JP2019522058A - 生体分子の可逆的保護のための試薬 - Google Patents
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Abstract
Description
生体サンプルに存在する標的核酸の特異的で迅速な定量のために生体分子技術を用いた、近年のインビトロにおける診断テストでは、特定のプライマーから標的核酸を増幅させることができる、ポリメラーゼ酵素がもっともよく使用される。
高価でない、
安定している、
水性溶媒に溶解する、
反応速度、ならびに脱保護速度が効率的である、
生体分子と反応したときの生成物が安定である、
熱による脱保護のためのトリス緩衝液の使用が不要である、および/または、
不要な副反応が発生しない。
そのため、本発明は、下記式(I)の化合物に関する:
Xは、共有結合またはC1〜C4アルキルであり、
Yは、求核基であり、好ましくは、O、S、NR4、O−NR4、NH−O、またはNH−NR4であり、R4は、HまたはC1〜C4アルキル基であり、
Z1、Z2、Z3は、それぞれ互いに独立して、NまたはCを表し、好ましくは、Z3はCを表し、より好ましくは、Z3はCであり、かつR3はZ3に位置し、
R1は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C6アルキル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル、置換されたもしくは置換されていないアリール基、または置換されたもしくは置換されていないヘテロ環であり、好ましくは、R1はメチル基またはエチル基であり、
R2は、非耐熱性および/または非耐酸性保護基であり、
R3は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C12アルキル基(例えば、イソプロピル基、イソブチル基、sec−ブチル基、tert−ブチル基、イソペンチル基、または2,2−ジメチルプロピル基)、置換されたもしくは置換されていないアリール基、置換されたもしくは置換されていないヘテロ環、アシル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル基、ハロゲン(例えばF、Cl、BrおよびI)、またはシアノ基である)。
Biomolは生体分子であり、
Wは、前記生体分子の求核基(好ましくは、NH、SまたはO)であり、かつ、
Xは、共有結合またはC1〜C4アルキルであり、
Yは、求核基であり、好ましくは、O、S、NR4、O−NR4、NH−O、またはNH−NR4であり、R4は、HまたはC1〜C4アルキル基であり、
Z1、Z2、Z3は、それぞれ互いに独立して、NまたはCを表し、好ましくは、Z3はCを表し、より好ましくは、Z3はCであり、かつR3はZ3に位置し、
R1は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C6アルキル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル、置換されたもしくは置換されていないアリール基、または置換されたもしくは置換されていないヘテロ環であり、好ましくは、R1はメチル基またはエチル基であり、
R2は、H、または非耐熱性および/または非耐酸性保護基であり、
R3は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C12アルキル基(例えば、イソプロピル基、イソブチル基、sec−ブチル基、tert−ブチル基、イソペンチル基、または2,2−ジメチルプロピル基)、置換されたもしくは置換されていないアリール基、置換されたもしくは置換されていないヘテロ環、アシル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル基、ハロゲン(例えば、F、Cl、BrおよびI)、またはシアノ基である)。
「置換されたもしくは置換されていない」なる用語は、基に存在する1つ以上の水素が、官能基(例えば、以下の群より選択される:アミン、イミン、ニトリル、シアノ、アミド、イミド、ヒドロキシル、アルコキシル、カルボニル、カルボキシル、エステル、チオール、チオエーテル、チオエステル、およびハロゲン化物)によって置換されていてもよいことを意味する。
生体分子の保護のための本発明の化合物または試薬は、生体分子(例えば、タンパク質)の一時的保護(「可逆的」保護)求核基(アミン等)として有用なイサト酸無水物誘導体である。
第1工程において、本発明の化合物と酵素の求核基とのアシル化反応により、本発明の化合物を反応させ、保護された酵素を得る工程、
第2工程において、酸処理および/または熱処理によって、本発明の化合物中に存在する非耐熱性および/または非耐酸性保護基を開裂させることで、本発明の化合物の求核官能基を脱保護し、本発明の化合物の前記求核官能基を保護する工程、
第3工程において、酵素の可逆的なアシル化、脱保護、および酵素活性の保存が付随的に可能となる、本発明の化合物中の脱保護された求核官能基と、酵素のアシル化によって得られるアミド、エステル、またはチオエステル中のカルボニルと、の間を環化する工程。
ひとたび分離すると、アシル化によって生成されたアミド結合を開裂させる、非耐熱性および/または非耐酸性基R2によって保護された求核官能基Y、
求核官能基の脱保護後の環化を促すよう設計された、イサト酸無水物と求核官能基との間の接続腕X、
熱処理および/または酸処理工程中、求核官能基Yを分離でき、これにより分子間環化する、求核基Y中の非耐熱性および/または非耐酸性保護基R2、
好ましくは、求核周辺の立体障害および分子間環化運動の促進を引き起こすことができる、立体的に嵩高い基R3(このような立体障害の存在が、分子間環化運動に非常に有利となり、生体分子中の求核基の脱保護の速度にも非常に有利となることが、偶然にも発見された)、を提供する。
Xは、共有結合またはC1〜C4アルキルであり、
Yは、求核基であり、
Z1、Z2、Z3は、それぞれ互いに独立して、NまたはCを表し、好ましくは、Z3はCを表し、より好ましくは、Z3はCであり、かつR3はZ3に位置し、
R1は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C6アルキル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル、置換されたもしくは置換されていないアリール基、または置換されたもしくは置換されていないヘテロ環であり、好ましくは、R1はメチル基またはエチル基であり、
R2は、非耐熱性および/または非耐酸性保護基であり、
R3は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C12アルキル基(例えば、イソプロピル基、イソブチル基、sec−ブチル基、tert−ブチル基、イソペンチル基、または2,2−ジメチルプロピル基)、置換されたもしくは置換されていないアリール基、置換されたもしくは置換されていないヘテロ環、アシル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル基、ハロゲン(例えばF、Cl、BrおよびI)、またはシアノ基である)。
Greene's Protective Groups in Organic Synthesis by Peter G. M. Wuts, Publisher: Wiley-Blackwell; Edition: 5th Edition (December 23, 2014)、または、
Protecting Groups by PJ Kocienski, Publisher: Thieme Publishing Group; Edition: 3rd Revised edition (January 1, 2005)。
本発明の化合物は、実施例に記載の方法、または先行技術として公知の他の合成方法に沿って容易に合成され得る。
本発明の化合物は、酵素、タンパク質および1つ以上の求核基を有するより一般的な生体分子、例えば、1つ以上のアミンを含む生体分子の保護、可逆的改変または失活のために有用である。
Biomolは生体分子であり、
Wは、前記生体分子の求核基(好ましくはNH、SまたはO)であり、
Xは、共有結合またはC1〜C4アルキルであり、
Yは、求核基であり、好ましくは、O、S、NR4、O−NR4、NH−O、またはNH−NR4であり、R4は、HまたはC1〜C4アルキル基であり、
Z1、Z2、Z3は、それぞれ互いに独立して、NまたはCを表し、好ましくは、Z3はCを表し、より好ましくは、Z3はCであり、かつR3はZ3に位置し、
R1は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C6アルキル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル、置換されたもしくは置換されていないアリール基、または置換されたもしくは置換されていないヘテロ環であり、好ましくは、R1はメチル基またはエチル基であり、
R2は、H、または非耐熱性および/または非耐酸性保護基であり、
R3は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C12アルキル基(例えば、イソプロピル基、イソブチル基、sec−ブチル基、tert−ブチル基、イソペンチル基、または2,2−ジメチルプロピル基)、置換されたもしくは置換されていないアリール基、置換されたもしくは置換されていないヘテロ環、アシル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル基、ハロゲン(例えば、F、Cl、BrおよびI)、またはシアノ基である)。
本発明に係る保護された生体分子は、選択されるR2基に依存する簡単な熱処理および/または酸処理によって、有利に脱保護され得る。
また、本発明は、本発明に係る保護された酵素を含むキットまたはツールキットに関する。これらは、試薬、緩衝液、コントロールおよび/または取扱説明書等を含み得る。
i.本発明に係る保護された熱に安定なDNAポリメラーゼ(例えば、式(III)、(VII)、(VIII)、(IX)、または(X)(前記式中、Biomolが熱に安定なDNAポリメラーゼである))、
ii.適切な場合には、核酸検出試薬(例えば、蛍光試薬)、
iii.適切な場合には、緩衝液、dNTP等。
図1:アザアントラニル酸フェノキシ酢酸誘導体10の開裂およびフェニルエチルアミンの分離をモニタリングするHPLC。
上段図(A):8MGuHCにおけるヘモグロビン
中断図(B):化合物13によってアシル化され、8MGuHClに採取されたヘモグロビン
下段図(C):化合物13によってアシル化され、pH9のトリス緩衝液で95℃に熱せられ、8MGuHClに採取されたヘモグロビン。
後述の実施例において、下記の略語を使用する:
ACN:アセトニトリル
AcOEt:酢酸エチル
Boc2O:ジ−tert−ブチルジカーボネート
TLC:薄層クロマトグラフィ
CDCl3:重水素化クロロホルム
d:ダブレット
DCM:ジクロロメタン
dd:ダブレットのダブレット
DMF:ジメチルホルムアミド
DMSO:ジメチルスルホキシド
DMSO−d6:重水素化ジメチルスルホキシド
ミリQ水:超純水(Millipore, Molsheim, France)
EDC:N−エチル−N’−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド
eq:当量
PE:石油エーテル
Et2O:ジエチルエーテル
HPLC:高性能液体クロマトグラフィ
LCMS:質量分析計を備える液体クロマトグラフ機器
HOBt:ヒドロキシベンゾトリアゾール
IA:イサト酸無水物
m:多重状態
nd:測定不可
NIS:N−ヨードスクシンイミド
q:四重線
Yld:収率
RfまたはRT:保持時間
NMR:核磁気共鳴
s:シングレット
t:トリプレット
rt:室温
TBDMS:tert−ブチルジメチルシリル
TEA:トリエチルアミン
THF:テトラヒドロフラン。
後述の実施例において使用される化学的化合物の分析および合成のための一般的条件を以下に示す。
本実施例において、本発明の化合物の(図式3に係る)合成が記載される。初めの前駆体ヒドロキシル化合物6は、6つの工程のうち最初に合成される。これは、本発明の他の化合物の合成の出発化合物として提供される。それから、化合物6をフェノキシアセチル化し、化合物7を得る。そして、化合物7をヨード化し、化合物8を得る。最後に、化合物8を環化し、タンパク質または他の生体分子と反応し、それらを一時的に保護することができる、所望のアザイサト酸化合物9を得る。
ここでは、(図式4に係る)本発明の他の例示的な化合物の合成が記載される。前駆体化合物6は、フルオロ−フェノキシアセチル(より非耐熱性であり得る基)であり、これから化合物11を得る。前記化合物11をヨード化することで、化合物12を得る。最後に、前記化合物12を環化することで、アザイサト酸化合物13を得る。
ここでは、(図式5に係る)本発明の他の例示的な化合物の合成を記載する。まず、前駆体化合物6をアミン化合物の前駆体であるアジド化合物15に変化させる。前記化合物15はアミン化合物の前駆物質であり、アミン官能基をBOC保護基と結合させ、化合物16を得る。前記化合物16のヨウ素化反応によって化合物17が得られる。最終的に、前記化合物17を環化することで、アザイサト酸化合物18が得られる。
本実施例では、実施例1〜3において合成された分子(それぞれ分子9、13および18)が、フェニルエチルアミンのようなアミン化合物と反応することを実証している。
ここでは、実施例3で合成した誘導体10,14および19を、ホットスタートPCR条件において開裂でき、タンパク質によく似たフェニルエチルアミンを分離できることを実証する。
2.5mMアミド(誘導体10,14または19)のDMSO溶液20μLおよび遺伝物質増幅反応に従来から使用される緩衝液(60mM トリス(pH9)、50mM KO、1mM MgCl2)180μLを1.5mLチューブに加える。それから、95℃にて熱混合器で混合物を撹拌する。LCMSモニタリングをt=15分、30分および1時間にて行う。
ここでは、フルオロフェノキシ非耐熱性基を有するアザイサト酸誘導体13が、穏やかな条件下、水性溶媒中において、タンパク質と反応でき、タンパク質−フルオロフェノキシアザアントラニル酸誘導体を形成することを実証する。
以下のように混合物を作製する。AL 600 1x〜AL 600 0.25xを実験する。AL 600 1x〜AL 600 0.25xはそれぞれ、DMSOとpH7.4のPBSとの混合物中で、濃度を上げたアザイサト酸化合物に反応させたヘモグロビン33μgに対応する(PBS=タブレットを溶解させることにより得られたリン酸緩衝生理食塩水、参照:Sigma P4417、200mLの水(pH7.4)中)。Waters XBridge BEH C4 300カラム(Milford, USA)にHPLC分析用のアリコートを回収する前に、混合物を室温で2時間インキュベートし、120分後において、10mMトリフルオロ酢酸溶液中、20〜72%の勾配のアセトニトリルを得る。
ここでは、非耐熱性フルオロフェノキシ基を有するアザイサト酸誘導体13が、穏やかな条件下、水性溶媒中において、熱に安定なポリメラーゼ(Taq)と反応でき、Taq−アザアントラニル酸フルオロフェノキシ誘導体が形成されることを実証する。PCR条件下での95℃の熱処理後の保護基の除去により、ポリメラーゼの活性を回復させることができる。これは、活性を測定することにより実証される。
Genscript Taq(2500u/100μL REF E00012)を用いたが、この酵素の求核の形跡をすべて取り除くため、あらかじめAmicon 10 KD microcon(no.42407)を通過させることにより、緩衝液を変更した。こうして、酵素懸濁液をmicroconに沈殿させ、緩衝液がなくなるまで遠心分離した。100μLのPBS(pH7.4)で5回洗浄を行い、その後、チューブを反転させることにより、最下層の残渣を回収し、PBSとともにQSP20μLに加え、125u/μLの懸濁液を得た。このように、この方法によってかなり満足のいくやり方でトリスおよびグリセロールが除去されることを実証した。
「ヘアピン」構造で末端処理された45塩基のオリゴヌクレオチドプローブを用いてTAQポリメラーゼの重合活性を測定する。構造の先端に蛍光消光剤が、プローブ配列の末端に蛍光標識が存在することを特徴とする。これにより、消光剤がフルオロフォアに空間的に近く、この構造において蛍光シグナルが測定できないようにしている。ポリメラーゼ活性の作用により、前記プローブの先端に相補的な19塩基のオリゴヌクレオチドを用いてこのプローブを伸長する。伸長作用により、プローブのヘアピン構造を開き、フルオロフォアを放出でき、それから蛍光が測定できる。酵素の活性に必要な試薬(dNTP、MgC12および塩基性緩衝液(pH9.5))の存在下で60℃の温度で20分間この蛍光測定を行う。
Claims (17)
- 下記式(I)の化合物:
(式中、
Xは、共有結合またはC1〜C4アルキルであり、
Yは、求核基であり、好ましくは、O、S、NR4、O−NR4、NH−O、またはNH−NR4であり、R4は、HまたはC1−C4アルキル基であり、
Z1、Z2、Z3は、それぞれ互いに独立して、NまたはCを表し、好ましくは、Z3はCを表し、より好ましくは、Z3はCであり、かつR3はZ3に位置し、
R1は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C6アルキル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル、置換されたもしくは置換されていないアリール基、または置換されたもしくは置換されていないヘテロ環であり、好ましくは、R1はメチル基またはエチル基であり、
R2は、非耐熱性および/または非耐酸性保護基であり、
R3は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C12アルキル基(例えば、イソプロピル基、イソブチル基、sec−ブチル基、tert−ブチル基、イソペンチル基、または2,2−ジメチルプロピル基)、置換されたもしくは置換されていないアリール基、置換されたもしくは置換されていないヘテロ環、アシル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル基、ハロゲン(例えばF、Cl、BrおよびI)、またはシアノ基である)。 - 下記式(II)の、請求項1に記載の化合物。
- 前記非耐熱性および/または非耐酸性基R2は、tert−ブトキシカルボニル(BOC)基、置換されたもしくは置換されていないフェノキシアセチル基、トリチル基、メトキシトリチル基、ジメトキシトリチル基、またはシトラコニル基から選択される、請求項1または2に記載の化合物。
- R1がメチル基である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の化合物。
- R3がヨウ素である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の化合物。
- Z1がN、かつZ2がCである、請求項1〜5のいずれか一項に記載の化合物。
- 下記構造式の1つに特徴づけられる、請求項1〜6のいずれか一項に記載の化合物。
- 保護された生体分子を形成するために、前記生体分子の1つ以上の求核基がアシル化される条件下において、請求項1〜7のいずれか一項に記載の化合物を、1つ以上の求核基を含む生体分子と接触するように配置する工程を含む、保護された生体分子の作製方法。
- 請求項8に記載の方法によって得られる、保護された生体分子。
- 下記式(III)の保護された生体分子:
(式中、
Biomolは生体分子であり、
Wは、前記生体分子の求核基(例えばNH、SまたはO)であり、
Xは、共有結合またはC1〜C4アルキルであり、
Yは、求核基であり、好ましくは、O、S、NR4、O−NR4、NH−O、またはNH−NR4であり、R4は、HまたはC1−C4アルキル基であり、
Z1、Z2、Z3は、それぞれ互いに独立して、NまたはCを表し、好ましくは、Z3はCを表し、より好ましくは、Z3はCであり、かつR3はZ3に位置し、
R1は、H、置換されたもしくは置換されていないC1−C6アルキル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル、置換されたもしくは置換されていないアリール基、または置換されたもしくは置換されていないヘテロ環であり、好ましくは、R1はメチル基またはエチル基であり、
R2は、H、または非耐熱性および/または非耐酸性保護基であり、
R3は、H、置換されたもしくは置換されていないC1〜C12アルキル基(例えば、イソプロピル基、イソブチル基、sec−ブチル基、tert−ブチル基、イソペンチル基、または2,2−ジメチルプロピル基)、置換されたもしくは置換されていないアリール基、置換されたもしくは置換されていないヘテロ環、アシル基、置換されたもしくは置換されていないアルケニル基、ハロゲン、またはシアノ基である)。 - 前記Biomolが、酵素から選択される、請求項9または10に記載の保護された生体分子。
- 前記Biomolが、核酸重合反応で使用される酵素(例えばDNAポリメラーゼ)である、請求項11に記載の保護された生体分子。
- 酵素を可逆的に失活させるための、請求項1〜7のいずれか一項に記載の化合物の使用。
- 前記酵素が、核酸重合反応で使用される酵素(例えばDNAポリメラーゼ)である、請求項13に記載の使用。
- 核酸増幅反応(例えば、ホットスタート法)における、請求項12に記載の使用。
- 請求項9〜12のいずれか一項に記載の保護された生体分子における、求核基の脱保護方法であって、前記非耐熱性および/または非耐酸性基R2をそれぞれ熱処理および/または酸処理することで開裂させる工程、およびこれに付随する求核基の脱保護を含む、求核基の脱保護方法。
- (i)請求項12に記載の保護された生体分子の使用、
(ii)(例えば、非耐熱性基R2が開裂する温度で熱処理することによる)前記生体分子の脱保護のための少なくとも1つの工程、
(iii)工程(ii)において脱保護されたポリメラーゼを用いた核酸重合工程、を含む核酸の重合方法。
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