JP2010528615A - NAPE−PLD又はAbh4の活性を修飾する薬剤を同定するためのアッセイ方法 - Google Patents
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Abstract
Description
(a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
(b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
(c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びクエンチャー部分を含み、ここでドナー部分とクエンチャー部分との分子内近接が、クエンチされた検出可能なシグナルを生じさせる;
(d)所定の期間の間、容器のアレイ中、薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
(e)容器のアレイ中、NAPE−PLD又はAbh4によって基質からクエンチャー部分を除去した後の、ドナー部分からの検出可能なシグナルの量を測定すること;及び
(f)薬剤、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第1の容器の検出可能なシグナルな量と、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第2の容器の検出可能なシグナルな量とを比較すること
を含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する、方法である。
(a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
(b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
(c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びクエンチャー部分を含み、ここでドナー部分とクエンチャー部分との分子内近接が、クエンチされた検出可能なシグナルを生じさせる;
(d)第1の時点で、容器のアレイ中、NAPE−PLD又はAbh4によって基質からクエンチャー部分を除去した後の、ドナー部分からの検出可能なシグナルの量を測定すること;
(e)所定の期間の間、容器のアレイ中、薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
(f)第2の時点で、容器のアレイ中NAPE−PLD又はAbh4によって基質からクエンチャー部分を除去した後の、ドナー部分からの検出可能なシグナルの量を測定すること;及び
(g)第1の時点での検出可能なシグナルの量と第2の時点での検出可能なシグナルの量とを比較することを含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する方法である。
(a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
(b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
(c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びアクセプター部分を含む;
(d)所定の期間の間、薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
(e)検出可能なシグナルの量を測定すること、ここで測定される検出可能なシグナルは、ドナー部分、アクセプター部分、ドナー部分のアクセプター部分に対する比率、及びドナー−アクセプター部分複合体からなる群より選択される;及び
(f)薬剤、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第1の容器の検出可能なシグナルな量と、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第2の容器の検出可能なシグナルな量とを比較することを含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する方法である。
(a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
(b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
(c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びアクセプター部分を含む;
(d)第1の時点で、検出可能なシグナルの量を測定すること、ここで測定される検出可能なシグナルは、ドナー部分、アクセプター部分、ドナー部分のアクセプター部分に対する比率、及びドナー−アクセプター部分複合体からなる群より選択される;
(e)所定の期間の間、薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
(f)第2の時点で、検出可能なシグナルの量を測定すること、ここで測定される検出可能なシグナルは、ドナー部分、アクセプター部分、ドナー部分のアクセプター部分に対する比率、及びドナー−アクセプター部分複合体からなる群より選択される;及び
(g)第1の時点での検出可能なシグナルの量と第2の時点での検出可能なシグナルの量とを比較することを含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する方法である。
NAPE−PLD酵素の作製:
NAPE−PLDを大腸菌及び哺乳動物細胞中で発現させた。NAPE−PLDの活性が比較的低いこと及び大量のタンパク質がハイスループットスクリーニングに必要とされることのために、哺乳動物発現系は良い選択ではなかった。HTSをサポートするための大量のタンパク質を得るために、本発明者は、大腸菌及びバキュロウィルス/昆虫細胞系中においてNAPE−PLDの発現を試験した。大腸菌中において発現されたNAPE−PLDは、バキュロウィルス/昆虫細胞中において発現されたタンパク質と比べて、より低い溶解性、より低い特異的活性、及びより低い発現レベルしか有していなかった。従って、本発明者は、HTSをサポートする発現系としてバキュロウィルス/昆虫細胞を選択した。pDEST8.1ベクター(Invitrogen)を使用し、昆虫細胞中においてC末端6xHisタグを有するNAPE−PLDを発現させた(配列番号1)。この発現系は、金属キレートクロマトグラフィーを通して高純度で大量のNAPE−PLDを生成することを可能にした。
一般アッセイパラメータ:
一般アッセイ条件は、以下の材料の以下の最終濃度を使用した:NAPE−PLD 14nM、PED6(基質)10μM、テスト化合物10μM、DMSO 1%。PED6を凍結乾燥粉末として購入し(表1参照)、−20℃で保存した。新鮮な基質溶液を毎日調製した。PED6 1mgを酢酸エチル0.88mlに溶解し、アッセイ緩衝液43.12ml中に希釈し、20μM ワーキング溶液を作製した。光感受性であるので、PED6は直射日光を避けなければならなかった。
1)酵素(NAPE−PLD、22μM)をアッセイ緩衝液で28nMに希釈した。
2)基質を調製した(アッセイ緩衝液中20μM)。
3)NAPE−PLD 10μlを、FLEXDROPを使用して、アッセイプレートに添加した。
4)化合物(化合物プレートからの)2μlを、Cy−Bioを使用して、アッセイプレートの適切なウエルに添加した。
5)室温で30分間、カバーした状態で、プレートをインキュベートした(化合物プレインキュベート)。
6)PED6 10μlを、FLEXDROPを使用して、アッセイプレートに添加した。
7)室温で30分間、カバーした状態で、プレートをインキュベートした(酵素反応)。
8)FLEXDROPを使用して停止液20μlを添加することによって、反応を停止させた。
9)LJL Acquestで読み取った。励起フィルター、485nM;発光フィルター、530nM。
基質(PED6)溶媒の最適化:
PED6及びNAPE−PLDの他の可能性ある基質は脂質であるので、それらは非常に疎水性である。従って、水性アッセイ緩衝液を添加する前に、クロロホルムに基質を溶解することは合理的であった。本発明者は、水溶液中のPED6の溶解性をさらに高めるために、トリトン X−100を0〜0.05%添加した。さらに、高濃度のトリトン X−100も、NAPE−PLDの活性を高めると報告されていた(0.2%まで)(Petersen and Hansen, FEBS Lett. 455:41-44, 1999)。これらの基質溶媒条件下では、アッセイは機能しなかった(表2参照)。
基質及び酵素滴定:
基質滴定について、基質濃度を5μMから10μMに増加させるにつれて、検出ウィンドウはほぼ二倍になり、一方、バックグラウンドシグナルは一定のままであった(図6)。最新の緩衝液条件(トリトン X−100 0.05%)下での最大蛍光シグナルを見出すために、高濃度の酵素(1:100)を使用した。
酵素滴定について、NAPE−PLDを、1:100から1:6400へ連続希釈した(図7)。反応を、PED6を10μMの最終濃度まで添加することによって開始させた。反応体積は20μlであった。蛍光強度を2分毎に測定した。これらの結果に基づいて、14nM酵素(1:1600)及び30分の反応時間を、さらなる実験用に選択した。
NAPE−PLDについてのKm測定:
3.9μMのKm及び4.46×104FU/分/μgタンパク質のVmaxについての値(図8)を測定した。使用するタンパク質の量についてVmax値を正規化した。競合的インヒビターを含む、種々の作用様式を有するインヒビターを同定することができるように、本発明者は、測定されたKm値に近い濃度である5μMの濃度から基質滴定を開始することを選択し、10μM基質濃度が、シグナル対バックグラウンド比とインヒビターに対する感度との最良の組み合わせを提供することがわかった。さらに、NAPE−PLDアッセイ条件についての以下のパラメータは:14nM酵素、10μM基質、反応時間20μl体積中30分である。
DMSO感度:
多くのケミカルライブラリーはDMSO中のストック溶液として維持されているので、本発明者は、DMSOに対するアッセイの感度を試験した(図9)。アッセイは、DMSOにいくぶん感受性であったが、DMSOは十分に許容された。
典型的なIC50曲線:
NAPE−PLDの公知のインヒビターはない。従って、アッセイのバリデーションの間、NAPE−PLDを阻害するとわかった化合物を、アッセイにおける用量反応活性を実証するために使用した(図10)。一次アッセイにおける一般的な「偽陽性」効果は、ミセル崩壊性化合物に起因することが予想され、何故ならば、疎水性基質は、溶解性について、緩衝液中の洗浄剤に非常に依存性であるためである。トリトン X−100がアッセイ緩衝液中に存在しない場合、基質蛍光は非常に低く、この効果により陽性化合物とよく似ることがあった。このような「偽陽性」を確認するために、化合物及び基質の存在下でしかし酵素の非存在下で蛍光を測定し、化合物がトリトン X−100の存在下で基質の蛍光強度に干渉するかどうかを測定することができる。
Abh4の調製及び基質としてのPED6の試験
pcDNA3.1zeo_DESTベクターを使用して、一過性発現のための懸濁細胞株であるFreeStyle293F細胞(Invitrogen)で、ヒトAbh4をクローニングし及び発現させた。pcDNA3.1zeo_DESTは、pcDNA3.2zeo(Invitrogen)の修飾ベクターである。Abh4コード配列を含有するpcDNA3.1zeo_DESTベクターを、配列番号4に開示する。Abh4を、C末端Hisタグと共に発現した(配列番号5)。粗溶解物の一部をPED6の加水分解について試験し、これは蛍光を生じた。トランスフェクト細胞からの溶解物(75μgタンパク質)を、最終体積100μL中にトリトン X−100(基質を可溶化させるため)を0.05%含有するTris HCl緩衝液(pH7.6)中のPED6(最終アッセイ濃度5μM)の溶液に添加した。96ウエルブラックプレート中の反応を、励起及びトップからの読み取り(励起波長488nm、発光波長520nm)で、蛍光プレートリーダーGemini(SpectraMax)で連続的にモニタリングした。トランスフェクションされていないFreeStyle293F細胞の溶解物(75μgタンパク質)を、コントロールとして使用した。これらの条件下で、19倍より高い割合が、コントロール溶解物と比べてトランスフェクト細胞由来の溶解物で観察され、このことは、存在するAbh4が基質PED6を効率的に加水分解していることを示唆している(図12)。この知見をさらに検証するために、インヒビターMAFP(メチルアラキドニルフルオロホスホネート)を使用した。5.34μMの濃度で、このインヒビターは、観察された活性の>95%阻害を示し、Simon及びCravatt(2006)の知見と一致した。
Claims (23)
- NAPE−PLD又はAbh4の活性を修飾する薬剤を同定する方法であって、
a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びクエンチャー部分を含み、ここでドナー部分とクエンチャー部分との分子内近接が、クエンチされた検出可能なシグナルを生じさせる;
d)所定の期間の間、容器のアレイ中、薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
e)容器のアレイ中、NAPE−PLD又はAbh4によって基質からクエンチャー部分を除去した後の、ドナー部分からの検出可能なシグナルの量を測定すること;及び
f)薬剤、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第1の容器の検出可能なシグナルな量と、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第2の容器の検出可能なシグナルな量とを比較すること
を含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する、方法。 - NAPE−PLD又はAbh4の活性を修飾する薬剤を同定する方法であって、
a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びクエンチャー部分を含み、ここでドナー部分とクエンチャー部分との分子内近接が、クエンチされた検出可能なシグナルを生じさせる;
d)第1の時点で、容器のアレイ中NAPE−PLD又はAbh4によって基質からクエンチャー部分を除去した後の、ドナー部分からの検出可能なシグナルの量を測定すること;
e)所定の期間の間、容器のアレイ中薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
f)第2の時点で、容器のアレイ中NAPE−PLD又はAbh4によって基質からクエンチャー部分を除去した後の、ドナー部分からの検出可能なシグナルの量を測定すること;及び
g)第1の時点での検出可能なシグナルの量と第2の時点での検出可能なシグナルの量とを比較すること
を含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する、方法。 - NAPE−PLD又はAbh4の活性を修飾する薬剤を同定する方法であって、
a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びアクセプター部分を含む;
d)所定の期間の間、薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
e)検出可能なシグナルの量を測定すること、ここで測定される検出可能なシグナルは、ドナー部分、アクセプター部分、ドナー部分のアクセプター部分に対する比率、及びドナー−アクセプター部分複合体からなる群より選択される;及び
f)薬剤、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第1の容器の検出可能なシグナルな量と、基質及びNAPE−PLD又はAbh4を含む第2の容器の検出可能なシグナルな量とを比較すること
を含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する、方法。 - NAPE−PLD又はAbh4の活性を修飾する薬剤を同定する方法であって、
a)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器にNAPE−PLD又はAbh4を添加すること;
b)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に薬剤を添加すること;
c)容器のアレイ中の少なくとも1つの容器に基質を添加すること、ここで基質はドナー部分及びアクセプター部分を含む;
d)第1の時点で、検出可能なシグナルの量を測定すること、ここで測定される検出可能なシグナルは、ドナー部分、アクセプター部分、ドナー部分のアクセプター部分に対する比率、及びドナー−アクセプター部分複合体からなる群より選択される;
e)所定の期間の間、薬剤、NAPE−PLD又はAbh4及び基質をインキュベートすること;
f)第2の時点で、検出可能なシグナルの量を測定すること、ここで測定される検出可能なシグナルは、ドナー部分、アクセプター部分、ドナー部分のアクセプター部分に対する比率、及びドナー−アクセプター部分複合体からなる群より選択される;及び
g)第1の時点での検出可能なシグナルの量と第2の時点での検出可能なシグナルの量とを比較すること
を含み、
それによって、差が所定の閾値を超える場合、上記薬剤を修飾剤として同定する、方法。 - 検出可能なシグナルを蛍光共鳴エネルギー移動によって測定する、請求項3又は4に記載の方法。
- 工程cの前に所定の期間の間、薬剤及びNAPE−PLD又はAbh4のインキュベーションをさらに含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 工程a、b及びcが任意の順序で行われ得るか又は一緒に行われ得る、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも1つのコントロールをさらに含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも1つのインヒビター、インデューサー又はモジュレーターをさらに含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 基質がPED6である、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- PED6を酢酸エチルに溶解する、請求項10に記載の方法。
- 溶解されたPED6を、トリトン X−100を約0.005〜0.1%含む緩衝液に添加する、請求項11に記載の方法。
- 緩衝液がトリトン X−100を約0.05%含む、請求項12に記載の方法。
- 検出可能なシグナルが、蛍光色素、発色団、酵素、リンカー部分、ビオチン、電子供与体、電子受容体、色素、金属、及び放射性核種からなる群より選択される、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- ドナー部分及びクエンチャー部分が、BODIPY/DNP、ローダミン/DNP及びCy色素/DNPからなる群より選択される、請求項1又は2に記載の方法。
- ドナー部分及びアクセプター部分が、テキサスレッド及びフルオレセイン、BODIPY及びフルオレセイン、ユーロピウム及びアロフィコシアニン(allophcocyamin)(APC)、シアン蛍光タンパク質/黄色蛍光タンパク質、並びに緑色蛍光タンパク質/青色蛍光タンパク質からなる群より選択される、請求項3又は4に記載の方法。
- 工程aにおけるNAPE−PLD又はAbh4を、NAPE−PLD又はAbh4を発現するように一過的に又は安定的にトランスフェクションされた原核又は真核細胞を容器中培養することによって得る、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- NAPE−PLD又はAbh4を、生物学的サンプルからの、又はNAPE−PLD又はAbh4を発現するように一過的に又は安定的にトランスフェクションされた細胞からの単離後に得る、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 生物学的サンプルが、ヒト、サル、ラット、マウス、ウサギ、及びモルモットからなる群より選択される哺乳動物由来である、請求項18に記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の工程をロボット又はワークステーションデバイスによって行う、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- NAPE−PLD又はAbh4の活性を修飾する薬剤を同定するためのアッセイシステムであって、
a)容器のアレイ;
b)NAPE−PLD又はAbh4;
c)ドナー部分及びクエンチャー部分を含む基質、ここでドナー部分が検出可能である;及び
d)少なくとも1つの成分、ここで成分は、薬剤、インデューサー、インヒビター、モジュレーター、インデューサーのモジュレーター、インヒビターのモジュレーター、及びコントロールからなる群より選択される
を含む、アッセイシステム。 - NAPE−PLD又はAbh4の活性を修飾する薬剤を同定するためのアッセイシステムであって、
a)容器のアレイ;
b)NAPE−PLD又はAbh4;
c)ドナー部分及びアクセプター部分を含む基質、ここでドナー部分又はアクセプター部分又は両方が検出可能である;及び
d)少なくとも1つの成分、ここで成分は、薬剤、インデューサー、インヒビター、モジュレーター、インデューサーのモジュレーター、インヒビターのモジュレーター、及びコントロールからなる群より選択される
を含む、アッセイシステム。 - 請求項21又は請求項22に記載のアッセイシステムの少なくとも1つの要素と使用説明書とを含むキット。
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