JP7785355B2 - Ｔｅｉｐｐペプチド変異体およびその使用 - Google Patents

Description

例えば、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の予防または処置において、医薬品として有用である、新規なペプチド、核酸配列、ベクター、改変された細胞、結合剤、および医薬組成物が、提供される。対応する方法および使用もまた、提供される。

Ｔ細胞標的化免疫療法の成功は、がん細胞の細胞表面上における腫瘍抗原の提示に依存する。しかしながら、がん細胞は、ＨＬＡクラスＩ分子による腫瘍関連抗原および腫瘍特異的抗原の提示を予防するために、抗原プロセシング機序の成分を下方制御することが多い^１～３。この細胞内プロセスにおける１つの重要な工程は、遊離ペプチドを、専用のポンプであるＴＡＰによってＥＲ膜へと輸送することであるが、これは、ボトルネックとして機能し、すべてのＨＬＡクラスＩ分子にペプチドを輸送する^２～４。ＴＡＰ特異的プロセシングの欠陥により、腫瘍がＣＤ８ Ｔ細胞免疫を回避することが可能となり、これは、ヒトがんにおいて頻繁に観察される。

がんワクチンへの関心は、何百もの臨床試験において目的の臨床応答がまったく得られなかったことに起因して、かなり前に失われたが、がんワクチンは、新規なプラットフォームが広範なＣＤ４およびＣＤ８抗腫瘍Ｔ細胞免疫を誘導し、ヒトがんの免疫浸潤を増加させ、前悪性の病変部を根絶させる有効性を示したことから^８～１０、近年、再び注目されている。さらに、ワクチン接種療法は、ワクチン接種した再発患者は、ＰＤ－１療法に極めて良好に応答し、重要なことには、長鎖ペプチドワクチンを標準化されたＰＤ－１処置スケジュールに加えることにより、全体的な応答率および中央値全生存期間（ＯＳ）が改善されたという点で、免疫チェックポイント遮断療法と非常に良好に組み合わされると考えられる^{１１、１２}。

すべてのＴ細胞連動型ワクチン接種プラットフォームは、腫瘍抗原の宿主へのデリバリー、ならびに後続のＴ細胞活性化のためにＨＬＡクラスＩおよびＩＩ分子においてこれらの腫瘍抗原を交差提示する抗原提示細胞の例外的な能力に依存する。治療用がんワクチンの開発が成功するためには、先天免疫系を活性化し、Ｔ細胞共刺激性分子を誘導すると考えられる、デリバリー系、投与の経路、およびアジュバントを含む、多数のパラメーターが、重要である。

がんを予防および／または処置するための新規な医薬組成物が、必要とされている。

本発明者らは、合成長鎖ペプチド（ＳＬＰ）ワクチン接種プラットフォームをこれまでに開発しており、１０～３５個のアミノ酸（好ましくは、２０～３５個のアミノ酸）のペプチドが、ＣＤ４およびＣＤ８ Ｔ細胞応答をトリガーする能力を有し、前悪性病変部の根絶をもたらすこと^{９、１３、１４}、ならびに化学療法の際、ワクチン接種している場合にがんを有する患者の全生存期間を向上させることを示している（Ｍｅｌｉｅｆ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。宿主樹状細胞によるそのようなペプチドの交差提示は、エンドサイトーシスを介した取り込み、優勢なタンパク質分解酵素であるプロテアソームによりＳＬＰをサイトゾル切断して短鎖ペプチドにすること、ＴＡＰによるＥＲ膜を越えた輸送、ならびにＭＨＣ－Ｉ分子へのローディングを含む、複数の逐次的工程を伴う^１５。

新規な腫瘍抗原サブセット（ＴＥＩＰＰ、ペプチドプロセシングの損傷と関連する腫瘍エピトープ）は、ＴＡＰ発現が下方調節されるがんによって選択的に提示される^５～７。１つのそのようなＴＥＩＰＰ抗原（ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ、配列番号２）は、偏在的に発現されるＬＲＰＡＰ１タンパク質のシグナルペプチドに由来し、腎細胞癌、リンパ腫、黒色腫、および結腸癌を含む、複数のＨＬＡ－Ａ＊０２０１陽性ＴＡＰ欠損がんにおいて提示される。これは、これまでに特定されているもっとも免疫原性かつ有望なヒトＴＥＩＰＰ抗原である。

ＦＬＧＰＷＰＡＡＳは、ＬＲＰＡＰ１のシグナルペプチド（「リーダー配列」とも称される）内に存在し、タンパク質翻訳産物をＥＲ膜のｓｅｃ６１転位チャネルに入れるように機能する^２２。これらのシグナルペプチドは、通常、シグナルペプチダーゼ（ＳＰａｓｅ）というプロテアーゼによって発生期のタンパク質から切断され、小さなタンパク質膜貫通残余物をもたらす。これらのシグナルペプチド片は、脂質二重層内で切断するシグナルペプチドペプチダーゼ（ＳＰＰａｓｅ）というプロテアーゼによってＥＲ膜から遊離される^１９。シグナルペプチドの一部は、このようにしてＴＡＰ独立様式においてＥＲに進入し、これが、シグナルペプチドがＴＡＰ欠損性細胞のＨＬＡクラスＩ結合レパートリーにおいて過剰に提示される理由である^{２３～２５}。正式には示されていないが、ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}ペプチドの遊離は、プロテアソームによって媒介されない可能性がもっとも高く、これは、ＨＬＡクラスＩ提示されるペプチドの大半のタンパク質分解性切断に関与する^４。

ＴＥＩＰＰ抗原は、ＴＡＰ欠損細胞のＨＬＡクラスＩ結合レパートリーにおいて過剰に提示されるが、本発明者らは、ＴＡＰ欠損腫瘍が、ＴＥＩＰＰ特異的Ｔ細胞をプライミングすることができないことを見出している（Ｄｏｏｒｄｕｉｊｎ ｅｔ ａｌ， ２０１７）。

本明細書に提示されるデータは、樹状細胞が、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１により提示される天然のＬＲＰＡＰ_{２１－３０}エピトープ（ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ）をその天然の隣接配列により延長させた場合、その長鎖バージョンを交差提示することができないことを示す。注目すべきことに、Ｃ末端側アンカー残基のアミノ酸をセリン（Ｓ）からバリン（Ｖ）に交換することにより、Ｔ細胞刺激の増強がもたらされる。ＳまたはＶのいずれかの変異体を提示する多量体を用いて単離されるＬＲＰＡＰ_{２１－３０}特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞は、他の多量体と同程度に共染色することができ、したがって、他のペプチド、ならびにＴＡＰ欠損腫瘍細胞を認識した。ＣＤ８＋ Ｔ細胞に、単離されたＬＲＰＡＰ_{２１－３０}特異的ＴＣＲをトランスフェクトした場合に、同様の所見が得られた。重要なことに、Ｖ変異体ＳＬＰを用いたインビトロ（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）ワクチン接種により、ペプチドワクチンの交差提示、および正常なＴ細胞レパートリーから単離されたポリクローナルＬＲＰＡＰ１特異的ＣＤ８ Ｔ細胞培養物が生じた。これらの培養物から増殖させたＣＤ８ Ｔ細胞クローンは、天然のＳ含有ペプチドを認識しただけでなく、ＴＡＰ欠損黒色腫細胞を認識する高度に選択的な能力も示した。

本明細書に提示されるデータは、シグナルペプチド－エピトープに対する微小な変化により、ＴＥＩＰＰ抗原の免疫原性が保持され、それらがＳＬＰワクチン形式に好適な候補となることを示す。そのようなワクチンは、すべての試験された健常ドナーにおいて見出されるＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞を活性化することによって、免疫回避がんの救済療法を表し得る。

本明細書において試験された複数の単一アミノ酸ペプチド変異体の中では、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶが、もっとも有効であることが見出された。本発明は、したがって、ＦＬＧＰＷＰＡＡＳペプチドの配列における単一の特定のアミノ酸の変更（ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ、配列番号１への）が、ペプチドのＨＬＡ－Ａ＊０２に対するより高い結合親和性、および単球由来樹状細胞によるより効率的な交差提示をもたらすという驚くべき発見に基づく。驚くべきことに、この特定のアミノ酸の変更により、ペプチドを、より有効なペプチドワクチンとして使用することが可能となる。

したがって、一態様において、本発明は、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含む、単離されたペプチドを提供する。

好適には、ペプチドは、３５個以下のアミノ酸を有し得る。

好適には、ペプチドは、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）からなり得る。

好適には、ペプチドは、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み得、１０～３５個のアミノ酸からなり得る。

好適には、ペプチドは、ＴＬＲリガンドにコンジュゲートされていてもよい。

別の態様において、本発明は、本発明のペプチドをコードする、単離された核酸配列を提供する。

好適には、核酸配列は、ｍＲＮＡまたはＤＮＡであり得る。

別の態様において、本発明は、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含むペプチドに特異的に結合する、結合剤を提供する。

好適には、結合剤は、ＨＬＡ－Ａ２＊０２分子であり得る。

別の態様において、本発明は、本発明の核酸配列を含む、ベクターを提供する。

好適には、ベクターは、プラスミドまたはウイルスベクターであり得る。適宜、ベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノ随伴ウイルス、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、カナリアポックスウイルス、ヘルペスウイルス、ミニサークルベクター、および合成ＤＮＡまたはＲＮＡからなる群から選択され得る。

別の態様において、本発明は、本発明の核酸配列または本発明のベクターを用いて形質転換、トランスフェクト、または形質導入されている、改変された細胞を提供する。

好適には、改変された細胞は、ヒト細胞であり得る。

別の態様において、本発明は、本発明のペプチドを調製する方法であって、本発明の改変された細胞を、培養培地で培養すること、および培養培地から、または細胞溶解後に改変された細胞のライセートから、ペプチドを分離することを含む、方法を提供する。

別の態様において、本発明は、本発明のペプチドがロードされた、細胞を提供する。

好適には、細胞は、抗原提示細胞であり得る。抗原提示細胞は、マクロファージ、樹状細胞、単球、Ｂ細胞、または抗原提示細胞の合成形態から選択され得る。

別の態様において、本発明は、本発明による単離されたペプチド、核酸配列、ベクター、結合剤、または細胞と、薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／または担体とを含む、医薬組成物を提供する。

好適には、組成物は、ワクチンとして製剤化され得る。

別の態様において、本発明は、医薬品として使用するための、本発明による医薬組成物を提供する。

好適には、医薬組成物は、ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の予防または処置において使用するためのものであり得る。

別の態様において、本発明は、状態の処置を、それを必要とするヒト対象において行う方法であって、対象に、治療有効量の本発明の医薬組成物を投与することを含む、方法を提供する。

好適には、本方法は、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の予防または処置のためのものであり得る。

好適には、本発明の任意の態様において、がんは、ペプチドプロセシング機序の損傷を伴うがんであり得る。

好適には、本発明の任意の態様において、がんは、肺癌、黒色腫、腎細胞癌、メルケル細胞癌、頭頸部癌、子宮頸癌、リンパ腫、尿路上皮癌、ミスマッチ修復欠損腫瘍、扁平上皮細胞癌であり得る。代替として、または追加として、がんは、膵臓癌、乳癌、膀胱癌、前立腺癌、胃癌、または食道の癌であり得る。

別の態様において、本発明は、ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置する方法であって、
（ｉ）対象から単離されたサンプルにおいてペプチドの存在を判定することであって、ペプチドが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）であること、および
（ｉｉ）対象に、治療有効量の本発明の医薬組成物を投与すること
を含む、方法を提供する。

別の態様において、本発明は、ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するのに使用するための、本発明による医薬組成物であって、対象が、対象から単離されたサンプル中のペプチドの存在によって、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を有するとして特定されており、ペプチドが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）である、医薬組成物を提供する。

本明細書の説明および特許請求の範囲を通じて、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含む（ｃｏｎｔａｉｎ）」ならびにそれらの変化形は、「含むが限定されない」ことを意味し、それらは、他の部分、添加剤、成分、整数、または工程を除外することを意図するものではない（除外しない）。

本明細書の説明および特許請求の範囲を通じて、別途文脈により必要とされない限り、単数形は、複数形を包含する。具体的には、不定冠詞が使用される場合、本明細書では、別途文脈により必要とされない限り、複数形ならびに単数形を企図するものとして理解されるものとする。

本発明の特定の態様、実施形態、または例と併せて記載されている特性、整数、特徴、化合物、化学部分、または群は、それらと不適合でない限り、本明細書に記載される任意の他の態様、実施形態、または例に、適用可能であることを理解されたい。

本発明の様々な態様を、以下にさらに詳細に記載する。

本発明の実施形態は、添付の図面を参照して、以下にさらに説明される。

図１は、ＬＲＰＡＰ１のシグナルペプチドのＣ末端側のアミノ酸の置換が、樹状細胞による交差提示を可能にすることを示す。（Ａ）単球由来樹状細胞を、示されているＬＲＰＡＰ１エピトープを含む長鎖ペプチドとともにインキュベートし、ＴＥＩＰＰ特異的ＣＤ８ Ｔ細胞クローン１Ａ８と共培養した。アミノ末端における非天然の隣接アミノ酸、またはカルボキシ末端における天然の隣接アミノ酸、または両方の末端における天然の隣接アミノ酸を使用して、最小エピトープを延長させた。ＴＥＩＰＰ特異的Ｔ細胞クローンによるＧＭ－ＣＳＦ分泌を使用して、交差提示効率を判定し、短鎖ペプチド（ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ）でのパルスを、陽性対照として使用した。（Ｂ）Ｃ末端側ｐ９において置換アミノ酸を有するＬＲＰＡＰ１ペプチドの予測ＨＬＡ－Ａ２＊０１結合親和性スコア（ＭＨＣｎｅｔ ４．０アルゴリズム）。結合親和性スコアを、ＩＣ５０値および順位付けパーセンテージに基づいて計算した（正確な値については表２を参照されたい）。（Ｃ）ＮｅｔＣＨｏｐ ３．１アルゴリズムを使用した４つの異なるＬＲＰＡＰ１ペプチドの予測プロテアソーム切断活性。１のスコアが最大であり、示されるアミノ酸の後でプロテアソームによる切断を予測する。矢印は、ＬＲＰＡＰ１エピトープのＣ末端を示す。（Ｄ）機能的Ｔ細胞アビディティを、ペプチドの連続希釈物において短鎖ペプチドでパルスしたＥＢＶ－ＪＹ細胞で刺激したＴＥＩＰＰ特異的Ｔ細胞クローンによるＧＭ－ＣＳＦ分泌として測定した。平均および標準偏差は、類似の結果を有する３つの実験のうちの１つからプロットした。（Ｅ）ＥＣ５０値を、Ｄにおいて得られた値から計算した（ＥＣ値は、特定のペプチド変異体に対する最大応答の半分をもたらす、そのペプチドの用量を表す）、（Ｆ）単球由来樹状細胞を、ＬＲＰＡＰ１配列の示されている異なる長鎖ＳおよびＶペプチドとともに培養した。示されている長鎖ペプチドの交差提示を、Ｔ細胞クローンによって判定した。それぞれの短鎖ペプチド（９個のアミノ酸の長さ）は、陽性対照としての機能を果たした。（Ｇ）８人の異なるドナーに由来する樹状細胞を使用した交差提示実験の概要。 同上。 同上。 同上。 同上。 図２は、天然の配列を有する短鎖ペプチドまたはＶ置換ペプチドのいずれかを含むＨＬＡ－Ａ２＊０１四量体を用いたＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞の単離を示す。（Ａ）四量体プルダウンアプローチおよびそれに続く短鎖ペプチドでの刺激の概略図である。（Ｂ）フローサイトメトリーにより、Ｔ細胞を、短い天然の配列（水平方向軸）またはＶ置換ペプチド（垂直方向軸）を含む２つの蛍光標識された四量体で染色することによって測定した、ポリクローナルＦＬＧＰＷＰＡＡＳペプチドにより単離したＴ細胞（上部パネル）またはＦＬＧＰＷＰＡＡＶペプチドにより単離したＴ細胞（下部パネル）の特異性。（Ｃ）ＦＬＧＰＷＰＡＡＳまたはＦＬＧＰＷＰＡＡＶペプチドで単離したＴ細胞における二重四量体陽性細胞の幾何平均。（Ｄ）ＥＬＩＳＡによって測定した、ペプチドでパルスしたＥＢＶ－ＪＹ細胞で刺激した場合のポリクローナルＴ細胞バルクのＩＦＮｙおよびＧＭ－ＣＳＦ産生。平均および標準偏差は、３つの独立した実験のうちの１つからプロットした。（Ｅ）ＥＬＩＳＡを使用して示されるサイトカインの産生によって測定した、野生型およびＴＡＰノックアウト５１８Ａ２黒色腫細胞（ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９技術によってＴＡＰ欠損となっている）または非腫瘍細胞（対照）で刺激した場合の、これらのポリクローナルＴ細胞バルクの反応性。 同上。 同上。 図３は、他のＣＤ８ Ｔ細胞にＬＲＰＡＰ１特異性を付与するための、遺伝子移入実験におけるＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞受容体の使用を示す。（Ａ）クローン１Ａ８によるＴＣＲ Ｖβ２使用の発現を明らかにする、３つの異なるＶβ抗体（Ｖβ５．２、Ｖβ２、およびＶβ１２を、それぞれの四分値で）使用した、対照およびＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞クローン１Ａ８のフローサイトメトリー染色。（Ｂ）ＴＣＲαβ遺伝子の、健常ドナーに由来するＴ細胞への形質導入。導入される遺伝子は、トランスジェニックアルファ鎖およびベータ鎖の正しい対合を増強させる、マウスＴＣＲ－Ｃβドメインを含む。このドメインの発現を、ＴＣＲが形質導入されたＴ細胞において確認する（水平方向軸）。（Ｃ）天然の短鎖ペプチド配列（左パネル）またはＶ置換ペプチド（右パネル）を含む蛍光標識された四量体を用いた、ＴＣＲαβが形質導入されたＣＤ８ Ｔ細胞の染色。（Ｄ）ＥＬＩＳＡを使用して示されているサイトカイン産生によって測定した、四量体が濃縮されたＴＣＲが形質導入されたＴ細胞の、ペプチドでパルスしたＥＢＶ－ＪＹ細胞に対する機能的反応性。平均および標準偏差は、類似の結果を有する３つの実験のうちの１つから示される。（Ｄ）ＴＣＲが形質導入されたＴ細胞を、２つの異なる黒色腫細胞株の野生型バージョンまたはＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９技術によって生成されたＴＡＰノックアウト（ＴＡＰ ＫＯ）変異体のいずれかで刺激した。天然の短鎖ペプチドでパルスした野生型細胞は、Ｔ細胞が、腫瘍細胞を認識することができたことを示した。Ｔ細胞のみのものは、対照としての機能を果たした。 同上。 図４は、記載されるプロトコールによる、合成長鎖ペプチド（Ｖ－ＳＬＰ）としてデリバリーされるＶ変異体ペプチドでのインビトロワクチン接種が、ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞の刺激をもたらすことを示す^２０。簡単に述べると、健常ドナーのＰＢＭＣから単離されたＣＤ１４単球を、ＧＭ－ＣＳＦおよびＩＬ－４とともに６日間培養することによって、樹状細胞へと分化させた。７日目に、ｍｏＤＣを、９６ウェルプレートに播種し、２０ｕＭのＶ－ＳＬＰとともに２０時間インキュベートした。最後の１８時間の間、ＤＣを、２０ｎｇ／ｕＬのＬＰＳで成熟させた。８日目に、ｍｏＤＣを、洗浄し、ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ四量体によってＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞が濃縮されたＰＢＭＣと共培養した。（Ａ）ＣＤ８ Ｔ細胞のプライミングのために単球由来樹状細胞による交差提示を必要とする合成長鎖ペプチドとしての、２つのＶ変異体ペプチド（Ｃ末端およびＮ末端延長型）を使用したインビトロワクチン接種プロトコールの概要。（Ｂ）インビトロワクチン接種プロトコールは、フローサイトメトリーを使用して、蛍光標識された四量体を用いて判定すると、ＬＲＰＡＰ１特異的ＣＤ８ Ｔ細胞を含有するＴ細胞バルク培養物をもたらした。対照共培養物は、ペプチドなしでインキュベートした。（Ｃ）ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞クローンを、単一細胞ＦＡＣＳ分取によって生成し、野生型（Ｓ変異体）およびＶ変異体ペプチドに対するそれらの特異性を、短い野生型配列（水平方向軸）またはＶ置換型ペプチド（垂直方向軸）を含む２つの蛍光標識した四量体を使用して、フローサイトメトリーによって評価した。クローン１Ａ８を生成し、これは以前の研究^７に記載されており、これを本明細書において参照クローンとして使用した。（Ｄ）ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞クローンを、ＴＡＰ欠損黒色腫細胞株およびそれらの野生型対応物の認識について評価した。平均および標準偏差は、類似の結果を有する２つの実験のうちの１つから示されている。クローン１Ａ８は、陽性対照としての機能を果たした。 同上。 同上。 同上。 図５は、短鎖ペプチドエピトープのＮ末端に天然の隣接アミノ酸を使用した、Ｖ変異体ペプチド（ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ）のＮ末端延長型変異体の交差提示を示す。（Ａ）構築したＬＲＰＡＰ１特異的１Ａ８ Ｔ細胞クローンの特異性を、蛍光標識したＨＬＡ－Ａ＊０２０１－ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ四量体を使用して、フローサイトメトリー分析によって検証した。（Ｂ）異なる長さを有するＶ－ＳＬＰを、図４において記載されるようにｍｏＤＣによって交差提示させ、クローン１Ａ８による認識について試験した。天然の短鎖エピトープＦＬＧＰＷＰＡＡＳを、陽性対照として使用し、これを、ｍｏＤＣにおいて外因的にパルスした。いずれのペプチドも有さないｍｏＤＣのインキュベーションは、陰性対照としての機能を果たした。上清中のＧＭ－ＣＳＦ産生を、翌日に、ＥＬＩＳＡによって測定した。（Ｃ）肺癌患者ｘ－２３のＰＢＭＣから生成したＬＲＰＡＰ１（ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ）特異的Ｔ細胞を、Ｔ細胞バルクの特異性を示すために、蛍光標識したＨＬＡ－Ａ＊０２０１－ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ四量体で染色した。（Ｄ）ｍｏＤＣを、エピトープのＮ末端に天然の隣接アミノ酸を使用したＶ変異体ペプチド（ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ）の異なるＮ末端延長型変異体とともにインキュベートした。上清中のＴ細胞バルクｘ－２３によるＧＭ－ＣＳＦ産生を、翌日に、ＥＬＩＳＡによって測定した。２つの異なるペプチドのバッチのＶ変異体（ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ）の異なる長さの変異体を、異なる製造業者によって産生させ、この実験において使用した。すべての実験を、三連に行った。 同上。 同上。 同上。 図６は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列を含む１８、２１、２４、および２７個のアミノ酸の長さの合成長鎖ペプチドが、図４において記載されるインビトロ刺激プロトコールにおいて使用される場合に、ＴＡＰ ＫＯ黒色腫細胞を優先的に認識するＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖を刺激することができることを示す。Ａ）合成長鎖ペプチドを含むＬＲＰＡＰ１_{２１－３０} ＦＬＧＰＷＰＡＡＶの示される長さの変異体で２～３回刺激した２人の異なる健常な血液ドナーにおいて、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ四量体の染色が陽性であるＣＤ８＋ Ｔ細胞のパーセンテージは、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１ ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ四量体の染色が陽性のＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖を示し、これは、Ｂ）において２４量体の長鎖ペプチドで刺激したＡのＴ細胞培養物と、ＴＡＰ有効およびＴＡＰ ＫＯ黒色腫細胞株との共培養物を使用して示されるように、ＴＡＰ ＫＯ黒色腫細胞を優先的に認識する。１８量体（１８－ｍｅｒ）（１８量体（１８－ｍｅｅｒ）とも称される）は、配列番号４であり、２１量体（２１－ｍｅｒ）（２１量体（２１－ｍｅｅｒ）とも称される）は、配列番号５であり、２４量体（２４－ｍｅｒ）（２４量体（２４－ｍｅｅｒ）とも称される）は、配列番号６であり、２７量体（２７－ｍｅｒ）（２７量体（２７－ｍｅｅｒ）とも称される）は、配列番号７である。 同上。

本明細書において言及される特許文献、科学文献、および技術文献は、当業者が出願の時点で利用可能であった知識をなすものである。本明細書において引用されている発行されている特許、公開済みおよび係属中の特許出願、ならびに他の刊行物のすべての開示は、それぞれが特異的かつ個別に参照により組み込まれると示されるのと同程度に、参照によって本明細書に組み込まれる。なんらかの不一致が生じた場合には、本開示が優先されるであろう。

本発明の様々な態様を、以下にさらに詳細に記載する。

免疫原性ペプチド
アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含む単離されたペプチドが、本明細書において提供される。

アミノ酸配列「ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ」（配列番号１）を含むペプチドは、本明細書において「Ｖ変異体」ペプチドまたは「Ｖペプチド」とも称される。同様に、アミノ酸配列「ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ」（配列番号２）を含むペプチドは、本明細書において「Ｓ変異体」ペプチド、「Ｓペプチド」、または「天然の短鎖エピトープ」、または「天然の短鎖ペプチドエピトープ」とも称される。

本明細書で使用される場合、「単離されたペプチド」は、その天然の環境にないペプチドを指す。ペプチドは、したがって、合成起源のものであってもよい（または代替として、天然起源のものであるが、その天然の環境から単離されている）。本開示の文脈において、これらのペプチドの天然の環境は、ヒトの体内である。したがって、ペプチドが、例えば、医薬組成物（アジュバントなどを含む）中に存在する場合、それらは、その天然の環境にないため、単離された形態であると考えられる。

ペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列のみからなっていてもよい。代替として、ペプチドは、追加のアミノ酸を含んでもよく、したがって、配列番号１のアミノ酸配列を含んでもよい。

一例において、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含むペプチドは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）配列がＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）と置き換えられている同等のペプチドよりも、ＨＬＡ－Ａ＊０２に対して高い結合親和性を有し得る。特定の例において、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含むペプチドは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）配列がＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）と置き換えられている同等のペプチドよりも、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１に対して高い結合親和性を有する。ＨＬＡ分子に対するペプチドの結合親和性を判定する方法は、当該技術分野において周知である（例えば、以下の「実施例」の節に含まれる実験を参照されたい）。ＨＬＡ分子に対するペプチドの結合親和性を判定する方法は、当該技術分野において周知であり、Ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ． １９９５およびＶａｎ ｄｅｒ Ｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ． １９９６によって具体的に説明されている。

さらなる例において、単球由来樹状細胞による、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含むペプチドの交差提示は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）配列がＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）と置き換えられている同等のペプチドの交差提示よりも、有効であり得る（改善されている／より高い）。単球由来樹状細胞による特定のペプチドの交差提示の有効性を判定する方法は、当該技術分野において周知であり、例えば、以下の「実施例」の節に含まれる実験を参照されたい。一例において、同等のペプチドエピトープを含む長鎖ペプチドの交差提示は、単球由来樹状細胞（ＤＣ）、およびＨＬＡクラスＩの文脈においてペプチドＦＬＧＰＷＰＡＡＳを認識するＣＤ８＋ Ｔ細胞クローンを使用することによって、試験することができる。単球由来ＤＣは、末梢血単核細胞を、抗ＣＤ１４磁気ビーズとともに４℃で２０分間インキュベートすることによって得られ、続いて、ＣＤ１４陽性単球の単離を、磁気分離カラムを使用して単離した。ＣＤ１４＋単球を、１０％ ＦＣＳ、ＧＭ－ＣＳＦ（８００単位／ｍｌ）、およびＩＬ－４（５００単位／ｍｌ）を補充したＲＰＭＩ培地で６日間培養して、未成熟単球由来樹状細胞を生成する。６日目に、未成熟単球由来ＤＣを、異なる用量（例えば、２０μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍ、５μｇ／ｍｌ）の合成長鎖ペプチドとともに２４時間インキュベートし、７日目に、ＬＰＳ（２０ｎｇ／ｍｌ）刺激によって成熟させる。これらの単球由来ＤＣによるペプチドの交差提示を、ペプチドによりパルスした単球由来ＤＣと、異なる比（例えば、Ｔ細胞１０に対してＤＣ １、Ｔ細胞５に対してＤＣ １、Ｔ細胞１に対してＤＣ １）で共培養したＣＤ８＋ Ｔ細胞クローンの反応性によってモニタリングする。ＣＤ８＋ Ｔ細胞クローンの反応性を、共培養物の上清中のサイトカイン産生（例えば、ＧＭ－ＣＳＦまたはインターフェロン－ガンマ）の測定を含む、様々な方法で試験し、単球由来ＤＣを無関係のＨＬＡクラスＩ結合ペプチドまたはペプチドなしでパルスした対照共培養物と比較することができる。陽性対照として、単球由来ＤＣを、天然の短鎖エピトープＦＬＧＰＷＰＡＡＳでパルスすることができる。

さらなる例において、本明細書に記載されるペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２（例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１）に対する高い結合親和性を有し得、単球由来樹状細胞によるこれらのペプチドの交差提示は、同等のペプチドよりも有効であり得る（改善されている／より高い）。

当業者には明らかなように、上記で使用される場合、「同等のペプチド」は、列挙された違い（ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）がＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）と置き換えられていること）を除き、同一のアミノ酸配列を有するペプチドである。

単離されたペプチドは、３５個以下のアミノ酸、例えば、３５個、３４個、３３個、３２個、３１個、３０個、２９個、２８個、２７個、２６個、２５個、２４個、２３個、２２個、２１個、２０個、１９個、１８個、１７個、１６個、１５個、１４個、１３個、１２個、１１個、１０個、または９個以下のアミノ酸）の長さであり得る。

１つの例において、単離されたペプチドは、３０個以下のアミノ酸の長さであり得る。別の例において、単離されたペプチドは、２９個以下のアミノ酸の長さであり得る。１つの例において、単離されたペプチドは、２８個以下のアミノ酸の長さであり得る。別の例において、単離されたペプチドは、２７個以下のアミノ酸の長さであり得る。別の例において、単離されたペプチドは、２６個以下のアミノ酸の長さであり得る。さらに別の例において、単離されたペプチドは、２５個以下のアミノ酸の長さであり得る。別の例において、単離されたペプチドは、２４個以下のアミノ酸の長さであり得る。

異なる長さのペプチドは、ペプチドワクチンとして特に有効であることが示されている。例えば、Ｏｓｓｅｎｄｏｒｐ ｅｔ ａｌ．， （１９９８）は、９～１９個のアミノ酸の長さのペプチドが、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞応答を誘導することができることについて記載している。したがって、本発明の単離されたペプチドは、９～１９個のアミノ酸の長さであってもよい。

ＨＬＡによって提示される従来的な９量体配列よりも長いペプチドは、免疫応答を誘導するのにより効率的であり得る。したがって、Ｏｓｓｅｎｄｏｒｐ ｅｔ ａｌ．， （１９９８）の教示と一致して、本明細書に記載される単離されたペプチドは、１０～１９個のアミノ酸の長さであってもよい。

Ｂｉｊｋｅｒ ｅｔ ａｌ．， （２００７）は、９量体のＨＰＶ ＣＴＬエピトープが、ＲＡＨＹＮＩＶＴＦに対するＣＤ８＋応答を誘導し得るが、このエピトープを含む３５量体のペプチドがより効率的であることを示している。これは、３５量体のＨＰＶペプチドが、ＲＡＨＹＮＩＶＴＦ特異的ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導するのに良好に機能することを示すＢｅｙｒａｎｖａｎｄ－Ｎｅｊａｄ ｅｔ ａｌ．， （２０１６）によってさらに裏付けられている。さらに、Ｒａｈｉｍｉａｎ ｅｔ ａｌ．， （２０１５）は、２７量体のＨＰＶペプチドが、ＲＡＨＹＮＩＶＴＦに対する応答を誘導するのに良好に機能することを示す。したがって、これらの教示と一致して、本明細書に記載される単離されたペプチドは、１０～３５個のアミノ酸の長さであってもよい。疑いを回避するために、この文脈において、単離されたペプチドは、合計で１０～３５個のアミノ酸を有し、これには、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列が含まれる。換言すると、単離されたペプチドは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列および１～２６個の追加のアミノ酸を有する。単離されたペプチドの１～２６個の追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側またはＣ末端側に位置し得る。代替的には、２～２６個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接し得る（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）。Ｎ末端側、Ｃ末端側、またはＦＬＧＰＷＰＡＡＶに隣接して位置する追加のアミノ酸は、本明細書において集合的に「追加のアミノ酸」と称される。

別の例において、本明細書に記載される単離されたペプチドは、１５～３０個のアミノ酸の長さであってもよい。換言すると、単離されたペプチドは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列および６～２１個の追加のアミノ酸を有する。単離されたペプチドの６～２１個の追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側またはＣ末端側に位置し得る。代替的には、６～２１個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接し得る（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）。

別の例において、本明細書に記載される単離されたペプチドは、１８～２７個のアミノ酸の長さであってもよい。換言すると、単離されたペプチドは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列および９～１８個の追加のアミノ酸を有する。単離されたペプチドの９～１８個の追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側またはＣ末端側に位置し得る。代替的には、９～１８個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接し得る（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）。

さらなる例において、本明細書に記載される単離されたペプチドは、２１～２４個のアミノ酸の長さであってもよい。換言すると、単離されたペプチドは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列および１２～１５個の追加のアミノ酸を有する。単離されたペプチドの１２～１５個の追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側またはＣ末端側に位置し得る。代替的には、１２～１５個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接し得る（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）。

別の例において、本明細書に記載される単離されたペプチドは、２７個のアミノ酸の長さであってもよい。さらなる例において、本明細書に記載される単離されたペプチドは、２４個のアミノ酸の長さであってもよい。別の例において、本明細書に記載される単離されたペプチドは、２１個のアミノ酸の長さであってもよい。特定の例において、本明細書に記載される単離されたペプチドは、１８個のアミノ酸の長さであってもよい。好ましくは、本明細書に記載される単離されたペプチドは、２４個のアミノ酸の長さである。疑いを回避するために、この文脈において、単離されたペプチドは、合計で、例えば、２７、２４、２１、または１８個のアミノ酸を有し、これには、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列が含まれる。換言すると、単離されたペプチドは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列、および好適な数の追加のアミノ酸を有する（すなわち、２７、２４、２１、または１８個のアミノ酸の長さのペプチドを生成するように）。追加のアミノ酸（例えば、２７個のアミノ酸の長さであるペプチドを生成するために必要とされる１８個の追加のアミノ酸、２４個のアミノ酸の長さであるペプチドを生成するために必要とされる１５個の追加のアミノ酸、２１個のアミノ酸の長さであるペプチドを生成するために必要とされる１２個の追加のアミノ酸、または１８個のアミノ酸の長さであるペプチドを生成するために必要とされる９個の追加のアミノ酸）は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＮ末端側またはＣ末端側に位置し得る。代替として、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接し得る（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）。

ペプチドのＮ末端（アミノ末端、ＮＨ_２末端、Ｎ末端、またはアミン末端としても知られる）は、遊離アミン基（－ＮＨ_２）を有するアミノ酸で終了する、ペプチドの開始位置である。慣例により、ペプチド配列は、Ｎ末端からＣ末端へ（左から右へ）記述される。Ｃ末端（カルボキシル末端、カルボキシ末端、Ｃ末端尾部、Ｃ末端、またはＣＯＯＨ末端としても知られる）は、遊離カルボキシル基（－ＣＯＯＨ）で終了する、アミノ酸鎖（タンパク質またはポリペプチド）の末端である。

本明細書で使用される場合、「Ｎ末端側」および「Ｃ末端側」は、例えば、ペプチド内の配列の相対的な位置を記載するために使用される。したがって、「Ｎ末端側」の配列は、ペプチドのＣ末端よりもＮ末端に近接して（相対的な意味で）位置する。対照的に、「Ｃ末端側」のドメインは、ペプチドのＮ末端よりもＣ末端に近接して位置する（相対的な意味で）。本明細書で使用される場合、「位置する」という用語は、ペプチドの直鎖アミノ酸配列内の配列の場所を指す。

Ｎ末端側アミノ酸配列（Ａ）およびＣ末端側アミノ酸配列（Ｂ）を含むペプチドは、従来的に、Ａ－Ｂ、すなわち、Ｎ末端側からＣ末端側へ（左から右へ）記述される。

本明細書に記載される単離されたペプチドが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶのＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して配置される追加のアミノ酸を含む場合、任意の適切な追加のアミノ酸配列が、含まれ得る。例えば、追加のアミノ酸は、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列のＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して天然に配置される、アミノ酸配列であってもよい。特定の例において、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＮ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＮ末端側に見出される天然の配列であってもよい。別の例において、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＣ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＣ末端側に見出される天然の配列であってもよい。代替として、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接してもよく（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に隣接する天然の配列であってもよい。

アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み、１０～３５個のアミノ酸からなる、単離されたペプチドは、任意の適切な追加のアミノ酸配列を含み得る。例えば、追加のアミノ酸は、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列のＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して天然に配置される、アミノ酸配列であってもよい。例えば、追加の１～２６個のアミノ酸は、すべてが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＮ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＮ末端側に見出される天然の配列であってもよい。別の例において、追加の１～２６個のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＣ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＣ末端側に見出される天然の配列であってもよい。代替として、２～２６個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接してもよく（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に隣接する天然の配列であってもよい。

特定の例において、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み、１５～３０個のアミノ酸からなる、単離されたペプチドは、任意の適切な追加のアミノ酸配列を含み得る。例えば、追加のアミノ酸は、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列のＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して天然に配置される、アミノ酸配列であってもよい。例えば、追加の６～２１個のアミノ酸は、すべてが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＮ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＮ末端側に見出される天然の配列であってもよい。別の例において、追加の６～２１個のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＣ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＣ末端側に見出される天然の配列であってもよい。代替として、６～２１個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接してもよく（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に隣接する天然の配列であってもよい。

別の例において、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み、１８～２７個のアミノ酸からなる、単離されたペプチドは、任意の適切な追加のアミノ酸配列を含み得る。例えば、追加のアミノ酸は、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列のＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して天然に配置される、アミノ酸配列であってもよい。例えば、追加の９～１８個のアミノ酸は、すべてが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＮ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＮ末端側に見出される天然の配列であってもよい。別の例において、追加の９～１８個のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＣ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＣ末端側に見出される天然の配列であってもよい。代替として、９～１８個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接してもよく（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に隣接する天然の配列であってもよい。

さらなる例において、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み、２１～２４個のアミノ酸からなる、単離されたペプチドは、任意の適切な追加のアミノ酸配列を含み得る。例えば、追加のアミノ酸は、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列のＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して天然に配置される、アミノ酸配列であってもよい。例えば、追加の１２～１５個のアミノ酸は、すべてが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＮ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＮ末端側に見出される天然の配列であってもよい。別の例において、追加の１２～１５個のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＣ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＣ末端側に見出される天然の配列であってもよい。代替として、１２～１５個の追加のアミノ酸が存在する場合、追加のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接してもよく（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に隣接する天然の配列であってもよい。

当業者には明らかなように、上記に提供される範囲について記載した例は、特定の長さの単離されたペプチド（例えば、２７個、２４個、２１個、または１８個のアミノ酸の長さである本明細書に記載されるペプチド）に同等に適用可能である。例えば、アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み、２４個のアミノ酸からなる、単離されたペプチドは、任意の適切な追加のアミノ酸配列を含み得る。例えば、追加のアミノ酸は、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列のＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して天然に配置される、アミノ酸配列であってもよい。例えば、追加の１５個のアミノ酸は、すべてが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＮ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＮ末端側に見出される天然の配列であってもよい。別の例において、追加の２５個のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に対してＣ末端側に配置されてもよく、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に対してＣ末端側に見出される天然の配列であってもよい。代替として、追加の１５個のアミノ酸は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列に隣接してもよく（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ配列のＮ末端側およびＣ末端側に追加のアミノ酸が存在することになる）、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列に隣接する天然の配列であってもよい。ＬＲＰＡＰ１に由来する好適な天然の配列は、以下の実施例の節に提供されている。

例えば、ペプチドは、Ｃ末端側の追加のアミノ酸を含んでもよく、例えば、それは、配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶＨＧＧＫＹＳＲＥＫＮＱ（配列番号３）を含み得る。これは、Ｃ末端側の追加のアミノ酸を有する２０量体の例であるが、他の長さ、例えば、１８量体、２１量体、２４量体、２７量体などもまた許容可能であり得る。

別の例において、ペプチドは、Ｎ末端側の追加のアミノ酸を含んでもよく、例えば、それは、以下の配列のうちの１つを含んでもよい：ＬＰＡＬＬＬＬＬＬＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号４）、ＬＲＧＬＰＡＬＬＬＬＬＬＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号５）、ＲＳＦＬＲＧＬＰＡＬＬＬＬＬＬＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号６）、またはＲＲＶＲＳＦＬＲＧＬＰＡＬＬＬＬＬＬＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号７）。これらは、Ｎ末端側の追加のアミノ酸を有する１８量体、２１量体、２４量体、および２７量体の例であるが、他の長さもまた、許容可能であり得る。

一例において、単離されたペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含み得る。別の例において、単離されたペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列からなり得る。

一例において、単離されたペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含み得る。別の例において、単離されたペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列からなり得る。

別の例において、単離されたペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列を含み得る。さらに別の例において、単離されたペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列からなり得る。

さらなる例において、単離されたペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列を含み得る。別の例において、単離されたペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列からなり得る。

ＬＲＰＡＰ１に由来する代替的な適切な天然の配列もまた、当業者によって特定され得る。例えば、それらは、配列番号２７において見出される全長ＬＲＰＡＰ１配列を使用して特定され得る。

代替的な例において、追加のアミノ酸は、ＬＲＰＡＰ１においてＦＬＧＰＷＰＡＡＳ配列のＮ末端側、Ｃ末端側、またはそれに隣接して天然に配置されない、アミノ酸配列であってもよい。天然および非天然の両方の隣接配列が、単離されたペプチドワクチンにおいて有用であることが示されており、したがって、いずれも、本明細書に記載されるペプチドにおいて使用され得る。例えば、ＯＶＡ抗原のＳＩＩＮＦＥＫＬエピトープは、その天然の配列が隣接している場合（Ｂｉｊｋｅｒ ｅｔ ａｌ．， （２００７）、非天然のＣ末端側の隣接配列が隣接している場合（Ｖａｒｙｐａｔａｋｉ ｅｔ ａｌ．， （２０１５）、またはＮ末端側の隣接配列なしだがＣ末端側の位置においてヘルパーエピトープに結合したグリシンリンカーを有し、したがって完全にそれ自体の天然の隣接配列の状況外である場合（Ｍａｓｕｋｏ ｅｔ ａｌ．， （２０１５）、ペプチドワクチンとしての使用が成功している。さらに、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．， （２０１６）は、エピトープに対するプライミングをもたらす次のエピトープに対する小さな非天然のリンカーを有する１５個のＣＴＬエピトープワクチンについて記載している。したがって、Ｎ末端側および／またはＣ末端側の非天然の追加のアミノ酸配列は、ペプチドワクチン形式において許容可能であり得る。これらの配列に対する変化、例えば、ＲＧＬＰＡＬＬＬＬＬＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号８）（１９量体）などもまた、配列番号２および／または配列番号１のペプチド配列が、これらのペプチドに存在する限りは使用され得る。

ペプチドは、「天然のペプチド」、すなわち、天然のアミノ酸から構成されるペプチドであってもよい。そのようなペプチドは、通常のペプチド結合によって互いに連結された、遺伝子コードによって定義される従来的なアミノ酸から構成される。天然のペプチドは、例えば、細胞によって（タンパク質発現によって、例えば、本明細書に記載される核酸もしくはベクターを使用して）産生され得るか、または合成で作製され得る（すなわち、細胞外で、化学合成を使用して）。

代替的に、ペプチドは、「合成ペプチド」であってもよい。合成ペプチドは、天然のアミノ酸と、遺伝子コードによって定義される従来的なアミノ酸以外のアミノ酸（「合成アミノ酸」）とのミックスを含み得る。代替的に、それは、合成アミノ酸のみから構成されてもよい。合成アミノ酸の例は、文献において公知である。

天然のペプチドおよび合成のペプチドは、改変されていてもよい。換言すると、ペプチドは、天然のプロセス、例えば、翻訳後成熟プロセスによって、または当業者には周知である化学的プロセスによって改変された、アミノ酸を含んでもよい。そのような改変は、文献において詳述されている。これらの改変は、ペプチド内の任意の場所、ペプチド骨格内、アミノ酸鎖内、カルボキシ末端もしくはアミノ末端に、出現し得る。ペプチド改変の非限定的な例としては、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ－リボシル化、アミド化、ヌクレオチドもしくはヌクレオチド誘導体の共有結合による固定、脂質もしくは脂質誘導体の共有結合による固定、ホスファチジルイノシトールの共有結合による固定、共有結合的もしくは非共有結合的架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、グリコシル化、例えばペグ化、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解プロセス、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アミノ酸付加、例えば、アルギニル化もしくはユビキチン化が挙げられる。そのような改変は、文献において詳述されている。したがって、「ペプチド」、「ポリペプチド」、「タンパク質」という用語は、例えば、リポペプチド、リポタンパク質、グリコペプチド、糖タンパク質などを含み得る。さらなる非限定的な例としては、ペプチドは、ユビキチン化の後に分岐されてもよく、または分岐ありもしくはなしで環状であってもよい。この種類の改変は、当業者には周知である天然または合成の翻訳後プロセスの結果であり得る。

本明細書に記載されるペプチドは、直接的に、またはリンカーを介して、治療用部分、ポリマー、ポリペプチド、リガンド、および／または任意の他の部分、例えば、検出可能な部分にコンジュゲートされていてもよい。そのようなペプチドは、本明細書において、「ペプチドコンジュゲート」と称される。

ペプチドコンジュゲートは、Ｔｏｌｌ様受容体リガンドに共有結合的に結合したペプチドを含み得る。ＴＬＲリガンドはまた、ＴＬＲアゴニストとも称され得る。本明細書で使用される場合、「ＴＬＲアゴニスト」は、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）のアゴニストである、すなわち、それは、ＴＬＲに結合し、ＴＬＲを活性化して、特に、生物学的応答をもたらす。本明細書で使用される場合、「ＴＬＲペプチドアゴニスト」は、ペプチドであるＴＬＲアゴニストである。

ＴＬＲアゴニストを含むペプチドコンジュゲートは、ペプチドに共有結合的に結合し、特に、合成ペプチドに共有結合的に結合するＴＬＲアゴニストは、当該技術分野において周知である。例えば、Ｚｏｍ ｅｔ ａｌ．， （２０１８）は、ＴＬＲ２リガンドＰａｍ３ＣＳＫ４の合成長鎖ペプチド（ＳＬＰ）へのコンジュゲートについて記載している。さらに、Ｚｏｍ ｅｔ ａｌ．， （２０１６）は、ヒトパピローマウイルス１６型（ＨＰＶ１６）によりコードされる合成長鎖ペプチドの、Ｐａｍ３ＣＳＫ４に基づくＴＬＲ２アゴニストへのコンジュゲーションについて記載している。

Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインによって特徴付けられる、膜貫通タンパク質である。馬蹄様形状を有するロイシンリッチ反復配列（ＬＲＲ）を含む細胞外ドメインは、多様な微生物に由来する共通の分子パターンの認識に関与する。Ｔｏｌｌ様受容体は、ＴＬＲ１～１０を含む。ＴＬＲ受容体ならびにその改変形態および誘導体を活性化することができる化合物は、当該技術分野において十分に文書化されている。ＴＬＲ１は、細菌性リポタンパク質およびそのアセチル化形態によって活性化され得、ＴＬＲ２は、さらに、グラム陽性菌糖脂質、ＬＰＳ、ＬＰＡ、ＬＴＡ、線毛、外膜タンパク質、細菌または宿主に由来する熱ショックタンパク質、ならびにマイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｌ）リポアラビノマンナンによっても活性化され得る。ＴＬＲ３は、ｄｓＲＮＡ、特にウイルス起源のものによって、または化学的化合物ポリ（ＬＣ）によって、活性化され得る。ＴＬＲ４は、グラム陰性ＬＰＳ、ＬＴＡ、宿主または細菌起源の熱ショックタンパク質、ウイルス性コートまたはエンベロープタンパク質、タキソールまたはその誘導体、ヒアルロナン含有オリゴ糖、およびフィブロネクチンによって活性化され得る。ＴＬＲ５は、細菌鞭毛またはフラジェリンにより活性化され得る。ＴＬＲ６は、マイコバクテリウム属リポタンパク質およびＢ群連鎖球菌熱不安定性溶解因子（ＧＢＳ－Ｆ）またはブドウ球菌モジュリンによって活性化され得る。ＴＬＲ７は、イミダゾキノリンによって活性化され得る。ＴＬＲ９は、非メチル化ＣｐＧ ＤＮＡまたはクロマチン－ｌｇＧ複合体によって活性化され得る。

ＴＬＲは、細胞表面（ＴＬＲ１、２、４、５、６、および１０）または細胞内オルガネラの膜、例えば、エンドソーム（ＴＬＲ３、４、７、８、および９）のいずれかに発現される。エンドソーム受容体の天然のリガンドは、核酸に基づく分子である（ＴＬＲ４を除く）。細胞表面に発現されるＴＬＲ１、２、４、５、６、および１０は、細胞外微生物の分子パターンを認識する（Ｍｏｎｉｅ， Ｔ． Ｐ．， Ｂｒｙａｎｔ， Ｃ． Ｅ．， ｅｔ ａｌ． ２００９： Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ： Ｌｅｓｓｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＴＬＲｓ ａｎｄ ＮＬＲｓ． Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｓｃｉ． ３４（１１）， ５５３－５６１）。ＴＬＲは、複数の細胞型に発現されるが、実質的にすべてのＴＬＲが、ＤＣに発現され、これらの特化した細胞がすべての可能性のある病原体および危険シグナルを感知することが可能となっている。

ＴＬＲ２、４、および５は、ＤＣの表面に構成的に発現される。

ＴＬＲ２は、細菌、ウイルス、寄生生物、および真菌に由来する広範な種類のリガンドを検出することができる。リガンド特異性は、ＴＬＲ２と他のＴＬＲ、例えば、ＴＬＲ１、６、もしくは１０、または非ＴＬＲ分子、例えば、デクチン－１、ＣＤ１４、もしくはＣＤ３６との相互作用によって、決定されることが多い。ＴＬＲ１とのヘテロ二量体を形成することにより、ＴＬＲ２が、トリアシルリポタンパク質もしくは（マイコバクテリウム）微生物起源のリポペプチド、例えば、Ｐａｍ３ＣＳＫ４およびペプチドグリカン（ＰＧＡ；Ｇａｙ、Ｎ．）を認識することが可能となる（Ｇａｎｇｌｏｆｆ， Ｍ． （２００７）： Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｔｏｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｌｉｇａｎｄｓ． Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ７６， １４１－１６５、Ｓｐｏｈｎ， Ｒ．， Ｂｕｗｉｔｔ－Ｂｅｃｋｍａｎｎ， Ｕ．， ｅｔ ａｌ． （２００４）： Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｌｉｐｏｐｅｐｔｉｄｅ ａｄｊｕｖａｎｔｓ ａｎｄ Ｔｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ２－Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ－ａｃｔｉｖｉｔｙ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ． Ｖａｃｃｉｎｅ ２２（１９）， ２４９４－２４９９）。ＴＬＲ２および６のヘテロ二量体化は、ジアシルリポペプチドおよびザイモサンの検出を可能にする。リポ多糖（ＬＰＳ）およびその誘導体は、ＴＬＲ４のリガンドであり、フラジェリンはＴＬＲ５のリガンドである（Ｂｒｙａｎｔ， Ｃ． Ｅ．， Ｓｐｒｉｎｇ， Ｄ． Ｒ．， ｅｔ ａｌ． （２０１０）． Ｔｈｅ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｈｏｓｔ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｌｉｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ． Ｎａｔ． Ｒｅｖ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ８（１）， ８－１４）。

ＴＬＲ２は、微生物および真菌によって発現される分子を含む、広範かつ構造的に多様な範囲のリガンドと相互作用する。天然および合成のリポペプチド（例えば、マイコプラズマ・ファーメンタス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｆｅｒｍｅｎｔａｓ）マクロファージ活性化リポペプチド（ＭＡＬＰ－２））、ペプチドグリカン（ＰＧ、例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓ． ａｕｒｅｕｓ）に由来するもの）、様々な細菌株に由来するリポ多糖（ＬＰＳ）、多糖（例えば、ザイモサン）、グラム陽性細菌に由来するグリコシルホスファチジル－イノシトールアンカー型構造（例えば、リポテイコ酸（ＬＴＡ）、ならびにマイコバクテリアに由来するリポ－アラビノマンナンおよび結核菌（Ｍ． ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）に由来するリポマンナン）を含む、複数のＴＬＲ２アゴニストが特定されている。ある特定のウイルス決定基もまた、ＴＬＲ２を介してトリガーし得る（Ｂａｒｂａｌａｔ Ｒ， Ｌａｕ Ｌ， Ｌｏｃｋｓｌｅｙ Ｒ Ｍ， Ｂａｒｔｏｎ Ｇ Ｍ． Ｔｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ２ ｏｎ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｍｏｎｏｃｙｔｅｓ ｉｎｄｕｃｅｓ ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｉｎ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｖｉｒａｌ ｂｕｔ ｎｏｔ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｌｉｇａｎｄｓ． Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００９： １０（１１）：１２００－７）。細菌性リポペプチドは、細胞壁の構造的構成要素である。それらは、ペプチドがシステイン残基を介してコンジュゲートされ得るアセチル化されたｓ－グリセリルシステイン部分からなる。細菌性リポペプチドであるＴＬＲ２アゴニストの例としては、ＭＡＬＰ－２およびその合成アナログであるジ－パルミトイル－Ｓ－グリセリルシステイン（Ｐａｍ２Ｃｙｓ）またはトリ－パルミトイル－Ｓ－グリセリルシステイン（Ｐａｍ３Ｃｙｓ）が挙げられる。

サルモネラ・ミネソタ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｍｉｎｎｅｓｏｔａ）Ｒ５９５に由来するモノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬＡ）、リポ多糖（ＬＰＳ）、マンナン（カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ））、グリコイノシトールリン脂質（トリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ））、ウイルスエンベロープタンパク質（ＲＳＶおよびＭＭＴＶ）、ならびにフィブリノーゲンおよび熱ショックタンパク質を含む内因性抗原を含む、多様なリガンドが、ＴＬＲ４と相互作用する。そのようなＴＬＲ４のアゴニストは、例えば、Ａｋｉｒａ Ｓ， Ｕｅｍａｔｓｕ Ｓ， Ｔａｋｅｕｃｈｉ Ｏ． Ｐａｔｈｏｇｅｎ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｎａｔｅ ｉｍｍｕｎｉｔｙ． Ｃｅｌｌ． Ｆｅｂ． ２４； ２００６： １２４（４）：７８３－８０１またはＫｕｍａｒ Ｈ， Ｋａｗａｉ Ｔ， Ａｋｉｒａ Ｓ． Ｔｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ａｎｄ ｉｎｎａｔｅ ｉｍｍｕｎｉｔｙ． Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ． Ｏｃｔ． ３０； ２００９ ３８８（４）：６２１－５に記載されている。グラム陰性菌の外膜において見出されるＬＰＳが、ＴＬＲ４リガンドの中でもっとも広く研究されているものである。好適なＬＰＳ由来のＴＬＲ４アゴニストペプチドは、例えば、国際公開第 ２０１３／１２００７３号Ａ１に記載されている。

ＴＬＲ５は、ほぼすべての運動性細菌によって発現されるフラジェリン分子の領域によってトリガーされる。したがって、フラジェリン、またはフラジェリンおよび／もしくはフラジェリンの変異体もしくはフラグメントに由来するペプチドもしくはタンパク質もまた、本発明のペプチドコンジュゲートに含まれるＴＬＲペプチドアゴニストとして好適である。

したがって、ＴＬＲペプチドアゴニストの非限定的な例としては、ＴＬＲ２リポペプチドアゴニストＭＡＬＰ－２、Ｐａｍ２Ｃｙｓ、およびＰａｍ３Ｃｙｓ、またはこれらの改変形態、ＴＬＲ４アゴニストＬＰＳの異なる形態、例えば、髄膜炎菌（Ｎ． ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）野生型Ｌ３－ＬＰＳおよび突然変異型ペンタアシル化ＬｐｘＬ１－ＬＰＳ、ならびにＴＬＲ５アゴニストフラジェリンが挙げられる。

ＴＬＲ２ペプチドアゴニストのさらなる非限定的な例は、アネキシンＩＩ、またはその免疫調節フラグメントであり、これは、国際公開第２０１２／０４８１９０号Ａ１および米国特許出願第１３／０３３，１５４６号に詳述されている。

さらなる非限定的な例において、高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）およびそのペプチドフラグメントは、ＴＬＲ４アゴニストであることが想定される。そのようなＨＭＧＢ１由来のペプチドは、例えば、米国特許出願第２０１１／０２３６４０６号Ａ１に開示されている。

本発明によるペプチドコンジュゲートは、少なくとも１つのＴＬＲアゴニストを含み得、好ましくは、ペプチドコンジュゲートは、１つを上回るＴＬＲアゴニスト、特に、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、またはさらに多くのＴＬＲアゴニストを含み得る。

本発明によるペプチドコンジュゲートによって含まれる少なくとも１つのＴＬＲアゴニストは、同じであってもよく、または異なってもよい。好ましくは、本発明によるペプチドコンジュゲートによって含まれる様々なＴＬＲアゴニストは、互いに異なる。

同じかまたは異なるＴＬＲ受容体を活性化するいくつかの異なるＴＬＲアゴニストが、有利なことに、本発明による単一のペプチドコンジュゲートによって含まれ得ることを、理解されたい。

単離されたペプチドは、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するために、ヒト対象に投与され得る。例えば、単離されたペプチドは、免疫応答を誘導または増強させるために、対象に投与され得る。ペプチドは、したがって、対象においてＴ細胞活性化（例えば、インビボ（ｉｎ ｖｉｖｏ）Ｔ細胞活性化）を誘導するために対象に投与され得、ここで、活性化されたＴ細胞は、ペプチドに特異的である（したがって、がんまたはウイルスに感染した細胞を特異的に標的化する）。

単離されたペプチドは、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するためのペプチドワクチンとして投与され得る。単離されたペプチドは、がん性細胞またはウイルスに感染した細胞に特異的なＴ細胞の活性を誘導または増強させるために投与され得る。

同様に、本明細書に記載されるペプチドをコードする核酸配列およびベクターは、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するために、核酸ワクチンとして投与され得る。単離された核酸配列およびベクターは、がん性細胞またはウイルスに感染した細胞に特異的なＴ細胞の活性を誘導または増強させるために投与され得る。

本明細書に記載されるペプチド（およびそれをコードする対応する核酸配列またはベクター）は、ＨＬＡ－Ａ＊０２に関して陽性であるヒト対象の免疫療法として特に有用であり得る。

ＨＬＡ－Ａ＊０２は、ＨＬＡ－Ａ血清型群内の世界規模で一般的なヒト白血球抗原血清型である。ＨＬＡ－Ａ＊０２群内には、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ＊０２０９、ＨＬＡ－Ａ＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ＊０２５０を含む、いくつかのサブタイプが存在する。本明細書に提示されるデータは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１に焦点を当てているが、しかしながら、当業者には明らかなように、ＨＬＡ－Ａ＊０２群内の他のサブタイプ（本明細書において列挙されているものを含むがこれらに限定されない）もまた、ＬＲＰＡＰ１の天然の短鎖エピトープである配列番号２に結合し得る（例えば、Ｒｅｓｓｉｎｇ ｅｔ ａｌ．， １９９９、特に、表３および２を参照されたい）。したがって、すべてのＨＬＡ－Ａ＊０２サブタイプが、本明細書において包含されるが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１が、好ましい（以下の表１を参照されたい）。

表１：異なるＨＬＡ－Ａ２対立遺伝子に対するＦＬＧＰＷＰＡＡＶおよびＦＬＧＰＷＰＡＡＳの予測される結合親和性；ＨＬＡ－Ａ２対立遺伝子とのＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（Ａ）およびＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（Ｂ）の予測される結合親和性は、ＭＨＣｎｅｔ ４．０アルゴリズムを使用して判定した。親和性の欄の値（ナノモル単位、ｎＭ）から、対応するＨＬＡ－Ａ２対立遺伝子との予測される結合親和性がわかる。順位（％）は、予測される結合親和性を４００，０００個のランダムな天然のペプチドのセットと比較することによって判定した。強い結合剤は、０．５％よりも低い順位として定義し、弱い結合剤は、２％未満の順位を有する。

核酸配列
配列番号１のアミノ酸配列を含むペプチドをコードする、単離された核酸配列が、本明細書に記載されており、同様に、結合剤をコードする核酸配列も本明細書に記載されている。

本明細書で使用される場合、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、「核酸」、および「核酸分子」は、オリゴヌクレオチド配列またはポリヌクレオチド配列を指して互換可能に使用される。ヌクレオチド配列は、ゲノム起源のものであっても、合成起源のものであっても、組換え起源のものであってもよく、二本鎖であっても一本鎖であってもよい（センス鎖またはアンチセンス鎖を表す）。「ヌクレオチド配列」という用語は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成ＤＮＡ、およびＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、ならびにヌクレオチドアナログの使用によって生成されたＤＮＡもしくはＲＮＡのアナログを含み得る。

本明細書で使用される場合、「単離された核酸配列」とは、その天然の環境にない核酸配列を指し、天然の環境では、それが、同様にその天然の環境にあるその天然に関連する配列に連結されている。換言すると、単離された核酸配列は、天然のヌクレオチド配列ではなく、ここで、「天然のヌクレオチド配列」とは、その天然の環境にあり、かつ天然に関連するプロモーター全体に（このプロモーターもまた天然の環境にある）作動可能に連結されている、ヌクレオチド配列全体を意味する。

ベクターおよび改変された細胞
一態様において、本発明は、本明細書に記載される核酸配列（例えば、配列番号１のアミノ酸配列を含むペプチドをコードする核酸配列）を含むベクターを提供する。

任意の適切なベクターを、使用することができる。単なる例として、ベクターは、プラスミドまたはウイルスベクター、例えば、レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターであってもよい。アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ワクシニアウイルス、カナリアポックスウイルス、ヘルペスウイルス、ミニサークルベクター、およびネイキッド（合成）ＤＮＡ／ＲＮＡもまた、使用され得る（ミニサークルベクターの詳細については、例えば、ｎｏｎ－ｖｉｒａｌ Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ ｔｒａｎｓｐｏｓｉｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ｍｉｎｉｃｉｒｃｌｅ ｖｅｃｔｏｒｓ ａｓ ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｒ Ｍｏｎｊｅｚｉ， Ｃ Ｍｉｓｋｅｙ， Ｔ Ｇｏｇｉｓｈｖｉｌｉ， Ｍ Ｓｃｈｌｅｅｆ， Ｍ Ｓｃｈｍｅｅｒ， Ｈ Ｅｉｎｓｅｌｅ， Ｚ Ｉｖｉｃｓ ａｎｄ Ｍ Ｈｕｄｅｃｅｋ ｉｎ Ｌｅｕｋｅｍｉａ ２０１６を参照されたい）。

ベクターは、プロモーターに作動可能に連結された核酸配列を含んでもよい。

本明細書で使用される場合、「ベクター」は、それに作動可能に連結された別の核酸配列を輸送することができる、核酸配列を指す。ベクターは、自律的複製が可能であり得るか、または宿主ＤＮＡに組み込まれ得る。ベクターは、組換えＤＮＡの挿入のための制限酵素部位を含み得、１つまたは複数の選択可能なマーカーまたは自殺遺伝子を含み得る。ベクターは、プラスミド、バクテリオファージ、またはコスミドの形態にある核酸配列であってもよい。好ましくは、ベクターは、細胞における発現に好適である（すなわち、ベクターは、「発現ベクター」である）。好ましくは、ベクターは、ヒト抗原提示細胞における発現に好適である。ある特定の態様において、ベクターは、ウイルスベクター、例えば、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、またはアデノ随伴ウイルスベクターである。ベクターは、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、カナリアポックスウイルス、ヘルペスウイルス、ミニサークルベクター、および合成ＤＮＡまたは合成ＲＮＡからなる群から選択されてもよい。

好ましくは、（発現）ベクターは、宿主細胞における増殖が可能であり、次の世代へと安定に伝達される。

本明細書で使用される場合、「作動可能に連結された」とは、互いに機能的関係性にある、例えば、コーディング配列の発現を誘導するように連結された関係性にある、コーディング配列とともに、以下に記載される単一の制御エレメントまたはその組合せを指す。

ベクターは、調節配列を含み得る。本明細書で使用される場合、「調節配列」は、遺伝子発現を制御することができる、ＤＮＡまたはＲＮＡエレメントを指す。発現制御配列の例としては、プロモーター、エンハンサー、サイレンサー、ＴＡＴＡ－ボックス、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）、転写因子の結合部位、転写終結因子、ポリアデニル化部位などが挙げられる。ベクターは、発現させようとする核酸配列に作動可能に連結された１つまたは複数の調節配列を含んでもよい。調節配列には、構成的発現を誘導するもの、ならびに組織特異的調節および／または誘導配列が含まれる。

ベクターは、プロモーターを含み得る。本明細書で使用される場合、「プロモーター」は、ＲＮＡポリメラーゼが結合して転写を開始する、ＤＮＡ内のヌクレオチド配列を指す。プロモーターは、誘導性であってもよく、または構成的に発現されてもよい。代替的に、プロモーターは、リプレッサーまたは刺激性タンパク質の制御下にある。プロモーターは、宿主細胞において天然に見出されないものであってもよい（例えば、それは、外因性プロモーターであってもよい）。当業者であれば、標的タンパク質の発現に使用するのに適切なプロモーターを十分に認識しており、選択されるプロモーターは、宿主細胞に依存するであろう。

ベクターは、転写終結因子を含み得る。本明細書で使用される場合、「転写終結因子」は、ＤＮＡをＲＮＡに転写することを担うＲＮＡポリメラーゼの機能を終結させる、ＤＮＡエレメントを指す。好ましい転写終結因子は、Ｔ残基がＧＣリッチ二回転対称領域に先行する連続片を特徴とする。

ベクターは、翻訳制御エレメントを含み得る。本明細書で使用される場合、「翻訳制御エレメント」は、ｍＲＮＡの翻訳を制御するＤＮＡまたはＲＮＡエレメントを指す。好ましい翻訳制御エレメントは、リボソーム結合部位である。好ましくは、翻訳制御エレメントは、プロモーター、例えば、プロモーターおよびその関連するリボザイム結合部位などの相同系に由来する。好ましいリボソーム結合部位は、公知であり、選択される宿主細胞に依存するであろう。

ベクターは、制限酵素認識部位を含み得る。本明細書で使用される場合、「制限酵素認識部位」は、制限酵素によって認識されるＤＮＡ上のモチーフを指す。

ベクターは、選択可能なマーカーを含み得る。本明細書で使用される場合、「選択可能なマーカー」は、宿主細胞において発現されると、細胞に表現型を付与し、それによって、該選択可能なマーカー遺伝子を発現する細胞の選択を可能にする、タンパク質を指す。一般に、これは、宿主細胞に新しい有益な特性（例えば、抗生物質耐性）を付与するタンパク質、または細胞表面に発現され、したがって、抗体結合のためにアクセス可能である、タンパク質である。適切な選択可能なマーカーは、当該技術分野において周知である。

ベクターは、自殺遺伝子も含み得る。本明細書で使用される場合、「自殺遺伝子」は、特定の薬物で処置した場合に、改変された細胞の死滅を誘導するタンパク質を指す。例として、ガンシクロビルを含む特定のヌクレオシドアナログでの処置の際に単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ遺伝子によって改変された細胞、抗ＣＤ２０モノクローナル抗体での処置の際にヒトＣＤ２０によって改変された細胞、およびＡＰ１９０３での処置の際に誘導性Ｃａｓｐａｓｅ９（ｉＣａｓｐ９）によって改変された細胞の自殺を誘導することができる（ＢＳ Ｊｏｎｅｓ， ＬＳ Ｌａｍｂ， Ｆ Ｇｏｌｄｍａｎ， Ａ Ｄｉ Ｓｔａｓｉ； Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｔｈｅ ｓａｆｅｔｙ ｏｆ ｃｅｌｌ ｔｈｅｒａｐｙ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｂｙ ｓｕｉｃｉｄｅ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ． Ｆｒｏｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． （２０１４） ５：２５４による考察。適切な自殺遺伝子は、当該技術分野において周知である。

好ましくは、ベクターは、宿主細胞による本明細書に記載されるポリペプチドの発現に必要であるこれらの遺伝子エレメントを含む。宿主細胞における転写および翻訳に必要とされるエレメントとしては、プロモーター、目的のタンパク質のコーディング領域、および転写終結因子が挙げられる。

当業者であれば、（発現）ベクターの調製に利用可能な分子技法、および（発現）ベクターをどのようにして適切な宿主細胞に形質導入またはトランスフェクトする（それによって本明細書に記載される改変された細胞を生成する）ことができるかに関して、熟知しているであろう。本発明の（発現）ベクターは、従来的な技法、例えば、形質転換、トランスフェクション、または形質導入によって、細胞に導入することができる。「形質転換」、「トランスフェクション」、および「形質導入」は、一般に、外来（外因性）核酸配列を宿主細胞に導入するための技法を指し、したがって、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、遺伝子銃デリバリー、レトロウイルス、レンチウイルス、またはアデノ随伴ウイルスベクターを用いての形質導入、リポフェクション、スーパーフェクションなどの方法が包含される。使用される具体的な方法は、典型的に、ベクターの種類および細胞の両方に依存する。核酸配列およびベクターを宿主細胞、例えば、ヒト細胞に導入するための適切な方法は、当該技術分野において周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ （１９８９） Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ （１９８７） Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ．， ＮＹ、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ （１９７２） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ６９， ２１１０、Ｌｕｃｈａｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ （１９８８） Ｍｏｌ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ２， ６３７－６４６を参照されたい。発現ベクターを調製し、それらを適切な宿主細胞に導入するのに好適なさらなる従来的な方法は、例えば、国際公開第２０１６／０７１７５８号に詳述されている。

一部の実施形態において、宿主細胞は、インビトロ、エキソビボ（ｅｘ ｖｉｖｏ）でベクター（例えば、ウイルスベクター）と接触され、一部の実施形態において、宿主細胞は、インビボでベクター（例えば、ウイルスベクター）と接触されることを理解されたい。

「宿主細胞」という用語は、本明細書に記載される核酸配列またはベクターが導入され得る（例えば、形質導入され得る）任意の細胞を含む。核酸分子またはベクターが細胞に導入された後、それは、本明細書において「改変された細胞」と称され得る。核酸分子またはベクターが宿主細胞に導入された後、結果として得られる改変された細胞は、コードされるポリペプチドを発現することが可能なはずである。

「改変された細胞」という用語は、遺伝子的に変化した（例えば、形質転換、形質導入、またはトランスフェクトされた）細胞を指す。この用語は、特定の対象細胞を指すとともに、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をも指す。ある特定の改変は、突然変異または環境的影響のいずれかに起因して後続の世代において起こり得るため、そのような子孫は、実際には、親細胞と同一ではない場合があるが、本明細書において使用される場合、この用語の範囲内に依然として含まれる。

宿主細胞（およびしたがって改変された細胞）は、細菌細胞であり得るが、典型的には、真核生物細胞であり、具体的には、抗原提示細胞（ＡＰＣ）による取り込みのために抗原を過剰発現することができるヒト細胞、より具体的には、抗原提示細胞、例えば、樹状細胞（ＤＣ）、Ｂ細胞、単球、マクロファージである。宿主細胞（およびしたがって改変された細胞）は、自家細胞であってもよく、これは、それが後で投与されるのと同じ個体に由来する細胞を指す。換言すると、宿主細胞（およびしたがって改変された細胞）は、処置しようとする対象に由来する細胞であり得る。好適には、宿主細胞（およびしたがって改変された細胞）は、例えば、白血球アフェレーシスによって、血液サンプルから単離され得る。

改変された細胞は、典型的には、ヒト細胞である。

有利なことに、改変された細胞は、本明細書に記載される核酸配列またはベクターによってコードされるポリペプチドを発現することができ、その結果、改変された細胞は、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがん性細胞またはウイルスに感染した細胞を特異的に標的とする免疫療法薬を提供し、これを使用して、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防することができる。この使用に関するさらなる詳細は、以下に提供される。

ペプチドを調製するための方法
上述のように、本発明によるペプチドは、天然のペプチドであってもよく、または合成ペプチドであってもよい。別の態様において、本発明のペプチドは、改変されていてもよい。本発明のペプチドを調製する方法もまた、本明細書において提供される。一態様において、本明細書に提供される本発明のペプチドを調製する方法は、天然の方法であってもよい。別の態様において、本発明のペプチドを調製する方法は、合成方法であってもよい。代替的に、本発明のペプチドを調製する方法は、天然および合成の方法を含んでもよい。

本明細書に提供される本発明のペプチドを調製する方法は、天然の方法であってもよい。そのような方法は、目的のペプチドをコードする核酸（例えば、ベクター）が形質転換、トランスフェクト、または形質導入されている改変された細胞を、培養培地で培養すること、および培養培地から、または細胞溶解後に改変された細胞のライセートから、ペプチドを分離することを含む。

この文脈において、改変された細胞は、目的のペプチドを発現させるために使用される。そのような細胞の例としては、細菌細胞例えば、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）、および真核生物細胞、例えば、酵母細胞、動物細胞、または植物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。１つの例において、細胞は、哺乳動物、例えば、ヒト、ＣＨＯ、ＨＥＫ２９３Ｔ、ＰＥＲ．Ｃ６、ＮＳ０、骨髄腫、またはハイブリドーマ細胞である。樹状細胞および樹状細胞株が、特に好ましい。

典型的には、上述のように、目的のペプチドをコードする核酸は、ベクター、例えば、発現ベクター内に存在する。いくつかの例において、適切な分泌シグナルを、ベクターに組み込むことができ、そのため、核酸によってコードされるペプチドは、例えば、小胞体の内腔へ、細胞膜周囲腔へ、膜上に、または細胞外環境へと誘導されるであろう。適切な分泌シグナルの選択肢は、後続のタンパク質精製を促進し得る。適切な分泌シグナルの選択は、十分に、平均的な当業者の能力の範囲内である。

典型的には、培養培地の選択肢は、目的のペプチドを発現させるために使用される細胞型および／または細胞株の選択肢に特に依存する。当業者であれば、選択された細胞型および／または細胞株に適切である好適な培養培地について熟知している。

細胞を、コードされるペプチドの発現を誘導するのに十分な期間、適切な培養培地で培養する。細胞を培養するのに好適な期間および条件は、当該技術分野において公知であり、使用される具体的な細胞型および／または細胞株に依存する。

ペプチドが細胞によって発現された後に、それを、標準的な方法を使用して精製してもよい。例えば、タンパク質抽出のための市販入手可能なキットおよび／または試薬、例えば、ＮｏｖａｇｅｎのＢｕｇＢｕｓｔｅｒ（商標）を使用してもよい。代替の標準的な方法、例えば、親和性クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、および免疫親和性方法もまた、使用され得る。

代替的に、本発明のペプチドは、合成方法によって調製されてもよい。そのような方法は、文献において詳述されている。非限定的な例としては、液相ペプチド合成方法または固相ペプチド合成方法、例えば、メリフィールドによる固相ペプチド合成、ｔ－Ｂｏｃ固相ペプチド合成、Ｆｍｏｃ固相ペプチド合成、ＢＯＰ（ベンゾトリアゾール－１－イル－オキシ－トリス－（ジメチルアミノ）－ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート）に基づく固相ペプチド合成などが挙げられる。

ペプチドがロードされた細胞
本明細書に記載されるペプチドがロードされた細胞もまた、提供される。これらの細胞は、以下に記載される治療方法において有利に使用され得る。

本明細書で使用される場合、ペプチドが「ロードされた」細胞とは、ペプチドが、細胞の表面上のＭＨＣ（主要組織適合複合体）と会合している細胞である。典型的には、ペプチドがロードされた細胞は、ペプチド自体を発現するのではなく、ＭＨＣと関連している外因性ペプチドを提示する。細胞は、それらにペプチドを「ロード」するために、外因性ペプチドでパルスしてもよい。ペプチドがロードされた細胞は、したがって、目的のペプチド（例えば、外因性ペプチド）を含む細胞とも称され得、ここで、目的のペプチドは、細胞の表面上のＭＨＣ複合体の一部である。換言すると、そのような細胞は、細胞外（または細胞表面）ＭＨＣが目的のペプチドと複合体を形成したものを含む。抗原提示細胞のＭＨＣ内のペプチドの存在は、本明細書において「抗原提示」と称される。抗原提示は、抗原がＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞に提示されている場合には、ＭＨＣクラスＩＩ分子と会合した、提示がＣＤ８＋細胞毒性Ｔ細胞に対するものである場合には、ＭＨＣクラスＩ分子と会合した、マクロファージまたは他の抗原提示細胞の表面における抗原分子の発現である。

本明細書において定義されるペプチドがロードされた細胞は、処置しようとする対象に由来する細胞であり得る。特に、それらは、処置しようとする対象から単離されている細胞であり得る。代替的には、細胞株、例えば、抗原提示細胞株もまた、使用され得る。

好ましくは、本明細書において定義されるペプチドがロードされた細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。好ましくは、抗原提示細胞は、樹状細胞（ＤＣ）、マクロファージ、単球、Ｂ細胞、および抗原提示細胞の合成形態からなる群から選択される。樹状細胞、特に、処置しようとする対象から単離された樹状細胞（従来的および／または形質細胞様）が、もっとも好ましい。

対象から、抗原提示細胞、特に、樹状細胞を単離するための方法は、当業者に公知である。それらは、骨髄、臍帯血、または末梢血から、単球または造血幹細胞を採取することを含む。それらはまた、胚性幹（ＥＳ）細胞および人工多能性幹細胞（ｉＰＳ）の使用も含む。抗原提示細胞、特に、樹状細胞およびそれらの前駆体は、エルトリエーションおよび磁気ビーズに基づく分離を含む方法によって、濃縮させることができ、これには、ＣＤ１４＋前駆体細胞の濃縮が含まれ得る。

本明細書において定義される複合体を、細胞、好ましくは、上述の抗原提示細胞、より好ましくは、樹状細胞にロードするための方法、およびさらにはそのような細胞を対象に投与する前に調製するための技法は、当業者に公知である。例えば、樹状細胞の調製は、例えば、ＧＭ－ＣＳＦおよびＩＬ－４を含み得るサイトカインを使用したそれらの培養および分化を含み得る。樹状細胞株もまた、利用され得る。

ペプチドを、細胞、好ましくはＡＰＣ、より好ましくは樹状細胞にロードすることは、培養におけるペプチドと細胞との共インキュベーションを伴い得る。効率的な成熟を誘導するためのそのようにしてロードした細胞、例えば、樹状細胞のさらなる培養は、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＴＮＦα、ＰＧＥ２、ＩＦＮα、およびアジュバントを含むサイトカインの添加を含み得る。適切な方法および試薬は、当業者に周知である。

医薬組成物
本明細書に記載されるａ）単離されたペプチド、ｂ）核酸配列、ｃ）ベクター、ｄ）結合剤、またはｅ）細胞と、薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／または担体とを含む、医薬組成物が提供される。

疑いを回避するために、ａ）、ｂ）、ｃ）、またはｄ）のうちのいずれか１つは、医薬組成物内に存在する細胞によって（適宜）コードまたは発現されることによって、医薬組成物に存在してもよい。例として、ｂ）もしくはｃ）のうちのいずれか１つは、細胞によってコードされてもよく、それが薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／もしくは担体と組み合わされて医薬組成物が生成されるか、またはａ）もしくはｄ）のうちのいずれかは、細胞によって発現されてもよく、それが薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／もしくは担体と組み合わされて医薬組成物が生成される。これに関するさらなる詳細は、以下に提供される。

本明細書に記載される核酸配列、ベクター、細胞、結合剤、単離されたタンパク質、またはペプチドは、したがって、医薬組成物の一部として提供され得る。有利なことに、そのような組成物は、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するために（例えば、そのようながん性細胞またはウイルスに感染した細胞に対する特異的な免疫応答を誘導または増強することによって）、ヒト対象に投与され得る。

「医薬組成物」および「組成物」という用語は、文脈によりそうでないことが具体的に要求されない限り、本明細書において互換可能に使用される。

医薬組成物は、本明細書に記載される核酸配列、ベクター、細胞、結合剤、または単離されたタンパク質もしくはペプチドを、薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／または担体とともに含み得る。

疑いを回避するために、核酸配列、ベクター、結合剤、または単離されたペプチドは、細胞の一部として医薬組成物中に存在してもよい。換言すると、核酸配列もしくはベクターは、細胞に組み込まれてもよく、または結合剤もしくはペプチドは、細胞によって発現されてもよい。細胞は、任意の好適な細胞、例えば、細菌細胞、または真核生物細胞、例えば、哺乳動物細胞、例えば、樹状細胞（ＤＣ）－（そのような場合には、哺乳動物細胞は、典型的にはエキソビボ細胞である）であり得る。本明細書に記載される核酸配列、ベクター、結合剤、または単離されたタンパク質もしくはペプチドを含む医薬組成物は、したがって、核酸配列もしくはベクターをコードするか、またはペプチドもしくは結合剤を発現することができる、細胞（例えば、細菌細胞、ＤＣなど）を含む医薬組成物を包含する。

好適には、細胞（例えば、細菌細胞、ＤＣなど）は、細胞に、適切な核酸配列／ベクターを（例えば、形質導入、トランスフェクション、または形質転換によって）導入するように改変されている細胞であってもよく、その結果、改変された細胞は、核酸配列／ベクターをコードし、目的の核酸配列、ベクター、ペプチド、または結合剤を発現することができるようになる。そのような細胞を、薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／または担体と組み合わせて、本発明の医薬組成物を生成してもよい。細胞は、エキソビボで改変されていてもよい。例えば、それは、本明細書に記載される医薬組成物で処置しようとする（例えば、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するために）対象に由来する自家細胞であってもよい。細胞は、例えば、核酸配列またはベクターを、細胞に導入するためにエキソビボで改変されていてもよく、その結果、改変された細胞は、核酸配列／ベクターをコードし、核酸配列またはベクターを発現して目的のペプチドまたは結合剤を生成することができるようになる。改変された細胞は、次いで、医薬組成物として対象に投与され得る。

組成物は、慣例的に、薬学的に許容される濃度の塩、緩衝化剤、保存剤、適合性担体、補助的な免疫増強剤、例えば、アジュバントおよびサイトカインを含有し得、適宜、他の治療剤または化合物を含有し得る。

本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」とは、生物学的にも別様にも望ましくないことのない材料を指す、すなわち、材料は、なんらかの望ましくない生物学的作用を引き起こすことも、含有される医薬組成物の他の成分のうちのいずれかと有害な様式で相互作用することもなく、選択された核酸配列、ベクター、細胞、結合剤、または単離されたペプチドとともに個人に投与され得る。

賦形剤は、活性成分（例えば、本明細書に提供される核酸配列、ベクター、細胞、結合剤、または単離されたペプチド）とともに製剤化される、製剤を増量するか、または最終剤形中の活性成分に治療的増強を付与する、例えば、薬物の吸収または可溶性を促進する目的で含まれる、天然または合成の物質である。賦形剤はまた、製造プロセスにおいて、インビトロ安定性、例えば、予想される保管期間にわたる変性の予防を補助することに加えて、粉末の流動性もしくは非粘着特性を促進することによってなど、考慮される活性物質の取り扱いを補助するためにも有用であり得る。薬学的に許容される賦形剤は、当該技術分野において周知である。好適な賦形剤は、したがって、当業者によって容易に特定可能である。例として、好適な薬学的に許容される賦形剤としては、水、生理食塩水、水性デキストロース、グリセロール、エタノールなどが挙げられる。

アジュバントは、製剤中の他の薬剤の作用を改変する薬理学的および／または免疫学的薬剤である。薬学的に許容されるアジュバントは、当該技術分野において周知である。好適なアジュバントは、したがって、当業者によって容易に特定可能である。

希釈剤は、希釈作用剤である。薬学的に許容される希釈剤は、当該技術分野において周知である。好適な希釈剤は、したがって、当業者によって容易に特定可能である。

担体は、用いられる投薬量および濃度においてレシピエントに対して非毒性であり、製剤の他の成分と適合性がある。「担体」という用語は、適用を容易にするために活性成分と組み合わされる、天然または合成の有機または無機の成分を意味する。薬学的に許容される担体は、当該技術分野において周知である。好適な担体は、したがって、当業者によって容易に特定可能である。

本明細書に記載される医薬組成物は、単剤療法として、または組合せ療法の一部として、対象に投与され得る。例えば、本明細書に記載されるワクチンと免疫チェックポイント阻害剤または他の免疫調節性化合物との組合せもまた、がん－ウイルスワクチン接種とＰＤ－１遮断との組合せに関して示されているように^１１免疫回避ＴＡＰ欠損がんを標的とするのに特に有用であり得る。

したがって、本明細書に提供される医薬組成物は、ＰＤ－１、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－Ｌ１、ＴＩＭ３、ＴＩＧＩＴ、ＶＩＳＴＡ、ＮＫＧ２Ａ、またはＬＡＧ－３を遮断する免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて使用され得る。

特定の例において、本明細書に提供される医薬組成物は、ＣＴＬＡ－１またはＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１またはＮＫＧ２Ａを遮断する抗体から選択される免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて使用され得る。そのような抗体は、様々な悪性腫瘍を有する患者の処置において臨床で実際に有望であることが示されている。

特定の例として、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１および／またはＰＤ－Ｌ１活性の阻害剤であり得る。換言すると、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１遮断をもたらし得る。ＰＤ－１および／またはＰＤ－Ｌ１活性の阻害剤は、例えば、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ１への結合（または逆も同様）を遮断する抗体であり得る。

医薬組成物および免疫チェックポイント阻害剤の投与は、任意の順序であってもよい。好ましくは、医薬組成物は、免疫チェックポイント阻害剤と同時またはその後に投与される。代替的には、医薬組成物は、免疫チェックポイント阻害剤と同時またはその前に投与される。

対象の処置
本明細書に記載される医薬組成物は、医薬品として有利に使用され得る。組成物は、ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するために使用され得る。好ましくは、ヒト対象は、ＨＬＡ－Ａ＊０２、例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１に関して陽性である。

医薬品として（例えば、ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の予防または処置において）使用するための医薬組成物は、本明細書に記載される核酸配列、ベクター、細胞、結合剤、または単離されたタンパク質もしくはペプチドを、薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／または担体とともに含み得る。本明細書の他の箇所において考察されるように、これは、適切な核酸配列、ベクター、ペプチド、または結合剤をコードまたは発現する細胞を含む医薬組成物を包含する。

本明細書に記載されるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の処置または予防の方法は、対象における免疫応答（例えば、細胞に媒介される応答）の誘導または増強（例えば、ＨＬＡ－Ａ制限ペプチドを提示するがん性細胞またはウイルスに感染した細胞に対する標的化された免疫応答）をもたらす。

「免疫応答の誘導または増強」という語句は、処置の前の免疫応答と比較した、処置中または処置後における対象の免疫応答（例えば、細胞に媒介される免疫応答、例えば、Ｔ細胞に媒介される免疫応答）の増加を指す。免疫応答の「誘導または増強」は、したがって、処置されているがんまたはウイルス感染症を直接的または間接的に標的とする免疫応答の任意の測定可能な増加を包含する。

本発明の組成物は、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんを処置または予防するために使用され得る。当業者であれば、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連し、したがって、本発明により処置することができるがんについて、熟知しているであろう。

好適には、がんは、ペプチドプロセシング機序の損傷を有するがんである。１つの例において、がんは、肺癌である。

本発明の組成物はまた、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するウイルス感染症を処置または予防するために使用され得る。当業者であれば、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連し、したがって、本発明により処置することができるウイルス感染症について、熟知しているであろう。

本明細書で使用される場合、「ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連する」がんまたはウイルス感染症は、がん性細胞またはウイルスに感染した細胞においてＨＬＡクラスＩ抗原提示経路の変更をもたらすがんまたはウイルス感染症を指し、この変更により、これらの細胞におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の低減が生じる。この文脈において、低減は、これらの細胞の細胞表面における（所与の時点での）非ＴＥＩＰＰ ＨＬＡクラスＩ制限抗原の提示の、対照細胞（例えば、同じ対象に由来する、がん性でなく、ウイルスに感染していないもの）と比較した、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％などの減少を包含する。

がん性細胞またはウイルスに感染した細胞において、ＨＬＡクラスＩ抗原提示を損傷するように変更され得る分子経路は、いくつか存在する。例として、黒色腫の１～２％は、ＴＡＰ１またはＴＡＰ２において有害な突然変異を有すること、ならびに転移性黒色腫が高い頻度で、エピジェネティックサイレンシングに起因して低いＴＡＰ１発現を示すことが、知られている^５、７。

ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症は、したがって、腫瘍細胞または感染細胞が突然変異型ＴＡＰ１またはＴＡＰ２遺伝子を有する、がんまたはウイルス感染症であり得る。１つの例において、突然変異は、ＴＡＰ１またはＴＡＰ２発現を低減させる（その結果、腫瘍細胞またはウイルスに感染した細胞は、低いＴＡＰ１またはＴＡＰ２発現を有する）。別の例において、突然変異は、細胞におけるＴＡＰ１またはＴＡＰ２活性を低減させる（その結果、腫瘍細胞またはウイルスに感染した細胞は、低減された／低いＴＡＰ１またはＴＡＰ２活性を有する）。他の例において、突然変異は、細胞におけるＴＡＰ１またはＴＡＰ２タンパク質レベルを低減させる（例えば、腫瘍細胞またはウイルスに感染した細胞は、低減された／低いＴＡＰ１もしくはＴＡＰ２タンパク質発現、および／または低減された／低いＴＡＰ１もしくはＴＡＰ２タンパク質安定性を有する）。

ＴＡＰ１またはＴＡＰ２発現はまた、エピジェネティックサイレンシングに起因して、がん性細胞またはウイルスに感染した細胞において低減されている／低い場合がある。ＴＡＰ１またはＴＡＰ２エピジェネティックサイレンシングを検出するための方法は、当該技術分野において周知である。

ＴＡＰ１またはＴＡＰ２発現、活性、タンパク質レベル、および／またはタンパク質安定性はまた、ＴＡＰ１またはＴＡＰ２遺伝子の突然変異以外の理由のために、がん性細胞またはウイルスに感染した細胞において低減されている／低い場合がある（例えば、がん／ウイルスが分子機序および細胞の経路を変化させることに起因して）。

がんまたはウイルス感染症は、したがって、低減された（または低い）ＴＡＰ１またはＴＡＰ２タンパク質発現、活性、レベル、または安定性と関連するがんまたはウイルス感染症であり得る。

ＴＡＰ１またはＴＡＰ２における突然変異の存在を判定するための方法は、当該技術分野において周知である。さらに、ＴＡＰ１またはＴＡＰ２発現レベル、ＴＡＰ１またはＴＡＰ２活性レベル、ＴＡＰ１またはＴＡＰ２タンパク質レベル、およびＴＡＰ１またはＴＡＰ２タンパク質安定性を判定するための方法は、当該技術分野において周知である。

例えば、発現レベルは、例えば、ノーザンブロット分析またはｒｔＰＣＲ）を使用して、ｍＲＮＡを測定することによって、検出され得る。タンパク質のレベルは、ＴＡＰ１またはＴＡＰ２特異的抗体（例えば、検出可能なレベルを有する）を使用して検出されてもよく、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降、免疫蛍光、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、およびウエスタンブロット分析などの方法が、使用され得る。これらのパラメーターを判定するための他の標準的な方法は、当該技術分野において周知である。

上述のように、がんまたはウイルス感染症は、低減された（または低い）ＴＡＰ１またはＴＡＰ２タンパク質発現、活性、レベル、または安定性と関連するがんまたはウイルス感染症であり得る。

本明細書で使用される場合、「低減された（または低い）ＴＡＰ１またはＴＡＰ２タンパク質発現、活性、レベル、または安定性」とは、対照または参照レベルと比較した、タンパク質発現、活性、レベル、または安定性の減少（例えば、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％の減少）を指す。本明細書で使用される場合、「参照レベル」または「対照」とは、正常なレベルのＴＡＰ１またはＴＡＰ２タンパク質発現、活性、レベル、または安定性を有する細胞サンプル、例えば、がんもしくはウイルス感染症を有さないかもしくはそれを有することが疑われない健常対象から得られたサンプル、または代替的には、試験されている同じ対象に由来し、対照もしくは参照レベルの細胞サンプルががん性でもウイルスに感染してもいない（また、それが疑われない）細胞サンプルを指す。代替的には、参照レベルは、所定のカットオフ値、すなわち、症状もしくは疾患またはその欠如を統計学的に予測する診断スコアを生成するために使用され得る参照データベースから得られたＴＡＰ１もしくはＴＡＰ２タンパク質発現、活性、レベル、もしくは安定性の値であり得るか、または標準的な集団サンプルに基づく所定の参照レベルであり得るか、または代替として、対象のベースライン発現レベル、すなわち、がんもしくはウイルス感染症を発症する前もしくはそれが疑われる前のものに基づく所定の参照レベルであり得る。例えば、低減されたまたは低いタンパク質発現は、免疫組織化学法を使用して、抗ＴＡＰ１または抗ＴＡＰ２抗体、例えば、抗ＴＡＰ１抗体、クローンｍＡｂ １４８．３（ＭＡＢＦ１２５ ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用して、判定され得る。１つの例において、サンプルにおけるＴＡＰ１またはＴＡＰ２の正常なレベルのタンパク質発現の、低減されたまたは低い発現レベルと比較した評価は、「Ｄｅ Ｒｕｉｔｅｒ」評価方法によって判定される。例えば、そのような方法において、サンプルは、がんまたは腫瘍サンプルである。代替的には、サンプルがウイルスサンプルである場合、免疫調節性ウイルス遺伝子産物、例えば、ＣＭＶ、ＨＳＶ、またはＢＶＳの存在は、ＴＡＰ機能の発現および／または活性を低減させ、そのような遺伝子産物の存在は、低減されたまたは低いＴＡＰ１またはＴＡＰ２発現および／または活性のマーカーとして使用することができる。

がん性細胞またはウイルスに感染した細胞において、ＨＬＡクラスＩ抗原提示を損傷させるように変化され得る他の分子経路としては、例えば、タパシン（ＭＨＣクラスＩ分子のＴＡＰに媒介されるペプチドローディングに関与するシャペロンタンパク質）の欠損およびＭＨＣクラスＩ提示のためのプロテアソームに媒介されるタンパク質のペプチドへの分解の阻害が挙げられる（さらなる詳細については、例えば、米国出願公開第ＵＳ２００９／０２２０５３４号を参照されたい）。

本明細書で使用される場合、「処置する」、「処置すること」、および「処置」という用語は、状態、障害、または症状（すなわち、この事例では、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症）の発症を予防するか、またはその病態を変化させることを意図して行われる介入を含むように解釈される。したがって、「処置」は、治療的処置および防止的もしくは予防的措置の両方を指し、ここで、標的とされる状態、障害、または症状の予防または遅延（減弱化）が目的である。「処置」は、したがって、例えば、対象から得られたサンプルにおいて測定される、悪性またはウイルスに感染した細胞の量または濃度の、処置前の悪性細胞（またはウイルスに感染した細胞）の量または濃度と比較して少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％の低減、遅延、または阻害を包含する。悪性細胞（またはウイルスに感染した細胞）の量または濃度を測定する方法としては、例えば、ｑＲＴ－ＰＣＲ、および対象から得られたサンプルにおける特定のバイオマーカー、例えば、配列番号２のうちの１つのアミノ酸配列を含むペプチドの定量化が挙げられる。

本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、指定された状態、障害、または症状を有するか、またはそれを有する危険性にある、個体、例えば、ヒトを指す。対象は、患者、すなわち、本発明による処置を必要とする対象であり得る。対象は、状態、障害、または症状の処置を受容していてもよい。代替的には、対象は、本発明による処置の前に処置を受けていない。好ましくは、対象は、ヒト対象、好ましくは、ＨＬＡ＊０２０１陽性ヒト対象である。

本明細書に記載される組成物は、注射または経時的な段階注入によるものを含む、任意の従来的な経路によって、対象に投与することができる。投与は、例えば、注入によるもの、または筋肉内、静脈内、体腔内、脳内、病変内、直腸、皮下、皮内、硬膜外、髄腔内、経皮投与によるものであり得る。

本明細書に記載される組成物は、上述の投与様式に好適な任意の形態であり得る。例えば、細胞を含む組成物は、注入に好適な任意の形態であり得る。さらなる例として、非経口注射（皮下、筋肉内、静脈内、または注入を含む）に好適な形態としては、滅菌溶液、懸濁液、またはエマルションが挙げられ、局所投与に好適な形態としては、軟膏またはクリームが挙げられ、直腸投与に好適な形態としては、坐剤が挙げられる。代替的には、投与の経路は、標的領域への直接的な注射によるもの、または領域的デリバリーによるもの、または局所デリバリーによるものであり得る。本発明の組成物の好適な投薬量の特定は、十分に当業者の日常的な能力の範囲内である。

有利なことに、本発明の組成物は、ワクチンとして使用するために製剤化され得る（例えば、配列番号１のアミノ酸配列（または対応する核酸配列もしくはベクター）を含むペプチドを含む組成物が、ペプチドワクチンとして使用するのに好適な医薬組成物として製剤化され得る）。代替的には、細胞を含む組成物もまた、ワクチンとして使用するのに好適な医薬組成物として製剤化され得る。好適な細胞、結合剤（例えば、抗体）、ペプチド、および核酸ワクチン製剤は、当該技術分野において周知である。

医薬組成物は、好ましくは、対象、好ましくは、ヒトまたは動物対象への投与のためのものであり、したがって、それに好適となるように製剤化される。好ましくは、投与は、非経口、例えば、静脈内、皮下、筋肉内、真皮内、皮内、および／または腫瘍内投与、すなわち、注射によるものである。

好ましくは、医薬組成物は、薬学的投薬単位を構成する量の活性成分（例えば、核酸配列、ペプチド、ベクター、結合剤、または細胞）を含むか、またはそれからなる。薬学的投薬単位は、本明細書において、所与の時点において対象に適用される活性成分の量（すなわち、例えば、ペプチドに基づくワクチン内のペプチドの総量）として、定義される。薬学的投薬単位は、単一の体積、すなわち、単一ショットで対象に適用されてもよく、または好ましくは身体の異なる位置、例えば、右肢および左肢に適用される２つ、３つ、４つ、５つ、もしくはそれ以上の別個の体積もしくはショットで適用されてもよい。薬学的投薬量の別個の体積は、組成が異なり得る、すなわち、異なる種類または組成の活性成分および／またはアジュバントを含み得ることを、理解されたい。

総薬学的投薬量を含む単一の注射体積もしくはショット（すなわち、ある特定の時点において１つの位置に適用される体積）、または複数のショットが実質的に同じ時点において適用される事例ではその一部は、１００～２ｍＬ、または１００～１ｍＬであり得る。単回注射体積は、１００μｌ、２００μｌ、３００μｌ、４００μｌ、５００μｌ、６００μｌ、７００μｌ、８００μｌ、９００μｌ、１ｍＬ、１．１ｍＬ、１．２ｍＬ、１．３ｍＬ、１．４ｍＬ、１．５ｍＬ、１．６ｍＬ、１．７ｍＬ、１．８ｍＬ、１．９ｍＬ、２ｍＬ、３ｍＬ、またはこれらの間の任意の値であり得る。

所与の時点において対象に適用される活性成分の薬学的投薬量単位または総量は、ワクチンの種類（例えば、ペプチド、細胞、核酸など）に依存するであろう。例として、ある特定の時点において単回または複数回の注射のいずれかで所与の時点において対象に適用されるペプチドの薬学的投薬量単位または総量は、０．１μｇ～２０ｍｇの範囲、例えば、約０．１μｇ、０．５μｇ、１μｇ、５μｇ、１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、３０μｇ、４０μｇ、５０μｇ、６０μｇ、７０μｇ、８０μｇ、９０μｇ、１００μｇ、１５０μｇ、２００μｇ、２５０μｇ、３００μｇ、３５０μｇ、４００μｇ、４５０μｇ、５００μｇ、６５０μｇ、７００μｇ、７５０μｇ、８００μｇ、８５０μｇ、９００μｇ、１ｍｇ、１．５ｍｇ、２ｍｇ、２．５ｍｇ、３ｍｇ、３．５ｍｇ、４ｍｇ、４．５ｍｇ、５ｍｇ、５．５ｍｇ、６ｍｇ、６．５ｍｇ、７ｍｇ、７．５ｍｇ、８ｍｇ、８．５ｍｇ、９ｍｇ、９．５ｍｇ、１０ｍｇ、１５ｍｇ、または約２０ｍｇ、またはこれらの間の任意の値の量のペプチドを含む。薬学的投薬量単位の好ましい範囲は、０．１μｇ～２０ｍｇ、１μｇ～１０ｍｇ、１０μｇ～５ｍｇ、０．５ｍｇ～２ｍｇ、０．５ｍｇ～１０ｍｇ、または１ｍｇ～５ｍｇ、または２～４ｍｇである。

本明細書に記載される組成物は、有効量で投与するためのものである。「有効量」は、単独またはさらなる用量と合わせて、所望される（治療的または非治療的）応答をもたらす量である。使用しようとする有効量は、例えば、治療的（または非治療的）目的、投与の経路、および患者／対象の状態に依存するであろう。例えば、所与の患者／対象に好適な本発明の組成物の投薬量は、本発明の組成物の作用を改変することが知られている様々な因子、例えば、血液学的悪性腫瘍の重症度および種類、体重、性別、食事、投与の時間および経路、他の医薬、ならびに他の関連する臨床因子を考慮して、担当医師（または組成物を投与する人物）によって決定されるであろう。投薬量およびスケジュールは、具体的な状態、障害、または症状、患者／対象の全体的な状態に応じて変動し得る。有効な投薬量は、インビトロまたはインビボのいずれかの方法によって決定され得る。

本発明の組成物は、有利なことには、単位剤形において提示される。

結合剤
配列番号１のアミノ酸配列を含む（またはそれからなる）ペプチドに特異的に結合する結合剤が、本明細書に記載される。結合剤は、ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の予防または処置において有用である。

結合剤は、配列番号１によって提供されるアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合し得る。本明細書で使用される場合、「エピトープ」という用語は、結合剤が結合する、標的分子（この事例においては、引用されるペプチド）上の部位を指す。エピトープは、アミノ酸または糖側鎖などの分子群であり、通常、特定の構造特徴、ならびに特定の電荷特徴を有する。単一のペプチド（抗原）は、１つを上回るエピトープを有し得る。エピトープは、標的分子の連続的なまたは隣接する非連続的な残基（例えば、アミノ酸残基）の両方から形成され得る。連続的な残基（例えば、アミノ酸残基）から形成されるエピトープは、典型的には、線形エピトープとも称される。エピトープは、典型的には、少なくとも５個～最大約１２個の残基、ほとんどの場合は６～１０個の残基（例えば、アミノ酸残基）を含む。エピトープはまた、立体構造的（すなわち、非線形）であってもよい。

１つの例において、結合剤は、ペプチド自体によって生成されるエピトープに特異的に結合する。別の例において、結合剤（例えば、抗体）は、ペプチドと、それを提示するＨＬＡ分子との組合せによって生成されるエピトープ（すなわち、ペプチドがＨＬＡクラスＩ、例えば、ＨＬＡ＊０２０１によって細胞表面上に提示されたときに生成されるエピトープ）に結合する。

本発明の結合剤は、配列番号１のアミノ酸配列を含む（またはそれからなる）ペプチドに特異的に結合する任意の適切な結合剤であり得る。

本発明の好適な結合剤の例としては、配列番号１のアミノ酸配列を含む（またはそれからなる）ペプチドに特異的に結合するＨＬＡ－Ａ＊０２分子が挙げられる。そのようなＨＬＡ－Ａ＊０２分子は、例えば、対象においてＴ細胞を刺激するために対象に投与するために使用するための多量体構造の一部として有用であり得る（例えば、合成ＤＣの形態で）。

したがって、１つの例において、配列番号１のアミノ酸配列を含む（またはそれからなる）ペプチドに特異的に結合する結合剤は、ＨＬＡ－Ａ＊０２分子を含む。典型的には、この文脈において、ＨＬＡ－Ａ＊０２分子は、配列番号１のアミノ酸配列を含む（またはそれからなる）ペプチドに特異的に結合する。そのような結合剤は、本明細書において他の箇所に記載されるように、医薬組成物として有用であり得る。

１つの例において、結合剤は、単離された結合剤である。本明細書で使用される場合、「単離された結合剤」は、その天然の環境にない結合剤を指す。結合剤は、したがって、組換え結合剤であってもよく、または結合剤は、合成起源のものであってもよい（または代替として、天然起源のものであるが、その天然の環境から単離されている）。本開示の文脈において、結合剤、例えば、ＨＬＡ－Ａ２＊０２分子の天然の環境は、ヒトの体内である。したがって、結合剤（例えば、ＨＬＡ－Ａ２＊０２分子）が、例えば、医薬組成物（アジュバントなどを含む）中に存在する場合、それらは、その天然の環境にないため、単離された形態であると考えられる。

本明細書で使用される場合、「特異的結合」および「特異的に結合する」という用語（または他の同等な用語）は、他の生体分子がその領域に有意に結合しないこと（これが、目的のペプチド（すなわち、配列番号１のアミノ酸配列を含む引用されたペプチド）への特異的結合である、を示して互換可能に使用される。いくつかの実施形態において、目的のペプチド以外の生体分子への結合のレベルは、ＥＬＩＳＡまたは親和性判定によって、無視できるほどの（例えば、判定できるほどではない）結合親和性をもたらす。

「無視できるほどの結合」とは、目的のペプチド（すなわち、配列番号１のアミノ酸配列を含む引用されたペプチド）への結合よりも少なくとも約８５％、具体的には、少なくとも約９０％、より具体的には、少なくとも約９５％、さらにより具体的には、少なくとも約９８％であるが、特に、少なくとも約９９％～最大１００％低い、結合を意味する。

結合剤の目的のペプチド（すなわち、配列番号１のアミノ酸配列を含む引用されたペプチド）への結合親和性は、標準的な結合アッセイ、例えば、表面プラズモン共鳴技法（ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）、ＧＥ－Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｕｐｐｓａｌａ、Ｓｗｅｄｅｎ）を使用して判定され得る。本明細書で使用される場合、「表面プラズモン共鳴」という用語は、ＢＩＡｃｏｒｅシステム（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ＡＢ、Ｕｐｐｓａｌａ、ＳｗｅｄｅｎおよびＰｉｓｃａｔａｗａｙ、Ｎ．Ｊ．）を使用して、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変化を検出することにより、リアルタイムでの生体特異的相互作用の分析を可能にする、光学的現象を指す。さらなる説明については、Ｊｏｎｓｓｏｎ， Ｕ．， ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ａｎｎ． Ｂｉｏｌ． Ｃｌｉｎ． ５１ ： １９－２６、Ｊｏｎｓｓｏｎ， Ｕ．， ｅｔ ａｌ． （１９９１） Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １１ ：６２０－６２７、Ｊｏｈｎｓｓｏｎ， Ｂ．， ｅｔ ａｌ． （１９９５） Ｊ． Ｍｏｌ． Ｒｅｃｏｇｎｉｔ． ８： １２５－１３１、およびＪｏｈｎｎｓｏｎ， Ｂ．， ｅｔ ａｌ． （１９９１） Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １９８：２６８－２７７を参照されたい。

一般的な定義
本明細書で使用される場合、「ＦＬＧＰＷＰＡＡＶに特異的に結合する」とは、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶペプチドのみの選択的な結合を指す。ある特定の条件下において、例えば、本明細書に記載されるイムノアッセイにおいて、「ＦＬＧＰＷＰＡＡＶに特異的に結合する」ポリペプチドは、このペプチドに選択的に結合し、他のペプチド（ＦＬＧＰＷＰＡＡＳを含む）には有意な量で結合しないであろう。したがって、ポリペプチドは、それが対照の抗原性ペプチドに結合するよりも少なくとも１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍高い親和性で、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶに結合し得る。選択的結合はまた、本発明の核酸またはベクターを発現する改変された細胞（すなわち、ＦＬＧＰＷＰＡＡＶに特異的なＴＣＲを発現するＣＡＲ Ｔ細胞またはＴ細胞）の状況では、間接的に判定され得る。例えば、本明細書において考察されるアッセイなどのアッセイにおいて、改変された細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０２の状況においてＦＬＧＰＷＰＡＡＶを提示する細胞に対して特異的に反応する。したがって、改変された細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０２の状況でＦＬＧＰＷＰＡＡＶを提示しない対照細胞に対するその反応性と比較して、少なくとも１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍高い反応性で、ＨＬＡ－Ａ＊０２の状況でＦＬＧＰＷＰＡＡＶを提示する細胞に結合し得る。選択的結合は、ＨＬＡ－Ａ＊０２によるＦＬＧＰＷＰＡＡＶ提示の状況におけるものであり得る。換言すると、ある特定の実施形態において、「ＦＬＧＰＷＰＡＡＶに特異的に結合する」ポリペプチドは、ペプチドがＨＬＡ－Ａ＊０２により提示されている（すなわち、結合されている）か、またはそれがＨＬＡ－Ａ＊０２によって提示されている場合と同等の構造形式にある場合にのみ、それを行い得る。

「非必須」（または「重要でない」）アミノ酸残基は、生物学的活性を停止させることなく、またはより好ましくはそれを実質的に変化させることなく、（例えば、本明細書において配列番号によって特定される配列の）野生型配列から変化させることができる残基であり、一方で、「必須」（または「重要な」）アミノ酸残基は、そのような変更をもたらす。例えば、保存されているアミノ酸残基は、変化に特に適していないことが予測されるが、ドメインの疎水性コア内のアミノ酸残基は、一般に、活性を有意に変化させることなく、ほぼ同等の疎水性を有する他の残基によって置き換えることができることを除く。

「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該技術分野において定義されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が挙げられる。したがって、タンパク質内の非必須（または重要でない）アミノ酸残基は、好ましくは、同じ側鎖ファミリーに由来する別のアミノ酸残基と置き換えられる。代替的には、別の実施形態において、突然変異を、ランダムに導入することができ、結果として得られる突然変異体を、活性についてスクリーニングして、活性を保持する突然変異体を特定することができる。

配列間の配列相同性または同一性（これらの用語は、本明細書において互換可能に使用される）の計算は、以下のように行われる。

２つのアミノ酸配列または２つの核酸配列の同一性パーセントを判定するために、配列を、最適な比較の目的でアライメントする（例えば、最適なアライメントのために、ギャップが、第１および第２のアミノ酸または核酸配列のうちの一方または両方に導入されてもよく、非相同配列は、比較目的で、無視してもよい）。好ましい実施形態において、比較目的でアライメントされる参照配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらにより好ましくは少なくとも６０％、さらにより好ましくは少なくとも７０％、７５％、８０％、８２％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列における位置が、第２の配列における対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められている場合、分子は、その位置において同一である（本明細書で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と同等である）。２つの配列間の同一性パーセントは、それらの配列が共有している同一な位置の数の関数であり、２つの配列の最適なアライメントのために導入する必要のあるギャップの数およびそれぞれのギャップの長さを考慮する。

２つの配列間の配列の比較および同一性パーセントの判定は、数学的アルゴリズムを使用して、達成することができる。好ましい実施形態において、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍにおいて入手可能）内のＧＡＰプログラムに組み込まれている、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ． （１９７０） Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ４８：４４４－４５３）のアルゴリズムを使用して、ＢｌＯＳＵＭ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ならびにギャップ加重１６、１４、１２、１０、８、６、または４および長さ加重１、２、３、４、５、または６を使用して、判定される。なおも別の好ましい実施形態において、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍにおいて入手可能）内のＧＡＰプログラムを使用して、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックス、およびギャップ加重４０、５０、６０、７０、または８０、および長さ加重１、２、３、４、５、または６を使用して、判定される。特に好ましいパラメーターセット（および実施者が、分子が本発明の配列同一性または相同性の限界内であるかどうかを判定するためにどのパラメーターを適用すべきかについて不確かである場合に使用すべきもの）は、ギャップペナルティ１２、ギャップ伸長ペナルティ４、およびフレームシフトギャップペナルティ５のＢＬＯＳＵＭ ６２スコア付けマトリックスである。

代替的には、２つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＭｅｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ． （１９８９） ＣＡＢＩＯＳ ４：１１－１７）のアルゴリズムを使用し、ＰＡＭ１２０加重残基表、ギャップ長ペナルティ１２、およびギャップペナルティ４を使用して、判定することができる。

本明細書に記載される核酸およびタンパク質配列は、例えば、他のファミリーメンバーまたは関連する配列を特定するために公開データベースに対する検索を実施するための「クエリー配列」として使用することができる。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ， ｅｔ ａｌ． （１９９０） Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２１５：４０３－４１０）のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して行うことができる。本発明の核酸分子と相同であるヌクレオチド配列を得るために、ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２を用いて行うことができる。本発明のタンパク質分子と相同であるアミノ酸配列を得るために、ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３を用いて行うことができる。比較目的でギャップ付きアライメントを得るために、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９７， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９－３４０２）に記載されるようなギャップ付きＢＬＡＳＴを利用することができる。ＢＬＡＳＴおよびギャップ付きＢＬＡＳＴプログラムを使用する場合には、それぞれのプログラムのデフォルトパラメーター（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）を使用することができる。＜ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ＞を参照されたい。

本明細書に記載されるポリペプチドおよび核酸分子は、配列番号によって特定される配列に対して十分にまたは実質的に同一であるアミノ酸配列または核酸配列を有し得る。「十分に同一である」または「実質的に同一である」という用語は、第１および第２のアミノ酸またはヌクレオチド配列が、共通の構造ドメインまたは共通の機能的活性を有するように、第１のアミノ酸またはヌクレオチド配列が、第２のアミノ酸またはヌクレオチド配列に対して、十分なまたは最小限の数の同一または同等な（例えば、類似の側鎖を有する）アミノ酸残基またはヌクレオチドを含むことを指す。例えば、少なくとも約６０％、または６５％の同一性、可能性としては７５％の同一性、よりさらなる可能性としては８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する、共通の構造ドメインを含む、アミノ酸またはヌクレオチド配列は、本明細書において、十分にまたは実質的に同一であるとして定義される。

本明細書において別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。例えば、Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｓａｉｎｓｂｕｒｙ， Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ２ｄ Ｅｄ．， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ， ＮＹ （１９９４）およびＨａｌｅ ａｎｄ Ｍａｒｈａｍ， Ｔｈｅ ＨａｒｐｅｒＣｏｌｌｉｎｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｈａｒｐｅｒ Ｐｅｒｅｎｎｉａｌ， ＮＹ （１９９１）は、当業者に、本発明において使用される用語の多くの一般的用語の説明を提供する。本明細書に記載されるものと類似または同等である任意の方法および材料が、本発明の実施において使用されるが、好ましい方法および材料が、本明細書に記載されている。したがって、直後に定義されている用語は、本明細書を全体として参照することによって、より完全に説明される。また、本明細書で使用される場合、「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」という単数形の用語は、文脈により別途明確に示されない限り、複数形の参照物を含む。別途示されない限り、それぞれ、核酸は、左から右に、５’から３’の方向で記述され、アミノ酸配列は、左から右に、アミノからカルボキシの方向で記述される。特定の手法、プロトコール、および試薬は、当業者がそれらを使用する状況に応じて変動し得るため、本発明は、それらの特定の手法、プロトコール、および試薬に制限されるものではないことを理解されたい。

本発明は、本発明の例示として提供される以下の非限定的な実施例を参照することによって、より良好に理解され得る。以下の実施例は、本発明の好ましい実施形態をより完全に例示するために提示されているが、しかしながら、決して、本発明の広い範囲を制限するものとして解釈されるものではない。

［実施例１］
がん免疫回避と関連するシグナルペプチドに基づく長鎖ペプチドワクチンの設計
材料および方法
細胞培養
腫瘍細胞を、１００ｕｇ／ｍＬのストレプトマイシン、１００Ｕ／ｍＬのペニシリン、２ｍＭのＬ－グルタミン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、および１０％のＦＣＳ（Ｇｉｂｃｏ）を補充したＤＭＥＭ培地（Ｇｉｂｃｏ）中で培養した。ヒト腫瘍細胞株におけるＴＡＰ１遺伝子の遺伝子破壊を、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９を用いて、これまでに説明されているように行った^７。Ｔ細胞を、２ｍＭのＬ－グルタミン、１０％のヒト血清（Ｓａｎｑｕｉｎ）、および５０Ｕ／ｍＬのＩＬ－２（ｐｒｏｌｅｕｋｉｎｅ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）を補充したＩＭＤＭ培地（Ｇｉｂｃｏ）中で培養した。Ｔ細胞を、１０～１４日ごとに、１００Ｕ／ｍｌのＩＬ－２およびＩＬ－７（５ｎｇ／ｍＬ）を補充した合成短鎖ペプチド（社内合成）または８００ｎｇ／ｍｌのＰＨＡ（フィトヘマグルチニン）（Ｍｕｒｅｘ Ｂｉｏｔｅｃｈ）、ならびに照射ＰＢＭＣ（１×１０^６個の細胞、８０Ｇｙ）およびＥＢＶ－ＪＹ細胞（１×１０^５個の細胞、１００Ｇｙ）を含有するフィーダーミックスを使用して、刺激した。すべての細胞型を、加湿空気インキュベーターにおいて、３７℃および５％ＣＯ_２で維持した。

インビトロワクチン接種プロトコール
ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１陽性ＰＢＭＣを、告知に基づく同意を得たドナーから得られたバフィーコート（Ｓａｎｑｕｉｎ ｂｌｏｏｄｂａｎｋ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）から、フィコール勾配層を使用して、単離した。ＰＢＭＣを、抗ＣＤ１４磁気ビーズとともに、４℃で２０分間インキュベートし、ＣＤ１４陽性単球を、磁気分離カラム（ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して単離した。ＣＤ１４＋単球を、１０％のＦＣＳ、ＧＭ－ＣＳＦ（８００単位／ｍｌ）、およびＩＬ－４（５００単位／ｍｌ）を補充したＲＰＭＩ培地で６日間培養して、未成熟単球由来樹状細胞を生成した。６日目に、未成熟ｍｏＤＣを、合成長鎖ペプチド（２０μｇ／ｍｌ、社内合成）とともに２４時間インキュベートし、７日目に、ＬＰＳ（２０ｎｇ／ｍｌ）刺激により成熟させた。単球の成熟ｍｏＤＣへの分化を、フローサイトメトリー分析によって検証した。成熟したｍｏＤＣを、完全Ｔ細胞培地で四量体濃縮Ｔ細胞バルクと共培養した。Ｔ細胞バルクに、１４日後に２回目の刺激を行った。Ｔ細胞の特異性および反応性を、フローサイトメトリーによって分析した。

増殖させたＴ細胞バルクからのＴ細胞クローンの単離
増殖させたＣＤ８ Ｔ細胞を、Ａｒｉａ ＩＩＩ機械（ＢＤ）を使用して、９６ウェルプレートにおいて、四量体陽性細胞上に単一細胞分取した。ＦＡＣＳ分取の後に、単一Ｔ細胞を、１０～１４日間ごとに、ＰＨＡ（８００ｎｇ／ｍＬ）、ＩＬ－２（１００単位／ｍＬ）およびＩＬ－７（５ｎｇ／ｍＬ）を補充した照射ＰＢＭＣ（１×１０^６個の細胞、８０Ｇｙ）およびＥＢＶ－ＪＹ細胞（１×１０^５個の細胞、１００Ｇｙ）を含有するフィーダーミックスを使用して、非特異的に刺激した。増殖したＴ細胞クローンを、四量体特異性に関して分析し、非特異的（ＰＨＡ）Ｔ細胞増殖プロトコールを使用して、Ｔ２５培養フラスコにおいて、さらに増殖させた。

Ｔ細胞受容体シーケンシング
モノクローナルＴ細胞（２×１０^６個）を、低温ＰＢＳ／ＢＳＡにおいて洗浄し、遠心分離によってペレット化した。Ｔ細胞クローンに由来するｍＲＮＡを、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ ｍＲＮＡ精製キット（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）を使用して単離した。ＴＣＲαおよびＴＣＲβ由来の全長ｃＤＮＡを、オリゴがＴＣＲの定常ドメインに結合するＳＭＡＲＴｓｃｒｉｂｅ逆転写酵素を使用して生成した^２８。ｃＤＮＡ転写産物の増幅を、ネステッドプライマーおよび高忠実性Ｔａｑポリメラーゼを使用して、標準的なＰＣＲ反応によって行った。ＰＣＲ反応ミックスを、ＤＮＡ精製カラムで精製し、ヌクレオチド配列分析を、サンガーシーケンシングを使用して（社内配列施設において）行った。ＴＣＲシーケンシングの結果を、ＩＭＧＴ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／）からのＴ細胞受容体配列アライメントソフトウェア（Ｖ－ｑｕｅｓｔ）を使用して分析した。ＴＣＲ－アルファおよびＴＣＲ－ベータの両方の鎖についてマウス化ＴＣＲのための全長コドン最適化ｃＤＮＡ転写産物を、レトロウイルスｐＭＰ７１ ｆｌｅｘ発現ベクターにクローニングした^２８。

レトロウイルス産生およびＴ細胞形質導入
白金両種指向性レトロウイルス産生（Ｐｌａｔ－Ａ）レトロウイルスパッキング細胞（Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌａｂｓ）を、レトロウイルス産生に使用した。Ｐｌａｔ－Ａ細胞を、６ウェルプレートに播種し、完全に付着するまで一晩インキュベートした。次に、細胞に、リポフェクタミン２０００を使用して、２μｇのｐＭＰ７１＿１Ａ８ ＴＣＲベクターをトランスフェクトした。レトロウイルス上清を、トランスフェクションの２４時間後および４８時間後に採取し、回転沈降させて細胞を除去し、－８０℃で保管した。ＣＤ８ Ｔ細胞を、磁気ビーズ単離（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して、ＰＢＭＣから精製し、ａＣＤ３／ａＣＤ２８ビーズ（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）によってａ特異的に活性化した。４８時間後に、１×１０^６個の活性化されたＣＤ８ Ｔ細胞を、０．５ｍＬのレトロウイルス上清とともに、レトロネクチン（Ｔａｋａｒａ）をコーティングした２４ウェルに播種した。続いて、ＣＤ８ Ｔ細胞およびレトロウイルスを含有する上清を、１３００ｇで１２０分間回転沈降させて、形質導入の効率性を増加させた。形質導入の４８時間後に、Ｔ細胞を、さらに４８時間、細胞培養インキュベーターに入れた。

フローサイトメトリー分析
ＣＤ８ Ｔ細胞に対する四量体染色を、４℃で１５分間のインキュベーションによって行い、低温ＰＢＳ／ＢＳＡで３回洗浄した後、細胞表面染色を行った。Ｔ細胞を、抗ＣＤ３（クローンＳＫ－７、ＢＤ）、抗ＣＤ４（クローンＳＫ－３、ＢＤ）、抗ＣＤ８（クローンＳＫ－１、ＢＤ）抗体で、４℃で３０分間染色し、低温ＰＢＳ／ＢＳＡで３回洗浄した。Ｔ細胞活性化を、ＩＣＳキット（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）を製造業者のプロトコールに従って使用して、細胞内ＩＦＮγ染色（ＸＭＦ１．２、Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）によって測定した。ｍｏＤＣを、抗ＣＤ１ａ（クローンＨＩ１４９、ＢＤ）、抗ＣＤ１４（クローンＭ５Ｅ２、ＢＤ）、抗ＣＤ８０（クローンＬ３０７．４、ＢＤ）、抗ＣＤ８３（クローンＨＢ１５ｅ、ＢＤ）、抗ＣＤ８６（クローンＩＴ２．２、ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、および抗ＨＬＡ－ＤＲ（クローンＧ４６－６、ＢＤ）抗体を用いて、４℃で３０分間染色し、低温ＰＢＳ／ＢＳＡで３回洗浄した。サンプルを、ＢＤ ＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ（商標）フローサイトメトリーシステムを使用して獲得し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（Ｔｒｅｅ Ｓｔａｒ）を使用して分析した。単一細胞分取を、ＢＤ Ａｒｉａ ＩＩＩ（商標）ＦＡＣＳを使用して行った。

統計
統計学的分析を、ウェルチの補正を伴うＴ検定（対応あり、両側）を使用して計算して、差の統計学的有意性を判定した。最小２つの技術的複製物を、すべての実験において使用した。すべての実験は、少なくとも２回行った。差は、ｐ＜０．０５で統計学的に有意であると考えた。（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１）。

結果
ＬＲＰＡＰ１のシグナルペプチドは、長鎖ペプチドとして提供された場合には、樹状細胞によって交差提示されない
本発明者らは、これまでに、偏在的に発現されるＬＲＰＡＰ１タンパク質のシグナルペプチドに由来するＴＥＩＰＰ抗原が、広範なＴＡＰ欠損がんタイプにおいてＨＬＡ－Ａ＊０２０１で提示されることを示している^７。本発明者らは、ＴＥＩＰＰの概念をワクチン接種戦略、特に、本発明者らがウイルスに誘導されるがんのために以前に開発した合成長鎖ペプチド（ＳＬＰ）プラットフォームに利用することにした。この目的で、樹状細胞におけるこのシグナルペプチドＬＲＰＡＰ_{２１－３０}の長鎖バージョンの交差提示の効率性を、評価した。アミノ末端における非天然の隣接アミノ酸、およびカルボキシ末端における天然の隣接アミノ酸、または両方の末端における天然の隣接アミノ酸を有する３つの異なるＳＬＰ変異体を、合成した（図１ａ）。これらのＳＬＰを、単球由来樹状細胞（ｍｏＤＣ）と一緒にインキュベートし、ＬＲＰＡＰ１特異的ＣＤ８ Ｔ細胞クローンを使用して、正しいプロセシングおよび最小ＴＥＩＰＰエピトープの提示について評価した。サイトカイン放出を測定し、これは、３つのＳＬＰのいずれも、Ｔ細胞に交差提示されず、一方で短鎖ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}ペプチドの外因的パルスは、Ｔ細胞を刺激したことが示された（図１ａ）。これらの結果は、その長鎖ペプチドストレッチに由来するＬＲＰＡＰ_{２１－３０}エピトープの交差提示は、効率的ではなく、ワクチン適用のために最適化する必要があることを示唆した。

Ｃ末端側アンカーのセリンからバリンへの置換は、効率的な結合および交差提示を可能にする
樹状細胞による長鎖ペプチドの交差提示は、エンドサイトーシスを介した取り込み、プロテアソームによりＳＬＰをサイトゾル切断して短鎖ペプチドにすること、ＴＡＰによるＥＲ膜を越えた輸送、ならびにＭＨＣ－Ｉ分子へのローディングを含む、複数の逐次的な工程を伴う^１５。これまでの研究は、ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}エピトープが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１への中等度の結合親和性を有することを示している^７。本発明者らは、ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}のＣ末端側のセリンの置き換えが、より効率的にプロセシングされるエピトープをもたらすかどうかを調査した。まず、９位に変動するアミノ酸を有するすべての可能性のあるペプチド配列のＨＬＡ－Ａ＊０２０１に対する結合親和性を、インシリコアルゴリズムを使用して推定した（表２、図１ｂ）。Ｃ末端側のセリンは、実際に、低い予測結合スコアおよび順位を有した（それぞれ、親和性＝３６４ｎＭ、％順位＝２．５０）。しかしながら、セリン（Ｓ）を、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）に置換することにより、予測される結合親和性の強力な増強がもたらされた。バリンとの置き換えは、６ｎＭの親和性および０．０５％の順位パーセンテージをもたらした。加えて、ｎｅｔＣＨＯＰを使用したプロテアソーム切断確率分析により、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、およびバリン（Ｖ）については、最大値１に近い確率スコアが得られたが、一方で、Ｃ末端における天然のセリン（Ｓ）は、ほぼ０の切断確率スコアを有した（図１ｃ）。これらのインシリコ分析により、これらの２つの重要なパラメーターが、Ｃ末端においてセリン（Ｓ）をイソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、またはバリン（Ｖ）で置換することによって強力に改善され得ることが示された。

表２：ＬＲＰＡＰ１エピトープのＨＬＡ－Ａ＊０２０１ペプチド結合スコア。ＮｅｔＭＨＣ ４．０を使用した、９位におけるアンカー残基がすべての他の公知のアミノ酸と置換された場合のｐ１４ペプチド変異体の予測される結合親和性の概要。太字で強調表示されているペプチド変異体は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１における強い結合剤として予測される。本明細書で使用される場合、「ｐ１４」は、ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）を指す。

これらの置換が、ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞認識を妨害するかどうかを試験するために、本発明者らは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１陽性Ｔ２細胞において、滴定濃度で、正確なエピトープの短鎖ペプチド変異体を外因的にパルスし、Ｔ細胞活性化を測定した（図１ｄ）。予想外なことに、ＩおよびＬ変異体ペプチドは、Ｓペプチドと比較して、類似かまたは悪化したサイトカイン応答を誘導したが、Ｖペプチドは、より強力なＩＦＮｙ応答を誘導した（図１ｄ）。ＥＣ５０値の計算により、Ｖペプチド変異体が、限られたペプチド濃度において、もっとも強力なＴ細胞応答を誘起したことを確認した（ｕｇ／ｍＬ単位のＥＣ５０＝Ｖ：０．１、Ｓ：１．９、Ｉ：０．７、Ｌ：３．７）（図１ｅ）。ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}ペプチドのＣ末端におけるセリン（Ｓ）からバリン（Ｖ）への置換が、より良好なＭＨＣ－Ｉ結合親和性および１９倍良好なＴ細胞活性化をもたらしたと結論付けた。続いて、ＳＬＰとしてのＶペプチド変異体の交差提示を、評価した。ｍｏＤＣを、ＴＥＩＰＰエピトープのＳ（Ｓ－ＳＬＰ）またはＶ（Ｖ－ＳＬＰ）変異体を含有するＳＬＰとともにインキュベートした。ＳＬＰの取り込みおよびプロセシングの後に、ｍｏＤＣを、ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞クローンと共培養し、サイトカイン産生を測定した（図１ｆ）。３つのＳ－ＳＬＰ変異体は、ここでも、Ｔ細胞を活性化することができず、Ｖ－ＳＬＰのＣ末端およびＮ末端延長型ペプチドは、ｍｏＤＣによって効率的にプロセシングされ、提示されたが、両方の末端を延長させた変異体は、そうはならなかった（図１ｆ）。これらの結果は、ｍｏＤＣドナーが異なる独立した実験のほぼすべてにおいて再生され、Ｃ末端側の延長が、もっとも効率的にプロセシングされたことが明らかとなった（７／８人のドナー）（図１ｇ）。まとめると、これらのデータは、ＬＲＰＡＰ１に由来するＴＥＩＰＰ抗原のＣ末端におけるセリン（Ｓ）からバリン（Ｖ）への置換が、ＳＬＰワクチン接種プラットフォームにおいて使用可能であることを示した。

最適化されたＴＥＩＰＰエピトープによる単離されたＣＤ８ Ｔ細胞レパートリーの特徴付け
ＳＬＰワクチンは、最終的に、ＴＡＰ欠損腫瘍によって提示される天然の（Ｓ変異体）ペプチド配列に対するＴ細胞反応性を生じるため、本発明者らは、単離し、Ｖペプチドで増殖させたＣＤ８ Ｔ細胞レパートリーの、野生型ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}ペプチドに対する交差反応性を評価した。したがって、ＣＤ８ Ｔ細胞培養物を、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１四量体プルダウン、およびそれに続くペプチド刺激による増殖を伴う、これまでに説明されているアプローチを使用して生成した^７。このプロトコールにより、Ｖ変異体または天然のＳ変異体によって刺激されたポリクローナルＬＲＰＡＰ１特異的ＣＤ８ Ｔ細胞培養物の生成がもたらされた（図２ａ）。組み合わせた四量体染色により、両方のＴ細胞培養物が、Ｓ変異体ならびにＶ変異体を有する四量体に結合したことが判明し、これらのＴ細胞レパートリーが、特異性に関して区別できないことが示された（図２ｂ）。単離し、Ｖペプチド変異体で刺激したＣＤ８ Ｔ細胞レパートリーは、平均蛍光強度がより低かったため、いくらか低い親和性で四量体に結合すると見られた（図２ｂ、ｃ）。これは、Ｓペプチドの結合能力が低いことによって高い親和性のＴＣＲのみが総レパートリーから動員され、一方で強力に結合するＶペプチドは低い親和性のＴＣＲも動員することができたということを反映している可能性がある。

これらのＴ細胞バルクの機能性を試験するために、不死化ＨＬＡ－Ａ＊０２０１陽性Ｂ細胞にパルスした両方の短鎖ペプチドに対するサイトカイン応答を測定した（図２ｄ）。両方のＴ細胞バルクが、ＩＦＮｙおよびＧＭ－ＣＳＦの分泌によって、両方のペプチドに対して応答し、高親和性結合Ｖペプチドを介して選択されたＴ細胞レパートリーは、天然のＳペプチドに対して交差反応性であることが示された。最後に、ＴＡＰ陰性黒色腫５１８Ａ２細胞株の表面上に天然に提示されるＳペプチドの認識を、試験した（図２ｅ）。重要なことに、Ｖペプチドにより誘導されたポリクローナルＴ細胞培養物は、野生型（ＴＡＰ有効）対応物と比較して、ＴＡＰ陰性腫瘍株の好ましい認識を示した。これらのデータは、Ｃ末端側アミノ酸が、ＨＬＡ－Ａ２＊０１分子への結合のためのアンカー位置であり、ＴＣＲインターフェースに直接的に関与しないというこれまでの見識と一致する。ＬＲＰＡＰ１由来ＴＥＩＰＰ抗原のＣ末端をバリンに交換することにより、総ＣＤ８ Ｔ細胞プールから、相当なペプチド特異的ＣＤ８ Ｔ細胞レパートリーの単離がもたらされると結論付けられた。

ＴＣＲ遺伝子移入はＬＲＰＡＰ１特異性を付与する
合成長鎖ペプチドを用いたワクチン接種は、天然のＴ細胞レパートリーからＴ細胞反応性を誘起することを目的としている。ＴＥＩＰＰ特異的ＣＤ８ Ｔ細胞からのＴＣＲ遺伝子移入は、ＴＡＰ欠損がんにＴ細胞免疫を導入するための代替的な免疫療法的アプローチをなす。本発明者らは、これまでに説明されているＣＤ８ Ｔ細胞クローン１Ａ８から再配列したＴＣＲを用いてこれを試験した（図３）。ＴＣＲ－アルファ鎖およびＴＣＲ－ベータ鎖の両方のＤＮＡシーケンシングにより、再配列された配列が判明し、ＴＣＲ－Ｖβ２使用頻度を、フローサイトメトリーによって確認した（表３および図３ａ）。形質導入された遺伝子の正しい対合を改善するためのマウスＣドメインを有するこのＴＣＲのレトロウイルスコンストラクトは、マウスＴＣＲ－Ｃβドメインに対する抗体によって測定すると、ＴＣＲが形質導入されたＣＤ８ Ｔ細胞の生成の成功をもたらした（図３ｂ）。四量体染色により、両方のＴＣＲ鎖が発現され、Ｓ変異体およびＶ変異体の両方のペプチドを認識することが確認され、特異性Ｔ細胞クローン１Ａ８が保存されていることが示された（図３ｃ）。さらに、Ｓ変異体よりも強力なサイトカイン応答が、Ｖ変異体ペプチドに対して観察されたという点で、Ｔ細胞反応性が、ＴＣＲ遺伝子移入によって付与された（図３ｄ）。最後に、ＴＣＲが形質導入されたＴ細胞は、本来のＴ細胞クローンと同等の様式で、ＴＡＰ欠損黒色腫を選択的に認識した（図３ｅ）^７。まとめると、これらの概念を証明するデータは、ＴＥＩＰＰ抗原の免疫療法モードとしてのＴＣＲ遺伝子移入の実行可能性を示し、Ｖ－ＳＬＰを用いたワクチン接種が、インビボでＴ細胞収縮を予防することに役立ち得ることを示唆する。

Ｖ－ＳＬＰを用いたインビトロワクチン接種は、ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}特異的ＴＥＩＰＰ Ｔ細胞の増殖を促進する。
ＬＲＰＡＰ１に誘導されるＴＥＩＰＰ Ｔ細胞応答の誘導のためのＶ変異体ＳＬＰのワクチン接種の概念を検証するために、いわゆるインビトロワクチン接種プロトコールを使用した^{２０、２１}。ＳＬＰがロードされたｍｏＤＣ（図１に示されるペプチドがロードされている）を、四量体が濃縮された自家Ｔ細胞の２回の段階刺激のために共培養した（図４ａ）。１回目の刺激の後にすでに、四量体分析によって測定すると、ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞の大幅な増殖が、対照培養物と比較して確認された（それぞれ、１６．６％に対して１．５％）（図４ｂ）。この特異的な増殖は、２回目の刺激の後にはさらに顕著であり（それぞれ、３８．５％に対して０．２％）（図４ｂ）、プロフェッショナル抗原提示細胞が、Ｖ－ＳＬＰを交差提示し、ＴＥＩＰＰ特異的Ｔ細胞を活性化することができることが示された。これらの結果は、すべてのＬＲＰＡＰ１特異的ＣＤ８ Ｔ細胞が依然として健常ドナーのナイーブ状態にある^７という本発明者らのこれまでの発見を踏まえると、注目に値するものであり、それらが、共培養物中のインビトロプライミングにおいて実際に観察され、Ｎ末端において天然の隣接アミノ酸を用いて延長させた場合に、ＬＲＰＡＰ１エピトープを認識するＴ細胞が得られたことを示唆する（図５も参照されたい）。

次に、ＴＡＰ欠損がんに対するＣＤ８ Ｔ細胞クローンの反応性を判定するために、ＣＤ８ Ｔ細胞クローンを生成した。四量体陽性Ｔ細胞を、単一細胞としてフローサイトメトリーによって分取し、マイトジェンフィトヘマグルチニン（ＰＨＡ）を使用して、抗原に関連しない方法で増殖させた。Ｔ細胞クローンを、四量体分析によってそれらの特異性に関して分析した（図４ｃ）。５つの新しいＴ細胞クローンが、ＶペプチドおよびＳペプチドの両方の四量体について、前に単離されたクローン１Ａ８に匹敵する、同等な染色を示した^７。重要なことには、２つのＴＡＰ欠損黒色腫が、これまでに確立されているクローン１Ａ８に非常に類似する様式で、これらの５つのＳＬＰに誘導されるＣＤ８ Ｔ細胞クローンのうちの３つ（２Ｈ１１、２Ｂ９、および１Ａ１０）によって効率的に認識された（図４ｄ）。まとめると、これらの観察は、Ｖ－ＳＬＰが、ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞免疫の誘導に利用する準備ができた機能的なＴＥＩＰＰワクチンをなすことを示した。

考察
ＨＬＡ－Ａ＊０２０１により提示されるペプチド－エピトープＬＲＰＡＰ_{２１－３０}（ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ）は、タンパク質翻訳産物をＥＲ膜のｓｅｃ６１転位チャネルに入れるように機能するシグナルペプチドによってコードされる^２２。プロテアーゼによって媒介される切断の後に、シグナルペプチドの一部は、ＴＡＰ独立様式で、ＥＲに進入する。正式には示されていないが、ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}ペプチドの遊離は、プロテアソームによって媒介されない可能性がもっとも高く、これは、ＨＬＡクラスＩ提示されるペプチドの大半のタンパク質分解性切断に関与する^４。実際に、インシリコ確率アルゴリズムＮｅｔＣＨｏｐにより、ＬＲＰＡＰ_{２１－３０}配列のｐ９における天然のセリンの後での切断は、可能性が低いと予測された（図１ｃ）。したがって、このシグナルペプチドは、プロテアソームおよびＴＡＰから独立した様式でプロセシングされると結論付けた。

合成長鎖ペプチドワクチンの使用は、しかしながら、宿主樹状細胞による取り込み、ならびにプロテアソームおよびペプチド輸送体ＴＡＰが関与する古典的な経路を介したプロセシングに依存する^２６。本発明者らは、最小ペプチド－エピトープを含むＬＲＰＡＰ１の天然の長鎖ペプチドでは、樹状細胞による交差提示が成功しないことを示している（図１）。エピトープのｐ９におけるセリンからバリンへの単一のアミノ酸置換により、長鎖ペプチドはプロテアソーム切断に感受性となり、さらに、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１に対する結合親和性が改善された。この単一のアミノ酸交換が、このシグナル配列ペプチドのプロセシング経路を、ＳＰａｓｅおよびＳＰＰａｓｅに媒介されるものから、プロテアソームに媒介されるものへと変化させ得ると仮説を立てた。

インビトロワクチン接種プロトコールを使用した、短鎖ＳおよびＶペプチドにより誘導されるＴ細胞応答の並列比較により、両方のレパートリーが、交差反応性および機能性に関して同程度であったことが明らかとなった（図４）。短鎖Ｖペプチドを用いた刺激は、四量体を用いた染色があまり強力でないことによって示されるように、低い親和性を有するＣＤ８ Ｔ細胞レパートリーを動員すると見られた（図２ｂ）。しかしながら、細胞内交差提示を必要とする長鎖ペプチドがロードされた樹状細胞を用いた刺激は、高い親和性およびＴＡＰ欠損黒色腫における天然のＳ変異体を認識する強い能力を有するポリクローナルＣＤ８ Ｔ細胞バルクおよびクローンをもたらした（図４）。これらの発見は、最適化されたＶ－ＳＬＰを用いたワクチン接種により、高親和性ＴＣＲを有するＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞の生成がもたらされることを示唆する。最小の短鎖エピトープを用いたワクチン接種に優るこのＳＬＰの利点は、前臨床マウスモデルにおけるこれまでの調査と一致し、ＳＬＰプラットフォームが、高親和性ＴＣＲレパートリーを動員するのに十分に適していることを示唆する^{１４、１７}。

本発明者らは、ＬＲＰＡＰ１特異的Ｔ細胞がすべて、健常な血液ドナーのナイーブレパートリーに存在することをこれまでに示しており、インビトロワクチン接種プロトコールが、実際にＣＤ８ Ｔ細胞をプライミングし、単純にメモリーＴ細胞を再活性化するだけではないことを示している^７。がん患者および特にＴＡＰ欠損腫瘍細胞を有するものにおけるＬＲＰＡＰ－１特異的Ｔ細胞の分化ステータスは、さらなる分析が必要であるが、マウス腫瘍モデルから得られたデータにより、ＴＥＩＰＰに誘導されるＣＤ８ Ｔ細胞が、これらの状況において依然としてナイーブであることが判明している^６、２７。本発明者らは、ＴＡＰ欠損腫瘍が、ＴＥＩＰＰ Ｔ細胞をプライミングすることができず、宿主樹状細胞もまた、ＴＥＩＰＰ抗原を取り込みそれを交差プライミングすることができなかったことを見出した。結果として、ＴＥＩＰＰ免疫は、本明細書において提案されたＳＬＰワクチンを介したものなどの活性な免疫付与によって、または宿主Ｔ細胞へのＴＣＲ遺伝子移入によって、導入される必要があり得る。したがって、１つのアミノ酸交換を含むＬＲＰＡＰ１のシグナルペプチドの最適化された長鎖ペプチドは、がん患者においてＴＥＩＰＰ免疫を誘導するための理想的なワクチン候補をなす。

本明細書と同時またはそれよりも前に本出願と関連して提出されており、本明細書とともに公衆の閲覧に付されているすべての論文および文書に、読者の注目が向けられ、すべてのそのような論文および文書は、参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書（任意の添付の特許請求の範囲、要約書、および図面を含む）に開示される特徴のすべて、ならびに／またはそのようにして開示されている任意の方法もしくはプロセスの工程のすべては、任意の組合せで組み合わせることができるが、そのような特徴および／または工程のうちの少なくとも一部が、相互に排他的である場合の組合せは除く。

本明細書（任意の添付の特許請求の範囲、要約書、および図面を含む）において開示されているそれぞれの特性は、別途明示されない限り、同じ、同等、または類似の目的を果たす代替的な特性で置き換えられてもよい。したがって、別途明示されない限り、開示されるそれぞれの特性は、包括的な一連の同等または類似の特性の一例にすぎない。

本発明は、いずれの前述の実施形態の詳細にも制限されない。本発明は、本明細書（任意の添付の特許請求の範囲、要約書、および図面を含む）に開示されている特性の任意の新規なものもしくは任意の新規な組合せ、またはそのようにして開示されている任意の方法もしくはプロセスの工程の任意の新規なものもしくは任意の新規な組合せに及ぶ。
本開示は、例えば以下を提供する。
［項１］
アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含む、単離されたペプチド。
［項２］
ａ）３５個以下のアミノ酸を有するか、
ｂ）アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）からなるか、かつ／または
ｃ）アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み、１０～３５個のアミノ酸からなる、項１に記載のペプチド。
［項３］
ＴＬＲリガンドにコンジュゲートされている、前記項のいずれかに記載のペプチド。
［項４］
項１～３のいずれか一項に記載のペプチドをコードする、単離された核酸配列。
［項５］
アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含むペプチドに特異的に結合する結合剤であって、ＨＬＡ－Ａ２＊０２分子であってもよい、結合剤。
［項６］
項４に記載の核酸配列を含む、ベクター。
［項７］
項４に記載の核酸配列または項６に記載のベクターを用いて形質転換、トランスフェクト、または形質導入された改変された細胞であって、ヒト細胞であってもよい、改変された細胞。
［項８］
項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを調製する方法であって、項７に記載の改変された細胞を、培養培地で培養すること、および前記培養培地から、または細胞溶解後に前記改変された細胞のライセートから、前記ペプチドを分離することを含む、方法。
［項９］
項１～３のいずれか一項に記載のペプチドがロードされた細胞であって、抗原提示細胞であってもよく、好ましくは、前記抗原提示細胞が、マクロファージ、樹状細胞、単球、Ｂ細胞、または抗原提示細胞の合成形態から選択される、細胞。
［項１０］
前記項のいずれかに記載の単離されたペプチド、核酸配列、ベクター、結合剤、または細胞と、薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／または担体とを含む、医薬組成物。
［項１１］
ワクチンとして製剤化される、項１０に記載の医薬組成物。
［項１２］
医薬品として使用するための、項１０または１１に記載の医薬組成物。
［項１３］
ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の予防または処置における、項１２に記載の使用のための医薬組成物。
［項１４］
前記がんが、ペプチドプロセシング機序の損傷を伴うがんである、項１３に記載の使用のための医薬組成物。
［項１５］
ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するのに使用するための、項１０または１１に記載の医薬組成物であって、前記対象が、前記対象から単離されたサンプル中のペプチドの存在によって、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を有するとして特定されており、前記ペプチドが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）である、医薬組成物。

表２および３も参照されたい。

参考文献

Claims (17)

1. アミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含む、単離されたペプチドであって、前記単離されたペプチドが配列番号３～８のいずれか１つのアミノ酸配列を含むかまたはそれからなり、かつ３５個以下のアミノ酸を有する、ペプチド。
2. ａ）前記ペプチドがアミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）からなるか、または
   ｂ）前記ペプチドがアミノ酸配列ＦＬＧＰＷＰＡＡＶ（配列番号１）を含み、１０～３５個のアミノ酸からなる、請求項１に記載のペプチド。
3. ＴＬＲリガンドにコンジュゲートされている、請求項１または２に記載のペプチド。
4. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドをコードする、単離された核酸分子。
5. 請求項４に記載の核酸分子を含む、ベクター。
6. 請求項４に記載の核酸分子または請求項５に記載のベクターを用いて形質転換、トランスフェクト、または形質導入された改変された細胞。
7. ヒト細胞である、請求項６に記載の改変された細胞。
8. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを調製する方法であって、請求項６または７に記載の改変された細胞を培養培地で培養すること、および前記培養培地から、または細胞溶解後の前記改変された細胞のライセートから、前記ペプチドを分離することを含む、方法。
9. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドがロードされた細胞。
10. 抗原提示細胞である、請求項９に記載の細胞。
11. 抗原提示細胞が、マクロファージ、樹状細胞、単球、Ｂ細胞、または抗原提示細胞の合成形態から選択される、請求項１０に記載の細胞。
12. 請求項１～３のいずれか一項に記載の単離されたペプチド、請求項４に記載の核酸配列、請求項５に記載のベクター、または請求項６、７および９～１１のいずれか一項に記載の細胞と、薬学的に許容される賦形剤、アジュバント、希釈剤、および／または担体とを含む、医薬組成物。
13. ワクチンとして製剤化される、請求項１２に記載の医薬組成物。
14. 医薬品として使用するための、請求項１２または１３に記載の医薬組成物。
15. ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症の予防または処置における、請求項１４に記載の医薬組成物。
16. 前記がんが、ペプチドプロセシング機序の損傷を伴うがんである、請求項１５に記載の医薬組成物。
17. ヒト対象におけるＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を処置または予防するのに使用するための、請求項１２または１３に記載の医薬組成物であって、前記対象が、前記対象から単離されたサンプル中のペプチドの存在によって、ＨＬＡクラスＩ抗原提示の損傷と関連するがんまたはウイルス感染症を有するとして特定されており、前記ペプチドが、ＦＬＧＰＷＰＡＡＳ（配列番号２）である、医薬組成物。