KR102083674B1 - Composition for identifying a bovine carcass weight trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype - Google Patents
Composition for identifying a bovine carcass weight trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype Download PDFInfo
- Publication number
- KR102083674B1 KR102083674B1 KR1020180161310A KR20180161310A KR102083674B1 KR 102083674 B1 KR102083674 B1 KR 102083674B1 KR 1020180161310 A KR1020180161310 A KR 1020180161310A KR 20180161310 A KR20180161310 A KR 20180161310A KR 102083674 B1 KR102083674 B1 KR 102083674B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- seq
- base
- polynucleotide
- nucleotide sequence
- polynucleotide consisting
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 title claims abstract description 71
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 21
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 title claims description 14
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 112
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 112
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims abstract description 16
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 120
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 120
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 120
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 32
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 14
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 9
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 6
- 239000004020 conductor Substances 0.000 claims description 4
- 238000009472 formulation Methods 0.000 claims description 3
- 235000015278 beef Nutrition 0.000 claims description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 28
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 24
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 24
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 7
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 6
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 6
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 6
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 5
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- -1 phosphoesteres Chemical class 0.000 description 4
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 238000003307 slaughter Methods 0.000 description 3
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N COP(O)=O Chemical class COP(O)=O QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 2
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 2
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K dioxido-sulfanylidene-sulfido-$l^{5}-phosphane Chemical compound [O-]P([O-])([S-])=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 2
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 2
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 2
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-N phosphoramidic acid Chemical class NP(O)(O)=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 2
- 229920000729 poly(L-lysine) polymer Polymers 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 2
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 2
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 2
- 210000001835 viscera Anatomy 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 2',7'-difluorofluorescein Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(F)C(=O)C=C2OC2=CC(O)=C(F)C=C21 VGIRNWJSIRVFRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCPFFGGFHNZBEP-UHFFFAOYSA-N 4,5,6,7-tetrachloro-3',6'-dihydroxyspiro[2-benzofuran-3,9'-xanthene]-1-one Chemical compound O1C(=O)C(C(=C(Cl)C(Cl)=C2Cl)Cl)=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 QCPFFGGFHNZBEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 4-[4-[[2,5-dimethoxy-4-[(4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl]diazenyl]-n-methylanilino]butanoic acid Chemical compound COC=1C=C(N=NC=2C=CC(=CC=2)N(C)CCCC(O)=O)C(OC)=CC=1N=NC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 UDGUGZTYGWUUSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 4-[[4-(dimethylamino)phenyl]diazenyl]benzoic acid Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1N=NC1=CC=C(C(O)=O)C=C1 WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- COCMHKNAGZHBDZ-UHFFFAOYSA-N 4-carboxy-3-[3-(dimethylamino)-6-dimethylazaniumylidenexanthen-9-yl]benzoate Chemical compound C=12C=CC(=[N+](C)C)C=C2OC2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC(C([O-])=O)=CC=C1C(O)=O COCMHKNAGZHBDZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IDLISIVVYLGCKO-UHFFFAOYSA-N 6-carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-dimethoxyfluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=C(C(O)=O)C=C2C21C1=CC(OC)=C(O)C(Cl)=C1OC1=C2C=C(OC)C(O)=C1Cl IDLISIVVYLGCKO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012099 Alexa Fluor family Substances 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 1
- 101710085367 DNA polymerase I, thermostable Proteins 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 241000701832 Enterobacteria phage T3 Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 description 1
- 241000726221 Gemma Species 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007476 Maximum Likelihood Methods 0.000 description 1
- NULAJYZBOLVQPQ-UHFFFAOYSA-N N-(1-naphthyl)ethylenediamine Chemical compound C1=CC=C2C(NCCN)=CC=CC2=C1 NULAJYZBOLVQPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 241000205156 Pyrococcus furiosus Species 0.000 description 1
- 108020004518 RNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000003391 RNA probe Substances 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000205188 Thermococcus Species 0.000 description 1
- 241000589500 Thermus aquaticus Species 0.000 description 1
- 241000589498 Thermus filiformis Species 0.000 description 1
- 241000589499 Thermus thermophilus Species 0.000 description 1
- 238000007844 allele-specific PCR Methods 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003855 cell nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001784 detoxification Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 238000002373 gas-phase electrophoretic mobility molecular analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 150000002540 isothiocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000021121 meiosis Effects 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 1
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 1
- 239000003161 ribonuclease inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- JGVWCANSWKRBCS-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine thiocyanate Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=C(SC#N)C=C1C(O)=O JGVWCANSWKRBCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M thionine Chemical compound [Cl-].C1=CC(N)=CC2=[S+]C3=CC(N)=CC=C3N=C21 ANRHNWWPFJCPAZ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000010792 warming Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
본 발명은 단일염기다형성(SNP: single nucleotide polymorphism) 마커로 이루어진 소의 도체형질 중, 도체중 판별용 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체중 판별용 조성물에 관한 것으로서, 구체적으로, 소의 도체중 판별용 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체중 판별용 조성물, 상기 소의 도체중 판별용 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체중 판별하기 위한 키트, 및 소의 도체형질 판별 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a composition for discriminating bovine carcases comprising an agent capable of detecting or amplifying a carcass of a carcass in a bovine carcass constituting a single nucleotide polymorphism (SNP) marker. A composition for judging the weight of a bovine carcase comprising a formulation capable of detecting or amplifying bovine carcass weight haploids, a kit for judging the weight of bovine carcases containing a formulation capable of detecting or amplifying the bovine carcass weight discriminating haploid, And a method of determining a bovine conductor shape.
도체중(carcass weight)은 농가에게 있어 중요한 경제형질로 도축과정에서 방혈, 내장 및 머리 등을 제거한 후 중량을 말하는데, 도체의 가격 형성에 직접적인 영향을 미치는 형질중 하나로 소의 등급판정의 1차 기준이 되는 것으로 알려져 있다. Carcass weight is an important economic trait for farmers. It is the weight after blood loss, internal organs and hair are removed during the slaughter process. The carcass weight is one of the traits that directly affect the price of carcasses. It is known.
근래의 시퀀싱 테크놀로지가 발전하면서 소의 복합성 형질중 하나인 도체중에 대한 바이오마커를 선별하기 위해서 차세대염기서열(Next-Generation Sequencing) 해독 및 전장유전체연관분석을 이용하는 연구가 점점 증가하고 있다. 특히, 차세대염기서열 해독 및 전장유전체연관분석 방법을 이용하여 소의 도체중에 대한 바이오마커를 선별하는 경우 상용칩을 사용하여 소의 도체중에 대한 특정 바이오마커를 선별하는 경우에 비해서 보다 정확하게 소의 도체 형질과 연관된 마커를 찾을 수 있는 장점이 있다.Recent developments in sequencing technology have led to an increasing number of studies using Next-Generation Sequencing detoxification and full-length genetic association analysis to screen biomarkers for carcass weight, one of the complex traits of cattle. In particular, when biomarkers are selected for bovine carcass weights using next-generation sequencing and full-length genetic association analysis, it is more precisely associated with bovine carcass traits than commercial biochips for screening specific biomarkers for bovine carcass weight. There is an advantage to finding markers.
다만, 단일염기다형성 마커를 선별하여 복합성 형질인 도체중을 예측하는 마커로 사용하는 경우, 복합성 형질인 도체중을 결정하는 인자들은 다수가 존재할 가능성이 높기 때문에 단일염기다형성 마커로 복합성 형질인 도체중을 예측시 그 정확성이 낮았던 문제가 있었다.However, when a single nucleotide polymorphism marker is selected and used as a marker for predicting the weight of a complex trait, a large number of factors that determine the weight of a complex trait are likely to exist. There was a problem that the accuracy was low when predicting.
이에, 본 발명자들은 종래의 단일염기다형성 마커보다 복합성 형질인 도체중을 예측하는데 더 유의성이 높은 단일염기다형성 마커의 조합인 반수체를 선별하여 본 발명을 완성하였다.Accordingly, the present inventors completed the present invention by selecting a haploid, which is a combination of a single nucleotide polymorphism marker that is more significant in predicting the carcass weight which is a complex trait than a conventional single nucleotide polymorphism marker.
본 발명의 목적은 소의 도체형질 판별용 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체형질 판별용 조성물을 제공하는 것이다.SUMMARY OF THE INVENTION An object of the present invention is to provide a composition for discriminating bovine carcass trait comprising an agent capable of detecting or amplifying bovine carcass morphology determinants.
본 발명의 다른 목적은 소의 도체형질을 판별하기 위한 키트를 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide a kit for discriminating bovine carcass traits.
본 발명의 다른 목적은 소의 도체형질 판별 방법을 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide a method for discriminating bovine carcass quality.
상기 목적을 달성하기 위하여, 단일염기다형성으로 구성되는 군으로부터 선택되는 소의 도체형질 판별용 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체형질 판별용 조성물을 제공한다.In order to achieve the above object, there is provided a composition for the determination of bovine carcass trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a bovine carcass morphology haploid selected from the group consisting of monobasic polymorphism.
또한, 본 발명은 소의 도체형질을 판별하기 위한 키트를 제공한다.The present invention also provides a kit for discriminating bovine carcass traits.
아울러, 본 발명은 소의 도체형질 판별 방법을 제공한다.In addition, the present invention provides a method for discriminating bovine conductor quality.
본 발명의 소의 도체형질 판별용 조성물을 이용하면 소의 도체 형질을 정확하게 판단할 수 있고, 이를 통해 고급육을 용이하고 정확하게 판별할 수 있다.By using the composition for determining the carcass shape of the cow of the present invention, it is possible to accurately determine the carcass trait of the cow, and through this, high-quality meat can be easily and accurately determined.
도 1은 한우 도체 형질과 관련된 한우 반수체 마커를 선별하기 위해서 전장유전체연관분석을 수행한 결과를 나타낸다.Figure 1 shows the results of the full-length genome association analysis to select Hanwoo haploid markers associated with Hanwoo carcass traits.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.
본 발명은 하기 (a) 및 (b)로 구성되는 군으로부터 선택되는 소의 도체형질 판별용 반수체(haplotype)를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체형질 판별용 조성물에 관한 것이다.The present invention relates to a composition for determination of bovine carcass trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype for carcass trait discrimination selected from the group consisting of the following (a) and (b).
(a) 서열번호 1에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP), 서열번호 2에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 3에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 4에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 5에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 6에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 7에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 8에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 또는 서열번호 9에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성; 및(a) a single nucleotide polymorphism (SNP) in which the 201 base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 1, a single base in which the 201 base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 2 Polymorphism, monobasic polymorphism wherein the 201 base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 3, monobasic polymorphism wherein the 201 base is A or G in the polynucleotide according to SEQ ID NO: 4, poly Monobasic polymorphism wherein the 201 base is A or C in nucleotides, monobasic polymorphism where the 201 base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 6, and the 201 base is the polynucleotide shown in SEQ ID NO: 7 Or monobasic polymorphism of C, monobasic polymorphism of which the 201st base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 8, or Monobasic polymorphisms in which the 201st base is A or C in the polynucleotide of SEQ ID NO: 9; And
(b) 서열번호 10에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 11에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 12에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 13에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 14에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 15에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 16에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 또는 서열번호 17에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성.(b) a monobasic polymorphism of which the 201 base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 10; a monobasic polymorphism of the 201 base of SEQ ID NO: 11 or A; Single nucleotide polymorphism with base A or C, single nucleotide polymorphism with 20 or 20 base in SEQ ID NO: 13, single nucleotide polymorphism with 20 or nucleotide base in SEQ ID NO: 14, in SEQ ID NO: 15 Monobasic polymorphism wherein the 201 base described is A or G, monobasic polymorphism when the 201 base described in SEQ ID NO: 16 is A or G, or monobasic polymorphism where the 201 base described in SEQ ID NO: 17 is A or G .
상기 (a)에 포함되는 서열번호 1 내지 9는 한우 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 9개의 SNP 마커(한우 염색체 14번의 24607527 번째, 24621142 번째, 24626498 번째, 24633076 번째, 24639618 번째, 24643266 번째, 24656389 번째, 24699409 번째, 및 24706121 번째 염기)를 포함할 수 있고, 상기 (b)에 포함되는 서열번호 10 내지 17은 한우 염색체 14번의 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 8개의 SNP 마커(한우 염색체 14번의 24998326 번째, 25009960 번째, 25015640 번째, 25033414 번째, 25054377 번째, 25056208 번째, 25058053 번째, 및 25066322 번째 염기)를 포함할 수 있다.SEQ ID Nos. 1 to 9 included in (a) include 9 SNP markers (24607527th, 24621142th, 24626498th, 24633076th, 24633076th, and chromosome 14) between 24,607,527bp and 24,706,121bp of Hanwoo chromosome 14. 24643266 th, 24656389 th, 24699409 th, and 24706121 th base), wherein SEQ ID Nos. 10 to 17 included in (b) include eight SNP markers present between 24,998,326 bp and 25,066,322 bp of Hanwoo chromosome 14. (24998326 th, 25009960 th, 25009960 th, 25015640 th, 25033414 th, 25054377 th, 25056208 th, 25058053 th, and 25066322 th bases of Hanwoo chromosome 14).
본 발명에서 용어, "뉴클레오티드"는 단일가닥 또는 이중가닥 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드며, 다르게 특별하게 언급되어 있지 않은 한 자연의 뉴클레오티드의 유사체를 포함한다.As used herein, the term "nucleotide" is a deoxyribonucleotide or ribonucleotide that exists in single- or double-stranded form, and includes analogs of natural nucleotides unless otherwise specified.
본 발명에서 용어, “SNP(Single Nucleotide polymorphism)”는 단일염기다형성을 의미하는 것으로, SNP는 세포핵 속의 염색체가 갖고 있는 30억 개의 염기 서열 중 개인의 편차를 나타내는 한개 또는 수십 개의 염기변이를 말하며, 이로 인해 표현형, 약제에 대한 반응성 및 질병에 대한 내성 등의 차이가 발생한다. In the present invention, the term "Single Nucleotide polymorphism" (SNP) refers to a single nucleotide polymorphism, SNP refers to one or several dozen nucleotide variations representing the individual deviation of the three billion nucleotide sequence of the chromosome in the cell nucleus, This results in differences in phenotype, responsiveness to drugs and resistance to disease.
본 발명에서 용어, “반수체(haplotype)는 일배체형과 동일한 의미이고, 생식세포의 감수분열시 하나의 염색체에 위치하고 유전되는 일련의 SNP들의 묶음을 의미하고, 이러한 반수체 또는 일배체형은 동일 염색체상에 존재하는 여러 SNP의 조합으로서 일정한 SNP의 패턴을 나타낸다.As used herein, the term “haplotype” has the same meaning as a haplotype, and means a bundle of a series of SNPs located and inherited on one chromosome during meiosis of germ cells, and the haplotype or haplotype is on the same chromosome. The combination of several SNPs present shows a pattern of constant SNPs.
본 발명에서 사용되는 용어 "연관불평형(Linkage Disequilibrium)" 이란 집단유전학에서 반드시 동일 염색체상에 존재하지는 않는 둘 이상의 유전자좌(loci)에서의 대립유전자의 비-무작위적 연관(non-random association)을 의미한다. 즉, 연관불평형은 서로 다른 위치의 대립형질들간의 결합의 척도로서, 만약 각 유전자가 완전히 독립적으로 배합된다면, 유전자 집합은 아마도 연관 평형(linkage equilibrium)을 유지할 것이나, 어떤 대립유전자들은 서로 같이 발견되는 예가 많으며 즉, 무작위적으로 뒤섞이지 않으며, 이런 대립유전자는 연관불평형상태에 있다. 이러한 연관불평형 상태는 대립유전자들이 서로 근접하여 위치하거나, 대립 형질들이 서로 모여 있으면 더 유리한 경우에 자연선택의 결과로 나타나는 것으로 해석되고 있다.As used herein, the term "Linkage Disequilibrium" refers to non-random association of alleles in two or more loci that are not necessarily on the same chromosome in population genetics. do. That is, linkage disequilibrium is a measure of binding between alleles at different positions, and if each gene is combined completely independently, the gene set will probably maintain a linkage equilibrium, but some alleles are found together. There are many examples, that is, they are not randomly mixed up, and these alleles are in an imbalanced state. This linkage disequilibrium is interpreted as a result of natural selection when alleles are located close together or when alleles are clustered together.
본 발명에서 용어 "핵산"은 DNA (gDNA 및 cDNA) 그리고 RNA 분자를 포괄적으로 포함하는 의미를 갖으며, 핵산 분자에서 기본 구성 단위인 뉴클레오티드는 자연의 뉴클레오티드뿐만 아니라, 당 또는 염기 부위가 변형된 유사체(analogue)도 포함한다As used herein, the term "nucleic acid" has the meaning of comprehensively including DNA (gDNA and cDNA) and RNA molecules, and the nucleotides that are the basic structural units in nucleic acid molecules are natural nucleotides, as well as analogs in which sugar or base sites are modified. We include (analogue)
본 문서에서 용어 "도체중(carcass weight, CW)"은 농가에게 있어 중요한 경제형질로 소의 도축과정에서 방혈, 내장 및 머리 등을 제거한 후 중량을 말하는데, 도체의 가격 형성에 직접적인 영향을 미치는 형질중 하나로 등지방두께와 함께 등급판정의 1차 기준이 된다.In this document, the term "carcass weight" (CW) is an important economic trait for farmers and refers to the weight after blood loss, internal organs and heads are removed during cattle slaughter. It is the primary criterion for grade determination along with the thickness of Hanaro.
본 발명의 용어 "반수체 또는 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"란, 반수체 를 구성하는 폴리뉴클레오티드 내 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP가 포함된 부위를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.As used herein, the term "agent capable of detecting or amplifying haploids or SNPs" refers to specifically binding to a site containing an SNP in a polynucleotide constituting a haploid so as to recognize or amplify a site containing the SNPs. As an agent which can be used, specifically, a probe capable of specifically binding to a site containing the SNP, a polynucleotide comprising the site containing the SNP, or a complementary polynucleotide thereof can be specifically amplified. It may be a primer.
상기 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프라이머는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 또한, 상기 프라이머는 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, 호스래디쉬 퍼옥시다제, 알칼린 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, 32P), 형광성 분자 및 화학그룹(예를 들어, 바이오틴) 등이 있다.The primers can be chemically synthesized using phosphoramidite solid support methods, or other well known methods. Such primers can be modified using a number of means known in the art, as long as they exhibit the effect of detecting the site containing the SNP. Examples of such modifications include methylation, capping, substitution of one or more homologs of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, eg, uncharged linkages (eg, methyl phosphonates, phosphoesteres, phosphoroamidates). , Carbamate, and the like) or charged linkers (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.). Nucleic acid may be one or more additional covalently linked residues, such as proteins (eg, nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, poly-L-lysine, etc.), inserts (eg, acridine , Proralenes, and the like), chelating agents (eg, metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.) and alkylating agents. In addition, the primer may include a label which can be detected directly or indirectly by spectroscopic, photochemical, biochemical, immunochemical or chemical means, if necessary. Examples of labels include enzymes (eg horseradish peroxidase, alkaline phosphatase), radioisotopes (eg 32 P), fluorescent molecules and chemical groups (eg biotin), and the like. There is this.
본 명세서에서 사용되는 용어 "프로브"는 DNA 또는 RNA와 특이적으로 결합할 수 있는 수개 내지 수백 개의 염기에 해당하는 핵산 단편을 의미하며, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브 또는 RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.As used herein, the term "probe" refers to a nucleic acid fragment corresponding to several to several hundred bases capable of specifically binding to DNA or RNA, and includes oligonucleotide probes and single stranded DNA probes. It may be prepared in the form of a double stranded DNA (double stranded DNA) probe or RNA probe.
상기 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프로브는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다.The probe may be chemically synthesized using phosphoramidite solid support methods, or other well known methods. Such probes can be modified using a number of means known in the art, as long as the probes have the effect of detecting the site containing the SNP. Examples of such modifications include methylation, capping, substitution of one or more homologs of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, eg, uncharged linkages (eg, methyl phosphonates, phosphoesteres, phosphoroamidates). , Carbamate, and the like) or charged linkers (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.). Nucleic acid may be one or more additional covalently linked residues, such as proteins (eg, nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, poly-L-lysine, etc.), inserts (eg, acridine , Proylene, etc.), chelating agents (eg, metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.) and alkylating agents.
상기 프로브는 이의 5' 말단에 리포터가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 리포터는 FAM(6-carboxyfluorescein), 텍사스 레드(texas red), 플루오레신(fluorescein), 플루오레신 클로로트리아지닐(fluorescein chlorotriazinyl), HEX(2',4',5',7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), 로다민 그린(rhodamine green), 로다민 레드(rhodamine red), 테트라메틸로다민(tetramethylrhodamine), FITC(fluorescein isothiocyanate), 오레곤 그린(oregon green), 알렉사 플루오로(alexa fluor), JOE(6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX(6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET(Tetrachloro-Fluorescein), TRITC(tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA(6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED(N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), 시아닌(Cyanine) 계열 염료 및 씨아디카르보시아닌(thiadicarbocyanine)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 리포터로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다. The probe may be further conjugated to a reporter at its 5 'end. The reporter is FAM (6-carboxyfluorescein), Texas red (texas red), fluorescein (fluorescein), fluorescein chlorotriazinyl, HEX (2 ', 4', 5 ', 7'-tetrachloro -6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein, rhodamine green, rhodamine red, tetramethylrhodamine, fluorescein isothiocyanate (FITC), oregon green, Alexa Fluorine (alexa fluor), JOE (6-Carboxy-4 ', 5'-Dichloro-2', 7'-Dimethoxyfluorescein), ROX (6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET (Tetrachloro-Fluorescein), TRITC ( at least one selected from the group consisting of tertramethylrodamine isothiocyanate, TAMRA (6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED (N- (1-Naphthyl) ethylenediamine), cyanine-based dyes, and thiadicarbocyanine However, in addition to the known materials that can be used as a reporter in the art, any one can be used.
상기 프로브는 이의 3' 말단에 소광자가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 소광자는 TAMRA, BHQ(black hole quencher) 1, BHQ2, BHQ3, NFQ(nonfluorescent quencher), 답실(dabcyl), Eclipse, DDQ(deep dark quencher), 블랙베리 퀸처(Blackberry Quencher), 아이오와 블랙(Iowa black)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 소광자로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다.The probe may be further conjugated to a quencher at its 3 'end. The quencher is TAMRA, black hole quencher (BHQ) 1, BHQ2, BHQ3, nonfluorescent quencher (NFQ), dabcyl, Eclipse, deep dark quencher (DDQ), Blackberry Quencher, Iowa black It may be any one or more selected from the group consisting of, but in addition, any material known to be used as a quencher in the art can be used.
상기 " 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"에는 역전사 중합효소, DNA 중합효소, Mg2+와 같은 조인자, dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP가 포함될 수 있다. 역전사된 cDNA를 증폭하기 위하여 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, DNA 중합효소의 예로 E.coli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 또는 박테리오파지 T7 DNA 중합효소가 있다. 중합효소는 박테리아 그 자체로부터 분리하거나 상업적으로 구입하거나 중합효소를 암호화하는 클로닝 유전자의 높은 레벨을 발현하는 세포로부터 수득할 수 있다.The "agent capable of detecting or amplifying haploids" may include reverse transcriptase, DNA polymerase, co-factors such as Mg 2+ , dATP, dCTP, dGTP and dTTP. Various DNA polymerases can be used in the amplification step of the present invention to amplify reverse transcribed cDNA, and examples of DNA polymerases include Klenow fragments of E. coli DNA polymerase I, thermostable DNA polymerase or bacteriophage T7 DNA polymerisation. There is an enzyme. Polymerases can be obtained from cells that are isolated from the bacteria themselves or purchased commercially or express high levels of cloning genes encoding the polymerase.
본 발명에서 소의 도체형질 판별용 반수체는 한우 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(9개)의 조합 및 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(8개)의 조합을 의미한다.In the present invention, the bovine carcass chromosome determinant is composed of a combination of nine SNP marker groups (nine) existing between 24,607,527 bp and 24,706,121 bp of Hanwoo chromosome 14, and an SNP marker group (8) between 24,998,326 bp and 25,066,322 bp. Means a combination.
상기 한우 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(9개)의 조합은 서열번호 1에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP), 서열번호 2에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 3에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 4에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 5에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 6에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 7에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 8에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 또는 서열번호 9에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성으로 구성되어 있을 수 있다.The combination of the SNP marker group (nine) present between the 24,607,527bp and 24,706,121bp of the Hanwoo chromosome 14 is a single nucleotide polymorphism (SNP) in which the 201st base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 1. ), Monobasic polymorphism of which the 201 base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 2, monobasic polymorphism of the 201 base of A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 3, poly Monobasic polymorphism wherein the 201 base is A or G in the nucleotides, monobasic polymorphism where the 201 base is A or C in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 5, and the 201 base is the polynucleotide described in SEQ ID NO: 6 Or monobasic polymorphism of G, monobasic polymorphism of which the 201st base is A or C in the polynucleotide of SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: It may consist of a monobasic polymorphism in which the 201 base is A or G in the polynucleotide described in No. 8, or a monobasic polymorphism in which the 201 base is A or C in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 9.
상기 한우 염색체 14번의 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(8개)의 조합은 서열번호 10에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 11에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 12에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 13에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 14에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 15에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 16에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 또는 서열번호 17에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성으로 구성되어 있을 수 있다.The combination of the 8 groups of SNP markers existing between 24,998,326 bp and 25,066,322 bp of the Hanwoo chromosome 14 is a single nucleotide polymorphism of which the 201 base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 10, described in SEQ ID NO: 11. Single nucleotide polymorphism, where the 201 base is A or G, single nucleotide polymorphism, where the 201 base is SEQ ID NO: 12, A or C, single nucleotide polymorphism, where the 201 base is SEQ ID NO: 13 is A or G, the sequence Monobasic polymorphism wherein the 201 base described in No. 14 is A or G, monobasic polymorphism wherein the 201 base described in SEQ ID NO: 15 is A or G, or a single polymorphism of the 201 base described in SEQ ID NO: 16 is A or G Base polymorphism or single base polymorphism in which the 201st base described in SEQ ID NO: 17 is A or G may be used.
상기 도체형질은 도체중일 수 있고, 상기 소는 한우 일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The carcass shape may be carcass, and the cattle may be Korean beef, but is not limited thereto.
본 발명은 소의 도체형질 판별용 반수체(haplotype)를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체형질 판별용 조성물을 포함하는 소의 도체형질을 판별하기 위한 키트에 관한 것이다.The present invention relates to a kit for determining the carcass shape of a cow comprising a composition for judging the carcass quality of a cow comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype for carcass shape determination.
상기 조성물은 상술한 바와 같은 특징을 가질 수 있다. 일례로, 상기 조성물은 서열번호 1에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP), 서열번호 2에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 3에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 4에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 5에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 6에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 7에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 8에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 및 서열번호 9에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성으로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 것일 수 있고, 서열번호 10에 기재된 폴리뉴클레오티드에서 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 11에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 12에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 C인 단일염기다형성, 서열번호 13에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 14에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 15에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 서열번호 16에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성, 및 서열번호 17에 기재된 201번째의 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성으로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 것일 수 있다.The composition may have the features as described above. In one example, the composition comprises a single nucleotide polymorphism (SNP) in which the 201 base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 1, and the 201 base in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 2 is A or G. Monobasic polymorphism, monobasic polymorphism wherein the 201 base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 3, monobasic polymorphism wherein the 201 base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 Monobasic polymorphism wherein the 201 base is A or C in the polynucleotide described in the above, monobasic polymorphism where the 201th base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 6, and the 201st polynucleotide in SEQ ID NO: 7 Monobasic polymorphism with base A or C, wherein the 201 base is A or G in the polynucleotide Monobasic polymorphism, and polynucleotide described in SEQ ID NO: 9, and may include an agent capable of detecting or amplifying any one or more SNPs selected from the group consisting of monobasic polymorphisms in which the 201st base is A or C. , Monobasic polymorphism in which the 201st base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 10, monobasic polymorphism in which the 201st base described in SEQ ID NO: 11 is A or G, and the 201st base described in SEQ ID NO: 12 Single nucleotide polymorphism of A or C, single nucleotide polymorphism of 201 base described in SEQ ID NO: 13, single nucleotide polymorphism of 201 base described in SEQ ID NO: 14, single nucleotide polymorphism of A or G, 201 described in SEQ ID NO: 15 Monobasic polymorphism of which the first base is A or G, monobasic polymorphism of which the 201 base is SEQ ID NO: 16, and 201st amino acid described in SEQ ID NO: 17 Group may be one that contains an agent capable of detecting or amplifying any one or more of the SNP is selected from the group consisting of a single nucleotide polymorphism of A or G.
또한, 상기 폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는, 폴리뉴클레오티드 내 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP가 포함된 부위를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.In addition, the agent capable of detecting or amplifying the polynucleotide is an agent capable of specifically binding to and recognizing a site containing an SNP in the polynucleotide or amplifying a site containing the SNP. May be a probe capable of specifically binding to the SNP-containing site, a primer capable of specifically amplifying a polynucleotide including the SNP-containing site, or a complementary polynucleotide thereof.
상기 키트는 PCR 키트, DNA 분석용 키트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The kit may be a PCR kit or a kit for DNA analysis, but is not limited thereto.
본 발명의 키트는 상기 조성물을 이용하여 본 발명에서 제공하는 SNP 마커의 유전자형을 증폭을 통해 확인할 수 있다. 본 발명에서 제공하는 상기 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다.The kit of the present invention can be confirmed by amplifying the genotype of the SNP marker provided in the present invention using the composition. The kit provided by the present invention may be a kit including essential elements necessary for performing RT-PCR.
예를 들어, RT-PCR 키트는, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적인 프라이머 쌍 이외에도 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-폴리머라제 및 역전사 효소와 같은 효소, DNase 억제제, RNase 억제제, DEPC-수(DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다. 한편, 키트에 포함되는 성분들은 액상 형태로 제조될 수도 있고, 포함 성분들의 자유도를 낮추어 제품의 안정성을 제고하기 위해 건조된 형태로 제조될 수도 있다. 이러한 건조된 형태로의 제조를 위해서는 건조 단계의 적용이 필요하고, 이때 가온건조, 자연건조, 감압건조, 동결건조 또는 이들의 복합 공정이 사용될 수 있다.For example, the RT-PCR kit can be used in tubes or other suitable containers, reaction buffers (pH and magnesium concentrations vary) in addition to specific primer pairs for polynucleotides or their complementary polynucleotides comprising the site containing the SNPs. Enzymes such as deoxynucleotides (dNTPs), Taq-polymerases and reverse transcriptases, DNase inhibitors, RNase inhibitors, DEPC-water and sterile water, and the like. On the other hand, the components included in the kit may be prepared in a liquid form, or may be prepared in a dried form in order to improve the stability of the product by lowering the degree of freedom of the included components. In order to produce such a dried form, it is necessary to apply a drying step, in which warming drying, natural drying, reduced pressure drying, freeze drying, or a combination thereof may be used.
본 발명에 있어서, PCR 증폭과정에 적용되는 경우, "키트"는 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소 (예컨대, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermisflavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus (Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), DNA 중합 효소 조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있다. 상기 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.In the present invention, when applied to a PCR amplification process, a "kit" may optionally contain reagents necessary for PCR amplification, such as buffers, DNA polymerases (eg, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis). , Thermisflavus, Thermococcus literalis or thermally stable DNA polymerase obtained from Pyrococcus furiosus (Pfu)), DNA polymerase cofactors and dNTPs. The kit can be made in a number of separate packaging or compartments containing the reagent components described above.
또한, 본 발명은 1) 소로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계로서,In addition, the present invention 1) polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 from the DNA of the sample isolated from bovine, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 , Polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7, Amplifying a site comprising the SNP of any one or more polynucleotides or complementary polynucleotides thereof selected from the group consisting of a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of No. 8 and a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 as,
상기 SNP는 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기 또는 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기인, 단계; 및The SNP is a base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 , Base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6, sequence A base 201 of a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of No. 7, a base 201 of a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, or a base 201 of a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9; And
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 소의 도체형질 판별 방법을 제공한다.2) provides a method for determining the carcase shape, comprising the step of determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP.
또한, 본 발명은 1) 소로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계로서,In addition, the present invention 1) polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10 from the DNA of the sample isolated from bovine, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 , A polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13, a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14, a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15, a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16, and a sequence Amplifying a site comprising the SNP of any one or more polynucleotides or their complementary polynucleotides selected from the group consisting of polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of No. 17,
상기 SNP는 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기 또는 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기인, 단계; 및The SNP is a base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 , Base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15, sequence A base number 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of No. 16 or a base number 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17; And
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 소의 도체형질 판별 방법을 제공한다.2) provides a method for determining the carcase shape, comprising the step of determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP.
상기 단계 1)의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등, ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173(1989)), 자가유지 서열 복제(Guatelli 등, ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.Amplifying the site including the SNP of step 1) can be used by any method known to those skilled in the art. For example, the target nucleic acid can be amplified by PCR and purified. Ligase chain reaction (LCR) (Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989), Landegren et al., Science 241, 1077 (1988)), transcription amplification (Kwoh et al., ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173) (1989)), self-sustaining sequence replication (Guatelli et al., ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874 (1990)) and nucleic acid based sequence amplification (NASBA).
상기 단계 2)의 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계는 서열분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(minisequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.Determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP of step 2) is sequencing, hybridization by microarray, allele specific PCR, dynamic allele hybridization technique (dynamic allelespecifichybridization (DASH), PCR prolongation analysis, PCR-SSCP, PCR-RFLP analysis or TaqMan technique, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (e.g. Sequenom's MassARRAY system), mini-sequencing method , Bio-Plex system (BioRad), CEQ and SNPstream system (Beckman), Molecular Inversion Probe array technology (e.g., Affymetrix GeneChip), and BeadArray Technologies (e.g., Illumina GoldenGate and Infinium Assay) It may be, but is not limited thereto.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 is A, the carcass weight of the bovine can be determined to be heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 is A, the carcass weight of the bovine can be determined to be heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 G인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the method for determining the carcass of bovine in the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 is G, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 is A, the carcass weight of the bovine can be determined to be heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 C인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for determining the carcass trait of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 is C, it can be determined that the carcass weight of the bovine is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6 is A, the carcass weight of the bovine can be determined to be heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 is A, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 G인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8 is G, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 is A, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 G인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10 is G, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 is A, the carcass weight of the bovine can be determined to be heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 C인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 is C, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 G인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the cow carcass identification method of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13 is G, it can be determined that the cow carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14 is A, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15 is A, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 A인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16 is A, the carcass weight of the bovine can be determined to be heavy or high.
본 발명의 상기 소의 도체형질 판별 방법에 있어서, 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번째의 염기가 G인 경우 소의 도체중이 무겁거나 높은 것으로 판단할 수 있다.In the above method for discriminating bovine carcass of the present invention, when the 201st base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17 is G, it can be determined that the bovine carcass weight is heavy or high.
또한, 본 발명에서 소의 도체중이 무겁거나 높은 경우 육량 지수 또는 등급이 높은 고급육으로 판단할 수 있다.In addition, in the present invention, when the carcass weight of a cow is heavy or high, it may be determined as a high-quality meat having a high meat index or grade.
본 발명의 일 실시예에서, 본 발명자들은 한우 898두에서 Illumina 770K SNP Chip 자료에 존재하는 777,962개 단일염기다형성(SNP) 마커 중 611,782개의 단일염기다형성 마커를 선별하고, 이를 이용하여 975,945개의 한우 반수체 정보를 구성하였다(실시예 1 참조). In one embodiment of the present invention, the present inventors screened 611,782 monobasic polymorphic markers out of 777,962 monobasic polymorphism (SNP) markers present in Illumina 770K SNP Chip data in 898 heads of Hanwoo, and used 975,945 Hanwoo haploids. The information was constructed (see Example 1).
또한, 발명의 일 실시예에서, 상기 975,945개의 반수체 정보를 전장유전체연관분석을 수행하여 한우 도체의 도체중 형질과 관련된 한우 반수체 마커를 선별하였고, 상기 선별한 한우 반수체 마커중 한우 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(9개)의 조합인 반수체 마커(HH1_AAGACAAGA)는 -log10P-value가 10.16197였고, 염색체 14번의 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(8개)의 조합인 반수체 마커(HH2_GACGAAAG)는 -log10P-value가 9.3784였으므로, 선별한 한우 반수체 마커는 고도의 유의성을 나타냄을 알 수 있었다(실시예 2). Further, in an embodiment of the present invention, full-length genetic association analysis of the 975,945 haploid information was performed to select Hanwoo haploid markers related to carcass traits of the Hanwoo carcass, and the 24,607,527bp of Hanwoo chromosome 14 of the selected Hanwoo haploid markers. The haploid marker (HH1_AAGACAAGA), which is a combination of 9 groups of SNP markers present at 24,706,121 bp, had a -log10P-value of 10.16197, and a group of SNP markers (8) having 24,998,326 bp to 25,066,322 bp of chromosome 14. Since the haploid marker (HH2_GACGAAAG), which is a combination, had a -log10P-value of 9.3784, the selected Hanwoo haploid markers showed high significance (Example 2).
따라서, 본 발명의 단일염기다형성 마커로 이루어진 소의 도체형질 판별용 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체형질 판별용 조성물을 이용하는 경우 종래의 단일염기다형성 마커를 이용하는 경우에 비해서 소의 도체 형질(도체중)을 보다 정확하게 판별할 수 있고, 이를 통해 고급육을 용이하고 정확하게 판별할 수 있다.Therefore, when using a composition for discriminating bovine carcass trait comprising an agent capable of detecting or amplifying bovine carcass morphology haploid consisting of a single nucleotide polymorphism marker of the present invention, a small carcass is compared with the case of using a conventional monobasic polymorphism marker. It is possible to determine the trait (carcass weight) more accurately, and through this, high-quality meat can be easily and accurately identified.
이하, 본 발명을 실시예에 의하여 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail by way of examples.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것이며, 본 발명의 내용이 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.However, the following Examples are intended to illustrate the present invention, and the content of the present invention is not limited by the Examples.
실시예 1: 한우 반수체 정보 구성Example 1 Hanwoo Haploid Information Structure
한우 898두에서 Illumina 770K SNP Chip 자료에 존재하는 777,962개 단일염기다형성(SNP) 마커 중, MAF 값이 0.01 이상, HWE 값이 0.000001 이상, Genotyping rate이 0.05 이상인 기준을 통과하는 611,782개의 단일염기다형성(SNP) 마커를 분석에 사용하였다. R 패키지 GHap 소프트웨어(version 1.2.2, https://cran.r-project.org/web/packages/GHap/index.html)에 상기 기준을 통과하는 611,782개의 단일염기다형성(SNP) 마커 정보를 적용하여 연관불평형(linkage disequilibrium) 값을 0.2를 기준으로 SNP의 조합인 975,945개의 반수체 정보를 구성하였다. 연관불평형의 값을 0.2부터 0.7까지로 분석해본 결과, 유의한 반수체 마커를 선별할 수 있는 최적의 값으로 0.2를 기준으로 반수체 정보를 구성하였다.Among the 777,962 single nucleotide polymorphism (SNP) markers in Illumina 770K SNP Chip data in 898 heads of Hanwoo, 611,782 single nucleotide polymorphisms passing the criteria with MAF value of 0.01 or more, HWE value of 0.000001 or more, and genotyping rate of 0.05 or more ( SNP) markers were used for analysis. Apply 611,782 single nucleotide polymorphism (SNP) marker information that passes the above criteria to the R package GHap software (version 1.2.2, https://cran.r-project.org/web/packages/GHap/index.html) Based on the linkage disequilibrium value of 0.2, 975,945 haploid information, which is a combination of SNPs, was constructed. As a result of analyzing the correlation inequality from 0.2 to 0.7, the haploid information was constructed based on 0.2 as the optimal value for selecting significant haploid markers.
실시예 2: 한우 도체 형질과 관련된 한우 반수체 마커 선별Example 2: Selecting Hanwoo Haploid Markers Associated with Hanwoo Carcass Traits
한우 도체 형질과 관련된 한우 반수체 마커를 선별하기 위하여, 하기 수학식 1의 분석모형을 이용하여 차세대염기서열 기반의 전장유전체연관분석(Genome Wide Association Study; GWAS)을 수행하였다. In order to select Hanwoo haploid markers related to Hanwoo carcass traits, a genome wide association study (GWAS) based on the next generation nucleotide sequence was performed using the analysis model of Equation 1 below.
[수학식 1][Equation 1]
y = Wα + xβ + u + εy = Wα + xβ + u + ε
상기 분석모형 수학식에서 y는 도체중에 대한 표현형이며, W는 고정효과에 대한 공분산 매트릭스, α는 절편을 포함하는 계수, x는 유전자형 벡터, β 는 마커의 유효 사이즈, u는 random effect, ε는 에러에 대한 값을 의미한다.In the analysis model equation, y is a phenotype for the carcass weight, W is a covariance matrix for fixed effects, α is a coefficient including the intercept, x is a genotype vector, β is an effective size of the marker, u is a random effect, and ε is an error. The value for.
구체적으로, 혼합선형모형 연관분석 기법(Mixed Linear Model based Association analysis, MLMA)과 제한최대우도(REML, restricted maximum likelihood) 분석 방법을 이용하여 한우 도체중 형질과 실시예 1에서 구성한 975,945개의 반수체 마커의 연관 유의성을 확인하였고, 이때 한우 도체중 표현형에 미치는 효과가 큰 성별과 도축월령을 공변수로 추가하여 보정하였다.Specifically, the characteristics of Hanwoo carcass traits and the 975,945 haploid markers constructed in Example 1 using mixed linear model based association analysis (MLMA) and restricted maximum likelihood (REML) analysis Association significance was confirmed, and the gender and slaughter age were significantly corrected by adding covariates.
각 반수체 마커에 대하여 형질에 따른 유의성 검증을 위해 GEMMA(version 0.96, http://www.xzlab.org/software.html) 통계 소프트웨어를 활용하였고, 한우 도체의 도체중, 등심단면적, 및 마블링 지수 정보는 농협중앙회 한우개량사업소에서 제공받았다. 각 형질에 대한 유의적인 반수체 마커는 유의성 검정 을 통해, p-value 값이 0.05 이하인 마커를 선별하였다.GEMMA (version 0.96, http://www.xzlab.org/software.html) statistical software was used to verify the significance of each haploid marker for traits, and carcass weight, fillet cross-sectional area, and marbling index information of Hanwoo carcasses were used. Was provided by the National Agricultural Cooperative Federation Hanwoo Improvement Office. Significant haploid markers for each trait were selected by markers having a p-value of 0.05 or less through a significance test.
그 결과 유의성이 가장 높은 2개의 반수체 마커를 선별(한우 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(9개, 서열번호 1 내지 9)의 조합 및 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(8개, 서열번호 10 내지 17)의 조합)하였다(도 1).As a result, the two haploid markers with the highest significance were selected (combination of SNP marker groups (9, SEQ ID NOs: 1 to 9) existing between 24,607,527 bp and 24,706,121 bp of Korean chromosome 14 and between 24,998,326 bp and 25,066,322 bp). SNP marker group (8, SEQ ID NO: 10 to 17) combination) (Fig. 1).
상기 서열번호 1 내지 9는 한우 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 9개의 SNP 마커를 포함하는 약 500 bp의 염기서열이고, 상기 서열번호 10 내지 17은 한우 염색체 14번의 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 8개의 SNP 마커를 포함하는 약 500 bp의 염기서열이다.SEQ ID NO: 1 to 9 is a base sequence of about 500 bp comprising nine SNP markers present between 24,607,527 bp to 24,706,121 bp of Hanwoo chromosome 14, wherein SEQ ID NO: 10 to 17 is 25,066,322 at 24,998,326 bp of Hanwoo chromosome 14 A base sequence of about 500 bp containing eight SNP markers present between bp.
상기 한우 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(9개)의 조합은 한우 염색체 14번의 24607527 번째, 24621142 번째, 24626498 번째, 24633076 번째, 24639618 번째, 24643266 번째, 24656389 번째, 24699409 번째, 및 24706121 번째의 염기가 순서대로 'AAGACAAGA'(서열번호 18)이고(표 1), The combination of the SNP marker group (nine) existing between the 24,607,527 bp of the Hanwoo chromosome 14 and 24,706,121 bp is 24607527th, 24621142, 24626498, 24633076, 24639618, 24643266, 24656389, 24699409 The second, and 24706121th bases are in sequence 'AAGACAAGA' (SEQ ID NO: 18) (Table 1),
상기 한우 염색체 14번의 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(8개)의 조합은 한우 염색체 14번의 24998326 번째, 25009960 번째, 25015640 번째, 25033414 번째, 25054377 번째, 25056208 번째, 25058053 번째, 및 25066322 번째의 염기가 순서대로 'GACGAAAG'(서열번호 19)이다(표 2).The combination of 8 groups of SNP markers present between the 24,998,326 bp of the Hanwoo chromosome 14 and 25,066,322 bp is 24998326th, 25009960th, 25015640, 25033414th, 25054377th, 25056208th, 25058053th, and Hanwoo chromosome 14 The 25066322 base is in sequence 'GACGAAAG' (SEQ ID NO: 19) (Table 2).
상기 선별한 한우 반수체 마커중 염색체 14번의 24,607,527bp에서 24,706,121bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(9개)의 조합인 반수체 마커(HH1_AAGACAAGA)는 -log10P-value가 10.16197였고, 염색체 14번의 24,998,326bp에서 25,066,322bp 사이에 존재하는 SNP 마커군(8개)의 조합인 반수체 마커(HH2_GACGAAAG)는 -log10P-value가 9.3784였다(표 3).The haploid marker (HH1_AAGACAAGA), which is a combination of the SNP marker groups (9) present between 24,607,527 bp and 24,706,121 bp of chromosome 14 among the selected Hanwoo haploid markers, had a -log10P-value of 10.16197 and 25,066,322 at 24,998,326 bp of chromosome 14. The haploid marker (HH2_GACGAAAG), a combination of eight groups of SNP markers present between bp, had a -log10P-value of 9.3784 (Table 3).
즉, 선별된 반수체 마커는 한우 도체 형질(도체중)과 고도의 유의성을 나타냄을 확인할 수 있었다.In other words, the selected haploid markers were found to have a high degree of significance with carcass traits (carcass weight).
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Composition for identifying a bovine carcass weight trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype <130> 2018P-10-023 <160> 19 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No1 <400> 1 ggttttcctt ctaggagctt gtgcttctgg tcaattttgt gaaaagaacc agaatgggac 60 cccttgacct gggaacaagc atgttcaagg ggggcctgaa ggagcgggtg tgataggagc 120 cctcagagcc agaacctgag aggcggcacc actccgggat cacctttgcc cctcgaggtt 180 gttagccctg gagttctaca agctcgaaca cgctagtcta tacgtcttct cacctgtcgt 240 ggaccccaat ccgatcccag cctgtggtcg tggtgcacag tttggaatct gtgaatttgg 300 ttgtctgctt tacatcagct caggcaagtt atttagcctc cctttgggtc tttgtttccc 360 tgagtgcttc caagtgtgca gagtgcaggg tgtggtgtgc gc 402 <210> 2 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No2 <400> 2 cctagaaaaa gaaatacaac tctcaagtgt gtcttgtctt gaaagcctgg ggttaaatgt 60 cttctttggt ctgaaccaga gttttggaga cagcagtttc tcctgtttgg aggaagggaa 120 gggagccgaa gatgaactag ccacgccaga aacaggagcc tccgctgcac aaagcctcac 180 agtgctgatg ctattgattc agcttctctt ttttacagaa acaccttgga acttgtcaag 240 atttactgaa ggtgatttgc attaattaat tcaacagacc ctttaatctt gggaattctt 300 gacttgtgag attgcagtca agctagtgca aagggaaatg agtcagttag taggaaggag 360 cgctcattca gtgtggtgag gtcctcaggc ctggagagaa ag 402 <210> 3 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No3 <400> 3 gctatttctg gttaacattt tatcttgtaa gagtaaaaaa cacatgtaaa attctgtttt 60 gctcaaaaag aatgtctccc accttgttta tatcccttct tatccttagc atgttattac 120 cacaaaactc ctttcatatc taggtggtat gagatcgctg aaaaatgaaa ctttccgtca 180 actgcttttt gaagggccca aggtgaagcc tctctttagg caggatgttg agagagagcc 240 tactctctgc tcttcttctc agctagcaga ctgctcaccg gcttggagag agagagttaa 300 aggtataaag taggatttcc cattctcaga acaagttgag cagcagataa gccaggaggt 360 tcctccccct atgtatacct atggctgatt cattatgagg tt 402 <210> 4 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No4 <400> 4 ccgagaattc tatgcttctt ggaactttta tgcctgtttc tccaggcacc acaccacttg 60 gtgtggtgag ggtagtccaa acaaattgaa ggtggggatg ctggggtggg gatgggggaa 120 agattgatag ggaaaagaca agaaagacat gaaataccca gtgtctggtt caatcttgtc 180 tctctccctt cttccttcat agctccagct cccactgcca actttctttc attgatatgt 240 gttattggct gaatcattgt ttagtcacta agtcatgtcc aactcacttg caaccccatg 300 gactgtagcc caccaggctc ttctatctgt gggatttccc aggcaagaac actggagtgg 360 gttgccattt cctcctccaa gggatcgaac ctgcatctcc tg 402 <210> 5 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No5 <400> 5 agaaagagca ggagccctct acttccatga tttaattccc tggggcttga ggattgcaac 60 tgaaataata agaaaataat gtcatgagtt cagaaaatta ataaactgtc tccaacaaat 120 ttgatagctc tatttttaag attaacaaaa tttgtgaata acaggaaaac aacagatgtt 180 cccatttgga agttccttag acgtatcaaa tacaataatt tttaaaaatt tacttgcaaa 240 attatgacat taattaacaa tgcttgcaat catagaaaga tactgaaatg atcatggcta 300 taatccccca aaaggggatg attcattaat tctaagaaaa aaaaatattg tgtttttttg 360 atataccatt tctggatgat tgttcaggtt tttttcagag aa 402 <210> 6 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No6 <400> 6 caataaatgt ctaattctat tcactaactt gattaaatct ggaatctgtg ttctttgtgt 60 cctaaaacag tctaaataaa acactgaaaa tgtcagactg ccccatctga tcctgtgatg 120 atgtcaacca ttctacccaa ggagtttgta attatttcag gaggaaagct tctaattagc 180 accaaacagt tttccagcag agagctggaa catccacatc caggacacag gaagccaaat 240 ggaaggaggg atccagacaa ggatgcacac agaggcacag acaaggatgc acacagaggg 300 atccagacaa ggatgcacac agagggatcc agacaaggat gcacacaaga gggatccaga 360 caaggatgca cacaagaggc acaagcaaga tgcacaaaga gg 402 <210> 7 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No7 <400> 7 tttgttcctc tttagaagtg agtaatattc cattgtattg ggacacctga ataatacagt 60 aggttctcac taattaacta tgttatacat agaatcaacg tgtatatgtg tcaatcccaa 120 tctcccaatt gatcccacta ctcccccaag gctgataata tttttctacc agatgaagta 180 aaggaacatt ccctccacat acaactggaa ctctccgttt ttcaggaagc accctgcact 240 tagccttcac tgcagcccac agcagggcag ggctgccagg cagcaggcat caggactctc 300 accccagctc tgtgctggct gacacatctt aactgattta ttcacctctc tgagtctcag 360 tttacaccat cttctaagtg aggaatgaga actaaaatca gc 402 <210> 8 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No8 <400> 8 agacaagcaa cttgtcaaag tagcagaggc tttttgattg aaggtcttca aacaaaaaaa 60 gtcagcagta aaattggaaa gccttattct acctccctgt cttcaacccc tattctcatt 120 gttcacattt acaaaactga gagcccactg atgggatgaa attgaccact gaggccaagc 180 tggatgtctc aaggctggga agtaagtagc aagaagctga ccattccata tttgacacta 240 gcatcagggt ggaaatctga tttaccctgt gcaatcgtac agattcttgc tcctatttcc 300 aagaaacagt atcatcatga ttgaagaaaa agannnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 360 nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nn 402 <210> 9 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No9 <400> 9 aacagttaca tgtgtgttaa attaaaacaa aagaacagtg gatgggggga aatgaacaag 60 tcactgttag atgagaaaga gtgtttttga gggaaaaaaa aatatttcaa gcagataatg 120 tgaagacgca aagaaaagtg atgggcttgc aggggtgaag aagggtcaga cctgcttcat 180 tctctcacac tgaagtgagg acggatacac tggtaatata taaatttttc aagatcctcc 240 caaattcttc ccaatttatt tttggaaatt tgggaccaaa gagggaactg aaaatcaata 300 cagtcagtaa tttaatctgt atagacctca ggagtagatg agttaaaaca aaaaagggaa 360 tcagcaggct atcatgttag cctttatcag agtcaggtca ct 402 <210> 10 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No10 <400> 10 actgtagcct gccaggctcc tctgtctctg acattccctg ggcaagaata ctggagtgag 60 ttgccatttc ctcctccagg ggatcttcct gacccgggga aggaacctgg atctcccgca 120 ttgcaggcag attctttacc aactgcgcca cctgggaagc cctggaattc agaggcagga 180 gcagggaaag caggcatgca aggggaggga taagcacaag aacggtgagt gacttcacat 240 gaaaatgaca gaaaaagtaa gaggaggaaa caggaggacc gctgtcaaga gtggggaaga 300 atttcagggt cccttaaagc actgactggt aataacctga agctctttta gtaaatgttg 360 aggttaggaa taactacaga aatagcgtat gaaaggattc ag 402 <210> 11 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No11 <400> 11 ataaaaatgt ttccacgtat gttttaatgt ctaaaaatcc tcttaatttg tgcgaggcag 60 ctctagccac aatttgtgtt gtagaagaat atagataatc agccaaaaac tcttttaggc 120 accttgtgaa ccattcagtc cagggaagga gttcttaaga caagagacac cagaggcctg 180 aaagagttga actcattgcc agaaggtgaa aatcaattct ttacatcagt gtcatcacac 240 gaagaggggt ttctgactca agagtagaaa tgacttgtct tcaggacaaa tatgcattct 300 tgaggtggtg aaacgttttg gtgttatgtt aggtgagggt cacggctccc tgtctcttgg 360 gtggaagcaa tgatttggct gaagtaattt tccccactgt ct 402 <210> 12 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No12 <400> 12 acaaaagaaa aagcttgaat taaaactatt tctgtacttt gtactttaag tttcacagtt 60 ctgacagttg tttctctgag agctgtgaat tttgacaata cttacctgca tcgataactc 120 tttcatattt aagctagaag tcaagcatat actttgctaa ttaagggcaa aagctatcat 180 aatcaaagtt tcagtctcct actatgctaa tcataaaact cattagtaaa caattaagaa 240 aatgtcaaca tttgcttaaa acatgttttt tatgtatagt aaacaggtgg gttggaaaag 300 gaaatttact actaataatt tatatgtata aaacacgata aagctttgaa taatgtgaaa 360 gaaattacta acatgataac ataattgaag tcaattctga gg 402 <210> 13 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No13 <400> 13 gccaggctcc tctgtccatg ggattctcca ggcaagaata ctgcagaggg ttgctgtgcc 60 ctccctccag ggaatcttcc caacccaggg atcaaaccca aggctcttac gtcccctgct 120 ttgggaggca ggttctttac cactagcgtc acctggaaag ccccatacta taaggttggt 180 ggtaggggaa cagggcaagc agtgacagac cagtcttccc agtgatcttc gggtaaagtt 240 acctaatgtc tactataagt tctaatagga atctctatta gagtatgagc tactaataga 300 ttagtattaa ttagaacata aaatagatat tcctactcta tcaaatattg agtataaata 360 aaaagaaaat attaatcact taataaatta gcatcagtct at 402 <210> 14 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No14 <400> 14 catccaagga gtgtgaacag tggagcagag ctctgtgctc agaacacagg acacatgcag 60 acaagaaaac cgtgagttca ttttgtggcc tctgtgcggg agaggaagaa gcttctaggt 120 acagttgaac agcatcttga aattttcttc ctgtcaagag atttctgtta gctaggtgta 180 ctcatgtatt gtacaataca agtgaagatc ataaaataga aggattgctt actgaaagga 240 cccggaatga ttagactttt ttctatcctt ctttgcaaag tttatcccct ttagcttgga 300 catactgagc ttgtaaaaga gaaagggaac tagttgactc atgatcctag aatacctcca 360 cttttcagga gcttatggga gtctgattgt ttttcctgaa tg 402 <210> 15 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No15 <400> 15 gggagaagac acttaggatg cccatggtga cacggaggct gagggatcct gacgtaaacc 60 cttgcttgtc ggtaagctgg ttggctttga attgtcacaa gtattacgtt ggaaaaagaa 120 gcatcttctg attttgtggg catcagtttt cttcaattct tgaataaagt tattcctgta 180 caagaaacat tcatggcctg aggtatcctt atttcaccag agcattttta gatattcatc 240 atttagctga caaagactca tctcttttaa gtttccctaa ttggtagagc atacaagatt 300 ttagttgtca ctcttaaccc tagacaagca tgtgcaacac tgaggaaatt cttgagtccg 360 aacttgcaaa gttggaaaaa gtaggtattt ttaaatggtt ac 402 <210> 16 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No16 <400> 16 tctgaccaca tcccccgtgt gccctcagga cccttgggca ctctcgttgg gtgcctcaac 60 ccttcccacg tgtgaggatt cagctccaac tgaggtgggt cttcctacgt ggatcagtat 120 ctcaccatca tgttagtttt ctagaggtgg atggaatggc gggcttgccc tgtcaccacg 180 cgtatccaac ttctttttct agcctcctcc cccactgctg cccatggtcc ccattttctc 240 atatatattg taatttctgc ttctctgagc accggctcca atggcttcct ttccctctgc 300 tcactcactt gttgtggtca cctgttggct cctttgggca gttgttctga attggtgggc 360 tgtgctcctg ggctggtagt tcaacactgt atccccatcc ta 402 <210> 17 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No17 <400> 17 ctacacaaat aaaaggcttc catatgggat gtaaacatga atatggattt atatgagtaa 60 atttacaagt taattagtgt gtgtgaccgt gtgactgact cttcactaaa cctctaagaa 120 atctccccca aatgctcggt cctgggtgcc ccgtcaccat gcctgtgtct tctgctccag 180 agatgccaga ggaacatgac agttgatgtg atgaccatgc tctttgccgt gaagagcaag 240 gaagaggaag gccgaggtct gggtcatctg cagggagagg aggctctcct ggataaaaag 300 gtggactttg tcaatctggt gtgctgaagt gcttcctgac acacacccag gcttcttgga 360 gacttgggaa ctcatggcca ggatgggggt gtttccactt tg 402 <210> 18 <211> 9 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No18 <400> 18 aagacaaga 9 <210> 19 <211> 8 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No19 <400> 19 gacgaaag 8 <110> REPUBLIC OF KOREA (MANAGEMENT: RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Composition for identifying a bovine carcass weight trait configuring an agent capable of detecting or amplifying a haplotype <130> 2018P-10-023 <160> 19 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No1 <400> 1 ggttttcctt ctaggagctt gtgcttctgg tcaattttgt gaaaagaacc agaatgggac 60 cccttgacct gggaacaagc atgttcaagg ggggcctgaa ggagcgggtg tgataggagc 120 cctcagagcc agaacctgag aggcggcacc actccgggat cacctttgcc cctcgaggtt 180 gttagccctg gagttctaca agctcgaaca cgctagtcta tacgtcttct cacctgtcgt 240 ggaccccaat ccgatcccag cctgtggtcg tggtgcacag tttggaatct gtgaatttgg 300 ttgtctgctt tacatcagct caggcaagtt atttagcctc cctttgggtc tttgtttccc 360 tgagtgcttc caagtgtgca gagtgcaggg tgtggtgtgc gc 402 <210> 2 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No2 <400> 2 cctagaaaaa gaaatacaac tctcaagtgt gtcttgtctt gaaagcctgg ggttaaatgt 60 cttctttggt ctgaaccaga gttttggaga cagcagtttc tcctgtttgg aggaagggaa 120 gggagccgaa gatgaactag ccacgccaga aacaggagcc tccgctgcac aaagcctcac 180 agtgctgatg ctattgattc agcttctctt ttttacagaa acaccttgga acttgtcaag 240 atttactgaa ggtgatttgc attaattaat tcaacagacc ctttaatctt gggaattctt 300 gacttgtgag attgcagtca agctagtgca aagggaaatg agtcagttag taggaaggag 360 cgctcattca gtgtggtgag gtcctcaggc ctggagagaa ag 402 <210> 3 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No3 <400> 3 gctatttctg gttaacattt tatcttgtaa gagtaaaaaa cacatgtaaa attctgtttt 60 gctcaaaaag aatgtctccc accttgttta tatcccttct tatccttagc atgttattac 120 cacaaaactc ctttcatatc taggtggtat gagatcgctg aaaaatgaaa ctttccgtca 180 actgcttttt gaagggccca aggtgaagcc tctctttagg caggatgttg agagagagcc 240 tactctctgc tcttcttctc agctagcaga ctgctcaccg gcttggagag agagagttaa 300 aggtataaag taggatttcc cattctcaga acaagttgag cagcagataa gccaggaggt 360 tcctccccct atgtatacct atggctgatt cattatgagg tt 402 <210> 4 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No4 <400> 4 ccgagaattc tatgcttctt ggaactttta tgcctgtttc tccaggcacc acaccacttg 60 gtgtggtgag ggtagtccaa acaaattgaa ggtggggatg ctggggtggg gatgggggaa 120 agattgatag ggaaaagaca agaaagacat gaaataccca gtgtctggtt caatcttgtc 180 tctctccctt cttccttcat agctccagct cccactgcca actttctttc attgatatgt 240 gttattggct gaatcattgt ttagtcacta agtcatgtcc aactcacttg caaccccatg 300 gactgtagcc caccaggctc ttctatctgt gggatttccc aggcaagaac actggagtgg 360 gttgccattt cctcctccaa gggatcgaac ctgcatctcc tg 402 <210> 5 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No5 <400> 5 agaaagagca ggagccctct acttccatga tttaattccc tggggcttga ggattgcaac 60 tgaaataata agaaaataat gtcatgagtt cagaaaatta ataaactgtc tccaacaaat 120 ttgatagctc tatttttaag attaacaaaa tttgtgaata acaggaaaac aacagatgtt 180 cccatttgga agttccttag acgtatcaaa tacaataatt tttaaaaatt tacttgcaaa 240 attatgacat taattaacaa tgcttgcaat catagaaaga tactgaaatg atcatggcta 300 taatccccca aaaggggatg attcattaat tctaagaaaa aaaaatattg tgtttttttg 360 atataccatt tctggatgat tgttcaggtt tttttcagag aa 402 <210> 6 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No6 <400> 6 caataaatgt ctaattctat tcactaactt gattaaatct ggaatctgtg ttctttgtgt 60 cctaaaacag tctaaataaa acactgaaaa tgtcagactg ccccatctga tcctgtgatg 120 atgtcaacca ttctacccaa ggagtttgta attatttcag gaggaaagct tctaattagc 180 accaaacagt tttccagcag agagctggaa catccacatc caggacacag gaagccaaat 240 ggaaggaggg atccagacaa ggatgcacac agaggcacag acaaggatgc acacagaggg 300 atccagacaa ggatgcacac agagggatcc agacaaggat gcacacaaga gggatccaga 360 caaggatgca cacaagaggc acaagcaaga tgcacaaaga gg 402 <210> 7 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No7 <400> 7 tttgttcctc tttagaagtg agtaatattc cattgtattg ggacacctga ataatacagt 60 aggttctcac taattaacta tgttatacat agaatcaacg tgtatatgtg tcaatcccaa 120 tctcccaatt gatcccacta ctcccccaag gctgataata tttttctacc agatgaagta 180 aaggaacatt ccctccacat acaactggaa ctctccgttt ttcaggaagc accctgcact 240 tagccttcac tgcagcccac agcagggcag ggctgccagg cagcaggcat caggactctc 300 accccagctc tgtgctggct gacacatctt aactgattta ttcacctctc tgagtctcag 360 tttacaccat cttctaagtg aggaatgaga actaaaatca gc 402 <210> 8 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No8 <400> 8 agacaagcaa cttgtcaaag tagcagaggc tttttgattg aaggtcttca aacaaaaaaa 60 gtcagcagta aaattggaaa gccttattct acctccctgt cttcaacccc tattctcatt 120 gttcacattt acaaaactga gagcccactg atgggatgaa attgaccact gaggccaagc 180 tggatgtctc aaggctggga agtaagtagc aagaagctga ccattccata tttgacacta 240 gcatcagggt ggaaatctga tttaccctgt gcaatcgtac agattcttgc tcctatttcc 300 aagaaacagt atcatcatga ttgaagaaaa agannnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 360 nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnnnn nn 402 <210> 9 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No9 <400> 9 aacagttaca tgtgtgttaa attaaaacaa aagaacagtg gatgggggga aatgaacaag 60 tcactgttag atgagaaaga gtgtttttga gggaaaaaaa aatatttcaa gcagataatg 120 tgaagacgca aagaaaagtg atgggcttgc aggggtgaag aagggtcaga cctgcttcat 180 tctctcacac tgaagtgagg acggatacac tggtaatata taaatttttc aagatcctcc 240 caaattcttc ccaatttatt tttggaaatt tgggaccaaa gagggaactg aaaatcaata 300 cagtcagtaa tttaatctgt atagacctca ggagtagatg agttaaaaca aaaaagggaa 360 tcagcaggct atcatgttag cctttatcag agtcaggtca ct 402 <210> 10 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No10 <400> 10 actgtagcct gccaggctcc tctgtctctg acattccctg ggcaagaata ctggagtgag 60 ttgccatttc ctcctccagg ggatcttcct gacccgggga aggaacctgg atctcccgca 120 ttgcaggcag attctttacc aactgcgcca cctgggaagc cctggaattc agaggcagga 180 gcagggaaag caggcatgca aggggaggga taagcacaag aacggtgagt gacttcacat 240 gaaaatgaca gaaaaagtaa gaggaggaaa caggaggacc gctgtcaaga gtggggaaga 300 atttcagggt cccttaaagc actgactggt aataacctga agctctttta gtaaatgttg 360 aggttaggaa taactacaga aatagcgtat gaaaggattc ag 402 <210> 11 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No11 <400> 11 ataaaaatgt ttccacgtat gttttaatgt ctaaaaatcc tcttaatttg tgcgaggcag 60 ctctagccac aatttgtgtt gtagaagaat atagataatc agccaaaaac tcttttaggc 120 accttgtgaa ccattcagtc cagggaagga gttcttaaga caagagacac cagaggcctg 180 aaagagttga actcattgcc agaaggtgaa aatcaattct ttacatcagt gtcatcacac 240 gaagaggggt ttctgactca agagtagaaa tgacttgtct tcaggacaaa tatgcattct 300 tgaggtggtg aaacgttttg gtgttatgtt aggtgagggt cacggctccc tgtctcttgg 360 gtggaagcaa tgatttggct gaagtaattt tccccactgt ct 402 <210> 12 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No12 <400> 12 acaaaagaaa aagcttgaat taaaactatt tctgtacttt gtactttaag tttcacagtt 60 ctgacagttg tttctctgag agctgtgaat tttgacaata cttacctgca tcgataactc 120 tttcatattt aagctagaag tcaagcatat actttgctaa ttaagggcaa aagctatcat 180 aatcaaagtt tcagtctcct actatgctaa tcataaaact cattagtaaa caattaagaa 240 aatgtcaaca tttgcttaaa acatgttttt tatgtatagt aaacaggtgg gttggaaaag 300 gaaatttact actaataatt tatatgtata aaacacgata aagctttgaa taatgtgaaa 360 gaaattacta acatgataac ataattgaag tcaattctga gg 402 <210> 13 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No13 <400> 13 gccaggctcc tctgtccatg ggattctcca ggcaagaata ctgcagaggg ttgctgtgcc 60 ctccctccag ggaatcttcc caacccaggg atcaaaccca aggctcttac gtcccctgct 120 ttgggaggca ggttctttac cactagcgtc acctggaaag ccccatacta taaggttggt 180 ggtaggggaa cagggcaagc agtgacagac cagtcttccc agtgatcttc gggtaaagtt 240 acctaatgtc tactataagt tctaatagga atctctatta gagtatgagc tactaataga 300 ttagtattaa ttagaacata aaatagatat tcctactcta tcaaatattg agtataaata 360 aaaagaaaat attaatcact taataaatta gcatcagtct at 402 <210> 14 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No14 <400> 14 catccaagga gtgtgaacag tggagcagag ctctgtgctc agaacacagg acacatgcag 60 acaagaaaac cgtgagttca ttttgtggcc tctgtgcggg agaggaagaa gcttctaggt 120 acagttgaac agcatcttga aattttcttc ctgtcaagag atttctgtta gctaggtgta 180 ctcatgtatt gtacaataca agtgaagatc ataaaataga aggattgctt actgaaagga 240 cccggaatga ttagactttt ttctatcctt ctttgcaaag tttatcccct ttagcttgga 300 catactgagc ttgtaaaaga gaaagggaac tagttgactc atgatcctag aatacctcca 360 cttttcagga gcttatggga gtctgattgt ttttcctgaa tg 402 <210> 15 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No15 <400> 15 gggagaagac acttaggatg cccatggtga cacggaggct gagggatcct gacgtaaacc 60 cttgcttgtc ggtaagctgg ttggctttga attgtcacaa gtattacgtt ggaaaaagaa 120 gcatcttctg attttgtggg catcagtttt cttcaattct tgaataaagt tattcctgta 180 caagaaacat tcatggcctg aggtatcctt atttcaccag agcattttta gatattcatc 240 atttagctga caaagactca tctcttttaa gtttccctaa ttggtagagc atacaagatt 300 ttagttgtca ctcttaaccc tagacaagca tgtgcaacac tgaggaaatt cttgagtccg 360 aacttgcaaa gttggaaaaa gtaggtattt ttaaatggtt ac 402 <210> 16 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No16 <400> 16 tctgaccaca tcccccgtgt gccctcagga cccttgggca ctctcgttgg gtgcctcaac 60 ccttcccacg tgtgaggatt cagctccaac tgaggtgggt cttcctacgt ggatcagtat 120 ctcaccatca tgttagtttt ctagaggtgg atggaatggc gggcttgccc tgtcaccacg 180 cgtatccaac ttctttttct agcctcctcc cccactgctg cccatggtcc ccattttctc 240 atatatattg taatttctgc ttctctgagc accggctcca atggcttcct ttccctctgc 300 tcactcactt gttgtggtca cctgttggct cctttgggca gttgttctga attggtgggc 360 tgtgctcctg ggctggtagt tcaacactgt atccccatcc ta 402 <210> 17 <211> 402 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No17 <400> 17 ctacacaaat aaaaggcttc catatgggat gtaaacatga atatggattt atatgagtaa 60 atttacaagt taattagtgt gtgtgaccgt gtgactgact cttcactaaa cctctaagaa 120 atctccccca aatgctcggt cctgggtgcc ccgtcaccat gcctgtgtct tctgctccag 180 agatgccaga ggaacatgac agttgatgtg atgaccatgc tctttgccgt gaagagcaag 240 gaagaggaag gccgaggtct gggtcatctg cagggagagg aggctctcct ggataaaaag 300 gtggactttg tcaatctggt gtgctgaagt gcttcctgac acacacccag gcttcttgga 360 gacttgggaa ctcatggcca ggatgggggt gtttccactt tg 402 <210> 18 <211> 9 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No18 <400> 18 aagacaaga 9 <210> 19 <211> 8 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> No19 <400> 19 gacgaaag 8
Claims (9)
Single nucleotide polymorphism (SNP) in which the 201 base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 1, single nucleotide polymorphism in which the 201 base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 2, the sequence Monobasic polymorphism with 201 base of A or G in polynucleotide of No. 3, Monobasic polymorphism with 201 base of A or G in polynucleotide of SEQ ID NO: 4, 201 in polynucleotide of SEQ ID NO: 5 Monobasic polymorphism of which the first base is A or C, monobasic polymorphism of which the 201 base is A or G in the polynucleotide of SEQ ID NO: 6, and 201 base of the polynucleotide of SEQ ID NO: 7 is A or C Monobasic polymorphism, monobasic polymorphism in which the 201st base is A or G in the polynucleotide described in SEQ ID NO: 8, and the sequence Call in a polynucleotide of the nine of the 201st base A or C of determination of the bovine conductor comprising a formulation which is capable of detecting or amplifying a beef haplotypes (haplotype) for determination of the conductor of a single nucleotide polymorphism composition.
The composition of claim 1, wherein the agent capable of detecting or amplifying the haploid is a primer or a probe.
A kit for determining the carcass weight of a Korean cattle comprising the composition of claim 1.
상기 SNP는 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기 및 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 201번 염기인, 단계; 및
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 한우의 도체중 판별 방법.1) a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 from the DNA of a sample isolated from Hanwoo, a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3, Polynucleotide consisting of the nucleotide sequence, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7, nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8 Amplifying a site comprising a polynucleotide consisting of and a SNP of a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 or a complementary polynucleotide thereof,
The SNP is a base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 , Base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, base 201 of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6, sequence A base 201 of a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of No. 7, a base 201 of a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, and a base 201 of a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9; And
2) comprising the step of determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP, Hanwoo carcass weight determination method.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020180161310A KR102083674B1 (en) | 2018-12-13 | 2018-12-13 | Composition for identifying a bovine carcass weight trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020180161310A KR102083674B1 (en) | 2018-12-13 | 2018-12-13 | Composition for identifying a bovine carcass weight trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR102083674B1 true KR102083674B1 (en) | 2020-03-02 |
Family
ID=69805519
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020180161310A Active KR102083674B1 (en) | 2018-12-13 | 2018-12-13 | Composition for identifying a bovine carcass weight trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR102083674B1 (en) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20240072311A (en) * | 2022-11-09 | 2024-05-24 | 대한민국(농촌진흥청장) | Single Nucleotide Polymorphism(SNP) markers for early diagnoses of Schistosomus reflexus in dairy cattle |
| KR20240072312A (en) * | 2022-11-10 | 2024-05-24 | 영남대학교 산학협력단 | SNP marker composition for predicting reproduction-related trait of Hanwoo cow and uses thereof |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20150047672A (en) * | 2013-10-23 | 2015-05-06 | 영남대학교 산학협력단 | Single nucleotide polymorphism marker composition for determination of high quality or nutritional value in Hanwoo meat |
| KR20160048316A (en) | 2014-10-23 | 2016-05-04 | 대한민국(농촌진흥청장) | A marker for predicting marbling score in Hanwoo and diagnosing method using the same |
-
2018
- 2018-12-13 KR KR1020180161310A patent/KR102083674B1/en active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20150047672A (en) * | 2013-10-23 | 2015-05-06 | 영남대학교 산학협력단 | Single nucleotide polymorphism marker composition for determination of high quality or nutritional value in Hanwoo meat |
| KR20160048316A (en) | 2014-10-23 | 2016-05-04 | 대한민국(농촌진흥청장) | A marker for predicting marbling score in Hanwoo and diagnosing method using the same |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| Lee et al, Mamm Genome. 2011;22 (9-10):589-601 * |
| Lee et al, PLoS One. 2013;8(10): e74677, 1-9 * |
| Seung Hwan Lee et al., PLOS one, 8(10), e74677, 2013.* * |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20240072311A (en) * | 2022-11-09 | 2024-05-24 | 대한민국(농촌진흥청장) | Single Nucleotide Polymorphism(SNP) markers for early diagnoses of Schistosomus reflexus in dairy cattle |
| KR102783542B1 (en) | 2022-11-09 | 2025-03-20 | 대한민국 | Single Nucleotide Polymorphism(SNP) markers for early diagnoses of Schistosomus reflexus in dairy cattle |
| KR20240072312A (en) * | 2022-11-10 | 2024-05-24 | 영남대학교 산학협력단 | SNP marker composition for predicting reproduction-related trait of Hanwoo cow and uses thereof |
| KR102794673B1 (en) | 2022-11-10 | 2025-04-11 | 영남대학교 산학협력단 | SNP marker composition for predicting reproduction-related trait of Hanwoo cow and uses thereof |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR101823368B1 (en) | SNP marker regulating polyunsaturated fatty acid level in the pork and uses thereof | |
| KR101432164B1 (en) | Novel haplotype marker for discriminating level of meat quality of Pig and use thereof | |
| KR101450792B1 (en) | Novel SNP marker for discriminating Black Coat Colour of Pig and use thereof | |
| KR101418402B1 (en) | Novel SNP marker for discriminating level of loinmuscle area of Pig and use thereof | |
| KR101784163B1 (en) | Novel SNP marker for discriminating reduction of backfat thickness and use thereof | |
| KR102185440B1 (en) | Composition for early predicting or diagnosing hypercholesterolemia in dog | |
| KR102083674B1 (en) | Composition for identifying a bovine carcass weight trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype | |
| KR102081569B1 (en) | SNP marker for predicting backfat thickness of pig | |
| KR102807363B1 (en) | SNP marker set and method to identify Korean black cornish population | |
| KR102108737B1 (en) | Composition for determining the color of a bovine including an agent capable of detecting or amplifying SNP | |
| KR20170053284A (en) | Low-density SNP chip considering the economic costs in Berkshire | |
| KR101312480B1 (en) | Novel snp marker for discriminating number of rib of pig and use thereof | |
| KR102141566B1 (en) | Composition for determining the marbling index of a bovine including an agent capable of detecting or amplifying SNP | |
| KR102807313B1 (en) | Single nucleotide polymorphism(SNP) marker set for discriminating increased body weight of the Korean native chicken and uses thereof | |
| KR102108738B1 (en) | Composition for determining the adipose color of a bovine including an agent capable of detecting or amplifying SNP | |
| KR102083673B1 (en) | Composition for identifying a bovine eye muscle area trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype | |
| KR102083672B1 (en) | Composition for identifying a bovine marbling trait comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype | |
| KR101686438B1 (en) | Black pig having enhanced fleshiness and stress tolerance and process for preparing the same | |
| KR20220071773A (en) | Composition for determining the carcass weight of a bovine including an agent capable of detecting or amplifying SNP and kit comprising the same | |
| KR102124770B1 (en) | Composition for early predicting or diagnosing hip dysplasia in dog | |
| KR102182740B1 (en) | Composition for identifying a bovine backfat thickness comprising an agent capable of detecting or amplifying a haplotype | |
| KR102108739B1 (en) | Composition for determining the texture of a bovine including an agent capable of detecting or amplifying SNP | |
| KR20220081554A (en) | Development of genetic markers for early prediction of body height of Jindo dogs | |
| KR102167792B1 (en) | Composition for early predicting or diagnosing hypercalcemia in dog | |
| KR102470958B1 (en) | Development of genetic markers for early prediction of weight of Jindo dogs |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PA0109 | Patent application |
Patent event code: PA01091R01D Comment text: Patent Application Patent event date: 20181213 |
|
| PA0201 | Request for examination | ||
| PE0902 | Notice of grounds for rejection |
Comment text: Notification of reason for refusal Patent event date: 20190820 Patent event code: PE09021S01D |
|
| E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
| PE0701 | Decision of registration |
Patent event code: PE07011S01D Comment text: Decision to Grant Registration Patent event date: 20200131 |
|
| GRNT | Written decision to grant | ||
| PR0702 | Registration of establishment of national patent |
Patent event code: PR07021E01D Comment text: Registration of Establishment of National Patent Patent event date: 20200225 |
|
| PR1002 | Payment of registration fee |
Payment date: 20200225 End annual number: 20 Start annual number: 1 |
|
| PG1601 | Publication of registration |