JP2023075597A - 老化現象抑制物質のスクリーニング方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】wwcrtgraaaatgagaaatrym(配列番号1)、tndgaaanaata(配列番号2)、aaaantdawaawnntdgaawww(配列番号3)、tnwkntatnnnttaarnwkw(配列番号4)、drgvaavagarvnarrnrva(配列番号5)、carvcchvaghnchkscann(配列番号6)、nanavmasannshcwtnnvh(配列番号7)およびttsaaaからなる群から選択される塩基配列からなる核酸の1種以上と被験物質を接触させる工程、前記核酸と被験物質との相互作用状態を測定する工程、および前記核酸と結合する被験物質を選択する工程を含む、老化現象抑制物質のスクリーニング方法。
【選択図】なし
Description
[1]wwcrtgraaaatgagaaatrym(配列番号1)、tndgaaanaata(配列番号2)、aaaantdawaawnntdgaawww(配列番号3)、tnwkntatnnnttaarnwkw(配列番号4)、drgvaavagarvnarrnrva(配列番号5)、carvcchvaghnchkscann(配列番号6)、nanavmasannshcwtnnvh(配列番号7)およびttsaaaからなる群から選択される塩基配列からなる核酸の1種以上と被験物質を接触させる工程、前記核酸と被験物質との相互作用状態を測定する工程、および前記核酸と結合する被験物質を選択する工程を含む、老化現象抑制物質のスクリーニング方法。
[2]さらに、選択した被験物質が前記塩基配列の下流の遺伝子発現量を低下させることを確認する工程を含む、[1]に記載のスクリーニング方法。
[3]前記老化現象が、運動機能の低下、筋力の低下、体力の低下、骨密度の低下、骨強度の低下、基礎代謝量の低下、免疫力の低下、視覚の低下、聴覚の低下、嗅覚の低下、味覚の低下、皮膚感覚の低下、消化吸収力の低下、腎機能の低下、体温調節能の低下、記憶力の低下、皮膚の変色、皮膚弾力性の低下、皮膚柔軟性の低下、皮膚含水量の減少、小皺、皺、皮膚表面の粗さ、白髪、脱毛、白内障、神経細胞数の減少、神経原繊維の減少、脳重量の減少、脳波の徐波化、気道粘膜の萎縮や繊毛運動の消失、気管支壁粘膜等の萎縮、肺胞面積の減少、肺活量および換気量の減少、動脈硬化、生殖能力の低下、卵巣機能の喪失、関節炎、神経的心理的不調、リンパ組織および脾重量の減少、悪性腫瘍発生率の上昇、頻尿、および、インスリン分泌能の低下からなる群から選択される老化現象である、[1]または[2]に記載のスクリーニング方法。
[4]前記核酸と被験物質との相互作用状態を測定する工程が、ゲルシフトアッセイ、プルダウンアッセイ、クロマチン免疫沈降解析、レポーターアッセイ、フェルスター共鳴エネルギー移動解析、ELISAからなる群から選択される測定工程を含む、[1]~[3]のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
[5]前記遺伝子発現量を低下させることを確認する工程が、マイクロアレイ解析または定量PCR解析である、[2]~[4]のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
[6][1]~[5]のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を有効成分として含む、医薬組成物。
[7][1]~[5]のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を含む、化粧品。
[8][1]~[5]のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を含む、飲食品。
[9][1]~[5]のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を含む、飼料。
[10]wwcrtgraaaatgagaaatrym(配列番号1)、tndgaaanaata(配列番号2)、aaaantdawaawnntdgaawww(配列番号3)、tnwkntatnnnttaarnwkw(配列番号4)、drgvaavagarvnarrnrva(配列番号5)、carvcchvaghnchkscann(配列番号6)、nanavmasannshcwtnnvh(配列番号7)およびttsaaaからなる群から選択される塩基配列からなる核酸の1種以上を含む、老化現象抑制物質のスクリーニングキット。
(1)wwcrtgraaaatgagaaatrym(配列番号1)、tndgaaanaata(配列番号2)、aaaantdawaawnntdgaawww(配列番号3)、tnwkntatnnnttaarnwkw(配列番号4)、drgvaavagarvnarrnrva(配列番号5)、carvcchvaghnchkscann(配列番号6)、nanavmasannshcwtnnvh(配列番号7)およびttsaaaからなる群から選択される塩基配列からなる核酸の1種以上と被験物質を接触させる工程
(2)前記核酸と被験物質との相互作用状態を測定する工程
(3)前記核酸と結合する被験物質を選択する工程
メラノーマ細胞内遺伝子発現量および関連する細胞内パラメータに対する糖化タンパク質の影響について調べるため、グルコースおよびBSAから糖化タンパク質を調製した。
糖化タンパク質によるメラノーマ細胞内遺伝子発現量および関連する細胞内パラメータの変動を検討するため、上記のように調製した糖化タンパク質をメラノーマ細胞に接触させた。定法によりメラノーマ細胞から全RNAを回収し、mRNA発現量についてコントロール群との相対比較を行った。
ランダムプライマーを使用して定法により全RNAからcDNAを合成した。次に、定法に従い、RNAの5’キャップ構造のリボースジオールを酸化し、ビオチン化した。ストレプトアビジンビーズを用いたキャップトラッピング法によって選択的にビオチン化RNA/cDNAハイブリッド鎖を回収した。RNaseH(プロメガ社)を用いてRNAを分解し、定法により得られたcDNAの両端へのアダプターライゲーションを実施して二本鎖cDNAライブラリ(CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)ライブラリ)を構築した。
次世代シーケンサ(NextSeq 500、Illumina社)を用い、5’末端から75塩基を対象としてシングルエンドリードによってCAGEライブラリの遺伝子配列解析を実施した。得られたリード(CAGEタグ)は、アライメントツール(BWA:Burrows-Wheeler Aligner 0.5.9、Li, H. and Durbin, R. Bioinformatics (2009) 25:1754-1760)を用いてリファレンスゲノム配列(ヒトhg38ゲノム)にマッピングした。BWAでマップされなかったリードは別のアライメントツール(HISAT2 (2.0.5)、Kim, D et al., Nat Biotechnol (2019) 37:907-915)を用いてマップした。CAGEタグカウントデータは、CAGEr(オープンソース、Haberle, V. et al., Nucleic Acids Research (2015) 43:e51)を使用し、基準のパラメータでParacluアルゴリズム(Parametric clustering algorithm、Frith, M. C. et al., Genome Res. (2008) 18:1-12)を使用してクラスター化した。対象の全サンプルについて、総リード数を100万に正規化し、100万あたりのカウント(CPM、count per million)が0.2未満のクラスターは破棄した。
CAGErのDESeq2パッケージ(1.20.0)を使用して、発現変動する遺伝子を検出した。モチーフ分析のため、発現差のあるCAGEピークの上流200bpから下流50bpまでの領域のゲノムDNA配列について、以下のde novoモチーフ発見ソフトウエアを用いて分析した。AMD(Automated Motif Discovery; Shi, J. et al., PLoS ONE (2011) 6(9):e24576)、GLAM2(Gapped Local Alignment of Motifs; Frith, M. C. et al., PLoS Computational Biology (2008) 26(7):860-866)、DREME(Discriminative Regular Expression Motif Elicitation; Bailey, T. L., Bioinformatics (2011) 27(12):1653-1659)およびWeeder(Pavesi, G. et al., Nucleic Acids Res. (2004) 32:W199-W203)。モチーフの発現はFIMO(Find Individual Motif Occurrences; Grant, C. E. et al., Bioinformatics (2011) 27(7):1017-1018)を用いて調べた。また、モチーフ配列候補とJASPARデータベース(JASPAR CORE 2016 vertebrates、オープンソース、Mathelier, A. et al., Nucleic Acids Res. (2016) 44:D110-D115)に登録されているモチーフ配列との類似性は、TOMTOM(Gupta, S. et al., Genome Biology (2007) 8(2):R24)を用いて比較した。CAGErによって検出されたCPMが1より大きい遺伝子のうち、発現変動の倍数が4倍より大きい遺伝子について、CAGErのclusterProfilerパッケージを用いて分析した。
発現パターンが似ている遺伝子クラスターをグループ化し、発現量の変化と転写開始点の配列の類似性を検討した。糖化タンパク質処理により増加した遺伝子に共通する特異的な配列(モチーフ)のうち、哺乳類において高度に保存された配列を探索したところ、表1に示す配列の結合モチーフが遺伝子発現の変化に影響を与えたものとして統計的に有意に見出された。なお、JASPARに登録された配列データを確認したところ、一部は既知の転写因子が関与している可能性が示唆された。
Claims (10)
- wwcrtgraaaatgagaaatrym(配列番号1)、tndgaaanaata(配列番号2)、aaaantdawaawnntdgaawww(配列番号3)、tnwkntatnnnttaarnwkw(配列番号4)、drgvaavagarvnarrnrva(配列番号5)、carvcchvaghnchkscann(配列番号6)、nanavmasannshcwtnnvh(配列番号7)およびttsaaaからなる群から選択される塩基配列からなる核酸の1種以上と被験物質を接触させる工程、前記核酸と被験物質との相互作用状態を測定する工程、および前記核酸と結合する被験物質を選択する工程を含む、老化現象抑制物質のスクリーニング方法。
- さらに、選択した被験物質が前記塩基配列の下流の遺伝子発現量を低下させることを確認する工程を含む、請求項1に記載のスクリーニング方法。
- 前記老化現象が、運動機能の低下、筋力の低下、体力の低下、骨密度の低下、骨強度の低下、基礎代謝量の低下、免疫力の低下、視覚の低下、聴覚の低下、嗅覚の低下、味覚の低下、皮膚感覚の低下、消化吸収力の低下、腎機能の低下、体温調節能の低下、記憶力の低下、皮膚の変色、皮膚弾力性の低下、皮膚柔軟性の低下、皮膚含水量の減少、小皺、皺、皮膚表面の粗さ、白髪、脱毛、白内障、神経細胞数の減少、神経原繊維の減少、脳重量の減少、脳波の徐波化、気道粘膜の萎縮や繊毛運動の消失、気管支壁粘膜等の萎縮、肺胞面積の減少、肺活量および換気量の減少、動脈硬化、生殖能力の低下、卵巣機能の喪失、関節炎、神経的心理的不調、リンパ組織および脾重量の減少、悪性腫瘍発生率の上昇、頻尿、および、インスリン分泌能の低下からなる群から選択される老化現象である、請求項1または2に記載のスクリーニング方法。
- 前記核酸と被験物質との相互作用状態を測定する工程が、ゲルシフトアッセイ、プルダウンアッセイ、クロマチン免疫沈降解析、レポーターアッセイ、フェルスター共鳴エネルギー移動解析、ELISAからなる群から選択される測定工程を含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
- 前記遺伝子発現量を低下させることを確認する工程が、マイクロアレイ解析または定量PCR解析である、請求項2~4のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
- 請求項1~5のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を有効成分として含む、医薬組成物。
- 請求項1~5のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を含む、化粧品。
- 請求項1~5のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を含む、飲食品。
- 請求項1~5のいずれか一項に記載のスクリーニング方法で選択された物質を含む、飼料。
- wwcrtgraaaatgagaaatrym(配列番号1)、tndgaaanaata(配列番号2)、aaaantdawaawnntdgaawww(配列番号3)、tnwkntatnnnttaarnwkw(配列番号4)、drgvaavagarvnarrnrva(配列番号5)、carvcchvaghnchkscann(配列番号6)、nanavmasannshcwtnnvh(配列番号7)およびttsaaaからなる群から選択される塩基配列からなる核酸の1種以上を含む、老化現象抑制物質のスクリーニングキット。
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|---|---|---|---|---|
| WO2001009316A1 (en) * | 1999-07-29 | 2001-02-08 | Helix Research Institute | Novel genes encoding protein kinase/protein phosphatase |
| JP2007300928A (ja) * | 1993-10-27 | 2007-11-22 | Trustees Of Columbia Univ In The City Of New York | サブトラクションcDNAライブラリーの作製方法および該作製されたライブラリーの使用 |
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