JP2004501628A - サイトカイン受容体zcytor17 - Google Patents
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Abstract
新規ポリペプチド、そのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、及び関連する組成物及び方法が、zcytor17、すなわち新規サイトカイン受容体に関して開示される。前記ポリペプチドは、インビトロ及びインビボで、造血、リンパ及び骨髄細胞の増殖及び/又は進化を刺激するリガンドを検出するための方法内に使用され得る。リガンド−結合受容体ポリペプチドはまた、インビトロ及びインビボでリガンド活性を阻止するためにも使用され得る。zcytor17をコードするポリヌクレオチドは、染色体5に位置し、そしてヒト疾病状態に関連するゲノムの領域を同定するために使用され得る。本発明はまた、タンパク質の生成方法、その使用方法及びそれに対する抗体を包含する。
Description
【0001】
発明の背景:
ホルモン及びポリペプチド増殖因子は、多細胞生物の細胞の増殖及び分化を制御する。それらの拡散性分子は、細胞のお互いの連絡を可能し、そして細胞、及び器官の形成、そして損傷された組織の修復に関して作用する。ホルモン及び成長因子の例は、ステロイドホルモン(例えば、テストステロン)、副甲状腺ホルモン、卵胞刺激ホルモン、インターロイキン、血小板由来の成長因子(PDGF)、上皮成長因子(EGF)、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF)、エリトロポエチン(EPO)及びカルシトニンを包含する。
【0002】
ホルモン及び成長因子は、受容体に結合することによって細胞代謝に影響を及ぼす。受容体は、細胞内のシグナル化経路、例えば第2メッセンジャーシステムに結合される内在性膜タンパク質であり得る。他の種類の受容体は、可溶性分子、例えば転写因子である。サイトカイン、すなわち細胞の増殖及び/又は分化を促進する分子のための受容体が、特に興味の対象である。サイトカインの例は、赤血球細胞の成長を刺激するエリトロポエチン(EPO);巨核球系の細胞の成長を刺激するトロンボポエチン(TPO);及び好中球の成長を刺激する顆粒球−刺激因子(G−CSF)を包含する。それらのサイトカインは、貧血、血小板減少症及び好中球減少症を有する患者における正常な血液細胞レベルの回復、又は癌のための化学療法の受容において有用である。
【0003】
それらのサイトカインファミリーの例示されたインビボ活性は、他のサイトカイン、サイトカインアゴニスト及びサイトカインアンタゴニストの莫大な臨床学的可能性及びそれらの必要性を示す。本発明は、新規造血サイトカイン受容体、及び関連する組成物及び方法を提供することにより、それらの必要性と取り組む。
本発明は、当業者に明らかであるそれらの及び他の使用のために、そのようなポリペプチドを提供する。本発明のそれらの及び他の観点は、本発明の次の詳細な記載の基づいて明らかに成るであろう。
【0004】
発明の記載:
1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸残基の配列を含んで成るポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【0005】
1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸残基の配列を含んで成る。
【0006】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、(a)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号851の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(b)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号1727の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(c)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号1799の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(d)ヌクレオチド番号1800〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(e)ヌクレオチド番号1791〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;(f)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(g)ヌクレオチド番号219〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;(h)ヌクレオチド番号171〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(i)ヌクレオチド番号162〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;及び(j)(a)〜(i)に対して相補的なポリヌクレオチド配列から成る群から選択された配列を含んで成る。
【0007】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインをさらに含んで成るポリペプチドをコードする。
【0008】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインをさらに含んで成るポリペプチドをコードする。
【0009】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、細胞増殖、レポーター遺伝子の転写の活性化により測定されるような活性を有するポリペプチドをコードし、又は前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドはさらに、抗体に結合し、ここで前記抗体が、(a)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;(b)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;(d)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(e)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(f)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(g)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(h)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;及び(i)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチドから成る群からのアミノ酸の配列を含んで成るポリペプチドに対して生ぜしめられ、そして前記単離されたポリペプチドへの前記抗体の結合が、生物学的又は生化学的アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ−沈殿、ウェスターンブロット又は酵素連結されたイムノソルベントアッセイにより測定される。
【0010】
第2の観点においては、本発明は、次の作用可能に連結された要素:転写プロモーター;アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列、又はアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一であるポリペプチドをコードするDNAセグメント;及び転写ターミネーターを含んで成り、ここで前記プロモーターが前記DNAセグメントに作用可能に連結され、そして前記DNAセグメントが前記転写ターミネーターに作用可能に連結されることを特徴とする発現ベクターを提供する。1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、前記DNAセグメントに作用可能に連結される分泌シグナル配列をさらに含んで成る。
【0011】
第3の観点においては、本発明は、前記DNAセグメントによりコードされるポリペプチドを発現する、上記に開示されるような発現ベクターを含んで成る培養された細胞を提供する。もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、アミノ酸番号20(Ala)〜227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;又はアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列を含んで成るポリペプチド;及び転写ターミネーターをコードし、ここで前記プロモーター、DNAセグメント及びターミネーターが作用可能に連結されることを特徴とするDNAセグメントを含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、前記DNAセグメントに作用可能に連結される分泌シグナル配列をさらに含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインをさらに含んで成る。
【0012】
もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)、又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインをさらに含んで成る。
もう1つの観点においては、本発明は、前記DNAセグメントによりコードされる可溶性受容体ポリペプチドを発現する、上記に開示されるような発現ベクターを導入されている培養された細胞を提供する。
【0013】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号19(Ala)の配列番号2のアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号32(Ala)の配列番号54のアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2のアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2のアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2のアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号520(Ile)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2のアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2のアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46のアミノ酸配列;(i)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2のアミノ酸配列;及び(j)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46のアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸残基の配列を含んで成るポリペプチドをコードする第1DNAセグメント;及び追加のポリペプチドをコードする少なくとも1つの他のDNAセグメントを含んで成り、ここで前記第1及び他のDNAセグメントが読み取り柄を整合して連結され;そして前記第1及び他のDNAセグメントが前記融合タンパク質をコードすることを特徴とする、融合タンパク質をコードするDNA構造体を提供する。
【0014】
もう1つの観点においては、本発明は、次の作用可能に連結された要素:転写プロモーター;上記に開示されるような融合タンパク質をコードするDNA構造体;及び転写ターミネーターを含んで成り、ここで前記プロモーターが前記DNA構造体に作用可能に連結され、そして前記DNA構造体が前記転写ターミネーターに作用可能に連結されることを特徴とする発現ベクターを提供する。
【0015】
もう1つの観点においては、本発明は、前記DNA構造体によりコードされるポリペプチドを発現する、上記に開示されるような発現ベクターを含んで成る培養された細胞を提供する。
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるような細胞を培養し;そして前記細胞により生成されるポリペプチドを単離することを含んで成る、融合タンパク質の生成方法を提供する。
【0016】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸配列の対して少なくとも90%同一であるアミノ酸残基の配列を含んで成る単離されたポリペプチドを提供する。
【0017】
1つの観点においては、上記に開示される単離されたポリペプチドは、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸残基の配列を含んで成る。
【0018】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリペプチドはさらに、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインを含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリペプチドはさらに、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインを含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリペプチドは、細胞増殖、レポーター遺伝子の転写の活性化により測定されるような活性を有し、又は前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドがさらに、抗体に結合し、ここで前記抗体が、(a)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;(b)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;(d)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(e)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(f)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(g)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(h)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;及び(i)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチドから成る群からのアミノ酸の配列を含んで成るポリペプチドに対して生ぜしめられ、そして前記単離されたポリペプチドへの前記抗体の結合が、生物学的又は生化学的アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ−沈殿、ウェスターンブロット又は酵素連結されたイムノソルベントアッセイにより測定される。
【0019】
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるような細胞を培養し;そして 前記細胞により生成されるポリペプチドを単離することを含んで成る、ポリペプチドの生成方法を提供する。
【0020】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列; (c)配列番号18に示されるようなアミノ酸配列; (d)配列番号22に示されるようなアミノ酸配列;及び(e)(a)(b)に対して少なくとも90%同一である配列のから成る群から選択されたアミノ酸セグメントを含んで成り、ここで前記ポリペプチドが、造血受容体により通常会合されるトランスメンブラン及び細胞内ドメインを実質的に有さないことを特徴とする単離されたポリペプチドを提供する。もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示される細胞を培養し;そして前記細胞により生成されるzcytor17ポリペプチドを単離することを含んで成る、zcytor17ポリペプチドの生成方法を提供する。
【0021】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2におけるアミノ酸の連続配列を含んで成る、9〜713個のアミノ酸から成るポリペプチド;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46におけるアミノ酸の連続配列を含んで成る、9〜630個のアミノ酸から成るポリペプチド;(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;(d)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;(e)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;(f)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(g)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(h)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(i)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(j)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド; (k)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(l)配列番号2のアミノ酸残基43〜48を含んで成るポリペプチド;(m)配列番号2のアミノ酸残基157〜162を含んで成るポリペプチド;(n)配列番号2のアミノ酸残基158〜163を含んで成るポリペプチド;(o)配列番号2のアミノ酸残基221〜226を含んで成るポリペプチド;及び(p)配列番号2のアミノ酸残基426〜431を含んで成るポリペプチドの群からのポリペプチドにより動物を接種し、ここで前記ポリペプチドが、抗体を生成するために動物において免疫応答を誘発し;そして前記動物から抗体を単離することを含んで成る、ポリペプチドに対する抗体の生成方法を提供する。
【0022】
もう1つの観点においては、本発明は、zcytor17ポリペプチドに対して特異的に結合する、上記に開示されるような方法により生成される抗体を提供する。1つの態様においては、上記に開示されるような抗体は、モノクローナル抗体である。
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるようなポリペプチドに対して特異的に結合する抗体を提供する。1つの態様においては、上記に開示されるような抗体は、上記に開示されるようなポリペプチドに対して特異的に結合する。
【0023】
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるような発現ベクターを導入されている細胞を培養し、ここで前記細胞が試験サンプルの存在及び不在下でDNAセグメントによりコードされるzcytor17タンパク質を発現し;生物学的又は生化学的アッセイにより、試験サンプルの存在及び不在下でのzcytor17の活性のレベルを比較し;そして試験サンプルにおけるzcytor17活性のモジュレーターの存在を、前記比較から決定することを含んで成る、zcytor17タンパク質活性のモジュレータ−の存在を、試験サンプルにおいて検出する方法を提供する。
【0024】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)配列番号18に示されるようなアミノ酸配列;及び(d)配列番号22に示されるようなアミノ酸配列の群からのアミノ酸配列を含んで成るポリペプチドと試験サンプルとを接触せしめ;そして前記サンプルにおけるリガンドへの前記ポリペプチドの結合を検出することを含んで成る、試験サンプル内のzcytor17受容体リガンドの検出方法を提供する。
【0025】
1つの態様においては、前記ポリペプチドが、培養された細胞内に膜結合され、そして前記検出段階が培養された細胞における生物学的応答を測定することを含んで成る方法が提供される。もう1つの態様においては、前記生物学的応答が、細胞増殖又はレポーター遺伝子の転写の活性化である、上記に開示されるような方法が提供される。
本発明を詳細に記載する前、次の用語を定義することで本発明の理解を助けることができる:
【0026】
“親和性標識”とは、第2ポリペプチドの精製又は検出を提供し、又は基質への第2ポリペプチドの結合のための部位を供給するために、第2ポリペプチドに結合され得るポリペプチドセグメントを示すために本明細書において使用される。主に、抗体又は、他の特異的結合剤が利用できるいずれかのペプチド又はタンパク質が親和性標識として使用され得る。親和性標識は、ポリ−ヒスチジン系、すなわちプロテインA (Nilsson など., EMBO J. 4: 1075, 1985; Nilsson など., Methods Enzymol. 198: 3, 1991), グルタチオンS トランスフェラーゼ(Smits and Johnson, Gene 67; 31, 1988), Glu−Glu親和性標識 (Grussenmeyerなど., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 7952−4, 1985), 物質P、すなわちFlagTM ペプチド(Hoppなど., Biotechnology 6: 1204−1210, 1988)、ストレプタビジン結合ペプチド、又は他の抗原性エピトープ又は結合ドメインを包含する。一般的に、Ford など., Protein Expression and Purification 2:95−107, 1991を参照のこと。親和性標識をコードするDNAは、商品供給者(例えばPharmacia Biotech, Piscataway, NJ; Eastman Kodak, New Heven, CT; New England Biolabs, Beverly, MA)から入手できる。
【0027】
用語“対立遺伝子変異体”とは、同じ染色体遺伝子座を占める遺伝子の複数の遺伝子の二者択一形のいずれかを示すために、本明細書において使用される。対立遺伝子変異は、突然変異を通して天然では生じ、そして集団内の表現型多型現象をもたらすことができる。遺伝子突然変異は、サイレントであり(コードされたポリペプチドにおいて変化がない)、又は変更されたアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードすることができる。用語、対立遺伝子変異体はまた、遺伝子の対立遺伝子変異体によりコードされるタンパク質を示すために本明細書において使用される。
【0028】
用語“アミノ−末端”及び“カルボキシル−末端”とは、ポリペプチド内の位置を示すために本明細書において使用される。その情況が可能である場合、それらの用語は、接近性又は相対的位置を示すためにポリペプチドの特定の配列又は一部に関して使用される。例えば、ポリペプチド内の対象配列のカルボキシル末端側に位置する一定の配列は、その対象配列のカルボキシル末端に隣接して位置するが、しかし完全なポリペプチドのカルボキシル末端では必ずしも必要ではない。
【0029】
用語“相補体/抗−相補体対”とは、適切な条件下で、非共有的に会合される安定した対を形成する非同一性成分を示す。例えば、ビオチン及びアビジン(又はストレプタビジン)は、相補体/抗−相補体対の基本型メンバーである。他の典型的な相補体/抗−相補体対は、受容体/リガンド対、抗体/抗原(又はハプテン又はエピトープ)対、センス/アンチセンス ポリヌクレオチド対、及び同様のものを包含する。相補体/抗−相補体対の続く解離が所望される場合、その相補体/抗−相補体対は好ましくは、<109M−1の結合親和性を有する。
【0030】
用語“ポリヌクレオチド分子の相補体”とは、相補的塩基配列、及び対照配列に比較して逆の配向を有するポリペプチド分子である。例えば、配列5’ ATGCACGGG 3’ は、5’ CCCGTGCAT 3’に対して相補的である。
用語“contig ”とは、他のポリヌクレオチドに対する一連の連続した同一の又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドを示す。連続した配列とは、ポリヌクレオチドの全体において、又はその一部に沿って、一定の長さのポリヌクレオチド配列を“オーバーラップ”すると言われる。例えば、ポリヌクレオチド配列5’−ATGGCTTAGCTT−3’ に対する代表的なcontig とは、5’−TAGCTTgagtct−3’及び3’−gtcgacTACCGA−5’である。
【0031】
用語“縮重ヌクレオチド配列”とは、1又は複数の縮重コドンを含むヌクレオチドの配列(ポリペプチドをコードする対照ポリヌクレオチドに比較して)を示す。縮重コドンは、ヌクレオチドの異なったトリプレットを含むが、しかし同じアミノ酸残基をコードする(すなわち、GAU及びGACトリプレットはそれぞれAspをコードする)。
【0032】
用語“発現ベクター”とは、その転写を提供する追加のセグメントに作用可能に連結される興味あるポリペプチドをコードするセグメントを含んで成る線状又は環状DNA分子を示すために使用される。そのような追加のセグメントは、プロモーター及びターミネーター配列及び複製の1又は複数の起点、1又は複数の選択マーカー、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、及び同様のものを包含する。発現ベクターは一般的に、プラスミド又はウィルスDNAから誘導され、又は両者の要素を含むことができる。
【0033】
用語“単離された”とは、ポリヌクレオチドに適用される場合、ポリヌクレオチドがその天然の遺伝的環境から除去され、そして従って、他の無関係な又は所望しないコード配列を有さず、そして遺伝子的に構築されたタンパク質生成システム内での使用のために適切な形で存在することを示す。そのような単離された分子は、それらの天然の環境から分離され、そしてcDNA及びゲノム クローンを含む分子である。本発明の単離されたDNA分子は、通常関係しない他の遺伝子を含まないが、しかし天然において存在する5’及び3’ 未翻訳領域、例えばプロモーター及びターミネーターを含むことができる。関連する領域の同定は、当業者に明らかであろう(例えば、Dynan and Tijan, Nature 316: 774―78, 1985を参照のこと)。
【0034】
“単離された”ポリペプチド又はタンパク質は、その生来の環境以外の条件、例えば血液及び動物組織とは別の条件下で見出されるポリペプチド又はタンパク質である。好ましい形においては、単離されたポリペプチドは、他のポリペプチド、特に動物起源の他のポリペプチドを実質的に含まない。高く精製された形、すなわち95%以上の純度、より好ましくは99%以上の純度でポリペプチドを供給することが好ましい。この情況下で使用される場合、用語“単離された”とは、他の物理的形、例えばダイマー形又は他のグリコシル化された又は誘導体化された形での同じポリペプチドの存在を排除しない。
【0035】
“作用可能に連結された”とは、DNAセグメントに適用される場合、前記セグメントが、それらの意図された目的のために協力して機能し、例えば転写がプロモーターにおいて開始し、そしてコードセグメントを通してターミネーターに進行するよう配列されることを示す。
用語“オルト体(orthology)”とは、異なった種からのポリペプチド又はタンパク質の機能的相対物である、1つの種から得られるポリペプチド又はタンパク質を示す。オルト体間の配列の差異は、特定化の結果である。
“パラ体(paralogs)”とは、生物によって製造される、異なっているが,しかし構造的に関連するタンパク質である。パラ体は、遺伝子重複を通して生じると思われる。例えば、α−グロビン、β−グロビン及びミオグロビンは、お互いパラ体である。
【0036】
“ポリヌクレオチド”は、5’末端から3’末端に読み取られるデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド塩基の一本鎖又は二本鎖ポリマーである。ポリヌクレオチドは、RNA及びDNAを包含し、そして天然源から単離され、インビトロで合成され、又は天然及び合成分子の組み合わせから調製され得る。ポリヌクレオチドのサイズは、塩基対(略語“bp”)、ヌクレオチド(“nt”)、又はキロ塩基(“kb”)として表される。ここで、後者の2つの用語は、一本鎖又は二本鎖であるポリヌクレオチドを記載する。この用語が二本鎖分子に適用される場合、それは全体の長さを示すために使用され、そして用語、“塩基対”に等しいことが理解されるであろう。二本鎖ポリヌクレオチドの二本の鎖は長さにおいてわずかに異なり、そしてその末端が酵素分解の結果として異なることは、当業者により理解されており;従って、二本鎖ポリヌクレオチド分子内のすべてのヌクレオチドは一対に成り得ない。
【0037】
“ポリペプチド”は、天然において生成されても又は合成的に生成されてもいずれにせよ、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基のポリマーである。約 10個以下のアミノ酸残基のポリペプチドが、通常“ポリペプチド”として言及される。
【0038】
“プローブ及び/又はプライマー”とは、本明細書において使用される場合、RNA又はDNAであり得る。DNAはcDNA又はゲノムDNAのいずれかであり得る。ポリヌクレオチドプローブ及びプレイマーは、一本鎖又は二本鎖DNA又はRNA、一般的に合成オリゴヌクレオチドであるが、しかしクローン化されたcDNA又はゲノム配列又はその補体から生成され得る。分析用プローブは一般的に、少なくとも20個の長さのヌクレオチドであるが、但し幾分短いプローブ(14〜17個のヌクレオチド)が使用され得る。
【0039】
PCRプライマーは、少なくとも5個の長さのヌクレオチド、好ましくは15又はそれ以上のnt、よりも好ましくは20〜30のntである。短いポリヌクレオチドは、遺伝子の小さな領域が分析のために標的化される場合に使用され得る。遺伝子の全体的な分析のためには、ポリヌクレオチドは、全エキソン又はそれ以上を含んで成る。プローブは、検出できるシグナルを供給するために、当業界において良く知られている技法を用いて多くの源、例えばMolecular Probe, Inc., Eugene, OR及びAmersham Corp., Arlington Heights, ILから市販されている、酵素、放射性核種、蛍光団、化学ルミネセンス、常磁性粒子及び同様のものによりラベルされ得る。
【0040】
用語“プロモーター”とは、RNA ポリメラーゼの結合及び転写の開始を提供するDNA配列を含む遺伝子の部分を示すために本明細書において使用される。プロモーター配列は通常、遺伝子の5’ 非コード領域に見出されるが、しかし必ずしもそうではない。
用語“タンパク質”は、1又は複数のポリペプチド鎖を含んで成る高分子である。タンパク質はまた、非ペプチド成分、例えば炭水化物基を含むことができる。炭水化物及び他の非ペプチド置換基は、タンパク質が生成される細胞により付加され、そして細胞型により変化するであろう。タンパク質は、それらのアミノ酸主鎖により本明細書において定義され;置換基、例えば炭水化物基は一般的に、特定されないが、しかしそれにもかかわらず、存在することができる。
【0041】
用語“受容体”は、生物活性分子(すなわち“リガンド”)に結合し、そして細胞上のリガンドの効果を仲介する細胞関連タンパク質、又はそのようなタンパク質のポリペプチドサブユニットを示す。受容体へのリガンドの結合は、細胞におけるエフェクタードメインと他の分子との間の相互作用を引き起こす受容体におけるコンホメーション変化(及び多くの場合、受容体多重化、すなわち同一油又は異なった受容体サブウニットの会合)をもたらす。この相互作用は、細胞の代謝の変更を誘導する。受容体−リガンド相互作用に連結される代謝現象は、遺伝子転写、リン酸化、脱リン酸化、細胞増殖、cAMP生成の上昇、細胞カルシュウムの代謝、膜脂質の代謝、細胞付着、イノシトール脂質の加水分解、及びリン脂質の加水分解を包含する。
【0042】
細胞−表面サイトカイン受容体は、下記により詳細に記載されるように、多−ドメイン構造により特徴づけられる。それらの受容体は、正に荷電された残基(Lys又はArg)を通常、端に有する、疎水性アミノ酸残基(典型的には、約21−25個の残基)の配列により特徴づけられるトランスメンブランドメインに固定され得る。一般的に、受容体は、膜結合され、シトソール性又は核性であり;モノマー(例えば甲状腺刺激ホルモン受容体、β−アドレナリン性受容体)、又はマルチマー(例えばPDGF受容体、成長ホルモン受容体、IL−3受容体、GM―CSF受容体、G−CSF受容体、エリトロポイエチン受容体及びIL―6受容体)であり得る。用語“受容体ポリペプチド”とは、受容体ポリペプチド鎖及びその一部、例えば単離された機能的ドメイン(例えば、リガンド−結合ドメイン)を表すために使用される。
【0043】
用語“分泌シグナル配列”とは、それが合成される細胞の分泌路を通してより大きなポリペプチドを、より大きなポリペプチドの成分として方向ずけるポリペプチド(“分泌ペプチド”)をコードするDNA配列を示す。前記のより大きなポリペプチドは、分泌路を通しての移動の間、分泌ペプチドを除去するために通常分解される。
【0044】
“可溶性受容体”とは、細胞膜に結合されない受容体ポリペプチドである。可溶性受容体は、最も通常には、トランスメンブラン及び細胞質ドメインを欠いているリガンド−結合受容体ポリペプチドである。可溶性受容体は、追加のアミノ酸残基、例えばポリペプチドの精製を提供し、又は基質へのポリペプチドの結合のための部位、又は免疫グロブリン不変領域配列を提供する親和性標識を含んで成る。多くの細胞−表面受容体は、タンパク質加水分解により、又は交互にスプライシングされたmRNAから翻訳される天然に存在する可溶性相対物を有する。受容体ポリペプチドは、それがそれぞれ、膜固定化又はシグナルトランスダクションを提供するために、それらのセグメントの十分な部分を欠いている場合、トランスメンブラン及び細胞内ポリペプチドセグメントを実質的に有さないと言われる。
【0045】
用語“スプライス変異体”とは、遺伝子から転写されるRNAの二者択一の形を示すために、本明細書において使用される。スプライス変異は、転写されたRNA分子内の、又は通常低いが、別々に転写されたRNA分子間の二者択一のスプライシング部位の使用を通して天然において生じ、そして同じ遺伝子から転写されるいくつかのmRNAをもたらすことができる。スプライス変異体は、変更されたアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードすることができる。用語スプライス変異体はまた、遺伝子から転写されるmRNAのスプライス変異体によりコードされるタンパク質を示すために本明細書において使用される。
【0046】
不正確な分析方法(例えば、ゲル電気泳動)により決定されるポリマーの分子量及び長さは、おおよその値であることが理解されるであろう。そのような値が“約”X又は“おおよそ”Xとして表される場合、その言及されたXの値は、正確には±10%であることが理解されるであろう。
本明細書に引用されるすべての文献はそれらのすべてを引用により組み込まれる。
【0047】
本発明は、クラスIサイトカイン受容体の構造を有するタンパク質をコードする新規DNA配列の発見に一部、基づかれている。推定されるアミノ酸配列は、コードされた受容体が、gp130、LIF、IL−2、オンコスタチンM受容体(OSM−R)、WSX−1受容体(Sprecher CAなど., Biochem. Biophys. Res. Comm. 246: 81−90 (1998) ),DCRS2 (WIPO Publication No. WO00/73451号)、IL−2受容体β−サブユニット及びβ−共通受容体(すなわち、IL−3、IL−5及びGM−CSF受容体β−サブユニット)を包含する受容体サブファミリーに属することを示した。そのポリペプチドがマウスzcytor17として命名された。zcytor17ポリヌクレオチド配列は、予測されるタンパク質の完全なコード配列をコードする。zcytor17は、免疫調節、アポプトシス細胞経路、細胞−細胞シグナル化分子、成長因子受容体又は成長因子ホルモン活性を有する細胞外マトリックス結合タンパク質、又は同様のものに関与する新規サイトカイン受容体である。
【0048】
zcytor17ポリペプチドの配列は、ゲノムDNA及びその対応するポリヌクレオチド配列を含む同定されたクローンから推定された。前記クローンは前立腺ライブラリーから得られた。そのような配列について調べられ得る他のライブラリーは、PBL、精巣、単球、胸腺、膵臓、リンパ節、骨髄、ヒト赤白血病、肺(例えば、WI−38細胞)及び急性単球白血病細胞系、他のリンパ球及び造血細胞系、及び同様のものを包含する。
【0049】
代表的なzcytor17コードのDNAのヌクレオチド配列は、配列番号1(ヌクレオチド171〜2366(その推定される732個のアミノ酸配列が配列番号2で記載される);配列番号45(ヌクレオチド162〜2108)(その推定される649個のアミノ酸配列が配列番号46で記載される);及び配列番号53(ヌクレオチド497〜2482)(その推定される662個のアミノ酸は配列番号54で記載される)により記載される。全体として、zcytor17ポリペプチド(配列番号2,46又は54)は、十分な長さのポリペプチドセグメント(配列番号2の残基1(Met)〜残基732(Val);配列番号46の残基1(Met)〜残基648(Ile);配列番号54の残基1(Met)〜残基662(Ile))を表す。zcytor17ポリペプチドのドメイン及び構造特性は、さらに下記に記載される。
【0050】
配列番号1のDNA配列によりコードされるzcytor17ポリペプチドの分析は、19個のアミノ酸残基(配列番号2の残基1(Met)〜残基19(Ala))の予測される分泌シグナルペプチド、及び713個のアミノ酸(配列番号2の残基20(Ala)〜残基732(Val))を含んで成る732個のアミノ酸(配列番号2)をコードする読み取り枠を表す。
配列番号45のDNA配列によりコードされるzcytor17ポリペプチドの分析は、19個のアミノ酸残基(配列番号46の残基1(Met)〜残基19(Ala))の予測される分泌シグナルペプチド、及び630個のアミノ酸(配列番号46の残基20(Ala)〜残基649(Ile))を含んで成る649個のアミノ酸(配列番号46)をコードする読み取り枠を表す。
【0051】
配列番号53のDNA配列によりコードされるzcytor17ポリペプチドの分析は、32個のアミノ酸残基(配列番号54の残基1(Met)〜残基32(Ala))の予測される分泌シグナルペプチド、及び630個のアミノ酸(配列番号54の残基33(Ala)〜残基662(Ile))を含んで成る662個のアミノ酸(配列番号54)をコードする読み取り枠を表す。
【0052】
WSXWSモチーフ(配列番号3)(配列番号2及び46の残基211〜215;及び配列番号54の残基224〜228に対応する)の他に、受容体は、約200個のアミノ酸残基(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro))のサイトカイン結合ドメインを含む細胞外ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Gln);配列番号54の残基33(Ala)〜532(Gln));ドメインリンカー(配列番号2及び46の残基122(Thr)〜125(Pro);配列番号2の残基135(Thr)〜138(Pro));終わりから2番目の鎖領域(配列番号2及び46の残基194(Phe)〜202(Arg);配列番号54の残基207(Phe)〜215(Arg));フィブロネクチンIII型ドメイン(配列番号2及び46の残基228(Cys)〜519(Gln);配列番号54の残基241(Cys)〜532(Gly));トランスメンブランドメイン(配列番号2及び46の残基520(Ile)〜543(Leu);配列番号54の残基533(Ile)〜556(Leu));“Box I”シグナル化部位(配列番号2及び46の残基554(Trp)〜560(Pro);配列番号54の残基567(Trp)〜573(Pro))及び“Box II”シグナル化部位(配列番号2及び46の残基617(Gln)〜620(Phe);配列番号54の残基630(Gln)〜633(Phe))を含む完全な細胞内シグナル化ドメイン(配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val);配列番号46の残基554(Lys)〜649(Ile);及び配列番号54の残基557(Lys)〜662(Ile))を含んで成る。
【0053】
当業者は、それらのドメイン境界はおおよそであり、そして既知タンパク質との一列整列及びタンパク質折りたたみの予測に基づかれることを理解するであろう。それらのドメインの他に、コードされる受容体における保存された受容体特性は、配列番号2及び46に示されるように、位置30でのCys残基(配列番号54に示されるような位置43)での保存されたCys残基、位置40−42(配列番号54に示されるような位置53−55)でのCXWモチーフ(ここで、Xはいずれかのアミノ酸である)、位置170(配列番号54に示されるような位置183)でのTrp残基、及び位置202(配列番号54に示されるような位置215)での保存されたArg残基を包含する。上記に記載されるzcytor17ポリペプチド領域、ドメイン、モチーフ、残基及び配列をコードするその対応するポリヌクレオチドは、配列番号1、45及び53に示される。
【0054】
さらに、zcytor17ポリペプチドの切断された形は、天然において発現されると思われる。両形は、可溶性zcytor17受容体をコードする。フィブロネクチンIII型ドメイン内の切断された“長形”の可溶性zcytor17受容体をコードするポリヌクレオチドは、配列番号17に示され、そしてその対応するポリペプチドは配列番号18に示される。この切断された形は、配列番号2及び46の残基1(Met)〜324(Lys)をコードし、そして従って、損なわれていないシグナル配列、WSXWS(配列番号3)モチーフ、リンカー、サイトカイン結合ドメイン、最後から2番目の鎖、及び保存されたCys、CXWモチーフ、Trp及びArg残基を含んで成る。
【0055】
サイトカイン結合ドメインの末端で切断された、“短形”の可溶性zcytor17受容体をコードするポリヌクレオチドは、配列番号21に示され、そしてその対応するポリペプチドは、配列番号22に示される。この切断された形は、配列番号2及び46の残基1(Met)〜225(Glu)と同一であり、そして次に分岐する239個の残基ポリペプチドをコードし、そして従って、上記のように、損なわれていないシグナル配列、WSXWS(配列番号3)モチーフ、リンカー、サイトカイン結合ドメイン、最後から2番目の鎖、及び保存された、Cys、CXWモチーフ、Trp及びArg残基を含んで成る。十分な長さの形のzcytor17に比較しての切断された形の複一列整列が図1に示される。
【0056】
さらに、配列番号1, 45, 17及び21のzcytor17 cDNAは、配列番号2, 46, 18及び22のzcytor17ポリペプチドと同じ読み取り枠(ORF)でポリペプチドをコードする他の開始メチオニン(配列番号1のヌクレオチド75で、配列番号45のヌクレオチド66で、配列番号17のヌクレオチドで、及び配列番号21のヌクレオチド66で)を使用できるポリペプチドをコードする。前記他の開始メチオニンの使用は、配列番号2, 46, 18及び2のN−末端に整合して、32個のアミノ酸(配列番号48に示される)を付加する。さらに、配列番号53のヌクレオチド536は、他の開始メチオニンとして使用し、従って、配列番号2, 46, 18及び22と同じN−末端(配列番号54のアミノ酸14(Met)で開始する)及びシグナルポリペプチド配列を生成する。さらに、配列番号2, 46, 18及び22の配列におけるアミノ酸番号2(同様に配列番号54におけるアミノ酸番号15(Met)での)での第2Metはまた、ポリペプチドのための他の開始メチオニンとしても作用することができる。
【0057】
トランスメンブラン領域、及び保存され、そして低い変動性のモチーフの存在は一般的に、タンパク質における重要な構造領域と相互関係するか、又はその領域を定義する。低い変動性の領域(例えば、疎水性クラスター)は、一般的に、構造的に重要な領域に存在する(Sheppard, P. など., 前記)。低い変動性のそのような領域はしばしば、まれな又は数少ないアミノ酸、例えばトリプトファンを含む。そのような保存され且つ低い変動性のモチーフを端に有し、そしてそのモチーフ間の領域は、より変動性であるが、しかし、それらは重要な構造及び活性、例えば結合ドメイン、生物学的及び酵素学的活性、シグナルトランスダクション、細胞−細胞相互作用、組織極性ドメイン及び同様のものに関連し、又はそれらを明確にすることができるので、しばしば機能的に有意である。
【0058】
上記のzcytor17における保存されたアミノ酸残基の領域は、新規ファミリーメンバーを同定するための手段として使用され得る。例えば、逆転写−ポリメラーゼ鎖反応(RT−PCR)は、種々の組織源又は細胞系から得られるRNAからの保存された領域をコードする配列を増幅するために使用され得る。特に、zcytor17配列から企画された高い変性プライマーがこの目的のために有用である。そのような変性プライマーの企画及び使用は、当業者により容易に実施され得る。
【0059】
本発明はまた、ポリヌクレオチド分子、例えば本明細書に開示されるzcytor17ポリペプチドをコードするDNA及びRNA分子を提供する。当業者は、遺伝子コードの縮重の観点から、相当の配列変動がそれらのポリヌクレオチド分子間で可能であることを容易に認識するであろう。配列番号4、47及び55は、配列番号2、46及び54のzcytor17ポリペプチドをコードするすべてのDNAを包含する縮重DNA配列である。当業者はまた、配列番号4、47及び55の変性配列がUとTとを置換することによって、それぞれ、配列番号2、46及び54をコードするすべてのRNA配列も供給することを理解するであろう。
従って、配列番号4のヌクレオチド1−2196、配列番号47のヌクレオチド1−1947及び配列番号55のヌクレオチド1−1986を含んで成るzcytor17ポリペプチド−コードのポリヌクレオチド及びそれらのRNA相当物は、本発明により包含される。表1は、縮重ヌクレオチド位置を示すために、配列番号4、47及び55内に使用される1文字コードを示す。“解”は、コード文字により示されるヌクレオチドである。“相補体”とは、相補的ヌクレオチドのためのコードを示す。例えば、コードYはC又はTのいずれかを示し、そしてその相補体RはA又はGを示し、AはTに対して相補的であり、そしてGはCに対して相補的である。
【0060】
【表1】
与えられたアミノ酸のためのすべての可能なコドンを包含する配列番号4、47及び55に使用される縮重コドンが表2に示される。
【0061】
【表2】
【0062】
当業者は、いくらかのあいまいさが、個々のアミノ酸をコードするすべての可能なコドンの代表である縮重コドンの決定において導入されることを理解するであろう。例えば、セリン(WSN)のための縮重コドンは、ある環境下で、アルギニン(AGR)をコードすることができ、そしてアルギニン(MGN)のための縮重コドンは、ある環境下で、セリン(AGY)をコードすることができる。類似する関係が、フェニルアラニン及びロイシンをコードするコドン間に存在する。従って、縮重配列により包含されるいくつかのポリヌクレオチドは、変異体アミノ酸配列をコードすることができるが、しかし当業者は、配列番号2、46及び54、又は57および93のアミノ酸配列への参照によりそのような変異体配列を容易に同定することができる。変異体配列は、本明細書に記載のようにして官能性について容易に試験され得る。
【0063】
当業者はまた、異なった種が“選択的コドン使用法”を示すことも理解するであろう。一般的には、Grantham,など., Nuc. Acids Res. 8: 1893−912, 1980; Haas, など., Curr. Biol. 6: 315−24, 1996; Wain−Hobson、など.,Gene 13:355−64,1981;Grosjean and Fiera,Gene 18:199−209、1982;Holm,Nuc.Acids Res.14:3075−87、1986;Ikemura,J.Mol.Biol.158:573−97,1982を参照のこと。本明細書において使用される場合、用語、“選択的コドン使用法”又は“選択的コドン”とは、一定の種の細胞に最も頻繁に使用され、従って個々のアミノ酸をコードする可能なコドンの1又は少数の代表を好むタンパク質翻訳コドンを言及する技術的用語である(表3を参照のこと)。
【0064】
例えば、アミノ酸トレオニン(Thr)は、ACA、ACC、ACG、又はACTによりコードされるが、しかし哺乳類細胞においては、ACCが最も通常に使用されるコドンであり;他の種においては、例えば昆虫細胞、酵母、ウィルス又は細菌においては、異なったThrコドンが好ましい。特定の種のための選択的コドンは、当業界において知られている種々の方法により、本発明のポリヌクレオチド中に導入され得る。
【0065】
例えば、組換えDNA中への選択的コドン配列の導入は、特定の細胞型又は種内でタンパク質の翻訳により効果的にすることによって、そのタンパク質の生成を増強する。従って、配列番号4、47及び55に開示される縮重コドン配列は、当業界において通常使用され、そして本明細書において開示される種々の細胞型及び種においてポリペプチドの発現を最適化するための鋳型として作用する。選択コドンを含む配列は、種々の種における発現について試験され、そして本明細書に開示される官能性について試験され得る。
【0066】
本発明の好ましい態様においては、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号1、45又は54、復は57および93、又はそれに対して相補的な配列の類似するサイズの領域に対して、緊縮条件下でハイブリダイズするであろう。一般的に、緊縮条件は、定義されたイオン強度及びpHで、特定の配列のための熱溶融点(Tm)よりも約5℃低くあるよう選択される。Tmは、標的配列の50%が好ましく適合されたプローブに対してハイブリダイズする温度(定義されたイオン強度及びpH下で)である。
【0067】
Tmを計算するための多くの等式は当業界において知られており、そして種々の長さのDNA、RNA及びDNA−RNAハイブリッド及びポリヌクレオチドプローブ配列に対して特異的である(例えば、Sambrook など., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (Cold Spring Harbor Press 1988); Ausubel など., (eds.), Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc. 1987); Berger and Kimmel (eds.), Guide to Molecular Cloning Techniques, (Academic Press, Inc. 1987); 及びWetmur, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 26:227 (1990)を参照のこと)。配列分析ソフトウェア、例えばOLIGO6.0(LSR; Long Lake, MN)及びPrimer Premier 4.0 (Premier Biosoft International; Palo Alto, CA), 並びにインターネット上のサイトが所定の配列を分析し、そして使用者の定義された基準に基づいてTmを計算するための手段を入手できる。
【0068】
そのようなプログラムはまた、定義された条件下で所定の配置を分析し、そして適切なプローブ配列を同定することができる。典型的には、50以上の塩基対の長いポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションは、計算されたTmよりも約20〜25℃低い温度で行われる。50以下の塩基対の小さなプローブに関しては、ハイブリダイゼーションは典型的には、Tm又はそれよりも5〜10℃以下で行われる。これは、DNA−DNA及びDNA−RNAハイブリッドに関して、最大速度のハイブリダイゼーションを可能にする。低い温度でのより高い程度の緊縮性は、緩衝溶液における個々の1%ホルムアミドに関して、約1℃ハイブリッドのTmを低めるホルムアミドの添加により達成され得る。
【0069】
適切な緊縮ハイブリダイゼーション条件は、約40〜50%のホルムアミド、約6×までのSSC、約5×のDenhardt’s溶液、0〜約10%のデキストラン硫酸及び約10〜20μg/mlの変性された市販のキャリヤーDNAを含んで成る溶液において約42℃での5時間〜一晩インキュベーションに等しい。一般的に、そのような緊縮条件は、20〜70℃の温度及び6×までのSSC及び0〜50%のホルムアミドを含むハイブリダイゼーション緩衝液を包含し;次にハイブリダイゼーションに続いて、約2×までのSSCによるフィルターの洗浄を伴う。
【0070】
例えば、適切な洗浄緊縮性は、0.1×のSSC〜2×のSSC, 0.1%のSDS, 55℃〜65℃の温度に等しい。異なった程度の緊縮性が、標的配列に対する最大の特異的結合を達成するためには、ハイブリダイゼーション及び洗浄の間に使用され得る。典型的には、ハイブリダイゼーションに続く洗浄は、ハイブリダイズされた複合対からハイブリダイズされていないポリヌクレオチドプローブを除去するために、高い程度の緊縮性で行われる。緊縮ハイブリダイゼーション及び洗浄条件は、プローブの長さに依存し、Tm,ハイブリダイゼーション及び使用される洗浄溶液において影響され、そして通常 当業者により実験的に決定される。
【0071】
前で示されたように、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、DNA及びRNAを包含する。DNA及びRNAを調製するための方法は、当業界において良く知られている。一般的には、RNAは、多量のzcytor17 RNAを生成する組織又は細胞から単離される。そのような組織及び細胞は、ノザンブロット(Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77: 5201, 1980)により同定され、そしてPBL、膵臓、胸腺、骨髄、前立腺、リンパ組織、ヒト赤白血病細胞系、急性単球白血病細胞系、他のリンパ球及び造血細胞系、及び同様のものを包含する。
【0072】
前記活性、又はRNA生成細胞又は組織が同定されると、全RNAは、グアニジウム HCl抽出、続くCsClグラジエントにおける遠心分離による単離により調製され得る(Chirgwinなど.,Biochemistry 18:52−94, 1979)。ポリ(A)+ RNAは、Aviv and Leder (Proc.Natl. Acad. Sci.USA 69: 1408−1412, 1972 )の方法を用いて全RNAから調製される。相補的DNA(cDNA)は、既知の方法を用いて、ポリ(A)+ RNAから調製される。他方では、ゲノムDNAが単離され得る。次に、zcytor17ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが、例えばハイブリダイゼーション又はポリメラーゼ鎖反応(PCR)により同定され、そして単離される(Mullis, アメリカ特許第4,683,202号)。
【0073】
zcytor17をコードする十分な長さのクローンは、従来のクローニング方法により得られる。相補的DNA(cDNA)クローンが好ましいが、但し、いくつかの用途(例えば、トランスジェニック動物における発現)に関しては、ゲノムクローンを使用し、又は少なくとも1つのゲノムイントロンを含むようcDNAクローンを修飾することが好ましい。cDNA及びゲノムクローンを調製するための方法は、よく知られており、そして当業者のレベルの範囲内であり、そしてライブラリーをプローブし又は感作するために、本明細書に開示される配列又はその一部の使用を包含する。発現ライブラリーは、zcytor17、受容体フラグメント、又は他の特定の結合パートナーに対する抗体によりプローブされ得る。
【0074】
本発明のポリヌクレオチドはまた、DNA合成機械を用いても合成され得る。現在、好ましい方法は、ホスホラミジット方法である。化学的に合成された二本鎖DNAが遺伝子又は遺伝子フラグメントの合成のために必要とされる場合、個々の相補的鎖が、別々に製造される。短い遺伝子(60〜80bp)の生成は技術的に直接的であり、そして相補的鎖の合成及び続いて、それらのアニーリングにより達成され得る。しかしながら、より長いポリヌクレオチド(300bp以上)の生成に関しては、化学的DNA合成の間、個々のサイクルのカップリング効率はめったに100%でないので、特定の工程が通常使用される。この問題を解決するために、合成遺伝子(二本鎖)が、20〜100個の長さのヌクレオチドである一本鎖フラグメントから調整形でアセンブルされる。
【0075】
十分な長さの遺伝子を調製するための他の手段は、特定組みのオーバーラップするオリゴヌクレオチド(40〜100個のヌクレオチド)を合成することである。3’及び5’の短いオーバーラップする相補的領域(6〜10個のヌクレオチド)がアニーリングされた後、大きなギャップが残存するが、しかし短い塩基対合された領域は、その構造体を一緒に維持するのに十分に長く且つ十分に安定性である。ギャップが満たされ、そしてDNA複合体がE.コリDNAポリメラーゼIによる酵素DNA合成により完結される。酵素合成の完結の後、ニックがT4 DNAリガーゼにより密閉される。
【0076】
二本鎖構造体は、DNA配列分析により確かめられる完全な遺伝子配列を形成するために、お互い連続的に連結される。Glick and Pasternak, Molecular Biotechnology, Principles & Applications of Recombinant DNA, (ASM Press, Washington, D.C. 1994); Itakura など., Annu.Rev. Biochem. 53: 323−56, 1984及びClimie など., Proc. Natl. Acad. Sa. USA 87: 633−7, 1990を参照のこと。さらに、転写及び翻訳の正しい開始及び停止のためのシグナルを含む他の配列が一般的に付加される。
【0077】
本発明はさらに、他の種(オルト体)からの相対物リガンド及びポリヌクレオチドを供給する。これらの種は、哺乳類、鳥類、両性類、ハ虫類、魚類、昆虫及び他の脊椎及び無脊椎動物種を包含するが、但しそれらだけには限定されない。特に興味あるものは、他の哺乳類種、例えばネズミ、ブタ、羊、ウシ、犬、ネコ、馬及び他の霊長類ポリペプチドからのzcytor17ポリペプチドである。ヒトzcytor17ポリペプチドのオルト体は、従来のクローニング技法と組合して、本発明により供給される情報及び組成物を用いてクローン化され得る。例えば、cDNAは、zcytor17を発現する組織又は細胞型から得られるmRNAを用いてクローン化され得る。
【0078】
mRNAの適切な源は、本明細書に開示される配列から企画されたプローブによりノザン ブロットをプローブすることによって同定され得る。次に、ライブラリーが陽性の組織又は細胞系のmRNAから調製される。次に、オルト体のzcytor17−コードのcDNAが種々の方法、例えば完全な又は部分的なヒトcDNAにより、又は前記開示される配列に基づく1又は複数の変性プローブにより、プローブすることによって単離され得る。cDNAはまた、本明細書に開示される代表的なヒトzcytor17配列から企画されたプライマーを用いて、PCR(Mullis, 前記)を用いてもクローン化され得る。さらなる方法においては、cDNAライブラリーが宿主細胞を形質転換し、又はトランスフェクトするために使用され、そして興味あるcDNAの発現がzcytor17ポリペプチドに対する抗体により検出され得る。類似する技法がまた、ゲノム クローンの単離に適用され得る。
【0079】
ヒトzcytor17のマウスオルト体についてのポリヌクレオチド配列は、同定されており、そして配列番号56で示されており、そしてその対応するアミノ酸配列は、配列番号57で示される。配列番号56のDNA配列によりコードされるマウスzcytor17ポリペプチドの分析は、45個のアミノ酸残基(配列番号57の残基1(Met)〜残基45(Ala))の推定される分泌シグナルペプチド及び617個のアミノ酸(配列番号57の残基46(Val)〜残基662(Cys))の成熟ポリペプチドを含んで成る662個のアミノ酸をコードする読み取り枠を示した。さらに、18個のアミノ酸残基(配列番号57の残基28(Met)〜残基45(Ala))及び617個のアミノ酸の同じ成熟ポリペプチド(配列番号57の残基46(Val)〜残基662(Cys))の第2の予測される分泌されるシグナルペプチドを含んで成る追加のMet残基、Met(28)が開始メチオニンとして使用され得る。
【0080】
配列番号57の残基224−228に対応するWSXWSモチーフ(配列番号3)の他に、受容体は、約200個のアミノ酸残基のサイトカイン−結合ドメイン(配列番号57の残基46(Val)〜240(Pro))及びフィブロネクチンIIIドメイン(配列番号57の残基241(His)〜533(Glu))を含む、配列番号57の残基46(Val)〜533(Glu)の細胞外ドメイン;CXWモチーフ(配列番号57の残基66(Cys)〜68(Trp));ドメインリンカー(配列番号57の残基142(Thr)〜145(Pro));最後から2番目の鎖領域(配列番号57の残基207(Phe)〜214(Arg));トランスメンブランドメイン(配列番号57の残基534(Ile)〜550(Ile));“BoxI”シグナル部位(配列番号57の残基568(Cys)〜574(Pro))、及び“BoxII”シグナル化部位(配列番号57の残基628(Glu)〜631(Ieu))を含む完全な細胞内シグナル化ドメイン(配列番号57の残基551(Lys)〜662(Cys))を含んで成る。
【0081】
クラスIサイトカイン受容体に共通する保存された残基は、残基56(Cys)、187(Trp)及び215(Arg)で存在する。ヒト及びマウスアミノ酸配列の比較は、ヒト及びオルト体ポリペプチドの両者が上記の対応する構造特性を含むことを示す(図2を参照のこと)。マウスzcytor17についての成熟配列は、ヒト配列におけるAla33(配列番号54に示されるような)に対応する、Val46(配列番号57に示されるような)で開始する。配列番号54及び配列番号57に対応する全アミノ酸配列にわたって、マウス及びヒト配列間に約61%の同一性が存在する。
【0082】
上記の%同一性は、Ktup=1、ギャップ開放ペナルティー=12、ギャップ延長ペナルティー=2及び置換マトリックス=BLOSUM62、並びにデフォールとして設定される他のFASTAパラメーターを有するFASTAプログラムを用いて決定された。上記に記載されるマウスzcytor17ポリペプチド領域、ドメイン、モチーフ、残基及び配列をコードする、その対応するポリヌクレオチドは、配列番号56に示される通りである。
【0083】
さらに、切断された可溶性形のマウスzcytor17受容体ポリペプチドは、天然において発現すると思われる。切断された可溶性形のマウスzcytor17受容体についてのポリヌクレオチド配列は、同定されており、そして配列番号92で示されており、そしてその対応するアミノ酸配列は、配列番号93で示される。配列番号92のDNA配列によりコードされる切断された可溶性形のマウスzcytor17ポリペプチドの分析は、45個のアミノ酸残基(配列番号93の残基1(Met)〜残基45(Ala))の推定される分泌シグナルペプチド及び502個のアミノ酸(配列番号93の残基46(Val)〜残基547(Val))の成熟ポリペプチドを含んで成る547個のアミノ酸をコードする読み取り枠を示した。
【0084】
さらに、18個のアミノ酸残基(配列番号93の残基28(Met)〜残基45(Ala))及び502個のアミノ酸の同じ成熟ポリペプチド(配列番号93の残基46(Val)〜残基547(Val))の第2の予測される分泌されるシグナルペプチドを含んで成る追加のMet残基、Met(28)が開始メチオニンとして使用され得る。
【0085】
配列番号93の残基224−228に対応するWSXWSモチーフ(配列番号3)の他に、受容体は、約200個のアミノ酸残基のサイトカイン−結合ドメイン(配列番号93の残基46(Val)〜240(Pro))及びフィブロネクチンIIIドメイン(配列番号93の残基241(His)〜533(Trp))を含む、配列番号93の残基46(Val)〜533(Trp)の細胞外ドメイン;CXWモチーフ(配列番号93の残基66(Cys)〜68(Trp));ドメインリンカー(配列番号93の残基142(Thr)〜145(Pro));最後から2番目の鎖領域(配列番号93の残基207(Phe)〜215(Arg));及びC−末端領域(残基551(Leu)〜547(Val))を含んで成る。
【0086】
クラスIサイトカイン受容体に共通する保存された残基は、残基56(Cys)、187(Trp)及び215(Arg)で存在する。ヒト及びマウスアミノ酸配列、例えば切断された可溶性マウスzcytor17の比較は、ヒト及びオルト体ポリペプチドの両者が上記の対応する構造特性を含むことを示す(図2を参照のこと)。上記に記載される、切断された可溶性マウスzcytor17ポリペプチド領域、ドメイン、モチーフ、残基及び配列をコードするその対応するポリヌクレオチドは、配列番号92に示される通りである。
【0087】
サイトカイン受容体サブユニットは、細胞外ドメイン、細胞膜にポリペプチドを固定するトランスメンブランドメイン、及び細胞内ドメインを含んで成る多重−ドメイン構造により特徴づけられる。細胞外ドメインはリガンド−結合ドメインであり得、そして細胞内ドメインはシグナルトランスダクションに包含されるエフェクタードメインであり得るが、但しリガンド−結合及びエフェクター機能は、マルチマー受容体の別々のサブユニット上に存在する。マルチマー受容体は、ホモダイマー(例えば、PDGF受容体αα及びββイソフォーム、エリトロポエチン受容体、MPL及びG−CSF受容体)、サブユニットがそれぞれリガンド−結合及びエフェクタードメインを有するヘテロダイマー(例えば、PDGF受容体αβイソフォーム)、及び種々の機能を有する成分サブユニットを有するマルチマー(例えば、IL−2, IL−3, IL−4, IL−5, IL−6, IL−7及びGM−CSF受容体)を包含する。
【0088】
いくつかの受容体サブユニットは、多くの受容体に共通する。例えば、単独ではリガンドを結合できないが、しかし細胞内シグナルトランスダクションドメインを包含するAIC2Bサブユニットは、IL−3及び GM−CSF受容体の成分である。多くのサイトカイン受容体は、その構造及び機能に基づいて、4種の関連するファミリーの1つに配置され得る。例えば、造血受容体は、保存されたシステイン残基及びWSXWSモチーフ(配列番号3)を含むドメインの存在により特徴づけられる。サイトカイン受容体構造は、Urdal, Ann. Reports Med. Chem. 26: 221−228, 1991及びCosman, Cytokine 5:95−106, 1993により再考されている。新規生物学的機能を生物が獲得するための選択的圧力下で、新規のファミリーメンバーは、多重遺伝子ファミリーの存在を導く存在する受容体遺伝子の重複から、たぶん生まれる。
【0089】
従って、ファミリーメンバーは、祖先遺伝子の痕跡を含み、そしてそれらの特徴は、追加のファミリーメンバーの単離及び同定において利用され得る。従って、サイトカイン受容体スーパーファミリーは、いくつかのファミリー、例えば免疫グロブリンファミリー(例えば、CSF−1, MGF, IL−1及びPDGF受容体);ヘマトポイエチンファミリー(例えば、IL−2受容体β−サブユニット、GM−CSF受容体のα−サブユニット、GM−CSF受容体β−サブユニット、及びG−CSF,EPO, IL−3, IL−5, IL−6, Il−7及びIL−9受容体);TNF受容体ファミリー(例えば、TNF(p80)TNF (p60) 受容体、CD27,CD30, CD40, Fas及びNGF受容体)に再分割される。
【0090】
zcytor17配列の分析は、それがgp130, LIF, IL−12, WSA−1, IL−2受容体β−サブユニット、IL−3, IL−4及びIL−6受容体と同じ受容体サブファミリーのメンバーであることを示唆する。このサブファミリーにおける一定の受容体(例えば、G−CSF)は、シグナルを形質導入するホモダイマーを形成するために会合する。サブファミリーの他のメンバー(例えば、IL−6, IL−11及びLIF受容体)は、リガンドを結合し、そしてシグナルを形質導入するために第2サブユニット(β−サブユニットと呼ばれる)と結合する。
【0091】
特定のβ−サブユニットは、多くの特定のサイトカイン受容体サブユニットと会合する。例えば、β−サブユニットgp130(Hibiなど.,Cell63:1149−1157, 1990)は、IL−6, IL−11及びLIFに対して特異的な受容体サブユニットと会合する(Gearingなど., EMBOJ. 10: 2839−2849, 1991; Gearingなど.,アメリカ特許第5,284,755号)。オンコスタチンM(Oncostatin M)は、LIF受容体及びgp130のヘテロダイマーに結合する。CNTFは、CNTF受容体、LIF受容体及びgp130サブユニットを含んで成るトリマー受容体に結合する。
【0092】
当業者は、配列番号1、4及び535に開示される配列がヒトzcytor17の単一の対立遺伝子を表し、そして対立遺伝子変動及び交互のスプライシングが生じることが予測されることを認識するであろう。この配列の対立遺伝子変異体は、標準の方法に従って、異なった個人からのcDNA又はゲノムライブラリーをプローブすることによってクローン化され得る。配列番号1、45及び53に示されるDNA配列の対立遺伝子変異体、例えばサイレント突然変異を含むそれらの変異体及び突然変異がアミノ酸配列変更をもたらすそれらの変異体は、配列番号2、46、54、57復は93の対立遺伝子変異体であるタンパク質と同じように、本発明の範囲内である。
【0093】
zcytor17ポリペプチドの性質を保持する、もう1つのスプライスされたmRNA、例えば配列番号34から生成されるcDNAは、そのようなcDNA及びmRNAによりコードされるポリペプチドと同じように、本発明の範囲内に包含される。それらの配列の対立遺伝子変異体及びスプライス変異体は、当業界において知られている標準の方法に従って、異なった個人又は組織からのcDNA又はゲノムライブラリーをプローブすることによってクローン化され得る。例えば、上記の及び配列番号17及び18、又は配列番号21及び22での短形及び長形の可溶性zcytor17受容体は、zcytor17の対立遺伝子又はスプライス変異体であると思われる。
【0094】
本発明はまた、配列番号2、46又は54のポリペプチド、及びそれらのオルト体、例えば配列番号57及び93に対して実質的に類似する単離されたzcytor17ポリペプチドも提供する。用語“実質的に類似する”とは、配列番号2、46又は54に示される配列又はそれらのオルト体、例えば配列番号57及び93に対して、少なくとも70%、及びより好ましくは少なくとも80%の配列同一性を有するポリペプチドを示すために本明細書において使用される。そのようなポリペプチドは、より好ましくは、配列番号2、46及び54、又はそのオルト体に対して、少なくとも 90%、及び最も好ましくは95%又はそれ以上同一であろう。
【0095】
%配列同一性は、従来の方法により決定される。例えば、Altschulなど., Bull. Math. Bio. 48 : 603−616, 1986及びhenikoff and Henikoff, Pruc.Natl. Acad. Sci. USA 89 :10915−10919, 1992を参照のこと。手短に言及するば、2種のアミノ酸配列が、10のギャップ開始ペナルティー、1のギャップ拡張ペナルティー、及び表3(アミノ酸は標準の1文字コードにより示される)に示されるようなHenikoff and Henikoff (前記)の“blosum 62”評点マトリックスを用いて、その整合評点を最適化するために整合される。次に、%同一性が次のようにして計算される:
【0096】
【数1】
【0097】
【表3】
【0098】
ポリヌクレオチド分子の配列同一性は、上記に開示されるような割合を用いて、類似する方法により決定される。
当業者は、2種のアミノ酸配列を整列するために多くの確立されたアルゴリズムが存在することを理解している。Pearson and Lipmanの“FASTA”類似性調査アルゴリズムは、本明細書に開示されるアミノ酸配列及び推定上の変異体zcytor17のアミノ酸配列により共有される同一性のレベルを試験するための適切なタンパク質整列方法である。前記FASTAアルゴリズムは、Pearson and Lipman, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 85: 2444 (1988), 及びPearson, Meth. Enzymol. 183: 63 (1990) により記載される。
【0099】
手短には、FASTAがまず、問題の配列(例えば、配列番号2、46、54、57、及び93)及び保存性アミノ酸置換、挿入又は欠失を考慮しないで、最高密度の同一性(ktup変数が1である場合)又は対の同一性(ktup=2である場合)のいずれかを有する試験配列により共有される領域を同定することによって配列を特徴づける。次に、最高密度の同一性を有する10の領域が、アミノ酸置換マトリックスを用いて、すべての対合されたアミノ酸の類似性を比較することによって再評価され、そして前記領域の末端が、最高の評点に寄与するそれらの残基のみを含むよう“整えられる”。
【0100】
“カットオフ”値(配列の長さ及びktup値に基づいて予定された式により計算される)よりも高い評点を有するいくつかの領域が存在する場合、その整えられた初期領域が、その領域がギャップとのおおよその一列配列を形成するために結合され得るかどうかを決定するために試験される。最終的に、2種のアミノ酸配列の最高評点領域が、アミノ酸挿入及び欠失を可能にする、Needleman−Wunsch アルゴリズム(Needleman and winsch, J. Mol. Biol. 48: 444, 1970; Sellers, SIAM J. Appl. Math. 26: 787, 1974)の変法を用いて整列される。
【0101】
FASTA 分析のための例示的なパラメーターは次のものである:ktup=1、ギャップ開始ペナルティー=10、ギャップ拡張ペナルティー=1及び置換マトリックス=BLOSUM62。それらのパラメーターは、Appendix 2 of Pearson, 1990 (前記)に説明されるように、評点マトリックスを調節することによってFASTAプログラム中に導入され得る。
【0102】
FASTAはまた、上記に開示されるような割合を用いて、核酸分子の配列同一性を決定するためにも使用され得る。ヌクレオチド配列比較のためには、ktup値は、誤りとして設定される他のFASTAパラメーターを伴って、1〜6、好ましくは3〜6、最も好ましくは3であり得る。
【0103】
BLOSUM62表(表3)は、関連するタンパク質の500以上のグループの高く保存された領域を表す、タンパク質配列セグメントの約2,000の局部の複数整列に由来するアミノ酸置換マトリックスである[Henikoff and Henikoff, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 89: 10915 (1992) ]。従って、BLOSUM62置換頻度は、本発明のアミノ酸配列中に導入され得る保存性アミノ酸置換を定義するために使用され得る。
【0104】
化学的性質に基づいてのみアミノ酸置換を企画することが可能であるが(上記のように)、用語“保存性アミノ酸置換”とは、−1よりも大きなBLOSUM62値により表される置換を言及する。例えば、アミノ酸置換は、その置換が0,1,2又は3のBLOSUM62値により特徴づけられる場合、保存性である。このシステムによれば、好ましい保存性アミノ酸置換は、少なくとも1(例えば、1,2又は3)のBLOSUM62値により特徴づけられ、ところがより好ましくは保存性置換は、少なくとも2(例えば、2又は3)のBLOSUM62値により特徴づけられる。
【0105】
変異体zcytor17ポリペプチド又は実質的に相同のzcytor17ポリペプチドは、1又は複数のアミノ酸置換、欠失又は付加を有するものとして特徴づけられる。それらの変化は、好ましくは、保存性アミノ酸置換(表4を参照のこと)及びタンパク質及びポリペプチドの折りたたみ又は活性に実質的に影響を及ぼさない他の置換;小さな欠失、典型的には1〜約30個のアミノ酸の欠失;及び小さなアミノ−又はカルボキシル−末端の延長、例えばアミノ−末端メチオニン残基、約20〜25個までの残基の小さなリンカーペプチドの延長、又は親和性標識の延長である。従って、本発明は、配列番号2、46、54、57又は93のその対応する領域(標識、延長、リンカー配列及び同様のものを除く)に対して80%、好ましくは少なくとも90%、及びより好ましくは95%又はそれ以上の同一性を有する配列を含んで成るポリペプチドを包含する。親和性標識を含んで成るポリペプチドはさらに、zcytor17ポリペプチドと親和性標識との間にタンパク質分解部位を含む。好ましいそのような部位は、トロンビン分解部位及び第Xa因子分解部位を含む。
【0106】
【表4】
【0107】
本発明はさらに、種々の他のポリペプチド融合体、及び1又は複数のポリペプチド融合体を含んで成る関連するマルチマータンパク質を提供する。例えば、zcytor17ポリペプチドは、アメリカ特許第5,155,027号及び第5,567,584号に開示されるようなダイマータンパク質への融合として調製され得る。それに関しての好ましいダイマータンパク質は、免疫グロブリン不変領域ドメインを包含する。免疫グロブリン−zcytor17ポリペプチド融合体は、種々のマルチマーzcytor17類似体を生成するために、遺伝子的に構築された細胞において発現され得る。補助ドメインは、特定の細胞、組織又は高分子(例えば、コラーゲン)に対してそれらを標的化するためにzcytor17ポリペプチドに融合され得る。zcytor17ポリペプチドは、複数の成分、例えば精製のための親和性標識及び標的化ドメインに融合され得る。ポリペプチド融合はまた、特にドメイン間に、1又は複数の切断部位を含むことができる。Tuanなど., Connective Tissue Research 34: 1−9, 1996を参照のこと。
【0108】
本発明のタンパク質はまた、天然に存在しないアミノ酸残基を含んで成る。天然に存在しないアミノ酸は、トランス−3−メチルプロリン、2,4−メタプロリン、シス−4−ヒドロキシプロリン、トランス−4−ヒドロキシプロリン、N−メチルグリシン、アロ−トレオニン、メチルトレオニン、ヒドロキシエチルシステイン、ヒドロキシエチルホモシステイン、ニトログルタミン、ホモグルタミン、ピペコリン酸、チアゾリジンカルボン酸、デヒドロプロリン、3−及び4−メチルプロリン、3,3−ジメチルプロリン、tert−ロイシン、ノルバリン、2−アザフェニルアラニン、3−アザフェニルアラニン、4−アザフェニルアラニン、及び4−フルオロフェニルアラニンを包含する。
【0109】
天然に存在しないアミノ酸残基をタンパク質中に導入するためのいくつかの方法が当業界において知られている。例えばナンセンス突然変異が化学的にアミノアシル化されたサプレッサーtRNAを用いて抑制されるインビトロシステムが使用され得る。アミノ酸を合成し、そしてtRNAをアミノアシル化するための方法は、当業者において知られている。ナンセンス突然変異を含むプラスミドの転写及び翻訳は、E.コリS30抽出物及び市販の酵素及び他の試薬の含んで成る細胞フリーシステムにおいて実施される。タンパク質は、クロマトグラフィーにより精製される。例えば、Rovertsonなど., J. Am. Chem. Soc. 113:2722, 1991; Ellman など., Meth. Enzymol. 202: 301,1991; Chung など., Science 259: 806−09, 1993; 及びChungなど., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 10145−49, 1993を参照のこと。
【0110】
第2の方法においては、翻訳は、突然変異誘発されたmRNA及び化学的にアミノアミル化されたサプレッサ−tRNAのマイクロインジェクションによりアフリカツメガエル卵母細胞において行われる( Turcatti など., J. Biol. Chem. 271: 1991−98, 1996 )。 第3の方法においては、E.コリ細胞が、置換される予定である天然のアミノ酸(例えば、フェニルアラニン)の不在下で及び所望する天然に存在しないアミノ酸(例えば、2−アザフェニルアラニン、3−アザフェニルアラニン、4−アザフェニルアラニン又は4−フルオロフェニルアラニン)の存在下で培養される。
【0111】
天然に存在しないアミノ酸は、その天然の相対物の代わりにタンパク質中に導入される。Koide など., Biochem. 33: 7470−46, 1994を参照のこと。天然に存在するアミノ酸残基は、インビトロ化学的に修飾により天然に存在しない種に転換され得る。化学的修飾は、置換の範囲をさらに拡張するために特定部位の突然変異誘発と組み合わされ得る(Wynn and Richards,Protein Sci. 2: 395−403, 1993)。
【0112】
限定された数の非保存性アミノ酸、遺伝子コードによりコードされないアミノ酸、天然に存在しないアミノ酸、及び不自然なアミノ酸が、zcytor17アミノ酸により置換され得る。
【0113】
本発明のポリペプチドにおける必須アミノ酸は、当業界において知られている方法、例えば特定部位の突然変異誘発又はアラニン−走査突然変異誘発により同定され得る(Cunningham and Wells, Science 244: 1081−1085, 1989; Bassなど., Proc. Natl. Scad. Sci. USA 88: 4498−502, 1991)。後者の技法においては、単一のアラニン突然変異が分子中のあらゆる残基で導入され、そして得られる変異体分子が、前記分子の活性に対して決定的であるアミノ酸残基を同定するために、下記に開示されるようして、生物学的活性(例えば、リガンド結合及びシグナルトランスダクション)について試験される。
【0114】
また、Hiltonなど., J. Biol. Chem. 271: 4699−5708, 1996を参照のこと。リガンド−受容体相互作用の部位はまた、推定上の接触部位アミノ酸の突然変異に関して、核磁気共鳴、結晶学、電子回折又は光親和性ラベリングのような技法により決定され得る。例えば、de Vos など.,Science 255: 306−312, 1992; Smith など., J. Mol. Biol. 224: 899−904, 1992; Wlodaver など., FEBS Lett. 309: 59−64, 1992を参照のこと。必須アミノ酸の同一性は、関連する受容体による相同体の分析からも推定され得る。
【0115】
構造統合性の維持に対して決定的である領域又はドメイン内に存在するアミノ酸残基の決定が行われ得る。それらの領域内で、多かれ少なかれ、変化に耐性であり、そして分子の全体的な三次構造を維持するであろう特定の残基を決定することができる。配列構造を分析するための方法は、高いアミノ酸又はヌクレオチド同一性を有する複数配列の一列整列、及び利用できるソフトウェアー(例えば、the Insight II(商標)viewer and hmology modeling tools; MSI, San Dirgo, CA)、二次構造性質、二元パターン、相補的パッケージング及び埋もれた極性相互作用を用いてのコンピューター分析を包含するが、但しそれらだけには限定されない(Barton, Current Opin. Struct. Biol. 5:372−376, 1995及びCordesなど., Current Opin. Struct. Biol. 6: 3−10, 1996)。一般的に、分子への修飾を企画するか又は特定のフラグメントを同定する場合、構造の決定は、修飾された分子の活性を評価することによって付随されるであろう。
【0116】
アミノ酸配列の変更が、生物学的活性に対して必須である高次構造体の破壊を最少にするためにzcytor17ポリペプチドにおいて行われる。例えば、zcytor17ポリペプチドが1又は複数のヘリックスを含む場合、アミノ酸残基の変更が、分子のヘリックス幾何学的及び他の成分を破壊しないよう行われ、ここでコンホメーションの変化が、いくらかの決定的な機能、例えば分子の、その結合パートナー、例えばA及びDヘリックス、すなわち配列番号2の残基44, 47及び135への結合を妨害する。アミノ酸配列の変更の効果は、例えば上記に開示されるようなコンピューターモデルにより予測され得、又は結晶構造の分析により決定され得る(例えば、Lapthornなど., Nat. Struct. Biol. 2: 266−268, 1995)。
【0117】
当業界において良く知られている他の技法は、標準の分子(例えば、生来のタンパク質)と変異体タンパク質の折りたたみを比較する。例えば、変異体及び標準の分子におけるシステインパターンの比較が行われ得る。質量分光及び還元及びアルキル化を用いての化学的修飾は、ジスルフィド結合に関連するか又はそのような関連を有さないシステイン残基を決定するための方法を提供する(Beanなど., Anal. Biochem. 201: 216−226, 1992; Gray, Protein Sci. 2: 1732−1748, 1993: 及びPattersonなど., Anal. Chem. 66: 3727−3732, 1994)。一般的に、修飾された分子が標準の分子と同じジスルフィド結合パターンを有さない場合、折りたたみが影響を及ぼされると思われる。
【0118】
折りたたみを測定するためのもう1つの良く知られており、且つ許容できる方法は、円ニ色性(CD)である。修飾された分子及び標準の分子により生成されるCDスペクトルの測定及び比較は、通常のことである(Johnson, Protein 7:205−214, 1990)。結晶学は、折りたたみ及び構造を分析するためのもう1つの良く知られた方法である。核磁気共鳴(NMR)、消化ペプチドマッピング及びエピトープマッピングはまた、タンパク質とポリペプチドとの間の折りたたみ及び構造的類似性を分析するための既知方法でもある(Schaananなど., Science 257: 961−964, 1992)。
【0119】
配列番号2、46、54、57及び93に示されるようなzcytor17タンパク質配列のHopp/Woods親水性プロフィールが生成され得る(Hoppなど.,Proc Natl. Acad. Sci. 78: 3828, 1981; Hopp, J. Immun. Meth. 88: 1−18, 1986及びTriquierなど., Protein Engineering 11: 153−169, 1998)。図1を参照のこと。前記プロフィールは、スライドする6−残基窓(sliding six−residue window)に基づかれている。埋もれたG, S及びT残基及び暴露されたH, Y及びW残基は無視された。
【0120】
例えば、zcytor17ポリペプチドにおいては、親水性領域は、配列番号2及び46のアミノ酸残基43〜48(配列番号54の残基56〜61);配列番号2及び46のアミノ酸残基157〜162(配列番号54の残基170〜175);配列番号2及び46のアミノ酸残基158〜163(配列番号54の残基171〜176);配列番号2及び46のアミノ酸残基221〜226(配列番号54の残基234〜239);及び配列番号2及び46のアミノ酸残基426〜431(配列番号54の残基439〜444)を包含する。
【0121】
当業者は、親水性又は疎水性が、全体的な構造及び生物学的プロフィールを破壊しないよう、zcytor17ポリペプチドのアミノ酸配列における修飾を企画する場合、考慮されるであろうことを認識するであろう。Val, Leu及びIleから成る群、又はMet, Gly, Ser, Ala, Tyr及びTrpから成る群から選択された疎水性残基の置換が特に興味の対象である。例えば、置換に耐性の残基は、配列番号2、46、54、57及び93に示されるような残基を包含する。システイン残基は、置換に対して比較的耐性であろう。
【0122】
必須アミノ酸の正体はまた、zcytor17ポリペプチドとの、クラスIサイトカイン受容体ファミリーメンバー間の配列類似性の分析から推定され得る。前に記載された“FASTA”分析のような方法を用いて、高い類似性の領域が、タンパク質ファミリー内に同定され、そして保存された領域のためのアミノ酸配列を分析するために使用される。構造に基づいて変異体ポリヌクレオチドを同定するためのもう1つのアプローチは、可能性ある変異体ポリヌクレオチドをコードする核酸分子が、上記で論じられたように、配列番号1、45又は53のヌクレオチド配列を有する核酸分子にハイブリダイズできるかどうかを決定することである。
【0123】
本発明のポリペプチドにおける必須アミノ酸を同定する他の方法は、当業界において知られている方法、例えば特定部位の突然変異誘発又はアラニン走査突然変異誘発である(Cunningham and Wells. Science 244: 1081 (1989);Bass など., Pro. Nat. Acad. Sci. USA 88: 4498 (1991); Coombs and Gorey, “Site−Directed Mutagenesis and Protein Engineering”, in Proteins. Aualysis and Design, Angeletti (ed.), P. 259−311 (Academic Press, Inc. 1998))。後者の技法においては、単一のアラニン突然変異が分子におけるあらゆる残基で導入され、そして得られる変異体分子が、分子の活性に対して決定的であるアミノ酸残基を同定するために、下記に開示されるように、生物学的又は生化学的活性について試験される。また、Hiltonなど., J. Biol. Chem. 271: 4699 (1996) を参照のこと。
【0124】
本発明はまた、本明細書において定義されるようなzcytor17ポリペプチドの機能的フラグメント、及びそのような機能的フラグメントをコードする核酸分子を包含する。本明細書において定義されるような、“機能的” zcytor17又はそのフラグメントは、その増殖又は分化活性により、特殊化された細胞機能を誘発し、又は阻害するその能力により、又は可溶性又は固定された抗−zcytor17抗体、zcytor17リガンドに特異的に結合するその能力により特徴づけられる。さらに、機能的フラグメントはまた、シグナルペプチド、細胞内シグナルドメイン、及び同様のものを包含する。前に本明細書において記載されたように、zcytor17は、クラスIサイトカイン受容体構造により特徴づけられる。
【0125】
従って、本発明はさらに、(a)本明細書に記載される細胞外ドメイン、サイトカイン−結合ドメイン、又は細胞内ドメインを含んで成るポリペプチド分子;及び(b)1又は複数のそれらのドメインを含んで成る機能的フラグメントを包含する融合タンパク質を提供する。融合タンパク質の他のポリペプチド部分は、もう1つのクラスIサイトカイン受容体、例えばgp130, LIF, IL−12,WSX−1, IL−2受容体β−サブユニット及びβ−共通受容体(すなわち、IL−3,IL−5及びGM−CSF受容体β−サブユニット)により、又は可溶性融合タンパク質の分泌を促進する非生来の及び/又は関連のない分泌シグナルペプチドにより寄与され得る。
【0126】
核酸分子の通常の欠失分析は、zcytor17ポリペプチドをコードする核酸分子の機能的フラグメントを得るために行われ得る。例示されるように、配列番号1、45又は53のヌクレオチド配列又はそのフラグメントを有するDNA分子は、一連の欠失を得るためにBal31ヌクレアーゼにより消化され得る。次に、それらのDNAフラグメントが正しい読み取り枠を整合して発現ベクター中に挿入され、そして発現されたポリペプチドが単離され、そしてzcytor17活性について、又は抗−zcytor17抗体又はzcytor17受容体を結合する能力について試験される。エキソヌクレアーゼ消化のための1つの方法は、欠失を導入するためにオリゴヌクレオチド−指図された突然変異誘発を使用し、又は所望するzcytor17フラグメントの生成を特定するために停止コドンを使用することである。他方では、zcytor17ポリヌクレオチドの特定のフラグメントは、ポリメラーゼ鎖反応を用いて合成され得る。
【0127】
機能的ドメインを同定するための標準の方法は、当業者に良く知られている。例えば、インターフェロンのいずれかの又は両末端での切断に対する研究が、Horisberger and Di Marco, pharmac. Ther. 66: 507 (1995) により要約されている。さらに、タンパク質の機能的分析のための標準技法は、例えばTreulterなど., Molec. Gen. Genet. 240: 113 (1993), Content など., “Expression and preliminary deletion analysisi of the 42 kDa 2−5A synthetase induced by human interferon”, in Biological Interferon Systems, Proceedings of ISIR−TNO Meeting on Interferon Systems, Cantell (ed.), Pages 65−72 (Nijhoff 1987), Herschman, “The EGF Enzyme”, in Cortrol of Animal Cell Proliferation, Vol. 1, Boynton など., (eds.) pages 169−199 (Academic Press 1985), Counailleau など., J. Biol. Chem. 270: 29270 (1995); Fukunaga など., J. Biol. Chem. 270: 25291 (1995); Yamaguchi など., Biochem. Pharmacol. 50: 1295 (1995); 及びMeiselなど., Plant Molec. Biol. 30: 1 (1996)により記載される。
【0128】
複数アミノ酸置換は、突然変異誘発及びスクリーニングの既知方法、例えばReidhaar−Olson and Sauer (science 241: 53−57, 1988)又はBowie and Sauer( Proc. Natl. Acad. Sci. USA86:2152−2156,1989 )により開示される方法を用いて行われ、そして試験される。手短に言及すれば、それらの著者は、ポリペプチドにおける複数の位置を同時ランダム化し、機能的ポリペプチドをスクリーンし、そして次に個々の位置での可能な置換の範囲を決定するために、突然変異誘発されたポリペプチドを配列決定するための方法を開示する。使用され得る他の方法は、ファージ表示(例えば、Lowman など., Biochem. 30 : 10832−10837,1991; Ladner など., アメリカ特許第5,223,409号; Huse, WIPO公開WO 92/06204号)、及び領域−指図された突然変異誘発(Derbyshire など., Gene 46 : 145, 1986; Ner など., DNA 7 : 127, 1988 )を包含する。
【0129】
開示されるzcytor17 DNA及びポリペプチド配列の変異体は、Stemmer, Nature 370 : 389−91, 1994, Stemmer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 10747−51, 1994及びWIPO公開WI97/20078により開示されるように、DNA シャフリングを通して生成され得る。手短に言及すれば、変異体DNA分子が、ランダムに導入された点突然変異をもたらす、親DNAのランダム断片化、続く、PCRを用いてのアセンブリーによるインビトロ相同組換えにより生成される。この技法は、前記工程中に追加の変動性を導入するために、親DNAのファミリー、例えば異なった種からの対立遺伝子変異体又はDNAを用いて改良され得る。所望する活性の選択又はスクリーニング、突然変異誘発及びアッセイの続くさらなる相互作用が、有害な変化に対して同時に選択しながら、所望する突然変異について選択することによって、配列の急速な“進化”を提供する。
【0130】
本明細書に開示されるような突然変異誘発方法は、宿主細胞におけるクローン化された突然変異誘発されたzcytor17受容体ポリペプチドの活性を検出するために高処理量の自動化されたスクリーニング方法と組み合わされ得る。これに関する好ましいアッセイは、下記に記載される、細胞増殖アッセイ及びバイオセンサー−に基づくリガンド−結合アッセイを包含する。活性受容体又はその一部(例えば、又はリガンド−結合フラグメント、シグナル化ドメイン及び同様のもの)をコードする突然変異誘発されたDNA分子が、宿主細胞から回収され、そしてすぐに、近代的装置を用いて配列され得る。それらの方法は、興味あるポリペプチドにおける個々のアミノ酸残基の重要性の急速な決定を可能にし、そして未知の構造のポリペプチドに適用され得る。
【0131】
さらに、本発明のタンパク質(又はそのポリペプチドフラグメント)は、多機能分子を供給するために、他の生物活性分子、特に他のサイトカインに連結され得る。例えば,zcytor17可溶性受容体からの1又は複数のヘリックスが、それらの生物学的性質又は生成の効率を高めるために、他のサイトカイン可溶性受容体に連結され得る。
【0132】
従って、本発明は、1又は複数のzcytor17のドメインを含んで成るセグメントが他のポリペプチドに融合されている一連の新規ハイブリッド分子を提供する。融合は好ましくは、組換え生成システムにおけるキメラ分子の発現を可能にするためにDNAレベルをスプライシングすることにより行われる。次に、その得られる分子は、改良された溶解性、改良された安定性、延長されたクリアランス半減期、改良された発現及び分泌レベル、及び薬物力学についてアッセイされる。そのようなハイブリッド分子はさらに、成分タンパク質又はポリペプチド間に追加のアミノ酸残基(例えば、ポリペプチドリンカー)を含んで成る。
【0133】
本明細書に論議される方法を用いて、当業者は、シグナルトランスダクション又はリガンド結合活性を保持する、配列番号2、46、54、57又は93の種々のポリペプチドフラグメント又は変異体を同定し、そして/又は調製することができる。例えば、サイトカイン−結合ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro))、細胞外ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Glu);配列番号2の残基33(Ala)〜532(Glu))、又はその対立遺伝子変異体又は種オルト体(例えば、本明細書に記載されるような、配列番号57及び93、及びその機能的フラグメント)に対して実質的に相同であり、そして野生型zcytor17タンパク質のリガンド−結合活性を保持する種々のポリペプチドを調製することによって、zcytor17を、“可溶性受容体”にすることができる。
【0134】
そのようなポリペプチドは、トランスメンブラン及び細胞内ドメインの一部又はすべてからの追加のアミノ酸を包含することができる。そのようなポリペプチドはまた、一般的に本明細書に開示されるような追加のポリペプチドセグメント、例えばラベル、親和性標識及び同様のものも包含することができる。
【0135】
変異体及び融合タンパク質を包含するいずれかのzcytor17ポリペプチド、例えば変異体、可溶性受容体及び融合ポリペプチド又はタンパク質に関しては、当業者は、上記表1及び2に示される情報を用いて、その変異体をコードする十分な縮重ポリヌクレオチド配列を用意に生成することができる。
【0136】
本発明のzcytor17ポリペプチド、例えば十分な長さのポリペプチド、生物学的に活性のフラグメント及び融合ポリペプチドは、従来の技法に従って、遺伝的に構築された宿主細胞において生成され得る。適切な宿主細胞は、外因性DNAにより形質転換又はトランスフェクトされ得、そして培養において増殖され得るそれらの細胞型であり、そして細菌、菌類細胞、及び培養された高等真核細胞を包含する。真核細胞、特に多細胞生物の培養された細胞が好ましい。クローン化されたDNA分子を操作し、そして種々の宿主細胞中に外因性DNAを導入するための技法は次の文献に開示される:Sambrool など., Molecular Cloning : A Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989, 及びAusubel など., eds., Current Protocol in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Ins., NY, 1987。
【0137】
一般的に、本発明のzcytor17ポリペプチドをコードするDNA配列は、その発現のために必要とされる他の遺伝子的要素、例えば一般的に、発現ベクター内の転写プロモーター及びターミネーターに作用可能に連結される。ベクターはまた、通常、1又は複数の選択マーカー及び1又は複数の複製の起点を含むであろうが、しかし当業者は、一定のシステム内で、選択マーカーが別のベクター上に供給され得、そして外因性DNAの複製が宿主細胞ゲノム中への組み込みにより供給され得ることを認識するであろう。プロモーター、ターミネーター、選択マーカー、ベクター及び要素の選択は、当業者のレベルの範囲内の通常のことである。多くのそのような要素は文献に記載されており、そして商業的供給者を通して入手できる。
【0138】
zcytor17ポリペプチドを、宿主細胞の分泌路中に方向づけるためには、分泌シグナル配列(又は、シグナル配列、リーダー配列、プレプロ配列又はプレ配列としても知られている)が、発現ベクターに供給される。分泌シグナル配列は、zcytor17の配列であり得、又はもう1つの分泌されたタンパク質(例えばt−PA )に由来し、又は新たに合成され得る。分泌シグナル配列は、zcytor17 DNA配列に作用可能に連結され、すなわち2つの配列は正しく読み取り枠を整合して連結され、そして宿主細胞の分泌経路中に新しく合成されたポリヌクレオチドを方向づけるように配置される。分泌シグナル配列は通常、興味あるポリペプチドをコードするDNA配列の5’ 側に位置するが、但し一定の分泌シグナル配列は、興味あるDNA配列の他の場所に位置することもできる(例えば、Welchなど.,アメリカ特許第5,037,743号;Hollandなど., アメリカ特許第5,143,830号を参照のこと)。
【0139】
他方では、本発明のポリペプチドに含まれる分泌シグナル配列は、分泌路中に他のポリペプチドを方向づけるために使用される。本発明はそのような融合ポリペプチドを提供する。シグナル融合ポリペプチドが製造され得、ここで配列番号2及び46のアミノ酸1(Met)〜アミノ酸19(Ala)又は配列番号54のアミノ酸1(Met)〜アミノ酸32(Ala)又は配列番号57又は93のアミノ酸28(Met)〜アミノ酸45(Ala)に由来する分泌シグナル配列が当業界において知られている方法及び本明細書に開示される方法を用いて、もう1つのポリペプチドに作用可能に連結されている。
【0140】
本発明の融合ポリペプチドに含まれる分泌シグナル配列は好ましくは、分泌路中い追加のペプチドを方向づけるためにその追加のペプチドにアミノ末端的に融合される。そのような構造体は、当業界において知られている多くの用途を有する。例えば、それらの新規の分泌シグナル配列融合構造体は通常分泌されないタンパク質の活性成分の分泌を方向づけることができる。そのような融合は、分泌路を通してペプチドを方向づけるためにインビボ又はインビトロで使用され得る。
【0141】
培養された哺乳類細胞または、本発明内の適切な宿主である。外因性DNAを 、哺乳類宿主細胞中に導入するための方法は、リン酸カルシュウム−仲介トランスフェクション(Wiglerなど., Cell 14 : 725, 1978; Corsaro and Pearson, Somatic Cell Genetics 7 :603, 1981; Graham など., Virology 52; 456, 1973),エレクトロポレーション( Neumann など., EMBO J. 1: 841−845, 1982 ); DEAE−デキストラン仲介トランスフェクション(Ausubel など., 前記)、及びリポソーム−仲介トランスフェクション(Hawley −Nelson など., Focus 15: 73, 1993; Ciccarone など.,Focus 15: 80, 1993 )を包含する。
【0142】
培養された哺乳類細胞における組換えポリペプチドの生成は、例えばlevinson など., アメリカ特許第4,713,339 号; Hagen など., アメリカ特許第4,784,950 号; Palmiter など., アメリカ特許第 4,579,821 号; 及びRingold, アメリカ特許第 4,656,134 号により開示される。培養された適切な哺乳類細胞は、COS−1(ATCC No. CRL 165)、COS−7(ATCC No. CRL 1651)、BHK(ATCC No. CRL 1632)、BHK 570 (ATCC No. CRL 10314 )、293(ATCC No. CRL 1573 ; Graham など., J. Gen. Viro. 36: 59−72, 1977 )、及びチャイニーズ ハムスター卵巣(例えば CHO−K1; ATCC No. CCL61 )細胞系を包含する。
【0143】
追加の適切な細胞系は当業界において知られており、そして公的な寄託所、例えば American Type Culture Collection,Manassas,VAから入手できる。一般的に、強い転写プロモーター、例えばSV−40 又はサイトメガロウィルスからのプロモーターが好ましい。例えば、アメリカ特許第4,956,288 号を参照のこと。他の適切なプロモーターは、メタロチオネイン遺伝子からのプロモーター(アメリカ特許 4,579,821 号及び第 4,601,978 号)、アデノウィルス主要後期プロモーターを包含する。
【0144】
薬物選択は一般的に、外来性DNAが挿入されている、培養された哺乳類細胞を選択するために使用される。そのような細胞は通常、“トランスフェクタント”として言及される。選択剤の存在下で培養され、そしてそれらの子孫に興味ある遺伝子を伝達することができる細胞は、“適切なトランスフェクタント”として言及される。好ましい選択マーカーは、抗生物質ネオマイシンに対する耐性をコードする遺伝子である。選択は、ネオマイシン型薬物、例えばG−418又は同様のもの存在下で実施される。“増幅”として言及される方法である選択システムは、興味ある遺伝子の発現レベルを高めるためにも使用される。
【0145】
増幅は、低レベルの選択剤の存在下でトランスフェクタントを培養し、そして次に、導入された遺伝子の生成物を高レベルで生成する細胞を選択するために選択剤の量を高めることによって実施される。好ましい増幅可能選択マーカーは、メトトレキセートに対する耐性を付与するジヒドロ葉酸レダクターゼである。他の耐薬物性遺伝子(例えば、ヒグロマイシン耐性、複数薬物耐性、ピューロマイシン アセチルトランスフェラーゼ)もまた、使用され得る。変更された表現型を導入する他のマーカー、例えば緑色蛍光タンパク質、又は細胞表面タンパク質、例えばCD4, CD8,クラスI MHC、胎盤アルカリホスファターゼが、FACS分類又は磁気ビース分離技法のような手段により、トランスフェクトされていない細胞とトランスフェクトされた細胞とを分類するために使用され得る。
【0146】
他の高等真核細胞、例えば昆虫細胞、植物細胞及び鳥類細胞もまた、宿主として使用され得る。植物細胞において遺伝子を発現するためのベクターとしてのアグロバクテリウム・リゾゲネス(Agrobacterium rhizogenes )の使用は、Sinkarなど.、J. Biosci. ( Bangalore ) 11: 47−58, 1987 により再考されている。昆虫細胞の形質転換、及びそこにおける外来性ポリペプチドの生成は、Guarino など.,アメリカ特許第5,162,222号;及びWIPO公開WO94/06463号により公開される。
【0147】
昆虫細胞は、オートグラファ・カリホルニカ( Autographa californica )核多角体病ウィルス(AcNPV)に通常由来する組換えバキュロウィルスにより感染され得る。King, L. A. and Possee, R.D., The Baculovirus Exprossion System: A Laboratory Guide, London, Chapman & Hall; O’Reilly, D. R. ., Baculovirus Expression Vector: A Laboratory Manual, New York, Oxford University Press., 1994; 及びRichardson, C. D., Ed., Baculovirus Expression Protocols. Methods in Molecular Biology, Totowa, NJ, Humana Press, 1995を参照のこと。組換えzcytor17バキュロウィルスを製造するための第2の方法は、Luckow ( Luckow, VA, など., J. Virol 67: 4566−79, 1993 ) により記載されるトランスポゾンに基づくシステムを利用する。
【0148】
トランスファーベクターを利用するこのシステムは、Bac−to−BacTMキット(Life Technologies, Rockville, MD)として市販されている。このシステムは、“bacmid” と呼ばれる大きなプラスミドとして、E.コリに維持されるバキュロウィルスゲノム中に、zcytor17ポリペプチドをコードするDNAを移動せしめるために、Tn7トランスポゾンを含むトランスファーベクター、pFastBacI TM (Life Technologies )を利用する。Hill−Perkins, M.S. and Possee, R.D., J. Gen. Virol. 71: 971−6, 1990; Bonning, B.C. など., J. Gen. Virol. 75: 1551−6, 1994; 及びChazenbalk, G. D., and Rapoport, B., J. Biol Chem. 270: 1543−9,1995 を参照のこと。
【0149】
さらに、トランスファーベクターは発現されたzcytor17ポリペプチドのC−又はN−末端でエピトープ標識、例えばGlu−Glu エピトープ標識をコードするDNAとのイン−フレーム融合体を含むことができる(Grussenmeyer, T. など., Peoc. Natl. Acad. Sci. 82: 7952−6, 1985)。当業界において知られている技法を用いて、zcytor17を含むトランスファーベクターにより、E.コリが形質転換され、そして組換えバキュロウィルスの表示である断続的lacZ遺伝子を含むbacmida についてスクリーンされる。組換えバキュロウィルスゲノムを含むbacmid DNA が、通常の技法を用いて単離され、そしてスポドプテラ・フルギペルダ( Spodoptera frugiperda )細胞、例えばSf9 細胞をトランスフェクトするために使用される。zcytor17を発現する組換えウィルスが結果的に生成される。組換えウィルス ストックは、当業者において通常使用される方法により製造される。
【0150】
組換えウィルスは、宿主細胞、典型的には、アワヨトウの幼虫、スポドプテラ・フルギペルダに由来する細胞系を感染せしめるために使用される。一般的には、Glick and Pasternak, Molecular Biotechnology: Principles and Application of Recombinant DNA, ASM Prss, Washington, D.C., 1994を参照のこと。もう1つの適切な細胞系は、トリコプルシア・ニ(Trichoplusia ni)に由来するHigh FiveOTM細胞系(Invitrogen)である(アメリカ特許第5,300,435号)。市販の血清フリー培地が、細胞を増殖し、そして維持するために使用される。
【0151】
適切な培地は、Sf9細胞のためには、SF900IITM (Life Technologies),又はEST 921TM(Expression Systems); 及びT. ni 細胞のためには、Ex−CellO405TM(JRH Biosciences, Lenza, KS)又はExpress FiveOTM(Life Technologies )である。使用される方法は一般的に、入手できる実験用マニュアルに記載されている(King, L. A. and Possee, R. D., 前記; O’Reilly, D. R. など., 前記;Richardson, C. D., 前記)。上清液からのzcytor17ポリペプチドの続く精製は、本明細書に記載される方法を用いて達成され得る。
【0152】
菌類細胞、例えば酵母細胞はまた、本発明内で使用され得る。これに関して、特に興味ある酵母種は、サッカロミセス・セレビシアエ(Saccharomyces cerevisiae), ピチア・パストリス(Pichia pastoris)及びピチア・メタノリカ(pichia methanolica) を包含する。外因性DNAによりS. セレビシアエ細胞を形質転換し、そしてそれから組換えポリペプチドを生成するための方法は、例えばKawasaki, アメリカ特許第4,599,311号;Kawasaki など., アメリカ特許第4,931,373号;Brake, アメリカ特許第4,870,008号;Welchなど., アメリカ特許第5,037,743号;及びMurray など., アメリカ特許第4,845,075号により開示される。形質転換された細胞は、選択マーカー、通常、耐薬物性、又は、特定の栄養物(例えばロイシン)の不在下で増殖する能力により決定される表現型により選択される。
【0153】
サッカロミセス・セレビシアエへの使用のための好ましいベクターシステムは、グルコース含有培地における増殖により形質転換された細胞の選択を可能にする、Kawasaki など. (アメリカ特許第4,931,373号)により開示されるPOT1ベクターシステムである。酵母への使用のための適切なプロモーター及びターミネーターは、解糖酵素遺伝子(例えば、Kawasaki, アメリカ特許第4,599,311号;Kingsmanなど., アメリカ特許第4,615,974号;及びBitter, アメリカ特許第4,977,092 号を参照のこと)及びアルコール デヒドロゲナーゼ遺伝子からのものを包含する。また、アメリカ特許第4,990,446 号;第5,063,154号;第5,139,936 号;及び第4,661,454号を参照のこと。
【0154】
他の酵素、例えばハンセヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha)、シゾサッカロミセス・ポンベ( Schizosaccharomyces pombe )、クルイベリミセス・ラクチス( Kluyveromyces lactis )、クルイベリミセス・フラギリス(Kluyveromyces fragilis )、ウスチラゴ・マイジス(Ustilago maydis )、ピチア・パストリス( Pichia pastoris )、ピチア・メタノリカ(Pichia methanolica)、ピチア・グイレルモンジ( Pichia guillermondii )、及びカンジタ・マルトサ(Candida maltosa )のための形質転換システムは、当業界において知られている。
【0155】
例えば、Gleeson など., J. Gen. Microbiol. 132: 3459−3465, 1986 及びCregg, アメリカ特許第4,882,279 号を参照のこと。アスペルギラス細胞は、Mcknight など.,アメリカ特許第4,935,349号の方法に従って使用され得る。アクレモニウム・クリソゲナム(Acremonium chrysogenum)を形質転換するための方法は、Sumino ., アメリカ特許第5,162,228号により開示される。ニューロスポラ(Neurospora)を形質転換するための方法は、Lambowitz, アメリカ特許第4,486,533号により開示される。
【0156】
組換えタンパク質の生成のための宿主としてのピチア・メタノリカの使用は、WIPO公開WO97/17450, WO97/17451、WO98/02536及びWO98/02565に開示される。P.メタノリカの形質転換に使用するためのDNA分子は通常、形質転換の前、好ましくは線状化される、二本鎖の環状プラスミドとして調製されるであろう。P.メタノリカにおけるポリペプチド生成のためには、プラスミドにおけるプロモーター及びターミネーターは、P.メタノリカ遺伝子、例えばP.メタノリカ アルコール利用遺伝子(AUG1又はAUG2)のものであることが好ましい。他の有用なプロモーターは、ジヒドロキシアセトンシンターゼ(DHAS)、ギ酸デヒドロゲナーゼ(FMD)、及びカタラーゼ(CAT)遺伝子のものを包含する。
【0157】
宿主染色体中へのDNAの組み込みを促進するためには、宿主DNA配列を両端に有するプラスミドの完全な発現セグメントを有することが好ましい。ピチア メタノリカへの使用のための好ましい選択マーカーは、アデニンの不在下でade2宿主細胞の増殖を可能にする、ホスホリボシル−5−アミノイミダゾールカルボキシラーゼ(AIRC; EC. 4.1.1.21)をコードするP.メタノリカADE2遺伝子である。メタノールの使用を最少にすることが所望される大規模産業方法のためには、両メタノール利用遺伝子(AUG1及びAUG2)が欠失されている宿主細胞を使用することが好ましい。
【0158】
分泌されたタンパク質の生成のためには、液胞プロテアーゼ遺伝子(PEP4及びPRB1)を欠いている宿主細胞が好ましい。エレクトロポレーションが、P.メタノリカ細胞中への、興味あるポリペプチドをコードするDNAを含むプラスミドの導入を促進するために使用される。2.5〜4.5kV/cm,好ましくは約3.75kV/cmの電場の強さ、及び1〜40m秒、最も好ましくは約20m秒の時定数(t)を有する、指数的に減衰する、パルスされた電場を用いて、エレクトロポレーションによりP.メタノリカ細胞を形質転換することが好ましい。
【0159】
原核宿主細胞、例えば細菌E.コリ、バシラス及び他の属の菌株はまた、本発明において有用な宿主細胞である。それらの宿主を形質転換し、そしてそこにクローン化される外来性DNA配列を発現するための技法は、当業界において良く知られている(例えば、Sambrookなど., 前記を参照のこと)。細菌、例えばE.コリにおいてzcytor17ポリペプチドを発現する場合、そのポリペプチドは、典型的には不溶性顆粒として細胞質に保持され得、又は細菌の分泌配列により細胞周辺腔に向けられ得る。
【0160】
前者の場合、細胞は溶解され、そして顆粒が回収され、そして例えばグアニジンイソチオシアネート又はウレアを用いて変性される。次に、変性されたポリペプチドが再生され、そして例えばウレア、及び還元された及び酸化されたグルタチオンの組み合わせの溶液に対する透析、続く緩衝溶液に対する透析により、前記変成体を希釈することによってニ量体化され得る。後者の場合、ポリペプチドは、細胞周辺腔の内容物を開放するために細胞を破壊し(例えば、音波処理又は浸透ショックにより)、そしてタンパク質を回収することによって、細胞周辺腔から可溶性及び機能性形で回収され、それにより、変性及び再生のための必要性を回避することができる。
【0161】
形質転換され又はトランスフェクトされた宿主細胞は、選択された宿主細胞の増殖のために必要とされる栄養物及び他の成分を含む培養培地において、従来の方法に従って培養される。種々の適切な培地、例えば定義された培地及び複合培地は、当業界において知られており、そして一般的には、炭素源、窒素源、必須アミノ酸、ビタミン及び鉱物を含む。培地はまた、必要とされる場合、成長因子又は血清のような成分も含むことができる。
【0162】
増殖培地は一般的に、外因的に付加されたDNAを含む細胞を、例えば発現ベクター上に担持される選択マーカーにより補足され、又は宿主細胞中に同時トランスフェクトされる必須栄養物における薬物選択又は栄養欠乏により選択するであろう。P.メタノリカ細胞は適切な炭素源、窒素源及び微量栄養物を含んでなる培地において、約25℃〜35℃の温度で培養される。液体培養物は、従来の手段、例えば小さなフラスコの振盪又は発酵器のスパージングにより十分なエアレーションを提供される。P.メタノリカのための好ましい培養培地は、YEPD(2%D−グルコース、2%のBactoTMペプトン(Difco Laboratories, Detroit, MI), 1%のBactoTM 酵母抽出物(Difco Laboratories), 0.004%のアデニン及び0.006%のL−ロイシン)である。
【0163】
本発明の1つの観点においては、zcytor17サイトカイン受容体(例えば、トランスメンブラン及び細胞内ドメイン)は、培養された細胞により生成され、そして細胞は、受容体のためのリガンド、例えば天然のリガンド、及び天然のリガンドのアゴニスト及びアンタゴニストについてスクリーンするために使用される。このアプローチを要約すると、受容体をコードするcDNA又は遺伝子がその発現のために必要とされる他の遺伝子要素(例えば、転写プロモーター)と組合され、そしてその得られる発現ベクターが宿主細胞中に挿入される。DNAを発現し、そして機能的受容体を生成する細胞が選択され、そして種々のスクリーニングシステム内に使用される。
【0164】
本発明の新規受容体の発現及び受容体−介在性シグナルのトランスダクションへの使用のために適切な哺乳類細胞は、β−サブユニット、例えばgp130を発現する細胞、及びgp130及びLIF受容体を同時発現する細胞を包含する(Gearingなど., EMBO. J. 10:2839−2848, 1991; Gearing など., アメリカ特許第5,284,755号)。これに関して、同じサブファミリーにおける受容体、例えばIL−6又はLIFに結合する他のサイトカインに対して応答性である細胞を使用することが一般的に好ましい。なぜならば、そのような細胞は必要なシグナルトランスダクション経路を含むであろうからである。
【0165】
このタイプの好ましい細胞は、ヒトTF−1細胞系(ATCC番号CRL−2003)及びDA−1細胞系を包含する(Branchなど., Blood 69: 1782, 1987; Broudy など., Blood 75; 1622−1626, 1990)。他方では、適切な宿主細胞は、所望する細胞応答のために必要とされるβ−サブユニット又は他の細胞成分を生成するために構築され得る。例えば、ネズミ細胞系BaF3 (Palacios and Steinmetz, Cell 41: 727−734, 1985; Mathey− Prevotなど., Mol. Cell. Biol. 6: 4133−4135, 1986), 子供ハムスター腎臓(BHK)細胞系、又はCTLL−2細胞系(ATTC TIB−214)が、マウスgp130サブユニット、又はマウスgp130及びLIF受容体、並びにzcytor17発現するためにトランスフェクトされ得る。
【0166】
同じ種からの宿主細胞及び受容体を使用することが一般的に好ましいが、しかしながら、このアプローチは、いずれかの種からの多数の受容体サブユニットを発現するための細胞系の構築を可能にし、それにより、種特異性から生じる可能性ある制限を克服する。他方では、マスス受容体cDNAの種相同体、例えばBaF3細胞系におけるマウスcDNAが、同じ種からの細胞系内でクローン化され、そしてその細胞内で使用され得る。従って、1つの造血成長因子、例えばIL−3に依存する細胞系が、zcytor17リガンド、又は抗−zcytor17抗体に依存性になるように構築され得る。
【0167】
機能的zcytor17を発現する細胞が、スクリーニングアッセイ内に使用される。種々の適切なアッセイは、当業界において良く知られている。それらのアッセイは、標的細胞における生物学的反応の検出に依存する。1つのそのようなアッセイは、細胞増殖アッセイである。細胞は、試験化合物の存在又は不在下で培養され、そして細胞増殖は、例えばトリチウム化されたチミジンの組み込みを測定することにより、又はAlymar BlueTM (AccuMed, Chicago, IL) 又は3−(4,5−ジメチルチアゾール−2−イル)−2,5−ジフェニルテトラゾリウムブロミド(MTT)(Mosman, J. Immunol. Meth. 65: 55−63, 1983)の代謝性分解に基づく比色分析により検出される。
【0168】
他のアッセイ型は、レポーター遺伝子を発現するよう、さらに構築される細胞を用いる。レポーター遺伝子は、レポーター−連結経路に応答するプロモーター要素に連結され、そしてアッセイは、レポーター遺伝子の転写の活性化を検出する。これに関しての好ましいプロモーター要素は、血清応答要素、STAT又はSREである(例えば、Shawなど., Cell 563−572, 1989を参照のこと)。好ましいそのようなレポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ遺伝子である(de Wetなど., Mol. Cell. Biol. 7: 1987)。ルシフェラーゼ遺伝子の発現は、当業界において知られている方法を用いて発光により検出される(Baumgartnerなど., J. Biol. Chem. 269: 19094−29101, 1994; Schenborn and Goiffin, Promega Notes 41; 11, 1993)。
【0169】
ルシフェラーゼアッセイキットは、例えばPromega Corp., Madison, WIから市販されている。この型の標的細胞系は、化学物質、細胞−ならし培養培地、菌類ブイヨン、土壌サンプル、水サンプル及び同様のもののライブラリーをスクリーンするために使用され得る。例えば、細胞−又は組織−ならし培地サンプルのバンクが、リガンドを生成する細胞を同定するために標的細胞に対してアッセイされ得る。
【0170】
次に、陽性細胞が、プールに分けられ、宿主細胞中にトランスフェクトされ、そして発現される、哺乳類細胞発現ベクターにおいてcDNAライブラリーを生成するために使用される。次にトランスフェクトされた細胞からの培地サンプルがアッセイされ、続くプールの分割、トランスフェクション、継代培養、及び陽性細胞の再アッセイが伴ない、リガンドを発現するクローン細胞系が単離され得る。腎臓、肝臓、膵臓、胸腺、他のリンパ組織により条件付けされた培地サンプルが、スクリーニング方法への使用のためのリガンドの好ましい源である。
【0171】
zcytor17のための天然のリガンドはまた、zcytor17を発現するサイトカイン−依存性細胞系を突然変異誘発し、そしてそれを、オートクライン増殖について選択する条件下で培養することによって同定され得る。WIPO公開WO95/21930号を参照のこと。典型的な方法においては、zcytor17を発現する細胞が、例えばEMSにより突然変異誘発される。次に、細胞が、必要とされるサイトカインの存在下で回収され、次に、サイトカインを欠いている培養培地にトランスファーされる。
【0172】
生存細胞が、リガンドに対して競争するために、可溶性受容体ポリペプチドを、本明細書に記載されるzcytor17サイトカイン−結合ドメインを含んで成る培養培地に添加することにより、又はzcytor17受容体を発現するトランスフェクトされた細胞に比較して、野生型細胞に基づくならし培地をアッセイすることにより、zcytor17のためのリガンドの生成についてスクリーンされる。この方法に使用するための好ましい細胞系は、gp130又は、IF受容体と組合してgp130を発現するためにトランスフェクトされる細胞を包含する。好ましいそのような宿主細胞系は、トランスフェクトされたCTLL−2細胞(Gilis and Smith, Nature 268: 154−156, 1977)及びトランスフェクトされたBaF3細胞を包含する。
【0173】
さらに、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドを使用する分泌トラップ方法は、zcytor17リガンドを単離するために使用され得る(Aldrich, など., Cell 87: 1161−1169, 1996)。既知の又は疑わしいリガンド源から調製されたcDNA発現ライブラリーが、COS−7細胞中にトランスフェクトされる。cDNAライブラリーベクターは一般的に、COS−7細胞における増殖のためのSV40起点、及び高い発現のためのCMVプロモーターを有する。トランスフェクトされたCOS−7細胞は、単層において増殖され、そして次に固定され、そして浸透せしめられる。
【0174】
次に、本明細書に記載される、標的化されているか、又はビオチン−ラベルされたzcytor17可溶性受容体が、細胞像と接触して配置され、そして抗−相補的分子、すなわちzcytor17リガンドを発現する、単層における細胞の結合を可能にされる。従って、リガンドを発現する細胞が、受容体分子により結合されるであろう。ホースラディシュペルオキシダーゼ(HRP)により接合される抗−標的抗体(Ig融合体のための抗−Ig、FLAG−標的化された融合体のためのM2又は抗−FLAG、 ストレプタビジン及び同様のもの)は、標的化されているか、又はビオチン−ラベルされたzcytor17可溶性受容体が結合しているそれらの細胞を可視化するために使用される。
【0175】
HRPは、チラミド試薬、例えばチラミド−FITCの付着を触媒する。市販のキットが、この検出のために使用され得る(Renaissance TSA−DirectTM Kit; NEN Life ScienceProducts, Boston, MA)。zcytor17受容体リガンドを発現する細胞は、緑色の細胞として蛍光顕微鏡下で同定され、そしてAldrich,など., 前記に概略されるように、プラスミド救助のための方法を用いてのリガンドの続くクローニング、クローンが同定されるまでの続くラウンドの分泌トラップアッセイのために採取されるであろう。
【0176】
受容体として、zcytor17ポリペプチドの活性は、受容体結合及び続く生理学的細胞応答に関連する細胞外酸性化速度又はプロトン排泄を測定する珪素基材のバイオセンサーマイクロフィジオメーターにより測定され得る。典型的な装置は、Molecular device, Sunnyvale, CAにより製造されるCytosensorTM Microphysiometerである。種々の細胞応答、たとえば細胞増殖、イオン輸送、エネルギー生成、炎症応答、調節及び受容体活性化及び同様のものが、この方法により測定され得る。例えば、McConnell, H.M. など., Science 257: 1905−1912, 1992; Pitchford, S. など., Meth. Enzymol. 228: 84−108, 1997; Arimilli, S. など., J. Immunol. Meth. 212: 49−59, 1998; Van Liefde, I. など., Eur. J. Pharmacol. 346: 87−95, 1998を参照のこと。
【0177】
マイクロフィジオメーターは、付着性又は非付着性真核又は原核細胞をアッセイするために使用され得る。時間にわたって細胞培地における細胞外酸性化の変化を測定することによって、マイクロフィジオメーターは、種々の刺激、例えばzcytor17ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストに対する細胞応答を直接的に測定する。好ましくは、マイクロフィジオメーターは、zcytor17ポリペプチドを発現しない対照の真核細胞に比較して、zcytor17−発現性真核細胞の応答を測定するために使用される。zcytor17−発現性真核細胞は、zcytor17−調整刺激に対して応答性である細胞を創造するか、又は天然において発現性のzcytor17細胞、例えばリンパ球、膵臓、胸腺組織、又はPBLに由来するzcytor17−発現性細胞である細胞を創造する、本明細書に記載されるように、アデノウィルスベクターを通して、zcytor17がトランスフェクトされているか、又は感染されている細胞を包含する。
【0178】
対照に比較して、マウスzcytor10を発現する細胞の応答における細胞外酸性化の上昇又は低下により測定される差異が、zcytor17−調節された細胞応答の直接的に測定である。さらに、そのようなzcytor17−調節された応答は、種々の刺激下でアッセイされ得る。また、マイクロフィジオメーターを用いれば、zcytor17ポリペプチドを発現する細胞を供給し、前記細胞の第1部分を試験化合物の不在下で培養し、前記細胞の第2部分を試験化合物の存在下で培養し、そして前記細胞の第1部分に比較して、前記細胞の第2部分の細胞応答の上昇又は低下の変化を検出することを含んでなる、zcytor17ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストを同定するための方法が提供される。zcytor17ポリペプチドのためのアンタゴニスト及びアゴニストは、この方法を用いて急速に同定され得る。
【0179】
本発明により提供される追加のアッセイは、ハイブリッド受容体ポリペプチドの使用を包含する。それらのハイブリッドポリペプチドは、2種の一般的なクラスに分けられる。第1のクラスにおいては、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)、配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)、配列番号54の残基557(Lys)〜662(Ile)又は配列番号57の残基551(Lys)〜662(Cys)を含んで成るzcytor17の細胞内ドメインは、第2受容体のリガンド−結合ドメインに連結される。好ましくは、第2受容体は造血サイトカイン受容体、例えばmpl受容体である(Souyriなど., Cell 63: 1137−1147, 1990)。ハイブリッド受容体はさらに、いずれかの受容体に由来するトランスメンブランドメインを含んで成るであろう。
【0180】
次に、ハイブリッド受容体をコードするDNA構造体が宿主細胞中に挿入される。ハイブリッド受容体を発現する細胞が、結合ドメインのためのリガンドの存在下で培養され、そして応答についてアッセイされる。このシステムは、容易に入手できるリガンドを用いて、zcytor17により介在されるシグナルトランスダクションを分析するための手段を提供する。このシステムはまた、特定の細胞系がzcytor17により形質導入されたシグナルに応答できるかどうかを決定するためにも使用され得る。
【0181】
第2クラスのハイブリッド受容体ポリペプチドは、第2受容体、好ましくはサイトカイン受容体の細胞質ドメイン及びトランスメンブランドメインと共に、zcytor17の細胞外(リガンド結合)ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Glu);配列番号54の残基33(Ala)〜532(Glu))又はサイトカイン−結合ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);又は配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro);配列番号57の残基46(Val)〜533(Glu);又は配列番号93の残基46(Val)〜533(Trp))を含んで成る。
【0182】
トランスメンブランドメインは、いずれかの受容体に由来することができる。この第2クラスのハイブリッド受容体は、第2受容体により形質導入されるシグナルに応答することが知らされている細胞において発現される。それらの2種のハイブリッド受容体は、受容体に基づいくアッセイシステム内での広範囲の細胞型の使用を可能にする。
【0183】
次に、zcytor17のためのリガンドを発現することが見出された細胞が、リガンド−コードのcDNAが上記に開示されるように単離され得るcDNAライブラリーを調製するために使用される。従って、本発明は、新規受容体ポリペプチドの他に、受容体のためのポリペプチドリガンドをクローニングするための方法を提供する。
【0184】
zcytor17構造及び組織発現は、初期造血又は胸腺細胞発生及び免疫応答調節又は炎症において役割を演じることができる。それらの工程は、1又は複数のサイトカインのそれらの同種受容体への結合に応答しての細胞増殖及び分化の刺激を包含する。この受容体に関して観察される組織分布の観点から、アゴニスト(天然のリガンドを包含する)及びアンタゴニストは、インビトロ及びインビボ用途において莫大な可能性を有する。
【0185】
受容体アゴニストに同定される化合物は、インビトロ及びインビボで、標的細胞の増殖及び進化を刺激するために有用である。例えば、アゴニスト化合物又は抗−zcytor17抗体は、定義された細胞培養培地の成分として有用であり、そして細胞培養において通常使用される血清を置換するために、単独で又は他のサイトカイン及びホルモンと組合して使用され得る。従って、アゴニストは、T−細胞、B−細胞、及びリンパ球及び骨髄性系の他の細胞、及び培養における造血細胞の増殖及び/又は進化又は活性化を特別に促進することにおいて有用である。
【0186】
zcytor17又は抗−zcytor17抗体及び結合パートナーのためのアゴニストリガンドは、細胞−介在性免疫性の刺激において、及びリンパ球増殖の刺激のために、例えば免疫抑制に関与する感染、例えば一定のウィルス感染の処理の研究への使用において有用である。追加の使用は、悪性形質転換が抗原性である腫瘍細胞をもたらす、腫瘍抑制のためのマウスモデルへの使用を包含する。アゴニストリガンド又は抗―zcytor17抗体及び結合パートナーは、エフェクター細胞、例えばT−細胞、NK(天然のキラー)細胞又はLAK(リンパ性の活性化されたキラー)細胞の活性化を通して介在され得るか、又はアポプトシス経路を通して直接的に誘発され得る、細胞毒性を誘発するために使用され得る。
【0187】
アゴニストリガンド又は抗−zcytor17抗体及び結合パートナーはまた、影響された細胞型のレベルを高めることによって白血球減少の処理において、及び骨髄移植の後、T−細胞レパートリーの再生の増強のために、又は単球増殖又は活性化のために、及び本明細書に記載される診断および他の使用のために有用である。
【0188】
アンタゴニストリガンド、化合物又は抗−zcytor17抗体は、免疫型の抑制、例えば自己免疫疾患、例えばリュウマチ様関節炎、多発性硬化症、真性糖尿病、炎症性腫疾患、クローン病、等の処理に使用され得る。免疫抑制はまた、組織又は器官移植の拒絶を低めるために、及び影響された細胞型の増殖を阻害することによってT−細胞、B−細胞又は単球特異的白血病又はリンパ腫、及び他の免疫細胞癌を処理するためにも使用され得る。さらに、zcytor17ポリヌクレオチド、抗−zcytor17抗体及び結合パートナーが、単球を検出するために、及びそのような自己免疫疾患、特に単球が高められるか又は活性化される疾病状態の診断を助けるために使用され得る。
【0189】
zcytor17ポリペプチドはまた、リガンドの循環レベルの検出のための診断システムにも使用され得る。関連する態様においては、zcytor17受容体ポリペプチドに結合する抗体又は他の剤は、循環受容体ポリペプチドを検出するために使用され得る。zcytor17は、配列番号18及び22に示される可溶性受容体形により示されるような可溶性受容体として天然において発現されると思われる。高められたレベルか又は低められたレベルのリガンド又は受容体ポリペプチドは、病理学的状態、例えば癌の表示であり得る。そのような受容体ポリペプチドは、病理学的工程に寄与し、そして基礎をなす疫病の間接的マーカーであり得る。
【0190】
例えば、ヒト血清における高められたレベルの可溶性IL−2は、広範囲の炎症及び腫瘍性状態、例えば心筋梗塞、ぜん息、重症筋無力症、リウマチ様関節炎、急性T−細胞白血病、B−細胞リンパ腫、慢性リンパ性白血病、結腸癌、乳癌及び卵巣癌に関連している(Heaneyなど., Blood87:847−857,1996)。同様に、zcytor17は、活性化された単球において高められ、そして従って、zcytor17及び/又はその可溶性受容体は、炎症及びそれに関連する新生状態についてのマーカーにより結合されるか又はそれらとして作用することができる。
【0191】
zcytor17受容体又は“可溶性受容体”のリガンド−結合ポリペプチドは、zcytor17サイトカイン結合ドメイン(ヒト受容体配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);又はヒト受容体配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro))、又は細胞外ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Glu);又は配列番号54の残基33(Ala)〜532(Glu))、又は非ヒト受容体のその対応する領域、例えば配列番号57及び93について記載されるその対応する領域をコードする切断されたDNAを発現することによって調製され得る。好ましくは、細胞外ドメインは、トランスメンブラン及び細胞内ポリペプチドセグメントを実質的に有さない形で調製され得る。
【0192】
さらに、上記zcytor17サイトカイン結合ドメイン内のリガンド−結合ポリペプチドフラグメントはまた、本明細書に記載される使用のためのzcytor17可溶性受容体として作用することができる。宿主細胞化らの受容体ポリペプチドの輸送を方向づけるためには、受容体DNAは、分泌ペプチド、例えばt−PA分泌ペプチド又はzcytor17分泌ペプチドをコードする第2DNAセグメントに結合される。分泌された受容体ポリペプチドの精製を促進するためには、C−末端延長、例えばポリ−ヒスチジン標識、Glu−Glu標識ペプチド、物質P, FlagTM ペプチド(Hoppなど., Bio/Technology6:1204−1210, 1988; Eastman Kodak Co., New Haven, CTから入手できる)、又は抗体又は他の特定の結合剤が利用できるもう1つのポリペプチド又はタンパク質が、受容体ポリペプチドに融合され得る。
【0193】
もう1つのアプローチにおいては、受容体細胞外ドメインは、2種の不変領域ドメインを含み、そして可変領域を欠いている、免疫グロブリン、H鎖不変領域、典型的には、Fcフラグメント(例えば、Fc4)との融合体として発現され得る。そのような融合体は典型的には、マルチマー分子として分泌され、ここでFc部分はお互いジスルフィド結合され、そして2種の受容体ポリペプチドがお互い密接に接近して整列されている。このタイプの融合体は、溶液から同種リガンドを親和性精製するために、インビトロアッセイ手段として、リガンドを特異的に滴定することによってインビボでシグナルを阻止するために、及び循環リガンドを結合し、そしてそれを循環から洗浄するために、それらを非経口投与することによってインビボでのアンタゴニストとして使用され得る。
【0194】
リガンドを精製するためには、zcytor17−Igキメラが、リガンドを含むサンプル(例えば、細胞−ならし培地又は組織抽出物)に、受容体−リガンド結合を促進する条件(典型的には、生理学的に近い温度、pH及びイオン強度)下で添加される。次に、キメラ−リガンド複合体が、固体支持体(例えば、不溶性樹脂ビーズ)上に固定されているタンパク質Aを用いて、混合物により分離される。次に、リガンドは、従来の化学的技法、例えば塩又はpHグラジエントを用いて溶出される。他方では、キメラ自体は、固体支持体に結合され、そして結合及び溶出は上記のようにして行われる。集められた画分は、所望する純度に達するまで、再分別され得る。
【0195】
さらに、zcytor17可溶性受容体は、リガンドの存在が所望されない治療又は他の用途において、インビボ又はインビトロでリガンドを結合するために、“リガンドシンク(ligand sink)”、すなわちアンタゴニストとして使用され得る。例えば、多量の生物活性zcytor17リガンドを発現する癌においては、zcytor17可溶性受容体は、インビボで、リガンドの直接的なアンタゴニストとして使用され得、そして疾病に関連する進行及び病状の低下を助けることができる。さらに、zcytor17可溶性受容体は、zcytor17受容体を過剰発現する癌の進行を、それらの癌の増殖を増強するリガンドをインビボで結合することによって遅延するために使用され得る。zcytor17可溶性受容体のための類似するインビトロ用途が、例えば、zcytor17リガンドの不在下で増殖する細胞系を選択するために負の選択として使用され得る。
【0196】
さらに、zcytor17可溶性受容体は、インビボで、又は組織サンプルにおいて、zcytor17リガンド−発現性癌を検出するために、インビボで又は診断用途において使用され得る。例えば、zcytor17可溶性受容体は、本明細書に記載されるような放射性ラベル又は蛍光ラベルに接合され得、そしてインビトロリガンド−受容体型結合アッセイ又は蛍光イメージングアッセイを用いて、組織サンプルにおけるリガンドの存在を検出するために使用され得る。さらに、放射性ラベルされたzcytor17可溶性受容体は、当業界において知られている放射性−イメージングを通して、リガンド発現性固形腫瘍を検出するために、インビボで投与され得る。
【0197】
本発明の分子は、免疫系の単級/マクロファージアームに特に使用される。たとえば、インターフェロンγ(IFN−γ)は、単核食細胞の有能な活性化因子である。インターフェロンγによるTHP−1細胞(ATCC No. TIB−202)の活性化に基づいてのzcytor17の発現の上昇は、この受容体が単球活性化に包含されることを示唆する。単球は、それらが成熟し、そしてマクロファージによる種々の組織に移動する不完全に分化された細胞である。
【0198】
マクロファージは、リンパ球に対する抗原を提供することによって免疫応答における中心的役割を演じ、そして多くのサイトカインを分泌することによってリンパ球に対する補助細胞として補助的役割を演じる。マクロファージは、細胞外分子をインターナライズすることができ、そして活性化に基づいて、細胞内微生物及び腫瘍細胞を殺害する高められた能力を有する。活性化されたマクロファージはまた、急性又は局部炎症を刺激することにおいても包含される。さらに、単球−マクロファージ機能は、種々の疾病状態において異常であることが示されている。例えば、Johnston, RB, New Eng. J. Med. 318: 747−752, 1998を参照のこと。
【0199】
当業者は、zcytor17のアゴニストが有用であることを認識するであろう。例えば、単球の抑制された移動が、感染の素因を有する集団、例えば新生児、コルチコステロイド又は他の免疫抑制治療を受ける患者、及び真生糖尿病、熱傷又はAIDSを有する患者において報告されている。zcytor17のためのアゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体及び結合パートナー、並びに天然のリガンドは、それらの集団において感染を移動し、そしてたぶん妨げる単球の能力の上昇をもたらすことができた。慢性肉芽腫の疾患を有する患者からの単核食細胞による食細胞性殺害の根深い欠陥がまた存在する。これは、皮下膿瘍、及び肝臓、肺、膵臓及びリンパ節における膿瘍の形成をもたらす。zcytor17のアゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体及び結合パートナー、並びに、天然のリガンドは、この食細胞欠陥を補正し、又は改良することができた。
【0200】
さらに、欠陥性単球細胞毒性が、癌及びWiskott−Aldrich症候群(湿疹、血小板減少症及び再発性感染)を有する患者において報告されている。zcytor17のアゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体及び結合パートナー、並びに天然のリガンドによる単球の活性化は、それらの状態の処理を助けることができる。単球−マクロファージシステムは、いくつかの脂質−貯蔵疾患(スフィンゴリピドーシス)、例えばGaucher’s病に優先的に包含される。感染に対する耐性は、zcytor17に対するアゴニスト、例えば抗−zcytor17及び結合パートナー、並びに天然のリガンドにより処理され得る、マクロファージ−機能の欠陥のために、低められ得る。
【0201】
さらに、当業者は、zcytor17のアンタゴニストが有用であることを認識するであろう。例えばアテローム硬化症性病変においては、最初の異常性の1つは、内皮細胞への単球/マクロファージの局在化である。それらの病変は、zcytor17に対するアンタゴニストの使用により妨げられ得る。抗−zcytor17抗体及び結合パートナーはまた、zcytor17の天然のリガンドに対するアンタゴニストとしても使用され得る。
【0202】
さらに、単芽球性白血病は、マクロファージの生物学的生成物の開放に影響を及ぼす種々の臨床学的異常性により結合され、それらの例としては、血清及び尿における高レベルのリゾチーム及び高熱を包含する。さらに、そのような白血病は、単球細胞の異常上昇を示す。それらの結果は、たぶん、本明細書に記載されるような、zcytor17に対するアンタゴニストにより妨げられる。さらに、抗−zcytor17抗体及び結合パートナーは、白血病単球細胞の殺害を方向づけるために、本明細書に記載されるようにして、分子、例えば毒性成分及びサイトカインに接合され得る。
【0203】
当業界において知られており、そして本明細書に開示される方法を用いて、当業者は、本明細書に開示される疾病状態、例えば炎症、癌又は感染、並びに単球細胞を包含する他の疾病状態におけるzcytor17アゴニスト及びアンタゴニストの活性を容易に評価することができた。さらに、zcytor17が単級−特異的態様で発現され、そしてそれらの疾病が単球細胞の異常性、例えば細胞増殖、機能、局在化及び活性化を包含するので、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド及び抗体は、そのような単球細胞異常性を検出し、そして疾病の存在を示すための特徴として使用され得る。そのような方法は、患者から生物学的サンプル、例えば血液、唾液又は生検を取り、採取し、そしてそれと正常な対照サンプルとを比較することを包含する。
【0204】
組織学的、細胞学的、流動細胞計測性、生化学的及び他の方法が、zcytor17の相対的レベル又は局在化、又はzcytor17を発現する細胞を測定するために使用され得、すなわち患者サンプルにおける単球が正常対照に比較される。対照と比較しての、zcytor17発現のレベル(上昇又は下降)の変化、又は単球の数又は局在化の変化(例えば、それらが正常に存在しない組織における単球細胞の上昇又は浸潤)が、疾病の表示である。そのような診断方法はまた、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド又は抗体に結合される放射分析、蛍光及び比色標識の使用を包含することができる。そのような方法は、当業者において良く知られており、そして本明細書に開示される。
【0205】
zcytor17活性を有するアミノ酸配列は、zcytor17リガンドを結合し、そして従って、内因性zcytor17受容体によるzcytor17リガンドの結合を妨げることによって免疫系を調節するために使用され得る。zcytor17アンタゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体はまた、内因性zcytor17受容体によるzcytor17リガンドの結合を阻害することによって免疫系を調節するために使用され得る。
【0206】
従って、本発明は、適切な量のポリペプチドを欠いており、又は過剰のzcytor17リガンドを生成する対象へのzcytor17活性を有するタンパク質、ポリペプチド及びペプチド(例えば、zcytor17ポリペプチド、zcytor17類似体(例えば、抗−zcytor17抗−イジオタイプ抗体)、及びzcytor17融合タイプ質)の使用を包含する。zcytor17アンタゴニスト(例えば、抗−zcytor17抗体)はまた、過剰のzcytor17リガンド又はzcytor17のいずれかを生成する対象を処理するために使用され得る。適切な対象は、哺乳類、例えばヒトを包含する。
【0207】
zcytor17は、単球細胞においてアップレギュレーションされることが示されており、そして炎症の調節に包含され得る。本発明のポリペプチドは、アッセイされ、そして炎症を改良するために使用され得るか、又は炎症のためのマーカーとして使用され得る。zcytor17の前炎症及び抗炎症性質を決定するための方法は、当業界において知られており、そして本明細書に論じられる。さらに、それは、急性相反応体、例えば血清アミロイドA(SAA)、α1−アンチキモトリプシン及びハプトグロビンの生成のアップ−レギュレーションに包含され得る。
【0208】
そしてzcytor17リガンドの発現は、炎症応答に関与するインビボでのリポ多糖(LPS)の注入に基づいて高められ得る(Dumoutier, L. など., Proc. Nat’l. Acad. Sci. 97: 10144−10149, 2000)。急性相タンパク質、例えばSAAの生成は、炎症が有益である短期生存機構であると思われるが、しかしながら、長い期間、急性相タンパク質の維持が、慢性炎症に寄与し、そしてヒト健康に対して有害であり得る。再考のためには、Uhlar、Cm and Whitehead, AS, Eur. J. Biochem. 265: 501−523, 1999, 及びBaumann H, and Gauldie, J. Immunology Today 15: 74−80, 1994を参照のこと。
【0209】
さらに、急性相タンパク質SAAは、いくつかの慢性炎症患者の病因に関係し、アテローム硬化症及びリウマチ様関節炎に関与し、そしてアミロイド症において沈着するアミロイドAタンパク質への前駆体である(Uhlar, CM and Whitehead, 前記)。従ってzcytor17のためのリガンドが、前炎症性分子として作用し、そしてSAAの生成を誘発する場合、アンタゴニストが、炎症性疾患、及びリガンドにより誘発される急性相応答タンパク質に関連する他の疾病の処理において有用であろう。そのようなアンタゴニストが、本発明により提供される。
【0210】
例えば、炎症を減じるための方法は、炎症を低めるのに十分な量の、可溶性zcytor17含有受容体又は抗−zcytor17抗体の組成物を、炎症を有する哺乳類に投与することを含んで成る。さらに、炎症を有する哺乳類における炎症応答を抑制するための方法は、(1)血清アミロイドAタンパク質のレベルを決定し;(2)許容できる医薬ビークル中、本明細書に記載されるような可溶性zcytor17サイトカイン受容体ポリペプチドを含んで成る組成物を投与し;(3)血清アミロイドAタンパク質の後投与レベルを決定し;(4)段階(3)における血清アミロイドAタンパク質のレベルに、段階(1)における血清アミロイドAタンパク質のレベルを比較することを含んで成り、ここで血清アミロイドAタンパク質の上昇又は下降の欠失が炎症応答の抑制の表示である。
【0211】
本発明の受容体は、少なくとも1つのzcytor17受容体サブユニットを含む。ヘテロダイマー可溶性受容体に包含される第2の受容体ポリペプチドは、クラスIサイトカイン受容体サブユニットを包含する受容体サブファミリーに属する。本発明によれば、モノマー又はホモダイマーzcytor17受容体ポリペプチドの他に、可溶性zcytor17受容体+可溶性クラスI受容体ヘテロダイマー成分を含んで成る態様により例示されるように、ヘテロダイマー可溶性zcytor17受容体は、天然のzcytor17リガンドのアンタゴニストとして作用することができる。他の態様は、zcytor17を含んで成る可溶性マルチマー受容体を包含する。
【0212】
zcytor17 cDNAに対応するmRNAの組織分布の分析は、mRNAレベルが単球及び前立腺細胞において最高であり、そして活性化された単球、及び活性化されたCD4+, CD8+及びCD3+細胞において高められることを示した。従って、zcytor17は、炎症及び免疫応答の誘発に包含される。従って、本発明の特定の態様は、炎症及びヒト疾病又は病状、例えば膵炎、I型糖尿病(IDDM)、膵臓癌、Graves病、炎症性腸疾患(IBD)、クローン病、結腸及び小腸癌、憩室症、自己免疫疾患、敗血症、器官又は骨髄移植;外傷、手術又は感染による炎症;アミロイドーシス;巨脾腫;対宿主性移植片病において;及び炎症の阻害、免疫抑制、造血、免疫、炎症又はリンパ細胞、マクロファージ、T−細胞(Th1及びTh2細胞、CD4+及びCD8+細胞)の増殖の低下、病原体又は抗原に対する免疫応答の抑制の場合、アンタゴニストとしての可溶性zcytor17ヘテロダイマーの使用に向けられる。
【0213】
さらに、活性化された免疫細胞、例えば活性化されたCD4+及びCD19+細胞におけるzcytor17発現の存在は、zcytor17が、外来性侵入体、例えば微生物及び細胞残骸に対する身体の免疫防御反応に包含され、そして炎症及び癌形成の間、免疫応答において役割を演じることができたことを示した。zcytor17機能に対して作用性又は拮抗性である本発明の抗体及び結合パートナーは、免疫応答及び炎症を改良するために使用され得る。
【0214】
さらに、本明細書に記載されるzcytor17ポリペプチド、モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマー及び/又はzcytor17ポリペプチド、モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマー自体を結合する抗体又は結合ポリペプチドは、次のことを実施するために有用である:
1)急性炎症、外傷、組織損傷、手術、敗血症又は感染の結果としての炎症、及び慢性炎症疾患、例えばぜん息、炎症性腸疾患(IBD)、慢性大腸炎、巨脾腫、リウマチ様関節炎、再発性急性炎症性エピソード(例えば、結核)、及びアミロイドーシス及びアラローム硬化症、Castleman病、ぜん息、及び急性相応答の誘発に関連する他の疾病の処理においてzcytor17受容体を通してのシグナル化を拮抗するか又は阻止するために;
【0215】
2)zcytor17を通して免疫細胞(例えば、リンパ球、単球、白血球)におけるシグナル化を妨げるか又は阻害するために、自己免疫疾患、例えばIDDM、多発生硬化症(MS)、全身性エリテマトーデス(SLE)、重症筋無力症、リウマチ様関節炎及びIBDの処理においてzcytor17受容体を通してのシグナル化を拮抗するか又は阻害するために(Hughes Cなど., J. Immunol. 153: 3319−3325, 1994); 他方では、抗体、例えばzcytor17含有受容体に対するモノクローナル抗体(MAb)はまた、自己免疫疾患を処理するために所望しない免疫細胞を消耗するためのアンタゴニストとしても使用され得る。
【0216】
ぜん息、アレルギー及び他のアトピー性疾患は、免疫応答を阻害するか又は攻撃性細胞を消耗するために、例えば可溶性zcytor17受容体又はzcytor17/CRF2−4ヘテロダイマーに対するMAbにより処理され得る。本発明のポリペプチド及び抗体を用いて、zcytor17を通してシグナル化を阻止し、又は阻害することはまた、膵臓、肝臓及びニューロン細胞の疾病を治療することができる。
【0217】
IDDM、NIDDM、膵炎及び膵癌のためにも有益であり得る。zcytor17は、拮抗性MAbが癌増殖を阻害し、そして免疫介在性殺害を標的化する、癌のMAb治療のための標的物として作用することができる(Holliger P. and Hoogenboom, H: Nature Biotech. 16: 1015−1016, 1998)。可溶性zcytor17モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマーに対するMAbはまた、腎症、糸球体硬化症、膜ニューロパシー、アミロイドーシス(他の組織の中で腎臓に影響を及ぼす)、腎動脈硬化症、種々の起原の糸球体腎炎、腎臓の線維増殖疾患、及びSLE、IDDM、II型糖尿病(NIDDM)、腎腫瘍及び他の疾病に関連する腎機能不全を処理するためにも有用であり;
【0218】
3)自己免疫疾患、例えばIDDM、MS、SLE、重症筋無力症、リウマチ様関節炎及びIBDの処理においてzcytor17受容体を通してのシグナル化を作用するか又は開始するために;抗−zcytor17、抗−ヘテロダイマー及びマルチマーモノクローナル抗体は、分化するリンパ球又は他の免疫細胞をシグナル化し、増殖を変更し、又は自己免疫性を改良する、サイトカイン又は細胞表面タンパク質の生成を変えることができる。特に、サイトカイン分泌の他のパターンに対するT−ヘルパー細胞応答の調節が、疾病を改善するために自己免疫応答を偏向することができる(Smith SAなど., J. Immunol. 160: 4841−4849, 1998)。
【0219】
同様にアゴニスト性抗−zcytor17、抗−ヘテロダイマー及びマルチマーモノクローナル抗体は、ぜん息、アレルギー及びアトピー性疾患に関与する免疫細胞を表示し、消耗し、そして偏向するために使用され得る。zcytor17によるシグナル化はまた、膵臓、腎臓、下垂体及びニューロン細胞の疾病に有益であり得る。IDDM、NIDDM、膵癌のために有益であり得る。zcytor17は、シグナル化MAbが癌増殖を阻害し、そして免疫介在性殺害を標的化する、膵臓のMAb治療のための標的物として作用することができる(Tutt、ALなど., J. Immunol. 161: 3175−3185, 1998)。同様に、T−細胞特異的白血病、リンパ腫及び癌は、本発明のzcytor17含有の可溶性受容体に対するモノクローナル抗体により処理され得る。
【0220】
本明細書に記載される可溶性zcytor17モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマーポリペプチドは、上記に記載されるような自己免疫疾患、アトピー性疾患、NIDDM、膵炎及び腎機能不全の処理においてzcytor17リガンド活性を中和するか、又は阻止するために使用され得る。可溶性形のzcytor17は、T細胞により介在される抗体応答を促進するために、及び/又はリンパ球又は他の免疫細胞によるIL−4又は他のサイトカインの生成を促進するために使用され得る。
【0221】
本発明の可溶性zcytor17含有受容体は、その天然のリガンドのアンタゴニストとして有用である。そのようなアンタゴニスト効果は、直接的な中和又はその天然のリガンドの結合により達成され得る。アンタゴニスト使用の他に、本発明の可溶性受容体は、zcytor17リガンドを結合し、そしてそのリガンドを身体内の異なった組織、器官及び細胞に輸送するために、そのリガンドのためのキャリヤータンパク質として作用することができる。
【0222】
本発明の可溶性受容体は、特定の部位、例えば組織、特定の免疫細胞、単球又は腫瘍に可溶性受容体−リガンド複合体を方向づける、分子、ポリペプチド又は化学的成分に融合されるか又はカップリングされ得る。例えば、急性感染又はいくつかの癌においては、有益性は、炎症及び局部急性相応答タンパク質の誘発に起因することができる。従って、本発明の可溶性受容体は、前−炎症性リガンドの作用を特異的に方向づけるために使用され得る。Cosman, D. Cytokine 5: 95−106, 1993; 及びFermandez−Botran, R. Exp. Opin. Invest. Drugs 9: 497−513, 2000を参照のこと。
【0223】
さらに、本発明の可溶性受容体は、分解又はクリアランスからリガンドを安定化するか、又は身体内の作用の部位にリガンドを標的化することによって、リガンドの生物利用性及び/又は治療効力を高めるために、zcytor17リガンドの安定化のために使用され得る。例えば、天然に存在するIL−6/可溶性IL−6R複合体は、IL−6を安定化し、そしてgp130受容体を通してシグナル化することができる。Cosman, D. 前記及びFernandez−Botran, R, 前記を参照のこと。さらに、zcytor17は、リガンド/可溶性受容体複合体を含むよう、同種リガンド、例えばそのリガンドと共に組合され得る。
【0224】
そのような複合体は、コンパニオン受容体サブユニットを提供する細胞からの応答を刺激するために使用され得る。zcytor17/リガンド複合体の細胞特異性は、単独で投与されるリガンドについて見られるその特異性とは異なる。さらに、前記複合体は、異なった薬力学的性質、例えば影響を及ぼす半減期、用量/応答性及び器官又は組織特異性を有する。従って、zcytor17/リガンド複合体は、免疫応答を増強し、又は糸球体間質細胞又は肝細胞を刺激するためにアゴニスト活性を有することができる。
【0225】
他方では、IL6/IL6R複合体に対する応答に類似する複合体とヘテロダイマー化するシグナル化サブユニットを発現する組織のみが、影響され得る(Hirota H. など., Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 4862−4866, 1995; Hirano, T. in Thamason, A. (ED.) “The Cytokine Handbook”, 3rd ED., p. 248−209)。IL12及びCNTFのための可溶性受容体/サイトカイン複合体は、類似する活性を示す。
【0226】
zcytor17ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマー受容体ポリペプチドはまた、リガンドの循環レベルの検出のために、及び急性相炎症応答の検出において、診断システム内で使用され得る。関連する態様においては、本発明のzcytor17可溶性受容体に特異的に結合する抗体又は他の剤は、循環性受容体ポリペプチドを検出するために使用され得;逆に言えば、zcytor17可溶性受容体自体が、循環性又は局部的に作用するリガンドポリペプチドを検出するために使用され得る。リガンド又は受容体ポリペプチドの高められた又は低められたレベルが、炎症又は癌を包含する病理学的状態の表示であり得る。さらに、急性相タンパク質又は分子、例えばzcytor17リガンドの検出は、一定の疾病状態(例えば、リウマチ様、関節炎)における慢性炎症状態の表示であり得る。そのような状態の検出は、疾病診断を助け、そして正しい治療の医者による選択を助けるよう作用する。
【0227】
分化は進行性で且つ動的な工程であり、多能性幹細胞で始まり、そして最終的に分化された細胞で終結する。拘束なしに系統に再生することができる多能生幹細胞は、細胞系統への拘束が行われる場合、失われる一組の分化マーカーを発現する。前駆体細胞は、細胞が成熟に向かって細胞系統路を進行する場合に、発現され続けることができても又はできなくても良い一組の分化マーカーを発現する。成熟細胞により独占的に発現される分化マーカーは通常、機能的性質のもの、例えば細胞生成物、細胞生成物を生成するための酵素、及び受容体である。
【0228】
細胞集団の分化の段階は、細胞集団に存在するマーカーの同定によりモニターされる。筋細胞、骨芽細胞、脂肪細胞、クロンドロサイト、腺維芽細胞及び網様細胞は、通常の間葉幹細胞に起因すると思われる(Owenなど., Ciba Fdn. Symp. 136: 42−46, 1988)。間葉幹細胞のためのマーカーはまだ十分には同定されておらず(Owenなど., J. of Cell Sci. 87: 731−738, 1987)、その結果、同定は、通常、前駆体及び成熟細胞段階で行われる。本発明の新規ポリペプチドは、間葉幹細胞及び単球又は他の前駆体細胞を、インビボ及びエクスビボの両者で単離するための研究のために有用である。
【0229】
最終分化又は脱分化の方の経路に特定細胞型を刺激する化又は調節する因子が、通常の前駆体又は幹細胞に起因する全細胞集団に影響を及ぼすことを示唆する証拠が存在する。従って、本発明は、リンパ細胞、造血細胞、及び内皮細胞の増殖の刺激または阻害を包含する。従って、本発明の分子、例えば、可溶性zcytor17受容体、サイトカイン−結合フラグメント、抗−zcytor17抗体、センス及びアンチセンスポリヌクレオチドは、腫瘍細胞、及び特にリンパ球、造血、前立腺、ン内皮及び甲状腺細胞の阻害に使用できる。
【0230】
分化を測定するアッセイは例えば、組織、酵素活性、機能的活性又は形態学的変化の段階−特異的発現に関連する細胞−マーカーを測定することに包含する(Watt, FASEB, 5: 281−284, 1991; Francis, Differentiation 57: 63−75, 1994; Raes, Adv. Anim. Cell Biol. Technol. Bioprocesses, 161−171, 1989; すべては引用により本明細書に組み込まれる)。他方では、zcytor17ポリペプチド自体は、組織の段階−特異的発現に関連する追加の細胞表面又は分泌されたマーカーとして作用することができる。zcytor17ポリペプチドの直接的な測定、又はそれが分化するにつれての組織における発現のその損失は、たとえば前立腺組織又は単球細胞の同定又は分化のためのマーカーとして作用することができる。
【0231】
同様に、zcytor17ポリペプチドの直接的な測定、又は組織における発現のその損失が、それらが腫瘍の進行を受けるにつれて、組織又は細胞において決定され得る。前癌又は癌状態における細胞の侵襲性及び運動性の上昇、又はzcytor17の発現の獲得又は損失が、正常な組織に比較して、腫瘍進行における形質転換、侵襲性及び転移についての診断として作用することができる。進行又は転移の腫瘍段階の知識は、所定の個々の癌患者のために、最も適切な治療又は処理の攻撃性を選択する上で医薬を助けるであろう。
【0232】
発現(mRNA又はタンパク質のいずれかの)の獲得及び損失を測定する方法は、当業界において良く知られており、そして本明細書に記載されており、そしてzcytor17発現に適用され得る。例えば、細胞運動性を調節するポリペプチドの出現又は消出が、前立腺癌の診断及び予後を助けるために使用され得る(Banyard, J. and Zetter, B. R., Cancer and Metast. Rev. 17: 449−458, 1999)。細胞運動性、活性化、増殖又は分化のエフェクターとして、発現のzcytor17獲得又は損失がリンパ球、造血、内皮、甲状腺及び他の癌についての診断分析として作用することができる。
【0233】
さらに、zcytor17は単球及び前立腺特異的、ポリヌクレオチドプローブ、抗−zcytor17抗体及び検出であるので、組織におけるzcytor17ポリペプチドの存在は、単球又は前立腺組織が例えば、疾病又は癌性前立腺の切除を包含する手術の後、又は疾病又は感染された組織又は単球癌における単球浸潤の評価において、存在するかどうかを評価するために使用され得る。本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド及び抗体は、すべての前立腺組織が、手術の後、例えば前立腺癌についての手術の後、切除されるかどうかを決定するための助剤として使用され得る。
【0234】
そのような場合、癌からの回復を最大にし、そして再発を最少にするために、すべての可能性ある疾病組織を除去することは特に重要である。さらに、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び抗体は、単球湿潤が、疾病又は癌からの回復性をモニターするために、疾病組織(例えば、炎症性又は感染された)に存在するかどうかを決定するための助剤として使用され得る。好ましい態様は、組織学的に又は現場使用され得る。蛍光性、放射性ラベルされた、又は比色的にラベルされた抗−zcytor17抗体及びzcytor17ポリペプチド結合パートナーを包含する。
【0235】
さらに、腫瘍進行及び転移に対するzcytor17の活性及び効果が、インビボで測定され得る。いくつかの同系マウスモデルが、腫瘍進行に対するポリペプチド、化合物又は他の処理の影響を研究するために開発されて来た。それらのモデルにおいては、培養継代された腫瘍細胞が、腫瘍ドナーと同じ株のマウス中に移植される。細胞は、受容体マウスにおいて類似する特徴を有する腫瘍中に増殖し、そして転移がまた、そのモデルのいくつかにおいて生じるであろう。本発明者の研究のための適切な腫瘍モデルは、中でも、Lewis肺癌(ATCC No. CRL−1642)及びB16黒色腫(ATCC No. Crl−6323)を包含する。それらは、インビトロで容易に培養され、そして操作される、C57BL6マウスと同種の通常使用される腫瘍系である。
【0236】
それらの細胞系のいずれかの移植に起因する腫瘍は、C57BL6マウスの肺に転移することができる。Lewis肺癌モデルが最近、脈管形成のインヒビターを同定するためにマウスに使用されている(O’Reilly MS, など. Cell 79: 315−328, 1994)。C57BL6/Jマウスが、組換えタンパク質、アゴニスト又はアンタゴニストの毎日の注入、又は組換えアデノウィルスの1回の注入を通して、実験剤により処理される。この処理に続いて3日で、105〜106個の細胞が背面の皮膚下に移植される。他方では、細胞自体が、タンパク質が全身的によりもむしろ腫瘍部位で又は細胞内で合成されるよう、移植の前、組換えアデノウィルス、例えばzcytor17を発現するアデノウィルスにより感染され得る。
【0237】
マウスは、通常5日以内に眼に見える腫瘍を進行する。腫瘍が3週間までの間、増殖され、この間、それらは対照の処理グループにおいて1500−1800mm3のサイズに達することができる。腫瘍サイズ及び体重が、その実験を通して注意してモニターされる。殺害の時点で、腫瘍が、肺及び肝臓と共に除去され、そして計量される。肺の重量が、転移性腫瘍負荷量と相互関係することが示された。さらなる測定として、肺表面転移が計数される。切除された腫瘍、肺及び肝臓が、当業界において知られており、そして本明細書に記載される方法を用いて、組織学的試験、免疫組織化学及び現場ハイブリダイゼーションのために調製される。従って血管構造を回復し、そして転移を受ける腫瘍の能力に対する、問題の発現されたポリペプチド、例えばzcytor17の影響が評価され得る。
【0238】
さらに、アデノウィルスとは別に、移植された細胞がzcytor17により一時的にトランスフェクトされ得る。安定したzcytor17トランスフェクトの使用、及びインビボでのzcytor17発現を活性化する誘発性プロモーターの使用は、当業界において知られており、そして転移のzcytor17誘発を評価するためにこのシステムに使用され得る。さらに、精製されたzcytor17又はzcytor17ならし培地が、このマウスモデルに直接的に注入され、そして従って、このシステムに使用される。一般的な文献については、O’Reilly MS, など. Cell 79: 315−328, 1994, 及びRusciano D, など、Murine Models of Liver Metastasis, Invasion Metastasis 14: 349−361,1995を参照のこと。
【0239】
ヒト血液学的悪性に由来する腫瘍細胞の増殖及び散在に対するzcytor17及びその誘導体(接合体)の活性がまた、マウスの異種移植モデルにおいてインビボで測定され得る。ヒト腫瘍細胞が、集合的には、異種移植モデルとして言及される、ヒト腫瘍細胞が免疫欠損マウス中に移植されているいくつかのマウスモデルが開発されている。Cattan, AR and Douglas, E Leuk. Res. 18: 513−22, 1994; 及びFlavell, DJ. Hematological Oncology 14: 67−82, 1996を参照のこと。疾病モデルの特徴は、マウスに供給される細胞の型及び量により変化する。
【0240】
典型的には、腫瘍細胞は、急速に増殖し、そして血液において循環し、そして多くの器官系に存在することが見出され得る。そのようなモデルにおいて試験するための適切な治療方法は、抗体誘発性毒性、リガンド−毒素接合体又は細胞い基づく治療を包含する。養子免疫療法として通常言及される後者の方法は、ヒト免疫系の成分(すなわち、リンパ球、NK細胞)による動物の処理を包含し、そしてzcytor17又は他の免疫調節剤と細胞とのエクスビボインキュベーションを包含することができる。
【0241】
リンパ組織、例えば胸腺における発現を示されたこの新規DNAに対応するmRNAは、骨髄及び前立腺、単球及び活性化された単球、CD19+ B細胞において発現され、そして脾臓、リンパ節及び末梢血液リンパ球において発現され得る。それらのデータは、免疫細胞の増殖、分化及び/又は活性化におけるzcytor17受容体のための役割を示し、そして免疫応答の進行及び調節における役割を示唆する。このデータはまた、zcytor17とそのリガンドとの相互作用が骨髄性細胞の増殖及び進化を刺激し、そしてIL−2,IL−6,LIF,IL−11,IL−12及びOSMのように(Baumannなど., J. Biol. Chem. 268: 8414−8417, 1993)、肝細胞における急性相タンパク質合成を誘発することができる。
【0242】
本発明のポリペプチドを80%以上の純度、より好ましくは90%以上の純度、さらに好ましくは95%以上の純度に精製することが好ましく、そして汚染性高分子、特に他のタンパク質及び核酸に対して、99.9%以上の純度であり、そして感染性及び発熱性剤を有さない医薬的に純粋な状態が特に好ましい。好ましくは、精製されたポリペプチドは、他のポリペプチド、特に動物起源の他のポリペプチドを実質的に有さない。
【0243】
発現された組換え体zcytor17ポリペプチド(又はzcytor17キメラ又は融合ポリペプチド)は、分別及び/又は従来の精製方法及び媒体を用いて精製され得る。硫酸アンモニウム沈殿及び酸又はカオトロピック剤抽出は、サンプルの分別のために使用される。典型的な精製段階は、ヒドロキシアパタイト、サイズ排除、FPLC及び逆相高性能液体クロマトグラフィーを包含する。適切なクロマトグラフィー用媒体は、誘導体化されたデキストラン、アガロース、セルロース、ポリアクリルアミド、特別なシリカ及び同様のものを包含する。PEI、DEAE、QAE及びQ誘導体が好ましい。
【0244】
典型的なクロマトグラフィー用媒体は、フェニル、ブチル又はオクチル基により誘導体化されたもの、例えばフェニル−Sepharose FF(pharmacia),Toyopearl ブチル650(Toso Haas, Montgomeryville, PA)、オクチル−Sepharrose (Pharmacia)及び同様のもの;又はポリアクリル樹脂、例えばAmberchrom CG71 (Toso Haas)及び同様のものを包含する。適切な固体支持体は、ガラスビーズ、シリカ基材の樹脂、セルロース樹脂、アガロースビーズ、架橋されたアガロースビーズ、ポリスチレンビーズ、架橋されたポリアクリルアミド樹脂及びそれらが使用される条件下で不溶性である同様のものを包含する。
【0245】
それらの支持体は、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基、ヒドロキシル基及び/又は炭水化物成分によるタンパク質の結合を可能にする反応性基より変性され得る。カップリング化学物質の例は、臭化シアン活性化、N−ヒドロキシスクシンイミド活性化、エポキシド活性化、スルフヒドリル活性化、ヒドラジド活性化及びカルボジイミド カップリング化学物質のためのカルボキシル及びアミノ誘導体を包含する。
【0246】
それらの及び他の固体媒体は当業界において良く知られており、そして広く使用されており、そして商業的供給者から入手できる。支持媒体にリガンド又は受容体ポリペプチドを結合するための方法は当業界において良く知られている。特定方法の選択は、通常のことであり、そして選択された支持体の性質により一部決定される。例えば、Affinity Chromatograpy: Principles & Methods, Pharmacia LKB Biotechnology, Uppsala, Sweden, 1988を参照のこと。
【0247】
本発明のポリペプチドは、アニオン及びカチオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除、及び親和性クロマトグラフィーを包含する方法の組み合わせより単離され得る。例えば、固定された金属イオン吸着(IMAC)クロマトグラフィーが、ヒスチジンに富んでいるタンパク質、及びポリヒスチジン標識を含んでなるそれらのタンパク質を精製するために使用され得る。手短に言及すれば、ゲルがまず、二価金属イオンにより荷電され、キレートが形成される( Sulkowski, Trends in Biochem. 3: 1−7, 1985)。
【0248】
ヒスチジンに富んでいるタンパク質が、使用される金属イオンに依存して、異なった親和性を有するこのマトリックスに吸着され、そして競争溶出、pHの低下、又は強いキレート化剤の使用により溶出されるであろう。他の精製方法は、レクチン親和性クロマトグラフィー及びイオン交換クロマトグラフィーによるグリコシル化されたタンパク質の精製を包含する(Methods in Enzymol., Vol. 182, “Guide to Protein Purification”, M. Deutscher, ( ed.), Acad. Press, San Diego, 1990, pp. 529−39)。本発明のさらなる態様においては、興味あるポリペプチド、及び親和性標識(例えばマルトース−結合タンパク質、FLAG標識、Glu−Gku標識、免疫グロブリンドメイン)の融合体が、精製を促進するために構成され得る。
【0249】
さらに、当業界において記載される方法を用いて、ポリペプチド融合体又はハイブリッドzcytor17タンパク質が、他のマウス又はヒトサイトカイン受容体ファミリータンパク質、又は異種タンパク質と組合して、本発明のzcytor17の領域又はドメインを用いて構成される(Sambrook など., 前記;Altschul など., 前記;Picard, Cur. Opin. Biology, 5: 511−5, 1994及びそれらにおける引例)。それらの方法は、興味あるポリペプチドにおける大きなドメイン又は領域の生物学的重要性の決定を可能にする。そのようなハイブリッドは、反応運動学、結合を変更し、基質特異性を抑制し、又は拡張し、又はポリペプチドの組織及び細胞局在性を変更し、そして未知の構造のポリペプチドに適用される。
【0250】
融合タンパク質は、その融合タンパク質の個々の成分を調製し、そしてそれらを化学的に接合することによって、当業者に知られている方法により調製され得る。他方では、正しく読み取り枠を整合して融合タンパク質の1又は複数の成分をコードするポリヌクレオチドは、既知の技法を用いて生成され、そして本明細書に記載される方法により発現され得る。例えば、生物学的機能を付与するドメインの一部又はすべてが、本発明のzcytor17と、もう1つのサイトカインファミリーメンバーからのその機能的に同等のドメインとの間で交換され得る。
【0251】
そのようなドメインは次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない:分泌シグナル配列、細胞外サイトカイン結合ドメイン、フィブロネクチン第IIIドメイン、トランスメンブランドメイン、及び細胞内シグナル化ドメイン、Box I及びBox II部位。そのような融合タンパク質は、構成される融合体に依存して、本発明のポリペプチド又は他の既知のファミリータンパク質と同じか又は類似する生物学的機能プロフィールを有することが予測される。さらに、そのような融合タンパク質は、本明細書に開示されるように、他の性質も示すことができる。
【0252】
標準の分子生物学及びクローニング技法が、zcytor17ポリペプチドと、それらが融合されるそれらのポリペプチドとの間の同等のドメインを交換するために使用され得る。一般的に、興味あるドメイン、例えば本明細書に記載されるzcytor17ドメインをコードするDNAセグメントが、追加のポリペプチド(例えば、gp130, LIF, IL−12, WSX−1, IL−2又は他のクラスIサイトカイン受容体)をコードする少なくとも1つの他のDNAセグメントに読み取り枠を接合して作用可能に結合され、そして本明細書に記載されるように、適切な発現ベクター中に挿入される。
【0253】
一般的に、DNA構造体は、ポリペプチドのその対応する領域をコードするいくつかのDNAセグメントが、完全な融合タンパク質又はその機能的部分をコードする単一の構造体を製造するために読み取り枠を整合して、作用可能に連結されるように、製造される。例えばDNA構造体は、N−末端からC−末端側に、単一のポリペプチドを含んで成る融合タンパク質、続いて、サイトカイン結合ドメイン、続いてトランスメンブランドメイン、続いて細胞内シグナル化ドメインをコードする。そのような融合タンパク質は、本明細書に記載されるように、発現され、単離され、そして活性についてアッセイされ得る。さらに、そのような融合タンパク質は、本明細書に記載のような抗−zcytor17抗体を生成するために動物を接種するのに使用されるべきzcytor17ポリペプチドのフラグメントを発現し、そして分泌するために使用され得る。
【0254】
例えば、分泌シグナル配列は、サイトカイン結合ドメイン、トランスメンブランドメイン、細胞内シグナル化ドメイン又はそのサブフラグメント、又はそれらの組合せ(例えば、トランスメンブランに融合される細胞外サイトカイン結合ドメインを含んで成る作用可能に連結されるポリペプチド、又は本明細書に記載されるzcytor17ポリペプチドフラグメント)に作用可能に連結され、本明細書に記載のようにして精製され得、そして本明細書に記載のようにして、抗−zcytor17抗体を生成するために動物に接種されるべき抗原として作用することができるzcytor17ポリペプチドのフラグメントが分泌される。
【0255】
zcytor17ポリペプチド又はそのフラグメントはまた、化学的合成を通して調製され得る。zcytor17ポリペプチドはモノマー又はマルチマーであり得;グリコシル化されても又はグリコシル化されなくても良く;ペルギレ−ト化されても又はペルギレ−トされなくても良く;そして開始メチオニンアミノ酸残基を含んでも又は含まなくても良い。
【0256】
本発明のポリペプチドはまた、排除固相合成、部分固相合成、フラグメント縮重又は従来の溶液合成により合成され得る。ポリペプチドを合成するための方法は、当業界において良く知られている。例えば、Merrifield, J. Am. Chem. Soc. 85: 2149, 1963; Kaiserなど., Anal. Biochem. 34: 585,1970を参照のこと。固体支持体上での所望するペプチドの完全な合成の後、ペプチド−樹脂は、その樹脂からポリペプチドを分解する試薬と共に存在し、そしてほとんどの側鎖保護基を除去する。そのような方法は、当業界において十分に確立されている。
本発明の分子の活性は、細胞の分化及び増殖を側定する種々のアッセイを用いて測定され得る。そのようなアッセイは、当業界において良く知られている。
【0257】
本発明のタンパク質は、例えば、リンパ性、免疫性、炎症性、脾臓性、血液又は骨疾患の処理及び診断において有用であり、そして培養された細胞を用いてインビトロで、又は適切な動物モデルに本発明の分子を投与することによってインビボで測定され得る。例えば、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドを発現する宿主細胞は、アルギン酸塩環境下で包埋され、そして受容体動物中に注入(移植)され得る。アルギネート−ポリ−L−リシン微小封入、透過性膜封入及び拡散チャンバーは、トランスフェクトされた哺乳類細胞又は一次哺乳類細胞を捕獲するための手段として記載されている。
【0258】
それらのタイプの非免疫原性“封入”は、微小環境への栄養物ノトランスファーを可能にしそして又は、捕獲された細胞により分泌され又は開放されるタンパク質及び他の高分子の受容体動物への拡散を可能にする。最も重要なことには、カプセル又は微小環境は、受容体動物の免疫応答から外来性の包埋された細胞をマスクし、そして遮断する。そのような微小環境は、注入される細胞の寿命を、数時間又は数日(裸細胞)から数週間(包埋された細胞)まで拡張することができる。アルギン酸塩糸は、包埋された細胞を生成するための単純且つ迅速な手段を提供する。
【0259】
アルギン酸塩糸を生成するために必要とされる材料は、当業者に知られている。製造されると、そのアルギン酸塩糸は、インビトロで、及びその糸を用いて得られるデータに基づいて、インビボで、比較的強く且つ耐久性がある。そのアルギン酸塩糸は容易に操作でき、そしてその方法論は多くの調製のために評価できる。典型的な方法においては、3%のアルギン酸塩が、無菌水において調製され、そして滅菌濾過される。アルギン酸塩糸の調製の直前、アルギン酸塩溶液が再び濾過される。約50%の細胞懸濁液(1ml当たり約5×105個〜約5×107個の細胞を含む)が3%アルギン酸塩溶液と共に混合される。
【0260】
1mlのアルギン酸塩/細胞懸濁液が、約15分間にわたって、100mMの滅菌濾過されたCacl2 溶液中に押し出され、“糸(Thread)”が形成される。次に、押し出された糸は、50mMのCacl2の溶液に移され、そして次に25mMのCacl2の溶液に移される。次に、糸が、脱イオン水によりすすがれ、その後、ポリ−L−リシンの0.01%溶液においてインキュベートすることによって糸を被覆する。最後に、糸は乳酸塩化されたリンガー溶液によりすすがれ、そして注射器(針のない)中に溶液から抜き取られる。次に大きな孔の針がその注射器につけられ、そして糸が最少量の乳酸塩化されたリンガー溶液において受容体中の腹腔内注入される。
【0261】
本発明のタンパク質をアッセイするためのインビボアプローチは、ウィルス供給システムを包含する。この目的のための典型的なウィルスは、アデノウィルス、ヘルペスウィルス、ワクシニアウィルス及びアデノ関連ウィルス(AAV)を包含する。アデノウィルス、すなわち二本鎖DNAウィルスは現在、異種拡散の供給のための最も研究されている遺伝子トランスファーベクターである(T. C. Becker など., Meth. Cell Bio. 43: 161−89, 1994; 及びJ. T. Douglas and D.T. Curiel, Science & Medicine 4: 44−53, 1997 を参照のこと)。
【0262】
アデノウィルスシステムは次のいくつかの利点を付与する:( i )アデノウィルスは比較的大きなDNA挿入体を適応せしめることができ;( ii )高い力価に増殖され得;( iii )広範囲の哺乳類細胞型を感染せしめ;そして( iv )多数の異なったプロモーター、例えば偏在する、組織特異的、及び調節可能なプロモーターと共に使用され得る。また、アデノウィルスは血流において安定しているので、それらは静脈内注射により投与され得る。
【0263】
アデノウィルスゲノムの一部が欠失されているアデノウィルスを用いて、直接的な結合により又は同時トランスフェクトされたプラスミドとの相同組換えにより、ウィルスDNA中に組み込まれ得る。典型的なシステムにおいては、必須E1遺伝子がウィルスベクターから欠失され、そしてウィルスは、E1遺伝子が宿主細胞(ヒト293細胞系が典型である)により供給されなければ、複製しないであろう。損なわれていない動物に静脈内投与される場合、アデノウィルスは主に、肝臓を標的化する。
【0264】
アデノウィルス供給システムがE1遺伝子欠失を有する場合、ウィルスは宿主細胞において複製することができない。しかしながら、宿主の組織(例えば、肝臓)は、異種タンパク質を発現し、そしてプロセッシングするのであろう(そして、分泌シグナル配列が存在する場合、分泌する)。分泌されたタンパク質は高く血管化された肝臓において循環に入り、そして感染された動物に対する効果が決定され得る。
【0265】
さらに、ウィルス遺伝子の種々の欠失を含むアデノウィルスベクターは、そのベクターに対する免疫応答を低めるか又は排除するために使用され得る。そのようなアデノウィルスは、E1−欠失され、そしてさらに、E2A又はE4の欠失を含む(Luskyなど., J. Virol. 72: 2022 (1998); Raper など., Human Gene Therapy 9: 671 (1998))。さらに、E2bの欠失はまた、免疫応答を低めることが報告されている(Amalfitanoなど., J. Virol. 72:926 (1998))。さらに、完全なアデノウィルスゲノムを欠失することによって、異種DNAの非常に大きな挿入体が収容され得る。すべてのウィルス遺伝子が欠失されている、いわゆる“不活性(gutless)”アデノウィルスの生成は、異種DNAの大きな挿入体の挿入のために特に好都合である(Yeh and Perricaudet, FASEB J. 11: 615 (1997) を参照のこと)。
【0266】
アデノウィルスシステムはまた、インビトロでのタンパク質生成のためにも使用され得る。アデノウィルス感染された非−293細胞を、その細胞が急速に分裂しないような条件下で培養することによって、前記細胞は長時間、タンパク質を生成することができる。例えば、BHK細胞は、細胞工場において集密性まで増殖され、次に興味ある分泌されたタンパク質をコードするアデノウィルスベクターに暴露される。次に、細胞が、有意な細胞分裂を伴わないで、感染された細胞の数週間の生存を可能にする血清フリー条件下で増殖せしめられる。
【0267】
他方では、アデノウィルスベクター感染された293S細胞が、有意な量のタンパク質を生成するために、比較的高い細胞密度で、付着細胞として、又は懸濁培養において増殖せしめられ得る( Garnier など., Cytotechnol. 15: 145−55, 1994 を参照のこと)。いずれかのプロトコールにより、発現され、分泌された異種タンパク質が、細胞における発現されたタンパク質の素因に依存して、細胞培養物上清液、溶解物又は、膜画分から反復して単離され得る。感染された293S 細胞生成プロトコールにおいては、分泌されていないタンパク質が効果的に得られる。
【0268】
zcytor17に関して観察される組織分布の観点においては、アゴニスト(生来のリガンド/基質/補因子/等を包含する)及びアンタゴニストは、インビトロ及びインビボ用途において莫大な可能性を有する。zcytor17アゴニストとして同定される化合物は、インビオロ及びインビボで、免疫及び造血細胞の増殖の刺激において有用である。例えば、zcytor17可溶性受容体及びアゴニスト化合物は、定義された細胞培養培地の化合物として有用であり、そして細胞培養において通常使用される血清を置換するために、単独で又は他のサイトカイン及びホルモンと組合して使用され得る。
【0269】
従って、アンタゴニストは、培養物におけるT−細胞、B−細胞、及びリンパ性及び骨髄系の増殖及び/又は進化を特異的に促進することにおいて有用である。さらに、zcytor17可溶性受容体、アゴニスト又はアンタゴニストは、単離された一次骨髄培養物からのコロニー形成の刺激を測定するためにも有用である。そのようなアッセイは、当業界において良く知られている。
アンタゴニストはまた、リガンド−受容体の部位を特徴づけるための研究試薬としても有用である。zcytor17活性(zcytor17アンタゴニスト)の阻害は、抗−zcytor17抗体及び可溶性zcytor17受容体、並びに他のペプチド及び非−ペプチド剤(例えば、リボザイム)を包含する。
【0270】
zcytor17はまた、その活性のインヒビター(アンタゴニスト)を同定するためにも使用され得る。試験化合物は、zcytor17の活性を阻害する化合物を同定するために、本明細書に開示されるアッセイに添加される。本明細書に開示されるそれらのアッセイの他に、サンプルは、zcytor17結合、オリゴマー化、又はzcytor17−依存性細胞応答の刺激/阻害を測定するよう企画された種々のアッセイにより、zcytor17活性の阻害について試験され得る。例えばzcytor17−発現性細胞系は、zcytor17−刺激された細胞経路に応答するレポーター遺伝子構造体によりトランスフェクトされ得る。
【0271】
このタイプのレポーター遺伝子構造体は、当業界において知られており、そして一般的に、アッセイ検出可能タンパク質、例えばルシフェラーゼをコードする遺伝子に作用可能に連結されるzcytor17−DNA応答要素を含むであろう。DNA応答要素は、サイクリックAMP応答要素(CRE)、ホルモン応答要素(HRE)、インスリン応答要素(IRE)(Nasrin など., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 5273−7, 1990)及び血清応答要素(SRE)(Shaw など., Cell 56: 563−72, 1989)を包含するが、但しそれらだけには限定されない。サイクリックAMP応答要素は、Roestler など., J. Biol. Chem. 263 (19): 9063−6, 1988及びHabener, Molec. Endocrinol. 4 (8): 1087−94, 1990に再考される。
【0272】
ホルモン応答要素は、Beato, Cell 56: 335−44l, 1989に再考される。候補体化合物、溶液、混合物又は抽出物、又は種々の細胞型からのならし培地は、レポーター遺伝子発現のzcytor17刺激の上昇により明らかなように、zcytor17受容体の活性を増強する能力について試験される。このタイプのアッセイは、受容体の結合を通して、又はシグナルカスケードの一部の刺激により、zcytor17シグナルトランスダクション活性を直接的に刺激する化合物を検出するであろう。それ自体、zcytor17ポリペプチドに応答する細胞を供給し、試験化合物の不在下で細胞の第1部分を培養し、試験化合物の存在下で前記細胞の第2部分を培養し、そして前記細胞の第1部分に比較して、前記細胞の第2部分の細胞応答における上昇性を検出することを含んで成る、zcytor17ポリペプチドのアゴニストを同定するための方法が提供される。
【0273】
さらに、上記のレポーター遺伝子構造体を含むが、しかしzcytor17受容体を発現しない第3細胞は、前記レポーターの非−特異的な、又は非−zcytor17−介在性刺激を評価するための対照細胞として使用され得る。従って、アゴニスト、例えば天然のリガンドは、zcytor17ポリペプチド機能を刺激し、又は増強するために有用である。
【0274】
zcytor17リガンド−結合ポリペプチド、例えば本明細書に記載される細胞外ドメイン又はサイトカインドメインはまた、リガンドの精製のためにも使用される。前記ポリペプチドは、固体支持体、例えばアガロース、架橋されたアガロース、ガラス、セルロース樹脂、シリカ基材の樹脂、ポリスチレン、架橋されたポリアクリルアミド又は使用の条件下で安定している同様の材料のビーズ上に固定される。
【0275】
固体支持体にポリペプチドを結合するための方法は、当業界において知られており、そしてアミン化学、臭化シアノゲン活性化、N−ヒドロキシスクシンイミド活性化、エポキシド活性化、スルフヒドリル活性化及びヒドラジド活性化を包含する。得られる媒体は一般的に、カラムの形で形状化され、そしてリガンドを含む流体が、受容体ポリペプチドへのリガンドの結合を可能にするために、カラムに1又は複数回、通される。次に、リガンドが、塩濃度の変化、カオトロピック剤(グアニジンHCl)、又はリガンド−受容体結合を破壊するpHを用いて溶出される。
【0276】
リガンド−結合受容体(又は抗体、補体/抗補体対の1つのメンバー)、又はその結合フラグメント、及び市販のバイオセンサー装置を用いるアッセイシステムが、好都合には、使用され得る(例えば、BIAcore, Pharmacia Biosensor, Piscataway, NJ;又はSELDITM technology、Ciphergen, Inc. Palo Alto, CA)。そのような受容体、抗体、補体/抗補体対のメンバー、又はフラグメントは、受容体チップの表面上に固定される。この装置の使用は、Karlsson, J. Immunol. Methods 145: 229−40, 1991 及びCunningham and Wells, J. Mol.Biol. 234: 554−63,1993により開示される。
【0277】
受容体、抗体、メンバー又はフラグメントは、アミン又はスルフヒドリル化学を用いて、流動細胞内の金フィルムに結合されるデキストラン繊維に共有結合される。試験サンプルが細胞に通される。リガンド、エピトープ又は補体/抗補体対の反対のメンバーがサンプルに存在する場合、それは、それぞれ固定された受容体、抗体又はメンバーに結合し、金フィルムの表面のプラズモン共鳴の変化として検出される、媒体の屈折率の変化を引き起こす。このシステムは、オン−及びオフ−速度の決定を可能にし、これから、結合親和性が計算され、そして結合の化学量の評価が可能にされる。
【0278】
リガンド−結合受容体ポリペプチドはまた当業界において知られている他のアッセイシステム内でも使用され得る。そのようなシステムは、結合親和性の決定のためのスカチャード分析(Scatchard, Ann. NY. Acad. Sci. 51:660−72, 1949)及び熱量測定アッセイ(Cunningham など., Science 253: 545−48, 1991;Cunningham など., Science 245: 821−25, 1991)を包含する。
【0279】
zcytor17ポリペプチドはまた、zcytor17エピトープ、ペプチド又はポリペプチドに特異的に結合する抗体を調製するためにも使用され得る。zcytor17ポリペプチド又はそのフラグメントは、動物を接種し、そして免疫応答を誘発するための剤(免疫原)として作用する。当業者は、抗原性エピトープ担持のポリペプチドがzcytor17ポリペプチド(例えば、配列番号2、54、57及び同様のもの)の少なくとも6、好ましくは少なくとも9及びより好ましくは少なくとも15〜約30個の連続したアミノ酸残基を含むことを認識するであろう。zcytor17ポリペプチドの大きな部分、すなわちアミノ酸配列の30〜100個の残基〜その全体の長さの残基を含んでなるポリペプチドが含まれる。
【0280】
抗原又は免疫原エピトープはまた、本明細書に記載されるように、結合された標識、アジュバンド及びキャリヤーを含むことができる。適切な抗原は、配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)、又は連続した9〜713個又は30、又は50〜713個のそのアミノ酸フラグメント;及び配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)、又は連続した9〜630個又は30、又は50〜630個のそのアミノ酸フラグメント;及び配列番号54のアミノ酸番号33(Ala)〜アミノ酸番号662(Ile)、又は連続した9〜630個又は30、又は50〜630個のそのアミノ酸フラグメントによりコードされるzcytor17ポリペプチドを含む。
【0281】
抗原として使用するための好ましいペプチドは、細胞外ドメイン、サイトカイン結合ドメイン、フィブロネクチン第III形ドメイン、細胞内シグナル化ドメイン、Box I及びBox II部位、本明細書に開示される他のドメイン及びモチーフ、又はそれらの込み合わせ;及びzcytor17親水性ペプチド、例えば埋もれたG、S及びT、及び暴露されたH、Y及びW残基が無視される、スライド性6−残基鏡に基づいて、Hopp/Woods親水性プロフィールから決定される、疎水性プロットから当業者により推定されるそれらのペプチドである。
【0282】
zcytor17親水性ペプチドは、(1)配列番号2及び46のアミノ酸残基43〜48(配列番号54の残基56〜61);(2)配列番号2及び46のアミノ酸残基157〜162(配列番号54の残基170〜175)(3)配列番号2及び46のアミノ酸残基168〜163(配列番号54の残基171〜176);(4)配列番号2及び46のアミノ酸残基221〜226(配列番号54の残基234〜239);及び(5)配列番号2及び46のアミノ酸残基426〜431(配列番号54の残基439〜444)から成る群から選択されたアミノ酸配列を含んで成るペプチドを包含する。さらに、例えばDNASTAR Protean プログラム(DNASTAR, INC., Madison, WI)を用いて、Jameson−Wolf plot Jameson−Wolf plotから推定される親水性ペプチドはまた、適切な抗原である。
【0283】
さらに、保存されたモチーフ、及びzcytor17の保存されたモチーフ間の可変領域が適切な抗原である。この免疫応答から生成される抗体は、本明細書に記載のようにして単離され、そして精製され得る。ポリクローナル及びモノクローナル抗体を調製し、そして単離するための方法は、当業界において良く知られている。例えば、Current Protocols in Immunology, Cooligan, など., (eds.), National Institutes of Health, John Wiley and Sons, Inc., 1995; Sambrook など., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor, NY, 1989; 及びHurrell, J.G.R., Ed., Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications, CRC Press, Inc., Boca Raton, FL, 1982 を参照のこと。
【0284】
当業者に明らかなように、ポリクローナル抗体は、種々の温血動物、例えば馬、ウシ、ヤギ、羊、犬、鶏、ウサギ、マウス、及びラットを、zcytor17ポリペプチド又はそのフラグメントにより接種することにより生成され得る。zcytor17ポリペプチドの免疫性は、アジュバント、例えばミヨウバン(水酸化アルミニュウム)又はフロイント完全又は不完全アジュバントの使用により高められ得る。免疫化のために有用なポリペプチドはまた、免疫グロブリン ポリペプチド又はマルトース結合タンパク質との融合体ポリペプチド、例えばzcytor17又はその一部の融合体を包含する。ポリペプチド免疫原は、十分な長さの分子又はその一部であり得る。ポリペプチド部分が“ハプテン−様”である場合、そのような部分は、免疫化のために、高分子キャリヤー(例えば、カサガイヘモシアニン(KLH)、ウシ血清アルブミン(BSA)又は破傷風トキソイド)に都合良く連結又は結合され得る。
【0285】
本明細書で使用される場合、用語“抗体”とは、ポリクローナル抗体、親和性精製されたポリクローナル抗体、モノクローナル抗体及び抗原結合フラグメント、例えばF(ab’)2及びFabタンパク質分解性フラグメントを包含する。遺伝子的に構築された損なわれていない抗体又はフラグメント、例えばキメラ抗体、Fvフラグメント、一本鎖抗体及び同様のもの、並びに合成抗原結合ペプチド及びポリペプチドもまた包含される。非ヒト抗体は、ヒト骨格及び不変領域上に非ヒトCDRのみを移植することによって、又は完全な非ヒト可変ドメインを組み込むことによって(任意には、暴露された残基の置換によってヒト−様表面によりそれらのドメインを“おおう(cloaking)”ことによって;ここで結果物は“張り合わされた”抗体である)、ヒト適合され得る。
【0286】
多くの場合、ヒト適合された抗体は、正しい結合特性を増強するために、ヒト可変領域骨格ドメイン内に非ヒト残基を保持することができる。ヒト適合化抗体を通して、生物学的半減期が高められ、そしてヒトへの投与に基づく有害な免疫反応の可能性が低められる。さらに、ヒト抗体は、WIPO公開WO98/24893号に開示されるように、ヒト免疫グロブリン遺伝子を含むよう構築されたトランスジェニック非−ヒト動物において生成される。好ましくは、それらの動物における内因性免疫グロブリン遺伝子は、相同組換えにより不活性化されるか又は排除される。
【0287】
本明細書において有用な抗体を生成するか又は選択するための他の技法は、インビトロで、zcytor17タンパク質又はペプチドにリンパ球を暴露し、そしてファージ又は類似するベクターにおける抗体表示ライブラリーを選択すること(例えば、固定された又はラベルされたzcytor17タンパク質又はペプチドの作用を通して)を包含する。可能性あるzcytor17ポリペプチド結合ドメインを有するポリペプチドをコードする遺伝子は、ファージ(ファージ表示)又は細菌、例えばE.コリ上に表示されるランダムペプチドライブラリーをスクリーニングすることによって得られる。前記ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、多くの手段、例えばランダム突然変異誘発及びランダムポリヌクレオチド合成を通して得られる。
【0288】
それらのランダムペプチド表示ライブラリーは、タンパク質又はポリペプチドであり得る既知の標的物、例えばリガンド又は受容体、生物学的又は合成高分子、又は有機又は無機物質と相互作用するペプチドについてスクリーンするために使用され得る。そのようなランダム ペプチド表示ライブラリーを創造し、そしてスクリーニングするための技法は、当業界において知られており(Ladner など., アメリカ特許第5,223,409 号; Ladner など., アメリカ特許第4,946,778 号; Ladner など., アメリカ特許第5,403,484 号及びLadner など., アメリカ特許第5,571,698 号、及びKayなど., Phage Display of Peputides and Proteins (Academic Press, Inc. 1996))、そしてランダムペプチド表示ライブラリー及びそのようなライブラリーをスクリーニングするためのキットは、例えばClontech (Palo Alto, CA), Invitrogen Inc. (San Diego, CA), New England Biolabs, Inc. (Beverly, MA) 及びPharmacia LKB Biotechnology Inc. (Piccataway, MJ) から市販されている。ランダムペプチド表示ライブラリーは、zcytor17に結合するタンパク質を同定するために、本明細書に開示されるzcytor17配列を用いてスクリーンされ得る。
【0289】
zcytor17ポリペプチドと相互作用するそれらの“結合ペプチド”は、受容体を発現する細胞を標識するために;親和性精製により相同体ポリペプチドを単離するために使用され得る;それらは薬物、トキシン、放射性核種及び同様のものに直接的にまたは間接的に接合され得る。それらの結合ペプチドはまた、分析方法に、例えば発現ライブラリーをスクリーニングし、そして活性を中和するためにも使用され得る。結合ペプチドはまた、zcytor17ポリペプチドの循環レベルを決定するために;根本的な病理学又は疾病のマーカーとして可溶性zcytor17ポリペプチドを検出し又は定量化するために、診断アッセイにも使用され得る。それらの結合ペプチドはまた、zcytor17結合及びシグナルトランスダクションをインビトロ及びインビボで阻止するために、zcytor17 “アンタゴニス”として使用することができる。それらの抗−zcytor17結合ペプチドは、zcytor17と結合するリガンドの作用を阻害するために有用である。
【0290】
抗体は、1)それらが限界レベルの結合活性を示す場合、及び2)それらが関連するポリペプチド分子と有意に交差反応しない場合、特異的に結合すると考えられる。限界レベルの結合は、本明細書における抗−zcytor17抗体が対照(非−マウスzcytor10)ポリペプチドへの結合親和性よりも少なくとも10倍高い親和性を伴って、zcytor17ポリペプチド、ペプチド又はエピトープに結合するかどうか決定される。好ましくは、抗体は、106M−1又はそれ以上、好ましくは107M−1又はそれ以上、より好ましくは108M−1又はそれ以上、及び最も好ましくは109M−1又はそれ以上の結合親和性(Ka)を示す。抗体の結合親和性は、例えばScatchard 分析(Scatchard, G., Ann. NY Acad. Sci. 51: 660−672, 1949)を用いて、当業者によって容易に決定され得る。
【0291】
抗−zcytor17抗体は関連するポリペプチド分子と有意に交差反応しないかどうかは、例えば、標準のウェスターンブロット分析を用いて、zcytor17ポリペプチドであるが、しかし知られていない関連するポリペプチドを検出する抗体により示される(Ausubel など., 前記)。既知の関連するポリペプチドの例は、従来技術に開示されているそれらのもの、例えば既知のオルト体及びパラ体、及びタンパク質ファミリーの類似する既知メンバー(例えば、gp130, LIF, WSX−1及びIL12受容体)である。スクリーニングはまた、非ヒトzcytor17及びzcytor17変異体ポチペプチドを用いて行われ得る。さらに、抗体は、zcytor17ポリペプチドに対して特異的に結合する集団を単離するために、既知の関連するポリペプチドに“対してスクリーンされ得る”。
【0292】
例えば、zcytor17に対して生ぜしめられた抗体は不溶性マトリックスに付着される関連するポリペプチドに吸着され;zcytor17に対して特異的な抗体は適切な緩衝液条件下で前記マトリックスを通して流れるであろう。スクリーニングは、既知の溶接に関連するポリペプチドに対して交差反応しないポリクローナル及びモノクローナル抗体の単離を可能にする(Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow and Lane (eds.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1988; Current Protocols in Immunology, Cooligan, など. (eds.), National Institutes of Health, John Wiley and Sons, Inc., 1995)。
【0293】
特異的抗体のスクリーニング及び単離は当業界において当業界において良く知られている。Fundamental Immunology, Paul (eds.), Raven Press, 1993; Getzoffなど., Adv.in Immunol. 43: 1−98, 1988; Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Goding, J.W. (eds.), Academic Press Ltd., 1996; Benjamin など., Ann. Rev. Immunol. 2: 67−101, 1984を参照のこと。特異的に結合する抗−zcytor17抗体は、当業界において知られており、そして下記に開示される多くの方法により検出され得る。
【0294】
当業者に知られている種々のアッセイがzcytor17タンパク質又はペプチドに特異的に結合する抗体を検出するために使用され得る。典型的なアッセイは、Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow and lane (Eds.), Cold Speing Harbor Laboratory Press, 1988 に詳細に記載されている。そのようなアッセイの代表的な例は次のものを包含する:同時免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ沈殿、酵素結合の免疫吸着アッセイ(ELISA)、ドットブロット又はウェスターンブロットアッセイ、阻害又は競争アッセイ、及びサンドイッチアッセイ。さらに、野生型対変異体のzcytor17タンパク質又はペプチドに結合する抗体がスクリーンされ得る。
【0295】
zcytor17に対する抗体は、zcytor17を発現する細胞、例えばzcytor17を天然において発現する細胞、例えば単球及び前立腺細胞、及びzcytor17により形質転換される細胞を標識するために;アフィニティー精製によりzcytor17を単離するために; zcytor17ポリペプチドの循環レベルを決定するための診断アッセイのために;根本的な病理学又は疾病のマーカーとして可溶性zcytor17を検出し又は定量化するために;FACS を使用する分析方法において、発現ライブラリーをスクリーニングするために;抗−インディオタイプ抗体を生成するために;及びインビトロでzcytor17活性を阻止するための中和抗体又はアンタゴニスとして使用され得る。
【0296】
適切な直接的標識又はラベルは、放射性核種、酵素、基質、補因子、インヒビター、蛍光マーカー、化学発光マーカー、磁気粒子及び同様のものを包含し;間接的な標識又はラベルは、中間体としてのビオチン−アビジン又は他の補体/抗−補体対の使用を特徴とする。本発明書における抗体及び結合タンパク質はまた、薬物、トキシン、放射性核種、及び同様のものに直接的に又は間接的に接合され得、そしてそれらの接合体はインビボ診断又は治療用途のために使用され得る。さらに、zcytor17又はそのフラグメントに対する抗体は、アッセイ、例えば当業界において知られているウェスターンブロット又は他のアッセイにおいて、変性されたzcytor17又はそのフラグメントを検出するためにインビトロで使用され得る。
【0297】
zcytor17に対する抗体は、受容体を発現する細胞を標識し、そしてzcytor17発現レベルをアッセイするために、可溶性受容体ポリペプチドの循環レベルを決定するために診断アッセイ内での親和性精製のために、蛍光−活性化された細胞分類を用いる分析方法のために有用である。二価抗体は、zcytor17リガンドの効果を模倣するアゴニストとして使用され得る。
【0298】
本明細書における抗体はまた、薬剤、トキシン、放射性核種及び同様のものに直接的に又は間接的に接合され得、そしてそれらの接合体は、治療用途を研究するためのネズミモデルにおいて、又は治療の用途において、インビボ診断のために使用される。例えば、本発明のzcytor17を認識する抗体又は結合ポリペプチドは、対応する抗−相補的分子(すなわち、zcytor17受容体)を発現する組織又は器官を同定し、又は処理するために使用され得る。より特定には、抗−zcytor17抗体又はその生物活性フラグメント又は一部が、検出可能な又は細胞毒性の分子に連結され、そしてzcytor17分子を発現する細胞、組織又は器官を有する哺乳類に供給され得る。
【0299】
適切な検出可能分子は、zcytor17(上記に開示される結合ペプチドを包含する“結合ポリペプチド”、抗体、又はその生物活性フラグメント又は一部に直接的に又は間接的に結合され得る。適切な検出可能分子は、放射性核種、酵素、基質、補因子、インヒビター、蛍光マーカー、化学発光マーカー、磁気粒子、及び同様のものを包含する。適切な細胞毒性分子は、ポリペプチド又は抗体に直接的に又は間接的に結合され得、そして細菌又は植物毒性(例えば、ジフテリア毒素、プソイドモナシス内毒素、リシン、アブリン及び同様のもの)、及び治療用放射性核種、例えばI−131、レニウム−188又はイットニウム−90(ポリペプチド又は抗体に直接的に結合されるか、又はキレ−ト成分により間接的に結合される)を包含する。
【0300】
結合ポリペプチド又は抗体はまた、細胞毒性薬物、例えばアドリアマイシンに結合され得る。検出可能又は細胞毒性分子の間接的な結合に関しては、検出可能又は細胞毒性分子は相補的/抗相補的対のメンバーにより結合され得、ここで他のメンバーは結合ポリペプチド又は抗体部分に結合される。それらの目的のためには、ビオチン/ストレプタビジンが典型的な相補的/抗相補的対である。
【0301】
もう1つの態様においては、結合ポリペプチド−毒素融合タンパク質又は抗体−毒素融合タンパク質は、標的化された細胞又は組織阻害又は除去(例えば、癌細胞又は組織を処理するために)のために使用され得る。他方では、結合ポリペプチドが複数の機能ドメイン(すなわち、活性化ドメイン又はリガンド結合ドメイン、及び標的化ドメイン)を有する場合、標的化ドメインのみを包含する融合タンパク質は、検出可能分子、細胞毒性分子又は相補的分子を、興味ある細胞又は組織型に向けるために適切である。例えば、単一のドメインのみのを包含する融合タンパク質が相補的分子を含む場合、抗−相補的分子は検出可能又は細胞毒性分子に接合され得る。従って、そのようなドメイン−相補的分子融合タンパク質は、一般的抗−相補的−検出可能/細胞毒性分子接合体のための一般的標的化ビークルを表す。
【0302】
もう1つの態様においては、zcytor17−サイトカイン融合タンパク質又は抗体−サイトカイン融合タンパク質は、結合ポリペプチドサイトカイン又は抗−zcytor17抗体が過剰増殖性細胞を標的化する場合、標的組織(例えば、血液、リンパ球、結腸及び骨髄癌)のインビボ殺害を増強するために使用され得る(一般的には、Hornickなど., Blood 89: 4437−4447, 1997を参照のこと)。記載される融合タンパク質は、作用の所望する部位へのサイトカインの標的化を可能にし、それにより、サイトカインの高められた局部濃度を提供する。適切な抗−zcytor17抗体は、所望しない細胞又は組織(例えば、腫瘍又は白血病)を標的化し、そして融合されたサイトカインはエフェクター細胞による改良された標的細胞溶解を仲介する。例えば、この目的のための適切なサイトカインは、インターロイキン−2及び顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSM)を包含する。
【0303】
他方では、本明細書に記載されるzcytor17結合ポリペプチド又は抗体融合タンパク質は、zcytor17−調節されたアポプトシス経路を直接的に刺激することにより、標的組織のインビボ殺害の増強のために使用され、zcytor17を発現する高増殖性細胞の細胞死がもたらされる。
本明細書に記載される生物活性結合ポリペプチド又は抗体接合体は、経口、静脈内、動脈内又は管内供給され得、又は作用の意図された部位に局部的に導入され得る。
【0304】
サイトカイン受容体に結合する4−ヘリックス束サイトカイン、及び活性化されたリンパ球により生成される他のタンパク質は、身体を通して細胞の分化、活性化、レクルートメント及び恒常性において重要な生物学的役割を演じる。治療有用性は、免疫調節を必要とする疾病、例えば自己免疫疾患、例えばリウマチ様関節炎、多発生硬化症、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス及び糖尿病の処理を包含する。
【0305】
zcytor17受容体アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−受容体抗体及び天然リガンドは、炎症の調節において重要であり、そして従って、リウマチ様関節炎、ぜん息、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患、クローン症、膵炎及び敗血症の処理において有用である。腫瘍細胞殺害の仲介においてzcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−受容体抗体及び天然リガンドの役割が存在し、そして従って、癌の処理において有用である。zcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−受容体抗体及び天然リガンドは、移植片拒絶を低めるために、又は対宿主性移植片病の予防において重要である免疫系の抑制において有効的な治療剤である。
【0306】
他方では、zcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−zcytor17受容体抗体及び天然リガンドは、感染性疾病に対する免疫性を高めることにおいて、免疫無防備状態の患者、例えばHIV+患者の処理において、又はワクチンを改良することにおいて重要である免疫系を活性化することができる。特に、zcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、及び天然リガンドは、NK細胞又はそれらの前駆体を、調節し、刺激又は拡張し、そしてウィルス感染の処理において治療的価値を、及び抗−腫瘍因子として提供する。NK細胞は転移性腫瘍細胞の排除において重要な役割を演じると思われ、そして転移及び固形腫瘍を有する患者は、低められたレベルのNK細胞活性を有する(Whitesideなど., Curr. Top. Microbiol. Immunol. 230: 221−244, 1998)。
【0307】
zcytor17ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、zcytor17活性を高め、又は阻害することが所望される遺伝子治療用途内で有用である。哺乳類が突然変異誘発されたzcytor17遺伝子を有するか、又はそれを欠いている場合、zcytor17遺伝子が哺乳類の細胞中に導入され得る。1つの態様においては、zcytor17ポリペプチドをコードする遺伝子がウィルスベクターにおいてインビボで導入される。そのようなベクターは、弱毒化された又は欠陥DNAウィルス、例えばヘルペス単純ウィルス(HSV)、乳頭種ウィルス、エプスタイン−バールウィルス(EBV)、アデノウィルス、アデノ関連ウィルス(AAV)及び同様のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない。
【0308】
ウィルス遺伝子を完全に又はほとんど完全に欠いている欠陥ウィルスが好ましい。欠陥ウィルスは、細胞中への導入の後、感染性ではない。欠陥ウィルスベクターの使用は、ベクターが他の細胞を感染することを心配しないで、特定の局在化された領域における細胞への投与を可能にする。特定のベクターの例は、次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない:欠陥ヘルペスウィルス1(HSV1)ベクター(Kaplitt など., Molc. Cell. Neurosci. 2: 320−30, 1991)、弱毒化されたアデノウィルス ベクター、例えばStratford−Perricaudat など. (J. Clin. Invest. 90: 626−30, 1992) により記載されるベクター、及び欠陥アデノ−関連ウィルスベクター(Samulski など., J. Virol. 61: 3096−101, 1987; Samulski など., J. Virol. 63: 3822−28,1989)。
【0309】
もう1つの態様においては、zcytor17遺伝子は、次の文献に記載のようにして、レトロウィルスベクターに導入され得る:Anderson など., アメリカ特許第5,399,346号;Mann など., Cell 33: 153, 1983; Temin など., アメリカ特許第4,650,764号;Temin など., アメリカ特許第4,980,289号;Markowitz など., J. Virol. 62: 1120, 1988; Temin など., アメリカ特許第5,124,263 号;Dougherty など., WIPO Publication WO95/07358 号;及びkuo など., Blood 82: 845−52, 1993。 他方では、ベクターは、リポソームを用いてのインビボリポフェクションにより導入され得る。
【0310】
合成カチオン脂質が、マーカーをコードする遺伝子のインビボトランスフェクションのためのリポソームを調製するために使用され得る(Felgner など., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84: 7413−17, 1987; 及びMackey など., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 8027−31, 1988)。インビボで特定の器官中に外因遺伝子を導入するためへのリポフェクションの使用は、一定の実際的な利点を有する。特定細胞へのリポソームの分子標的化は、1つの領域の利点を表す。
【0311】
より特定には、特定細胞へのトランスフェクションの方向づけは、1つの有益な分野を提供する。例えば、特定細胞型へのトランスフェクションの方向づけが、細胞異質性を有する組織、例えば膵臓、肝臓、腎臓及び脳において特に好都合であることは明白である。脂質は、標的化のために他の分子に科学的に得られる。標的化されたペプチド、例えばホルモン又は神経伝達物質、及びタンパク質、例えば抗体又は非ペプチド分子は、化学的にリポソームに結合され得る。
【0312】
身体から細胞を除去し、そして裸DNAプラスミドとしてベクターを導入し、そして次に、身体中に形質転換された細胞を再移植することは可能である。遺伝子治療のための裸DNAベクターは、所望する宿主細胞中に、当業界において知られている方法、例えばトランスフェクション、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、トランスダクション、細胞融合、DEAEデキストラン、リン酸カルシウム沈殿、遺伝子ガンの使用、又はDNAベクタートランスポーターの使用により導入され得る(例えば、Wu など., J. Biol. Chem. 267: 963−7, 1992; Wu など., J. Biol. Chem. 263: 14621−24, 1988)。
【0313】
アンチセンス方法は、zcytor17遺伝子転写を阻害するために、例えばインビボでの細胞増殖を阻害するために使用され得る。zcytor17−コードのポリヌクレオチドのセグメントに対して相補的であるポリヌクレオチド(例えば、配列番号1、45、53又は57に示されるようなポリヌクレオチド)は、zcytor17−コードのmRNAに結合し、そしてそのようなmRNAの翻訳を阻害するよう企画される。そのようなアンチセンスポリヌクレオチドは、細胞培養物、又は対象において、zcytor17ポリペプチド−コードの遺伝子の発現を阻害するために使用される。
【0314】
さらに、細胞表面分子として、zcytor17ポリペプチドは、細胞中に遺伝子療法を導入するための標的物として使用され得る。この用途は、zcytor17が通常発現される細胞、例えばリンパ組織、骨髄、前立腺、甲状腺、単球及びPBL、又はzcytor17ポリペプチドを発現できる癌細胞中に治療遺伝子を導入するために、特に適切である。例えば、上記のようなウィルス遺伝子療法は、ウィルス受容体よりもむしろ細胞受容体、例えばzcytor17ポリペプチドを発現する特定の細胞型に標的化され得る。抗体、又は標的細胞表面上のzcytor17分子を認識する他の分子が、ウィルスの感染を方向づけ、そして標的細胞に遺伝子治療材料を投与するために使用され得る。
【0315】
WOO, S.L.C. Nature Biotech, 14: 1538, 1996; Wickham, T.J. など., Nature Biotech. 14: 1570−1573, 1996; Douglas, J.T. など., Nature Biotech. 14: 1574−1578, 1996; Rihova, B., Crit. Rev. Biotechnol. 17: 149−169, 1997; 及びVile, R.G. など., Mol. Med. Today 4: 84−92, 1998を参照のこと。例えば、zcytor17−特異的抗体に結合されるウィルス−中和性Fabフラグメントを含むニ特異的抗体が、zcytor17受容体を発現する細胞にウィルスを方向づけ、そして遺伝子要素を含むウィルスの細胞中への効果的侵入を可能にするために使用され得る。例えば、Wickham, T.J. など., J. Virol. 71: 7663−7669, 1997; 及びWickham, T.J., など., J. Viro. 70:6831−6838, 1996 を参照のこと。
【0316】
さらに、抗−zcytor17抗体及び結合フラグメントは、zcytor17を特異的に発現する細胞、例えば本明細書に記載される、単核細胞、リンパ細胞、例えば非活性化された及び活性化された単球細胞、例えば活性化されたCD3+、CD4+及びCD8+細胞、CD19+ B−細胞、及び他の細胞を標的化し、そして分類するために使用され得る。そのような細胞標的化及び分類方法は、当業界において良く知られている(例えば、”Molecular Biology of the Cell”, 3rd Ed., Albert, B. など. (Garland Publishing, London & New York, 1994を参照のこと)。当業者は、細胞を研究するための細胞組織型の分離の重要性及び特定の細胞組織型の分離のためへの抗体の使用を認識するであろう。
【0317】
基本的には、細胞型の表面に結合する抗体は、抗体により認識される細胞のみが付着するであろう親和性表面を形成するために、種々のマトリックス、例えばコラーゲン、多糖ビーズ又はプラスチックにカップリングされる。次に、結合された細胞は、従来の技術により回収される。他の方法は、蛍光活性化された細胞ソーター(FACS)による細胞の分離を包含する。この技法においては、蛍光色素に結合される抗体により細胞をラベリングする。次に、ラベルされた細胞は、FACS機械によりラベルされていない細胞から分離される。FACS分離においては、単一の列で移動する個々の細胞が、レーザービームを通過し、そして個々の細胞の蛍光が測定される。
【0318】
わずかにさらなる下流の小滴(ほとんどは、1つの細胞を含むか又はまったく含まない)が、振動ノズルにより形成される。単一の細胞を含むその小滴は、それらが含む細胞が蛍光であるかどうかに依存して、形成の瞬間で、正又は負の電荷を自動的に付与され、そして次に、強い電界により適切な容器中に偏向される。そのような機械は、1000の細胞のうち1つを選択し、そして1秒当たり約5000個の細胞を分類できる。これは、細胞培養物について均等な細胞集団を生成する。
【0319】
当業者は、本発明のzcytor17ポリペプチドに対する抗体は、必ずしもすべての組織型がzcytor17受容体を発現せず、そして生物学者がさらなる研究及び/又は身体中への治療的再移植のために特定の細胞型を分離することができることは重用であるので、有用である。これは、細胞、例えばzcytor17が発現される免疫細胞において特に適切である。
【0320】
本発明はまた、診断用途に使用される試薬を提供する。例えば、zcytor17遺伝子、すなわちzcytor17 DNA又はRNA又はその副配列を含んで成るプローブは、zcytor17遺伝子が染色体5上に存在するかどうか、又は突然変異が生じたかどうかを決定するために使用され得る。zcytor17は染色体5の5q11領域に存在する(例4を参照のこと)。zcytor17遺伝子座での検出できる染色体異常型は、異数性、遺伝子コピー数変化、異種性の損失(LOH)、トランスロケーション、挿入、欠失、制限部位変更及び転位を包含するが、但しそれらだけには限定されない。
【0321】
それらの異常性は、コード配列内、イントロン内、又は上流のプロモーター及び調節領域を包含するフランキング配列内で発生することができ、そしてコード配列内での物理的変更、又は遺伝子発現レベルでの変化として明らかである。そのような異常性は、分子遺伝学的技法、例えば制限フラグメント長さ多型現象(RELP)分析、蛍光現場ハイブリダイゼーション、PCR技法を用いる短いタンデム反復体(STR)分析、及び当業界において知られている他の遺伝子連鎖分析技法を用いることによって、本発明のポリヌクレオチドを用いて検出され得る(Sambrookなど., 前記;Ausubel など., 前記;Marian, Chest 108: 255−65, 1995)。
【0322】
遺伝子位置の正確な知識は、次のような多くの目的のために有用である:1)配列が存在するコンティグの一部であるかどうかの決定及び種々の形、例えばYAC, BAC又はcDNAクローンにおける追加の周囲遺伝子配列の獲得;2)同じ染色体領域への結合を示す遺伝的な疾病についての可能な候補体遺伝子の提供;及び3)特定遺伝子が有する機能の決定を助けるモデル生物、例えばマウスの相互参照。
【0323】
zcytor17遺伝子は、染色体5の5q11領域に位置する。既知機能のいくつかの遺伝子はこの領域に位置する。例えば、密接に関連するクラスIサイトカイン受容体gp130はまた、染色体5q11に位置し、このことは、5q11領域がサイトカイン受容体発現のための重要な領域であることを示唆する。zcytor17は5q11染色体領域(q−アーム上の動原体の第1の遠位領域)に位置し、そしてgp130はzcytor17から約92.7kbの遠位に存在すると思われる。さらに、密接に関連するクラスIサイトカイン受容体LIFRは、5p13−p12領域におけるp−アーム上の動原体のすぐ他の側上に位置する。
【0324】
gp130サイトカイン受容体は、サイトカイン、例えばIL−6、白血病阻害因子(LIF)、オンコスタチンM(OSM)及び繊毛好中球因子(CNTF)によるシグナル化を可能にするヘテロダイマー複合体を形成するために、いくつかの他のサイトカイン受容体により共有される。さらに、gp130は、シグナル化するためにzcytor17ポリペプチドと共に、ヘテロダイマー、トリマー(例えば、gp130+LIF因子を有する)、又はマルチマー複合体を形成することができる。さらに、本明細書に論じられるように、サイトカイン受容体、例えばzcytor17及びgp130は、免疫細胞機能、移動、炎症及び同様のものにおいて重要な役割を演じる。zcytor17ポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び抗−zcytor17抗体は、zcytor17遺伝子又はタンパク質における欠陥、又は染色体5の5q11領域での周囲の染色体領域における欠陥を検出するための診断物としての主要な使用を提供する。
【0325】
さらに、いくつかの疾病関連遺伝子が、ヒト障害に関連する5q11領域において密集する。当業者は、5q11におけるマーカー、例えば本発明のzcytor17ポリヌクレオチドが、5q11におけるその周囲の異常がヒト疾病に関連することが知られているので、ヒト疾病に関連する染色体異常の検出において有用であるこをを認識するであろう。例えば、5q11−q13.3重複、部分的トリソミー及びトランスロケーションは、複数の異常性、例えば精神分裂症、すなわち通常の精神病に関連している。さらに、Maroteaux−Lamy症候群、又はムコ多糖VI型(5q11−q13)及びKlippel−Feil症候群(5q11.2)が、この遺伝子座でのトランスロケーションに関連している。
【0326】
さらに、それらの疾病は、5q11領域染色体の大きな染色体転位、例えば染色体重複、トランスロケーション又は異質性の損失に連結される。本明細書に記載される当業界において知られている方法と共に、本発明のポリヌクレオチドを用いて、5q11での又はその周囲でのそのような転位が検出され得る。さらに、他の遺伝子座の中で、裂手/足奇形、1型(SHFM1)(5q)、 Sandhoff病(5q13)、グルココルチコイド受容体(5q31)、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)(5q11.2−q13.2)、脊椎筋アトピー(5q12.2−q13.3)、及び下垂体ホルモン欠損(5q) についてのそれらの遺伝子座は、すべてヒト疾病において明白であり、そしてヒトゲノムのこの領域に位置する。
【0327】
WWWサーバー(http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/htbin−post/omim/getmap?chromosome=5q11及び周囲の遺伝子座)上の染色体3の2の領域について、Online Mendellian Inheritance of Man (OMIM) 遺伝子地図を参照のこと。それらのすべては、zcytor17遺伝子と同じ染色体領域への連鎖を示す遺伝性疾病についての可能性ある候補体遺伝子として作用する。
【0328】
同様に、zcytor17遺伝子座自体における欠陥は、本明細書に論じられるような遺伝性ヒト疾病状態をもたらすことができる。当業者は、サイトカイン受容体の欠陥がヒトにおける疾病状態を引き起こすことが知られていることを理解するであろう。例えば、成長ホルモン受容体突然変異は、小人症をもたらし(Amselem, Sなど., New Eng. J. Med. 321: 989−995, 1989)、IL−2受容体γ突然変異は重度の組合された免疫欠損(SCID)をもたらし(Noguchi, Mなど., Cell 73: 147−157, 1993)、c−Mpl突然変異は血小板減少をもたらし(Ihara, Kなど., Proc. Nat. Acad. Sci. 96: 3132−3136, 1999)、そして重度のマイコバクテリア及びサルモネラ感染がインターロイキン−12受容体−欠失患者をもたらす(de Jong, Rなど., Science 280: 1435−1439, 1998)。
【0329】
従って、同様に、zcytor17における欠陥は、疾病状態、又は疾病又は感染に対する敏感性を引き起こすことができる。zcytor17遺伝子は5q11領域zcytor17に位置するので、ポリヌクレオチドプローブは、ヒト疾病、例えば免疫細胞癌、骨髄癌、前立腺癌、甲状腺、上皮小体又は他の癌、又は免疫疾患に関連する、染色体5q11損失、トリソミー、重複又はトランスロケーションを検出するために使用され得る。さらに、本発明の分子、例えば本発明のポリペプチド、アンタゴニスト、アゴニスト、ポリヌクレオチド及び抗体は、zcytor17遺伝子欠陥に関連する、検出、診断予防及び処理を助けるであろう。
【0330】
本発明の分子、例えば本発明のポリペプチド、アンタゴニスト、アゴニスト、ポリヌクレオチド及び抗体は、zcytor17遺伝子欠陥に関連する、検出、診断予防及び処理を助けるであろう。
【0331】
診断は、疾病のタイプ及び適切な関連する治療の決定において医者を助けることができるか、又は遺伝的カウンセリングを助けることができる。それ自体、本発明の抗−zcytor17抗体、ポリヌクレオチド及びポリペプチドは、zcytor17ポリペプチド、mRNA又は抗−zcytor17抗体の検出のために使用され、従って当業界において知られており、そして本明細書において記載される方法を用いて、本明細書に記載されるようにして、遺伝的疾病又は癌の検出のためのマーカーとして作用し、そしてそのために直接的に使用される。
【0332】
さらに、zcytor17ポリヌクレオチドプローブは、ヒト疾病に関連する染色体5q11欠失及びトランスロケーション、又は悪性又は他の癌における染色体転位に関与することが予測される、腫瘍の悪性進行又は他の5q11突然変異に関与する他のトランスロケーションに関連する異常性又は遺伝子型を検出するために使用され得る。同様に、zcytor17ポリヌクレオチドプローブが、染色体12q15三染色体性、及びヒト疾病又は自然流産に関連する染色体欠失に関連する異常性又は遺伝子型を検出するために使用され得る。従って、zcytor17ポリヌクレオチドプローブは、それらの欠陥の関連する異常性又は遺伝子型を検出するために使用され得る。
【0333】
上記で論じられるように、zcytor17遺伝子自体における欠陥は、遺伝性ヒト疾病状態をもたらすことができる。本発明の分子、例えば本発明のポリペプチド、アンタゴニスト、アゴニスト、ポリヌクレオチド及び抗体は、zcytor17遺伝子欠陥に関連する疾病の検出、診断予防及び処理を助ける。さらに、zcytor17ポリペプチドプローブは、zcytor17染色体遺伝子座で、疾病又は非疾病の個人間での対立遺伝子差異を検出するために使用され得る。それ自体、zcytor17配列は、法的なDNAプロフィーリングにおける診断として使用され得る。
【0334】
一般的に、患者における遺伝子異常性又は異常型を検出するために遺伝子連鎖分析に使用される診断方法は、当業界において知られている。分析用プローブは一般的に、少なくとも20個の長さのntを有するが、但し幾分短いプローブも使用され得る(例えば、14−17nt)。PCRプライマーは、少なくとも5個の長さのnt、好ましくは15又はそれ以上の長さのnt、より好ましくは20−30個の長さのntである。遺伝子又は染色体DNAの全体的な分析のために、zcytor17ポリヌクレオチドプローブは、完全なエキソン又はそれ以上を含むことができる。エキソンは、zcytor17配列(配列番号54)とzcytor17についてのヒトゲノムDNA(Genbank受託番号AC002781号)とを比較することによって、容易に決定される。
【0335】
一般的に、患者における遺伝子異常性又は異常型を検出するために遺伝子連鎖分析に使用される診断方法は、当業界に知られている。ほとんどの診断方法は、(i)潜在的に疾病の患者、疾病の患者又は劣性疾病対立遺伝子の可能性ある非疾病キャリヤーから遺伝子サンプルを得;(ii)zcytor17ポリヌクレオチドプローブと共に遺伝子サンプルをインキュベートすることにより(ここで、前記ポリヌクレオチドは、RFIP分析においては、相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするであろう)、又は適切なPCR反応条件下でPCR反応において、センス及びアンチセンスプライマーと共に遺伝子サンプルをインキュベートすることにより、第1反応生成物を生成し;
【0336】
(iii)前記第1反応生物を、電気泳動及び/又は他の既知方法により可視化し、例えば、前記第1反応生成物を、zcytor17ポリヌクレオチドプローブ(ここで、前記ポリヌクレオチドは第1反応の相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするであろう)により可視化し、そして(iV)正常又は対照の個人からの遺伝子サンプルの第2対照反応生成物と、前記可視化された第1反応生成物とを比較する段階を含んで成る。
【0337】
第1反応生成物と対照反応生成物との間の差異は、疾病又は潜在的に疾病の患者における遺伝子異常性の、又は非疾病患者についてのヘテロ接合性劣性キャリヤー表現型の存在の、又は疾病患者からの腫瘍における遺伝子欠陥の存在の、又は胎児又は移植前胚における遺伝子異常性の存在の表示である。例えば、制限フラグメントパターン、PCR生成物の長さ、zcytor17遺伝子座の反復性配列の長さ、及び同様のもの差異は、遺伝子異常性、遺伝子異常型、又は正常な対照に比較しての対立遺伝子差異の表示である。対照は、サンプルの試験及び利用性に依存して、影響されていないファミリーメンバー又は無関係の個人からであり得る。
【0338】
本発明内への使用のための遺伝子サンプルは、患者からのいずれかの組織又は他の生物学的サンプル、例えば血液、唾液、精子、胚細胞、羊水及び同様のもの(但し、それらだけには限定されない)から単離されたゲノムDNA、mRNA及びcDNAを包含する。ポリヌクレオチドプローブ又はプライマーは、RNA又はDNAであり得、そして配列番号1、45又は53の一部、配列番号1、45又は53の補体、又はそれらのRNA同等物を含んで成る。ヒト疾病表現型ヘの遺伝子連鎖分析を示すそのような方法は、当業界において良く知られている。
【0339】
診断における、PCRに基づく方法の参照のためには、一般的、次の文献を参照のこと:Mathew (ed.), Protocols in Human Molecular Genetics (Humana Press, Inc. 1991), White (ed), PCR Protocols; Current Methods and Applications (Humana Press, Inc, 1993), Cotter (ed), molecular Diagnosis of Cancer (Humana Press, Inc. 1996), Hanausek and Walaszek (eds.), Tumor Marker Protocols。(Humana Press, Inc. 1998). Lo (ed), Clinical Application of PCR (Humana Press, Inc. 1998), 及びMeltzer (ed), PCR in Bioanalysis (Humana Press. Inc. 1998))。
【0340】
zcytor17遺伝子座に関連する突然変異は、直接的名突然変異分析のための標準の方法、例えば制限フラグメント長さ他型現象分析、PCR技法を用いる短いタンデム反復体分析、増幅−不応性突然変異システム分析、一本鎖コンホメーション多型現象検出、RNアーゼ切断方法、変性グラジエントゲル電気泳動、蛍光−助力のミスマッチ分析、及び当業界において知られている他の遺伝子分析により、本発明の核酸分子を用いて検出され得る
【0341】
(例えば、Mathew (ed.), Protocols in Human Molecular Genetics (Humana Press. Inc. 1991), Marian, Chest 108:255 (1995), Coleman and Tsongalis, Molecular Diagnositics (Human Press, Inc. 1996), Elles (ed.) Morecular Diagnosis of Genetic Diseases (Humana Press, Inc. 1996), Landegren (ed.), Laboratory Protocols for Mutation Detection (Oxford University Press 1996), Burren など. (eds.), Genome Analysis, Vol. 2: Detecting Genes (Cold Spring Habor Laboratory Press 1998), Dracopoli など. (eds.), Current Protocols in Human Genetics (John Wiley & Sons 1998), 及びRichards and Ward, “Molecular Diagnostic Testing,” in Principles of Molecular Medicine, Pages 83−88 (Humana Presa. Inc. 1998) を参照のこと)。
【0342】
突然変異についてのzcytor17遺伝子の直接的な分析は、対象のゲノムDNAを用いて行われ得る。末梢血液リンパ球から得られるゲノムDNAを増幅するための方法は、当業者に良く知られている(例えば、Dracopoliなど. (eds.), Current Protocols in Human Genetics, at page 7.1.6 to 7.1.7 (John Wiley & Sons 1998) を参照のこと)。
【0343】
“トランスジェニックマウス”として言及される、zcytor17遺伝子を発現するように構築されたマウス、及び“ノックアウトマウス”として言及される、zalpha11リガンド遺伝子機能の完全な不在を示すマウスがまた、生成され得る(Snouwaertなど., Science 257: 1083, 1992; Lowellなど., Nature 366: 740−742, 1993; Capecchi, Science 244: 1288−1292, 1989; Palmiterなど., Annu. Rev. Genet. 20: 465−499, 1986)。例えば、偏在的に、又は組織−特異的又は組織−制限されたプロモーター下でzcytor17を過剰発現するトランスジェニックマウスは、過剰発現が表現型を引き起こすかどうかを決定するために使用さえ得る。
【0344】
例えば、野生型zcytor17ポリペプチド、そのポリペプチドフラグメント又は変異体の過剰発現は、正常な細胞工程を変更することができ、zcytor17発現が機能的に適切であり、そしてzcytor17、そのアゴニスト又はアンタゴニストのための治療標的物を示すことができる組織を同定する表現型をもたらす。例えば、構築する好ましいトランスジェニックマウスは、“優性−陰性”表現型を発現するマスス、例えば結合されるトランスメンブランドメインと共に細胞外サイトカイン結合ドメインを含んで成るzcytor17ポリペプチド(配列番号2及び46のアミノ酸20(Ala)〜543(Leu);又は配列番号54の33(Ala)〜556(Leu))を過剰発現するマウスである。
【0345】
もう1つの好ましいトランスジェニックマウスは、zcytor17可溶性受容体、例えば本明細書に開示されるそれらの受容体を過剰発癌するマウスである。さらに、そのような過剰発現は、ヒト疾病との類似性を示す表現型をもたらすことができる。同様に、ノックアウトzcytor17マウスは、zcytor17がインビボで絶対的に必要とされる場所を決定するために使用され得る。ノックアウトマウスの表現型は、zcytor17アンタゴニスト、例えば本明細書に記載されるそれらのもののインビボ効果を予測することができる。マウスzcytor17 mRNA、cDNA(配列番号56及び/又は92)およびゲノムDNAは、ノックアウトマウスを生成するために使用される。
【0346】
それらのトランスジェニック及びノックアウトマウスは、zcytor17遺伝子及びそれによりコードされるタンパク質をインビボシステムにおいて研究するために使用され得、そして対応するヒト又は動物疾病(例えば、市販の生存動物集団におけるそれらの疾病)のためのインビボモデルとして使用され得る。本発明のマウスモデルは、免疫系モデル、すなわち癌生物学及び進行の研究のための炎症又は腫瘍モデルとして特に適切である。そのようなモデルは、ヒト免疫疾患、炎症及び癌に使用される治療分子の開発及び効力において有用である。
【0347】
zcytor17発現の上昇、及びzcytor17発現の下降が、単球、単球活性化、及び前立腺細胞に関連し、そして炎症及び癌に関連するので、トランスジェニックマウス及びノックアウトマウスの両者は、ヒト患者のための有用な動物モデルとして作用する。さらに、好ましい態様においては、zcytor17トランスジェニックマウスは、特定の疾病、特に単球に関連する疾病のための動物モデルとして作用することができる。さらに、本明細書に記載される、zcytor17に対して向けられた、zcytor17アンチセンスポリヌクレオチド又はリボザイムのトランスジェニックマウス発現がまた、上記トランスジェニックマウスと同じようにして使用され得る。
【0348】
医薬使用のためには、本発明の可溶性受容体ポリペプチドは、従来の方法に従って、非経口、特に静脈内又は皮下供給のために配合される。静脈内投与は、1〜数時間の典型的な期間、ボーラス注射又は注入により行われるであろう。一般的に、医薬製剤は、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドを、医薬的に許容できるビークル、例えば塩溶液、緩衝溶液、水中、5%デキストロース、又は同様のものと共にを含むであろう。製剤はさらに、1又は複数の賦形剤、保存剤、溶解剤、緩衝剤、バイアル表面上のタンパク質損失を妨げるためのアルブミン、等を含むことができる。
【0349】
配合方法は、当業界において良く知られており、そして例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, PA, 19th ed., 1995に開示される。治療用量は、一般的に、0.1〜100μg/kg患者の体重/日、好ましくは0.5〜20mg/kg/日の範囲であり、そして正確な用量は処理される病状の性質及び重症度、患者の特徴、等を考慮して、許容できる標準に従って、臨床医により決定される。用量の決定は、当業者のレベル内である。タンパク質は、急性処理のために、1週間又はそれ以下にわたって、しばしば1〜3日間にわたって投与され得、又は慢性処理のためには、数ヶ月〜数年にわたって使用され得る。一般的に、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドの治療的有効量は、臨床学的に有意な効果を生成するのに十分な量である。
【0350】
本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、さらに、遺伝学及び分子生物学、タンパク質化学、及び抗体生成及び分析に関連する実験用実習キットにおいて教育用用具として有用であろう。その独得のポリヌクレオチド及びポリペプチド配列のために、zcytor17の分子は、試験のための標準として、又は“未知”として使用され得る。例えば、zcytor17ポリヌクレオチドは、zcytor17が発現されるべき遺伝子である、融合構造体を包含する、細菌、ウィルス又は哺乳類発現のための発現構造体をいかにして調製するかを学生に教授するために;ポリヌクレオチドの制限エンドヌクレアーゼ切断部位を決定するために;組成におけるzcytor17ポリヌクレオチドのmRNA及びDNA位置を決定するために(すなわち、ノザン及びサザンブロット、及びポリメラーゼ鎖反応による);そして核酸ハイブリダイゼーションにより関連するポリヌクレオチド及びポリペプチドを同定するために、補助体として使用され得る。
【0351】
zcytor17ポリペプチドは、抗体の調製;ウェスターンブロットによるタンパク質の同定;タンパク質の精製;発現された合計のタンパク質に対する割合としての発現されたzcytor17ポリペプチドの重量の決定;ペプチド分解部位の同定;アミノ及びカルボキシル末端標識のカップリング;アミノ酸配列分析;及び生来の及び標識されたタンパク質(すなわち、受容体結合、シグナルトランスダクション、増殖及び分化)の生物学的活性のインビトロ及びインビボでのモニターリングのための補助体として、教育的に使用され得る。
【0352】
zcytor17ポリペプチドはまた、分析熟練、例えば、質量分析学、コンホメーション、例えば4個のαヘリックスを決定するために、円ニ色性を、原子の立体構造を詳細に決定するために、X−線結晶学を、溶液におけるタンパク質の構造を表すために、核磁気共鳴分光学を教授するためにも使用され得る。例えば、zcytor17を含むキットが、学生の分析熟練を開発するために未知のタンパク質として、又は学生の熟練の試験として、分析する学生に与えられ得る。アミノ酸配列は教師によっては知られており、すなわちタンパク質は学生の熟練を決定し、又はその熟練を進展せしめるための試験として学生に提供されるので、教師は、学生がポリペプチドを正しく分析したかどうかを知ることができる。あらゆるポリペプチドはユニークであるので、zcytor17の教育的利用はそれ自体ユニークであろう。
【0353】
さらに、zcytor17は組織−特異的発現を有し、そしてクラスIサイトカイン受容体構造及び明白な染色体局在化、及び発現パターンを有するポリペプチドであるので、活性は増殖アッセイ、本明細書に記載されるルシフェラーゼ及び結合アッセイを用いて測定され得る。さらに、単球、前立腺、リンパ及び他の組織におけるzcytor17ポリヌクレオチド及びポリペプチドの発現は、診断及び組織−特異的同定及び方法の使用において学生を訓練するために分析され得る。さらに、zcytor17ポリヌクレオチドは、その遺伝子座が知られているので、染色体検出及び診断方法の使用に基づいて学生を訓練するために使用され得る。
【0354】
さらに、学生は、ヒト染色体1について、及びより特定には、zcytor17遺伝子が位置する遺伝子座5q11について訓練され、そして教育され得る。そのようなアッセイは、当業界において良く知られており、そしてサイトカイン受容体タンパク質について学生を教授し、そしてzcytor17と当業界における他のサイトカイン受容体との間の種々の性質、例えば細胞に対する細胞効果、酵素運動学、種々の抗体結合親和性、組織特異性及び同様のものを試験するために、教育環境において使用され得る。
【0355】
zcytor17に対して特異的に結合する抗体は、zcytor17を精製し、抗体をコードするポリヌクレオチドをクローニングし、そして配列決定するために、親和性クロマトグラフィーカラムをいかにして調製するかを学生に教授するための教授援助として、及び従って、ヒト適合された抗体をいかにして企画するかを学生に教授するための実習課目として使用され得る。さらに、zcytor17に対して特異的に結合する抗体は、例えば当業界において知られている組織学的及び現場方法を用いて、活性化された単球細胞、分類細胞又はリンパ及び前立腺癌組織の検出への使用のための教授助剤として使用され得る。
次に、zcytor17遺伝子、ポリペプチド又は抗体は、試薬会社によりパッケージされ、そして学生が分子生物学の分野において熟練を得るために大学及び他の教育機関に市販される。個々の遺伝子及びタンパク質はユニークであるので、個々の遺伝子及びタンパク質は、実験実習課目における学生のためのユニークな挑戦及び学習経験を創造する。zcytor17遺伝子、ポリペプチド又は抗体を含むそのような教育用キットは、本発明の範囲内で有ると思われる。
【0356】
本発明は、次の非−制限的例によりさらに例示される。
実施例
例1.十分な長さのヒト zcytor17 cDNA の同定及び単離
zcytor17を、ヒトゲノムDNAからの予測される十分な長さのcDNAとして同定した。その予測される十分な長さのzcytor17ポリヌクレオチドの配列は、配列番号1に示され、そして対応するポリペプチドは、配列番号2に示される。組織源から十分な長さのcDNAを得るためには、5’及び3’ RACEを使用した。いくつかのオリゴヌクレオチドプライマーを、同定されたゲノム配列AQ002781(Genbank)から企画した。前記プライマーを、ゲノム配列内を内部的にプライミングするために使用し、究極的には、十分な長さのcDNAを単離した。
【0357】
A . zcytor17 のための 5 ’ RACA:
5’RACE生成物を、鋳型としてHPVS cDNAライブラリー、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC12,701(配列番号5)及びZC27,898(配列番号6)を用いて生成した。HPVSは、ヒト前立腺上皮細胞系(ATCC No. CRL−2221)から生成された自家cDNAライブラリーである。PCR反応は、50μlの反応体積において、鋳型としてのcDNAライブラリーから調製されたプラスミドDNA約1μg、5μlの10×PCR緩衝液(GIBCO/BRL)、5μlの10mMのdNTP(Perkin Elmer)、 20pモルの個々のオリゴヌクレオチド及び1μl(5.0単位)のTagポリメラーゼ(GIBCO/BRL)を使用した。
【0358】
この第1回目の5’RACE PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。5’RACE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドがゲル上に見られた。
【0359】
残る5’RACE PCR生成物をエタノール沈殿し、そして1:50に希釈した。第2回目の固定された5’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC12,701(配列番号5)及びZC27,898(配列番号6)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC14,063(配列番号7)及びZC27,899(配列番号8)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示される前記第1回目の5’RACE反応により行った。
【0360】
得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約900bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして標準の方法を用いて配列決定した。配列分析は、DNA生成物がゲノムAQ002781 DNA配列(Genbank)の一部を含み、そして翻訳開始メチオニン残基及び5’未翻訳配列を含むよう、5’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。5’RACE生成物のポリヌクレオチド配列は、配列番号9に示される。
【0361】
B . zcytor17 のための 3 ’ RACE:
3’RACEのためのプライマーを、上記で得られた5’RACE生成物(配列番号9)を用いて企画した。3’RACE生成物を、鋳型としてヒト前立腺自家cDNAライブラリー及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC28,481(配列番号10)及びZC6,346(配列番号11)を用いて生成した。この第1回目の3’RACE PCR反応は、例1Aに記載される条件を用いて行われた。3’RCE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドがゲル上で見出された。
【0362】
残る3’RACE PCR生成物をエタノール沈殿し、そして1:40に希釈した。第2回目の固定された3’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC28,481(配列番号10)及びZC6,346(配列番号11)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC28,480(配列番号12)及びZC26,405(配列番号13)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示されるようにして行った。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約2100bpでの卓越したバンドが見られた。
【0363】
残るDNAをエタノール沈殿し、そして1:40に希釈した。第3回目の固定された3’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC28,480(配列番号12)及びZC26,405(配列番号13)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC27,895(配列番号14)及びZC5,200(配列番号15)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示されるようにして行った。
【0364】
得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約2000bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、DNA生成物が5’ RACE生成物(配列番号9)の一部を含み、そして翻訳停止コドン及び5’未翻訳配列を含むよう、3’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。3’RACE生成物のポリヌクレオチド配列は、配列番号16に示される。十分な長さのzcytor17のポリヌクレオチド配列が配列番号45に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号46で示される。
【0365】
C.zcytor17 についての第2の 5 ’ RACE はもう1つの十分な長さの zcytor17 を同定した:
5’RACE生成物を、鋳型としてWI−38 cDNAライブラリー、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC12,701(配列番号5)及びZC27,899(配列番号8)を用いて生成した。WI−38は、ヒト胚肺細胞系(ATCC No. CRL−75)から生成された自家cDNAライブラリーである。
【0366】
PCR反応は、50μlの反応体積において、鋳型としてのcDNAライブラリーから調製されたプラスミドDNA約1μg、5μlの10×PCR緩衝液(GIBCO/BRL)、5μlの10mMのdNTP(Perkin Elmer)、 20pモルの個々のオリゴヌクレオチド及び1μl(5.0単位)のTagポリメラーゼ(GIBCO/BRL)を使用した。この第1回目の5’RACE PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。5’RACE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドがゲル上に見られた。
【0367】
残るDNAをエタノール沈殿し、そして1:50に希釈した。第2回目の固定された5’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC12,701(配列番号5)及びZC27,899(配列番号8)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC14,063(配列番号25)及びZC27,900(配列番号51)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示される前記第1回目の5’RACE反応により行った。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約1200bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして標準の方法を用いて配列決定した。
【0368】
配列分析は、DNA生成物がゲノムAQ002781 DNA配列(Genbank)の一部を含み、そして翻訳開始メチオニン残基及び5’未翻訳配列を含むよう、5’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。DNA配列決定は、このもう1つの開始メチオニン(ヌクレオチド497で配列番号53に示される)からの翻訳から生成されるポリペプチドが、N−末端で読み取り枠における追加の13個のアミノ酸(MKLSPQPSCVNLG;配列番号52)により、配列番号46に示されるアミノ酸とは異なる、第2の十分な長さ形のzcytor17を生成することを示した。第2の十分な長さの形のzcytor17のポリヌクレオチド配列は、配列番号53に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号54に示される。第2の十分な長さの形のzcytor17(配列番号53及び54)はたぶん、最も一般的に発現される形である。
【0369】
例2.切断された形のヒト zcytor17 cDNA の同定及び単離
A.フィブロネクチンドメインで切断された zcytor17 の変異体形をコードする cDNA の単離
切断された可溶性形のzcytor17についての3’RACE生成物を、3’RACEについての上記に記載されるプロトコール(例1B)と同一のプロトコールを用いて生成したが、但し、出発材料は、HRVS cDNAライブラリーであった。HPVSは、ヒト前立腺上皮細胞系(ATCC No. CRL−221)から生成された自家cDNAライブラリーである。第3回目の固定された3’RACEからその得られる生成物を、1.0%アガロース上で電気泳動し、そして約700bpでの卓越したバンドが見られた。
【0370】
DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、DNA生成物が5’RACE生成物(配列番号9)の一部を含み、そしてサイトカイン−結合ドメインの末端近くに翻訳停止コドンを含むようzcytor17のためのcDNA配列を延長するよう思えたことを示した。これは、フィブロネクチンドメイン内で切断された受容体の発現された可溶性形を表すことができた。フィブロネクチンドメインで切断された、可溶性形のzcytor17のポリヌクレオチド配列は、配列番号15に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号18に示される。
【0371】
B.サイトカイン−結合ドメインの末端で切断された zcytor17 形をコードする cDNA の単離:
zcytor17の切断された形のための3’RACE生成物を、鋳型としてHPVS cDNAライブラリー及びプライマーとしてZC27,895(配列番号14)及びZC6,347(配列番号11)を用いて生成した。この第1回目の3’RACE PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。3’RACE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドが、ゲル上で見出された。
【0372】
残るDNAをエタノール沈殿し、そして1:40に希釈した。第2回目の固定された3’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC27,895(配列番号14)及びZC6,346(配列番号11)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC27,897(配列番号19)及びZC5,020(配列番号15)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記例1に開示される前記第1回目の5’RACE反応により行った。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約1100bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、DNA生成物がゲノムAQ002781 DNA配列(Genbank)の一部を含み、そしてサイトカイン−結合ドメインの末端で翻訳停止コドンを含むよう、3’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。
【0373】
上記配列が実際、ゲノムAQ002781 DNA配列とオーバーラップしたことを確かめるために、追加のPCR反応を行った。PCR生成物を、鋳型としてHPVS cDNAライブラリー、及びプライマーとしてZC28,481(配列番号10)及びZC28,521(配列番号20)を用いて生成した。PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約800bpでの卓越したバンドが見られた。
【0374】
DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、これがzcytor17の切断された形であったことを確かめた。これは、サイトカイン−結合ドメインの末端近くで切断された受容体の発現された可溶性形を表すことができた。この可溶性形のzcytor17のポリヌクレオチド配列は、配列番号21に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号22に示される。
もう1つの切断された3’RACE生成物を、フィブロネクチンドメインで切断されたcDNA変異体の単離について上記に記載されるプロトコール(例2A)を用いて単離した。単離されたPCR生成物の配列決定は、配列番号21に示されるような可溶性形のzcytor17の配列を確証した。
【0375】
例3.ノザンブロット及び PCR を用いての組織パネルにおけるヒト zcytor17 の組織分布
A.ノザンブロットを用いてのヒト zcytor17 組織分布:
Human multiple Tissue Northern Blots (Human 12−lane MTN Blot I and II, 及びHuman Immune System MTN Blot II; Human Encocrine MTN, Human Fetal MTN Blot II, Human Multiple Tissue Array) (Clontech), 及び種々の組織を含む自家プロットを、プローブし、ヒトzcytor17発現の組織分布を決定した。
【0376】
自家調製されたブロットは、次の組織及び細胞系mRNAを含んだ:SK−Hep−1細胞、THP1細胞、副腎(Clontech);腎臓(Clontech)、肝臓(Clontech及びInvitrogen);脊椎(Clontech)、精巣(Clontech)、ヒトCD4+T−細胞、ヒトCD8+T−細胞、ヒトCD19+T−細胞、ヒト混合されたリンパ球反応物(MLR)、THP1細胞系(ATCC No. TTB−202)、U937細胞系、p338D1マウスリンパ芽球細胞系(ATCC No. CCL−46)(イノマイシンにより刺激されているか又はされていない);及びWI−38ヒト胚肺細胞系(ATCC No. CRL−2221)(イノマイシンにより刺激されているか又はされていない)。
【0377】
約500bpのPCR由来のプローブを、鋳型として、5’RACE(例1A)(配列番号9)、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC28,575(配列番号23)及びZC27,899(配列番号24)を用いて増幅した。PCR増幅を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分及び72℃で1分(30サイクル);続いて72℃で7分(1サイクル)。PCR生成物をアガロースゲル電気泳動により可視化し、そして約500bpのPCR生成物を、本明細書に記載のようにしてゲル精製した。プローブを、PRIME IT IITM Random Primer Labeling Kit (Stratagene) を用いて、その製造業者の説明書に従って、放射性ラベルした。プローブを、NUCTRAPTM プッシュカラム(Stratagene)を用いて精製した。
【0378】
EXPRESSHYBTM (Clontech) 溶液を、プレハイブリダイゼーションのために、及びノザンブロットのためのハイブリダイゼーション溶液として使用した。プレハイブリダイゼーションは、68℃で2時間、行われた。ハイブリダイゼーションは、約1.5×106cpm/mlのラベルされたプローブにより68℃で一晩を要した。プローブを、室温で2×SSC、0.05%のSDSにより3度、続いて、2×SSC、0.1%SDSにより50℃で10分間、1度、洗浄した。
【0379】
いくつかの薄いバンドが、数日の暴露の後、見られた。約9kbの転写体が、気管、骨格筋及び胸腺に見られ;約2kbの転写体がPBL、HPV、U937及びTHP−1細胞に見られ;そして約1.2kbの転写体が胎盤、骨髄及び甲状腺、及びHPV及びU937細胞に見られた。上記列挙されるすべての組織においては、シグナルの強さは薄かった。ほとんどの正常な組織においては、ほとんど発現が出現せず、このことは、zcytor17の発現する細胞又は組織の活性化に依存することを示唆する。
【0380】
ノザン分析をまた、ヒト癌細胞系MTNTM (Clontech) を用いて行う。PCR及びプロービング条件は上記の通りである。癌系における強いシグナルは、zcytor17が、活性化された細胞において発現され、そして/又は癌性疾病状態を、示すことを示唆された細胞において発現され、そして/又は癌性疾病状態を示すことを示唆する。さらに、当業界において知られている方法を用いての、活性化されたリンパ球細胞のノザンブロット又はPCR分析はまた、zcytor17が活性化された免疫細胞において発現されるかどうかを示すことができる。
【0381】
B.PCR を用いての組織パネルにおける組織分布:
ヒト組織からのcDNAのパネルを、PCRを用いて、zcytor17発現についてスクリーンした。パネルは自家製造され、そして種々の正常及び癌性ヒト組織からの94種のマラソンcDNA及びcDNAサンプルを包含し、そして細胞系は下記表5に示される。前記cDNAは自家ライブラリーからであり、又はマラソンcDNAは自家RNA調製物、すなわちClontech RNA又はInvitrogen RNAからであった。マラソンcDNAは、マラソン−ReadyTM キット(Clontech, Palo Alto, CA)を用いて製造され、そしてクラスリンプライマーZC21,195(配列番号49)及びZC21,196(配列番号50)によりQC試験し、そして次に、クラスリンバンドの強さに基づいて希釈された。
【0382】
パネルサンプルの性質を評価するために、品質管理(QC)についての次の3種の試験を行った:(1)ライブラリーのために使用されるRNA品質を評価するために、自家cDNAを、個々のcDNAライブラリーについてのベクター配列に対して特異的であるベクターオリゴによるPCRにより、平均挿入体について試験し;(2)パネルサンプルにおけるcDNAの濃度の標準化を、5’ベクターオリゴZC14,063(配列番号25)及び3’α−チューブリン特異的オリゴプライマーZC17,574(配列番号26)又は3’G3PDH特異的オリゴプライマーZC17,600(配列番号27)を用いて、十分な長さのαチューブリン又はG3PDH cDNAを増幅するために、標準のPCR方法を用いて達成し;
【0383】
そして(3)サンプルを、可能なリボソーム又はミトコンドリアDNA汚染について調べるために配列決定に送った。パネルを、ヒトゲノムのDNA(Clontech, Palo, Alto, CA)陽性対照サンプルを含む96−ウェル形式において組みたてた。個々のウェルは約0.2〜100pg/μlのcDNAを含んだ。PCR反応を、オリゴZC26,358(配列番号28)及びZC26,359(配列番号29)、Takara Ex TaqTM (TAKARA Shuzo Co. LTD, Biomedicals Group, Japan), 及びRadiload 色素(Research Genetics, Inc., Huntsville, AL)を用いて組みたてた。
【0384】
増幅を次の通りに行った:94℃で2分(1サイクル)、94℃で30秒、66.3℃で30秒及び72℃で30秒(35サイクル)、続いて72℃で5分(1サイクル)。約10μlのPCR反応生成物を、4%アガロースゲルを用いての標準のアガロースゲル電気泳動にゆだねた。正しい推定されるDNAフラグメントサイズを、リンパ節、前立腺、甲状腺、HPV(前立腺上皮)、HPVS(選択された前立腺上皮)、肺腫瘍、子宮腫瘍反応及びゲノムDNA反応において観察した。プライマーの1つが、ゲノム又はzcytor17短形可溶性受容体(配列番号21)にアニーリングすることができ、これは、発現パターンが、この他の形のzcytor17のパターンであり得ることを示唆する。
【0385】
前立腺組織(2種のサンプル)、HPV(前立腺上皮)、HPVS(選択された前立腺上皮)及びゲノムについてのDNAフラグメントを切除し、そしてGel Extractionキット(Qiagen, Chatsworth, CA)を用いて、製造業者の説明書に従って精製した。フラグメントを、それらが実際、zcytor17であることを示すために、配列決定により確かめた。
【0386】
【表5】
【0387】
【表6】
【0388】
B.PCR及びノザンによるzcytor17の発現分析:
受容体の発現に影響を及ぼす細胞及び成長条件の注釈は、リガンド源のその機能を誘発し、そしてその源を予測する有用な手段である。このためには、本発明者は広範囲の種類の組織及び細胞型を調査した。熱安定性ポリメラーゼAdvantage IITM (Clontech, La Jolla, CA) を、オリゴヌクレオチドプライマーZC29,180(配列番号73)及びZC29,179(配列番号74)、及び下記に列挙される1〜10ngの種々のcDNA鋳型と共に、30の増幅サイクル(94℃で30秒;66℃で20秒;68℃で1.5分)の間、使用した。これに続いて、個々の反応20%を、0.8%アガロース、TAE/臭化エチジウムゲル上で行い、そしてUV光により可視化した。次に、サンプルを、バンドの強度に基づいて評点を付けた。下記表7を参照のこと。
【0389】
【表7】
【0390】
強い陽性のPCRシグナルのうち、2種は、ヒト単球細胞系U937及びTHP1からであった。
前立腺上皮系と共にそれらの2種の細胞系を、ノザンブロットによる分析のために選択した。種々の組織からのmRNAを用いてのノザン分析による転写体の可視化でのこれまでの試みは、強く且つ拡散性のシグナルを、7〜10kbの驚くべき大きなサイズ範囲で生成し、これは、このデータを解釈するのに困難にしている。変性ホルムアルデヒド/MOPS/0.8%アガロースゲルを調製し(RNA Methodologies, Farrell, RE Academic Press)、そして2μgのポリA+mRNAを、RNAラダー(Life Technologies, Bethesda, MD)と共に、個々のサンプルについて試験した。
【0391】
次に、ゲルを、Hybondナイロン(Amersham, Buckinghamshire, UK)に移し、UV架橋し、そしてオリゴZC28,575(配列番号23)及びZD27,899(配列番号24)によるPCRにより生成され、そしてMegaprime 32Pキット(Amersham)によりラベルされたヒトzcytor17に、プローブを用いて68℃で一晩、ExpressHyb溶液(Dlontech, LaJolla, CA)においてハイブリダイズした。ノザンブロットを、65℃で15分間、0.2×SSC及び0.1%SDSにより連続的に洗浄し、そして強化スクリーンにより7日間、フィルムに照射した。卓越した8kbのバンドが、前立腺上皮及びU937系の両者において見出され、そしてより薄いバンドがTHP1レーンに存在した。
【0392】
ハイブリダイゼーションとして使用されるcDNAを最適化するために、4種の異なった領域の十分な長さのヒトzcytor配列を、PCRにより増幅し、ラベルし、ゲノム及び増幅されたcDNAライブラリーDNAを含むサザンブロットに、上記のようにしてハイブリダイズした。本明細書においてプローブA−Dと命名された4種のプローブを、次のプライマー対を用いて増幅した:(A)ZC28,575(配列番号23)、ZC27,899(配列番号24);(B)ZC27,895(配列番号64)、ZC28,917(配列番号73);(C)ZC28,916(配列番号75)、ZC28,918(配列番号76);及び(D)ZC28,916(配列番号75)、ZC29,122(配列番号65)。
【0393】
PCRによりzcytor17を含むことが示されている、増幅されたcDNAライブラリーと共にゲノムDNAを、EcorI及びXhoIにより消化し、挿入体を生成し、そして重複TAE/0.8%アガロースゲル上に負荷し、0.5MのNaOH、1.5MのNaClにより変性し、Hybondにブロットし、UV架橋し、そして明確なプローブによりそれぞれハイブリダイズした。プローブBは、最少の非特異的結合及び最強のシグナルを有することが見出された。従って、プローブBを、すべての続くハイブリダイゼーションのために使用した。
【0394】
THP1細胞が循環性単球の卓越したモデルであり、そして低レベルでzcytor17を発現する場合、本発明者は、zcytor17の発現を高めるために、種々の化合物によりそれらを処理した。細胞を、2×105/mlの密度に増殖し、種々の刺激培地により洗浄し、そしてそれに再懸濁し、4〜30時間、増殖し、そしてRNA調製のために収穫した。個々の培地を、次の薬剤又はサイトカイン対の1つにより補充した:
【0395】
LPS 2μl/ml(Sigma Chemicals, St Louis, MO)、hTNFα 2ng/ml(R&D Systems, Minneapolis, MN)、hGMCSF 2ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIFNγ 50ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN), hMCSF 1ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN), hIL6 1ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIL1β 2ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIFNγ 50ng/ml+hIL4 0.4ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIFNγ 50ng/ml+hIL10 1ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、PMA 10ng/ml (Calbiochem, San Diego, CA) 及び未処理の対照。
【0396】
培養期間の最後で、全RNAを、RNAeasy Mide−キット(Qiagen, Valencia, CA)を用いて調製した。ポリA+RNAを、MPGキット(CPG、Lincoln Park,NJ)を用いて、前記全RNAから選択した。個々の状態からのポリA+RNA2μgを、ホルムアルデヒド/MOPS/アガロースゲル上に負荷し、上記のようにして、ナイロンに移し、そしてUV照射した。次に、それらのノザンブロットを、上記のようにして、プローブBに対して、68℃で一晩、ハイブリダイズし、65℃で0.2×SSC、0.1%SDSにより高い緊縮性下で洗浄し、フィルムに一晩、照射し、次に、シグナル定量化のためにリン光体スクリーンに照射した(図2を参照のこと)。
【0397】
卓越した8kbのmRNA及び比較的弱い2.8kbのバンドが、すべてのレーンに見られた。zcytor17 mRNAの20倍の上昇がhIFNγにより30時間、処理された細胞からのRNAに見られ、この効果は、IL4による同時処理によりわずかに弱められた。mRNAにおけるマイナーな3倍の上昇がLPS、TNFαGM−CSFにより処理された細胞からのRNAに見出されたが、MCSF、IL6及びIL1βはzcytor17 mRNAレベルに対して効果を有さなかった。一緒に考えると、このデータは、単球マクロファージ生物学において、及びそれらの細胞が関係するいずれかの数の疾病工程の延長により、zcytor17受容体及びそのリガンドについての役割を示唆する。
【0398】
例4.zcytor17 遺伝子の PCR に基づく染色体マッピング
zcytor17を、市販のGenebridge 4 Radiation Hybrid(RH)Mapping Panel (Research Genetics, Inc. Huntsville, AL)を用いて、染色体5にマッピングした。そのGeneBridge 4 RH Panelは、93の放射線ハイブリッドクローンの個々からのPCR可能DNA、及び2種の対照DNA(HFL ドナー及びA23受容体)を含む。公開されているWWWサーバー(http://www−genome.wi.mit.edu/cgi−bin/contig/rhmapper.pl)は、GeneBridge 4 Radiation Hybrid Panelにより構成されたヒトゲノムのWhitehead Institute/MT Center for Genome Research’s放射線ハイブリッド地図(“WICGR”放射線ハイブリッド地図)に関してのマッピングを可能にする。
【0399】
GeneBridge 4 RH Panelによるzcytor17のマッピングのために、20μlの反応体をPCRのために適合する96−ウェルマイクロタイタープレート(Stratagene, La Jolla, CA)に提供し、そして”RoboCycler Gradien 96” 熱サイクラー(Stratagene)において使用した。個々の95のPCR反応体は、2μlの10×KlenTaq PCR反応緩衝液(Clontech Laboratories, Inc. Palo Alto, CA)、1.6μlのdNTP混合物(それぞれ2.5mM、PERKIN−ELMER, Foster City, CA)、1μlのセンスプライマー、ZC27,895 (配列番号14)、11μlのアンチセンスプライマー、ZC27,899 (配列番号24)、2μlのRediLoad (Research Genetics, Inc. Huntsville, AL)、0.4μlの50×Advantage KlenTaq ポリメラーゼ混合物(Clontech Laboratories, Inc.)、25ng の個々のハイブリッドクローン又は対照からのDNA、及び20μlの合計体積のためのddH2Oから構成された。
【0400】
反応を同量の鉱油により被覆し、そして密封した。PCRサイクラー条件は次の通りであった:94℃で5分間の変性、初期の1サイクル、94℃で45秒間の変性、54℃で45秒間のアニーリング及び72℃で1.25分間の延長、35サイクル、続いて72℃で7分間の延長、最終の1サイクル。反応を、2%アガロースゲル上で電気泳動により分離し(EM Science, Gibbstown, NJ)、そして臭化エチジウムによる染色により可視可した。
その結果は、zcytor17が染色体5 WICGR放射線ハイブリッド地図上で骨格マーカーAFM183YB8から6.72cR_3000に位置することを示した。周囲遺伝子/マーカーの使用は、5q11染色体領域におけるzcytor17を位置決定する。
【0401】
例5.MPL − zcytor17 ポリペプチドキメラ、すなわち zcytor17 細胞内シグナル化ドメインに融合される、 MPL 細胞外及び TM ドメイン
ネズミMPL受容体の5’細胞外ドメインを、1164bpのフラグメントを生成する、EcoRI及びBamHIによる消化により、ネズミMPL受容体を含むプラスミド(PHZ1/MPLプラスミド)から単離した。消化物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そしてフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0402】
MPL細胞外ドメイン及びトランスメンブランドメインの残りを、プライマーZC6,673(配列番号58)及びZC29,082(配列番号59)により、PCRを用いて生成した。反応条件は次の通りであった:94℃で1分、55℃で1分、72℃で2分(15サイクル)、続いて72℃で7分;次に4℃でのソーキング。PCR生成物を1%アガロースゲル上に負荷し、そして約400bpのMPL受容体フラグメントを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0403】
ヒトzcytor17の細胞内ドメインを、zcytor17受容体cDNA(#23/pCAP)を含むプラスミドから、プライマーZC29,083(配列番号60)及びZC29,145(配列番号61)によるPCRを用いて単離した。zcytor17受容体コード配列に対応するポリヌクレオチド配列は、配列番号54に示さる。反応条件は上記の通りであった。PCR生成物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そして約320bpのzcytor17フラグメントを、Qiaquickゲル抽出キットを用いて、製造業者の説明に従って単離した。
【0404】
上記の単離されたフラグメントの個々を、1:1の体積比で混合し、そしてZC6673(配列番号58)及びZC29,145(配列番号61)を用いてのPCR反応に使用し、zcytor17キメラの5’MPL部分を創造した。反応条件は次の通りであった;94℃で1分;55℃で1分、72℃で2分(15サイクル);続いて、72℃で7分;次に4℃でのソーキング。全PCR生成物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そして700bpのMPL− zcytor17キメラフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0405】
MPL− zcytor17キメラフラグメントを、BamHI(BRL)及びXbaI (Boerhringer Mannheim) により、製造業者の説明書に従って消化した。全消化物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そして分離されたMPL− zcytor17キメラを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。その得られる分解されたMPL− zcytor17キメラ及び上記5’MPL EcoRI/BamHIフラグメントを、下記のようにして発現ベクター中に挿入し、完全なMPL− zcytor17キメラ受容体を生成した。
【0406】
受容体発現ベクターpZP−7を、EcoRI(BRL)及びXbaI(BRL)により、製造業者の説明書に従って消化し、そして上記のようにしてゲル精製した。このベクターフラグメントを、上記で単離された、EcoRI及びXbaI切断されたMPL− zcytor17キメラ及び、EcoRI/BamHI 5’MPLフラグメントと共に連結反応において組合した。この連結は、T4リガーゼ(Epicentre Technologies)を用いて、室温で1時間、行われた。
【0407】
連結のサンプルを、DH10B ElectroMAXTM エレクトロコンピテントE.コリ細胞においてエレクトロポレートした(25μF、200Ω、1.8V)。形質転換体を、LB+Ampicillinプレート上にプレートし、そして単一のコロニーを、miniprep(Qiagen)によりスクリーンし、そしてEcoRIにより消化し、MPL− zcytor17キメラを調べた。正しいコロニーのEcoRI消化は、約2KBのフラグメントを生成する。MPL−z zcytor17キメラ配列の確認を、配列分析により行った。この挿入体は、3.1bpであり、そして十分な長さであった。
【0408】
例6.Alamar Blue を用いての BAF3 アッセイにおける、 MPL − zcytor17 キメラに基づく増殖
A. BaF3 細胞発現の MPL − zcytor17 キメラの構成:
BaF3、すなわちネズミ骨髄に由来するインターロイキン−3 (IL−3) 依存性プレ−リンパ球細胞系(Palacios and Steinmetz, Cell 41: 727−734, 1985; Mathey−Prevot など.,Mol. Cell. Biol. 6:4133−4135, 1986)を、10%熱−不活性化されたウシ胎児血清、1ng/mlのネズミIL−3 (mIL−3) (R&D. Minneapolis, MN)、2mMのL−glutaMax−1TM (Gibco BRL), 1mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco BRL)及びPSN抗生物質(Gibco BRL)により補充された完全倍地(RPMI培地(JRH Bioscience Inc., Lenexa, KS))において維持した。
【0409】
エレクトロポレーションの前、pZP−5N/MPL− zcytor17プラスミドDNA(例4)を調製し、そしてQiagen Maxi Prepキット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って精製した。エレクトロポレーションのためのBaF3細胞を、RPMI培地により2度洗浄し、そして次に、RPMI培地に107個の細胞/mlの細胞密度で再懸濁した。1mlの再懸濁されたBaF3細胞を、30μgのpZP−7/MPL− zcytor17プラスミドDNAと共に混合し、そして別々の使い捨てエレクトロポレーションチャンバー(GIBCO BRL)に移した。
【0410】
室温で、細胞に、エレクトロポレーション装置(Cyto−Pulse)により供給される5x2msの連続したショック(600V)を与えた。エレクトロポレートされた細胞を、50mlの完全培地に移し、そしてインキュベーターに、15−24時間(37℃、5%CO2)配置した。次に、GeneticinTM (Gibco) 選択物(1mg/mlのG418)をT−162フラスコにおける細胞に添加し、G418−耐性プールを単離した。この後、BaF3/MPL− zcytor17細胞と呼ばれる、トランスフェクトされたBaF3細胞のプールを、下記のようにして、シグナル化能力についてアッセイした。
【0411】
B. Alamar Blue 増殖アッセイを用いての BaF3/MPL − zcytor17 細胞のシグナル化能力の試験:
BaF3/MPL− zcytor17細胞を、回転沈降し、そして上記のようであるが、しかしIL−3を含まない完全培地(この後“mIL−3フリー培地”と称する)により洗浄した。細胞を回転せしめ、そして3度洗浄し、mIL−3の除去を確かにした。次に、細胞を、血球計により計数した。細胞を、mIL−3フリー培地を用いて、ウェル当たり100μlの体積に5000個の細胞を含むような96−ウェル形式でプレートした。
【0412】
BaF3/MPL− zcytor17細胞の増殖を、mIL−3フリー培地により、200ng /ml,100ng/ml, 50ng/ml, 25ng/ml, 12.5ng/ml, 6.25ng/ml, 3.1ng/ml, 1.5ng/mlの濃度に希釈されたネズミトロンボポエチン(mTPO)を用いて評価した。100μlの希釈されたmTPOを、BaF3/MPL− zcytor17細胞に添加した。全アッセイ体積は200μlである。負の対照を、mTPOの添加を伴なわないで、mTL−3フリー培地のみを用いて同時に実験した。アッセイプレートを、37℃で、5%CO2において3日間、インキュベートし、この時点で、Alamar Blue (Accumed, Chicago, IL) を、20μl/ウェルで添加した。Alamar Blueは、細胞の代謝活性に基づいて蛍光計読み取りを与え、そして従って、負の対照に比較しての細胞増殖の直接的な測定である。
【0413】
プレートを再び、37℃で、5%CO2において、24時間インキュベートした。プレートを、SoftMaxTM Proプログラムを用いて、544 (励起) 及び590 (放射)の波長で、FmaxTM プレートリーダー(Molecular Devices Sunnyralc, CA)上で読み取った。
結果は、トロンボポエチンが50ng/ml及びそれ以上のmTOP濃度でバックグラウンドよりも約9−13倍、増殖を誘発するので、zcytor17受容体の細胞内部分のシグナル化能力を確証した。
【0414】
例7.zcytor17 − mpl ポリペプチドキメラ、すなわち Mpl 細胞内シグナル化ドメイン及び TM ドメインに融合される zcytor17 細胞外ドメインの構成
zcytor17受容体の細胞外ドメインを、zcytor17受容体を含むプラスミドから、配列番号1、45、17又は21に示されるzcytor17の細胞外ドメイン又はその一部、又は配列番号53又は56の対応する領域を増幅するよう企画されたプライマーによるPCRを用いて単離した。好ましい反応条件は次の通りであった:95℃で1分;95℃で1分、45℃で1分、72℃で2分(35サイクル);続いて、72℃で10分;次に10℃でのソーキング。PCR生成物を、1%低融点アガロース(Boerhinger Mannheim,Indianapolis,IN)上に負荷し、そしてzcytor17受容体フラグメントを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0415】
MPLの細胞内及びトランスメンブランドメインを、zcytor17細胞外ドメインの3’末端、及びMPL細胞内及びトランスメンブランドメイン及びZC17,206(配列番号33)の5’末端に及ぶプライマーによるPCRを用いて単離した。好ましい反応条件は上記の通りであった。PCR生成物を、1%低融点アガロース(Boerhinger Mannheim)上に負荷し、そして約450bpのMPLフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キットを用いて、製造業者の説明に従って単離した。
【0416】
上記の単離されたフラグメントの個々を、1:1の体積比で混合し、そしてzcytor17及びZC17,206(配列番号33)の細胞外ドメインを増幅するために使用される5’プライマーを用いてのPCR反応に使用し、zcytor17−mplキメラを創造した。好ましい反応条件は次の通りであった;95℃で1分;95℃で1分、55℃で1分、72℃で2分(35サイクル);続いて、72℃で10分;次に10℃でのソーキング。全PCR生成物を、1%低融点アガロース(Boehringer Mannheim)上に負荷し、そして約1.2kbのzcytor17−mplキメラフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0417】
zcytor17−mplキメラフラグメントを、EcoRI(BRL)及びXbaI (Boerhringer Mannheim) により、製造業者の説明書に従って消化した。全消化物を、1%低融点アガロース(Boehringer Mannheim)上に負荷し、そして分離されたzcytor17−mplキメラを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。その得られる分解されたzcytor17−mplキメラを、下記のようにして発現ベクター中に挿入した。
【0418】
受容体発現ベクターpZP−5Zを、EcoRI(BRL)及びHindIII(BRL)により、製造業者の説明書に従って消化し、そして上記のようにしてゲル精製した。このベクターフラグメントを、上記で単離された、EcoRI及びXbaI切断されたzcytor17−mplキメラ及び、XbaI/HindIIIリンカーフラグメントと共に連結反応において組合した。この連結は、T4リガーゼ(BRL)を用いて、15℃で一晩、行われた。連結のサンプルを、DH10B ElectroMAXTM エレクトロコンピテントE.コリ細胞においてエレクトロポレートした(25μF、200Ω、2.3V)。形質転換体を、LB+Ampicillinプレート上にプレートし、そしてPCRによりスクリーンされた単一のコロニーを、上記のようなPCR条件を用いて、zcytor17細胞外ドメインプライマー及び及びZC17,206(配列番号25)を用いて、zcytor17−mplキメラを調べた。zcytor17−mplキメラ配列の確認を、配列分析により行った。
【0419】
例8.十分な長さの zcytor17 を発現する発現ベクター pZp7px/ zcytor17 の構成
A.発現のための十分な長さの zcytor17 cDNA のクローニング:
十分な長さのcDNAを得るために、5’及び3’PCR生成物を単離し、そして内部PstI部位を用いて連結した。PCRプライマーを、ヌクレオチド配列(配列番号53)を用いて企画し、そしてそれは、クローニング目的のためのBamHI及びXhoI制限部位を含む。
【0420】
5’PCRを、鋳型としてWI−38 cDNAライブラリー及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC29,359(配列番号62)及びZC27,899(配列番号63)を用いて生成した。WI−38は、ヒト胚の肺細胞系(ATCC CRL−2221)から生成された自家cDNAライブラリーである。この5’PCR反応は次の通りに行われた:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。PCR反応は、cDNAライブラリーから調製された約3μgのプラスミド、20pモルの個々のオリゴヌクレオチド及び5単位のPWO DNAポリメラーゼ(Roche)を使用した。
【0421】
5’PCR生成物の約90%を、エタノール沈殿し、BamHI及びPstIにより消化し、そして1.0%アガロースゲル上でゲル精製した。約600bpのバンドを切除し、そしてBamHI及びPstIにより消化されたクローニングベクターpUC18への連結のために使用した。得られる形質転換体を配列決定し、zcytor17 cDNA配列を確かめた。それらの形質転換体の1つに関して、プラスミドDNAを調製し、そしてBamHI及びPstIにより消化した。得られる約600bpのバンドをゲル精製し、そして下記連結のために使用し、十分な長さのcDNAを形成した。
【0422】
3’PCR生成物を、鋳型としてヒト精巣自家cDNAライブラリー及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC27,895(配列番号64)及びZC29,122(配列番号65)を用いて生成した。この3’PCR反応は次の通りに行われた:94℃で45秒、65℃で45秒、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。3’PCR反応物を、1.0%アガロースゲル上でゲル精製し、そして腫瘍1500bpバンドを切除した。このバンドを、Zeroblunt TOPOキット(Invitrogen)を用いて、PCR Blunt II TOPOベクター中にクローン化した。得られる形質転換体を配列決定し、zcytor17 cDNA配列を確かめた。それらの形質転換体の1つに関して、プラスミドDNAを調製し、そしてPstI及びXhoIにより消化した。
【0423】
その得られる約1500bpのバンドをゲル精製した。3部分連結を、上記5’BamHI〜PstIフラグメント、3’PstI〜XhoIフラグメント、及びBamHI及びXhoIにより消化された発現ベクターpZp7pXにより行った。これは、pZp7p/zcytor17と称する、zcytor17のための十分な長さのcDNAを含むpZp7pXプラスミド(配列番号53)を生成した。pZp7p/zcytor17における十分な長さのzcytor17 cDNAは、配列番号53の位置1888でTをGに変えるサイレント突然変異を有する(配列番号54の残基464でGly残基をコードする)。
【0424】
この突然変異はサイレントであるので、pZp7p/zcytor17におけるzcytor17 cDNAは、配列番号54に示されるようなポリペプチドをコードする。プラスミドpZp7pXは、CMVプロモーター、イントロンA、コード配列の挿入のための複数の制限部位、及びヒト成長ホルモンターミネーターを有する発現カセットを含む哺乳類発現ベクターである。プラスミドはまた、複製のE.コリ起点、SV40プロモーター、エンハンサー及び複製の起点を有する哺乳類選択マーカー発現単位、ピューロマイシン耐性遺伝子、及びSV40ターミネーターを有する。
【0425】
例9.Alamar Blue を用いての BaF3 アッセイにおける zcytor17 に基づく増殖を評価するための細胞の構成
A. zcytor17 − MPL 受容体を発現する BaF3 細胞の構成:
zcytor17−MPL受容体を発現するBaF3細胞を、上記例7に記載されるzcytor17発現ベクター30μlを用いて、上記例6Aに従って構成した。pZP−5Z/ zcytor17受容体プラスミドを発現するBaF3細胞を、BaF3/ zcytor17−mplとして命名した。それらの細胞を、例10及び18に記載のようにして、zcytor17活性についてスクリーンするために使用した。
【0426】
B. zcytor17 受容体を発現する BaF3 細胞の構成:
十分な長さのzcytor17受容体を発現するBaF3細胞を、上記例8に記載されるzcytor17発現ベクター30μlを用いて、上記例6Aに従って構成した。pZP−5Z/ zcytor17受容体プラスミドを発現するBaF3細胞を、BaF3/ zcytor17として命名した。それらの細胞を、例10及び18に記載のようにして、zcytor17活性についてスクリーンするために使用した。
【0427】
例 10.Alamar Blue 増殖アッセイによる、 BaF3/ zcytor17 − MPL 細胞及び BaF3/ zcytor17 細胞を用いての zcytor17 活性についてのスクリーニング
BaF3/ zcytor17−mplキメラ細胞及びBaF3/ zcytor17細胞(例9)を回転沈降し、そしてそれぞれ、mIL−3フリー培地(例6)により洗浄した。細胞を回転せしめ、そして3度洗浄し、mIL−3の除去を確保した。次に、細胞を血球計により計数した。細胞を、mIL−3フリー培地を用いて、ウェル当たり100μlの体積に5000個の細胞を含むような96−ウェル形式でプレートした。
【0428】
zcytor17リガンドについての源を同定するために、種々の細胞系からの約124個のならし培地サンプルをスクリーンした。100μlの個々のならし培地サンプルを、BaF3/MPL− zcytor17キメラ細胞及びBaF3/ zcytor17細胞に添加して。すべての既知のサイトカインをまた、両細胞系に対して約100pg/ml〜250ng/mlの濃度でスクリーンした。負の対照を、mIL−3を有さない培地のを用いて、同時に試験した。250pg/mlの濃度でのマウスIL−3を、正の対照として使用した。
【0429】
アッセイプレートを、37℃、5%のCO2で3日間、インキュベートし、この時点で、Alamar Blue (Accumed, Chicago, IL) を、20μl/ウェルで添加した。Alamar Blueは、生存細胞の数に基づいて、蛍光情報を付与し、そして従って、負の対照に比較しての細胞増殖の直接的な測定である。プレートを再び、37℃、5%CO2下で、24時間インキュベートした。プレートを、544(励起)及び590(発光)の波長で、SoftMaxTM Pro プログラムを用いて、FmaxTM プレートリーダー(Molecular Devices Sunnyvale, CA)上で読み取った。
【0430】
ならし培地サンプル又は既知のリガンドに応答して、BaF3/ zcytor17−mplキメラ細胞系又はBaF3/ zcytor17細胞系のいずれかの増殖を示す結果は、リガンドのための源を同定し、そしてzcytor17受容体がホモダイマーとしてシグナル化し、又はBaF3細胞に存在する受容体と共にヘテロダイマー化するか、又はマルチマー化することを示唆する。シグナルが存在しない場合、実際の受容体−シグナル化複合体は、BaF3細胞に存在しないもう1つの受容体サブユニットと共にヘテロダイマー化するか、又はマルチマー化することができる。下記例18及び19を参照のこと。
【0431】
例 11.次の zcytor17 可溶性受容体を発現する哺乳類発現ベクターの構成: zcytor17 CEE, zcytor17 CFLG , zcytor17 CHIS 及び zcytor17 − Fc4
A. zcytor17 CEE, zcytor17 CFLG 及び zcytor17 CHIS を含む zcytor17 哺乳類発現ベクターの構成:
発現ベクター、すなわちpZp9zcytor17CEEを、zcytor17ポリペプチドの可溶性、細胞外ドメインの発現のために調製し、ここで前記構造体は、予測される開始メチオニンから成り、そして予測されるトランスメンブランドメインに隣接して切断され、そしてC−末端Glu−Glu標識(配列番号34)を有するzcytor17ポリペプチドを発現するよう企画されている。
【0432】
約1500bpのPCR生成物を、EcoRI及びBamHI制限部位を付加するためにPCRプライマーとしてZC29,451(配列番号66)及びZC29,124(配列番号67)を用いて生成した。ヒトHPVS自家cDNAライブラリーを鋳型として使用し、そしてPCR増幅を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で1.5分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。PCR反応をエタノール沈殿し、そしてEcoRI及びBamHI制限酵素により消化した。消化されたPCR生成物を1.0%アガロースゲル上でゲル精製し、そして約1500bpのバンドを切除した。次にこのバンドを、次のサイクリングにより、同一のプライマーを用いて再増幅した:94℃で1分、65℃で1分、72℃で3分、次に72℃7分;10℃でのソーキング。
【0433】
PCR反応をエタノール沈殿し、そしてEcoRI及びBamHI制限酵素により消化した。消化されたPCR生成物を1.0%アガロースゲル上でゲル精製し、そして約1500bpのバンドを切除した。この切除されたDNAを、EcoRI及びBamHIにより切断されたプラスミドCEEpZp9中にサブクローン化し、zcytor17のGLU−GLU C−末端標識された可溶性受容体、すなわちzcytor17CEEpZp9を生成した。zcytor17CEEpZp9におけるzcytor17CEE cDNA中の細胞外ドメインは、配列番号53の位置1705でのTをCに変更するサイレント突然変異(配列番号54の残基403でのPro残基をコードする)を有する。この突然変異はサイレントであるので、zcytor17CEEpZp9におけるzcytor17 cDNAは、配列番号54に示されるようなポリペプチドをコードする。
【0434】
さらに、使用される構造体のために、Gly−Ser残基対を、zcytor17の可溶性細胞外ドメインのC−末端側に及びそのC−末端Glu−Glu標識(配列番号34)の前に挿入する。zcytor17細胞外ドメインのC−末端での標識は、配列番号91に示されるような修飾されたGlu−Glu標識であった。プラスミドCEEpZp9は、マウスメタロチオネイン−1プロモーター、コード配列の挿入のための複数の制限部位及びヒト成長ホルモンターミネーターを有する発現カセットを含む哺乳類発現ベクターである。プラスミドはまた、複数のE.コリ起点、SV40プロモーター、エンハンサー及び複製の起点を有する哺乳類選択マーカー発現単位、DHFR遺伝子及びSV40ターミネーターを有する。
【0435】
標準の分子生物学技法を用いて、zcytor17CEEpZp9を、DH10Bコンピテント細胞(GIBCO BRL, Gaithersburg, MD)中に、その製造業者の説明書に従ってエレクトロポレートし、そして100μg/mlのアンピシリンを含むLBプレート上にプレートし、そして一晩インキュベートした。コロニーを、制限分析によりスクリーンし、又はDNAからのPCRを個々のコロニーから調製した。陽性クローンの挿入体配列を、配列分析により確かめた。大規模プラスミド調製を、QIAGEN(商標)Maxi prepキット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って行った。
【0436】
同じ方法を用いて、一列に並んでの6個のHis残基から成るC−末端his標識及びC−末端フラッグ(配列番号35 )標識、すなわちzcytor17 CF1.AGを有するzcytor17可溶性受容体を調製した。それらの構造体を調製するためには、前記ベクターは、glu−glu標識(配列番号34 )の変わりにHIS又はFLAG(商標)標識のいずれかを有する。
【0437】
B.可溶性ヒト zcytor17 受容体、すなわち zcytor17 − Fc4 の哺乳類発現構成:
発現ベクター、pEZE−2hzcytor17/Fc4を調製し、PF CHO細胞においてhzcytor17のC末端Fc4標識された可溶性型(ヒトzcytor17−Fc4)を発現した。PF CHO細胞は、タンパク質フリーの培地(ExCell325PF培地;JRH Biociences)において増殖のために適合された自家CHO細胞系である。前記自家CHO細胞系は、本来、CHO DG44細胞に起因した(G.Urlaub, J. Mitchell, E. Kas, L.A. Chasin, V.L., Funanage, T.T. Myoda and J.L. Hamlin, “The Effect of Gamma Rays at the Dihydrofolate Reductase Locus: Deletions and Inversions”, Somatic cell and Molec. Genet., 12: 555−566 (1986))。
【0438】
zcytor17受容体の細胞外ドメインからのポリヌクレオチド配列を含む、zcytor17 cDNAのフラグメントを、Fc4ポリヌクレオチド配列(配列番号36)に整合して融合し、zcytor17−Fc4融合体(配列番号68及び69)を生成した。pEZE−2ベクターは、Fc4ポリヌクレオチド配列、及び標準の分子生物学技法を用いてC−末端Fc4融合体の急速な構成を可能にするクローニング部位を含む哺乳類発現ベクターである。
【0439】
ヒトzcytor17の細胞外ドメイン、及びそれぞれ、5’及び3’末端上にコードされるFseI及びBglII部位と共に、Fc4の最初の2個のアミノ酸(Glu及びPro)を含む、1566塩基対のフラグメントをPCRにより生成した。このPCRフラグメントを、ヒトzcytor17の細胞外ドメインを含むプラスミド(pZp9zcytor17CEE)(例11A) からの増幅により、プライマーZC29,157(配列番号70)及びZC29,150(配列番号71)を用いて生成した。
【0440】
PCR反応条件は次の通りであった:95℃で1分、60℃で1分及び72℃で2分(25サイクル);72℃で10分(サイクル);続いて4℃でのソーキング。フラグメントを、FseI及びBglII制限エンドヌクレアーゼにより消化し、そして続いて、1%ゲル電気泳動、及びQiaQuickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてのバンド精製により精製した。得られる精製されたDNAを、FseI及びBglII部位のFc4 3’を含む、FseI及びBglIIにより前もって消化されたpEZE−2ベクター中に、室温で5時間、連結した。
【0441】
20μlの連結混合物を、37μlのDH10BエレクトロコンピテントE.コリ(Gibco)において、製造業者の説明書に従ってエレクトロポレートした。形質転換された細胞を、400μlのLB培地に希釈し、そして100μg/mlのアンピシリンを含むLBプレート上にプレートした。クローンを制限消化により分析し、そして陽性クローンをDNA配列決定のために送り、融合構造体の配列を確かめた。1μlの陽性クローンを用いて、37μlのDH10BエレクトロコンピテントE.コリを形質転換し、そしてLB/ampプレート上に画線培養した。単一のコロニーを、この画線培養されたプレートから、250mlのLB/amp培地に採取し、次に、250rpmで振盪しながら、37℃で一晩、増殖せしめた。この培養物を、QiagenプラスミドMaxiキット(Qiagen)を用いて、750μgの精製されたDNAを生成するために使用した。
【0442】
例 12.zcytor17 可溶性受容体ポリペプチドのトランフェクション及び発現
BHK 570細胞(ATCC No. CRL−10314), DG44 CHO, 又は他の哺乳類細胞を、800μlの適切な血清フリー(SF)培地(例えば、DMEM、Gibco/BRL High Glucose)(Gibco BRL, Gaithersburg, MD) において、約1.2×106個の細胞/ウェル(6−ウェルプレート)でプレートする。細胞を、血清フリー(SF)培地において、LipofectinTM (Gibco BRL) を用いて、製造業者の説明書に従って、zcytor17 CEE, zcytor17 CFLG, zcytor17 CHIS又はzcytor17−Fc4(例11)を含む発現プラスミドによりトランスフェクトする。可溶性受容体を発現する単一のクローンを単離し、スクリーンし、そして細胞培養培地において増殖せしめ、そして標準の方法を用いて精製する。
【0443】
A.可溶性ヒト zcytor17 CEE 受容体の哺乳類発現:
BHK570細胞(ATCC No: CRL−10314)を、T−75組織培養フラスコにプレートし、そしてDMEM/FBS培地(DMEM、Gibco/BRL High Glucose, (Gibco BRL, Gaithersburg, MD)、5%ウシ胎児血清、1mMのL−グルタミン(JRH Biosciences, Lenea, KS)、1mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco BRL))において、37℃で5%CO2において、約50〜70%の集密性まで増殖した。次に、細胞を、血清フリー(SF)培地配合物(DMEM、10mg/mlのトランスフェリン、5mg/mlのインスリン、2mg/mgのフェチュイン、1%のL−グルタミン及び1%のピルビン酸ナトリウム)において、LipofectamineTM (Gibcco BRL) を用いて、zcytor17CEE(例11A)を含むプラスミドによりトランスフェクトした。
【0444】
10μgのプラスミドDNA pZp9zcytor17CEE(例11A)を、15mlの管中に希釈し、SF培地により500μlの最終合計体積にした。50μlのLipofectamineを、450μlのSF培地と共に混合した。そのLipoFectamine混合物を、DNA混合物に添加し、そして室温で約30分間インキュベートした。4mlのSF培地を、DNA:Lipofectamine混合物に添加した。細胞を5mlのSF培地により1度すすぎ、吸引し、そしてDNA:Lipofectamine混合物を添加した。細胞を37℃で5時間インキュベートし、そして次に、5mlのDMEM/10%FBS培地を添加した。
【0445】
フラスコを37℃で一晩インキュベートし、この後、細胞を、1:2、1:10及び1:50で、150mmのプレートに1μMのメトトレキセート又は10μMのメトトレキセート(Sigma Chemical Co., St. Louis, MO)を含む上記からの選択培地(DMEM/PBS培地)中に分けた。トランスフェクションの約10日後、1μMのメトトレキセート耐性コロニーの1つの150mmプレートを、トリプシン処理し、細胞をプールし、そして細胞の半分を10μMのメトトレキセートに再プレートし、zcytor17CEEタンパク質の発現をさらに増殖した。この増幅された細胞のプールからのならし培地サンプルを、SDS−PAGE及びウェスターン分析を用いて、発現レベルについて試験した。
【0446】
B.可溶性ヒト zcytor17 − Fc4 受容体の哺乳類発現:
20μgのpEZE−2hzcytor17Fc4プラスミドDNA(例11B)を、pEZE−2ベクター内を1度切断し、そして発現のために必要な遺伝子を妨げない制限酵素であるFspIによる制限消化により線状化した。200μgの剪断されたサケ精子DNAを、キャリヤーDNAとして添加し、そして次に、DNAを、0.1体積の3Mの酢酸ナトリウム(pH5.2)及び2.2体積のエタノールの添加により沈殿せしめ、続いて4℃での15分間の氷インキュベーション及びマイクロ遠心分離を行った。
【0447】
得られるDNAペレットを、70%エタノールにより洗浄し、そして空気乾燥し、その後、100μlのPF CHO非−選択増殖培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)/1×HT Supplement(Gibco))に再懸濁した。5×106個のPF CHO継代43細胞を、600μlのPF CHO非−選択増殖培地におけるDNAに添加し、そして次に、0.4cmギャップGene Pulser (BioRad) エレクトロポレーションキュベットを用いて、1070μFのキャパシタンス及び380Vを用いてのGene Pulser II Electroporationにおいてエレクトロポレートした。
【0448】
エレクトロポレートされた細胞を、非選択増殖培地において48時間、回収し、その後、−HT培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)において選択した。細胞を−HT培地において5日間、選択し、その後、50nmのMTX選択のために5×105/mlで継代した。50nmのMTXで選択された細胞を、振盪フラスコに6×105/mlで接種し、ならし培地を生成した。得られる72時間のならし培地を、ヒトIgに対して生成された抗体によりウェスターンブロットをプローブすることによって分析した。細胞は、約1mg/lでhzcytor17/Fc4タンパク質を生成した。
【0449】
C.可溶性ヒト zcytor17 − Fc4 受容体の大規模哺乳類発現:
200μgのpEZE−2hzcytor17Fc4プラスミドDNA(例11B)を、pEZE−2ベクター内を1度切断し、そして発現のために必要な遺伝子を妨げない制限酵素であるFspIによる制限消化により線状化した。200μgのCHOゲノムDNA(自家調製された)を、キャリヤーDNAとして添加し、そして次に、DNAを、0.1体積の3Mの酢酸ナトリウム(pH5.2)及び2.5体積のエタノールの添加により沈殿せしめ、続いて室温でのマイクロ遠心分離を行った。5複製DNAペレットを製造し、そして形質転換した。
【0450】
得られるDNAペレットを、70%エタノールにより洗浄し、そして空気乾燥し、その後、100μlのPF CHO非−選択増殖培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)/1×HT Supplement(Gibco))に再懸濁した。10×106個のPF CHO細胞を、600μlのPF CHO非−選択増殖培地におけるDNAに添加し、そして次に、0.4cmギャップGene Pulser (BioRad) エレクトロポレーションキュベットを用いて、950μFのキャパシタンス及び380Vを用いてのGene Pulser II Electroporationにおいてエレクトロポレートした。
【0451】
エレクトロポレートされた細胞を、プールし、そして−HT培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)において選択した。細胞を−HT培地において14日間、選択し、その後、50nmのMTX選択のために4×105/mlで継代した。細胞を200nMのMTXで、及び次に1μMのMTXで増殖した。−HT, 50nM及び1μMのプールを、48時間、1×106/mlの接種し、そしてその得られるならし培地を、ヒトIgに対して生成された抗体によりウェスターンブロットをプローブすることによって分析した。
【0452】
D.可溶性ヒト zcytor17 − Fc4 受容体の過渡的哺乳類発現及び精製:
pEZE−2hzcytor17/Fc4プラスミドDNA(例11B)を、Lipofectamine (Gibco BRL) を用いて、本明細書に記載のようにして、及び製造業者の説明書に従って、BHK細胞の40maxiプレート中に導入した。細胞を一晩、回収し、すすぎ、そして血清フリー培地(自家製造されたSL7V4)を再供給した。72時間後、培地を集め、そして濾過し、そして細胞を血清フリー培地に再供給した。72時間後、培地を再び集め、そして濾過した。
【0453】
過渡的にトランスフェクトされたBHK細胞からの血清フリーならし培地(2×1.5Lのバッチ)を、20mMのトリス(pH7.5)、0.5MのNaClの溶液中、1.5mlのプロテインA−アガロースカラム上に供給した。カラムをこの緩衝液により集中的に洗浄し、そして次に、結合されたタンパク質を、1mlの0.2Mのグリシン(pH2.5)、0.5MのNaCl溶液により溶出した。溶出されたタンパク質を、0.1mlの2Mのトリス(pH8.5)中に集めた。
アリコートを、SDS−ポリアクリルアミドゲル電気泳動のために集め、そして多量のzcytor17−Fcを、PBSに対して一晩、透析した。可溶性受容体を無菌濾過し、そして−80℃でアリコートで配置した。
【0454】
例 13.E. コリにおける zcytor17 可溶性受容体の発現
A.huzcytor17/MBP−6H 融合ポリペプチドを発現する発現ベクター pCZR225 の構成:
マルトース結合タンパク質(MBP)にC−末端で融合されるzcytor17可溶性受容体をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを、相同組換えにより構成する。融合ポリペプチドは、本明細書に記載されるzcytor17可溶性受容体のいずれかに融合される約388個のN−末端アミノ酸MBP部分を含む。zcytor17 cDNAのフラグメント(配列番号1、45、17又は21)を、本明細書に記載のようなPCRを用いて単離する。
【0455】
次の2種のプライマーを、標準のPCR反応におけるzcytor17フラグメントの生成に使用する:(1)1つは、約40bpのベクターフランキング配列及び約25bpのアミノ末端に対する配列を含み、及び(2)もう1つは、前記フランキングベクター配列に対応する3’末端約40bp及びzcytor17のカルボキシル末端に応答する配列約25bpを含む。100μlのPCR反応物2μlを、分析するために、1×TBE緩衝液中、1.0%アガロースゲル上で試験し、そして予測されるおおよそのフラグメントが見られる。残るPCR反応物を、第2のPCR管において組合し、そして無水エタノール400μlにより沈殿せしめる。沈殿されたDNAを、下記のようにして、SmaI切断された受容体ベクターpTAP170中への組換えのために使用し、MBP− zcytor17融合体をコードする構造体を生成する。
【0456】
プラスミドpTAP170は、プラスミドpRS316及びpMAL−c2に由来する。プラスミドpRS316は、サッカロミセス・セレビシアエ(Saccharomyces cerevisiae)シャトルベクターである(Hieter P. and Sikorski, R., Genetics 122: 19−27, 1989)。pMAL−C2 (NEB)は、E.コリ発現プラスミドである。それは、tacプロモーター駆動MalE(MBPコードの遺伝子)、続いて、His標識、トロンビン切断部位、クローニング部位及びrrnBターミネーターを担持する。ベクターpTAP98を、酵母相同組換えを用いて構成する。100ngのEcoRI切断された、pMAL−c2を、1μgのPvuI切断されたpRS316, 1μgのリンカーと共に組合し、そして1μgのScaI/EcoRI切断されたpRS316を、PCR反応において組合す。PCR生成物を、100%エタノール沈殿により濃縮する。
【0457】
コンピテント酵母細胞(S.セレビシアエ)を、約1μgの上記zcytor17受容体PCR生成物及び100ngのSmaI消化されたpTAP98ベクターを含む混合物数10μLと共に組合し、そして標準方法を用いてエレクトロポレートし、そしてURA−Dプレート上にプレートし、そして30℃でインキュベートする。
【0458】
約48時間後、単一プレートからUra+酵母形質転換体を採取し、DNAを単離し、そしてエレクトロコンピテントE.コリ細胞(例えば、MC1061, Casadabanなど., J. Mol. Biol. 138, 179−207)を形質転換し、そして標準方法を用いて、MM/CA+AMP 100mg/lプレート(Pryor and Leiting, Protein Ezpression and Purification. 10:309−319, 1997)上にプレーtする。細胞を、100μg/mlのアンピシリンと共に、MM/CAにおいて、2時間、37℃で、振盪しながら増殖する。
【0459】
その培養物1mlを、1mMのIPTGにより誘発する。2〜4時間後、個々の培養物250μlを、酸により洗浄されたガラスビーズ250μ、及び5%βME及び色素を含むThomer緩衝液(8Mの尿酸、100mMトリス、pH7.0, 10%グリセロール、2mMのEDTA,5%SDS)250μlと共に混合する。サンプルを1分間、振盪し、そして65℃に10分間、加熱する。その20μlを、4%〜12%PAGEゲル(NOVEX)上のライン当たりに負荷する。ゲルを、1×MES緩衝液において試験する。陽性クローンを、pCZR225と命名し、そして配列決定分析にゆだねる。
【0460】
1μlの配列決定DNAを用いて、BL21株を形質転換する。細胞を、2.0kV, 25μF及び400オームで電気パルスする。エレクトロポレーションに続いて、100mg/lのアンピシリンを含むMM/CA溶液0.6ml上にプレートする。細胞を、MM/CAにおいて増殖し、そして上記のようにして、IPTGにより誘発する。陽性クローンを用いて、Huzcytor 17/MBP−6H融合タンパク質のタンパク質精製のために、標準技法により増殖する。
【0461】
B.E .コリ発酵からの huzcytor17/MBP−6H 可溶性受容体の精製:
特にことわらない限り、すべての操作は4℃で行われた。次の方法を、huzcytor17/MBP−6H可溶性受容体ポリペプチドを精製するために使用した。PCZR225構造体を含み、そしてhuzcytor17/MBP−6H可溶性受容体(例13A)を発現するE.コリ細胞を、SuperBroth II (12g/lのカゼイン、24g/lの酵母抽出物、11.4g/lのリン酸二カリウム、1.7g/lのリン酸一カリウム;Becton Dickenson, Cockeysville, MD) において増殖し、そして0.5%グリセロールにおいて凍結した。SuperBroth II及びグリセロール中、20gの凍結細胞を用いて、タンパク質を精製した。凍結細胞を融解し、そしてプロテアーゼインヒビター溶液(抽出緩衝液)において1:10に希釈し、その後、細胞を溶解し、そしてhuzcytor17/MBP−6H可溶性受容体タンパク質を開放した。
【0462】
希釈された細胞は、20mMの最終濃度のトリス(JT Baker, Philipsburg, NJ)、100mMの塩化ナトリウム(NaCl, Mallinkrodt, Paris, KY)、0.5mMの弗化フェニルメチルスルホニル(PMSF, Sigma Chemicals Co., St. Louis, MO)、2μg/mlのロイペプチン(Fluka, Switzerland)及び2μg/mlのアプロチニン(Sigma)を含んだ。−7〜−10℃の温度及び30K PSIを有するFrench Press細胞分解システム(Constant Systems Ltd., Warwick, UK)を用いて、細胞を溶解した。希釈された細胞を、French Pressの前及び後、A600読み取りにより切断について調べた。溶解された細胞を、18.000Gで45分間、遠心分離し、分解された細胞残骸を除去し、そして上清液を用いて、タンパク質を精製した。
【0463】
アミロース樹脂の25mlカラム(New England Biolabs, Beverly, MA)(下記のようにして調製された) を、Bio−Rad, 2.5cm D×10cm Hのガラスカラムに入れた。カラムを充填し、そして10カラム体積(CV)のアミロース平衡化緩衝液(20mMのトリス、100mMのNaCl、pH8.0)により平衡化した。上清液を、アミロース樹脂にバッチ負荷し、そして一晩、振動した。樹脂をカラムに入れ、そして10CVのアミロース平衡化緩衝液により洗浄した(重力による)。カラムを、10CVのアミロース平衡化緩衝液により洗浄し、次に約2CVのアミロース平衡化緩衝液+10mMのマルトース(Fluka Biochemical, Switzerland)により溶出した(重力による)。5mlの画分を、クロマトグラフィー上で集め、そして280及び320nMでの吸光度を読み取った。アミロースカラムを、1CVの蒸留水、5CVの0.1%(w/v)SDS(Sigma)、5CVの蒸留水、及び次に5CVのアミロース平衡化緩衝液により再生した。
【0464】
興味ある画分をプールし、そしてSlide−A−Lyzer(Pierce)において、4×4LのPBS(pH7.4)(Sigma)により透析し、低分子量汚染物を除去し、緩衝液を交換し、そして脱塩した。PBSの交換の後、収穫された材料は、精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを表した。精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを、SDS−PAGEクーマシー染色、及びウサギHRP接合抗体(Rockland, Gilbertsville, PA)によるウェスターンブロットにより分析した。huzcytor17/MBP−6Hポリペプチドの濃度は、BCA分析により測定される場合、1.92mg/mlであった。
精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを、ウサギへの注射のために調製し、そして抗体生成のために、R&R Research and Development (Stanwood, WA) に送った。ウサギに注射し、抗−huzcytor17/MBP−6H血清を生成した(下記例15)。
【0465】
例 14.zcytor17 可溶性受容体ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体を、精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチド(例13)により、2匹の雌New zealand 白色ウサギを免疫化することによって、調製する。ウサギは、完全フロイントアジュバント(Pierce, Rockford, IL)中、精製されたタンパク質200mgの初期腹腔内(IP)注射、続いて、不完全フロイトアジュバント中、精製されたタンパク質100μgの追加免疫IP注射を、3週ごとに与えられる。第3の追加免疫注射の投与後7〜10日で、動物は放血され、そして血清が集められる。次に、ウサギを、追加免疫し、そして3週ごとに放血する。
【0466】
zcytor17−特異的ポリクローナル抗体を、CNBr−SEPHAROSE 1g当たり約10mgの精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを用いて調製されるCNBr−SEPHAROSE 4Bタンパク質カラム(Pharmacia LKB)を用いて、ウサギ血清から親和性精製し、続いて、PBSにおける20倍の透析を一晩、行う。zcytor17−特異的抗体を、抗体標的物として適切な1μg/mlのタンパク質抗原を用いてのELISA力価調査により特徴づけるウサギ抗−zcytor17親和性精製された抗体の検出の下限(LLD)を、標準方法を用いて決定する。
【0467】
例 15.zcytor17 受容体モノクローナル体
zcytor17可溶性受容体モノクローナル抗体を、本明細書に記載される精製された組換え可溶性zcytor17タンパク質により、雄BalbCマウス(Harlan Sprague Dawley, Indianapolis, IN)を免疫化することによって、調製する。マウスは、完全フロイントアジュバント(Pierce, Rockford, IL)中、精製されたタンパク質20mgの初期腹腔内(IP)注射、続いて、不完全フロイトアジュバント中、精製されたタンパク質10μgの追加免疫IP注射を、2週ごとに与えられる。第3の追加免疫注射の投与後7〜10日で、動物は放血され、そして血清が集められ、そして抗体力化を評価する。
【0468】
脾臓細胞を、高い力価のマウスから収穫し、そして4:1の融合比の脾臓細胞:骨髄腫細胞を用いて、PEG 1500 (Boerhinger Mannheim, UK) を用いて、ネズミSP2/0骨髄腫細胞に融合する(Antibodies: A Laboratory Manual, E. Harlow and D. Lane, Cold Spring Harbor Press)。融合の後、10日間の増殖に続いて、特定の抗体−生成ハイブリドマーを、抗体標的物として、精製された組換えzcytor17可溶性受容体タンパク質(例6C)を用いて、ELISAにより、そして抗体標的物として、zcytor17配列を発現するBa F3細胞(例8)を用いて、FACSにより同定する。両方法によるその得られる陽性ハイブリドマーを、限界希釈法により3度クローン化する。
【0469】
例 16.ORIGEN アッセイを用いての zcytor17 受容体へテロダイマー化の評価
可溶性zcytor17受容体zcytor17 CFLAG (例11)、又はgp130 (Hibi, M. など., Cell63: 1149−1157, 1990) を、5倍モル過剰のスルホ−NHS−LC−ビオチン(Piece, Inc., Rockford, IL)との反応により、製造業者のプロトコールに従って、ビオチニル化する。可溶性zcytor17受容体及び他の可溶性受容体サブユニット、例えば可溶性gp130, LIF, IL−12, WSX−1, IL−7Rα(sIL−7Rα)又はIL−2受容体−γ(sIL−2Rγ)(R&D Systems, Minneapolis, MN)、又は可溶性zcytor10受容体(IL−21R;通常アメリカ特許出願94/404,641号所有)を、5倍モル過剰のRu−BPY−NHS(Igen、Inc., Gaithersburg, MD)により、製造業者のプロトコールに従って、ラベルする。
【0470】
可溶性zcytor17受容体のビオチニル化され、そしてRu−BPY−NHP−ラベルされた形は、それぞれBio− zcytor17受容体及びRu− zcytor17と命名され;他の可溶性受容体サブユニットのビオチニル化され、そしてRu−BPY−NHS−ラベルされた形も同様に命名され得る。アッセイを、zcytor17へテロダイマー受容体を結合するリガンドを発現する細胞からのならし培地を用いて、又は精製されたリガンドを用いて行うことができる。好ましいリガンドは、クラスIヘテロダイマーサイトカイン受容体、例えばgp130, LIF, IL−12, IL−2, IL−4, IL−7, IL−9, IL−15, zalpha 11 リガンド(IL−21)(通常、アメリカ特許出願09/522,217号所有)、TSLP(Levine,SDなど., 前記;Isaksen, DEなど., 前記;Ray, RJなど., 前記;Friend, SLなど.,前記)を結合することができるそれらのリガンドである。 【0471】
初期受容体結合特徴化のために、一連サイトカイン又はならし培地を、それらがzcytor17受容体ホモダイマー化を介在することができるかどうか、及びそれらが上記の可溶性サブユニットzcytor17受容体へのヘテロダイマー化を介在できるかどうかを決定するために試験する。これを行うために、50μlのならし培地又はTBS−B含有の精製されたサイトカインを、例えば400ng/mlのRu− zcytor17受容体及びBio− zcytor17、又は400ng/mlのRu− zcytor17受容体及びBio−gp130、又は400ng/mlのRu−IL2Rγ及びBio− zcytor17を含むTBS−B(20mMのトリス、150mMのNaCl、1mg/mlのBSA、pH7.2)50μlと組合す。
【0472】
室温での1時間のインキュベーションに続いて、30μgのストレプタビジン被覆された、2.8mmの磁気ビーズ(Dynal, Inc., Oslo, Norway)を添加し、そしてその反応を、室温でさらに1時間インキュベートする。次に、200μlのORIGENアッセイ緩衝液(Igen, Inc., Gaithersburg, MD)を添加し、そして受容体会合の程度を、M8 ORIGEN分析機(Igen,Inc.)を用いて測定する。
【0473】
例 17.zcytor17 受容体へテロダイマーを生成するための構造体
分泌されたヒトzcytor17へテロダイマーを発現するベクターを構成する。この構造体においては、zcytor17の細胞外サイトカイン−結合ドメインを、IgGガンマ1(IgGγ1)(配列番号37 及び38)のH鎖に融合し、そしてヘテロマ−サイトカイン受容体サブユニット(例えば、gp130, LIF, IL−12, WSX−1又はIL−2受容体成分(IL−2Rα、IL−2Rβ、IL−2Rγ)、IL−4/IL−13受容体ファミリー受容体成分(IL−4Rα、IL−BRα、IL−13Rα’)、インターロイキン受容体サブユニット(例えば、IL−15Rα、IL−7Rα、IL−9Rα)、又はzalpha 11受容体(IL−21R))の細胞外部分を、ヒトカッパL鎖(ヒトκL鎖)(配列番号39及び40)に融合する。
【0474】
A.IgG γ1及びヒトκ L 鎖融合ベクターの構成:
IgGγ1(配列番号37)のH鎖を、Zem229R哺乳発現ベクター(ATCC寄託番号69447号)中にクローン化し、その結果、5’EcoRI及び3’NheI部位を有するいずれかの所望するサイトカイン受容体細胞外ドメインをクローン化でき、N−末端細胞外ドメイン−C−末端IgGγ1融合体をもたらすことができる。この構造体に使用されるIgGγ1フラグメントを、鋳型としてClontech hFetal Liver cDNAライブラリーからIgGγ1配列を単離するために、PCRを用いることにより製造する。
【0475】
PCR生成物を、本明細書に記載される方法を用いて、精製し、そしてMluI及びEcoRI(Boerhinger−Mannheim)により消化し、エタノール沈殿し、そして本明細書に開示される標準の分子生物学技法を用いて、MluI及びEcoRIにより前もって消化されたZem229中にMluI/EcoRリンカーを含んで成る、オリゴZC11,440(配列番号41)及びZC11、441(配列番号42)と共に連結する。
【0476】
ヒトκL鎖(配列番号39)を、Zem228R哺乳類発現ベクター(ATCC寄託番号69446号)においてクローン化し、その結果、5’EcoRI部位及び3’KpnI部位を有する、いずれかのサイトカイン受容体細胞外ドメインがクローン化し、N−末端サイトカイン細胞外ドメイン−C−末端ヒトκL鎖融合体をもたらすことができる。KpnI部位はヒトκL鎖配列(配列番号39におけるヌクレオチド62の後を、KpnI酸素により分解される)内に位置するので、特定のプライマーが、サイトカイン受容体の所望する細胞外ドメインの3’末端を、このKpnI部位中にクローン化するよう企画される。前記プライマーは、その得られるPCR生成物が、KpnI部位までのヒトκL鎖(配列39)のセグメントと共に、所望するサイトカイン受容体細胞外ドメインを含むよう企画される。
【0477】
このプライマーは好ましくは、配列番号39に5’側で融合される所望するサイトカイン受容体細胞外ドメインの3’末端の少なくとも10個のヌクレオチドの部分を含んで成る。この構造体に使用されるヒトκL鎖フラグメントを、上記で使用されるのと同じClontechヒト胎児肝臓cDNAライブラリーからヒトκL鎖配列を単離するために、PCRを用いることによって製造する。PCR生成物を、本明細書に記載される方法を用いて精製し、そしてMluI及びEcoRI(Boerhinger−Mannheim)により消化し、エタノール沈殿せしめ、そして本明細書に開示される標準の分子生物学技法を用いて、MluI及びEcoRIにより前もって消化されたZem228R中に、上記MluI/EcoRIリンカーにより連結する。
【0478】
B. 融合ベクター構造体中への zcytor17 受容体又はヘテロダイマーサブユニット細胞ドメインの挿入:
上記構造ベクターを用いて、IgGγ1に融合されるzcytor17を有する構造体を製造する。この構成は、標準方法(例えば、例7)及びEcoRI及びNheI制限部位を供給するオリゴを用いて、前立腺cDNAライブラリー(Clontech)又は活性化されたcDNAライブラリーからの本明細書に記載されるzcytor17受容体の細胞外サイトカイン−結合ドメイン(配列番号2のアミノ酸15(Cys)〜230(Pro))を、PCR処理することによって行われる。その得られるPCR生成物を、本明細書に記載のようにして、EcoRI及びNheIにより消化し、ゲル精製し、そして上記の前もってEcoRI及びNheI消化され、そしてバンド−精製されたZem229R/IgGγI中に連結する。得られるベクターを、配列決定し、zcytor17/IgGガンマ1融合体(zcytor17/Ch1 IgG)が正しいことを確認する。
【0479】
κL鎖に融合されるヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニット細胞外ドメインを有する別々の構造体をまた、上記のようにして構成する。サイトカイン受容体/ヒトκL鎖の構成を、標準方法を用いて、例えばリンパ球cDNAライブラリー(Clontech)、及びEcoRI及びKpnI制限部位を供給するオリゴから、PCRにより上記のようにして行う。得れれるPCR生成物を、EcoRI及びKpnIにより消化し、そして次に、この生成物を、上記のようにして、前もってEcoRI及びKpnI消化され、そしてバンド−精製されたZem228R/ヒトκL鎖ベクター中に連結する。得られるベクターを配列決定し、サイトカイン受容体サブユニット/ヒトκL鎖融合体が正しいことを確認する。
【0480】
D.zcytor17 及びヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニット細胞外ドメインの同時−発現:
約15μgの個々の上記ベクターを、LipofectaminePlusTM 試薬(Gibco/BRL)を用いて、製造業者の説明書に従って、哺乳類細胞、例えばBHK−570細胞(ATCC No. CRL−10314)中に同時トランスフェクトする。トランスフェクトされた細胞を、1μMのメトトレキセート(MTX)(Sigma,St. Louis, MO)及び0.5mg/mlのG418(Gibco/BRL)を含むDMEM+5%FBS(Gibco/BRL)において、10日間、選択する。得られるトランスフェクタントのプールを、10μmのMTX及び0.5mg/mlのG418において再び選択する。
【0481】
得られる二重選択された細胞のプールを用いて、タンパク質を生成する。このプールの3種の画分(Nunc, Denmark)を用いて、血清フリーのならし培地10Lを生成する。このならし培地を、1mlのタンパク質−Aカラム上に通し、そして約10, 750μlの画分に溶出する。最高のタンパク質濃度を有する画分をプールし、そしてPBSに対して透析する(10kDのMWのカットオフ)。最終的に、透析された材料を、通常の方法を用いてのアミノ酸分析(AAA)のために提供する。
【0482】
例 18.zcytor17 受容体とヘテロダイマー化又は多重化する受容体サブユニットの決定
本明細書に記載される標準の方法を用いて、追加のヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニットによりトランスフェクトされたBaF3/MPL−zcytor17キメラ細胞(例6)は、TPO(例6)の存在下でルシフェラーゼレポーターへのヘテロダイマーzcytor17受容体複合体のシグナルトランスダクション応答を測定するために、バイオアッセイ細胞系として作用する。TPOリガンドの存在下でシグナル化する追加のMPL−クラスIサイトカイン受容体融合体によるBaF3/MPL− zcytor17細胞トランスフェクションは、ヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニットがzcytor17受容体シグナル化のために必要とされることを決定する。この目的のためへのMPL−受容体融合体の使用は、zcytor17受容体のための天然のリガンドの存在についての必要性を緩和する。
【0483】
MPL−クラスIサイトカイン受容体融合体を、MPL受容体の細胞外ドメイン及びトランスメンブランドメイン、及び所望するクラスIサイトカイン受容体の細胞内シグナルドメインを用いて、例5に従って製造する。BaF3/MPL− zcytor17バイオアッセイ細胞系を、例6におけるようにして、個々のMPL−クラスIサイトカイン受容体融合体により同時トランスフェクトし、BaF3/MPL− zcytor17/MPL−クラスIサイトカイン受容体細胞系を形成する。
【0484】
受容体複合体は、gp130, LIF, IL−12又はWSX−1成分、又は1又は複数のIL−2受容体成分(IL−2Rα、IL−2Rβ、IL−2Rγ)、1又は複数のIL−4/IL−13受容体ファミリー受容体成分(IL−4Rα、IL−13Rα、IL−13Rα’)、及び他のインターロイキン受容体(例えば、IL−15Rα、IL−7Rα、IL−9Rα、IL−21R(Zalpha 11受容体))を含んで成るMPL−サイトカイン受容体融合体と組合してのzcytor17受容体を包含するが、但しそれらだけには限定されない。次に、個々の独立した受容体複合体細胞系を、TPO(例6)の存在下でアッセイし、そして増殖性を、通常の方法(例えば、例6に記載されるようなAlamar Blueアッセイ)を用いて測定する。
【0485】
BaF3/MPL−zcytor17バイオアッセイ細胞系は、バックグラウンドルシフェラーゼ活性についての対照として作用し、そして従って、種々の受容体複合体組み合わせによりシグナル化を比較するための基線として使用される。さらに、ルシフェラーゼレポーターアッセイ(レポーター遺伝子の転写の活性化)によるアッセイはまた、増殖の誘発にもかかわらず、シグナル化を測定する手段として使用され得る。
【0486】
さらに、BaF3/MPL−クラスIサイトカイン受容体細胞系を構成し、ホモダイマー化に基づいてシグナル化することが知られているそれらのクラスIサイトカイン受容体についてのMPL−クラスIサイトカイン受容体ホモダイマー化効果を制御することができる。正しい受容体複合体の存在下でのTPOは、TPOの存在下で、バックグラウンドより約5倍又はそれ以上、BaF3/MPL− zcytor17/MPL−クラスIサイトカイン受容体細胞系の増殖を高めることが予測される。
【0487】
例 19.インビトロでの zcytor17 受容体の再構成
zcytor17−シグナル化複合体に包含される成分を同定するために、受容体再構成の研究を、次の通りにして行う。例えば、ルシフェラーゼレポーター哺乳類発現ベクタープラスミドにより、本明細書に記載される標準方法を用いて、トランスフェクトされたBHK570細胞(ATCC No. CRL−10314)は、zcytor17リガンドの存在下でルシフェラーゼレポーターに対する、トランスフェクトされたzcytor17受容体複合体からのシグナルトランスダクション応答を測定するために、バイオアッセイ細胞系として作用する。
【0488】
BHK細胞は、BHK細胞がzcytor17受容体を内因的に発現しない場合において使用され得る。他の細胞系は使用され得る。典型的なルシフェラーゼレポーター哺乳類発現ベクターは、次の4種の遺伝子からのSTAT転写因子結合要素を含む相補的オリゴヌクレオチドZC12,749配列番号43)及びZC12,748(配列番号44)により構成されたKZ134プラスミドである:修飾されたc−fos Sis誘発性要素(m67SIE又はhSIE)(Sadowski, H. など., Science 261: 1739−1744, 1993)、 p21 WAF1遺伝子からのp21 SIE1(Chin,Y. など., Science 272: 719−722, 1996)、β−カゼイン遺伝子の乳腺応答要素(Schmitt−Ney, M. など., Mol. Cell. Biol. 11: 3745−3755, 1991)、及びFcg RI遺伝子のSTAT誘発性要素(Seidel,H. など., Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 3041−3045, 1995)。
【0489】
それらのオリゴヌクレオチドは、Asp718−XhoI適合性末端を含み、そして同じ酵素により消化されたc−Fosプロモーター(Poulsen, L.K. など., J. Biol. Chem. 273: 6229−6232, 1998)を有し、そしてネオマイシン選択マーカーを含む受容体ホタルルシフェラーゼレポーターベクター中に、標準の方法を用いて連結された。KZ134プラスミドを用いて、BHK又はBaF3細胞を標準のトランスフェクション及び選択方法により安定してトランスフェクトし、それぞれ、BHK/KZ134又はBaF3/KZ134細胞系を製造する。
【0490】
バイオアッセイ細胞を、zcytor17受容体のみによりトランスフェクトし、zcytor17受容体及び種々の他の既知受容体サブユニットの1つにより同時にトランスフェクトする。受容体複合体は、zcytor17受容体のみ、gp130, LIF, IL−12またはWSX−1受容体サブユニット、又は1又は複数のIL−2受容体成分(IL−2Rα、IL−2Rβ、IL−2Rγ)を有するzcytor17受容体、1又は複数のIL−4/IL−13受容体ファミリー受容体成分(IL−4Rα、IL−13Rα、IL−13Rα’)を有するzcytor17受容体、及び他のインターロイキン受容体(例えば、IL−15Rα、IL−7Rα、IL−9Rα、IL−21R(Zalpha 11受容体))と、zcytor17受容体との種々の組み合わせを包含するが、但しそれらだけには限定されない。
【0491】
次に、個々の独立した受容体複合体細胞系を、サイトカイン−ならし培地又は精製されたサイトカインの存在下でアッセイし、そしてルシフェラーゼ活性を通常の方法を用いて測定する。トランスフェクトされていないバイオアッセイ細胞系は、バックグランドルシフェラーゼ活性のための対照として作用し、そして従って、種々の受容体複合体組み合わせによるシグナルを比較するための基線として使用される。正しい受容体複合体の存在下でzcytor17受容体を結合するならし培地又はサイトカインは、バックグラウンドよりも約5倍又はそれ以上のルシフェラーゼ読み取りを付与することが予測される。
【0492】
他方では、BaF3/ zcytor17−mpl及びBaF3/ zcytor17(例10)細胞系が上記のように同時−トランスフェクトされ、そして増殖が測定される類似するアッセイを行うことができる。
【0493】
例 20.十分な長さの zcytor17 を発現する BaF3 細胞の構成
BaF3、すなわちネズミ骨髄に由来するインターロイキン−3 (IL−3) 依存性プレ−リンパ球細胞系(Palacios and Steinmetz, Cell 41: 727−734, 1985; Mathey−Prevot など.,Mol. Cell. Biol. 6:4133−4135, 1986)を、10%熱−不活性化されたウシ胎児血清、2ng/mlのネズミIL−3 (mIL−3) (R&D. Minneapolis, MN)、2mMのL−glutaMax−1TM (Gibco BRL), 1mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco BRL)及びPSN抗生物質(Gibco BRL)により補充された完全倍地(RPMI培地(JRH Bioscience Inc., Lenexa, KS))において維持した。
【0494】
エレクトロポレーションのためのBaF3細胞を、PBS(pH7.2)(Gibco BRL)により2度洗浄し、そして次に、RPMI培地に107個の細胞/mlの細胞密度で再懸濁した。1mlの再懸濁されたBaF3細胞を、30μgのpZP7PX/zcytor17プラスミドDNAと共に混合し、そして別々の使い捨てエレクトロポレーションチャンバー(GIBCO BRL)に移した。次に、細胞に、エレクトロポレーション装置(CELL−PORATORTM; Gibco−BRL)により供給される2回の連続したショック(800 1Fad/300V; 1180 1Fad/300V)を与えた。
【0495】
次に、エレクトロポレートされた細胞を、20mlの完全培地に移し、そして48時間(37℃、5%CO2)、インキュベーターに配置した。次に、細胞を回転沈降し、そしてT75フラスコに2μg/mlのピューロマイシン(ClonTech)Selectionを含む完全培地20mlに再懸濁し、ピューロマイシン耐性プールを単離した。この後、BaF3/zcytor17細胞と呼ばれる、トランスフェクトされたBaF3細胞のクローン系を、下記のようにして単離した。
【0496】
BaF3/zcytor17細胞を血球計により計数し、そして2μg/mlのピューロマイシンを含む完全培地においてウェル当たり100μlの体積において、1細胞/ウェル、0.1細胞/ウェル及び0.01細胞/ウェルでプレートした。15個のクローンをT75フラスコに拡大し、そして5個のクローンを、RNA生成についてアッセイした。細胞をPBSにより1度、洗浄し、そして血球計により計数し、5×106個の細胞を回転沈降し、そして培地を除去した。
【0497】
トランスフェクトされなかったBaF3細胞をまた計数し、そしてペレット化した。ペレットのうち4個を−80℃で一晩、凍結した。RNAを、S.N.A.P.TM Total RNA Isolation キット(Invitrogen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離し、そして全RNA収率を、分光計により決定した。次に、zcytor17 RNAの量を、RT−PCRキット(Stratagene)を用いてのRT−PCRにより、製造業者の説明書に従って、zcytor17−特異的プライマーZC29,180(配列番号72)及びZC29,122(配列番号65)を用いて決定した。zcytor17 RNAの強いバンドを付与する1つのクローンを、可能性あるリガンドを試験するために、BaF3 Alamar Blue増殖アッセイ(例6)への使用のために選択した。
【0498】
例 21.マウス精巣 cDNA ライブラリーからのマウス zcytor17 のクローニング
マウス精巣cDNAライブラリーを、マウスzcytor17の十分な長さのクローンについてスクリーンした。前記ライブラリーを、24LB+Ampプレート上に、65,500cfu/プレートでプレートした。フィルターリフトを、合計約1.6×106個のコロニーに対して、Hybond N (Amersham−Pharmacia Biotech, Inc., Piscataway, NJ) を用いて調製した。フィルターを配向のために熱い針により印を付け、そして次に、0.5MのNaOH及び1.5Mのトリス−HCl(pH7.2)において6分間、変性した。次に、DNAを、UV架橋剤(Stratalinker(商標), Stratagene, La Lolla, CA)を用いて、1200ジュールでフィルターに固定した。次に、フィルターを、室温で一晩、放置乾燥した。
【0499】
次の日、フィルターを、0.25×SSC, 0.25%のSDS及び1mMのEDTAから成る前−洗浄緩衝液により65℃で前−洗浄した。細胞残骸を、Kimwipes(商標)(Kimberly−Clark)を用いて、手動的に除去し、そしてその溶液を1時間にわたって3度、変えた。フィルターを空気乾燥し、そして必要とされるまで、室温で貯蔵した。次に、フィルターを、20mlのExpressHybTM Hybridization溶液(Clontech, Palo Alto, CA)において、63℃で約3時間、プレハイブリダイズした。
【0500】
プローブB(例3C)を、オリゴヌクレオチドプライマーZC27,895(配列番号64)及びZC28,917(配列番号73)を用いて、ヒトzcytor17鋳型からのPCRにより生成し、そして市販のキット(Megaprime DNA Labeling System; Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ)を用いて、製造業者の説明書に従って、32Pにより放射性ラベルした。プローブを、StratageneTM プッシュカラム(NacTrap(商標)カラム;Stratagene, La Jolla CA)を用いて精製した。プローブを、100℃で15分間、変性し、そしてExpressHybTM に添加した。
【0501】
フィルターを、1.6×106cpm/mlのプローブを含むハイブリダイジング溶液15mlにおいて63℃で一晩ハイブリダイズした。フィルターを、2×SSC、0.1%SDS及び1mMのEDTAにより55℃で洗浄し、そして−80℃で4.5日間、X−線フィルムに照射した。13個の陽性体を、プラグとしてプレートから採取し、そして1.7mlの管における1mlのLB+ampに配置した。管を4℃で一晩、配置した。それらの13個の陽性体を、さらなる2回の精製にゆだねた。第三プレートを、フィルターリフトが取られた後、37℃で増殖し、そして単一のコロニーを採取し、そして配列決定した。それらのうち3個は、zcytor17のマウスオルト体の配列を含むことが決定された。
【0502】
さらに、PCR生成物を、鋳型としてCTLL−2 cDNA、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC38,239(配列番号88)及びZC38,245(配列番号89)を用いて生成した。CTLL−2はマウス細胞毒性Tリンパ球細胞系(ATCC No. TTB−214)である。このPCR反応を次の通りに行った:95℃で1分(1サイクル)、95℃で15秒、68℃で3分、次に68℃で10分(30サイクル);4℃でのソーキング。PCR反応は、約0.5ngのcDNA、20pモルの個々のオリゴヌクレオチド、及び1μlのAdvantage IIポリメラーゼ混合物(ClonTech)を用いた。
【0503】
PCR生成物の約6%を、上記のように、新規のPCR反応において鋳型として使用し、但し、オリゴヌクレオチドZC38,239(配列番号88)及びZC38,238(配列番号90)を使用した。このPCR反応は次の通りに行われた:94℃で45秒、65℃で45秒、72℃で1分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。PCR反応のほとんどを、1.0%アガロースゲル上に負荷し、そして約360bpでの卓越したバンドを切除し、DNAフラグメントを溶出し、そしてDNA配列決定を行った。
【0504】
マウスzcytor17ポリヌクレオチドの配列は、配列番号56に示され、そしてその対応するアミノ酸配列は配列番号57に示される。さらに、切断された可溶性形のマウスzcytor17ポリヌクレオチドは配列番号92に示され、そしてその対応するアミノ酸配列は配列番号93に示される。
【0505】
例 22.PCR を用いての組織パネルにおけるヒト zcytor17 の組織分布
ヒト組織からのcDNAのパネルを、PCRを用いて、zcytor17発現についてスクリーンした。パネルは自家製造され、そして種々の正常及び癌性ネズミ組織からの94種のマラソンcDNA及びcDNAサンプルを包含し、そして細胞系は下記表7に示される。前記cDNAは自家ライブラリーからであり、又はマラソンcDNAは自家RNA調製物、すなわちClontech RNA又はInvitrogen RNAからであった。マウスマラソンcDNAは、マラソン−ReadyTM キット(Clontech, Palo Alto, CA)を用いて製造され、そしてマウストランスフェリンプライマーZC10,651(配列番号79)及びZC10,565(配列番号80)によりQC試験し、そして次に、トランスフェリンバンドの強さに基づいて希釈された。
【0506】
パネルサンプルにおける増幅されたライブラリーサンプルの性質を評価するために、品質管理(QC)についての次の3種の試験を行った:(1)ライブラリーのために使用されるRNA品質を評価するために、自家cDNAを、個々のcDNAライブラリーについてのベクター配列に対して特異的であるベクターオリゴによるPCRにより、平均挿入体について試験し;(2)パネルサンプルにおけるcDNAの濃度の標準化を、5’ベクターオリゴZC14,063(配列番号7)及び3’α−チューブリン特異的オリゴプライマーZC17,574(配列番号26)又は3’G3PDH特異的オリゴプライマーZC17,600(配列番号27)を用いて、十分な長さのαチューブリン又はG3PDH cDNAを増幅するために、標準のPCR方法を用いて達成し;そして(3)サンプルを、可能なリボソーム又はミトコンドリアDNA汚染について調べるために配列決定に送った。
【0507】
パネルを、ヒトゲノムのDNA(Clontech, Palo, Alto, CA)陽性対照サンプルを含む96−ウェル形式において組みたてた。個々のウェルは約0.2〜100pg/μlのcDNAを含んだ。PCR反応を、オリゴZC38,065(配列番号77)及びZC38,068(配列番号78)、Takara Ex TaqTM (TAKARA Shuzo Co. LTD, Biomedicals Group, Japan), 及びRadiload 色素(Research Genetics, Inc., Huntsville, AL)を用いて組みたてた。増幅を次の通りに行った:94℃で5分(1サイクル);94℃で30秒(5サイクル);94℃で30秒、56℃で30秒及び72℃で30秒(35サイクル)、続いて72℃で5分(1サイクル)。
【0508】
約10μlのPCR反応生成物を、4%アガロースゲルを用いての標準のアガロースゲル電気泳動にゆだねた。正しい推定されるDNAフラグメントサイズを、脳、CD90+細胞、樹状突起、胚、MEWt#2、Tuvak−前立腺細胞系、唾液腺、皮膚及び精巣において観察した。
皮膚及び精巣についてのDNAフラグメントを切除し、そしてGel Extractionキット(Qiagen, Chatsworth, CA)を用いて、製造業者の説明書に従って精製した。フラグメントを、それらが実際、zcytor17であることを示すために、配列決定により確かめた。
【表8】
例 23.同時定量的 RT/PCR を用いての種々の組織における zcytor17 発現
A.定量的 RT − PCR のためのプライマー及びプローブ:
ABI PRISM7700 Sequence Detection System (PE Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA) を用いて同時定量的RT−PCRは、これまでに記載されている(Heid, C.A. など., Genome Research 6: 986−994, 1996; Gibson, U.E.M. など., Genome Research 6:995−1001; Sundaresan, S. など., Edocrinology 139: 4756−4764, 1998を参照のこと)。
【0509】
この方法は、レポーター及び消光剤蛍光色素の両者を含む遺伝子特異的プローブの使用を組み込む。プローブが損なわれていない場合、レポーター色素発光は、消光色素の密接した接近性のために無効にされる。追加の遺伝子−特異的前方向及び逆方向プライマーを用いてのPCR延長の間、プローブは、プローブからレポーター色素を開放するTaqポリメラーゼの5’ヌクレアーゼ活性により分解され、蛍光発光の上昇がもたらされる。
【0510】
zcytor17発現の同時定量化RT−PCR分析のために使用されるプライマー及びプローブを、プライマー企画ソフトウェアーPrimer ExpressTM (PE Applied Biosystems, Foster City, CA) を用いて企画した。ヒトzcytor17のためのプライマーを、ゲノムDNAの増幅を排除するためにイントロン−エキソン連結に及ぶよう企画した。前方向プライマー、ZC37,877(配列番号81)及び逆方向プライマー、ZC37,876(配列番号82)を、73bpの生成物を合成するために約300nMの濃度でPCR反応(下記)に使用した。ZG37,776(配列番号83)と称する、その対応するzcytor17 TaqMa(商標)プローブを合成し、そしてPE Applied Biosystemsによりラベルした。ZG37,776プローブを、レポーター蛍光色素(6−カルボキシ−フルオレセイン)(FAM)(PE Applied Biosystems)により5’末端で、及び消光剤蛍光色素(6−カルボキシ−テトラメチル−ローダミン)(TAMRA)(PE Applied Biosystems)により3’末端でラベルした。
【0511】
試験されるRNAサンプルの統合性及び性質を試験するための対照として、すべてのRNAサンプル(下記)を、PE Applied Biosystems (カタログ番号4304483)から指図されたプライマー及びプローブ組を用いて、rRNAについてスクリーンした。キットは、rRNA前方向プライマー(配列番号84)、rRNA逆方向プライマー(配列番号85)、及びrRNA TaqMan(商標)プローブ(配列番号86)を含む。rRNAプローブを、レポーター蛍光色素VIC(PE Applied Biosystems)によりその5’末端で、及び消光剤蛍光色素TAMRA(PE Applied Biosystems)によりその3’末端でラベルした。そのrRNA結果はまた、内因性対照としても作用し、そして試験サンプルに見られるzcytor17 mRNA発現結果の標準化を可能にする。
【0512】
血液を何人かの匿名のドナーから採血し、そしてPBMCを単離した。次に、種々の免疫細胞サブセット(CD3+, CD4+, CD8+, CD14+, CD19+, CD45RA, CD45RO及びCD56+)を、Miltenyi BiotecからのMicrobeads 及びMagnetic Cell Separation System を用いて単離した。RNAを、RNeasy MidiprepTM キット(Qiagen,Valencia, CA)を用いて、製造業者の説明書に従って、それらの休止状態におけるCD45RA,CD45RO及びCD56+集団のすべてから調製した。CD3+,CD4+及びCD8+集団を、200ng/mlのプレート結合された抗−CD3抗体及び5μg/mlの可溶性抗−CD28抗体を用いて活性化し、そして細胞を、0,4及び16時間でのRNA単離のために集めた。
【0513】
CD19+サンプルを、ヒト扁桃から単離し、そして0.5μg/mlのイノマイシン及び10ng/mgのPMAにより活性化した。次に、細胞を、0, 4及び24時間で集め、そしてRNAを単離した。ヒトCD14+単球を、0.1μg/mlのLPS又は1.0μg/mlのLPSのいずれかにより20時間、活性化した。次に休止の及び活性化細胞を集め、そしてRNAを単離した。さらに、RNAを、休止の及び活性化された(10.0μg/mlのLPS)ヒト単球細胞系HL−60、THP−1(ATTC No. TIB−202)及びU937から単離した。THP−1 RNAを、それは、ノザンブロットによりzcytor17を発現することが示されているので(例3)、対照として使用した。
【0514】
B.同時定量性 RT − PCR:
zcytor17 mRNAの相対的レベルを、1−段階RT−PCR方法(PE Applied Biosystems)を用いて、全RNAサンプルを分析することによって決定した。zcytor17を発現するTHP−1細胞からの全RNAを、標準方法により単離し、そして定量化のために使用される標準曲線を生成するために使用した。曲線は、rRNAスクリーンについて0.25〜0.00025ng/μl、及びzcytor17スクリーンについて250〜0.25ng/μlの一連の10倍希釈から成り、そして個々の標準曲線点は、三重反復して分析された。ヒト細胞からの全RNAサンプルをまた、ヒトzcytor17転写体レベル及び内因性対照としてのrRNAのレベルについて三重反復して分析した。
【0515】
25μlの合計体積においては、個々のRNAサンプルを、次のものを含む1−段階RT−PCR反応にゆだねた:緩衝液A(50mMのKCl、10mMのトリス−HCl)中、約50ngの全RNA;適切なプライマー(rRNAサンプルのための約50nMのrRNAプライマー(配列番号84及び85)及びzcytor17サンプルのための約300nMのZC37,877(配列番号81)及びZC22,276(配列番号87)プライマー);適切なプローブ(rRNAサンプルのための約50nMのrRNA TaqMan(商標)プローブ(配列番号86)及びzcytor17サンプルのための約100nMのZG37,776(配列番号83)プローブ);5.5mMのMgCl2;300μMの個々のd−CTP, d−ATP及びd−GTP, 及び600μMのd−UTP; MuLv逆転写酵素(0.25U/μl);AmpliTaqTM Gold DNAポリメラーゼ(0.025Uμl)(PE Applied Biosystems);及びRNアーゼインヒビター(0.4U/μl)(PE Applied Biosystems)。PCR熱サイクリング条件は次の通りであった:48℃で30分間の1つのサイクルの初期逆転写(RT)段階;続いて、95℃で10分間のAmpliTaq GoldTM (PE Applied Biosystems) 活性化段階;続いて、95℃で15秒間及び60℃で1分間の40サイクルの増幅。
【0516】
相対的zcytor17 RNAレベルを、製造業者PE Biosystems (User Belletin #2: ABI Prism 7700 Sequence Detection System, Relative Quantitation of Gene Expression, December 11, 1997) により記載されるような標準曲線方法を用いて決定した。rRNA測定値を用いて、zcytor17レベルを標準化した。前述のことを試験する3種の実験を行った。下記表9及び10に示されるデータは、rRNAに対するzcytor17 mRNAの比である。
【0517】
【表9】
【0518】
【表10】
【0519】
末梢血液からの休止CD19+B細胞にzcytor17メッセージのいくらの発現が存在するが、ヒト扁桃から単離された、休止の及び活性化されたCD19+B細胞は最少の発現のみを示した。休止記憶T細胞(CD45RO)、生来のT細胞(CD45RA)及びNK細胞(CD56+)はすべて、zcytor17メッセージについて陰性であることが試験された。しかしながら、CD3+T細胞においては、zcytor17メッセージは、抗−CD3及び抗−CD28抗体による4時間の活性化に続いて、約0.72の比率への劇的なアップレギュレーションを受けた。次に、その比率は、活性化後、16時間までに0.51に低下した。活性化の前、zcytor17 mRNAは、休止CD3+T細胞においては検出されなかった。
【0520】
前記結果は、zcytor17が休止CD4+又はCD8+T細胞サブセットにおいて適切なレベルで存在しなかったことを示した。抗−CD3及び抗−CD28抗体による4時間の活性化に続いて、CD+及びCD8+T細胞サブセットの両者において生成されるzcytor17メッセージの実質的なアップレギュレーションが存在するように思える。活性化の16時間後までに、zcytor17 mRNAは、CD4+T細胞において0.41に、及びCD8+T細胞において0.13に低下した。
【0521】
休止及び活性化された単球細胞系THP−1及びU937の両者において、zcytor17メッセージの非常に高い発現が存在した。HL−60、すなわち前−分化された単球細胞系は、活性化に基づくzcytor17 mRNA発現の低下を示した。それらの結果は、ノザンブロットにより行われる発現結果(例2)を支持する。休止の、及び0.1μg/ml及び1.0μg/mlのLPSにより活性化された−次CD14+単球においては、zcytor17メッセージの非常に低い発現が存在した。
前述から、本発明の特定の態様が例示の目的のために本明細書において記載されて来たが、種々の修飾が本発明の範囲内で行われ得ることが理解されるであろう。
【図面の簡単な説明】
【図1】図1は、zcytor17ポリヌクレオチド配列の配列番号46,18,54,2及び22の複数の一列整列である。
【図2】図2は、ヒトzcytor17(ZCYTOR)(配列番号54)及びマウスzcytor17(M17R−O)(配列番号57)の一列整列である。それらの2種の配列間では、同一の残基(:)、保存された残基(.)及びギャップ(..)が示される。
発明の背景:
ホルモン及びポリペプチド増殖因子は、多細胞生物の細胞の増殖及び分化を制御する。それらの拡散性分子は、細胞のお互いの連絡を可能し、そして細胞、及び器官の形成、そして損傷された組織の修復に関して作用する。ホルモン及び成長因子の例は、ステロイドホルモン(例えば、テストステロン)、副甲状腺ホルモン、卵胞刺激ホルモン、インターロイキン、血小板由来の成長因子(PDGF)、上皮成長因子(EGF)、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF)、エリトロポエチン(EPO)及びカルシトニンを包含する。
【0002】
ホルモン及び成長因子は、受容体に結合することによって細胞代謝に影響を及ぼす。受容体は、細胞内のシグナル化経路、例えば第2メッセンジャーシステムに結合される内在性膜タンパク質であり得る。他の種類の受容体は、可溶性分子、例えば転写因子である。サイトカイン、すなわち細胞の増殖及び/又は分化を促進する分子のための受容体が、特に興味の対象である。サイトカインの例は、赤血球細胞の成長を刺激するエリトロポエチン(EPO);巨核球系の細胞の成長を刺激するトロンボポエチン(TPO);及び好中球の成長を刺激する顆粒球−刺激因子(G−CSF)を包含する。それらのサイトカインは、貧血、血小板減少症及び好中球減少症を有する患者における正常な血液細胞レベルの回復、又は癌のための化学療法の受容において有用である。
【0003】
それらのサイトカインファミリーの例示されたインビボ活性は、他のサイトカイン、サイトカインアゴニスト及びサイトカインアンタゴニストの莫大な臨床学的可能性及びそれらの必要性を示す。本発明は、新規造血サイトカイン受容体、及び関連する組成物及び方法を提供することにより、それらの必要性と取り組む。
本発明は、当業者に明らかであるそれらの及び他の使用のために、そのようなポリペプチドを提供する。本発明のそれらの及び他の観点は、本発明の次の詳細な記載の基づいて明らかに成るであろう。
【0004】
発明の記載:
1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸残基の配列を含んで成るポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【0005】
1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸残基の配列を含んで成る。
【0006】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、(a)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号851の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(b)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号1727の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(c)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号1799の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(d)ヌクレオチド番号1800〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(e)ヌクレオチド番号1791〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;(f)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(g)ヌクレオチド番号219〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;(h)ヌクレオチド番号171〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;(i)ヌクレオチド番号162〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;及び(j)(a)〜(i)に対して相補的なポリヌクレオチド配列から成る群から選択された配列を含んで成る。
【0007】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインをさらに含んで成るポリペプチドをコードする。
【0008】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインをさらに含んで成るポリペプチドをコードする。
【0009】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリヌクレオチドは、細胞増殖、レポーター遺伝子の転写の活性化により測定されるような活性を有するポリペプチドをコードし、又は前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドはさらに、抗体に結合し、ここで前記抗体が、(a)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;(b)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;(d)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(e)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(f)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(g)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(h)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;及び(i)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチドから成る群からのアミノ酸の配列を含んで成るポリペプチドに対して生ぜしめられ、そして前記単離されたポリペプチドへの前記抗体の結合が、生物学的又は生化学的アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ−沈殿、ウェスターンブロット又は酵素連結されたイムノソルベントアッセイにより測定される。
【0010】
第2の観点においては、本発明は、次の作用可能に連結された要素:転写プロモーター;アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列、又はアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一であるポリペプチドをコードするDNAセグメント;及び転写ターミネーターを含んで成り、ここで前記プロモーターが前記DNAセグメントに作用可能に連結され、そして前記DNAセグメントが前記転写ターミネーターに作用可能に連結されることを特徴とする発現ベクターを提供する。1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、前記DNAセグメントに作用可能に連結される分泌シグナル配列をさらに含んで成る。
【0011】
第3の観点においては、本発明は、前記DNAセグメントによりコードされるポリペプチドを発現する、上記に開示されるような発現ベクターを含んで成る培養された細胞を提供する。もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、アミノ酸番号20(Ala)〜227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;又はアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列を含んで成るポリペプチド;及び転写ターミネーターをコードし、ここで前記プロモーター、DNAセグメント及びターミネーターが作用可能に連結されることを特徴とするDNAセグメントを含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、前記DNAセグメントに作用可能に連結される分泌シグナル配列をさらに含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインをさらに含んで成る。
【0012】
もう1つの態様においては、上記に開示される発現ベクターは、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)、又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインをさらに含んで成る。
もう1つの観点においては、本発明は、前記DNAセグメントによりコードされる可溶性受容体ポリペプチドを発現する、上記に開示されるような発現ベクターを導入されている培養された細胞を提供する。
【0013】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号19(Ala)の配列番号2のアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号32(Ala)の配列番号54のアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2のアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2のアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2のアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号520(Ile)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2のアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2のアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46のアミノ酸配列;(i)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2のアミノ酸配列;及び(j)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46のアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸残基の配列を含んで成るポリペプチドをコードする第1DNAセグメント;及び追加のポリペプチドをコードする少なくとも1つの他のDNAセグメントを含んで成り、ここで前記第1及び他のDNAセグメントが読み取り柄を整合して連結され;そして前記第1及び他のDNAセグメントが前記融合タンパク質をコードすることを特徴とする、融合タンパク質をコードするDNA構造体を提供する。
【0014】
もう1つの観点においては、本発明は、次の作用可能に連結された要素:転写プロモーター;上記に開示されるような融合タンパク質をコードするDNA構造体;及び転写ターミネーターを含んで成り、ここで前記プロモーターが前記DNA構造体に作用可能に連結され、そして前記DNA構造体が前記転写ターミネーターに作用可能に連結されることを特徴とする発現ベクターを提供する。
【0015】
もう1つの観点においては、本発明は、前記DNA構造体によりコードされるポリペプチドを発現する、上記に開示されるような発現ベクターを含んで成る培養された細胞を提供する。
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるような細胞を培養し;そして前記細胞により生成されるポリペプチドを単離することを含んで成る、融合タンパク質の生成方法を提供する。
【0016】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸配列の対して少なくとも90%同一であるアミノ酸残基の配列を含んで成る単離されたポリペプチドを提供する。
【0017】
1つの観点においては、上記に開示される単離されたポリペプチドは、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列から成る群から選択されたアミノ酸残基の配列を含んで成る。
【0018】
もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリペプチドはさらに、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインを含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリペプチドはさらに、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインを含んで成る。もう1つの態様においては、上記に開示される単離されたポリペプチドは、細胞増殖、レポーター遺伝子の転写の活性化により測定されるような活性を有し、又は前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドがさらに、抗体に結合し、ここで前記抗体が、(a)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;(b)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;(d)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(e)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(f)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(g)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(h)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;及び(i)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチドから成る群からのアミノ酸の配列を含んで成るポリペプチドに対して生ぜしめられ、そして前記単離されたポリペプチドへの前記抗体の結合が、生物学的又は生化学的アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ−沈殿、ウェスターンブロット又は酵素連結されたイムノソルベントアッセイにより測定される。
【0019】
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるような細胞を培養し;そして 前記細胞により生成されるポリペプチドを単離することを含んで成る、ポリペプチドの生成方法を提供する。
【0020】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列; (c)配列番号18に示されるようなアミノ酸配列; (d)配列番号22に示されるようなアミノ酸配列;及び(e)(a)(b)に対して少なくとも90%同一である配列のから成る群から選択されたアミノ酸セグメントを含んで成り、ここで前記ポリペプチドが、造血受容体により通常会合されるトランスメンブラン及び細胞内ドメインを実質的に有さないことを特徴とする単離されたポリペプチドを提供する。もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示される細胞を培養し;そして前記細胞により生成されるzcytor17ポリペプチドを単離することを含んで成る、zcytor17ポリペプチドの生成方法を提供する。
【0021】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2におけるアミノ酸の連続配列を含んで成る、9〜713個のアミノ酸から成るポリペプチド;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46におけるアミノ酸の連続配列を含んで成る、9〜630個のアミノ酸から成るポリペプチド;(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;(d)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;(e)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;(f)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(g)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(h)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;(i)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(j)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド; (k)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;(l)配列番号2のアミノ酸残基43〜48を含んで成るポリペプチド;(m)配列番号2のアミノ酸残基157〜162を含んで成るポリペプチド;(n)配列番号2のアミノ酸残基158〜163を含んで成るポリペプチド;(o)配列番号2のアミノ酸残基221〜226を含んで成るポリペプチド;及び(p)配列番号2のアミノ酸残基426〜431を含んで成るポリペプチドの群からのポリペプチドにより動物を接種し、ここで前記ポリペプチドが、抗体を生成するために動物において免疫応答を誘発し;そして前記動物から抗体を単離することを含んで成る、ポリペプチドに対する抗体の生成方法を提供する。
【0022】
もう1つの観点においては、本発明は、zcytor17ポリペプチドに対して特異的に結合する、上記に開示されるような方法により生成される抗体を提供する。1つの態様においては、上記に開示されるような抗体は、モノクローナル抗体である。
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるようなポリペプチドに対して特異的に結合する抗体を提供する。1つの態様においては、上記に開示されるような抗体は、上記に開示されるようなポリペプチドに対して特異的に結合する。
【0023】
もう1つの観点においては、本発明は、上記に開示されるような発現ベクターを導入されている細胞を培養し、ここで前記細胞が試験サンプルの存在及び不在下でDNAセグメントによりコードされるzcytor17タンパク質を発現し;生物学的又は生化学的アッセイにより、試験サンプルの存在及び不在下でのzcytor17の活性のレベルを比較し;そして試験サンプルにおけるzcytor17活性のモジュレーターの存在を、前記比較から決定することを含んで成る、zcytor17タンパク質活性のモジュレータ−の存在を、試験サンプルにおいて検出する方法を提供する。
【0024】
もう1つの観点においては、本発明は、(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;(c)配列番号18に示されるようなアミノ酸配列;及び(d)配列番号22に示されるようなアミノ酸配列の群からのアミノ酸配列を含んで成るポリペプチドと試験サンプルとを接触せしめ;そして前記サンプルにおけるリガンドへの前記ポリペプチドの結合を検出することを含んで成る、試験サンプル内のzcytor17受容体リガンドの検出方法を提供する。
【0025】
1つの態様においては、前記ポリペプチドが、培養された細胞内に膜結合され、そして前記検出段階が培養された細胞における生物学的応答を測定することを含んで成る方法が提供される。もう1つの態様においては、前記生物学的応答が、細胞増殖又はレポーター遺伝子の転写の活性化である、上記に開示されるような方法が提供される。
本発明を詳細に記載する前、次の用語を定義することで本発明の理解を助けることができる:
【0026】
“親和性標識”とは、第2ポリペプチドの精製又は検出を提供し、又は基質への第2ポリペプチドの結合のための部位を供給するために、第2ポリペプチドに結合され得るポリペプチドセグメントを示すために本明細書において使用される。主に、抗体又は、他の特異的結合剤が利用できるいずれかのペプチド又はタンパク質が親和性標識として使用され得る。親和性標識は、ポリ−ヒスチジン系、すなわちプロテインA (Nilsson など., EMBO J. 4: 1075, 1985; Nilsson など., Methods Enzymol. 198: 3, 1991), グルタチオンS トランスフェラーゼ(Smits and Johnson, Gene 67; 31, 1988), Glu−Glu親和性標識 (Grussenmeyerなど., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 7952−4, 1985), 物質P、すなわちFlagTM ペプチド(Hoppなど., Biotechnology 6: 1204−1210, 1988)、ストレプタビジン結合ペプチド、又は他の抗原性エピトープ又は結合ドメインを包含する。一般的に、Ford など., Protein Expression and Purification 2:95−107, 1991を参照のこと。親和性標識をコードするDNAは、商品供給者(例えばPharmacia Biotech, Piscataway, NJ; Eastman Kodak, New Heven, CT; New England Biolabs, Beverly, MA)から入手できる。
【0027】
用語“対立遺伝子変異体”とは、同じ染色体遺伝子座を占める遺伝子の複数の遺伝子の二者択一形のいずれかを示すために、本明細書において使用される。対立遺伝子変異は、突然変異を通して天然では生じ、そして集団内の表現型多型現象をもたらすことができる。遺伝子突然変異は、サイレントであり(コードされたポリペプチドにおいて変化がない)、又は変更されたアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードすることができる。用語、対立遺伝子変異体はまた、遺伝子の対立遺伝子変異体によりコードされるタンパク質を示すために本明細書において使用される。
【0028】
用語“アミノ−末端”及び“カルボキシル−末端”とは、ポリペプチド内の位置を示すために本明細書において使用される。その情況が可能である場合、それらの用語は、接近性又は相対的位置を示すためにポリペプチドの特定の配列又は一部に関して使用される。例えば、ポリペプチド内の対象配列のカルボキシル末端側に位置する一定の配列は、その対象配列のカルボキシル末端に隣接して位置するが、しかし完全なポリペプチドのカルボキシル末端では必ずしも必要ではない。
【0029】
用語“相補体/抗−相補体対”とは、適切な条件下で、非共有的に会合される安定した対を形成する非同一性成分を示す。例えば、ビオチン及びアビジン(又はストレプタビジン)は、相補体/抗−相補体対の基本型メンバーである。他の典型的な相補体/抗−相補体対は、受容体/リガンド対、抗体/抗原(又はハプテン又はエピトープ)対、センス/アンチセンス ポリヌクレオチド対、及び同様のものを包含する。相補体/抗−相補体対の続く解離が所望される場合、その相補体/抗−相補体対は好ましくは、<109M−1の結合親和性を有する。
【0030】
用語“ポリヌクレオチド分子の相補体”とは、相補的塩基配列、及び対照配列に比較して逆の配向を有するポリペプチド分子である。例えば、配列5’ ATGCACGGG 3’ は、5’ CCCGTGCAT 3’に対して相補的である。
用語“contig ”とは、他のポリヌクレオチドに対する一連の連続した同一の又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドを示す。連続した配列とは、ポリヌクレオチドの全体において、又はその一部に沿って、一定の長さのポリヌクレオチド配列を“オーバーラップ”すると言われる。例えば、ポリヌクレオチド配列5’−ATGGCTTAGCTT−3’ に対する代表的なcontig とは、5’−TAGCTTgagtct−3’及び3’−gtcgacTACCGA−5’である。
【0031】
用語“縮重ヌクレオチド配列”とは、1又は複数の縮重コドンを含むヌクレオチドの配列(ポリペプチドをコードする対照ポリヌクレオチドに比較して)を示す。縮重コドンは、ヌクレオチドの異なったトリプレットを含むが、しかし同じアミノ酸残基をコードする(すなわち、GAU及びGACトリプレットはそれぞれAspをコードする)。
【0032】
用語“発現ベクター”とは、その転写を提供する追加のセグメントに作用可能に連結される興味あるポリペプチドをコードするセグメントを含んで成る線状又は環状DNA分子を示すために使用される。そのような追加のセグメントは、プロモーター及びターミネーター配列及び複製の1又は複数の起点、1又は複数の選択マーカー、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、及び同様のものを包含する。発現ベクターは一般的に、プラスミド又はウィルスDNAから誘導され、又は両者の要素を含むことができる。
【0033】
用語“単離された”とは、ポリヌクレオチドに適用される場合、ポリヌクレオチドがその天然の遺伝的環境から除去され、そして従って、他の無関係な又は所望しないコード配列を有さず、そして遺伝子的に構築されたタンパク質生成システム内での使用のために適切な形で存在することを示す。そのような単離された分子は、それらの天然の環境から分離され、そしてcDNA及びゲノム クローンを含む分子である。本発明の単離されたDNA分子は、通常関係しない他の遺伝子を含まないが、しかし天然において存在する5’及び3’ 未翻訳領域、例えばプロモーター及びターミネーターを含むことができる。関連する領域の同定は、当業者に明らかであろう(例えば、Dynan and Tijan, Nature 316: 774―78, 1985を参照のこと)。
【0034】
“単離された”ポリペプチド又はタンパク質は、その生来の環境以外の条件、例えば血液及び動物組織とは別の条件下で見出されるポリペプチド又はタンパク質である。好ましい形においては、単離されたポリペプチドは、他のポリペプチド、特に動物起源の他のポリペプチドを実質的に含まない。高く精製された形、すなわち95%以上の純度、より好ましくは99%以上の純度でポリペプチドを供給することが好ましい。この情況下で使用される場合、用語“単離された”とは、他の物理的形、例えばダイマー形又は他のグリコシル化された又は誘導体化された形での同じポリペプチドの存在を排除しない。
【0035】
“作用可能に連結された”とは、DNAセグメントに適用される場合、前記セグメントが、それらの意図された目的のために協力して機能し、例えば転写がプロモーターにおいて開始し、そしてコードセグメントを通してターミネーターに進行するよう配列されることを示す。
用語“オルト体(orthology)”とは、異なった種からのポリペプチド又はタンパク質の機能的相対物である、1つの種から得られるポリペプチド又はタンパク質を示す。オルト体間の配列の差異は、特定化の結果である。
“パラ体(paralogs)”とは、生物によって製造される、異なっているが,しかし構造的に関連するタンパク質である。パラ体は、遺伝子重複を通して生じると思われる。例えば、α−グロビン、β−グロビン及びミオグロビンは、お互いパラ体である。
【0036】
“ポリヌクレオチド”は、5’末端から3’末端に読み取られるデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド塩基の一本鎖又は二本鎖ポリマーである。ポリヌクレオチドは、RNA及びDNAを包含し、そして天然源から単離され、インビトロで合成され、又は天然及び合成分子の組み合わせから調製され得る。ポリヌクレオチドのサイズは、塩基対(略語“bp”)、ヌクレオチド(“nt”)、又はキロ塩基(“kb”)として表される。ここで、後者の2つの用語は、一本鎖又は二本鎖であるポリヌクレオチドを記載する。この用語が二本鎖分子に適用される場合、それは全体の長さを示すために使用され、そして用語、“塩基対”に等しいことが理解されるであろう。二本鎖ポリヌクレオチドの二本の鎖は長さにおいてわずかに異なり、そしてその末端が酵素分解の結果として異なることは、当業者により理解されており;従って、二本鎖ポリヌクレオチド分子内のすべてのヌクレオチドは一対に成り得ない。
【0037】
“ポリペプチド”は、天然において生成されても又は合成的に生成されてもいずれにせよ、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基のポリマーである。約 10個以下のアミノ酸残基のポリペプチドが、通常“ポリペプチド”として言及される。
【0038】
“プローブ及び/又はプライマー”とは、本明細書において使用される場合、RNA又はDNAであり得る。DNAはcDNA又はゲノムDNAのいずれかであり得る。ポリヌクレオチドプローブ及びプレイマーは、一本鎖又は二本鎖DNA又はRNA、一般的に合成オリゴヌクレオチドであるが、しかしクローン化されたcDNA又はゲノム配列又はその補体から生成され得る。分析用プローブは一般的に、少なくとも20個の長さのヌクレオチドであるが、但し幾分短いプローブ(14〜17個のヌクレオチド)が使用され得る。
【0039】
PCRプライマーは、少なくとも5個の長さのヌクレオチド、好ましくは15又はそれ以上のnt、よりも好ましくは20〜30のntである。短いポリヌクレオチドは、遺伝子の小さな領域が分析のために標的化される場合に使用され得る。遺伝子の全体的な分析のためには、ポリヌクレオチドは、全エキソン又はそれ以上を含んで成る。プローブは、検出できるシグナルを供給するために、当業界において良く知られている技法を用いて多くの源、例えばMolecular Probe, Inc., Eugene, OR及びAmersham Corp., Arlington Heights, ILから市販されている、酵素、放射性核種、蛍光団、化学ルミネセンス、常磁性粒子及び同様のものによりラベルされ得る。
【0040】
用語“プロモーター”とは、RNA ポリメラーゼの結合及び転写の開始を提供するDNA配列を含む遺伝子の部分を示すために本明細書において使用される。プロモーター配列は通常、遺伝子の5’ 非コード領域に見出されるが、しかし必ずしもそうではない。
用語“タンパク質”は、1又は複数のポリペプチド鎖を含んで成る高分子である。タンパク質はまた、非ペプチド成分、例えば炭水化物基を含むことができる。炭水化物及び他の非ペプチド置換基は、タンパク質が生成される細胞により付加され、そして細胞型により変化するであろう。タンパク質は、それらのアミノ酸主鎖により本明細書において定義され;置換基、例えば炭水化物基は一般的に、特定されないが、しかしそれにもかかわらず、存在することができる。
【0041】
用語“受容体”は、生物活性分子(すなわち“リガンド”)に結合し、そして細胞上のリガンドの効果を仲介する細胞関連タンパク質、又はそのようなタンパク質のポリペプチドサブユニットを示す。受容体へのリガンドの結合は、細胞におけるエフェクタードメインと他の分子との間の相互作用を引き起こす受容体におけるコンホメーション変化(及び多くの場合、受容体多重化、すなわち同一油又は異なった受容体サブウニットの会合)をもたらす。この相互作用は、細胞の代謝の変更を誘導する。受容体−リガンド相互作用に連結される代謝現象は、遺伝子転写、リン酸化、脱リン酸化、細胞増殖、cAMP生成の上昇、細胞カルシュウムの代謝、膜脂質の代謝、細胞付着、イノシトール脂質の加水分解、及びリン脂質の加水分解を包含する。
【0042】
細胞−表面サイトカイン受容体は、下記により詳細に記載されるように、多−ドメイン構造により特徴づけられる。それらの受容体は、正に荷電された残基(Lys又はArg)を通常、端に有する、疎水性アミノ酸残基(典型的には、約21−25個の残基)の配列により特徴づけられるトランスメンブランドメインに固定され得る。一般的に、受容体は、膜結合され、シトソール性又は核性であり;モノマー(例えば甲状腺刺激ホルモン受容体、β−アドレナリン性受容体)、又はマルチマー(例えばPDGF受容体、成長ホルモン受容体、IL−3受容体、GM―CSF受容体、G−CSF受容体、エリトロポイエチン受容体及びIL―6受容体)であり得る。用語“受容体ポリペプチド”とは、受容体ポリペプチド鎖及びその一部、例えば単離された機能的ドメイン(例えば、リガンド−結合ドメイン)を表すために使用される。
【0043】
用語“分泌シグナル配列”とは、それが合成される細胞の分泌路を通してより大きなポリペプチドを、より大きなポリペプチドの成分として方向ずけるポリペプチド(“分泌ペプチド”)をコードするDNA配列を示す。前記のより大きなポリペプチドは、分泌路を通しての移動の間、分泌ペプチドを除去するために通常分解される。
【0044】
“可溶性受容体”とは、細胞膜に結合されない受容体ポリペプチドである。可溶性受容体は、最も通常には、トランスメンブラン及び細胞質ドメインを欠いているリガンド−結合受容体ポリペプチドである。可溶性受容体は、追加のアミノ酸残基、例えばポリペプチドの精製を提供し、又は基質へのポリペプチドの結合のための部位、又は免疫グロブリン不変領域配列を提供する親和性標識を含んで成る。多くの細胞−表面受容体は、タンパク質加水分解により、又は交互にスプライシングされたmRNAから翻訳される天然に存在する可溶性相対物を有する。受容体ポリペプチドは、それがそれぞれ、膜固定化又はシグナルトランスダクションを提供するために、それらのセグメントの十分な部分を欠いている場合、トランスメンブラン及び細胞内ポリペプチドセグメントを実質的に有さないと言われる。
【0045】
用語“スプライス変異体”とは、遺伝子から転写されるRNAの二者択一の形を示すために、本明細書において使用される。スプライス変異は、転写されたRNA分子内の、又は通常低いが、別々に転写されたRNA分子間の二者択一のスプライシング部位の使用を通して天然において生じ、そして同じ遺伝子から転写されるいくつかのmRNAをもたらすことができる。スプライス変異体は、変更されたアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードすることができる。用語スプライス変異体はまた、遺伝子から転写されるmRNAのスプライス変異体によりコードされるタンパク質を示すために本明細書において使用される。
【0046】
不正確な分析方法(例えば、ゲル電気泳動)により決定されるポリマーの分子量及び長さは、おおよその値であることが理解されるであろう。そのような値が“約”X又は“おおよそ”Xとして表される場合、その言及されたXの値は、正確には±10%であることが理解されるであろう。
本明細書に引用されるすべての文献はそれらのすべてを引用により組み込まれる。
【0047】
本発明は、クラスIサイトカイン受容体の構造を有するタンパク質をコードする新規DNA配列の発見に一部、基づかれている。推定されるアミノ酸配列は、コードされた受容体が、gp130、LIF、IL−2、オンコスタチンM受容体(OSM−R)、WSX−1受容体(Sprecher CAなど., Biochem. Biophys. Res. Comm. 246: 81−90 (1998) ),DCRS2 (WIPO Publication No. WO00/73451号)、IL−2受容体β−サブユニット及びβ−共通受容体(すなわち、IL−3、IL−5及びGM−CSF受容体β−サブユニット)を包含する受容体サブファミリーに属することを示した。そのポリペプチドがマウスzcytor17として命名された。zcytor17ポリヌクレオチド配列は、予測されるタンパク質の完全なコード配列をコードする。zcytor17は、免疫調節、アポプトシス細胞経路、細胞−細胞シグナル化分子、成長因子受容体又は成長因子ホルモン活性を有する細胞外マトリックス結合タンパク質、又は同様のものに関与する新規サイトカイン受容体である。
【0048】
zcytor17ポリペプチドの配列は、ゲノムDNA及びその対応するポリヌクレオチド配列を含む同定されたクローンから推定された。前記クローンは前立腺ライブラリーから得られた。そのような配列について調べられ得る他のライブラリーは、PBL、精巣、単球、胸腺、膵臓、リンパ節、骨髄、ヒト赤白血病、肺(例えば、WI−38細胞)及び急性単球白血病細胞系、他のリンパ球及び造血細胞系、及び同様のものを包含する。
【0049】
代表的なzcytor17コードのDNAのヌクレオチド配列は、配列番号1(ヌクレオチド171〜2366(その推定される732個のアミノ酸配列が配列番号2で記載される);配列番号45(ヌクレオチド162〜2108)(その推定される649個のアミノ酸配列が配列番号46で記載される);及び配列番号53(ヌクレオチド497〜2482)(その推定される662個のアミノ酸は配列番号54で記載される)により記載される。全体として、zcytor17ポリペプチド(配列番号2,46又は54)は、十分な長さのポリペプチドセグメント(配列番号2の残基1(Met)〜残基732(Val);配列番号46の残基1(Met)〜残基648(Ile);配列番号54の残基1(Met)〜残基662(Ile))を表す。zcytor17ポリペプチドのドメイン及び構造特性は、さらに下記に記載される。
【0050】
配列番号1のDNA配列によりコードされるzcytor17ポリペプチドの分析は、19個のアミノ酸残基(配列番号2の残基1(Met)〜残基19(Ala))の予測される分泌シグナルペプチド、及び713個のアミノ酸(配列番号2の残基20(Ala)〜残基732(Val))を含んで成る732個のアミノ酸(配列番号2)をコードする読み取り枠を表す。
配列番号45のDNA配列によりコードされるzcytor17ポリペプチドの分析は、19個のアミノ酸残基(配列番号46の残基1(Met)〜残基19(Ala))の予測される分泌シグナルペプチド、及び630個のアミノ酸(配列番号46の残基20(Ala)〜残基649(Ile))を含んで成る649個のアミノ酸(配列番号46)をコードする読み取り枠を表す。
【0051】
配列番号53のDNA配列によりコードされるzcytor17ポリペプチドの分析は、32個のアミノ酸残基(配列番号54の残基1(Met)〜残基32(Ala))の予測される分泌シグナルペプチド、及び630個のアミノ酸(配列番号54の残基33(Ala)〜残基662(Ile))を含んで成る662個のアミノ酸(配列番号54)をコードする読み取り枠を表す。
【0052】
WSXWSモチーフ(配列番号3)(配列番号2及び46の残基211〜215;及び配列番号54の残基224〜228に対応する)の他に、受容体は、約200個のアミノ酸残基(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro))のサイトカイン結合ドメインを含む細胞外ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Gln);配列番号54の残基33(Ala)〜532(Gln));ドメインリンカー(配列番号2及び46の残基122(Thr)〜125(Pro);配列番号2の残基135(Thr)〜138(Pro));終わりから2番目の鎖領域(配列番号2及び46の残基194(Phe)〜202(Arg);配列番号54の残基207(Phe)〜215(Arg));フィブロネクチンIII型ドメイン(配列番号2及び46の残基228(Cys)〜519(Gln);配列番号54の残基241(Cys)〜532(Gly));トランスメンブランドメイン(配列番号2及び46の残基520(Ile)〜543(Leu);配列番号54の残基533(Ile)〜556(Leu));“Box I”シグナル化部位(配列番号2及び46の残基554(Trp)〜560(Pro);配列番号54の残基567(Trp)〜573(Pro))及び“Box II”シグナル化部位(配列番号2及び46の残基617(Gln)〜620(Phe);配列番号54の残基630(Gln)〜633(Phe))を含む完全な細胞内シグナル化ドメイン(配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val);配列番号46の残基554(Lys)〜649(Ile);及び配列番号54の残基557(Lys)〜662(Ile))を含んで成る。
【0053】
当業者は、それらのドメイン境界はおおよそであり、そして既知タンパク質との一列整列及びタンパク質折りたたみの予測に基づかれることを理解するであろう。それらのドメインの他に、コードされる受容体における保存された受容体特性は、配列番号2及び46に示されるように、位置30でのCys残基(配列番号54に示されるような位置43)での保存されたCys残基、位置40−42(配列番号54に示されるような位置53−55)でのCXWモチーフ(ここで、Xはいずれかのアミノ酸である)、位置170(配列番号54に示されるような位置183)でのTrp残基、及び位置202(配列番号54に示されるような位置215)での保存されたArg残基を包含する。上記に記載されるzcytor17ポリペプチド領域、ドメイン、モチーフ、残基及び配列をコードするその対応するポリヌクレオチドは、配列番号1、45及び53に示される。
【0054】
さらに、zcytor17ポリペプチドの切断された形は、天然において発現されると思われる。両形は、可溶性zcytor17受容体をコードする。フィブロネクチンIII型ドメイン内の切断された“長形”の可溶性zcytor17受容体をコードするポリヌクレオチドは、配列番号17に示され、そしてその対応するポリペプチドは配列番号18に示される。この切断された形は、配列番号2及び46の残基1(Met)〜324(Lys)をコードし、そして従って、損なわれていないシグナル配列、WSXWS(配列番号3)モチーフ、リンカー、サイトカイン結合ドメイン、最後から2番目の鎖、及び保存されたCys、CXWモチーフ、Trp及びArg残基を含んで成る。
【0055】
サイトカイン結合ドメインの末端で切断された、“短形”の可溶性zcytor17受容体をコードするポリヌクレオチドは、配列番号21に示され、そしてその対応するポリペプチドは、配列番号22に示される。この切断された形は、配列番号2及び46の残基1(Met)〜225(Glu)と同一であり、そして次に分岐する239個の残基ポリペプチドをコードし、そして従って、上記のように、損なわれていないシグナル配列、WSXWS(配列番号3)モチーフ、リンカー、サイトカイン結合ドメイン、最後から2番目の鎖、及び保存された、Cys、CXWモチーフ、Trp及びArg残基を含んで成る。十分な長さの形のzcytor17に比較しての切断された形の複一列整列が図1に示される。
【0056】
さらに、配列番号1, 45, 17及び21のzcytor17 cDNAは、配列番号2, 46, 18及び22のzcytor17ポリペプチドと同じ読み取り枠(ORF)でポリペプチドをコードする他の開始メチオニン(配列番号1のヌクレオチド75で、配列番号45のヌクレオチド66で、配列番号17のヌクレオチドで、及び配列番号21のヌクレオチド66で)を使用できるポリペプチドをコードする。前記他の開始メチオニンの使用は、配列番号2, 46, 18及び2のN−末端に整合して、32個のアミノ酸(配列番号48に示される)を付加する。さらに、配列番号53のヌクレオチド536は、他の開始メチオニンとして使用し、従って、配列番号2, 46, 18及び22と同じN−末端(配列番号54のアミノ酸14(Met)で開始する)及びシグナルポリペプチド配列を生成する。さらに、配列番号2, 46, 18及び22の配列におけるアミノ酸番号2(同様に配列番号54におけるアミノ酸番号15(Met)での)での第2Metはまた、ポリペプチドのための他の開始メチオニンとしても作用することができる。
【0057】
トランスメンブラン領域、及び保存され、そして低い変動性のモチーフの存在は一般的に、タンパク質における重要な構造領域と相互関係するか、又はその領域を定義する。低い変動性の領域(例えば、疎水性クラスター)は、一般的に、構造的に重要な領域に存在する(Sheppard, P. など., 前記)。低い変動性のそのような領域はしばしば、まれな又は数少ないアミノ酸、例えばトリプトファンを含む。そのような保存され且つ低い変動性のモチーフを端に有し、そしてそのモチーフ間の領域は、より変動性であるが、しかし、それらは重要な構造及び活性、例えば結合ドメイン、生物学的及び酵素学的活性、シグナルトランスダクション、細胞−細胞相互作用、組織極性ドメイン及び同様のものに関連し、又はそれらを明確にすることができるので、しばしば機能的に有意である。
【0058】
上記のzcytor17における保存されたアミノ酸残基の領域は、新規ファミリーメンバーを同定するための手段として使用され得る。例えば、逆転写−ポリメラーゼ鎖反応(RT−PCR)は、種々の組織源又は細胞系から得られるRNAからの保存された領域をコードする配列を増幅するために使用され得る。特に、zcytor17配列から企画された高い変性プライマーがこの目的のために有用である。そのような変性プライマーの企画及び使用は、当業者により容易に実施され得る。
【0059】
本発明はまた、ポリヌクレオチド分子、例えば本明細書に開示されるzcytor17ポリペプチドをコードするDNA及びRNA分子を提供する。当業者は、遺伝子コードの縮重の観点から、相当の配列変動がそれらのポリヌクレオチド分子間で可能であることを容易に認識するであろう。配列番号4、47及び55は、配列番号2、46及び54のzcytor17ポリペプチドをコードするすべてのDNAを包含する縮重DNA配列である。当業者はまた、配列番号4、47及び55の変性配列がUとTとを置換することによって、それぞれ、配列番号2、46及び54をコードするすべてのRNA配列も供給することを理解するであろう。
従って、配列番号4のヌクレオチド1−2196、配列番号47のヌクレオチド1−1947及び配列番号55のヌクレオチド1−1986を含んで成るzcytor17ポリペプチド−コードのポリヌクレオチド及びそれらのRNA相当物は、本発明により包含される。表1は、縮重ヌクレオチド位置を示すために、配列番号4、47及び55内に使用される1文字コードを示す。“解”は、コード文字により示されるヌクレオチドである。“相補体”とは、相補的ヌクレオチドのためのコードを示す。例えば、コードYはC又はTのいずれかを示し、そしてその相補体RはA又はGを示し、AはTに対して相補的であり、そしてGはCに対して相補的である。
【0060】
【表1】
与えられたアミノ酸のためのすべての可能なコドンを包含する配列番号4、47及び55に使用される縮重コドンが表2に示される。
【0061】
【表2】
【0062】
当業者は、いくらかのあいまいさが、個々のアミノ酸をコードするすべての可能なコドンの代表である縮重コドンの決定において導入されることを理解するであろう。例えば、セリン(WSN)のための縮重コドンは、ある環境下で、アルギニン(AGR)をコードすることができ、そしてアルギニン(MGN)のための縮重コドンは、ある環境下で、セリン(AGY)をコードすることができる。類似する関係が、フェニルアラニン及びロイシンをコードするコドン間に存在する。従って、縮重配列により包含されるいくつかのポリヌクレオチドは、変異体アミノ酸配列をコードすることができるが、しかし当業者は、配列番号2、46及び54、又は57および93のアミノ酸配列への参照によりそのような変異体配列を容易に同定することができる。変異体配列は、本明細書に記載のようにして官能性について容易に試験され得る。
【0063】
当業者はまた、異なった種が“選択的コドン使用法”を示すことも理解するであろう。一般的には、Grantham,など., Nuc. Acids Res. 8: 1893−912, 1980; Haas, など., Curr. Biol. 6: 315−24, 1996; Wain−Hobson、など.,Gene 13:355−64,1981;Grosjean and Fiera,Gene 18:199−209、1982;Holm,Nuc.Acids Res.14:3075−87、1986;Ikemura,J.Mol.Biol.158:573−97,1982を参照のこと。本明細書において使用される場合、用語、“選択的コドン使用法”又は“選択的コドン”とは、一定の種の細胞に最も頻繁に使用され、従って個々のアミノ酸をコードする可能なコドンの1又は少数の代表を好むタンパク質翻訳コドンを言及する技術的用語である(表3を参照のこと)。
【0064】
例えば、アミノ酸トレオニン(Thr)は、ACA、ACC、ACG、又はACTによりコードされるが、しかし哺乳類細胞においては、ACCが最も通常に使用されるコドンであり;他の種においては、例えば昆虫細胞、酵母、ウィルス又は細菌においては、異なったThrコドンが好ましい。特定の種のための選択的コドンは、当業界において知られている種々の方法により、本発明のポリヌクレオチド中に導入され得る。
【0065】
例えば、組換えDNA中への選択的コドン配列の導入は、特定の細胞型又は種内でタンパク質の翻訳により効果的にすることによって、そのタンパク質の生成を増強する。従って、配列番号4、47及び55に開示される縮重コドン配列は、当業界において通常使用され、そして本明細書において開示される種々の細胞型及び種においてポリペプチドの発現を最適化するための鋳型として作用する。選択コドンを含む配列は、種々の種における発現について試験され、そして本明細書に開示される官能性について試験され得る。
【0066】
本発明の好ましい態様においては、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号1、45又は54、復は57および93、又はそれに対して相補的な配列の類似するサイズの領域に対して、緊縮条件下でハイブリダイズするであろう。一般的に、緊縮条件は、定義されたイオン強度及びpHで、特定の配列のための熱溶融点(Tm)よりも約5℃低くあるよう選択される。Tmは、標的配列の50%が好ましく適合されたプローブに対してハイブリダイズする温度(定義されたイオン強度及びpH下で)である。
【0067】
Tmを計算するための多くの等式は当業界において知られており、そして種々の長さのDNA、RNA及びDNA−RNAハイブリッド及びポリヌクレオチドプローブ配列に対して特異的である(例えば、Sambrook など., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (Cold Spring Harbor Press 1988); Ausubel など., (eds.), Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc. 1987); Berger and Kimmel (eds.), Guide to Molecular Cloning Techniques, (Academic Press, Inc. 1987); 及びWetmur, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 26:227 (1990)を参照のこと)。配列分析ソフトウェア、例えばOLIGO6.0(LSR; Long Lake, MN)及びPrimer Premier 4.0 (Premier Biosoft International; Palo Alto, CA), 並びにインターネット上のサイトが所定の配列を分析し、そして使用者の定義された基準に基づいてTmを計算するための手段を入手できる。
【0068】
そのようなプログラムはまた、定義された条件下で所定の配置を分析し、そして適切なプローブ配列を同定することができる。典型的には、50以上の塩基対の長いポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションは、計算されたTmよりも約20〜25℃低い温度で行われる。50以下の塩基対の小さなプローブに関しては、ハイブリダイゼーションは典型的には、Tm又はそれよりも5〜10℃以下で行われる。これは、DNA−DNA及びDNA−RNAハイブリッドに関して、最大速度のハイブリダイゼーションを可能にする。低い温度でのより高い程度の緊縮性は、緩衝溶液における個々の1%ホルムアミドに関して、約1℃ハイブリッドのTmを低めるホルムアミドの添加により達成され得る。
【0069】
適切な緊縮ハイブリダイゼーション条件は、約40〜50%のホルムアミド、約6×までのSSC、約5×のDenhardt’s溶液、0〜約10%のデキストラン硫酸及び約10〜20μg/mlの変性された市販のキャリヤーDNAを含んで成る溶液において約42℃での5時間〜一晩インキュベーションに等しい。一般的に、そのような緊縮条件は、20〜70℃の温度及び6×までのSSC及び0〜50%のホルムアミドを含むハイブリダイゼーション緩衝液を包含し;次にハイブリダイゼーションに続いて、約2×までのSSCによるフィルターの洗浄を伴う。
【0070】
例えば、適切な洗浄緊縮性は、0.1×のSSC〜2×のSSC, 0.1%のSDS, 55℃〜65℃の温度に等しい。異なった程度の緊縮性が、標的配列に対する最大の特異的結合を達成するためには、ハイブリダイゼーション及び洗浄の間に使用され得る。典型的には、ハイブリダイゼーションに続く洗浄は、ハイブリダイズされた複合対からハイブリダイズされていないポリヌクレオチドプローブを除去するために、高い程度の緊縮性で行われる。緊縮ハイブリダイゼーション及び洗浄条件は、プローブの長さに依存し、Tm,ハイブリダイゼーション及び使用される洗浄溶液において影響され、そして通常 当業者により実験的に決定される。
【0071】
前で示されたように、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、DNA及びRNAを包含する。DNA及びRNAを調製するための方法は、当業界において良く知られている。一般的には、RNAは、多量のzcytor17 RNAを生成する組織又は細胞から単離される。そのような組織及び細胞は、ノザンブロット(Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77: 5201, 1980)により同定され、そしてPBL、膵臓、胸腺、骨髄、前立腺、リンパ組織、ヒト赤白血病細胞系、急性単球白血病細胞系、他のリンパ球及び造血細胞系、及び同様のものを包含する。
【0072】
前記活性、又はRNA生成細胞又は組織が同定されると、全RNAは、グアニジウム HCl抽出、続くCsClグラジエントにおける遠心分離による単離により調製され得る(Chirgwinなど.,Biochemistry 18:52−94, 1979)。ポリ(A)+ RNAは、Aviv and Leder (Proc.Natl. Acad. Sci.USA 69: 1408−1412, 1972 )の方法を用いて全RNAから調製される。相補的DNA(cDNA)は、既知の方法を用いて、ポリ(A)+ RNAから調製される。他方では、ゲノムDNAが単離され得る。次に、zcytor17ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが、例えばハイブリダイゼーション又はポリメラーゼ鎖反応(PCR)により同定され、そして単離される(Mullis, アメリカ特許第4,683,202号)。
【0073】
zcytor17をコードする十分な長さのクローンは、従来のクローニング方法により得られる。相補的DNA(cDNA)クローンが好ましいが、但し、いくつかの用途(例えば、トランスジェニック動物における発現)に関しては、ゲノムクローンを使用し、又は少なくとも1つのゲノムイントロンを含むようcDNAクローンを修飾することが好ましい。cDNA及びゲノムクローンを調製するための方法は、よく知られており、そして当業者のレベルの範囲内であり、そしてライブラリーをプローブし又は感作するために、本明細書に開示される配列又はその一部の使用を包含する。発現ライブラリーは、zcytor17、受容体フラグメント、又は他の特定の結合パートナーに対する抗体によりプローブされ得る。
【0074】
本発明のポリヌクレオチドはまた、DNA合成機械を用いても合成され得る。現在、好ましい方法は、ホスホラミジット方法である。化学的に合成された二本鎖DNAが遺伝子又は遺伝子フラグメントの合成のために必要とされる場合、個々の相補的鎖が、別々に製造される。短い遺伝子(60〜80bp)の生成は技術的に直接的であり、そして相補的鎖の合成及び続いて、それらのアニーリングにより達成され得る。しかしながら、より長いポリヌクレオチド(300bp以上)の生成に関しては、化学的DNA合成の間、個々のサイクルのカップリング効率はめったに100%でないので、特定の工程が通常使用される。この問題を解決するために、合成遺伝子(二本鎖)が、20〜100個の長さのヌクレオチドである一本鎖フラグメントから調整形でアセンブルされる。
【0075】
十分な長さの遺伝子を調製するための他の手段は、特定組みのオーバーラップするオリゴヌクレオチド(40〜100個のヌクレオチド)を合成することである。3’及び5’の短いオーバーラップする相補的領域(6〜10個のヌクレオチド)がアニーリングされた後、大きなギャップが残存するが、しかし短い塩基対合された領域は、その構造体を一緒に維持するのに十分に長く且つ十分に安定性である。ギャップが満たされ、そしてDNA複合体がE.コリDNAポリメラーゼIによる酵素DNA合成により完結される。酵素合成の完結の後、ニックがT4 DNAリガーゼにより密閉される。
【0076】
二本鎖構造体は、DNA配列分析により確かめられる完全な遺伝子配列を形成するために、お互い連続的に連結される。Glick and Pasternak, Molecular Biotechnology, Principles & Applications of Recombinant DNA, (ASM Press, Washington, D.C. 1994); Itakura など., Annu.Rev. Biochem. 53: 323−56, 1984及びClimie など., Proc. Natl. Acad. Sa. USA 87: 633−7, 1990を参照のこと。さらに、転写及び翻訳の正しい開始及び停止のためのシグナルを含む他の配列が一般的に付加される。
【0077】
本発明はさらに、他の種(オルト体)からの相対物リガンド及びポリヌクレオチドを供給する。これらの種は、哺乳類、鳥類、両性類、ハ虫類、魚類、昆虫及び他の脊椎及び無脊椎動物種を包含するが、但しそれらだけには限定されない。特に興味あるものは、他の哺乳類種、例えばネズミ、ブタ、羊、ウシ、犬、ネコ、馬及び他の霊長類ポリペプチドからのzcytor17ポリペプチドである。ヒトzcytor17ポリペプチドのオルト体は、従来のクローニング技法と組合して、本発明により供給される情報及び組成物を用いてクローン化され得る。例えば、cDNAは、zcytor17を発現する組織又は細胞型から得られるmRNAを用いてクローン化され得る。
【0078】
mRNAの適切な源は、本明細書に開示される配列から企画されたプローブによりノザン ブロットをプローブすることによって同定され得る。次に、ライブラリーが陽性の組織又は細胞系のmRNAから調製される。次に、オルト体のzcytor17−コードのcDNAが種々の方法、例えば完全な又は部分的なヒトcDNAにより、又は前記開示される配列に基づく1又は複数の変性プローブにより、プローブすることによって単離され得る。cDNAはまた、本明細書に開示される代表的なヒトzcytor17配列から企画されたプライマーを用いて、PCR(Mullis, 前記)を用いてもクローン化され得る。さらなる方法においては、cDNAライブラリーが宿主細胞を形質転換し、又はトランスフェクトするために使用され、そして興味あるcDNAの発現がzcytor17ポリペプチドに対する抗体により検出され得る。類似する技法がまた、ゲノム クローンの単離に適用され得る。
【0079】
ヒトzcytor17のマウスオルト体についてのポリヌクレオチド配列は、同定されており、そして配列番号56で示されており、そしてその対応するアミノ酸配列は、配列番号57で示される。配列番号56のDNA配列によりコードされるマウスzcytor17ポリペプチドの分析は、45個のアミノ酸残基(配列番号57の残基1(Met)〜残基45(Ala))の推定される分泌シグナルペプチド及び617個のアミノ酸(配列番号57の残基46(Val)〜残基662(Cys))の成熟ポリペプチドを含んで成る662個のアミノ酸をコードする読み取り枠を示した。さらに、18個のアミノ酸残基(配列番号57の残基28(Met)〜残基45(Ala))及び617個のアミノ酸の同じ成熟ポリペプチド(配列番号57の残基46(Val)〜残基662(Cys))の第2の予測される分泌されるシグナルペプチドを含んで成る追加のMet残基、Met(28)が開始メチオニンとして使用され得る。
【0080】
配列番号57の残基224−228に対応するWSXWSモチーフ(配列番号3)の他に、受容体は、約200個のアミノ酸残基のサイトカイン−結合ドメイン(配列番号57の残基46(Val)〜240(Pro))及びフィブロネクチンIIIドメイン(配列番号57の残基241(His)〜533(Glu))を含む、配列番号57の残基46(Val)〜533(Glu)の細胞外ドメイン;CXWモチーフ(配列番号57の残基66(Cys)〜68(Trp));ドメインリンカー(配列番号57の残基142(Thr)〜145(Pro));最後から2番目の鎖領域(配列番号57の残基207(Phe)〜214(Arg));トランスメンブランドメイン(配列番号57の残基534(Ile)〜550(Ile));“BoxI”シグナル部位(配列番号57の残基568(Cys)〜574(Pro))、及び“BoxII”シグナル化部位(配列番号57の残基628(Glu)〜631(Ieu))を含む完全な細胞内シグナル化ドメイン(配列番号57の残基551(Lys)〜662(Cys))を含んで成る。
【0081】
クラスIサイトカイン受容体に共通する保存された残基は、残基56(Cys)、187(Trp)及び215(Arg)で存在する。ヒト及びマウスアミノ酸配列の比較は、ヒト及びオルト体ポリペプチドの両者が上記の対応する構造特性を含むことを示す(図2を参照のこと)。マウスzcytor17についての成熟配列は、ヒト配列におけるAla33(配列番号54に示されるような)に対応する、Val46(配列番号57に示されるような)で開始する。配列番号54及び配列番号57に対応する全アミノ酸配列にわたって、マウス及びヒト配列間に約61%の同一性が存在する。
【0082】
上記の%同一性は、Ktup=1、ギャップ開放ペナルティー=12、ギャップ延長ペナルティー=2及び置換マトリックス=BLOSUM62、並びにデフォールとして設定される他のFASTAパラメーターを有するFASTAプログラムを用いて決定された。上記に記載されるマウスzcytor17ポリペプチド領域、ドメイン、モチーフ、残基及び配列をコードする、その対応するポリヌクレオチドは、配列番号56に示される通りである。
【0083】
さらに、切断された可溶性形のマウスzcytor17受容体ポリペプチドは、天然において発現すると思われる。切断された可溶性形のマウスzcytor17受容体についてのポリヌクレオチド配列は、同定されており、そして配列番号92で示されており、そしてその対応するアミノ酸配列は、配列番号93で示される。配列番号92のDNA配列によりコードされる切断された可溶性形のマウスzcytor17ポリペプチドの分析は、45個のアミノ酸残基(配列番号93の残基1(Met)〜残基45(Ala))の推定される分泌シグナルペプチド及び502個のアミノ酸(配列番号93の残基46(Val)〜残基547(Val))の成熟ポリペプチドを含んで成る547個のアミノ酸をコードする読み取り枠を示した。
【0084】
さらに、18個のアミノ酸残基(配列番号93の残基28(Met)〜残基45(Ala))及び502個のアミノ酸の同じ成熟ポリペプチド(配列番号93の残基46(Val)〜残基547(Val))の第2の予測される分泌されるシグナルペプチドを含んで成る追加のMet残基、Met(28)が開始メチオニンとして使用され得る。
【0085】
配列番号93の残基224−228に対応するWSXWSモチーフ(配列番号3)の他に、受容体は、約200個のアミノ酸残基のサイトカイン−結合ドメイン(配列番号93の残基46(Val)〜240(Pro))及びフィブロネクチンIIIドメイン(配列番号93の残基241(His)〜533(Trp))を含む、配列番号93の残基46(Val)〜533(Trp)の細胞外ドメイン;CXWモチーフ(配列番号93の残基66(Cys)〜68(Trp));ドメインリンカー(配列番号93の残基142(Thr)〜145(Pro));最後から2番目の鎖領域(配列番号93の残基207(Phe)〜215(Arg));及びC−末端領域(残基551(Leu)〜547(Val))を含んで成る。
【0086】
クラスIサイトカイン受容体に共通する保存された残基は、残基56(Cys)、187(Trp)及び215(Arg)で存在する。ヒト及びマウスアミノ酸配列、例えば切断された可溶性マウスzcytor17の比較は、ヒト及びオルト体ポリペプチドの両者が上記の対応する構造特性を含むことを示す(図2を参照のこと)。上記に記載される、切断された可溶性マウスzcytor17ポリペプチド領域、ドメイン、モチーフ、残基及び配列をコードするその対応するポリヌクレオチドは、配列番号92に示される通りである。
【0087】
サイトカイン受容体サブユニットは、細胞外ドメイン、細胞膜にポリペプチドを固定するトランスメンブランドメイン、及び細胞内ドメインを含んで成る多重−ドメイン構造により特徴づけられる。細胞外ドメインはリガンド−結合ドメインであり得、そして細胞内ドメインはシグナルトランスダクションに包含されるエフェクタードメインであり得るが、但しリガンド−結合及びエフェクター機能は、マルチマー受容体の別々のサブユニット上に存在する。マルチマー受容体は、ホモダイマー(例えば、PDGF受容体αα及びββイソフォーム、エリトロポエチン受容体、MPL及びG−CSF受容体)、サブユニットがそれぞれリガンド−結合及びエフェクタードメインを有するヘテロダイマー(例えば、PDGF受容体αβイソフォーム)、及び種々の機能を有する成分サブユニットを有するマルチマー(例えば、IL−2, IL−3, IL−4, IL−5, IL−6, IL−7及びGM−CSF受容体)を包含する。
【0088】
いくつかの受容体サブユニットは、多くの受容体に共通する。例えば、単独ではリガンドを結合できないが、しかし細胞内シグナルトランスダクションドメインを包含するAIC2Bサブユニットは、IL−3及び GM−CSF受容体の成分である。多くのサイトカイン受容体は、その構造及び機能に基づいて、4種の関連するファミリーの1つに配置され得る。例えば、造血受容体は、保存されたシステイン残基及びWSXWSモチーフ(配列番号3)を含むドメインの存在により特徴づけられる。サイトカイン受容体構造は、Urdal, Ann. Reports Med. Chem. 26: 221−228, 1991及びCosman, Cytokine 5:95−106, 1993により再考されている。新規生物学的機能を生物が獲得するための選択的圧力下で、新規のファミリーメンバーは、多重遺伝子ファミリーの存在を導く存在する受容体遺伝子の重複から、たぶん生まれる。
【0089】
従って、ファミリーメンバーは、祖先遺伝子の痕跡を含み、そしてそれらの特徴は、追加のファミリーメンバーの単離及び同定において利用され得る。従って、サイトカイン受容体スーパーファミリーは、いくつかのファミリー、例えば免疫グロブリンファミリー(例えば、CSF−1, MGF, IL−1及びPDGF受容体);ヘマトポイエチンファミリー(例えば、IL−2受容体β−サブユニット、GM−CSF受容体のα−サブユニット、GM−CSF受容体β−サブユニット、及びG−CSF,EPO, IL−3, IL−5, IL−6, Il−7及びIL−9受容体);TNF受容体ファミリー(例えば、TNF(p80)TNF (p60) 受容体、CD27,CD30, CD40, Fas及びNGF受容体)に再分割される。
【0090】
zcytor17配列の分析は、それがgp130, LIF, IL−12, WSA−1, IL−2受容体β−サブユニット、IL−3, IL−4及びIL−6受容体と同じ受容体サブファミリーのメンバーであることを示唆する。このサブファミリーにおける一定の受容体(例えば、G−CSF)は、シグナルを形質導入するホモダイマーを形成するために会合する。サブファミリーの他のメンバー(例えば、IL−6, IL−11及びLIF受容体)は、リガンドを結合し、そしてシグナルを形質導入するために第2サブユニット(β−サブユニットと呼ばれる)と結合する。
【0091】
特定のβ−サブユニットは、多くの特定のサイトカイン受容体サブユニットと会合する。例えば、β−サブユニットgp130(Hibiなど.,Cell63:1149−1157, 1990)は、IL−6, IL−11及びLIFに対して特異的な受容体サブユニットと会合する(Gearingなど., EMBOJ. 10: 2839−2849, 1991; Gearingなど.,アメリカ特許第5,284,755号)。オンコスタチンM(Oncostatin M)は、LIF受容体及びgp130のヘテロダイマーに結合する。CNTFは、CNTF受容体、LIF受容体及びgp130サブユニットを含んで成るトリマー受容体に結合する。
【0092】
当業者は、配列番号1、4及び535に開示される配列がヒトzcytor17の単一の対立遺伝子を表し、そして対立遺伝子変動及び交互のスプライシングが生じることが予測されることを認識するであろう。この配列の対立遺伝子変異体は、標準の方法に従って、異なった個人からのcDNA又はゲノムライブラリーをプローブすることによってクローン化され得る。配列番号1、45及び53に示されるDNA配列の対立遺伝子変異体、例えばサイレント突然変異を含むそれらの変異体及び突然変異がアミノ酸配列変更をもたらすそれらの変異体は、配列番号2、46、54、57復は93の対立遺伝子変異体であるタンパク質と同じように、本発明の範囲内である。
【0093】
zcytor17ポリペプチドの性質を保持する、もう1つのスプライスされたmRNA、例えば配列番号34から生成されるcDNAは、そのようなcDNA及びmRNAによりコードされるポリペプチドと同じように、本発明の範囲内に包含される。それらの配列の対立遺伝子変異体及びスプライス変異体は、当業界において知られている標準の方法に従って、異なった個人又は組織からのcDNA又はゲノムライブラリーをプローブすることによってクローン化され得る。例えば、上記の及び配列番号17及び18、又は配列番号21及び22での短形及び長形の可溶性zcytor17受容体は、zcytor17の対立遺伝子又はスプライス変異体であると思われる。
【0094】
本発明はまた、配列番号2、46又は54のポリペプチド、及びそれらのオルト体、例えば配列番号57及び93に対して実質的に類似する単離されたzcytor17ポリペプチドも提供する。用語“実質的に類似する”とは、配列番号2、46又は54に示される配列又はそれらのオルト体、例えば配列番号57及び93に対して、少なくとも70%、及びより好ましくは少なくとも80%の配列同一性を有するポリペプチドを示すために本明細書において使用される。そのようなポリペプチドは、より好ましくは、配列番号2、46及び54、又はそのオルト体に対して、少なくとも 90%、及び最も好ましくは95%又はそれ以上同一であろう。
【0095】
%配列同一性は、従来の方法により決定される。例えば、Altschulなど., Bull. Math. Bio. 48 : 603−616, 1986及びhenikoff and Henikoff, Pruc.Natl. Acad. Sci. USA 89 :10915−10919, 1992を参照のこと。手短に言及するば、2種のアミノ酸配列が、10のギャップ開始ペナルティー、1のギャップ拡張ペナルティー、及び表3(アミノ酸は標準の1文字コードにより示される)に示されるようなHenikoff and Henikoff (前記)の“blosum 62”評点マトリックスを用いて、その整合評点を最適化するために整合される。次に、%同一性が次のようにして計算される:
【0096】
【数1】
【0097】
【表3】
【0098】
ポリヌクレオチド分子の配列同一性は、上記に開示されるような割合を用いて、類似する方法により決定される。
当業者は、2種のアミノ酸配列を整列するために多くの確立されたアルゴリズムが存在することを理解している。Pearson and Lipmanの“FASTA”類似性調査アルゴリズムは、本明細書に開示されるアミノ酸配列及び推定上の変異体zcytor17のアミノ酸配列により共有される同一性のレベルを試験するための適切なタンパク質整列方法である。前記FASTAアルゴリズムは、Pearson and Lipman, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 85: 2444 (1988), 及びPearson, Meth. Enzymol. 183: 63 (1990) により記載される。
【0099】
手短には、FASTAがまず、問題の配列(例えば、配列番号2、46、54、57、及び93)及び保存性アミノ酸置換、挿入又は欠失を考慮しないで、最高密度の同一性(ktup変数が1である場合)又は対の同一性(ktup=2である場合)のいずれかを有する試験配列により共有される領域を同定することによって配列を特徴づける。次に、最高密度の同一性を有する10の領域が、アミノ酸置換マトリックスを用いて、すべての対合されたアミノ酸の類似性を比較することによって再評価され、そして前記領域の末端が、最高の評点に寄与するそれらの残基のみを含むよう“整えられる”。
【0100】
“カットオフ”値(配列の長さ及びktup値に基づいて予定された式により計算される)よりも高い評点を有するいくつかの領域が存在する場合、その整えられた初期領域が、その領域がギャップとのおおよその一列配列を形成するために結合され得るかどうかを決定するために試験される。最終的に、2種のアミノ酸配列の最高評点領域が、アミノ酸挿入及び欠失を可能にする、Needleman−Wunsch アルゴリズム(Needleman and winsch, J. Mol. Biol. 48: 444, 1970; Sellers, SIAM J. Appl. Math. 26: 787, 1974)の変法を用いて整列される。
【0101】
FASTA 分析のための例示的なパラメーターは次のものである:ktup=1、ギャップ開始ペナルティー=10、ギャップ拡張ペナルティー=1及び置換マトリックス=BLOSUM62。それらのパラメーターは、Appendix 2 of Pearson, 1990 (前記)に説明されるように、評点マトリックスを調節することによってFASTAプログラム中に導入され得る。
【0102】
FASTAはまた、上記に開示されるような割合を用いて、核酸分子の配列同一性を決定するためにも使用され得る。ヌクレオチド配列比較のためには、ktup値は、誤りとして設定される他のFASTAパラメーターを伴って、1〜6、好ましくは3〜6、最も好ましくは3であり得る。
【0103】
BLOSUM62表(表3)は、関連するタンパク質の500以上のグループの高く保存された領域を表す、タンパク質配列セグメントの約2,000の局部の複数整列に由来するアミノ酸置換マトリックスである[Henikoff and Henikoff, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 89: 10915 (1992) ]。従って、BLOSUM62置換頻度は、本発明のアミノ酸配列中に導入され得る保存性アミノ酸置換を定義するために使用され得る。
【0104】
化学的性質に基づいてのみアミノ酸置換を企画することが可能であるが(上記のように)、用語“保存性アミノ酸置換”とは、−1よりも大きなBLOSUM62値により表される置換を言及する。例えば、アミノ酸置換は、その置換が0,1,2又は3のBLOSUM62値により特徴づけられる場合、保存性である。このシステムによれば、好ましい保存性アミノ酸置換は、少なくとも1(例えば、1,2又は3)のBLOSUM62値により特徴づけられ、ところがより好ましくは保存性置換は、少なくとも2(例えば、2又は3)のBLOSUM62値により特徴づけられる。
【0105】
変異体zcytor17ポリペプチド又は実質的に相同のzcytor17ポリペプチドは、1又は複数のアミノ酸置換、欠失又は付加を有するものとして特徴づけられる。それらの変化は、好ましくは、保存性アミノ酸置換(表4を参照のこと)及びタンパク質及びポリペプチドの折りたたみ又は活性に実質的に影響を及ぼさない他の置換;小さな欠失、典型的には1〜約30個のアミノ酸の欠失;及び小さなアミノ−又はカルボキシル−末端の延長、例えばアミノ−末端メチオニン残基、約20〜25個までの残基の小さなリンカーペプチドの延長、又は親和性標識の延長である。従って、本発明は、配列番号2、46、54、57又は93のその対応する領域(標識、延長、リンカー配列及び同様のものを除く)に対して80%、好ましくは少なくとも90%、及びより好ましくは95%又はそれ以上の同一性を有する配列を含んで成るポリペプチドを包含する。親和性標識を含んで成るポリペプチドはさらに、zcytor17ポリペプチドと親和性標識との間にタンパク質分解部位を含む。好ましいそのような部位は、トロンビン分解部位及び第Xa因子分解部位を含む。
【0106】
【表4】
【0107】
本発明はさらに、種々の他のポリペプチド融合体、及び1又は複数のポリペプチド融合体を含んで成る関連するマルチマータンパク質を提供する。例えば、zcytor17ポリペプチドは、アメリカ特許第5,155,027号及び第5,567,584号に開示されるようなダイマータンパク質への融合として調製され得る。それに関しての好ましいダイマータンパク質は、免疫グロブリン不変領域ドメインを包含する。免疫グロブリン−zcytor17ポリペプチド融合体は、種々のマルチマーzcytor17類似体を生成するために、遺伝子的に構築された細胞において発現され得る。補助ドメインは、特定の細胞、組織又は高分子(例えば、コラーゲン)に対してそれらを標的化するためにzcytor17ポリペプチドに融合され得る。zcytor17ポリペプチドは、複数の成分、例えば精製のための親和性標識及び標的化ドメインに融合され得る。ポリペプチド融合はまた、特にドメイン間に、1又は複数の切断部位を含むことができる。Tuanなど., Connective Tissue Research 34: 1−9, 1996を参照のこと。
【0108】
本発明のタンパク質はまた、天然に存在しないアミノ酸残基を含んで成る。天然に存在しないアミノ酸は、トランス−3−メチルプロリン、2,4−メタプロリン、シス−4−ヒドロキシプロリン、トランス−4−ヒドロキシプロリン、N−メチルグリシン、アロ−トレオニン、メチルトレオニン、ヒドロキシエチルシステイン、ヒドロキシエチルホモシステイン、ニトログルタミン、ホモグルタミン、ピペコリン酸、チアゾリジンカルボン酸、デヒドロプロリン、3−及び4−メチルプロリン、3,3−ジメチルプロリン、tert−ロイシン、ノルバリン、2−アザフェニルアラニン、3−アザフェニルアラニン、4−アザフェニルアラニン、及び4−フルオロフェニルアラニンを包含する。
【0109】
天然に存在しないアミノ酸残基をタンパク質中に導入するためのいくつかの方法が当業界において知られている。例えばナンセンス突然変異が化学的にアミノアシル化されたサプレッサーtRNAを用いて抑制されるインビトロシステムが使用され得る。アミノ酸を合成し、そしてtRNAをアミノアシル化するための方法は、当業者において知られている。ナンセンス突然変異を含むプラスミドの転写及び翻訳は、E.コリS30抽出物及び市販の酵素及び他の試薬の含んで成る細胞フリーシステムにおいて実施される。タンパク質は、クロマトグラフィーにより精製される。例えば、Rovertsonなど., J. Am. Chem. Soc. 113:2722, 1991; Ellman など., Meth. Enzymol. 202: 301,1991; Chung など., Science 259: 806−09, 1993; 及びChungなど., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 10145−49, 1993を参照のこと。
【0110】
第2の方法においては、翻訳は、突然変異誘発されたmRNA及び化学的にアミノアミル化されたサプレッサ−tRNAのマイクロインジェクションによりアフリカツメガエル卵母細胞において行われる( Turcatti など., J. Biol. Chem. 271: 1991−98, 1996 )。 第3の方法においては、E.コリ細胞が、置換される予定である天然のアミノ酸(例えば、フェニルアラニン)の不在下で及び所望する天然に存在しないアミノ酸(例えば、2−アザフェニルアラニン、3−アザフェニルアラニン、4−アザフェニルアラニン又は4−フルオロフェニルアラニン)の存在下で培養される。
【0111】
天然に存在しないアミノ酸は、その天然の相対物の代わりにタンパク質中に導入される。Koide など., Biochem. 33: 7470−46, 1994を参照のこと。天然に存在するアミノ酸残基は、インビトロ化学的に修飾により天然に存在しない種に転換され得る。化学的修飾は、置換の範囲をさらに拡張するために特定部位の突然変異誘発と組み合わされ得る(Wynn and Richards,Protein Sci. 2: 395−403, 1993)。
【0112】
限定された数の非保存性アミノ酸、遺伝子コードによりコードされないアミノ酸、天然に存在しないアミノ酸、及び不自然なアミノ酸が、zcytor17アミノ酸により置換され得る。
【0113】
本発明のポリペプチドにおける必須アミノ酸は、当業界において知られている方法、例えば特定部位の突然変異誘発又はアラニン−走査突然変異誘発により同定され得る(Cunningham and Wells, Science 244: 1081−1085, 1989; Bassなど., Proc. Natl. Scad. Sci. USA 88: 4498−502, 1991)。後者の技法においては、単一のアラニン突然変異が分子中のあらゆる残基で導入され、そして得られる変異体分子が、前記分子の活性に対して決定的であるアミノ酸残基を同定するために、下記に開示されるようして、生物学的活性(例えば、リガンド結合及びシグナルトランスダクション)について試験される。
【0114】
また、Hiltonなど., J. Biol. Chem. 271: 4699−5708, 1996を参照のこと。リガンド−受容体相互作用の部位はまた、推定上の接触部位アミノ酸の突然変異に関して、核磁気共鳴、結晶学、電子回折又は光親和性ラベリングのような技法により決定され得る。例えば、de Vos など.,Science 255: 306−312, 1992; Smith など., J. Mol. Biol. 224: 899−904, 1992; Wlodaver など., FEBS Lett. 309: 59−64, 1992を参照のこと。必須アミノ酸の同一性は、関連する受容体による相同体の分析からも推定され得る。
【0115】
構造統合性の維持に対して決定的である領域又はドメイン内に存在するアミノ酸残基の決定が行われ得る。それらの領域内で、多かれ少なかれ、変化に耐性であり、そして分子の全体的な三次構造を維持するであろう特定の残基を決定することができる。配列構造を分析するための方法は、高いアミノ酸又はヌクレオチド同一性を有する複数配列の一列整列、及び利用できるソフトウェアー(例えば、the Insight II(商標)viewer and hmology modeling tools; MSI, San Dirgo, CA)、二次構造性質、二元パターン、相補的パッケージング及び埋もれた極性相互作用を用いてのコンピューター分析を包含するが、但しそれらだけには限定されない(Barton, Current Opin. Struct. Biol. 5:372−376, 1995及びCordesなど., Current Opin. Struct. Biol. 6: 3−10, 1996)。一般的に、分子への修飾を企画するか又は特定のフラグメントを同定する場合、構造の決定は、修飾された分子の活性を評価することによって付随されるであろう。
【0116】
アミノ酸配列の変更が、生物学的活性に対して必須である高次構造体の破壊を最少にするためにzcytor17ポリペプチドにおいて行われる。例えば、zcytor17ポリペプチドが1又は複数のヘリックスを含む場合、アミノ酸残基の変更が、分子のヘリックス幾何学的及び他の成分を破壊しないよう行われ、ここでコンホメーションの変化が、いくらかの決定的な機能、例えば分子の、その結合パートナー、例えばA及びDヘリックス、すなわち配列番号2の残基44, 47及び135への結合を妨害する。アミノ酸配列の変更の効果は、例えば上記に開示されるようなコンピューターモデルにより予測され得、又は結晶構造の分析により決定され得る(例えば、Lapthornなど., Nat. Struct. Biol. 2: 266−268, 1995)。
【0117】
当業界において良く知られている他の技法は、標準の分子(例えば、生来のタンパク質)と変異体タンパク質の折りたたみを比較する。例えば、変異体及び標準の分子におけるシステインパターンの比較が行われ得る。質量分光及び還元及びアルキル化を用いての化学的修飾は、ジスルフィド結合に関連するか又はそのような関連を有さないシステイン残基を決定するための方法を提供する(Beanなど., Anal. Biochem. 201: 216−226, 1992; Gray, Protein Sci. 2: 1732−1748, 1993: 及びPattersonなど., Anal. Chem. 66: 3727−3732, 1994)。一般的に、修飾された分子が標準の分子と同じジスルフィド結合パターンを有さない場合、折りたたみが影響を及ぼされると思われる。
【0118】
折りたたみを測定するためのもう1つの良く知られており、且つ許容できる方法は、円ニ色性(CD)である。修飾された分子及び標準の分子により生成されるCDスペクトルの測定及び比較は、通常のことである(Johnson, Protein 7:205−214, 1990)。結晶学は、折りたたみ及び構造を分析するためのもう1つの良く知られた方法である。核磁気共鳴(NMR)、消化ペプチドマッピング及びエピトープマッピングはまた、タンパク質とポリペプチドとの間の折りたたみ及び構造的類似性を分析するための既知方法でもある(Schaananなど., Science 257: 961−964, 1992)。
【0119】
配列番号2、46、54、57及び93に示されるようなzcytor17タンパク質配列のHopp/Woods親水性プロフィールが生成され得る(Hoppなど.,Proc Natl. Acad. Sci. 78: 3828, 1981; Hopp, J. Immun. Meth. 88: 1−18, 1986及びTriquierなど., Protein Engineering 11: 153−169, 1998)。図1を参照のこと。前記プロフィールは、スライドする6−残基窓(sliding six−residue window)に基づかれている。埋もれたG, S及びT残基及び暴露されたH, Y及びW残基は無視された。
【0120】
例えば、zcytor17ポリペプチドにおいては、親水性領域は、配列番号2及び46のアミノ酸残基43〜48(配列番号54の残基56〜61);配列番号2及び46のアミノ酸残基157〜162(配列番号54の残基170〜175);配列番号2及び46のアミノ酸残基158〜163(配列番号54の残基171〜176);配列番号2及び46のアミノ酸残基221〜226(配列番号54の残基234〜239);及び配列番号2及び46のアミノ酸残基426〜431(配列番号54の残基439〜444)を包含する。
【0121】
当業者は、親水性又は疎水性が、全体的な構造及び生物学的プロフィールを破壊しないよう、zcytor17ポリペプチドのアミノ酸配列における修飾を企画する場合、考慮されるであろうことを認識するであろう。Val, Leu及びIleから成る群、又はMet, Gly, Ser, Ala, Tyr及びTrpから成る群から選択された疎水性残基の置換が特に興味の対象である。例えば、置換に耐性の残基は、配列番号2、46、54、57及び93に示されるような残基を包含する。システイン残基は、置換に対して比較的耐性であろう。
【0122】
必須アミノ酸の正体はまた、zcytor17ポリペプチドとの、クラスIサイトカイン受容体ファミリーメンバー間の配列類似性の分析から推定され得る。前に記載された“FASTA”分析のような方法を用いて、高い類似性の領域が、タンパク質ファミリー内に同定され、そして保存された領域のためのアミノ酸配列を分析するために使用される。構造に基づいて変異体ポリヌクレオチドを同定するためのもう1つのアプローチは、可能性ある変異体ポリヌクレオチドをコードする核酸分子が、上記で論じられたように、配列番号1、45又は53のヌクレオチド配列を有する核酸分子にハイブリダイズできるかどうかを決定することである。
【0123】
本発明のポリペプチドにおける必須アミノ酸を同定する他の方法は、当業界において知られている方法、例えば特定部位の突然変異誘発又はアラニン走査突然変異誘発である(Cunningham and Wells. Science 244: 1081 (1989);Bass など., Pro. Nat. Acad. Sci. USA 88: 4498 (1991); Coombs and Gorey, “Site−Directed Mutagenesis and Protein Engineering”, in Proteins. Aualysis and Design, Angeletti (ed.), P. 259−311 (Academic Press, Inc. 1998))。後者の技法においては、単一のアラニン突然変異が分子におけるあらゆる残基で導入され、そして得られる変異体分子が、分子の活性に対して決定的であるアミノ酸残基を同定するために、下記に開示されるように、生物学的又は生化学的活性について試験される。また、Hiltonなど., J. Biol. Chem. 271: 4699 (1996) を参照のこと。
【0124】
本発明はまた、本明細書において定義されるようなzcytor17ポリペプチドの機能的フラグメント、及びそのような機能的フラグメントをコードする核酸分子を包含する。本明細書において定義されるような、“機能的” zcytor17又はそのフラグメントは、その増殖又は分化活性により、特殊化された細胞機能を誘発し、又は阻害するその能力により、又は可溶性又は固定された抗−zcytor17抗体、zcytor17リガンドに特異的に結合するその能力により特徴づけられる。さらに、機能的フラグメントはまた、シグナルペプチド、細胞内シグナルドメイン、及び同様のものを包含する。前に本明細書において記載されたように、zcytor17は、クラスIサイトカイン受容体構造により特徴づけられる。
【0125】
従って、本発明はさらに、(a)本明細書に記載される細胞外ドメイン、サイトカイン−結合ドメイン、又は細胞内ドメインを含んで成るポリペプチド分子;及び(b)1又は複数のそれらのドメインを含んで成る機能的フラグメントを包含する融合タンパク質を提供する。融合タンパク質の他のポリペプチド部分は、もう1つのクラスIサイトカイン受容体、例えばgp130, LIF, IL−12,WSX−1, IL−2受容体β−サブユニット及びβ−共通受容体(すなわち、IL−3,IL−5及びGM−CSF受容体β−サブユニット)により、又は可溶性融合タンパク質の分泌を促進する非生来の及び/又は関連のない分泌シグナルペプチドにより寄与され得る。
【0126】
核酸分子の通常の欠失分析は、zcytor17ポリペプチドをコードする核酸分子の機能的フラグメントを得るために行われ得る。例示されるように、配列番号1、45又は53のヌクレオチド配列又はそのフラグメントを有するDNA分子は、一連の欠失を得るためにBal31ヌクレアーゼにより消化され得る。次に、それらのDNAフラグメントが正しい読み取り枠を整合して発現ベクター中に挿入され、そして発現されたポリペプチドが単離され、そしてzcytor17活性について、又は抗−zcytor17抗体又はzcytor17受容体を結合する能力について試験される。エキソヌクレアーゼ消化のための1つの方法は、欠失を導入するためにオリゴヌクレオチド−指図された突然変異誘発を使用し、又は所望するzcytor17フラグメントの生成を特定するために停止コドンを使用することである。他方では、zcytor17ポリヌクレオチドの特定のフラグメントは、ポリメラーゼ鎖反応を用いて合成され得る。
【0127】
機能的ドメインを同定するための標準の方法は、当業者に良く知られている。例えば、インターフェロンのいずれかの又は両末端での切断に対する研究が、Horisberger and Di Marco, pharmac. Ther. 66: 507 (1995) により要約されている。さらに、タンパク質の機能的分析のための標準技法は、例えばTreulterなど., Molec. Gen. Genet. 240: 113 (1993), Content など., “Expression and preliminary deletion analysisi of the 42 kDa 2−5A synthetase induced by human interferon”, in Biological Interferon Systems, Proceedings of ISIR−TNO Meeting on Interferon Systems, Cantell (ed.), Pages 65−72 (Nijhoff 1987), Herschman, “The EGF Enzyme”, in Cortrol of Animal Cell Proliferation, Vol. 1, Boynton など., (eds.) pages 169−199 (Academic Press 1985), Counailleau など., J. Biol. Chem. 270: 29270 (1995); Fukunaga など., J. Biol. Chem. 270: 25291 (1995); Yamaguchi など., Biochem. Pharmacol. 50: 1295 (1995); 及びMeiselなど., Plant Molec. Biol. 30: 1 (1996)により記載される。
【0128】
複数アミノ酸置換は、突然変異誘発及びスクリーニングの既知方法、例えばReidhaar−Olson and Sauer (science 241: 53−57, 1988)又はBowie and Sauer( Proc. Natl. Acad. Sci. USA86:2152−2156,1989 )により開示される方法を用いて行われ、そして試験される。手短に言及すれば、それらの著者は、ポリペプチドにおける複数の位置を同時ランダム化し、機能的ポリペプチドをスクリーンし、そして次に個々の位置での可能な置換の範囲を決定するために、突然変異誘発されたポリペプチドを配列決定するための方法を開示する。使用され得る他の方法は、ファージ表示(例えば、Lowman など., Biochem. 30 : 10832−10837,1991; Ladner など., アメリカ特許第5,223,409号; Huse, WIPO公開WO 92/06204号)、及び領域−指図された突然変異誘発(Derbyshire など., Gene 46 : 145, 1986; Ner など., DNA 7 : 127, 1988 )を包含する。
【0129】
開示されるzcytor17 DNA及びポリペプチド配列の変異体は、Stemmer, Nature 370 : 389−91, 1994, Stemmer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 10747−51, 1994及びWIPO公開WI97/20078により開示されるように、DNA シャフリングを通して生成され得る。手短に言及すれば、変異体DNA分子が、ランダムに導入された点突然変異をもたらす、親DNAのランダム断片化、続く、PCRを用いてのアセンブリーによるインビトロ相同組換えにより生成される。この技法は、前記工程中に追加の変動性を導入するために、親DNAのファミリー、例えば異なった種からの対立遺伝子変異体又はDNAを用いて改良され得る。所望する活性の選択又はスクリーニング、突然変異誘発及びアッセイの続くさらなる相互作用が、有害な変化に対して同時に選択しながら、所望する突然変異について選択することによって、配列の急速な“進化”を提供する。
【0130】
本明細書に開示されるような突然変異誘発方法は、宿主細胞におけるクローン化された突然変異誘発されたzcytor17受容体ポリペプチドの活性を検出するために高処理量の自動化されたスクリーニング方法と組み合わされ得る。これに関する好ましいアッセイは、下記に記載される、細胞増殖アッセイ及びバイオセンサー−に基づくリガンド−結合アッセイを包含する。活性受容体又はその一部(例えば、又はリガンド−結合フラグメント、シグナル化ドメイン及び同様のもの)をコードする突然変異誘発されたDNA分子が、宿主細胞から回収され、そしてすぐに、近代的装置を用いて配列され得る。それらの方法は、興味あるポリペプチドにおける個々のアミノ酸残基の重要性の急速な決定を可能にし、そして未知の構造のポリペプチドに適用され得る。
【0131】
さらに、本発明のタンパク質(又はそのポリペプチドフラグメント)は、多機能分子を供給するために、他の生物活性分子、特に他のサイトカインに連結され得る。例えば,zcytor17可溶性受容体からの1又は複数のヘリックスが、それらの生物学的性質又は生成の効率を高めるために、他のサイトカイン可溶性受容体に連結され得る。
【0132】
従って、本発明は、1又は複数のzcytor17のドメインを含んで成るセグメントが他のポリペプチドに融合されている一連の新規ハイブリッド分子を提供する。融合は好ましくは、組換え生成システムにおけるキメラ分子の発現を可能にするためにDNAレベルをスプライシングすることにより行われる。次に、その得られる分子は、改良された溶解性、改良された安定性、延長されたクリアランス半減期、改良された発現及び分泌レベル、及び薬物力学についてアッセイされる。そのようなハイブリッド分子はさらに、成分タンパク質又はポリペプチド間に追加のアミノ酸残基(例えば、ポリペプチドリンカー)を含んで成る。
【0133】
本明細書に論議される方法を用いて、当業者は、シグナルトランスダクション又はリガンド結合活性を保持する、配列番号2、46、54、57又は93の種々のポリペプチドフラグメント又は変異体を同定し、そして/又は調製することができる。例えば、サイトカイン−結合ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro))、細胞外ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Glu);配列番号2の残基33(Ala)〜532(Glu))、又はその対立遺伝子変異体又は種オルト体(例えば、本明細書に記載されるような、配列番号57及び93、及びその機能的フラグメント)に対して実質的に相同であり、そして野生型zcytor17タンパク質のリガンド−結合活性を保持する種々のポリペプチドを調製することによって、zcytor17を、“可溶性受容体”にすることができる。
【0134】
そのようなポリペプチドは、トランスメンブラン及び細胞内ドメインの一部又はすべてからの追加のアミノ酸を包含することができる。そのようなポリペプチドはまた、一般的に本明細書に開示されるような追加のポリペプチドセグメント、例えばラベル、親和性標識及び同様のものも包含することができる。
【0135】
変異体及び融合タンパク質を包含するいずれかのzcytor17ポリペプチド、例えば変異体、可溶性受容体及び融合ポリペプチド又はタンパク質に関しては、当業者は、上記表1及び2に示される情報を用いて、その変異体をコードする十分な縮重ポリヌクレオチド配列を用意に生成することができる。
【0136】
本発明のzcytor17ポリペプチド、例えば十分な長さのポリペプチド、生物学的に活性のフラグメント及び融合ポリペプチドは、従来の技法に従って、遺伝的に構築された宿主細胞において生成され得る。適切な宿主細胞は、外因性DNAにより形質転換又はトランスフェクトされ得、そして培養において増殖され得るそれらの細胞型であり、そして細菌、菌類細胞、及び培養された高等真核細胞を包含する。真核細胞、特に多細胞生物の培養された細胞が好ましい。クローン化されたDNA分子を操作し、そして種々の宿主細胞中に外因性DNAを導入するための技法は次の文献に開示される:Sambrool など., Molecular Cloning : A Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989, 及びAusubel など., eds., Current Protocol in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Ins., NY, 1987。
【0137】
一般的に、本発明のzcytor17ポリペプチドをコードするDNA配列は、その発現のために必要とされる他の遺伝子的要素、例えば一般的に、発現ベクター内の転写プロモーター及びターミネーターに作用可能に連結される。ベクターはまた、通常、1又は複数の選択マーカー及び1又は複数の複製の起点を含むであろうが、しかし当業者は、一定のシステム内で、選択マーカーが別のベクター上に供給され得、そして外因性DNAの複製が宿主細胞ゲノム中への組み込みにより供給され得ることを認識するであろう。プロモーター、ターミネーター、選択マーカー、ベクター及び要素の選択は、当業者のレベルの範囲内の通常のことである。多くのそのような要素は文献に記載されており、そして商業的供給者を通して入手できる。
【0138】
zcytor17ポリペプチドを、宿主細胞の分泌路中に方向づけるためには、分泌シグナル配列(又は、シグナル配列、リーダー配列、プレプロ配列又はプレ配列としても知られている)が、発現ベクターに供給される。分泌シグナル配列は、zcytor17の配列であり得、又はもう1つの分泌されたタンパク質(例えばt−PA )に由来し、又は新たに合成され得る。分泌シグナル配列は、zcytor17 DNA配列に作用可能に連結され、すなわち2つの配列は正しく読み取り枠を整合して連結され、そして宿主細胞の分泌経路中に新しく合成されたポリヌクレオチドを方向づけるように配置される。分泌シグナル配列は通常、興味あるポリペプチドをコードするDNA配列の5’ 側に位置するが、但し一定の分泌シグナル配列は、興味あるDNA配列の他の場所に位置することもできる(例えば、Welchなど.,アメリカ特許第5,037,743号;Hollandなど., アメリカ特許第5,143,830号を参照のこと)。
【0139】
他方では、本発明のポリペプチドに含まれる分泌シグナル配列は、分泌路中に他のポリペプチドを方向づけるために使用される。本発明はそのような融合ポリペプチドを提供する。シグナル融合ポリペプチドが製造され得、ここで配列番号2及び46のアミノ酸1(Met)〜アミノ酸19(Ala)又は配列番号54のアミノ酸1(Met)〜アミノ酸32(Ala)又は配列番号57又は93のアミノ酸28(Met)〜アミノ酸45(Ala)に由来する分泌シグナル配列が当業界において知られている方法及び本明細書に開示される方法を用いて、もう1つのポリペプチドに作用可能に連結されている。
【0140】
本発明の融合ポリペプチドに含まれる分泌シグナル配列は好ましくは、分泌路中い追加のペプチドを方向づけるためにその追加のペプチドにアミノ末端的に融合される。そのような構造体は、当業界において知られている多くの用途を有する。例えば、それらの新規の分泌シグナル配列融合構造体は通常分泌されないタンパク質の活性成分の分泌を方向づけることができる。そのような融合は、分泌路を通してペプチドを方向づけるためにインビボ又はインビトロで使用され得る。
【0141】
培養された哺乳類細胞または、本発明内の適切な宿主である。外因性DNAを 、哺乳類宿主細胞中に導入するための方法は、リン酸カルシュウム−仲介トランスフェクション(Wiglerなど., Cell 14 : 725, 1978; Corsaro and Pearson, Somatic Cell Genetics 7 :603, 1981; Graham など., Virology 52; 456, 1973),エレクトロポレーション( Neumann など., EMBO J. 1: 841−845, 1982 ); DEAE−デキストラン仲介トランスフェクション(Ausubel など., 前記)、及びリポソーム−仲介トランスフェクション(Hawley −Nelson など., Focus 15: 73, 1993; Ciccarone など.,Focus 15: 80, 1993 )を包含する。
【0142】
培養された哺乳類細胞における組換えポリペプチドの生成は、例えばlevinson など., アメリカ特許第4,713,339 号; Hagen など., アメリカ特許第4,784,950 号; Palmiter など., アメリカ特許第 4,579,821 号; 及びRingold, アメリカ特許第 4,656,134 号により開示される。培養された適切な哺乳類細胞は、COS−1(ATCC No. CRL 165)、COS−7(ATCC No. CRL 1651)、BHK(ATCC No. CRL 1632)、BHK 570 (ATCC No. CRL 10314 )、293(ATCC No. CRL 1573 ; Graham など., J. Gen. Viro. 36: 59−72, 1977 )、及びチャイニーズ ハムスター卵巣(例えば CHO−K1; ATCC No. CCL61 )細胞系を包含する。
【0143】
追加の適切な細胞系は当業界において知られており、そして公的な寄託所、例えば American Type Culture Collection,Manassas,VAから入手できる。一般的に、強い転写プロモーター、例えばSV−40 又はサイトメガロウィルスからのプロモーターが好ましい。例えば、アメリカ特許第4,956,288 号を参照のこと。他の適切なプロモーターは、メタロチオネイン遺伝子からのプロモーター(アメリカ特許 4,579,821 号及び第 4,601,978 号)、アデノウィルス主要後期プロモーターを包含する。
【0144】
薬物選択は一般的に、外来性DNAが挿入されている、培養された哺乳類細胞を選択するために使用される。そのような細胞は通常、“トランスフェクタント”として言及される。選択剤の存在下で培養され、そしてそれらの子孫に興味ある遺伝子を伝達することができる細胞は、“適切なトランスフェクタント”として言及される。好ましい選択マーカーは、抗生物質ネオマイシンに対する耐性をコードする遺伝子である。選択は、ネオマイシン型薬物、例えばG−418又は同様のもの存在下で実施される。“増幅”として言及される方法である選択システムは、興味ある遺伝子の発現レベルを高めるためにも使用される。
【0145】
増幅は、低レベルの選択剤の存在下でトランスフェクタントを培養し、そして次に、導入された遺伝子の生成物を高レベルで生成する細胞を選択するために選択剤の量を高めることによって実施される。好ましい増幅可能選択マーカーは、メトトレキセートに対する耐性を付与するジヒドロ葉酸レダクターゼである。他の耐薬物性遺伝子(例えば、ヒグロマイシン耐性、複数薬物耐性、ピューロマイシン アセチルトランスフェラーゼ)もまた、使用され得る。変更された表現型を導入する他のマーカー、例えば緑色蛍光タンパク質、又は細胞表面タンパク質、例えばCD4, CD8,クラスI MHC、胎盤アルカリホスファターゼが、FACS分類又は磁気ビース分離技法のような手段により、トランスフェクトされていない細胞とトランスフェクトされた細胞とを分類するために使用され得る。
【0146】
他の高等真核細胞、例えば昆虫細胞、植物細胞及び鳥類細胞もまた、宿主として使用され得る。植物細胞において遺伝子を発現するためのベクターとしてのアグロバクテリウム・リゾゲネス(Agrobacterium rhizogenes )の使用は、Sinkarなど.、J. Biosci. ( Bangalore ) 11: 47−58, 1987 により再考されている。昆虫細胞の形質転換、及びそこにおける外来性ポリペプチドの生成は、Guarino など.,アメリカ特許第5,162,222号;及びWIPO公開WO94/06463号により公開される。
【0147】
昆虫細胞は、オートグラファ・カリホルニカ( Autographa californica )核多角体病ウィルス(AcNPV)に通常由来する組換えバキュロウィルスにより感染され得る。King, L. A. and Possee, R.D., The Baculovirus Exprossion System: A Laboratory Guide, London, Chapman & Hall; O’Reilly, D. R. ., Baculovirus Expression Vector: A Laboratory Manual, New York, Oxford University Press., 1994; 及びRichardson, C. D., Ed., Baculovirus Expression Protocols. Methods in Molecular Biology, Totowa, NJ, Humana Press, 1995を参照のこと。組換えzcytor17バキュロウィルスを製造するための第2の方法は、Luckow ( Luckow, VA, など., J. Virol 67: 4566−79, 1993 ) により記載されるトランスポゾンに基づくシステムを利用する。
【0148】
トランスファーベクターを利用するこのシステムは、Bac−to−BacTMキット(Life Technologies, Rockville, MD)として市販されている。このシステムは、“bacmid” と呼ばれる大きなプラスミドとして、E.コリに維持されるバキュロウィルスゲノム中に、zcytor17ポリペプチドをコードするDNAを移動せしめるために、Tn7トランスポゾンを含むトランスファーベクター、pFastBacI TM (Life Technologies )を利用する。Hill−Perkins, M.S. and Possee, R.D., J. Gen. Virol. 71: 971−6, 1990; Bonning, B.C. など., J. Gen. Virol. 75: 1551−6, 1994; 及びChazenbalk, G. D., and Rapoport, B., J. Biol Chem. 270: 1543−9,1995 を参照のこと。
【0149】
さらに、トランスファーベクターは発現されたzcytor17ポリペプチドのC−又はN−末端でエピトープ標識、例えばGlu−Glu エピトープ標識をコードするDNAとのイン−フレーム融合体を含むことができる(Grussenmeyer, T. など., Peoc. Natl. Acad. Sci. 82: 7952−6, 1985)。当業界において知られている技法を用いて、zcytor17を含むトランスファーベクターにより、E.コリが形質転換され、そして組換えバキュロウィルスの表示である断続的lacZ遺伝子を含むbacmida についてスクリーンされる。組換えバキュロウィルスゲノムを含むbacmid DNA が、通常の技法を用いて単離され、そしてスポドプテラ・フルギペルダ( Spodoptera frugiperda )細胞、例えばSf9 細胞をトランスフェクトするために使用される。zcytor17を発現する組換えウィルスが結果的に生成される。組換えウィルス ストックは、当業者において通常使用される方法により製造される。
【0150】
組換えウィルスは、宿主細胞、典型的には、アワヨトウの幼虫、スポドプテラ・フルギペルダに由来する細胞系を感染せしめるために使用される。一般的には、Glick and Pasternak, Molecular Biotechnology: Principles and Application of Recombinant DNA, ASM Prss, Washington, D.C., 1994を参照のこと。もう1つの適切な細胞系は、トリコプルシア・ニ(Trichoplusia ni)に由来するHigh FiveOTM細胞系(Invitrogen)である(アメリカ特許第5,300,435号)。市販の血清フリー培地が、細胞を増殖し、そして維持するために使用される。
【0151】
適切な培地は、Sf9細胞のためには、SF900IITM (Life Technologies),又はEST 921TM(Expression Systems); 及びT. ni 細胞のためには、Ex−CellO405TM(JRH Biosciences, Lenza, KS)又はExpress FiveOTM(Life Technologies )である。使用される方法は一般的に、入手できる実験用マニュアルに記載されている(King, L. A. and Possee, R. D., 前記; O’Reilly, D. R. など., 前記;Richardson, C. D., 前記)。上清液からのzcytor17ポリペプチドの続く精製は、本明細書に記載される方法を用いて達成され得る。
【0152】
菌類細胞、例えば酵母細胞はまた、本発明内で使用され得る。これに関して、特に興味ある酵母種は、サッカロミセス・セレビシアエ(Saccharomyces cerevisiae), ピチア・パストリス(Pichia pastoris)及びピチア・メタノリカ(pichia methanolica) を包含する。外因性DNAによりS. セレビシアエ細胞を形質転換し、そしてそれから組換えポリペプチドを生成するための方法は、例えばKawasaki, アメリカ特許第4,599,311号;Kawasaki など., アメリカ特許第4,931,373号;Brake, アメリカ特許第4,870,008号;Welchなど., アメリカ特許第5,037,743号;及びMurray など., アメリカ特許第4,845,075号により開示される。形質転換された細胞は、選択マーカー、通常、耐薬物性、又は、特定の栄養物(例えばロイシン)の不在下で増殖する能力により決定される表現型により選択される。
【0153】
サッカロミセス・セレビシアエへの使用のための好ましいベクターシステムは、グルコース含有培地における増殖により形質転換された細胞の選択を可能にする、Kawasaki など. (アメリカ特許第4,931,373号)により開示されるPOT1ベクターシステムである。酵母への使用のための適切なプロモーター及びターミネーターは、解糖酵素遺伝子(例えば、Kawasaki, アメリカ特許第4,599,311号;Kingsmanなど., アメリカ特許第4,615,974号;及びBitter, アメリカ特許第4,977,092 号を参照のこと)及びアルコール デヒドロゲナーゼ遺伝子からのものを包含する。また、アメリカ特許第4,990,446 号;第5,063,154号;第5,139,936 号;及び第4,661,454号を参照のこと。
【0154】
他の酵素、例えばハンセヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha)、シゾサッカロミセス・ポンベ( Schizosaccharomyces pombe )、クルイベリミセス・ラクチス( Kluyveromyces lactis )、クルイベリミセス・フラギリス(Kluyveromyces fragilis )、ウスチラゴ・マイジス(Ustilago maydis )、ピチア・パストリス( Pichia pastoris )、ピチア・メタノリカ(Pichia methanolica)、ピチア・グイレルモンジ( Pichia guillermondii )、及びカンジタ・マルトサ(Candida maltosa )のための形質転換システムは、当業界において知られている。
【0155】
例えば、Gleeson など., J. Gen. Microbiol. 132: 3459−3465, 1986 及びCregg, アメリカ特許第4,882,279 号を参照のこと。アスペルギラス細胞は、Mcknight など.,アメリカ特許第4,935,349号の方法に従って使用され得る。アクレモニウム・クリソゲナム(Acremonium chrysogenum)を形質転換するための方法は、Sumino ., アメリカ特許第5,162,228号により開示される。ニューロスポラ(Neurospora)を形質転換するための方法は、Lambowitz, アメリカ特許第4,486,533号により開示される。
【0156】
組換えタンパク質の生成のための宿主としてのピチア・メタノリカの使用は、WIPO公開WO97/17450, WO97/17451、WO98/02536及びWO98/02565に開示される。P.メタノリカの形質転換に使用するためのDNA分子は通常、形質転換の前、好ましくは線状化される、二本鎖の環状プラスミドとして調製されるであろう。P.メタノリカにおけるポリペプチド生成のためには、プラスミドにおけるプロモーター及びターミネーターは、P.メタノリカ遺伝子、例えばP.メタノリカ アルコール利用遺伝子(AUG1又はAUG2)のものであることが好ましい。他の有用なプロモーターは、ジヒドロキシアセトンシンターゼ(DHAS)、ギ酸デヒドロゲナーゼ(FMD)、及びカタラーゼ(CAT)遺伝子のものを包含する。
【0157】
宿主染色体中へのDNAの組み込みを促進するためには、宿主DNA配列を両端に有するプラスミドの完全な発現セグメントを有することが好ましい。ピチア メタノリカへの使用のための好ましい選択マーカーは、アデニンの不在下でade2宿主細胞の増殖を可能にする、ホスホリボシル−5−アミノイミダゾールカルボキシラーゼ(AIRC; EC. 4.1.1.21)をコードするP.メタノリカADE2遺伝子である。メタノールの使用を最少にすることが所望される大規模産業方法のためには、両メタノール利用遺伝子(AUG1及びAUG2)が欠失されている宿主細胞を使用することが好ましい。
【0158】
分泌されたタンパク質の生成のためには、液胞プロテアーゼ遺伝子(PEP4及びPRB1)を欠いている宿主細胞が好ましい。エレクトロポレーションが、P.メタノリカ細胞中への、興味あるポリペプチドをコードするDNAを含むプラスミドの導入を促進するために使用される。2.5〜4.5kV/cm,好ましくは約3.75kV/cmの電場の強さ、及び1〜40m秒、最も好ましくは約20m秒の時定数(t)を有する、指数的に減衰する、パルスされた電場を用いて、エレクトロポレーションによりP.メタノリカ細胞を形質転換することが好ましい。
【0159】
原核宿主細胞、例えば細菌E.コリ、バシラス及び他の属の菌株はまた、本発明において有用な宿主細胞である。それらの宿主を形質転換し、そしてそこにクローン化される外来性DNA配列を発現するための技法は、当業界において良く知られている(例えば、Sambrookなど., 前記を参照のこと)。細菌、例えばE.コリにおいてzcytor17ポリペプチドを発現する場合、そのポリペプチドは、典型的には不溶性顆粒として細胞質に保持され得、又は細菌の分泌配列により細胞周辺腔に向けられ得る。
【0160】
前者の場合、細胞は溶解され、そして顆粒が回収され、そして例えばグアニジンイソチオシアネート又はウレアを用いて変性される。次に、変性されたポリペプチドが再生され、そして例えばウレア、及び還元された及び酸化されたグルタチオンの組み合わせの溶液に対する透析、続く緩衝溶液に対する透析により、前記変成体を希釈することによってニ量体化され得る。後者の場合、ポリペプチドは、細胞周辺腔の内容物を開放するために細胞を破壊し(例えば、音波処理又は浸透ショックにより)、そしてタンパク質を回収することによって、細胞周辺腔から可溶性及び機能性形で回収され、それにより、変性及び再生のための必要性を回避することができる。
【0161】
形質転換され又はトランスフェクトされた宿主細胞は、選択された宿主細胞の増殖のために必要とされる栄養物及び他の成分を含む培養培地において、従来の方法に従って培養される。種々の適切な培地、例えば定義された培地及び複合培地は、当業界において知られており、そして一般的には、炭素源、窒素源、必須アミノ酸、ビタミン及び鉱物を含む。培地はまた、必要とされる場合、成長因子又は血清のような成分も含むことができる。
【0162】
増殖培地は一般的に、外因的に付加されたDNAを含む細胞を、例えば発現ベクター上に担持される選択マーカーにより補足され、又は宿主細胞中に同時トランスフェクトされる必須栄養物における薬物選択又は栄養欠乏により選択するであろう。P.メタノリカ細胞は適切な炭素源、窒素源及び微量栄養物を含んでなる培地において、約25℃〜35℃の温度で培養される。液体培養物は、従来の手段、例えば小さなフラスコの振盪又は発酵器のスパージングにより十分なエアレーションを提供される。P.メタノリカのための好ましい培養培地は、YEPD(2%D−グルコース、2%のBactoTMペプトン(Difco Laboratories, Detroit, MI), 1%のBactoTM 酵母抽出物(Difco Laboratories), 0.004%のアデニン及び0.006%のL−ロイシン)である。
【0163】
本発明の1つの観点においては、zcytor17サイトカイン受容体(例えば、トランスメンブラン及び細胞内ドメイン)は、培養された細胞により生成され、そして細胞は、受容体のためのリガンド、例えば天然のリガンド、及び天然のリガンドのアゴニスト及びアンタゴニストについてスクリーンするために使用される。このアプローチを要約すると、受容体をコードするcDNA又は遺伝子がその発現のために必要とされる他の遺伝子要素(例えば、転写プロモーター)と組合され、そしてその得られる発現ベクターが宿主細胞中に挿入される。DNAを発現し、そして機能的受容体を生成する細胞が選択され、そして種々のスクリーニングシステム内に使用される。
【0164】
本発明の新規受容体の発現及び受容体−介在性シグナルのトランスダクションへの使用のために適切な哺乳類細胞は、β−サブユニット、例えばgp130を発現する細胞、及びgp130及びLIF受容体を同時発現する細胞を包含する(Gearingなど., EMBO. J. 10:2839−2848, 1991; Gearing など., アメリカ特許第5,284,755号)。これに関して、同じサブファミリーにおける受容体、例えばIL−6又はLIFに結合する他のサイトカインに対して応答性である細胞を使用することが一般的に好ましい。なぜならば、そのような細胞は必要なシグナルトランスダクション経路を含むであろうからである。
【0165】
このタイプの好ましい細胞は、ヒトTF−1細胞系(ATCC番号CRL−2003)及びDA−1細胞系を包含する(Branchなど., Blood 69: 1782, 1987; Broudy など., Blood 75; 1622−1626, 1990)。他方では、適切な宿主細胞は、所望する細胞応答のために必要とされるβ−サブユニット又は他の細胞成分を生成するために構築され得る。例えば、ネズミ細胞系BaF3 (Palacios and Steinmetz, Cell 41: 727−734, 1985; Mathey− Prevotなど., Mol. Cell. Biol. 6: 4133−4135, 1986), 子供ハムスター腎臓(BHK)細胞系、又はCTLL−2細胞系(ATTC TIB−214)が、マウスgp130サブユニット、又はマウスgp130及びLIF受容体、並びにzcytor17発現するためにトランスフェクトされ得る。
【0166】
同じ種からの宿主細胞及び受容体を使用することが一般的に好ましいが、しかしながら、このアプローチは、いずれかの種からの多数の受容体サブユニットを発現するための細胞系の構築を可能にし、それにより、種特異性から生じる可能性ある制限を克服する。他方では、マスス受容体cDNAの種相同体、例えばBaF3細胞系におけるマウスcDNAが、同じ種からの細胞系内でクローン化され、そしてその細胞内で使用され得る。従って、1つの造血成長因子、例えばIL−3に依存する細胞系が、zcytor17リガンド、又は抗−zcytor17抗体に依存性になるように構築され得る。
【0167】
機能的zcytor17を発現する細胞が、スクリーニングアッセイ内に使用される。種々の適切なアッセイは、当業界において良く知られている。それらのアッセイは、標的細胞における生物学的反応の検出に依存する。1つのそのようなアッセイは、細胞増殖アッセイである。細胞は、試験化合物の存在又は不在下で培養され、そして細胞増殖は、例えばトリチウム化されたチミジンの組み込みを測定することにより、又はAlymar BlueTM (AccuMed, Chicago, IL) 又は3−(4,5−ジメチルチアゾール−2−イル)−2,5−ジフェニルテトラゾリウムブロミド(MTT)(Mosman, J. Immunol. Meth. 65: 55−63, 1983)の代謝性分解に基づく比色分析により検出される。
【0168】
他のアッセイ型は、レポーター遺伝子を発現するよう、さらに構築される細胞を用いる。レポーター遺伝子は、レポーター−連結経路に応答するプロモーター要素に連結され、そしてアッセイは、レポーター遺伝子の転写の活性化を検出する。これに関しての好ましいプロモーター要素は、血清応答要素、STAT又はSREである(例えば、Shawなど., Cell 563−572, 1989を参照のこと)。好ましいそのようなレポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ遺伝子である(de Wetなど., Mol. Cell. Biol. 7: 1987)。ルシフェラーゼ遺伝子の発現は、当業界において知られている方法を用いて発光により検出される(Baumgartnerなど., J. Biol. Chem. 269: 19094−29101, 1994; Schenborn and Goiffin, Promega Notes 41; 11, 1993)。
【0169】
ルシフェラーゼアッセイキットは、例えばPromega Corp., Madison, WIから市販されている。この型の標的細胞系は、化学物質、細胞−ならし培養培地、菌類ブイヨン、土壌サンプル、水サンプル及び同様のもののライブラリーをスクリーンするために使用され得る。例えば、細胞−又は組織−ならし培地サンプルのバンクが、リガンドを生成する細胞を同定するために標的細胞に対してアッセイされ得る。
【0170】
次に、陽性細胞が、プールに分けられ、宿主細胞中にトランスフェクトされ、そして発現される、哺乳類細胞発現ベクターにおいてcDNAライブラリーを生成するために使用される。次にトランスフェクトされた細胞からの培地サンプルがアッセイされ、続くプールの分割、トランスフェクション、継代培養、及び陽性細胞の再アッセイが伴ない、リガンドを発現するクローン細胞系が単離され得る。腎臓、肝臓、膵臓、胸腺、他のリンパ組織により条件付けされた培地サンプルが、スクリーニング方法への使用のためのリガンドの好ましい源である。
【0171】
zcytor17のための天然のリガンドはまた、zcytor17を発現するサイトカイン−依存性細胞系を突然変異誘発し、そしてそれを、オートクライン増殖について選択する条件下で培養することによって同定され得る。WIPO公開WO95/21930号を参照のこと。典型的な方法においては、zcytor17を発現する細胞が、例えばEMSにより突然変異誘発される。次に、細胞が、必要とされるサイトカインの存在下で回収され、次に、サイトカインを欠いている培養培地にトランスファーされる。
【0172】
生存細胞が、リガンドに対して競争するために、可溶性受容体ポリペプチドを、本明細書に記載されるzcytor17サイトカイン−結合ドメインを含んで成る培養培地に添加することにより、又はzcytor17受容体を発現するトランスフェクトされた細胞に比較して、野生型細胞に基づくならし培地をアッセイすることにより、zcytor17のためのリガンドの生成についてスクリーンされる。この方法に使用するための好ましい細胞系は、gp130又は、IF受容体と組合してgp130を発現するためにトランスフェクトされる細胞を包含する。好ましいそのような宿主細胞系は、トランスフェクトされたCTLL−2細胞(Gilis and Smith, Nature 268: 154−156, 1977)及びトランスフェクトされたBaF3細胞を包含する。
【0173】
さらに、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドを使用する分泌トラップ方法は、zcytor17リガンドを単離するために使用され得る(Aldrich, など., Cell 87: 1161−1169, 1996)。既知の又は疑わしいリガンド源から調製されたcDNA発現ライブラリーが、COS−7細胞中にトランスフェクトされる。cDNAライブラリーベクターは一般的に、COS−7細胞における増殖のためのSV40起点、及び高い発現のためのCMVプロモーターを有する。トランスフェクトされたCOS−7細胞は、単層において増殖され、そして次に固定され、そして浸透せしめられる。
【0174】
次に、本明細書に記載される、標的化されているか、又はビオチン−ラベルされたzcytor17可溶性受容体が、細胞像と接触して配置され、そして抗−相補的分子、すなわちzcytor17リガンドを発現する、単層における細胞の結合を可能にされる。従って、リガンドを発現する細胞が、受容体分子により結合されるであろう。ホースラディシュペルオキシダーゼ(HRP)により接合される抗−標的抗体(Ig融合体のための抗−Ig、FLAG−標的化された融合体のためのM2又は抗−FLAG、 ストレプタビジン及び同様のもの)は、標的化されているか、又はビオチン−ラベルされたzcytor17可溶性受容体が結合しているそれらの細胞を可視化するために使用される。
【0175】
HRPは、チラミド試薬、例えばチラミド−FITCの付着を触媒する。市販のキットが、この検出のために使用され得る(Renaissance TSA−DirectTM Kit; NEN Life ScienceProducts, Boston, MA)。zcytor17受容体リガンドを発現する細胞は、緑色の細胞として蛍光顕微鏡下で同定され、そしてAldrich,など., 前記に概略されるように、プラスミド救助のための方法を用いてのリガンドの続くクローニング、クローンが同定されるまでの続くラウンドの分泌トラップアッセイのために採取されるであろう。
【0176】
受容体として、zcytor17ポリペプチドの活性は、受容体結合及び続く生理学的細胞応答に関連する細胞外酸性化速度又はプロトン排泄を測定する珪素基材のバイオセンサーマイクロフィジオメーターにより測定され得る。典型的な装置は、Molecular device, Sunnyvale, CAにより製造されるCytosensorTM Microphysiometerである。種々の細胞応答、たとえば細胞増殖、イオン輸送、エネルギー生成、炎症応答、調節及び受容体活性化及び同様のものが、この方法により測定され得る。例えば、McConnell, H.M. など., Science 257: 1905−1912, 1992; Pitchford, S. など., Meth. Enzymol. 228: 84−108, 1997; Arimilli, S. など., J. Immunol. Meth. 212: 49−59, 1998; Van Liefde, I. など., Eur. J. Pharmacol. 346: 87−95, 1998を参照のこと。
【0177】
マイクロフィジオメーターは、付着性又は非付着性真核又は原核細胞をアッセイするために使用され得る。時間にわたって細胞培地における細胞外酸性化の変化を測定することによって、マイクロフィジオメーターは、種々の刺激、例えばzcytor17ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストに対する細胞応答を直接的に測定する。好ましくは、マイクロフィジオメーターは、zcytor17ポリペプチドを発現しない対照の真核細胞に比較して、zcytor17−発現性真核細胞の応答を測定するために使用される。zcytor17−発現性真核細胞は、zcytor17−調整刺激に対して応答性である細胞を創造するか、又は天然において発現性のzcytor17細胞、例えばリンパ球、膵臓、胸腺組織、又はPBLに由来するzcytor17−発現性細胞である細胞を創造する、本明細書に記載されるように、アデノウィルスベクターを通して、zcytor17がトランスフェクトされているか、又は感染されている細胞を包含する。
【0178】
対照に比較して、マウスzcytor10を発現する細胞の応答における細胞外酸性化の上昇又は低下により測定される差異が、zcytor17−調節された細胞応答の直接的に測定である。さらに、そのようなzcytor17−調節された応答は、種々の刺激下でアッセイされ得る。また、マイクロフィジオメーターを用いれば、zcytor17ポリペプチドを発現する細胞を供給し、前記細胞の第1部分を試験化合物の不在下で培養し、前記細胞の第2部分を試験化合物の存在下で培養し、そして前記細胞の第1部分に比較して、前記細胞の第2部分の細胞応答の上昇又は低下の変化を検出することを含んでなる、zcytor17ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストを同定するための方法が提供される。zcytor17ポリペプチドのためのアンタゴニスト及びアゴニストは、この方法を用いて急速に同定され得る。
【0179】
本発明により提供される追加のアッセイは、ハイブリッド受容体ポリペプチドの使用を包含する。それらのハイブリッドポリペプチドは、2種の一般的なクラスに分けられる。第1のクラスにおいては、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)、配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)、配列番号54の残基557(Lys)〜662(Ile)又は配列番号57の残基551(Lys)〜662(Cys)を含んで成るzcytor17の細胞内ドメインは、第2受容体のリガンド−結合ドメインに連結される。好ましくは、第2受容体は造血サイトカイン受容体、例えばmpl受容体である(Souyriなど., Cell 63: 1137−1147, 1990)。ハイブリッド受容体はさらに、いずれかの受容体に由来するトランスメンブランドメインを含んで成るであろう。
【0180】
次に、ハイブリッド受容体をコードするDNA構造体が宿主細胞中に挿入される。ハイブリッド受容体を発現する細胞が、結合ドメインのためのリガンドの存在下で培養され、そして応答についてアッセイされる。このシステムは、容易に入手できるリガンドを用いて、zcytor17により介在されるシグナルトランスダクションを分析するための手段を提供する。このシステムはまた、特定の細胞系がzcytor17により形質導入されたシグナルに応答できるかどうかを決定するためにも使用され得る。
【0181】
第2クラスのハイブリッド受容体ポリペプチドは、第2受容体、好ましくはサイトカイン受容体の細胞質ドメイン及びトランスメンブランドメインと共に、zcytor17の細胞外(リガンド結合)ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Glu);配列番号54の残基33(Ala)〜532(Glu))又はサイトカイン−結合ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);又は配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro);配列番号57の残基46(Val)〜533(Glu);又は配列番号93の残基46(Val)〜533(Trp))を含んで成る。
【0182】
トランスメンブランドメインは、いずれかの受容体に由来することができる。この第2クラスのハイブリッド受容体は、第2受容体により形質導入されるシグナルに応答することが知らされている細胞において発現される。それらの2種のハイブリッド受容体は、受容体に基づいくアッセイシステム内での広範囲の細胞型の使用を可能にする。
【0183】
次に、zcytor17のためのリガンドを発現することが見出された細胞が、リガンド−コードのcDNAが上記に開示されるように単離され得るcDNAライブラリーを調製するために使用される。従って、本発明は、新規受容体ポリペプチドの他に、受容体のためのポリペプチドリガンドをクローニングするための方法を提供する。
【0184】
zcytor17構造及び組織発現は、初期造血又は胸腺細胞発生及び免疫応答調節又は炎症において役割を演じることができる。それらの工程は、1又は複数のサイトカインのそれらの同種受容体への結合に応答しての細胞増殖及び分化の刺激を包含する。この受容体に関して観察される組織分布の観点から、アゴニスト(天然のリガンドを包含する)及びアンタゴニストは、インビトロ及びインビボ用途において莫大な可能性を有する。
【0185】
受容体アゴニストに同定される化合物は、インビトロ及びインビボで、標的細胞の増殖及び進化を刺激するために有用である。例えば、アゴニスト化合物又は抗−zcytor17抗体は、定義された細胞培養培地の成分として有用であり、そして細胞培養において通常使用される血清を置換するために、単独で又は他のサイトカイン及びホルモンと組合して使用され得る。従って、アゴニストは、T−細胞、B−細胞、及びリンパ球及び骨髄性系の他の細胞、及び培養における造血細胞の増殖及び/又は進化又は活性化を特別に促進することにおいて有用である。
【0186】
zcytor17又は抗−zcytor17抗体及び結合パートナーのためのアゴニストリガンドは、細胞−介在性免疫性の刺激において、及びリンパ球増殖の刺激のために、例えば免疫抑制に関与する感染、例えば一定のウィルス感染の処理の研究への使用において有用である。追加の使用は、悪性形質転換が抗原性である腫瘍細胞をもたらす、腫瘍抑制のためのマウスモデルへの使用を包含する。アゴニストリガンド又は抗―zcytor17抗体及び結合パートナーは、エフェクター細胞、例えばT−細胞、NK(天然のキラー)細胞又はLAK(リンパ性の活性化されたキラー)細胞の活性化を通して介在され得るか、又はアポプトシス経路を通して直接的に誘発され得る、細胞毒性を誘発するために使用され得る。
【0187】
アゴニストリガンド又は抗−zcytor17抗体及び結合パートナーはまた、影響された細胞型のレベルを高めることによって白血球減少の処理において、及び骨髄移植の後、T−細胞レパートリーの再生の増強のために、又は単球増殖又は活性化のために、及び本明細書に記載される診断および他の使用のために有用である。
【0188】
アンタゴニストリガンド、化合物又は抗−zcytor17抗体は、免疫型の抑制、例えば自己免疫疾患、例えばリュウマチ様関節炎、多発性硬化症、真性糖尿病、炎症性腫疾患、クローン病、等の処理に使用され得る。免疫抑制はまた、組織又は器官移植の拒絶を低めるために、及び影響された細胞型の増殖を阻害することによってT−細胞、B−細胞又は単球特異的白血病又はリンパ腫、及び他の免疫細胞癌を処理するためにも使用され得る。さらに、zcytor17ポリヌクレオチド、抗−zcytor17抗体及び結合パートナーが、単球を検出するために、及びそのような自己免疫疾患、特に単球が高められるか又は活性化される疾病状態の診断を助けるために使用され得る。
【0189】
zcytor17ポリペプチドはまた、リガンドの循環レベルの検出のための診断システムにも使用され得る。関連する態様においては、zcytor17受容体ポリペプチドに結合する抗体又は他の剤は、循環受容体ポリペプチドを検出するために使用され得る。zcytor17は、配列番号18及び22に示される可溶性受容体形により示されるような可溶性受容体として天然において発現されると思われる。高められたレベルか又は低められたレベルのリガンド又は受容体ポリペプチドは、病理学的状態、例えば癌の表示であり得る。そのような受容体ポリペプチドは、病理学的工程に寄与し、そして基礎をなす疫病の間接的マーカーであり得る。
【0190】
例えば、ヒト血清における高められたレベルの可溶性IL−2は、広範囲の炎症及び腫瘍性状態、例えば心筋梗塞、ぜん息、重症筋無力症、リウマチ様関節炎、急性T−細胞白血病、B−細胞リンパ腫、慢性リンパ性白血病、結腸癌、乳癌及び卵巣癌に関連している(Heaneyなど., Blood87:847−857,1996)。同様に、zcytor17は、活性化された単球において高められ、そして従って、zcytor17及び/又はその可溶性受容体は、炎症及びそれに関連する新生状態についてのマーカーにより結合されるか又はそれらとして作用することができる。
【0191】
zcytor17受容体又は“可溶性受容体”のリガンド−結合ポリペプチドは、zcytor17サイトカイン結合ドメイン(ヒト受容体配列番号2及び46の残基20(Ala)〜227(Pro);又はヒト受容体配列番号54の残基33(Ala)〜240(Pro))、又は細胞外ドメイン(配列番号2及び46の残基20(Ala)〜519(Glu);又は配列番号54の残基33(Ala)〜532(Glu))、又は非ヒト受容体のその対応する領域、例えば配列番号57及び93について記載されるその対応する領域をコードする切断されたDNAを発現することによって調製され得る。好ましくは、細胞外ドメインは、トランスメンブラン及び細胞内ポリペプチドセグメントを実質的に有さない形で調製され得る。
【0192】
さらに、上記zcytor17サイトカイン結合ドメイン内のリガンド−結合ポリペプチドフラグメントはまた、本明細書に記載される使用のためのzcytor17可溶性受容体として作用することができる。宿主細胞化らの受容体ポリペプチドの輸送を方向づけるためには、受容体DNAは、分泌ペプチド、例えばt−PA分泌ペプチド又はzcytor17分泌ペプチドをコードする第2DNAセグメントに結合される。分泌された受容体ポリペプチドの精製を促進するためには、C−末端延長、例えばポリ−ヒスチジン標識、Glu−Glu標識ペプチド、物質P, FlagTM ペプチド(Hoppなど., Bio/Technology6:1204−1210, 1988; Eastman Kodak Co., New Haven, CTから入手できる)、又は抗体又は他の特定の結合剤が利用できるもう1つのポリペプチド又はタンパク質が、受容体ポリペプチドに融合され得る。
【0193】
もう1つのアプローチにおいては、受容体細胞外ドメインは、2種の不変領域ドメインを含み、そして可変領域を欠いている、免疫グロブリン、H鎖不変領域、典型的には、Fcフラグメント(例えば、Fc4)との融合体として発現され得る。そのような融合体は典型的には、マルチマー分子として分泌され、ここでFc部分はお互いジスルフィド結合され、そして2種の受容体ポリペプチドがお互い密接に接近して整列されている。このタイプの融合体は、溶液から同種リガンドを親和性精製するために、インビトロアッセイ手段として、リガンドを特異的に滴定することによってインビボでシグナルを阻止するために、及び循環リガンドを結合し、そしてそれを循環から洗浄するために、それらを非経口投与することによってインビボでのアンタゴニストとして使用され得る。
【0194】
リガンドを精製するためには、zcytor17−Igキメラが、リガンドを含むサンプル(例えば、細胞−ならし培地又は組織抽出物)に、受容体−リガンド結合を促進する条件(典型的には、生理学的に近い温度、pH及びイオン強度)下で添加される。次に、キメラ−リガンド複合体が、固体支持体(例えば、不溶性樹脂ビーズ)上に固定されているタンパク質Aを用いて、混合物により分離される。次に、リガンドは、従来の化学的技法、例えば塩又はpHグラジエントを用いて溶出される。他方では、キメラ自体は、固体支持体に結合され、そして結合及び溶出は上記のようにして行われる。集められた画分は、所望する純度に達するまで、再分別され得る。
【0195】
さらに、zcytor17可溶性受容体は、リガンドの存在が所望されない治療又は他の用途において、インビボ又はインビトロでリガンドを結合するために、“リガンドシンク(ligand sink)”、すなわちアンタゴニストとして使用され得る。例えば、多量の生物活性zcytor17リガンドを発現する癌においては、zcytor17可溶性受容体は、インビボで、リガンドの直接的なアンタゴニストとして使用され得、そして疾病に関連する進行及び病状の低下を助けることができる。さらに、zcytor17可溶性受容体は、zcytor17受容体を過剰発現する癌の進行を、それらの癌の増殖を増強するリガンドをインビボで結合することによって遅延するために使用され得る。zcytor17可溶性受容体のための類似するインビトロ用途が、例えば、zcytor17リガンドの不在下で増殖する細胞系を選択するために負の選択として使用され得る。
【0196】
さらに、zcytor17可溶性受容体は、インビボで、又は組織サンプルにおいて、zcytor17リガンド−発現性癌を検出するために、インビボで又は診断用途において使用され得る。例えば、zcytor17可溶性受容体は、本明細書に記載されるような放射性ラベル又は蛍光ラベルに接合され得、そしてインビトロリガンド−受容体型結合アッセイ又は蛍光イメージングアッセイを用いて、組織サンプルにおけるリガンドの存在を検出するために使用され得る。さらに、放射性ラベルされたzcytor17可溶性受容体は、当業界において知られている放射性−イメージングを通して、リガンド発現性固形腫瘍を検出するために、インビボで投与され得る。
【0197】
本発明の分子は、免疫系の単級/マクロファージアームに特に使用される。たとえば、インターフェロンγ(IFN−γ)は、単核食細胞の有能な活性化因子である。インターフェロンγによるTHP−1細胞(ATCC No. TIB−202)の活性化に基づいてのzcytor17の発現の上昇は、この受容体が単球活性化に包含されることを示唆する。単球は、それらが成熟し、そしてマクロファージによる種々の組織に移動する不完全に分化された細胞である。
【0198】
マクロファージは、リンパ球に対する抗原を提供することによって免疫応答における中心的役割を演じ、そして多くのサイトカインを分泌することによってリンパ球に対する補助細胞として補助的役割を演じる。マクロファージは、細胞外分子をインターナライズすることができ、そして活性化に基づいて、細胞内微生物及び腫瘍細胞を殺害する高められた能力を有する。活性化されたマクロファージはまた、急性又は局部炎症を刺激することにおいても包含される。さらに、単球−マクロファージ機能は、種々の疾病状態において異常であることが示されている。例えば、Johnston, RB, New Eng. J. Med. 318: 747−752, 1998を参照のこと。
【0199】
当業者は、zcytor17のアゴニストが有用であることを認識するであろう。例えば、単球の抑制された移動が、感染の素因を有する集団、例えば新生児、コルチコステロイド又は他の免疫抑制治療を受ける患者、及び真生糖尿病、熱傷又はAIDSを有する患者において報告されている。zcytor17のためのアゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体及び結合パートナー、並びに天然のリガンドは、それらの集団において感染を移動し、そしてたぶん妨げる単球の能力の上昇をもたらすことができた。慢性肉芽腫の疾患を有する患者からの単核食細胞による食細胞性殺害の根深い欠陥がまた存在する。これは、皮下膿瘍、及び肝臓、肺、膵臓及びリンパ節における膿瘍の形成をもたらす。zcytor17のアゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体及び結合パートナー、並びに、天然のリガンドは、この食細胞欠陥を補正し、又は改良することができた。
【0200】
さらに、欠陥性単球細胞毒性が、癌及びWiskott−Aldrich症候群(湿疹、血小板減少症及び再発性感染)を有する患者において報告されている。zcytor17のアゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体及び結合パートナー、並びに天然のリガンドによる単球の活性化は、それらの状態の処理を助けることができる。単球−マクロファージシステムは、いくつかの脂質−貯蔵疾患(スフィンゴリピドーシス)、例えばGaucher’s病に優先的に包含される。感染に対する耐性は、zcytor17に対するアゴニスト、例えば抗−zcytor17及び結合パートナー、並びに天然のリガンドにより処理され得る、マクロファージ−機能の欠陥のために、低められ得る。
【0201】
さらに、当業者は、zcytor17のアンタゴニストが有用であることを認識するであろう。例えばアテローム硬化症性病変においては、最初の異常性の1つは、内皮細胞への単球/マクロファージの局在化である。それらの病変は、zcytor17に対するアンタゴニストの使用により妨げられ得る。抗−zcytor17抗体及び結合パートナーはまた、zcytor17の天然のリガンドに対するアンタゴニストとしても使用され得る。
【0202】
さらに、単芽球性白血病は、マクロファージの生物学的生成物の開放に影響を及ぼす種々の臨床学的異常性により結合され、それらの例としては、血清及び尿における高レベルのリゾチーム及び高熱を包含する。さらに、そのような白血病は、単球細胞の異常上昇を示す。それらの結果は、たぶん、本明細書に記載されるような、zcytor17に対するアンタゴニストにより妨げられる。さらに、抗−zcytor17抗体及び結合パートナーは、白血病単球細胞の殺害を方向づけるために、本明細書に記載されるようにして、分子、例えば毒性成分及びサイトカインに接合され得る。
【0203】
当業界において知られており、そして本明細書に開示される方法を用いて、当業者は、本明細書に開示される疾病状態、例えば炎症、癌又は感染、並びに単球細胞を包含する他の疾病状態におけるzcytor17アゴニスト及びアンタゴニストの活性を容易に評価することができた。さらに、zcytor17が単級−特異的態様で発現され、そしてそれらの疾病が単球細胞の異常性、例えば細胞増殖、機能、局在化及び活性化を包含するので、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド及び抗体は、そのような単球細胞異常性を検出し、そして疾病の存在を示すための特徴として使用され得る。そのような方法は、患者から生物学的サンプル、例えば血液、唾液又は生検を取り、採取し、そしてそれと正常な対照サンプルとを比較することを包含する。
【0204】
組織学的、細胞学的、流動細胞計測性、生化学的及び他の方法が、zcytor17の相対的レベル又は局在化、又はzcytor17を発現する細胞を測定するために使用され得、すなわち患者サンプルにおける単球が正常対照に比較される。対照と比較しての、zcytor17発現のレベル(上昇又は下降)の変化、又は単球の数又は局在化の変化(例えば、それらが正常に存在しない組織における単球細胞の上昇又は浸潤)が、疾病の表示である。そのような診断方法はまた、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド又は抗体に結合される放射分析、蛍光及び比色標識の使用を包含することができる。そのような方法は、当業者において良く知られており、そして本明細書に開示される。
【0205】
zcytor17活性を有するアミノ酸配列は、zcytor17リガンドを結合し、そして従って、内因性zcytor17受容体によるzcytor17リガンドの結合を妨げることによって免疫系を調節するために使用され得る。zcytor17アンタゴニスト、例えば抗−zcytor17抗体はまた、内因性zcytor17受容体によるzcytor17リガンドの結合を阻害することによって免疫系を調節するために使用され得る。
【0206】
従って、本発明は、適切な量のポリペプチドを欠いており、又は過剰のzcytor17リガンドを生成する対象へのzcytor17活性を有するタンパク質、ポリペプチド及びペプチド(例えば、zcytor17ポリペプチド、zcytor17類似体(例えば、抗−zcytor17抗−イジオタイプ抗体)、及びzcytor17融合タイプ質)の使用を包含する。zcytor17アンタゴニスト(例えば、抗−zcytor17抗体)はまた、過剰のzcytor17リガンド又はzcytor17のいずれかを生成する対象を処理するために使用され得る。適切な対象は、哺乳類、例えばヒトを包含する。
【0207】
zcytor17は、単球細胞においてアップレギュレーションされることが示されており、そして炎症の調節に包含され得る。本発明のポリペプチドは、アッセイされ、そして炎症を改良するために使用され得るか、又は炎症のためのマーカーとして使用され得る。zcytor17の前炎症及び抗炎症性質を決定するための方法は、当業界において知られており、そして本明細書に論じられる。さらに、それは、急性相反応体、例えば血清アミロイドA(SAA)、α1−アンチキモトリプシン及びハプトグロビンの生成のアップ−レギュレーションに包含され得る。
【0208】
そしてzcytor17リガンドの発現は、炎症応答に関与するインビボでのリポ多糖(LPS)の注入に基づいて高められ得る(Dumoutier, L. など., Proc. Nat’l. Acad. Sci. 97: 10144−10149, 2000)。急性相タンパク質、例えばSAAの生成は、炎症が有益である短期生存機構であると思われるが、しかしながら、長い期間、急性相タンパク質の維持が、慢性炎症に寄与し、そしてヒト健康に対して有害であり得る。再考のためには、Uhlar、Cm and Whitehead, AS, Eur. J. Biochem. 265: 501−523, 1999, 及びBaumann H, and Gauldie, J. Immunology Today 15: 74−80, 1994を参照のこと。
【0209】
さらに、急性相タンパク質SAAは、いくつかの慢性炎症患者の病因に関係し、アテローム硬化症及びリウマチ様関節炎に関与し、そしてアミロイド症において沈着するアミロイドAタンパク質への前駆体である(Uhlar, CM and Whitehead, 前記)。従ってzcytor17のためのリガンドが、前炎症性分子として作用し、そしてSAAの生成を誘発する場合、アンタゴニストが、炎症性疾患、及びリガンドにより誘発される急性相応答タンパク質に関連する他の疾病の処理において有用であろう。そのようなアンタゴニストが、本発明により提供される。
【0210】
例えば、炎症を減じるための方法は、炎症を低めるのに十分な量の、可溶性zcytor17含有受容体又は抗−zcytor17抗体の組成物を、炎症を有する哺乳類に投与することを含んで成る。さらに、炎症を有する哺乳類における炎症応答を抑制するための方法は、(1)血清アミロイドAタンパク質のレベルを決定し;(2)許容できる医薬ビークル中、本明細書に記載されるような可溶性zcytor17サイトカイン受容体ポリペプチドを含んで成る組成物を投与し;(3)血清アミロイドAタンパク質の後投与レベルを決定し;(4)段階(3)における血清アミロイドAタンパク質のレベルに、段階(1)における血清アミロイドAタンパク質のレベルを比較することを含んで成り、ここで血清アミロイドAタンパク質の上昇又は下降の欠失が炎症応答の抑制の表示である。
【0211】
本発明の受容体は、少なくとも1つのzcytor17受容体サブユニットを含む。ヘテロダイマー可溶性受容体に包含される第2の受容体ポリペプチドは、クラスIサイトカイン受容体サブユニットを包含する受容体サブファミリーに属する。本発明によれば、モノマー又はホモダイマーzcytor17受容体ポリペプチドの他に、可溶性zcytor17受容体+可溶性クラスI受容体ヘテロダイマー成分を含んで成る態様により例示されるように、ヘテロダイマー可溶性zcytor17受容体は、天然のzcytor17リガンドのアンタゴニストとして作用することができる。他の態様は、zcytor17を含んで成る可溶性マルチマー受容体を包含する。
【0212】
zcytor17 cDNAに対応するmRNAの組織分布の分析は、mRNAレベルが単球及び前立腺細胞において最高であり、そして活性化された単球、及び活性化されたCD4+, CD8+及びCD3+細胞において高められることを示した。従って、zcytor17は、炎症及び免疫応答の誘発に包含される。従って、本発明の特定の態様は、炎症及びヒト疾病又は病状、例えば膵炎、I型糖尿病(IDDM)、膵臓癌、Graves病、炎症性腸疾患(IBD)、クローン病、結腸及び小腸癌、憩室症、自己免疫疾患、敗血症、器官又は骨髄移植;外傷、手術又は感染による炎症;アミロイドーシス;巨脾腫;対宿主性移植片病において;及び炎症の阻害、免疫抑制、造血、免疫、炎症又はリンパ細胞、マクロファージ、T−細胞(Th1及びTh2細胞、CD4+及びCD8+細胞)の増殖の低下、病原体又は抗原に対する免疫応答の抑制の場合、アンタゴニストとしての可溶性zcytor17ヘテロダイマーの使用に向けられる。
【0213】
さらに、活性化された免疫細胞、例えば活性化されたCD4+及びCD19+細胞におけるzcytor17発現の存在は、zcytor17が、外来性侵入体、例えば微生物及び細胞残骸に対する身体の免疫防御反応に包含され、そして炎症及び癌形成の間、免疫応答において役割を演じることができたことを示した。zcytor17機能に対して作用性又は拮抗性である本発明の抗体及び結合パートナーは、免疫応答及び炎症を改良するために使用され得る。
【0214】
さらに、本明細書に記載されるzcytor17ポリペプチド、モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマー及び/又はzcytor17ポリペプチド、モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマー自体を結合する抗体又は結合ポリペプチドは、次のことを実施するために有用である:
1)急性炎症、外傷、組織損傷、手術、敗血症又は感染の結果としての炎症、及び慢性炎症疾患、例えばぜん息、炎症性腸疾患(IBD)、慢性大腸炎、巨脾腫、リウマチ様関節炎、再発性急性炎症性エピソード(例えば、結核)、及びアミロイドーシス及びアラローム硬化症、Castleman病、ぜん息、及び急性相応答の誘発に関連する他の疾病の処理においてzcytor17受容体を通してのシグナル化を拮抗するか又は阻止するために;
【0215】
2)zcytor17を通して免疫細胞(例えば、リンパ球、単球、白血球)におけるシグナル化を妨げるか又は阻害するために、自己免疫疾患、例えばIDDM、多発生硬化症(MS)、全身性エリテマトーデス(SLE)、重症筋無力症、リウマチ様関節炎及びIBDの処理においてzcytor17受容体を通してのシグナル化を拮抗するか又は阻害するために(Hughes Cなど., J. Immunol. 153: 3319−3325, 1994); 他方では、抗体、例えばzcytor17含有受容体に対するモノクローナル抗体(MAb)はまた、自己免疫疾患を処理するために所望しない免疫細胞を消耗するためのアンタゴニストとしても使用され得る。
【0216】
ぜん息、アレルギー及び他のアトピー性疾患は、免疫応答を阻害するか又は攻撃性細胞を消耗するために、例えば可溶性zcytor17受容体又はzcytor17/CRF2−4ヘテロダイマーに対するMAbにより処理され得る。本発明のポリペプチド及び抗体を用いて、zcytor17を通してシグナル化を阻止し、又は阻害することはまた、膵臓、肝臓及びニューロン細胞の疾病を治療することができる。
【0217】
IDDM、NIDDM、膵炎及び膵癌のためにも有益であり得る。zcytor17は、拮抗性MAbが癌増殖を阻害し、そして免疫介在性殺害を標的化する、癌のMAb治療のための標的物として作用することができる(Holliger P. and Hoogenboom, H: Nature Biotech. 16: 1015−1016, 1998)。可溶性zcytor17モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマーに対するMAbはまた、腎症、糸球体硬化症、膜ニューロパシー、アミロイドーシス(他の組織の中で腎臓に影響を及ぼす)、腎動脈硬化症、種々の起原の糸球体腎炎、腎臓の線維増殖疾患、及びSLE、IDDM、II型糖尿病(NIDDM)、腎腫瘍及び他の疾病に関連する腎機能不全を処理するためにも有用であり;
【0218】
3)自己免疫疾患、例えばIDDM、MS、SLE、重症筋無力症、リウマチ様関節炎及びIBDの処理においてzcytor17受容体を通してのシグナル化を作用するか又は開始するために;抗−zcytor17、抗−ヘテロダイマー及びマルチマーモノクローナル抗体は、分化するリンパ球又は他の免疫細胞をシグナル化し、増殖を変更し、又は自己免疫性を改良する、サイトカイン又は細胞表面タンパク質の生成を変えることができる。特に、サイトカイン分泌の他のパターンに対するT−ヘルパー細胞応答の調節が、疾病を改善するために自己免疫応答を偏向することができる(Smith SAなど., J. Immunol. 160: 4841−4849, 1998)。
【0219】
同様にアゴニスト性抗−zcytor17、抗−ヘテロダイマー及びマルチマーモノクローナル抗体は、ぜん息、アレルギー及びアトピー性疾患に関与する免疫細胞を表示し、消耗し、そして偏向するために使用され得る。zcytor17によるシグナル化はまた、膵臓、腎臓、下垂体及びニューロン細胞の疾病に有益であり得る。IDDM、NIDDM、膵癌のために有益であり得る。zcytor17は、シグナル化MAbが癌増殖を阻害し、そして免疫介在性殺害を標的化する、膵臓のMAb治療のための標的物として作用することができる(Tutt、ALなど., J. Immunol. 161: 3175−3185, 1998)。同様に、T−細胞特異的白血病、リンパ腫及び癌は、本発明のzcytor17含有の可溶性受容体に対するモノクローナル抗体により処理され得る。
【0220】
本明細書に記載される可溶性zcytor17モノマー、ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマーポリペプチドは、上記に記載されるような自己免疫疾患、アトピー性疾患、NIDDM、膵炎及び腎機能不全の処理においてzcytor17リガンド活性を中和するか、又は阻止するために使用され得る。可溶性形のzcytor17は、T細胞により介在される抗体応答を促進するために、及び/又はリンパ球又は他の免疫細胞によるIL−4又は他のサイトカインの生成を促進するために使用され得る。
【0221】
本発明の可溶性zcytor17含有受容体は、その天然のリガンドのアンタゴニストとして有用である。そのようなアンタゴニスト効果は、直接的な中和又はその天然のリガンドの結合により達成され得る。アンタゴニスト使用の他に、本発明の可溶性受容体は、zcytor17リガンドを結合し、そしてそのリガンドを身体内の異なった組織、器官及び細胞に輸送するために、そのリガンドのためのキャリヤータンパク質として作用することができる。
【0222】
本発明の可溶性受容体は、特定の部位、例えば組織、特定の免疫細胞、単球又は腫瘍に可溶性受容体−リガンド複合体を方向づける、分子、ポリペプチド又は化学的成分に融合されるか又はカップリングされ得る。例えば、急性感染又はいくつかの癌においては、有益性は、炎症及び局部急性相応答タンパク質の誘発に起因することができる。従って、本発明の可溶性受容体は、前−炎症性リガンドの作用を特異的に方向づけるために使用され得る。Cosman, D. Cytokine 5: 95−106, 1993; 及びFermandez−Botran, R. Exp. Opin. Invest. Drugs 9: 497−513, 2000を参照のこと。
【0223】
さらに、本発明の可溶性受容体は、分解又はクリアランスからリガンドを安定化するか、又は身体内の作用の部位にリガンドを標的化することによって、リガンドの生物利用性及び/又は治療効力を高めるために、zcytor17リガンドの安定化のために使用され得る。例えば、天然に存在するIL−6/可溶性IL−6R複合体は、IL−6を安定化し、そしてgp130受容体を通してシグナル化することができる。Cosman, D. 前記及びFernandez−Botran, R, 前記を参照のこと。さらに、zcytor17は、リガンド/可溶性受容体複合体を含むよう、同種リガンド、例えばそのリガンドと共に組合され得る。
【0224】
そのような複合体は、コンパニオン受容体サブユニットを提供する細胞からの応答を刺激するために使用され得る。zcytor17/リガンド複合体の細胞特異性は、単独で投与されるリガンドについて見られるその特異性とは異なる。さらに、前記複合体は、異なった薬力学的性質、例えば影響を及ぼす半減期、用量/応答性及び器官又は組織特異性を有する。従って、zcytor17/リガンド複合体は、免疫応答を増強し、又は糸球体間質細胞又は肝細胞を刺激するためにアゴニスト活性を有することができる。
【0225】
他方では、IL6/IL6R複合体に対する応答に類似する複合体とヘテロダイマー化するシグナル化サブユニットを発現する組織のみが、影響され得る(Hirota H. など., Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 4862−4866, 1995; Hirano, T. in Thamason, A. (ED.) “The Cytokine Handbook”, 3rd ED., p. 248−209)。IL12及びCNTFのための可溶性受容体/サイトカイン複合体は、類似する活性を示す。
【0226】
zcytor17ホモダイマー、ヘテロダイマー及びマルチマー受容体ポリペプチドはまた、リガンドの循環レベルの検出のために、及び急性相炎症応答の検出において、診断システム内で使用され得る。関連する態様においては、本発明のzcytor17可溶性受容体に特異的に結合する抗体又は他の剤は、循環性受容体ポリペプチドを検出するために使用され得;逆に言えば、zcytor17可溶性受容体自体が、循環性又は局部的に作用するリガンドポリペプチドを検出するために使用され得る。リガンド又は受容体ポリペプチドの高められた又は低められたレベルが、炎症又は癌を包含する病理学的状態の表示であり得る。さらに、急性相タンパク質又は分子、例えばzcytor17リガンドの検出は、一定の疾病状態(例えば、リウマチ様、関節炎)における慢性炎症状態の表示であり得る。そのような状態の検出は、疾病診断を助け、そして正しい治療の医者による選択を助けるよう作用する。
【0227】
分化は進行性で且つ動的な工程であり、多能性幹細胞で始まり、そして最終的に分化された細胞で終結する。拘束なしに系統に再生することができる多能生幹細胞は、細胞系統への拘束が行われる場合、失われる一組の分化マーカーを発現する。前駆体細胞は、細胞が成熟に向かって細胞系統路を進行する場合に、発現され続けることができても又はできなくても良い一組の分化マーカーを発現する。成熟細胞により独占的に発現される分化マーカーは通常、機能的性質のもの、例えば細胞生成物、細胞生成物を生成するための酵素、及び受容体である。
【0228】
細胞集団の分化の段階は、細胞集団に存在するマーカーの同定によりモニターされる。筋細胞、骨芽細胞、脂肪細胞、クロンドロサイト、腺維芽細胞及び網様細胞は、通常の間葉幹細胞に起因すると思われる(Owenなど., Ciba Fdn. Symp. 136: 42−46, 1988)。間葉幹細胞のためのマーカーはまだ十分には同定されておらず(Owenなど., J. of Cell Sci. 87: 731−738, 1987)、その結果、同定は、通常、前駆体及び成熟細胞段階で行われる。本発明の新規ポリペプチドは、間葉幹細胞及び単球又は他の前駆体細胞を、インビボ及びエクスビボの両者で単離するための研究のために有用である。
【0229】
最終分化又は脱分化の方の経路に特定細胞型を刺激する化又は調節する因子が、通常の前駆体又は幹細胞に起因する全細胞集団に影響を及ぼすことを示唆する証拠が存在する。従って、本発明は、リンパ細胞、造血細胞、及び内皮細胞の増殖の刺激または阻害を包含する。従って、本発明の分子、例えば、可溶性zcytor17受容体、サイトカイン−結合フラグメント、抗−zcytor17抗体、センス及びアンチセンスポリヌクレオチドは、腫瘍細胞、及び特にリンパ球、造血、前立腺、ン内皮及び甲状腺細胞の阻害に使用できる。
【0230】
分化を測定するアッセイは例えば、組織、酵素活性、機能的活性又は形態学的変化の段階−特異的発現に関連する細胞−マーカーを測定することに包含する(Watt, FASEB, 5: 281−284, 1991; Francis, Differentiation 57: 63−75, 1994; Raes, Adv. Anim. Cell Biol. Technol. Bioprocesses, 161−171, 1989; すべては引用により本明細書に組み込まれる)。他方では、zcytor17ポリペプチド自体は、組織の段階−特異的発現に関連する追加の細胞表面又は分泌されたマーカーとして作用することができる。zcytor17ポリペプチドの直接的な測定、又はそれが分化するにつれての組織における発現のその損失は、たとえば前立腺組織又は単球細胞の同定又は分化のためのマーカーとして作用することができる。
【0231】
同様に、zcytor17ポリペプチドの直接的な測定、又は組織における発現のその損失が、それらが腫瘍の進行を受けるにつれて、組織又は細胞において決定され得る。前癌又は癌状態における細胞の侵襲性及び運動性の上昇、又はzcytor17の発現の獲得又は損失が、正常な組織に比較して、腫瘍進行における形質転換、侵襲性及び転移についての診断として作用することができる。進行又は転移の腫瘍段階の知識は、所定の個々の癌患者のために、最も適切な治療又は処理の攻撃性を選択する上で医薬を助けるであろう。
【0232】
発現(mRNA又はタンパク質のいずれかの)の獲得及び損失を測定する方法は、当業界において良く知られており、そして本明細書に記載されており、そしてzcytor17発現に適用され得る。例えば、細胞運動性を調節するポリペプチドの出現又は消出が、前立腺癌の診断及び予後を助けるために使用され得る(Banyard, J. and Zetter, B. R., Cancer and Metast. Rev. 17: 449−458, 1999)。細胞運動性、活性化、増殖又は分化のエフェクターとして、発現のzcytor17獲得又は損失がリンパ球、造血、内皮、甲状腺及び他の癌についての診断分析として作用することができる。
【0233】
さらに、zcytor17は単球及び前立腺特異的、ポリヌクレオチドプローブ、抗−zcytor17抗体及び検出であるので、組織におけるzcytor17ポリペプチドの存在は、単球又は前立腺組織が例えば、疾病又は癌性前立腺の切除を包含する手術の後、又は疾病又は感染された組織又は単球癌における単球浸潤の評価において、存在するかどうかを評価するために使用され得る。本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド及び抗体は、すべての前立腺組織が、手術の後、例えば前立腺癌についての手術の後、切除されるかどうかを決定するための助剤として使用され得る。
【0234】
そのような場合、癌からの回復を最大にし、そして再発を最少にするために、すべての可能性ある疾病組織を除去することは特に重要である。さらに、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び抗体は、単球湿潤が、疾病又は癌からの回復性をモニターするために、疾病組織(例えば、炎症性又は感染された)に存在するかどうかを決定するための助剤として使用され得る。好ましい態様は、組織学的に又は現場使用され得る。蛍光性、放射性ラベルされた、又は比色的にラベルされた抗−zcytor17抗体及びzcytor17ポリペプチド結合パートナーを包含する。
【0235】
さらに、腫瘍進行及び転移に対するzcytor17の活性及び効果が、インビボで測定され得る。いくつかの同系マウスモデルが、腫瘍進行に対するポリペプチド、化合物又は他の処理の影響を研究するために開発されて来た。それらのモデルにおいては、培養継代された腫瘍細胞が、腫瘍ドナーと同じ株のマウス中に移植される。細胞は、受容体マウスにおいて類似する特徴を有する腫瘍中に増殖し、そして転移がまた、そのモデルのいくつかにおいて生じるであろう。本発明者の研究のための適切な腫瘍モデルは、中でも、Lewis肺癌(ATCC No. CRL−1642)及びB16黒色腫(ATCC No. Crl−6323)を包含する。それらは、インビトロで容易に培養され、そして操作される、C57BL6マウスと同種の通常使用される腫瘍系である。
【0236】
それらの細胞系のいずれかの移植に起因する腫瘍は、C57BL6マウスの肺に転移することができる。Lewis肺癌モデルが最近、脈管形成のインヒビターを同定するためにマウスに使用されている(O’Reilly MS, など. Cell 79: 315−328, 1994)。C57BL6/Jマウスが、組換えタンパク質、アゴニスト又はアンタゴニストの毎日の注入、又は組換えアデノウィルスの1回の注入を通して、実験剤により処理される。この処理に続いて3日で、105〜106個の細胞が背面の皮膚下に移植される。他方では、細胞自体が、タンパク質が全身的によりもむしろ腫瘍部位で又は細胞内で合成されるよう、移植の前、組換えアデノウィルス、例えばzcytor17を発現するアデノウィルスにより感染され得る。
【0237】
マウスは、通常5日以内に眼に見える腫瘍を進行する。腫瘍が3週間までの間、増殖され、この間、それらは対照の処理グループにおいて1500−1800mm3のサイズに達することができる。腫瘍サイズ及び体重が、その実験を通して注意してモニターされる。殺害の時点で、腫瘍が、肺及び肝臓と共に除去され、そして計量される。肺の重量が、転移性腫瘍負荷量と相互関係することが示された。さらなる測定として、肺表面転移が計数される。切除された腫瘍、肺及び肝臓が、当業界において知られており、そして本明細書に記載される方法を用いて、組織学的試験、免疫組織化学及び現場ハイブリダイゼーションのために調製される。従って血管構造を回復し、そして転移を受ける腫瘍の能力に対する、問題の発現されたポリペプチド、例えばzcytor17の影響が評価され得る。
【0238】
さらに、アデノウィルスとは別に、移植された細胞がzcytor17により一時的にトランスフェクトされ得る。安定したzcytor17トランスフェクトの使用、及びインビボでのzcytor17発現を活性化する誘発性プロモーターの使用は、当業界において知られており、そして転移のzcytor17誘発を評価するためにこのシステムに使用され得る。さらに、精製されたzcytor17又はzcytor17ならし培地が、このマウスモデルに直接的に注入され、そして従って、このシステムに使用される。一般的な文献については、O’Reilly MS, など. Cell 79: 315−328, 1994, 及びRusciano D, など、Murine Models of Liver Metastasis, Invasion Metastasis 14: 349−361,1995を参照のこと。
【0239】
ヒト血液学的悪性に由来する腫瘍細胞の増殖及び散在に対するzcytor17及びその誘導体(接合体)の活性がまた、マウスの異種移植モデルにおいてインビボで測定され得る。ヒト腫瘍細胞が、集合的には、異種移植モデルとして言及される、ヒト腫瘍細胞が免疫欠損マウス中に移植されているいくつかのマウスモデルが開発されている。Cattan, AR and Douglas, E Leuk. Res. 18: 513−22, 1994; 及びFlavell, DJ. Hematological Oncology 14: 67−82, 1996を参照のこと。疾病モデルの特徴は、マウスに供給される細胞の型及び量により変化する。
【0240】
典型的には、腫瘍細胞は、急速に増殖し、そして血液において循環し、そして多くの器官系に存在することが見出され得る。そのようなモデルにおいて試験するための適切な治療方法は、抗体誘発性毒性、リガンド−毒素接合体又は細胞い基づく治療を包含する。養子免疫療法として通常言及される後者の方法は、ヒト免疫系の成分(すなわち、リンパ球、NK細胞)による動物の処理を包含し、そしてzcytor17又は他の免疫調節剤と細胞とのエクスビボインキュベーションを包含することができる。
【0241】
リンパ組織、例えば胸腺における発現を示されたこの新規DNAに対応するmRNAは、骨髄及び前立腺、単球及び活性化された単球、CD19+ B細胞において発現され、そして脾臓、リンパ節及び末梢血液リンパ球において発現され得る。それらのデータは、免疫細胞の増殖、分化及び/又は活性化におけるzcytor17受容体のための役割を示し、そして免疫応答の進行及び調節における役割を示唆する。このデータはまた、zcytor17とそのリガンドとの相互作用が骨髄性細胞の増殖及び進化を刺激し、そしてIL−2,IL−6,LIF,IL−11,IL−12及びOSMのように(Baumannなど., J. Biol. Chem. 268: 8414−8417, 1993)、肝細胞における急性相タンパク質合成を誘発することができる。
【0242】
本発明のポリペプチドを80%以上の純度、より好ましくは90%以上の純度、さらに好ましくは95%以上の純度に精製することが好ましく、そして汚染性高分子、特に他のタンパク質及び核酸に対して、99.9%以上の純度であり、そして感染性及び発熱性剤を有さない医薬的に純粋な状態が特に好ましい。好ましくは、精製されたポリペプチドは、他のポリペプチド、特に動物起源の他のポリペプチドを実質的に有さない。
【0243】
発現された組換え体zcytor17ポリペプチド(又はzcytor17キメラ又は融合ポリペプチド)は、分別及び/又は従来の精製方法及び媒体を用いて精製され得る。硫酸アンモニウム沈殿及び酸又はカオトロピック剤抽出は、サンプルの分別のために使用される。典型的な精製段階は、ヒドロキシアパタイト、サイズ排除、FPLC及び逆相高性能液体クロマトグラフィーを包含する。適切なクロマトグラフィー用媒体は、誘導体化されたデキストラン、アガロース、セルロース、ポリアクリルアミド、特別なシリカ及び同様のものを包含する。PEI、DEAE、QAE及びQ誘導体が好ましい。
【0244】
典型的なクロマトグラフィー用媒体は、フェニル、ブチル又はオクチル基により誘導体化されたもの、例えばフェニル−Sepharose FF(pharmacia),Toyopearl ブチル650(Toso Haas, Montgomeryville, PA)、オクチル−Sepharrose (Pharmacia)及び同様のもの;又はポリアクリル樹脂、例えばAmberchrom CG71 (Toso Haas)及び同様のものを包含する。適切な固体支持体は、ガラスビーズ、シリカ基材の樹脂、セルロース樹脂、アガロースビーズ、架橋されたアガロースビーズ、ポリスチレンビーズ、架橋されたポリアクリルアミド樹脂及びそれらが使用される条件下で不溶性である同様のものを包含する。
【0245】
それらの支持体は、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基、ヒドロキシル基及び/又は炭水化物成分によるタンパク質の結合を可能にする反応性基より変性され得る。カップリング化学物質の例は、臭化シアン活性化、N−ヒドロキシスクシンイミド活性化、エポキシド活性化、スルフヒドリル活性化、ヒドラジド活性化及びカルボジイミド カップリング化学物質のためのカルボキシル及びアミノ誘導体を包含する。
【0246】
それらの及び他の固体媒体は当業界において良く知られており、そして広く使用されており、そして商業的供給者から入手できる。支持媒体にリガンド又は受容体ポリペプチドを結合するための方法は当業界において良く知られている。特定方法の選択は、通常のことであり、そして選択された支持体の性質により一部決定される。例えば、Affinity Chromatograpy: Principles & Methods, Pharmacia LKB Biotechnology, Uppsala, Sweden, 1988を参照のこと。
【0247】
本発明のポリペプチドは、アニオン及びカチオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除、及び親和性クロマトグラフィーを包含する方法の組み合わせより単離され得る。例えば、固定された金属イオン吸着(IMAC)クロマトグラフィーが、ヒスチジンに富んでいるタンパク質、及びポリヒスチジン標識を含んでなるそれらのタンパク質を精製するために使用され得る。手短に言及すれば、ゲルがまず、二価金属イオンにより荷電され、キレートが形成される( Sulkowski, Trends in Biochem. 3: 1−7, 1985)。
【0248】
ヒスチジンに富んでいるタンパク質が、使用される金属イオンに依存して、異なった親和性を有するこのマトリックスに吸着され、そして競争溶出、pHの低下、又は強いキレート化剤の使用により溶出されるであろう。他の精製方法は、レクチン親和性クロマトグラフィー及びイオン交換クロマトグラフィーによるグリコシル化されたタンパク質の精製を包含する(Methods in Enzymol., Vol. 182, “Guide to Protein Purification”, M. Deutscher, ( ed.), Acad. Press, San Diego, 1990, pp. 529−39)。本発明のさらなる態様においては、興味あるポリペプチド、及び親和性標識(例えばマルトース−結合タンパク質、FLAG標識、Glu−Gku標識、免疫グロブリンドメイン)の融合体が、精製を促進するために構成され得る。
【0249】
さらに、当業界において記載される方法を用いて、ポリペプチド融合体又はハイブリッドzcytor17タンパク質が、他のマウス又はヒトサイトカイン受容体ファミリータンパク質、又は異種タンパク質と組合して、本発明のzcytor17の領域又はドメインを用いて構成される(Sambrook など., 前記;Altschul など., 前記;Picard, Cur. Opin. Biology, 5: 511−5, 1994及びそれらにおける引例)。それらの方法は、興味あるポリペプチドにおける大きなドメイン又は領域の生物学的重要性の決定を可能にする。そのようなハイブリッドは、反応運動学、結合を変更し、基質特異性を抑制し、又は拡張し、又はポリペプチドの組織及び細胞局在性を変更し、そして未知の構造のポリペプチドに適用される。
【0250】
融合タンパク質は、その融合タンパク質の個々の成分を調製し、そしてそれらを化学的に接合することによって、当業者に知られている方法により調製され得る。他方では、正しく読み取り枠を整合して融合タンパク質の1又は複数の成分をコードするポリヌクレオチドは、既知の技法を用いて生成され、そして本明細書に記載される方法により発現され得る。例えば、生物学的機能を付与するドメインの一部又はすべてが、本発明のzcytor17と、もう1つのサイトカインファミリーメンバーからのその機能的に同等のドメインとの間で交換され得る。
【0251】
そのようなドメインは次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない:分泌シグナル配列、細胞外サイトカイン結合ドメイン、フィブロネクチン第IIIドメイン、トランスメンブランドメイン、及び細胞内シグナル化ドメイン、Box I及びBox II部位。そのような融合タンパク質は、構成される融合体に依存して、本発明のポリペプチド又は他の既知のファミリータンパク質と同じか又は類似する生物学的機能プロフィールを有することが予測される。さらに、そのような融合タンパク質は、本明細書に開示されるように、他の性質も示すことができる。
【0252】
標準の分子生物学及びクローニング技法が、zcytor17ポリペプチドと、それらが融合されるそれらのポリペプチドとの間の同等のドメインを交換するために使用され得る。一般的に、興味あるドメイン、例えば本明細書に記載されるzcytor17ドメインをコードするDNAセグメントが、追加のポリペプチド(例えば、gp130, LIF, IL−12, WSX−1, IL−2又は他のクラスIサイトカイン受容体)をコードする少なくとも1つの他のDNAセグメントに読み取り枠を接合して作用可能に結合され、そして本明細書に記載されるように、適切な発現ベクター中に挿入される。
【0253】
一般的に、DNA構造体は、ポリペプチドのその対応する領域をコードするいくつかのDNAセグメントが、完全な融合タンパク質又はその機能的部分をコードする単一の構造体を製造するために読み取り枠を整合して、作用可能に連結されるように、製造される。例えばDNA構造体は、N−末端からC−末端側に、単一のポリペプチドを含んで成る融合タンパク質、続いて、サイトカイン結合ドメイン、続いてトランスメンブランドメイン、続いて細胞内シグナル化ドメインをコードする。そのような融合タンパク質は、本明細書に記載されるように、発現され、単離され、そして活性についてアッセイされ得る。さらに、そのような融合タンパク質は、本明細書に記載のような抗−zcytor17抗体を生成するために動物を接種するのに使用されるべきzcytor17ポリペプチドのフラグメントを発現し、そして分泌するために使用され得る。
【0254】
例えば、分泌シグナル配列は、サイトカイン結合ドメイン、トランスメンブランドメイン、細胞内シグナル化ドメイン又はそのサブフラグメント、又はそれらの組合せ(例えば、トランスメンブランに融合される細胞外サイトカイン結合ドメインを含んで成る作用可能に連結されるポリペプチド、又は本明細書に記載されるzcytor17ポリペプチドフラグメント)に作用可能に連結され、本明細書に記載のようにして精製され得、そして本明細書に記載のようにして、抗−zcytor17抗体を生成するために動物に接種されるべき抗原として作用することができるzcytor17ポリペプチドのフラグメントが分泌される。
【0255】
zcytor17ポリペプチド又はそのフラグメントはまた、化学的合成を通して調製され得る。zcytor17ポリペプチドはモノマー又はマルチマーであり得;グリコシル化されても又はグリコシル化されなくても良く;ペルギレ−ト化されても又はペルギレ−トされなくても良く;そして開始メチオニンアミノ酸残基を含んでも又は含まなくても良い。
【0256】
本発明のポリペプチドはまた、排除固相合成、部分固相合成、フラグメント縮重又は従来の溶液合成により合成され得る。ポリペプチドを合成するための方法は、当業界において良く知られている。例えば、Merrifield, J. Am. Chem. Soc. 85: 2149, 1963; Kaiserなど., Anal. Biochem. 34: 585,1970を参照のこと。固体支持体上での所望するペプチドの完全な合成の後、ペプチド−樹脂は、その樹脂からポリペプチドを分解する試薬と共に存在し、そしてほとんどの側鎖保護基を除去する。そのような方法は、当業界において十分に確立されている。
本発明の分子の活性は、細胞の分化及び増殖を側定する種々のアッセイを用いて測定され得る。そのようなアッセイは、当業界において良く知られている。
【0257】
本発明のタンパク質は、例えば、リンパ性、免疫性、炎症性、脾臓性、血液又は骨疾患の処理及び診断において有用であり、そして培養された細胞を用いてインビトロで、又は適切な動物モデルに本発明の分子を投与することによってインビボで測定され得る。例えば、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドを発現する宿主細胞は、アルギン酸塩環境下で包埋され、そして受容体動物中に注入(移植)され得る。アルギネート−ポリ−L−リシン微小封入、透過性膜封入及び拡散チャンバーは、トランスフェクトされた哺乳類細胞又は一次哺乳類細胞を捕獲するための手段として記載されている。
【0258】
それらのタイプの非免疫原性“封入”は、微小環境への栄養物ノトランスファーを可能にしそして又は、捕獲された細胞により分泌され又は開放されるタンパク質及び他の高分子の受容体動物への拡散を可能にする。最も重要なことには、カプセル又は微小環境は、受容体動物の免疫応答から外来性の包埋された細胞をマスクし、そして遮断する。そのような微小環境は、注入される細胞の寿命を、数時間又は数日(裸細胞)から数週間(包埋された細胞)まで拡張することができる。アルギン酸塩糸は、包埋された細胞を生成するための単純且つ迅速な手段を提供する。
【0259】
アルギン酸塩糸を生成するために必要とされる材料は、当業者に知られている。製造されると、そのアルギン酸塩糸は、インビトロで、及びその糸を用いて得られるデータに基づいて、インビボで、比較的強く且つ耐久性がある。そのアルギン酸塩糸は容易に操作でき、そしてその方法論は多くの調製のために評価できる。典型的な方法においては、3%のアルギン酸塩が、無菌水において調製され、そして滅菌濾過される。アルギン酸塩糸の調製の直前、アルギン酸塩溶液が再び濾過される。約50%の細胞懸濁液(1ml当たり約5×105個〜約5×107個の細胞を含む)が3%アルギン酸塩溶液と共に混合される。
【0260】
1mlのアルギン酸塩/細胞懸濁液が、約15分間にわたって、100mMの滅菌濾過されたCacl2 溶液中に押し出され、“糸(Thread)”が形成される。次に、押し出された糸は、50mMのCacl2の溶液に移され、そして次に25mMのCacl2の溶液に移される。次に、糸が、脱イオン水によりすすがれ、その後、ポリ−L−リシンの0.01%溶液においてインキュベートすることによって糸を被覆する。最後に、糸は乳酸塩化されたリンガー溶液によりすすがれ、そして注射器(針のない)中に溶液から抜き取られる。次に大きな孔の針がその注射器につけられ、そして糸が最少量の乳酸塩化されたリンガー溶液において受容体中の腹腔内注入される。
【0261】
本発明のタンパク質をアッセイするためのインビボアプローチは、ウィルス供給システムを包含する。この目的のための典型的なウィルスは、アデノウィルス、ヘルペスウィルス、ワクシニアウィルス及びアデノ関連ウィルス(AAV)を包含する。アデノウィルス、すなわち二本鎖DNAウィルスは現在、異種拡散の供給のための最も研究されている遺伝子トランスファーベクターである(T. C. Becker など., Meth. Cell Bio. 43: 161−89, 1994; 及びJ. T. Douglas and D.T. Curiel, Science & Medicine 4: 44−53, 1997 を参照のこと)。
【0262】
アデノウィルスシステムは次のいくつかの利点を付与する:( i )アデノウィルスは比較的大きなDNA挿入体を適応せしめることができ;( ii )高い力価に増殖され得;( iii )広範囲の哺乳類細胞型を感染せしめ;そして( iv )多数の異なったプロモーター、例えば偏在する、組織特異的、及び調節可能なプロモーターと共に使用され得る。また、アデノウィルスは血流において安定しているので、それらは静脈内注射により投与され得る。
【0263】
アデノウィルスゲノムの一部が欠失されているアデノウィルスを用いて、直接的な結合により又は同時トランスフェクトされたプラスミドとの相同組換えにより、ウィルスDNA中に組み込まれ得る。典型的なシステムにおいては、必須E1遺伝子がウィルスベクターから欠失され、そしてウィルスは、E1遺伝子が宿主細胞(ヒト293細胞系が典型である)により供給されなければ、複製しないであろう。損なわれていない動物に静脈内投与される場合、アデノウィルスは主に、肝臓を標的化する。
【0264】
アデノウィルス供給システムがE1遺伝子欠失を有する場合、ウィルスは宿主細胞において複製することができない。しかしながら、宿主の組織(例えば、肝臓)は、異種タンパク質を発現し、そしてプロセッシングするのであろう(そして、分泌シグナル配列が存在する場合、分泌する)。分泌されたタンパク質は高く血管化された肝臓において循環に入り、そして感染された動物に対する効果が決定され得る。
【0265】
さらに、ウィルス遺伝子の種々の欠失を含むアデノウィルスベクターは、そのベクターに対する免疫応答を低めるか又は排除するために使用され得る。そのようなアデノウィルスは、E1−欠失され、そしてさらに、E2A又はE4の欠失を含む(Luskyなど., J. Virol. 72: 2022 (1998); Raper など., Human Gene Therapy 9: 671 (1998))。さらに、E2bの欠失はまた、免疫応答を低めることが報告されている(Amalfitanoなど., J. Virol. 72:926 (1998))。さらに、完全なアデノウィルスゲノムを欠失することによって、異種DNAの非常に大きな挿入体が収容され得る。すべてのウィルス遺伝子が欠失されている、いわゆる“不活性(gutless)”アデノウィルスの生成は、異種DNAの大きな挿入体の挿入のために特に好都合である(Yeh and Perricaudet, FASEB J. 11: 615 (1997) を参照のこと)。
【0266】
アデノウィルスシステムはまた、インビトロでのタンパク質生成のためにも使用され得る。アデノウィルス感染された非−293細胞を、その細胞が急速に分裂しないような条件下で培養することによって、前記細胞は長時間、タンパク質を生成することができる。例えば、BHK細胞は、細胞工場において集密性まで増殖され、次に興味ある分泌されたタンパク質をコードするアデノウィルスベクターに暴露される。次に、細胞が、有意な細胞分裂を伴わないで、感染された細胞の数週間の生存を可能にする血清フリー条件下で増殖せしめられる。
【0267】
他方では、アデノウィルスベクター感染された293S細胞が、有意な量のタンパク質を生成するために、比較的高い細胞密度で、付着細胞として、又は懸濁培養において増殖せしめられ得る( Garnier など., Cytotechnol. 15: 145−55, 1994 を参照のこと)。いずれかのプロトコールにより、発現され、分泌された異種タンパク質が、細胞における発現されたタンパク質の素因に依存して、細胞培養物上清液、溶解物又は、膜画分から反復して単離され得る。感染された293S 細胞生成プロトコールにおいては、分泌されていないタンパク質が効果的に得られる。
【0268】
zcytor17に関して観察される組織分布の観点においては、アゴニスト(生来のリガンド/基質/補因子/等を包含する)及びアンタゴニストは、インビトロ及びインビボ用途において莫大な可能性を有する。zcytor17アゴニストとして同定される化合物は、インビオロ及びインビボで、免疫及び造血細胞の増殖の刺激において有用である。例えば、zcytor17可溶性受容体及びアゴニスト化合物は、定義された細胞培養培地の化合物として有用であり、そして細胞培養において通常使用される血清を置換するために、単独で又は他のサイトカイン及びホルモンと組合して使用され得る。
【0269】
従って、アンタゴニストは、培養物におけるT−細胞、B−細胞、及びリンパ性及び骨髄系の増殖及び/又は進化を特異的に促進することにおいて有用である。さらに、zcytor17可溶性受容体、アゴニスト又はアンタゴニストは、単離された一次骨髄培養物からのコロニー形成の刺激を測定するためにも有用である。そのようなアッセイは、当業界において良く知られている。
アンタゴニストはまた、リガンド−受容体の部位を特徴づけるための研究試薬としても有用である。zcytor17活性(zcytor17アンタゴニスト)の阻害は、抗−zcytor17抗体及び可溶性zcytor17受容体、並びに他のペプチド及び非−ペプチド剤(例えば、リボザイム)を包含する。
【0270】
zcytor17はまた、その活性のインヒビター(アンタゴニスト)を同定するためにも使用され得る。試験化合物は、zcytor17の活性を阻害する化合物を同定するために、本明細書に開示されるアッセイに添加される。本明細書に開示されるそれらのアッセイの他に、サンプルは、zcytor17結合、オリゴマー化、又はzcytor17−依存性細胞応答の刺激/阻害を測定するよう企画された種々のアッセイにより、zcytor17活性の阻害について試験され得る。例えばzcytor17−発現性細胞系は、zcytor17−刺激された細胞経路に応答するレポーター遺伝子構造体によりトランスフェクトされ得る。
【0271】
このタイプのレポーター遺伝子構造体は、当業界において知られており、そして一般的に、アッセイ検出可能タンパク質、例えばルシフェラーゼをコードする遺伝子に作用可能に連結されるzcytor17−DNA応答要素を含むであろう。DNA応答要素は、サイクリックAMP応答要素(CRE)、ホルモン応答要素(HRE)、インスリン応答要素(IRE)(Nasrin など., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 5273−7, 1990)及び血清応答要素(SRE)(Shaw など., Cell 56: 563−72, 1989)を包含するが、但しそれらだけには限定されない。サイクリックAMP応答要素は、Roestler など., J. Biol. Chem. 263 (19): 9063−6, 1988及びHabener, Molec. Endocrinol. 4 (8): 1087−94, 1990に再考される。
【0272】
ホルモン応答要素は、Beato, Cell 56: 335−44l, 1989に再考される。候補体化合物、溶液、混合物又は抽出物、又は種々の細胞型からのならし培地は、レポーター遺伝子発現のzcytor17刺激の上昇により明らかなように、zcytor17受容体の活性を増強する能力について試験される。このタイプのアッセイは、受容体の結合を通して、又はシグナルカスケードの一部の刺激により、zcytor17シグナルトランスダクション活性を直接的に刺激する化合物を検出するであろう。それ自体、zcytor17ポリペプチドに応答する細胞を供給し、試験化合物の不在下で細胞の第1部分を培養し、試験化合物の存在下で前記細胞の第2部分を培養し、そして前記細胞の第1部分に比較して、前記細胞の第2部分の細胞応答における上昇性を検出することを含んで成る、zcytor17ポリペプチドのアゴニストを同定するための方法が提供される。
【0273】
さらに、上記のレポーター遺伝子構造体を含むが、しかしzcytor17受容体を発現しない第3細胞は、前記レポーターの非−特異的な、又は非−zcytor17−介在性刺激を評価するための対照細胞として使用され得る。従って、アゴニスト、例えば天然のリガンドは、zcytor17ポリペプチド機能を刺激し、又は増強するために有用である。
【0274】
zcytor17リガンド−結合ポリペプチド、例えば本明細書に記載される細胞外ドメイン又はサイトカインドメインはまた、リガンドの精製のためにも使用される。前記ポリペプチドは、固体支持体、例えばアガロース、架橋されたアガロース、ガラス、セルロース樹脂、シリカ基材の樹脂、ポリスチレン、架橋されたポリアクリルアミド又は使用の条件下で安定している同様の材料のビーズ上に固定される。
【0275】
固体支持体にポリペプチドを結合するための方法は、当業界において知られており、そしてアミン化学、臭化シアノゲン活性化、N−ヒドロキシスクシンイミド活性化、エポキシド活性化、スルフヒドリル活性化及びヒドラジド活性化を包含する。得られる媒体は一般的に、カラムの形で形状化され、そしてリガンドを含む流体が、受容体ポリペプチドへのリガンドの結合を可能にするために、カラムに1又は複数回、通される。次に、リガンドが、塩濃度の変化、カオトロピック剤(グアニジンHCl)、又はリガンド−受容体結合を破壊するpHを用いて溶出される。
【0276】
リガンド−結合受容体(又は抗体、補体/抗補体対の1つのメンバー)、又はその結合フラグメント、及び市販のバイオセンサー装置を用いるアッセイシステムが、好都合には、使用され得る(例えば、BIAcore, Pharmacia Biosensor, Piscataway, NJ;又はSELDITM technology、Ciphergen, Inc. Palo Alto, CA)。そのような受容体、抗体、補体/抗補体対のメンバー、又はフラグメントは、受容体チップの表面上に固定される。この装置の使用は、Karlsson, J. Immunol. Methods 145: 229−40, 1991 及びCunningham and Wells, J. Mol.Biol. 234: 554−63,1993により開示される。
【0277】
受容体、抗体、メンバー又はフラグメントは、アミン又はスルフヒドリル化学を用いて、流動細胞内の金フィルムに結合されるデキストラン繊維に共有結合される。試験サンプルが細胞に通される。リガンド、エピトープ又は補体/抗補体対の反対のメンバーがサンプルに存在する場合、それは、それぞれ固定された受容体、抗体又はメンバーに結合し、金フィルムの表面のプラズモン共鳴の変化として検出される、媒体の屈折率の変化を引き起こす。このシステムは、オン−及びオフ−速度の決定を可能にし、これから、結合親和性が計算され、そして結合の化学量の評価が可能にされる。
【0278】
リガンド−結合受容体ポリペプチドはまた当業界において知られている他のアッセイシステム内でも使用され得る。そのようなシステムは、結合親和性の決定のためのスカチャード分析(Scatchard, Ann. NY. Acad. Sci. 51:660−72, 1949)及び熱量測定アッセイ(Cunningham など., Science 253: 545−48, 1991;Cunningham など., Science 245: 821−25, 1991)を包含する。
【0279】
zcytor17ポリペプチドはまた、zcytor17エピトープ、ペプチド又はポリペプチドに特異的に結合する抗体を調製するためにも使用され得る。zcytor17ポリペプチド又はそのフラグメントは、動物を接種し、そして免疫応答を誘発するための剤(免疫原)として作用する。当業者は、抗原性エピトープ担持のポリペプチドがzcytor17ポリペプチド(例えば、配列番号2、54、57及び同様のもの)の少なくとも6、好ましくは少なくとも9及びより好ましくは少なくとも15〜約30個の連続したアミノ酸残基を含むことを認識するであろう。zcytor17ポリペプチドの大きな部分、すなわちアミノ酸配列の30〜100個の残基〜その全体の長さの残基を含んでなるポリペプチドが含まれる。
【0280】
抗原又は免疫原エピトープはまた、本明細書に記載されるように、結合された標識、アジュバンド及びキャリヤーを含むことができる。適切な抗原は、配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)、又は連続した9〜713個又は30、又は50〜713個のそのアミノ酸フラグメント;及び配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)、又は連続した9〜630個又は30、又は50〜630個のそのアミノ酸フラグメント;及び配列番号54のアミノ酸番号33(Ala)〜アミノ酸番号662(Ile)、又は連続した9〜630個又は30、又は50〜630個のそのアミノ酸フラグメントによりコードされるzcytor17ポリペプチドを含む。
【0281】
抗原として使用するための好ましいペプチドは、細胞外ドメイン、サイトカイン結合ドメイン、フィブロネクチン第III形ドメイン、細胞内シグナル化ドメイン、Box I及びBox II部位、本明細書に開示される他のドメイン及びモチーフ、又はそれらの込み合わせ;及びzcytor17親水性ペプチド、例えば埋もれたG、S及びT、及び暴露されたH、Y及びW残基が無視される、スライド性6−残基鏡に基づいて、Hopp/Woods親水性プロフィールから決定される、疎水性プロットから当業者により推定されるそれらのペプチドである。
【0282】
zcytor17親水性ペプチドは、(1)配列番号2及び46のアミノ酸残基43〜48(配列番号54の残基56〜61);(2)配列番号2及び46のアミノ酸残基157〜162(配列番号54の残基170〜175)(3)配列番号2及び46のアミノ酸残基168〜163(配列番号54の残基171〜176);(4)配列番号2及び46のアミノ酸残基221〜226(配列番号54の残基234〜239);及び(5)配列番号2及び46のアミノ酸残基426〜431(配列番号54の残基439〜444)から成る群から選択されたアミノ酸配列を含んで成るペプチドを包含する。さらに、例えばDNASTAR Protean プログラム(DNASTAR, INC., Madison, WI)を用いて、Jameson−Wolf plot Jameson−Wolf plotから推定される親水性ペプチドはまた、適切な抗原である。
【0283】
さらに、保存されたモチーフ、及びzcytor17の保存されたモチーフ間の可変領域が適切な抗原である。この免疫応答から生成される抗体は、本明細書に記載のようにして単離され、そして精製され得る。ポリクローナル及びモノクローナル抗体を調製し、そして単離するための方法は、当業界において良く知られている。例えば、Current Protocols in Immunology, Cooligan, など., (eds.), National Institutes of Health, John Wiley and Sons, Inc., 1995; Sambrook など., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor, NY, 1989; 及びHurrell, J.G.R., Ed., Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications, CRC Press, Inc., Boca Raton, FL, 1982 を参照のこと。
【0284】
当業者に明らかなように、ポリクローナル抗体は、種々の温血動物、例えば馬、ウシ、ヤギ、羊、犬、鶏、ウサギ、マウス、及びラットを、zcytor17ポリペプチド又はそのフラグメントにより接種することにより生成され得る。zcytor17ポリペプチドの免疫性は、アジュバント、例えばミヨウバン(水酸化アルミニュウム)又はフロイント完全又は不完全アジュバントの使用により高められ得る。免疫化のために有用なポリペプチドはまた、免疫グロブリン ポリペプチド又はマルトース結合タンパク質との融合体ポリペプチド、例えばzcytor17又はその一部の融合体を包含する。ポリペプチド免疫原は、十分な長さの分子又はその一部であり得る。ポリペプチド部分が“ハプテン−様”である場合、そのような部分は、免疫化のために、高分子キャリヤー(例えば、カサガイヘモシアニン(KLH)、ウシ血清アルブミン(BSA)又は破傷風トキソイド)に都合良く連結又は結合され得る。
【0285】
本明細書で使用される場合、用語“抗体”とは、ポリクローナル抗体、親和性精製されたポリクローナル抗体、モノクローナル抗体及び抗原結合フラグメント、例えばF(ab’)2及びFabタンパク質分解性フラグメントを包含する。遺伝子的に構築された損なわれていない抗体又はフラグメント、例えばキメラ抗体、Fvフラグメント、一本鎖抗体及び同様のもの、並びに合成抗原結合ペプチド及びポリペプチドもまた包含される。非ヒト抗体は、ヒト骨格及び不変領域上に非ヒトCDRのみを移植することによって、又は完全な非ヒト可変ドメインを組み込むことによって(任意には、暴露された残基の置換によってヒト−様表面によりそれらのドメインを“おおう(cloaking)”ことによって;ここで結果物は“張り合わされた”抗体である)、ヒト適合され得る。
【0286】
多くの場合、ヒト適合された抗体は、正しい結合特性を増強するために、ヒト可変領域骨格ドメイン内に非ヒト残基を保持することができる。ヒト適合化抗体を通して、生物学的半減期が高められ、そしてヒトへの投与に基づく有害な免疫反応の可能性が低められる。さらに、ヒト抗体は、WIPO公開WO98/24893号に開示されるように、ヒト免疫グロブリン遺伝子を含むよう構築されたトランスジェニック非−ヒト動物において生成される。好ましくは、それらの動物における内因性免疫グロブリン遺伝子は、相同組換えにより不活性化されるか又は排除される。
【0287】
本明細書において有用な抗体を生成するか又は選択するための他の技法は、インビトロで、zcytor17タンパク質又はペプチドにリンパ球を暴露し、そしてファージ又は類似するベクターにおける抗体表示ライブラリーを選択すること(例えば、固定された又はラベルされたzcytor17タンパク質又はペプチドの作用を通して)を包含する。可能性あるzcytor17ポリペプチド結合ドメインを有するポリペプチドをコードする遺伝子は、ファージ(ファージ表示)又は細菌、例えばE.コリ上に表示されるランダムペプチドライブラリーをスクリーニングすることによって得られる。前記ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、多くの手段、例えばランダム突然変異誘発及びランダムポリヌクレオチド合成を通して得られる。
【0288】
それらのランダムペプチド表示ライブラリーは、タンパク質又はポリペプチドであり得る既知の標的物、例えばリガンド又は受容体、生物学的又は合成高分子、又は有機又は無機物質と相互作用するペプチドについてスクリーンするために使用され得る。そのようなランダム ペプチド表示ライブラリーを創造し、そしてスクリーニングするための技法は、当業界において知られており(Ladner など., アメリカ特許第5,223,409 号; Ladner など., アメリカ特許第4,946,778 号; Ladner など., アメリカ特許第5,403,484 号及びLadner など., アメリカ特許第5,571,698 号、及びKayなど., Phage Display of Peputides and Proteins (Academic Press, Inc. 1996))、そしてランダムペプチド表示ライブラリー及びそのようなライブラリーをスクリーニングするためのキットは、例えばClontech (Palo Alto, CA), Invitrogen Inc. (San Diego, CA), New England Biolabs, Inc. (Beverly, MA) 及びPharmacia LKB Biotechnology Inc. (Piccataway, MJ) から市販されている。ランダムペプチド表示ライブラリーは、zcytor17に結合するタンパク質を同定するために、本明細書に開示されるzcytor17配列を用いてスクリーンされ得る。
【0289】
zcytor17ポリペプチドと相互作用するそれらの“結合ペプチド”は、受容体を発現する細胞を標識するために;親和性精製により相同体ポリペプチドを単離するために使用され得る;それらは薬物、トキシン、放射性核種及び同様のものに直接的にまたは間接的に接合され得る。それらの結合ペプチドはまた、分析方法に、例えば発現ライブラリーをスクリーニングし、そして活性を中和するためにも使用され得る。結合ペプチドはまた、zcytor17ポリペプチドの循環レベルを決定するために;根本的な病理学又は疾病のマーカーとして可溶性zcytor17ポリペプチドを検出し又は定量化するために、診断アッセイにも使用され得る。それらの結合ペプチドはまた、zcytor17結合及びシグナルトランスダクションをインビトロ及びインビボで阻止するために、zcytor17 “アンタゴニス”として使用することができる。それらの抗−zcytor17結合ペプチドは、zcytor17と結合するリガンドの作用を阻害するために有用である。
【0290】
抗体は、1)それらが限界レベルの結合活性を示す場合、及び2)それらが関連するポリペプチド分子と有意に交差反応しない場合、特異的に結合すると考えられる。限界レベルの結合は、本明細書における抗−zcytor17抗体が対照(非−マウスzcytor10)ポリペプチドへの結合親和性よりも少なくとも10倍高い親和性を伴って、zcytor17ポリペプチド、ペプチド又はエピトープに結合するかどうか決定される。好ましくは、抗体は、106M−1又はそれ以上、好ましくは107M−1又はそれ以上、より好ましくは108M−1又はそれ以上、及び最も好ましくは109M−1又はそれ以上の結合親和性(Ka)を示す。抗体の結合親和性は、例えばScatchard 分析(Scatchard, G., Ann. NY Acad. Sci. 51: 660−672, 1949)を用いて、当業者によって容易に決定され得る。
【0291】
抗−zcytor17抗体は関連するポリペプチド分子と有意に交差反応しないかどうかは、例えば、標準のウェスターンブロット分析を用いて、zcytor17ポリペプチドであるが、しかし知られていない関連するポリペプチドを検出する抗体により示される(Ausubel など., 前記)。既知の関連するポリペプチドの例は、従来技術に開示されているそれらのもの、例えば既知のオルト体及びパラ体、及びタンパク質ファミリーの類似する既知メンバー(例えば、gp130, LIF, WSX−1及びIL12受容体)である。スクリーニングはまた、非ヒトzcytor17及びzcytor17変異体ポチペプチドを用いて行われ得る。さらに、抗体は、zcytor17ポリペプチドに対して特異的に結合する集団を単離するために、既知の関連するポリペプチドに“対してスクリーンされ得る”。
【0292】
例えば、zcytor17に対して生ぜしめられた抗体は不溶性マトリックスに付着される関連するポリペプチドに吸着され;zcytor17に対して特異的な抗体は適切な緩衝液条件下で前記マトリックスを通して流れるであろう。スクリーニングは、既知の溶接に関連するポリペプチドに対して交差反応しないポリクローナル及びモノクローナル抗体の単離を可能にする(Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow and Lane (eds.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1988; Current Protocols in Immunology, Cooligan, など. (eds.), National Institutes of Health, John Wiley and Sons, Inc., 1995)。
【0293】
特異的抗体のスクリーニング及び単離は当業界において当業界において良く知られている。Fundamental Immunology, Paul (eds.), Raven Press, 1993; Getzoffなど., Adv.in Immunol. 43: 1−98, 1988; Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Goding, J.W. (eds.), Academic Press Ltd., 1996; Benjamin など., Ann. Rev. Immunol. 2: 67−101, 1984を参照のこと。特異的に結合する抗−zcytor17抗体は、当業界において知られており、そして下記に開示される多くの方法により検出され得る。
【0294】
当業者に知られている種々のアッセイがzcytor17タンパク質又はペプチドに特異的に結合する抗体を検出するために使用され得る。典型的なアッセイは、Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow and lane (Eds.), Cold Speing Harbor Laboratory Press, 1988 に詳細に記載されている。そのようなアッセイの代表的な例は次のものを包含する:同時免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ沈殿、酵素結合の免疫吸着アッセイ(ELISA)、ドットブロット又はウェスターンブロットアッセイ、阻害又は競争アッセイ、及びサンドイッチアッセイ。さらに、野生型対変異体のzcytor17タンパク質又はペプチドに結合する抗体がスクリーンされ得る。
【0295】
zcytor17に対する抗体は、zcytor17を発現する細胞、例えばzcytor17を天然において発現する細胞、例えば単球及び前立腺細胞、及びzcytor17により形質転換される細胞を標識するために;アフィニティー精製によりzcytor17を単離するために; zcytor17ポリペプチドの循環レベルを決定するための診断アッセイのために;根本的な病理学又は疾病のマーカーとして可溶性zcytor17を検出し又は定量化するために;FACS を使用する分析方法において、発現ライブラリーをスクリーニングするために;抗−インディオタイプ抗体を生成するために;及びインビトロでzcytor17活性を阻止するための中和抗体又はアンタゴニスとして使用され得る。
【0296】
適切な直接的標識又はラベルは、放射性核種、酵素、基質、補因子、インヒビター、蛍光マーカー、化学発光マーカー、磁気粒子及び同様のものを包含し;間接的な標識又はラベルは、中間体としてのビオチン−アビジン又は他の補体/抗−補体対の使用を特徴とする。本発明書における抗体及び結合タンパク質はまた、薬物、トキシン、放射性核種、及び同様のものに直接的に又は間接的に接合され得、そしてそれらの接合体はインビボ診断又は治療用途のために使用され得る。さらに、zcytor17又はそのフラグメントに対する抗体は、アッセイ、例えば当業界において知られているウェスターンブロット又は他のアッセイにおいて、変性されたzcytor17又はそのフラグメントを検出するためにインビトロで使用され得る。
【0297】
zcytor17に対する抗体は、受容体を発現する細胞を標識し、そしてzcytor17発現レベルをアッセイするために、可溶性受容体ポリペプチドの循環レベルを決定するために診断アッセイ内での親和性精製のために、蛍光−活性化された細胞分類を用いる分析方法のために有用である。二価抗体は、zcytor17リガンドの効果を模倣するアゴニストとして使用され得る。
【0298】
本明細書における抗体はまた、薬剤、トキシン、放射性核種及び同様のものに直接的に又は間接的に接合され得、そしてそれらの接合体は、治療用途を研究するためのネズミモデルにおいて、又は治療の用途において、インビボ診断のために使用される。例えば、本発明のzcytor17を認識する抗体又は結合ポリペプチドは、対応する抗−相補的分子(すなわち、zcytor17受容体)を発現する組織又は器官を同定し、又は処理するために使用され得る。より特定には、抗−zcytor17抗体又はその生物活性フラグメント又は一部が、検出可能な又は細胞毒性の分子に連結され、そしてzcytor17分子を発現する細胞、組織又は器官を有する哺乳類に供給され得る。
【0299】
適切な検出可能分子は、zcytor17(上記に開示される結合ペプチドを包含する“結合ポリペプチド”、抗体、又はその生物活性フラグメント又は一部に直接的に又は間接的に結合され得る。適切な検出可能分子は、放射性核種、酵素、基質、補因子、インヒビター、蛍光マーカー、化学発光マーカー、磁気粒子、及び同様のものを包含する。適切な細胞毒性分子は、ポリペプチド又は抗体に直接的に又は間接的に結合され得、そして細菌又は植物毒性(例えば、ジフテリア毒素、プソイドモナシス内毒素、リシン、アブリン及び同様のもの)、及び治療用放射性核種、例えばI−131、レニウム−188又はイットニウム−90(ポリペプチド又は抗体に直接的に結合されるか、又はキレ−ト成分により間接的に結合される)を包含する。
【0300】
結合ポリペプチド又は抗体はまた、細胞毒性薬物、例えばアドリアマイシンに結合され得る。検出可能又は細胞毒性分子の間接的な結合に関しては、検出可能又は細胞毒性分子は相補的/抗相補的対のメンバーにより結合され得、ここで他のメンバーは結合ポリペプチド又は抗体部分に結合される。それらの目的のためには、ビオチン/ストレプタビジンが典型的な相補的/抗相補的対である。
【0301】
もう1つの態様においては、結合ポリペプチド−毒素融合タンパク質又は抗体−毒素融合タンパク質は、標的化された細胞又は組織阻害又は除去(例えば、癌細胞又は組織を処理するために)のために使用され得る。他方では、結合ポリペプチドが複数の機能ドメイン(すなわち、活性化ドメイン又はリガンド結合ドメイン、及び標的化ドメイン)を有する場合、標的化ドメインのみを包含する融合タンパク質は、検出可能分子、細胞毒性分子又は相補的分子を、興味ある細胞又は組織型に向けるために適切である。例えば、単一のドメインのみのを包含する融合タンパク質が相補的分子を含む場合、抗−相補的分子は検出可能又は細胞毒性分子に接合され得る。従って、そのようなドメイン−相補的分子融合タンパク質は、一般的抗−相補的−検出可能/細胞毒性分子接合体のための一般的標的化ビークルを表す。
【0302】
もう1つの態様においては、zcytor17−サイトカイン融合タンパク質又は抗体−サイトカイン融合タンパク質は、結合ポリペプチドサイトカイン又は抗−zcytor17抗体が過剰増殖性細胞を標的化する場合、標的組織(例えば、血液、リンパ球、結腸及び骨髄癌)のインビボ殺害を増強するために使用され得る(一般的には、Hornickなど., Blood 89: 4437−4447, 1997を参照のこと)。記載される融合タンパク質は、作用の所望する部位へのサイトカインの標的化を可能にし、それにより、サイトカインの高められた局部濃度を提供する。適切な抗−zcytor17抗体は、所望しない細胞又は組織(例えば、腫瘍又は白血病)を標的化し、そして融合されたサイトカインはエフェクター細胞による改良された標的細胞溶解を仲介する。例えば、この目的のための適切なサイトカインは、インターロイキン−2及び顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSM)を包含する。
【0303】
他方では、本明細書に記載されるzcytor17結合ポリペプチド又は抗体融合タンパク質は、zcytor17−調節されたアポプトシス経路を直接的に刺激することにより、標的組織のインビボ殺害の増強のために使用され、zcytor17を発現する高増殖性細胞の細胞死がもたらされる。
本明細書に記載される生物活性結合ポリペプチド又は抗体接合体は、経口、静脈内、動脈内又は管内供給され得、又は作用の意図された部位に局部的に導入され得る。
【0304】
サイトカイン受容体に結合する4−ヘリックス束サイトカイン、及び活性化されたリンパ球により生成される他のタンパク質は、身体を通して細胞の分化、活性化、レクルートメント及び恒常性において重要な生物学的役割を演じる。治療有用性は、免疫調節を必要とする疾病、例えば自己免疫疾患、例えばリウマチ様関節炎、多発生硬化症、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス及び糖尿病の処理を包含する。
【0305】
zcytor17受容体アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−受容体抗体及び天然リガンドは、炎症の調節において重要であり、そして従って、リウマチ様関節炎、ぜん息、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患、クローン症、膵炎及び敗血症の処理において有用である。腫瘍細胞殺害の仲介においてzcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−受容体抗体及び天然リガンドの役割が存在し、そして従って、癌の処理において有用である。zcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−受容体抗体及び天然リガンドは、移植片拒絶を低めるために、又は対宿主性移植片病の予防において重要である免疫系の抑制において有効的な治療剤である。
【0306】
他方では、zcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、抗−zcytor17受容体抗体及び天然リガンドは、感染性疾病に対する免疫性を高めることにおいて、免疫無防備状態の患者、例えばHIV+患者の処理において、又はワクチンを改良することにおいて重要である免疫系を活性化することができる。特に、zcytor17アンタゴニスト又はアゴニスト、例えば可溶性受容体、及び天然リガンドは、NK細胞又はそれらの前駆体を、調節し、刺激又は拡張し、そしてウィルス感染の処理において治療的価値を、及び抗−腫瘍因子として提供する。NK細胞は転移性腫瘍細胞の排除において重要な役割を演じると思われ、そして転移及び固形腫瘍を有する患者は、低められたレベルのNK細胞活性を有する(Whitesideなど., Curr. Top. Microbiol. Immunol. 230: 221−244, 1998)。
【0307】
zcytor17ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、zcytor17活性を高め、又は阻害することが所望される遺伝子治療用途内で有用である。哺乳類が突然変異誘発されたzcytor17遺伝子を有するか、又はそれを欠いている場合、zcytor17遺伝子が哺乳類の細胞中に導入され得る。1つの態様においては、zcytor17ポリペプチドをコードする遺伝子がウィルスベクターにおいてインビボで導入される。そのようなベクターは、弱毒化された又は欠陥DNAウィルス、例えばヘルペス単純ウィルス(HSV)、乳頭種ウィルス、エプスタイン−バールウィルス(EBV)、アデノウィルス、アデノ関連ウィルス(AAV)及び同様のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない。
【0308】
ウィルス遺伝子を完全に又はほとんど完全に欠いている欠陥ウィルスが好ましい。欠陥ウィルスは、細胞中への導入の後、感染性ではない。欠陥ウィルスベクターの使用は、ベクターが他の細胞を感染することを心配しないで、特定の局在化された領域における細胞への投与を可能にする。特定のベクターの例は、次のものを包含するが、但しそれらだけには限定されない:欠陥ヘルペスウィルス1(HSV1)ベクター(Kaplitt など., Molc. Cell. Neurosci. 2: 320−30, 1991)、弱毒化されたアデノウィルス ベクター、例えばStratford−Perricaudat など. (J. Clin. Invest. 90: 626−30, 1992) により記載されるベクター、及び欠陥アデノ−関連ウィルスベクター(Samulski など., J. Virol. 61: 3096−101, 1987; Samulski など., J. Virol. 63: 3822−28,1989)。
【0309】
もう1つの態様においては、zcytor17遺伝子は、次の文献に記載のようにして、レトロウィルスベクターに導入され得る:Anderson など., アメリカ特許第5,399,346号;Mann など., Cell 33: 153, 1983; Temin など., アメリカ特許第4,650,764号;Temin など., アメリカ特許第4,980,289号;Markowitz など., J. Virol. 62: 1120, 1988; Temin など., アメリカ特許第5,124,263 号;Dougherty など., WIPO Publication WO95/07358 号;及びkuo など., Blood 82: 845−52, 1993。 他方では、ベクターは、リポソームを用いてのインビボリポフェクションにより導入され得る。
【0310】
合成カチオン脂質が、マーカーをコードする遺伝子のインビボトランスフェクションのためのリポソームを調製するために使用され得る(Felgner など., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84: 7413−17, 1987; 及びMackey など., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 8027−31, 1988)。インビボで特定の器官中に外因遺伝子を導入するためへのリポフェクションの使用は、一定の実際的な利点を有する。特定細胞へのリポソームの分子標的化は、1つの領域の利点を表す。
【0311】
より特定には、特定細胞へのトランスフェクションの方向づけは、1つの有益な分野を提供する。例えば、特定細胞型へのトランスフェクションの方向づけが、細胞異質性を有する組織、例えば膵臓、肝臓、腎臓及び脳において特に好都合であることは明白である。脂質は、標的化のために他の分子に科学的に得られる。標的化されたペプチド、例えばホルモン又は神経伝達物質、及びタンパク質、例えば抗体又は非ペプチド分子は、化学的にリポソームに結合され得る。
【0312】
身体から細胞を除去し、そして裸DNAプラスミドとしてベクターを導入し、そして次に、身体中に形質転換された細胞を再移植することは可能である。遺伝子治療のための裸DNAベクターは、所望する宿主細胞中に、当業界において知られている方法、例えばトランスフェクション、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、トランスダクション、細胞融合、DEAEデキストラン、リン酸カルシウム沈殿、遺伝子ガンの使用、又はDNAベクタートランスポーターの使用により導入され得る(例えば、Wu など., J. Biol. Chem. 267: 963−7, 1992; Wu など., J. Biol. Chem. 263: 14621−24, 1988)。
【0313】
アンチセンス方法は、zcytor17遺伝子転写を阻害するために、例えばインビボでの細胞増殖を阻害するために使用され得る。zcytor17−コードのポリヌクレオチドのセグメントに対して相補的であるポリヌクレオチド(例えば、配列番号1、45、53又は57に示されるようなポリヌクレオチド)は、zcytor17−コードのmRNAに結合し、そしてそのようなmRNAの翻訳を阻害するよう企画される。そのようなアンチセンスポリヌクレオチドは、細胞培養物、又は対象において、zcytor17ポリペプチド−コードの遺伝子の発現を阻害するために使用される。
【0314】
さらに、細胞表面分子として、zcytor17ポリペプチドは、細胞中に遺伝子療法を導入するための標的物として使用され得る。この用途は、zcytor17が通常発現される細胞、例えばリンパ組織、骨髄、前立腺、甲状腺、単球及びPBL、又はzcytor17ポリペプチドを発現できる癌細胞中に治療遺伝子を導入するために、特に適切である。例えば、上記のようなウィルス遺伝子療法は、ウィルス受容体よりもむしろ細胞受容体、例えばzcytor17ポリペプチドを発現する特定の細胞型に標的化され得る。抗体、又は標的細胞表面上のzcytor17分子を認識する他の分子が、ウィルスの感染を方向づけ、そして標的細胞に遺伝子治療材料を投与するために使用され得る。
【0315】
WOO, S.L.C. Nature Biotech, 14: 1538, 1996; Wickham, T.J. など., Nature Biotech. 14: 1570−1573, 1996; Douglas, J.T. など., Nature Biotech. 14: 1574−1578, 1996; Rihova, B., Crit. Rev. Biotechnol. 17: 149−169, 1997; 及びVile, R.G. など., Mol. Med. Today 4: 84−92, 1998を参照のこと。例えば、zcytor17−特異的抗体に結合されるウィルス−中和性Fabフラグメントを含むニ特異的抗体が、zcytor17受容体を発現する細胞にウィルスを方向づけ、そして遺伝子要素を含むウィルスの細胞中への効果的侵入を可能にするために使用され得る。例えば、Wickham, T.J. など., J. Virol. 71: 7663−7669, 1997; 及びWickham, T.J., など., J. Viro. 70:6831−6838, 1996 を参照のこと。
【0316】
さらに、抗−zcytor17抗体及び結合フラグメントは、zcytor17を特異的に発現する細胞、例えば本明細書に記載される、単核細胞、リンパ細胞、例えば非活性化された及び活性化された単球細胞、例えば活性化されたCD3+、CD4+及びCD8+細胞、CD19+ B−細胞、及び他の細胞を標的化し、そして分類するために使用され得る。そのような細胞標的化及び分類方法は、当業界において良く知られている(例えば、”Molecular Biology of the Cell”, 3rd Ed., Albert, B. など. (Garland Publishing, London & New York, 1994を参照のこと)。当業者は、細胞を研究するための細胞組織型の分離の重要性及び特定の細胞組織型の分離のためへの抗体の使用を認識するであろう。
【0317】
基本的には、細胞型の表面に結合する抗体は、抗体により認識される細胞のみが付着するであろう親和性表面を形成するために、種々のマトリックス、例えばコラーゲン、多糖ビーズ又はプラスチックにカップリングされる。次に、結合された細胞は、従来の技術により回収される。他の方法は、蛍光活性化された細胞ソーター(FACS)による細胞の分離を包含する。この技法においては、蛍光色素に結合される抗体により細胞をラベリングする。次に、ラベルされた細胞は、FACS機械によりラベルされていない細胞から分離される。FACS分離においては、単一の列で移動する個々の細胞が、レーザービームを通過し、そして個々の細胞の蛍光が測定される。
【0318】
わずかにさらなる下流の小滴(ほとんどは、1つの細胞を含むか又はまったく含まない)が、振動ノズルにより形成される。単一の細胞を含むその小滴は、それらが含む細胞が蛍光であるかどうかに依存して、形成の瞬間で、正又は負の電荷を自動的に付与され、そして次に、強い電界により適切な容器中に偏向される。そのような機械は、1000の細胞のうち1つを選択し、そして1秒当たり約5000個の細胞を分類できる。これは、細胞培養物について均等な細胞集団を生成する。
【0319】
当業者は、本発明のzcytor17ポリペプチドに対する抗体は、必ずしもすべての組織型がzcytor17受容体を発現せず、そして生物学者がさらなる研究及び/又は身体中への治療的再移植のために特定の細胞型を分離することができることは重用であるので、有用である。これは、細胞、例えばzcytor17が発現される免疫細胞において特に適切である。
【0320】
本発明はまた、診断用途に使用される試薬を提供する。例えば、zcytor17遺伝子、すなわちzcytor17 DNA又はRNA又はその副配列を含んで成るプローブは、zcytor17遺伝子が染色体5上に存在するかどうか、又は突然変異が生じたかどうかを決定するために使用され得る。zcytor17は染色体5の5q11領域に存在する(例4を参照のこと)。zcytor17遺伝子座での検出できる染色体異常型は、異数性、遺伝子コピー数変化、異種性の損失(LOH)、トランスロケーション、挿入、欠失、制限部位変更及び転位を包含するが、但しそれらだけには限定されない。
【0321】
それらの異常性は、コード配列内、イントロン内、又は上流のプロモーター及び調節領域を包含するフランキング配列内で発生することができ、そしてコード配列内での物理的変更、又は遺伝子発現レベルでの変化として明らかである。そのような異常性は、分子遺伝学的技法、例えば制限フラグメント長さ多型現象(RELP)分析、蛍光現場ハイブリダイゼーション、PCR技法を用いる短いタンデム反復体(STR)分析、及び当業界において知られている他の遺伝子連鎖分析技法を用いることによって、本発明のポリヌクレオチドを用いて検出され得る(Sambrookなど., 前記;Ausubel など., 前記;Marian, Chest 108: 255−65, 1995)。
【0322】
遺伝子位置の正確な知識は、次のような多くの目的のために有用である:1)配列が存在するコンティグの一部であるかどうかの決定及び種々の形、例えばYAC, BAC又はcDNAクローンにおける追加の周囲遺伝子配列の獲得;2)同じ染色体領域への結合を示す遺伝的な疾病についての可能な候補体遺伝子の提供;及び3)特定遺伝子が有する機能の決定を助けるモデル生物、例えばマウスの相互参照。
【0323】
zcytor17遺伝子は、染色体5の5q11領域に位置する。既知機能のいくつかの遺伝子はこの領域に位置する。例えば、密接に関連するクラスIサイトカイン受容体gp130はまた、染色体5q11に位置し、このことは、5q11領域がサイトカイン受容体発現のための重要な領域であることを示唆する。zcytor17は5q11染色体領域(q−アーム上の動原体の第1の遠位領域)に位置し、そしてgp130はzcytor17から約92.7kbの遠位に存在すると思われる。さらに、密接に関連するクラスIサイトカイン受容体LIFRは、5p13−p12領域におけるp−アーム上の動原体のすぐ他の側上に位置する。
【0324】
gp130サイトカイン受容体は、サイトカイン、例えばIL−6、白血病阻害因子(LIF)、オンコスタチンM(OSM)及び繊毛好中球因子(CNTF)によるシグナル化を可能にするヘテロダイマー複合体を形成するために、いくつかの他のサイトカイン受容体により共有される。さらに、gp130は、シグナル化するためにzcytor17ポリペプチドと共に、ヘテロダイマー、トリマー(例えば、gp130+LIF因子を有する)、又はマルチマー複合体を形成することができる。さらに、本明細書に論じられるように、サイトカイン受容体、例えばzcytor17及びgp130は、免疫細胞機能、移動、炎症及び同様のものにおいて重要な役割を演じる。zcytor17ポリヌクレオチド、ポリペプチド、及び抗−zcytor17抗体は、zcytor17遺伝子又はタンパク質における欠陥、又は染色体5の5q11領域での周囲の染色体領域における欠陥を検出するための診断物としての主要な使用を提供する。
【0325】
さらに、いくつかの疾病関連遺伝子が、ヒト障害に関連する5q11領域において密集する。当業者は、5q11におけるマーカー、例えば本発明のzcytor17ポリヌクレオチドが、5q11におけるその周囲の異常がヒト疾病に関連することが知られているので、ヒト疾病に関連する染色体異常の検出において有用であるこをを認識するであろう。例えば、5q11−q13.3重複、部分的トリソミー及びトランスロケーションは、複数の異常性、例えば精神分裂症、すなわち通常の精神病に関連している。さらに、Maroteaux−Lamy症候群、又はムコ多糖VI型(5q11−q13)及びKlippel−Feil症候群(5q11.2)が、この遺伝子座でのトランスロケーションに関連している。
【0326】
さらに、それらの疾病は、5q11領域染色体の大きな染色体転位、例えば染色体重複、トランスロケーション又は異質性の損失に連結される。本明細書に記載される当業界において知られている方法と共に、本発明のポリヌクレオチドを用いて、5q11での又はその周囲でのそのような転位が検出され得る。さらに、他の遺伝子座の中で、裂手/足奇形、1型(SHFM1)(5q)、 Sandhoff病(5q13)、グルココルチコイド受容体(5q31)、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)(5q11.2−q13.2)、脊椎筋アトピー(5q12.2−q13.3)、及び下垂体ホルモン欠損(5q) についてのそれらの遺伝子座は、すべてヒト疾病において明白であり、そしてヒトゲノムのこの領域に位置する。
【0327】
WWWサーバー(http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/htbin−post/omim/getmap?chromosome=5q11及び周囲の遺伝子座)上の染色体3の2の領域について、Online Mendellian Inheritance of Man (OMIM) 遺伝子地図を参照のこと。それらのすべては、zcytor17遺伝子と同じ染色体領域への連鎖を示す遺伝性疾病についての可能性ある候補体遺伝子として作用する。
【0328】
同様に、zcytor17遺伝子座自体における欠陥は、本明細書に論じられるような遺伝性ヒト疾病状態をもたらすことができる。当業者は、サイトカイン受容体の欠陥がヒトにおける疾病状態を引き起こすことが知られていることを理解するであろう。例えば、成長ホルモン受容体突然変異は、小人症をもたらし(Amselem, Sなど., New Eng. J. Med. 321: 989−995, 1989)、IL−2受容体γ突然変異は重度の組合された免疫欠損(SCID)をもたらし(Noguchi, Mなど., Cell 73: 147−157, 1993)、c−Mpl突然変異は血小板減少をもたらし(Ihara, Kなど., Proc. Nat. Acad. Sci. 96: 3132−3136, 1999)、そして重度のマイコバクテリア及びサルモネラ感染がインターロイキン−12受容体−欠失患者をもたらす(de Jong, Rなど., Science 280: 1435−1439, 1998)。
【0329】
従って、同様に、zcytor17における欠陥は、疾病状態、又は疾病又は感染に対する敏感性を引き起こすことができる。zcytor17遺伝子は5q11領域zcytor17に位置するので、ポリヌクレオチドプローブは、ヒト疾病、例えば免疫細胞癌、骨髄癌、前立腺癌、甲状腺、上皮小体又は他の癌、又は免疫疾患に関連する、染色体5q11損失、トリソミー、重複又はトランスロケーションを検出するために使用され得る。さらに、本発明の分子、例えば本発明のポリペプチド、アンタゴニスト、アゴニスト、ポリヌクレオチド及び抗体は、zcytor17遺伝子欠陥に関連する、検出、診断予防及び処理を助けるであろう。
【0330】
本発明の分子、例えば本発明のポリペプチド、アンタゴニスト、アゴニスト、ポリヌクレオチド及び抗体は、zcytor17遺伝子欠陥に関連する、検出、診断予防及び処理を助けるであろう。
【0331】
診断は、疾病のタイプ及び適切な関連する治療の決定において医者を助けることができるか、又は遺伝的カウンセリングを助けることができる。それ自体、本発明の抗−zcytor17抗体、ポリヌクレオチド及びポリペプチドは、zcytor17ポリペプチド、mRNA又は抗−zcytor17抗体の検出のために使用され、従って当業界において知られており、そして本明細書において記載される方法を用いて、本明細書に記載されるようにして、遺伝的疾病又は癌の検出のためのマーカーとして作用し、そしてそのために直接的に使用される。
【0332】
さらに、zcytor17ポリヌクレオチドプローブは、ヒト疾病に関連する染色体5q11欠失及びトランスロケーション、又は悪性又は他の癌における染色体転位に関与することが予測される、腫瘍の悪性進行又は他の5q11突然変異に関与する他のトランスロケーションに関連する異常性又は遺伝子型を検出するために使用され得る。同様に、zcytor17ポリヌクレオチドプローブが、染色体12q15三染色体性、及びヒト疾病又は自然流産に関連する染色体欠失に関連する異常性又は遺伝子型を検出するために使用され得る。従って、zcytor17ポリヌクレオチドプローブは、それらの欠陥の関連する異常性又は遺伝子型を検出するために使用され得る。
【0333】
上記で論じられるように、zcytor17遺伝子自体における欠陥は、遺伝性ヒト疾病状態をもたらすことができる。本発明の分子、例えば本発明のポリペプチド、アンタゴニスト、アゴニスト、ポリヌクレオチド及び抗体は、zcytor17遺伝子欠陥に関連する疾病の検出、診断予防及び処理を助ける。さらに、zcytor17ポリペプチドプローブは、zcytor17染色体遺伝子座で、疾病又は非疾病の個人間での対立遺伝子差異を検出するために使用され得る。それ自体、zcytor17配列は、法的なDNAプロフィーリングにおける診断として使用され得る。
【0334】
一般的に、患者における遺伝子異常性又は異常型を検出するために遺伝子連鎖分析に使用される診断方法は、当業界において知られている。分析用プローブは一般的に、少なくとも20個の長さのntを有するが、但し幾分短いプローブも使用され得る(例えば、14−17nt)。PCRプライマーは、少なくとも5個の長さのnt、好ましくは15又はそれ以上の長さのnt、より好ましくは20−30個の長さのntである。遺伝子又は染色体DNAの全体的な分析のために、zcytor17ポリヌクレオチドプローブは、完全なエキソン又はそれ以上を含むことができる。エキソンは、zcytor17配列(配列番号54)とzcytor17についてのヒトゲノムDNA(Genbank受託番号AC002781号)とを比較することによって、容易に決定される。
【0335】
一般的に、患者における遺伝子異常性又は異常型を検出するために遺伝子連鎖分析に使用される診断方法は、当業界に知られている。ほとんどの診断方法は、(i)潜在的に疾病の患者、疾病の患者又は劣性疾病対立遺伝子の可能性ある非疾病キャリヤーから遺伝子サンプルを得;(ii)zcytor17ポリヌクレオチドプローブと共に遺伝子サンプルをインキュベートすることにより(ここで、前記ポリヌクレオチドは、RFIP分析においては、相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするであろう)、又は適切なPCR反応条件下でPCR反応において、センス及びアンチセンスプライマーと共に遺伝子サンプルをインキュベートすることにより、第1反応生成物を生成し;
【0336】
(iii)前記第1反応生物を、電気泳動及び/又は他の既知方法により可視化し、例えば、前記第1反応生成物を、zcytor17ポリヌクレオチドプローブ(ここで、前記ポリヌクレオチドは第1反応の相補的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするであろう)により可視化し、そして(iV)正常又は対照の個人からの遺伝子サンプルの第2対照反応生成物と、前記可視化された第1反応生成物とを比較する段階を含んで成る。
【0337】
第1反応生成物と対照反応生成物との間の差異は、疾病又は潜在的に疾病の患者における遺伝子異常性の、又は非疾病患者についてのヘテロ接合性劣性キャリヤー表現型の存在の、又は疾病患者からの腫瘍における遺伝子欠陥の存在の、又は胎児又は移植前胚における遺伝子異常性の存在の表示である。例えば、制限フラグメントパターン、PCR生成物の長さ、zcytor17遺伝子座の反復性配列の長さ、及び同様のもの差異は、遺伝子異常性、遺伝子異常型、又は正常な対照に比較しての対立遺伝子差異の表示である。対照は、サンプルの試験及び利用性に依存して、影響されていないファミリーメンバー又は無関係の個人からであり得る。
【0338】
本発明内への使用のための遺伝子サンプルは、患者からのいずれかの組織又は他の生物学的サンプル、例えば血液、唾液、精子、胚細胞、羊水及び同様のもの(但し、それらだけには限定されない)から単離されたゲノムDNA、mRNA及びcDNAを包含する。ポリヌクレオチドプローブ又はプライマーは、RNA又はDNAであり得、そして配列番号1、45又は53の一部、配列番号1、45又は53の補体、又はそれらのRNA同等物を含んで成る。ヒト疾病表現型ヘの遺伝子連鎖分析を示すそのような方法は、当業界において良く知られている。
【0339】
診断における、PCRに基づく方法の参照のためには、一般的、次の文献を参照のこと:Mathew (ed.), Protocols in Human Molecular Genetics (Humana Press, Inc. 1991), White (ed), PCR Protocols; Current Methods and Applications (Humana Press, Inc, 1993), Cotter (ed), molecular Diagnosis of Cancer (Humana Press, Inc. 1996), Hanausek and Walaszek (eds.), Tumor Marker Protocols。(Humana Press, Inc. 1998). Lo (ed), Clinical Application of PCR (Humana Press, Inc. 1998), 及びMeltzer (ed), PCR in Bioanalysis (Humana Press. Inc. 1998))。
【0340】
zcytor17遺伝子座に関連する突然変異は、直接的名突然変異分析のための標準の方法、例えば制限フラグメント長さ他型現象分析、PCR技法を用いる短いタンデム反復体分析、増幅−不応性突然変異システム分析、一本鎖コンホメーション多型現象検出、RNアーゼ切断方法、変性グラジエントゲル電気泳動、蛍光−助力のミスマッチ分析、及び当業界において知られている他の遺伝子分析により、本発明の核酸分子を用いて検出され得る
【0341】
(例えば、Mathew (ed.), Protocols in Human Molecular Genetics (Humana Press. Inc. 1991), Marian, Chest 108:255 (1995), Coleman and Tsongalis, Molecular Diagnositics (Human Press, Inc. 1996), Elles (ed.) Morecular Diagnosis of Genetic Diseases (Humana Press, Inc. 1996), Landegren (ed.), Laboratory Protocols for Mutation Detection (Oxford University Press 1996), Burren など. (eds.), Genome Analysis, Vol. 2: Detecting Genes (Cold Spring Habor Laboratory Press 1998), Dracopoli など. (eds.), Current Protocols in Human Genetics (John Wiley & Sons 1998), 及びRichards and Ward, “Molecular Diagnostic Testing,” in Principles of Molecular Medicine, Pages 83−88 (Humana Presa. Inc. 1998) を参照のこと)。
【0342】
突然変異についてのzcytor17遺伝子の直接的な分析は、対象のゲノムDNAを用いて行われ得る。末梢血液リンパ球から得られるゲノムDNAを増幅するための方法は、当業者に良く知られている(例えば、Dracopoliなど. (eds.), Current Protocols in Human Genetics, at page 7.1.6 to 7.1.7 (John Wiley & Sons 1998) を参照のこと)。
【0343】
“トランスジェニックマウス”として言及される、zcytor17遺伝子を発現するように構築されたマウス、及び“ノックアウトマウス”として言及される、zalpha11リガンド遺伝子機能の完全な不在を示すマウスがまた、生成され得る(Snouwaertなど., Science 257: 1083, 1992; Lowellなど., Nature 366: 740−742, 1993; Capecchi, Science 244: 1288−1292, 1989; Palmiterなど., Annu. Rev. Genet. 20: 465−499, 1986)。例えば、偏在的に、又は組織−特異的又は組織−制限されたプロモーター下でzcytor17を過剰発現するトランスジェニックマウスは、過剰発現が表現型を引き起こすかどうかを決定するために使用さえ得る。
【0344】
例えば、野生型zcytor17ポリペプチド、そのポリペプチドフラグメント又は変異体の過剰発現は、正常な細胞工程を変更することができ、zcytor17発現が機能的に適切であり、そしてzcytor17、そのアゴニスト又はアンタゴニストのための治療標的物を示すことができる組織を同定する表現型をもたらす。例えば、構築する好ましいトランスジェニックマウスは、“優性−陰性”表現型を発現するマスス、例えば結合されるトランスメンブランドメインと共に細胞外サイトカイン結合ドメインを含んで成るzcytor17ポリペプチド(配列番号2及び46のアミノ酸20(Ala)〜543(Leu);又は配列番号54の33(Ala)〜556(Leu))を過剰発現するマウスである。
【0345】
もう1つの好ましいトランスジェニックマウスは、zcytor17可溶性受容体、例えば本明細書に開示されるそれらの受容体を過剰発癌するマウスである。さらに、そのような過剰発現は、ヒト疾病との類似性を示す表現型をもたらすことができる。同様に、ノックアウトzcytor17マウスは、zcytor17がインビボで絶対的に必要とされる場所を決定するために使用され得る。ノックアウトマウスの表現型は、zcytor17アンタゴニスト、例えば本明細書に記載されるそれらのもののインビボ効果を予測することができる。マウスzcytor17 mRNA、cDNA(配列番号56及び/又は92)およびゲノムDNAは、ノックアウトマウスを生成するために使用される。
【0346】
それらのトランスジェニック及びノックアウトマウスは、zcytor17遺伝子及びそれによりコードされるタンパク質をインビボシステムにおいて研究するために使用され得、そして対応するヒト又は動物疾病(例えば、市販の生存動物集団におけるそれらの疾病)のためのインビボモデルとして使用され得る。本発明のマウスモデルは、免疫系モデル、すなわち癌生物学及び進行の研究のための炎症又は腫瘍モデルとして特に適切である。そのようなモデルは、ヒト免疫疾患、炎症及び癌に使用される治療分子の開発及び効力において有用である。
【0347】
zcytor17発現の上昇、及びzcytor17発現の下降が、単球、単球活性化、及び前立腺細胞に関連し、そして炎症及び癌に関連するので、トランスジェニックマウス及びノックアウトマウスの両者は、ヒト患者のための有用な動物モデルとして作用する。さらに、好ましい態様においては、zcytor17トランスジェニックマウスは、特定の疾病、特に単球に関連する疾病のための動物モデルとして作用することができる。さらに、本明細書に記載される、zcytor17に対して向けられた、zcytor17アンチセンスポリヌクレオチド又はリボザイムのトランスジェニックマウス発現がまた、上記トランスジェニックマウスと同じようにして使用され得る。
【0348】
医薬使用のためには、本発明の可溶性受容体ポリペプチドは、従来の方法に従って、非経口、特に静脈内又は皮下供給のために配合される。静脈内投与は、1〜数時間の典型的な期間、ボーラス注射又は注入により行われるであろう。一般的に、医薬製剤は、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドを、医薬的に許容できるビークル、例えば塩溶液、緩衝溶液、水中、5%デキストロース、又は同様のものと共にを含むであろう。製剤はさらに、1又は複数の賦形剤、保存剤、溶解剤、緩衝剤、バイアル表面上のタンパク質損失を妨げるためのアルブミン、等を含むことができる。
【0349】
配合方法は、当業界において良く知られており、そして例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, PA, 19th ed., 1995に開示される。治療用量は、一般的に、0.1〜100μg/kg患者の体重/日、好ましくは0.5〜20mg/kg/日の範囲であり、そして正確な用量は処理される病状の性質及び重症度、患者の特徴、等を考慮して、許容できる標準に従って、臨床医により決定される。用量の決定は、当業者のレベル内である。タンパク質は、急性処理のために、1週間又はそれ以下にわたって、しばしば1〜3日間にわたって投与され得、又は慢性処理のためには、数ヶ月〜数年にわたって使用され得る。一般的に、zcytor17可溶性受容体ポリペプチドの治療的有効量は、臨床学的に有意な効果を生成するのに十分な量である。
【0350】
本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、さらに、遺伝学及び分子生物学、タンパク質化学、及び抗体生成及び分析に関連する実験用実習キットにおいて教育用用具として有用であろう。その独得のポリヌクレオチド及びポリペプチド配列のために、zcytor17の分子は、試験のための標準として、又は“未知”として使用され得る。例えば、zcytor17ポリヌクレオチドは、zcytor17が発現されるべき遺伝子である、融合構造体を包含する、細菌、ウィルス又は哺乳類発現のための発現構造体をいかにして調製するかを学生に教授するために;ポリヌクレオチドの制限エンドヌクレアーゼ切断部位を決定するために;組成におけるzcytor17ポリヌクレオチドのmRNA及びDNA位置を決定するために(すなわち、ノザン及びサザンブロット、及びポリメラーゼ鎖反応による);そして核酸ハイブリダイゼーションにより関連するポリヌクレオチド及びポリペプチドを同定するために、補助体として使用され得る。
【0351】
zcytor17ポリペプチドは、抗体の調製;ウェスターンブロットによるタンパク質の同定;タンパク質の精製;発現された合計のタンパク質に対する割合としての発現されたzcytor17ポリペプチドの重量の決定;ペプチド分解部位の同定;アミノ及びカルボキシル末端標識のカップリング;アミノ酸配列分析;及び生来の及び標識されたタンパク質(すなわち、受容体結合、シグナルトランスダクション、増殖及び分化)の生物学的活性のインビトロ及びインビボでのモニターリングのための補助体として、教育的に使用され得る。
【0352】
zcytor17ポリペプチドはまた、分析熟練、例えば、質量分析学、コンホメーション、例えば4個のαヘリックスを決定するために、円ニ色性を、原子の立体構造を詳細に決定するために、X−線結晶学を、溶液におけるタンパク質の構造を表すために、核磁気共鳴分光学を教授するためにも使用され得る。例えば、zcytor17を含むキットが、学生の分析熟練を開発するために未知のタンパク質として、又は学生の熟練の試験として、分析する学生に与えられ得る。アミノ酸配列は教師によっては知られており、すなわちタンパク質は学生の熟練を決定し、又はその熟練を進展せしめるための試験として学生に提供されるので、教師は、学生がポリペプチドを正しく分析したかどうかを知ることができる。あらゆるポリペプチドはユニークであるので、zcytor17の教育的利用はそれ自体ユニークであろう。
【0353】
さらに、zcytor17は組織−特異的発現を有し、そしてクラスIサイトカイン受容体構造及び明白な染色体局在化、及び発現パターンを有するポリペプチドであるので、活性は増殖アッセイ、本明細書に記載されるルシフェラーゼ及び結合アッセイを用いて測定され得る。さらに、単球、前立腺、リンパ及び他の組織におけるzcytor17ポリヌクレオチド及びポリペプチドの発現は、診断及び組織−特異的同定及び方法の使用において学生を訓練するために分析され得る。さらに、zcytor17ポリヌクレオチドは、その遺伝子座が知られているので、染色体検出及び診断方法の使用に基づいて学生を訓練するために使用され得る。
【0354】
さらに、学生は、ヒト染色体1について、及びより特定には、zcytor17遺伝子が位置する遺伝子座5q11について訓練され、そして教育され得る。そのようなアッセイは、当業界において良く知られており、そしてサイトカイン受容体タンパク質について学生を教授し、そしてzcytor17と当業界における他のサイトカイン受容体との間の種々の性質、例えば細胞に対する細胞効果、酵素運動学、種々の抗体結合親和性、組織特異性及び同様のものを試験するために、教育環境において使用され得る。
【0355】
zcytor17に対して特異的に結合する抗体は、zcytor17を精製し、抗体をコードするポリヌクレオチドをクローニングし、そして配列決定するために、親和性クロマトグラフィーカラムをいかにして調製するかを学生に教授するための教授援助として、及び従って、ヒト適合された抗体をいかにして企画するかを学生に教授するための実習課目として使用され得る。さらに、zcytor17に対して特異的に結合する抗体は、例えば当業界において知られている組織学的及び現場方法を用いて、活性化された単球細胞、分類細胞又はリンパ及び前立腺癌組織の検出への使用のための教授助剤として使用され得る。
次に、zcytor17遺伝子、ポリペプチド又は抗体は、試薬会社によりパッケージされ、そして学生が分子生物学の分野において熟練を得るために大学及び他の教育機関に市販される。個々の遺伝子及びタンパク質はユニークであるので、個々の遺伝子及びタンパク質は、実験実習課目における学生のためのユニークな挑戦及び学習経験を創造する。zcytor17遺伝子、ポリペプチド又は抗体を含むそのような教育用キットは、本発明の範囲内で有ると思われる。
【0356】
本発明は、次の非−制限的例によりさらに例示される。
実施例
例1.十分な長さのヒト zcytor17 cDNA の同定及び単離
zcytor17を、ヒトゲノムDNAからの予測される十分な長さのcDNAとして同定した。その予測される十分な長さのzcytor17ポリヌクレオチドの配列は、配列番号1に示され、そして対応するポリペプチドは、配列番号2に示される。組織源から十分な長さのcDNAを得るためには、5’及び3’ RACEを使用した。いくつかのオリゴヌクレオチドプライマーを、同定されたゲノム配列AQ002781(Genbank)から企画した。前記プライマーを、ゲノム配列内を内部的にプライミングするために使用し、究極的には、十分な長さのcDNAを単離した。
【0357】
A . zcytor17 のための 5 ’ RACA:
5’RACE生成物を、鋳型としてHPVS cDNAライブラリー、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC12,701(配列番号5)及びZC27,898(配列番号6)を用いて生成した。HPVSは、ヒト前立腺上皮細胞系(ATCC No. CRL−2221)から生成された自家cDNAライブラリーである。PCR反応は、50μlの反応体積において、鋳型としてのcDNAライブラリーから調製されたプラスミドDNA約1μg、5μlの10×PCR緩衝液(GIBCO/BRL)、5μlの10mMのdNTP(Perkin Elmer)、 20pモルの個々のオリゴヌクレオチド及び1μl(5.0単位)のTagポリメラーゼ(GIBCO/BRL)を使用した。
【0358】
この第1回目の5’RACE PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。5’RACE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドがゲル上に見られた。
【0359】
残る5’RACE PCR生成物をエタノール沈殿し、そして1:50に希釈した。第2回目の固定された5’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC12,701(配列番号5)及びZC27,898(配列番号6)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC14,063(配列番号7)及びZC27,899(配列番号8)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示される前記第1回目の5’RACE反応により行った。
【0360】
得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約900bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして標準の方法を用いて配列決定した。配列分析は、DNA生成物がゲノムAQ002781 DNA配列(Genbank)の一部を含み、そして翻訳開始メチオニン残基及び5’未翻訳配列を含むよう、5’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。5’RACE生成物のポリヌクレオチド配列は、配列番号9に示される。
【0361】
B . zcytor17 のための 3 ’ RACE:
3’RACEのためのプライマーを、上記で得られた5’RACE生成物(配列番号9)を用いて企画した。3’RACE生成物を、鋳型としてヒト前立腺自家cDNAライブラリー及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC28,481(配列番号10)及びZC6,346(配列番号11)を用いて生成した。この第1回目の3’RACE PCR反応は、例1Aに記載される条件を用いて行われた。3’RCE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドがゲル上で見出された。
【0362】
残る3’RACE PCR生成物をエタノール沈殿し、そして1:40に希釈した。第2回目の固定された3’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC28,481(配列番号10)及びZC6,346(配列番号11)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC28,480(配列番号12)及びZC26,405(配列番号13)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示されるようにして行った。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約2100bpでの卓越したバンドが見られた。
【0363】
残るDNAをエタノール沈殿し、そして1:40に希釈した。第3回目の固定された3’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC28,480(配列番号12)及びZC26,405(配列番号13)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC27,895(配列番号14)及びZC5,200(配列番号15)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示されるようにして行った。
【0364】
得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約2000bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、DNA生成物が5’ RACE生成物(配列番号9)の一部を含み、そして翻訳停止コドン及び5’未翻訳配列を含むよう、3’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。3’RACE生成物のポリヌクレオチド配列は、配列番号16に示される。十分な長さのzcytor17のポリヌクレオチド配列が配列番号45に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号46で示される。
【0365】
C.zcytor17 についての第2の 5 ’ RACE はもう1つの十分な長さの zcytor17 を同定した:
5’RACE生成物を、鋳型としてWI−38 cDNAライブラリー、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC12,701(配列番号5)及びZC27,899(配列番号8)を用いて生成した。WI−38は、ヒト胚肺細胞系(ATCC No. CRL−75)から生成された自家cDNAライブラリーである。
【0366】
PCR反応は、50μlの反応体積において、鋳型としてのcDNAライブラリーから調製されたプラスミドDNA約1μg、5μlの10×PCR緩衝液(GIBCO/BRL)、5μlの10mMのdNTP(Perkin Elmer)、 20pモルの個々のオリゴヌクレオチド及び1μl(5.0単位)のTagポリメラーゼ(GIBCO/BRL)を使用した。この第1回目の5’RACE PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。5’RACE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドがゲル上に見られた。
【0367】
残るDNAをエタノール沈殿し、そして1:50に希釈した。第2回目の固定された5’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC12,701(配列番号5)及びZC27,899(配列番号8)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC14,063(配列番号25)及びZC27,900(配列番号51)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記に開示される前記第1回目の5’RACE反応により行った。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約1200bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして標準の方法を用いて配列決定した。
【0368】
配列分析は、DNA生成物がゲノムAQ002781 DNA配列(Genbank)の一部を含み、そして翻訳開始メチオニン残基及び5’未翻訳配列を含むよう、5’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。DNA配列決定は、このもう1つの開始メチオニン(ヌクレオチド497で配列番号53に示される)からの翻訳から生成されるポリペプチドが、N−末端で読み取り枠における追加の13個のアミノ酸(MKLSPQPSCVNLG;配列番号52)により、配列番号46に示されるアミノ酸とは異なる、第2の十分な長さ形のzcytor17を生成することを示した。第2の十分な長さの形のzcytor17のポリヌクレオチド配列は、配列番号53に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号54に示される。第2の十分な長さの形のzcytor17(配列番号53及び54)はたぶん、最も一般的に発現される形である。
【0369】
例2.切断された形のヒト zcytor17 cDNA の同定及び単離
A.フィブロネクチンドメインで切断された zcytor17 の変異体形をコードする cDNA の単離
切断された可溶性形のzcytor17についての3’RACE生成物を、3’RACEについての上記に記載されるプロトコール(例1B)と同一のプロトコールを用いて生成したが、但し、出発材料は、HRVS cDNAライブラリーであった。HPVSは、ヒト前立腺上皮細胞系(ATCC No. CRL−221)から生成された自家cDNAライブラリーである。第3回目の固定された3’RACEからその得られる生成物を、1.0%アガロース上で電気泳動し、そして約700bpでの卓越したバンドが見られた。
【0370】
DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、DNA生成物が5’RACE生成物(配列番号9)の一部を含み、そしてサイトカイン−結合ドメインの末端近くに翻訳停止コドンを含むようzcytor17のためのcDNA配列を延長するよう思えたことを示した。これは、フィブロネクチンドメイン内で切断された受容体の発現された可溶性形を表すことができた。フィブロネクチンドメインで切断された、可溶性形のzcytor17のポリヌクレオチド配列は、配列番号15に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号18に示される。
【0371】
B.サイトカイン−結合ドメインの末端で切断された zcytor17 形をコードする cDNA の単離:
zcytor17の切断された形のための3’RACE生成物を、鋳型としてHPVS cDNAライブラリー及びプライマーとしてZC27,895(配列番号14)及びZC6,347(配列番号11)を用いて生成した。この第1回目の3’RACE PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。3’RACE PCR生成物のアリコートを除去し、そして1.0%アガロースゲル上で分析した。複数のバンドが、ゲル上で見出された。
【0372】
残るDNAをエタノール沈殿し、そして1:40に希釈した。第2回目の固定された3’RACE PCR反応を行い、鋳型cDNA配列を増幅した。このPCR反応は、ZC27,895(配列番号14)及びZC6,346(配列番号11)の内部の配列にアニーリングするよう企画された、オリゴヌクレオチドZC27,897(配列番号19)及びZC5,020(配列番号15)を使用した。この固定されたPCR反応を、上記例1に開示される前記第1回目の5’RACE反応により行った。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約1100bpでの卓越したバンドが見られた。DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、DNA生成物がゲノムAQ002781 DNA配列(Genbank)の一部を含み、そしてサイトカイン−結合ドメインの末端で翻訳停止コドンを含むよう、3’末端上でのzcytor17のためのcDNA配列を延長すると思われることを示した。
【0373】
上記配列が実際、ゲノムAQ002781 DNA配列とオーバーラップしたことを確かめるために、追加のPCR反応を行った。PCR生成物を、鋳型としてHPVS cDNAライブラリー、及びプライマーとしてZC28,481(配列番号10)及びZC28,521(配列番号20)を用いて生成した。PCR反応を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);4℃でのソーキング。得られるDNA生成物を、1.0%アガロースゲル上で電気泳動し、そして約800bpでの卓越したバンドが見られた。
【0374】
DNAバンドをゲル精製し、そして配列決定した。配列分析は、これがzcytor17の切断された形であったことを確かめた。これは、サイトカイン−結合ドメインの末端近くで切断された受容体の発現された可溶性形を表すことができた。この可溶性形のzcytor17のポリヌクレオチド配列は、配列番号21に示され、そしてその対応するポリペプチド配列は配列番号22に示される。
もう1つの切断された3’RACE生成物を、フィブロネクチンドメインで切断されたcDNA変異体の単離について上記に記載されるプロトコール(例2A)を用いて単離した。単離されたPCR生成物の配列決定は、配列番号21に示されるような可溶性形のzcytor17の配列を確証した。
【0375】
例3.ノザンブロット及び PCR を用いての組織パネルにおけるヒト zcytor17 の組織分布
A.ノザンブロットを用いてのヒト zcytor17 組織分布:
Human multiple Tissue Northern Blots (Human 12−lane MTN Blot I and II, 及びHuman Immune System MTN Blot II; Human Encocrine MTN, Human Fetal MTN Blot II, Human Multiple Tissue Array) (Clontech), 及び種々の組織を含む自家プロットを、プローブし、ヒトzcytor17発現の組織分布を決定した。
【0376】
自家調製されたブロットは、次の組織及び細胞系mRNAを含んだ:SK−Hep−1細胞、THP1細胞、副腎(Clontech);腎臓(Clontech)、肝臓(Clontech及びInvitrogen);脊椎(Clontech)、精巣(Clontech)、ヒトCD4+T−細胞、ヒトCD8+T−細胞、ヒトCD19+T−細胞、ヒト混合されたリンパ球反応物(MLR)、THP1細胞系(ATCC No. TTB−202)、U937細胞系、p338D1マウスリンパ芽球細胞系(ATCC No. CCL−46)(イノマイシンにより刺激されているか又はされていない);及びWI−38ヒト胚肺細胞系(ATCC No. CRL−2221)(イノマイシンにより刺激されているか又はされていない)。
【0377】
約500bpのPCR由来のプローブを、鋳型として、5’RACE(例1A)(配列番号9)、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC28,575(配列番号23)及びZC27,899(配列番号24)を用いて増幅した。PCR増幅を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分及び72℃で1分(30サイクル);続いて72℃で7分(1サイクル)。PCR生成物をアガロースゲル電気泳動により可視化し、そして約500bpのPCR生成物を、本明細書に記載のようにしてゲル精製した。プローブを、PRIME IT IITM Random Primer Labeling Kit (Stratagene) を用いて、その製造業者の説明書に従って、放射性ラベルした。プローブを、NUCTRAPTM プッシュカラム(Stratagene)を用いて精製した。
【0378】
EXPRESSHYBTM (Clontech) 溶液を、プレハイブリダイゼーションのために、及びノザンブロットのためのハイブリダイゼーション溶液として使用した。プレハイブリダイゼーションは、68℃で2時間、行われた。ハイブリダイゼーションは、約1.5×106cpm/mlのラベルされたプローブにより68℃で一晩を要した。プローブを、室温で2×SSC、0.05%のSDSにより3度、続いて、2×SSC、0.1%SDSにより50℃で10分間、1度、洗浄した。
【0379】
いくつかの薄いバンドが、数日の暴露の後、見られた。約9kbの転写体が、気管、骨格筋及び胸腺に見られ;約2kbの転写体がPBL、HPV、U937及びTHP−1細胞に見られ;そして約1.2kbの転写体が胎盤、骨髄及び甲状腺、及びHPV及びU937細胞に見られた。上記列挙されるすべての組織においては、シグナルの強さは薄かった。ほとんどの正常な組織においては、ほとんど発現が出現せず、このことは、zcytor17の発現する細胞又は組織の活性化に依存することを示唆する。
【0380】
ノザン分析をまた、ヒト癌細胞系MTNTM (Clontech) を用いて行う。PCR及びプロービング条件は上記の通りである。癌系における強いシグナルは、zcytor17が、活性化された細胞において発現され、そして/又は癌性疾病状態を、示すことを示唆された細胞において発現され、そして/又は癌性疾病状態を示すことを示唆する。さらに、当業界において知られている方法を用いての、活性化されたリンパ球細胞のノザンブロット又はPCR分析はまた、zcytor17が活性化された免疫細胞において発現されるかどうかを示すことができる。
【0381】
B.PCR を用いての組織パネルにおける組織分布:
ヒト組織からのcDNAのパネルを、PCRを用いて、zcytor17発現についてスクリーンした。パネルは自家製造され、そして種々の正常及び癌性ヒト組織からの94種のマラソンcDNA及びcDNAサンプルを包含し、そして細胞系は下記表5に示される。前記cDNAは自家ライブラリーからであり、又はマラソンcDNAは自家RNA調製物、すなわちClontech RNA又はInvitrogen RNAからであった。マラソンcDNAは、マラソン−ReadyTM キット(Clontech, Palo Alto, CA)を用いて製造され、そしてクラスリンプライマーZC21,195(配列番号49)及びZC21,196(配列番号50)によりQC試験し、そして次に、クラスリンバンドの強さに基づいて希釈された。
【0382】
パネルサンプルの性質を評価するために、品質管理(QC)についての次の3種の試験を行った:(1)ライブラリーのために使用されるRNA品質を評価するために、自家cDNAを、個々のcDNAライブラリーについてのベクター配列に対して特異的であるベクターオリゴによるPCRにより、平均挿入体について試験し;(2)パネルサンプルにおけるcDNAの濃度の標準化を、5’ベクターオリゴZC14,063(配列番号25)及び3’α−チューブリン特異的オリゴプライマーZC17,574(配列番号26)又は3’G3PDH特異的オリゴプライマーZC17,600(配列番号27)を用いて、十分な長さのαチューブリン又はG3PDH cDNAを増幅するために、標準のPCR方法を用いて達成し;
【0383】
そして(3)サンプルを、可能なリボソーム又はミトコンドリアDNA汚染について調べるために配列決定に送った。パネルを、ヒトゲノムのDNA(Clontech, Palo, Alto, CA)陽性対照サンプルを含む96−ウェル形式において組みたてた。個々のウェルは約0.2〜100pg/μlのcDNAを含んだ。PCR反応を、オリゴZC26,358(配列番号28)及びZC26,359(配列番号29)、Takara Ex TaqTM (TAKARA Shuzo Co. LTD, Biomedicals Group, Japan), 及びRadiload 色素(Research Genetics, Inc., Huntsville, AL)を用いて組みたてた。
【0384】
増幅を次の通りに行った:94℃で2分(1サイクル)、94℃で30秒、66.3℃で30秒及び72℃で30秒(35サイクル)、続いて72℃で5分(1サイクル)。約10μlのPCR反応生成物を、4%アガロースゲルを用いての標準のアガロースゲル電気泳動にゆだねた。正しい推定されるDNAフラグメントサイズを、リンパ節、前立腺、甲状腺、HPV(前立腺上皮)、HPVS(選択された前立腺上皮)、肺腫瘍、子宮腫瘍反応及びゲノムDNA反応において観察した。プライマーの1つが、ゲノム又はzcytor17短形可溶性受容体(配列番号21)にアニーリングすることができ、これは、発現パターンが、この他の形のzcytor17のパターンであり得ることを示唆する。
【0385】
前立腺組織(2種のサンプル)、HPV(前立腺上皮)、HPVS(選択された前立腺上皮)及びゲノムについてのDNAフラグメントを切除し、そしてGel Extractionキット(Qiagen, Chatsworth, CA)を用いて、製造業者の説明書に従って精製した。フラグメントを、それらが実際、zcytor17であることを示すために、配列決定により確かめた。
【0386】
【表5】
【0387】
【表6】
【0388】
B.PCR及びノザンによるzcytor17の発現分析:
受容体の発現に影響を及ぼす細胞及び成長条件の注釈は、リガンド源のその機能を誘発し、そしてその源を予測する有用な手段である。このためには、本発明者は広範囲の種類の組織及び細胞型を調査した。熱安定性ポリメラーゼAdvantage IITM (Clontech, La Jolla, CA) を、オリゴヌクレオチドプライマーZC29,180(配列番号73)及びZC29,179(配列番号74)、及び下記に列挙される1〜10ngの種々のcDNA鋳型と共に、30の増幅サイクル(94℃で30秒;66℃で20秒;68℃で1.5分)の間、使用した。これに続いて、個々の反応20%を、0.8%アガロース、TAE/臭化エチジウムゲル上で行い、そしてUV光により可視化した。次に、サンプルを、バンドの強度に基づいて評点を付けた。下記表7を参照のこと。
【0389】
【表7】
【0390】
強い陽性のPCRシグナルのうち、2種は、ヒト単球細胞系U937及びTHP1からであった。
前立腺上皮系と共にそれらの2種の細胞系を、ノザンブロットによる分析のために選択した。種々の組織からのmRNAを用いてのノザン分析による転写体の可視化でのこれまでの試みは、強く且つ拡散性のシグナルを、7〜10kbの驚くべき大きなサイズ範囲で生成し、これは、このデータを解釈するのに困難にしている。変性ホルムアルデヒド/MOPS/0.8%アガロースゲルを調製し(RNA Methodologies, Farrell, RE Academic Press)、そして2μgのポリA+mRNAを、RNAラダー(Life Technologies, Bethesda, MD)と共に、個々のサンプルについて試験した。
【0391】
次に、ゲルを、Hybondナイロン(Amersham, Buckinghamshire, UK)に移し、UV架橋し、そしてオリゴZC28,575(配列番号23)及びZD27,899(配列番号24)によるPCRにより生成され、そしてMegaprime 32Pキット(Amersham)によりラベルされたヒトzcytor17に、プローブを用いて68℃で一晩、ExpressHyb溶液(Dlontech, LaJolla, CA)においてハイブリダイズした。ノザンブロットを、65℃で15分間、0.2×SSC及び0.1%SDSにより連続的に洗浄し、そして強化スクリーンにより7日間、フィルムに照射した。卓越した8kbのバンドが、前立腺上皮及びU937系の両者において見出され、そしてより薄いバンドがTHP1レーンに存在した。
【0392】
ハイブリダイゼーションとして使用されるcDNAを最適化するために、4種の異なった領域の十分な長さのヒトzcytor配列を、PCRにより増幅し、ラベルし、ゲノム及び増幅されたcDNAライブラリーDNAを含むサザンブロットに、上記のようにしてハイブリダイズした。本明細書においてプローブA−Dと命名された4種のプローブを、次のプライマー対を用いて増幅した:(A)ZC28,575(配列番号23)、ZC27,899(配列番号24);(B)ZC27,895(配列番号64)、ZC28,917(配列番号73);(C)ZC28,916(配列番号75)、ZC28,918(配列番号76);及び(D)ZC28,916(配列番号75)、ZC29,122(配列番号65)。
【0393】
PCRによりzcytor17を含むことが示されている、増幅されたcDNAライブラリーと共にゲノムDNAを、EcorI及びXhoIにより消化し、挿入体を生成し、そして重複TAE/0.8%アガロースゲル上に負荷し、0.5MのNaOH、1.5MのNaClにより変性し、Hybondにブロットし、UV架橋し、そして明確なプローブによりそれぞれハイブリダイズした。プローブBは、最少の非特異的結合及び最強のシグナルを有することが見出された。従って、プローブBを、すべての続くハイブリダイゼーションのために使用した。
【0394】
THP1細胞が循環性単球の卓越したモデルであり、そして低レベルでzcytor17を発現する場合、本発明者は、zcytor17の発現を高めるために、種々の化合物によりそれらを処理した。細胞を、2×105/mlの密度に増殖し、種々の刺激培地により洗浄し、そしてそれに再懸濁し、4〜30時間、増殖し、そしてRNA調製のために収穫した。個々の培地を、次の薬剤又はサイトカイン対の1つにより補充した:
【0395】
LPS 2μl/ml(Sigma Chemicals, St Louis, MO)、hTNFα 2ng/ml(R&D Systems, Minneapolis, MN)、hGMCSF 2ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIFNγ 50ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN), hMCSF 1ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN), hIL6 1ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIL1β 2ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIFNγ 50ng/ml+hIL4 0.4ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、hIFNγ 50ng/ml+hIL10 1ng/ml (R&D Systems, Minneapolis, MN)、PMA 10ng/ml (Calbiochem, San Diego, CA) 及び未処理の対照。
【0396】
培養期間の最後で、全RNAを、RNAeasy Mide−キット(Qiagen, Valencia, CA)を用いて調製した。ポリA+RNAを、MPGキット(CPG、Lincoln Park,NJ)を用いて、前記全RNAから選択した。個々の状態からのポリA+RNA2μgを、ホルムアルデヒド/MOPS/アガロースゲル上に負荷し、上記のようにして、ナイロンに移し、そしてUV照射した。次に、それらのノザンブロットを、上記のようにして、プローブBに対して、68℃で一晩、ハイブリダイズし、65℃で0.2×SSC、0.1%SDSにより高い緊縮性下で洗浄し、フィルムに一晩、照射し、次に、シグナル定量化のためにリン光体スクリーンに照射した(図2を参照のこと)。
【0397】
卓越した8kbのmRNA及び比較的弱い2.8kbのバンドが、すべてのレーンに見られた。zcytor17 mRNAの20倍の上昇がhIFNγにより30時間、処理された細胞からのRNAに見られ、この効果は、IL4による同時処理によりわずかに弱められた。mRNAにおけるマイナーな3倍の上昇がLPS、TNFαGM−CSFにより処理された細胞からのRNAに見出されたが、MCSF、IL6及びIL1βはzcytor17 mRNAレベルに対して効果を有さなかった。一緒に考えると、このデータは、単球マクロファージ生物学において、及びそれらの細胞が関係するいずれかの数の疾病工程の延長により、zcytor17受容体及びそのリガンドについての役割を示唆する。
【0398】
例4.zcytor17 遺伝子の PCR に基づく染色体マッピング
zcytor17を、市販のGenebridge 4 Radiation Hybrid(RH)Mapping Panel (Research Genetics, Inc. Huntsville, AL)を用いて、染色体5にマッピングした。そのGeneBridge 4 RH Panelは、93の放射線ハイブリッドクローンの個々からのPCR可能DNA、及び2種の対照DNA(HFL ドナー及びA23受容体)を含む。公開されているWWWサーバー(http://www−genome.wi.mit.edu/cgi−bin/contig/rhmapper.pl)は、GeneBridge 4 Radiation Hybrid Panelにより構成されたヒトゲノムのWhitehead Institute/MT Center for Genome Research’s放射線ハイブリッド地図(“WICGR”放射線ハイブリッド地図)に関してのマッピングを可能にする。
【0399】
GeneBridge 4 RH Panelによるzcytor17のマッピングのために、20μlの反応体をPCRのために適合する96−ウェルマイクロタイタープレート(Stratagene, La Jolla, CA)に提供し、そして”RoboCycler Gradien 96” 熱サイクラー(Stratagene)において使用した。個々の95のPCR反応体は、2μlの10×KlenTaq PCR反応緩衝液(Clontech Laboratories, Inc. Palo Alto, CA)、1.6μlのdNTP混合物(それぞれ2.5mM、PERKIN−ELMER, Foster City, CA)、1μlのセンスプライマー、ZC27,895 (配列番号14)、11μlのアンチセンスプライマー、ZC27,899 (配列番号24)、2μlのRediLoad (Research Genetics, Inc. Huntsville, AL)、0.4μlの50×Advantage KlenTaq ポリメラーゼ混合物(Clontech Laboratories, Inc.)、25ng の個々のハイブリッドクローン又は対照からのDNA、及び20μlの合計体積のためのddH2Oから構成された。
【0400】
反応を同量の鉱油により被覆し、そして密封した。PCRサイクラー条件は次の通りであった:94℃で5分間の変性、初期の1サイクル、94℃で45秒間の変性、54℃で45秒間のアニーリング及び72℃で1.25分間の延長、35サイクル、続いて72℃で7分間の延長、最終の1サイクル。反応を、2%アガロースゲル上で電気泳動により分離し(EM Science, Gibbstown, NJ)、そして臭化エチジウムによる染色により可視可した。
その結果は、zcytor17が染色体5 WICGR放射線ハイブリッド地図上で骨格マーカーAFM183YB8から6.72cR_3000に位置することを示した。周囲遺伝子/マーカーの使用は、5q11染色体領域におけるzcytor17を位置決定する。
【0401】
例5.MPL − zcytor17 ポリペプチドキメラ、すなわち zcytor17 細胞内シグナル化ドメインに融合される、 MPL 細胞外及び TM ドメイン
ネズミMPL受容体の5’細胞外ドメインを、1164bpのフラグメントを生成する、EcoRI及びBamHIによる消化により、ネズミMPL受容体を含むプラスミド(PHZ1/MPLプラスミド)から単離した。消化物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そしてフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0402】
MPL細胞外ドメイン及びトランスメンブランドメインの残りを、プライマーZC6,673(配列番号58)及びZC29,082(配列番号59)により、PCRを用いて生成した。反応条件は次の通りであった:94℃で1分、55℃で1分、72℃で2分(15サイクル)、続いて72℃で7分;次に4℃でのソーキング。PCR生成物を1%アガロースゲル上に負荷し、そして約400bpのMPL受容体フラグメントを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0403】
ヒトzcytor17の細胞内ドメインを、zcytor17受容体cDNA(#23/pCAP)を含むプラスミドから、プライマーZC29,083(配列番号60)及びZC29,145(配列番号61)によるPCRを用いて単離した。zcytor17受容体コード配列に対応するポリヌクレオチド配列は、配列番号54に示さる。反応条件は上記の通りであった。PCR生成物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そして約320bpのzcytor17フラグメントを、Qiaquickゲル抽出キットを用いて、製造業者の説明に従って単離した。
【0404】
上記の単離されたフラグメントの個々を、1:1の体積比で混合し、そしてZC6673(配列番号58)及びZC29,145(配列番号61)を用いてのPCR反応に使用し、zcytor17キメラの5’MPL部分を創造した。反応条件は次の通りであった;94℃で1分;55℃で1分、72℃で2分(15サイクル);続いて、72℃で7分;次に4℃でのソーキング。全PCR生成物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そして700bpのMPL− zcytor17キメラフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0405】
MPL− zcytor17キメラフラグメントを、BamHI(BRL)及びXbaI (Boerhringer Mannheim) により、製造業者の説明書に従って消化した。全消化物を、1%アガロースゲル上に負荷し、そして分離されたMPL− zcytor17キメラを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。その得られる分解されたMPL− zcytor17キメラ及び上記5’MPL EcoRI/BamHIフラグメントを、下記のようにして発現ベクター中に挿入し、完全なMPL− zcytor17キメラ受容体を生成した。
【0406】
受容体発現ベクターpZP−7を、EcoRI(BRL)及びXbaI(BRL)により、製造業者の説明書に従って消化し、そして上記のようにしてゲル精製した。このベクターフラグメントを、上記で単離された、EcoRI及びXbaI切断されたMPL− zcytor17キメラ及び、EcoRI/BamHI 5’MPLフラグメントと共に連結反応において組合した。この連結は、T4リガーゼ(Epicentre Technologies)を用いて、室温で1時間、行われた。
【0407】
連結のサンプルを、DH10B ElectroMAXTM エレクトロコンピテントE.コリ細胞においてエレクトロポレートした(25μF、200Ω、1.8V)。形質転換体を、LB+Ampicillinプレート上にプレートし、そして単一のコロニーを、miniprep(Qiagen)によりスクリーンし、そしてEcoRIにより消化し、MPL− zcytor17キメラを調べた。正しいコロニーのEcoRI消化は、約2KBのフラグメントを生成する。MPL−z zcytor17キメラ配列の確認を、配列分析により行った。この挿入体は、3.1bpであり、そして十分な長さであった。
【0408】
例6.Alamar Blue を用いての BAF3 アッセイにおける、 MPL − zcytor17 キメラに基づく増殖
A. BaF3 細胞発現の MPL − zcytor17 キメラの構成:
BaF3、すなわちネズミ骨髄に由来するインターロイキン−3 (IL−3) 依存性プレ−リンパ球細胞系(Palacios and Steinmetz, Cell 41: 727−734, 1985; Mathey−Prevot など.,Mol. Cell. Biol. 6:4133−4135, 1986)を、10%熱−不活性化されたウシ胎児血清、1ng/mlのネズミIL−3 (mIL−3) (R&D. Minneapolis, MN)、2mMのL−glutaMax−1TM (Gibco BRL), 1mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco BRL)及びPSN抗生物質(Gibco BRL)により補充された完全倍地(RPMI培地(JRH Bioscience Inc., Lenexa, KS))において維持した。
【0409】
エレクトロポレーションの前、pZP−5N/MPL− zcytor17プラスミドDNA(例4)を調製し、そしてQiagen Maxi Prepキット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って精製した。エレクトロポレーションのためのBaF3細胞を、RPMI培地により2度洗浄し、そして次に、RPMI培地に107個の細胞/mlの細胞密度で再懸濁した。1mlの再懸濁されたBaF3細胞を、30μgのpZP−7/MPL− zcytor17プラスミドDNAと共に混合し、そして別々の使い捨てエレクトロポレーションチャンバー(GIBCO BRL)に移した。
【0410】
室温で、細胞に、エレクトロポレーション装置(Cyto−Pulse)により供給される5x2msの連続したショック(600V)を与えた。エレクトロポレートされた細胞を、50mlの完全培地に移し、そしてインキュベーターに、15−24時間(37℃、5%CO2)配置した。次に、GeneticinTM (Gibco) 選択物(1mg/mlのG418)をT−162フラスコにおける細胞に添加し、G418−耐性プールを単離した。この後、BaF3/MPL− zcytor17細胞と呼ばれる、トランスフェクトされたBaF3細胞のプールを、下記のようにして、シグナル化能力についてアッセイした。
【0411】
B. Alamar Blue 増殖アッセイを用いての BaF3/MPL − zcytor17 細胞のシグナル化能力の試験:
BaF3/MPL− zcytor17細胞を、回転沈降し、そして上記のようであるが、しかしIL−3を含まない完全培地(この後“mIL−3フリー培地”と称する)により洗浄した。細胞を回転せしめ、そして3度洗浄し、mIL−3の除去を確かにした。次に、細胞を、血球計により計数した。細胞を、mIL−3フリー培地を用いて、ウェル当たり100μlの体積に5000個の細胞を含むような96−ウェル形式でプレートした。
【0412】
BaF3/MPL− zcytor17細胞の増殖を、mIL−3フリー培地により、200ng /ml,100ng/ml, 50ng/ml, 25ng/ml, 12.5ng/ml, 6.25ng/ml, 3.1ng/ml, 1.5ng/mlの濃度に希釈されたネズミトロンボポエチン(mTPO)を用いて評価した。100μlの希釈されたmTPOを、BaF3/MPL− zcytor17細胞に添加した。全アッセイ体積は200μlである。負の対照を、mTPOの添加を伴なわないで、mTL−3フリー培地のみを用いて同時に実験した。アッセイプレートを、37℃で、5%CO2において3日間、インキュベートし、この時点で、Alamar Blue (Accumed, Chicago, IL) を、20μl/ウェルで添加した。Alamar Blueは、細胞の代謝活性に基づいて蛍光計読み取りを与え、そして従って、負の対照に比較しての細胞増殖の直接的な測定である。
【0413】
プレートを再び、37℃で、5%CO2において、24時間インキュベートした。プレートを、SoftMaxTM Proプログラムを用いて、544 (励起) 及び590 (放射)の波長で、FmaxTM プレートリーダー(Molecular Devices Sunnyralc, CA)上で読み取った。
結果は、トロンボポエチンが50ng/ml及びそれ以上のmTOP濃度でバックグラウンドよりも約9−13倍、増殖を誘発するので、zcytor17受容体の細胞内部分のシグナル化能力を確証した。
【0414】
例7.zcytor17 − mpl ポリペプチドキメラ、すなわち Mpl 細胞内シグナル化ドメイン及び TM ドメインに融合される zcytor17 細胞外ドメインの構成
zcytor17受容体の細胞外ドメインを、zcytor17受容体を含むプラスミドから、配列番号1、45、17又は21に示されるzcytor17の細胞外ドメイン又はその一部、又は配列番号53又は56の対応する領域を増幅するよう企画されたプライマーによるPCRを用いて単離した。好ましい反応条件は次の通りであった:95℃で1分;95℃で1分、45℃で1分、72℃で2分(35サイクル);続いて、72℃で10分;次に10℃でのソーキング。PCR生成物を、1%低融点アガロース(Boerhinger Mannheim,Indianapolis,IN)上に負荷し、そしてzcytor17受容体フラグメントを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0415】
MPLの細胞内及びトランスメンブランドメインを、zcytor17細胞外ドメインの3’末端、及びMPL細胞内及びトランスメンブランドメイン及びZC17,206(配列番号33)の5’末端に及ぶプライマーによるPCRを用いて単離した。好ましい反応条件は上記の通りであった。PCR生成物を、1%低融点アガロース(Boerhinger Mannheim)上に負荷し、そして約450bpのMPLフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キットを用いて、製造業者の説明に従って単離した。
【0416】
上記の単離されたフラグメントの個々を、1:1の体積比で混合し、そしてzcytor17及びZC17,206(配列番号33)の細胞外ドメインを増幅するために使用される5’プライマーを用いてのPCR反応に使用し、zcytor17−mplキメラを創造した。好ましい反応条件は次の通りであった;95℃で1分;95℃で1分、55℃で1分、72℃で2分(35サイクル);続いて、72℃で10分;次に10℃でのソーキング。全PCR生成物を、1%低融点アガロース(Boehringer Mannheim)上に負荷し、そして約1.2kbのzcytor17−mplキメラフラグメントを、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。
【0417】
zcytor17−mplキメラフラグメントを、EcoRI(BRL)及びXbaI (Boerhringer Mannheim) により、製造業者の説明書に従って消化した。全消化物を、1%低融点アガロース(Boehringer Mannheim)上に負荷し、そして分離されたzcytor17−mplキメラを、QiaquickTM ゲル抽出キット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離した。その得られる分解されたzcytor17−mplキメラを、下記のようにして発現ベクター中に挿入した。
【0418】
受容体発現ベクターpZP−5Zを、EcoRI(BRL)及びHindIII(BRL)により、製造業者の説明書に従って消化し、そして上記のようにしてゲル精製した。このベクターフラグメントを、上記で単離された、EcoRI及びXbaI切断されたzcytor17−mplキメラ及び、XbaI/HindIIIリンカーフラグメントと共に連結反応において組合した。この連結は、T4リガーゼ(BRL)を用いて、15℃で一晩、行われた。連結のサンプルを、DH10B ElectroMAXTM エレクトロコンピテントE.コリ細胞においてエレクトロポレートした(25μF、200Ω、2.3V)。形質転換体を、LB+Ampicillinプレート上にプレートし、そしてPCRによりスクリーンされた単一のコロニーを、上記のようなPCR条件を用いて、zcytor17細胞外ドメインプライマー及び及びZC17,206(配列番号25)を用いて、zcytor17−mplキメラを調べた。zcytor17−mplキメラ配列の確認を、配列分析により行った。
【0419】
例8.十分な長さの zcytor17 を発現する発現ベクター pZp7px/ zcytor17 の構成
A.発現のための十分な長さの zcytor17 cDNA のクローニング:
十分な長さのcDNAを得るために、5’及び3’PCR生成物を単離し、そして内部PstI部位を用いて連結した。PCRプライマーを、ヌクレオチド配列(配列番号53)を用いて企画し、そしてそれは、クローニング目的のためのBamHI及びXhoI制限部位を含む。
【0420】
5’PCRを、鋳型としてWI−38 cDNAライブラリー及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC29,359(配列番号62)及びZC27,899(配列番号63)を用いて生成した。WI−38は、ヒト胚の肺細胞系(ATCC CRL−2221)から生成された自家cDNAライブラリーである。この5’PCR反応は次の通りに行われた:94℃で1分、65℃で1分、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。PCR反応は、cDNAライブラリーから調製された約3μgのプラスミド、20pモルの個々のオリゴヌクレオチド及び5単位のPWO DNAポリメラーゼ(Roche)を使用した。
【0421】
5’PCR生成物の約90%を、エタノール沈殿し、BamHI及びPstIにより消化し、そして1.0%アガロースゲル上でゲル精製した。約600bpのバンドを切除し、そしてBamHI及びPstIにより消化されたクローニングベクターpUC18への連結のために使用した。得られる形質転換体を配列決定し、zcytor17 cDNA配列を確かめた。それらの形質転換体の1つに関して、プラスミドDNAを調製し、そしてBamHI及びPstIにより消化した。得られる約600bpのバンドをゲル精製し、そして下記連結のために使用し、十分な長さのcDNAを形成した。
【0422】
3’PCR生成物を、鋳型としてヒト精巣自家cDNAライブラリー及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC27,895(配列番号64)及びZC29,122(配列番号65)を用いて生成した。この3’PCR反応は次の通りに行われた:94℃で45秒、65℃で45秒、72℃で2分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。3’PCR反応物を、1.0%アガロースゲル上でゲル精製し、そして腫瘍1500bpバンドを切除した。このバンドを、Zeroblunt TOPOキット(Invitrogen)を用いて、PCR Blunt II TOPOベクター中にクローン化した。得られる形質転換体を配列決定し、zcytor17 cDNA配列を確かめた。それらの形質転換体の1つに関して、プラスミドDNAを調製し、そしてPstI及びXhoIにより消化した。
【0423】
その得られる約1500bpのバンドをゲル精製した。3部分連結を、上記5’BamHI〜PstIフラグメント、3’PstI〜XhoIフラグメント、及びBamHI及びXhoIにより消化された発現ベクターpZp7pXにより行った。これは、pZp7p/zcytor17と称する、zcytor17のための十分な長さのcDNAを含むpZp7pXプラスミド(配列番号53)を生成した。pZp7p/zcytor17における十分な長さのzcytor17 cDNAは、配列番号53の位置1888でTをGに変えるサイレント突然変異を有する(配列番号54の残基464でGly残基をコードする)。
【0424】
この突然変異はサイレントであるので、pZp7p/zcytor17におけるzcytor17 cDNAは、配列番号54に示されるようなポリペプチドをコードする。プラスミドpZp7pXは、CMVプロモーター、イントロンA、コード配列の挿入のための複数の制限部位、及びヒト成長ホルモンターミネーターを有する発現カセットを含む哺乳類発現ベクターである。プラスミドはまた、複製のE.コリ起点、SV40プロモーター、エンハンサー及び複製の起点を有する哺乳類選択マーカー発現単位、ピューロマイシン耐性遺伝子、及びSV40ターミネーターを有する。
【0425】
例9.Alamar Blue を用いての BaF3 アッセイにおける zcytor17 に基づく増殖を評価するための細胞の構成
A. zcytor17 − MPL 受容体を発現する BaF3 細胞の構成:
zcytor17−MPL受容体を発現するBaF3細胞を、上記例7に記載されるzcytor17発現ベクター30μlを用いて、上記例6Aに従って構成した。pZP−5Z/ zcytor17受容体プラスミドを発現するBaF3細胞を、BaF3/ zcytor17−mplとして命名した。それらの細胞を、例10及び18に記載のようにして、zcytor17活性についてスクリーンするために使用した。
【0426】
B. zcytor17 受容体を発現する BaF3 細胞の構成:
十分な長さのzcytor17受容体を発現するBaF3細胞を、上記例8に記載されるzcytor17発現ベクター30μlを用いて、上記例6Aに従って構成した。pZP−5Z/ zcytor17受容体プラスミドを発現するBaF3細胞を、BaF3/ zcytor17として命名した。それらの細胞を、例10及び18に記載のようにして、zcytor17活性についてスクリーンするために使用した。
【0427】
例 10.Alamar Blue 増殖アッセイによる、 BaF3/ zcytor17 − MPL 細胞及び BaF3/ zcytor17 細胞を用いての zcytor17 活性についてのスクリーニング
BaF3/ zcytor17−mplキメラ細胞及びBaF3/ zcytor17細胞(例9)を回転沈降し、そしてそれぞれ、mIL−3フリー培地(例6)により洗浄した。細胞を回転せしめ、そして3度洗浄し、mIL−3の除去を確保した。次に、細胞を血球計により計数した。細胞を、mIL−3フリー培地を用いて、ウェル当たり100μlの体積に5000個の細胞を含むような96−ウェル形式でプレートした。
【0428】
zcytor17リガンドについての源を同定するために、種々の細胞系からの約124個のならし培地サンプルをスクリーンした。100μlの個々のならし培地サンプルを、BaF3/MPL− zcytor17キメラ細胞及びBaF3/ zcytor17細胞に添加して。すべての既知のサイトカインをまた、両細胞系に対して約100pg/ml〜250ng/mlの濃度でスクリーンした。負の対照を、mIL−3を有さない培地のを用いて、同時に試験した。250pg/mlの濃度でのマウスIL−3を、正の対照として使用した。
【0429】
アッセイプレートを、37℃、5%のCO2で3日間、インキュベートし、この時点で、Alamar Blue (Accumed, Chicago, IL) を、20μl/ウェルで添加した。Alamar Blueは、生存細胞の数に基づいて、蛍光情報を付与し、そして従って、負の対照に比較しての細胞増殖の直接的な測定である。プレートを再び、37℃、5%CO2下で、24時間インキュベートした。プレートを、544(励起)及び590(発光)の波長で、SoftMaxTM Pro プログラムを用いて、FmaxTM プレートリーダー(Molecular Devices Sunnyvale, CA)上で読み取った。
【0430】
ならし培地サンプル又は既知のリガンドに応答して、BaF3/ zcytor17−mplキメラ細胞系又はBaF3/ zcytor17細胞系のいずれかの増殖を示す結果は、リガンドのための源を同定し、そしてzcytor17受容体がホモダイマーとしてシグナル化し、又はBaF3細胞に存在する受容体と共にヘテロダイマー化するか、又はマルチマー化することを示唆する。シグナルが存在しない場合、実際の受容体−シグナル化複合体は、BaF3細胞に存在しないもう1つの受容体サブユニットと共にヘテロダイマー化するか、又はマルチマー化することができる。下記例18及び19を参照のこと。
【0431】
例 11.次の zcytor17 可溶性受容体を発現する哺乳類発現ベクターの構成: zcytor17 CEE, zcytor17 CFLG , zcytor17 CHIS 及び zcytor17 − Fc4
A. zcytor17 CEE, zcytor17 CFLG 及び zcytor17 CHIS を含む zcytor17 哺乳類発現ベクターの構成:
発現ベクター、すなわちpZp9zcytor17CEEを、zcytor17ポリペプチドの可溶性、細胞外ドメインの発現のために調製し、ここで前記構造体は、予測される開始メチオニンから成り、そして予測されるトランスメンブランドメインに隣接して切断され、そしてC−末端Glu−Glu標識(配列番号34)を有するzcytor17ポリペプチドを発現するよう企画されている。
【0432】
約1500bpのPCR生成物を、EcoRI及びBamHI制限部位を付加するためにPCRプライマーとしてZC29,451(配列番号66)及びZC29,124(配列番号67)を用いて生成した。ヒトHPVS自家cDNAライブラリーを鋳型として使用し、そしてPCR増幅を次の通りに行った:94℃で1分、65℃で1分、72℃で1.5分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。PCR反応をエタノール沈殿し、そしてEcoRI及びBamHI制限酵素により消化した。消化されたPCR生成物を1.0%アガロースゲル上でゲル精製し、そして約1500bpのバンドを切除した。次にこのバンドを、次のサイクリングにより、同一のプライマーを用いて再増幅した:94℃で1分、65℃で1分、72℃で3分、次に72℃7分;10℃でのソーキング。
【0433】
PCR反応をエタノール沈殿し、そしてEcoRI及びBamHI制限酵素により消化した。消化されたPCR生成物を1.0%アガロースゲル上でゲル精製し、そして約1500bpのバンドを切除した。この切除されたDNAを、EcoRI及びBamHIにより切断されたプラスミドCEEpZp9中にサブクローン化し、zcytor17のGLU−GLU C−末端標識された可溶性受容体、すなわちzcytor17CEEpZp9を生成した。zcytor17CEEpZp9におけるzcytor17CEE cDNA中の細胞外ドメインは、配列番号53の位置1705でのTをCに変更するサイレント突然変異(配列番号54の残基403でのPro残基をコードする)を有する。この突然変異はサイレントであるので、zcytor17CEEpZp9におけるzcytor17 cDNAは、配列番号54に示されるようなポリペプチドをコードする。
【0434】
さらに、使用される構造体のために、Gly−Ser残基対を、zcytor17の可溶性細胞外ドメインのC−末端側に及びそのC−末端Glu−Glu標識(配列番号34)の前に挿入する。zcytor17細胞外ドメインのC−末端での標識は、配列番号91に示されるような修飾されたGlu−Glu標識であった。プラスミドCEEpZp9は、マウスメタロチオネイン−1プロモーター、コード配列の挿入のための複数の制限部位及びヒト成長ホルモンターミネーターを有する発現カセットを含む哺乳類発現ベクターである。プラスミドはまた、複数のE.コリ起点、SV40プロモーター、エンハンサー及び複製の起点を有する哺乳類選択マーカー発現単位、DHFR遺伝子及びSV40ターミネーターを有する。
【0435】
標準の分子生物学技法を用いて、zcytor17CEEpZp9を、DH10Bコンピテント細胞(GIBCO BRL, Gaithersburg, MD)中に、その製造業者の説明書に従ってエレクトロポレートし、そして100μg/mlのアンピシリンを含むLBプレート上にプレートし、そして一晩インキュベートした。コロニーを、制限分析によりスクリーンし、又はDNAからのPCRを個々のコロニーから調製した。陽性クローンの挿入体配列を、配列分析により確かめた。大規模プラスミド調製を、QIAGEN(商標)Maxi prepキット(Qiagen)を用いて、製造業者の説明書に従って行った。
【0436】
同じ方法を用いて、一列に並んでの6個のHis残基から成るC−末端his標識及びC−末端フラッグ(配列番号35 )標識、すなわちzcytor17 CF1.AGを有するzcytor17可溶性受容体を調製した。それらの構造体を調製するためには、前記ベクターは、glu−glu標識(配列番号34 )の変わりにHIS又はFLAG(商標)標識のいずれかを有する。
【0437】
B.可溶性ヒト zcytor17 受容体、すなわち zcytor17 − Fc4 の哺乳類発現構成:
発現ベクター、pEZE−2hzcytor17/Fc4を調製し、PF CHO細胞においてhzcytor17のC末端Fc4標識された可溶性型(ヒトzcytor17−Fc4)を発現した。PF CHO細胞は、タンパク質フリーの培地(ExCell325PF培地;JRH Biociences)において増殖のために適合された自家CHO細胞系である。前記自家CHO細胞系は、本来、CHO DG44細胞に起因した(G.Urlaub, J. Mitchell, E. Kas, L.A. Chasin, V.L., Funanage, T.T. Myoda and J.L. Hamlin, “The Effect of Gamma Rays at the Dihydrofolate Reductase Locus: Deletions and Inversions”, Somatic cell and Molec. Genet., 12: 555−566 (1986))。
【0438】
zcytor17受容体の細胞外ドメインからのポリヌクレオチド配列を含む、zcytor17 cDNAのフラグメントを、Fc4ポリヌクレオチド配列(配列番号36)に整合して融合し、zcytor17−Fc4融合体(配列番号68及び69)を生成した。pEZE−2ベクターは、Fc4ポリヌクレオチド配列、及び標準の分子生物学技法を用いてC−末端Fc4融合体の急速な構成を可能にするクローニング部位を含む哺乳類発現ベクターである。
【0439】
ヒトzcytor17の細胞外ドメイン、及びそれぞれ、5’及び3’末端上にコードされるFseI及びBglII部位と共に、Fc4の最初の2個のアミノ酸(Glu及びPro)を含む、1566塩基対のフラグメントをPCRにより生成した。このPCRフラグメントを、ヒトzcytor17の細胞外ドメインを含むプラスミド(pZp9zcytor17CEE)(例11A) からの増幅により、プライマーZC29,157(配列番号70)及びZC29,150(配列番号71)を用いて生成した。
【0440】
PCR反応条件は次の通りであった:95℃で1分、60℃で1分及び72℃で2分(25サイクル);72℃で10分(サイクル);続いて4℃でのソーキング。フラグメントを、FseI及びBglII制限エンドヌクレアーゼにより消化し、そして続いて、1%ゲル電気泳動、及びQiaQuickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてのバンド精製により精製した。得られる精製されたDNAを、FseI及びBglII部位のFc4 3’を含む、FseI及びBglIIにより前もって消化されたpEZE−2ベクター中に、室温で5時間、連結した。
【0441】
20μlの連結混合物を、37μlのDH10BエレクトロコンピテントE.コリ(Gibco)において、製造業者の説明書に従ってエレクトロポレートした。形質転換された細胞を、400μlのLB培地に希釈し、そして100μg/mlのアンピシリンを含むLBプレート上にプレートした。クローンを制限消化により分析し、そして陽性クローンをDNA配列決定のために送り、融合構造体の配列を確かめた。1μlの陽性クローンを用いて、37μlのDH10BエレクトロコンピテントE.コリを形質転換し、そしてLB/ampプレート上に画線培養した。単一のコロニーを、この画線培養されたプレートから、250mlのLB/amp培地に採取し、次に、250rpmで振盪しながら、37℃で一晩、増殖せしめた。この培養物を、QiagenプラスミドMaxiキット(Qiagen)を用いて、750μgの精製されたDNAを生成するために使用した。
【0442】
例 12.zcytor17 可溶性受容体ポリペプチドのトランフェクション及び発現
BHK 570細胞(ATCC No. CRL−10314), DG44 CHO, 又は他の哺乳類細胞を、800μlの適切な血清フリー(SF)培地(例えば、DMEM、Gibco/BRL High Glucose)(Gibco BRL, Gaithersburg, MD) において、約1.2×106個の細胞/ウェル(6−ウェルプレート)でプレートする。細胞を、血清フリー(SF)培地において、LipofectinTM (Gibco BRL) を用いて、製造業者の説明書に従って、zcytor17 CEE, zcytor17 CFLG, zcytor17 CHIS又はzcytor17−Fc4(例11)を含む発現プラスミドによりトランスフェクトする。可溶性受容体を発現する単一のクローンを単離し、スクリーンし、そして細胞培養培地において増殖せしめ、そして標準の方法を用いて精製する。
【0443】
A.可溶性ヒト zcytor17 CEE 受容体の哺乳類発現:
BHK570細胞(ATCC No: CRL−10314)を、T−75組織培養フラスコにプレートし、そしてDMEM/FBS培地(DMEM、Gibco/BRL High Glucose, (Gibco BRL, Gaithersburg, MD)、5%ウシ胎児血清、1mMのL−グルタミン(JRH Biosciences, Lenea, KS)、1mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco BRL))において、37℃で5%CO2において、約50〜70%の集密性まで増殖した。次に、細胞を、血清フリー(SF)培地配合物(DMEM、10mg/mlのトランスフェリン、5mg/mlのインスリン、2mg/mgのフェチュイン、1%のL−グルタミン及び1%のピルビン酸ナトリウム)において、LipofectamineTM (Gibcco BRL) を用いて、zcytor17CEE(例11A)を含むプラスミドによりトランスフェクトした。
【0444】
10μgのプラスミドDNA pZp9zcytor17CEE(例11A)を、15mlの管中に希釈し、SF培地により500μlの最終合計体積にした。50μlのLipofectamineを、450μlのSF培地と共に混合した。そのLipoFectamine混合物を、DNA混合物に添加し、そして室温で約30分間インキュベートした。4mlのSF培地を、DNA:Lipofectamine混合物に添加した。細胞を5mlのSF培地により1度すすぎ、吸引し、そしてDNA:Lipofectamine混合物を添加した。細胞を37℃で5時間インキュベートし、そして次に、5mlのDMEM/10%FBS培地を添加した。
【0445】
フラスコを37℃で一晩インキュベートし、この後、細胞を、1:2、1:10及び1:50で、150mmのプレートに1μMのメトトレキセート又は10μMのメトトレキセート(Sigma Chemical Co., St. Louis, MO)を含む上記からの選択培地(DMEM/PBS培地)中に分けた。トランスフェクションの約10日後、1μMのメトトレキセート耐性コロニーの1つの150mmプレートを、トリプシン処理し、細胞をプールし、そして細胞の半分を10μMのメトトレキセートに再プレートし、zcytor17CEEタンパク質の発現をさらに増殖した。この増幅された細胞のプールからのならし培地サンプルを、SDS−PAGE及びウェスターン分析を用いて、発現レベルについて試験した。
【0446】
B.可溶性ヒト zcytor17 − Fc4 受容体の哺乳類発現:
20μgのpEZE−2hzcytor17Fc4プラスミドDNA(例11B)を、pEZE−2ベクター内を1度切断し、そして発現のために必要な遺伝子を妨げない制限酵素であるFspIによる制限消化により線状化した。200μgの剪断されたサケ精子DNAを、キャリヤーDNAとして添加し、そして次に、DNAを、0.1体積の3Mの酢酸ナトリウム(pH5.2)及び2.2体積のエタノールの添加により沈殿せしめ、続いて4℃での15分間の氷インキュベーション及びマイクロ遠心分離を行った。
【0447】
得られるDNAペレットを、70%エタノールにより洗浄し、そして空気乾燥し、その後、100μlのPF CHO非−選択増殖培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)/1×HT Supplement(Gibco))に再懸濁した。5×106個のPF CHO継代43細胞を、600μlのPF CHO非−選択増殖培地におけるDNAに添加し、そして次に、0.4cmギャップGene Pulser (BioRad) エレクトロポレーションキュベットを用いて、1070μFのキャパシタンス及び380Vを用いてのGene Pulser II Electroporationにおいてエレクトロポレートした。
【0448】
エレクトロポレートされた細胞を、非選択増殖培地において48時間、回収し、その後、−HT培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)において選択した。細胞を−HT培地において5日間、選択し、その後、50nmのMTX選択のために5×105/mlで継代した。50nmのMTXで選択された細胞を、振盪フラスコに6×105/mlで接種し、ならし培地を生成した。得られる72時間のならし培地を、ヒトIgに対して生成された抗体によりウェスターンブロットをプローブすることによって分析した。細胞は、約1mg/lでhzcytor17/Fc4タンパク質を生成した。
【0449】
C.可溶性ヒト zcytor17 − Fc4 受容体の大規模哺乳類発現:
200μgのpEZE−2hzcytor17Fc4プラスミドDNA(例11B)を、pEZE−2ベクター内を1度切断し、そして発現のために必要な遺伝子を妨げない制限酵素であるFspIによる制限消化により線状化した。200μgのCHOゲノムDNA(自家調製された)を、キャリヤーDNAとして添加し、そして次に、DNAを、0.1体積の3Mの酢酸ナトリウム(pH5.2)及び2.5体積のエタノールの添加により沈殿せしめ、続いて室温でのマイクロ遠心分離を行った。5複製DNAペレットを製造し、そして形質転換した。
【0450】
得られるDNAペレットを、70%エタノールにより洗浄し、そして空気乾燥し、その後、100μlのPF CHO非−選択増殖培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)/1×HT Supplement(Gibco))に再懸濁した。10×106個のPF CHO細胞を、600μlのPF CHO非−選択増殖培地におけるDNAに添加し、そして次に、0.4cmギャップGene Pulser (BioRad) エレクトロポレーションキュベットを用いて、950μFのキャパシタンス及び380Vを用いてのGene Pulser II Electroporationにおいてエレクトロポレートした。
【0451】
エレクトロポレートされた細胞を、プールし、そして−HT培地(21g/lのPF CHO Ex細胞325/200mMのL−グルタミン(Gibco)/100mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco)において選択した。細胞を−HT培地において14日間、選択し、その後、50nmのMTX選択のために4×105/mlで継代した。細胞を200nMのMTXで、及び次に1μMのMTXで増殖した。−HT, 50nM及び1μMのプールを、48時間、1×106/mlの接種し、そしてその得られるならし培地を、ヒトIgに対して生成された抗体によりウェスターンブロットをプローブすることによって分析した。
【0452】
D.可溶性ヒト zcytor17 − Fc4 受容体の過渡的哺乳類発現及び精製:
pEZE−2hzcytor17/Fc4プラスミドDNA(例11B)を、Lipofectamine (Gibco BRL) を用いて、本明細書に記載のようにして、及び製造業者の説明書に従って、BHK細胞の40maxiプレート中に導入した。細胞を一晩、回収し、すすぎ、そして血清フリー培地(自家製造されたSL7V4)を再供給した。72時間後、培地を集め、そして濾過し、そして細胞を血清フリー培地に再供給した。72時間後、培地を再び集め、そして濾過した。
【0453】
過渡的にトランスフェクトされたBHK細胞からの血清フリーならし培地(2×1.5Lのバッチ)を、20mMのトリス(pH7.5)、0.5MのNaClの溶液中、1.5mlのプロテインA−アガロースカラム上に供給した。カラムをこの緩衝液により集中的に洗浄し、そして次に、結合されたタンパク質を、1mlの0.2Mのグリシン(pH2.5)、0.5MのNaCl溶液により溶出した。溶出されたタンパク質を、0.1mlの2Mのトリス(pH8.5)中に集めた。
アリコートを、SDS−ポリアクリルアミドゲル電気泳動のために集め、そして多量のzcytor17−Fcを、PBSに対して一晩、透析した。可溶性受容体を無菌濾過し、そして−80℃でアリコートで配置した。
【0454】
例 13.E. コリにおける zcytor17 可溶性受容体の発現
A.huzcytor17/MBP−6H 融合ポリペプチドを発現する発現ベクター pCZR225 の構成:
マルトース結合タンパク質(MBP)にC−末端で融合されるzcytor17可溶性受容体をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを、相同組換えにより構成する。融合ポリペプチドは、本明細書に記載されるzcytor17可溶性受容体のいずれかに融合される約388個のN−末端アミノ酸MBP部分を含む。zcytor17 cDNAのフラグメント(配列番号1、45、17又は21)を、本明細書に記載のようなPCRを用いて単離する。
【0455】
次の2種のプライマーを、標準のPCR反応におけるzcytor17フラグメントの生成に使用する:(1)1つは、約40bpのベクターフランキング配列及び約25bpのアミノ末端に対する配列を含み、及び(2)もう1つは、前記フランキングベクター配列に対応する3’末端約40bp及びzcytor17のカルボキシル末端に応答する配列約25bpを含む。100μlのPCR反応物2μlを、分析するために、1×TBE緩衝液中、1.0%アガロースゲル上で試験し、そして予測されるおおよそのフラグメントが見られる。残るPCR反応物を、第2のPCR管において組合し、そして無水エタノール400μlにより沈殿せしめる。沈殿されたDNAを、下記のようにして、SmaI切断された受容体ベクターpTAP170中への組換えのために使用し、MBP− zcytor17融合体をコードする構造体を生成する。
【0456】
プラスミドpTAP170は、プラスミドpRS316及びpMAL−c2に由来する。プラスミドpRS316は、サッカロミセス・セレビシアエ(Saccharomyces cerevisiae)シャトルベクターである(Hieter P. and Sikorski, R., Genetics 122: 19−27, 1989)。pMAL−C2 (NEB)は、E.コリ発現プラスミドである。それは、tacプロモーター駆動MalE(MBPコードの遺伝子)、続いて、His標識、トロンビン切断部位、クローニング部位及びrrnBターミネーターを担持する。ベクターpTAP98を、酵母相同組換えを用いて構成する。100ngのEcoRI切断された、pMAL−c2を、1μgのPvuI切断されたpRS316, 1μgのリンカーと共に組合し、そして1μgのScaI/EcoRI切断されたpRS316を、PCR反応において組合す。PCR生成物を、100%エタノール沈殿により濃縮する。
【0457】
コンピテント酵母細胞(S.セレビシアエ)を、約1μgの上記zcytor17受容体PCR生成物及び100ngのSmaI消化されたpTAP98ベクターを含む混合物数10μLと共に組合し、そして標準方法を用いてエレクトロポレートし、そしてURA−Dプレート上にプレートし、そして30℃でインキュベートする。
【0458】
約48時間後、単一プレートからUra+酵母形質転換体を採取し、DNAを単離し、そしてエレクトロコンピテントE.コリ細胞(例えば、MC1061, Casadabanなど., J. Mol. Biol. 138, 179−207)を形質転換し、そして標準方法を用いて、MM/CA+AMP 100mg/lプレート(Pryor and Leiting, Protein Ezpression and Purification. 10:309−319, 1997)上にプレーtする。細胞を、100μg/mlのアンピシリンと共に、MM/CAにおいて、2時間、37℃で、振盪しながら増殖する。
【0459】
その培養物1mlを、1mMのIPTGにより誘発する。2〜4時間後、個々の培養物250μlを、酸により洗浄されたガラスビーズ250μ、及び5%βME及び色素を含むThomer緩衝液(8Mの尿酸、100mMトリス、pH7.0, 10%グリセロール、2mMのEDTA,5%SDS)250μlと共に混合する。サンプルを1分間、振盪し、そして65℃に10分間、加熱する。その20μlを、4%〜12%PAGEゲル(NOVEX)上のライン当たりに負荷する。ゲルを、1×MES緩衝液において試験する。陽性クローンを、pCZR225と命名し、そして配列決定分析にゆだねる。
【0460】
1μlの配列決定DNAを用いて、BL21株を形質転換する。細胞を、2.0kV, 25μF及び400オームで電気パルスする。エレクトロポレーションに続いて、100mg/lのアンピシリンを含むMM/CA溶液0.6ml上にプレートする。細胞を、MM/CAにおいて増殖し、そして上記のようにして、IPTGにより誘発する。陽性クローンを用いて、Huzcytor 17/MBP−6H融合タンパク質のタンパク質精製のために、標準技法により増殖する。
【0461】
B.E .コリ発酵からの huzcytor17/MBP−6H 可溶性受容体の精製:
特にことわらない限り、すべての操作は4℃で行われた。次の方法を、huzcytor17/MBP−6H可溶性受容体ポリペプチドを精製するために使用した。PCZR225構造体を含み、そしてhuzcytor17/MBP−6H可溶性受容体(例13A)を発現するE.コリ細胞を、SuperBroth II (12g/lのカゼイン、24g/lの酵母抽出物、11.4g/lのリン酸二カリウム、1.7g/lのリン酸一カリウム;Becton Dickenson, Cockeysville, MD) において増殖し、そして0.5%グリセロールにおいて凍結した。SuperBroth II及びグリセロール中、20gの凍結細胞を用いて、タンパク質を精製した。凍結細胞を融解し、そしてプロテアーゼインヒビター溶液(抽出緩衝液)において1:10に希釈し、その後、細胞を溶解し、そしてhuzcytor17/MBP−6H可溶性受容体タンパク質を開放した。
【0462】
希釈された細胞は、20mMの最終濃度のトリス(JT Baker, Philipsburg, NJ)、100mMの塩化ナトリウム(NaCl, Mallinkrodt, Paris, KY)、0.5mMの弗化フェニルメチルスルホニル(PMSF, Sigma Chemicals Co., St. Louis, MO)、2μg/mlのロイペプチン(Fluka, Switzerland)及び2μg/mlのアプロチニン(Sigma)を含んだ。−7〜−10℃の温度及び30K PSIを有するFrench Press細胞分解システム(Constant Systems Ltd., Warwick, UK)を用いて、細胞を溶解した。希釈された細胞を、French Pressの前及び後、A600読み取りにより切断について調べた。溶解された細胞を、18.000Gで45分間、遠心分離し、分解された細胞残骸を除去し、そして上清液を用いて、タンパク質を精製した。
【0463】
アミロース樹脂の25mlカラム(New England Biolabs, Beverly, MA)(下記のようにして調製された) を、Bio−Rad, 2.5cm D×10cm Hのガラスカラムに入れた。カラムを充填し、そして10カラム体積(CV)のアミロース平衡化緩衝液(20mMのトリス、100mMのNaCl、pH8.0)により平衡化した。上清液を、アミロース樹脂にバッチ負荷し、そして一晩、振動した。樹脂をカラムに入れ、そして10CVのアミロース平衡化緩衝液により洗浄した(重力による)。カラムを、10CVのアミロース平衡化緩衝液により洗浄し、次に約2CVのアミロース平衡化緩衝液+10mMのマルトース(Fluka Biochemical, Switzerland)により溶出した(重力による)。5mlの画分を、クロマトグラフィー上で集め、そして280及び320nMでの吸光度を読み取った。アミロースカラムを、1CVの蒸留水、5CVの0.1%(w/v)SDS(Sigma)、5CVの蒸留水、及び次に5CVのアミロース平衡化緩衝液により再生した。
【0464】
興味ある画分をプールし、そしてSlide−A−Lyzer(Pierce)において、4×4LのPBS(pH7.4)(Sigma)により透析し、低分子量汚染物を除去し、緩衝液を交換し、そして脱塩した。PBSの交換の後、収穫された材料は、精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを表した。精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを、SDS−PAGEクーマシー染色、及びウサギHRP接合抗体(Rockland, Gilbertsville, PA)によるウェスターンブロットにより分析した。huzcytor17/MBP−6Hポリペプチドの濃度は、BCA分析により測定される場合、1.92mg/mlであった。
精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを、ウサギへの注射のために調製し、そして抗体生成のために、R&R Research and Development (Stanwood, WA) に送った。ウサギに注射し、抗−huzcytor17/MBP−6H血清を生成した(下記例15)。
【0465】
例 14.zcytor17 可溶性受容体ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体を、精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチド(例13)により、2匹の雌New zealand 白色ウサギを免疫化することによって、調製する。ウサギは、完全フロイントアジュバント(Pierce, Rockford, IL)中、精製されたタンパク質200mgの初期腹腔内(IP)注射、続いて、不完全フロイトアジュバント中、精製されたタンパク質100μgの追加免疫IP注射を、3週ごとに与えられる。第3の追加免疫注射の投与後7〜10日で、動物は放血され、そして血清が集められる。次に、ウサギを、追加免疫し、そして3週ごとに放血する。
【0466】
zcytor17−特異的ポリクローナル抗体を、CNBr−SEPHAROSE 1g当たり約10mgの精製されたhuzcytor17/MBP−6Hポリペプチドを用いて調製されるCNBr−SEPHAROSE 4Bタンパク質カラム(Pharmacia LKB)を用いて、ウサギ血清から親和性精製し、続いて、PBSにおける20倍の透析を一晩、行う。zcytor17−特異的抗体を、抗体標的物として適切な1μg/mlのタンパク質抗原を用いてのELISA力価調査により特徴づけるウサギ抗−zcytor17親和性精製された抗体の検出の下限(LLD)を、標準方法を用いて決定する。
【0467】
例 15.zcytor17 受容体モノクローナル体
zcytor17可溶性受容体モノクローナル抗体を、本明細書に記載される精製された組換え可溶性zcytor17タンパク質により、雄BalbCマウス(Harlan Sprague Dawley, Indianapolis, IN)を免疫化することによって、調製する。マウスは、完全フロイントアジュバント(Pierce, Rockford, IL)中、精製されたタンパク質20mgの初期腹腔内(IP)注射、続いて、不完全フロイトアジュバント中、精製されたタンパク質10μgの追加免疫IP注射を、2週ごとに与えられる。第3の追加免疫注射の投与後7〜10日で、動物は放血され、そして血清が集められ、そして抗体力化を評価する。
【0468】
脾臓細胞を、高い力価のマウスから収穫し、そして4:1の融合比の脾臓細胞:骨髄腫細胞を用いて、PEG 1500 (Boerhinger Mannheim, UK) を用いて、ネズミSP2/0骨髄腫細胞に融合する(Antibodies: A Laboratory Manual, E. Harlow and D. Lane, Cold Spring Harbor Press)。融合の後、10日間の増殖に続いて、特定の抗体−生成ハイブリドマーを、抗体標的物として、精製された組換えzcytor17可溶性受容体タンパク質(例6C)を用いて、ELISAにより、そして抗体標的物として、zcytor17配列を発現するBa F3細胞(例8)を用いて、FACSにより同定する。両方法によるその得られる陽性ハイブリドマーを、限界希釈法により3度クローン化する。
【0469】
例 16.ORIGEN アッセイを用いての zcytor17 受容体へテロダイマー化の評価
可溶性zcytor17受容体zcytor17 CFLAG (例11)、又はgp130 (Hibi, M. など., Cell63: 1149−1157, 1990) を、5倍モル過剰のスルホ−NHS−LC−ビオチン(Piece, Inc., Rockford, IL)との反応により、製造業者のプロトコールに従って、ビオチニル化する。可溶性zcytor17受容体及び他の可溶性受容体サブユニット、例えば可溶性gp130, LIF, IL−12, WSX−1, IL−7Rα(sIL−7Rα)又はIL−2受容体−γ(sIL−2Rγ)(R&D Systems, Minneapolis, MN)、又は可溶性zcytor10受容体(IL−21R;通常アメリカ特許出願94/404,641号所有)を、5倍モル過剰のRu−BPY−NHS(Igen、Inc., Gaithersburg, MD)により、製造業者のプロトコールに従って、ラベルする。
【0470】
可溶性zcytor17受容体のビオチニル化され、そしてRu−BPY−NHP−ラベルされた形は、それぞれBio− zcytor17受容体及びRu− zcytor17と命名され;他の可溶性受容体サブユニットのビオチニル化され、そしてRu−BPY−NHS−ラベルされた形も同様に命名され得る。アッセイを、zcytor17へテロダイマー受容体を結合するリガンドを発現する細胞からのならし培地を用いて、又は精製されたリガンドを用いて行うことができる。好ましいリガンドは、クラスIヘテロダイマーサイトカイン受容体、例えばgp130, LIF, IL−12, IL−2, IL−4, IL−7, IL−9, IL−15, zalpha 11 リガンド(IL−21)(通常、アメリカ特許出願09/522,217号所有)、TSLP(Levine,SDなど., 前記;Isaksen, DEなど., 前記;Ray, RJなど., 前記;Friend, SLなど.,前記)を結合することができるそれらのリガンドである。 【0471】
初期受容体結合特徴化のために、一連サイトカイン又はならし培地を、それらがzcytor17受容体ホモダイマー化を介在することができるかどうか、及びそれらが上記の可溶性サブユニットzcytor17受容体へのヘテロダイマー化を介在できるかどうかを決定するために試験する。これを行うために、50μlのならし培地又はTBS−B含有の精製されたサイトカインを、例えば400ng/mlのRu− zcytor17受容体及びBio− zcytor17、又は400ng/mlのRu− zcytor17受容体及びBio−gp130、又は400ng/mlのRu−IL2Rγ及びBio− zcytor17を含むTBS−B(20mMのトリス、150mMのNaCl、1mg/mlのBSA、pH7.2)50μlと組合す。
【0472】
室温での1時間のインキュベーションに続いて、30μgのストレプタビジン被覆された、2.8mmの磁気ビーズ(Dynal, Inc., Oslo, Norway)を添加し、そしてその反応を、室温でさらに1時間インキュベートする。次に、200μlのORIGENアッセイ緩衝液(Igen, Inc., Gaithersburg, MD)を添加し、そして受容体会合の程度を、M8 ORIGEN分析機(Igen,Inc.)を用いて測定する。
【0473】
例 17.zcytor17 受容体へテロダイマーを生成するための構造体
分泌されたヒトzcytor17へテロダイマーを発現するベクターを構成する。この構造体においては、zcytor17の細胞外サイトカイン−結合ドメインを、IgGガンマ1(IgGγ1)(配列番号37 及び38)のH鎖に融合し、そしてヘテロマ−サイトカイン受容体サブユニット(例えば、gp130, LIF, IL−12, WSX−1又はIL−2受容体成分(IL−2Rα、IL−2Rβ、IL−2Rγ)、IL−4/IL−13受容体ファミリー受容体成分(IL−4Rα、IL−BRα、IL−13Rα’)、インターロイキン受容体サブユニット(例えば、IL−15Rα、IL−7Rα、IL−9Rα)、又はzalpha 11受容体(IL−21R))の細胞外部分を、ヒトカッパL鎖(ヒトκL鎖)(配列番号39及び40)に融合する。
【0474】
A.IgG γ1及びヒトκ L 鎖融合ベクターの構成:
IgGγ1(配列番号37)のH鎖を、Zem229R哺乳発現ベクター(ATCC寄託番号69447号)中にクローン化し、その結果、5’EcoRI及び3’NheI部位を有するいずれかの所望するサイトカイン受容体細胞外ドメインをクローン化でき、N−末端細胞外ドメイン−C−末端IgGγ1融合体をもたらすことができる。この構造体に使用されるIgGγ1フラグメントを、鋳型としてClontech hFetal Liver cDNAライブラリーからIgGγ1配列を単離するために、PCRを用いることにより製造する。
【0475】
PCR生成物を、本明細書に記載される方法を用いて、精製し、そしてMluI及びEcoRI(Boerhinger−Mannheim)により消化し、エタノール沈殿し、そして本明細書に開示される標準の分子生物学技法を用いて、MluI及びEcoRIにより前もって消化されたZem229中にMluI/EcoRリンカーを含んで成る、オリゴZC11,440(配列番号41)及びZC11、441(配列番号42)と共に連結する。
【0476】
ヒトκL鎖(配列番号39)を、Zem228R哺乳類発現ベクター(ATCC寄託番号69446号)においてクローン化し、その結果、5’EcoRI部位及び3’KpnI部位を有する、いずれかのサイトカイン受容体細胞外ドメインがクローン化し、N−末端サイトカイン細胞外ドメイン−C−末端ヒトκL鎖融合体をもたらすことができる。KpnI部位はヒトκL鎖配列(配列番号39におけるヌクレオチド62の後を、KpnI酸素により分解される)内に位置するので、特定のプライマーが、サイトカイン受容体の所望する細胞外ドメインの3’末端を、このKpnI部位中にクローン化するよう企画される。前記プライマーは、その得られるPCR生成物が、KpnI部位までのヒトκL鎖(配列39)のセグメントと共に、所望するサイトカイン受容体細胞外ドメインを含むよう企画される。
【0477】
このプライマーは好ましくは、配列番号39に5’側で融合される所望するサイトカイン受容体細胞外ドメインの3’末端の少なくとも10個のヌクレオチドの部分を含んで成る。この構造体に使用されるヒトκL鎖フラグメントを、上記で使用されるのと同じClontechヒト胎児肝臓cDNAライブラリーからヒトκL鎖配列を単離するために、PCRを用いることによって製造する。PCR生成物を、本明細書に記載される方法を用いて精製し、そしてMluI及びEcoRI(Boerhinger−Mannheim)により消化し、エタノール沈殿せしめ、そして本明細書に開示される標準の分子生物学技法を用いて、MluI及びEcoRIにより前もって消化されたZem228R中に、上記MluI/EcoRIリンカーにより連結する。
【0478】
B. 融合ベクター構造体中への zcytor17 受容体又はヘテロダイマーサブユニット細胞ドメインの挿入:
上記構造ベクターを用いて、IgGγ1に融合されるzcytor17を有する構造体を製造する。この構成は、標準方法(例えば、例7)及びEcoRI及びNheI制限部位を供給するオリゴを用いて、前立腺cDNAライブラリー(Clontech)又は活性化されたcDNAライブラリーからの本明細書に記載されるzcytor17受容体の細胞外サイトカイン−結合ドメイン(配列番号2のアミノ酸15(Cys)〜230(Pro))を、PCR処理することによって行われる。その得られるPCR生成物を、本明細書に記載のようにして、EcoRI及びNheIにより消化し、ゲル精製し、そして上記の前もってEcoRI及びNheI消化され、そしてバンド−精製されたZem229R/IgGγI中に連結する。得られるベクターを、配列決定し、zcytor17/IgGガンマ1融合体(zcytor17/Ch1 IgG)が正しいことを確認する。
【0479】
κL鎖に融合されるヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニット細胞外ドメインを有する別々の構造体をまた、上記のようにして構成する。サイトカイン受容体/ヒトκL鎖の構成を、標準方法を用いて、例えばリンパ球cDNAライブラリー(Clontech)、及びEcoRI及びKpnI制限部位を供給するオリゴから、PCRにより上記のようにして行う。得れれるPCR生成物を、EcoRI及びKpnIにより消化し、そして次に、この生成物を、上記のようにして、前もってEcoRI及びKpnI消化され、そしてバンド−精製されたZem228R/ヒトκL鎖ベクター中に連結する。得られるベクターを配列決定し、サイトカイン受容体サブユニット/ヒトκL鎖融合体が正しいことを確認する。
【0480】
D.zcytor17 及びヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニット細胞外ドメインの同時−発現:
約15μgの個々の上記ベクターを、LipofectaminePlusTM 試薬(Gibco/BRL)を用いて、製造業者の説明書に従って、哺乳類細胞、例えばBHK−570細胞(ATCC No. CRL−10314)中に同時トランスフェクトする。トランスフェクトされた細胞を、1μMのメトトレキセート(MTX)(Sigma,St. Louis, MO)及び0.5mg/mlのG418(Gibco/BRL)を含むDMEM+5%FBS(Gibco/BRL)において、10日間、選択する。得られるトランスフェクタントのプールを、10μmのMTX及び0.5mg/mlのG418において再び選択する。
【0481】
得られる二重選択された細胞のプールを用いて、タンパク質を生成する。このプールの3種の画分(Nunc, Denmark)を用いて、血清フリーのならし培地10Lを生成する。このならし培地を、1mlのタンパク質−Aカラム上に通し、そして約10, 750μlの画分に溶出する。最高のタンパク質濃度を有する画分をプールし、そしてPBSに対して透析する(10kDのMWのカットオフ)。最終的に、透析された材料を、通常の方法を用いてのアミノ酸分析(AAA)のために提供する。
【0482】
例 18.zcytor17 受容体とヘテロダイマー化又は多重化する受容体サブユニットの決定
本明細書に記載される標準の方法を用いて、追加のヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニットによりトランスフェクトされたBaF3/MPL−zcytor17キメラ細胞(例6)は、TPO(例6)の存在下でルシフェラーゼレポーターへのヘテロダイマーzcytor17受容体複合体のシグナルトランスダクション応答を測定するために、バイオアッセイ細胞系として作用する。TPOリガンドの存在下でシグナル化する追加のMPL−クラスIサイトカイン受容体融合体によるBaF3/MPL− zcytor17細胞トランスフェクションは、ヘテロダイマーサイトカイン受容体サブユニットがzcytor17受容体シグナル化のために必要とされることを決定する。この目的のためへのMPL−受容体融合体の使用は、zcytor17受容体のための天然のリガンドの存在についての必要性を緩和する。
【0483】
MPL−クラスIサイトカイン受容体融合体を、MPL受容体の細胞外ドメイン及びトランスメンブランドメイン、及び所望するクラスIサイトカイン受容体の細胞内シグナルドメインを用いて、例5に従って製造する。BaF3/MPL− zcytor17バイオアッセイ細胞系を、例6におけるようにして、個々のMPL−クラスIサイトカイン受容体融合体により同時トランスフェクトし、BaF3/MPL− zcytor17/MPL−クラスIサイトカイン受容体細胞系を形成する。
【0484】
受容体複合体は、gp130, LIF, IL−12又はWSX−1成分、又は1又は複数のIL−2受容体成分(IL−2Rα、IL−2Rβ、IL−2Rγ)、1又は複数のIL−4/IL−13受容体ファミリー受容体成分(IL−4Rα、IL−13Rα、IL−13Rα’)、及び他のインターロイキン受容体(例えば、IL−15Rα、IL−7Rα、IL−9Rα、IL−21R(Zalpha 11受容体))を含んで成るMPL−サイトカイン受容体融合体と組合してのzcytor17受容体を包含するが、但しそれらだけには限定されない。次に、個々の独立した受容体複合体細胞系を、TPO(例6)の存在下でアッセイし、そして増殖性を、通常の方法(例えば、例6に記載されるようなAlamar Blueアッセイ)を用いて測定する。
【0485】
BaF3/MPL−zcytor17バイオアッセイ細胞系は、バックグラウンドルシフェラーゼ活性についての対照として作用し、そして従って、種々の受容体複合体組み合わせによりシグナル化を比較するための基線として使用される。さらに、ルシフェラーゼレポーターアッセイ(レポーター遺伝子の転写の活性化)によるアッセイはまた、増殖の誘発にもかかわらず、シグナル化を測定する手段として使用され得る。
【0486】
さらに、BaF3/MPL−クラスIサイトカイン受容体細胞系を構成し、ホモダイマー化に基づいてシグナル化することが知られているそれらのクラスIサイトカイン受容体についてのMPL−クラスIサイトカイン受容体ホモダイマー化効果を制御することができる。正しい受容体複合体の存在下でのTPOは、TPOの存在下で、バックグラウンドより約5倍又はそれ以上、BaF3/MPL− zcytor17/MPL−クラスIサイトカイン受容体細胞系の増殖を高めることが予測される。
【0487】
例 19.インビトロでの zcytor17 受容体の再構成
zcytor17−シグナル化複合体に包含される成分を同定するために、受容体再構成の研究を、次の通りにして行う。例えば、ルシフェラーゼレポーター哺乳類発現ベクタープラスミドにより、本明細書に記載される標準方法を用いて、トランスフェクトされたBHK570細胞(ATCC No. CRL−10314)は、zcytor17リガンドの存在下でルシフェラーゼレポーターに対する、トランスフェクトされたzcytor17受容体複合体からのシグナルトランスダクション応答を測定するために、バイオアッセイ細胞系として作用する。
【0488】
BHK細胞は、BHK細胞がzcytor17受容体を内因的に発現しない場合において使用され得る。他の細胞系は使用され得る。典型的なルシフェラーゼレポーター哺乳類発現ベクターは、次の4種の遺伝子からのSTAT転写因子結合要素を含む相補的オリゴヌクレオチドZC12,749配列番号43)及びZC12,748(配列番号44)により構成されたKZ134プラスミドである:修飾されたc−fos Sis誘発性要素(m67SIE又はhSIE)(Sadowski, H. など., Science 261: 1739−1744, 1993)、 p21 WAF1遺伝子からのp21 SIE1(Chin,Y. など., Science 272: 719−722, 1996)、β−カゼイン遺伝子の乳腺応答要素(Schmitt−Ney, M. など., Mol. Cell. Biol. 11: 3745−3755, 1991)、及びFcg RI遺伝子のSTAT誘発性要素(Seidel,H. など., Proc. Natl. Acad. Sci. 92: 3041−3045, 1995)。
【0489】
それらのオリゴヌクレオチドは、Asp718−XhoI適合性末端を含み、そして同じ酵素により消化されたc−Fosプロモーター(Poulsen, L.K. など., J. Biol. Chem. 273: 6229−6232, 1998)を有し、そしてネオマイシン選択マーカーを含む受容体ホタルルシフェラーゼレポーターベクター中に、標準の方法を用いて連結された。KZ134プラスミドを用いて、BHK又はBaF3細胞を標準のトランスフェクション及び選択方法により安定してトランスフェクトし、それぞれ、BHK/KZ134又はBaF3/KZ134細胞系を製造する。
【0490】
バイオアッセイ細胞を、zcytor17受容体のみによりトランスフェクトし、zcytor17受容体及び種々の他の既知受容体サブユニットの1つにより同時にトランスフェクトする。受容体複合体は、zcytor17受容体のみ、gp130, LIF, IL−12またはWSX−1受容体サブユニット、又は1又は複数のIL−2受容体成分(IL−2Rα、IL−2Rβ、IL−2Rγ)を有するzcytor17受容体、1又は複数のIL−4/IL−13受容体ファミリー受容体成分(IL−4Rα、IL−13Rα、IL−13Rα’)を有するzcytor17受容体、及び他のインターロイキン受容体(例えば、IL−15Rα、IL−7Rα、IL−9Rα、IL−21R(Zalpha 11受容体))と、zcytor17受容体との種々の組み合わせを包含するが、但しそれらだけには限定されない。
【0491】
次に、個々の独立した受容体複合体細胞系を、サイトカイン−ならし培地又は精製されたサイトカインの存在下でアッセイし、そしてルシフェラーゼ活性を通常の方法を用いて測定する。トランスフェクトされていないバイオアッセイ細胞系は、バックグランドルシフェラーゼ活性のための対照として作用し、そして従って、種々の受容体複合体組み合わせによるシグナルを比較するための基線として使用される。正しい受容体複合体の存在下でzcytor17受容体を結合するならし培地又はサイトカインは、バックグラウンドよりも約5倍又はそれ以上のルシフェラーゼ読み取りを付与することが予測される。
【0492】
他方では、BaF3/ zcytor17−mpl及びBaF3/ zcytor17(例10)細胞系が上記のように同時−トランスフェクトされ、そして増殖が測定される類似するアッセイを行うことができる。
【0493】
例 20.十分な長さの zcytor17 を発現する BaF3 細胞の構成
BaF3、すなわちネズミ骨髄に由来するインターロイキン−3 (IL−3) 依存性プレ−リンパ球細胞系(Palacios and Steinmetz, Cell 41: 727−734, 1985; Mathey−Prevot など.,Mol. Cell. Biol. 6:4133−4135, 1986)を、10%熱−不活性化されたウシ胎児血清、2ng/mlのネズミIL−3 (mIL−3) (R&D. Minneapolis, MN)、2mMのL−glutaMax−1TM (Gibco BRL), 1mMのピルビン酸ナトリウム(Gibco BRL)及びPSN抗生物質(Gibco BRL)により補充された完全倍地(RPMI培地(JRH Bioscience Inc., Lenexa, KS))において維持した。
【0494】
エレクトロポレーションのためのBaF3細胞を、PBS(pH7.2)(Gibco BRL)により2度洗浄し、そして次に、RPMI培地に107個の細胞/mlの細胞密度で再懸濁した。1mlの再懸濁されたBaF3細胞を、30μgのpZP7PX/zcytor17プラスミドDNAと共に混合し、そして別々の使い捨てエレクトロポレーションチャンバー(GIBCO BRL)に移した。次に、細胞に、エレクトロポレーション装置(CELL−PORATORTM; Gibco−BRL)により供給される2回の連続したショック(800 1Fad/300V; 1180 1Fad/300V)を与えた。
【0495】
次に、エレクトロポレートされた細胞を、20mlの完全培地に移し、そして48時間(37℃、5%CO2)、インキュベーターに配置した。次に、細胞を回転沈降し、そしてT75フラスコに2μg/mlのピューロマイシン(ClonTech)Selectionを含む完全培地20mlに再懸濁し、ピューロマイシン耐性プールを単離した。この後、BaF3/zcytor17細胞と呼ばれる、トランスフェクトされたBaF3細胞のクローン系を、下記のようにして単離した。
【0496】
BaF3/zcytor17細胞を血球計により計数し、そして2μg/mlのピューロマイシンを含む完全培地においてウェル当たり100μlの体積において、1細胞/ウェル、0.1細胞/ウェル及び0.01細胞/ウェルでプレートした。15個のクローンをT75フラスコに拡大し、そして5個のクローンを、RNA生成についてアッセイした。細胞をPBSにより1度、洗浄し、そして血球計により計数し、5×106個の細胞を回転沈降し、そして培地を除去した。
【0497】
トランスフェクトされなかったBaF3細胞をまた計数し、そしてペレット化した。ペレットのうち4個を−80℃で一晩、凍結した。RNAを、S.N.A.P.TM Total RNA Isolation キット(Invitrogen)を用いて、製造業者の説明書に従って単離し、そして全RNA収率を、分光計により決定した。次に、zcytor17 RNAの量を、RT−PCRキット(Stratagene)を用いてのRT−PCRにより、製造業者の説明書に従って、zcytor17−特異的プライマーZC29,180(配列番号72)及びZC29,122(配列番号65)を用いて決定した。zcytor17 RNAの強いバンドを付与する1つのクローンを、可能性あるリガンドを試験するために、BaF3 Alamar Blue増殖アッセイ(例6)への使用のために選択した。
【0498】
例 21.マウス精巣 cDNA ライブラリーからのマウス zcytor17 のクローニング
マウス精巣cDNAライブラリーを、マウスzcytor17の十分な長さのクローンについてスクリーンした。前記ライブラリーを、24LB+Ampプレート上に、65,500cfu/プレートでプレートした。フィルターリフトを、合計約1.6×106個のコロニーに対して、Hybond N (Amersham−Pharmacia Biotech, Inc., Piscataway, NJ) を用いて調製した。フィルターを配向のために熱い針により印を付け、そして次に、0.5MのNaOH及び1.5Mのトリス−HCl(pH7.2)において6分間、変性した。次に、DNAを、UV架橋剤(Stratalinker(商標), Stratagene, La Lolla, CA)を用いて、1200ジュールでフィルターに固定した。次に、フィルターを、室温で一晩、放置乾燥した。
【0499】
次の日、フィルターを、0.25×SSC, 0.25%のSDS及び1mMのEDTAから成る前−洗浄緩衝液により65℃で前−洗浄した。細胞残骸を、Kimwipes(商標)(Kimberly−Clark)を用いて、手動的に除去し、そしてその溶液を1時間にわたって3度、変えた。フィルターを空気乾燥し、そして必要とされるまで、室温で貯蔵した。次に、フィルターを、20mlのExpressHybTM Hybridization溶液(Clontech, Palo Alto, CA)において、63℃で約3時間、プレハイブリダイズした。
【0500】
プローブB(例3C)を、オリゴヌクレオチドプライマーZC27,895(配列番号64)及びZC28,917(配列番号73)を用いて、ヒトzcytor17鋳型からのPCRにより生成し、そして市販のキット(Megaprime DNA Labeling System; Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ)を用いて、製造業者の説明書に従って、32Pにより放射性ラベルした。プローブを、StratageneTM プッシュカラム(NacTrap(商標)カラム;Stratagene, La Jolla CA)を用いて精製した。プローブを、100℃で15分間、変性し、そしてExpressHybTM に添加した。
【0501】
フィルターを、1.6×106cpm/mlのプローブを含むハイブリダイジング溶液15mlにおいて63℃で一晩ハイブリダイズした。フィルターを、2×SSC、0.1%SDS及び1mMのEDTAにより55℃で洗浄し、そして−80℃で4.5日間、X−線フィルムに照射した。13個の陽性体を、プラグとしてプレートから採取し、そして1.7mlの管における1mlのLB+ampに配置した。管を4℃で一晩、配置した。それらの13個の陽性体を、さらなる2回の精製にゆだねた。第三プレートを、フィルターリフトが取られた後、37℃で増殖し、そして単一のコロニーを採取し、そして配列決定した。それらのうち3個は、zcytor17のマウスオルト体の配列を含むことが決定された。
【0502】
さらに、PCR生成物を、鋳型としてCTLL−2 cDNA、及びプライマーとしてオリゴヌクレオチドZC38,239(配列番号88)及びZC38,245(配列番号89)を用いて生成した。CTLL−2はマウス細胞毒性Tリンパ球細胞系(ATCC No. TTB−214)である。このPCR反応を次の通りに行った:95℃で1分(1サイクル)、95℃で15秒、68℃で3分、次に68℃で10分(30サイクル);4℃でのソーキング。PCR反応は、約0.5ngのcDNA、20pモルの個々のオリゴヌクレオチド、及び1μlのAdvantage IIポリメラーゼ混合物(ClonTech)を用いた。
【0503】
PCR生成物の約6%を、上記のように、新規のPCR反応において鋳型として使用し、但し、オリゴヌクレオチドZC38,239(配列番号88)及びZC38,238(配列番号90)を使用した。このPCR反応は次の通りに行われた:94℃で45秒、65℃で45秒、72℃で1分、次に72℃で7分(30サイクル);10℃でのソーキング。PCR反応のほとんどを、1.0%アガロースゲル上に負荷し、そして約360bpでの卓越したバンドを切除し、DNAフラグメントを溶出し、そしてDNA配列決定を行った。
【0504】
マウスzcytor17ポリヌクレオチドの配列は、配列番号56に示され、そしてその対応するアミノ酸配列は配列番号57に示される。さらに、切断された可溶性形のマウスzcytor17ポリヌクレオチドは配列番号92に示され、そしてその対応するアミノ酸配列は配列番号93に示される。
【0505】
例 22.PCR を用いての組織パネルにおけるヒト zcytor17 の組織分布
ヒト組織からのcDNAのパネルを、PCRを用いて、zcytor17発現についてスクリーンした。パネルは自家製造され、そして種々の正常及び癌性ネズミ組織からの94種のマラソンcDNA及びcDNAサンプルを包含し、そして細胞系は下記表7に示される。前記cDNAは自家ライブラリーからであり、又はマラソンcDNAは自家RNA調製物、すなわちClontech RNA又はInvitrogen RNAからであった。マウスマラソンcDNAは、マラソン−ReadyTM キット(Clontech, Palo Alto, CA)を用いて製造され、そしてマウストランスフェリンプライマーZC10,651(配列番号79)及びZC10,565(配列番号80)によりQC試験し、そして次に、トランスフェリンバンドの強さに基づいて希釈された。
【0506】
パネルサンプルにおける増幅されたライブラリーサンプルの性質を評価するために、品質管理(QC)についての次の3種の試験を行った:(1)ライブラリーのために使用されるRNA品質を評価するために、自家cDNAを、個々のcDNAライブラリーについてのベクター配列に対して特異的であるベクターオリゴによるPCRにより、平均挿入体について試験し;(2)パネルサンプルにおけるcDNAの濃度の標準化を、5’ベクターオリゴZC14,063(配列番号7)及び3’α−チューブリン特異的オリゴプライマーZC17,574(配列番号26)又は3’G3PDH特異的オリゴプライマーZC17,600(配列番号27)を用いて、十分な長さのαチューブリン又はG3PDH cDNAを増幅するために、標準のPCR方法を用いて達成し;そして(3)サンプルを、可能なリボソーム又はミトコンドリアDNA汚染について調べるために配列決定に送った。
【0507】
パネルを、ヒトゲノムのDNA(Clontech, Palo, Alto, CA)陽性対照サンプルを含む96−ウェル形式において組みたてた。個々のウェルは約0.2〜100pg/μlのcDNAを含んだ。PCR反応を、オリゴZC38,065(配列番号77)及びZC38,068(配列番号78)、Takara Ex TaqTM (TAKARA Shuzo Co. LTD, Biomedicals Group, Japan), 及びRadiload 色素(Research Genetics, Inc., Huntsville, AL)を用いて組みたてた。増幅を次の通りに行った:94℃で5分(1サイクル);94℃で30秒(5サイクル);94℃で30秒、56℃で30秒及び72℃で30秒(35サイクル)、続いて72℃で5分(1サイクル)。
【0508】
約10μlのPCR反応生成物を、4%アガロースゲルを用いての標準のアガロースゲル電気泳動にゆだねた。正しい推定されるDNAフラグメントサイズを、脳、CD90+細胞、樹状突起、胚、MEWt#2、Tuvak−前立腺細胞系、唾液腺、皮膚及び精巣において観察した。
皮膚及び精巣についてのDNAフラグメントを切除し、そしてGel Extractionキット(Qiagen, Chatsworth, CA)を用いて、製造業者の説明書に従って精製した。フラグメントを、それらが実際、zcytor17であることを示すために、配列決定により確かめた。
【表8】
例 23.同時定量的 RT/PCR を用いての種々の組織における zcytor17 発現
A.定量的 RT − PCR のためのプライマー及びプローブ:
ABI PRISM7700 Sequence Detection System (PE Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA) を用いて同時定量的RT−PCRは、これまでに記載されている(Heid, C.A. など., Genome Research 6: 986−994, 1996; Gibson, U.E.M. など., Genome Research 6:995−1001; Sundaresan, S. など., Edocrinology 139: 4756−4764, 1998を参照のこと)。
【0509】
この方法は、レポーター及び消光剤蛍光色素の両者を含む遺伝子特異的プローブの使用を組み込む。プローブが損なわれていない場合、レポーター色素発光は、消光色素の密接した接近性のために無効にされる。追加の遺伝子−特異的前方向及び逆方向プライマーを用いてのPCR延長の間、プローブは、プローブからレポーター色素を開放するTaqポリメラーゼの5’ヌクレアーゼ活性により分解され、蛍光発光の上昇がもたらされる。
【0510】
zcytor17発現の同時定量化RT−PCR分析のために使用されるプライマー及びプローブを、プライマー企画ソフトウェアーPrimer ExpressTM (PE Applied Biosystems, Foster City, CA) を用いて企画した。ヒトzcytor17のためのプライマーを、ゲノムDNAの増幅を排除するためにイントロン−エキソン連結に及ぶよう企画した。前方向プライマー、ZC37,877(配列番号81)及び逆方向プライマー、ZC37,876(配列番号82)を、73bpの生成物を合成するために約300nMの濃度でPCR反応(下記)に使用した。ZG37,776(配列番号83)と称する、その対応するzcytor17 TaqMa(商標)プローブを合成し、そしてPE Applied Biosystemsによりラベルした。ZG37,776プローブを、レポーター蛍光色素(6−カルボキシ−フルオレセイン)(FAM)(PE Applied Biosystems)により5’末端で、及び消光剤蛍光色素(6−カルボキシ−テトラメチル−ローダミン)(TAMRA)(PE Applied Biosystems)により3’末端でラベルした。
【0511】
試験されるRNAサンプルの統合性及び性質を試験するための対照として、すべてのRNAサンプル(下記)を、PE Applied Biosystems (カタログ番号4304483)から指図されたプライマー及びプローブ組を用いて、rRNAについてスクリーンした。キットは、rRNA前方向プライマー(配列番号84)、rRNA逆方向プライマー(配列番号85)、及びrRNA TaqMan(商標)プローブ(配列番号86)を含む。rRNAプローブを、レポーター蛍光色素VIC(PE Applied Biosystems)によりその5’末端で、及び消光剤蛍光色素TAMRA(PE Applied Biosystems)によりその3’末端でラベルした。そのrRNA結果はまた、内因性対照としても作用し、そして試験サンプルに見られるzcytor17 mRNA発現結果の標準化を可能にする。
【0512】
血液を何人かの匿名のドナーから採血し、そしてPBMCを単離した。次に、種々の免疫細胞サブセット(CD3+, CD4+, CD8+, CD14+, CD19+, CD45RA, CD45RO及びCD56+)を、Miltenyi BiotecからのMicrobeads 及びMagnetic Cell Separation System を用いて単離した。RNAを、RNeasy MidiprepTM キット(Qiagen,Valencia, CA)を用いて、製造業者の説明書に従って、それらの休止状態におけるCD45RA,CD45RO及びCD56+集団のすべてから調製した。CD3+,CD4+及びCD8+集団を、200ng/mlのプレート結合された抗−CD3抗体及び5μg/mlの可溶性抗−CD28抗体を用いて活性化し、そして細胞を、0,4及び16時間でのRNA単離のために集めた。
【0513】
CD19+サンプルを、ヒト扁桃から単離し、そして0.5μg/mlのイノマイシン及び10ng/mgのPMAにより活性化した。次に、細胞を、0, 4及び24時間で集め、そしてRNAを単離した。ヒトCD14+単球を、0.1μg/mlのLPS又は1.0μg/mlのLPSのいずれかにより20時間、活性化した。次に休止の及び活性化細胞を集め、そしてRNAを単離した。さらに、RNAを、休止の及び活性化された(10.0μg/mlのLPS)ヒト単球細胞系HL−60、THP−1(ATTC No. TIB−202)及びU937から単離した。THP−1 RNAを、それは、ノザンブロットによりzcytor17を発現することが示されているので(例3)、対照として使用した。
【0514】
B.同時定量性 RT − PCR:
zcytor17 mRNAの相対的レベルを、1−段階RT−PCR方法(PE Applied Biosystems)を用いて、全RNAサンプルを分析することによって決定した。zcytor17を発現するTHP−1細胞からの全RNAを、標準方法により単離し、そして定量化のために使用される標準曲線を生成するために使用した。曲線は、rRNAスクリーンについて0.25〜0.00025ng/μl、及びzcytor17スクリーンについて250〜0.25ng/μlの一連の10倍希釈から成り、そして個々の標準曲線点は、三重反復して分析された。ヒト細胞からの全RNAサンプルをまた、ヒトzcytor17転写体レベル及び内因性対照としてのrRNAのレベルについて三重反復して分析した。
【0515】
25μlの合計体積においては、個々のRNAサンプルを、次のものを含む1−段階RT−PCR反応にゆだねた:緩衝液A(50mMのKCl、10mMのトリス−HCl)中、約50ngの全RNA;適切なプライマー(rRNAサンプルのための約50nMのrRNAプライマー(配列番号84及び85)及びzcytor17サンプルのための約300nMのZC37,877(配列番号81)及びZC22,276(配列番号87)プライマー);適切なプローブ(rRNAサンプルのための約50nMのrRNA TaqMan(商標)プローブ(配列番号86)及びzcytor17サンプルのための約100nMのZG37,776(配列番号83)プローブ);5.5mMのMgCl2;300μMの個々のd−CTP, d−ATP及びd−GTP, 及び600μMのd−UTP; MuLv逆転写酵素(0.25U/μl);AmpliTaqTM Gold DNAポリメラーゼ(0.025Uμl)(PE Applied Biosystems);及びRNアーゼインヒビター(0.4U/μl)(PE Applied Biosystems)。PCR熱サイクリング条件は次の通りであった:48℃で30分間の1つのサイクルの初期逆転写(RT)段階;続いて、95℃で10分間のAmpliTaq GoldTM (PE Applied Biosystems) 活性化段階;続いて、95℃で15秒間及び60℃で1分間の40サイクルの増幅。
【0516】
相対的zcytor17 RNAレベルを、製造業者PE Biosystems (User Belletin #2: ABI Prism 7700 Sequence Detection System, Relative Quantitation of Gene Expression, December 11, 1997) により記載されるような標準曲線方法を用いて決定した。rRNA測定値を用いて、zcytor17レベルを標準化した。前述のことを試験する3種の実験を行った。下記表9及び10に示されるデータは、rRNAに対するzcytor17 mRNAの比である。
【0517】
【表9】
【0518】
【表10】
【0519】
末梢血液からの休止CD19+B細胞にzcytor17メッセージのいくらの発現が存在するが、ヒト扁桃から単離された、休止の及び活性化されたCD19+B細胞は最少の発現のみを示した。休止記憶T細胞(CD45RO)、生来のT細胞(CD45RA)及びNK細胞(CD56+)はすべて、zcytor17メッセージについて陰性であることが試験された。しかしながら、CD3+T細胞においては、zcytor17メッセージは、抗−CD3及び抗−CD28抗体による4時間の活性化に続いて、約0.72の比率への劇的なアップレギュレーションを受けた。次に、その比率は、活性化後、16時間までに0.51に低下した。活性化の前、zcytor17 mRNAは、休止CD3+T細胞においては検出されなかった。
【0520】
前記結果は、zcytor17が休止CD4+又はCD8+T細胞サブセットにおいて適切なレベルで存在しなかったことを示した。抗−CD3及び抗−CD28抗体による4時間の活性化に続いて、CD+及びCD8+T細胞サブセットの両者において生成されるzcytor17メッセージの実質的なアップレギュレーションが存在するように思える。活性化の16時間後までに、zcytor17 mRNAは、CD4+T細胞において0.41に、及びCD8+T細胞において0.13に低下した。
【0521】
休止及び活性化された単球細胞系THP−1及びU937の両者において、zcytor17メッセージの非常に高い発現が存在した。HL−60、すなわち前−分化された単球細胞系は、活性化に基づくzcytor17 mRNA発現の低下を示した。それらの結果は、ノザンブロットにより行われる発現結果(例2)を支持する。休止の、及び0.1μg/ml及び1.0μg/mlのLPSにより活性化された−次CD14+単球においては、zcytor17メッセージの非常に低い発現が存在した。
前述から、本発明の特定の態様が例示の目的のために本明細書において記載されて来たが、種々の修飾が本発明の範囲内で行われ得ることが理解されるであろう。
【図面の簡単な説明】
【図1】図1は、zcytor17ポリヌクレオチド配列の配列番号46,18,54,2及び22の複数の一列整列である。
【図2】図2は、ヒトzcytor17(ZCYTOR)(配列番号54)及びマウスzcytor17(M17R−O)(配列番号57)の一列整列である。それらの2種の配列間では、同一の残基(:)、保存された残基(.)及びギャップ(..)が示される。
Claims (32)
- (a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;
(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;
(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び
(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;
からである、アミノ酸残基の配列を含んで成る単離されたポリヌクレオチド。 - (a)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号851の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;
(b)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号1727の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;
(c)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号1799の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;
(d)ヌクレオチド番号1800〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;
(e)ヌクレオチド番号1791〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;
(f)ヌクレオチド番号228〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;
(g)ヌクレオチド番号219〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;
(h)ヌクレオチド番号171〜ヌクレオチド番号2366の配列番号1に示されるようなポリヌクレオチド;
(i)ヌクレオチド番号162〜ヌクレオチド番号2108の配列番号45に示されるようなポリヌクレオチド;及び
(j)上記(a)〜(i)に対して相補的なポリヌクレオチド配列;
の群からの配列を含んで成る単離されたポリヌクレオチド。 - 前記ポリペプチドがさらに、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインを含んで成る請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
- 前記ポリペプチドがさらに、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインを含んで成る請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドが、細胞増殖、レポーター遺伝子の転写の活性化により測定されるような活性を有し、又はさらに、抗体に結合し、
ここで前記抗体が、
(a)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;
(b)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;
(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;
(d)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;
(e)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
(f)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;
(g)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
(h)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;及び
(i)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
から成る群からのアミノ酸の配列を含んで成るポリペプチドに対して生ぜしめられ、そして
前記単離されたポリペプチドへの前記抗体の結合が、生物学的又は生化学的アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ−沈殿、ウェスターンブロット又は酵素連結されたイムノソルベントアッセイにより測定される請求項1記載の単離されたポリヌクレオチド。 - 次の作用可能に連結された要素:
転写プロモーター;
アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列、又はアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列を含んで成るポリペプチドをコードするDNAセグメント;及び
転写ターミネーターを含んで成り、
ここで前記プロモーターが前記DNAセグメントに作用可能に連結され、そして前記DNAセグメントが前記転写ターミネーターに作用可能に連結されることを特徴とする発現ベクター。 - 前記DNAセグメントに作用可能に連結される分泌シグナル配列をさらに含んで成る請求項6記載の発現ベクター。
- 請求項7記載の発現ベクターを含んで成る培養された細胞であって、前記DNAセグメントによりコードされるポリペプチドを発現する細胞。
- 前記DNAセグメントが、アミノ酸番号20(Ala)〜227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;又はアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列を含んで成るポリペプチド;及び
転写ターミネーターをコードし、
ここで前記プロモーター、DNAセグメント及びターミネーターが作用可能に連結される請求項6記載の発現ベクター。 - 前記DNAセグメントに作用可能に連結される分泌シグナル配列をさらに含んで成る請求項9記載の発現ベクター。
- 前記ポリペプチドがさらに、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインを含んで成る請求項9記載の発現ベクター。
- 前記ポリペプチドがさらに、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)、又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインを含んで成る請求項9記載の発現ベクター。
- 請求項9記載の発現ベクターを導入されている培養された細胞であって、前記DNAセグメントによりコードされる可溶性受容体ポリペプチドを発現する細胞。
- 融合タンパク質をコードするDNA構造体であって、
(a)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号19(Ala)の配列番号2のアミノ酸配列;
(b)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号32(Ala)の配列番号54のアミノ酸配列;
(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2のアミノ酸配列;
(d)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2のアミノ酸配列;
(e)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2のアミノ酸配列;
(f)アミノ酸番号520(Ile)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2のアミノ酸配列;
(g)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2のアミノ酸配列;
(h)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46のアミノ酸配列;
(i)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2のアミノ酸配列;及び
(j)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46のアミノ酸配列:
から成る群から選択されたアミノ酸残基の配列を含んで成るポリペプチドをコードする第1DNAセグメント;及び
追加のポリペプチドをコードする少なくとも1つの他のDNAセグメントを含んで成り、ここで前記第1及び他のDNAセグメントが読み取り柄を整合して連結され;そして前記第1及び他のDNAセグメントが前記融合タンパク質をコードすることを特徴とするDNA構造体。 - 次の作用可能に連結された要素:
転写プロモーター;
請求項14記載の融合タンパク質をコードするDNA構造体;及び
転写ターミネーターを含んで成り、
ここで前記プロモーターが前記DNA構造体に作用可能に連結され、そして前記DNA構造体が前記転写ターミネーターに作用可能に連結されることを特徴とする発現ベクター。 - 請求項15記載の発現ベクターを含んで成る培養された細胞であって、前記DNA構造体によりコードされるポリペプチドを発現する細胞。
- 融合タンパク質の生成方法であって、
請求項16記載の細胞を培養し;そして
前記細胞により生成されるポリペプチドを単離することを含んで成る方法。 - (a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(c)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(d)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(e)アミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;
(f)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(g)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列;
(h)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;及び
(i)アミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46に示されるようなアミノ酸配列:
から成る群からのアミノ酸残基の配列を含んで成る単離されたポリペプチド。 - 前記ポリペプチドがさらに、配列番号2の残基520(Ile)〜543(Leu)から成るトランスメンブランドメインを含んで成る請求項18記載の単離されたポリペプチド。
- 前記ポリペプチドがさらに、配列番号2の残基544(Lys)〜732(Val)又は配列番号46の残基544(Lys)〜649(Ile)から成る細胞内ドメインを含んで成る請求項18記載の単離されたポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、細胞増殖、レポーター遺伝子の転写の活性化により測定されるような活性を有し、又はさらに、抗体に結合し、
ここで前記抗体が、
(a)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;
(b)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;
(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;
(d)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;
(e)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
(f)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;
(g)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
(h)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;及び
(i)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド:
から成る群からのアミノ酸の配列を含んで成るポリペプチドに対して生ぜしめられ、そして
前記単離されたポリペプチドへの前記抗体の結合が、生物学的又は生化学的アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ、ラジオイムノ−沈殿、ウェスターンブロット又は酵素連結されたイムノソルベントアッセイにより測定される請求項18記載の単離されたポリペプチド。 - ポリペプチドの生成方法であって、
請求項8記載の細胞を培養し;そして
前記細胞により生成されるポリペプチドを単離することを含んで成る方法。 - (a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(c)配列番号18に示されるようなアミノ酸配列;及び
(d)配列番号22に示されるようなアミノ酸配列の群からのアミノ酸セグメントを含んで成り、ここで前記ポリペプチドが、造血受容体により通常会合されるトランスメンブラン及び細胞内ドメインを実質的に有さないことを特徴とする単離されたポリペプチド。 - ポリペプチドの生成方法であって、
請求項13記載の細胞を培養し;そして
前記細胞により生成されるポリペプチドを単離することを含んで成る方法。 - ポリペプチドに対する抗体の生成方法であって、
(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)の配列番号2におけるアミノ酸の連続配列を含んで成る、9〜713個のアミノ酸から成るポリペプチド;
(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)の配列番号46におけるアミノ酸の連続配列を含んで成る、9〜630個のアミノ酸から成るポリペプチド;
(c)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)を含んで成るポリペプチド;
(d)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)を含んで成るポリペプチド;
(e)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号543(Leu)を含んで成るポリペプチド;
(f)配列番号2のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;
(g)配列番号46のアミノ酸番号544(Lys)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
(h)配列番号2のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;
(i)配列番号46のアミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
(j)配列番号2のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号732(Val)を含んで成るポリペプチド;
(k)配列番号46のアミノ酸番号1(Met)〜アミノ酸番号649(Ile)を含んで成るポリペプチド;
(l)配列番号2のアミノ酸残基43〜48を含んで成るポリペプチド;
(m)配列番号2のアミノ酸残基157〜162を含んで成るポリペプチド;
(n)配列番号2のアミノ酸残基158〜163を含んで成るポリペプチド;
(o)配列番号2のアミノ酸残基221〜226を含んで成るポリペプチド;及び
(p)配列番号2のアミノ酸残基426〜431を含んで成るポリペプチド;
の群からのポリペプチドにより動物を接種し、ここで前記ポリペプチドが、抗体を生成するために動物において免疫応答を誘発し;そして
前記動物から抗体を単離することを含んで成る方法。 - 配列番号2又は46のポリペプチドに対して特異的に結合する請求項25記載の方法により生成される抗体。
- 前記抗体が、モノクローナル抗体である請求項26記載の抗体。
- 請求項18、19、20又は21のいずれか1項記載のポリペプチドに対して特異的に結合する抗体。
- サイトカイン受容体タンパク質のモジュレータ−の存在を、試験サンプルにおいて検出する方法であって、
請求項9記載の発現ベクターを導入されている細胞を培養し、ここで前記細胞が試験サンプルの存在及び不在下でDNAセグメントによりコードされるタンパク質を発現し;
生物学的又は生化学的アッセイにより、試験サンプルの存在及び不在下でのタンパク質の活性のレベルを比較し;そして
試験サンプルにおけるモジュレーターの存在を、前記比較から決定する;
ことを含んで成る方法。 - 試験サンプル内のサイトカイン受容体リガンドの検出方法であって、
(a)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号227(Pro)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(b)アミノ酸番号20(Ala)〜アミノ酸番号519(Glu)の配列番号2に示されるようなアミノ酸配列;
(c)配列番号18に示されるようなアミノ酸配列;及び
(d)配列番号22に示されるようなアミノ酸配列;
の群からのアミノ酸配列を含んで成るポリペプチドと試験サンプルとを接触せしめ;そして
前記サンプルにおけるリガンドへの前記ポリペプチドの結合を検出することを含んで成る方法。 - 前記ポリペプチドが、培養された細胞内に膜結合され、そして前記検出段階が培養された細胞における生物学的応答を測定することを含んで成る請求項30記載の方法。
- 前記生物学的応答が、細胞増殖又はレポーター遺伝子の転写の活性化である請求項31記載の方法。
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