JP2014529084A - 画像分析識別の方法およびシステム - Google Patents

Abstract

第１の着目オブジェクトを識別するコンピュータ実装方法が、提供される。第１の着目オブジェクトは、２つの識別子および試料部分を含む。方法は、２つの識別子を含む第１の着目オブジェクトを撮像することを含む。撮像は、第１の組の画像データを生成する。方法はさらに、光学センサの視野内の第１の着目オブジェクトの位置を決定することと、２つの識別子を第１の組の画像データから決定することとを含む。方法は、２つの識別子に基づいて、第１の着目オブジェクトを識別することを含む。

Description

（関連出願の引用）
本願は、米国仮出願第６１／５４１，４５３号（２０１１年９月３０日出願）を基礎とする優先権の利益を主張する。該出願は、その全体が参照により引用される。

概して、システムを自動化し、効率を増加させる必要性が高まりつつある。例えば、自動化生物学的試料処理機器における進歩は、試料のより迅速、より効率的、かつ高処理量分析を可能にする。これらのタイプのシステムは、以前のシステムより多数の試料をアッセイし得る。したがって、種々のアッセイを受ける試料は、識別子で標識化またはマークされる。

以前は、システムまたは機器のオペレータは、試料容器、ラック、またはアッセイチップ上の識別子を読み取ることによって、試料を手動で追跡および検証する必要があったであろう。本タイプの手動追跡および検証は、労働集約的であり、試料の誤追跡または不適切な試験等の高確率なオペレータエラーを含み得る。さらに、アッセイされることが所望される試料の数が多いほど、より時間集約的かつ煩雑となるであろう。

他のより自動化されたシステムは、試験前に、試料を追跡および検証するために、識別子を走査し得る。しかしながら、これらのシステムは、多くの場合、追加の構成要素を必要とする。さらに、識別子は、システムによって誤読み取りされることも、読み取り不可能であることもある。

一例示的実施形態では、第１の着目オブジェクトを識別するコンピュータ実装方法が、提供される。第１の着目オブジェクトは、２つの識別子および試料部分を含む。本方法は、２つの識別子を含む、第１の着目オブジェクトを撮像することを含む。撮像は、第１の組の画像データを生成する。本方法はさらに、光学センサの視野内の第１の着目オブジェクトの位置を決定することと、２つの識別子を第１の組の画像データから決定することとを含む。本方法は、２つの識別子に基づいて、第１の着目オブジェクトを識別することを含む。

図１は、本明細書に説明される種々の実施形態による、例示的着目オブジェクトを図示する。 図２は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステムを図示するブロック図である。 図３は、本教示の実施形態が実装され得る、例示的機器を図示するブロック図である。 図４は、本明細書に説明される種々の実施形態による、撮像するための例示的光学系を図示する。 図５は、本明細書に説明される種々の実施形態による、着目オブジェクトの画像および関連付けられた識別子を図示する。 図６は、本明細書に説明される種々の実施形態による、画像分析によってオブジェクトを識別するための方法の流れ図を図示する。 図７は、本明細書に説明される種々の実施形態による、識別子を図示する。 図８Ａは、本明細書に説明される種々の実施形態による、別の識別子を図示する。 図８Ｂは、本明細書に説明される種々の実施形態による、事前処理後の図８Ａに示される識別子を図示する。 図９は、本明細書に説明される種々の実施形態による、例示的ワークフローを図示する。

本書に説明される種々の実施形態に関連する方法のための例示的システムは、米国仮特許出願第６１／５４１，４５３号（代理人事件番号：ＬＴ００５７８ＰＲＯ）、米国仮特許出願第６１／５４１，５１５号（代理人事件番号：ＬＴ００５７８ＰＲ０３）、米国仮特許出願第６１／５４１，３４２号（代理人事件番号：ＬＴ００５８１ＰＲＯ）、米国仮特許出願第２９／４０３，０４９号（代理人事件番号：ＬＴ００５８２ＤＥＳ）、米国仮特許出願第６１／５４１，４９５号（代理人事件番号：ＬＴ００５８３ＰＲＯ）、米国仮特許出願第６１／５４１，３６６号（代理人事件番号：ＬＴ００５８４．１ＰＲＯ）、および米国仮特許出願第６１／５４１，３７１号（代理人事件番号：ＬＴ００５９４ＰＲＯ）に説明されるものが挙げられ、それらは全て、２０１１年９月３０日に出願されたものであり、また、参照することによって、全体として本明細書に組み込まれる。本書に説明される種々の実施形態に関連する方法のための例示的システムは、２０１２年６月１５日出願の米国仮特許出願第６１／６６０，３４３号（代理人事件番号：ＬＴ００７０２ＰＲＯ２）に説明されるものが挙げられ、また、参照することによって、全体として本明細書に組み込まれる。

本発明のより完全な理解を提供するために、以下の説明は、具体的構成、パラメータ、実施例等の多数の具体的詳細を記載する。しかしながら、そのような説明は、本発明の範囲に関する限定として意図されるものではなく、例示的実施形態のより良い説明を提供することを意図するものと認識されたい。

前述のように、システムが処理する必要があるアイテムの数が、増加されるにつれて、より多くの自動化システムが、所望される。さらに、例えば、より正確かつ効率的識別、追跡、検証、安全性、および適合性のためのチェックもまた、所望される。したがって、試料およびアッセイは、多くの場合、機械読み取り可能な識別子で標識化される。識別子の実施例は、英数字文字またはバーコードであり得る。

本願は、着目オブジェクト上の識別子の読み取りに関し、より具体的には、着目オブジェクト上の識別子の画像を分析することによるオブジェクトの識別に関する。

バーコードは、通常、平行線の変動する幅および間隔の形態における、それが標識化するオブジェクトに関するデータの機械読み取り可能な表現である。あるタイプのバーコードである、バーコード１２８は、バーおよびスペースを使用して、ＡＳＣＩＩ文字および記号をエンコードする。エンコードは、各バーおよびスペースの幅に基づく。各バーまたはスペースは、１〜４単位で変動する幅を有する。全ての文字が、３本のバーおよび３つのスペースでエンコードされ、幅は、合計１１単位である。

本明細書に説明される方法およびシステムは、種々のタイプのシステム、機器、および機械内に実装され得ることを認識されたい。例えば、種々の実施形態は、複数の試料において、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行なう機器内に実装され得る。

本明細書に説明される実施形態によると、１つまたは複数の反応場内に１つまたは複数の試料を含む、基板は、２つ以上の識別子でマークされ得る。読み取るべき少なくとも２つの識別子を有することは、識別子の読み取りが正確であることのさらなる確認を提供する。ある場合には、識別子は、システムによって検出不可能であり得る。他の場合には、識別子は、不正確に読み取られ、不正確な試料またはアッセイを識別し得る。２つ以上の識別子を有することによって、冗長チェックが、試料を識別するために行なわれることができる。

種々の実施形態では、本明細書に説明されるデバイス、機器、システム、および方法は、１つ以上のタイプの生物学的着目成分を検出するために使用され得る。これらの生物学的着目成分は、限定ではないが、ＤＮＡ配列（細胞フリーＤＮＡを含む）、ＲＮＡ配列、遺伝子、オリゴヌクレオチド、分子、タンパク質、バイオマーカー、細胞（例えば、血中循環腫瘍細胞）、または任意の他の好適な標的生体分子を含む、任意の好適な生物学的標的であり得る。

種々の実施形態では、そのような生物学的成分は、胎児診断、多重ｄＰＣＲ、ウイルス検出および定量化標準、遺伝子型決定、配列決定検証、突然変異検出、遺伝子組換え生物の検出、稀少対立遺伝子検出、およびコピー数多型等の用途において、種々のＰＣＲ、ｑＰＣＲ、および／またはｄＰＣＲ方法ならびにシステムとともに使用され得る。本開示の実施形態は、概して、多数の小体積試料に関する生物学的反応を監視または測定するためのデバイス、機器、システム、および方法を対象とする。本明細書で使用されるように、試料は、例えば、試料体積または反応体積と称され得る。

概して、多数の試料が処理される、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）に適用可能であるが、任意の好適なＰＣＲ方法が、本明細書に説明される種々の実施形態に従って使用され得ることを認識されたい。好適なＰＣＲ方法として、限定ではないが、例えば、デジタルＰＣＲ、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、非対称ＰＣＲ、連結反応仲介ＰＣＲ、多重ＰＣＲ、ネステッドＰＣＲ、ｑＰＣＲ、ゲノムウォーキング、およびブリッジＰＣＲが挙げられる。

以下に説明されるように、本明細書に説明される種々の実施形態によると、反応場として、限定ではないが、例えば、貫通孔、ウェル、くぼみ、スポット、空洞、試料捕捉領域、および反応チャンバが挙げられ得る。

さらに、本明細書で使用されるように、温度循環は、例えば、サーマルサイクラーの使用、等温増幅、温度対流、赤外線仲介温度循環、またはヘリカーゼ依存性増幅を含み得る。いくつかの実施形態では、チップが、内蔵加熱要素と統合され得る。種々の実施形態では、チップは、半導体と統合され得る。

種々の実施形態によると、標的の検出は、例えば、単独または組み合わせて、限定ではないが、蛍光検出、陽イオンまたは陰イオンの検出、ｐＨ検出、電圧検出、または電流検出であり得る。

本明細書に説明される種々の実施形態は、特に、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）に好適である。デジタルＰＣＲでは、比較的少数の標的ポリヌクレオチドまたはヌクレオチド配列を含む溶液は、各試料が、概して、標的ヌクレオチド配列の１つの分子を含むか、または標的ヌクレオチド配列のいずれも含まないかのいずれかであるように、多数の小試験試料に細分化され得る。試料が、続いて、ＰＣＲプロトコル、手順、または実験において、熱的に循環されると、標的ヌクレオチド配列を含む試料は、増幅され、陽性検出信号を発する一方、標的ヌクレオチド配列を含まない試料は、増幅されず、検出信号を発しない。ポアソン統計を使用して、元の溶液中の標的ヌクレオチド配列の数が、陽性検出信号を発する試料の数と相関され得る。陽性および陰性検出は、本教示の種々の実施形態による、増幅品質の測定指標によって、決定または検証されることができる。

（基板）
種々の実施形態では、基板は、複数の試料を受け取るために構成される、複数の試料領域または反応場を有し得、反応場は、反応場と加熱式カバー２１０との間の蓋を介して、基板内に密閉され得る。試料ホルダのいくつかの実施例として、限定ではないが、標準的マイクロタイタ９６ウェルプレート、３８４ウェルプレート、マイクロカード、貫通孔アレイ等のマルチウェルプレート、あるいはガラスまたはプラスチックスライド等の実質的平面ホルダが挙げられ得る。試料ホルダの種々の実施形態における反応場は、試料ホルダ基板の表面上に形成された規則的または不規則的アレイ内にパターン化された陥凹、くぼみ、リッジ、およびそれらの組み合わせを含み得る。

本教示の種々の実施形態によると、各反応場は、体積約１．３ナノリットルを有し得る。代替として、各反応場の体積は、１．３ナノリットル未満であり得る。これは、例えば、反応場１０４の直径および／または試料ホルダの厚さを減少させることによって達成され得る。例えば、各反応場１０４は、１ナノリットル以下、１００ピコリットル以下、３０ピコリットル以下、または１０ピコリットル以下の体積を有し得る。他の実施形態では、反応場１０４の一部または全部の体積は、１〜２０ナノリットルの範囲内である。

いくつかの実施形態では、反応場は、貫通孔である。これらの実施例では、各貫通孔は、約１．３ナノリットルの体積を有する。代替として、各貫通孔の体積は、１．３ナノリットル未満であり得る。これは、例えば、貫通孔の直径および／または試料ホルダ基板の厚さを減少させることによって達成され得る。例えば、各貫通孔は、１ナノリットル以下、１００ピコリットル以下、３０ピコリットル以下、または１０ピコリットル以下の体積を有し得る。他の実施形態では、貫通孔の一部または全部の体積は、１〜２０ナノリットルの範囲内である。

種々の実施形態では、反応場１０４の密度は、少なくとも１００反応場／平方ミリメートルであり得る。他の実施形態では、より高い密度の反応場が存在し得る。例えば、チップ１００内の反応場１０４の密度は、１５０反応場／平方ミリメートル以上、２００反応場／平方ミリメートル以上、５００反応場／平方ミリメートル以上、１，０００反応場／平方ミリメートル以上、１０，０００反応場／平方ミリメートル以上であり得る。

いくつかの実施形態では、反応場は、貫通孔である。故に、試料ホルダ基板内の貫通孔の密度は、１５０貫通孔／平方ミリメートル以上、２００貫通孔／平方ミリメートル以上、５００貫通孔／平方ミリメートル以上、１，０００貫通孔／平方ミリメートル以上、１０，０００貫通孔／平方ミリメートル以上であり得る。

図１は、種々の実施形態による、２つの識別子で標識化された基板１００を図示する。複数の試料は、単一基板１００上で試験するための反応場エリア１０２内に含まれ得る。反応場エリア１０２は、アレイとして図示される。他の実施例では、反応場エリアは、１つの試料を含み得る。いくつかの実施形態では、複数の基板１００が、試験のためにシステム内にあり得る。例えば、２つ、４つ、または２０の基板１００が、試験のために機器システム内に置かれ得る。アッセイ構成要素もまた、いくつかの実施形態では、反応場内に試料とともに事前に装填され得る。

図１に示される実施形態における機械読み取り可能な識別子は、バーコード１０４および英数字コード１０６である。しかしながら、本書に説明される実施形態による、機械読み取り可能な識別子は、例えば、バーコード、テキスト、数字、ＱＲコード（登録商標）、または他の記号、および任意のそれらの組み合わせであり得ることを認識されたい。また、英数字識別子はまた、ヒトによって読み取り可能であり得、機械読み取り結果に対して検証されることもできることに留意されたい。

（コンピュータ実装システム）
本明細書に説明される実施形態による、識別子の検出および処理の方法は、コンピュータシステム内に実装され得る。

当業者は、種々の実施形態の動作が、必要に応じて、ハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、またはそれらの組み合わせを使用して実装され得ることを認識するであろう。例えば、いくつかのプロセスは、ソフトウェア、ファームウェア、または有線論理の制御下、プロセッサまたは他のデジタル回路を使用して実施されることができる。（用語「論理」は、本明細書では、当業者によって認識されるであろうように、規定された機能を実施するための固定ハードウェア、プログラマブル論理、および／または適切なそれらの組み合わせを指す。）ソフトウェアおよびファームウェアは、非一過性コンピュータ読み取り可能な媒体上に記憶されることができる。いくつかの他のプロセスは、当業者に公知のように、アナログ回路を使用して、実装されることができる。加えて、メモリまたは他の記憶ならびに通信構成要素も、本発明の実施形態において採用され得る。

図２は、種々の実施形態による、処理機能性を実施するために採用され得る、コンピュータシステム２００を図示するブロック図である。実験を行なうための機器が、例示的コンピューティングシステム２００に接続され得る。種々の実施形態によると、利用され得る機器は、図２のサーマルサイクラーシステム２００であるか、または図３のサーマルサイクラーシステム３００が、利用され得る。コンピューティングシステム２００は、プロセッサ２０４等の１つ以上のプロセッサを含むことができる。プロセッサ２０４は、例えば、マイクロプロセッサ、コントローラ、または他の制御論理等の汎用または特殊目的処理エンジンを使用して実装されることができる。本実施例では、プロセッサ２０４は、バス２０２または他の通信媒体に接続される。

さらに、図２のコンピューティングシステム２００はまた、所与の用途または環境のために望ましいまたは適切であり得る、ラック搭載コンピュータ、メインフレーム、スーパーコンピュータ、サーバ、クライアント、デスクトップコンピュータ、ラップトップコンピュータ、タブレットコンピュータ、ハンドヘルドコンピューティングデバイス（例えば、ＰＤＡ、携帯電話、スマートフォン、パームトップ等）、クラスタグリッド、ネットブック、埋込システム、あるいは任意の他のタイプの特殊または汎用コンピューティングデバイス等、いくつかの形態のいずれかに具現化され得ることを理解されたい。加えて、コンピューティングシステム２００は、クライアント／サーバ環境および１つ以上のデータベースサーバまたは統合ＬＩＳ／ＬＩＭＳインフラストラクチャを含む、従来のネットワークシステムを含むことができる。ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）または広域ネットワーク（ＷＡＮ）ならびに無線および／または有線構成要素を含む、いくつかの従来のネットワークシステムも、当技術分野において公知である。加えて、クライアント／サーバ環境、データベースサーバ、およびネットワークは、当技術分野において十分に文書化されている。本明細書に説明される種々の実施形態によると、コンピューティングシステム２００は、分散型ネットワーク内の１つ以上のサーバに接続するように構成され得る。コンピューティングシステム２００は、分散型ネットワークから情報を受信または更新し得る。コンピューティングシステム２００はまた、情報を伝送し、分散型ネットワークに接続された他のクライアントによってアクセスされ得る、分散型ネットワーク内に記憶させ得る。

コンピューティングシステム２００は、情報を通信するためのバス２０２または他の通信機構と、情報を処理するためにバス２０２と連結されたプロセッサ２０４とを含み得る。

コンピューティングシステム２００はまた、プロセッサ２０４によって実行されるべき命令を記憶するために、バス２０２に連結される、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）または他の動的メモリであり得る、メモリ２０６を含む。メモリ２０６はまた、プロセッサ２０４によって実行されるべき命令の実行の間、一時的変数または他の中間情報を記憶するために使用され得る。コンピューティングシステム２００はさらに、プロセッサ２０４のための静的情報および命令を記憶するために、バス２０２に連結された読み取り専用メモリ（ＲＯＭ）２０８または他の静的記憶デバイスを含む。

コンピューティングシステム２００はまた、情報および命令を記憶するために、バス２０２に提供および連結される、磁気ディスク、光ディスク、または固体ドライブ（ＳＳＤ）等の記憶デバイス２１０を含み得る。記憶デバイス２１０は、媒体ドライブおよび取り外し可能な記憶インターフェースを含み得る。メディアドライブは、ハードディスクドライブ、フロッピー（登録商標）ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、ＣＤまたはＤＶＤドライブ（ＲまたはＲＷ）、フラッシュドライブ、または他の取り外し可能なまたは固定メディアドライブ等の固定または取り外し可能な記憶媒体に対応するためのドライブまたは他の機構を含み得る。これらの実施例が、図示するように、記憶媒体は、特に、コンピュータソフトウェア、命令、またはデータをそこに記憶させる、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を含み得る。

代替実施形態では、記憶デバイス２１０は、コンピュータプログラムあるいは他の命令またはデータが、コンピューティングシステム２００内にロードされることを可能にするための他の類似機器を含み得る。そのような機器として、例えば、プログラムカートリッジおよびカートリッジインターフェース、取り外し可能なメモリ（例えば、フラッシュメモリまたは他の取り外し可能なメモリモジュール）およびメモリスロット、ならびにソフトウェアおよびデータが、記憶デバイス２１０からコンピューティングシステム２００に転送されることを可能にする、他の取り外し可能な記憶ユニットおよびインターフェース等の取り外し可能な記憶ユニットおよびインターフェースが挙げられ得る。

コンピューティングシステム２００はまた、通信インターフェース２１８を含むことができる。通信インターフェース２１８は、ソフトウェアおよびデータが、コンピューティングシステム２００と外部デバイスとの間で転送されることを可能にするために使用されることができる。通信インターフェース２１８の実施例として、モデム、ネットワークインターフェース（Ｅｔｈｅｒｎｅｔ（登録商標）または他のＮＩＣカード等）、通信ポート（例えば、ＵＳＢポート、ＲＳ−２３２Ｃシリアルポート等）、ＰＣＭＣＩＡスロットおよびカード、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ（登録商標）等が挙げられ得る。通信インターフェース２１８を介して転送される、ソフトウェアおよびデータは、通信インターフェース２１８によって受信可能な電子、電磁、光学、または他の信号であり得る、信号の形態である。これらの信号は、無線媒体、ワイヤまたはケーブル、光ファイバ、または他の通信媒体等のチャネルを介して、通信インターフェース２１８によって伝送および受信され得る。チャネルのいくつかの実施例として、電話回線、携帯電話リンク、ＲＦリンク、ネットワークインターフェース、ローカルまたは広域ネットワーク、および他の通信チャネルが挙げられる。

コンピューティングシステム２００は、情報をコンピュータユーザに表示するために、バス２０２を介して、ブラウン管（ＣＲＴ）または液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）等のディスプレイ２１２に連結され得る。英数字および他のキーを含む、入力デバイス２１４は、情報およびコマンド選択を、例えば、プロセッサ２０４と通信するために、バス２０２に連結される。入力デバイスはまた、タッチスクリーン入力能力とともに構成される、ＬＣＤディスプレイ等のディスプレイであり得る。別のタイプのユーザ入力デバイスは、方向情報およびコマンド選択をプロセッサ２０４に通信し、かつディスプレイ２１２上のカーソル移動を制御するためのマウス、トラックボール、またはカーソル方向キー等のカーソル制御２１６である。本入力デバイスは、典型的には、２つの軸、第１の軸（例えば、ｘ）および第２の軸（例えば、ｙ）において、２自由度を有し、デバイスが、平面内の位置を指定することを可能にする。コンピューティングシステム２００は、データ処理を提供し、かつそのようなデータに対して、一定レベルの信頼性を提供する。本教示の実施形態のある実装に一致して、データ処理および信頼値は、メモリ２０６内に含まれる１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスを実行するプロセッサ２０４に応答して、コンピューティングシステム２００によって提供される。そのような命令は、記憶デバイス２１０等の別のコンピュータ読み取り可能な媒体から、メモリ２０６に読み込まれ得る。メモリ２０６内に含まれる命令のシーケンスの実行は、プロセッサ２０４に、本明細書に説明されるプロセス状態を行なわせる。代替として、有線回路が、本教示の実施形態を実装するために、ソフトウェア命令の代わりに、またはそれと組み合わせて、使用され得る。したがって、本教示の実施形態の実装は、ハードウェア回路およびソフトウェアの任意の具体的組み合わせに限定されない。

用語「コンピュータ読み取り可能な媒体」および「コンピュータプログラム製品」は、本明細書に使用され場合、一般に、実行のために、１つ以上のシーケンスまたは１つ以上の命令をプロセッサ２０４に提供することに関わる、任意の媒体を指す。そのような命令は、概して、「コンピュータプログラムコード」（コンピュータプログラムまたは他のグループ化の形態にグループ化され得る）と称され、実行されると、コンピューティングシステム２００が、本発明の実施形態の特徴または機能を行なうことを可能にする。これらおよび他の形態の非一過性コンピュータ読み取り可能な媒体は、限定ではないが、不揮発性媒体、揮発性媒体、および伝送媒体を含む、多くの形態をとり得る。不揮発性媒体として、例えば、記憶デバイス２１０等の固体、光学、または磁気ディスクが挙げられる。揮発性媒体として、メモリ２０６等の動的メモリが挙げられる。伝送媒体として、バス２０２を備えるワイヤを含む、同軸ケーブル、銅ワイヤ、および光ファイバが挙げられる。

コンピュータ読み取り可能な媒体の一般的形態として、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、または任意の他の磁気媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、任意の他の光学媒体、穿孔カード、紙テープ、孔のパターンを伴う任意の他の物理的媒体、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、およびＥＰＲＯＭ、フラッシュＥＰＲＯＭ、任意の他のメモリチップまたはカートリッジ、本明細書に後述されるような搬送波、あるいはコンピュータが読み取ることができる、任意の他の媒体が挙げられる。

種々の形態のコンピュータ読み取り可能な媒体が、実行のために、１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスをプロセッサ２０４に搬送することに関わり得る。例えば、命令は、最初に、遠隔コンピュータの磁気ディスク上に搬送され得る。遠隔コンピュータは、命令をその動的メモリ内にロードし、モデムを使用して、電話回線を経由して命令を送信することができる。コンピューティングシステム２００のローカルのモデルが、電話回線上でデータを受信し、赤外線送信機を使用して、データを赤外線信号に変換することができる。バス２０２に連結された赤外線検出器は、赤外線信号内で搬送されるデータを受信し、データをバス２０２上に置くことができる。バス２０２は、データをメモリ２０６に搬送し、そこから、プロセッサ２０４は、命令を読み出し、実行する。メモリ２０６によって受信された命令は、随意に、プロセッサ２０４による実行前または後のいずれかに、記憶デバイス２１０上に記憶され得る。

明確にする目的のために、前述の説明は、異なる機能ユニットおよびプロセッサを参照して、本発明の実施形態を説明していることを理解されるであろう。しかしながら、異なる機能ユニット、プロセッサ、または領域間の機能性の任意の好適な分散が、本発明から逸脱することなく、使用され得ることは明白であろう。例えば、別個のプロセッサまたはコントローラによって行なわれるように図示される機能性は、同一のプロセッサまたはコントローラによって行なわれ得る。故に、具体的機能ユニットの参照は、厳密な論理または物理的構造あるいは編成を示すのではなく、説明される機能性を提供するための好適な手段の参照にすぎないと見なされるものとする。

（ＰＣＲ機器）
前述のように、種々の実施形態による、利用され得る機器は、限定ではないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）機器である。図３は、本教示の実施形態が実装され得る、ＰＣＲ機器３００を図示するブロック図である。ＰＣＲ機器３００は、基板（図示せず）内に含まれる複数の試料３１２を覆って配置される、加熱式カバー３１０を含み得る。種々の実施形態では、基板は、複数の試料領域を伴う、ガラスまたはプラスチックスライドであり得、試料領域は、試料領域と加熱式カバー３１０との間にカバーを有する。基板のいくつかの実施例として、限定ではないが、標準的マイクロタイタ９６ウェル、３８４ウェルプレート、またはマイクロカード等のマルチウェルプレート、あるいはガラスまたはプラスチックスライド等の実質的平面支持体が挙げられ得る。基板の種々の実施形態における反応場は、基板の表面上に形成される規則的または不規則的アレイにパターン化された陥凹、くぼみ、リッジ、およびそれらの組み合わせを含み得る。ＰＣＲ機器の種々の実施形態は、試料ブロック３１４と、加熱および冷却のための要素３１６と、熱交換器３１８と、制御システム３２０と、ユーザインターフェース３２２とを含む。本教示による、調温ブロックアセンブリの種々の実施形態は、図３のＰＣＲ機器３００の構成要素３１４−３１８を備える。

リアルタイムＰＣＲ機器３００は、光学系３２４を有する。図３では、光学系３２４は、電磁エネルギーを放出する、照明源（図示せず）と、基板内の試料３１２から電磁エネルギーを受け取るための光学センサ、検出器、または撮像機（図示せず）と、電磁エネルギーを各ＤＮＡ試料から撮像機へと誘導するために使用される、光学３４０とを有し得る。図３におけるＰＣＲ機器３００および図３におけるリアルタイムＰＣＲ機器３００の実施形態のために、制御システム３２０が、検出システム、加熱式カバー、および調温ブロックアセンブリの機能を制御するために使用され得る。制御システム３２０は、図３におけるＰＣＲ機器３００および図３におけるリアルタイムＰＣＲ機器３００のユーザインターフェース３２２を通して、エンドユーザにアクセス可能であり得る。また、図２に描写されるようなコンピュータシステム２００は、図３におけるＰＣＲ機器３００の機能の制御ならびにユーザインターフェース機能を提供する役割を果たし得る。加えて、図２のコンピュータシステム２００は、データ処理、表示および報告準備機能を提供し得る。全てのそのような機器制御機能は、ＰＣＲ機器のローカル専用であり得、あるいは図２のコンピュータシステム２００が、以下により詳細に論じられるように、制御、分析、および報告機能の一部または全部の遠隔制御を提供し得る。

本教示の種々の実装の以下の説明は、例証および説明の目的のために提示されている。包括的でもなく、本教示を開示される精密な形態に限定するものでもない。前述の教示に照らして、修正および変形例が、可能であり、または本教示の実践から取得され得る。加えて、説明される実装は、ソフトウェアを含むが、本教示は、ハードウェアおよびソフトウェアの組み合わせとして、またはハードウェア単独内に実装され得る。本教示は、オブジェクト指向および非オブジェクト指向プログラミングシステムの両方で実装され得る。

（撮像のための光学系）
図４は、本明細書に説明される実施形態による、撮像のために使用され得る、例示的光学系４００を描写する。光学系４００は、例示的光学系であることが認識されるはずであり、当業者は、他の光学系も、着目オブジェクトを撮像するために使用され得ることを認識するであろう。種々の実施形態によると、着目オブジェクトは、本明細書に説明されるような基板であり得る。例えば、カメラ４０４内に含まれる光学センサ４０２は、着目オブジェクト４１０を撮像し得る。着目オブジェクトは、例えば、アッセイするための試料を含む、アレイチップ、複数のアレイチップ、または基板であり得る。光学センサ４０２は、ＣＣＤセンサであり得、カメラ４０４は、ＣＣＤカメラであり得る。さらに、光学センサは、カメラレンズ４０６を含む。

着目オブジェクトに応じて、放出フィルタ４０８が、種々の実施形態による、着目オブジェクト４１０を撮像するために選定される。放出フィルタ４０８は、他の実施形態では、着目オブジェクト４０１から放出される蛍光放出を撮像するために変更され得る。

光学系４００は、着目オブジェクト４１０を撮像するために、反射光源４１２を使用し得る。光源４１２からの光は、ビームスプリッタ４２０によって、着目オブジェクト４１０に反射される前に、非球体４１４、集束器／発散器４１６、および励起フィルタ４１８を通してフィルタ処理され得る。光学系４００はまた、視野レンズ４２２を含み得る。

（画像）
前述のように、図４に描写されるような光学系４００は、着目オブジェクトを撮像し得る。着目オブジェクトは、基板であり得る。基板は、アレイチップ（図１に描写されるように）等の消耗品であり得る。着目オブジェクトはまた、図５に描写されるように、複数の基板であり得る。図５に描写される例示的画像５００では、４つの基板５０２、５０４、５０６、および５０８が、画像５００内に含まれる。本明細書に説明される種々の実施形態による、１つ以上のオブジェクトを含み得ることを認識されたい。各基板は、２つの識別子を含む。例えば、基板５０２は、識別子５１０および識別子５１２でマークされる。前述のように、識別子は、例えば、記号、英数字コード、またはバーコードであり得る。画像５００では、基板５０２は、英数字コードとしての識別子５１０およびバーコードとしての識別子５１２を有する。他の実施形態によると、撮像されるオブジェクトは、例えば、記号、英数字コード、またはバーコードの任意の組み合わせである、識別子を含み得る。

光学センサ４０２（図４）が、バーコード等の識別子を含む、少なくとも１つのオブジェクトを撮像後、画像は、識別子を読み取るために分析される。例えば、バーコード識別子が、走査方法とは対照的に、画像を使用して読み取られる。

識別子は、基板またはオブジェクト上に含まれるアッセイを識別するために使用され得る。識別子に関連付けられたアッセイタイプは、データベースまたはメモリ２０６（図２）等のメモリ内に記憶され得る。オブジェクトが、２つの識別子で標識化される場合、各識別子は、独立して、本明細書に説明される実施形態に従って決定され得る。この場合、各識別子決定は、他の識別子が関連付けられているかどうかを決定することによって、検証され得る。識別子の関連付けは、コンピュータシステム２００のメモリ２０６（図２）内に記憶され得る。他の実施形態では、画像内の複数の基板の識別子および関連付けられたアッセイタイプを決定後、同一の実行において試験されるアッセイタイプの適合性が、決定され得る。

例えば、基板５０２、５０４、５０６、および５０８（図５）が、ＰＣＲ機器３００（図３）内で試験されることになっている場合、基板５０２、５０４、５０６、および５０８を画像５００（図５）から識別後、プロセッサ２０４（図２）は、基板５０２、５０４、５０６、および５０８に関連付けられたアッセイタイプが、適合性があるかどうか決定し得る。

さらに、画像５００内の任意の識別子が、読み取られることができない場合、これは、基板が正確な位置にないことを示し得る。システムは、次いで、システムが、基板を識別できない場合、ユーザインターフェース３２２（図３）上に指示を表示する等、不正確な位置付けまたは不正確な基板をユーザに示し得る。

図６は、本明細書に説明される実施形態による、着目オブジェクトを識別する例示的方法６００を描写する流れ図を図示する。方法６００のステップは、図２に示されるように、プロセッサ２０４によって実装され得る。さらに、プロセッサ２０４によって方法を実行するための命令は、メモリ２０６内に記憶され得る。

図６を参照すると、ステップ６０２では、着目オブジェクトが、撮像され得る。着目オブジェクトは、２つの識別子を含む。２つの識別子は、着目オブジェクトとともに、撮像される。着目オブジェクトは、前述のように、光学系４００を用いて撮像され得る。着目オブジェクトの撮像に応答して、画像データが、生成される。画像データは、メモリ２０６（図２）内に記憶され得る。

（画像内の着目オブジェクトの位置の決定）
図６を参照すると、ステップ６０４では、着目オブジェクトは、光学センサの視野内に位置付けられ得る。さらに、また、前述のように、着目オブジェクトは、本明細書に説明される教示の実施形態による、基板であり得る。着目オブジェクトを適正に位置付けることによって、画像内のインジケータは、画像上の予期される位置に来るであろう。したがって、画像は、インジケータを読み取るために、予期される位置で分析され得る。予期される位置は、着目領域（ＲＯＩ）内にあり得る。

インジケータの予期される位置はさらに、画像内の基準点を決定することによって決定される。種々の実施形態によると、画像内の着目オブジェクトの中心は、画像分析技法によって決定される。着目オブジェクトの基準点および寸法を把握することによって、識別子および他の目印の画像内の予期される位置が、検索されることができる。

着目オブジェクトの位置は、プロセッサ２０４（図２）によって決定され得る。試料エリア１０２（図１）は、ＲＯＩを決定するために使用され得る。試料エリア１０２は、例えば、ウェルまたは孔を含み得る。より具体的には、着目オブジェクトの寸法および着目オブジェクト上のインジケータの位置の両方は、事前に決定されているので、試料エリアは、ＲＯＩを決定するために使用されることができ、インジケータが、画像内に見出され得る。ＲＯＩは、長方形等の形状であり得、インジケータは、画像内に見出されることが予期される。したがって、プロセッサ２０４は、画像データを分析し、インジケータを読み取るための命令を実行し得る。

図６に戻って参照すると、ステップ６０６では、着目オブジェクト上にマークされた識別子が、決定される。言い換えると、識別子は、着目オブジェクトが識別され得るように読み取られる。

（識別子の読み取り）
前述のように、インジケータは、バーコードであり得る。ＲＯＩ内の画像データは、プロセッサ２０４によって、処理または分析される。バーコードデータは、ＲＯＩ内の画像データから決定される。撮像されるバーコードの実施例は、図７に示される。バーコードデータは、画像内のバーコードの暗色および明色区域を見つけることによって決定され得る。画像データは、いくつかの実施形態では、フィルタ処理され、バーコードの暗色および明色区域をより明確に画定し得る。

暗色および明色区域は、当業者によって公知のサンプリングおよびフィルタ処理方法によって決定されることができる。画像データが、暗色領域であるか明色領域であるかに関する決定は、所定の閾値に対して比較することによって決定されることができる。言い換えると、バーコードのスペースおよびバーが、測定される。

暗色および明色区域が、測定され、バーコードが、読み取られることができる。着目オブジェクトからのバーコードを識別後、バーコードに関連付けられたデータが、決定されることができる。識別子データに関連付けられたデータは、メモリ２０６内に記憶されている。関連付けられたデータは、アッセイタイプまたは試料データ等の他の情報を含み得る。

また、前述のように、インジケータは、英数字コードまたは他の記号であり得る。データベースまたはメモリ２０６内に記憶される、例えば、可能性として考えられる英数字文字または記号のテンプレートは、バイナリ画像として記憶され得る。

画像は、事前に処理され、より明確に画定された暗色および明色区域を作成し得る。例えば、英数字インジケータを含む、画像データのグレーレベルが、決定され得る。グレーレベルが、ある閾値レベルを下回ると、画像データは、暗色領域として決定され得る。事前処理の効果を図示するために、図８Ａは、事前処理前の英数字を図示する。図８Ｂは、事前処理後の英数字文字を描写する。

前述のように、英数字インジケータは、ＲＯＩ内に含まれ得る。ＲＯＩ内の画像データは、解析され、各文字のバイナリマップが、生成されることができる。したがって、決定されたバイナリマップは、英数字文字の記憶されたテンプレートと比較され得る。各文字は、記憶されたテンプレート内で一致を見つけることによって決定されることができる。このように、英数字コードは、読み取られることができる。インジケータが、記号である場合、記号も、同様に決定され得る。

両インジケータの結果を決定後、各インジケータ結果は、他方のインジケータ結果で検証され得る。言い換えると、決定されたインジケータは、他方の決定されたインジケータの同一の着目オブジェクトに関連付けられるはずである。

さらに、前述のように、インジケータは、ステップ６０８（図６）において、着目オブジェクトまたは基板を識別する。アッセイタイプが、識別され得る。他の基板が、試験のためにシステム内に含まれる場合、各基板のアッセイタイプは、適合性のチェックのために、比較され得る。基板が、別の基板とともに実行されるべきではないと決定される場合、エラーのインジケータが、ユーザインターフェース上でユーザに表示され得る。

着目オブジェクト上の２つの識別子の読み取りに基づく、例示的ワークフローは、図９に描写される。加えて、種々の実施形態による、ワークフローの２つの実施例が、以下のように説明される。

クライアントソフトウェア（デスクトップ）または機器ＬＣＤパネルから、
１）ユーザは、実行開始動作を起動させる。
２）システムは、ユーザに、実行されるべき基板のバーコードを入力させる。
３）ユーザは、４つの基板を機器内に物理的に装填する。
４）ユーザは、「バーコード読み取り」動作をソフトウェアから起動させる。
（選択肢Ａ）ユーザは、ＯＡ実行開始ワークフローをソフトウェアから始動させる。
前提条件：
−ユーザは、最大４つの基板を機器内に装填している。
−ユーザは、実験ファイル、テンプレートファイル、または設定ファイルをソフトウェア内のデフォルトファイル場所に保存している。
１．ソフトウェアは、基板実行オブジェクトを作成する。
２．機器は、各装填されたチップ上のバーコードおよび英数字コードを含む、全基板の複数のＣＣＤ画像を撮像する。
３．各基板画像に対して、
ａ．バーコード領域が、導出され、画像を解析し、バーコードを決定する。
ｂ．英数字コード領域が、導出され、画像を解析し、英数字コードを決定する。
ｃ．バーコードおよび英数字コード結果が、決定される。
ｄ．バーコード結果が、英数字コード結果に対して検証される。
ｅ．実験ファイルが、英数字コードに対してデフォルトファイル場所から読み出される。
ｆ．実験ファイルが、見つからない場合、実行設定ファイルが、英数字コードに対してデフォルトファイル場所から読み出される。
ｇ．実行設定ファイルが見つかる場合、実行設定ファイルからの一意に名称が付けられたプロトコルが、決定され、関連付けられた実行プロトコルをクエリする／読み出す。
ｈ．ユーザは、基板に対する代替実験ファイル、実行設定ファイル、またはテンプレートファイルを手動でブラウズ／選択することができる。
ｉ．ユーザは、基板に対する試料設定ファイルを手動でブラウズ／選択することができる。
ｊ．システムは、基板に対する実験ファイル名を導出し、ユーザは、手動でファイル名を変更することができる。
４．実行プロトコルが、ＯＡ実行オブジェクトに適用される。
５．ユーザは、ＯＡ実行開始動作を起動させる。
６．各装填されたＯＡのための実行プロトコルおよび既存の実験ファイルが、適合性に基づいて、検証される。
ａ．エラー対処条件
７．各装填された基板に対して、実験ファイルが、以下の情報を伴い、作成／更新される。
ａ．実行プロトコル
ｂ．ウェル位置へのアッセイ割当
ｃ．ウェル位置への試料割当
８．ＯＡ実行開始コマンドＡＰＩが、実行される。

（選択肢Ｂ）ユーザは、基板実行ワークフロー開始をＬＣＤパネルから始動させる。
前提条件：
−ユーザは、最大４つの基板を機器内に装填している。
−ユーザは、実験ファイルまたはテンプレートファイルを機器内のデフォルトファイル場所に保存している。
１．ファームウェアが、基板実行オブジェクトを作成する。
２．機器が、各装填されたチップ上のバーコードおよびチップＩＤを含む、全基板の複数のＣＣＤ画像を捕捉する。
３．各チップ画像に対して、
ａ．バーコード領域が、導出され、画像を解析し、バーコードを決定する。
ｂ．英数字コード領域が、導出され、画像を解析し、英数字コードを決定する。
ｃ．バーコードおよび英数字コード結果が、返される。
ｄ．バーコード結果が、英数字コード結果に対して検証される。
ｅ．デフォルトファイル場所からの実験ファイルが、英数字コードに対して読み出される。
ｆ．ユーザは、基板に対する代替実験ファイルまたはテンプレートファイルを手動でブラウズ／選択することができる。
ｇ．基板のための実験ファイル名が、導出され、ユーザは、ファイル名を手動で変更することができる。
４．実行プロトコルが、基板実行オブジェクトに対して導出される。
５．ユーザが、基板実行開始動作を起動させる。
６．各装填された基板に対する実行プロトコルおよび既存の実験ファイルが、適合性のために検証される。
ａ．エラー対処条件
７．各装填された基板に対して、以下の情報を伴う実験ファイルが、作成／更新される。
ａ．実行プロトコル
ｂ．ウェル位置に対するアッセイ割当
ｃ．ウェル位置に対する試料割当
８．ファームウェアが、基板実行を開始する。

したがって、前述によると、本開示のいくつかの実施例は、以下を備える。

一実施例では、第１の着目オブジェクトが、２つの識別子および試料部分を含む、第１の着目オブジェクトを識別するコンピュータ実装方法が、提供される。本方法は、２つの識別子を含む、第１の着目オブジェクトを撮像することであって、撮像は、第１の組の画像データを生成する、ことと、光学センサの視野内の第１の着目オブジェクトの位置を決定することと、２つの識別子を第１の組の画像データから決定することと、２つの識別子に基づいて、第１の着目オブジェクトを識別することとを含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、コンピュータ実装方法はさらに、第２の着目オブジェクトを撮像することであって、第２の着目オブジェクトは、２つの識別子を含み、撮像は、第２の組の画像データを生成する、ことと、光学センサの視野内の第２の基板の位置を決定することであって、第２の基板は、２つの識別子および試料部分を含む、ことと、第２の基板の２つの識別子を決定することと、第２の着目オブジェクトの２つの識別子に基づいて、第２の基板を識別することとを含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、第１および第２の着目オブジェクトは、第１および第２の基板である。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、コンピュータ実装方法はさらに、同一の試料実行において、第１および第２の基板を試験することの適合性を決定することを含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、２つの識別子のうちの一方は、英数字コードである。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、２つの識別子のうちの一方は、バーコードである。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、識別は、２つの識別子の各々に基づく、第１の基板の独立検証を含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、位置決めは、少なくとも１つの識別子が、光学センサの視野の所定の領域内にあることに基づく。

別の実施例では、第１の着目オブジェクトが、２つの識別子および試料部分を含む、第１の着目オブジェクトを識別するプロセッサによって実行可能な命令でエンコードされたコンピュータ読み取り可能な記憶媒体が、提供される。命令は、２つの識別子を含む、第１の着目オブジェクトを撮像する命令であって、撮像は、第１の組の画像データを生成する、命令と、光学センサの視野内の第１の着目オブジェクトの位置を決定する命令と、２つの識別子を第１の組の画像データから決定する命令と、２つの識別子に基づいて、第１の着目オブジェクトを識別する命令とを含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、命令はさらに、第２の着目オブジェクトを撮像する命令であって、第２の着目オブジェクトは、２つの識別子を含み、撮像は、第２の組の画像データを生成する、命令と、光学センサの視野内の第２の基板の位置を決定する命令であって、第２の基板は、２つの識別子および試料部分を含む、命令と、第２の基板の２つの識別子を決定する命令と、第２の着目オブジェクトの２つの識別子に基づいて、第２の基板を識別する命令とを含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、第１および第２の着目オブジェクトは、第１および第２の基板である。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、コンピュータ読み取り可能な媒体はさらに、同一の試料実行において、第１および第２の基板を試験することの適合性を決定するための命令を含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、２つの識別子のうちの一方は、英数字コードである。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、２つの識別子のうちの一方は、バーコードである。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、識別は、２つの識別子の各々に基づく、第１の基板の独立検証を含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、位置決めは、少なくとも１つの識別子が、光学センサの視野の所定の領域内にあることに基づく。

別の実施例では、第１の基板が、２つの識別子および試料部分を含む、第１の基板を識別するためのシステムが、提供される。本システムは、プロセッサと、プロセッサによって実行可能な命令でエンコードされたメモリとを備え、命令は、２つの識別子を含む、第１の着目オブジェクトを撮像する命令であって、撮像は、第１の組の画像データを生成する、命令と、光学センサの視野内の第１の着目オブジェクトの位置を決定する命令と、２つの識別子を第１の組の画像データから決定する命令と、２つの識別子に基づいて、第１の着目オブジェクトを識別する命令とを含む。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、２つの識別子のうちの一方は、英数字コードである。

加えて、または代替として、前述に開示される実施例のうちの１つ以上では、２つの識別子のうちの一方は、バーコードである。

本発明は、ある例示的実施形態、実施例、および用途に関して説明されたが、本発明から逸脱することなく、種々の修正および変更が行なわれ得ることが、当業者に明白となるであろう。

Claims (19)

1. 第１の着目オブジェクトを識別するコンピュータ実装方法であって、前記第１の着目オブジェクトは、２つの識別子および試料部分を含み、前記方法は、
   前記２つの識別子を含む前記第１の着目オブジェクトを撮像することであって、前記撮像することは、第１の組の画像データを生成する、ことと、
   光学センサの視野内の前記第１の着目オブジェクトの位置を決定することと、
   前記２つの識別子を前記第１の組の画像データから決定することと、
   前記２つの識別子に基づいて、前記第１の着目オブジェクトを識別することと
   を含む、コンピュータ実装方法。
2. 第２の着目オブジェクトを撮像することであって、前記第２の着目オブジェクトは、２つの識別子を含み、前記撮像することは、第２の組の画像データを生成する、ことと、
   前記光学センサの視野内の第２の基板の位置を決定することであって、前記第２の基板は、２つの識別子および試料部分を含む、ことと、
   前記第２の基板の前記２つの識別子を決定することと、
   前記第２の着目オブジェクトの前記２つの識別子に基づいて、前記第２の基板を識別することと
   をさらに含む、請求項１に記載のコンピュータ実装方法。
3. 前記第１および第２の着目オブジェクトは、第１および第２の基板である、請求項２に記載のコンピュータ実装方法。
4. 同一の試料実行において前記第１および第２の基板を試験することの適合性を決定することをさらに含む、請求項２に記載のコンピュータ実装方法。
5. 前記２つの識別子のうちの一方は、英数字コードである、請求項１に記載のコンピュータ実装方法。
6. 前記２つの識別子のうちの一方は、バーコードである、請求項１に記載のコンピュータ実装方法。
7. 前記識別は、前記２つの識別子の各々に基づく前記第１の基板の独立検証を含む、請求項１に記載のコンピュータ実装方法。
8. 前記位置決めは、少なくとも１つの識別子が、前記光学センサの視野の所定の領域内にあることに基づく、請求項１に記載のコンピュータ実装方法。
9. 第１の着目オブジェクトを識別するプロセッサによって実行可能な命令でエンコードされたコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、前記第１の着目オブジェクトは、２つの識別子および試料部分を含み、前記命令は、
   前記２つの識別子を含む前記第１の着目オブジェクトを撮像する命令であって、前記撮像することは、第１の組の画像データを生成する、命令と、
   光学センサの視野内の前記第１の着目オブジェクトの位置を決定する命令と、
   前記２つの識別子を前記第１の組の画像データから決定する命令と、
   前記２つの識別子に基づいて、前記第１の着目オブジェクトを識別する命令と、
   を含む、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
10. 前記命令は、
    第２の着目オブジェクトを撮像する命令であって、前記第２の着目オブジェクトは、２つの識別子を含み、前記撮像することは、第２の組の画像データを生成する、命令と、
    前記光学センサの視野内の第２の基板の位置を決定する命令であって、前記第２の基板は、２つの識別子および試料部分を含む、命令と、
    前記第２の基板の前記２つの識別子を決定する命令と、
    前記第２の着目オブジェクトの前記２つの識別子に基づいて、前記第２の基板を識別する命令と
    をさらに含む、請求項９に記載のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
11. 前記第１および第２の着目オブジェクトは、第１および第２の基板である、請求項１０に記載のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
12. 同一の試料実行において前記第１および第２の基板を試験することの適合性を決定することをさらに含む、請求項１０に記載のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
13. 前記２つの識別子のうちの一方は、英数字コードである、請求項９に記載のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
14. 前記２つの識別子のうちの一方は、バーコードである、請求項９に記載のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
15. 前記識別は、前記２つの識別子の各々に基づく前記第１の基板の独立検証を含む、請求項９に記載のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
16. 前記位置決めは、少なくとも１つの識別子が、前記光学センサの視野の所定の領域内にあることに基づく、請求項９に記載のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
17. 第１の基板を識別するためのシステムであって、前記第１の基板は、２つの識別子および試料部分を含み、前記システムは、
    プロセッサと、
    前記プロセッサによって実行可能な命令でエンコードされたメモリと
    を備え、
    前記命令は、
    前記２つの識別子を含む前記第１の着目オブジェクトを撮像する命令であって、前記撮像することは、第１の組の画像データを生成する、命令と、
    光学センサの視野内の前記第１の着目オブジェクトの位置を決定する命令と、
    前記２つの識別子を前記第１の組の画像データから決定する命令と、
    前記２つの識別子に基づいて、前記第１の着目オブジェクトを識別する命令と
    を含む、システム。
18. 前記２つの識別子のうちの一方は、英数字コードである、請求項１７に記載のシステム。
19. 前記２つの識別子のうちの一方は、バーコードである、請求項１７に記載のシステム。

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