JP2022033035A - 顕微鏡画像に基づくシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定方法及びシステム - Google Patents
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Abstract
Description
シュウ酸カルシウム結晶の訓練データを取得するステップであって、訓練データは複数種の結晶タイプのシュウ酸カルシウム結晶を含むステップと、
ディープ畳み込みニューラルネットワークを用いて訓練データを訓練し、シュウ酸カルシウム結晶を同定するためのディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを得るステップと、
ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを用いて採取試料の顕微鏡画像に特徴マッチングを行い、採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得するステップと、
採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプに従って、採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を生成して出力するステップと、を含む。
様々な結晶タイプのシュウ酸カルシウム結晶をそれぞれ含有する生薬を複数種選択するステップと、
各生薬におけるシュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像を撮影するステップと、
顕微鏡画像内のシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプをマークするステップと、
各シュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像と結晶タイプを用いて、各シュウ酸カルシウム結晶の訓練データをそれぞれ生成するステップと、を含む。
ディープ畳み込みニューラルネットワークを用いて訓練データを訓練し、ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを得る前記ステップは、
訓練データに含まれるシュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像を畳み込み層に入力するステップと、
複数層の畳み込み層を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像に畳み込み操作を行い、シュウ酸カルシウム結晶の特徴画像を得るステップと、
プーリング層を用いてシュウ酸カルシウム結晶の特徴画像に特徴圧縮を行い、特徴画像に対応する結晶特徴を得るステップと、
完全接続層を用いて、同一顕微鏡画像に対応する全ての特徴画像の結晶特徴を接続し、分類器によって顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶タイプに対応する結晶特徴を決定するステップと、
顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶特徴を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の種類ごとにディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを作成するステップと、を含む。
顕微鏡画像自動収集装置を用いて通常光源視野と偏光光源視野での採取試料の顕微鏡画像をそれぞれ撮影するステップは、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて水平運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御するステップと、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて垂直運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御し、ステージ上の採取試料をリアルタイムで追跡して合焦するテップと、
デジタル撮像装置を用いて、所定の時間間隔で採取試料の顕微鏡画像を複数回撮影するステップと、を含む。
ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルが採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得した場合、採取試料の結晶タイプ情報と採取試料のステッチ結晶特徴画像を生成して出力し、又は、
ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルが採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得していない場合、採取試料のステッチ顕微鏡画像を生成して出力するステップを含む。
ステッチアルゴリズムを用いて同一採取試料に対応する各顕微鏡画像の画像画素座標と空間物理座標との間の変換マトリックスを算出するステップと、
変換マトリックスに従って、同一座標系下で同一採取試料の全ての顕微鏡画像をステッチし、ステッチ顕微鏡画像を得るステップと、を含む。
採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプをマークするステップと、
採取試料の顕微鏡画像とマークした結晶タイプを訓練データに追加するステップとをさらに含む。
シュウ酸カルシウム結晶の訓練データを取得するためのデータ取得モジュールであって、訓練データは複数種の結晶タイプのシュウ酸カルシウム結晶を含むデータ取得モジュールと、
ディープ畳み込みニューラルネットワークを用いて訓練データを訓練し、シュウ酸カルシウム結晶を同定するためのディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを得るためのニューラルネットワークモジュールと、
ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを用いて採取試料の顕微鏡画像に特徴マッチングを行い、採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得するための特徴マッチングモジュールと、
採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプに従って、採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を生成するための結果生成モジュールと、
採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を出力するための結果出力モジュールと、を含む、顕微鏡画像に基づくシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定システムをさらに提供する。
訓練データに含まれるシュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像を畳み込み層に入力するための画像入力サブモジュールと、
複数層の畳み込み層を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像に畳み込み操作を行い、シュウ酸カルシウム結晶の特徴画像を得るための畳み込み操作サブモジュールと、
プーリング層を用いてシュウ酸カルシウム結晶の特徴画像に特徴圧縮を行い、特徴画像に対応する結晶特徴を得るための特徴圧縮サブモジュールと、
完全接続層を用いて、同一顕微鏡画像に対応する全ての特徴画像の結晶特徴を接続するための特徴接続サブモジュールと、
分類器によって顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶タイプに対応する結晶特徴を決定するための結晶分類サブモジュールと、
顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶特徴を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の種類ごとにディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを作成するためのモデル作成サブモジュールと、を含む。
顕微鏡画像自動収集装置を用いて通常光源視野と偏光光源視野での採取試料の顕微鏡画像をそれぞれ撮影するための画像撮影モジュールをさらに含み、
画像撮影モジュールは、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて水平運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御するための運動制御サブモジュールと、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて垂直運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御し、ステージ上の採取試料をリアルタイムで追跡して合焦するための合焦制御サブモジュールと、
デジタル撮像装置を用いて、所定の時間間隔で採取試料の顕微鏡画像を複数回撮影するための画像撮影サブモジュールと、を含む。
ディープ畳み込みニューラルネットワークに非線形ファクタを追加して、畳み込み層が要件を満たす特徴画像を抽出することを可能とする。
S143:ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルが採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得していない場合、採取試料のステッチ顕微鏡画像を生成して出力する。ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルが採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得していないと、該採取試料にシュウ酸カルシウム結晶が含まれていないことが分かり、このように採取試料の全部のステッチ顕微鏡画像を生成すると、採取試料の全体の形態が表示され、関連する操作者がこの採取試料の微細構造を明確に検索して把握することができる。
シュウ酸カルシウム結晶の訓練データを取得するためのデータ取得モジュール110であって、訓練データは複数種の結晶タイプのシュウ酸カルシウム結晶を含むデータ取得モジュール110と、
ディープ畳み込みニューラルネットワークを用いて訓練データを訓練し、シュウ酸カルシウム結晶を同定するためのディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを得るためのニューラルネットワークモジュール120と、
ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを用いて採取試料の顕微鏡画像に特徴マッチングを行い、採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得するための特徴マッチングモジュール130と、
採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプに従って、採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を生成するための結果生成モジュール140と、
採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を出力するための結果出力モジュール150と、を含む。
訓練データに含まれるシュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像を畳み込み層に入力するための画像入力サブモジュール121と、
複数層の畳み込み層を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像に畳み込み操作を行い、シュウ酸カルシウム結晶の特徴画像を得るための畳み込み操作サブモジュール122と、
プーリング層を用いてシュウ酸カルシウム結晶の特徴画像に特徴圧縮を行い、特徴画像に対応する結晶特徴を得るための特徴圧縮サブモジュール123と、
完全接続層を用いて、同一顕微鏡画像に対応する全ての特徴画像の結晶特徴を接続するための特徴接続サブモジュール124と、
分類器によって顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶タイプに対応する結晶特徴を決定するための結晶分類サブモジュール125と、
顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶特徴を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の種類ごとにディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを作成するためのモデル作成サブモジュール126と、を含む。
画像撮影モジュール160は、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて水平運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御するための運動制御サブモジュール161と、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて垂直運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御し、ステージ上の採取試料をリアルタイムで追跡して合焦するための合焦制御サブモジュール162と、
デジタル撮像装置を用いて、所定の時間間隔で採取試料の顕微鏡画像を複数回撮影するための画像撮影サブモジュール163と、を含む。
Claims (10)
- 顕微鏡画像に基づくシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定方法であって、
シュウ酸カルシウム結晶の訓練データを取得するステップであって、前記訓練データは複数種の結晶タイプの前記シュウ酸カルシウム結晶を含むステップと、
ディープ畳み込みニューラルネットワークを用いて前記訓練データを訓練し、シュウ酸カルシウム結晶を同定するためのディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを得るステップと、
前記ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを用いて採取試料の顕微鏡画像に特徴マッチングを行い、前記採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得するステップと、
前記採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプに従って、前記採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を生成して出力するステップと、を含む、ことを特徴とするインテリジェント同定方法。 - シュウ酸カルシウム結晶の訓練データを取得する前記ステップは、
様々な結晶タイプのシュウ酸カルシウム結晶をそれぞれ含有する生薬を複数種選択するステップと、
各生薬におけるシュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像を撮影するステップと、
前記顕微鏡画像内のシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプをマークするステップと、
各シュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像と結晶タイプを用いて、それぞれの前記シュウ酸カルシウム結晶の訓練データをそれぞれ生成するステップと、を含む、ことを特徴とする請求項1に記載のシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定方法。 - 前記ディープ畳み込みニューラルネットワークは畳み込み層、プーリング層及び完全接続層を含み、
ディープ畳み込みニューラルネットワークを用いて前記訓練データを訓練し、ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを得る前記ステップは、
前記訓練データに含まれるシュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像を前記畳み込み層に入力するステップと、
複数層の前記畳み込み層を用いて前記シュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像に畳み込み操作を行い、前記シュウ酸カルシウム結晶の特徴画像を得るステップと、
前記プーリング層を用いて前記シュウ酸カルシウム結晶の特徴画像に特徴圧縮を行い、前記特徴画像に対応する結晶特徴を得るステップと、
完全接続層を用いて、同一顕微鏡画像に対応する全ての特徴画像の結晶特徴を接続し、分類器によって前記顕微鏡画像の結晶タイプ及び前記結晶タイプに対応する結晶特徴を決定するステップと、
前記顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶特徴を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の種類ごとにディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを作成するステップと、を含む、ことを特徴とする請求項1に記載のシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定方法。 - ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを用いて採取試料の顕微鏡画像に特徴マッチングを行う前記ステップの前、
顕微鏡画像自動収集装置を用いて通常光源視野と偏光光源視野での採取試料の顕微鏡画像をそれぞれ撮影するステップをさらに含み、
顕微鏡画像自動収集装置を用いて通常光源視野と偏光光源視野での採取試料の顕微鏡画像をそれぞれ撮影する前記ステップは、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて水平運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御するステップと、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて垂直運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御し、ステージ上の採取試料をリアルタイムで追跡して合焦するステップと、
デジタル撮像装置を用いて、所定の時間間隔で前記採取試料の顕微鏡画像を複数回撮影するステップと、を含む、ことを特徴とする請求項1に記載のシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定方法。 - 採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプに従って、前記採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を生成して出力する前記ステップは、
前記ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルが前記採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得した場合、前記採取試料の結晶タイプ情報と前記採取試料のステッチ結晶特徴画像を生成して出力し、又は、
前記ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルが前記採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得していない場合、前記採取試料のステッチ顕微鏡画像を生成して出力するステップを含む、ことを特徴とする請求項1に記載のシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定方法。 - 採取試料のステッチ顕微鏡画像を生成する前記ステップは、
ステッチアルゴリズムを用いて同一採取試料に対応する各顕微鏡画像の画像画素座標と空間物理座標との間の変換マトリックスを算出するステップと、
前記変換マトリックスに従って、同一座標系下で前記同一採取試料の全ての顕微鏡画像をステッチし、前記ステッチ顕微鏡画像を得るステップと、を含む、ことを特徴とする請求項6に記載のシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定方法。 - 顕微鏡画像に基づくシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定システムであって、
シュウ酸カルシウム結晶の訓練データを取得するためのデータ取得モジュールであって、前記訓練データは複数種の結晶タイプの前記シュウ酸カルシウム結晶を含むデータ取得モジュールと、
ディープ畳み込みニューラルネットワークを用いて前記訓練データを訓練し、シュウ酸カルシウム結晶を同定するためのディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを得るためのニューラルネットワークモジュールと、
前記ディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを用いて採取試料の顕微鏡画像に特徴マッチングを行い、前記採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプを取得するための特徴マッチングモジュールと、
前記採取試料に含まれるシュウ酸カルシウム結晶の結晶タイプに従って、前記採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を生成するための結果生成モジュールと、
前記採取試料のシュウ酸カルシウム結晶の同定結果を出力するための結果出力モジュールと、を含む、ことを特徴とするインテリジェント同定システム。 - 前記ニューラルネットワークモジュールは、
前記訓練データに含まれるシュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像を畳み込み層に入力するための画像入力サブモジュールと、
複数層の前記畳み込み層を用いて前記シュウ酸カルシウム結晶の顕微鏡画像に畳み込み操作を行い、前記シュウ酸カルシウム結晶の特徴画像を得るための畳み込み操作サブモジュールと、
プーリング層を用いて前記シュウ酸カルシウム結晶の特徴画像に特徴圧縮を行い、前記特徴画像に対応する結晶特徴を得るための特徴圧縮サブモジュールと、
完全接続層を用いて、同一顕微鏡画像に対応する全ての特徴画像の結晶特徴を接続するための特徴接続サブモジュールと、
分類器によって前記顕微鏡画像の結晶タイプ及び前記結晶タイプに対応する結晶特徴を決定するための結晶分類サブモジュールと、
前記顕微鏡画像の結晶タイプ及び結晶特徴を用いて、シュウ酸カルシウム結晶の種類ごとにディープ畳み込みニューラルネットワークモデルを作成するためのモデル作成サブモジュールと、を含む、ことを特徴とする請求項8に記載のシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定システム。 - 顕微鏡画像自動収集装置を用いて通常光源視野と偏光光源視野での採取試料の顕微鏡画像をそれぞれ撮影するための画像撮影モジュールをさらに含み、
前記画像撮影モジュールは、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて水平運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御するための運動制御サブモジュールと、
所定の運動軌跡に従って三次元座標系にて垂直運動を行うようにコントロールボックスを用いて顕微鏡のステージを制御し、ステージ上の採取試料をリアルタイムで追跡して合焦するための合焦制御サブモジュールと、
デジタル撮像装置を用いて、所定の時間間隔で前記採取試料の顕微鏡画像を複数回撮影するための画像撮影サブモジュールと、を含む、ことを特徴とする請求項8に記載のシュウ酸カルシウム結晶のインテリジェント同定システム。
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