JP2018085974A - 検体処理方法および検体処理装置 - Google Patents
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Abstract
Description
レイノルズ数Reは、下式(1)により定義される。
Re=V×d/ν ・・・(1)
ここで、V[m/s]は、流路(201)内の流れの平均速度、d[m]は流路(201)の内径、ν[m2/s]は流体の動粘性係数である。
一般に、レイノルズ数Reが2300以下の場合に層流になるとされる。また、レイノルズ数が小さいほど、流路(201)の内径および流速が共に小さい傾向にあることから、レイノルズ数が小さいほど、粒子(22)が流路(201)中に滞留し易い傾向がある。したがって、界面(23)の移動によって粒子(22)の残留を抑制可能な本発明は、このようにレイノルズ数が小さい流れ中で対象成分(20)の処理を行う場合に有効であり、特にレイノルズ数が小さくなるほど粒子(22)が残留しやすくなるため効果的である。
図1を参照して、本実施形態による検体処理方法の概要について説明する。
粒子22および処理液体21は、対象成分20の処理の内容に応じて様々な組み合わせが存在する。界面23による粒子22の移送は、このような様々な粒子22に対して実施されうる。
検体処理チップ100の流路201は、検体処理チップ100の入口部分から注入された液体を流すことができればどのような構造であってもよい。流路201は、その流路内で行う処理に応じた形状を有する。流路201は、その流路内で行う処理に応じた流路幅、流路高さあるいは流路深さ、流路長さ、容積を有するように形成される。流路201は、たとえば細長い管状の通路あるいはチャネルにより構成される。チャネルは、直線状、曲線状、ジグザグ形状などの形状とすることができる。流路201は、たとえば流路幅や高さなどの流路寸法が変化する形状(図11参照)、流路の一部または全部が平面状に拡がる形状(図34参照)、流入する液体を貯留可能なチャンバ形状(図示せず)などであってもよい。
Re=V×d/ν ・・・(1)
ここで、V[m/s]は、流路201内の流れの平均速度、d[m]は流路201の内径、ν[m2/s]は流体の動粘性係数である。
一般に、レイノルズ数Reが2300以下の場合に層流になるとされる。また、レイノルズ数が小さいほど、流路201の内径および流速が共に小さい傾向にある。レイノルズ数が小さいほど、粒子22が流路201中に滞留し易い傾向がある。したがって、界面23の移動によって粒子22の残留を抑制可能な本実施形態の検体処理方法は、このようにレイノルズ数が小さい流れ中で対象成分20の処理を行う場合に有効であり、特にレイノルズ数が小さくなるほど粒子22が残留しやすくなるため効果的である。
図15は、本実施形態の検体処理チップ100の構成例を示す。基板300上には、機能が異なる複数種類の流体モジュール200が設置される。図15の例では、対象成分20を含む検体や試薬等が、流体モジュール200a、200b、200cを順次流れることにより、複数種類の流体モジュールの組み合わせに対応したアッセイが実行される。流体モジュール200a、200b、200cは、それぞれ、異なる種類の流体モジュールである。基板300に設置する流体モジュール200の組み合わせを変更することにより、組み合わせに応じた様々なアッセイが実施可能である。基板300に設置する流体モジュール200の数に制限はない。流体モジュール200の形状が種類毎に異なっていてもよい。
図19は、検体処理装置500の概略を示す。
図21は、バルブ522(31、32、33)の構成例を示す。バルブ522は、たとえば、電磁バルブである。バルブ522は、弁601、コイル602、プランジャ603を備える。弁601が送液管526を開閉する。バルブ522は、図20の例のように、検体処理装置500に複数配置されている。制御部530は、各バルブ522の開閉を個別に制御できる。
図22は、液体リザーバー523および検体保持部524の構成例を示す。
設置部510には、設置部510に対応する蓋621を設けてもよい。図23は、設置部510の蓋621の構成例を示す。蓋621は、設置部510にセットされる検体処理チップ100を覆うように設けられる。
図24は、コネクタ400の構成例を示す。コネクタ400は、蓋621に設けられている。コネクタ400は、基板300の基板流路310にアクセスするための穴402を有する。コネクタ400は、基板300の基板流路310に対応する位置に設置される。コネクタ400は、任意の基板流路310に対応する位置にのみ設置されてもよい。コネクタ400は、複数の送液管526およびエア経路527が形成されたマニホールドとして構成されてもよい。この場合、蓋621を閉じることにより、各送液管526およびエア経路527と、検体処理チップ100のすべてのポート110および120とが、コネクタ400を介して一括で接続される。
図25〜図27は、検体処理チップ100を検体処理装置500に設置するために用いる固定器具450の例を示す。
図28〜図30は、検体処理装置500の各種処理工程に用いる処理ユニットの設置例を示す。
図28は、検体処理装置500におけるヒーター541の配置例を示す。
図29は、検体処理装置500の検出部544の構成例を示す。
図30は、検体処理チップ100内の液体中に含まれる磁性粒子26aの制御に用いられる磁石ユニット542の構成例を示す。
次に、検体処理チップ100を用いた具体的なアッセイの例を説明する。
上述の検体処理チップ100を用いてエマルジョンPCRアッセイを実施する例を説明する。
以下、各種の検体処理チップ100を用いた検体処理のアッセイ例を説明する。以下の説明において、検体処理チップ100への検体、各種試薬、処理液体21、流体24などの流体の輸送および検体処理チップ100中での流れ制御は、検体処理チップ100が設置された検体処理装置500の制御部530が導入部520を制御することにより行われる。
図33は、エマルジョンPCRアッセイに用いられる検体処理チップ100の構成例を示す。
図34は、Pre−PCRに用いられる流体モジュール200Aの構成例を示す。流体モジュール200Aの流路201は、チャネル202と、試薬や検体を注入する接続部203aおよび203bと、液体を排出する接続部203cとを有する。チャネル202は、液体の流速制御のため、たとえば菱形に成形されている。
図35は、エマルジョン形成に用いられる流体モジュール200Bの構成例を示す。流体モジュール200Bの流路201は、チャネル202と、検体や試薬等の液体が注入される接続部203a、203b及び203cと、液体が排出される接続部203dとを有する。チャネル202は、少なくとも2つのチャネルが交差する交差部分204を有する。交差部分204を形成する各チャネルの幅は、数十μmである。本実施例では、チャネルの幅は20μmである。なお、流体モジュール200Bには、接続部203b又は203cのいずれかのみが設けられてもよい。
図38は、エマルジョンPCRに用いられる流体モジュール200Cの構成例を示す。流体モジュール200Cの流路201は、チャネル202と、液体が流入する接続部203aと、液体が排出される接続部203bとを有する。
図39は、エマルジョンのブレークに用いられる流体モジュール200Dの構成例を示す。流体モジュール200Dの流路201は、チャネル202と、エマルジョンやエマルジョンブレーク用の試薬が流入する接続部203a、203bおよび203cと、液体が排出される接続部203dとを含む。
図40は、洗浄工程(1次洗浄)で用いられる流体モジュール200Eの構成例を示す。流体モジュール200Eの流路201は、液体が流入する接続部203a、203bと、液体が排出される接続部203c、203dと、チャネル202とを含む。チャネル202は、たとえば、略長方形の形状など、所定方向に直線状に延びる形状を有する。また、チャネル202は、磁性粒子の集磁や分散が十分にできるように幅広形状を有する。流入側の接続部203a、203bがチャネル202の一端側に配置され、排出側の接続部203c、203dがチャネル202の他端側に配置される。
磁性粒子は、図34と同様の構成の流体モジュール200Aにおいて、標識物質を含む試薬と混合され、サーマルサイクルに供される。たとえば、接続部203aから磁性粒子を含む液体が移送され、接続部203bから標識物質を含む試薬が注入される。サーマルサイクルによって、磁性粒子上のDNAと標識物質が結合する。
標識物質とのハイブリダイゼーション(結合)後の2次洗浄工程は、流体モジュール200Aで行うようにしてもよい。たとえば図34において、磁石640(図41参照)によって磁性粒子をチャネル202内に集磁した状態で、接続部203bから洗浄液が注入される。2次洗浄工程では、PBSが洗浄液として用いられる。洗浄液を用いた2次洗浄により、DNAと結合しなかった未反応の標識物質(磁性粒子に非特異的に吸着している標識物質を含む)が除去される。2次洗浄後の標識物質を含む磁性粒子は、接続部203cから排出される。この場合、流体モジュール200E(図40参照)と同様に、流体モジュール200Aにもドレーン用の排出側の接続部203を設けるのがよい。
他の構成例として、1つの流体モジュール200E(図40参照)において、1次洗浄、ハイブリダイゼーションおよび2次洗浄を実施するように構成してもよい。この場合、接続部203aからエマルジョンブレーク後の試料をチャネル202に導入して磁石640により集磁しておく。接続部203bから、1次洗浄用のアルコール含有洗浄液、ハイブリダイゼーション用の標識試薬、2次洗浄用の洗浄液(PBS)を順番に注入して、各工程の処理を実行する。この場合、流体モジュール200Eの下流側の流体モジュール200Aを設ける必要はない。この場合も、対象成分20の処理としての1次洗浄、ハイブリダイゼーションおよび2次洗浄の後に、流体モジュール200Eに流体24が導入されて、界面23によって検体処理チップ100の外部に送り出された磁性粒子26aが回収される。
2次洗浄後の標識物質を含む磁性粒子は、たとえばフローサイトメーター40(図2参照)や画像解析により検出される。フローサイトメーター40(図2参照)で検出するため、標識物質を含む磁性粒子は、たとえば、検体処理装置500から回収された後、別個に設けられたフローサイトメーターに移送される。また、標識物質を含む磁性粒子は、検体処理装置500の検出部544によって標識に基づく蛍光などが検出される。また、標識物質を含む磁性粒子は、検体処理装置500のカメラユニット545によって撮像され、検体処理装置500又は検体処理装置500に接続されたコンピュータによって撮像された画像が解析される。
上述の検体処理チップ100を用いて単一細胞解析を実施する例を説明する。血液などの試料に含まれる個々の細胞を解析対象として、細胞単位での解析を行う手法である。図42は、単一細胞解析に用いられる検体処理チップ100の構成例を示す。
上述の検体処理チップ100を用いて免疫測定を実施する例を説明する。免疫測定は、血液などに含まれる抗原や抗体などのタンパク質を対象成分とする。図43は、Digital ELISA(Enzyme−Linked ImmunoSorbent Assay)に用いられる検体処理チップ100の構成例を示す。
次に、本実施形態の検体処理方法の効果を確認するために行った実験について説明する。本実験では、流体24の界面23を移動させて流路201中の粒子22を搬送し、流路201から排出されたサンプルを回収した。比較例として、流路201内で処理液体21を流して流路201から排出されたサンプルを回収した。回収されたそれぞれのサンプル中に含まれる対象成分20と結合した磁性粒子26aを検出し、検出数を比較した。
以下、本実施形態の実験手法について説明する。
(1)用手法で以下の試薬を用いて形成した液滴25を準備した。効果確認の実験のため、DNAを用いずに代替物を使用した。
・BEAMing PCR Master Mix
・Emulsion Beads(磁性粒子)
・Taq−DNA Polymerase
・EmulsiFIRE
・1xTE pH8.0(DNAの代用として使用)
・50mM NaOH
比較例では、(6)において流体24としての空気を導入せず、代わりにPBSを流通させて磁性粒子26aを回収した。PBSは70mbarの圧力で3分間供給した。比較例の他の処理は本実施形態と同様である。
Claims (53)
- 流路が形成された検体処理チップを用いて、検体中の対象成分を処理するための検体処理方法であって、
前記対象成分の処理に用いる処理液体との間で界面を形成する流体を前記流路に導入することにより、前記流路の内壁面と接触する前記界面を、前記対象成分を有する粒子を含む前記処理液体との間に形成し、
形成された前記界面を前記内壁面に接触させた状態で前記流路に沿って移動させることにより、前記処理液体中に滞留する前記粒子を、導入された前記流体によって押し出す、検体処理方法。 - 前記処理液体中に滞留する前記粒子を、導入された前記流体によって前記検体処理チップの外に押し出す、請求項1に記載の検体処理方法。
- 前記検体処理チップの外に押し出された前記粒子を、フローサイトメーターにより計数する、請求項2に記載の検体処理方法。
- 前記処理液体中に存在する前記粒子の数が10万個以上1000万個以下である、請求項1〜3のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記処理液体は、水相の液体と油相の液体とを含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記界面を前記流路に沿って移動させることにより、前記流路の前記内壁面に滞留する前記粒子を前記内壁面から移動させて前記流路に沿って搬送する、請求項1〜5のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記界面を前記流路に沿って移動させ、前記内壁面に滞留する前記粒子と、移動する前記界面とを接触させることにより、前記粒子を前記内壁面から移動させる、請求項6に記載の検体処理方法。
- 前記流路内の前記粒子が滞留する領域において、前記流体の前記界面を前記内壁面に沿って往復移動させる、請求項1〜7のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分を有する前記粒子は、内部に前記対象成分を有する液滴である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分を有する前記粒子は、表面に前記対象成分が結合した固体状の担体である、請求項1〜9のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分の処理は、前記流路中で前記担体を捕捉する処理を含み、
前記担体を捕捉する処理の後、捕捉が解除された前記担体を前記流体の前記界面によって移動させる、請求項10に記載の検体処理方法。 - 前記担体が磁性粒子であり、
前記流路中の前記磁性粒子を、磁力によって捕捉した後、磁力による捕捉が解除された前記磁性粒子を前記流体の前記界面によって移動させる、請求項11に記載の検体処理方法。 - 前記粒子と前記処理液体との比重が互いに異なり、前記粒子の外径が0.1μm以上0.1mm以下である、請求項1〜12のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記流体は気体である、請求項1〜13のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記流体は空気である、請求項14に記載の検体処理方法。
- 前記流路の一端側に設けられた液体を流入させるための接続部から、前記粒子および前記処理液体を流入させ、
前記流路のチャネルにおいて、前記粒子が有する前記対象成分の処理を行い、
前記流路の他端側に設けられた液体を送り出すための接続部へ、処理を終えた前記粒子および前記処理液体を搬送する、請求項1〜15のいずれか1項に記載の検体処理方法。 - 前記チャネルは、前記接続部における流路幅より大きい流路幅を有する、請求項16に記載の検体処理方法。
- 前記チャネルの断面は、高さ方向寸法よりも幅方向寸法が大きい、請求項16または17に記載の検体処理方法。
- 前記チャネルは、断面積が0.01μm2以上10mm2以下である、請求項16〜18のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分の処理を行う際、前記流路内の流れを層流とする、請求項1〜19のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分の処理を行う際、前記流路内の流れのレイノルズ数が2000以下である、請求項1〜20のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分の処理を行う際、前記流路内の流れのレイノルズ数が100以下である、請求項21に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分の処理を行う際、前記流路内の流れのレイノルズ数が10以下である、請求項22に記載の検体処理方法。
- 前記流体を、0.1μL/min以上5mL/min以下の流量で前記流路に導入する、請求項1〜23のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記流路内に導入された前記流体により、流路断面の全面にわたる前記界面を形成する、請求項1〜24のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記流路内に前記空気を包含した前記界面を有する複数のバブルを形成し、前記複数のバブルを前記内壁面に沿って移動させる、請求項15に記載の検体処理方法。
- 前記流路内で前記処理液体の間に前記流体を導入し、両端にそれぞれ前記界面を有する前記流体の充填領域を前記処理液体の間に形成する、請求項1〜26のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記流路に前記流体を断続的に複数回導入して、前記流体の前記充填領域を複数形成する、請求項27に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分の処理の実施中または実施後に、前記流体を前記流路内に導入するためのバルブを開閉して、前記流路内に導入した前記流体の前記界面を形成する、請求項1〜28のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分を有する前記粒子を前記流路内に導入するためのバルブ、および、前記処理液体を前記流路内に導入するためのバルブ、をそれぞれ開閉して、前記粒子および前記処理液体を前記流路内に導入し、
前記粒子および前記処理液体を前記流路内に導入した後、前記流体を前記流路内に導入するためのバルブを開閉して、前記流体を前記流路内に導入する、請求項29に記載の検体処理方法。 - 前記対象成分は核酸であり、
前記粒子は、前記核酸を増幅する処理が行われることにより、増幅産物である核酸が表面を覆うように結合した前記担体である、請求項10に記載の検体処理方法。 - 前記担体が磁性粒子であり、前記処理液体が洗浄液であり、
前記対象成分の処理は、前記流路中で前記磁性粒子を磁力によって捕捉する処理と、前記磁性粒子が捕捉された前記流路中に前記洗浄液を導入する処理と、前記磁性粒子の捕捉を解除する処理と、を含み、
前記洗浄液により前記磁性粒子を洗浄した後に、前記流路内に前記流体を導入して、捕捉が解除された前記磁性粒子を前記流体の前記界面によって移動させる、請求項31に記載の検体処理方法。 - 前記担体が磁性粒子であり、前記処理液体が洗浄液であり、
前記対象成分の処理は、
前記流路中で前記磁性粒子を磁力によって捕捉する処理と、
前記核酸の増幅産物を検出するための標識物質を前記流路内に導入して前記核酸の増幅産物と反応させ、前記標識物質を有する前記磁性粒子を形成する処理と、
前記標識物質を有する前記磁性粒子を捕捉したまま、前記洗浄液を前記流路に導入して前記磁性粒子を洗浄する処理と、を含み、
前記洗浄液により前記磁性粒子を洗浄した後に、前記流路内に前記流体を導入して、捕捉が解除された前記磁性粒子を前記流体の前記界面によって移動させる、請求項31に記載の検体処理方法。 - 前記洗浄液の流れの中で、磁力によって捕捉した前記磁性粒子を前記流路に沿う方向に往復移動させ、前記磁性粒子を洗浄する、請求項32または33に記載の検体処理方法。
- 前記対象成分は、核酸であり、
前記対象成分の処理は、前記流路内の前記処理液体中において、前記核酸、前記核酸の増幅反応のための試薬、および前記核酸と結合する担体の混合液を含む前記液滴を形成する処理を含み、
前記流体の前記界面を移動させることにより、前記流路中の前記液滴を移動させる、請求項9に記載の検体処理方法。 - 前記対象成分は、核酸であり、
前記対象成分の処理は、前記処理液体中に存在させた前記核酸、前記核酸の増幅反応のための試薬、および前記核酸と結合する担体の混合液を含む前記液滴中の前記核酸を増幅する処理を含み、
前記流体の前記界面を移動させることにより、前記核酸を増幅する処理による増幅産物である核酸が結合した担体を含む前記液滴を移動させる、請求項9の検体処理方法。 - 前記対象成分は、核酸であり、
前記対象成分の処理は、前記核酸の増幅産物である核酸が結合した前記担体を含む液滴を破壊する処理であり、
前記流体の前記界面を移動させることにより、破壊により前記液滴から取り出された前記担体を移動させる、請求項10の検体処理方法。 - 前記処理液体は、前記液滴を破壊するための試薬を含み、
前記液滴を破壊する処理において、前記核酸の増幅産物が結合した前記担体を含む前記液滴と、前記液滴を破壊するための試薬を混合することにより前記液滴を破壊する、請求項37の検体処理方法。 - 前記対象成分が核酸であり、
前記対象成分の処理は、前記流路内の前記処理液体中において、細胞、前記細胞を溶解するための試薬、および前記核酸と結合する担体の混合液を含む前記液滴を形成する処理であり、
前記流体の前記界面を移動させることにより、前記細胞と、前記核酸が結合する担体とを含む前記液滴を移動させる、請求項9に記載の検体処理方法。 - 前記対象成分が核酸であり、
前記対象成分の処理は、前記流路内の前記処理液体中において、細胞、前記細胞を溶解するための試薬、および核酸と結合する担体の混合液中で前記細胞から溶出された核酸が結合した担体を含む液滴を破壊する処理を含み、
前記流体の前記界面を移動させることにより、前記細胞から溶出された核酸が結合した担体を移動させる、請求項10に記載の検体処理方法。 - 前記流体は、前記処理液体と接触して互いに異なる相に分かれる液体であるか、または気体である、請求項1〜40のいずれか1項に記載の検体処理方法。
- 前記処理液体が水相である場合に、前記流体は、油相または気体であり、
前記処理液体が油相である場合に、前記流体は、水相または気体である、請求項41に記載の検体処理方法。 - 検体処理チップを用いて、検体中の対象成分を処理するための検体処理装置であって、
流路が形成された前記検体処理チップが設置される設置部と、
前記検体処理チップの前記流路に、前記対象成分の処理に用いる処理液体との間で界面を形成する流体を前記流路に導入するための導入部とを備え、
前記導入部は、前記流路の内壁面と接触する前記界面を、前記対象成分を有する粒子を含む前記処理液体と前記流路に導入された前記流体との間に形成し、形成された前記界面を前記内壁面に接触させた状態で前記流路に沿って移動させることにより、前記処理液体中に滞留する前記粒子を、導入された前記流体によって押し出す、検体処理装置。 - 前記導入部は、前記処理液体中に滞留する前記粒子を、導入された前記流体によって前記検体処理チップの外に押し出す、請求項43に記載の検体処理装置。
- 前記処理液体中に存在する前記粒子の数が10万個以上1000万個以下である、請求項43または44に記載の検体処理装置。
- 前記処理液体は、水相の液体と油相の液体とを含む、請求項43〜45のいずれか1項に記載の検体処理装置。
- 前記導入部は、前記界面を前記流路に沿って移動させることにより、前記流路の前記内壁面に滞留する前記粒子を前記内壁面から移動させて前記流路に沿って搬送する、請求項43〜46のいずれか1項に記載の検体処理装置。
- 前記導入部は、前記界面を前記流路に沿って移動させ、前記内壁面に滞留する前記粒子と、移動する前記界面とを接触させる、請求項43〜47のいずれか1項に記載の検体処理装置。
- 前記導入部は、
前記流路内に圧力を供給するポンプと、
前記流路内への圧力の供給経路を開閉するための複数のバルブと、を含み、
それぞれの前記バルブを開閉することにより、前記流路内に導入した前記処理液体と前記流体との間に前記界面を形成させ、圧力により前記界面を移動させる、請求項43〜48のいずれか1項に記載の検体処理装置。 - 前記導入部は、前記処理液体を導入するための前記バルブの開閉と、前記流体を導入するための前記バルブの開閉とを交互に行い、前記流路内で前記処理液体の流れの間に前記流体を導入し、両端にそれぞれ前記界面を有する前記流体の充填領域を前記処理液体の間に形成する、請求項49に記載の検体処理装置。
- 前記流体は空気であり、
前記導入部は、前記ポンプと前記バルブとの間、および前記バルブと前記検体処理チップとの間に前記空気を流通させるためのエア経路を有する、請求項49または50に記載の検体処理装置。 - 前記対象成分が核酸であり、
前記粒子は前記核酸が結合した磁性粒子であり、
前記流路中で前記磁性粒子を磁力によって捕捉するための磁石ユニットをさらに備え、
前記流路中の前記核酸が結合した前記磁性粒子を前記磁石ユニットの磁力によって捕捉した状態で前記対象成分の処理を行い、前記対象成分の処理の後、捕捉が解除された前記磁性粒子を前記流体の前記界面によって移動させる、請求項43〜51のいずれか1項に記載の検体処理装置。 - 前記粒子は、内部に前記対象成分を有する液滴であり、
前記導入部は、
前記液滴を含む前記処理液体を含んだ前記流路に前記流体を導入して、前記液滴を構成する液滴界面とは異なる前記界面を形成し、
形成された前記界面を前記流路に沿って移動させることにより、前記処理液体中に存在する前記液滴を前記流路に沿って搬送する、請求項43〜52のいずれか1項に記載の検体処理装置。
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