 1200 Lys Gly Lys Asn Gly Ile His Thr His Asn Gly Trp Ser Lys Thr 1205 1210 1215 Glu Lys Lys Arg Arg Pro Ser Arg Glu Asn Arg Lys Gly Asn His 1220 1225 1230 Glu Asn 1235 <210> 317 <211> 1312 <212> PRT <213> Pseudobutyrivibrio sp. OR37 <400> 317 Met Lys Phe Ser Lys Glu Ser His Arg Lys Thr Ala Val Gly Val Thr 1 5 10 15 Glu Ser Asn Gly Ile Ile Gly Leu Leu Tyr Lys Asp Pro Leu Asn Glu 20 25 30 Lys Glu Lys Ile Glu Asp Val Val Asn Gln Arg Ala Asn Ser Thr Lys 35 40 45 Arg Leu Phe Asn Leu Phe Gly Thr Glu Ala Thr Ser Lys Asp Ile Ser 50 55 60 Arg Ala Ser Lys Asp Leu Ala Lys Val Val Asn Lys Ala Ile Gly Asn 65 70 75 80 Leu Lys Gly Asn Lys Lys Phe Asn Lys Lys Glu Gln Ile Thr Lys Gly 85 90 95 Leu Asn Thr Lys Ile Ile Val Glu Glu Leu Lys Asn Val Leu Lys Asp 100 105 110 Glu Lys Lys Leu Ile Val Asn Lys Asp Ile Ile Asp Glu Ala Cys Ser 115 120 125 Arg Leu Leu Lys Thr Ser Phe Arg Thr Ala Lys Thr Lys Gln Ala Val 130 135 140 Lys Met Ile Leu Thr Ala Val Leu Ile Glu Asn Thr Asn Leu Ser Lys 145 150 155 160 Glu Asp Glu Ala Phe Val His Glu Tyr Phe Val Lys Lys Leu Val Asn 165 170 175 Glu Tyr Asn Lys Thr Ser Val Lys Lys Gln Ile Pro Val Ala Leu Ser 180 185 190 Asn Gln Asn Met Val Ile Gln Pro Asn Ser Val Asn Gly Thr Leu Glu 195 200 205 Ile Ser Glu Thr Lys Lys Ser Lys Glu Thr Lys Thr Thr Glu Lys Asp 210 215 220 Ala Phe Arg Ala Phe Leu Arg Asp Tyr Ala Thr Leu Asp Glu Asn Arg 225 230 235 240 Arg His Lys Met Arg Leu Cys Leu Arg Asn Leu Val Asn Leu Tyr Phe 245 250 255 Tyr Gly Glu Thr Ser Val Ser Lys Asp Asp Phe Asp Glu Trp Arg Asp 260 265 270 His Glu Asp Lys Lys Gln Asn Asp Glu Leu Phe Val Lys Lys Ile Val 275 280 285 Ser Ile Lys Thr Asp Arg Lys Gly Asn Val Lys Glu Val Leu Asp Val 290 295 300 Asp Ala Thr Ile Asp Ala Ile Arg Thr Asn Asn Ile Ala Cys Tyr Arg 305 310 315 320 Arg Ala Leu Ala Tyr Ala Asn Glu Asn Pro Asp Val Phe Phe Ser Asp 325 330 335 Thr Met Leu Asn Lys Phe Trp Ile His His Val Glu Asn Glu Val Glu 340 345 350 Arg Ile Tyr Gly His Ile Asn Asn Asn Thr Gly Asp Tyr Lys Tyr Gln 355 360 365 Leu Gly Tyr Leu Ser Glu Lys Val Trp Lys Gly Ile Ile Asn Tyr Leu 370 375 380 Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Glu Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met 385 390 395 400 Asn Ala Leu Ala Lys Asp Asn Asn Ser Asn Ala Phe Gly Lys Leu Asp 405 410 415 Glu Lys Phe Val Asn Gly Ile Thr Ser Phe Glu Tyr Glu Arg Ile Lys 420 425 430 Ala Glu Glu Thr Leu Gln Arg Glu Cys Ala Val Asn Ile Ala Phe Ala 435 440 445 Ala Asn His Leu Ala Asn Ala Thr Val Asp Leu Asn Glu Lys Asp Ser 450 455 460 Asp Phe Leu Leu Leu Lys His Glu Asp Asn Lys Asp Thr Leu Gly Ala 465 470 475 480 Val Ala Arg Pro Asn Ile Leu Arg Asn Ile Leu Gln Phe Phe Gly Gly 485 490 495 Lys Ser Arg Trp Asn Asp Phe Asp Phe Ser Gly Ile Asp Glu Ile Gln 500 505 510 Leu Leu Asp Asp Leu Arg Lys Met Ile Tyr Ser Leu Arg Asn Ser Ser 515 520 525 Phe His Phe Lys Thr Glu Asn Ile Asp Asn Asp Ser Trp Asn Thr Lys 530 535 540 Leu Ile Gly Asp Met Phe Ala Tyr Asp Phe Asn Met Ala Gly Asn Val 545 550 555 560 Gln Lys Asp Lys Met Tyr Ser Asn Asn Val Pro Met Phe Tyr Ser Thr 565 570 575 Ser Asp Ile Glu Lys Met Leu Asp Arg Leu Tyr Ala Glu Val His Glu 580 585 590 Arg Ala Ser Gln Val Pro Ser Phe Asn Ser Val Phe Val Arg Lys Asn 595 600 605 Phe Pro Asp Tyr Leu Lys Asn Asp Leu Lys Ile Thr Ser Ala Phe Gly 610 615 620 Val Asp Asp Ala Leu Lys Trp Gln Ser Ala Val Tyr Tyr Val Cys Lys 625 630 635 640 Glu Ile Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gln Asn Pro Glu Thr Phe Thr Met 645 650 655 Leu Lys Asp Tyr Val Gln Cys Leu Pro Ile Asp Ile Asp Lys Ser Met 660 665 670 Asp Gln Lys Leu Lys Ser Glu Arg Asn Ala His Lys Asn Phe Lys Glu 675 680 685 Ala Phe Ala Thr Tyr Cys Lys Glu Cys Asp Ser Leu Ser Ala Ile Cys 690 695 700 Gln Met Ile Met Thr Glu Tyr Asn Asn Gln Asn Lys Gly Asn Arg Lys 705 710 715 720 Val Ile Ser Ala Arg Thr Lys Asp Gly Asp Lys Leu Ile Tyr Lys His 725 730 735 Tyr Lys Met Ile Leu Phe Glu Ala Leu Lys Asn Val Phe Thr Ile Tyr 740 745 750 Leu Glu Lys Asn Ile Asn Thr Tyr Gly Phe Leu Lys Lys Pro Lys Leu 755 760 765 Ile Asn Asn Val Pro Ala Ile Glu Glu Phe Leu Pro Asn Tyr Asn Gly 770 775 780 Arg Gln Tyr Glu Thr Leu Val Asn Arg Ile Thr Glu Glu Thr Glu Leu 785 790 795 800 Gln Lys Trp Tyr Ile Val Gly Arg Leu Leu Asn Pro Lys Gln Val Asn 805 810 815 Gln Leu Ile Gly Asn Phe Arg Ser Tyr Val Gln Tyr Val Asn Asp Val 820 825 830 Ala Arg Arg Ala Lys Gln Thr Gly Asn Asn Leu Ser Asn Asp Asn Ile 835 840 845 Ala Trp Asp Val Lys Asn Ile Ile Gln Ile Phe Asp Val Cys Thr Lys 850 855 860 Leu Asn Gly Val Thr Ser Asn Ile Leu Glu Asp Tyr Phe Asp Asp Gly 865 870 875 880 Asp Asp Tyr Ala Arg Tyr Leu Lys Asn Phe Val Asp Tyr Thr Asn Lys 885 890 895 Asn Asn Asp His Ser Ala Thr Leu Leu Gly Asp Phe Cys Ala Lys Glu 900 905 910 Ile Asp Gly Ile Lys Ile Gly Ile Tyr His Asp Gly Thr Asn Pro Ile 915 920 925 Val Asn Arg Asn Ile Ile Gln Cys Lys Leu Tyr Gly Ala Thr Gly Ile 930 935 940 Ile Ser Asp Leu Thr Lys Asp Gly Ser Ile Leu Ser Val Asp Tyr Glu 945 950 955 960 Ile Ile Lys Lys Tyr Met Gln Met Gln Lys Glu Ile Lys Val Tyr Gln 965 970 975 Gln Lys Gly Ile Cys Lys Thr Lys Glu Glu Gln Gln Asn Leu Lys Lys 980 985 990 Tyr Gln Glu Leu Lys Asn Ile Val Glu Leu Arg Asn Ile Ile Asp Tyr 995 1000 1005 Ser Glu Ile Leu Asp Glu Leu Gln Gly Gln Leu Ile Asn Trp Gly 1010 1015 1020 Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe Gln Leu Gly Phe His 1025 1030 1035 Tyr Leu Cys Leu His Asn Glu Ser Lys Lys Pro Val Gly Tyr Asn 1040 1045 1050 Asn Ala Gly Asp Ile Ser Gly Ala Val Leu Tyr Gln Ile Val Ala 1055 1060 1065 Met Tyr Thr Asn Gly Leu Ser Leu Ile Asp Ala Asn Gly Lys Ser 1070 1075 1080 Lys Lys Asn Ala Lys Ala Ser Ala Gly Ala Lys Val Gly Ser Phe 1085 1090 1095 Cys Ser Tyr Ser Lys Glu Ile Arg Gly Val Asp Lys Asp Thr Lys 1100 1105 1110 Glu Asp Asp Asp Pro Ile Tyr Leu Ala Gly Val Glu Leu Phe Glu 1115 1120 1125 Asn Ile Asn Glu His Gln Gln Cys Ile Asn Leu Arg Asn Tyr Ile 1130 1135 1140 Glu His Phe His Tyr Tyr Ala Lys His Asp Arg Ser Met Leu Asp 1145 1150 1155 Leu Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys 1160 1165 1170 Tyr Thr Lys Asn Val Pro Asn Met Met Tyr Asn Ile Leu Leu Gln 1175 1180 1185 His Leu Val Val Pro Ala Phe Glu Phe Gly Ser Ser Glu Lys Arg 1190 1195 1200 Leu Asp Asp Asn Asp Glu Gln Thr Lys Pro Arg Ala Met Phe Thr 1205 1210 1215 Leu Arg Glu Lys Asn Gly Leu Ser Ser Glu Gln Phe Thr Tyr Arg 1220 1225 1230 Leu Gly Asp Gly Asn Ser Thr Val Lys Leu Ser Ala Arg Gly Asp 1235 1240 1245 Asp Tyr Leu Arg Ala Val Ala Ser Leu Leu Tyr Tyr Pro Asp Arg 1250 1255 1260 Ala Pro Glu Gly Leu Ile Arg Asp Ala Glu Ala Glu Asp Lys Phe 1265 1270 1275 Ala Lys Ile Asn His Ser Asn Pro Lys Ser Asp Asn Arg Asn Asn 1280 1285 1290 Arg Gly Asn Phe Lys Asn Pro Lys Val Gln Trp Tyr Asn Asn Lys 1295 1300 1305 Thr Lys Arg Lys 1310 <210> 318 <211> 1343 <212> PRT <213> Butyrivibrio sp. YAB3001 <400> 318 Met Lys Ile Ser Lys Val Asp His Arg Lys Thr Ala Val Lys Ile Thr 1 5 10 15 Asp Asn Lys Gly Ala Glu Gly Phe Ile Tyr Gln Asp Pro Thr Arg Asp 20 25 30 Ser Ser Thr Met Glu Gln Ile Ile Ser Asn Arg Ala Arg Ser Ser Lys 35 40 45 Val Leu Phe Asn Ile Phe Gly Asp Thr Lys Lys Ser Lys Asp Leu Asn 50 55 60 Lys Tyr Thr Glu Ser Leu Ile Ile Tyr Val Asn Lys Ala Ile Lys Ser 65 70 75 80 Leu Lys Gly Asp Lys Arg Asn Asn Lys Tyr Glu Glu Ile Thr Glu Ser 85 90 95 Leu Lys Thr Glu Arg Val Leu Asn Ala Leu Ile Gln Ala Gly Asn Glu 100 105 110 Phe Thr Cys Ser Glu Asn Asn Ile Glu Asp Ala Leu Asn Lys Tyr Leu 115 120 125 Lys Lys Ser Phe Arg Val Gly Asn Thr Lys Ser Ala Leu Lys Lys Leu 130 135 140 Leu Met Ala Ala Tyr Cys Gly Tyr Lys Leu Ser Ile Glu Glu Lys Glu 145 150 155 160 Glu Ile Gln Asn Tyr Phe Val Asp Lys Leu Val Lys Glu Tyr Asn Lys 165 170 175 Asp Thr Val Leu Lys Tyr Thr Ala Lys Ser Leu Lys His Gln Asn Met 180 185 190 Val Val Gln Pro Asp Thr Asp Asn His Val Phe Leu Pro Ser Arg Ile 195 200 205 Ala Gly Ala Thr Gln Asn Lys Met Ser Glu Lys Glu Ala Leu Thr Glu 210 215 220 Phe Leu Lys Ala Tyr Ala Val Leu Asp Glu Glu Lys Arg His Asn Leu 225 230 235 240 Arg Ile Ile Leu Arg Lys Leu Val Asn Leu Tyr Phe Tyr Glu Ser Pro 245 250 255 Asp Phe Ile Tyr Pro Glu Asn Asn Glu Trp Lys Glu His Asp Asp Arg 260 265 270 Lys Asn Lys Thr Glu Thr Phe Val Ser Pro Val Lys Val Asn Glu Glu 275 280 285 Lys Asn Gly Lys Thr Phe Val Lys Ile Asp Val Pro Ala Thr Lys Asp 290 295 300 Leu Ile Arg Leu Lys Asn Ile Glu Cys Tyr Arg Arg Ser Val Ala Glu 305 310 315 320 Thr Ala Gly Asn Pro Ile Thr Tyr Phe Thr Asp His Asn Ile Ser Lys 325 330 335 Phe Trp Ile His His Ile Glu Asn Glu Val Glu Lys Ile Phe Ala Leu 340 345 350 Leu Lys Ser Asn Trp Lys Asp Tyr Gln Phe Ser Val Gly Tyr Ile Ser 355 360 365 Glu Lys Val Trp Lys Glu Ile Ile Asn Tyr Leu Ser Ile Lys Tyr Ile 370 375 380 Ala Ile Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Leu Glu Asp Ile Lys Lys 385 390 395 400 Asn Asp Gly Thr Leu Asn Phe Gly Val Ile Asp Pro Ser Phe Tyr Asp 405 410 415 Gly Ile Asn Ser Phe Glu Tyr Glu Lys Ile Lys Ala Glu Glu Thr Phe 420 425 430 Gln Arg Glu Val Ala Val Tyr Val Ser Phe Ala Val Asn His Leu Ser 435 440 445 Ser Ala Thr Val Lys Leu Ser Glu Ala Gln Ser Asp Met Leu Val Leu 450 455 460 Asn Lys Asn Asp Ile Glu Lys Ile Ala Tyr Gly Asn Thr Lys Arg Asn 465 470 475 480 Ile Leu Gln Phe Phe Gly Gly Gln Ser Lys Trp Lys Glu Phe Asp Phe 485 490 495 Asp Arg Tyr Ile Asn Pro Val Asn Tyr Thr Asp Ile Asp Phe Leu Phe 500 505 510 Asp Ile Lys Lys Met Val Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Ser Phe His Phe 515 520 525 Thr Thr Thr Asp Thr Glu Ser Asp Trp Asn Lys Asn Leu Ile Ser Ala 530 535 540 Met Phe Glu Tyr Glu Cys Arg Arg Ile Ser Thr Val Gln Lys Asn Lys 545 550 555 560 Phe Phe Ser Asn Asn Leu Pro Leu Phe Tyr Gly Glu Asn Ser Leu Glu 565 570 575 Arg Val Leu His Lys Leu Tyr Asp Asp Tyr Val Asp Arg Met Ser Gln 580 585 590 Val Pro Ser Phe Gly Asn Val Phe Val Arg Lys Lys Phe Pro Asp Tyr 595 600 605 Met Lys Glu Ile Gly Ile Lys His Asn Leu Ser Ser Glu Asp Asn Leu 610 615 620 Lys Leu Gln Gly Ala Leu Tyr Phe Leu Tyr Lys Glu Ile Tyr Tyr Asn 625 630 635 640 Ala Phe Ile Ser Ser Glu Lys Ala Met Lys Ile Phe Val Asp Leu Val 645 650 655 Asn Lys Leu Asp Thr Asn Ala Arg Asp Asp Lys Gly Arg Ile Thr His 660 665 670 Glu Ala Met Ala His Lys Asn Phe Lys Asp Ala Ile Ser His Tyr Met 675 680 685 Thr His Asp Cys Ser Leu Ala Asp Ile Cys Gln Lys Ile Met Thr Glu 690 695 700 Tyr Asn Gln Gln Asn Thr Gly His Arg Lys Lys Gln Thr Thr Tyr Ser 705 710 715 720 Ser Glu Lys Asn Pro Glu Ile Phe Arg His Tyr Lys Met Ile Leu Phe 725 730 735 Met Leu Leu Gln Lys Ala Met Thr Glu Tyr Ile Ser Ser Glu Glu Ile 740 745 750 Phe Asp Phe Ile Met Lys Pro Asn Ser Pro Lys Thr Asp Ile Lys Glu 755 760 765 Glu Glu Phe Leu Pro Gln Tyr Lys Ser Cys Ala Tyr Asp Asn Leu Ile 770 775 780 Lys Leu Ile Ala Asp Asn Val Glu Leu Gln Lys Trp Tyr Ile Thr Ala 785 790 795 800 Arg Leu Leu Ser Pro Arg Glu Val Asn Gln Leu Ile Gly Ser Phe Arg 805 810 815 Ser Tyr Lys Gln Phe Val Ser Asp Ile Glu Arg Arg Ala Lys Glu Thr 820 825 830 Asn Asn Ser Leu Ser Lys Ser Gly Met Thr Val Asp Val Glu Asn Ile 835 840 845 Thr Lys Val Leu Asp Leu Cys Thr Lys Leu Asn Gly Arg Phe Ser Asn 850 855 860 Glu Leu Thr Asp Tyr Phe Asp Ser Lys Asp Asp Tyr Ala Val Tyr Val 865 870 875 880 Ser Lys Phe Leu Asp Phe Gly Phe Lys Ile Asp Glu Lys Phe Pro Ala 885 890 895 Ala Leu Leu Gly Glu Phe Cys Asn Lys Glu Glu Asn Gly Lys Lys Ile 900 905 910 Gly Ile Tyr His Asn Gly Thr Glu Pro Ile Leu Asn Ser Asn Ile Ile 915 920 925 Lys Ser Lys Leu Tyr Gly Ile Thr Asp Val Val Ser Arg Ala Val Lys 930 935 940 Pro Val Ser Glu Lys Leu Ile Arg Glu Tyr Leu Gln Gln Glu Val Lys 945 950 955 960 Ile Lys Pro Tyr Leu Glu Asn Gly Val Cys Lys Asn Lys Glu Glu Gln 965 970 975 Ala Ala Leu Arg Lys Tyr Gln Glu Leu Lys Asn Arg Ile Glu Phe Arg 980 985 990 Asp Ile Val Glu Tyr Ser Glu Ile Ile Asn Glu Leu Met Gly Gln Leu 995 1000 1005 Ile Asn Phe Ser Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe Gln 1010 1015 1020 Leu Gly Phe His Tyr Leu Cys Leu Asn Asn Tyr Gly Ala Lys Pro 1025 1030 1035 Glu Gly Tyr Tyr Ser Ile Val Asn Asp Lys Arg Thr Ile Lys Gly 1040 1045 1050 Ala Ile Leu Tyr Gln Ile Val Ala Met Tyr Thr Tyr Gly Leu Pro 1055 1060 1065 Ile Tyr His Tyr Val Asp Gly Thr Ile Ser Asp Arg Arg Lys Asn 1070 1075 1080 Lys Lys Thr Val Leu Asp Thr Leu Asn Ser Ser Glu Thr Val Gly 1085 1090 1095 Ala Lys Ile Lys Tyr Phe Ile Tyr Tyr Ser Asp Glu Leu Phe Asn 1100 1105 1110 Asp Ser Leu Ile Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn 1115 1120 1125 Ile Asn Glu His Glu Asn Ile Val Asn Leu Arg Lys Tyr Ile Asp 1130 1135 1140 His Phe Lys Tyr Tyr Val Ser Gln Asp Arg Ser Leu Leu Asp Ile 1145 1150 1155 Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Tyr Phe Thr Tyr Asp Arg Lys Tyr 1160 1165 1170 Lys Lys Asn Val Met Asn Leu Phe Ser Asn Ile Met Leu Lys His 1175 1180 1185 Phe Ile Ile Thr Asp Phe Glu Phe Ser Thr Gly Glu Lys Thr Ile 1190 1195 1200 Gly Glu Lys Asn Thr Ala Lys Lys Glu Cys Ala Lys Val Arg Ile 1205 1210 1215 Lys Arg Gly Gly Leu Ser Ser Asp Lys Phe Thr Tyr Lys Phe Lys 1220 1225 1230 Asp Ala Lys Pro Ile Glu Leu Ser Ala Lys Asn Thr Glu Phe Leu 1235 1240 1245 Asp Gly Val Ala Arg Ile Leu Tyr Tyr Pro Glu Asn Val Val Leu 1250 1255 1260 Thr Asp Leu Val Arg Asn Ser Glu Val Glu Asp Glu Lys Arg Ile 1265 1270 1275 Glu Lys Tyr Asp Arg Asn His Asn Ser Ser Pro Thr Arg Lys Asp 1280 1285 1290 Lys Thr Tyr Lys Gln Asp Val Lys Lys Asn Tyr Asn Lys Lys Thr 1295 1300 1305 Ser Lys Ala Phe Asp Ser Ser Lys Leu Asp Thr Lys Ser Val Gly 1310 1315 1320 Asn Asn Leu Ser Asp Asn Pro Val Leu Lys Gln Phe Leu Ser Glu 1325 1330 1335 Ser Lys Lys Lys Arg 1340 <210> 319 <211> 1276 <212> PRT <213> Blautia sp Marseille-P2398 <400> 319 Met Lys Ile Ser Lys Val Asp His Val Lys Ser Gly Ile Asp Gln Lys 1 5 10 15 Leu Ser Ser Gln Arg Gly Met Leu Tyr Lys Gln Pro Gln Lys Lys Tyr 20 25 30 Glu Gly Lys Gln Leu Glu Glu His Val Arg Asn Leu Ser Arg Lys Ala 35 40 45 Lys Ala Leu Tyr Gln Val Phe Pro Val Ser Gly Asn Ser Lys Met Glu 50 55 60 Lys Glu Leu Gln Ile Ile Asn Ser Phe Ile Lys Asn Ile Leu Leu Arg 65 70 75 80 Leu Asp Ser Gly Lys Thr Ser Glu Glu Ile Val Gly Tyr Ile Asn Thr 85 90 95 Tyr Ser Val Ala Ser Gln Ile Ser Gly Asp His Ile Gln Glu Leu Val 100 105 110 Asp Gln His Leu Lys Glu Ser Leu Arg Lys Tyr Thr Cys Val Gly Asp 115 120 125 Lys Arg Ile Tyr Val Pro Asp Ile Ile Val Ala Leu Leu Lys Ser Lys 130 135 140 Phe Asn Ser Glu Thr Leu Gln Tyr Asp Asn Ser Glu Leu Lys Ile Leu 145 150 155 160 Ile Asp Phe Ile Arg Glu Asp Tyr Leu Lys Glu Lys Gln Ile Lys Gln 165 170 175 Ile Val His Ser Ile Glu Asn Asn Ser Thr Pro Leu Arg Ile Ala Glu 180 185 190 Ile Asn Gly Gln Lys Arg Leu Ile Pro Ala Asn Val Asp Asn Pro Lys 195 200 205 Lys Ser Tyr Ile Phe Glu Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Gln Ser Asp Pro 210 215 220 Lys Gly Gln Glu Ser Leu Leu Gln His Met Arg Tyr Leu Ile Leu Leu 225 230 235 240 Tyr Leu Tyr Gly Pro Asp Lys Ile Thr Asp Asp Tyr Cys Glu Glu Ile 245 250 255 Glu Ala Trp Asn Phe Gly Ser Ile Val Met Asp Asn Glu Gln Leu Phe 260 265 270 Ser Glu Glu Ala Ser Met Leu Ile Gln Asp Arg Ile Tyr Val Asn Gln 275 280 285 Gln Ile Glu Glu Gly Arg Gln Ser Lys Asp Thr Ala Lys Val Lys Lys 290 295 300 Asn Lys Ser Lys Tyr Arg Met Leu Gly Asp Lys Ile Glu His Ser Ile 305 310 315 320 Asn Glu Ser Val Val Lys His Tyr Gln Glu Ala Cys Lys Ala Val Glu 325 330 335 Glu Lys Asp Ile Pro Trp Ile Lys Tyr Ile Ser Asp His Val Met Ser 340 345 350 Val Tyr Ser Ser Lys Asn Arg Val Asp Leu Asp Lys Leu Ser Leu Pro 355 360 365 Tyr Leu Ala Lys Asn Thr Trp Asn Thr Trp Ile Ser Phe Ile Ala Met 370 375 380 Lys Tyr Val Asp Met Gly Lys Gly Val Tyr His Phe Ala Met Ser Asp 385 390 395 400 Val Asp Lys Val Gly Lys Gln Asp Asn Leu Ile Ile Gly Gln Ile Asp 405 410 415 Pro Lys Phe Ser Asp Gly Ile Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Arg Ile Lys 420 425 430 Ala Glu Asp Asp Leu His Arg Ser Met Ser Gly Tyr Ile Ala Phe Ala 435 440 445 Val Asn Asn Phe Ala Arg Ala Ile Cys Ser Asp Glu Phe Arg Lys Lys 450 455 460 Asn Arg Lys Glu Asp Val Leu Thr Val Gly Leu Asp Glu Ile Pro Leu 465 470 475 480 Tyr Asp Asn Val Lys Arg Lys Leu Leu Gln Tyr Phe Gly Gly Ala Ser 485 490 495 Asn Trp Asp Asp Ser Ile Ile Asp Ile Ile Asp Asp Lys Asp Leu Val 500 505 510 Ala Cys Ile Lys Glu Asn Leu Tyr Val Ala Arg Asn Val Asn Phe His 515 520 525 Phe Ala Gly Ser Glu Lys Val Gln Lys Lys Gln Asp Asp Ile Leu Glu 530 535 540 Glu Ile Val Arg Lys Glu Thr Arg Asp Ile Gly Lys His Tyr Arg Lys 545 550 555 560 Val Phe Tyr Ser Asn Asn Val Ala Val Phe Tyr Cys Asp Glu Asp Ile 565 570 575 Ile Lys Leu Met Asn His Leu Tyr Gln Arg Glu Lys Pro Tyr Gln Ala 580 585 590 Gln Ile Pro Ser Tyr Asn Lys Val Ile Ser Lys Thr Tyr Leu Pro Asp 595 600 605 Leu Ile Phe Met Leu Leu Lys Gly Lys Asn Arg Thr Lys Ile Ser Asp 610 615 620 Pro Ser Ile Met Asn Met Phe Arg Gly Thr Phe Tyr Phe Leu Leu Lys 625 630 635 640 Glu Ile Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gln Ala Ser Asn Leu Lys Glu Met 645 650 655 Phe Cys Glu Gly Leu Lys Asn Asn Val Lys Asn Lys Lys Ser Glu Lys 660 665 670 Pro Tyr Gln Asn Phe Met Arg Arg Phe Glu Glu Leu Glu Asn Met Gly 675 680 685 Met Asp Phe Gly Glu Ile Cys Gln Gln Ile Met Thr Asp Tyr Glu Gln 690 695 700 Gln Asn Lys Gln Lys Lys Lys Thr Ala Thr Ala Val Met Ser Glu Lys 705 710 715 720 Asp Lys Lys Ile Arg Thr Leu Asp Asn Asp Thr Gln Lys Tyr Lys His 725 730 735 Phe Arg Thr Leu Leu Tyr Ile Gly Leu Arg Glu Ala Phe Ile Ile Tyr 740 745 750 Leu Lys Asp Glu Lys Asn Lys Glu Trp Tyr Glu Phe Leu Arg Glu Pro 755 760 765 Val Lys Arg Glu Gln Pro Glu Glu Lys Glu Phe Val Asn Lys Trp Lys 770 775 780 Leu Asn Gln Tyr Ser Asp Cys Ser Glu Leu Ile Leu Lys Asp Ser Leu 785 790 795 800 Ala Ala Ala Trp Tyr Val Val Ala His Phe Ile Asn Gln Ala Gln Leu 805 810 815 Asn His Leu Ile Gly Asp Ile Lys Asn Tyr Ile Gln Phe Ile Ser Asp 820 825 830 Ile Asp Arg Arg Ala Lys Ser Thr Gly Asn Pro Val Ser Glu Ser Thr 835 840 845 Glu Ile Gln Ile Glu Arg Tyr Arg Lys Ile Leu Arg Val Leu Glu Phe 850 855 860 Ala Lys Phe Phe Cys Gly Gln Ile Thr Asn Val Leu Thr Asp Tyr Tyr 865 870 875 880 Gln Asp Glu Asn Asp Phe Ser Thr His Val Gly His Tyr Val Lys Phe 885 890 895 Glu Lys Lys Asn Met Glu Pro Ala His Ala Leu Gln Ala Phe Ser Asn 900 905 910 Ser Leu Tyr Ala Cys Gly Lys Glu Lys Lys Lys Ala Gly Phe Tyr Tyr 915 920 925 Asp Gly Met Asn Pro Ile Val Asn Arg Asn Ile Thr Leu Ala Ser Met 930 935 940 Tyr Gly Asn Lys Lys Leu Leu Glu Asn Ala Met Asn Pro Val Thr Glu 945 950 955 960 Gln Asp Ile Arg Lys Tyr Tyr Ser Leu Met Ala Glu Leu Asp Ser Val 965 970 975 Leu Lys Asn Gly Ala Val Cys Lys Ser Glu Asp Glu Gln Lys Asn Leu 980 985 990 Arg His Phe Gln Asn Leu Lys Asn Arg Ile Glu Leu Val Asp Val Leu 995 1000 1005 Thr Leu Ser Glu Leu Val Asn Asp Leu Val Ala Gln Leu Ile Gly 1010 1015 1020 Trp Val Tyr Ile Arg Glu Arg Asp Met Met Tyr Leu Gln Leu Gly 1025 1030 1035 Leu His Tyr Ile Lys Leu Tyr Phe Thr Asp Ser Val Ala Glu Asp 1040 1045 1050 Ser Tyr Leu Arg Thr Leu Asp Leu Glu Glu Gly Ser Ile Ala Asp 1055 1060 1065 Gly Ala Val Leu Tyr Gln Ile Ala Ser Leu Tyr Ser Phe Asn Leu 1070 1075 1080 Pro Met Tyr Val Lys Pro Asn Lys Ser Ser Val Tyr Cys Lys Lys 1085 1090 1095 His Val Asn Ser Val Ala Thr Lys Phe Asp Ile Phe Glu Lys Glu 1100 1105 1110 Tyr Cys Asn Gly Asp Glu Thr Val Ile Glu Asn Gly Leu Arg Leu 1115 1120 1125 Phe Glu Asn Ile Asn Leu His Lys Asp Met Val Lys Phe Arg Asp 1130 1135 1140 Tyr Leu Ala His Phe Lys Tyr Phe Ala Lys Leu Asp Glu Ser Ile 1145 1150 1155 Leu Glu Leu Tyr Ser Lys Ala Tyr Asp Phe Phe Phe Ser Tyr Asn 1160 1165 1170 Ile Lys Leu Lys Lys Ser Val Ser Tyr Val Leu Thr Asn Val Leu 1175 1180 1185 Leu Ser Tyr Phe Ile Asn Ala Lys Leu Ser Phe Ser Thr Tyr Lys 1190 1195 1200 Ser Ser Gly Asn Lys Thr Val Gln His Arg Thr Thr Lys Ile Ser 1205 1210 1215 Val Val Ala Gln Thr Asp Tyr Phe Thr Tyr Lys Leu Arg Ser Ile 1220 1225 1230 Val Lys Asn Lys Asn Gly Val Glu Ser Ile Glu Asn Asp Asp Arg 1235 1240 1245 Arg Cys Glu Val Val Asn Ile Ala Ala Arg Asp Lys Glu Phe Val 1250 1255 1260 Asp Glu Val Cys Asn Val Ile Asn Tyr Asn Ser Asp Lys 1265 1270 1275 <210> 320 <211> 1168 <212> PRT <213> Leptotrichia sp. Marseille-P3007 <400> 320 Met Lys Ile Thr Lys Ile Asp Gly Ile Ser His Lys Lys Tyr Ile Lys 1 5 10 15 Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Lys Thr Asp Glu 20 25 30 Arg Leu Ser Glu Leu Leu Thr Ile Arg Leu Asp Thr Tyr Ile Lys Asn 35 40 45 Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg Ile Arg Arg Glu Asn Leu 50 55 60 Lys Glu Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu Tyr Leu Lys Asp Gly Ile Leu 65 70 75 80 Tyr Leu Lys Asp Arg Arg Glu Lys Asn Gln Leu Gln Asn Lys Asn Tyr 85 90 95 Ser Glu Glu Asp Ile Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Asn Phe 100 105 110 Leu Val Leu Lys Lys Ile Leu Leu Asn Glu Asp Ile Asn Ser Glu Glu 115 120 125 Leu Glu Ile Phe Arg Asn Asp Phe Glu Lys Lys Leu Asp Lys Ile Asn 130 135 140 Ser Leu Lys Tyr Ser Leu Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gln Lys Ile 145 150 155 160 Asn Glu Asn Asn Ile Lys Lys Val Glu Gly Lys Ser Lys Arg Asn Ile 165 170 175 Phe Tyr Asn Tyr Tyr Lys Asp Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr Ile Asn 180 185 190 Asn Ile Gln Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp Ile Glu 195 200 205 Asn Leu Phe Phe Leu Ile Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 210 215 220 Ile Arg Glu Cys Tyr His Lys Ile Ile Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 225 230 235 240 Asn Phe Ala Thr Ile Ile Tyr Glu Glu Ile Gln Asn Val Asn Asn Met 245 250 255 Lys Glu Leu Ile Glu Lys Val Pro Asn Val Ser Glu Leu Lys Lys Ser 260 265 270 Gln Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asn Lys Glu Lys Leu Asn Asp Glu 275 280 285 Asn Ile Lys Tyr Val Phe Cys His Phe Val Glu Ile Glu Met Ser Lys 290 295 300 Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Lys Pro Ser Asn Ile Ser Asn Asp 305 310 315 320 Lys Val Lys Arg Ile Phe Glu Tyr Gln Ser Leu Lys Lys Leu Ile Glu 325 330 335 Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 340 345 350 Tyr Ser Phe Tyr Leu Gln Asp Gly Glu Ile Ala Thr Ser Asp Phe Ile 355 360 365 Val Gly Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn Ile Ile Gly Val 370 375 380 Ser Ser Thr Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn Ile Leu Glu Thr Glu Asn 385 390 395 400 Glu Asn Asp Ile Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 405 410 415 Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Ile Ser Gly Glu Ile Asp Lys Leu Tyr Asp 420 425 430 Asn Asn Lys Gln Asn Glu Val Lys Lys Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 435 440 445 Tyr Asp Phe Asn Met Asn Ser Lys Lys Glu Ile Glu Asp Phe Phe Ser 450 455 460 Asn Ile Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val His Phe 465 470 475 480 Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp Ile Phe Thr Phe Lys Asn Ile Val 485 490 495 Pro Ser Gln Ile Ser Lys Lys Met Phe His Asp Glu Ile Asn Glu Lys 500 505 510 Lys Leu Lys Leu Lys Ile Phe Lys Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 515 520 525 Arg Tyr Leu Glu Lys Tyr Lys Ile Leu Asn Tyr Leu Asn Arg Thr Arg 530 535 540 Phe Glu Phe Val Asn Lys Asn Ile Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 545 550 555 560 Leu Tyr Ser Arg Ile Asp Asp Leu Lys Asn Ser Leu Gly Ile Tyr Trp 565 570 575 Lys Thr Pro Lys Thr Asn Asp Asp Asn Lys Thr Lys Glu Ile Thr Asp 580 585 590 Ala Gln Ile Tyr Leu Leu Lys Asn Ile Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn 595 600 605 Tyr Phe Met Ser Asn Asn Gly Asn Phe Phe Glu Ile Thr Lys Glu Ile 610 615 620 Ile Glu Leu Asn Lys Asn Asp Lys Arg Asn Leu Lys Thr Gly Phe Tyr 625 630 635 640 Lys Leu Gln Lys Phe Glu Asn Leu Gln Glu Lys Thr Pro Lys Glu Tyr 645 650 655 Leu Ala Asn Ile Gln Ser Leu Tyr Met Ile Asn Ala Gly Asn Gln Asp 660 665 670 Glu Glu Glu Lys Asp Thr Tyr Ile Asp Phe Ile Gln Lys Ile Phe Leu 675 680 685 Lys Gly Phe Met Thr Tyr Leu Ala Asn Asn Gly Arg Leu Ser Leu Ile 690 695 700 Tyr Ile Gly Ser Asp Glu Glu Thr Asn Thr Ser Leu Ala Glu Lys Lys 705 710 715 720 Gln Glu Phe Asp Lys Phe Leu Lys Lys Tyr Glu Gln Asn Asn Asn Ile 725 730 735 Glu Ile Pro Tyr Glu Ile Asn Glu Phe Val Arg Glu Ile Lys Leu Gly 740 745 750 Lys Ile Leu Lys Tyr Thr Glu Arg Leu Asn Met Phe Tyr Leu Ile Leu 755 760 765 Lys Leu Leu Asn His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu 770 775 780 Lys Tyr Gln Ser Ala Asn Lys Glu Glu Ala Phe Ser Asp Gln Leu Glu 785 790 795 800 Leu Ile Asn Leu Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe 805 810 815 Glu Leu Glu Ala Asp Glu Ile Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Gly Asn 820 825 830 Lys Val Lys Asp Asn Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys Ile 835 840 845 Tyr Phe Asp Gly Glu Asn Ile Ile Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn Ile 850 855 860 Lys Lys Tyr Gly Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ser Asp Glu Ala 865 870 875 880 Lys Tyr Lys Ile Ser Ile Glu Glu Leu Lys Asn Tyr Ser Lys Lys Lys 885 890 895 Asn Glu Ile Glu Glu Asn His Thr Thr Gln Glu Asn Leu His Arg Lys 900 905 910 Tyr Ala Arg Pro Arg Lys Asp Glu Lys Phe Thr Asp Glu Asp Tyr Lys 915 920 925 Lys Tyr Glu Lys Ala Ile Arg Asn Ile Gln Gln Tyr Thr His Leu Lys 930 935 940 Asn Lys Val Glu Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gln Ser Leu Leu Leu 945 950 955 960 Arg Ile Leu His Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser Ile Trp Glu Arg Asp 965 970 975 Leu Arg Phe Arg Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn Gln Tyr Ile Glu 980 985 990 Glu Ile Phe Asn Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Asn Gly 995 1000 1005 Gln Ile Val Glu Lys Tyr Ile Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys 1010 1015 1020 Asp Asp Thr Glu Lys Ile Ser Ile Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys 1025 1030 1035 Glu Leu Lys Lys Glu Lys Lys Asp Leu Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile 1040 1045 1050 Ala His Phe Asn Tyr Ile Pro Asn Ala Glu Ile Ser Leu Leu Glu 1055 1060 1065 Met Leu Glu Asn Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu 1070 1075 1080 Lys Asn Ala Ile Met Lys Ser Ile Val Asp Ile Leu Lys Glu Tyr 1085 1090 1095 Gly Phe Val Val Thr Phe Lys Ile Glu Lys Asp Lys Lys Ile Arg 1100 1105 1110 Ile Glu Ser Leu Lys Ser Glu Glu Val Val His Leu Lys Lys Leu 1115 1120 1125 Lys Leu Lys Asp Asn Asp Lys Lys Lys Glu Pro Ile Lys Thr Tyr 1130 1135 1140 Arg Asn Ser Lys Glu Leu Cys Lys Leu Val Lys Val Met Phe Glu 1145 1150 1155 Tyr Lys Met Lys Glu Lys Lys Ser Glu Asn 1160 1165 <210> 321 <211> 1138 <212> PRT <213> Bacterioides ihuae <400> 321 Met Arg Ile Thr Lys Val Lys Val Lys Glu Ser Ser Asp Gln Lys Asp 1 5 10 15 Lys Met Val Leu Ile His Arg Lys Val Gly Glu Gly Thr Leu Val Leu 20 25 30 Asp Glu Asn Leu Ala Asp Leu Thr Ala Pro Ile Ile Asp Lys Tyr Lys 35 40 45 Asp Lys Ser Phe Glu Leu Ser Leu Leu Lys Gln Thr Leu Val Ser Glu 50 55 60 Lys Glu Met Asn Ile Pro Lys Cys Asp Lys Cys Thr Ala Lys Glu Arg 65 70 75 80 Cys Leu Ser Cys Lys Gln Arg Glu Lys Arg Leu Lys Glu Val Arg Gly 85 90 95 Ala Ile Glu Lys Thr Ile Gly Ala Val Ile Ala Gly Arg Asp Ile Ile 100 105 110 Pro Arg Leu Asn Ile Phe Asn Glu Asp Glu Ile Cys Trp Leu Ile Lys 115 120 125 Pro Lys Leu Arg Asn Glu Phe Thr Phe Lys Asp Val Asn Lys Gln Val 130 135 140 Val Lys Leu Asn Leu Pro Lys Val Leu Val Glu Tyr Ser Lys Lys Asn 145 150 155 160 Asp Pro Thr Leu Phe Leu Ala Tyr Gln Gln Trp Ile Ala Ala Tyr Leu 165 170 175 Lys Asn Lys Lys Gly His Ile Lys Lys Ser Ile Leu Asn Asn Arg Val 180 185 190 Val Ile Asp Tyr Ser Asp Glu Ser Lys Leu Ser Lys Arg Lys Gln Ala 195 200 205 Leu Glu Leu Trp Gly Glu Glu Tyr Glu Thr Asn Gln Arg Ile Ala Leu 210 215 220 Glu Ser Tyr His Thr Ser Tyr Asn Ile Gly Glu Leu Val Thr Leu Leu 225 230 235 240 Pro Asn Pro Glu Glu Tyr Val Ser Asp Lys Gly Glu Ile Arg Pro Ala 245 250 255 Phe His Tyr Lys Leu Lys Asn Val Leu Gln Met His Gln Ser Thr Val 260 265 270 Phe Gly Thr Asn Glu Ile Leu Cys Ile Asn Pro Ile Phe Asn Glu Asn 275 280 285 Arg Ala Asn Ile Gln Leu Ser Ala Tyr Asn Leu Glu Val Val Lys Tyr 290 295 300 Phe Glu His Tyr Phe Pro Ile Lys Lys Lys Lys Lys Asn Leu Ser Leu 305 310 315 320 Asn Gln Ala Ile Tyr Tyr Leu Lys Val Glu Thr Leu Lys Glu Arg Leu 325 330 335 Ser Leu Gln Leu Glu Asn Ala Leu Arg Met Asn Leu Leu Gln Lys Gly 340 345 350 Lys Ile Lys Lys His Glu Phe Asp Lys Asn Thr Cys Ser Asn Thr Leu 355 360 365 Ser Gln Ile Lys Arg Asp Glu Phe Phe Val Leu Asn Leu Val Glu Met 370 375 380 Cys Ala Phe Ala Ala Asn Asn Ile Arg Asn Ile Val Asp Lys Glu Gln 385 390 395 400 Val Asn Glu Ile Leu Ser Lys Lys Asp Leu Cys Asn Ser Leu Ser Lys 405 410 415 Asn Thr Ile Asp Lys Glu Leu Cys Thr Lys Phe Tyr Gly Ala Asp Phe 420 425 430 Ser Gln Ile Pro Val Ala Ile Trp Ala Met Arg Gly Ser Val Gln Gln 435 440 445 Ile Arg Asn Glu Ile Val His Tyr Lys Ala Glu Ala Ile Asp Lys Ile 450 455 460 Phe Ala Leu Lys Thr Phe Glu Tyr Asp Asp Met Glu Lys Asp Tyr Ser 465 470 475 480 Asp Thr Pro Phe Lys Gln Tyr Leu Glu Leu Ser Ile Glu Lys Ile Asp 485 490 495 Ser Phe Phe Ile Glu Gln Leu Ser Ser Asn Asp Val Leu Asn Tyr Tyr 500 505 510 Cys Thr Glu Asp Val Asn Lys Leu Leu Asn Lys Cys Lys Leu Ser Leu 515 520 525 Arg Arg Thr Ser Ile Pro Phe Ala Pro Gly Phe Lys Thr Ile Tyr Glu 530 535 540 Leu Gly Cys His Leu Gln Asp Ser Ser Asn Thr Tyr Arg Ile Gly His 545 550 555 560 Tyr Leu Met Leu Ile Gly Gly Arg Val Ala Asn Ser Thr Val Thr Lys 565 570 575 Ala Ser Lys Ala Tyr Pro Ala Tyr Arg Phe Met Leu Lys Leu Ile Tyr 580 585 590 Asn His Leu Phe Leu Asn Lys Phe Leu Asp Asn His Asn Lys Arg Phe 595 600 605 Phe Met Lys Ala Val Ala Phe Val Leu Lys Asp Asn Arg Glu Asn Ala 610 615 620 Arg Asn Lys Phe Gln Tyr Ala Phe Lys Glu Ile Arg Met Met Asn Asn 625 630 635 640 Asp Glu Ser Ile Ala Ser Tyr Met Ser Tyr Ile His Ser Leu Ser Val 645 650 655 Gln Glu Gln Glu Lys Lys Gly Asp Lys Asn Asp Lys Val Arg Tyr Asn 660 665 670 Thr Glu Lys Phe Ile Glu Lys Val Phe Val Lys Gly Phe Asp Asp Phe 675 680 685 Leu Ser Trp Leu Gly Val Glu Phe Ile Leu Ser Pro Asn Gln Glu Glu 690 695 700 Arg Asp Lys Thr Val Thr Arg Glu Glu Tyr Glu Asn Leu Met Ile Lys 705 710 715 720 Asp Arg Val Glu His Ser Ile Asn Ser Asn Gln Glu Ser His Ile Ala 725 730 735 Phe Phe Thr Phe Cys Lys Leu Leu Asp Ala Asn His Leu Ser Asp Leu 740 745 750 Arg Asn Glu Trp Ile Lys Phe Arg Ser Ser Gly Asp Lys Glu Gly Phe 755 760 765 Ser Tyr Asn Phe Ala Ile Asp Ile Ile Glu Leu Cys Leu Leu Thr Val 770 775 780 Asp Arg Val Glu Gln Arg Arg Asp Gly Tyr Lys Glu Gln Thr Glu Leu 785 790 795 800 Lys Glu Tyr Leu Ser Phe Phe Ile Lys Gly Asn Glu Ser Glu Asn Thr 805 810 815 Val Trp Lys Gly Phe Tyr Phe Gln Gln Asp Asn Tyr Thr Pro Val Leu 820 825 830 Tyr Ser Pro Ile Glu Leu Ile Arg Lys Tyr Gly Thr Leu Glu Leu Leu 835 840 845 Lys Leu Ile Ile Val Asp Glu Asp Lys Ile Thr Gln Gly Glu Phe Glu 850 855 860 Glu Trp Gln Thr Leu Lys Lys Val Val Glu Asp Lys Val Thr Arg Arg 865 870 875 880 Asn Glu Leu His Gln Glu Trp Glu Asp Met Lys Asn Lys Ser Ser Phe 885 890 895 Ser Gln Glu Lys Cys Ser Ile Tyr Gln Lys Leu Cys Arg Asp Ile Asp 900 905 910 Arg Tyr Asn Trp Leu Asp Asn Lys Leu His Leu Val His Leu Arg Lys 915 920 925 Leu His Asn Leu Val Ile Gln Ile Leu Ser Arg Met Ala Arg Phe Ile 930 935 940 Ala Leu Trp Asp Arg Asp Phe Val Leu Leu Asp Ala Ser Arg Ala Asn 945 950 955 960 Asp Asp Tyr Lys Leu Leu Ser Phe Phe Asn Phe Arg Asp Phe Ile Asn 965 970 975 Ala Lys Lys Thr Lys Thr Asp Asp Glu Leu Leu Ala Glu Phe Gly Ser 980 985 990 Lys Ile Glu Lys Lys Asn Ala Pro Phe Ile Lys Ala Glu Asp Val Pro 995 1000 1005 Leu Met Val Glu Cys Ile Glu Ala Lys Arg Ser Phe Tyr Gln Lys 1010 1015 1020 Val Phe Phe Arg Asn Asn Leu Gln Val Leu Ala Asp Arg Asn Phe 1025 1030 1035 Ile Ala His Tyr Asn Tyr Ile Ser Lys Thr Ala Lys Cys Ser Leu 1040 1045 1050 Phe Glu Met Ile Ile Lys Leu Arg Thr Leu Met Tyr Tyr Asp Arg 1055 1060 1065 Lys Leu Arg Asn Ala Val Val Lys Ser Ile Ala Asn Val Phe Asp 1070 1075 1080 Gln Asn Gly Met Val Leu Gln Leu Ser Leu Asp Asp Ser His Glu 1085 1090 1095 Leu Lys Val Asp Lys Val Ile Ser Lys Arg Ile Val His Leu Lys 1100 1105 1110 Asn Asn Asn Ile Met Thr Asp Gln Val Pro Glu Glu Tyr Tyr Lys 1115 1120 1125 Ile Cys Arg Arg Leu Leu Glu Met Lys Lys 1130 1135 <210> 322 <211> 697 <212> PRT <213> Porphyromonadaceae bacterium KH3CP3RA <400> 322 Met Glu Phe Arg Asp Ser Ile Phe Lys Ser Leu Leu Gln Lys Glu Ile 1 5 10 15 Glu Lys Ala Pro Leu Cys Phe Ala Glu Lys Leu Ile Ser Gly Gly Val 20 25 30 Phe Ser Tyr Tyr Pro Ser Glu Arg Leu Lys Glu Phe Val Gly Asn His 35 40 45 Pro Phe Ser Leu Phe Arg Lys Thr Met Pro Phe Ser Pro Gly Phe Lys 50 55 60 Arg Val Met Lys Ser Gly Gly Asn Tyr Gln Asn Ala Asn Arg Asp Gly 65 70 75 80 Arg Phe Tyr Asp Leu Asp Ile Gly Val Tyr Leu Pro Lys Asp Gly Phe 85 90 95 Gly Asp Glu Glu Trp Asn Ala Arg Tyr Phe Leu Met Lys Leu Ile Tyr 100 105 110 Asn Gln Leu Phe Leu Pro Tyr Phe Ala Asp Ala Glu Asn His Leu Phe 115 120 125 Arg Glu Cys Val Asp Phe Val Lys Arg Val Asn Arg Asp Tyr Asn Cys 130 135 140 Lys Asn Asn Asn Ser Glu Glu Gln Ala Phe Ile Asp Ile Arg Ser Met 145 150 155 160 Arg Glu Asp Glu Ser Ile Ala Asp Tyr Leu Ala Phe Ile Gln Ser Asn 165 170 175 Ile Ile Ile Glu Glu Asn Lys Lys Lys Glu Thr Asn Lys Glu Gly Gln 180 185 190 Ile Asn Phe Asn Lys Phe Leu Leu Gln Val Phe Val Lys Gly Phe Asp 195 200 205 Ser Phe Leu Lys Asp Arg Thr Glu Leu Asn Phe Leu Gln Leu Pro Glu 210 215 220 Leu Gln Gly Asp Gly Thr Arg Gly Asp Asp Leu Glu Ser Leu Asp Lys 225 230 235 240 Leu Gly Ala Val Val Ala Val Asp Leu Lys Leu Asp Ala Thr Gly Ile 245 250 255 Asp Ala Asp Leu Asn Glu Asn Ile Ser Phe Tyr Thr Phe Cys Lys Leu 260 265 270 Leu Asp Ser Asn His Leu Ser Arg Leu Arg Asn Glu Ile Ile Lys Tyr 275 280 285 Gln Ser Ala Asn Ser Asp Phe Ser His Asn Glu Asp Phe Asp Tyr Asp 290 295 300 Arg Ile Ile Ser Ile Ile Glu Leu Cys Met Leu Ser Ala Asp His Val 305 310 315 320 Ser Thr Asn Asp Asn Glu Ser Ile Phe Pro Asn Asn Asp Lys Asp Phe 325 330 335 Ser Gly Ile Arg Pro Tyr Leu Ser Thr Asp Ala Lys Val Glu Thr Phe 340 345 350 Glu Asp Leu Tyr Val His Ser Asp Ala Lys Thr Pro Ile Thr Asn Ala 355 360 365 Thr Met Val Leu Asn Trp Lys Tyr Gly Thr Asp Lys Leu Phe Glu Arg 370 375 380 Leu Met Ile Ser Asp Gln Asp Phe Leu Val Thr Glu Lys Asp Tyr Phe 385 390 395 400 Val Trp Lys Glu Leu Lys Lys Asp Ile Glu Glu Lys Ile Lys Leu Arg 405 410 415 Glu Glu Leu His Ser Leu Trp Val Asn Thr Pro Lys Gly Lys Lys Gly 420 425 430 Ala Lys Lys Lys Asn Gly Arg Glu Thr Thr Gly Glu Phe Ser Glu Glu 435 440 445 Asn Lys Lys Glu Tyr Leu Glu Val Cys Arg Glu Ile Asp Arg Tyr Val 450 455 460 Asn Leu Asp Asn Lys Leu His Phe Val His Leu Lys Arg Met His Ser 465 470 475 480 Leu Leu Ile Glu Leu Leu Gly Arg Phe Val Gly Phe Thr Tyr Leu Phe 485 490 495 Glu Arg Asp Tyr Gln Tyr Tyr His Leu Glu Ile Arg Ser Arg Arg Asn 500 505 510 Lys Asp Ala Gly Val Val Asp Lys Leu Glu Tyr Asn Lys Ile Lys Asp 515 520 525 Gln Asn Lys Tyr Asp Lys Asp Asp Phe Phe Ala Cys Thr Phe Leu Tyr 530 535 540 Glu Lys Ala Asn Lys Val Arg Asn Phe Ile Ala His Phe Asn Tyr Leu 545 550 555 560 Thr Met Trp Asn Ser Pro Gln Glu Glu Glu His Asn Ser Asn Leu Ser 565 570 575 Gly Ala Lys Asn Ser Ser Gly Arg Gln Asn Leu Lys Cys Ser Leu Thr 580 585 590 Glu Leu Ile Asn Glu Leu Arg Glu Val Met Ser Tyr Asp Arg Lys Leu 595 600 605 Lys Asn Ala Val Thr Lys Ala Val Ile Asp Leu Phe Asp Lys His Gly 610 615 620 Met Val Ile Lys Phe Arg Ile Val Asn Asn Asn Asn Asn Asp Asn Lys 625 630 635 640 Asn Lys His His Leu Glu Leu Asp Asp Ile Val Pro Lys Lys Ile Met 645 650 655 His Leu Arg Gly Ile Lys Leu Lys Arg Gln Asp Gly Lys Pro Ile Pro 660 665 670 Ile Gln Thr Asp Ser Val Asp Pro Leu Tyr Cys Arg Met Trp Lys Lys 675 680 685 Leu Leu Asp Leu Lys Pro Thr Pro Phe 690 695 <210> 323 <211> 204 <212> PRT <213> Listeria riparia <400> 323 Met His Asp Ala Trp Ala Glu Asn Pro Lys Lys Pro Gln Ser Asp Ala 1 5 10 15 Phe Leu Lys Glu Tyr Lys Ala Cys Cys Glu Ala Ile Asp Thr Tyr Asn 20 25 30 Trp His Lys Asn Lys Ala Thr Leu Val Tyr Val Asn Glu Leu His His 35 40 45 Leu Leu Ile Asp Ile Leu Gly Arg Leu Val Gly Tyr Val Ala Ile Ala 50 55 60 Asp Arg Asp Phe Gln Cys Met Ala Asn Gln Tyr Leu Lys Ser Ser Gly 65 70 75 80 His Thr Glu Arg Val Asp Ser Trp Ile Asn Thr Ile Arg Lys Asn Arg 85 90 95 Pro Asp Tyr Ile Glu Lys Leu Asp Ile Phe Met Asn Lys Ala Gly Leu 100 105 110 Phe Val Ser Glu Lys Asn Gly Arg Asn Tyr Ile Ala His Leu Asn Tyr 115 120 125 Leu Ser Pro Lys His Lys Tyr Ser Leu Leu Tyr Leu Phe Glu Lys Leu 130 135 140 Arg Glu Met Leu Lys Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr Lys 145 150 155 160 Ser Leu Ile Asp Leu Leu Asp Lys His Gly Met Cys Val Val Phe Ala 165 170 175 Asn Leu Lys Asn Asn Lys His Arg Leu Val Ile Ala Ser Leu Lys Pro 180 185 190 Lys Lys Ile Glu Thr Phe Lys Trp Lys Lys Ile Lys 195 200 <210> 324 <211> 1082 <212> PRT <213> Insolitispirillum peregrinum <400> 324 Met Arg Ile Ile Arg Pro Tyr Gly Ser Ser Thr Val Ala Ser Pro Ser 1 5 10 15 Pro Gln Asp Ala Gln Pro Leu Arg Ser Leu Gln Arg Gln Asn Gly Thr 20 25 30 Phe Asp Val Ala Glu Phe Ser Arg Arg His Pro Glu Leu Val Leu Ala 35 40 45 Gln Trp Val Ala Met Leu Asp Lys Ile Ile Arg Lys Pro Ala Pro Gly 50 55 60 Lys Asn Ser Thr Ala Leu Pro Arg Pro Thr Ala Glu Gln Arg Arg Leu 65 70 75 80 Arg Gln Gln Val Gly Ala Ala Leu Trp Ala Glu Met Gln Arg His Thr 85 90 95 Pro Val Pro Pro Glu Leu Lys Ala Val Trp Asp Ser Lys Val His Pro 100 105 110 Tyr Ser Lys Asp Asn Ala Pro Ala Thr Ala Lys Thr Pro Ser His Arg 115 120 125 Gly Arg Trp Tyr Asp Arg Phe Gly Asp Pro Glu Thr Ser Ala Ala Thr 130 135 140 Val Ala Glu Gly Val Arg Arg His Leu Leu Asp Ser Ala Gln Pro Phe 145 150 155 160 Arg Ala Asn Gly Gly Gln Pro Lys Gly Lys Gly Val Ile Glu His Arg 165 170 175 Ala Leu Thr Ile Gln Asn Gly Thr Leu Leu His His His Gln Ser Glu 180 185 190 Lys Ala Gly Pro Leu Pro Glu Asp Trp Ser Thr Tyr Arg Ala Asp Glu 195 200 205 Leu Val Ser Thr Ile Gly Lys Asp Ala Arg Trp Ile Lys Val Ala Ala 210 215 220 Ser Leu Tyr Gln His Tyr Gly Arg Ile Phe Gly Pro Thr Thr Pro Ile 225 230 235 240 Ser Glu Ala Gln Thr Arg Pro Glu Phe Val Leu His Thr Ala Val Lys 245 250 255 Ala Tyr Tyr Arg Arg Leu Phe Lys Glu Arg Lys Leu Pro Ala Glu Arg 260 265 270 Leu Glu Arg Leu Leu Pro Arg Thr Gly Glu Ala Leu Arg His Ala Val 275 280 285 Thr Val Gln His Gly Asn Arg Ser Leu Ala Asp Ala Val Arg Ile Gly 290 295 300 Lys Ile Leu His Tyr Gly Trp Leu Gln Asn Gly Glu Pro Asp Pro Trp 305 310 315 320 Pro Asp Asp Ala Ala Leu Tyr Ser Ser Arg Tyr Trp Gly Ser Asp Gly 325 330 335 Gln Thr Asp Ile Lys His Ser Glu Ala Val Ser Arg Val Trp Arg Arg 340 345 350 Ala Leu Thr Ala Ala Gln Arg Thr Leu Thr Ser Trp Leu Tyr Pro Ala 355 360 365 Gly Thr Asp Ala Gly Asp Ile Leu Leu Ile Gly Gln Lys Pro Asp Ser 370 375 380 Ile Asp Arg Asn Arg Leu Pro Leu Leu Tyr Gly Asp Ser Thr Arg His 385 390 395 400 Trp Thr Arg Ser Pro Gly Asp Val Trp Leu Phe Leu Lys Gln Thr Leu 405 410 415 Glu Asn Leu Arg Asn Ser Ser Phe His Phe Lys Thr Leu Ser Ala Phe 420 425 430 Thr Ser His Leu Asp Gly Thr Cys Glu Ser Glu Pro Ala Glu Gln Gln 435 440 445 Ala Ala Gln Ala Leu Trp Gln Asp Asp Arg Gln Gln Asp His Gln Gln 450 455 460 Val Phe Leu Ser Leu Arg Ala Leu Asp Ala Thr Thr Tyr Leu Pro Thr 465 470 475 480 Gly Pro Leu His Arg Ile Val Asn Ala Val Gln Ser Thr Asp Ala Thr 485 490 495 Leu Pro Leu Pro Arg Phe Arg Arg Val Val Thr Arg Ala Ala Asn Thr 500 505 510 Arg Leu Lys Gly Phe Pro Val Glu Pro Val Asn Arg Arg Thr Met Glu 515 520 525 Asp Asp Pro Leu Leu Arg Cys Arg Tyr Gly Val Leu Lys Leu Leu Tyr 530 535 540 Glu Arg Gly Phe Arg Ala Trp Leu Glu Thr Arg Pro Ser Ile Ala Ser 545 550 555 560 Cys Leu Asp Gln Ser Leu Lys Arg Ser Thr Lys Ala Ala Gln Thr Ile 565 570 575 Asn Gly Lys Asn Ser Pro Gln Gly Val Glu Ile Leu Ser Arg Ala Thr 580 585 590 Lys Leu Leu Gln Ala Glu Gly Gly Gly Gly His Gly Ile His Asp Leu 595 600 605 Phe Asp Arg Leu Tyr Ala Ala Thr Ala Arg Glu Met Arg Val Gln Val 610 615 620 Gly Tyr His His Asp Ala Glu Ala Ala Arg Gln Gln Ala Glu Phe Ile 625 630 635 640 Glu Asp Leu Lys Cys Glu Val Val Ala Arg Ala Phe Cys Ala Tyr Leu 645 650 655 Lys Thr Leu Gly Ile Gln Gly Asp Thr Phe Arg Arg Gln Pro Glu Pro 660 665 670 Leu Pro Thr Trp Pro Asp Leu Pro Asp Leu Pro Ser Ser Thr Ile Gly 675 680 685 Thr Ala Gln Ala Ala Leu Tyr Ser Val Leu His Leu Met Pro Val Glu 690 695 700 Asp Val Gly Ser Leu Leu His Gln Leu Arg Arg Trp Leu Val Ala Leu 705 710 715 720 Gln Ala Arg Gly Gly Glu Asp Gly Thr Ala Ile Thr Ala Thr Ile Pro 725 730 735 Leu Leu Glu Leu Tyr Leu Asn Arg His Asp Ala Lys Phe Ser Gly Gly 740 745 750 Gly Ala Gly Thr Gly Leu Arg Trp Asp Asp Trp Gln Val Phe Phe Asp 755 760 765 Cys Gln Ala Thr Phe Asp Arg Val Phe Pro Pro Gly Pro Ala Leu Asp 770 775 780 Ser His Arg Leu Pro Leu Arg Gly Leu Arg Glu Val Leu Arg Phe Gly 785 790 795 800 Arg Val Asn Asp Leu Ala Ala Leu Ile Gly Gln Asp Lys Ile Thr Ala 805 810 815 Ala Glu Val Asp Arg Trp His Thr Ala Glu Gln Thr Ile Ala Ala Gln 820 825 830 Gln Gln Arg Arg Glu Ala Leu His Glu Gln Leu Ser Arg Lys Lys Gly 835 840 845 Thr Asp Ala Glu Val Asp Glu Tyr Arg Ala Leu Val Thr Ala Ile Ala 850 855 860 Asp His Arg His Leu Thr Ala His Val Thr Leu Ser Asn Val Val Arg 865 870 875 880 Leu His Arg Leu Met Thr Thr Val Leu Gly Arg Leu Val Asp Tyr Gly 885 890 895 Gly Leu Trp Glu Arg Asp Leu Thr Phe Val Thr Leu Tyr Glu Ala His 900 905 910 Arg Leu Gly Gly Leu Arg Asn Leu Leu Ser Glu Ser Arg Val Asn Lys 915 920 925 Phe Leu Asp Gly Gln Thr Pro Ala Ala Leu Ser Lys Lys Asn Asn Ala 930 935 940 Glu Glu Asn Gly Met Ile Ser Lys Val Leu Gly Asp Lys Ala Arg Arg 945 950 955 960 Gln Ile Arg Asn Asp Phe Ala His Phe Asn Met Leu Gln Gln Gly Lys 965 970 975 Lys Thr Ile Asn Leu Thr Asp Glu Ile Asn Asn Ala Arg Lys Leu Met 980 985 990 Ala His Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Ile Thr Arg Ser Val Thr Thr 995 1000 1005 Leu Leu Gln Gln Asp Gly Leu Asp Ile Val Trp Thr Met Asp Ala 1010 1015 1020 Ser His Arg Leu Thr Asp Ala Lys Ile Asp Ser Arg Asn Ala Ile 1025 1030 1035 His Leu His Lys Thr His Asn Arg Ala Asn Ile Arg Glu Pro Leu 1040 1045 1050 His Gly Lys Ser Tyr Cys Arg Trp Val Ala Ala Leu Phe Gly Ala 1055 1060 1065 Thr Ser Thr Pro Ser Ala Thr Lys Lys Ser Asp Lys Ile Arg 1070 1075 1080 <210> 325 <211> 1001 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Consensus Sequence <220> <221> misc_feature <222> (7)..(9) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (11)..(11) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (14)..(16) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (20)..(20) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (22)..(22) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (29)..(29) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (36)..(36) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (42)..(43) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (48)..(48) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (52)..(53) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (57)..(57) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (59)..(59) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (69)..(71) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (73)..(73) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (75)..(75) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (78)..(79) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (86)..(86) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (89)..(89) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> MISC_FEATURE <222> (90)..(90) <223> "Xaa" at position 90 is Amino Acid code "J" - Leu or Ile <220> <221> misc_feature <222> (101)..(101) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (104)..(104) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (111)..(111) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (116)..(116) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (121)..(121) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (128)..(130) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (133)..(133) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (145)..(145) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (148)..(148) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (167)..(167) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (174)..(174) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (192)..(192) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (194)..(195) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (199)..(199) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (202)..(203) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (206)..(206) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (217)..(219) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (228)..(228) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (233)..(233) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> MISC_FEATURE <222> (236)..(236) <223> "Xaa" at position 90 is Amino Acid code "J" - Leu or Ile <220> <221> misc_feature <222> (243)..(243) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (245)..(245) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (262)..(262) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> MISC_FEATURE <222> (267)..(267) <223> "Xaa" at position 90 is Amino Acid code "J" - Leu or Ile <220> <221> misc_feature <222> (277)..(278) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (282)..(282) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (287)..(287) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (307)..(307) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (314)..(314) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (320)..(321) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (333)..(333) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (343)..(343) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (357)..(357) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (367)..(367) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (371)..(371) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (374)..(375) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (378)..(378) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (392)..(392) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (402)..(402) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (414)..(415) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> MISC_FEATURE <222> (418)..(418) <223> "Xaa" at position 90 is Amino Acid code "J" - Leu or Ile <220> <221> misc_feature <222> (446)..(446) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (448)..(449) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (451)..(451) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (467)..(467) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (489)..(489) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (500)..(500) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (510)..(510) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (514)..(514) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (528)..(529) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (532)..(532) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (539)..(539) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (547)..(548) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (551)..(551) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (553)..(554) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (565)..(565) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (576)..(576) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (587)..(588) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (600)..(600) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (604)..(605) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (622)..(622) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (627)..(627) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (629)..(629) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (655)..(655) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (662)..(662) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (682)..(682) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (686)..(686) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> MISC_FEATURE <222> (688)..(688) <223> "Xaa" at position 90 is Amino Acid code "J" - Leu or Ile <220> <221> misc_feature <222> (691)..(691) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (698)..(698) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (706)..(706) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (723)..(723) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> MISC_FEATURE <222> (737)..(737) <223> "Xaa" at position 90 is Amino Acid code "J" - Leu or Ile <220> <221> misc_feature <222> (738)..(738) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (760)..(761) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (771)..(771) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (773)..(773) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (779)..(779) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (786)..(786) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (790)..(790) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (798)..(798) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (800)..(800) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (834)..(834) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (843)..(843) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (851)..(852) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (866)..(866) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (870)..(870) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (873)..(873) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (877)..(877) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (889)..(889) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (896)..(896) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (916)..(916) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (923)..(923) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (936)..(936) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (962)..(962) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (966)..(966) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (970)..(970) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (985)..(985) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <220> <221> misc_feature <222> (996)..(996) <223> Xaa can be any naturally occurring amino acid <400> 325 Met Lys Ile Ser Lys Val Xaa Xaa Xaa Val Xaa Lys Lys Xaa Xaa Xaa 1 5 10 15 Gly Lys Leu Xaa Lys Xaa Val Asn Glu Arg Asn Arg Xaa Ala Lys Arg 20 25 30 Leu Ser Asn Xaa Leu Asx Lys Tyr Ile Xaa Xaa Ile Asp Lys Ile Xaa 35 40 45 Lys Lys Glu Xaa Xaa Lys Lys Phe Xaa Ala Xaa Glu Glu Ile Thr Leu 50 55 60 Lys Leu Asn Gln Xaa Xaa Xaa Asx Xaa Leu Xaa Lys Ala Xaa Xaa Asp 65 70 75 80 Leu Arg Lys Asp Asn Xaa Tyr Ser Xaa Xaa Lys Lys Ile Leu His Asn 85 90 95 Glu Asp Ile Asn Xaa Glu Glu Xaa Glu Leu Leu Ile Asn Asp Xaa Leu 100 105 110 Glu Lys Leu Xaa Lys Ile Glu Ser Xaa Lys Tyr Ser Tyr Gln Lys Xaa 115 120 125 Xaa Xaa Asn Tyr Xaa Met Ser Val Gln Glu His Ser Lys Lys Ser Ile 130 135 140 Xaa Arg Ile Xaa Glu Ser Ala Lys Arg Asn Lys Glu Ala Leu Asp Lys 145 150 155 160 Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Xaa Leu Asp Pro Arg Met Glu Xaa Leu Ala 165 170 175 Lys Leu Arg Lys Leu Leu Glu Leu Tyr Phe Tyr Phe Lys Asn Asp Xaa 180 185 190 Ile Xaa Xaa Glu Glu Glu Xaa Asn Val Xaa Xaa His Lys Xaa Leu Lys 195 200 205 Glu Asn His Pro Asp Phe Val Glu Xaa Xaa Xaa Asn Lys Glu Asn Ala 210 215 220 Glu Leu Asn Xaa Tyr Ala Ile Glu Xaa Lys Lys Xaa Leu Lys Tyr Tyr 225 230 235 240 Phe Pro Xaa Lys Xaa Ala Lys Asn Ser Asn Asp Lys Ile Phe Glu Lys 245 250 255 Gln Glu Leu Lys Lys Xaa Trp Ile His Gln Xaa Glu Asn Ala Val Glu 260 265 270 Arg Ile Leu Leu Xaa Xaa Gly Lys Val Xaa Tyr Lys Leu Gln Xaa Gly 275 280 285 Tyr Leu Ala Glu Leu Trp Lys Ile Arg Ile Asn Glu Ile Phe Ile Lys 290 295 300 Tyr Ile Xaa Val Gly Lys Ala Val Ala Xaa Phe Ala Leu Arg Asn Xaa 305 310 315 320 Xaa Lys Asx Glu Asn Asp Ile Leu Gly Gly Lys Ile Xaa Lys Lys Leu 325 330 335 Asn Gly Ile Thr Ser Phe Xaa Tyr Glu Lys Ile Lys Ala Glu Glu Ile 340 345 350 Leu Gln Arg Glu Xaa Ala Val Glu Val Ala Phe Ala Ala Asn Xaa Leu 355 360 365 Tyr Ala Xaa Asp Leu Xaa Xaa Ile Arg Xaa Ser Ile Leu Gln Phe Phe 370 375 380 Gly Gly Ala Ser Asn Trp Asp Xaa Phe Leu Phe Phe His Phe Ala Thr 385 390 395 400 Ser Xaa Ile Ser Asp Lys Lys Trp Asn Ala Glu Leu Ile Xaa Xaa Lys 405 410 415 Lys Xaa Gly Leu Val Ile Arg Glu Lys Leu Tyr Ser Asn Asn Val Ala 420 425 430 Met Phe Tyr Ser Lys Asp Asp Leu Glu Lys Leu Leu Asn Xaa Leu Xaa 435 440 445 Xaa Phe Xaa Leu Arg Ala Ser Gln Val Pro Ser Phe Lys Lys Val Tyr 450 455 460 Val Arg Xaa Asx Phe Pro Gln Asn Leu Leu Lys Lys Phe Asn Asp Glu 465 470 475 480 Lys Asp Asp Glu Ala Tyr Ser Ala Xaa Tyr Tyr Leu Leu Lys Glu Ile 485 490 495 Tyr Tyr Asn Xaa Phe Leu Pro Tyr Phe Ser Ala Asn Asn Xaa Phe Phe 500 505 510 Phe Xaa Val Lys Asn Leu Val Leu Lys Ala Asn Lys Asp Lys Phe Xaa 515 520 525 Xaa Ala Phe Xaa Asp Ile Arg Glu Met Asn Xaa Gly Ser Pro Ile Glu 530 535 540 Tyr Leu Xaa Xaa Thr Gln Xaa Asn Xaa Xaa Asn Glu Gly Arg Lys Lys 545 550 555 560 Glu Glu Lys Glu Xaa Asp Phe Ile Lys Phe Leu Leu Gln Ile Phe Xaa 565 570 575 Lys Gly Phe Asp Asp Tyr Leu Lys Asn Asn Xaa Xaa Phe Ile Leu Lys 580 585 590 Phe Ile Pro Glu Pro Thr Glu Xaa Ile Glu Ile Xaa Xaa Glu Leu Gln 595 600 605 Ala Trp Tyr Ile Val Gly Lys Phe Leu Asn Ala Arg Lys Xaa Asn Leu 610 615 620 Leu Gly Xaa Phe Xaa Ser Tyr Leu Lys Leu Leu Asp Asp Ile Glu Leu 625 630 635 640 Arg Ala Leu Arg Asn Glu Asn Ile Lys Tyr Gln Ser Ser Asn Xaa Glu 645 650 655 Lys Glu Val Leu Glu Xaa Cys Leu Glu Leu Ile Gly Leu Leu Ser Leu 660 665 670 Asp Leu Asn Asp Tyr Phe Asx Asp Glu Xaa Asp Phe Ala Xaa Tyr Xaa 675 680 685 Gly Lys Xaa Leu Asp Phe Glu Lys Lys Xaa Met Lys Asp Leu Ala Glu 690 695 700 Leu Xaa Pro Tyr Asp Gln Asn Asp Gly Glu Asn Pro Ile Val Asn Arg 705 710 715 720 Asn Ile Xaa Leu Ala Lys Lys Tyr Gly Thr Leu Asn Leu Leu Glu Lys 725 730 735 Xaa Xaa Asp Lys Val Ser Glu Lys Glu Ile Lys Glu Tyr Tyr Glu Leu 740 745 750 Lys Lys Glu Ile Glu Glu Tyr Xaa Xaa Lys Gly Glu Glu Leu His Glu 755 760 765 Glu Trp Xaa Gln Xaa Lys Asn Arg Val Glu Xaa Arg Asp Ile Leu Glu 770 775 780 Tyr Xaa Glu Glu Leu Xaa Gly Gln Ile Ile Asn Tyr Asn Xaa Leu Xaa 785 790 795 800 Asn Lys Val Leu Leu Tyr Phe Gln Leu Gly Leu His Tyr Leu Leu Leu 805 810 815 Asp Ile Leu Gly Arg Leu Val Gly Tyr Thr Gly Ile Trp Glu Arg Asp 820 825 830 Ala Xaa Leu Tyr Gln Ile Ala Ala Met Tyr Xaa Asn Gly Leu Pro Glu 835 840 845 Tyr Ile Xaa Xaa Lys Lys Asn Asp Lys Tyr Lys Asp Gly Gln Ile Val 850 855 860 Gly Xaa Lys Ile Asn Xaa Phe Lys Xaa Asp Lys Lys Xaa Leu Tyr Asn 865 870 875 880 Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Xaa Asn Glu His Lys Asn Ile Xaa 885 890 895 Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His Phe Asn Tyr Leu Ser Lys Ala Glu Ser 900 905 910 Ser Leu Leu Xaa Tyr Ser Glu Asn Leu Arg Xaa Leu Phe Ser Tyr Asp 915 920 925 Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Xaa Lys Ser Leu Ile Asn Ile Leu Leu 930 935 940 Arg His Gly Met Val Leu Lys Phe Lys Phe Gly Thr Asp Lys Lys Ser 945 950 955 960 Val Xaa Ile Arg Ser Xaa Lys Lys Ile Xaa His Leu Lys Ser Ile Ala 965 970 975 Lys Lys Leu Tyr Tyr Pro Glu Val Xaa Val Ser Lys Glu Tyr Cys Lys 980 985 990 Leu Val Lys Xaa Leu Leu Lys Tyr Lys 995 1000 <210> 326 <211> 1224 <212> PRT <213> Bergeyella zoohelcum <400> 326 Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Pro Phe 1 5 10 15 Lys Pro Gln Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 20 25 30 Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 35 40 45 Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala Ile Phe Lys Glu Asn 50 55 60 Ile Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 65 70 75 80 Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro Ile Lys Glu 85 90 95 Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly Ile Ile Lys Ala Val 100 105 110 Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 115 120 125 Ile Thr Asp Glu Ile Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 130 135 140 Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 145 150 155 160 Ile Leu Lys Lys Ser Ile Glu Lys Gln Leu Asp Ile Leu Cys Gln Lys 165 170 175 Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys Ile Glu Glu Lys Arg 180 185 190 Arg Asn Gln Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 195 200 205 Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu Ile Ala Ala Ile Tyr Asn Asp Ala 210 215 220 Phe Asp Val Tyr Ile Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 225 230 235 240 Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gln Gln Glu Glu Gly Asp 245 250 255 Leu Lys Ile Pro Ile Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 260 265 270 Phe Leu Thr Lys Gln Glu Ile His Ala Phe Lys Ser Lys Ile Ala Gly 275 280 285 Phe Lys Ala Thr Val Ile Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 290 295 300 Ser His Gly Lys Asn Ser Ile Cys Phe Met Ala Thr His Glu Ile Phe 305 310 315 320 Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 325 330 335 Ile Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu Gln Leu Ser Val Tyr Ala 340 345 350 Lys Glu Thr Leu Met Met Gln Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 355 360 365 Asp Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile 370 375 380 Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 385 390 395 400 Met Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu 405 410 415 Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln 420 425 430 Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 435 440 445 Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu Ile Ser Asp Arg Arg Ile Lys Glu Lys 450 455 460 Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 465 470 475 480 Phe Ile Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 485 490 495 Ile Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val 500 505 510 Asn Asp Lys Asp Phe Pro Ile Ala Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys 515 520 525 Gln Pro Val Ala Gly Lys Ile Gly Ile Lys Val Lys Leu Leu Asn Gln 530 535 540 Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gln Leu Lys 545 550 555 560 Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser Ile Gln Asn Ile Ile Glu Glu Ile 565 570 575 Val Pro Ile Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala Ile Val Phe Gly Gly 580 585 590 Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Ile Leu Tyr 595 600 605 Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 610 615 620 Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu Ile Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 625 630 635 640 Ile Val Gly Lys Ile Gln Ala Gln Ile Gln Gln Ile Ile Asp Lys Asp 645 650 655 Thr Asn Ala Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 660 665 670 Ile Asp Lys Glu Lys Leu Ile Lys Asp Leu Lys Gln Glu Gln Asn Ile 675 680 685 Leu Gln Lys Leu Lys Asp Glu Gln Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 690 695 700 Asp Phe Ile Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu Ile Asn Lys Val Arg 705 710 715 720 Asp Arg Asn His Lys Gln Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 725 730 735 Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 740 745 750 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Thr 755 760 765 Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu Gln His Ser Leu Leu Gln Lys 770 775 780 Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 785 790 795 800 Pro Glu Lys Val Phe Gln His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 805 810 815 Gln Gln Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 820 825 830 Leu Glu Tyr Ile Ser Gly Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Ser 835 840 845 Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 850 855 860 Lys Lys Gln Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val Gln Ser 865 870 875 880 Ile Leu Gly Tyr Pro Ile Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 885 890 895 Pro Thr Ile Ile Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 900 905 910 Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe Gln Thr Phe 915 920 925 Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala 930 935 940 Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys Ile Tyr Gln Gln Lys Lys Asn Asp Val 945 950 955 960 Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His Ile Phe Lys Ser Val Phe Lys Gln 965 970 975 Asp Ser Ile Asp Gln Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 980 985 990 Glu Arg Leu Gly Asn Gln Glu Arg Ala Arg Gln Thr Gly Glu Arg Asn 995 1000 1005 Thr Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1010 1015 1020 Gly Lys Ile Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1025 1030 1035 Phe Ile Lys Tyr Glu Tyr Asp Gln Arg Val Gln Ala Phe Leu Lys 1040 1045 1050 Tyr Glu Glu Asn Ile Glu Trp Gln Ala Phe Leu Ile Lys Glu Ser 1055 1060 1065 Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu Ile Glu 1070 1075 1080 Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1085 1090 1095 Leu Ile Glu Glu Tyr Ile Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu Ile 1100 1105 1110 Leu Lys Lys Gly Asp Asn Gln Asn Phe Lys Tyr Tyr Ile Leu Asn 1115 1120 1125 Gly Leu Leu Lys Gln Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1130 1135 1140 Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn Ile Asn Gln 1145 1150 1155 Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln Lys Ala Phe Val Leu 1160 1165 1170 Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys 1175 1180 1185 Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr Gly Lys Ile Glu Lys 1190 1195 1200 Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1205 1210 1215 Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1220 <210> 327 <211> 1126 <212> PRT <213> Prevotella intermedia <400> 327 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Arg Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Glu Glu Gly Glu Ile 35 40 45 Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Thr Thr Leu Lys Asn Thr Trp Asn Glu Ile 50 55 60 Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile Lys His 65 70 75 80 Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr Tyr Arg Leu Asn Pro Thr Asp Thr 85 90 95 Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser 100 105 110 Leu Arg Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 115 120 125 Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 130 135 140 Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asn Ala Ser 145 150 155 160 Ile Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gln Tyr Asn Lys Asp Ile Asn Pro 165 170 175 Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr 180 185 190 Tyr Phe Thr Lys Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln 210 215 220 Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Glu Asn Lys Lys Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Gln Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 275 280 285 Asp Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro Ile Glu Ile Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe 325 330 335 Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 385 390 395 400 Ser Lys Glu Pro Tyr Ile Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 405 410 415 Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys Ile Trp 420 425 430 Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 435 440 445 Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 450 455 460 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 465 470 475 480 Asn Asp Asn Glu Ile Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 485 490 495 Gln Glu Lys His Lys Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Thr Glu 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Gly Glu Ile Lys Ser Ile 515 520 525 Asp Glu Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asp Glu His Lys Val Met 545 550 555 560 Ala Thr Glu Ala Glu Arg Lys Gln Glu Glu Met Leu Val Asp Val Gln 565 570 575 Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gln Ile Asn Glu Glu Ile Glu Asn 580 585 590 Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Lys Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu 610 615 620 Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 625 630 635 640 Leu Gln Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 645 650 655 Pro Tyr Phe Lys Gln Thr Lys Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 660 665 670 Phe Leu Lys Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe 675 680 685 Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 690 695 700 Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro 705 710 715 720 Lys Thr Lys Pro Lys Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 725 730 735 Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Lys 740 745 750 His Arg Glu Asn Ile Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 755 760 765 Ala Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr His Phe Asn Val Gly Asn Ile Asn Lys Pro 785 790 795 800 Asp Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 820 825 830 Asn Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Lys Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 835 840 845 Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Met 850 855 860 Glu Leu Phe Asn Lys Lys Lys Ile Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys Ile 865 870 875 880 Tyr Leu Lys Asn Ile Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr 885 890 895 Glu Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Asn Ile Lys Glu Lys Asn Asn Ile 900 905 910 Leu Asn Arg Ile Met Pro Met Arg Leu Pro Ile Lys Val Tyr Gly Arg 915 920 925 Glu Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys Ile Arg Arg Asn Thr Phe 930 935 940 Phe Thr Val Tyr Ile Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly 945 950 955 960 Asn Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser 965 970 975 Phe Val Lys Thr Pro Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr Ile Ser 980 985 990 Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg Ile 995 1000 1005 Glu Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu Ile Asp 1010 1015 1020 Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe Asn Lys Met Leu Thr 1025 1030 1035 Asp Trp Leu Glu Leu Lys Gly Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln 1040 1045 1050 Asn Asp Val Asp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His 1055 1060 1065 Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn 1070 1075 1080 Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu 1085 1090 1095 Gly Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr Ile Glu 1100 1105 1110 Lys Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 328 <211> 1127 <212> PRT <213> Prevotella buccae <400> 328 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Gln Thr Asp Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu Gln Asn 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Lys Gly Arg Gln Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Gln Asn Asn Ile Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 885 890 895 Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 980 985 990 Leu Glu Glu His Pro Ile Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 329 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 329 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Val Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asp Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Gly Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Ile Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 330 <211> 1115 <212> PRT <213> Bacterioides pyogenes <400> 330 Met Glu Ser Ile Lys Asn Ser Gln Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu Gln 1 5 10 15 Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 20 25 30 Val Arg Lys Val Glu Asn His Ile Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala 35 40 45 Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 50 55 60 Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn 85 90 95 Arg Arg Glu Thr Ala Glu Cys Leu Asp Thr Ile Asp Arg Gln Lys Ile 100 105 110 Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu Gln Asp Ile Arg Asn 115 120 125 Ala Phe Ser His Tyr His Ile Asp Asp Gln Ser Val Lys His Thr Ala 130 135 140 Leu Ile Ile Ser Ser Glu Met His Arg Phe Ile Glu Asn Ala Tyr Ser 145 150 155 160 Phe Ala Leu Gln Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 165 170 175 Thr Asp Phe Leu Gln Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 180 185 190 Ala Ile Gly Gly Asn Glu Gly Ile Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu Ile 195 200 205 Phe Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 210 215 220 Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala 225 230 235 240 Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg Gln Pro His Glu Arg 245 250 255 Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp Ile Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 275 280 285 Asp Gln Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gln Ala His 290 295 300 Ile Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala Ile Asp Asp 305 310 315 320 Pro Phe Glu Met Ile Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 325 330 335 Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr Ile Glu Glu Lys Asn Leu Leu 340 345 350 Pro Phe Ile Arg Phe Arg Ile Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 355 360 365 Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 370 375 380 Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp 385 390 395 400 Ala Val Leu Gln Gln Ile Thr Lys Gly Ile Thr Asp Glu Val Arg Phe 405 410 415 Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala Ile Tyr Asn Asn Lys Ile Gly Phe 420 425 430 Val Arg Thr Ser Gly Ser Asp Lys Ile Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 435 440 445 Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gln Asn Thr Lys 450 455 460 Ser Phe Gly Phe Ile Ser Ile Tyr Asp Leu Arg Lys Ile Leu Leu Leu 465 470 475 480 Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn Ile Val Ser Gly Leu Leu 485 490 495 Glu Gln Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 500 505 510 Ala Ile Arg Thr Glu Leu Gln Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu Ile Arg 515 520 525 Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu 530 535 540 Ala Asp Lys Gln Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 545 550 555 560 Lys Leu Thr Glu Ile Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gln Ile 565 570 575 Pro Arg Arg Met Ile Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 580 585 590 Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 595 600 605 Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Leu 610 615 620 Pro Pro Arg Ile Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp Ile Ile 625 630 635 640 Arg Met Val Ile Asp Gln Gly Val Lys Gln Arg Ile Thr Ser Ala Tyr 645 650 655 Tyr Ser Glu Ile Gln Arg Cys Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 660 665 670 Arg Arg His Leu Asp Ser Ile Ile Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 675 680 685 Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly 690 695 700 His Thr Glu Lys Leu Tyr Gln Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 705 710 715 720 Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 725 730 735 Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys Gln Lys Glu Leu Pro Leu Ile Ile 740 745 750 Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys Gln Arg 755 760 765 Lys Asn Ser His Pro Ile Asp Leu Pro Ser Gln Leu Phe Glu Asn Glu 770 775 780 Ile Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys Ile Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 785 790 795 800 Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 805 810 815 Asn Gly Met Gln Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 820 825 830 Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys 835 840 845 Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu Ile Asp Glu Val Val Arg Gln Lys Ile Ser 850 855 860 Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu Gln Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 865 870 875 880 Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala Ile Asn Glu Lys Glu Tyr Gln Leu 885 890 895 Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 900 905 910 Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gln Leu Asp Leu Asp Lys Ile Asp Asn 915 920 925 Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser Gln Val Ile Gln Leu Glu Gly 930 935 940 Gly Gln Pro Asp Ala Val Ile Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val 945 950 955 960 Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 965 970 975 Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gln Glu Gln Val Glu Met Glu 980 985 990 Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1010 1015 1020 Tyr Glu Glu Ser Gln Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys Ile Asp 1025 1030 1035 Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 1040 1045 1050 Leu Val His Ile Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gln Phe Pro Asp 1055 1060 1065 Leu Glu Ile Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1070 1075 1080 Glu Cys Ile Trp Ser Lys Tyr Lys Ala Ile Ile Cys Arg Ile Ile 1085 1090 1095 Pro Phe Ile Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1100 1105 1110 Gln Lys 1115 <210> 331 <211> 953 <212> PRT <213> Alistipes sp. ZOR0009 <400> 331 Met Ser Asn Glu Ile Gly Ala Phe Arg Glu His Gln Phe Ala Tyr Ala 1 5 10 15 Pro Gly Asn Glu Lys Gln Glu Glu Ala Thr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Leu Ser Asn Val Glu Gly Met Met Phe Gly Glu Val Glu Ser 35 40 45 Asn Pro Asp Lys Ile Glu Lys Ser Leu Asp Thr Leu Pro Pro Ala Ile 50 55 60 Leu Arg Gln Ile Ala Ser Phe Ile Trp Leu Ser Lys Glu Asp His Pro 65 70 75 80 Asp Lys Ala Tyr Ser Thr Glu Glu Val Lys Val Ile Val Thr Asp Leu 85 90 95 Val Arg Arg Leu Cys Phe Tyr Arg Asn Tyr Phe Ser His Cys Phe Tyr 100 105 110 Leu Asp Thr Gln Tyr Phe Tyr Ser Asp Glu Leu Val Asp Thr Thr Ala 115 120 125 Ile Gly Glu Lys Leu Pro Tyr Asn Phe His His Phe Ile Thr Asn Arg 130 135 140 Leu Phe Arg Tyr Ser Leu Pro Glu Ile Thr Leu Phe Arg Trp Asn Glu 145 150 155 160 Gly Glu Arg Lys Tyr Glu Ile Leu Arg Asp Gly Leu Ile Phe Phe Cys 165 170 175 Cys Leu Phe Leu Lys Arg Gly Gln Ala Glu Arg Phe Leu Asn Glu Leu 180 185 190 Arg Phe Phe Lys Arg Thr Asp Glu Glu Gly Arg Ile Lys Arg Thr Ile 195 200 205 Phe Thr Lys Tyr Cys Thr Arg Glu Ser His Lys His Ile Gly Ile Glu 210 215 220 Glu Gln Asp Phe Leu Ile Phe Gln Asp Ile Ile Gly Asp Leu Asn Arg 225 230 235 240 Val Pro Lys Val Cys Asp Gly Val Val Asp Leu Ser Lys Glu Asn Glu 245 250 255 Arg Tyr Ile Lys Asn Arg Glu Thr Ser Asn Glu Ser Asp Glu Asn Lys 260 265 270 Ala Arg Tyr Arg Leu Leu Ile Arg Glu Lys Asp Lys Phe Pro Tyr Tyr 275 280 285 Leu Met Arg Tyr Ile Val Asp Phe Gly Val Leu Pro Cys Ile Thr Phe 290 295 300 Lys Gln Asn Asp Tyr Ser Thr Lys Glu Gly Arg Gly Gln Phe His Tyr 305 310 315 320 Gln Asp Ala Ala Val Ala Gln Glu Glu Arg Cys Tyr Asn Phe Val Val 325 330 335 Arg Asn Gly Asn Val Tyr Tyr Ser Tyr Met Pro Gln Ala Gln Asn Val 340 345 350 Val Arg Ile Ser Glu Leu Gln Gly Thr Ile Ser Val Glu Glu Leu Arg 355 360 365 Asn Met Val Tyr Ala Ser Ile Asn Gly Lys Asp Val Asn Lys Ser Val 370 375 380 Glu Gln Tyr Leu Tyr His Leu His Leu Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Thr 385 390 395 400 Ile Ser Gly Gln Thr Ile Lys Glu Gly Arg Val Asp Val Glu Asp Tyr 405 410 415 Arg Pro Leu Leu Asp Lys Leu Leu Leu Arg Pro Ala Ser Asn Gly Glu 420 425 430 Glu Leu Arg Arg Glu Leu Arg Lys Leu Leu Pro Lys Arg Val Cys Asp 435 440 445 Leu Leu Ser Asn Arg Phe Asp Cys Ser Glu Gly Val Ser Ala Val Glu 450 455 460 Lys Arg Leu Lys Ala Ile Leu Leu Arg His Glu Gln Leu Leu Leu Ser 465 470 475 480 Gln Asn Pro Ala Leu His Ile Asp Lys Ile Lys Ser Val Ile Asp Tyr 485 490 495 Leu Tyr Leu Phe Phe Ser Asp Asp Glu Lys Phe Arg Gln Gln Pro Thr 500 505 510 Glu Lys Ala His Arg Gly Leu Lys Asp Glu Glu Phe Gln Met Tyr His 515 520 525 Tyr Leu Val Gly Asp Tyr Asp Ser His Pro Leu Ala Leu Trp Lys Glu 530 535 540 Leu Glu Ala Ser Gly Arg Leu Lys Pro Glu Met Arg Lys Leu Thr Ser 545 550 555 560 Ala Thr Ser Leu His Gly Leu Tyr Met Leu Cys Leu Lys Gly Thr Val 565 570 575 Glu Trp Cys Arg Lys Gln Leu Met Ser Ile Gly Lys Gly Thr Ala Lys 580 585 590 Val Glu Ala Ile Ala Asp Arg Val Gly Leu Lys Leu Tyr Asp Lys Leu 595 600 605 Lys Glu Tyr Thr Pro Glu Gln Leu Glu Arg Glu Val Lys Leu Val Val 610 615 620 Met His Gly Tyr Ala Ala Ala Ala Thr Pro Lys Pro Lys Ala Gln Ala 625 630 635 640 Ala Ile Pro Ser Lys Leu Thr Glu Leu Arg Phe Tyr Ser Phe Leu Gly 645 650 655 Lys Arg Glu Met Ser Phe Ala Ala Phe Ile Arg Gln Asp Lys Lys Ala 660 665 670 Gln Lys Leu Trp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr Val Glu Asn Ile Lys Thr 675 680 685 Leu Gln Lys Arg Gln Ala Ala Ala Asp Ala Ala Cys Lys Lys Leu Tyr 690 695 700 Asn Leu Val Gly Glu Val Glu Arg Val His Thr Asn Asp Lys Val Leu 705 710 715 720 Val Leu Val Ala Gln Arg Tyr Arg Glu Arg Leu Leu Asn Val Gly Ser 725 730 735 Lys Cys Ala Val Thr Leu Asp Asn Pro Glu Arg Gln Gln Lys Leu Ala 740 745 750 Asp Val Tyr Glu Val Gln Asn Ala Trp Leu Ser Ile Arg Phe Asp Asp 755 760 765 Leu Asp Phe Thr Leu Thr His Val Asn Leu Ser Asn Leu Arg Lys Ala 770 775 780 Tyr Asn Leu Ile Pro Arg Lys His Ile Leu Ala Phe Lys Glu Tyr Leu 785 790 795 800 Asp Asn Arg Val Lys Gln Lys Leu Cys Glu Glu Cys Arg Asn Val Arg 805 810 815 Arg Lys Glu Asp Leu Cys Thr Cys Cys Ser Pro Arg Tyr Ser Asn Leu 820 825 830 Thr Ser Trp Leu Lys Glu Asn His Ser Glu Ser Ser Ile Glu Arg Glu 835 840 845 Ala Ala Thr Met Met Leu Leu Asp Val Glu Arg Lys Leu Leu Ser Phe 850 855 860 Leu Leu Asp Glu Arg Arg Lys Ala Ile Ile Glu Tyr Gly Lys Phe Ile 865 870 875 880 Pro Phe Ser Ala Leu Val Lys Glu Cys Arg Leu Ala Asp Ala Gly Leu 885 890 895 Cys Gly Ile Arg Asn Asp Val Leu His Asp Asn Val Ile Ser Tyr Ala 900 905 910 Asp Ala Ile Gly Lys Leu Ser Ala Tyr Phe Pro Lys Glu Ala Ser Glu 915 920 925 Ala Val Glu Tyr Ile Arg Arg Thr Lys Glu Val Arg Glu Gln Arg Arg 930 935 940 Glu Glu Leu Met Ala Asn Ser Ser Gln 945 950 <210> 332 <211> 1322 <212> PRT <213> Prevotella sp. MA2016 <400> 332 Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gln Glu Lys Lys Arg Arg Leu 1 5 10 15 Gln Lys Ala Asn Phe Ser Ile Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 20 25 30 Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr Ile Asn Tyr 35 40 45 Ile Leu Pro Ile Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gln Ile 50 55 60 Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu Ile Gln Ala Gly Arg Asn Glu 65 70 75 80 Glu Leu Thr Thr Glu Gln Lys Gln Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 85 90 95 Pro Glu Gln Gln Thr Lys Phe Gln Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 100 105 110 Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 115 120 125 Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gln Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 130 135 140 Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp Ile Ile Cys Leu Met 145 150 155 160 Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 165 170 175 Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp Gln Tyr Leu His Gln Glu Met 180 185 190 Ile Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg Ile Leu 195 200 205 Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 210 215 220 Ile Asp His Leu His Gln Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 225 230 235 240 Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 245 250 255 Phe Tyr Phe Lys Ile Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 260 265 270 Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 275 280 285 Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 290 295 300 Pro Tyr Ala Lys Leu Phe Ile Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 305 310 315 320 Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met Ile Met Ser Glu Met Leu Ser Ile 325 330 335 Tyr Arg Ile Arg Thr Pro Arg Leu His Lys Ile Asp Ser His Asp Ser 340 345 350 Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp Ile Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 355 360 365 Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly Gln Pro Phe Phe 370 375 380 His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 385 390 395 400 Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr Ile 405 410 415 Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg Ile Arg Phe Gln Leu Gln Leu Gly 420 425 430 Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys Ile Asp Gly Arg 435 440 445 Val Arg Val Arg Arg Ile Gln Lys Glu Ile Asn Gly Tyr Gly Arg Met 450 455 460 Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu Ile Gln 465 470 475 480 Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr Ile 485 490 495 Asn Leu Asp Gln Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 500 505 510 Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn Ile His Ala Asn Arg Ile Gly Leu 515 520 525 Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys Gln Tyr Lys Val Phe Asp Glu 530 535 540 Asn Gly Met Tyr Ile Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 545 550 555 560 Pro Ile Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 565 570 575 Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gln Gln Asp Asn Glu 580 585 590 Phe Pro Ser Ala Glu Gln Val Ile Ile Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 595 600 605 Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 610 615 620 Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 625 630 635 640 Met Ala Asp Ile Pro Lys Lys Leu Gln Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 645 650 655 Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 660 665 670 Leu Thr Leu Gln His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His Ile Gln Asn Arg 675 680 685 Leu Glu His Tyr Gln Lys Asp Arg Asp Met Ile Gly Asn Lys Asp Asn 690 695 700 Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 705 710 715 720 Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 725 730 735 Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 740 745 750 Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gln Val Pro Glu Glu 755 760 765 Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu Gln Val Leu Ile Asn Ala His Leu 770 775 780 Ile Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe Ile Asn Lys Val Leu Ala Leu 785 790 795 800 Gly Asn Arg Asn Ile Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 805 810 815 Leu Lys His Ile Arg Ser Arg Ile Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 820 825 830 Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe Ile His His Asp Arg Met Arg 835 840 845 Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 850 855 860 Thr Thr Ile Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr Ile Leu Glu 865 870 875 880 Ile Leu Gln Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu Gln Asn Ala Leu 885 890 895 Ser Gln Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 900 905 910 Leu Ile Thr Leu Phe Tyr Gln Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala Gln Pro 915 920 925 Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 930 935 940 Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 945 950 955 960 Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met Ile Pro Leu Phe 965 970 975 Leu Thr Ser Asp Glu Ile Gln Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 980 985 990 Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 995 1000 1005 Thr Asp Ser Gln Gly Asn Thr Ile Trp Lys Arg Arg Ile Tyr Ser 1010 1015 1020 Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1025 1030 1035 Ile Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gln 1040 1045 1050 Asp Lys Ile Ile Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg Gln Met Arg 1055 1060 1065 Asp Glu Leu Leu Gln Arg Met Pro Arg Tyr Ile Arg Asp Ile Lys 1070 1075 1080 Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gln Asp Met Val 1085 1090 1095 Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn Ile Ile Ser Glu 1100 1105 1110 Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gln Met Arg Leu Ser Lys Val 1115 1120 1125 Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gln Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1130 1135 1140 Val Thr Val Gly Glu Thr Thr Ile Tyr Val Glu Gln Glu Asn Met 1145 1150 1155 Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1160 1165 1170 Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn Ile Val Glu Thr Leu Lys Pro 1175 1180 1185 Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val Ile Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1190 1195 1200 Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gln Tyr Arg Ser Thr Ile Phe Met Leu 1205 1210 1215 Ile Gln Ser Ile Glu Asn Leu Ile Ile Thr Asn Asn Ala Val Leu 1220 1225 1230 Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1235 1240 1245 Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu Ile Asn Gln Leu 1250 1255 1260 Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1265 1270 1275 Ile Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn Ile Asp Phe Ser 1280 1285 1290 Leu Ile Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly Ile 1295 1300 1305 Leu Gln His Leu Gln Ser Met Leu Gly Val Glu Ile Thr Lys 1310 1315 1320 <210> 333 <211> 1322 <212> PRT <213> Prevotella sp. MAS016 <400> 333 Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gln Glu Lys Lys Arg Arg Leu 1 5 10 15 Gln Lys Ala Asn Phe Ser Ile Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 20 25 30 Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr Ile Asn Tyr 35 40 45 Ile Leu Pro Ile Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gln Ile 50 55 60 Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu Ile Gln Ala Gly Arg Asn Glu 65 70 75 80 Glu Leu Thr Thr Glu Gln Lys Gln Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 85 90 95 Pro Glu Gln Gln Thr Lys Phe Gln Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 100 105 110 Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 115 120 125 Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gln Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 130 135 140 Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp Ile Ile Cys Leu Met 145 150 155 160 Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 165 170 175 Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp Gln Tyr Leu His Gln Glu Met 180 185 190 Ile Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg Ile Leu 195 200 205 Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 210 215 220 Ile Asp His Leu His Gln Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 225 230 235 240 Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 245 250 255 Phe Tyr Phe Lys Ile Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 260 265 270 Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 275 280 285 Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 290 295 300 Pro Tyr Ala Lys Leu Phe Ile Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 305 310 315 320 Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met Ile Met Ser Glu Met Leu Ser Ile 325 330 335 Tyr Arg Ile Arg Thr Pro Arg Leu His Lys Ile Asp Ser His Asp Ser 340 345 350 Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp Ile Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 355 360 365 Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly Gln Pro Phe Phe 370 375 380 His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 385 390 395 400 Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr Ile 405 410 415 Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg Ile Arg Phe Gln Leu Gln Leu Gly 420 425 430 Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys Ile Asp Gly Arg 435 440 445 Val Arg Val Arg Arg Ile Gln Lys Glu Ile Asn Gly Tyr Gly Arg Met 450 455 460 Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu Ile Gln 465 470 475 480 Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr Ile 485 490 495 Asn Leu Asp Gln Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 500 505 510 Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn Ile His Ala Asn Arg Ile Gly Leu 515 520 525 Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys Gln Tyr Lys Val Phe Asp Glu 530 535 540 Asn Gly Met Tyr Ile Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 545 550 555 560 Pro Ile Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 565 570 575 Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gln Gln Asp Asn Glu 580 585 590 Phe Pro Ser Ala Glu Gln Val Ile Ile Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 595 600 605 Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 610 615 620 Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 625 630 635 640 Met Ala Asp Ile Pro Lys Lys Leu Gln Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 645 650 655 Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 660 665 670 Leu Thr Leu Gln His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His Ile Gln Asn Arg 675 680 685 Leu Glu His Tyr Gln Lys Asp Arg Asp Met Ile Gly Asn Lys Asp Asn 690 695 700 Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 705 710 715 720 Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 725 730 735 Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 740 745 750 Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gln Val Pro Glu Glu 755 760 765 Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu Gln Val Leu Ile Asn Ala His Leu 770 775 780 Ile Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe Ile Asn Lys Val Leu Ala Leu 785 790 795 800 Gly Asn Arg Asn Ile Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 805 810 815 Leu Lys His Ile Arg Ser Arg Ile Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 820 825 830 Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe Ile His His Asp Arg Met Arg 835 840 845 Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 850 855 860 Thr Thr Ile Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr Ile Leu Glu 865 870 875 880 Ile Leu Gln Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu Gln Asn Ala Leu 885 890 895 Ser Gln Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 900 905 910 Leu Ile Thr Leu Phe Tyr Gln Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala Gln Pro 915 920 925 Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 930 935 940 Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 945 950 955 960 Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met Ile Pro Leu Phe 965 970 975 Leu Thr Ser Asp Glu Ile Gln Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 980 985 990 Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 995 1000 1005 Thr Asp Ser Gln Gly Asn Thr Ile Trp Lys Arg Arg Ile Tyr Ser 1010 1015 1020 Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1025 1030 1035 Ile Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gln 1040 1045 1050 Asp Lys Ile Ile Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg Gln Met Arg 1055 1060 1065 Asp Glu Leu Leu Gln Arg Met Pro Arg Tyr Ile Arg Asp Ile Lys 1070 1075 1080 Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gln Asp Met Val 1085 1090 1095 Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn Ile Ile Ser Glu 1100 1105 1110 Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gln Met Arg Leu Ser Lys Val 1115 1120 1125 Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gln Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1130 1135 1140 Val Thr Val Gly Glu Thr Thr Ile Tyr Val Glu Gln Glu Asn Met 1145 1150 1155 Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1160 1165 1170 Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn Ile Val Glu Thr Leu Lys Pro 1175 1180 1185 Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val Ile Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1190 1195 1200 Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gln Tyr Arg Ser Thr Ile Phe Met Leu 1205 1210 1215 Ile Gln Ser Ile Glu Asn Leu Ile Ile Thr Asn Asn Ala Val Leu 1220 1225 1230 Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1235 1240 1245 Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu Ile Asn Gln Leu 1250 1255 1260 Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1265 1270 1275 Ile Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn Ile Asp Phe Ser 1280 1285 1290 Leu Ile Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly Ile 1295 1300 1305 Leu Gln His Leu Gln Ser Met Leu Gly Val Glu Ile Thr Lys 1310 1315 1320 <210> 334 <211> 1095 <212> PRT <213> Riemeralla anatipesifer <400> 334 Met Glu Lys Pro Leu Leu Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 1 5 10 15 Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn Ile Ala Arg His Asn Ala Phe Ile Thr 20 25 30 Ile Cys His Ile Asn Glu Gln Leu Gly Leu Lys Thr Pro Ser Asn Asp 35 40 45 Asp Lys Ile Val Asp Val Val Cys Glu Thr Trp Asn Asn Ile Leu Asn 50 55 60 Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser Gln Leu Thr Glu Leu Ile Leu 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Thr Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 85 90 95 Glu Gly Lys Lys Lys Gly His Gln Lys Glu Gln Gln Lys Glu Lys Glu 100 105 110 Ser Glu Ala Gln Ser Gln Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Lys Leu Ile 115 120 125 Glu Ala Leu Glu Ile Leu Val Asn Gln Leu His Ser Leu Arg Asn Tyr 130 135 140 Tyr Ser His Tyr Lys His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp Ile Phe 145 150 155 160 Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 165 170 175 Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His 180 185 190 Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg 195 200 205 Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 210 215 220 Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 225 230 235 240 Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr 245 250 255 Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 260 265 270 Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 275 280 285 Leu Ser Arg Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn 290 295 300 Lys Lys His Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu 305 310 315 320 Glu Glu Gln Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 325 330 335 Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 340 345 350 Ser Ile Arg Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr 355 360 365 Asp Lys Lys Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 370 375 380 Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro 385 390 395 400 Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 405 410 415 Asn Gln Pro Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp 420 425 430 Asn Lys Ile Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 435 440 445 Leu Glu Ile Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn 450 455 460 Ser Gly Phe Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro 465 470 475 480 Leu Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 485 490 495 Glu Thr Val Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 500 505 510 Arg Ile Asn Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu 515 520 525 Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys 530 535 540 Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile 545 550 555 560 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 565 570 575 Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val 580 585 590 Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala 595 600 605 Tyr Asp Ala Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 610 615 620 Glu Phe Trp Phe Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 625 630 635 640 Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr 645 650 655 Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 660 665 670 Leu Val Asp Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu 675 680 685 Glu Ala Ile Lys Asn Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu 690 695 700 Leu Lys Ile Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 705 710 715 720 Gln Gly Gly Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg 725 730 735 Glu Thr Leu Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu 740 745 750 Ile Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu 755 760 765 Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu 770 775 780 Ser Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His 785 790 795 800 Tyr Glu Tyr Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln 805 810 815 Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 820 825 830 Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln 835 840 845 Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 850 855 860 Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 865 870 875 880 Val Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr 885 890 895 Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 900 905 910 Glu Val Gln Tyr His Lys Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu 915 920 925 Glu His Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 930 935 940 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp 945 950 955 960 Thr Gln Lys His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 965 970 975 Ile Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu 980 985 990 Glu Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn 995 1000 1005 Glu Phe Arg Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1010 1015 1020 Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val 1025 1030 1035 Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala 1040 1045 1050 Leu His Ala Pro Ile Pro Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr 1055 1060 1065 Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly Ile Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val 1070 1075 1080 Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val Lys Ser Gln Ile 1085 1090 1095 <210> 335 <211> 1124 <212> PRT <213> Prevotella aurantiaca <400> 335 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Gly Ser Ile Ser Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Ile Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Glu Ile Arg Glu Ile 35 40 45 Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp Ile Lys Thr Leu Trp Gln Lys Gly 50 55 60 Asn Lys Asp Leu Asn Gln Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys 65 70 75 80 His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp 85 90 95 Lys Lys Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu 100 105 110 Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Asp Lys Leu Gln Glu Ala 115 120 125 Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser Glu Phe Ser Lys Glu Pro 130 135 140 Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Gly Asn 145 150 155 160 Asn Ile Gln Leu Val Ile Asn Asp Tyr Gln His Asn Lys Asp Ile Asn 165 170 175 Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys Tyr 180 185 190 Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 195 200 205 Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln 210 215 220 Lys Leu Asn Gly Phe Lys Asp Asn Leu Glu Asn Lys Lys Lys Met Thr 225 230 235 240 His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Met Pro Lys Leu Arg Leu 245 250 255 Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu 260 265 270 Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Asp Asp 275 280 285 Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asn 290 295 300 Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 305 310 315 320 Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Lys 325 330 335 Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr 340 345 350 Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys 355 360 365 Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro 370 375 380 Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser 385 390 395 400 Asn Lys Arg Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn 405 410 415 Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Gly Asn Lys Glu Ile Trp Pro 420 425 430 Ser Leu Lys Thr Asn Asp Glu Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu 435 440 445 Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu 450 455 460 Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Lys Glu Lys Pro Asn Asn 465 470 475 480 Asp Glu Ile Asn Ala Ser Ile Val Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile 485 490 495 Arg Asn Ile Phe Lys Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn 500 505 510 Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys Tyr Cys Ala Asp Lys Gly Ile Pro Lys 515 520 525 Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys 530 535 540 Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp 545 550 555 560 Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu Glu Lys Gln Thr Gln Lys Glu Lys 565 570 575 Glu Asp Asp Gly Arg Asn Val Lys Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala 580 585 590 Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp 595 600 605 Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 610 615 620 Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Asn Glu Glu Lys Pro 625 630 635 640 Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Glu Ser Asn Asn Pro His 645 650 655 Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Thr 660 665 670 Phe Tyr Tyr Ser Tyr Leu Thr Lys Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu 675 680 685 Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu 690 695 700 Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe 705 710 715 720 Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys 725 730 735 Arg His Gln Asn Asn Ser Lys Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp 740 745 750 Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu 755 760 765 Tyr Phe Lys Asp Lys Glu Glu Asn Phe Lys Glu Asp Thr Gln Lys Glu 770 775 780 Ile Asn Asp Cys Val Gln Pro Phe Tyr Asn Phe Pro Tyr Asn Val Gly 785 790 795 800 Asn Ile His Lys Pro Lys Glu Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg 805 810 815 Ile Glu Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Glu 820 825 830 Lys Ile Lys Ser Lys Lys Leu Thr Glu Lys Asp Lys Glu Glu Phe Arg 835 840 845 Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg 850 855 860 Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Lys Glu Leu 865 870 875 880 Ile Asp Lys Leu Lys Ile Asp Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu Lys Lys 885 890 895 Leu Arg Leu Asn Asn Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn 900 905 910 Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr 915 920 925 Glu Ile Asp Asp Ser His Lys Ile Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr 930 935 940 Ile Tyr Ile Lys Glu Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe 945 950 955 960 Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val 965 970 975 Lys Thr Asn Ser Glu Ala Glu Ser Lys Arg Asn Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Glu Ala Arg Ile Glu Ile 995 1000 1005 Ile Gln Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Lys Leu Ile Asn Lys Tyr 1010 1015 1020 Lys Asp Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Glu Met Leu Asn Ser Trp 1025 1030 1035 Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp 1040 1045 1050 Val Asp Phe Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln 1055 1060 1065 Tyr Pro Met His Asn Lys Ile Glu Phe Ala Asn Ile Lys Pro Phe 1070 1075 1080 Ser Leu Tyr Thr Ala Asn Asn Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly Ile 1085 1090 1095 Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr Lys Glu Thr Thr Asp Lys Ile 1100 1105 1110 Lys Lys Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 <210> 336 <211> 1151 <212> PRT <213> Prevotella saccharolytica <400> 336 Met Glu Asp Lys Pro Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His 1 5 10 15 Asn Val Tyr Leu Thr Val Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Asp Leu Glu 20 25 30 Lys Leu Tyr Asp Glu Gly Lys His Lys Glu Ile Phe Glu Arg Glu Asp 35 40 45 Ile Phe Asn Ile Ser Asp Asp Val Met Asn Asp Ala Asn Ser Asn Gly 50 55 60 Lys Lys Arg Lys Leu Asp Ile Lys Lys Ile Trp Asp Asp Leu Asp Thr 65 70 75 80 Asp Leu Thr Arg Lys Tyr Gln Leu Arg Glu Leu Ile Leu Lys His Phe 85 90 95 Pro Phe Ile Gln Pro Ala Ile Ile Gly Ala Gln Thr Lys Glu Arg Thr 100 105 110 Thr Ile Asp Lys Asp Lys Arg Ser Thr Ser Thr Ser Asn Asp Ser Leu 115 120 125 Lys Gln Thr Gly Glu Gly Asp Ile Asn Asp Leu Leu Ser Leu Ser Asn 130 135 140 Val Lys Ser Met Phe Phe Arg Leu Leu Gln Ile Leu Glu Gln Leu Arg 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Ser His Val Lys His Ser Lys Ser Ala Thr Met Pro Asn 165 170 175 Phe Asp Glu Asp Leu Leu Asn Trp Met Arg Tyr Ile Phe Ile Asp Ser 180 185 190 Val Asn Lys Val Lys Glu Asp Tyr Ser Ser Asn Ser Val Ile Asp Pro 195 200 205 Asn Thr Ser Phe Ser His Leu Ile Tyr Lys Asp Glu Gln Gly Lys Ile 210 215 220 Lys Pro Cys Arg Tyr Pro Phe Thr Ser Lys Asp Gly Ser Ile Asn Ala 225 230 235 240 Phe Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Gln Asp Ser 245 250 255 Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Pro Gly Phe Lys Lys Ala Ser Glu Asn 260 265 270 Tyr Met Lys Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Asn His Ile Leu Leu 275 280 285 Pro Lys Ile Arg Leu Glu Thr Val Tyr Asp Lys Asp Trp Met Leu Leu 290 295 300 Asp Met Leu Asn Glu Val Val Arg Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg 305 310 315 320 Leu Thr Pro Ala Ala Gln Asn Lys Phe Lys Val Pro Glu Lys Ser Ser 325 330 335 Asp Asn Ala Asn Arg Gln Glu Asp Asp Asn Pro Phe Ser Arg Ile Leu 340 345 350 Val Arg His Gln Asn Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Phe Phe Asp 355 360 365 Leu Asn Glu Val Phe Thr Thr Leu Arg Phe Gln Ile Asn Leu Gly Cys 370 375 380 Tyr His Phe Ala Ile Cys Lys Lys Gln Ile Gly Asp Lys Lys Glu Val 385 390 395 400 His His Leu Ile Arg Thr Leu Tyr Gly Phe Ser Arg Leu Gln Asn Phe 405 410 415 Thr Gln Asn Thr Arg Pro Glu Glu Trp Asn Thr Leu Val Lys Thr Thr 420 425 430 Glu Pro Ser Ser Gly Asn Asp Gly Lys Thr Val Gln Gly Val Pro Leu 435 440 445 Pro Tyr Ile Ser Tyr Thr Ile Pro His Tyr Gln Ile Glu Asn Glu Lys 450 455 460 Ile Gly Ile Lys Ile Phe Asp Gly Asp Thr Ala Val Asp Thr Asp Ile 465 470 475 480 Trp Pro Ser Val Ser Thr Glu Lys Gln Leu Asn Lys Pro Asp Lys Tyr 485 490 495 Thr Leu Thr Pro Gly Phe Lys Ala Asp Val Phe Leu Ser Val His Glu 500 505 510 Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Gln Leu Leu Leu Cys Glu Gly Met 515 520 525 Leu Lys Thr Asp Ala Gly Asn Ala Val Glu Lys Val Leu Ile Asp Thr 530 535 540 Arg Asn Ala Ile Phe Asn Leu Tyr Asp Ala Phe Val Gln Glu Lys Ile 545 550 555 560 Asn Thr Ile Thr Asp Leu Glu Asn Tyr Leu Gln Asp Lys Pro Ile Leu 565 570 575 Ile Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Asp Leu Leu Lys Gly His Gln 580 585 590 Arg Asp Met Leu Lys Ala Val Glu Gln Lys Lys Ala Met Leu Ile Lys 595 600 605 Asp Thr Glu Arg Arg Leu Lys Leu Leu Asp Lys Gln Leu Lys Gln Glu 610 615 620 Thr Asp Val Ala Ala Lys Asn Thr Gly Thr Leu Leu Lys Asn Gly Gln 625 630 635 640 Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Lys 645 650 655 Arg Asp Lys Glu Gly Asn Pro Ile Asn Cys Ser Lys Ala Asn Ser Thr 660 665 670 Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ala Phe Ala Phe Tyr Ala Thr Asp Ser 675 680 685 Cys Arg Leu Ser Arg Tyr Phe Thr Gln Leu His Leu Ile His Ser Asp 690 695 700 Asn Ser His Leu Phe Leu Ser Arg Phe Glu Tyr Asp Lys Gln Pro Asn 705 710 715 720 Leu Ile Ala Phe Tyr Ala Ala Tyr Leu Lys Ala Lys Leu Glu Phe Leu 725 730 735 Asn Glu Leu Gln Pro Gln Asn Trp Ala Ser Asp Asn Tyr Phe Leu Leu 740 745 750 Leu Arg Ala Pro Lys Asn Asp Arg Gln Lys Leu Ala Glu Gly Trp Lys 755 760 765 Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Lys Ile Lys Thr 770 775 780 Trp Phe Asn Glu His Lys Thr Ile Val Asp Ile Ser Asp Cys Asp Ile 785 790 795 800 Phe Lys Asn Arg Val Gly Gln Val Ala Arg Leu Ile Pro Val Phe Phe 805 810 815 Asp Lys Lys Phe Lys Asp His Ser Gln Pro Phe Tyr Arg Tyr Asp Phe 820 825 830 Asn Val Gly Asn Val Ser Lys Pro Thr Glu Ala Asn Tyr Leu Ser Lys 835 840 845 Gly Lys Arg Glu Glu Leu Phe Lys Ser Tyr Gln Asn Lys Phe Lys Asn 850 855 860 Asn Ile Pro Ala Glu Lys Thr Lys Glu Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Phe 865 870 875 880 Ser Leu Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys Asn Gln 885 890 895 Asp Ile Leu Ile Trp Leu Met Cys Lys Asn Leu Phe Asp Glu Lys Ile 900 905 910 Lys Pro Lys Lys Asp Ile Leu Glu Pro Arg Ile Ala Val Ser Tyr Ile 915 920 925 Lys Leu Asp Ser Leu Gln Thr Asn Thr Ser Thr Ala Gly Ser Leu Asn 930 935 940 Ala Leu Ala Lys Val Val Pro Met Thr Leu Ala Ile His Ile Asp Ser 945 950 955 960 Pro Lys Pro Lys Gly Lys Ala Gly Asn Asn Glu Lys Glu Asn Lys Glu 965 970 975 Phe Thr Val Tyr Ile Lys Glu Glu Gly Thr Lys Leu Leu Lys Trp Gly 980 985 990 Asn Phe Lys Thr Leu Leu Ala Asp Arg Arg Ile Lys Gly Leu Phe Ser 995 1000 1005 Tyr Ile Glu His Asp Asp Ile Asp Leu Lys Gln His Pro Leu Thr 1010 1015 1020 Lys Arg Arg Val Asp Leu Glu Leu Asp Leu Tyr Gln Thr Cys Arg 1025 1030 1035 Ile Asp Ile Phe Gln Gln Thr Leu Gly Leu Glu Ala Gln Leu Leu 1040 1045 1050 Asp Lys Tyr Ser Asp Leu Asn Thr Asp Asn Phe Tyr Gln Met Leu 1055 1060 1065 Ile Gly Trp Arg Lys Lys Glu Gly Ile Pro Arg Asn Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Asp Thr Asp Phe Leu Lys Asp Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1085 1090 1095 Gln Tyr Pro Asp Ser Lys Lys Ile Ala Phe Arg Arg Ile Arg Lys 1100 1105 1110 Phe Asn Pro Lys Glu Leu Ile Leu Glu Glu Glu Glu Gly Leu Gly 1115 1120 1125 Ile Ala Thr Gln Met Tyr Lys Glu Val Glu Lys Val Val Asn Arg 1130 1135 1140 Ile Lys Arg Ile Glu Leu Phe Asp 1145 1150 <210> 337 <211> 1159 <212> PRT <213> Myroides odoratimimus <400> 337 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 225 230 235 240 Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 245 250 255 Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr 260 265 270 Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 275 280 285 Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 290 295 300 Ile Lys Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 305 310 315 320 Gly Leu Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 325 330 335 Leu Leu Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 340 345 350 Tyr Gln His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp 355 360 365 Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu 370 375 380 Ser Arg Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 385 390 395 400 Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr 405 410 415 Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 420 425 430 Lys Gln Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val 435 440 445 Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 450 455 460 Phe His Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 465 470 475 480 Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 485 490 495 Gln His Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val 500 505 510 Lys Leu Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala 515 520 525 Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 530 535 540 Tyr Asp Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 545 550 555 560 Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met 565 570 575 Asn Asp Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 580 585 590 Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile 595 600 605 Gly Lys Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile 610 615 620 Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 625 630 635 640 Ile Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile 645 650 655 Leu Glu Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 660 665 670 Lys Phe Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn 675 680 685 Ala Glu Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg 690 695 700 Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr 705 710 715 720 Glu Leu Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 725 730 735 Glu Leu Ile Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu 740 745 750 Leu Ile Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 755 760 765 Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg 770 775 780 Val Lys Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 785 790 795 800 Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 805 810 815 Lys Gln Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly 820 825 830 Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys Gln 835 840 845 His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 850 855 860 Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu 865 870 875 880 Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln 885 890 895 Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 900 905 910 Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 915 920 925 Gln Thr Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr 930 935 940 Gln Glu Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln 945 950 955 960 Leu Cys Asp Gly Leu Val His Ile Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp Ile 965 970 975 Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu 980 985 990 Thr Tyr Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 995 1000 1005 Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr 1010 1015 1020 Glu Ser Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile 1025 1030 1035 Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 1040 1045 1050 Gln Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu 1055 1060 1065 Leu Pro Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr 1070 1075 1080 Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala 1085 1090 1095 Gly Glu Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn 1100 1105 1110 Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe 1115 1120 1125 Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 1130 1135 1140 Glu Tyr Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala 1145 1150 1155 Asn <210> 338 <211> 1120 <212> PRT <213> Prevotella intermedia <400> 338 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Arg Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Glu Glu Asp Glu Ile 35 40 45 Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Asn Ser Trp Asn Glu Ile 50 55 60 Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile Lys His 65 70 75 80 Phe Pro Phe Leu Glu Ala Thr Thr Tyr Arg Gln Asn Pro Thr Asp Thr 85 90 95 Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser 100 105 110 Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 115 120 125 Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 130 135 140 Phe Glu Glu Asp Leu Gln Asn Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp Val Ser 145 150 155 160 Ile Gln Phe Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp Ile Asn Pro 165 170 175 Lys Lys Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Arg Lys Gly Lys Phe His 180 185 190 Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Val Gln 210 215 220 Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Lys Ser Tyr Gln Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Val 275 280 285 Asn Arg Lys Lys Phe Tyr Val Ser Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Val Phe 325 330 335 Ala Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Asp Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys Asp Ser Asp Thr Phe Lys Lys 385 390 395 400 Lys Glu Glu Lys Glu Glu Glu Lys Pro Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro 405 410 415 His Tyr His Leu Glu Asn Lys Lys Ile Gly Ile Ala Phe Lys Asn His 420 425 430 Asn Ile Trp Pro Ser Thr Gln Thr Glu Leu Thr Asn Asn Lys Arg Lys 435 440 445 Lys Tyr Asn Leu Gly Thr Ser Ile Lys Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val 450 455 460 His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu 465 470 475 480 Asn Thr Lys Asn Asp Asn Lys Val Gly Gly Lys Lys Glu Thr Lys Lys 485 490 495 Gln Gly Lys His Lys Ile Glu Ala Ile Ile Glu Ser Lys Ile Lys Asp 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Ser Glu 515 520 525 Asp Glu Leu Lys Glu Tyr Leu Lys Gly Lys Asp Ile Lys Ile Val His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asn Glu His Lys Asp Met 545 550 555 560 Ala Glu Lys Ala Glu Ala Lys Gln Glu Lys Met Lys Leu Ala Thr Glu 565 570 575 Asn Arg Leu Lys Thr Leu Asp Lys Gln Leu Lys Gly Lys Ile Gln Asn 580 585 590 Gly Lys Arg Tyr Asn Ser Ala Pro Lys Ser Gly Glu Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Glu Asn 610 615 620 Gly Glu Ser Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 625 630 635 640 Leu Gln Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 645 650 655 Pro Tyr Phe Lys Gln Thr Lys Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 660 665 670 Phe Leu Asn Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Ser Asn Ile Leu Ser Phe 675 680 685 Tyr Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 690 695 700 Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro 705 710 715 720 Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 725 730 735 Leu Pro Arg Gly Phe Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Glu 740 745 750 His Trp Lys Ser Ile Lys Val Asp Asp Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 755 760 765 Ala Lys Val Thr Pro Leu Phe Phe Ser Glu Lys Tyr Lys Asp Ser Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asp Val Asn Lys Pro 785 790 795 800 Lys Glu Glu Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg Ile Glu Leu Trp Asp 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Lys Lys Phe Lys 820 825 830 Glu Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 835 840 845 Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln 850 855 860 Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys 865 870 875 880 Ile Asp Glu Leu Asn Ile Lys Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp 885 890 895 Ile Asn Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg 900 905 910 Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Lys Val Asn Lys Gly 915 920 925 Gly Tyr Ile Ile Lys Asn Lys Pro Leu His Thr Ile Tyr Ile Lys Glu 930 935 940 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 945 950 955 960 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Pro Ser Glu 965 970 975 Ala Glu Ser Glu Ser Asn Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 980 985 990 Leu Gly Lys Tyr Gln Asn Ala Arg Leu Asp Ile Ile Glu Asp Met Leu 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr 1010 1015 1020 Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly Trp Leu Glu Leu Lys Gly 1025 1030 1035 Glu Ala Lys Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr 1040 1045 1050 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1055 1060 1065 Glu Asn Leu Phe Gly Asn Ile Glu Arg Phe Ser Leu Ser Ser Ser 1070 1075 1080 Asn Ile Ile Glu Ser Lys Gly Leu Asp Ile Ala Ala Lys Leu Lys 1085 1090 1095 Glu Glu Val Ser Lys Ala Ala Lys Lys Ile Gln Asn Glu Glu Asp 1100 1105 1110 Asn Lys Lys Glu Lys Glu Thr 1115 1120 <210> 339 <211> 1199 <212> PRT <213> Capnocytophaga canimorsus <400> 339 Met Lys Asn Ile Gln Arg Leu Gly Lys Gly Asn Glu Phe Ser Pro Phe 1 5 10 15 Lys Lys Glu Asp Lys Phe Tyr Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Asn 20 25 30 Asn Asn Ile Glu Asp Phe Phe Lys Glu Ile Ile Thr Arg Phe Gly Ile 35 40 45 Val Ile Thr Asp Glu Asn Lys Lys Pro Lys Glu Thr Phe Gly Glu Lys 50 55 60 Ile Leu Asn Glu Ile Phe Lys Lys Asp Ile Ser Ile Val Asp Tyr Glu 65 70 75 80 Lys Trp Val Asn Ile Phe Ala Asp Tyr Phe Pro Phe Thr Lys Tyr Leu 85 90 95 Ser Leu Tyr Leu Glu Glu Met Gln Phe Lys Asn Arg Val Ile Cys Phe 100 105 110 Arg Asp Val Met Lys Glu Leu Leu Lys Thr Val Glu Ala Leu Arg Asn 115 120 125 Phe Tyr Thr His Tyr Asp His Glu Pro Ile Lys Ile Glu Asp Arg Val 130 135 140 Phe Tyr Phe Leu Asp Lys Val Leu Leu Asp Val Ser Leu Thr Val Lys 145 150 155 160 Asn Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu Phe Leu Asn Gln His 165 170 175 Ile Gly Glu Glu Leu Lys Glu Leu Cys Lys Gln Arg Lys Asp Tyr Leu 180 185 190 Val Gly Lys Gly Lys Arg Ile Asp Lys Glu Ser Glu Ile Ile Asn Gly 195 200 205 Ile Tyr Asn Asn Ala Phe Lys Asp Phe Ile Cys Lys Arg Glu Lys Gln 210 215 220 Asp Asp Lys Glu Asn His Asn Ser Val Glu Lys Ile Leu Cys Asn Lys 225 230 235 240 Glu Pro Gln Asn Lys Lys Gln Lys Ser Ser Ala Thr Val Trp Glu Leu 245 250 255 Cys Ser Lys Ser Ser Ser Lys Tyr Thr Glu Lys Ser Phe Pro Asn Arg 260 265 270 Glu Asn Asp Lys His Cys Leu Glu Val Pro Ile Ser Gln Lys Gly Ile 275 280 285 Val Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Gly Glu Ile Tyr Ala Leu 290 295 300 Thr Ser Asn Ile Lys Gly Phe Lys Ala Lys Ile Thr Lys Glu Glu Pro 305 310 315 320 Val Thr Tyr Asp Lys Asn Ser Ile Arg Tyr Met Ala Thr His Arg Met 325 330 335 Phe Ser Phe Leu Ala Tyr Lys Gly Leu Lys Arg Lys Ile Arg Thr Ser 340 345 350 Glu Ile Asn Tyr Asn Glu Asp Gly Gln Ala Ser Ser Thr Tyr Glu Lys 355 360 365 Glu Thr Leu Met Leu Gln Met Leu Asp Glu Leu Asn Lys Val Pro Asp 370 375 380 Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile Glu 385 390 395 400 Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met 405 410 415 Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp 420 425 430 Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln Phe 435 440 445 Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu Cys Asp Lys 450 455 460 Arg Thr Lys Gln Ile Cys Asp Thr Thr Thr Glu Arg Glu Val Lys Lys 465 470 475 480 Lys Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu Asn Lys Lys Ala 485 490 495 Ile Phe Leu Asn Glu Arg Glu Glu Ile Lys Gly Trp Glu Val Phe Pro 500 505 510 Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val Asn Tyr Lys 515 520 525 Asp Phe Pro Ile Val Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys Gln Pro Val 530 535 540 Ser Asn Lys Ile Gly Ile Arg Val Lys Ile Ala Asp Glu Leu Gln Arg 545 550 555 560 Glu Ile Asp Lys Ala Ile Lys Glu Lys Lys Leu Arg Asn Pro Lys Asn 565 570 575 Arg Lys Ala Asn Gln Asp Glu Lys Gln Lys Glu Arg Leu Val Asn Glu 580 585 590 Ile Val Ser Thr Asn Ser Asn Glu Gln Gly Glu Pro Val Val Phe Ile 595 600 605 Gly Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Val Leu 610 615 620 Tyr Glu Phe Leu Ile Asn Lys Ile Ser Gly Glu Ala Leu Glu Thr Lys 625 630 635 640 Ile Val Glu Lys Ile Glu Thr Gln Ile Lys Gln Ile Ile Gly Lys Asp 645 650 655 Ala Thr Thr Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Thr Asn Ala Asn Ser Asn Ser 660 665 670 Ile Asn Arg Glu Lys Leu Leu Arg Asp Leu Glu Gln Glu Gln Gln Ile 675 680 685 Leu Lys Thr Leu Leu Glu Glu Gln Gln Gln Arg Glu Lys Asp Lys Lys 690 695 700 Asp Lys Lys Ser Lys Arg Lys His Glu Leu Tyr Pro Ser Glu Lys Gly 705 710 715 720 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Lys 725 730 735 Ala Phe Lys Glu Gln Trp Arg Gly Tyr His His Ser Leu Leu Gln Lys 740 745 750 Tyr Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Ser Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 755 760 765 Pro Lys Glu Val Phe Lys His Phe Pro Phe Lys Leu Lys Gly Tyr Phe 770 775 780 Gln Gln Gln Tyr Leu Asn Gln Phe Tyr Thr Asp Tyr Leu Lys Arg Arg 785 790 795 800 Leu Ser Tyr Val Asn Glu Leu Leu Leu Asn Ile Gln Asn Phe Lys Asn 805 810 815 Asp Lys Asp Ala Leu Lys Ala Thr Glu Lys Glu Cys Phe Lys Phe Phe 820 825 830 Arg Lys Gln Asn Tyr Ile Ile Asn Pro Ile Asn Ile Gln Ile Gln Ser 835 840 845 Ile Leu Val Tyr Pro Ile Phe Leu Lys Arg Gly Phe Leu Asp Glu Lys 850 855 860 Pro Thr Met Ile Asp Arg Glu Lys Phe Lys Glu Asn Lys Asp Thr Glu 865 870 875 880 Leu Ala Asp Trp Phe Met His Tyr Lys Asn Tyr Lys Glu Asp Asn Tyr 885 890 895 Gln Lys Phe Tyr Ala Tyr Pro Leu Glu Lys Val Glu Glu Lys Glu Lys 900 905 910 Phe Lys Arg Asn Lys Gln Ile Asn Lys Gln Lys Lys Asn Asp Val Tyr 915 920 925 Thr Leu Met Met Val Glu Tyr Ile Ile Gln Lys Ile Phe Gly Asp Lys 930 935 940 Phe Val Glu Glu Asn Pro Leu Val Leu Lys Gly Ile Phe Gln Ser Lys 945 950 955 960 Ala Glu Arg Gln Gln Asn Asn Thr His Ala Ala Thr Thr Gln Glu Arg 965 970 975 Asn Leu Asn Gly Ile Leu Asn Gln Pro Lys Asp Ile Lys Ile Gln Gly 980 985 990 Lys Ile Thr Val Lys Gly Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn Phe Arg 995 1000 1005 Lys Tyr Glu Ile Asp Gln Arg Val Asn Thr Phe Leu Asp Tyr Glu 1010 1015 1020 Pro Arg Lys Glu Trp Met Ala Tyr Leu Pro Asn Asp Trp Lys Glu 1025 1030 1035 Lys Glu Lys Gln Gly Gln Leu Pro Pro Asn Asn Val Ile Asp Arg 1040 1045 1050 Gln Ile Ser Lys Tyr Glu Thr Val Arg Ser Lys Ile Leu Leu Lys 1055 1060 1065 Asp Val Gln Glu Leu Glu Lys Ile Ile Ser Asp Glu Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Glu His Arg His Asp Leu Lys Gln Gly Lys Tyr Tyr Asn Phe Lys 1085 1090 1095 Tyr Tyr Ile Leu Asn Gly Leu Leu Arg Gln Leu Lys Asn Glu Asn 1100 1105 1110 Val Glu Asn Tyr Lys Val Phe Lys Leu Asn Thr Asn Pro Glu Lys 1115 1120 1125 Val Asn Ile Thr Gln Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln 1130 1135 1140 Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn 1145 1150 1155 Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr 1160 1165 1170 Gly Lys Ile Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu 1175 1180 1185 Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1190 1195 <210> 340 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 340 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Ile Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Ser Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly His Asp Glu Val Ala Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser Tyr Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Arg Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 341 <211> 1090 <212> PRT <213> Prevotella sp. P5-125 <400> 341 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Asn Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met Ile Asn 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Phe Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Ile Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Leu Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 290 295 300 Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Asn Asp Lys Glu Asp Ser Ala Pro Leu Leu Pro Val Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Gln Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Leu Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asp 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Glu Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Ser Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asp Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Asn Arg Asn Tyr Arg 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Gln Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Val Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asp Ile Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser Ile Leu Lys Ile Leu Leu Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asn Ile Asn Lys Glu Gln Ser Asp Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 1055 1060 1065 Ile Lys Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 342 <211> 1150 <212> PRT <213> Flavobacterium branchiphilum <400> 342 Met Glu Asn Leu Asn Lys Ile Leu Asp Lys Glu Asn Glu Ile Cys Ile 1 5 10 15 Ser Lys Ile Phe Asn Thr Lys Gly Ile Ala Ala Pro Ile Thr Glu Lys 20 25 30 Ala Leu Asp Asn Ile Lys Ser Lys Gln Lys Asn Asp Leu Asn Lys Glu 35 40 45 Ala Arg Leu His Tyr Phe Ser Ile Gly His Ser Phe Lys Gln Ile Asp 50 55 60 Thr Lys Lys Val Phe Asp Tyr Val Leu Ile Glu Glu Leu Lys Asp Glu 65 70 75 80 Lys Pro Leu Lys Phe Ile Thr Leu Gln Lys Asp Phe Phe Thr Lys Glu 85 90 95 Phe Ser Ile Lys Leu Gln Lys Leu Ile Asn Ser Ile Arg Asn Ile Asn 100 105 110 Asn His Tyr Val His Asn Phe Asn Asp Ile Asn Leu Asn Lys Ile Asp 115 120 125 Ser Asn Val Phe His Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala Ile Ile 130 135 140 Glu Lys Tyr Tyr Lys Val Asn Lys Lys Tyr Pro Leu Asp Asn Glu Ile 145 150 155 160 Val Leu Phe Leu Lys Glu Leu Phe Ile Lys Asp Glu Asn Thr Ala Leu 165 170 175 Leu Asn Tyr Phe Thr Asn Leu Ser Lys Asp Glu Ala Ile Glu Tyr Ile 180 185 190 Leu Thr Phe Thr Ile Thr Glu Asn Lys Ile Trp Asn Ile Asn Asn Glu 195 200 205 His Asn Ile Leu Asn Ile Glu Lys Gly Lys Tyr Leu Thr Phe Glu Ala 210 215 220 Met Leu Phe Leu Ile Thr Ile Phe Leu Tyr Lys Asn Glu Ala Asn His 225 230 235 240 Leu Leu Pro Lys Leu Tyr Asp Phe Lys Asn Asn Lys Ser Lys Gln Glu 245 250 255 Leu Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys Phe Thr Ser Gln Asp Ile Asp Ala 260 265 270 Glu Glu Gly His Leu Ile Lys Phe Arg Asp Met Ile Gln Tyr Leu Asn 275 280 285 His Tyr Pro Thr Ala Trp Asn Asn Asp Leu Lys Leu Glu Ser Glu Asn 290 295 300 Lys Asn Lys Ile Met Thr Thr Lys Leu Ile Asp Ser Ile Ile Glu Phe 305 310 315 320 Glu Leu Asn Ser Asn Tyr Pro Ser Phe Ala Thr Asp Ile Gln Phe Lys 325 330 335 Lys Glu Ala Lys Ala Phe Leu Phe Ala Ser Asn Lys Lys Arg Asn Gln 340 345 350 Thr Ser Phe Ser Asn Lys Ser Tyr Asn Glu Glu Ile Arg His Asn Pro 355 360 365 His Ile Lys Gln Tyr Arg Asp Glu Ile Ala Ser Ala Leu Thr Pro Ile 370 375 380 Ser Phe Asn Val Lys Glu Asp Lys Phe Lys Ile Phe Val Lys Lys His 385 390 395 400 Val Leu Glu Glu Tyr Phe Pro Asn Ser Ile Gly Tyr Glu Lys Phe Leu 405 410 415 Glu Tyr Asn Asp Phe Thr Glu Lys Glu Lys Glu Asp Phe Gly Leu Lys 420 425 430 Leu Tyr Ser Asn Pro Lys Thr Asn Lys Leu Ile Glu Arg Ile Asp Asn 435 440 445 His Lys Leu Val Lys Ser His Gly Arg Asn Gln Asp Arg Phe Met Asp 450 455 460 Phe Ser Met Arg Phe Leu Ala Glu Asn Asn Tyr Phe Gly Lys Asp Ala 465 470 475 480 Phe Phe Lys Cys Tyr Lys Phe Tyr Asp Thr Gln Glu Gln Asp Glu Phe 485 490 495 Leu Gln Ser Asn Glu Asn Asn Asp Asp Val Lys Phe His Lys Gly Lys 500 505 510 Val Thr Thr Tyr Ile Lys Tyr Glu Glu His Leu Lys Asn Tyr Ser Tyr 515 520 525 Trp Asp Cys Pro Phe Val Glu Glu Asn Asn Ser Met Ser Val Lys Ile 530 535 540 Ser Ile Gly Ser Glu Glu Lys Ile Leu Lys Ile Gln Arg Asn Leu Met 545 550 555 560 Ile Tyr Phe Leu Glu Asn Ala Leu Tyr Asn Glu Asn Val Glu Asn Gln 565 570 575 Gly Tyr Lys Leu Val Asn Asn Tyr Tyr Arg Glu Leu Lys Lys Asp Val 580 585 590 Glu Glu Ser Ile Ala Ser Leu Asp Leu Ile Lys Ser Asn Pro Asp Phe 595 600 605 Lys Ser Lys Tyr Lys Lys Ile Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Asn Tyr 610 615 620 Ala Pro Ala Lys Gln Asp Lys Ala Pro Glu Asn Ala Phe Glu Thr Leu 625 630 635 640 Leu Lys Lys Ala Asp Phe Arg Glu Glu Gln Tyr Lys Lys Leu Leu Lys 645 650 655 Lys Ala Glu His Glu Lys Asn Lys Glu Asp Phe Val Lys Arg Asn Lys 660 665 670 Gly Lys Gln Phe Lys Leu His Phe Ile Arg Lys Ala Cys Gln Met Met 675 680 685 Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Lys Glu Gly Asn Ala Ala Phe 690 695 700 Glu Lys Lys Asp Pro Val Ile Glu Lys Arg Lys Asn Lys Glu His Glu 705 710 715 720 Phe Gly His His Lys Asn Leu Asn Ile Thr Arg Glu Glu Phe Asn Asp 725 730 735 Tyr Cys Lys Trp Met Phe Ala Phe Asn Gly Asn Asp Ser Tyr Lys Lys 740 745 750 Tyr Leu Arg Asp Leu Phe Ser Glu Lys His Phe Phe Asp Asn Gln Glu 755 760 765 Tyr Lys Asn Leu Phe Glu Ser Ser Val Asn Leu Glu Ala Phe Tyr Ala 770 775 780 Lys Thr Lys Glu Leu Phe Lys Lys Trp Ile Glu Thr Asn Lys Pro Thr 785 790 795 800 Asn Asn Glu Asn Arg Tyr Thr Leu Glu Asn Tyr Lys Asn Leu Ile Leu 805 810 815 Gln Lys Gln Val Phe Ile Asn Val Tyr His Phe Ser Lys Tyr Leu Ile 820 825 830 Asp Lys Asn Leu Leu Asn Ser Glu Asn Asn Val Ile Gln Tyr Lys Ser 835 840 845 Leu Glu Asn Val Glu Tyr Leu Ile Ser Asp Phe Tyr Phe Gln Ser Lys 850 855 860 Leu Ser Ile Asp Gln Tyr Lys Thr Cys Gly Lys Leu Phe Asn Lys Leu 865 870 875 880 Lys Ser Asn Lys Leu Glu Asp Cys Leu Leu Tyr Glu Ile Ala Tyr Asn 885 890 895 Tyr Ile Asp Lys Lys Asn Val His Lys Ile Asp Ile Gln Lys Ile Leu 900 905 910 Thr Ser Lys Ile Ile Leu Thr Ile Asn Asp Ala Asn Thr Pro Tyr Lys 915 920 925 Ile Ser Val Pro Phe Asn Lys Leu Glu Arg Tyr Thr Glu Met Ile Ala 930 935 940 Ile Lys Asn Gln Asn Asn Leu Lys Ala Arg Phe Leu Ile Asp Leu Pro 945 950 955 960 Leu Tyr Leu Ser Lys Asn Lys Ile Lys Lys Gly Lys Asp Ser Ala Gly 965 970 975 Tyr Glu Ile Ile Ile Lys Asn Asp Leu Glu Ile Glu Asp Ile Asn Thr 980 985 990 Ile Asn Asn Lys Ile Ile Asn Asp Ser Val Lys Phe Thr Glu Val Leu 995 1000 1005 Met Glu Leu Glu Lys Tyr Phe Ile Leu Lys Asp Lys Cys Ile Leu 1010 1015 1020 Ser Lys Asn Tyr Ile Asp Asn Ser Glu Ile Pro Ser Leu Lys Gln 1025 1030 1035 Phe Ser Lys Val Trp Ile Lys Glu Asn Glu Asn Glu Ile Ile Asn 1040 1045 1050 Tyr Arg Asn Ile Ala Cys His Phe His Leu Pro Leu Leu Glu Thr 1055 1060 1065 Phe Asp Asn Leu Leu Leu Asn Val Glu Gln Lys Phe Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Glu Leu Gln Asn Val Ser Thr Ile Asn Asp Leu Ser Lys Pro Gln 1085 1090 1095 Glu Tyr Leu Ile Leu Leu Phe Ile Lys Phe Lys His Asn Asn Phe 1100 1105 1110 Tyr Leu Asn Leu Phe Asn Lys Asn Glu Ser Lys Thr Ile Lys Asn 1115 1120 1125 Asp Lys Glu Val Lys Lys Asn Arg Val Leu Gln Lys Phe Ile Asn 1130 1135 1140 Gln Val Ile Leu Lys Lys Lys 1145 1150 <210> 343 <211> 1159 <212> PRT <213> Myroides odoratimimus <400> 343 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 225 230 235 240 Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 245 250 255 Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr 260 265 270 Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 275 280 285 Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 290 295 300 Ile Lys Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 305 310 315 320 Gly Leu Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 325 330 335 Leu Leu Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 340 345 350 Tyr Gln His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp 355 360 365 Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu 370 375 380 Ser Arg Val Thr His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 385 390 395 400 Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr 405 410 415 Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 420 425 430 Lys Gln Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val 435 440 445 Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 450 455 460 Phe His Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 465 470 475 480 Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 485 490 495 Gln His Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val 500 505 510 Lys Leu Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala 515 520 525 Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 530 535 540 Tyr Asp Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 545 550 555 560 Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met 565 570 575 Asn Asp Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 580 585 590 Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile 595 600 605 Gly Lys Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile 610 615 620 Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 625 630 635 640 Ile Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile 645 650 655 Leu Glu Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 660 665 670 Lys Phe Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn 675 680 685 Ala Glu Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg 690 695 700 Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Ile 705 710 715 720 Glu Leu Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 725 730 735 Glu Leu Ile Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu 740 745 750 Leu Ile Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 755 760 765 Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg 770 775 780 Val Lys Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 785 790 795 800 Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 805 810 815 Lys Gln Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly 820 825 830 Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys Gln 835 840 845 His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 850 855 860 Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu 865 870 875 880 Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln 885 890 895 Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 900 905 910 Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 915 920 925 Gln Thr Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr 930 935 940 Gln Glu Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln 945 950 955 960 Leu Cys Asp Gly Leu Val His Ile Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp Ile 965 970 975 Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu 980 985 990 Thr Tyr Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 995 1000 1005 Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr 1010 1015 1020 Glu Ser Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile 1025 1030 1035 Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 1040 1045 1050 Gln Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu 1055 1060 1065 Leu Pro Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr 1070 1075 1080 Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala 1085 1090 1095 Gly Glu Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn 1100 1105 1110 Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe 1115 1120 1125 Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 1130 1135 1140 Glu Tyr Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala 1145 1150 1155 Asn <210> 344 <211> 1214 <212> PRT <213> Flavobacterium columnare <400> 344 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Ile Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Ile Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Glu Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Ile Lys Thr Ile Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu Gln Lys Glu Leu Thr 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Arg Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Ser Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Lys Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Ile Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Leu Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Ala Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Glu Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Lys Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Ser His Pro Glu Asp Leu 1055 1060 1065 Glu Ile Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1070 1075 1080 Tyr Ile Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu Ile Ile Asn 1085 1090 1095 Leu Glu Asn Ile Asp Ile Glu Ile Leu Leu Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1100 1105 1110 Asn Thr Glu Glu Leu Lys Glu Lys Ile Lys Asn Met Asp Glu Asp 1115 1120 1125 Glu Lys Ala Lys Ile Ile Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys Ile 1130 1135 1140 Thr Asn Val Leu Ile Lys Lys Ala Leu Val Leu Ile Ile Ile Arg 1145 1150 1155 Asn Lys Met Ala His Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp 1160 1165 1170 Leu Ala Asn Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1175 1180 1185 Thr Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr Ile Thr Lys Glu Leu Trp 1190 1195 1200 Glu Asn Lys Glu Lys Lys Asp Lys Thr Gln Val 1205 1210 <210> 345 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 345 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Ser Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Val Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Ser Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Thr Leu Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 346 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas sp. COT-052OH4946 <400> 346 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Lys Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 347 <211> 1132 <212> PRT <213> Prevotella intermedia <400> 347 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu Asp Asn 1 5 10 15 Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr 20 25 30 Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys Lys 35 40 45 Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile Lys 50 55 60 Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg Leu 65 70 75 80 Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile Tyr 85 90 95 Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln Ala 100 105 110 Lys Ala Gln Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe Leu 115 120 125 Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser 130 135 140 Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys Met 145 150 155 160 Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp Tyr Gln 165 170 175 His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg 180 185 190 Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys Gly Asn 195 200 205 Ile Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 210 215 220 Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn 225 230 235 240 Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg 245 250 255 Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp 260 265 270 Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu 275 280 285 Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 290 295 300 Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn 305 310 315 320 Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 325 330 335 Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu 340 345 350 Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys 355 360 365 Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln 370 375 380 Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys 385 390 395 400 Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr Ile Ser Glu Thr 405 410 415 Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg 420 425 430 Asn Asp Asn Asp Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 435 440 445 Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala 450 455 460 Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 465 470 475 480 Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser Ile Val 485 490 495 Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Ile Tyr Lys Leu Tyr Asp 500 505 510 Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 530 535 540 Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala Lys Arg 545 550 555 560 Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 565 570 575 Glu Lys Gln Thr Gln Gly Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile Arg 580 585 590 Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 595 600 605 Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 610 615 620 Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala 625 630 635 640 Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn 645 650 655 Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 660 665 670 Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr Lys 675 680 685 Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 690 695 700 Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 705 710 715 720 Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr 725 730 735 Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Glu Glu 740 745 750 Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 755 760 765 Ile Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu Tyr 770 775 780 Leu Lys Lys Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro Phe 785 790 795 800 Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro Asp Glu Lys 805 810 815 Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys 820 825 830 Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr 835 840 845 Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp 850 855 860 Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val 865 870 875 880 Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Val Glu Gly 885 890 895 Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp Thr 900 905 910 Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro 915 920 925 Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His Asn Ile 930 935 940 Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Lys Thr 945 950 955 960 Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 965 970 975 Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr Glu Leu 980 985 990 Lys Ser Asn Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu 995 1000 1005 Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu Thr Ile Lys Asp Met Leu Leu Leu 1010 1015 1020 Glu Glu Thr Leu Ile Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr Asp Asn 1025 1030 1035 Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala 1040 1045 1050 Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val 1055 1060 1065 Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile 1070 1075 1080 Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Thr 1085 1090 1095 Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys 1100 1105 1110 Thr His Lys Ile Ile Lys Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile 1115 1120 1125 Glu Thr Lys Glu 1130 <210> 348 <211> 1134 <212> PRT <213> Prevotella intermedia 17 <400> 348 Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu 1 5 10 15 Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 35 40 45 Lys Lys Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala 50 55 60 Ile Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 65 70 75 80 Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala 85 90 95 Ile Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys 100 105 110 Gln Ala Lys Ala Gln Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu 115 120 125 Phe Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 130 135 140 Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys 145 150 155 160 Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp 165 170 175 Tyr Gln His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 180 185 190 Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys 195 200 205 Gly Asn Ile Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu 210 215 220 Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys 225 230 235 240 Asp Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg 245 250 255 Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln 260 265 270 Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys 275 280 285 Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val 290 295 300 Pro Phe Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe 305 310 315 320 Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu 325 330 335 Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile 340 345 350 Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly 355 360 365 Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg 370 375 380 Ile Gln Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala Ile 385 390 395 400 Val Lys Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr Ile Ser 405 410 415 Glu Thr Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg 420 425 430 Phe Arg Asn Asp Asn Asp Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly 435 440 445 Glu Asn Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala 450 455 460 Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr 465 470 475 480 Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser 485 490 495 Ile Val Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Ile Tyr Lys Leu 500 505 510 Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Asp Asp Leu Glu 515 520 525 Lys Tyr Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln 530 535 540 Met Val Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala 545 550 555 560 Lys Arg Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala 565 570 575 Thr Leu Glu Lys Gln Thr Gln Gly Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn 580 585 590 Ile Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp 595 600 605 Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu 610 615 620 Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser 625 630 635 640 Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln 645 650 655 Val Asn Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr 660 665 670 Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu 675 680 685 Thr Lys Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu 690 695 700 Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu 705 710 715 720 Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile 725 730 735 Phe Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser 740 745 750 Glu Glu Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr 755 760 765 Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu 770 775 780 Glu Tyr Leu Lys Lys Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln 785 790 795 800 Pro Phe Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro Asp 805 810 815 Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp 820 825 830 Lys Lys Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys 835 840 845 Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln 850 855 860 Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp 865 870 875 880 Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Val 885 890 895 Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val 915 920 925 Met Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His 930 935 940 Asn Ile Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Lys Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr 980 985 990 Glu Leu Lys Ser Asn Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu 995 1000 1005 Gly Glu Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu Thr Ile Lys Asp Met Leu 1010 1015 1020 Leu Leu Glu Glu Thr Leu Ile Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr 1025 1030 1035 Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp 1040 1045 1050 Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val 1055 1060 1065 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn 1070 1075 1080 Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala 1085 1090 1095 Asp Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp Ile Ala Asn Gln Leu Lys 1100 1105 1110 Asp Lys Thr His Lys Ile Ile Lys Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys 1115 1120 1125 Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1130 <210> 349 <211> 1133 <212> PRT <213> Prevotella intermedia <400> 349 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Ser Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys 35 40 45 Lys Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile 50 55 60 Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg 65 70 75 80 Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile 85 90 95 Tyr Ser Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln 100 105 110 Ala Lys Ala Gln Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe 115 120 125 Leu Glu Lys Leu Gln Glu Thr Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 130 135 140 Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Met Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp Tyr 165 170 175 Gln His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp 180 185 190 Arg Thr Glu Glu Asp Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 195 200 205 Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 210 215 220 Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp 225 230 235 240 Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 245 250 255 Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp 260 265 270 Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser 275 280 285 Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Asp Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 290 295 300 Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys 305 310 315 320 Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 325 330 335 Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp 340 345 350 Leu Gly Thr Phe His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln 355 360 365 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile 370 375 380 Gln Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val 385 390 395 400 Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr Ile Ser Glu 405 410 415 Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe 420 425 430 Arg Asn Asp Asn Asp Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 435 440 445 Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu 450 455 460 Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu 465 470 475 480 Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser Ile 485 490 495 Val Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr 500 505 510 Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys 515 520 525 Tyr Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met 530 535 540 Val Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys 545 550 555 560 Arg Lys Gln Arg Lys Met Val Lys Asp Thr Glu Lys Leu Leu Ala Ala 565 570 575 Leu Glu Lys Gln Thr Gln Glu Lys Thr Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile 580 585 590 Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 595 600 605 Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn 610 615 620 Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu 625 630 635 640 Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val 645 650 655 Asn Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys 660 665 670 Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr 675 680 685 Lys Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys 690 695 700 Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr 705 710 715 720 Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe 725 730 735 Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Lys 740 745 750 Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys 755 760 765 Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu 770 775 780 Asp Leu Lys Lys Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro Asp Glu 805 810 815 Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg Ile Glu Leu Trp Asp Lys Lys 820 825 830 Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu 835 840 845 Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser 850 855 860 Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile 865 870 875 880 Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Val Glu 885 890 895 Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp 900 905 910 Thr Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val Met 915 920 925 Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His Asn 930 935 940 Ile Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Lys 945 950 955 960 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 965 970 975 Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Ala Glu 980 985 990 Leu Lys Ser Asn Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 995 1000 1005 Glu Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu Thr Ile Lys Asp Met Leu Leu 1010 1015 1020 Leu Glu Glu Thr Leu Ile Glu Lys Tyr Lys Asn Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu 1040 1045 1050 Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala 1055 1060 1065 Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg 1070 1075 1080 Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp 1085 1090 1095 Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp 1100 1105 1110 Lys Thr His Lys Ile Ile Lys Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro 1115 1120 1125 Ile Glu Thr Lys Glu 1130 <210> 350 <211> 1127 <212> PRT <213> Prevotella buccae ATCC 33574 <400> 350 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Gln Thr Asp Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu Gln Asn 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Lys Gly Arg Gln Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Gln Asn Asn Ile Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 885 890 895 Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 980 985 990 Leu Glu Glu His Pro Ile Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 351 <211> 1125 <212> PRT <213> Prevotella pallens <400> 351 Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn 1 5 10 15 Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 20 25 30 Asn Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Gly Glu Gly 35 40 45 Glu Ile Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 50 55 60 Glu Ile Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr Gln Arg Asn Ser Ala 85 90 95 Asp Thr Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu 100 105 110 Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp 115 120 125 Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 130 135 140 Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu Gln Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp 145 150 155 160 Ala Ser Ile Gln Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp Ile 165 170 175 Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys 180 185 190 Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Val Gln 210 215 220 Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Gln Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 275 280 285 Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro Ile Glu Ile Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe 325 330 335 Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 385 390 395 400 Ser Lys Glu Pro Tyr Ile Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 405 410 415 Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys Ile Trp 420 425 430 Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 435 440 445 Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 450 455 460 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 465 470 475 480 Asn Asp Asn Glu Ile Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 485 490 495 Gln Glu Lys His Lys Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Thr Glu 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys Ile Asn Ser Ile 515 520 525 Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 545 550 555 560 Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys Gln Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gln 565 570 575 Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gln Ile Asn Glu Glu Ile Glu Asn 580 585 590 Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu 610 615 620 Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met 625 630 635 640 Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 645 650 655 Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 660 665 670 Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 675 680 685 Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 690 695 700 Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys 705 710 715 720 Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 725 730 735 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Glu His 740 745 750 Arg Lys Asn Ile Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 755 760 765 Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val Gln 770 775 780 Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn Ile Asn Lys Pro Asp 785 790 795 800 Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 805 810 815 Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 820 825 830 Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 835 840 845 Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 850 855 860 Leu Phe Asn Lys Lys Lys Ile Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys Ile Tyr 865 870 875 880 Leu Lys Asn Ile Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 885 890 895 Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Ile Ile Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu 900 905 910 Asn Arg Ile Met Pro Met Arg Leu Pro Ile Lys Val Tyr Gly Arg Glu 915 920 925 Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys Ile Arg Arg Asn Thr Phe Phe 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr Ile Ser Lys 980 985 990 Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg Ile Glu 995 1000 1005 Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu Ile Asp Lys 1010 1015 1020 Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1025 1030 1035 Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1040 1045 1050 Asp Val Asp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1055 1060 1065 Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro 1070 1075 1080 Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly 1085 1090 1095 Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr Ile Glu Lys 1100 1105 1110 Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 352 <211> 1157 <212> PRT <213> Myroides odoratimim <400> 352 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Val Pro 1055 1060 1065 Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Ile Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala Gly Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 1145 1150 1155 <210> 353 <211> 1157 <212> PRT <213> Myoides odoratimim <400> 353 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Ile Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Ile Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Gln Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ile Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Leu Pro 1055 1060 1065 Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Met Gln Leu Gly Gln Val Arg Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Pro Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1145 1150 1155 <210> 354 <211> 1224 <212> PRT <213> Bergeyella zoohelcum <400> 354 Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Pro Phe 1 5 10 15 Lys Pro Gln Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 20 25 30 Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 35 40 45 Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala Ile Phe Lys Glu Asn 50 55 60 Ile Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 65 70 75 80 Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro Ile Lys Glu 85 90 95 Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly Ile Ile Lys Ala Val 100 105 110 Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 115 120 125 Ile Thr Asp Glu Ile Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 130 135 140 Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 145 150 155 160 Ile Leu Lys Lys Ser Ile Glu Lys Gln Leu Asp Ile Leu Cys Gln Lys 165 170 175 Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys Ile Glu Glu Lys Arg 180 185 190 Arg Asn Gln Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 195 200 205 Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu Ile Ala Ala Ile Tyr Asn Asp Ala 210 215 220 Phe Asp Val Tyr Ile Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 225 230 235 240 Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gln Gln Glu Glu Gly Asp 245 250 255 Leu Lys Ile Pro Ile Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 260 265 270 Phe Leu Thr Lys Gln Glu Ile His Ala Phe Lys Ser Lys Ile Ala Gly 275 280 285 Phe Lys Ala Thr Val Ile Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 290 295 300 Ser His Gly Lys Asn Ser Ile Cys Phe Met Ala Thr His Glu Ile Phe 305 310 315 320 Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 325 330 335 Ile Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu Gln Leu Ser Val Tyr Ala 340 345 350 Lys Glu Thr Leu Met Met Gln Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 355 360 365 Asp Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile 370 375 380 Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 385 390 395 400 Met Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu 405 410 415 Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln 420 425 430 Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 435 440 445 Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu Ile Ser Asp Arg Arg Ile Lys Glu Lys 450 455 460 Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 465 470 475 480 Phe Ile Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 485 490 495 Ile Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val 500 505 510 Asn Asp Lys Asp Phe Pro Ile Ala Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys 515 520 525 Gln Pro Val Ala Gly Lys Ile Gly Ile Lys Val Lys Leu Leu Asn Gln 530 535 540 Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gln Leu Lys 545 550 555 560 Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser Ile Gln Asn Ile Ile Glu Glu Ile 565 570 575 Val Pro Ile Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala Ile Val Phe Gly Gly 580 585 590 Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Ile Leu Tyr 595 600 605 Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 610 615 620 Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu Ile Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 625 630 635 640 Ile Val Gly Lys Ile Gln Ala Gln Ile Gln Gln Ile Ile Asp Lys Asp 645 650 655 Thr Asn Ala Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 660 665 670 Ile Asp Lys Glu Lys Leu Ile Lys Asp Leu Lys Gln Glu Gln Asn Ile 675 680 685 Leu Gln Lys Leu Lys Asp Glu Gln Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 690 695 700 Asp Phe Ile Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu Ile Asn Lys Val Arg 705 710 715 720 Asp Arg Asn His Lys Gln Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 725 730 735 Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 740 745 750 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Thr 755 760 765 Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu Gln His Ser Leu Leu Gln Lys 770 775 780 Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 785 790 795 800 Pro Glu Lys Val Phe Gln His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 805 810 815 Gln Gln Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 820 825 830 Leu Glu Tyr Ile Ser Gly Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Ser 835 840 845 Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 850 855 860 Lys Lys Gln Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val Gln Ser 865 870 875 880 Ile Leu Gly Tyr Pro Ile Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 885 890 895 Pro Thr Ile Ile Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 900 905 910 Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe Gln Thr Phe 915 920 925 Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala 930 935 940 Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys Ile Tyr Gln Gln Lys Lys Asn Asp Val 945 950 955 960 Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His Ile Phe Lys Ser Val Phe Lys Gln 965 970 975 Asp Ser Ile Asp Gln Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 980 985 990 Glu Arg Leu Gly Asn Gln Glu Arg Ala Arg Gln Thr Gly Glu Arg Asn 995 1000 1005 Thr Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1010 1015 1020 Gly Lys Ile Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1025 1030 1035 Phe Ile Lys Tyr Glu Tyr Asp Gln Arg Val Gln Ala Phe Leu Lys 1040 1045 1050 Tyr Glu Glu Asn Ile Glu Trp Gln Ala Phe Leu Ile Lys Glu Ser 1055 1060 1065 Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu Ile Glu 1070 1075 1080 Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1085 1090 1095 Leu Ile Glu Glu Tyr Ile Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu Ile 1100 1105 1110 Leu Lys Lys Gly Asp Asn Gln Asn Phe Lys Tyr Tyr Ile Leu Asn 1115 1120 1125 Gly Leu Leu Lys Gln Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1130 1135 1140 Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn Ile Asn Gln 1145 1150 1155 Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln Lys Ala Phe Val Leu 1160 1165 1170 Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys 1175 1180 1185 Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr Gly Lys Ile Glu Lys 1190 1195 1200 Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1205 1210 1215 Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1220 <210> 355 <211> 1150 <212> PRT <213> Prevotella saccharolytica <400> 355 Met Met Glu Lys Glu Asn Val Gln Gly Ser His Ile Tyr Tyr Glu Pro 1 5 10 15 Thr Asp Lys Cys Phe Trp Ala Ala Phe Tyr Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Leu Thr Ile Ala His Ile Asn Ser Phe Val Asn Ser Lys Lys 35 40 45 Gly Ile Asn Asn Asp Asp Lys Val Leu Asp Ile Ile Asp Asp Trp Ser 50 55 60 Lys Phe Asp Asn Asp Leu Leu Met Gly Ala Arg Leu Asn Lys Leu Ile 65 70 75 80 Leu Lys His Phe Pro Phe Leu Lys Ala Pro Leu Tyr Gln Leu Ala Lys 85 90 95 Arg Lys Thr Arg Lys Gln Gln Gly Lys Glu Gln Gln Asp Tyr Glu Lys 100 105 110 Lys Gly Asp Glu Asp Pro Glu Val Ile Gln Glu Ala Ile Ala Asn Ala 115 120 125 Phe Lys Met Ala Asn Val Arg Lys Thr Leu His Ala Phe Leu Lys Gln 130 135 140 Leu Glu Asp Leu Arg Asn His Phe Ser His Tyr Asn Tyr Asn Ser Pro 145 150 155 160 Ala Lys Lys Met Glu Val Lys Phe Asp Asp Gly Phe Cys Asn Lys Leu 165 170 175 Tyr Tyr Val Phe Asp Ala Ala Leu Gln Met Val Lys Asp Asp Asn Arg 180 185 190 Met Asn Pro Glu Ile Asn Met Gln Thr Asp Phe Glu His Leu Val Arg 195 200 205 Leu Gly Arg Asn Arg Lys Ile Pro Asn Thr Phe Lys Tyr Asn Phe Thr 210 215 220 Asn Ser Asp Gly Thr Ile Asn Asn Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser 225 230 235 240 Leu Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Lys 245 250 255 Gly Phe Lys Gly Gly Thr Glu Asn Tyr Met Arg Met Thr Asn Glu Val 260 265 270 Phe Cys Arg Asn Arg Met Val Ile Pro Lys Leu Arg Leu Glu Thr Asp 275 280 285 Tyr Asp Asn His Gln Leu Met Phe Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg 290 295 300 Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg Leu Lys Gln Glu Asp Gln Asp Lys 305 310 315 320 Phe Arg Val Pro Ile Glu Phe Leu Asp Glu Asp Asn Glu Ala Asp Asn 325 330 335 Pro Tyr Gln Glu Asn Ala Asn Ser Asp Glu Asn Pro Thr Glu Glu Thr 340 345 350 Asp Pro Leu Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln His Arg Phe Pro Tyr 355 360 365 Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Asn Glu Val Phe Lys Gln Leu Arg 370 375 380 Phe Gln Ile Asn Leu Gly Cys Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asp Lys Thr 385 390 395 400 Ile Gly Glu Arg Thr Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Phe Gly 405 410 415 Phe Asp Arg Leu Gln Asn Phe Ser Val Lys Leu Gln Pro Glu His Trp 420 425 430 Lys Asn Met Val Lys His Leu Asp Thr Glu Glu Ser Ser Asp Lys Pro 435 440 445 Tyr Leu Ser Asp Ala Met Pro His Tyr Gln Ile Glu Asn Glu Lys Ile 450 455 460 Gly Ile His Phe Leu Lys Thr Asp Thr Glu Lys Lys Glu Thr Val Trp 465 470 475 480 Pro Ser Leu Glu Val Glu Glu Val Ser Ser Asn Arg Asn Lys Tyr Lys 485 490 495 Ser Glu Lys Asn Leu Thr Ala Asp Ala Phe Leu Ser Thr His Glu Leu 500 505 510 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Gln Leu Leu Ser Ser Glu Glu Lys Thr 515 520 525 Arg Ala Ala Ala Gly Asp Lys Val Gln Gly Val Leu Gln Ser Tyr Arg 530 535 540 Lys Lys Ile Phe Asp Ile Tyr Asp Asp Phe Ala Asn Gly Thr Ile Asn 545 550 555 560 Ser Met Gln Lys Leu Asp Glu Arg Leu Ala Lys Asp Asn Leu Leu Arg 565 570 575 Gly Asn Met Pro Gln Gln Met Leu Ala Ile Leu Glu His Gln Glu Pro 580 585 590 Asp Met Glu Gln Lys Ala Lys Glu Lys Leu Asp Arg Leu Ile Thr Glu 595 600 605 Thr Lys Lys Arg Ile Gly Lys Leu Glu Asp Gln Phe Lys Gln Lys Val 610 615 620 Arg Ile Gly Lys Arg Arg Ala Asp Leu Pro Lys Val Gly Ser Ile Ala 625 630 635 640 Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Ala Lys Arg Asn 645 650 655 Ala Asp Asn Thr Gly Val Pro Asp Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 660 665 670 Arg Leu Leu Gln Glu Ala Leu Ala Phe Tyr Ser Ala Tyr Lys Asp Arg 675 680 685 Leu Glu Pro Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Gly Gly Thr Asn Pro 690 695 700 His Pro Phe Leu His Arg Val Asp Trp Lys Lys Cys Asn His Leu Leu 705 710 715 720 Ser Phe Tyr His Asp Tyr Leu Glu Ala Lys Glu Gln Tyr Leu Ser His 725 730 735 Leu Ser Pro Ala Asp Trp Gln Lys His Gln His Phe Leu Leu Leu Lys 740 745 750 Val Arg Lys Asp Ile Gln Asn Glu Lys Lys Asp Trp Lys Lys Ser Leu 755 760 765 Val Ala Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr 770 775 780 Glu Ser Ile Lys Thr Trp Phe Ser Thr Asp Ala Asp Lys Val Gln Ile 785 790 795 800 Thr Asp Thr Lys Leu Phe Glu Asn Arg Val Gly Leu Ile Ala Lys Leu 805 810 815 Ile Pro Leu Tyr Tyr Asp Lys Val Tyr Asn Asp Lys Pro Gln Pro Phe 820 825 830 Tyr Gln Tyr Pro Phe Asn Ile Asn Asp Arg Tyr Lys Pro Glu Asp Thr 835 840 845 Arg Lys Arg Phe Thr Ala Ala Ser Ser Lys Leu Trp Asn Glu Lys Lys 850 855 860 Met Leu Tyr Lys Asn Ala Gln Pro Asp Ser Ser Asp Lys Ile Glu Tyr 865 870 875 880 Pro Gln Tyr Leu Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Leu Glu Arg Glu Leu 885 890 895 Arg Met Leu Arg Asn Gln Asp Met Met Val Trp Leu Met Cys Lys Asp 900 905 910 Leu Phe Ala Gln Cys Thr Val Glu Gly Val Glu Phe Ala Asp Leu Lys 915 920 925 Leu Ser Gln Leu Glu Val Asp Val Asn Val Gln Asp Asn Leu Asn Val 930 935 940 Leu Asn Asn Val Ser Ser Met Ile Leu Pro Leu Ser Val Tyr Pro Ser 945 950 955 960 Asp Ala Gln Gly Asn Val Leu Arg Asn Ser Lys Pro Leu His Thr Val 965 970 975 Tyr Val Gln Glu Asn Asn Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys 980 985 990 Ser Leu Leu Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Ala 995 1000 1005 Ala Glu Gly Glu Asp Leu Gln Gln His Pro Leu Thr Lys Asn Arg 1010 1015 1020 Leu Glu Tyr Glu Leu Ser Ile Tyr Gln Thr Met Arg Ile Ser Val 1025 1030 1035 Phe Glu Gln Thr Leu Gln Leu Glu Lys Ala Ile Leu Thr Arg Asn 1040 1045 1050 Lys Thr Leu Cys Gly Asn Asn Phe Asn Asn Leu Leu Asn Ser Trp 1055 1060 1065 Ser Glu His Arg Thr Asp Lys Lys Thr Leu Gln Pro Asp Ile Asp 1070 1075 1080 Phe Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro 1085 1090 1095 Met Ser Thr Asn Thr Val Met Gln Gly Ile Glu Lys Phe Asn Ile 1100 1105 1110 Gln Thr Pro Lys Leu Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly Ile Ala Ser 1115 1120 1125 Gln Leu Ala Lys Lys Thr Lys Asp Ala Ala Ser Arg Leu Gln Asn 1130 1135 1140 Ile Ile Asn Gly Gly Thr Asn 1145 1150 <210> 356 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 356 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln Leu Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asp Thr Leu Asp 530 535 540 Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Thr Leu Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 357 <211> 1115 <212> PRT <213> Bacteroides pyrogenes <400> 357 Met Glu Ser Ile Lys Asn Ser Gln Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu Gln 1 5 10 15 Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 20 25 30 Val Arg Lys Val Glu Asn His Ile Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala 35 40 45 Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 50 55 60 Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn 85 90 95 Arg Arg Glu Thr Thr Glu Cys Leu Asp Thr Ile Asp Arg Gln Lys Ile 100 105 110 Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu Gln Asp Ile Arg Asn 115 120 125 Ala Phe Ser His Tyr His Ile Asp Asp Gln Ser Val Lys His Thr Ala 130 135 140 Leu Ile Ile Ser Ser Glu Met His Arg Phe Ile Glu Asn Ala Tyr Ser 145 150 155 160 Phe Ala Leu Gln Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 165 170 175 Thr Asp Phe Leu Gln Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 180 185 190 Ala Ile Gly Gly Asn Glu Gly Ile Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu Ile 195 200 205 Phe Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 210 215 220 Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala 225 230 235 240 Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg Gln Pro His Glu Arg 245 250 255 Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp Ile Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 275 280 285 Asp Gln Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gln Ala His 290 295 300 Ile Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala Ile Asp Asp 305 310 315 320 Pro Phe Glu Met Ile Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 325 330 335 Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr Ile Glu Glu Lys Asn Leu Leu 340 345 350 Pro Phe Ile Arg Phe Arg Ile Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 355 360 365 Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 370 375 380 Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp 385 390 395 400 Ala Val Leu Gln Gln Ile Thr Lys Gly Ile Thr Asp Glu Val Arg Phe 405 410 415 Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala Ile Tyr Asn Asn Lys Ile Gly Phe 420 425 430 Val Arg Thr Gly Gly Ser Asp Lys Ile Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 435 440 445 Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gln Asn Thr Lys 450 455 460 Ser Phe Gly Phe Ile Ser Ile Tyr Asp Leu Arg Lys Ile Leu Leu Leu 465 470 475 480 Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn Ile Val Ser Gly Leu Leu 485 490 495 Glu Gln Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 500 505 510 Ala Ile Arg Thr Glu Leu Gln Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu Ile Arg 515 520 525 Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu 530 535 540 Ala Asp Lys Gln Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 545 550 555 560 Lys Leu Thr Glu Ile Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gln Ile 565 570 575 Pro Arg Arg Met Ile Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 580 585 590 Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 595 600 605 Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Val 610 615 620 Pro Pro Arg Ile Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp Ile Ile 625 630 635 640 Arg Met Val Ile Asp Gln Gly Val Lys Gln Arg Ile Thr Ser Ala Tyr 645 650 655 Tyr Ser Glu Ile Gln Arg Cys Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 660 665 670 Arg Arg His Leu Asp Ser Ile Ile Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 675 680 685 Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly 690 695 700 His Thr Glu Lys Leu Tyr Gln Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 705 710 715 720 Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 725 730 735 Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys Gln Lys Glu Leu Pro Leu Ile Ile 740 745 750 Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys Gln Arg 755 760 765 Lys Asn Ser His Pro Ile Asp Leu Pro Ser Gln Leu Phe Glu Asn Glu 770 775 780 Ile Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys Ile Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 785 790 795 800 Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 805 810 815 Asn Gly Met Gln Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 820 825 830 Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys 835 840 845 Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu Ile Asp Glu Val Val Arg Gln Lys Ile Ser 850 855 860 Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu Gln Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 865 870 875 880 Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala Ile Asn Glu Lys Glu Tyr Gln Leu 885 890 895 Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 900 905 910 Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gln Leu Asp Leu Asp Lys Ile Asp Asn 915 920 925 Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser Gln Val Ile Gln Leu Glu Gly 930 935 940 Gly Gln Pro Asp Ala Val Ile Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val 945 950 955 960 Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 965 970 975 Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gln Glu Gln Val Glu Met Glu 980 985 990 Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1010 1015 1020 Tyr Glu Glu Ser Gln Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys Ile Asp 1025 1030 1035 Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 1040 1045 1050 Leu Val His Ile Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gln Phe Pro Asp 1055 1060 1065 Leu Glu Ile Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1070 1075 1080 Glu Cys Ile Trp Ser Lys Tyr Lys Ala Ile Ile Cys Arg Ile Ile 1085 1090 1095 Pro Phe Ile Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1100 1105 1110 Gln Lys 1115 <210> 358 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 358 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 359 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 359 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 360 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 360 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Ile Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Ile Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 361 <211> 1125 <212> PRT <213> Prevotella intermedia ZT <400> 361 Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Glu Ser Thr Asn Met Leu 1 5 10 15 Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 35 40 45 Lys Lys Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala 50 55 60 Ile Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 65 70 75 80 Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala 85 90 95 Ile Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys 100 105 110 Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu 115 120 125 Phe Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 130 135 140 Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Glu Gly Leu Leu Glu 145 150 155 160 Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp 165 170 175 Tyr Gln His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 180 185 190 Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn 195 200 205 Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 210 215 220 Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Thr Gly Phe Lys Asp Asn 225 230 235 240 Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Arg Arg 245 250 255 Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp 260 265 270 Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu 275 280 285 Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 290 295 300 Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn 305 310 315 320 Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 325 330 335 Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu 340 345 350 Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys 355 360 365 Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln 370 375 380 Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val Lys 385 390 395 400 Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr Ile Ser Glu Thr 405 410 415 Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg 420 425 430 Asn Gly Asn Lys Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 435 440 445 Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Pro Tyr Gln Ala Glu Ala 450 455 460 Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 465 470 475 480 Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser Ile Val 485 490 495 Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr Asp 500 505 510 Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Gly Asp Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 530 535 540 Ala Ile Leu Tyr Asp Glu Pro Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg 545 550 555 560 Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 565 570 575 Glu Lys Gln Thr Gln Glu Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile Arg 580 585 590 Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 595 600 605 Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 610 615 620 Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala 625 630 635 640 Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn 645 650 655 Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 660 665 670 Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Thr Lys 675 680 685 Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 690 695 700 Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 705 710 715 720 Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr 725 730 735 Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Lys Glu 740 745 750 Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 755 760 765 Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala Gln Lys 770 775 780 Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val 785 790 795 800 Gly Asn Ile His Lys Pro Asp Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu 805 810 815 Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys 820 825 830 Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr 835 840 845 Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 850 855 860 Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu 865 870 875 880 Leu Ile Asp Lys Met Lys Val Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Gln 885 890 895 Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys 900 905 910 Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile Met Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val 915 920 925 Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His Asn Ile Val Lys Asp Arg Pro Leu His 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Lys Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Ser Ser Lys Ala Glu Leu Lys Asp Lys Pro Ile Ser Lys 980 985 990 Ser Val Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu 995 1000 1005 Thr Ile Lys Asp Met Leu Leu Leu Glu Lys Thr Leu Ile Lys Lys 1010 1015 1020 Tyr Glu Lys Leu Pro Thr Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly 1025 1030 1035 Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ser Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn 1040 1045 1050 Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1055 1060 1065 Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro 1070 1075 1080 Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Ile Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp 1085 1090 1095 Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Ile Ile Lys Lys 1100 1105 1110 Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 362 <211> 1161 <212> PRT <213> Bacterioides bacterium <400> 362 Met Glu Asn Gln Thr Gln Lys Gly Lys Gly Ile Tyr Tyr Tyr Tyr Thr 1 5 10 15 Lys Asn Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Ala Asn 20 25 30 Asn Asn Ile Glu Gln Ile Ile Glu Glu Phe Arg Ile Arg Leu Ser Leu 35 40 45 Lys Asp Glu Lys Asn Ile Lys Glu Ile Ile Asn Asn Tyr Phe Thr Asp 50 55 60 Lys Lys Ser Tyr Thr Asp Trp Glu Arg Gly Ile Asn Ile Leu Lys Glu 65 70 75 80 Tyr Leu Pro Val Ile Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ile Thr Asp Lys Glu 85 90 95 Phe Glu Lys Ile Asp Leu Lys Gln Lys Glu Thr Ala Lys Arg Lys Tyr 100 105 110 Phe Arg Thr Asn Phe Ser Leu Leu Ile Asp Thr Ile Ile Asp Leu Arg 115 120 125 Asn Phe Tyr Thr His Tyr Phe His Lys Pro Ile Ser Ile Asn Pro Asp 130 135 140 Val Ala Lys Phe Leu Asp Lys Asn Leu Leu Asn Val Cys Leu Asp Ile 145 150 155 160 Lys Lys Gln Lys Met Lys Thr Asp Lys Thr Lys Gln Ala Leu Lys Asp 165 170 175 Gly Leu Asp Lys Glu Leu Lys Lys Leu Ile Glu Leu Lys Lys Ala Glu 180 185 190 Leu Lys Glu Lys Lys Ile Lys Thr Trp Asn Ile Thr Glu Asn Val Glu 195 200 205 Gly Ala Val Tyr Asn Asp Ala Phe Asn His Met Val Tyr Lys Asn Asn 210 215 220 Ala Gly Val Thr Ile Leu Lys Asp Tyr His Lys Ser Ile Leu Pro Asp 225 230 235 240 Asp Lys Ile Asp Ser Glu Leu Lys Leu Asn Phe Ser Ile Ser Gly Leu 245 250 255 Val Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Ser Lys Lys Glu Ile Glu Gln Phe 260 265 270 Lys Ser Asn Leu Glu Gly Phe Lys Gly Lys Val Ile Gly Glu Asn Gly 275 280 285 Glu Tyr Glu Ile Ser Lys Phe Asn Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr 290 295 300 His Trp Ile Phe Ser Tyr Leu Thr Phe Lys Gly Leu Lys Gln Arg Val 305 310 315 320 Lys Asn Thr Phe Asp Lys Glu Thr Leu Leu Met Gln Met Ile Asp Glu 325 330 335 Leu Asn Lys Val Pro His Glu Val Tyr Gln Thr Leu Ser Lys Glu Gln 340 345 350 Gln Asn Glu Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Val Gln Asp Asn Glu 355 360 365 Glu Asn Lys Lys Ser Met Glu Asn Ser Ile Val Val His Pro Val Ile 370 375 380 Arg Lys Arg Tyr Asp Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu 385 390 395 400 Asp Glu Phe Ala Asn Phe Pro Thr Leu Lys Phe Phe Val Thr Ala Gly 405 410 415 Asn Phe Val His Asp Lys Arg Glu Lys Gln Ile Gln Gly Ser Met Leu 420 425 430 Thr Ser Asp Arg Met Ile Lys Glu Lys Ile Asn Val Phe Gly Lys Leu 435 440 445 Thr Glu Ile Ala Lys Tyr Lys Ser Asp Tyr Phe Ser Asn Glu Asn Thr 450 455 460 Leu Glu Thr Ser Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Leu Leu 465 470 475 480 Ile Gln Asn Asn Ile Pro Val His Ile Asp Leu Ile His Asn Thr Glu 485 490 495 Glu Ala Lys Gln Cys Gln Ile Ala Ile Asp Arg Ile Lys Cys Thr Thr 500 505 510 Asn Pro Ala Lys Lys Arg Asn Thr Arg Lys Ser Lys Glu Glu Ile Ile 515 520 525 Lys Ile Ile Tyr Gln Lys Asn Lys Asn Ile Lys Tyr Gly Asp Pro Thr 530 535 540 Ala Leu Leu Ser Ser Asn Glu Leu Pro Ala Leu Ile Tyr Glu Leu Leu 545 550 555 560 Val Asn Lys Lys Ser Gly Lys Glu Leu Glu Asn Ile Ile Val Glu Lys 565 570 575 Ile Val Asn Gln Tyr Lys Thr Ile Ala Gly Phe Glu Lys Gly Gln Asn 580 585 590 Leu Ser Asn Ser Leu Ile Thr Lys Lys Leu Lys Lys Ser Glu Pro Asn 595 600 605 Glu Asp Lys Ile Asn Ala Glu Lys Ile Ile Leu Ala Ile Asn Arg Glu 610 615 620 Leu Glu Ile Thr Glu Asn Lys Leu Asn Ile Ile Lys Asn Asn Arg Ala 625 630 635 640 Glu Phe Arg Thr Gly Ala Lys Arg Lys His Ile Phe Tyr Ser Lys Glu 645 650 655 Leu Gly Gln Glu Ala Thr Trp Ile Ala Tyr Asp Leu Lys Arg Phe Met 660 665 670 Pro Glu Ala Ser Arg Lys Glu Trp Lys Gly Phe His His Ser Glu Leu 675 680 685 Gln Lys Phe Leu Ala Phe Tyr Asp Arg Asn Lys Asn Asp Ala Lys Ala 690 695 700 Leu Leu Asn Met Phe Trp Asn Phe Asp Asn Asp Gln Leu Ile Gly Asn 705 710 715 720 Asp Leu Asn Ser Ala Phe Arg Glu Phe His Phe Asp Lys Phe Tyr Glu 725 730 735 Lys Tyr Leu Ile Lys Arg Asp Glu Ile Leu Glu Gly Phe Lys Ser Phe 740 745 750 Ile Ser Asn Phe Lys Asp Glu Pro Lys Leu Leu Lys Lys Gly Ile Lys 755 760 765 Asp Ile Tyr Arg Val Phe Asp Lys Arg Tyr Tyr Ile Ile Lys Ser Thr 770 775 780 Asn Ala Gln Lys Glu Gln Leu Leu Ser Lys Pro Ile Cys Leu Pro Arg 785 790 795 800 Gly Ile Phe Asp Asn Lys Pro Thr Tyr Ile Glu Gly Val Lys Val Glu 805 810 815 Ser Asn Ser Ala Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Gln Tyr Thr Tyr Ser Asp 820 825 830 Lys His Glu Phe Gln Ser Phe Tyr Asp Met Pro Arg Asp Tyr Lys Glu 835 840 845 Gln Phe Glu Lys Phe Glu Leu Asn Asn Ile Lys Ser Ile Gln Asn Lys 850 855 860 Lys Asn Leu Asn Lys Ser Asp Lys Phe Ile Tyr Phe Arg Tyr Lys Gln 865 870 875 880 Asp Leu Lys Ile Lys Gln Ile Lys Ser Gln Asp Leu Phe Ile Lys Leu 885 890 895 Met Val Asp Glu Leu Phe Asn Val Val Phe Lys Asn Asn Ile Glu Leu 900 905 910 Asn Leu Lys Lys Leu Tyr Gln Thr Ser Asp Glu Arg Phe Lys Asn Gln 915 920 925 Leu Ile Ala Asp Val Gln Lys Asn Arg Glu Lys Gly Asp Thr Ser Asp 930 935 940 Asn Lys Met Asn Glu Asn Phe Ile Trp Asn Met Thr Ile Pro Leu Ser 945 950 955 960 Leu Cys Asn Gly Gln Ile Glu Glu Pro Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile 965 970 975 Gly Lys Phe Arg Lys Leu Glu Thr Asp Asp Lys Val Ile Gln Leu Leu 980 985 990 Glu Tyr Asp Lys Ser Lys Val Trp Lys Lys Leu Glu Ile Glu Asp Glu 995 1000 1005 Leu Glu Asn Met Pro Asn Ser Tyr Glu Arg Ile Arg Arg Glu Lys 1010 1015 1020 Leu Leu Lys Gly Ile Gln Glu Phe Glu His Phe Leu Leu Glu Lys 1025 1030 1035 Glu Lys Phe Asp Gly Ile Asn His Pro Lys His Phe Glu Gln Asp 1040 1045 1050 Leu Asn Pro Asn Phe Lys Thr Tyr Val Ile Asn Gly Val Leu Arg 1055 1060 1065 Lys Asn Ser Lys Leu Asn Tyr Thr Glu Ile Asp Lys Leu Leu Asp 1070 1075 1080 Leu Glu His Ile Ser Ile Lys Asp Ile Glu Thr Ser Ala Lys Glu 1085 1090 1095 Ile His Leu Ala Tyr Phe Leu Ile His Val Arg Asn Lys Phe Gly 1100 1105 1110 His Asn Gln Leu Pro Lys Leu Glu Ala Phe Glu Leu Met Lys Lys 1115 1120 1125 Tyr Tyr Lys Lys Asn Asn Glu Glu Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe His 1130 1135 1140 Lys Val Ser Ser Gln Ile Val Asn Glu Phe Lys Asn Ser Leu Glu 1145 1150 1155 Lys His Ser 1160 <210> 363 <211> 1165 <212> PRT <213> Chryseobacterium jejuense <400> 363 Met Glu Lys Thr Gln Thr Gly Leu Gly Ile Tyr Tyr Asp His Thr Lys 1 5 10 15 Leu Gln Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Phe Asn Leu Ala Gln Asn 20 25 30 Asn Ile Asp Asn Val Ile Lys Ala Phe Ile Ile Lys Phe Phe Pro Glu 35 40 45 Arg Lys Asp Lys Asp Ile Asn Ile Ala Gln Phe Leu Asp Ile Cys Phe 50 55 60 Lys Asp Asn Asp Ala Asp Ser Asp Phe Gln Lys Lys Asn Lys Phe Leu 65 70 75 80 Arg Ile His Phe Pro Val Ile Gly Phe Leu Thr Ser Asp Asn Asp Lys 85 90 95 Ala Gly Phe Lys Lys Lys Phe Ala Leu Leu Leu Lys Thr Ile Ser Glu 100 105 110 Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Ser Ile Glu Phe Pro 115 120 125 Ser Glu Leu Phe Glu Leu Leu Asp Asp Ile Phe Val Lys Thr Thr Ser 130 135 140 Glu Ile Lys Lys Leu Lys Lys Lys Asp Asp Lys Thr Gln Gln Leu Leu 145 150 155 160 Asn Lys Asn Leu Ser Glu Glu Tyr Asp Ile Arg Tyr Gln Gln Gln Ile 165 170 175 Glu Arg Leu Lys Glu Leu Lys Ala Gln Gly Lys Arg Val Ser Leu Thr 180 185 190 Asp Glu Thr Ala Ile Arg Asn Gly Val Phe Asn Ala Ala Phe Asn His 195 200 205 Leu Ile Tyr Arg Asp Gly Glu Asn Val Lys Pro Ser Arg Leu Tyr Gln 210 215 220 Ser Ser Tyr Ser Glu Pro Asp Pro Ala Glu Asn Gly Ile Ser Leu Ser 225 230 235 240 Gln Asn Ser Ile Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Glu Arg Lys Glu 245 250 255 Thr Glu Asp Leu Lys Ser Arg Val Lys Gly Phe Lys Ala Lys Ile Ile 260 265 270 Lys Gln Gly Glu Glu Gln Ile Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His 275 280 285 Trp Val Phe Ser Tyr Leu Cys Phe Lys Gly Ile Lys Gln Lys Leu Ser 290 295 300 Thr Glu Phe His Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Ile Ile Asp Glu Leu 305 310 315 320 Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Ser Ala Phe Asp Ser Lys Thr Lys 325 330 335 Glu Lys Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Lys Glu Gly Asn Ala 340 345 350 Asp Leu Ser Leu Glu Asp Ser Lys Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys 355 360 365 Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu 370 375 380 Tyr Leu Ser Ser Thr Ser Leu Lys Phe Gln Val His Val Gly Asn Tyr 385 390 395 400 Val His Asp Arg Arg Val Lys His Ile Asn Gly Thr Gly Phe Gln Thr 405 410 415 Glu Arg Ile Val Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Asn 420 425 430 Ile Ser Asn Leu Lys Ala Asp Tyr Ile Lys Glu Gln Leu Glu Leu Pro 435 440 445 Asn Asp Ser Asn Gly Trp Glu Ile Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Ile Phe 450 455 460 Ile Asp Asn Asn Val Pro Ile His Val Leu Ala Asp Glu Ala Thr Lys 465 470 475 480 Lys Gly Ile Glu Leu Phe Lys Asp Lys Arg Arg Lys Glu Gln Pro Glu 485 490 495 Glu Leu Gln Lys Arg Lys Gly Lys Ile Ser Lys Tyr Asn Ile Val Ser 500 505 510 Met Ile Tyr Lys Glu Ala Lys Gly Lys Asp Lys Leu Arg Ile Asp Glu 515 520 525 Pro Leu Ala Leu Leu Ser Leu Asn Glu Ile Pro Ala Leu Leu Tyr Gln 530 535 540 Ile Leu Glu Lys Gly Ala Thr Pro Lys Asp Ile Glu Leu Ile Ile Lys 545 550 555 560 Asn Lys Leu Thr Glu Arg Phe Glu Lys Ile Lys Asn Tyr Asp Pro Glu 565 570 575 Thr Pro Ala Pro Ala Ser Gln Ile Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr 580 585 590 Thr Ala Lys Gly Gln Glu Ala Leu Asn Ala Glu Lys Leu Ser Leu Leu 595 600 605 Ile Glu Arg Glu Ile Glu Asn Thr Glu Thr Lys Leu Ser Ser Ile Glu 610 615 620 Glu Lys Arg Leu Lys Ala Lys Lys Glu Gln Arg Arg Asn Thr Pro Gln 625 630 635 640 Arg Ser Ile Phe Ser Asn Ser Asp Leu Gly Arg Ile Ala Ala Trp Leu 645 650 655 Ala Asp Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Ala Glu Gln Arg Lys Asn Trp 660 665 670 Lys Gly Tyr Gln His Ser Gln Leu Gln Gln Ser Leu Ala Tyr Phe Glu 675 680 685 Lys Arg Pro Gln Glu Ala Phe Leu Leu Leu Lys Glu Gly Trp Asp Thr 690 695 700 Ser Asp Gly Ser Ser Tyr Trp Asn Asn Trp Val Met Asn Ser Phe Leu 705 710 715 720 Glu Asn Asn His Phe Glu Lys Phe Tyr Lys Asn Tyr Leu Met Lys Arg 725 730 735 Val Lys Tyr Phe Ser Glu Leu Ala Gly Asn Ile Lys Gln His Thr His 740 745 750 Asn Thr Lys Phe Leu Arg Lys Phe Ile Lys Gln Gln Met Pro Ala Asp 755 760 765 Leu Phe Pro Lys Arg His Tyr Ile Leu Lys Asp Leu Glu Thr Glu Lys 770 775 780 Asn Lys Val Leu Ser Lys Pro Leu Val Phe Ser Arg Gly Leu Phe Asp 785 790 795 800 Asn Asn Pro Thr Phe Ile Lys Gly Val Lys Val Thr Glu Asn Pro Glu 805 810 815 Leu Phe Ala Glu Trp Tyr Ser Tyr Gly Tyr Lys Thr Glu His Val Phe 820 825 830 Gln His Phe Tyr Gly Trp Glu Arg Asp Tyr Asn Glu Leu Leu Asp Ser 835 840 845 Glu Leu Gln Lys Gly Asn Ser Phe Ala Lys Asn Ser Ile Tyr Tyr Asn 850 855 860 Arg Glu Ser Gln Leu Asp Leu Ile Lys Leu Lys Gln Asp Leu Lys Ile 865 870 875 880 Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Leu Phe Leu Lys Arg Ile Ala Glu Lys 885 890 895 Leu Phe Glu Asn Val Phe Asn Tyr Pro Thr Thr Leu Ser Leu Asp Glu 900 905 910 Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg Ala Glu Lys Glu Arg Ile Ala Leu 915 920 925 Ala Gln Ser Leu Arg Glu Glu Gly Asp Asn Ser Pro Asn Ile Ile Lys 930 935 940 Asp Asp Phe Ile Trp Ser Lys Thr Ile Ala Phe Arg Ser Lys Gln Ile 945 950 955 960 Tyr Glu Pro Ala Ile Lys Leu Lys Asp Ile Gly Lys Phe Asn Arg Phe 965 970 975 Val Leu Asp Asp Glu Glu Ser Lys Ala Ser Lys Leu Leu Ser Tyr Asp 980 985 990 Lys Asn Lys Ile Trp Asn Lys Glu Gln Leu Glu Arg Glu Leu Ser Ile 995 1000 1005 Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val Ile Arg Arg Glu Lys Leu Phe Lys 1010 1015 1020 Glu Ile Gln Asn Leu Glu Leu Gln Ile Leu Ser Asn Trp Ser Trp 1025 1030 1035 Asp Gly Ile Asn His Pro Arg Glu Phe Glu Met Glu Asp Gln Lys 1040 1045 1050 Asn Thr Arg His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Leu Val Asn Gly Ile 1055 1060 1065 Leu Arg Lys Asn Ile Asn Leu Tyr Lys Glu Asp Glu Asp Phe Trp 1070 1075 1080 Leu Glu Ser Leu Lys Glu Asn Asp Phe Lys Thr Leu Pro Ser Glu 1085 1090 1095 Val Leu Glu Thr Lys Ser Glu Met Val Gln Leu Leu Phe Leu Val 1100 1105 1110 Ile Leu Ile Arg Asn Gln Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Glu Ile 1115 1120 1125 Gln Phe Tyr Asn Phe Ile Arg Lys Asn Tyr Pro Glu Ile Gln Asn 1130 1135 1140 Asn Thr Val Ala Glu Leu Tyr Leu Asn Leu Ile Lys Leu Ala Val 1145 1150 1155 Gln Lys Leu Lys Asp Asn Ser 1160 1165 <210> 364 <211> 1156 <212> PRT <213> Chryseobacterium carnipullorum <400> 364 Met Asn Thr Arg Val Thr Gly Met Gly Val Ser Tyr Asp His Thr Lys 1 5 10 15 Lys Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Gln Asp 20 25 30 Asn Ile Thr Ala Val Ile Lys Ala Phe Cys Ile Lys Phe Asp Lys Asn 35 40 45 Pro Met Ser Ser Val Gln Phe Ala Glu Ser Cys Phe Thr Asp Lys Asp 50 55 60 Ser Asp Thr Asp Phe Gln Asn Lys Val Arg Tyr Val Arg Thr His Leu 65 70 75 80 Pro Val Ile Gly Tyr Leu Asn Tyr Gly Gly Asp Arg Asn Thr Phe Arg 85 90 95 Gln Lys Leu Ser Thr Leu Leu Lys Ala Val Asp Ser Leu Arg Asn Phe 100 105 110 Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro Leu Ala Leu Ser Thr Glu Leu Phe 115 120 125 Glu Leu Leu Asp Thr Val Phe Ala Ser Val Ala Val Glu Val Lys Gln 130 135 140 His Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gln Leu Leu Ser Lys Ser Leu 145 150 155 160 Ala Glu Glu Leu Asp Ile Arg Tyr Lys Gln Gln Leu Glu Arg Leu Lys 165 170 175 Glu Leu Lys Glu Gln Gly Lys Asn Ile Asp Leu Arg Asp Glu Ala Gly 180 185 190 Ile Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu Ile Tyr Lys 195 200 205 Glu Gly Glu Ile Ala Lys Pro Thr Leu Ser Tyr Ser Ser Phe Tyr Tyr 210 215 220 Gly Ala Asp Ser Ala Glu Asn Gly Ile Thr Ile Ser Gln Ser Gly Leu 225 230 235 240 Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Lys Lys Glu Ile Glu Asp Leu 245 250 255 Lys Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Ala Lys Ile Val Arg Asp Gly Glu 260 265 270 Glu Asn Ile Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Ile Phe Ser 275 280 285 Tyr Leu Ser Phe Lys Gly Met Lys Gln Arg Leu Ser Thr Asp Phe His 290 295 300 Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Ile Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 305 310 315 320 Asp Glu Val Tyr His Asp Phe Asp Thr Ala Thr Arg Glu Lys Phe Val 325 330 335 Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Ile Arg Glu Gly Asn Glu Asp Phe Ser Leu 340 345 350 Gly Asp Ser Thr Ile Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 355 360 365 Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Val Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ile Lys Phe 370 375 380 Pro Ser Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Phe Val His Asp Arg 385 390 395 400 Arg Ile Lys Asp Ile His Gly Thr Gly Phe Gln Thr Glu Arg Val Val 405 410 415 Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Glu Ile Ser Ser Leu 420 425 430 Lys Thr Glu Tyr Ile Glu Lys Glu Leu Asp Leu Asp Ser Asp Thr Gly 435 440 445 Trp Glu Ile Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe Ile Asp Asn Asn Ile 450 455 460 Pro Ile Tyr Ile Ser Thr Asn Lys Thr Phe Lys Asn Gly Ser Ser Glu 465 470 475 480 Phe Ile Lys Leu Arg Arg Lys Glu Lys Pro Glu Glu Met Lys Met Arg 485 490 495 Gly Glu Asp Lys Lys Glu Lys Arg Asp Ile Ala Ser Met Ile Gly Asn 500 505 510 Ala Gly Ser Leu Asn Ser Lys Thr Pro Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn 515 520 525 Glu Met Pro Ala Leu Leu Tyr Glu Ile Leu Val Lys Lys Thr Thr Pro 530 535 540 Glu Glu Ile Glu Leu Ile Ile Lys Glu Lys Leu Asp Ser His Phe Glu 545 550 555 560 Asn Ile Lys Asn Tyr Asp Pro Glu Lys Pro Leu Pro Ala Ser Gln Ile 565 570 575 Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Thr Asp Lys Gly Lys Lys Val Ile 580 585 590 Asn Pro Glu Lys Leu Ile His Leu Ile Asn Lys Glu Ile Asp Ala Thr 595 600 605 Glu Ala Lys Phe Ala Leu Leu Ala Lys Asn Arg Lys Glu Leu Lys Glu 610 615 620 Lys Phe Arg Gly Lys Pro Leu Arg Gln Thr Ile Phe Ser Asn Met Glu 625 630 635 640 Leu Gly Arg Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asp Asp Ile Lys Arg Phe Met 645 650 655 Pro Asp Ile Leu Arg Lys Asn Trp Lys Gly Tyr Gln His Asn Gln Leu 660 665 670 Gln Gln Ser Leu Ala Phe Phe Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Phe Thr 675 680 685 Ile Leu Gln Asp Gly Trp Asp Phe Ala Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn 690 695 700 Gly Trp Ile Ile Asn Ser Phe Val Lys Asn Arg Ser Phe Glu Tyr Phe 705 710 715 720 Tyr Glu Ala Tyr Phe Glu Gly Arg Lys Glu Tyr Phe Ser Ser Leu Ala 725 730 735 Glu Asn Ile Lys Gln His Thr Ser Asn His Arg Asn Leu Arg Arg Phe 740 745 750 Ile Asp Gln Gln Met Pro Lys Gly Leu Phe Glu Asn Arg His Tyr Leu 755 760 765 Leu Glu Asn Leu Glu Thr Glu Lys Asn Lys Ile Leu Ser Lys Pro Leu 770 775 780 Val Phe Pro Arg Gly Leu Phe Asp Thr Lys Pro Thr Phe Ile Lys Gly 785 790 795 800 Ile Lys Val Asp Glu Gln Pro Glu Leu Phe Ala Glu Trp Tyr Gln Tyr 805 810 815 Gly Tyr Ser Thr Glu His Val Phe Gln Asn Phe Tyr Gly Trp Glu Arg 820 825 830 Asp Tyr Asn Asp Leu Leu Glu Ser Glu Leu Glu Lys Asp Asn Asp Phe 835 840 845 Ser Lys Asn Ser Ile His Tyr Ser Arg Thr Ser Gln Leu Glu Leu Ile 850 855 860 Lys Leu Lys Gln Asp Leu Lys Ile Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Leu 865 870 875 880 Phe Leu Lys Leu Ile Ala Gly His Ile Phe Glu Asn Ile Phe Lys Tyr 885 890 895 Pro Ala Ser Phe Ser Leu Asp Glu Leu Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg 900 905 910 Leu Asn Lys Glu Gln Glu Ala Leu Ile Gln Ser Gln Arg Lys Glu Gly 915 920 925 Asp His Ser Asp Asn Ile Ile Lys Asp Asn Phe Ile Gly Ser Lys Thr 930 935 940 Val Thr Tyr Glu Ser Lys Gln Ile Ser Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 945 950 955 960 Asp Ile Gly Lys Phe Asn Arg Phe Leu Leu Asp Asp Lys Val Lys Thr 965 970 975 Leu Leu Ser Tyr Asn Glu Asp Lys Val Trp Asn Lys Asn Asp Leu Asp 980 985 990 Leu Glu Leu Ser Ile Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val Ile Arg Arg Glu 995 1000 1005 Lys Leu Phe Lys Lys Ile Gln Asn Phe Glu Leu Gln Thr Leu Thr 1010 1015 1020 Asp Trp Pro Trp Asn Gly Thr Asp His Pro Glu Glu Phe Gly Thr 1025 1030 1035 Thr Asp Asn Lys Gly Val Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val 1040 1045 1050 Val Asn Gly Ile Leu Arg Lys His Thr Asp Trp Phe Lys Glu Gly 1055 1060 1065 Glu Asp Asn Trp Leu Glu Asn Leu Asn Glu Thr His Phe Lys Asn 1070 1075 1080 Leu Ser Phe Gln Glu Leu Glu Thr Lys Ser Lys Ser Ile Gln Thr 1085 1090 1095 Ala Phe Leu Ile Ile Met Ile Arg Asn Gln Phe Ala His Asn Gln 1100 1105 1110 Leu Pro Ala Val Gln Phe Phe Glu Phe Ile Gln Lys Lys Tyr Pro 1115 1120 1125 Glu Ile Gln Gly Ser Thr Thr Ser Glu Leu Tyr Leu Asn Phe Ile 1130 1135 1140 Asn Leu Ala Val Val Glu Leu Leu Glu Leu Leu Glu Lys 1145 1150 1155 <210> 365 <211> 1036 <212> PRT <213> Chryseobacterium ureilyticum <400> 365 Met Glu Thr Gln Ile Leu Gly Asn Gly Ile Ser Tyr Asp His Thr Lys 1 5 10 15 Thr Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Thr Ala Gln Asn 20 25 30 Asn Ile Asp Leu Leu Ile Lys Ala Tyr Ile Ser Lys Phe Glu Ser Ser 35 40 45 Pro Arg Lys Leu Asn Ser Val Gln Phe Pro Asp Val Cys Phe Lys Lys 50 55 60 Asn Asp Ser Asp Ala Asp Phe Gln His Lys Leu Gln Phe Ile Arg Lys 65 70 75 80 His Leu Pro Val Ile Gln Tyr Leu Lys Tyr Gly Gly Asn Arg Glu Val 85 90 95 Leu Lys Glu Lys Phe Arg Leu Leu Leu Gln Ala Val Asp Ser Leu Arg 100 105 110 Asn Phe Tyr Thr His Phe Tyr His Lys Pro Ile Gln Leu Pro Asn Glu 115 120 125 Leu Leu Thr Leu Leu Asp Thr Ile Phe Gly Glu Ile Gly Asn Glu Val 130 135 140 Arg Gln Asn Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg His Leu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Asn Leu Ser Glu Glu Leu Asp Phe Arg Tyr Gln Glu Gln Leu Glu Arg 165 170 175 Leu Arg Lys Leu Lys Ser Glu Gly Lys Lys Val Asp Leu Arg Asp Thr 180 185 190 Glu Ala Ile Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu Ile 195 200 205 Phe Lys Asp Ala Glu Asp Phe Lys Pro Thr Val Ser Tyr Ser Ser Tyr 210 215 220 Tyr Tyr Asp Ser Asp Thr Ala Glu Asn Gly Ile Ser Ile Ser Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Arg Arg Glu Met Glu 245 250 255 Asp Leu Lys Ser Arg Val Arg Gly Phe Lys Ala Arg Ile Ile Lys His 260 265 270 Glu Glu Gln His Val Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val 275 280 285 Phe Ser Glu Phe Cys Phe Lys Gly Ile Lys Thr Arg Leu Asn Ala Asp 290 295 300 Tyr His Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Leu Ile Asp Glu Leu Ser Lys 305 310 315 320 Val Pro Asp Glu Leu Tyr Arg Ser Phe Asp Val Ala Thr Arg Glu Arg 325 330 335 Phe Ile Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Ile Arg Asp Gly Lys Glu Asp Lys 340 345 350 Ser Leu Ile Glu Ser Lys Ile Val His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr 355 360 365 Glu Ser Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val 370 375 380 Asn Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Ala Gly Asn Tyr Val His 385 390 395 400 Asp Arg Arg Ile Lys Ser Ile Glu Gly Thr Gly Phe Lys Thr Glu Arg 405 410 415 Leu Val Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Thr Ile Ser 420 425 430 Ser Leu Lys Ala Glu Tyr Leu Ala Lys Ala Val Asn Ile Thr Asp Asp 435 440 445 Thr Gly Trp Glu Leu Leu Pro His Pro Ser Tyr Val Phe Ile Asp Asn 450 455 460 Asn Ile Pro Ile His Leu Thr Val Asp Pro Ser Phe Lys Asn Gly Val 465 470 475 480 Lys Glu Tyr Gln Glu Lys Arg Lys Leu Gln Lys Pro Glu Glu Met Lys 485 490 495 Asn Arg Gln Gly Gly Asp Lys Met His Lys Pro Ala Ile Ser Ser Lys 500 505 510 Ile Gly Lys Ser Lys Asp Ile Asn Pro Glu Ser Pro Val Ala Leu Leu 515 520 525 Ser Met Asn Glu Ile Pro Ala Leu Leu Tyr Glu Ile Leu Val Lys Lys 530 535 540 Ala Ser Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Ile Arg Gln Lys Leu Thr Ala 545 550 555 560 Val Phe Glu Arg Ile Arg Asp Tyr Asp Pro Lys Val Pro Leu Pro Ala 565 570 575 Ser Gln Val Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Asp Thr Leu Ser Tyr 580 585 590 Asn Lys Glu Lys Leu Val Glu Leu Ala Asn Lys Glu Val Glu Gln Thr 595 600 605 Glu Arg Lys Leu Ala Leu Ile Thr Lys Asn Arg Arg Glu Cys Arg Glu 610 615 620 Lys Val Lys Gly Lys Phe Lys Arg Gln Lys Val Phe Lys Asn Ala Glu 625 630 635 640 Leu Gly Thr Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 645 650 655 Pro Glu Glu Gln Lys Lys Asn Trp Lys Gly Tyr Gln His Ser Gln Leu 660 665 670 Gln Gln Ser Leu Ala Phe Phe Glu Ser Arg Pro Gly Glu Ala Arg Ser 675 680 685 Leu Leu Gln Ala Gly Trp Asp Phe Ser Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn 690 695 700 Gly Trp Val Met Asn Ser Phe Ala Arg Asp Asn Thr Phe Asp Gly Phe 705 710 715 720 Tyr Glu Ser Tyr Leu Asn Gly Arg Met Lys Tyr Phe Leu Arg Leu Ala 725 730 735 Asp Asn Ile Ala Gln Gln Ser Ser Thr Asn Lys Leu Ile Ser Asn Phe 740 745 750 Ile Lys Gln Gln Met Pro Lys Gly Leu Phe Asp Arg Arg Leu Tyr Met 755 760 765 Leu Glu Asp Leu Ala Thr Glu Lys Asn Lys Ile Leu Ser Lys Pro Leu 770 775 780 Ile Phe Pro Arg Gly Ile Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Lys Lys Gly 785 790 795 800 Val Gln Val Ser Glu Glu Pro Glu Ala Phe Ala Asp Trp Tyr Ser Tyr 805 810 815 Gly Tyr Asp Val Lys His Lys Phe Gln Glu Phe Tyr Ala Trp Asp Arg 820 825 830 Asp Tyr Glu Glu Leu Leu Arg Glu Glu Leu Glu Lys Asp Thr Ala Phe 835 840 845 Thr Lys Asn Ser Ile His Tyr Ser Arg Glu Ser Gln Ile Glu Leu Leu 850 855 860 Ala Lys Lys Gln Asp Leu Lys Val Lys Lys Val Arg Ile Gln Asp Leu 865 870 875 880 Tyr Leu Lys Leu Met Ala Glu Phe Leu Phe Glu Asn Val Phe Gly His 885 890 895 Glu Leu Ala Leu Pro Leu Asp Gln Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg 900 905 910 Leu Lys Gln Glu Gln Glu Ala Ile Val Gln Ser Gln Arg Pro Lys Gly 915 920 925 Asp Asp Ser Pro Asn Ile Val Lys Glu Asn Phe Ile Trp Ser Lys Thr 930 935 940 Ile Pro Phe Lys Ser Gly Arg Val Phe Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 945 950 955 960 Asp Ile Gly Lys Phe Arg Asn Leu Leu Thr Asp Glu Lys Val Asp Ile 965 970 975 Leu Leu Ser Tyr Asn Asn Thr Glu Ile Gly Lys Gln Val Ile Glu Asn 980 985 990 Glu Leu Ile Ile Gly Ala Gly Ser Tyr Glu Phe Ile Arg Arg Glu Gln 995 1000 1005 Leu Phe Lys Glu Ile Gln Gln Met Lys Arg Leu Ser Leu Arg Ser 1010 1015 1020 Val Arg Gly Met Gly Val Pro Ile Arg Leu Asn Leu Lys 1025 1030 1035 <210> 366 <211> 1127 <212> PRT <213> Prevotella buccae <400> 366 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Gln Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Asp 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Ile Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asp Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Gln Gln Asn Gln Pro Glu Val Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp Tyr Phe Glu Ala Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Pro Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Thr His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Lys Thr Glu Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Gly Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Cys Arg Leu Gln Lys 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Glu Gly Arg Gln Lys Asp Met Glu Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Gln Asn Asn Ile Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Lys Leu Lys Pro Gln Lys Gly Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 885 890 895 Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Val Leu Ala Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Leu Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Ile Asp 980 985 990 Leu Glu Lys Asn Pro Ile Thr Lys Leu Ser Val Asp His Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asn Lys Tyr Pro Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 367 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 367 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asn Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 368 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 368 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln Leu Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Val Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu Gln Arg Glu Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Thr Ile Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 369 <211> 1125 <212> PRT <213> Prevotella pallens <400> 369 Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn 1 5 10 15 Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 20 25 30 Asn Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Gly Glu Gly 35 40 45 Glu Ile Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 50 55 60 Glu Ile Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr Gln Arg Asn Ser Ala 85 90 95 Asp Thr Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu 100 105 110 Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp 115 120 125 Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 130 135 140 Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu Gln Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp 145 150 155 160 Ala Ser Ile Gln Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp Ile 165 170 175 Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys 180 185 190 Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Val Gln 210 215 220 Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Gln Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 275 280 285 Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro Ile Glu Ile Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe 325 330 335 Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 385 390 395 400 Ser Lys Glu Pro Tyr Ile Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 405 410 415 Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys Ile Trp 420 425 430 Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 435 440 445 Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 450 455 460 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 465 470 475 480 Asn Asp Asn Glu Ile Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 485 490 495 Gln Glu Lys His Lys Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Thr Glu 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys Ile Asn Ser Ile 515 520 525 Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 545 550 555 560 Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys Gln Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gln 565 570 575 Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gln Ile Asn Glu Glu Ile Glu Asn 580 585 590 Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu 610 615 620 Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met 625 630 635 640 Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 645 650 655 Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 660 665 670 Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 675 680 685 Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 690 695 700 Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys 705 710 715 720 Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 725 730 735 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Glu His 740 745 750 Arg Lys Asn Ile Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 755 760 765 Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val Gln 770 775 780 Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn Ile Asn Lys Pro Asp 785 790 795 800 Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 805 810 815 Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 820 825 830 Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 835 840 845 Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 850 855 860 Leu Phe Asn Lys Lys Lys Ile Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys Ile Tyr 865 870 875 880 Leu Lys Asn Ile Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 885 890 895 Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Ile Ile Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu 900 905 910 Asn Arg Ile Met Pro Met Arg Leu Pro Ile Lys Val Tyr Gly Arg Glu 915 920 925 Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys Ile Arg Arg Asn Thr Phe Phe 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr Ile Ser Lys 980 985 990 Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg Ile Glu 995 1000 1005 Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu Ile Asp Lys 1010 1015 1020 Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1025 1030 1035 Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1040 1045 1050 Asp Val Asp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1055 1060 1065 Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro 1070 1075 1080 Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly 1085 1090 1095 Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr Ile Glu Lys 1100 1105 1110 Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 370 <211> 1157 <212> PRT <213> Myroides odoratimimus <400> 370 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Val Pro 1055 1060 1065 Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Ile Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala Gly Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 1145 1150 1155 <210> 371 <211> 1157 <212> PRT <213> Myroides odoratimimus <400> 371 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Ile Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Ile Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Gln Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ile Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Leu Pro 1055 1060 1065 Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Met Gln Leu Gly Gln Val Arg Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Pro Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1145 1150 1155 <210> 372 <211> 1127 <212> PRT <213> Prevotella sp. MSX73 <400> 372 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Gln Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Ile Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asp Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Thr His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Lys Arg Glu Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Cys Arg Leu Gln Lys 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Glu Gly Arg Gln Lys Asp Met Glu Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Ser Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Thr Asn Asn Ala Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln His Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Ser Ser Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Ala Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Lys Leu Lys Pro Gln Lys Gly Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Asn Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Lys Thr 885 890 895 Thr Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Val Leu Ala Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Leu Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Ile Asp 980 985 990 Leu Glu Lys Asn Pro Ile Thr Lys Leu Ser Val Asp Tyr Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 373 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 373 Met Thr Glu Gln Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Asp Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Val Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Ile Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val Gln Glu Gln Gly Asn Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 374 <211> 1154 <212> PRT <213> Paludibacter propionicigenes <400> 374 Met Lys Thr Ser Ala Asn Asn Ile Tyr Phe Asn Gly Ile Asn Ser Phe 1 5 10 15 Lys Lys Ile Phe Asp Ser Lys Gly Ala Ile Ala Pro Ile Ala Glu Lys 20 25 30 Ser Cys Arg Asn Phe Asp Ile Lys Ala Gln Asn Asp Val Asn Lys Glu 35 40 45 Gln Arg Ile His Tyr Phe Ala Val Gly His Thr Phe Lys Gln Leu Asp 50 55 60 Thr Glu Asn Leu Phe Glu Tyr Val Leu Asp Glu Asn Leu Arg Ala Lys 65 70 75 80 Arg Pro Thr Arg Phe Ile Ser Leu Gln Gln Phe Asp Lys Glu Phe Ile 85 90 95 Glu Asn Ile Lys Arg Leu Ile Ser Asp Ile Arg Asn Ile Asn Ser His 100 105 110 Tyr Ile His Arg Phe Asp Pro Leu Lys Ile Asp Ala Val Pro Thr Asn 115 120 125 Ile Ile Asp Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala Val Ile Gln Ile 130 135 140 Tyr Leu Lys Glu Lys Gly Ile Asn Tyr Leu Gln Phe Ser Glu Asn Pro 145 150 155 160 His Ala Asp Gln Lys Leu Val Ala Phe Leu His Asp Lys Phe Leu Pro 165 170 175 Leu Asp Glu Lys Lys Thr Ser Met Leu Gln Asn Glu Thr Pro Gln Leu 180 185 190 Lys Glu Tyr Lys Glu Tyr Arg Lys Tyr Phe Lys Thr Leu Ser Lys Gln 195 200 205 Ala Ala Ile Asp Gln Leu Leu Phe Ala Glu Lys Glu Thr Asp Tyr Ile 210 215 220 Trp Asn Leu Phe Asp Ser His Pro Val Leu Thr Ile Ser Ala Gly Lys 225 230 235 240 Tyr Leu Ser Phe Tyr Ser Cys Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Tyr 245 250 255 Lys Ser Glu Ala Asn Gln Leu Ile Ser Lys Ile Lys Gly Phe Lys Lys 260 265 270 Asn Thr Thr Glu Glu Glu Lys Ser Lys Arg Glu Ile Phe Thr Phe Phe 275 280 285 Ser Lys Arg Phe Asn Ser Met Asp Ile Asp Ser Glu Glu Asn Gln Leu 290 295 300 Val Lys Phe Arg Asp Leu Ile Leu Tyr Leu Asn His Tyr Pro Val Ala 305 310 315 320 Trp Asn Lys Asp Leu Glu Leu Asp Ser Ser Asn Pro Ala Met Thr Asp 325 330 335 Lys Leu Lys Ser Lys Ile Ile Glu Leu Glu Ile Asn Arg Ser Phe Pro 340 345 350 Leu Tyr Glu Gly Asn Glu Arg Phe Ala Thr Phe Ala Lys Tyr Gln Ile 355 360 365 Trp Gly Lys Lys His Leu Gly Lys Ser Ile Glu Lys Glu Tyr Ile Asn 370 375 380 Ala Ser Phe Thr Asp Glu Glu Ile Thr Ala Tyr Thr Tyr Glu Thr Asp 385 390 395 400 Thr Cys Pro Glu Leu Lys Asp Ala His Lys Lys Leu Ala Asp Leu Lys 405 410 415 Ala Ala Lys Gly Leu Phe Gly Lys Arg Lys Glu Lys Asn Glu Ser Asp 420 425 430 Ile Lys Lys Thr Glu Thr Ser Ile Arg Glu Leu Gln His Glu Pro Asn 435 440 445 Pro Ile Lys Asp Lys Leu Ile Gln Arg Ile Glu Lys Asn Leu Leu Thr 450 455 460 Val Ser Tyr Gly Arg Asn Gln Asp Arg Phe Met Asp Phe Ser Ala Arg 465 470 475 480 Phe Leu Ala Glu Ile Asn Tyr Phe Gly Gln Asp Ala Ser Phe Lys Met 485 490 495 Tyr His Phe Tyr Ala Thr Asp Glu Gln Asn Ser Glu Leu Glu Lys Tyr 500 505 510 Glu Leu Pro Lys Asp Lys Lys Lys Tyr Asp Ser Leu Lys Phe His Gln 515 520 525 Gly Lys Leu Val His Phe Ile Ser Tyr Lys Glu His Leu Lys Arg Tyr 530 535 540 Glu Ser Trp Asp Asp Ala Phe Val Ile Glu Asn Asn Ala Ile Gln Leu 545 550 555 560 Lys Leu Ser Phe Asp Gly Val Glu Asn Thr Val Thr Ile Gln Arg Ala 565 570 575 Leu Leu Ile Tyr Leu Leu Glu Asp Ala Leu Arg Asn Ile Gln Asn Asn 580 585 590 Thr Ala Glu Asn Ala Gly Lys Gln Leu Leu Gln Glu Tyr Tyr Ser His 595 600 605 Asn Lys Ala Asp Leu Ser Ala Phe Lys Gln Ile Leu Thr Gln Gln Asp 610 615 620 Ser Ile Glu Pro Gln Gln Lys Thr Glu Phe Lys Lys Leu Leu Pro Arg 625 630 635 640 Arg Leu Leu Asn Asn Tyr Ser Pro Ala Ile Asn His Leu Gln Thr Pro 645 650 655 His Ser Ser Leu Pro Leu Ile Leu Glu Lys Ala Leu Leu Ala Glu Lys 660 665 670 Arg Tyr Cys Ser Leu Val Val Lys Ala Lys Ala Glu Gly Asn Tyr Asp 675 680 685 Asp Phe Ile Lys Arg Asn Lys Gly Lys Gln Phe Lys Leu Gln Phe Ile 690 695 700 Arg Lys Ala Trp Asn Leu Met Tyr Phe Arg Asn Ser Tyr Leu Gln Asn 705 710 715 720 Val Gln Ala Ala Gly His His Lys Ser Phe His Ile Glu Arg Asp Glu 725 730 735 Phe Asn Asp Phe Ser Arg Tyr Met Phe Ala Phe Glu Glu Leu Ser Gln 740 745 750 Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asn Glu Met Phe Glu Lys Lys Gly Phe Phe Glu 755 760 765 Asn Asn Glu Phe Lys Ile Leu Phe Gln Ser Gly Thr Ser Leu Glu Asn 770 775 780 Leu Tyr Glu Lys Thr Lys Gln Lys Phe Glu Ile Trp Leu Ala Ser Asn 785 790 795 800 Thr Ala Lys Thr Asn Lys Pro Asp Asn Tyr His Leu Asn Asn Tyr Glu 805 810 815 Gln Gln Phe Ser Asn Gln Leu Phe Phe Ile Asn Leu Ser His Phe Ile 820 825 830 Asn Tyr Leu Lys Ser Thr Gly Lys Leu Gln Thr Asp Ala Asn Gly Gln 835 840 845 Ile Ile Tyr Glu Ala Leu Asn Asn Val Gln Tyr Leu Ile Pro Glu Tyr 850 855 860 Tyr Tyr Thr Asp Lys Pro Glu Arg Ser Glu Ser Lys Ser Gly Asn Lys 865 870 875 880 Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Ala Thr Lys Leu Glu Asp Ala Leu Leu Tyr 885 890 895 Glu Met Ala Met Cys Tyr Leu Lys Ala Asp Lys Gln Ile Ala Asp Lys 900 905 910 Ala Lys His Pro Ile Thr Lys Leu Leu Thr Ser Asp Val Glu Phe Asn 915 920 925 Ile Thr Asn Lys Glu Gly Ile Gln Leu Tyr His Leu Leu Val Pro Phe 930 935 940 Lys Lys Ile Asp Ala Phe Ile Gly Leu Lys Met His Lys Glu Gln Gln 945 950 955 960 Asp Lys Lys His Pro Thr Ser Phe Leu Ala Asn Ile Val Asn Tyr Leu 965 970 975 Glu Leu Val Lys Asn Asp Lys Asp Ile Arg Lys Thr Tyr Glu Ala Phe 980 985 990 Ser Thr Asn Pro Val Lys Arg Thr Leu Thr Tyr Asp Asp Leu Ala Lys 995 1000 1005 Ile Asp Gly His Leu Ile Ser Lys Ser Ile Lys Phe Thr Asn Val 1010 1015 1020 Thr Leu Glu Leu Glu Arg Tyr Phe Ile Phe Lys Glu Ser Leu Ile 1025 1030 1035 Val Lys Lys Gly Asn Asn Ile Asp Phe Lys Tyr Ile Lys Gly Leu 1040 1045 1050 Arg Asn Tyr Tyr Asn Asn Glu Lys Lys Lys Asn Glu Gly Ile Arg 1055 1060 1065 Asn Lys Ala Phe His Phe Gly Ile Pro Asp Ser Lys Ser Tyr Asp 1070 1075 1080 Gln Leu Ile Arg Asp Ala Glu Val Met Phe Ile Ala Asn Glu Val 1085 1090 1095 Lys Pro Thr His Ala Thr Lys Tyr Thr Asp Leu Asn Lys Gln Leu 1100 1105 1110 His Thr Val Cys Asp Lys Leu Met Glu Thr Val His Asn Asp Tyr 1115 1120 1125 Phe Ser Lys Glu Gly Asp Gly Lys Lys Lys Arg Glu Ala Ala Gly 1130 1135 1140 Gln Lys Tyr Phe Glu Asn Ile Ile Ser Ala Lys 1145 1150 <210> 375 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 375 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Glu Asp Thr Asp Gly Ala 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Ala His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Trp Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Ile Cys 865 870 875 880 Gly Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Phe Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 376 <211> 1179 <212> PRT <213> Flavobacterium columnare <400> 376 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Ile Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Glu Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Ile Lys Thr Ile Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Ile Gln Lys Glu Leu Thr 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Arg Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Leu Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Phe Lys Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Ile Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Arg Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Glu Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Gln Ile Leu Glu 1040 1045 1050 Glu Tyr Thr Asp Phe Leu Ser Thr Gln Ile His Pro Ala Asp Phe 1055 1060 1065 Glu Arg Glu Gly Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr Leu Ala His Ser 1070 1075 1080 Ile Leu Glu Asn Glu Asp Asp Leu Asp Lys Leu Pro Glu Lys Val 1085 1090 1095 Glu Ala Met Arg Glu Leu Asp Glu Thr Ile Thr Asn Pro Ile Ile 1100 1105 1110 Lys Lys Ala Ile Val Leu Ile Ile Ile Arg Asn Lys Met Ala His 1115 1120 1125 Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp Leu Ala Asn Arg Phe 1130 1135 1140 Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn Arg 1145 1150 1155 Val Phe Glu Thr Ile Thr Lys Glu Leu Trp Glu Asn Lys Glu Lys 1160 1165 1170 Lys Asp Lys Thr Gln Val 1175 <210> 377 <211> 1145 <212> PRT <213> Psychroflexus torquis <400> 377 Met Glu Ser Ile Ile Gly Leu Gly Leu Ser Phe Asn Pro Tyr Lys Thr 1 5 10 15 Ala Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Val Glu Asn Asn 20 25 30 Leu Asn Ala Val Phe Ala Glu Phe Lys Glu Arg Ile Ser Tyr Lys Ala 35 40 45 Lys Asp Glu Asn Ile Ser Ser Leu Ile Glu Lys His Phe Ile Asp Asn 50 55 60 Met Ser Ile Val Asp Tyr Glu Lys Lys Ile Ser Ile Leu Asn Gly Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Ile Ile Asp Phe Leu Asp Asp Glu Leu Glu Asn Asn Leu Asn 85 90 95 Thr Arg Val Lys Asn Phe Lys Lys Asn Phe Ile Ile Leu Ala Glu Ala 100 105 110 Ile Glu Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His Phe Tyr His Asp Pro Ile 115 120 125 Thr Phe Glu Asp Asn Lys Glu Pro Leu Leu Glu Leu Leu Asp Glu Val 130 135 140 Leu Leu Lys Thr Ile Leu Asp Val Lys Lys Lys Tyr Leu Lys Thr Asp 145 150 155 160 Lys Thr Lys Glu Ile Leu Lys Asp Ser Leu Arg Glu Glu Met Asp Leu 165 170 175 Leu Val Ile Arg Lys Thr Asp Glu Leu Arg Glu Lys Lys Lys Thr Asn 180 185 190 Pro Lys Ile Gln His Thr Asp Ser Ser Gln Ile Lys Asn Ser Ile Phe 195 200 205 Asn Asp Ala Phe Gln Gly Leu Leu Tyr Glu Asp Lys Gly Asn Asn Lys 210 215 220 Lys Thr Gln Val Ser His Arg Ala Lys Thr Arg Leu Asn Pro Lys Asp 225 230 235 240 Ile His Lys Gln Glu Glu Arg Asp Phe Glu Ile Pro Leu Ser Thr Ser 245 250 255 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Leu Phe Leu Ser Lys Lys Glu Ile Glu 260 265 270 Asp Phe Lys Ser Asn Ile Lys Gly Phe Lys Gly Lys Val Val Lys Asp 275 280 285 Glu Asn His Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr His Arg Val Tyr Ser 290 295 300 Ile Leu Ala Phe Lys Gly Leu Lys Tyr Arg Ile Lys Thr Asp Thr Phe 305 310 315 320 Ser Lys Glu Thr Leu Met Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val 325 330 335 Pro Asp Cys Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Thr Lys Gln Lys Asp Phe 340 345 350 Ile Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Phe Lys Asp Asn Glu Glu Asn Thr Glu 355 360 365 Asn Leu Glu Asn Ser Arg Val Val His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr 370 375 380 Glu Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala 385 390 395 400 Asn Phe Lys Thr Leu Lys Phe Gln Val Phe Met Gly Tyr Tyr Ile His 405 410 415 Asp Gln Arg Thr Lys Thr Ile Gly Thr Thr Asn Ile Thr Thr Glu Arg 420 425 430 Thr Val Lys Glu Lys Ile Asn Val Phe Gly Lys Leu Ser Lys Met Asp 435 440 445 Asn Leu Lys Lys His Phe Phe Ser Gln Leu Ser Asp Asp Glu Asn Thr 450 455 460 Asp Trp Glu Phe Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asn Phe Leu Thr Gln Ala 465 470 475 480 Asp Asn Ser Pro Ala Asn Asn Ile Pro Ile Tyr Leu Glu Leu Lys Asn 485 490 495 Gln Gln Ile Ile Lys Glu Lys Asp Ala Ile Lys Ala Glu Val Asn Gln 500 505 510 Thr Gln Asn Arg Asn Pro Asn Lys Pro Ser Lys Arg Asp Leu Leu Asn 515 520 525 Lys Ile Leu Lys Thr Tyr Glu Asp Phe His Gln Gly Asp Pro Thr Ala 530 535 540 Ile Leu Ser Leu Asn Glu Ile Pro Ala Leu Leu His Leu Phe Leu Val 545 550 555 560 Lys Pro Asn Asn Lys Thr Gly Gln Gln Ile Glu Asn Ile Ile Arg Ile 565 570 575 Lys Ile Glu Lys Gln Phe Lys Ala Ile Asn His Pro Ser Lys Asn Asn 580 585 590 Lys Gly Ile Pro Lys Ser Leu Phe Ala Asp Thr Asn Val Arg Val Asn 595 600 605 Ala Ile Lys Leu Lys Lys Asp Leu Glu Ala Glu Leu Asp Met Leu Asn 610 615 620 Lys Lys His Ile Ala Phe Lys Glu Asn Gln Lys Ala Ser Ser Asn Tyr 625 630 635 640 Asp Lys Leu Leu Lys Glu His Gln Phe Thr Pro Lys Asn Lys Arg Pro 645 650 655 Glu Leu Arg Lys Tyr Val Phe Tyr Lys Ser Glu Lys Gly Glu Glu Ala 660 665 670 Thr Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Lys Asp Phe Lys 675 680 685 Thr Lys Trp Lys Gly Cys Gln His Ser Glu Leu Gln Arg Lys Leu Ala 690 695 700 Phe Tyr Asp Arg His Thr Lys Gln Asp Ile Lys Glu Leu Leu Ser Gly 705 710 715 720 Cys Glu Phe Asp His Ser Leu Leu Asp Ile Asn Ala Tyr Phe Gln Lys 725 730 735 Asp Asn Phe Glu Asp Phe Phe Ser Lys Tyr Leu Glu Asn Arg Ile Glu 740 745 750 Thr Leu Glu Gly Val Leu Lys Lys Leu His Asp Phe Lys Asn Glu Pro 755 760 765 Thr Pro Leu Lys Gly Val Phe Lys Asn Cys Phe Lys Phe Leu Lys Arg 770 775 780 Gln Asn Tyr Val Thr Glu Ser Pro Glu Ile Ile Lys Lys Arg Ile Leu 785 790 795 800 Ala Lys Pro Thr Phe Leu Pro Arg Gly Val Phe Asp Glu Arg Pro Thr 805 810 815 Met Lys Lys Gly Lys Asn Pro Leu Lys Asp Lys Asn Glu Phe Ala Glu 820 825 830 Trp Phe Val Glu Tyr Leu Glu Asn Lys Asp Tyr Gln Lys Phe Tyr Asn 835 840 845 Ala Glu Glu Tyr Arg Met Arg Asp Ala Asp Phe Lys Lys Asn Ala Val 850 855 860 Ile Lys Lys Gln Lys Leu Lys Asp Phe Tyr Thr Leu Gln Met Val Asn 865 870 875 880 Tyr Leu Leu Lys Glu Val Phe Gly Lys Asp Glu Met Asn Leu Gln Leu 885 890 895 Ser Glu Leu Phe Gln Thr Arg Gln Glu Arg Leu Lys Leu Gln Gly Ile 900 905 910 Ala Lys Lys Gln Met Asn Lys Glu Thr Gly Asp Ser Ser Glu Asn Thr 915 920 925 Arg Asn Gln Thr Tyr Ile Trp Asn Lys Asp Val Pro Val Ser Phe Phe 930 935 940 Asn Gly Lys Val Thr Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asn Ile Gly Lys 945 950 955 960 Tyr Lys Arg Tyr Glu Arg Asp Glu Arg Val Lys Thr Phe Ile Gly Tyr 965 970 975 Glu Val Asp Glu Lys Trp Met Met Tyr Leu Pro His Asn Trp Lys Asp 980 985 990 Arg Tyr Ser Val Lys Pro Ile Asn Val Ile Asp Leu Gln Ile Gln Glu 995 1000 1005 Tyr Glu Glu Ile Arg Ser His Glu Leu Leu Lys Glu Ile Gln Asn 1010 1015 1020 Leu Glu Gln Tyr Ile Tyr Asp His Thr Thr Asp Lys Asn Ile Leu 1025 1030 1035 Leu Gln Asp Gly Asn Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val Leu Asn Gly 1040 1045 1050 Leu Leu Ile Gly Ile Lys Gln Val Asn Ile Pro Asp Phe Ile Val 1055 1060 1065 Leu Lys Gln Asn Thr Asn Phe Asp Lys Ile Asp Phe Thr Gly Ile 1070 1075 1080 Ala Ser Cys Ser Glu Leu Glu Lys Lys Thr Ile Ile Leu Ile Ala 1085 1090 1095 Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Asn Lys Met Ile 1100 1105 1110 Tyr Asp Leu Ala Asn Glu Phe Leu Lys Ile Glu Lys Asn Glu Thr 1115 1120 1125 Tyr Ala Asn Tyr Tyr Leu Lys Val Leu Lys Lys Met Ile Ser Asp 1130 1135 1140 Leu Ala 1145 <210> 378 <211> 948 <212> PRT <213> Riemerella anatispestifer <400> 378 Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala Gln Arg Val Ile Phe Lys His Leu 1 5 10 15 Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 20 25 30 Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 35 40 45 Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 50 55 60 Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 65 70 75 80 Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 85 90 95 Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 100 105 110 Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 115 120 125 Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 130 135 140 Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 145 150 155 160 Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu Glu Glu Gln 165 170 175 Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 180 185 190 Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser Ile Arg 195 200 205 Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr Asp Lys Lys 210 215 220 Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser 225 230 235 240 Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro Gln Glu Trp 245 250 255 Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn Gln Pro 260 265 270 Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp Asn Lys Ile 275 280 285 Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Ile 290 295 300 Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 305 310 315 320 Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 325 330 335 Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val 340 345 350 Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg Ile Asn 355 360 365 Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu Pro Leu Gly 370 375 380 Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys Gln Pro Asp 385 390 395 400 Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile Ala Glu Thr 405 410 415 Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 420 425 430 Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 435 440 445 Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Tyr Asp Ala 450 455 460 Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 465 470 475 480 Phe Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 485 490 495 Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr Asn Pro His 500 505 510 Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 515 520 525 Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala Ile 530 535 540 Lys His Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu Leu Lys Val 545 550 555 560 Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gln Gly Gly 565 570 575 Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg Glu Thr Leu 580 585 590 Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu Ile Lys Lys 595 600 605 His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu Tyr Phe Lys 610 615 620 Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 625 630 635 640 Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr Glu Tyr 645 650 655 Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg Leu Glu 660 665 670 Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 675 680 685 Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln Asp Ile Met 690 695 700 Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu 705 710 715 720 Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 725 730 735 Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr Leu Pro Met 740 745 750 Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu Val Gln 755 760 765 Tyr His Glu Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu Glu Gln Thr 770 775 780 Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 785 790 795 800 Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp Thr Gln Lys 805 810 815 His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu Ile Tyr Gln 820 825 830 Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys 835 840 845 Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 850 855 860 Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 865 870 875 880 Thr Asp Lys His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 885 890 895 His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro Ile Leu 900 905 910 Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 915 920 925 Ile Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val 930 935 940 Lys Ser Gln Ile 945 <210> 379 <211> 1139 <212> PRT <213> Prevotella pleuritidis <400> 379 Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Ala Cys Tyr Thr Leu Asn 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Thr Leu Glu Leu Lys Asn Lys 35 40 45 Lys Asn Gln Glu Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile 50 55 60 Lys Thr His Trp Ala Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Asp Arg 65 70 75 80 Leu Arg Glu Leu Met Ile Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Ile 85 90 95 Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys Gln 100 105 110 Ala Lys Ala Gln Ser Phe Lys Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe 115 120 125 Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 130 135 140 Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys 145 150 155 160 Met Tyr Asn Thr Phe Asp Ala Ser Ile Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr 165 170 175 Gln Tyr Asn Lys Asp Ile Asp Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu 180 185 190 Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly 195 200 205 Lys Ile Thr Lys Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 210 215 220 Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Phe Arg Gly Phe Lys Asp 225 230 235 240 Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 245 250 255 Arg Met Leu Leu Pro Lys Ile Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp 260 265 270 Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser 275 280 285 Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 290 295 300 Phe Asp Ser Ile Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Arg 305 310 315 320 Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 325 330 335 Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp 340 345 350 Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Lys 355 360 365 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile 370 375 380 Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg Pro Asp Lys Trp Gln Ala Ile Ile 385 390 395 400 Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr Ile Ser Glu 405 410 415 Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe 420 425 430 Arg Asn Asp Asn Asn Asp Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 435 440 445 Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Asn Leu Asp Lys Pro Tyr Gln Ala Glu 450 455 460 Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu 465 470 475 480 Leu Leu Lys Met Glu Asn Thr Asp Asn Asp Lys Glu Asp Asn Glu Val 485 490 495 Gly Thr Lys Lys Lys Gly Asn Lys Asn Asn Lys Gln Glu Lys His Lys 500 505 510 Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Lys Asp Ile Tyr Ala Leu Tyr 515 520 525 Asp Ala Phe Thr Asn Gly Glu Ile Asn Ser Ile Asp Glu Leu Ala Glu 530 535 540 Gln Arg Glu Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His Leu Pro Lys Gln Leu 545 550 555 560 Ile Val Ile Leu Lys Asn Lys Ser Lys Asp Met Ala Glu Lys Ala Asn 565 570 575 Arg Lys Gln Lys Glu Met Ile Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr 580 585 590 Leu Asp Lys Gln Val Lys Gly Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile 595 600 605 Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 610 615 620 Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn 625 630 635 640 Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu 645 650 655 Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val 660 665 670 Asn Leu Ile Lys Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Glu Asp Thr Lys 675 680 685 Trp Glu Glu Cys Tyr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Lys 690 695 700 Ala Lys Ile Lys Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys 705 710 715 720 Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr 725 730 735 Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe 740 745 750 Thr Glu Pro Ile Lys Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Glu 755 760 765 Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys 770 775 780 Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala Gln 785 790 795 800 Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn 805 810 815 Val Gly Asn Ile His Lys Pro Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu 820 825 830 Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr 835 840 845 Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 850 855 860 His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 865 870 875 880 Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Leu Thr Trp Leu Leu Cys Thr 885 890 895 Lys Leu Ile Asp Lys Leu Lys Ile Asp Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu 900 905 910 Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu 915 920 925 Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro Met Arg Leu Pro Val Thr 930 935 940 Val Tyr Glu Ile Asp Lys Ser Phe Asn Ile Val Lys Asp Lys Pro Leu 945 950 955 960 His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly 965 970 975 Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser 980 985 990 Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro Ile Ser 995 1000 1005 Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Ala Tyr Gln Lys Ala Arg 1010 1015 1020 Ile Asp Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu Ile 1025 1030 1035 Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu 1040 1045 1050 Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu 1055 1060 1065 Gln Asn Asp Val Gly Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser 1070 1075 1080 His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asn Ser Glu Val Phe Lys Gly Met 1085 1090 1095 Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp Ile Pro Glu Lys Glu Gly Leu 1100 1105 1110 Gly Ile Ala Lys Gln Leu Lys Asp Lys Ile Lys Glu Thr Ile Glu 1115 1120 1125 Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Glu Ile Arg Asn 1130 1135 <210> 380 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 380 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 381 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 381 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asn Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 382 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 382 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 383 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 383 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Ile Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Ile Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 384 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 384 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 385 <211> 1133 <212> PRT <213> Prevotella falsenii <400> 385 Met Lys Asn Asp Asn Asn Ser Thr Lys Ser Thr Asp Tyr Thr Leu Gly 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys 35 40 45 Lys Asp Gln Glu Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile 50 55 60 Lys Thr Leu Trp Gly Lys Val Asp Thr Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg 65 70 75 80 Leu Arg Glu Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr 85 90 95 Tyr Gln Gln Ser Ser Thr Asn Asn Thr Lys Gln Lys Glu Glu Glu Gln 100 105 110 Ala Lys Ala Gln Ser Phe Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe 115 120 125 Leu Glu Lys Leu Arg Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys His 130 135 140 Ser Lys Ser Leu Glu Glu Pro Lys Leu Glu Glu Lys Leu Leu Glu Asn 145 150 155 160 Met Tyr Asn Ile Phe Asp Thr Asn Val Gln Leu Val Ile Lys Asp Tyr 165 170 175 Glu His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Gly 180 185 190 Arg Ala Glu Gly Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 195 200 205 Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 210 215 220 Lys Lys Asp Ala Ile Trp Ala Gln Thr Lys Ile Lys Gly Phe Lys Asp 225 230 235 240 Asn Arg Glu Asn Lys Gln Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 245 250 255 Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp 260 265 270 Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser 275 280 285 Leu Tyr Lys Arg Leu Gln Gly Glu Lys Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro 290 295 300 Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys 305 310 315 320 Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 325 330 335 Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp 340 345 350 Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Lys 355 360 365 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile 370 375 380 Gln Glu Phe Ala Lys Glu Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val 385 390 395 400 Lys Asp Leu Asp Thr Phe Glu Glu Ser Asn Glu Pro Tyr Ile Ser Glu 405 410 415 Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Asn 420 425 430 Lys Asn Lys Lys Lys Lys Lys Thr Ile Trp Pro Ser Leu Glu Thr Lys 435 440 445 Thr Thr Val Asn Glu Arg Ser Lys Tyr Asn Leu Gly Lys Ser Phe Lys 450 455 460 Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr 465 470 475 480 Tyr Leu Leu Leu Asn Lys Glu Glu Pro Asn Asn Gly Lys Ile Asn Ala 485 490 495 Ser Lys Val Glu Gly Ile Ile Glu Lys Lys Ile Arg Asp Ile Tyr Lys 500 505 510 Leu Tyr Gly Ala Phe Ala Asn Glu Glu Ile Asn Asn Glu Glu Glu Leu 515 520 525 Lys Glu Tyr Cys Glu Gly Lys Asp Ile Ala Ile Arg His Leu Pro Lys 530 535 540 Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asn Glu Tyr Lys Asp Met Ala Lys Lys 545 550 555 560 Ala Glu Asp Lys Gln Lys Lys Met Ile Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu 565 570 575 Ala Ala Leu Asp Lys Gln Val Lys Gly Glu Val Glu Asp Gly Gly Arg 580 585 590 Asn Ile Lys Pro Leu Lys Ser Gly Arg Ile Ala Ser Trp Leu Val Asn 595 600 605 Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Arg Asp Arg Asp Gly Tyr Pro 610 615 620 Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu Leu Gln Arg 625 630 635 640 Thr Leu Ala Leu Phe Gly Ser Glu Arg Glu Arg Leu Ala Pro Tyr Phe 645 650 655 Arg Gln Met Asn Leu Ile Gly Lys Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Lys 660 665 670 Asp Thr Lys Trp Lys Glu His Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser 675 680 685 Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Gly Ser Leu Lys Pro Glu Asp 690 695 700 Trp Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn 705 710 715 720 Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg 725 730 735 Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Ile Arg His Gln Asn 740 745 750 Glu Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Lys Asp Phe Asp Arg Ile Gly Leu 755 760 765 Val Ala Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Asp Tyr Gln Lys Glu 770 775 780 Ile Glu Asp Tyr Val Gln Pro Phe Tyr Gly Tyr Pro Phe Asn Val Gly 785 790 795 800 Asn Ile His Asn Ser Gln Glu Gly Thr Phe Leu Asn Lys Lys Glu Arg 805 810 815 Glu Glu Leu Trp Lys Gly Asn Lys Thr Lys Phe Lys Asp Tyr Lys Thr 820 825 830 Lys Glu Lys Asn Lys Glu Lys Thr Asn Lys Asp Lys Phe Lys Lys Lys 835 840 845 Thr Asp Glu Glu Lys Glu Glu Phe Arg Ser Tyr Leu Asp Phe Gln Ser 850 855 860 Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile 865 870 875 880 Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Ile Asp 885 890 895 Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp 900 905 910 Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile Met 915 920 925 Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Thr Asp Asp Ser Asn Asn 930 935 940 Ile Ile Lys Asp Lys Pro Leu His Thr Ile Tyr Ile Lys Glu Ala Glu 945 950 955 960 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 965 970 975 Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Glu Thr Ser Ser Glu Ala Glu 980 985 990 Leu Lys Ser Lys Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 995 1000 1005 Glu Tyr Gln Arg Ala Arg Val Glu Ile Ile Lys Asp Met Leu Arg 1010 1015 1020 Leu Glu Glu Thr Leu Ile Gly Asn Asp Glu Lys Leu Pro Thr Asn 1025 1030 1035 Lys Phe Arg Gln Met Leu Asp Lys Trp Leu Glu His Lys Lys Glu 1040 1045 1050 Thr Asp Asp Thr Asp Leu Lys Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr Glu 1055 1060 1065 Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asp Arg 1070 1075 1080 Ile Ala Phe Ala Asn Ile Lys Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn 1085 1090 1095 Thr Ser Asn Glu Glu Gly Leu Gly Ile Ala Lys Lys Leu Lys Asp 1100 1105 1110 Lys Thr Lys Glu Thr Ile Asp Arg Ile Ile Glu Ile Glu Glu Gln 1115 1120 1125 Thr Ala Thr Lys Arg 1130 <210> 386 <211> 1116 <212> PRT <213> Prevotella pleuritidis <400> 386 Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Thr Cys Tyr Thr Leu Asn 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Ile Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Glu Ile Arg Gln Ile 35 40 45 Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp Ile Lys Ala Leu Trp Gln Lys Val 50 55 60 Asp Lys Asp Ile Asn Gln Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Ile Lys 65 70 75 80 His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Ile Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp 85 90 95 Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys Gln Ala Lys Ala Gln Ser Phe Lys 100 105 110 Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala 115 120 125 Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Ser Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro 130 135 140 Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Thr Phe Gly Val 145 150 155 160 Ser Ile Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gln Tyr Asn Lys Asp Ile Asp 165 170 175 Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr 180 185 190 Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly Lys Ile Thr Lys Asn Gly Leu 195 200 205 Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met 210 215 220 Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys 225 230 235 240 Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Ile 245 250 255 Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu 260 265 270 Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly 275 280 285 Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Ser Ile Asp Glu Asp 290 295 300 Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Arg Asn Thr Leu Val Arg His Gln 305 310 315 320 Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile 325 330 335 Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser 340 345 350 Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Asp Asn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr 355 360 365 His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Ala Lys Gln Lys 370 375 380 Arg Pro Asn Glu Trp Gln Ala Leu Val Lys Asp Leu Asp Ile Tyr Glu 385 390 395 400 Thr Ser Asn Glu Gln Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu 405 410 415 Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Lys Asn Lys Lys Asp Lys Ile 420 425 430 Trp Pro Ser Leu Glu Thr Asn Gly Lys Glu Asn Glu Lys Ser Lys Tyr 435 440 445 Asn Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Ile His Glu 450 455 460 Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Asp Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro 465 470 475 480 Asn Asn Asp Glu Lys Asn Ala Ser Ile Val Glu Gly Phe Ile Lys Lys 485 490 495 Glu Ile Lys Arg Met Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Glu Glu 500 505 510 Ile Asn Ser Lys Glu Gly Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Asn Lys Gly Phe 515 520 525 Gln Glu Arg His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Thr Asn Lys 530 535 540 Ser Lys Asn Met Ala Glu Lys Ala Lys Arg Lys Gln Lys Glu Met Ile 545 550 555 560 Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr Leu Asp Lys Gln Val Lys Gly 565 570 575 Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu 580 585 590 Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Ser Val Gln 595 600 605 Lys Asp Lys Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr 610 615 620 Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Gln 625 630 635 640 Lys Pro Thr Pro Tyr Phe Ile Gln Val Asn Leu Ile Lys Ser Ser Asn 645 650 655 Pro His Pro Phe Leu Glu Glu Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile 660 665 670 Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu 675 680 685 Ser Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu 690 695 700 Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn 705 710 715 720 Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Lys Glu Trp 725 730 735 Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala 740 745 750 Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys 755 760 765 Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro 785 790 795 800 Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys 820 825 830 Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 835 840 845 Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln 850 855 860 Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys 865 870 875 880 Ile Asp Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp 885 890 895 Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg 900 905 910 Ile Met Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Lys Ser 915 920 925 Phe Asn Ile Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr Ile Tyr Ile Glu Glu 930 935 940 Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 945 950 955 960 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu 965 970 975 Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 980 985 990 Leu Gly Ala Tyr Gln Lys Ala Arg Ile Asp Ile Ile Lys Asp Met Leu 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Thr Leu Ile Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr 1010 1015 1020 Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly 1025 1030 1035 Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu Gln Asn Asp Val Asp Leu Leu Val 1040 1045 1050 Ala Ile Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asn 1055 1060 1065 Ser Glu Val Phe Lys Gly Met Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp 1070 1075 1080 Ile Pro Glu Lys Glu Gly Leu Gly Ile Ala Lys Gln Leu Lys Asp 1085 1090 1095 Lys Ile Lys Glu Thr Ile Glu Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Glu 1100 1105 1110 Ile Arg Asn 1115 <210> 387 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 387 Met Thr Glu Gln Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Ile Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asp Thr Leu Asp 530 535 540 Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Val 1115 <210> 388 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 388 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Ser Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asn Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Asp Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 389 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 389 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Val Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asn Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val 995 1000 1005 Phe Glu Leu Thr Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 390 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 390 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Lys Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Ser Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asn Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Asn Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Glu Asn Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Gly Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 391 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 391 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Ser Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Val 1175 <210> 392 <211> 1119 <212> PRT <213> Poprhyromonas gulae <400> 392 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Phe Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Thr Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Trp Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Ile 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 393 <211> 1174 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 393 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Leu Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Cys Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Thr Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Thr Ile Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Lys 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Asp Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Met Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Lys Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asn Thr 995 1000 1005 Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg 1010 1015 1020 Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala 1025 1030 1035 Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu 1040 1045 1050 Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr Leu 1055 1060 1065 Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro Asp 1070 1075 1080 Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu Leu 1085 1090 1095 Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile Ala 1100 1105 1110 Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Glu 1115 1120 1125 Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro Asp 1130 1135 1140 Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu Ser 1145 1150 1155 Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile Gln 1160 1165 1170 Ala <210> 394 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 394 Met Asn Thr Val Pro Ala Thr Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Ile Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Cys Phe Asp Pro Asp Ser Gly Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Lys Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Ala Tyr Thr Phe Ala Cys Glu Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Leu Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 395 <211> 1218 <212> PRT <213> Capnocytophaga cynodegmi <400> 395 Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Pro Phe 1 5 10 15 Lys Pro Gln Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Leu Asn Ala Ala Met 20 25 30 Glu Asn Ile Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 35 40 45 Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala Ile Phe Lys Glu Asn 50 55 60 Ile Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 65 70 75 80 Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro Ile Lys Glu 85 90 95 Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Arg Gly Ile Ile Lys Ala Val 100 105 110 Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 115 120 125 Ile Thr Asp Glu Ile Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 130 135 140 Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Ile Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 145 150 155 160 Ile Leu Lys Lys Ser Ile Glu Lys Gln Leu Asp Ile Leu Cys Gln Lys 165 170 175 Lys Leu Glu Tyr Leu Lys Asp Thr Ala Arg Lys Ile Glu Glu Lys Arg 180 185 190 Arg Asn Gln Arg Glu Arg Gly Glu Lys Lys Leu Val Pro Arg Phe Glu 195 200 205 Tyr Ser Asp Arg Arg Asp Asp Leu Ile Ala Ala Ile Tyr Asn Asp Ala 210 215 220 Phe Asp Val Tyr Ile Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 225 230 235 240 Lys Thr Lys Tyr Asn Thr Glu Ser Tyr Pro Gln Gln Glu Glu Gly Asp 245 250 255 Leu Lys Ile Pro Ile Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 260 265 270 Phe Leu Ser Lys Gln Glu Val His Ala Phe Lys Ser Lys Ile Ala Gly 275 280 285 Phe Lys Ala Thr Val Ile Asp Glu Ala Thr Val Ser His Arg Lys Asn 290 295 300 Ser Ile Cys Phe Met Ala Thr His Glu Ile Phe Ser His Leu Ala Tyr 305 310 315 320 Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu Ile Asn Tyr Ser Glu 325 330 335 Ala Glu Asn Ala Glu Gln Leu Ser Ile Tyr Ala Lys Glu Thr Leu Met 340 345 350 Met Gln Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Val Val Tyr Gln 355 360 365 Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 370 375 380 Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met Glu Glu Glu Gln 385 390 395 400 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Lys Phe Asn Tyr 405 410 415 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln Phe Pro Thr Leu Arg 420 425 430 Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp Ser Arg Pro Lys Glu 435 440 445 His Leu Ile Ser Asp Arg Arg Ile Lys Glu Lys Ile Thr Val Phe Gly 450 455 460 Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu Phe Ile Lys Asn Thr 465 470 475 480 Glu Thr Asn Glu Asp Arg Lys His Tyr Trp Glu Val Phe Pro Asn Pro 485 490 495 Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val Asn Asp Lys Asp Phe 500 505 510 Pro Ile Ala Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys Gln Pro Thr Ala Gly 515 520 525 Lys Ile Gly Ile Lys Val Asn Leu Leu Asn Gln Lys Tyr Ile Ser Glu 530 535 540 Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gln Leu Lys Gln Arg Asn Asn Lys 545 550 555 560 Pro Ser Ile Gln Asn Ile Ile Glu Glu Ile Val Pro Ile Asn Gly Ser 565 570 575 Asn Pro Lys Glu Ile Ile Val Phe Gly Gly Gln Pro Thr Ala Tyr Leu 580 585 590 Ser Met Asn Asp Ile His Ser Ile Leu Tyr Glu Phe Phe Asp Lys Trp 595 600 605 Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys Gly Glu Lys Glu Leu Arg 610 615 620 Lys Glu Ile Gly Lys Glu Leu Glu Glu Lys Ile Val Gly Lys Ile Gln 625 630 635 640 Thr Gln Ile Gln Gln Ile Ile Asp Lys Asp Ile Asn Ala Lys Ile Leu 645 650 655 Lys Pro Tyr Gln Asp Asp Asp Ser Thr Ala Ile Asp Lys Glu Lys Leu 660 665 670 Ile Lys Asp Leu Lys Gln Glu Gln Lys Ile Leu Gln Lys Leu Lys Asn 675 680 685 Glu Gln Thr Ala Arg Glu Lys Glu Tyr Gln Glu Cys Ile Ala Tyr Gln 690 695 700 Glu Glu Ser Arg Lys Ile Lys Arg Ser Asp Lys Ser Arg Gln Lys Tyr 705 710 715 720 Leu Arg Asn Gln Leu Lys Arg Lys Tyr Pro Glu Val Pro Thr Arg Lys 725 730 735 Glu Ile Leu Tyr Tyr Gln Glu Lys Gly Lys Val Ala Val Trp Leu Ala 740 745 750 Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Thr Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys 755 760 765 Gly Glu Gln His Ser Leu Leu Gln Lys Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln 770 775 780 Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu Pro Gln Gln Lys Val Phe Lys 785 790 795 800 His Leu Pro Phe Glu Leu Gly Gly His Phe Gln Gln Lys Tyr Leu Tyr 805 810 815 Gln Phe Tyr Thr Arg Tyr Leu Asp Lys Arg Leu Glu His Ile Ser Gly 820 825 830 Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Asn Glu Asn Lys Val Phe Lys 835 840 845 Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu Lys Lys Gln Asn Tyr Thr 850 855 860 His Lys Gly Leu Asp Ala Gln Ala Gln Ser Val Leu Gly Tyr Pro Ile 865 870 875 880 Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys Pro Thr Ile Ile Lys Gly 885 890 895 Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ser Leu Phe Thr Asp Trp Phe Arg Tyr 900 905 910 Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe Gln Thr Phe Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr 915 920 925 Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala Asp Arg Lys Arg Glu Thr 930 935 940 Lys Ile Tyr Gln Gln Lys Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Leu Met Ala 945 950 955 960 Lys His Ile Phe Lys Ser Val Phe Lys Gln Asp Ser Ile Asp Arg Phe 965 970 975 Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu Glu Arg Leu Glu Asn Gln 980 985 990 Glu Lys Ala Lys Gln Thr Gly Glu Arg Asn Thr Asn Tyr Ile Trp Asn 995 1000 1005 Lys Thr Val Asp Leu Asn Leu Cys Asp Gly Lys Val Thr Val Glu 1010 1015 1020 Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asn Phe Ile Lys Tyr Glu Tyr 1025 1030 1035 Asp Gln Arg Val Gln Thr Phe Leu Lys Tyr Glu Glu Asn Ile Lys 1040 1045 1050 Trp Gln Ala Phe Leu Ile Lys Glu Ser Lys Glu Glu Glu Asn Tyr 1055 1060 1065 Pro Tyr Ile Val Glu Arg Glu Ile Glu Gln Tyr Glu Lys Val Arg 1070 1075 1080 Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His Leu Ile Glu Glu Tyr Ile 1085 1090 1095 Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu Ile Leu Lys Lys Gly Asp Asn 1100 1105 1110 Gln Asn Phe Lys Tyr Tyr Ile Leu Asn Gly Leu Leu Lys Gln Leu 1115 1120 1125 Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys Val Phe Asn Leu Asn Thr 1130 1135 1140 Lys Pro Glu Asp Val Asn Ile Asn Gln Leu Lys Gln Glu Ala Thr 1145 1150 1155 Asp Leu Glu Gln Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr Ile Arg Asn Lys 1160 1165 1170 Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 1175 1180 1185 Gln Glu Lys Tyr Gly Lys Ile Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu 1190 1195 1200 Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu Met Lys 1205 1210 1215 <210> 396 <211> 1090 <212> PRT <213> Prevotella sp. P5-119 <400> 396 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Ile Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met Ile Ser 145 150 155 160 Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Asn Ile Lys Lys Ile Thr 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Phe Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Ile Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Leu Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 290 295 300 Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Thr Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Val Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Ser Asp Lys Gly Ser Ser Ala Pro Leu Leu Pro Leu Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Gln Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Leu Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asp 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Cys Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Arg Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asn Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Lys Arg Asn Tyr His 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Val Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asp Ile Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser Ile Leu Lys Ile Leu Leu Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asn Ile Asn Lys Glu Gln Ser Asp Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Ile Val Glu 1055 1060 1065 Ile Lys Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 397 <211> 1090 <212> PRT <213> Prevotella sp. P4-76 <400> 397 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Gln Ala Ser His Tyr Lys Thr Tyr Asp Glu Lys Leu Ile Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met Ile Asn 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Phe Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Ile Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Gln Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Ile Lys Arg Cys Pro Asn Glu 290 295 300 Leu Phe Glu Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asn Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Ser Asp Glu Glu Thr Pro Ala Pro Leu Leu Pro Val Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Lys Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Ile Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Ala Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asn 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Ile Gly Leu Ser Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Asp Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asn Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 Ser Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Val Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asp Thr Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser Ile Leu Lys Ile Leu Leu Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asn Ile Asn Lys Glu Gln Ser Asp Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 1055 1060 1065 Ile Arg Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 398 <211> 1090 <212> PRT <213> Prevotella sp. P5-60 <400> 398 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Ile Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Phe Ser Gly Met Ile Ser 145 150 155 160 Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Ala Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Asn Arg Tyr Lys Phe Thr 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Ser Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Thr Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Leu Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Gln Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 290 295 300 Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Glu Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Ser Asp Glu Glu Asn Pro Thr Pro Leu Leu Pro Val Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Glu 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Ile Asp Val His Asp Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Gln Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Met Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asp 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Ile Gly Leu Ser Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asn Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 His Cys Phe Thr Ser Ile Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Ile Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Ile Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Gly Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asn Thr Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Pro Ala Arg Val Asp Arg Lys 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Trp Ser Ile Leu Asp Val Leu Ser Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asp Ile Asn Asn Glu Gln Ser Tyr Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Ile Val Glu 1055 1060 1065 Ile Lys Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 399 <211> 1131 <212> PRT <213> Phaeodactylibacter xiamenensis <400> 399 Met Thr Asn Thr Pro Lys Arg Arg Thr Leu His Arg His Pro Ser Tyr 1 5 10 15 Phe Gly Ala Phe Leu Asn Ile Ala Arg His Asn Ala Phe Met Ile Met 20 25 30 Glu His Leu Ser Thr Lys Tyr Asp Met Glu Asp Lys Asn Thr Leu Asp 35 40 45 Glu Ala Gln Leu Pro Asn Ala Lys Leu Phe Gly Cys Leu Lys Lys Arg 50 55 60 Tyr Gly Lys Pro Asp Val Thr Glu Gly Val Ser Arg Asp Leu Arg Arg 65 70 75 80 Tyr Phe Pro Phe Leu Asn Tyr Pro Leu Phe Leu His Leu Glu Lys Gln 85 90 95 Gln Asn Ala Glu Gln Ala Ala Thr Tyr Asp Ile Asn Pro Glu Asp Ile 100 105 110 Glu Phe Thr Leu Lys Gly Phe Phe Arg Leu Leu Asn Gln Met Arg Asn 115 120 125 Asn Tyr Ser His Tyr Ile Ser Asn Thr Asp Tyr Gly Lys Phe Asp Lys 130 135 140 Leu Pro Val Gln Asp Ile Tyr Glu Ala Ala Ile Phe Arg Leu Leu Asp 145 150 155 160 Arg Gly Lys His Thr Lys Arg Phe Asp Val Phe Glu Ser Lys His Thr 165 170 175 Arg His Leu Glu Ser Asn Asn Ser Glu Tyr Arg Pro Arg Ser Leu Ala 180 185 190 Asn Ser Pro Asp His Glu Asn Thr Val Ala Phe Val Thr Cys Leu Phe 195 200 205 Leu Glu Arg Lys Tyr Ala Phe Pro Phe Leu Ser Arg Leu Asp Cys Phe 210 215 220 Arg Ser Thr Asn Asp Ala Ala Glu Gly Asp Pro Leu Ile Arg Lys Ala 225 230 235 240 Ser His Glu Cys Tyr Thr Met Phe Cys Cys Arg Leu Pro Gln Pro Lys 245 250 255 Leu Glu Ser Ser Asp Ile Leu Leu Asp Met Val Asn Glu Leu Gly Arg 260 265 270 Cys Pro Ser Ala Leu Tyr Asn Leu Leu Ser Glu Glu Asp Gln Ala Arg 275 280 285 Phe His Ile Lys Arg Glu Glu Ile Thr Gly Phe Glu Glu Asp Pro Asp 290 295 300 Glu Glu Leu Glu Gln Glu Ile Val Leu Lys Arg His Ser Asp Arg Phe 305 310 315 320 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Asp Thr Glu Ala Phe Gln Thr 325 330 335 Leu Arg Phe Asp Val Tyr Leu Gly Arg Trp Arg Thr Lys Pro Val Tyr 340 345 350 Lys Lys Arg Ile Tyr Gly Gln Glu Arg Asp Arg Val Leu Thr Gln Ser 355 360 365 Ile Arg Thr Phe Thr Arg Leu Ser Arg Leu Leu Pro Ile Tyr Glu Asn 370 375 380 Val Lys His Asp Ala Val Arg Gln Asn Glu Glu Asp Gly Lys Leu Val 385 390 395 400 Asn Pro Asp Val Thr Ser Gln Phe His Lys Ser Trp Ile Gln Ile Glu 405 410 415 Ser Asp Asp Arg Ala Phe Leu Ser Asp Arg Ile Glu His Phe Ser Pro 420 425 430 His Tyr Asn Phe Gly Asp Gln Val Ile Gly Leu Lys Phe Ile Asn Pro 435 440 445 Asp Arg Tyr Ala Ala Ile Gln Asn Val Phe Pro Lys Leu Pro Gly Glu 450 455 460 Glu Lys Lys Asp Lys Asp Ala Lys Leu Val Asn Glu Thr Ala Asp Ala 465 470 475 480 Ile Ile Ser Thr His Glu Ile Arg Ser Leu Phe Leu Tyr His Tyr Leu 485 490 495 Ser Lys Lys Pro Ile Ser Ala Gly Asp Glu Arg Arg Phe Ile Gln Val 500 505 510 Asp Thr Glu Thr Phe Ile Lys Gln Tyr Ile Asp Thr Ile Lys Leu Phe 515 520 525 Phe Glu Asp Ile Lys Ser Gly Glu Leu Gln Pro Ile Ala Asp Pro Pro 530 535 540 Asn Tyr Gln Lys Asn Glu Pro Leu Pro Tyr Val Arg Gly Asp Lys Glu 545 550 555 560 Lys Thr Gln Glu Glu Arg Ala Gln Tyr Arg Glu Arg Gln Lys Glu Ile 565 570 575 Lys Glu Arg Arg Lys Glu Leu Asn Thr Leu Leu Gln Asn Arg Tyr Gly 580 585 590 Leu Ser Ile Gln Tyr Ile Pro Ser Arg Leu Arg Glu Tyr Leu Leu Gly 595 600 605 Tyr Lys Lys Val Pro Tyr Glu Lys Leu Ala Leu Gln Lys Leu Arg Ala 610 615 620 Gln Arg Lys Glu Val Lys Lys Arg Ile Lys Asp Ile Glu Lys Met Arg 625 630 635 640 Thr Pro Arg Val Gly Glu Gln Ala Thr Trp Leu Ala Glu Asp Ile Val 645 650 655 Phe Leu Thr Pro Pro Lys Met His Thr Pro Glu Arg Lys Thr Thr Lys 660 665 670 His Pro Gln Lys Leu Asn Asn Asp Gln Phe Arg Ile Met Gln Ser Ser 675 680 685 Leu Ala Tyr Phe Ser Val Asn Lys Lys Ala Ile Lys Lys Phe Phe Gln 690 695 700 Lys Glu Thr Gly Ile Gly Leu Ser Asn Arg Glu Thr Ser His Pro Phe 705 710 715 720 Leu Tyr Arg Ile Asp Val Gly Arg Cys Arg Gly Ile Leu Asp Phe Tyr 725 730 735 Thr Gly Tyr Leu Lys Tyr Lys Met Asp Trp Leu Asp Asp Ala Ile Lys 740 745 750 Lys Val Asp Asn Arg Lys His Gly Lys Lys Glu Ala Lys Lys Tyr Glu 755 760 765 Lys Tyr Leu Pro Ser Ser Ile Gln His Lys Thr Pro Leu Glu Leu Asp 770 775 780 Tyr Thr Arg Leu Pro Val Tyr Leu Pro Arg Gly Leu Phe Lys Lys Ala 785 790 795 800 Ile Val Lys Ala Leu Ala Ala His Ala Asp Phe Gln Val Glu Pro Glu 805 810 815 Glu Asp Asn Val Ile Phe Cys Leu Asp Gln Leu Leu Asp Gly Asp Thr 820 825 830 Gln Asp Phe Tyr Asn Trp Gln Arg Tyr Tyr Arg Ser Ala Leu Thr Glu 835 840 845 Lys Glu Thr Asp Asn Gln Leu Val Leu Ala His Pro Tyr Ala Glu Gln 850 855 860 Ile Leu Gly Thr Ile Lys Thr Leu Glu Gly Lys Gln Lys Asn Asn Lys 865 870 875 880 Leu Gly Asn Lys Ala Lys Gln Lys Ile Lys Asp Glu Leu Ile Asp Leu 885 890 895 Lys Arg Ala Lys Arg Arg Leu Leu Asp Arg Glu Gln Tyr Leu Arg Ala 900 905 910 Val Gln Ala Glu Asp Arg Ala Leu Trp Leu Met Ile Gln Glu Arg Gln 915 920 925 Lys Gln Lys Ala Glu His Glu Glu Ile Ala Phe Asp Gln Leu Asp Leu 930 935 940 Lys Asn Ile Thr Lys Ile Leu Thr Glu Ser Ile Asp Ala Arg Leu Arg 945 950 955 960 Ile Pro Asp Thr Lys Val Asp Ile Thr Asp Lys Leu Pro Leu Arg Arg 965 970 975 Tyr Gly Asp Leu Arg Arg Val Ala Lys Asp Arg Arg Leu Val Asn Leu 980 985 990 Ala Ser Tyr Tyr His Val Ala Gly Leu Ser Glu Ile Pro Tyr Asp Leu 995 1000 1005 Val Lys Lys Glu Leu Glu Glu Tyr Asp Arg Arg Arg Val Ala Phe 1010 1015 1020 Phe Glu His Val Tyr Gln Phe Glu Lys Glu Val Tyr Asp Arg Tyr 1025 1030 1035 Ala Ala Glu Leu Arg Asn Glu Asn Pro Lys Gly Glu Ser Thr Tyr 1040 1045 1050 Phe Ser His Trp Glu Tyr Val Ala Val Ala Val Lys His Ser Ala 1055 1060 1065 Asp Thr His Phe Asn Glu Leu Phe Lys Glu Lys Val Met Gln Leu 1070 1075 1080 Arg Asn Lys Phe His His Asn Glu Phe Pro Tyr Phe Asp Trp Leu 1085 1090 1095 Leu Pro Glu Val Glu Lys Ala Ser Ala Ala Leu Tyr Ala Asp Arg 1100 1105 1110 Val Phe Asp Val Ala Glu Gly Tyr Tyr Gln Lys Met Arg Lys Leu 1115 1120 1125 Met Arg Gln 1130 <210> 400 <211> 1155 <212> PRT <213> Flavobacterium sp. 316 <400> 400 Met Asp Asn Asn Ile Thr Val Glu Lys Thr Glu Leu Gly Leu Gly Ile 1 5 10 15 Thr Tyr Asn His Asp Lys Val Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Phe 20 25 30 Phe Asn Leu Ala Gln Asn Asn Ile Asp Leu Val Ala Gln Glu Phe Lys 35 40 45 Lys Arg Leu Leu Ile Gln Gly Lys Asp Ser Ile Asn Ile Phe Ala Asn 50 55 60 Tyr Phe Ser Asp Gln Cys Ser Ile Thr Asn Leu Glu Arg Gly Ile Lys 65 70 75 80 Ile Leu Ala Glu Tyr Phe Pro Val Val Ser Tyr Ile Asp Leu Asp Glu 85 90 95 Lys Asn Lys Ser Lys Ser Ile Arg Glu His Leu Ile Leu Leu Leu Glu 100 105 110 Thr Ile Asn Asn Leu Arg Asn Tyr Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Lys 115 120 125 Ile Ile Ile Asp Gly Ser Leu Phe Pro Leu Leu Asp Thr Ile Leu Leu 130 135 140 Lys Val Val Leu Glu Ile Lys Lys Lys Lys Leu Lys Glu Asp Lys Thr 145 150 155 160 Lys Gln Leu Leu Lys Lys Gly Leu Glu Lys Glu Met Thr Ile Leu Phe 165 170 175 Asn Leu Met Lys Ala Glu Gln Lys Glu Lys Lys Ile Lys Gly Trp Asn 180 185 190 Ile Asp Glu Asn Ile Lys Gly Ala Val Leu Asn Arg Ala Phe Ser His 195 200 205 Leu Leu Tyr Asn Asp Glu Leu Ser Asp Tyr Arg Lys Ser Lys Tyr Asn 210 215 220 Thr Glu Asp Glu Thr Leu Lys Asp Thr Leu Thr Glu Ser Gly Ile Leu 225 230 235 240 Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Lys Glu Gln Glu Gln Leu Lys 245 250 255 Ala Asn Ile Lys Gly Tyr Lys Gly Lys Ile Ala Ser Ile Pro Asp Glu 260 265 270 Glu Ile Thr Leu Lys Asn Asn Ser Leu Arg Asn Met Ala Thr His Trp 275 280 285 Thr Tyr Ser His Leu Thr Tyr Lys Gly Leu Lys His Arg Ile Lys Thr 290 295 300 Asp His Glu Lys Glu Thr Leu Leu Val Asn Met Val Asp Tyr Leu Ser 305 310 315 320 Lys Val Pro His Glu Ile Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Gln Asn Lys Ser 325 330 335 Leu Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg Asp Asn Glu Glu Asn 340 345 350 His Asp Ser Ser Glu Ala Ser Arg Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys 355 360 365 Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Ala Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu 370 375 380 Phe Ala Glu Phe Pro Thr Leu Arg Phe Met Val Asn Val Gly Asn Tyr 385 390 395 400 Ile His Asp Asn Arg Lys Lys Asp Ile Gly Gly Thr Ser Leu Ile Thr 405 410 415 Asn Arg Thr Ile Lys Gln Gln Ile Asn Val Phe Gly Asn Leu Thr Glu 420 425 430 Ile His Lys Lys Lys Asn Asp Tyr Phe Glu Lys Glu Glu Asn Lys Glu 435 440 445 Lys Thr Leu Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr His Phe Gln 450 455 460 Lys Glu Asn Ile Pro Ile Phe Ile Asp Leu Glu Lys Ser Lys Glu Thr 465 470 475 480 Asn Asp Leu Ala Lys Glu Tyr Ala Lys Glu Lys Lys Lys Ile Phe Gly 485 490 495 Ser Ser Arg Lys Lys Gln Gln Asn Thr Ala Lys Lys Asn Arg Glu Thr 500 505 510 Ile Ile Asn Leu Val Phe Asp Lys Tyr Lys Thr Ser Asp Arg Lys Thr 515 520 525 Val Thr Phe Glu Gln Pro Thr Ala Leu Leu Ser Phe Asn Glu Leu Asn 530 535 540 Ser Phe Leu Tyr Ala Phe Leu Val Glu Asn Lys Thr Gly Lys Glu Leu 545 550 555 560 Glu Lys Ile Ile Ile Glu Lys Ile Ala Asn Gln Tyr Gln Ile Leu Lys 565 570 575 Asn Cys Ser Ser Thr Val Asp Lys Thr Asn Asp Asn Ile Pro Lys Ser 580 585 590 Ile Lys Lys Ile Val Asn Thr Thr Thr Asp Ser Phe Tyr Phe Glu Gly 595 600 605 Lys Lys Ile Asp Ile Glu Lys Leu Glu Lys Asp Ile Thr Ile Glu Ile 610 615 620 Glu Lys Thr Asn Glu Lys Leu Glu Thr Ile Lys Glu Asn Glu Glu Ser 625 630 635 640 Ala Gln Asn Tyr Lys Arg Asn Glu Arg Asn Thr Gln Lys Arg Lys Leu 645 650 655 Tyr Arg Lys Tyr Val Phe Phe Thr Asn Glu Ile Gly Ile Glu Ala Thr 660 665 670 Trp Ile Thr Asn Asp Ile Leu Arg Phe Leu Asp Asn Lys Glu Asn Trp 675 680 685 Lys Gly Tyr Gln His Ser Glu Leu Gln Lys Phe Ile Ser Gln Tyr Asp 690 695 700 Asn Tyr Lys Lys Glu Ala Leu Gly Leu Leu Glu Ser Glu Trp Asn Leu 705 710 715 720 Glu Ser Asp Ala Phe Phe Gly Gln Asn Leu Lys Arg Met Phe Gln Ser 725 730 735 Asn Ser Thr Phe Glu Thr Phe Tyr Lys Lys Tyr Leu Asp Asn Arg Lys 740 745 750 Asn Thr Leu Glu Thr Tyr Leu Ser Ala Ile Glu Asn Leu Lys Thr Met 755 760 765 Thr Asp Val Arg Pro Lys Val Leu Lys Lys Lys Trp Thr Glu Leu Phe 770 775 780 Arg Phe Phe Asp Lys Lys Ile Tyr Leu Leu Ser Thr Ile Glu Thr Lys 785 790 795 800 Ile Asn Glu Leu Ile Thr Lys Pro Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe 805 810 815 Glu Glu Lys Pro Thr Phe Ile Asn Gly Lys Asn Pro Asn Lys Glu Asn 820 825 830 Asn Gln His Leu Phe Ala Asn Trp Phe Ile Tyr Ala Lys Lys Gln Thr 835 840 845 Ile Leu Gln Asp Phe Tyr Asn Leu Pro Leu Glu Gln Pro Lys Ala Ile 850 855 860 Thr Asn Leu Lys Lys His Lys Tyr Lys Leu Glu Arg Ser Ile Asn Asn 865 870 875 880 Leu Lys Ile Glu Asp Ile Tyr Ile Lys Gln Met Val Asp Phe Leu Tyr 885 890 895 Gln Lys Leu Phe Glu Gln Ser Phe Ile Gly Ser Leu Gln Asp Leu Tyr 900 905 910 Thr Ser Lys Glu Lys Arg Glu Ile Glu Lys Gly Lys Ala Lys Asn Glu 915 920 925 Gln Thr Pro Asp Glu Ser Phe Ile Trp Lys Lys Gln Val Glu Ile Asn 930 935 940 Thr His Asn Gly Arg Ile Ile Ala Lys Thr Lys Ile Lys Asp Ile Gly 945 950 955 960 Lys Phe Lys Asn Leu Leu Thr Asp Asn Lys Ile Ala His Leu Ile Ser 965 970 975 Tyr Asp Asp Arg Ile Trp Asp Phe Ser Leu Asn Asn Asp Gly Asp Ile 980 985 990 Thr Lys Lys Leu Tyr Ser Ile Asn Thr Glu Leu Glu Ser Tyr Glu Thr 995 1000 1005 Ile Arg Arg Glu Lys Leu Leu Lys Gln Ile Gln Gln Phe Glu Gln 1010 1015 1020 Phe Leu Leu Glu Gln Glu Thr Glu Tyr Ser Ala Glu Arg Lys His 1025 1030 1035 Pro Glu Lys Phe Glu Lys Asp Cys Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr 1040 1045 1050 Ile Ile Glu Gly Val Leu Asn Lys Ile Ile Pro Asn His Glu Ile 1055 1060 1065 Glu Glu Ile Glu Ile Leu Lys Ser Lys Glu Asp Val Phe Lys Ile 1070 1075 1080 Asn Phe Ser Asp Ile Leu Ile Leu Asn Asn Asp Asn Ile Lys Lys 1085 1090 1095 Gly Tyr Leu Leu Ile Met Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln 1100 1105 1110 Leu Ile Asp Lys Asn Leu Phe Asn Phe Ser Leu Gln Leu Tyr Ser 1115 1120 1125 Lys Asn Glu Asn Glu Asn Phe Ser Glu Tyr Leu Asn Lys Val Cys 1130 1135 1140 Gln Asn Ile Ile Gln Glu Phe Lys Glu Lys Leu Lys 1145 1150 1155 <210> 401 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 401 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Val 1175 <210> 402 <211> 1145 <212> PRT <213> Chryseobacterium sp. YR477 <400> 402 Met Glu Thr Gln Thr Ile Gly His Gly Ile Ala Tyr Asp His Ser Lys 1 5 10 15 Ile Gln Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Glu Asn 20 25 30 Asn Ile Lys Ala Val Leu Lys Ala Phe Ser Glu Lys Phe Asn Val Gly 35 40 45 Asn Val Asp Val Lys Gln Phe Ala Asp Val Ser Leu Lys Asp Asn Leu 50 55 60 Pro Asp Asn Asp Phe Gln Lys Arg Val Ser Phe Leu Lys Met Tyr Phe 65 70 75 80 Pro Val Val Asp Phe Ile Asn Ile Pro Asn Asn Arg Ala Lys Phe Arg 85 90 95 Ser Asp Leu Thr Thr Leu Phe Lys Ser Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe 100 105 110 Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Pro Leu Asp Phe Asp Ala Ser Leu Phe 115 120 125 Ile Leu Leu Asp Asp Ile Phe Ala Arg Thr Ala Lys Glu Val Arg Asp 130 135 140 Gln Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gln Leu Leu Ser Lys Ser Leu 145 150 155 160 Ser Glu Glu Leu Gln Lys Gly Tyr Glu Leu Gln Leu Glu Arg Leu Lys 165 170 175 Glu Leu Asn Arg Leu Gly Lys Lys Val Asn Ile His Asp Gln Leu Gly 180 185 190 Ile Lys Asn Gly Val Leu Asn Asn Ala Phe Asn His Leu Ile Tyr Lys 195 200 205 Asp Gly Glu Ser Phe Lys Thr Lys Leu Thr Tyr Ser Ser Ala Leu Thr 210 215 220 Ser Phe Glu Ser Ala Glu Asn Gly Ile Glu Ile Ser Gln Ser Gly Leu 225 230 235 240 Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Lys Arg Lys Glu Ile Glu Asp Leu 245 250 255 Lys Asn Arg Asn Lys Gly Phe Lys Ala Lys Val Val Ile Asp Glu Asp 260 265 270 Gly Lys Val Asn Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser 275 280 285 Tyr Leu Cys Phe Lys Gly Leu Lys Ser Lys Leu Ser Thr Glu Phe His 290 295 300 Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Ile Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 305 310 315 320 Asp Glu Leu Tyr Cys Ala Phe Asp Lys Glu Thr Arg Asp Lys Phe Ile 325 330 335 Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Val Lys Glu Gly His Gln Asp Phe Ser Leu 340 345 350 Glu Asp Ala Lys Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 355 360 365 Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val Lys Phe 370 375 380 Pro Ser Leu Arg Phe Gln Val His Val Gly Asn Tyr Val His Asp Arg 385 390 395 400 Arg Ile Lys Asn Ile Asp Gly Thr Thr Phe Glu Thr Glu Arg Val Val 405 410 415 Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Ile Ser Ser Tyr 420 425 430 Lys Ala Gln Tyr Leu Ser Ser Val Ser Asp Lys His Asp Glu Thr Gly 435 440 445 Trp Glu Ile Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe Ile Asn Asn Asn Ile 450 455 460 Pro Ile His Ile Ser Val Asp Thr Ser Phe Lys Lys Glu Ile Ala Asp 465 470 475 480 Phe Lys Lys Leu Arg Arg Ala Gln Val Pro Asp Glu Leu Lys Ile Arg 485 490 495 Gly Ala Glu Lys Lys Arg Lys Phe Glu Ile Thr Gln Met Ile Gly Ser 500 505 510 Lys Ser Val Leu Asn Gln Glu Glu Pro Ile Ala Leu Leu Ser Leu Asn 515 520 525 Glu Ile Pro Ala Leu Leu Tyr Glu Ile Leu Ile Asn Gly Lys Glu Pro 530 535 540 Ala Glu Ile Glu Arg Ile Ile Lys Asp Lys Leu Asn Glu Arg Gln Asp 545 550 555 560 Val Ile Lys Asn Tyr Asn Pro Glu Asn Trp Leu Pro Ala Ser Gln Ile 565 570 575 Ser Arg Arg Leu Arg Ser Asn Lys Gly Glu Arg Ile Ile Asn Thr Asp 580 585 590 Lys Leu Leu Gln Leu Val Thr Lys Glu Leu Leu Val Thr Glu Gln Lys 595 600 605 Leu Lys Ile Ile Ser Asp Asn Arg Glu Ala Leu Lys Gln Lys Lys Glu 610 615 620 Gly Lys Tyr Ile Arg Lys Phe Ile Phe Thr Asn Ser Glu Leu Gly Arg 625 630 635 640 Glu Ala Ile Trp Leu Ala Asp Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Ala Asp 645 650 655 Val Arg Lys Glu Trp Lys Gly Tyr Gln His Ser Gln Leu Gln Gln Ser 660 665 670 Leu Ala Phe Tyr Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Leu Ala Ile Leu Glu 675 680 685 Ser Ser Trp Asn Leu Lys Asp Glu Lys Ile Ile Trp Asn Glu Trp Ile 690 695 700 Leu Lys Ser Phe Thr Gln Asn Lys Phe Phe Asp Ala Phe Tyr Asn Glu 705 710 715 720 Tyr Leu Lys Gly Arg Lys Lys Tyr Phe Ala Phe Leu Ser Glu His Ile 725 730 735 Val Gln Tyr Thr Ser Asn Ala Lys Asn Leu Gln Lys Phe Ile Lys Gln 740 745 750 Gln Met Pro Lys Asp Leu Phe Glu Lys Arg His Tyr Ile Ile Glu Asp 755 760 765 Leu Gln Thr Glu Lys Asn Lys Ile Leu Ser Lys Pro Phe Ile Phe Pro 770 775 780 Arg Gly Ile Phe Asp Lys Lys Pro Thr Phe Ile Lys Gly Val Lys Val 785 790 795 800 Glu Asp Ser Pro Glu Ser Phe Ala Asn Trp Tyr Gln Tyr Gly Tyr Gln 805 810 815 Lys Asp His Gln Phe Gln Lys Phe Tyr Asp Trp Lys Arg Asp Tyr Ser 820 825 830 Asp Val Phe Leu Glu His Leu Gly Lys Pro Phe Ile Asn Asn Gly Asp 835 840 845 Arg Arg Thr Leu Gly Met Glu Glu Leu Lys Glu Arg Ile Ile Ile Lys 850 855 860 Gln Asp Leu Lys Ile Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Leu Phe Leu Arg 865 870 875 880 Leu Ile Ala Glu Asn Leu Phe Gln Lys Val Phe Lys Tyr Ser Ala Lys 885 890 895 Leu Pro Leu Ser Asp Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg Met Glu Lys 900 905 910 Glu Asn Met Ala Ala Leu Gln Asn Val Arg Glu Glu Gly Asp Lys Ser 915 920 925 Pro Asn Ile Ile Lys Asp Asn Phe Ile Trp Ser Lys Met Ile Pro Tyr 930 935 940 Lys Lys Gly Gln Ile Ile Glu Asn Ala Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly 945 950 955 960 Lys Leu Asn Val Leu Ser Leu Asp Asp Lys Val Gln Thr Leu Leu Ser 965 970 975 Tyr Asp Asp Ala Lys Pro Trp Ser Lys Ile Ala Leu Glu Asn Glu Phe 980 985 990 Ser Ile Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val Ile Arg Arg Glu Lys Leu Phe 995 1000 1005 Lys Glu Ile Gln Gln Phe Glu Ser Glu Ile Leu Phe Arg Ser Gly 1010 1015 1020 Trp Asp Gly Ile Asn His Pro Ala Gln Leu Glu Asp Asn Arg Asn 1025 1030 1035 Pro Lys Phe Lys Met Tyr Ile Val Asn Gly Ile Leu Arg Lys Ser 1040 1045 1050 Ala Gly Leu Tyr Ser Gln Gly Glu Asp Ile Trp Phe Glu Tyr Asn 1055 1060 1065 Ala Asp Phe Asn Asn Leu Asp Ala Asp Val Leu Glu Thr Lys Ser 1070 1075 1080 Glu Leu Val Gln Leu Ala Phe Leu Val Thr Ala Ile Arg Asn Lys 1085 1090 1095 Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ala Lys Glu Phe Tyr Phe Tyr Ile 1100 1105 1110 Arg Ala Lys Tyr Gly Phe Ala Asp Glu Pro Ser Val Ala Leu Val 1115 1120 1125 Tyr Leu Asn Phe Thr Lys Tyr Ala Ile Asn Glu Phe Lys Lys Val 1130 1135 1140 Met Ile 1145 <210> 403 <211> 948 <212> PRT <213> Riemerella anatipestifer <400> 403 Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala Gln Arg Val Ile Phe Lys His Leu 1 5 10 15 Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 20 25 30 Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 35 40 45 Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 50 55 60 Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 65 70 75 80 Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 85 90 95 Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 100 105 110 Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 115 120 125 Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 130 135 140 Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 145 150 155 160 Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu Glu Glu Gln 165 170 175 Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 180 185 190 Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser Ile Arg 195 200 205 Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr Asp Lys Lys 210 215 220 Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser 225 230 235 240 Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro Gln Glu Trp 245 250 255 Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn Gln Pro 260 265 270 Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp Asn Lys Ile 275 280 285 Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Ile 290 295 300 Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 305 310 315 320 Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 325 330 335 Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val 340 345 350 Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg Ile Asn 355 360 365 Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu Pro Leu Gly 370 375 380 Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys Gln Pro Asp 385 390 395 400 Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile Ala Glu Thr 405 410 415 Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 420 425 430 Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 435 440 445 Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Tyr Asp Ala 450 455 460 Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 465 470 475 480 Phe Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 485 490 495 Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr Asn Pro His 500 505 510 Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 515 520 525 Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala Ile 530 535 540 Lys Asn Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu Leu Lys Ile 545 550 555 560 Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gln Gly Gly 565 570 575 Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg Glu Thr Leu 580 585 590 Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu Ile Lys Lys 595 600 605 His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu Tyr Phe Lys 610 615 620 Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 625 630 635 640 Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His Tyr Glu Tyr 645 650 655 Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg Leu Glu 660 665 670 Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 675 680 685 Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln Asp Val Met 690 695 700 Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu 705 710 715 720 Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 725 730 735 Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr Leu Pro Met 740 745 750 Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly Glu Val Gln 755 760 765 Tyr His Lys Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu Glu His Thr 770 775 780 Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 785 790 795 800 Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp Thr Gln Lys 805 810 815 His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu Ile Tyr Gln 820 825 830 Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys 835 840 845 Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 850 855 860 Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 865 870 875 880 Thr Asp Glu His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 885 890 895 His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala Leu His Ala Pro Ile Pro 900 905 910 Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 915 920 925 Ile Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val 930 935 940 Lys Ser Gln Ile 945 <210> 404 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 404 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Leu Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln Leu Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Val Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu Gln Arg Glu Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Thr Ile Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 405 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 405 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Lys Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Met Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Ala 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Cys Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Lys His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 406 <211> 1213 <212> PRT <213> Flavobacterium columnare <400> 406 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Val Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Phe Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Ile Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Glu Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Thr Lys Thr Ile Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu Gln Lys Glu Leu Thr 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Gln His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Gly Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Lys Ile Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Lys Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Gln Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 1055 1060 1065 Glu Ile Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1070 1075 1080 Tyr Ile Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu Ile Ile Asn 1085 1090 1095 Leu Glu Asn Ile Asp Ile Glu Ile Leu Ile Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1100 1105 1110 Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys Ile Lys Asn Met Asp Glu Asp 1115 1120 1125 Glu Lys Ala Lys Ile Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys Ile 1130 1135 1140 Thr Asn Val Leu Ile Lys Lys Ala Leu Val Leu Ile Ile Ile Arg 1145 1150 1155 Asn Lys Met Ala His Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp 1160 1165 1170 Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1175 1180 1185 Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr Ile Thr Thr Glu Leu Trp 1190 1195 1200 Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu Ile Val 1205 1210 <210> 407 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 407 Met Thr Glu Gln Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Asn Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asp Thr Leu Asp 530 535 540 Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Glu Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu Gln Arg Glu Val 1040 1045 1050 Trp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 408 <211> 1135 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 408 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 409 <211> 950 <212> PRT <213> Rimerella anatipestifer <400> 409 Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala Gln Arg Val Ile Phe Lys His Leu 1 5 10 15 Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 20 25 30 Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 35 40 45 Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 50 55 60 Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 65 70 75 80 Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 85 90 95 Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Ser Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 100 105 110 Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 115 120 125 Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 130 135 140 Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Lys Asp Lys Lys Cys 145 150 155 160 Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu Glu Glu Gln 165 170 175 Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 180 185 190 Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser Ile Arg 195 200 205 Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr Asp Lys Lys 210 215 220 Ile Gly Tyr Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Asn 225 230 235 240 Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro Gln Glu Trp 245 250 255 Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Asn Glu Thr Ser Asn Gln Pro 260 265 270 Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp Asn Lys Ile 275 280 285 Gly Phe Arg Leu Arg Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Val 290 295 300 Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Asp Phe 305 310 315 320 Val Ala His Ala Phe Ile Ser Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu 325 330 335 Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu 340 345 350 Thr Val Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg 355 360 365 Ile Asn Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu Pro 370 375 380 Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys Gln 385 390 395 400 Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile Ala 405 410 415 Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser 420 425 430 Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val Leu 435 440 445 Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Val Tyr 450 455 460 Asp Ala Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu 465 470 475 480 Ser Arg Leu Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn 485 490 495 Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr Asn 500 505 510 Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu 515 520 525 Val Asp Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu Glu 530 535 540 Ala Ile Lys His Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu Leu 545 550 555 560 Lys Val Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gln 565 570 575 Gly Gly Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg Glu 580 585 590 Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu Ile 595 600 605 Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu Tyr 610 615 620 Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser 625 630 635 640 Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr 645 650 655 Glu Tyr Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg 660 665 670 Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys 675 680 685 Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln Asp 690 695 700 Ile Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys 705 710 715 720 Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val 725 730 735 Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr Leu 740 745 750 Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu 755 760 765 Val Gln Tyr His Glu Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu Glu 770 775 780 Gln Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 785 790 795 800 Arg His Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp Thr 805 810 815 Gln Lys His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu Ile 820 825 830 Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu 835 840 845 Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu 850 855 860 Phe Arg Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser 865 870 875 880 Met Val Thr Asp Lys His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val Arg Asn Ala 885 890 895 Phe Cys His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro 900 905 910 Ile Leu Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly 915 920 925 Leu Gly Ile Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu 930 935 940 Ile Val Lys Ser Gln Ile 945 950 <210> 410 <211> 1213 <212> PRT <213> Flavobacterium columnare <400> 410 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Ile Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Lys Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asn Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Ile Lys Thr Ile Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Ile Gln Lys Glu Leu Ala 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Gln His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asn Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Gly Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Lys Ile Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Lys Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Gln Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 1055 1060 1065 Glu Ile Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1070 1075 1080 Tyr Ile Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu Ile Ile Asn 1085 1090 1095 Leu Glu Asn Ile Asp Ile Glu Ile Leu Ile Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1100 1105 1110 Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys Ile Lys Asn Met Asp Glu Asp 1115 1120 1125 Glu Lys Ala Lys Ile Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys Ile 1130 1135 1140 Thr Asn Val Leu Ile Lys Lys Ala Leu Val Leu Ile Ile Ile Arg 1145 1150 1155 Asn Lys Met Ala His Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp 1160 1165 1170 Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1175 1180 1185 Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr Ile Thr Thr Glu Leu Trp 1190 1195 1200 Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu Ile Val 1205 1210 <210> 411 <211> 1095 <212> PRT <213> Riemerella anatispestifer <400> 411 Met Glu Lys Pro Leu Pro Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 1 5 10 15 Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn Ile Ala Arg His Asn Ala Phe Ile Thr 20 25 30 Ile Cys His Ile Asn Glu Gln Leu Gly Leu Thr Thr Pro Pro Asn Asp 35 40 45 Asp Lys Ile Ala Asp Val Val Cys Gly Thr Trp Asn Asn Ile Leu Asn 50 55 60 Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser Gln Leu Thr Glu Leu Ile Leu 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Ala Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 85 90 95 Glu Gly Lys Lys Lys Gly Ser Gln Lys Glu Gln Gln Lys Glu Lys Glu 100 105 110 Asn Glu Ala Gln Ser Gln Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Glu Leu Ile 115 120 125 Lys Val Leu Lys Thr Leu Val Lys Gln Leu Arg Thr Leu Arg Asn Tyr 130 135 140 Tyr Ser His His Ser His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp Ile Phe 145 150 155 160 Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 165 170 175 Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Gln Asp Phe Ala His 180 185 190 Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asp Arg 195 200 205 Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 210 215 220 Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 225 230 235 240 Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Ser Glu Lys Met Thr 245 250 255 Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 260 265 270 Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 275 280 285 Leu Ser Arg Tyr Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asp 290 295 300 Lys Lys Arg Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu 305 310 315 320 Glu Glu Gln Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 325 330 335 Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 340 345 350 Ser Ile Arg Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr 355 360 365 Asp Lys Lys Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 370 375 380 Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro 385 390 395 400 Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 405 410 415 Lys Gln Pro Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp 420 425 430 Asn Lys Ile Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 435 440 445 Leu Glu Val Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Gln Tyr Pro Tyr Asn 450 455 460 Ser Asp Phe Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro 465 470 475 480 Leu Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 485 490 495 Glu Thr Val Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 500 505 510 Arg Ile Asn Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu 515 520 525 Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys 530 535 540 Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile 545 550 555 560 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 565 570 575 Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val 580 585 590 Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala 595 600 605 Tyr Asp Ala Gln Asn Gln Pro Ile Glu Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 610 615 620 Glu Phe Gln Leu Ile Gln Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 625 630 635 640 Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr 645 650 655 Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 660 665 670 Leu Val Asp Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu 675 680 685 Glu Ala Ile Lys Asn Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu 690 695 700 Leu Lys Ile Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 705 710 715 720 Gln Gly Gly Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg 725 730 735 Glu Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu 740 745 750 Ile Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu 755 760 765 Tyr Phe Arg Glu Lys Tyr Gln Asp Asp His Gln Ser Phe Tyr Asp Leu 770 775 780 Pro Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Ser Pro Leu Pro Lys Lys Glu His 785 790 795 800 Tyr Glu Tyr Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Leu Gln 805 810 815 Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 820 825 830 Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln 835 840 845 Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 850 855 860 Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 865 870 875 880 Val Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr 885 890 895 Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 900 905 910 Glu Val Gln Tyr Gln Glu Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu 915 920 925 Glu Gln Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 930 935 940 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp 945 950 955 960 Thr Gln Lys His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 965 970 975 Ile Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Asn Leu 980 985 990 Glu Glu Lys Leu Leu Lys Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Val Glu Asn 995 1000 1005 Lys Phe Arg Ile Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1010 1015 1020 Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val 1025 1030 1035 Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Glu Glu Ala 1040 1045 1050 Leu His Ala Pro Ile Pro Leu Phe Thr Val Ala Gln Gln Thr Thr 1055 1060 1065 Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly Ile Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val 1070 1075 1080 Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val Lys Ser Gln Ile 1085 1090 1095 <210> 412 <211> 1149 <212> PRT <213> Sinomicrobium oceani <400> 412 Met Glu Ser Thr Thr Thr Leu Gly Leu His Leu Lys Tyr Gln His Asp 1 5 10 15 Leu Phe Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Gly Val Asn Leu Ala Val 20 25 30 Gln Asn Ile Glu Ser Ile Phe Gln Ala Phe Ala Glu Arg Tyr Gly Ile 35 40 45 Gln Asn Pro Leu Arg Lys Asn Gly Val Pro Ala Ile Asn Asn Ile Phe 50 55 60 His Asp Asn Ile Ser Ile Ser Asn Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Phe Leu 65 70 75 80 Lys Gln Tyr Leu Pro Val Val Gly Phe Leu Glu Lys Ser Asn Glu Ile 85 90 95 Asn Ile Phe Glu Phe Arg Glu Asp Phe Glu Ile Leu Ile Asn Ala Ile 100 105 110 Tyr Lys Leu Arg His Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro Ile Lys 115 120 125 Leu Glu Asp Arg Phe Tyr Thr Cys Leu Asn Glu Leu Phe Val Ala Val 130 135 140 Ala Ile Gln Val Lys Lys His Lys Met Lys Ser Asp Lys Thr Arg Gln 145 150 155 160 Leu Leu Asn Lys Asn Leu His Gln Leu Leu Gln Gln Leu Ile Glu Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Lys Leu Lys Asp Lys Lys Ala Glu Gly Glu Lys Val Ser 180 185 190 Leu Asp Thr Lys Ser Ile Glu Asn Ala Val Leu Asn Asp Ala Phe Val 195 200 205 His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Asn Ile Arg Leu Asn Tyr Ser Ser Arg 210 215 220 Leu Ser Glu Asp Ile Ile Thr Lys Asn Gly Ile Thr Leu Ser Ile Ser 225 230 235 240 Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu Gln Arg Lys Glu Ala Glu 245 250 255 Asp Leu Arg Ser Arg Ile Glu Gly Phe Lys Gly Lys Gly Asn Glu Leu 260 265 270 Arg Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser Tyr Leu Asn Val Lys Arg 275 280 285 Ile Lys His Arg Leu Asn Thr Asp Phe Gln Lys Glu Thr Leu Leu Ile 290 295 300 Gln Ile Ala Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Lys Thr 305 310 315 320 Leu Asp His Glu Asn Arg Ser Lys Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr 325 330 335 Ile Arg Glu Gly Asn Glu Asp Ala Ser Leu Asn Glu Ser Thr Val Val 340 345 350 His Gly Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe His Tyr Leu Val 355 360 365 Leu Arg Tyr Leu Asp Glu Phe Val Asp Phe Pro Ser Leu Arg Phe Gln 370 375 380 Val His Leu Gly Asn Tyr Ile His Asp Arg Arg Asp Lys Val Ile Asp 385 390 395 400 Gly Thr Asn Phe Ile Thr Asn Arg Val Ile Lys Glu Pro Ile Lys Val 405 410 415 Phe Gly Lys Leu Ser His Val Ser Lys Leu Lys Ser Asp Tyr Met Glu 420 425 430 Ser Leu Ser Arg Glu His Lys Asn Gly Trp Asp Val Phe Pro Asn Pro 435 440 445 Ser Tyr Asn Phe Val Gly His Asn Ile Pro Ile Phe Ile Asn Leu Arg 450 455 460 Ser Ala Ser Ser Lys Gly Lys Glu Leu Tyr Arg Asp Leu Met Lys Ile 465 470 475 480 Lys Ser Glu Lys Lys Lys Lys Ser Arg Glu Glu Gly Ile Pro Met Glu 485 490 495 Arg Arg Asp Gly Lys Pro Thr Lys Ile Glu Ile Ser Asn Gln Ile Asp 500 505 510 Arg Asn Ile Lys Asp Asn Asn Phe Lys Asp Ile Tyr Pro Gly Glu Pro 515 520 525 Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn Glu Leu Pro Ala Leu Leu Phe Glu Leu 530 535 540 Leu Arg Arg Pro Ser Ile Thr Pro Gln Asp Ile Glu Asp Arg Met Val 545 550 555 560 Glu Lys Leu Tyr Glu Arg Phe Gln Ile Ile Arg Asp Tyr Lys Pro Gly 565 570 575 Asp Gly Leu Ser Thr Ser Lys Ile Ser Lys Lys Leu Arg Lys Ala Asp 580 585 590 Asn Ser Thr Arg Leu Asp Gly Lys Lys Leu Leu Arg Ala Ile Gln Thr 595 600 605 Glu Thr Arg Asn Ala Arg Glu Lys Leu His Thr Leu Glu Glu Asn Lys 610 615 620 Ala Leu Gln Lys Asn Arg Lys Arg Arg Thr Val Tyr Thr Thr Arg Glu 625 630 635 640 Gln Gly Arg Glu Ala Ser Trp Leu Ala Gln Asp Leu Lys Arg Phe Met 645 650 655 Pro Ile Ala Ser Arg Lys Glu Trp Arg Gly Tyr His His Ser Gln Leu 660 665 670 Gln Gln Ile Leu Ala Phe Tyr Asp Gln Asn Pro Lys Gln Pro Leu Glu 675 680 685 Leu Leu Glu Gln Phe Trp Asp Leu Lys Glu Asp Thr Tyr Val Trp Asn 690 695 700 Ser Trp Ile His Lys Ser Leu Ser Gln His Asn Gly Phe Val Pro Met 705 710 715 720 Tyr Glu Gly Tyr Leu Lys Gly Arg Leu Gly Tyr Tyr Lys Lys Leu Glu 725 730 735 Ser Asp Ile Ile Gly Phe Leu Glu Glu His Lys Val Leu Lys Arg Tyr 740 745 750 Tyr Thr Gln Gln His Leu Asn Val Ile Phe Arg Glu Arg Leu Tyr Phe 755 760 765 Ile Lys Thr Glu Thr Lys Gln Lys Leu Glu Leu Leu Ala Arg Pro Leu 770 775 780 Val Phe Pro Arg Gly Ile Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Val Gln Asp 785 790 795 800 Lys Lys Val Val Asp His Pro Glu Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Val Tyr 805 810 815 Ser Tyr Lys Asp Asp His Ser Phe Gln Glu Phe Tyr His Tyr Lys Arg 820 825 830 Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Glu Thr Glu Leu Ser Trp Asp Ile Asp Phe 835 840 845 Lys Asp Asn Lys Arg Gln Leu Asn Pro Ser Glu Gln Met Asp Leu Phe 850 855 860 Arg Met Lys Trp Asp Leu Lys Ile Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Ile 865 870 875 880 Phe Leu Lys Ile Val Ala Glu Asp Ile Tyr Leu Lys Ile Phe Gly His 885 890 895 Lys Ile Pro Leu Ser Leu Ser Asp Phe Tyr Ile Ser Arg Gln Glu Arg 900 905 910 Leu Thr Leu Asp Glu Gln Ala Val Ala Gln Ser Met Arg Leu Pro Gly 915 920 925 Asp Thr Ser Glu Asn Gln Ile Lys Glu Ser Asn Leu Trp Gln Thr Thr 930 935 940 Val Pro Tyr Glu Lys Glu Gln Ile Arg Glu Pro Lys Ile Lys Leu Lys 945 950 955 960 Asp Ile Gly Lys Phe Lys Tyr Phe Leu Gln Gln Gln Lys Val Leu Asn 965 970 975 Leu Leu Lys Tyr Asp Pro Gln His Val Trp Thr Lys Ala Glu Leu Glu 980 985 990 Glu Glu Leu Tyr Ile Gly Lys His Ser Tyr Glu Val Val Arg Arg Glu 995 1000 1005 Met Leu Leu Gln Lys Cys His Gln Leu Glu Lys His Ile Leu Glu 1010 1015 1020 Gln Phe Arg Phe Asp Gly Ser Asn His Pro Arg Glu Leu Glu Gln 1025 1030 1035 Gly Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Ile Val Asn Gly Ile Leu 1040 1045 1050 Thr Lys Arg Gly Glu Leu Glu Ile Glu Ala Glu Asn Trp Trp Leu 1055 1060 1065 Glu Leu Gly Asn Ser Lys Asn Ser Leu Asp Lys Val Glu Val Glu 1070 1075 1080 Leu Leu Thr Met Lys Thr Ile Pro Glu Gln Lys Ala Phe Leu Leu 1085 1090 1095 Ile Leu Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ala Asp 1100 1105 1110 Asn Tyr Phe His Tyr Ala Ser Asn Leu Met Asn Leu Lys Lys Ser 1115 1120 1125 Asp Thr Tyr Ser Leu Phe Trp Phe Thr Val Ala Asp Thr Ile Val 1130 1135 1140 Gln Glu Phe Met Ser Leu 1145 <210> 413 <211> 1133 <212> PRT <213> Richenbachiella agariperforans <400> 413 Met Lys Thr Asn Pro Leu Ile Ala Ser Ser Gly Glu Lys Pro Asn Tyr 1 5 10 15 Lys Lys Phe Asn Thr Glu Ser Asp Lys Ser Phe Lys Lys Ile Phe Gln 20 25 30 Asn Lys Gly Ser Ile Ala Pro Ile Ala Glu Lys Ala Cys Lys Asn Phe 35 40 45 Glu Ile Lys Ser Lys Ser Pro Val Asn Arg Asp Gly Arg Leu His Tyr 50 55 60 Phe Ser Val Gly His Ala Phe Lys Asn Ile Asp Ser Lys Asn Val Phe 65 70 75 80 Arg Tyr Glu Leu Asp Glu Ser Gln Met Asp Met Lys Pro Thr Gln Phe 85 90 95 Leu Ala Leu Gln Lys Glu Phe Phe Asp Phe Gln Gly Ala Leu Asn Gly 100 105 110 Leu Leu Lys His Ile Arg Asn Val Asn Ser His Tyr Val His Thr Phe 115 120 125 Glu Lys Leu Glu Ile Gln Ser Ile Asn Gln Lys Leu Ile Thr Phe Leu 130 135 140 Ile Glu Ala Phe Glu Leu Ala Val Ile His Ser Tyr Leu Asn Glu Glu 145 150 155 160 Glu Leu Ser Tyr Glu Ala Tyr Lys Asp Asp Pro Gln Ser Gly Gln Lys 165 170 175 Leu Val Gln Phe Leu Cys Asp Lys Phe Tyr Pro Asn Lys Glu His Glu 180 185 190 Val Glu Glu Arg Lys Thr Ile Leu Ala Lys Asn Lys Arg Gln Ala Leu 195 200 205 Glu His Leu Leu Phe Ile Glu Val Thr Ser Asp Ile Asp Trp Lys Leu 210 215 220 Phe Glu Lys His Lys Val Phe Thr Ile Ser Asn Gly Lys Tyr Leu Ser 225 230 235 240 Phe His Ala Cys Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu Tyr Lys Ser Glu 245 250 255 Ala Asn Gln Leu Ile Ser Lys Ile Lys Gly Phe Lys Arg Asn Asp Asp 260 265 270 Asn Gln Tyr Arg Ser Lys Arg Gln Ile Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys 275 280 285 Phe Thr Ser Gln Asp Val Asn Ser Glu Glu Gln His Leu Val Lys Phe 290 295 300 Arg Asp Val Ile Gln Tyr Leu Asn His Tyr Pro Ser Ala Trp Asn Lys 305 310 315 320 His Leu Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Pro Gln Met Thr Asp Lys Leu Met 325 330 335 Arg Tyr Ile Val Glu Ala Glu Ile Tyr Arg Ser Phe Pro Asp Gln Thr 340 345 350 Asp Asn His Arg Phe Leu Leu Phe Ala Ile Arg Glu Phe Phe Gly Gln 355 360 365 Ser Cys Leu Asp Thr Trp Thr Gly Asn Thr Pro Ile Asn Phe Ser Asn 370 375 380 Gln Glu Gln Lys Gly Phe Ser Tyr Glu Ile Asn Thr Ser Ala Glu Ile 385 390 395 400 Lys Asp Ile Glu Thr Lys Leu Lys Ala Leu Val Leu Lys Gly Pro Leu 405 410 415 Asn Phe Lys Glu Lys Lys Glu Gln Asn Arg Leu Glu Lys Asp Leu Arg 420 425 430 Arg Glu Lys Lys Glu Gln Pro Thr Asn Arg Val Lys Glu Lys Leu Leu 435 440 445 Thr Arg Ile Gln His Asn Met Leu Tyr Val Ser Tyr Gly Arg Asn Gln 450 455 460 Asp Arg Phe Met Asp Phe Ala Ala Arg Phe Leu Ala Glu Thr Asp Tyr 465 470 475 480 Phe Gly Lys Asp Ala Lys Phe Lys Met Tyr Gln Phe Tyr Thr Ser Asp 485 490 495 Glu Gln Arg Asp His Leu Lys Glu Gln Lys Lys Glu Leu Pro Lys Lys 500 505 510 Glu Phe Glu Lys Leu Lys Tyr His Gln Ser Lys Leu Val Asp Tyr Phe 515 520 525 Thr Tyr Ala Glu Gln Gln Ala Arg Tyr Pro Asp Trp Asp Thr Pro Phe 530 535 540 Val Val Glu Asn Asn Ala Ile Gln Ile Lys Val Thr Leu Phe Asn Gly 545 550 555 560 Ala Lys Lys Ile Val Ser Val Gln Arg Asn Leu Met Leu Tyr Leu Leu 565 570 575 Glu Asp Ala Leu Tyr Ser Glu Lys Arg Glu Asn Ala Gly Lys Gly Leu 580 585 590 Ile Ser Gly Tyr Phe Val His His Gln Lys Glu Leu Lys Asp Gln Leu 595 600 605 Asp Ile Leu Glu Lys Glu Thr Glu Ile Ser Arg Glu Gln Lys Arg Glu 610 615 620 Phe Lys Lys Leu Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Arg Tyr Ser Pro Ala 625 630 635 640 Gln Ile Asn Asp Thr Thr Glu Trp Asn Pro Met Glu Val Ile Leu Glu 645 650 655 Glu Ala Lys Ala Gln Glu Gln Arg Tyr Gln Leu Leu Leu Glu Lys Ala 660 665 670 Ile Leu His Gln Thr Glu Glu Asp Phe Leu Lys Arg Asn Lys Gly Lys 675 680 685 Gln Phe Lys Leu Arg Phe Val Arg Lys Ala Trp His Leu Met Tyr Leu 690 695 700 Lys Glu Leu Tyr Met Asn Lys Val Ala Glu His Gly His His Lys Ser 705 710 715 720 Phe His Ile Thr Lys Glu Glu Phe Asn Asp Phe Cys Arg Trp Met Phe 725 730 735 Ala Phe Asp Glu Val Pro Lys Tyr Lys Glu Tyr Leu Cys Asp Tyr Phe 740 745 750 Ser Gln Lys Gly Phe Phe Asn Asn Ala Glu Phe Lys Asp Leu Ile Glu 755 760 765 Ser Ser Thr Ser Leu Asn Asp Leu Tyr Glu Lys Thr Lys Gln Arg Phe 770 775 780 Glu Gly Trp Ser Lys Asp Leu Thr Lys Gln Ser Asp Glu Asn Lys Tyr 785 790 795 800 Leu Leu Ala Asn Tyr Glu Ser Met Leu Lys Asp Asp Met Leu Tyr Val 805 810 815 Asn Ile Ser His Phe Ile Ser Tyr Leu Glu Ser Lys Gly Lys Ile Asn 820 825 830 Arg Asn Ala His Gly His Ile Ala Tyr Lys Ala Leu Asn Asn Val Pro 835 840 845 His Leu Ile Glu Glu Tyr Tyr Tyr Lys Asp Arg Leu Ala Pro Glu Glu 850 855 860 Tyr Lys Ser His Gly Lys Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Thr Val Lys Leu 865 870 875 880 Glu Asp Ala Leu Leu Tyr Glu Met Ala Met His Tyr Leu Ser Leu Glu 885 890 895 Pro Ala Leu Val Pro Lys Val Lys Thr Lys Val Lys Asp Ile Leu Ser 900 905 910 Ser Asn Ile Ala Phe Asp Ile Lys Asp Ala Ala Gly His His Leu Tyr 915 920 925 His Leu Leu Ile Pro Phe His Lys Ile Asp Ser Phe Val Ala Leu Ile 930 935 940 Asn His Gln Ser Gln Gln Glu Lys Asp Pro Asp Lys Thr Ser Phe Leu 945 950 955 960 Ala Lys Ile Gln Pro Tyr Leu Glu Lys Val Lys Asn Ser Lys Asp Leu 965 970 975 Lys Ala Val Tyr His Tyr Tyr Lys Asp Thr Pro His Thr Leu Arg Tyr 980 985 990 Glu Asp Leu Asn Met Ile His Ser His Ile Val Ser Gln Ser Val Gln 995 1000 1005 Phe Thr Lys Val Ala Leu Lys Leu Glu Glu Tyr Phe Ile Ala Lys 1010 1015 1020 Lys Ser Ile Thr Leu Gln Ile Ala Arg Gln Ile Ser Tyr Ser Glu 1025 1030 1035 Ile Ala Asp Leu Ser Asn Tyr Phe Thr Asp Glu Val Arg Asn Thr 1040 1045 1050 Ala Phe His Phe Asp Val Pro Glu Thr Ala Tyr Ser Met Ile Leu 1055 1060 1065 Gln Gly Ile Glu Ser Glu Phe Leu Asp Arg Glu Ile Lys Pro Gln 1070 1075 1080 Lys Pro Lys Ser Leu Ser Glu Leu Ser Thr Gln Gln Val Ser Val 1085 1090 1095 Cys Thr Ala Phe Leu Glu Thr Leu His Asn Asn Leu Phe Asp Arg 1100 1105 1110 Lys Asp Asp Lys Lys Glu Arg Leu Ser Lys Ala Arg Glu Arg Tyr 1115 1120 1125 Phe Glu Gln Ile Asn 1130 <210> 414 <211> 25 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> RNA aptamer <400> 414 gggaacaaag cugaaguacu uaccc 25 <210> 415 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic G-quadraplex <400> 415 gggtagggcg ggttggga 18 <210> 416 <211> 12 <212> RNA <213> Artificial sequence <220> <223> synthetic linker <400> 416 ucucguacgu uc 12 <210> 417 <211> 24 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic tag <400> 417 ucucguacgu ucucucguac guuc 24 <210> 418 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic <400> 418 tatatatata 10 <210> 419 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 419 gtcgtcgtcg tcgtc 15 <210> 420 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic primer <400> 420 gtggaattgt gagcggataa ac 22 <210> 421 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic primer <400> 421 aacagcaatc tactcgacct g 21 <210> 422 <211> 9 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic primer <400> 422 aggaaacag 9 <210> 423 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic primer <400> 423 ctatgaccat gattacgcc 19 <210> 424 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 424 ggttggtagt ctcgaattgc tctct 25 <210> 425 <211> 44 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 425 gcaaggggac uaaaacuaga uugcuguucu accaaguaau ccau 44 <210> 426 <211> 23 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 426 uagauugcug uucuaccaag uaa 23 <210> 427 <211> 20 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 427 uagauugcug uucuaccaag 20 <210> 428 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 428 auggauuacu ugguagaaca gcaaucua 28 <210> 429 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Sytthetic <400> 429 auggauuacu ugguagaaca gcaaugua 28 <210> 430 <211> 17 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 430 uagauugcug uucuacc 17 <210> 431 <211> 17 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 431 aagauugcug uucuacc 17 <210> 432 <211> 17 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 432 uugauugcug uucuacc 17 <210> 433 <211> 17 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 433 uaguuugcug uucuacc 17 <210> 434 <211> 17 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 434 uagaaugcug uucuacc 17 <210> 435 <211> 17 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 435 uagauagcug uucuacc 17 <210> 436 <211> 17 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 436 uagauuccug uucuacc 17 <210> 437 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 437 auggauuacu ugguagaaca gaaucuacuc 30 <210> 438 <211> 30 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 438 auggauuacu ugguagaaca gaauguacuc 30 <210> 439 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 439 aagauugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 440 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 440 uugauugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 441 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 441 uaguuugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 442 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 442 uagaaugcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 443 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 443 uagauagcug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 444 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 444 uagauuccug uucuaccaag uaauccau 28 <210> 445 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 445 cuagauugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 446 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 446 gaagauugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 447 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 447 guugauugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 448 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 448 guaguuugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 449 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 449 guagaaugcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 450 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 450 guagauagcu guucuaccaa guaaucca 28 <210> 451 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 451 acuagauugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 452 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 452 agaagauugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 453 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 453 aguugauugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 454 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 454 aguaguuugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 455 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 455 aguagaaugc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 456 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 456 aguagauagc uguucuacca aguaaucc 28 <210> 457 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 457 gacuagauug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 458 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 458 gagaagauug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 459 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 459 gaguugauug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 460 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 460 gaguaguuug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 461 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 461 gaguagaaug cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 462 <211> 28 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 462 gaguagauag cuguucuacc aaguaauc 28 <210> 463 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum target <400> 463 gaaattaata cgactcacta tagggttatt gcaattatta atcttgaacg aggaatg 57 <210> 464 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 464 gaaattaata cgactcacta taggggattg acagattaat agctctttct tgatttc 57 <210> 465 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 465 atttttcttg tccaaacaat tcatcatatc tt 32 <210> 466 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 466 ttcaatttca aataagaata tagtgtactc gc 32 <210> 467 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 467 gaaattaata cgactcacta tagggttctt attagcagaa caaagaagtt taacaac 57 <210> 468 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 468 gaaattaata cgactcacta tagggatttt atgcaatgtt aaaaactgtt ccaagta 57 <210> 469 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 469 taattgacat ccaatccata ataaagcata ga 32 <210> 470 <211> 32 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 470 gaattatagt tgttaaactt ctttgttctg ct 32 <210> 471 <211> 89 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 471 cctagtaagc atgattcatc agattgtggt tttagtcccc ttcgtttttg gggtagtcta 60 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 <210> 472 <211> 89 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 472 ggatggtgat gcatggccgt ttttagttgt tttagtcccc ttcgtttttg gggtagtcta 60 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 <210> 473 <211> 89 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P falciparum <400> 473 caatttaaaa tgatttttgg tgctagaggt tttagtcccc ttcgtttttg gggtagtcta 60 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 <210> 474 <211> 89 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> P. falciparum <400> 474 gctggtttag taattgtatt attatcatgt tttagtcccc ttcgtttttg gggtagtcta 60 aatcccctat agtgagtcgt attaatttc 89 <210> 475 <211> 124 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 475 tacttggtag aacagcaatc tactcgacct gcaggcatgc aagcttggcg taatcatggt 60 catagctgtt tcctgtgttt atccgctcac aattccacac aacatacgag ccggaagcat 120 aaag 124 <210> 476 <211> 124 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 476 atgaaccatc ttgtcgttag atgagctgga cgtccgtacg ttcgaaccgc attagtacca 60 gtatcgacaa aggacacaaa taggcgagtg ttaaggtgtg ttgtatgctc ggccttcgta 120 ttta 124 <210> 477 <211> 1389 <212> PRT <213> Leptotrichia shahii <400> 477 Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 1 5 10 15 Lys Asp Phe Lys Ile Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 20 25 30 Gly Asn Lys Tyr Ile Leu Asn Ile Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 35 40 45 Ile Asp Asn Asn Lys Phe Ile Arg Lys Tyr Ile Asn Tyr Lys Lys Asn 50 55 60 Asp Asn Ile Leu Lys Glu Phe Thr Arg Lys Phe His Ala Gly Asn Ile 65 70 75 80 Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Gly Ile Ile Arg Ile Glu Asn Asn 85 90 95 Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr Ile Glu Ala Tyr 100 105 110 Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Gly Ile Thr Lys Lys Lys Ile 115 120 125 Ile Asp Glu Ala Ile Arg Gln Gly Ile Thr Lys Asp Asp Lys Lys Ile 130 135 140 Glu Ile Lys Arg Gln Glu Asn Glu Glu Glu Ile Glu Ile Asp Ile Arg 145 150 155 160 Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser Ile Ile Leu Arg 165 170 175 Ile Ile Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser Ile Tyr Glu Ile 180 185 190 Phe Lys Asn Ile Asn Met Ser Leu Tyr Lys Ile Ile Glu Lys Ile Ile 195 200 205 Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 210 215 220 Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asp Lys Ile Asp Val Ile Leu Thr 225 230 235 240 Asn Phe Met Glu Ile Arg Glu Lys Ile Lys Ser Asn Leu Glu Ile Leu 245 250 255 Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Gly Gly Asp Lys Lys Lys Ser 260 265 270 Lys Asn Lys Lys Met Leu Val Glu Lys Ile Leu Asn Ile Asn Val Asp 275 280 285 Leu Thr Val Glu Asp Ile Ala Asp Phe Val Ile Lys Glu Leu Glu Phe 290 295 300 Trp Asn Ile Thr Lys Arg Ile Glu Lys Val Lys Lys Val Asn Asn Glu 305 310 315 320 Phe Leu Glu Lys Arg Arg Asn Arg Thr Tyr Ile Lys Ser Tyr Val Leu 325 330 335 Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys Ile Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 340 345 350 Lys Ile Val Lys Phe Phe Val Glu Asn Ile Lys Asn Asn Ser Ile Lys 355 360 365 Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Ala Glu Phe Lys Ile Asp Glu Leu Ile 370 375 380 Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu Ile 385 390 395 400 Phe Gly Ile Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 405 410 415 Phe Ser Lys Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys Ile Ile Tyr 420 425 430 Arg Tyr Leu Lys Gly Arg Ile Glu Lys Ile Leu Val Asn Glu Gln Lys 435 440 445 Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys Ile Glu Ile Glu Lys Ile Leu Asn 450 455 460 Glu Ser Ile Leu Ser Glu Lys Ile Leu Lys Arg Val Lys Gln Tyr Thr 465 470 475 480 Leu Glu His Ile Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp Ile Asp 485 490 495 Met Thr Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 500 505 510 Glu Leu Asp Leu Glu Leu Ile Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 515 520 525 Leu Asn Lys Ile Phe Ser Arg Glu Asn Ile Asn Asn Asp Glu Asn Ile 530 535 540 Asp Phe Phe Gly Gly Asp Arg Glu Lys Asn Tyr Val Leu Asp Lys Lys 545 550 555 560 Ile Leu Asn Ser Lys Ile Lys Ile Ile Arg Asp Leu Asp Phe Ile Asp 565 570 575 Asn Lys Asn Asn Ile Thr Asn Asn Phe Ile Arg Lys Phe Thr Lys Ile 580 585 590 Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg Ile Leu His Ala Ile Ser Lys Glu Arg 595 600 605 Asp Leu Gln Gly Thr Gln Asp Asp Tyr Asn Lys Val Ile Asn Ile Ile 610 615 620 Gln Asn Leu Lys Ile Ser Asp Glu Glu Val Ser Lys Ala Leu Asn Leu 625 630 635 640 Asp Val Val Phe Lys Asp Lys Lys Asn Ile Ile Thr Lys Ile Asn Asp 645 650 655 Ile Lys Ile Ser Glu Glu Asn Asn Asn Asp Ile Lys Tyr Leu Pro Ser 660 665 670 Phe Ser Lys Val Leu Pro Glu Ile Leu Asn Leu Tyr Arg Asn Asn Pro 675 680 685 Lys Asn Glu Pro Phe Asp Thr Ile Glu Thr Glu Lys Ile Val Leu Asn 690 695 700 Ala Leu Ile Tyr Val Asn Lys Glu Leu Tyr Lys Lys Leu Ile Leu Glu 705 710 715 720 Asp Asp Leu Glu Glu Asn Glu Ser Lys Asn Ile Phe Leu Gln Glu Leu 725 730 735 Lys Lys Thr Leu Gly Asn Ile Asp Glu Ile Asp Glu Asn Ile Ile Glu 740 745 750 Asn Tyr Tyr Lys Asn Ala Gln Ile Ser Ala Ser Lys Gly Asn Asn Lys 755 760 765 Ala Ile Lys Lys Tyr Gln Lys Lys Val Ile Glu Cys Tyr Ile Gly Tyr 770 775 780 Leu Arg Lys Asn Tyr Glu Glu Leu Phe Asp Phe Ser Asp Phe Lys Met 785 790 795 800 Asn Ile Gln Glu Ile Lys Lys Gln Ile Lys Asp Ile Asn Asp Asn Lys 805 810 815 Thr Tyr Glu Arg Ile Thr Val Lys Thr Ser Asp Lys Thr Ile Val Ile 820 825 830 Asn Asp Asp Phe Glu Tyr Ile Ile Ser Ile Phe Ala Leu Leu Asn Ser 835 840 845 Asn Ala Val Ile Asn Lys Ile Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val 850 855 860 Trp Leu Asn Thr Ser Glu Tyr Gln Asn Ile Ile Asp Ile Leu Asp Glu 865 870 875 880 Ile Met Gln Leu Asn Thr Leu Arg Asn Glu Cys Ile Thr Glu Asn Trp 885 890 895 Asn Leu Asn Leu Glu Glu Phe Ile Gln Lys Met Lys Glu Ile Glu Lys 900 905 910 Asp Phe Asp Asp Phe Lys Ile Gln Thr Lys Lys Glu Ile Phe Asn Asn 915 920 925 Tyr Tyr Glu Asp Ile Lys Asn Asn Ile Leu Thr Glu Phe Lys Asp Asp 930 935 940 Ile Asn Gly Cys Asp Val Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys Ile Val Ile 945 950 955 960 Phe Asp Asp Glu Thr Lys Phe Glu Ile Asp Lys Lys Ser Asn Ile Leu 965 970 975 Gln Asp Glu Gln Arg Lys Leu Ser Asn Ile Asn Lys Lys Asp Leu Lys 980 985 990 Lys Lys Val Asp Gln Tyr Ile Lys Asp Lys Asp Gln Glu Ile Lys Ser 995 1000 1005 Lys Ile Leu Cys Arg Ile Ile Phe Asn Ser Asp Phe Leu Lys Lys 1010 1015 1020 Tyr Lys Lys Glu Ile Asp Asn Leu Ile Glu Asp Met Glu Ser Glu 1025 1030 1035 Asn Glu Asn Lys Phe Gln Glu Ile Tyr Tyr Pro Lys Glu Arg Lys 1040 1045 1050 Asn Glu Leu Tyr Ile Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn Ile Gly 1055 1060 1065 Asn Pro Asn Phe Asp Lys Ile Tyr Gly Leu Ile Ser Asn Asp Ile 1070 1075 1080 Lys Met Ala Asp Ala Lys Phe Leu Phe Asn Ile Asp Gly Lys Asn 1085 1090 1095 Ile Arg Lys Asn Lys Ile Ser Glu Ile Asp Ala Ile Leu Lys Asn 1100 1105 1110 Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly Tyr Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Lys 1115 1120 1125 Tyr Ile Lys Lys Leu Lys Glu Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn 1130 1135 1140 Ile Gln Asn Lys Asn Tyr Lys Ser Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Arg 1145 1150 1155 Val Ser Glu Tyr Lys Lys Ile Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr 1160 1165 1170 Leu Asn Lys Ile Glu Ser Tyr Leu Ile Asp Ile Asn Trp Lys Leu 1175 1180 1185 Ala Ile Gln Met Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr Ile Val 1190 1195 1200 Asn Gly Leu Arg Glu Leu Gly Ile Ile Lys Leu Ser Gly Tyr Asn 1205 1210 1215 Thr Gly Ile Ser Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly 1220 1225 1230 Phe Tyr Thr Thr Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser 1235 1240 1245 Tyr Lys Lys Phe Glu Lys Ile Cys Tyr Gly Phe Gly Ile Asp Leu 1250 1255 1260 Ser Glu Asn Ser Glu Ile Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser Ile Arg 1265 1270 1275 Asn Tyr Ile Ser His Phe Tyr Ile Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp 1280 1285 1290 Tyr Ser Ile Ala Glu Gln Ile Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser 1295 1300 1305 Tyr Ser Thr Arg Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu 1310 1315 1320 Val Phe Lys Lys Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys 1325 1330 1335 Lys Phe Lys Leu Ile Gly Asn Asn Asp Ile Leu Glu Arg Leu Met 1340 1345 1350 Lys Pro Lys Lys Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser 1355 1360 1365 Asp Tyr Ile Lys Asn Leu Ile Ile Glu Leu Leu Thr Lys Ile Glu 1370 1375 1380 Asn Thr Asn Asp Thr Leu 1385 <210> 478 <211> 1276 <212> PRT <213> Blautia sp.Marseille-P2398 (C2-29) <400> 478 Met Lys Ile Ser Lys Val Asp His Val Lys Ser Gly Ile Asp Gln Lys 1 5 10 15 Leu Ser Ser Gln Arg Gly Met Leu Tyr Lys Gln Pro Gln Lys Lys Tyr 20 25 30 Glu Gly Lys Gln Leu Glu Glu His Val Arg Asn Leu Ser Arg Lys Ala 35 40 45 Lys Ala Leu Tyr Gln Val Phe Pro Val Ser Gly Asn Ser Lys Met Glu 50 55 60 Lys Glu Leu Gln Ile Ile Asn Ser Phe Ile Lys Asn Ile Leu Leu Arg 65 70 75 80 Leu Asp Ser Gly Lys Thr Ser Glu Glu Ile Val Gly Tyr Ile Asn Thr 85 90 95 Tyr Ser Val Ala Ser Gln Ile Ser Gly Asp His Ile Gln Glu Leu Val 100 105 110 Asp Gln His Leu Lys Glu Ser Leu Arg Lys Tyr Thr Cys Val Gly Asp 115 120 125 Lys Arg Ile Tyr Val Pro Asp Ile Ile Val Ala Leu Leu Lys Ser Lys 130 135 140 Phe Asn Ser Glu Thr Leu Gln Tyr Asp Asn Ser Glu Leu Lys Ile Leu 145 150 155 160 Ile Asp Phe Ile Arg Glu Asp Tyr Leu Lys Glu Lys Gln Ile Lys Gln 165 170 175 Ile Val His Ser Ile Glu Asn Asn Ser Thr Pro Leu Arg Ile Ala Glu 180 185 190 Ile Asn Gly Gln Lys Arg Leu Ile Pro Ala Asn Val Asp Asn Pro Lys 195 200 205 Lys Ser Tyr Ile Phe Glu Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Gln Ser Asp Pro 210 215 220 Lys Gly Gln Glu Ser Leu Leu Gln His Met Arg Tyr Leu Ile Leu Leu 225 230 235 240 Tyr Leu Tyr Gly Pro Asp Lys Ile Thr Asp Asp Tyr Cys Glu Glu Ile 245 250 255 Glu Ala Trp Asn Phe Gly Ser Ile Val Met Asp Asn Glu Gln Leu Phe 260 265 270 Ser Glu Glu Ala Ser Met Leu Ile Gln Asp Arg Ile Tyr Val Asn Gln 275 280 285 Gln Ile Glu Glu Gly Arg Gln Ser Lys Asp Thr Ala Lys Val Lys Lys 290 295 300 Asn Lys Ser Lys Tyr Arg Met Leu Gly Asp Lys Ile Glu His Ser Ile 305 310 315 320 Asn Glu Ser Val Val Lys His Tyr Gln Glu Ala Cys Lys Ala Val Glu 325 330 335 Glu Lys Asp Ile Pro Trp Ile Lys Tyr Ile Ser Asp His Val Met Ser 340 345 350 Val Tyr Ser Ser Lys Asn Arg Val Asp Leu Asp Lys Leu Ser Leu Pro 355 360 365 Tyr Leu Ala Lys Asn Thr Trp Asn Thr Trp Ile Ser Phe Ile Ala Met 370 375 380 Lys Tyr Val Asp Met Gly Lys Gly Val Tyr His Phe Ala Met Ser Asp 385 390 395 400 Val Asp Lys Val Gly Lys Gln Asp Asn Leu Ile Ile Gly Gln Ile Asp 405 410 415 Pro Lys Phe Ser Asp Gly Ile Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Arg Ile Lys 420 425 430 Ala Glu Asp Asp Leu His Arg Ser Met Ser Gly Tyr Ile Ala Phe Ala 435 440 445 Val Asn Asn Phe Ala Arg Ala Ile Cys Ser Asp Glu Phe Arg Lys Lys 450 455 460 Asn Arg Lys Glu Asp Val Leu Thr Val Gly Leu Asp Glu Ile Pro Leu 465 470 475 480 Tyr Asp Asn Val Lys Arg Lys Leu Leu Gln Tyr Phe Gly Gly Ala Ser 485 490 495 Asn Trp Asp Asp Ser Ile Ile Asp Ile Ile Asp Asp Lys Asp Leu Val 500 505 510 Ala Cys Ile Lys Glu Asn Leu Tyr Val Ala Arg Asn Val Asn Phe His 515 520 525 Phe Ala Gly Ser Glu Lys Val Gln Lys Lys Gln Asp Asp Ile Leu Glu 530 535 540 Glu Ile Val Arg Lys Glu Thr Arg Asp Ile Gly Lys His Tyr Arg Lys 545 550 555 560 Val Phe Tyr Ser Asn Asn Val Ala Val Phe Tyr Cys Asp Glu Asp Ile 565 570 575 Ile Lys Leu Met Asn His Leu Tyr Gln Arg Glu Lys Pro Tyr Gln Ala 580 585 590 Gln Ile Pro Ser Tyr Asn Lys Val Ile Ser Lys Thr Tyr Leu Pro Asp 595 600 605 Leu Ile Phe Met Leu Leu Lys Gly Lys Asn Arg Thr Lys Ile Ser Asp 610 615 620 Pro Ser Ile Met Asn Met Phe Arg Gly Thr Phe Tyr Phe Leu Leu Lys 625 630 635 640 Glu Ile Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gln Ala Ser Asn Leu Lys Glu Met 645 650 655 Phe Cys Glu Gly Leu Lys Asn Asn Val Lys Asn Lys Lys Ser Glu Lys 660 665 670 Pro Tyr Gln Asn Phe Met Arg Arg Phe Glu Glu Leu Glu Asn Met Gly 675 680 685 Met Asp Phe Gly Glu Ile Cys Gln Gln Ile Met Thr Asp Tyr Glu Gln 690 695 700 Gln Asn Lys Gln Lys Lys Lys Thr Ala Thr Ala Val Met Ser Glu Lys 705 710 715 720 Asp Lys Lys Ile Arg Thr Leu Asp Asn Asp Thr Gln Lys Tyr Lys His 725 730 735 Phe Arg Thr Leu Leu Tyr Ile Gly Leu Arg Glu Ala Phe Ile Ile Tyr 740 745 750 Leu Lys Asp Glu Lys Asn Lys Glu Trp Tyr Glu Phe Leu Arg Glu Pro 755 760 765 Val Lys Arg Glu Gln Pro Glu Glu Lys Glu Phe Val Asn Lys Trp Lys 770 775 780 Leu Asn Gln Tyr Ser Asp Cys Ser Glu Leu Ile Leu Lys Asp Ser Leu 785 790 795 800 Ala Ala Ala Trp Tyr Val Val Ala His Phe Ile Asn Gln Ala Gln Leu 805 810 815 Asn His Leu Ile Gly Asp Ile Lys Asn Tyr Ile Gln Phe Ile Ser Asp 820 825 830 Ile Asp Arg Arg Ala Lys Ser Thr Gly Asn Pro Val Ser Glu Ser Thr 835 840 845 Glu Ile Gln Ile Glu Arg Tyr Arg Lys Ile Leu Arg Val Leu Glu Phe 850 855 860 Ala Lys Phe Phe Cys Gly Gln Ile Thr Asn Val Leu Thr Asp Tyr Tyr 865 870 875 880 Gln Asp Glu Asn Asp Phe Ser Thr His Val Gly His Tyr Val Lys Phe 885 890 895 Glu Lys Lys Asn Met Glu Pro Ala His Ala Leu Gln Ala Phe Ser Asn 900 905 910 Ser Leu Tyr Ala Cys Gly Lys Glu Lys Lys Lys Ala Gly Phe Tyr Tyr 915 920 925 Asp Gly Met Asn Pro Ile Val Asn Arg Asn Ile Thr Leu Ala Ser Met 930 935 940 Tyr Gly Asn Lys Lys Leu Leu Glu Asn Ala Met Asn Pro Val Thr Glu 945 950 955 960 Gln Asp Ile Arg Lys Tyr Tyr Ser Leu Met Ala Glu Leu Asp Ser Val 965 970 975 Leu Lys Asn Gly Ala Val Cys Lys Ser Glu Asp Glu Gln Lys Asn Leu 980 985 990 Arg His Phe Gln Asn Leu Lys Asn Arg Ile Glu Leu Val Asp Val Leu 995 1000 1005 Thr Leu Ser Glu Leu Val Asn Asp Leu Val Ala Gln Leu Ile Gly 1010 1015 1020 Trp Val Tyr Ile Arg Glu Arg Asp Met Met Tyr Leu Gln Leu Gly 1025 1030 1035 Leu His Tyr Ile Lys Leu Tyr Phe Thr Asp Ser Val Ala Glu Asp 1040 1045 1050 Ser Tyr Leu Arg Thr Leu Asp Leu Glu Glu Gly Ser Ile Ala Asp 1055 1060 1065 Gly Ala Val Leu Tyr Gln Ile Ala Ser Leu Tyr Ser Phe Asn Leu 1070 1075 1080 Pro Met Tyr Val Lys Pro Asn Lys Ser Ser Val Tyr Cys Lys Lys 1085 1090 1095 His Val Asn Ser Val Ala Thr Lys Phe Asp Ile Phe Glu Lys Glu 1100 1105 1110 Tyr Cys Asn Gly Asp Glu Thr Val Ile Glu Asn Gly Leu Arg Leu 1115 1120 1125 Phe Glu Asn Ile Asn Leu His Lys Asp Met Val Lys Phe Arg Asp 1130 1135 1140 Tyr Leu Ala His Phe Lys Tyr Phe Ala Lys Leu Asp Glu Ser Ile 1145 1150 1155 Leu Glu Leu Tyr Ser Lys Ala Tyr Asp Phe Phe Phe Ser Tyr Asn 1160 1165 1170 Ile Lys Leu Lys Lys Ser Val Ser Tyr Val Leu Thr Asn Val Leu 1175 1180 1185 Leu Ser Tyr Phe Ile Asn Ala Lys Leu Ser Phe Ser Thr Tyr Lys 1190 1195 1200 Ser Ser Gly Asn Lys Thr Val Gln His Arg Thr Thr Lys Ile Ser 1205 1210 1215 Val Val Ala Gln Thr Asp Tyr Phe Thr Tyr Lys Leu Arg Ser Ile 1220 1225 1230 Val Lys Asn Lys Asn Gly Val Glu Ser Ile Glu Asn Asp Asp Arg 1235 1240 1245 Arg Cys Glu Val Val Asn Ile Ala Ala Arg Asp Lys Glu Phe Val 1250 1255 1260 Asp Glu Val Cys Asn Val Ile Asn Tyr Asn Ser Asp Lys 1265 1270 1275 <210> 479 <211> 948 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Riemerella anatipestifer <400> 479 Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala Gln Arg Val Ile Phe Lys His Leu 1 5 10 15 Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 20 25 30 Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 35 40 45 Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 50 55 60 Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 65 70 75 80 Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 85 90 95 Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 100 105 110 Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 115 120 125 Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 130 135 140 Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 145 150 155 160 Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu Glu Glu Gln 165 170 175 Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 180 185 190 Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser Ile Arg 195 200 205 Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr Asp Lys Lys 210 215 220 Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser 225 230 235 240 Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro Gln Glu Trp 245 250 255 Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn Gln Pro 260 265 270 Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp Asn Lys Ile 275 280 285 Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Ile 290 295 300 Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 305 310 315 320 Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 325 330 335 Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val 340 345 350 Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg Ile Asn 355 360 365 Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu Pro Leu Gly 370 375 380 Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys Gln Pro Asp 385 390 395 400 Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile Ala Glu Thr 405 410 415 Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 420 425 430 Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 435 440 445 Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Tyr Asp Ala 450 455 460 Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 465 470 475 480 Phe Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 485 490 495 Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr Asn Pro His 500 505 510 Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 515 520 525 Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala Ile 530 535 540 Lys His Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu Leu Lys Val 545 550 555 560 Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gln Gly Gly 565 570 575 Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg Glu Thr Leu 580 585 590 Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu Ile Lys Lys 595 600 605 His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu Tyr Phe Lys 610 615 620 Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 625 630 635 640 Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr Glu Tyr 645 650 655 Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg Leu Glu 660 665 670 Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 675 680 685 Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln Asp Ile Met 690 695 700 Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu 705 710 715 720 Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 725 730 735 Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr Leu Pro Met 740 745 750 Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu Val Gln 755 760 765 Tyr His Glu Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu Glu Gln Thr 770 775 780 Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 785 790 795 800 Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp Thr Gln Lys 805 810 815 His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu Ile Tyr Gln 820 825 830 Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys 835 840 845 Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 850 855 860 Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 865 870 875 880 Thr Asp Lys His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 885 890 895 His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro Ile Leu 900 905 910 Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 915 920 925 Ile Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val 930 935 940 Lys Ser Gln Ile 945 <210> 480 <211> 948 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Riemerella anatipestifer <400> 480 Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala Gln Arg Val Ile Phe Lys His Leu 1 5 10 15 Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 20 25 30 Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 35 40 45 Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 50 55 60 Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 65 70 75 80 Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 85 90 95 Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 100 105 110 Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 115 120 125 Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 130 135 140 Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn Lys Lys His 145 150 155 160 Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu Glu Glu Gln 165 170 175 Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 180 185 190 Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser Ile Arg 195 200 205 Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr Asp Lys Lys 210 215 220 Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Ser 225 230 235 240 Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro Gln Glu Trp 245 250 255 Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser Asn Gln Pro 260 265 270 Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp Asn Lys Ile 275 280 285 Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Ile 290 295 300 Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Gly Phe 305 310 315 320 Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu Met Phe 325 330 335 Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu Thr Val 340 345 350 Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg Ile Asn 355 360 365 Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu Pro Leu Gly 370 375 380 Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys Gln Pro Asp 385 390 395 400 Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile Ala Glu Thr 405 410 415 Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser Pro Lys 420 425 430 Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val Leu Ala Asp 435 440 445 Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Tyr Asp Ala 450 455 460 Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Phe Trp 465 470 475 480 Phe Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn Arg Leu 485 490 495 Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr Asn Pro His 500 505 510 Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu Val Asp 515 520 525 Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu Glu Ala Ile 530 535 540 Lys Asn Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu Leu Lys Ile 545 550 555 560 Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gln Gly Gly 565 570 575 Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg Glu Thr Leu 580 585 590 Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu Ile Lys Lys 595 600 605 His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu Tyr Phe Lys 610 615 620 Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser Tyr Lys 625 630 635 640 Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His Tyr Glu Tyr 645 650 655 Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg Leu Glu 660 665 670 Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys Arg Trp 675 680 685 Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln Asp Val Met 690 695 700 Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys Glu Leu 705 710 715 720 Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val Asn Val 725 730 735 Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr Leu Pro Met 740 745 750 Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly Glu Val Gln 755 760 765 Tyr His Lys Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu Glu His Thr 770 775 780 Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 785 790 795 800 Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp Thr Gln Lys 805 810 815 His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu Ile Tyr Gln 820 825 830 Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu Glu Lys 835 840 845 Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu Phe Arg 850 855 860 Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala Ser Ser Met Val 865 870 875 880 Thr Asp Glu His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val Arg Asn Ala Phe Cys 885 890 895 His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala Leu His Ala Pro Ile Pro 900 905 910 Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly 915 920 925 Ile Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val 930 935 940 Lys Ser Gln Ile 945 <210> 481 <211> 950 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Riemerella anatipestifer <400> 481 Met Phe Phe Ser Phe His Asn Ala Gln Arg Val Ile Phe Lys His Leu 1 5 10 15 Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu Asp Tyr Lys 20 25 30 Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His Leu Asn Arg 35 40 45 Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg Tyr Arg Phe 50 55 60 Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Thr Asn 65 70 75 80 Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys Lys Val Ser 85 90 95 Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Ser Glu Lys Met Thr Thr Glu Val 100 105 110 Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Arg 115 120 125 Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu Leu Ser Arg 130 135 140 Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Lys Asp Lys Lys Cys 145 150 155 160 Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu Glu Glu Gln 165 170 175 Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr 180 185 190 Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys Ser Ile Arg 195 200 205 Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr Asp Lys Lys 210 215 220 Ile Gly Tyr Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Leu Asn 225 230 235 240 Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro Gln Glu Trp 245 250 255 Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Asn Glu Thr Ser Asn Gln Pro 260 265 270 Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp Asn Lys Ile 275 280 285 Gly Phe Arg Leu Arg Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser Leu Glu Val 290 295 300 Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn Ser Asp Phe 305 310 315 320 Val Ala His Ala Phe Ile Ser Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro Leu 325 330 335 Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys Glu 340 345 350 Thr Val Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu Arg 355 360 365 Ile Asn Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu Pro 370 375 380 Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys Gln 385 390 395 400 Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile Ala 405 410 415 Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser Ser 420 425 430 Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val Leu 435 440 445 Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Val Tyr 450 455 460 Asp Ala Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu 465 470 475 480 Ser Arg Leu Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys Asn 485 490 495 Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr Asn 500 505 510 Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn Leu 515 520 525 Val Asp Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu Glu 530 535 540 Ala Ile Lys His Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu Leu 545 550 555 560 Lys Val Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu Gln 565 570 575 Gly Gly Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg Glu 580 585 590 Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu Ile 595 600 605 Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu Tyr 610 615 620 Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu Ser 625 630 635 640 Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Lys Glu Glu His Tyr 645 650 655 Glu Tyr Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln Arg 660 665 670 Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr Lys 675 680 685 Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln Asp 690 695 700 Ile Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe Lys 705 710 715 720 Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala Val 725 730 735 Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr Leu 740 745 750 Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Thr Thr Ala Phe Gly Glu 755 760 765 Val Gln Tyr His Glu Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu Glu 770 775 780 Gln Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 785 790 795 800 Arg His Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp Thr 805 810 815 Gln Lys His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu Ile 820 825 830 Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu Glu 835 840 845 Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Ala Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn Glu 850 855 860 Phe Arg Thr Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Lys Tyr Ala Ala Ser Ser 865 870 875 880 Met Val Thr Asp Lys His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val Arg Asn Ala 885 890 895 Phe Cys His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Thr Leu His Ala Pro 900 905 910 Ile Leu Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr Glu Glu Lys Asp Gly 915 920 925 Leu Gly Ile Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val Leu Arg Glu Tyr Cys Glu 930 935 940 Ile Val Lys Ser Gln Ile 945 950 <210> 482 <211> 953 <212> PRT <213> Alistipes sp. ZOR0009 <400> 482 Met Ser Asn Glu Ile Gly Ala Phe Arg Glu His Gln Phe Ala Tyr Ala 1 5 10 15 Pro Gly Asn Glu Lys Gln Glu Glu Ala Thr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Leu Ser Asn Val Glu Gly Met Met Phe Gly Glu Val Glu Ser 35 40 45 Asn Pro Asp Lys Ile Glu Lys Ser Leu Asp Thr Leu Pro Pro Ala Ile 50 55 60 Leu Arg Gln Ile Ala Ser Phe Ile Trp Leu Ser Lys Glu Asp His Pro 65 70 75 80 Asp Lys Ala Tyr Ser Thr Glu Glu Val Lys Val Ile Val Thr Asp Leu 85 90 95 Val Arg Arg Leu Cys Phe Tyr Arg Asn Tyr Phe Ser His Cys Phe Tyr 100 105 110 Leu Asp Thr Gln Tyr Phe Tyr Ser Asp Glu Leu Val Asp Thr Thr Ala 115 120 125 Ile Gly Glu Lys Leu Pro Tyr Asn Phe His His Phe Ile Thr Asn Arg 130 135 140 Leu Phe Arg Tyr Ser Leu Pro Glu Ile Thr Leu Phe Arg Trp Asn Glu 145 150 155 160 Gly Glu Arg Lys Tyr Glu Ile Leu Arg Asp Gly Leu Ile Phe Phe Cys 165 170 175 Cys Leu Phe Leu Lys Arg Gly Gln Ala Glu Arg Phe Leu Asn Glu Leu 180 185 190 Arg Phe Phe Lys Arg Thr Asp Glu Glu Gly Arg Ile Lys Arg Thr Ile 195 200 205 Phe Thr Lys Tyr Cys Thr Arg Glu Ser His Lys His Ile Gly Ile Glu 210 215 220 Glu Gln Asp Phe Leu Ile Phe Gln Asp Ile Ile Gly Asp Leu Asn Arg 225 230 235 240 Val Pro Lys Val Cys Asp Gly Val Val Asp Leu Ser Lys Glu Asn Glu 245 250 255 Arg Tyr Ile Lys Asn Arg Glu Thr Ser Asn Glu Ser Asp Glu Asn Lys 260 265 270 Ala Arg Tyr Arg Leu Leu Ile Arg Glu Lys Asp Lys Phe Pro Tyr Tyr 275 280 285 Leu Met Arg Tyr Ile Val Asp Phe Gly Val Leu Pro Cys Ile Thr Phe 290 295 300 Lys Gln Asn Asp Tyr Ser Thr Lys Glu Gly Arg Gly Gln Phe His Tyr 305 310 315 320 Gln Asp Ala Ala Val Ala Gln Glu Glu Arg Cys Tyr Asn Phe Val Val 325 330 335 Arg Asn Gly Asn Val Tyr Tyr Ser Tyr Met Pro Gln Ala Gln Asn Val 340 345 350 Val Arg Ile Ser Glu Leu Gln Gly Thr Ile Ser Val Glu Glu Leu Arg 355 360 365 Asn Met Val Tyr Ala Ser Ile Asn Gly Lys Asp Val Asn Lys Ser Val 370 375 380 Glu Gln Tyr Leu Tyr His Leu His Leu Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Thr 385 390 395 400 Ile Ser Gly Gln Thr Ile Lys Glu Gly Arg Val Asp Val Glu Asp Tyr 405 410 415 Arg Pro Leu Leu Asp Lys Leu Leu Leu Arg Pro Ala Ser Asn Gly Glu 420 425 430 Glu Leu Arg Arg Glu Leu Arg Lys Leu Leu Pro Lys Arg Val Cys Asp 435 440 445 Leu Leu Ser Asn Arg Phe Asp Cys Ser Glu Gly Val Ser Ala Val Glu 450 455 460 Lys Arg Leu Lys Ala Ile Leu Leu Arg His Glu Gln Leu Leu Leu Ser 465 470 475 480 Gln Asn Pro Ala Leu His Ile Asp Lys Ile Lys Ser Val Ile Asp Tyr 485 490 495 Leu Tyr Leu Phe Phe Ser Asp Asp Glu Lys Phe Arg Gln Gln Pro Thr 500 505 510 Glu Lys Ala His Arg Gly Leu Lys Asp Glu Glu Phe Gln Met Tyr His 515 520 525 Tyr Leu Val Gly Asp Tyr Asp Ser His Pro Leu Ala Leu Trp Lys Glu 530 535 540 Leu Glu Ala Ser Gly Arg Leu Lys Pro Glu Met Arg Lys Leu Thr Ser 545 550 555 560 Ala Thr Ser Leu His Gly Leu Tyr Met Leu Cys Leu Lys Gly Thr Val 565 570 575 Glu Trp Cys Arg Lys Gln Leu Met Ser Ile Gly Lys Gly Thr Ala Lys 580 585 590 Val Glu Ala Ile Ala Asp Arg Val Gly Leu Lys Leu Tyr Asp Lys Leu 595 600 605 Lys Glu Tyr Thr Pro Glu Gln Leu Glu Arg Glu Val Lys Leu Val Val 610 615 620 Met His Gly Tyr Ala Ala Ala Ala Thr Pro Lys Pro Lys Ala Gln Ala 625 630 635 640 Ala Ile Pro Ser Lys Leu Thr Glu Leu Arg Phe Tyr Ser Phe Leu Gly 645 650 655 Lys Arg Glu Met Ser Phe Ala Ala Phe Ile Arg Gln Asp Lys Lys Ala 660 665 670 Gln Lys Leu Trp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr Val Glu Asn Ile Lys Thr 675 680 685 Leu Gln Lys Arg Gln Ala Ala Ala Asp Ala Ala Cys Lys Lys Leu Tyr 690 695 700 Asn Leu Val Gly Glu Val Glu Arg Val His Thr Asn Asp Lys Val Leu 705 710 715 720 Val Leu Val Ala Gln Arg Tyr Arg Glu Arg Leu Leu Asn Val Gly Ser 725 730 735 Lys Cys Ala Val Thr Leu Asp Asn Pro Glu Arg Gln Gln Lys Leu Ala 740 745 750 Asp Val Tyr Glu Val Gln Asn Ala Trp Leu Ser Ile Arg Phe Asp Asp 755 760 765 Leu Asp Phe Thr Leu Thr His Val Asn Leu Ser Asn Leu Arg Lys Ala 770 775 780 Tyr Asn Leu Ile Pro Arg Lys His Ile Leu Ala Phe Lys Glu Tyr Leu 785 790 795 800 Asp Asn Arg Val Lys Gln Lys Leu Cys Glu Glu Cys Arg Asn Val Arg 805 810 815 Arg Lys Glu Asp Leu Cys Thr Cys Cys Ser Pro Arg Tyr Ser Asn Leu 820 825 830 Thr Ser Trp Leu Lys Glu Asn His Ser Glu Ser Ser Ile Glu Arg Glu 835 840 845 Ala Ala Thr Met Met Leu Leu Asp Val Glu Arg Lys Leu Leu Ser Phe 850 855 860 Leu Leu Asp Glu Arg Arg Lys Ala Ile Ile Glu Tyr Gly Lys Phe Ile 865 870 875 880 Pro Phe Ser Ala Leu Val Lys Glu Cys Arg Leu Ala Asp Ala Gly Leu 885 890 895 Cys Gly Ile Arg Asn Asp Val Leu His Asp Asn Val Ile Ser Tyr Ala 900 905 910 Asp Ala Ile Gly Lys Leu Ser Ala Tyr Phe Pro Lys Glu Ala Ser Glu 915 920 925 Ala Val Glu Tyr Ile Arg Arg Thr Lys Glu Val Arg Glu Gln Arg Arg 930 935 940 Glu Glu Leu Met Ala Asn Ser Ser Gln 945 950 <210> 483 <211> 1036 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Chryseobacterium ureilyticum <400> 483 Met Glu Thr Gln Ile Leu Gly Asn Gly Ile Ser Tyr Asp His Thr Lys 1 5 10 15 Thr Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Thr Ala Gln Asn 20 25 30 Asn Ile Asp Leu Leu Ile Lys Ala Tyr Ile Ser Lys Phe Glu Ser Ser 35 40 45 Pro Arg Lys Leu Asn Ser Val Gln Phe Pro Asp Val Cys Phe Lys Lys 50 55 60 Asn Asp Ser Asp Ala Asp Phe Gln His Lys Leu Gln Phe Ile Arg Lys 65 70 75 80 His Leu Pro Val Ile Gln Tyr Leu Lys Tyr Gly Gly Asn Arg Glu Val 85 90 95 Leu Lys Glu Lys Phe Arg Leu Leu Leu Gln Ala Val Asp Ser Leu Arg 100 105 110 Asn Phe Tyr Thr His Phe Tyr His Lys Pro Ile Gln Leu Pro Asn Glu 115 120 125 Leu Leu Thr Leu Leu Asp Thr Ile Phe Gly Glu Ile Gly Asn Glu Val 130 135 140 Arg Gln Asn Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg His Leu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Asn Leu Ser Glu Glu Leu Asp Phe Arg Tyr Gln Glu Gln Leu Glu Arg 165 170 175 Leu Arg Lys Leu Lys Ser Glu Gly Lys Lys Val Asp Leu Arg Asp Thr 180 185 190 Glu Ala Ile Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu Ile 195 200 205 Phe Lys Asp Ala Glu Asp Phe Lys Pro Thr Val Ser Tyr Ser Ser Tyr 210 215 220 Tyr Tyr Asp Ser Asp Thr Ala Glu Asn Gly Ile Ser Ile Ser Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Arg Arg Glu Met Glu 245 250 255 Asp Leu Lys Ser Arg Val Arg Gly Phe Lys Ala Arg Ile Ile Lys His 260 265 270 Glu Glu Gln His Val Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val 275 280 285 Phe Ser Glu Phe Cys Phe Lys Gly Ile Lys Thr Arg Leu Asn Ala Asp 290 295 300 Tyr His Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Leu Ile Asp Glu Leu Ser Lys 305 310 315 320 Val Pro Asp Glu Leu Tyr Arg Ser Phe Asp Val Ala Thr Arg Glu Arg 325 330 335 Phe Ile Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Ile Arg Asp Gly Lys Glu Asp Lys 340 345 350 Ser Leu Ile Glu Ser Lys Ile Val His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr 355 360 365 Glu Ser Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val 370 375 380 Asn Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Ala Gly Asn Tyr Val His 385 390 395 400 Asp Arg Arg Ile Lys Ser Ile Glu Gly Thr Gly Phe Lys Thr Glu Arg 405 410 415 Leu Val Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Thr Ile Ser 420 425 430 Ser Leu Lys Ala Glu Tyr Leu Ala Lys Ala Val Asn Ile Thr Asp Asp 435 440 445 Thr Gly Trp Glu Leu Leu Pro His Pro Ser Tyr Val Phe Ile Asp Asn 450 455 460 Asn Ile Pro Ile His Leu Thr Val Asp Pro Ser Phe Lys Asn Gly Val 465 470 475 480 Lys Glu Tyr Gln Glu Lys Arg Lys Leu Gln Lys Pro Glu Glu Met Lys 485 490 495 Asn Arg Gln Gly Gly Asp Lys Met His Lys Pro Ala Ile Ser Ser Lys 500 505 510 Ile Gly Lys Ser Lys Asp Ile Asn Pro Glu Ser Pro Val Ala Leu Leu 515 520 525 Ser Met Asn Glu Ile Pro Ala Leu Leu Tyr Glu Ile Leu Val Lys Lys 530 535 540 Ala Ser Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Ile Arg Gln Lys Leu Thr Ala 545 550 555 560 Val Phe Glu Arg Ile Arg Asp Tyr Asp Pro Lys Val Pro Leu Pro Ala 565 570 575 Ser Gln Val Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Asp Thr Leu Ser Tyr 580 585 590 Asn Lys Glu Lys Leu Val Glu Leu Ala Asn Lys Glu Val Glu Gln Thr 595 600 605 Glu Arg Lys Leu Ala Leu Ile Thr Lys Asn Arg Arg Glu Cys Arg Glu 610 615 620 Lys Val Lys Gly Lys Phe Lys Arg Gln Lys Val Phe Lys Asn Ala Glu 625 630 635 640 Leu Gly Thr Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 645 650 655 Pro Glu Glu Gln Lys Lys Asn Trp Lys Gly Tyr Gln His Ser Gln Leu 660 665 670 Gln Gln Ser Leu Ala Phe Phe Glu Ser Arg Pro Gly Glu Ala Arg Ser 675 680 685 Leu Leu Gln Ala Gly Trp Asp Phe Ser Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn 690 695 700 Gly Trp Val Met Asn Ser Phe Ala Arg Asp Asn Thr Phe Asp Gly Phe 705 710 715 720 Tyr Glu Ser Tyr Leu Asn Gly Arg Met Lys Tyr Phe Leu Arg Leu Ala 725 730 735 Asp Asn Ile Ala Gln Gln Ser Ser Thr Asn Lys Leu Ile Ser Asn Phe 740 745 750 Ile Lys Gln Gln Met Pro Lys Gly Leu Phe Asp Arg Arg Leu Tyr Met 755 760 765 Leu Glu Asp Leu Ala Thr Glu Lys Asn Lys Ile Leu Ser Lys Pro Leu 770 775 780 Ile Phe Pro Arg Gly Ile Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Lys Lys Gly 785 790 795 800 Val Gln Val Ser Glu Glu Pro Glu Ala Phe Ala Asp Trp Tyr Ser Tyr 805 810 815 Gly Tyr Asp Val Lys His Lys Phe Gln Glu Phe Tyr Ala Trp Asp Arg 820 825 830 Asp Tyr Glu Glu Leu Leu Arg Glu Glu Leu Glu Lys Asp Thr Ala Phe 835 840 845 Thr Lys Asn Ser Ile His Tyr Ser Arg Glu Ser Gln Ile Glu Leu Leu 850 855 860 Ala Lys Lys Gln Asp Leu Lys Val Lys Lys Val Arg Ile Gln Asp Leu 865 870 875 880 Tyr Leu Lys Leu Met Ala Glu Phe Leu Phe Glu Asn Val Phe Gly His 885 890 895 Glu Leu Ala Leu Pro Leu Asp Gln Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg 900 905 910 Leu Lys Gln Glu Gln Glu Ala Ile Val Gln Ser Gln Arg Pro Lys Gly 915 920 925 Asp Asp Ser Pro Asn Ile Val Lys Glu Asn Phe Ile Trp Ser Lys Thr 930 935 940 Ile Pro Phe Lys Ser Gly Arg Val Phe Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 945 950 955 960 Asp Ile Gly Lys Phe Arg Asn Leu Leu Thr Asp Glu Lys Val Asp Ile 965 970 975 Leu Leu Ser Tyr Asn Asn Thr Glu Ile Gly Lys Gln Val Ile Glu Asn 980 985 990 Glu Leu Ile Ile Gly Ala Gly Ser Tyr Glu Phe Ile Arg Arg Glu Gln 995 1000 1005 Leu Phe Lys Glu Ile Gln Gln Met Lys Arg Leu Ser Leu Arg Ser 1010 1015 1020 Val Arg Gly Met Gly Val Pro Ile Arg Leu Asn Leu Lys 1025 1030 1035 <210> 484 <211> 1090 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella sp. <400> 484 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Asn Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met Ile Asn 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Phe Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Ile Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Leu Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 290 295 300 Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Asn Asp Lys Glu Asp Ser Ala Pro Leu Leu Pro Val Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Gln Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Leu Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asp 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Glu Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Ser Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asp Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Asn Arg Asn Tyr Arg 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Gln Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Val Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asp Ile Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser Ile Leu Lys Ile Leu Leu Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asn Ile Asn Lys Glu Gln Ser Asp Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 1055 1060 1065 Ile Lys Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 485 <211> 1090 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella sp. <400> 485 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Ile Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met Ile Ser 145 150 155 160 Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Asn Ile Lys Lys Ile Thr 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Phe Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Ile Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Leu Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 290 295 300 Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Thr Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Val Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Ser Asp Lys Gly Ser Ser Ala Pro Leu Leu Pro Leu Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Gln Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Leu Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asp 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Cys Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Arg Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asn Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Lys Arg Asn Tyr His 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Val Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asp Ile Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser Ile Leu Lys Ile Leu Leu Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asn Ile Asn Lys Glu Gln Ser Asp Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Ile Val Glu 1055 1060 1065 Ile Lys Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 486 <211> 1090 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella sp. <400> 486 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Gln Ala Ser His Tyr Lys Thr Tyr Asp Glu Lys Leu Ile Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met Ile Asn 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Phe Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Ile Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Gln Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Ile Lys Arg Cys Pro Asn Glu 290 295 300 Leu Phe Glu Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asn Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Ser Asp Glu Glu Thr Pro Ala Pro Leu Leu Pro Val Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Lys Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Ile Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Ala Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asn 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Ile Gly Leu Ser Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Asp Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asn Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 Ser Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Val Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asp Thr Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser Ile Leu Lys Ile Leu Leu Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asn Ile Asn Lys Glu Gln Ser Asp Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 1055 1060 1065 Ile Arg Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 487 <211> 1090 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella sp. <400> 487 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Ile Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Phe Ser Gly Met Ile Ser 145 150 155 160 Lys Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Thr Lys Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Ala Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Asn Arg Tyr Lys Phe Thr 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Arg Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Ser Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Thr Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Leu Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Gln Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 290 295 300 Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Val Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Glu Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Ser Asp Glu Glu Asn Pro Thr Pro Leu Leu Pro Val Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Glu 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Ile Asp Val His Asp Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Gln Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Met Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asp 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Val Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Asp Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Ile Gly Leu Ser Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asn Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Lys Arg Asn Tyr Arg 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Arg Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 His Cys Phe Thr Ser Ile Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Leu Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Cys Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Ile Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Ile Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Gly Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asn Thr Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Lys Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Pro Ala Arg Val Asp Arg Lys 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Trp Ser Ile Leu Asp Val Leu Ser Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asp Ile Asn Asn Glu Gln Ser Tyr Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Ile Val Glu 1055 1060 1065 Ile Lys Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 488 <211> 1095 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Riemerella anatispestifer <400> 488 Met Glu Lys Pro Leu Leu Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 1 5 10 15 Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn Ile Ala Arg His Asn Ala Phe Ile Thr 20 25 30 Ile Cys His Ile Asn Glu Gln Leu Gly Leu Lys Thr Pro Ser Asn Asp 35 40 45 Asp Lys Ile Val Asp Val Val Cys Glu Thr Trp Asn Asn Ile Leu Asn 50 55 60 Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser Gln Leu Thr Glu Leu Ile Leu 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Thr Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 85 90 95 Glu Gly Lys Lys Lys Gly His Gln Lys Glu Gln Gln Lys Glu Lys Glu 100 105 110 Ser Glu Ala Gln Ser Gln Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Lys Leu Ile 115 120 125 Glu Ala Leu Glu Ile Leu Val Asn Gln Leu His Ser Leu Arg Asn Tyr 130 135 140 Tyr Ser His Tyr Lys His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp Ile Phe 145 150 155 160 Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 165 170 175 Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His 180 185 190 Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg 195 200 205 Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 210 215 220 Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 225 230 235 240 Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr 245 250 255 Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 260 265 270 Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 275 280 285 Leu Ser Arg Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn 290 295 300 Lys Lys His Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu 305 310 315 320 Glu Glu Gln Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 325 330 335 Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 340 345 350 Ser Ile Arg Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr 355 360 365 Asp Lys Lys Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 370 375 380 Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro 385 390 395 400 Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 405 410 415 Asn Gln Pro Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp 420 425 430 Asn Lys Ile Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 435 440 445 Leu Glu Ile Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn 450 455 460 Ser Gly Phe Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro 465 470 475 480 Leu Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 485 490 495 Glu Thr Val Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 500 505 510 Arg Ile Asn Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu 515 520 525 Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys 530 535 540 Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile 545 550 555 560 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 565 570 575 Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val 580 585 590 Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala 595 600 605 Tyr Asp Ala Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 610 615 620 Glu Phe Trp Phe Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 625 630 635 640 Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr 645 650 655 Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 660 665 670 Leu Val Asp Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu 675 680 685 Glu Ala Ile Lys Asn Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu 690 695 700 Leu Lys Ile Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 705 710 715 720 Gln Gly Gly Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg 725 730 735 Glu Thr Leu Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu 740 745 750 Ile Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu 755 760 765 Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu 770 775 780 Ser Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His 785 790 795 800 Tyr Glu Tyr Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln 805 810 815 Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 820 825 830 Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln 835 840 845 Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 850 855 860 Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 865 870 875 880 Val Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr 885 890 895 Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 900 905 910 Glu Val Gln Tyr His Lys Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu 915 920 925 Glu His Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 930 935 940 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp 945 950 955 960 Thr Gln Lys His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 965 970 975 Ile Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu 980 985 990 Glu Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn 995 1000 1005 Glu Phe Arg Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1010 1015 1020 Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val 1025 1030 1035 Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala 1040 1045 1050 Leu His Ala Pro Ile Pro Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr 1055 1060 1065 Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly Ile Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val 1070 1075 1080 Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val Lys Ser Gln Ile 1085 1090 1095 <210> 489 <211> 1095 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Riemerella anatispestifer <400> 489 Met Glu Lys Pro Leu Pro Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 1 5 10 15 Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn Ile Ala Arg His Asn Ala Phe Ile Thr 20 25 30 Ile Cys His Ile Asn Glu Gln Leu Gly Leu Thr Thr Pro Pro Asn Asp 35 40 45 Asp Lys Ile Ala Asp Val Val Cys Gly Thr Trp Asn Asn Ile Leu Asn 50 55 60 Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser Gln Leu Thr Glu Leu Ile Leu 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Ala Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 85 90 95 Glu Gly Lys Lys Lys Gly Ser Gln Lys Glu Gln Gln Lys Glu Lys Glu 100 105 110 Asn Glu Ala Gln Ser Gln Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Glu Leu Ile 115 120 125 Lys Val Leu Lys Thr Leu Val Lys Gln Leu Arg Thr Leu Arg Asn Tyr 130 135 140 Tyr Ser His His Ser His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp Ile Phe 145 150 155 160 Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 165 170 175 Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Gln Asp Phe Ala His 180 185 190 Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asp Arg 195 200 205 Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 210 215 220 Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 225 230 235 240 Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Ser Glu Lys Met Thr 245 250 255 Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 260 265 270 Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 275 280 285 Leu Ser Arg Tyr Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asp 290 295 300 Lys Lys Arg Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu 305 310 315 320 Glu Glu Gln Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 325 330 335 Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 340 345 350 Ser Ile Arg Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr 355 360 365 Asp Lys Lys Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 370 375 380 Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro 385 390 395 400 Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 405 410 415 Lys Gln Pro Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp 420 425 430 Asn Lys Ile Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 435 440 445 Leu Glu Val Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Gln Tyr Pro Tyr Asn 450 455 460 Ser Asp Phe Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro 465 470 475 480 Leu Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 485 490 495 Glu Thr Val Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 500 505 510 Arg Ile Asn Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu 515 520 525 Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys 530 535 540 Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile 545 550 555 560 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 565 570 575 Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val 580 585 590 Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala 595 600 605 Tyr Asp Ala Gln Asn Gln Pro Ile Glu Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 610 615 620 Glu Phe Gln Leu Ile Gln Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 625 630 635 640 Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr 645 650 655 Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 660 665 670 Leu Val Asp Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu 675 680 685 Glu Ala Ile Lys Asn Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu 690 695 700 Leu Lys Ile Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 705 710 715 720 Gln Gly Gly Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg 725 730 735 Glu Thr Leu Ser Lys Asp Leu Thr Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu 740 745 750 Ile Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu 755 760 765 Tyr Phe Arg Glu Lys Tyr Gln Asp Asp His Gln Ser Phe Tyr Asp Leu 770 775 780 Pro Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Ser Pro Leu Pro Lys Lys Glu His 785 790 795 800 Tyr Glu Tyr Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Leu Gln 805 810 815 Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 820 825 830 Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln 835 840 845 Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 850 855 860 Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 865 870 875 880 Val Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr 885 890 895 Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 900 905 910 Glu Val Gln Tyr Gln Glu Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu 915 920 925 Glu Gln Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 930 935 940 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp 945 950 955 960 Thr Gln Lys His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 965 970 975 Ile Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Asn Leu 980 985 990 Glu Glu Lys Leu Leu Lys Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Val Glu Asn 995 1000 1005 Lys Phe Arg Ile Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1010 1015 1020 Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val 1025 1030 1035 Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Glu Glu Ala 1040 1045 1050 Leu His Ala Pro Ile Pro Leu Phe Thr Val Ala Gln Gln Thr Thr 1055 1060 1065 Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly Ile Ala Glu Ala Leu Leu Arg Val 1070 1075 1080 Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val Lys Ser Gln Ile 1085 1090 1095 <210> 490 <211> 1115 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 490 Met Glu Ser Ile Lys Asn Ser Gln Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu Gln 1 5 10 15 Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 20 25 30 Val Arg Lys Val Glu Asn His Ile Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala 35 40 45 Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 50 55 60 Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn 85 90 95 Arg Arg Glu Thr Ala Glu Cys Leu Asp Thr Ile Asp Arg Gln Lys Ile 100 105 110 Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu Gln Asp Ile Arg Asn 115 120 125 Ala Phe Ser His Tyr His Ile Asp Asp Gln Ser Val Lys His Thr Ala 130 135 140 Leu Ile Ile Ser Ser Glu Met His Arg Phe Ile Glu Asn Ala Tyr Ser 145 150 155 160 Phe Ala Leu Gln Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 165 170 175 Thr Asp Phe Leu Gln Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 180 185 190 Ala Ile Gly Gly Asn Glu Gly Ile Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu Ile 195 200 205 Phe Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 210 215 220 Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala 225 230 235 240 Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg Gln Pro His Glu Arg 245 250 255 Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp Ile Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 275 280 285 Asp Gln Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gln Ala His 290 295 300 Ile Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala Ile Asp Asp 305 310 315 320 Pro Phe Glu Met Ile Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 325 330 335 Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr Ile Glu Glu Lys Asn Leu Leu 340 345 350 Pro Phe Ile Arg Phe Arg Ile Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 355 360 365 Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 370 375 380 Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp 385 390 395 400 Ala Val Leu Gln Gln Ile Thr Lys Gly Ile Thr Asp Glu Val Arg Phe 405 410 415 Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala Ile Tyr Asn Asn Lys Ile Gly Phe 420 425 430 Val Arg Thr Ser Gly Ser Asp Lys Ile Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 435 440 445 Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gln Asn Thr Lys 450 455 460 Ser Phe Gly Phe Ile Ser Ile Tyr Asp Leu Arg Lys Ile Leu Leu Leu 465 470 475 480 Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn Ile Val Ser Gly Leu Leu 485 490 495 Glu Gln Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 500 505 510 Ala Ile Arg Thr Glu Leu Gln Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu Ile Arg 515 520 525 Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu 530 535 540 Ala Asp Lys Gln Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 545 550 555 560 Lys Leu Thr Glu Ile Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gln Ile 565 570 575 Pro Arg Arg Met Ile Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 580 585 590 Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 595 600 605 Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Leu 610 615 620 Pro Pro Arg Ile Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp Ile Ile 625 630 635 640 Arg Met Val Ile Asp Gln Gly Val Lys Gln Arg Ile Thr Ser Ala Tyr 645 650 655 Tyr Ser Glu Ile Gln Arg Cys Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 660 665 670 Arg Arg His Leu Asp Ser Ile Ile Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 675 680 685 Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly 690 695 700 His Thr Glu Lys Leu Tyr Gln Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 705 710 715 720 Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 725 730 735 Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys Gln Lys Glu Leu Pro Leu Ile Ile 740 745 750 Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys Gln Arg 755 760 765 Lys Asn Ser His Pro Ile Asp Leu Pro Ser Gln Leu Phe Glu Asn Glu 770 775 780 Ile Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys Ile Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 785 790 795 800 Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 805 810 815 Asn Gly Met Gln Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 820 825 830 Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys 835 840 845 Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu Ile Asp Glu Val Val Arg Gln Lys Ile Ser 850 855 860 Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu Gln Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 865 870 875 880 Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala Ile Asn Glu Lys Glu Tyr Gln Leu 885 890 895 Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 900 905 910 Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gln Leu Asp Leu Asp Lys Ile Asp Asn 915 920 925 Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser Gln Val Ile Gln Leu Glu Gly 930 935 940 Gly Gln Pro Asp Ala Val Ile Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val 945 950 955 960 Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 965 970 975 Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gln Glu Gln Val Glu Met Glu 980 985 990 Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1010 1015 1020 Tyr Glu Glu Ser Gln Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys Ile Asp 1025 1030 1035 Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 1040 1045 1050 Leu Val His Ile Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gln Phe Pro Asp 1055 1060 1065 Leu Glu Ile Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1070 1075 1080 Glu Cys Ile Trp Ser Lys Tyr Lys Ala Ile Ile Cys Arg Ile Ile 1085 1090 1095 Pro Phe Ile Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1100 1105 1110 Gln Lys 1115 <210> 491 <211> 1115 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides pyogenes <400> 491 Met Glu Ser Ile Lys Asn Ser Gln Lys Ser Thr Gly Lys Thr Leu Gln 1 5 10 15 Lys Asp Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Met Ala Leu Leu Asn 20 25 30 Val Arg Lys Val Glu Asn His Ile Arg Lys Trp Leu Gly Asp Val Ala 35 40 45 Leu Leu Pro Glu Lys Ser Gly Phe His Ser Leu Leu Thr Thr Asp Asn 50 55 60 Leu Ser Ser Ala Lys Trp Thr Arg Phe Tyr Tyr Lys Ser Arg Lys Phe 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu Glu Met Phe Asp Ser Asp Lys Lys Ser Tyr Glu Asn 85 90 95 Arg Arg Glu Thr Thr Glu Cys Leu Asp Thr Ile Asp Arg Gln Lys Ile 100 105 110 Ser Ser Leu Leu Lys Glu Val Tyr Gly Lys Leu Gln Asp Ile Arg Asn 115 120 125 Ala Phe Ser His Tyr His Ile Asp Asp Gln Ser Val Lys His Thr Ala 130 135 140 Leu Ile Ile Ser Ser Glu Met His Arg Phe Ile Glu Asn Ala Tyr Ser 145 150 155 160 Phe Ala Leu Gln Lys Thr Arg Ala Arg Phe Thr Gly Val Phe Val Glu 165 170 175 Thr Asp Phe Leu Gln Ala Glu Glu Lys Gly Asp Asn Lys Lys Phe Phe 180 185 190 Ala Ile Gly Gly Asn Glu Gly Ile Lys Leu Lys Asp Asn Ala Leu Ile 195 200 205 Phe Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg Glu Glu Ala Phe Lys Phe Leu 210 215 220 Ser Arg Ala Thr Gly Phe Lys Ser Thr Lys Glu Lys Gly Phe Leu Ala 225 230 235 240 Val Arg Glu Thr Phe Cys Ala Leu Cys Cys Arg Gln Pro His Glu Arg 245 250 255 Leu Leu Ser Val Asn Pro Arg Glu Ala Leu Leu Met Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Asn Arg Cys Pro Asp Ile Leu Phe Glu Met Leu Asp Glu Lys 275 280 285 Asp Gln Lys Ser Phe Leu Pro Leu Leu Gly Glu Glu Glu Gln Ala His 290 295 300 Ile Leu Glu Asn Ser Leu Asn Asp Glu Leu Cys Glu Ala Ile Asp Asp 305 310 315 320 Pro Phe Glu Met Ile Ala Ser Leu Ser Lys Arg Val Arg Tyr Lys Asn 325 330 335 Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Tyr Ile Glu Glu Lys Asn Leu Leu 340 345 350 Pro Phe Ile Arg Phe Arg Ile Asp Leu Gly Cys Leu Glu Leu Ala Ser 355 360 365 Tyr Pro Lys Lys Met Gly Glu Glu Asn Asn Tyr Glu Arg Ser Val Thr 370 375 380 Asp His Ala Met Ala Phe Gly Arg Leu Thr Asp Phe His Asn Glu Asp 385 390 395 400 Ala Val Leu Gln Gln Ile Thr Lys Gly Ile Thr Asp Glu Val Arg Phe 405 410 415 Ser Leu Tyr Ala Pro Arg Tyr Ala Ile Tyr Asn Asn Lys Ile Gly Phe 420 425 430 Val Arg Thr Gly Gly Ser Asp Lys Ile Ser Phe Pro Thr Leu Lys Lys 435 440 445 Lys Gly Gly Glu Gly His Cys Val Ala Tyr Thr Leu Gln Asn Thr Lys 450 455 460 Ser Phe Gly Phe Ile Ser Ile Tyr Asp Leu Arg Lys Ile Leu Leu Leu 465 470 475 480 Ser Phe Leu Asp Lys Asp Lys Ala Lys Asn Ile Val Ser Gly Leu Leu 485 490 495 Glu Gln Cys Glu Lys His Trp Lys Asp Leu Ser Glu Asn Leu Phe Asp 500 505 510 Ala Ile Arg Thr Glu Leu Gln Lys Glu Phe Pro Val Pro Leu Ile Arg 515 520 525 Tyr Thr Leu Pro Arg Ser Lys Gly Gly Lys Leu Val Ser Ser Lys Leu 530 535 540 Ala Asp Lys Gln Glu Lys Tyr Glu Ser Glu Phe Glu Arg Arg Lys Glu 545 550 555 560 Lys Leu Thr Glu Ile Leu Ser Glu Lys Asp Phe Asp Leu Ser Gln Ile 565 570 575 Pro Arg Arg Met Ile Asp Glu Trp Leu Asn Val Leu Pro Thr Ser Arg 580 585 590 Glu Lys Lys Leu Lys Gly Tyr Val Glu Thr Leu Lys Leu Asp Cys Arg 595 600 605 Glu Arg Leu Arg Val Phe Glu Lys Arg Glu Lys Gly Glu His Pro Val 610 615 620 Pro Pro Arg Ile Gly Glu Met Ala Thr Asp Leu Ala Lys Asp Ile Ile 625 630 635 640 Arg Met Val Ile Asp Gln Gly Val Lys Gln Arg Ile Thr Ser Ala Tyr 645 650 655 Tyr Ser Glu Ile Gln Arg Cys Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Asp Asp Asn 660 665 670 Arg Arg His Leu Asp Ser Ile Ile Arg Glu Leu Arg Leu Lys Asp Thr 675 680 685 Lys Asn Gly His Pro Phe Leu Gly Lys Val Leu Arg Pro Gly Leu Gly 690 695 700 His Thr Glu Lys Leu Tyr Gln Arg Tyr Phe Glu Glu Lys Lys Glu Trp 705 710 715 720 Leu Glu Ala Thr Phe Tyr Pro Ala Ala Ser Pro Lys Arg Val Pro Arg 725 730 735 Phe Val Asn Pro Pro Thr Gly Lys Gln Lys Glu Leu Pro Leu Ile Ile 740 745 750 Arg Asn Leu Met Lys Glu Arg Pro Glu Trp Arg Asp Trp Lys Gln Arg 755 760 765 Lys Asn Ser His Pro Ile Asp Leu Pro Ser Gln Leu Phe Glu Asn Glu 770 775 780 Ile Cys Arg Leu Leu Lys Asp Lys Ile Gly Lys Glu Pro Ser Gly Lys 785 790 795 800 Leu Lys Trp Asn Glu Met Phe Lys Leu Tyr Trp Asp Lys Glu Phe Pro 805 810 815 Asn Gly Met Gln Arg Phe Tyr Arg Cys Lys Arg Arg Val Glu Val Phe 820 825 830 Asp Lys Val Val Glu Tyr Glu Tyr Ser Glu Glu Gly Gly Asn Tyr Lys 835 840 845 Lys Tyr Tyr Glu Ala Leu Ile Asp Glu Val Val Arg Gln Lys Ile Ser 850 855 860 Ser Ser Lys Glu Lys Ser Lys Leu Gln Val Glu Asp Leu Thr Leu Ser 865 870 875 880 Val Arg Arg Val Phe Lys Arg Ala Ile Asn Glu Lys Glu Tyr Gln Leu 885 890 895 Arg Leu Leu Cys Glu Asp Asp Arg Leu Leu Phe Met Ala Val Arg Asp 900 905 910 Leu Tyr Asp Trp Lys Glu Ala Gln Leu Asp Leu Asp Lys Ile Asp Asn 915 920 925 Met Leu Gly Glu Pro Val Ser Val Ser Gln Val Ile Gln Leu Glu Gly 930 935 940 Gly Gln Pro Asp Ala Val Ile Lys Ala Glu Cys Lys Leu Lys Asp Val 945 950 955 960 Ser Lys Leu Met Arg Tyr Cys Tyr Asp Gly Arg Val Lys Gly Leu Met 965 970 975 Pro Tyr Phe Ala Asn His Glu Ala Thr Gln Glu Gln Val Glu Met Glu 980 985 990 Leu Arg His Tyr Glu Asp His Arg Arg Arg Val Phe Asn Trp Val Phe 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Ser Val Leu Lys Asn Glu Lys Leu Arg Arg Phe 1010 1015 1020 Tyr Glu Glu Ser Gln Gly Gly Cys Glu His Arg Arg Cys Ile Asp 1025 1030 1035 Ala Leu Arg Lys Ala Ser Leu Val Ser Glu Glu Glu Tyr Glu Phe 1040 1045 1050 Leu Val His Ile Arg Asn Lys Ser Ala His Asn Gln Phe Pro Asp 1055 1060 1065 Leu Glu Ile Gly Lys Leu Pro Pro Asn Val Thr Ser Gly Phe Cys 1070 1075 1080 Glu Cys Ile Trp Ser Lys Tyr Lys Ala Ile Ile Cys Arg Ile Ile 1085 1090 1095 Pro Phe Ile Asp Pro Glu Arg Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Glu 1100 1105 1110 Gln Lys 1115 <210> 492 <211> 1116 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella pleuritidis <400> 492 Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Thr Cys Tyr Thr Leu Asn 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Ile Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Glu Ile Arg Gln Ile 35 40 45 Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp Ile Lys Ala Leu Trp Gln Lys Val 50 55 60 Asp Lys Asp Ile Asn Gln Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Ile Lys 65 70 75 80 His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Ile Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp 85 90 95 Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys Gln Ala Lys Ala Gln Ser Phe Lys 100 105 110 Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala 115 120 125 Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Ser Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro 130 135 140 Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Thr Phe Gly Val 145 150 155 160 Ser Ile Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gln Tyr Asn Lys Asp Ile Asp 165 170 175 Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr 180 185 190 Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly Lys Ile Thr Lys Asn Gly Leu 195 200 205 Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met 210 215 220 Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys 225 230 235 240 Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Ile 245 250 255 Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu 260 265 270 Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly 275 280 285 Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Ser Ile Asp Glu Asp 290 295 300 Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Arg Asn Thr Leu Val Arg His Gln 305 310 315 320 Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile 325 330 335 Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser 340 345 350 Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Asp Asn Lys Glu Asp Arg His Leu Thr 355 360 365 His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Ala Lys Gln Lys 370 375 380 Arg Pro Asn Glu Trp Gln Ala Leu Val Lys Asp Leu Asp Ile Tyr Glu 385 390 395 400 Thr Ser Asn Glu Gln Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu 405 410 415 Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Lys Asn Lys Lys Asp Lys Ile 420 425 430 Trp Pro Ser Leu Glu Thr Asn Gly Lys Glu Asn Glu Lys Ser Lys Tyr 435 440 445 Asn Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Ile His Glu 450 455 460 Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Asp Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro 465 470 475 480 Asn Asn Asp Glu Lys Asn Ala Ser Ile Val Glu Gly Phe Ile Lys Lys 485 490 495 Glu Ile Lys Arg Met Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Glu Glu 500 505 510 Ile Asn Ser Lys Glu Gly Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Asn Lys Gly Phe 515 520 525 Gln Glu Arg His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Thr Asn Lys 530 535 540 Ser Lys Asn Met Ala Glu Lys Ala Lys Arg Lys Gln Lys Glu Met Ile 545 550 555 560 Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr Leu Asp Lys Gln Val Lys Gly 565 570 575 Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu 580 585 590 Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Ser Val Gln 595 600 605 Lys Asp Lys Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr 610 615 620 Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Gln 625 630 635 640 Lys Pro Thr Pro Tyr Phe Ile Gln Val Asn Leu Ile Lys Ser Ser Asn 645 650 655 Pro His Pro Phe Leu Glu Glu Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile 660 665 670 Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu 675 680 685 Ser Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu 690 695 700 Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn 705 710 715 720 Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Lys Glu Trp 725 730 735 Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala 740 745 750 Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys 755 760 765 Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro 785 790 795 800 Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys 820 825 830 Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 835 840 845 Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln 850 855 860 Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys 865 870 875 880 Ile Asp Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp 885 890 895 Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg 900 905 910 Ile Met Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Lys Ser 915 920 925 Phe Asn Ile Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr Ile Tyr Ile Glu Glu 930 935 940 Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 945 950 955 960 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu 965 970 975 Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 980 985 990 Leu Gly Ala Tyr Gln Lys Ala Arg Ile Asp Ile Ile Lys Asp Met Leu 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Thr Leu Ile Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr 1010 1015 1020 Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly 1025 1030 1035 Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu Gln Asn Asp Val Asp Leu Leu Val 1040 1045 1050 Ala Ile Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asn 1055 1060 1065 Ser Glu Val Phe Lys Gly Met Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp 1070 1075 1080 Ile Pro Glu Lys Glu Gly Leu Gly Ile Ala Lys Gln Leu Lys Asp 1085 1090 1095 Lys Ile Lys Glu Thr Ile Glu Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Glu 1100 1105 1110 Ile Arg Asn 1115 <210> 493 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 493 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Ser Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Val Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Ser Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Thr Leu Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 494 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 494 Met Thr Glu Gln Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Asp Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Val Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Ile Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val Gln Glu Gln Gly Asn Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 495 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 495 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Glu Asp Thr Asp Gly Ala 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Ala His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Trp Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Ile Cys 865 870 875 880 Gly Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Phe Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 496 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 496 Met Thr Glu Gln Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Ile Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asp Thr Leu Asp 530 535 540 Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Val 1115 <210> 497 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 497 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Val Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asn Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val 995 1000 1005 Phe Glu Leu Thr Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 498 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 498 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Lys Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Ser Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asn Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu Asp Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Asn Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Glu Asn Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Gly Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 499 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 499 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Phe Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Thr Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Trp Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Ile 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 500 <211> 1119 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 500 Met Thr Glu Gln Asn Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Asn Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asp Thr Leu Asp 530 535 540 Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Glu Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Cys 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu Gln Arg Glu Val 1040 1045 1050 Trp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 501 <211> 1120 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella intermedia <400> 501 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Arg Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Glu Glu Asp Glu Ile 35 40 45 Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Asn Ser Trp Asn Glu Ile 50 55 60 Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile Lys His 65 70 75 80 Phe Pro Phe Leu Glu Ala Thr Thr Tyr Arg Gln Asn Pro Thr Asp Thr 85 90 95 Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser 100 105 110 Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 115 120 125 Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 130 135 140 Phe Glu Glu Asp Leu Gln Asn Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp Val Ser 145 150 155 160 Ile Gln Phe Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp Ile Asn Pro 165 170 175 Lys Lys Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Arg Lys Gly Lys Phe His 180 185 190 Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Val Gln 210 215 220 Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Lys Ser Tyr Gln Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Val 275 280 285 Asn Arg Lys Lys Phe Tyr Val Ser Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Val Phe 325 330 335 Ala Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Asp Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys Asp Ser Asp Thr Phe Lys Lys 385 390 395 400 Lys Glu Glu Lys Glu Glu Glu Lys Pro Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro 405 410 415 His Tyr His Leu Glu Asn Lys Lys Ile Gly Ile Ala Phe Lys Asn His 420 425 430 Asn Ile Trp Pro Ser Thr Gln Thr Glu Leu Thr Asn Asn Lys Arg Lys 435 440 445 Lys Tyr Asn Leu Gly Thr Ser Ile Lys Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val 450 455 460 His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu 465 470 475 480 Asn Thr Lys Asn Asp Asn Lys Val Gly Gly Lys Lys Glu Thr Lys Lys 485 490 495 Gln Gly Lys His Lys Ile Glu Ala Ile Ile Glu Ser Lys Ile Lys Asp 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Ser Glu 515 520 525 Asp Glu Leu Lys Glu Tyr Leu Lys Gly Lys Asp Ile Lys Ile Val His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asn Glu His Lys Asp Met 545 550 555 560 Ala Glu Lys Ala Glu Ala Lys Gln Glu Lys Met Lys Leu Ala Thr Glu 565 570 575 Asn Arg Leu Lys Thr Leu Asp Lys Gln Leu Lys Gly Lys Ile Gln Asn 580 585 590 Gly Lys Arg Tyr Asn Ser Ala Pro Lys Ser Gly Glu Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Glu Asn 610 615 620 Gly Glu Ser Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 625 630 635 640 Leu Gln Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 645 650 655 Pro Tyr Phe Lys Gln Thr Lys Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 660 665 670 Phe Leu Asn Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Ser Asn Ile Leu Ser Phe 675 680 685 Tyr Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 690 695 700 Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro 705 710 715 720 Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 725 730 735 Leu Pro Arg Gly Phe Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Glu 740 745 750 His Trp Lys Ser Ile Lys Val Asp Asp Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 755 760 765 Ala Lys Val Thr Pro Leu Phe Phe Ser Glu Lys Tyr Lys Asp Ser Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asp Val Asn Lys Pro 785 790 795 800 Lys Glu Glu Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg Ile Glu Leu Trp Asp 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Lys Lys Phe Lys 820 825 830 Glu Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 835 840 845 Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln 850 855 860 Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys 865 870 875 880 Ile Asp Glu Leu Asn Ile Lys Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp 885 890 895 Ile Asn Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg 900 905 910 Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Lys Val Asn Lys Gly 915 920 925 Gly Tyr Ile Ile Lys Asn Lys Pro Leu His Thr Ile Tyr Ile Lys Glu 930 935 940 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 945 950 955 960 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Pro Ser Glu 965 970 975 Ala Glu Ser Glu Ser Asn Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 980 985 990 Leu Gly Lys Tyr Gln Asn Ala Arg Leu Asp Ile Ile Glu Asp Met Leu 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr 1010 1015 1020 Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly Trp Leu Glu Leu Lys Gly 1025 1030 1035 Glu Ala Lys Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr 1040 1045 1050 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1055 1060 1065 Glu Asn Leu Phe Gly Asn Ile Glu Arg Phe Ser Leu Ser Ser Ser 1070 1075 1080 Asn Ile Ile Glu Ser Lys Gly Leu Asp Ile Ala Ala Lys Leu Lys 1085 1090 1095 Glu Glu Val Ser Lys Ala Ala Lys Lys Ile Gln Asn Glu Glu Asp 1100 1105 1110 Asn Lys Lys Glu Lys Glu Thr 1115 1120 <210> 502 <211> 1124 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella aurantiaca <400> 502 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Gly Ser Ile Ser Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Ile Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Glu Ile Arg Glu Ile 35 40 45 Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp Ile Lys Thr Leu Trp Gln Lys Gly 50 55 60 Asn Lys Asp Leu Asn Gln Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys 65 70 75 80 His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp 85 90 95 Lys Lys Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu 100 105 110 Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Asp Lys Leu Gln Glu Ala 115 120 125 Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser Glu Phe Ser Lys Glu Pro 130 135 140 Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Gly Asn 145 150 155 160 Asn Ile Gln Leu Val Ile Asn Asp Tyr Gln His Asn Lys Asp Ile Asn 165 170 175 Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys Tyr 180 185 190 Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 195 200 205 Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln 210 215 220 Lys Leu Asn Gly Phe Lys Asp Asn Leu Glu Asn Lys Lys Lys Met Thr 225 230 235 240 His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Met Pro Lys Leu Arg Leu 245 250 255 Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu 260 265 270 Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Asp Asp 275 280 285 Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asn 290 295 300 Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 305 310 315 320 Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Lys 325 330 335 Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr 340 345 350 Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys 355 360 365 Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro 370 375 380 Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser 385 390 395 400 Asn Lys Arg Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn 405 410 415 Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Gly Asn Lys Glu Ile Trp Pro 420 425 430 Ser Leu Lys Thr Asn Asp Glu Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu 435 440 445 Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu 450 455 460 Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Lys Glu Lys Pro Asn Asn 465 470 475 480 Asp Glu Ile Asn Ala Ser Ile Val Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile 485 490 495 Arg Asn Ile Phe Lys Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn 500 505 510 Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys Tyr Cys Ala Asp Lys Gly Ile Pro Lys 515 520 525 Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys 530 535 540 Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp 545 550 555 560 Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu Glu Lys Gln Thr Gln Lys Glu Lys 565 570 575 Glu Asp Asp Gly Arg Asn Val Lys Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala 580 585 590 Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp 595 600 605 Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 610 615 620 Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Asn Glu Glu Lys Pro 625 630 635 640 Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Glu Ser Asn Asn Pro His 645 650 655 Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Thr 660 665 670 Phe Tyr Tyr Ser Tyr Leu Thr Lys Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu 675 680 685 Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu 690 695 700 Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe 705 710 715 720 Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys 725 730 735 Arg His Gln Asn Asn Ser Lys Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp 740 745 750 Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu 755 760 765 Tyr Phe Lys Asp Lys Glu Glu Asn Phe Lys Glu Asp Thr Gln Lys Glu 770 775 780 Ile Asn Asp Cys Val Gln Pro Phe Tyr Asn Phe Pro Tyr Asn Val Gly 785 790 795 800 Asn Ile His Lys Pro Lys Glu Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg 805 810 815 Ile Glu Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Glu 820 825 830 Lys Ile Lys Ser Lys Lys Leu Thr Glu Lys Asp Lys Glu Glu Phe Arg 835 840 845 Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg 850 855 860 Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Lys Glu Leu 865 870 875 880 Ile Asp Lys Leu Lys Ile Asp Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu Lys Lys 885 890 895 Leu Arg Leu Asn Asn Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn 900 905 910 Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr 915 920 925 Glu Ile Asp Asp Ser His Lys Ile Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr 930 935 940 Ile Tyr Ile Lys Glu Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe 945 950 955 960 Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val 965 970 975 Lys Thr Asn Ser Glu Ala Glu Ser Lys Arg Asn Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Glu Ala Arg Ile Glu Ile 995 1000 1005 Ile Gln Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Lys Leu Ile Asn Lys Tyr 1010 1015 1020 Lys Asp Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Glu Met Leu Asn Ser Trp 1025 1030 1035 Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp 1040 1045 1050 Val Asp Phe Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln 1055 1060 1065 Tyr Pro Met His Asn Lys Ile Glu Phe Ala Asn Ile Lys Pro Phe 1070 1075 1080 Ser Leu Tyr Thr Ala Asn Asn Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly Ile 1085 1090 1095 Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr Lys Glu Thr Thr Asp Lys Ile 1100 1105 1110 Lys Lys Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 <210> 503 <211> 1125 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella pallens <400> 503 Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn 1 5 10 15 Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 20 25 30 Asn Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Gly Glu Gly 35 40 45 Glu Ile Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 50 55 60 Glu Ile Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr Gln Arg Asn Ser Ala 85 90 95 Asp Thr Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu 100 105 110 Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp 115 120 125 Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 130 135 140 Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu Gln Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp 145 150 155 160 Ala Ser Ile Gln Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp Ile 165 170 175 Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys 180 185 190 Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Val Gln 210 215 220 Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Gln Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 275 280 285 Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro Ile Glu Ile Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe 325 330 335 Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 385 390 395 400 Ser Lys Glu Pro Tyr Ile Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 405 410 415 Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys Ile Trp 420 425 430 Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 435 440 445 Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 450 455 460 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 465 470 475 480 Asn Asp Asn Glu Ile Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 485 490 495 Gln Glu Lys His Lys Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Thr Glu 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys Ile Asn Ser Ile 515 520 525 Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 545 550 555 560 Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys Gln Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gln 565 570 575 Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gln Ile Asn Glu Glu Ile Glu Asn 580 585 590 Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu 610 615 620 Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met 625 630 635 640 Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 645 650 655 Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 660 665 670 Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 675 680 685 Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 690 695 700 Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys 705 710 715 720 Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 725 730 735 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Glu His 740 745 750 Arg Lys Asn Ile Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 755 760 765 Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val Gln 770 775 780 Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn Ile Asn Lys Pro Asp 785 790 795 800 Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 805 810 815 Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 820 825 830 Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 835 840 845 Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 850 855 860 Leu Phe Asn Lys Lys Lys Ile Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys Ile Tyr 865 870 875 880 Leu Lys Asn Ile Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 885 890 895 Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Ile Ile Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu 900 905 910 Asn Arg Ile Met Pro Met Arg Leu Pro Ile Lys Val Tyr Gly Arg Glu 915 920 925 Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys Ile Arg Arg Asn Thr Phe Phe 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr Ile Ser Lys 980 985 990 Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg Ile Glu 995 1000 1005 Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu Ile Asp Lys 1010 1015 1020 Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1025 1030 1035 Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1040 1045 1050 Asp Val Asp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1055 1060 1065 Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro 1070 1075 1080 Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly 1085 1090 1095 Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr Ile Glu Lys 1100 1105 1110 Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 504 <211> 1125 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella intermedia ZT <400> 504 Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Glu Ser Thr Asn Met Leu 1 5 10 15 Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 35 40 45 Lys Lys Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala 50 55 60 Ile Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 65 70 75 80 Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala 85 90 95 Ile Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys 100 105 110 Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu 115 120 125 Phe Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 130 135 140 Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Glu Gly Leu Leu Glu 145 150 155 160 Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp 165 170 175 Tyr Gln His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 180 185 190 Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn 195 200 205 Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 210 215 220 Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Thr Gly Phe Lys Asp Asn 225 230 235 240 Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Arg Arg 245 250 255 Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp 260 265 270 Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu 275 280 285 Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 290 295 300 Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn 305 310 315 320 Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 325 330 335 Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu 340 345 350 Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys 355 360 365 Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln 370 375 380 Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val Lys 385 390 395 400 Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr Ile Ser Glu Thr 405 410 415 Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg 420 425 430 Asn Gly Asn Lys Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 435 440 445 Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Pro Tyr Gln Ala Glu Ala 450 455 460 Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 465 470 475 480 Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser Ile Val 485 490 495 Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr Asp 500 505 510 Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Gly Asp Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 530 535 540 Ala Ile Leu Tyr Asp Glu Pro Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg 545 550 555 560 Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 565 570 575 Glu Lys Gln Thr Gln Glu Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile Arg 580 585 590 Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 595 600 605 Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 610 615 620 Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala 625 630 635 640 Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn 645 650 655 Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 660 665 670 Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Thr Lys 675 680 685 Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 690 695 700 Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 705 710 715 720 Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr 725 730 735 Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Lys Glu 740 745 750 Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 755 760 765 Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala Gln Lys 770 775 780 Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val 785 790 795 800 Gly Asn Ile His Lys Pro Asp Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu 805 810 815 Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys 820 825 830 Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr 835 840 845 Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 850 855 860 Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu 865 870 875 880 Leu Ile Asp Lys Met Lys Val Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Gln 885 890 895 Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys 900 905 910 Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile Met Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val 915 920 925 Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His Asn Ile Val Lys Asp Arg Pro Leu His 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Lys Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Ser Ser Lys Ala Glu Leu Lys Asp Lys Pro Ile Ser Lys 980 985 990 Ser Val Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu 995 1000 1005 Thr Ile Lys Asp Met Leu Leu Leu Glu Lys Thr Leu Ile Lys Lys 1010 1015 1020 Tyr Glu Lys Leu Pro Thr Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly 1025 1030 1035 Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ser Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn 1040 1045 1050 Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1055 1060 1065 Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro 1070 1075 1080 Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Ile Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp 1085 1090 1095 Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Ile Ile Lys Lys 1100 1105 1110 Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 505 <211> 1125 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella pallens <400> 505 Met Lys Glu Glu Glu Lys Gly Lys Thr Pro Val Val Ser Thr Tyr Asn 1 5 10 15 Lys Asp Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His 20 25 30 Asn Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Gly Glu Gly 35 40 45 Glu Ile Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Lys Ser Trp Asn 50 55 60 Glu Ile Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Val Thr Thr Tyr Gln Arg Asn Ser Ala 85 90 95 Asp Thr Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu 100 105 110 Glu Ser Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp 115 120 125 Leu Arg Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg 130 135 140 Pro Lys Phe Glu Glu Asp Leu Gln Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp 145 150 155 160 Ala Ser Ile Gln Leu Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp Ile 165 170 175 Lys Thr Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys 180 185 190 Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Val Gln 210 215 220 Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Glu Ser Tyr Gln Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Gln Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 275 280 285 Asp Arg Lys Lys Phe Arg Val Pro Ile Glu Ile Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Ala Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe 325 330 335 Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 385 390 395 400 Ser Lys Glu Pro Tyr Ile Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 405 410 415 Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys Ile Trp 420 425 430 Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 435 440 445 Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 450 455 460 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 465 470 475 480 Asn Asp Asn Glu Ile Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 485 490 495 Gln Glu Lys His Lys Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Thr Glu 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Lys Ile Asn Ser Ile 515 520 525 Asp Lys Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Ser Glu His Lys Asp Met 545 550 555 560 Ala Thr Glu Ala Lys Arg Lys Gln Glu Glu Met Leu Ala Asp Val Gln 565 570 575 Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gln Ile Asn Glu Glu Ile Glu Asn 580 585 590 Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu 610 615 620 Gly Asn Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met 625 630 635 640 Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg 645 650 655 Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro Phe 660 665 670 Leu Asn Asn Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 675 680 685 Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys Pro 690 695 700 Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys 705 710 715 720 Thr Asn Cys Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu 725 730 735 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Glu His 740 745 750 Arg Lys Asn Ile Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val Ala 755 760 765 Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val Gln 770 775 780 Pro Phe Tyr Asn Tyr Leu Phe Asn Val Gly Asn Ile Asn Lys Pro Asp 785 790 795 800 Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg Lys 805 810 815 Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Asn 820 825 830 Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu 835 840 845 Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu 850 855 860 Leu Phe Asn Lys Lys Lys Ile Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys Ile Tyr 865 870 875 880 Leu Lys Asn Ile Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr Glu 885 890 895 Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Ile Ile Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu 900 905 910 Asn Arg Ile Met Pro Met Arg Leu Pro Ile Lys Val Tyr Gly Arg Glu 915 920 925 Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys Ile Arg Arg Asn Thr Phe Phe 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Lys Thr His Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr Ile Ser Lys 980 985 990 Ser Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg Ile Glu 995 1000 1005 Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Thr Leu Ile Asp Lys 1010 1015 1020 Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly 1025 1030 1035 Trp Leu Lys Leu Lys Asp Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln Asn 1040 1045 1050 Asp Val Asp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1055 1060 1065 Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro 1070 1075 1080 Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly 1085 1090 1095 Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr Ile Glu Lys 1100 1105 1110 Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 506 <211> 1126 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella intermedia <400> 506 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Arg Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Glu Glu Gly Glu Ile 35 40 45 Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Thr Thr Leu Lys Asn Thr Trp Asn Glu Ile 50 55 60 Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile Lys His 65 70 75 80 Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr Tyr Arg Leu Asn Pro Thr Asp Thr 85 90 95 Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser 100 105 110 Leu Arg Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 115 120 125 Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 130 135 140 Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asn Ala Ser 145 150 155 160 Ile Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gln Tyr Asn Lys Asp Ile Asn Pro 165 170 175 Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr 180 185 190 Tyr Phe Thr Lys Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln 210 215 220 Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Glu Asn Lys Lys Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Gln Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 275 280 285 Asp Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro Ile Glu Ile Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe 325 330 335 Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 385 390 395 400 Ser Lys Glu Pro Tyr Ile Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 405 410 415 Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys Ile Trp 420 425 430 Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 435 440 445 Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 450 455 460 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 465 470 475 480 Asn Asp Asn Glu Ile Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 485 490 495 Gln Glu Lys His Lys Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Thr Glu 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Gly Glu Ile Lys Ser Ile 515 520 525 Asp Glu Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asp Glu His Lys Val Met 545 550 555 560 Ala Thr Glu Ala Glu Arg Lys Gln Glu Glu Met Leu Val Asp Val Gln 565 570 575 Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gln Ile Asn Glu Glu Ile Glu Asn 580 585 590 Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Lys Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu 610 615 620 Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 625 630 635 640 Leu Gln Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 645 650 655 Pro Tyr Phe Lys Gln Thr Lys Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 660 665 670 Phe Leu Lys Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe 675 680 685 Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 690 695 700 Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro 705 710 715 720 Lys Thr Lys Pro Lys Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 725 730 735 Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Lys 740 745 750 His Arg Glu Asn Ile Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 755 760 765 Ala Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr His Phe Asn Val Gly Asn Ile Asn Lys Pro 785 790 795 800 Asp Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 820 825 830 Asn Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Lys Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 835 840 845 Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Met 850 855 860 Glu Leu Phe Asn Lys Lys Lys Ile Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys Ile 865 870 875 880 Tyr Leu Lys Asn Ile Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr 885 890 895 Glu Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Asn Ile Lys Glu Lys Asn Asn Ile 900 905 910 Leu Asn Arg Ile Met Pro Met Arg Leu Pro Ile Lys Val Tyr Gly Arg 915 920 925 Glu Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys Ile Arg Arg Asn Thr Phe 930 935 940 Phe Thr Val Tyr Ile Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly 945 950 955 960 Asn Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser 965 970 975 Phe Val Lys Thr Pro Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr Ile Ser 980 985 990 Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg Ile 995 1000 1005 Glu Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu Ile Asp 1010 1015 1020 Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe Asn Lys Met Leu Thr 1025 1030 1035 Asp Trp Leu Glu Leu Lys Gly Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln 1040 1045 1050 Asn Asp Val Asp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His 1055 1060 1065 Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn 1070 1075 1080 Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu 1085 1090 1095 Gly Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr Ile Glu 1100 1105 1110 Lys Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 507 <211> 1127 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella buccae <400> 507 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Gln Thr Asp Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu Gln Asn 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Lys Gly Arg Gln Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Gln Asn Asn Ile Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 885 890 895 Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 980 985 990 Leu Glu Glu His Pro Ile Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 508 <211> 1127 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella buccae <400> 508 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Gln Thr Asp Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu Gln Asn 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Lys Gly Arg Gln Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Gln Asn Asn Ile Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 885 890 895 Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 980 985 990 Leu Glu Glu His Pro Ile Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 509 <211> 1127 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella buccae <400> 509 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Gln Thr Asp Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu Gln Asn 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Lys Gly Arg Gln Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Gln Asn Asn Ile Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 885 890 895 Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 980 985 990 Leu Glu Glu His Pro Ile Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 510 <211> 1127 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella sp. MSX73 <400> 510 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Gln Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Ile Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asp Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Thr His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Lys Arg Glu Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Cys Arg Leu Gln Lys 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Glu Gly Arg Gln Lys Asp Met Glu Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Ser Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Thr Asn Asn Ala Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln His Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Ser Ser Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Ala Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Lys Leu Lys Pro Gln Lys Gly Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Asn Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Lys Thr 885 890 895 Thr Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Val Leu Ala Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Leu Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Ile Asp 980 985 990 Leu Glu Lys Asn Pro Ile Thr Lys Leu Ser Val Asp Tyr Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 511 <211> 1131 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Phaeodactylibacter xiamenensis <400> 511 Met Thr Asn Thr Pro Lys Arg Arg Thr Leu His Arg His Pro Ser Tyr 1 5 10 15 Phe Gly Ala Phe Leu Asn Ile Ala Arg His Asn Ala Phe Met Ile Met 20 25 30 Glu His Leu Ser Thr Lys Tyr Asp Met Glu Asp Lys Asn Thr Leu Asp 35 40 45 Glu Ala Gln Leu Pro Asn Ala Lys Leu Phe Gly Cys Leu Lys Lys Arg 50 55 60 Tyr Gly Lys Pro Asp Val Thr Glu Gly Val Ser Arg Asp Leu Arg Arg 65 70 75 80 Tyr Phe Pro Phe Leu Asn Tyr Pro Leu Phe Leu His Leu Glu Lys Gln 85 90 95 Gln Asn Ala Glu Gln Ala Ala Thr Tyr Asp Ile Asn Pro Glu Asp Ile 100 105 110 Glu Phe Thr Leu Lys Gly Phe Phe Arg Leu Leu Asn Gln Met Arg Asn 115 120 125 Asn Tyr Ser His Tyr Ile Ser Asn Thr Asp Tyr Gly Lys Phe Asp Lys 130 135 140 Leu Pro Val Gln Asp Ile Tyr Glu Ala Ala Ile Phe Arg Leu Leu Asp 145 150 155 160 Arg Gly Lys His Thr Lys Arg Phe Asp Val Phe Glu Ser Lys His Thr 165 170 175 Arg His Leu Glu Ser Asn Asn Ser Glu Tyr Arg Pro Arg Ser Leu Ala 180 185 190 Asn Ser Pro Asp His Glu Asn Thr Val Ala Phe Val Thr Cys Leu Phe 195 200 205 Leu Glu Arg Lys Tyr Ala Phe Pro Phe Leu Ser Arg Leu Asp Cys Phe 210 215 220 Arg Ser Thr Asn Asp Ala Ala Glu Gly Asp Pro Leu Ile Arg Lys Ala 225 230 235 240 Ser His Glu Cys Tyr Thr Met Phe Cys Cys Arg Leu Pro Gln Pro Lys 245 250 255 Leu Glu Ser Ser Asp Ile Leu Leu Asp Met Val Asn Glu Leu Gly Arg 260 265 270 Cys Pro Ser Ala Leu Tyr Asn Leu Leu Ser Glu Glu Asp Gln Ala Arg 275 280 285 Phe His Ile Lys Arg Glu Glu Ile Thr Gly Phe Glu Glu Asp Pro Asp 290 295 300 Glu Glu Leu Glu Gln Glu Ile Val Leu Lys Arg His Ser Asp Arg Phe 305 310 315 320 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Asp Thr Glu Ala Phe Gln Thr 325 330 335 Leu Arg Phe Asp Val Tyr Leu Gly Arg Trp Arg Thr Lys Pro Val Tyr 340 345 350 Lys Lys Arg Ile Tyr Gly Gln Glu Arg Asp Arg Val Leu Thr Gln Ser 355 360 365 Ile Arg Thr Phe Thr Arg Leu Ser Arg Leu Leu Pro Ile Tyr Glu Asn 370 375 380 Val Lys His Asp Ala Val Arg Gln Asn Glu Glu Asp Gly Lys Leu Val 385 390 395 400 Asn Pro Asp Val Thr Ser Gln Phe His Lys Ser Trp Ile Gln Ile Glu 405 410 415 Ser Asp Asp Arg Ala Phe Leu Ser Asp Arg Ile Glu His Phe Ser Pro 420 425 430 His Tyr Asn Phe Gly Asp Gln Val Ile Gly Leu Lys Phe Ile Asn Pro 435 440 445 Asp Arg Tyr Ala Ala Ile Gln Asn Val Phe Pro Lys Leu Pro Gly Glu 450 455 460 Glu Lys Lys Asp Lys Asp Ala Lys Leu Val Asn Glu Thr Ala Asp Ala 465 470 475 480 Ile Ile Ser Thr His Glu Ile Arg Ser Leu Phe Leu Tyr His Tyr Leu 485 490 495 Ser Lys Lys Pro Ile Ser Ala Gly Asp Glu Arg Arg Phe Ile Gln Val 500 505 510 Asp Thr Glu Thr Phe Ile Lys Gln Tyr Ile Asp Thr Ile Lys Leu Phe 515 520 525 Phe Glu Asp Ile Lys Ser Gly Glu Leu Gln Pro Ile Ala Asp Pro Pro 530 535 540 Asn Tyr Gln Lys Asn Glu Pro Leu Pro Tyr Val Arg Gly Asp Lys Glu 545 550 555 560 Lys Thr Gln Glu Glu Arg Ala Gln Tyr Arg Glu Arg Gln Lys Glu Ile 565 570 575 Lys Glu Arg Arg Lys Glu Leu Asn Thr Leu Leu Gln Asn Arg Tyr Gly 580 585 590 Leu Ser Ile Gln Tyr Ile Pro Ser Arg Leu Arg Glu Tyr Leu Leu Gly 595 600 605 Tyr Lys Lys Val Pro Tyr Glu Lys Leu Ala Leu Gln Lys Leu Arg Ala 610 615 620 Gln Arg Lys Glu Val Lys Lys Arg Ile Lys Asp Ile Glu Lys Met Arg 625 630 635 640 Thr Pro Arg Val Gly Glu Gln Ala Thr Trp Leu Ala Glu Asp Ile Val 645 650 655 Phe Leu Thr Pro Pro Lys Met His Thr Pro Glu Arg Lys Thr Thr Lys 660 665 670 His Pro Gln Lys Leu Asn Asn Asp Gln Phe Arg Ile Met Gln Ser Ser 675 680 685 Leu Ala Tyr Phe Ser Val Asn Lys Lys Ala Ile Lys Lys Phe Phe Gln 690 695 700 Lys Glu Thr Gly Ile Gly Leu Ser Asn Arg Glu Thr Ser His Pro Phe 705 710 715 720 Leu Tyr Arg Ile Asp Val Gly Arg Cys Arg Gly Ile Leu Asp Phe Tyr 725 730 735 Thr Gly Tyr Leu Lys Tyr Lys Met Asp Trp Leu Asp Asp Ala Ile Lys 740 745 750 Lys Val Asp Asn Arg Lys His Gly Lys Lys Glu Ala Lys Lys Tyr Glu 755 760 765 Lys Tyr Leu Pro Ser Ser Ile Gln His Lys Thr Pro Leu Glu Leu Asp 770 775 780 Tyr Thr Arg Leu Pro Val Tyr Leu Pro Arg Gly Leu Phe Lys Lys Ala 785 790 795 800 Ile Val Lys Ala Leu Ala Ala His Ala Asp Phe Gln Val Glu Pro Glu 805 810 815 Glu Asp Asn Val Ile Phe Cys Leu Asp Gln Leu Leu Asp Gly Asp Thr 820 825 830 Gln Asp Phe Tyr Asn Trp Gln Arg Tyr Tyr Arg Ser Ala Leu Thr Glu 835 840 845 Lys Glu Thr Asp Asn Gln Leu Val Leu Ala His Pro Tyr Ala Glu Gln 850 855 860 Ile Leu Gly Thr Ile Lys Thr Leu Glu Gly Lys Gln Lys Asn Asn Lys 865 870 875 880 Leu Gly Asn Lys Ala Lys Gln Lys Ile Lys Asp Glu Leu Ile Asp Leu 885 890 895 Lys Arg Ala Lys Arg Arg Leu Leu Asp Arg Glu Gln Tyr Leu Arg Ala 900 905 910 Val Gln Ala Glu Asp Arg Ala Leu Trp Leu Met Ile Gln Glu Arg Gln 915 920 925 Lys Gln Lys Ala Glu His Glu Glu Ile Ala Phe Asp Gln Leu Asp Leu 930 935 940 Lys Asn Ile Thr Lys Ile Leu Thr Glu Ser Ile Asp Ala Arg Leu Arg 945 950 955 960 Ile Pro Asp Thr Lys Val Asp Ile Thr Asp Lys Leu Pro Leu Arg Arg 965 970 975 Tyr Gly Asp Leu Arg Arg Val Ala Lys Asp Arg Arg Leu Val Asn Leu 980 985 990 Ala Ser Tyr Tyr His Val Ala Gly Leu Ser Glu Ile Pro Tyr Asp Leu 995 1000 1005 Val Lys Lys Glu Leu Glu Glu Tyr Asp Arg Arg Arg Val Ala Phe 1010 1015 1020 Phe Glu His Val Tyr Gln Phe Glu Lys Glu Val Tyr Asp Arg Tyr 1025 1030 1035 Ala Ala Glu Leu Arg Asn Glu Asn Pro Lys Gly Glu Ser Thr Tyr 1040 1045 1050 Phe Ser His Trp Glu Tyr Val Ala Val Ala Val Lys His Ser Ala 1055 1060 1065 Asp Thr His Phe Asn Glu Leu Phe Lys Glu Lys Val Met Gln Leu 1070 1075 1080 Arg Asn Lys Phe His His Asn Glu Phe Pro Tyr Phe Asp Trp Leu 1085 1090 1095 Leu Pro Glu Val Glu Lys Ala Ser Ala Ala Leu Tyr Ala Asp Arg 1100 1105 1110 Val Phe Asp Val Ala Glu Gly Tyr Tyr Gln Lys Met Arg Lys Leu 1115 1120 1125 Met Arg Gln 1130 <210> 512 <211> 1132 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella intermedia <400> 512 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu Asp Asn 1 5 10 15 Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr 20 25 30 Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys Lys 35 40 45 Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile Lys 50 55 60 Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg Leu 65 70 75 80 Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile Tyr 85 90 95 Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln Ala 100 105 110 Lys Ala Gln Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe Leu 115 120 125 Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser 130 135 140 Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys Met 145 150 155 160 Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp Tyr Gln 165 170 175 His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg 180 185 190 Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys Gly Asn 195 200 205 Ile Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 210 215 220 Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn 225 230 235 240 Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg 245 250 255 Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp 260 265 270 Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu 275 280 285 Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 290 295 300 Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn 305 310 315 320 Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 325 330 335 Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu 340 345 350 Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys 355 360 365 Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln 370 375 380 Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys 385 390 395 400 Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr Ile Ser Glu Thr 405 410 415 Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg 420 425 430 Asn Asp Asn Asp Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 435 440 445 Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala 450 455 460 Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 465 470 475 480 Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser Ile Val 485 490 495 Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Ile Tyr Lys Leu Tyr Asp 500 505 510 Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 530 535 540 Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala Lys Arg 545 550 555 560 Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 565 570 575 Glu Lys Gln Thr Gln Gly Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile Arg 580 585 590 Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 595 600 605 Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 610 615 620 Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala 625 630 635 640 Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn 645 650 655 Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 660 665 670 Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr Lys 675 680 685 Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 690 695 700 Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 705 710 715 720 Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr 725 730 735 Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Glu Glu 740 745 750 Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 755 760 765 Ile Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu Tyr 770 775 780 Leu Lys Lys Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro Phe 785 790 795 800 Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro Asp Glu Lys 805 810 815 Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys 820 825 830 Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr 835 840 845 Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp 850 855 860 Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val 865 870 875 880 Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Val Glu Gly 885 890 895 Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp Thr 900 905 910 Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro 915 920 925 Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His Asn Ile 930 935 940 Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Lys Thr 945 950 955 960 Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 965 970 975 Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr Glu Leu 980 985 990 Lys Ser Asn Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu 995 1000 1005 Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu Thr Ile Lys Asp Met Leu Leu Leu 1010 1015 1020 Glu Glu Thr Leu Ile Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr Asp Asn 1025 1030 1035 Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala 1040 1045 1050 Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val 1055 1060 1065 Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile 1070 1075 1080 Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Thr 1085 1090 1095 Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys 1100 1105 1110 Thr His Lys Ile Ile Lys Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile 1115 1120 1125 Glu Thr Lys Glu 1130 <210> 513 <211> 1133 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella intermedia <400> 513 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Ser Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys 35 40 45 Lys Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile 50 55 60 Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg 65 70 75 80 Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile 85 90 95 Tyr Ser Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln 100 105 110 Ala Lys Ala Gln Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe 115 120 125 Leu Glu Lys Leu Gln Glu Thr Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 130 135 140 Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Met Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp Tyr 165 170 175 Gln His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp 180 185 190 Arg Thr Glu Glu Asp Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 195 200 205 Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 210 215 220 Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp 225 230 235 240 Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 245 250 255 Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp 260 265 270 Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser 275 280 285 Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Asp Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 290 295 300 Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys 305 310 315 320 Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 325 330 335 Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp 340 345 350 Leu Gly Thr Phe His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln 355 360 365 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile 370 375 380 Gln Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val 385 390 395 400 Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr Ile Ser Glu 405 410 415 Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe 420 425 430 Arg Asn Asp Asn Asp Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 435 440 445 Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu 450 455 460 Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu 465 470 475 480 Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser Ile 485 490 495 Val Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Met Tyr Lys Leu Tyr 500 505 510 Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys 515 520 525 Tyr Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met 530 535 540 Val Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Val Lys Glu Ala Lys 545 550 555 560 Arg Lys Gln Arg Lys Met Val Lys Asp Thr Glu Lys Leu Leu Ala Ala 565 570 575 Leu Glu Lys Gln Thr Gln Glu Lys Thr Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile 580 585 590 Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 595 600 605 Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn 610 615 620 Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu 625 630 635 640 Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val 645 650 655 Asn Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys 660 665 670 Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr 675 680 685 Lys Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys 690 695 700 Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr 705 710 715 720 Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe 725 730 735 Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Lys 740 745 750 Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys 755 760 765 Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu 770 775 780 Asp Leu Lys Lys Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro Asp Glu 805 810 815 Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg Ile Glu Leu Trp Asp Lys Lys 820 825 830 Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu 835 840 845 Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser 850 855 860 Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile 865 870 875 880 Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Val Glu 885 890 895 Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp 900 905 910 Thr Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val Met 915 920 925 Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His Asn 930 935 940 Ile Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Lys 945 950 955 960 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 965 970 975 Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Ala Glu 980 985 990 Leu Lys Ser Asn Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 995 1000 1005 Glu Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu Thr Ile Lys Asp Met Leu Leu 1010 1015 1020 Leu Glu Glu Thr Leu Ile Glu Lys Tyr Lys Asn Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu 1040 1045 1050 Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala 1055 1060 1065 Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg 1070 1075 1080 Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp 1085 1090 1095 Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp 1100 1105 1110 Lys Thr His Lys Ile Ile Lys Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro 1115 1120 1125 Ile Glu Thr Lys Glu 1130 <210> 514 <211> 1133 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella falsenii <400> 514 Met Lys Asn Asp Asn Asn Ser Thr Lys Ser Thr Asp Tyr Thr Leu Gly 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys 35 40 45 Lys Asp Gln Glu Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile 50 55 60 Lys Thr Leu Trp Gly Lys Val Asp Thr Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg 65 70 75 80 Leu Arg Glu Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr 85 90 95 Tyr Gln Gln Ser Ser Thr Asn Asn Thr Lys Gln Lys Glu Glu Glu Gln 100 105 110 Ala Lys Ala Gln Ser Phe Glu Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe 115 120 125 Leu Glu Lys Leu Arg Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys His 130 135 140 Ser Lys Ser Leu Glu Glu Pro Lys Leu Glu Glu Lys Leu Leu Glu Asn 145 150 155 160 Met Tyr Asn Ile Phe Asp Thr Asn Val Gln Leu Val Ile Lys Asp Tyr 165 170 175 Glu His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Glu Glu Asp Phe Lys His Leu Gly 180 185 190 Arg Ala Glu Gly Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Arg Asn Lys Lys Gly 195 200 205 Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 210 215 220 Lys Lys Asp Ala Ile Trp Ala Gln Thr Lys Ile Lys Gly Phe Lys Asp 225 230 235 240 Asn Arg Glu Asn Lys Gln Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 245 250 255 Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp 260 265 270 Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser 275 280 285 Leu Tyr Lys Arg Leu Gln Gly Glu Lys Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro 290 295 300 Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys 305 310 315 320 Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 325 330 335 Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp 340 345 350 Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Lys 355 360 365 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile 370 375 380 Gln Glu Phe Ala Lys Glu Asn Arg Pro Asp Glu Trp Lys Ala Leu Val 385 390 395 400 Lys Asp Leu Asp Thr Phe Glu Glu Ser Asn Glu Pro Tyr Ile Ser Glu 405 410 415 Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Asn 420 425 430 Lys Asn Lys Lys Lys Lys Lys Thr Ile Trp Pro Ser Leu Glu Thr Lys 435 440 445 Thr Thr Val Asn Glu Arg Ser Lys Tyr Asn Leu Gly Lys Ser Phe Lys 450 455 460 Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr 465 470 475 480 Tyr Leu Leu Leu Asn Lys Glu Glu Pro Asn Asn Gly Lys Ile Asn Ala 485 490 495 Ser Lys Val Glu Gly Ile Ile Glu Lys Lys Ile Arg Asp Ile Tyr Lys 500 505 510 Leu Tyr Gly Ala Phe Ala Asn Glu Glu Ile Asn Asn Glu Glu Glu Leu 515 520 525 Lys Glu Tyr Cys Glu Gly Lys Asp Ile Ala Ile Arg His Leu Pro Lys 530 535 540 Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asn Glu Tyr Lys Asp Met Ala Lys Lys 545 550 555 560 Ala Glu Asp Lys Gln Lys Lys Met Ile Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu 565 570 575 Ala Ala Leu Asp Lys Gln Val Lys Gly Glu Val Glu Asp Gly Gly Arg 580 585 590 Asn Ile Lys Pro Leu Lys Ser Gly Arg Ile Ala Ser Trp Leu Val Asn 595 600 605 Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Arg Asp Arg Asp Gly Tyr Pro 610 615 620 Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu Leu Gln Arg 625 630 635 640 Thr Leu Ala Leu Phe Gly Ser Glu Arg Glu Arg Leu Ala Pro Tyr Phe 645 650 655 Arg Gln Met Asn Leu Ile Gly Lys Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Lys 660 665 670 Asp Thr Lys Trp Lys Glu His Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser 675 680 685 Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Gly Ser Leu Lys Pro Glu Asp 690 695 700 Trp Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn 705 710 715 720 Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg 725 730 735 Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Ile Arg His Gln Asn 740 745 750 Glu Ser Glu Glu Tyr Lys Lys Val Lys Asp Phe Asp Arg Ile Gly Leu 755 760 765 Val Ala Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Asp Tyr Gln Lys Glu 770 775 780 Ile Glu Asp Tyr Val Gln Pro Phe Tyr Gly Tyr Pro Phe Asn Val Gly 785 790 795 800 Asn Ile His Asn Ser Gln Glu Gly Thr Phe Leu Asn Lys Lys Glu Arg 805 810 815 Glu Glu Leu Trp Lys Gly Asn Lys Thr Lys Phe Lys Asp Tyr Lys Thr 820 825 830 Lys Glu Lys Asn Lys Glu Lys Thr Asn Lys Asp Lys Phe Lys Lys Lys 835 840 845 Thr Asp Glu Glu Lys Glu Glu Phe Arg Ser Tyr Leu Asp Phe Gln Ser 850 855 860 Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile 865 870 875 880 Val Thr Trp Leu Leu Cys Met Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Ile Asp 885 890 895 Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp 900 905 910 Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile Met 915 920 925 Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Thr Asp Asp Ser Asn Asn 930 935 940 Ile Ile Lys Asp Lys Pro Leu His Thr Ile Tyr Ile Lys Glu Ala Glu 945 950 955 960 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg 965 970 975 Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Glu Thr Ser Ser Glu Ala Glu 980 985 990 Leu Lys Ser Lys Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly 995 1000 1005 Glu Tyr Gln Arg Ala Arg Val Glu Ile Ile Lys Asp Met Leu Arg 1010 1015 1020 Leu Glu Glu Thr Leu Ile Gly Asn Asp Glu Lys Leu Pro Thr Asn 1025 1030 1035 Lys Phe Arg Gln Met Leu Asp Lys Trp Leu Glu His Lys Lys Glu 1040 1045 1050 Thr Asp Asp Thr Asp Leu Lys Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr Glu 1055 1060 1065 Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asp Arg 1070 1075 1080 Ile Ala Phe Ala Asn Ile Lys Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn 1085 1090 1095 Thr Ser Asn Glu Glu Gly Leu Gly Ile Ala Lys Lys Leu Lys Asp 1100 1105 1110 Lys Thr Lys Glu Thr Ile Asp Arg Ile Ile Glu Ile Glu Glu Gln 1115 1120 1125 Thr Ala Thr Lys Arg 1130 <210> 515 <211> 1133 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Reichenbachiella agariperforans <400> 515 Met Lys Thr Asn Pro Leu Ile Ala Ser Ser Gly Glu Lys Pro Asn Tyr 1 5 10 15 Lys Lys Phe Asn Thr Glu Ser Asp Lys Ser Phe Lys Lys Ile Phe Gln 20 25 30 Asn Lys Gly Ser Ile Ala Pro Ile Ala Glu Lys Ala Cys Lys Asn Phe 35 40 45 Glu Ile Lys Ser Lys Ser Pro Val Asn Arg Asp Gly Arg Leu His Tyr 50 55 60 Phe Ser Val Gly His Ala Phe Lys Asn Ile Asp Ser Lys Asn Val Phe 65 70 75 80 Arg Tyr Glu Leu Asp Glu Ser Gln Met Asp Met Lys Pro Thr Gln Phe 85 90 95 Leu Ala Leu Gln Lys Glu Phe Phe Asp Phe Gln Gly Ala Leu Asn Gly 100 105 110 Leu Leu Lys His Ile Arg Asn Val Asn Ser His Tyr Val His Thr Phe 115 120 125 Glu Lys Leu Glu Ile Gln Ser Ile Asn Gln Lys Leu Ile Thr Phe Leu 130 135 140 Ile Glu Ala Phe Glu Leu Ala Val Ile His Ser Tyr Leu Asn Glu Glu 145 150 155 160 Glu Leu Ser Tyr Glu Ala Tyr Lys Asp Asp Pro Gln Ser Gly Gln Lys 165 170 175 Leu Val Gln Phe Leu Cys Asp Lys Phe Tyr Pro Asn Lys Glu His Glu 180 185 190 Val Glu Glu Arg Lys Thr Ile Leu Ala Lys Asn Lys Arg Gln Ala Leu 195 200 205 Glu His Leu Leu Phe Ile Glu Val Thr Ser Asp Ile Asp Trp Lys Leu 210 215 220 Phe Glu Lys His Lys Val Phe Thr Ile Ser Asn Gly Lys Tyr Leu Ser 225 230 235 240 Phe His Ala Cys Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu Tyr Lys Ser Glu 245 250 255 Ala Asn Gln Leu Ile Ser Lys Ile Lys Gly Phe Lys Arg Asn Asp Asp 260 265 270 Asn Gln Tyr Arg Ser Lys Arg Gln Ile Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys 275 280 285 Phe Thr Ser Gln Asp Val Asn Ser Glu Glu Gln His Leu Val Lys Phe 290 295 300 Arg Asp Val Ile Gln Tyr Leu Asn His Tyr Pro Ser Ala Trp Asn Lys 305 310 315 320 His Leu Glu Leu Lys Ser Gly Tyr Pro Gln Met Thr Asp Lys Leu Met 325 330 335 Arg Tyr Ile Val Glu Ala Glu Ile Tyr Arg Ser Phe Pro Asp Gln Thr 340 345 350 Asp Asn His Arg Phe Leu Leu Phe Ala Ile Arg Glu Phe Phe Gly Gln 355 360 365 Ser Cys Leu Asp Thr Trp Thr Gly Asn Thr Pro Ile Asn Phe Ser Asn 370 375 380 Gln Glu Gln Lys Gly Phe Ser Tyr Glu Ile Asn Thr Ser Ala Glu Ile 385 390 395 400 Lys Asp Ile Glu Thr Lys Leu Lys Ala Leu Val Leu Lys Gly Pro Leu 405 410 415 Asn Phe Lys Glu Lys Lys Glu Gln Asn Arg Leu Glu Lys Asp Leu Arg 420 425 430 Arg Glu Lys Lys Glu Gln Pro Thr Asn Arg Val Lys Glu Lys Leu Leu 435 440 445 Thr Arg Ile Gln His Asn Met Leu Tyr Val Ser Tyr Gly Arg Asn Gln 450 455 460 Asp Arg Phe Met Asp Phe Ala Ala Arg Phe Leu Ala Glu Thr Asp Tyr 465 470 475 480 Phe Gly Lys Asp Ala Lys Phe Lys Met Tyr Gln Phe Tyr Thr Ser Asp 485 490 495 Glu Gln Arg Asp His Leu Lys Glu Gln Lys Lys Glu Leu Pro Lys Lys 500 505 510 Glu Phe Glu Lys Leu Lys Tyr His Gln Ser Lys Leu Val Asp Tyr Phe 515 520 525 Thr Tyr Ala Glu Gln Gln Ala Arg Tyr Pro Asp Trp Asp Thr Pro Phe 530 535 540 Val Val Glu Asn Asn Ala Ile Gln Ile Lys Val Thr Leu Phe Asn Gly 545 550 555 560 Ala Lys Lys Ile Val Ser Val Gln Arg Asn Leu Met Leu Tyr Leu Leu 565 570 575 Glu Asp Ala Leu Tyr Ser Glu Lys Arg Glu Asn Ala Gly Lys Gly Leu 580 585 590 Ile Ser Gly Tyr Phe Val His His Gln Lys Glu Leu Lys Asp Gln Leu 595 600 605 Asp Ile Leu Glu Lys Glu Thr Glu Ile Ser Arg Glu Gln Lys Arg Glu 610 615 620 Phe Lys Lys Leu Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Arg Tyr Ser Pro Ala 625 630 635 640 Gln Ile Asn Asp Thr Thr Glu Trp Asn Pro Met Glu Val Ile Leu Glu 645 650 655 Glu Ala Lys Ala Gln Glu Gln Arg Tyr Gln Leu Leu Leu Glu Lys Ala 660 665 670 Ile Leu His Gln Thr Glu Glu Asp Phe Leu Lys Arg Asn Lys Gly Lys 675 680 685 Gln Phe Lys Leu Arg Phe Val Arg Lys Ala Trp His Leu Met Tyr Leu 690 695 700 Lys Glu Leu Tyr Met Asn Lys Val Ala Glu His Gly His His Lys Ser 705 710 715 720 Phe His Ile Thr Lys Glu Glu Phe Asn Asp Phe Cys Arg Trp Met Phe 725 730 735 Ala Phe Asp Glu Val Pro Lys Tyr Lys Glu Tyr Leu Cys Asp Tyr Phe 740 745 750 Ser Gln Lys Gly Phe Phe Asn Asn Ala Glu Phe Lys Asp Leu Ile Glu 755 760 765 Ser Ser Thr Ser Leu Asn Asp Leu Tyr Glu Lys Thr Lys Gln Arg Phe 770 775 780 Glu Gly Trp Ser Lys Asp Leu Thr Lys Gln Ser Asp Glu Asn Lys Tyr 785 790 795 800 Leu Leu Ala Asn Tyr Glu Ser Met Leu Lys Asp Asp Met Leu Tyr Val 805 810 815 Asn Ile Ser His Phe Ile Ser Tyr Leu Glu Ser Lys Gly Lys Ile Asn 820 825 830 Arg Asn Ala His Gly His Ile Ala Tyr Lys Ala Leu Asn Asn Val Pro 835 840 845 His Leu Ile Glu Glu Tyr Tyr Tyr Lys Asp Arg Leu Ala Pro Glu Glu 850 855 860 Tyr Lys Ser His Gly Lys Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Thr Val Lys Leu 865 870 875 880 Glu Asp Ala Leu Leu Tyr Glu Met Ala Met His Tyr Leu Ser Leu Glu 885 890 895 Pro Ala Leu Val Pro Lys Val Lys Thr Lys Val Lys Asp Ile Leu Ser 900 905 910 Ser Asn Ile Ala Phe Asp Ile Lys Asp Ala Ala Gly His His Leu Tyr 915 920 925 His Leu Leu Ile Pro Phe His Lys Ile Asp Ser Phe Val Ala Leu Ile 930 935 940 Asn His Gln Ser Gln Gln Glu Lys Asp Pro Asp Lys Thr Ser Phe Leu 945 950 955 960 Ala Lys Ile Gln Pro Tyr Leu Glu Lys Val Lys Asn Ser Lys Asp Leu 965 970 975 Lys Ala Val Tyr His Tyr Tyr Lys Asp Thr Pro His Thr Leu Arg Tyr 980 985 990 Glu Asp Leu Asn Met Ile His Ser His Ile Val Ser Gln Ser Val Gln 995 1000 1005 Phe Thr Lys Val Ala Leu Lys Leu Glu Glu Tyr Phe Ile Ala Lys 1010 1015 1020 Lys Ser Ile Thr Leu Gln Ile Ala Arg Gln Ile Ser Tyr Ser Glu 1025 1030 1035 Ile Ala Asp Leu Ser Asn Tyr Phe Thr Asp Glu Val Arg Asn Thr 1040 1045 1050 Ala Phe His Phe Asp Val Pro Glu Thr Ala Tyr Ser Met Ile Leu 1055 1060 1065 Gln Gly Ile Glu Ser Glu Phe Leu Asp Arg Glu Ile Lys Pro Gln 1070 1075 1080 Lys Pro Lys Ser Leu Ser Glu Leu Ser Thr Gln Gln Val Ser Val 1085 1090 1095 Cys Thr Ala Phe Leu Glu Thr Leu His Asn Asn Leu Phe Asp Arg 1100 1105 1110 Lys Asp Asp Lys Lys Glu Arg Leu Ser Lys Ala Arg Glu Arg Tyr 1115 1120 1125 Phe Glu Gln Ile Asn 1130 <210> 516 <211> 1134 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella intermedia 17 <400> 516 Met Lys Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu 1 5 10 15 Asp Asn Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Val Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn 35 40 45 Lys Lys Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala 50 55 60 Ile Lys Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu 65 70 75 80 Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala 85 90 95 Ile Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys 100 105 110 Gln Ala Lys Ala Gln Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu 115 120 125 Phe Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys 130 135 140 Tyr Ser Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys 145 150 155 160 Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp 165 170 175 Tyr Gln His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu 180 185 190 Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys 195 200 205 Gly Asn Ile Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu 210 215 220 Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys 225 230 235 240 Asp Asn Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg 245 250 255 Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln 260 265 270 Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys 275 280 285 Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val 290 295 300 Pro Phe Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe 305 310 315 320 Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu 325 330 335 Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile 340 345 350 Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly 355 360 365 Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg 370 375 380 Ile Gln Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala Ile 385 390 395 400 Val Lys Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr Ile Ser 405 410 415 Glu Thr Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg 420 425 430 Phe Arg Asn Asp Asn Asp Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly 435 440 445 Glu Asn Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala 450 455 460 Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr 465 470 475 480 Leu Leu Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser 485 490 495 Ile Val Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Ile Tyr Lys Leu 500 505 510 Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Asp Asp Leu Glu 515 520 525 Lys Tyr Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln 530 535 540 Met Val Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala 545 550 555 560 Lys Arg Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala 565 570 575 Thr Leu Glu Lys Gln Thr Gln Gly Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn 580 585 590 Ile Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp 595 600 605 Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu 610 615 620 Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser 625 630 635 640 Leu Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln 645 650 655 Val Asn Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr 660 665 670 Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu 675 680 685 Thr Lys Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu 690 695 700 Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu 705 710 715 720 Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile 725 730 735 Phe Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser 740 745 750 Glu Glu Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr 755 760 765 Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu 770 775 780 Glu Tyr Leu Lys Lys Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln 785 790 795 800 Pro Phe Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro Asp 805 810 815 Glu Lys Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp 820 825 830 Lys Lys Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys 835 840 845 Leu Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln 850 855 860 Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp 865 870 875 880 Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Val 885 890 895 Glu Gly Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val 915 920 925 Met Pro Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His 930 935 940 Asn Ile Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Lys Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr 980 985 990 Glu Leu Lys Ser Asn Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu 995 1000 1005 Gly Glu Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu Thr Ile Lys Asp Met Leu 1010 1015 1020 Leu Leu Glu Glu Thr Leu Ile Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr 1025 1030 1035 Asp Asn Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp 1040 1045 1050 Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val 1055 1060 1065 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn 1070 1075 1080 Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala 1085 1090 1095 Asp Thr Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp Ile Ala Asn Gln Leu Lys 1100 1105 1110 Asp Lys Thr His Lys Ile Ile Lys Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys 1115 1120 1125 Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1130 <210> 517 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 517 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Val Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asp Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Gly Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Ile Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 518 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 518 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 519 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 519 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 520 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 520 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Ile Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Ile Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 521 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 521 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asn Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 522 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 522 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 523 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 523 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asn Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 524 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 524 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 525 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 525 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asp Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Gln Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg His Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu Arg Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Val Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Ile Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Ile Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 526 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 526 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Arg Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 527 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 527 Met Asn Thr Val Pro Ala Thr Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Ile Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Cys Phe Asp Pro Asp Ser Gly Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Lys Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Ala Tyr Thr Phe Ala Cys Glu Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Leu Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Phe Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Asp Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Arg Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Tyr Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Glu Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp His Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 528 <211> 1135 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 528 Met Asn Thr Val Pro Ala Ser Glu Asn Lys Gly Gln Ser Arg Thr Val 1 5 10 15 Glu Asp Asp Pro Gln Tyr Phe Gly Leu Tyr Leu Asn Leu Ala Arg Glu 20 25 30 Asn Leu Ile Glu Val Glu Ser His Val Arg Ile Lys Phe Gly Lys Lys 35 40 45 Lys Leu Asn Glu Glu Ser Leu Lys Gln Ser Leu Leu Cys Asp His Leu 50 55 60 Leu Ser Val Asp Arg Trp Thr Lys Val Tyr Gly His Ser Arg Arg Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Phe Leu His Tyr Phe Asp Pro Asp Ser Gln Ile Glu Lys Asp 85 90 95 His Asp Ser Lys Thr Gly Val Asp Pro Asp Ser Ala Gln Arg Leu Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Tyr Ser Leu Leu Asp Phe Leu Arg Asn Asp Phe Ser His 115 120 125 Asn Arg Leu Asp Gly Thr Thr Phe Glu His Leu Glu Val Ser Pro Asp 130 135 140 Ile Ser Ser Phe Ile Thr Gly Thr Tyr Ser Leu Ala Cys Gly Arg Ala 145 150 155 160 Gln Ser Arg Phe Ala Asp Phe Phe Lys Pro Asp Asp Phe Val Leu Ala 165 170 175 Lys Asn Arg Lys Glu Gln Leu Ile Ser Val Ala Asp Gly Lys Glu Cys 180 185 190 Leu Thr Val Ser Gly Leu Ala Phe Phe Ile Cys Leu Phe Leu Asp Arg 195 200 205 Glu Gln Ala Ser Gly Met Leu Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Arg Thr 210 215 220 Asp Glu Asn Trp Ala Arg Ala Val His Glu Thr Phe Cys Asp Leu Cys 225 230 235 240 Ile Arg His Pro His Asp Arg Leu Glu Ser Ser Asn Thr Lys Glu Ala 245 250 255 Leu Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Asn Arg Cys Pro Arg Ile Leu 260 265 270 Tyr Asp Met Leu Pro Glu Glu Glu Arg Ala Gln Phe Leu Pro Ala Leu 275 280 285 Asp Glu Asn Ser Met Asn Asn Leu Ser Glu Asn Ser Leu Asn Glu Glu 290 295 300 Ser Arg Leu Leu Trp Asp Gly Ser Ser Asp Trp Ala Glu Ala Leu Thr 305 310 315 320 Lys Arg Ile Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Leu Met Leu Arg Phe 325 330 335 Ile Glu Glu Met Asp Leu Leu Lys Gly Ile Arg Phe Arg Val Asp Leu 340 345 350 Gly Glu Ile Glu Leu Asp Ser Tyr Ser Lys Lys Val Gly Arg Asn Gly 355 360 365 Glu Tyr Asp Arg Thr Ile Thr Asp His Ala Leu Ala Phe Gly Lys Leu 370 375 380 Ser Asp Phe Gln Asn Glu Glu Glu Val Ser Arg Met Ile Ser Gly Glu 385 390 395 400 Ala Ser Tyr Pro Val Arg Phe Ser Leu Phe Ala Pro Arg Tyr Ala Ile 405 410 415 Tyr Asp Asn Lys Ile Gly Tyr Cys His Thr Ser Asp Pro Val Tyr Pro 420 425 430 Lys Ser Lys Thr Gly Glu Lys Arg Ala Leu Ser Asn Pro Gln Ser Met 435 440 445 Gly Phe Ile Ser Val His Asp Leu Arg Lys Leu Leu Leu Met Glu Leu 450 455 460 Leu Cys Glu Gly Ser Phe Ser Arg Met Gln Ser Gly Phe Leu Arg Lys 465 470 475 480 Ala Asn Arg Ile Leu Asp Glu Thr Ala Glu Gly Lys Leu Gln Phe Ser 485 490 495 Ala Leu Phe Pro Glu Met Arg His Arg Phe Ile Pro Pro Gln Asn Pro 500 505 510 Lys Ser Lys Asp Arg Arg Glu Lys Ala Glu Thr Thr Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Lys Gln Glu Ile Lys Gly Arg Lys Asp Lys Leu Asn Ser Gln Leu Leu 530 535 540 Ser Ala Phe Asp Met Asn Gln Arg Gln Leu Pro Ser Arg Leu Leu Asp 545 550 555 560 Glu Trp Met Asn Ile Arg Pro Ala Ser His Ser Val Lys Leu Arg Thr 565 570 575 Tyr Val Lys Gln Leu Asn Glu Asp Cys Arg Leu Arg Leu Arg Lys Phe 580 585 590 Arg Lys Asp Gly Asp Gly Lys Ala Arg Ala Ile Pro Leu Val Gly Glu 595 600 605 Met Ala Thr Phe Leu Ser Gln Asp Ile Val Arg Met Ile Ile Ser Glu 610 615 620 Glu Thr Lys Lys Leu Ile Thr Ser Ala Tyr Tyr Asn Glu Met Gln Arg 625 630 635 640 Ser Leu Ala Gln Tyr Ala Gly Glu Glu Asn Arg Arg Gln Phe Arg Ala 645 650 655 Ile Val Ala Glu Leu His Leu Leu Asp Pro Ser Ser Gly His Pro Phe 660 665 670 Leu Ser Ala Thr Met Glu Thr Ala His Arg Tyr Thr Glu Asp Phe Tyr 675 680 685 Lys Cys Tyr Leu Glu Lys Lys Arg Glu Trp Leu Ala Lys Thr Phe Tyr 690 695 700 Arg Pro Glu Gln Asp Glu Asn Thr Lys Arg Arg Ile Ser Val Phe Phe 705 710 715 720 Val Pro Asp Gly Glu Ala Arg Lys Leu Leu Pro Leu Leu Ile Arg Arg 725 730 735 Arg Met Lys Glu Gln Asn Asp Leu Gln Asp Trp Ile Arg Asn Lys Gln 740 745 750 Ala His Pro Ile Asp Leu Pro Ser His Leu Phe Asp Ser Lys Ile Met 755 760 765 Glu Leu Leu Lys Val Lys Asp Gly Lys Lys Lys Trp Asn Glu Ala Phe 770 775 780 Lys Asp Trp Trp Ser Thr Lys Tyr Pro Asp Gly Met Gln Pro Phe Tyr 785 790 795 800 Gly Leu Arg Arg Glu Leu Asn Ile His Gly Lys Ser Val Ser Tyr Ile 805 810 815 Pro Ser Asp Gly Lys Lys Phe Ala Asp Cys Tyr Thr His Leu Met Glu 820 825 830 Lys Thr Val Gln Asp Lys Lys Arg Glu Leu Arg Thr Ala Gly Lys Pro 835 840 845 Val Pro Pro Asp Leu Ala Ala Asp Ile Lys Arg Ser Phe His Arg Ala 850 855 860 Val Asn Glu Arg Glu Phe Met Leu Arg Leu Val Gln Glu Asp Asp Arg 865 870 875 880 Leu Met Leu Met Ala Ile Asn Lys Met Met Thr Asp Arg Glu Glu Asp 885 890 895 Ile Leu Pro Gly Leu Lys Asn Ile Asp Ser Ile Leu Asp Lys Glu Asn 900 905 910 Gln Phe Ser Leu Ala Val His Ala Lys Val Leu Glu Lys Glu Gly Glu 915 920 925 Gly Gly Asp Asn Ser Leu Ser Leu Val Pro Ala Thr Ile Glu Ile Lys 930 935 940 Ser Lys Arg Lys Asp Trp Ser Lys Tyr Ile Arg Tyr Arg Tyr Asp Arg 945 950 955 960 Arg Val Pro Gly Leu Met Ser His Phe Pro Glu His Lys Ala Thr Leu 965 970 975 Asp Glu Val Lys Thr Leu Leu Gly Glu Tyr Asp Arg Cys Arg Ile Lys 980 985 990 Ile Phe Asp Trp Ala Phe Ala Leu Glu Gly Ala Ile Met Ser Asp Arg 995 1000 1005 Asp Leu Lys Pro Tyr Leu His Glu Ser Ser Ser Arg Glu Gly Lys 1010 1015 1020 Ser Gly Glu His Ser Thr Leu Val Lys Met Leu Val Glu Lys Lys 1025 1030 1035 Gly Cys Leu Thr Pro Asp Glu Ser Gln Tyr Leu Ile Leu Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Lys Ala Ala His Asn Gln Phe Pro Cys Ala Ala Glu Met Pro 1055 1060 1065 Leu Ile Tyr Arg Asp Val Ser Ala Lys Val Gly Ser Ile Glu Gly 1070 1075 1080 Ser Ser Ala Lys Asp Leu Pro Glu Gly Ser Ser Leu Val Asp Ser 1085 1090 1095 Leu Trp Lys Lys Tyr Glu Met Ile Ile Arg Lys Ile Leu Pro Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Pro Glu Asn Arg Phe Phe Gly Lys Leu Leu Asn Asn Met 1115 1120 1125 Ser Gln Pro Ile Asn Asp Leu 1130 1135 <210> 529 <211> 1139 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella pleuritidis <400> 529 Met Glu Asn Asp Lys Arg Leu Glu Glu Ser Ala Cys Tyr Thr Leu Asn 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Thr Leu Glu Leu Lys Asn Lys 35 40 45 Lys Asn Gln Glu Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile 50 55 60 Lys Thr His Trp Ala Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Asp Arg 65 70 75 80 Leu Arg Glu Leu Met Ile Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Ile 85 90 95 Tyr Ser Asn Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Glu Glu Lys Gln 100 105 110 Ala Lys Ala Gln Ser Phe Lys Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe 115 120 125 Leu Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr 130 135 140 Ser Glu Ser Ser Lys Glu Pro Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys 145 150 155 160 Met Tyr Asn Thr Phe Asp Ala Ser Ile Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr 165 170 175 Gln Tyr Asn Lys Asp Ile Asp Pro Glu Lys Asp Phe Lys His Leu Glu 180 185 190 Arg Lys Glu Asp Phe Asn Tyr Leu Phe Thr Asp Lys Asp Asn Lys Gly 195 200 205 Lys Ile Thr Lys Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu 210 215 220 Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Phe Arg Gly Phe Lys Asp 225 230 235 240 Asn Arg Gly Asn Lys Glu Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser 245 250 255 Arg Met Leu Leu Pro Lys Ile Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp 260 265 270 Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser 275 280 285 Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Ala Tyr Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro 290 295 300 Phe Asp Ser Ile Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Arg 305 310 315 320 Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg 325 330 335 Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Lys Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp 340 345 350 Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Lys 355 360 365 Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile 370 375 380 Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg Pro Asp Lys Trp Gln Ala Ile Ile 385 390 395 400 Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Asn Glu Arg Tyr Ile Ser Glu 405 410 415 Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe 420 425 430 Arg Asn Asp Asn Asn Asp Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu 435 440 445 Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Asn Leu Asp Lys Pro Tyr Gln Ala Glu 450 455 460 Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu 465 470 475 480 Leu Leu Lys Met Glu Asn Thr Asp Asn Asp Lys Glu Asp Asn Glu Val 485 490 495 Gly Thr Lys Lys Lys Gly Asn Lys Asn Asn Lys Gln Glu Lys His Lys 500 505 510 Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Lys Asp Ile Tyr Ala Leu Tyr 515 520 525 Asp Ala Phe Thr Asn Gly Glu Ile Asn Ser Ile Asp Glu Leu Ala Glu 530 535 540 Gln Arg Glu Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His Leu Pro Lys Gln Leu 545 550 555 560 Ile Val Ile Leu Lys Asn Lys Ser Lys Asp Met Ala Glu Lys Ala Asn 565 570 575 Arg Lys Gln Lys Glu Met Ile Lys Asp Thr Lys Lys Arg Leu Ala Thr 580 585 590 Leu Asp Lys Gln Val Lys Gly Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile 595 600 605 Arg Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met 610 615 620 Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn 625 630 635 640 Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu 645 650 655 Ala Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val 660 665 670 Asn Leu Ile Lys Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Glu Asp Thr Lys 675 680 685 Trp Glu Glu Cys Tyr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Lys 690 695 700 Ala Lys Ile Lys Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys 705 710 715 720 Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Lys Thr 725 730 735 Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe 740 745 750 Thr Glu Pro Ile Lys Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Glu 755 760 765 Glu Tyr Lys Lys Val Glu Ala Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Ala Lys 770 775 780 Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu Tyr Phe Lys Glu Asp Ala Gln 785 790 795 800 Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro Phe Tyr Ser Phe Pro Tyr Asn 805 810 815 Val Gly Asn Ile His Lys Pro Glu Glu Lys Asn Phe Leu His Cys Glu 820 825 830 Glu Arg Arg Lys Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr 835 840 845 Lys Ala Lys Glu Lys Ser Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 850 855 860 His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 865 870 875 880 Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Leu Thr Trp Leu Leu Cys Thr 885 890 895 Lys Leu Ile Asp Lys Leu Lys Ile Asp Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu 900 905 910 Gln Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu 915 920 925 Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro Met Arg Leu Pro Val Thr 930 935 940 Val Tyr Glu Ile Asp Lys Ser Phe Asn Ile Val Lys Asp Lys Pro Leu 945 950 955 960 His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly 965 970 975 Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser 980 985 990 Phe Val Lys Thr Ser Ser Glu Ala Glu Ser Lys Ser Lys Pro Ile Ser 995 1000 1005 Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Ala Tyr Gln Lys Ala Arg 1010 1015 1020 Ile Asp Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu Ile 1025 1030 1035 Asp Asn Asp Glu Asn Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Asp Met Leu 1040 1045 1050 Lys Ser Trp Leu Lys Gly Lys Gly Glu Ala Asn Lys Ala Arg Leu 1055 1060 1065 Gln Asn Asp Val Gly Leu Leu Val Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser 1070 1075 1080 His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asn Ser Glu Val Phe Lys Gly Met 1085 1090 1095 Lys Leu Leu Ser Leu Ser Ser Asp Ile Pro Glu Lys Glu Gly Leu 1100 1105 1110 Gly Ile Ala Lys Gln Leu Lys Asp Lys Ile Lys Glu Thr Ile Glu 1115 1120 1125 Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Glu Ile Arg Asn 1130 1135 <210> 530 <211> 1145 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Psychroflexus torquis <400> 530 Met Glu Ser Ile Ile Gly Leu Gly Leu Ser Phe Asn Pro Tyr Lys Thr 1 5 10 15 Ala Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Val Glu Asn Asn 20 25 30 Leu Asn Ala Val Phe Ala Glu Phe Lys Glu Arg Ile Ser Tyr Lys Ala 35 40 45 Lys Asp Glu Asn Ile Ser Ser Leu Ile Glu Lys His Phe Ile Asp Asn 50 55 60 Met Ser Ile Val Asp Tyr Glu Lys Lys Ile Ser Ile Leu Asn Gly Tyr 65 70 75 80 Leu Pro Ile Ile Asp Phe Leu Asp Asp Glu Leu Glu Asn Asn Leu Asn 85 90 95 Thr Arg Val Lys Asn Phe Lys Lys Asn Phe Ile Ile Leu Ala Glu Ala 100 105 110 Ile Glu Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His Phe Tyr His Asp Pro Ile 115 120 125 Thr Phe Glu Asp Asn Lys Glu Pro Leu Leu Glu Leu Leu Asp Glu Val 130 135 140 Leu Leu Lys Thr Ile Leu Asp Val Lys Lys Lys Tyr Leu Lys Thr Asp 145 150 155 160 Lys Thr Lys Glu Ile Leu Lys Asp Ser Leu Arg Glu Glu Met Asp Leu 165 170 175 Leu Val Ile Arg Lys Thr Asp Glu Leu Arg Glu Lys Lys Lys Thr Asn 180 185 190 Pro Lys Ile Gln His Thr Asp Ser Ser Gln Ile Lys Asn Ser Ile Phe 195 200 205 Asn Asp Ala Phe Gln Gly Leu Leu Tyr Glu Asp Lys Gly Asn Asn Lys 210 215 220 Lys Thr Gln Val Ser His Arg Ala Lys Thr Arg Leu Asn Pro Lys Asp 225 230 235 240 Ile His Lys Gln Glu Glu Arg Asp Phe Glu Ile Pro Leu Ser Thr Ser 245 250 255 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Leu Phe Leu Ser Lys Lys Glu Ile Glu 260 265 270 Asp Phe Lys Ser Asn Ile Lys Gly Phe Lys Gly Lys Val Val Lys Asp 275 280 285 Glu Asn His Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr His Arg Val Tyr Ser 290 295 300 Ile Leu Ala Phe Lys Gly Leu Lys Tyr Arg Ile Lys Thr Asp Thr Phe 305 310 315 320 Ser Lys Glu Thr Leu Met Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val 325 330 335 Pro Asp Cys Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Thr Lys Gln Lys Asp Phe 340 345 350 Ile Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Phe Lys Asp Asn Glu Glu Asn Thr Glu 355 360 365 Asn Leu Glu Asn Ser Arg Val Val His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr 370 375 380 Glu Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala 385 390 395 400 Asn Phe Lys Thr Leu Lys Phe Gln Val Phe Met Gly Tyr Tyr Ile His 405 410 415 Asp Gln Arg Thr Lys Thr Ile Gly Thr Thr Asn Ile Thr Thr Glu Arg 420 425 430 Thr Val Lys Glu Lys Ile Asn Val Phe Gly Lys Leu Ser Lys Met Asp 435 440 445 Asn Leu Lys Lys His Phe Phe Ser Gln Leu Ser Asp Asp Glu Asn Thr 450 455 460 Asp Trp Glu Phe Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asn Phe Leu Thr Gln Ala 465 470 475 480 Asp Asn Ser Pro Ala Asn Asn Ile Pro Ile Tyr Leu Glu Leu Lys Asn 485 490 495 Gln Gln Ile Ile Lys Glu Lys Asp Ala Ile Lys Ala Glu Val Asn Gln 500 505 510 Thr Gln Asn Arg Asn Pro Asn Lys Pro Ser Lys Arg Asp Leu Leu Asn 515 520 525 Lys Ile Leu Lys Thr Tyr Glu Asp Phe His Gln Gly Asp Pro Thr Ala 530 535 540 Ile Leu Ser Leu Asn Glu Ile Pro Ala Leu Leu His Leu Phe Leu Val 545 550 555 560 Lys Pro Asn Asn Lys Thr Gly Gln Gln Ile Glu Asn Ile Ile Arg Ile 565 570 575 Lys Ile Glu Lys Gln Phe Lys Ala Ile Asn His Pro Ser Lys Asn Asn 580 585 590 Lys Gly Ile Pro Lys Ser Leu Phe Ala Asp Thr Asn Val Arg Val Asn 595 600 605 Ala Ile Lys Leu Lys Lys Asp Leu Glu Ala Glu Leu Asp Met Leu Asn 610 615 620 Lys Lys His Ile Ala Phe Lys Glu Asn Gln Lys Ala Ser Ser Asn Tyr 625 630 635 640 Asp Lys Leu Leu Lys Glu His Gln Phe Thr Pro Lys Asn Lys Arg Pro 645 650 655 Glu Leu Arg Lys Tyr Val Phe Tyr Lys Ser Glu Lys Gly Glu Glu Ala 660 665 670 Thr Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Lys Asp Phe Lys 675 680 685 Thr Lys Trp Lys Gly Cys Gln His Ser Glu Leu Gln Arg Lys Leu Ala 690 695 700 Phe Tyr Asp Arg His Thr Lys Gln Asp Ile Lys Glu Leu Leu Ser Gly 705 710 715 720 Cys Glu Phe Asp His Ser Leu Leu Asp Ile Asn Ala Tyr Phe Gln Lys 725 730 735 Asp Asn Phe Glu Asp Phe Phe Ser Lys Tyr Leu Glu Asn Arg Ile Glu 740 745 750 Thr Leu Glu Gly Val Leu Lys Lys Leu His Asp Phe Lys Asn Glu Pro 755 760 765 Thr Pro Leu Lys Gly Val Phe Lys Asn Cys Phe Lys Phe Leu Lys Arg 770 775 780 Gln Asn Tyr Val Thr Glu Ser Pro Glu Ile Ile Lys Lys Arg Ile Leu 785 790 795 800 Ala Lys Pro Thr Phe Leu Pro Arg Gly Val Phe Asp Glu Arg Pro Thr 805 810 815 Met Lys Lys Gly Lys Asn Pro Leu Lys Asp Lys Asn Glu Phe Ala Glu 820 825 830 Trp Phe Val Glu Tyr Leu Glu Asn Lys Asp Tyr Gln Lys Phe Tyr Asn 835 840 845 Ala Glu Glu Tyr Arg Met Arg Asp Ala Asp Phe Lys Lys Asn Ala Val 850 855 860 Ile Lys Lys Gln Lys Leu Lys Asp Phe Tyr Thr Leu Gln Met Val Asn 865 870 875 880 Tyr Leu Leu Lys Glu Val Phe Gly Lys Asp Glu Met Asn Leu Gln Leu 885 890 895 Ser Glu Leu Phe Gln Thr Arg Gln Glu Arg Leu Lys Leu Gln Gly Ile 900 905 910 Ala Lys Lys Gln Met Asn Lys Glu Thr Gly Asp Ser Ser Glu Asn Thr 915 920 925 Arg Asn Gln Thr Tyr Ile Trp Asn Lys Asp Val Pro Val Ser Phe Phe 930 935 940 Asn Gly Lys Val Thr Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asn Ile Gly Lys 945 950 955 960 Tyr Lys Arg Tyr Glu Arg Asp Glu Arg Val Lys Thr Phe Ile Gly Tyr 965 970 975 Glu Val Asp Glu Lys Trp Met Met Tyr Leu Pro His Asn Trp Lys Asp 980 985 990 Arg Tyr Ser Val Lys Pro Ile Asn Val Ile Asp Leu Gln Ile Gln Glu 995 1000 1005 Tyr Glu Glu Ile Arg Ser His Glu Leu Leu Lys Glu Ile Gln Asn 1010 1015 1020 Leu Glu Gln Tyr Ile Tyr Asp His Thr Thr Asp Lys Asn Ile Leu 1025 1030 1035 Leu Gln Asp Gly Asn Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val Leu Asn Gly 1040 1045 1050 Leu Leu Ile Gly Ile Lys Gln Val Asn Ile Pro Asp Phe Ile Val 1055 1060 1065 Leu Lys Gln Asn Thr Asn Phe Asp Lys Ile Asp Phe Thr Gly Ile 1070 1075 1080 Ala Ser Cys Ser Glu Leu Glu Lys Lys Thr Ile Ile Leu Ile Ala 1085 1090 1095 Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Asn Lys Met Ile 1100 1105 1110 Tyr Asp Leu Ala Asn Glu Phe Leu Lys Ile Glu Lys Asn Glu Thr 1115 1120 1125 Tyr Ala Asn Tyr Tyr Leu Lys Val Leu Lys Lys Met Ile Ser Asp 1130 1135 1140 Leu Ala 1145 <210> 531 <211> 1145 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Chryseobacterium sp. YR477 <400> 531 Met Glu Thr Gln Thr Ile Gly His Gly Ile Ala Tyr Asp His Ser Lys 1 5 10 15 Ile Gln Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Glu Asn 20 25 30 Asn Ile Lys Ala Val Leu Lys Ala Phe Ser Glu Lys Phe Asn Val Gly 35 40 45 Asn Val Asp Val Lys Gln Phe Ala Asp Val Ser Leu Lys Asp Asn Leu 50 55 60 Pro Asp Asn Asp Phe Gln Lys Arg Val Ser Phe Leu Lys Met Tyr Phe 65 70 75 80 Pro Val Val Asp Phe Ile Asn Ile Pro Asn Asn Arg Ala Lys Phe Arg 85 90 95 Ser Asp Leu Thr Thr Leu Phe Lys Ser Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe 100 105 110 Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Pro Leu Asp Phe Asp Ala Ser Leu Phe 115 120 125 Ile Leu Leu Asp Asp Ile Phe Ala Arg Thr Ala Lys Glu Val Arg Asp 130 135 140 Gln Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gln Leu Leu Ser Lys Ser Leu 145 150 155 160 Ser Glu Glu Leu Gln Lys Gly Tyr Glu Leu Gln Leu Glu Arg Leu Lys 165 170 175 Glu Leu Asn Arg Leu Gly Lys Lys Val Asn Ile His Asp Gln Leu Gly 180 185 190 Ile Lys Asn Gly Val Leu Asn Asn Ala Phe Asn His Leu Ile Tyr Lys 195 200 205 Asp Gly Glu Ser Phe Lys Thr Lys Leu Thr Tyr Ser Ser Ala Leu Thr 210 215 220 Ser Phe Glu Ser Ala Glu Asn Gly Ile Glu Ile Ser Gln Ser Gly Leu 225 230 235 240 Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Lys Arg Lys Glu Ile Glu Asp Leu 245 250 255 Lys Asn Arg Asn Lys Gly Phe Lys Ala Lys Val Val Ile Asp Glu Asp 260 265 270 Gly Lys Val Asn Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser 275 280 285 Tyr Leu Cys Phe Lys Gly Leu Lys Ser Lys Leu Ser Thr Glu Phe His 290 295 300 Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Ile Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 305 310 315 320 Asp Glu Leu Tyr Cys Ala Phe Asp Lys Glu Thr Arg Asp Lys Phe Ile 325 330 335 Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Val Lys Glu Gly His Gln Asp Phe Ser Leu 340 345 350 Glu Asp Ala Lys Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 355 360 365 Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Val Lys Phe 370 375 380 Pro Ser Leu Arg Phe Gln Val His Val Gly Asn Tyr Val His Asp Arg 385 390 395 400 Arg Ile Lys Asn Ile Asp Gly Thr Thr Phe Glu Thr Glu Arg Val Val 405 410 415 Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Ile Ser Ser Tyr 420 425 430 Lys Ala Gln Tyr Leu Ser Ser Val Ser Asp Lys His Asp Glu Thr Gly 435 440 445 Trp Glu Ile Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe Ile Asn Asn Asn Ile 450 455 460 Pro Ile His Ile Ser Val Asp Thr Ser Phe Lys Lys Glu Ile Ala Asp 465 470 475 480 Phe Lys Lys Leu Arg Arg Ala Gln Val Pro Asp Glu Leu Lys Ile Arg 485 490 495 Gly Ala Glu Lys Lys Arg Lys Phe Glu Ile Thr Gln Met Ile Gly Ser 500 505 510 Lys Ser Val Leu Asn Gln Glu Glu Pro Ile Ala Leu Leu Ser Leu Asn 515 520 525 Glu Ile Pro Ala Leu Leu Tyr Glu Ile Leu Ile Asn Gly Lys Glu Pro 530 535 540 Ala Glu Ile Glu Arg Ile Ile Lys Asp Lys Leu Asn Glu Arg Gln Asp 545 550 555 560 Val Ile Lys Asn Tyr Asn Pro Glu Asn Trp Leu Pro Ala Ser Gln Ile 565 570 575 Ser Arg Arg Leu Arg Ser Asn Lys Gly Glu Arg Ile Ile Asn Thr Asp 580 585 590 Lys Leu Leu Gln Leu Val Thr Lys Glu Leu Leu Val Thr Glu Gln Lys 595 600 605 Leu Lys Ile Ile Ser Asp Asn Arg Glu Ala Leu Lys Gln Lys Lys Glu 610 615 620 Gly Lys Tyr Ile Arg Lys Phe Ile Phe Thr Asn Ser Glu Leu Gly Arg 625 630 635 640 Glu Ala Ile Trp Leu Ala Asp Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Ala Asp 645 650 655 Val Arg Lys Glu Trp Lys Gly Tyr Gln His Ser Gln Leu Gln Gln Ser 660 665 670 Leu Ala Phe Tyr Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Leu Ala Ile Leu Glu 675 680 685 Ser Ser Trp Asn Leu Lys Asp Glu Lys Ile Ile Trp Asn Glu Trp Ile 690 695 700 Leu Lys Ser Phe Thr Gln Asn Lys Phe Phe Asp Ala Phe Tyr Asn Glu 705 710 715 720 Tyr Leu Lys Gly Arg Lys Lys Tyr Phe Ala Phe Leu Ser Glu His Ile 725 730 735 Val Gln Tyr Thr Ser Asn Ala Lys Asn Leu Gln Lys Phe Ile Lys Gln 740 745 750 Gln Met Pro Lys Asp Leu Phe Glu Lys Arg His Tyr Ile Ile Glu Asp 755 760 765 Leu Gln Thr Glu Lys Asn Lys Ile Leu Ser Lys Pro Phe Ile Phe Pro 770 775 780 Arg Gly Ile Phe Asp Lys Lys Pro Thr Phe Ile Lys Gly Val Lys Val 785 790 795 800 Glu Asp Ser Pro Glu Ser Phe Ala Asn Trp Tyr Gln Tyr Gly Tyr Gln 805 810 815 Lys Asp His Gln Phe Gln Lys Phe Tyr Asp Trp Lys Arg Asp Tyr Ser 820 825 830 Asp Val Phe Leu Glu His Leu Gly Lys Pro Phe Ile Asn Asn Gly Asp 835 840 845 Arg Arg Thr Leu Gly Met Glu Glu Leu Lys Glu Arg Ile Ile Ile Lys 850 855 860 Gln Asp Leu Lys Ile Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Leu Phe Leu Arg 865 870 875 880 Leu Ile Ala Glu Asn Leu Phe Gln Lys Val Phe Lys Tyr Ser Ala Lys 885 890 895 Leu Pro Leu Ser Asp Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg Met Glu Lys 900 905 910 Glu Asn Met Ala Ala Leu Gln Asn Val Arg Glu Glu Gly Asp Lys Ser 915 920 925 Pro Asn Ile Ile Lys Asp Asn Phe Ile Trp Ser Lys Met Ile Pro Tyr 930 935 940 Lys Lys Gly Gln Ile Ile Glu Asn Ala Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly 945 950 955 960 Lys Leu Asn Val Leu Ser Leu Asp Asp Lys Val Gln Thr Leu Leu Ser 965 970 975 Tyr Asp Asp Ala Lys Pro Trp Ser Lys Ile Ala Leu Glu Asn Glu Phe 980 985 990 Ser Ile Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val Ile Arg Arg Glu Lys Leu Phe 995 1000 1005 Lys Glu Ile Gln Gln Phe Glu Ser Glu Ile Leu Phe Arg Ser Gly 1010 1015 1020 Trp Asp Gly Ile Asn His Pro Ala Gln Leu Glu Asp Asn Arg Asn 1025 1030 1035 Pro Lys Phe Lys Met Tyr Ile Val Asn Gly Ile Leu Arg Lys Ser 1040 1045 1050 Ala Gly Leu Tyr Ser Gln Gly Glu Asp Ile Trp Phe Glu Tyr Asn 1055 1060 1065 Ala Asp Phe Asn Asn Leu Asp Ala Asp Val Leu Glu Thr Lys Ser 1070 1075 1080 Glu Leu Val Gln Leu Ala Phe Leu Val Thr Ala Ile Arg Asn Lys 1085 1090 1095 Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ala Lys Glu Phe Tyr Phe Tyr Ile 1100 1105 1110 Arg Ala Lys Tyr Gly Phe Ala Asp Glu Pro Ser Val Ala Leu Val 1115 1120 1125 Tyr Leu Asn Phe Thr Lys Tyr Ala Ile Asn Glu Phe Lys Lys Val 1130 1135 1140 Met Ile 1145 <210> 532 <211> 1149 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Sinomicrobium oceani <400> 532 Met Glu Ser Thr Thr Thr Leu Gly Leu His Leu Lys Tyr Gln His Asp 1 5 10 15 Leu Phe Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Gly Val Asn Leu Ala Val 20 25 30 Gln Asn Ile Glu Ser Ile Phe Gln Ala Phe Ala Glu Arg Tyr Gly Ile 35 40 45 Gln Asn Pro Leu Arg Lys Asn Gly Val Pro Ala Ile Asn Asn Ile Phe 50 55 60 His Asp Asn Ile Ser Ile Ser Asn Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Phe Leu 65 70 75 80 Lys Gln Tyr Leu Pro Val Val Gly Phe Leu Glu Lys Ser Asn Glu Ile 85 90 95 Asn Ile Phe Glu Phe Arg Glu Asp Phe Glu Ile Leu Ile Asn Ala Ile 100 105 110 Tyr Lys Leu Arg His Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro Ile Lys 115 120 125 Leu Glu Asp Arg Phe Tyr Thr Cys Leu Asn Glu Leu Phe Val Ala Val 130 135 140 Ala Ile Gln Val Lys Lys His Lys Met Lys Ser Asp Lys Thr Arg Gln 145 150 155 160 Leu Leu Asn Lys Asn Leu His Gln Leu Leu Gln Gln Leu Ile Glu Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Lys Leu Lys Asp Lys Lys Ala Glu Gly Glu Lys Val Ser 180 185 190 Leu Asp Thr Lys Ser Ile Glu Asn Ala Val Leu Asn Asp Ala Phe Val 195 200 205 His Leu Leu Asp Lys Asp Glu Asn Ile Arg Leu Asn Tyr Ser Ser Arg 210 215 220 Leu Ser Glu Asp Ile Ile Thr Lys Asn Gly Ile Thr Leu Ser Ile Ser 225 230 235 240 Gly Leu Leu Phe Leu Leu Ser Leu Phe Leu Gln Arg Lys Glu Ala Glu 245 250 255 Asp Leu Arg Ser Arg Ile Glu Gly Phe Lys Gly Lys Gly Asn Glu Leu 260 265 270 Arg Phe Met Ala Thr His Trp Val Phe Ser Tyr Leu Asn Val Lys Arg 275 280 285 Ile Lys His Arg Leu Asn Thr Asp Phe Gln Lys Glu Thr Leu Leu Ile 290 295 300 Gln Ile Ala Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Lys Thr 305 310 315 320 Leu Asp His Glu Asn Arg Ser Lys Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr 325 330 335 Ile Arg Glu Gly Asn Glu Asp Ala Ser Leu Asn Glu Ser Thr Val Val 340 345 350 His Gly Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe His Tyr Leu Val 355 360 365 Leu Arg Tyr Leu Asp Glu Phe Val Asp Phe Pro Ser Leu Arg Phe Gln 370 375 380 Val His Leu Gly Asn Tyr Ile His Asp Arg Arg Asp Lys Val Ile Asp 385 390 395 400 Gly Thr Asn Phe Ile Thr Asn Arg Val Ile Lys Glu Pro Ile Lys Val 405 410 415 Phe Gly Lys Leu Ser His Val Ser Lys Leu Lys Ser Asp Tyr Met Glu 420 425 430 Ser Leu Ser Arg Glu His Lys Asn Gly Trp Asp Val Phe Pro Asn Pro 435 440 445 Ser Tyr Asn Phe Val Gly His Asn Ile Pro Ile Phe Ile Asn Leu Arg 450 455 460 Ser Ala Ser Ser Lys Gly Lys Glu Leu Tyr Arg Asp Leu Met Lys Ile 465 470 475 480 Lys Ser Glu Lys Lys Lys Lys Ser Arg Glu Glu Gly Ile Pro Met Glu 485 490 495 Arg Arg Asp Gly Lys Pro Thr Lys Ile Glu Ile Ser Asn Gln Ile Asp 500 505 510 Arg Asn Ile Lys Asp Asn Asn Phe Lys Asp Ile Tyr Pro Gly Glu Pro 515 520 525 Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn Glu Leu Pro Ala Leu Leu Phe Glu Leu 530 535 540 Leu Arg Arg Pro Ser Ile Thr Pro Gln Asp Ile Glu Asp Arg Met Val 545 550 555 560 Glu Lys Leu Tyr Glu Arg Phe Gln Ile Ile Arg Asp Tyr Lys Pro Gly 565 570 575 Asp Gly Leu Ser Thr Ser Lys Ile Ser Lys Lys Leu Arg Lys Ala Asp 580 585 590 Asn Ser Thr Arg Leu Asp Gly Lys Lys Leu Leu Arg Ala Ile Gln Thr 595 600 605 Glu Thr Arg Asn Ala Arg Glu Lys Leu His Thr Leu Glu Glu Asn Lys 610 615 620 Ala Leu Gln Lys Asn Arg Lys Arg Arg Thr Val Tyr Thr Thr Arg Glu 625 630 635 640 Gln Gly Arg Glu Ala Ser Trp Leu Ala Gln Asp Leu Lys Arg Phe Met 645 650 655 Pro Ile Ala Ser Arg Lys Glu Trp Arg Gly Tyr His His Ser Gln Leu 660 665 670 Gln Gln Ile Leu Ala Phe Tyr Asp Gln Asn Pro Lys Gln Pro Leu Glu 675 680 685 Leu Leu Glu Gln Phe Trp Asp Leu Lys Glu Asp Thr Tyr Val Trp Asn 690 695 700 Ser Trp Ile His Lys Ser Leu Ser Gln His Asn Gly Phe Val Pro Met 705 710 715 720 Tyr Glu Gly Tyr Leu Lys Gly Arg Leu Gly Tyr Tyr Lys Lys Leu Glu 725 730 735 Ser Asp Ile Ile Gly Phe Leu Glu Glu His Lys Val Leu Lys Arg Tyr 740 745 750 Tyr Thr Gln Gln His Leu Asn Val Ile Phe Arg Glu Arg Leu Tyr Phe 755 760 765 Ile Lys Thr Glu Thr Lys Gln Lys Leu Glu Leu Leu Ala Arg Pro Leu 770 775 780 Val Phe Pro Arg Gly Ile Phe Asp Asp Lys Pro Thr Phe Val Gln Asp 785 790 795 800 Lys Lys Val Val Asp His Pro Glu Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Val Tyr 805 810 815 Ser Tyr Lys Asp Asp His Ser Phe Gln Glu Phe Tyr His Tyr Lys Arg 820 825 830 Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Glu Thr Glu Leu Ser Trp Asp Ile Asp Phe 835 840 845 Lys Asp Asn Lys Arg Gln Leu Asn Pro Ser Glu Gln Met Asp Leu Phe 850 855 860 Arg Met Lys Trp Asp Leu Lys Ile Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Ile 865 870 875 880 Phe Leu Lys Ile Val Ala Glu Asp Ile Tyr Leu Lys Ile Phe Gly His 885 890 895 Lys Ile Pro Leu Ser Leu Ser Asp Phe Tyr Ile Ser Arg Gln Glu Arg 900 905 910 Leu Thr Leu Asp Glu Gln Ala Val Ala Gln Ser Met Arg Leu Pro Gly 915 920 925 Asp Thr Ser Glu Asn Gln Ile Lys Glu Ser Asn Leu Trp Gln Thr Thr 930 935 940 Val Pro Tyr Glu Lys Glu Gln Ile Arg Glu Pro Lys Ile Lys Leu Lys 945 950 955 960 Asp Ile Gly Lys Phe Lys Tyr Phe Leu Gln Gln Gln Lys Val Leu Asn 965 970 975 Leu Leu Lys Tyr Asp Pro Gln His Val Trp Thr Lys Ala Glu Leu Glu 980 985 990 Glu Glu Leu Tyr Ile Gly Lys His Ser Tyr Glu Val Val Arg Arg Glu 995 1000 1005 Met Leu Leu Gln Lys Cys His Gln Leu Glu Lys His Ile Leu Glu 1010 1015 1020 Gln Phe Arg Phe Asp Gly Ser Asn His Pro Arg Glu Leu Glu Gln 1025 1030 1035 Gly Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Ile Val Asn Gly Ile Leu 1040 1045 1050 Thr Lys Arg Gly Glu Leu Glu Ile Glu Ala Glu Asn Trp Trp Leu 1055 1060 1065 Glu Leu Gly Asn Ser Lys Asn Ser Leu Asp Lys Val Glu Val Glu 1070 1075 1080 Leu Leu Thr Met Lys Thr Ile Pro Glu Gln Lys Ala Phe Leu Leu 1085 1090 1095 Ile Leu Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ala Asp 1100 1105 1110 Asn Tyr Phe His Tyr Ala Ser Asn Leu Met Asn Leu Lys Lys Ser 1115 1120 1125 Asp Thr Tyr Ser Leu Phe Trp Phe Thr Val Ala Asp Thr Ile Val 1130 1135 1140 Gln Glu Phe Met Ser Leu 1145 <210> 533 <211> 1150 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Flavobacterium branchiophilum <400> 533 Met Glu Asn Leu Asn Lys Ile Leu Asp Lys Glu Asn Glu Ile Cys Ile 1 5 10 15 Ser Lys Ile Phe Asn Thr Lys Gly Ile Ala Ala Pro Ile Thr Glu Lys 20 25 30 Ala Leu Asp Asn Ile Lys Ser Lys Gln Lys Asn Asp Leu Asn Lys Glu 35 40 45 Ala Arg Leu His Tyr Phe Ser Ile Gly His Ser Phe Lys Gln Ile Asp 50 55 60 Thr Lys Lys Val Phe Asp Tyr Val Leu Ile Glu Glu Leu Lys Asp Glu 65 70 75 80 Lys Pro Leu Lys Phe Ile Thr Leu Gln Lys Asp Phe Phe Thr Lys Glu 85 90 95 Phe Ser Ile Lys Leu Gln Lys Leu Ile Asn Ser Ile Arg Asn Ile Asn 100 105 110 Asn His Tyr Val His Asn Phe Asn Asp Ile Asn Leu Asn Lys Ile Asp 115 120 125 Ser Asn Val Phe His Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala Ile Ile 130 135 140 Glu Lys Tyr Tyr Lys Val Asn Lys Lys Tyr Pro Leu Asp Asn Glu Ile 145 150 155 160 Val Leu Phe Leu Lys Glu Leu Phe Ile Lys Asp Glu Asn Thr Ala Leu 165 170 175 Leu Asn Tyr Phe Thr Asn Leu Ser Lys Asp Glu Ala Ile Glu Tyr Ile 180 185 190 Leu Thr Phe Thr Ile Thr Glu Asn Lys Ile Trp Asn Ile Asn Asn Glu 195 200 205 His Asn Ile Leu Asn Ile Glu Lys Gly Lys Tyr Leu Thr Phe Glu Ala 210 215 220 Met Leu Phe Leu Ile Thr Ile Phe Leu Tyr Lys Asn Glu Ala Asn His 225 230 235 240 Leu Leu Pro Lys Leu Tyr Asp Phe Lys Asn Asn Lys Ser Lys Gln Glu 245 250 255 Leu Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys Phe Thr Ser Gln Asp Ile Asp Ala 260 265 270 Glu Glu Gly His Leu Ile Lys Phe Arg Asp Met Ile Gln Tyr Leu Asn 275 280 285 His Tyr Pro Thr Ala Trp Asn Asn Asp Leu Lys Leu Glu Ser Glu Asn 290 295 300 Lys Asn Lys Ile Met Thr Thr Lys Leu Ile Asp Ser Ile Ile Glu Phe 305 310 315 320 Glu Leu Asn Ser Asn Tyr Pro Ser Phe Ala Thr Asp Ile Gln Phe Lys 325 330 335 Lys Glu Ala Lys Ala Phe Leu Phe Ala Ser Asn Lys Lys Arg Asn Gln 340 345 350 Thr Ser Phe Ser Asn Lys Ser Tyr Asn Glu Glu Ile Arg His Asn Pro 355 360 365 His Ile Lys Gln Tyr Arg Asp Glu Ile Ala Ser Ala Leu Thr Pro Ile 370 375 380 Ser Phe Asn Val Lys Glu Asp Lys Phe Lys Ile Phe Val Lys Lys His 385 390 395 400 Val Leu Glu Glu Tyr Phe Pro Asn Ser Ile Gly Tyr Glu Lys Phe Leu 405 410 415 Glu Tyr Asn Asp Phe Thr Glu Lys Glu Lys Glu Asp Phe Gly Leu Lys 420 425 430 Leu Tyr Ser Asn Pro Lys Thr Asn Lys Leu Ile Glu Arg Ile Asp Asn 435 440 445 His Lys Leu Val Lys Ser His Gly Arg Asn Gln Asp Arg Phe Met Asp 450 455 460 Phe Ser Met Arg Phe Leu Ala Glu Asn Asn Tyr Phe Gly Lys Asp Ala 465 470 475 480 Phe Phe Lys Cys Tyr Lys Phe Tyr Asp Thr Gln Glu Gln Asp Glu Phe 485 490 495 Leu Gln Ser Asn Glu Asn Asn Asp Asp Val Lys Phe His Lys Gly Lys 500 505 510 Val Thr Thr Tyr Ile Lys Tyr Glu Glu His Leu Lys Asn Tyr Ser Tyr 515 520 525 Trp Asp Cys Pro Phe Val Glu Glu Asn Asn Ser Met Ser Val Lys Ile 530 535 540 Ser Ile Gly Ser Glu Glu Lys Ile Leu Lys Ile Gln Arg Asn Leu Met 545 550 555 560 Ile Tyr Phe Leu Glu Asn Ala Leu Tyr Asn Glu Asn Val Glu Asn Gln 565 570 575 Gly Tyr Lys Leu Val Asn Asn Tyr Tyr Arg Glu Leu Lys Lys Asp Val 580 585 590 Glu Glu Ser Ile Ala Ser Leu Asp Leu Ile Lys Ser Asn Pro Asp Phe 595 600 605 Lys Ser Lys Tyr Lys Lys Ile Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Asn Tyr 610 615 620 Ala Pro Ala Lys Gln Asp Lys Ala Pro Glu Asn Ala Phe Glu Thr Leu 625 630 635 640 Leu Lys Lys Ala Asp Phe Arg Glu Glu Gln Tyr Lys Lys Leu Leu Lys 645 650 655 Lys Ala Glu His Glu Lys Asn Lys Glu Asp Phe Val Lys Arg Asn Lys 660 665 670 Gly Lys Gln Phe Lys Leu His Phe Ile Arg Lys Ala Cys Gln Met Met 675 680 685 Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Lys Glu Gly Asn Ala Ala Phe 690 695 700 Glu Lys Lys Asp Pro Val Ile Glu Lys Arg Lys Asn Lys Glu His Glu 705 710 715 720 Phe Gly His His Lys Asn Leu Asn Ile Thr Arg Glu Glu Phe Asn Asp 725 730 735 Tyr Cys Lys Trp Met Phe Ala Phe Asn Gly Asn Asp Ser Tyr Lys Lys 740 745 750 Tyr Leu Arg Asp Leu Phe Ser Glu Lys His Phe Phe Asp Asn Gln Glu 755 760 765 Tyr Lys Asn Leu Phe Glu Ser Ser Val Asn Leu Glu Ala Phe Tyr Ala 770 775 780 Lys Thr Lys Glu Leu Phe Lys Lys Trp Ile Glu Thr Asn Lys Pro Thr 785 790 795 800 Asn Asn Glu Asn Arg Tyr Thr Leu Glu Asn Tyr Lys Asn Leu Ile Leu 805 810 815 Gln Lys Gln Val Phe Ile Asn Val Tyr His Phe Ser Lys Tyr Leu Ile 820 825 830 Asp Lys Asn Leu Leu Asn Ser Glu Asn Asn Val Ile Gln Tyr Lys Ser 835 840 845 Leu Glu Asn Val Glu Tyr Leu Ile Ser Asp Phe Tyr Phe Gln Ser Lys 850 855 860 Leu Ser Ile Asp Gln Tyr Lys Thr Cys Gly Lys Leu Phe Asn Lys Leu 865 870 875 880 Lys Ser Asn Lys Leu Glu Asp Cys Leu Leu Tyr Glu Ile Ala Tyr Asn 885 890 895 Tyr Ile Asp Lys Lys Asn Val His Lys Ile Asp Ile Gln Lys Ile Leu 900 905 910 Thr Ser Lys Ile Ile Leu Thr Ile Asn Asp Ala Asn Thr Pro Tyr Lys 915 920 925 Ile Ser Val Pro Phe Asn Lys Leu Glu Arg Tyr Thr Glu Met Ile Ala 930 935 940 Ile Lys Asn Gln Asn Asn Leu Lys Ala Arg Phe Leu Ile Asp Leu Pro 945 950 955 960 Leu Tyr Leu Ser Lys Asn Lys Ile Lys Lys Gly Lys Asp Ser Ala Gly 965 970 975 Tyr Glu Ile Ile Ile Lys Asn Asp Leu Glu Ile Glu Asp Ile Asn Thr 980 985 990 Ile Asn Asn Lys Ile Ile Asn Asp Ser Val Lys Phe Thr Glu Val Leu 995 1000 1005 Met Glu Leu Glu Lys Tyr Phe Ile Leu Lys Asp Lys Cys Ile Leu 1010 1015 1020 Ser Lys Asn Tyr Ile Asp Asn Ser Glu Ile Pro Ser Leu Lys Gln 1025 1030 1035 Phe Ser Lys Val Trp Ile Lys Glu Asn Glu Asn Glu Ile Ile Asn 1040 1045 1050 Tyr Arg Asn Ile Ala Cys His Phe His Leu Pro Leu Leu Glu Thr 1055 1060 1065 Phe Asp Asn Leu Leu Leu Asn Val Glu Gln Lys Phe Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Glu Leu Gln Asn Val Ser Thr Ile Asn Asp Leu Ser Lys Pro Gln 1085 1090 1095 Glu Tyr Leu Ile Leu Leu Phe Ile Lys Phe Lys His Asn Asn Phe 1100 1105 1110 Tyr Leu Asn Leu Phe Asn Lys Asn Glu Ser Lys Thr Ile Lys Asn 1115 1120 1125 Asp Lys Glu Val Lys Lys Asn Arg Val Leu Gln Lys Phe Ile Asn 1130 1135 1140 Gln Val Ile Leu Lys Lys Lys 1145 1150 <210> 534 <211> 1150 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella saccharolytica <400> 534 Met Met Glu Lys Glu Asn Val Gln Gly Ser His Ile Tyr Tyr Glu Pro 1 5 10 15 Thr Asp Lys Cys Phe Trp Ala Ala Phe Tyr Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Leu Thr Ile Ala His Ile Asn Ser Phe Val Asn Ser Lys Lys 35 40 45 Gly Ile Asn Asn Asp Asp Lys Val Leu Asp Ile Ile Asp Asp Trp Ser 50 55 60 Lys Phe Asp Asn Asp Leu Leu Met Gly Ala Arg Leu Asn Lys Leu Ile 65 70 75 80 Leu Lys His Phe Pro Phe Leu Lys Ala Pro Leu Tyr Gln Leu Ala Lys 85 90 95 Arg Lys Thr Arg Lys Gln Gln Gly Lys Glu Gln Gln Asp Tyr Glu Lys 100 105 110 Lys Gly Asp Glu Asp Pro Glu Val Ile Gln Glu Ala Ile Ala Asn Ala 115 120 125 Phe Lys Met Ala Asn Val Arg Lys Thr Leu His Ala Phe Leu Lys Gln 130 135 140 Leu Glu Asp Leu Arg Asn His Phe Ser His Tyr Asn Tyr Asn Ser Pro 145 150 155 160 Ala Lys Lys Met Glu Val Lys Phe Asp Asp Gly Phe Cys Asn Lys Leu 165 170 175 Tyr Tyr Val Phe Asp Ala Ala Leu Gln Met Val Lys Asp Asp Asn Arg 180 185 190 Met Asn Pro Glu Ile Asn Met Gln Thr Asp Phe Glu His Leu Val Arg 195 200 205 Leu Gly Arg Asn Arg Lys Ile Pro Asn Thr Phe Lys Tyr Asn Phe Thr 210 215 220 Asn Ser Asp Gly Thr Ile Asn Asn Asn Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser 225 230 235 240 Leu Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Lys 245 250 255 Gly Phe Lys Gly Gly Thr Glu Asn Tyr Met Arg Met Thr Asn Glu Val 260 265 270 Phe Cys Arg Asn Arg Met Val Ile Pro Lys Leu Arg Leu Glu Thr Asp 275 280 285 Tyr Asp Asn His Gln Leu Met Phe Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg 290 295 300 Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg Leu Lys Gln Glu Asp Gln Asp Lys 305 310 315 320 Phe Arg Val Pro Ile Glu Phe Leu Asp Glu Asp Asn Glu Ala Asp Asn 325 330 335 Pro Tyr Gln Glu Asn Ala Asn Ser Asp Glu Asn Pro Thr Glu Glu Thr 340 345 350 Asp Pro Leu Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln His Arg Phe Pro Tyr 355 360 365 Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Asn Glu Val Phe Lys Gln Leu Arg 370 375 380 Phe Gln Ile Asn Leu Gly Cys Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asp Lys Thr 385 390 395 400 Ile Gly Glu Arg Thr Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr Leu Phe Gly 405 410 415 Phe Asp Arg Leu Gln Asn Phe Ser Val Lys Leu Gln Pro Glu His Trp 420 425 430 Lys Asn Met Val Lys His Leu Asp Thr Glu Glu Ser Ser Asp Lys Pro 435 440 445 Tyr Leu Ser Asp Ala Met Pro His Tyr Gln Ile Glu Asn Glu Lys Ile 450 455 460 Gly Ile His Phe Leu Lys Thr Asp Thr Glu Lys Lys Glu Thr Val Trp 465 470 475 480 Pro Ser Leu Glu Val Glu Glu Val Ser Ser Asn Arg Asn Lys Tyr Lys 485 490 495 Ser Glu Lys Asn Leu Thr Ala Asp Ala Phe Leu Ser Thr His Glu Leu 500 505 510 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Gln Leu Leu Ser Ser Glu Glu Lys Thr 515 520 525 Arg Ala Ala Ala Gly Asp Lys Val Gln Gly Val Leu Gln Ser Tyr Arg 530 535 540 Lys Lys Ile Phe Asp Ile Tyr Asp Asp Phe Ala Asn Gly Thr Ile Asn 545 550 555 560 Ser Met Gln Lys Leu Asp Glu Arg Leu Ala Lys Asp Asn Leu Leu Arg 565 570 575 Gly Asn Met Pro Gln Gln Met Leu Ala Ile Leu Glu His Gln Glu Pro 580 585 590 Asp Met Glu Gln Lys Ala Lys Glu Lys Leu Asp Arg Leu Ile Thr Glu 595 600 605 Thr Lys Lys Arg Ile Gly Lys Leu Glu Asp Gln Phe Lys Gln Lys Val 610 615 620 Arg Ile Gly Lys Arg Arg Ala Asp Leu Pro Lys Val Gly Ser Ile Ala 625 630 635 640 Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Ala Lys Arg Asn 645 650 655 Ala Asp Asn Thr Gly Val Pro Asp Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 660 665 670 Arg Leu Leu Gln Glu Ala Leu Ala Phe Tyr Ser Ala Tyr Lys Asp Arg 675 680 685 Leu Glu Pro Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Gly Gly Thr Asn Pro 690 695 700 His Pro Phe Leu His Arg Val Asp Trp Lys Lys Cys Asn His Leu Leu 705 710 715 720 Ser Phe Tyr His Asp Tyr Leu Glu Ala Lys Glu Gln Tyr Leu Ser His 725 730 735 Leu Ser Pro Ala Asp Trp Gln Lys His Gln His Phe Leu Leu Leu Lys 740 745 750 Val Arg Lys Asp Ile Gln Asn Glu Lys Lys Asp Trp Lys Lys Ser Leu 755 760 765 Val Ala Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr 770 775 780 Glu Ser Ile Lys Thr Trp Phe Ser Thr Asp Ala Asp Lys Val Gln Ile 785 790 795 800 Thr Asp Thr Lys Leu Phe Glu Asn Arg Val Gly Leu Ile Ala Lys Leu 805 810 815 Ile Pro Leu Tyr Tyr Asp Lys Val Tyr Asn Asp Lys Pro Gln Pro Phe 820 825 830 Tyr Gln Tyr Pro Phe Asn Ile Asn Asp Arg Tyr Lys Pro Glu Asp Thr 835 840 845 Arg Lys Arg Phe Thr Ala Ala Ser Ser Lys Leu Trp Asn Glu Lys Lys 850 855 860 Met Leu Tyr Lys Asn Ala Gln Pro Asp Ser Ser Asp Lys Ile Glu Tyr 865 870 875 880 Pro Gln Tyr Leu Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Leu Glu Arg Glu Leu 885 890 895 Arg Met Leu Arg Asn Gln Asp Met Met Val Trp Leu Met Cys Lys Asp 900 905 910 Leu Phe Ala Gln Cys Thr Val Glu Gly Val Glu Phe Ala Asp Leu Lys 915 920 925 Leu Ser Gln Leu Glu Val Asp Val Asn Val Gln Asp Asn Leu Asn Val 930 935 940 Leu Asn Asn Val Ser Ser Met Ile Leu Pro Leu Ser Val Tyr Pro Ser 945 950 955 960 Asp Ala Gln Gly Asn Val Leu Arg Asn Ser Lys Pro Leu His Thr Val 965 970 975 Tyr Val Gln Glu Asn Asn Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys 980 985 990 Ser Leu Leu Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Ala 995 1000 1005 Ala Glu Gly Glu Asp Leu Gln Gln His Pro Leu Thr Lys Asn Arg 1010 1015 1020 Leu Glu Tyr Glu Leu Ser Ile Tyr Gln Thr Met Arg Ile Ser Val 1025 1030 1035 Phe Glu Gln Thr Leu Gln Leu Glu Lys Ala Ile Leu Thr Arg Asn 1040 1045 1050 Lys Thr Leu Cys Gly Asn Asn Phe Asn Asn Leu Leu Asn Ser Trp 1055 1060 1065 Ser Glu His Arg Thr Asp Lys Lys Thr Leu Gln Pro Asp Ile Asp 1070 1075 1080 Phe Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro 1085 1090 1095 Met Ser Thr Asn Thr Val Met Gln Gly Ile Glu Lys Phe Asn Ile 1100 1105 1110 Gln Thr Pro Lys Leu Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly Ile Ala Ser 1115 1120 1125 Gln Leu Ala Lys Lys Thr Lys Asp Ala Ala Ser Arg Leu Gln Asn 1130 1135 1140 Ile Ile Asn Gly Gly Thr Asn 1145 1150 <210> 535 <211> 1151 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella saccharolytica <400> 535 Met Glu Asp Lys Pro Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His 1 5 10 15 Asn Val Tyr Leu Thr Val Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Asp Leu Glu 20 25 30 Lys Leu Tyr Asp Glu Gly Lys His Lys Glu Ile Phe Glu Arg Glu Asp 35 40 45 Ile Phe Asn Ile Ser Asp Asp Val Met Asn Asp Ala Asn Ser Asn Gly 50 55 60 Lys Lys Arg Lys Leu Asp Ile Lys Lys Ile Trp Asp Asp Leu Asp Thr 65 70 75 80 Asp Leu Thr Arg Lys Tyr Gln Leu Arg Glu Leu Ile Leu Lys His Phe 85 90 95 Pro Phe Ile Gln Pro Ala Ile Ile Gly Ala Gln Thr Lys Glu Arg Thr 100 105 110 Thr Ile Asp Lys Asp Lys Arg Ser Thr Ser Thr Ser Asn Asp Ser Leu 115 120 125 Lys Gln Thr Gly Glu Gly Asp Ile Asn Asp Leu Leu Ser Leu Ser Asn 130 135 140 Val Lys Ser Met Phe Phe Arg Leu Leu Gln Ile Leu Glu Gln Leu Arg 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Ser His Val Lys His Ser Lys Ser Ala Thr Met Pro Asn 165 170 175 Phe Asp Glu Asp Leu Leu Asn Trp Met Arg Tyr Ile Phe Ile Asp Ser 180 185 190 Val Asn Lys Val Lys Glu Asp Tyr Ser Ser Asn Ser Val Ile Asp Pro 195 200 205 Asn Thr Ser Phe Ser His Leu Ile Tyr Lys Asp Glu Gln Gly Lys Ile 210 215 220 Lys Pro Cys Arg Tyr Pro Phe Thr Ser Lys Asp Gly Ser Ile Asn Ala 225 230 235 240 Phe Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Gln Asp Ser 245 250 255 Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Pro Gly Phe Lys Lys Ala Ser Glu Asn 260 265 270 Tyr Met Lys Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Asn His Ile Leu Leu 275 280 285 Pro Lys Ile Arg Leu Glu Thr Val Tyr Asp Lys Asp Trp Met Leu Leu 290 295 300 Asp Met Leu Asn Glu Val Val Arg Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg 305 310 315 320 Leu Thr Pro Ala Ala Gln Asn Lys Phe Lys Val Pro Glu Lys Ser Ser 325 330 335 Asp Asn Ala Asn Arg Gln Glu Asp Asp Asn Pro Phe Ser Arg Ile Leu 340 345 350 Val Arg His Gln Asn Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Phe Phe Asp 355 360 365 Leu Asn Glu Val Phe Thr Thr Leu Arg Phe Gln Ile Asn Leu Gly Cys 370 375 380 Tyr His Phe Ala Ile Cys Lys Lys Gln Ile Gly Asp Lys Lys Glu Val 385 390 395 400 His His Leu Ile Arg Thr Leu Tyr Gly Phe Ser Arg Leu Gln Asn Phe 405 410 415 Thr Gln Asn Thr Arg Pro Glu Glu Trp Asn Thr Leu Val Lys Thr Thr 420 425 430 Glu Pro Ser Ser Gly Asn Asp Gly Lys Thr Val Gln Gly Val Pro Leu 435 440 445 Pro Tyr Ile Ser Tyr Thr Ile Pro His Tyr Gln Ile Glu Asn Glu Lys 450 455 460 Ile Gly Ile Lys Ile Phe Asp Gly Asp Thr Ala Val Asp Thr Asp Ile 465 470 475 480 Trp Pro Ser Val Ser Thr Glu Lys Gln Leu Asn Lys Pro Asp Lys Tyr 485 490 495 Thr Leu Thr Pro Gly Phe Lys Ala Asp Val Phe Leu Ser Val His Glu 500 505 510 Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Gln Leu Leu Leu Cys Glu Gly Met 515 520 525 Leu Lys Thr Asp Ala Gly Asn Ala Val Glu Lys Val Leu Ile Asp Thr 530 535 540 Arg Asn Ala Ile Phe Asn Leu Tyr Asp Ala Phe Val Gln Glu Lys Ile 545 550 555 560 Asn Thr Ile Thr Asp Leu Glu Asn Tyr Leu Gln Asp Lys Pro Ile Leu 565 570 575 Ile Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Asp Leu Leu Lys Gly His Gln 580 585 590 Arg Asp Met Leu Lys Ala Val Glu Gln Lys Lys Ala Met Leu Ile Lys 595 600 605 Asp Thr Glu Arg Arg Leu Lys Leu Leu Asp Lys Gln Leu Lys Gln Glu 610 615 620 Thr Asp Val Ala Ala Lys Asn Thr Gly Thr Leu Leu Lys Asn Gly Gln 625 630 635 640 Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Lys 645 650 655 Arg Asp Lys Glu Gly Asn Pro Ile Asn Cys Ser Lys Ala Asn Ser Thr 660 665 670 Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ala Phe Ala Phe Tyr Ala Thr Asp Ser 675 680 685 Cys Arg Leu Ser Arg Tyr Phe Thr Gln Leu His Leu Ile His Ser Asp 690 695 700 Asn Ser His Leu Phe Leu Ser Arg Phe Glu Tyr Asp Lys Gln Pro Asn 705 710 715 720 Leu Ile Ala Phe Tyr Ala Ala Tyr Leu Lys Ala Lys Leu Glu Phe Leu 725 730 735 Asn Glu Leu Gln Pro Gln Asn Trp Ala Ser Asp Asn Tyr Phe Leu Leu 740 745 750 Leu Arg Ala Pro Lys Asn Asp Arg Gln Lys Leu Ala Glu Gly Trp Lys 755 760 765 Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Lys Ile Lys Thr 770 775 780 Trp Phe Asn Glu His Lys Thr Ile Val Asp Ile Ser Asp Cys Asp Ile 785 790 795 800 Phe Lys Asn Arg Val Gly Gln Val Ala Arg Leu Ile Pro Val Phe Phe 805 810 815 Asp Lys Lys Phe Lys Asp His Ser Gln Pro Phe Tyr Arg Tyr Asp Phe 820 825 830 Asn Val Gly Asn Val Ser Lys Pro Thr Glu Ala Asn Tyr Leu Ser Lys 835 840 845 Gly Lys Arg Glu Glu Leu Phe Lys Ser Tyr Gln Asn Lys Phe Lys Asn 850 855 860 Asn Ile Pro Ala Glu Lys Thr Lys Glu Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Phe 865 870 875 880 Ser Leu Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys Asn Gln 885 890 895 Asp Ile Leu Ile Trp Leu Met Cys Lys Asn Leu Phe Asp Glu Lys Ile 900 905 910 Lys Pro Lys Lys Asp Ile Leu Glu Pro Arg Ile Ala Val Ser Tyr Ile 915 920 925 Lys Leu Asp Ser Leu Gln Thr Asn Thr Ser Thr Ala Gly Ser Leu Asn 930 935 940 Ala Leu Ala Lys Val Val Pro Met Thr Leu Ala Ile His Ile Asp Ser 945 950 955 960 Pro Lys Pro Lys Gly Lys Ala Gly Asn Asn Glu Lys Glu Asn Lys Glu 965 970 975 Phe Thr Val Tyr Ile Lys Glu Glu Gly Thr Lys Leu Leu Lys Trp Gly 980 985 990 Asn Phe Lys Thr Leu Leu Ala Asp Arg Arg Ile Lys Gly Leu Phe Ser 995 1000 1005 Tyr Ile Glu His Asp Asp Ile Asp Leu Lys Gln His Pro Leu Thr 1010 1015 1020 Lys Arg Arg Val Asp Leu Glu Leu Asp Leu Tyr Gln Thr Cys Arg 1025 1030 1035 Ile Asp Ile Phe Gln Gln Thr Leu Gly Leu Glu Ala Gln Leu Leu 1040 1045 1050 Asp Lys Tyr Ser Asp Leu Asn Thr Asp Asn Phe Tyr Gln Met Leu 1055 1060 1065 Ile Gly Trp Arg Lys Lys Glu Gly Ile Pro Arg Asn Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Asp Thr Asp Phe Leu Lys Asp Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1085 1090 1095 Gln Tyr Pro Asp Ser Lys Lys Ile Ala Phe Arg Arg Ile Arg Lys 1100 1105 1110 Phe Asn Pro Lys Glu Leu Ile Leu Glu Glu Glu Glu Gly Leu Gly 1115 1120 1125 Ile Ala Thr Gln Met Tyr Lys Glu Val Glu Lys Val Val Asn Arg 1130 1135 1140 Ile Lys Arg Ile Glu Leu Phe Asp 1145 1150 <210> 536 <211> 1154 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Paludibacter propionicigenes <400> 536 Met Lys Thr Ser Ala Asn Asn Ile Tyr Phe Asn Gly Ile Asn Ser Phe 1 5 10 15 Lys Lys Ile Phe Asp Ser Lys Gly Ala Ile Ala Pro Ile Ala Glu Lys 20 25 30 Ser Cys Arg Asn Phe Asp Ile Lys Ala Gln Asn Asp Val Asn Lys Glu 35 40 45 Gln Arg Ile His Tyr Phe Ala Val Gly His Thr Phe Lys Gln Leu Asp 50 55 60 Thr Glu Asn Leu Phe Glu Tyr Val Leu Asp Glu Asn Leu Arg Ala Lys 65 70 75 80 Arg Pro Thr Arg Phe Ile Ser Leu Gln Gln Phe Asp Lys Glu Phe Ile 85 90 95 Glu Asn Ile Lys Arg Leu Ile Ser Asp Ile Arg Asn Ile Asn Ser His 100 105 110 Tyr Ile His Arg Phe Asp Pro Leu Lys Ile Asp Ala Val Pro Thr Asn 115 120 125 Ile Ile Asp Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala Val Ile Gln Ile 130 135 140 Tyr Leu Lys Glu Lys Gly Ile Asn Tyr Leu Gln Phe Ser Glu Asn Pro 145 150 155 160 His Ala Asp Gln Lys Leu Val Ala Phe Leu His Asp Lys Phe Leu Pro 165 170 175 Leu Asp Glu Lys Lys Thr Ser Met Leu Gln Asn Glu Thr Pro Gln Leu 180 185 190 Lys Glu Tyr Lys Glu Tyr Arg Lys Tyr Phe Lys Thr Leu Ser Lys Gln 195 200 205 Ala Ala Ile Asp Gln Leu Leu Phe Ala Glu Lys Glu Thr Asp Tyr Ile 210 215 220 Trp Asn Leu Phe Asp Ser His Pro Val Leu Thr Ile Ser Ala Gly Lys 225 230 235 240 Tyr Leu Ser Phe Tyr Ser Cys Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Tyr 245 250 255 Lys Ser Glu Ala Asn Gln Leu Ile Ser Lys Ile Lys Gly Phe Lys Lys 260 265 270 Asn Thr Thr Glu Glu Glu Lys Ser Lys Arg Glu Ile Phe Thr Phe Phe 275 280 285 Ser Lys Arg Phe Asn Ser Met Asp Ile Asp Ser Glu Glu Asn Gln Leu 290 295 300 Val Lys Phe Arg Asp Leu Ile Leu Tyr Leu Asn His Tyr Pro Val Ala 305 310 315 320 Trp Asn Lys Asp Leu Glu Leu Asp Ser Ser Asn Pro Ala Met Thr Asp 325 330 335 Lys Leu Lys Ser Lys Ile Ile Glu Leu Glu Ile Asn Arg Ser Phe Pro 340 345 350 Leu Tyr Glu Gly Asn Glu Arg Phe Ala Thr Phe Ala Lys Tyr Gln Ile 355 360 365 Trp Gly Lys Lys His Leu Gly Lys Ser Ile Glu Lys Glu Tyr Ile Asn 370 375 380 Ala Ser Phe Thr Asp Glu Glu Ile Thr Ala Tyr Thr Tyr Glu Thr Asp 385 390 395 400 Thr Cys Pro Glu Leu Lys Asp Ala His Lys Lys Leu Ala Asp Leu Lys 405 410 415 Ala Ala Lys Gly Leu Phe Gly Lys Arg Lys Glu Lys Asn Glu Ser Asp 420 425 430 Ile Lys Lys Thr Glu Thr Ser Ile Arg Glu Leu Gln His Glu Pro Asn 435 440 445 Pro Ile Lys Asp Lys Leu Ile Gln Arg Ile Glu Lys Asn Leu Leu Thr 450 455 460 Val Ser Tyr Gly Arg Asn Gln Asp Arg Phe Met Asp Phe Ser Ala Arg 465 470 475 480 Phe Leu Ala Glu Ile Asn Tyr Phe Gly Gln Asp Ala Ser Phe Lys Met 485 490 495 Tyr His Phe Tyr Ala Thr Asp Glu Gln Asn Ser Glu Leu Glu Lys Tyr 500 505 510 Glu Leu Pro Lys Asp Lys Lys Lys Tyr Asp Ser Leu Lys Phe His Gln 515 520 525 Gly Lys Leu Val His Phe Ile Ser Tyr Lys Glu His Leu Lys Arg Tyr 530 535 540 Glu Ser Trp Asp Asp Ala Phe Val Ile Glu Asn Asn Ala Ile Gln Leu 545 550 555 560 Lys Leu Ser Phe Asp Gly Val Glu Asn Thr Val Thr Ile Gln Arg Ala 565 570 575 Leu Leu Ile Tyr Leu Leu Glu Asp Ala Leu Arg Asn Ile Gln Asn Asn 580 585 590 Thr Ala Glu Asn Ala Gly Lys Gln Leu Leu Gln Glu Tyr Tyr Ser His 595 600 605 Asn Lys Ala Asp Leu Ser Ala Phe Lys Gln Ile Leu Thr Gln Gln Asp 610 615 620 Ser Ile Glu Pro Gln Gln Lys Thr Glu Phe Lys Lys Leu Leu Pro Arg 625 630 635 640 Arg Leu Leu Asn Asn Tyr Ser Pro Ala Ile Asn His Leu Gln Thr Pro 645 650 655 His Ser Ser Leu Pro Leu Ile Leu Glu Lys Ala Leu Leu Ala Glu Lys 660 665 670 Arg Tyr Cys Ser Leu Val Val Lys Ala Lys Ala Glu Gly Asn Tyr Asp 675 680 685 Asp Phe Ile Lys Arg Asn Lys Gly Lys Gln Phe Lys Leu Gln Phe Ile 690 695 700 Arg Lys Ala Trp Asn Leu Met Tyr Phe Arg Asn Ser Tyr Leu Gln Asn 705 710 715 720 Val Gln Ala Ala Gly His His Lys Ser Phe His Ile Glu Arg Asp Glu 725 730 735 Phe Asn Asp Phe Ser Arg Tyr Met Phe Ala Phe Glu Glu Leu Ser Gln 740 745 750 Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asn Glu Met Phe Glu Lys Lys Gly Phe Phe Glu 755 760 765 Asn Asn Glu Phe Lys Ile Leu Phe Gln Ser Gly Thr Ser Leu Glu Asn 770 775 780 Leu Tyr Glu Lys Thr Lys Gln Lys Phe Glu Ile Trp Leu Ala Ser Asn 785 790 795 800 Thr Ala Lys Thr Asn Lys Pro Asp Asn Tyr His Leu Asn Asn Tyr Glu 805 810 815 Gln Gln Phe Ser Asn Gln Leu Phe Phe Ile Asn Leu Ser His Phe Ile 820 825 830 Asn Tyr Leu Lys Ser Thr Gly Lys Leu Gln Thr Asp Ala Asn Gly Gln 835 840 845 Ile Ile Tyr Glu Ala Leu Asn Asn Val Gln Tyr Leu Ile Pro Glu Tyr 850 855 860 Tyr Tyr Thr Asp Lys Pro Glu Arg Ser Glu Ser Lys Ser Gly Asn Lys 865 870 875 880 Leu Tyr Asn Lys Leu Lys Ala Thr Lys Leu Glu Asp Ala Leu Leu Tyr 885 890 895 Glu Met Ala Met Cys Tyr Leu Lys Ala Asp Lys Gln Ile Ala Asp Lys 900 905 910 Ala Lys His Pro Ile Thr Lys Leu Leu Thr Ser Asp Val Glu Phe Asn 915 920 925 Ile Thr Asn Lys Glu Gly Ile Gln Leu Tyr His Leu Leu Val Pro Phe 930 935 940 Lys Lys Ile Asp Ala Phe Ile Gly Leu Lys Met His Lys Glu Gln Gln 945 950 955 960 Asp Lys Lys His Pro Thr Ser Phe Leu Ala Asn Ile Val Asn Tyr Leu 965 970 975 Glu Leu Val Lys Asn Asp Lys Asp Ile Arg Lys Thr Tyr Glu Ala Phe 980 985 990 Ser Thr Asn Pro Val Lys Arg Thr Leu Thr Tyr Asp Asp Leu Ala Lys 995 1000 1005 Ile Asp Gly His Leu Ile Ser Lys Ser Ile Lys Phe Thr Asn Val 1010 1015 1020 Thr Leu Glu Leu Glu Arg Tyr Phe Ile Phe Lys Glu Ser Leu Ile 1025 1030 1035 Val Lys Lys Gly Asn Asn Ile Asp Phe Lys Tyr Ile Lys Gly Leu 1040 1045 1050 Arg Asn Tyr Tyr Asn Asn Glu Lys Lys Lys Asn Glu Gly Ile Arg 1055 1060 1065 Asn Lys Ala Phe His Phe Gly Ile Pro Asp Ser Lys Ser Tyr Asp 1070 1075 1080 Gln Leu Ile Arg Asp Ala Glu Val Met Phe Ile Ala Asn Glu Val 1085 1090 1095 Lys Pro Thr His Ala Thr Lys Tyr Thr Asp Leu Asn Lys Gln Leu 1100 1105 1110 His Thr Val Cys Asp Lys Leu Met Glu Thr Val His Asn Asp Tyr 1115 1120 1125 Phe Ser Lys Glu Gly Asp Gly Lys Lys Lys Arg Glu Ala Ala Gly 1130 1135 1140 Gln Lys Tyr Phe Glu Asn Ile Ile Ser Ala Lys 1145 1150 <210> 537 <211> 1155 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Flavobacterium sp. 316 <400> 537 Met Asp Asn Asn Ile Thr Val Glu Lys Thr Glu Leu Gly Leu Gly Ile 1 5 10 15 Thr Tyr Asn His Asp Lys Val Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Gly Phe 20 25 30 Phe Asn Leu Ala Gln Asn Asn Ile Asp Leu Val Ala Gln Glu Phe Lys 35 40 45 Lys Arg Leu Leu Ile Gln Gly Lys Asp Ser Ile Asn Ile Phe Ala Asn 50 55 60 Tyr Phe Ser Asp Gln Cys Ser Ile Thr Asn Leu Glu Arg Gly Ile Lys 65 70 75 80 Ile Leu Ala Glu Tyr Phe Pro Val Val Ser Tyr Ile Asp Leu Asp Glu 85 90 95 Lys Asn Lys Ser Lys Ser Ile Arg Glu His Leu Ile Leu Leu Leu Glu 100 105 110 Thr Ile Asn Asn Leu Arg Asn Tyr Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Lys 115 120 125 Ile Ile Ile Asp Gly Ser Leu Phe Pro Leu Leu Asp Thr Ile Leu Leu 130 135 140 Lys Val Val Leu Glu Ile Lys Lys Lys Lys Leu Lys Glu Asp Lys Thr 145 150 155 160 Lys Gln Leu Leu Lys Lys Gly Leu Glu Lys Glu Met Thr Ile Leu Phe 165 170 175 Asn Leu Met Lys Ala Glu Gln Lys Glu Lys Lys Ile Lys Gly Trp Asn 180 185 190 Ile Asp Glu Asn Ile Lys Gly Ala Val Leu Asn Arg Ala Phe Ser His 195 200 205 Leu Leu Tyr Asn Asp Glu Leu Ser Asp Tyr Arg Lys Ser Lys Tyr Asn 210 215 220 Thr Glu Asp Glu Thr Leu Lys Asp Thr Leu Thr Glu Ser Gly Ile Leu 225 230 235 240 Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Lys Glu Gln Glu Gln Leu Lys 245 250 255 Ala Asn Ile Lys Gly Tyr Lys Gly Lys Ile Ala Ser Ile Pro Asp Glu 260 265 270 Glu Ile Thr Leu Lys Asn Asn Ser Leu Arg Asn Met Ala Thr His Trp 275 280 285 Thr Tyr Ser His Leu Thr Tyr Lys Gly Leu Lys His Arg Ile Lys Thr 290 295 300 Asp His Glu Lys Glu Thr Leu Leu Val Asn Met Val Asp Tyr Leu Ser 305 310 315 320 Lys Val Pro His Glu Ile Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Gln Asn Lys Ser 325 330 335 Leu Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg Asp Asn Glu Glu Asn 340 345 350 His Asp Ser Ser Glu Ala Ser Arg Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys 355 360 365 Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Ala Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu 370 375 380 Phe Ala Glu Phe Pro Thr Leu Arg Phe Met Val Asn Val Gly Asn Tyr 385 390 395 400 Ile His Asp Asn Arg Lys Lys Asp Ile Gly Gly Thr Ser Leu Ile Thr 405 410 415 Asn Arg Thr Ile Lys Gln Gln Ile Asn Val Phe Gly Asn Leu Thr Glu 420 425 430 Ile His Lys Lys Lys Asn Asp Tyr Phe Glu Lys Glu Glu Asn Lys Glu 435 440 445 Lys Thr Leu Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr His Phe Gln 450 455 460 Lys Glu Asn Ile Pro Ile Phe Ile Asp Leu Glu Lys Ser Lys Glu Thr 465 470 475 480 Asn Asp Leu Ala Lys Glu Tyr Ala Lys Glu Lys Lys Lys Ile Phe Gly 485 490 495 Ser Ser Arg Lys Lys Gln Gln Asn Thr Ala Lys Lys Asn Arg Glu Thr 500 505 510 Ile Ile Asn Leu Val Phe Asp Lys Tyr Lys Thr Ser Asp Arg Lys Thr 515 520 525 Val Thr Phe Glu Gln Pro Thr Ala Leu Leu Ser Phe Asn Glu Leu Asn 530 535 540 Ser Phe Leu Tyr Ala Phe Leu Val Glu Asn Lys Thr Gly Lys Glu Leu 545 550 555 560 Glu Lys Ile Ile Ile Glu Lys Ile Ala Asn Gln Tyr Gln Ile Leu Lys 565 570 575 Asn Cys Ser Ser Thr Val Asp Lys Thr Asn Asp Asn Ile Pro Lys Ser 580 585 590 Ile Lys Lys Ile Val Asn Thr Thr Thr Asp Ser Phe Tyr Phe Glu Gly 595 600 605 Lys Lys Ile Asp Ile Glu Lys Leu Glu Lys Asp Ile Thr Ile Glu Ile 610 615 620 Glu Lys Thr Asn Glu Lys Leu Glu Thr Ile Lys Glu Asn Glu Glu Ser 625 630 635 640 Ala Gln Asn Tyr Lys Arg Asn Glu Arg Asn Thr Gln Lys Arg Lys Leu 645 650 655 Tyr Arg Lys Tyr Val Phe Phe Thr Asn Glu Ile Gly Ile Glu Ala Thr 660 665 670 Trp Ile Thr Asn Asp Ile Leu Arg Phe Leu Asp Asn Lys Glu Asn Trp 675 680 685 Lys Gly Tyr Gln His Ser Glu Leu Gln Lys Phe Ile Ser Gln Tyr Asp 690 695 700 Asn Tyr Lys Lys Glu Ala Leu Gly Leu Leu Glu Ser Glu Trp Asn Leu 705 710 715 720 Glu Ser Asp Ala Phe Phe Gly Gln Asn Leu Lys Arg Met Phe Gln Ser 725 730 735 Asn Ser Thr Phe Glu Thr Phe Tyr Lys Lys Tyr Leu Asp Asn Arg Lys 740 745 750 Asn Thr Leu Glu Thr Tyr Leu Ser Ala Ile Glu Asn Leu Lys Thr Met 755 760 765 Thr Asp Val Arg Pro Lys Val Leu Lys Lys Lys Trp Thr Glu Leu Phe 770 775 780 Arg Phe Phe Asp Lys Lys Ile Tyr Leu Leu Ser Thr Ile Glu Thr Lys 785 790 795 800 Ile Asn Glu Leu Ile Thr Lys Pro Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe 805 810 815 Glu Glu Lys Pro Thr Phe Ile Asn Gly Lys Asn Pro Asn Lys Glu Asn 820 825 830 Asn Gln His Leu Phe Ala Asn Trp Phe Ile Tyr Ala Lys Lys Gln Thr 835 840 845 Ile Leu Gln Asp Phe Tyr Asn Leu Pro Leu Glu Gln Pro Lys Ala Ile 850 855 860 Thr Asn Leu Lys Lys His Lys Tyr Lys Leu Glu Arg Ser Ile Asn Asn 865 870 875 880 Leu Lys Ile Glu Asp Ile Tyr Ile Lys Gln Met Val Asp Phe Leu Tyr 885 890 895 Gln Lys Leu Phe Glu Gln Ser Phe Ile Gly Ser Leu Gln Asp Leu Tyr 900 905 910 Thr Ser Lys Glu Lys Arg Glu Ile Glu Lys Gly Lys Ala Lys Asn Glu 915 920 925 Gln Thr Pro Asp Glu Ser Phe Ile Trp Lys Lys Gln Val Glu Ile Asn 930 935 940 Thr His Asn Gly Arg Ile Ile Ala Lys Thr Lys Ile Lys Asp Ile Gly 945 950 955 960 Lys Phe Lys Asn Leu Leu Thr Asp Asn Lys Ile Ala His Leu Ile Ser 965 970 975 Tyr Asp Asp Arg Ile Trp Asp Phe Ser Leu Asn Asn Asp Gly Asp Ile 980 985 990 Thr Lys Lys Leu Tyr Ser Ile Asn Thr Glu Leu Glu Ser Tyr Glu Thr 995 1000 1005 Ile Arg Arg Glu Lys Leu Leu Lys Gln Ile Gln Gln Phe Glu Gln 1010 1015 1020 Phe Leu Leu Glu Gln Glu Thr Glu Tyr Ser Ala Glu Arg Lys His 1025 1030 1035 Pro Glu Lys Phe Glu Lys Asp Cys Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr 1040 1045 1050 Ile Ile Glu Gly Val Leu Asn Lys Ile Ile Pro Asn His Glu Ile 1055 1060 1065 Glu Glu Ile Glu Ile Leu Lys Ser Lys Glu Asp Val Phe Lys Ile 1070 1075 1080 Asn Phe Ser Asp Ile Leu Ile Leu Asn Asn Asp Asn Ile Lys Lys 1085 1090 1095 Gly Tyr Leu Leu Ile Met Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln 1100 1105 1110 Leu Ile Asp Lys Asn Leu Phe Asn Phe Ser Leu Gln Leu Tyr Ser 1115 1120 1125 Lys Asn Glu Asn Glu Asn Phe Ser Glu Tyr Leu Asn Lys Val Cys 1130 1135 1140 Gln Asn Ile Ile Gln Glu Phe Lys Glu Lys Leu Lys 1145 1150 1155 <210> 538 <211> 1156 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Chryseobacterium carnipullorum <400> 538 Met Asn Thr Arg Val Thr Gly Met Gly Val Ser Tyr Asp His Thr Lys 1 5 10 15 Lys Glu Asp Lys His Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Gln Asp 20 25 30 Asn Ile Thr Ala Val Ile Lys Ala Phe Cys Ile Lys Phe Asp Lys Asn 35 40 45 Pro Met Ser Ser Val Gln Phe Ala Glu Ser Cys Phe Thr Asp Lys Asp 50 55 60 Ser Asp Thr Asp Phe Gln Asn Lys Val Arg Tyr Val Arg Thr His Leu 65 70 75 80 Pro Val Ile Gly Tyr Leu Asn Tyr Gly Gly Asp Arg Asn Thr Phe Arg 85 90 95 Gln Lys Leu Ser Thr Leu Leu Lys Ala Val Asp Ser Leu Arg Asn Phe 100 105 110 Tyr Thr His Tyr Tyr His Ser Pro Leu Ala Leu Ser Thr Glu Leu Phe 115 120 125 Glu Leu Leu Asp Thr Val Phe Ala Ser Val Ala Val Glu Val Lys Gln 130 135 140 His Lys Met Lys Asp Asp Lys Thr Arg Gln Leu Leu Ser Lys Ser Leu 145 150 155 160 Ala Glu Glu Leu Asp Ile Arg Tyr Lys Gln Gln Leu Glu Arg Leu Lys 165 170 175 Glu Leu Lys Glu Gln Gly Lys Asn Ile Asp Leu Arg Asp Glu Ala Gly 180 185 190 Ile Arg Asn Gly Val Leu Asn Ala Ala Phe Asn His Leu Ile Tyr Lys 195 200 205 Glu Gly Glu Ile Ala Lys Pro Thr Leu Ser Tyr Ser Ser Phe Tyr Tyr 210 215 220 Gly Ala Asp Ser Ala Glu Asn Gly Ile Thr Ile Ser Gln Ser Gly Leu 225 230 235 240 Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Gly Lys Lys Glu Ile Glu Asp Leu 245 250 255 Lys Ser Arg Ile Arg Gly Phe Lys Ala Lys Ile Val Arg Asp Gly Glu 260 265 270 Glu Asn Ile Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His Trp Ile Phe Ser 275 280 285 Tyr Leu Ser Phe Lys Gly Met Lys Gln Arg Leu Ser Thr Asp Phe His 290 295 300 Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Ile Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 305 310 315 320 Asp Glu Val Tyr His Asp Phe Asp Thr Ala Thr Arg Glu Lys Phe Val 325 330 335 Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Ile Arg Glu Gly Asn Glu Asp Phe Ser Leu 340 345 350 Gly Asp Ser Thr Ile Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn 355 360 365 Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Val Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ile Lys Phe 370 375 380 Pro Ser Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Phe Val His Asp Arg 385 390 395 400 Arg Ile Lys Asp Ile His Gly Thr Gly Phe Gln Thr Glu Arg Val Val 405 410 415 Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Lys Leu Ser Glu Ile Ser Ser Leu 420 425 430 Lys Thr Glu Tyr Ile Glu Lys Glu Leu Asp Leu Asp Ser Asp Thr Gly 435 440 445 Trp Glu Ile Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Val Phe Ile Asp Asn Asn Ile 450 455 460 Pro Ile Tyr Ile Ser Thr Asn Lys Thr Phe Lys Asn Gly Ser Ser Glu 465 470 475 480 Phe Ile Lys Leu Arg Arg Lys Glu Lys Pro Glu Glu Met Lys Met Arg 485 490 495 Gly Glu Asp Lys Lys Glu Lys Arg Asp Ile Ala Ser Met Ile Gly Asn 500 505 510 Ala Gly Ser Leu Asn Ser Lys Thr Pro Leu Ala Met Leu Ser Leu Asn 515 520 525 Glu Met Pro Ala Leu Leu Tyr Glu Ile Leu Val Lys Lys Thr Thr Pro 530 535 540 Glu Glu Ile Glu Leu Ile Ile Lys Glu Lys Leu Asp Ser His Phe Glu 545 550 555 560 Asn Ile Lys Asn Tyr Asp Pro Glu Lys Pro Leu Pro Ala Ser Gln Ile 565 570 575 Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr Thr Asp Lys Gly Lys Lys Val Ile 580 585 590 Asn Pro Glu Lys Leu Ile His Leu Ile Asn Lys Glu Ile Asp Ala Thr 595 600 605 Glu Ala Lys Phe Ala Leu Leu Ala Lys Asn Arg Lys Glu Leu Lys Glu 610 615 620 Lys Phe Arg Gly Lys Pro Leu Arg Gln Thr Ile Phe Ser Asn Met Glu 625 630 635 640 Leu Gly Arg Glu Ala Thr Trp Leu Ala Asp Asp Ile Lys Arg Phe Met 645 650 655 Pro Asp Ile Leu Arg Lys Asn Trp Lys Gly Tyr Gln His Asn Gln Leu 660 665 670 Gln Gln Ser Leu Ala Phe Phe Asn Ser Arg Pro Lys Glu Ala Phe Thr 675 680 685 Ile Leu Gln Asp Gly Trp Asp Phe Ala Asp Gly Ser Ser Phe Trp Asn 690 695 700 Gly Trp Ile Ile Asn Ser Phe Val Lys Asn Arg Ser Phe Glu Tyr Phe 705 710 715 720 Tyr Glu Ala Tyr Phe Glu Gly Arg Lys Glu Tyr Phe Ser Ser Leu Ala 725 730 735 Glu Asn Ile Lys Gln His Thr Ser Asn His Arg Asn Leu Arg Arg Phe 740 745 750 Ile Asp Gln Gln Met Pro Lys Gly Leu Phe Glu Asn Arg His Tyr Leu 755 760 765 Leu Glu Asn Leu Glu Thr Glu Lys Asn Lys Ile Leu Ser Lys Pro Leu 770 775 780 Val Phe Pro Arg Gly Leu Phe Asp Thr Lys Pro Thr Phe Ile Lys Gly 785 790 795 800 Ile Lys Val Asp Glu Gln Pro Glu Leu Phe Ala Glu Trp Tyr Gln Tyr 805 810 815 Gly Tyr Ser Thr Glu His Val Phe Gln Asn Phe Tyr Gly Trp Glu Arg 820 825 830 Asp Tyr Asn Asp Leu Leu Glu Ser Glu Leu Glu Lys Asp Asn Asp Phe 835 840 845 Ser Lys Asn Ser Ile His Tyr Ser Arg Thr Ser Gln Leu Glu Leu Ile 850 855 860 Lys Leu Lys Gln Asp Leu Lys Ile Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Leu 865 870 875 880 Phe Leu Lys Leu Ile Ala Gly His Ile Phe Glu Asn Ile Phe Lys Tyr 885 890 895 Pro Ala Ser Phe Ser Leu Asp Glu Leu Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg 900 905 910 Leu Asn Lys Glu Gln Glu Ala Leu Ile Gln Ser Gln Arg Lys Glu Gly 915 920 925 Asp His Ser Asp Asn Ile Ile Lys Asp Asn Phe Ile Gly Ser Lys Thr 930 935 940 Val Thr Tyr Glu Ser Lys Gln Ile Ser Glu Pro Asn Val Lys Leu Lys 945 950 955 960 Asp Ile Gly Lys Phe Asn Arg Phe Leu Leu Asp Asp Lys Val Lys Thr 965 970 975 Leu Leu Ser Tyr Asn Glu Asp Lys Val Trp Asn Lys Asn Asp Leu Asp 980 985 990 Leu Glu Leu Ser Ile Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val Ile Arg Arg Glu 995 1000 1005 Lys Leu Phe Lys Lys Ile Gln Asn Phe Glu Leu Gln Thr Leu Thr 1010 1015 1020 Asp Trp Pro Trp Asn Gly Thr Asp His Pro Glu Glu Phe Gly Thr 1025 1030 1035 Thr Asp Asn Lys Gly Val Asn His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Val 1040 1045 1050 Val Asn Gly Ile Leu Arg Lys His Thr Asp Trp Phe Lys Glu Gly 1055 1060 1065 Glu Asp Asn Trp Leu Glu Asn Leu Asn Glu Thr His Phe Lys Asn 1070 1075 1080 Leu Ser Phe Gln Glu Leu Glu Thr Lys Ser Lys Ser Ile Gln Thr 1085 1090 1095 Ala Phe Leu Ile Ile Met Ile Arg Asn Gln Phe Ala His Asn Gln 1100 1105 1110 Leu Pro Ala Val Gln Phe Phe Glu Phe Ile Gln Lys Lys Tyr Pro 1115 1120 1125 Glu Ile Gln Gly Ser Thr Thr Ser Glu Leu Tyr Leu Asn Phe Ile 1130 1135 1140 Asn Leu Ala Val Val Glu Leu Leu Glu Leu Leu Glu Lys 1145 1150 1155 <210> 539 <211> 1157 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Myroides odoratimimus <400> 539 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Val Pro 1055 1060 1065 Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Ile Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala Gly Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 1145 1150 1155 <210> 540 <211> 1157 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Myroides odoratimimus <400> 540 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Ile Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Ile Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Gln Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ile Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Leu Pro 1055 1060 1065 Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Met Gln Leu Gly Gln Val Arg Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Pro Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1145 1150 1155 <210> 541 <211> 1157 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Myroides odoratimimus <400> 541 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Asn Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Thr Glu Glu Phe Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Tyr Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Asp Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Ala Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Met Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Val Pro 1055 1060 1065 Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Ile Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala Gly Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Thr Ser 1145 1150 1155 <210> 542 <211> 1157 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Myroides odoratimimus <400> 542 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Glu 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val Val Ala 225 230 235 240 Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser Asn Asp 245 250 255 Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Leu 260 265 270 Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala Asn Leu 275 280 285 Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser Ile Lys 290 295 300 Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg Gly Leu 305 310 315 320 Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr Leu Leu 325 330 335 Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val Tyr Gln 340 345 350 His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 355 360 365 Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu Ser Arg 370 375 380 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe Asn Tyr 385 390 395 400 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr Leu Arg 405 410 415 Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr Lys Gln 420 425 430 Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val Thr Val 435 440 445 Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr Phe His 450 455 460 Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp Thr Leu 465 470 475 480 Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu Gln His 485 490 495 Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val Lys Leu 500 505 510 Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala Arg Lys 515 520 525 Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys Tyr Asp 530 535 540 Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser Glu Lys 545 550 555 560 Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp 565 570 575 Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu Leu Lys 580 585 590 Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile Gly Lys 595 600 605 Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile Leu Lys 610 615 620 Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys Ile Thr 625 630 635 640 Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile Leu Glu 645 650 655 Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr Lys Phe 660 665 670 Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn Ala Glu 675 680 685 Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met 690 695 700 Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr Glu Leu 705 710 715 720 Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu Glu Leu 725 730 735 Ile Leu Ser Asp Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu Leu Ile 740 745 750 Asp Leu Val Arg Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn Lys Tyr 755 760 765 Leu Glu Ala Arg Leu Gly Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg Val Lys 770 775 780 Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu Cys Phe 785 790 795 800 Ala Phe Leu Lys Glu Ser Asn Tyr Thr Val Ala Ser Leu Asp Lys Gln 805 810 815 Ile Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly Phe Met 820 825 830 Asp Ser Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Gln Gln His Lys 835 840 845 Glu Asp Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser Asn Tyr 850 855 860 Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Ile Thr Glu Asp Lys 865 870 875 880 Arg Glu Gln Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln Lys Asn 885 890 895 Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu Val Leu 900 905 910 Lys Leu Pro Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr Gln Thr 915 920 925 Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr Gln Glu 930 935 940 Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln Leu Cys 945 950 955 960 Glu Gly Leu Val Arg Ile Asp Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn 965 970 975 Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu Thr Tyr 980 985 990 Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Gly Tyr Leu Ser Asn Glu Val Asp Ser 995 1000 1005 Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr Glu Ser 1010 1015 1020 Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile Glu Cys 1025 1030 1035 Ile Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys Gln Ser 1040 1045 1050 Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu Leu Pro 1055 1060 1065 Arg Gly Thr Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr Asp Val 1070 1075 1080 Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Met Gln Leu Gly Gln Val Arg Glu 1085 1090 1095 Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn Lys Phe 1100 1105 1110 Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe Cys Glu 1115 1120 1125 Asn Asn Tyr Arg Pro Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala Glu Tyr 1130 1135 1140 Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala Ser 1145 1150 1155 <210> 543 <211> 1159 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 543 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 225 230 235 240 Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 245 250 255 Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr 260 265 270 Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 275 280 285 Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 290 295 300 Ile Lys Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 305 310 315 320 Gly Leu Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 325 330 335 Leu Leu Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 340 345 350 Tyr Gln His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp 355 360 365 Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu 370 375 380 Ser Arg Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 385 390 395 400 Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr 405 410 415 Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 420 425 430 Lys Gln Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val 435 440 445 Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 450 455 460 Phe His Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 465 470 475 480 Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 485 490 495 Gln His Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val 500 505 510 Lys Leu Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala 515 520 525 Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 530 535 540 Tyr Asp Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 545 550 555 560 Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met 565 570 575 Asn Asp Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 580 585 590 Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile 595 600 605 Gly Lys Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile 610 615 620 Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 625 630 635 640 Ile Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile 645 650 655 Leu Glu Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 660 665 670 Lys Phe Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn 675 680 685 Ala Glu Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg 690 695 700 Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Thr 705 710 715 720 Glu Leu Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 725 730 735 Glu Leu Ile Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu 740 745 750 Leu Ile Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 755 760 765 Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg 770 775 780 Val Lys Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 785 790 795 800 Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 805 810 815 Lys Gln Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly 820 825 830 Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys Gln 835 840 845 His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 850 855 860 Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu 865 870 875 880 Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln 885 890 895 Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 900 905 910 Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 915 920 925 Gln Thr Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr 930 935 940 Gln Glu Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln 945 950 955 960 Leu Cys Asp Gly Leu Val His Ile Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp Ile 965 970 975 Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu 980 985 990 Thr Tyr Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 995 1000 1005 Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr 1010 1015 1020 Glu Ser Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile 1025 1030 1035 Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 1040 1045 1050 Gln Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu 1055 1060 1065 Leu Pro Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr 1070 1075 1080 Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala 1085 1090 1095 Gly Glu Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn 1100 1105 1110 Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe 1115 1120 1125 Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 1130 1135 1140 Glu Tyr Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala 1145 1150 1155 Asn <210> 544 <211> 1159 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Unknown <400> 544 Met Lys Asp Ile Leu Thr Thr Asp Thr Thr Glu Lys Gln Asn Arg Phe 1 5 10 15 Tyr Ser His Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Ser Asn Asn Ile Tyr Glu Val Phe Glu Glu Val Asn Lys Arg 35 40 45 Asn Thr Phe Gly Lys Leu Ala Lys Arg Asp Asn Gly Asn Leu Lys Asn 50 55 60 Tyr Ile Ile His Val Phe Lys Asp Glu Leu Ser Ile Ser Asp Phe Glu 65 70 75 80 Lys Arg Val Ala Ile Phe Ala Ser Tyr Phe Pro Ile Leu Glu Thr Val 85 90 95 Asp Lys Lys Ser Ile Lys Glu Arg Asn Arg Thr Ile Asp Leu Thr Leu 100 105 110 Ser Gln Arg Ile Arg Gln Phe Arg Glu Met Leu Ile Ser Leu Val Thr 115 120 125 Ala Val Asp Gln Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr His His Ser Asp 130 135 140 Ile Val Ile Glu Asn Lys Val Leu Asp Phe Leu Asn Ser Ser Phe Val 145 150 155 160 Ser Thr Ala Leu His Val Lys Asp Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr 165 170 175 Lys Glu Phe Leu Lys Glu Thr Ile Ala Ala Glu Leu Asp Ile Leu Ile 180 185 190 Glu Ala Tyr Lys Lys Lys Gln Ile Glu Lys Lys Asn Thr Arg Phe Lys 195 200 205 Ala Asn Lys Arg Glu Asp Ile Leu Asn Ala Ile Tyr Asn Glu Ala Phe 210 215 220 Trp Ser Phe Ile Asn Asp Lys Asp Lys Asp Lys Asp Lys Glu Thr Val 225 230 235 240 Val Ala Lys Gly Ala Asp Ala Tyr Phe Glu Lys Asn His His Lys Ser 245 250 255 Asn Asp Pro Asp Phe Ala Leu Asn Ile Ser Glu Lys Gly Ile Val Tyr 260 265 270 Leu Leu Ser Phe Phe Leu Thr Asn Lys Glu Met Asp Ser Leu Lys Ala 275 280 285 Asn Leu Thr Gly Phe Lys Gly Lys Val Asp Arg Glu Ser Gly Asn Ser 290 295 300 Ile Lys Tyr Met Ala Thr Gln Arg Ile Tyr Ser Phe His Thr Tyr Arg 305 310 315 320 Gly Leu Lys Gln Lys Ile Arg Thr Ser Glu Glu Gly Val Lys Glu Thr 325 330 335 Leu Leu Met Gln Met Ile Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asn Val Val 340 345 350 Tyr Gln His Leu Ser Thr Thr Gln Gln Asn Ser Phe Ile Glu Asp Trp 355 360 365 Asn Glu Tyr Tyr Lys Asp Tyr Glu Asp Asp Val Glu Thr Asp Asp Leu 370 375 380 Ser Arg Val Thr His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Arg Phe 385 390 395 400 Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Phe Asp Phe Pro Thr 405 410 415 Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asp Tyr Val His Asp Arg Arg Thr 420 425 430 Lys Gln Leu Gly Lys Val Glu Ser Asp Arg Ile Ile Lys Glu Lys Val 435 440 445 Thr Val Phe Ala Arg Leu Lys Asp Ile Asn Ser Ala Lys Ala Ser Tyr 450 455 460 Phe His Ser Leu Glu Glu Gln Asp Lys Glu Glu Leu Asp Asn Lys Trp 465 470 475 480 Thr Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu His Thr Leu 485 490 495 Gln His Gln Gly Glu Gln Lys Asn Ala Gly Lys Ile Gly Ile Tyr Val 500 505 510 Lys Leu Arg Asp Thr Gln Tyr Lys Glu Lys Ala Ala Leu Glu Glu Ala 515 520 525 Arg Lys Ser Leu Asn Pro Lys Glu Arg Ser Ala Thr Lys Ala Ser Lys 530 535 540 Tyr Asp Ile Ile Thr Gln Ile Ile Glu Ala Asn Asp Asn Val Lys Ser 545 550 555 560 Glu Lys Pro Leu Val Phe Thr Gly Gln Pro Ile Ala Tyr Leu Ser Met 565 570 575 Asn Asp Ile His Ser Met Leu Phe Ser Leu Leu Thr Asp Asn Ala Glu 580 585 590 Leu Lys Lys Thr Pro Glu Glu Val Glu Ala Lys Leu Ile Asp Gln Ile 595 600 605 Gly Lys Gln Ile Asn Glu Ile Leu Ser Lys Asp Thr Asp Thr Lys Ile 610 615 620 Leu Lys Lys Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Lys Glu Thr Asp Thr Asp Lys 625 630 635 640 Ile Thr Arg Asp Leu Ala Arg Asp Lys Glu Glu Ile Glu Lys Leu Ile 645 650 655 Leu Glu Gln Lys Gln Arg Ala Asp Asp Tyr Asn Tyr Thr Ser Ser Thr 660 665 670 Lys Phe Asn Ile Asp Lys Ser Arg Lys Arg Lys His Leu Leu Phe Asn 675 680 685 Ala Glu Lys Gly Lys Ile Gly Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg 690 695 700 Phe Met Phe Lys Glu Ser Lys Ser Lys Trp Lys Gly Tyr Gln His Ile 705 710 715 720 Glu Leu Gln Lys Leu Phe Ala Tyr Phe Asp Thr Ser Lys Ser Asp Leu 725 730 735 Glu Leu Ile Leu Ser Asn Met Val Met Val Lys Asp Tyr Pro Ile Glu 740 745 750 Leu Ile Asp Leu Val Lys Lys Ser Arg Thr Leu Val Asp Phe Leu Asn 755 760 765 Lys Tyr Leu Glu Ala Arg Leu Glu Tyr Ile Glu Asn Val Ile Thr Arg 770 775 780 Val Lys Asn Ser Ile Gly Thr Pro Gln Phe Lys Thr Val Arg Lys Glu 785 790 795 800 Cys Phe Thr Phe Leu Lys Lys Ser Asn Tyr Thr Val Val Ser Leu Asp 805 810 815 Lys Gln Val Glu Arg Ile Leu Ser Met Pro Leu Phe Ile Glu Arg Gly 820 825 830 Phe Met Asp Asp Lys Pro Thr Met Leu Glu Gly Lys Ser Tyr Lys Gln 835 840 845 His Lys Glu Lys Phe Ala Asp Trp Phe Val His Tyr Lys Glu Asn Ser 850 855 860 Asn Tyr Gln Asn Phe Tyr Asp Thr Glu Val Tyr Glu Ile Thr Thr Glu 865 870 875 880 Asp Lys Arg Glu Lys Ala Lys Val Thr Lys Lys Ile Lys Gln Gln Gln 885 890 895 Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Met Met Val Asn Tyr Met Leu Glu Glu 900 905 910 Val Leu Lys Leu Ser Ser Asn Asp Arg Leu Ser Leu Asn Glu Leu Tyr 915 920 925 Gln Thr Lys Glu Glu Arg Ile Val Asn Lys Gln Val Ala Lys Asp Thr 930 935 940 Gln Glu Arg Asn Lys Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Val Val Asp Leu Gln 945 950 955 960 Leu Cys Asp Gly Leu Val His Ile Asp Asn Val Lys Leu Lys Asp Ile 965 970 975 Gly Asn Phe Arg Lys Tyr Glu Asn Asp Ser Arg Val Lys Glu Phe Leu 980 985 990 Thr Tyr Gln Ser Asp Ile Val Trp Ser Ala Tyr Leu Ser Asn Glu Val 995 1000 1005 Asp Ser Asn Lys Leu Tyr Val Ile Glu Arg Gln Leu Asp Asn Tyr 1010 1015 1020 Glu Ser Ile Arg Ser Lys Glu Leu Leu Lys Glu Val Gln Glu Ile 1025 1030 1035 Glu Cys Ser Val Tyr Asn Gln Val Ala Asn Lys Glu Ser Leu Lys 1040 1045 1050 Gln Ser Gly Asn Glu Asn Phe Lys Gln Tyr Val Leu Gln Gly Leu 1055 1060 1065 Leu Pro Ile Gly Met Asp Val Arg Glu Met Leu Ile Leu Ser Thr 1070 1075 1080 Asp Val Lys Phe Lys Lys Glu Glu Ile Ile Gln Leu Gly Gln Ala 1085 1090 1095 Gly Glu Val Glu Gln Asp Leu Tyr Ser Leu Ile Tyr Ile Arg Asn 1100 1105 1110 Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Ile Lys Glu Phe Phe Asp Phe 1115 1120 1125 Cys Glu Asn Asn Tyr Arg Ser Ile Ser Asp Asn Glu Tyr Tyr Ala 1130 1135 1140 Glu Tyr Tyr Met Glu Ile Phe Arg Ser Ile Lys Glu Lys Tyr Ala 1145 1150 1155 Asn <210> 545 <211> 1161 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroidetes bacterium GWA2_31_9 <400> 545 Met Glu Asn Gln Thr Gln Lys Gly Lys Gly Ile Tyr Tyr Tyr Tyr Thr 1 5 10 15 Lys Asn Glu Asp Lys His Tyr Phe Gly Ser Phe Leu Asn Leu Ala Asn 20 25 30 Asn Asn Ile Glu Gln Ile Ile Glu Glu Phe Arg Ile Arg Leu Ser Leu 35 40 45 Lys Asp Glu Lys Asn Ile Lys Glu Ile Ile Asn Asn Tyr Phe Thr Asp 50 55 60 Lys Lys Ser Tyr Thr Asp Trp Glu Arg Gly Ile Asn Ile Leu Lys Glu 65 70 75 80 Tyr Leu Pro Val Ile Asp Tyr Leu Asp Leu Ala Ile Thr Asp Lys Glu 85 90 95 Phe Glu Lys Ile Asp Leu Lys Gln Lys Glu Thr Ala Lys Arg Lys Tyr 100 105 110 Phe Arg Thr Asn Phe Ser Leu Leu Ile Asp Thr Ile Ile Asp Leu Arg 115 120 125 Asn Phe Tyr Thr His Tyr Phe His Lys Pro Ile Ser Ile Asn Pro Asp 130 135 140 Val Ala Lys Phe Leu Asp Lys Asn Leu Leu Asn Val Cys Leu Asp Ile 145 150 155 160 Lys Lys Gln Lys Met Lys Thr Asp Lys Thr Lys Gln Ala Leu Lys Asp 165 170 175 Gly Leu Asp Lys Glu Leu Lys Lys Leu Ile Glu Leu Lys Lys Ala Glu 180 185 190 Leu Lys Glu Lys Lys Ile Lys Thr Trp Asn Ile Thr Glu Asn Val Glu 195 200 205 Gly Ala Val Tyr Asn Asp Ala Phe Asn His Met Val Tyr Lys Asn Asn 210 215 220 Ala Gly Val Thr Ile Leu Lys Asp Tyr His Lys Ser Ile Leu Pro Asp 225 230 235 240 Asp Lys Ile Asp Ser Glu Leu Lys Leu Asn Phe Ser Ile Ser Gly Leu 245 250 255 Val Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Ser Lys Lys Glu Ile Glu Gln Phe 260 265 270 Lys Ser Asn Leu Glu Gly Phe Lys Gly Lys Val Ile Gly Glu Asn Gly 275 280 285 Glu Tyr Glu Ile Ser Lys Phe Asn Asn Ser Leu Lys Tyr Met Ala Thr 290 295 300 His Trp Ile Phe Ser Tyr Leu Thr Phe Lys Gly Leu Lys Gln Arg Val 305 310 315 320 Lys Asn Thr Phe Asp Lys Glu Thr Leu Leu Met Gln Met Ile Asp Glu 325 330 335 Leu Asn Lys Val Pro His Glu Val Tyr Gln Thr Leu Ser Lys Glu Gln 340 345 350 Gln Asn Glu Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Val Gln Asp Asn Glu 355 360 365 Glu Asn Lys Lys Ser Met Glu Asn Ser Ile Val Val His Pro Val Ile 370 375 380 Arg Lys Arg Tyr Asp Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu 385 390 395 400 Asp Glu Phe Ala Asn Phe Pro Thr Leu Lys Phe Phe Val Thr Ala Gly 405 410 415 Asn Phe Val His Asp Lys Arg Glu Lys Gln Ile Gln Gly Ser Met Leu 420 425 430 Thr Ser Asp Arg Met Ile Lys Glu Lys Ile Asn Val Phe Gly Lys Leu 435 440 445 Thr Glu Ile Ala Lys Tyr Lys Ser Asp Tyr Phe Ser Asn Glu Asn Thr 450 455 460 Leu Glu Thr Ser Glu Trp Glu Leu Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Leu Leu 465 470 475 480 Ile Gln Asn Asn Ile Pro Val His Ile Asp Leu Ile His Asn Thr Glu 485 490 495 Glu Ala Lys Gln Cys Gln Ile Ala Ile Asp Arg Ile Lys Cys Thr Thr 500 505 510 Asn Pro Ala Lys Lys Arg Asn Thr Arg Lys Ser Lys Glu Glu Ile Ile 515 520 525 Lys Ile Ile Tyr Gln Lys Asn Lys Asn Ile Lys Tyr Gly Asp Pro Thr 530 535 540 Ala Leu Leu Ser Ser Asn Glu Leu Pro Ala Leu Ile Tyr Glu Leu Leu 545 550 555 560 Val Asn Lys Lys Ser Gly Lys Glu Leu Glu Asn Ile Ile Val Glu Lys 565 570 575 Ile Val Asn Gln Tyr Lys Thr Ile Ala Gly Phe Glu Lys Gly Gln Asn 580 585 590 Leu Ser Asn Ser Leu Ile Thr Lys Lys Leu Lys Lys Ser Glu Pro Asn 595 600 605 Glu Asp Lys Ile Asn Ala Glu Lys Ile Ile Leu Ala Ile Asn Arg Glu 610 615 620 Leu Glu Ile Thr Glu Asn Lys Leu Asn Ile Ile Lys Asn Asn Arg Ala 625 630 635 640 Glu Phe Arg Thr Gly Ala Lys Arg Lys His Ile Phe Tyr Ser Lys Glu 645 650 655 Leu Gly Gln Glu Ala Thr Trp Ile Ala Tyr Asp Leu Lys Arg Phe Met 660 665 670 Pro Glu Ala Ser Arg Lys Glu Trp Lys Gly Phe His His Ser Glu Leu 675 680 685 Gln Lys Phe Leu Ala Phe Tyr Asp Arg Asn Lys Asn Asp Ala Lys Ala 690 695 700 Leu Leu Asn Met Phe Trp Asn Phe Asp Asn Asp Gln Leu Ile Gly Asn 705 710 715 720 Asp Leu Asn Ser Ala Phe Arg Glu Phe His Phe Asp Lys Phe Tyr Glu 725 730 735 Lys Tyr Leu Ile Lys Arg Asp Glu Ile Leu Glu Gly Phe Lys Ser Phe 740 745 750 Ile Ser Asn Phe Lys Asp Glu Pro Lys Leu Leu Lys Lys Gly Ile Lys 755 760 765 Asp Ile Tyr Arg Val Phe Asp Lys Arg Tyr Tyr Ile Ile Lys Ser Thr 770 775 780 Asn Ala Gln Lys Glu Gln Leu Leu Ser Lys Pro Ile Cys Leu Pro Arg 785 790 795 800 Gly Ile Phe Asp Asn Lys Pro Thr Tyr Ile Glu Gly Val Lys Val Glu 805 810 815 Ser Asn Ser Ala Leu Phe Ala Asp Trp Tyr Gln Tyr Thr Tyr Ser Asp 820 825 830 Lys His Glu Phe Gln Ser Phe Tyr Asp Met Pro Arg Asp Tyr Lys Glu 835 840 845 Gln Phe Glu Lys Phe Glu Leu Asn Asn Ile Lys Ser Ile Gln Asn Lys 850 855 860 Lys Asn Leu Asn Lys Ser Asp Lys Phe Ile Tyr Phe Arg Tyr Lys Gln 865 870 875 880 Asp Leu Lys Ile Lys Gln Ile Lys Ser Gln Asp Leu Phe Ile Lys Leu 885 890 895 Met Val Asp Glu Leu Phe Asn Val Val Phe Lys Asn Asn Ile Glu Leu 900 905 910 Asn Leu Lys Lys Leu Tyr Gln Thr Ser Asp Glu Arg Phe Lys Asn Gln 915 920 925 Leu Ile Ala Asp Val Gln Lys Asn Arg Glu Lys Gly Asp Thr Ser Asp 930 935 940 Asn Lys Met Asn Glu Asn Phe Ile Trp Asn Met Thr Ile Pro Leu Ser 945 950 955 960 Leu Cys Asn Gly Gln Ile Glu Glu Pro Lys Val Lys Leu Lys Asp Ile 965 970 975 Gly Lys Phe Arg Lys Leu Glu Thr Asp Asp Lys Val Ile Gln Leu Leu 980 985 990 Glu Tyr Asp Lys Ser Lys Val Trp Lys Lys Leu Glu Ile Glu Asp Glu 995 1000 1005 Leu Glu Asn Met Pro Asn Ser Tyr Glu Arg Ile Arg Arg Glu Lys 1010 1015 1020 Leu Leu Lys Gly Ile Gln Glu Phe Glu His Phe Leu Leu Glu Lys 1025 1030 1035 Glu Lys Phe Asp Gly Ile Asn His Pro Lys His Phe Glu Gln Asp 1040 1045 1050 Leu Asn Pro Asn Phe Lys Thr Tyr Val Ile Asn Gly Val Leu Arg 1055 1060 1065 Lys Asn Ser Lys Leu Asn Tyr Thr Glu Ile Asp Lys Leu Leu Asp 1070 1075 1080 Leu Glu His Ile Ser Ile Lys Asp Ile Glu Thr Ser Ala Lys Glu 1085 1090 1095 Ile His Leu Ala Tyr Phe Leu Ile His Val Arg Asn Lys Phe Gly 1100 1105 1110 His Asn Gln Leu Pro Lys Leu Glu Ala Phe Glu Leu Met Lys Lys 1115 1120 1125 Tyr Tyr Lys Lys Asn Asn Glu Glu Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe His 1130 1135 1140 Lys Val Ser Ser Gln Ile Val Asn Glu Phe Lys Asn Ser Leu Glu 1145 1150 1155 Lys His Ser 1160 <210> 546 <211> 1165 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Chryseobacterium jejuense <400> 546 Met Glu Lys Thr Gln Thr Gly Leu Gly Ile Tyr Tyr Asp His Thr Lys 1 5 10 15 Leu Gln Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Phe Asn Leu Ala Gln Asn 20 25 30 Asn Ile Asp Asn Val Ile Lys Ala Phe Ile Ile Lys Phe Phe Pro Glu 35 40 45 Arg Lys Asp Lys Asp Ile Asn Ile Ala Gln Phe Leu Asp Ile Cys Phe 50 55 60 Lys Asp Asn Asp Ala Asp Ser Asp Phe Gln Lys Lys Asn Lys Phe Leu 65 70 75 80 Arg Ile His Phe Pro Val Ile Gly Phe Leu Thr Ser Asp Asn Asp Lys 85 90 95 Ala Gly Phe Lys Lys Lys Phe Ala Leu Leu Leu Lys Thr Ile Ser Glu 100 105 110 Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Tyr Tyr His Lys Ser Ile Glu Phe Pro 115 120 125 Ser Glu Leu Phe Glu Leu Leu Asp Asp Ile Phe Val Lys Thr Thr Ser 130 135 140 Glu Ile Lys Lys Leu Lys Lys Lys Asp Asp Lys Thr Gln Gln Leu Leu 145 150 155 160 Asn Lys Asn Leu Ser Glu Glu Tyr Asp Ile Arg Tyr Gln Gln Gln Ile 165 170 175 Glu Arg Leu Lys Glu Leu Lys Ala Gln Gly Lys Arg Val Ser Leu Thr 180 185 190 Asp Glu Thr Ala Ile Arg Asn Gly Val Phe Asn Ala Ala Phe Asn His 195 200 205 Leu Ile Tyr Arg Asp Gly Glu Asn Val Lys Pro Ser Arg Leu Tyr Gln 210 215 220 Ser Ser Tyr Ser Glu Pro Asp Pro Ala Glu Asn Gly Ile Ser Leu Ser 225 230 235 240 Gln Asn Ser Ile Leu Phe Leu Leu Ser Met Phe Leu Glu Arg Lys Glu 245 250 255 Thr Glu Asp Leu Lys Ser Arg Val Lys Gly Phe Lys Ala Lys Ile Ile 260 265 270 Lys Gln Gly Glu Glu Gln Ile Ser Gly Leu Lys Phe Met Ala Thr His 275 280 285 Trp Val Phe Ser Tyr Leu Cys Phe Lys Gly Ile Lys Gln Lys Leu Ser 290 295 300 Thr Glu Phe His Glu Glu Thr Leu Leu Ile Gln Ile Ile Asp Glu Leu 305 310 315 320 Ser Lys Val Pro Asp Glu Val Tyr Ser Ala Phe Asp Ser Lys Thr Lys 325 330 335 Glu Lys Phe Leu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Lys Glu Gly Asn Ala 340 345 350 Asp Leu Ser Leu Glu Asp Ser Lys Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys 355 360 365 Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu 370 375 380 Tyr Leu Ser Ser Thr Ser Leu Lys Phe Gln Val His Val Gly Asn Tyr 385 390 395 400 Val His Asp Arg Arg Val Lys His Ile Asn Gly Thr Gly Phe Gln Thr 405 410 415 Glu Arg Ile Val Lys Asp Arg Ile Lys Val Phe Gly Arg Leu Ser Asn 420 425 430 Ile Ser Asn Leu Lys Ala Asp Tyr Ile Lys Glu Gln Leu Glu Leu Pro 435 440 445 Asn Asp Ser Asn Gly Trp Glu Ile Phe Pro Asn Pro Ser Tyr Ile Phe 450 455 460 Ile Asp Asn Asn Val Pro Ile His Val Leu Ala Asp Glu Ala Thr Lys 465 470 475 480 Lys Gly Ile Glu Leu Phe Lys Asp Lys Arg Arg Lys Glu Gln Pro Glu 485 490 495 Glu Leu Gln Lys Arg Lys Gly Lys Ile Ser Lys Tyr Asn Ile Val Ser 500 505 510 Met Ile Tyr Lys Glu Ala Lys Gly Lys Asp Lys Leu Arg Ile Asp Glu 515 520 525 Pro Leu Ala Leu Leu Ser Leu Asn Glu Ile Pro Ala Leu Leu Tyr Gln 530 535 540 Ile Leu Glu Lys Gly Ala Thr Pro Lys Asp Ile Glu Leu Ile Ile Lys 545 550 555 560 Asn Lys Leu Thr Glu Arg Phe Glu Lys Ile Lys Asn Tyr Asp Pro Glu 565 570 575 Thr Pro Ala Pro Ala Ser Gln Ile Ser Lys Arg Leu Arg Asn Asn Thr 580 585 590 Thr Ala Lys Gly Gln Glu Ala Leu Asn Ala Glu Lys Leu Ser Leu Leu 595 600 605 Ile Glu Arg Glu Ile Glu Asn Thr Glu Thr Lys Leu Ser Ser Ile Glu 610 615 620 Glu Lys Arg Leu Lys Ala Lys Lys Glu Gln Arg Arg Asn Thr Pro Gln 625 630 635 640 Arg Ser Ile Phe Ser Asn Ser Asp Leu Gly Arg Ile Ala Ala Trp Leu 645 650 655 Ala Asp Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Ala Glu Gln Arg Lys Asn Trp 660 665 670 Lys Gly Tyr Gln His Ser Gln Leu Gln Gln Ser Leu Ala Tyr Phe Glu 675 680 685 Lys Arg Pro Gln Glu Ala Phe Leu Leu Leu Lys Glu Gly Trp Asp Thr 690 695 700 Ser Asp Gly Ser Ser Tyr Trp Asn Asn Trp Val Met Asn Ser Phe Leu 705 710 715 720 Glu Asn Asn His Phe Glu Lys Phe Tyr Lys Asn Tyr Leu Met Lys Arg 725 730 735 Val Lys Tyr Phe Ser Glu Leu Ala Gly Asn Ile Lys Gln His Thr His 740 745 750 Asn Thr Lys Phe Leu Arg Lys Phe Ile Lys Gln Gln Met Pro Ala Asp 755 760 765 Leu Phe Pro Lys Arg His Tyr Ile Leu Lys Asp Leu Glu Thr Glu Lys 770 775 780 Asn Lys Val Leu Ser Lys Pro Leu Val Phe Ser Arg Gly Leu Phe Asp 785 790 795 800 Asn Asn Pro Thr Phe Ile Lys Gly Val Lys Val Thr Glu Asn Pro Glu 805 810 815 Leu Phe Ala Glu Trp Tyr Ser Tyr Gly Tyr Lys Thr Glu His Val Phe 820 825 830 Gln His Phe Tyr Gly Trp Glu Arg Asp Tyr Asn Glu Leu Leu Asp Ser 835 840 845 Glu Leu Gln Lys Gly Asn Ser Phe Ala Lys Asn Ser Ile Tyr Tyr Asn 850 855 860 Arg Glu Ser Gln Leu Asp Leu Ile Lys Leu Lys Gln Asp Leu Lys Ile 865 870 875 880 Lys Lys Ile Lys Ile Gln Asp Leu Phe Leu Lys Arg Ile Ala Glu Lys 885 890 895 Leu Phe Glu Asn Val Phe Asn Tyr Pro Thr Thr Leu Ser Leu Asp Glu 900 905 910 Phe Tyr Leu Thr Gln Glu Glu Arg Ala Glu Lys Glu Arg Ile Ala Leu 915 920 925 Ala Gln Ser Leu Arg Glu Glu Gly Asp Asn Ser Pro Asn Ile Ile Lys 930 935 940 Asp Asp Phe Ile Trp Ser Lys Thr Ile Ala Phe Arg Ser Lys Gln Ile 945 950 955 960 Tyr Glu Pro Ala Ile Lys Leu Lys Asp Ile Gly Lys Phe Asn Arg Phe 965 970 975 Val Leu Asp Asp Glu Glu Ser Lys Ala Ser Lys Leu Leu Ser Tyr Asp 980 985 990 Lys Asn Lys Ile Trp Asn Lys Glu Gln Leu Glu Arg Glu Leu Ser Ile 995 1000 1005 Gly Glu Asn Ser Tyr Glu Val Ile Arg Arg Glu Lys Leu Phe Lys 1010 1015 1020 Glu Ile Gln Asn Leu Glu Leu Gln Ile Leu Ser Asn Trp Ser Trp 1025 1030 1035 Asp Gly Ile Asn His Pro Arg Glu Phe Glu Met Glu Asp Gln Lys 1040 1045 1050 Asn Thr Arg His Pro Asn Phe Lys Met Tyr Leu Val Asn Gly Ile 1055 1060 1065 Leu Arg Lys Asn Ile Asn Leu Tyr Lys Glu Asp Glu Asp Phe Trp 1070 1075 1080 Leu Glu Ser Leu Lys Glu Asn Asp Phe Lys Thr Leu Pro Ser Glu 1085 1090 1095 Val Leu Glu Thr Lys Ser Glu Met Val Gln Leu Leu Phe Leu Val 1100 1105 1110 Ile Leu Ile Arg Asn Gln Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Glu Ile 1115 1120 1125 Gln Phe Tyr Asn Phe Ile Arg Lys Asn Tyr Pro Glu Ile Gln Asn 1130 1135 1140 Asn Thr Val Ala Glu Leu Tyr Leu Asn Leu Ile Lys Leu Ala Val 1145 1150 1155 Gln Lys Leu Lys Asp Asn Ser 1160 1165 <210> 547 <211> 1174 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 547 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Gly Pro Tyr Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Leu Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Cys Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Thr Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Thr Ile Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Lys 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Asp Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Met Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Lys Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asn Thr 995 1000 1005 Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg 1010 1015 1020 Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu Ala 1025 1030 1035 Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu 1040 1045 1050 Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr Leu 1055 1060 1065 Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro Asp 1070 1075 1080 Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu Leu 1085 1090 1095 Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile Ala 1100 1105 1110 Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Glu 1115 1120 1125 Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro Asp 1130 1135 1140 Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu Ser 1145 1150 1155 Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile Gln 1160 1165 1170 Ala <210> 548 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 548 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Ile Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Ser Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly His Asp Glu Val Ala Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser Tyr Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Arg Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 549 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Unknown <400> 549 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Gly Ile Leu Ser Gln Glu Arg Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Cys Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Asp Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Lys Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Ser Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 550 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis JCVISC001 <400> 550 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln Leu Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Gly Glu Ile Asp Thr Leu Asp 530 535 540 Arg Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val His Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Thr Leu Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 551 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 551 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln Leu Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Val Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu Gln Arg Glu Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Thr Ile Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 552 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 552 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Ser Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asn Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Asp Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 553 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 553 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Ser Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Val 1175 <210> 554 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 554 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Ser Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Leu Lys 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Lys Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Met Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Arg Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Lys Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Val 1175 <210> 555 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gulae <400> 555 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Glu Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Leu Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln Leu Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Ala 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Glu Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Ser Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Val Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Trp Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu Gln Arg Glu Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Thr Ile Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Leu 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Leu Ala Lys Glu Met Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 556 <211> 1175 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Porphyromonas gingivalis <400> 556 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Lys Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Met Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Cys Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Lys Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Ala 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Cys Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Phe Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Lys His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Leu Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser His Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Asn Ala Ser Arg Glu Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Gln Asp Leu Ser Leu Trp Glu Thr 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Lys Ala Asp Lys Ile Asn Ile Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Lys Glu His Pro Tyr Leu Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr 945 950 955 960 Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn His Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Ala Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala Phe Glu Gln Thr 1055 1060 1065 Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Arg Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Ala Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 557 <211> 1179 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Flavobacterium columnare <400> 557 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Ile Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Glu Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Ile Lys Thr Ile Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Ile Gln Lys Glu Leu Thr 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Arg Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Leu Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Phe Lys Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Ile Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Arg Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Glu Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Gln Ile Leu Glu 1040 1045 1050 Glu Tyr Thr Asp Phe Leu Ser Thr Gln Ile His Pro Ala Asp Phe 1055 1060 1065 Glu Arg Glu Gly Asn Pro Asn Phe Lys Lys Tyr Leu Ala His Ser 1070 1075 1080 Ile Leu Glu Asn Glu Asp Asp Leu Asp Lys Leu Pro Glu Lys Val 1085 1090 1095 Glu Ala Met Arg Glu Leu Asp Glu Thr Ile Thr Asn Pro Ile Ile 1100 1105 1110 Lys Lys Ala Ile Val Leu Ile Ile Ile Arg Asn Lys Met Ala His 1115 1120 1125 Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp Leu Ala Asn Arg Phe 1130 1135 1140 Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn Arg 1145 1150 1155 Val Phe Glu Thr Ile Thr Lys Glu Leu Trp Glu Asn Lys Glu Lys 1160 1165 1170 Lys Asp Lys Thr Gln Val 1175 <210> 558 <211> 1199 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Capnocytophaga canimorsus <400> 558 Met Lys Asn Ile Gln Arg Leu Gly Lys Gly Asn Glu Phe Ser Pro Phe 1 5 10 15 Lys Lys Glu Asp Lys Phe Tyr Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Asn 20 25 30 Asn Asn Ile Glu Asp Phe Phe Lys Glu Ile Ile Thr Arg Phe Gly Ile 35 40 45 Val Ile Thr Asp Glu Asn Lys Lys Pro Lys Glu Thr Phe Gly Glu Lys 50 55 60 Ile Leu Asn Glu Ile Phe Lys Lys Asp Ile Ser Ile Val Asp Tyr Glu 65 70 75 80 Lys Trp Val Asn Ile Phe Ala Asp Tyr Phe Pro Phe Thr Lys Tyr Leu 85 90 95 Ser Leu Tyr Leu Glu Glu Met Gln Phe Lys Asn Arg Val Ile Cys Phe 100 105 110 Arg Asp Val Met Lys Glu Leu Leu Lys Thr Val Glu Ala Leu Arg Asn 115 120 125 Phe Tyr Thr His Tyr Asp His Glu Pro Ile Lys Ile Glu Asp Arg Val 130 135 140 Phe Tyr Phe Leu Asp Lys Val Leu Leu Asp Val Ser Leu Thr Val Lys 145 150 155 160 Asn Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu Phe Leu Asn Gln His 165 170 175 Ile Gly Glu Glu Leu Lys Glu Leu Cys Lys Gln Arg Lys Asp Tyr Leu 180 185 190 Val Gly Lys Gly Lys Arg Ile Asp Lys Glu Ser Glu Ile Ile Asn Gly 195 200 205 Ile Tyr Asn Asn Ala Phe Lys Asp Phe Ile Cys Lys Arg Glu Lys Gln 210 215 220 Asp Asp Lys Glu Asn His Asn Ser Val Glu Lys Ile Leu Cys Asn Lys 225 230 235 240 Glu Pro Gln Asn Lys Lys Gln Lys Ser Ser Ala Thr Val Trp Glu Leu 245 250 255 Cys Ser Lys Ser Ser Ser Lys Tyr Thr Glu Lys Ser Phe Pro Asn Arg 260 265 270 Glu Asn Asp Lys His Cys Leu Glu Val Pro Ile Ser Gln Lys Gly Ile 275 280 285 Val Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Gly Glu Ile Tyr Ala Leu 290 295 300 Thr Ser Asn Ile Lys Gly Phe Lys Ala Lys Ile Thr Lys Glu Glu Pro 305 310 315 320 Val Thr Tyr Asp Lys Asn Ser Ile Arg Tyr Met Ala Thr His Arg Met 325 330 335 Phe Ser Phe Leu Ala Tyr Lys Gly Leu Lys Arg Lys Ile Arg Thr Ser 340 345 350 Glu Ile Asn Tyr Asn Glu Asp Gly Gln Ala Ser Ser Thr Tyr Glu Lys 355 360 365 Glu Thr Leu Met Leu Gln Met Leu Asp Glu Leu Asn Lys Val Pro Asp 370 375 380 Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile Glu 385 390 395 400 Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met 405 410 415 Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp 420 425 430 Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln Phe 435 440 445 Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu Cys Asp Lys 450 455 460 Arg Thr Lys Gln Ile Cys Asp Thr Thr Thr Glu Arg Glu Val Lys Lys 465 470 475 480 Lys Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu Asn Lys Lys Ala 485 490 495 Ile Phe Leu Asn Glu Arg Glu Glu Ile Lys Gly Trp Glu Val Phe Pro 500 505 510 Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val Asn Tyr Lys 515 520 525 Asp Phe Pro Ile Val Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys Gln Pro Val 530 535 540 Ser Asn Lys Ile Gly Ile Arg Val Lys Ile Ala Asp Glu Leu Gln Arg 545 550 555 560 Glu Ile Asp Lys Ala Ile Lys Glu Lys Lys Leu Arg Asn Pro Lys Asn 565 570 575 Arg Lys Ala Asn Gln Asp Glu Lys Gln Lys Glu Arg Leu Val Asn Glu 580 585 590 Ile Val Ser Thr Asn Ser Asn Glu Gln Gly Glu Pro Val Val Phe Ile 595 600 605 Gly Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Val Leu 610 615 620 Tyr Glu Phe Leu Ile Asn Lys Ile Ser Gly Glu Ala Leu Glu Thr Lys 625 630 635 640 Ile Val Glu Lys Ile Glu Thr Gln Ile Lys Gln Ile Ile Gly Lys Asp 645 650 655 Ala Thr Thr Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Thr Asn Ala Asn Ser Asn Ser 660 665 670 Ile Asn Arg Glu Lys Leu Leu Arg Asp Leu Glu Gln Glu Gln Gln Ile 675 680 685 Leu Lys Thr Leu Leu Glu Glu Gln Gln Gln Arg Glu Lys Asp Lys Lys 690 695 700 Asp Lys Lys Ser Lys Arg Lys His Glu Leu Tyr Pro Ser Glu Lys Gly 705 710 715 720 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Lys 725 730 735 Ala Phe Lys Glu Gln Trp Arg Gly Tyr His His Ser Leu Leu Gln Lys 740 745 750 Tyr Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Ser Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 755 760 765 Pro Lys Glu Val Phe Lys His Phe Pro Phe Lys Leu Lys Gly Tyr Phe 770 775 780 Gln Gln Gln Tyr Leu Asn Gln Phe Tyr Thr Asp Tyr Leu Lys Arg Arg 785 790 795 800 Leu Ser Tyr Val Asn Glu Leu Leu Leu Asn Ile Gln Asn Phe Lys Asn 805 810 815 Asp Lys Asp Ala Leu Lys Ala Thr Glu Lys Glu Cys Phe Lys Phe Phe 820 825 830 Arg Lys Gln Asn Tyr Ile Ile Asn Pro Ile Asn Ile Gln Ile Gln Ser 835 840 845 Ile Leu Val Tyr Pro Ile Phe Leu Lys Arg Gly Phe Leu Asp Glu Lys 850 855 860 Pro Thr Met Ile Asp Arg Glu Lys Phe Lys Glu Asn Lys Asp Thr Glu 865 870 875 880 Leu Ala Asp Trp Phe Met His Tyr Lys Asn Tyr Lys Glu Asp Asn Tyr 885 890 895 Gln Lys Phe Tyr Ala Tyr Pro Leu Glu Lys Val Glu Glu Lys Glu Lys 900 905 910 Phe Lys Arg Asn Lys Gln Ile Asn Lys Gln Lys Lys Asn Asp Val Tyr 915 920 925 Thr Leu Met Met Val Glu Tyr Ile Ile Gln Lys Ile Phe Gly Asp Lys 930 935 940 Phe Val Glu Glu Asn Pro Leu Val Leu Lys Gly Ile Phe Gln Ser Lys 945 950 955 960 Ala Glu Arg Gln Gln Asn Asn Thr His Ala Ala Thr Thr Gln Glu Arg 965 970 975 Asn Leu Asn Gly Ile Leu Asn Gln Pro Lys Asp Ile Lys Ile Gln Gly 980 985 990 Lys Ile Thr Val Lys Gly Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn Phe Arg 995 1000 1005 Lys Tyr Glu Ile Asp Gln Arg Val Asn Thr Phe Leu Asp Tyr Glu 1010 1015 1020 Pro Arg Lys Glu Trp Met Ala Tyr Leu Pro Asn Asp Trp Lys Glu 1025 1030 1035 Lys Glu Lys Gln Gly Gln Leu Pro Pro Asn Asn Val Ile Asp Arg 1040 1045 1050 Gln Ile Ser Lys Tyr Glu Thr Val Arg Ser Lys Ile Leu Leu Lys 1055 1060 1065 Asp Val Gln Glu Leu Glu Lys Ile Ile Ser Asp Glu Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Glu His Arg His Asp Leu Lys Gln Gly Lys Tyr Tyr Asn Phe Lys 1085 1090 1095 Tyr Tyr Ile Leu Asn Gly Leu Leu Arg Gln Leu Lys Asn Glu Asn 1100 1105 1110 Val Glu Asn Tyr Lys Val Phe Lys Leu Asn Thr Asn Pro Glu Lys 1115 1120 1125 Val Asn Ile Thr Gln Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln 1130 1135 1140 Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn 1145 1150 1155 Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr 1160 1165 1170 Gly Lys Ile Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu 1175 1180 1185 Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1190 1195 <210> 559 <211> 1213 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Flavobacterium columnare <400> 559 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Val Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Phe Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Ile Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Glu Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Thr Lys Thr Ile Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu Gln Lys Glu Leu Thr 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Gln His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Gly Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Lys Ile Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Lys Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Gln Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 1055 1060 1065 Glu Ile Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1070 1075 1080 Tyr Ile Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu Ile Ile Asn 1085 1090 1095 Leu Glu Asn Ile Asp Ile Glu Ile Leu Ile Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1100 1105 1110 Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys Ile Lys Asn Met Asp Glu Asp 1115 1120 1125 Glu Lys Ala Lys Ile Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys Ile 1130 1135 1140 Thr Asn Val Leu Ile Lys Lys Ala Leu Val Leu Ile Ile Ile Arg 1145 1150 1155 Asn Lys Met Ala His Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp 1160 1165 1170 Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1175 1180 1185 Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr Ile Thr Thr Glu Leu Trp 1190 1195 1200 Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu Ile Val 1205 1210 <210> 560 <211> 1213 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Flavobacterium columnare <400> 560 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Ile Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Arg Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Gly Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Lys Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Gly Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Ser Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Arg Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asn Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Ile Lys Thr Ile Ser Thr Asp Thr Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Ile Gln Lys Glu Leu Ala 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Gln His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asn Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asp Lys Val Asp Asp Asn Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Gly Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Asp Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Asn Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Asn Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Lys Ile Glu Asn Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Thr Asp Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Arg Asn Asp Ser Phe Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Asp Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Lys Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Gln Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Thr His Pro Glu Asp Leu 1055 1060 1065 Glu Ile Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1070 1075 1080 Tyr Ile Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu Ile Ile Asn 1085 1090 1095 Leu Glu Asn Ile Asp Ile Glu Ile Leu Ile Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1100 1105 1110 Asn Thr Glu Lys Leu Lys Glu Lys Ile Lys Asn Met Asp Glu Asp 1115 1120 1125 Glu Lys Ala Lys Ile Val Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys Ile 1130 1135 1140 Thr Asn Val Leu Ile Lys Lys Ala Leu Val Leu Ile Ile Ile Arg 1145 1150 1155 Asn Lys Met Ala His Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp 1160 1165 1170 Leu Ala Thr Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1175 1180 1185 Cys Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr Ile Thr Thr Glu Leu Trp 1190 1195 1200 Glu Asn Lys Lys Lys Ala Lys Glu Ile Val 1205 1210 <210> 561 <211> 1214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Unknown <400> 561 Met Ser Ser Lys Asn Glu Ser Tyr Asn Lys Gln Lys Thr Phe Asn His 1 5 10 15 Tyr Lys Gln Glu Asp Lys Tyr Phe Phe Gly Gly Phe Leu Asn Asn Ala 20 25 30 Asp Asp Asn Leu Arg Gln Val Gly Lys Glu Phe Lys Thr Arg Ile Asn 35 40 45 Phe Asn His Asn Asn Asn Glu Leu Ala Ser Val Phe Lys Asp Tyr Phe 50 55 60 Asn Lys Glu Lys Ser Val Ala Lys Arg Glu His Ala Leu Asn Leu Leu 65 70 75 80 Ser Asn Tyr Phe Pro Val Leu Glu Arg Ile Gln Lys His Thr Asn His 85 90 95 Asn Phe Glu Gln Thr Arg Glu Ile Phe Glu Leu Leu Leu Asp Thr Ile 100 105 110 Lys Lys Leu Arg Asp Tyr Tyr Thr His His Tyr His Lys Pro Ile Thr 115 120 125 Ile Asn Pro Lys Ile Tyr Asp Phe Leu Asp Asp Thr Leu Leu Asp Val 130 135 140 Leu Ile Thr Ile Lys Lys Lys Lys Val Lys Asn Asp Thr Ser Arg Glu 145 150 155 160 Leu Leu Lys Glu Lys Leu Arg Pro Glu Leu Thr Gln Leu Lys Asn Gln 165 170 175 Lys Arg Glu Glu Leu Ile Lys Lys Gly Lys Lys Leu Leu Glu Glu Asn 180 185 190 Leu Glu Asn Ala Val Phe Asn His Cys Leu Ile Pro Phe Leu Glu Glu 195 200 205 Asn Lys Thr Asp Asp Lys Gln Asn Lys Thr Val Ser Leu Arg Lys Tyr 210 215 220 Arg Lys Ser Lys Pro Asn Glu Glu Thr Ser Ile Thr Leu Thr Gln Ser 225 230 235 240 Gly Leu Val Phe Leu Met Ser Phe Phe Leu His Arg Lys Glu Phe Gln 245 250 255 Val Phe Thr Ser Gly Leu Glu Arg Phe Lys Ala Lys Val Asn Thr Ile 260 265 270 Lys Glu Glu Glu Ile Ser Leu Asn Lys Asn Asn Ile Val Tyr Met Ile 275 280 285 Thr His Trp Ser Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Lys Gly Leu Lys His Arg 290 295 300 Ile Lys Thr Asp Gln Gly Val Ser Thr Leu Glu Gln Asn Asn Thr Thr 305 310 315 320 His Ser Leu Thr Asn Thr Asn Thr Lys Glu Ala Leu Leu Thr Gln Ile 325 330 335 Val Asp Tyr Leu Ser Lys Val Pro Asn Glu Ile Tyr Glu Thr Leu Ser 340 345 350 Glu Lys Gln Gln Lys Glu Phe Glu Glu Asp Ile Asn Glu Tyr Met Arg 355 360 365 Glu Asn Pro Glu Asn Glu Asp Ser Thr Phe Ser Ser Ile Val Ser His 370 375 380 Lys Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asn Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Met 385 390 395 400 Arg Phe Leu Asp Glu Tyr Ala Glu Leu Pro Thr Leu Arg Phe Met Val 405 410 415 Asn Phe Gly Asp Tyr Ile Lys Asp Arg Gln Lys Lys Ile Leu Glu Ser 420 425 430 Ile Gln Phe Asp Ser Glu Arg Ile Ile Lys Lys Glu Ile His Leu Phe 435 440 445 Glu Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Tyr Lys Lys Asn Val Tyr Leu Lys 450 455 460 Glu Thr Ser Asn Ile Asp Leu Ser Arg Phe Pro Leu Phe Pro Asn Pro 465 470 475 480 Ser Tyr Val Met Ala Asn Asn Asn Ile Pro Phe Tyr Ile Asp Ser Arg 485 490 495 Ser Asn Asn Leu Asp Glu Tyr Leu Asn Gln Lys Lys Lys Ala Gln Ser 500 505 510 Gln Asn Lys Lys Arg Asn Leu Thr Phe Glu Lys Tyr Asn Lys Glu Gln 515 520 525 Ser Lys Asp Ala Ile Ile Ala Met Leu Gln Lys Glu Ile Gly Val Lys 530 535 540 Asp Leu Gln Gln Arg Ser Thr Ile Gly Leu Leu Ser Cys Asn Glu Leu 545 550 555 560 Pro Ser Met Leu Tyr Glu Val Ile Val Lys Asp Ile Lys Gly Ala Glu 565 570 575 Leu Glu Asn Lys Ile Ala Gln Lys Ile Arg Glu Gln Tyr Gln Ser Ile 580 585 590 Arg Asp Phe Thr Leu Asp Ser Pro Gln Lys Asp Asn Ile Pro Thr Thr 595 600 605 Leu Ile Lys Thr Ile Asn Thr Asp Ser Ser Val Thr Phe Glu Asn Gln 610 615 620 Pro Ile Asp Ile Pro Arg Leu Lys Asn Ala Leu Gln Lys Glu Leu Thr 625 630 635 640 Leu Thr Gln Glu Lys Leu Leu Asn Val Lys Glu His Glu Ile Glu Val 645 650 655 Asp Asn Tyr Asn Arg Asn Lys Asn Thr Tyr Lys Phe Lys Asn Gln Pro 660 665 670 Lys Asn Lys Val Asp Asp Lys Lys Leu Gln Arg Lys Tyr Val Phe Tyr 675 680 685 Arg Asn Glu Ile Arg Gln Glu Ala Asn Trp Leu Ala Ser Asp Leu Ile 690 695 700 His Phe Met Lys Asn Lys Ser Leu Trp Lys Gly Tyr Met His Asn Glu 705 710 715 720 Leu Gln Ser Phe Leu Ala Phe Phe Glu Asp Lys Lys Asn Asp Cys Ile 725 730 735 Ala Leu Leu Glu Thr Val Phe Asn Leu Lys Glu Asp Cys Ile Leu Thr 740 745 750 Lys Gly Leu Lys Asn Leu Phe Leu Lys His Gly Asn Phe Ile Asp Phe 755 760 765 Tyr Lys Glu Tyr Leu Lys Leu Lys Glu Asp Phe Leu Ser Thr Glu Ser 770 775 780 Thr Phe Leu Glu Asn Gly Phe Ile Gly Leu Pro Pro Lys Ile Leu Lys 785 790 795 800 Lys Glu Leu Ser Lys Arg Leu Lys Tyr Ile Phe Ile Val Phe Gln Lys 805 810 815 Arg Gln Phe Ile Ile Lys Glu Leu Glu Glu Lys Lys Asn Asn Leu Tyr 820 825 830 Ala Asp Ala Ile Asn Leu Ser Arg Gly Ile Phe Asp Glu Lys Pro Thr 835 840 845 Met Ile Pro Phe Lys Lys Pro Asn Pro Asp Glu Phe Ala Ser Trp Phe 850 855 860 Val Ala Ser Tyr Gln Tyr Asn Asn Tyr Gln Ser Phe Tyr Glu Leu Thr 865 870 875 880 Pro Asp Ile Val Glu Arg Asp Lys Lys Lys Lys Tyr Lys Asn Leu Arg 885 890 895 Ala Ile Asn Lys Val Lys Ile Gln Asp Tyr Tyr Leu Lys Leu Met Val 900 905 910 Asp Thr Leu Tyr Gln Asp Leu Phe Asn Gln Pro Leu Asp Lys Ser Leu 915 920 925 Ser Asp Phe Tyr Val Ser Lys Ala Glu Arg Glu Lys Ile Lys Ala Asp 930 935 940 Ala Lys Ala Tyr Gln Lys Leu Asn Asp Ser Ser Leu Trp Asn Lys Val 945 950 955 960 Ile His Leu Ser Leu Gln Asn Asn Arg Ile Thr Ala Asn Pro Lys Leu 965 970 975 Lys Asp Ile Gly Lys Tyr Lys Arg Ala Leu Gln Asp Glu Lys Ile Ala 980 985 990 Thr Leu Leu Thr Tyr Asp Ala Arg Thr Trp Thr Tyr Ala Leu Gln Lys 995 1000 1005 Pro Glu Lys Glu Asn Glu Asn Asp Tyr Lys Glu Leu His Tyr Thr 1010 1015 1020 Ala Leu Asn Met Glu Leu Gln Glu Tyr Glu Lys Val Arg Ser Lys 1025 1030 1035 Glu Leu Leu Lys Gln Val Gln Glu Leu Glu Lys Lys Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Lys Phe Tyr Asp Phe Ser Asn Asn Ala Ser His Pro Glu Asp Leu 1055 1060 1065 Glu Ile Glu Asp Lys Lys Gly Lys Arg His Pro Asn Phe Lys Leu 1070 1075 1080 Tyr Ile Thr Lys Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ser Glu Ile Ile Asn 1085 1090 1095 Leu Glu Asn Ile Asp Ile Glu Ile Leu Leu Lys Tyr Tyr Asp Tyr 1100 1105 1110 Asn Thr Glu Glu Leu Lys Glu Lys Ile Lys Asn Met Asp Glu Asp 1115 1120 1125 Glu Lys Ala Lys Ile Ile Asn Thr Lys Glu Asn Tyr Asn Lys Ile 1130 1135 1140 Thr Asn Val Leu Ile Lys Lys Ala Leu Val Leu Ile Ile Ile Arg 1145 1150 1155 Asn Lys Met Ala His Asn Gln Tyr Pro Pro Lys Phe Ile Tyr Asp 1160 1165 1170 Leu Ala Asn Arg Phe Val Pro Lys Lys Glu Glu Glu Tyr Phe Ala 1175 1180 1185 Thr Tyr Phe Asn Arg Val Phe Glu Thr Ile Thr Lys Glu Leu Trp 1190 1195 1200 Glu Asn Lys Glu Lys Lys Asp Lys Thr Gln Val 1205 1210 <210> 562 <211> 1218 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Capnocytophaga cynodegmi <400> 562 Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Pro Phe 1 5 10 15 Lys Pro Gln Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Leu Asn Ala Ala Met 20 25 30 Glu Asn Ile Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 35 40 45 Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala Ile Phe Lys Glu Asn 50 55 60 Ile Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 65 70 75 80 Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro Ile Lys Glu 85 90 95 Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Arg Gly Ile Ile Lys Ala Val 100 105 110 Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 115 120 125 Ile Thr Asp Glu Ile Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 130 135 140 Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Ile Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 145 150 155 160 Ile Leu Lys Lys Ser Ile Glu Lys Gln Leu Asp Ile Leu Cys Gln Lys 165 170 175 Lys Leu Glu Tyr Leu Lys Asp Thr Ala Arg Lys Ile Glu Glu Lys Arg 180 185 190 Arg Asn Gln Arg Glu Arg Gly Glu Lys Lys Leu Val Pro Arg Phe Glu 195 200 205 Tyr Ser Asp Arg Arg Asp Asp Leu Ile Ala Ala Ile Tyr Asn Asp Ala 210 215 220 Phe Asp Val Tyr Ile Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 225 230 235 240 Lys Thr Lys Tyr Asn Thr Glu Ser Tyr Pro Gln Gln Glu Glu Gly Asp 245 250 255 Leu Lys Ile Pro Ile Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 260 265 270 Phe Leu Ser Lys Gln Glu Val His Ala Phe Lys Ser Lys Ile Ala Gly 275 280 285 Phe Lys Ala Thr Val Ile Asp Glu Ala Thr Val Ser His Arg Lys Asn 290 295 300 Ser Ile Cys Phe Met Ala Thr His Glu Ile Phe Ser His Leu Ala Tyr 305 310 315 320 Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu Ile Asn Tyr Ser Glu 325 330 335 Ala Glu Asn Ala Glu Gln Leu Ser Ile Tyr Ala Lys Glu Thr Leu Met 340 345 350 Met Gln Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro Asp Val Val Tyr Gln 355 360 365 Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile Glu Asp Trp Asn Glu 370 375 380 Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met Glu Glu Glu Gln 385 390 395 400 Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp Lys Phe Asn Tyr 405 410 415 Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln Phe Pro Thr Leu Arg 420 425 430 Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp Ser Arg Pro Lys Glu 435 440 445 His Leu Ile Ser Asp Arg Arg Ile Lys Glu Lys Ile Thr Val Phe Gly 450 455 460 Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu Phe Ile Lys Asn Thr 465 470 475 480 Glu Thr Asn Glu Asp Arg Lys His Tyr Trp Glu Val Phe Pro Asn Pro 485 490 495 Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val Asn Asp Lys Asp Phe 500 505 510 Pro Ile Ala Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys Gln Pro Thr Ala Gly 515 520 525 Lys Ile Gly Ile Lys Val Asn Leu Leu Asn Gln Lys Tyr Ile Ser Glu 530 535 540 Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gln Leu Lys Gln Arg Asn Asn Lys 545 550 555 560 Pro Ser Ile Gln Asn Ile Ile Glu Glu Ile Val Pro Ile Asn Gly Ser 565 570 575 Asn Pro Lys Glu Ile Ile Val Phe Gly Gly Gln Pro Thr Ala Tyr Leu 580 585 590 Ser Met Asn Asp Ile His Ser Ile Leu Tyr Glu Phe Phe Asp Lys Trp 595 600 605 Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys Gly Glu Lys Glu Leu Arg 610 615 620 Lys Glu Ile Gly Lys Glu Leu Glu Glu Lys Ile Val Gly Lys Ile Gln 625 630 635 640 Thr Gln Ile Gln Gln Ile Ile Asp Lys Asp Ile Asn Ala Lys Ile Leu 645 650 655 Lys Pro Tyr Gln Asp Asp Asp Ser Thr Ala Ile Asp Lys Glu Lys Leu 660 665 670 Ile Lys Asp Leu Lys Gln Glu Gln Lys Ile Leu Gln Lys Leu Lys Asn 675 680 685 Glu Gln Thr Ala Arg Glu Lys Glu Tyr Gln Glu Cys Ile Ala Tyr Gln 690 695 700 Glu Glu Ser Arg Lys Ile Lys Arg Ser Asp Lys Ser Arg Gln Lys Tyr 705 710 715 720 Leu Arg Asn Gln Leu Lys Arg Lys Tyr Pro Glu Val Pro Thr Arg Lys 725 730 735 Glu Ile Leu Tyr Tyr Gln Glu Lys Gly Lys Val Ala Val Trp Leu Ala 740 745 750 Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Thr Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys 755 760 765 Gly Glu Gln His Ser Leu Leu Gln Lys Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln 770 775 780 Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu Pro Gln Gln Lys Val Phe Lys 785 790 795 800 His Leu Pro Phe Glu Leu Gly Gly His Phe Gln Gln Lys Tyr Leu Tyr 805 810 815 Gln Phe Tyr Thr Arg Tyr Leu Asp Lys Arg Leu Glu His Ile Ser Gly 820 825 830 Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Asn Glu Asn Lys Val Phe Lys 835 840 845 Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu Lys Lys Gln Asn Tyr Thr 850 855 860 His Lys Gly Leu Asp Ala Gln Ala Gln Ser Val Leu Gly Tyr Pro Ile 865 870 875 880 Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys Pro Thr Ile Ile Lys Gly 885 890 895 Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ser Leu Phe Thr Asp Trp Phe Arg Tyr 900 905 910 Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe Gln Thr Phe Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr 915 920 925 Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala Asp Arg Lys Arg Glu Thr 930 935 940 Lys Ile Tyr Gln Gln Lys Lys Asn Asp Val Phe Thr Leu Leu Met Ala 945 950 955 960 Lys His Ile Phe Lys Ser Val Phe Lys Gln Asp Ser Ile Asp Arg Phe 965 970 975 Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu Glu Arg Leu Glu Asn Gln 980 985 990 Glu Lys Ala Lys Gln Thr Gly Glu Arg Asn Thr Asn Tyr Ile Trp Asn 995 1000 1005 Lys Thr Val Asp Leu Asn Leu Cys Asp Gly Lys Val Thr Val Glu 1010 1015 1020 Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asn Phe Ile Lys Tyr Glu Tyr 1025 1030 1035 Asp Gln Arg Val Gln Thr Phe Leu Lys Tyr Glu Glu Asn Ile Lys 1040 1045 1050 Trp Gln Ala Phe Leu Ile Lys Glu Ser Lys Glu Glu Glu Asn Tyr 1055 1060 1065 Pro Tyr Ile Val Glu Arg Glu Ile Glu Gln Tyr Glu Lys Val Arg 1070 1075 1080 Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His Leu Ile Glu Glu Tyr Ile 1085 1090 1095 Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu Ile Leu Lys Lys Gly Asp Asn 1100 1105 1110 Gln Asn Phe Lys Tyr Tyr Ile Leu Asn Gly Leu Leu Lys Gln Leu 1115 1120 1125 Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys Val Phe Asn Leu Asn Thr 1130 1135 1140 Lys Pro Glu Asp Val Asn Ile Asn Gln Leu Lys Gln Glu Ala Thr 1145 1150 1155 Asp Leu Glu Gln Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr Ile Arg Asn Lys 1160 1165 1170 Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys 1175 1180 1185 Gln Glu Lys Tyr Gly Lys Ile Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu 1190 1195 1200 Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu Met Lys 1205 1210 1215 <210> 563 <211> 1224 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Bergeyella zoohelcum <400> 563 Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Pro Phe 1 5 10 15 Lys Pro Gln Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 20 25 30 Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 35 40 45 Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala Ile Phe Lys Glu Asn 50 55 60 Ile Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 65 70 75 80 Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro Ile Lys Glu 85 90 95 Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly Ile Ile Lys Ala Val 100 105 110 Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 115 120 125 Ile Thr Asp Glu Ile Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 130 135 140 Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 145 150 155 160 Ile Leu Lys Lys Ser Ile Glu Lys Gln Leu Asp Ile Leu Cys Gln Lys 165 170 175 Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys Ile Glu Glu Lys Arg 180 185 190 Arg Asn Gln Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 195 200 205 Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu Ile Ala Ala Ile Tyr Asn Asp Ala 210 215 220 Phe Asp Val Tyr Ile Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 225 230 235 240 Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gln Gln Glu Glu Gly Asp 245 250 255 Leu Lys Ile Pro Ile Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 260 265 270 Phe Leu Thr Lys Gln Glu Ile His Ala Phe Lys Ser Lys Ile Ala Gly 275 280 285 Phe Lys Ala Thr Val Ile Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 290 295 300 Ser His Gly Lys Asn Ser Ile Cys Phe Met Ala Thr His Glu Ile Phe 305 310 315 320 Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 325 330 335 Ile Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu Gln Leu Ser Val Tyr Ala 340 345 350 Lys Glu Thr Leu Met Met Gln Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 355 360 365 Asp Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile 370 375 380 Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 385 390 395 400 Met Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu 405 410 415 Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln 420 425 430 Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 435 440 445 Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu Ile Ser Asp Arg Arg Ile Lys Glu Lys 450 455 460 Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 465 470 475 480 Phe Ile Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 485 490 495 Ile Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val 500 505 510 Asn Asp Lys Asp Phe Pro Ile Ala Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys 515 520 525 Gln Pro Val Ala Gly Lys Ile Gly Ile Lys Val Lys Leu Leu Asn Gln 530 535 540 Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gln Leu Lys 545 550 555 560 Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser Ile Gln Asn Ile Ile Glu Glu Ile 565 570 575 Val Pro Ile Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala Ile Val Phe Gly Gly 580 585 590 Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Ile Leu Tyr 595 600 605 Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 610 615 620 Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu Ile Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 625 630 635 640 Ile Val Gly Lys Ile Gln Ala Gln Ile Gln Gln Ile Ile Asp Lys Asp 645 650 655 Thr Asn Ala Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 660 665 670 Ile Asp Lys Glu Lys Leu Ile Lys Asp Leu Lys Gln Glu Gln Asn Ile 675 680 685 Leu Gln Lys Leu Lys Asp Glu Gln Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 690 695 700 Asp Phe Ile Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu Ile Asn Lys Val Arg 705 710 715 720 Asp Arg Asn His Lys Gln Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 725 730 735 Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 740 745 750 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Thr 755 760 765 Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu Gln His Ser Leu Leu Gln Lys 770 775 780 Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 785 790 795 800 Pro Glu Lys Val Phe Gln His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 805 810 815 Gln Gln Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 820 825 830 Leu Glu Tyr Ile Ser Gly Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Ser 835 840 845 Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 850 855 860 Lys Lys Gln Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val Gln Ser 865 870 875 880 Ile Leu Gly Tyr Pro Ile Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 885 890 895 Pro Thr Ile Ile Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 900 905 910 Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe Gln Thr Phe 915 920 925 Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala 930 935 940 Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys Ile Tyr Gln Gln Lys Lys Asn Asp Val 945 950 955 960 Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His Ile Phe Lys Ser Val Phe Lys Gln 965 970 975 Asp Ser Ile Asp Gln Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 980 985 990 Glu Arg Leu Gly Asn Gln Glu Arg Ala Arg Gln Thr Gly Glu Arg Asn 995 1000 1005 Thr Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1010 1015 1020 Gly Lys Ile Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1025 1030 1035 Phe Ile Lys Tyr Glu Tyr Asp Gln Arg Val Gln Ala Phe Leu Lys 1040 1045 1050 Tyr Glu Glu Asn Ile Glu Trp Gln Ala Phe Leu Ile Lys Glu Ser 1055 1060 1065 Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu Ile Glu 1070 1075 1080 Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1085 1090 1095 Leu Ile Glu Glu Tyr Ile Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu Ile 1100 1105 1110 Leu Lys Lys Gly Asp Asn Gln Asn Phe Lys Tyr Tyr Ile Leu Asn 1115 1120 1125 Gly Leu Leu Lys Gln Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1130 1135 1140 Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn Ile Asn Gln 1145 1150 1155 Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln Lys Ala Phe Val Leu 1160 1165 1170 Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys 1175 1180 1185 Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr Gly Lys Ile Glu Lys 1190 1195 1200 Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1205 1210 1215 Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1220 <210> 564 <211> 1224 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Bergeyella zoohelcum <400> 564 Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Pro Phe 1 5 10 15 Lys Pro Gln Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 20 25 30 Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 35 40 45 Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala Ile Phe Lys Glu Asn 50 55 60 Ile Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 65 70 75 80 Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro Ile Lys Glu 85 90 95 Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly Ile Ile Lys Ala Val 100 105 110 Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 115 120 125 Ile Thr Asp Glu Ile Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 130 135 140 Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 145 150 155 160 Ile Leu Lys Lys Ser Ile Glu Lys Gln Leu Asp Ile Leu Cys Gln Lys 165 170 175 Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys Ile Glu Glu Lys Arg 180 185 190 Arg Asn Gln Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 195 200 205 Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu Ile Ala Ala Ile Tyr Asn Asp Ala 210 215 220 Phe Asp Val Tyr Ile Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 225 230 235 240 Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gln Gln Glu Glu Gly Asp 245 250 255 Leu Lys Ile Pro Ile Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 260 265 270 Phe Leu Thr Lys Gln Glu Ile His Ala Phe Lys Ser Lys Ile Ala Gly 275 280 285 Phe Lys Ala Thr Val Ile Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 290 295 300 Ser His Gly Lys Asn Ser Ile Cys Phe Met Ala Thr His Glu Ile Phe 305 310 315 320 Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 325 330 335 Ile Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu Gln Leu Ser Val Tyr Ala 340 345 350 Lys Glu Thr Leu Met Met Gln Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 355 360 365 Asp Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile 370 375 380 Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 385 390 395 400 Met Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu 405 410 415 Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln 420 425 430 Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 435 440 445 Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu Ile Ser Asp Arg Arg Ile Lys Glu Lys 450 455 460 Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 465 470 475 480 Phe Ile Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 485 490 495 Ile Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val 500 505 510 Asn Asp Lys Asp Phe Pro Ile Ala Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys 515 520 525 Gln Pro Val Ala Gly Lys Ile Gly Ile Lys Val Lys Leu Leu Asn Gln 530 535 540 Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gln Leu Lys 545 550 555 560 Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser Ile Gln Asn Ile Ile Glu Glu Ile 565 570 575 Val Pro Ile Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala Ile Val Phe Gly Gly 580 585 590 Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Ile Leu Tyr 595 600 605 Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 610 615 620 Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu Ile Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 625 630 635 640 Ile Val Gly Lys Ile Gln Ala Gln Ile Gln Gln Ile Ile Asp Lys Asp 645 650 655 Thr Asn Ala Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 660 665 670 Ile Asp Lys Glu Lys Leu Ile Lys Asp Leu Lys Gln Glu Gln Asn Ile 675 680 685 Leu Gln Lys Leu Lys Asp Glu Gln Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 690 695 700 Asp Phe Ile Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu Ile Asn Lys Val Arg 705 710 715 720 Asp Arg Asn His Lys Gln Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 725 730 735 Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 740 745 750 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Thr 755 760 765 Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu Gln His Ser Leu Leu Gln Lys 770 775 780 Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 785 790 795 800 Pro Glu Lys Val Phe Gln His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 805 810 815 Gln Gln Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 820 825 830 Leu Glu Tyr Ile Ser Gly Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Ser 835 840 845 Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 850 855 860 Lys Lys Gln Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val Gln Ser 865 870 875 880 Ile Leu Gly Tyr Pro Ile Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 885 890 895 Pro Thr Ile Ile Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 900 905 910 Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe Gln Thr Phe 915 920 925 Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala 930 935 940 Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys Ile Tyr Gln Gln Lys Lys Asn Asp Val 945 950 955 960 Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His Ile Phe Lys Ser Val Phe Lys Gln 965 970 975 Asp Ser Ile Asp Gln Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 980 985 990 Glu Arg Leu Gly Asn Gln Glu Arg Ala Arg Gln Thr Gly Glu Arg Asn 995 1000 1005 Thr Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1010 1015 1020 Gly Lys Ile Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1025 1030 1035 Phe Ile Lys Tyr Glu Tyr Asp Gln Arg Val Gln Ala Phe Leu Lys 1040 1045 1050 Tyr Glu Glu Asn Ile Glu Trp Gln Ala Phe Leu Ile Lys Glu Ser 1055 1060 1065 Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu Ile Glu 1070 1075 1080 Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1085 1090 1095 Leu Ile Glu Glu Tyr Ile Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu Ile 1100 1105 1110 Leu Lys Lys Gly Asp Asn Gln Asn Phe Lys Tyr Tyr Ile Leu Asn 1115 1120 1125 Gly Leu Leu Lys Gln Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1130 1135 1140 Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn Ile Asn Gln 1145 1150 1155 Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln Lys Ala Phe Val Leu 1160 1165 1170 Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys 1175 1180 1185 Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr Gly Lys Ile Glu Lys 1190 1195 1200 Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1205 1210 1215 Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1220 <210> 565 <211> 1322 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella sp. MA2016 <400> 565 Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gln Glu Lys Lys Arg Arg Leu 1 5 10 15 Gln Lys Ala Asn Phe Ser Ile Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 20 25 30 Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr Ile Asn Tyr 35 40 45 Ile Leu Pro Ile Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gln Ile 50 55 60 Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu Ile Gln Ala Gly Arg Asn Glu 65 70 75 80 Glu Leu Thr Thr Glu Gln Lys Gln Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 85 90 95 Pro Glu Gln Gln Thr Lys Phe Gln Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 100 105 110 Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 115 120 125 Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gln Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 130 135 140 Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp Ile Ile Cys Leu Met 145 150 155 160 Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 165 170 175 Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp Gln Tyr Leu His Gln Glu Met 180 185 190 Ile Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg Ile Leu 195 200 205 Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 210 215 220 Ile Asp His Leu His Gln Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 225 230 235 240 Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 245 250 255 Phe Tyr Phe Lys Ile Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 260 265 270 Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 275 280 285 Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 290 295 300 Pro Tyr Ala Lys Leu Phe Ile Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 305 310 315 320 Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met Ile Met Ser Glu Met Leu Ser Ile 325 330 335 Tyr Arg Ile Arg Thr Pro Arg Leu His Lys Ile Asp Ser His Asp Ser 340 345 350 Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp Ile Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 355 360 365 Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly Gln Pro Phe Phe 370 375 380 His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 385 390 395 400 Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr Ile 405 410 415 Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg Ile Arg Phe Gln Leu Gln Leu Gly 420 425 430 Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys Ile Asp Gly Arg 435 440 445 Val Arg Val Arg Arg Ile Gln Lys Glu Ile Asn Gly Tyr Gly Arg Met 450 455 460 Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu Ile Gln 465 470 475 480 Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr Ile 485 490 495 Asn Leu Asp Gln Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 500 505 510 Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn Ile His Ala Asn Arg Ile Gly Leu 515 520 525 Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys Gln Tyr Lys Val Phe Asp Glu 530 535 540 Asn Gly Met Tyr Ile Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 545 550 555 560 Pro Ile Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 565 570 575 Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gln Gln Asp Asn Glu 580 585 590 Phe Pro Ser Ala Glu Gln Val Ile Ile Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 595 600 605 Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 610 615 620 Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 625 630 635 640 Met Ala Asp Ile Pro Lys Lys Leu Gln Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 645 650 655 Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 660 665 670 Leu Thr Leu Gln His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His Ile Gln Asn Arg 675 680 685 Leu Glu His Tyr Gln Lys Asp Arg Asp Met Ile Gly Asn Lys Asp Asn 690 695 700 Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 705 710 715 720 Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 725 730 735 Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 740 745 750 Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gln Val Pro Glu Glu 755 760 765 Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu Gln Val Leu Ile Asn Ala His Leu 770 775 780 Ile Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe Ile Asn Lys Val Leu Ala Leu 785 790 795 800 Gly Asn Arg Asn Ile Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 805 810 815 Leu Lys His Ile Arg Ser Arg Ile Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 820 825 830 Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe Ile His His Asp Arg Met Arg 835 840 845 Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 850 855 860 Thr Thr Ile Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr Ile Leu Glu 865 870 875 880 Ile Leu Gln Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu Gln Asn Ala Leu 885 890 895 Ser Gln Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 900 905 910 Leu Ile Thr Leu Phe Tyr Gln Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala Gln Pro 915 920 925 Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 930 935 940 Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 945 950 955 960 Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met Ile Pro Leu Phe 965 970 975 Leu Thr Ser Asp Glu Ile Gln Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 980 985 990 Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 995 1000 1005 Thr Asp Ser Gln Gly Asn Thr Ile Trp Lys Arg Arg Ile Tyr Ser 1010 1015 1020 Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1025 1030 1035 Ile Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gln 1040 1045 1050 Asp Lys Ile Ile Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg Gln Met Arg 1055 1060 1065 Asp Glu Leu Leu Gln Arg Met Pro Arg Tyr Ile Arg Asp Ile Lys 1070 1075 1080 Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gln Asp Met Val 1085 1090 1095 Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn Ile Ile Ser Glu 1100 1105 1110 Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gln Met Arg Leu Ser Lys Val 1115 1120 1125 Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gln Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1130 1135 1140 Val Thr Val Gly Glu Thr Thr Ile Tyr Val Glu Gln Glu Asn Met 1145 1150 1155 Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1160 1165 1170 Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn Ile Val Glu Thr Leu Lys Pro 1175 1180 1185 Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val Ile Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1190 1195 1200 Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gln Tyr Arg Ser Thr Ile Phe Met Leu 1205 1210 1215 Ile Gln Ser Ile Glu Asn Leu Ile Ile Thr Asn Asn Ala Val Leu 1220 1225 1230 Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1235 1240 1245 Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu Ile Asn Gln Leu 1250 1255 1260 Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1265 1270 1275 Ile Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn Ile Asp Phe Ser 1280 1285 1290 Leu Ile Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly Ile 1295 1300 1305 Leu Gln His Leu Gln Ser Met Leu Gly Val Glu Ile Thr Lys 1310 1315 1320 <210> 566 <211> 1322 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Unknown <400> 566 Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gln Glu Lys Lys Arg Arg Leu 1 5 10 15 Gln Lys Ala Asn Phe Ser Ile Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 20 25 30 Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr Ile Asn Tyr 35 40 45 Ile Leu Pro Ile Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gln Ile 50 55 60 Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu Ile Gln Ala Gly Arg Asn Glu 65 70 75 80 Glu Leu Thr Thr Glu Gln Lys Gln Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 85 90 95 Pro Glu Gln Gln Thr Lys Phe Gln Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 100 105 110 Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 115 120 125 Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gln Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 130 135 140 Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp Ile Ile Cys Leu Met 145 150 155 160 Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 165 170 175 Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp Gln Tyr Leu His Gln Glu Met 180 185 190 Ile Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg Ile Leu 195 200 205 Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 210 215 220 Ile Asp His Leu His Gln Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 225 230 235 240 Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 245 250 255 Phe Tyr Phe Lys Ile Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 260 265 270 Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 275 280 285 Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 290 295 300 Pro Tyr Ala Lys Leu Phe Ile Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 305 310 315 320 Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met Ile Met Ser Glu Met Leu Ser Ile 325 330 335 Tyr Arg Ile Arg Thr Pro Arg Leu His Lys Ile Asp Ser His Asp Ser 340 345 350 Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp Ile Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 355 360 365 Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly Gln Pro Phe Phe 370 375 380 His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 385 390 395 400 Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr Ile 405 410 415 Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg Ile Arg Phe Gln Leu Gln Leu Gly 420 425 430 Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys Ile Asp Gly Arg 435 440 445 Val Arg Val Arg Arg Ile Gln Lys Glu Ile Asn Gly Tyr Gly Arg Met 450 455 460 Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu Ile Gln 465 470 475 480 Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr Ile 485 490 495 Asn Leu Asp Gln Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 500 505 510 Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn Ile His Ala Asn Arg Ile Gly Leu 515 520 525 Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys Gln Tyr Lys Val Phe Asp Glu 530 535 540 Asn Gly Met Tyr Ile Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 545 550 555 560 Pro Ile Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 565 570 575 Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gln Gln Asp Asn Glu 580 585 590 Phe Pro Ser Ala Glu Gln Val Ile Ile Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 595 600 605 Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 610 615 620 Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 625 630 635 640 Met Ala Asp Ile Pro Lys Lys Leu Gln Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 645 650 655 Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 660 665 670 Leu Thr Leu Gln His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His Ile Gln Asn Arg 675 680 685 Leu Glu His Tyr Gln Lys Asp Arg Asp Met Ile Gly Asn Lys Asp Asn 690 695 700 Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 705 710 715 720 Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 725 730 735 Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 740 745 750 Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gln Val Pro Glu Glu 755 760 765 Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu Gln Val Leu Ile Asn Ala His Leu 770 775 780 Ile Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe Ile Asn Lys Val Leu Ala Leu 785 790 795 800 Gly Asn Arg Asn Ile Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 805 810 815 Leu Lys His Ile Arg Ser Arg Ile Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 820 825 830 Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe Ile His His Asp Arg Met Arg 835 840 845 Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 850 855 860 Thr Thr Ile Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr Ile Leu Glu 865 870 875 880 Ile Leu Gln Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu Gln Asn Ala Leu 885 890 895 Ser Gln Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 900 905 910 Leu Ile Thr Leu Phe Tyr Gln Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala Gln Pro 915 920 925 Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 930 935 940 Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 945 950 955 960 Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met Ile Pro Leu Phe 965 970 975 Leu Thr Ser Asp Glu Ile Gln Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 980 985 990 Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 995 1000 1005 Thr Asp Ser Gln Gly Asn Thr Ile Trp Lys Arg Arg Ile Tyr Ser 1010 1015 1020 Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1025 1030 1035 Ile Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gln 1040 1045 1050 Asp Lys Ile Ile Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg Gln Met Arg 1055 1060 1065 Asp Glu Leu Leu Gln Arg Met Pro Arg Tyr Ile Arg Asp Ile Lys 1070 1075 1080 Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gln Asp Met Val 1085 1090 1095 Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn Ile Ile Ser Glu 1100 1105 1110 Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gln Met Arg Leu Ser Lys Val 1115 1120 1125 Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gln Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1130 1135 1140 Val Thr Val Gly Glu Thr Thr Ile Tyr Val Glu Gln Glu Asn Met 1145 1150 1155 Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1160 1165 1170 Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn Ile Val Glu Thr Leu Lys Pro 1175 1180 1185 Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val Ile Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1190 1195 1200 Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gln Tyr Arg Ser Thr Ile Phe Met Leu 1205 1210 1215 Ile Gln Ser Ile Glu Asn Leu Ile Ile Thr Asn Asn Ala Val Leu 1220 1225 1230 Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1235 1240 1245 Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu Ile Asn Gln Leu 1250 1255 1260 Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1265 1270 1275 Ile Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn Ile Asp Phe Ser 1280 1285 1290 Leu Ile Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly Ile 1295 1300 1305 Leu Gln His Leu Gln Ser Met Leu Gly Val Glu Ile Thr Lys 1310 1315 1320 <210> 567 <211> 668 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium necrophorum subsp. funduliforme <400> 567 Met Thr Glu Lys Lys Ser Ile Ile Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu 1 5 10 15 Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr Pro Asp Asn Met Ile Arg 20 25 30 Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val 35 40 45 Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser Thr Ile Leu Lys Asp Gly 50 55 60 Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu Ile 65 70 75 80 Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro Met 85 90 95 Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys Ile Lys Arg Phe Leu Thr 100 105 110 Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala Ser Ile Asn Ser Phe Leu 115 120 125 Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu Ile Trp His 130 135 140 Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys 145 150 155 160 Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn 165 170 175 Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg Lys Glu Ser Lys Lys Gly 180 185 190 Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu Gln Gln Glu Arg Ile Lys 195 200 205 Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys Ile Ile Lys 210 215 220 Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr Gln Tyr 225 230 235 240 Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn 245 250 255 Leu Asn Leu Asp Ile Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys 260 265 270 Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val 275 280 285 Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala 290 295 300 Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys Phe Ile Asn Asp Phe Phe 305 310 315 320 Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe Lys Gln Ile Ile Asn Glu 325 330 335 Lys Phe Gln Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg Ile Ser Glu Ser 340 345 350 Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys Phe Asp Ser Met Lys Ala 355 360 365 His Phe His Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp 370 375 380 Asp Ile His Ser Ser Ser Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys 385 390 395 400 Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys 405 410 415 Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Gln Ile Asn Arg Lys Leu Leu Lys 420 425 430 Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg 435 440 445 Leu Glu Tyr Lys Met Lys Ile Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe 450 455 460 Asp Gly Asn Ile Ser Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn Gln 465 470 475 480 Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr 485 490 495 Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met Gln 500 505 510 Lys Ile Ile Gln Lys Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr 515 520 525 Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro 530 535 540 Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr 545 550 555 560 Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu Asn Gln Asn Asn Ile Gln 565 570 575 Val Ser Gln Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys Ile 580 585 590 Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys Tyr Ser 595 600 605 Ile Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys Gln Tyr Phe Glu Asp Leu Gly Ile 610 615 620 Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu 625 630 635 640 Gly Glu Asn Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Val Glu Gln Lys 645 650 655 Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Ile Lys Lys Phe Leu 660 665 <210> 568 <211> 796 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Tissierella sp. P1 <400> 568 Met Glu Lys Asp Lys Lys Gly Glu Lys Ile Asp Ile Ser Gln Glu Met 1 5 10 15 Ile Glu Glu Asp Leu Arg Lys Ile Leu Ile Leu Phe Ser Arg Leu Arg 20 25 30 His Ser Met Val His Tyr Asp Tyr Glu Phe Tyr Gln Ala Leu Tyr Ser 35 40 45 Gly Lys Asp Phe Val Ile Ser Asp Lys Asn Asn Leu Glu Asn Arg Met 50 55 60 Ile Ser Gln Leu Leu Asp Leu Asn Ile Phe Lys Glu Leu Ser Lys Val 65 70 75 80 Lys Leu Ile Lys Asp Lys Ala Ile Ser Asn Tyr Leu Asp Lys Asn Thr 85 90 95 Thr Ile His Val Leu Gly Gln Asp Ile Lys Ala Ile Arg Leu Leu Asp 100 105 110 Ile Tyr Arg Asp Ile Cys Gly Ser Lys Asn Gly Phe Asn Lys Phe Ile 115 120 125 Asn Thr Met Ile Thr Ile Ser Gly Glu Glu Asp Arg Glu Tyr Lys Glu 130 135 140 Lys Val Ile Glu His Phe Asn Lys Lys Met Glu Asn Leu Ser Thr Tyr 145 150 155 160 Leu Glu Lys Leu Glu Lys Gln Asp Asn Ala Lys Arg Asn Asn Lys Arg 165 170 175 Val Tyr Asn Leu Leu Lys Gln Lys Leu Ile Glu Gln Gln Lys Leu Lys 180 185 190 Glu Trp Phe Gly Gly Pro Tyr Val Tyr Asp Ile His Ser Ser Lys Arg 195 200 205 Tyr Lys Glu Leu Tyr Ile Glu Arg Lys Lys Leu Val Asp Arg His Ser 210 215 220 Lys Leu Phe Glu Glu Gly Leu Asp Glu Lys Asn Lys Lys Glu Leu Thr 225 230 235 240 Lys Ile Asn Asp Glu Leu Ser Lys Leu Asn Ser Glu Met Lys Glu Met 245 250 255 Thr Lys Leu Asn Ser Lys Tyr Arg Leu Gln Tyr Lys Leu Gln Leu Ala 260 265 270 Phe Gly Phe Ile Leu Glu Glu Phe Asp Leu Asn Ile Asp Thr Phe Ile 275 280 285 Asn Asn Phe Asp Lys Asp Lys Asp Leu Ile Ile Ser Asn Phe Met Lys 290 295 300 Lys Arg Asp Ile Tyr Leu Asn Arg Val Leu Asp Arg Gly Asp Asn Arg 305 310 315 320 Leu Lys Asn Ile Ile Lys Glu Tyr Lys Phe Arg Asp Thr Glu Asp Ile 325 330 335 Phe Cys Asn Asp Arg Asp Asn Asn Leu Val Lys Leu Tyr Ile Leu Met 340 345 350 Tyr Ile Leu Leu Pro Val Glu Ile Arg Gly Asp Phe Leu Gly Phe Val 355 360 365 Lys Lys Asn Tyr Tyr Asp Met Lys His Val Asp Phe Ile Asp Lys Lys 370 375 380 Asp Lys Glu Asp Lys Asp Thr Phe Phe His Asp Leu Arg Leu Phe Glu 385 390 395 400 Lys Asn Ile Arg Lys Leu Glu Ile Thr Asp Tyr Ser Leu Ser Ser Gly 405 410 415 Phe Leu Ser Lys Glu His Lys Val Asp Ile Glu Lys Lys Ile Asn Asp 420 425 430 Phe Ile Asn Arg Asn Gly Ala Met Lys Leu Pro Glu Asp Ile Thr Ile 435 440 445 Glu Glu Phe Asn Lys Ser Leu Ile Leu Pro Ile Met Lys Asn Tyr Gln 450 455 460 Ile Asn Phe Lys Leu Leu Asn Asp Ile Glu Ile Ser Ala Leu Phe Lys 465 470 475 480 Ile Ala Lys Asp Arg Ser Ile Thr Phe Lys Gln Ala Ile Asp Glu Ile 485 490 495 Lys Asn Glu Asp Ile Lys Lys Asn Ser Lys Lys Asn Asp Lys Asn Asn 500 505 510 His Lys Asp Lys Asn Ile Asn Phe Thr Gln Leu Met Lys Arg Ala Leu 515 520 525 His Glu Lys Ile Pro Tyr Lys Ala Gly Met Tyr Gln Ile Arg Asn Asn 530 535 540 Ile Ser His Ile Asp Met Glu Gln Leu Tyr Ile Asp Pro Leu Asn Ser 545 550 555 560 Tyr Met Asn Ser Asn Lys Asn Asn Ile Thr Ile Ser Glu Gln Ile Glu 565 570 575 Lys Ile Ile Asp Val Cys Val Thr Gly Gly Val Thr Gly Lys Glu Leu 580 585 590 Asn Asn Asn Ile Ile Asn Asp Tyr Tyr Met Lys Lys Glu Lys Leu Val 595 600 605 Phe Asn Leu Lys Leu Arg Lys Gln Asn Asp Ile Val Ser Ile Glu Ser 610 615 620 Gln Glu Lys Asn Lys Arg Glu Glu Phe Val Phe Lys Lys Tyr Gly Leu 625 630 635 640 Asp Tyr Lys Asp Gly Glu Ile Asn Ile Ile Glu Val Ile Gln Lys Val 645 650 655 Asn Ser Leu Gln Glu Glu Leu Arg Asn Ile Lys Glu Thr Ser Lys Glu 660 665 670 Lys Leu Lys Asn Lys Glu Thr Leu Phe Arg Asp Ile Ser Leu Ile Asn 675 680 685 Gly Thr Ile Arg Lys Asn Ile Asn Phe Lys Ile Lys Glu Met Val Leu 690 695 700 Asp Ile Val Arg Met Asp Glu Ile Arg His Ile Asn Ile His Ile Tyr 705 710 715 720 Tyr Lys Gly Glu Asn Tyr Thr Arg Ser Asn Ile Ile Lys Phe Lys Tyr 725 730 735 Ala Ile Asp Gly Glu Asn Lys Lys Tyr Tyr Leu Lys Gln His Glu Ile 740 745 750 Asn Asp Ile Asn Leu Glu Leu Lys Asp Lys Phe Val Thr Leu Ile Cys 755 760 765 Asn Met Asp Lys His Pro Asn Lys Asn Lys Gln Thr Ile Asn Leu Glu 770 775 780 Ser Asn Tyr Ile Gln Asn Val Lys Phe Ile Ile Pro 785 790 795 <210> 569 <211> 897 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium ulcerans <400> 569 Met Glu Asn Lys Gly Asn Asn Lys Lys Ile Asp Phe Asp Glu Asn Tyr 1 5 10 15 Asn Ile Leu Val Ala Gln Ile Lys Glu Tyr Phe Thr Lys Glu Ile Glu 20 25 30 Asn Tyr Asn Asn Arg Ile Asp Asn Ile Ile Asp Lys Lys Glu Leu Leu 35 40 45 Lys Tyr Ser Glu Lys Lys Glu Glu Ser Glu Lys Asn Lys Lys Leu Glu 50 55 60 Glu Leu Asn Lys Leu Lys Ser Gln Lys Leu Lys Ile Leu Thr Asp Glu 65 70 75 80 Glu Ile Lys Ala Asp Val Ile Lys Ile Ile Lys Ile Phe Ser Asp Leu 85 90 95 Arg His Ser Leu Met His Tyr Glu Tyr Lys Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 100 105 110 Glu Asn Lys Lys Asn Glu Glu Leu Ala Glu Leu Leu Asn Leu Asn Leu 115 120 125 Phe Lys Asn Leu Thr Leu Leu Arg Gln Met Lys Ile Glu Asn Lys Thr 130 135 140 Asn Tyr Leu Glu Gly Arg Glu Glu Phe Asn Ile Ile Gly Lys Asn Ile 145 150 155 160 Lys Ala Lys Glu Val Leu Gly His Tyr Asn Leu Leu Ala Glu Gln Lys 165 170 175 Asn Gly Phe Asn Asn Phe Ile Asn Ser Phe Phe Val Gln Asp Gly Thr 180 185 190 Glu Asn Leu Glu Phe Lys Lys Leu Ile Asp Glu His Phe Val Asn Ala 195 200 205 Lys Lys Arg Leu Glu Arg Asn Ile Lys Lys Ser Lys Lys Leu Glu Lys 210 215 220 Glu Leu Glu Lys Met Glu Gln His Tyr Gln Arg Leu Asn Cys Ala Tyr 225 230 235 240 Val Trp Asp Ile His Thr Ser Thr Thr Tyr Lys Lys Leu Tyr Asn Lys 245 250 255 Arg Lys Ser Leu Ile Glu Glu Tyr Asn Lys Gln Ile Asn Glu Ile Lys 260 265 270 Asp Lys Glu Val Ile Thr Ala Ile Asn Val Glu Leu Leu Arg Ile Lys 275 280 285 Lys Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys Ser Asn Ser Leu Phe Arg Leu Lys 290 295 300 Tyr Lys Met Gln Ile Ala Tyr Ala Phe Leu Glu Ile Glu Phe Gly Gly 305 310 315 320 Asn Ile Ala Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Cys Ser Lys Met Glu Glu 325 330 335 Val Gln Lys Tyr Leu Lys Lys Gly Val Lys Tyr Leu Lys Tyr Tyr Lys 340 345 350 Asp Lys Glu Ala Gln Lys Asn Tyr Glu Phe Pro Phe Glu Glu Ile Phe 355 360 365 Glu Asn Lys Asp Thr His Asn Glu Glu Trp Leu Glu Asn Thr Ser Glu 370 375 380 Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Ile Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Met 385 390 395 400 Glu Phe Lys Gly Asp Phe Leu Gly Val Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp 405 410 415 Ile Lys Asn Val Asp Phe Thr Asp Glu Ser Glu Lys Glu Leu Ser Gln 420 425 430 Val Gln Leu Asp Lys Met Ile Gly Asp Ser Phe Phe His Lys Ile Arg 435 440 445 Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Arg Tyr Glu Ile Ile Lys Tyr Ser Ile 450 455 460 Leu Thr Ser Asp Glu Ile Lys Arg Tyr Phe Arg Leu Leu Glu Leu Asp 465 470 475 480 Val Pro Tyr Phe Glu Tyr Glu Lys Gly Thr Asp Glu Ile Gly Ile Phe 485 490 495 Asn Lys Asn Ile Ile Leu Thr Ile Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ile Phe 500 505 510 Arg Leu Tyr Asn Asp Leu Glu Ile His Gly Leu Phe Asn Ile Ser Ser 515 520 525 Asp Leu Asp Lys Ile Leu Arg Asp Leu Lys Ser Tyr Gly Asn Lys Asn 530 535 540 Ile Asn Phe Arg Glu Phe Leu Tyr Val Ile Lys Gln Asn Asn Asn Ser 545 550 555 560 Ser Thr Glu Glu Glu Tyr Arg Lys Ile Trp Glu Asn Leu Glu Ala Lys 565 570 575 Tyr Leu Arg Leu His Leu Leu Thr Pro Glu Lys Glu Glu Ile Lys Thr 580 585 590 Lys Thr Lys Glu Glu Leu Glu Lys Leu Asn Glu Ile Ser Asn Leu Arg 595 600 605 Asn Gly Ile Cys His Leu Asn Tyr Lys Glu Ile Ile Glu Glu Ile Leu 610 615 620 Lys Thr Glu Ile Ser Glu Lys Asn Lys Glu Ala Thr Leu Asn Glu Lys 625 630 635 640 Ile Arg Lys Val Ile Asn Phe Ile Lys Glu Asn Glu Leu Asp Lys Val 645 650 655 Glu Leu Gly Phe Asn Phe Ile Asn Asp Phe Phe Met Lys Lys Glu Gln 660 665 670 Phe Met Phe Gly Gln Ile Lys Gln Val Lys Glu Gly Asn Ser Asp Ser 675 680 685 Ile Thr Thr Glu Arg Glu Arg Lys Glu Lys Asn Asn Lys Lys Leu Lys 690 695 700 Glu Thr Tyr Glu Leu Asn Cys Asp Asn Leu Ser Glu Phe Tyr Glu Thr 705 710 715 720 Ser Asn Asn Leu Arg Glu Arg Ala Asn Ser Ser Ser Leu Leu Glu Asp 725 730 735 Ser Ala Phe Leu Lys Lys Ile Gly Leu Tyr Lys Val Lys Asn Asn Lys 740 745 750 Val Asn Ser Lys Val Lys Asp Glu Glu Lys Arg Ile Glu Asn Ile Lys 755 760 765 Arg Lys Leu Leu Lys Asp Ser Ser Asp Ile Met Gly Met Tyr Lys Ala 770 775 780 Glu Val Val Lys Lys Leu Lys Glu Lys Leu Ile Leu Ile Phe Lys His 785 790 795 800 Asp Glu Glu Lys Arg Ile Tyr Val Thr Val Tyr Asp Thr Ser Lys Ala 805 810 815 Val Pro Glu Asn Ile Ser Lys Glu Ile Leu Val Lys Arg Asn Asn Ser 820 825 830 Lys Glu Glu Tyr Phe Phe Glu Asp Asn Asn Lys Lys Tyr Val Thr Glu 835 840 845 Tyr Tyr Thr Leu Glu Ile Thr Glu Thr Asn Glu Leu Lys Val Ile Pro 850 855 860 Ala Lys Lys Leu Glu Gly Lys Glu Phe Lys Thr Glu Lys Asn Lys Glu 865 870 875 880 Asn Lys Leu Met Leu Asn Asn His Tyr Cys Phe Asn Val Lys Ile Ile 885 890 895 Tyr <210> 570 <211> 919 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Cetobacterium sp, ZOR0034 <400> 570 Met Glu Glu Ile Lys His Lys Lys Asn Lys Ser Ser Ile Ile Arg Val 1 5 10 15 Ile Val Ser Asn Tyr Asp Met Thr Gly Ile Lys Glu Ile Lys Val Leu 20 25 30 Tyr Gln Lys Gln Gly Gly Val Asp Thr Phe Asn Leu Lys Thr Ile Ile 35 40 45 Asn Leu Glu Ser Gly Asn Leu Glu Ile Ile Ser Cys Lys Pro Lys Glu 50 55 60 Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr Glu Phe Asn Cys Lys Thr Glu Ile Asn Thr 65 70 75 80 Ile Ser Ile Thr Lys Lys Asp Lys Val Leu Lys Lys Glu Ile Arg Lys 85 90 95 Tyr Ser Leu Glu Leu Tyr Phe Lys Asn Glu Lys Lys Asp Thr Val Val 100 105 110 Ala Lys Val Thr Asp Leu Leu Lys Ala Pro Asp Lys Ile Glu Gly Glu 115 120 125 Arg Asn His Leu Arg Lys Leu Ser Ser Ser Thr Glu Arg Lys Leu Leu 130 135 140 Ser Lys Thr Leu Cys Lys Asn Tyr Ser Glu Ile Ser Lys Thr Pro Ile 145 150 155 160 Glu Glu Ile Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys Ile Lys Arg Phe Leu Asn 165 170 175 Tyr Arg Ser Asn Phe Leu Ile Tyr Phe Ala Leu Ile Asn Asp Phe Leu 180 185 190 Cys Ala Gly Val Lys Glu Asp Asp Ile Asn Glu Val Trp Leu Ile Gln 195 200 205 Asp Lys Glu His Thr Ala Phe Leu Glu Asn Arg Ile Glu Lys Ile Thr 210 215 220 Asp Tyr Ile Phe Asp Lys Leu Ser Lys Asp Ile Glu Asn Lys Lys Asn 225 230 235 240 Gln Phe Glu Lys Arg Ile Lys Lys Tyr Lys Thr Ser Leu Glu Glu Leu 245 250 255 Lys Thr Glu Thr Leu Glu Lys Asn Lys Thr Phe Tyr Ile Asp Ser Ile 260 265 270 Lys Thr Lys Ile Thr Asn Leu Glu Asn Lys Ile Thr Glu Leu Ser Leu 275 280 285 Tyr Asn Ser Lys Glu Ser Leu Lys Glu Asp Leu Ile Lys Ile Ile Ser 290 295 300 Ile Phe Thr Asn Leu Arg His Ser Leu Met His Tyr Asp Tyr Lys Ser 305 310 315 320 Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Ile Glu Asn Glu Glu Leu Lys Asn Leu 325 330 335 Leu Asp Leu Asn Leu Phe Lys Ser Ile Arg Met Ser Asp Glu Phe Lys 340 345 350 Thr Lys Asn Arg Thr Asn Tyr Leu Asp Gly Thr Glu Ser Phe Thr Ile 355 360 365 Val Lys Lys His Gln Asn Leu Lys Lys Leu Tyr Thr Tyr Tyr Asn Asn 370 375 380 Leu Cys Asp Lys Lys Asn Gly Phe Asn Thr Phe Ile Asn Ser Phe Phe 385 390 395 400 Val Thr Asp Gly Ile Glu Asn Thr Asp Phe Lys Asn Leu Ile Ile Leu 405 410 415 His Phe Glu Lys Glu Met Glu Glu Tyr Lys Lys Ser Ile Glu Tyr Tyr 420 425 430 Lys Ile Lys Ile Ser Asn Glu Lys Asn Lys Ser Lys Lys Glu Lys Leu 435 440 445 Lys Glu Lys Ile Asp Leu Leu Gln Ser Glu Leu Ile Asn Met Arg Glu 450 455 460 His Lys Asn Leu Leu Lys Gln Ile Tyr Phe Phe Asp Ile His Asn Ser 465 470 475 480 Ile Lys Tyr Lys Glu Leu Tyr Ser Glu Arg Lys Asn Leu Ile Glu Gln 485 490 495 Tyr Asn Leu Gln Ile Asn Gly Val Lys Asp Val Thr Ala Ile Asn His 500 505 510 Ile Asn Thr Lys Leu Leu Ser Leu Lys Asn Lys Met Asp Lys Ile Thr 515 520 525 Lys Gln Asn Ser Leu Tyr Arg Leu Lys Tyr Lys Leu Lys Ile Ala Tyr 530 535 540 Ser Phe Leu Met Ile Glu Phe Asp Gly Asp Val Ser Lys Phe Lys Asn 545 550 555 560 Asn Phe Asp Pro Thr Asn Leu Glu Lys Arg Val Glu Tyr Leu Asp Lys 565 570 575 Lys Glu Glu Tyr Leu Asn Tyr Thr Ala Pro Lys Asn Lys Phe Asn Phe 580 585 590 Ala Lys Leu Glu Glu Glu Leu Gln Lys Ile Gln Ser Thr Ser Glu Met 595 600 605 Gly Ala Asp Tyr Leu Asn Val Ser Pro Glu Asn Asn Leu Phe Lys Phe 610 615 620 Tyr Ile Leu Thr Tyr Ile Met Leu Pro Val Glu Phe Lys Gly Asp Phe 625 630 635 640 Leu Gly Phe Val Lys Asn His Tyr Tyr Asn Ile Lys Asn Val Asp Phe 645 650 655 Met Asp Glu Ser Leu Leu Asp Glu Asn Glu Val Asp Ser Asn Lys Leu 660 665 670 Asn Glu Lys Ile Glu Asn Leu Lys Asp Ser Ser Phe Phe Asn Lys Ile 675 680 685 Arg Leu Phe Glu Lys Asn Ile Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys Tyr Ser 690 695 700 Val Ser Thr Gln Glu Asn Met Lys Glu Tyr Phe Lys Gln Leu Asn Leu 705 710 715 720 Asp Ile Pro Tyr Leu Asp Tyr Lys Ser Thr Asp Glu Ile Gly Ile Phe 725 730 735 Asn Lys Asn Met Ile Leu Pro Ile Phe Lys Tyr Tyr Gln Asn Val Phe 740 745 750 Lys Leu Cys Asn Asp Ile Glu Ile His Ala Leu Leu Ala Leu Ala Asn 755 760 765 Lys Lys Gln Gln Asn Leu Glu Tyr Ala Ile Tyr Cys Cys Ser Lys Lys 770 775 780 Asn Ser Leu Asn Tyr Asn Glu Leu Leu Lys Thr Phe Asn Arg Lys Thr 785 790 795 800 Tyr Gln Asn Leu Ser Phe Ile Arg Asn Lys Ile Ala His Leu Asn Tyr 805 810 815 Lys Glu Leu Phe Ser Asp Leu Phe Asn Asn Glu Leu Asp Leu Asn Thr 820 825 830 Lys Val Arg Cys Leu Ile Glu Phe Ser Gln Asn Asn Lys Phe Asp Gln 835 840 845 Ile Asp Leu Gly Met Asn Phe Ile Asn Asp Tyr Tyr Met Lys Lys Thr 850 855 860 Arg Phe Ile Phe Asn Gln Arg Arg Leu Arg Asp Leu Asn Val Pro Ser 865 870 875 880 Lys Glu Lys Ile Ile Asp Gly Lys Arg Lys Gln Gln Asn Asp Ser Asn 885 890 895 Asn Glu Leu Leu Lys Lys Tyr Gly Leu Ser Arg Thr Asn Ile Lys Asp 900 905 910 Ile Phe Asn Lys Ala Trp Tyr 915 <210> 571 <211> 1110 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium necrophorum <400> 571 Met Lys Val Arg Tyr Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile 1 5 10 15 Lys Thr Glu Ile Val Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu 20 25 30 Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu 35 40 45 Lys Tyr His Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Asn Asp 50 55 60 Ile Phe Ser Gln Thr Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr 65 70 75 80 Leu Lys Ile Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu 85 90 95 Asp Leu Met Asn Ser Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg 100 105 110 Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala 115 120 125 Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro Ile Glu Glu Val Asp Ser 130 135 140 Ile Lys Ile Tyr Lys Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met 145 150 155 160 Leu Leu Tyr Phe Ala Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys 165 170 175 Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp 180 185 190 Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln 195 200 205 Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys 210 215 220 Glu Lys Leu Ser Ser Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr 225 230 235 240 Ile Ile Lys Lys Leu Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys 245 250 255 Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Glu Leu 260 265 270 Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 275 280 285 Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp Ile 290 295 300 Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val 305 310 315 320 Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys 325 330 335 Lys Ala Lys Thr Leu Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys 340 345 350 Asn Gly Phe Asn Lys Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu 355 360 365 Glu Asn Thr Val Phe Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu 370 375 380 Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu 385 390 395 400 Lys Leu Lys Lys Lys Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn Ile 405 410 415 Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser 420 425 430 Arg Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu 435 440 445 Tyr Thr Lys Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu 450 455 460 Glu Ile Thr Lys Ile Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met 465 470 475 480 Glu Glu Ile Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met 485 490 495 Lys Ile Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser 500 505 510 Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln 515 520 525 Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu 530 535 540 Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met Gln Lys Ile Ile Gln Lys 545 550 555 560 Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe 565 570 575 Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly 580 585 590 Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val 595 600 605 Asp Phe Met Asp Glu Asn Gln Asn Asn Ile Gln Val Ser Gln Thr Val 610 615 620 Glu Lys Gln Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys 625 630 635 640 Asn Thr Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys Tyr Ser Ile Val Pro Asn Glu 645 650 655 Lys Leu Lys Gln Tyr Phe Glu Asp Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr Leu 660 665 670 Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu Gly Glu Asn Leu Gly 675 680 685 Ile Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Val Glu Gln Lys Ser Glu Val Ser Glu 690 695 700 Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn Lys 705 710 715 720 Thr Ile Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ala Phe Lys Leu 725 730 735 Phe Asn Asp Ile Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys Ser 740 745 750 Glu Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Glu Glu Leu Lys Asp Lys Met Ile 755 760 765 Gly Lys Gln Leu Asn Phe Gly Gln Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu Val 770 775 780 Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys Ile Leu Ser Lys Lys Ile Asp 785 790 795 800 Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu Ile Ala Tyr Leu Arg Asn 805 810 815 Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met Lys 820 825 830 Ile Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu Ile Pro Ser 835 840 845 Ile Lys Ile Gln Lys Met Ile Gln Phe Ile Glu Lys Cys Asn Leu Gln 850 855 860 Asn Gln Ile Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg 865 870 875 880 Lys Glu Lys Met Phe Phe Ile Gln Leu Lys Gln Ile Phe Pro Asp Ile 885 890 895 Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Lys Ser Glu Lys Glu Glu Ile Leu Arg 900 905 910 Lys Arg Tyr His Leu Ile Asn Lys Lys Asn Glu Gln Ile Lys Asp Glu 915 920 925 His Glu Ala Gln Ser Gln Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Ser Leu Gln Lys 930 935 940 Ile Phe Ser Cys Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Arg Arg Leu Lys Glu Glu 945 950 955 960 Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys Gln Gly Lys Lys Lys Ile Ser Met Lys 965 970 975 Glu Ile Lys Asp Lys Ile Ala Ser Asp Ile Ser Asp Leu Leu Gly Ile 980 985 990 Leu Lys Lys Glu Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys 995 1000 1005 Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Ile Ser Phe Tyr Asn 1010 1015 1020 His Gln Asp Lys Lys Lys Glu Glu Gly Ile Arg Val Phe Leu Ile 1025 1030 1035 Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Asp Gly Ser Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys Asn Gly Lys Glu Ile 1055 1060 1065 Thr Ile Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Met Ile Glu 1070 1075 1080 Lys Asn Thr Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly Lys Ile Ile Ser Leu 1085 1090 1095 Ile Pro His Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val Lys Tyr 1100 1105 1110 <210> 572 <211> 1110 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium necrophorum <400> 572 Met Glu Lys Phe Arg Arg Gln Asn Arg Ser Ser Ile Ile Lys Ile Ile 1 5 10 15 Ile Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly Ile Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 20 25 30 Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile Lys Thr Glu Ile Val 35 40 45 Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu Lys Ala Arg Glu Lys 50 55 60 Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 65 70 75 80 Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr 85 90 95 Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu 100 105 110 Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser 115 120 125 Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 130 135 140 Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu 145 150 155 160 Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys 165 170 175 Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 180 185 190 Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Asp Asn Glu 195 200 205 Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 210 215 220 Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 225 230 235 240 Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 245 250 255 Lys Glu Ser Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu 260 265 270 Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 275 280 285 Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met 290 295 300 His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn 305 310 315 320 Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp Ile Phe Lys Ser Leu Pro 325 330 335 Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 340 345 350 Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 355 360 365 Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys 370 375 380 Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 385 390 395 400 Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu Ile Glu Phe Leu Glu 405 410 415 Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 420 425 430 Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr 435 440 445 Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 450 455 460 Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 465 470 475 480 Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Lys Ile 485 490 495 Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys 500 505 510 Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Met Ala Phe Gly 515 520 525 Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser Arg Phe Lys Asp Glu 530 535 540 Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly 545 550 555 560 Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 565 570 575 Asn Leu Lys Lys Leu Gln Glu Thr Ile Gln Lys Thr Gly Glu Glu Asn 580 585 590 Trp Leu Leu Pro Gln Asn Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 595 600 605 Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 610 615 620 Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu 625 630 635 640 Asn Gln Ser Ser Lys Ile Ile Glu Ser Lys Glu Asp Asp Phe Tyr His 645 650 655 Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys 660 665 670 Tyr Ser Ile Val Pro Asp Lys Lys Leu Lys Gln Tyr Phe Lys Asp Leu 675 680 685 Gly Ile Asp Thr Lys Tyr Leu Ile Leu Asp Gln Lys Ser Glu Val Ser 690 695 700 Gly Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn 705 710 715 720 Lys Thr Ile Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ala Phe Lys 725 730 735 Leu Phe Asn Asp Ile Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys 740 745 750 Ser Gly Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Lys Glu Leu Lys Asp Lys Met 755 760 765 Ile Gly Lys Gln Leu Asn Phe Gly Gln Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu 770 775 780 Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Ser Glu Ile Leu Ser Glu Arg Ile 785 790 795 800 Asp Tyr Arg Lys Asp Met Cys Phe Ser Ala Glu Ile Ala Asp Leu Arg 805 810 815 Asn Phe Leu Ser His Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met Lys 820 825 830 Ile Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu Ile Pro Ser 835 840 845 Ile Lys Ile Gln Lys Met Ile Lys Phe Ile Glu Glu Cys Asn Leu Gln 850 855 860 Ser Gln Ile Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg 865 870 875 880 Lys Glu Lys Met Phe Phe Ile Gln Leu Lys Gln Ile Phe Pro Asp Ile 885 890 895 Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu Ile Leu Arg 900 905 910 Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gln Ile Lys Asp Glu 915 920 925 His Glu Ala Gln Ser Gln Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Ser Leu Gln Lys 930 935 940 Ile Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu Glu 945 950 955 960 Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys Gln Glu Lys Lys Lys Leu Ser Met Glu 965 970 975 Glu Ile Lys Asp Lys Ile Ala Gly Asp Ile Ser Asp Leu Leu Gly Ile 980 985 990 Leu Lys Lys Glu Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys 995 1000 1005 Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr Asn 1010 1015 1020 His Gln Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser Ile Arg Val Phe Leu Ile 1025 1030 1035 Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Asp Gly Ser Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys Asn Gly Lys Glu Ile 1055 1060 1065 Thr Ile Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Ile Ile Glu 1070 1075 1080 Lys Asn Thr Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly Lys Ile Ile Ser Leu 1085 1090 1095 Ile Pro His Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val Lys Tyr 1100 1105 1110 <210> 573 <211> 1111 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anaerosalibacer massiliensis <400> 573 Met Lys Ser Gly Arg Arg Glu Lys Ala Lys Ser Asn Lys Ser Ser Ile 1 5 10 15 Val Arg Val Ile Ile Ser Asn Phe Asp Asp Lys Gln Val Lys Glu Ile 20 25 30 Lys Val Leu Tyr Thr Lys Gln Gly Gly Ile Asp Val Ile Lys Phe Lys 35 40 45 Ser Thr Glu Lys Asp Glu Lys Gly Arg Met Lys Phe Asn Phe Asp Cys 50 55 60 Ala Tyr Asn Arg Leu Glu Glu Glu Glu Phe Asn Ser Phe Gly Gly Lys 65 70 75 80 Gly Lys Gln Ser Phe Phe Val Thr Thr Asn Glu Asp Leu Thr Glu Leu 85 90 95 His Val Thr Lys Arg His Lys Thr Thr Gly Glu Ile Ile Lys Asp Tyr 100 105 110 Thr Ile Gln Gly Lys Tyr Thr Pro Ile Lys Gln Asp Arg Thr Lys Val 115 120 125 Thr Val Ser Ile Thr Asp Asn Lys Asp His Phe Asp Ser Asn Asp Leu 130 135 140 Gly Asp Lys Ile Arg Leu Ser Arg Ser Leu Thr Gln Tyr Thr Asn Arg 145 150 155 160 Ile Leu Leu Asp Ala Asp Val Met Lys Asn Tyr Arg Glu Ile Val Cys 165 170 175 Ser Asp Ser Glu Lys Val Asp Glu Thr Ile Asn Ile Asp Ser Gln Glu 180 185 190 Ile Tyr Lys Ile Asn Arg Phe Leu Ser Tyr Arg Ser Asn Met Ile Ile 195 200 205 Tyr Tyr Gln Met Ile Asn Asn Phe Leu Leu His Tyr Asp Gly Glu Glu 210 215 220 Asp Lys Gly Gly Asn Asp Ser Ile Asn Leu Ile Asn Glu Ile Trp Lys 225 230 235 240 Tyr Glu Asn Lys Lys Asn Asp Glu Lys Glu Lys Ile Ile Glu Arg Ser 245 250 255 Tyr Lys Ser Ile Glu Lys Ser Ile Asn Gln Tyr Ile Leu Asn His Asn 260 265 270 Thr Glu Val Glu Ser Gly Asp Lys Glu Lys Lys Ile Asp Ile Ser Glu 275 280 285 Glu Arg Ile Lys Glu Asp Leu Lys Lys Thr Phe Ile Leu Phe Ser Arg 290 295 300 Leu Arg His Tyr Met Val His Tyr Asn Tyr Lys Phe Tyr Glu Asn Leu 305 310 315 320 Tyr Ser Gly Lys Asn Phe Ile Ile Tyr Asn Lys Asp Lys Ser Lys Ser 325 330 335 Arg Arg Phe Ser Glu Leu Leu Asp Leu Asn Ile Phe Lys Glu Leu Ser 340 345 350 Lys Ile Lys Leu Val Lys Asn Arg Ala Val Ser Asn Tyr Leu Asp Lys 355 360 365 Lys Thr Thr Ile His Val Leu Asn Lys Asn Ile Asn Ala Ile Lys Leu 370 375 380 Leu Asp Ile Tyr Arg Asp Ile Cys Glu Thr Lys Asn Gly Phe Asn Asn 385 390 395 400 Phe Ile Asn Asn Met Met Thr Ile Ser Gly Glu Glu Asp Lys Glu Tyr 405 410 415 Lys Glu Met Val Thr Lys His Phe Asn Glu Asn Met Asn Lys Leu Ser 420 425 430 Ile Tyr Leu Glu Asn Phe Lys Lys His Ser Asp Phe Lys Thr Asn Asn 435 440 445 Lys Lys Lys Glu Thr Tyr Asn Leu Leu Lys Gln Glu Leu Asp Glu Gln 450 455 460 Lys Lys Leu Arg Leu Trp Phe Asn Ala Pro Tyr Val Tyr Asp Ile His 465 470 475 480 Ser Ser Lys Lys Tyr Lys Glu Leu Tyr Val Glu Arg Lys Lys Tyr Val 485 490 495 Asp Ile His Ser Lys Leu Ile Glu Ala Gly Ile Asn Asn Asp Asn Lys 500 505 510 Lys Lys Leu Asn Glu Ile Asn Val Lys Leu Cys Glu Leu Asn Thr Glu 515 520 525 Met Lys Glu Met Thr Lys Leu Asn Ser Lys Tyr Arg Leu Gln Tyr Lys 530 535 540 Leu Gln Leu Ala Phe Gly Phe Ile Leu Glu Glu Phe Asn Leu Asp Ile 545 550 555 560 Asp Lys Phe Val Ser Ala Phe Asp Lys Asp Asn Asn Leu Thr Ile Ser 565 570 575 Lys Phe Met Glu Lys Arg Glu Thr Tyr Leu Ser Lys Ser Leu Asp Arg 580 585 590 Arg Asp Asn Arg Phe Lys Lys Leu Ile Lys Asp Tyr Lys Phe Arg Asp 595 600 605 Thr Glu Asp Ile Phe Cys Ser Asp Arg Glu Asn Asn Leu Val Lys Leu 610 615 620 Tyr Ile Leu Met Tyr Ile Leu Leu Pro Val Glu Ile Arg Gly Asp Phe 625 630 635 640 Leu Gly Phe Val Lys Lys Asn Tyr Tyr Asp Leu Lys His Val Asp Phe 645 650 655 Ile Asp Lys Arg Asn Asn Asp Asn Lys Asp Thr Phe Phe His Asp Leu 660 665 670 Arg Leu Phe Glu Lys Asn Val Lys Arg Leu Glu Val Thr Ser Tyr Ser 675 680 685 Leu Ser Asp Gly Phe Leu Gly Lys Lys Ser Arg Glu Lys Phe Gly Lys 690 695 700 Glu Leu Glu Lys Phe Ile Tyr Lys Asn Val Ser Ile Ala Leu Pro Thr 705 710 715 720 Asn Ile Asp Ile Lys Glu Phe Asn Lys Ser Leu Val Leu Pro Met Met 725 730 735 Lys Asn Tyr Gln Ile Ile Phe Lys Leu Leu Asn Asp Ile Glu Ile Ser 740 745 750 Ala Leu Phe Leu Ile Ala Lys Lys Glu Gly Asn Glu Gly Ser Ile Thr 755 760 765 Phe Lys Lys Val Ile Asp Lys Val Arg Lys Glu Asp Met Asn Gly Asn 770 775 780 Ile Asn Phe Ser Gln Val Met Lys Met Ala Leu Asn Glu Lys Val Asn 785 790 795 800 Cys Gln Ile Arg Asn Ser Ile Ala His Ile Asn Met Lys Gln Leu Tyr 805 810 815 Ile Glu Pro Leu Asn Ile Tyr Ile Asn Asn Asn Gln Asn Lys Lys Thr 820 825 830 Ile Ser Glu Gln Met Glu Glu Ile Ile Asp Ile Cys Ile Thr Lys Gly 835 840 845 Leu Thr Gly Lys Glu Leu Asn Lys Asn Ile Ile Asn Asp Tyr Tyr Met 850 855 860 Lys Lys Glu Lys Leu Val Phe Asn Leu Lys Leu Arg Lys Arg Asn Asn 865 870 875 880 Leu Val Ser Ile Asp Ala Gln Gln Lys Asn Met Lys Glu Lys Ser Ile 885 890 895 Leu Asn Lys Tyr Asp Leu Asn Tyr Lys Asp Glu Asn Leu Asn Ile Lys 900 905 910 Glu Ile Ile Leu Lys Val Asn Asp Leu Asn Asn Lys Gln Lys Leu Leu 915 920 925 Lys Glu Thr Thr Glu Gly Glu Ser Asn Tyr Lys Asn Ala Leu Ser Lys 930 935 940 Asp Ile Leu Leu Leu Asn Gly Ile Ile Arg Lys Asn Ile Asn Phe Lys 945 950 955 960 Ile Lys Glu Met Ile Leu Gly Ile Ile Gln Gln Asn Glu Tyr Arg Tyr 965 970 975 Val Asn Ile Asn Ile Tyr Asp Lys Ile Arg Lys Glu Asp His Asn Ile 980 985 990 Asp Leu Lys Ile Asn Asn Lys Tyr Ile Glu Ile Ser Cys Tyr Glu Asn 995 1000 1005 Lys Ser Asn Glu Ser Thr Asp Glu Arg Ile Asn Phe Lys Ile Lys 1010 1015 1020 Tyr Met Asp Leu Lys Val Lys Asn Glu Leu Leu Val Pro Ser Cys 1025 1030 1035 Tyr Glu Asp Ile Tyr Ile Lys Lys Lys Ile Asp Leu Glu Ile Arg 1040 1045 1050 Tyr Ile Glu Asn Cys Lys Val Val Tyr Ile Asp Ile Tyr Tyr Lys 1055 1060 1065 Lys Tyr Asn Ile Asn Leu Glu Phe Asp Gly Lys Thr Leu Phe Val 1070 1075 1080 Lys Phe Asn Lys Asp Val Lys Lys Asn Asn Gln Lys Val Asn Leu 1085 1090 1095 Glu Ser Asn Tyr Ile Gln Asn Ile Lys Phe Ile Val Ser 1100 1105 1110 <210> 574 <211> 1111 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium necrophorum <400> 574 Met Glu Lys Phe Arg Arg Gln Asn Arg Asn Ser Ile Ile Lys Ile Ile 1 5 10 15 Ile Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly Ile Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 20 25 30 Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile Lys Thr Glu Ile Val 35 40 45 Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu Lys Ala Arg Glu Lys 50 55 60 Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 65 70 75 80 Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr 85 90 95 Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu 100 105 110 Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser 115 120 125 Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Val 130 135 140 Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu 145 150 155 160 Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys 165 170 175 Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 180 185 190 Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Glu Asn Glu 195 200 205 Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 210 215 220 Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 225 230 235 240 Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 245 250 255 Lys Glu Ser Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu 260 265 270 Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 275 280 285 Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 290 295 300 His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Thr 305 310 315 320 Pro Glu Leu Lys Asp Lys Leu Asp Leu His Leu Phe Lys Ser Leu Pro 325 330 335 Leu Ile Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 340 345 350 Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 355 360 365 Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys 370 375 380 Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 385 390 395 400 Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu Met Glu Phe Leu Gly 405 410 415 Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Glu Lys Asn Pro Lys Leu Lys Lys Lys 420 425 430 Phe Asp Ser Met Lys Ala His Phe His Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr 435 440 445 Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser Ser Asn Tyr Lys Thr 450 455 460 Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 465 470 475 480 Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Gln Ile 485 490 495 Asn Arg Lys Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys 500 505 510 Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Met Ala Phe Gly 515 520 525 Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser Arg Phe Lys Asp Glu 530 535 540 Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly 545 550 555 560 Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 565 570 575 Asn Leu Lys Lys Leu Gln Glu Thr Ile Gln Lys Thr Gly Lys Glu Asn 580 585 590 Trp Leu Leu Pro Gln Asn Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 595 600 605 Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 610 615 620 Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu 625 630 635 640 Asn Gln Ser Ser Lys Ile Ile Glu Ser Lys Glu Asp Asp Phe Tyr His 645 650 655 Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys 660 665 670 Tyr Ser Ile Val Pro Asp Glu Lys Leu Lys Gln Tyr Phe Lys Asp Leu 675 680 685 Gly Ile Asp Thr Lys Tyr Leu Ile Leu Glu Gln Lys Ser Glu Val Ser 690 695 700 Gly Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn 705 710 715 720 Lys Thr Ile Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ala Phe Lys 725 730 735 Leu Phe Asn Asp Ile Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys 740 745 750 Ser Gly Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Lys Glu Leu Lys Asp Lys Met 755 760 765 Ile Gly Lys Gln Leu Asn Phe Gly Gln Leu Leu Tyr Val Ile Tyr Glu 770 775 780 Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Ser Glu Ile Leu Ser Glu Arg Ile 785 790 795 800 Asp Tyr Arg Lys Asp Met Cys Phe Ser Ala Glu Ile Ala Asp Leu Arg 805 810 815 Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met 820 825 830 Lys Ile Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu Ile Pro 835 840 845 Ser Ile Lys Ile Gln Lys Met Ile Lys Phe Ile Glu Glu Cys Asn Leu 850 855 860 Gln Ser Gln Ile Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met 865 870 875 880 Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe Ile Gln Leu Lys Gln Ile Phe Pro Asp 885 890 895 Ile Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu Ile Leu 900 905 910 Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gln Ile Lys Asp 915 920 925 Glu His Glu Ala Gln Ser Gln Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Ser Leu Gln 930 935 940 Lys Ile Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu 945 950 955 960 Glu Lys Leu Leu Phe Leu Gly Lys Gln Gly Lys Lys Lys Leu Ser Met 965 970 975 Glu Glu Ile Lys Asp Lys Ile Ala Gly Asp Ile Ser Asp Leu Leu Gly 980 985 990 Ile Leu Lys Lys Glu Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp Lys Leu Thr Glu 995 1000 1005 Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr 1010 1015 1020 Asn His Gln Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser Ile Arg Val Phe Leu 1025 1030 1035 Ile Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser Ile Leu 1040 1045 1050 Asp Asp Gly Ser Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys Asn Gly Lys Glu 1055 1060 1065 Ile Thr Ile Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Met Ile 1070 1075 1080 Glu Lys Asn Thr Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly Lys Ile Ile Ser 1085 1090 1095 Leu Val Pro His Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val Lys Tyr 1100 1105 1110 <210> 575 <211> 1115 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium necrophorum <400> 575 Met Glu Lys Phe Arg Arg Gln Asn Arg Asn Ser Ile Ile Lys Ile Ile 1 5 10 15 Ile Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly Ile Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 20 25 30 Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile Lys Thr Glu Ile Val 35 40 45 Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu Lys Ala Arg Glu Lys 50 55 60 Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 65 70 75 80 Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr 85 90 95 Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu 100 105 110 Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser 115 120 125 Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 130 135 140 Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala Lys Asn Tyr Ser Leu 145 150 155 160 Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys 165 170 175 Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 180 185 190 Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Asp Asn Glu 195 200 205 Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 210 215 220 Val Arg Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 225 230 235 240 Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 245 250 255 Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu 260 265 270 Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 275 280 285 Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 290 295 300 His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn 305 310 315 320 Asp Asp Leu Met Lys Asp Leu Asn Leu Asp Leu Phe Lys Ser Leu Pro 325 330 335 Leu Ile Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 340 345 350 Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 355 360 365 Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys 370 375 380 Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 385 390 395 400 Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu 405 410 415 Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 420 425 430 Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr 435 440 445 Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 450 455 460 Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 465 470 475 480 Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Lys Ile 485 490 495 Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys 500 505 510 Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Ile Ala Phe Gly 515 520 525 Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser Lys Phe Lys Asp Glu 530 535 540 Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly 545 550 555 560 Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 565 570 575 Asn Leu Glu Lys Met Gln Lys Ile Ile Gln Lys Thr Glu Glu Glu Asp 580 585 590 Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 595 600 605 Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 610 615 620 Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Ile Asp Glu 625 630 635 640 Asn Gln Asn Asn Ile Gln Val Ser Gln Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp 645 650 655 Tyr Phe Tyr His Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr 660 665 670 Glu Ile Val Lys Tyr Ser Ile Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys Gln Tyr 675 680 685 Phe Glu Asp Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Val Glu Gln Lys 690 695 700 Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn 705 710 715 720 Gly Met Phe Asn Lys Thr Ile Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gln 725 730 735 Ile Ala Phe Lys Leu Phe Asn Asp Ile Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe 740 745 750 Leu Arg Glu Lys Ser Gly Lys Pro Leu Glu Ile Phe Arg Lys Glu Leu 755 760 765 Glu Ser Lys Met Lys Asp Gly Tyr Leu Asn Phe Gly Gln Leu Leu Tyr 770 775 780 Val Val Tyr Glu Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys Ile Leu 785 790 795 800 Ser Lys Lys Ile Asp Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu Ile 805 810 815 Ala Tyr Leu Arg Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu 820 825 830 Asp Asn Phe Met Lys Ile Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu 835 840 845 Val Leu Ile Pro Ser Ile Lys Ile Gln Lys Met Ile Gln Phe Ile Glu 850 855 860 Lys Cys Asn Leu Gln Asn Gln Ile Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn 865 870 875 880 Asp Phe Tyr Met Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe Ile Gln Leu Lys Gln 885 890 895 Ile Phe Pro Asp Ile Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Met Asn Glu Lys 900 905 910 Glu Glu Ile Leu Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu 915 920 925 Gln Ile Lys Asp Glu His Glu Ala Gln Ser Gln Leu Tyr Glu Lys Ile 930 935 940 Leu Ser Leu Gln Lys Ile Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly 945 950 955 960 Arg Leu Lys Glu Glu Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys Gln Gly Lys Lys 965 970 975 Lys Leu Ser Met Glu Glu Ile Lys Asp Lys Ile Ala Gly Asp Ile Ser 980 985 990 Asp Leu Leu Gly Ile Leu Lys Lys Glu Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp 995 1000 1005 Lys Leu Thr Glu Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn 1010 1015 1020 Leu Ser Phe Tyr Asn His Gln Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser Ile 1025 1030 1035 Arg Val Phe Leu Ile Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe 1040 1045 1050 Glu Ser Ile Leu Asp Asp Gly Ser Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys 1055 1060 1065 Asn Gly Lys Glu Ile Thr Ile Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu 1070 1075 1080 Thr Leu Ile Ile Glu Lys Asn Thr Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly 1085 1090 1095 Lys Ile Ile Ser Leu Ile Pro His Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val 1100 1105 1110 Lys Tyr 1115 <210> 576 <211> 1121 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium perfoetens <400> 576 Met Gly Lys Pro Asn Arg Ser Ser Ile Ile Lys Ile Ile Ile Ser Asn 1 5 10 15 Tyr Asp Asn Lys Gly Ile Lys Glu Val Lys Val Arg Tyr Asn Lys Gln 20 25 30 Ala Gln Leu Asp Thr Phe Leu Ile Lys Ser Glu Leu Lys Asp Gly Lys 35 40 45 Phe Ile Leu Tyr Ser Ile Val Asp Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr 50 55 60 Ser Phe Glu Ile Asp Lys Thr Asn Ile Asn Lys Asn Glu Ile Leu Ile 65 70 75 80 Ile Lys Lys Asp Ile Tyr Ser Asn Lys Glu Asp Lys Val Ile Arg Lys 85 90 95 Tyr Ile Leu Ser Phe Glu Val Ser Glu Lys Asn Asp Arg Thr Ile Val 100 105 110 Thr Lys Ile Lys Asp Cys Leu Glu Thr Gln Lys Lys Glu Lys Phe Glu 115 120 125 Arg Glu Asn Thr Arg Arg Leu Ile Ser Glu Thr Glu Arg Lys Leu Leu 130 135 140 Ser Glu Glu Thr Gln Lys Thr Tyr Ser Lys Ile Ala Cys Cys Ser Pro 145 150 155 160 Glu Asp Ile Asp Ser Val Lys Ile Tyr Lys Ile Lys Arg Tyr Leu Ala 165 170 175 Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Phe Phe Ser Leu Ile Asn Asp Ile Phe 180 185 190 Val Lys Gly Val Val Lys Asp Asn Gly Glu Glu Val Gly Glu Ile Trp 195 200 205 Arg Ile Ile Asp Ser Lys Glu Ile Asp Glu Lys Lys Thr Tyr Asp Leu 210 215 220 Leu Val Glu Asn Phe Lys Lys Arg Met Ser Gln Glu Phe Ile Asn Tyr 225 230 235 240 Lys Gln Ser Ile Glu Asn Lys Ile Glu Lys Asn Thr Asn Lys Ile Lys 245 250 255 Glu Ile Glu Gln Lys Leu Lys Lys Glu Lys Tyr Lys Lys Glu Ile Asn 260 265 270 Arg Leu Lys Lys Gln Leu Ile Glu Leu Asn Arg Glu Asn Asp Leu Leu 275 280 285 Glu Lys Asp Lys Ile Glu Leu Ser Asp Glu Glu Ile Arg Glu Asp Ile 290 295 300 Glu Lys Ile Leu Lys Ile Tyr Ser Asp Leu Arg His Lys Leu Met His 305 310 315 320 Tyr Asn Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Ile Ser 325 330 335 Lys Glu Lys Asn Glu Asp Val Asn Leu Thr Glu Leu Leu Asp Leu Asn 340 345 350 Leu Phe Arg Tyr Leu Pro Leu Val Arg Gln Leu Lys Leu Glu Asn Lys 355 360 365 Thr Asn Tyr Leu Glu Lys Glu Asp Lys Ile Thr Val Leu Gly Val Ser 370 375 380 Asp Ser Ala Ile Lys Tyr Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Leu Cys Glu Gln 385 390 395 400 Lys Asn Gly Phe Asn Asn Phe Ile Asn Ser Phe Phe Ser Asn Asp Gly 405 410 415 Glu Glu Asn Lys Ser Phe Lys Glu Lys Ile Asn Leu Ser Leu Glu Lys 420 425 430 Glu Ile Glu Ile Met Glu Lys Glu Thr Asn Glu Lys Ile Lys Glu Ile 435 440 445 Asn Lys Asn Glu Leu Gln Leu Met Lys Glu Gln Lys Glu Leu Gly Thr 450 455 460 Ala Tyr Val Leu Asp Ile His Ser Leu Asn Asp Tyr Lys Ile Ser His 465 470 475 480 Asn Glu Arg Asn Lys Asn Val Lys Leu Gln Asn Asp Ile Met Asn Gly 485 490 495 Asn Arg Asp Lys Asn Ala Leu Asp Lys Ile Asn Lys Lys Leu Val Glu 500 505 510 Leu Lys Ile Lys Met Asp Lys Ile Thr Lys Arg Asn Ser Ile Leu Arg 515 520 525 Leu Lys Tyr Lys Leu Gln Val Ala Tyr Gly Phe Leu Met Glu Glu Tyr 530 535 540 Lys Gly Asn Ile Lys Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ile Ser Lys Glu 545 550 555 560 Lys Ile Lys Ser Tyr Lys Ser Lys Gly Glu Lys Tyr Leu Glu Val Lys 565 570 575 Ser Glu Lys Lys Tyr Ile Thr Lys Ile Leu Asn Ser Ile Glu Asp Ile 580 585 590 His Asn Ile Thr Trp Leu Lys Asn Gln Glu Glu Asn Asn Leu Phe Lys 595 600 605 Phe Tyr Val Leu Thr Tyr Ile Leu Leu Pro Phe Glu Phe Arg Gly Asp 610 615 620 Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Glu 625 630 635 640 Phe Leu Asp Glu Asn Asn Asp Arg Leu Thr Pro Glu Gln Leu Glu Lys 645 650 655 Met Lys Asn Asp Ser Phe Phe Asn Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn 660 665 670 Ser Lys Lys Tyr Asp Ile Leu Lys Glu Ser Ile Leu Thr Ser Glu Arg 675 680 685 Ile Gly Lys Tyr Phe Ser Leu Leu Asn Thr Gly Ala Lys Tyr Phe Glu 690 695 700 Tyr Gly Gly Glu Glu Asn Arg Gly Ile Phe Asn Lys Asn Ile Ile Ile 705 710 715 720 Pro Ile Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Val Leu Lys Leu Tyr Asn Asp Val 725 730 735 Glu Leu Ala Met Leu Leu Thr Leu Ser Glu Ser Asp Glu Lys Asp Ile 740 745 750 Asn Lys Ile Lys Glu Leu Val Thr Leu Lys Glu Lys Val Ser Pro Lys 755 760 765 Lys Ile Asp Tyr Glu Lys Lys Tyr Lys Phe Ser Val Leu Leu Asp Cys 770 775 780 Phe Asn Arg Ile Ile Asn Leu Gly Lys Lys Asp Phe Leu Ala Ser Glu 785 790 795 800 Glu Val Lys Glu Val Ala Lys Thr Phe Thr Asn Leu Ala Tyr Leu Arg 805 810 815 Asn Lys Ile Cys His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Ile Asp Asp Leu Leu 820 825 830 Thr Ile Asp Thr Asn Lys Ser Thr Thr Asp Ser Glu Gly Lys Leu Leu 835 840 845 Ile Asn Asp Arg Ile Arg Lys Leu Ile Lys Phe Ile Arg Glu Asn Asn 850 855 860 Gln Lys Met Asn Ile Ser Ile Asp Tyr Asn Tyr Ile Asn Asp Tyr Tyr 865 870 875 880 Met Lys Lys Glu Lys Phe Ile Phe Gly Gln Arg Lys Gln Ala Lys Thr 885 890 895 Ile Ile Asp Ser Gly Lys Lys Ala Asn Lys Arg Asn Lys Ala Glu Glu 900 905 910 Leu Leu Lys Met Tyr Arg Val Lys Lys Glu Asn Ile Asn Leu Ile Tyr 915 920 925 Glu Leu Ser Lys Lys Leu Asn Glu Leu Thr Lys Ser Glu Leu Phe Leu 930 935 940 Leu Asp Lys Lys Leu Leu Lys Asp Ile Asp Phe Thr Asp Val Lys Ile 945 950 955 960 Lys Asn Lys Ser Phe Phe Glu Leu Lys Asn Asp Val Lys Glu Val Ala 965 970 975 Asn Ile Lys Gln Ala Leu Gln Lys His Ser Ser Glu Leu Ile Gly Ile 980 985 990 Tyr Lys Lys Glu Val Ile Met Ala Ile Lys Arg Ser Ile Val Ser Lys 995 1000 1005 Leu Ile Tyr Asp Glu Glu Lys Val Leu Ser Ile Ile Ile Tyr Asp 1010 1015 1020 Lys Thr Asn Lys Lys Tyr Glu Asp Phe Leu Leu Glu Ile Arg Arg 1025 1030 1035 Glu Arg Asp Ile Asn Lys Phe Gln Phe Leu Ile Asp Glu Lys Lys 1040 1045 1050 Glu Lys Leu Gly Tyr Glu Lys Ile Ile Glu Thr Lys Glu Lys Lys 1055 1060 1065 Lys Val Val Val Lys Ile Gln Asn Asn Ser Glu Leu Val Ser Glu 1070 1075 1080 Pro Arg Ile Ile Lys Asn Lys Asp Lys Lys Lys Ala Lys Thr Pro 1085 1090 1095 Glu Glu Ile Ser Lys Leu Gly Ile Leu Asp Leu Thr Asn His Tyr 1100 1105 1110 Cys Phe Asn Leu Lys Ile Thr Leu 1115 1120 <210> 577 <211> 1137 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium necrophorum <400> 577 Met Glu Lys Phe Arg Arg Gln Asn Arg Asn Ser Ile Ile Lys Ile Ile 1 5 10 15 Ile Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly Ile Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 20 25 30 Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile Lys Thr Glu Ile Val 35 40 45 Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu Lys Ala Arg Glu Lys 50 55 60 Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 65 70 75 80 Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr 85 90 95 Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu 100 105 110 Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser 115 120 125 Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 130 135 140 Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala Lys Asn Tyr Ser Leu 145 150 155 160 Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys 165 170 175 Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 180 185 190 Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Asp Asn Glu 195 200 205 Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 210 215 220 Val Arg Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 225 230 235 240 Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 245 250 255 Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu 260 265 270 Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 275 280 285 Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 290 295 300 His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn 305 310 315 320 Asp Asp Leu Met Lys Asp Leu Asn Leu Asp Leu Phe Lys Ser Leu Pro 325 330 335 Leu Ile Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 340 345 350 Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 355 360 365 Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys 370 375 380 Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 385 390 395 400 Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu 405 410 415 Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 420 425 430 Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr 435 440 445 Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 450 455 460 Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 465 470 475 480 Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Lys Ile 485 490 495 Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys 500 505 510 Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Ile Ala Phe Gly 515 520 525 Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser Lys Phe Lys Asp Glu 530 535 540 Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly 545 550 555 560 Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 565 570 575 Asn Leu Glu Lys Met Gln Lys Ile Ile Gln Lys Thr Glu Glu Glu Asp 580 585 590 Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 595 600 605 Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 610 615 620 Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Ile Asp Glu 625 630 635 640 Asn Gln Asn Asn Ile Gln Val Ser Gln Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp 645 650 655 Tyr Phe Tyr His Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr 660 665 670 Glu Ile Val Lys Tyr Ser Ile Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys Gln Tyr 675 680 685 Phe Glu Asp Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Gly Ser Val Glu 690 695 700 Ser Gly Glu Lys Trp Leu Gly Glu Asn Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr 705 710 715 720 Leu Thr Val Glu Gln Lys Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Asn Lys Lys 725 730 735 Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn Lys Thr Ile Leu Leu Phe 740 745 750 Val Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ala Phe Lys Leu Phe Asn Asp Ile Glu 755 760 765 Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys Ser Gly Lys Pro Leu Glu 770 775 780 Ile Phe Arg Lys Glu Leu Glu Ser Lys Met Lys Asp Gly Tyr Leu Asn 785 790 795 800 Phe Gly Gln Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu Val Leu Val Lys Asn Lys 805 810 815 Asp Leu Asp Lys Ile Leu Ser Lys Lys Ile Asp Tyr Arg Lys Asp Lys 820 825 830 Ser Phe Ser Pro Glu Ile Ala Tyr Leu Arg Asn Phe Leu Ser His Leu 835 840 845 Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met Lys Ile Asn Thr Asn Lys 850 855 860 Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu Ile Pro Ser Ile Lys Ile Gln Lys 865 870 875 880 Met Ile Gln Phe Ile Glu Lys Cys Asn Leu Gln Asn Gln Ile Asp Phe 885 890 895 Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg Lys Glu Lys Met Phe 900 905 910 Phe Ile Gln Leu Lys Gln Ile Phe Pro Asp Ile Asn Ser Thr Glu Lys 915 920 925 Gln Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu Ile Leu Arg Asn Arg Tyr His Leu 930 935 940 Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gln Ile Lys Asp Glu His Glu Ala Gln Ser 945 950 955 960 Gln Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Ser Leu Gln Lys Ile Tyr Ser Ser Asp 965 970 975 Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu Glu Lys Leu Leu Phe Leu 980 985 990 Glu Lys Gln Gly Lys Lys Lys Leu Ser Met Glu Glu Ile Lys Asp Lys 995 1000 1005 Ile Ala Gly Asp Ile Ser Asp Leu Leu Gly Ile Leu Lys Lys Glu 1010 1015 1020 Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys Phe Arg Tyr 1025 1030 1035 Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr Asn His Gln Asp 1040 1045 1050 Lys Lys Lys Glu Glu Ser Ile Arg Val Phe Leu Ile Arg Asp Lys 1055 1060 1065 Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser Ile Leu Asp Asp Gly Ser 1070 1075 1080 Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys Asn Gly Lys Glu Ile Thr Ile Gln 1085 1090 1095 Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Ile Ile Glu Lys Asn Thr 1100 1105 1110 Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly Lys Ile Ile Ser Leu Ile Pro His 1115 1120 1125 Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val Lys Tyr 1130 1135 <210> 578 <211> 1158 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Fusobacterium varium <400> 578 Met Glu Asn Lys Asn Lys Pro Asn Arg Gly Ser Ile Val Arg Ile Ile 1 5 10 15 Ile Ser Asn Tyr Asp Met Lys Gly Ile Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 20 25 30 Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Leu Gln Thr Thr Leu Asp 35 40 45 Lys Ser Asn Asn Ser Ile Leu Ile Asn Asp Phe Arg Val Lys Ala Arg 50 55 60 Glu Lys Tyr Arg Tyr Ser Phe Thr Tyr Asp Gly Lys Glu Lys Phe Ser 65 70 75 80 Val Pro Ser Asn Ser Ile Ile Val Thr Lys Ile Asp Asn Ala Ala Pro 85 90 95 Glu Lys Ser Lys Glu Ile Arg Lys Tyr Lys Ile Thr Leu Gly Ile Asp 100 105 110 Glu Lys Cys Lys Thr Gly Ser Met Ile Thr Ala Ala Ile Glu Asp Leu 115 120 125 Leu Glu Asp Asp Arg Val Arg Glu Gly Ile Arg Asn Pro Arg Arg Lys 130 135 140 Ala Ser Lys Thr Glu Arg Lys Leu Ile Thr Glu Ser Ile Cys His Asn 145 150 155 160 Tyr Ala Gln Ile Thr Gln Cys Pro Val Glu Glu Ile Asp Ala Val Lys 165 170 175 Ile Tyr Lys Val Lys Arg Phe Leu Ser Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu 180 185 190 Phe Phe Ala Leu Ile Asn Asp Phe Leu Cys Lys Asn Leu Lys Asn Glu 195 200 205 Lys Gly Glu Lys Ile Asn Glu Ile Trp Glu Met Glu Asn Lys Gly Asn 210 215 220 Asn Lys Lys Ile Asp Phe Asp Glu Asn Tyr Asn Ile Leu Val Ala Gln 225 230 235 240 Ile Lys Glu Tyr Phe Thr Lys Glu Ile Glu Asn Tyr Asn Asn Arg Ile 245 250 255 Asp Asn Ile Ile Asp Lys Lys Glu Leu Leu Lys Tyr Ser Glu Glu Lys 260 265 270 Glu Glu Ser Glu Lys Asn Lys Lys Leu Glu Glu Leu Asn Lys Leu Glu 275 280 285 Ser Gln Lys Leu Lys Ile Leu Thr Asp Glu Glu Ile Lys Ala Asp Val 290 295 300 Ile Lys Ile Ile Lys Ile Phe Ser Asp Leu Arg His Ser Leu Met His 305 310 315 320 Tyr Glu Tyr Lys Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn Glu 325 330 335 Glu Leu Ala Glu Leu Leu Asn Leu Asn Leu Phe Lys Asn Leu Thr Leu 340 345 350 Leu Arg Gln Met Lys Ile Glu Asn Lys Thr Asn Tyr Leu Glu Gly Asp 355 360 365 Glu Lys Phe Asn Ile Leu Gly Lys Asp Val Arg Ala Lys Asn Ala Leu 370 375 380 Gly His Tyr Asp Leu Leu Val Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Asn Phe 385 390 395 400 Ile Asn Ser Phe Phe Val Gln Asp Gly Thr Glu Asn Leu Glu Phe Lys 405 410 415 Lys Phe Ile Asp Glu Asn Phe Ile Lys Ala Gln Lys Glu Leu Glu Glu 420 425 430 Asp Ile Lys Asn Cys Lys Glu Ser Val Lys Lys Leu Glu Lys Lys Leu 435 440 445 Lys Glu Asn Pro Lys Lys Ser Glu Asp Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys 450 455 460 Lys Gln Lys Lys Leu Lys Glu Leu Lys Lys Glu Leu Glu Lys Met Lys 465 470 475 480 Gln His Tyr Lys Arg Leu Asn Cys Ala Tyr Val Trp Asp Ile His Ser 485 490 495 Ser Thr Val Tyr Lys Lys Leu Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Ile Glu 500 505 510 Lys Tyr Asn Lys Gln Leu Asn Gly Leu Gln Asp Lys Asn Ala Ile Thr 515 520 525 Gly Ile Asn Ala Gln Leu Leu Arg Ile Lys Lys Glu Met Glu Glu Ile 530 535 540 Thr Lys Ser Asn Ser Leu Phe Arg Leu Lys Tyr Lys Met Gln Ile Ala 545 550 555 560 Tyr Ala Phe Leu Glu Met Glu Tyr Glu Gly Asn Ile Ala Lys Phe Lys 565 570 575 Asn Glu Phe Asp Cys Ser Lys Thr Glu Lys Ile Gln Glu Trp Leu Glu 580 585 590 Lys Ser Glu Glu Tyr Leu Asn Tyr Cys Met Glu Lys Glu Glu Asp Gly 595 600 605 Lys Asn Tyr Lys Phe His Phe Lys Glu Ile Ser Glu Ile Lys Asp Thr 610 615 620 His Asn Glu Glu Trp Leu Glu Asn Thr Ser Glu Asn Asn Leu Phe Lys 625 630 635 640 Phe Tyr Ile Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Met Glu Phe Lys Gly Asp 645 650 655 Phe Leu Gly Val Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Asp 660 665 670 Phe Thr Asp Glu Ser Glu Lys Glu Leu Ser Gln Glu Gln Ile Asp Lys 675 680 685 Met Ile Gly Asp Ser Phe Phe His Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn 690 695 700 Thr Lys Arg Tyr Glu Ile Ile Lys Tyr Ser Ile Leu Thr Ser Asp Glu 705 710 715 720 Ile Lys Lys Tyr Phe Glu Leu Leu Glu Leu Lys Val Pro Tyr Leu Glu 725 730 735 Tyr Lys Gly Ile Asp Glu Ile Gly Ile Phe Asn Lys Asn Ile Ile Leu 740 745 750 Pro Ile Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ile Phe Arg Leu Tyr Asn Asp Leu 755 760 765 Glu Ile His Gly Leu Phe Asn Val Ser Phe Asp Ile Asn Lys Ile Leu 770 775 780 Ser Asp Leu Lys Ser Tyr Gly Asn Glu Asn Ile Asn Phe Arg Glu Phe 785 790 795 800 Leu Tyr Val Ile Lys Gln Asn Asn Asn Ser Ser Thr Glu Glu Glu Tyr 805 810 815 Gln Lys Ile Trp Glu Lys Leu Glu Ser Lys Tyr Leu Lys Glu Pro Leu 820 825 830 Leu Thr Pro Glu Lys Lys Glu Ile Asn Lys Lys Thr Glu Lys Glu Leu 835 840 845 Lys Lys Leu Asp Gly Ile Ser Phe Leu Arg Asn Lys Ile Ser His Leu 850 855 860 Glu Tyr Glu Lys Ile Ile Glu Gly Val Leu Lys Thr Ala Val Asn Gly 865 870 875 880 Glu Asn Lys Lys Thr Ser Glu Thr Asn Ala Asp Lys Val Phe Leu Asn 885 890 895 Glu Lys Ile Lys Lys Ile Ile Asn Phe Ile Lys Glu Asn Glu Leu Asp 900 905 910 Lys Ile Glu Leu Gly Phe Asn Phe Ile Asn Asp Phe Phe Met Lys Lys 915 920 925 Glu Gln Phe Met Phe Gly Gln Ile Lys Gln Val Lys Glu Gly Asn Ser 930 935 940 Asp Ser Ile Thr Thr Glu Arg Lys Arg Lys Glu Glu Asn Asn Lys Arg 945 950 955 960 Leu Lys Ile Thr Tyr Gly Leu Asn Tyr Asn Asn Leu Ser Lys Ile Tyr 965 970 975 Glu Phe Ser Asn Thr Leu Arg Glu Ile Val Asn Ser Pro Leu Phe Leu 980 985 990 Lys Asp Ser Thr Leu Leu Lys Lys Val Asp Leu Ser Lys Val Met Leu 995 1000 1005 Lys Glu Lys Pro Ile Cys Ser Leu Gln Tyr Glu Asn Asn Thr Lys 1010 1015 1020 Leu Glu Asp Asp Ile Lys Arg Ile Leu Leu Lys Asp Ser Ser Asp 1025 1030 1035 Ile Met Gly Ile Tyr Lys Ala Glu Val Val Lys Lys Leu Lys Glu 1040 1045 1050 Lys Leu Val Leu Ile Phe Lys Tyr Asp Glu Glu Lys Lys Ile Tyr 1055 1060 1065 Val Thr Val Tyr Asp Thr Ser Lys Ala Val Pro Glu Asn Ile Ser 1070 1075 1080 Lys Glu Ile Leu Val Lys Arg Asn Asn Ser Lys Glu Glu Tyr Phe 1085 1090 1095 Phe Glu Asp Asn Lys Lys Lys Tyr Thr Thr Gln Tyr Tyr Thr Leu 1100 1105 1110 Glu Ile Thr Lys Glu Asn Glu Leu Lys Val Ile Pro Ala Lys Lys 1115 1120 1125 Leu Glu Gly Lys Glu Phe Lys Thr Glu Lys Lys Glu Glu Asn Lys 1130 1135 1140 Leu Met Leu Asn Asn His Tyr Cys Phe Asn Val Lys Ile Ile Tyr 1145 1150 1155 <210> 579 <211> 1385 <212> PRT <213> Leptotrichia sp oral taxon <400> 579 Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 1 5 10 15 Lys Asp Phe Lys Ile Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 20 25 30 Gly Asn Lys Tyr Ile Leu Asn Ile Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 35 40 45 Ile Asp Asn Asn Lys Phe Ile Gly Glu Phe Val Asn Tyr Lys Lys Asn 50 55 60 Asn Asn Val Leu Lys Glu Phe Lys Arg Lys Phe His Ala Gly Asn Ile 65 70 75 80 Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Glu Ile Ile Arg Ile Glu Asn Asn 85 90 95 Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr Ile Glu Val Tyr 100 105 110 Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Glu Ile Thr Lys Lys Lys Ile 115 120 125 Ile Asp Glu Ala Ile Arg Gln Gly Ile Thr Lys Asp Asp Lys Lys Ile 130 135 140 Glu Ile Lys Arg Gln Glu Asn Glu Glu Glu Ile Glu Ile Asp Ile Arg 145 150 155 160 Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser Ile Ile Leu Arg 165 170 175 Ile Ile Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser Ile Tyr Glu Ile 180 185 190 Phe Lys Asn Ile Asn Met Ser Leu Tyr Lys Ile Ile Glu Lys Ile Ile 195 200 205 Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 210 215 220 Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asn Lys Ile Asp Val Ile Leu Thr 225 230 235 240 Asn Phe Met Glu Ile Arg Glu Lys Ile Lys Ser Asn Leu Glu Ile Met 245 250 255 Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Ser Gly Asp Lys Lys Lys Ser 260 265 270 Glu Asn Lys Lys Met Phe Val Glu Lys Ile Leu Asn Thr Asn Val Asp 275 280 285 Leu Thr Val Glu Asp Ile Val Asp Phe Ile Val Lys Glu Leu Lys Phe 290 295 300 Trp Asn Ile Thr Lys Arg Ile Glu Lys Val Lys Lys Phe Asn Asn Glu 305 310 315 320 Phe Leu Glu Asn Arg Arg Asn Arg Thr Tyr Ile Lys Ser Tyr Val Leu 325 330 335 Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys Ile Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 340 345 350 Lys Ile Val Lys Phe Phe Val Glu Asn Ile Lys Asn Asn Ser Ile Lys 355 360 365 Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Ala Glu Phe Lys Ile Asn Glu Leu Ile 370 375 380 Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu Ile 385 390 395 400 Phe Gly Ile Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 405 410 415 Phe Ser Asn Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys Ile Ile Tyr 420 425 430 Arg Tyr Leu Lys Gly Arg Ile Glu Lys Ile Leu Val Asn Glu Gln Lys 435 440 445 Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys Ile Glu Ile Glu Lys Ile Leu Asn 450 455 460 Glu Ser Ile Leu Ser Glu Lys Ile Leu Lys Arg Val Lys Gln Tyr Thr 465 470 475 480 Leu Glu His Ile Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp Ile Val 485 490 495 Lys Met Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 500 505 510 Glu Leu Asp Leu Glu Leu Ile Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 515 520 525 Leu Asn Lys Ile Phe Asn Gly Lys Glu Lys Val Thr Asp Phe Phe Gly 530 535 540 Phe Asn Leu Asn Gly Gln Lys Ile Thr Leu Lys Glu Lys Val Pro Ser 545 550 555 560 Phe Lys Leu Asn Ile Leu Lys Lys Leu Asn Phe Ile Asn Asn Glu Asn 565 570 575 Asn Ile Asp Glu Lys Leu Ser His Phe Tyr Ser Phe Gln Lys Glu Gly 580 585 590 Tyr Leu Leu Arg Asn Lys Ile Leu His Asn Ser Tyr Gly Asn Ile Gln 595 600 605 Glu Thr Lys Asn Leu Lys Gly Glu Tyr Glu Asn Val Glu Lys Leu Ile 610 615 620 Lys Glu Leu Lys Val Ser Asp Glu Glu Ile Ser Lys Ser Leu Ser Leu 625 630 635 640 Asp Val Ile Phe Glu Gly Lys Val Asp Ile Ile Asn Lys Ile Asn Ser 645 650 655 Leu Lys Ile Gly Glu Tyr Lys Asp Lys Lys Tyr Leu Pro Ser Phe Ser 660 665 670 Lys Ile Val Leu Glu Ile Thr Arg Lys Phe Arg Glu Ile Asn Lys Asp 675 680 685 Lys Leu Phe Asp Ile Glu Ser Glu Lys Ile Ile Leu Asn Ala Val Lys 690 695 700 Tyr Val Asn Lys Ile Leu Tyr Glu Lys Ile Thr Ser Asn Glu Glu Asn 705 710 715 720 Glu Phe Leu Lys Thr Leu Pro Asp Lys Leu Val Lys Lys Ser Asn Asn 725 730 735 Lys Lys Glu Asn Lys Asn Leu Leu Ser Ile Glu Glu Tyr Tyr Lys Asn 740 745 750 Ala Gln Val Ser Ser Ser Lys Gly Asp Lys Lys Ala Ile Lys Lys Tyr 755 760 765 Gln Asn Lys Val Thr Asn Ala Tyr Leu Glu Tyr Leu Glu Asn Thr Phe 770 775 780 Thr Glu Ile Ile Asp Phe Ser Lys Phe Asn Leu Asn Tyr Asp Glu Ile 785 790 795 800 Lys Thr Lys Ile Glu Glu Arg Lys Asp Asn Lys Ser Lys Ile Ile Ile 805 810 815 Asp Ser Ile Ser Thr Asn Ile Asn Ile Thr Asn Asp Ile Glu Tyr Ile 820 825 830 Ile Ser Ile Phe Ala Leu Leu Asn Ser Asn Thr Tyr Ile Asn Lys Ile 835 840 845 Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val Trp Leu Glu Lys Gln Asn Gly 850 855 860 Thr Lys Glu Tyr Asp Tyr Glu Asn Ile Ile Ser Ile Leu Asp Glu Val 865 870 875 880 Leu Leu Ile Asn Leu Leu Arg Glu Asn Asn Ile Thr Asp Ile Leu Asp 885 890 895 Leu Lys Asn Ala Ile Ile Asp Ala Lys Ile Val Glu Asn Asp Glu Thr 900 905 910 Tyr Ile Lys Asn Tyr Ile Phe Glu Ser Asn Glu Glu Lys Leu Lys Lys 915 920 925 Arg Leu Phe Cys Glu Glu Leu Val Asp Lys Glu Asp Ile Arg Lys Ile 930 935 940 Phe Glu Asp Glu Asn Phe Lys Phe Lys Ser Phe Ile Lys Lys Asn Glu 945 950 955 960 Ile Gly Asn Phe Lys Ile Asn Phe Gly Ile Leu Ser Asn Leu Glu Cys 965 970 975 Asn Ser Glu Val Glu Ala Lys Lys Ile Ile Gly Lys Asn Ser Lys Lys 980 985 990 Leu Glu Ser Phe Ile Gln Asn Ile Ile Asp Glu Tyr Lys Ser Asn Ile 995 1000 1005 Arg Thr Leu Phe Ser Ser Glu Phe Leu Glu Lys Tyr Lys Glu Glu 1010 1015 1020 Ile Asp Asn Leu Val Glu Asp Thr Glu Ser Glu Asn Lys Asn Lys 1025 1030 1035 Phe Glu Lys Ile Tyr Tyr Pro Lys Glu His Lys Asn Glu Leu Tyr 1040 1045 1050 Ile Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn Ile Gly Asn Pro Asn Phe 1055 1060 1065 Asp Lys Ile Tyr Gly Leu Ile Ser Lys Asp Ile Lys Asn Val Asp 1070 1075 1080 Thr Lys Ile Leu Phe Asp Asp Asp Ile Lys Lys Asn Lys Ile Ser 1085 1090 1095 Glu Ile Asp Ala Ile Leu Lys Asn Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly 1100 1105 1110 Tyr Ser Asn Asp Tyr Lys Ala Lys Tyr Val Asn Lys Leu Lys Glu 1115 1120 1125 Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn Ile Gln Asn Glu Asn Tyr Ser 1130 1135 1140 Ser Phe Gly Glu Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Lys Val Ser Glu Tyr 1145 1150 1155 Lys Lys Ile Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr Leu Asn Lys Ile 1160 1165 1170 Glu Ser Tyr Leu Ile Asp Ile Asn Trp Lys Leu Ala Ile Gln Met 1175 1180 1185 Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr Ile Val Asn Gly Leu Arg 1190 1195 1200 Glu Leu Gly Ile Ile Lys Leu Ser Gly Tyr Asn Thr Gly Ile Ser 1205 1210 1215 Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly Phe Tyr Thr Thr 1220 1225 1230 Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser Tyr Lys Lys Phe 1235 1240 1245 Glu Lys Ile Cys Tyr Gly Phe Gly Ile Asp Leu Ser Glu Asn Ser 1250 1255 1260 Glu Ile Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser Ile Arg Asn Tyr Ile Ser 1265 1270 1275 His Phe Tyr Ile Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp Tyr Ser Ile Ala 1280 1285 1290 Glu Gln Ile Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser Tyr Ser Thr Arg 1295 1300 1305 Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu Val Phe Lys Lys 1310 1315 1320 Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys Lys Phe Arg Leu 1325 1330 1335 Ile Gly Asn Asn Asp Ile Leu Glu Arg Leu Met Lys Pro Lys Lys 1340 1345 1350 Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser Asp Tyr Ile Lys 1355 1360 1365 Asn Leu Ile Ile Glu Leu Leu Thr Lys Ile Glu Asn Thr Asn Asp 1370 1375 1380 Thr Leu 1385 <210> 580 <211> 1389 <212> PRT <213> Leptotrichia shahii <400> 580 Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 1 5 10 15 Lys Asp Phe Lys Ile Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 20 25 30 Gly Asn Lys Tyr Ile Leu Asn Ile Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 35 40 45 Ile Asp Asn Asn Lys Phe Ile Arg Lys Tyr Ile Asn Tyr Lys Lys Asn 50 55 60 Asp Asn Ile Leu Lys Glu Phe Thr Arg Lys Phe His Ala Gly Asn Ile 65 70 75 80 Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Gly Ile Ile Arg Ile Glu Asn Asn 85 90 95 Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr Ile Glu Ala Tyr 100 105 110 Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Gly Ile Thr Lys Lys Lys Ile 115 120 125 Ile Asp Glu Ala Ile Arg Gln Gly Ile Thr Lys Asp Asp Lys Lys Ile 130 135 140 Glu Ile Lys Arg Gln Glu Asn Glu Glu Glu Ile Glu Ile Asp Ile Arg 145 150 155 160 Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser Ile Ile Leu Arg 165 170 175 Ile Ile Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser Ile Tyr Glu Ile 180 185 190 Phe Lys Asn Ile Asn Met Ser Leu Tyr Lys Ile Ile Glu Lys Ile Ile 195 200 205 Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 210 215 220 Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asp Lys Ile Asp Val Ile Leu Thr 225 230 235 240 Asn Phe Met Glu Ile Arg Glu Lys Ile Lys Ser Asn Leu Glu Ile Leu 245 250 255 Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Gly Gly Asp Lys Lys Lys Ser 260 265 270 Lys Asn Lys Lys Met Leu Val Glu Lys Ile Leu Asn Ile Asn Val Asp 275 280 285 Leu Thr Val Glu Asp Ile Ala Asp Phe Val Ile Lys Glu Leu Glu Phe 290 295 300 Trp Asn Ile Thr Lys Arg Ile Glu Lys Val Lys Lys Val Asn Asn Glu 305 310 315 320 Phe Leu Glu Lys Arg Arg Asn Arg Thr Tyr Ile Lys Ser Tyr Val Leu 325 330 335 Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys Ile Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 340 345 350 Lys Ile Val Lys Phe Phe Val Glu Asn Ile Lys Asn Asn Ser Ile Lys 355 360 365 Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Ala Glu Phe Lys Ile Asp Glu Leu Ile 370 375 380 Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu Ile 385 390 395 400 Phe Gly Ile Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 405 410 415 Phe Ser Lys Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys Ile Ile Tyr 420 425 430 Arg Tyr Leu Lys Gly Arg Ile Glu Lys Ile Leu Val Asn Glu Gln Lys 435 440 445 Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys Ile Glu Ile Glu Lys Ile Leu Asn 450 455 460 Glu Ser Ile Leu Ser Glu Lys Ile Leu Lys Arg Val Lys Gln Tyr Thr 465 470 475 480 Leu Glu His Ile Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp Ile Asp 485 490 495 Met Thr Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 500 505 510 Glu Leu Asp Leu Glu Leu Ile Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 515 520 525 Leu Asn Lys Ile Phe Ser Arg Glu Asn Ile Asn Asn Asp Glu Asn Ile 530 535 540 Asp Phe Phe Gly Gly Asp Arg Glu Lys Asn Tyr Val Leu Asp Lys Lys 545 550 555 560 Ile Leu Asn Ser Lys Ile Lys Ile Ile Arg Asp Leu Asp Phe Ile Asp 565 570 575 Asn Lys Asn Asn Ile Thr Asn Asn Phe Ile Arg Lys Phe Thr Lys Ile 580 585 590 Gly Thr Asn Glu Arg Asn Arg Ile Leu His Ala Ile Ser Lys Glu Arg 595 600 605 Asp Leu Gln Gly Thr Gln Asp Asp Tyr Asn Lys Val Ile Asn Ile Ile 610 615 620 Gln Asn Leu Lys Ile Ser Asp Glu Glu Val Ser Lys Ala Leu Asn Leu 625 630 635 640 Asp Val Val Phe Lys Asp Lys Lys Asn Ile Ile Thr Lys Ile Asn Asp 645 650 655 Ile Lys Ile Ser Glu Glu Asn Asn Asn Asp Ile Lys Tyr Leu Pro Ser 660 665 670 Phe Ser Lys Val Leu Pro Glu Ile Leu Asn Leu Tyr Arg Asn Asn Pro 675 680 685 Lys Asn Glu Pro Phe Asp Thr Ile Glu Thr Glu Lys Ile Val Leu Asn 690 695 700 Ala Leu Ile Tyr Val Asn Lys Glu Leu Tyr Lys Lys Leu Ile Leu Glu 705 710 715 720 Asp Asp Leu Glu Glu Asn Glu Ser Lys Asn Ile Phe Leu Gln Glu Leu 725 730 735 Lys Lys Thr Leu Gly Asn Ile Asp Glu Ile Asp Glu Asn Ile Ile Glu 740 745 750 Asn Tyr Tyr Lys Asn Ala Gln Ile Ser Ala Ser Lys Gly Asn Asn Lys 755 760 765 Ala Ile Lys Lys Tyr Gln Lys Lys Val Ile Glu Cys Tyr Ile Gly Tyr 770 775 780 Leu Arg Lys Asn Tyr Glu Glu Leu Phe Asp Phe Ser Asp Phe Lys Met 785 790 795 800 Asn Ile Gln Glu Ile Lys Lys Gln Ile Lys Asp Ile Asn Asp Asn Lys 805 810 815 Thr Tyr Glu Arg Ile Thr Val Lys Thr Ser Asp Lys Thr Ile Val Ile 820 825 830 Asn Asp Asp Phe Glu Tyr Ile Ile Ser Ile Phe Ala Leu Leu Asn Ser 835 840 845 Asn Ala Val Ile Asn Lys Ile Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val 850 855 860 Trp Leu Asn Thr Ser Glu Tyr Gln Asn Ile Ile Asp Ile Leu Asp Glu 865 870 875 880 Ile Met Gln Leu Asn Thr Leu Arg Asn Glu Cys Ile Thr Glu Asn Trp 885 890 895 Asn Leu Asn Leu Glu Glu Phe Ile Gln Lys Met Lys Glu Ile Glu Lys 900 905 910 Asp Phe Asp Asp Phe Lys Ile Gln Thr Lys Lys Glu Ile Phe Asn Asn 915 920 925 Tyr Tyr Glu Asp Ile Lys Asn Asn Ile Leu Thr Glu Phe Lys Asp Asp 930 935 940 Ile Asn Gly Cys Asp Val Leu Glu Lys Lys Leu Glu Lys Ile Val Ile 945 950 955 960 Phe Asp Asp Glu Thr Lys Phe Glu Ile Asp Lys Lys Ser Asn Ile Leu 965 970 975 Gln Asp Glu Gln Arg Lys Leu Ser Asn Ile Asn Lys Lys Asp Leu Lys 980 985 990 Lys Lys Val Asp Gln Tyr Ile Lys Asp Lys Asp Gln Glu Ile Lys Ser 995 1000 1005 Lys Ile Leu Cys Arg Ile Ile Phe Asn Ser Asp Phe Leu Lys Lys 1010 1015 1020 Tyr Lys Lys Glu Ile Asp Asn Leu Ile Glu Asp Met Glu Ser Glu 1025 1030 1035 Asn Glu Asn Lys Phe Gln Glu Ile Tyr Tyr Pro Lys Glu Arg Lys 1040 1045 1050 Asn Glu Leu Tyr Ile Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn Ile Gly 1055 1060 1065 Asn Pro Asn Phe Asp Lys Ile Tyr Gly Leu Ile Ser Asn Asp Ile 1070 1075 1080 Lys Met Ala Asp Ala Lys Phe Leu Phe Asn Ile Asp Gly Lys Asn 1085 1090 1095 Ile Arg Lys Asn Lys Ile Ser Glu Ile Asp Ala Ile Leu Lys Asn 1100 1105 1110 Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly Tyr Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Lys 1115 1120 1125 Tyr Ile Lys Lys Leu Lys Glu Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn 1130 1135 1140 Ile Gln Asn Lys Asn Tyr Lys Ser Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Arg 1145 1150 1155 Val Ser Glu Tyr Lys Lys Ile Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr 1160 1165 1170 Leu Asn Lys Ile Glu Ser Tyr Leu Ile Asp Ile Asn Trp Lys Leu 1175 1180 1185 Ala Ile Gln Met Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr Ile Val 1190 1195 1200 Asn Gly Leu Arg Glu Leu Gly Ile Ile Lys Leu Ser Gly Tyr Asn 1205 1210 1215 Thr Gly Ile Ser Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly 1220 1225 1230 Phe Tyr Thr Thr Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser 1235 1240 1245 Tyr Lys Lys Phe Glu Lys Ile Cys Tyr Gly Phe Gly Ile Asp Leu 1250 1255 1260 Ser Glu Asn Ser Glu Ile Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser Ile Arg 1265 1270 1275 Asn Tyr Ile Ser His Phe Tyr Ile Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp 1280 1285 1290 Tyr Ser Ile Ala Glu Gln Ile Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser 1295 1300 1305 Tyr Ser Thr Arg Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu 1310 1315 1320 Val Phe Lys Lys Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys 1325 1330 1335 Lys Phe Lys Leu Ile Gly Asn Asn Asp Ile Leu Glu Arg Leu Met 1340 1345 1350 Lys Pro Lys Lys Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser 1355 1360 1365 Asp Tyr Ile Lys Asn Leu Ile Ile Glu Leu Leu Thr Lys Ile Glu 1370 1375 1380 Asn Thr Asn Asp Thr Leu 1385 <210> 581 <211> 1197 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei <400> 581 Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly Ile Ser His Lys Lys Tyr Ile Glu 1 5 10 15 Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 20 25 30 Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser Ile Arg Leu Asp Ile Tyr Ile Lys Asn 35 40 45 Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg Ile Arg Arg Glu Asn Leu 50 55 60 Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu 65 70 75 80 Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gln Asp Lys Asn Tyr 85 90 95 Ser Glu Glu Asp Ile Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 100 105 110 Ser Val Leu Lys Lys Ile Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 115 120 125 Leu Glu Ile Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys Ile Asn 130 135 140 Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gln Lys Ile 145 150 155 160 Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn Ile 165 170 175 Ile Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr Ile Asn 180 185 190 Asn Val Gln Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp Ile Glu 195 200 205 Lys Leu Phe Phe Leu Ile Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 210 215 220 Ile Arg Glu Tyr Tyr His Lys Ile Ile Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 225 230 235 240 Asn Phe Ala Lys Ile Ile Tyr Glu Glu Ile Gln Asn Val Asn Asn Ile 245 250 255 Lys Glu Leu Ile Glu Lys Ile Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser 260 265 270 Gln Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 275 280 285 Asn Ile Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu Ile Glu Met Ser Gln 290 295 300 Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn Ile Ser Asn Asp 305 310 315 320 Lys Ile Lys Arg Ile Phe Glu Tyr Gln Asn Leu Lys Lys Leu Ile Glu 325 330 335 Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 340 345 350 Tyr Asn Tyr Tyr Leu Gln Val Gly Glu Ile Ala Thr Ser Asp Phe Ile 355 360 365 Ala Arg Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn Ile Ile Gly Val 370 375 380 Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn Ile Leu Glu Thr Glu Asn 385 390 395 400 Glu Asn Asp Ile Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 405 410 415 Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys Ile Tyr Asn 420 425 430 Glu Asn Lys Gln Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 435 440 445 Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu Ile Glu Asp Phe Phe Ala 450 455 460 Asn Ile Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val His Phe 465 470 475 480 Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp Ile Phe Ala Phe Lys Asn Ile Ala 485 490 495 Pro Ser Glu Ile Ser Lys Lys Met Phe Gln Asn Glu Ile Asn Glu Lys 500 505 510 Lys Leu Lys Leu Lys Ile Phe Lys Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 515 520 525 Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val Ile Ile Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 530 535 540 Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn Ile Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 545 550 555 560 Leu Tyr Asn Lys Ile Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp 565 570 575 Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gln Ile Tyr Leu Leu 580 585 590 Lys Asn Ile Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Asn Ser 595 600 605 Lys Val Phe Phe Lys Ile Thr Asn Glu Val Ile Lys Ile Asn Lys Gln 610 615 620 Arg Asn Gln Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gln Lys Phe Glu Asn Ile 625 630 635 640 Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala Ile Ile Gln Ser Arg Glu 645 650 655 Met Ile Asn Asn Gln Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr Ile Asp Phe 660 665 670 Ile Gln Gln Ile Phe Leu Lys Gly Phe Ile Asp Tyr Leu Asn Lys Asn 675 680 685 Asn Leu Lys Tyr Ile Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp Ile 690 695 700 Phe Ser Lys Ile Lys Ile Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 705 710 715 720 Ile Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu Ile Pro His 725 730 735 Glu Ile Asn Glu Phe Val Arg Glu Ile Lys Leu Gly Lys Ile Leu Lys 740 745 750 Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu Ile Leu Lys Leu Leu Asn 755 760 765 His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr Gln Ser 770 775 780 Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu Ile Asn Leu 785 790 795 800 Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala 805 810 815 Asn Glu Ile Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys Ile Lys Asp 820 825 830 Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys Ile Tyr Phe Asp Gly 835 840 845 Glu Asn Ile Ile Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn Ile Lys Lys Tyr Gly 850 855 860 Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys Ile 865 870 875 880 Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu Ile Glu 885 890 895 Lys Asn Tyr Thr Met Gln Gln Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 900 905 910 Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 915 920 925 Ala Ile Gly Asn Ile Gln Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 930 935 940 Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gln Gly Leu Leu Leu Lys Ile Leu His 945 950 955 960 Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser Ile Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 965 970 975 Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr Ile Glu Glu Ile Phe Asn 980 985 990 Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly Gln Ile Val Glu 995 1000 1005 Lys Tyr Ile Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1010 1015 1020 Lys Arg Ser Ile Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys Gln 1025 1030 1035 Glu Lys Lys Asp Leu Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His Phe Asn 1040 1045 1050 Tyr Ile Pro His Ala Glu Ile Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 1055 1060 1065 Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Ile 1070 1075 1080 Met Lys Ser Ile Val Asp Ile Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 1085 1090 1095 Thr Phe Lys Ile Gly Ala Asp Lys Lys Ile Glu Ile Gln Thr Leu 1100 1105 1110 Glu Ser Glu Lys Ile Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1115 1120 1125 Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1130 1135 1140 Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu Lys Arg Pro Ala Ala Thr 1145 1150 1155 Lys Lys Ala Gly Gln Ala Lys Lys Lys Lys Gly Ser Tyr Pro Tyr 1160 1165 1170 Asp Val Pro Asp Tyr Ala Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1175 1180 1185 Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1190 1195 <210> 582 <211> 1120 <212> PRT <213> Listeria seeligeri <400> 582 Met Trp Ile Ser Ile Lys Thr Leu Ile His His Leu Gly Val Leu Phe 1 5 10 15 Phe Cys Asp Tyr Met Tyr Asn Arg Arg Glu Lys Lys Ile Ile Glu Val 20 25 30 Lys Thr Met Arg Ile Thr Lys Val Glu Val Asp Arg Lys Lys Val Leu 35 40 45 Ile Ser Arg Asp Lys Asn Gly Gly Lys Leu Val Tyr Glu Asn Glu Met 50 55 60 Gln Asp Asn Thr Glu Gln Ile Met His His Lys Lys Ser Ser Phe Tyr 65 70 75 80 Lys Ser Val Val Asn Lys Thr Ile Cys Arg Pro Glu Gln Lys Gln Met 85 90 95 Lys Lys Leu Val His Gly Leu Leu Gln Glu Asn Ser Gln Glu Lys Ile 100 105 110 Lys Val Ser Asp Val Thr Lys Leu Asn Ile Ser Asn Phe Leu Asn His 115 120 125 Arg Phe Lys Lys Ser Leu Tyr Tyr Phe Pro Glu Asn Ser Pro Asp Lys 130 135 140 Ser Glu Glu Tyr Arg Ile Glu Ile Asn Leu Ser Gln Leu Leu Glu Asp 145 150 155 160 Ser Leu Lys Lys Gln Gln Gly Thr Phe Ile Cys Trp Glu Ser Phe Ser 165 170 175 Lys Asp Met Glu Leu Tyr Ile Asn Trp Ala Glu Asn Tyr Ile Ser Ser 180 185 190 Lys Thr Lys Leu Ile Lys Lys Ser Ile Arg Asn Asn Arg Ile Gln Ser 195 200 205 Thr Glu Ser Arg Ser Gly Gln Leu Met Asp Arg Tyr Met Lys Asp Ile 210 215 220 Leu Asn Lys Asn Lys Pro Phe Asp Ile Gln Ser Val Ser Glu Lys Tyr 225 230 235 240 Gln Leu Glu Lys Leu Thr Ser Ala Leu Lys Ala Thr Phe Lys Glu Ala 245 250 255 Lys Lys Asn Asp Lys Glu Ile Asn Tyr Lys Leu Lys Ser Thr Leu Gln 260 265 270 Asn His Glu Arg Gln Ile Ile Glu Glu Leu Lys Glu Asn Ser Glu Leu 275 280 285 Asn Gln Phe Asn Ile Glu Ile Arg Lys His Leu Glu Thr Tyr Phe Pro 290 295 300 Ile Lys Lys Thr Asn Arg Lys Val Gly Asp Ile Arg Asn Leu Glu Ile 305 310 315 320 Gly Glu Ile Gln Lys Ile Val Asn His Arg Leu Lys Asn Lys Ile Val 325 330 335 Gln Arg Ile Leu Gln Glu Gly Lys Leu Ala Ser Tyr Glu Ile Glu Ser 340 345 350 Thr Val Asn Ser Asn Ser Leu Gln Lys Ile Lys Ile Glu Glu Ala Phe 355 360 365 Ala Leu Lys Phe Ile Asn Ala Cys Leu Phe Ala Ser Asn Asn Leu Arg 370 375 380 Asn Met Val Tyr Pro Val Cys Lys Lys Asp Ile Leu Met Ile Gly Glu 385 390 395 400 Phe Lys Asn Ser Phe Lys Glu Ile Lys His Lys Lys Phe Ile Arg Gln 405 410 415 Trp Ser Gln Phe Phe Ser Gln Glu Ile Thr Val Asp Asp Ile Glu Leu 420 425 430 Ala Ser Trp Gly Leu Arg Gly Ala Ile Ala Pro Ile Arg Asn Glu Ile 435 440 445 Ile His Leu Lys Lys His Ser Trp Lys Lys Phe Phe Asn Asn Pro Thr 450 455 460 Phe Lys Val Lys Lys Ser Lys Ile Ile Asn Gly Lys Thr Lys Asp Val 465 470 475 480 Thr Ser Glu Phe Leu Tyr Lys Glu Thr Leu Phe Lys Asp Tyr Phe Tyr 485 490 495 Ser Glu Leu Asp Ser Val Pro Glu Leu Ile Ile Asn Lys Met Glu Ser 500 505 510 Ser Lys Ile Leu Asp Tyr Tyr Ser Ser Asp Gln Leu Asn Gln Val Phe 515 520 525 Thr Ile Pro Asn Phe Glu Leu Ser Leu Leu Thr Ser Ala Val Pro Phe 530 535 540 Ala Pro Ser Phe Lys Arg Val Tyr Leu Lys Gly Phe Asp Tyr Gln Asn 545 550 555 560 Gln Asp Glu Ala Gln Pro Asp Tyr Asn Leu Lys Leu Asn Ile Tyr Asn 565 570 575 Glu Lys Ala Phe Asn Ser Glu Ala Phe Gln Ala Gln Tyr Ser Leu Phe 580 585 590 Lys Met Val Tyr Tyr Gln Val Phe Leu Pro Gln Phe Thr Thr Asn Asn 595 600 605 Asp Leu Phe Lys Ser Ser Val Asp Phe Ile Leu Thr Leu Asn Lys Glu 610 615 620 Arg Lys Gly Tyr Ala Lys Ala Phe Gln Asp Ile Arg Lys Met Asn Lys 625 630 635 640 Asp Glu Lys Pro Ser Glu Tyr Met Ser Tyr Ile Gln Ser Gln Leu Met 645 650 655 Leu Tyr Gln Lys Lys Gln Glu Glu Lys Glu Lys Ile Asn His Phe Glu 660 665 670 Lys Phe Ile Asn Gln Val Phe Ile Lys Gly Phe Asn Ser Phe Ile Glu 675 680 685 Lys Asn Arg Leu Thr Tyr Ile Cys His Pro Thr Lys Asn Thr Val Pro 690 695 700 Glu Asn Asp Asn Ile Glu Ile Pro Phe His Thr Asp Met Asp Asp Ser 705 710 715 720 Asn Ile Ala Phe Trp Leu Met Cys Lys Leu Leu Asp Ala Lys Gln Leu 725 730 735 Ser Glu Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Phe Ser Cys Ser Leu Gln Ser 740 745 750 Thr Glu Glu Ile Ser Thr Phe Thr Lys Ala Arg Glu Val Ile Gly Leu 755 760 765 Ala Leu Leu Asn Gly Glu Lys Gly Cys Asn Asp Trp Lys Glu Leu Phe 770 775 780 Asp Asp Lys Glu Ala Trp Lys Lys Asn Met Ser Leu Tyr Val Ser Glu 785 790 795 800 Glu Leu Leu Gln Ser Leu Pro Tyr Thr Gln Glu Asp Gly Gln Thr Pro 805 810 815 Val Ile Asn Arg Ser Ile Asp Leu Val Lys Lys Tyr Gly Thr Glu Thr 820 825 830 Ile Leu Glu Lys Leu Phe Ser Ser Ser Asp Asp Tyr Lys Val Ser Ala 835 840 845 Lys Asp Ile Ala Lys Leu His Glu Tyr Asp Val Thr Glu Lys Ile Ala 850 855 860 Gln Gln Glu Ser Leu His Lys Gln Trp Ile Glu Lys Pro Gly Leu Ala 865 870 875 880 Arg Asp Ser Ala Trp Thr Lys Lys Tyr Gln Asn Val Ile Asn Asp Ile 885 890 895 Ser Asn Tyr Gln Trp Ala Lys Thr Lys Val Glu Leu Thr Gln Val Arg 900 905 910 His Leu His Gln Leu Thr Ile Asp Leu Leu Ser Arg Leu Ala Gly Tyr 915 920 925 Met Ser Ile Ala Asp Arg Asp Phe Gln Phe Ser Ser Asn Tyr Ile Leu 930 935 940 Glu Arg Glu Asn Ser Glu Tyr Arg Val Thr Ser Trp Ile Leu Leu Ser 945 950 955 960 Glu Asn Lys Asn Lys Asn Lys Tyr Asn Asp Tyr Glu Leu Tyr Asn Leu 965 970 975 Lys Asn Ala Ser Ile Lys Val Ser Ser Lys Asn Asp Pro Gln Leu Lys 980 985 990 Val Asp Leu Lys Gln Leu Arg Leu Thr Leu Glu Tyr Leu Glu Leu Phe 995 1000 1005 Asp Asn Arg Leu Lys Glu Lys Arg Asn Asn Ile Ser His Phe Asn 1010 1015 1020 Tyr Leu Asn Gly Gln Leu Gly Asn Ser Ile Leu Glu Leu Phe Asp 1025 1030 1035 Asp Ala Arg Asp Val Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala 1040 1045 1050 Val Ser Lys Ser Leu Lys Glu Ile Leu Ser Ser His Gly Met Glu 1055 1060 1065 Val Thr Phe Lys Pro Leu Tyr Gln Thr Asn His His Leu Lys Ile 1070 1075 1080 Asp Lys Leu Gln Pro Lys Lys Ile His His Leu Gly Glu Lys Ser 1085 1090 1095 Thr Val Ser Ser Asn Gln Val Ser Asn Glu Tyr Cys Gln Leu Val 1100 1105 1110 Arg Thr Leu Leu Thr Met Lys 1115 1120 <210> 583 <211> 1340 <212> PRT <213> Lachnospiraceae bacterium <400> 583 Met Gln Ile Ser Lys Val Asn His Lys His Val Ala Val Gly Gln Lys 1 5 10 15 Asp Arg Glu Arg Ile Thr Gly Phe Ile Tyr Asn Asp Pro Val Gly Asp 20 25 30 Glu Lys Ser Leu Glu Asp Val Val Ala Lys Arg Ala Asn Asp Thr Lys 35 40 45 Val Leu Phe Asn Val Phe Asn Thr Lys Asp Leu Tyr Asp Ser Gln Glu 50 55 60 Ser Asp Lys Ser Glu Lys Asp Lys Glu Ile Ile Ser Lys Gly Ala Lys 65 70 75 80 Phe Val Ala Lys Ser Phe Asn Ser Ala Ile Thr Ile Leu Lys Lys Gln 85 90 95 Asn Lys Ile Tyr Ser Thr Leu Thr Ser Gln Gln Val Ile Lys Glu Leu 100 105 110 Lys Asp Lys Phe Gly Gly Ala Arg Ile Tyr Asp Asp Asp Ile Glu Glu 115 120 125 Ala Leu Thr Glu Thr Leu Lys Lys Ser Phe Arg Lys Glu Asn Val Arg 130 135 140 Asn Ser Ile Lys Val Leu Ile Glu Asn Ala Ala Gly Ile Arg Ser Ser 145 150 155 160 Leu Ser Lys Asp Glu Glu Glu Leu Ile Gln Glu Tyr Phe Val Lys Gln 165 170 175 Leu Val Glu Glu Tyr Thr Lys Thr Lys Leu Gln Lys Asn Val Val Lys 180 185 190 Ser Ile Lys Asn Gln Asn Met Val Ile Gln Pro Asp Ser Asp Ser Gln 195 200 205 Val Leu Ser Leu Ser Glu Ser Arg Arg Glu Lys Gln Ser Ser Ala Val 210 215 220 Ser Ser Asp Thr Leu Val Asn Cys Lys Glu Lys Asp Val Leu Lys Ala 225 230 235 240 Phe Leu Thr Asp Tyr Ala Val Leu Asp Glu Asp Glu Arg Asn Ser Leu 245 250 255 Leu Trp Lys Leu Arg Asn Leu Val Asn Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Glu 260 265 270 Ser Ile Arg Asp Tyr Ser Tyr Thr Lys Glu Lys Ser Val Trp Lys Glu 275 280 285 His Asp Glu Gln Lys Ala Asn Lys Thr Leu Phe Ile Asp Glu Ile Cys 290 295 300 His Ile Thr Lys Ile Gly Lys Asn Gly Lys Glu Gln Lys Val Leu Asp 305 310 315 320 Tyr Glu Glu Asn Arg Ser Arg Cys Arg Lys Gln Asn Ile Asn Tyr Tyr 325 330 335 Arg Ser Ala Leu Asn Tyr Ala Lys Asn Asn Thr Ser Gly Ile Phe Glu 340 345 350 Asn Glu Asp Ser Asn His Phe Trp Ile His Leu Ile Glu Asn Glu Val 355 360 365 Glu Arg Leu Tyr Asn Gly Ile Glu Asn Gly Glu Glu Phe Lys Phe Glu 370 375 380 Thr Gly Tyr Ile Ser Glu Lys Val Trp Lys Ala Val Ile Asn His Leu 385 390 395 400 Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met 405 410 415 Lys Glu Leu Ser Ser Pro Gly Asp Ile Glu Pro Gly Lys Ile Asp Asp 420 425 430 Ser Tyr Ile Asn Gly Ile Thr Ser Phe Asp Tyr Glu Ile Ile Lys Ala 435 440 445 Glu Glu Ser Leu Gln Arg Asp Ile Ser Met Asn Val Val Phe Ala Thr 450 455 460 Asn Tyr Leu Ala Cys Ala Thr Val Asp Thr Asp Lys Asp Phe Leu Leu 465 470 475 480 Phe Ser Lys Glu Asp Ile Arg Ser Cys Thr Lys Lys Asp Gly Asn Leu 485 490 495 Cys Lys Asn Ile Met Gln Phe Trp Gly Gly Tyr Ser Thr Trp Lys Asn 500 505 510 Phe Cys Glu Glu Tyr Leu Lys Asp Asp Lys Asp Ala Leu Glu Leu Leu 515 520 525 Tyr Ser Leu Lys Ser Met Leu Tyr Ser Met Arg Asn Ser Ser Phe His 530 535 540 Phe Ser Thr Glu Asn Val Asp Asn Gly Ser Trp Asp Thr Glu Leu Ile 545 550 555 560 Gly Lys Leu Phe Glu Glu Asp Cys Asn Arg Ala Ala Arg Ile Glu Lys 565 570 575 Glu Lys Phe Tyr Asn Asn Asn Leu His Met Phe Tyr Ser Ser Ser Leu 580 585 590 Leu Glu Lys Val Leu Glu Arg Leu Tyr Ser Ser His His Glu Arg Ala 595 600 605 Ser Gln Val Pro Ser Phe Asn Arg Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro 610 615 620 Ser Ser Leu Ser Glu Gln Arg Ile Thr Pro Lys Phe Thr Asp Ser Lys 625 630 635 640 Asp Glu Gln Ile Trp Gln Ser Ala Val Tyr Tyr Leu Cys Lys Glu Ile 645 650 655 Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gln Ser Lys Glu Ala Tyr Lys Leu Phe Arg 660 665 670 Glu Gly Val Lys Asn Leu Asp Lys Asn Asp Ile Asn Asn Gln Lys Ala 675 680 685 Ala Asp Ser Phe Lys Gln Ala Val Val Tyr Tyr Gly Lys Ala Ile Gly 690 695 700 Asn Ala Thr Leu Ser Gln Val Cys Gln Ala Ile Met Thr Glu Tyr Asn 705 710 715 720 Arg Gln Asn Asn Asp Gly Leu Lys Lys Lys Ser Ala Tyr Ala Glu Lys 725 730 735 Gln Asn Ser Asn Lys Tyr Lys His Tyr Pro Leu Phe Leu Lys Gln Val 740 745 750 Leu Gln Ser Ala Phe Trp Glu Tyr Leu Asp Glu Asn Lys Glu Ile Tyr 755 760 765 Gly Phe Ile Ser Ala Gln Ile His Lys Ser Asn Val Glu Ile Lys Ala 770 775 780 Glu Asp Phe Ile Ala Asn Tyr Ser Ser Gln Gln Tyr Lys Lys Leu Val 785 790 795 800 Asp Lys Val Lys Lys Thr Pro Glu Leu Gln Lys Trp Tyr Thr Leu Gly 805 810 815 Arg Leu Ile Asn Pro Arg Gln Ala Asn Gln Phe Leu Gly Ser Ile Arg 820 825 830 Asn Tyr Val Gln Phe Val Lys Asp Ile Gln Arg Arg Ala Lys Glu Asn 835 840 845 Gly Asn Pro Ile Arg Asn Tyr Tyr Glu Val Leu Glu Ser Asp Ser Ile 850 855 860 Ile Lys Ile Leu Glu Met Cys Thr Lys Leu Asn Gly Thr Thr Ser Asn 865 870 875 880 Asp Ile His Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Glu Tyr Ala Glu Tyr Ile 885 890 895 Ser Gln Phe Val Asn Phe Gly Asp Val His Ser Gly Ala Ala Leu Asn 900 905 910 Ala Phe Cys Asn Ser Glu Ser Glu Gly Lys Lys Asn Gly Ile Tyr Tyr 915 920 925 Asp Gly Ile Asn Pro Ile Val Asn Arg Asn Trp Val Leu Cys Lys Leu 930 935 940 Tyr Gly Ser Pro Asp Leu Ile Ser Lys Ile Ile Ser Arg Val Asn Glu 945 950 955 960 Asn Met Ile His Asp Phe His Lys Gln Glu Asp Leu Ile Arg Glu Tyr 965 970 975 Gln Ile Lys Gly Ile Cys Ser Asn Lys Lys Glu Gln Gln Asp Leu Arg 980 985 990 Thr Phe Gln Val Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp Ile Val Glu 995 1000 1005 Tyr Ser Glu Ile Ile Asn Glu Leu Tyr Gly Gln Leu Ile Lys Trp 1010 1015 1020 Cys Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Met Tyr Phe Gln Leu Gly Phe 1025 1030 1035 His Tyr Leu Cys Leu Asn Asn Ala Ser Ser Lys Glu Ala Asp Tyr 1040 1045 1050 Ile Lys Ile Asn Val Asp Asp Arg Asn Ile Ser Gly Ala Ile Leu 1055 1060 1065 Tyr Gln Ile Ala Ala Met Tyr Ile Asn Gly Leu Pro Val Tyr Tyr 1070 1075 1080 Lys Lys Asp Asp Met Tyr Val Ala Leu Lys Ser Gly Lys Lys Ala 1085 1090 1095 Ser Asp Glu Leu Asn Ser Asn Glu Gln Thr Ser Lys Lys Ile Asn 1100 1105 1110 Tyr Phe Leu Lys Tyr Gly Asn Asn Ile Leu Gly Asp Lys Lys Asp 1115 1120 1125 Gln Leu Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Val Ala Glu 1130 1135 1140 His Glu Asn Ile Ile Ile Phe Arg Asn Glu Ile Asp His Phe His 1145 1150 1155 Tyr Phe Tyr Asp Arg Asp Arg Ser Met Leu Asp Leu Tyr Ser Glu 1160 1165 1170 Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Leu Arg Lys Asn 1175 1180 1185 Val Val Asn Met Leu Tyr Asn Ile Leu Leu Asp His Asn Ile Val 1190 1195 1200 Ser Ser Phe Val Phe Glu Thr Gly Glu Lys Lys Val Gly Arg Gly 1205 1210 1215 Asp Ser Glu Val Ile Lys Pro Ser Ala Lys Ile Arg Leu Arg Ala 1220 1225 1230 Asn Asn Gly Val Ser Ser Asp Val Phe Thr Tyr Lys Val Gly Ser 1235 1240 1245 Lys Asp Glu Leu Lys Ile Ala Thr Leu Pro Ala Lys Asn Glu Glu 1250 1255 1260 Phe Leu Leu Asn Val Ala Arg Leu Ile Tyr Tyr Pro Asp Met Glu 1265 1270 1275 Ala Val Ser Glu Asn Met Val Arg Glu Gly Val Val Lys Val Glu 1280 1285 1290 Lys Ser Asn Asp Lys Lys Gly Lys Ile Ser Arg Gly Ser Asn Thr 1295 1300 1305 Arg Ser Ser Asn Gln Ser Lys Tyr Asn Asn Lys Ser Lys Asn Arg 1310 1315 1320 Met Asn Tyr Ser Met Gly Ser Ile Phe Glu Lys Met Asp Leu Lys 1325 1330 1335 Phe Asp 1340 <210> 584 <211> 1437 <212> PRT <213> Lachnospiraceae bacterium <400> 584 Met Lys Ile Ser Lys Val Arg Glu Glu Asn Arg Gly Ala Lys Leu Thr 1 5 10 15 Val Asn Ala Lys Thr Ala Val Val Ser Glu Asn Arg Ser Gln Glu Gly 20 25 30 Ile Leu Tyr Asn Asp Pro Ser Arg Tyr Gly Lys Ser Arg Lys Asn Asp 35 40 45 Glu Asp Arg Asp Arg Tyr Ile Glu Ser Arg Leu Lys Ser Ser Gly Lys 50 55 60 Leu Tyr Arg Ile Phe Asn Glu Asp Lys Asn Lys Arg Glu Thr Asp Glu 65 70 75 80 Leu Gln Trp Phe Leu Ser Glu Ile Val Lys Lys Ile Asn Arg Arg Asn 85 90 95 Gly Leu Val Leu Ser Asp Met Leu Ser Val Asp Asp Arg Ala Phe Glu 100 105 110 Lys Ala Phe Glu Lys Tyr Ala Glu Leu Ser Tyr Thr Asn Arg Arg Asn 115 120 125 Lys Val Ser Gly Ser Pro Ala Phe Glu Thr Cys Gly Val Asp Ala Ala 130 135 140 Thr Ala Glu Arg Leu Lys Gly Ile Ile Ser Glu Thr Asn Phe Ile Asn 145 150 155 160 Arg Ile Lys Asn Asn Ile Asp Asn Lys Val Ser Glu Asp Ile Ile Asp 165 170 175 Arg Ile Ile Ala Lys Tyr Leu Lys Lys Ser Leu Cys Arg Glu Arg Val 180 185 190 Lys Arg Gly Leu Lys Lys Leu Leu Met Asn Ala Phe Asp Leu Pro Tyr 195 200 205 Ser Asp Pro Asp Ile Asp Val Gln Arg Asp Phe Ile Asp Tyr Val Leu 210 215 220 Glu Asp Phe Tyr His Val Arg Ala Lys Ser Gln Val Ser Arg Ser Ile 225 230 235 240 Lys Asn Met Asn Met Pro Val Gln Pro Glu Gly Asp Gly Lys Phe Ala 245 250 255 Ile Thr Val Ser Lys Gly Gly Thr Glu Ser Gly Asn Lys Arg Ser Ala 260 265 270 Glu Lys Glu Ala Phe Lys Lys Phe Leu Ser Asp Tyr Ala Ser Leu Asp 275 280 285 Glu Arg Val Arg Asp Asp Met Leu Arg Arg Met Arg Arg Leu Val Val 290 295 300 Leu Tyr Phe Tyr Gly Ser Asp Asp Ser Lys Leu Ser Asp Val Asn Glu 305 310 315 320 Lys Phe Asp Val Trp Glu Asp His Ala Ala Arg Arg Val Asp Asn Arg 325 330 335 Glu Phe Ile Lys Leu Pro Leu Glu Asn Lys Leu Ala Asn Gly Lys Thr 340 345 350 Asp Lys Asp Ala Glu Arg Ile Arg Lys Asn Thr Val Lys Glu Leu Tyr 355 360 365 Arg Asn Gln Asn Ile Gly Cys Tyr Arg Gln Ala Val Lys Ala Val Glu 370 375 380 Glu Asp Asn Asn Gly Arg Tyr Phe Asp Asp Lys Met Leu Asn Met Phe 385 390 395 400 Phe Ile His Arg Ile Glu Tyr Gly Val Glu Lys Ile Tyr Ala Asn Leu 405 410 415 Lys Gln Val Thr Glu Phe Lys Ala Arg Thr Gly Tyr Leu Ser Glu Lys 420 425 430 Ile Trp Lys Asp Leu Ile Asn Tyr Ile Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Met 435 440 445 Gly Lys Ala Val Tyr Asn Tyr Ala Met Asp Glu Leu Asn Ala Ser Asp 450 455 460 Lys Lys Glu Ile Glu Leu Gly Lys Ile Ser Glu Glu Tyr Leu Ser Gly 465 470 475 480 Ile Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Leu Ile Lys Ala Glu Glu Met Leu Gln 485 490 495 Arg Glu Thr Ala Val Tyr Val Ala Phe Ala Ala Arg His Leu Ser Ser 500 505 510 Gln Thr Val Glu Leu Asp Ser Glu Asn Ser Asp Phe Leu Leu Leu Lys 515 520 525 Pro Lys Gly Thr Met Asp Lys Asn Asp Lys Asn Lys Leu Ala Ser Asn 530 535 540 Asn Ile Leu Asn Phe Leu Lys Asp Lys Glu Thr Leu Arg Asp Thr Ile 545 550 555 560 Leu Gln Tyr Phe Gly Gly His Ser Leu Trp Thr Asp Phe Pro Phe Asp 565 570 575 Lys Tyr Leu Ala Gly Gly Lys Asp Asp Val Asp Phe Leu Thr Asp Leu 580 585 590 Lys Asp Val Ile Tyr Ser Met Arg Asn Asp Ser Phe His Tyr Ala Thr 595 600 605 Glu Asn His Asn Asn Gly Lys Trp Asn Lys Glu Leu Ile Ser Ala Met 610 615 620 Phe Glu His Glu Thr Glu Arg Met Thr Val Val Met Lys Asp Lys Phe 625 630 635 640 Tyr Ser Asn Asn Leu Pro Met Phe Tyr Lys Asn Asp Asp Leu Lys Lys 645 650 655 Leu Leu Ile Asp Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu Arg Ala Ser Gln Val 660 665 670 Pro Ser Phe Asn Lys Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Pro Ala Leu Val 675 680 685 Arg Asp Lys Asp Asn Leu Gly Ile Glu Leu Asp Leu Lys Ala Asp Ala 690 695 700 Asp Lys Gly Glu Asn Glu Leu Lys Phe Tyr Asn Ala Leu Tyr Tyr Met 705 710 715 720 Phe Lys Glu Ile Tyr Tyr Asn Ala Phe Leu Asn Asp Lys Asn Val Arg 725 730 735 Glu Arg Phe Ile Thr Lys Ala Thr Lys Val Ala Asp Asn Tyr Asp Arg 740 745 750 Asn Lys Glu Arg Asn Leu Lys Asp Arg Ile Lys Ser Ala Gly Ser Asp 755 760 765 Glu Lys Lys Lys Leu Arg Glu Gln Leu Gln Asn Tyr Ile Ala Glu Asn 770 775 780 Asp Phe Gly Gln Arg Ile Lys Asn Ile Val Gln Val Asn Pro Asp Tyr 785 790 795 800 Thr Leu Ala Gln Ile Cys Gln Leu Ile Met Thr Glu Tyr Asn Gln Gln 805 810 815 Asn Asn Gly Cys Met Gln Lys Lys Ser Ala Ala Arg Lys Asp Ile Asn 820 825 830 Lys Asp Ser Tyr Gln His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Val Asn Leu Arg 835 840 845 Lys Ala Phe Leu Glu Phe Ile Lys Glu Asn Tyr Ala Phe Val Leu Lys 850 855 860 Pro Tyr Lys His Asp Leu Cys Asp Lys Ala Asp Phe Val Pro Asp Phe 865 870 875 880 Ala Lys Tyr Val Lys Pro Tyr Ala Gly Leu Ile Ser Arg Val Ala Gly 885 890 895 Ser Ser Glu Leu Gln Lys Trp Tyr Ile Val Ser Arg Phe Leu Ser Pro 900 905 910 Ala Gln Ala Asn His Met Leu Gly Phe Leu His Ser Tyr Lys Gln Tyr 915 920 925 Val Trp Asp Ile Tyr Arg Arg Ala Ser Glu Thr Gly Thr Glu Ile Asn 930 935 940 His Ser Ile Ala Glu Asp Lys Ile Ala Gly Val Asp Ile Thr Asp Val 945 950 955 960 Asp Ala Val Ile Asp Leu Ser Val Lys Leu Cys Gly Thr Ile Ser Ser 965 970 975 Glu Ile Ser Asp Tyr Phe Lys Asp Asp Glu Val Tyr Ala Glu Tyr Ile 980 985 990 Ser Ser Tyr Leu Asp Phe Glu Tyr Asp Gly Gly Asn Tyr Lys Asp Ser 995 1000 1005 Leu Asn Arg Phe Cys Asn Ser Asp Ala Val Asn Asp Gln Lys Val 1010 1015 1020 Ala Leu Tyr Tyr Asp Gly Glu His Pro Lys Leu Asn Arg Asn Ile 1025 1030 1035 Ile Leu Ser Lys Leu Tyr Gly Glu Arg Arg Phe Leu Glu Lys Ile 1040 1045 1050 Thr Asp Arg Val Ser Arg Ser Asp Ile Val Glu Tyr Tyr Lys Leu 1055 1060 1065 Lys Lys Glu Thr Ser Gln Tyr Gln Thr Lys Gly Ile Phe Asp Ser 1070 1075 1080 Glu Asp Glu Gln Lys Asn Ile Lys Lys Phe Gln Glu Met Lys Asn 1085 1090 1095 Ile Val Glu Phe Arg Asp Leu Met Asp Tyr Ser Glu Ile Ala Asp 1100 1105 1110 Glu Leu Gln Gly Gln Leu Ile Asn Trp Ile Tyr Leu Arg Glu Arg 1115 1120 1125 Asp Leu Met Asn Phe Gln Leu Gly Tyr His Tyr Ala Cys Leu Asn 1130 1135 1140 Asn Asp Ser Asn Lys Gln Ala Thr Tyr Val Thr Leu Asp Tyr Gln 1145 1150 1155 Gly Lys Lys Asn Arg Lys Ile Asn Gly Ala Ile Leu Tyr Gln Ile 1160 1165 1170 Cys Ala Met Tyr Ile Asn Gly Leu Pro Leu Tyr Tyr Val Asp Lys 1175 1180 1185 Asp Ser Ser Glu Trp Thr Val Ser Asp Gly Lys Glu Ser Thr Gly 1190 1195 1200 Ala Lys Ile Gly Glu Phe Tyr Arg Tyr Ala Lys Ser Phe Glu Asn 1205 1210 1215 Thr Ser Asp Cys Tyr Ala Ser Gly Leu Glu Ile Phe Glu Asn Ile 1220 1225 1230 Ser Glu His Asp Asn Ile Thr Glu Leu Arg Asn Tyr Ile Glu His 1235 1240 1245 Phe Arg Tyr Tyr Ser Ser Phe Asp Arg Ser Phe Leu Gly Ile Tyr 1250 1255 1260 Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Leu Lys Tyr Arg 1265 1270 1275 Lys Asn Val Pro Thr Ile Leu Tyr Asn Ile Leu Leu Gln His Phe 1280 1285 1290 Val Asn Val Arg Phe Glu Phe Val Ser Gly Lys Lys Met Ile Gly 1295 1300 1305 Ile Asp Lys Lys Asp Arg Lys Ile Ala Lys Glu Lys Glu Cys Ala 1310 1315 1320 Arg Ile Thr Ile Arg Glu Lys Asn Gly Val Tyr Ser Glu Gln Phe 1325 1330 1335 Thr Tyr Lys Leu Lys Asn Gly Thr Val Tyr Val Asp Ala Arg Asp 1340 1345 1350 Lys Arg Tyr Leu Gln Ser Ile Ile Arg Leu Leu Phe Tyr Pro Glu 1355 1360 1365 Lys Val Asn Met Asp Glu Met Ile Glu Val Lys Glu Lys Lys Lys 1370 1375 1380 Pro Ser Asp Asn Asn Thr Gly Lys Gly Tyr Ser Lys Arg Asp Arg 1385 1390 1395 Gln Gln Asp Arg Lys Glu Tyr Asp Lys Tyr Lys Glu Lys Lys Lys 1400 1405 1410 Lys Glu Gly Asn Phe Leu Ser Gly Met Gly Gly Asn Ile Asn Trp 1415 1420 1425 Asp Glu Ile Asn Ala Gln Leu Lys Asn 1430 1435 <210> 585 <211> 1385 <212> PRT <213> Clostridium aminophilum <400> 585 Met Lys Phe Ser Lys Val Asp His Thr Arg Ser Ala Val Gly Ile Gln 1 5 10 15 Lys Ala Thr Asp Ser Val His Gly Met Leu Tyr Thr Asp Pro Lys Lys 20 25 30 Gln Glu Val Asn Asp Leu Asp Lys Arg Phe Asp Gln Leu Asn Val Lys 35 40 45 Ala Lys Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asn Gln Ser Lys Ala Glu Glu Asp 50 55 60 Asp Asp Glu Lys Arg Phe Gly Lys Val Val Lys Lys Leu Asn Arg Glu 65 70 75 80 Leu Lys Asp Leu Leu Phe His Arg Glu Val Ser Arg Tyr Asn Ser Ile 85 90 95 Gly Asn Ala Lys Tyr Asn Tyr Tyr Gly Ile Lys Ser Asn Pro Glu Glu 100 105 110 Ile Val Ser Asn Leu Gly Met Val Glu Ser Leu Lys Gly Glu Arg Asp 115 120 125 Pro Gln Lys Val Ile Ser Lys Leu Leu Leu Tyr Tyr Leu Arg Lys Gly 130 135 140 Leu Lys Pro Gly Thr Asp Gly Leu Arg Met Ile Leu Glu Ala Ser Cys 145 150 155 160 Gly Leu Arg Lys Leu Ser Gly Asp Glu Lys Glu Leu Lys Val Phe Leu 165 170 175 Gln Thr Leu Asp Glu Asp Phe Glu Lys Lys Thr Phe Lys Lys Asn Leu 180 185 190 Ile Arg Ser Ile Glu Asn Gln Asn Met Ala Val Gln Pro Ser Asn Glu 195 200 205 Gly Asp Pro Ile Ile Gly Ile Thr Gln Gly Arg Phe Asn Ser Gln Lys 210 215 220 Asn Glu Glu Lys Ser Ala Ile Glu Arg Met Met Ser Met Tyr Ala Asp 225 230 235 240 Leu Asn Glu Asp His Arg Glu Asp Val Leu Arg Lys Leu Arg Arg Leu 245 250 255 Asn Val Leu Tyr Phe Asn Val Asp Thr Glu Lys Thr Glu Glu Pro Thr 260 265 270 Leu Pro Gly Glu Val Asp Thr Asn Pro Val Phe Glu Val Trp His Asp 275 280 285 His Glu Lys Gly Lys Glu Asn Asp Arg Gln Phe Ala Thr Phe Ala Lys 290 295 300 Ile Leu Thr Glu Asp Arg Glu Thr Arg Lys Lys Glu Lys Leu Ala Val 305 310 315 320 Lys Glu Ala Leu Asn Asp Leu Lys Ser Ala Ile Arg Asp His Asn Ile 325 330 335 Met Ala Tyr Arg Cys Ser Ile Lys Val Thr Glu Gln Asp Lys Asp Gly 340 345 350 Leu Phe Phe Glu Asp Gln Arg Ile Asn Arg Phe Trp Ile His His Ile 355 360 365 Glu Ser Ala Val Glu Arg Ile Leu Ala Ser Ile Asn Pro Glu Lys Leu 370 375 380 Tyr Lys Leu Arg Ile Gly Tyr Leu Gly Glu Lys Val Trp Lys Asp Leu 385 390 395 400 Leu Asn Tyr Leu Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Val Gly Lys Ala Val Phe 405 410 415 His Phe Ala Met Glu Asp Leu Gly Lys Thr Gly Gln Asp Ile Glu Leu 420 425 430 Gly Lys Leu Ser Asn Ser Val Ser Gly Gly Leu Thr Ser Phe Asp Tyr 435 440 445 Glu Gln Ile Arg Ala Asp Glu Thr Leu Gln Arg Gln Leu Ser Val Glu 450 455 460 Val Ala Phe Ala Ala Asn Asn Leu Phe Arg Ala Val Val Gly Gln Thr 465 470 475 480 Gly Lys Lys Ile Glu Gln Ser Lys Ser Glu Glu Asn Glu Glu Asp Phe 485 490 495 Leu Leu Trp Lys Ala Glu Lys Ile Ala Glu Ser Ile Lys Lys Glu Gly 500 505 510 Glu Gly Asn Thr Leu Lys Ser Ile Leu Gln Phe Phe Gly Gly Ala Ser 515 520 525 Ser Trp Asp Leu Asn His Phe Cys Ala Ala Tyr Gly Asn Glu Ser Ser 530 535 540 Ala Leu Gly Tyr Glu Thr Lys Phe Ala Asp Asp Leu Arg Lys Ala Ile 545 550 555 560 Tyr Ser Leu Arg Asn Glu Thr Phe His Phe Thr Thr Leu Asn Lys Gly 565 570 575 Ser Phe Asp Trp Asn Ala Lys Leu Ile Gly Asp Met Phe Ser His Glu 580 585 590 Ala Ala Thr Gly Ile Ala Val Glu Arg Thr Arg Phe Tyr Ser Asn Asn 595 600 605 Leu Pro Met Phe Tyr Arg Glu Ser Asp Leu Lys Arg Ile Met Asp His 610 615 620 Leu Tyr Asn Thr Tyr His Pro Arg Ala Ser Gln Val Pro Ser Phe Asn 625 630 635 640 Ser Val Phe Val Arg Lys Asn Phe Arg Leu Phe Leu Ser Asn Thr Leu 645 650 655 Asn Thr Asn Thr Ser Phe Asp Thr Glu Val Tyr Gln Lys Trp Glu Ser 660 665 670 Gly Val Tyr Tyr Leu Phe Lys Glu Ile Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu Pro 675 680 685 Ser Gly Asp Ala His His Leu Phe Phe Glu Gly Leu Arg Arg Ile Arg 690 695 700 Lys Glu Ala Asp Asn Leu Pro Ile Val Gly Lys Glu Ala Lys Lys Arg 705 710 715 720 Asn Ala Val Gln Asp Phe Gly Arg Arg Cys Asp Glu Leu Lys Asn Leu 725 730 735 Ser Leu Ser Ala Ile Cys Gln Met Ile Met Thr Glu Tyr Asn Glu Gln 740 745 750 Asn Asn Gly Asn Arg Lys Val Lys Ser Thr Arg Glu Asp Lys Arg Lys 755 760 765 Pro Asp Ile Phe Gln His Tyr Lys Met Leu Leu Leu Arg Thr Leu Gln 770 775 780 Glu Ala Phe Ala Ile Tyr Ile Arg Arg Glu Glu Phe Lys Phe Ile Phe 785 790 795 800 Asp Leu Pro Lys Thr Leu Tyr Val Met Lys Pro Val Glu Glu Phe Leu 805 810 815 Pro Asn Trp Lys Ser Gly Met Phe Asp Ser Leu Val Glu Arg Val Lys 820 825 830 Gln Ser Pro Asp Leu Gln Arg Trp Tyr Val Leu Cys Lys Phe Leu Asn 835 840 845 Gly Arg Leu Leu Asn Gln Leu Ser Gly Val Ile Arg Ser Tyr Ile Gln 850 855 860 Phe Ala Gly Asp Ile Gln Arg Arg Ala Lys Ala Asn His Asn Arg Leu 865 870 875 880 Tyr Met Asp Asn Thr Gln Arg Val Glu Tyr Tyr Ser Asn Val Leu Glu 885 890 895 Val Val Asp Phe Cys Ile Lys Gly Thr Ser Arg Phe Ser Asn Val Phe 900 905 910 Ser Asp Tyr Phe Arg Asp Glu Asp Ala Tyr Ala Asp Tyr Leu Asp Asn 915 920 925 Tyr Leu Gln Phe Lys Asp Glu Lys Ile Ala Glu Val Ser Ser Phe Ala 930 935 940 Ala Leu Lys Thr Phe Cys Asn Glu Glu Glu Val Lys Ala Gly Ile Tyr 945 950 955 960 Met Asp Gly Glu Asn Pro Val Met Gln Arg Asn Ile Val Met Ala Lys 965 970 975 Leu Phe Gly Pro Asp Glu Val Leu Lys Asn Val Val Pro Lys Val Thr 980 985 990 Arg Glu Glu Ile Glu Glu Tyr Tyr Gln Leu Glu Lys Gln Ile Ala Pro 995 1000 1005 Tyr Arg Gln Asn Gly Tyr Cys Lys Ser Glu Glu Asp Gln Lys Lys 1010 1015 1020 Leu Leu Arg Phe Gln Arg Ile Lys Asn Arg Val Glu Phe Gln Thr 1025 1030 1035 Ile Thr Glu Phe Ser Glu Ile Ile Asn Glu Leu Leu Gly Gln Leu 1040 1045 1050 Ile Ser Trp Ser Phe Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gln 1055 1060 1065 Leu Gly Phe His Tyr Leu Cys Leu His Asn Asp Thr Glu Lys Pro 1070 1075 1080 Ala Glu Tyr Lys Glu Ile Ser Arg Glu Asp Gly Thr Val Ile Arg 1085 1090 1095 Asn Ala Ile Leu His Gln Val Ala Ala Met Tyr Val Gly Gly Leu 1100 1105 1110 Pro Val Tyr Thr Leu Ala Asp Lys Lys Leu Ala Ala Phe Glu Lys 1115 1120 1125 Gly Glu Ala Asp Cys Lys Leu Ser Ile Ser Lys Asp Thr Ala Gly 1130 1135 1140 Ala Gly Lys Lys Ile Lys Asp Phe Phe Arg Tyr Ser Lys Tyr Val 1145 1150 1155 Leu Ile Lys Asp Arg Met Leu Thr Asp Gln Asn Gln Lys Tyr Thr 1160 1165 1170 Ile Tyr Leu Ala Gly Leu Glu Leu Phe Glu Asn Thr Asp Glu His 1175 1180 1185 Asp Asn Ile Thr Asp Val Arg Lys Tyr Val Asp His Phe Lys Tyr 1190 1195 1200 Tyr Ala Thr Ser Asp Glu Asn Ala Met Ser Ile Leu Asp Leu Tyr 1205 1210 1215 Ser Glu Ile His Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp Met Lys Tyr Gln 1220 1225 1230 Lys Asn Val Ala Asn Met Leu Glu Asn Ile Leu Leu Arg His Phe 1235 1240 1245 Val Leu Ile Arg Pro Glu Phe Phe Thr Gly Ser Lys Lys Val Gly 1250 1255 1260 Glu Gly Lys Lys Ile Thr Cys Lys Ala Arg Ala Gln Ile Glu Ile 1265 1270 1275 Ala Glu Asn Gly Met Arg Ser Glu Asp Phe Thr Tyr Lys Leu Ser 1280 1285 1290 Asp Gly Lys Lys Asn Ile Ser Thr Cys Met Ile Ala Ala Arg Asp 1295 1300 1305 Gln Lys Tyr Leu Asn Thr Val Ala Arg Leu Leu Tyr Tyr Pro His 1310 1315 1320 Glu Ala Lys Lys Ser Ile Val Asp Thr Arg Glu Lys Lys Asn Asn 1325 1330 1335 Lys Lys Thr Asn Arg Gly Asp Gly Thr Phe Asn Lys Gln Lys Gly 1340 1345 1350 Thr Ala Arg Lys Glu Lys Asp Asn Gly Pro Arg Glu Phe Asn Asp 1355 1360 1365 Thr Gly Phe Ser Asn Thr Pro Phe Ala Gly Phe Asp Pro Phe Arg 1370 1375 1380 Asn Ser 1385 <210> 586 <211> 1175 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum <400> 586 Met Arg Ile Thr Lys Val Lys Ile Lys Leu Asp Asn Lys Leu Tyr Gln 1 5 10 15 Val Thr Met Gln Lys Glu Glu Lys Tyr Gly Thr Leu Lys Leu Asn Glu 20 25 30 Glu Ser Arg Lys Ser Thr Ala Glu Ile Leu Arg Leu Lys Lys Ala Ser 35 40 45 Phe Asn Lys Ser Phe His Ser Lys Thr Ile Asn Ser Gln Lys Glu Asn 50 55 60 Lys Asn Ala Thr Ile Lys Lys Asn Gly Asp Tyr Ile Ser Gln Ile Phe 65 70 75 80 Glu Lys Leu Val Gly Val Asp Thr Asn Lys Asn Ile Arg Lys Pro Lys 85 90 95 Met Ser Leu Thr Asp Leu Lys Asp Leu Pro Lys Lys Asp Leu Ala Leu 100 105 110 Phe Ile Lys Arg Lys Phe Lys Asn Asp Asp Ile Val Glu Ile Lys Asn 115 120 125 Leu Asp Leu Ile Ser Leu Phe Tyr Asn Ala Leu Gln Lys Val Pro Gly 130 135 140 Glu His Phe Thr Asp Glu Ser Trp Ala Asp Phe Cys Gln Glu Met Met 145 150 155 160 Pro Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Lys Phe Ile Glu Arg Lys Ile Ile Leu 165 170 175 Leu Ala Asn Ser Ile Glu Gln Asn Lys Gly Phe Ser Ile Asn Pro Glu 180 185 190 Thr Phe Ser Lys Arg Lys Arg Val Leu His Gln Trp Ala Ile Glu Val 195 200 205 Gln Glu Arg Gly Asp Phe Ser Ile Leu Asp Glu Lys Leu Ser Lys Leu 210 215 220 Ala Glu Ile Tyr Asn Phe Lys Lys Met Cys Lys Arg Val Gln Asp Glu 225 230 235 240 Leu Asn Asp Leu Glu Lys Ser Met Lys Lys Gly Lys Asn Pro Glu Lys 245 250 255 Glu Lys Glu Ala Tyr Lys Lys Gln Lys Asn Phe Lys Ile Lys Thr Ile 260 265 270 Trp Lys Asp Tyr Pro Tyr Lys Thr His Ile Gly Leu Ile Glu Lys Ile 275 280 285 Lys Glu Asn Glu Glu Leu Asn Gln Phe Asn Ile Glu Ile Gly Lys Tyr 290 295 300 Phe Glu His Tyr Phe Pro Ile Lys Lys Glu Arg Cys Thr Glu Asp Glu 305 310 315 320 Pro Tyr Tyr Leu Asn Ser Glu Thr Ile Ala Thr Thr Val Asn Tyr Gln 325 330 335 Leu Lys Asn Ala Leu Ile Ser Tyr Leu Met Gln Ile Gly Lys Tyr Lys 340 345 350 Gln Phe Gly Leu Glu Asn Gln Val Leu Asp Ser Lys Lys Leu Gln Glu 355 360 365 Ile Gly Ile Tyr Glu Gly Phe Gln Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val 370 375 380 Phe Ala Thr Ser Ser Leu Lys Asn Ile Ile Glu Pro Met Arg Ser Gly 385 390 395 400 Asp Ile Leu Gly Lys Arg Glu Phe Lys Glu Ala Ile Ala Thr Ser Ser 405 410 415 Phe Val Asn Tyr His His Phe Phe Pro Tyr Phe Pro Phe Glu Leu Lys 420 425 430 Gly Met Lys Asp Arg Glu Ser Glu Leu Ile Pro Phe Gly Glu Gln Thr 435 440 445 Glu Ala Lys Gln Met Gln Asn Ile Trp Ala Leu Arg Gly Ser Val Gln 450 455 460 Gln Ile Arg Asn Glu Ile Phe His Ser Phe Asp Lys Asn Gln Lys Phe 465 470 475 480 Asn Leu Pro Gln Leu Asp Lys Ser Asn Phe Glu Phe Asp Ala Ser Glu 485 490 495 Asn Ser Thr Gly Lys Ser Gln Ser Tyr Ile Glu Thr Asp Tyr Lys Phe 500 505 510 Leu Phe Glu Ala Glu Lys Asn Gln Leu Glu Gln Phe Phe Ile Glu Arg 515 520 525 Ile Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu Tyr Tyr Pro Leu Lys Ser Leu Glu 530 535 540 Lys Leu Phe Ala Lys Lys Glu Met Lys Phe Ser Leu Gly Ser Gln Val 545 550 555 560 Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Val Lys Lys Gly His Ser 565 570 575 Tyr Gln Thr Ala Thr Glu Gly Thr Ala Asn Tyr Leu Gly Leu Ser Tyr 580 585 590 Tyr Asn Arg Tyr Glu Leu Lys Glu Glu Ser Phe Gln Ala Gln Tyr Tyr 595 600 605 Leu Leu Lys Leu Ile Tyr Gln Tyr Val Phe Leu Pro Asn Phe Ser Gln 610 615 620 Gly Asn Ser Pro Ala Phe Arg Glu Thr Val Lys Ala Ile Leu Arg Ile 625 630 635 640 Asn Lys Asp Glu Ala Arg Lys Lys Met Lys Lys Asn Lys Lys Phe Leu 645 650 655 Arg Lys Tyr Ala Phe Glu Gln Val Arg Glu Met Glu Phe Lys Glu Thr 660 665 670 Pro Asp Gln Tyr Met Ser Tyr Leu Gln Ser Glu Met Arg Glu Glu Lys 675 680 685 Val Arg Lys Ala Glu Lys Asn Asp Lys Gly Phe Glu Lys Asn Ile Thr 690 695 700 Met Asn Phe Glu Lys Leu Leu Met Gln Ile Phe Val Lys Gly Phe Asp 705 710 715 720 Val Phe Leu Thr Thr Phe Ala Gly Lys Glu Leu Leu Leu Ser Ser Glu 725 730 735 Glu Lys Val Ile Lys Glu Thr Glu Ile Ser Leu Ser Lys Lys Ile Asn 740 745 750 Glu Arg Glu Lys Thr Leu Lys Ala Ser Ile Gln Val Glu His Gln Leu 755 760 765 Val Ala Thr Asn Ser Ala Ile Ser Tyr Trp Leu Phe Cys Lys Leu Leu 770 775 780 Asp Ser Arg His Leu Asn Glu Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Phe Lys 785 790 795 800 Gln Ser Arg Ile Lys Phe Asn His Thr Gln His Ala Glu Leu Ile Gln 805 810 815 Asn Leu Leu Pro Ile Val Glu Leu Thr Ile Leu Ser Asn Asp Tyr Asp 820 825 830 Glu Lys Asn Asp Ser Gln Asn Val Asp Val Ser Ala Tyr Phe Glu Asp 835 840 845 Lys Ser Leu Tyr Glu Thr Ala Pro Tyr Val Gln Thr Asp Asp Arg Thr 850 855 860 Arg Val Ser Phe Arg Pro Ile Leu Lys Leu Glu Lys Tyr His Thr Lys 865 870 875 880 Ser Leu Ile Glu Ala Leu Leu Lys Asp Asn Pro Gln Phe Arg Val Ala 885 890 895 Ala Thr Asp Ile Gln Glu Trp Met His Lys Arg Glu Glu Ile Gly Glu 900 905 910 Leu Val Glu Lys Arg Lys Asn Leu His Thr Glu Trp Ala Glu Gly Gln 915 920 925 Gln Thr Leu Gly Ala Glu Lys Arg Glu Glu Tyr Arg Asp Tyr Cys Lys 930 935 940 Lys Ile Asp Arg Phe Asn Trp Lys Ala Asn Lys Val Thr Leu Thr Tyr 945 950 955 960 Leu Ser Gln Leu His Tyr Leu Ile Thr Asp Leu Leu Gly Arg Met Val 965 970 975 Gly Phe Ser Ala Leu Phe Glu Arg Asp Leu Val Tyr Phe Ser Arg Ser 980 985 990 Phe Ser Glu Leu Gly Gly Glu Thr Tyr His Ile Ser Asp Tyr Lys Asn 995 1000 1005 Leu Ser Gly Val Leu Arg Leu Asn Ala Glu Val Lys Pro Ile Lys 1010 1015 1020 Ile Lys Asn Ile Lys Val Ile Asp Asn Glu Glu Asn Pro Tyr Lys 1025 1030 1035 Gly Asn Glu Pro Glu Val Lys Pro Phe Leu Asp Arg Leu His Ala 1040 1045 1050 Tyr Leu Glu Asn Val Ile Gly Ile Lys Ala Val His Gly Lys Ile 1055 1060 1065 Arg Asn Gln Thr Ala His Leu Ser Val Leu Gln Leu Glu Leu Ser 1070 1075 1080 Met Ile Glu Ser Met Asn Asn Leu Arg Asp Leu Met Ala Tyr Asp 1085 1090 1095 Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr Lys Ser Met Ile Lys Ile Leu 1100 1105 1110 Asp Lys His Gly Met Ile Leu Lys Leu Lys Ile Asp Glu Asn His 1115 1120 1125 Lys Asn Phe Glu Ile Glu Ser Leu Ile Pro Lys Glu Ile Ile His 1130 1135 1140 Leu Lys Asp Lys Ala Ile Lys Thr Asn Gln Val Ser Glu Glu Tyr 1145 1150 1155 Cys Gln Leu Val Leu Ala Leu Leu Thr Thr Asn Pro Gly Asn Gln 1160 1165 1170 Leu Asn 1175 <210> 587 <211> 1164 <212> PRT <213> Carnobacterium gallinarum <400> 587 Met Arg Met Thr Lys Val Lys Ile Asn Gly Ser Pro Val Ser Met Asn 1 5 10 15 Arg Ser Lys Leu Asn Gly His Leu Val Trp Asn Gly Thr Thr Asn Thr 20 25 30 Val Asn Ile Leu Thr Lys Lys Glu Gln Ser Phe Ala Ala Ser Phe Leu 35 40 45 Asn Lys Thr Leu Val Lys Ala Asp Gln Val Lys Gly Tyr Lys Val Leu 50 55 60 Ala Glu Asn Ile Phe Ile Ile Phe Glu Gln Leu Glu Lys Ser Asn Ser 65 70 75 80 Glu Lys Pro Ser Val Tyr Leu Asn Asn Ile Arg Arg Leu Lys Glu Ala 85 90 95 Gly Leu Lys Arg Phe Phe Lys Ser Lys Tyr His Glu Glu Ile Lys Tyr 100 105 110 Thr Ser Glu Lys Asn Gln Ser Val Pro Thr Lys Leu Asn Leu Ile Pro 115 120 125 Leu Phe Phe Asn Ala Val Asp Arg Ile Gln Glu Asp Lys Phe Asp Glu 130 135 140 Lys Asn Trp Ser Tyr Phe Cys Lys Glu Met Ser Pro Tyr Leu Asp Tyr 145 150 155 160 Lys Lys Ser Tyr Leu Asn Arg Lys Lys Glu Ile Leu Ala Asn Ser Ile 165 170 175 Gln Gln Asn Arg Gly Phe Ser Met Pro Thr Ala Glu Glu Pro Asn Leu 180 185 190 Leu Ser Lys Arg Lys Gln Leu Phe Gln Gln Trp Ala Met Lys Phe Gln 195 200 205 Glu Ser Pro Leu Ile Gln Gln Asn Asn Phe Ala Val Glu Gln Phe Asn 210 215 220 Lys Glu Phe Ala Asn Lys Ile Asn Glu Leu Ala Ala Val Tyr Asn Val 225 230 235 240 Asp Glu Leu Cys Thr Ala Ile Thr Glu Lys Leu Met Asn Phe Asp Lys 245 250 255 Asp Lys Ser Asn Lys Thr Arg Asn Phe Glu Ile Lys Lys Leu Trp Lys 260 265 270 Gln His Pro His Asn Lys Asp Lys Ala Leu Ile Lys Leu Phe Asn Gln 275 280 285 Glu Gly Asn Glu Ala Leu Asn Gln Phe Asn Ile Glu Leu Gly Lys Tyr 290 295 300 Phe Glu His Tyr Phe Pro Lys Thr Gly Lys Lys Glu Ser Ala Glu Ser 305 310 315 320 Tyr Tyr Leu Asn Pro Gln Thr Ile Ile Lys Thr Val Gly Tyr Gln Leu 325 330 335 Arg Asn Ala Phe Val Gln Tyr Leu Leu Gln Val Gly Lys Leu His Gln 340 345 350 Tyr Asn Lys Gly Val Leu Asp Ser Gln Thr Leu Gln Glu Ile Gly Met 355 360 365 Tyr Glu Gly Phe Gln Thr Lys Phe Met Asp Ala Cys Val Phe Ala Ser 370 375 380 Ser Ser Leu Arg Asn Ile Ile Gln Ala Thr Thr Asn Glu Asp Ile Leu 385 390 395 400 Thr Arg Glu Lys Phe Lys Lys Glu Leu Glu Lys Asn Val Glu Leu Lys 405 410 415 His Asp Leu Phe Phe Lys Thr Glu Ile Val Glu Glu Arg Asp Glu Asn 420 425 430 Pro Ala Lys Lys Ile Ala Met Thr Pro Asn Glu Leu Asp Leu Trp Ala 435 440 445 Ile Arg Gly Ala Val Gln Arg Val Arg Asn Gln Ile Phe His Gln Gln 450 455 460 Ile Asn Lys Arg His Glu Pro Asn Gln Leu Lys Val Gly Ser Phe Glu 465 470 475 480 Asn Gly Asp Leu Gly Asn Val Ser Tyr Gln Lys Thr Ile Tyr Gln Lys 485 490 495 Leu Phe Asp Ala Glu Ile Lys Asp Ile Glu Ile Tyr Phe Ala Glu Lys 500 505 510 Ile Lys Ser Ser Gly Ala Leu Glu Gln Tyr Ser Met Lys Asp Leu Glu 515 520 525 Lys Leu Phe Ser Asn Lys Glu Leu Thr Leu Ser Leu Gly Gly Gln Val 530 535 540 Val Ala Phe Ala Pro Ser Tyr Lys Lys Leu Tyr Lys Gln Gly Tyr Phe 545 550 555 560 Tyr Gln Asn Glu Lys Thr Ile Glu Leu Glu Gln Phe Thr Asp Tyr Asp 565 570 575 Phe Ser Asn Asp Val Phe Lys Ala Asn Tyr Tyr Leu Ile Lys Leu Ile 580 585 590 Tyr His Tyr Val Phe Leu Pro Gln Phe Ser Gln Ala Asn Asn Lys Leu 595 600 605 Phe Lys Asp Thr Val His Tyr Val Ile Gln Gln Asn Lys Glu Leu Asn 610 615 620 Thr Thr Glu Lys Asp Lys Lys Asn Asn Lys Lys Ile Arg Lys Tyr Ala 625 630 635 640 Phe Glu Gln Val Lys Leu Met Lys Asn Glu Ser Pro Glu Lys Tyr Met 645 650 655 Gln Tyr Leu Gln Arg Glu Met Gln Glu Glu Arg Thr Ile Lys Glu Ala 660 665 670 Lys Lys Thr Asn Glu Glu Lys Pro Asn Tyr Asn Phe Glu Lys Leu Leu 675 680 685 Ile Gln Ile Phe Ile Lys Gly Phe Asp Thr Phe Leu Arg Asn Phe Asp 690 695 700 Leu Asn Leu Asn Pro Ala Glu Glu Leu Val Gly Thr Val Lys Glu Lys 705 710 715 720 Ala Glu Gly Leu Arg Lys Arg Lys Glu Arg Ile Ala Lys Ile Leu Asn 725 730 735 Val Asp Glu Gln Ile Lys Thr Gly Asp Glu Glu Ile Ala Phe Trp Ile 740 745 750 Phe Ala Lys Leu Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu Leu Arg Asn Glu 755 760 765 Met Ile Lys Phe Lys Gln Ser Ser Val Lys Lys Gly Leu Ile Lys Asn 770 775 780 Gly Asp Leu Ile Glu Gln Met Gln Pro Ile Leu Glu Leu Cys Ile Leu 785 790 795 800 Ser Asn Asp Ser Glu Ser Met Glu Lys Glu Ser Phe Asp Lys Ile Glu 805 810 815 Val Phe Leu Glu Lys Val Glu Leu Ala Lys Asn Glu Pro Tyr Met Gln 820 825 830 Glu Asp Lys Leu Thr Pro Val Lys Phe Arg Phe Met Lys Gln Leu Glu 835 840 845 Lys Tyr Gln Thr Arg Asn Phe Ile Glu Asn Leu Val Ile Glu Asn Pro 850 855 860 Glu Phe Lys Val Ser Glu Lys Ile Val Leu Asn Trp His Glu Glu Lys 865 870 875 880 Glu Lys Ile Ala Asp Leu Val Asp Lys Arg Thr Lys Leu His Glu Glu 885 890 895 Trp Ala Ser Lys Ala Arg Glu Ile Glu Glu Tyr Asn Glu Lys Ile Lys 900 905 910 Lys Asn Lys Ser Lys Lys Leu Asp Lys Pro Ala Glu Phe Ala Lys Phe 915 920 925 Ala Glu Tyr Lys Ile Ile Cys Glu Ala Ile Glu Asn Phe Asn Arg Leu 930 935 940 Asp His Lys Val Arg Leu Thr Tyr Leu Lys Asn Leu His Tyr Leu Met 945 950 955 960 Ile Asp Leu Met Gly Arg Met Val Gly Phe Ser Val Leu Phe Glu Arg 965 970 975 Asp Phe Val Tyr Met Gly Arg Ser Tyr Ser Ala Leu Lys Lys Gln Ser 980 985 990 Ile Tyr Leu Asn Asp Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Ile Arg Asp Trp Glu 995 1000 1005 Val Asn Glu Asn Lys His Leu Phe Gly Thr Ser Ser Ser Asp Leu 1010 1015 1020 Thr Phe Gln Glu Thr Ala Glu Phe Lys Asn Leu Lys Lys Pro Met 1025 1030 1035 Glu Asn Gln Leu Lys Ala Leu Leu Gly Val Thr Asn His Ser Phe 1040 1045 1050 Glu Ile Arg Asn Asn Ile Ala His Leu His Val Leu Arg Asn Asp 1055 1060 1065 Gly Lys Gly Glu Gly Val Ser Leu Leu Ser Cys Met Asn Asp Leu 1070 1075 1080 Arg Lys Leu Met Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val Thr 1085 1090 1095 Lys Ala Ile Ile Lys Ile Leu Asp Lys His Gly Met Ile Leu Lys 1100 1105 1110 Leu Thr Asn Asn Asp His Thr Lys Pro Phe Glu Ile Glu Ser Leu 1115 1120 1125 Lys Pro Lys Lys Ile Ile His Leu Glu Lys Ser Asn His Ser Phe 1130 1135 1140 Pro Met Asp Gln Val Ser Gln Glu Tyr Cys Asp Leu Val Lys Lys 1145 1150 1155 Met Leu Val Phe Thr Asn 1160 <210> 588 <211> 1154 <212> PRT <213> Paludibacter propionicigenes <400> 588 Met Arg Val Ser Lys Val Lys Val Lys Asp Gly Gly Lys Asp Lys Met 1 5 10 15 Val Leu Val His Arg Lys Thr Thr Gly Ala Gln Leu Val Tyr Ser Gly 20 25 30 Gln Pro Val Ser Asn Glu Thr Ser Asn Ile Leu Pro Glu Lys Lys Arg 35 40 45 Gln Ser Phe Asp Leu Ser Thr Leu Asn Lys Thr Ile Ile Lys Phe Asp 50 55 60 Thr Ala Lys Lys Gln Lys Leu Asn Val Asp Gln Tyr Lys Ile Val Glu 65 70 75 80 Lys Ile Phe Lys Tyr Pro Lys Gln Glu Leu Pro Lys Gln Ile Lys Ala 85 90 95 Glu Glu Ile Leu Pro Phe Leu Asn His Lys Phe Gln Glu Pro Val Lys 100 105 110 Tyr Trp Lys Asn Gly Lys Glu Glu Ser Phe Asn Leu Thr Leu Leu Ile 115 120 125 Val Glu Ala Val Gln Ala Gln Asp Lys Arg Lys Leu Gln Pro Tyr Tyr 130 135 140 Asp Trp Lys Thr Trp Tyr Ile Gln Thr Lys Ser Asp Leu Leu Lys Lys 145 150 155 160 Ser Ile Glu Asn Asn Arg Ile Asp Leu Thr Glu Asn Leu Ser Lys Arg 165 170 175 Lys Lys Ala Leu Leu Ala Trp Glu Thr Glu Phe Thr Ala Ser Gly Ser 180 185 190 Ile Asp Leu Thr His Tyr His Lys Val Tyr Met Thr Asp Val Leu Cys 195 200 205 Lys Met Leu Gln Asp Val Lys Pro Leu Thr Asp Asp Lys Gly Lys Ile 210 215 220 Asn Thr Asn Ala Tyr His Arg Gly Leu Lys Lys Ala Leu Gln Asn His 225 230 235 240 Gln Pro Ala Ile Phe Gly Thr Arg Glu Val Pro Asn Glu Ala Asn Arg 245 250 255 Ala Asp Asn Gln Leu Ser Ile Tyr His Leu Glu Val Val Lys Tyr Leu 260 265 270 Glu His Tyr Phe Pro Ile Lys Thr Ser Lys Arg Arg Asn Thr Ala Asp 275 280 285 Asp Ile Ala His Tyr Leu Lys Ala Gln Thr Leu Lys Thr Thr Ile Glu 290 295 300 Lys Gln Leu Val Asn Ala Ile Arg Ala Asn Ile Ile Gln Gln Gly Lys 305 310 315 320 Thr Asn His His Glu Leu Lys Ala Asp Thr Thr Ser Asn Asp Leu Ile 325 330 335 Arg Ile Lys Thr Asn Glu Ala Phe Val Leu Asn Leu Thr Gly Thr Cys 340 345 350 Ala Phe Ala Ala Asn Asn Ile Arg Asn Met Val Asp Asn Glu Gln Thr 355 360 365 Asn Asp Ile Leu Gly Lys Gly Asp Phe Ile Lys Ser Leu Leu Lys Asp 370 375 380 Asn Thr Asn Ser Gln Leu Tyr Ser Phe Phe Phe Gly Glu Gly Leu Ser 385 390 395 400 Thr Asn Lys Ala Glu Lys Glu Thr Gln Leu Trp Gly Ile Arg Gly Ala 405 410 415 Val Gln Gln Ile Arg Asn Asn Val Asn His Tyr Lys Lys Asp Ala Leu 420 425 430 Lys Thr Val Phe Asn Ile Ser Asn Phe Glu Asn Pro Thr Ile Thr Asp 435 440 445 Pro Lys Gln Gln Thr Asn Tyr Ala Asp Thr Ile Tyr Lys Ala Arg Phe 450 455 460 Ile Asn Glu Leu Glu Lys Ile Pro Glu Ala Phe Ala Gln Gln Leu Lys 465 470 475 480 Thr Gly Gly Ala Val Ser Tyr Tyr Thr Ile Glu Asn Leu Lys Ser Leu 485 490 495 Leu Thr Thr Phe Gln Phe Ser Leu Cys Arg Ser Thr Ile Pro Phe Ala 500 505 510 Pro Gly Phe Lys Lys Val Phe Asn Gly Gly Ile Asn Tyr Gln Asn Ala 515 520 525 Lys Gln Asp Glu Ser Phe Tyr Glu Leu Met Leu Glu Gln Tyr Leu Arg 530 535 540 Lys Glu Asn Phe Ala Glu Glu Ser Tyr Asn Ala Arg Tyr Phe Met Leu 545 550 555 560 Lys Leu Ile Tyr Asn Asn Leu Phe Leu Pro Gly Phe Thr Thr Asp Arg 565 570 575 Lys Ala Phe Ala Asp Ser Val Gly Phe Val Gln Met Gln Asn Lys Lys 580 585 590 Gln Ala Glu Lys Val Asn Pro Arg Lys Lys Glu Ala Tyr Ala Phe Glu 595 600 605 Ala Val Arg Pro Met Thr Ala Ala Asp Ser Ile Ala Asp Tyr Met Ala 610 615 620 Tyr Val Gln Ser Glu Leu Met Gln Glu Gln Asn Lys Lys Glu Glu Lys 625 630 635 640 Val Ala Glu Glu Thr Arg Ile Asn Phe Glu Lys Phe Val Leu Gln Val 645 650 655 Phe Ile Lys Gly Phe Asp Ser Phe Leu Arg Ala Lys Glu Phe Asp Phe 660 665 670 Val Gln Met Pro Gln Pro Gln Leu Thr Ala Thr Ala Ser Asn Gln Gln 675 680 685 Lys Ala Asp Lys Leu Asn Gln Leu Glu Ala Ser Ile Thr Ala Asp Cys 690 695 700 Lys Leu Thr Pro Gln Tyr Ala Lys Ala Asp Asp Ala Thr His Ile Ala 705 710 715 720 Phe Tyr Val Phe Cys Lys Leu Leu Asp Ala Ala His Leu Ser Asn Leu 725 730 735 Arg Asn Glu Leu Ile Lys Phe Arg Glu Ser Val Asn Glu Phe Lys Phe 740 745 750 His His Leu Leu Glu Ile Ile Glu Ile Cys Leu Leu Ser Ala Asp Val 755 760 765 Val Pro Thr Asp Tyr Arg Asp Leu Tyr Ser Ser Glu Ala Asp Cys Leu 770 775 780 Ala Arg Leu Arg Pro Phe Ile Glu Gln Gly Ala Asp Ile Thr Asn Trp 785 790 795 800 Ser Asp Leu Phe Val Gln Ser Asp Lys His Ser Pro Val Ile His Ala 805 810 815 Asn Ile Glu Leu Ser Val Lys Tyr Gly Thr Thr Lys Leu Leu Glu Gln 820 825 830 Ile Ile Asn Lys Asp Thr Gln Phe Lys Thr Thr Glu Ala Asn Phe Thr 835 840 845 Ala Trp Asn Thr Ala Gln Lys Ser Ile Glu Gln Leu Ile Lys Gln Arg 850 855 860 Glu Asp His His Glu Gln Trp Val Lys Ala Lys Asn Ala Asp Asp Lys 865 870 875 880 Glu Lys Gln Glu Arg Lys Arg Glu Lys Ser Asn Phe Ala Gln Lys Phe 885 890 895 Ile Glu Lys His Gly Asp Asp Tyr Leu Asp Ile Cys Asp Tyr Ile Asn 900 905 910 Thr Tyr Asn Trp Leu Asp Asn Lys Met His Phe Val His Leu Asn Arg 915 920 925 Leu His Gly Leu Thr Ile Glu Leu Leu Gly Arg Met Ala Gly Phe Val 930 935 940 Ala Leu Phe Asp Arg Asp Phe Gln Phe Phe Asp Glu Gln Gln Ile Ala 945 950 955 960 Asp Glu Phe Lys Leu His Gly Phe Val Asn Leu His Ser Ile Asp Lys 965 970 975 Lys Leu Asn Glu Val Pro Thr Lys Lys Ile Lys Glu Ile Tyr Asp Ile 980 985 990 Arg Asn Lys Ile Ile Gln Ile Asn Gly Asn Lys Ile Asn Glu Ser Val 995 1000 1005 Arg Ala Asn Leu Ile Gln Phe Ile Ser Ser Lys Arg Asn Tyr Tyr 1010 1015 1020 Asn Asn Ala Phe Leu His Val Ser Asn Asp Glu Ile Lys Glu Lys 1025 1030 1035 Gln Met Tyr Asp Ile Arg Asn His Ile Ala His Phe Asn Tyr Leu 1040 1045 1050 Thr Lys Asp Ala Ala Asp Phe Ser Leu Ile Asp Leu Ile Asn Glu 1055 1060 1065 Leu Arg Glu Leu Leu His Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Val 1070 1075 1080 Ser Lys Ala Phe Ile Asp Leu Phe Asp Lys His Gly Met Ile Leu 1085 1090 1095 Lys Leu Lys Leu Asn Ala Asp His Lys Leu Lys Val Glu Ser Leu 1100 1105 1110 Glu Pro Lys Lys Ile Tyr His Leu Gly Ser Ser Ala Lys Asp Lys 1115 1120 1125 Pro Glu Tyr Gln Tyr Cys Thr Asn Gln Val Met Met Ala Tyr Cys 1130 1135 1140 Asn Met Cys Arg Ser Leu Leu Glu Met Lys Lys 1145 1150 <210> 589 <211> 970 <212> PRT <213> Listeria weihenstephanensis <400> 589 Met Leu Ala Leu Leu His Gln Glu Val Pro Ser Gln Lys Leu His Asn 1 5 10 15 Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro Lys 20 25 30 Phe Gln Asn Met Ile Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His Val 35 40 45 Gln Phe Cys Leu Thr Asp Ile Ala Val Pro Ala Ile Arg Asp Leu Asp 50 55 60 Glu Ile Lys Pro Asp Trp Gly Ile Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro Tyr 65 70 75 80 Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr Ile His Tyr Lys Gln Thr Thr Ile Gln 85 90 95 Lys Ser Ile Glu Gln Asn Lys Ile Gln Ser Pro Asp Ser Pro Arg Lys 100 105 110 Leu Val Leu Gln Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro Leu 115 120 125 Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala Glu 130 135 140 Ser Phe Lys Val Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr Lys 145 150 155 160 Ile Lys Ala Cys Leu Gln Gln His Gln Arg Asn Ile Leu Asp Glu Leu 165 170 175 Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn Gln Tyr Gly Ile Glu Val Lys Lys Tyr 180 185 190 Ile Gln Arg Tyr Phe Pro Ile Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys His 195 200 205 Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu Ile Glu Ser Thr Val Glu 210 215 220 Gln Gln Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu Gln Gly Lys 225 230 235 240 Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu Gln Asp 245 250 255 Ile Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe Ile Asn Ala Cys Ala 260 265 270 Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met Ile Leu Asn Pro Glu Cys Glu Lys 275 280 285 Asp Ile Leu Gly Lys Gly Asp Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser Thr 290 295 300 Thr Gln Ser Asp Val Val Lys Lys Met Ile Pro Phe Phe Ser Asp Glu 305 310 315 320 Ile Gln Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala Ile Trp Ala Ile Arg Gly Ser 325 330 335 Ile Gln Gln Ile Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser Trp 340 345 350 Lys Ser Ile Leu Lys Ile Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn Met 355 360 365 Lys Tyr Thr Asp Ser Asp Met Gln Lys Leu Met Asp Lys Asp Ile Ala 370 375 380 Lys Ile Pro Asp Phe Ile Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly Ile Ile 385 390 395 400 Arg Phe Tyr Ser His Asp Lys Leu Gln Ser Ile Trp Glu Met Lys Gln 405 410 415 Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe Lys 420 425 430 Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr Gln Thr Ser Lys Asn Arg Tyr 435 440 445 Tyr Asp Leu Gly Leu Thr Thr Phe Asp Ile Leu Glu Tyr Gly Glu Glu 450 455 460 Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr Gln Gln 465 470 475 480 Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala Ala 485 490 495 Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gln Gln Asp Ala Lys Ala 500 505 510 Phe Ile Asn Ile Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp Tyr 515 520 525 Met Gly Tyr Val Gln Gly Gln Ile Ala Ile His Glu Asp Ser Thr Glu 530 535 540 Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe Ile Ser Gln Val Phe Ile Lys 545 550 555 560 Gly Phe Asp Ser His Met Arg Ser Ala Asp Leu Lys Phe Ile Lys Asn 565 570 575 Pro Arg Asn Gln Gly Leu Glu Gln Ser Glu Ile Glu Glu Met Ser Phe 580 585 590 Asp Ile Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Asn Lys Asp Asp Tyr Ile 595 600 605 Ala Phe Trp Thr Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser Glu 610 615 620 Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu Gln 625 630 635 640 Glu Ile Ile Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn Asp 645 650 655 Trp Lys Gln Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys Ile Met Lys 660 665 670 Gly Tyr Val Gly Glu Glu Leu Tyr Gln Arg Glu Pro Tyr Arg Gln Ser 675 680 685 Asp Gly Lys Thr Pro Ile Leu Phe Arg Gly Val Glu Gln Ala Arg Lys 690 695 700 Tyr Gly Thr Glu Thr Val Ile Gln Arg Leu Phe Asp Ala Ser Pro Glu 705 710 715 720 Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn Ile Thr Glu Trp Glu Arg Gln Lys Glu 725 730 735 Thr Ile Glu Glu Thr Ile Glu Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu Trp 740 745 750 Glu Lys Asn Pro Lys Lys Pro Gln Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu Tyr 755 760 765 Lys Glu Cys Cys Asp Ala Ile Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn Lys 770 775 780 Thr Thr Leu Val Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu Ile Glu Ile 785 790 795 800 Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala Ile Ala Asp Arg Asp Phe Gln 805 810 815 Cys Met Ala Asn Gln Tyr Phe Lys His Ser Gly Ile Thr Glu Arg Val 820 825 830 Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser Ile Lys Lys Leu Asp Thr 835 840 845 Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg Asn 850 855 860 His Ile Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr Leu 865 870 875 880 Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu Ile Phe Lys Tyr Asp Arg Lys 885 890 895 Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu Ile Asp Ile Leu Asp Arg His 900 905 910 Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg Leu 915 920 925 Val Ile Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly Glu Lys 930 935 940 Lys Ile Asp Asn Gly Tyr Ile Glu Thr Asn Gln Val Ser Glu Glu Tyr 945 950 955 960 Cys Gly Ile Val Lys Arg Leu Leu Glu Ile 965 970 <210> 590 <211> 1051 <212> PRT <213> Listeriaceae bacterium <400> 590 Met Lys Ile Thr Lys Met Arg Val Asp Gly Arg Thr Ile Val Met Glu 1 5 10 15 Arg Thr Ser Lys Glu Gly Gln Leu Gly Tyr Glu Gly Ile Asp Gly Asn 20 25 30 Lys Thr Thr Glu Ile Ile Phe Asp Lys Lys Lys Glu Ser Phe Tyr Lys 35 40 45 Ser Ile Leu Asn Lys Thr Val Arg Lys Pro Asp Glu Lys Glu Lys Asn 50 55 60 Arg Arg Lys Gln Ala Ile Asn Lys Ala Ile Asn Lys Glu Ile Thr Glu 65 70 75 80 Leu Met Leu Ala Val Leu His Gln Glu Val Pro Ser Gln Lys Leu His 85 90 95 Asn Leu Lys Ser Leu Asn Thr Glu Ser Leu Thr Lys Leu Phe Lys Pro 100 105 110 Lys Phe Gln Asn Met Ile Ser Tyr Pro Pro Ser Lys Gly Ala Glu His 115 120 125 Val Gln Phe Cys Leu Thr Asp Ile Ala Val Pro Ala Ile Arg Asp Leu 130 135 140 Asp Glu Ile Lys Pro Asp Trp Gly Ile Phe Phe Glu Lys Leu Lys Pro 145 150 155 160 Tyr Thr Asp Trp Ala Glu Ser Tyr Ile His Tyr Lys Gln Thr Thr Ile 165 170 175 Gln Lys Ser Ile Glu Gln Asn Lys Ile Gln Ser Pro Asp Ser Pro Arg 180 185 190 Lys Leu Val Leu Gln Lys Tyr Val Thr Ala Phe Leu Asn Gly Glu Pro 195 200 205 Leu Gly Leu Asp Leu Val Ala Lys Lys Tyr Lys Leu Ala Asp Leu Ala 210 215 220 Glu Ser Phe Lys Leu Val Asp Leu Asn Glu Asp Lys Ser Ala Asn Tyr 225 230 235 240 Lys Ile Lys Ala Cys Leu Gln Gln His Gln Arg Asn Ile Leu Asp Glu 245 250 255 Leu Lys Glu Asp Pro Glu Leu Asn Gln Tyr Gly Ile Glu Val Lys Lys 260 265 270 Tyr Ile Gln Arg Tyr Phe Pro Ile Lys Arg Ala Pro Asn Arg Ser Lys 275 280 285 His Ala Arg Ala Asp Phe Leu Lys Lys Glu Leu Ile Glu Ser Thr Val 290 295 300 Glu Gln Gln Phe Lys Asn Ala Val Tyr His Tyr Val Leu Glu Gln Gly 305 310 315 320 Lys Met Glu Ala Tyr Glu Leu Thr Asp Pro Lys Thr Lys Asp Leu Gln 325 330 335 Asp Ile Arg Ser Gly Glu Ala Phe Ser Phe Lys Phe Ile Asn Ala Cys 340 345 350 Ala Phe Ala Ser Asn Asn Leu Lys Met Ile Leu Asn Pro Glu Cys Glu 355 360 365 Lys Asp Ile Leu Gly Lys Gly Asn Phe Lys Lys Asn Leu Pro Asn Ser 370 375 380 Thr Thr Arg Ser Asp Val Val Lys Lys Met Ile Pro Phe Phe Ser Asp 385 390 395 400 Glu Leu Gln Asn Val Asn Phe Asp Glu Ala Ile Trp Ala Ile Arg Gly 405 410 415 Ser Ile Gln Gln Ile Arg Asn Glu Val Tyr His Cys Lys Lys His Ser 420 425 430 Trp Lys Ser Ile Leu Lys Ile Lys Gly Phe Glu Phe Glu Pro Asn Asn 435 440 445 Met Lys Tyr Ala Asp Ser Asp Met Gln Lys Leu Met Asp Lys Asp Ile 450 455 460 Ala Lys Ile Pro Glu Phe Ile Glu Glu Lys Leu Lys Ser Ser Gly Val 465 470 475 480 Val Arg Phe Tyr Arg His Asp Glu Leu Gln Ser Ile Trp Glu Met Lys 485 490 495 Gln Gly Phe Ser Leu Leu Thr Thr Asn Ala Pro Phe Val Pro Ser Phe 500 505 510 Lys Arg Val Tyr Ala Lys Gly His Asp Tyr Gln Thr Ser Lys Asn Arg 515 520 525 Tyr Tyr Asn Leu Asp Leu Thr Thr Phe Asp Ile Leu Glu Tyr Gly Glu 530 535 540 Glu Asp Phe Arg Ala Arg Tyr Phe Leu Thr Lys Leu Val Tyr Tyr Gln 545 550 555 560 Gln Phe Met Pro Trp Phe Thr Ala Asp Asn Asn Ala Phe Arg Asp Ala 565 570 575 Ala Asn Phe Val Leu Arg Leu Asn Lys Asn Arg Gln Gln Asp Ala Lys 580 585 590 Ala Phe Ile Asn Ile Arg Glu Val Glu Glu Gly Glu Met Pro Arg Asp 595 600 605 Tyr Met Gly Tyr Val Gln Gly Gln Ile Ala Ile His Glu Asp Ser Ile 610 615 620 Glu Asp Thr Pro Asn His Phe Glu Lys Phe Ile Ser Gln Val Phe Ile 625 630 635 640 Lys Gly Phe Asp Arg His Met Arg Ser Ala Asn Leu Lys Phe Ile Lys 645 650 655 Asn Pro Arg Asn Gln Gly Leu Glu Gln Ser Glu Ile Glu Glu Met Ser 660 665 670 Phe Asp Ile Lys Val Glu Pro Ser Phe Leu Lys Asn Lys Asp Asp Tyr 675 680 685 Ile Ala Phe Trp Ile Phe Cys Lys Met Leu Asp Ala Arg His Leu Ser 690 695 700 Glu Leu Arg Asn Glu Met Ile Lys Tyr Asp Gly His Leu Thr Gly Glu 705 710 715 720 Gln Glu Ile Ile Gly Leu Ala Leu Leu Gly Val Asp Ser Arg Glu Asn 725 730 735 Asp Trp Lys Gln Phe Phe Ser Ser Glu Arg Glu Tyr Glu Lys Ile Met 740 745 750 Lys Gly Tyr Val Val Glu Glu Leu Tyr Gln Arg Glu Pro Tyr Arg Gln 755 760 765 Ser Asp Gly Lys Thr Pro Ile Leu Phe Arg Gly Val Glu Gln Ala Arg 770 775 780 Lys Tyr Gly Thr Glu Thr Val Ile Gln Arg Leu Phe Asp Ala Asn Pro 785 790 795 800 Glu Phe Lys Val Ser Lys Cys Asn Leu Ala Glu Trp Glu Arg Gln Lys 805 810 815 Glu Thr Ile Glu Glu Thr Ile Lys Arg Arg Lys Glu Leu His Asn Glu 820 825 830 Trp Ala Lys Asn Pro Lys Lys Pro Gln Asn Asn Ala Phe Phe Lys Glu 835 840 845 Tyr Lys Glu Cys Cys Asp Ala Ile Asp Ala Tyr Asn Trp His Lys Asn 850 855 860 Lys Thr Thr Leu Ala Tyr Val Asn Glu Leu His His Leu Leu Ile Glu 865 870 875 880 Ile Leu Gly Arg Tyr Val Gly Tyr Val Ala Ile Ala Asp Arg Asp Phe 885 890 895 Gln Cys Met Ala Asn Gln Tyr Phe Lys His Ser Gly Ile Thr Glu Arg 900 905 910 Val Glu Tyr Trp Gly Asp Asn Arg Leu Lys Ser Ile Lys Lys Leu Asp 915 920 925 Thr Phe Leu Lys Lys Glu Gly Leu Phe Val Ser Glu Lys Asn Ala Arg 930 935 940 Asn His Ile Ala His Leu Asn Tyr Leu Ser Leu Lys Ser Glu Cys Thr 945 950 955 960 Leu Leu Tyr Leu Ser Glu Arg Leu Arg Glu Ile Phe Lys Tyr Asp Arg 965 970 975 Lys Leu Lys Asn Ala Val Ser Lys Ser Leu Ile Asp Ile Leu Asp Arg 980 985 990 His Gly Met Ser Val Val Phe Ala Asn Leu Lys Glu Asn Lys His Arg 995 1000 1005 Leu Val Ile Lys Ser Leu Glu Pro Lys Lys Leu Arg His Leu Gly 1010 1015 1020 Gly Lys Lys Ile Asp Gly Gly Tyr Ile Glu Thr Asn Gln Val Ser 1025 1030 1035 Glu Glu Tyr Cys Gly Ile Val Lys Arg Leu Leu Glu Met 1040 1045 1050 <210> 591 <211> 1152 <212> PRT <213> Leptotrichia wadei <400> 591 Met Lys Val Thr Lys Val Asp Gly Ile Ser His Lys Lys Tyr Ile Glu 1 5 10 15 Glu Gly Lys Leu Val Lys Ser Thr Ser Glu Glu Asn Arg Thr Ser Glu 20 25 30 Arg Leu Ser Glu Leu Leu Ser Ile Arg Leu Asp Ile Tyr Ile Lys Asn 35 40 45 Pro Asp Asn Ala Ser Glu Glu Glu Asn Arg Ile Arg Arg Glu Asn Leu 50 55 60 Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Val Leu His Leu Lys Asp Ser Val Leu 65 70 75 80 Tyr Leu Lys Asn Arg Lys Glu Lys Asn Ala Val Gln Asp Lys Asn Tyr 85 90 95 Ser Glu Glu Asp Ile Ser Glu Tyr Asp Leu Lys Asn Lys Asn Ser Phe 100 105 110 Ser Val Leu Lys Lys Ile Leu Leu Asn Glu Asp Val Asn Ser Glu Glu 115 120 125 Leu Glu Ile Phe Arg Lys Asp Val Glu Ala Lys Leu Asn Lys Ile Asn 130 135 140 Ser Leu Lys Tyr Ser Phe Glu Glu Asn Lys Ala Asn Tyr Gln Lys Ile 145 150 155 160 Asn Glu Asn Asn Val Glu Lys Val Gly Gly Lys Ser Lys Arg Asn Ile 165 170 175 Ile Tyr Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asn Asp Tyr Ile Asn 180 185 190 Asn Val Gln Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Lys Glu Asp Ile Glu 195 200 205 Lys Leu Phe Phe Leu Ile Glu Asn Ser Lys Lys His Glu Lys Tyr Lys 210 215 220 Ile Arg Glu Tyr Tyr His Lys Ile Ile Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu 225 230 235 240 Asn Phe Ala Lys Ile Ile Tyr Glu Glu Ile Gln Asn Val Asn Asn Ile 245 250 255 Lys Glu Leu Ile Glu Lys Ile Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser 260 265 270 Gln Val Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys 275 280 285 Asn Ile Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu Ile Glu Met Ser Gln 290 295 300 Leu Leu Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn Ile Ser Asn Asp 305 310 315 320 Lys Ile Lys Arg Ile Phe Glu Tyr Gln Asn Leu Lys Lys Leu Ile Glu 325 330 335 Asn Lys Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys 340 345 350 Tyr Asn Tyr Tyr Leu Gln Val Gly Glu Ile Ala Thr Ser Asp Phe Ile 355 360 365 Ala Arg Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn Ile Ile Gly Val 370 375 380 Ser Ser Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn Ile Leu Glu Thr Glu Asn 385 390 395 400 Glu Asn Asp Ile Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn 405 410 415 Lys Gly Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys Ile Tyr Asn 420 425 430 Glu Asn Lys Gln Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser 435 440 445 Tyr Asp Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu Ile Glu Asp Phe Phe Ala 450 455 460 Asn Ile Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val His Phe 465 470 475 480 Asn Leu Glu Leu Glu Gly Lys Asp Ile Phe Ala Phe Lys Asn Ile Ala 485 490 495 Pro Ser Glu Ile Ser Lys Lys Met Phe Gln Asn Glu Ile Asn Glu Lys 500 505 510 Lys Leu Lys Leu Lys Ile Phe Lys Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe 515 520 525 Asn Tyr Tyr Glu Lys Asp Val Ile Ile Lys Tyr Leu Lys Asn Thr Lys 530 535 540 Phe Asn Phe Val Asn Lys Asn Ile Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys 545 550 555 560 Leu Tyr Asn Lys Ile Glu Asp Leu Arg Asn Thr Leu Lys Phe Phe Trp 565 570 575 Ser Val Pro Lys Asp Lys Glu Glu Lys Asp Ala Gln Ile Tyr Leu Leu 580 585 590 Lys Asn Ile Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Lys Phe Val Lys Asn Ser 595 600 605 Lys Val Phe Phe Lys Ile Thr Asn Glu Val Ile Lys Ile Asn Lys Gln 610 615 620 Arg Asn Gln Lys Thr Gly His Tyr Lys Tyr Gln Lys Phe Glu Asn Ile 625 630 635 640 Glu Lys Thr Val Pro Val Glu Tyr Leu Ala Ile Ile Gln Ser Arg Glu 645 650 655 Met Ile Asn Asn Gln Asp Lys Glu Glu Lys Asn Thr Tyr Ile Asp Phe 660 665 670 Ile Gln Gln Ile Phe Leu Lys Gly Phe Ile Asp Tyr Leu Asn Lys Asn 675 680 685 Asn Leu Lys Tyr Ile Glu Ser Asn Asn Asn Asn Asp Asn Asn Asp Ile 690 695 700 Phe Ser Lys Ile Lys Ile Lys Lys Asp Asn Lys Glu Lys Tyr Asp Lys 705 710 715 720 Ile Leu Lys Asn Tyr Glu Lys His Asn Arg Asn Lys Glu Ile Pro His 725 730 735 Glu Ile Asn Glu Phe Val Arg Glu Ile Lys Leu Gly Lys Ile Leu Lys 740 745 750 Tyr Thr Glu Asn Leu Asn Met Phe Tyr Leu Ile Leu Lys Leu Leu Asn 755 760 765 His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr Gln Ser 770 775 780 Ala Asn Lys Glu Glu Thr Phe Ser Asp Glu Leu Glu Leu Ile Asn Leu 785 790 795 800 Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu Glu Ala 805 810 815 Asn Glu Ile Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Glu Asn Lys Ile Lys Asp 820 825 830 Arg Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys Ile Tyr Phe Asp Gly 835 840 845 Glu Asn Ile Ile Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn Ile Lys Lys Tyr Gly 850 855 860 Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Asp Lys Ala Lys Tyr Lys Ile 865 870 875 880 Ser Leu Lys Glu Leu Lys Glu Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu Ile Glu 885 890 895 Lys Asn Tyr Thr Met Gln Gln Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala Arg Pro 900 905 910 Lys Lys Asp Glu Lys Phe Asn Asp Glu Asp Tyr Lys Glu Tyr Glu Lys 915 920 925 Ala Ile Gly Asn Ile Gln Lys Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys Val Glu 930 935 940 Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gln Gly Leu Leu Leu Lys Ile Leu His 945 950 955 960 Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser Ile Trp Glu Arg Asp Leu Arg Phe Arg 965 970 975 Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn His Tyr Ile Glu Glu Ile Phe Asn 980 985 990 Phe Asp Asn Ser Lys Asn Val Lys Tyr Lys Ser Gly Gln Ile Val Glu 995 1000 1005 Lys Tyr Ile Asn Phe Tyr Lys Glu Leu Tyr Lys Asp Asn Val Glu 1010 1015 1020 Lys Arg Ser Ile Tyr Ser Asp Lys Lys Val Lys Lys Leu Lys Gln 1025 1030 1035 Glu Lys Lys Asp Leu Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His Phe Asn 1040 1045 1050 Tyr Ile Pro His Ala Glu Ile Ser Leu Leu Glu Val Leu Glu Asn 1055 1060 1065 Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn Ala Ile 1070 1075 1080 Met Lys Ser Ile Val Asp Ile Leu Lys Glu Tyr Gly Phe Val Ala 1085 1090 1095 Thr Phe Lys Ile Gly Ala Asp Lys Lys Ile Glu Ile Gln Thr Leu 1100 1105 1110 Glu Ser Glu Lys Ile Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys Lys Lys 1115 1120 1125 Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Glu Leu Val Lys 1130 1135 1140 Val Met Phe Glu Tyr Lys Ala Leu Glu 1145 1150 <210> 592 <211> 1285 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus <400> 592 Met Gln Ile Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr Ile Ser Glu Phe Gly Asp 1 5 10 15 Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys Ile Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 20 25 30 Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu Ile Gly 35 40 45 Gln Trp Ile Ser Gly Ile Asp Lys Ile Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 50 55 60 Lys Ser Asp Gly Lys Ala Ile His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met Gln 65 70 75 80 Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 85 90 95 Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp Gln Phe Lys Arg Arg 100 105 110 Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gln Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 115 120 125 Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gln Ala Phe His Gly Arg 130 135 140 Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 145 150 155 160 Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg Ile Asp Gly 165 170 175 Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 180 185 190 Val Ala Arg Ala Leu Gly Ile Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 195 200 205 Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu Ile Gln Thr Tyr Phe 210 215 220 Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 225 230 235 240 Ser Ala Ala Gln Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gln Val Ser Gly Arg Ser 245 250 255 Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 260 265 270 Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 275 280 285 Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 290 295 300 Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 305 310 315 320 Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 325 330 335 Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gln Gln Ala Gly Asp 340 345 350 Leu Ala Gln Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly Gln Thr Glu Ile Lys 355 360 365 Glu Ser Glu Ile Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 370 375 380 Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp Ile Asp Pro Met Gly Lys Ile Val Asn 385 390 395 400 Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn Ile Arg Gln 405 410 415 Val Ile Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 420 425 430 Ile Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 435 440 445 Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 450 455 460 Asn Gln Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu Ile 465 470 475 480 Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 485 490 495 His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala Ile Arg Ala Ile Ile 500 505 510 Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 515 520 525 Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 530 535 540 Tyr Ser Glu Ile Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 545 550 555 560 Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 565 570 575 Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 580 585 590 Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 595 600 605 Lys Ala Arg Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 610 615 620 Ala Tyr Ala Ser Gly Ile Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 625 630 635 640 Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala Gln Ser Val Asn Val Thr 645 650 655 Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Thr Ser Arg Leu Arg Pro 660 665 670 Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 675 680 685 Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gln Ile Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 690 695 700 Glu Asn Ala Arg Lys Gln Ala Glu Phe Ile Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 705 710 715 720 Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr Ile Arg Ala Lys Gly Phe Asp 725 730 735 Trp Ile Leu Lys Ile Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 740 745 750 Val Leu Pro Glu Pro Ile Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gln 755 760 765 Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 770 775 780 Asn Leu Leu His Gln Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gln Gly Lys Tyr 785 790 795 800 Glu Leu Val Gln Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gln Ala Asp Ala Arg Arg 805 810 815 Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 820 825 830 Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 835 840 845 Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 850 855 860 Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 865 870 875 880 Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 885 890 895 Arg Gly Leu Arg Gln Ile Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 900 905 910 Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 915 920 925 Ala Glu Ile Glu Asp Glu Thr Gln Glu Lys Ser Gln Ile Val Ala Ala 930 935 940 Gln Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 945 950 955 960 Lys Thr Ile Ser Pro Glu Glu Arg Gln Ser Tyr Ala Ala Ala Ile Lys 965 970 975 Thr Ile Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 980 985 990 His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val Ile Gly Arg Leu Ile 995 1000 1005 Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu Ile 1010 1015 1020 Asn Ala Ser Lys Gln Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1025 1030 1035 Ile Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr Gln Thr Arg Lys 1040 1045 1050 Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1055 1060 1065 Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1070 1075 1080 Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser Ile Leu Asp Met 1085 1090 1095 Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gln Met Lys Asp His 1100 1105 1110 Leu Leu Gln Asp Ala Thr Ile Thr Gln Ala Ala Ile Lys His Leu 1115 1120 1125 Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1130 1135 1140 Ala Arg Phe Ser Gln Asp Tyr Leu Gln Met Val Ala Ala Val Phe 1145 1150 1155 Asn Gly Ser Val Gln Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1160 1165 1170 Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala Gln Ser Gln 1175 1180 1185 Pro Asp Gln Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1190 1195 1200 Leu Pro Pro Pro Gln Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1205 1210 1215 Lys Val Ile Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1220 1225 1230 Val Ala Gly Asn Ile Gly Leu His Ile Ser Arg Leu Arg Arg Ile 1235 1240 1245 Arg Glu Asp Ala Ile Ile Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1250 1255 1260 Glu Ile Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1265 1270 1275 Ala Asp Leu Val Arg Ile Asp 1280 1285 <210> 593 <211> 1285 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus <400> 593 Met Gln Ile Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr Ile Ser Glu Phe Gly Asp 1 5 10 15 Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys Ile Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 20 25 30 Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu Ile Gly 35 40 45 Gln Trp Ile Ser Gly Ile Asp Lys Ile Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 50 55 60 Lys Ser Asp Gly Lys Ala Ile His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met Gln 65 70 75 80 Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 85 90 95 Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp Gln Phe Lys Arg Arg 100 105 110 Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gln Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 115 120 125 Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gln Ala Phe His Gly Arg 130 135 140 Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 145 150 155 160 Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg Ile Asp Gly 165 170 175 Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 180 185 190 Val Ala Arg Ala Leu Gly Ile Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 195 200 205 Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu Ile Gln Thr Tyr Phe 210 215 220 Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 225 230 235 240 Ser Ala Ala Gln Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gln Val Ser Gly Arg Ser 245 250 255 Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 260 265 270 Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 275 280 285 Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 290 295 300 Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 305 310 315 320 Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 325 330 335 Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gln Gln Ala Gly Asp 340 345 350 Leu Ala Gln Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly Gln Thr Glu Ile Lys 355 360 365 Glu Ser Glu Ile Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 370 375 380 Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp Ile Asp Pro Met Gly Lys Ile Val Asn 385 390 395 400 Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn Ile Arg Gln 405 410 415 Val Ile Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 420 425 430 Ile Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 435 440 445 Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 450 455 460 Asn Gln Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu Ile 465 470 475 480 Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 485 490 495 His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala Ile Arg Ala Ile Ile 500 505 510 Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 515 520 525 Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 530 535 540 Tyr Ser Glu Ile Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 545 550 555 560 Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 565 570 575 Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 580 585 590 Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 595 600 605 Lys Ala Arg Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 610 615 620 Ala Tyr Ala Ser Gly Ile Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 625 630 635 640 Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala Gln Ser Val Asn Val Thr 645 650 655 Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 660 665 670 Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 675 680 685 Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gln Ile Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 690 695 700 Glu Asn Ala Arg Lys Gln Ala Glu Phe Ile Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 705 710 715 720 Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr Ile Arg Ala Lys Gly Phe Asp 725 730 735 Trp Ile Leu Lys Ile Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 740 745 750 Val Leu Pro Glu Pro Ile Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gln 755 760 765 Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 770 775 780 Asn Leu Leu His Gln Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gln Gly Lys Tyr 785 790 795 800 Glu Leu Val Gln Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gln Ala Asp Ala Arg Arg 805 810 815 Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 820 825 830 Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 835 840 845 Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 850 855 860 Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 865 870 875 880 Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 885 890 895 Arg Gly Leu Arg Gln Ile Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 900 905 910 Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 915 920 925 Ala Glu Ile Glu Asp Glu Thr Gln Glu Lys Ser Gln Ile Val Ala Ala 930 935 940 Gln Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 945 950 955 960 Lys Thr Ile Ser Pro Glu Glu Arg Gln Ser Tyr Ala Ala Ala Ile Lys 965 970 975 Thr Ile Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 980 985 990 His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val Ile Gly Arg Leu Ile 995 1000 1005 Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu Ile 1010 1015 1020 Asn Ala Ser Lys Gln Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1025 1030 1035 Ile Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr Gln Thr Arg Lys 1040 1045 1050 Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1055 1060 1065 Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1070 1075 1080 Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser Ile Leu Asp Met 1085 1090 1095 Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gln Met Lys Asp His 1100 1105 1110 Leu Leu Gln Asp Ala Thr Ile Thr Gln Ala Ala Ile Lys His Leu 1115 1120 1125 Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1130 1135 1140 Ala Arg Phe Ser Gln Asp Tyr Leu Gln Met Val Ala Ala Val Phe 1145 1150 1155 Asn Gly Ser Val Gln Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1160 1165 1170 Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala Gln Ser Gln 1175 1180 1185 Pro Asp Gln Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1190 1195 1200 Leu Pro Pro Pro Gln Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1205 1210 1215 Lys Val Ile Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1220 1225 1230 Val Ala Gly Asn Ile Gly Leu His Ile Ser Arg Leu Arg Arg Ile 1235 1240 1245 Arg Glu Asp Ala Ile Ile Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1250 1255 1260 Glu Ile Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1265 1270 1275 Ala Asp Leu Val Arg Ile Asp 1280 1285 <210> 594 <211> 1285 <212> PRT <213> Rhodobacter capsulatus <400> 594 Met Gln Ile Gly Lys Val Gln Gly Arg Thr Ile Ser Glu Phe Gly Asp 1 5 10 15 Pro Ala Gly Gly Leu Lys Arg Lys Ile Ser Thr Asp Gly Lys Asn Arg 20 25 30 Lys Glu Leu Pro Ala His Leu Ser Ser Asp Pro Lys Ala Leu Ile Gly 35 40 45 Gln Trp Ile Ser Gly Ile Asp Lys Ile Tyr Arg Lys Pro Asp Ser Arg 50 55 60 Lys Ser Asp Gly Lys Ala Ile His Ser Pro Thr Pro Ser Lys Met Gln 65 70 75 80 Phe Asp Ala Arg Asp Asp Leu Gly Glu Ala Phe Trp Lys Leu Val Ser 85 90 95 Glu Ala Gly Leu Ala Gln Asp Ser Asp Tyr Asp Gln Phe Lys Arg Arg 100 105 110 Leu His Pro Tyr Gly Asp Lys Phe Gln Pro Ala Asp Ser Gly Ala Lys 115 120 125 Leu Lys Phe Glu Ala Asp Pro Pro Glu Pro Gln Ala Phe His Gly Arg 130 135 140 Trp Tyr Gly Ala Met Ser Lys Arg Gly Asn Asp Ala Lys Glu Leu Ala 145 150 155 160 Ala Ala Leu Tyr Glu His Leu His Val Asp Glu Lys Arg Ile Asp Gly 165 170 175 Gln Pro Lys Arg Asn Pro Lys Thr Asp Lys Phe Ala Pro Gly Leu Val 180 185 190 Val Ala Arg Ala Leu Gly Ile Glu Ser Ser Val Leu Pro Arg Gly Met 195 200 205 Ala Arg Leu Ala Arg Asn Trp Gly Glu Glu Glu Ile Gln Thr Tyr Phe 210 215 220 Val Val Asp Val Ala Ala Ser Val Lys Glu Val Ala Lys Ala Ala Val 225 230 235 240 Ser Ala Ala Gln Ala Phe Asp Pro Pro Arg Gln Val Ser Gly Arg Ser 245 250 255 Leu Ser Pro Lys Val Gly Phe Ala Leu Ala Glu His Leu Glu Arg Val 260 265 270 Thr Gly Ser Lys Arg Cys Ser Phe Asp Pro Ala Ala Gly Pro Ser Val 275 280 285 Leu Ala Leu His Asp Glu Val Lys Lys Thr Tyr Lys Arg Leu Cys Ala 290 295 300 Arg Gly Lys Asn Ala Ala Arg Ala Phe Pro Ala Asp Lys Thr Glu Leu 305 310 315 320 Leu Ala Leu Met Arg His Thr His Glu Asn Arg Val Arg Asn Gln Met 325 330 335 Val Arg Met Gly Arg Val Ser Glu Tyr Arg Gly Gln Gln Ala Gly Asp 340 345 350 Leu Ala Gln Ser His Tyr Trp Thr Ser Ala Gly Gln Thr Glu Ile Lys 355 360 365 Glu Ser Glu Ile Phe Val Arg Leu Trp Val Gly Ala Phe Ala Leu Ala 370 375 380 Gly Arg Ser Met Lys Ala Trp Ile Asp Pro Met Gly Lys Ile Val Asn 385 390 395 400 Thr Glu Lys Asn Asp Arg Asp Leu Thr Ala Ala Val Asn Ile Arg Gln 405 410 415 Val Ile Ser Asn Lys Glu Met Val Ala Glu Ala Met Ala Arg Arg Gly 420 425 430 Ile Tyr Phe Gly Glu Thr Pro Glu Leu Asp Arg Leu Gly Ala Glu Gly 435 440 445 Asn Glu Gly Phe Val Phe Ala Leu Leu Arg Tyr Leu Arg Gly Cys Arg 450 455 460 Asn Gln Thr Phe His Leu Gly Ala Arg Ala Gly Phe Leu Lys Glu Ile 465 470 475 480 Arg Lys Glu Leu Glu Lys Thr Arg Trp Gly Lys Ala Lys Glu Ala Glu 485 490 495 His Val Val Leu Thr Asp Lys Thr Val Ala Ala Ile Arg Ala Ile Ile 500 505 510 Asp Asn Asp Ala Lys Ala Leu Gly Ala Arg Leu Leu Ala Asp Leu Ser 515 520 525 Gly Ala Phe Val Ala His Tyr Ala Ser Lys Glu His Phe Ser Thr Leu 530 535 540 Tyr Ser Glu Ile Val Lys Ala Val Lys Asp Ala Pro Glu Val Ser Ser 545 550 555 560 Gly Leu Pro Arg Leu Lys Leu Leu Leu Lys Arg Ala Asp Gly Val Arg 565 570 575 Gly Tyr Val His Gly Leu Arg Asp Thr Arg Lys His Ala Phe Ala Thr 580 585 590 Lys Leu Pro Pro Pro Pro Ala Pro Arg Glu Leu Asp Asp Pro Ala Thr 595 600 605 Lys Ala Arg Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Leu Tyr Asp Gly Pro Phe Arg 610 615 620 Ala Tyr Ala Ser Gly Ile Thr Gly Thr Ala Leu Ala Gly Pro Ala Ala 625 630 635 640 Arg Ala Lys Glu Ala Ala Thr Ala Leu Ala Gln Ser Val Asn Val Thr 645 650 655 Lys Ala Tyr Ser Asp Val Met Glu Gly Arg Ser Ser Arg Leu Arg Pro 660 665 670 Pro Asn Asp Gly Glu Thr Leu Arg Glu Tyr Leu Ser Ala Leu Thr Gly 675 680 685 Glu Thr Ala Thr Glu Phe Arg Val Gln Ile Gly Tyr Glu Ser Asp Ser 690 695 700 Glu Asn Ala Arg Lys Gln Ala Glu Phe Ile Glu Asn Tyr Arg Arg Asp 705 710 715 720 Met Leu Ala Phe Met Phe Glu Asp Tyr Ile Arg Ala Lys Gly Phe Asp 725 730 735 Trp Ile Leu Lys Ile Glu Pro Gly Ala Thr Ala Met Thr Arg Ala Pro 740 745 750 Val Leu Pro Glu Pro Ile Asp Thr Arg Gly Gln Tyr Glu His Trp Gln 755 760 765 Ala Ala Leu Tyr Leu Val Met His Phe Val Pro Ala Ser Asp Val Ser 770 775 780 Asn Leu Leu His Gln Leu Arg Lys Trp Glu Ala Leu Gln Gly Lys Tyr 785 790 795 800 Glu Leu Val Gln Asp Gly Asp Ala Thr Asp Gln Ala Asp Ala Arg Arg 805 810 815 Glu Ala Leu Asp Leu Val Lys Arg Phe Arg Asp Val Leu Val Leu Phe 820 825 830 Leu Lys Thr Gly Glu Ala Arg Phe Glu Gly Arg Ala Ala Pro Phe Asp 835 840 845 Leu Lys Pro Phe Arg Ala Leu Phe Ala Asn Pro Ala Thr Phe Asp Arg 850 855 860 Leu Phe Met Ala Thr Pro Thr Thr Ala Arg Pro Ala Glu Asp Asp Pro 865 870 875 880 Glu Gly Asp Gly Ala Ser Glu Pro Glu Leu Arg Val Ala Arg Thr Leu 885 890 895 Arg Gly Leu Arg Gln Ile Ala Arg Tyr Asn His Met Ala Val Leu Ser 900 905 910 Asp Leu Phe Ala Lys His Lys Val Arg Asp Glu Glu Val Ala Arg Leu 915 920 925 Ala Glu Ile Glu Asp Glu Thr Gln Glu Lys Ser Gln Ile Val Ala Ala 930 935 940 Gln Glu Leu Arg Thr Asp Leu His Asp Lys Val Met Lys Cys His Pro 945 950 955 960 Lys Thr Ile Ser Pro Glu Glu Arg Gln Ser Tyr Ala Ala Ala Ile Lys 965 970 975 Thr Ile Glu Glu His Arg Phe Leu Val Gly Arg Val Tyr Leu Gly Asp 980 985 990 His Leu Arg Leu His Arg Leu Met Met Asp Val Ile Gly Arg Leu Ile 995 1000 1005 Asp Tyr Ala Gly Ala Tyr Glu Arg Asp Thr Gly Thr Phe Leu Ile 1010 1015 1020 Asn Ala Ser Lys Gln Leu Gly Ala Gly Ala Asp Trp Ala Val Thr 1025 1030 1035 Ile Ala Gly Ala Ala Asn Thr Asp Ala Arg Thr Gln Thr Arg Lys 1040 1045 1050 Asp Leu Ala His Phe Asn Val Leu Asp Arg Ala Asp Gly Thr Pro 1055 1060 1065 Asp Leu Thr Ala Leu Val Asn Arg Ala Arg Glu Met Met Ala Tyr 1070 1075 1080 Asp Arg Lys Arg Lys Asn Ala Val Pro Arg Ser Ile Leu Asp Met 1085 1090 1095 Leu Ala Arg Leu Gly Leu Thr Leu Lys Trp Gln Met Lys Asp His 1100 1105 1110 Leu Leu Gln Asp Ala Thr Ile Thr Gln Ala Ala Ile Lys His Leu 1115 1120 1125 Asp Lys Val Arg Leu Thr Val Gly Gly Pro Ala Ala Val Thr Glu 1130 1135 1140 Ala Arg Phe Ser Gln Asp Tyr Leu Gln Met Val Ala Ala Val Phe 1145 1150 1155 Asn Gly Ser Val Gln Asn Pro Lys Pro Arg Arg Arg Asp Asp Gly 1160 1165 1170 Asp Ala Trp His Lys Pro Pro Lys Pro Ala Thr Ala Gln Ser Gln 1175 1180 1185 Pro Asp Gln Lys Pro Pro Asn Lys Ala Pro Ser Ala Gly Ser Arg 1190 1195 1200 Leu Pro Pro Pro Gln Val Gly Glu Val Tyr Glu Gly Val Val Val 1205 1210 1215 Lys Val Ile Asp Thr Gly Ser Leu Gly Phe Leu Ala Val Glu Gly 1220 1225 1230 Val Ala Gly Asn Ile Gly Leu His Ile Ser Arg Leu Arg Arg Ile 1235 1240 1245 Arg Glu Asp Ala Ile Ile Val Gly Arg Arg Tyr Arg Phe Arg Val 1250 1255 1260 Glu Ile Tyr Val Pro Pro Lys Ser Asn Thr Ser Lys Leu Asn Ala 1265 1270 1275 Ala Asp Leu Val Arg Ile Asp 1280 1285 <210> 595 <211> 1159 <212> PRT <213> Leptotrichia buccalis <400> 595 Met Lys Val Thr Lys Val Gly Gly Ile Ser His Lys Lys Tyr Thr Ser 1 5 10 15 Glu Gly Arg Leu Val Lys Ser Glu Ser Glu Glu Asn Arg Thr Asp Glu 20 25 30 Arg Leu Ser Ala Leu Leu Asn Met Arg Leu Asp Met Tyr Ile Lys Asn 35 40 45 Pro Ser Ser Thr Glu Thr Lys Glu Asn Gln Lys Arg Ile Gly Lys Leu 50 55 60 Lys Lys Phe Phe Ser Asn Lys Met Val Tyr Leu Lys Asp Asn Thr Leu 65 70 75 80 Ser Leu Lys Asn Gly Lys Lys Glu Asn Ile Asp Arg Glu Tyr Ser Glu 85 90 95 Thr Asp Ile Leu Glu Ser Asp Val Arg Asp Lys Lys Asn Phe Ala Val 100 105 110 Leu Lys Lys Ile Tyr Leu Asn Glu Asn Val Asn Ser Glu Glu Leu Glu 115 120 125 Val Phe Arg Asn Asp Ile Lys Lys Lys Leu Asn Lys Ile Asn Ser Leu 130 135 140 Lys Tyr Ser Phe Glu Lys Asn Lys Ala Asn Tyr Gln Lys Ile Asn Glu 145 150 155 160 Asn Asn Ile Glu Lys Val Glu Gly Lys Ser Lys Arg Asn Ile Ile Tyr 165 170 175 Asp Tyr Tyr Arg Glu Ser Ala Lys Arg Asp Ala Tyr Val Ser Asn Val 180 185 190 Lys Glu Ala Phe Asp Lys Leu Tyr Lys Glu Glu Asp Ile Ala Lys Leu 195 200 205 Val Leu Glu Ile Glu Asn Leu Thr Lys Leu Glu Lys Tyr Lys Ile Arg 210 215 220 Glu Phe Tyr His Glu Ile Ile Gly Arg Lys Asn Asp Lys Glu Asn Phe 225 230 235 240 Ala Lys Ile Ile Tyr Glu Glu Ile Gln Asn Val Asn Asn Met Lys Glu 245 250 255 Leu Ile Glu Lys Val Pro Asp Met Ser Glu Leu Lys Lys Ser Gln Val 260 265 270 Phe Tyr Lys Tyr Tyr Leu Asp Lys Glu Glu Leu Asn Asp Lys Asn Ile 275 280 285 Lys Tyr Ala Phe Cys His Phe Val Glu Ile Glu Met Ser Gln Leu Leu 290 295 300 Lys Asn Tyr Val Tyr Lys Arg Leu Ser Asn Ile Ser Asn Asp Lys Ile 305 310 315 320 Lys Arg Ile Phe Glu Tyr Gln Asn Leu Lys Lys Leu Ile Glu Asn Lys 325 330 335 Leu Leu Asn Lys Leu Asp Thr Tyr Val Arg Asn Cys Gly Lys Tyr Asn 340 345 350 Tyr Tyr Leu Gln Asp Gly Glu Ile Ala Thr Ser Asp Phe Ile Ala Arg 355 360 365 Asn Arg Gln Asn Glu Ala Phe Leu Arg Asn Ile Ile Gly Val Ser Ser 370 375 380 Val Ala Tyr Phe Ser Leu Arg Asn Ile Leu Glu Thr Glu Asn Glu Asn 385 390 395 400 Asp Ile Thr Gly Arg Met Arg Gly Lys Thr Val Lys Asn Asn Lys Gly 405 410 415 Glu Glu Lys Tyr Val Ser Gly Glu Val Asp Lys Ile Tyr Asn Glu Asn 420 425 430 Lys Lys Asn Glu Val Lys Glu Asn Leu Lys Met Phe Tyr Ser Tyr Asp 435 440 445 Phe Asn Met Asp Asn Lys Asn Glu Ile Glu Asp Phe Phe Ala Asn Ile 450 455 460 Asp Glu Ala Ile Ser Ser Ile Arg His Gly Ile Val His Phe Asn Leu 465 470 475 480 Glu Leu Glu Gly Lys Asp Ile Phe Ala Phe Lys Asn Ile Ala Pro Ser 485 490 495 Glu Ile Ser Lys Lys Met Phe Gln Asn Glu Ile Asn Glu Lys Lys Leu 500 505 510 Lys Leu Lys Ile Phe Arg Gln Leu Asn Ser Ala Asn Val Phe Arg Tyr 515 520 525 Leu Glu Lys Tyr Lys Ile Leu Asn Tyr Leu Lys Arg Thr Arg Phe Glu 530 535 540 Phe Val Asn Lys Asn Ile Pro Phe Val Pro Ser Phe Thr Lys Leu Tyr 545 550 555 560 Ser Arg Ile Asp Asp Leu Lys Asn Ser Leu Gly Ile Tyr Trp Lys Thr 565 570 575 Pro Lys Thr Asn Asp Asp Asn Lys Thr Lys Glu Ile Ile Asp Ala Gln 580 585 590 Ile Tyr Leu Leu Lys Asn Ile Tyr Tyr Gly Glu Phe Leu Asn Tyr Phe 595 600 605 Met Ser Asn Asn Gly Asn Phe Phe Glu Ile Ser Lys Glu Ile Ile Glu 610 615 620 Leu Asn Lys Asn Asp Lys Arg Asn Leu Lys Thr Gly Phe Tyr Lys Leu 625 630 635 640 Gln Lys Phe Glu Asp Ile Gln Glu Lys Ile Pro Lys Glu Tyr Leu Ala 645 650 655 Asn Ile Gln Ser Leu Tyr Met Ile Asn Ala Gly Asn Gln Asp Glu Glu 660 665 670 Glu Lys Asp Thr Tyr Ile Asp Phe Ile Gln Lys Ile Phe Leu Lys Gly 675 680 685 Phe Met Thr Tyr Leu Ala Asn Asn Gly Arg Leu Ser Leu Ile Tyr Ile 690 695 700 Gly Ser Asp Glu Glu Thr Asn Thr Ser Leu Ala Glu Lys Lys Gln Glu 705 710 715 720 Phe Asp Lys Phe Leu Lys Lys Tyr Glu Gln Asn Asn Asn Ile Lys Ile 725 730 735 Pro Tyr Glu Ile Asn Glu Phe Leu Arg Glu Ile Lys Leu Gly Asn Ile 740 745 750 Leu Lys Tyr Thr Glu Arg Leu Asn Met Phe Tyr Leu Ile Leu Lys Leu 755 760 765 Leu Asn His Lys Glu Leu Thr Asn Leu Lys Gly Ser Leu Glu Lys Tyr 770 775 780 Gln Ser Ala Asn Lys Glu Glu Ala Phe Ser Asp Gln Leu Glu Leu Ile 785 790 795 800 Asn Leu Leu Asn Leu Asp Asn Asn Arg Val Thr Glu Asp Phe Glu Leu 805 810 815 Glu Ala Asp Glu Ile Gly Lys Phe Leu Asp Phe Asn Gly Asn Lys Val 820 825 830 Lys Asp Asn Lys Glu Leu Lys Lys Phe Asp Thr Asn Lys Ile Tyr Phe 835 840 845 Asp Gly Glu Asn Ile Ile Lys His Arg Ala Phe Tyr Asn Ile Lys Lys 850 855 860 Tyr Gly Met Leu Asn Leu Leu Glu Lys Ile Ala Asp Lys Ala Gly Tyr 865 870 875 880 Lys Ile Ser Ile Glu Glu Leu Lys Lys Tyr Ser Asn Lys Lys Asn Glu 885 890 895 Ile Glu Lys Asn His Lys Met Gln Glu Asn Leu His Arg Lys Tyr Ala 900 905 910 Arg Pro Arg Lys Asp Glu Lys Phe Thr Asp Glu Asp Tyr Glu Ser Tyr 915 920 925 Lys Gln Ala Ile Glu Asn Ile Glu Glu Tyr Thr His Leu Lys Asn Lys 930 935 940 Val Glu Phe Asn Glu Leu Asn Leu Leu Gln Gly Leu Leu Leu Arg Ile 945 950 955 960 Leu His Arg Leu Val Gly Tyr Thr Ser Ile Trp Glu Arg Asp Leu Arg 965 970 975 Phe Arg Leu Lys Gly Glu Phe Pro Glu Asn Gln Tyr Ile Glu Glu Ile 980 985 990 Phe Asn Phe Glu Asn Lys Lys Asn Val Lys Tyr Lys Gly Gly Gln Ile 995 1000 1005 Val Glu Lys Tyr Ile Lys Phe Tyr Lys Glu Leu His Gln Asn Asp 1010 1015 1020 Glu Val Lys Ile Asn Lys Tyr Ser Ser Ala Asn Ile Lys Val Leu 1025 1030 1035 Lys Gln Glu Lys Lys Asp Leu Tyr Ile Arg Asn Tyr Ile Ala His 1040 1045 1050 Phe Asn Tyr Ile Pro His Ala Glu Ile Ser Leu Leu Glu Val Leu 1055 1060 1065 Glu Asn Leu Arg Lys Leu Leu Ser Tyr Asp Arg Lys Leu Lys Asn 1070 1075 1080 Ala Val Met Lys Ser Val Val Asp Ile Leu Lys Glu Tyr Gly Phe 1085 1090 1095 Val Ala Thr Phe Lys Ile Gly Ala Asp Lys Lys Ile Gly Ile Gln 1100 1105 1110 Thr Leu Glu Ser Glu Lys Ile Val His Leu Lys Asn Leu Lys Lys 1115 1120 1125 Lys Lys Leu Met Thr Asp Arg Asn Ser Glu Glu Leu Cys Lys Leu 1130 1135 1140 Val Lys Ile Met Phe Glu Tyr Lys Met Glu Glu Lys Lys Ser Glu 1145 1150 1155 Asn <210> 596 <211> 1285 <212> PRT <213> Herbinix hemicellulosilytica <400> 596 Met Lys Leu Thr Arg Arg Arg Ile Ser Gly Asn Ser Val Asp Gln Lys 1 5 10 15 Ile Thr Ala Ala Phe Tyr Arg Asp Met Ser Gln Gly Leu Leu Tyr Tyr 20 25 30 Asp Ser Glu Asp Asn Asp Cys Thr Asp Lys Val Ile Glu Ser Met Asp 35 40 45 Phe Glu Arg Ser Trp Arg Gly Arg Ile Leu Lys Asn Gly Glu Asp Asp 50 55 60 Lys Asn Pro Phe Tyr Met Phe Val Lys Gly Leu Val Gly Ser Asn Asp 65 70 75 80 Lys Ile Val Cys Glu Pro Ile Asp Val Asp Ser Asp Pro Asp Asn Leu 85 90 95 Asp Ile Leu Ile Asn Lys Asn Leu Thr Gly Phe Gly Arg Asn Leu Lys 100 105 110 Ala Pro Asp Ser Asn Asp Thr Leu Glu Asn Leu Ile Arg Lys Ile Gln 115 120 125 Ala Gly Ile Pro Glu Glu Glu Val Leu Pro Glu Leu Lys Lys Ile Lys 130 135 140 Glu Met Ile Gln Lys Asp Ile Val Asn Arg Lys Glu Gln Leu Leu Lys 145 150 155 160 Ser Ile Lys Asn Asn Arg Ile Pro Phe Ser Leu Glu Gly Ser Lys Leu 165 170 175 Val Pro Ser Thr Lys Lys Met Lys Trp Leu Phe Lys Leu Ile Asp Val 180 185 190 Pro Asn Lys Thr Phe Asn Glu Lys Met Leu Glu Lys Tyr Trp Glu Ile 195 200 205 Tyr Asp Tyr Asp Lys Leu Lys Ala Asn Ile Thr Asn Arg Leu Asp Lys 210 215 220 Thr Asp Lys Lys Ala Arg Ser Ile Ser Arg Ala Val Ser Glu Glu Leu 225 230 235 240 Arg Glu Tyr His Lys Asn Leu Arg Thr Asn Tyr Asn Arg Phe Val Ser 245 250 255 Gly Asp Arg Pro Ala Ala Gly Leu Asp Asn Gly Gly Ser Ala Lys Tyr 260 265 270 Asn Pro Asp Lys Glu Glu Phe Leu Leu Phe Leu Lys Glu Val Glu Gln 275 280 285 Tyr Phe Lys Lys Tyr Phe Pro Val Lys Ser Lys His Ser Asn Lys Ser 290 295 300 Lys Asp Lys Ser Leu Val Asp Lys Tyr Lys Asn Tyr Cys Ser Tyr Lys 305 310 315 320 Val Val Lys Lys Glu Val Asn Arg Ser Ile Ile Asn Gln Leu Val Ala 325 330 335 Gly Leu Ile Gln Gln Gly Lys Leu Leu Tyr Tyr Phe Tyr Tyr Asn Asp 340 345 350 Thr Trp Gln Glu Asp Phe Leu Asn Ser Tyr Gly Leu Ser Tyr Ile Gln 355 360 365 Val Glu Glu Ala Phe Lys Lys Ser Val Met Thr Ser Leu Ser Trp Gly 370 375 380 Ile Asn Arg Leu Thr Ser Phe Phe Ile Asp Asp Ser Asn Thr Val Lys 385 390 395 400 Phe Asp Asp Ile Thr Thr Lys Lys Ala Lys Glu Ala Ile Glu Ser Asn 405 410 415 Tyr Phe Asn Lys Leu Arg Thr Cys Ser Arg Met Gln Asp His Phe Lys 420 425 430 Glu Lys Leu Ala Phe Phe Tyr Pro Val Tyr Val Lys Asp Lys Lys Asp 435 440 445 Arg Pro Asp Asp Asp Ile Glu Asn Leu Ile Val Leu Val Lys Asn Ala 450 455 460 Ile Glu Ser Val Ser Tyr Leu Arg Asn Arg Thr Phe His Phe Lys Glu 465 470 475 480 Ser Ser Leu Leu Glu Leu Leu Lys Glu Leu Asp Asp Lys Asn Ser Gly 485 490 495 Gln Asn Lys Ile Asp Tyr Ser Val Ala Ala Glu Phe Ile Lys Arg Asp 500 505 510 Ile Glu Asn Leu Tyr Asp Val Phe Arg Glu Gln Ile Arg Ser Leu Gly 515 520 525 Ile Ala Glu Tyr Tyr Lys Ala Asp Met Ile Ser Asp Cys Phe Lys Thr 530 535 540 Cys Gly Leu Glu Phe Ala Leu Tyr Ser Pro Lys Asn Ser Leu Met Pro 545 550 555 560 Ala Phe Lys Asn Val Tyr Lys Arg Gly Ala Asn Leu Asn Lys Ala Tyr 565 570 575 Ile Arg Asp Lys Gly Pro Lys Glu Thr Gly Asp Gln Gly Gln Asn Ser 580 585 590 Tyr Lys Ala Leu Glu Glu Tyr Arg Glu Leu Thr Trp Tyr Ile Glu Val 595 600 605 Lys Asn Asn Asp Gln Ser Tyr Asn Ala Tyr Lys Asn Leu Leu Gln Leu 610 615 620 Ile Tyr Tyr His Ala Phe Leu Pro Glu Val Arg Glu Asn Glu Ala Leu 625 630 635 640 Ile Thr Asp Phe Ile Asn Arg Thr Lys Glu Trp Asn Arg Lys Glu Thr 645 650 655 Glu Glu Arg Leu Asn Thr Lys Asn Asn Lys Lys His Lys Asn Phe Asp 660 665 670 Glu Asn Asp Asp Ile Thr Val Asn Thr Tyr Arg Tyr Glu Ser Ile Pro 675 680 685 Asp Tyr Gln Gly Glu Ser Leu Asp Asp Tyr Leu Lys Val Leu Gln Arg 690 695 700 Lys Gln Met Ala Arg Ala Lys Glu Val Asn Glu Lys Glu Glu Gly Asn 705 710 715 720 Asn Asn Tyr Ile Gln Phe Ile Arg Asp Val Val Val Trp Ala Phe Gly 725 730 735 Ala Tyr Leu Glu Asn Lys Leu Lys Asn Tyr Lys Asn Glu Leu Gln Pro 740 745 750 Pro Leu Ser Lys Glu Asn Ile Gly Leu Asn Asp Thr Leu Lys Glu Leu 755 760 765 Phe Pro Glu Glu Lys Val Lys Ser Pro Phe Asn Ile Lys Cys Arg Phe 770 775 780 Ser Ile Ser Thr Phe Ile Asp Asn Lys Gly Lys Ser Thr Asp Asn Thr 785 790 795 800 Ser Ala Glu Ala Val Lys Thr Asp Gly Lys Glu Asp Glu Lys Asp Lys 805 810 815 Lys Asn Ile Lys Arg Lys Asp Leu Leu Cys Phe Tyr Leu Phe Leu Arg 820 825 830 Leu Leu Asp Glu Asn Glu Ile Cys Lys Leu Gln His Gln Phe Ile Lys 835 840 845 Tyr Arg Cys Ser Leu Lys Glu Arg Arg Phe Pro Gly Asn Arg Thr Lys 850 855 860 Leu Glu Lys Glu Thr Glu Leu Leu Ala Glu Leu Glu Glu Leu Met Glu 865 870 875 880 Leu Val Arg Phe Thr Met Pro Ser Ile Pro Glu Ile Ser Ala Lys Ala 885 890 895 Glu Ser Gly Tyr Asp Thr Met Ile Lys Lys Tyr Phe Lys Asp Phe Ile 900 905 910 Glu Lys Lys Val Phe Lys Asn Pro Lys Thr Ser Asn Leu Tyr Tyr His 915 920 925 Ser Asp Ser Lys Thr Pro Val Thr Arg Lys Tyr Met Ala Leu Leu Met 930 935 940 Arg Ser Ala Pro Leu His Leu Tyr Lys Asp Ile Phe Lys Gly Tyr Tyr 945 950 955 960 Leu Ile Thr Lys Lys Glu Cys Leu Glu Tyr Ile Lys Leu Ser Asn Ile 965 970 975 Ile Lys Asp Tyr Gln Asn Ser Leu Asn Glu Leu His Glu Gln Leu Glu 980 985 990 Arg Ile Lys Leu Lys Ser Glu Lys Gln Asn Gly Lys Asp Ser Leu Tyr 995 1000 1005 Leu Asp Lys Lys Asp Phe Tyr Lys Val Lys Glu Tyr Val Glu Asn 1010 1015 1020 Leu Glu Gln Val Ala Arg Tyr Lys His Leu Gln His Lys Ile Asn 1025 1030 1035 Phe Glu Ser Leu Tyr Arg Ile Phe Arg Ile His Val Asp Ile Ala 1040 1045 1050 Ala Arg Met Val Gly Tyr Thr Gln Asp Trp Glu Arg Asp Met His 1055 1060 1065 Phe Leu Phe Lys Ala Leu Val Tyr Asn Gly Val Leu Glu Glu Arg 1070 1075 1080 Arg Phe Glu Ala Ile Phe Asn Asn Asn Asp Asp Asn Asn Asp Gly 1085 1090 1095 Arg Ile Val Lys Lys Ile Gln Asn Asn Leu Asn Asn Lys Asn Arg 1100 1105 1110 Glu Leu Val Ser Met Leu Cys Trp Asn Lys Lys Leu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 Glu Phe Gly Ala Ile Ile Trp Lys Arg Asn Pro Ile Ala His Leu 1130 1135 1140 Asn His Phe Thr Gln Thr Glu Gln Asn Ser Lys Ser Ser Leu Glu 1145 1150 1155 Ser Leu Ile Asn Ser Leu Arg Ile Leu Leu Ala Tyr Asp Arg Lys 1160 1165 1170 Arg Gln Asn Ala Val Thr Lys Thr Ile Asn Asp Leu Leu Leu Asn 1175 1180 1185 Asp Tyr His Ile Arg Ile Lys Trp Glu Gly Arg Val Asp Glu Gly 1190 1195 1200 Gln Ile Tyr Phe Asn Ile Lys Glu Lys Glu Asp Ile Glu Asn Glu 1205 1210 1215 Pro Ile Ile His Leu Lys His Leu His Lys Lys Asp Cys Tyr Ile 1220 1225 1230 Tyr Lys Asn Ser Tyr Met Phe Asp Lys Gln Lys Glu Trp Ile Cys 1235 1240 1245 Asn Gly Ile Lys Glu Glu Val Tyr Asp Lys Ser Ile Leu Lys Cys 1250 1255 1260 Ile Gly Asn Leu Phe Lys Phe Asp Tyr Glu Asp Lys Asn Lys Ser 1265 1270 1275 Ser Ala Asn Pro Lys His Thr 1280 1285 <210> 597 <211> 1344 <212> PRT <213> Eubacterium rectale <400> 597 Met Leu Arg Arg Asp Lys Glu Val Lys Lys Leu Tyr Asn Val Phe Asn 1 5 10 15 Gln Ile Gln Val Gly Thr Lys Pro Lys Lys Trp Asn Asn Asp Glu Lys 20 25 30 Leu Ser Pro Glu Glu Asn Glu Arg Arg Ala Gln Gln Lys Asn Ile Lys 35 40 45 Met Lys Asn Tyr Lys Trp Arg Glu Ala Cys Ser Lys Tyr Val Glu Ser 50 55 60 Ser Gln Arg Ile Ile Asn Asp Val Ile Phe Tyr Ser Tyr Arg Lys Ala 65 70 75 80 Lys Asn Lys Leu Arg Tyr Met Arg Lys Asn Glu Asp Ile Leu Lys Lys 85 90 95 Met Gln Glu Ala Glu Lys Leu Ser Lys Phe Ser Gly Gly Lys Leu Glu 100 105 110 Asp Phe Val Ala Tyr Thr Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Lys Tyr 115 120 125 Asp Thr Gln Glu Phe Asp Ser Leu Ala Ala Met Val Val Phe Leu Glu 130 135 140 Cys Ile Gly Lys Asn Asn Ile Ser Asp His Glu Arg Glu Ile Val Cys 145 150 155 160 Lys Leu Leu Glu Leu Ile Arg Lys Asp Phe Ser Lys Leu Asp Pro Asn 165 170 175 Val Lys Gly Ser Gln Gly Ala Asn Ile Val Arg Ser Val Arg Asn Gln 180 185 190 Asn Met Ile Val Gln Pro Gln Gly Asp Arg Phe Leu Phe Pro Gln Val 195 200 205 Tyr Ala Lys Glu Asn Glu Thr Val Thr Asn Lys Asn Val Glu Lys Glu 210 215 220 Gly Leu Asn Glu Phe Leu Leu Asn Tyr Ala Asn Leu Asp Asp Glu Lys 225 230 235 240 Arg Ala Glu Ser Leu Arg Lys Leu Arg Arg Ile Leu Asp Val Tyr Phe 245 250 255 Ser Ala Pro Asn His Tyr Glu Lys Asp Met Asp Ile Thr Leu Ser Asp 260 265 270 Asn Ile Glu Lys Glu Lys Phe Asn Val Trp Glu Lys His Glu Cys Gly 275 280 285 Lys Lys Glu Thr Gly Leu Phe Val Asp Ile Pro Asp Val Leu Met Glu 290 295 300 Ala Glu Ala Glu Asn Ile Lys Leu Asp Ala Val Val Glu Lys Arg Glu 305 310 315 320 Arg Lys Val Leu Asn Asp Arg Val Arg Lys Gln Asn Ile Ile Cys Tyr 325 330 335 Arg Tyr Thr Arg Ala Val Val Glu Lys Tyr Asn Ser Asn Glu Pro Leu 340 345 350 Phe Phe Glu Asn Asn Ala Ile Asn Gln Tyr Trp Ile His His Ile Glu 355 360 365 Asn Ala Val Glu Arg Ile Leu Lys Asn Cys Lys Ala Gly Lys Leu Phe 370 375 380 Lys Leu Arg Lys Gly Tyr Leu Ala Glu Lys Val Trp Lys Asp Ala Ile 385 390 395 400 Asn Leu Ile Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr Asn 405 410 415 Phe Ala Leu Asp Asp Ile Trp Lys Asp Lys Lys Asn Lys Glu Leu Gly 420 425 430 Ile Val Asp Glu Arg Ile Arg Asn Gly Ile Thr Ser Phe Asp Tyr Glu 435 440 445 Met Ile Lys Ala His Glu Asn Leu Gln Arg Glu Leu Ala Val Asp Ile 450 455 460 Ala Phe Ser Val Asn Asn Leu Ala Arg Ala Val Cys Asp Met Ser Asn 465 470 475 480 Leu Gly Asn Lys Glu Ser Asp Phe Leu Leu Trp Lys Arg Asn Asp Ile 485 490 495 Ala Asp Lys Leu Lys Asn Lys Asp Asp Met Ala Ser Val Ser Ala Val 500 505 510 Leu Gln Phe Phe Gly Gly Lys Ser Ser Trp Asp Ile Asn Ile Phe Lys 515 520 525 Asp Ala Tyr Lys Gly Lys Lys Lys Tyr Asn Tyr Glu Val Arg Phe Ile 530 535 540 Asp Asp Leu Arg Lys Ala Ile Tyr Cys Ala Arg Asn Glu Asn Phe His 545 550 555 560 Phe Lys Thr Ala Leu Val Asn Asp Glu Lys Trp Asn Thr Glu Leu Phe 565 570 575 Gly Lys Ile Phe Glu Arg Glu Thr Glu Phe Cys Leu Asn Val Glu Lys 580 585 590 Asp Arg Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Tyr Met Phe Tyr Gln Val Ser Glu 595 600 605 Leu Arg Asn Met Leu Asp His Leu Tyr Ser Arg Ser Val Ser Arg Ala 610 615 620 Ala Gln Val Pro Ser Tyr Asn Ser Val Ile Val Arg Thr Ala Phe Pro 625 630 635 640 Glu Tyr Ile Thr Asn Val Leu Gly Tyr Gln Lys Pro Ser Tyr Asp Ala 645 650 655 Asp Thr Leu Gly Lys Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu Leu Lys Glu 660 665 670 Ile Tyr Tyr Asn Ser Phe Leu Gln Ser Asp Arg Ala Leu Gln Leu Phe 675 680 685 Glu Lys Ser Val Lys Thr Leu Ser Trp Asp Asp Lys Lys Gln Gln Arg 690 695 700 Ala Val Asp Asn Phe Lys Asp His Phe Ser Asp Ile Lys Ser Ala Cys 705 710 715 720 Thr Ser Leu Ala Gln Val Cys Gln Ile Tyr Met Thr Glu Tyr Asn Gln 725 730 735 Gln Asn Asn Gln Ile Lys Lys Val Arg Ser Ser Asn Asp Ser Ile Phe 740 745 750 Asp Gln Pro Val Tyr Gln His Tyr Lys Val Leu Leu Lys Lys Ala Ile 755 760 765 Ala Asn Ala Phe Ala Asp Tyr Leu Lys Asn Asn Lys Asp Leu Phe Gly 770 775 780 Phe Ile Gly Lys Pro Phe Lys Ala Asn Glu Ile Arg Glu Ile Asp Lys 785 790 795 800 Glu Gln Phe Leu Pro Asp Trp Thr Ser Arg Lys Tyr Glu Ala Leu Cys 805 810 815 Ile Glu Val Ser Gly Ser Gln Glu Leu Gln Lys Trp Tyr Ile Val Gly 820 825 830 Lys Phe Leu Asn Ala Arg Ser Leu Asn Leu Met Val Gly Ser Met Arg 835 840 845 Ser Tyr Ile Gln Tyr Val Thr Asp Ile Lys Arg Arg Ala Ala Ser Ile 850 855 860 Gly Asn Glu Leu His Val Ser Val His Asp Val Glu Lys Val Glu Lys 865 870 875 880 Trp Val Gln Val Ile Glu Val Cys Ser Leu Leu Ala Ser Arg Thr Ser 885 890 895 Asn Gln Phe Glu Asp Tyr Phe Asn Asp Lys Asp Asp Tyr Ala Arg Tyr 900 905 910 Leu Lys Ser Tyr Val Asp Phe Ser Asn Val Asp Met Pro Ser Glu Tyr 915 920 925 Ser Ala Leu Val Asp Phe Ser Asn Glu Glu Gln Ser Asp Leu Tyr Val 930 935 940 Asp Pro Lys Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn Ile Val His Ser Lys Leu 945 950 955 960 Phe Ala Ala Asp His Ile Leu Arg Asp Ile Val Glu Pro Val Ser Lys 965 970 975 Asp Asn Ile Glu Glu Phe Tyr Ser Gln Lys Ala Glu Ile Ala Tyr Cys 980 985 990 Lys Ile Lys Gly Lys Glu Ile Thr Ala Glu Glu Gln Lys Ala Val Leu 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp Ile Val 1010 1015 1020 Glu Tyr Gly Glu Ile Ile Asn Glu Leu Leu Gly Gln Leu Ile Asn 1025 1030 1035 Trp Ser Phe Met Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gln Leu Gly 1040 1045 1050 Phe His Tyr Asp Cys Leu Arg Asn Asp Ser Lys Lys Pro Glu Gly 1055 1060 1065 Tyr Lys Asn Ile Lys Val Asp Glu Asn Ser Ile Lys Asp Ala Ile 1070 1075 1080 Leu Tyr Gln Ile Ile Gly Met Tyr Val Asn Gly Val Thr Val Tyr 1085 1090 1095 Ala Pro Glu Lys Asp Gly Asp Lys Leu Lys Glu Gln Cys Val Lys 1100 1105 1110 Gly Gly Val Gly Val Lys Val Ser Ala Phe His Arg Tyr Ser Lys 1115 1120 1125 Tyr Leu Gly Leu Asn Glu Lys Thr Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1130 1135 1140 Ile Phe Glu Val Val Ala Glu His Glu Asp Ile Ile Asn Leu Arg 1145 1150 1155 Asn Gly Ile Asp His Phe Lys Tyr Tyr Leu Gly Asp Tyr Arg Ser 1160 1165 1170 Met Leu Ser Ile Tyr Ser Glu Val Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr 1175 1180 1185 Asp Ile Lys Tyr Gln Lys Asn Val Leu Asn Leu Leu Gln Asn Ile 1190 1195 1200 Leu Leu Arg His Asn Val Ile Val Glu Pro Ile Leu Glu Ser Gly 1205 1210 1215 Phe Lys Thr Ile Gly Glu Gln Thr Lys Pro Gly Ala Lys Leu Ser 1220 1225 1230 Ile Arg Ser Ile Lys Ser Asp Thr Phe Gln Tyr Lys Val Lys Gly 1235 1240 1245 Gly Thr Leu Ile Thr Asp Ala Lys Asp Glu Arg Tyr Leu Glu Thr 1250 1255 1260 Ile Arg Lys Ile Leu Tyr Tyr Ala Glu Asn Glu Glu Asp Asn Leu 1265 1270 1275 Lys Lys Ser Val Val Val Thr Asn Ala Asp Lys Tyr Glu Lys Asn 1280 1285 1290 Lys Glu Ser Asp Asp Gln Asn Lys Gln Lys Glu Lys Lys Asn Lys 1295 1300 1305 Asp Asn Lys Gly Lys Lys Asn Glu Glu Thr Lys Ser Asp Ala Glu 1310 1315 1320 Lys Asn Asn Asn Glu Arg Leu Ser Tyr Asn Pro Phe Ala Asn Leu 1325 1330 1335 Asn Phe Lys Leu Ser Asn 1340 <210> 598 <211> 1373 <212> PRT <213> Eubacteriaceae bacterium <400> 598 Met Lys Ile Ser Lys Glu Ser His Lys Arg Thr Ala Val Ala Val Met 1 5 10 15 Glu Asp Arg Val Gly Gly Val Val Tyr Val Pro Gly Gly Ser Gly Ile 20 25 30 Asp Leu Ser Asn Asn Leu Lys Lys Arg Ser Met Asp Thr Lys Ser Leu 35 40 45 Tyr Asn Val Phe Asn Gln Ile Gln Ala Gly Thr Ala Pro Ser Glu Tyr 50 55 60 Glu Trp Lys Asp Tyr Leu Ser Glu Ala Glu Asn Lys Lys Arg Glu Ala 65 70 75 80 Gln Lys Met Ile Gln Lys Ala Asn Tyr Glu Leu Arg Arg Glu Cys Glu 85 90 95 Asp Tyr Ala Lys Lys Ala Asn Leu Ala Val Ser Arg Ile Ile Phe Ser 100 105 110 Lys Lys Pro Lys Lys Ile Phe Ser Asp Asp Asp Ile Ile Ser His Met 115 120 125 Lys Lys Gln Arg Leu Ser Lys Phe Lys Gly Arg Met Glu Asp Phe Val 130 135 140 Leu Ile Ala Leu Arg Lys Ser Leu Val Val Ser Thr Tyr Asn Gln Glu 145 150 155 160 Val Phe Asp Ser Arg Lys Ala Ala Thr Val Phe Leu Lys Asn Ile Gly 165 170 175 Lys Lys Asn Ile Ser Ala Asp Asp Glu Arg Gln Ile Lys Gln Leu Met 180 185 190 Ala Leu Ile Arg Glu Asp Tyr Asp Lys Trp Asn Pro Asp Lys Asp Ser 195 200 205 Ser Asp Lys Lys Glu Ser Ser Gly Thr Lys Val Ile Arg Ser Ile Glu 210 215 220 His Gln Asn Met Val Ile Gln Pro Glu Lys Asn Lys Leu Ser Leu Ser 225 230 235 240 Lys Ile Ser Asn Val Gly Lys Lys Thr Lys Thr Lys Gln Lys Glu Lys 245 250 255 Ala Gly Leu Asp Ala Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Gln Ile Asp Glu Asn 260 265 270 Ser Arg Met Glu Tyr Leu Lys Lys Leu Arg Arg Leu Leu Asp Thr Tyr 275 280 285 Phe Ala Ala Pro Ser Ser Tyr Ile Lys Gly Ala Ala Val Ser Leu Pro 290 295 300 Glu Asn Ile Asn Phe Ser Ser Glu Leu Asn Val Trp Glu Arg His Glu 305 310 315 320 Ala Ala Lys Lys Val Asn Ile Asn Phe Val Glu Ile Pro Glu Ser Leu 325 330 335 Leu Asn Ala Glu Gln Asn Asn Asn Lys Ile Asn Lys Val Glu Gln Glu 340 345 350 His Ser Leu Glu Gln Leu Arg Thr Asp Ile Arg Arg Arg Asn Ile Thr 355 360 365 Cys Tyr His Phe Ala Asn Ala Leu Ala Ala Asp Glu Arg Tyr His Thr 370 375 380 Leu Phe Phe Glu Asn Met Ala Met Asn Gln Phe Trp Ile His His Met 385 390 395 400 Glu Asn Ala Val Glu Arg Ile Leu Lys Lys Cys Asn Val Gly Thr Leu 405 410 415 Phe Lys Leu Arg Ile Gly Tyr Leu Ser Glu Lys Val Trp Lys Asp Met 420 425 430 Leu Asn Leu Leu Ser Ile Lys Tyr Ile Ala Leu Gly Lys Ala Val Tyr 435 440 445 His Phe Ala Leu Asp Asp Ile Trp Lys Ala Asp Ile Trp Lys Asp Ala 450 455 460 Ser Asp Lys Asn Ser Gly Lys Ile Asn Asp Leu Thr Leu Lys Gly Ile 465 470 475 480 Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Met Val Lys Ala Gln Glu Asp Leu Gln Arg 485 490 495 Glu Met Ala Val Gly Val Ala Phe Ser Thr Asn Asn Leu Ala Arg Val 500 505 510 Thr Cys Lys Met Asp Asp Leu Ser Asp Ala Glu Ser Asp Phe Leu Leu 515 520 525 Trp Asn Lys Glu Ala Ile Arg Arg His Val Lys Tyr Thr Glu Lys Gly 530 535 540 Glu Ile Leu Ser Ala Ile Leu Gln Phe Phe Gly Gly Arg Ser Leu Trp 545 550 555 560 Asp Glu Ser Leu Phe Glu Lys Ala Tyr Ser Asp Ser Asn Tyr Glu Leu 565 570 575 Lys Phe Leu Asp Asp Leu Lys Arg Ala Ile Tyr Ala Ala Arg Asn Glu 580 585 590 Thr Phe His Phe Lys Thr Ala Ala Ile Asp Gly Gly Ser Trp Asn Thr 595 600 605 Arg Leu Phe Gly Ser Leu Phe Glu Lys Glu Ala Gly Leu Cys Leu Asn 610 615 620 Val Glu Lys Asn Lys Phe Tyr Ser Asn Asn Leu Val Leu Phe Tyr Lys 625 630 635 640 Gln Glu Asp Leu Arg Val Phe Leu Asp Lys Leu Tyr Gly Lys Glu Cys 645 650 655 Ser Arg Ala Ala Gln Ile Pro Ser Tyr Asn Thr Ile Leu Pro Arg Lys 660 665 670 Ser Phe Ser Asp Phe Met Lys Gln Leu Leu Gly Leu Lys Glu Pro Val 675 680 685 Tyr Gly Ser Ala Ile Leu Asp Gln Trp Tyr Ser Ala Cys Tyr Tyr Leu 690 695 700 Phe Lys Glu Val Tyr Tyr Asn Leu Phe Leu Gln Asp Ser Ser Ala Lys 705 710 715 720 Ala Leu Phe Glu Lys Ala Val Lys Ala Leu Lys Gly Ala Asp Lys Lys 725 730 735 Gln Glu Lys Ala Val Glu Ser Phe Arg Lys Arg Tyr Trp Glu Ile Ser 740 745 750 Lys Asn Ala Ser Leu Ala Glu Ile Cys Gln Ser Tyr Ile Thr Glu Tyr 755 760 765 Asn Gln Gln Asn Asn Lys Glu Arg Lys Val Arg Ser Ala Asn Asp Gly 770 775 780 Met Phe Asn Glu Pro Ile Tyr Gln His Tyr Lys Met Leu Leu Lys Glu 785 790 795 800 Ala Leu Lys Met Ala Phe Ala Ser Tyr Ile Lys Asn Asp Lys Glu Leu 805 810 815 Lys Phe Val Tyr Lys Pro Thr Glu Lys Leu Phe Glu Val Ser Gln Asp 820 825 830 Asn Phe Leu Pro Asn Trp Asn Ser Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Ile Ser 835 840 845 Glu Val Lys Asn Ser Pro Asp Leu Gln Lys Trp Tyr Ile Val Gly Lys 850 855 860 Phe Met Asn Ala Arg Met Leu Asn Leu Leu Leu Gly Ser Met Arg Ser 865 870 875 880 Tyr Leu Gln Tyr Val Ser Asp Ile Gln Lys Arg Ala Ala Gly Leu Gly 885 890 895 Glu Asn Gln Leu His Leu Ser Ala Glu Asn Val Gly Gln Val Lys Lys 900 905 910 Trp Ile Gln Val Leu Glu Val Cys Leu Leu Leu Ser Val Arg Ile Ser 915 920 925 Asp Lys Phe Thr Asp Tyr Phe Lys Asp Glu Glu Glu Tyr Ala Ser Tyr 930 935 940 Leu Lys Glu Tyr Val Asp Phe Glu Asp Ser Ala Met Pro Ser Asp Tyr 945 950 955 960 Ser Ala Leu Leu Ala Phe Ser Asn Glu Gly Lys Ile Asp Leu Tyr Val 965 970 975 Asp Ala Ser Asn Pro Lys Val Asn Arg Asn Ile Ile Gln Ala Lys Leu 980 985 990 Tyr Ala Pro Asp Met Val Leu Lys Lys Val Val Lys Lys Ile Ser Gln 995 1000 1005 Asp Glu Cys Lys Glu Phe Asn Glu Lys Lys Glu Gln Ile Met Gln 1010 1015 1020 Phe Lys Asn Lys Gly Asp Glu Val Ser Trp Glu Glu Gln Gln Lys 1025 1030 1035 Ile Leu Glu Tyr Gln Lys Leu Lys Asn Arg Val Glu Leu Arg Asp 1040 1045 1050 Leu Ser Glu Tyr Gly Glu Leu Ile Asn Glu Leu Leu Gly Gln Leu 1055 1060 1065 Ile Asn Trp Ser Tyr Leu Arg Glu Arg Asp Leu Leu Tyr Phe Gln 1070 1075 1080 Leu Gly Phe His Tyr Ser Cys Leu Met Asn Glu Ser Lys Lys Pro 1085 1090 1095 Asp Ala Tyr Lys Thr Ile Arg Arg Gly Thr Val Ser Ile Glu Asn 1100 1105 1110 Ala Val Leu Tyr Gln Ile Ile Ala Met Tyr Ile Asn Gly Phe Pro 1115 1120 1125 Val Tyr Ala Pro Glu Lys Gly Glu Leu Lys Pro Gln Cys Lys Thr 1130 1135 1140 Gly Ser Ala Gly Gln Lys Ile Arg Ala Phe Cys Gln Trp Ala Ser 1145 1150 1155 Met Val Glu Lys Lys Lys Tyr Glu Leu Tyr Asn Ala Gly Leu Glu 1160 1165 1170 Leu Phe Glu Val Val Lys Glu His Asp Asn Ile Ile Asp Leu Arg 1175 1180 1185 Asn Lys Ile Asp His Phe Lys Tyr Tyr Gln Gly Asn Asp Ser Ile 1190 1195 1200 Leu Ala Leu Tyr Gly Glu Ile Phe Asp Arg Phe Phe Thr Tyr Asp 1205 1210 1215 Met Lys Tyr Arg Asn Asn Val Leu Asn His Leu Gln Asn Ile Leu 1220 1225 1230 Leu Arg His Asn Val Ile Ile Lys Pro Ile Ile Ser Lys Asp Lys 1235 1240 1245 Lys Glu Val Gly Arg Gly Lys Met Lys Asp Arg Ala Ala Phe Leu 1250 1255 1260 Leu Glu Glu Val Ser Ser Asp Arg Phe Thr Tyr Lys Val Lys Glu 1265 1270 1275 Gly Glu Arg Lys Ile Asp Ala Lys Asn Arg Leu Tyr Leu Glu Thr 1280 1285 1290 Val Arg Asp Ile Leu Tyr Phe Pro Asn Arg Ala Val Asn Asp Lys 1295 1300 1305 Gly Glu Asp Val Ile Ile Cys Ser Lys Lys Ala Gln Asp Leu Asn 1310 1315 1320 Glu Lys Lys Ala Asp Arg Asp Lys Asn His Asp Lys Ser Lys Asp 1325 1330 1335 Thr Asn Gln Lys Lys Glu Gly Lys Asn Gln Glu Glu Lys Ser Glu 1340 1345 1350 Asn Lys Glu Pro Tyr Ser Asp Arg Met Thr Trp Lys Pro Phe Ala 1355 1360 1365 Gly Ile Lys Leu Glu 1370 <210> 599 <211> 1276 <212> PRT <213> Blautia sp. <400> 599 Met Lys Ile Ser Lys Val Asp His Val Lys Ser Gly Ile Asp Gln Lys 1 5 10 15 Leu Ser Ser Gln Arg Gly Met Leu Tyr Lys Gln Pro Gln Lys Lys Tyr 20 25 30 Glu Gly Lys Gln Leu Glu Glu His Val Arg Asn Leu Ser Arg Lys Ala 35 40 45 Lys Ala Leu Tyr Gln Val Phe Pro Val Ser Gly Asn Ser Lys Met Glu 50 55 60 Lys Glu Leu Gln Ile Ile Asn Ser Phe Ile Lys Asn Ile Leu Leu Arg 65 70 75 80 Leu Asp Ser Gly Lys Thr Ser Glu Glu Ile Val Gly Tyr Ile Asn Thr 85 90 95 Tyr Ser Val Ala Ser Gln Ile Ser Gly Asp His Ile Gln Glu Leu Val 100 105 110 Asp Gln His Leu Lys Glu Ser Leu Arg Lys Tyr Thr Cys Val Gly Asp 115 120 125 Lys Arg Ile Tyr Val Pro Asp Ile Ile Val Ala Leu Leu Lys Ser Lys 130 135 140 Phe Asn Ser Glu Thr Leu Gln Tyr Asp Asn Ser Glu Leu Lys Ile Leu 145 150 155 160 Ile Asp Phe Ile Arg Glu Asp Tyr Leu Lys Glu Lys Gln Ile Lys Gln 165 170 175 Ile Val His Ser Ile Glu Asn Asn Ser Thr Pro Leu Arg Ile Ala Glu 180 185 190 Ile Asn Gly Gln Lys Arg Leu Ile Pro Ala Asn Val Asp Asn Pro Lys 195 200 205 Lys Ser Tyr Ile Phe Glu Phe Leu Lys Glu Tyr Ala Gln Ser Asp Pro 210 215 220 Lys Gly Gln Glu Ser Leu Leu Gln His Met Arg Tyr Leu Ile Leu Leu 225 230 235 240 Tyr Leu Tyr Gly Pro Asp Lys Ile Thr Asp Asp Tyr Cys Glu Glu Ile 245 250 255 Glu Ala Trp Asn Phe Gly Ser Ile Val Met Asp Asn Glu Gln Leu Phe 260 265 270 Ser Glu Glu Ala Ser Met Leu Ile Gln Asp Arg Ile Tyr Val Asn Gln 275 280 285 Gln Ile Glu Glu Gly Arg Gln Ser Lys Asp Thr Ala Lys Val Lys Lys 290 295 300 Asn Lys Ser Lys Tyr Arg Met Leu Gly Asp Lys Ile Glu His Ser Ile 305 310 315 320 Asn Glu Ser Val Val Lys His Tyr Gln Glu Ala Cys Lys Ala Val Glu 325 330 335 Glu Lys Asp Ile Pro Trp Ile Lys Tyr Ile Ser Asp His Val Met Ser 340 345 350 Val Tyr Ser Ser Lys Asn Arg Val Asp Leu Asp Lys Leu Ser Leu Pro 355 360 365 Tyr Leu Ala Lys Asn Thr Trp Asn Thr Trp Ile Ser Phe Ile Ala Met 370 375 380 Lys Tyr Val Asp Met Gly Lys Gly Val Tyr His Phe Ala Met Ser Asp 385 390 395 400 Val Asp Lys Val Gly Lys Gln Asp Asn Leu Ile Ile Gly Gln Ile Asp 405 410 415 Pro Lys Phe Ser Asp Gly Ile Ser Ser Phe Asp Tyr Glu Arg Ile Lys 420 425 430 Ala Glu Asp Asp Leu His Arg Ser Met Ser Gly Tyr Ile Ala Phe Ala 435 440 445 Val Asn Asn Phe Ala Arg Ala Ile Cys Ser Asp Glu Phe Arg Lys Lys 450 455 460 Asn Arg Lys Glu Asp Val Leu Thr Val Gly Leu Asp Glu Ile Pro Leu 465 470 475 480 Tyr Asp Asn Val Lys Arg Lys Leu Leu Gln Tyr Phe Gly Gly Ala Ser 485 490 495 Asn Trp Asp Asp Ser Ile Ile Asp Ile Ile Asp Asp Lys Asp Leu Val 500 505 510 Ala Cys Ile Lys Glu Asn Leu Tyr Val Ala Arg Asn Val Asn Phe His 515 520 525 Phe Ala Gly Ser Glu Lys Val Gln Lys Lys Gln Asp Asp Ile Leu Glu 530 535 540 Glu Ile Val Arg Lys Glu Thr Arg Asp Ile Gly Lys His Tyr Arg Lys 545 550 555 560 Val Phe Tyr Ser Asn Asn Val Ala Val Phe Tyr Cys Asp Glu Asp Ile 565 570 575 Ile Lys Leu Met Asn His Leu Tyr Gln Arg Glu Lys Pro Tyr Gln Ala 580 585 590 Gln Ile Pro Ser Tyr Asn Lys Val Ile Ser Lys Thr Tyr Leu Pro Asp 595 600 605 Leu Ile Phe Met Leu Leu Lys Gly Lys Asn Arg Thr Lys Ile Ser Asp 610 615 620 Pro Ser Ile Met Asn Met Phe Arg Gly Thr Phe Tyr Phe Leu Leu Lys 625 630 635 640 Glu Ile Tyr Tyr Asn Asp Phe Leu Gln Ala Ser Asn Leu Lys Glu Met 645 650 655 Phe Cys Glu Gly Leu Lys Asn Asn Val Lys Asn Lys Lys Ser Glu Lys 660 665 670 Pro Tyr Gln Asn Phe Met Arg Arg Phe Glu Glu Leu Glu Asn Met Gly 675 680 685 Met Asp Phe Gly Glu Ile Cys Gln Gln Ile Met Thr Asp Tyr Glu Gln 690 695 700 Gln Asn Lys Gln Lys Lys Lys Thr Ala Thr Ala Val Met Ser Glu Lys 705 710 715 720 Asp Lys Lys Ile Arg Thr Leu Asp Asn Asp Thr Gln Lys Tyr Lys His 725 730 735 Phe Arg Thr Leu Leu Tyr Ile Gly Leu Arg Glu Ala Phe Ile Ile Tyr 740 745 750 Leu Lys Asp Glu Lys Asn Lys Glu Trp Tyr Glu Phe Leu Arg Glu Pro 755 760 765 Val Lys Arg Glu Gln Pro Glu Glu Lys Glu Phe Val Asn Lys Trp Lys 770 775 780 Leu Asn Gln Tyr Ser Asp Cys Ser Glu Leu Ile Leu Lys Asp Ser Leu 785 790 795 800 Ala Ala Ala Trp Tyr Val Val Ala His Phe Ile Asn Gln Ala Gln Leu 805 810 815 Asn His Leu Ile Gly Asp Ile Lys Asn Tyr Ile Gln Phe Ile Ser Asp 820 825 830 Ile Asp Arg Arg Ala Lys Ser Thr Gly Asn Pro Val Ser Glu Ser Thr 835 840 845 Glu Ile Gln Ile Glu Arg Tyr Arg Lys Ile Leu Arg Val Leu Glu Phe 850 855 860 Ala Lys Phe Phe Cys Gly Gln Ile Thr Asn Val Leu Thr Asp Tyr Tyr 865 870 875 880 Gln Asp Glu Asn Asp Phe Ser Thr His Val Gly His Tyr Val Lys Phe 885 890 895 Glu Lys Lys Asn Met Glu Pro Ala His Ala Leu Gln Ala Phe Ser Asn 900 905 910 Ser Leu Tyr Ala Cys Gly Lys Glu Lys Lys Lys Ala Gly Phe Tyr Tyr 915 920 925 Asp Gly Met Asn Pro Ile Val Asn Arg Asn Ile Thr Leu Ala Ser Met 930 935 940 Tyr Gly Asn Lys Lys Leu Leu Glu Asn Ala Met Asn Pro Val Thr Glu 945 950 955 960 Gln Asp Ile Arg Lys Tyr Tyr Ser Leu Met Ala Glu Leu Asp Ser Val 965 970 975 Leu Lys Asn Gly Ala Val Cys Lys Ser Glu Asp Glu Gln Lys Asn Leu 980 985 990 Arg His Phe Gln Asn Leu Lys Asn Arg Ile Glu Leu Val Asp Val Leu 995 1000 1005 Thr Leu Ser Glu Leu Val Asn Asp Leu Val Ala Gln Leu Ile Gly 1010 1015 1020 Trp Val Tyr Ile Arg Glu Arg Asp Met Met Tyr Leu Gln Leu Gly 1025 1030 1035 Leu His Tyr Ile Lys Leu Tyr Phe Thr Asp Ser Val Ala Glu Asp 1040 1045 1050 Ser Tyr Leu Arg Thr Leu Asp Leu Glu Glu Gly Ser Ile Ala Asp 1055 1060 1065 Gly Ala Val Leu Tyr Gln Ile Ala Ser Leu Tyr Ser Phe Asn Leu 1070 1075 1080 Pro Met Tyr Val Lys Pro Asn Lys Ser Ser Val Tyr Cys Lys Lys 1085 1090 1095 His Val Asn Ser Val Ala Thr Lys Phe Asp Ile Phe Glu Lys Glu 1100 1105 1110 Tyr Cys Asn Gly Asp Glu Thr Val Ile Glu Asn Gly Leu Arg Leu 1115 1120 1125 Phe Glu Asn Ile Asn Leu His Lys Asp Met Val Lys Phe Arg Asp 1130 1135 1140 Tyr Leu Ala His Phe Lys Tyr Phe Ala Lys Leu Asp Glu Ser Ile 1145 1150 1155 Leu Glu Leu Tyr Ser Lys Ala Tyr Asp Phe Phe Phe Ser Tyr Asn 1160 1165 1170 Ile Lys Leu Lys Lys Ser Val Ser Tyr Val Leu Thr Asn Val Leu 1175 1180 1185 Leu Ser Tyr Phe Ile Asn Ala Lys Leu Ser Phe Ser Thr Tyr Lys 1190 1195 1200 Ser Ser Gly Asn Lys Thr Val Gln His Arg Thr Thr Lys Ile Ser 1205 1210 1215 Val Val Ala Gln Thr Asp Tyr Phe Thr Tyr Lys Leu Arg Ser Ile 1220 1225 1230 Val Lys Asn Lys Asn Gly Val Glu Ser Ile Glu Asn Asp Asp Arg 1235 1240 1245 Arg Cys Glu Val Val Asn Ile Ala Ala Arg Asp Lys Glu Phe Val 1250 1255 1260 Asp Glu Val Cys Asn Val Ile Asn Tyr Asn Ser Asp Lys 1265 1270 1275 <210> 600 <211> 1385 <212> PRT <213> Leptotrichia sp. <400> 600 Met Gly Asn Leu Phe Gly His Lys Arg Trp Tyr Glu Val Arg Asp Lys 1 5 10 15 Lys Asp Phe Lys Ile Lys Arg Lys Val Lys Val Lys Arg Asn Tyr Asp 20 25 30 Gly Asn Lys Tyr Ile Leu Asn Ile Asn Glu Asn Asn Asn Lys Glu Lys 35 40 45 Ile Asp Asn Asn Lys Phe Ile Gly Glu Phe Val Asn Tyr Lys Lys Asn 50 55 60 Asn Asn Val Leu Lys Glu Phe Lys Arg Lys Phe His Ala Gly Asn Ile 65 70 75 80 Leu Phe Lys Leu Lys Gly Lys Glu Glu Ile Ile Arg Ile Glu Asn Asn 85 90 95 Asp Asp Phe Leu Glu Thr Glu Glu Val Val Leu Tyr Ile Glu Val Tyr 100 105 110 Gly Lys Ser Glu Lys Leu Lys Ala Leu Glu Ile Thr Lys Lys Lys Ile 115 120 125 Ile Asp Glu Ala Ile Arg Gln Gly Ile Thr Lys Asp Asp Lys Lys Ile 130 135 140 Glu Ile Lys Arg Gln Glu Asn Glu Glu Glu Ile Glu Ile Asp Ile Arg 145 150 155 160 Asp Glu Tyr Thr Asn Lys Thr Leu Asn Asp Cys Ser Ile Ile Leu Arg 165 170 175 Ile Ile Glu Asn Asp Glu Leu Glu Thr Lys Lys Ser Ile Tyr Glu Ile 180 185 190 Phe Lys Asn Ile Asn Met Ser Leu Tyr Lys Ile Ile Glu Lys Ile Ile 195 200 205 Glu Asn Glu Thr Glu Lys Val Phe Glu Asn Arg Tyr Tyr Glu Glu His 210 215 220 Leu Arg Glu Lys Leu Leu Lys Asp Asn Lys Ile Asp Val Ile Leu Thr 225 230 235 240 Asn Phe Met Glu Ile Arg Glu Lys Ile Lys Ser Asn Leu Glu Ile Met 245 250 255 Gly Phe Val Lys Phe Tyr Leu Asn Val Ser Gly Asp Lys Lys Lys Ser 260 265 270 Glu Asn Lys Lys Met Phe Val Glu Lys Ile Leu Asn Thr Asn Val Asp 275 280 285 Leu Thr Val Glu Asp Ile Val Asp Phe Ile Val Lys Glu Leu Lys Phe 290 295 300 Trp Asn Ile Thr Lys Arg Ile Glu Lys Val Lys Lys Phe Asn Asn Glu 305 310 315 320 Phe Leu Glu Asn Arg Arg Asn Arg Thr Tyr Ile Lys Ser Tyr Val Leu 325 330 335 Leu Asp Lys His Glu Lys Phe Lys Ile Glu Arg Glu Asn Lys Lys Asp 340 345 350 Lys Ile Val Lys Phe Phe Val Glu Asn Ile Lys Asn Asn Ser Ile Lys 355 360 365 Glu Lys Ile Glu Lys Ile Leu Ala Glu Phe Lys Ile Asn Glu Leu Ile 370 375 380 Lys Lys Leu Glu Lys Glu Leu Lys Lys Gly Asn Cys Asp Thr Glu Ile 385 390 395 400 Phe Gly Ile Phe Lys Lys His Tyr Lys Val Asn Phe Asp Ser Lys Lys 405 410 415 Phe Ser Asn Lys Ser Asp Glu Glu Lys Glu Leu Tyr Lys Ile Ile Tyr 420 425 430 Arg Tyr Leu Lys Gly Arg Ile Glu Lys Ile Leu Val Asn Glu Gln Lys 435 440 445 Val Arg Leu Lys Lys Met Glu Lys Ile Glu Ile Glu Lys Ile Leu Asn 450 455 460 Glu Ser Ile Leu Ser Glu Lys Ile Leu Lys Arg Val Lys Gln Tyr Thr 465 470 475 480 Leu Glu His Ile Met Tyr Leu Gly Lys Leu Arg His Asn Asp Ile Val 485 490 495 Lys Met Thr Val Asn Thr Asp Asp Phe Ser Arg Leu His Ala Lys Glu 500 505 510 Glu Leu Asp Leu Glu Leu Ile Thr Phe Phe Ala Ser Thr Asn Met Glu 515 520 525 Leu Asn Lys Ile Phe Asn Gly Lys Glu Lys Val Thr Asp Phe Phe Gly 530 535 540 Phe Asn Leu Asn Gly Gln Lys Ile Thr Leu Lys Glu Lys Val Pro Ser 545 550 555 560 Phe Lys Leu Asn Ile Leu Lys Lys Leu Asn Phe Ile Asn Asn Glu Asn 565 570 575 Asn Ile Asp Glu Lys Leu Ser His Phe Tyr Ser Phe Gln Lys Glu Gly 580 585 590 Tyr Leu Leu Arg Asn Lys Ile Leu His Asn Ser Tyr Gly Asn Ile Gln 595 600 605 Glu Thr Lys Asn Leu Lys Gly Glu Tyr Glu Asn Val Glu Lys Leu Ile 610 615 620 Lys Glu Leu Lys Val Ser Asp Glu Glu Ile Ser Lys Ser Leu Ser Leu 625 630 635 640 Asp Val Ile Phe Glu Gly Lys Val Asp Ile Ile Asn Lys Ile Asn Ser 645 650 655 Leu Lys Ile Gly Glu Tyr Lys Asp Lys Lys Tyr Leu Pro Ser Phe Ser 660 665 670 Lys Ile Val Leu Glu Ile Thr Arg Lys Phe Arg Glu Ile Asn Lys Asp 675 680 685 Lys Leu Phe Asp Ile Glu Ser Glu Lys Ile Ile Leu Asn Ala Val Lys 690 695 700 Tyr Val Asn Lys Ile Leu Tyr Glu Lys Ile Thr Ser Asn Glu Glu Asn 705 710 715 720 Glu Phe Leu Lys Thr Leu Pro Asp Lys Leu Val Lys Lys Ser Asn Asn 725 730 735 Lys Lys Glu Asn Lys Asn Leu Leu Ser Ile Glu Glu Tyr Tyr Lys Asn 740 745 750 Ala Gln Val Ser Ser Ser Lys Gly Asp Lys Lys Ala Ile Lys Lys Tyr 755 760 765 Gln Asn Lys Val Thr Asn Ala Tyr Leu Glu Tyr Leu Glu Asn Thr Phe 770 775 780 Thr Glu Ile Ile Asp Phe Ser Lys Phe Asn Leu Asn Tyr Asp Glu Ile 785 790 795 800 Lys Thr Lys Ile Glu Glu Arg Lys Asp Asn Lys Ser Lys Ile Ile Ile 805 810 815 Asp Ser Ile Ser Thr Asn Ile Asn Ile Thr Asn Asp Ile Glu Tyr Ile 820 825 830 Ile Ser Ile Phe Ala Leu Leu Asn Ser Asn Thr Tyr Ile Asn Lys Ile 835 840 845 Arg Asn Arg Phe Phe Ala Thr Ser Val Trp Leu Glu Lys Gln Asn Gly 850 855 860 Thr Lys Glu Tyr Asp Tyr Glu Asn Ile Ile Ser Ile Leu Asp Glu Val 865 870 875 880 Leu Leu Ile Asn Leu Leu Arg Glu Asn Asn Ile Thr Asp Ile Leu Asp 885 890 895 Leu Lys Asn Ala Ile Ile Asp Ala Lys Ile Val Glu Asn Asp Glu Thr 900 905 910 Tyr Ile Lys Asn Tyr Ile Phe Glu Ser Asn Glu Glu Lys Leu Lys Lys 915 920 925 Arg Leu Phe Cys Glu Glu Leu Val Asp Lys Glu Asp Ile Arg Lys Ile 930 935 940 Phe Glu Asp Glu Asn Phe Lys Phe Lys Ser Phe Ile Lys Lys Asn Glu 945 950 955 960 Ile Gly Asn Phe Lys Ile Asn Phe Gly Ile Leu Ser Asn Leu Glu Cys 965 970 975 Asn Ser Glu Val Glu Ala Lys Lys Ile Ile Gly Lys Asn Ser Lys Lys 980 985 990 Leu Glu Ser Phe Ile Gln Asn Ile Ile Asp Glu Tyr Lys Ser Asn Ile 995 1000 1005 Arg Thr Leu Phe Ser Ser Glu Phe Leu Glu Lys Tyr Lys Glu Glu 1010 1015 1020 Ile Asp Asn Leu Val Glu Asp Thr Glu Ser Glu Asn Lys Asn Lys 1025 1030 1035 Phe Glu Lys Ile Tyr Tyr Pro Lys Glu His Lys Asn Glu Leu Tyr 1040 1045 1050 Ile Tyr Lys Lys Asn Leu Phe Leu Asn Ile Gly Asn Pro Asn Phe 1055 1060 1065 Asp Lys Ile Tyr Gly Leu Ile Ser Lys Asp Ile Lys Asn Val Asp 1070 1075 1080 Thr Lys Ile Leu Phe Asp Asp Asp Ile Lys Lys Asn Lys Ile Ser 1085 1090 1095 Glu Ile Asp Ala Ile Leu Lys Asn Leu Asn Asp Lys Leu Asn Gly 1100 1105 1110 Tyr Ser Asn Asp Tyr Lys Ala Lys Tyr Val Asn Lys Leu Lys Glu 1115 1120 1125 Asn Asp Asp Phe Phe Ala Lys Asn Ile Gln Asn Glu Asn Tyr Ser 1130 1135 1140 Ser Phe Gly Glu Phe Glu Lys Asp Tyr Asn Lys Val Ser Glu Tyr 1145 1150 1155 Lys Lys Ile Arg Asp Leu Val Glu Phe Asn Tyr Leu Asn Lys Ile 1160 1165 1170 Glu Ser Tyr Leu Ile Asp Ile Asn Trp Lys Leu Ala Ile Gln Met 1175 1180 1185 Ala Arg Phe Glu Arg Asp Met His Tyr Ile Val Asn Gly Leu Arg 1190 1195 1200 Glu Leu Gly Ile Ile Lys Leu Ser Gly Tyr Asn Thr Gly Ile Ser 1205 1210 1215 Arg Ala Tyr Pro Lys Arg Asn Gly Ser Asp Gly Phe Tyr Thr Thr 1220 1225 1230 Thr Ala Tyr Tyr Lys Phe Phe Asp Glu Glu Ser Tyr Lys Lys Phe 1235 1240 1245 Glu Lys Ile Cys Tyr Gly Phe Gly Ile Asp Leu Ser Glu Asn Ser 1250 1255 1260 Glu Ile Asn Lys Pro Glu Asn Glu Ser Ile Arg Asn Tyr Ile Ser 1265 1270 1275 His Phe Tyr Ile Val Arg Asn Pro Phe Ala Asp Tyr Ser Ile Ala 1280 1285 1290 Glu Gln Ile Asp Arg Val Ser Asn Leu Leu Ser Tyr Ser Thr Arg 1295 1300 1305 Tyr Asn Asn Ser Thr Tyr Ala Ser Val Phe Glu Val Phe Lys Lys 1310 1315 1320 Asp Val Asn Leu Asp Tyr Asp Glu Leu Lys Lys Lys Phe Arg Leu 1325 1330 1335 Ile Gly Asn Asn Asp Ile Leu Glu Arg Leu Met Lys Pro Lys Lys 1340 1345 1350 Val Ser Val Leu Glu Leu Glu Ser Tyr Asn Ser Asp Tyr Ile Lys 1355 1360 1365 Asn Leu Ile Ile Glu Leu Leu Thr Lys Ile Glu Asn Thr Asn Asp 1370 1375 1380 Thr Leu 1385 <210> 601 <211> 1224 <212> PRT <213> Bergeyella zoohelcum <400> 601 Met Glu Asn Lys Thr Ser Leu Gly Asn Asn Ile Tyr Tyr Asn Pro Phe 1 5 10 15 Lys Pro Gln Asp Lys Ser Tyr Phe Ala Gly Tyr Phe Asn Ala Ala Met 20 25 30 Glu Asn Thr Asp Ser Val Phe Arg Glu Leu Gly Lys Arg Leu Lys Gly 35 40 45 Lys Glu Tyr Thr Ser Glu Asn Phe Phe Asp Ala Ile Phe Lys Glu Asn 50 55 60 Ile Ser Leu Val Glu Tyr Glu Arg Tyr Val Lys Leu Leu Ser Asp Tyr 65 70 75 80 Phe Pro Met Ala Arg Leu Leu Asp Lys Lys Glu Val Pro Ile Lys Glu 85 90 95 Arg Lys Glu Asn Phe Lys Lys Asn Phe Lys Gly Ile Ile Lys Ala Val 100 105 110 Arg Asp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Glu His Gly Glu Val Glu 115 120 125 Ile Thr Asp Glu Ile Phe Gly Val Leu Asp Glu Met Leu Lys Ser Thr 130 135 140 Val Leu Thr Val Lys Lys Lys Lys Val Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu 145 150 155 160 Ile Leu Lys Lys Ser Ile Glu Lys Gln Leu Asp Ile Leu Cys Gln Lys 165 170 175 Lys Leu Glu Tyr Leu Arg Asp Thr Ala Arg Lys Ile Glu Glu Lys Arg 180 185 190 Arg Asn Gln Arg Glu Arg Gly Glu Lys Glu Leu Val Ala Pro Phe Lys 195 200 205 Tyr Ser Asp Lys Arg Asp Asp Leu Ile Ala Ala Ile Tyr Asn Asp Ala 210 215 220 Phe Asp Val Tyr Ile Asp Lys Lys Lys Asp Ser Leu Lys Glu Ser Ser 225 230 235 240 Lys Ala Lys Tyr Asn Thr Lys Ser Asp Pro Gln Gln Glu Glu Gly Asp 245 250 255 Leu Lys Ile Pro Ile Ser Lys Asn Gly Val Val Phe Leu Leu Ser Leu 260 265 270 Phe Leu Thr Lys Gln Glu Ile His Ala Phe Lys Ser Lys Ile Ala Gly 275 280 285 Phe Lys Ala Thr Val Ile Asp Glu Ala Thr Val Ser Glu Ala Thr Val 290 295 300 Ser His Gly Lys Asn Ser Ile Cys Phe Met Ala Thr His Glu Ile Phe 305 310 315 320 Ser His Leu Ala Tyr Lys Lys Leu Lys Arg Lys Val Arg Thr Ala Glu 325 330 335 Ile Asn Tyr Gly Glu Ala Glu Asn Ala Glu Gln Leu Ser Val Tyr Ala 340 345 350 Lys Glu Thr Leu Met Met Gln Met Leu Asp Glu Leu Ser Lys Val Pro 355 360 365 Asp Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile 370 375 380 Glu Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr 385 390 395 400 Met Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu 405 410 415 Asp Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln 420 425 430 Phe Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu His Asp 435 440 445 Ser Arg Pro Lys Glu Asn Leu Ile Ser Asp Arg Arg Ile Lys Glu Lys 450 455 460 Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu His Lys Lys Ala Leu 465 470 475 480 Phe Ile Lys Asn Thr Glu Thr Asn Glu Asp Arg Glu His Tyr Trp Glu 485 490 495 Ile Phe Pro Asn Pro Asn Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val 500 505 510 Asn Asp Lys Asp Phe Pro Ile Ala Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys 515 520 525 Gln Pro Val Ala Gly Lys Ile Gly Ile Lys Val Lys Leu Leu Asn Gln 530 535 540 Gln Tyr Val Ser Glu Val Asp Lys Ala Val Lys Ala His Gln Leu Lys 545 550 555 560 Gln Arg Lys Ala Ser Lys Pro Ser Ile Gln Asn Ile Ile Glu Glu Ile 565 570 575 Val Pro Ile Asn Glu Ser Asn Pro Lys Glu Ala Ile Val Phe Gly Gly 580 585 590 Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Ile Leu Tyr 595 600 605 Glu Phe Phe Asp Lys Trp Glu Lys Lys Lys Glu Lys Leu Glu Lys Lys 610 615 620 Gly Glu Lys Glu Leu Arg Lys Glu Ile Gly Lys Glu Leu Glu Lys Lys 625 630 635 640 Ile Val Gly Lys Ile Gln Ala Gln Ile Gln Gln Ile Ile Asp Lys Asp 645 650 655 Thr Asn Ala Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Gln Asp Gly Asn Ser Thr Ala 660 665 670 Ile Asp Lys Glu Lys Leu Ile Lys Asp Leu Lys Gln Glu Gln Asn Ile 675 680 685 Leu Gln Lys Leu Lys Asp Glu Gln Thr Val Arg Glu Lys Glu Tyr Asn 690 695 700 Asp Phe Ile Ala Tyr Gln Asp Lys Asn Arg Glu Ile Asn Lys Val Arg 705 710 715 720 Asp Arg Asn His Lys Gln Tyr Leu Lys Asp Asn Leu Lys Arg Lys Tyr 725 730 735 Pro Glu Ala Pro Ala Arg Lys Glu Val Leu Tyr Tyr Arg Glu Lys Gly 740 745 750 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Thr 755 760 765 Asp Phe Lys Asn Glu Trp Lys Gly Glu Gln His Ser Leu Leu Gln Lys 770 775 780 Ser Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Cys Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 785 790 795 800 Pro Glu Lys Val Phe Gln His Leu Pro Phe Lys Leu Gly Gly Tyr Phe 805 810 815 Gln Gln Lys Tyr Leu Tyr Gln Phe Tyr Thr Cys Tyr Leu Asp Lys Arg 820 825 830 Leu Glu Tyr Ile Ser Gly Leu Val Gln Gln Ala Glu Asn Phe Lys Ser 835 840 845 Glu Asn Lys Val Phe Lys Lys Val Glu Asn Glu Cys Phe Lys Phe Leu 850 855 860 Lys Lys Gln Asn Tyr Thr His Lys Glu Leu Asp Ala Arg Val Gln Ser 865 870 875 880 Ile Leu Gly Tyr Pro Ile Phe Leu Glu Arg Gly Phe Met Asp Glu Lys 885 890 895 Pro Thr Ile Ile Lys Gly Lys Thr Phe Lys Gly Asn Glu Ala Leu Phe 900 905 910 Ala Asp Trp Phe Arg Tyr Tyr Lys Glu Tyr Gln Asn Phe Gln Thr Phe 915 920 925 Tyr Asp Thr Glu Asn Tyr Pro Leu Val Glu Leu Glu Lys Lys Gln Ala 930 935 940 Asp Arg Lys Arg Lys Thr Lys Ile Tyr Gln Gln Lys Lys Asn Asp Val 945 950 955 960 Phe Thr Leu Leu Met Ala Lys His Ile Phe Lys Ser Val Phe Lys Gln 965 970 975 Asp Ser Ile Asp Gln Phe Ser Leu Glu Asp Leu Tyr Gln Ser Arg Glu 980 985 990 Glu Arg Leu Gly Asn Gln Glu Arg Ala Arg Gln Thr Gly Glu Arg Asn 995 1000 1005 Thr Asn Tyr Ile Trp Asn Lys Thr Val Asp Leu Lys Leu Cys Asp 1010 1015 1020 Gly Lys Ile Thr Val Glu Asn Val Lys Leu Lys Asn Val Gly Asp 1025 1030 1035 Phe Ile Lys Tyr Glu Tyr Asp Gln Arg Val Gln Ala Phe Leu Lys 1040 1045 1050 Tyr Glu Glu Asn Ile Glu Trp Gln Ala Phe Leu Ile Lys Glu Ser 1055 1060 1065 Lys Glu Glu Glu Asn Tyr Pro Tyr Val Val Glu Arg Glu Ile Glu 1070 1075 1080 Gln Tyr Glu Lys Val Arg Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Val His 1085 1090 1095 Leu Ile Glu Glu Tyr Ile Leu Glu Lys Val Lys Asp Lys Glu Ile 1100 1105 1110 Leu Lys Lys Gly Asp Asn Gln Asn Phe Lys Tyr Tyr Ile Leu Asn 1115 1120 1125 Gly Leu Leu Lys Gln Leu Lys Asn Glu Asp Val Glu Ser Tyr Lys 1130 1135 1140 Val Phe Asn Leu Asn Thr Glu Pro Glu Asp Val Asn Ile Asn Gln 1145 1150 1155 Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln Lys Ala Phe Val Leu 1160 1165 1170 Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn Gln Leu Pro Lys Lys 1175 1180 1185 Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr Gly Lys Ile Glu Lys 1190 1195 1200 Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu Val Phe Lys Lys Glu 1205 1210 1215 Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1220 <210> 602 <211> 1126 <212> PRT <213> Prevotella intermedia <400> 602 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Arg Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Glu Glu Gly Glu Ile 35 40 45 Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Thr Thr Leu Lys Asn Thr Trp Asn Glu Ile 50 55 60 Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile Lys His 65 70 75 80 Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala Thr Tyr Arg Leu Asn Pro Thr Asp Thr 85 90 95 Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser 100 105 110 Leu Arg Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 115 120 125 Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 130 135 140 Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asn Ala Ser 145 150 155 160 Ile Arg Leu Val Lys Glu Asp Tyr Gln Tyr Asn Lys Asp Ile Asn Pro 165 170 175 Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr 180 185 190 Tyr Phe Thr Lys Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln 210 215 220 Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn Arg Glu Asn Lys Lys Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Gln Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Arg Glu Glu 275 280 285 Asp Arg Glu Lys Phe Arg Val Pro Ile Glu Ile Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe 325 330 335 Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Gln Ile Gly Asp Tyr Lys Glu Ser His His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Thr Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Arg Lys Phe Val Lys Thr Phe Asn Ser Phe Glu Thr 385 390 395 400 Ser Lys Glu Pro Tyr Ile Pro Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu 405 410 415 Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Asp Asn Asp Lys Ile Trp 420 425 430 Pro Ser Leu Lys Thr Asn Ser Glu Lys Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys 435 440 445 Leu Asp Lys Ser Phe Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu 450 455 460 Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu Asn Thr Asp 465 470 475 480 Asn Asp Asn Glu Ile Glu Thr Lys Lys Lys Glu Asn Lys Asn Asp Lys 485 490 495 Gln Glu Lys His Lys Ile Glu Glu Ile Ile Glu Asn Lys Ile Thr Glu 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Thr Phe Ala Asn Gly Glu Ile Lys Ser Ile 515 520 525 Asp Glu Leu Glu Glu Tyr Cys Lys Gly Lys Asp Ile Glu Ile Gly His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asp Glu His Lys Val Met 545 550 555 560 Ala Thr Glu Ala Glu Arg Lys Gln Glu Glu Met Leu Val Asp Val Gln 565 570 575 Lys Ser Leu Glu Ser Leu Asp Asn Gln Ile Asn Glu Glu Ile Glu Asn 580 585 590 Val Glu Arg Lys Asn Ser Ser Leu Lys Ser Gly Lys Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu 610 615 620 Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 625 630 635 640 Leu Gln Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 645 650 655 Pro Tyr Phe Lys Gln Thr Lys Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 660 665 670 Phe Leu Lys Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe 675 680 685 Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Lys Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 690 695 700 Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro 705 710 715 720 Lys Thr Lys Pro Lys Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 725 730 735 Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Lys 740 745 750 His Arg Glu Asn Ile Thr Val Ala Glu Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 755 760 765 Ala Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Ser Glu Glu Tyr Lys Asp Ser Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr His Phe Asn Val Gly Asn Ile Asn Lys Pro 785 790 795 800 Asp Glu Lys Asn Phe Leu Asn Cys Glu Glu Arg Arg Glu Leu Leu Arg 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Glu Phe Lys Lys Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu 820 825 830 Asn Pro Ser Tyr Leu Glu Phe Lys Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu 835 840 845 Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Met 850 855 860 Glu Leu Phe Asn Lys Lys Lys Ile Lys Glu Leu Asn Val Glu Lys Ile 865 870 875 880 Tyr Leu Lys Asn Ile Asn Thr Asn Thr Thr Lys Lys Glu Lys Asn Thr 885 890 895 Glu Glu Lys Asn Gly Glu Glu Lys Asn Ile Lys Glu Lys Asn Asn Ile 900 905 910 Leu Asn Arg Ile Met Pro Met Arg Leu Pro Ile Lys Val Tyr Gly Arg 915 920 925 Glu Asn Phe Ser Lys Asn Lys Lys Lys Lys Ile Arg Arg Asn Thr Phe 930 935 940 Phe Thr Val Tyr Ile Glu Glu Lys Gly Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly 945 950 955 960 Asn Phe Lys Ala Leu Glu Arg Asp Arg Arg Leu Gly Gly Leu Phe Ser 965 970 975 Phe Val Lys Thr Pro Ser Lys Ala Glu Ser Lys Ser Asn Thr Ile Ser 980 985 990 Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Lys Ala Arg Ile 995 1000 1005 Glu Ile Ile Lys Asp Met Leu Ala Leu Glu Lys Thr Leu Ile Asp 1010 1015 1020 Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr Asp Asn Phe Asn Lys Met Leu Thr 1025 1030 1035 Asp Trp Leu Glu Leu Lys Gly Glu Pro Asp Lys Ala Ser Phe Gln 1040 1045 1050 Asn Asp Val Asp Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His 1055 1060 1065 Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile Ala Phe Ala Asn Ile Asn 1070 1075 1080 Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asn Thr Ser Glu Glu Lys Gly Leu 1085 1090 1095 Gly Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr His Lys Thr Ile Glu 1100 1105 1110 Lys Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 1125 <210> 603 <211> 1127 <212> PRT <213> Prevotella buccae <400> 603 Met Gln Lys Gln Asp Lys Leu Phe Val Asp Arg Lys Lys Asn Ala Ile 1 5 10 15 Phe Ala Phe Pro Lys Tyr Ile Thr Ile Met Glu Asn Lys Glu Lys Pro 20 25 30 Glu Pro Ile Tyr Tyr Glu Leu Thr Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe 35 40 45 Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr Thr Thr Ile Asn His Ile Asn 50 55 60 Arg Arg Leu Glu Ile Ala Glu Leu Lys Asp Asp Gly Tyr Met Met Gly 65 70 75 80 Ile Lys Gly Ser Trp Asn Glu Gln Ala Lys Lys Leu Asp Lys Lys Val 85 90 95 Arg Leu Arg Asp Leu Ile Met Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Ala Ala 100 105 110 Ala Tyr Glu Met Thr Asn Ser Lys Ser Pro Asn Asn Lys Glu Gln Arg 115 120 125 Glu Lys Glu Gln Ser Glu Ala Leu Ser Leu Asn Asn Leu Lys Asn Val 130 135 140 Leu Phe Ile Phe Leu Glu Lys Leu Gln Val Leu Arg Asn Tyr Tyr Ser 145 150 155 160 His Tyr Lys Tyr Ser Glu Glu Ser Pro Lys Pro Ile Phe Glu Thr Ser 165 170 175 Leu Leu Lys Asn Met Tyr Lys Val Phe Asp Ala Asn Val Arg Leu Val 180 185 190 Lys Arg Asp Tyr Met His His Glu Asn Ile Asp Met Gln Arg Asp Phe 195 200 205 Thr His Leu Asn Arg Lys Lys Gln Val Gly Arg Thr Lys Asn Ile Ile 210 215 220 Asp Ser Pro Asn Phe His Tyr His Phe Ala Asp Lys Glu Gly Asn Met 225 230 235 240 Thr Ile Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Asp Lys Lys 245 250 255 Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Leu Lys Gly Phe Lys Asp Gly Arg 260 265 270 Asn Leu Arg Glu Gln Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile 275 280 285 Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Asn Val Gln Thr Lys Asp Trp Met 290 295 300 Gln Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr 305 310 315 320 Glu Arg Leu Arg Glu Lys Asp Arg Glu Ser Phe Lys Val Pro Phe Asp 325 330 335 Ile Phe Ser Asp Asp Tyr Asn Ala Glu Glu Glu Pro Phe Lys Asn Thr 340 345 350 Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe 355 360 365 Asp Leu Asn Glu Ile Phe Glu Gln Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly 370 375 380 Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Asn Lys Arg Ile Gly Asp Glu Asp Glu 385 390 395 400 Val Arg His Leu Thr His His Leu Tyr Gly Phe Ala Arg Ile Gln Asp 405 410 415 Phe Ala Pro Gln Asn Gln Pro Glu Glu Trp Arg Lys Leu Val Lys Asp 420 425 430 Leu Asp His Phe Glu Thr Ser Gln Glu Pro Tyr Ile Ser Lys Thr Ala 435 440 445 Pro His Tyr His Leu Glu Asn Glu Lys Ile Gly Ile Lys Phe Cys Ser 450 455 460 Ala His Asn Asn Leu Phe Pro Ser Leu Gln Thr Asp Lys Thr Cys Asn 465 470 475 480 Gly Arg Ser Lys Phe Asn Leu Gly Thr Gln Phe Thr Ala Glu Ala Phe 485 490 495 Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu 500 505 510 Thr Lys Asp Tyr Ser Arg Lys Glu Ser Ala Asp Lys Val Glu Gly Ile 515 520 525 Ile Arg Lys Glu Ile Ser Asn Ile Tyr Ala Ile Tyr Asp Ala Phe Ala 530 535 540 Asn Asn Glu Ile Asn Ser Ile Ala Asp Leu Thr Arg Arg Leu Gln Asn 545 550 555 560 Thr Asn Ile Leu Gln Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Ser Ile Leu 565 570 575 Lys Gly Arg Gln Lys Asp Met Gly Lys Glu Ala Glu Arg Lys Ile Gly 580 585 590 Glu Met Ile Asp Asp Thr Gln Arg Arg Leu Asp Leu Leu Cys Lys Gln 595 600 605 Thr Asn Gln Lys Ile Arg Ile Gly Lys Arg Asn Ala Gly Leu Leu Lys 610 615 620 Ser Gly Lys Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln 625 630 635 640 Pro Val Gln Lys Asp Gln Asn Asn Ile Pro Ile Asn Asn Ser Lys Ala 645 650 655 Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly 660 665 670 Ser Glu Asn Phe Arg Leu Lys Ala Tyr Phe Asn Gln Met Asn Leu Val 675 680 685 Gly Asn Asp Asn Pro His Pro Phe Leu Ala Glu Thr Gln Trp Glu His 690 695 700 Gln Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Asn Tyr Leu Glu Ala Arg Lys 705 710 715 720 Lys Tyr Leu Lys Gly Leu Lys Pro Gln Asn Trp Lys Gln Tyr Gln His 725 730 735 Phe Leu Ile Leu Lys Val Gln Lys Thr Asn Arg Asn Thr Leu Val Thr 740 745 750 Gly Trp Lys Asn Ser Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Gln Pro 755 760 765 Ile Arg Glu Trp Phe Glu Lys His Asn Asn Ser Lys Arg Ile Tyr Asp 770 775 780 Gln Ile Leu Ser Phe Asp Arg Val Gly Phe Val Ala Lys Ala Ile Pro 785 790 795 800 Leu Tyr Phe Ala Glu Glu Tyr Lys Asp Asn Val Gln Pro Phe Tyr Asp 805 810 815 Tyr Pro Phe Asn Ile Gly Asn Arg Leu Lys Pro Lys Lys Arg Gln Phe 820 825 830 Leu Asp Lys Lys Glu Arg Val Glu Leu Trp Gln Lys Asn Lys Glu Leu 835 840 845 Phe Lys Asn Tyr Pro Ser Glu Lys Lys Lys Thr Asp Leu Ala Tyr Leu 850 855 860 Asp Phe Leu Ser Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys 865 870 875 880 Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Met Phe Lys Glu Leu Phe Asn Met 885 890 895 Ala Thr Val Glu Gly Leu Lys Ile Gly Glu Ile His Leu Arg Asp Ile 900 905 910 Asp Thr Asn Thr Ala Asn Glu Glu Ser Asn Asn Ile Leu Asn Arg Ile 915 920 925 Met Pro Met Lys Leu Pro Val Lys Thr Tyr Glu Thr Asp Asn Lys Gly 930 935 940 Asn Ile Leu Lys Glu Arg Pro Leu Ala Thr Phe Tyr Ile Glu Glu Thr 945 950 955 960 Glu Thr Lys Val Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp 965 970 975 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Thr Asp Leu Asn 980 985 990 Leu Glu Glu His Pro Ile Ser Lys Leu Ser Val Asp Leu Glu Leu Ile 995 1000 1005 Lys Tyr Gln Thr Thr Arg Ile Ser Ile Phe Glu Met Thr Leu Gly 1010 1015 1020 Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Ser Thr Leu Pro Thr Asp 1025 1030 1035 Ser Phe Arg Asn Met Leu Glu Arg Trp Leu Gln Cys Lys Ala Asn 1040 1045 1050 Arg Pro Glu Leu Lys Asn Tyr Val Asn Ser Leu Ile Ala Val Arg 1055 1060 1065 Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp Ala Thr Leu 1070 1075 1080 Phe Ala Glu Val Lys Lys Phe Thr Leu Phe Pro Ser Val Asp Thr 1085 1090 1095 Lys Lys Ile Glu Leu Asn Ile Ala Pro Gln Leu Leu Glu Ile Val 1100 1105 1110 Gly Lys Ala Ile Lys Glu Ile Glu Lys Ser Glu Asn Lys Asn 1115 1120 1125 <210> 604 <211> 953 <212> PRT <213> Alistipes sp. <400> 604 Met Ser Asn Glu Ile Gly Ala Phe Arg Glu His Gln Phe Ala Tyr Ala 1 5 10 15 Pro Gly Asn Glu Lys Gln Glu Glu Ala Thr Phe Ala Thr Tyr Phe Asn 20 25 30 Leu Ala Leu Ser Asn Val Glu Gly Met Met Phe Gly Glu Val Glu Ser 35 40 45 Asn Pro Asp Lys Ile Glu Lys Ser Leu Asp Thr Leu Pro Pro Ala Ile 50 55 60 Leu Arg Gln Ile Ala Ser Phe Ile Trp Leu Ser Lys Glu Asp His Pro 65 70 75 80 Asp Lys Ala Tyr Ser Thr Glu Glu Val Lys Val Ile Val Thr Asp Leu 85 90 95 Val Arg Arg Leu Cys Phe Tyr Arg Asn Tyr Phe Ser His Cys Phe Tyr 100 105 110 Leu Asp Thr Gln Tyr Phe Tyr Ser Asp Glu Leu Val Asp Thr Thr Ala 115 120 125 Ile Gly Glu Lys Leu Pro Tyr Asn Phe His His Phe Ile Thr Asn Arg 130 135 140 Leu Phe Arg Tyr Ser Leu Pro Glu Ile Thr Leu Phe Arg Trp Asn Glu 145 150 155 160 Gly Glu Arg Lys Tyr Glu Ile Leu Arg Asp Gly Leu Ile Phe Phe Cys 165 170 175 Cys Leu Phe Leu Lys Arg Gly Gln Ala Glu Arg Phe Leu Asn Glu Leu 180 185 190 Arg Phe Phe Lys Arg Thr Asp Glu Glu Gly Arg Ile Lys Arg Thr Ile 195 200 205 Phe Thr Lys Tyr Cys Thr Arg Glu Ser His Lys His Ile Gly Ile Glu 210 215 220 Glu Gln Asp Phe Leu Ile Phe Gln Asp Ile Ile Gly Asp Leu Asn Arg 225 230 235 240 Val Pro Lys Val Cys Asp Gly Val Val Asp Leu Ser Lys Glu Asn Glu 245 250 255 Arg Tyr Ile Lys Asn Arg Glu Thr Ser Asn Glu Ser Asp Glu Asn Lys 260 265 270 Ala Arg Tyr Arg Leu Leu Ile Arg Glu Lys Asp Lys Phe Pro Tyr Tyr 275 280 285 Leu Met Arg Tyr Ile Val Asp Phe Gly Val Leu Pro Cys Ile Thr Phe 290 295 300 Lys Gln Asn Asp Tyr Ser Thr Lys Glu Gly Arg Gly Gln Phe His Tyr 305 310 315 320 Gln Asp Ala Ala Val Ala Gln Glu Glu Arg Cys Tyr Asn Phe Val Val 325 330 335 Arg Asn Gly Asn Val Tyr Tyr Ser Tyr Met Pro Gln Ala Gln Asn Val 340 345 350 Val Arg Ile Ser Glu Leu Gln Gly Thr Ile Ser Val Glu Glu Leu Arg 355 360 365 Asn Met Val Tyr Ala Ser Ile Asn Gly Lys Asp Val Asn Lys Ser Val 370 375 380 Glu Gln Tyr Leu Tyr His Leu His Leu Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Thr 385 390 395 400 Ile Ser Gly Gln Thr Ile Lys Glu Gly Arg Val Asp Val Glu Asp Tyr 405 410 415 Arg Pro Leu Leu Asp Lys Leu Leu Leu Arg Pro Ala Ser Asn Gly Glu 420 425 430 Glu Leu Arg Arg Glu Leu Arg Lys Leu Leu Pro Lys Arg Val Cys Asp 435 440 445 Leu Leu Ser Asn Arg Phe Asp Cys Ser Glu Gly Val Ser Ala Val Glu 450 455 460 Lys Arg Leu Lys Ala Ile Leu Leu Arg His Glu Gln Leu Leu Leu Ser 465 470 475 480 Gln Asn Pro Ala Leu His Ile Asp Lys Ile Lys Ser Val Ile Asp Tyr 485 490 495 Leu Tyr Leu Phe Phe Ser Asp Asp Glu Lys Phe Arg Gln Gln Pro Thr 500 505 510 Glu Lys Ala His Arg Gly Leu Lys Asp Glu Glu Phe Gln Met Tyr His 515 520 525 Tyr Leu Val Gly Asp Tyr Asp Ser His Pro Leu Ala Leu Trp Lys Glu 530 535 540 Leu Glu Ala Ser Gly Arg Leu Lys Pro Glu Met Arg Lys Leu Thr Ser 545 550 555 560 Ala Thr Ser Leu His Gly Leu Tyr Met Leu Cys Leu Lys Gly Thr Val 565 570 575 Glu Trp Cys Arg Lys Gln Leu Met Ser Ile Gly Lys Gly Thr Ala Lys 580 585 590 Val Glu Ala Ile Ala Asp Arg Val Gly Leu Lys Leu Tyr Asp Lys Leu 595 600 605 Lys Glu Tyr Thr Pro Glu Gln Leu Glu Arg Glu Val Lys Leu Val Val 610 615 620 Met His Gly Tyr Ala Ala Ala Ala Thr Pro Lys Pro Lys Ala Gln Ala 625 630 635 640 Ala Ile Pro Ser Lys Leu Thr Glu Leu Arg Phe Tyr Ser Phe Leu Gly 645 650 655 Lys Arg Glu Met Ser Phe Ala Ala Phe Ile Arg Gln Asp Lys Lys Ala 660 665 670 Gln Lys Leu Trp Leu Arg Asn Phe Tyr Thr Val Glu Asn Ile Lys Thr 675 680 685 Leu Gln Lys Arg Gln Ala Ala Ala Asp Ala Ala Cys Lys Lys Leu Tyr 690 695 700 Asn Leu Val Gly Glu Val Glu Arg Val His Thr Asn Asp Lys Val Leu 705 710 715 720 Val Leu Val Ala Gln Arg Tyr Arg Glu Arg Leu Leu Asn Val Gly Ser 725 730 735 Lys Cys Ala Val Thr Leu Asp Asn Pro Glu Arg Gln Gln Lys Leu Ala 740 745 750 Asp Val Tyr Glu Val Gln Asn Ala Trp Leu Ser Ile Arg Phe Asp Asp 755 760 765 Leu Asp Phe Thr Leu Thr His Val Asn Leu Ser Asn Leu Arg Lys Ala 770 775 780 Tyr Asn Leu Ile Pro Arg Lys His Ile Leu Ala Phe Lys Glu Tyr Leu 785 790 795 800 Asp Asn Arg Val Lys Gln Lys Leu Cys Glu Glu Cys Arg Asn Val Arg 805 810 815 Arg Lys Glu Asp Leu Cys Thr Cys Cys Ser Pro Arg Tyr Ser Asn Leu 820 825 830 Thr Ser Trp Leu Lys Glu Asn His Ser Glu Ser Ser Ile Glu Arg Glu 835 840 845 Ala Ala Thr Met Met Leu Leu Asp Val Glu Arg Lys Leu Leu Ser Phe 850 855 860 Leu Leu Asp Glu Arg Arg Lys Ala Ile Ile Glu Tyr Gly Lys Phe Ile 865 870 875 880 Pro Phe Ser Ala Leu Val Lys Glu Cys Arg Leu Ala Asp Ala Gly Leu 885 890 895 Cys Gly Ile Arg Asn Asp Val Leu His Asp Asn Val Ile Ser Tyr Ala 900 905 910 Asp Ala Ile Gly Lys Leu Ser Ala Tyr Phe Pro Lys Glu Ala Ser Glu 915 920 925 Ala Val Glu Tyr Ile Arg Arg Thr Lys Glu Val Arg Glu Gln Arg Arg 930 935 940 Glu Glu Leu Met Ala Asn Ser Ser Gln 945 950 <210> 605 <211> 1322 <212> PRT <213> Prevotella sp. <400> 605 Met Ser Lys Glu Cys Lys Lys Gln Arg Gln Glu Lys Lys Arg Arg Leu 1 5 10 15 Gln Lys Ala Asn Phe Ser Ile Ser Leu Thr Gly Lys His Val Phe Gly 20 25 30 Ala Tyr Phe Asn Met Ala Arg Thr Asn Phe Val Lys Thr Ile Asn Tyr 35 40 45 Ile Leu Pro Ile Ala Gly Val Arg Gly Asn Tyr Ser Glu Asn Gln Ile 50 55 60 Asn Lys Met Leu His Ala Leu Phe Leu Ile Gln Ala Gly Arg Asn Glu 65 70 75 80 Glu Leu Thr Thr Glu Gln Lys Gln Trp Glu Lys Lys Leu Arg Leu Asn 85 90 95 Pro Glu Gln Gln Thr Lys Phe Gln Lys Leu Leu Phe Lys His Phe Pro 100 105 110 Val Leu Gly Pro Met Met Ala Asp Val Ala Asp His Lys Ala Tyr Leu 115 120 125 Asn Lys Lys Lys Ser Thr Val Gln Thr Glu Asp Glu Thr Phe Ala Met 130 135 140 Leu Lys Gly Val Ser Leu Ala Asp Cys Leu Asp Ile Ile Cys Leu Met 145 150 155 160 Ala Asp Thr Leu Thr Glu Cys Arg Asn Phe Tyr Thr His Lys Asp Pro 165 170 175 Tyr Asn Lys Pro Ser Gln Leu Ala Asp Gln Tyr Leu His Gln Glu Met 180 185 190 Ile Ala Lys Lys Leu Asp Lys Val Val Val Ala Ser Arg Arg Ile Leu 195 200 205 Lys Asp Arg Glu Gly Leu Ser Val Asn Glu Val Glu Phe Leu Thr Gly 210 215 220 Ile Asp His Leu His Gln Glu Val Leu Lys Asp Glu Phe Gly Asn Ala 225 230 235 240 Lys Val Lys Asp Gly Lys Val Met Lys Thr Phe Val Glu Tyr Asp Asp 245 250 255 Phe Tyr Phe Lys Ile Ser Gly Lys Arg Leu Val Asn Gly Tyr Thr Val 260 265 270 Thr Thr Lys Asp Asp Lys Pro Val Asn Val Asn Thr Met Leu Pro Ala 275 280 285 Leu Ser Asp Phe Gly Leu Leu Tyr Phe Cys Val Leu Phe Leu Ser Lys 290 295 300 Pro Tyr Ala Lys Leu Phe Ile Asp Glu Val Arg Leu Phe Glu Tyr Ser 305 310 315 320 Pro Phe Asp Asp Lys Glu Asn Met Ile Met Ser Glu Met Leu Ser Ile 325 330 335 Tyr Arg Ile Arg Thr Pro Arg Leu His Lys Ile Asp Ser His Asp Ser 340 345 350 Lys Ala Thr Leu Ala Met Asp Ile Phe Gly Glu Leu Arg Arg Cys Pro 355 360 365 Met Glu Leu Tyr Asn Leu Leu Asp Lys Asn Ala Gly Gln Pro Phe Phe 370 375 380 His Asp Glu Val Lys His Pro Asn Ser His Thr Pro Asp Val Ser Lys 385 390 395 400 Arg Leu Arg Tyr Asp Asp Arg Phe Pro Thr Leu Ala Leu Arg Tyr Ile 405 410 415 Asp Glu Thr Glu Leu Phe Lys Arg Ile Arg Phe Gln Leu Gln Leu Gly 420 425 430 Ser Phe Arg Tyr Lys Phe Tyr Asp Lys Glu Asn Cys Ile Asp Gly Arg 435 440 445 Val Arg Val Arg Arg Ile Gln Lys Glu Ile Asn Gly Tyr Gly Arg Met 450 455 460 Gln Glu Val Ala Asp Lys Arg Met Asp Lys Trp Gly Asp Leu Ile Gln 465 470 475 480 Lys Arg Glu Glu Arg Ser Val Lys Leu Glu His Glu Glu Leu Tyr Ile 485 490 495 Asn Leu Asp Gln Phe Leu Glu Asp Thr Ala Asp Ser Thr Pro Tyr Val 500 505 510 Thr Asp Arg Arg Pro Ala Tyr Asn Ile His Ala Asn Arg Ile Gly Leu 515 520 525 Tyr Trp Glu Asp Ser Gln Asn Pro Lys Gln Tyr Lys Val Phe Asp Glu 530 535 540 Asn Gly Met Tyr Ile Pro Glu Leu Val Val Thr Glu Asp Lys Lys Ala 545 550 555 560 Pro Ile Lys Met Pro Ala Pro Arg Cys Ala Leu Ser Val Tyr Asp Leu 565 570 575 Pro Ala Met Leu Phe Tyr Glu Tyr Leu Arg Glu Gln Gln Asp Asn Glu 580 585 590 Phe Pro Ser Ala Glu Gln Val Ile Ile Glu Tyr Glu Asp Asp Tyr Arg 595 600 605 Lys Phe Phe Lys Ala Val Ala Glu Gly Lys Leu Lys Pro Phe Lys Arg 610 615 620 Pro Lys Glu Phe Arg Asp Phe Leu Lys Lys Glu Tyr Pro Lys Leu Arg 625 630 635 640 Met Ala Asp Ile Pro Lys Lys Leu Gln Leu Phe Leu Cys Ser His Gly 645 650 655 Leu Cys Tyr Asn Asn Lys Pro Glu Thr Val Tyr Glu Arg Leu Asp Arg 660 665 670 Leu Thr Leu Gln His Leu Glu Glu Arg Glu Leu His Ile Gln Asn Arg 675 680 685 Leu Glu His Tyr Gln Lys Asp Arg Asp Met Ile Gly Asn Lys Asp Asn 690 695 700 Gln Tyr Gly Lys Lys Ser Phe Ser Asp Val Arg His Gly Ala Leu Ala 705 710 715 720 Arg Tyr Leu Ala Gln Ser Met Met Glu Trp Gln Pro Thr Lys Leu Lys 725 730 735 Asp Lys Glu Lys Gly His Asp Lys Leu Thr Gly Leu Asn Tyr Asn Val 740 745 750 Leu Thr Ala Tyr Leu Ala Thr Tyr Gly His Pro Gln Val Pro Glu Glu 755 760 765 Gly Phe Thr Pro Arg Thr Leu Glu Gln Val Leu Ile Asn Ala His Leu 770 775 780 Ile Gly Gly Ser Asn Pro His Pro Phe Ile Asn Lys Val Leu Ala Leu 785 790 795 800 Gly Asn Arg Asn Ile Glu Glu Leu Tyr Leu His Tyr Leu Glu Glu Glu 805 810 815 Leu Lys His Ile Arg Ser Arg Ile Gln Ser Leu Ser Ser Asn Pro Ser 820 825 830 Asp Lys Ala Leu Ser Ala Leu Pro Phe Ile His His Asp Arg Met Arg 835 840 845 Tyr His Glu Arg Thr Ser Glu Glu Met Met Ala Leu Ala Ala Arg Tyr 850 855 860 Thr Thr Ile Gln Leu Pro Asp Gly Leu Phe Thr Pro Tyr Ile Leu Glu 865 870 875 880 Ile Leu Gln Lys His Tyr Thr Glu Asn Ser Asp Leu Gln Asn Ala Leu 885 890 895 Ser Gln Asp Val Pro Val Lys Leu Asn Pro Thr Cys Asn Ala Ala Tyr 900 905 910 Leu Ile Thr Leu Phe Tyr Gln Thr Val Leu Lys Asp Asn Ala Gln Pro 915 920 925 Phe Tyr Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Thr Arg Asn Lys Asp Gly Glu Lys 930 935 940 Ala Glu Ser Phe Ser Phe Lys Arg Ala Tyr Glu Leu Phe Ser Val Leu 945 950 955 960 Asn Asn Asn Lys Lys Asp Thr Phe Pro Phe Glu Met Ile Pro Leu Phe 965 970 975 Leu Thr Ser Asp Glu Ile Gln Glu Arg Leu Ser Ala Lys Leu Leu Asp 980 985 990 Gly Asp Gly Asn Pro Val Pro Glu Val Gly Glu Lys Gly Lys Pro Ala 995 1000 1005 Thr Asp Ser Gln Gly Asn Thr Ile Trp Lys Arg Arg Ile Tyr Ser 1010 1015 1020 Glu Val Asp Asp Tyr Ala Glu Lys Leu Thr Asp Arg Asp Met Lys 1025 1030 1035 Ile Ser Phe Lys Gly Glu Trp Glu Lys Leu Pro Arg Trp Lys Gln 1040 1045 1050 Asp Lys Ile Ile Lys Arg Arg Asp Glu Thr Arg Arg Gln Met Arg 1055 1060 1065 Asp Glu Leu Leu Gln Arg Met Pro Arg Tyr Ile Arg Asp Ile Lys 1070 1075 1080 Asp Asn Glu Arg Thr Leu Arg Arg Tyr Lys Thr Gln Asp Met Val 1085 1090 1095 Leu Phe Leu Leu Ala Glu Lys Met Phe Thr Asn Ile Ile Ser Glu 1100 1105 1110 Gln Ser Ser Glu Phe Asn Trp Lys Gln Met Arg Leu Ser Lys Val 1115 1120 1125 Cys Asn Glu Ala Phe Leu Arg Gln Thr Leu Thr Phe Arg Val Pro 1130 1135 1140 Val Thr Val Gly Glu Thr Thr Ile Tyr Val Glu Gln Glu Asn Met 1145 1150 1155 Ser Leu Lys Asn Tyr Gly Glu Phe Tyr Arg Phe Leu Thr Asp Asp 1160 1165 1170 Arg Leu Met Ser Leu Leu Asn Asn Ile Val Glu Thr Leu Lys Pro 1175 1180 1185 Asn Glu Asn Gly Asp Leu Val Ile Arg His Thr Asp Leu Met Ser 1190 1195 1200 Glu Leu Ala Ala Tyr Asp Gln Tyr Arg Ser Thr Ile Phe Met Leu 1205 1210 1215 Ile Gln Ser Ile Glu Asn Leu Ile Ile Thr Asn Asn Ala Val Leu 1220 1225 1230 Asp Asp Pro Asp Ala Asp Gly Phe Trp Val Arg Glu Asp Leu Pro 1235 1240 1245 Lys Arg Asn Asn Phe Ala Ser Leu Leu Glu Leu Ile Asn Gln Leu 1250 1255 1260 Asn Asn Val Glu Leu Thr Asp Asp Glu Arg Lys Leu Leu Val Ala 1265 1270 1275 Ile Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Ser Tyr Asn Ile Asp Phe Ser 1280 1285 1290 Leu Ile Lys Asp Val Lys His Leu Pro Glu Val Ala Lys Gly Ile 1295 1300 1305 Leu Gln His Leu Gln Ser Met Leu Gly Val Glu Ile Thr Lys 1310 1315 1320 <210> 606 <211> 1095 <212> PRT <213> Riemerella anatipestifer <400> 606 Met Glu Lys Pro Leu Leu Pro Asn Val Tyr Thr Leu Lys His Lys Phe 1 5 10 15 Phe Trp Gly Ala Phe Leu Asn Ile Ala Arg His Asn Ala Phe Ile Thr 20 25 30 Ile Cys His Ile Asn Glu Gln Leu Gly Leu Lys Thr Pro Ser Asn Asp 35 40 45 Asp Lys Ile Val Asp Val Val Cys Glu Thr Trp Asn Asn Ile Leu Asn 50 55 60 Asn Asp His Asp Leu Leu Lys Lys Ser Gln Leu Thr Glu Leu Ile Leu 65 70 75 80 Lys His Phe Pro Phe Leu Thr Ala Met Cys Tyr His Pro Pro Lys Lys 85 90 95 Glu Gly Lys Lys Lys Gly His Gln Lys Glu Gln Gln Lys Glu Lys Glu 100 105 110 Ser Glu Ala Gln Ser Gln Ala Glu Ala Leu Asn Pro Ser Lys Leu Ile 115 120 125 Glu Ala Leu Glu Ile Leu Val Asn Gln Leu His Ser Leu Arg Asn Tyr 130 135 140 Tyr Ser His Tyr Lys His Lys Lys Pro Asp Ala Glu Lys Asp Ile Phe 145 150 155 160 Lys His Leu Tyr Lys Ala Phe Asp Ala Ser Leu Arg Met Val Lys Glu 165 170 175 Asp Tyr Lys Ala His Phe Thr Val Asn Leu Thr Arg Asp Phe Ala His 180 185 190 Leu Asn Arg Lys Gly Lys Asn Lys Gln Asp Asn Pro Asp Phe Asn Arg 195 200 205 Tyr Arg Phe Glu Lys Asp Gly Phe Phe Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 210 215 220 Phe Thr Asn Leu Phe Leu Asp Lys Arg Asp Ala Tyr Trp Met Leu Lys 225 230 235 240 Lys Val Ser Gly Phe Lys Ala Ser His Lys Gln Arg Glu Lys Met Thr 245 250 255 Thr Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu 260 265 270 Glu Ser Arg Tyr Asp His Asn Gln Met Leu Leu Asp Met Leu Ser Glu 275 280 285 Leu Ser Arg Cys Pro Lys Leu Leu Tyr Glu Lys Leu Ser Glu Glu Asn 290 295 300 Lys Lys His Phe Gln Val Glu Ala Asp Gly Phe Leu Asp Glu Ile Glu 305 310 315 320 Glu Glu Gln Asn Pro Phe Lys Asp Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 325 330 335 Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Leu Asp Leu Asn Glu Ser Phe Lys 340 345 350 Ser Ile Arg Phe Gln Val Asp Leu Gly Thr Tyr His Tyr Cys Ile Tyr 355 360 365 Asp Lys Lys Ile Gly Asp Glu Gln Glu Lys Arg His Leu Thr Arg Thr 370 375 380 Leu Leu Ser Phe Gly Arg Leu Gln Asp Phe Thr Glu Ile Asn Arg Pro 385 390 395 400 Gln Glu Trp Lys Ala Leu Thr Lys Asp Leu Asp Tyr Lys Glu Thr Ser 405 410 415 Asn Gln Pro Phe Ile Ser Lys Thr Thr Pro His Tyr His Ile Thr Asp 420 425 430 Asn Lys Ile Gly Phe Arg Leu Gly Thr Ser Lys Glu Leu Tyr Pro Ser 435 440 445 Leu Glu Ile Lys Asp Gly Ala Asn Arg Ile Ala Lys Tyr Pro Tyr Asn 450 455 460 Ser Gly Phe Val Ala His Ala Phe Ile Ser Val His Glu Leu Leu Pro 465 470 475 480 Leu Met Phe Tyr Gln His Leu Thr Gly Lys Ser Glu Asp Leu Leu Lys 485 490 495 Glu Thr Val Arg His Ile Gln Arg Ile Tyr Lys Asp Phe Glu Glu Glu 500 505 510 Arg Ile Asn Thr Ile Glu Asp Leu Glu Lys Ala Asn Gln Gly Arg Leu 515 520 525 Pro Leu Gly Ala Phe Pro Lys Gln Met Leu Gly Leu Leu Gln Asn Lys 530 535 540 Gln Pro Asp Leu Ser Glu Lys Ala Lys Ile Lys Ile Glu Lys Leu Ile 545 550 555 560 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Ser His Arg Leu Asn Thr Lys Leu Lys Ser 565 570 575 Ser Pro Lys Leu Gly Lys Arg Arg Glu Lys Leu Ile Lys Thr Gly Val 580 585 590 Leu Ala Asp Trp Leu Val Lys Asp Phe Met Arg Phe Gln Pro Val Ala 595 600 605 Tyr Asp Ala Gln Asn Gln Pro Ile Lys Ser Ser Lys Ala Asn Ser Thr 610 615 620 Glu Phe Trp Phe Ile Arg Arg Ala Leu Ala Leu Tyr Gly Gly Glu Lys 625 630 635 640 Asn Arg Leu Glu Gly Tyr Phe Lys Gln Thr Asn Leu Ile Gly Asn Thr 645 650 655 Asn Pro His Pro Phe Leu Asn Lys Phe Asn Trp Lys Ala Cys Arg Asn 660 665 670 Leu Val Asp Phe Tyr Gln Gln Tyr Leu Glu Gln Arg Glu Lys Phe Leu 675 680 685 Glu Ala Ile Lys Asn Gln Pro Trp Glu Pro Tyr Gln Tyr Cys Leu Leu 690 695 700 Leu Lys Ile Pro Lys Glu Asn Arg Lys Asn Leu Val Lys Gly Trp Glu 705 710 715 720 Gln Gly Gly Ile Ser Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Ala Ile Arg 725 730 735 Glu Thr Leu Ser Glu Asp Leu Met Leu Ser Lys Pro Ile Arg Lys Glu 740 745 750 Ile Lys Lys His Gly Arg Val Gly Phe Ile Ser Arg Ala Ile Thr Leu 755 760 765 Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Gln Asp Lys His Gln Ser Phe Tyr Asn Leu 770 775 780 Ser Tyr Lys Leu Glu Ala Lys Ala Pro Leu Leu Lys Arg Glu Glu His 785 790 795 800 Tyr Glu Tyr Trp Gln Gln Asn Lys Pro Gln Ser Pro Thr Glu Ser Gln 805 810 815 Arg Leu Glu Leu His Thr Ser Asp Arg Trp Lys Asp Tyr Leu Leu Tyr 820 825 830 Lys Arg Trp Gln His Leu Glu Lys Lys Leu Arg Leu Tyr Arg Asn Gln 835 840 845 Asp Val Met Leu Trp Leu Met Thr Leu Glu Leu Thr Lys Asn His Phe 850 855 860 Lys Glu Leu Asn Leu Asn Tyr His Gln Leu Lys Leu Glu Asn Leu Ala 865 870 875 880 Val Asn Val Gln Glu Ala Asp Ala Lys Leu Asn Pro Leu Asn Gln Thr 885 890 895 Leu Pro Met Val Leu Pro Val Lys Val Tyr Pro Ala Thr Ala Phe Gly 900 905 910 Glu Val Gln Tyr His Lys Thr Pro Ile Arg Thr Val Tyr Ile Arg Glu 915 920 925 Glu His Thr Lys Ala Leu Lys Met Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 930 935 940 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Ile Lys Glu Glu Asn Asp 945 950 955 960 Thr Gln Lys His Pro Ile Ser Gln Leu Arg Leu Arg Arg Glu Leu Glu 965 970 975 Ile Tyr Gln Ser Leu Arg Val Asp Ala Phe Lys Glu Thr Leu Ser Leu 980 985 990 Glu Glu Lys Leu Leu Asn Lys His Thr Ser Leu Ser Ser Leu Glu Asn 995 1000 1005 Glu Phe Arg Ala Leu Leu Glu Glu Trp Lys Lys Glu Tyr Ala Ala 1010 1015 1020 Ser Ser Met Val Thr Asp Glu His Ile Ala Phe Ile Ala Ser Val 1025 1030 1035 Arg Asn Ala Phe Cys His Asn Gln Tyr Pro Phe Tyr Lys Glu Ala 1040 1045 1050 Leu His Ala Pro Ile Pro Leu Phe Thr Val Ala Gln Pro Thr Thr 1055 1060 1065 Glu Glu Lys Asp Gly Leu Gly Ile Ala Glu Ala Leu Leu Lys Val 1070 1075 1080 Leu Arg Glu Tyr Cys Glu Ile Val Lys Ser Gln Ile 1085 1090 1095 <210> 607 <211> 1124 <212> PRT <213> Prevotella aurantiaca <400> 607 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Gly Ser Ile Ser Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Ile Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Glu Ile Arg Glu Ile 35 40 45 Asp Asn Asp Glu Lys Val Leu Asp Ile Lys Thr Leu Trp Gln Lys Gly 50 55 60 Asn Lys Asp Leu Asn Gln Lys Ala Arg Leu Arg Glu Leu Met Thr Lys 65 70 75 80 His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile Tyr Thr Lys Asn Lys Glu Asp 85 90 95 Lys Lys Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu 100 105 110 Ser Leu Lys Asp Cys Leu Phe Leu Phe Leu Asp Lys Leu Gln Glu Ala 115 120 125 Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser Glu Phe Ser Lys Glu Pro 130 135 140 Glu Phe Glu Glu Gly Leu Leu Glu Lys Met Tyr Asn Ile Phe Gly Asn 145 150 155 160 Asn Ile Gln Leu Val Ile Asn Asp Tyr Gln His Asn Lys Asp Ile Asn 165 170 175 Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Gly Gln Phe Lys Tyr 180 185 190 Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu Phe 195 200 205 Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln 210 215 220 Lys Leu Asn Gly Phe Lys Asp Asn Leu Glu Asn Lys Lys Lys Met Thr 225 230 235 240 His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Ile Leu Met Pro Lys Leu Arg Leu 245 250 255 Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu 260 265 270 Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Asp Asp 275 280 285 Arg Glu Lys Phe Lys Val Pro Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr Asn 290 295 300 Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Ile Arg His Gln Asp Arg 305 310 315 320 Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Lys 325 330 335 Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr 340 345 350 Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys 355 360 365 Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Pro 370 375 380 Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys Asp Leu Asp Thr Tyr Glu Thr Ser 385 390 395 400 Asn Lys Arg Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro His Tyr His Leu Glu Asn 405 410 415 Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg Asn Gly Asn Lys Glu Ile Trp Pro 420 425 430 Ser Leu Lys Thr Asn Asp Glu Asn Asn Glu Lys Ser Lys Tyr Lys Leu 435 440 445 Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu 450 455 460 Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Lys Glu Lys Pro Asn Asn 465 470 475 480 Asp Glu Ile Asn Ala Ser Ile Val Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile 485 490 495 Arg Asn Ile Phe Lys Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn 500 505 510 Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys Tyr Cys Ala Asp Lys Gly Ile Pro Lys 515 520 525 Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys 530 535 540 Asp Met Val Lys Glu Ala Lys Arg Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp 545 550 555 560 Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu Glu Lys Gln Thr Gln Lys Glu Lys 565 570 575 Glu Asp Asp Gly Arg Asn Val Lys Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala 580 585 590 Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp 595 600 605 Asn Glu Gly Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr 610 615 620 Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala Leu Tyr Asn Asn Glu Glu Lys Pro 625 630 635 640 Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn Leu Ile Glu Ser Asn Asn Pro His 645 650 655 Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Thr 660 665 670 Phe Tyr Tyr Ser Tyr Leu Thr Lys Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu 675 680 685 Lys Pro Glu Asp Trp Lys Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu 690 695 700 Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe 705 710 715 720 Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys 725 730 735 Arg His Gln Asn Asn Ser Lys Glu Tyr Glu Lys Val Glu Ala Leu Asp 740 745 750 Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val Ile Pro Leu Phe Phe Lys Glu Glu 755 760 765 Tyr Phe Lys Asp Lys Glu Glu Asn Phe Lys Glu Asp Thr Gln Lys Glu 770 775 780 Ile Asn Asp Cys Val Gln Pro Phe Tyr Asn Phe Pro Tyr Asn Val Gly 785 790 795 800 Asn Ile His Lys Pro Lys Glu Lys Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg 805 810 815 Ile Glu Leu Trp Asp Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Glu 820 825 830 Lys Ile Lys Ser Lys Lys Leu Thr Glu Lys Asp Lys Glu Glu Phe Arg 835 840 845 Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg 850 855 860 Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Lys Glu Leu 865 870 875 880 Ile Asp Lys Leu Lys Ile Asp Glu Leu Asn Ile Glu Glu Leu Lys Lys 885 890 895 Leu Arg Leu Asn Asn Ile Asp Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn 900 905 910 Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr 915 920 925 Glu Ile Asp Asp Ser His Lys Ile Val Lys Asp Lys Pro Leu His Thr 930 935 940 Ile Tyr Ile Lys Glu Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe 945 950 955 960 Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val 965 970 975 Lys Thr Asn Ser Glu Ala Glu Ser Lys Arg Asn Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu Tyr Gln Glu Ala Arg Ile Glu Ile 995 1000 1005 Ile Gln Asp Met Leu Ala Leu Glu Glu Lys Leu Ile Asn Lys Tyr 1010 1015 1020 Lys Asp Leu Pro Thr Asn Lys Phe Ser Glu Met Leu Asn Ser Trp 1025 1030 1035 Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp 1040 1045 1050 Val Asp Phe Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln 1055 1060 1065 Tyr Pro Met His Asn Lys Ile Glu Phe Ala Asn Ile Lys Pro Phe 1070 1075 1080 Ser Leu Tyr Thr Ala Asn Asn Ser Glu Glu Lys Gly Leu Gly Ile 1085 1090 1095 Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys Thr Lys Glu Thr Thr Asp Lys Ile 1100 1105 1110 Lys Lys Ile Glu Lys Pro Ile Glu Thr Lys Glu 1115 1120 <210> 608 <211> 1151 <212> PRT <213> Prevotella saccharolytica <400> 608 Met Glu Asp Lys Pro Phe Trp Ala Ala Phe Phe Asn Leu Ala Arg His 1 5 10 15 Asn Val Tyr Leu Thr Val Asn His Ile Asn Lys Leu Leu Asp Leu Glu 20 25 30 Lys Leu Tyr Asp Glu Gly Lys His Lys Glu Ile Phe Glu Arg Glu Asp 35 40 45 Ile Phe Asn Ile Ser Asp Asp Val Met Asn Asp Ala Asn Ser Asn Gly 50 55 60 Lys Lys Arg Lys Leu Asp Ile Lys Lys Ile Trp Asp Asp Leu Asp Thr 65 70 75 80 Asp Leu Thr Arg Lys Tyr Gln Leu Arg Glu Leu Ile Leu Lys His Phe 85 90 95 Pro Phe Ile Gln Pro Ala Ile Ile Gly Ala Gln Thr Lys Glu Arg Thr 100 105 110 Thr Ile Asp Lys Asp Lys Arg Ser Thr Ser Thr Ser Asn Asp Ser Leu 115 120 125 Lys Gln Thr Gly Glu Gly Asp Ile Asn Asp Leu Leu Ser Leu Ser Asn 130 135 140 Val Lys Ser Met Phe Phe Arg Leu Leu Gln Ile Leu Glu Gln Leu Arg 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Ser His Val Lys His Ser Lys Ser Ala Thr Met Pro Asn 165 170 175 Phe Asp Glu Asp Leu Leu Asn Trp Met Arg Tyr Ile Phe Ile Asp Ser 180 185 190 Val Asn Lys Val Lys Glu Asp Tyr Ser Ser Asn Ser Val Ile Asp Pro 195 200 205 Asn Thr Ser Phe Ser His Leu Ile Tyr Lys Asp Glu Gln Gly Lys Ile 210 215 220 Lys Pro Cys Arg Tyr Pro Phe Thr Ser Lys Asp Gly Ser Ile Asn Ala 225 230 235 240 Phe Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Gln Asp Ser 245 250 255 Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Pro Gly Phe Lys Lys Ala Ser Glu Asn 260 265 270 Tyr Met Lys Met Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Asn His Ile Leu Leu 275 280 285 Pro Lys Ile Arg Leu Glu Thr Val Tyr Asp Lys Asp Trp Met Leu Leu 290 295 300 Asp Met Leu Asn Glu Val Val Arg Cys Pro Leu Ser Leu Tyr Lys Arg 305 310 315 320 Leu Thr Pro Ala Ala Gln Asn Lys Phe Lys Val Pro Glu Lys Ser Ser 325 330 335 Asp Asn Ala Asn Arg Gln Glu Asp Asp Asn Pro Phe Ser Arg Ile Leu 340 345 350 Val Arg His Gln Asn Arg Phe Pro Tyr Phe Val Leu Arg Phe Phe Asp 355 360 365 Leu Asn Glu Val Phe Thr Thr Leu Arg Phe Gln Ile Asn Leu Gly Cys 370 375 380 Tyr His Phe Ala Ile Cys Lys Lys Gln Ile Gly Asp Lys Lys Glu Val 385 390 395 400 His His Leu Ile Arg Thr Leu Tyr Gly Phe Ser Arg Leu Gln Asn Phe 405 410 415 Thr Gln Asn Thr Arg Pro Glu Glu Trp Asn Thr Leu Val Lys Thr Thr 420 425 430 Glu Pro Ser Ser Gly Asn Asp Gly Lys Thr Val Gln Gly Val Pro Leu 435 440 445 Pro Tyr Ile Ser Tyr Thr Ile Pro His Tyr Gln Ile Glu Asn Glu Lys 450 455 460 Ile Gly Ile Lys Ile Phe Asp Gly Asp Thr Ala Val Asp Thr Asp Ile 465 470 475 480 Trp Pro Ser Val Ser Thr Glu Lys Gln Leu Asn Lys Pro Asp Lys Tyr 485 490 495 Thr Leu Thr Pro Gly Phe Lys Ala Asp Val Phe Leu Ser Val His Glu 500 505 510 Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Gln Leu Leu Leu Cys Glu Gly Met 515 520 525 Leu Lys Thr Asp Ala Gly Asn Ala Val Glu Lys Val Leu Ile Asp Thr 530 535 540 Arg Asn Ala Ile Phe Asn Leu Tyr Asp Ala Phe Val Gln Glu Lys Ile 545 550 555 560 Asn Thr Ile Thr Asp Leu Glu Asn Tyr Leu Gln Asp Lys Pro Ile Leu 565 570 575 Ile Gly His Leu Pro Lys Gln Met Ile Asp Leu Leu Lys Gly His Gln 580 585 590 Arg Asp Met Leu Lys Ala Val Glu Gln Lys Lys Ala Met Leu Ile Lys 595 600 605 Asp Thr Glu Arg Arg Leu Lys Leu Leu Asp Lys Gln Leu Lys Gln Glu 610 615 620 Thr Asp Val Ala Ala Lys Asn Thr Gly Thr Leu Leu Lys Asn Gly Gln 625 630 635 640 Ile Ala Asp Trp Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Lys 645 650 655 Arg Asp Lys Glu Gly Asn Pro Ile Asn Cys Ser Lys Ala Asn Ser Thr 660 665 670 Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ala Phe Ala Phe Tyr Ala Thr Asp Ser 675 680 685 Cys Arg Leu Ser Arg Tyr Phe Thr Gln Leu His Leu Ile His Ser Asp 690 695 700 Asn Ser His Leu Phe Leu Ser Arg Phe Glu Tyr Asp Lys Gln Pro Asn 705 710 715 720 Leu Ile Ala Phe Tyr Ala Ala Tyr Leu Lys Ala Lys Leu Glu Phe Leu 725 730 735 Asn Glu Leu Gln Pro Gln Asn Trp Ala Ser Asp Asn Tyr Phe Leu Leu 740 745 750 Leu Arg Ala Pro Lys Asn Asp Arg Gln Lys Leu Ala Glu Gly Trp Lys 755 760 765 Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Leu Phe Thr Glu Lys Ile Lys Thr 770 775 780 Trp Phe Asn Glu His Lys Thr Ile Val Asp Ile Ser Asp Cys Asp Ile 785 790 795 800 Phe Lys Asn Arg Val Gly Gln Val Ala Arg Leu Ile Pro Val Phe Phe 805 810 815 Asp Lys Lys Phe Lys Asp His Ser Gln Pro Phe Tyr Arg Tyr Asp Phe 820 825 830 Asn Val Gly Asn Val Ser Lys Pro Thr Glu Ala Asn Tyr Leu Ser Lys 835 840 845 Gly Lys Arg Glu Glu Leu Phe Lys Ser Tyr Gln Asn Lys Phe Lys Asn 850 855 860 Asn Ile Pro Ala Glu Lys Thr Lys Glu Tyr Arg Glu Tyr Lys Asn Phe 865 870 875 880 Ser Leu Trp Lys Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Ile Lys Asn Gln 885 890 895 Asp Ile Leu Ile Trp Leu Met Cys Lys Asn Leu Phe Asp Glu Lys Ile 900 905 910 Lys Pro Lys Lys Asp Ile Leu Glu Pro Arg Ile Ala Val Ser Tyr Ile 915 920 925 Lys Leu Asp Ser Leu Gln Thr Asn Thr Ser Thr Ala Gly Ser Leu Asn 930 935 940 Ala Leu Ala Lys Val Val Pro Met Thr Leu Ala Ile His Ile Asp Ser 945 950 955 960 Pro Lys Pro Lys Gly Lys Ala Gly Asn Asn Glu Lys Glu Asn Lys Glu 965 970 975 Phe Thr Val Tyr Ile Lys Glu Glu Gly Thr Lys Leu Leu Lys Trp Gly 980 985 990 Asn Phe Lys Thr Leu Leu Ala Asp Arg Arg Ile Lys Gly Leu Phe Ser 995 1000 1005 Tyr Ile Glu His Asp Asp Ile Asp Leu Lys Gln His Pro Leu Thr 1010 1015 1020 Lys Arg Arg Val Asp Leu Glu Leu Asp Leu Tyr Gln Thr Cys Arg 1025 1030 1035 Ile Asp Ile Phe Gln Gln Thr Leu Gly Leu Glu Ala Gln Leu Leu 1040 1045 1050 Asp Lys Tyr Ser Asp Leu Asn Thr Asp Asn Phe Tyr Gln Met Leu 1055 1060 1065 Ile Gly Trp Arg Lys Lys Glu Gly Ile Pro Arg Asn Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Asp Thr Asp Phe Leu Lys Asp Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn 1085 1090 1095 Gln Tyr Pro Asp Ser Lys Lys Ile Ala Phe Arg Arg Ile Arg Lys 1100 1105 1110 Phe Asn Pro Lys Glu Leu Ile Leu Glu Glu Glu Glu Gly Leu Gly 1115 1120 1125 Ile Ala Thr Gln Met Tyr Lys Glu Val Glu Lys Val Val Asn Arg 1130 1135 1140 Ile Lys Arg Ile Glu Leu Phe Asp 1145 1150 <210> 609 <211> 1120 <212> PRT <213> Prevotella intermedia <400> 609 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Thr Asp Ser Ile Arg Tyr Glu Leu Lys 1 5 10 15 Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val 20 25 30 Tyr Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Ile Leu Glu Glu Asp Glu Ile 35 40 45 Asn Arg Asp Gly Tyr Glu Asn Thr Leu Glu Asn Ser Trp Asn Glu Ile 50 55 60 Lys Asp Ile Asn Lys Lys Asp Arg Leu Ser Lys Leu Ile Ile Lys His 65 70 75 80 Phe Pro Phe Leu Glu Ala Thr Thr Tyr Arg Gln Asn Pro Thr Asp Thr 85 90 95 Thr Lys Gln Lys Glu Glu Lys Gln Ala Glu Ala Gln Ser Leu Glu Ser 100 105 110 Leu Lys Lys Ser Phe Phe Val Phe Ile Tyr Lys Leu Arg Asp Leu Arg 115 120 125 Asn His Tyr Ser His Tyr Lys His Ser Lys Ser Leu Glu Arg Pro Lys 130 135 140 Phe Glu Glu Asp Leu Gln Asn Lys Met Tyr Asn Ile Phe Asp Val Ser 145 150 155 160 Ile Gln Phe Val Lys Glu Asp Tyr Lys His Asn Thr Asp Ile Asn Pro 165 170 175 Lys Lys Asp Phe Lys His Leu Asp Arg Lys Arg Lys Gly Lys Phe His 180 185 190 Tyr Ser Phe Ala Asp Asn Glu Gly Asn Ile Thr Glu Ser Gly Leu Leu 195 200 205 Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys Lys Asp Ala Ile Trp Val Gln 210 215 220 Lys Lys Leu Glu Gly Phe Lys Cys Ser Asn Lys Ser Tyr Gln Lys Met 225 230 235 240 Thr Asn Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg 245 250 255 Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn 260 265 270 Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Val 275 280 285 Asn Arg Lys Lys Phe Tyr Val Ser Phe Asp Pro Ala Asp Glu Asp Tyr 290 295 300 Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp 305 310 315 320 Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Tyr Asn Glu Val Phe 325 330 335 Ala Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile 340 345 350 Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys Glu Asp Arg His Leu Thr His 355 360 365 Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln Glu Phe Asp Lys Gln Asn Arg 370 375 380 Pro Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys Asp Ser Asp Thr Phe Lys Lys 385 390 395 400 Lys Glu Glu Lys Glu Glu Glu Lys Pro Tyr Ile Ser Glu Thr Thr Pro 405 410 415 His Tyr His Leu Glu Asn Lys Lys Ile Gly Ile Ala Phe Lys Asn His 420 425 430 Asn Ile Trp Pro Ser Thr Gln Thr Glu Leu Thr Asn Asn Lys Arg Lys 435 440 445 Lys Tyr Asn Leu Gly Thr Ser Ile Lys Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val 450 455 460 His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu Leu Lys Thr Glu 465 470 475 480 Asn Thr Lys Asn Asp Asn Lys Val Gly Gly Lys Lys Glu Thr Lys Lys 485 490 495 Gln Gly Lys His Lys Ile Glu Ala Ile Ile Glu Ser Lys Ile Lys Asp 500 505 510 Ile Tyr Ala Leu Tyr Asp Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Ser Glu 515 520 525 Asp Glu Leu Lys Glu Tyr Leu Lys Gly Lys Asp Ile Lys Ile Val His 530 535 540 Leu Pro Lys Gln Met Ile Ala Ile Leu Lys Asn Glu His Lys Asp Met 545 550 555 560 Ala Glu Lys Ala Glu Ala Lys Gln Glu Lys Met Lys Leu Ala Thr Glu 565 570 575 Asn Arg Leu Lys Thr Leu Asp Lys Gln Leu Lys Gly Lys Ile Gln Asn 580 585 590 Gly Lys Arg Tyr Asn Ser Ala Pro Lys Ser Gly Glu Ile Ala Ser Trp 595 600 605 Leu Val Asn Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Glu Asn 610 615 620 Gly Glu Ser Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Leu 625 630 635 640 Leu Gln Arg Thr Leu Ala Phe Phe Gly Ser Glu His Glu Arg Leu Ala 645 650 655 Pro Tyr Phe Lys Gln Thr Lys Leu Ile Glu Ser Ser Asn Pro His Pro 660 665 670 Phe Leu Asn Asp Thr Glu Trp Glu Lys Cys Ser Asn Ile Leu Ser Phe 675 680 685 Tyr Arg Ser Tyr Leu Lys Ala Arg Lys Asn Phe Leu Glu Ser Leu Lys 690 695 700 Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn Gln Tyr Phe Leu Met Leu Lys Glu Pro 705 710 715 720 Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn 725 730 735 Leu Pro Arg Gly Phe Phe Thr Glu Pro Ile Arg Lys Trp Phe Met Glu 740 745 750 His Trp Lys Ser Ile Lys Val Asp Asp Leu Lys Arg Val Gly Leu Val 755 760 765 Ala Lys Val Thr Pro Leu Phe Phe Ser Glu Lys Tyr Lys Asp Ser Val 770 775 780 Gln Pro Phe Tyr Asn Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asp Val Asn Lys Pro 785 790 795 800 Lys Glu Glu Asp Phe Leu His Arg Glu Glu Arg Ile Glu Leu Trp Asp 805 810 815 Lys Lys Lys Asp Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Lys Lys Phe Lys 820 825 830 Glu Met Thr Asp Lys Glu Lys Glu Glu His Arg Ser Tyr Leu Glu Phe 835 840 845 Gln Ser Trp Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln 850 855 860 Asp Ile Val Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys 865 870 875 880 Ile Asp Glu Leu Asn Ile Lys Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp 885 890 895 Ile Asn Thr Asp Thr Ala Lys Lys Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg 900 905 910 Val Met Pro Met Glu Leu Pro Val Thr Val Tyr Lys Val Asn Lys Gly 915 920 925 Gly Tyr Ile Ile Lys Asn Lys Pro Leu His Thr Ile Tyr Ile Lys Glu 930 935 940 Ala Glu Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys 945 950 955 960 Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Lys Thr Pro Ser Glu 965 970 975 Ala Glu Ser Glu Ser Asn Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 980 985 990 Leu Gly Lys Tyr Gln Asn Ala Arg Leu Asp Ile Ile Glu Asp Met Leu 995 1000 1005 Ala Leu Glu Lys Lys Leu Ile Asp Lys Tyr Asn Ser Leu Asp Thr 1010 1015 1020 Asp Asn Phe His Asn Met Leu Thr Gly Trp Leu Glu Leu Lys Gly 1025 1030 1035 Glu Ala Lys Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Thr 1040 1045 1050 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1055 1060 1065 Glu Asn Leu Phe Gly Asn Ile Glu Arg Phe Ser Leu Ser Ser Ser 1070 1075 1080 Asn Ile Ile Glu Ser Lys Gly Leu Asp Ile Ala Ala Lys Leu Lys 1085 1090 1095 Glu Glu Val Ser Lys Ala Ala Lys Lys Ile Gln Asn Glu Glu Asp 1100 1105 1110 Asn Lys Lys Glu Lys Glu Thr 1115 1120 <210> 610 <211> 1199 <212> PRT <213> Capnocytophaga canimorsus <400> 610 Met Lys Asn Ile Gln Arg Leu Gly Lys Gly Asn Glu Phe Ser Pro Phe 1 5 10 15 Lys Lys Glu Asp Lys Phe Tyr Phe Gly Gly Phe Leu Asn Leu Ala Asn 20 25 30 Asn Asn Ile Glu Asp Phe Phe Lys Glu Ile Ile Thr Arg Phe Gly Ile 35 40 45 Val Ile Thr Asp Glu Asn Lys Lys Pro Lys Glu Thr Phe Gly Glu Lys 50 55 60 Ile Leu Asn Glu Ile Phe Lys Lys Asp Ile Ser Ile Val Asp Tyr Glu 65 70 75 80 Lys Trp Val Asn Ile Phe Ala Asp Tyr Phe Pro Phe Thr Lys Tyr Leu 85 90 95 Ser Leu Tyr Leu Glu Glu Met Gln Phe Lys Asn Arg Val Ile Cys Phe 100 105 110 Arg Asp Val Met Lys Glu Leu Leu Lys Thr Val Glu Ala Leu Arg Asn 115 120 125 Phe Tyr Thr His Tyr Asp His Glu Pro Ile Lys Ile Glu Asp Arg Val 130 135 140 Phe Tyr Phe Leu Asp Lys Val Leu Leu Asp Val Ser Leu Thr Val Lys 145 150 155 160 Asn Lys Tyr Leu Lys Thr Asp Lys Thr Lys Glu Phe Leu Asn Gln His 165 170 175 Ile Gly Glu Glu Leu Lys Glu Leu Cys Lys Gln Arg Lys Asp Tyr Leu 180 185 190 Val Gly Lys Gly Lys Arg Ile Asp Lys Glu Ser Glu Ile Ile Asn Gly 195 200 205 Ile Tyr Asn Asn Ala Phe Lys Asp Phe Ile Cys Lys Arg Glu Lys Gln 210 215 220 Asp Asp Lys Glu Asn His Asn Ser Val Glu Lys Ile Leu Cys Asn Lys 225 230 235 240 Glu Pro Gln Asn Lys Lys Gln Lys Ser Ser Ala Thr Val Trp Glu Leu 245 250 255 Cys Ser Lys Ser Ser Ser Lys Tyr Thr Glu Lys Ser Phe Pro Asn Arg 260 265 270 Glu Asn Asp Lys His Cys Leu Glu Val Pro Ile Ser Gln Lys Gly Ile 275 280 285 Val Phe Leu Leu Ser Phe Phe Leu Asn Lys Gly Glu Ile Tyr Ala Leu 290 295 300 Thr Ser Asn Ile Lys Gly Phe Lys Ala Lys Ile Thr Lys Glu Glu Pro 305 310 315 320 Val Thr Tyr Asp Lys Asn Ser Ile Arg Tyr Met Ala Thr His Arg Met 325 330 335 Phe Ser Phe Leu Ala Tyr Lys Gly Leu Lys Arg Lys Ile Arg Thr Ser 340 345 350 Glu Ile Asn Tyr Asn Glu Asp Gly Gln Ala Ser Ser Thr Tyr Glu Lys 355 360 365 Glu Thr Leu Met Leu Gln Met Leu Asp Glu Leu Asn Lys Val Pro Asp 370 375 380 Val Val Tyr Gln Asn Leu Ser Glu Asp Val Gln Lys Thr Phe Ile Glu 385 390 395 400 Asp Trp Asn Glu Tyr Leu Lys Glu Asn Asn Gly Asp Val Gly Thr Met 405 410 415 Glu Glu Glu Gln Val Ile His Pro Val Ile Arg Lys Arg Tyr Glu Asp 420 425 430 Lys Phe Asn Tyr Phe Ala Ile Arg Phe Leu Asp Glu Phe Ala Gln Phe 435 440 445 Pro Thr Leu Arg Phe Gln Val His Leu Gly Asn Tyr Leu Cys Asp Lys 450 455 460 Arg Thr Lys Gln Ile Cys Asp Thr Thr Thr Glu Arg Glu Val Lys Lys 465 470 475 480 Lys Ile Thr Val Phe Gly Arg Leu Ser Glu Leu Glu Asn Lys Lys Ala 485 490 495 Ile Phe Leu Asn Glu Arg Glu Glu Ile Lys Gly Trp Glu Val Phe Pro 500 505 510 Asn Pro Ser Tyr Asp Phe Pro Lys Glu Asn Ile Ser Val Asn Tyr Lys 515 520 525 Asp Phe Pro Ile Val Gly Ser Ile Leu Asp Arg Glu Lys Gln Pro Val 530 535 540 Ser Asn Lys Ile Gly Ile Arg Val Lys Ile Ala Asp Glu Leu Gln Arg 545 550 555 560 Glu Ile Asp Lys Ala Ile Lys Glu Lys Lys Leu Arg Asn Pro Lys Asn 565 570 575 Arg Lys Ala Asn Gln Asp Glu Lys Gln Lys Glu Arg Leu Val Asn Glu 580 585 590 Ile Val Ser Thr Asn Ser Asn Glu Gln Gly Glu Pro Val Val Phe Ile 595 600 605 Gly Gln Pro Thr Ala Tyr Leu Ser Met Asn Asp Ile His Ser Val Leu 610 615 620 Tyr Glu Phe Leu Ile Asn Lys Ile Ser Gly Glu Ala Leu Glu Thr Lys 625 630 635 640 Ile Val Glu Lys Ile Glu Thr Gln Ile Lys Gln Ile Ile Gly Lys Asp 645 650 655 Ala Thr Thr Lys Ile Leu Lys Pro Tyr Thr Asn Ala Asn Ser Asn Ser 660 665 670 Ile Asn Arg Glu Lys Leu Leu Arg Asp Leu Glu Gln Glu Gln Gln Ile 675 680 685 Leu Lys Thr Leu Leu Glu Glu Gln Gln Gln Arg Glu Lys Asp Lys Lys 690 695 700 Asp Lys Lys Ser Lys Arg Lys His Glu Leu Tyr Pro Ser Glu Lys Gly 705 710 715 720 Lys Val Ala Val Trp Leu Ala Asn Asp Ile Lys Arg Phe Met Pro Lys 725 730 735 Ala Phe Lys Glu Gln Trp Arg Gly Tyr His His Ser Leu Leu Gln Lys 740 745 750 Tyr Leu Ala Tyr Tyr Glu Gln Ser Lys Glu Glu Leu Lys Asn Leu Leu 755 760 765 Pro Lys Glu Val Phe Lys His Phe Pro Phe Lys Leu Lys Gly Tyr Phe 770 775 780 Gln Gln Gln Tyr Leu Asn Gln Phe Tyr Thr Asp Tyr Leu Lys Arg Arg 785 790 795 800 Leu Ser Tyr Val Asn Glu Leu Leu Leu Asn Ile Gln Asn Phe Lys Asn 805 810 815 Asp Lys Asp Ala Leu Lys Ala Thr Glu Lys Glu Cys Phe Lys Phe Phe 820 825 830 Arg Lys Gln Asn Tyr Ile Ile Asn Pro Ile Asn Ile Gln Ile Gln Ser 835 840 845 Ile Leu Val Tyr Pro Ile Phe Leu Lys Arg Gly Phe Leu Asp Glu Lys 850 855 860 Pro Thr Met Ile Asp Arg Glu Lys Phe Lys Glu Asn Lys Asp Thr Glu 865 870 875 880 Leu Ala Asp Trp Phe Met His Tyr Lys Asn Tyr Lys Glu Asp Asn Tyr 885 890 895 Gln Lys Phe Tyr Ala Tyr Pro Leu Glu Lys Val Glu Glu Lys Glu Lys 900 905 910 Phe Lys Arg Asn Lys Gln Ile Asn Lys Gln Lys Lys Asn Asp Val Tyr 915 920 925 Thr Leu Met Met Val Glu Tyr Ile Ile Gln Lys Ile Phe Gly Asp Lys 930 935 940 Phe Val Glu Glu Asn Pro Leu Val Leu Lys Gly Ile Phe Gln Ser Lys 945 950 955 960 Ala Glu Arg Gln Gln Asn Asn Thr His Ala Ala Thr Thr Gln Glu Arg 965 970 975 Asn Leu Asn Gly Ile Leu Asn Gln Pro Lys Asp Ile Lys Ile Gln Gly 980 985 990 Lys Ile Thr Val Lys Gly Val Lys Leu Lys Asp Ile Gly Asn Phe Arg 995 1000 1005 Lys Tyr Glu Ile Asp Gln Arg Val Asn Thr Phe Leu Asp Tyr Glu 1010 1015 1020 Pro Arg Lys Glu Trp Met Ala Tyr Leu Pro Asn Asp Trp Lys Glu 1025 1030 1035 Lys Glu Lys Gln Gly Gln Leu Pro Pro Asn Asn Val Ile Asp Arg 1040 1045 1050 Gln Ile Ser Lys Tyr Glu Thr Val Arg Ser Lys Ile Leu Leu Lys 1055 1060 1065 Asp Val Gln Glu Leu Glu Lys Ile Ile Ser Asp Glu Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Glu His Arg His Asp Leu Lys Gln Gly Lys Tyr Tyr Asn Phe Lys 1085 1090 1095 Tyr Tyr Ile Leu Asn Gly Leu Leu Arg Gln Leu Lys Asn Glu Asn 1100 1105 1110 Val Glu Asn Tyr Lys Val Phe Lys Leu Asn Thr Asn Pro Glu Lys 1115 1120 1125 Val Asn Ile Thr Gln Leu Lys Gln Glu Ala Thr Asp Leu Glu Gln 1130 1135 1140 Lys Ala Phe Val Leu Thr Tyr Ile Arg Asn Lys Phe Ala His Asn 1145 1150 1155 Gln Leu Pro Lys Lys Glu Phe Trp Asp Tyr Cys Gln Glu Lys Tyr 1160 1165 1170 Gly Lys Ile Glu Lys Glu Lys Thr Tyr Ala Glu Tyr Phe Ala Glu 1175 1180 1185 Val Phe Lys Arg Glu Lys Glu Ala Leu Ile Lys 1190 1195 <210> 611 <211> 1175 <212> PRT <213> Porphyromonas gulae <400> 611 Met Thr Glu Gln Ser Glu Arg Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Thr His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Gln Asp Val Leu Ser Phe Lys Ala Leu Trp 50 55 60 Lys Asn Phe Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ser Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Lys Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Asn Lys Glu 100 105 110 Leu Thr Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Ser Gly Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Ile Asp His Glu His Asn Asp Glu Val 180 185 190 Asp Pro His Tyr His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Arg Tyr Gly His Asn Asp Asn Pro Ser Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Gly Glu Gly Met Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Thr Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Met Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Pro Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Asp Asp Arg Ala Cys Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Pro Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Gly 325 330 335 Gly Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Met Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Ser Gln Thr Ser Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Met Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Thr Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Arg Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Ile Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Met Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Ile Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Ala Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Arg Ala Arg Lys Ala Phe Leu Glu Arg Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn Arg Pro Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly His Asp Glu Val Ala Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Cys Glu Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Ser Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Glu Arg Ala Glu Glu Trp Glu Arg Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Asp Leu Glu Ala Trp Ser Tyr Ser Ala Ala Arg 835 840 845 Arg Ile Glu Asp Ala Phe Ala Gly Ile Glu Tyr Ala Ser Pro Gly Asn 850 855 860 Lys Lys Lys Ile Glu Gln Leu Leu Arg Asp Leu Ser Leu Trp Glu Ala 865 870 875 880 Phe Glu Ser Lys Leu Lys Val Arg Ala Asp Arg Ile Asn Leu Ala Lys 885 890 895 Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala Gln Glu His Pro Tyr His Asp Phe 900 905 910 Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln 915 920 925 Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys 930 935 940 Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Pro 945 950 955 960 Asn Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro 965 970 975 Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val 980 985 990 His Lys Glu Glu Ala Pro Leu Ala Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp 995 1000 1005 Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp 1010 1015 1020 Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Gly Gly Leu 1025 1030 1035 Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu Arg Val Glu Tyr Glu 1040 1045 1050 Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Val Phe Glu Leu Thr 1055 1060 1065 Leu Arg Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr Pro His Leu Pro 1070 1075 1080 Asp Glu Ser Phe Arg Glu Met Leu Glu Ser Trp Ser Asp Pro Leu 1085 1090 1095 Leu Ala Lys Trp Pro Glu Leu His Gly Lys Val Arg Leu Leu Ile 1100 1105 1110 Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Tyr Asp 1115 1120 1125 Glu Ala Val Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp Pro Ser Ser Pro 1130 1135 1140 Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile Ala His Arg Leu 1145 1150 1155 Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Thr Val Glu Arg Ile Ile 1160 1165 1170 Gln Ala 1175 <210> 612 <211> 1090 <212> PRT <213> Prevotella sp. <400> 612 Met Asn Ile Pro Ala Leu Val Glu Asn Gln Lys Lys Tyr Phe Gly Thr 1 5 10 15 Tyr Ser Val Met Ala Met Leu Asn Ala Gln Thr Val Leu Asp His Ile 20 25 30 Gln Lys Val Ala Asp Ile Glu Gly Glu Gln Asn Glu Asn Asn Glu Asn 35 40 45 Leu Trp Phe His Pro Val Met Ser His Leu Tyr Asn Ala Lys Asn Gly 50 55 60 Tyr Asp Lys Gln Pro Glu Lys Thr Met Phe Ile Ile Glu Arg Leu Gln 65 70 75 80 Ser Tyr Phe Pro Phe Leu Lys Ile Met Ala Glu Asn Gln Arg Glu Tyr 85 90 95 Ser Asn Gly Lys Tyr Lys Gln Asn Arg Val Glu Val Asn Ser Asn Asp 100 105 110 Ile Phe Glu Val Leu Lys Arg Ala Phe Gly Val Leu Lys Met Tyr Arg 115 120 125 Asp Leu Thr Asn His Tyr Lys Thr Tyr Glu Glu Lys Leu Asn Asp Gly 130 135 140 Cys Glu Phe Leu Thr Ser Thr Glu Gln Pro Leu Ser Gly Met Ile Asn 145 150 155 160 Asn Tyr Tyr Thr Val Ala Leu Arg Asn Met Asn Glu Arg Tyr Gly Tyr 165 170 175 Lys Thr Glu Asp Leu Ala Phe Ile Gln Asp Lys Arg Phe Lys Phe Val 180 185 190 Lys Asp Ala Tyr Gly Lys Lys Lys Ser Gln Val Asn Thr Gly Phe Phe 195 200 205 Leu Ser Leu Gln Asp Tyr Asn Gly Asp Thr Gln Lys Lys Leu His Leu 210 215 220 Ser Gly Val Gly Ile Ala Leu Leu Ile Cys Leu Phe Leu Asp Lys Gln 225 230 235 240 Tyr Ile Asn Ile Phe Leu Ser Arg Leu Pro Ile Phe Ser Ser Tyr Asn 245 250 255 Ala Gln Ser Glu Glu Arg Arg Ile Ile Ile Arg Ser Phe Gly Ile Asn 260 265 270 Ser Ile Lys Leu Pro Lys Asp Arg Ile His Ser Glu Lys Ser Asn Lys 275 280 285 Ser Val Ala Met Asp Met Leu Asn Glu Val Lys Arg Cys Pro Asp Glu 290 295 300 Leu Phe Thr Thr Leu Ser Ala Glu Lys Gln Ser Arg Phe Arg Ile Ile 305 310 315 320 Ser Asp Asp His Asn Glu Val Leu Met Lys Arg Ser Ser Asp Arg Phe 325 330 335 Val Pro Leu Leu Leu Gln Tyr Ile Asp Tyr Gly Lys Leu Phe Asp His 340 345 350 Ile Arg Phe His Val Asn Met Gly Lys Leu Arg Tyr Leu Leu Lys Ala 355 360 365 Asp Lys Thr Cys Ile Asp Gly Gln Thr Arg Val Arg Val Ile Glu Gln 370 375 380 Pro Leu Asn Gly Phe Gly Arg Leu Glu Glu Ala Glu Thr Met Arg Lys 385 390 395 400 Gln Glu Asn Gly Thr Phe Gly Asn Ser Gly Ile Arg Ile Arg Asp Phe 405 410 415 Glu Asn Met Lys Arg Asp Asp Ala Asn Pro Ala Asn Tyr Pro Tyr Ile 420 425 430 Val Asp Thr Tyr Thr His Tyr Ile Leu Glu Asn Asn Lys Val Glu Met 435 440 445 Phe Ile Asn Asp Lys Glu Asp Ser Ala Pro Leu Leu Pro Val Ile Glu 450 455 460 Asp Asp Arg Tyr Val Val Lys Thr Ile Pro Ser Cys Arg Met Ser Thr 465 470 475 480 Leu Glu Ile Pro Ala Met Ala Phe His Met Phe Leu Phe Gly Ser Lys 485 490 495 Lys Thr Glu Lys Leu Ile Val Asp Val His Asn Arg Tyr Lys Arg Leu 500 505 510 Phe Gln Ala Met Gln Lys Glu Glu Val Thr Ala Glu Asn Ile Ala Ser 515 520 525 Phe Gly Ile Ala Glu Ser Asp Leu Pro Gln Lys Ile Leu Asp Leu Ile 530 535 540 Ser Gly Asn Ala His Gly Lys Asp Val Asp Ala Phe Ile Arg Leu Thr 545 550 555 560 Val Asp Asp Met Leu Thr Asp Thr Glu Arg Arg Ile Lys Arg Phe Lys 565 570 575 Asp Asp Arg Lys Ser Ile Arg Ser Ala Asp Asn Lys Met Gly Lys Arg 580 585 590 Gly Phe Lys Gln Ile Ser Thr Gly Lys Leu Ala Asp Phe Leu Ala Lys 595 600 605 Asp Ile Val Leu Phe Gln Pro Ser Val Asn Asp Gly Glu Asn Lys Ile 610 615 620 Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Ile Met Gln Ser Ala Ile Ala Val Tyr Asp 625 630 635 640 Ser Gly Asp Asp Tyr Glu Ala Lys Gln Gln Phe Lys Leu Met Phe Glu 645 650 655 Lys Ala Arg Leu Ile Gly Lys Gly Thr Thr Glu Pro His Pro Phe Leu 660 665 670 Tyr Lys Val Phe Ala Arg Ser Ile Pro Ala Asn Ala Val Glu Phe Tyr 675 680 685 Glu Arg Tyr Leu Ile Glu Arg Lys Phe Tyr Leu Thr Gly Leu Ser Asn 690 695 700 Glu Ile Lys Lys Gly Asn Arg Val Asp Val Pro Phe Ile Arg Arg Asp 705 710 715 720 Gln Asn Lys Trp Lys Thr Pro Ala Met Lys Thr Leu Gly Arg Ile Tyr 725 730 735 Ser Glu Asp Leu Pro Val Glu Leu Pro Arg Gln Met Phe Asp Asn Glu 740 745 750 Ile Lys Ser His Leu Lys Ser Leu Pro Gln Met Glu Gly Ile Asp Phe 755 760 765 Asn Asn Ala Asn Val Thr Tyr Leu Ile Ala Glu Tyr Met Lys Arg Val 770 775 780 Leu Asp Asp Asp Phe Gln Thr Phe Tyr Gln Trp Asn Arg Asn Tyr Arg 785 790 795 800 Tyr Met Asp Met Leu Lys Gly Glu Tyr Asp Arg Lys Gly Ser Leu Gln 805 810 815 His Cys Phe Thr Ser Val Glu Glu Arg Glu Gly Leu Trp Lys Glu Arg 820 825 830 Ala Ser Arg Thr Glu Arg Tyr Arg Lys Gln Ala Ser Asn Lys Ile Arg 835 840 845 Ser Asn Arg Gln Met Arg Asn Ala Ser Ser Glu Glu Ile Glu Thr Ile 850 855 860 Leu Asp Lys Arg Leu Ser Asn Ser Arg Asn Glu Tyr Gln Lys Ser Glu 865 870 875 880 Lys Val Ile Arg Arg Tyr Arg Val Gln Asp Ala Leu Leu Phe Leu Leu 885 890 895 Ala Lys Lys Thr Leu Thr Glu Leu Ala Asp Phe Asp Gly Glu Arg Phe 900 905 910 Lys Leu Lys Glu Ile Met Pro Asp Ala Glu Lys Gly Ile Leu Ser Glu 915 920 925 Ile Met Pro Met Ser Phe Thr Phe Glu Lys Gly Gly Lys Lys Tyr Thr 930 935 940 Ile Thr Ser Glu Gly Met Lys Leu Lys Asn Tyr Gly Asp Phe Phe Val 945 950 955 960 Leu Ala Ser Asp Lys Arg Ile Gly Asn Leu Leu Glu Leu Val Gly Ser 965 970 975 Asp Ile Val Ser Lys Glu Asp Ile Met Glu Glu Phe Asn Lys Tyr Asp 980 985 990 Gln Cys Arg Pro Glu Ile Ser Ser Ile Val Phe Asn Leu Glu Lys Trp 995 1000 1005 Ala Phe Asp Thr Tyr Pro Glu Leu Ser Ala Arg Val Asp Arg Glu 1010 1015 1020 Glu Lys Val Asp Phe Lys Ser Ile Leu Lys Ile Leu Leu Asn Asn 1025 1030 1035 Lys Asn Ile Asn Lys Glu Gln Ser Asp Ile Leu Arg Lys Ile Arg 1040 1045 1050 Asn Ala Phe Asp His Asn Asn Tyr Pro Asp Lys Gly Val Val Glu 1055 1060 1065 Ile Lys Ala Leu Pro Glu Ile Ala Met Ser Ile Lys Lys Ala Phe 1070 1075 1080 Gly Glu Tyr Ala Ile Met Lys 1085 1090 <210> 613 <211> 1150 <212> PRT <213> Flavobacterium branchiophilum <400> 613 Met Glu Asn Leu Asn Lys Ile Leu Asp Lys Glu Asn Glu Ile Cys Ile 1 5 10 15 Ser Lys Ile Phe Asn Thr Lys Gly Ile Ala Ala Pro Ile Thr Glu Lys 20 25 30 Ala Leu Asp Asn Ile Lys Ser Lys Gln Lys Asn Asp Leu Asn Lys Glu 35 40 45 Ala Arg Leu His Tyr Phe Ser Ile Gly His Ser Phe Lys Gln Ile Asp 50 55 60 Thr Lys Lys Val Phe Asp Tyr Val Leu Ile Glu Glu Leu Lys Asp Glu 65 70 75 80 Lys Pro Leu Lys Phe Ile Thr Leu Gln Lys Asp Phe Phe Thr Lys Glu 85 90 95 Phe Ser Ile Lys Leu Gln Lys Leu Ile Asn Ser Ile Arg Asn Ile Asn 100 105 110 Asn His Tyr Val His Asn Phe Asn Asp Ile Asn Leu Asn Lys Ile Asp 115 120 125 Ser Asn Val Phe His Phe Leu Lys Glu Ser Phe Glu Leu Ala Ile Ile 130 135 140 Glu Lys Tyr Tyr Lys Val Asn Lys Lys Tyr Pro Leu Asp Asn Glu Ile 145 150 155 160 Val Leu Phe Leu Lys Glu Leu Phe Ile Lys Asp Glu Asn Thr Ala Leu 165 170 175 Leu Asn Tyr Phe Thr Asn Leu Ser Lys Asp Glu Ala Ile Glu Tyr Ile 180 185 190 Leu Thr Phe Thr Ile Thr Glu Asn Lys Ile Trp Asn Ile Asn Asn Glu 195 200 205 His Asn Ile Leu Asn Ile Glu Lys Gly Lys Tyr Leu Thr Phe Glu Ala 210 215 220 Met Leu Phe Leu Ile Thr Ile Phe Leu Tyr Lys Asn Glu Ala Asn His 225 230 235 240 Leu Leu Pro Lys Leu Tyr Asp Phe Lys Asn Asn Lys Ser Lys Gln Glu 245 250 255 Leu Phe Thr Phe Phe Ser Lys Lys Phe Thr Ser Gln Asp Ile Asp Ala 260 265 270 Glu Glu Gly His Leu Ile Lys Phe Arg Asp Met Ile Gln Tyr Leu Asn 275 280 285 His Tyr Pro Thr Ala Trp Asn Asn Asp Leu Lys Leu Glu Ser Glu Asn 290 295 300 Lys Asn Lys Ile Met Thr Thr Lys Leu Ile Asp Ser Ile Ile Glu Phe 305 310 315 320 Glu Leu Asn Ser Asn Tyr Pro Ser Phe Ala Thr Asp Ile Gln Phe Lys 325 330 335 Lys Glu Ala Lys Ala Phe Leu Phe Ala Ser Asn Lys Lys Arg Asn Gln 340 345 350 Thr Ser Phe Ser Asn Lys Ser Tyr Asn Glu Glu Ile Arg His Asn Pro 355 360 365 His Ile Lys Gln Tyr Arg Asp Glu Ile Ala Ser Ala Leu Thr Pro Ile 370 375 380 Ser Phe Asn Val Lys Glu Asp Lys Phe Lys Ile Phe Val Lys Lys His 385 390 395 400 Val Leu Glu Glu Tyr Phe Pro Asn Ser Ile Gly Tyr Glu Lys Phe Leu 405 410 415 Glu Tyr Asn Asp Phe Thr Glu Lys Glu Lys Glu Asp Phe Gly Leu Lys 420 425 430 Leu Tyr Ser Asn Pro Lys Thr Asn Lys Leu Ile Glu Arg Ile Asp Asn 435 440 445 His Lys Leu Val Lys Ser His Gly Arg Asn Gln Asp Arg Phe Met Asp 450 455 460 Phe Ser Met Arg Phe Leu Ala Glu Asn Asn Tyr Phe Gly Lys Asp Ala 465 470 475 480 Phe Phe Lys Cys Tyr Lys Phe Tyr Asp Thr Gln Glu Gln Asp Glu Phe 485 490 495 Leu Gln Ser Asn Glu Asn Asn Asp Asp Val Lys Phe His Lys Gly Lys 500 505 510 Val Thr Thr Tyr Ile Lys Tyr Glu Glu His Leu Lys Asn Tyr Ser Tyr 515 520 525 Trp Asp Cys Pro Phe Val Glu Glu Asn Asn Ser Met Ser Val Lys Ile 530 535 540 Ser Ile Gly Ser Glu Glu Lys Ile Leu Lys Ile Gln Arg Asn Leu Met 545 550 555 560 Ile Tyr Phe Leu Glu Asn Ala Leu Tyr Asn Glu Asn Val Glu Asn Gln 565 570 575 Gly Tyr Lys Leu Val Asn Asn Tyr Tyr Arg Glu Leu Lys Lys Asp Val 580 585 590 Glu Glu Ser Ile Ala Ser Leu Asp Leu Ile Lys Ser Asn Pro Asp Phe 595 600 605 Lys Ser Lys Tyr Lys Lys Ile Leu Pro Lys Arg Leu Leu His Asn Tyr 610 615 620 Ala Pro Ala Lys Gln Asp Lys Ala Pro Glu Asn Ala Phe Glu Thr Leu 625 630 635 640 Leu Lys Lys Ala Asp Phe Arg Glu Glu Gln Tyr Lys Lys Leu Leu Lys 645 650 655 Lys Ala Glu His Glu Lys Asn Lys Glu Asp Phe Val Lys Arg Asn Lys 660 665 670 Gly Lys Gln Phe Lys Leu His Phe Ile Arg Lys Ala Cys Gln Met Met 675 680 685 Tyr Phe Lys Glu Lys Tyr Asn Thr Leu Lys Glu Gly Asn Ala Ala Phe 690 695 700 Glu Lys Lys Asp Pro Val Ile Glu Lys Arg Lys Asn Lys Glu His Glu 705 710 715 720 Phe Gly His His Lys Asn Leu Asn Ile Thr Arg Glu Glu Phe Asn Asp 725 730 735 Tyr Cys Lys Trp Met Phe Ala Phe Asn Gly Asn Asp Ser Tyr Lys Lys 740 745 750 Tyr Leu Arg Asp Leu Phe Ser Glu Lys His Phe Phe Asp Asn Gln Glu 755 760 765 Tyr Lys Asn Leu Phe Glu Ser Ser Val Asn Leu Glu Ala Phe Tyr Ala 770 775 780 Lys Thr Lys Glu Leu Phe Lys Lys Trp Ile Glu Thr Asn Lys Pro Thr 785 790 795 800 Asn Asn Glu Asn Arg Tyr Thr Leu Glu Asn Tyr Lys Asn Leu Ile Leu 805 810 815 Gln Lys Gln Val Phe Ile Asn Val Tyr His Phe Ser Lys Tyr Leu Ile 820 825 830 Asp Lys Asn Leu Leu Asn Ser Glu Asn Asn Val Ile Gln Tyr Lys Ser 835 840 845 Leu Glu Asn Val Glu Tyr Leu Ile Ser Asp Phe Tyr Phe Gln Ser Lys 850 855 860 Leu Ser Ile Asp Gln Tyr Lys Thr Cys Gly Lys Leu Phe Asn Lys Leu 865 870 875 880 Lys Ser Asn Lys Leu Glu Asp Cys Leu Leu Tyr Glu Ile Ala Tyr Asn 885 890 895 Tyr Ile Asp Lys Lys Asn Val His Lys Ile Asp Ile Gln Lys Ile Leu 900 905 910 Thr Ser Lys Ile Ile Leu Thr Ile Asn Asp Ala Asn Thr Pro Tyr Lys 915 920 925 Ile Ser Val Pro Phe Asn Lys Leu Glu Arg Tyr Thr Glu Met Ile Ala 930 935 940 Ile Lys Asn Gln Asn Asn Leu Lys Ala Arg Phe Leu Ile Asp Leu Pro 945 950 955 960 Leu Tyr Leu Ser Lys Asn Lys Ile Lys Lys Gly Lys Asp Ser Ala Gly 965 970 975 Tyr Glu Ile Ile Ile Lys Asn Asp Leu Glu Ile Glu Asp Ile Asn Thr 980 985 990 Ile Asn Asn Lys Ile Ile Asn Asp Ser Val Lys Phe Thr Glu Val Leu 995 1000 1005 Met Glu Leu Glu Lys Tyr Phe Ile Leu Lys Asp Lys Cys Ile Leu 1010 1015 1020 Ser Lys Asn Tyr Ile Asp Asn Ser Glu Ile Pro Ser Leu Lys Gln 1025 1030 1035 Phe Ser Lys Val Trp Ile Lys Glu Asn Glu Asn Glu Ile Ile Asn 1040 1045 1050 Tyr Arg Asn Ile Ala Cys His Phe His Leu Pro Leu Leu Glu Thr 1055 1060 1065 Phe Asp Asn Leu Leu Leu Asn Val Glu Gln Lys Phe Ile Lys Glu 1070 1075 1080 Glu Leu Gln Asn Val Ser Thr Ile Asn Asp Leu Ser Lys Pro Gln 1085 1090 1095 Glu Tyr Leu Ile Leu Leu Phe Ile Lys Phe Lys His Asn Asn Phe 1100 1105 1110 Tyr Leu Asn Leu Phe Asn Lys Asn Glu Ser Lys Thr Ile Lys Asn 1115 1120 1125 Asp Lys Glu Val Lys Lys Asn Arg Val Leu Gln Lys Phe Ile Asn 1130 1135 1140 Gln Val Ile Leu Lys Lys Lys 1145 1150 <210> 614 <211> 1119 <212> PRT <213> Porphyromonas gingivalis <400> 614 Met Thr Glu Gln Asn Glu Lys Pro Tyr Asn Gly Thr Tyr Tyr Thr Leu 1 5 10 15 Glu Asp Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn 20 25 30 Ala Tyr Ile Thr Leu Ala His Ile Asp Arg Gln Leu Ala Tyr Ser Lys 35 40 45 Ala Asp Ile Thr Asn Asp Glu Asp Ile Leu Phe Phe Lys Gly Gln Trp 50 55 60 Lys Asn Leu Asp Asn Asp Leu Glu Arg Lys Ala Arg Leu Arg Ser Leu 65 70 75 80 Ile Leu Lys His Phe Ser Phe Leu Glu Gly Ala Ala Tyr Gly Lys Lys 85 90 95 Leu Phe Glu Ser Gln Ser Ser Gly Asn Lys Ser Ser Lys Lys Lys Glu 100 105 110 Leu Ser Lys Lys Glu Lys Glu Glu Leu Gln Ala Asn Ala Leu Ser Leu 115 120 125 Asp Asn Leu Lys Ser Ile Leu Phe Asp Phe Leu Gln Lys Leu Lys Asp 130 135 140 Phe Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Arg His Pro Glu Ser Ser Glu Leu 145 150 155 160 Pro Leu Phe Asp Gly Asn Met Leu Gln Arg Leu Tyr Asn Val Phe Asp 165 170 175 Val Ser Val Gln Arg Val Lys Arg Asp His Glu His Asn Asp Lys Val 180 185 190 Asp Pro His Arg His Phe Asn His Leu Val Arg Lys Gly Lys Lys Asp 195 200 205 Lys Tyr Gly Asn Asn Asp Asn Pro Phe Phe Lys His His Phe Val Asp 210 215 220 Arg Glu Gly Thr Val Thr Glu Ala Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu 225 230 235 240 Phe Leu Glu Lys Arg Asp Ala Ile Trp Met Gln Lys Lys Ile Arg Gly 245 250 255 Phe Lys Gly Gly Thr Glu Ala Tyr Gln Gln Met Thr Asn Glu Val Phe 260 265 270 Cys Arg Ser Arg Ile Ser Leu Pro Lys Leu Lys Leu Glu Ser Leu Arg 275 280 285 Thr Asp Asp Trp Met Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Val Arg Cys 290 295 300 Pro Lys Ser Leu Tyr Asp Arg Leu Arg Glu Glu Asp Arg Ala Arg Phe 305 310 315 320 Arg Val Pro Val Asp Ile Leu Ser Asp Glu Asp Asp Thr Asp Gly Thr 325 330 335 Glu Glu Asp Pro Phe Lys Asn Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe 340 345 350 Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr Phe Asp Leu Lys Lys Val Phe Thr Ser 355 360 365 Leu Arg Phe His Ile Asp Leu Gly Thr Tyr His Phe Ala Ile Tyr Lys 370 375 380 Lys Asn Ile Gly Glu Gln Pro Glu Asp Arg His Leu Thr Arg Asn Leu 385 390 395 400 Tyr Gly Phe Gly Arg Ile Gln Asp Phe Ala Glu Glu His Arg Pro Glu 405 410 415 Glu Trp Lys Arg Leu Val Arg Asp Leu Asp Tyr Phe Glu Thr Gly Asp 420 425 430 Lys Pro Tyr Ile Thr Gln Thr Thr Pro His Tyr His Ile Glu Lys Gly 435 440 445 Lys Ile Gly Leu Arg Phe Val Pro Glu Gly Gln His Leu Trp Pro Ser 450 455 460 Pro Glu Val Gly Ala Thr Arg Thr Gly Arg Ser Lys Tyr Ala Gln Asp 465 470 475 480 Lys Arg Leu Thr Ala Glu Ala Phe Leu Ser Val His Glu Leu Met Pro 485 490 495 Met Met Phe Tyr Tyr Phe Leu Leu Arg Glu Lys Tyr Ser Glu Glu Val 500 505 510 Ser Ala Glu Lys Val Gln Gly Arg Ile Lys Arg Val Ile Glu Asp Val 515 520 525 Tyr Ala Val Tyr Asp Ala Phe Ala Arg Asp Glu Ile Asn Thr Arg Asp 530 535 540 Glu Leu Asp Ala Cys Leu Ala Asp Lys Gly Ile Arg Arg Gly His Leu 545 550 555 560 Pro Arg Gln Met Ile Ala Ile Leu Ser Gln Glu His Lys Asp Met Glu 565 570 575 Glu Lys Val Arg Lys Lys Leu Gln Glu Met Ile Ala Asp Thr Asp His 580 585 590 Arg Leu Asp Met Leu Asp Arg Gln Thr Asp Arg Lys Ile Arg Ile Gly 595 600 605 Arg Lys Asn Ala Gly Leu Pro Lys Ser Gly Val Val Ala Asp Trp Leu 610 615 620 Val Arg Asp Met Met Arg Phe Gln Pro Val Ala Lys Asp Thr Ser Gly 625 630 635 640 Lys Pro Leu Asn Asn Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Arg Met Leu 645 650 655 Gln Arg Ala Leu Ala Leu Phe Gly Gly Glu Lys Glu Arg Leu Thr Pro 660 665 670 Tyr Phe Arg Gln Met Asn Leu Thr Gly Gly Asn Asn Pro His Pro Phe 675 680 685 Leu His Glu Thr Arg Trp Glu Ser His Thr Asn Ile Leu Ser Phe Tyr 690 695 700 Arg Ser Tyr Leu Glu Ala Arg Lys Ala Phe Leu Gln Ser Ile Gly Arg 705 710 715 720 Ser Asp Arg Val Glu Asn His Arg Phe Leu Leu Leu Lys Glu Pro Lys 725 730 735 Thr Asp Arg Gln Thr Leu Val Ala Gly Trp Lys Gly Glu Phe His Leu 740 745 750 Pro Arg Gly Ile Phe Thr Glu Ala Val Arg Asp Cys Leu Ile Glu Met 755 760 765 Gly Tyr Asp Glu Val Gly Ser Tyr Lys Glu Val Gly Phe Met Ala Lys 770 775 780 Ala Val Pro Leu Tyr Phe Glu Arg Ala Ser Lys Asp Arg Val Gln Pro 785 790 795 800 Phe Tyr Asp Tyr Pro Phe Asn Val Gly Asn Ser Leu Lys Pro Lys Lys 805 810 815 Gly Arg Phe Leu Ser Lys Glu Lys Arg Ala Glu Glu Trp Glu Ser Gly 820 825 830 Lys Glu Arg Phe Arg Leu Ala Lys Leu Lys Lys Glu Ile Leu Glu Ala 835 840 845 Lys Glu His Pro Tyr His Asp Phe Lys Ser Trp Gln Lys Phe Glu Arg 850 855 860 Glu Leu Arg Leu Val Lys Asn Gln Asp Ile Ile Thr Trp Met Met Cys 865 870 875 880 Arg Asp Leu Met Glu Glu Asn Lys Val Glu Gly Leu Asp Thr Gly Thr 885 890 895 Leu Tyr Leu Lys Asp Ile Arg Thr Asp Val Gln Glu Gln Gly Ser Leu 900 905 910 Asn Val Leu Asn Arg Val Lys Pro Met Arg Leu Pro Val Val Val Tyr 915 920 925 Arg Ala Asp Ser Arg Gly His Val His Lys Glu Gln Ala Pro Leu Ala 930 935 940 Thr Val Tyr Ile Glu Glu Arg Asp Thr Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn 945 950 955 960 Phe Lys Ser Phe Val Lys Asp Arg Arg Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe 965 970 975 Val Asp Thr Gly Ala Leu Ala Met Glu Gln Tyr Pro Ile Ser Lys Leu 980 985 990 Arg Val Glu Tyr Glu Leu Ala Lys Tyr Gln Thr Ala Arg Val Cys Ala 995 1000 1005 Phe Glu Gln Thr Leu Glu Leu Glu Glu Ser Leu Leu Thr Arg Tyr 1010 1015 1020 Pro His Leu Pro Asp Lys Asn Phe Arg Lys Met Leu Glu Ser Trp 1025 1030 1035 Ser Asp Pro Leu Leu Asp Lys Trp Pro Asp Leu His Gly Asn Val 1040 1045 1050 Arg Leu Leu Ile Ala Val Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr 1055 1060 1065 Pro Met Tyr Asp Glu Thr Leu Phe Ser Ser Ile Arg Lys Tyr Asp 1070 1075 1080 Pro Ser Ser Pro Asp Ala Ile Glu Glu Arg Met Gly Leu Asn Ile 1085 1090 1095 Ala His Arg Leu Ser Glu Glu Val Lys Gln Ala Lys Glu Met Val 1100 1105 1110 Glu Arg Ile Ile Gln Ala 1115 <210> 615 <211> 1132 <212> PRT <213> Prevotella intermedia <400> 615 Met Glu Asp Asp Lys Lys Thr Lys Glu Ser Thr Asn Met Leu Asp Asn 1 5 10 15 Lys His Phe Trp Ala Ala Phe Leu Asn Leu Ala Arg His Asn Val Tyr 20 25 30 Ile Thr Val Asn His Ile Asn Lys Val Leu Glu Leu Lys Asn Lys Lys 35 40 45 Asp Gln Asp Ile Ile Ile Asp Asn Asp Gln Asp Ile Leu Ala Ile Lys 50 55 60 Thr His Trp Glu Lys Val Asn Gly Asp Leu Asn Lys Thr Glu Arg Leu 65 70 75 80 Arg Glu Leu Met Thr Lys His Phe Pro Phe Leu Glu Thr Ala Ile Tyr 85 90 95 Thr Lys Asn Lys Glu Asp Lys Glu Glu Val Lys Gln Glu Lys Gln Ala 100 105 110 Lys Ala Gln Ser Phe Asp Ser Leu Lys His Cys Leu Phe Leu Phe Leu 115 120 125 Glu Lys Leu Gln Glu Ala Arg Asn Tyr Tyr Ser His Tyr Lys Tyr Ser 130 135 140 Glu Ser Thr Lys Glu Pro Met Leu Glu Lys Glu Leu Leu Lys Lys Met 145 150 155 160 Tyr Asn Ile Phe Asp Asp Asn Ile Gln Leu Val Ile Lys Asp Tyr Gln 165 170 175 His Asn Lys Asp Ile Asn Pro Asp Glu Asp Phe Lys His Leu Asp Arg 180 185 190 Thr Glu Glu Glu Phe Asn Tyr Tyr Phe Thr Thr Asn Lys Lys Gly Asn 195 200 205 Ile Thr Ala Ser Gly Leu Leu Phe Phe Val Ser Leu Phe Leu Glu Lys 210 215 220 Lys Asp Ala Ile Trp Met Gln Gln Lys Leu Arg Gly Phe Lys Asp Asn 225 230 235 240 Arg Glu Ser Lys Lys Lys Met Thr His Glu Val Phe Cys Arg Ser Arg 245 250 255 Met Leu Leu Pro Lys Leu Arg Leu Glu Ser Thr Gln Thr Gln Asp Trp 260 265 270 Ile Leu Leu Asp Met Leu Asn Glu Leu Ile Arg Cys Pro Lys Ser Leu 275 280 285 Tyr Glu Arg Leu Gln Gly Glu Tyr Arg Lys Lys Phe Asn Val Pro Phe 290 295 300 Asp Ser Ala Asp Glu Asp Tyr Asp Ala Glu Gln Glu Pro Phe Lys Asn 305 310 315 320 Thr Leu Val Arg His Gln Asp Arg Phe Pro Tyr Phe Ala Leu Arg Tyr 325 330 335 Phe Asp Tyr Asn Glu Ile Phe Thr Asn Leu Arg Phe Gln Ile Asp Leu 340 345 350 Gly Thr Tyr His Phe Ser Ile Tyr Lys Lys Leu Ile Gly Gly Gln Lys 355 360 365 Glu Asp Arg His Leu Thr His Lys Leu Tyr Gly Phe Glu Arg Ile Gln 370 375 380 Glu Phe Ala Lys Gln Asn Arg Thr Asp Glu Trp Lys Ala Ile Val Lys 385 390 395 400 Asp Phe Asp Thr Tyr Glu Thr Ser Glu Glu Pro Tyr Ile Ser Glu Thr 405 410 415 Ala Pro His Tyr His Leu Glu Asn Gln Lys Ile Gly Ile Arg Phe Arg 420 425 430 Asn Asp Asn Asp Glu Ile Trp Pro Ser Leu Lys Thr Asn Gly Glu Asn 435 440 445 Asn Glu Lys Arg Lys Tyr Lys Leu Asp Lys Gln Tyr Gln Ala Glu Ala 450 455 460 Phe Leu Ser Val His Glu Leu Leu Pro Met Met Phe Tyr Tyr Leu Leu 465 470 475 480 Leu Lys Lys Glu Glu Pro Asn Asn Asp Lys Lys Asn Ala Ser Ile Val 485 490 495 Glu Gly Phe Ile Lys Arg Glu Ile Arg Asp Ile Tyr Lys Leu Tyr Asp 500 505 510 Ala Phe Ala Asn Gly Glu Ile Asn Asn Ile Asp Asp Leu Glu Lys Tyr 515 520 525 Cys Glu Asp Lys Gly Ile Pro Lys Arg His Leu Pro Lys Gln Met Val 530 535 540 Ala Ile Leu Tyr Asp Glu His Lys Asp Met Ala Glu Glu Ala Lys Arg 545 550 555 560 Lys Gln Lys Glu Met Val Lys Asp Thr Lys Lys Leu Leu Ala Thr Leu 565 570 575 Glu Lys Gln Thr Gln Gly Glu Ile Glu Asp Gly Gly Arg Asn Ile Arg 580 585 590 Leu Leu Lys Ser Gly Glu Ile Ala Arg Trp Leu Val Asn Asp Met Met 595 600 605 Arg Phe Gln Pro Val Gln Lys Asp Asn Glu Gly Asn Pro Leu Asn Asn 610 615 620 Ser Lys Ala Asn Ser Thr Glu Tyr Gln Met Leu Gln Arg Ser Leu Ala 625 630 635 640 Leu Tyr Asn Lys Glu Glu Lys Pro Thr Arg Tyr Phe Arg Gln Val Asn 645 650 655 Leu Ile Asn Ser Ser Asn Pro His Pro Phe Leu Lys Trp Thr Lys Trp 660 665 670 Glu Glu Cys Asn Asn Ile Leu Ser Phe Tyr Arg Ser Tyr Leu Thr Lys 675 680 685 Lys Ile Glu Phe Leu Asn Lys Leu Lys Pro Glu Asp Trp Glu Lys Asn 690 695 700 Gln Tyr Phe Leu Lys Leu Lys Glu Pro Lys Thr Asn Arg Glu Thr Leu 705 710 715 720 Val Gln Gly Trp Lys Asn Gly Phe Asn Leu Pro Arg Gly Ile Phe Thr 725 730 735 Glu Pro Ile Arg Glu Trp Phe Lys Arg His Gln Asn Asp Ser Glu Glu 740 745 750 Tyr Glu Lys Val Glu Thr Leu Asp Arg Val Gly Leu Val Thr Lys Val 755 760 765 Ile Pro Leu Phe Phe Lys Lys Glu Asp Ser Lys Asp Lys Glu Glu Tyr 770 775 780 Leu Lys Lys Asp Ala Gln Lys Glu Ile Asn Asn Cys Val Gln Pro Phe 785 790 795 800 Tyr Gly Phe Pro Tyr Asn Val Gly Asn Ile His Lys Pro Asp Glu Lys 805 810 815 Asp Phe Leu Pro Ser Glu Glu Arg Lys Lys Leu Trp Gly Asp Lys Lys 820 825 830 Tyr Lys Phe Lys Gly Tyr Lys Ala Lys Val Lys Ser Lys Lys Leu Thr 835 840 845 Asp Lys Glu Lys Glu Glu Tyr Arg Ser Tyr Leu Glu Phe Gln Ser Trp 850 855 860 Asn Lys Phe Glu Arg Glu Leu Arg Leu Val Arg Asn Gln Asp Ile Val 865 870 875 880 Thr Trp Leu Leu Cys Thr Glu Leu Ile Asp Lys Leu Lys Val Glu Gly 885 890 895 Leu Asn Val Glu Glu Leu Lys Lys Leu Arg Leu Lys Asp Ile Asp Thr 900 905 910 Asp Thr Ala Lys Gln Glu Lys Asn Asn Ile Leu Asn Arg Val Met Pro 915 920 925 Met Gln Leu Pro Val Thr Val Tyr Glu Ile Asp Asp Ser His Asn Ile 930 935 940 Val Lys Asp Arg Pro Leu His Thr Val Tyr Ile Glu Glu Thr Lys Thr 945 950 955 960 Lys Leu Leu Lys Gln Gly Asn Phe Lys Ala Leu Val Lys Asp Arg Arg 965 970 975 Leu Asn Gly Leu Phe Ser Phe Val Asp Thr Ser Ser Glu Thr Glu Leu 980 985 990 Lys Ser Asn Pro Ile Ser Lys Ser Leu Val Glu Tyr Glu Leu Gly Glu 995 1000 1005 Tyr Gln Asn Ala Arg Ile Glu Thr Ile Lys Asp Met Leu Leu Leu 1010 1015 1020 Glu Glu Thr Leu Ile Glu Lys Tyr Lys Thr Leu Pro Thr Asp Asn 1025 1030 1035 Phe Ser Asp Met Leu Asn Gly Trp Leu Glu Gly Lys Asp Glu Ala 1040 1045 1050 Asp Lys Ala Arg Phe Gln Asn Asp Val Lys Leu Leu Val Ala Val 1055 1060 1065 Arg Asn Ala Phe Ser His Asn Gln Tyr Pro Met Arg Asn Arg Ile 1070 1075 1080 Ala Phe Ala Asn Ile Asn Pro Phe Ser Leu Ser Ser Ala Asp Thr 1085 1090 1095 Ser Glu Glu Lys Lys Leu Asp Ile Ala Asn Gln Leu Lys Asp Lys 1100 1105 1110 Thr His Lys Ile Ile Lys Arg Ile Ile Glu Ile Glu Lys Pro Ile 1115 1120 1125 Glu Thr Lys Glu 1130 <210> 616 <211> 1115 <212> PRT <213> Fusobacterium necrophorum <400> 616 Met Glu Lys Phe Arg Arg Gln Asn Arg Asn Ser Ile Ile Lys Ile Ile 1 5 10 15 Ile Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly Ile Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 20 25 30 Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile Lys Thr Glu Ile Val 35 40 45 Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu Lys Ala Arg Glu Lys 50 55 60 Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 65 70 75 80 Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr 85 90 95 Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu 100 105 110 Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser 115 120 125 Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 130 135 140 Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala Lys Asn Tyr Ser Leu 145 150 155 160 Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys 165 170 175 Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 180 185 190 Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Asp Asn Glu 195 200 205 Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 210 215 220 Val Arg Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 225 230 235 240 Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 245 250 255 Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu 260 265 270 Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 275 280 285 Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Lys Leu Arg His Ser Leu Met 290 295 300 His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Asn 305 310 315 320 Asp Asp Leu Met Lys Asp Leu Asn Leu Asp Leu Phe Lys Ser Leu Pro 325 330 335 Leu Ile Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 340 345 350 Gly Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 355 360 365 Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys 370 375 380 Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 385 390 395 400 Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu 405 410 415 Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 420 425 430 Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr 435 440 445 Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 450 455 460 Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 465 470 475 480 Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Lys Ile 485 490 495 Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys 500 505 510 Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Ile Ala Phe Gly 515 520 525 Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser Lys Phe Lys Asp Glu 530 535 540 Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly 545 550 555 560 Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 565 570 575 Asn Leu Glu Lys Met Gln Lys Ile Ile Gln Lys Thr Glu Glu Glu Asp 580 585 590 Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 595 600 605 Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 610 615 620 Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Ile Asp Glu 625 630 635 640 Asn Gln Asn Asn Ile Gln Val Ser Gln Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp 645 650 655 Tyr Phe Tyr His Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr 660 665 670 Glu Ile Val Lys Tyr Ser Ile Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys Gln Tyr 675 680 685 Phe Glu Asp Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Val Glu Gln Lys 690 695 700 Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn 705 710 715 720 Gly Met Phe Asn Lys Thr Ile Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gln 725 730 735 Ile Ala Phe Lys Leu Phe Asn Asp Ile Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe 740 745 750 Leu Arg Glu Lys Ser Gly Lys Pro Leu Glu Ile Phe Arg Lys Glu Leu 755 760 765 Glu Ser Lys Met Lys Asp Gly Tyr Leu Asn Phe Gly Gln Leu Leu Tyr 770 775 780 Val Val Tyr Glu Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys Ile Leu 785 790 795 800 Ser Lys Lys Ile Asp Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu Ile 805 810 815 Ala Tyr Leu Arg Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu 820 825 830 Asp Asn Phe Met Lys Ile Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu 835 840 845 Val Leu Ile Pro Ser Ile Lys Ile Gln Lys Met Ile Gln Phe Ile Glu 850 855 860 Lys Cys Asn Leu Gln Asn Gln Ile Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn 865 870 875 880 Asp Phe Tyr Met Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe Ile Gln Leu Lys Gln 885 890 895 Ile Phe Pro Asp Ile Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Met Asn Glu Lys 900 905 910 Glu Glu Ile Leu Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu 915 920 925 Gln Ile Lys Asp Glu His Glu Ala Gln Ser Gln Leu Tyr Glu Lys Ile 930 935 940 Leu Ser Leu Gln Lys Ile Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly 945 950 955 960 Arg Leu Lys Glu Glu Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys Gln Gly Lys Lys 965 970 975 Lys Leu Ser Met Glu Glu Ile Lys Asp Lys Ile Ala Gly Asp Ile Ser 980 985 990 Asp Leu Leu Gly Ile Leu Lys Lys Glu Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp 995 1000 1005 Lys Leu Thr Glu Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn 1010 1015 1020 Leu Ser Phe Tyr Asn His Gln Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser Ile 1025 1030 1035 Arg Val Phe Leu Ile Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe 1040 1045 1050 Glu Ser Ile Leu Asp Asp Gly Ser Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys 1055 1060 1065 Asn Gly Lys Glu Ile Thr Ile Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu 1070 1075 1080 Thr Leu Ile Ile Glu Lys Asn Thr Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly 1085 1090 1095 Lys Ile Ile Ser Leu Ile Pro His Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val 1100 1105 1110 Lys Tyr 1115 <210> 617 <211> 1111 <212> PRT <213> Fusobacterium necrophorum <400> 617 Met Glu Lys Phe Arg Arg Gln Asn Arg Ser Ser Ile Ile Lys Ile Ile 1 5 10 15 Ile Ser Asn Tyr Asp Thr Lys Gly Ile Lys Glu Leu Lys Val Arg Tyr 20 25 30 Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile Lys Thr Glu Ile Val 35 40 45 Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu Lys Ala Arg Glu Lys 50 55 60 Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu Lys Tyr His Phe Lys 65 70 75 80 Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr 85 90 95 Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu 100 105 110 Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser 115 120 125 Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met 130 135 140 Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu 145 150 155 160 Leu Ala Asn Cys Pro Met Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys 165 170 175 Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala 180 185 190 Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Asp Asn Glu 195 200 205 Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys 210 215 220 Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr 225 230 235 240 Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg 245 250 255 Lys Glu Ser Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu 260 265 270 Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp 275 280 285 Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met 290 295 300 His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn 305 310 315 320 Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp Ile Phe Lys Ser Leu Pro 325 330 335 Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp 340 345 350 Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu 355 360 365 Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys 370 375 380 Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe 385 390 395 400 Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu Ile Glu Phe Leu Glu 405 410 415 Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys 420 425 430 Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr 435 440 445 Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser Arg Asn Tyr Lys Thr 450 455 460 Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu 465 470 475 480 Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Lys Ile 485 490 495 Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys 500 505 510 Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met Lys Met Ala Phe Gly 515 520 525 Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser Arg Phe Lys Asp Glu 530 535 540 Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly 545 550 555 560 Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe 565 570 575 Asn Leu Lys Lys Leu Gln Glu Thr Ile Gln Lys Thr Gly Glu Glu Asn 580 585 590 Trp Leu Leu Pro Gln Asn Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu 595 600 605 Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe 610 615 620 Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu 625 630 635 640 Asn Gln Ser Ser Lys Ile Ile Glu Ser Lys Glu Asp Asp Phe Tyr His 645 650 655 Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys 660 665 670 Tyr Ser Ile Val Pro Asp Lys Lys Leu Lys Gln Tyr Phe Lys Asp Leu 675 680 685 Gly Ile Asp Thr Lys Tyr Leu Ile Leu Asp Gln Lys Ser Glu Val Ser 690 695 700 Gly Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn 705 710 715 720 Lys Thr Ile Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ala Phe Lys 725 730 735 Leu Phe Asn Asp Ile Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys 740 745 750 Ser Gly Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Lys Glu Leu Lys Asp Lys Met 755 760 765 Ile Gly Lys Gln Leu Asn Phe Gly Gln Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu 770 775 780 Val Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Ser Glu Ile Leu Ser Glu Arg Ile 785 790 795 800 Asp Tyr Arg Lys Asp Met Cys Phe Ser Ala Glu Ile Ala Asp Leu Arg 805 810 815 Asn Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met 820 825 830 Lys Ile Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu Ile Pro 835 840 845 Ser Ile Lys Ile Gln Lys Met Ile Lys Phe Ile Glu Glu Cys Asn Leu 850 855 860 Gln Ser Gln Ile Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met 865 870 875 880 Arg Lys Glu Lys Met Phe Phe Ile Gln Leu Lys Gln Ile Phe Pro Asp 885 890 895 Ile Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Met Asn Glu Lys Glu Glu Ile Leu 900 905 910 Arg Asn Arg Tyr His Leu Thr Asp Lys Lys Asn Glu Gln Ile Lys Asp 915 920 925 Glu His Glu Ala Gln Ser Gln Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Ser Leu Gln 930 935 940 Lys Ile Tyr Ser Ser Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Gly Arg Leu Lys Glu 945 950 955 960 Glu Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys Gln Glu Lys Lys Lys Leu Ser Met 965 970 975 Glu Glu Ile Lys Asp Lys Ile Ala Gly Asp Ile Ser Asp Leu Leu Gly 980 985 990 Ile Leu Lys Lys Glu Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp Lys Leu Thr Glu 995 1000 1005 Lys Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Leu Ser Phe Tyr 1010 1015 1020 Asn His Gln Asp Lys Lys Lys Glu Glu Ser Ile Arg Val Phe Leu 1025 1030 1035 Ile Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser Ile Leu 1040 1045 1050 Asp Asp Gly Ser Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys Asn Gly Lys Glu 1055 1060 1065 Ile Thr Ile Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Ile Ile 1070 1075 1080 Glu Lys Asn Thr Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly Lys Ile Ile Ser 1085 1090 1095 Leu Ile Pro His Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val Lys Tyr 1100 1105 1110 <210> 618 <211> 1110 <212> PRT <213> Fusobacterium necrophorum <400> 618 Met Lys Val Arg Tyr Arg Lys Gln Ala Gln Leu Asp Thr Phe Ile Ile 1 5 10 15 Lys Thr Glu Ile Val Asn Asn Asp Ile Phe Ile Lys Ser Ile Ile Glu 20 25 30 Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr Ser Phe Leu Phe Asp Gly Glu Glu 35 40 45 Lys Tyr His Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu Ile Val Lys Asn Asp 50 55 60 Ile Phe Ser Gln Thr Pro Asp Asn Met Ile Arg Asn Tyr Lys Ile Thr 65 70 75 80 Leu Lys Ile Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val Glu Ala Glu Ile Glu 85 90 95 Asp Leu Met Asn Ser Thr Ile Leu Lys Asp Gly Arg Arg Ser Ala Arg 100 105 110 Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu Ile Glu Glu Lys Val Ala 115 120 125 Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro Ile Glu Glu Val Asp Ser 130 135 140 Ile Lys Ile Tyr Lys Ile Lys Arg Phe Leu Thr Tyr Arg Ser Asn Met 145 150 155 160 Leu Leu Tyr Phe Ala Ser Ile Asn Ser Phe Leu Cys Glu Gly Ile Lys 165 170 175 Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu Ile Trp His Leu Lys Asp Asn Asp 180 185 190 Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys Asn Lys Leu Ile Gln 195 200 205 Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn Gln Ile Glu Glu Lys 210 215 220 Glu Lys Leu Ser Ser Lys Glu Phe Lys Lys Gly Ala Phe Tyr Arg Thr 225 230 235 240 Ile Ile Lys Lys Leu Gln Gln Glu Arg Ile Lys Glu Leu Ser Glu Lys 245 250 255 Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys Ile Ile Lys Leu Tyr Ser Glu Leu 260 265 270 Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 275 280 285 Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn Leu Asn Leu Asp Ile 290 295 300 Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys Leu Asn Asn Lys Val 305 310 315 320 Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val Leu Gln Lys Thr Lys 325 330 335 Lys Ala Lys Thr Leu Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala Leu Cys Glu Gln Lys 340 345 350 Asn Gly Phe Asn Lys Phe Ile Asn Asp Phe Phe Val Ser Asp Gly Glu 355 360 365 Glu Asn Thr Val Phe Lys Gln Ile Ile Asn Glu Lys Phe Gln Ser Glu 370 375 380 Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg Ile Ser Glu Ser Glu Lys Lys Asn Glu 385 390 395 400 Lys Leu Lys Lys Lys Leu Asp Ser Met Lys Ala His Phe Arg Asn Ile 405 410 415 Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp Asp Ile His Ser Ser 420 425 430 Arg Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys Asn Leu Val Asn Glu 435 440 445 Tyr Thr Lys Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys Lys Leu Leu Arg Glu 450 455 460 Glu Ile Thr Lys Ile Asn Arg Gln Leu Leu Lys Leu Lys Gln Glu Met 465 470 475 480 Glu Glu Ile Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg Leu Glu Tyr Lys Met 485 490 495 Lys Ile Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe Asp Gly Asn Ile Ser 500 505 510 Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn Gln Glu Lys Ile Ile Gln 515 520 525 Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Ser Phe Leu Lys Glu Glu 530 535 540 Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met Gln Lys Ile Ile Gln Lys 545 550 555 560 Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr Lys Asn Asn Leu Phe 565 570 575 Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Tyr Glu Leu Lys Gly 580 585 590 Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val 595 600 605 Asp Phe Met Asp Glu Asn Gln Asn Asn Ile Gln Val Ser Gln Thr Val 610 615 620 Glu Lys Gln Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys 625 630 635 640 Asn Thr Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys Tyr Ser Ile Val Pro Asn Glu 645 650 655 Lys Leu Lys Gln Tyr Phe Glu Asp Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr Leu 660 665 670 Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu Gly Glu Asn Leu Gly 675 680 685 Ile Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Val Glu Gln Lys Ser Glu Val Ser Glu 690 695 700 Glu Lys Asn Lys Lys Val Ser Leu Lys Asn Asn Gly Met Phe Asn Lys 705 710 715 720 Thr Ile Leu Leu Phe Val Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ala Phe Lys Leu 725 730 735 Phe Asn Asp Ile Glu Leu Tyr Ser Leu Phe Phe Leu Arg Glu Lys Ser 740 745 750 Glu Lys Pro Phe Glu Val Phe Leu Glu Glu Leu Lys Asp Lys Met Ile 755 760 765 Gly Lys Gln Leu Asn Phe Gly Gln Leu Leu Tyr Val Val Tyr Glu Val 770 775 780 Leu Val Lys Asn Lys Asp Leu Asp Lys Ile Leu Ser Lys Lys Ile Asp 785 790 795 800 Tyr Arg Lys Asp Lys Ser Phe Ser Pro Glu Ile Ala Tyr Leu Arg Asn 805 810 815 Phe Leu Ser His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Leu Asp Asn Phe Met Lys 820 825 830 Ile Asn Thr Asn Lys Ser Asp Glu Asn Lys Glu Val Leu Ile Pro Ser 835 840 845 Ile Lys Ile Gln Lys Met Ile Gln Phe Ile Glu Lys Cys Asn Leu Gln 850 855 860 Asn Gln Ile Asp Phe Asp Phe Asn Phe Val Asn Asp Phe Tyr Met Arg 865 870 875 880 Lys Glu Lys Met Phe Phe Ile Gln Leu Lys Gln Ile Phe Pro Asp Ile 885 890 895 Asn Ser Thr Glu Lys Gln Lys Lys Ser Glu Lys Glu Glu Ile Leu Arg 900 905 910 Lys Arg Tyr His Leu Ile Asn Lys Lys Asn Glu Gln Ile Lys Asp Glu 915 920 925 His Glu Ala Gln Ser Gln Leu Tyr Glu Lys Ile Leu Ser Leu Gln Lys 930 935 940 Ile Phe Ser Cys Asp Lys Asn Asn Phe Tyr Arg Arg Leu Lys Glu Glu 945 950 955 960 Lys Leu Leu Phe Leu Glu Lys Gln Gly Lys Lys Lys Ile Ser Met Lys 965 970 975 Glu Ile Lys Asp Lys Ile Ala Ser Asp Ile Ser Asp Leu Leu Gly Ile 980 985 990 Leu Lys Lys Glu Ile Thr Arg Asp Ile Lys Asp Lys Leu Thr Glu Lys 995 1000 1005 Phe Arg Tyr Cys Glu Glu Lys Leu Leu Asn Ile Ser Phe Tyr Asn 1010 1015 1020 His Gln Asp Lys Lys Lys Glu Glu Gly Ile Arg Val Phe Leu Ile 1025 1030 1035 Arg Asp Lys Asn Ser Asp Asn Phe Lys Phe Glu Ser Ile Leu Asp 1040 1045 1050 Asp Gly Ser Asn Lys Ile Phe Ile Ser Lys Asn Gly Lys Glu Ile 1055 1060 1065 Thr Ile Gln Cys Cys Asp Lys Val Leu Glu Thr Leu Met Ile Glu 1070 1075 1080 Lys Asn Thr Leu Lys Ile Ser Ser Asn Gly Lys Ile Ile Ser Leu 1085 1090 1095 Ile Pro His Tyr Ser Tyr Ser Ile Asp Val Lys Tyr 1100 1105 1110 <210> 619 <211> 668 <212> PRT <213> Fusobacterium necrophorum <400> 619 Met Thr Glu Lys Lys Ser Ile Ile Phe Lys Asn Lys Ser Ser Val Glu 1 5 10 15 Ile Val Lys Lys Asp Ile Phe Ser Gln Thr Pro Asp Asn Met Ile Arg 20 25 30 Asn Tyr Lys Ile Thr Leu Lys Ile Ser Glu Lys Asn Pro Arg Val Val 35 40 45 Glu Ala Glu Ile Glu Asp Leu Met Asn Ser Thr Ile Leu Lys Asp Gly 50 55 60 Arg Arg Ser Ala Arg Arg Glu Lys Ser Met Thr Glu Arg Lys Leu Ile 65 70 75 80 Glu Glu Lys Val Ala Glu Asn Tyr Ser Leu Leu Ala Asn Cys Pro Met 85 90 95 Glu Glu Val Asp Ser Ile Lys Ile Tyr Lys Ile Lys Arg Phe Leu Thr 100 105 110 Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Tyr Phe Ala Ser Ile Asn Ser Phe Leu 115 120 125 Cys Glu Gly Ile Lys Gly Lys Asp Asn Glu Thr Glu Glu Ile Trp His 130 135 140 Leu Lys Asp Asn Asp Val Arg Lys Glu Lys Val Lys Glu Asn Phe Lys 145 150 155 160 Asn Lys Leu Ile Gln Ser Thr Glu Asn Tyr Asn Ser Ser Leu Lys Asn 165 170 175 Gln Ile Glu Glu Lys Glu Lys Leu Leu Arg Lys Glu Ser Lys Lys Gly 180 185 190 Ala Phe Tyr Arg Thr Ile Ile Lys Lys Leu Gln Gln Glu Arg Ile Lys 195 200 205 Glu Leu Ser Glu Lys Ser Leu Thr Glu Asp Cys Glu Lys Ile Ile Lys 210 215 220 Leu Tyr Ser Glu Leu Arg His Pro Leu Met His Tyr Asp Tyr Gln Tyr 225 230 235 240 Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Glu Asn Ser Glu Leu Thr Lys Asn 245 250 255 Leu Asn Leu Asp Ile Phe Lys Ser Leu Pro Leu Val Arg Lys Met Lys 260 265 270 Leu Asn Asn Lys Val Asn Tyr Leu Glu Asp Asn Asp Thr Leu Phe Val 275 280 285 Leu Gln Lys Thr Lys Lys Ala Lys Thr Leu Tyr Gln Ile Tyr Asp Ala 290 295 300 Leu Cys Glu Gln Lys Asn Gly Phe Asn Lys Phe Ile Asn Asp Phe Phe 305 310 315 320 Val Ser Asp Gly Glu Glu Asn Thr Val Phe Lys Gln Ile Ile Asn Glu 325 330 335 Lys Phe Gln Ser Glu Met Glu Phe Leu Glu Lys Arg Ile Ser Glu Ser 340 345 350 Glu Lys Lys Asn Glu Lys Leu Lys Lys Lys Phe Asp Ser Met Lys Ala 355 360 365 His Phe His Asn Ile Asn Ser Glu Asp Thr Lys Glu Ala Tyr Phe Trp 370 375 380 Asp Ile His Ser Ser Ser Asn Tyr Lys Thr Lys Tyr Asn Glu Arg Lys 385 390 395 400 Asn Leu Val Asn Glu Tyr Thr Glu Leu Leu Gly Ser Ser Lys Glu Lys 405 410 415 Lys Leu Leu Arg Glu Glu Ile Thr Gln Ile Asn Arg Lys Leu Leu Lys 420 425 430 Leu Lys Gln Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys Lys Asn Ser Leu Phe Arg 435 440 445 Leu Glu Tyr Lys Met Lys Ile Ala Phe Gly Phe Leu Phe Cys Glu Phe 450 455 460 Asp Gly Asn Ile Ser Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ala Ser Asn Gln 465 470 475 480 Glu Lys Ile Ile Gln Tyr His Lys Asn Gly Glu Lys Tyr Leu Thr Tyr 485 490 495 Phe Leu Lys Glu Glu Glu Lys Glu Lys Phe Asn Leu Glu Lys Met Gln 500 505 510 Lys Ile Ile Gln Lys Thr Glu Glu Glu Asp Trp Leu Leu Pro Glu Thr 515 520 525 Lys Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Leu Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro 530 535 540 Tyr Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr 545 550 555 560 Asp Ile Lys Asn Val Asp Phe Met Asp Glu Asn Gln Asn Asn Ile Gln 565 570 575 Val Ser Gln Thr Val Glu Lys Gln Glu Asp Tyr Phe Tyr His Lys Ile 580 585 590 Arg Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Lys Tyr Glu Ile Val Lys Tyr Ser 595 600 605 Ile Val Pro Asn Glu Lys Leu Lys Gln Tyr Phe Glu Asp Leu Gly Ile 610 615 620 Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Gly Ser Val Glu Ser Gly Glu Lys Trp Leu 625 630 635 640 Gly Glu Asn Leu Gly Ile Asp Ile Lys Tyr Leu Thr Val Glu Gln Lys 645 650 655 Ser Glu Val Ser Glu Glu Lys Ile Lys Lys Phe Leu 660 665 <210> 620 <211> 1121 <212> PRT <213> Fusobacterium perfoetens <400> 620 Met Gly Lys Pro Asn Arg Ser Ser Ile Ile Lys Ile Ile Ile Ser Asn 1 5 10 15 Tyr Asp Asn Lys Gly Ile Lys Glu Val Lys Val Arg Tyr Asn Lys Gln 20 25 30 Ala Gln Leu Asp Thr Phe Leu Ile Lys Ser Glu Leu Lys Asp Gly Lys 35 40 45 Phe Ile Leu Tyr Ser Ile Val Asp Lys Ala Arg Glu Lys Tyr Arg Tyr 50 55 60 Ser Phe Glu Ile Asp Lys Thr Asn Ile Asn Lys Asn Glu Ile Leu Ile 65 70 75 80 Ile Lys Lys Asp Ile Tyr Ser Asn Lys Glu Asp Lys Val Ile Arg Lys 85 90 95 Tyr Ile Leu Ser Phe Glu Val Ser Glu Lys Asn Asp Arg Thr Ile Val 100 105 110 Thr Lys Ile Lys Asp Cys Leu Glu Thr Gln Lys Lys Glu Lys Phe Glu 115 120 125 Arg Glu Asn Thr Arg Arg Leu Ile Ser Glu Thr Glu Arg Lys Leu Leu 130 135 140 Ser Glu Glu Thr Gln Lys Thr Tyr Ser Lys Ile Ala Cys Cys Ser Pro 145 150 155 160 Glu Asp Ile Asp Ser Val Lys Ile Tyr Lys Ile Lys Arg Tyr Leu Ala 165 170 175 Tyr Arg Ser Asn Met Leu Leu Phe Phe Ser Leu Ile Asn Asp Ile Phe 180 185 190 Val Lys Gly Val Val Lys Asp Asn Gly Glu Glu Val Gly Glu Ile Trp 195 200 205 Arg Ile Ile Asp Ser Lys Glu Ile Asp Glu Lys Lys Thr Tyr Asp Leu 210 215 220 Leu Val Glu Asn Phe Lys Lys Arg Met Ser Gln Glu Phe Ile Asn Tyr 225 230 235 240 Lys Gln Ser Ile Glu Asn Lys Ile Glu Lys Asn Thr Asn Lys Ile Lys 245 250 255 Glu Ile Glu Gln Lys Leu Lys Lys Glu Lys Tyr Lys Lys Glu Ile Asn 260 265 270 Arg Leu Lys Lys Gln Leu Ile Glu Leu Asn Arg Glu Asn Asp Leu Leu 275 280 285 Glu Lys Asp Lys Ile Glu Leu Ser Asp Glu Glu Ile Arg Glu Asp Ile 290 295 300 Glu Lys Ile Leu Lys Ile Tyr Ser Asp Leu Arg His Lys Leu Met His 305 310 315 320 Tyr Asn Tyr Gln Tyr Phe Glu Asn Leu Phe Glu Asn Lys Lys Ile Ser 325 330 335 Lys Glu Lys Asn Glu Asp Val Asn Leu Thr Glu Leu Leu Asp Leu Asn 340 345 350 Leu Phe Arg Tyr Leu Pro Leu Val Arg Gln Leu Lys Leu Glu Asn Lys 355 360 365 Thr Asn Tyr Leu Glu Lys Glu Asp Lys Ile Thr Val Leu Gly Val Ser 370 375 380 Asp Ser Ala Ile Lys Tyr Tyr Ser Tyr Tyr Asn Phe Leu Cys Glu Gln 385 390 395 400 Lys Asn Gly Phe Asn Asn Phe Ile Asn Ser Phe Phe Ser Asn Asp Gly 405 410 415 Glu Glu Asn Lys Ser Phe Lys Glu Lys Ile Asn Leu Ser Leu Glu Lys 420 425 430 Glu Ile Glu Ile Met Glu Lys Glu Thr Asn Glu Lys Ile Lys Glu Ile 435 440 445 Asn Lys Asn Glu Leu Gln Leu Met Lys Glu Gln Lys Glu Leu Gly Thr 450 455 460 Ala Tyr Val Leu Asp Ile His Ser Leu Asn Asp Tyr Lys Ile Ser His 465 470 475 480 Asn Glu Arg Asn Lys Asn Val Lys Leu Gln Asn Asp Ile Met Asn Gly 485 490 495 Asn Arg Asp Lys Asn Ala Leu Asp Lys Ile Asn Lys Lys Leu Val Glu 500 505 510 Leu Lys Ile Lys Met Asp Lys Ile Thr Lys Arg Asn Ser Ile Leu Arg 515 520 525 Leu Lys Tyr Lys Leu Gln Val Ala Tyr Gly Phe Leu Met Glu Glu Tyr 530 535 540 Lys Gly Asn Ile Lys Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Ile Ser Lys Glu 545 550 555 560 Lys Ile Lys Ser Tyr Lys Ser Lys Gly Glu Lys Tyr Leu Glu Val Lys 565 570 575 Ser Glu Lys Lys Tyr Ile Thr Lys Ile Leu Asn Ser Ile Glu Asp Ile 580 585 590 His Asn Ile Thr Trp Leu Lys Asn Gln Glu Glu Asn Asn Leu Phe Lys 595 600 605 Phe Tyr Val Leu Thr Tyr Ile Leu Leu Pro Phe Glu Phe Arg Gly Asp 610 615 620 Phe Leu Gly Phe Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp Ile Lys Asn Val Glu 625 630 635 640 Phe Leu Asp Glu Asn Asn Asp Arg Leu Thr Pro Glu Gln Leu Glu Lys 645 650 655 Met Lys Asn Asp Ser Phe Phe Asn Lys Ile Arg Leu Phe Glu Lys Asn 660 665 670 Ser Lys Lys Tyr Asp Ile Leu Lys Glu Ser Ile Leu Thr Ser Glu Arg 675 680 685 Ile Gly Lys Tyr Phe Ser Leu Leu Asn Thr Gly Ala Lys Tyr Phe Glu 690 695 700 Tyr Gly Gly Glu Glu Asn Arg Gly Ile Phe Asn Lys Asn Ile Ile Ile 705 710 715 720 Pro Ile Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Val Leu Lys Leu Tyr Asn Asp Val 725 730 735 Glu Leu Ala Met Leu Leu Thr Leu Ser Glu Ser Asp Glu Lys Asp Ile 740 745 750 Asn Lys Ile Lys Glu Leu Val Thr Leu Lys Glu Lys Val Ser Pro Lys 755 760 765 Lys Ile Asp Tyr Glu Lys Lys Tyr Lys Phe Ser Val Leu Leu Asp Cys 770 775 780 Phe Asn Arg Ile Ile Asn Leu Gly Lys Lys Asp Phe Leu Ala Ser Glu 785 790 795 800 Glu Val Lys Glu Val Ala Lys Thr Phe Thr Asn Leu Ala Tyr Leu Arg 805 810 815 Asn Lys Ile Cys His Leu Asn Tyr Ser Lys Phe Ile Asp Asp Leu Leu 820 825 830 Thr Ile Asp Thr Asn Lys Ser Thr Thr Asp Ser Glu Gly Lys Leu Leu 835 840 845 Ile Asn Asp Arg Ile Arg Lys Leu Ile Lys Phe Ile Arg Glu Asn Asn 850 855 860 Gln Lys Met Asn Ile Ser Ile Asp Tyr Asn Tyr Ile Asn Asp Tyr Tyr 865 870 875 880 Met Lys Lys Glu Lys Phe Ile Phe Gly Gln Arg Lys Gln Ala Lys Thr 885 890 895 Ile Ile Asp Ser Gly Lys Lys Ala Asn Lys Arg Asn Lys Ala Glu Glu 900 905 910 Leu Leu Lys Met Tyr Arg Val Lys Lys Glu Asn Ile Asn Leu Ile Tyr 915 920 925 Glu Leu Ser Lys Lys Leu Asn Glu Leu Thr Lys Ser Glu Leu Phe Leu 930 935 940 Leu Asp Lys Lys Leu Leu Lys Asp Ile Asp Phe Thr Asp Val Lys Ile 945 950 955 960 Lys Asn Lys Ser Phe Phe Glu Leu Lys Asn Asp Val Lys Glu Val Ala 965 970 975 Asn Ile Lys Gln Ala Leu Gln Lys His Ser Ser Glu Leu Ile Gly Ile 980 985 990 Tyr Lys Lys Glu Val Ile Met Ala Ile Lys Arg Ser Ile Val Ser Lys 995 1000 1005 Leu Ile Tyr Asp Glu Glu Lys Val Leu Ser Ile Ile Ile Tyr Asp 1010 1015 1020 Lys Thr Asn Lys Lys Tyr Glu Asp Phe Leu Leu Glu Ile Arg Arg 1025 1030 1035 Glu Arg Asp Ile Asn Lys Phe Gln Phe Leu Ile Asp Glu Lys Lys 1040 1045 1050 Glu Lys Leu Gly Tyr Glu Lys Ile Ile Glu Thr Lys Glu Lys Lys 1055 1060 1065 Lys Val Val Val Lys Ile Gln Asn Asn Ser Glu Leu Val Ser Glu 1070 1075 1080 Pro Arg Ile Ile Lys Asn Lys Asp Lys Lys Lys Ala Lys Thr Pro 1085 1090 1095 Glu Glu Ile Ser Lys Leu Gly Ile Leu Asp Leu Thr Asn His Tyr 1100 1105 1110 Cys Phe Asn Leu Lys Ile Thr Leu 1115 1120 <210> 621 <211> 897 <212> PRT <213> Fusobacterium ulcerans <400> 621 Met Glu Asn Lys Gly Asn Asn Lys Lys Ile Asp Phe Asp Glu Asn Tyr 1 5 10 15 Asn Ile Leu Val Ala Gln Ile Lys Glu Tyr Phe Thr Lys Glu Ile Glu 20 25 30 Asn Tyr Asn Asn Arg Ile Asp Asn Ile Ile Asp Lys Lys Glu Leu Leu 35 40 45 Lys Tyr Ser Glu Lys Lys Glu Glu Ser Glu Lys Asn Lys Lys Leu Glu 50 55 60 Glu Leu Asn Lys Leu Lys Ser Gln Lys Leu Lys Ile Leu Thr Asp Glu 65 70 75 80 Glu Ile Lys Ala Asp Val Ile Lys Ile Ile Lys Ile Phe Ser Asp Leu 85 90 95 Arg His Ser Leu Met His Tyr Glu Tyr Lys Tyr Phe Glu Asn Leu Phe 100 105 110 Glu Asn Lys Lys Asn Glu Glu Leu Ala Glu Leu Leu Asn Leu Asn Leu 115 120 125 Phe Lys Asn Leu Thr Leu Leu Arg Gln Met Lys Ile Glu Asn Lys Thr 130 135 140 Asn Tyr Leu Glu Gly Arg Glu Glu Phe Asn Ile Ile Gly Lys Asn Ile 145 150 155 160 Lys Ala Lys Glu Val Leu Gly His Tyr Asn Leu Leu Ala Glu Gln Lys 165 170 175 Asn Gly Phe Asn Asn Phe Ile Asn Ser Phe Phe Val Gln Asp Gly Thr 180 185 190 Glu Asn Leu Glu Phe Lys Lys Leu Ile Asp Glu His Phe Val Asn Ala 195 200 205 Lys Lys Arg Leu Glu Arg Asn Ile Lys Lys Ser Lys Lys Leu Glu Lys 210 215 220 Glu Leu Glu Lys Met Glu Gln His Tyr Gln Arg Leu Asn Cys Ala Tyr 225 230 235 240 Val Trp Asp Ile His Thr Ser Thr Thr Tyr Lys Lys Leu Tyr Asn Lys 245 250 255 Arg Lys Ser Leu Ile Glu Glu Tyr Asn Lys Gln Ile Asn Glu Ile Lys 260 265 270 Asp Lys Glu Val Ile Thr Ala Ile Asn Val Glu Leu Leu Arg Ile Lys 275 280 285 Lys Glu Met Glu Glu Ile Thr Lys Ser Asn Ser Leu Phe Arg Leu Lys 290 295 300 Tyr Lys Met Gln Ile Ala Tyr Ala Phe Leu Glu Ile Glu Phe Gly Gly 305 310 315 320 Asn Ile Ala Lys Phe Lys Asp Glu Phe Asp Cys Ser Lys Met Glu Glu 325 330 335 Val Gln Lys Tyr Leu Lys Lys Gly Val Lys Tyr Leu Lys Tyr Tyr Lys 340 345 350 Asp Lys Glu Ala Gln Lys Asn Tyr Glu Phe Pro Phe Glu Glu Ile Phe 355 360 365 Glu Asn Lys Asp Thr His Asn Glu Glu Trp Leu Glu Asn Thr Ser Glu 370 375 380 Asn Asn Leu Phe Lys Phe Tyr Ile Leu Thr Tyr Leu Leu Leu Pro Met 385 390 395 400 Glu Phe Lys Gly Asp Phe Leu Gly Val Val Lys Lys His Tyr Tyr Asp 405 410 415 Ile Lys Asn Val Asp Phe Thr Asp Glu Ser Glu Lys Glu Leu Ser Gln 420 425 430 Val Gln Leu Asp Lys Met Ile Gly Asp Ser Phe Phe His Lys Ile Arg 435 440 445 Leu Phe Glu Lys Asn Thr Lys Arg Tyr Glu Ile Ile Lys Tyr Ser Ile 450 455 460 Leu Thr Ser Asp Glu Ile Lys Arg Tyr Phe Arg Leu Leu Glu Leu Asp 465 470 475 480 Val Pro Tyr Phe Glu Tyr Glu Lys Gly Thr Asp Glu Ile Gly Ile Phe 485 490 495 Asn Lys Asn Ile Ile Leu Thr Ile Phe Lys Tyr Tyr Gln Ile Ile Phe 500 505 510 Arg Leu Tyr Asn Asp Leu Glu Ile His Gly Leu Phe Asn Ile Ser Ser 515 520 525 Asp Leu Asp Lys Ile Leu Arg Asp Leu Lys Ser Tyr Gly Asn Lys Asn 530 535 540 Ile Asn Phe Arg Glu Phe Leu Tyr Val Ile Lys Gln Asn Asn Asn Ser 545 550 555 560 Ser Thr Glu Glu Glu Tyr Arg Lys Ile Trp Glu Asn Leu Glu Ala Lys 565 570 575 Tyr Leu Arg Leu His Leu Leu Thr Pro Glu Lys Glu Glu Ile Lys Thr 580 585 590 Lys Thr Lys Glu Glu Leu Glu Lys Leu Asn Glu Ile Ser Asn Leu Arg 595 600 605 Asn Gly Ile Cys His Leu Asn Tyr Lys Glu Ile Ile Glu Glu Ile Leu 610 615 620 Lys Thr Glu Ile Ser Glu Lys Asn Lys Glu Ala Thr Leu Asn Glu Lys 625 630 635 640 Ile Arg Lys Val Ile Asn Phe Ile Lys Glu Asn Glu Leu Asp Lys Val 645 650 655 Glu Leu Gly Phe Asn Phe Ile Asn Asp Phe Phe Met Lys Lys Glu Gln 660 665 670 Phe Met Phe Gly Gln Ile Lys Gln Val Lys Glu Gly Asn Ser Asp Ser 675 680 685 Ile Thr Thr Glu Arg Glu Arg Lys Glu Lys Asn Asn Lys Lys Leu Lys 690 695 700 Glu Thr Tyr Glu Leu Asn Cys Asp Asn Leu Ser Glu Phe Tyr Glu Thr 705 710 715 720 Ser Asn Asn Leu Arg Glu Arg Ala Asn Ser Ser Ser Leu Leu Glu Asp 725 730 735 Ser Ala Phe Leu Lys Lys Ile Gly Leu Tyr Lys Val Lys Asn Asn Lys 740 745 750 Val Asn Ser Lys Val Lys Asp Glu Glu Lys Arg Ile Glu Asn Ile Lys 755 760 765 Arg Lys Leu Leu Lys Asp Ser Ser Asp Ile Met Gly Met Tyr Lys Ala 770 775 780 Glu Val Val Lys Lys Leu Lys Glu Lys Leu Ile Leu Ile Phe Lys His 785 790 795 800 Asp Glu Glu Lys Arg Ile Tyr Val Thr Val Tyr Asp Thr Ser Lys Ala 805 810 815 Val Pro Glu Asn Ile Ser Lys Glu Ile Leu Val Lys Arg Asn Asn Ser 820 825 830 Lys Glu Glu Tyr Phe Phe Glu Asp Asn Asn Lys Lys Tyr Val Thr Glu 835 840 845 Tyr Tyr Thr Leu Glu Ile Thr Glu Thr Asn Glu Leu Lys Val Ile Pro 850 855 860 Ala Lys Lys Leu Glu Gly Lys Glu Phe Lys Thr Glu Lys Asn Lys Glu 865 870 875 880 Asn Lys Leu Met Leu Asn Asn His Tyr Cys Phe Asn Val Lys Ile Ile 885 890 895 Tyr <210> 622 <211> 1111 <212> PRT <213> Anaerosalibacter sp. <400> 622 Met Lys Ser Gly Arg Arg Glu Lys Ala Lys Ser Asn Lys Ser Ser Ile 1 5 10 15 Val Arg Val Ile Ile Ser Asn Phe Asp Asp Lys Gln Val Lys Glu Ile 20 25 30 Lys Val Leu Tyr Thr Lys Gln Gly Gly Ile Asp Val Ile Lys Phe Lys 35 40 45 Ser Thr Glu Lys Asp Glu Lys Gly Arg Met Lys Phe Asn Phe Asp Cys 50 55 60 Ala Tyr Asn Arg Leu Glu Glu Glu Glu Phe Asn Ser Phe Gly Gly Lys 65 70 75 80 Gly Lys Gln Ser Phe Phe Val Thr Thr Asn Glu Asp Leu Thr Glu Leu 85 90 95 His Val Thr Lys Arg His Lys Thr Thr Gly Glu Ile Ile Lys Asp Tyr 100 105 110 Thr Ile Gln Gly Lys Tyr Thr Pro Ile Lys Gln Asp Arg Thr Lys Val 115 120 125 Thr Val Ser Ile Thr Asp Asn Lys Asp His Phe Asp Ser Asn Asp Leu 130 135 140 Gly Asp Lys Ile Arg Leu Ser Arg Ser Leu Thr Gln Tyr Thr Asn Arg 145 150 155 160 Ile Leu Leu Asp Ala Asp Val Met Lys Asn Tyr Arg Glu Ile Val Cys 165 170 175 Ser Asp Ser Glu Lys Val Asp Glu Thr Ile Asn Ile Asp Ser Gln Glu 180 185 190 Ile Tyr Lys Ile Asn Arg Phe Leu Ser Tyr Arg Ser Asn Met Ile Ile 195 200 205 Tyr Tyr Gln Met Ile Asn Asn Phe Leu Leu His Tyr Asp Gly Glu Glu 210 215 220 Asp Lys Gly Gly Asn Asp Ser Ile Asn Leu Ile Asn Glu Ile Trp Lys 225 230 235 240 Tyr Glu Asn Lys Lys Asn Asp Glu Lys Glu Lys Ile Ile Glu Arg Ser 245 250 255 Tyr Lys Ser Ile Glu Lys Ser Ile Asn Gln Tyr Ile Leu Asn His Asn 260 265 270 Thr Glu Val Glu Ser Gly Asp Lys Glu Lys Lys Ile Asp Ile Ser Glu 275 280 285 Glu Arg Ile Lys Glu Asp Leu Lys Lys Thr Phe Ile Leu Phe Ser Arg 290 295 300 Leu Arg His Tyr Met Val His Tyr Asn Tyr Lys Phe Tyr Glu Asn Leu 305 310 315 320 Tyr Ser Gly Lys Asn Phe Ile Ile Tyr Asn Lys Asp Lys Ser Lys Ser 325 330 335 Arg Arg Phe Ser Glu Leu Leu Asp Leu Asn Ile Phe Lys Glu Leu Ser 340 345 350 Lys Ile Lys Leu Val Lys Asn Arg Ala Val Ser Asn Tyr Leu Asp Lys 355 360 365 Lys Thr Thr Ile His Val Leu Asn Lys Asn Ile Asn Ala Ile Lys Leu 370 375 380 Leu Asp Ile Tyr Arg Asp Ile Cys Glu Thr Lys Asn Gly Phe Asn Asn 385 390 395 400 Phe Ile Asn Asn Met Met Thr Ile Ser Gly Glu Glu Asp Lys Glu Tyr 405 410 415 Lys Glu Met Val Thr Lys His Phe Asn Glu Asn Met Asn Lys Leu Ser 420 425 430 Ile Tyr Leu Glu Asn Phe Lys Lys His Ser Asp Phe Lys Thr Asn Asn 435 440 445 Lys Lys Lys Glu Thr Tyr Asn Leu Leu Lys Gln Glu Leu Asp Glu Gln 450 455 460 Lys Lys Leu Arg Leu Trp Phe Asn Ala Pro Tyr Val Tyr Asp Ile His 465 470 475 480 Ser Ser Lys Lys Tyr Lys Glu Leu Tyr Val Glu Arg Lys Lys Tyr Val 485 490 495 Asp Ile His Ser Lys Leu Ile Glu Ala Gly Ile Asn Asn Asp Asn Lys 500 505 510 Lys Lys Leu Asn Glu Ile Asn Val Lys Leu Cys Glu Leu Asn Thr Glu 515 520 525 Met Lys Glu Met Thr Lys Leu Asn Ser Lys Tyr Arg Leu Gln Tyr Lys 530 535 540 Leu Gln Leu Ala Phe Gly Phe Ile Leu Glu Glu Phe Asn Leu Asp Ile 545 550 555 560 Asp Lys Phe Val Ser Ala Phe Asp Lys Asp Asn Asn Leu Thr Ile Ser 565 570 575 Lys Phe Met Glu Lys Arg Glu Thr Tyr Leu Ser Lys Ser Leu Asp Arg 580 585 590 Arg Asp Asn Arg Phe Lys Lys Leu Ile Lys Asp Tyr Lys Phe Arg Asp 595 600 605 Thr Glu Asp Ile Phe Cys Ser Asp Arg Glu Asn Asn Leu Val Lys Leu 610 615 620 Tyr Ile Leu Met Tyr Ile Leu Leu Pro Val Glu Ile Arg Gly Asp Phe 625 630 635 640 Leu Gly Phe Val Lys Lys Asn Tyr Tyr Asp Leu Lys His Val Asp Phe 645 650 655 Ile Asp Lys Arg Asn Asn Asp Asn Lys Asp Thr Phe Phe His Asp Leu 660 665 670 Arg Leu Phe Glu Lys Asn Val Lys Arg Leu Glu Val Thr Ser Tyr Ser 675 680 685 Leu Ser Asp Gly Phe Leu Gly Lys Lys Ser Arg Glu Lys Phe Gly Lys 690 695 700 Glu Leu Glu Lys Phe Ile Tyr Lys Asn Val Ser Ile Ala Leu Pro Thr 705 710 715 720 Asn Ile Asp Ile Lys Glu Phe Asn Lys Ser Leu Val Leu Pro Met Met 725 730 735 Lys Asn Tyr Gln Ile Ile Phe Lys Leu Leu Asn Asp Ile Glu Ile Ser 740 745 750 Ala Leu Phe Leu Ile Ala Lys Lys Glu Gly Asn Glu Gly Ser Ile Thr 755 760 765 Phe Lys Lys Val Ile Asp Lys Val Arg Lys Glu Asp Met Asn Gly Asn 770 775 780 Ile Asn Phe Ser Gln Val Met Lys Met Ala Leu Asn Glu Lys Val Asn 785 790 795 800 Cys Gln Ile Arg Asn Ser Ile Ala His Ile Asn Met Lys Gln Leu Tyr 805 810 815 Ile Glu Pro Leu Asn Ile Tyr Ile Asn Asn Asn Gln Asn Lys Lys Thr 820 825 830 Ile Ser Glu Gln Met Glu Glu Ile Ile Asp Ile Cys Ile Thr Lys Gly 835 840 845 Leu Thr Gly Lys Glu Leu Asn Lys Asn Ile Ile Asn Asp Tyr Tyr Met 850 855 860 Lys Lys Glu Lys Leu Val Phe Asn Leu Lys Leu Arg Lys Arg Asn Asn 865 870 875 880 Leu Val Ser Ile Asp Ala Gln Gln Lys Asn Met Lys Glu Lys Ser Ile 885 890 895 Leu Asn Lys Tyr Asp Leu Asn Tyr Lys Asp Glu Asn Leu Asn Ile Lys 900 905 910 Glu Ile Ile Leu Lys Val Asn Asp Leu Asn Asn Lys Gln Lys Leu Leu 915 920 925 Lys Glu Thr Thr Glu Gly Glu Ser Asn Tyr Lys Asn Ala Leu Ser Lys 930 935 940 Asp Ile Leu Leu Leu Asn Gly Ile Ile Arg Lys Asn Ile Asn Phe Lys 945 950 955 960 Ile Lys Glu Met Ile Leu Gly Ile Ile Gln Gln Asn Glu Tyr Arg Tyr 965 970 975 Val Asn Ile Asn Ile Tyr Asp Lys Ile Arg Lys Glu Asp His Asn Ile 980 985 990 Asp Leu Lys Ile Asn Asn Lys Tyr Ile Glu Ile Ser Cys Tyr Glu Asn 995 1000 1005 Lys Ser Asn Glu Ser Thr Asp Glu Arg Ile Asn Phe Lys Ile Lys 1010 1015 1020 Tyr Met Asp Leu Lys Val Lys Asn Glu Leu Leu Val Pro Ser Cys 1025 1030 1035 Tyr Glu Asp Ile Tyr Ile Lys Lys Lys Ile Asp Leu Glu Ile Arg 1040 1045 1050 Tyr Ile Glu Asn Cys Lys Val Val Tyr Ile Asp Ile Tyr Tyr Lys 1055 1060 1065 Lys Tyr Asn Ile Asn Leu Glu Phe Asp Gly Lys Thr Leu Phe Val 1070 1075 1080 Lys Phe Asn Lys Asp Val Lys Lys Asn Asn Gln Lys Val Asn Leu 1085 1090 1095 Glu Ser Asn Tyr Ile Gln Asn Ile Lys Phe Ile Val Ser 1100 1105 1110

Claims (98)

  1. 이펙터 단백질 및 상응하는 표적 분자에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA를 포함하는 검출 CRISPR 시스템; 및
    RNA-기반 차폐성 구성체
    를 포함하는 핵산 검출 시스템.
  2. 이펙터 단백질 및 기폭제 RNA에 결합하도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA를 포함하는 검출 CRISPR 시스템;
    RNA-기반 차폐성 구성체; 및
    차폐된 RNA 중합효소 프로모터 결합 부위 또는 차폐된 프라이머 결합 부위를 포함하는 하나 이상의 검출 앱타머
    를 포함하는 폴리펩티드 검출 시스템.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 핵산 증폭 시약을 더 포함하는 것인 시스템.
  4. 제1항에 있어서, 표적 분자는 표적 DNA이고, 시스템은 표적 DNA에 결합하며 RNA 중합효소 프로모터를 포함하는 프라이머를 더 포함하는 것인 시스템.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, CRISPR 시스템 이펙터 단백질은 RNA-표적화 이펙터 단백질인 시스템.
  6. 제5항에 있어서, RNA-표적화 이펙터 단백질은 하나 이상의 HEPN 도메인을 포함하는 것인 시스템.
  7. 제6항에 있어서, 하나 이상의 HEPN 도메인은 RxxxxH 모티프 서열을 포함하는 것인 시스템.
  8. 제7항에 있어서, RxxxH 모티프는 R{N/H/K}X1X2X3H 서열을 포함하는 것인 시스템.
  9. 제8항에 있어서, X1 은 R, S, D, E, Q, N, G, 또는 Y이고, X2 는 독립적으로 I, S, T, V, 또는 L이고, X3 은 독립적으로 L, F, N, Y, V, I, S, D, E, 또는 A인 시스템.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, CRISPR RNA-표적화 이펙터 단백질은 C2c2인 시스템.
  11. 제6항에 있어서, CRISPR RNA-표적화 이펙터 단백질은 C2c2인 시스템.
  12. 제11항에 있어서, C2c2는 Cas1 유전자의 20 kb 이내에 존재하는 것인 시스템.
  13. 제12항에 있어서, C2c2 이펙터 단백질은 렙토트리키아 (Leptotrichia), 리스테리아 (Listeria), 코리네박터 (Corynebacter), 수테렐라 (Sutterella), 레지오넬라 (Legionella), 트레포네마 (Treponema), 필리팩터 (Filifactor), 유박테리움 (Eubacterium), 스트렙토코커스 (Streptococcus), 락토바실러스 (Lactobacillus), 마이코플라스마 (Mycoplasma), 박테로이데스 (Bacteroides), 플라비이볼라 (Flaviivola), 플라보박테리움 (Flavobacterium), 스파에로차에타 (Sphaerochaeta), 아조스피릴룸 (Azospirillum), 글루콘아세토박터 (Gluconacetobacter), 네이세리아 (Neisseria), 로세부리아 (Roseburia), 파르비바큘럼 (Parvibaculum), 스타필로코커스 (Staphylococcus), 니트라티프락토르 (Nitratifractor), 마이코플라스마 (Mycoplasma), 캄필로박터 (Campylobacter), 및 라크노스피라 (Lachnospira)로 이루어진 군으로부터 선택되는 속의 유기체로부터 유래되는 것인 시스템.
  14. 제13항에 있어서, C2c2 또는 Cas13b 이펙터 단백질은 렙토트리키아 샤히이 (Leptotrichia shahii); 렙토트리키아 와데이 (Leptotrichia wadei)(Lw2); 리스테리아 실리게리 (Listeria seeligeri); 라크노스피라과 (Lachnospiraceae) 박테리아 MA2020; 라크노스피라과 (Lachnospiraceae) 박테리아 NK4A179; [클로스트리듐 (Clostridium)] 아미노필럼 (aminophilum) DSM 10710; 카르노박테리움 갈리나럼 (Carnobacterium gallinarum) DSM 4847; 카르노박테리움 갈리나럼 (Carnobacterium gallinarum) DSM 4847 (제2 CRISPR 유전자좌); 팔루디박터 프로피오니시게네스 (Paludibacter propionicigenes) WB4; 리스테리아 웨이헨스테파넨시스 (Listeria weihenstephanensis) FSL R9-0317; 리스테리아과 (Listeriaceae) 박테리아 FSL M6-0635; 렙토트리키아 와데이 (Leptotrichia wadei) F0279; 로도박터 캡술라터스 (Rhodobacter capsulatus) SB 1003; 로도박터 캡술라터스 (Rhodobacter capsulatus) R121; 로도박터 캡술라터스 (Rhodobacter capsulatus) DE442; 렙토트리키아 부칼리스 (Leptotrichia buccalis) C-1013-b; 허르비닉스 헤미셀룰로실리티카 (Herbinix hemicellulosilytica); [유박테리움 (Eubacterium)] 렉탈레 (rectale); 유박테리아과 (Eubacteriaceae) 박테리아 CHKCI004; 블라우티아 (Blautia) sp. 마르세이유-P2398; 렙토트리키아 (Leptotrichia) sp. 경구 분류군 879 str. F0557; 라크노스피라과 (Lachnospiraceae) 박테리아 NK4A144; 클로로플렉서스 아그레간스 (Chloroflexus aggregans); 데메퀴나 아우란티아카 (Demequina aurantiaca); 탈라소스피라 (Thalassospira) sp. TSL5-1; 슈도부티리비브리오 (Pseudobutyrivibrio) sp. OR37; 부티리비브리오 (Butyrivibrio) sp. YAB3001; 블라우티아 (Blautia) sp. 마르세이유-P2398; 렙토트리키아 (Leptotrichia) sp. 마르세이유-P3007; 박테로이데스 이후아에 (Bacteroides ihuae); 폴피로모나다과 박테리아 (Porphyromonadaceae) KH3CP3RA; 리스테리아 리파리아 (Listeria riparia); 및 인솔리티스피릴럼 페레그리넘 (Insolitispirillum peregrinum)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 유기체로부터 유래되는 것인 시스템.
  15. 제14항에 있어서, C2c2 이펙터 단백질은 엘. 와데이 (L. wadei) F0279 또는 엘. 와데이 (L. wadei) F0279 (Lw2) C2c2 이펙터 단백질인 시스템.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제하는 것인 시스템.
  17. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 양성 신호를 차폐하거나, 또는 대신에 검출가능한 음성 신호를 발생시켜, 검출가능한 양성 신호의 발생을 억제하는 것인 시스템.
  18. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 리포팅 구성체에 의해 코딩되는 유전자 생성물의 생성을 억제하는 침묵화 RNA를 포함하고, 유전자 생성물은 발현 시 검출가능한 양성 신호를 발생시키는 것인 시스템.
  19. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 음성 검출가능한 신호를 발생시키는 리보자임이고, 양성 검출가능한 신호는 리보자임이 탈활성화될 때 발생되는 것인 시스템.
  20. 제19항에 있어서, 리보자임은 기질을 제1 색상으로 전환시키고 기질은 리보자임이 탈활성화될 때 제2 색상으로 전환되는 것인 시스템.
  21. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐제는 RNA 앱타머이고/이거나 RNA-속박된 억제제를 포함하는 것인 시스템.
  22. 제21항에 있어서, 앱타머 또는 RNA-속박된 억제제는 효소를 격리시키고, 효소는 기질에 대해 작용하여 앱타머 또는 RNA-속박된 억제제로부터 방출 시 검출가능한 신호를 발생시키는 것인 시스템.
  23. 제21항에 있어서, 앱타머는 효소를 억제하고 효소가 기질로부터 검출가능한 신호의 발생을 촉매하는 것을 방지하는 억제성 앱타머이거나, 또는 RNA-속박된 억제제는 효소를 억제하고 효소가 기질로부터 검출가능한 신호의 발생을 촉매하는 것을 방지하는 것인 시스템.
  24. 제23항에 있어서, 효소는 트롬빈, 단백질 C, 호중구 엘라스타제, 서브틸리신, 홀스래디쉬 퍼옥시다제, 베타-갈락토시다제, 또는 송아지 알칼리 포스파타제인 시스템.
  25. 제24항에 있어서, 효소는 트롬빈이고 기질은 트롬빈에 대한 펩티드 기질에 공유적으로 연결된 파라-니트로아닐리드이거나, 또는 트롬빈에 대한 펩티드 기질에 공유적으로 연결된 7-아미노-4-메틸쿠마린인 시스템.
  26. 제21항에 있어서, 앱타머는 앱타머로부터 방출 시 검출가능한 신호를 발생시키도록 조합된 작용제의 쌍을 격리시키는 것인 시스템.
  27. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 검출가능한 리간드 및 차폐성 성분이 부착된 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하는 것인 시스템.
  28. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 브릿지 분자에 의해 응집체로 유지된 나노입자를 포함하고, 브릿지 분자의 적어도 일부분은 RNA를 포함하며, 용액은 나노입자가 용액 중에 분배될 때 색상 이동을 겪는 것인 시스템.
  29. 제28항에 있어서, 나노입자는 콜로이드 금속인 시스템.
  30. 제29항에 있어서, 콜로이드 금속은 콜로이드 금인 시스템.
  31. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 연결 분자에 의해 하나 이상의 소광제 분자에 연결된 퀀텀 도트를 포함하고, 연결 분자의 적어도 일부분은 RNA를 포함하는 것인 시스템.
  32. 제16항에 있어서, RNA-기반 차폐성 구성체는 인터컬레이팅제와 복합체인 RNA를 포함하고, 인터컬레이팅제는 RNA의 절단 시 흡광도를 변화시키는 것인 시스템.
  33. 제32항에 있어서, 인터컬레이팅제는 파이로닌-Y 또는 메틸렌 블루인 시스템.
  34. 제16항에 있어서, 검출가능한 리간드는 형광단이고 차폐성 성분은 소광제 분자인 시스템.
    [청구항 34]
    제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상응하는 표적 분자에 결합되도록 디자인된 하나 이상의 가이드 RNA는 (합성) 미스매치를 포함하는 것인 시스템.
  35. 제34항에 있어서, 상기 미스매치는 상기 표적 분자에서 SNP 또는 다른 단일 뉴클레오티드 변이의 상류 또는 하류에 존재하는 것인 시스템.
  36. 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 가이드 RNA는 표적 RNA 또는 DNA, 또는 RNA 전사물의 스플라이스 변이체에서 단일 뉴클레오티드 다형성을 검출하도록 디자인되는 것인 시스템.
  37. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 가이드 RNA는 질환 상태에 대한 진단인 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 디자인되는 것인 시스템.
  38. 제37항에 있어서, 질환 상태는 암인 시스템.
  39. 제38항에 있어서, 질환 상태는 자가면역 질환인 시스템.
  40. 제37항에 있어서, 질환 상태는 감염인 시스템.
  41. 제40항에 있어서, 감염은 바이러스, 박테리아, 진균, 원생동물, 또는 기생충에 의해 야기되는 것인 시스템.
  42. 제41항에 있어서, 감염은 바이러스 감염인 시스템.
  43. 제42항에 있어서, 바이러스 감염은 DNA 바이러스에 의해 야기되는 것인 시스템.
  44. 제43항에 있어서, DNA 바이러스는 미오바이러스과, 포도바이러스과, 시포바이러스과, 알로헤르페스바이러스과, 헤르페스바이러스과 (인간 헤르페스 바이러스, 및 바리셀라 조스터 바이러스 포함), 말로코헤르페스바이러스과, 리포트릭스바이러스과, 루디바이러스과, 아데노바이러스과, 암풀라바이러스과, 아스코바이러스과, 아스파르바이러스과 (아프리카 돼지 열병 바이러스 포함), 배큘로바이러스과, 시카우다바이러스과, 클라바바이러스과, 코르티코바이러스과, 푸셀로바이러스과, 글로불로바이러스과, 구타바이러스과, 히트로사바이러스과, 이리도바이러스과, 마르세이유바이러스과, 미미바이러스과, 누디바이러스과, 니마바이러스과, 판도라바이러스과, 파필로마바이러스과, 피코드나바이러스과, 플라스마바이러스과, 폴리드나바이러스과, 폴리오마바이러스과 (원숭이 바이러스 40, JC 바이러스, BK 바이러스 포함), 폭스바이러스과 (우두 및 천연두 포함), 스파에롤리포바이러스과, 텍티바이러스과, 툴리바이러스과, 디노드나바이러스과, 솔터프로바이러스, 리지도바이러스인 시스템.
  45. 제42항에 있어서, 바이러스 감염은 이중-가닥 RNA 바이러스, 포지티브 센스 RNA 바이러스, 네거티브 센스 RNA 바이러스, 레트로바이러스, 또는 이의 조합에 의해 야기되는 것인 시스템.
  46. 제45항에 있어서, 바이러스 감염은 코로나바이러스과 바이러스, 피코르나바이러스과 바이러스, 칼리시바이러스과 바이러스, 플라비바이러스과 바이러스, 토가바이러스과 바이러스, 보르나바이러스과, 필로바이러스과, 파라믹소바이러스과, 뉴모바이러스과, 라브도바이러스과, 아레나바이러스과, 부니아바이러스과, 오르쏘믹소바이러스과, 또는 델타바이러스에 의해 야기되는 것인 시스템.
  47. 제46항에 있어서, 바이러스 감염은 코로나바이러스, SARS, 폴리오바이러스, 리노바이러스, A형 간염 바이러스, 노르와크 바이러스, 황열 바이러스, 웨스트나일 바이러스, C형 간염 바이러스, 뎅기열 바이러스, 지카 바이러스, 루벨라 바이러스, 로스 리버 바이러스, 신드비스 바이러스, 치쿤구니야 바이러스, 보르나병 바이러스, 에볼라 바이러스, 마르부르그 바이러스, 홍역 바이러스, 유행성이하선염 바이러스, 니파 바이러스, 헨드라 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 인간 호흡기 세포융합 바이러스, 공수병 바이러스, 라사 바이러스, 한타바이러스, 크림-콩고 출혈열 바이러스, 인플루엔자, 또는 D형 간염 바이러스에 의해 야기되는 것인 시스템.
  48. 제41항에 있어서, 감염은 박테리아 감염인 시스템.
  49. 제48항에 있어서, 박테리아 감염을 야기하는 박테리아는 아시네토박터 (Acinetobacter) 종, 악티노바실러스 (Actinobacillus) 종, 악티노마이세테스 (Actinomycetes) 종, 악티노마이세스 (Actinomyces) 종, 애로코커스 종 (Aerococcus), 애로모나스 (Aeromonas) 종, 아나플라스마 (Anaplasma) 종, 알칼리게네스 (Alcaligenes) 종, 바실러스 (Bacillus) 종, 박테로이데스 (Bacteriodes) 종, 바르토넬라 (Bartonella) 종, 비피도박테리움 (Bifidobacterium) 종, 보르데텔라 (Bordetella) 종, 보렐리아 (Borrelia) 종, 브루셀라 (Brucella) 종, 버크홀데리아 (Burkholderia) 종, 캄필로박터 종 (Campylobacter), 카프노시토파가 (Capnocytophaga) 종, 클라미디아 (Chlamydia) 종, 시트로박터 (Citrobacter) 종, 콕시엘라 (Coxiella) 종, 코리네박테리움 (Corynbacterium) 종, 클로스트리듐 (Clostridium) 종, 에이케넬라 (Eikenella) 종, 엔테로박터 (Enterobacter) 종, 에스케리치아 (Escherichia) 종, 엔테로코커스 (Enterococcus) 종, 엘리키아 (Ehlichia) 종, 에피더모피톤 (Epidermophyton) 종, 에리시펠로트릭스 (Erysipelothrix) 종, 유박테리움 (Eubacterium) 종, 프란시셀라 (Francisella) 종, 푸소박테리움 (Fusobacterium) 종, 가르드네렐라 (Gardnerella) 종, 게멜라 (Gemella) 종, 해모필러스 (Haemophilus) 종, 헬리코박터 (Helicobacter) 종, 킨겔라 (Kingella) 종, 클렙시엘라 (Klebsiella) 종, 락토바실러스 (Lactobacillus) 종, 락토코커스 (Lactococcus) 종, 리스테리아 (Listeria) 종, 렙토스피라 (Leptospira) 종, 레지오넬라 (Legionella) 종, 렙토스피라 (Leptospira) 종, 류코노스토크 (Leuconostoc) 종, 만헤이미아 (Mannheimia) 종, 마이크로스포룸 (Microsporum) 종, 마이코코커스 (Micrococcus) 종, 모라셀라 (Moraxella) 종, 모르가넬 (Morganell) 종, 모빌룬커스 (Mobiluncus) 종, 마이크로코커스 (Micrococcus) 종, 마이코박테리움 (Mycobacterium) 종, 마이코플라즘 (Mycoplasm) 종, 노카르디아 (Nocardia) 종, 네이세리아 (Neisseria) 종, 파스퇴렐라 (Pasteurelaa) 종, 페디오코커스 (Pediococcus) 종, 펩토스트렙토코커스 (Peptostreptococcus) 종, 피티로스포럼 (Pityrosporum) 종, 플레시오모나스 (Plesiomonas) 종, 프레보텔라 (Prevotella) 종, 폴피로모나스 (Porphyromonas) 종, 프로테우스 (Proteus) 종, 프로비덴시아 (Providencia) 종, 슈도모나스 (Pseudomonas) 종, 프로피오니박테리움 (Propionibacteriums) 종, 로도코커스 (Rhodococcus) 종, 리켓치아 (Rickettsia) 종, 로도코커스 (Rhodococcus) 종, 세라티아 (Serratia) 종, 스테노트로포모나스 (Stenotrophomonas) 종, 살모넬라 (Salmonella) 종, 세라티아 (Serratia) 종, 시겔라 (Shigella) 종, 스타필로코커스 (Staphylococcus) 종, 스트렙토코커스 (Streptococcus) 종, 스피릴럼 (Spirillum) 종, 스트렙토바실러스 (Streptobacillus) 종, 트레포네마 (Treponema) 종, 트로페리마 (Tropheryma) 종, 트리코피톤 (Trichophyton) 종, 우레아플라스마 (Ureaplasma) 종, 베일로넬라 (Veillonella) 종, 비브리오 (Vibrio) 종, 여시니아 (Yersinia) 종, 잔토모나스 (Xanthomonas) 종, 또는 이의 조합인 시스템.
  50. 제41항에 있어서, 감염은 진균에 의해 야기되는 것인 시스템.
  51. 제50항에 있어서, 진균은 아스퍼질러스 (Aspergillus), 블라스토마이세스 (Blastomyces), 칸디디아시스 (Candidiasis), 콕시디오도마이코시스 (Coccidiodomycosis), 크립토코커스 네오포르만스 (Cryptococcus neoformans), 크립토코커스 가티 (Cryptococcus gatti), sp., 히스토플라스마 (Histoplasma) sp. (예컨대 히스토플라스마 캡술라텀 (Histoplasma capsulatum)), 뉴모시스티스 (Pneumocystis) sp. (예컨대 뉴모시스티스 지로벡시이 (Pneumocystis jirovecii)), 스타키보트리스 (Stachybotrys) (예컨대 스타키보트리스 카르타럼 (Stachybotrys chartarum)), 무크로임코시스 (Mucroymcosis), 스포로트릭스 (Sporothrix), 진균성 눈 감염 백선, 엑세로힐럼 (Exserohilum), 클라도스포리움 (Cladosporium), 지오트리컴 (Geotrichum), 사카로마이세스 (Saccharomyces), 한세눌라 (Hansenula) 종, 칸디다 (Candida) 종, 클루이베로마이세스 (Kluyveromyces) 종, 데바리오마이세스 (Debaryomyces) 종, 피키아 (Pichia) 종, 페니실리움 (Penicillium) 종, 클라도스포리움 (Cladosporium) 종, 비소클라미스 (Byssochlamys) 종 또는 이의 조합인 시스템.
  52. 제41항에 있어서, 감염은 원생동물에 의해 야기되는 것인 시스템.
  53. 제52항에 있어서, 원생동물은 유글레노조아 (Euglenozoa), 헤테로로보세아 (Heterolobosea), 디플로모나디다 (Diplomonadida), 아메보조아 (Amoebozoa), 블라스토시스틱 (Blastocystic), 아피콤플렉사 (Apicomplexa), 또는 이의 조합인 시스템.
  54. 제41항에 있어서, 감염은 기생충에 의해 야기되는 것인 시스템.
  55. 제54항에 있어서, 기생충은 트리파노소마 크루지 (Trypanosoma cruzi) (샤가스 병), 티. 브루세이 감비엔스 (T. brucei gambiense), 티. 브루세이 로데시엔스 (T. brucei rhodesiense), 리슈마니아 브라질리엔시스 (Leishmania braziliensis), 엘. 인판텀 (L. infantum), 엘. 멕시카나 (L. mexicana), 엘. 마조르 (L. major), 엘. 트로피카 (L. tropica), 엘. 도노바니 (L. donovani), 내글레리아 파울러리 (Naegleria fowleri), 지아르디아 인테스티날리스 (Giardia intestinalis) (지. 람블리아 (G. lamblia), 지. 듀오데날리스 (G. duodenalis)), 칸타메바 카스텔라니 (canthamoeba castellanii), 발라무티아 마드릴라리스 (Balamuthia madrillaris), 엔타메바 히스톨리티카 (Entamoeba histolytica), 블라스토시스틱 호미니스 (Blastocystic hominis), 바베시아 미크로티 (Babesia microti), 크립토스포리듐 파르븀 (Cryptosporidium parvum), 시클로스포라 카이에타넨시스 (Cyclospora cayetanensis), 플라스모듐 팔시파럼 (Plasmodium falciparum), 피. 비박스 (P. vivax), 피. 오발레 (P. ovale), 피. 말라리아에 (P. malariae), 및 톡소플라스마 곤디 (Toxoplasma gondii), 또는 이의 조합인 시스템.
  56. 제1항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 RNA 분자를 증폭시키기 위한 시약은 핵산 서열-기반 증폭 (NASBA), 리콤비나제 중합효소 증폭 (RPA), 루프-매개 등온성 증폭 (LAMP), 가닥 치환 증폭 (SDA), 헬리카제-의존적 증폭 (HDA), 닉킹 효소 증폭 반응 (NEAR), PCR, 다중 치환 증폭 (MDA), 롤링 써클 증폭 (RCA), 리가제 연쇄 반응 (LCR), 또는 세분화 증폭 방법 (RAM)을 포함하는 것인 시스템.
  57. 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 농축 CRISPR 시스템을 더 포함하고, 농축 CRISPR 시스템은 검출 CRISPR 시스템에 의한 검출 이전에 상응하는 표적 분자에 결합하도록 디자인되는 것인 시스템.
  58. 제57항에 있어서, 농축 CRISPR 시스템은 촉매적 불활성 CRISPR 이펙터 단백질을 포함하는 것인 시스템.
  59. 제58항에 있어서, 촉매적 불활성 CRISPR 이펙터 단백질은 촉매적 불활성 C2c2인 시스템.
  60. 제57항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 농축 CRISPR 이펙터 단백질은 태그를 더 포함하고, 태그는 농축 CRISPR 이펙터 시스템을 풀 다운시키거나, 또는 농축 CRISPR 시스템을 고형 기재에 결합시키는데 사용되는 것인 시스템.
  61. 제60항에 있어서, 고형 기재는 플로우 셀인 시스템.
  62. 하나 이상의 개별 이산 부피 (discrete volume)를 포함하는 진단 장치로서, 각각의 개별 이산 부피는 제1항 내지 제61항 중 어느 한 항의 CRISPR 시스템을 포함하는 것인 진단 장치.
  63. 제62항에 있어서, 각각의 개별 이산 부피는 차폐된 RNA 중합효소 프로모터 결합 부위 또는 차폐된 프라이머 결합 부위를 포함하는 하나 이상의 검출 앱타머를 더 포함하는 것인 진단 장치.
  64. 제62항 또는 제63항에 있어서, 각각의 개별 이산 부피는 핵산 증폭 시약을 더 포함하는 것인 장치.
  65. 제62항에 있어서, 표적 분자는 표적 DNA이고, 개별 이산 부피는 표적 DNA에 결합하며 RNA 중합효소 프로모터를 포함하는 프라이머를 더 포함하는 것인 장치.
  66. 제62항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 개별 이산 부피는 액적인 장치.
  67. 제62항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 개별 이산 부피는 고형 기재 상에 한정되는 것인 장치.
  68. 제67항에 있어서, 개별 이산 부피는 마이크로웰인 장치.
  69. 제62항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 개별 이산 부피는 기재 상에 한정된 스폿인 진단 장치.
  70. 제69항에 있어서, 기재는 가요성 재료 기재인 장치.
  71. 제70항에 있어서, 가요성 재료 기재는 종이 기재 또는 가요성 중합체 기반 기재인 장치.
  72. 샘플에서 표적 핵산을 검출하기 위한 방법으로서,
    샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 개별 이산 부피에 분배시키는 단계로서, 개별 이산 부피는 제1항 또는 제3항 내지 제61항 중 어느 한 항의 CRISPR 시스템을 포함하는 것인 단계;
    샘플 또는 샘플의 세트를 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 표적 분자의 결합을 허용하기에 충분한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계;
    CRISPR 이펙터 단백질을 하나 이상의 가이드 RNA와 하나 이상의 표적 분자의 결합을 통해서 활성화시키는 단계로서, CRISPR 이펙터 단백질의 활성화 결과로 RNA-기반 차폐성 구성체의 변형이 야기되어 검출가능한 양성 신호가 발생되는 것인 단계; 및
    검출가능한 양성 신호를 검출하는 단계로서, 검출가능한 양성 신호의 검출은 샘플 내에 하나 이상의 표적 분자의 존재를 의미하는 것인 단계
    를 포함하는 것인 방법.
  73. 샘플에서 폴리펩티드를 검출하기 위한 방법으로서,
    샘플 또는 샘플의 세트를 개별 이산 부피의 세트에 분배시키는 단계로서, 개별 이산 부피는 펩티드 검출 앱타머, 제2항 내지 제61항 중 어느 한 항의 CRISPR 시스템을 포함하는 것인 단계;
    샘플 또는 샘플의 세트를 펩티드 검출 앱타머와 하나 이상의 표적 분자의 결합을 허용하기에 충분한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계로서, 앱타머와 상응하는 표적 분자의 결합은 RNA 중합효소 결합 부위 또는 프라이머 결합 부위를 노출시켜서 그 결과로 기폭제 RNA의 발생을 야기시키는 것인 단계;
    RNA 이펙터 단백질을 하나 이상의 가이드 RNA와 기폭제 RNA의 결합을 통해서 활성화시키는 단계로서, RNA 이펙터 단백질의 활성화 결과로 RNA-기반 차폐성 구성체의 변형이 야기되어 검출가능한 양성 신호가 생성되는 것인 단계; 및
    검출가능한 양성 신호를 검출하는 단계로서, 검출가능한 양성 신호의 검출은 샘플 내에 하나 이상의 표적 분자의 존재를 의미하는 것인 단계
    를 포함하는 것인 방법.
  74. 제72항에 있어서, 표적 분자는 표적 DNA이고, 방법은 표적 DNA를 RNA 중합효소 부위를 포함하는 프라이머와 결합시키는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
  75. 제72항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 샘플 RNA 또는 기폭제 RNA를 증폭시키는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
  76. 제75항에 있어서, RNA를 증폭시키는 단계는 NASBA에 의한 증폭 단계를 포함하는 것인 방법.
  77. 제75항에 있어서, RNA를 증폭시키는 단계는 RPA에 의한 증폭 단계를 포함하는 것인 방법.
  78. 제72항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서, 샘플은 생물학적 샘플 또는 환경 샘플인 방법.
  79. 제78항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈액, 혈장, 혈청, 소변, 대변, 객담, 점액질, 림프액, 활액, 담즙, 복수, 흉수, 혈청종, 타액, 뇌척수액, 수양액 또는 유리체액, 또는 임의의 신체 분비물, 여출액, 삼출액 (예를 들어, 농양 또는 임의의 다른 감염 또는 염증 부위로부터 수득된 유체), 또는 관절 (예를 들어, 정상 관절 또는 질환, 예컨대 류마티스성 관절염, 골관절염, 통풍성 또는 패혈성 관절염에 의해 영향받은 관절)로부터 수득된 유체, 또는 피부 또는 점막 표면의 면봉표본 (swab)인 방법.
  80. 제78항에 있어서, 환경 샘플은 식품 샘플, 종이 표면, 패브릭, 금속 표면, 목재 표면, 플라스틱 표면, 토양 샘플, 담수 샘플, 폐수 샘플, 염수 샘플, 또는 이의 조합으로부터 수득되는 것인 방법.
  81. 제72항 또는 제74항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 가이드 RNA는 표적 RNA 또는 DNA, 또는 RNA 전사물의 스플라이스 변이체에서 단일 뉴클레오티드 다형성을 검출하도록 디자인되는 것인 방법.
  82. 제72항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 가이드 RNA는 질환 상태에 대한 진단인 하나 이상의 표적 분자에 결합하도록 디자인되는 것인 방법.
  83. 제81항 또는 제82항에 있어서, 하나 이상의 가이드 RNA는 세포-무함유 핵산에 결합하도록 디자인되는 것인 방법.
  84. 제82항에 있어서, 질환 상태는 감염, 장기 질환, 혈액 질환, 면역계 질환, 암, 뇌 및 신경계 질환, 뇌분비 질환, 임신 또는 출산-관련 질환, 유전 질환, 또는 환경적-획득 질환인 방법.
  85. 제37항에 있어서, 상기 질환 상태는 바람직하게 병원체 또는 세포에서의 항생제 또는 약제 내성 또는 감수성 유전자 또는 전사물 또는 폴리펩티드의 존재 또는 부재를 특징으로 하는 것인 시스템.
  86. 제37항에 있어서, 상기 표적 분자는 항생제 또는 약제 내성 또는 감수성 유전자 또는 전사물 또는 폴리펩티드인 시스템.
  87. 제35항에 있어서, 상기 가이드 RNA의 합성 미스매치는 스페이서의 위치 3, 4, 5, 또는 6, 바람직하게 위치 3에 존재하는 것인 시스템.
  88. 제34항, 제35항 또는 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 가이드 RNA의 상기 미스매치는 스페이서의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9, 바람직하게 위치 5에 존재하는 것인 시스템.
  89. 제35항 또는 제82항에 있어서, 상기 미스매치는 상기 가이드 RNA의 상기 SNP 또는 다른 단일 뉴클레오티드 변이의 상류 또는 하류에 1, 2, 3, 4, 또는 5개 뉴클레오티드, 바람직하게 하류에, 바람직하게 2개 뉴클레오티드인 시스템.
  90. 제1항 내지 제56항 또는 제85항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 가이드 RNA는 야생형 스페이서에 비해 절두된 스페이서를 포함하는 것인 시스템.
  91. 제1항 내지 제56항 또는 제80항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 가이드 RNA는 28개 미만의 뉴클레오티드, 바람직하게 20개 내지 27개 뉴클레오티드를 포함하는 스페이서를 포함하는 것인 시스템.
  92. 제1항 내지 제56항 또는 제80항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 가이드 RNA는 20-25개 뉴클레오티드 또는 20-23개 뉴클레오티드, 예컨대 바람직하게 20개 또는 23개 뉴클레오티드로 이루어진 스페이서를 포함하는 것인 시스템.
  93. 제1항 내지 제56항 또는 제85항 내지 제92항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 차폐성 구성체는 G-사중체 형성 서열에 결합하도록 디자인된 RNA 올리고뉴클레오티드를 포함하고, G-사중체 구조는 차폐성 구성체의 절단 시 G-사중체 형성 서열에 의해 형성되고, G-사중체 구조는 검출가능한 양성 신호를 발생시키는 것인 시스템.
  94. 제72항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 검출가능한 양성 신호를 (합성) 표준 신호와 비교하는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
  95. 샘플에서 표적 핵산을 검출하기 위한 방법으로서,
    샘플을 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항에 따른 핵산 검출 시스템과 접촉시키는 단계; 및
    상기 접촉된 샘플을 측류 면역크로마토그래피 어세이에 적용시키는 단계
    를 포함하는 것인 방법.
  96. 제94항에 있어서, 상기 핵산 검출 시스템은 제1 및 제2 분자를 포함하는 RNA-기반 차폐성 구성체를 포함하고, 상기 측류 면역크로마토그래피 어세이는 바람직하게 측류 스트립 상의 개별 검출 부위에서 상기 제1 및 제2 분자를 검출하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  97. 제95항에 있어서, 상기 제1 분자 및 상기 제2 분자는 상기 제1 또는 제2 분자를 인식하는 항체에 결합시키고 상기 결합된 분자를 바람직하게 샌드위치 항체에 의해 검출하여, 검출되는 것인 방법.
  98. 제94항 또는 제95항에 있어서, 상기 측류 스트립은 상기 제1 분자에 대해 유도된 상류 제1 항체, 및 상기 제2 분자에 대해 유도된 하류 제2 항체를 포함하고, 미절단된 RNA-기반 차폐성 구성체는 표적 핵산이 상기 샘플에 존재하지 않으면 상기 제1 항체에 의해 결합되고, 절단된 RNA-기반 차폐성 구성체는 표적 핵산이 상기 샘플에 존재하면 상기 제1 항체 및 상기 제2 항체 둘 모두에 의해 결합되는 것인 방법.
KR1020197019231A 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단 Ceased KR20190104030A (ko)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020247025643A KR102898130B1 (ko) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단
KR1020247025644A KR20240120757A (ko) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단

Applications Claiming Priority (11)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662432553P 2016-12-09 2016-12-09
US62/432,553 2016-12-09
US201762456645P 2017-02-08 2017-02-08
US62/456,645 2017-02-08
US201762471930P 2017-03-15 2017-03-15
US62/471,930 2017-03-15
US201762484869P 2017-04-12 2017-04-12
US62/484,869 2017-04-12
US201762568268P 2017-10-04 2017-10-04
US62/568,268 2017-10-04
PCT/US2017/065477 WO2018107129A1 (en) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr effector system based diagnostics

Related Child Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020247025643A Division KR102898130B1 (ko) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단
KR1020247025644A Division KR20240120757A (ko) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20190104030A true KR20190104030A (ko) 2019-09-05

Family

ID=62491388

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020247025644A Pending KR20240120757A (ko) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단
KR1020197019231A Ceased KR20190104030A (ko) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020247025644A Pending KR20240120757A (ko) 2016-12-09 2017-12-08 Crispr 이펙터 시스템 기반 진단

Country Status (15)

Country Link
US (4) US10266887B2 (ko)
EP (2) EP4119663B1 (ko)
JP (3) JP7228514B2 (ko)
KR (2) KR20240120757A (ko)
CN (1) CN110506128A (ko)
AU (1) AU2017371324B2 (ko)
BR (2) BR122021009064B1 (ko)
CA (1) CA3049961A1 (ko)
DK (1) DK3551753T3 (ko)
ES (1) ES2927463T3 (ko)
HU (1) HUE059759T2 (ko)
PL (1) PL3551753T3 (ko)
PT (1) PT3551753T (ko)
SI (1) SI3551753T1 (ko)
WO (1) WO2018107129A1 (ko)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20200044540A (ko) * 2018-10-19 2020-04-29 대한민국(관리부서 질병관리본부장) 신속 면역크로마토그래피법을 이용한 유비저균 진단·탐지 키트 및 이를 위한 특이항체와 항체생산세포주

Families Citing this family (174)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2012333134B2 (en) 2011-07-22 2017-05-25 John Paul Guilinger Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
US20150044192A1 (en) 2013-08-09 2015-02-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a cas9 nuclease
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US9737604B2 (en) 2013-09-06 2017-08-22 President And Fellows Of Harvard College Use of cationic lipids to deliver CAS9
US9388430B2 (en) 2013-09-06 2016-07-12 President And Fellows Of Harvard College Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
US9340800B2 (en) 2013-09-06 2016-05-17 President And Fellows Of Harvard College Extended DNA-sensing GRNAS
US20150165054A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 President And Fellows Of Harvard College Methods for correcting caspase-9 point mutations
AU2015298571B2 (en) 2014-07-30 2020-09-03 President And Fellows Of Harvard College Cas9 proteins including ligand-dependent inteins
JP7067793B2 (ja) 2015-10-23 2022-05-16 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 核酸塩基編集因子およびその使用
US10337051B2 (en) 2016-06-16 2019-07-02 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for detecting a target RNA
KR20190019168A (ko) * 2016-06-17 2019-02-26 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 제vi형 crispr 오솔로그 및 시스템
KR20250103795A (ko) 2016-08-03 2025-07-07 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 아데노신 핵염기 편집제 및 그의 용도
US11661590B2 (en) 2016-08-09 2023-05-30 President And Fellows Of Harvard College Programmable CAS9-recombinase fusion proteins and uses thereof
US11542509B2 (en) 2016-08-24 2023-01-03 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
CN110023494A (zh) 2016-09-30 2019-07-16 加利福尼亚大学董事会 Rna指导的核酸修饰酶及其使用方法
WO2018064352A1 (en) 2016-09-30 2018-04-05 The Regents Of The University Of California Rna-guided nucleic acid modifying enzymes and methods of use thereof
JP7588390B2 (ja) 2016-10-14 2024-11-22 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 核酸塩基エディターのａａｖ送達
EP4119663B1 (en) 2016-12-09 2024-11-27 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics
WO2018119359A1 (en) 2016-12-23 2018-06-28 President And Fellows Of Harvard College Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection
US10726110B2 (en) * 2017-03-01 2020-07-28 Seven Bridges Genomics, Inc. Watermarking for data security in bioinformatic sequence analysis
WO2018165504A1 (en) 2017-03-09 2018-09-13 President And Fellows Of Harvard College Suppression of pain by gene editing
CN110662556A (zh) 2017-03-09 2020-01-07 哈佛大学的校长及成员们 癌症疫苗
EP3592777A1 (en) 2017-03-10 2020-01-15 President and Fellows of Harvard College Cytosine to guanine base editor
CA3056411A1 (en) * 2017-03-15 2018-09-20 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics for virus detection
US11174515B2 (en) * 2017-03-15 2021-11-16 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics
US11104937B2 (en) * 2017-03-15 2021-08-31 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics
JP7191388B2 (ja) 2017-03-23 2022-12-19 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 核酸によってプログラム可能なｄｎａ結合蛋白質を含む核酸塩基編集因子
US11618928B2 (en) 2017-04-12 2023-04-04 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics for malaria detection
WO2018209320A1 (en) 2017-05-12 2018-11-15 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide rnas for use with crispr-cas9 in genome editing and transcriptional activation
EP3645728A4 (en) * 2017-06-26 2021-03-24 The Broad Institute, Inc. NEW TYPE VI CRISPR ORTHOLOGISTS AND SYSTEMS
US12239646B2 (en) * 2017-07-19 2025-03-04 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Cancer diagnostic and treatment
EP3658573A1 (en) 2017-07-28 2020-06-03 President and Fellows of Harvard College Methods and compositions for evolving base editors using phage-assisted continuous evolution (pace)
WO2019139645A2 (en) 2017-08-30 2019-07-18 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising gam
KR20200062198A (ko) 2017-09-09 2020-06-03 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 다중-이펙터 crispr 기반 진단 시스템
AU2018346530A1 (en) 2017-10-04 2020-04-30 Massachusetts Institute Of Technology CRISPR effector system based diagnostics
KR20200121782A (ko) 2017-10-16 2020-10-26 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 아데노신 염기 편집제의 용도
WO2019084063A1 (en) * 2017-10-23 2019-05-02 The Broad Institute, Inc. SYSTEMS, METHODS AND COMPOSITIONS FOR TARGETED NUCLEIC ACID EDITION
WO2019089804A1 (en) 2017-11-01 2019-05-09 The Regents Of The University Of California Casy compositions and methods of use
CA3080493A1 (en) 2017-11-01 2019-05-09 The Regents Of The University Of California Casz compositions and methods of use
WO2019089808A1 (en) 2017-11-01 2019-05-09 The Regents Of The University Of California Class 2 crispr/cas compositions and methods of use
US11661599B1 (en) 2017-12-14 2023-05-30 National Technology & Engineering Solutions Of Sandia, Llc CRISPR-Cas based system for targeting single-stranded sequences
US12406749B2 (en) 2017-12-15 2025-09-02 The Broad Institute, Inc. Systems and methods for predicting repair outcomes in genetic engineering
EP3728613A4 (en) * 2017-12-22 2022-01-12 The Broad Institute, Inc. MULTIPLEX DIAGNOSIS BASED ON CRISPR EFFECTIVE SYSTEMS
EP3746568B1 (en) * 2018-01-29 2023-11-15 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics
US11807877B1 (en) 2018-03-22 2023-11-07 National Technology & Engineering Solutions Of Sandia, Llc CRISPR/Cas activity assays and compositions thereof
US12157760B2 (en) 2018-05-23 2024-12-03 The Broad Institute, Inc. Base editors and uses thereof
CN108893529A (zh) * 2018-06-25 2018-11-27 武汉博杰生物医学科技有限公司 一种基于CRISPR技术特异性检测人KRAS基因2号及3号外显子突变的crRNA
MX2020013461A (es) 2018-06-26 2021-04-28 Broad Inst Inc Composiciones, sistemas y métodos de amplificación basados en la doble nicasa crispr.
US20210269866A1 (en) 2018-06-26 2021-09-02 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based amplification methods, systems, and diagnostics
US20210147915A1 (en) 2018-06-26 2021-05-20 The Broad Institute, Inc. Crispr/cas and transposase based amplification compositions, systems and methods
CN108841958A (zh) * 2018-07-03 2018-11-20 武汉博杰生物医学科技有限公司 一种检测EGFR基因外显子21L858突变的crRNA及其检测方法
WO2020014261A1 (en) * 2018-07-09 2020-01-16 The Broad Institute, Inc. Rna programmable epigenetic rna modifiers and uses thereof
US20210348217A1 (en) * 2018-07-16 2021-11-11 Massachusetts Institute Of Technology Rna tickertape for recording transcriptional histories of cells
CN109897852A (zh) * 2018-07-25 2019-06-18 广州普世利华科技有限公司 基于C2c2的肿瘤相关突变基因的gRNA、检测方法、检测试剂盒
US11608519B2 (en) 2018-07-30 2023-03-21 Tokitae Llc Specific detection of deoxyribonucleic acid sequences using novel CRISPR enzyme-mediated detection strategies
CN113348245A (zh) * 2018-07-31 2021-09-03 博德研究所 新型crispr酶和系统
WO2020028729A1 (en) * 2018-08-01 2020-02-06 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease compositions and methods of use thereof
JP2021532815A (ja) * 2018-08-07 2021-12-02 ザ・ブロード・インスティテュート・インコーポレイテッド 新規Ｃａｓ１２ｂ酵素およびシステム
US12275964B2 (en) 2018-08-22 2025-04-15 The Regents Of The University Of California Variant type V CRISPR/Cas effector polypeptides and methods of use thereof
CN109055499B (zh) * 2018-08-30 2021-01-19 杭州杰毅生物技术有限公司 基于CRISPR-Cas的等温核酸检测方法及试剂盒
CN109022621B (zh) * 2018-09-03 2020-12-11 中国科学院武汉病毒研究所 尼帕病毒检测试剂盒及其专用引物
EP3846837A4 (en) * 2018-09-07 2022-09-14 The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established under The Will of J. David Gladstone HIV OR HCV DETECTION WITH CRISPR-CAS13A
CN109337994A (zh) * 2018-09-30 2019-02-15 沈阳农业大学 一种检测布鲁氏菌的rpa-lfd检测试剂盒及其使用方法
CN109207615B (zh) * 2018-10-12 2021-06-29 广东省生态环境技术研究所 一种免标记荧光检测金黄色葡萄球菌mecA基因的方法及检测试剂盒
WO2020092453A1 (en) 2018-10-29 2020-05-07 The Broad Institute, Inc. Nucleobase editors comprising geocas9 and uses thereof
EP3650553B1 (en) * 2018-11-07 2023-07-12 Siemens Healthcare GmbH Method for detection of specific nucleic acids
CN111154913B (zh) * 2018-11-08 2023-04-18 中山大学 用于EB病毒DNA检测的引物和crRNA及其应用
AU2019374883A1 (en) 2018-11-09 2021-05-20 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
SG11202105083XA (en) * 2018-11-14 2021-06-29 Broad Inst Inc Crispr system based droplet diagnostic systems and methods
CN109652508A (zh) * 2018-12-04 2019-04-19 浙江天杭生物科技股份有限公司 一种简便快速检测核酸方法
WO2020124050A1 (en) 2018-12-13 2020-06-18 The Broad Institute, Inc. Tiled assays using crispr-cas based detection
CN111383713B (zh) * 2018-12-29 2023-08-01 北京安诺优达医学检验实验室有限公司 ctDNA检测分析装置及方法
CN109706259A (zh) * 2018-12-29 2019-05-03 博奥生物集团有限公司 引物组及其应用
WO2020142739A1 (en) * 2019-01-04 2020-07-09 Mammoth Biosciences, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTING MODIFIED NUCLEIC ACIDS AND AMPLIFYING ssDNA
EP3931313A2 (en) 2019-01-04 2022-01-05 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nuclease improvements and compositions and methods for nucleic acid amplification and detection
WO2020154500A1 (en) 2019-01-23 2020-07-30 The Broad Institute, Inc. Supernegatively charged proteins and uses thereof
US20220106647A1 (en) * 2019-02-11 2022-04-07 Tokitae Llc Solution-phase, trans-activated reporter systems for use in crispr-based nucleic acid sequence detections
WO2020172502A1 (en) 2019-02-22 2020-08-27 Integrated Dna Technologies, Inc. Lachnospiraceae bacterium nd2006 cas12a mutant genes and polypeptides encoded by same
US20220220546A1 (en) * 2019-03-14 2022-07-14 The Broad Institute, Inc. Sherlock assays for tick-borne diseases
US20220154258A1 (en) * 2019-03-14 2022-05-19 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based multiplex diagnostics
CN114729365A (zh) 2019-03-19 2022-07-08 布罗德研究所股份有限公司 用于编辑核苷酸序列的方法和组合物
CN113692447A (zh) 2019-03-21 2021-11-23 夏洛克生物公司 系统
US12473543B2 (en) 2019-04-17 2025-11-18 The Broad Institute, Inc. Adenine base editors with reduced off-target effects
US12030046B2 (en) 2019-05-22 2024-07-09 Citrogene Inc. Apparatus and method for rapid identification of microorganisms
EP3979828A4 (en) * 2019-06-06 2023-06-28 Tata Consultancy Services Limited System and method for combating infections due to pathogens belonging to phylum proteobacteria
WO2020245763A2 (en) * 2019-06-06 2020-12-10 Tata Consultancy Services Limited System and method for combating mycobacterium tuberculosis infections
WO2020245764A2 (en) * 2019-06-06 2020-12-10 Tata Consultancy Services Limited System and method for combating pseudomonas aeruginosa and staphylococcus aureus infections
CN114650883B (zh) * 2019-06-18 2023-10-27 猛犸生物科学公司 用于检测核酸的测定和方法
CA3145212A1 (en) * 2019-06-27 2020-12-30 Dovetail Genomics, Llc Methods and compositions for proximity ligation
WO2021021532A1 (en) * 2019-07-26 2021-02-04 Mammoth Biosciences, Inc. Compositions for detection of dna and methods of use thereof
US20220282341A1 (en) * 2019-08-05 2022-09-08 Massachusetts Institute Of Technology Transplant diagnostics using crispr-based technology
CN110551846B (zh) * 2019-08-19 2021-10-08 上海科技大学 一种用于非洲猪瘟病毒核酸快速检测的Cpf1试剂盒及其检测方法
US20220333208A1 (en) 2019-09-03 2022-10-20 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based multiplex cancer diagnostics
MX2022002613A (es) 2019-09-03 2022-06-02 Myeloid Therapeutics Inc Metodos y composiciones para la integracion del genoma.
KR102239459B1 (ko) * 2019-09-16 2021-04-12 한국화학연구원 산화 그래핀, DNAzyme 및 PNA를 포함하는 온도 센서용 조성물 및 이를 이용한 온도 센싱 방법
WO2021072328A1 (en) 2019-10-10 2021-04-15 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for prime editing rna
NL2024019B1 (en) * 2019-10-15 2021-06-17 Univ Delft Tech Detection of a target polynucleotide
US11844800B2 (en) 2019-10-30 2023-12-19 Massachusetts Institute Of Technology Methods and compositions for predicting and preventing relapse of acute lymphoblastic leukemia
US20230031670A1 (en) * 2019-12-02 2023-02-02 Counci of Scientific & Industrial Research Method and kit for detection of polynucleotide
WO2021142109A1 (en) * 2020-01-07 2021-07-15 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Transposition-based diagnostics methods and devices
WO2021143714A1 (en) * 2020-01-14 2021-07-22 Mgi Tech Co., Ltd. Rapid multiplexing crispr-based diagnostics using microfluidic compartmentalization
US20230340537A1 (en) 2020-01-17 2023-10-26 The Broad Institute, Inc. Small type ii-d cas proteins and methods of use thereof
WO2021154866A1 (en) 2020-01-27 2021-08-05 Sherlock Biosciences Improved detection assays
US20230091060A1 (en) * 2020-02-07 2023-03-23 University of Conecticut Dynamic multiphase reaction in one-pot for crispr/cas-derived ultra-sensitive molecular detection
WO2021163584A1 (en) * 2020-02-12 2021-08-19 The Broad Institute, Inc. Field deployable crispr-cas diagnostics and methods of use thereof
CN111187861B (zh) * 2020-02-26 2023-05-23 中国热带农业科学院热带生物技术研究所 一种对海产品诺如病毒gii.4的检测方法
US12012433B1 (en) * 2020-02-27 2024-06-18 Integrated Dna Technologies Inc. Expression and purification of Cas enzymes
KR102647294B1 (ko) 2020-02-28 2024-03-13 후이진 테라퓨틱스 씨오., 엘티디. 유형 VI-E 및 유형 VI-F CRISPR-Cas 시스템 및 이의 용도
CN115210570A (zh) 2020-02-29 2022-10-18 努哈·哈立德·阿莱克米米 用于传染性肺部疾病的快速检测的比色检测系统和具有所述比色检测系统的面罩
CN113337488B (zh) * 2020-03-02 2024-04-19 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心 一种分离的Cas13蛋白
CN111534514A (zh) * 2020-03-09 2020-08-14 宿迁市第一人民医院 一种基于Crisper的新型冠状病毒的检测试剂盒
US20220228150A1 (en) 2020-03-17 2022-07-21 Gowtham THAKKU Crispr system high throughput diagnostic systems and methods
CN111254223A (zh) * 2020-03-21 2020-06-09 上海海关动植物与食品检验检疫技术中心 一种用于检测非洲猪瘟病毒核酸的反应体系、试剂盒及其应用
US11453907B2 (en) 2020-03-23 2022-09-27 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based coronavirus diagnostics
CN111491023B (zh) * 2020-04-10 2021-10-26 西咸新区予果微码生物科技有限公司 一种基于crispr技术的微生物检测系统
CN111363842B (zh) * 2020-04-13 2021-02-02 广州医科大学附属第一医院 用于快速检测烟曲霉的序列、试剂盒、方法及应用
CN111450260B (zh) * 2020-04-17 2021-06-25 西南交通大学 一种两歧双歧杆菌抗肿瘤制剂的制备方法及其产品和应用
WO2021216728A1 (en) 2020-04-22 2021-10-28 President And Fellows Of Harvard College Isothermal methods, compositions, kits, and systems for detecting nucleic acids
US11999979B2 (en) 2020-05-01 2024-06-04 Integrated Dna Technologies, Inc. Lachnospiraceae sp. CAS12A mutants with enhanced cleavage activity at non-canonical TTTT protospacer adjacent motifs
WO2021226558A1 (en) 2020-05-08 2021-11-11 The Broad Institute, Inc. Methods and compositions for simultaneous editing of both strands of a target double-stranded nucleotide sequence
US20240052436A1 (en) 2020-06-12 2024-02-15 Sherlock Biosciences Crispr-based sars-cov-2 detection
CN112080571B (zh) * 2020-09-22 2022-11-11 扬州大学 基于CRISPR-Cas12b系统的空肠弯曲菌检测试剂盒和方法
EP4240853A2 (en) * 2020-11-03 2023-09-13 Science Solutions LLC Novel class 2 crispr-cas rna-guided endonucleases
CN112813143A (zh) * 2020-12-09 2021-05-18 广州市第一人民医院（广州消化疾病中心、广州医科大学附属市一人民医院、华南理工大学附属第二医院） 一种免扩增的rna定量检测方法
WO2022132833A1 (en) * 2020-12-14 2022-06-23 Mammoth Biosciences, Inc. Single-buffer compositions for nucleic acid detection
WO2022132816A1 (en) * 2020-12-15 2022-06-23 Gateway Genomics, Llc Methods, compositions, and devices for the rapid determination of fetal sex
CN112779346B (zh) * 2021-01-27 2023-11-03 重庆威斯腾前沿生物研究院有限责任公司 一种非诊断目的的dcas9介导检测结核杆菌的免疫层析方法
CN112779358B (zh) * 2021-01-27 2023-06-09 重庆威斯腾前沿生物研究院有限责任公司 一种非诊断目的的dcas9介导检测HPV16型E6基因的免疫层析方法
WO2022173770A1 (en) * 2021-02-09 2022-08-18 Mammoth Biosciences, Inc. Programmable nucleases and methods of use
EP4291678A1 (en) 2021-02-09 2023-12-20 Sherlock Biosciences, Inc. Nucleic acid amplification using promoter primers
CN113088579B (zh) * 2021-03-16 2022-03-22 广州医科大学附属第一医院 一种用于定性检测耶氏肺孢子菌的试剂盒和方法
WO2022210822A1 (ja) * 2021-04-02 2022-10-06 キヤノン株式会社 試薬、及びそれを用いた標的核酸の検出方法
CN113265477B (zh) * 2021-04-09 2022-07-19 宁波大学 一种基于BCA-RPA和CRISPR-Cas12a系统检测鼠伤寒沙门氏菌的方法
CN112852980B (zh) * 2021-04-23 2021-11-26 上海海关动植物与食品检验检疫技术中心 基于crispr荧光法检测大西洋鲑核酸的检测方法及其检测试剂盒
CN113308569B (zh) * 2021-05-07 2023-03-31 杭州杰毅生物技术有限公司 一种新型冠状病毒核酸检测试剂盒
KR102616916B1 (ko) * 2021-05-11 2023-12-21 주식회사 애이마 발암성 돌연변이 유전자 검출용 가이드 rna 내지 이의 용도
BR112023023642A2 (pt) 2021-05-11 2024-01-30 Myeloid Therapeutics Inc Métodos e composições para integração genômica
US20220389418A1 (en) 2021-06-01 2022-12-08 Helmholtz-Institut Für Rna-Basierte Nfektionsforschung (Hzi) Rna-guided cas nucleases and uses thereof in diagnostics and therapy
WO2023278834A1 (en) * 2021-07-02 2023-01-05 The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established Under The Will Of J. David Gladstone Kinetic barcoding to enhance specificity of crispr/cas reactions
JP2024524773A (ja) 2021-07-08 2024-07-05 モンタナ ステート ユニバーシティ Ｃｒｉｓｐｒを用いたプログラム可能なｒｎａ編集
US20230167487A2 (en) 2021-07-12 2023-06-01 Labsimply, Inc. Crispr cascade assay
WO2023004391A2 (en) 2021-07-21 2023-01-26 Montana State University Nucleic acid detection using type iii crispr complex
EP4426828A1 (en) 2021-11-01 2024-09-11 Tome Biosciences, Inc. Single construct platform for simultaneous delivery of gene editing machinery and nucleic acid cargo
US11820983B2 (en) 2021-12-13 2023-11-21 Labsimply, Inc. Tuning cascade assay kinetics via molecular design
WO2023114090A2 (en) 2021-12-13 2023-06-22 Labsimply, Inc. Signal boost cascade assay
EP4452335A1 (en) 2021-12-22 2024-10-30 Tome Biosciences, Inc. Co-delivery of a gene editor construct and a donor template
WO2023122648A1 (en) * 2021-12-23 2023-06-29 Mammoth Biosciences, Inc. Devices, systems, and methods for detecting target nucleic acids
CN118984868A (zh) 2021-12-31 2024-11-19 恩派瑞安神经科学公司 用于产生精神药物生物碱的遗传修饰的生物体
WO2023205744A1 (en) 2022-04-20 2023-10-26 Tome Biosciences, Inc. Programmable gene insertion compositions
WO2023215831A1 (en) 2022-05-04 2023-11-09 Tome Biosciences, Inc. Guide rna compositions for programmable gene insertion
EP4526467A2 (en) * 2022-05-19 2025-03-26 Logicink Corporation Pre-amplification-free target sequence detection with colormetric readout
WO2023225670A2 (en) 2022-05-20 2023-11-23 Tome Biosciences, Inc. Ex vivo programmable gene insertion
CN114921576B (zh) * 2022-06-29 2023-11-10 湖南工程学院 一种检测牛结核分枝杆菌的试剂、试剂盒及检测方法
WO2024020587A2 (en) 2022-07-22 2024-01-25 Tome Biosciences, Inc. Pleiopluripotent stem cell programmable gene insertion
CN115838800B (zh) * 2022-07-25 2025-07-22 广州医科大学附属第一医院（广州呼吸中心） 用于检测白血病bcr-abl融合基因的引物组及其应用
CN115786544B (zh) * 2022-08-19 2023-11-17 湖南工程学院 一种检测牛结核分枝杆菌的试剂、试剂盒及检测方法
WO2024055019A1 (en) * 2022-09-09 2024-03-14 The Forsyth Institute Methods and systems for detection of oral bacteria
WO2024072775A1 (en) * 2022-09-26 2024-04-04 The Johns Hopkins University Devices and systems for dna capture
WO2024073114A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Vedabio, Inc. Delivery of therapeutics in vivo via a crispr-based cascade system
US11982677B2 (en) 2022-10-02 2024-05-14 Vedabio, Inc. Dimerization screening assays
US11965205B1 (en) 2022-10-14 2024-04-23 Vedabio, Inc. Detection of nucleic acid and non-nucleic acid target molecules
EP4619517A2 (en) * 2022-11-16 2025-09-24 Mammoth Biosciences, Inc. Methods for quantitation of nucleic acid targets
WO2024138194A1 (en) 2022-12-22 2024-06-27 Tome Biosciences, Inc. Platforms, compositions, and methods for in vivo programmable gene insertion
US12435357B2 (en) 2022-12-22 2025-10-07 Kanso Diagnostics Ltd. Diagnostic device for detecting a target nucleic acid molecule in a biological sample
WO2024253707A2 (en) 2023-01-07 2024-12-12 Vedabio, Inc. Engineered nucleic acid-guided nucleases
WO2024151493A1 (en) 2023-01-10 2024-07-18 Vedabio, Inc. Sample splitting for multiplexed detection of nucleic acids without amplification
EP4414452A1 (en) * 2023-02-13 2024-08-14 Universidad de Granada Dual-guide rna composition for executing a single-guide rna crispr-associated system
CN116500261B (zh) * 2023-03-01 2025-07-15 上海市第十人民医院 一种基于荧光条形编码免疫标记的细胞高通量成像方法和应用
WO2024234006A1 (en) 2023-05-11 2024-11-14 Tome Biosciences, Inc. Systems, compositions, and methods for targeting liver sinusodial endothelial cells (lsecs)
WO2025050069A1 (en) 2023-09-01 2025-03-06 Tome Biosciences, Inc. Programmable gene insertion using engineered integration enzymes
WO2025142498A1 (ja) * 2023-12-26 2025-07-03 アサヒグループホールディングス株式会社 ユニバ―サルプライマーセット及び核酸増幅方法
WO2025224107A1 (en) 2024-04-22 2025-10-30 Basecamp Research Ltd Method and compositions for detecting off-target editing
WO2025224182A2 (en) 2024-04-23 2025-10-30 Basecamp Research Ltd Single construct platform for simultaneous delivery of gene editing machinery and nucleic acid cargo
CN118879944B (zh) * 2024-09-24 2025-09-16 宁夏张裕龙谕酒庄有限公司 基于RT-RAA和CRISPR/Cas13a检测葡萄卷叶病毒-3的检测体系、试剂盒及检测方法

Family Cites Families (54)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1991006678A1 (en) 1989-10-26 1991-05-16 Sri International Dna sequencing
ATE341621T1 (de) 1997-10-24 2006-10-15 Invitrogen Corp Rekombinatorisches klonieren unter verwendung von nukleinsaüren mit rekombinationsstellen
US6465177B1 (en) 1998-10-26 2002-10-15 John Wayne Cancer Institute Detection of loss of heterozygosity in tumor and serum of melanoma patients
AU3811101A (en) * 2000-02-11 2001-08-20 Lawrence Blatt Method and reagent for the modulation and diagnosis of cd20 and nogo gene expression
AU2001271595A1 (en) * 2000-06-26 2002-01-08 Nugen Technologies, Inc. Methods and compositions for transcription-based nucleic acid amplification
CA2415897A1 (en) 2000-07-07 2002-01-17 Susan H. Hardin Real-time sequence determination
EP1354064A2 (en) 2000-12-01 2003-10-22 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
CA2476835A1 (en) 2002-02-20 2003-08-28 University Of Virginia Patent Foundation A non-invasive diagnostic test utilizing histone modification markers
EP3002289B1 (en) 2002-08-23 2018-02-28 Illumina Cambridge Limited Modified nucleotides for polynucleotide sequencing
DE10317337B4 (de) 2003-04-15 2020-06-10 Andreas Maier Gmbh & Co. Kg Schnellspannzylinder in Modulbauweise
CN1914823A (zh) 2004-01-27 2007-02-14 阿尔特维拉有限公司 诊断性无线射频识别传感器及其应用
AU2005296200B2 (en) 2004-09-17 2011-07-14 Pacific Biosciences Of California, Inc. Apparatus and method for analysis of molecules
EP1831402B1 (en) 2004-12-21 2010-06-09 Academia Sinica Genetic variants of vkorc1 predicting warfarin sensitivity
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
EP2018622B1 (en) 2006-03-31 2018-04-25 Illumina, Inc. Systems for sequence by synthesis analysis
WO2007121276A2 (en) 2006-04-12 2007-10-25 Biocept, Inc. Enrichment of circulating fetal dna
US8343746B2 (en) 2006-10-23 2013-01-01 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
WO2008149176A1 (en) 2007-06-06 2008-12-11 Cellectis Meganuclease variants cleaving a dna target sequence from the mouse rosa26 locus and uses thereof
AU2009228012A1 (en) 2008-03-27 2009-10-01 President And Fellows Of Harvard College Paper-based microfluidic systems
US20100240054A1 (en) 2008-09-22 2010-09-23 Biocept, Inc. Identification and isolation of fetal cells and nucleic acid
CN107739750A (zh) 2009-09-25 2018-02-27 艾利尔圣迭戈公司 粗基质中的核酸的检测
WO2011106536A2 (en) 2010-02-24 2011-09-01 The Broad Institute, Inc Methods of diagnosing infectious disease pathogens and their drug sensitivity
US9458489B2 (en) 2010-03-04 2016-10-04 Massachusetts Institute Of Technology Microfluidics sorter for cell detection and isolation
US9567573B2 (en) 2010-04-26 2017-02-14 Sangamo Biosciences, Inc. Genome editing of a Rosa locus using nucleases
US20120238008A1 (en) 2011-03-15 2012-09-20 Colorado State University Research Foundation Rapid Detection of Pathogens Using Paper Devices
GB201115098D0 (en) 2011-09-01 2011-10-19 Belgian Volition Sa Method for detecting nucleosomes containing histone variants
WO2013071301A1 (en) 2011-11-10 2013-05-16 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Paper based diagnostic test
EP2898096B1 (en) 2012-09-21 2024-02-14 The Broad Institute, Inc. Methods for labeling of rnas
EP2931897B1 (en) 2012-12-12 2017-11-01 The Broad Institute, Inc. Delivery, engineering and optimization of systems, methods and compositions for sequence manipulation and therapeutic applications
US11441196B2 (en) 2013-03-15 2022-09-13 The Broad Institute, Inc. Ribosomal ribonucleic acid hybridization for organism identification
US9873907B2 (en) 2013-05-29 2018-01-23 Agilent Technologies, Inc. Method for fragmenting genomic DNA using CAS9
US20150065821A1 (en) 2013-09-05 2015-03-05 Google Inc. Nanoparticle Phoresis
WO2015077058A2 (en) * 2013-11-08 2015-05-28 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for selecting a treatment for b-cell neoplasias
JP6387606B2 (ja) * 2013-11-27 2018-09-12 東ソー株式会社 核酸の検出方法
WO2015085194A1 (en) 2013-12-06 2015-06-11 The Broad Institute, Inc. Enhanced methods of ribonucleic acid hybridization
ES2870592T3 (es) * 2014-03-24 2021-10-27 Immco Diagnostics Inc Detección mejorada de anticuerpos antinucleares y diagnóstico para trastornos autoinmunes sistémicos y no sistémicos
FR3020160B1 (fr) * 2014-04-16 2017-08-11 Commissariat Energie Atomique Systeme d'execution de code avec mecanisme d'hypervision en aveugle
US9737251B2 (en) 2014-05-28 2017-08-22 Verily Life Sciences Llc Needle-free blood draw
EP3754027A1 (en) * 2014-12-01 2020-12-23 The Broad Institute, Inc. Methods for altering or modulating spatial proximity between nucleic acids inside of a cell
US10975442B2 (en) 2014-12-19 2021-04-13 Massachusetts Institute Of Technology Molecular biomarkers for cancer immunotherapy
WO2016172598A1 (en) 2015-04-22 2016-10-27 The Broad Institute Inc. Exosomes and uses thereof
RU2733754C2 (ru) 2015-05-20 2020-10-06 Те Брод Инститьют Инк. Общие неоантигены
EP3430134B1 (en) * 2015-06-18 2022-09-21 The Broad Institute, Inc. Novel crispr enzymes and systems
EP3314020A1 (en) 2015-06-29 2018-05-02 The Broad Institute Inc. Tumor and microenvironment gene expression, compositions of matter and methods of use thereof
US11332783B2 (en) 2015-08-28 2022-05-17 The Broad Institute, Inc. Sample analysis, presence determination of a target sequence
KR20250021623A (ko) * 2015-10-22 2025-02-13 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 타입 vi-b crispr 효소 및 시스템
US11996168B2 (en) 2015-10-28 2024-05-28 The Broad Institute, Inc. Systems and methods for determining relative abundances of biomolecules
WO2017079699A1 (en) 2015-11-04 2017-05-11 The Broad Institute, Inc. Multiplex high-resolution detection of micro-organism strains, related kits, diagnostics methods and screening assays
US10337051B2 (en) 2016-06-16 2019-07-02 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for detecting a target RNA
KR20190019168A (ko) * 2016-06-17 2019-02-26 더 브로드 인스티튜트, 인코퍼레이티드 제vi형 crispr 오솔로그 및 시스템
EP3500967A1 (en) 2016-08-17 2019-06-26 The Broad Institute, Inc. Methods for identifying class 2 crispr-cas systems
EP4119663B1 (en) 2016-12-09 2024-11-27 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics
CN107939288B (zh) 2017-11-14 2019-04-02 中国科学院地质与地球物理研究所 一种非旋转套的防转装置以及旋转导向装置

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20200044540A (ko) * 2018-10-19 2020-04-29 대한민국(관리부서 질병관리본부장) 신속 면역크로마토그래피법을 이용한 유비저균 진단·탐지 키트 및 이를 위한 특이항체와 항체생산세포주

Also Published As

Publication number Publication date
US20250075268A1 (en) 2025-03-06
KR20240120757A (ko) 2024-08-07
PL3551753T3 (pl) 2022-10-31
EP4119663B1 (en) 2024-11-27
CN110506128A (zh) 2019-11-26
BR112018015871B1 (pt) 2021-12-07
AU2017371324B2 (en) 2024-06-13
EP4119663A1 (en) 2023-01-18
EP3551753B1 (en) 2022-06-29
JP2025078105A (ja) 2025-05-19
PT3551753T (pt) 2022-09-02
ES2927463T3 (es) 2022-11-07
BR112018015871A2 (pt) 2019-01-22
WO2018107129A1 (en) 2018-06-14
DK3551753T3 (da) 2022-09-05
US10266886B2 (en) 2019-04-23
EP3551753A4 (en) 2020-10-07
US20180340218A1 (en) 2018-11-29
AU2017371324A1 (en) 2019-07-11
US20180340219A1 (en) 2018-11-29
EP3551753A1 (en) 2019-10-16
KR20240120756A (ko) 2024-08-07
JP7228514B2 (ja) 2023-02-24
HUE059759T2 (hu) 2022-12-28
SI3551753T1 (sl) 2022-09-30
US20190309357A1 (en) 2019-10-10
BR122021009064B1 (pt) 2022-04-12
JP7622016B2 (ja) 2025-01-27
US12037639B2 (en) 2024-07-16
JP2020501546A (ja) 2020-01-23
WO2018107129A8 (en) 2019-07-11
JP2023011606A (ja) 2023-01-24
CA3049961A1 (en) 2018-06-14
US10266887B2 (en) 2019-04-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7622016B2 (ja) Ｃｒｉｓｐｒエフェクターシステムベースの診断法
KR102857066B1 (ko) Crispr 이펙터 시스템 기반 진단
AU2018392709B2 (en) CRISPR effector system based multiplex diagnostics
US20220025463A1 (en) Crispr effector system based diagnostics
US11618928B2 (en) CRISPR effector system based diagnostics for malaria detection
US11021740B2 (en) Devices for CRISPR effector system based diagnostics
KR20190140918A (ko) 바이러스 검출을 위한 crispr 이펙터 시스템 기반 진단
KR20200062198A (ko) 다중-이펙터 crispr 기반 진단 시스템
KR102898130B1 (ko) Crispr 이펙터 시스템 기반 진단
HK40085682B (en) Crispr effector system based diagnostics
HK40085682A (en) Crispr effector system based diagnostics
HK40041222B (en) Crispr effector system based diagnostics
HK40041222A (en) Crispr effector system based diagnostics

Legal Events

Date Code Title Description
PA0105 International application

Patent event date: 20190702

Patent event code: PA01051R01D

Comment text: International Patent Application

PG1501 Laying open of application
AMND Amendment
A201 Request for examination
AMND Amendment
PA0201 Request for examination

Patent event code: PA02012R01D

Patent event date: 20201201

Comment text: Request for Examination of Application

E902 Notification of reason for refusal
PE0902 Notice of grounds for rejection

Comment text: Notification of reason for refusal

Patent event date: 20220829

Patent event code: PE09021S01D

AMND Amendment
E601 Decision to refuse application
PE0601 Decision on rejection of patent

Patent event date: 20230328

Comment text: Decision to Refuse Application

Patent event code: PE06012S01D

Patent event date: 20220829

Comment text: Notification of reason for refusal

Patent event code: PE06011S01I

X091 Application refused [patent]
AMND Amendment
PX0901 Re-examination

Patent event code: PX09011S01I

Patent event date: 20230328

Comment text: Decision to Refuse Application

Patent event code: PX09012R01I

Patent event date: 20221031

Comment text: Amendment to Specification, etc.

Patent event code: PX09012R01I

Patent event date: 20201201

Comment text: Amendment to Specification, etc.

Patent event code: PX09012R01I

Patent event date: 20191008

Comment text: Amendment to Specification, etc.

E902 Notification of reason for refusal
PE0902 Notice of grounds for rejection

Comment text: Notification of reason for refusal

Patent event date: 20230720

Patent event code: PE09021S01D

AMND Amendment
PX0601 Decision of rejection after re-examination

Comment text: Decision to Refuse Application

Patent event code: PX06014S01D

Patent event date: 20240228

Comment text: Amendment to Specification, etc.

Patent event code: PX06012R01I

Patent event date: 20231020

Comment text: Notification of reason for refusal

Patent event code: PX06013S01I

Patent event date: 20230720

Comment text: Amendment to Specification, etc.

Patent event code: PX06012R01I

Patent event date: 20230627

Comment text: Decision to Refuse Application

Patent event code: PX06011S01I

Patent event date: 20230328

Comment text: Amendment to Specification, etc.

Patent event code: PX06012R01I

Patent event date: 20221031

Comment text: Notification of reason for refusal

Patent event code: PX06013S01I

Patent event date: 20220829

Comment text: Amendment to Specification, etc.

Patent event code: PX06012R01I

Patent event date: 20201201

Comment text: Amendment to Specification, etc.

Patent event code: PX06012R01I

Patent event date: 20191008

X601 Decision of rejection after re-examination
A107 Divisional application of patent
PA0104 Divisional application for international application

Comment text: Divisional Application for International Patent

Patent event code: PA01041R01D

Patent event date: 20240729