JP2018116685A - 細胞画像処理装置および細胞画像の特性を定量化する方法 - Google Patents
細胞画像処理装置および細胞画像の特性を定量化する方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2018116685A JP2018116685A JP2017215239A JP2017215239A JP2018116685A JP 2018116685 A JP2018116685 A JP 2018116685A JP 2017215239 A JP2017215239 A JP 2017215239A JP 2017215239 A JP2017215239 A JP 2017215239A JP 2018116685 A JP2018116685 A JP 2018116685A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- edge
- pixels
- matrix
- line segment
- pixel
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/90—Determination of colour characteristics
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
- G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
- G01N1/30—Staining; Impregnating ; Fixation; Dehydration; Multistep processes for preparing samples of tissue, cell or nucleic acid material and the like for analysis
-
- G—PHYSICS
- G02—OPTICS
- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B21/00—Microscopes
- G02B21/06—Means for illuminating specimens
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/0002—Inspection of images, e.g. flaw detection
- G06T7/0004—Industrial image inspection
- G06T7/0008—Industrial image inspection checking presence/absence
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/0002—Inspection of images, e.g. flaw detection
- G06T7/0012—Biomedical image inspection
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/10—Segmentation; Edge detection
- G06T7/11—Region-based segmentation
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/10—Segmentation; Edge detection
- G06T7/12—Edge-based segmentation
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/10—Segmentation; Edge detection
- G06T7/136—Segmentation; Edge detection involving thresholding
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/10—Segmentation; Edge detection
- G06T7/181—Segmentation; Edge detection involving edge growing; involving edge linking
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/10—Segmentation; Edge detection
- G06T7/194—Segmentation; Edge detection involving foreground-background segmentation
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/70—Determining position or orientation of objects or cameras
- G06T7/73—Determining position or orientation of objects or cameras using feature-based methods
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06V—IMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
- G06V10/00—Arrangements for image or video recognition or understanding
- G06V10/40—Extraction of image or video features
- G06V10/44—Local feature extraction by analysis of parts of the pattern, e.g. by detecting edges, contours, loops, corners, strokes or intersections; Connectivity analysis, e.g. of connected components
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06V—IMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
- G06V20/00—Scenes; Scene-specific elements
- G06V20/60—Type of objects
- G06V20/69—Microscopic objects, e.g. biological cells or cellular parts
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06V—IMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
- G06V20/00—Scenes; Scene-specific elements
- G06V20/60—Type of objects
- G06V20/69—Microscopic objects, e.g. biological cells or cellular parts
- G06V20/695—Preprocessing, e.g. image segmentation
-
- G—PHYSICS
- G02—OPTICS
- G02B—OPTICAL ELEMENTS, SYSTEMS OR APPARATUS
- G02B21/00—Microscopes
- G02B21/36—Microscopes arranged for photographic purposes or projection purposes or digital imaging or video purposes including associated control and data processing arrangements
- G02B21/365—Control or image processing arrangements for digital or video microscopes
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/10—Image acquisition modality
- G06T2207/10024—Color image
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/10—Image acquisition modality
- G06T2207/10056—Microscopic image
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/20—Special algorithmic details
- G06T2207/20112—Image segmentation details
- G06T2207/20132—Image cropping
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/30—Subject of image; Context of image processing
- G06T2207/30004—Biomedical image processing
- G06T2207/30024—Cell structures in vitro; Tissue sections in vitro
Landscapes
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Multimedia (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Quality & Reliability (AREA)
- Radiology & Medical Imaging (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Optics & Photonics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Image Analysis (AREA)
- Image Processing (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Studio Devices (AREA)
Abstract
Description
Claims (17)
- 細胞画像処理装置で用いられる細胞画像の特性を定量化する方法であって、該方法は下記の、
(a)複数の画素を有する細胞画像を読み込む工程と、
(b)色空間内の前記画素それぞれの複数の色属性の少なくとも1つに従って前記細胞画像からバックグラウンド部分を除去して、バックグラウンド除去画像を得る工程と、
(c)前記バックグラウンド除去画像を核部分および細胞質部分に分割する工程と、
(d)前記核部分および前記細胞質部分に基づいて核/細胞質色比を生成する工程とを含むことを特徴とする方法。 - 前記工程(b)はさらに下記の、
(b1)前記細胞画像の画素の色属性の少なくとも1つに従って複数の第1初期基準点を決定する工程と、
(b2)前記第1初期基準点に基づいて前記細胞画像の前記画素をクラスタリングすることによって前記細胞画像の前記バックグラウンド部分を除去し、前記バックグラウンド除去画像を得る工程と、
(b3)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性の少なくとも1つに従って複数の第2初期基準点を決定する工程と、
(b4)前記第2初期基準点に基づいて前記バックグラウンド除去画像の前記画素をクラスタリングすることによって前記バックグラウンド除去画像の前記バックグラウンド部分を除去し、前記バックグラウンド除去画像を更新する工程とを含み、
前記工程(c)はさらに下記の、
(c1)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性の少なくとも1つおよび該画素間の重み比率に従って複数の前記第3初期基準点を決定し、該第3初期基準点および前記重み比率に基づいて前記バックグラウンド除去画像の前記画素をクラスタリングすることにより前記バックグラウンド除去画像を前記核部分および前記細胞質部分に分割する工程を含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記核/細胞質色比を、前記核部分の前記色属性の関数値を前記細胞質部分の前記色属性の関数値で除算することによって生成することを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 細胞画像処理装置で用いられる細胞画像の特性を定量化する方法であって、該方法は下記の、
(a)複数の画素を有する細胞画像を読み込む工程と、
(b)色空間内の前記画素それぞれの複数の色属性の少なくとも1つに従って前記細胞画像からバックグラウンド部分を除去して、バックグラウンド除去画像を得る工程と、
(c)前記バックグラウンド除去画像を核部分および細胞質部分に分割する工程と、
(d)前記バックグラウンド除去画像内の複数のエッジ画素を検出して、前記バックグラウンド除去画像内の複数の核ブロックをセグメント化する工程と、
(e)核極性、核内細胞質偽封入体の指数ならびに核重複および鋳型核の指数のうち少なくとも1つを含み、前記核極性は前記核ブロックに基づいて生成され、前記核内細胞質偽封入体の指数は前記核部分に基づいて生成され、前記核重複および鋳型核の指数は前記核ブロックおよび前記核部分に基づいて生成されるパラメータセットを生成する工程と、
(f)前記バックグラウンド除去画像を可視化することによって出力画像を生成する工程とを含むことを特徴とする方法。 - 前記工程(b)はさらに下記の、
(b1)前記細胞画像の画素の色属性の少なくとも1つに従って複数の第1初期基準点を決定する工程と、
(b2)前記第1初期基準点に基づいて前記細胞画像の前記画素をクラスタリングすることによって前記細胞画像の前記バックグラウンド部分を除去し、前記バックグラウンド除去画像を得る工程と、
(b3)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性の少なくとも1つに従って複数の第2初期基準点を決定する工程と、
(b4)前記第2初期基準点に基づいて前記バックグラウンド除去画像の前記画素をクラスタリングすることによって前記バックグラウンド除去画像の前記バックグラウンド部分を除去し、前記バックグラウンド除去画像を更新する工程とを含み、
前記工程(c)はさらに下記の、
(c1)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性の少なくとも1つおよび該画素間の重み比率に従って複数の第3初期基準点を決定し、該第3初期基準点および前記重み比率に基づいて前記バックグラウンド除去画像の前記画素をクラスタリングすることによって前記バックグラウンド除去画像を前記核部分および前記細胞質部分に分割する工程を含むことを特徴とする請求項4に記載の方法。 - 前記工程(d)はさらに下記の、
(d1−1)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性の少なくとも1つに従って、二次元(2D)グレースケール行列を生成する工程と、
(d1−2)前記2Dグレースケール行列をi番目のパラメータを有するデリチェフィルタ行列で乗算してi番目の2D勾配行列を得る、該i番目の2D勾配行列は前記画素に隣接する画素に対する前記画素それぞれの水平方向勾配および垂直方向勾配を記録し、iの初期値は1である工程と、
(d1−3)前記i番目の2D勾配行列にマスクを施して、該マスク内の中央画素の総勾配の大きさが前記マスク内の相対的最大値であるか否かを判断し、前記マスク内の前記中央画素の前記総勾配の大きさが前記マスク内の前記相対的最大値ではない場合には、前記中央画素の前記水平方向勾配および前記垂直方向勾配を0に設定して、前記i番目の2D勾配行列を更新する工程と、
(d1−4)前記更新されたi番目の2D勾配行列に前記マスクを施して、前記マスク内の前記中央画素に隣接する垂直画素の総勾配の大きさおよび隣接する水平画素の総勾配の大きさがいずれも0ではないか否かを判断し、前記マスク内の前記中央画素に隣接する垂直画素の前記総勾配の大きさおよび隣接する水平画素の前記総勾配の大きさがいずれも0ではない場合、前記中央画素の前記水平方向勾配および前記垂直方向勾配を0に設定して前記i番目の2D勾配行列を更新する、該更新されたi番目の2D勾配行列で前記総勾配の大きさが0ではない前記画素は前記エッジ画素である工程と、
(d1−5)iを2に設定して前記工程(d1−2)ないし(d1−4)を実行し、第2番目の2D勾配行列を得る工程と、
(d1−6)iを3に設定して前記工程(d1−2)ないし(d1−4)を実行し、第3番目の2D勾配行列を得る工程とを含み、
前記i番目の2D勾配行列に関し、iは1ないし3であり、前記工程(d)はさらに下記の、
(d2−1)前記エッジ画素を8接続式接続性ルールに従って接続して複数の線セグメントを形成する工程であって、対象のエッジ画素に接続された隣のエッジ画素の総勾配の大きさは第1の閾値よりも大きく、前記対象のエッジ画素の総勾配方向と前記対象のエッジ画素に接続された前記隣のエッジ画素の前記総勾配方向の間の角度は第2の閾値未満である工程と、
(d2−2)長さが第3の閾値の3/4未満または平均勾配が第4の閾値未満である線セグメント、および該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−3)前記線セグメントそれぞれの先頭エッジ画素と終端エッジ画素の間の距離が第5の閾値未満であるか否かを判断する工程と、
(d2−4)前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の前記距離が前記第5の閾値未満である前記線セグメントについて、該線セグメントの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の距離が第6の閾値未満であるか否かを判断し、該距離が前記第6の閾値未満である場合、前記線セグメントに対してエッジ補間処置を実行する工程と、
(d2−5)前記エッジ補間処置によって処理された前記線セグメントについて、該線セグメントの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の距離が前記第5の閾値未満であるか否かを判断し、該距離が前記第5の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−6)前記線セグメントのそれぞれについて、該線セグメントに対応する前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記線セグメントによって囲まれた領域の円心を向いているか否かを判断する工程と、
(d2−7)前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記円心を向いていない前記線セグメントについて、該線セグメントによって囲まれた前記領域内の画素を核内細胞質偽封入体ブロックに分類し、前記線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−8)前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記円心を向いている前記線セグメントについて、該線セグメントの周囲長さが前記第3の閾値未満であるか否かを判断し、該周囲長さが前記第3の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−9)前記周囲長さが前記第3の閾値以上である前記線セグメントについて、該線セグメントの円形度が第7の閾値未満であるか否かを判断する工程と、
(d2−10)前記円形度が前記第7の閾値未満である前記線セグメントについて、該線セグメントの楕円度が第8の閾値未満であるか否かを判断し、該楕円度が該第8の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−11)i番目のエッジ行列および該i番目のエッジ行列のエッジ画素のi番目の接続情報を、前記線セグメントのうち除去されていない線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素に基づいて生成する工程とを含み、
前記工程(d)はさらに下記の、
(d2−12)前記第1番目のエッジ行列、前記第2番目のエッジ行列および前記第3番目のエッジ行列、ならびに前記第1番目の接続情報、前記第2番目の接続情報および前記第3番目の接続情報を積分して、積分エッジ行列および該積分エッジ行列のエッジ画素の積分接続情報を得る工程と、
(d2−13)前記積分エッジ行列および前記積分エッジ行列の前記エッジ画素の前記積分接続情報に基づいて、前記バックグラウンド除去画像内の前記核ブロックをセグメント化する工程とを含むことを特徴とする請求項4に記載の方法。 - 前記工程(d)はさらに下記の、
(d3−1)前記i番目のエッジ行列および該i番目のエッジ行列の前記エッジ画素のi番目の接続情報に基づいて、前記バックグラウンド除去画像内の前記線セグメントのそれぞれによって囲まれた領域内の前記画素をバックグラウンド画素として設定して、一時的バックグラウンド除去画像を生成する工程と、
(d3−2)前記一時的バックグラウンド除去画像の画素の色属性のうち少なくとも1つに従って2Dグレースケール行列を生成し、前記工程(d1−2)ないし(d1−4)および前記工程(d2−1)ないし(d2−11)を実行して、前記一時的バックグラウンド除去画像の前記i番目のエッジ行列および該i番目のエッジ行列のエッジ画素のi番目の接続情報を得る工程と、
(d3−3)前記一時的バックグラウンド除去画像の前記i番目のエッジ行列内に前記エッジ画素が存在するか否かを判断する工程と、
(d3−4)前記エッジ画素が存在する場合、前記一時的バックグラウンド除去画像の前記i番目のエッジ行列および該i番目のエッジ行列の前記エッジ画素の前記i番目の接続情報を、それぞれ前記バックグラウンド除去画像の前記i番目のエッジ行列および該i番目のエッジ行列のエッジ画素の前記i番目の接続情報に組み込む工程と、
(d3−5)前記工程(d3−3)において前記エッジ画素が存在しないと判断するまで前記工程(d3−1)ないし(d3−4)を繰り返す工程とを含むことを特徴とする請求項6に記載の方法。 - 前記工程(d)はさらに下記の、
(d4−1)前記積分エッジ行列および該積分エッジ行列の前記エッジ画素の前記接続情報に基づいて、前記バックグラウンド除去画像の前記線セグメントそれぞれによって囲まれた前記領域内の前記画素を前記バックグラウンド画素として設定して、一時的バックグラウンド除去画像を生成する工程と、
(d4−2)前記一時的バックグラウンド除去画像の画素の色属性のうち少なくとも1つに従って2D二値行列を生成する工程と、
(d4−3)パラメータを有するデリチェフィルタ行列で前記2D二値行列を乗算して2D勾配行列を得る、該2D勾配行列は前記画素それぞれの隣接する画素に対する前記水平方向勾配および前記垂直方向勾配を記録する工程と、
(d4−4)前記マスクを前記2D勾配行列に施して、前記マスク内の前記中央画素の前記総勾配の大きさがマスクの相対的最大値であるか否かを判断し、前記マスク内の前記中央画素の前記総勾配の大きさが前記マスクにおける前記相対的最大値ではない場合、前記中央画素の前記水平方向勾配および前記垂直方向勾配を0に設定して、前記2D勾配行列を更新する工程と、
(d4−5)前記マスクを前記更新された2D勾配行列に施して、前記マスク内の前記中央画素に隣接する垂直画素の前記総勾配の大きさおよび隣接する水平画素の前記総勾配の大きさがいずれも0ではないか否かを判断し、前記中央画素に隣接する垂直画素の前記総勾配の大きさおよび隣接する水平画素の前記総勾配の大きさがいずれも0ではない場合、前記中央画素の前記水平方向勾配および前記垂直方向勾配を0に設定して、前記2D勾配行列を更新する、該更新された2D勾配行列の前記総勾配の大きさが0ではない前記画素は前記エッジ画素である工程とを含み、
前記2D勾配行列に関し、前記工程(d)はさらに下記の、
(d5−1)前記エッジ画素を前記8接続式接続性ルールに従って接続して複数の線セグメントを形成する、前記対象のエッジ画素の前記総勾配方向と前記対象のエッジ画素に接続された前記隣のエッジ画素の前記総勾配方向の間の角度が前記第2の閾値未満である工程と、
(d5−2)長さが前記第3の閾値の3/4未満である前記線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d5−3)前記線セグメントそれぞれの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の距離が前記第5の閾値未満であるか否かを判断する工程と、
(d5−4)前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の前記距離が前記第5の閾値以上である前記線セグメントについて、該線セグメントの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の距離が前記第6の閾値未満であるか否かを判断し、該距離が該第6の閾値未満である場合、前記線セグメントに対して前記エッジ補間処置を行う工程と、
(d5−5)前記エッジ補間処置によって処理された前記線セグメントについて、該線セグメントの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の距離が前記第5の閾値未満であるか否かを判断し、該距離が該第5の閾値よりも大きい線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d5−6)前記線セグメントそれぞれについて、該線セグメントに対応する前記エッジ画素の前記総勾配方向が該線セグメントによって囲まれた領域の円心を向いているか否かを判断する工程と、
(d5−7)前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記円心を向いていない前記線セグメントについて、該線セグメントによって囲まれた前記領域内の画素を核内細胞質偽封入体ブロックに分類し、前記線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d5−8)前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記円心を向いている前記線セグメントについて、該線セグメントの周囲長さが前記第3の閾値未満であるか否かを判断し、該周囲長さが第3の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d5−9)前記周囲長さが前記第3の閾値以上である前記線セグメントについて、該線セグメントの円形度が第7の閾値未満であるか否かを判断する工程と、
(d5−10)前記円形度が前記第7の閾値未満である前記線セグメントについて、該線セグメントの楕円度が第8の閾値未満であるか否かを判断し、該楕円度が該第8の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d5−11)エッジ行列および該エッジ行列のエッジ画素の接続情報を前記線セグメントのうち除去されていない線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素に基づいて生成する工程と、
(d5−12)前記エッジ行列および該エッジ行列のエッジ画素の前記接続情報を、それぞれ前記積分エッジ行列および該積分エッジ行列の前記エッジ画素の前記積分接続情報に組み込む工程とを含むことを特徴とする請求項6に記載の方法。 - 前記工程(c)はさらに下記の、
前記細胞質部分に関し、該細胞質部分は前記セグメント化された核ブロック内に配置されかつ前記核内細胞質偽封入体ブロック内に配置されていない複数の画素を有するか否かを判断し、前記細胞質部分は前記セグメント化された核ブロック内に配置されかつ前記核内細胞質偽封入体ブロック内に配置されていない前記画素を有する場合、前記セグメント化された核ブロック内に配置されかつ前記核内細胞質偽封入体ブロック内に配置されていない前記画素を前記核部分に再度分類する工程を含むことを特徴とする請求項6に記載の方法。 - 前記工程(d2−12)はさらに下記の、
少なくとも1つの第1の新たな線セグメントが前記第2番目のエッジ行列の前記線セグメント間に存在するか否か、さらに前記第1の新たな線セグメントの重心と、前記第1番目のエッジ行列の前記線セグメントによって囲まれた前記領域の複数の重心の間の複数の重心距離はすべて核の平均短軸長さを超えるか否かを判断する工程と、
前記少なくとも1つの第1の新たな線セグメントが存在する場合、該少なくとも1つの第1の新たな線セグメントのエッジ画素を前記第1番目のエッジ行列に付加して前記積分エッジ行列を生成し、さらに前記少なくとも1つの第1の新たな線セグメントと関連付けられた接続情報を前記第1番目の接続情報に付加して前記積分接続情報を生成する工程と、
少なくとも1つの第2の新たな線セグメントは前記第3番目のエッジ行列の前記線セグメント間に存在するか否か、さらに前記第2の新たな線セグメントの重心と、前記積分エッジ行列の前記線セグメントによって囲まれた前記領域の複数の重心の間の複数の重心距離はすべて前記核の平均短軸長さを超えるか否かを判断する工程と、
前記少なくとも1つの第2の新たな線セグメントが存在する場合、該少なくとも1つの第2の新たな線セグメントのエッジ画素を前記積分エッジ行列に付加して前記積分エッジ行列を更新し、さらに前記少なくとも1つの第2の新たな線セグメントと関連付けられた接続情報を前記積分接続情報に付加して、前記積分接続情報を更新する工程とを含むことを特徴とする請求項6に記載の方法。 - 前記エッジ補間処置はさらに下記の、
前記線セグメントの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の傾き、水平距離および垂直距離に基づいて、複数のエッジ画素を段階的に1つずつ前記先頭エッジ画素から前記終端エッジ画素に付加する工程を含むことを特徴とする請求項6に記載の方法。 - 前記出力画像を用いて、核/細胞質比(NCR)、前記核ブロック、前記核ブロック間にある少なくとも1つの細長い核ブロック、前記核部分中の重複した核部分、少なくとも1つの前記核内細胞質偽封入体ブロックおよび核主軸分布のうちの少なくとも1つを可視化することを特徴とする請求項4に記載の方法。
- 前記セグメント化された核ブロックの核主軸と水平軸の間の角度の標準偏差を計算することによって前記核極性を生成し、
前記核部分中の複数の核内細胞質偽封入体ブロックの総面積を前記核部分の総面積で除算することによって前記核内細胞質偽封入体の指数を生成し、
前記核部分中の前記核ブロックに属さない残りの面積を前記核部分の前記総面積で除算することによって前記核重複および鋳型核の指数を生成することを特徴とする請求項4に記載の方法。 - 複数の画素を含む細胞画像を保存するように構成されている記憶部と、
該記憶部に電気的に接続され、細胞画像の特性を定量化する方法を実行するように構成されている処理部とを有し、前記方法は下記の、
(a)前記記憶部から前記細胞画像を読み込む工程と、
(b)色空間内の前記画素それぞれの複数の色属性のうち少なくとも1つに従って前記細胞画像からバックグラウンド部分を除去して、バックグラウンド除去画像を得る工程と、
(c)該バックグラウンド除去画像を核部分および細胞質部分に分割する工程と、
(d)前記バックグラウンド除去画像内の複数のエッジ画素を検出して、前記バックグラウンド除去画像内の複数の核ブロックをセグメント化する工程と、
(e)パラメータセットを生成する、該パラメータセットは核極性、核内細胞質偽封入体の指数、核/細胞質色比ならびに核重複および鋳型核の指数のうちの少なくとも1つを含み、前記核/細胞質色比は前記核部分および前記細胞質部分に基づいて生成され、前記核極性は前記核ブロックに基づいて生成され、前記核内細胞質偽封入体の指数は前記核部分に基づいて生成され、前記核重複および鋳型核の指数は前記核ブロックおよび前記核部分に基づいて生成される工程と、
(f)前記バックグラウンド除去画像を可視化することによって出力画像を生成する工程とを含むことを特徴とする細胞画像処理装置。 - 前記細胞画像処理装置はさらに入力インタフェースおよび出力インタフェースを有し、前記処理部はさらに前記入力インタフェースを介して前記細胞画像を読み込み、該細胞画像を前記記憶部に保存し、前記処理部は前記出力インタフェースを介して前記出力画像を送信することを特徴とする請求項14に記載の細胞画像処理装置。
- 前記工程(b)はさらに下記の、
(b1)前記細胞画像の画素の色属性のうち少なくとも1つに従って複数の第1初期基準点を決定する工程と、
(b2)前記第1初期基準点に基づいて前記細胞画像の前記画素をクラスタリングすることによって前記細胞画像の前記バックグラウンド部分を除去し、前記バックグラウンド除去画像を得る工程と、
(b3)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性のうち少なくとも1つに従って複数の第2初期基準点を決定する工程と、
(b4)前記第2初期基準点に基づいて前記バックグラウンド除去画像の前記画素をクラスタリングすることによって前記バックグラウンド除去画像の前記バックグラウンド部分を除去し、前記バックグラウンド除去画像を更新する工程とを含み、
前記工程(c)はさらに下記の、
(c1)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性のうち少なくとも1つおよび該画素間の重み比率に従って複数の第3初期基準点を決定し、該第3初期基準点および前記重み比率に従って前記バックグラウンド除去画像の前記画素をクラスタリングすることによって、前記バックグラウンド除去画像を前記核部分および前記細胞質部分に分割する工程を含むことを特徴とする請求項14に記載の細胞画像処理装置。 - 前記工程(d)はさらに下記の、
(d1−1)前記バックグラウンド除去画像の画素の色属性のうち少なくとも1つに従って2Dグレースケール行列を生成する工程と、
(d1−2)該2Dグレースケール行列をi番目のパラメータを有するデリチェフィルタ行列で乗算してi番目の2D勾配行列を得る、該i番目の2D勾配行列は前記画素それぞれの該画素の隣接する画素に対する水平方向勾配および垂直方向勾配を記録し、iの初期値は1である工程と、
(d1−3)前記i番目の2D勾配行列にマスクを施し、該マスク内の中央画素の総勾配の大きさが前記マスクにおける相対的最大値であるか否かを判断し、前記マスク内の前記中央画素の前記総勾配の大きさが前記マスクにおける前記相対的最大値ではない場合、前記中央画素の前記水平方向勾配および前記垂直方向勾配を0に設定して、前記i番目の2D勾配行列を更新する工程と、
(d1−4)前記更新されたi番目の2D勾配行列に前記マスクを施し、該マスク内の前記中央画素に隣接する垂直画素の総勾配の大きさおよび隣接する水平画素の総勾配の大きさがいずれも0ではないか否かを判断し、前記マスク内の前記中央画素に隣接する垂直画素の前記総勾配の大きさおよび隣接する水平画素の前記総勾配の大きさがいずれも0ではない場合、前記中央画素の前記水平方向勾配および前記垂直方向勾配を0に設定して、前記i番目の2D勾配行列を更新する、前記更新されたi番目の2D勾配行列において前記総勾配の大きさが0ではない画素は前記エッジ画素である工程と、
(d1−5)iを2に設定し、前記工程(d1−2)ないし(d1−4)を実行して、第2番目の2D勾配行列を得る工程と、
(d1−6)iを3に設定し、前記工程(d1−2)ないし(d1−4)を実行して、第3番目の2D勾配行列を得る工程とを含み、
前記i番目の2D勾配行列に関して、iは1ないし3であり、前記工程(d)はさらに下記の、
(d2−1)前記エッジ画素を8接続式接続性ルールに従って接続して複数の線セグメントを形成する、対象のエッジ画素に接続された隣のエッジ画素の総勾配の大きさは第1の閾値を上回り、前記対象のエッジ画素の総勾配方向と、該対象のエッジ画素に接続された前記隣のエッジ画素の前記総勾配方向の間の角度は第2の閾値を下回る工程と、
(d2−2)前記線セグメントのうち長さが第3の閾値の3/4未満または平均勾配が第4の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−3)前記線セグメントそれぞれの先頭エッジ画素と終端エッジ画素の間の距離が第5の閾値未満であるか否かを判断する工程と、
(d2−4)前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の前記距離が第5の閾値以上である前記線セグメントについて、該線セグメントの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の前記距離が第6の閾値未満であるか否かを判断し、該距離が該第6の閾値未満である場合、前記線セグメントに対してエッジ補間処置を行う工程と、
(d2−5)前記エッジ補間処置によって処理された前記線セグメントについて、前記線セグメントの前記先頭エッジ画素と前記終端エッジ画素の間の距離が前記第5の閾値未満であるか否かを判断し、前記セグメントのうち前記距離が前記第5の閾値以上である線セグメントおよび該線セグメントに前記対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−6)前記線セグメントそれぞれについて、該線セグメントに対応する前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記線セグメントによって囲まれた領域の円心を向いているか否かを判断する工程と、
(d2−7)前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記円心を向いていない前記線セグメントについて、該線セグメントによって囲まれた前記領域内の画素を核内細胞質偽封入体ブロックに分類し、前記線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−8)前記エッジ画素の前記総勾配方向が前記円心を向いている前記線セグメントについて、該線セグメントの周囲長さが前記第3の閾値未満であるか否かを判断し、前記周囲長さが前記第3の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−9)前記周囲長さが前記第3の閾値以上である前記線セグメントについて、該線セグメントの円形度が第7の閾値未満であるか否かを判断する工程と、
(d2−10)前記円形度が前記第7の閾値未満である前記線セグメントについて、該線セグメントの楕円度が第8の閾値未満であるか否かを判断し、前記楕円度が前記第8の閾値未満である線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素を除去する工程と、
(d2−11)i番目のエッジ行列および該i番目のエッジ行列のエッジ画素のi番目の接続情報を、前記除去されていない線セグメントおよび該線セグメントに対応するエッジ画素に基づいて生成する工程とを含み、
前記工程(d)はさらに下記の、
(d2−12)前記第1番目のエッジ行列、前記第2番目のエッジ行列および前記第3番目のエッジ行列ならびに前記第1の接続情報、前記第2の接続情報および前記第3の接続情報を積分して、積分エッジ行列および該積分エッジ行列のエッジ画素の積分接続情報を得る工程と、
(d2−13)前記積分エッジ行列および該積分エッジ行列の前記エッジ画素の前記積分接続情報に基づいて、前記バックグラウンド除去画像内の前記核ブロックをセグメント化する工程とを含むことを特徴とする請求項14に記載の細胞画像処理装置。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201662419928P | 2016-11-09 | 2016-11-09 | |
| US62/419928 | 2016-11-09 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2018116685A true JP2018116685A (ja) | 2018-07-26 |
| JP6598838B2 JP6598838B2 (ja) | 2019-10-30 |
Family
ID=60153049
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2017215239A Expired - Fee Related JP6598838B2 (ja) | 2016-11-09 | 2017-11-08 | 細胞画像処理装置および細胞画像の特性を定量化する方法 |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US10497116B2 (ja) |
| EP (1) | EP3321851A3 (ja) |
| JP (1) | JP6598838B2 (ja) |
| CN (1) | CN108074268A (ja) |
| TW (1) | TWI630581B (ja) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2022508804A (ja) * | 2018-10-18 | 2022-01-19 | スラヴァン クマール パイェリ、 | 画像処理を用いた卵胞液の流れの監視 |
Families Citing this family (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN108805865B (zh) * | 2018-05-22 | 2019-12-10 | 杭州智微信息科技有限公司 | 一种基于饱和度聚类的骨髓白细胞定位方法 |
| TWI722297B (zh) * | 2018-06-28 | 2021-03-21 | 國立高雄科技大學 | 醫學影像之體內邊緣偵測處理系統及其方法 |
| TWI738131B (zh) | 2019-11-28 | 2021-09-01 | 財團法人資訊工業策進會 | 影像系統及檢測方法 |
| CN114764789B (zh) * | 2022-03-30 | 2024-05-21 | 广州锟元方青医疗科技有限公司 | 病理细胞的量化方法、系统、装置及存储介质 |
| CN116912133B (zh) * | 2023-09-12 | 2023-12-19 | 深圳市瑞沃德生命科技有限公司 | 一种梯度方向矫正方法及其装置 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPH06150000A (ja) * | 1992-11-04 | 1994-05-31 | Matsushita Electric Ind Co Ltd | 画像クラスタリング装置 |
| JP2006333710A (ja) * | 2005-05-31 | 2006-12-14 | Nikon Corp | 細胞の自動良否判定システム |
| JP2008503241A (ja) * | 2004-06-21 | 2008-02-07 | エクセリクシス, インク. | PTEN経路のモディファイヤーとしてのPGDsおよび使用方法 |
| US20140050385A1 (en) * | 2011-01-21 | 2014-02-20 | Carnegie Mellon University | Identifying location biomarkers |
| JP2014110797A (ja) * | 2005-05-13 | 2014-06-19 | Tripath Imaging Inc | 色原体分離に基づく画像解析の方法 |
Family Cites Families (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2227774B1 (en) * | 2007-12-04 | 2014-07-09 | University College Dublin, National University of Ireland Dublin | Method and system for image analysis |
| JP5426181B2 (ja) * | 2009-01-21 | 2014-02-26 | シスメックス株式会社 | 検体処理システム、細胞画像分類装置、及び検体処理方法 |
| US8948474B2 (en) * | 2010-01-25 | 2015-02-03 | Amcad Biomed Corporation | Quantification method of the feature of a tumor and an imaging method of the same |
| US20110256763A1 (en) * | 2010-04-07 | 2011-10-20 | Jan De Geest | Mitigation of crosstalk resonances in interconnects |
| US20140233826A1 (en) * | 2011-09-27 | 2014-08-21 | Board Of Regents Of The University Of Texas System | Systems and methods for automated screening and prognosis of cancer from whole-slide biopsy images |
| TWI496112B (zh) * | 2013-09-13 | 2015-08-11 | Univ Nat Cheng Kung | 細胞影像分割方法以及核質比評估方法 |
| CN105139383B (zh) * | 2015-08-11 | 2018-08-10 | 北京理工大学 | 基于定义圆hsv颜色空间的医学图像分割方法 |
| CN109121437A (zh) * | 2015-12-18 | 2019-01-01 | 雅培实验室 | 用于评估组织学染色的方法和系统 |
-
2017
- 2017-10-02 EP EP17194325.1A patent/EP3321851A3/en not_active Withdrawn
- 2017-11-02 CN CN201711063044.9A patent/CN108074268A/zh active Pending
- 2017-11-02 TW TW106137944A patent/TWI630581B/zh active
- 2017-11-08 JP JP2017215239A patent/JP6598838B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2017-11-09 US US15/808,589 patent/US10497116B2/en active Active
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPH06150000A (ja) * | 1992-11-04 | 1994-05-31 | Matsushita Electric Ind Co Ltd | 画像クラスタリング装置 |
| JP2008503241A (ja) * | 2004-06-21 | 2008-02-07 | エクセリクシス, インク. | PTEN経路のモディファイヤーとしてのPGDsおよび使用方法 |
| JP2014110797A (ja) * | 2005-05-13 | 2014-06-19 | Tripath Imaging Inc | 色原体分離に基づく画像解析の方法 |
| JP2006333710A (ja) * | 2005-05-31 | 2006-12-14 | Nikon Corp | 細胞の自動良否判定システム |
| US20140050385A1 (en) * | 2011-01-21 | 2014-02-20 | Carnegie Mellon University | Identifying location biomarkers |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2022508804A (ja) * | 2018-10-18 | 2022-01-19 | スラヴァン クマール パイェリ、 | 画像処理を用いた卵胞液の流れの監視 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP3321851A3 (en) | 2018-08-01 |
| JP6598838B2 (ja) | 2019-10-30 |
| TW201818349A (zh) | 2018-05-16 |
| CN108074268A (zh) | 2018-05-25 |
| US10497116B2 (en) | 2019-12-03 |
| TWI630581B (zh) | 2018-07-21 |
| EP3321851A2 (en) | 2018-05-16 |
| US20180130205A1 (en) | 2018-05-10 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6598838B2 (ja) | 細胞画像処理装置および細胞画像の特性を定量化する方法 | |
| JP5321145B2 (ja) | 画像診断支援装置、画像診断支援方法、画像診断支援プログラム、及びその記憶媒体 | |
| CN107850586B (zh) | 图像解析装置、图像解析方法、图像解析系统、以及存储介质 | |
| CN108629761B (zh) | 一种乳腺癌图像识别方法、装置和用户终端 | |
| CN117612711B (zh) | 一种分析肝癌复发数据的多模态预测模型构建方法及系统 | |
| JP7677391B2 (ja) | システム及び情報処理方法 | |
| JP5576775B2 (ja) | 画像処理装置、画像処理方法、及び画像処理プログラム | |
| JP7731556B2 (ja) | 病理スライドイメージに対する免疫表現型と関連付けられた情報を提供する方法及び装置 | |
| JP2012073179A (ja) | 病理診断支援装置、病理診断支援方法、病理診断支援のための制御プログラムおよび該制御プログラムを記録した記録媒体 | |
| JPWO2015040990A1 (ja) | 疾患分析装置、制御方法、及びプログラム | |
| JP2012008027A (ja) | 病理診断支援装置、病理診断支援方法、病理診断支援のための制御プログラムおよび該制御プログラムを記録した記録媒体 | |
| JP2001059842A (ja) | 病理診断装置 | |
| CN107567631B (zh) | 组织样品分析技术 | |
| WO2016117018A1 (ja) | 画像処理装置、画像処理方法および画像処理プログラム | |
| US7865000B2 (en) | Medical image processing apparatus for analyzing properties of living body based on image data thereof | |
| CN113178228B (zh) | 基于细胞核dna分析的细胞分析方法、计算机设备、存储介质 | |
| JP4609322B2 (ja) | 染色体状態の評価方法および評価システム | |
| WO2013118436A1 (ja) | 生体画像解析システム、生体画像解析方法および生体画像解析プログラム | |
| US20230081277A1 (en) | Methods for efficiently determining density and spatial relationship of multiple cell types in regions of tissue | |
| RU2712919C1 (ru) | Способ распознавания пигментных новообразований кожи | |
| Song et al. | A circumscribing active contour model for delineation of nuclei and membranes of megakaryocytes in bone marrow trephine biopsy images | |
| Phan et al. | Biomedical Imaging Informatics for Diagnostic Imaging Marker Selection | |
| CN113295692A (zh) | 基于细胞核dna和tbs双分析法的细胞分析方法、计算机设备、存储介质 | |
| JP2022104405A (ja) | 画像解析方法、推定装置、推定システム、制御プログラム、記録媒体 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20171108 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180511 |
|
| A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20181130 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190108 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190405 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20190917 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20191001 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6598838 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |