JP2012520066A - Bmpアンタゴニスト感受性が低下した骨形成タンパク質2(bmp2)変異体 - Google Patents
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Abstract
【選択図】なし
Description
i)本発明の単離ペプチドをコードする核酸配列、又は
ii)本発明の単離ペプチドをコードする核酸と標準条件下でハイブリダイズする核酸配列を含むことを特徴とする、単離核酸を提供する。
配列番号1に基づき、置換N59K及びV99Tを有する配列番号2;
配列番号1に基づき、置換N59K及びN102YHを有する配列番号3;
配列番号1に基づき、置換N59T及びV99Tを有する配列番号4;
配列番号1に基づき、置換N59T及びN102YHを有する配列番号5;
配列番号1に基づき、置換V99T及びN102YHを有する配列番号6;
配列番号1に基づき、置換N59T及びS24Eを有する配列番号7;
配列番号1に基づき、置換N59K及びP36Kを有する配列番号8;
配列番号1に基づき、置換N59K、N102YH及びS24Eを有する配列番号9;
配列番号11に基づき、置換N59K及びV99Tを有する配列番号12;
配列番号11に基づき、置換N59K及びN102YHを有する配列番号13;
配列番号11に基づき、置換N59T及びV99Tを有する配列番号14;
配列番号11に基づき、置換N59T及びN102YHを有する配列番号15;
配列番号11に基づき、置換V99T及びN102YHを有する配列番号16;
配列番号11に基づき、置換N59T及びS24Eを有する配列番号17;
配列番号11に基づき、置換N59K及びP36Kを有する配列番号18;及び/又は
配列番号11に基づき、置換N59K、N102YH及びS24Eを有する配列番号19。
(1)例えば
a)65℃で4×SSC、又は
b)65℃で6×SSC、0.5%SDS、100μg/mlの変性断片化サケ精子DNA、又は
c)42℃で4×SSC、50%ホルムアミド、又は
d)50℃で2×SSC若しくは4×SSC(低ストリンジェンシー条件)、又は
e)42℃で2×SSC若しくは4×SSC、30%〜40%ホルムアミド(低ストリンジェンシー条件)、又は
f)45℃で6×SSC、又は
g)0.05Mリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.0)、2mM EDTA、1%BSA及び7%SDS
というハイブリダイゼーション条件。
(2)例えば
a)65℃で0.1×SSC、又は
b)68℃で0.1×SSC、0.5%SDS、又は
c)42℃で0.1×SSC、0.5%SDS、50%ホルムアミド、又は
d)42℃で0.2×SSC、0.1%SDS、又は
e)65℃で2×SSC(低ストリンジェンシー条件)、又は
f)40mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.0)、1%SDS、2mM EDTA
という洗浄工程。
骨、軟骨、非石灰化骨格又は結合組織の形成;
代謝性疾患、例えば代謝性骨疾患における骨量の低下及び/又は増加の治療(米国特許第5,674,844号);
破壊、骨折(fracture)及び/又は断裂等の損傷部位での骨及び/又は軟骨の置換又は修復(米国特許第5,733,878号)、例えば脊椎又は椎骨の修復;
歯周組織再生(米国特許第5,733,878号);
肝再生(米国特許第5,849,686号);
慢性腎不全(米国特許第6,861,404号);
中枢神経系の虚血又は外傷後の機能回復の促進(米国特許第6,407,060号);
樹状突起成長(米国特許第6,949,505号);
神経細胞接着(米国特許第6,800,603号);
パーキンソン病(米国特許第6,506,729号)。
BMP2−NOG複合体の構造は、X線結晶学によって解明された、NOG:BMP7構造(PDBエントリー1M4U)内のBMP7二量体のタンパク質データバンク(PDB)座標上でのヒトBMP2の配列のアラインメントによってモデル化されている(Groppe J, Greenwald J, Wiater E, Rodriguez-Leon J, Economides AN,Kwiatkowski W, Affolter M, Vale WW, Belmonte JC, Choe S., 2002, Structuralbasis of BMP signaling inhibition by the cystine knot protein Noggin. Nature12;420(6916):636-42)。BMP2−BMPR1A−ACVR2複合体は既に解明されている(PDBエントリー 2goo)(Allendorph GP, Vale WW, Choe S. 2006, Structure of the ternarysignaling complex of a TGF-beta superfamily member. Proc Natl Acad Sci U S A16;103(20):7643-8)。分子構造の画像はUCSFキメラパッケージ(http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/)を用いて作成した。NogとI型及びII型受容体との結合部位は、PP_SITEを用いて決定した(Gao Y, Lai L (2004) Structure-based method for analyzingprotein-protein interfaces. J Mol Model 10:44-54)。
V381T_fwd ctgtaccttgacgagaatgaaaaggttacgttaaagaactatcaggacatggttgtg(配列番号20)
V381T_rev cacaaccatgtcctgatagttctttaacgtaaccttttcattctcgtcaaggtacag(配列番号21)
S306E_fwd ccctttgtacgtggacttcgaggacgtggggtggaatgact(配列番号22)
S306E_fw agtcattccaccccacgtcctcgaagtccacgtacaaaggg(配列番号23)
P318K_fwd ctggattgtggctcccaaggggtatcacgccttt(配列番号24)
P318K_rev aaaggcgtgataccccttgggagccacaatccag(配列番号25)
N341K_fwd gctgatcatctgaactccactaagcatgccattgttca(配列番号26)
N341K_rev tgaacaatggcatgcttagtggagttcagatgatcagc(配列番号27)
N341T_fwd gatcatctgaactccactcatgccattgttcag(配列番号28)
N341T_rev gtctgaacaatggcatgagtagtggagttcagatga(配列番号29)
N384YH_fwd gaatgaaaaggttgtattaaagtaccactatcaggacatggttgtggagg(配列番号30)
N384YH_rev cctccacaaccatgtcctgatagtggtactttaatacaaccttttcattc(配列番号31)
予測されたBMP2−NOG複合体の解析によって、BMP2中の以下のアミノ酸位置がNOGによるBMP2の阻害に必須であることが特定された:D304、S306、N311、D312、V315、A316、P318、G319、D335、N341、S370、E376、V381、K383、N384。コンピュータ内での突然変異誘発のシミュレーションをFoldXアルゴリズム(Guerois R, Nielsen JE, Serrano L (2002) Predicting changes in thestability of proteins and protein complexes: a study of more than 1000mutations. J Mol Biol 320:369-387)を用いて行い、Nogに対するBMP2の結合親和性を低下させるが、同時にBMP2とその受容体との結合に最小限にしか影響を及ぼさないBMP2のアミノ酸置換を特定した。本発明者らは、上記に言及する位置での以下のアミノ酸置換を見つけ出した:
D304は、NOGにおけるR210の可能な相互作用パートナーである。これらのアミノ酸置換は側鎖の結合を妨げるはずである。BMP7は相同位置にセリンを有し、NOGはBMP7に結合することが可能であるため、D304SがBMP2−NOG複合体に対してわずかな影響しか与えないことが提唱されている。予測されたBMP2−NOG複合体の理論的解析によって、アルギニン又はヒスチジンへのアミノ酸置換が複合体をD304Sよりも不安定にするという方向性が示唆される。したがって、好ましい置換はD304R/D304S/D304Hである。
S306はBMP2−NOGモデル内のD304及びN311と協調し(coordinates)、配向する。この3つの側鎖全てにはR210と相互作用する可能性がある。さらに、ループ307〜311は側鎖の協調によって安定化される。このループ、とりわけW210は、BMP2−BMPR1a相互作用に重要である。したがって、このループの変更は1型受容体の結合を妨げる可能性がある。BMP7における相同位置はアルギニンであり、これはBMP7:NOG複合体のQ318と水素結合を形成する。この相互作用はBMP−NOG接触部位に重要であるようである。BMP2は318位にプロリンを有するため、BMP2−NOG複合体内で同様の相互作用は可能でない。提唱された全てのアミノ酸置換は、この位置でBMP2変異体とNOGとの任意の相互作用を妨げるはずである。したがって、好ましい置換はS306G/S306H/S306Eである。
N311は、D304及びS306と同様、R210に近接する。トレオニンへの突然変異は、Nogに対する相互作用を妨げるが、S306への水素結合のためにBMP2とBMPR1Aとの相互作用に重要である、W310の必要な配向を維持するはずである。したがって、好ましい置換はN311Tである。
D312はNOGのQ208と相互作用し得る。アラニン又はトレオニンへの置換は、この相互作用を妨げるはずである。したがって、好ましい置換はD312A/D312Tである。
V315はL372及びA316と共に、NOG及びACVR2に対する疎水性接触部位(side)を構築する。アルギニンへの突然変異は、2型受容体への結合を可能にするが、NOG結合を妨げるはずである。アルギニンはACVR2のT63と相互作用するが、NOGのR204は立体障害をもたらす。したがって、好ましい置換はV315Rである。
A316はL372、V315、P317、P318及びL382と共に、NOGのL46及びACVR2のW79に対する疎水性接触部位を構築する。A316のチロシン又はアスパラギン酸へのアミノ酸置換は、NOG又はACVR2とのBMP2相互作用に対してマイナスの影響を与えるが、A316YはA316D突然変異よりもあまり劇的でないはずである。したがって、好ましい置換はA316Y/A316Dである。
P318はP317と共に、ペプチド主鎖、とりわけACVR2及びNOGの接触部位への屈曲にとって重要な残基である。この部位での全てのアミノ酸置換は、NOG及び2型受容体の結合に対してマイナスの影響を与えるはずである。リシン、アルギニン又はセリンへの置換は、最も強いマイナスの影響を与える。したがって、好ましい置換はP318K/P318R/P318Sである。
G319は、その湾曲した接触部位への主鎖の屈曲に重要である。トレオニンへの突然変異は主鎖の屈曲を妨げる可能性があり、したがって間接的に2型受容体又はNOGとのBMP2相互作用にマイナスの形で影響を与える。側鎖が受容体の逆方向を向いているため、直接的な影響は可能ではない。したがって、好ましい置換はG319Tである。
D335の側鎖は、NOGの主鎖に向かうNOGのN末端のM27及びY30との直接接触を有する。D355はBMPR1AのT78との水素結合を構築する。チロシンへのアミノ酸置換は、NOGに対する相互作用にBMPR1Aよりも効率的に影響を与えるはずである。したがって、好ましい置換はD335Yである。
N341は、BMP2二量体安定化及びBMPR1Aの接触部位に重要である。N341はNOGのN末端を二重水素結合を介して主鎖に向かって配向させる。この相互作用はリシン又はトレオニンへのアミノ置換によって妨げられる。この不安定化効果は、BMPR1Aへの結合よりもNOGへの結合に対して影響を与えるはずである。したがって、好ましい置換はN341K/N341T/N341V/N341Eである。
S370は、ACVR2の主鎖L80又はNOGのV44への水素結合を構築する。加えて、S370はN384の側鎖と協調し、NOGのN末端腕の配列に関与する。アラニンへのアミノ酸置換は、疎水性の相互作用と適合するため、ACVR2相互作用に影響を与えないはずである。一方、アラニン置換はNOGのN末端腕の配列に影響を与え、したがってBMP2−NOG結合を妨げる可能性がある。したがって、好ましい置換はS370Aである。
E376は、NOGのN末端腕を安定化する、NOGのR34及びQ28との水素結合を構築し得る。E376もBMPR1AのK111及びR126と水素結合を構築し得る(これはBMP2−RI/RIIモデルにおいては見られなかった)。したがって、プロリンへのアミノ酸置換は、BMPR1A相互作用に対してわずかな影響しか与えないが、同時に主鎖のループ(374〜377)を妨げ、それによりNOGのN末端腕を不安定にすると提唱されている。したがって、好ましい置換はE376Pである。
V381の側鎖は、BMP2単量体内でのみ相互作用する。しかし、その主鎖はNOGとのβ−β主鎖相互作用にとって最適な位置にある。したがって、トレオニン又はチロシンへのアミノ酸置換が主鎖の幾何学的配置を妨げ、BMP2のNOG相互作用を弱めることが提唱されている。したがって、好ましい置換はV381T/V381Yである。
K383は、間接的にN341(BMP2)及びE104(RI)の配向及び結合に影響を与え得る。K383はD39と側鎖相互作用を有し、したがってNOGのN末端腕に影響を与える。イソロイシン又はロイシンへの突然変異は、BMPR1A相互作用に影響を与えることなく、この相互作用を妨げるはずである。したがって、好ましい置換はK383I/K383Lである。
NOGのN末端腕はN384を覆う。BMP9は、NOGのN末端腕の切り出し(clipping)が機能しないように、ここにさらなるアミノ酸を有する。これがBMP9がNOGによって阻害されないことの主な理由の1つであることが提唱されている。したがって、BMP9配列のチロシン及びヒスチジン類似体をBMP2に導入した。セリン、バリン又はトリプトファン(thryptophane)へのアミノ酸置換はNOGへの水素結合を妨げ、したがってBMP2−NOG結合も妨げるはずである。したがって、好ましい置換はN384YH/N384S/N384V/N384Wである。
Claims (15)
- 配列番号1を有する成熟ヒトBMP2と比較して少なくとも90%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれからなる単離ペプチドであって、前記アミノ酸配列が少なくとも2つのアミノ酸置換を含むことを特徴とし、第1のアミノ酸置換が配列番号1のN59、S88、E94、V99、K101及び/又はN102に相当する位置に生じる、単離ペプチド。
- 第1のアミノ酸置換がN59K、N59T、N59V、N59E、S88A、E94P、V99T、V99Y、K101I、K101L、N102S、N102V、N102W及び/又はN102YHから選択されることを特徴とする、請求項1に記載の単離ペプチド。
- 第2のアミノ酸置換を含むことを特徴とし、該第2のアミノ酸置換が該第1のアミノ酸置換とは異なり、配列番号1のD22、S24、V26、N29、D30、V33、A34、P36、G37、H39、F41、H44、P48、A52、D53、L55、N59、S88、E94、V99、K101及び/又はN102に相当する位置に生じる、請求項1又は2に記載の単離ペプチド。
- 第2のアミノ酸置換がD22R、D22S、D22H、S24G、S24H、S24E、S24Q、V26L、N29T、N29Q、D30A、D30T、V33I、V33R、A34Y、A34D、P36K、P36R、P36S、G37T、H39A、F41N、H44D、P48S、A52N、D53A、D53Y、L55M、N59K、N59T、N59V、N59E、S88A、E94P、V99T、V99Y、K101I、K101L、N102S、N102V、N102W及び/又はN102YHから選択されることを特徴とする、請求項3に記載の単離ペプチド。
- 第2のアミノ酸置換が配列番号1のD22、S24、N29、D30、V33、A34、P36、G37、D53、N59、S88、E94、V99、K101及び/又はN102に相当する位置に生じることを特徴とする、請求項3に記載の単離ペプチド。
- 第2のアミノ酸置換がD22R、D22S、D22H、S24G、S24H、S24E、N29T、D30A、D30T、V33R、A34Y、A34D、P36K、P36R、P36S、G37T、D53Y、N59K、N59T、N59V、N59E、S88A、E94P、V99T、V99Y、K101I、K101L、N102S、N102V、N102W及び/又はN102YHから選択されることを特徴とする、請求項3又は5に記載の単離ペプチド。
- 前記アミノ酸配列がさらなるアミノ酸置換を含み、好ましくは前記アミノ酸配列が3つ又は4つのアミノ酸置換を含むことを特徴とする、請求項5に記載の単離ペプチド。
- 配列番号11を有する完全長ヒトBMP2と比較して少なくとも90%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含むか、又はそれからなることを特徴とする、請求項1〜7のいずれか一項に記載の単離ペプチド。
- BMP2活性を示すことを特徴とする、請求項1〜8のいずれか一項に記載の単離ペプチド。
- 単離核酸であって、
i)請求項1〜9のいずれか一項に記載のペプチドをコードする核酸配列、又は
ii)請求項1〜9のいずれか一項に記載のペプチドをコードする核酸と標準条件下でハイブリダイズする核酸配列を含むことを特徴とする、単離核酸。 - 請求項1〜9のいずれか一項に記載の単離ペプチドを発現するトランスジェニック生物又は細胞であって、請求項10に記載の単離核酸を含むことを特徴とする、生物又は細胞。
- BMP関連の疾患又は病態の治療において使用される請求項1〜9のいずれか一項に記載の単離ペプチド、及び/又は請求項10に記載の単離核酸であって、かかる疾患又は病態が骨、軟骨、非石灰化骨格又は結合組織の形成、代謝性疾患、破壊、破損及び/又は断裂等の損傷部位での骨及び/又は軟骨の置換又は修復、歯周(peridontal)組織再生、肝再生、慢性腎不全、中枢神経系の虚血又は外傷後の機能回復の促進、樹状突起成長、神経細胞接着、パーキンソン病を含む、請求項1〜9のいずれか一項に記載の単離ペプチド、及び/又は請求項10に記載の単離核酸。
- 請求項1〜9のいずれか一項に記載のペプチド、及び/又は請求項10に記載の単離核酸、及び少なくとも1つの薬学的に許容可能な賦形剤を含む医薬組成物。
- 薬剤の製造における請求項1〜9のいずれか一項に記載のペプチド及び/又は請求項10に記載の単離核酸の使用。
- 薬剤がBMP関連の疾患又は病態の治療のためのものであることを特徴とし、かかる疾患又は病態が骨、軟骨、非石灰化骨格又は結合組織の形成、代謝性疾患、破壊、破損及び/又は断裂等の損傷部位での骨及び/又は軟骨の置換又は修復、歯周(peridontal)組織再生、肝再生、慢性腎不全、中枢神経系の虚血又は外傷後の機能回復の促進、樹状突起成長、神経細胞接着、パーキンソン病を含む、請求項14に記載の使用。
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