JP2010008107A - 生体分子検査装置、生体分子検査チップ、生体分子検査方法、及び生体分子検査プログラム - Google Patents
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Abstract
【解決手段】固体状の担体の流れを阻害する堰き止め部を有し、標的生体分子を含む溶液を流す反応用流路を設けた生体分子検査チップを配置し、反応用流路の観察画像を取得する撮像手段310を有する測定ユニット1と、観察画像から堰き止め部に補足されている標的生体分子の周りに存在する反応生成物の画素当たりの明度を算出する明度計算手段417、及び画素当たりの明度の時間変化を算出する明度時間変化計算手段419を有するコントローラ2とを備え、時間変化から、反応生成物の濃度を求める。
【選択図】図1
Description
実施の形態に係る生体分子検査システムは、図1に示すように、測定ユニット1及びコントローラ2を有する。測定ユニット1は、測定装置300と吸引ポンプ500とを備える。測定装置300は、プレート312にマトリクス状に配列された複数の反応用流路に検査光を照射する光源311a及び光源311bと、複数の反応用流路の観察画像を撮像する撮像手段310と、プレート312を設置する吸引ボックス313とを有し、吸引ボックス313はチューブ314を経由して吸引ポンプ500に接続されている。コントローラ2は、演算制御回路(CPU)40と、撮像された観察画像を記憶する画像記憶装置217と、画像中の各サンプルの検出領域の座標データを記憶する検出座標記憶装置221と、蛍光検出画像と背景画像の差から求められる差分画像から、各サンプルの検出領域の画素当たりの明度を算出する際に判定に用いる閾値を記憶する閾値記憶装置218と、差分画像中の各検出領域の閾値レベル以上の検出画素数の条件を規定する規定数を記憶する規定数記憶装置222と、算出された画素当たりの明度を記憶する明度記憶装置219と、画素当たりの明度から算出される画素当たりの明度時間変化を記憶する明度時間変化記憶装置220と、既知の反応生成物の濃度と直線の傾きとの対照表を記憶する較正データ記憶装置223と、入出力インターフェース210及び211と、入力装置212と、出力装置213と表示装置214とを有する。
図4、図5には、分割プレート3122の一つの反応用流路63Aに着目し、その上面図と断面図をそれぞれ示している。反応用流路63Aは、ウェル23A及び排出口103Aとの間に設けられ、排出口103Aに近い側の端部に堰き止め部83Aが設けられた構造をとっている。図4に示すように、平面パターン上、反応用流路63Aはウェル23Aから排出口103Aに向かう方向に幅が次第に広がっていく扇型の構造を基礎とし、堰き止め部83Aの近傍で幅が次第に狭くなる逆扇型の構造をとっている。反応用流路63Aが上流側から下流側の一部にかけて扇型構造をとることにより、例えば、図6に示すように、堰き止め部83Aが有する段差部に沿って担体510a,510b,510c,・・・が均一に堆積するようになる。担体510a,510b,510c,・・・が段差部に沿って均一に堰き止め部83Aに堆積することにより、複数のサンプルを一括して複数の反応用流路において検査する際に、各流路毎で担体510a,510b,510c,・・・が不均一に堆積してしまうことにより生じる各流路内におけるサンプル溶液の流れ方や流れる速度等の誤差を減らすことができる。
各反応用流路毎の個体差とは、主に図10に示したように、分割プレート3122を、上部分割プレート3122aと下部分割プレート3122bとを組み合わせて作製する際に生じる各反応用流路63A,63B,63C,63D,63E,63F,63G,63H毎の深さ方向の差が含まれる。多くの場合、加工上深さ方向に差が生じてしまうため、各反応用流路63A,63B,63C,63D,63E,63F,63G,63H中の各堰き止め部(図示省略)に堆積する担体510a,510b,510c,・・・の量に差が生じてしまう。
(a)図10に示す分割プレート3122の下部分割プレート3122bを、蛍光ノイズの発生を抑制するために黒く着色したものを、吸引ボックス313に固定し、洗浄液としてツイン20(Tween20:Polyoxyethylene Sorbitan Monolaurate)添加PBS(PBST)を複数の注入用カップ部43A,43B,43C,・・・44F,44G,44Hに各60μlずつマルチピペットを用いて分注し、吸引ポンプ500を用いて20kPaの引圧で吸引しながら各反応用流路63A,63B,63C,・・・64F,64G,64Hにそれぞれ流し、洗浄を行った。
図25に示すように、分割プレート3122の1列目に段階希釈した濃度既知の測定したい抗原等のコントロールサンプルC11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18を基準として流す。希釈範囲としては、例えば図24に示したように107細胞/ml〜0細胞/mlの濃度範囲内で8種類調整する。2列目に、任意に希釈調整した濃度未知の8種類の異なる濃度の検体S11,S12,S13,S14,S14,S15,S16,S17,S18をそれぞれ流し、比較することで定量試験を行うことが可能である。上記方法によれば、プレート312における他の分割プレート3122〜3126においても、分割プレート3121と同様に定量試験が行えることになり、最大で6種類までの濃度未知のサンプルの定量検査が可能となる。
図26に示すように、分割プレート3121の1列目に段階希釈した濃度既知の測定したい抗原等のコントロールサンプルC81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C88を基準として流す。コントロールサンプルの濃度としては、図24と同様に、0細胞/mlを含むようにして8種類を希釈調整する。分割プレート3121の2列目及び他の分割プレート3122〜3126に、検体S81,S82,S83,・・・S166,S167,S168を流し、比較することにより、最大で88種類のサンプルの定性検査を行うことができる。
上記のように、本発明を実施の形態によって記載したが、この開示の一部をなす論述及び図面はこの発明を限定するものであると理解すべきではない。この開示から当業者には様々な代替実施形態、実施例及び運用技術が明らかとなろう。
2・・・コントローラ
21A,21B,21C,21D,21E,21F,21G,21H,22A,22B,22C,・・・,23A,23B,23C,・・・,24A,24B,24C,・・・,25A,25B,25C,・・・,26A,26B,26C,・・・,27A,27B,27C,・・・,28A,28B,28C,・・・,29A,29B,29C,・・・,30A,30B,30C,・・・,31A,31B,31C,・・・,32A,32B,32C,・・・ウェル
40・・・演算制御回路(CPU)
43A,43B,43C,43D,43E,43F,43G,43H,44A,44B,44C,・・・注入用カップ部
61A,61B,61C,61D,61E,61F,61G,61H,62A,62B,62C,・・・,63A,63B,63C,・・・,64A,64B,64C,・・・,65A,65B,65C,・・・,66A,66B,66C,・・・反応用流路
83A,83B,83C,83D,83E,83F,83G,83H,84A,84B,84C,・・・堰き止め部
101A,101B,101C,101D,101E,101F,101G,101H,102A,102B,103B,・・・,104A,104B,104C,・・・,105A,105B,105C,・・・,106A,106B,106C,・・・,107A,107B,107C,・・・,108A,108B,108C,・・・,109A,109B,109C,・・・,110A,110B,110C,・・・,111A,111B,111C,・・・,112A,112B,112C,・・・排出口
121A,121B,121C,121D,121E,121F,121G,121H,122A,122B,122C,・・・,123A,123B,123C,・・・,124A,124B,124C,・・・,124A,124B,124C,・・・,125A,125B,125C,・・・,126A,126B,126C,・・・,127A,127B,127C,・・・,128A,128B,128C,・・・,129A,129B,129C,・・・,130A,131B,131C,・・・,132A,132B,132C,・・・吸引口
210,211・・・入出力インターフェース
212・・・入力装置
213・・・出力装置
214・・・表示装置
217・・・画像記憶装置
218・・・閾値記憶装置
219・・・明度記憶装置
220・・・明度時間変化記憶装置
221・・・検出座標記憶装置
222・・・規定数記憶装置
223・・・較正データ記憶装置
300・・・測定装置
310・・・撮像手段
311a,311b・・・光源
312・・・プレート
313・・・吸引ボックス
313a・・・上部吸引ボックス
313b・・・下部吸引ボックス
314・・・チューブ
316,317・・・シリコンゴムシート
318・・・固定部品
411・・・光源制御手段
412・・・撮像制御手段
413・・・ポンプ制御手段
414・・・差分画像計算手段
415・・・輝度積算手段
416・・・画素数判定手段
417・・・明度計算手段
418・・・明度表示手段
419・・・明度時間変化計算手段
420・・・明度平均値計算手段
421・・・較正手段
422・・・濃度比例値表示手段
423・・・濃度決定手段
500・・・吸引ポンプ
510a,510b,510c,・・・担体
520・・・液滴
521,523・・・抗体
522・・・抗原
524・・・ビオチン
525・・・ストレプトアビジン
526・・・酵素
527a,527b,527c,・・・酵素基質
528a,528b,528c,・・・反応生成物
529・・・酵素反応停止液
603A,603B,603C,603D,603E,603F,603G,603H,604A,604B,604C,・・・ビーズ堆積領域
700・・・原点座標
701,702,703・・・座標
801,802,803,804,805,806,807,808・・・明度
820・・・余剰試薬溶液流出点
821・・・開始点
822・・・終了点
840,841・・・濃度比例値変化
850,860・・・指定領域
870・・・検出領域
3121,3122,3123,3124,3125,3126・・・分割プレート
3122a・・・上部分割プレート
3122b・・・下部分割プレート
C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C21,C22,C23・・・,C31,C32,C33,・・・,C41,C42,C43,・・・,C51,C52,C53,・・・,C61,C62,C63,・・・,C81,C82,C83,・・・コントロールサンプル
S11,S12,S13,S14,S15,S16,S17,S18,S21,S22,S23,・・・,S31,S32,S33,・・・,S41,S42,S43,・・・,S51,S52,S53,・・・,S61,S62,S63,・・・,S81,S82,S83,S84,S85,S86,S87,S88,S89,S90,S91,S92,S93,S94,S95,S96,S97,S98,S99,S100,S101,S102,S103,S104,S105,S106,S107,S108,S109,S110,S111,S112,S113,S114,S115,S116,S117,S118,S119,S120,S121,S122,S123,S124,S125,S126,S126,S127,S128,S129,S130,S131,S132,S133,S134,S135,S136,S137,S138,S139,S140,S141,S142,S143,S144,S145,S146,S147,S148,S149,S150,S151,S152,S153,S154,S155,S156,S157,S158,S159,S160,S161,S162,S163,S164,S165,S166,S167,S168・・・検体
Claims (20)
- 固体状の担体の流れを阻害する堰き止め部を有し、標的生体分子を含む溶液を流す反応用流路を設けた生体分子検査チップを配置し、前記反応用流路の観察画像を取得する撮像手段を有する測定ユニットと、
前記観察画像から前記堰き止め部に補足されている標的生体分子の周りに存在する反応生成物の画素当たりの明度を算出する明度計算手段、及び前記画素当たりの明度の時間変化を算出する明度時間変化計算手段を有するコントローラとを備え、
前記時間変化から、前記反応生成物の濃度を求めることを特徴とする生体分子検査装置。 - 前記明度時間変化計算手段が、前記画素当たりの明度の時間変化を直線近似して、前記直線の傾きから前記反応生成物の濃度を求めることを特徴とする請求項1に記載の生体分子検査装置。
- 前記コントローラが、既知の反応生成物の濃度と直線の傾きとの対照表を記憶した較正データ記憶装置を更に備えることを特徴とする請求項1又は2に記載の生体分子検査装置。
- 前記コントローラが、前記較正データ記憶装置に記憶された対照表を参照して前記反応生成物の濃度を決定する濃度決定手段を更に備えることを特徴とする請求項3に記載の生体分子検査装置。
- 前記測定ユニットが、前記反応用流路に検査光を照射する光源を更に備え、
前記撮像手段が、前記堰き止め部に補足されている標的生体分子の周りに存在する反応生成物からの蛍光を測定することを特徴とする請求項1〜4のいずれか1項に記載の生体分子検査装置。 - 前記生体分子検査チップが、複数の反応用流路を更に備えることを特徴とする請求項1〜5のいずれか1項に記載の生体分子検査装置。
- 前記コントローラが、前記複数の反応用流路毎の個体差を構成する較正手段を更に備えることを特徴とする請求項6に記載の生体分子検査装置。
- プレートと、
前記プレートに設けられ、サンプル溶液がそれぞれ滴下される複数のウェルと、
前記プレートの内部において、前記複数のウェルに接続され、前記サンプル溶液をそれぞれ流す複数の反応用流路と、
前記複数の反応用流路の下流側にそれぞれ設けられた複数の排出口と、
前記複数の反応用流路のそれぞれの内部の前記排出口側に設けられ、前記サンプル溶液を通し固体状の担体の流れを阻害する堰き止め部
とを備え、前記複数の反応用流路のそれぞれが、平面パターン上、前記ウェルから前記排出口に向けて幅が広がる扇型の形状を少なくとも一部に有することを特徴とする生体分子検査チップ。 - 前記複数のウェルの配列及び排出口の配列は、生体分子スクリーニング学会規格に従っていることを特徴とする請求項8に記載の生体分子検査チップ。
- 前記複数の反応用流路のそれぞれの幅は前記扇型に広がった後、前記堰き止め部の前面において逆扇型に狭くなることを特徴とする請求項8又は9に記載の生体分子検査チップ。
- 堰き止め部を有する反応用流路を設けた生体分子検査チップを用いた生体分子検査方法であって、
前記堰き止め部に局所的に堰き止めされた固体状の担体に、補足生体分子を固定するステップと、
前記反応用流路に標的生体分子を含む溶液を流し、前記標的生体分子を前記補足生体分子に結合させるステップと、
前記反応用流路の観察画像を取得するステップと、
前記観察画像から、前記堰き止め部に補足されている標的生体分子の周りに存在する反応生成物の画素当たりの明度、及び前記画素当たりの明度の時間変化を算出するステップと、
前記時間変化から、前記反応生成物の濃度を求めるステップ
とを含むことを特徴とする生体分子検査方法。 - 前記標的生体分子を酵素で修飾するステップを更に含むことを特徴とする請求項11に記載の生体分子検査方法。
- 前記標的生体分子を前記酵素で修飾するステップは、前記標的生体分子にビオチン標識抗体を結合させるステップを更に含むことを特徴とする請求項12に記載の生体分子検査方法。
- 前記標的生体分子を前記酵素で修飾するステップは、前記ビオチン標識抗体に前記酵素が標識されたストレプトアビジンを結合させるステップを更に含むことを特徴とする請求項12に記載の生体分子検査方法。
- 前記酵素の基質を含む溶液を前記反応用流路に流し、前記酵素及び前記基質を反応させるステップを更に含むことを特徴とする請求項12〜14のいずれか1項に記載の生体分子検査方法。
- 前記反応用流路に検査光を照射するステップを更に含むことを特徴とする請求項11〜15のいずれか1項に記載の生体分子検査方法。
- 前記反応生成物は蛍光物質であることを特徴とする請求項16に記載の生体分子検査方法。
- 前記生体分子検査チップには、複数の反応用流路が配列されていることを特徴とする11〜17のいずれか1項に記載の生体分子検査方法。
- 生体分子検査チップに設けられた反応用流路の観察画像を取得する撮像手段を有する測定ユニットに接続され、撮像制御手段、明度計算手段、明度時間変化計算手段、濃度決定手段、較正データ記憶装置を有するコントローラに、
前記反応用流路の堰き止め部に局所的に堰き止めされた固体状の担体に、補足生体分子を固定し、更に、前記反応用流路に標的生体分子を含む溶液を流し、前記標的生体分子を前記補足生体分子に結合させた後、
前記撮像制御手段が、前記撮像手段に前記反応用流路の観察画像を取得させる命令を出すステップと、
前記明度計算手段に、前記観察画像から前記堰き止め部に補足されている標的生体分子の周りに存在する反応生成物の画素当たりの明度を算出させるステップと、
前記明度時間変化計算手段に、前記画素当たりの明度の時間変化を算出させるステップと、
前記濃度決定手段に、前記較正データ記憶装置に記憶された対照表を参照させ、前記反応生成物の濃度を決定させるステップ
とを実行させることを特徴とする生体分子検査プログラム。 - 前記明度時間変化計算手段が、前記画素当たりの明度の時間変化を直線近似して、前記直線の傾きから前記反応生成物の濃度を求めるステップを実行させることを特徴とする請求項19に記載の生体分子検査プログラム。
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