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JP2014510518A - Hsa関連組成物および使用方法 - Google Patents

Hsa関連組成物および使用方法 Download PDF

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Abstract

天然HSAよりも改善された特性がある、ヒト血清アルブミン(HSA)組成物が提供される。
【選択図】図17

Description

1 関連出願の相互参照
本出願は、その内容全体を参照によって援用する、2011年2月15日に出願された、PCT出願第PCT/US2011/24855号明細書の優先権を主張する。
2 配列表への言及
本出願は、2011年8月7日に作成され、45,056バイトのサイズを有する、「MED0554_PCT2_ST25」と題されたテキストファイルとして、EFS−Webを介して本出願と共に提出された配列表を参照によって組み込む。
3 発明背景
新生児のFc受容体(FcRn)は、pH依存性機序によって、特にエンドソームの酸性pHで双方の分子を結合し、それらを再循環して細胞表面に戻し、したがって双方の分子をデフォルトのリソソーム分解経路からそらすことによって、IgGおよびヒト血清アルブミン(HSA)の双方の寿命を延長する。FcRn結合能力は、アルブミンのドメインIIIに内在性であることが示されている。
4 発明の概要
本開示は、HSA関連組成物および使用方法を提供する。本開示は、新生児FcRn結合断片および異種ポリペプチドまたはその生物活性断片を含んでなる、ヒト血清アルブミン(HSA)部分を含んでなるキメラポリペプチド、ならびに薬学的担体と組み合わされた、キメラポリペプチドを含んでなる組成物を提供する。このようなキメラポリペプチドを生成するのに有用な構築物もまた、開示される。さらに本開示は、キメラポリペプチドと、それらをコードする構築物を生成する方法を教示する。本開示は、ヒト血清アルブミン(HSA)部分を含んでなるポリペプチドをさらに提供し、そのHSA部分は、HSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片を含んでなり、HSAドメインIIIは、1〜18個のアミノ酸置換を含んでなって、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照ポリペプチドと比較して、ポリペプチドのFcRn親和性および血清半減期の片方または双方を増大させる。本開示はまた、ヒト血清アルブミン(HSA)部分を含んでなるキメラポリペプチドも提供し、そのHSA部分は、HSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片、および異種タンパク質を含んでなり、キメラポリペプチドは異種タンパク質の機能活性を保持してFcRnに結合することができ、HSAドメインIIIは、少なくとも1つのアミノ酸置換を含むことで、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照キメラポリペプチドと比較して、キメラポリペプチドのFcRn親和性および血清半減期の片方または双方を増大させる。さらに本明細書では、キメラポリペプチドを使用して、例えばタンパク質の血清半減期を増大させる方法が開示される。ポリペプチドの多様な大集団のスクリーニングに有用な、アデノウイルスライブラリーの生成に有用な、方法およびベクターもまた開示される。このような方法は、FcRn親和性および血清半減期の片方または双方を増大させる、HSAドメインIIIアミノ酸置換のスクリーニングと同定のために有用である。
特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、HSA部分を含まない対照ポリペプチドと比較して、FcRn親和性増大と血清半減期増大の片方または双方を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは血清半減期の増大を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、FcRn親和性増大と、血清半減期増大の双方を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)においてFcRn親和性増大を有する。別の実施形態では、キメラポリペプチドは、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)においてFcRn増大を有し、中性pH(例えばおよそ7.4のpH)では、FcRnに対するキメラポリペプチドの親和性は、実質的に変化しない。
本開示は、前述の態様および実施形態のいずれかの全ての組み合わせ、ならびに詳細な説明および実施例に記載される実施形態のいずれかとの組み合わせを想定する。
5 図面の簡単な説明
本発明を例証する目的で、本発明の特定の実施形態が図面に描写される。しかし本発明は、図面に描写される実施形態の正確な配置、および手段に限定されない。
図1は、ヒトFcRnに結合する、ヒト血清アルブミン(HSA)のドメインIIIの動態および平衡解析を提供する。pH5.5で固定化ドメインIIIに結合するヒトFcRnについて、SPR由来の結合、解離動態、および平衡結合定数が、ここに提示される。図1Aは、ピキア・パストリス(Pichia pastoris)からのHSAのドメインIII(矢印で示される)の成功裏の発現および精製を実証する、クーマシー染色PAGEゲルを表す。 図1Bは、CM5チップ固定化ドメインIII上への一連のFcRn濃度の注入によって作成された、結合センサーグラムを表す。 図1Cは、定常状態親和性モデルに適合させた、FcRn濃度と対比した、平衡時における結合反応のプロットを表す。 図2は、様々な構築物デザインの略図、ならびにHSA融合IgG、およびドメインIII融合IgGの精製および特性解析に関する情報を提供する。図2Aは、組換えIgG−HSAの重鎖のDNA構築物またはIgG−ドメインIII融合タンパク質、ならびにYTE変種を表す。 図2Bは、還元および非還元条件下における、精製融合タンパク質(5μg/レーン)のSDS PAGE分析を表す。 図2Cは、精製IgG融合タンパク質の分析サイズ排除クロマトグラフィーを表す。 HSAと融合したIgG、およびドメインIIIと融合したIgGに結合する、ヒトFcRnのSPR由来平衡定数を提供する。各FcRn注入について、ヒトFcRn濃度と対比して平衡時のRU(Req)をプロットし、データを定常状態親和性モデルに適合させ、固定化IgG(パネルA)、HSA融合IgG(パネルB)、およびドメインIII融合IgG(パネルC)のKを計算した。挿入図のセンサーグラムは、X軸上の時間と対比して、Y軸上に空試験を減じた後の固定化リガンドに結合するFcRnの質量(共鳴単位)を示す。 HSAと融合したIgG、およびドメインIIIと融合したIgGに結合する、ヒトFcRnのSPR由来平衡定数を提供する。各FcRn注入について、ヒトFcRn濃度と対比して平衡時のRU(Req)をプロットし、データを定常状態親和性モデルに適合させ、固定化IgG(パネルA)、HSA融合IgG(パネルB)、およびドメインIII融合IgG(パネルC)のKを計算した。挿入図のセンサーグラムは、X軸上の時間と対比して、Y軸上に空試験を減じた後の固定化リガンドに結合するFcRnの質量(共鳴単位)を示す。 HSAと融合したIgG、およびドメインIIIと融合したIgGに結合する、ヒトFcRnのSPR由来平衡定数を提供する。各FcRn注入について、ヒトFcRn濃度と対比して平衡時のRU(Req)をプロットし、データを定常状態親和性モデルに適合させ、固定化IgG(パネルA)、HSA融合IgG(パネルB)、およびドメインIII融合IgG(パネルC)のKを計算した。挿入図のセンサーグラムは、X軸上の時間と対比して、Y軸上に空試験を減じた後の固定化リガンドに結合するFcRnの質量(共鳴単位)を示す。 FcRnのためのHSA上のエピトープが、立体構造エピトープであることを示唆する証拠を提供する。3つの異なる様式で処理したセファロース(S)−HSA、S−IgGまたはS−トリスをヒトFcRnと共に、pH5.5でインキュベートした。結合FcRnを溶出させて、抗β2−ミクログロブリン抗体を用いた免疫ブロット法によって定量化した。分子量マーカー(M、kD単位)の位置が示される。レーン1は、全ての吸着材サンプルに添加された量である、20μgのヒトFcRnを含有する。 酵母細胞(S.セレヴィシエ(S.cerevisiae))表面に提示されるHSAおよびドメインIIIが、FcRn結合能力を保持することを示す。図5Aは、FITC結合抗HSA抗体を使用した、ガラクトース誘導性pYD1細胞表面ディスプレイプラスミドにより形質転換された、S.セレヴィシエ(S.cerevisiae)細胞上のHSAまたはドメインIIIのフローサイトメトリー検出を表す。細胞は、表示の時間にわたりガラクトースで誘導された。 酵母細胞(S.セレヴィシエ(S.cerevisiae))表面に提示されるHSAおよびドメインIIIが、FcRn結合能力を保持することを示す。図5Bは、フローサイトメトリーを使用して抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって視覚化された、48時間にわたり誘導されたS.セレヴィシエ(S.cerevisiae)細胞上に提示されたHSAまたはドメインIIIに対する、ビオチン化ヒトFcRnの結合を表す。FITCならびにフィコエリトリンのバックグラウンド蛍光については、scfvで形質転換された酵母細胞を対照として使用した。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 異なる種(ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマ)からのドメインIIIのアミノ酸配列アラインメントを提供する。パネルA〜Dのアラインメントがニワトリを含むのに対し、パネルE〜Hではニワトリは除外されている。異なる種間で保存されたアミノ酸残基を実線で示し、保存されたシステイン残基を点線で示する。網掛けしたアミノ酸残基は、種間で保存されていない。図6のアミノ酸の番号付けは、完全長成熟HSAに対するドメインIIIの番号に関して示されるのでなく、ヒトドメインIIIのみに関することに留意されたい。 図6Aの続きである。 図6Bの続きである。 図6Cの続きである。 図6Dの続きである。 図6Eの続きである。 図6Fの続きである。 図6Gの続きである。 野生型を有するIgGへのHSAの融合が、IgG−YTE変種で見られるのと同様のレベルに、血清持続を増大させることを示す。血清に残留する注入サンプル%が、経時的にプロットされる(1〜240時間)。 scFv−Fc細胞表面ディスプレイライブラリー侵入ベクターのプラスミドマップを描写する。パネルAは、プロモーター(ここではCMVプロモーター)と作動可能に連結して、ポリA配列(ここではBGHポリA配列)で終結する、scFv−Fc−GPI−アンカーカセットを含有する、pENDisplayベクターのプラスミドマップを描写する。scFv部分は、Sfi IおよびNot I制限酵素部位で挟まれて、多様なscFv配列のクローニングを容易にする。attL1およびattL2部位は、scFv−Fc−GPI−アンカー発現カセットの側面に位置する。 scFv−Fc細胞表面ディスプレイライブラリー侵入ベクターのプラスミドマップを描写する。パネルBは、パネルAで示されるベクターをベースとするが、scFv−Fc−GPI−アンカーカセットのポリAテール後にOriP配列が組み込まれた(図9Cを参照されたい)、pENDisplay−OriPベクターのプラスミドマップを描写する。 EBNA−1およびOriPの代表例を提供する。EBNA−1のアミノ酸およびヌクレオチド配列が、それぞれパネルAおよびBに提供される。OriPの配列は、パネルCで提供される。 EBNA−1およびOriPの代表例を提供する。EBNA−1のアミノ酸およびヌクレオチド配列が、それぞれパネルAおよびBに提供される。OriPの配列は、パネルCで提供される。 EBNA−1およびOriPの代表例を提供する。EBNA−1のアミノ酸およびヌクレオチド配列が、それぞれパネルAおよびBに提供される。OriPの配列は、パネルCで提供される。 対象タンパク質を発現させるための、代表的な一般的アデノウイルス発現ベクターの概略図を提供する。描写されるベクターは、1つまたは複数の対象タンパク質をコードする対象DNA配列;OriP配列、および任意選択的にEBNA−1コード領域を含む。これらの構成要素は、ベクター構築のために使用されていてもよいatt組換え部位で、任意選択的に挟まれる。これらの構成要素は、片側に、本例ではE1および/またはE3遺伝子が欠失している、アデノウイルスゲノムがあり、側面にITR配列がある。3’および5’ITR配列が示される。ベクターはまた、構築、増殖、および選択を容易にするための、細菌細胞における複製(例えば大腸菌(E.coli)起源)および抗生物質選択(例えばアンピシリン(ampicillian)耐性)のための配列も提供し、これらの構成要素は、レスキューアデノウイルスに組み込まれないように位置される。 哺乳類細胞(293F細胞)表面に提示されるHSAが、FcRn結合能力を保持することを示す。パネルAは、HSA部分(斜線ボックス)の側面に位置する、CMVプロモーター(太線)、シグナル配列(太い点線)、N末端Flagタグ(細い点線)、(GS)リンカー(細い実線)と、DAF−GPI配列とを含んでなる、pEN−HSA−GPIと称される哺乳類発現構築物を描写する。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 哺乳類細胞(293F細胞)表面に提示されるHSAが、FcRn結合能力を保持することを示す。パネルBは、FITC結合抗HSA抗体を使用した、pEN−HSA−GPI(パネルA)から生成されたアデノウイルスに感染させた293−F細胞表面の16および24時間後のHSA、または対照scFv−Fc融合タンパク質をコードする対照プラスミドのフローサイトメトリー検出を表す。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 哺乳類細胞(293F細胞)表面に提示されるHSAが、FcRn結合能力を保持することを示す。パネルCおよびDは、フローサイトメトリーを使用して、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって視覚化された、293F細胞上に提示されたHSAに対する、ビオチン化ヒトFcRn(それぞれ25μg/mlおよび5μg/ml)の結合を表す。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 哺乳類細胞(293F細胞)表面に提示されるHSAが、FcRn結合能力を保持することを示す。パネルCおよびDは、フローサイトメトリーを使用して、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって視覚化された、293F細胞上に提示されたHSAに対する、ビオチン化ヒトFcRn(それぞれ25μg/mlおよび5μg/ml)の結合を表す。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 293F細胞上に提示される、野生型HSA(HSA−wt)および2つのHSA変異ライブラリー(HSA−DIII−lib1およびHSA−DIII−lib2)に対する、ビオチン化ヒトFcRnの結合プロファイルの変化を示す。パネルAは、野生型および変異HSA−DIIIライブラリーに感染させた、293F細胞表面のHSAのフローサイトメトリー検出を表す。パネルBは、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって視覚化された、細胞表面のビオチン化ヒトFcRn結合HSAのフローサイトメトリー検出を表す。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 野生型HSA(HSA−wt、パネルA)、および2つのHSA変異ライブラリー(HSA−DIII−lib1およびHSA−DIII−lib2、それぞれパネルBおよびC)を発現する細胞のFACS選別プロファイルを示し、染色されたビオチン化ヒトFcRn(10μg/ml)は、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって検出された。 野生型HSA(HSA−wt、パネルA)、および2つのHSA変異ライブラリー(HSA−DIII−lib1およびHSA−DIII−lib2、それぞれパネルBおよびC)を発現する細胞のFACS選別プロファイルを示し、染色されたビオチン化ヒトFcRn(10μg/ml)は、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって検出された。 野生型HSA(HSA−wt、パネルA)、および2つのHSA変異ライブラリー(HSA−DIII−lib1およびHSA−DIII−lib2、それぞれパネルBおよびC)を発現する細胞のFACS選別プロファイルを示し、染色されたビオチン化ヒトFcRn(10μg/ml)は、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって検出された。 選別前と1回目および2回目の選別後における、細胞表面に野生型HSA(HSA−wt)、HSA−DIII−lib1変異ライブラリーを発現する293F細胞に対する、ビオチン化ヒトFcRnの結合プロファイルの変化を示す。パネルAは、選別前と1回目および2回目の選別後における、野生型、HSA−DIII−lib1を発現する293F細胞表面のHSAのフローサイトメトリー検出を表す。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 選別前と1回目および2回目の選別後における、細胞表面に野生型HSA(HSA−wt)、HSA−DIII−lib1変異ライブラリーを発現する293F細胞に対する、ビオチン化ヒトFcRnの結合プロファイルの変化を示す。パネルBおよびCは、フローサイトメトリーを使用して、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって視覚化された、同一細胞セットに対する、ビオチン化ヒトFcRn(それぞれ1μg/mlおよび0.1μg/ml)の結合を表す。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 選別前と1回目および2回目の選別後における、細胞表面に野生型HSA(HSA−wt)、HSA−DIII−lib1変異ライブラリーを発現する293F細胞に対する、ビオチン化ヒトFcRnの結合プロファイルの変化を示す。パネルBおよびCは、フローサイトメトリーを使用して、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって視覚化された、同一細胞セットに対する、ビオチン化ヒトFcRn(それぞれ1μg/mlおよび0.1μg/ml)の結合を表す。実験は、細胞数と対比して、蛍光強度(対数目盛り)のヒストグラムとして表される。 細胞表面に提示される変異HSAに対するFcRnの結合が、pH依存性であることを示す。パネルAおよびBは、pH5.5(0.1μg/mlFcRn;パネルA)およびpH7.2(10μg/ml;パネルB)において、対照scFv−Fc融合タンパク質、野生型HSA、および3つの代表的変異(表5を参照されたい)を発現する293F細胞の表面において、抗ストレプトアビジンフィコエリトリンによって検出された、ビオチン化ヒトFcRnのフローサイトメトリー検出を示す。パネルCは、FITCコンジュゲート抗HSA抗体を使用した、これらの細胞表面のHSAのフローサイトメトリー検出を示す。 フローサイトメトリーによる測定で、大部分の単離HSA変異が、より高いFcRn親和性を有することを示す。フローサイトメトリーによって、異なる濃度におけるビオチン化ヒトFcRn結合について、野生型HSAおよび選択された変異体パネルを分析した。データはMFIとして、FcRn濃度に対してプロットされる。 解析されたHSA構造体上における、いくつかの変異の位置を描写する(PDB受入番号1BM0)。構造体の大半は、リボン略図として表され、残基L463、E495、T508、I523、およびK534は、スティックによって表され、矢印で示される。残基492〜536を包含する、ループ6および7と、へリックス7および8が丸で囲まれる。ホットスポットおよび好ましいスポットの大部分は、この領域に見られる ヒトFcRn遺伝子組換えマウス中における、いくつかのコンビナトリアル変異HSAの半減期曲線を示す。これらの結果は、実施例8.14の表11にも要約される。
6 発明の詳細な説明
6.1 緒言
新生児のFc受容体(FcRn)は、pH依存性機序によって、特にエンドソームの酸性pHで双方の分子を結合し、それらを再循環して細胞表面に戻し、したがって双方の分子をデフォルトのリソソーム分解経路からそらすことによって、IgGおよびヒト血清アルブミン(HSA)の双方の寿命を延長する。FcRn結合能力は、アルブミンのドメインIIIに内在性であることが示されている。本明細書で実証されるように、HSAのFcRn結合断片の付加を使用して、タンパク質の血清半減期を増大させ、および/または抗体、抗体代替物、タンパク質、タンパク質スキャフォールド、およびペプチドなどの治療薬のFcRn結合親和性を増大させ得る。特に本明細書で実証されるように、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)ではFcRn結合親和性が増大するのに対し、中性pH(例えばおよそ7.4のpH)では親和性は実質的に変化しない。本開示のFcRn結合領域変種を含んでなるキメラポリペプチドは、野生型FcRn結合領域よりもなおさらに、タンパク質の血清半減期またはFcRn結合親和性を増大させてもよい。本発明のHSA変種ポリペプチドは、治療標的に結合するスキャフォールドの役割を果たしてもよく、または治療薬と共役してもよい。
本開示は、ドメインIIIの変種を提供する。このようなドメインIIIの変種は、単独で使用され、または追加的なHSA配列の文脈で使用されて、異種タンパク質および/または非タンパク質作用物質の血清半減期および/またはFcRn結合親和性を増大させ得る。
本明細書で開示されるキメラポリペプチドとHSA変種は、多数の用途を有する。タンパク質およびその他の分子は、時に比較的急速に人体または動物体から除去されると理解される。急速なクリアランスは、動物モデル中でタンパク質およびその他の分子を研究する能力を失わせ得て、治療目的で効果的にそれらを使用する能力を失わせ得る。場合によっては、タンパク質は、非常に急速に除去されるので、それは治療効果を有しない。その他の事例では、タンパク質は頻繁な投与を要する速度で除去される。頻繁な投与は治療法に付随するコストを上昇させて、薬剤投与計画の非服薬遵守のリスクもまた増大させる。場合によっては、タンパク質は、より大きな用量の投与を要する速度で除去される。活性薬剤のより大きな用量は、免疫反応をはじめとする、副作用のリスクを増大させることもある。
本開示のキメラポリペプチドおよび変種HSAポリペプチドは、血清半減期および/またはFcRn親和性を増大させることにより、急速なまたは比較的急速なタンパク質クリアランスに付随する問題に対処するのを助ける。同様に、非タンパク質作用物質は、本開示の変種HSAポリペプチドと結合して、血清半減期および/またはFcRn親和性を増大させ得る。
6.2 用語法
本発明のさらに詳細な記述を継続する前に、特定の組成物または工程段階は変動することもあるため、本発明はそれらに限定されないものと理解される。本明細書および添付の特許請求範囲の用法では、文脈上例外が明記されていない限り、単数形「a」、「an」、および「the」は、複数指示対象を含むことに留意すべきである。
特に断りのない限り、本明細書で使用される全ての技術的および科学的用語は、本発明が関連する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。例えばConcise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,Juo,Pei−Show,2nd ed.,2002,CRC Press;The Dictionary of Cell and Molecular Biology,3rd ed.,1999,Academic Press;およびOxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology,Revised,2000,Oxford University Pressが、本発明で使用される多くの用語の一般的辞書を当業者に提供する。
アミノ酸は、本明細書では、それらの一般に知られている三文字記号、またはIUPAC−IUB Biochemical Nomenclature Commissionによって推奨される一文字記号のいずれによって参照されてもよい。同様にヌクレオチドは、それらの一般に認められた一文字コードによって参照されてもよい。本明細書の用法では「アミノ酸置換」は、親ポリペプチド配列中の特定位置における、別のアミノ酸によるアミノ酸の置換を意味する。例えば置換L463Nは、その中で位置463のロイシンが、アスパラギンで置換されている、変種ポリペプチドを指す。
特に断りのない限り、抗体の可変領域、相補性決定領域(CDR)、およびフレームワーク領域(FR)内のアミノ酸の番号付けは、Kabat et al.Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991)に記載のKabat定義に従う。この番号方式を使用して、実際の直鎖アミノ酸配列は、可変領域のFRまたはCDRの短縮または挿入に相当する、より少ないまたは追加的なアミノ酸を含有してもよい。例えば重鎖可変領域は、H2の残基52の後に、単一アミノ酸挿入(Kabatによる残基52a)を含み、重鎖FR残基82の後に挿入残基(例えばKabatによる残基82a、82b、および82cなど)を含んでもよい。残基のKabat番号付けは、「標準」Kabat番号配列を用いた、抗体配列の相同領域における整列によって、所与の抗体について決定されてもよい。フレームワーク残基の最大の整列は、Fv領域で使用されるために、番号方式において頻繁に、「スペーサー」残基の挿入を要する。これに加えて、種間のまたは対立遺伝子の多様性のために、任意の所与のKabat部位数の特定の個々の残基の同一性は、抗体鎖毎に変動してもよい。
本明細書の用法では、免疫グロブリンとしてもまた知られている「抗体(antibody)」および「抗体(antibodies)」という用語は、(完全長モノクローナル抗体をはじめとする)モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも2つの異なるエピトープ結合断片(例えば二重特異性抗体)から形成された多特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、一本鎖Fvs(scFv)、一本鎖抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン抗体、Fab断片、F(ab’)2断片、所望の生物学的活性(例えば抗原結合部分)を提示する抗体断片、ジスルフィド結合Fvs(dsFv)、および抗イディオタイプ(抗Id)抗体(例えば本発明の抗体に対する抗Id抗体をはじめとする)、細胞内抗体、および上のいずれかのエピトープ結合断片を包含する。特に抗体としては、免疫グロブリン分子と、例えば少なくとも1つの抗原結合部位を含有する分子などの免疫グロブリン分子の免疫学的活性断片が挙げられる。免疫グロブリン分子は、任意のアイソタイプ(例えばIgG、IgE、IgM、IgD、IgA、およびIgY)、サブアイソタイプ(例えばIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、およびIgA2)またはアロタイプ(例えばGm、例えばG1m(f、z、a、またはx)、G2m(n)、G3m(g、b、またはc)、Am、Em、およびKm(1、2または3))であり得る。抗体は、ヒト、サル、ブタ、ウマ、ウサギ、イヌ、ネコ、マウスなどはじめとするが、これに限定されるものではない任意の哺乳類、または(例えばニワトリなどの)鳥類などのその他の動物に由来してもよい。
本明細書の用法では、「完全長HSA」という用語は、成熟完全長ヒト血清アルブミンタンパク質、またはこのようなタンパク質をコードするヌクレオチド配列を指す。完全長HSAタンパク質は、(N末端プロ−およびプレプロ−配列の除去に続いて)およそ585個のアミノ酸である。成熟完全長HSA(完全長成熟HSAとも称される)タンパク質は、配列番号2で記載される。特定の実施形態では、完全長HSAは、プロ配列がないHSAの成熟完全長形態を指す。(N末端プロおよびプレプロ配列の除去に先行する)プレプロHSAの配列は、609個のアミノ酸であり、GenBank受入番号NP_000468で記載される。これに加えて、特定の個々の残基の同一性は、対立遺伝子多様性のために、配列番号2で示されるものから変動してもよい。HSAのドメインIII中に生じる対立遺伝子のバリエーションとしては、残基410におけるR→C;残基466におけるK→E;残基479におけるE→K;残基494におけるD→N;残基501におけるE→K;残基505におけるE→K;残基533におけるV→M;残基536におけるK→E;残基541におけるK→E;残基550におけるD→AまたはD→G;残基560におけるK→E;残基563におけるD→N;残基565におけるE→K;残基570におけるE→K;残基573におけるK→E;残基574におけるK→E;残基572〜585におけるGKKLVAASQAALGL→PTMRIRERK;および575〜585におけるLVAASQAALGL→TCCCKSSCLRLITSHLKASQPTMRIRERKが挙げられ、番号付けは完全長成熟HSA中の位置に対応する。
本明細書の用法では、「HSAのドメインIII」という用語は、完全長成熟HSAのアミノ酸381〜585にわたる、およそ205個のアミノ酸である、従来のHSAのドメインIII、またはこのようなタンパク質をコードするヌクレオチド配列を指す。HSAのドメインIIIはまた、本明細書でドメインIIIまたは単にDIIIと略される。ドメインIIIポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号1で記載される。上述のように特定の個々の残基の同一性は、対立遺伝子の多様性のために、配列番号1で提示されるものから変動してもよい。
本明細書の用法では、「キメラポリペプチド」という用語は、互いに異種でない、少なくとも2つの部分を含んでなるポリペプチドを指す。例えば融合ポリペプチドまたは融合タンパク質とも称されるキメラポリペプチドは、異種タンパク質部分に連結するHSA部分を少なくとも含んでなる。HSA部分および異種タンパク質部分は、それ自身が、例えばFcまたはその他の部分との融合物であり得る。HSA部分および異種タンパク質部分は、共有結合または非共有結合相互作用によって連結してもよい。一例として、HSA部分と異種タンパク質部分は、互いに化学的に結合してもよく、または組換え的に融合してもよい(例えばインフレームの翻訳融合)。
本明細書の用法では、「異種タンパク質」という用語は、HSAでないタンパク質の全部または一部を指す。「異種タンパク質」という総称が本明細書で使用されるが、用語は、様々な長さの生物活性ペプチド、ならび抗体および抗体断片をはじめとする、完全長または実質的に完全長のタンパク質を包含することが意図される。好ましい異種タンパク質は、治療目的で、使用されまたは研究され得る。異種タンパク質の例示的なクラスとしては、酵素、サイトカイン、および増殖因子が挙げられるが、これに限定されるものではない。
本明細書の用法では、HSAポリペプチドとしては、野生型HSAポリペプチドの様々な生物活性断片および変種、融合タンパク質、および修飾形態が挙げられる。このようなHSAポリペプチドの生物活性断片または変種、融合タンパク質、および修飾形態は、天然HSAタンパク質とかなりの配列同一性があるアミノ酸配列の少なくとも一部を有し、少なくとも天然HSAタンパク質のFcRn結合活性を保持する。特定の実施形態では、HSAポリペプチドの生物活性断片、変種、または融合タンパク質は、HSAポリペプチドと少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%または100%同一である、アミノ酸配列を含んでなる。本明細書の用法では、「断片」には、FcRn結合活性を示す生物活性断片または生物活性変種が含まれると理解される。適切な生物活性断片を使用してキメラポリペプチド生成し得て、本明細書に記載される方法のいずれかにおいて、このようなキメラポリペプチドを使用し得る。
本明細書の用法では、「変異された」、「変異体」などという用語は、部位特異的変異誘発のための周知の技術、または任意のその他の従来法を使用して、1つまたは複数のアミノ酸の欠失、付加または置換を受けた分子、特にHSAポリペプチドを指す。
6.3 HSAドメインIII
特定の態様では、本開示は、HSAドメインIIIを含んでなる、ヒト血清アルブミン(HSA)変種ポリペプチドまたはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片を提供し、前記変種ポリペプチドはFcRnに結合し得て、前記HSAドメインIIIは、1〜18個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換を欠く対照HSAポリペプチドと比較して、前記変種ポリペプチドの血清半減期を増大させ、またはFcRn親和性を増大させる。
特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、FcRnに対するHSA変種ポリペプチドの親和性を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、HSA変種ポリペプチドの血清半減期を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、FcRnに対するHSA変種ポリペプチドの親和性と、HSA変種ポリペプチドの血清半減期の双方を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)において、FcRnに対するHSA変種ポリペプチドの親和性を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)において、FcRnに対するHSA変種ポリペプチドの親和性を増大させるが、中性pH(例えばおよそ7.4のpH)では、FcRnに対するHSA変種ポリペプチドの親和性を実質的に変化させない。
特定の実施形態では、HSA変種はFcRnに結合し、前記対照HSAポリペプチドと異なるオフ速度またはオン速度を有する。例えば特定の実施形態では、HSA変種はFcRnに結合し、より急速なオン速度および/またはより緩慢なオフ速度を有する。別の実施形態では、オン速度はより緩慢であり、および/またはオフ速度はより急速である。
特定の実施形態では、本開示は、HSA部分を含むキメラポリペプチドを提供し、そのHSA部分は、ドメインIII、またはそのFcRn結合部分、および異種タンパク質を含んでなり、キメラポリペプチドは異種タンパク質の機能活性を保持する。特定の実施形態では、HSA部分は、HSAポリペプチド全体を含んでなり、またはHSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片を含んでなる生物活性断片を含んでなる。特定の実施形態では、HSA部分は、HSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片と、例えばHSAドメインIの少なくとも一部またはHSAドメインIIの少なくとも一部、またはHSAドメインIおよびIIの少なくとも一部などのHSAの別のドメインの少なくとも一部とを含んでなる。本明細書の用法では、HSAドメインIは残基1〜197を含んでなり;HSAドメインIIは残基189〜385を含んでなり;HSAドメインIIIは残基381〜585を含んでなり、番号付けは完全長成熟HSA中の位置に対応する。
特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、HSA部分を含まない対照ポリペプチドと比較して、FcRn親和性増大と血清半減期増大の片方または双方を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、FcRn親和性増大を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、血清半減期増大を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、FcRn親和性増大と、血清半減期増大の双方を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)において、FcRn親和性増大を有する。別の実施形態では、キメラポリペプチドは、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)においてFcRn増大を有し、中性pH(例えばおよそ7.4のpH)では、FcRnに対するキメラポリペプチドの親和性は、実質的に変化しない。
さらに、本明細書に記載されるように、特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種またはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、1〜18個のアミノ酸置換を含み、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照キメラポリペプチドと比較して、キメラポリペプチドのFcRn親和性と血清半減期の片方または双方を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、FcRnに対するキメラポリペプチドの親和性を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、キメラポリペプチドの血清半減期を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、FcRnに対するキメラポリペプチドの親和性と、キメラポリペプチドの血清半減期の双方を増大させる。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、または18個のアミノ酸置換を含む。同様に、ドメインIIIを含んでなるHSA変種ポリペプチド、またはそのFcRn結合部分の文脈で、ドメインIIIは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、または18個のアミノ酸置換を含む。特定の実施形態では、そのアミノ酸置換は、対立遺伝子変種中に存在する別の残基への単一アミノ酸の置換だけではない。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかに、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む:残基381、残基383、残基391、残基401、残基402、残基407、残基411、残基413、残基414、残基415、残基416、残基424、残基426、残基434、残基442、残基445、残基447、残基450、残基454、残基455、残基456、残基457、残基459、残基463、残基495、残基506、残基508、残基509、残基511、残基512、残基515、残基516、残基517、残基519、残基521、残基523、残基524、残基525、残基526、残基527、残基531、残基535、残基538、残基539、残基541、残基557、残基561、残基566、残基569。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIは、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかに、アミノ酸置換を含んでなる:(a)残基383および413;(b)残基401および523;(c)残基407および447;(d)残基407および447および539;(e)残基407および509;(f)残基407および526;(g)残基411および535;(h)残基414および456;(i)残基415および569;(j)残基426および526;(k)残基442および450および459;(l)残基463および508;(m)残基508および519および525;(n)残基509および527;(o)残基523および538;(p)残基526および557;(q)残基541および561;(r)残基463および523;(s)残基508および523;(t)残基508および524;(u)残基463、508、および523;(v)残基463、508、および524;(w)残基508、523、および524;(x)残基463、508、523、および524;(y)残基463および524;(z)残基523および524;および(aa)残基463、523、および524。
一実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、配列番号18を含んでなり、その中でXはロイシンでなく、および/またはXはスレオニンでなく、および/またはXはイソロイシンでなく、および/またはXはリジンでない。特定の実施形態では、Xは、システイン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、アスパラギン、セリン、またはグルタミンであり;Xは、システイン、グルタミン酸、イソロイシン、リジン、アルギニン、またはセリンであり;Xは、アラニン、システイン、アスパラギン酸、グルタミン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、リジン、ロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、グルタミン、アルギニン、セリン、スレオニン、バリン、トリプトファン、またはチロシンであり;およびXは、アラニン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、グルタミン、スレオニン、またはバリンである。別の実施形態では、Xはフェニルアラニンまたはアスパラギンであり;Xはアルギニンまたはセリンであり;Xはアスパラギン酸、グルタミン酸、グリシン、フェニルアラニン、リジン、またはアルギニンであり;および/またはXはロイシンである。なおも別の実施形態では、Xはアスパラギンであり、および/またはXはアルギニンであり、および/またはXはグリシンであり、および/またはXはロイシンである。
特定の実施形態では、FcRn親和性増大および/または血清半減期増大は異なる対照と対比して評価される。例えばキメラポリペプチドの特性は、HSA部分不在下で異種タンパク質と対比して評価し得て、またはアミノ酸置換不在下で、および/または異種タンパク質不在下で、同一または類似HSA部分と対比して評価し得る。同様にHSA変種ポリペプチドは、アミノ酸置換を有しないHSA分子と対比して評価し得る。
特定の実施形態では、キメラポリペプチド/HSA変種ポリペプチドは、前記対照ポリペプチドよりも高い親和性で、FcRnに結合する。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)において、FcRnに対するキメラポリペプチド/HSA変種ポリペプチドの親和性を増大させる。特定の実施形態では、1〜18個のアミノ酸置換は、酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)において、FcRnに対するキメラポリペプチド/HSA変種ポリペプチドの親和性を増大させるが、中性pH(例えばおよそ7.4のpH)では、FcRnに対するキメラポリペプチドの親和性を実質的に変化させない。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、酸性pHにおいてより高い親和性でFcRnに結合し、血清半減期増大を有する。
特定の実施形態では、キメラポリペプチド/HSA変種ポリペプチドはFcRnに結合し、前記対照ポリペプチドと異なるオフ速度オン速度を有する。例えば、特定の実施形態では、キメラポリペプチド/HSA変種ポリペプチドは、FcRnに結合して、より急速なオン速度および/またはより緩慢なオフ速度を有する。別の実施形態では、オン速度はより緩慢であり、および/またはオフ速度はより急速である。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種、またはHSA部分があるキメラポリペプチド)のHSAドメインIIIは、1〜10個のアミノ酸置換を含んでなり、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照ポリペプチドと比較して、FcRnに対するポリペプチドの親和性増大させ、および/またはポリペプチドの血清半減期を増大させる。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、1つのアミノ酸置換を含んでなる。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のアミノ酸置換を含んでなる。特定の実施形態ではHSAドメインIIIは、11、12、13、14、15、16、17、または18個のアミノ酸置換を含んでなる。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、少なくとも10個のアミノ酸置換を含んでなる。
例示的なアミノ酸置換としては、(i)アラニンによる置換;(ii)保存的アミノ酸置換;(iii)非保存的アミノ酸置換が挙げられる。本開示は、所与のポリペプチドのドメインIII中のアミノ酸置換が全て、これらの置換カテゴリーの1つの構成員であってもよいことが想定され、また所与のポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分があるキメラポリペプチド)のドメインIII中のアミノ酸置換が全て、個々に独立してこれらのカテゴリーから選択されてもよいことも想定される。
特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、HSA中の残基のアラニンへの置換である。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、別の中性アミノ酸残基によって、HSA中の所与の中性アミノ酸残基を置き換える。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、別の酸性アミノ酸残基によって、HSA中の所与の酸性アミノ酸残基を置き換える。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、別の塩基性アミノ酸残基によって、HSA中の所与の塩基性アミノ酸残基を置き換える。本開示は、各置換が、前述した置換クラスから独立して選択される、実施形態を想定する。前述の置換カテゴリーの任意の組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)が、具体的に検討される。
特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える:リジン(K;Lys)、アルギニン(R;Arg);ヒスチジン(H;His)。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える:アスパラギン酸(D;Asp;アスパラギン酸)およびグルタミン酸(E;Glu;グルタミン酸)。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える:アスパラギン(N;Asn)、グルタミン(Q;Gln)、セリン(S;Ser)、スレオニン(T;Thr)、およびチロシン(Y;Tyr)。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える:アラニン(A;Ala)、バリン(V;Val)、イソロイシン(I;Ile)、ロイシン(L;Leu)、プロリン(P;Pro)、フェニルアラニン(F;Phe)、トリプトファン(W;Trp)、メチオニン(M;Met)、システイン(C;Cys)、およびグリシン(G;Gly)。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える:フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシン。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える:システイン、セリン、およびスレオニン。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸。特定の実施形態では、置換(少なくとも1、2、3、4、5、6個などのHSAドメインIII置換)は、以下の群内の別のアミノ酸によって、1つのアミノ酸を置き換える。グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン。本開示は、各置換が、前述した置換カテゴリーから独立して選択される、実施形態を想定する。前述の置換クラスの任意の組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)が、具体的に検討される。
特定の実施形態では、FcRn親和性増大、および/または血清半減期増大を有する、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、以下からなる群から選択される少なくとも1つのアミノ酸置換を含む:V381N、V381Q、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、Y401D、Y401E、K402A、K402G、K402I、K402L、K402V、L407F、407H、407M、L407N、L407Q、407R、L407W、L407Y、Y411Q、Y411N、K413C、K413S、K413T、K414S、K414T、V415C、V415L、V415S、V415T、Q416H、Q416P、V424A、V424D、V424G、V424I、V424L、V424M、V424N、V424Q、V424W、V426D、V426E、V426F、V426H、V426L、V426N、V426P、V426Q、G434C、G434S、G434T、E442K、E442R、R445F、R445W、R445Y、P447S、P447T、E450D、E450E、S454C、S454M、S454T、V455N、V455Q、V456N、V456Q、L457F、L457W、L457Y、Q459K、Q459R、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Q、E495D、T506F、T506M、T506N、T506R、T506W、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、F509C、F509D、F509G、F509I、F509L、F509M、F509P、F509V、F509W、F509Y、A511D、A511F、A511I、A511R、A511T、A511V、A511W、A511Y、D512F、D512M、D512Q、D512W、D512Y、T515C、T515D、T515E、T515E、T515G、T515H、T515L、T515N、T515P、T515Q、T515S、T515W、T515Y、L516C、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、S517C、S517F、S517M、S517T、S517W、S517Y、K519A、K519G、K519I、K519L、K519V、R521F、R521H、R521M、R521Q、R521T、R521W、R521Y、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526A、Q526C、Q526F、Q526H、Q526L、Q526M、Q526P、Q526S、Q526T、Q526V、Q526Y、T527F、T527W、T527Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535K、H535L、H535N、H535P、H535S、K538F、K538W、K538Y、A539I、A539L、A539V、K541F、K541W、K541Y、K557A、K557G、K557I、K557L、K557N、K557S、K557V、A561F、A561W、A561Y、T566F、T566W、T566Y、A569H、およびA569P。特定の実施形態では、2個以上のアミノ酸置換(例えば2、3、4、5...)、またはドメインIII中のアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
その他の特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、以下からなる群から選択される、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む:V381N、E383G、N391V、Y401E、K402A、L407N、L407Y、Y411Q、K414S、K413S、V415T、V415C、Q416P、V424I、V424Q、V426E、V426H、G434C、E442K、R445W、P447S、E450D、S454C、V455N、V456N、L457F、Q459R、L463C、L463F、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508R、T508S、F509I、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515P、T515Q、T515S、L516T、L516W、S517C、S517W、K519I、R521W、I523C、I523D、I523E、I523F、I523Q、I523H、I523K、I523L、I523N、I523P、I523G、I523R、I523Y、K524A、K524F、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525V、Q526T、Q526M、Q526Y、T527Y、E531I、H535N、H535P、K538Y、A539I、K541F、K557G、A561F、T566W、およびA569P。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
その他の特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、以下からなる群から選択される、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む:L407N、L407Y、V415T、V424I、V424Q、V426E、V426H、P447S、V455N、V456N、L463N、E495D、T506Y、T508R、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515Q、L516T、L516W、S517W、R521W、I523D、I523E、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526M、T527Y、H535P、およびK557G。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
その他の特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、以下からなる群から選択される、少なくとも1つのアミノ酸置換を含む:L407Y、V415T、V424I、V424Q、P447S、V455N、V456N、L463N、E495D、T506Y、T508R、S517W、I523D、I523E、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526M、T527Y、H535P、およびK557G。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
いくつかの実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、残基463および508;または残基463および523;または残基463および524;または残基508および524;または残基463、508および523;または残基463、508、および524;または508、523、および524、または残基463、508、523、および524における、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含み、残基463における置換は、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Qから選択され;残基508における置換は、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508Sから選択され;残基523における置換は、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Yから選択され;および残基524における置換は、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524Vから選択される。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、HSAドメインIII中に、以下からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む:(a)E383G/K413S;(b)Y401E/I523G;(c)L407N/P447S;(d)L407N/P447S/A539I;(e)L407N/F509M;(f)L407Y/Q526T;(g)Y411Q/H535N;(h)K414S/V456N;(i)V415T/A569P;(j)V426H/Q526Y;(k)E442K/E450D/Q459R;(l)L463N/T508R;(m)T508R/K519I/K525V;(n)F509I/T527Y;(o)I523Q/K538Y;(p)Q526M/K557G;(q)K541F/A561F;(r)L463N/K524L;(s)T508R/I523G;(t)T508R/K524L;(u)L463N/T508R/I523G;(v)L463N/T508R/K524L;(w)T508R/I523G/K524L;(x)L463N/T508R/I523G/K524L;(y)L463N/I523G;(z)I523G/K524L;および(aa)L463N//I523G/K524L。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、HSAドメインIII中に、以下からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む:(a)L407N/P447S;(b)L407N/P447S/A539I;(c)L407N/F509M;(d)Y411Q/H535N;(e)K414S/V456N;(f)V426H/Q526Y;(g)L463N/T508R;(h)F509I/T527Y;(i)I523Q/K538Y;(j)Q526M/K557G;(k)K541F/A561F;(l)L463N/K524L;(m)T508R/I523G;(n)T508R/K524L;(o)L463N/T508R/I523G;(p)L463N/T508R/K524L;(q)T508R/I523G/K524L;(r)L463N/T508R/I523G/K524L;(s)L463N/I523G;(t)I523G/K524Lおよび(u)L463N//I523G/K524L。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、HSAドメインIII中に、以下からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む:(a)L463N/T508R;(b)L463N/K524L;(c)T508R/I523G;(d)T508R/K524L;(e)L463N/T508R/I523G;(f)L463N/T508R/K524L;(g)T508R/I523G/K524L;および(h)L463N/T508R/I523G/K524L。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、HSAドメインIII中に、以下からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む:(a)L463N/K508R;(b)T508R/I523G;(c)T508R/K524L;および(d)L463N/T508R/I523G。
これに加えて、断片または変種は、従来のMerrifield固相f−Mocまたはt−Boc化学などの当該技術分野で公知の技術を使用して化学的に合成し得る。断片または変種を(組換え的にまたは化学合成によって)生成して試験し、例えば天然HSAタンパク質と同様に良好に、または実質的に同様に機能し得る断片または変種を同定し得る。
特定の実施形態では、本発明は、治療的または予防的効力または安定性(例えば血清半減期、生体外貯蔵寿命、および生体内タンパク質分解に対する耐性)を促進するなどの目的で、HSAポリペプチドの構造体を修飾することを想定する。このような改変HSAポリペプチドは、天然に存在する(すなわち天然または野生型)HSAポリペプチドと、同一のまたは実質的に同一の生物活性を有する。修飾HSAポリペプチドは、本明細書に記載されるようなその他の治療的部分(例えばタンパク質および非タンパク質作用物質)と結合してもよい。修飾ポリペプチドは、例えばアミノ酸の置換、欠失、または付加によって生成され得る。例えばイソロイシンまたはバリンによるロイシンの、グルタミン酸によるアスパラギン酸の、セリンによるスレオニンの隔離された置換、または構造的に関連するアミノ酸によるアミノ酸の同様の置換(例えば保存的アミノ酸置換)が、結果として生じる分子の生物学的活性に対して大きな影響を及ぼさないと予想することは、理にかなっている。保存的置換は、それらの側鎖が関連しているアミノ酸ファミリー内で起きるものである。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、複数種を越えて保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、複数種を越えて保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、類人猿およびサルなどの種からの、ヒトにおいて高度に保存された血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、非哺乳類動物からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、類人猿およびサルなどの種からの、ヒトにおいて高度に保存された血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、非哺乳類動物からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、大多数のヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも2つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも3つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも4つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも5つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、2〜5つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、大多数のヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも2つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも3つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも4つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、少なくとも5つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、2〜5つの種からの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。前述のアミノ酸置換カテゴリーの任意の組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種およびキメラポリペプチド)もまた検討される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基417、残基442、残基499、および残基502。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基392、残基399、残基403、残基411、残基412、残基414、残基416、残基418、残基420、残基423、残基434、残基437、残基438、残基445、残基448、残基450、残基453、残基461、残基476、残基477、残基484、残基485、残基487、残基488、残基494、残基497、残基507、残基509、残基514、残基529、残基534、残基537、残基540、残基551、残基558、残基559、残基567、残基568、残基572。特定の実施形態では、2個以上(例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18個)のアミノ酸置換、またはドメインIII中のアミノ酸置換の全てさえもが、前述の残基にある。任意の1つまたは複数の前述の残基の中における、アミノ酸置換の全ての組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種およびキメラポリペプチド)が、具体的に検討される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、完全長成熟HSAドメインIII中の位置に対応して番号付けされる以下の位置のいずれかにある:残基383、残基391、残基411、残基414、残基416、残基434、残基442、残基445、残基450、および残基509。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、以下からなる群から選択される:E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、Y411Q、Y411N、K414S、K414T、Q416H、Q416P、G434C、G434S、G434T、E442K、E442R、R445F、R445W、R445Y、E450D、E450E、F509C、F509D、F509G、F509I、F509L、F509M、F509P、F509V、F509W、およびF509Y。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、完全長成熟HSAドメインIII中の位置に対応して番号付けされる以下の位置のいずれかにある:残基380、残基381、残基384、残基387、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基419、残基421、残基422、残基424、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基457、残基458、残基463、残基464、残基466、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基489、残基491、残基495、残基500、残基508、残基510、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基535、残基539、残基544、残基547、残基576。特定の実施形態では、2個以上(例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18個)のアミノ酸置換、またはドメインIII中のアミノ酸置換の全てさえもが、前述の残基にある。前述の残基の任意の1つまたは複数の中における、アミノ酸置換の全ての組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種およびキメラポリペプチド)が、具体的に検討される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、完全長成熟HSAドメインIII中の位置に対応して番号付けされる以下の位置のいずれかにある:残基381、残基401、残基424、残基457、残基463、残基495、残基508、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基531、残基535、および残基539。いくつかの実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種ポリペプチドまたはキメラポリペプチド)のHSA部分のドメインIIIは、残基463および508;または残基463および524;または残基508および524;または残基463、508および524における、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含む。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、以下からなる群から選択される:V381N、V381Q、Y401D、Y401E、V242A、V242G、V424I、V424L、V424N、V424Q、V424V、L457F、L457W、L457Y、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Q、E495D、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、T515C、T515H、T515N、T515P、T515Q、T515S、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526C、Q526M、Q526S、Q526T、Q526Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535P、A539I、A539L、およびA539V。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、複数種を越えて保存されていない残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、複数種を越えて保存されていない残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ラット、イヌ、ウサギ、およびウシからの血清アルブミンタンパク質間で保存されていない残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ラット、イヌ、ウサギ、およびウシの血清アルブミンタンパク質間で保存されない残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ラット、イヌ、ウサギ、およびウシからの血清アルブミンタンパク質間で保存されない残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ラット、イヌ、ウサギ、およびウシからの血清アルブミンタンパク質間で保存されない残基の置換である。前述のアミノ酸置換カテゴリーの任意の組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)もまた検討される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基382、残基385、残基390、残基397、残基400、残基402、残基415、残基429、残基432、残基435、残基439、残基440、残基443、残基444、残基446、残基447、残基459、残基471、残基472、残基478、残基479、残基483、残基490、残基492、残基493、残基503、残基511、残基517、残基518、残基519、残基521、残基538、残基541、残基542、残基546、残基549、残基550、残基552、残基554、残基556、残基560、残基562、残基563、残基565、および残基566。特定の実施形態では、2個以上(例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18個)のアミノ酸置換、またはドメインIII中のアミノ酸置換の全てさえもが、前述の残基にある。前述の残基の任意の1つまたは複数の中における、アミノ酸置換の任意の組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)が、具体的に検討される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基402、残基415、残基447、残基459、残基511、残基517、残基519、残基521、残基538、残基541、および残基566。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、以下からなる群から選択される:K402A、K402G、K402I、K402L、K402V、V415C、V415S、V415T、P447S、P447T、Q459K、Q459R、L463N、L463Q、A511F、A511W、A511Y、S517C、S517F、S517M、S517T、S517W、S517Y、K519A、K519G、K519I、K519L、K519V、R521F、R521W、R521Y、K538F、K538W、K538Y、K541F、K541W、K541Y、T566F、T566W、およびT566Y。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、表面接近可能な残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能な残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基417、残基442、残基499、および残基502。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基383、残基391、および残基442。特定の実施形態では、2個以上(例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18個)のアミノ酸置換、またはドメインIII中のアミノ酸置換の全てさえもが、前述の残基にある。前述のアミノ酸置換カテゴリーの任意の組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種およびキメラポリペプチド)が、具体的に検討される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、E442K、E442Rからなる群から選択される。特定の実施形態では、ドメインIIIの2個以上(例えば2、3、4、5個...)のアミノ酸置換、またはアミノ酸置換の全てでさえも、前述の置換から選択される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、R410C;K466E;E479K;D494N;E501K;E505K;V533M;K536E536;K541E;D550AまたはD550G;K560E;D563N;E565K;E570K;K573E;またはK574Eの置換だけではない。
特定の実施形態では、ポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)は、配列番号1と少なくとも80%、85%、または少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、HSAドメインIIIを含んでなる。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、配列番号1と少なくとも95%同一である、アミノ酸配列を含んでなる。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、配列番号1と少なくとも98%同一である、アミノ酸配列を含んでなる。特定の実施形態では、HSA部分は、配列番号2の対応する部分と少なくとも80%、85%、または少なくとも90%同一である、アミノ酸配列を含んでなる。特定の実施形態では、HSA部分は、配列番号2の対応する部分と少なくとも95%同一である、アミノ酸配列を含んでなる。特定の実施形態では、HSA部分は、配列番号2の対応する部分と少なくとも98%同一である、アミノ酸配列を含んでなる。
特定の実施形態では、本開示は、HSAドメインIII中の1つまたは複数のアミノ酸置換に加えて、ポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)が、ドメインIIIの外部のHSA部分中の1つまたは複数のアミノ酸置換を含んでもよいことを想定する。
特定の実施形態では、本開示は、HSAドメインIII中の1つまたは複数のアミノ酸置換に加えて、ポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)が、ドメインIII中の1つまたは複数(例えば1、2、3、4、5、6、7、8)のアミノ酸欠失および/または挿入もまた含んでもよいことを想定する。HSA部分が1つまたは複数のアミノ酸欠失および/または挿入を含有する場合、このような挿入または欠失残基は、天然HSAと比較した残基の番号付けを混乱させないように、文字を使用して示され得ることに留意されたい。例えば残基414と415の間にアミノ酸残基が挿入された場合、このような残基は414aと表記され得る。特定の実施形態では、挿入アミノ酸残基は、表面接近可能なループ中に挿入されて、このようなループのサイズを増大させる。特定の実施形態では、挿入アミノ酸残基は、へリックス中に挿入されて、このようなへリックスのサイズを増大させおよび/または構造を変化させる。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ2中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ2中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜5個(1、2、3、4、5個)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのループ2中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜5個(1、2、3、4、または5個)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ2中に含んでなり、HSAドメインIII中のループ2中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ3中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ3中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜5個(1、2、3、4、5個)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのループ3中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜5個(1、2、3、4、または5個)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ3中に含んでなり、HSAドメインIII中のループ3中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ6中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ6中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜18個(1、2、3、4、5、6個など)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜18個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのループ6中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜18個(1、2、3、4、5、6個など)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ6中に含んでなり、HSAドメインIII中のループ6中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのへリックス7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのへリックス7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜6個(1、2、3、4、5、または6個)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜18個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのへリックス7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、1〜6個(1、2、3、4、5、または6個)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのへリックス7中に含んでなり、HSAドメインIII中のへリックス7中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜3個(1、2、または3個)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜3個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのループ7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜3個(1、2、または3個)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ7中に含んでなり、HSAドメインIII中のループ7中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのへリックス8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのへリックス8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜18個(1、2、3、4、5、6個など)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜18個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのへリックス8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜6個(1、2、3、4、5、6個など)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのへリックス8中に含んでなり、HSAドメインIII中にへリックス8中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜5個(1、2、3、4、5個)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのループ8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、1〜5個(1、2、3、4、または5個)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ8中に含んでなり、HSAドメインIII中のループ8中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ9中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ9中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜4個(1、2、3、4個)のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜4個のアミノ酸置換はHSAドメインIIIのループ9中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは1〜5個(1、2、3、4個)のアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ9中に含んでなり、HSAドメインIII中のループ9中にない1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。上で詳述されるように、各位置で独立して可能なアミノ酸置換は、上で詳述される置換クラス(例えばアラニン、保存的置換など)のいずれかから選択される。前述のアミノ酸置換カテゴリーの任意の組み合わせを含んでなるポリペプチド(例えばHSA変種およびキメラポリペプチド)もまた検討される。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ2中にない。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ3中にない。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ6中にない。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのへリックス7中にない。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ7中にない。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのへリックス8中にない。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ8中にない。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ9中にない。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9からなる群から選択される、HSAドメインIIIの少なくとも2つのループ中にない。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9からなる群から選択される、HSAドメインIIIの少なくとも3つのループ中にない。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9からなる群から選択される、HSAドメインIIIの少なくとも4つのループ中にない。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換は、へリックス7または8中にない。
特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも2個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、HSAドメインIIIのループおよび/またはへリックスの少なくとも2つの中にある。特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも3個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、HSAドメインIIIのループおよび/またはへリックスの少なくとも3つの中にある。特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも4個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、HSAドメインIIIのループおよび/またはへリックスの少なくとも4つの中にある。特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、HSAドメインIIIのループおよび/またはへリックスの少なくとも5つの中にある。特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも6個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、HSAドメインIIIのループおよび/またはへリックスの少なくとも6つの中にある。特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ2、3、6、7、8、および9のそれぞれの中にある。特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも6個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのループ2、3、6、7、8、および9のそれぞれの中にある。特定の実施形態では、ドメインIIIは、少なくとも2個のアミノ酸置換を含んでなり、前記アミノ酸置換は、HSAドメインIIIのへリックス7、および8のそれぞれの中にある。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つはループ2中にあり、残基415、残基416、残基417、残基418、および残基419から選択される。特定の実施形態では、2個以上(2、3、4、5個)のアミノ酸置換はループ2中にあり、残基415、残基416、残基417、残基418、および残基419から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIループ2中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、V415C、V415S、V415T、Q416H、およびQ416Pから選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つはループ3中にあり、残基439、残基440、残基441、残基442、および残基443から選択される。特定の実施形態では、2個以上(2、3、4、5個)のアミノ酸置換はループ3中にあり、残基439、残基440、残基441、残基442、および残基443から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIループ3中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、E442K、およびE442Rから選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つはループ6中にあり、残基492、残基493、残基494、残基495、残基496、残基497、残基498、残基499、残基500、残基501、残基502、残基503、残基504、残基505、残基506、残基507、残基508、および残基509から選択される。特定の実施形態では、2個以上(2、3、4、5、6、7、8、9、10個など)のアミノ酸置換がループ6中にあり、残基492、残基493、残基494、残基495、残基496、残基497、残基498、残基499、残基500、残基501、残基502、残基503、残基504、残基505、残基506、残基507、残基508、および残基509から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIループ6中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、T506F、T506W、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、F509C、F509I、F509L、F509M、F509V、F509W、およびF509Yから選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、へリックス7中にあり、残基510、残基511、残基512、残基513、残基514、および残基515から選択される。特定の実施形態では、2個以上(2、3、4、5、6個)のアミノ酸置換はへリックス7中にあり、残基510、残基511、残基512、残基513、残基514、および残基515から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIループ7中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、A511F、A511W、A511Y、D512F、D512W、D512Y、T515C、T515H、T515N、T515P、T515Q、およびT515Sから選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つはループ7中にあり、残基516、残基517、および残基518から選択される。特定の実施形態では、2個以上(2、3個)のアミノ酸置換はループ7中にあり、残基516、残基517、および残基518から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIループ7中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、S517C、S517F、S517M、S517T、S517W、およびS517Yから選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つはへリックス8中にあり、残基519、残基518、残基519、残基520、残基521、残基522、残基523、残基524、残基525、残基526、残基527、残基528、残基529、残基530、残基531、残基532、残基533、残基534、残基535、および残基536から選択される。特定の実施形態では、2個以上(2、3、4、5、6、7、8、9、10個など)のアミノ酸置換はへリックス8中にあり、残基519、残基518、残基519、残基520、残基521、残基522、残基523、残基524、残基525、残基526、残基527、残基528、残基529、残基530、残基531、残基532、残基533、残基534、残基535、および残基536から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIへリックス8中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、K519A、K519G、K519I、K519L、K519V、R521F、R521W、R521Y、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526C、Q526M、Q526S、Q526T、Q526Y、T527F、T527W、T527Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、およびH535Pから選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つはループ8中にあり、残基537、残基538、残基539、残基540、および残基541から選択される。特定の実施形態では、2個以上(2、3、4、5個)のアミノ酸置換はループ8中にあり、残基537、残基538、残基539、残基540、残基541から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つはループ9中にあり、残基561、残基562、残基563、残基564から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIループ8中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、K538F、K538W、K538Y、A539I、A539L、A539V、K541F、K541W、K541Yから選択される。特定の実施形態では、2個以上の(2、3、4個)アミノ酸置換はループ9中にあり、残基561、残基562、残基563、残基564から選択される。特定の実施形態では、HSAドメインIIIループ9中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、A561F、A561W、およびA561Yから選択される。
さらに例えばHSAドメインIIIループの長さを増大、または低下させるドメインIII中の挿入または欠失も検討された。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ2の長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ3の長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ6の長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、へリックス7の長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ7の長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、へリックス8の長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ8の長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ9の長さを変化させる。特定の実施形態では、ドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、少なくとも2つのループおよび/またはへリックスの長さを変化させる。特定の実施形態では、ドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、少なくとも3つのループおよび/またはへリックスの長さを変化させる。特定の実施形態では、ドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、少なくとも4つのループおよび/またはへリックスの長さを変化させる。特定の実施形態では、ドメインIII中の前記挿入または欠失は、ループ2、3、6、7、8、および9、およびへリックス7および8からなる群から選択される、少なくとも5つのループおよび/またはへリックスの長さを変化させる。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記挿入または欠失は、HSAドメインIIIのループ2、3、6、7、8、および9のそれぞれの長さを変化させる。複数ループおよび/またはへリックスが変化する場合、本開示は、1つまたは複数のループ/へリックスが、挿入によって増大してもよく、1つまたは複数のループ/へリックスが欠失によって減少してもよいように、ループおよび/またはへリックスが独立して変化することを想定することに留意されたい。
ドメインIIIがアミノ酸の挿入または欠失を含む実施形態では、本開示は、1つのアミノ酸の挿入または欠失を想定する。2、3、4、5、6、7、8、9、10個のアミノ酸など、2個以上のアミノ酸の挿入または欠失もまた検討される。特定の実施形態では、本開示は、10〜20、20〜40、40〜50、50〜100個のアミノ酸など、10個を超えるアミノ酸残基の挿入を想定する。本開示のキメラポリペプチドおよびHSA変種ポリペプチドで一貫して、挿入または欠失を含む組成物が試験され、それらがFcRn結合活性を保持することが確認される。好ましい組成物は、対照と比較して改善された、FcRn結合および/または血清半減期を提供する組成物である。
明確さの目的で、本開示は、具体的に、前述のまたは以下の態様および実施形態のいずれかの組み合わせを想定する。HSA部分を含んでなるキメラポリペプチドの文脈で、ならびにHSA部分を含んでなる変種HSAポリペプチドの文脈で、このようなHSA部分は、ドメインIII、またはそのFcRn結合部分を含んでなる。さらに本明細書に記載されるように、HSA部分のドメインIIIは、1〜18個のアミノ酸置換を含む。特定の実施形態では、HSA部分のドメインIIIは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、または18個のアミノ酸置換を含む。例示的なアミノ酸置換としては、(i)アラニンによる置換;(ii)保存的アミノ酸置換;(iii)非保存的アミノ酸置換が挙げられる。本開示は、所与のポリペプチドのドメインIII中の全てのアミノ酸置換が、これらのアミノ酸置換カテゴリーの1つの構成員であってもよいことが想定され、また所与のポリペプチドのドメインIII中の各アミノ酸置換が、個々に独立してこれらのカテゴリーから選択されてもよいことも想定される。特定の実施形態では、ドメインIII中の天然システイン残基は保持されて置換されない。特定の実施形態では、ドメインIII中の天然プロリン残基は保持されて置換されない。特定の実施形態では、ドメインIII中の天然システイン残基および天然プロリン残基は保持されて置換されない。特定の実施形態では、システイン残基は置換されない(例えばシステインは天然残基を置換するのに使用されない)。特定の実施形態では、プロリン残基は置換されない(例えばプロリンは天然残基を置換するのに使用されない)。別の実施形態では、20個のアミノ酸のいずれか1つを使用して、所与の天然残基を置換する。
前述のアミノ酸置換クラスの任意の組み合わせを含んでなる、HSA変種およびキメラポリペプチドもまた検討される。
本発明は、本明細書に記載されるアミノ酸配列と実質的に同一配列のアミノ酸を含んでなる、HSA部分がある変種およびキメラポリペプチドを包含する。本明細書に記載される配列と実質的に同一のアミノ酸配列としては、保存的アミノ酸置換、ならびにアミノ酸欠失および/または挿入を含んでなる配列が挙げられる。保存的アミノ酸置換とは、第1のアミノ酸と類似した化学および/または物理特性(例えば電荷、構造、極性、疎水性/親水性)を有する第2のアミノ酸による、第1のアミノ酸の置換を指す。保存的アミノ酸置換としては、リジン(K)、アルギニン(R)およびヒスチジン(H);アスパラギン酸(D)およびグルタミン酸(E);アスパラギン(N)、グルタミン(Q)、セリン(S)、スレオニン(T)、チロシン(Y)、K、R、H、DおよびE;アラニン(A)、バリン(V)、ロイシン(L)、イソロイシン(I)、プロリン(P)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、メチオニン(M)、システイン(C)およいグリシン(G);F、WおよびY;C、SおよびTの各群内における、別のアミノ酸による1つのアミノ酸の置換が挙げられる。
特定の実施形態では、前記HSA変種ポリペプチドは実質的に精製されている。特定の実施形態では、前記キメラポリペプチドは実質的に精製されている。特定の態様では、本開示は、本開示のHSA変種またはキメラポリペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含んでなる組成物を提供する。特定の実施形態では、組成物は無菌組成物である。特定の実施形態では、組成物は非発熱性である。
6.4 コンビナトリアルドメインIII変異体
本発明は、ドメインIIIを含んでなるHSA部分のコンビナトリアル変異体セット、ならびにトランケーション変異体を作り出すことをさらに想定し、生物活性変種配列を同定するのに特に有用である。天然HSAポリペプチドと比較して選択的効力を有する、コンビナトリアルケミストリー由来変種を生成し得る。同様に、変異誘発は、対応する野生型HSAポリペプチドと劇的に異なる、細胞内半減期を有する変種を生成し得る。例えは変性タンパク質は、対象タンパク質の破壊か、そうでなければ不活性化をもたらす、タンパク質分解またはその他の細胞プロセスに対して、より安定またはより不安定のいずれかにし得る。このような変異を利用してそれらの半減期を調節することで、HSAポリペプチドレベルを変化させ得る。例えば縮重オリゴヌクレオチド配列から、可能なHSA変種配列のライブラリーを作成し得る、多数の様式がある。自動DNA合成機内で縮重遺伝子配列の化学合成を実施し、次に発現のために、合成遺伝子を適切な遺伝子にライゲートし得る。遺伝子の縮重セットの目的は、可能なポリペプチド配列の所望のセットをコードする配列を全て、1つの混合物中に提供することである。縮重オリゴヌクレオチドの合成については、当該技術分野で周知である(例えばNarang,SA(1983)Tetrahedron 39:3;Itakura et al.,(1981)Recombinant DNA,Proc.3rd Cleveland Sympos.Macromolecules,ed.AG Walton,Amsterdam:Elsevier pp273−289;Itakura et al.,(1984)Annu.Rev.Biochem.53:323;Itakura et al.,(1984)Science 198:1056;Ike et al.,(1983)Nucleic Acid Res.11:477を参照されたい)。このような技術は、その他のタンパク質の指向性進化において用いられている(例えばScott et al.,(1990)Science 249:386−390;Roberts et al.,(1992)PNAS USA 89:2429−2433;Devlin et al.,(1990)Science 249:404−406;Cwirla et al.,(1990)PNAS USA87:6378−6382;ならびに米国特許第5,223,409号明細書、米国特許第5,198,346号明細書、および米国特許第5,096,815号明細書を参照されたい)。
代案としては、その他の変異誘発形態を利用して、コンビナトリアルライブラリーを作成し得る。例えば以下を使用して、HSAポリペプチド変種を生成し、ライブラリーをスクリーニングして単離し得る:アラニンスキャニング変異誘発(Ruf et al.,(1994)Biochemistry 33:1565−1572;Wang et al.,(1994)J.Biol.Chem.269:3095−3099;Balint et al.,(1993)Gene 137:109−118;Grodberg et al.,(1993)Eur.J.Biochem.218:597−601;Nagashima et al.,(1993)J.Biol.Chem.268:2888−2892;Lowman et al.,(1991)Biochemistry30:10832−10838;およびCunningham et al.,(1989)Science 244:1081−1085)、リンカースキャニング変異誘発(Gustin et al.,(1993)Virology 193:653−660;Brown et al.,(1992)Mol.CellBiol.12:2644−2652;McKnight et al.,(1982)Science 232:316);PCR変異誘発(Leung et al.,(1989)Method Cell Mol Biol 1:11−19);または化学変異誘発をはじめとするランダム変異誘発(Miller et al.,(1992)A Short Course in Bacterial Genetics,CSHL Press,Cold Spring Harbor,NY;およびGreener et al.,(1994)Strategies in Mol Biol 7:32−34)。特にコンビナトリアル状況における、リンカースキャニング変異誘発は、HSAポリペプチドのトランケート型(生物活性)形態を同定する魅力的な方法である。HSAポリペプチド変種のライブラリーを作り出してスクリーニングする追加的な方法が本明細書で提供され、例えば「例証」と題された第8節を参照されたい。特にコンビナトリアルHSAドメインIII変異体ライブラリーの作成およびスクリーニングで有用な、特定の方法のための第8.10節および第8.11節。
本開示のポリペプチド中のアミノ酸置換について上述した実施形態のいずれかを使用して、ペプチドライブラリーを作成してもよい。特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種が、HSAドメインIIIの残基中で生成される。特定の実施形態では、(i)変種ドメインIII構築物のみ;(ii)完全長HSAの文脈で提示される変異ドメインIII構築物;または(iii)少なくともドメインIIIを含んでなるトランケート型HSAまたはキメラポリペプチドの文脈の1つ以上の文脈で、ドメインIII変異が導入されてスクリーニングされる。特定の実施形態では、出発ポリペプチドと比較して、FcRn親和性増大および血清半減期増大の片方または双方を有する変種について、ペプチドのライブラリーをスクリーニングする。特定の実施形態では、変種は、本出願に記載される標準生体外アッセイ(例えばフローサイトメトリー)を使用して評価される。特定の実施形態では、FcRn親和性改善を示す変種が同定される。別の実施形態では、変種をスクリーニングして、FcRn親和性改善が酸性pH(例えばおよそ5.5のpH)のみで起きて、中性pH(例えばおよそ7.4のpH)で起きないかどうかが判定される。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来の変種は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかに、少なくとも2個のアミノ酸置換を含んでなる。残基407、残基415、残基463、残基495、残基508、残基509、残基511、残基512、残基515、残基516、残基517、残基521、残基523、残基524、残基526、残基527、および残基557。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、以下からなる群から選択される少なくとも2個のアミノ酸置換を含んでなる:L407N、L407Y、V415T、L463N、L463F、E495D、T508R、T508S、F509M、F509W、F509I、A511F、D512Y、D512M、T515Q、L516T、L516W、S517W、R521W、I523D、I523E、I523F、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526A、Q526M、Q526Y、T527Y、およびT557G。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来の変種は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置における、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる:(a)残基383および413;(b)残基401および523;(c)残基407および447;(d)残基407および447および539;(e)残基407および509;(f)残基407および526;(g)残基411および535;(h)残基414および456;(i)残基415および569;(j)残基426および526;(k)残基442および450および459;(l)残基463および508;(m)残基508および519および525;(n)残基509および527;(o)残基523および538;(p)残基526および557;(q)残基541および561;(r)残基463および523;(s)残基508および523;(t)残基508および524;(u)残基463、508、および523;(v)残基463、508、および524;(w)残基508、523、および524;(x)残基463、508、523、および524;(y)残基463および524;(z)残基523および524;および(aa)残基463、523、および524。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来の変種は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、(a)残基463および508;(b)残基463および523;(c)残基508および523;(d)残基508および524;(e)残基463、508、および523;(f)残基463、508、および524;(g)残基508、523、および524;(h)残基463、508、523、および524;(i)残基463および523;および(j)残基523および524からなる群から選択される位置における、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなり、残基463における置換は、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Qから選択され;残基508における置換は、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508Sから選択され;残基523における置換は、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Yから選択され;および残基524における置換は、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524Vから選択される。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来の変種は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、(a)残基463および524;(b)残基508および523;(c)残基508および524;(d)残基463、508、および523からなる群から選択される位置における、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなり、残基463における置換は、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Qから選択され;残基508における置換は、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508Sから選択され;残基523における置換は、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Yから選択され;および残基524における置換は、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524Vから選択される。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、以下からなる群から選択されるアミノ酸置換をHSAドメインIII中に含んでなる:(a)E383G/K413S;(b)Y401E/I523G;(c)L407N/P447S;(d)L407N/P447S/A539I;(e)L407N/F509M;(f)L407Y/Q526T;(g)Y411Q/H535N;(h)K414S/V456N;(i)V415T/A569P;(j)V426H/Q526Y;(k)E442K/E450D/Q459R;(l)L463N/T508R;(m)T508R/K519I/K525V;(n)F509I/T527Y;(o)I523Q/K538Y;(p)Q526M/K557G;(q)K541F/A561F;(r)L463N/K524L;(s)T508R/I523G;(t)T508R/K524L;(u)L463N/T508R/I523G;(v)L463N/T508R/K524L;(w)T508R/I523G/K524L;(x)L463N/T508R/I523G/K524L;(y)L463N/I523G;(z)I523G/K524L;および(aa)L463N//I523G/K524L。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、以下からなる群から選択されるアミノ酸置換をHSAドメインIII中に含んでなる:(a)L463N/T508R;(b)L463N/K524L;(c)T508R/I523G;(d)T508R/K524L;(e)L463N/T508R/I523G;(f)L463N/T508R/K524L;(g)T508R/I523G/K524L;および(h)L463N/T508R/I523G/K524L。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、以下からなる群から選択されるアミノ酸置換をHSAドメインIII中に含んでなる:(a)L463N/K508R;(b)T508R/I523G;(c)T508R/K524L;および(d)L463N/T508R/I523G。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は配列番号18を含んでなり、その中でXはロイシンでなく、および/またはXはスレオニンでなく、および/またはXはイソロイシンでなく、および/またはXはリジンでない。特定の実施形態では、Xは、システイン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、アスパラギン、セリン、またはグルタミンであり;Xは、システイン、グルタミン酸、イソロイシン、リジン、アルギニン、またはセリンであり;Xは、アラニン、システイン、アスパラギン酸、グルタミン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、リジン、ロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、グルタミン、アルギニン、セリン、スレオニン、バリン、トリプトファン、またはチロシンであり;およびXは、アラニン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、グルタミン、スレオニン、またはバリンである。別の実施形態では、Xはフェニルアラニンまたはアスパラギンであり;Xはアルギニンまたはセリンであり;Xはアスパラギン酸、グルタミン酸、グリシン、フェニルアラニン、リジン、またはアルギニンであり;および/またはXがロイシンである。なおも別の実施形態では、Xはアスパラギンであり、および/またはXはアルギニンであり、および/またはXはグリシンであり、および/またはXはロイシンである。
特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、複数種を越えて保存された残基中で生成される。特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、表面接近可能な残基中で生成される。特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基中で生成される。特定の実施形態では、コンビナトリアルケミストリー由来変種は、複数種を越えて保存されているが、ニワトリHSA中では保存されていない、残基中で生成される。
特定の態様では、本開示は、複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーを提供し、前記複数のポリペプチドのそれぞれは、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれは独立して、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる。
特定の態様では、本開示は、複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーを提供し、前記複数のポリペプチドのそれぞれは、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれは独立して、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存され、ニワトリからの血清アルブミン中では保存されない、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる。
特定の態様では、本開示は、複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーを提供し、前記複数のポリペプチドのそれぞれは、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれは独立して、表面接近可能な残基である、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる。
特定の態様では、本開示は、複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーを提供し、前記複数のポリペプチドのそれぞれは、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれは独立して、(i)表面接近可能であり、また(ii)ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存されてもいる、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる。
特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのループ2中にある。特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのループ3中にある。特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのループ6中にある。特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのへリックス7中にある。特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのループ7中にある。特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのへリックス8中にある。特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのループ8中にある。特定の実施形態では、前記表面接近可能な残基は、HSAドメインIIIのループ9中にある。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基417、残基442、残基499、および残基502。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の少なくとも1つのアミノ酸置換は、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある:残基392、残基399、残基403、残基411、残基412、残基414、残基416、残基418、残基420、残基423、残基434、残基437、残基438、残基445、残基448、残基450、残基453、残基461、残基476、残基477、残基484、残基485、残基487、残基488、残基494、残基497、残基507、残基509、残基514、残基529、残基534、残基537、残基540、残基551、残基558、残基559、残基567、残基568、残基572。特定の実施形態では、HSAドメインIII中のアミノ酸置換の少なくとも1つは、完全長成熟HSAドメインIII中の位置に対応して番号付けされる以下の位置のいずれかにある:残基380、残基381、残基384、残基387、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基419、残基421、残基422、残基424、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基457、残基458、残基463、残基464、残基466、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基489、残基491、残基495、残基500、残基508、残基510、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基535、残基539、残基544、残基547、残基576。
特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ2中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ2中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つを含んでなるHASドメインIIIは、HSAドメインIIIのループ2中にあり、ループ2中にないHSAドメインIIIの1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ3中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ3中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、少なくとも1つのアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ3中に含んでなり、ループ3中にないHSAドメインIII中に、1つまたは複数の追加的な置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ6中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ6中にある。特定の実施形態では、HSAドメインは、少なくとも1つのアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ6中に含んでなり、ループ6中にないHSAドメインIII中に、1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのへリックス7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのへリックス7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインは、少なくとも1つのアミノ酸置換をHSAドメインIIIのへリックス7中に含んでなり、へリックス7中にないHSAドメインIII中に、1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ7中にある。特定の実施形態では、HSAドメインは、少なくとも1つのアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ7中に含んでなり、ループ7中にないドメインIII中に、1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのへリックス8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのへリックス8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインは、少なくとも1つのアミノ酸置換をHSAドメインIIIのへリックス8中に含んでなり、へリックス8中にないHSAドメインIII中に、1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ8中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、少なくとも1つのアミノ酸置換をHSAドメインIIIのループ8中に含んでなり、ループ8中にないHSAドメインIII中に、1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ9中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ9中にある。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、HSAドメインIII中に少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなり、ループ9中にないHSAドメインIIIに、1つまたは複数の追加的なアミノ酸置換をさらに含む。
前述の特定の実施形態では、または以下の態様または実施形態のいずれかでは、アミノ酸置換は、残基のアラニンへの変化であってもよい。前述のいずれかの特定の実施形態では、または以下の態様または実施形態では、アミノ酸置換は、残基が同様の電荷およびその他の特性の残基で置換されている、保存的アミノ酸置換であってもよい。前述のいずれかの特定の実施形態では、または以下の態様または実施形態では、アミノ酸置換は、残基が、同様の電荷またはその他の特性を有しない残基で置換されている、非保存的アミノ酸置換であってもよい。前述の特定の実施形態では、または以下の態様または実施形態のいずれかでは、アミノ酸置換は、残基のその他の任意の残基への変化であってもよい。HSA部分が2個以上のアミノ酸残基を含む場合、置換は、前述のアミノ酸置換カテゴリーの任意の1つまたは任意の組み合わせに分類されもよいことが検討される。例えば全ての置換は、アラニンへの変化であってもよく、または保存的アミノ酸置換であってもよく、または非保存的アミノ酸置換であってもよい。代案としては、アミノ酸置換は、例えば、1つのアラニンへの変化、1つの保存的アミノ酸置換、および1つの非保存的アミノ酸置換などの任意の組み合わせを含んでもよい。
点変異およびトランケーションによって作成された、コンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするための、さらに言えば、一定の特性を有する遺伝子産物についてcDNAライブラリーをスクリーニングするための広範囲に及ぶ技術が、当該技術分野で公知である。このような技術は、概して、HSAポリペプチドのコンビナトリアル変異誘発によって作成された遺伝子ライブラリーの急速なスクリーニングのために、応用できる。大型遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための最も広く利用されている技術は、典型的に、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクターにクローンするステップと、得られたベクターライブラリーで適切な細胞を形質転換するステップと、所望の活性の検出がその生成物が検出された遺伝子をコードするベクターの比較的容易な単離を促進する条件下において、コンビナトリアル遺伝子を発現するステップとを含んでなる。後述する例証的アッセイのそれぞれは、コンビナトリアル変異誘発技術によって生成される多数の縮重配列のスクリーニングに必要なハイスループット分析を受け入れやすい。
特定の実施形態では、HSAポリペプチドは、ペプチドとペプチド模倣薬を含んでもよい。本明細書の用法では、「ペプチド模倣薬」という用語は、非天然アミノ酸、ペプトイドなどを含有する、化学修飾ペプチドおよびペプチド様分子を含む。ペプチド模倣薬は、ペプチドと比べて、対象への投与時の改善された安定性をはじめとする、様々な利点を提供する。ペプチド模倣薬を同定する方法は、当該技術分野で周知であり、可能なペプチド模倣薬のライブラリーを含有するデータベースのスクリーニングが挙げられる。例えばCambridge Structural Databaseは、既知の結晶構造を有する300,000を超える化合物のコレクションを含有する(Allen et al.,Acta Crystallogr.Section B,35:2331(1979))。利用できる標的分子の結晶構造がない場合、例えばプログラムCONCORD(Rusinko et al.,J.Chem.Inf.Comput.Sci.29:251(1989))を使用して構造を作成し得る。別のデータベースAvailable Chemicals Directory(Molecular Design Limited,Informations Systems;San Leandro Calif.)は、市販される約100,000個の化合物を含有し、HSAポリペプチドの可能なペプチド模倣薬を検索して同定し得る。
特定の実施形態では、HSAポリペプチドは、翻訳後修飾をさらに含んでなってもよい。例示的な翻訳後タンパク質修飾としては、リン酸化、アセチル化、メチル化、ADPリボース化、ユビキチン化、グリコシル化、カルボニル化、SUMO化、ビオチン化、またはポリペプチド側鎖付加または疎水性基付加が挙げられる。その結果、修飾HSAポリペプチドは、脂質、多糖類または単糖類、およびリン酸などの非アミノ酸要素を含有してもよい。このような非アミノ酸要素のHSAポリペプチドの機能性に対する影響は、例えばそのFcRn結合能力などのその生物学的活性について試験されてもよい。天然HSAポリペプチドがグリコシル化され得ることを前提として、特定の実施形態では、本開示に従ったキメラポリペプチドで使用されるHSAポリペプチドは、グリコシル化される。特定の実施形態では、グリコシル化のレベルおよびパターンは、天然HSAポリペプチドと同一であり、または実質的に同一である。別の実施形態では、グリコシル化のレベルおよび/またはパターンは、天然HSAポリペプチドと異なる(例えば過小グリコシル化、過剰グリコシル化、非グリコシル化)。
本発明の特定の実施形態では、HSA部分(例えばHSA変種またはキメラポリペプチド)を含んでなるポリペプチドは、非タンパク質作用物質と結合してもよい。このような非タンパク質作用物質としては、核酸分子、化学薬剤、有機分子などが挙げられるが、これに限定されるものではなく、そのそれぞれが例えば天然物スクリーニングなどの天然起源に由来してもよく、または化学的に合成されてもよい。特定の実施形態では、HSA部分は、非タンパク質作用物質と化学的に結合している。
本発明の特定の一実施形態では、HSAポリペプチドは、非タンパク性ポリマーによって修飾されてもよい。特定の一実施形態では、ポリマーは、米国特許第4,640,835号明細書;米国特許第4,496,689号明細書;米国特許第4,301,144号明細書;米国特許第4,670,417号明細書;米国特許第4,791,192号明細書または米国特許第4,179,337号明細書に記載されるようなポリエチレングリコール(「PEG」)、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンである。PEGは良く知られている水溶性ポリマーであり、それは市販され、または当該技術分野で周知の方法に従って、エチレングリコールの開環重合によって調製し得る(Sandler and Karo,Polymer Synthesis,Academic Press,New York,Vol.3,pages 138−161)。
特定の実施形態では、HSAポリペプチドの断片または変種は、好ましくは、天然HSAポリペプチドに付随する生物学的活性の少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%または100%を保持する。特定の実施形態では、HSAポリペプチドの断片または変種は、天然タンパク質の半減期と比較して、改善された半減期(t1/2)を有する。半減期が改善された実施形態では、HSA断片または変種の半減期は、天然HSAタンパク質の半減期と比較して、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、125%、150%、175%、200%、250%、300%、400%または500%、または1000%にさえ至って改善される。いくつかの実施形態では、タンパク質の半減期は、緩衝食塩水中または血清中などの生体外で測定される。別の実施形態では、タンパク質の半減期は、動物の血清またはその他の体液中のタンパク質の半減期などの生体内半減期である。
特定の態様では、HSA部分を含んでなるポリペプチドは、融合タンパク質であってもよく、それは1つまたは複数の融合ドメインをさらに含んでなる。このような融合ドメインの周知の例としては、特に親和性クロマトグラフィーによる融合タンパク質の単離に有用である、ポリヒスチジン、Glu−Glu、グルタチオンSトランスフェラーゼ(GST)、チオレドキシン、プロテインA、プロテインG、および免疫グロブリン重鎖定常領域(Fc)、マルトース結合タンパク質(MBP)が挙げられるが、これに限定されるものではない。親和性精製の目的で、グルタチオン−、アミラーゼ−、およびニッケル−またはコバルト−共役樹脂などの親和性クロマトグラフィーのための妥当なマトリックスが使用される。融合ドメインはまた、それに対する特異的抗体が入手できる、通常短いペプチド配列である「エピトープタグ」も含む。それに対する特異的モノクローナル抗体が容易に入手できる、周知のエピトープタグとしては、FLAG、インフルエンザウイルス赤血球凝集素(HA)、およびc−mycタグが挙げられる。場合によっては、融合ドメインは、Xa因子またはトロンビンなどのためのプロテアーゼ切断部位を有して、それは妥当なプロテアーゼが、融合タンパク質を部分的に消化できるようにし、それによって組換えタンパク質をそれから遊離させる。次に引き続くクロマトグラフ分離によって、遊離タンパク質を融合ドメインから単離し得る。特定の実施形態では、HSAポリペプチドは、ポリペプチドを安定化できる、1つまたは複数の修飾を含有してもよい。例えばこのような修飾は、ポリペプチドの生体外半減期を増大させ、ポリペプチドの循環半減期を増大させ、またポリペプチドのタンパク質分解を低下させる。同様に、キメラポリペプチドの文脈で、前述の修飾タイプは、それに加えて、または代案として、キメラポリペプチドの異種タンパク質部分に付加されてもよい。
いくつかの実施形態では、HSA部分を含んでなるポリペプチドは、免疫グロブリンのFc領域の全部または一部がある融合タンパク質であってもよい。特定の実施形態では、融合タンパク質は、IgGのFcRn結合領域またはその断片を含んでなる。同様に特定の実施形態では、免疫グロブリンのFc領域の全部または一部をリンカーとして使用して、異種タンパク質のHSA部分に連結させ得る。既知のように、各免疫グロブリン重鎖定常領域は、4または5つのドメインを含んでなる。ドメインは、順次、次のように命名される:CH1−ヒンジ−CH2−CH3(−CH4)。重鎖ドメインのDNA配列は、免疫グロブリンクラス間で交雑相同性を有し、例えばIgGのCH2ドメインは、IgAおよびIgDのCH2ドメインと、およびIgMおよびIgEのCH3ドメインと相同的である。本明細書の用法では、「免疫グロブリンFc領域」という用語は、免疫グロブリン鎖定常領域、好ましくは免疫グロブリン重鎖定常領域、またはその一部のカルボキシル末端部分を意味すると理解される。例えば免疫グロブリンFc領域は、1)CH1ドメイン、CH2ドメイン、およびCH3ドメイン、2)CH1ドメインおよびCH2ドメイン、3)CH1ドメインおよびCH3ドメイン、4)CH2ドメインおよびCH3ドメイン、または5)2つ以上のドメインと免疫グロブリンヒンジ領域との組み合わせを含んでなってもよい。好ましい実施形態では、免疫グロブリンFc領域は、少なくとも免疫グロブリンヒンジ領域、CH2ドメイン、およびCH3ドメインを含んでなり、好ましくはCH1ドメインを欠く。一実施形態では、それに重鎖定常領域が由来する免疫グロブリンのクラスは、IgG(Igγ)(γサブクラス1、2、3、または4)である。免疫グロブリンのその他のクラスIgA(Igα)、IgD(Igδ)、IgE(Igε)、およびIgM(Igμ)を使用してもよい。適切な免疫グロブリン重鎖定常領域の選択は、米国特許第5,541,087号明細書、および米国特許第5,726,044号明細書で詳細に考察される。特定の結果を達成するための、特定の免疫グロブリンクラスおよびサブクラスからの特定の免疫グロブリン重鎖定常領域配列の選択は、当該技術分野の技術レベルの範囲内であると見なされる。免疫グロブリンFc領域をコードするDNA構築物の部分は、好ましくはFcγのヒンジドメインの少なくとも一部、および好ましくはCHドメインの少なくとも一部、またはIgA、IgD、IgE、またはIgMのいずれかの中の相同ドメインを含んでなる。さらに免疫グロブリン重鎖定常領域内のアミノ酸の置換または欠失が、本発明の実施に有用であってもよいことが検討される。一例は、Fc受容体への親和性が低下しているFc変種をもたらす、上部CH2領域へのアミノ酸置換の導入である(Cole et al.(1997)J.IMMUNOL.159:3613)。当業者は、周知の分子生物学技術を使用して、このような構築物を調製し得る。同様にキメラポリペプチドの文脈で、キメラポリペプチドの異種タンパク質部分に、それに加えて、または代案として、前述の修飾タイプが付加されてもよい。
特定の態様では、HSAポリペプチドは、スキャフォールドであってもよい。特定の実施形態では、標的に特異的に結合し得るタンパク質フレームワークを選択またはデザインするために、タンパク質が使用される。スキャフォールドからタンパク質をデザインする際、フレームワークの好ましい特性に重要なアミノ酸残基が保持される一方で、その他の残基は変動してもよい。特定の実施形態では、スキャフォールドは、異なる特性を有するタンパク質誘導体間で変動する50%以下のアミノ酸残基と、このような誘導体間で不変の50%以上の残基とを有してもよい。特定の実施形態では、スキャフォールドは、異なる特性を有するタンパク質誘導体間で変動する、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%以上の残基と、このような誘導体間で不変の45%、40%、35、30%、25%、20%、15%、10%、または5%以下のアミノ酸残基とを有してもよい。特定の実施形態では、スキャフォールドは、異なる特性を有するタンパク質誘導体間で変動する、45%、40%、35、30%、25%、20%、15%、10%、または5%以上のアミノ酸残基と、このような誘導体間で不変の55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%または95%以下の残基とを有してもよい。特定の実施形態では、これらの不変残基は、それらの特性にかかわらず、全ての変種ドメインに同じ全体的三次元折り畳みをもたらす。特定の実施形態では、本開示のその他の態様および実施形態で考察されるように、HSAポリペプチドスキャフォールドは、修飾または置換されてもよい。特定の実施形態では、HSAポリペプチドスキャフォールドは、治療薬であってもよい。特定の実施形態では、HSAポリペプチドスキャフォールドは、標的に対して作動性であってもよい。特定の実施形態では、HSAポリペプチドスキャフォールドは、標的に対して拮抗性であってもよい。
6.5 キメラポリペプチド
本開示のHSA変種ポリペプチドをはじめとするHSA部分を含んでなるポリペプチドは、任意の異種タンパク質と結合してもよい。特定の実施形態では、異種タンパク質は治療薬である。特定の実施形態では、治療薬は抗体またはペプチドである。特定の実施形態では、キメラポリペプチドの異種タンパク質部分は、抗体またはその抗原結合性断片を含んでなる。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、IgG免疫グロブリンの定常領域をさらに含んでなる。特定の実施形態では、異種タンパク質は、非抗体治療用タンパク質を含んでなる。特定の実施形態では、キメラポリペプチドの異種タンパク質部分は、増殖因子またはサイトカインを含んでなる。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、エピトープをさらに含んでなる。例えば検出および/または精製に有用なエピトープ(例えばHisタグ、FLAGタグなど)。
特定の実施形態では、HSA部分は、異種タンパク質と化学的に結合している。特定の実施形態では、HSA部分は、異種タンパク質と組換え的に結合している。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、HSA部分と異種タンパク質の双方をコードする組換えベクターを使用して生成される。
特定の実施形態では、HSA変種は、原核生物または真核細胞中で生成される。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、原核生物または真核細胞中で生成される。特定の実施形態では、真核細胞は、酵母細胞、鳥類細胞、昆虫細胞、または哺乳類細胞から選択される。
本発明のキメラポリペプチドは、様々な様式で作られる。特定の実施形態では、HSA部分のC末端は、異種タンパク質(例えば抗体または治療用ペプチド)のN末端に連結し得る。代案としては、異種タンパク質(例えば抗体または治療用ペプチド)のC末端が、HSA部分のN末端に連結し得る。特定の実施形態では、HSA部分は、異種タンパク質の内部アミノ酸と結合している。特定の実施形態では、可能な立体配置は、必要に応じて抗体の重鎖および軽鎖配列のトランケート部分の使用を含んで、付着HSA部分および/または付着異種タンパク質の機能的統合性を維持する。特定のその他の実施形態では、HSA部分は、HSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片、およびHSAドメインI、またはHSAドメインII、またはHSAドメインIおよびIIの少なくとも一部を含んでなる。さらになおも、異種タンパク質は、HSA部分またはその変種の露出内部(非末端)残基に連結し得る。さらなる実施形態では、HSA−異種タンパク質立体配置の任意の組み合わせを用い得て、それによって1:1を超えるHSA:異種タンパク質比がもたらされる(例えば1つの異種タンパク質に対して2つのHSA分子)。
HSA部分と異種タンパク質は、互いに直接結合してもよい。代案としては、それらは、各ドメインがその二次および三次構造に適切に折り畳まれることを確実にするのに十分な距離に、HSA部分と異種タンパク質とを隔てるリンカー配列を介して互いに連結してもよい。特定の実施形態では、リンカーは、切断可能なリンカーである。好ましいリンカーは、(1)可撓性の伸長コンフォメーションを取るべきであり、(2)HSAポリペプチドまたは異種タンパク質の機能ドメインと相互作用し得る、規則正しい二次構造を生じる性向を示してはならず、(3)機能性タンパク質ドメインとの相互作用を促進し得る、疎水性または荷電特徴が最小であるべきである。
特定の実施形態では、リンカー長さは、少なくとも80オングストローム(Å)、または少なくとも100Å、または少なくとも120Å、または少なくとも140Å、または少なくとも160Å、または少なくとも180Å、または少なくとも200Åである。特定の実施形態では、リンカー長さは、約80Å〜約200Å、または約100Å〜約180Å、または約120Å〜約160Åである。
特定の実施形態では、リンカーはペプチドリンカーである。特定の実施形態では、リンカーはペプチドリンカーであり、ペプチドリンカーは、以下の特性の1つまたは複数を有する:a)それは異種タンパク質配列とHSA部分が互いに回転できるようにする;b)それはプロテアーゼ消化に対する耐性を示し;c)それは異種タンパク質配列またはHSA部分と相互作用しない。可撓性のタンパク質領域の典型的な表面アミノ酸としては、Gly、Asn、およびSerが挙げられる。Gly、Asn、およびSerを含有するアミノ酸配列の並べ替えは、リンカー配列についての上の基準を満たすことが予期される。ThrおよびAlaなどのその他のほぼ中性のアミノ酸もまた、リンカー配列中で使用し得る。特定の実施形態では、ペプチドリンカー中の各アミノ酸は、Gly、Ser、Asn、Thr、およびAlaからなる群から選択される。特定の実施形態では、ペプチドリンカーはGly−Ser要素を含む。特定の実施形態では、ペプチドリンカーは1つまたは複数のGly−Gly−Gly−Gly−Ser反復を含んでなる。特定の実施形態では、リンカーは1、2、3、4、5、6または7個のGly−Gly−Gly−Gly−Ser反復を含む。特定の実施形態では、約20個のアミノ酸のリンカー配列長を使用して、機能性タンパク質ドメインの適切な隔たりを提供し得るが、より長いまたはより短いリンカー配列もまた使用してもよい。HSAポリペプチドと異種タンパク質を隔てるリンカー配列の長さは、5〜500アミノ酸長、より好ましくは5〜100アミノ酸長であり得る。いくつかの実施形態では、リンカー配列は、約5〜60または約5〜30のアミノ酸長である。特定の実施形態では、リンカー配列は、約5〜約20個のアミノ酸、有利には約10〜約30個のアミノ酸である。別の実施形態では、HSA部分と異種タンパク質を連結するリンカーは、抗体(例えば抗体のFc領域全部または一部)の定常領域であり得る。特定の実施形態では、リンカーは、切断可能なリンカーである。
特定の実施形態では、本発明のキメラポリペプチドは、良く知られている架橋試薬とプロトコルを使用して生成し得る。例えば当業者に知られている、異種タンパク質(例えば抗体)によるHSAポリペプチドの架橋に有用な多数の化学的架橋剤がある。例えば架橋剤は、分子を段階的様式で連結するのに使用し得る、ヘテロ二機能性架橋剤である。ヘテロ二機能性架橋剤は、タンパク質を結合させるためのより特異的な共役法をデザインする能力を提供し、それによってホモタンパク質ポリマーなどの望まれない副反応の発生を低下させる。スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート(SMCC)、m−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル(MBS);N−スクシンイミジル(4−ヨードアセチル)アミノ安息香酸塩(SIAB)、スクシンイミジル4−(p−マレイミドフェニル)酪酸塩(SMPB)、1−エチル−3−(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC);4−スクシンイミジルオキシカルボニル−a−メチル−a−(2−ピリジルジチオ)−トルエン(tolune)(SMPT)、N−スクシンイミジル3−(2−ピリジルジチオ)プロピオネート(SPDP)、スクシンイミジル6−[3−(2−ピリジルジチオ)プロピオネート]ヘキサノエート(LC−SPDP)をはじめとする、多種多様なヘテロ二機能性架橋剤が当該技術分野で公知である。N−ヒドロキシスクシンイミド部分を有する架橋剤は、概してより大きな水溶性を有する、N−ヒドロキシスルホスクシンイミドアナログとして得られる。さらに生体内におけるリンカー切断量を低下させるように、アルキル誘導体の代わりに、連結鎖内にジスルフィド架橋を有する架橋剤を合成し得る。ヘテロ二機能性架橋剤に加えて、ホモ二官能性および光反応性架橋剤をはじめとする、いくつかのその他の架橋剤が存在する。スベリン酸ジスクシンイミジル(Disuccinimidyl subcrate)(DSS)、ビスマレイミドヘキサン(BMH)、およびジメチルピメルイミド酸・2HCl(DMP)が、有用なホモ二官能性架橋剤の例であり、ビス−[B−(4−アジドサリチルアミド)エチル]ジスルフィド(BASED)およびN−スクシンイミジル−6(4’−アジド−2’−ニトロフェニルアミノ)ヘキサノエート(SANPAH)が、本発明で使用される有用な光反応性架橋剤の例である。タンパク質共役技術の最近のレビューについては、本明細書で参照によって援用する、Means et al.(1990)Bioconjugate Chemistry 1:2−12を参照されたい。
上に含まれる、特に有用なヘテロ二機能性架橋剤の1つのクラスは、一級アミン反応基、N−ヒドロキシスクシンイミド(NHS)、またはその水溶性アナログ、N−ヒドロキシスルホスクシンイミド(スルホ−NHS)を含有する。アルカリpHでは一級アミン(リジンε基)はプロトン化されず、NHSまたはスルホ−NHSエステルに対する求核攻撃によって反応する。この反応は、アミド結合の形成、および副産物としてのNHSまたはスルホ−NHSの放出をもたらす。ヘテロ二機能性架橋剤の一部として有用な別の反応基は、チオール反応基である。一般的チオール反応基としては、マレイミド、ハロゲン、およびピリジルジスルフィドが挙げられる。マレイミドは、わずかに酸性から中性(pH6.5〜7.5)条件下で、遊離スルフヒドリル(システイン残基)と分単位で特異的に反応する。ハロゲン(ヨードアセチル官能基)は、生理学的pHにおいて−SH基と反応する。これらの反応基は、どちらも安定したチオエーテル結合の形成をもたらす。ヘテロ二機能性架橋剤の第3の構成要素は、スペーサーアームまたは架橋である。架橋は、2つの反応性末端を結合する構造である。架橋の最も明白な属性は、立体障害に対するその影響である。場合によっては、より長い架橋は、2つの複雑な生体分子を連結するのに必要な距離に、より容易に広がり得る。
ヘテロ二機能性試薬を使用したタンパク質複合体の調製は、アミン反応およびスルフヒドリル反応を伴う二段法である。第一段階であるアミン反応では、選択されたタンパク質は一級アミンを含有すべきである。これは、ほとんどのタンパク質のN末端に見られる、リジンεアミンまたは一級αアミンであり得る。タンパク質は、遊離スルフヒドリル基を含有してはならない。結合する双方のタンパク質が遊離スルフヒドリル基を含有する場合、例えばN−エチルマレイミドを使用して、全てのスルフヒドリルが、ブロックされるように、片方のタンパク質を修飾し得る(本明細書で参照によって援用する、Partis et al.(1983)J.Pro.Chem.2:263を参照されたい)。エルマン試薬を使用して、特定タンパク質中のスルフヒドリルの量を計算し得る(例えば本明細書で参照によって援用する、Ellman et al.(1958)Arch.Biochem.Biophys.74:443およびRiddles et al.(1979)Anal.Biochem.94:75を参照されたい)。
特定の実施形態では、本発明のキメラポリペプチドは、Bodansky,M.Principles of Peptide Synthesis,Springer Verlag,Berlin(1993)およびGrant G.A.(ed.),Synthetic Peptides:A User’s Guide,W.H.Freeman and Company,New York(1992)に記載されるものなどの標準タンパク質化学技術を使用して生成し得る。これに加えて、自動ペプチド合成機が市販される(例えばAdvanced ChemTech Model 396;Milligen/Biosearch 9600)。HSAを異種タンパク質に化学的に結合させる、前述の架橋方法のいずれにおいても、切断可能なドメインまたは切断可能なリンカーを使用し得る。切断は、異種タンパク質とHSAポリペプチドとを分離できるようにする。例えばキメラポリペプチドの細胞への侵入に続く、切断可能なリンカーの切断は、HSAを異種タンパク質から分離できるようにする。
特定の実施形態では、本発明のキメラポリペプチドは、連続ポリペプチド鎖として発現される、HSA部分と異種タンパク質(例えば抗体または治療用ペプチド)とを含有する、融合タンパク質として生成し得る。このようなキメラポリペプチドは、本明細書で組換え的に結合すると言及される。このような融合タンパク質の調製では、HSA部分と異種タンパク質とをコードする核酸、および任意選択的にHSA部分と異種タンパク質に広がるペプチドリンカー配列を含んでなる、融合遺伝子が構築される。翻訳生成物が所望の融合タンパク質である、融合遺伝子を生成するための組換えDNA技術の使用については、当該技術分野で公知である。遺伝子のコード配列およびその調節領域のどちらも再デザインして、タンパク質生成物の機能特性、タンパク質生成量、またはその中でタンパク質が生成される細胞型を変化させ得る。遺伝子のコード配列は、例えばその一部を異なる遺伝子のコード配列に融合させ、融合タンパク質をコードする新規ハイブリッド遺伝子を生成することにより、大幅に変化させ得る。融合タンパク質を生成する方法の例については、本明細書で参照によって援用する、PCT出願PCT/US87/02968号明細書、PCT/US89/03587号明細書、およびPCT/US90/07335号明細書、ならびにTraunecker et al.(1989)Nature 339:68に記載される。本質的に、異なるポリペプチド配列をコードする様々なDNA断片の連結は、ライゲーションのための平滑末端または突出末端、適切な末端を提供する制限酵素消化、必要に応じた付着端充填、望ましくない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的ライゲーションを用いて、従来の技術に従って実施される。代案としては、融合遺伝子は、自動DNA合成機をはじめとする従来の技術によって合成され得る。別の方法では、2つの連続的遺伝子断片間に相補的オーバーハングを生じるアンカープライマーを使用して、遺伝子断片のPCR増幅を実施し得て、それを引き続いてアニールして、キメラ遺伝子配列を生成し得る(例えばCurrent Protocols in Molecular Biology,Eds.Ausubel et al.John Wiley & Sons:1992を参照されたい)。融合遺伝子によってコードされるキメラポリペプチドは、当該技術分野で周知のように、様々な発現系を使用して組換え的に生成してもよい(下記もまた参照)。
組換え的に結合しているキメラポリペプチドとしては、その中でHSA部分が異種タンパク質のN末端またはC末端に結合している、実施形態が挙げられる。
いくつかの実施形態では、米国特許出願公開第2003/0166877号明細書に記載されるように、キメラポリペプチドに広がる接合部領域内の候補T細胞エピトープを同定して、接合部領域内のアミノ酸を変化させることで、キメラポリペプチドの免疫原性を低下させてもよい。
キメラタンパク質という用語は、これらの部分がどのように相互連結されるか(例えば化学的結合、組換え的結合)に関係なく、(HSA変種ポリペプチドなどの)HSA部分と異種タンパク質とを含んでなる、タンパク質を指すのに使用される。したがってキメラタンパク質、融合タンパク質、および複合タンパク質という用語は、同義的に使用される。
異種タンパク質の例示的なカテゴリーとしては、酵素、増殖因子、およびサイトカインが挙げられるが、これに限定されるものではない。特定の実施形態では、異種タンパク質は抗体である。
HSA部分を含んでなるキメラポリペプチドで使用される異種タンパク質は、増殖因子、酵素、骨形成タンパク質、および可溶性受容体断片などの治療用タンパク質、またはその断片であってもよい。例示的な異種ポリペプチドとしては、肝細胞増殖因子(HGF)、神経増殖因子(NGF)、表皮増殖因子(EGF;EGFファミリー増殖因子構成員)、線維芽細胞増殖因子(FGF; FGFファミリー増殖因子構成員)、形質転換増殖因子(例えばTGF−α、TGF−β、TGF−β2、TGF−β3)、血管内皮増殖因子(VEGF;例えばVEGF−2)などの増殖因子;インターフェロン(例えばINF−α、INF−β);インターロイキン(例えばIL−1、IL−2);サイトカイン;およびインシュリンが挙げられる。その他の例示的な異種タンパク質としては、酵素が挙げられる。その他の例示的な異種ポリペプチドとしては、骨形成タンパク質(BMP;BMPタンパク質ファミリー構成員)、エリスロポエチン(EPO)、ミオスタチン、および腫瘍壊死因子(例えばTNF−α)が挙げられる。その他の例示的な異種ポリペプチドとしては、細胞受容体の任意の天然細胞外ドメインをはじめとする、膜貫通受容体の細胞外ドメイン、ならびに(変異体、断片およびペプチド模倣形態をはじめとする)その任意の変種が挙げられる。
HSA部分を含んでなるキメラポリペプチド中で使用される異種タンパク質は、抗体またはその抗原結合部分をはじめとする、治療用タンパク質、またはその断片であってもよい。例示的な抗体および抗体断片としては、ヒュミラ(登録商標)、レミケード(登録商標)、シンポニー(登録商標)、リツキサン(登録商標)、ハーセプチン(登録商標)、アバスチン(登録商標)、アービタックス(登録商標);シナジス(登録商標)、マイロターグ(登録商標)、キャンパス(登録商標)、セラCIM(登録商標)、ベクティビックス(登録商標)、タイサブリ(登録商標)、レオプロ(登録商標)、ルセンティス(登録商標)、シムジア(登録商標)などが挙げられるが、これに限定されるものではない。
6.6 HSA関連核酸および発現
特定の態様では、本開示は、本開示のポリペプチド(例えばHSA変種、HSA部分のあるキメラポリペプチド)のいずれかをコードするヌクレオチド配列を含んでなる、核酸構築物を提供する。さらに本発明は、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチド(例えばそれらの生物活性断片、変種、および融合物をはじめとするHSA部分)を生成するために、このような核酸を利用する。ある特定の実施形態では、本発明の組換えキメラタンパク質を生成するために、核酸は、異種タンパク質(例えば抗体または治療用ペプチド)をコードするDNAをさらに含んでなってもよい。これらの核酸は全て、集合的にHSA核酸と称される。
特定の態様では、本開示は、(i)ヒト血清アルブミン(HSA)部分をコードするヌクレオチド配列を含んでなる核酸構築物を提供し、そのHSA部分は、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、そのHSAドメインIIIは、(ii)異種タンパク質をコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結する1〜18個のアミノ酸置換を含んでなり、核酸構築物は異種タンパク質の機能活性を保持して、FcRnに結合し得る、キメラポリペプチドをコードして、前記キメラポリペプチドは、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照キメラポリペプチドと比較して、血清半減期および/またはFcRn親和性の増大を有する。
特定の実施形態では、核酸構築物によってコードされるキメラポリペプチドは、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性で、FcRnに結合する。特定の実施形態では、核酸構築物によってコードされるキメラポリペプチドは、前記対照キメラポリペプチドと比較して、増大した血清半減期を有する。特定の実施形態では、核酸構築物によってコードされるキメラポリペプチドは、これらの特性の双方を有する。
特定の実施形態では、(i)ヒト血清アルブミン(HSA)部分をコードするヌクレオチド配列を含んでなり、そのHSA部分はHSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、そのHSAドメインIIIは1〜18(1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、または18)個のアミノ酸置換を含んでなる。
特定の実施形態では、核酸構築物によってコードされるHSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、複数種を越えて保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、複数種を越えて保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、表面接近可能な残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能な残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である。特定の実施形態では、HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である。
特定の実施形態では、(i)配列番号1と少なくとも90%同一であるHSAドメインIIIをコードする、ヌクレオチド配列を含んでなる。特定の実施形態では、(i)配列番号1と少なくとも95%同一であるHSAドメインIIIをコードする、ヌクレオチド配列を含んでなる。特定の実施形態では、(i)配列番号1と少なくとも98%同一であるHSAドメインIIIをコードする、ヌクレオチド配列を含んでなる。
特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ2中にある。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ3中にある。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ6中にある。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのへリックス7中にある。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ7中にある。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのへリックス8中にある。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ8中にある。特定の実施形態では、前記アミノ酸置換の少なくとも1つは、HSAドメインIIIのループ9中にある。
特定の実施形態では、(ii)異種タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含んでなり、その異種タンパク質は抗体またはその抗原結合性断片を含んでなる。特定の実施形態では、(ii)異種タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含んでなり、その異種タンパク質は治療用タンパク質を含んでなる。
特定の実施形態では、ヌクレオチド配列は、IgG免疫グロブリンの定常領域をさらにコードする。
特定の実施形態では、(ii)異種タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含んでなり、その異種タンパク質は増殖因子またはサイトカインを含んでなる。特定の実施形態では、核酸構築物は、リンカーをコードするヌクレオチド配列をさらに含んでなる。
核酸は、一本鎖または二本鎖のDNAまたはRNA分子であってもよい。特定の実施形態では、本開示は、HSA配列(例えば配列番号1および2)の同一領域と少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%または100%同一であるHSA部分をコードする、単離または組換え核酸配列に関する。さらなる実施形態では、HSA核酸配列は、単離、組換え、および/または異種ヌクレオチド配列との融合であり、またはDNAライブラリー中にあり得る。
特定の実施形態では、HSA核酸はまた、高度にストリンジェントな条件下で、上述の天然HSAヌクレオチド配列、またはその補体配列のいずれかとハイブリダイズするヌクレオチド配列も含む。当業者は、DNAハイブリダイゼーションを促進する、適切なストリンジェンシー条件が変動し得ることを容易に理解するであろう。例えば約45℃で6.0×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム(SSC)と、それに続く50℃で2.0×SSCの洗浄のハイブリダイゼーションを実施し得る。例えば洗浄ステップの塩濃度は、50℃で約2.0×SSCの低ストリンジェンシーから、50℃で約0.2×SSCの高ストリンジェンシーより選択し得る。これに加えて、洗浄ステップの温度は、約22℃の室温の低ストリンジェンシー条件から、約65℃の高ストリンジェンシー条件に上昇させ得る。温度および塩のどちらも変動してもよく、または温度または塩濃度が一定に保たれる一方で、別の変数が変化してもよい。一実施形態では、本発明は、室温で6×SSCと、それに続く室温で2×SSCの洗浄の低ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸を提供する。
遺伝コード中の縮重のために天然HSA核酸と異なる単離核酸もまた、本発明の範囲内である。例えばいくつかのアミノ酸は、2つ以上のトリプレットによって指定される。同一アミノ酸を指定するコドンまたは同義コドン(例えばCAUおよびCACは、ヒスチジンの同義コドンである)は、タンパク質のアミノ酸配列に影響を及ぼさない「サイレント」変異をもたらしてもよい。しかし対象タンパク質のアミノ酸配列変化をもたらすDNA配列多型性が、哺乳類細胞の間に存在することが予測される。当業者は、天然対立遺伝子の多様性のために、特定タンパク質をコードする核酸の1つまたは複数のヌクレオチド(最高で約3〜5%のヌクレオチド)中のこれらの多様性が、所与の種の個体間に存在してもよいことを理解するであろう。ありとあらゆるこのようなヌクレオチドの多様性、および結果として生じるアミノ酸の多型性は、本発明の範囲内である。
特定の実施形態では、組換えHSA核酸は、発現構築物中の1つまたは複数の調節ヌクレオチド配列と、作動可能に連結してもよい。調節ヌクレオチド配列は、発現のために使用される宿主細胞に、一般に適切である。多様な宿主細胞について、適切な発現ベクターの多数のタイプおよび適切な制御配列が、当該技術分野で公知である。典型的に、前記1つまたは複数の調節ヌクレオチド配列としては、プロモーター配列、リーダーまたはシグナル配列、リボソーム結合部位、転写開始および終結配列、翻訳開始および終結配列、およびエンハンサーまたは活性化因子配列が挙げられるが、これに限定されるものではない。当該技術分野で公知の構成的または誘導性プロモーターが、本発明によって検討される。プロモーターは、天然プロモーター、または2つ以上のプロモーターの要素を組み合わせたハイブリッドプロモーターのいずれかであってもよい。プラスミドなどの発現構築物が、細胞中のエピソーム上に存在してもよく、または発現構築物が染色体中に挿入されてもよい。好ましい実施形態では、発現ベクターは選択可能なマーカー遺伝子を含有して、形質転換宿主細胞を選択できるようにする。選択可能なマーカー遺伝子は、当該技術分野で周知であり、使用される宿主細胞によって異なる。特定の態様では、本発明は、HSAポリペプチドをコードして、少なくとも1つの制御配列と作動可能に連結する、ヌクレオチド配列を含んでなる発現ベクターに関する。制御配列は技術分野で認められ、コードされたポリペプチドの発現を誘導するように選択される。したがって制御配列という用語は、プロモーター、エンハンサー、およびその他の発現調節因子を含む。例示的な制御配列は、Goeddel;Gene Expression Technology:Methods in Enzymology,Academic Press,San Diego,CA(1990)に記載される。発現ベクターのデザインは、形質転換される宿主細胞の選択、および/または発現が所望されるタンパク質タイプなどの要素に左右されてもよいものと理解すべきである。さらにベクターのコピー数、そのコピー数を制御する能力、および抗生物質マーカーなどのベクターによってコードされる任意のその他のタンパク質の発現もまた、考慮すべきである。
本発明はまた、本発明のHSAポリペプチドまたはキメラポリペプチドをコードする組換え遺伝子で形質移入された、宿主細胞に関する。宿主細胞は、任意の原核生物または真核細胞であってもよい。例えばHSAポリペプチドまたはキメラポリペプチドは、大腸菌(E.coli)などの細菌細胞、(例えばバキュロウイルス発現系を使用する)昆虫細胞、酵母、または哺乳類細胞中で発現されてもよい。その他の適切な宿主細胞が、当業者に知られている。
本発明は、本発明のHSAポリペプチド、異種タンパク質、および/またはキメラポリペプチドを生成する方法にさらに関する。例えばHSAポリペプチドまたはキメラポリペプチドをコードする発現ベクターで形質移入された宿主細胞が、ポリペプチドを発現できるようにする適切な条件下で培養され得る。ポリペプチドは分泌されて、細胞とポリペプチド含有培地との混合物から単離されてもよい。代案としては、ポリペプチドは細胞質内にまたは膜画分内に保持され、細胞が収集、溶解されて、タンパク質が単離されてもよい。細胞培養物は、宿主細胞、培地、およびその他の副産物を含む。細胞培養に適する培地は、当該技術分野で周知である。ポリペプチドは、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィー、限外濾過、電気泳動、およびポリペプチド(例えばHSAポリペプチド)の特定エピトープに特異的な抗体による免疫親和性精製をはじめとする、タンパク質精製のための当該技術分野で公知の技術を使用して、細胞培養液、宿主細胞、またはその双方から単離し得る。好ましい実施形態では、ポリペプチドは、その精製を容易にするドメインを含有する、融合タンパク質である。
組換えHSA核酸は、クローン遺伝子またはその一部を、原核生物細胞、真核生物細胞(酵母、鳥類、昆虫または哺乳類)、またはその双方のいずれかの発現に適するベクター中に連結することで、生成され得る。組換えポリペプチド生成のための発現ビヒクルとしては、プラスミドおよびその他のベクターが挙げられる。例えば適切なベクターとしては、大腸菌(E.coli)などの原核生物細胞中での発現のための、pBR322由来プラスミド、pEMBL由来プラスミド、pEX由来プラスミド、pBTac由来プラスミド、およびpUC由来プラスミドタイプのプラスミドが挙げられる。好ましい哺乳類発現ベクターは、細菌中におけるベクター増殖を容易にする原核生物配列と、真核生物細胞中で発現される1つまたは複数の真核生物転写単位との双方を含有する。pcDNAI/amp、pcDNAI/neo、pRc/CMV、pSV2gpt、pSV2neo、pSV2−dhfr、pTk2、pRSVneo、pMSG、pSVT7、pko−neo、およびpHyg由来ベクターが、真核生物細胞の形質移入に適する哺乳類発現ベクターの例である。これらのベクターのいくつかは、pBR322などの細菌プラスミドからの配列により改変されて、原核生物と真核生物細胞の双方で、複製および薬剤耐性選択を容易にする。代案としては、真核生物細胞中におけるタンパク質の一過性発現のために、ウシ乳頭腫ウイルス(BPV−1)、またはエプスタイン・バーウイルス(pHEBo、pREP由来、およびp205)などのウイルスの誘導体を使用し得る。プラスミド調製および宿主生物形質転換で用いられる様々な方法は、当該技術分野で周知である。原核生物および真核生物細胞の双方のためのその他の適切な発現系、ならびに一般的組換え手順については、Molecular Cloning A Laboratory Manual,2nd Ed.,ed.by Sambrook,Fritsch and Maniatis(Cold Spring Harbor Laboratory Press,1989)Chapters 16 and 17を参照されたい。場合によっては、バキュロウイルス発現系の使用によって、組換えポリペプチドを発現することが望ましいことがある。このようなバキュロウイルス発現系の例としては、pVL由来ベクター(pVL1392、pVL1393、およびpVL941など)、pAcUW由来ベクター(pAcUW1など)、およびpBlueBac由来ベクター(s−gal含有pBlueBac IIIなど)が挙げられる。
融合遺伝子を生成する技術は、良く知られている。本質的に、異なるポリペプチド配列をコードする様々なDNA断片の連結は、ライゲーションのための平滑末端または突出末端、適切な末端を提供する制限酵素消化、必要に応じた付着端充填、望ましくない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的ライゲーションを用いて、従来の技術に従って実施される。別の実施形態では、融合遺伝子は、自動DNA合成機をはじめとする従来の技術によって合成され得る。代案としては、2つの連続的遺伝子断片間に相補的オーバーハングを生じるアンカープライマーを使用して、遺伝子断片のPCR増幅を実施し得て、それを引き続いてアニールして、キメラ遺伝子配列を生成し得る(例えばCurrent Protocols in Molecular Biology,eds.Ausubel et al.,John Wiley & Sons:1992を参照されたい)。
6.7 処置方法
特定の実施形態では、本開示は、本開示のキメラ融合物の異種タンパク質を使用して、処置可能な病的状態を処置する方法を提供する。特定の実施形態では、本開示は、前記タンパク質をHSA部分に結合させるステップを含んでなり、そのHSA部分が、ドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片を含んでなる、対象中のタンパク質の血清半減期を増大させ、および/またはFcRn結合親和性を増大させる方法を提供する。特定の実施形態では、HSAドメインIIIは、1〜18個のアミノ酸置換を含んでなり、得られる対照ポリペプチドと比較して、相対的キメラポリペプチドのFcRn親和性、および血清半減期の片方または双方を増大させる。これらの方法は、上述したようなキメラまたはHSA変種ポリペプチドの治療有効量をそれを必要とする個体に投与するステップを伴う。特定の実施形態では、方法は、(a)HSA部分またはその生物活性断片と、(b)異種タンパク質とを含んでなる、キメラポリペプチドを投与するステップを含んでなる。これらの方法は、特に動物、およびより具体的にはヒトの治療的および予防的処置を目的としている。
処置し得る特定の疾患および病的状態は、キメラタンパク質の異種タンパク質部分に依存することに留意されたい。さらに本開示は、特定の疾患または病的状態の処置に適する異種タンパク質を含むキメラポリペプチドが、特定の疾患または病的状態の処置に適する1つまたは複数のその他の化合物またはその他の治療方法と共に、薬剤投与計画の一部として投与され得ることを想定する。さらに本開示は、キメラポリペプチドが、患者の年齢、体重、健康、疾患重症度などを考慮して、医学的に適切な処置と調和した様式で投与されることを想定する。
一例として、異種タンパク質がヒュミラであれば、キメラポリペプチドは、例えば関節リウマチ、乾癬、若年性関節炎、およびクローン病の処置で使用されてもよい。異種タンパク質がインシュリンであれば、キメラポリペプチドは、例えばインシュリン治療で使用されてもよい。
「処置」、「処置する」などの用語は、一般に所望の薬理学的および/または生理学的効果を得ることを意味するために、本明細書で使用される。効果は、疾患、病的状態、またはその症状を完全にまたは部分的に防止する観点から予防的であってもよく、および/または疾患または病的状態、および/または疾患または病的状態に帰属される悪影響の部分的または完全治癒の観点から治療的であってもよい。「処置」は、本明細書の用法では、哺乳類、特にヒトの疾患または病的状態の任意の処置をカバーして、以下を含む:(a)疾患または病的状態の素因があってもよいが、なおもそれにかかっていると診断されていない対象において、疾患または病的状態が発生するのを予防する;(b)疾患または病的状態を抑制する(例えばその進行抑止);または(c)疾患または病的状態を軽減する(例えば疾患または病的状態の退縮を引き起こし、1つまたは複数の症状の改善を提供する)。任意の病的状態の改善は、標準法および当該技術分野で公知の技術に従って容易に評価し得る。疾患方法によって処置される対象集団としては、望ましくない病的状態または疾患を患っている対象、ならびに病的状態または疾患を発症するリスクがある対象が挙げられる。
「治療有効用量」または「有効量」という用語は、それがそのために投与される、所望の効果を生じる用量を意味する。正確な用量は処理の目的に左右され、既知の技術を使用して、当業者によって確かめられるであろう(例えばLloyd(1999)The Art,Science and Technology of Pharmaceutical Compoundingを参照されたい)。
特定の実施形態では、本発明の1つまたは複数のキメラまたはHSA変種ポリペプチドは、一緒に(同時)または異なる時間に(逐次)投与され得る。これに加えて、本発明のキメラまたはHSA変種ポリペプチドは、同一疾患または症状を処置するための1つまたは複数の追加的な化合物または治療法と組み合わせて、投与し得る。例えば1つまたは複数の治療用化合物と併せて、1つまたは複数のキメラまたはHSA変種ポリペプチドを同時投与し得る。併用療法は、同時のまたは交互の投与を包含してもよい。これに加えて、組み合わせは、急性または慢性投与を包含してもよい。任意選択的に、疾患または症状の処置のために、本発明のキメラまたはHSA変種ポリペプチドと追加的な化合物が、相加的または相乗的様式で作用する。併用療法で使用される追加的な化合物としては、小型分子、ポリペプチド、抗体、アンチセンスオリゴヌクレオチド、およびsiRNA分子が挙げられるが、これに限定されるものではない。さらに併用療法はまた、その他の非薬剤治療法と共に、本明細書で開示される方法を含む。組み合わせ治療法の性質次第で、その他の治療法を投与する間に、および/またはその後に、本発明のキメラまたはHSA変種ポリペプチドの投与を継続してもよい。キメラまたはHSA変種ポリペプチドの投与は、単回投与、または複数回投与で行ってもよい。場合によっては、キメラまたはHSA変種ポリペプチドの投与は、その他の治療法の少なくとも数日前に開始される一方、その他の事例では、投与は、その他の治療法の直前または投与時のいずれかに開始される。
6.8 投与方法
特定の実施形態では、前記対象への投与は、HSA変種またはキメラポリペプチドを全身投与するステップを含んでなる。特定の実施形態では、前記対象への投与は、HSA変種またはキメラポリペプチドを経口的に投与するステップを含んでなる。特定の実施形態では、前記対象への投与は、前記HSA変種またはキメラポリペプチドを静脈内投与するステップを含んでなる。
特定の態様では、本開示は、本開示のHSA変種またはキメラポリペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含んでなる組成物を提供する。特定の実施形態では、組成物は無菌組成物である。特定の実施形態では、組成物は非発熱性である。
例えばリポソーム内カプセル封入、微粒子、マイクロカプセル、化合物を発現できる組換え細胞、受容体媒介エンドサイトーシスなどの様々な送達系が知られており、本開示のキメラまたはHSA変種ポリペプチドを投与するのに使用し得る(例えばWu and Wu,1987,J.Biol.Chem.262:4429−4432を参照されたい)。導入方法は、腸内;または皮内、経皮、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、肺、鼻腔内、眼内、硬膜外、局所、および経口経路をはじめとするが、これに限定されるものではない非経口であり得る。特定の実施形態では、非経口導入としては、筋肉内、皮下、静脈内、血管内、および心膜内投与が挙げられる。
キメラまたはHSA変種ポリペプチドは、例えば輸液またはボーラス投与、上皮層または皮膚粘膜層(例えば口腔粘膜、直腸および腸粘膜など)を通じた吸収などの任意の都合良い手段によって投与されてもよく、その他の生物学的活性作用物質と共に投与されてもよい。投与は、全身性または局所性であり得る。例えば吸入器またはネブライザー、およびエアロゾル化剤との調合物の使用によって、肺投与もまた用い得る。
特定の実施形態では、処置を必要とする領域(例えば筋肉)に、本発明のキメラまたはHSA変種ポリペプチドを局所的に投与することが望ましいことがあり;これは限定を意図せず、例えば外科手術中の局所注入、例えば注射による、カテーテルの手段による、または移植片の手段による局所施用によって達成されてもよく、移植片は、シラスティック膜などの膜、繊維、または市販の皮膚代替物をはじめとする、多孔性、非多孔性、またはゼラチン質材料である。
別の実施形態では、本開示のキメラまたはHSA変種ポリペプチドは、小胞、特にリポソームに送達され得る(Langer,1990,Science 249:1527−1533を参照されたい)。さらに別の実施形態では、本開示のキメラまたはHSA変種ポリペプチドは、放出制御系中で送達され得る。別の実施形態では、ポンプを使用してもよい(Langer,1990、前出、を参照されたい)。別の実施形態では、ポリマー材料を使用し得る(Howard et al.,1989,J.Neurosurg.71:105を参照されたい)。ある特定の実施形態では、本開示のキメラまたは変種ポリペプチドは、静脈内送達され得る。
特定の実施形態では、キメラまたはHSA変種ポリペプチドは静脈輸液によって投与される。特定の実施形態では、キメラまたはHSA変種ポリペプチドは、少なくとも10分間、少なくとも15分間、少なくとも20分間、または少なくとも30分間にわたって輸液される。別の実施形態では、キメラまたはHSA変種ポリペプチドは、少なくとも60分間、90分間、または120分間にわたって輸液される。輸液期間に関わりなく、本開示は、各輸液が、キメラまたはHSA変種ポリペプチドが一定のスケジュール(例えば毎週、毎月など)に従って投与される全治療計画の一部であることを想定する。
6.9 評価方法
本開示のキメラポリペプチドは、(i)異種タンパク質の機能を実質的に保持して、(ii)非修飾HSA部分に結合したキメラポリペプチドと比較して、または別の適切な対照と比較して、FcRn親和性が増大し、および/または血清半減期が増大することに基づいて特徴付けられる。本開示のHSA変種ポリペプチドは、天然HSA部分と比較して、または別の適切な対照と比較して、FcRn親和性が増大し、および/または血清半減期増大することに基づいて特徴付けられる。キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドの特性は、生体外(in vitro)または生体内(in vivo)の任意の1つまたは複数の適切なアッセイで評価してもよい。
一例として、例えば実施例に記載される任意の1つまたは複数のアッセイ、またはその他の結合アッセイを使用して、FcRn親和性(Kaおよび/またはKd)を生体外で評価してもよい。同様に、例えば実施例に記載される任意の1つまたは複数のアッセイ、またはその他の結合アッセイを使用して、koffおよび/またはkonを生体外で評価してもよい。
抗原と抗体間の結合の親和定数および特異性の測定は、抗HSA抗体を使用した、治療法、診断法、および研究法の有効性を判定する際の中心要素である。「結合親和性」は、一般に、分子の単一結合部位(例えば抗体、HSA部分)と、その結合パートナー(例えば抗原、FcRn)間の非共有結合の相互作用強度の合計を指す。特に断りのない限り、本明細書の用法では、「結合親和性」は、結合対構成員(例えば抗体および抗原)間の1:1の相互作用を反映する、固有結合親和性を指す。そのパートナーYに対する分子Xの親和性は、一般に平衡解離定数(KdまたはK)によって表され、それは比率koff/konとして計算される。例えばChen,Y., et al.,(1999)J.Mol Biol 293:865−881を参照されたい。親和性は、BIAcoreなどの本明細書で記載され例示されるものをはじめとする、当該技術分野で公知の一般的方法によって測定し得る。低親和性抗体が、概して抗原に緩慢に結合して容易に解離する傾向があるのに対し、高親和性抗体は、概して抗原により急速に結合してより長く結合する傾向がある。結合親和性を測定する多様な方法は、当該技術分野で公知であり、そのいずれかを本発明の目的で使用し得る。
特定の実施形態では、キメラポリペプチドまたは変種HSAポリペプチドは、対照と比較して、ほぼ1.5、2、2.5、3、4、またはほぼ5倍改善されたFcRn親和性を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドは、対照と比較して、5倍を上回り、または10倍さえ上回って改善された親和性を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドは、対照と比較して、20、25、40倍を上回り、または50倍を上回って改善された親和性を有する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドは、対照と比較して、ほぼ5〜10倍、ほぼ10〜20倍、ほぼ25〜40倍、ほぼ40〜50倍、ほぼ50〜75、またはほぼ75〜100倍改善された親和性を有する。Kaの計算によって親和性を評価すると、これらの親和性改善は、Kaの増大(例えば上で概説されるように2倍、5倍、10倍など)に変換される。Kdの計算によって親和性を評価すると、これらの親和性改善は、Kdの低下(例えば上で概説されるように2倍、5倍、10倍など)に変換される。
特定の実施形態では、低pH(例えば約5.5のpH)におけるFcRn親和性が改善される。特定のその他の実施形態では、低pHにおけるFcRn親和性が改善され、中性pH(例えば約7.2のpH)における親和性は変化しない。
さらなる例として、ヒトまたは動物モデルにおいて血清半減期を測定してもよい。(ヒトFcRnを有する遺伝子組換え動物をはじめとするが、これに限定されるものではない)任意の動物モデル中の血清半減期の増大は、キメラまたはHSA変種ポリペプチドが、対照と比較して、血清半減期増大を有すると特徴付けるのに十分である。
一実施形態では、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドは、10日間以上、好ましくは約14日間以上、および最も好ましくは天然血清アルブミンタンパク質またはその相同体の半減期の50%以上の血中半減期を有する。別の実施形態では、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドの半減期は、対照ポリペプチドと比較して、ほぼ1.5、2、2.5、3、4、またはほぼ5倍増大する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドの半減期は、対照ポリペプチドと比較して、5倍を上回り、または10倍さえ上回って増大する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドの半減期は、対照ポリペプチドと比較して、20、25、40倍を上回り、または50倍を上回って増大する。特定の実施形態では、キメラポリペプチドまたはHSA変種ポリペプチドの半減期は、対照ポリペプチドと比較して、ほぼ5〜10倍、ほぼ10〜20倍、ほぼ25〜40倍、ほぼ40〜50倍、ほぼ50〜75倍、またはほぼ75〜100倍増大する。
キメラポリペプチドが異種タンパク質の機能を実質的に保持するかどうかを評価するための適切なアッセイは、異種タンパク質とその固有の機能に左右される。しかし機能は、動物モデルをはじめとする任意の適切な生体外または生体内アッセイで、評価してもよい。例示的な機能としては、(i)特定の受容体に結合する能力;(ii)特定の情報伝達経路を介したシグナル伝達を誘発または阻害する能力;(iii)アポトーシスを誘発または阻害する能力;(iv)血管新生を誘発または阻害する能力;(v)細胞増殖を刺激または阻害する能力;(vi)細胞分化を促進または阻害する能力;(vii)細胞生存を促進する能力;および(viii)別のタンパク質因子の分泌を促進または阻害する能力が挙げられるが、これに限定されるものではない。
特定の実施形態では、生物学的に活性の異種タンパク質を含んでなる本開示のキメラポリペプチドは、例えばHSA部分に融合していない、生物学的に活性の異種タンパク質それ自体よりも強力である。例えばキメラポリペプチドは、生物学的に活性のタンパク質配列単独よりも、例えば1、2、または3桁にさえ至ってより高い活性など、2倍、4倍、5倍、10倍、25倍、50倍、100倍、または1000倍にさえ至って活性が高くてもよい。したがって生物学的に活性のペプチド配列が、生物学的活性を阻害する実施形態では、キメラポリペプチドのIC50は、生物学的に活性のタンパク質単独のIC50よりも10倍低く、100倍低く、または1000倍にさえ至ってより低くあってもよく、および生物学的に活性のタンパク質配列が、生物学的活性を誘導または促進する実施形態では、キメラポリペプチドのEC50は、生物学的に活性のペプチド単独のEC50よりも10倍低く、100倍低く、または1000倍にさえ至ってより低くあってもよい。生物学的に活性のタンパク質配列が、核酸、ペプチド、または炭水化物などの生体分子に結合する実施形態では、キメラポリペプチドとそれが結合する生体分子の解離定数Kは、生体分子と生物学的に活性のタンパク質単独のKよりも10倍低く、100倍低く、または1000倍にさえ至ってより低くあってもよく、例えば2つの実体の結合がそれらの解離よりもいっそう支持される。
6.10 医薬組成物
特定の実施形態では、本開示の対象キメラまたはHSA変種ポリペプチドは、薬学的に許容可能な担体と配合される。1つまたは複数のキメラまたはHSA変種ポリペプチドは、単独でまたは製剤処方(組成物)の成分として投与し得る。キメラまたはHSA変種ポリペプチドは、医学または獣医学で使用するために、任意の都合良い投与方法のために配合されてもよい。ラウリル硫酸ナトリウムやステアリン酸マグネシウムなどの湿潤剤、乳化剤、および潤滑剤;ならびに着色剤、剥離剤、コート剤、甘味剤、着香料および芳香剤、保存料および抗酸化剤もまた、組成物中に存在し得る。
対象キメラまたはHSA変種ポリペプチド製剤としては、経口、経鼻、局所、非経口、直腸、および/または膣内投与に適するものが挙げられる。製剤は、好都合には単位投与形態で提供されてもよく、薬学技術分野で周知の任意の方法で調製されてもよい。単回投与形態を製造するために担体材料と組み合わせ得る活性成分量は、処置される宿主と特定の投与様式次第で変動する。単回投与形態を製造するために担体材料と組み合わせ得る活性成分量は、一般に治療効果を生じる化合物量である。
特定の実施形態では、これらの製剤または組成物を調製する方法は、別のタイプの治療薬と担体、そして任意選択的に、1つまたは複数の副成分を組み合わせるステップを含む。一般に、製剤は、液体担体、または超微粒子固体担体、またはその双方を用いて調製され、次に必要ならば製品に整形される。
経口投与のための製剤は、それぞれ活性成分として所定量の対象ポリペプチド治療薬を含有する、カプセル、カシェ剤、丸薬、錠剤、ロゼンジ(通常、スクロースおよびアカシアまたはトラガカントであるフレーバー基礎原料使用)、粉末、顆粒、または水性または非水性液中の溶液または懸濁液、または水中油または油中水型液体エマルション、またはエリキシル剤またはシロップ、または香錠(ゼラチンおよびグリセリン、またはスクロースおよびアカシアなどの不活性基剤使用)、および/または口内洗浄液などの形態であってもよい。懸濁液は、活性化合物に加えて、エトキシル化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトール、およびソルビタンエステル、微結晶セルロース、メタ水酸化アルミニウム、ベントナイト、寒天およびトラガカント、およびそれらの混合物などの懸濁剤を含有してもよい。
経口投与のための固体剤形(カプセル、錠剤、丸薬、糖衣丸、粉末、顆粒など)では、本発明の1つまたは複数のポリペプチド治療薬と、クエン酸ナトリウムまたはリン酸二カルシウム、および/または以下のいずれかなどの1つまたは複数の薬学的に許容可能な担体とが混合されてもよい:(1)デンプン、乳糖、スクロース、グルコース、マンニトール、および/またはケイ酸などの充填剤または増量剤;(2)例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース、および/またはアカシアなどのバインダー;(3)グリセロールなどの湿潤剤;(4)寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモまたはタピオカデンプン、アルギン酸、特定のケイ酸塩、および炭酸ナトリウムなどの崩壊剤;(5)パラフィンなどの溶液遅延剤;(6)四級アンモニウム化合物などの吸収促進剤;(7)例えばセチルアルコールおよびモノステアリン酸グリセリンなどの湿潤剤;(8)カオリンおよびベントナイト粘土などの吸収剤;(9)滑石、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固形ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、およびそれらの混合物などの潤滑剤;および(10)着色剤。カプセル、錠剤、および丸薬の場合、医薬組成物は、緩衝剤もまた含んでもよい。乳糖または乳糖類、ならびに高分子量ポリエチレングリコールなどの賦形剤を使用して、類似タイプの固体組成物もまた、軟質および硬質充填ゼラチンカプセル中の充填剤として用いられてもよい。経口投与のための液体投薬形態としては、薬学的に許容可能なエマルション、微小エマルション、溶液、懸濁液、シロップ、およびエリキシル剤が挙げられる。活性成分に加えて、液体投薬形態は、水またはその他の溶媒、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、1,3−ブチレングリコール、油(特に、綿実、ラッカセイ、トウモロコシ、胚芽、オリーブ、ヒマシ油、およびゴマ油)、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコール、およびソルビタンの脂肪酸エステル、およびそれらの混合物などの可溶化剤および乳化剤などの当該技術分野で一般に使用される不活性希釈剤を含有してもよい。不活性希釈剤に加えて、経口組成物はまた、湿潤剤、乳化および懸濁剤、甘味剤、着香料、着色料、芳香剤、および保存料などのアジュバントを含み得る。
非経口投与に適する医薬組成物は、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤、製剤を意図される受容者の血液と等張にする溶質、または懸濁剤または増粘剤を含有してもよい、1つまたは複数の薬学的に許容可能な無菌等張水性または非水性溶液、分散体、懸濁液またはエマルション、または使用直前に無菌注射液または分散体に戻されてもよい無菌粉末と組み合わさった、1つまたは複数のキメラまたはHSA変種ポリペプチドを含んでなってもよい。本発明の医薬組成物中で用いられてもよい適切な水性および非水性担体の例としては、水、エタノール、ポリオール(グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど)、およびそれらの適切な混合物、オリーブ油などの植物油、およびオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルが挙げられる。適切な流動性は、例えばレシチンなどのコーティング材料の使用によって、分散体の場合は必要な粒度の維持によって、および界面活性剤の使用によって、維持される。
これらの組成物は、保存料、湿潤剤、乳化剤、および分散剤などのアジュバントもまた含有してもよい。例えばパラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸などの様々な抗菌剤および抗真菌剤の包含によって、微生物の活動防止を確実にしてもよい。組成物に、糖類、塩化ナトリウムなどの等張剤を含めることが望ましいこともある。これに加えて、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンなどの吸収を遅延させる作用物質の包含によって、注射用医薬製剤の持続的吸収をもたらしてもよい。
特定の実施形態では、医薬組成物をはじめとする本開示の組成物は、非発熱性である。換言すれば、特定の実施形態では、組成物は実質的に発熱物質を含有しない。一実施形態では、本発明の製剤は、実質的に内毒素および/または関連発熱性物質がない、発熱性物質を含まない製剤である。内毒素としては、微生物中に閉じ込められて、微生物が分解または死滅した場合にのみ放出される毒素が挙げられる。発熱性物質としてはまた、細菌およびその他の微生物の外膜からの発熱誘導熱安定性物質(糖タンパク質)が挙げられる。ヒトに投与した場合、これらの物質はどちらも、発熱、血圧低下、およびショックを引き起こし得る。可能な有害効果のために、少量の内毒素でさえも、静脈内投与される医薬品溶液から除去されなくてはならない。食品医薬品局(「FDA」)は、静脈内薬剤用途について、1時間の1期間内のキログラム体重用量あたり5内毒素単位(EU)という上限を設定している(The United States Pharmacopeial Convention,Pharmacopeial Forum 26(1):223(2000))。抗体がそうであるように、治療用タンパク質が、1キログラムの体重あたり数百または数千ミリグラムの量で投与される場合、有害かつ危険な内毒素は痕跡量でさえも除去しなくてはならない。ある特定の実施形態では、組成物中の内毒素および発熱性物質レベルは、10EU/mg未満、5EU/mg未満、1EU/mg未満、0.1EU/mg未満、0.01EU/mg未満、または0.001EU/mg未満である。
注射用デポー製剤は、ポリラクチド−ポリグリコリドなどの生分解性ポリマーで、1つまたは複数のポリペプチド治療薬の微小カプセル化マトリックスを形成することで製造される。薬剤とポリマーとの比率、および用いられる特定のポリマーの性質次第で、薬剤放出速度が制御され得る。その他の生分解性ポリマーの例としては、ポリ(オルトエステル)およびポリ(無水物)が挙げられる。デポー注射用製剤はまた、体組織に適合するリポソームまたは微小エマルション中に薬剤を封入することによっても調製される。
特定の実施形態では、本開示のキメラまたはHSA変種ポリペプチドは、ヒトへの静脈内投与に適応された医薬組成物として、日常手順に従って配合される。必要な場合、組成物はまた、可溶化剤およびリドカインなどの局所麻酔薬を含んで、注射部位の疼痛を緩和してもよい。組成物が輸液によって投与される場合、それは無菌製薬等級水または生理食塩水を含有する輸液ボトルによって、分注し得る。組成物が注射によって投与される場合、成分が投与前に混合されてもよいように、無菌注射用水または生理食塩水のアンプルが提供されてもよい。
組織関連病的状態または疾患の処置において効果的な本開示のキメラまたはHSA変種ポリペプチドの量は、標準臨床技術によって判定し得る。これに加えて、生体外アッセイを任意選択的に用いて、最適投与量範囲の同定を助けてもよい。配合中で用いられる正確な用量はまた、投与経路および病的状態の重篤性にも左右され、施術者の判断と各対象の状況に従って決定すべきである。しかし静脈内投与のための適切な投与量範囲は、一般に体重1キログラムあたり、約20〜5000マイクログラムの活性キメラまたはHSA変種ポリペプチドである。鼻腔内投与に適する投与量範囲は、一般に約0.01pg/kg体重〜1mg/kg体重である。効果的な用量は、生体外または動物モデル試験系から誘導された用量応答曲線から外挿されてもよい。
6.11 製品およびキット
特定の実施形態では、本開示は、本開示の少なくとも1つのキメラまたはHSA変種ポリペプチドで充填された、1つまたは複数の容器を含んでなる医薬品包装またはキットもまた提供する。特定の実施形態では、本開示の製剤は、異種タンパク質、異種ポリペプチド、異種ペプチド、大分子、小分子、マーカー配列、診断用薬または検出可能作用物質、治療成分、薬剤成分、放射性金属イオン、第2の抗体、および固体担体をはじめとするが、これに限定されるものではない別の部分と、組換え的に融合または化学的に結合する、キメラまたはHSA変種ポリペプチドを含んでなる。特定の実施形態では、本開示の製剤は、無菌液体として単回投与バイアルに調合される。本開示の製剤は、目標体積1.2mLの3cc USP I型ホウケイ酸褐色バイアル(West Pharmaceutical Serices;パーツ番号6800−0675)で提供されてもよい。例示的な容器としては、バイアル、ボトル、充填済みシリンジ、IVバッグ、ブリスター包装(1つまたは複数の丸薬を含んでなる)が挙げられるが、これに限定されるものではない。医薬品または生物学的製剤の製造、使用または販売を規制する行政機関によって規定される形式の注意書きは、このような容器に任意選択的に付随してもよく、その注意書きは、行政機関によるヒトの診断および/または投与のための製造、使用または販売認可を反映する。
特定の実施形態では、例えば治療薬の血清半減期を増大させ、またはFcRn結合親和性を増大させるなどの様々な目的のために有用なキメラまたはHSA変種ポリペプチドを含んでなるキットもまた提供される。試薬の単離および精製のために、キットはビーズ(例えばセファロースビーズ)と共役しているポリペプチドを含有してもよい。例えばELISAまたはウエスタンブロットにおいて、生体外で標的を検出および定量化するための、ポリペプチドを含有するキットが提供されてもよい。製造品と同様に、キットは、容器と、容器上のまたはそれに付随するラベルまたは添付文書とを含んでなる。容器は、本開示の少なくとも1つのキメラまたはHSA変種ポリペプチドを含んでなる組成物を収容する。例えば希釈剤および緩衝液、対照診断試薬を含有する、追加的な容器が含まれてもよい。ラベルまたは添付文書が、組成物の説明、ならびに意図される生体外または診断用途のための指示を提供してもよい。
6.12 アデノウイルスベクターおよび方法
宿主細胞からの組換えアデノウイルス粒子の生成に有用なDNAベクターは、当該技術分野で周知であり、市販の試薬が容易に入手できる(例えばInvitrogenからのカタログ番号V493−20およびV494−20を参照されたい)。本開示は、アデノウイルス粒子の生成に有用なDNAベクター中にOriP配列を組み込むことで、組換えアデノウイルス(本明細書中でアデノウイルスベクターとも称される)の生成を促進する方法を提供する。OriP含有アデノウイルスベクターは、EBNA−1タンパク質の発現のための配列をさらに含んでなってもよく、または代案としては、EBNA−1タンパク質を発現する宿主細胞が、組換えアデノウイルス粒子を生成するために使用される。OriP含有アデノウイルスベクターは、対象DNA配列(例えばHSAドメインIII変種をコードするDNA配列)の多様な/複合体ライブラリーを含んでなる、組換えアデノウイルスの集団を生成するのに特に有用である。
OriP配列は、当該技術分野で既知の多数の技術を使用して、任意の既知のアデノウイルスベクターに容易に組み入れ得る。例えばGateway組換え系を利用する場合、OriP配列は、エントリーベクターまたはアデノウイルス目的ベクターのatt組換え部位間に位置するべきである。アデノウイルスベクターに配列を追加する場合、アデノウイルスDNAの複製またはアセンブリーに干渉する部位に挿入するのを回避するように留意すべきである。代案としては、または任意選択的に、OriP配列を含有するアデノウイルスベクターを改変して、EBNA−1タンパク質もまた発現させてもよい(図10を参照されたい)。アデノウイルスベクターからEBNA−1タンパク質を直接発現させることで、宿主細胞にEBNA−1遺伝子を発現させる必要がなくなる。
本発明のアデノウイルスベクターは、OriP配列とアデノウイルスゲノム配列を含んでなる。本発明のアデノウイルスベクターは、以下の要素の1つまたは複数をさらに含んでなってもよい:
(i)別のベクターによる組換えクローニングのための組換え部位(例えばattR1およびattR2)、このような部位は、当該ベクターから作成された組換えアデノウイルス中における発現のために、対象DNA配列のクローニングをもたらすのに有用である;
(ii)選択および/または対抗選択に有用な抗生物質/薬剤(例えばクロラムフェニコール)耐性遺伝子および/または毒素発現遺伝子(例えばccdB遺伝子);
(iii)対象DNA配列のサブクローニングに有用なクローニング部位(マルチクローニング部位であってもよい);
(iv)1つまたは複数の対象タンパク質をコードする、1つまたは複数の対象遺伝子を含んでなってもよい対象DNA;
(v)幅広い哺乳類細胞(例えばヒトサイトメガロウイルス(CMV)即時初期プロモーター)中における対象遺伝子発現のためのプロモーター、プロモーターは、構成的であってもまたは誘導性であってもよい;
(vi)対象タンパク質の検出および/または精製のためのエピトープタグ(例えばHis6Xエピトープ)。エピトープタグは、対象組換えタンパク質の5’または3’末端のいずれに存在してもよい;
(vii)mRNAの効率的な転写終結、およびポリアデニル化のためのポリアデニル化(ポリA)配列(例えばシミアンウイルス40ポリA配列);
(viii)大腸菌(E.coli)中のプラスミドの高コピー数複製と維持のための複製起点;
(ix)大腸菌(E.coli)中における選択のための抗生物質耐性遺伝子;
(x)ベクターの線形化のための制限酵素部位(例えばPacI)、制限酵素部位は要素(viii)および(ix)の側面に位置してもよい;および
(xi)EBNA−1タンパク質をコードするDNA配列。
プラスミドDNA合成のエプスタイン・バーウイルス(EBV)起点oriPは、多様な高等真核生物細胞中におけるDNA合成を効率的に支持する。代表的OriP配列を図9Cに提供する。この起点が1つのウイルスタンパク質EBNA−1のみを使用する一方、その他の要素は全て細胞によって提供される。特定の実施形態では、EBNA−1タンパク質は宿主細胞(例えば293E細胞)によって提供される。別の実施形態では、本発明のアデノウイルスベクターは、要素(xi)EBNA−1タンパク質をコードするDNA配列、をさらに含んでなる。代表的EBNA−1タンパク質およびDNA配列をそれぞれ図9Aおよび9Bに提供する。
アデノウイルスの適切なパッケージングと生成に必要である、アデノウイルスゲノム配列(例えばヒトアデノウイルス5型配列は、遺伝子およびその他の要素(例えば左右逆方向末端反復(ITR)、カプシド形成シグナル配列、後期遺伝子をコードする)が特に検討される。(Hitt et al.,1999,The Development of Human Gene Therapy,T.Friedmann,ed.(Cold Spring Harbor,NY:Cold Spring Harbor Laboratory Press),pp.61−86;Russell,2000,J.Gen.Virol.81,2573−2604)。アデノウイルスゲノム配列は、完全アデノウイルスゲノムをコードしてもよい。代案としては、アデノウイルスゲノム配列は、トランスに提供される1つまたは複数のタンパク質および/または調節因子を除く、全てのタンパク質およびその他の調節因子をコードして、複製能力がないアデノウイルスを生成してもよい。例えばE1タンパク質をコードするE1領域(E1aおよびE1b)が、本発明のアデノウイルスベクターから除外されてもよい(Russell,2000,J.Gen.Virol.81,2573−2604)。次に欠損タンパク質および/またはその他の要素は、例えばE1領域のゲノムのコピーを含有する293細胞系などの、アデノウイルを生成するのに使用される宿主によって通常、トランスに提供される。特定の実施形態では、アデノウイルスゲノム配列は、野生型配列1〜458および3513〜35935に相当する、ヒトアデノウイルス5型配列を含んでなる、またはそれから本質的になる。
特定の要素が、組み合わせで提供され、および/またはその他の要素を組み込んでもよいことが、当業者によって理解され、例えば要素(iv)は、要素(v)〜(vii)を組み込んでもよい。その他の要素に対して5’および/または3’に、特定の要素が提供されることがさらに理解され、例えば要素(x)は、アデノウイルスベクターの直線化のために有用であってもよく、要素(x)は直線化のために組み込まれる場合、5’ITRに対して5’および/または3’ITRに対して3’で提供されるべきである。同様に、存在する場合、要素(viii)および(ix)は、一般に、レスキューされるアデノウイルスにそれらが組み込まれないように位置し、例えばこれらの要素は、5’ITRに対して5’および3’ITRに対して3’に位置してもよい。存在する場合、OriPおよび要素(i)〜(vii)は、3’ITRを含むアデノウイルスゲノム配列が片側に配置され、別の側には5’ITR配列が配置される(例えば図10)。
要素(i)、(ii)、(iv)、(viii)〜(x)、および任意選択的に(xi)を組み込んだ、本発明の代表的アデノウイルスベクターが、図10に提供される。
7 実施形態
1.(a)ヒト血清アルブミン(HSA)部分と、(b)異種タンパク質とを含んでなるキメラポリペプチドであって、そのHSA部分が、HSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片を含んでなり、キメラポリペプチドが異種タンパク質の機能活性を保持してFcRnに結合し得て、前記HSAドメインIIIが1〜18個のアミノ酸置換を含んでなって、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照キメラポリペプチドと比較して、キメラポリペプチドのFcRn親和性および血清半減期の片方または双方を増大させる、キメラポリペプチド。
2.キメラポリペプチドが、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合する、実施形態1のキメラポリペプチド。
3.キメラポリペプチドが、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合し、前記親和性が酸性pHで測定される、実施形態1または2のキメラポリペプチド。
4.酸性pHが5.0〜6.0である、実施形態3のキメラポリペプチド。
5.酸性pHが5.5±0.2である、実施形態4のキメラポリペプチド。
6.キメラポリペプチドが、酸性pHにおいて、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合するが、そのキメラポリペプチドが、中性pHでは、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合しない、実施形態1〜3のいずれか1つのキメラポリペプチド。
7.中性pHが6.9〜7.9である、実施形態6のキメラポリペプチド。
8.中性pHが7.4±0.2である、実施形態7のキメラポリペプチド。
9.キメラポリペプチドがFcRnに結合して、前記対照キメラポリペプチドと異なるオフ速度またはオン速度を有する、実施形態1〜6のいずれかのキメラポリペプチド。
10.キメラポリペプチドがFcRnに結合し、前記対照ポリペプチドと比較して、オン速度増大および/またはオフ速度低下を有する、実施形態9のキメラポリペプチド。
11.キメラポリペプチドがFcRnに結合し、前記対照ポリペプチドと比較して、オフ速度増大を有する、実施形態9のキメラポリペプチド。
12.HSAドメインIIIが、1〜10個のアミノ酸置換を含んでなり、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照キメラポリペプチドと比較して、キメラポリペプチドの血清半減期を増大させる、実施形態1〜11のいずれかのキメラポリペプチド。
13.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、複数の種を越えて保存された残基の置換である、実施形態1〜12のいずれかのキメラポリペプチド。
14.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、複数の種を越えて保存された残基の置換である、実施形態13のキメラポリペプチド。
15.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である、実施形態1〜13のいずれかのキメラポリペプチド。
16.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である、実施形態15のキメラポリペプチド。
17.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表5に列挙されるものから選択される、実施形態1〜15のいずれかのキメラポリペプチド。
18.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA(配列番号2)中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態1〜15のいずれかのキメラポリペプチド:残基381、残基383、残基391、残基401、残基402、残基407、残基411、残基413、残基414、残基415、残基416、残基424、残基426、残基434、残基442、残基445、残基447、残基450、残基454、残基455、残基456、残基457、残基459、残基463、残基495、残基506、残基508、残基509、残基511、残基512、残基515、残基516、残基517、残基519、残基521、残基523、残基524、残基525、残基526、残基527、残基531、残基535、残基538、残基539、残基541、残基557、残基561、残基566、残基569。
19.キメラポリペプチドが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置にあるHSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態1〜15のいずれかのキメラポリペプチド:(a)残基383および413;(b)残基401および523;(c)残基407および447;(d)残基407および447および539;(e)残基407および509;(f)残基407および526;(g)残基411および535;(h)残基414および456;(i)残基415および569;(j)残基426および526;(k)残基442および450および459;(l)残基463および508;(m)残基508および519および525;(n)残基509および527;(o)残基523および538;(p)残基526および557;(q)残基541および561;(r)残基463および523;(s)残基508および523;(t)残基508および524;(u)残基463、508、および523;(v)残基463、508、および524;(w)残基508、523、および524;(x)残基463、508、523、および524;(y)残基463および524;(z)残基523および524;および(aa)残基463、523、および524。
20.キメラポリペプチドが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置にあるHSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態1〜15のいずれかのキメラポリペプチド:(a)残基463および508;(b)残基463および523;(c)残基508および523;(d)残基508および524;(e)残基463、508、および523;(f)残基463、508、および524;(g)残基508、523、および524;(h)残基463、508、523、および524;(i)残基463および523;および(j)残基523および524。
21.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態1〜15、または18〜20のいずれかのキメラポリペプチド:V381N、V381Q、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、Y401D、Y401E、K402A、K402G、K402I、K402L、K402V、L407F、407H、407M、L407N、L407Q、407R、L407W、L407Y、Y411Q、Y411N、K413C、K413S、K413T、K414S、K414T、V415C、V415L、V415S、V415T、Q416H、Q416P、V424A、V424D、V424G、V424I、V424L、V424M、V424N、V424Q、V424W、V426D、V426E、V426F、V426H、V426L、V426N、V426P、V426Q、G434C、G434S、G434T、E442K、E442R、R445F、R445W、R445Y、P447S、P447T、E450D、E450E、S454C、S454M、S454T、V455N、V455Q、V456N、V456Q、L457F、L457W、L457Y、Q459K、Q459R、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Q、E495D、T506F、T506M、T506N、T506R、T506W、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、F509C、F509D、F509G、F509I、F509L、F509M、F509P、F509V、F509W、F509Y、A511D、A511F、A511I、A511R、A511T、A511V、A511W、A511Y、D512F、D512M、D512Q、D512W、D512Y、T515C、T515D、T515E、T515E、T515G、T515H、T515L、T515N、T515P、T515Q、T515S、T515W、T515Y、L516C、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、S517C、S517F、S517M、S517T、S517W、S517Y、K519A、K519G、K519I、K519L、K519V、R521F、R521H、R521M、R521Q、R521T、R521W、R521Y、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526A、Q526C、Q526F、Q526H、Q526L、Q526M、Q526P、Q526S、Q526T、Q526V、Q526Y、T527F、T527W、T527Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535K、H535L、H535N、H535P、H535S、K538F、K538W、K538Y、A539I、A539L、A539V、K541F、K541W、K541Y、K557A、K557G、K557I、K557L、K557N、K557S、K557V、A561F、A561W、A561Y、T566F、T566W、T566Y、A569H、およびA569P。
22.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態1〜15、または18〜20のいずれかのキメラポリペプチド:V381N、E383G、N391V、Y401E、K402A、L407N、L407Y、Y411Q、K414S、K413S、V415T、V415C、Q416P、V424I、V424Q、V426E、V426H、G434C、E442K、R445W、P447S、E450D、S454C、V455N、V456N、L457F、Q459R、L463C、L463F、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508R、T508S、F509I、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515P、T515Q、T515S、L516T、L516W、S517C、S517W、K519I、R521W、I523C、I523D、I523E、I523F、I523Q、I523H、I523K、I523L、I523N、I523P、I523G、I523R、I523Y、K524F、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525V、Q526T、Q526M、Q526Y、T527Y、E531I、H535N、H535P、K538Y、A539I、K541F、K557G、A561F、T566W、およびA569P。
23.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中の1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態1〜15、または18〜20のいずれかのキメラポリペプチド:V381N、E383G、N391V、Y401E、K402A、L407N、L407Y、Y411Q、K414S、K413S、V415T、V415C、Q416P、V424I、V424Q、V426E、V426H、G434C、E442K、R445W、P447S、E450D、S454C、V455N、V456N、L457F、Q459R、L463C、L463F、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508R、T508S、F509I、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515P、T515Q、T515S、L516T、L516W、S517C、S517W、K519I、R521W、I523C、I523D、I523E、I523F、I523Q、I523H、I523K、I523L、I523N、I523P、I523G、I523R、I523Y、K524F、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525V、Q526T、Q526M、Q526Y、T527Y、E531I、H535N、H535P、K538Y、A539I、K541F、K557G、A561F、T566W、およびA569P。
24.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態22のキメラポリペプチド:L407N、L407Y、V415T、V424I、V424Q、V426E、V426H、P447S、V455N、V456N、L463N、E495D、T506Y、T508R、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515Q、L516T、L516W、S517W、R521W、I523D、I523E、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526M、T527Y、H535P、およびK557G。
25.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中の1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態23のキメラポリペプチド:L407N、L407Y、V415T、V424I、V424Q、V426E、V426H、P447S、V455N、V456N、L463N、E495D、T506Y、T508R、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515Q、L516T、L516W、S517W、R521W、I523D、I523E、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526M、T527Y、H535P、およびK557G。
26.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態1〜14、または18〜20のいずれかのキメラポリペプチド:(a)E383G/K413S;(b)Y401E/I523G、(c)L407N/P447S;(d)L407N/P447S/A539I;(e)L407N/F509M;(f)L407Y/Q526T;(g)Y411Q/H535N;(h)K414S/V456N;(i)V415T/A569P;(j)V426H/Q526Y;(k)E442K/E450D/Q459R;(l)L463N/T508R;(m)T508R/K519I/K525V;(n)F509I/T527Y;(o)I523Q/K538Y;(p)Q526M/K557G;(q)K541F/A561F;(r)L463N/K524L;(s)T508R/I523G;(t)T508R/K524L;(u)L463N/T508R/I523G;(v)L463N/T508R/K524L;(w)T508R/I523G/K524L;(x)L463N/T508R/I523G/K524L;(y)L463N/I523G;(z)I523G/K524L;および(aa)L463N//I523G/K524L。
27.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態26のキメラポリペプチド:(a)L407N/P447S;(b)L407N/P447S/A539I;(c)L407N/F509M;(d)Y411Q/H535N;(e)K414S/V456N;(f)V426H/Q526Y;(g)L463N/T508R;(h)F509I/T527Y;(i)I523Q/K538Y;(j)Q526M/K557G;(k)K541F/A561F;(l)L463N/K524L;(m)T508R/I523G;(n)T508R/K524L;(o)L463N/T508R/I523G;(p)L463N/T508R/K524L;(q)T508R/I523G/K524L;(r)L463N/T508R/I523G/K524L;(s)L463N/I523G;(t)I523G/K524Lおよび(u)L463N//I523G/K524L。
28.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態26のキメラポリペプチド:(a)L463N/T508R;(b)L463N/K524L;(c)T508R/I523G;(d)T508R/K524L;(e)L463N/T508R/I523G;(f)L463N/T508R/K524L;(g)T508R/I523G/K524L;および(h)L463N/T508R/I523G/K524L。
29.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態26のキメラポリペプチド:(a)L463N/K508R;(b)T508R/I523G;(c)T508R/K524L;および(d)L463N/T508R/I523G。
30.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク間質で保存されているが、ニワトリ血清アルブミン中では保存されていない残基の置換である、実施形態1〜15のいずれかのキメラポリペプチド。
31.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存されているが、ニワトリ血清アルブミン中では保存されていない残基の置換である、実施形態30のキメラポリペプチド。
32.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA(配列番号2)中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態15のキメラポリペプチド:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。
33.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態32のキメラポリペプチド:残基383、残基391、残基434、残基442、残基445、および残基450。
34.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態33のキメラポリペプチド:V381N、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、G434C、G434S、G434T、E442K、E442R、R445F、R445W、R445Y、E450D、およびE450E。
35.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態32のキメラポリペプチド:残基417、残基442、残基499、および残基502。
36.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態30のキメラポリペプチド:残基380、残基381、残基384、残基387、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基419、残基421、残基422、残基424、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基457、残基458、残基463、残基464、残基466、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基489、残基491、残基495、残基500、残基508、残基510、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基535、残基539、残基544、残基547、および残基576。
37.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態36のキメラポリペプチド:残基381、残基401、残基424、残基457、残基463、残基495、残基508、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基531、残基535、および残基539。
38.HSAドメインIIIが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置における、アミノ酸置換を含んでなる、実施形態37のキメラポリペプチド:残基463および508;残基463および524;残基508および524;残基463、508および524。
39.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態37または38のキメラポリペプチド:V381N、V381Q、Y401D、Y401E、V424N、V424Q、L457F、L457W、L457Y、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Q、E495D、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、T515C、T515H、T515N、T515P、T515Q、T515S、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526C、Q526M、Q526S、Q526T、Q526Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535P、A539I、およびA539L、A539V。
40.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態32のキメラポリペプチド:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。
41.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態36のキメラポリペプチド:残基380、残基381、残基384、残基387、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基419、残基421、残基422、残基424、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基457、残基458、残基463、残基464、残基466、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基489、残基491、残基495、残基500、残基508、残基510、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基535、残基539、残基544、残基547、および残基576。
42.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態32または36のキメラポリペプチド:残基380、残基381、残基384、残基383、残基387、残基389、残基391、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基410、残基417、残基419、残基421、残基422、残基424、残基425、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基442、残基457、残基458、残基463、残基464、残基465、残基466、残基467、残基468、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基486、残基489、残基491、残基495、残基499、残基500、残基502、残基508、残基510、残基515、残基516、残基520、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基532、残基535、残基536、残基539、残基543、残基544、残基547、残基571、および残基576。
43.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態42のキメラポリペプチド:残基381、残基383、残基391、残基401、残基424、残基442、残基463、残基495、残基506、残基508、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基531、残基535、および残基539。
44.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態43のキメラポリペプチド:V381N、V381Q、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、Y401D、Y401E、V424A、V424G、V424I、V424L,V424N、V424Q、E442K、E442R、L463C、L463F、L463G、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506F、T506W、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、T515C、T515H、T515N、T515P、T515Q、T515S、L516S、L516T、L516W、L516Y、K524A、K524F、K524G、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526C、Q526M、Q526S、Q526T、Q526Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535P、A539I、A539L、およびA539V。
45.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表面接近可能な残基の置換である、実施形態1〜44のいずれかのキメラポリペプチド。
46.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能な残基である、実施形態45のキメラポリペプチド。
47.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である、実施形態1〜12のいずれかのキメラポリペプチド。
48.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である、実施形態47のキメラポリペプチド。
49.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態47または48のキメラポリペプチド:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。
50.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態49のキメラポリペプチド:残基383、残基391、および残基442。
51.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態49のキメラポリペプチド:E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、およびE442K、E442R。
52.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態49のキメラポリペプチド:残基417、残基442、残基499、および残基502。
53.HSAドメインIIIが、配列番号1と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態1〜52のいずれかのキメラポリペプチド。
54.HSAドメインIIIが、配列番号1と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態53のキメラポリペプチド。
55.HSAドメインIIIが、配列番号1と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態53のキメラポリペプチド。
56.HSA部分が、配列番号2と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態1〜52のいずれかのキメラポリペプチド。
57.HSAドメイン部分が、配列番号2と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態56のキメラポリペプチド。
58.HSAドメイン部分が、配列番号2と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態56のキメラポリペプチド。
59.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態1〜58のいずれかのキメラポリペプチド。
60.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態1〜23、30〜32、35、36、40〜42、45〜49、または52〜59のいずれかのキメラポリペプチド。
61.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態59または60のキメラポリペプチド。
62.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態1〜59のいずれかのキメラポリペプチド。
63.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態1〜23、30〜36、40〜58、または62のいずれかのキメラポリペプチド。
64.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態62または63のキメラポリペプチド。
65.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態1〜59または62のいずれかのキメラポリペプチド。
66.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態1〜23、30〜32、35、36〜49、52〜58または65のいずれかのキメラポリペプチド。
67.HSAドメインIII中に1〜18個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜18個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態65または66のキメラポリペプチド。
68.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態1〜59、62、または65のいずれかのキメラポリペプチド。
69.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態1〜23、30〜32、35、36〜49、52〜58または68のいずれかのキメラポリペプチド。
70.HSAドメインIII中に1〜3個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜6個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態71または72のキメラポリペプチド。
71.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態1〜59、62、65、68のいずれかのキメラポリペプチド。
72.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態1〜23、30〜32、35、36〜49、52〜58または71のいずれかのキメラポリペプチド。
73.HSAドメインIII中に1〜3個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜3個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態71または72のキメラポリペプチド。
74.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態1〜59、62、65、68、または71のいずれかのキメラポリペプチド。
75.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態1〜23、30〜31、41、42〜45、48〜53または74のいずれかのキメラポリペプチド。
76.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜18個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態74または75のキメラポリペプチド。
77.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態1〜59、62、65、68、71、または74のいずれかのキメラポリペプチド。
78.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態1〜23、30〜31、41、42、45〜48、53〜58または77のいずれかのキメラポリペプチド。
79.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態77または78のキメラポリペプチド。
80.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態1〜59、62、65、68、71、74、または77のいずれかのキメラポリペプチド。
81.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態1〜23、30〜31、45〜48、53〜58または80のいずれかのキメラポリペプチド。
82.HSAドメインIII中に1〜4個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜4個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態80または81のキメラポリペプチド。
83.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、アラニンによるアミノ酸残基の置換を含んでなる、実施形態1〜82のいずれかのキメラポリペプチド。
84.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、保存的アミノ酸置換を含んでなる、実施形態1〜83のいずれかのキメラポリペプチド。
85.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、別の塩基性アミノ酸による塩基性アミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜84のいずれかのキメラポリペプチド。
86.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、別の酸性アミノ酸による酸性アミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜85のいずれかのキメラポリペプチド。
87.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、別の中性アミノ酸による中性アミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜87のいずれかのキメラポリペプチド。
88.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜87のいずれかのキメラポリペプチド:リジン、アルギニン、およびヒスチジン。
89.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜88のいずれかのキメラポリペプチド:アスパラギン酸およびグルタミン酸。
90.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜89のいずれかのキメラポリペプチド:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、およびチロシン。
91.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜90のいずれかのキメラポリペプチド:アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン、システイン、およびグリシン。
92.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜91のいずれかのキメラポリペプチド:フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシン。
93.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜92のいずれかのキメラポリペプチド:システイン、セリン、およびスレオニン。
94.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜93のいずれかのキメラポリペプチド。
95.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態1〜94のいずれかのキメラポリペプチド:グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン。
96.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、非保存的置換を含んでなる、実施形態1〜95のいずれかのキメラポリペプチド。
97.前記アミノ酸置換の全部が、アミノ酸残基のアラニンによる置換を含んでなる、実施形態83のキメラポリペプチド。
98.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、保存的アミノ酸置換を含んでなる、実施形態84のキメラポリペプチド。
99.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、別の塩基性アミノ酸による塩基性アミノ酸置換を含んでなる、実施形態85のキメラポリペプチド。
100.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、別の酸性アミノ酸による酸性アミノ酸置換を含んでなる、実施形態87のキメラポリペプチド。
101.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、別の中性アミノ酸による中性アミノ酸置換を含んでなる、実施形態87のキメラポリペプチド。
102.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態88のキメラポリペプチド:リジン、アルギニン、およびヒスチジン。
103.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態89のキメラポリペプチド:アスパラギン酸およびグルタミン酸。
104.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態90のキメラポリペプチド:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、およびチロシン。
105.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態91のキメラポリペプチド:アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン、システイン、およびグリシン。
106.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態92のキメラポリペプチド:フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシン。
107.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態93のキメラポリペプチド:システイン、セリン、およびスレオニン。
108.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態94のキメラポリペプチド:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸。
109.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態95のキメラポリペプチド:グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン。
110.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、非保存的置換を含んでなる、実施形態96のキメラポリペプチド。
111.異種タンパク質が、抗体またはその抗原結合性断片を含んでなる、実施形態1〜110のいずれかのキメラポリペプチド。
112.異種タンパク質が、治療用タンパク質を含んでなる、実施形態1〜111のいずれかのキメラポリペプチド。
113.IgG免疫グロブリンの定常領域をさらに含んでなる、実施形態1〜112のいずれかのキメラポリペプチド。
114.HSA部分が異種タンパク質と化学的に結合する、実施形態1〜113のいずれかのキメラポリペプチド。
115.HSA部分が異種タンパク質と組換え的に結合する、実施形態1〜113のいずれかのキメラポリペプチド。
116.キメラポリペプチドが、HSA部分と異種タンパク質の双方をコードする組換えベクターを使用して生成される、実施形態115のキメラポリペプチド。
117.キメラポリペプチドが、原核生物または真核細胞中で生成される、実施形態115または116のキメラポリペプチド。
118.真核細胞が、酵母細胞、鳥類細胞、昆虫細胞、または哺乳類細胞から選択される、実施形態117のキメラポリペプチド。
119.HSA部分と異種タンパク質が互いに直接結合する、実施形態114〜118のいずれかのキメラポリペプチド。
120.HSA部分と異種タンパク質がリンカーを介して結合する、実施形態114〜118のいずれかのキメラポリペプチド。
121.リンカーが、1つまたは複数のGly−Gly−Gly−Gly−Ser反復を含んでなる、実施形態120のキメラポリペプチド。
122.HSA部分が異種タンパク質のN末端アミノ酸に結合する、実施形態1〜121のいずれかのキメラポリペプチド。
123.HSA部分が異種タンパク質のC末端アミノ酸に結合する、実施形態1〜121のいずれかのキメラポリペプチド。
124.HSA部分が異種タンパク質の内部アミノ酸に結合する、実施形態1〜121のいずれかのキメラポリペプチド。
125.HSA部分が、HSAドメインIの少なくとも一部;またはHSAドメインIIの少なくとも一部;またはHSAドメインIの少なくとも一部と、HSAドメインIIの少なくとも一部をさらに含んでなる、実施形態1〜124のいずれかのキメラポリペプチド。
126.前記キメラポリペプチドが実質的に精製されている、実施形態1〜125のいずれかのキメラポリペプチド。
127.実施形態1〜126のいずれかのキメラポリペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含んでなる組成物。
128.無菌組成物である、実施形態127の前記組成物。
129.前記組成物が非発熱性である、実施形態127または128の組成物。
130.実施形態1〜126のいずれかに従ったキメラポリペプチド、または実施形態127〜129のいずれかに従った組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含んでなる、対象を治療する方法。
131.実施形態1〜126のいずれかに従ったキメラポリペプチドをそれを必要とする対象に投与するステップを含んでなる、対象中でタンパク質の血清半減期を増大させる方法。
132.前記対象に投与するステップが、前記キメラポリペプチドを全身投与するステップを含んでなる、実施形態130または131の方法。
133.前記対象に投与するステップが、皮内、経皮、筋肉内、腹腔内、静脈内、血管内、心膜内、皮下、肺、鼻腔内、眼内、硬膜外、局所、および経口からなる群から選択される手段によって、前記キメラポリペプチドを投与するステップを含んでなる、実施形態130または131の方法。
134.前記対象に投与するステップが、前記キメラポリペプチドを静脈内投与するステップを含んでなる、実施形態130または131の方法。
135.実施形態1〜125のいずれかに記載のキメラポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる、核酸構築物。
136.HSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片を含んでなるヒト血清アルブミン(HSA)変種ポリペプチドであって、前記変種ポリペプチドがFcRnに結合し得て、前記HSAドメインIIIが1〜18個のアミノ酸置換を含んでなり、前記置換を欠く対照HSAポリペプチドと比較して、前記変種ポリペプチドのFcRn親和性を増大させる、ポリペプチド。
137.変種ポリペプチドが、前記対照ポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合し、前記親和性が酸性pHで測定される、実施形態136の変種ポリペプチド。
138.酸性pHが5.0〜6.0である、実施形態136または137の変種ポリペプチド。
139.酸性pHが5.5±0.2である、実施形態138の変種ポリペプチド。
140.変種ポリペプチドが、酸性pHにおいて、前記対照ポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合するが、その変種ポリペプチドが、中性pHでは、前記対照ポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合しない、実施形態136のいずれかの変種ポリペプチド。
141.中性pHが6.9〜7.9である、実施形態140の変種ポリペプチド。
142.中性pHが7.4±0.2である、実施形態141の変種ポリペプチド。
143.変種ポリペプチドが、前記対照HSAポリペプチドよりも長い血清半減期を有する、実施形態136のいずれかの変種ポリペプチド。
144.HSAドメインIIIが1〜10個のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態136〜143のいずれかの変種ポリペプチド。
145.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、複数の種を越えて保存された残基の置換である、実施形態136〜144のいずれかの変異ポリペプチド。
146.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、複数の種を越えて保存された残基の置換である、実施形態145の変種ポリペプチド。
147.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である、実施形態136〜144のいずれかの変種ポリペプチド。
148.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である、実施形態147の変種ポリペプチド。
149.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表5に列挙されるものから選択される、実施形態136〜147のいずれかの変種ポリペプチド。
150.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態136〜147のいずれかの変種ポリペプチド:残基381、残基383、残基391、残基401、残基402、残基407、残基411、残基413、残基414、残基415、残基416、残基424、残基426、残基434、残基442、残基445、残基447、残基450、残基454、残基455、残基456、残基457、残基459、残基463、残基495、残基506、残基508、残基509、残基511、残基512、残基515、残基516、残基517、残基519、残基521、残基523、残基524、残基525、残基526、残基527、残基531、残基535、残基538、残基539、残基541、残基557、残基561、残基566、残基569。
151.変種ポリペプチドが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置にあるHSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態136〜147または150のいずれかの変種ポリペプチド:(a)残基383および413;(b)残基401および523;(c)残基407および447;(d)残基407および447および539;(e)残基407および509;(f)残基407および526;(g)残基411および535;(h)残基414および456;(i)残基415および569;(j)残基426および526;(k)残基442および450および459;(l)残基463および508;(m)残基508および519および525;(n)残基509および527;(o)残基523および538;(p)残基526および557;(q)残基541および561;(r)残基463および523;(s)残基508および523;(t)残基508および524;(u)残基463、508、および523;(v)残基463、508、および524;(w)残基508、523、および524;(x)残基463、508、523、および524;(y)残基463および524;(z)残基523および524;および(aa)残基463、523、および524。
152.変種ポリペプチドが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置にあるHSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態151の変種ポリペプチド:(a)残基463および508;(b)残基463および523;(c)残基508および523;(d)残基508および524;(e)残基463、508、および523;(f)残基463、508、および524;(g)残基508、523、および524;(h)残基463、508、523、および524;(i)残基463および524;(j)残基523および524;(k)残基463、523、および524。
153.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態136〜148、または150〜152のいずれかの変種ポリペプチド:V381N、V381Q、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、Y401D、Y401E、K402A、K402G、K402I、K402L、K402V、L407F、407H、407M、L407N、L407Q、407R、L407W、L407Y、Y411Q、Y411N、K413C、K413S、K413T、K414S、K414T、V415C、V415L、V415S、V415T、Q416H、Q416P、V424A、V424D、V424G、V424I、V424L、V424M、V424N、V424Q、V424W、V426D、V426E、V426F、V426H、V426L、V426N、V426P、V426Q、G434C、G434S、G434T、E442K、E442R、R445F、R445W、R445Y、P447S、P447T、E450D、E450E、S454C、S454M、S454T、V455N、V455Q、V456N、V456Q、L457F、L457W、L457Y、Q459K、Q459R、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Q、E495D、T506F、T506M、T506N、T506R、T506W、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、F509C、F509D、F509G、F509I、F509L、F509M、F509P、F509V、F509W、F509Y、A511D、A511F、A511I、A511R、A511T、A511V、A511W、A511Y、D512F、D512M、D512Q、D512W、D512Y、T515C、T515D、T515E、T515E、T515G、T515H、T515L、T515N、T515P、T515Q、T515S、T515W、T515Y、L516C、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、S517C、S517F、S517M、S517T、S517W、S517Y、K519A、K519G、K519I、K519L、K519V、R521F、R521H、R521M、R521Q、R521T、R521W、R521Y、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526A、Q526C、Q526F、Q526H、Q526L、Q526M、Q526P、Q526S、Q526T、Q526V、Q526Y、T527F、T527W、T527Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535K、H535L、H535N、H535P、H535S、K538F、K538W、K538Y、A539I、A539L、A539V、K541F、K541W、K541Y、K557A、K557G、K557I、K557L、K557N、K557S、K557V、A561F、A561W、A561Y、T566F、T566W、T566Y、A569H、およびA569P。
154.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態136〜148、または150〜153のいずれかの変種ポリペプチド:V381N、E383G、N391V、Y401E、K402A、L407N、L407Y、Y411Q、K414S、K413S、V415T、V415C、Q416P、V424I、V424Q、V426E、V426H、G434C、E442K、R445W、P447S、E450D、S454C、V455N、V456N、L457F、Q459R、L463C、L463F、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508R、T508S、F509I、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515P、T515Q、T515S、L516T、L516W、S517C、S517W、K519I、R521W、I523C、I523D、I523E、I523F、I523Q、I523H、I523K、I523L、I523N、I523P、I523G、I523R、I523Y、K524A、K524F、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525V、Q526T、Q526M、Q526Y、T527Y、E531I、H535N、H535P、K538Y、A539I、K541F、K557G、A561F、T566W、およびA569P。
155.変種ポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中の1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態136〜148、または150〜153のいずれかの変種ポリペプチド:V381N、E383G、N391V、Y401E、K402A、L407N、L407Y、Y411Q、K414S、K413S、V415T、V415C、Q416P、V424I、V424Q、V426E、V426H、G434C、E442K、R445W、P447S、E450D、S454C、V455N、V456N、L457F、Q459R、L463C、L463F、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508R、T508S、F509I、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515P、T515Q、T515S、L516T、L516W、S517C、S517W、K519I、R521W、I523C、I523D、I523E、I523F、I523Q、I523H、I523K、I523L、I523N、I523P、I523G、I523R、I523Y、K524A、K524F、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525V、Q526T、Q526M、Q526Y、T527Y、E531I、H535N、H535P、K538Y、A539I、K541F、K557G、A561F、T566W、およびA569P。
156.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態154の変種ポリペプチド:L407N、L407Y、V415T、V424I、V424Q、V426E、V426H、P447S、V455N、V456N、L463N、E495D、T506Y、T508R、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515Q、L516T、L516W、S517W、R521W、I523D、I523E、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526M、T527Y、H535P、およびK557G。
157.変種ポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中の1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態155の変種ポリペプチド:L407N、L407Y、V415T、V424I、V424Q、V426E、V426H、P447S、V455N、V456N、L463N、E495D、T506Y、T508R、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515Q、L516T、L516W、S517W、R521W、I523D、I523E、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526M、T527Y、H535P、およびK557G。
158.変種ポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態136〜147、または150〜152のいずれかの変種ポリペプチド:(a)E383G/K413S;(b)Y401E/I523G;(c)L407N/P447S;(d)L407N/P447S/A539I;(e)L407N/F509M;(f)L407Y/Q526T;(g)Y411Q/H535N;(h)K414S/V456N;(i)V415T/A569P;(j)V426H/Q526Y;(k)E442K/E450D/Q459R;(l)L463N/T508R;(m)T508R/K519I/K525V;(n)F509I/T527Y;(o)I523Q/K538Y;(p)Q526M/K557G;(q)K541F/A561F;(r)L463N/K524L;(s)T508R/I523G;(t)T508R/K524L;(u)L463N/T508R/I523G;(v)L463N/T508R/K524L;(w)T508R/I523G/K524L;(x)L463N/T508R/I523G/K524L;(y)L463N/I523G;(z)I523G/K524L;および(aa)L463N//I523G/K524L。
159.変種ポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態158の変種ポリペプチド:(a)L407N/P447S;(b)L407N/P447S/A539I;(c)L407N/F509M;(d)Y411Q/H535N;(e)K414S/V456N;(f)V426H/Q526Y;(g)L463N/T508R;(h)F509I/T527Y;(i)I523Q/K538Y;(j)Q526M/K557G;(k)K541F/A561F;(l)L463N/K524L;(m)T508R/I523G;(n)T508R/K524L;(o)L463N/T508R/I523G;(p)L463N/T508R/K524L;(q)T508R/I523G/K524L;(r)L463N/T508R/I523G/K524L;(r)L463N/T508R/I523G/K524L;(s)L463N/I523G;(t)I523G/K524Lおよび(u)L463N//I523G/K524L。
160.変種ポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態158の変種ポリペプチド:(a)L463N/T508R;(b)L463N/K524L;(c)T508R/I523G;(d)T508R/K524L;(e)L463N/T508R/I523G;(f)L463N/T508R/K524L;(g)T508R/I523G/K524L;および(h)L463N/T508R/I523G/K524L。
161.変種ポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態158の変種ポリペプチド:(a)L463N/K508R;(b)T508R/I523G;(c)T508R/K524L;および(d)L463N/T508R/I523G。
162.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存されているが、ニワトリ血清アルブミン中では保存されていない残基の置換である、実施形態136〜147のいずれかの変種ポリペプチド。
163.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存されているが、ニワトリ血清アルブミン中では保存されていない残基の置換である、実施形態162の変種ポリペプチド。
164.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA(配列番号2)中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態147の変種ポリペプチド:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。
165.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態164の変種ポリペプチド:残基383、残基391、残基434、残基442、残基445、および残基450。
166.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、V381N、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、G434C、G434S、G434T、E442K、E442R、R445F、R445W、R445Y、E450D、およびE450Eからなる群から選択される、実施形態165の変種ポリペプチド。
167.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態164の変種ポリペプチド:残基417、残基442、残基499、および残基502。
168.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態162の変種ポリペプチド:残基380、残基381、残基384、残基387、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基419、残基421、残基422、残基424、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基457、残基458、残基463、残基464、残基466、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基489、残基491、残基495、残基500、残基508、残基510、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基535、残基539、残基544、残基547、および残基576。
169.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態168の変種ポリペプチド:残基381、残基401、残基424、残基457、残基463、残基495、残基508、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基531、残基535、および残基539。
170.HSAドメインIIIが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置における、アミノ酸置換を含んでなる、実施形態169の変種ポリペプチド:残基463および508;残基463および524;残基508および524;残基463、508および524。
171.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態169または170の変種ポリペプチド:V381N、V381Q、Y401D、Y401E、V424N、V424Q、L457F、L457W、L457Y、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Q、E495D、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、T515C、T515H、T515N、T515P、T515Q、T515S、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526C、Q526M、Q526S、Q526T、Q526Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535P、A539I、およびA539L、A539V。
172.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態164の変種ポリペプチド。残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。
173.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態168の変種ポリペプチド:残基380、残基381、残基384、残基387、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基419、残基421、残基422、残基424、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基457、残基458、残基463、残基464、残基466、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基489、残基491、残基495、残基500、残基508、残基510、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基535、残基539、残基544、残基547、および残基576。
174.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態164または168の変種ポリペプチド:残基380、残基381、残基384、残基383、残基387、残基389、残基391、残基396、残基401、残基404、残基405、残基406、残基409、残基410、残基417、残基419、残基421、残基422、残基424、残基425、残基428、残基430、残基431、残基433、残基441、残基442、残基457、残基458、残基463、残基464、残基465、残基466、残基467、残基468、残基469、残基470、残基474、残基475、残基480、残基481、残基486、残基489、残基491、残基495、残基499、残基500、残基502、残基508、残基510、残基515、残基516、残基520、残基524、残基525、残基526、残基528、残基531、残基532、残基535、残基536、残基539、残基543、残基544、残基547、残基571、および残基576。
175.前記アミノ酸置換の全部が、以下からなる群の構成員から選択される、実施形態174の変種ポリペプチド:残基381、残基383、残基391、残基401、残基424、残基442、残基463、残基495、残基508、残基515、残基516、残基524、残基525、残基526、残基531、残基535、および残基539。
176.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態175の変種ポリペプチド:V381N、V381Q、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、Y401D、Y401E、V424A、V424G、V424I、V424L,V424N、V424Q、E442K、E442R、L463C、L463F、L463G、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506F、T506W、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、T515C、T515H、T515N、T515P、T515Q、T515S、L516S、L516T、L516W、L516Y、K524A、K524F、K524G、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526C、Q526M、Q526S、Q526T、Q526Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535P、A539I、A539L、およびA539V。
177.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表面接近可能な残基の置換である、実施形態136〜174のいずれかの変種ポリペプチド。
178.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能な残基である、実施形態177の変種ポリペプチド。
179.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である、実施形態136〜174のいずれかの変種ポリペプチド。
180.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である、実施形態179の変種ポリペプチド。
181.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態179または180の変種ポリペプチド:残基383、残基389、残基391、残基410、残基417、残基425、残基442、残基465、残基467、残基468、残基486、残基499、残基502、残基520、残基532、残基536、残基543、および残基571。
182.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態181の変種ポリペプチド:残基383、残基391、および残基442。
183.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態182の変種ポリペプチド:E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、およびE442K、E442R。
184.HSAドメインIIIが、配列番号1と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態136〜180のいずれかの変種ポリペプチド。
185.HSAドメインIIIが、配列番号1と少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態184の変種ポリペプチド。
186.HSAドメインIIIが、配列番号1と少なくとも98%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、実施形態177185の変種ポリペプチド。
187.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態136〜186のいずれかの変種ポリペプチド。
188.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態136〜155、162〜164、168、172〜174、177〜181または184〜187のいずれかの変種ポリペプチド。
189.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態187または188の変種ポリペプチド。
190.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態136〜187のいずれかの変種ポリペプチド。
191.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態136〜155、162〜168、172〜174〜186、または190のいずれかの変種ポリペプチド。
192.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態190または191の変種ポリペプチド。
193.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態136〜173または190のいずれかの変種ポリペプチド。
194.HSAドメイン中のIII前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ6にある、実施形態136〜155、162〜164、167〜181、184〜186、または193の変種ポリペプチド。
195.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態193または194の変種ポリペプチド。
196.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態136〜173、190または193のいずれかの変種ポリペプチド。
197.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態136〜155、162〜164、167〜181、184〜186、または196の変種ポリペプチド。
198.HSAドメインIII中に1〜3個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜6個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態196または200の変種ポリペプチド。
199.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態136〜173、190、193、または196のいずれかの変種ポリペプチド。
200.HSAドメイン中のIII前記アミノ酸置換の全部が、HSAドメインIIIのループ7にある、実施形態136〜155、162〜164、167〜181、184〜186、または199の変種ポリペプチド。
201.HSAドメインIII中に1〜3個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜3個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態199または200の変種ポリペプチド。
202.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態136〜173、190、193、196、または199のいずれかの変種ポリペプチド。
203.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態136〜155、162〜164、173〜174、177〜181、184〜186、または202の変種ポリペプチド。
204.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜18個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態202または203の変種ポリペプチド。
205.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態136〜173、190、193、196、199、または202のいずれかの変種ポリペプチド。
206.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態136〜155、162〜164、173〜174、177〜181、184〜186または205の変種ポリペプチド。
207.HSAドメインIII中の1〜5個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜5個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態205または206の変種ポリペプチド。
208.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態136〜173、190、193、または205のいずれかの変種ポリペプチド。
209.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全てが、HSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態136〜155、162、163、177〜180、184〜186、または208のいずれかの変種ポリペプチド。
210.HSAドメインIII中に1〜4個のアミノ酸置換を含んでなり、前記1〜4個のアミノ酸置換がHSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態208または209の変種ポリペプチド。
211.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、アラニンによるアミノ酸残基の置換を含んでなる、実施形態136〜210のいずれかの変種ポリペプチド。
212.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、保存的アミノ酸置換を含んでなる、実施形態136〜211のいずれかの変種ポリペプチド。
213.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、別の塩基性アミノ酸による塩基性アミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜212のいずれかの変種ポリペプチド。
214.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、別の酸性アミノ酸による酸性アミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜213のいずれかの変種ポリペプチド。
215.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、別の中性アミノ酸による中性アミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜214のいずれかの変種ポリペプチド。
216.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜215のいずれかの変種ポリペプチド:リジン、アルギニン、およびヒスチジン。
217.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜216のいずれかの変種ポリペプチド:アスパラギン酸およびグルタミン酸。
218.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜217のいずれかの変種ポリペプチド:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、およびチロシン。
219.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜218のいずれかの変種ポリペプチド:アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン、システイン、およびグリシン。
220.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜219のいずれかの変種ポリペプチド:フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシン。
221.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜220のいずれかの変種ポリペプチド:システイン、セリン、およびスレオニン。
222.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜221のいずれかの変種ポリペプチド:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸。
223.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下の群内の別のアミノ酸による、1つのアミノ酸の置換を含んでなる、実施形態136〜222のいずれかの変種ポリペプチド:グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン。
224.前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、非保存的置換を含んでなる、実施形態136〜223のいずれかの変種ポリペプチド。
225.前記アミノ酸置換の全部が、アミノ酸残基のアラニンによる置換を含んでなる、実施形態211の変種ポリペプチド。
226.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、保存的アミノ酸置換を含んでなる、実施形態212の変種ポリペプチド。
227.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、別の塩基性アミノ酸による塩基性アミノ酸置換を含んでなる、実施形態213の変種ポリペプチド。
228.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、別の酸性アミノ酸による酸性アミノ酸置換を含んでなる、実施形態214の変種ポリペプチド。
229.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、別の中性アミノ酸による中性アミノ酸置換を含んでなる、実施形態215の変種ポリペプチド。
230.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態216の変種ポリペプチド:リジン、アルギニン、およびヒスチジン。
231.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態217の変種ポリペプチド:アスパラギン酸およびグルタミン酸。
232.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態218の変種ポリペプチド:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、およびチロシン。
233.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態219の変種ポリペプチド:アラニン、バリン、イソロイシン、ロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニン、システイン、およびグリシン。
234.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態220の変種ポリペプチド:フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシン。
235.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態221の変種ポリペプチド:システイン、セリン、およびスレオニン。
236.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態222の変種ポリペプチド:アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸。
237.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、以下の群内の別のアミノ酸による1つのアミノ酸置換を含んでなる、実施形態223の変種ポリペプチド:グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン。
238.前記アミノ酸置換の全部が、独立して各位置に、非保存的置換を含んでなる、実施形態224の変種ポリペプチド。
239.HSA部分がHSAドメインIの少なくとも一部;またはHSAドメインIIの少なくとも一部;またはHSAドメインIの少なくとも一部と、HSAドメインIIの少なくとも一部をさらに含んでなる、実施形態136〜238のいずれかの変種ポリペプチド。
240.前記変種ポリペプチドが実質的に精製されている、実施形態136〜239のいずれかの変種ポリペプチド。
241.標的上のエピトープへの結合部位をさらに含んでなる、実施形態136〜240のいずれかの変種ポリペプチド。
242.結合部位が前記標的と拮抗する、実施形態241の変種ポリペプチド。
243.結合部位が前記標的を刺激する、実施形態241の変種ポリペプチド。
244.実施例136〜243のいずれかの変種ポリペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含んでなる組成物。
245.無菌組成物である、実施形態244の組成物。
246.前記組成物が非発熱性である、実施形態244または245の組成物。
247.実施形態136〜243のいずれかの変種ポリペプチドを前記プロテインに結合させるステップを含んでなる、タンパク質の血清半減期を増大させる方法。
248.実施形態241〜243のいずれかの変種ポリペプチドをそれを必要とする対象に投与するステップを含んでなる、対象を処置する方法。
249.実施例136〜239のいずれかに記載の変種ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる、核酸構築物。
250.(a)ヒト血清アルブミン(HSA)部分をコードするヌクレオチド配列を含んでなる核酸構築物であって、そのHSA部分が、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、そのHSAドメインIIIが、(b)異種タンパク質をコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結する1〜18個のアミノ酸置換を含んでなり、核酸構築物が、異種タンパク質の機能活性を保持してFcRnに結合できるキメラポリペプチドをコードして、前記キメラポリペプチドが、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照キメラポリペプチドと比較して、血清半減期増大および/またはFcRn親和性増大を有する、核酸構築物。
251.キメラポリペプチドが、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合する、実施形態250の核酸構築物。
252.キメラポリペプチドが、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合し、前記親和性が酸性pHで測定される、実施形態250または251の核酸構築物。
253.酸性pHが5.0〜6.0である、実施形態252の核酸構築物。
254.酸性pHが5.5±0.2である、実施形態253の核酸構築物。
255.キメラポリペプチドが、酸性pHにおいて、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合するが、そのキメラポリペプチドが、中性pHでは、前記対照キメラポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合しない、実施形態250〜255のいずれかの核酸構築物。
256.中性pHが6.9〜7.9である、実施形態255の核酸構築物。
257.中性pHが7.4±0.2である、実施形態256の核酸構築物。
258.(i)ヒト血清アルブミン(HSA)部分をコードするヌクレオチド配列を含んでなり、そのHSA部分が、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、そのHSAドメインIIIが、1〜10個のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態250のいずれかの核酸構築物。
259.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、複数の種を越えて保存された残基の置換である、実施形態250〜258のいずれかの核酸構築物。
260.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、複数の種を越えて保存された残基の置換である、実施形態259の核酸構築物。
261.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である、実施形態250〜258のいずれかの核酸構築物。
262.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された残基の置換である、実施形態261の核酸構築物。
263.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表5に列挙されるものから選択される、実施形態250〜262のいずれかの核酸構築物。
264.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下の位置のいずれかにある、実施形態250〜262のいずれかの核酸構築物:残基381、残基383、残基391、残基401、残基402、残基407、残基411、残基413、残基414、残基415、残基416、残基424、残基426、残基434、残基442、残基445、残基447、残基450、残基454、残基455、残基456、残基457、残基459、残基463、残基495、残基506、残基508、残基509、残基511、残基512、残基515、残基516、残基517、残基519、残基521、残基523、残基524、残基525、残基526、残基527、残基531、残基535、残基538、残基539、残基541、残基557、残基561、残基566、残基569。
265.HSAドメインIIIが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置における、アミノ酸置換を含んでなる、実施形態250〜262のいずれかの核酸構築物:。(a)残基383および413;(b)残基401および523;(c)残基407および447;(d)残基407および447および539;(e)残基407および509;(f)残基407および526;(g)残基411および535;(h)残基414および456;(i)残基415および569;(j)残基426および526;(k)残基442および450および459;(l)残基463および508;(m)残基508および519および525;(n)残基509および527;(o)残基523および538;(p)残基526および557;(q)残基541および561;(r)残基463および523;(s)残基508および523;(t)残基508および524;(u)残基463、508、および523;(v)残基463、508、および524;(w)残基508、523、および524;(x)残基463、508、523、および524;(y)残基463および524;(z)残基523および524;および(aa)残基463、523、および524。
266.HSAドメインIIIが、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、以下からなる群から選択される位置における、アミノ酸置換を含んでなる、実施形態250〜262のいずれかの核酸構築物:(a)残基463および508;(b)残基463および523;(c)残基508および523;(d)残基508および524;(e)残基463、508、および523;(f)残基463、508、および524;(g)残基508、523、および524;(h)残基463、508、523、および524;(i)残基463および524;(j)残基523および524;および(k)残基463、523、および524。
267.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態250〜262または264〜266のいずれかの核酸構築物:V381N、V381Q、E383A、E383G、E383I、E383L、E383V、N391A、N391G、N391I、N391L、N391V、Y401D、Y401E、K402A、K402G、K402I、K402L、K402V、L407F、407H、407M、L407N、L407Q、407R、L407W、L407Y、Y411Q、Y411N、K413C、K413S、K413T、K414S、K414T、V415C、V415L、V415S、V415T、Q416H、Q416P、V424A、V424D、V424G、V424I、V424L、V424M、V424N、V424Q、V424W、V426D、V426E、V426F、V426H、V426L、V426N、V426P、V426Q、G434C、G434S、G434T、E442K、E442R、R445F、R445W、R445Y、P447S、P447T、E450D、E450E、S454C、S454M、S454T、V455N、V455Q、V456N、V456Q、L457F、L457W、L457Y、Q459K、Q459R、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Q、E495D、T506F、T506M、T506N、T506R、T506W、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508S、F509C、F509D、F509G、F509I、F509L、F509M、F509P、F509V、F509W、F509Y、A511D、A511F、A511I、A511R、A511T、A511V、A511W、A511Y、D512F、D512M、D512Q、D512W、D512Y、T515C、T515D、T515E、T515E、T515G、T515H、T515L、T515N、T515P、T515Q、T515S、T515W、T515Y、L516C、L516F、L516S、L516T、L516W、L516Y、S517C、S517F、S517M、S517T、S517W、S517Y、K519A、K519G、K519I、K519L、K519V、R521F、R521H、R521M、R521Q、R521T、R521W、R521Y、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Y、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524V、K525A、K525G、K525I、K525L、K525V、Q526A、Q526C、Q526F、Q526H、Q526L、Q526M、Q526P、Q526S、Q526T、Q526V、Q526Y、T527F、T527W、T527Y、E531A、E531G、E531I、E531L、E531V、H535D、H535E、H535K、H535L、H535N、H535P、H535S、K538F、K538W、K538Y、A539I、A539L、A539V、K541F、K541W、K541Y、K557A、K557G、K557I、K557L、K557N、K557S、K557V、A561F、A561W、A561Y、T566F、T566W、T566Y、A569H、およびA569P。
268.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態250〜262または264〜266のいずれかの核酸構築物:V381N、E383G、N391V、Y401E、K402A、L407N、L407Y、Y411Q、K414S、K413S、V415T、V415C、Q416P、V424I、V424Q、V426E、V426H、G434C、E442K、R445W、P447S、E450D、S454C、V455N、V456N、L457F、Q459R、L463C、L463F、L463H、L463M、L463N、L463Q、E495D、T506Y、T508C、T508E、T508I、T508R、T508S、F509I、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515P、T515Q、T515S、L516T、L516W、S517C、S517W、K519I、R521W、I523C、I523D、I523E、I523F、I523Q、I523H、I523K、I523L、I523N、I523P、I523G、I523R、I523Y、K524F、K524I、K524L、K524M、K524T、K524V、K525V、Q526T、Q526M、Q526Y、T527Y、E531I、H535N、H535P、K538Y、A539I、K541F、K557G、A561F、T566W、およびA569P。
269.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、以下からなる群から選択される、実施形態268の核酸構築物:L407N、L407Y、V415T、V424I、V424Q、V426E、V426H、P447S、V455N、V456N、L463N、E495D、T506Y、T508R、F509M、F509W、A511F、D512Y、T515Q、L516T、L516W、S517W、R521W、I523D、I523E、I523G、I523K、I523R、K524L、Q526M、T527Y、H535P、およびK557G。
270.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態250〜262、または264269のいずれかの核酸構築物:(a)E383G/K413S;(b)Y401E/I523G;(c)L407N/P447S;(d)L407N/P447S/A539I;(e)L407N/F509M;(f)L407Y/Q526T;(g)Y411Q/H535N;(h)K414S/V456N;(i)V415T/A569P;(j)V426H/Q526Y;(k)E442K/E450D/Q459R;(l)L463N/T508R;(m)T508R/K519I/K525V;(n)F509I/T527Y;(o)I523Q/K538Y;(p)Q526M/K557G;(q)K541F/A561F;(r)L463N/K524L;(s)T508R/I523G;(t)T508R/K524L;(u)L463N/T508R/I523G;(v)L463N/T508R/K524L;(w)T508R/I523G/K524L;(x)L463N/T508R/I523G/K524L;(y)L463N/I523G;(z)I523G/K524L;および(aa)L463N//I523G/K524L。
271.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態270の核酸構築物:(a)L407N/P447S;(b)L407N/P447S/A539I;(c)L407N/F509M;(d)Y411Q/H535N;(e)K414S/V456N;(f)V426H/Q526Y;(g)L463N/T508R;(h)F509I/T527Y;(i)I523Q/K538Y;(j)Q526M/K557G;(k)K541F/A561F;(l)L463N/K524L;(m)T508R/I523G;(n)T508R/K524L;(o)L463N/T508R/I523G;(p)L463N/T508R/K524L;(q)T508R/I523G/K524L;(r)L463N/T508R/I523G/K524L;(s)L463N/I523G;(t)I523G/K524Lおよび(u)L463N//I523G/K524L。
272.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態270の核酸構築物:(a)L463N/T508R;(b)L463N/K524L;(c)T508R/I523G;(d)T508R/K524L;(e)L463N/T508R/I523G;(f)L463N/T508R/K524L;(g)T508R/I523G/K524L;および(h)L463N/T508R/I523G/K524L。
273.キメラポリペプチドが、以下からなる群から選択される、HSAドメインIII中のアミノ酸置換を含んでなる、実施形態270の核酸構築物:(a)L463N/K508R;(b)T508R/I523G;(c)T508R/K524L;および(d)L463N/T508R/I523G。
274.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表面接近可能な残基の置換である、実施形態250〜262のいずれかの核酸構築物。
275.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能な残基である、実施形態274の核酸構築物。
276.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である、実施形態250〜258のいずれかの核酸構築物。
277.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の全部が、表面接近可能であり、また複数の種を越えて保存されてもいる残基の置換である、実施形態276の核酸構築物。
278.(i)配列番号1と少なくとも90%同一である、HSAドメインIIIをコードするヌクレオチド配列を含んでなる、実施形態250〜277のいずれかの核酸構築物。
279.(i)配列番号1と少なくとも95%同一である、HSAドメインIIIをコードするヌクレオチド配列を含んでなる、実施形態278の核酸構築物。
280.(i)配列番号1と少なくとも98%同一である、HSAドメインIIIをコードするヌクレオチド配列を含んでなる、実施形態279の核酸構築物。
281.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態250〜280のいずれかの核酸構築物。
282.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態250〜281のいずれかの核酸構築物。
283.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態250〜282のいずれかの核酸構築物。
284.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態250〜272のいずれかの核酸構築物。
285.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態250〜284のいずれかの核酸構築物。
286.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態250〜285283のいずれかの核酸構築物。
287.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態250〜286のいずれかの核酸構築物。
288.HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換の少なくとも1つが、HSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態250〜287のいずれかの核酸構築物。
289.(ii)異種タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含んでなり、その異種タンパク質が抗体またはその抗原結合性断片を含んでなる、実施形態250〜288のいずれかの核酸構築物。
290.リンカーをコードするヌクレオチド配列をさらに含んでなる、実施形態250〜289のいずれかの核酸構築物。
291.ヌクレオチド配列が、1つまたは複数のGly−Gly−Gly−Gly−Ser反復を含んでなるリンカーをコードする、実施形態290の核酸構築物。
292.HSA部分がHSAドメインIの少なくとも一部;またはHSAドメインIIの少なくとも一部;またはHSAドメインIの少なくとも一部と、HSAドメインIIの少なくとも一部をさらに含んでなる、実施形態250〜291のいずれかの核酸構築物。
293.複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーであって、前記複数のポリペプチドのそれぞれが、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれが独立して、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存された、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる、ライブラリー。
294.複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーであって、前記複数のポリペプチドのそれぞれが、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれが独立して、ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存され、ニワトリからの血清アルブミン中で保存されない、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる、ライブラリー。
295.複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーであって、前記複数のポリペプチドのそれぞれが、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれが独立して、表面接近可能な残基である、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる、ライブラリー。
296.前記表面接近可能な残基が、HSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態295のライブラリー。
297.前記表面接近可能な残基が、HSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態295または296のライブラリー。
298.前記表面接近可能な残基が、HSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態295〜297のいずれかのライブラリー。
299.前記表面接近可能な残基が、HSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態295〜273のいずれかのライブラリー。
300.前記表面接近可能な残基が、HSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態295〜299のいずれかのライブラリー。
301.前記表面接近可能な残基が、HSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態295〜300のいずれかのライブラリー。
302.複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーであって、前記複数のポリペプチドのそれぞれが、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれが独立して、(i)表面接近可能であり、また(ii)ヒト、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからの血清アルブミンタンパク質間で保存されてもいる、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸置換を含んでなる、ライブラリー。
303.複数のポリペプチドを含んでなるライブラリーであって、前記複数のポリペプチドのそれぞれが、HSAドメインIII、またはそのFcRn結合断片を含んでなり、前記複数のポリペプチドのそれぞれが独立して、前記HSAドメインIII中の残基の少なくとも1つのアミノ酸の、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ウシ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマからなる群から選択される、ヒト以外の2種以上からの血清アルブミンタンパク質間で保存されたアミノ酸への置換を含んでなる、ライブラリー。
304.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのループ2中にある、実施形態302または303のライブラリー。
305.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのループ3中にある、実施形態302〜304のいずれかのライブラリー。
306.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのループ6中にある、実施形態302〜305のいずれかのライブラリー。
307.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのへリックス7中にある、実施形態302〜306のいずれかのライブラリー。
308.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのループ7中にある、実施形態302〜307のいずれかのライブラリー。
309.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのへリックス8中にある、実施形態302〜308のいずれかのライブラリー。
310.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのループ8中にある、実施形態302〜309のいずれかのライブラリー。
311.前記少なくとも1つのアミノ酸置換が、HSAドメインIIIのループ9中にある、実施形態302〜310のいずれかのライブラリー。
312.実施形態293〜311のいずれかのライブラリーであって、前記複数のポリペプチドのそれぞれが、HSAドメインIの少なくとも一部;またはHSAドメインIIの少なくとも一部;またはHSAドメインIの少なくとも一部と、HSAドメインIIの少なくとも一部をさらに含んでなる、ライブラリー。
313.ライブラリーがディスプレイライブラリーである、実施形態293〜312のいずれかのライブラリー。
314.ディスプレイライブラリーのタイプが、酵母、ファージ、および哺乳類からなる群から選択される、実施形態313のライブラリー。
315.(a)スクリーニングのために複数のポリペプチドを選択するステップと;(b)FcRn結合親和性増大または血清半減期増大があるポリペプチドをスクリーニングするステップと;(c)FcRn結合親和性増大または血清半減期増大があるポリペプチドを配列決定するステップとを含んでなる、実施形態293〜314のいずれかのライブラリーをスクリーニングする方法。
8 例証
ここで本発明を一般的に記述し、それは、本発明の特定の態様および実施形態の単なる例証のみを目的とし、本発明の限定を意図しない、以下の実施例を参照してより容易に理解されるであろう。例えば本明細書で開示される特定の構築物および実験デザインは、適切な機能を検証するための例示的なツールと方法に相当する。したがって開示される特定の構築物および実験計画のいずれかを本開示の範囲内で置換し得ることは、容易に分かるであろう。さらに使用される特定の装置と試薬、サイズ、製造会社などの特定の一覧または説明は、特にそうである旨の断りのない限り、本発明の限定と見なされないことが理解されるであろう。同様に機能するその他の装置および試薬で容易に置換してもよいことが、さらに理解されるであろう。
8.1 実施例1:ヒト血清アルブミン(HSA)のドメインIIIに結合するヒトFcRnの動態および親和性解析
本実施例は、表面プラズモン共鳴(SPR)を使用して、ヒトFcRnに対するHSAのドメインIIIの結合、解離、および平衡親和定数を測定する。ドメインIII(「DIII」とも略記される)は、アミノ酸残基381〜585に及ぶ、ヒト血清アルブミンタンパク質断片である。ドメインIIIのアミノ酸配列は、配列番号1で記載される。完全長成熟HSAのアミノ酸配列は、配列番号2で記載される。これらの実験で使用するために、ピキア・パストリス(Pichia pastoris)(Pichia Patoris)からドメインIIIを発現させて精製した。
8.1.1 組換えタンパク質発現および精製
ドメインIII遺伝子をコードする組換えプラスミドは、Geneart AG,Regensburg,Germanyから得られた。制限酵素EcoRIおよびNotIを使用して、供給業者が提供するベクターからドメインIII遺伝子を摘出し、pPICZ−α−Aピキア属(Pichia)発現ベクター(Invitrogen;カタログ番号V195−20)にクローニングした。組換えドメインIIIタンパク質は、製造会社の使用説明書に概説される様式で発現させた。組換えドメインIIIタンパク質は培地中に分泌され、GE Healthcare(カタログ番号17519701)からのHiTrapブチルセファロース・ファストフロー・カラム上の疎水性相互作用クロマトグラフィーによって精製された。簡単に述べると、培養液の塩分およびpHは、1.5M硫酸アンモニウムおよび50mMリン酸ナトリウム、pH7.0に、最初に調節した。培養液を濾過してブチルセファロースカラムに通過させ、低塩pH7.0ナトリウムリン酸緩衝液を使用して、結合ドメインIIIを溶出した。50℃に保たれる循環水ジャケット付きヒドロキシアルコキシプロピル デキストラン(Hydroxyaloxypsopyl Dextran)(Sigma−Aldrich;カタログ番号H6258)カラムに、精製タンパク質の画分を通過させて脱脂した。クマシーブルー染色による4〜12%SDS PAGEによる視覚化で、脱脂および非脱脂形態双方の純度は99%であった(図1A)。タンパク質濃度は、A280で測定した。これまで公表された測定と密な相関性がある、近紫外線CDおよび遠紫外線CDの測定によって、精製ドメインIIIの適切な折り畳みが確認された。(例えばGiancola et al.International Journal of Biological Macromolecules 20(1997)193−204を参照されたい)。
8.1.2 反応速度測定
BIAcore T100装置(Uppsala,Sweden)上で、25℃で平衡、結合、および解離速度定数を測定し、BIAcore T100評価ソフトウェアv.1.1(BIAcore,Inc,Uppsala,Sweden)を使用してデータを分析した。標準アミン共役(BIAcore Handbook、2002)によって、CM4(カタログ番号BR−1005−39)またはCM5チップ(カタログ番号BR−1000−14)上に、ドメインIIIの非脱脂および脱脂の双方の形態をそれぞれ1016および1184 RUの共役密度で、共有結合的に固定化した。フローセルの1つは、同一固定化プロトコルを使用して、タンパク質なしで模擬共役させて空試験とした。全ての注入は、pH5.5、50mMリン酸および150mMNaCl緩衝液中で作成し、チップ表面をpH7.4のリン酸緩衝食塩水(PBS)で、注入と注入の間に再生した。結合定数(kon)、解離定数(koff)、および平衡解離定数(K)を単一実験で測定するために、固定化ドメインIIIタンパク質上に、増大する濃度のヒトFcRn(39nM〜40μM)を50μL/分で注入した(図1B、左パネル)。結合を平衡に至らせて、運動定数konおよびkoffは、曲線の結合相(4分間)および解離相(1分間)の双方を1:1ラングミュアモデルに同時に適合させることで誘導した。Kは、非線形回帰分析を使用して、検体濃度と対比される平衡結合応答(Req)プロットを定常状態親和性モデルに適合させることで誘導した(図1B、右パネル)。ドメインIIIの脱脂および非脱脂双方の形態は、同様の結合センサーグラム、およびReq対リガンド濃度プロットを示した。
FcRnとドメインIIIの相互作用は、急速な結合(kon≒7e)と、解離(koff≒4e−2)動態を示す(表1)。ドメインIIIのFcRnのKは、5〜8μMであり、それは完全長HSAのFcRnのほぼ7倍大きい(例えばより大きな解離定数)(表1)。このKの差は、HSAと比較して、ドメインIIIのより急速なkoffが主因である一方で、双方の分子のkonは同等である。konおよびkoffから誘導されたKは、実験的に得られた値と密接に一致し、それによって反応速度測定を裏付ける。さらに可変カルボキシ部分がある2つの異なる種類のセンサーチップ(CM4およびCM5)が、同様の親和性を与えた。運動定数および平衡定数は、ドメインIIIの脱脂および非脱脂形態の間で同等であり、脂質分子がドメインIIIのFcRn結合を媒介または促進しないことが示唆される。
Figure 2014510518
8.2 実施例2:完全長HSAまたはドメインIIIのみとの融合はヒトIgGのFcRn親和性を高める
この実験は、HSAのドメインIIIと治療用タンパク質または抗体、またはその変種との融合が、相互作用のpH依存性に影響を及ぼすことなく、酸性pHにおける、治療用タンパク質/抗体のFcRnに対する親和性を改善することを実証した。これはpH5.5におけるFcRnの親和性を増大させ、血清半減期増大につながると思われる(例えば生体内または適切なモデル系中の寿命改善)。例えば、ヒトFcRn遺伝子の単一コピーを発現する(が、マウスFcRnを欠く)遺伝子組換えマウス中において、治療用タンパク質に融合したドメインIIIを含んでなるHSA部分の薬物動態学的半減期測定を実施して、野生型または変種ドメインIIIを含んでなる部分との融合の半減期に対する影響を評価してもよい。
8.2.1 構築物デザイン
代表的タンパク質としてヒトIgG1を使用し、IgG単独と、HSAまたはドメインIIIに融合したIgGとの間で、FcRn親和性を比較した。HSAまたはドメインIIIは、Gly−Gly−Gly−Gly−Serの4つの反復単位を含んでなるリンカーを介して、ヒトIgG1重鎖のC末端に融合させた(図2A)。FcRn上のIgG結合部位とHSA結合部位の間の距離に基づいて、リンカーの長さをデザインし、双方のリガンドをそれぞれの結合部位に同時に結合させた。天然IgGと比較して、10倍改善されたFcRn親和性を示す、以前記載されているIgGの高親和性変種(IgG−YTE、Dall’Acqua, et al.,2002,J Immunol.,169:5171−5180を参照されたい)のHSAおよびドメインIII融合バージョンもまた、同様にして生成した。したがって以下の構築物が生成されて、使用された:
IgG
IgG(YTE)
IgG−(G4S)−HSA
IgG−(G4S)−ドメインIII
IgG(YTE)−(G4S)−HSA
IgG(YTE)−(G4S)−ドメインIII
8.2.2 精製および特性解析
簡単に述べると、全ての6つの構築物を発現ベクターにクローンして、293F細胞(GIBCOカタログ番号R79007)中における一過性発現によってタンパク質を精製した。GE HealthcareからのHiTrap(商標)プロテインAアフィニティカラム(カタログ番号17−0403−03)を使用して、培養液中に分泌されたIgG1および融合タンパク質を精製した。還元および非還元の双方の条件下で、SDS PAGEによって精製タンパク質を分離し、クーマシー染色で視覚化して99%の純度を観察した(図2B)。
IgG−(GS)−HSA融合タンパク質の推定分子量が284キロダルトン(KDa)であるのに対し、IgG−(GS)−ドメインIIIの推定分子量は196KDaである。観察された分子量は、これらの推定値と非常に良好な相関性があった。それらのより大きなサイズまたは物理化学的特性変化が原因で、これらの融合タンパク質が凝集体を形成するかどうかを評価するために、Agilent Technologies 1200シリーズSECを使用して、サイズ排除クロマトグラフィー(SEC)によって融合タンパク質を分析した(図2C)。IgG−(GS)−HSAおよびIgG−(G4S)−ドメインIIIのどちらもA280対滞留時間(分)プロット上で、モノマーに相当する単一ピークを示し、融合タンパク質が、いかなる測定可能な程度にも凝集しないことが示唆される。IgG−YTE変種の融合タンパク質のSECプロファイルは、IgG−(G4S)−HSAまたはIgG−(G4S)−HSAキメラタンパク質と識別不能であった。
8.2.3 平衡結合定数(K)の測定
融合タンパク質のヒトFcRnの親和性(K)をBIAcore T100装置(Uppsala,Sweden)上で測定した。簡単に述べると、ヒトIgG、IgG−(G4S)−ドメインIII、IgG−(G4S)−HSA、IgG−YTE、IgG−YTE−(G4S)−ドメインIII、およびIgG−YTE−(G4S)−HSAは、装置製造会社により概説されるようにして、標準アミノ共役化学を使用して、2つのSeries 5センサーチップ(GE Healthcare)上の別個のフローセルに高密度で固定化した。最終表面IgG密度は、それぞれ5116、5258、6097、5256、5561、および5531RUであった。参照フローセルもまた、いかなるタンパク質もなしに同一固定化プロトコルを使用して、各センサーチップ上で調製した。タンパク質共役セルと参照セル双方の表面に、50mMのP0、150mMのNaCl緩衝液、pH5.5中の5.86nM〜3000nMの範囲にわたるヒトFcRnの2倍連続希釈液を5μL/分の流速で注入した。50分間にわたり結合データを収集し、0.05%のTween20を含有するpH7.4リン酸緩衝食塩水の複数回の60秒間の注入による再生がそれに続いた。BIAcore T100評価ソフトウェアv.1.1(BIAcore,Inc,Uppsala,Sweden)を使用して、各注入の平衡結合応答(Req)を濃度に対してプロットし、定常状態親和性モデル(図3)に適合させて、平衡結合定数Kを得た。挿入図は、固定化リガンドに対する、一連の濃度のFcRnの結合を表す。IgG−YTE変種と、対応する融合タンパク質のKもまた、同一様式で誘導された(データ示さず)。
IgG−(G4S)−HSAのKは183nMであり、IgG−(GS)−ドメインIIIのKは305nMであり、IgG単独の1.51μMと比較して、HSAまたはドメインIIIをIgGに融合させることで、FcRn親和性がそれぞれ10倍および5倍改善することが実証される(表2)。同様であるがあまりはっきりしない傾向は、YTE変種でもまた観察され、IgG−YTEと比較して、IgG−YTE−(GS)−HSAは3.8倍(42.5nM)、IgG−YTE−(GS)−ドメインIIIは2.5倍(65.1nM)の親和性改善を示す(表2)。
Figure 2014510518
しかしpH5.5における親和性の改善は、中性pHにおけるFcRn結合に影響を及ぼさない。これは同一固定化表面に、pH7.2で1μMのFcRnを注入することで試験された。IgG/IgG−YTE対照と比較して、融合タンパク質共役表面のいずれかとFcRnの結合中に、測定可能な差は検出されなかった(データ示さず)。
酸性pH(約5.5〜6.0)におけるHSA融合物のFcRnへの結合、および中性pH(約7.4)における遊離は、このような特性が生体内結合を模倣することから、生体内有効性と相関する。したがって好ましいHSA変種は、(i)天然HSA、または天然HSAを含む抱合体と比較して、親和性が改善された変種、および(ii)酸性pHで親和性改善が観察される変種である。さらに中性pHおけるFcRnへの結合親和性増大がある変種は、有効性を損なって、酸性pHにおける親和性増大の有益な効果を低下させることもある。
8.3 実施例3:完全長HSAとの融合はヒトIgGの血清持続を高める
この実験は、HSAと抗体の融合が、抗体の血清半減期を増大させることを実証した。図7に示されるように、実施例1に記載されるIgG−HSA融合体の血清持続は、IgG単独と比較して増大した。血清半減期増大は、IgG−YTE変種で見られたのと同等であった。しかしこの研究では、IgG−YTE変種へのHSAの付加は、YTE単独を上回る著しい増強をもたらさないようであった。
マウス新生児Fc受容体(mFcRn)が、単一コピーのヒトFcRn(huFcRn)で置換されている、4〜5ヶ月齢のヒトFcRnC57BL/6遺伝子組換えマウス(JAX laboratories)を使用して、PK試験を実施した。マウスに、リン酸緩衝食塩水、pH7.2中で希釈された適切なタンパク質の15mg/kg用量を尾静脈を介して注射する。注射の1時間後に、全ての動物を眼窩後方神経叢から出血させて、(75μl)血清を採取し、循環に注入された実際の量を判定する。次に注射の24、72、168、および240時間後に、血清サンプルを採取して−80℃で保存する。血清中に残留する、示されるタンパク質の量をELISAによって分析する。簡単に述べると、抗HSA被覆プレートを使用して、様々なIgG融合構築物を捕捉し、抗κ検出抗体を使用して検出する。IgGおよびYTE構築物では、抗原被覆プレートを使用してIgGを捕捉し、抗重鎖検出抗体を使用して検出する。時間と対比して、注入量(1時間サンプル)の画分として、血清中に残留するタンパク質%をプロットする。
8.4 実施例4:FcRnに対するHSA上のエピトープは立体構造である
ヒトFcRnは、抗β−2ミクログロブリン抗体を用いた免疫ブロット法によって視覚化されるように、濃度依存様式で、天然HSAウェルに結合することが観察された。しかし同様の実験条件下で試験された変性HSAを使用して、同様の結果は観察されなかった。
Sigma−Aldrichからのヒト血清アルブミン(HSA;カタログ番号A−8763)とヒトIgG(hIgG;カタログ番号I−4506)、およびトリス緩衝液をCNBr−活性化セファロース4B(GE HealthCare)上に、10mgタンパク質/mlのセファロースで固定化した。CNBr活性化セファロース4Bの反応基を0.1MのTrizma塩基、0.5MのNaCl、pH8でブロックして、セファロース−トリスを調製した。HSA、hIgGまたはトリスに連結したセファロースビーズ(20μlのビーズは約180μgの連結タンパク質に相当する)は、還元(1%2−メルカプトエタノール)または非還元条件下で、SDS含有サンプル緩衝液(60mMのトリス、pH6.8、2.3%SDS、10%グリセロール、0.01%ブロモフェノールブルー)存在下において、10分間煮沸され、または未処理のままにされた。このように処理されたタンパク質またはトリス共役ビーズを0.1%アイシングラス(BIOFX LaboratoriesInc;カタログ番号PFGP−1000−01)を含有する、50mMのリン酸ナトリウム、150mMのNaCl緩衝液、pH5.5で洗浄し、次に200μlのpH5.5緩衝液中の様々な濃度のヒトFcRn(0〜20μg)と共に、室温で2時間インキュベートした。pH5.5の緩衝液を使用して、非結合タンパク質を洗い流した。1%2−メルカプトエタノールを含有する、SDS含有サンプル緩衝液と共に沸騰して、結合タンパク質を溶出し、SDSポリアクリルアミドゲル上で分析して、抗β2ミクログロブリン抗体(Abcam;カタログ番号Ab6608)による免疫ブロット法がそれに続いた。
FcRn濃度範囲全体において、セファロース−HSAへのヒトFcRnの結合は、天然HSAに対して最大であった。しかし還元および非還元条件の双方の下でHSAを変性させると、結合は大幅に減少し、FcRnに対するHSA上のエピトープが、立体構造エピトープである見込みが高いことが示唆された。(図4)。予期されたように、セファロース−IgGがヒトFcRnに結合した一方で、トリスブロックされたビーズはいかなる条件下でもFcRnに結合しなかった。
8.5 実施例5:HSAおよびドメインIIIは、酵母細胞表面に提示され得て、提示タンパク質はFcRn結合能力を保持する
本実施例は、HSAおよびドメインIIIが成功裏に、酵母細胞表面に発現され得て、また酸性pHで実施された修正フローサイトメトリーで評価されるように、これらの提示タンパク質がpH依存様式でFcRnに結合もし得ることを実証する。したがって酵母細胞上の発現は、ドメインIIIにバリエーションを含有する構築物(例えばドメインIIIのみ、完全長HSA、トランケート型HSA、または少なくともドメインIIIを含んでなるキメラポリペプチド)をスクリーニングして、このような構築物が、例えば(i)FcRnに結合する能力、および(ii)非変種構築物と比較して増大した親和性でFcRnに結合する能力を評価する1つの方法を提供する。
8.5.1 酵母細胞表面ディスプレイ
HSA、ドメインIIIまたは一本鎖Fv断片(scfv)をpYD1酵母ディスプレイベクター(Invitrogen;カタログ番号V835−01)にクローンして、酵母細胞表面における提示のために、S.セレヴィシエ(S.cerevisiae)に形質転換した。pYD1は、ガラクトース誘導性プロモーターの制御下にある、S.セレヴィシエ(S.cerevisiae)タンパク質Aga2pとのC末端融合として、対象タンパク質を提示する。全ての実験的手順は、供給業者のマニュアルに記載されるようにして実施した。形質転換細胞は、栄養要求性選択マーカーであるウラシルおよびトリプトファンを使用して選択し、適切な選択培地中で培養した(Teknova Inc.;カタログ番号C8140)。培養物をガラクトースで最高48時間誘導し、Aga2p融合タンパク質を発現させた。細胞を0、24、および48時間目に試料採取した。0.1%アイシングラスを含有するpH7.2のPBSで、細胞サンプルを洗浄してブロックし、FITC結合ウサギポリクローナル抗HSA抗体(AbcamInc.;カタログ番号AB34669)で染色して、フローサイトメトリーにより分析した。
0時間目には、HSAまたはドメインIIIの細胞表面発現は、観察されなかった一方、24時間目には酵母細胞上で双方のタンパク質の発現が観察された。このような発現は、誘導後48時間維持された。発現は、陽性FITC染色によって視覚化した。図5Aは、HSAおよびドメインIIIの双方が、酵母細胞表面で成功裏に発現され得ることを示す。予期されたように、scfv形質転換細胞は抗HSAで染色されなかった(例えば陰性であった)。したがってscfv形質転換細胞は、陰性対照の役割を果たした。
8.5.2 表面発現されたHSAまたはドメインIIIのFcRn結合能力
HSA、ドメインIIIまたはscfvを発現し、ガラクトースで48時間誘導された酵母細胞を、0.1%アイシングラスを含有するpH5.5、50mMのリン酸ナトリウム、150mMのNaCl緩衝液(FACS緩衝液とも称される)で、1時間ブロックした。次にpH5.5リン酸緩衝液中のビオチン化FcRn(70μM)と共に細胞をインキュベートし、ストレプトアビジンフィコエリトリン(PE)(Invitrogen Inc.)を使用して、結合FcRnを視覚化した。このように染色された細胞を、慣例的に使用されるPBSの代わりに、pH5.5、50mMのリン酸ナトリウム、150mMのNaCl緩衝液を用いて、フローサイトメトリーによって分析した。
scfvと比較したヒストグラム中の移行から分かるように、HSAおよびドメインIII発現細胞が、どちらもPEについて陽性に染色されたのに対し、陰性対照scfv発現細胞は染色されず、(図5B)、酵母細胞表面で発現されるHSAおよびドメインIIIがFcRn結合能力を保持し、したがって機能性であることが実証された。別途の実験では、FcRn結合の低pHフローサイトメトリーと同様に細胞を処理し、ハイスループット試料採取技術HyperCyt(登録商標)システム(IntelliCyt Corporation)を使用してアッセイし、同様の結果を得た。
8.6 実施例6 高度多様性ライブラリーを作成するための、OriPを含んでなるアデノウイルス哺乳類細胞表面ディスプレイベクター
遺伝子操作されてpENDisplayと称されるscFv−Fc発現カセット(図8Aを参照されたい)を含有するGateway(登録商標)エントリーベクター中で、scFv−Fcタンパク質の表面ディスプレイのために、グリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)アンカーを使用する哺乳類表面ディスプレイライブラリーを構築した。異なるscFv配列のライブラリーが、Sfi/NotI部位に容易に挿入される。pENDisplayベクター中のライブラリーは、製造会社に従って、pAd/PL−DEST(商標)ベクター(Invitrogen;カタログ番号V494−20)ベクターと組み合わされて、アデノウイルス発現ライブラリーが作成され、合計約5×10個のコロニー形成単位(cfu)が得られた。アデノウイルスを生成するために、トランスに組換えアデノウイルスを生成するのに必要なE1タンパク質(E1aおよびE1b)を提供する、安定して組み込まれたE1遺伝子のコピーを含有する293A細胞(Invitrogen;カタログ番号R70507)に、直線化されて左右逆方向末端反復(ITR)が露出されるアデノウイルス発現ライブラリーを形質移入した。FACS分析によって、直線化アデノウイルスライブラリーで直接形質移入された293A細胞の少なくとも50%が、それらの表面に抗体を提示することが分かった。しかしアデノウイルス生成のために、直線化アデノウイルスライブラリーを293A細胞に形質移入すると、110mm(径)のシャーレあたり50個を下回るプラークが得られた。アデノウイルスを10日目に収穫してウイルスDNAを単離し、PCRを使用してscFvコード領域を増幅し、それをpENDisplayベクターに再度クローンして戻し、96個のコロニーを拾って配列決定した。14個のみの特有のVH配列が、96個のクローン分析から同定された。プラーク回収の低効率は、直線化アデノウイルスベクターの分解に起因することもあり、アデノウイルスライブラリー複雑度の著しい低下をもたらす。
エプスタイン・バー核抗原1(EBNA−1)は核局在化シグナル(NLS)を含有して、プラスミドなどのOriP含有核酸に結合する。EBNA−1タンパク質(図9Aを参照されたい)は、NLSを介して、OriP含有核酸が核に移行するのを助け、エピソームの維持を増強してもよい。エピソーム維持は、アデノウイルスレスキューに必須とは考えられないが、OriP配列(図9Cを参照されたい)は、pENDisplayベクターのattL1およびattL2配列間のscFv−FcカセットのポリA配列の後ろに導入される。pENDisplay−OriPと称される新しいベクターは、図8Bに描写される。pENDisplay−OriP中のライブラリーは、pAd/PL−DEST(商標)ベクター(Invitrogen;カタログ番号V494−20)ベクターと組み合わされて、これもまた約5×10cfuを有する、第2のアデノウイルス発現ライブラリーが作成された。pENDisplay−OriPベクターから生成されたライブラリーを直線化して、エプスタイン・バーウイルス核抗原(EBNA−1)とアデノウイルスE1aタンパク質を安定して発現する293E細胞(Invitrogen;カタログ番号R620−07)に形質移入し、110mm(径)シャーレあたり10,000個を優に超えるプラークがもたらされた。ウイルスを7日目に収穫して、96個のクローンを上述したように分析した。OriP部位なしの第1のライブラリーから単離された特有のクローンの低い数とは対照的に、全ての96VH配列分析は特有であった。総合してこれらの結果は、アデノウイルス発現ライブラリーベクターへのOriP配列の付加が、EBNA−1発現細胞からのアデノウイルスレスキューと、アデノウイルスライブラリーの多様性の双方を大幅に改善することを実証する。
アデノウイルスベクターへのOriP配列(例えば図9C)の付加は、EBNA−1タンパク質存在下における、宿主細胞からの組換えアデノウイルス粒子の生成効率を高める。アデノウイルス発現ライブラリーを構築する際に、ウイルス生成の改善された効率は、クローン損失数を低下させることにより、ライブラリーの多様性/複雑度を維持する。下の実施例7は、本質的に上述したように、OriP配列をアデノウイルス発現ベクターに組み込む、HSAドメインIII変種を発現する、哺乳類表面ディスプレイライブラリーの構築とスクリーニングについて詳述する。
図10は、対象タンパク質の発現のための、代表的な一般的アデノウイルス発現ベクターの概略図を提供する。本実施例では、E1および/またはE3部分が欠失した、変異アデノウイルスゲノムが提供される。欠損ウイルス遺伝子は、ウイルスレスキューに使用される宿主細胞によってトランスに提供される。欠失は、対象タンパク質発現に使用される宿主細胞中において、アデノウイルスの複製を妨げる。対象DNAは、コード配列、プロモーター配列、終結シグナル、ポリA配列などをはじめとするが、これに限定されるものではない、タンパク質の発現に必要な全ての構成要素を含む。対象タンパク質は可溶性であってもよく、あるいは膜貫通ドメインまたはGPIアンカーシグナルなどのタンパク質を細胞表面に固着させる配列を含んでもよい。本明細書で例示されるように、アデノウイルスベクターは、変種タンパク質のライブラリーを発現するようにデザインされてもよい。図10に描写されるアデノウイルス発現ベクターは、構築のためのGateway(商標)エントリーおよびデスティネーションプラスミドを使用して得られる、att組換え部の位置を提供する。EBNA−1DNA配列が位置し得る、1つの可能な位置もまた描写される。ベクター構成要素のその他の位置および方向が検討される。ベクター領域の方向および/または相対的位置は、変動してもよいことが、当業者によって理解される。
8.7 実施例7 HSAおよびドメインIIIのためのその他のディスプレイプラットフォームの使用
ファージディスプレイおよび哺乳類細胞表面提示技術もまた、HSAおよびドメインIIIの可能なディスプレイプラットフォームとして評価された。ファージディスプレイプラットフォームは、恐らくこれらの分子中の多数のジスルフィド結合のために、細菌細胞表面にHSAおよびドメインIIIのどちらも発現しなかった(データ示さず)。しかし293−F細胞中の一過性の表面発現を使用する、哺乳類細胞ディスプレイシステムは、崩壊促進因子からのグリコシルホスファチジルイノシトール(Glycosylphosphatidylinisotol)(GPI)アンカーシグナルによって媒介され(例えば米国特許出願公開第2007/0111260号明細書に記載される変異DAF)、HSAおよびドメインIIIを成功裏に提示した。提示されるタンパク質は、FcRn結合能力を保持した(データ示さず)。
pEN−HSA−GPIと称される追加的な哺乳類発現構築物が生成され、その中ではエピトープタグ(例えばFlagタグ)が二重染色のために付加され、リンカーがHSAの5’および3’の双方に付加されて、融合タンパク質の可撓性を増大させてHSAのFcRnへの結合を促進し(図11A)、この構築物は一過性形質移入のために直接使用され、またはpAd−HSA−GPIと称されるOriP配列もまた組み込むアデノウイルス発現ベクターの生成のために使用される。機能性HSAは、双方の一過性形質移入アッセイで(データ示さず)、アデノウイルス発現系を使用して、哺乳類細胞(例えば293F細胞)表面で、この構築物から発現された。図11は、抗HSA(図11B)、または25μg/mlおよび5μl/mlのFcRn(それぞれ図11Cおよび11D)で染色された細胞のヒストグラムにおける、結果として生じた移行を示す。したがってHSAおよびドメインIII変種を発現して、このような変種を(i)FcRnへの結合、および(ii)例えば非変種構築物と比較して、増大した親和性でFcRnに結合する能力について、スクリーニングする、いくつかの可能なシステムが存在する。
細胞表面にHSAを提示するための293F細胞の形質移入:1.5μgのプラスミドおよび2.25μlの293フェクチンを別個の試験管内の100μlのOptimem培地(Invitrogen)に添加して、室温で5分間インキュベートし、次に2つの構成要素を共に合わせた。室温でさらに20分間インキュベーションした後、混合物を24穴ディープウェルプレート内において、1×10細胞/mlの密度で、2mlの293F細胞に添加した。8%COの存在下、250rpmで形質移入細胞を24時間培養した。
アデノウイルス発現ベクターの生成と使用:Gateway(登録商標)技術(Invitrogen)を使用して、エントリーベクター(pEN−HSA−GPI)中のHSAをInvitrogenデスティネーションベクターに組換えて、アデノウイルス発現ベクターを生成した。簡単に述べると、150ngのpEN−HSA−GPIベクター、300ngのpAd/PL−DEST(Invitrogen)、2μlのLR Clonase II(Invitrogen)、およびTE緩衝液を合計10μlの反応混合物に添加した。25℃で一晩の培養後、2μlの反応混合物を使用し、製造会社のプロトコルに従って、One−shot Top 10コンピテント細胞(Invitrogen)を形質転換した。形質転換TOP10細胞をアンピシリンプレート上に播種して、37℃で一晩培養した。単一コロニーを拾ってLB培地に入れ、プラスミドを調製した。アデノウイルス発現ベクターを含有するHSA遺伝子をPac Iで直線化してから、形質移入してアデノウイルスを生成した。2μgの直線化アデノウイルスベクターおよび6μlのlipofecatine−2000を使用して、293E細胞を形質移入してアデノウイルスを生成した。形質移入後7日目に、2〜3回、交互に凍結(−80℃)および解凍(37℃)することにより、アデノウイルスを形質移入細胞から放出した。3000rpmで10分間の遠心分離によって細胞残骸を除去し、アデノウイルス含有上清を新しい試験管内に等分して、−80℃で保存した。製造会社の使用説明書に従って、Adeno−XTM rapid titer kit(Clontech:PT3651−2)を使用してウイルス力価を判定した。HSA構築物発現のために、アデノウイルスをMOI=1で使用した。
8.8 実施例8:FcRn結合エピトープを同定するためのDIII上の表面露出ループのアラニンスキャニング変異誘発
本実施例は、HSAへのFcRn結合仲介における、ドメインIII上の表面露出ループの役割を描写する。
ドメインIIIは205個のアミノ酸残基から構成され、9つのループを介して連結し、6個のジスルフィド結合を通じて安定化される10個のへリックスをコードする(Sugio et al.1999,Protein Eng.12:439−46、およびPDB:1BM0)。これらのループを構成するアミノ酸残基の位置、ならびに各ループの長さを下に列挙する。アミノ酸の番号付けは、完全長成熟HSAタンパク質(配列番号2)中のループの位置に対する。
ループ1:残基398〜400=3個のアミノ酸
ループ2:残基415〜419=5個のアミノ酸
ループ3:残基439〜443=5個のアミノ酸
ループ4:残基468〜470=3個のアミノ酸
ループ5:残基480〜482=3個のアミノ酸
ループ6:残基492〜509=18個のアミノ酸
ループ7:残基516〜517=2個のアミノ酸
ループ8:残基537〜541=5個のアミノ酸
ループ9:残基561〜564=4個のアミノ酸
ループ番号2、3、6、8、および9は、溶媒接近可能であり、分子表面に露出する(Sugio et al.同所、およびPDB:1BM0)。
特定の実施例では、個々の表面接近可能なループ中の交互のアミノ酸をアラニンに変異させ(変異されないプロリンおよびシステインを除く)、1つのセットでは奇数の残基を変異させ、別のセットでは偶数の残基を変異させる。実験デザインを適合させるために1つの構築物のみを要するループ9を除いて、このような変異セットをループあたり2つ生成する。細胞表面提示のために、合計9つのこのような構築物をベクター中で生成し(例えばpYD1酵母ディスプレイベクター)、FcRn結合能力について評価する。変種は、出願に記載される標準生体外アッセイ(例えばフローサイトメトリー)を使用して評価してもよい。FcRnに対する改善された親和性を提示する変種が、同定される。各変種はまた、スクリーニングされて、FcRn親和性改善が酸性pHのみで起きて、中性pHで起きないどうかが判定されてもよい。酸性pHでは改善されるが、中性pHでは改善されないFcRn親和性は、(i)変種ドメインIII構築物のみ;(ii)完全長HSAの文脈で提示される変異ドメインIII構築物;または(iii)少なくともドメインIIIを含んでなるトランケート型HSAまたはキメラポリペプチドの文脈で試験されてもよい。前述の事項は、野生型ドメインIII、野生型完全長HSA、または変異なしのキメラポリペプチドと比較される。
特定の実施例では、前述のスクリーニング事項から得られる情報は、FcRn結合能力を保持しながら(または改善さえしながら)、バリエーションを受け入れやすい、表面接近可能なループ中の残基を同定する。その中で、このような同定された位置が他の20個のアミノ酸のそれぞれに変異される、一連の変種が構築され、このような変種はまた、スクリーニングもされる。2つ以上の位置に変異を含むさらなる変種が、引き続いて構築され、スクリーニングされる。
特定の実施例では、変種のライブラリーが作成され評価される。
8.9 実施例9:保存的表面露出残基のアラニンスキャニング変異誘発
アミノ酸配列アラインメントによって、13の異なる動物種間において、ドメインIII中で保存された表面接近可能なアミノ酸残基が同定された。このような保存された残基をアラニンに単独に変異させて、FcRn結合中におけるそれらの役割を判定する。
HSAのドメインIIIアミノ酸配列は、ラット、マウス、ウシ、イヌ、ウサギ、ブタ、ニワトリ、ロバ、スナネズミ、ヒツジ、ネコ、およびウマをはじめとする12の異なる種からの血清アルブミンドメインIII配列と比較され、全てのこれらの種間で保存された残基が同定された(図6A〜D)。ニワトリHSAは哺乳類HSAタンパク質と異なるので、哺乳類のみの第2のアラインメントが提供される(図6E〜H)。ブタ、ラット、マウス、イヌ、ヒツジ、ウサギ、およびウシからの血清アルブミンについては、ELISA、免疫ブロット法、およびSPRによって、ヒトFcRnに結合することが既に示されている(データ示さず)。別途の分析において、ドメインIII中の表面露出残基は、インターネット上のGETAREA1.0βソフトウェア(http://curie.utmb.edu/getarea.html)を使用して同定された。このソフトウェアは、個々の原子の接近可能表面積およびそれらの勾配を計算して、それぞれ接近不能および接近可能を示す「i」または「o」として表される、表面接近可能性について各アミノ酸残基をスコアする(表3)。これらの異なる全種間で保存され、また表面が露出してもいることがソフトウェアによって計算されてHSA結晶構造の手動検査によって確認されたアミノ酸が、同定された(表3の囲み)。
このように同定された全ての18個のアミノ酸残基を単独にアラニンに変異させ、細胞表面ディスプレイ(例えばpYD1酵母ディスプレイシステム)を使用して、FcRn結合に対する影響について評価した。ドメインIII単独、全長HSAタンパク質、トランケート型HSA、または少なくともドメインIIIを含んでなるキメラポリペプチドの1つまたは複数の文脈で、ドメインIII変異が導入されてスクリーニングされる。保存された表面露出システインおよびプロリンは、分析に含まれない。
別の実施例では、全ての18個のアミノ酸残基(またはアラニン実験が特定位置が置換に耐えないことを示唆する場合は、全18個を下回る)をその他の19個のアミノ酸残基のそれぞれに単独に変異させ、pYD1酵母ディスプレイシステム(または別のディスプレイシステム)を使用して、FcRn結合に対する影響について評価する。
別の実施例では、変異組み合わせを含む変種を構築して評価する。変種は、出願に記載される標準生体外アッセイ(例えばフローサイトメトリー)を使用して評価してもよい。FcRnに対する改善された親和性を提示する変種が、同定される。各変種はまた、スクリーニングされて、FcRn親和性改善が酸性pHのみで起きて、中性pHで起きないどうかが判定されてもよい。酸性pHでは改善されるが、中性pHでは改善されないFcRn親和性は、(i)変種ドメインIII構築物のみ;(ii)完全長HSAの文脈で提示される変異ドメインIII構築物;または(iii)少なくともドメインIIIを含んでなるトランケート型HSAまたはキメラポリペプチドの文脈の1つまたは複数で試験されてもよい。前述の事項は、野生型ドメインIII、野生型完全長HSA、または変異なしのキメラポリペプチドと比較される。
表3.表は、ドメインIII中の全アミノ酸の溶媒接近性パラメータを描写する。図6A〜Dで配列比較された全種間で保存された残基(配列番号2で提示される、成熟完全長HSA配列に関して番号付けされる)を太字で示して(##)で示し、表面接近可能であり、また配列比較された全種間で保存されてもいる残基を枠で囲んだ。http://curie.utmb.edu/getarea.html.さらに、ニワトリを除く、図6E〜Hで配列比較された全種間で保存された残基は(@@)で示した。残基は(i)および(o)として注釈され、それぞれ表面接近可能および表面接近不能を表示する。
Figure 2014510518
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8.10 実施例10:単一アミノ酸変異体ライブラリーを作成するためのドメインIII上の各残基の全ての可能なアミノ酸への変異誘発
システインおよびプロリンを除く、ドメインIII中の全てのアミノ酸を全ての20個のアミノ酸に変異させ(すなわち野生型アミノ酸および全ての19個の非野生型アミノ酸)、個々の変異体が単一変異を1つの位置にのみ有するように、変異体ライブラリーを作成する。205個のアミノ酸の全長が、ライブラリー構築によってカバーされ;したがって184個の残基は個々に変異して、3496種の全ライブラリー多様性がもたらされる。ドメインIII単独、全長HSAタンパク質、トランケート型HSA、または少なくともドメインIIIを含んでなるキメラタンパク質の1つまたは複数の文脈で、ドメインIII変異が導入されてスクリーニングされる。標準変異誘発法を利用して、ドメインIII変異体ライブラリーを作成し得る。任意選択的にまたは代案としては、Geneart AG,Germanyなどの商業施設によって、ドメインIII変異体のライブラリーが、作成される。組換えアデノウイルスの生成改善のためにOriP配列を含んでなる(OriPを含んでなる汎用エントリーベクターの概略図については図10を参照されたい)、上述される、pYD1酵母ディスプレイベクターまたは哺乳類ディスプレイベクターpEN−HSA−GPIなどのディスプレイベクターに、変異体ライブラリーをクローンして、本出願に記載されるに標準生体外アッセイ(例えばフローサイトメトリー)を使用して、FcRn結合能力についてスクリーニングする。FcRnに対する改善された親和性を提示する変種が、同定される。各変種はまた、スクリーニングされて、FcRn親和性改善が酸性pHのみで起きて、中性pHで起きないかどうかが判定されてもよい。酸性pHでは改善されるが、中性pHでは改善されないFcRn親和性は、(i)変種ドメインIII構築物のみ;(ii)完全長HSAの文脈で提示される変異ドメインIII構築物;または(iii)キメラポリペプチドの文脈で試験されてもよい。前述の事項は、野生型ドメインIII、野生型完全長HSA、または変異なしのキメラポリペプチドと比較される。実験デザインは、FcRn親和性を改善する変異がある結合エピトープを同定できるようにする。
6×10e4個の独立した形質転換体を有する合成ドメインIII(DIII)ライブラリーが、上述したように作成された。ライブラリーは、個々の変異体が単一変異を1つの位置のみに有するようにデザインされたが、いくつかの二重変異、および三重変異でさえも生成された。合成DIIIライブラリーをPCR増幅し、オーバーラップPCRによってDIおよびDIIと共に組み立てて、完全長HSAライブラリーを形成した。PCRをSfiIおよびEcoRIで消化して、同様に消化されたベクターpEN−HSA−GPIにクローンしたが、これは上述したようなOriP配列を含んでなる、改善された哺乳類ディスプレイGateway(商標)エントリーベクターである(例えば図8Bおよび10を参照されたい)。DIIIライブラリーを増幅するのに使用されたプライマーは、NおよびC末端に6個の野生型アミノ酸残基を有し、したがってドメインIIIのこれらの12個のアミノ酸の多様性は撤廃される。2つのライブラリーがpEN−HSA−GPIベクター中に作成され、相当するアデノウイルスライブラリーは、12μgのPAC I直線化アデノウイルス発現ベクターがライブラリー作成に使用されたこと以外は、本質的に上述したように作成される。各ライブラリーのサイズが、(表4)に示される。pEN−HSA−GPIライブラリーの多様性をライブラリー1中で調べたところ、約50%のクローンが野生型であったのに対し、ライブラリー2では約30%のクローンが野生型であった。
Figure 2014510518
野生型HSA、HSA−DIIIライブラリー1、またはHSA−DIIIライブラリー2を発現するアデノウイルスによって感染された細胞は、本質的に上の実施例5に記載されるように、抗HSA−FITC抗体とFcRn−ビオチンで染色され(SA−PEにより検出)、後述するようにFACSによって分析/スクリーニングした。野生型HSAおよび2つのライブラリーの発現レベルは、同等であった(図12A)。10μg/mlのFcRnで染色した際に、HSA−DIIIライブラリーを発現する細胞集団のみがヒストグラム中で移行を示した(図12B)。図13は、対応する二重染色FACSプロファイルを示す。選別から回収された富化細胞集団は、増幅されて、選別により2回目の富化を受け、または後述するように個々のクローンを単離するのに使用された。図14Aのヒストグラムに見られるように、野生型HSA、出発ライブラリー、およびソートされたライブラリーの発現レベルは同等である。しかしFcRnによる染色は、1回および2回ソートされたライブラリーが、1μg/mlおよび0.1μg/mlにさえ至る低濃度で存在する、FcRnと結合し得るHSA−DIII変異体を発現する細胞について、富化されていることを示す(図14BおよびC)。
いくつかの個々のクローンは、(後述されるように)単離され、実験をpH7.2で実施したこと以外は、本質的に上の実施例2に記載されるようにして、pH依存性FcRn結合についてスクリーニングされる。図15は、pH5.5(パネルA)およびpH7.2(パネルB)における、対照細胞、野生型HSA、およびいくつかの代表的クローンの代表的ヒストグラムを示す。これらのHSA変異体と野生型HSAの発現レベルは、同等である(図15C)。図16に示されるように、pH依存性結合(すなわち低pHにおける優先的な結合)を保持すると同定されたクローンを配列決定し、いくつかのFcRn濃度(例えば0.1μg/ml、1μg/ml、および10μg/mlのFcRn−ビオチン)を使用して、野生型HSAおよび対照細胞と共に、追加的FACS分析を実施し、FcRnに対する変異体の相対的親和性を分析してもよい。さらに、任意のその他の特性解析に先だって。富化集団からの約1100個のクローンを配列決定した。表5は、ライブラリーから単離および/または配列決定されたクローン中において同定された、アミノ酸置換の概要を提供する。太字の位置は、約1〜5%のクローンではこの位置に置換が見られ、「好ましいスポット」であると称されてもよいことを示す。太字下線の位置は、5%を超えるクローンではこの位置に置換が見られ、「ホットスポット」であると称されてもよいことを示す。斜体で列挙されるアミノ酸置換(置換AAの列)は、二重/三重変異の文脈でのみ同定された。5個以上のクローンで見られるアミノ酸置換(置換AAの列)は、太字で示される。3つ以上のクローンで見られる組み合わせもまた太字で示され、同定されたクローン数が括弧内に示される。アミノ酸番号は、配列番号2で提供される成熟完全長HSAに関する。同一アミノ酸置換を同一位置に、および/または異なるアミノ酸置換を同一位置に含有する複数クローンが単離され(表5を参照されたい)、これらの位置が、変異ホットスポットに相当してもよいことが示唆される。
HSAの解析された構造体上における、いくつかの好ましいスポットおよび/またはホットスポットの位置が、図17に示される。アミノ酸407、415、および463を除く、ホットスポットおよび好ましいスポットの大部分は、ループ6および7(それぞれ残基492〜509および516〜518を包含する)およびへリックス7および(それぞれ残基510〜515および519〜536を包含する)中に見られ、図16中で丸で囲まれる。
Figure 2014510518
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このように同定されたいくつかの変異体は、部位特異的変異誘発によって、可溶性タンパク質として生成され、さらなる分析のために後述するようにして精製された。結合親和性(pH5.5においてK)およびpH依存性(7.2対5.5)は、(後述するような)ProteOnおよび/または(本質的に上述したような)BIAcoreによって測定された。表6は、結合研究の概要を提供し、これらの研究のタンパク質密度を含む。いくつかの変異体は、pH5.5において、表6中で太字表記されるL407Y/Q526T;L463N/T508R;I523G;V424Q;L83N/128R/I143G;およびK144をはじめとする、結合強化を有することが分かった。これらの試験された中で、pH5.5で結合増強を示した全てが、pH依存性結合を維持することもまた分かった(表6の最後の列を参照されたい)。いくつかのアッセイされた変異体は、pH5.5において、無変化であり、またはKが増大さえすることが分かった(すなわち無変化またはより劣る結合)。このようなクローンが同定されるいくつかの可能な理由があり、例えばこれらの変異は、ディスプレイシステム中におけるタンパク質の発現または安定性を高めてもよい。また提示に使用されるGPIアンカーが、結合に何らかの影響を及ぼす可能性もあり、変異HSAが可溶性分子として発現される場合に、複製されないものをこれらの変異体が代償し得る。さらにスクリーニング手順のデザインは、オフ速度安定化変異体を捕捉するために最適化され、それが全体的な親和性改善に変換されても、されなくてもよい。それはまた、これらの変異が、1つまたは複数のその他の変異と組み合わされた場合に、増強を提供することを反映してもよい。いくつかの変異は、組み合わさって見られた(表5を参照されたい)。
Figure 2014510518
細胞染色およびFACS分析および選別:密度1×10/mlの3000万個の293F細胞に、MOI=1でHSAアデノウイルスライブラリーを感染させた。遠心分離による形質導入の16時間後に細胞を収集し、冷FACS緩衝液で洗浄して、約1×10細胞/mlで再懸濁した。1回目の選別のために、ビオチン化FcRnを10μg/ml(212nM)で添加した。4℃で60分間の培養後、細胞をFACS緩衝液で2回洗浄し、1:500の希釈でストレプトアビジン−PEに再懸濁した。4℃で30分間培養し、FACS緩衝液で1回洗浄して、FcRn結合についてソートした後、pH5.5でFcRnに結合する細胞を富化した。ソートされた細胞を追加的なスクリーニングのために増幅した。2回目の選別では、1μg/ml(21.2nM)でビオチン化FcRnを使用したこと以外は、本質的に上述したようにして富化細胞集団をソートし、高親和性HSA変異体をさらに富化した。富化ライブラリーの追加的な分析は、0.1μg/ml(2.12nM)でもまた実施され、例えば図14を参照されたい。いくつかのスクリーニングでは、1回目または2回目のスクリーニングに、「除外」ステップが組み込まれ、その中で富化細胞集団がソートされて、中性pH(pH7.4)でFnRcに結合するものが除去された。個々のクローンを同定するために、ウイルスDNAが富化細胞集団から抽出され、293F細胞の一過性形質移入のために、DIIIHSA変種を哺乳類発現ベクターにクローンされる。本質的に上述したように、pH5.5およびpH7.4において、フローサイトメトリーによって、個々のクローンをpH依存性結合についてスクリーニングする。
HSA−DIII変異体の生成および発現:特異的変異誘発プライマーを使用して、哺乳類発現ベクター中で標準プロトコル(QuikChange(登録商標)II XL部位特異的変異誘発キット、Agilent;カタログ番号200521)を使用して、野生型HSAを変異させていくつかのDIII変異体を生成する。製造会社のプロトコルに従って、293fectin(商標)形質移入試薬(Invitrogen;カタログ番号Sku12347−019)を用いた一過性形質移入によって、変異体が293F細胞中で発現され、変異体は標準手順を使用して、抗FLAGM2親和性ゲル(Sigma−Aldrich;カタログ番号A2220)上で精製される。このように精製された全ての変異体をSDS PAGE、およびサイズ排除クロマトグラフィーによって分析し、純度と凝集を評価した。全ての変異体は約99%純粋と判定され、著しい凝集はなかった(単量体が95%を上回る)(データ示さず)。
ProteOn解析:ProteOn XPR36タンパク質相互作用アレイシステム(BioRad)上で、HSA変種に対するヒトFcRnの親和性(KD)を測定した。簡単に述べると、製造会社によって概説されるように、ProteOnアミン共役キットを使用して、HSA変種をProteOn GLMセンサーチップ上の別個のフロー表面に高密度で固定化した。最終表面HSA密度は、3740〜3950RUであった。参照フロー表意もまた、いかなるタンパク質もなしに同一固定化プロトコルを使用して、チップ上で調製した。共役タンパク質と参照セル表面の双方の上に、50mMのP04、150mMのNaCl緩衝液、pH5.5中の5.86nM〜10000nMの範囲にわたるヒトFcRnの2倍連続希釈液を25μL/分の流速で注入した。8分間にわたり結合データを収集し、0.05%のTween20を含有するpH7.4リン酸緩衝食塩水の複数回の60秒間の注入による再生がそれに続いた。各注入の平衡結合応答(Req)を濃度に対してプロットして、ProteOn Managerソフトウェアを使用して、定常状態親和性モデルに適合させて平衡結合定数KDを導出した。
この分析に基づいて、同定された組み合わせ変異のさらなる分析を実施して、個々の変異の活性を評価した。それに加えて、変異の異なる組み合わせ(例えばスクリーニング中に直接同定されなかった、2つ以上の位置に変異を有する構築物)が、FcRnに対する親和性改善を提供するかどうかを同定する、さらなるスクリーニングが行われる。
8.11 実施例11:ドメインIII上の選択された残基のコンビナトリアル変異誘発
実施例10(上記)で同定される最も頻度の高い変異の組み合わせを調べるために、残基407;415;463;495;508;509;511;512;515;516;517;521;523;524;526;527;および557が、表7に示される残基に変異されるように、合成ドメインIIIライブラリーを作成して、個々の変異体が2〜4個の変異を有するように、変異体ライブラリーを作成する。代案としては、列挙される各残基が、全ての20個のアミノ酸(すなわち野生型アミノ酸と全ての19個の非野生型アミノ酸)に変異されるようにライブラリーを作成して、より大規模な組み合わせのセットを調べてもよい。
ドメインIII単独、全長HSAタンパク質、トランケート型HSA、または少なくともドメインIIIを含んでなるキメラタンパク質の1つまたは複数の文脈で、ドメインIIIコンビナトリアル変異が導入されてスクリーニングされる。標準変異誘発法を利用して、ドメインIII変異体ライブラリーを作成し得る。任意選択的にまたは代案としては、Geneart AG,Germanyなどの商業施設によって、ドメインIII変異体のライブラリーが、作成される。
コンビナトリアル変異体のライブラリーは、上述したようなpYD1酵母ディスプレイベクターまたは哺乳類ディスプレイベクターpEN−HSA−GPIなどのディスプレイベクターにクローンされ、本出願に記載される標準生体外アッセイ(例えばフローサイトメトリー)を使用して、FcRn結合能力についてスクリーニングされる。実施例10に記載されるものなどの陽性および/または負の選択法を用いてもよい。FcRnに対する親和性改善を提示するコンビナトリアル変種が、同定される。各コンビナトリアル変種はまた、スクリーニングされて、FcRn親和性改善が酸性pHのみで起きて、中性pHで起きないどうかが判定されてもよい。酸性pHでは改善されるが、中性pHでは改善されないFcRn親和性は、(i)変種ドメインIII構築物のみ;(ii)完全長HSAの文脈で提示される変異ドメインIII構築物;または(iii)キメラポリペプチドの文脈で試験されてもよい。前述の事項は、野生型ドメインIII、野生型完全長HSA、または変異なしのキメラポリペプチドと比較されてもよい。代案としては、または任意選択的に、コンビナトリアル変異をドメインIII、完全長HSA、または各変異を単独に含んでなるキメラポリペプチドと比較して、組み合わせが、FcRn親和性および/または血清半減期をさらに高めるかどうかを判定もよい。実験デザインは、FcRn親和性を改善しおよび/または血清半減期改善するコンビナトリアル変異を同定できるようにする。
Figure 2014510518
8.12 実施例12:FcRn親和性改善についてスクリーニングされる、単一アミノ酸変異体をもたらすドメインIII上の残基の変異誘発
18個の単一アミノ酸がドメインIII中の保存アミノ酸から選択され、本出願に記載される標準法を使用して、各変種が単一変異を1つの位置のみに有するように、単独にアラニンに変異させる。18個の変種を導入して、全長HSAタンパク質の文脈で、または代案としてはトランケート型HSA、または少なくともドメインIIIを含んでなるキメラタンパク質中でスクリーニングする。本出願に記載されるi標準生体外アッセイを使用して、FcRn結合能力について18個の変種をスクリーニングする。FcRnに対する親和性改善を提示する変種が、同定される。各変種はまた、スクリーニングされて、FcRn親和性改善が酸性pHのみで起きて、中性pHで起きないどうかが判定される。酸性pHでは改善されるが、中性pHでは改善されないFcRn親和性は、(i)変種ドメインIII構築物のみ;(ii)完全長HSAの文脈で提示される変異ドメインIII構築物;または(iii)キメラポリペプチドの文脈で試験されてもよい。前述の事項は、野生型ドメインIII、野生型完全長HSA、または変異なしのキメラポリペプチドと比較される。
この分析に基づいて、変異の組み合わせ(例えば2つ以上の位置に変異を有する構築物)が、FcRn親和性改善を提供するかどうかを同定するためのさらなるスクリーニングが実施される。
8.13 追加的な「ホットスポット」変種およびコンビナトリアル変種
位置463、508、523、および524を全ての19個の非野生型アミノ酸に別々に変異させ、本質的に上述したように、76個の個々の点変異のセットをクローンして発現させた(「HSA−DIII変異体の生成および発現」と題された上の節を参照されたい)。チップと共役している抗HSA(非ドメインIIIバインダー)を使用して、BIAcore分析を実施し、細胞上清からHSA変種を捕捉した。次にヒトFcRnをチップ上に通過させてpH5.5で結合させ、pH5.5における結合と解離を測定した。この構成では、解離定数(kd(1/s))が、結合定数よりもさらに正確である。野生型HSAよりも少なくとも2.5倍遅いオフ速度を有する単一変異体の結合定数が、表8に提供される。表8を見ても分かるように、これらの位置における多数の置換が、野生型HSAと比較して、より緩慢なオフ速度と、FcRn結合改善をもたらす。
Figure 2014510518
実施例10(上記)で同定された「ホットスポット」変異のそれぞれが合わさった一連の二重、三重、四重のHSA変異組み合わせが生じた。「ホットスポットコンビナトリアル」変異体をクローンして発現させ、本質的に上述したようにして、平衡結合定数およびpH依存性FcRn結合(ヒトおよびカニクイザル(cynomologus monkey))を測定した(「HSA−DIII変異体の生成および発現」および「反応速度測定」と題された上記の節を参照されたい)。pH5.5および7.4において、流速5μl/分で3μMのFcRnを注入し、pH5.5と比較したpH7.4における平衡時の応答率を導出し、FcRn結合のpH依存性を計算した。表9に要約されるように、「ホットスポット」コンビナトリアル変異のそれぞれは、結合親和性に少なくとも2〜3倍の改善を示し、四重変異が最大の改善(20〜75倍)を示した。これに加えて、変異体のいくつかは、ほぼ野生型レベルのpH依存性FcRn結合を維持した(L463N/T128R;L463N/K524L;T508R/I523G;およびL463N/T508R/I523G)。いくつかの「ホットスポット」コンビナトリアルHSA変種のSPR由来運動定数および平衡定数が、表10に提供される。これに加えて、カニクイザル(cynomologus monkey)FcRnに対するいくつかの「ホットスポット」コンビナトリアル変種のSPR由来平衡定数およびpH依存性(表10)は、ヒトFcRnで見られたのと同様であることが示された(表9)。
Figure 2014510518
Figure 2014510518
Figure 2014510518
8.14 半減期測定
改善されたFcRn結合HSA変異体が、長期の半減期を有するという概念実証を試験するために、目下利用できる唯一のマウスモデルは、huFcRn tgnマウスである(マウス遺伝子の同型接合KO、およびヒト遺伝子の異型接合KI)(PetkovaS.B et al,(2006)International Immunology,Vol.18,No.12,pp.1759−1769)。このモデルは、HSA半減期測定の観点から、Wt HSAよりも10倍高い親和性で、ヒトFcRnと結合する、マウス血清アルブミン(600μM)の非常に高い循環濃度という、重大な限界を有する。しかしこのモデルは、試験されたHSA変種が、マウス血清アルブミン(MSA)と成功裏に競合できれば使用し得る。
生体外Biacore競合実験をデザインし、親和性改善を示す変異体がhuFcRn結合について、マウス血清アルブミン(MSA)と成功裏に競合できるかどうかを予測した。これらの実験は、1μMのFcRnを一連の濃度(41nM〜100μM)のMSAと予備混合して、変異HSA表面上に注入して実施し、MSAがFcRn結合についてHSA変種と競合する能力を試験した。データを単一クラス競合的結合部位モデルに適合させて、IC50を計算した。
L463N/K524L;T508R/I523G;およびL463N/T508R/I523Gの3つの変異体が最初に試験され、これらの変異体のそれぞれが、FcRnへの親和性改善を示し、pH依存性を維持した(表8を参照されたい)。T508R/I523GおよびL463N/K524Lは、Wt HSAまたはMSAよりも10〜15倍高いIC50値を有することが分かった(表11)。これらのIC50値はオフ速度測定値に合致し、T508R/I523GおよびL463N/K524Lが、FcRnとより安定した複合体を形成することが示唆された。
次にこれらの3つの各変異体の半減期が、huFcRn tgnマウス中で生体内測定された(下のPK解析を参照されたい)。表11に示されるように、このモデル系変異体L463N/K524Lは、半減期に5時間の改善を示し、変異体T508R/I523Gは3時間の改善を示す。しかし変異体L463N/T508R/I523Gは、モデル中でWtよりも急速に除去された。L463N/T508R/I523Gのより急速なクリアランスは、上述のように、マウスモデルの限界に起因する人為結果であってもよい。代案としては、変異が、タンパク質の生体内安定性に影響を及ぼしてもよく、またはその生体内分布に影響を及ぼしてもよい。L463N/K524LおよびT508R/I523Gの半減期の値は、変異体のオフ速度プロファイルと一致する。またこれらのデータは、MSAとの競合実験を使用して実施されたIC50測定値ともと一致する。
Figure 2014510518
PK解析:野生型HSA(Wt HSA)またはL463N/T508R/I523G、T508R/I523G、L463N/K524L変種が、N末端His10タグを保有するように生成された。全てのタンパク質は、既述のように293F細胞中で発現され、製造会社の説明に従って、GE Healthcare(カタログ番号17−5248−02)からのHisTrap HPカラムを使用して精製された。huFcRn tgnマウスに、15mg/KgのWtHSAまたはL463N/T508R/I523G、T508R/I523G、L463N/K524L変種を尾静脈を介して静脈内輸液し、1、16、24、48、72、96、および120時間の時点において、5匹のマウス/時点/群を使用して血清サンプルを採取した。ELISAによって、マウスからの血清サンプルを分析した。簡単に述べると、ELISAプレートを(当施設内で生成された)抗His mAbでコーティングし、血清サンプルの適切な希釈液とのインキュベーションがそれに続き、ウサギ抗HSAポリクローナル抗体(AbCam;カタログ番号AB60191)およびロバ抗ウサギ−IgGHRP(Jackson Immunoresearch;カタログ番号711−035−152)を用いて、血清中に残留するHSA/変種の量を検出した。全ての動物実験は、施設内審査委員会によって認可された。
WinNonlin Professional(v5.2;Pharsight Corp.)を使用して、ノンコンパートメント解析を実施して、平均血清タンパク質濃度時間プロファイルから、薬物動態学的パラメータを判定した。Cp,last/λ(式中、λは、最小二乗によって、排除の最終相に適合された線の傾斜であった)から、最後の測定値を超える面積(Cp,last)を推定して、対数台形法を使用して、曲線下面積(AUC)を計算した。タンパク質のクリアランス(CL)値は、CL=用量/AUCから計算され、用量は輸液されたcpmであった。半減期(t1/2)は、ln 2/λから計算された。
9 配列
配列番号1−ヒトHSADIIIタンパク質配列
Figure 2014510518
配列番号2−ヒト完全長HSAタンパク質配列
Figure 2014510518
配列番号18
Figure 2014510518
図6は、様々な種からの血清アルブミンタンパク質のドメインIIIのアラインメントを提供する。
ラット血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号3として記載される。ラット血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号4として記載される。ウシ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号5として記載される。ヒト血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号2として記載される。イヌ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号6として記載される。ウサギ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号7として記載される。ブタ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号8として記載される。ニワトリ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号9として記載される。ロバ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号10として記載される。スナネズミ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号11として記載される。ヒツジ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号12として記載される。ネコ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号13として記載される。ウマ血清アルブミンのドメインIIIの野生型アミノ酸配列は、図6で配列番号14として記載される。
本明細書で言及される全ての刊行物および特許は、あたかも個々の出版物または特許を具体的に個々に参照によって援用すると示されるように、その内容全体を参照によって本明細書に援用する。これに加えて、2010年2月16日に出願された米国仮特許出願第61/304,954号明細書;および2010年7月15日に出願された米国仮特許出願第61/364,503号明細書は、あらゆる目的のためにその内容全体を参照によって援用する。
主題発明の特定の実施形態を考察したが、上の明細書は例示的であり、限定は意図されない。本発明の多数のバリエーションは、本明細書および下の請求項を検討すれば、当業者には明白である。本発明の全範囲は、このようなバリエーションと共に、その同等物の完全な範囲および明細書と共に、特許請求の範囲を参照して判定されるベきである。

Claims (32)

  1. ヒト血清アルブミン(HSA)部分を含んでなるポリペプチドであって、そのHSA部分がHSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片を含んでなり、前記HSAドメインIII、またはその新生児Fc受容体(FcRn)結合断片が、完全長成熟HSA中の位置に対応して番号付けされた、
    (a)残基463および508;
    (b)残基463および523;
    (c)残基463および524;
    (d)残基508および523;
    (e)残基508および524;
    (f)残基523および524;
    (g)残基463、508、および523;
    (h)残基463、508、および524;
    (i)残基463、523、および524;
    (j)残基508、523、および524;および
    (k)残基463、508、523、および524
    からなる群から選択される位置におけるアミノ酸置換を含んでなり、前記置換が、HSA部分が前記アミノ酸置換を含まない対照ポリペプチドと比較して、前記ポリペプチドのFcRn親和性および血清半減期の片方または双方を増大させる、ポリペプチド。
  2. がロイシンでなく、および/またはXがスレオニンでなく、および/またはXがイソロイシンでなく、および/またはXがリジンでない、配列番号18を含んでなるポリペプチドであって、Xがロイシンであり、Xがスレオニンであり、Xがイソロイシンであり、Xがリジンである対照ポリペプチドと比較して、FcRn親和性増大および血清半減期増大の片方または双方を有するポリペプチド。
  3. が、システイン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、アスパラギン、セリン、またはグルタミンであり;Xがシステイン、グルタミン酸、イソロイシン、リジン、アルギニン、またはセリンであり;Xが、アラニン、システイン、アスパラギン酸、グルタミン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、リジン、ロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、グルタミン、アルギニン、セリン、スレオニン、バリン、トリプトファン、またはチロシンであり;およびXが、アラニン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、グルタミン、スレオニン、またはバリンである、請求項2に記載のポリペプチド。
  4. がアスパラギンであり、および/またはXがアルギニンであり、またはXがグリシンであり、および/またはXがロイシンである、請求項2に記載のポリペプチド。
  5. 前記ポリペプチドが、前記対照ポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合する、請求項1〜4のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  6. 前記ポリペプチドが、前記対照ポリペプチドよりも高い親和性でFcRnに結合し、前記親和性が酸性pHで測定される、請求項1〜5のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  7. 残基463における置換が、L463C、L463F、L463G、L463H、L463I、L463N、L463S、L463Qから選択され;残基508における置換が、T508C、T508E、T508I、T508K、T508R、T508Sから選択され;残基523における置換が、I523A、I523C、I523D、I523E、I523F、I523G、I523H、I523I、I523K、I523L、I523M、I523N、I523P、I523Q、I523R、I523S、I523T、I523V、I523W、I523Yから選択され;および残基524における置換が、K524A、K524F、K524G、K524H、K524I、K524L、K524M、K524Q、K524T、K524Vから選択される、請求項1、または請求項5〜6のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  8. 残基463における置換が、L463F、L463Nから選択され;残基508における置換が、T508R、T508Sから選択され;残基523における置換が、I523D、I523E、I523F、I523G、I523K、I523Rから選択され;残基524における置換がK524Lである、請求項7に記載のポリペプチド。
  9. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換が、
    (a)L463N/T508R;
    (b)L463N//I523G;
    (c)L463N/K524L;
    (d)T508R/I523G;
    (e)T508R/K524L;
    (f)I523G/K524L;
    (g)L463N/T508R/I523G;
    (h)L463N/T508R/K524L;
    (i)L463N//I523G/K524L;
    (j)T508R/I523G/K524L;および
    (k)L463N/T508R/I523G/K524L
    からなる群から選択される、請求項7または8に記載のポリペプチド。
  10. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がL463N/T508Rである、請求項9に記載のポリペプチド。
  11. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がL463N//I523Gである、請求項9に記載のポリペプチド。
  12. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がL463N/K524Lである、請求項9に記載のポリペプチド。
  13. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がT508R/I523Gである、請求項9に記載のポリペプチド。
  14. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がT508R/K524Lである、請求項9に記載のポリペプチド。
  15. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がL463N/T508R/I523Gである、請求項9に記載のポリペプチド。
  16. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がL463N/T508R/K524Lである、請求項9に記載のポリペプチド。
  17. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がL463N//I523G/K524Lである、請求項9に記載のポリペプチド。
  18. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がT508R/I523G/K524Lである、請求項9に記載のポリペプチド。
  19. HSAドメインIII中の前記アミノ酸置換がL463N/T508R/I523G/K524Lである、請求項9に記載のポリペプチド。
  20. 配列番号のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド。
  21. 前記ポリペプチドが、異種タンパク質の機能活性を保持してFcRnに結合でき、異種タンパク質を含んでなる請求項1〜15のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  22. 前記異種タンパク質が、抗体またはその抗原結合性断片を含んでなる、請求項21に記載のポリペプチド。
  23. 前記異種タンパク質が、治療用タンパク質を含む、請求項21または22に記載のポリペプチド。
  24. 前記異種タンパク質が、前記HSA部分と化学的にまたは組換え的に結合している、請求項21〜23のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  25. 前記ポリペプチドが、異種非タンパク質作用物質の機能活性を保持しFcRnに結合できる、非タンパク質作用物質に結合する請求項1〜15のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  26. 前記異種タンパク質または前記非タンパク質作用物質が、前記HSA部分のN末端アミノ酸に、前記HSA部分のC末端アミノ酸に、または前記HSA部分の内部アミノ酸に結合している、請求項21〜25のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  27. HSA部分がHSAドメインIの少なくとも一部;またはHSAドメインIIの少なくとも一部;またはHSAドメインIの少なくとも一部と、HSAドメインIIの少なくとも一部をさらに含んでなる、請求項1〜26のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  28. 請求項1〜27のいずれか一項に記載のポリペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含んでなる組成物。
  29. 請求項1〜22のいずれか一項に記載のポリペプチド、または請求項28に記載の組成物を前記対象に投与するステップを含んでなる、それを必要とする対象を治療する方法。
  30. 請求項1〜27のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる、核酸構築物。
  31. タンパク質を請求項1〜15または27のいずれか一項に記載のポリペプチドに結合させるステップを含んでなる、タンパク質のFcRn親和性および血清半減期の片方または双方を増大させる方法。
  32. 非タンパク質作用物質を請求項1〜15または27のいずれか一項に記載のポリペプチドに結合させるステップを含んでなる、非タンパク質作用物質のFcRn親和性および血清半減期の片方または双方を増大させる方法。
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