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JP2018086005A - Ｔｅｍ−１診断用抗体 - Google Patents

Ｔｅｍ−１診断用抗体 Download PDF

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Abstract

【課題】癌の処置のために腫瘍内皮マーカー１（ＴＥＭ−１）を特異的に標的とすることができる抗体、および、早期検出及び効果的な処置の可能性を改善するために、癌を検出し、既存の癌を監視し、治療の有効性を評価するための非侵襲的な方法の提供。【解決手段】腫瘍内皮マーカー１（ＴＥＭ−１）に特異的に結合する抗体、及びその抗原結合フラグメント、関連ポリヌクレオチド、発現ベクター、及び記載される抗体を発現する細胞である。該抗体、及びその抗原結合フラグメントを使用する方法、並びに関連キット。対象に由来する生体試料中のＴＥＭ−１の量を判定することと、このレベルを既知の標準又は参照試料中のＴＥＭ−１のレベルと比較することとを含む。【選択図】図１

Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、２０１２年３月３０日に提出された米国出願第６１／６１８，２３５号の利益を主張し、その内容は、参照することによりそれら全体が本明細書に組み込まれる。
（発明の分野）
本明細書に提供される開示は、ＴＥＭ−１に特異的なラットモノクローナル抗体、並びに記載される抗体を産生及び使用する方法に関する。
血管新生は、新たな血管の形成を伴う、調節された過程である。それは、正常な成長、胚発生、創傷治癒、及び他の生理学的過程において重要な役割を果たす（Ｙａｎｃｏｐｏｕｌｏｓ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｎａｔｕｒｅ ４０７（６８０１）：２４２〜８）。更に、デノボ血管新生は、癌を含むいくつかの疾患に関与し、新たな「胚様」血管の形成（本明細書において新血管形成と称される）は、構造及び機能に関して、正常な脈管構造とは異なるように見える（Ｈａｎａｈａｎ ａｎｄ Ｗｅｉｎｂｅｒｇ（２０００）Ｃｅｌｌ １００（１）：５７〜７０）。多数のインビボ及びインビトロ研究は、新生血管疾患の治療のために、胚型、腫瘍関連内皮型の血管形成を選択的に阻害することができる、新たな抗血管由来成分を発生させる能力を提供する、血管新生の様々なモデル系を使用して判定されるように、正常な脈管構造と、疾患に関連する脈管構造との間の疾患生物学的差異を実証している。
これらの治療機会の見地から、腫瘍及び他の新生血管疾患関連内皮細胞の成長及び機能を特異的に阻害することができる、潜在的な標的の熱心な模索が続いている。そのような標的を特定する試みにおいて、腫瘍ストローマの細胞表面抗原を特定するように、並びに新血管内皮細胞中で発現される特定のタンパク質又はＲＮＡを単離するように、戦略が設計されている（Ｒｅｔｔｉｇ ｅｔ ａｌ．（１９９２）ＰＮＡＳ ８９（２２）：１０８３２〜６；Ｓｔ．Ｃｒｏｉｘ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８９：１１９７〜１２０２）。これらの戦略は、エンドシアリン（endosialin）又はＣＤ２４８としても知られる、腫瘍内皮マーカー１（ＴＥＭ−１）と呼ばれる細胞表面タンパク質を特定した。ＴＥＭ−１は、腫瘍関連周皮細胞、腫瘍ストローマ細胞上、及び悪性細胞の部分集合上に直接発現される。周皮細胞は、それらの成長及び生存のために腫瘍への血液を支持する血管の形成を支持する特殊化した細胞である。腫瘍中のＴＥＭ−１の発現は、いくつかの独立した研究室及び実験によって観察されており、エンドシアリン機能のブロッキングは、腫瘍成長及び転移を阻害することが示されている。
癌において、新血管形成は、腫瘍に血液を供給するために重要であり、主に無制御の成長を支持するために栄養素を提供すると考えられる。したがって、腫瘍脈管構造と別個に関連付けられるＴＥＭ−１等のタンパク質は、癌の処置のための潜在的な治療標的になっている。ＴＥＭ−１を特異的に標的とすることができる抗体の発生は、これらの疾患を処置する能力を提供する。癌の早期検出は、生存率及び生活の質を改善することも理解される。早期検出及び効果的な処置の可能性を改善するために、癌を検出し、既存の癌を監視し、治療の有効性を評価するための非侵襲的な方法の必要性が存在する。
本明細書では、ＴＥＭ−１に結合する抗体が提供される。提供される抗体をコードすることができる関連ポリヌクレオチド、提供される抗体を発現する細胞、並びに関連ベクター及び検出可能な抗体標識も説明される。加えて、提供される抗体を使用する方法が説明される。例えば、提供される抗体は、癌を診断するか、癌の進行、退縮、若しくは安定した疾患を監視するか、患者が癌に対して処置されるべきかどうかを判定するか、又は対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患しているかどうか、及びしたがってＴＥＭ−１特異的抗癌治療の影響を受け得るかどうかを判定するために使用され得る。
ＴＥＭ−１特異的抗体
本明細書では、ＴＥＭ−１に特異的な単離された抗体及び抗原結合フラグメントが説明される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。いくつかの実施形態において、記載される抗体は、１×１０−８Ｍ以下の解離定数でＴＥＭ−１に結合することができる。表１は、本明細書に記載される抗体の要約を提供する。
記載される抗体に加えて、その記載される抗体をコードすることができるポリヌクレオチド配列も提供される。記載されるポリヌクレオチドを含むベクターもまた、本明細書に提供される抗体を発現する細胞であるため、提供される。開示されるベクターを発現することができる細胞も説明される。これらの細胞は、哺乳類細胞（ＣＨＯ−Ｋ１細胞等）、昆虫細胞（Ｓｆ７細胞等）、酵母細胞、植物細胞、又は細菌細胞（大腸菌等）であり得る。記載される抗体は、本明細書に記載されるように、ハイブリドーマ細胞によって産生されてもよい。
ＴＥＭ−１特異的抗体を使用する方法
記載される抗体を使用する方法も開示される。例えば、これらの抗体は、血液若しくは血清等の生体試料中のＴＥＭ−１の存在を検出するため、血液若しくは血清等の生体試料中のＴＥＭ−１の量を定量化するため、ＴＥＭ−１発現癌を診断するため、癌に罹患している対象を処置する方法を決定するため、又は対象における癌の進行を監視するために有用であり得る。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌は、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌であり得る。記載される方法は、対象が、ＭＯＲＡｂ−００４による処置等のＴＥＭ−１発現癌の処置を受ける前に実行されてもよい。更に、記載される方法は、対象が、ＭＯＲＡｂ−００４による処置等のＴＥＭ−１発現癌の処置を受けた後に実行されてもよい。この点において、本明細書に記載される方法は、抗体９Ｇ５及び１５Ｆ８等のＴＥＭ−１に結合するためのＭＯＲＡｂ−００４と競合しない、１つ以上の抗体又はその抗原結合フラグメントを使用して実行されてもよい。
生体試料中のＴＥＭ−１を検出する、記載される方法は、生体試料を、本明細書に記載されるＴＥＭ−１特異的抗体のうちの１つ以上に曝露することを含む。
対象におけるＴＥＭ−１発現癌を診断する、記載される方法は、生体試料を、本明細書に記載されるＴＥＭ−１特異的抗体のうちの１つ以上に曝露することも含むが、該方法はまた、試料中に存在するＴＥＭ−１の量を定量化することと、試料中に存在するＴＥＭ−１の量を既知の標準又は参照試料と比較することと、対象のＴＥＭ−１レベルが、癌と関連付けられるＴＥＭ−１のレベル内にあるかどうかを判定することとを含む。
本明細書に提供されるＴＥＭ−１発現癌に罹患した対象を処置するための方法は、ＴＥＭ−１発現癌を診断するための方法に類似しているが、前者が、癌の処置を対象に投与するか、又は処方するという更なる工程を含むという点において異なる。いくつかの実施形態において、癌の処置は、ＭＯＲＡｂ−００４等のＴＥＭ−１特異的抗体であってもよい。
本明細書では、対象におけるＴＥＭ−１発現癌を監視する方法も記載される。記載される方法は、生体試料を、本明細書に記載されるＴＥＭ−１特異的抗体のうちの１つ以上に曝露することと、抗体又はその抗原結合フラグメントによって結合される試料中のＴＥＭ−１の量を定量化することと、試料中に存在するＴＥＭ−１の量を、既知の標準若しくは参照試料、又は対象から以前に得られた同様の試料中のＴＥＭ−１の量のいずれかと比較することと、対象のＴＥＭ−１レベルが、比較される試料中のＴＥＭ−１の量の差異に基づいて、癌の進行、退縮、又は安定した疾患を示すかどうかを判定することと、を含む。
対象から得られる試料、又は対象に由来する試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞、組織、外科的に切除された腫瘍組織、生検、細針吸引試料、又は組織学的調製物等の生体試料である。
記載される抗体は、記載される方法、又は当業者に既知の他の方法と併用するために標識されてもよい。例えば、本明細書に記載される抗体、又はその抗原結合フラグメントは、放射線標識、蛍光標識、エピトープタグ、ビオチン、発色団標識、ＥＣＬ標識、又は酵素、ルテニウム、１１１Ｉｎ−ＤＯＴＡ、１１１Ｉｎ−ジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＤＴＰＡ）、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリンホスファターゼ、及びβ−ガラクトシダーゼ、又はポリ−ヒスチジン、あるいは当該技術分野において既知の類似のそのような標識で標識され得る。
キット
本明細書では、開示される抗体を含むキットが説明される。記載されるキットは、本明細書に提供される抗体を使用する方法、又は当業者に既知の他の方法を実行するために使用されてもよい。いくつかの実施形態において、記載されるキットは、本明細書に記載される抗体と、生体試料中のＴＥＭ−１の存在を検出する際に使用するための試薬と、を含んでもよい。したがって、記載されるキットは、本明細書に記載される抗体若しくはその抗体結合フラグメント（複数可）のうちの１つ以上と、使用中でないときに、抗体若しくはフラグメントを含有するための容器と、抗体若しくはその抗体結合フラグメントの使用のための説明書と、本明細書に記載されるように、固体支持体に固定される抗体若しくはフラグメント、又はその抗体若しくはフラグメントの検出可能に標識された形態と、を含んでもよい。
ＴＥＭ−１を発現することが知られている大動脈平滑筋細胞（Ｓ）、又はＴＥＭ−１を発現しないヒト臍静脈内皮細胞（Ｈ）のいずれかからの細胞溶解物のウェスタンブロットが描写される。ブロットは、表示されるＴＥＭ−１に特異的なモノクローナルラット抗体で別個にプローブした。 抗体９Ｇ５によって検出されるように、膀胱癌（Ａ）、脂肪肉腫（Ｂ）、黒色腫（Ｃ）、線維粘液肉腫（Ｄ）、黒色腫（Ｅ）、平滑筋肉腫（Ｆ）、肝細胞癌（Ｇ）、胃癌（Ｈ）、又は結腸直腸癌（Ｉ）を有する対象からの組織学的試料上のＴＥＭ−１分布の画像が示される。 黒色腫患者から得られたヒト血清から免疫沈降させたＴＥＭ−１のウェスタンブロットが描写される。個別の試料は、タンパク質含有量に対して正規化されなかったため、図面に示されるバンドの強度は、試料中のＴＥＭ−１の相対濃度を反映していない。 ＴＥＭ−１ ＥＣＬアッセイの検出範囲が描写される。 正常な対象又は病期黒色腫患者の血清中ＴＥＭ−１濃度のグラフ表示が示される。試料の統計的変動のグラフ表示も提供される。 正常な対象又は癌患者の血漿中ＴＥＭ−１濃度のグラフ表示が示される。試料の統計的変動のグラフ表示も提供される。
以下の説明は、ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体、及びその抗原結合フラグメントを特徴付ける。これらの抗体及び抗原結合フラグメントをコードすることができる関連ポリヌクレオチド、抗体及び抗原結合フラグメントを発現する細胞、並びに関連ベクター及び検出可能な抗体標識も記載される。加えて、抗体及び抗原結合フラグメントを使用する方法が記載される。例えば、提供される抗体及び抗原結合フラグメントは、生体試料中のＴＥＭ−１を検出するため、ＴＥＭ−１発現癌を診断するため、ＴＥＭ−１発現癌の進行、退縮、若しくは安定した疾患を監視するため、患者が癌に対して処置されるべきかどうかを判定するため、又は対象が、ＴＥＭ−１発現癌に罹患しているかどうか、したがって、ＴＥＭ−１に対して配向された治療薬を用いた処置の影響を受け得るかどうかを判定するために使用され得る。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌としては、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌が挙げられる。
定義
説明の態様に関する様々な用語は、本明細書及び特許請求の範囲全体で使用される。そのような用語は、別段の指示がない限り、当該技術分野におけるそれらの通常の意味が付与されるものとする。他の特異的に定義される用語は、本明細書に提供される定義と一致する様式で解釈されるものとする。
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、その内容について別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を包含する。したがって、例えば、「細胞（a cell）」についての言及は、２つ以上の細胞の組み合わせ等を包含する。
本明細書において使用される、「約（about）」という用語は、量、一時的な期間等の測定可能な値について言及するとき、既定値から最大±１０％の変動を包含することを意味し、そのような変動は、開示される方法を実行するために適切である。別段の指示がない限り、本明細書及び特許請求の範囲において使用される、成分の量、分子量等の特性、反応条件等を表す全ての数字は、全ての場合に、「約」という用語によって修飾されると理解されるものとする。したがって、それとは反対に指示されない限り、以下の明細書及び添付の特許請求の範囲に記載される数値パラメータは、本発明によって得られることが求められる所望の特性に応じて変動し得る近似値である。最低限でも、また特許請求の範囲への同等物の原則の適用を限定する試みとしてではなく、各数値パラメータは、少なくとも、報告された有効数字の数を考慮して、及び通常の四捨五入法を適用することによって解釈されるべきである。
本発明の広範囲を示す数値的範囲及びパラメータは、近似値であるが、具体例な実施例に記載される数値は、可能な限り正確に報告される。しかしながら、いずれの数値も、本質的に、それらそれぞれの試験測定において見出される標準偏差から必然的に生じる、ある誤差を含む。
「単離された」とは、生体成分（核酸、ペプチド、又はタンパク質等）が、その成分が天然に存在する有機体の他の生体成分、すなわち、他の染色体及び染色体外ＤＮＡ及びＲＮＡ、並びにタンパク質から実質的に分離されたか、それから離れて産生されたか、又はそれから離れて精製されたことを意味する。したがって、「単離された」核酸、ペプチド、及びタンパク質としては、標準精製方法によって精製された核酸及びタンパク質が挙げられる。「単離された」核酸、ペプチド、及びタンパク質は、組成物の一部であり得、そのような組成物が、核酸、ペプチド、又はタンパク質の天然環境の一部でない場合は更に単離され得る。この用語は、宿主細胞中の組み換え発現によって調整された核酸、ペプチド、及びタンパク質、並びに化学的に合成された核酸も包含する。
同義的に「核酸分子」、「ヌクレオチド」、又は「核酸」と称される「ポリヌクレオチド」は、任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを指し、非修飾ＲＮＡ若しくはＤＮＡ、又は修飾ＲＮＡ若しくはＤＮＡであってもよい。「ポリヌクレオチド」としては、限定されないが、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域の混合であるＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、及び一本鎖及び二本鎖領域の混合であるＲＮＡ、一本鎖若しくはより典型的に二本鎖、又は一本鎖及び二本鎖領域の混合であり得るＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられる。加えて、「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡ若しくはＤＮＡ，又はＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。ポリヌクレオチドという用語は、１つ以上の修飾された塩基を含有するＤＮＡ又はＲＮＡ、及び安定性又は他の理由のために修飾された骨格を伴うＤＮＡ又はＲＮＡも含む。「修飾された」塩基としては、例えば、トリチル化塩基、及びイノシン等の異例の塩基が挙げられる。多様な修飾がＤＮＡ及びＲＮＡに対して行われてもよく、したがって、「ポリヌクレオチド」は、典型的に、天然に見出されるポリヌクレオチドの化学的、酵素的、又は代謝的に修飾された形態、並びにウイルス及び細胞に特有のＤＮＡ及びＲＮＡの化学形態を包含する。「ポリヌクレオチド」は、しばしばオリゴヌクレオチドと称される、比較的短い核酸鎖も包含する。
「実質的に同じ」という意味は、その用語が使用される文脈に応じて異なり得る。重鎖及び軽鎖、並びにそれらをコードする遺伝子の中に存在する可能性がある天然の配列変異に起因して、アミノ酸配列又は本明細書に記載される抗体若しくは抗原結合フラグメントをコードする遺伝子内にあるレベルの変異を見出すことが予想されるが、それらの固有の結合特性（例えば、特異性及び親和性）に対する影響はほとんどないか、又は全くない。そのような予想は、部分的に、遺伝子コードの縮退、並びにコードされたタンパク質の性質を良好に改変しない、保存アミノ酸配列変異の進化的成功に起因する。したがって、核酸配列の文脈において、「実質的に同じ」とは、２つ以上の配列間の少なくとも６５％の同一性を意味する。好ましくは、この用語は、２つ以上の配列間の少なくとも７０％の同一性を指し、より好ましくは少なくとも７５％の同一性、より好ましくは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも８５％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、より好ましくは少なくとも９１％の同一性、より好ましくは少なくとも９２％の同一性、より好ましくは少なくとも９３％の同一性、より好ましくは少なくとも９４％の同一性、より好ましくは少なくとも９５％の同一性、より好ましくは少なくとも９６％の同一性、より好ましくは少なくとも９７％の同一性、より好ましくは少なくとも９８％の同一性、及びより好ましくは少なくとも９９％以上の同一性を指す。そのような同一性は、ｎＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：２２６４〜８；Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５８７３〜７）を使用して判定されてもよい。
タンパク質機能に対する実質的な効果を有することなく、タンパク質のアミノ酸配列内で発生し得る変異の程度は、同じ縮退原理がアミノ酸配列に適用されないため、核酸配列のそれよりもはるかに低い。したがって、抗体又は抗原結合フラグメントの文脈において、「実質的に同じ」とは、記載される抗体又は抗原結合フラグメントに対して、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する抗体又は抗原結合フラグメントを意味する。他の実施形態は、本明細書に記載される抗体及び抗原結合フラグメントと有意な同一性を共有しないが、１つ以上のＣＤＲ、又は本明細書に記載されるそのような配列に対して、９０％。９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、若しくは９９％同一である結合を付与することが必要とされる他の配列を組み込む、フレームワーク、足場、又は他の非結合領域を有する、ＴＥＭ−１特異的抗体又は抗原結合フラグメントを含む。
「ベクター」は、別の核酸セグメントが、そのセグメントの複製又は発現をもたらすように操作可能に挿入され得る、プラスミド、ファージ、コスミド、又はウイルス等のレプリコンである。
「クローン」は、有糸分裂によって単一細胞又は共通の祖先から派生した細胞の個体群である。「細胞株」は、多くの世代にわたってインビトロで安定した成長が可能な初代細胞のクローンである。本明細書に提供されるいくつかの実施例において、細胞は、ＤＮＡで細胞を形質転換することによって形質転換される。
「発現する」及び「産生する」という用語は、本明細書において同義的に使用され、遺伝子産物の生合成を指す。これらの用語は、遺伝子のＲＮＡへの転写を包含する。これらの用語は、ＲＮＡの１つ以上のポリペプチドへの転写も包含し、全ての天然に存在する転写後及び翻訳後修飾を更に包含する。抗体又はその抗原結合フラグメントの発現又は産生は、細胞の細胞質内、又は細胞培養の成長培地等の細胞外環境の中に存在し得る。
「処置する」又は「処置」という用語は、症状の軽減、寛解、減退等の任意の客観的又は主観的パラメータを含む、傷害、病理、若しくは状態の減衰若しくは軽減、状態を患者にとってより耐えられるものにすること、変性若しくは減少速度を減速すること、変性の最終点をあまり衰弱性にしないこと、対象の心身の健康を改善すること、又は生存期間を延長することにおける任意の成功又は成功のしるしを指す。処置は、身体検査、神経学的検査、又は精神医学的評価の結果を含む、客観的又は主観的パラメータによって評価されてもよい。
「抗体」は、別段の指定がない限り、様々な単量体及びキメラ形態を含む、免疫グロブリン（ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、及びＩｇＹ）の全てのアイソタイプを指す。
抗原結合フラグメントは、特定の抗原に対する結合親和性を呈し得る、任意のタンパク質性構造である。いくつかの抗原結合フラグメントは、親抗体分子の抗原結合特異性を保持する、無傷の抗体の一部分からなる。例えば、抗原結合フラグメントは、特定の抗原に結合することが知られている抗体の少なくとも１つの可変領域（重鎖若しくは軽鎖可変領域のいずれか）又は１つ以上のＣＤＲを含んでもよい。好適な抗原結合フラグメントの例としては、限定されないが、ダイアボディ及び一本鎖分子、並びにＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｃ、Ｆａｂｃ、及びＦｖ分子、一本鎖（Ｓｃ）抗体、個別の抗体軽鎖、個別の抗体重鎖、抗体鎖又はＣＤＲと他のタンパク質との間のキメラ融合、タンパク質足場、重鎖単量体又は二量体、軽鎖単量体又は二量体、１つの重鎖及び１つの軽鎖からなる二量体等が挙げられる。全ての抗体アイソタイプは、抗原結合フラグメントを産生するために使用されてもよい。加えて、抗原結合フラグメントは、タンパク質足場等の関心対象の所与の抗原に対する親和性を付与する配向で、ポリペプチドセグメントを成功裏に組み込み得る、非抗体タンパク質性フレームワークを含んでもよい。抗原結合フラグメントは、組み換え産生され得るか、又は無傷の抗体の酵素若しくは化学切断によって産生され得る。「抗体又はその抗原結合フラグメント」という句は、所与の抗原結合フラグメントが、その句において言及される抗体の１つ以上のアミノ酸セグメントを組み込むことを示すために使用されてもよい。
「特異的結合」は、抗体又は抗体フラグメントの文脈において使用されるとき、分子の混合個体群を含有する試料中の他の分子に優先的に結合することなく、免疫グロブリン遺伝子又は免疫グロブリン遺伝子のフラグメントによってコードされるドメインを介して、関心対象のタンパク質の１つ以上のエピトープに結合することを表す。典型的に、抗体は、表面プラズモン共鳴アッセイ又は細胞結合アッセイによって測定される際、Ｋｄ約１×１０−８Ｍで同種抗原に結合する。「［抗原］特異的」抗体（例えば、ＴＥＭ−１特異的抗体）という句は、列挙される抗体が、列挙される抗原に特異的に結合することを伝えることを意味する。
「対象」という用語は、ヒト及び非ヒト動物を指し、全ての脊椎動物、例えば、哺乳類及び非哺乳類（非ヒト霊長類、マウス、ウサギ、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、及び爬虫類等）を含む。記載される方法の多くの実施形態において、対象はヒトである。
「試料」という用語は、本明細書において使用されるとき、対象から単離された類似の流体、細胞、又は組織（例えば、外科的に切除された腫瘍組織、細針吸引を含む生検）、並びに対象内に存在する流体、細胞、又は組織の集団を指す。いくつかの実施形態において、試料は、生体液である。生体液は、典型的に、生理学的温度で液体であり、対象又は生物源中に存在するか、そこから離脱されるか、発現されるか、又は他の方法で抽出される、天然に存在する流体を含んでもよい。ある生体液は、特定の組織、器官、又は局部的領域に由来し、ある他の生体液は、対象又は生物源中により広域又は全身的に位置し得る。生体液の例としては、血液、血清及び漿膜液、血漿、リンパ液、尿、唾液、嚢胞液、涙液、便、唾液、分泌組織及び器官の粘膜分泌物、膣分泌物、非固体腫瘍と関連付けられるもの等の腹水液、肋膜、心膜、腹腔及び他の体腔の流体、気管支洗浄によって回収された流体等が挙げられる。生体液としては、対象又は生物源と接触された溶液、例えば、細胞又は器官馴化培地を含む細胞及び器官培養培地、洗浄液等も挙げられ得る。「試料」という用語は、本明細書において使用されるとき、対象又は対象中に存在する物質から除去された物質を包含する。
「既知の標準」は、既知の量又は濃度のＴＥＭ−１を有する溶液であり得、この溶液は、早期癌、中期癌、末期癌、進行性癌、又は静的癌を有することが知られている患者からの試料等の天然に存在する溶液であり得るか、又はこの溶液は、そこに希釈される既知の量のＴＥＭ−１を有する緩衝水等の合成溶液であり得る。本明細書に記載される既知の標準は、対象から単離されたＴＥＭ−１、組み換え若しくは精製されたＴＥＭ−１タンパク質、又は疾患状態と関連付けられたＴＥＭ−１濃度の値を含んでもよい。
「参照試料」は、比較試料の特徴付けを可能にするように、試験試料等の別の試料に対して比較され得る試料である。参照試料は、試験試料との比較のための基準となるいくつかの特徴付けられた特性を有する。例えば、参照試料は、癌を有する対象を示すＴＥＭ−１レベルのベンチマークとして使用されてもよい。参照試料は、必ずしも試験試料と平行して分析される必要はないため、場合によっては、参照試料は、対象における癌を示すＴＥＭ−１レベル等の所与の条件を特徴付けるために以前に判定された数値又は範囲であってもよい。この用語は、生理学的状態又は疾患状態（ＴＥＭ−１発現癌等）と関連付けられることが知られているが、未知の量のＴＥＭ−１を有する比較目的で使用される試料も含む。
「進行」という用語は、ＴＥＭ−１発現癌の進行の文脈において使用されるとき、比較的深刻でない状態からより深刻な状態への癌の変化を含む。これは、腫瘍の数又は重症度、転移の程度、癌が成長する、又は広がる速度等の増加を含んでもよい。例えば、「結腸癌の進行」は、そのような癌の比較的深刻でない状態からより深刻な状態への進行、例えば、第Ｉ病期から第ＩＩ病期、第ＩＩ病期から第ＩＩＩ病期等への進行を含む。
「退縮」という用語は、ＴＥＭ−１発現癌の退縮の文脈において使用されるとき、より深刻な状態から比較的深刻でない状態への癌の変化を含む。これは、腫瘍の数又は重症度、転移の程度、癌が成長する、又は広がる速度等の減少を含んでもよい。例えば、「結腸癌の退縮」は、そのような癌のより深刻な状態から比較的深刻でない状態への退縮、例えば、第ＩＩＩ病期から第ＩＩ病期、第ＩＩ病期から第Ｉ病期等への進行を含む。
「安定した」という用語は、安定したＴＥＭ−１発現癌の文脈において使用されるとき、進行癌又は退縮癌と考慮される臨床的に関連する期間にわたって著しく変化しないか、又は変化しなかった疾患状態を説明することが意図される。
「結腸癌」及び「結腸直腸癌」という用語は、本明細書において同義的に使用される。
本明細書に記載される実施形態は、特定の方法、試薬、化合物、組成物、又は生物系に限定されず、当然のことながら変動し得る。
ＴＥＭ−１特異的抗体及び抗原結合フラグメント
本明細書では、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離されたモノクローナル抗体又は抗原結合フラグメントが記載される。抗体分子の一般構造は、重鎖及び軽鎖を含む抗原結合ドメインと、補体結合及び抗体受容体の結合を含む、多様な機能を果たすＦｃドメインと、を含む。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、全てのアイソタイプ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭと、四本鎖免疫グロブリン構造の合成多量体を含む。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、一般に、鶏又は七面鳥の血清及び鶏又は七面鳥の卵黄中に見出されるＩｇＹアイソタイプも含む。
実施例の項に開示される抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。類似の抗体は、組み換え手段によって任意の種に由来し得る。例えば、抗体又は抗原結合フラグメントは、マウス、ヤギ、ウマ、ブタ、ウシ、ニワトリ、ウサギ、ラクダ、ロバ、ヒト、又はそれらのキメラ変形であってもよい。ヒトへの投与において使用するために、非ヒト由来抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト患者への投与時に、より低い抗原性となるように遺伝的又は構造的に改変されてもよい。
いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、キメラである。本明細書において使用されるとき、「キメラ」という用語は、非ヒト哺乳類、齧歯類、又は爬虫類の抗体アミノ酸配列に由来する少なくとも１つの可変ドメインの少なくともいくらかの部分を有する抗体又はその抗原結合フラグメントを指すが、抗体又はその抗原結合フラグメントの残りの部分は、ヒトに由来する。例えば、キメラ抗体は、ヒトＦｃを伴うラット抗原結合ドメイン又は他のそのような構造ドメインを含んでもよい。
いくつかの実施形態において、抗体は、ヒト化抗体である。ヒト化抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、又はそのフラグメント（Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、若しくは抗体の他の抗原結合配列）であってもよい。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、ヒト免疫グロブリン（受容体抗体）であり、受容体の相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、所望の特異性、親和性、及び能力を有するマウス、ラット、又はウサギ等の非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基と置換される。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ＣＤＲ領域の全て又は実質的に全ては、非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、フレームワーク領域の全て又は実質的に全ては、ヒト免疫グロブリン配列のフレームワーク領域である。ヒト化抗体は、典型的にはヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部分を含んでもよい。
本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、多様な形態で発生し得るが、表２に示される抗体可変ドメインセグメント又はＣＤＲの１つ以上を含む。表２に記載される抗体のアイソタイプは括弧内に示され、保存配列を有することが知られている、各抗体の定常領域を説明する。表２のアミノ酸配列に対応するＤＮＡ配列は、表３に提供される。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得るが、本明細書に例示される抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号８４と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号８８と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５３８が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１、例えば、配列番号８１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２、例えば、配列番号８２と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３、例えば、配列番号８３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５、例えば、配列番号８５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６、例えば、配列番号８６と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７、例えば、配列番号８７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１、例えば、配列番号８１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号２、例えば、配列番号８２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号３、例えば、配列番号８３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５、例えば、配列番号８５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号６、例えば、配列番号８６と実質的に同じであるか、又は同一のＤＲ２と、配列番号７、例えば、配列番号８７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１、例えば、配列番号８１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号２、例えば、配列番号８２と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号３、例えば、配列番号８３と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号５、例えば、配列番号８５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号６、例えば、配列番号８６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号７、例えば、配列番号８７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号４、例えば、配列番号８４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号８、例えば、配列番号８８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４、例えば、配列番号８４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号８、例えば、配列番号８８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得るが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１０と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１４と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号１０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号１１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号１４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号１５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号１０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号１１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号１３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号１４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号１５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号９２と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号９６と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号１２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号１６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４５が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号９、例えば、配列番号８９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１０、例えば、配列番号９０と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１１、例えば、配列番号９１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１３、例えば、配列番号９３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１４、例えば、配列番号９４と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１５、例えば、配列番号９５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号９、例えば、配列番号８９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号１０、例えば、配列番号９０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号１１、例えば、配列番号９１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１３、例えば、配列番号９３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号１４、例えば、配列番号９４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号１５、例えば、配列番号９５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う重鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号９、例えば、配列番号８９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号１０、例えば、配列番号９０と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号１１、例えば、配列番号９１と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号１３、例えば、配列番号９３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号１４、例えば、配列番号９４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号１５、例えば、配列番号９５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号１２、例えば、配列番号９２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１６、例えば、配列番号９６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１２、例えば、配列番号９２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号１６、例えば、配列番号９６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得るが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２２と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号１８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号１９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号２２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号２３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号１８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号１９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号２１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号２２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号２３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１００と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１０４と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号２０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号２４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４２が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１７、例えば、配列番号９７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１８、例えば、配列番号９８と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１９、例えば、配列番号９９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２１、例えば、配列番号１０１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２２、例えば、配列番号１０２と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２３、例えば、配列番号１０３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１７、例えば、配列番号９７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号１８、例えば、配列番号９８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号１９、例えば、配列番号９９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２１、例えば、配列番号１０１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号２２、例えば、配列番号１０２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号２３、例えば、配列番号１０３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１７、例えば、配列番号９７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号１８、例えば、配列番号９８と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号１９、例えば、配列番号９９と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号２１、例えば、配列番号１０１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号２２、例えば、配列番号１０２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号２３、例えば、配列番号１０３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号２０、例えば、配列番号１００と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２４、例えば、配列番号１０４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２０、例えば、配列番号１００と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号２４、例えば、配列番号１０４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得るが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２６と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３０と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号２６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号２７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号３０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号２６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号２７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号２９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号３０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号２８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１０８と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１１２と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号２８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号３２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４６が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２５、例えば、配列番号１０５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２６、例えば、配列番号１０６と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２７、例えば、配列番号１０７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２９、例えば、配列番号１０９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３０、例えば、配列番号１１０と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３１、例えば、配列番号１１１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２５、例えば、配列番号１０５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号２６、例えば、配列番号１０６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号２７、例えば、配列番号１０７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２９、例えば、配列番号１０９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号３０、例えば、配列番号１１０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号３１、例えば、配列番号１１１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２５、例えば、配列番号１０５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号２６、例えば、配列番号１０６と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号２７、例えば、配列番号１０７と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号２９、例えば、配列番号１０９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号３０、例えば、配列番号１１０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号３１、例えば、配列番号１１１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号２８、例えば、配列番号１０８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３２、例えば、配列番号１１２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号２８、例えば、配列番号１０８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号３２、例えば、配列番号１１２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであってもよいが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３４と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３８と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号３４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号３８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号３４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号３７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号３８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号３９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号３６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１１６と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１２０と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号３６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号４０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４１が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３３、例えば、配列番号１１３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３４、例えば、配列番号１１４と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３５、例えば、配列番号１１５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３７、例えば、配列番号１１７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３８、例えば、配列番号１１８と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３９、例えば、配列番号１１９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３３、例えば、配列番号１１３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号３４、例えば、配列番号１１４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号３５、例えば、配列番号１１５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３７、例えば、配列番号１１７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号３８、例えば、配列番号１１８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号３９、例えば、配列番号１１９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３３、例えば、配列番号１１３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号３４、例えば、配列番号１１４と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号３５、例えば、配列番号１１５と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号３７、例えば、配列番号１１７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号３８、例えば、配列番号１１８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号３９、例えば、配列番号１１９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号３６、例えば、配列番号１１６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４０、例えば、配列番号１２０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号３６、例えば、配列番号１１６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号４０、例えば、配列番号１２０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであってもよいが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４２と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４６と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号４２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号４３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号４６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号４７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号４２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号４３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号４５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号４６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号４７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１２４と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１２８と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号４４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号４８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５３９が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４１、例えば、配列番号１２１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４２、例えば、配列番号１２２と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４３、例えば、配列番号１２３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４５、例えば、配列番号１２５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４６、例えば、配列番号１２６と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４７、例えば、配列番号１２７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４１、例えば、配列番号１２１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号４２、例えば、配列番号１２２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号４３、例えば、配列番号１２３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４５、例えば、配列番号１２５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号４６、例えば、配列番号１２６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号４７、例えば、配列番号１２７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４１、例えば、配列番号１２１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号４２、例えば、配列番号１２２と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号４３、例えば、配列番号１２３と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号４５、例えば、配列番号１２５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号４６、例えば、配列番号１２６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号４７、例えば、配列番号１２７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号４４、例えば、配列番号１２４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４８、例えば、配列番号１２８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４４、例えば、配列番号１２４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号４８、例えば、配列番号１２８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであってもよいが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５０と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５４と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号５０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号５１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号５４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号５５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号４９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号５０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号５１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号５３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号５４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号５５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１３２と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１３６と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号５２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号５６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４３が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４９、例えば、配列番号１２９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５０、例えば、配列番号１３０と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５１、例えば、配列番号１３１と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５３、例えば、配列番号１３３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５４、例えば、配列番号１３４と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５５、例えば、配列番号１３５と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４９、例えば、配列番号１２９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号５０、例えば、配列番号１３０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号５１、例えば、配列番号１３１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５３、例えば、配列番号１３３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号５４、例えば、配列番号１３４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号５５、例えば、配列番号１３５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４９、例えば、配列番号１２９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号５０、例えば、配列番号１３０と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号５１、例えば、配列番号１３１と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号５３、例えば、配列番号１３３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号５４、例えば、配列番号１３４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号５５、例えば、配列番号１３５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号５２、例えば、配列番号１３２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５６、例えば、配列番号１３６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５２、例えば、配列番号１３２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号５６、例えば、配列番号１３６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得るが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５８と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６２と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号５８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号５９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号６２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号６３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号５７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号５８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号５９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号６１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号６２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号６３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１４０と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１４４と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号６０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号６４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４０が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５７、例えば、配列番号１３７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５８、例えば、配列番号１３８と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５９、例えば、配列番号１３９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６１、例えば、配列番号１４１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６２、例えば、配列番号１４２と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６３、例えば、配列番号１４３と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５７、例えば、配列番号１３７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号５８、例えば、配列番号１３８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号５９、例えば、配列番号１３９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６１、例えば、配列番号１４１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号６２、例えば、配列番号１４２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号６３、例えば、配列番号１４３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号５７、例えば、配列番号１３７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号５８、例えば、配列番号１３８と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号５９、例えば、配列番号１３９と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号６１、例えば、配列番号１４１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号６２、例えば、配列番号１４２と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号６３、例えば、配列番号１４３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号６０、例えば、配列番号１４０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６４、例えば、配列番号１４４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６０、例えば、配列番号１４０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号６４、例えば、配列番号１４４と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得るが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６６と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７０と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号６６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号６７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号７０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号６６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号６７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号６９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号７０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号６８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１４８と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１５２と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号６８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号７２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４４が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６５、例えば、配列番号１４５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６６、例えば、配列番号１４６と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６７、例えば、配列番号１４７と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６９、例えば、配列番号１４９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７０、例えば、配列番号１５０と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７１、例えば、配列番号１５１と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６５、例えば、配列番号１４５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号６６、例えば、配列番号１４６と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号６７、例えば、配列番号１４７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６９、例えば、配列番号１４９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号７０、例えば、配列番号１５０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号７１、例えば、配列番号１５１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６５、例えば、配列番号１４５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号６６、例えば、配列番号１４６と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号６７、例えば、配列番号１４７と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号６９、例えば、配列番号１４９と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号７０、例えば、配列番号１５０と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号７１、例えば、配列番号１５１と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号６８、例えば、配列番号１４８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７２、例えば、配列番号１５２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号６８、例えば、配列番号１４８と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号７２、例えば、配列番号１５２と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
本明細書において、ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体及び抗原結合フラグメントが記載される。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットＩｇＧ又はその誘導体である。抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト、ヒト化、又はキメラであり得るが、本明細書に例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、ラットに由来する。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７４と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７８と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２アミノ酸配列を含んでもよい。いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３アミノ酸配列を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号７４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号７８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖を含んでもよい。抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号７４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する軽鎖を含んでもよく、配列番号７７と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１アミノ酸配列と、配列番号７８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２アミノ酸配列と、配列番号７９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３アミノ酸配列と、を有する重鎖も有する。
記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１５６と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この軽鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号８０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態において、配列番号１６０と実質的に同じであるか、又は同一の配列を含む、単離されたポリヌクレオチドは、この重鎖可変ドメインアミノ酸配列をコードし得る。記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、軽鎖及び重鎖可変ドメインを含んでもよく、軽鎖可変ドメインは、配列番号７６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含み、重鎖可変ドメインは、配列番号８０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、２０１２年２月１６日にアメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ ２０１１０−２２０９））に寄託された抗体産生細胞によって産生され、受託番号ＰＴＡ−１２５４７が割り当てられている。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体のＴＥＭ−１に対する結合親和性を有する。いくつかの実施形態において、開示される抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントは、寄託された抗体産生細胞によって産生される抗体の軽鎖及び重鎖可変領域を含む。
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又は抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチドも開示される。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７３、例えば、配列番号１５３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１配列を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７４、例えば、配列番号１５４と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７５、例えば、配列番号１５５と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７７、例えば、配列番号１５７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７８、例えば、配列番号１５８と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ２を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。いくつかの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７９、例えば、配列番号１５９と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ３を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７３、例えば、配列番号１５３と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ１と、配列番号７４、例えば、配列番号１５４と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号７５、例えば、配列番号１５５と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を伴う軽鎖を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７７、例えば、配列番号１５７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号７８、例えば、配列番号１５８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号７９、例えば、配列番号１５９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７３、例えば、配列番号１５３と実質的に同じであるか、又は同一の軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号７４、例えば、配列番号１５４と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ２と、配列番号７５、例えば、配列番号１５５と実質的に同じであるか、又は同一のヌクレオチド配列によってコードされるＣＤＲ３と、配列番号７７、例えば、配列番号１５７と実質的に同じであるか、又は同一の重鎖ＣＤＲ１と、配列番号７８、例えば、配列番号１５８と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ２と、配列番号７９、例えば、配列番号１５９と実質的に同じであるか、又は同一のＣＤＲ３と、を有する、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードし得る。ＣＤＲの抗原結合配置は、抗体様タンパク質をＣＤＲ足場として使用して操作されてもよい。そのような操作された抗原結合タンパク質は、本開示の範囲内である。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、配列番号７６、例えば、配列番号１５６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号８０、例えば、配列番号１６０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントを有する抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。いくつかの実施形態において、記載される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号７６、例えば、配列番号１５６と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインセグメントと、配列番号８０、例えば、配列番号１６０と実質的に同じであるか、又は同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインセグメントと、を有する、抗体又は抗原結合フラグメントをコードし得る。本明細書に提供される可変ドメインセグメントをコードすることができる単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを産生するように、同じ又は異なるベクター上に含まれてもよい。
組み換え抗原結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドも本開示の範囲内である。いくつかの実施形態において、記載されるポリヌクレオチド（及びそれらがコードするペプチド）は、リーダー配列を含む。当該技術分野において既知の任意のリーダー配列が用いられてもよい。リーダー配列は、限定されないが、制限部位又は翻訳開始部位を含んでもよい。
本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、記載される抗体又は抗原結合フラグメントの生物学的特性（例えば、結合親和性又は免疫エフェクター活性）を保持する、単一若しくは複数のアミノ酸置換、欠失、又は付加を有する異型を含む。当業者は、単一若しくは複数のアミノ酸置換、欠失、又は付加を有する異型を産生し得る。これらの異型としては、（ａ）１つ以上のアミノ酸残基が、保存又は非保存アミノ酸と置換される異型、（ｂ）１つ以上のアミノ酸残基が、ポリペプチドに付加されるか、又はそこから欠失される異型、（ｃ）１つ以上のアミノ酸残基が、置換基を含む異型、及び（ｄ）ポリペプチドが、そのポリペプチドに有用な特性を付与し得る、別のペプチド又はポリペプチド（融合パートナー、タンパク質タグ、又は他の化学部分）と融合される異型、例えば、抗体のエピトープ、ポリヒスチジン配列、ビオチン部分等が挙げられ得る。本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、１つの種からのアミノ酸残基が、保存位置又は非保存位置のいずれかにおいて、別の種の対応する残基と置換される、異型を含んでもよい。他の実施形態において、非保存位置のアミノ酸残基は、保存又は非保存残基と置換される。遺伝的（欠失、突然変異等）、化学的、及び酵素的技法を含む、これらの異型を得るための技法は、当該技術分野において通常の技術を有する者に既知である。
本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、及びＩｇＥ等のいくつかの抗体アイソタイプを具体化し得る。抗体又はその抗原結合フラグメントの特異性は、主にＣＤＲのアミノ酸配列及び配置によって判定される。したがって、１つのアイソタイプのＣＤＲは、抗原特異性を改変することなく、別のアイソタイプに転移され得る。代替として、抗原特異性を改変することなく、ハイブリドーマを、１つの抗体アイソタイプから別のアイソタイプに産生を切り替えるための技法（アイソタイプスイッチング）が確立されている。したがって、そのような抗体アイソタイプは、記載される抗体又は抗原結合フラグメントの範囲内である。
本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントは、約１×１０−８Ｍ未満の解離定数（ＫＤ）を含む、ＴＥＭ−１の結合親和性（Ｍ）を有する。一実施形態において、抗体１６Ｄ２は、１．３１×１０−１４ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体７Ｈ１２は、２．７９×１０−１４ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体１５Ｆ８は、２．２２×１０−１３ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体９Ａ５は、２．１６×１０−１１ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体１１Ｄ１は、２．４０×１０−１０ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体１５Ｄ１０は、１．０６×１０−１０ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体７Ｄ３は、２．０３×１０−１２ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体１６Ｄ２は、約５×１０−１３Ｍ〜約５×１０−１４ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体７Ｈ１２は、約８×１０−１３Ｍ〜約８×１０−１４ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体１５Ｆ８は、約８×１０−１２Ｍ〜約８×１０−１３ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体９Ａ５は、約７×１０−１０Ｍ〜約７×１０−１１ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体１１Ｄ１は、約７×１０−９Ｍ〜約７×１０−１０ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体１５Ｄ１０は、約６×１０−９Ｍ〜約６×１０−１０ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。一実施形態において、抗体７Ｄ３は、約７×１０−１１Ｍ〜約７×１０−１２ＭのＴＥＭ−１に対する親和性を有する。記載される抗体又は抗原結合フラグメントの親和性は、表面プラズモン共鳴又はＥＬＩＳＡに基づく方法等の当該技術分野において既知の多様な方法によって判定され得る。
本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含むベクターも提供される。ベクターは、発現ベクターであり得る。したがって、関心対象のペプチドをコードする配列を含有する組み換え発現ベクターは、本開示の範囲内として企図される。発現ベクターは、限定されないが、調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサー）等の１つ以上の追加の配列、選択マーカー、及びポリアデニル化シグナルを含有してもよい。広範な宿主細胞を形質転換するためのベクターは周知であり、限定されないが、プラスミド、ファージミド、コスミド、バキュロウイルス、バクミド、バクテリア人工染色体（ＢＡＣ）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、並びに他の細菌、酵母、及びウイルス性ベクターが挙げられる。
本説明の範囲内の組み換え発現ベクターとしては、好適な調節要素に操作可能に結合され得る少なくとも１つの組み換えタンパク質をコードする、合成核酸、ゲノム核酸、又はｃＤＮＡ由来の核酸が挙げられる。そのような調節要素としては、転写プロモーター、好適なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、並びに転写及び翻訳の終止を制御する配列が挙げられ得る。発現ベクター、特に哺乳類発現ベクターは、複製の起源、発現される遺伝子に結合される好適なプロモーター及びエンハンサー、他の５’若しくは３’隣接非転写配列、５’若しくは３’非翻訳配列（必須リボソーム結合部位等）、ポリアデニル化部位、スプライスドナー及び受容体部位、又は転写終止配列等の１つ以上の非転写要素を含んでもよい。宿主中で複製する能力を付与する複製の起源が組み込まれてもよい。
脊椎動物細胞を形質転換する際に使用される転写及び翻訳制御配列は、ウイルス源によって提供され得る。例示のベクターは、Ｏｋａｙａｍａ ａｎｄ Ｂｅｒｇ，３ Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２８０（１９８３）によって記載されるように構成され得る。
いくつかの実施形態において、抗体又は抗原結合フラグメントをコードする配列は、以下の遺伝子：ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）、アデノシンデアミナーゼ、ピルビン酸キナーゼ、β−アクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、及びその他のプロモーター等の強力な構成的プロモーターの制御下に置かれる。加えて、多くのウイルス性プロモーターは、真核細胞中で構成的に機能し、記載される実施形態との併用に好適である。そのようなウイルスプロモーターとしては、制限されないが、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）前初期プロモーター、ＳＶ４０の早期及び後期プロモーター、マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、マロニー白血病ウイルスの長末端反復（ＬＴＲ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、及び他のレトロウイルス、及び単純ヘルペスウイルスのチミジンキナーゼプロモーターが挙げられる。一実施形態において、抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする配列は、メタロチオネインプロモーター、テトラサイクリン誘導性プロモーター、ドキシサイクリン誘導性プロモーター、１つ以上のインターフェロン刺激応答要素（ＩＳＲＥ）（タンパク質キナーゼＲ２’，５’−オリゴアデニル化合成酵素等）、Ｍｘ遺伝子、ＡＤＡＲ１等の誘導性プロモーターの制御下に置かれる。
本明細書に記載されるベクターは、１つ以上の内部リボソーム侵入部位（複数可）（ＩＲＥＳ）を含有してもよい。ＩＲＥＳ配列の融合ベクターへの包含は、いくつかのタンパク質の発現を強化するために有効であり得る。いくつかの実施形態において、ベクター系は、１つ以上のポリアデニル化部位（例えば、ＳＶ４０）を含み、これらは、前述の核酸配列のいずれかの上流又は下流であってもよい。ベクター成分は、連続して結合され得るか、又は遺伝子産物を発現するための最適な間隙を提供する方法で（すなわち、ＯＲＦ間の「スペーサー」ヌクレオチドの導入によって）配置され得るか、又は別の方法で位置付けられ得る。ＩＲＥＳモチーフ等の調節要素は、発現のための最適な間隙を提供するように配置されてもよい。
ベクターは、当該技術分野において周知である、選択マーカーを含んでもよい。選択マーカーとしては、正及び負の選択マーカー、例えば、抗生物質抵抗性遺伝子（例えば、ネオマイシン抵抗性遺伝子、ヒグロマイシン抵抗性遺伝子、カナマイシン抵抗性遺伝子、テトラサイクリン抵抗遺伝子、ペニシリン抵抗性遺伝子）、グルタミン酸シンターゼ遺伝子、ＨＳＶ−ＴＫ、ガンシクロビル選択のためのＨＳＶ−ＴＫ誘導体、又は６−メチルプリン選択のための細菌性プリンヌクレオシドホスホリラーゼ遺伝子が挙げられる（Ｇａｄｉ ｅｔ ａｌ．，７ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１７３８〜１７４３（２０００））。選択マーカーをコードする核酸配列又はクローニング部位は、関心対象のポリペプチドをコードする核酸配列又はクローニング部位の上流又は下流であってもよい。
本明細書に記載されるベクターは、記載される抗体又は抗原結合フラグメントをコードする遺伝子で様々な細胞を形質転換するために使用され得る。例えば、ベクターは、抗体又は抗原結合フラグメント産生細胞を生成するために使用されてもよい。したがって、別の態様は、本明細書に記載及び例示された抗体又は抗原結合フラグメント等のＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする核酸配列を含むベクターで形質転換される宿主細胞を特徴とする。
外来遺伝子を細胞に導入するための多数の技法は、当該技術分野において既知であり、本明細書に記載及び例示される様々な実施形態に従い、記載される方法を実行する目的で、組み換え細胞を構成するために使用されてもよい。使用される技法は、異種遺伝子配列が、子孫細胞によって遺伝性かつ発現可能であり、受容体細胞の必須の発達及び生理学的機能が妨害されないように、異種遺伝子配列の宿主細胞への安定した移動を提供するべきである。使用され得る技法としては、限定されないが、染色体移動（例えば、細胞融合、染色体媒介性遺伝子移動、微小核体媒介性遺伝子移動）、物理的方法（例えば、形質転換、スフェロプラスト融合、顕微注入法、電気穿孔法、リポソーム担体）、ウイルス性ベクター移動（例えば、組み換えＤＮＡウイルス、組み換えＲＮＡウイルス）等が挙げられる（Ｃｌｉｎｅ，２９ Ｐｈａｒｍａｃ．Ｔｈｅｒ．６９〜９２（１９８５）に記載）。細菌プロトプラストの哺乳類細胞とのリン酸カルシウム沈殿及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−誘導性融合を使用し、細胞を形質転換してもよい。
本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントの発現における使用に好適な細胞は、好ましくは真核細胞であり、より好ましくは植物、齧歯類、又はヒト起源の細胞、中でも、例えば、限定されないが、ＮＳＯ、ＣＨＯ、ＣＨＯＫ１、ｐｅｒＣ．６、Ｔｋ−ｔｓ１３、ＢＨＫ、ＨＥＫ２９３細胞、ＣＯＳ−７、Ｔ９８Ｇ、ＣＶ−１／ＥＢＮＡ、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＨｅＬａ、ＮＳ１、Ｓｐ２／０骨髄腫細胞、及びＢＨＫ細胞株である。加えて、抗体の発現は、ハイブリドーマ細胞を使用して達成され得る。ハイブリドーマを産生するための方法は、当該技術分野において十分に確立されている。
本明細書に記載される発現ベクターで形質転換された細胞は、本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントの組み換え発現のために選択又はスクリーニングされ得る。組み換え陽性細胞は、高レベル発現、強化された成長特性、又は例えば、タンパク質修飾若しくは改変された翻訳後修飾に起因する所望の生化学的特性を伴うタンパク質を産出する能力等の所望の表現型を呈するサブクローンのために拡張及びスクリーニングされる。これらの表現型は、所与のサブクローンの固有特性又は突然変異に起因し得る。突然変異は、化学物質、紫外線波長光、放射線、ウイルス、挿入突然変異原の使用、ＤＮＡミスマッチ修復の阻害、又はそのような方法の組み合わせを通じて生じ得る。
ＴＥＭ−１を検出する方法
本明細書において、本明細書に記載される試料を抗体又はその抗原結合フラグメントと接触させることによって、生体試料中のＴＥＭ−１を検出するための方法が提供される。本明細書に記載されるように、試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞（すなわち、遊離細胞）、組織（例えば、外科的に切除された腫瘍組織、細針吸引を含む生検）、組織学的調製物等に由来し得る。いくつかの実施形態において、記載される方法は、試料を以下と接触させることによって、生体試料中のＴＥＭ−１を検出することを含む：
（ａ）抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２、若しくはその抗原結合フラグメントのうちのいずれか１つ；
（ｂ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列及び軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖可変ドメインセグメント及び軽鎖可変ドメインセグメントを含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；又は
（ｄ）受託番号ＰＴＡ−１２５３８、ＰＴＡ−１２５４５、ＰＴＡ−１２５４２、ＰＴＡ−１２５４６、ＰＴＡ−１２５４１、ＰＴＡ−１２５３９、ＰＴＡ−１２５４３、ＰＴＡ−１２５４０、ＰＴＡ−１２５４４、又はＰＴＡ−１２５４７を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株のうちのいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、若しくはその抗原結合フラグメント。
いくつかの実施形態において、試料は、本明細書に記載される抗体又は抗原結合フラグメントのうちの複数と接触されてもよい。例えば、試料は、第１の抗体又はその抗原結合フラグメント、次いで、第２の抗体又はその抗原結合フラグメントと接触されてもよく、第１の抗体又は抗原結合フラグメント及び第２の抗体又は抗原結合フラグメントは、同じ抗体又は抗原結合フラグメントではない。いくつかの実施形態において、第１の抗体又はその抗原結合フラグメントは、試料と接触する前に、マルチウェルプレート、小片、又は同様の基質等の表面に固定されてもよい。他の実施形態において、第１の抗体又はその抗原結合フラグメントは、試料と接触する前に、何にも固定又は付着されなくてもよい。
抗体又はその抗原結合フラグメントの様々な組み合わせを使用し、表４に記載される生体試料中のＴＥＭ−１を検出してもよい。表４に示されるように、ＴＥＭ−１結合アッセイにおいて２つの抗体のうちの１つとして作用するＭＯＲＡｂ−００４に加えて、これらの抗体は、ＴＥＭ−１に結合するためにＭＯＲＡｂ−００４と競合しないため、表４に提供されるＭＯＲＡｂ−００４を伴わない組み合わせの多くが、ＭＯＲＡｂ−００４の存在下で使用されてもよい。例えば、抗体９Ｇ５及び１５Ｆ８は、ＴＥＭ−１に結合するためにＭＯＲＡｂ−００４と競合しないため、これらの抗体の組み合わせを使用し、ＭＯＲＡｂ−００４の存在下でＴＥＭ−１を検出及び定量化してもよい。
記載される抗体及び抗原結合フラグメントは、検出可能に標識されてもよい。いくつかの実施形態において、標識された抗体及び抗原結合フラグメントは、本明細書に記載される方法を介してＴＥＭ−１の検出を促進し得る。多くのそのような標識は、当業者に容易に知られる。例えば、好適な標識としては、放射標識、蛍光標識、エピトープタグ、ビオチン、発色団標識、ＥＣＬ標識、又は酵素が挙げられるが、それらに限定されるものと見なされるべきではない。より具体的に、記載される標識としては、ルテニウム、１１１Ｉｎ−ＤＯＴＡ、１１１Ｉｎ−ジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＤＴＰＡ）、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、及びβ−ガラクトシダーゼ、ポリ−ヒスチジン（ＨＩＳタグ）、アクリジン染料、シアニン染料、フルオロン染料、オキサジン染料、フェナントリジン染料、ローダミン染料、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ（登録商標）染料等が挙げられる。
記載される抗体及び抗原結合フラグメントは、生体試料中のＴＥＭ−１を検出するために、多様なアッセイにおいて使用されてもよい。いくつかの好適なアッセイとしては、ウェスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴、免疫蛍光測定、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電子化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、又はＥＬＩＳＡアッセイが挙げられるが、それらに限定されるものと見なされるべきではない。
本明細書に記載されるいくつかの実施形態において、対象におけるＴＥＭ−１発現癌細胞の検出を使用し、対象がＴＥＭ−１に対する治療薬で処置され得ることを判定してもよい。
ＴＥＭ−１は、血液及び血清試料中に検出可能なレベルで存在する。したがって、本明細書において、試料を、ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体、又はその抗原結合フラグメント、又はリガンドと接触させることによって、血清試料等の血液に由来する試料中のＴＥＭ−１を検出するための方法が提供される。血液試料又はその誘導体は、記載される方法が実行され得る試料を産出するように、希釈、分画化、又は別様に処理されてもよい。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１は、限定されないが、ウェスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴、免疫蛍光測定、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電子化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、又はＥＬＩＳＡアッセイ等の当該技術分野における任意の数のアッセイによって、血液試料又はその誘導体中で検出されてもよい。
癌を診断するための方法
本明細書において、対象におけるＴＥＭ−１発現癌を診断するための方法が提供される。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌としては、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌が挙げられる。いくつかの実施形態において、上記のように、血液試料又は血清試料等の生体試料中のＴＥＭ−１を検出することは、試料が得られた対象中の癌を診断する能力を提供する。代替として、いくつかの実施形態において、組織学的試料、細針吸引試料、切除された腫瘍組織、循環細胞、循環腫瘍細胞等の他の試料を使用し、試料が得られた対象が癌を有するかどうかを評価してもよい。いくつかの実施形態において、試料が得られた対象が癌を有することは既に既知であり得るが、対象を苦しめている癌の種類が診断されていないか、又は予備的診断が不明であり得るため、対象から得られた生体試料中のＴＥＭ−１を検出することは、癌の診断を可能にするか、又は明確にすることができる。例えば、対象が癌を有することは既知であり得るが、対象の癌がＴＥＭ−１を発現するかどうかは既知でないか、又は不明であり得る。
いくつかの実施形態において、記載される方法は、対象に由来する生体試料中に存在するＴＥＭ−１の量を判定することによって、対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患しているかどうかを評価することと、観察されたＴＥＭ−１の量を対照又は参照試料中のＴＥＭ−１の量と比較することと、を含み、対象に由来する生体試料中に存在するＴＥＭ−１の量と、対照又は参照試料中のＴＥＭ−１の量との間の差異が、対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患していることの指標である。別の実施形態において、対象から得た生体試料中で観察されたＴＥＭ−１の量を、癌のある形態又は病期と関連付けられることが既知であるＴＥＭ−１のレベルと比較し、対象の癌の形態又は病期を判定してもよい。いくつかの実施形態において、対象に由来する試料中のＴＥＭ−１の量は、本明細書に記載される抗体等のＴＥＭ−１に特異的に結合する、抗体又はその抗原結合フラグメントと試料を接触させることによって評価される。ＴＥＭ−１の存在について評価される試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞（すなわち、遊離細胞）、組織（例えば、外科的に切除された腫瘍組織、細針吸引を含む生検）、組織学的調製物等に由来し得る。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌としては、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌が挙げられる。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。
いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌を診断する方法は、対象の生体試料をＴＥＭ−１特異的抗体又はその抗原フラグメント（表２に提供される抗体及びフラグメントに由来するもの等）と接触させることと、抗体又はその抗原結合フラグメントによって結合される試料中に存在するＴＥＭ−１の量を定量化することと、試料中に存在するＴＥＭ−１の量を既知の標準又は参照試料と比較することと、対象のＴＥＭ−１レベルが癌と関連付けられるＴＥＭ−１のレベル内にあるかどうかを判定することと、を含む。追加の実施形態において、該診断方法には、癌特異的処置を投与又は処方する追加の工程が続き得る。別の実施形態において、該診断方法には、癌の処置を促進するために、判定の結果を転送する追加の工程が続き得る。いくつかの実施形態において、癌特異的処置は、ＭＯＲＡｂ−００４等のＴＥＭ−１発現癌に対して向けられてもよい。
いくつかの実施形態において、記載される方法は、対象に由来する血液又は血清試料中に存在するＴＥＭ−１の量を判定することによって、対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患しているかどうかを評価することと、観察されたＴＥＭ−１の量を対照又は参照試料中のＴＥＭ−１の量と比較することと、を含み、対象に由来する生体試料中に存在するＴＥＭ−１の量と、対照又は参照試料中のＴＥＭ−１の量との間の差異が、対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患していることの指標である。
いくつかの実施形態において、対照又は参照試料は、ＴＥＭ−１発現癌に罹患していない対象に由来し得る。いくつかの実施形態において、対照又は参照試料は、ＴＥＭ−１発現癌に罹患している対象に由来し得る。対照又は参照試料がＴＥＭ−１発現癌に罹患していない対象に由来する、いくつかの実施形態において、対照又は参照試料について観察されたものに対して、試験試料中に存在するＴＥＭ−１の量の観察された増加は、評価される対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患していることの指標である。対照試料がＴＥＭ−１発現癌に罹患していない対象に由来する、いくつかの実施形態において、対照又は参照試料について観察されたものに対して、試験試料中に存在するＴＥＭ−１の量の観察された減少又は類似性は、評価される対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患していないことの指標である。対照又は参照試料がＴＥＭ−１発現癌に罹患している対象に由来する、いくつかの実施形態において、対照又は参照試料について観察されたものに対して、試験試料中に存在するＴＥＭ−１の量の観察された類似性は、評価される対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患していることの指標である。対照又は参照試料がＴＥＭ−１発現癌に罹患している対象に由来する、いくつかの実施形態において、対照又は参照試料について観察されたものに対して、試験試料中に存在するＴＥＭ−１の量の観察された減少は、評価される対象がＴＥＭ−１発現癌に罹患していないことの指標である。
いくつかの実施形態において、対象に由来する試料中のＴＥＭ−１の量は、本明細書に記載される抗体等のＴＥＭ−１に特異的に結合する、抗体又はその抗原結合フラグメントと試料を接触させることによって評価される。ＴＥＭ−１の存在について評価される試料は、血液試料、血清試料、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞（すなわち、遊離細胞）、組織（例えば、外科的に切除された腫瘍組織、細針吸引を含む生検）、組織学的調製物等に由来し得る。
様々な態様において、ＴＥＭ−１の量は、ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントと試料を接触させることによって判定される。いくつかの実施形態において、試料は、ＴＥＭ−１に特異的に結合する複数の種類の抗体又はその抗原結合フラグメントによって接触されてもよい。いくつかの実施形態において、試料は、ＴＥＭ−１に特異的に結合する第１の抗体又はその抗原結合フラグメント、次いで、ＴＥＭ−１に特異的に結合する第２の抗体又はその抗原結合フラグメントによって接触されてもよい。本明細書に記載されるもの等の抗体は、この能力内で使用されてもよい。例えば、抗体は、以下からなる群から選択される：
（ａ）抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２、若しくはその抗原結合フラグメントのうちのいずれか１つ；
（ｂ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列及び軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖可変ドメインセグメント及び軽鎖可変ドメインセグメントを含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；又は
（ｄ）受託番号ＰＴＡ−１２５３８、ＰＴＡ−１２５４５、ＰＴＡ−１２５４２、ＰＴＡ−１２５４６、ＰＴＡ−１２５４１、ＰＴＡ−１２５３９、ＰＴＡ−１２５４３、ＰＴＡ−１２５４０、ＰＴＡ−１２５４４、又はＰＴＡ−１２５４７を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株のうちのいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、若しくはその抗原結合フラグメント。
表４に記載される抗体及び抗原結合フラグメントの様々な組み合わせを使用して「第１」及び「第２」の抗体又は抗原結合フラグメントを提供し、記載される診断方法を実行することができる。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌としては、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌が挙げられる。
ある実施形態において、ＴＥＭ−１の量は、ウェスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴、免疫蛍光測定、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電子化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、又はＥＬＩＳＡアッセイによって判定される。
記載される診断方法の様々な実施形態において、対照又は参照試料が使用される。この試料は、使用されるアッセイが、適切に作動していること、例えば、この性質のアッセイ対照が、免疫組織化学アッセイに広く使用され得ることを保証する、正又は負のアッセイ対照であってもよい。代替として、試料は、健常な対象からの生体試料中のＴＥＭ−１の量に対する標準化された参照であってもよい。いくつかの実施形態において、試験された対象の観察されたＴＥＭ−１レベルは、ＴＥＭ−１発現癌を有することが知られている対象からの試料中で観察されたＴＥＭ−１レベルと比較されてもよい。いくつかの実施形態において、対照対象は、関心対象の特定の癌に罹患し得る。いくつかの実施形態において、対照対象は、早期癌を有することが知られ、ＴＥＭ−１発現癌であってもなくてもよい。いくつかの実施形態において、対照対象は、中期癌を有することが知られ、ＴＥＭ−１発現癌であってもなくてもよい。いくつかの実施形態において、対照対象は、末期癌を有することが知られ、ＴＥＭ−１発現癌であってもなくてもよい。
癌を監視するための方法
本明細書において、対象におけるＴＥＭ−１発現癌を監視するための方法が提供される。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌としては、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌が挙げられる。いくつかの実施形態において、記載される方法は、対象に由来する試験試料中に存在するＴＥＭ−１の量を判定することによって、ＴＥＭ−１発現癌が進行しているか、退縮しているか、又は安定した状態であるかどうかを評価することと、観察されたＴＥＭ−１の量を、より早い時点で対象から類似の方法で得られた生体試料中のＴＥＭ−１の量と比較することと、を含み、試験試料及び早期試料中のＴＥＭ−１の量の差異は、癌が進行しているか、退縮しているか、又は安定した状態であるかどうかの指標を提供する。この点において、早期試料に対して観察された量に対し、ＴＥＭ−１の量が増加した試験試料は、ＴＥＭ−１発現癌の進行を示し得る。反対に、早期試料に対して観察された量に対し、ＴＥＭ−１の量が減少した試験試料は、ＴＥＭ−１発現癌の退縮を示し得る。したがって、早期試料に対して観察された量に対し、ＴＥＭ−１の量の有意でない差異を伴う試験試料は、ＴＥＭ−１発現癌の安定した疾患状態を示し得る。いくつかの実施形態において、対象に由来する生体試料中のＴＥＭ−１の量は、本明細書に記載される抗体等のＴＥＭ−１に特異的に結合する、抗体又はその抗原結合フラグメントと試料を接触させることによって評価される。ＴＥＭ−１の存在について評価される試料は、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞（すなわち、遊離細胞）、組織（例えば、外科的に切除された腫瘍組織、細針吸引を含む生検）、組織学的調製物等に由来し得る。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。
いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌を監視する方法は、対象の生体試料を、ＴＥＭ−１特異的抗体又はその抗原フラグメント（表２に提供される抗体及びフラグメントに由来するもの等）と接触させることと、試料中に存在するＴＥＭ−１の量を定量化することと、試料中に存在するＴＥＭ−１の量を、より早い時点で同じ対象から類似の方法で得られた生体試料中に存在することが判定されたＴＥＭ−１の量と比較することと、対象のＴＥＭ−１レベルが経時的に変化したかどうかを判定することと、を含む。早期試料に対して観察された量に対し、ＴＥＭ−１の量が増加した試験試料は、癌の進行を示し得る。反対に、早期試料に対して観察された量に対し、ＴＥＭ−１の量が減少した試験試料は、ＴＥＭ−１発現癌の退縮を示し得る。したがって、早期試料に対して観察された量に対し、ＴＥＭ−１の量の有意でない差異を伴う試験試料は、ＴＥＭ−１発現癌の安定した疾患状態を示し得る。いくつかの実施形態において、試料のＴＥＭ−１レベルは、単独で、又はより早い時点で評価された試料に対して観察されたＴＥＭ−１レベルに加えて、既知の標準又は参照試料と比較されてもよい。追加の実施形態において、該診断方法には、癌特異的処置を投与する追加の工程が続き得る。いくつかの実施形態において、癌特異的処置は、ＭＯＲＡｂ−００４等のＴＥＭ−１発現癌に対して向けられてもよい。
様々な態様において、ＴＥＭ−１の量は、試料を、ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体又はその抗原結合フラグメントと接触させることによって判定される。いくつかの実施形態において、試料は、ＴＥＭ−１に特異的に結合する複数の種類の抗体又はその抗原結合フラグメントによって接触されてもよい。いくつかの実施形態において、試料は、ＴＥＭ−１に特異的に結合する第１の抗体又はその抗原結合フラグメント、次いで、ＴＥＭ−１に特異的に結合する第２の抗体又はその抗原結合フラグメントによって接触されてもよい。本明細書に記載されるもの等の抗体は、この能力内で使用されてもよい。例えば、抗体は、以下から選択されてもよい：
（ａ）抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２、若しくはその抗原結合フラグメントのうちのいずれか１つ；
（ｂ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列及び軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖可変ドメインセグメント及び軽鎖可変ドメインセグメントを含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；又は
（ｄ）受託番号ＰＴＡ−１２５３８、ＰＴＡ−１２５４５、ＰＴＡ−１２５４２、ＰＴＡ−１２５４６、ＰＴＡ−１２５４１、ＰＴＡ−１２５３９、ＰＴＡ−１２５４３、ＰＴＡ−１２５４０、ＰＴＡ−１２５４４、又はＰＴＡ−１２５４７を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株のうちのいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、若しくはその抗原結合フラグメント。
表４に詳述される（ａ）〜（ｄ）に記載の抗体及び抗原結合フラグメントの様々な組み合わせを使用して、「第１」及び「第２」の抗体又は抗原結合フラグメントを提供し、記載される監視方法を実行することができる。いくつかの実施形態において、ＴＥＭ−１発現癌としては、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌が挙げられる。
ある実施形態において、ＴＥＭ−１の量は、ウェスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴、免疫蛍光測定、免疫沈降、平衡透析、免疫拡散、電子化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、又はＥＬＩＳＡアッセイによって判定される。
ＴＥＭ−１を検出するためのキット
本明細書において、生体試料中のＴＥＭ−１を検出するためのキットが提供される。これらのキットは、本明細書に記載されるＴＥＭ−１特異的抗体又はその抗原結合フラグメントのうちの１つ以上、及びキットを使用するための説明書を含む。いくつかの実施形態において、記載されるキットに提供される抗体又は抗原結合フラグメントは、以下のうちの１つ以上であってもよい：
（ａ）抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２、若しくはその抗原結合フラグメントのうちのいずれか１つ；
（ｂ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列及び軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；
（ｃ）表２に記載される抗体１４Ｇ３、抗体９Ａ５、抗体７Ｄ３、抗体７Ｈ１２、抗体９Ｇ５、抗体１０Ｈ８、抗体１１Ｄ１、抗体１５Ｄ１０、抗体１５Ｆ８、抗体１６Ｄ２のうちのいずれか１つの重鎖可変ドメインセグメント及び軽鎖可変ドメインセグメントを含む、抗体、若しくはその抗原結合フラグメント；又は
（ｄ）受託番号ＰＴＡ−１２５３８、ＰＴＡ−１２５４５、ＰＴＡ−１２５４２、ＰＴＡ−１２５４６、ＰＴＡ−１２５４１、ＰＴＡ−１２５３９、ＰＴＡ−１２５４３、ＰＴＡ−１２５４０、ＰＴＡ−１２５４４、又はＰＴＡ−１２５４７を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株のうちのいずれか１つによって産生される抗体のアミノ酸配列を有する抗体、若しくはその抗原結合フラグメント。
提供される抗体又は抗原結合フラグメントは、溶液中に存在するか、凍結乾燥されるか、基質、担体、若しくはプレートに固定されるか、又は検出可能に標識されてもよい。
記載されるキットは、本明細書に記載される方法を実行するために有効な追加の構成要素を含んでもよい。例として、キットは、対象から試料を得るための手段と、対照若しくは参照試料、例えば、ゆっくりと進行している癌を有する対象及び／若しくは癌を有しない対象からの試料、１つ以上の試料区画、並びに／又は本発明の方法及び組織特異的対照若しくは標準の性能を記載する説明材料を備えてもよい。
ＴＥＭ−１のレベルを判定するための手段は、例えば、ＴＥＭ−１のレベルを判定するためのアッセイに使用するための緩衝液又は他の試薬を更に含むことができる。説明書は、例えば、アッセイを実行するための印刷された説明書、及び／又はＴＥＭ−１の発現のレベルを評価するための説明書であり得る。
記載されるキットは、対象から試料を単離するための手段を含んでもよい。これらの手段は、対象から流体又は組織を得るために使用することができる装置又は試薬の１つ以上の品目を含むことができる。対象から試料を得るための手段は、血液試料から血清等の血液成分を単離するための手段を含んでもよい。好ましくは、キットは、ヒト対象に使用するために設計される。
以下の実施例は、先行開示を補足するため、及び本明細書に記載される主題のより良い理解を提供するために提供される。これらの実施例は、記載される主題を限定するものと見なされるべきではない。本明細書に記載される実施例及び実施形態は、単なる例示目的であること、及びそれに照らした様々な修飾又は変更は、当業者には明らかであり、本発明の真の範囲内に含まれるものであり、そこから逸脱することなく行われ得ることが理解される。
実施例１−ＴＥＭ−１に選択的に結合するモノクローナル抗体の生成
ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体を生成するために、３匹の８週齢雌ルイスラットを、マウスγ重鎖（ｒＴＥＭ−１−Ｆｃ）のＦｃ部分に融合されたＴＥＭ−１の組み換え変形で免疫付与した（Ｔｏｍｋｏｗｉｃｚ，ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ １０４（４６）：１７９６５〜７０（２００７））。ゼロ日目に、ラットは、完全なフロイント補助剤（Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｇｉｌｂｅｒｔｓｖｉｌｌｅ，ＰＡ）との１：１（ｖ：ｖ）混合物として調製された１００μｇのｒＴＥＭ−１−Ｆｃで腹腔内に免疫付与された。１４日目及びその後２１日毎に、免疫付与されたラットは、不完全なフレウント補助剤（Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．）と１：１（ｖ：ｖ）で混合された５０μｇのｒＴＥＭ−１−Ｆｃの腹腔内注射を受けた。２４日目及びその後２１日毎に、試験血液を回収し、ｒＴＥＭ−１−Ｈｉｓ６に対する直接酵素結合イムノアッセイ（ＥＩＡ）によって分析した。最高の抗原特異的力価を呈する動物から脾臓を採取し、脾臓細胞とＳｐ２／０ Ａｇ１４骨髄腫細胞（ＡＴＣＣ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）との電子融合（Ｈｙｂｒｉｍｕｎｅ（商標）Ｍｏｄｅｌ ＣＥＥＦ−５０Ｂ Ｗａｖｅｆｏｒｍ Ｇｅｎｅｒａｔｏｒ；Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ，Ｒｏｍａｉｎｖｉｌｌｅ，Ｆｒａｎｃｅ）によってハイブリドーマを調製した。
ハイブリドーマ上清を、負の対照としてのｒＴＥＭ−１−Ｈｉｓ６又は組み換えメソテリンタンパク質に対するＥＩＡによって再度スクリーニングし、抗ｒＴＥＭ−１抗体を産生するハイブリドーマを特定した。簡潔に述べると、９６ウェルプレートを、１μｇ／ｍＬのｒＴＥＭ−１−Ｈｉｓ６を含有する１００μＬ／ウェルのＰＢＳ溶液で、終夜４℃でコーティングした。次いで、ウェルを洗浄し、ＰＢＳ中の３％（ｗ／ｖ）フィッシュゲルで１時間、室温でブロックした。次に、ハイブリドーマ培養上清の１００μＬの３倍希釈系をウェルに添加し、プレートを室温で１時間インキュベートした。０．２％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０（ＰＢＳＴ）を含有するＰＢＳで３回洗浄した後、１００μＬのホースラディッシュペルオキシダーゼ共役マウスの抗ラットＩｇＧ（１：２５００希釈；Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．）を添加し、プレートを３０分間３７℃でインキュベートした。ＰＢＳＴで洗浄した後、１００μＬの基質（ＴＭＢＥ−１００；Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．）を添加し、３０分後に１００μＬの１Ｍ ＨＣｌの添加によって反応を停止させた。Ｂｅｎｃｈｍａｒｋマイクロプレートリーダー（ＢｉｏＲａｄ，Ｃｏｎｃｏｒｄ，ＣＡ）上、４５０ｎｍでプレートを読み取った。次いで、選択された親細胞株を、限界希釈によってサブクローン化し、ｒＴＥＭ−１に対してＥＩＡによって再度アッセイした。Ｃｌｏｎｅｔｙｐｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ（ＳｏｕｔｈｅｒｎＢｉｏｔｅｃｈ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ）を使用して、選択されたクローンのアイソタイプ化を行った。
選択されたハイブリドーマ細胞株（表５）は、マイコプラズマＰＣＲ ＥＬＩＳＡ（Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用し、マイコプラズマについて試験した。モノクローナル抗体（ｍＡＢ）は、１Ｌのローラーボトル培養物中で成長したマイコプラズマ陰性細胞から産生した。０．５×１０５細胞／ｍＬで播種した後、培養物を、血清遊離培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及び５％低ＩｇＧウシ胎児血清（Ｇｉｂｃｏ）中で２１日間成長させた。終了時に、培養上清を５０ｋＤａ濾過膜（ＳｐｅｃｔｒｕｍＬａｂｓ，Ｒａｎｃｈｏ Ｄｏｉｎｇｕｅｚ，ＣＡ）に通して約１０倍濃縮し、ｍＡｂを親和性クロマトグラフィーによって精製し、溶出した後、１２〜１４ｋＤａ膜管（ＳｐｅｃｔｒｕｍＬａｂｓ，Ｒａｎｃｈｏ Ｄｏｉｎｇｕｅｚ，ＣＡ）を使用してＰＢＳに対して分析し、０．２２μｍ Ｅｘｐｒｅｓｓ（商標）ＰＬＵＳ Ｓｔｅｒｉｃｕｐｓ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ ＭＡ）を使用して滅菌濾過し、一定分量に分割して、−８０℃で保存した。
実施例２−ＴＥＭ−１に選択的に結合するモノクローナル抗体の特徴付け
実施例１に記載されるＴＥＭ−１特異的抗体の産生及び単離に続いて、実験を行い、抗体の結合特徴を判定した。最初に、ＴＥＭ−１を発現することが知られている大動脈平滑筋細胞（「Ｓ」）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）又はＴＥＭ−１を発現しないヒト臍静脈上皮細胞（ＨＵＶＥＣ）（「Ｈ」）（ＳｃｉｅｎＣｅｌｌ）のいずれかからの還元及び変性された細胞溶解物を使用してウェスタンブロット分析を行った。簡潔に述べると、大動脈平滑筋細胞及びＨＵＶＥＣを、完全（商標）ミニプロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）＋ＰＭＳＦ（１００ｍＭ）が補充された１．１％ ＯＢＧ緩衝液（５０ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐｈ ７．５、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１．１％ ＯＢＧ）中に、氷上で１５分間溶解し、次いで、１３，０００×ｇで１５分間遠心分離し、細胞残渣を除去した。等量の総タンパク質（３０μｇ）を、５％ Ｂ−メルカプトエタノール＋２０ｍＭ ＤＴＴを含有するＮｕＰＡＧＥ試料緩衝液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に添加した。４〜１２％ビス−トリスゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上のＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）を使用して、タンパク質を分離し、ＰＶＤＦ膜に移した。記載されるラットＴＥＭ−１特異的抗体を使用し、４℃で終夜免疫ブロット法を行い、次いで、ヤギ抗ラットＨＲＰ共役抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）で検出し、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ（登録商標）Ｗｅｓｔ Ｐｉｃｏ化学発光基質（Ｐｉｅｒｃｅ）を使用して可視化した。Ｏｍｅｇａ １２ｉＣ分子撮像システム（Ｕｌｔｒａ−Ｌｕｍ）を使用し、シグナルを可視化した。図１に示されるように、試験された抗体の大半は、還元及び変性されたＴＥＭ−１を検出することができ、これらの抗体が、構造依存性でないタンパク質のエピトープを認識することを示す。
大動脈平滑筋細胞（ＡｏＳＭＣ）及びＨＵＶＥＣ細胞を使用し、ＦＡＣＳ分析も行った。細胞解離緩衝液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，＃１３１５１−０１４）を使用して細胞採取し、ＰＢＳ中で２回洗浄して、丸底９６ウェルプレート中５０，０００細胞／１００μＬ ＦＡＣＳ緩衝液（ＰＢＳ＋２％ ＦＢＳ）で再懸濁した。１０μｇ／ｍＬの濃度で記載されるラットＴＥＭ−１特異的抗体で１時間、氷上で細胞をインキュベートし、洗浄した後、ＦＩＴＣ共役ヤギ抗ラット二次抗体（希釈１：１００）（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）でインキュベートした。分析前に、細胞を７−ＡＡＤ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で標識し、非生存細胞の排除を可能にした。ＥａｓｙＣｙｔｅフローサイトメーター（Ｇｕａｖａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）上で細胞を分析した。表６のデータは、試験された抗体の全てが、天然状態でＴＥＭ−１に結合することを示す。
Ｂｉａｃｏｒｅ分析も行い、選択された単離されたＴＥＭ−１特異的ラット抗体の親和性を判定した。これらの研究のために、ＣＡＰ試薬を２μＬ／分の流量で５分間注入することによって、ストレプトアビジンコーティングされたセンサー表面を生成した。ビオチニル化ＴＥＭ１−Ｆｃ（１０μｇ／ｍＬ）を、ストレプトアビジンコーティングされたセンサー表面の上に、２５μＬ／分の流量で２０秒間（Ｆｃ２、ＲＬ＝約５０ＲＵ）、４０秒間（Ｆｃ３、ＲＬ＝約１００ＲＵ）、及び６０秒間（Ｆｃ４、ＲＬ＝約１５０ＲＵ）注入した。ラット抗ＴＥＭ−１ＭＡｂを、０．５ｎＭ、２ｎＭ、５ｎＭ、２０ｎＭ、及び５０ｎＭの濃度で３００秒間注入し、分離を２５μＬ／分の流量で３０分間監視した。センサー表面は、２５μＬ／分の流量で１２０秒間、ＣＡＰキット再生溶液を注入することによって再生した。１：１結合モデルを使用し、センサーグラムを分析した。結果を表７に提供する。
還元及び変性されたＴＥＭ−１に結合することは観察されなかったが（ウェスタンブロット）、天然のＴＥＭ−１には結合した（ＦＡＣＳ分析）抗体９Ｇ５も、組織学的試料調製物中のＴＥＭ−１を検出する能力について評価した。これらの実験に対し、アビジン−ビオチン錯体（ＡＢＣ）検出（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｓ；カタログ＃ ＰＫ−６１００）を使用して間接的免疫組織化学（ＩＨＣ）試験方法を行った。ホルマリン固定されたパラフィン埋込み標本を、正電荷ガラススライド上で５ミクロン切開し、約６０分間６０℃で加熱した。キシレンの３つの連続浴中でそれぞれ３分間スライドを脱パラフィン化し、１００％アルコールの３つの連続浴にそれぞれ３分間移し、続いて９５％アルコールの３つの連続浴にそれぞれ３分間移した後、脱イオン化（ＤＩ）水中で５分間洗浄した。ＩＨＣ手順の場合、ＤＩ水中で１：１０に希釈されたＤｉｖａ熱誘導性エピトープ抽出溶液（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ；カタログ＃ ＤＶ ２００４ ＭＸ）中でスライドを前処理し、５００ｍＬのＤＩ水で既に充填された加圧されたクローキング解除室の中に置き、１２５℃及び１０３〜１３８ｋＰａ（１５〜２０ＰＳＩ）で３０秒間インキュベートした後、１５分間で９５℃に徐々に冷却した。次いで、スライドを室温で１５分間冷却した後、洗剤の泡が消えるまでＤＩ水でやさしく洗浄した。次いで、スライドを、トリス緩衝生理食塩水／０．１％ Ｔｗｅｅｎ−２０洗浄緩衝液（ＴＢＳＴ）の３つの連続浴中でそれぞれ３分間洗浄した（全ての後次緩衝液洗浄をこの方法で行った）。洗浄されたスライドをペルオキシダーゼ−１ブロッキング溶液（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ；カタログ＃ ＰＸ ９６８ ＭＭ；試薬はすぐに使用することができる状態である）中に室温で５分間置いた後、ＴＢＳＴで再度洗浄した。次いで、スライドを５％ヤギ血清中で３０分間インキュベートした後、洗浄せずに、室温で６０分間、１．２５μｇ／ｍＬ（１：１２００）の抗体希釈液中で希釈された一次抗ＴＥＭ−１クローン９Ｇ５抗体（Ｄａｋｏ；カタログ＃ Ｓ０８０９）又はマウスＩｇＧ１κ陰性アイソタイプ試薬（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ；カタログ＃ Ｍ９２６９−１ＭＧ）のいずれかを含有する溶液中でインキュベートした。インキュベーション後、スライドをＴＢＳＴで洗浄した後、７．５μｇ／ｍＬのビオチニル化抗ラット二次結合抗体（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｓ；カタログ＃ ＢＡ−９４００）で３０分間、室温でインキュベートした。スライドをＴＢＳＴで再度洗浄した後、ＴＢＳＴ中１：５０で希釈されたＡＢＣ検出試薬（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｓ）で３０分間、室温でインキュベートした。ＴＢＳＴで洗浄した後、３，３’−ジアミノベンジジンテトラヒドロクロリド（ＤＡＢ）基質緩衝液及び色原体溶液（Ｄａｋｏ；カタログ＃Ｋ３４６８）中で５分間、室温でスライドをインキュベートした。インキュベーションに続いて、スライドをＤＩ水中で３回、それぞれ３０〜６０秒間完全に洗浄した後、ヘマトキシリン（Ｈａｒｒｉｓ）で２分間、スライドを対比染色した。次いで、スライドをそれぞれ９５％及び１００％アルコールの３つの連続浴中でそれぞれ３０秒間脱水した。カバースリップを適用する前に、それぞれ３０秒間キシレンの３つの連続浴中でスライドを清澄した。選択された画像は、図２に提供される。ＴＥＭ−１発現に対して陽性染色した追加の切片としては、十二指腸球部への肝細胞癌転移、頭皮への肝細胞癌転移、肺への肝細胞癌転移、鎖骨への肝細胞癌転移、肋膜への肝細胞癌転移、肝臓への結腸直腸癌転移、肺への結腸直腸癌転移、膀胱への結腸直腸癌転移、リンパ節への結腸直腸癌転移、腹部への結腸直腸癌転移、腹膜への胃癌転移、小脳への胃癌転移、大網への胃癌転移、肝臓への胃癌転移、リンパ節への胃癌転移、及び肺への胃癌転移（データは図示せず）が挙げられる。
実施例３−正常なヒト血清中のＴＥＭ−１の検出
正常なヒト対象又は黒色腫患者から得た血液試料を評価し、ＴＥＭ−１がヒト血液中で検出され得るかを判定した。この研究のために、正常な健常ドナーからの血清を、タンパク質ＧセファロースＦＦビーズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ）で事前に清澄し、続いて遠心分離によってセファロースビーズを除去した。ＭＯＲＡｂ−００４（２μｇ）を添加し、清澄された血清試料を終夜インキュベートすること、洗浄されたタンパク質Ｇセファロースビーズを血清／抗体混合液に添加すること、及びその混合液を更に２時間ロッキングすることによって、ＴＥＭ−１を免疫沈降させた。インキュベーション後、試料を遠心分離し、上清を除去した。次いで、完全な（商標）ミニプロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｓｔｉｃｓ）＋ＰＭＳＦ（１００ｎＭ）が補充された冷たい溶解緩衝液５０ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ ７．５、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１．１％ ＯＢＧで試料を３回洗浄した。５％ β−メルカプトエタノールを含有する４Ｘ ＮｕＰＡＧＥ試料緩衝液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用してタンパク質を溶出し、１０分間沸騰させた。４〜１２％ビス−トリスゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上のＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）を使用して、タンパク質を分離し、ＰＶＤＦ膜に移した。ウサギ抗ＴＥＭ−１抗体を使用して免疫ブロット法を行い、ヤギ抗ウサギＨＲＰ共役抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ）で検出し、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ（登録商標）Ｗｅｓｔ Ｐｉｃｏ化学発光基質（Ｐｉｅｒｃｅ）を使用して可視化した。Ｏｍｅｇａ １２ｉＣ分子撮像システム（Ｕｌｔｒａ−Ｌｕｍ）を使用し、シグナルを可視化した。図３は、ＴＥＭ−１が、正常な対象及び黒色腫患者の両方のヒト血液に由来する試料中で容易に検出され得ることを示す。
実施例４−ＴＥＭ−１の検出のための電子化学発光アッセイ
ＴＥＭ−１特異的抗体ＭＯＲＡｂ−００４の存在下でのＴＥＭ−１の検出のために、電子化学発光（ＥＣＬ）アッセイが開発された。このアッセイは、検出のために、ビオチン標識された（２０：１）抗ＴＥＭ−１抗体９Ｇ５を捕捉抗体として、及びスルホ−ＴＡＧ標識された（２０：１）抗ＴＥＭ−１抗体１５Ｆ８を利用する。アッセイ緩衝液中で１６ｐｇ／ｍＬに５倍滴定された２５０ｎｇ／ｍＬ組み換えＣＨＯ ＴＥＭ−１ Ｆｃ融合タンパク質（Ｍｏｒｐｈｏｔｅｋ，Ｉｎｃ．）で調製された７つの標準キャリブレーターを使用し、アッセイ緩衝液（０．１％トリトンＸ−１００を含むＰＢＳ中１％カゼイン）中で１：１０に希釈された試料及び対照を定量化した。ＰＢＳ中の１％カゼイン中に０．５μｇ／ｍＬビオチン標識された抗ＴＥＭ−１抗体及び０．５μｇ／ｍＬスルホ−ＴＡＧ抗ＴＥＭ−１抗体を含有する１００μＬの複合混合液を、ポリプロピレンマイクロプレート上でＭＯＲＡｂ−００４の存在下又は不在下で調製された５０μＬの各標準、対照、及び試料に添加し、その混合液を周辺温度で１時間攪拌しながらインキュベートすることによって、アッセイを実行した。複合形成中に、Ｍｅｓｏｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）標準ストレプトアビジンプレートを、１５０μＬ／ウェルのＰＢＳ中１％カゼインで１時間、周辺温度で攪拌しながらブロックした。ブロッキング緩衝液を除去した後、５０μＬの複合試料を、ストレプトアビジンプレート上の重複ウェル中で１時間、周辺温度で攪拌しながらインキュベートした。０．１％ Ｔｗｅｅｎ ２０を含む１ＸＰＢＳでプレートを３回洗浄し、１５０μＬ／ウェルの１Ｘリード緩衝液Ｔを添加し、次いで、ＭＳＤセクター撮像装置２４００で読み取った。表８は、ＥＣＬアッセイがＭＯＲＡｂ−００４の存在下又は不在下でＴＥＭ−１を検出する能力を示す。
次いで、記載されるＥＣＬアッセイを、ヒト血清又は血漿中でＴＥＭ−１を正確に検出する能力について評価した。アッセイは、上記の通り実行したが、検出抗体がＭＯＲＡｂ−００４の存在下で適切に実行する能力を評価する代わりに、５０ｎｇのＴＥＭ−１−Ｆｃを、希釈されたプール血清又は希釈されたプール血漿のいずれかに添加し、回収の程度を判定した（表９及び１０）。試験された各条件に対し、添加されたＴＥＭ−１の約９０％以上がＥＣＬ法によって説明された。アッセイの検出範囲は、図４に提供される。
実施例５−正常な対象と癌を有する対象との間のＴＥＭ−１に基づく区別
血液中のＴＥＭ−１の濃度が、癌を有する対象を示すかどうかを評価するために、研究を行った。正常な対象又は癌を有することが知られている対象から血液試料を得て、実施例４に記載されるように、血漿又は血清中のＴＥＭ−１の濃度を判定した。図５に示されるように、血清ＴＥＭ−１濃度は、癌を有することが知られていない対象に対して観察されたレベルと比較したとき、病期黒色腫を有する患者において上昇した。より広範囲の研究において、５０人の正常な個体、９５人の結腸癌患者、３６人の黒色腫患者、及び３４人の肉腫患者からの血漿試料中のＴＥＭ−１の濃度を判定し、上昇したＴＥＭ−１濃度が疾患と相関するかどうかを評価した。統計分析（ペアワイズｔ検定）は、癌患者の血漿ＴＥＭ−１レベルは、正常な個体中のＴＥＭ−１の血漿レベルとは統計的に有意に異なることを実証する（表１１及び図６）。

Claims (122)

  1. 配列番号１のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号２のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号３のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号５のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号６のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号７のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  2. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項１に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  3. 配列番号４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項１に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  4. 配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項１に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  5. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号１のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号２のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号３のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  6. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号４のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号５のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号６のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  7. 請求項５又は請求項６に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  8. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５３８を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  9. 配列番号９のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号１０のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号１１のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号１３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号１４のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号１５のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  10. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項９に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  11. 配列番号１２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項９に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  12. 配列番号１６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項９に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  13. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号９のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号１０のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号１１のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  14. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号１４のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号１５のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  15. 請求項１３又は請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  16. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４５を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  17. 配列番号１７のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号１８のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号１９のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号２１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号２２のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号２３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  18. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項１７に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  19. 配列番号２０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項１７に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  20. 配列番号２４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項１７に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  21. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号１７のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号１８のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号１９のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  22. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号２１のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号２２のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号２３のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  23. 請求項２１又は請求項２２に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  24. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４２を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  25. 配列番号２５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号２６のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号２７のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号２９のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号３０のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号３１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  26. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項２５に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  27. 配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項２５に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  28. 配列番号３２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項２５に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  29. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号２５のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号２６のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号２７のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  30. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号２９のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号３０のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号３１のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  31. 請求項２９又は請求項３０に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  32. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４６を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  33. 配列番号３３のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号３４のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号３５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号３７のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号３８のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号３９のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  34. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項３３に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  35. 配列番号３６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項３３に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  36. 配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項３３に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  37. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号３３のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号３４のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号３５のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  38. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号３７のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号３８のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号３９のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  39. 請求項３７又は請求項３８に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  40. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４１を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  41. 配列番号４１のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号４２のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号４３のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号４５のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号４６のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号４７のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  42. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項４１に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  43. 配列番号４４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項４１に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  44. 配列番号４８のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項４１に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  45. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号４１のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号４２のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号４３のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  46. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号４５のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号４６のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号４７のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  47. 請求項４５又は請求項４６に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  48. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５３９を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  49. 配列番号４９のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号５０のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号５１のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号５３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号５４のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号５５のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  50. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項４９に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  51. 配列番号５２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項４９に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  52. 配列番号５６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項４９に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  53. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号４９のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号５０のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号５１のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  54. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号５３のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号５４のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号５５のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  55. 請求項５３又は請求項５４に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  56. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４３を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  57. 配列番号５７のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号５８のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号５９のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号６１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号６２のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号６３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  58. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項５７に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  59. 配列番号６０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項５７に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  60. 配列番号６４のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項５７に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  61. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号５７のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号５８のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号５９のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  62. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号６１のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号６２のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号６３のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  63. 請求項６１又は請求項６２に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  64. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４０を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  65. 配列番号６５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号６６のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号６７のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号６９のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号７０のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号７１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  66. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項６５に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  67. 配列番号６８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項６５に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  68. 配列番号７２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項６５に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  69. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号６５のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号６６のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号６７のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  70. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号６９のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号７０のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号７１のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  71. 請求項６９又は請求項７０に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  72. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４４を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  73. 配列番号７３のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号７４のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号７５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３と、配列番号７７のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１と、配列番号７８のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２と、配列番号７９のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３と、を含む、ＴＥＭ−１に特異的に結合する、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  74. 前記抗体が、ラット抗体である、請求項７３に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  75. 配列番号７６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する、請求項７３に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  76. 配列番号８０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を有する、請求項７３に記載の単離された抗体又は抗原結合フラグメント。
  77. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体軽鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ１が、配列番号７３のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ２が、配列番号７４のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記軽鎖ＣＤＲ３が、配列番号７５のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  78. ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の、抗体重鎖又はその抗原結合フラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列であって、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ１が、配列番号７７のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ２が、配列番号７８のアミノ酸配列を含み、前記コードされた抗体の前記重鎖ＣＤＲ３が、配列番号７９のアミノ酸配列を含む、上記単離されたポリヌクレオチド配列。
  79. 請求項７７又は請求項７８に記載の単離されたポリヌクレオチド配列を含む、組み換え細胞。
  80. ＴＥＭ−１に特異的に結合する単離された抗体であって、受託番号ＰＴＡ−１２５４７を有するＡＴＣＣに寄託された細胞株によって産生される、上記抗体。
  81. １×１０−８Ｍ以下の解離定数でＴＥＭ−１に結合することができる、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、又は８０のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  82. 生体試料中のＴＥＭ−１を検出する方法であって、前記試料を、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントに曝露することと、ＴＥＭ−１を検出することと、を含む、上記方法。
  83. 前記生体試料が、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞、組織、外科的に切除された腫瘍組織、生検、細針吸引試料、又は組織学的調製物に由来する、請求項８２に記載の方法。
  84. 前記生体試料が、哺乳類に由来する、請求項８３に記載の方法。
  85. 前記生体試料が、ヒトに由来する、請求項８３に記載の方法。
  86. 対象におけるＴＥＭ−１発現癌を診断する方法であって、
    ａ．前記対象の生体試料を、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントに曝露することと、
    ｂ．前記抗体又はその抗原結合フラグメントによって結合される前記試料中に存在するＴＥＭ−１の量を定量化することと、
    ｃ．前記試料中に存在するＴＥＭ−１の量を、既知の標準又は参照試料と比較することと、
    ｄ．前記対象のＴＥＭ−１レベルが、癌と関連付けられるＴＥＭ−１のレベル内にあるかどうかを判定することと、
    を含む、上記方法。
  87. 前記生体試料が、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞、組織、外科的に切除された腫瘍組織、生検、細針吸引試料、又は組織学的調製物に由来する、請求項８６に記載の方法。
  88. 前記癌が、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌である、請求項８６に記載の方法。
  89. 前記既知の標準又は参照試料が、早期ＴＥＭ−１発現癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項８６に記載の方法。
  90. 前記既知の標準又は参照試料が、中期ＴＥＭ−１発現癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項８６に記載の方法。
  91. 前記既知の標準又は参照試料が、末期ＴＥＭ−１発現癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項８６に記載の方法。
  92. 対象におけるＴＥＭ−１発現癌を処置する方法であって、
    ａ．前記対象の生体試料を、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントに曝露することと、
    ｂ．前記抗体又はその抗原結合フラグメントによって結合される前記試料中に存在するＴＥＭ−１の量を定量化することと、
    ｃ．前記試料中に存在するＴＥＭ−１の量を、既知の標準又は参照試料と比較することと、
    ｄ．前記対象のＴＥＭ−１レベルが、癌と関連付けられるＴＥＭ−１のレベル内にあるかどうかを判定することと、
    ｅ．前記判定の結果を転送して、前記癌の処置を促進することと、
    を含む、上記方法。
  93. 前記生体試料が、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞、組織、外科的に切除された腫瘍組織、生検、細針吸引試料、又は組織学的調製物に由来する、請求項９２に記載の方法。
  94. 前記癌が、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌である、請求項９２に記載の方法。
  95. 前記既知の標準又は参照試料が、早期ＴＥＭ−１発現癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項９２に記載の方法。
  96. 前記既知の標準又は参照試料が、中期ＴＥＭ−１発現癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項９２に記載の方法。
  97. 前記既知の標準又は参照試料が、末期ＴＥＭ−１発現癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項９２に記載の方法。
  98. 前記処置が、ＴＥＭ−１に特異的に結合する抗体の投与を含む、請求項９２に記載の方法。
  99. 前記抗体が、ＭＯＲＡｂ−００４である、請求項９８に記載の方法。
  100. 対象におけるＴＥＭ−１発現癌を監視する方法であって、
    ａ．前記対象の生体試料を、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントに曝露することと、
    ｂ．前記抗体又はその抗原結合フラグメントによって結合される前記試料中に存在するＴＥＭ−１の量を定量化することと、
    ｃ．前記試料中に存在するＴＥＭ−１の量を、
    ｉ．既知の標準若しくは参照試料、又は
    ｉｉ．早期時点で前記対象から得られる生体試料
    のいずれかと比較することと、
    ｄ．前記対象のＴＥＭ−１レベルが、癌の進行、退縮、又は安定疾患を示すかどうかを判定することと、
    を含む、上記方法。
  101. 前記生体試料が、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織と関連付けられない細胞、組織、外科的に切除された腫瘍組織、生検、細針吸引試料、又は組織学的調製物に由来する、請求項１００に記載の方法。
  102. 前記既知の標準又は参照試料が、癌を含まないと特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項１００に記載の方法。
  103. 前記既知の標準又は参照試料が、早期癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項１００に記載の方法。
  104. 前記既知の標準又は参照試料が、中期癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項１００に記載の方法。
  105. 前記既知の標準又は参照試料が、末期癌を有すると特定される対象に由来するＴＥＭ−１レベルを含む、請求項１００に記載の方法。
  106. 前記癌が、黒色腫、肉腫、膀胱癌、胃癌、肝細胞癌、又は結腸癌である、請求項１００〜１０５のいずれか一項に記載の方法。
  107. 前記方法が、前記対象がＴＥＭ−１発現癌のための処置を受ける前又は後に実行される、請求項１００〜１０６のいずれか一項に記載の方法。
  108. 前記ＴＥＭ−１発現癌のための処置が、ＭＯＲＡｂ−００４の投与を含む、請求項１０７に記載の方法。
  109. 前記対象の生体試料を、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントに曝露する工程が、前記対象の前記生体試料を、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の第２の抗体又はその抗原結合フラグメントに曝露することを更に含む、請求項８２〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
  110. 前記第２の抗体が、前記第１の抗体とは異なる、請求項１０９に記載の方法。
  111. 前記抗体又は抗体フラグメントが標識される、請求項８２〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
  112. 前記標識が、放射線標識、蛍光標識、エピトープタグ、ビオチン、発色団標識、ＥＣＬ標識、又は酵素である、請求項１１１に記載の方法。
  113. ＴＥＭ−１が、細胞に結合されるか、又は結合されない、請求項８２〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
  114. 前記試料中のＴＥＭ−１の存在が、ウェスタンブロット、免疫組織化学、フローサイトメトリー、ラジオイムノアッセイ、免疫沈降、電気化学発光イムノアッセイ（ＥＣＬＩＡ）、又はＥＬＩＳＡを使用して検出される、請求項８２〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントが、ＭＯＲＡｂ−００４と結合するために競合しない、請求項８２〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
  116. 請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントによって結合されるＴＥＭ−１のエピトープに結合することができる、単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
  117. 前記抗体が、検出可能に標識される、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の単離された抗体。
  118. 前記検出可能な標識が、放射線標識、蛍光標識、エピトープタグ、ビオチン、発色団標識、ＥＣＬ標識、又は酵素である、請求項１１７に記載の方法。
  119. 前記標識が、ルテニウム、１１１Ｉｎ−ＤＯＴＡ、１１１Ｉｎ−ジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＤＴＰＡ）、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、及びβ−ガラクトシダーゼ、又はポリ−ヒスチジンである、請求項１１８に記載の抗体。
  120. 生体試料中のＴＥＭ−１の存在を検出するためのキットであって、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体又はその抗原結合フラグメントと、使用中でないときに、前記抗体を含有するための容器と、前記抗体の使用のための説明書と、を含む、上記キット。
  121. 生体試料中のＴＥＭ−１の存在を検出するためのキットであって、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体又はその抗原結合フラグメントを含み、前記含まれる抗体又はその抗原結合フラグメントが、固体支持体に固定される、上記キット。
  122. 生体試料中のＴＥＭ−１の存在を検出するためのキットであって、請求項１、８、９、１６、１７、２４、２５、３２、３３、４０、４１、４８、４９、５６、５７、６４、６５、７２、７３、若しくは８０のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体又はその抗原結合フラグメントを含み、前記含まれる抗体又はその抗原結合フラグメントが、検出可能に標識される、上記キット。
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