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JP2003518920A - 新規なヒト遺伝子および遺伝子発現産物 - Google Patents

新規なヒト遺伝子および遺伝子発現産物

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Publication number
JP2003518920A
JP2003518920A JP2001508340A JP2001508340A JP2003518920A JP 2003518920 A JP2003518920 A JP 2003518920A JP 2001508340 A JP2001508340 A JP 2001508340A JP 2001508340 A JP2001508340 A JP 2001508340A JP 2003518920 A JP2003518920 A JP 2003518920A
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JP
Japan
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sequence
seq
polynucleotide
gene
sequences
Prior art date
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Withdrawn
Application number
JP2001508340A
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English (en)
Inventor
ルイス ティー． ウィリアムズ，
ジェイム エスコベド，
マイケル エイ． イニス，
パブロ ドミンゲズ ガルシア，
ジュリー クリンガー，
アルタフ カッサム，
クリストフ レインハード，
フィリッポ ランダッゾ，
グイリア シー． ケネディー，
デイビッド ポット，
ジョージ ランソン，
ラドジェ ダーマナック，
ラドマー カーケンヤコフ，
スネザナ ダーマナック，
マーク ディクソン，
イヴァン ラバット，
ディナ レシュコウィティズ，
デイビッド キタ，
ベロニカ ガルシア，
リー ウィリアム ジョーンズ，
バージット ストラチェ−クレイン，
Original Assignee
カイロン コーポレイション
ハイセク インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by カイロン コーポレイション, ハイセク インコーポレイテッド filed Critical カイロン コーポレイション
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    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
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Abstract

(57)【要約】 本発明は、新規なポリヌクレオチドを提供する。本発明は、タンパク質ファミリーの新規なメンバー、および正常細胞と比較して癌細胞において示差的に発現されるポリヌクレオチド、および正常細胞または非転移性癌細胞と比較して転移性癌細胞において示差的に発現されるポリヌクレオチドをさらに提供する。本発明はまた、哺乳動物細胞の癌状態と相関する示差的に発現された遺伝子を検出する方法を提供し、この方法は、癌であると疑われている細胞由来の試験サンプルにおいて、少なくとも１つの示差的に発現した遺伝子産物を検出する工程を包含する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （発明の分野） 本発明は、ヒト起源の新規なポリヌクレオチドおよびそのコードされる遺伝子
産物に関する。
【０００２】 （発明の背景） 新規なポリヌクレオチド、特に発現される遺伝子産物をコードするポリヌクレ
オチドの同定は、薬物発見、診断技術、ならびに癌のような複雑な疾患の進行お
よび性質の理解の進歩において重要である。疾患の状態または病期、発生の段階
、種々の環境因子への曝露、起源の組織、組織が単離される種などが異なる供給
源から単離された異なる細胞型において発現される遺伝子の同定は、これらの種
々の差異と関連する表現型を担う遺伝的因子を同定する鍵である。
【０００３】 本発明は、新規なヒトポリヌクレオチド、これらのポリヌクレオチドによって
コードされるポリペプチド、ならびにこれらの新規なポリヌクレオチドに対応す
る遺伝子およびタンパク質を提供する。
【０００４】 （発明の要旨） 本発明は、新規なヒトポリヌクレオチドおよびそれらの改変体、それらのコー
ドするポリペプチドおよびそれらの改変体に、これらのポリヌクレオチドに対応
する遺伝子に、ならびにこれらの遺伝子によって発現されるタンパク質に関する
。本発明はまた、このような新規なヒトポリヌクレオチド、それらの対応する遺
伝子、または遺伝子産物を含有する診断薬および治療薬（プローブ、アンチセン
スヌクレオチド、および抗体を含む）に関する。本発明のポリヌクレオチドは、
配列番号１〜３３５１のうちの少なくとも１つの配列情報を含むポリヌクレオチ
ドに対応する。
【０００５】 本発明の種々の局面および実施形態は、本明細書中に提供される記載を読む際
に当業者に容易に明らかである。
【０００６】 （発明の詳細な説明） 本発明は、開示されたヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドに、全長
ｃＤＮＡ配列、ｍＲＮＡゲノム配列、ならびにこれらの配列に対応する遺伝子お
よびそれらの縮重改変体に、ならびに本発明のポリヌクレオチドによってコード
されるポリペプチドおよびポリペプチド改変体に関する。
【０００７】 ポリペプチド改変体は、野生型タンパク質の生物学的活性を増強するか、付加
するか、または減少するかのいずれかである１つ以上のアミノ酸置換を有する点
で野生型とは異なる。
【０００８】 本明細書中に開示されたポリペプチドのうちの６つは、ＭＫＫキナーゼファミ
リーの新規のメンバーをコードする；このコード領域は、括弧中のヌクレオチド
領域内に見出される：配列番号２９（ヌクレオチド２９５−４２１）；配列番号
３１（２９８−３９７）；配列番号１９６（３７−３２２）；配列番号３１７５
（ヌクレオチド１４−１６４）；配列番号３１９０（２２９−３９０）；および
配列番号３２８１（１５−１８２）。ポリペプチドのうちの２４個は、塩基性領
域およびロイシンジッパーを有する転写因子タンパク質のファミリーの新規のメ
ンバーをコードする：配列番号４１０（４２−１９１）；配列番号５５２（１１
６−２８８）；配列番号７６８（１１６−２８８）；配列番号８２２（１０８−
２６２）；配列番号８３６（１５８−３５３）；配列番号１２８８（７３−２３
４）；配列番号１３６５（６９−２５７）；配列番号１５４０（２８９−４７１
）；配列番号１５４９（２００−３９１）；配列番号１５５６（１６３−３５４
）；配列番号１５５７（２０７−３９８）；配列番号１５６３（１０７−２９８
）；配列番号１６２２（１８０−３６５）；配列番号１６３０（１００−２９１
）；配列番号１７０４（１８４−３７２）；配列番号１８０８（３６−１６１）
；配列番号１４５４（４９−２０９）；配列番号２３６３（４８−２１１）；配
列番号２４２４（４３−１９４）；配列番号３１４７（１９０−３６９）；配列
番号３１５２（１２９−３２０）；配列番号３１５８（１６７−３３４）；およ
び配列番号３２０８（３４−２５６）。
【０００９】 配列番号１８６（１７５−３９５）；２５９１（６０−１６５）；３３０７（
４３−３２１）；および３３３９（９４−３４２）は、ＳＨ２ドメインを有する
ポリペプチドをコードし、そして配列番号２３４（２３−１２１）、１８３２（
１８−１７３）、および１８３５（５７−２０６）は、ＳＨ３ドメインを有する
ポリペプチドをコードする。９つのポリペプチドは、Ａｎｋ反復領域を有するタ
ンパク質のファミリーの新規のメンバーをコードする：配列番号１８７（３５８
−４３２）；配列番号１２６８（２３８−３１５）；配列番号１８０４（３０１
−３７８）；配列番号１８１９（２７８−３５５）；配列番号１８３９（２２４
−３０７）；配列番号１８３０（１８４−２６７）；配列番号２５６２（１８−
１０１）；配列番号３０１５（１３１−２１４）；および配列番号３２６７（９
７−１８０）。
【００１０】 以下の１１個のポリヌクレオチドは、Ｃ２Ｈ２型ジンクフィンガーを有するポ
リペプチドをコードする：配列番号３０８（１１０−１７２）；８０７（３３９
−３９２）；１３２４（２９４−３５６）；１５０３（１５４−２１６）；１５
２７（１５６−２１２）；１６７４（１９６−２５８）；１７７９（６４−１２
６）；１８０１（２９５−３５１）；３０８１（１９０−２５２）；３１９３（
２９３−３５５）；および３３０６（１６１−２２３）。８個のポリヌクレオチ
ドは、ＡＴＰａｓｅのファミリーのポリペプチドをコードする：配列番号４３１
（７１−４２８）；６３９（１５７−５６１）；２１３５（２−４０１）；２６
８４（９−４６１）；２８５９（１００−３２０）；３１７８（４５−３８６）
；３１９７（２８１−３４３）および３２６６（８−１３９）。ＩＩＩ型フィブ
ロネクチンドメインを有するポリペプチドは、配列番号７４６（２０９−４２７
）および１１９２（１８６−４１６）によってコードされる。ＥＦハンドドメイ
ンを有するポリペプチドは、配列番号８２０（３４１−４０６）；１７５５（２
８１−３６７）および３２８５（１６−１０２）によってコードされる。プロテ
インキナーゼファミリーの６つのポリペプチドは、配列番号１１５７（４１−４
４４）；１４７８（５４−４３７）、１４９６（２４１−５２０）；２２８６（
１２−１８２）；２９６９（５−３８７）；および３１９０（１１８−３９０）
によってコードされる。
【００１１】 ＬＩＭドメイン含有ポリペプチドは、配列番号１２６９（７９−２４０）；１
３０９（２４８−４０４）；１３６０（２２２−３７７）；および１３８６（２
４３−３９８）によってコードされる。Ｃ２ドメイン（プロテインキナーゼＣ様
）を有するファミリーの２つのポリペプチドは、配列番号１３２５（１−２３４
）および２２８２（１８３−３５３）によってコードされる。ＷＤドメイン、Ｇ
−β反復モチーフを有するポリペプチドは、配列番号１３３６（６６−１６４）
；１３８０（４２−１４０）；１７１１（２６３−３６１）；１７６２（２３６
−３３４）；１９０９（１６０−２５８）；２２１８（１２７−２２５）；３０
４７（１９１−２９２）；３１０８（２７５−３６７）および３２９２（２０８
−３００）によってコードされる。
【００１２】 配列番号１４１０（２２２−３５０）は、トリプシンファミリーのメンバーを
コードする。配列番号１４１７（８−３５４）；２２８１（２０−３８７）およ
び２３１０（２０−３７１）は、プロテインチロシンホスファターゼファミリー
のメンバーをコードする。配列番号１４６４（４−１８０）および１５１４（２
−２５２）は、ＲＮＡ認識モチーフ（ＲＲＭ、ＲＢＤ、またはＲＮＰドメインと
しても公知である）を有するファミリーのメンバーをコードする。配列番号１４
９６（２４１−５２０）および３２９７（７−１５３）は、保存されたＣ末端ド
メインを有するヘリカーゼをコードする。配列番号１５３８（９−６３５）は、
発達シグナル伝達タンパク質のｗｎｔファミリーのメンバーをコードする。
【００１３】 ３つのポリヌクレオチドは、ホメオボックスドメインを有するポリペプチドを
コードする：配列番号１６７６（９−８６）；１８２０（１２３−２９９）；お
よび１８２１（１２７−３０３）。新規なチオレドキシンは、配列番号１６７７
（３１６−３６９）によってコードされる。ｒａｓファミリーの２つの新規なメ
ンバーは、配列番号１６８８（１０９−４１０）および３２５８（１３８−３９
４）によってコードされる。ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼ
Ｃ Ｙドメインを有する新規なポリペプチドは、配列番号１７０７（９２−４３
９）によってコードされる。新規なセリンカルボキシペプチダーゼは、配列番号
１７４４（２３８−４３３）によってコードされる。ＥｔｓドメインにおいてＮ
末端相同性を有する新規なポリペプチドは、配列番号１８１１（１８４−３１５
）によってコードされる。ブロモドメインを有する新規なポリペプチドは、配列
番号１８１４（１２７−２９４）によってコードされる。二本鎖ＲＮＡ結合モチ
ーフを有する新規なポリペプチドは、配列番号１８１８（９−１４６）によって
コードされる。Ｇタンパク質αサブユニットを有する新規なポリペプチドは、配
列番号１８４６（１２−３９８）によってコードされる。
【００１４】 配列番号１９１１（３５−１５１）および１９８０（６０−１９７）は、Ｃ３
ＨＣ４型ジンクフィンガードメイン（ＲＩＮＧフィンガー）を有するポリペプチ
ドをコードする。配列番号２０６５（２５３−３０６）は、ＣＣＨＣジンクフィ
ンガードメインを有するポリペプチドをコードする。配列番号２２１６（９０−
１７９）は、ＷＷ／ｒｓｐ５／ＷＷＰドメインを有するポリペプチドをコードす
る。配列番号２４２８（２５−３５０）は、触媒ドメインを有する二重特異性ホ
スファターゼファミリーのポリペプチドメンバーをコードする。
【００１５】 配列番号２５７７（０−３１１）；３１８３（１４−２１５）；および３１９
５（０−２１５）は、４回膜貫通セグメント内在性膜タンパク質ファミリーのメ
ンバーをコードする。配列番号２８２６（１１６−４００）および２８７１（１
９８−３９２）は、ＤＥＡＤおよびＤＥＡＨボックスヘリカーゼファミリーのポ
リペプチドをコードする。配列番号２９４４（１８−２８１）は、カルパインラ
ージサブユニット（ドメインＩＩＩ）を有するポリペプチドをコードする。
【００１６】 配列番号３２７４（１１−１８７）は、フォークヘッドドメインを有する真核
生物転写因子をコードする。配列番号３３４５（６５−２７１）は、ＰＤＺドメ
インを有するポリペプチドをコードし、そして配列番号３３５１（１２４−２７
０）は、ホルボールエステル／グリセロール結合タンパク質のファミリーにおけ
るポリペプチドをコードする。
【００１７】 本発明によって包含されるポリヌクレオチド組成物、全長の遺伝子産物をコー
ドするｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを得るための方法、これらのポリヌクレオチ
ドおよび遺伝子の発現、ポリヌクレオチドおよび遺伝子の構造モチーフの同定、
本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の
機能の同定、プローブとしてならびにマッピングにおいておよび組織プロファイ
リング（ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ）における提供されるポリヌクレオチドの使用、抗
体を惹起するための対応するポリペプチドおよび他の遺伝子産物の使用、ならび
に治療目的および診断目的のためのポリヌクレオチドおよびそれらのコードする
遺伝子産物の使用が以下に記載される。
【００１８】 （ポリヌクレオチド組成物） ポリヌクレオチド組成物に関する本発明の範囲としては、配列番号１〜３３５
１のうちのいずれか１つにおいて示される配列を有するポリヌクレオチド；スト
リンジェントな条件（特に高ストリンジェンシーの条件）下でのハイブリダイゼ
ーションによって本明細書中に記載される生物学的材料または他の生物学的供給
源（特にヒト供給源）から得られるポリヌクレオチド；提供されるポリヌクレオ
チドに対応する遺伝子；提供されるポリヌクレオチドおよびそれらの対応する遺
伝子の改変体、特にコードされる遺伝子産物の生物学的活性（例えば、タンパク
質ファミリーへの遺伝子産物の割当ておよび／または遺伝子産物に存在する機能
的ドメインの同定の結果として、提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子
産物に帰する生物学的活性）を保持する改変体が挙げられるが、これらに必ずし
も制限されない。本発明の範囲によっておよびその範囲内で意図される他の核酸
組成物は、本明細書中での開示が提供される場合、当業者に容易に明らかである
。組成物の核酸に関して本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド」お
よび「核酸」は、特に示されない限り、核酸の長さまたは構造に関して制限され
ることが意図されない。
【００１９】 本発明は、ヒト組織、具体的にはヒト結腸、乳房、および／または肺の組織に
おいて発現されるポリヌクレオチドを特徴とする。本発明の新規な核酸組成物は
、配列番号１〜３３５１のいずれか１つにおいて示される配列またはその同定化
配列を含む。「同定化配列」は、ポリヌクレオチド配列を独自に同定する少なく
とも約１０ｎｔ長〜約２０ｎｔ長、通常少なくとも約５０ｎｔ〜約１００ｎｔ長
の残基の連続する配列であり、例えば、約２０ｎｔを超える任意の連続性ヌクレ
オチド配列に対して、９０％未満の、通常約８０％〜約８５％未満の配列同一性
を示す。従って、本発明の新規な核酸組成物は、配列番号１〜３３５１のいずれ
か１つからの連続性ヌクレオチドの同定化配列を含む全長のｃＤＮＡまたはｍＲ
ＮＡを含む。
【００２０】 本発明のポリヌクレオチドはまた、配列類似性または配列同一性を有するポリ
ヌクレオチドを含む。配列類似性を有する核酸は、低いストリンジェンシー条件
下、例えば、５０℃および１０×ＳＳＣ（０．９Ｍ 生理食塩水／０．０９Ｍ
クエン酸ナトリウム）でのハイブリダイゼーションによって検出され、そして１
×ＳＳＣ中５５℃での洗浄に供される場合、結合を保持する。配列同一性は、ス
トリンジェントな条件下、例えば、５０℃以上および０．１×ＳＳＣ（９ｍＭ
生理食塩水／０．９ｍＭ クエン酸ナトリウム）でのハイブリダイゼーションに
よって決定され得る。ハイブリダイゼーション方法および条件は、当該分野にお
いて周知であり、例えば、米国特許第５，７０７，８２９号を参照のこと。提供
されるポリヌクレオチド配列に実質的に同一である核酸、例えば、対立遺伝子改
変体、遺伝子の遺伝的に変化したバージョンなどは、ストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件下で、提供されるポリヌクレオチド配列（配列番号１〜３
３５１）に結合する。プローブ、特にＤＮＡ配列の標識化プローブを使用するこ
とによって、相同な遺伝子または関連の遺伝子を単離し得る。相同な遺伝子の供
給源は、任意の種、例えば、霊長類、特にヒト：げっ歯類（例えば、ラットおよ
びマウス）；イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ、酵母、線虫などであり得る。
【００２１】 好ましくは、ハイブリダイゼーションは、配列番号１〜３３５１のうちの少な
くとも１つの少なくとも１５の連続なヌクレオチド（ｎｔ）を使用して行われる
。すなわち、開示される配列番号のうちの１つの少なくとも１５の連続なｎｔが
プローブとして使用される場合、プローブは相補的な配列を含有する核酸と優先
的にハイブリダイズし、選択されたプローブに独自にハイブリダイズする核酸の
同定および回収を可能にする。１より多くの配列番号からのプローブは、それら
が由来するｃＤＮＡが１つのｍＲＮＡに対応する場合、同じ核酸とハイブリダイ
ズし得る。１５ｎｔを超えるプローブ、例えば、約１８ｎｔ〜約１００ｎｔのプ
ローブが使用され得るが、１５ｎｔは独自の同定について十分な配列であること
を示す。
【００２２】 本発明のポリヌクレオチドはまた、ヌクレオチド配列の天然に存在する改変体
（例えば、縮重改変体、対立遺伝子改変体など）を含む。本発明のポリヌクレオ
チドの改変体は、本明細書中に開示されるヌクレオチド配列と推定の改変体との
ハイブリダイゼーションによって、好ましくはストリンジェントな条件下でのハ
イブリダイゼーションによって同定される。例えば、適切な洗浄条件を使用する
ことによって、本発明のポリヌクレオチドの改変体は、対立遺伝子改変体が、選
択されるポリヌクレオチドプローブに対して多くとも約２５〜３０％の塩基対（
ｂｐ）不適正を示す場合に同定され得る。一般に、対立遺伝子改変体は、１５〜
２５％ｂｐ不適正を含み、そしてわずか５〜１５％、または２〜５％、または１
〜２％ｂｐの不適正、ならびに単一ｂｐの不適正を含み得る。
【００２３】 本発明はまた、配列番号１〜３３５１のポリヌクレオチドに対応するホモログ
を包含し、ここで相同な遺伝子の供給源は、任意の哺乳動物種、例えば、霊長類
、特にヒト；げっ歯類（例えば、ラット）；イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ、
酵母、線虫などであり得る。哺乳動物種間（例えばヒトとマウス）で、ホモログ
は一般に、実質的な配列類似性、例えば、ヌクレオチド配列間に少なくとも７５
％、通常少なくとも９０％、より通常少なくとも９５％の配列同一性を有する。
配列類似性は、参照配列に基づいて算定され、参照配列は保存されるモチーフ、
コード領域、隣接領域などのような、より長い配列のサブセットであり得る。参
照配列は通常、少なくとも約１８の連続するｎｔ長、より通常には少なくとも約
３０ｎｔ長であり、そして比較されている完全な配列に伸長され得る。配列分析
についてのアルゴリズムは、当該分野において公知である（例えば、Ａｌｔｓｃ
ｈｕｌら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９０）２１５：４０３−１０において
記載されるＢＬＡＳＴ）。
【００２４】 一般に、本発明の改変体は、少なくとも約６５％、好ましくは少なくとも約７
５％、より好ましくは少なくとも約８５％を超える配列同一性を有し、そして少
なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、または９６％、
最も好ましくは９７％、９８％または９９％を超え得る。本発明の目的のために
、パーセント同一性を算定する好ましい方法は、以下を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗ
ａｔｅｒｍａｎアルゴリズムである。全体的なＤＮＡ配列同一性は、以下の検索
パラメーター：ギャップオープンペナルティー（ｇａｐ ｏｐｅｎ ｐｅｎａｌ
ｔｙ）、１２；およびギャップ伸長ペナルティー（ｇａｐ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ
ｐｅｎａｌｔｙ）、１を用いるアフィンギャップ（ａｆｆｉｎｅ ｇａｐ）検
索を使用して、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）
において実行されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズ
ムによって決定される場合、６５％を超えなければならない。
【００２５】 本発明の核酸は、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ、ならびにそれらのフラグメン
ト、特に生物学的に活性な遺伝子産物をコードするフラグメントおよび／または
本明細書中で開示される方法において有用（例えば、診断において、目的の示差
的に発現される遺伝子の独自の識別子（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）としてなど）で
あるフラグメントであり得る。本明細書中で使用される場合、用語「ｃＤＮＡ」
は、ネイティブな成熟ｍＲＮＡ種において見出される配列エレメントの配置を共
有する全ての核酸を含むことが意図され、ここでは配列エレメントは、エキソン
、ならびに３’非コード領域および５’非コード領域である。通常ｍＲＮＡ種は
、連続するエキソンを有し、イントロンの介在を伴い、存在する場合、核ＲＮＡ
スプライシングによって除去され、本発明のポリぺプチドをコードする連続オー
プンリーディングフレームを生成する。
【００２６】 目的のゲノム配列は、列挙される配列において規定されるように、開始コドン
と終止コドンとの間に存在する核酸を含み、ネイティブな染色体に通常存在する
全てのイントロンを含む。これはさらに、成熟ｍＲＮＡにおいて見出される３’
非翻訳領域および５’非翻訳領域を含み得る。これはさらに、特異的な転写調節
配列および翻訳調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサーなど）を含み得
、転写領域の５’および３’末端のいずれかでの約１ｋｂの、しかしおそらくよ
り長い隣接ゲノムＤＮＡを含む。ゲノムＤＮＡは、１００ｋｂｐ以下のフラグメ
ントとして単離され得；そして隣接する染色体配列が実質的にない。３’および
５’のいずれかでコード領域に隣接するゲノムＤＮＡ、またはイントロンにおい
て時折見出されるような内部調節配列は、適切な組織、段階特異的な発現、また
は疾患状態特異的な発現のために必要とされる配列を含む。
【００２７】 本発明の核酸組成物は、本発明のポリぺプチドの全てまたは一部をコードし得
る。２本鎖または１本鎖フラグメントは、制限酵素消化によって、ＰＣＲ増幅な
どによって、従来の方法に従ってオリゴヌクレオチドを化学的に合成することに
よってＤＮＡ配列から得られ得る。本発明の単離されたポリヌクレオチドおよび
ポリヌクレオチドフラグメントは、配列番号１〜３３５１において示されるよう
なポリヌクレオチド配列から選択される、少なくとも約１０、約１５、約２０、
約３５、約５０、約１００、約１５０〜約２００、約２５０〜約３００、または
約３５０の連続するｎｔを含む。これらのフラグメントはまた、具体的に述べら
れた長さの中間の長さ（例えば、３５、３６、３７、３８、３９など；１５０、
１５１、１５２、１５３、１５４など）のフラグメントを含む。大部分について
、フラグメントは、少なくとも約１５ｎｔ、通常少なくとも１８ｎｔまたは２５
ｎｔ、および少なくとも約５０までの連続するｎｔ長以上である。好ましい実施
形態において、ポリヌクレオチド分子は、配列番号１〜３３５１において示され
るポリヌクレオチドからなる群より選択される少なくとも１２ｎｔの連続する配
列を含む。
【００２８】 本発明のポリヌクレオチドに特異的なプローブは、配列番号１〜３３５１にお
いて開示されるポリヌクレオチド配列を使用して作製され得る。プローブは、好
ましくは、配列番号１〜３３５１のうちの対応する連続する配列の少なくとも約
１２、１５、１６、１８、２０、２２、２４、または２５ｎｔフラグメントであ
り、そして２、１、０．５、０．１、または０．０５ｋｂ長未満であり得る。プ
ローブは化学的に合成され得るか、または制限酵素を使用してより長いポリヌク
レオチドから作製され得る。プローブは、例えば、放射性タグ、ビオチン化タグ
、または蛍光タグで標識され得る。好ましくは、プローブは、配列番号１〜３３
５１のうちの１つのポリヌクレオチドの同定化配列に基づいて設計される。より
好ましくは、プローブは、配列への低い複雑性をマスクするためのマスキングプ
ログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ）の適用後にマスクされないままである本発明
のポリヌクレオチドのうちの１つの連続する配列に基づいて設計される（すなわ
ち、マスキングプログラムによって生成されるマスクした配列のポリ−ｎストレ
ッチの外側のポリヌクレオチドによって示されるような、マスクされない領域が
選択される）。
【００２９】 本発明のポリヌクレオチドは、一般的にインタクトな染色体以外として、十分
な純度において単離され、そして得られる。通常、ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ
またはＲＮＡのいずれかとして、他の天然に存在する核酸配列を実質的に含まず
に得られ、一般に少なくとも約５０％、通常少なくとも約９０％の純度であり、
そして代表的に「組換え」であり、例えば、天然に存在する染色体では通常伴わ
ない１つ以上のヌクレオチドによって隣接される。
【００３０】 本発明のポリヌクレオチドは、直鎖状分子として、または環状分子内に提供さ
れ得、そして自律的に複製する分子（ベクター）内に、または複製配列を伴わな
い分子内に提供され得る。ポリヌクレオチドの発現は、それら自身によって、ま
たは当該分野において公知の他の調節配列によって調節され得る。本発明のポリ
ヌクレオチドは、当該分野において利用可能な種々の技術（例えば、トランスフ
ェリンポリカチオン媒介性ＤＮＡ移入、裸の核酸またはカプセル化された核酸で
のトランスフェクション、リポソーム媒介性のＤＮＡ移入、ＤＮＡコーティング
ラテックスビーズの細胞内輸送、プロトプラスト融合、ウイルス感染、エレクト
ロポレーション、遺伝子銃、リン酸カルシウム媒介性のトランスフェクションな
ど）を使用して適切な宿主細胞に導入され得る。
【００３１】 本発明の核酸組成物は、例えば、ポリペプチドを生成するために、生物学的サ
ンプル（例えば、ヒト細胞の抽出物）中の本発明のｍＲＮＡの検出のためのプロ
ーブとして、ポリヌクレオチドのさらなるコピーを作製するために、リボザイム
またはアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製するために、および１本鎖ＤＮＡ
プローブとしてかまたは３本鎖を形成するオリゴヌクレオチドとして、使用され
得る。本明細書中に記載されるプローブは、例えば、サンプル中の配列番号１〜
３３５１において示されるようなポリヌクレオチド配列またはそれらの改変体の
存在または非存在を決定するために使用され得る。これらの使用および他の使用
は、以下により詳細に記載される。
【００３２】 （全長のｃＤＮＡ、遺伝子、およびプロモーター領域を得るためのポリヌクレ
オチドの使用） 開示されるポリヌクレオチドを含有する全長ｃＤＮＡ分子は、以下のように得
られる。配列番号１〜３３５１のうちの１つの配列、または少なくとも１２、１
５、１８、または２０ｎｔを含有するそれらの部分を有するポリヌクレオチドは
、米国特許第５，６５４，１７３号において記載されるようなプローブ設計法、
クローニング法、およびクローン選択技術を使用して、ｃＤＮＡライブラリーの
ハイブリダイズするメンバーを検出するために、ハイブリダイゼーションプロー
ブとして使用される。ｃＤＮＡのライブラリーは、正常組織もしくは腫瘍組織の
ような選択された組織から、または例えば、薬剤で処置された哺乳動物の組織か
ら作製される。好ましくは、組織は、本発明のポリヌクレオチドが単離された組
織と同じ組織である。なぜなら、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドおよ
びｃＤＮＡの両方が発現される遺伝子を示すからである。最も好ましくは、ｃＤ
ＮＡライブラリーは、実施例において本明細書中に記載される生物学的材料から
作製される。ライブラリー構築のための細胞型の選択は、本発明のポリヌクレオ
チドに対応する遺伝子によってコードされるタンパク質の生体が知られた後にな
され得る。このことは、どの組織および細胞型が関連する遺伝子を発現するよう
であるかを示し、従って、ｃＤＮＡを作製するためのｍＲＮＡについての適切な
供給源を示す。実施例に記載されるように、本発明のｃＤＮＡは、特定の細胞型
または組織型から単離され、そしてこのような細胞および組織は、関連する核酸
を得るために好ましい。
【００３３】 核酸配列ライブラリーを生成およびプローブするための技術が、例えば、Ｓａ
ｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏ
ｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ
ｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹにおいて記載
される。ｃＤＮＡは、配列番号１〜３３５１からの配列に基づくプライマーを使
用することによって調製され得る。１つの実施形態において、ｃＤＮＡライブラ
リーは、ポリアデニル化ｍＲＮＡのみから作製され得る。従って、ポリ−Ｔプラ
イマーが、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを調製するために使用され得る。
【００３４】 提供されるポリヌクレオチドよりも長く、かつ好ましくはネイティブなメッセ
ージの完全なコード配列を含むライブラリーのメンバーが得られる。ｃＤＮＡ全
体が得られたことを確認するために、ＲＮＡプロテクション実験が以下のように
行われる。ｍＲＮＡへの全長ｃＤＮＡのハイブリダイゼーションは、ＲＮａｓｅ
分解からＲＮＡを保護する。ｃＤＮＡが全長でない場合、ハイブリダイズしない
ｍＲＮＡの部分はＲＮａｓｅ分解に供される。これは、当該分野において公知で
あるように、ポリアクリルアミドゲルにおける電気泳動移動度の変化によってか
、または放出されるモノリボヌクレオチドの検出によってアッセイされる。Ｓａ
ｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏ
ｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ
ｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ。部分的なｃ
ＤＮＡの末端に対して５’側のさらなる配列を得るために、５’ＲＡＣＥ（ＰＣ
Ｒ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａ
ｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、（１９９０）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ
．）が行われ得る。
【００３５】 ゲノムＤＮＡは、全長ｃＤＮＡの単離と類似の様式において、提供されるポリ
ヌクレオチドを使用して単離される。簡潔には、提供されるポリヌクレオチド、
またはその部分は、ゲノムＤＮＡのライブラリーに対するプローブとして使用さ
れる。好ましくは、ライブラリーは、本発明のポリヌクレオチドを作製するため
に使用された細胞型から得られるが、必ずしもそうである必要はない。最も好ま
しくは、ゲノムＤＮＡは、実施例において本明細書中に記載される生物学的材料
から得られる。このようなライブラリーは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、９．４〜９．
３０において詳細に記載されるように、Ｐ１またはＹＡＣのような、ゲノムの大
きなセグメントを保有するために適切なベクター中にあり得る。さらに、ゲノム
配列は、ヒトＢＡＣライブラリーから単離され得、これは例えば、Ｒｅｓｅａｒ
ｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、Ｉｎｃ．Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、Ａｌａｂａｍａ、Ｕ
ＳＡから市販されている。さらなる５’配列または３’配列を得るために、Ｓａ
ｍｂｒｏｏｋらにおいて記載されるように染色体ウォーキングが行われ、これに
よってゲノムＤＮＡの近接かつ重複するフラグメントが単離される。これらは、
制限消化酵素およびＤＮＡリガーゼを使用して、当該分野において公知であるよ
うに、マッピングされ、そしてともに継ぎ合わされる。
【００３６】 本発明のポリヌクレオチド配列を使用して、対応する全長遺伝子が、ｃＤＮＡ
ライブラリーを構築およびプローブするための古典的な方法およびＰＣＲ法の両
方を使用して単離され得る。いずれかの方法を使用して、好ましくはノーザンブ
ロットが、どの細胞株が最も高いレベルで目的の遺伝子を発現するかを決定する
ために、多くの細胞型に対して行われる。ｃＤＮＡライブラリーを構築する古典
的な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）において教示される。これらの方法を
使用して、ｃＤＮＡがｍＲＮＡから生成され得、そしてウイルスベクターまたは
発現ベクター中に挿入される。代表的に、ポリ（Ａ）テイルを含有するｍＲＮＡ
ライブラリーは、ポリ（Ｔ）プライマーを用いて生成され得る。同様に、ｃＤＮ
Ａライブラリーは、本発明の配列をプライマーとして使用して生成され得る。
【００３７】 ＰＣＲ法が、所望の挿入物を含有するｃＤＮＡライブラリーのメンバーを増幅
するために使用される。この場合において、所望の挿入物は、本発明のポリヌク
レオチドに対応する全長のｃＤＮＡ由来の配列を含む。このようなＰＣＲ法とし
ては、Ｇｒｕｂｅｒら、ＷＯ ９５／０４７４５およびＧｒｕｂｅｒら、米国特
許第５，５００，３５６号において記載されるような、遺伝子トラップ法および
ＲＡＣＥ法が挙げられる。キットは、例えば、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉ
ｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、Ｍａｒｙｌａｎｄ、ＵＳＡから遺伝子トラッ
プ実験を行うように市販されている。ＲＡＣＥの好ましい実施形態において、共
通のプライマーが、ｃＤＮＡ末端に連結される恣意的なアダプター配列にアニー
ルするように設計される（ＡｐｔｅおよびＳｉｅｂｅｒｔ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉ
ｑｕｅｓ（１９９３）１５：８９０−８９３：Ｅｄｗａｒｄｓら、Ｎｕｃ．Ａｃ
ｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９１）１９：５２２７−５２３２）。単一の遺伝子特異
的ＲＡＣＥプライマーが共通のプライマーと対合される場合、この単一の遺伝子
特異的プライマーとこの共通のプライマーとの間の配列の優先的な増幅が生じる
。ＲＡＣＥにおいて使用するために改変された市販のｃＤＮＡプールが利用可能
である。
【００３８】 遺伝子のプロモーター領域は、一般にＲＮＡポリメラーゼＩＩについての開始
部位に対して５’側に位置される。数百のプロモーター領域は、変異に感受性で
ある、「ＴＡＴＡ」ボックス（例えば、ＴＡＴＴＡまたはＴＡＴＡＡの配列）を
含む。プロモーター領域は、遺伝子のコード領域からのプライマーを使用して５
’ＲＡＣＥを行うことによって得られ得る。あるいは、ｃＤＮＡは、ゲノム配列
についてのプローブとして使用され得、そしてコード領域に対して５’側の領域
は、「ウォーキングアップ」によって同定される。遺伝子が高度に発現されるか
、または示差的に発現される場合、この遺伝子由来のプロモーターは、異種遺伝
子についての調節構築物において有用であり得る。
【００３９】 一旦、全長のｃＤＮＡまたは遺伝子が得られると、改変体をコードするＤＮＡ
は、部位特異的変異誘発によって調製され得る（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１５．３
〜１５．６３において詳細に記載される）。置換されるコドンまたはヌクレオチ
ドの選択は、変化したタンパク質構造および／または機能を達成するためのアミ
ノ酸における任意の変化に関する本明細書中の開示に基づき得る。
【００４０】 生物学的材料からＤＮＡまたはＲＮＡを得る代替の方法として、本発明の１つ
以上のポリヌクレオチドの配列を有するヌクレオチドを含有する核酸が合成され
得る。従って、本発明は、核酸分子の１５ｎｔ（配列番号１〜３３５１のうちの
１つの少なくとも１５個連続するｎｔに対応する）から１つ以上の生物学的操作
（複製および発現を含む）に適切な最大の長さにまでにわたる長さの核酸分子を
含む。本発明は、（ａ）完全な遺伝子のサイズを有し、かつ配列番号１〜３３５
１のうちの少なくとも１つを含む核酸；（ｂ）融合タンパク質の発現を許容する
ように作動可能に連結される、少なくとも１つのさらなるポリヌクレオチドまた
は遺伝子もまた含む（ａ）の核酸；（ｃ）（ａ）または（ｂ）を含有する核酸ベ
クター；（ｄ）（ａ）または（ｂ）を含有するプラスミド；ならびに（ｅ）（ａ
）または（ｂ）を含有する組換えウイルス粒子を含むが、これらに限定されない
。一旦、本明細書中に開示されるポリヌクレオチドが提供されると、（ａ）〜（
ｅ）の構築および調製は、十分に当該分野の技術の範囲内である。
【００４１】 配列番号１〜３３５１のうちの少なくともいずれか１つの少なくとも１５個連
続するｎｔを含有する核酸の配列、好ましくは配列番号１〜３３５１のうちの少
なくともいずれか１つの配列全体は、制限されず、そしてＡ、Ｔ、Ｇ、および／
もしくはＣ（ＤＮＡについて）、ならびにＡ、Ｕ、Ｇ、および／もしくはＣ（Ｒ
ＮＡについて）、またはそれらの改変された塩基（イノシンおよびプソイドウラ
シルを含む）の任意の配列であり得る。配列の選択は、所望の機能に依存し、そ
して所望のコード領域、所望のイントロン様領域、および所望の調節領域によっ
て指示され得る。配列番号１〜３３５１のうちのいずれか１つの配列全体が核酸
内にある場合、得られる核酸は、本明細書中で、配列番号１〜３３５１のうちの
いずれか１つの配列を含むポリヌクレオチドといわれる。
【００４２】 （全長ｃＤＮＡまたは全長遺伝子によりコードされるポリペプチドの発現） 提供されるポリヌクレオチド（例えば、配列番号１〜３３５１のうちの１つの
配列を有するポリヌクレオチド）、対応するｃＤＮＡ、または全長の遺伝子は、
部分的なまたは完全な遺伝子産物を発現するために使用される。配列番号１〜３
３５１の配列を有するポリヌクレオチドの構築物を、合成的に生成し得る。ある
いは、オリゴデオキシリボヌクレオチドの多数のメンバーに由来する遺伝子およ
びプラスミド全体の単工程アセンブリは、例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒら、Ｇｅｎｅ
（Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）（１９９５）１６４（１）：４９−５３によって記載さ
れる。本方法において、アセンブリＰＣＲ（オリゴデオキシリボヌクレオチド（
オリゴ）の多数のメンバーに由来する長いＤＮＡ配列の合成）が記載される。こ
の方法は、ＤＮＡシャッフリング（Ｓｔｅｍｍｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９４）
３７０：３８９−３９１）に由来し、そしてＤＮＡリガーゼに頼らないが、代わ
りにアッセンブリプロセスの間に、さらにより長いＤＮＡフラグメントを構築す
るためのＤＮＡポリメラーゼに頼る。
【００４３】 適切なポリヌクレオチド構築物は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕ
ｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版、
（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ
Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹに記載される標準的組換えＤＮＡ技術を使用
して、そしてＵｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐｔ．ｏｆ ＨＨＳ，Ｎａｔｉ
ｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ（ＮＩＨ）Ｇｕｉｄｅｌｉ
ｎｅｓ ｆｏｒ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈに記載さ
れるような現行の規則の下で、精製される。本発明のポリヌクレオチドによりコ
ードされる遺伝子産物は、任意の発現系（例えば、細菌、酵母、昆虫、両生類お
よび哺乳動物系を含む）において発現される。ベクター、宿主細胞、およびこれ
らにおける発現を得るための方法は、当該分野で周知である。適切なベクターお
よび宿主細胞は、米国特許第５，６５４，１７３号に記載される。
【００４４】 本明細書に提供されるポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子は、
一般に、ベクター中にこの分子を配置することによって増殖される。ウイルスお
よび非ウイルスベクター（プラスミドを含む）が使用される。プラスミドの選択
は、増殖が所望される細胞の型および増殖の目的に依存する。特定のベクターが
、大量の所望のＤＮＡ配列を増幅および作製するために有用である。他のベクタ
ーは、培養中の細胞における発現に適切である。さらなる他のベクターは、動物
全体またはヒトにおける細胞中での転移および発現のために適切である。適切な
ベクターの選択は、十分に当該分野の技術の範囲内である。多くのこのようなベ
クターは、市販されている。所望の配列を含むベクターを調製するための方法は
、当該分野で周知である。
【００４５】 配列番号１〜３３５１に記載のポリヌクレオチドまたはそれらの対応する全長
ポリヌクレオチドは、所望の発現特性を得るのに適切なように、調節配列に連結
される。これらは、プロモーター（センス鎖の５’末端またはアンチセンス鎖の
３’末端のいずれかで付着される）、エンハンサー、ターミネーター、オペレー
ター、リプレッサー、およびインデューサーを含み得る。プロモーターは、調節
され得るか、または構成性であり得る。いくつかの状況では、条件的活性プロモ
ーター（例えば、組織特異的または発生ステージ特異的なプロモーター）を使用
することが望まれ得る。これらは、ベクターへの連結について上述した技術を使
用して、所望のヌクレオチド配列に連結される。当該分野で公知の任意の技術が
用いられ得る。
【００４６】 任意の適切な宿主細胞または生物が、本発明のポリヌクレオチドまたは核酸を
複製し、そして／または発現させるために用いられる場合、得られた複製された
核酸、ＲＮＡ、発現されたタンパク質またはポリペプチドは、その宿主細胞また
は生物の産物として、本発明の範囲内にある。この産物は、当該分野で公知の任
意の適切な手段によって回収される。
【００４７】 選択されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子がいったん同定されると、その
発現は、その遺伝子がネイティブである細胞において調節され得る。例えば、細
胞の内因性遺伝子は、米国特許第５，６４１，６７０号に開示されるように外因
性調節配列によって調節され得る。
【００４８】 （新規遺伝子の機能的および構造的なモチーフの同定） 提供されたポリヌクレオチド、ｃＤＮＡ、または完全遺伝子のヌクレオチド配
列の翻訳が、個々の公知配列と整列され得る。個別配列との類似性が、本発明の
ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの活性を決定するために使
用され得る。また、１つより多い個別配列との類似性を呈示する配列は、個別配
列のいずれか、または両方に特徴的な活性を呈示し得る。
【００４９】 最も近縁のもののポリヌクレオチド配列の全長配列およびフラグメントは、提
供されたポリヌクレオチドに対応する全長配列を同定し、そして単離するための
プローブおよびプライマーとして使用され得る。最も近縁のものは、提供された
ポリヌクレオチドに対応する全長配列についてのライブラリーを構築するために
使用するための組織または細胞型を示し得る。
【００５０】 代表的には、選択されたポリヌクレオチドは、個別配列との最良の整列を決定
するために、６つ全てのフレームで翻訳される。配列表において本明細書中に開
示される配列は、５’から３’への方向であり、そして３つのフレームでの翻訳
は十分であり得る。これらのアミノ酸配列を、一般に、問い合わせ配列と称し、
これは、個別配列と整列される。個別配列を有するデータベースは、「Ｃｏｍｐ
ｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕ
ｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ」 Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ
（１９９６）２６６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉ
ｎｃ．ａ ｄｉｖｉｓｉｏｎ ｏｆ Ｈａｒｃｏｕｒｔ Ｂｒａｃｅ ＆ Ｃｏ
．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡに記載される。データ
ベースとしては、Ｇｅｎｂａｎｋ、ＥＭＢＬ、およびＤＮＡ Ｄａｔａｂａｓｅ
ｏｆ Ｊａｐａｎ（ＤＤＢＪ）が挙げられる。
【００５１】 問い合わせ配列および個別配列は、上記の方法およびコンピュータープログラ
ムを用いて整列され得、そしてＢＬＡＳＴ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ． ｎｌｍ．ｎｈｉ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ のワールドワイドウェブで利用可能）を含
む。別の整列アルゴリズムは、Ｆａｓｔａ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｉ
ｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）パッケージで利用可能、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃ
ｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ、Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｉｎｃ
．の完全所有子会社）である。整列のための他の技術は、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、
前出、に記載される。好ましくは、配列中のギャップを可能にする整列プログラ
ムが、配列を整列させるために利用される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎは、
配列整列中のギャップを可能にするアルゴリズムの１つのタイプである。Ｍｅｔ
ｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９７）７０：１７３−１８７を参照のこと。また
、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ整列法を用いるＧＡＰプログラムが、
配列を整列させるために利用され得る。代替の検索ストラテジーは、ＭＡＳＰＡ
Ｒコンピューターで実行するＭＰＳＲＣＨソフトウェアを使用する。ＭＰＳＲＣ
Ｈは、大規模並行コンピューターにおいて配列をスコア付けするためにＳｍｉｔ
ｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用する。このアプローチは、かすかに関
連付けする適合である配列を同定する能力を改善し、そして小さなギャップおよ
びヌクレオチド配列誤差に特に寛容である。提供されたポリヌクレオチドによっ
てコードされるアミノ酸配列は、タンパク質データベースおよびＤＮＡデータベ
ースの両方を検索するために使用され得る。
【００５２】 （高類似性）一般に、高類似性であるとみなされる整列の結果では、整列領域
長のパーセントは、問い合わせ配列の全長の、代表的には、少なくとも約５５％
；より代表的には、少なくとも約５８％；さらにより代表的には、問い合わせ配
列の全残基長の少なくとも約６０％である。通常、整列領域の長さのパーセント
は、約６２％程度の多さ；より通常には、約６４％程度の多さ；さらにより通常
には、約６６％程度の多さであり得る。さらに、高類似性について、整列領域は
、代表的には、少なくとも約７５％の配列同一性；より代表的には、少なくとも
約７８％；よりさらに代表的には、少なくとも約８０％の配列同一性を示す。通
常、配列同一性パーセントは、約８２％程度の多さ；より通常には、約８４％程
度の多さ；ずっとより通常には、約８６％程度の多さであり得る。
【００５３】 ｐ値は、これらの方法と併用して使用される。高い類似性が見出された場合、
ｐ値が約１０-2以下であり；より通常には、約１０-3以下であり；さらにより通
常には、約１０-4以下である場合、問い合わせ配列は、プロフィール配列と高い
類似性を有するとみなされる。より代表的には、問い合わせ配列が類似性が高い
とみなされるには、ｐ値は、約１０-5を超えず；より代表的には、約１０-10以
下であり；さらにより代表的には、約１０-15以下である。
【００５４】 （配列同一性のみにより決定された類似性）配列同一性は、単独で、個別配列
に対する問い合わせ配列の類似性を決定するために使用され得、そして配列の活
性を示し得る。このような整列は、好ましくは、配列を整列するためにギャップ
を許容する。代表的には、問い合わせ配列は、問い合わせ配列全体にわたる配列
同一性が、少なくとも約１５％；より代表的には、少なくとも約２０％；さらに
より代表的には、少なくとも約２５％；さらにより代表的には、少なくとも約５
０％である場合、プロフィール配列に関連する。配列同一性は、単独で、問い合
わせ配列が、通常、少なくとも８０残基長；より通常には９０残基；よりさらに
通常には、少なくとも９５アミノ酸残基長であるとき、類似性の尺度として、最
も有用である。より代表的には、問い合わせ配列が、好ましくは１００残基長；
より好ましくは１２０残基長；よりさらに好ましくは、１５０アミノ酸残基長で
あるとき、配列同一性のみに基づいて、類似性が決定され得る。
【００５５】 （プロフィールおよび多重整列配列との整列）提供されたポリヌクレオチドの
翻訳は、タンパク質ファミリーまたは共通モチーフのいずれかを規定するアミノ
酸プロフィールと整列され得る。また、提供されたポリヌクレオチドの翻訳は、
タンパク質ファミリーまたはモチーフのメンバーのポリペプチド配列を含む多重
配列整列（ＭＳＡ）に対して整列され得る。プロフィール配列またはＭＳＡとの
類似性または同一性は、提供されたポリヌクレオチドまたは対応するｃＤＮＡも
しくは遺伝子によりコードされた遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）の活性を
決定するために使用され得る。例えば、ケモカインプロフィールまたはＭＳＡと
の同一性または類似性を示す配列は、ケモカイン活性を示し得る。
【００５６】 プロフィールは、（１）ＭＳＡ（ファミリーに属するメンバーのアミノ酸配列
の整列である）を作製し、そして（２）整列の統計的表示を作成することによっ
て、手動で設計され得る。このような方法は、例えば、Ｂｉｒｎｅｙら、Ｎｕｃ
ｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．（１９９６）２４（１４）：２７３０−２７３９におい
て記載される。いくつかのタンパク質ファミリーおよびモチーフのＭＳＡは、公
的に入手可能である。ＭＳＡは、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（
１９９７）２８：４０５−４２０にも記載される。これらのＭＳＡの簡単な説明
は、Ｐａｓｃａｒｅｌｌａら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９（３）：２４
９−２５１に報告されている。ＭＳＡからのプロフィール構築のための技術は、
Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら（前出）；Ｂｉｒｎｅｙら（前出）；および「Ｃｏｍｐ
ｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕ
ｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ」，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ
（１９９６）２６６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉ
ｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡに記載されている
。
【００５７】 問い合わせ配列とタンパク質ファミリーまたはモチーフとの間の類似性は、（
ａ）プロフィールに対して問い合わせ配列を比較することおよび／または（ｂ）
問い合わせ配列をファミリーもしくはモチーフのメンバーと整列することによっ
て決定され得る。代表的には、Ｓｅａｒｃｈｗｉｓｅのようなプログラムは、問
い合わせ配列を、複数整列（プロフィールとしてもまた公知である（Ｂｉｒｎｅ
ｙら（前出）を参照のこと））の統計的表現と比較するために使用される。配列
とプロフィールとを比較するための他の技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら（前出
）およびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ（前出）において記載される。
【００５８】 次に、Ｆｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１および
Ｈｉｇｇｉｎｓら、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）５：１５１により記載された方法
が、問い合わせ配列をファミリーもしくはモチーフのメンバー（ＭＳＡとしても
また公知である）と整列させるために使用され得る。配列整列は、種々のソフト
ウェアツールのいずれを使用しても生成され得る。例としては、ＰｉｌｅＵｐが
挙げられ、これは、複数配列整列を作製し、そしてＦｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅ
ｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１に記載される。別の方法（ＧＡＰ）は、Ｎｅ
ｅｄｌｅｍａｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９７０）４８：４４３の整列方
法を使用する。ＧＡＰは、配列の全体的な整列に最も適している。３番目の方法
（ＢａｓｔＦｉｔ）は、Ｓｍｉｔｈら、Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ（１９８１
）２：４８２の局所的相同性アルゴリズムを使用して、適合の数を最大化するよ
うにギャップを挿入することによって、機能する。一般に、以下の要因が、問い
合わせ配列とプロフィールまたはＭＳＡと間に類似性が存在するか否かを決定す
るために使用される：（１）問い合わせ配列中に見出された保存された残基の数
、（２）問い合わせ配列中に見出された保存された残基のパーセント、（３）フ
レームシフトの数、および（４）保存された残基間の間隔。
【００５９】 配列を翻訳しそして整列することの両方を行ういくつかの整列プログラムは、
最良の整列を作製するために、ヌクレオチド配列を翻訳する場合、かなり多数の
フレームシフトを作製し得る。整列を作製するために必要とされるフレームシフ
トが少ないほど、問い合わせとプロフィールまたはＭＳＡとの間の類似性または
同一性はより強くなる。例えば、フレームシフトなしから得られる弱い類似性は
、２つのフレームシフトから得られる強い類似性よりも良い、問い合わせ配列の
活性または構造の指標であり得る。好ましくは、３以下のフレームシフトが整列
において見出され；より好ましくは、２以下のフレームシフトが；さらにより好
ましくは、１つ以下のフレームシフトが；なお好ましくは、フレームシフトのな
いことが、問い合わせとプロフィールまたはＭＳＡとの整列において見出される
。
【００６０】 保存された残基は、ファミリーまたはモチーフメンバーの全てまたはいくつか
において、特定の位置で見出されるアミノ酸である。あるいは、特定のクラスの
アミノ酸だけが、ファミリーのメンバーの全てまたはいくつかにおいて、特定の
位置で見出される場合、位置は、保存されたと考えられる。例えば、Ｎ末端の位
置は、リジン、アルギニン、またはヒスチジンのような正に荷電したアミノ酸を
含み得る。
【００６１】 代表的には、ポリペプチドの残基は、アミノ酸のあるクラスまたは単一のアミ
ノ酸が、特定の位置において、全てのクラスのメンバーの少なくとも約４０％；
より代表的には、少なくとも約５０％；なおより代表的には、メンバーの少なく
とも約６０％で見出される場合、保存されている。通常、あるクラスまたは単一
のアミノ酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーの少なくとも約７０％；よ
り通常には、少なくとも約８０％；なおより通常には、少なくとも約９０％；さ
らにより通常には、少なくとも約９５％で見出される場合、残基は、保存されて
いる。
【００６２】 ３つの関連していないアミノ酸；より通常には、２つの関連していないアミノ
酸が、メンバーのいくつかまたは全てにおける、特定の位置で見出される場合、
残基は保存されていると考えられる。関連していないアミノ酸が、あるクラスの
全てのメンバーの少なくとも約４０％；より代表的には、少なくとも約５０％；
なおより代表的には、メンバーの少なくとも約６０％で、特定の位置で見出され
る場合、これらの残基は、保存されている。通常、あるクラスまたは単一のアミ
ノ酸が、あるファミリーまたはモチーフのメンバーの少なくとも約７０％；より
通常には、少なくとも約８０％；なおより通常には、少なくとも約９０％；なお
より通常には、少なくとも約９５％で見出される場合、残基は、保存されている
。
【００６３】 問い合わせ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保存された残基の少なくとも
約２５％；より通常には、少なくとも約３０％；なおより通常には、少なくとも
約４０％を含む場合、問い合わせ配列は、プロフィールまたはＭＳＡとの類似性
を有する。代表的には、問い合わせ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保存さ
れた残基の少なくとも約４５％；より代表的には、少なくとも約５０％；なおよ
り代表的には、少なくとも約５５％を含む場合、問い合わせ配列は、プロフィー
ル配列またはＭＳＡとのより強い類似性を有する。
【００６４】 （分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプチドの同定） 本発明の分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプチドの両方は、特に興味深い
ものである。例えば、分泌ポリペプチドのレベルは、都合よい体液（例えば、血
液、血漿、血清、および尿、前立腺液および精液のような他の体液）中でアッセ
イされ得る。膜結合ポリペプチドは、ワクチン抗原を構築するために、または免
疫応答を誘導するために有用である。このような抗原は、膜結合ポリペプチドの
細胞外領域のすべてまたは一部を含む。分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプ
チドの両方が、連続した疎水性アミノ酸のフラグメントを含むので、疎水性予測
アルゴリズムが、このようなポリペプチドを同定するために使用され得る。
【００６５】 シグナル配列は、通常、分泌ポリペプチド遺伝子および膜結合ポリペプチド遺
伝子の両方によってコードされ、細胞の表面にポリペプチドを指向させる。シグ
ナル配列は、通常、疎水性残基のストレッチを含む。このようなシグナル配列は
、ヘリックス構造に折り畳まれ得る。膜結合ポリペプチドは、代表的には、膜を
横断し得る疎水性アミノ酸のストレッチを有する、少なくとも１つの膜貫通領域
を含む。いくつかの膜貫通領域もまた、ヘリックス構造を示す。ポリペプチド内
部の疎水性フラグメントは、コンピューターアルゴリズムを使用することによっ
て同定され得る。このようなアルゴリズムは、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、Ｐｒ
ｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８１）７８：３８２４−３８
２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９８２
）１５７：１０５〜１３２；ならびにＲＡＯＡＲアルゴリズム、Ｄｅｇｌｉ Ｅ
ｓｐｏｓｔｉら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９０）１９０：２０７−
２１９を含む。
【００６６】 分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプチドを同定する別の方法は、本発明の
ポリヌクレオチドを、６つ全てのフレームで翻訳すること、および少なくとも８
連続した疎水性アミノ酸が存在するかどうかを決定することである。少なくとも
８；より代表的には１０；さらにより代表的には１２連続した疎水性アミノ酸を
有する翻訳されたポリペプチドは、推定の分泌ポリペプチドまたは膜結合ポリペ
プチドのいずれかであるとみなされる。疎水性アミノ酸としては、アラニン、グ
リシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニル
アラニン、プロリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、およびバリンが
挙げられる。
【００６７】 （全長遺伝子の発現産物の機能の同定） リボザイム、アンチセンス構築物、およびドミナントネガティブ変異体は、本
明細書中で提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現産物の機能を決
定するために使用され得る。オリゴヌクレオチド合成のホスホルアミダイト法は
、アンチセンス分子およびリボザイムを構築するために使用され得る。Ｂｅａｕ
ｃａｇｅら、Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔ．（１９８１）２２：１８５９および米国特許第
４，６６８，７７７号を参照のこと。自動合成デバイスは、この化学を使用して
オリゴヌクレオチドを作製するために利用可能である。このようなデバイスの例
としては、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、ａ ｄｉｖｉｓｉｏｎ ｏ
ｆ Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ Ｃｏｒｐ．、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌ
ｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡのＢｉｏｓｅａｒｃｈ ８６００、３９２型および３９
４型；ならびにＰｅｒｃｅｐｔｉｖｅ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｒａｍｉｎｇ
ｈａｍ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ、ＵＳＡのＥｘｐｅｄｉｔｅが挙げられる
。合成ＲＮＡ、リン酸アナログオリゴヌクレオチド、および化学的に誘導体化し
たオリゴヌクレオチドもまた産生され得、そして他の分子に共有結合され得る。
ＲＮＡオリゴヌクレオチドは、例えば、ＲＮＡホスホルアミダイトを使用して合
成され得る。この方法は、自動合成機（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓ
ｔｅｍｓ、３９２型および３９４型、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒ
ｎｉａ、ＵＳＡ）で行われ得る。
【００６８】 ２００ヌクレオチドまでの、より代表的に１００ヌクレオチド、より代表的に
５０ヌクレオチドまでの；さらにより代表的に３０〜４０ヌクレオチドのオリゴ
ヌクレオチドが合成され得る。これらの合成フラグメントは、より大きなフラグ
メントを構築するためにアニールされ得、そして一緒に連結され得る。例えば、
Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出を参照のこと。トランス切断化触媒ＲＮＡ（リボザイ
ム）は、エンドリボヌクレアーゼ活性を保有するＲＮＡ分子である。リボザイム
は、特定の標的に対して特異的に設計され、そして標的メッセージは特異的なヌ
クレオチド配列を含まなければならない。これらは、細胞性ＲＮＡの背景におい
て、任意のＲＮＡ種を部位特異的に切断するように操作される。切断事象は、ｍ
ＲＮＡを不安定にし、そしてタンパク質発現を妨げる。重要なことに、リボザイ
ムは、インビトロまたはインビボの状況における機能未知の遺伝子の機能を表現
型効果を検出することによって決定する目的のため、機能未知の遺伝子の発現を
阻害するために使用され得る。
【００６９】 アンチセンス核酸はＲＮＡに特異的に結合するように設計され、これによって
ＤＮＡ複製、逆転写、またはメッセンジャーＲＮＡ翻訳の阻止を伴う、ＲＮＡ−
ＤＮＡハイブリッドまたはＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッドの形成を生じる。選択さ
れたポリヌクレオチド配列に基づくアンチセンスポリヌクレオチドは、対応する
遺伝子の発現を妨害し得る。アンチセンスポリヌクレオチドは、代表的には、転
写された鎖としてのアンチセンス鎖を含むアンチセンス構築物からの発現によっ
て、細胞内で生成される。開示されたポリヌクレオチドに基づくアンチセンスポ
リヌクレオチドは、アンチセンスポリヌクレオチドに相補的な配列を含むｍＲＮ
Ａに結合し、そして／またはそのｍＲＮＡの翻訳を妨害する。コントロール細胞
の発現産物とアンチセンス構築物で処理した細胞の発現産物とは、アンチセンス
構築物が基づくところのポリヌクレオチドに対応する遺伝子のタンパク質産物を
検出するために比較される。このタンパク質は、慣用的な生化学的方法を用いて
、単離および同定される。
【００７０】 アンチセンス治療における広範な背景の文献および臨床的な経験を考えると、
当業者は、さらなる潜在的な治療剤として本発明の選択されたポリヌクレオチド
を使用し得る。ポリヌクレオチドの選択は、癌性の細胞のゲノムの「ホットスポ
ット」領域に結合することについてそれらを最初に試験することによって狭めら
れ得る。ポリヌクレオチドが「ホットスポット」に結合すると同定される場合、
対応する癌細胞中のアンチセンス化合物としてのポリヌクレオチドを試験するこ
とは、正当化される。
【００７１】 ホモマルチマーとして活性な対応するタンパク質についてのドミナントネガテ
ィブ変異もまた容易に生成される。変異体ポリペプチドは、野生型ポリペプチド
（他の対立遺伝子から作られる）と相互作用し、そして非機能的マルチマーを形
成する。従って、変異は、基質結合ドメイン、触媒ドメイン、または細胞局在化
ドメイン中にある。好ましくは、変異体ポリペプチドは、過剰産生される。この
ような効果を有する点変異が作られる。さらに、タンパク質の末端への種々の長
さの異なるポリペプチドの融合が、ドミナントネガティブ変異体を産生し得る。
一般的なストラテジーが、ドミナントネガティブ変異体を作製するために利用可
能である（例えば、Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：
２１９を参照のこと）。このような技術は、機能の喪失（ｌｏｓｓ ｏｆ ｆｕ
ｎｃｔｉｏｎ）の変異を作製するために使用され得、この変異はタンパク質機能
を決定するために有用である。
【００７２】 （ポリぺプチドおよびそれらの改変体） 本発明のポリぺプチドは、開示されるポリヌクレオチド、および開示されるポ
リヌクレオチドに対して、遺伝子コードの縮重のために、配列において同一でな
い核酸によってコードされるポリぺプチドを含む。従って、本発明は、配列番号
１〜３３５１のいずれか１つの配列を有するポリヌクレオチドまたはその改変体
によってコードされるポリぺプチドを本発明の範囲内に含む。
【００７３】 一般に、本明細書中で使用される場合、用語「ポリぺプチド」は、示されるポ
リヌクレオチドによってコードされる全長のポリぺプチド、示されるポリヌクレ
オチドによって示される遺伝子によってコードされるポリぺプチドの両方、およ
びそれらの部分またはフラグメントをいう。「ポリぺプチド」はまた、天然に存
在するタンパク質の改変体を含み、ここで、このような改変体は、天然に存在す
るタンパク質に相同であるかまたは実質的に類似し、そして天然に存在するタン
パク質と同じまたは異なる種（例えば、ヒト、マウス、または示されるポリぺプ
チドを天然で発現するいくつかの他の種、通常、哺乳動物種）の起源であり得る
。一般に、改変体ポリぺプチドは、上記のパラメーターを使用してＢＬＡＳＴに
よって測定されるように、本発明の示差的に発現されるポリぺプチドと、少なく
とも約８０％、通常少なくとも約９０％、およびより通常少なくとも約９８％の
配列同一性を有する配列を有する。改変体ポリぺプチドは、天然でグリコシル化
され得るか、または天然ではグリコシル化され得ない（すなわち、ポリぺプチド
は、対応する天然に存在するタンパク質において見出されるグリコシル化パター
ンとは異なるグリコシル化パターンを有する）。
【００７４】 本発明はまた、開示されたポリぺプチドのホモログ（またはそれらのフラグメ
ント）を含み、ここでこのホモログは、他の種（すなわち、他の動物または植物
種）から単離され、このようなホモログは通常、哺乳動物種（例えば、マウス、
ラットのようなげっ歯類：家畜（例えば、ウマ、ウシ、イヌ、ネコ）；およびヒ
ト）である。「ホモログ」によって、上述で同定されるように特定の示差的に発
現されるタンパク質に対して少なくとも約３５％、通常少なくとも約４０％、お
よびより通常少なくとも約６０％のアミノ酸配列同一性を有するポリぺプチドが
意図され、ここで、配列同一性は、上記のパラメーターを用いるＢＬＡＳＴアル
ゴリズムを使用して決定される。
【００７５】 一般に、本発明のポリぺプチドは、天然に存在しない環境において提供され、
例えば、それらの天然に存在する環境から分離されている。ある実施形態におい
て、本発明のタンパク質は、コントロールに比較してそのタンパク質について富
化された組成物中に存在する。それ自体、精製されたポリぺプチドが提供され、
ここで、精製されたとは、タンパク質が非示差的に発現されたポリぺプチドが実
質的にない組成物中に存在することが意味され、ここで実質的にないとは、その
組成物の９０％未満、通常６０％未満、およびより通常５０％未満が、非示差的
に発現されるポリぺプチドから構成されることを意味する。
【００７６】 また本発明の範囲内にあるのは、改変体であり；ポリぺプチドの改変体は、変
異体、フラグメント、および融合物を含む。変異体は、アミノ酸の置換、付加、
または欠失を含み得る。アミノ酸の置換は、保存的なアミノ酸の置換、または非
必須アミノ酸を排除するための（例えば、グリコシル化部位、リン酸化部位、も
しくはアセチル化部位を変化するため）、または機能について必須ではない１つ
以上のシステイン残基の置換または欠失による誤った折畳みを最小にするための
置換であり得る。保存的なアミノ酸の置換は、全体的な電荷、疎水性／親水性、
および／または置換されるアミノ酸の立体的なバルクを保存する置換である。改
変体は、タンパク質の特定の領域（例えば、機能的ドメインおよび／または、ポ
リぺプチドがタンパク質ファミリーのメンバーである場合、コンセンサス配列と
関連する領域）の生物学的活性を、保持するように設計され得る。改変体の生成
についてのアミノ酸変化の選択は、アミノ酸の接近可能性（内部対外部）（例え
ば、Ｇｏら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．（１９８
０）１５：２１１を参照のこと）、改変体ポリぺプチドの熱安定性（例えば、Ｑ
ｕｅｒｏｌら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９：２６５を参照のこと）、所
望のグリコシル化部位（例えば、ＯｌｓｅｎおよびＴｈｏｍｓｅｎ、Ｊ．Ｇｅｎ
．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９１）１３７：５７９を参照のこと）、所望のジ
スルフィド架橋（例えば、Ｃｌａｒｋｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９
３）３２：４３２２；およびＷａｋａｒｃｈｕｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．
（１９９４）７：１３７９を参照のこと）、所望の金属結合部位（例えば、Ｔｏ
ｍａら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：９７、およびＨａｅｚｅ
ｒｂｒｏｕｃｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．（１９９３）６：６４３）、なら
びにプロリンループ内での所望の置換（例えば、Ｍａｓｕｌら、Ａｐｐｌ．Ｅｎ
ｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９４）６０：３５７９）に基づき得る。システ
イン涸渇されたムテインは、米国特許第４，９５９，３１４号において記載され
るように生成され得る。
【００７７】 改変体はまた、本明細書中に開示されるポリぺプチドのフラグメント、特に生
物学的に活性なフラグメントおよび／または機能的ドメインに対応するフラグメ
ントを含む。目的のフラグメントは代表的に、少なくとも約１０アミノ酸長から
少なくとも約１５アミノ酸長、通常少なくとも約５０アミノ酸長であり、そして
３００アミノ酸長またはそれよりも長くあり得るが、通常約１０００アミノ酸長
を超えず、ここで、フラグメントは、任意の配列番号１〜３３５１の配列を有す
るポリヌクレオチドまたはそれらのホモログによってコードされるポリぺプチド
に同一であるアミノ酸のストレッチを有する。本明細書中に記載されるタンパク
質改変体は、本発明の範囲内であるポリヌクレオチドによってコードされる。遺
伝子コードは、対応する改変体を構築するために適切なコドンを選択するために
使用され得る。
【００７８】 （コンピュータに関連する実施形態） 一般に、ポリヌクレオチドのライブラリーは、配列情報の収集物であり、その
情報は、生化学的形態において（例えば、ポリヌクレオチド分子の収集物として
）、または電子形態において（例えば、コンピュータ読み取り可能な形態におい
て保存されているポリぺプチドヌクレオチド配列の収集物として、コンピュータ
システムの中のものとして、および／またはコンピュータプログラムの部分とし
て）のいずれかで提供される。ポリヌクレオチドの配列情報は、例えば、遺伝子
発見のためのリソースとして、選択された細胞型において発現される配列の表示
として（例えば、細胞型のマーカー）、および／または所与の疾患もしくは疾患
状態のマーカーとして、多様な方法において使用され得る。一般に、疾患マーカ
ーは、正常な細胞（例えば、疾患によって実質的に影響されない同じまたは類似
の型の細胞）に比べて上昇されたまたは減少されたレベルのいずれかで、疾患に
よって影響される全ての細胞に存在する、遺伝子産物の表示である。例えば、ラ
イブラリーにおけるポリヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチドによってコード
されるｍＲＮＡ、ポリぺプチド、または他の遺伝子産物を示すポリヌクレオチド
であり得、正常な（すなわち、実質的に疾患のない）乳房細胞に比べて、癌によ
って影響される乳管細胞において過剰発現されるかまたは抑制発現されるかのい
ずれかである。
【００７９】 ライブラリーのヌクレオチド配列情報は、任意の適切な形態（例えば、電子形
態または生化学的形態）において具現化され得る。例えば、電子形態において具
現化される配列情報のライブラリーは、例えば、ｉ）癌細胞と正常な細胞との間
で；ｉｉ）癌細胞と形成異常細胞との間で；ｉｉｉ）癌細胞と癌以外の疾患また
は状態によって影響される細胞との間で；ｉｖ）転移性の癌細胞と正常な細胞お
よび／もしくは非転移性の癌細胞との間で；ｖ）悪性癌細胞と非悪性の癌細胞（
もしくは正常な細胞）との間で、ならびに／またはｖｉ）正常な細胞に比較した
形成異常細胞で、示差的に発現される（例えば、過剰発現されるまたは抑制発現
される）遺伝子の代表的なヌクレオチド配列を含む、アクセス可能なコンピュー
タデータファイル（または生化学的形態において、核酸分子の収集物）を含む。
種々の疾患または疾患の段階によって影響される細胞の他の組み合わせおよび比
較は、当業者に容易に明らかである。ライブラリーの生化学的実施形態は、ライ
ブラリー中に遺伝子の配列を有する核酸の収集物を含み、ここで、この核酸は、
以下により詳細に記載されるように、ライブラリー中の遺伝子全体またはそのフ
ラグメントに対応し得る。
【００８０】 本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、一般に、複数のポリヌクレオチド
配列の配列情報を含み、ここで、少なくとも１つのポリヌクレオチドは、配列番
号１〜３３５１の任意の配列を有する。複数とは、少なくとも２つ、通常少なく
とも３つが意味され、そして配列番号１〜３３５１の全てまでを含み得る。ライ
ブラリー中のポリヌクレオチドの長さおよび数は、例えば、ライブラリーがオリ
ゴヌクレオチドアレイ、ｃＤＮＡアレイ、配列情報のコンピュータデータベース
などである場合、ライブラリーの性質とともに変化する。
【００８１】 ライブラリーが電子ライブラリーである場合、核酸配列情報は、多様な媒体中
に存在し得る。「媒体」は、本発明の配列情報を含む、単離された核酸分子以外
の製造物をいう。このような製造物は、核酸中に存在のようには配列に直接適用
可能でない手段によって試験され得る形態においてゲノム配列またはそのサブセ
ットを提供する。例えば、本発明のヌクレオチド配列、例えば、配列番号１〜３
３５１のポリヌクレオチドのいずれかの核酸配列は、コンピュータ読み取り可能
な媒体、例えば、コンピュータによって直接的に読み取られ、かつアクセスされ
得る任意の媒体に記録され得る。このような媒体としては：磁気保存媒体（例え
ば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク保存媒体、および磁気テ
ープ）；光学保存媒体（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ）；電子保存媒体（例えば、ＲＡ
ＭおよびＲＯＭ）；ならびにこれらのカテゴリーのハイブリッド（例えば、磁気
／光学保存媒体）が挙げられるが、これらに制限されない。当業者は、現在公知
の任意のコンピュータ読み取り可能な、どのような媒体が本発明の配列情報の記
録を含む製造物を作製するために使用され得るかを容易に理解し得る。「記録さ
れる」とは、当該分野において公知であるような任意の方法を使用して、コンピ
ュータ読み取り可能な媒体に情報を保存するためのプロセスをいう。任意の便利
なデータ保存構造が、保存されている情報をアクセスするために使用される手段
に基づいて選択され得る。多様なデータプロセッサープログラムおよびフォーマ
ットが、保存のために使用され得る（例えば、ワードプロセッシングテキストフ
ァイル、データベースフォーマットなど）。配列情報に加えて、本発明のライブ
ラリーの電子バージョンは、他のコンピュータ読み取り可能な情報および／また
は他の型のコンピュータ読み取り可能なファイル（例えば、検索可能なファイル
、実行可能なファイルなど、例えば、検索プログラムソフトウェアなどを含むが
これに制限されない）と組合わせてまたはそれとともに提供され得る。
【００８２】 コンピュータ読み取り可能な形態においてヌクレオチド配列を提供することに
よって、情報は多様な目的のためにアクセスされ得る。配列情報をアクセスする
ためのコンピュータソフトウェアは、公的に利用可能である。例えば、ＢＬＡＳ
Ｔ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、前出）、およびＳｙｂａｓｅシステムにおけるＢＬＡ
ＺＥ（Ｂｒｕｔｌａｇら、Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：２０３）検
索アルゴリズムが、他の生物体由来のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）
に対するホモログを含むゲノム内のＯＲＦを同定するために使用され得る。
【００８３】 本明細書中で使用される場合、「コンピュータベースのシステム」は本発明の
ヌクレオチド配列情報を分析するために使用されるハードウェア手段、ソフトウ
ェア手段、およびデータ保存手段をいう。本発明のコンピュータベースのシステ
ムの最小のハードウェアは、中央処理装置（ＣＰＵ）、入力手段、出力手段、お
よびデータ保存手段を含む。当業者は、現在利用可能なコンピュータベースのシ
ステムのいずれか１つが、本発明における使用のために適切であることを容易に
理解し得る。データ保存手段は、上記のような本発明の配列情報の記録を含む任
意の製造物、またはこのような製造物をアクセスし得るメモリアクセス手段を含
み得る。
【００８４】 「検索手段」とは、標的配列もしくは標的構造モチーフ、またはサンプル中の
ポリヌクレオチドの発現レベルを、保存されている配列情報と比較するための、
コンピュータベースのシステムにおいて実行される１つ以上のプログラムをいう
。検索手段は、特定の標的配列または標的モチーフに適合するゲノムのフラグメ
ントまたは領域を同定するために使用され得る。多様な公知のアルゴリズムが、
公に公知であり、そして市販されている（例えば、ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（ＥＭ
ＢＬ）、ＢＬＡＳＴＮ、およびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ））。「標的配列」は、
６個以上の連続するヌクレオチドもしくは２つ以上のアミノ酸配列の、任意のポ
リヌクレオチド配列もしくはアミノ酸配列、好ましくは約１０〜１００アミノ酸
もしくは約３０〜３００ヌクレオチドの、任意のポリヌクレオチド配列もしくは
アミノ酸配列であり得る。多様な比較手段が、データー保存手段との、サンプル
からの配列情報の比較を達成するために（例えば、標的配列、標的モチーフ、ま
たは相対的な発現レベルを分析するために）使用され得る。当業者は、公に利用
可能な相同性検索プログラムのうちのいずれか１つが、標的配列および標的モチ
ーフの比較を達成するために、本発明のコンピュータベースのシステムについて
の検索手段として使用され得ることを容易に認識し得る。サンプル中およびコン
トロール中の発現レベルを分析するためのコンピュータプログラムはまた、当該
分野において公知である。
【００８５】 「標的構造モチーフ」または「標的モチーフ」は、任意の合理的に選択された
配列または配列の組合せをいい、ここで配列は、標的モチーフの折り畳みの際に
形成される三次元高次構造に基づいて、または調節部位もしくは活性部位のコン
センサス配列に基づいて選択される。当該分野で公知の多様な標的モチーフが存
在する。タンパク質標的モチーフは、酵素活性部位およびシグナル配列を含むが
、これらに制限されない。核酸標的モチーフは、ヘアピン構造、プロモーター配
列、および転写因子についての結合部位のような他の発現エレメントを含むが、
これらに限定されない。
【００８６】 入力手段および出力手段についての種々の構造フォーマットが、本発明のコン
ピュータベースのシステムにおいて情報を入力および出力するために使用され得
る。出力手段についての１つのフォーマットは、異なるポリヌクレオチドの相対
的な発現レベルをランク付けする。このような提示は、当業者に遺伝子発現プロ
フィールを決定するための相対的な発現レベルの格付を提供する。
【００８７】 上述で考察されるように、本発明の「ライブラリー」はまた、配列番号１〜３
３５１のポリヌクレオチドの生化学的ライブラリー（例えば、提供されるポリヌ
クレオチドを表す核酸の収集物）を包含する。生化学的ライブラリーは、種々の
形態（例えば、ｃＤＮＡの溶液、固体支持体の表面と安定に会合されるプローブ
核酸のパターン（すなわち、アレイ）など）を採り得る。特に興味深いのは、配
列番号１〜３３５１の１つ以上がアレイ上に提示される、核酸アレイである。ア
レイによって、その表面の１つに少なくとも２つの異なる核酸標的を有する少な
くとも１つの基板を保有する製品が意味され、ここでは異なる核酸の数がかなり
高くあり得、代表的に少なくとも１０ヌクレオチド、通常少なくとも２０ヌクレ
オチド、およびしばしば少なくとも２５ヌクレオチドであり得る。種々の異なる
アレイフォーマットが開発され、そして、これは当業者に公知である。本発明の
アレイは、種々の適用（上述で列挙される例示的な特許文献において開示される
ような、遺伝子発現分析、薬物スクリーニング、変異分析などを含む）における
使用を見出す。
【００８８】 上述の核酸ライブラリーに加えて、ポリぺプチドの類似のライブラリーがまた
提供され、ここではライブラリーのポリぺプチドは、配列番号１〜３３５１によ
ってコードされるポリぺプチドの少なくとも一部を表す。
【００８９】 （マッピングおよび組織プロファイリングにおける、ポリヌクレオチドプロー
ブの使用） ポリヌクレオチドプローブは、一般に、配列表において示されるようなポリヌ
クレオチドの少なくとも１２個連続するヌクレオチドを含み、多様な目的（例え
ば、ポリヌクレオチドの染色体マッピング、および転写レベルの検出）のために
使用される。開示されるポリヌクレオチド配列の好ましい領域についてのさらな
る開示は、実施例において見出される。本明細書中に開示されるポリヌクレオチ
ドに特異的にハイブリダイズするプローブは、他の非関連の配列を用いて提供さ
れるバックグラウンドハイブリダイゼーションよりも少なくとも５、１０、また
は２０倍高い検出シグナルを提供するべきである。
【００９０】 発現レベルの検出。ヌクレオチドプローブが、提供されるポリヌクレオチドに
対応する遺伝子の発現を検出するために使用される。ノーザンブロットにおいて
、ｍＲＮＡは、電気泳動的に分離され、そしてプローブと接触される。プローブ
は特定の大きさのｍＲＮＡ種にハイブリダイズするものとして検出される。ハイ
ブリダイゼーションの量は、例えば、特定の条件下での発現の相対的な量を決定
するために定量される。プローブは、発現を検出するために、細胞へのインサイ
チュハイブリダイゼーションに使用される。プローブはまた、ハイブリダイズす
る配列の診断的検出のために、インビボで使用され得る。プローブは代表的に、
放射性同位体で標識される。他の型の検出可能な標識が使用され得る（例えば、
発色団、蛍光体、および酵素）。ヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ
の他の例は、ＷＯ９２／０２５２６および米国特許第５，１２４，２４６号にお
いて記載される。
【００９１】 あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、少量の標的核酸を検出するた
めの別の手段である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（
１９８７）１５５：３３５；米国特許第４，６８３，１９５号；および米国特許
第４，６８３，２０２号を参照のこと）。標的核酸とハイブリダイズする２つの
プライマーポリヌクレオチドが、反応をプライムするために使用される。プライ
マーは、配列表のポリヌクレオチド内の、またはそれに対して３’側および５’
側の配列から構成され得る。あるいは、プライマーが、これらのポリヌクレオチ
ドに対して３’側および５’側である場合、これらは、ポリヌクレオチドまたは
相補体にハイブリダイズする必要はない。熱安定性ポリメラーゼでの標的の増幅
後、増幅された標的核酸は、当該分野において公知の方法（例えば、サザンブロ
ット）によって検出され得る。ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡはまた、Ｓａｍｂｒｏｏ
ｋら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍ
ａｎｕａｌ」（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌ
ａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８９）において記載される伝統的なブロッティング技
術（例えば、サザンブロット、ノーザンブロットなど）（例えば、ＰＣＲ増幅を
伴わない）によって検出され得る。一般に、ｍＲＮＡ、またはポリメラーゼ酵素
を使用してｍＲＮＡから作製されるｃＤＮＡは、ゲル電気泳動を使用して精製お
よび分離され得、そしてニトロセルロースのような固体支持体に移される。固体
支持体は、標識化プローブに曝露され、洗浄して任意のハイブリダイズしていな
いプローブを除去し、そして標識化プローブを含む二重鎖が検出される。
【００９２】 マッピング。本発明のポリヌクレオチドは、対応する遺伝子が存在する染色体
を同定するために使用され得る。このようなマッピングは、既知の機能を有する
他の遺伝子に対するその近位性により、そのポリヌクレオチドに関連する遺伝子
の機能を同定する際に有用であり得る。機能はまた、特定の症候群または疾患が
同じ染色体上にマップされる場合、そのポリヌクレオチドに関連する遺伝子に割
り当てられ得る。例えば、核酸配列異常の同定および定量におけるポリヌクレオ
チドプローブの使用は、米国特許第５，７８３，３８７号において記載される。
例示的なマッピング法は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ
）であり、これは、ＤＮＡ配列の相対的なコピー数における変化の全体的なゲノ
ム評価を可能にして、比較ゲノムハイブリダイゼーションを容易にする（例えば
、Ｖａｌｄｅｓら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇ
ｙ（１９９７）６８：１を参照のこと）。ポリヌクレオチドはまた、例えば、放
射ハイブリッドまたは染色体特異的ハイブリッドパネルを使用して、特定の染色
体にマッピングされ得る。Ｌｅａｃｈら、Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔ
ｉｃｓ（１９９５）３３：６３−９９；Ｗａｌｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎ
ｅｔｉｃｓ（１９９４）７：２２；ＷａｌｔｅｒおよびＧｏｏｄｆｅｌｌｏｗ、
Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９２）９：３５２を参照のこと。
放射ハイブリッドマッピングについてのパネルは、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅ
ｔｉｃｓ、Ｉｎｃ．、Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、Ａｌａｂａｍａ、ＵＳＡから入手
可能である。統計学的プログラムＲＨＭＡＰは、ある順序に対する別の順序の相
対的な尤度の測定とともに、放射ハイブリダイゼーションからのデータに基づい
てマップを構築するために使用され得る。ＲＨＭＡＰは、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ
．ｓｐｈ．ｕｍｉｃｈ．ｅｄｕ／ｇｒｏｕｐ／ｓｔａｔｇｅｎ／ｓｏｆｔｗａｒ
ｅにてワールドワイドウェブを介して入手可能である。さらに、癌のような疾患
と一般に関連する染色体の領域を同定するための市販のプログラムが利用可能で
ある。
【００９３】 組織型決定または組織プロファイリング。提供されたポリヌクレオチドに対応
する特異的なｍＲＮＡの発現は、異なる細胞型において変化し得、そして組織特
異的であり得る。異なる細胞型におけるｍＲＮＡレベルのこの変化は、組織型を
決定するための核酸プローブアッセイを用いて活用され得る。例えば、配列表に
列挙されるポリヌクレオチドに実質的に同一のまたは相補的な核酸プローブを利
用する、ＰＣＲ、分岐化ＤＮＡプローブアッセイ、またはブロッティング技術は
、対応するｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの存在または不在を決定し得る。
【００９４】 組織型決定は、転移性病変の発生的な器官または組織源を、その器官または組
織の特定のマーカーの発現を同定することによって、同定するために使用され得
る。ポリヌクレオチドが特定の組織型においてのみ発現され、そして転移性病変
がそのポリヌクレオチドを発現することが見出される場合、病変の発生源が同定
される。特定のポリヌクレオチドの発現は、対応するｍＲＮＡまたはタンパク質
産物のいずれかの検出によってアッセイされ得る。
【００９５】 多型の使用。本発明のポリヌクレオチドは、法医学的分析、遺伝子分析、マッ
ピング、および診断的適用において使用され得、ここでは遺伝子のその対応する
領域は、ヒト集団において多型である。遺伝子における多型を検出するための任
意の手段が使用され得、これには、タンパク質多型改変体の電気泳動、制限酵素
切断に対する示差的な感受性、および対立遺伝子特異的プローブへのハイブリダ
イゼーションが挙げられるが、これらに制限されない。
【００９６】 （抗体産生） 本発明のポリヌクレオチド、および対応するｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、または完全
な遺伝子の発現産物が、実験目的、診断目的および治療目的のための抗体を惹起
するために調製および使用され得る。対応する遺伝子が割り当てられていないポ
リヌクレオチドについては、これは、その対応する遺伝子を同定するためのさら
なる方法を提供する。このポリヌクレオチドまたは関連するｃＤＮＡは、上記の
ように発現され、そして抗体が調製される。これらの抗体は、そのポリヌクレオ
チドによってコードされるポリぺプチド上のエピトープに特異的であり、そして
細胞もしくは組織調製物において、またはインビトロ発現系の無細胞抽出物にお
いて、対応するネイティブなタンパク質を沈澱させ得るか、またはそのタンパク
質に結合し得る。
【００９７】 選択された抗原を特異的に結合するポリクローナル抗体およびモノクローナル
抗体を産生するための方法は、当該分野で周知である。これらの抗体は、配列表
において開示されるポリヌクレオチドによってコードされるポリぺプチドに存在
するエピトープに特異的に結合する。代表的に、少なくとも６個、８個、１０個
または１２個連続するアミノ酸が、エピトープを形成するために必要とされる。
連続しないアミノ酸を含むエピトープは、より長いポリぺプチド（例えば、少な
くとも１５、２５または５０アミノ酸）を必要とし得る。これらの提供されるポ
リヌクレオチドによってコードされるヒトポリぺプチドに特異的に結合する抗体
は、ウエスタンブロットまたは他の免疫化学的アッセイにおいて使用される場合
、他のタンパク質を用いて提供される検出シグナルよりも少なくとも５倍、１０
倍または２０倍高い検出シグナルを提供する。好ましくは、本発明のポリぺプチ
ドに特異的な抗体は、免疫化学アッセイにおいて検出可能なレベルで他のタンパ
ク質に結合せず、そしてその特定のポリぺプチドを溶液から免疫沈降させ得る。
【００９８】 本発明はまた、本発明のポリぺプチドに特異的な天然に存在する抗体を意図す
る。例えば、ヒト集団中の本発明のポリぺプチドに対する血清抗体は、当該分野
において周知の方法によって（例えば、その対応する選択されたポリぺプチドま
たは融合タンパク質が結合されるカラムに抗血清を通すことによって）精製され
得る。次いで、この結合された抗体は、例えば、高塩濃度を有する緩衝液を使用
してカラムから溶出され得る。
【００９９】 上記で考察される抗体に加えて、本発明はまた、当該分野において周知の方法
に従う、遺伝子操作された抗体、抗体誘導体（例えば、単鎖抗体、抗体フラグメ
ント（例えば、Ｆａｂなど））を意図する。
【０１００】 本発明の他の実施形態は、本発明のポリペプチドに結合し得るヒト化モノクロ
ーナル抗体を包含する。句「ヒト化抗体」とは、非ヒト抗体（代表的には、マウ
スモノクローナル抗体）に由来する抗体をいう。あるいは、ヒト化抗体は、親（
非ヒト）抗体の抗原結合特性を維持するかまたは実質的に維持するが、ヒトに投
与された場合にその親抗体と比較して減少した免疫原性を示す、キメラ抗体に由
来し得る。本明細書中で使用される場合、句「キメラ抗体」とは、２つの異なる
抗体に由来する配列を含む抗体をいい（例えば、米国特許第４，８１６，５６７
号を参照のこと）、その２つの抗体は、代表的に、異なる種から生成する。より
代表的には、キメラ抗体は、ヒト抗体フラグメントおよびマウス抗体フラグメン
ト（一般には、ヒト定常領域およびマウス可変領域）を含む。
【０１０１】 ヒト化抗体は、親マウスモノクローナル抗体よりも、ヒトにおいてはるかに免
疫原性が低いので、これらは、アナフィラキシーの危険性をほとんど伴わずにヒ
トの処置に使用され得る。従って、これらの抗体は、ヒトへのインビボ投与を含
む治療適用（例えば、新形成疾患の処置のための照射感作物質としての使用、ま
たは（例えば、癌治療の）副作用を減少するための方法における使用）において
好ましくあり得る。
【０１０２】 ヒト化抗体は、種々の方法によって完成され得、これらの方法としては、例え
ば、以下が挙げられる：（１）ヒトフレームワークおよび定常領域への非ヒト相
補性決定領域（ＣＤＲ）のグラフティング（当該分野で「ヒト化」と称されるプ
ロセス）、あるいは（２）非ヒト可変ドメイン全体の置換（しかし、この非ヒト
可変ドメイン全体を、表面残基の置換によってヒト様表面で「覆う（Ｃｌｏａｋ
ｉｎｇ）」）（当該分野で「ベニヤリング（ｖｅｎｅｅｒｉｎｇ）」と呼ばれる
プロセス）。本発明において、ヒト化抗体は、「ヒト化」抗体または「ベニヤ化
（ｖｅｎｅｅｒｄ）」抗体の両方を含む。これらの方法は、例えば、Ｊｏｎｅｓ
ら、Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら
、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，Ｕ．Ｓ．Ａ．，８１：６８５１−
６８５５（１９８４）；ＭｏｒｒｉｓｏｎおよびＯｉ，Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ
．，４４：６５−９２（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ
２３９：１５３４−１５３６（１９８８）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍ
ｕｎ．２８：４８９−４９８（１９９１）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍ
ｕｎｏｌ．３１（３）：１６９−２１７（１９９４）；ならびにＫｅｔｔｌｅｂ
ｏｒｏｕｇｈ，Ｃ．Ａ．ら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．４（７）：７７３−８３
（１９９１）（これらの各々は、参考として本明細書中に援用される）に開示さ
れる。
【０１０３】 句「相補性決定領域」とは、ネイティブな免疫グロブリン結合部位の天然のＦ
ｖ領域の結合親和性および特異性を共に規定するアミノ酸配列をいう。例えば、
Ｃｈｏｔｈｉａら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７
）；Ｋａｂａｔら、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐｔ．ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａ
ｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１−３２４
２（１９９１）を参照のこと。句「定常領域」とは、エフェクター機能を付与す
る抗体分子の部分をいう。本発明において、マウス定常領域は、ヒト定常領域に
よって置換される。その対象のヒト化抗体の定常領域は、ヒト免疫グロブリンに
由来する。重鎖定常領域は、５つのアイソタイプ：α、δ、ε、γまたはμのい
ずれかから選択され得る。
【０１０４】 抗体をヒト化する１つの方法は、非ヒト重鎖および軽鎖配列をヒト重鎖および
軽鎖配列に対して整列させる工程、非ヒトフレームワークを選択し、そしてこの
ような整列化に基づいてその非ヒトフレームワークをヒトフレームワークで置換
する工程、そのヒト化配列のコンフォーメーションを予測するために分子モデリ
ングを行い、そして親抗体のコンフォーメーションと比較する工程を包含する。
このプロセスに続き、そのヒト化配列モデルの予測されるコンフォメーションが
、親の非ヒト抗体の非ヒトＣＤＲのコンフォメーションと密接に近似するまで、
ＣＤＲの構造を妨害するＣＤＲ領域中の残基の変異を繰り返す。このようなヒト
化抗体はさらに、例えば、Ａｓｈｗｅｌｌレセプターを介する取り込みおよびク
リアランスを容易にするために誘導体化され得る。例えば、米国特許第５，５３
０，１０１号および同第５，５８５，０８９号（これらの特許は、参考として本
明細書中で援用される）を参照のこと。
【０１０５】 ヒト化抗体はまた、ヒト免疫グロブリン遺伝子座を含むように操作されている
、トランスジェニック動物を使用して産生され得る。例えば、ＷＯ９８／２４８
９３は、ヒトＩｇ遺伝子座を有するトランスジェニック動物を開示し、ここで、
これらの動物は、内因性重鎖および軽鎖の遺伝子座の不活化に起因して、機能的
な内因性免疫グロブリンを産生しない。ＷＯ９１／１０７４１はまた、免疫原に
対する免疫応答をマウントし得る、トランスジェニック非霊長類哺乳動物宿主を
開示し、ここで、これらの抗体は、霊長類の定常領域および／または可変領域を
有し、かつ内因性の免疫グロブリンコード遺伝子座は、置換または不活化されて
いる。ＷＯ９６／３０４９８は、哺乳動物中の免疫グロブリン遺伝子座を改変す
るため（例えば、定常領域または可変領域の全てまたは一部を置換して改変され
た抗体分子を形成するため）のＣｒｅ／Ｌｏｘ系の使用を開示する。ＷＯ９４／
０２６０２は、不活化された内因性Ｉｇ遺伝子座および機能的なヒトＩｇ遺伝子
座を有する、非ヒト哺乳動物宿主を開示する。米国特許第５，９３９，５９８号
は、内因性重鎖を欠失し、１以上の異種定常領域を含む外因性免疫グロブリン遺
伝子座を発現する、トランスジェニックマウスを作製する方法を開示する。
【０１０６】 上記に記載されるトランスジェニック動物を使用して、選択された抗原性分子
に対する免疫応答が生成され、そして抗体産生細胞がその動物より取り出され、
ヒトモノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマを生成するために使用され得
る。免疫プロトコル、アジュバントなどは、当該分野で公知であり、例えば、Ｗ
Ｏ９６／３３７３５に記載されるようなトランスジェニックマウスの免疫に使用
される。この刊行物は、種々の抗原性分子（ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＴＮＦ、ヒト
ＣＤ４、Ｌ−セレクチン、ｇｐ３９および破傷風毒素を含む）に対するモノクロ
ーナル抗体を開示する。これらのモノクローナル抗体は、その対応するタンパク
質の生物学的活性または生理学的効果を阻害または中和する能力について試験さ
れ得る。ＷＯ９６／３３７３５は、ＩＬ−８に対するモノクローナル抗体（ＩＬ
−８で免疫したトランスジェニックマウスの免疫細胞に由来する）が、好中球の
ＩＬ−８誘導性機能をブロックしたことを開示する。トランスジェニック動物を
免疫するために使用されたこの抗原に対する特異性を有するヒトモノクローナル
抗体もまた、ＷＯ９６／３４０９６に開示される。
【０１０７】 （診断のためのポリヌクレオチドまたはアレイ） ポリヌクレオチドアレイは、プローブが結合された二次元マトリクスまたはア
レイにおいて、基材（例えば、ガラス、ニトロセルロースなど）上にポリヌクレ
オチドプローブをスポットすることによって作製され得る。プローブは、共有結
合によって、または非特異的な相互作用（例えば、疎水性相互作用）によっての
いずれかで基材に結合され得る。ポリヌクレオチドのサンプルは、（例えば、放
射性標識または蛍光標識を使用して）検出可能に標識され得、次いでプローブに
ハイブリダイズされ得る。プローブポリヌクレオチドに結合した標識されたサン
プルポリヌクレオチドを含む２本鎖ポリヌクレオチドは、一旦、サンプルの未結
合の部分が洗浄して除かれると検出され得る。アレイを構築するための技術、お
よびこれらのアレイを使用する方法は、ＥＰ７９９，８９７；ＷＯ９７／２９２
１２；ＷＯ９７／２７３１７；ＥＰ７８５，２８０；ＷＯ９７／０２３５７：米
国特許第５，５９３，８３９号；米国特許第５，５７８，８３２号；ＥＰ７２８
，５２０；米国特許第５，５９９，６９５号；ＥＰ７２１ ０１６；米国特許第
５，５５６，７５２号；ＷＯ９５／２２０５８；および米国特許第５，６３１，
７３４号において記載される。アレイは、例えば、遺伝子の示差的発現を試験す
るために使用され得、そして遺伝子機能を決定するために使用され得る。例えば
、アレイは、試験細胞とコントロール細胞との（例えば、癌細胞と正常な細胞と
の）間のポリヌクレオチドの示差的発現を検出するために使用され得る。例えば
、対応する正常な細胞において観察されない、癌細胞における特定のメッセージ
の高い発現は、癌特異的遺伝子産物を示し得る。アレイの例示的な使用はさらに
、例えば、Ｐａｐｐａｌａｒａｄｏら、Ｓｅｍ．Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｏｎｃｏ
ｌ．（１９９８）８：２１７；およびＲａｍｓａｙ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅ
ｃｈｎｏｌ．（１９９８）１６：４０において記載される。
【０１０８】 （診断における示差的な発現） 本発明のポリヌクレオチドはまた、例えば、ヒトにおける異常なまたは罹患し
た組織を同定するための方法として、２つの細胞間の発現レベルにおける差異を
検出するために使用され得る。タンパク質ファミリーのプロフィールに対応する
ポリヌクレオチドについて、組織の選択は、推定の生化学的機能に従って選択さ
れ得る。一般に、特異的なポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現は、ヒトの
、罹患したことが疑われる第１の組織と、第２の正常な組織との間で比較される
。異常であることまたは罹患したことが疑われる組織は、ヒトの異なる組織型に
由来し得るが、好ましくはこれは、同じ組織型に由来し；例えば、腸ポリープま
たは他の異常な増殖は、正常な腸組織と比較されるべきである。正常な組織は、
試験サンプルの組織と同じ組織、または患者の任意の正常な組織、特に目的のポ
リヌクレオチド関連遺伝子を発現する組織（例えば、脳、胸腺、精巣、心臓、前
立腺、胎盤、脾臓、小腸、骨格筋、膵臓、および結腸の粘膜内層）であり得る。
例えば、分子量、アミノ酸配列もしくはヌクレオチド配列、または相対量におい
て比較される２つの組織におけるポリヌクレオチド関連遺伝子、ｍＲＮＡ、また
はタンパク質の間の差異は、罹患したことが疑われるヒトの組織における、この
遺伝子、またはこの遺伝子を調節する遺伝子の変化を示す。示差的発現の検出ま
たは癌の診断におけるその使用の例は、米国特許第５，６８８，６４１号および
同第５，６７７，１２５号において記載される。
【０１０９】 ヒトにおける疾患に対する遺伝的素因はまた、胎児組織における本発明のポリ
ヌクレオチドに対応するｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルと、正常な胎児
組織における関連するレベルとを比較することによって検出され得る。この目的
のために使用される胎児組織としては、羊水、絨毛膜絨毛、血液、およびインビ
トロで受精された胚の割球が挙げられるが、これらに制限されない。匹敵する正
常なポリヌクレオチド関連遺伝子は、任意の組織から得られる。ｍＲＮＡまたは
タンパク質は、ポリヌクレオチド関連遺伝子が発現されるヒトの正常な組織から
得られる。胎児ポリヌクレオチド関連遺伝子もしくはｍＲＮＡの同じ産物のヌク
レオチド配列またはその大きさにおける変化、または分子量、アミノ酸配列、も
しくは胎児タンパク質の相対量における変化のような差異は、胎児のポリヌクレ
オチド関連遺伝子における生殖系列の変異を示し得、これは、疾患に対する遺伝
的素因を示す。一般に、示差的発現に基づく本発明の診断、予後、および他の方
法は、疾患（例えば、乳癌、肺癌、結腸癌、および／またはその転移形態）を有
することが疑われる、または疾患に罹患しやすい患者から得られる試験サンプル
中の、遺伝子産物（特に示差的に発現される遺伝子産物）のレベルまたは量の検
出、ならびに正常な細胞（例えば、癌に実質的に罹患していない細胞）および／
または他のコントロール細胞において見出されるレベルと検出されたレベルとの
比較（例えば、異形成に罹患した細胞から癌細胞を区別するために）を包含する
。さらに、疾患の重篤度は、示差的に発現される遺伝子産物の検出されるレベル
と、種々の程度の重篤度の疾患と関連する示差的な遺伝子産物のレベルを示すサ
ンプル中で検出されるレベルとを比較することによって評価され得る。本明細書
中での用語「診断」の使用は、「予後の」あるいは「予後」を排除することを必
ずしも意味せず、むしろ便宜のために使用されることに留意すべきである。
【０１１０】 用語「示差的に発現される遺伝子」は一般に、例えば、遺伝子産物（例えば、
ポリぺプチド）をコードするオープンリーディングフレーム、ならびに／または
このような遺伝子のイントロン、ならびに発現の調節に関与する隣接の５’およ
び３’非コードヌクレオチド配列（コード領域を超えて約２０ｋｂまでであるが
いずれかの方向においておそらくそれ以上）を含み得るポリヌクレオチドを包含
することが、意図される。遺伝子は、染色体外での維持のために、または宿主ゲ
ノムへの組み込みのために、適切なベクターに導入され得る。一般に、少なくと
も約２５％、通常少なくとも約５０％〜７５％、より通常は少なくとも約９０％
以上の発現レベルにおける減少と関連する発現レベルにおける差異は、示差的に
発現される目的の遺伝子（すなわち、コントロールサンプルと比較して試験サン
プル中で過少発現されるかまたはダウンレギュレートされる遺伝子）を示す。さ
らに、コントロールサンプルと比較して、少なくとも約２５％、通常少なくとも
約５０％〜７５％、より通常少なくとも約９０％の、発現の増加と関連する発現
レベルの差異は、少なくとも約１と１／２倍、通常少なくとも２倍〜約１０倍で
あり得、そして約１００倍〜約１，０００倍の増加であり得、このことは、示差
的に発現される目的の遺伝子（すなわち、過剰発現されるかまたはアップレギュ
レートされる遺伝子）の指標である。
【０１１１】 本明細書中で使用される場合、「示差的に発現されるポリヌクレオチド」は、
示差的に発現される遺伝子を示す配列を含む核酸分子（ＲＮＡまたはＤＮＡ）を
意味し、例えば、示差的に発現されるポリヌクレオチドは、サンプル中の示差的
に発現されるポリヌクレオチドの検出が、サンプル中の示差的に発現される遺伝
子の存在と相関されるように、示差的に発現される遺伝子を独特に同定する配列
（例えば、遺伝子産物をコードするオープンリーディングフレーム）を含む。「
示差的に発現されるポリヌクレオチド」はまた、開示されるポリヌクレオチドの
フラグメント（例えば、生物学的活性を保持するフラグメント）、ならびに開示
されるポリヌクレオチドに相同な、実質的に類似の、または実質的に同一の（例
えば、約９０％の配列同一性を有する）核酸ホモログを包含することが意味され
る。
【０１１２】 本明細書中で使用される場合、「診断」は、一般に、疾患または障害に対する
患者の罹患しやすさの決定、被験体が疾患または障害に現在罹患しているか否か
に関する決定、ならびに疾患または障害に罹患した被験体の予後に関する決定（
例えば、転移前のもしくは転移性の癌の状態、癌の病期、または治療に対する癌
の応答性の同定）を含む。本発明は特に、乳癌（例えば、上皮内癌（例えば、上
皮内管癌（ｄｕｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｉｎ ｓｉｔｕ））、エストロ
ゲンレセプター（ＥＲ）ポジティブ乳癌、ＥＲネガティブ乳癌、または乳癌の他
の形態および／または病期）、肺癌（例えば、小細胞癌、非小細胞癌、中皮腫、
および肺癌の他の形態および／または病期）、ならびに結腸癌（例えば、腺腫性
ポリープ、結腸直腸癌、および結腸癌の他の形態および／または病期）の状況に
おける被験体の診断を含む。
【０１１３】 本明細書を通して使用される「サンプル」または「生物学的サンプル」は一般
的に、生物学的流体または組織のサンプル（特に、組織から得たサンプル、特に
診断適用が設計される疾患(例えば、腺管癌)に関連した種類の細胞由来のサンプ
ルなど）をいうことを意味する。「サンプル」はまた、このようなサンプルの誘
導体および画分(例えば、細胞溶解産物)を包含することを意味する。サンプルが
固形組織である場合、この組織の細胞は、解離され得るかまたは組織切片が分析
され得る。
【０１１４】 診断または予後において有用な本発明の方法は代表的に、目的のサンプル中の
選択される示差的に発現される遺伝子産物の量と、コントロールのその量とを比
較して、遺伝子産物の発現における任意の相対的な差異を決定する工程を包含し
、ここでこの差異は、定性的におよび／または定量的に測定され得る。定量は、
例えば、サンプルにおいて検出される発現産物のレベルと、検量線に存在する産
物の量とを比較することによって達成され得る。比較は、視覚的に；コンピュー
ター化した補助を伴うかまたは伴わないデンシトメトリーのような技術を使用す
ることによって；試験サンプルから単離されたｍＲＮＡのｃＤＮＡクローンの代
表的なライブラリーを調製し、そのライブラリー中のクローンを配列決定して同
じ遺伝子産物に対応するｃＤＮＡクローンの数を決定し、そしてコントロールサ
ンプル中の同じ遺伝子産物のクローンの数に対して、同じ遺伝子産物に対応する
クローンの数を分析することによって；またはアレイを使用して、選択された配
列もしくは配列のセットへのハイブリダイゼーションの相対的なレベルを検出し
、そしてこのハイブリダイゼーションパターンをコントロールのハイブリダイゼ
ーションパターンと比較することによって、なされ得る。次いで、発現における
差異は、異常な発現パターンの存在または不在と相関付けられる。サンプル中の
核酸の量を決定するための種々の異なる方法は、当業者に公知である（例えば、
ＷＯ９７／２７３１７を参照のこと）。一般に、本発明の診断アッセイは、配列
番号１〜３３５１の配列に対応するポリヌクレオチド配列（例えば、ｍＲＮＡま
たはポリぺプチド）の遺伝子産物の検出を包含する。サンプルが得られる患者は
、明らかに健常であり得るか、（例えば、家族病歴または特定の環境因子への曝
露によって決定した場合）疾患に罹患しやすくあり得るか、または本発明の遺伝
子産物の変化した発現が関連する状態を有するとして既に同定されてい得る。
【０１１５】 診断は、配列番号１〜３３５１において記載される配列を有する、少なくとも
１つの、好ましくは少なくとも２つ以上の、少なくとも３つ以上の、または少な
くとも４つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる遺伝子産物の遺伝子産
物の検出された発現レベルに基づいて決定され得、そして配列番号１〜３３５１
の全て、ならびに／またはさらなる診断マーカーおよび／もしくは参照配列とし
て機能し得るさらなる配列に対応する遺伝子の発現の検出を包含し得る。診断方
法が、癌の存在または患者の癌への罹患しやすさを検出するために設計される場
合、アッセイは好ましくは、癌において示差的に発現されるポリヌクレオチドに
対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の検出を包含する。このような
示差的に発現されるポリヌクレオチドの例は、以下の実施例において記載される
。提供されるポリヌクレオチドおよび本明細書中に提供されるそれらの相対的な
発現レベルに関する情報を考慮すれば、診断および予後において、このようなポ
リヌクレオチドおよびそれらの発現レベルの検出を使用するアッセイは、当業者
に容易に明らかである。
【０１１６】 任意の種々の検出可能な標識は、本発明の診断方法の種々の実施形態と関連し
て使用され得る。適切な検出可能な標識としては、蛍光色素（例えば、フルオレ
セインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、テキサスレッド、フィコ
エリトリン、アロフィコシアニン、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ
）、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオレ
セイン、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、６−カルボキシ−２’，
４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、５−カルボキシ
フルオレセイン（５−ＦＡＭ）、またはＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’，−テトラメチル−
６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ））、放射性標識（例えば、32Ｐ、35Ｓ
、3Ｈなど）などが挙げられる。検出可能な標識は、２段階系（例えば、ビオチ
ン−アビジン、ハプテン−抗ハプテン抗体など）を含み得る。
【０１１７】 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに特異的な試薬（例えば、抗体
およびヌクレオチドプローブ）は、生物学的サンプル中の発現産物の存在を検出
するためのキットにおいて供給され得る。キットはまた、緩衝剤または標識化成
分、ならびに生物学的サンプル中の発現産物を検出および定量するための試薬を
使用するための説明書を含み得る。本発明の診断方法の例示的な実施形態は、以
下により詳細に記載される。
【０１１８】 （診断におけるポリぺプチド検出） １つの実施形態において、試験サンプル
は、示差的に発現されるポリぺプチドのレベルについてアッセイされる。診断は
、試験サンプル中の示差的に発現されるポリぺプチドの不在もしくは存在、また
は変化した量を決定するための多くの方法のいずれかを使用して達成され得る。
例えば、検出は、従来の方法に従って行われる、標識抗体での細胞または組織学
的切片の染色を利用し得る。細胞は、細胞質分子を染色するために透過化され得
る。一般に、本発明の示差的に発現されるポリぺプチドを特異的に結合する抗体
がサンプルに添加され、そしてエピトープへの結合を可能にするのに十分な期間
、通常少なくとも約１０分間、インキュベートされる。抗体は、直接的な検出の
ために検出可能に標識され得るか（例えば、放射性同位体、酵素、蛍光体、化学
発光体などを使用して）、または結合を検出するための第２段階の抗体または試
薬と共に使用され得る（例えば、ビオチンと西洋ワサビペルオキシダーゼ結合体
化アビジン、蛍光化合物（例えば、フルオレセイン、ローダミン、テキサスレッ
ドなど）に結合体化した二次抗体）。抗体結合の不在または存在は、種々の方法
によって決定され得、この方法としては、解離された細胞のフローサイトメトリ
ー、顕微鏡法、Ｘ線撮影、シンチレーションカウンティングなどが挙げられる。
示差発現されるポリぺプチドのレベルまたは量の定性的または定量的な検出の任
意の適切な代替の方法（例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、免疫沈降、
ラジオイムノアッセイなど）が、使用され得る。
【０１１９】 （ｍＲＮＡ検出） 本発明の診断方法はまた、もしくはあるいは、本発明の示
差的に発現されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされるｍＲ
ＮＡの検出を包含し得る。特異的なｍＲＮＡを検出するための当該分野において
公知の任意の適切な定性的または定量的な方法が、使用され得る。ｍＲＮＡは、
例えば、組織切片におけるインサイチュハイブリダイゼーションによって、逆転
写酵素ＰＣＲによって、またはポリＡ＋ｍＲＮＡを含むノーザンブロットにおい
て、検出され得る。当業者は容易に、２つのサンプル間のｍＲＮＡ転写物の大き
さまたは量における差異を検出するために、これらの方法を使用し得る。サンプ
ル中のｍＲＮＡ発現レベルは、サンプルからの発現配列タグ（ＥＳＴ）のライブ
ラリーの作製によって決定され得、ここではＥＳＴライブラリーは、サンプル中
に存在する配列の代表である（Ａｄａｍｓら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５
２：１６５１）。ライブラリー内のＥＳＴの相対的な表示の列挙は、出発サンプ
ル内の遺伝子転写物の相対的な表示を近似するために使用され得る。次いで、試
験サンプルのＥＳＴ分析の結果は、参照サンプルのＥＳＴ分析と比較されて、選
択されるポリヌクレオチド、特に本明細書中に記載される１つ以上の示差的に発
現される遺伝子に対応するポリヌクレオチドの相対的な発現レベルを決定し得る
。あるいは、試験サンプル中の遺伝子発現は、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ
）方法論（例えば、Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９５）２７
０：４８４）またはディファレンシャルディスプレイ（ＤＤ）方法論（例えば、
米国特許第５，７７６，６８３号；および米国特許第５，８０７，６８０号を参
照のこと）を使用して行われ得る。
【０１２０】 あるいは、遺伝子発現は、ハイブリダイゼーション分析を使用して分析され得
る。オリゴヌクレオチドまたはｃＤＮＡは、特異的な配列組成のＤＮＡまたはＲ
ＮＡ、および定性的または定量的に決定された公知の捕獲配列にハイブリダイズ
するＲＮＡまたはｃＤＮＡの量を選択的に同定または捕獲するために、サンプル
中の細胞性メッセージのプール内の特定のメッセージの相対的な表示についての
情報を提供するために、使用され得る。ハイブリダイゼーション分析は、例えば
、高密度形式を有するアレイベースの技術（フィルター、顕微鏡スライド、もし
くはマイクロチップを含む）、または分光学的分析（例えば、質量分析）を用い
る溶液ベースの技術を使用することによって、数百〜数千の遺伝子の相対的な発
現の同時のスクリーニングを可能にするように設計され得る。本発明の診断方法
におけるアレイの１つの例示的な使用は、以下に、より詳細に記載される。
【０１２１】 （診断適用における単一遺伝子の使用） 本発明の診断方法は、単一の示差的
に発現される遺伝子の発現に集中し得る。例えば、診断方法は、疾患と関連した
、示差的に発現された遺伝子、またはこのような遺伝子の多型（例えば、コード
領域または制御領域における多型）を検出する工程を包含し得る。疾患関連性の
多型は、遺伝子の欠失または短縮、コードされるタンパク質の発現レベルを変化
させるおよび／またはコードされるタンパク質の活性に影響を与えるなどの変異
を含み得る。
【０１２２】 多くの方法が、特定の配列（例えば、疾患関連性の多型）の存在について核酸
を分析するために利用可能である。大量のＤＮＡが利用可能である場合、ゲノム
ＤＮＡが直接的に使用される。あるいは、目的の領域は、適切なベクターにクロ
ーン化され、そして分析のために十分な量で増殖される。示差的に発現される遺
伝子を発現する細胞は、ｍＲＮＡの供給源として使用され得、これは直接的にア
ッセイされ得るか、分析のためにｃＤＮＡへと逆転写され得る。核酸は、分析の
ために十分な量を提供するために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような従
来の技術によって増幅され得、そして検出可能な標識が、検出を容易にするため
に増幅反応において含められ得る（例えば、検出可能に標識されるプライマーま
たは検出可能に標識されるオリゴヌクレオチドを使用する）。あるいは、多型を
検出する手段としてオリゴヌクレオチド連結を利用する種々の方法がまた、当該
分野において公知である。例えば、Ｒｉｌｅｙら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅ
ｓ．（１９９０）１８：２８８７；およびＤｅｌａｈｕｎｔｙら、Ａｍ．Ｊ．Ｈ
ｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９６）５８：１２３９を参照のこと。
【０１２３】 増幅されたかまたはクローン化されたサンプル核酸は、当該分野において公知
の多くの方法のうちの１つによって分析され得る。核酸は、ジデオキシ法または
他の方法によって配列決定され得、そして塩基の配列は、選択された配列（例え
ば、野生型配列）と比較され得る。多型配列または改変体配列とのハイブリダイ
ゼーションはまた、サンプル中のその存在を決定するために（例えば、サザンブ
ロット、ドットブロットなどにより）使用され得る。米国特許第５，４４５，９
３４号またはＷＯ９５／３５５０５において記載されるように、固体支持体上に
固定されたオリゴヌクレオチドプローブのアレイに対する、多型配列または改変
体配列、およびコントロール配列のハイブリダイゼーションパターンはまた、疾
患と関連する多型配列または改変体配列を同定する手段として使用され得る。ゲ
ルマトリクスにおける一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析、変性勾配ゲル電気
泳動（ＤＧＧＥ）、およびヘテロ二重鎖分析は、電気泳動移動度の変化としてＤ
ＮＡ配列バリエーションによって作成される高次構造変化を検出するために使用
される。あるいは、多型が制限エンドヌクレアーゼについての認識部位を作製ま
たは破壊する場合、サンプルは、そのエンドヌクレアーゼで消化され、そして産
物は、フラグメントが消化されたか否かを決定するためにサイズ分画される。分
画は、ゲル電気泳動またはキャピラリー電気泳動（特にアクリルアミドゲルまた
はアガロースゲル）によって行われる。
【０１２４】 遺伝子における変異についてのスクリーニングは、タンパク質の機能特性なま
たは抗原特性に基づき得る。タンパク質短縮アッセイは、タンパク質の生物学的
活性に影響し得る欠失を検出する際に有用である。タンパク質における多型を検
出するために設計される多様な免疫アッセイが、スクリーニングにおいて使用さ
れ得る。多くの種々の遺伝子変異が、特定の疾患表現型を導く場合、機能性タン
パク質アッセイが、有効なスクリーニングのツールであることが証明された。コ
ードされるタンパク質の活性は、野生型タンパク質との比較によって決定され得
る。
【０１２５】 （アレイを使用する診断におけるパターン適合化）別の実施形態において、本
発明の診断および／または予後の方法は、試験発現パターン（ＴＥＰ）を生成す
るために、試験サンプル中の遺伝子の選択されたセットの発現の検出を含む。Ｔ
ＥＰは、参照サンプル（例えば、ポジティブコントロールサンプルまたはネガテ
ィブコントロールサンプル）中の遺伝子の選択されたセットの発現の検出によっ
て生成される参照発現パターン（ＲＥＰ）と比較される。遺伝子の選択されたセ
ットは、本発明の遺伝子のうちの少なくとも１つを含み、これらの遺伝子は、配
列番号１〜３３５１のポリヌクレオチド配列に対応する。特に重要なのは、試験
サンプルがスクリーニングされる疾患において示差的に発現される遺伝子を含む
遺伝子の選択されたセットである。
【０１２６】 示差的遺伝子発現分析および診断／予後に関して本明細書中で使用される場合
に、「参照配列」または「参照ポリヌクレオチド」は、ポリヌクレオチドの選択
されたセットをいい、この選択されたセットは、本明細書中に記載される示差的
に発現されるポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つ以上を含む。複数の参照
配列（好ましくはポジティブコントロール配列およびネガティブコントロール配
列を含む）が、参照配列として含まれ得る。さらに適切な参照配列は、ＧｅｎＢ
ａｎｋ、Ｕｎｉｇｅｎｅ、および他のヌクレオチド配列データベースにおいて見
出される（例えば、発現配列タグ（ＥＳＴ）、部分配列および全長配列を含む）
。
【０１２７】 「参照アレイ」は、サンプルとのハイブリダイゼーションにおける使用のため
の参照配列を有するアレイを意味し、ここでは参照配列は、本明細書中に記載さ
れる示差的に発現されたポリヌクレオチドのうちの全て、それらのうちの少なく
とも１つ、またはそれらのうちの任意のサブセットを含む。通常このようなアレ
イは、少なくとも３つの異なる参照配列を含み、そして提供された示差的に発現
される配列のいずれか１つまたは全てを含み得る。目的のアレイはさらに、他の
遺伝子配列（特に疾患または障害（例えば、癌、異形成、あるいは他の関連があ
るかまたは関連のない疾患、障害もしくは状態）についてスクリーニングするた
めの目的の他の配列）の配列（多型を含む）を含み得る。このアレイにおけるオ
リゴヌクレオチド配列は通常、少なくとも約１２ｎｔ長であり、そしておよそ提
供される配列の長さであり得るし、または１００ｎｔ〜２００ｎｔ長以上のフラ
グメントを生成するように隣接領域へ伸長され得る。参照アレイは、当該分野に
おいて公知の任意の適切な方法に従って作製し得る。例えば、オリゴヌクレオチ
ドの大きなアレイを作製する方法は、光指向性合成技術を使用する米国特許第５
，１３４，８５４号および米国特許第５，４４５，９３４号において記載される
。コンピューター制御系を使用して、モノマーの不均一アレイが、多くの反応部
位での同時のカップリングを介してポリマーの不均一アレイへ変換される。ある
いは、マイクロアレイが、例えば、ＰＣＴ公開出願ＷＯ９５／３５５０５におい
て記載されるように、固体基材上への予め合成されたオリゴヌクレオチドの堆積
によって作製される。
【０１２８】 本明細書中で使用される場合「参照発現パターン」あるいは「ＲＥＰ」は、遺
伝子（特に、選択された細胞型（例えば、正常細胞、癌細胞、環境刺激に曝露さ
れた細胞など）と相関する、示差的に発現される遺伝子）の選択されたセットの
相対的な発現レベルをいう。「試験発現パターン」または「ＴＥＰ」は、試験サ
ンプル（例えば、ｍＲＮＡが単離される、未知の疾患状態の細胞または疾患状態
が疑われる細胞）中の、遺伝子（特に、示差的に発現される遺伝子）の選択され
たセットの相対的な発現レベルをいう。
【０１２９】 ＲＥＰは、当該分野において周知の方法に従って、種々の方法において作製さ
れ得る。例えば、ＲＥＰは、ポリヌクレオチドの選択されたセット（特に、示差
的に発現されるポリヌクレオチドの選択されたセット）を有するアレイに、コン
トロールサンプルをハイブリダイズし、アレイからのハイブリダイゼーションデ
ータを獲得し、そしてＲＥＰとＴＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマット
でデータを保存することによって作製され得る。あるいは、コントロールサンプ
ル中の発現される全ての配列は、例えば、コントロールサンプルからｍＲＮＡを
単離し、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに変換し、そしてｃＤＮＡを配列決定することによ
って、単離および配列決定され得る。得られる配列情報は、サンプル中の発現さ
れる配列の正体および相対的な数をおよそまたは正確に反映する。次いで、配列
情報は、ＲＥＰとＴＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマット（例えば、コ
ンピューター読み出し可能なフォーマット）で保存され得る。ＲＥＰは、データ
保存の前または後に正規化され得、そして／またはあまり重要ではないかまたは
分析を複雑にし得る発現された遺伝子の配列を選択的に除去するように処理され
得る（例えば、ハウスキーピング遺伝子と関連する配列のいくつかまたは全ては
、ＲＥＰデータから排除され得る）。
【０１３０】 ＴＥＰは、例えば、ポリヌクレオチドの選択されたセット（特に示差的に発現
されるポリヌクレオチドの選択されたセット）を有するアレイに試験サンプルを
ハイブリダイズさせ、このアレイからハイブリダイゼーションデータを獲得し、
そしてＴＥＰとＲＥＰとの容易な比較を可能にするフォーマットでデータを保存
することによって、ＲＦＰと同様な様式で作製され得る。比較において使用され
るＲＥＰおよびＴＥＰは、同時に作製され得るか、またはＴＥＰが、事前に作製
されかつ保存されたＲＥＰと比較され得る。
【０１３１】 本発明の１つの実施形態において、ＴＥＰとＲＥＰとの比較は、試験サンプル
と参照アレイとをハイブリダイズする工程を包含し、ここでは参照アレイは、サ
ンプルとのハイブリダイゼーションにおける使用のために１つ以上の参照配列を
有する。参照配列は、本明細書中に記載の示差的に発現されるポリヌクレオチド
のうちの全て、それらのうちの少なくとも１つ、またはそれらのうちの任意のサ
ブセットを含む。試験サンプルについてのハイブリダイゼーションデータが獲得
され、そのデータは正規化され、そして作製されたＴＥＰは、示差的に発現され
るポリヌクレオチドの同じまたは類似の選択されたセットを有するアレイを使用
して、作製されたＲＥＰと比較される。２つのサンプル間で示差的に発現される
配列に対応するプローブは、サンプルのうちの一方について、他方にくらべて減
少したかまたは増加したハイブリダイゼーション効率を示す。
【０１３２】 サンプルと参照アレイとのハイブリダイゼーションからのデータの収集のため
の方法は、当該分野において周知である。例えば、参照サンプルおよび試験サン
プルのポリヌクレオチドは、検出可能な蛍光標識を使用して生成され得、そして
サンプルにおけるポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションは、例えば、顕微
鏡または基質に光を当てるための光源とを使用して、検出可能な標識の存在につ
いてマイクロアレイをスキャンすることによって検出され得る。光子カウンター
は、基質からの蛍光を検出し、一方、ｘ−ｙ平行移動（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ
）ステージは基質の位置を変化させる。本発明の方法において使用され得る共焦
点検出デバイスは、米国特許第５，６３１，７３４号において記載される。走査
型レーザー顕微鏡は、Ｓｈａｌｏｎら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（１９９６）６
：６３９において記載される。適切な励起線を使用するスキャンが、使用される
各蛍光団について行われる。次いで、スキャンから作製されるデジタル画像が、
その後の分析のために組合わされる。任意の特定のアレイエレメントについて、
１つのサンプル（例えば、試験サンプル）からの蛍光シグナルの比率は、別のサ
ンプル（例えば、参照サンプル）からの蛍光シグナルと比較され、そして相対的
なシグナル強度が決定される。
【０１３３】 アレイへのハイブリダイゼーションから収集されるデータを分析するための方
法は、当該分野において周知である。例えば、ハイブリダイゼーションの検出が
蛍光標識を含む場合、データ分析は、収集されたデータからの基質の位置の関数
として蛍光強度を決定する工程、アウトライアー（すなわち、予め決定された統
計学的分布から逸脱するデータ）を除く工程、および残りのデータから標的の相
対的な結合親和性を算定する工程を包含し得る。得られるデータは、標的とプロ
ーブとの間の結合親和性に従って変化する各領域における強度とともに、画像と
して提示され得る。
【０１３４】 一般に、試験サンプルは、試験サンプルから作製されるＴＥＰを、参照サンプ
ルから（例えば、癌、癌の特定の段階、異形成と関連するサンプル、癌以外の疾
患に罹患したサンプル、正常サンプルなどから）作製される１つ以上のＲＥＰと
比較することによって、疾患状態または非疾患状態と関連する遺伝子発現プロフ
ィールに対応する遺伝子発現プロフィールを有すると分類される。ＴＥＰとＲＥ
Ｐとの間の適合、または実質的な適合についての基準は、参照遺伝子の同じまた
は実質的に同じセットの発現、および実質的に同じレベル（例えば、サンプルの
正規化後に選択された参照配列と関連するシグナルについて、サンプル間で有意
差がないか、または所定の参照配列についてのシグナル強度における、少なくと
も約２５％〜約４０％を超えない差異）でのこれらの参照遺伝子の発現を含む。
一般に、ＴＥＰとＲＥＰとの間のパターン適合は、本発明の示差的に発現される
遺伝子のうちの少なくとも１つ、それらのうちの全て、またはそれらのうちの任
意のサブセットの、発現における適合（好ましくは定性的または定量的な発現レ
ベルにおける適合）を含む。
【０１３５】 パターン適合化は、手動で行われ得るか、またはコンピュータープログラムを
使用して行われ得る。基質マトリクス（例えば、アレイ）の調製のための方法、
このようなマトリクスとともに使用するオリゴヌクレオチドの設計のための方法
、プローブの標識化のための方法、ハイブリダイゼーション条件のための方法、
ハイブリダイズされたマトリクスのスキャニングのための方法、および生成され
るパターンの分析（比較分析を含む）のための方法は、例えば米国特許第５，８
００，９９２号において記載される。
【０１３６】 （癌の診断、予後、および管理） 本発明のポリヌクレオチドおよびそれらの遺伝子産物は、発癌経路に沿って最
も初期の変化を検出する遺伝子マーカーまたは生化学的マーカー（例えば、血液
もしくは組織中で）として、ならびに／または種々の治療および予防的介入の効
力をモニターするために、特に重要である。例えば、あるポリヌクレオチドの発
現のレベルは、より不十分な予後の指標であり得、それゆえ、患者に対してより
攻撃的な化学療法または放射線療法を保証し、逆もまた同じである。患者におけ
る処置に対する応答および結果と、新規な代用の腫瘍特異的特徴との相関は、そ
の腫瘍の分子プロフィールに基づいて調整される治療の設計を可能にする予後の
指標を規定し得る。これらの治療は、抗体標的化および遺伝子治療を包含する。
あるポリヌクレオチドの発現を決定すること、ならびに患者のプロフィールを正
常な組織および疾患の改変体における既知の発現と比較することは、処置の特異
性に関して、および患者の苦痛のないレベルに関しての両方で、患者についての
最も良好な可能な処置の決定を可能にする。ポリヌクレオチド発現のような代用
の腫瘍マーカーはまた、より良好な分類のために、従って、癌の異なる形態およ
び疾患状態を診断および処置するために、使用され得る。本発明のポリヌクレオ
チドの発現レベルの同定から得られ得る、腫瘍学において広範に使用される２つ
の分類は、癌障害の病期分類、および癌組織の性質の悪性度分類である。
【０１３７】 本発明のポリヌクレオチドは、潜在的に悪性の事象を、それらが肉眼形態学的
レベルで検出可能となる前に分子レベルで検出するために、癌を有するかまたは
癌に感受性の患者をモニターするために有用であり得る。さらに、１つの型の癌
にとって重要であると同定される本発明のポリヌクレオチドはまた、他の型の癌
の発症または発症の危険性についての関連性を有し得、例えば、ここではポリヌ
クレオチドは種々の癌の型にわたって差次的に発現される。従って、例えば、転
移性の結腸癌について臨床学的関連性を有するポリヌクレオチドの発現はまた、
胃癌または子宮内膜癌について臨床学的関連性を有し得る。
【０１３８】 病期分類。病期分類は、患者において癌の状態がどのくらい進行したかを記載
するために、医師によって使用されるプロセスである。一般に、癌がどのリンパ
節にも広がることなく原発性病変の領域においてのみ検出可能である場合、この
癌は病期Ｉと呼ばれる。癌が最も近いリンパ節にのみ広がった場合、これは病期
ＩＩと呼ばれる。病期ＩＩＩにおいて、癌は一般に、原発性病変の部位に近位の
リンパ節に広がっている。身体の遠位の部分（例えば、肝臓、骨、脳、または他
の部位）に広がった癌は、病期ＩＶであり、最も進行した病期である。
【０１３９】 本発明のポリヌクレオチドは、癌の攻撃性（例えば、転移能）、および身体の
異なる領域における存在についてのマーカーを同定することによって、病期分類
プロセスの微調整を容易にし得る。従って、高い転移能の癌を示すポリヌクレオ
チドを有する病期ＩＩの癌は、境界の病期ＩＩ腫瘍を病期ＩＩＩ腫瘍へと変える
ために使用され得、より攻撃性の治療を正当化する。逆に、より低い転移能を示
すポリヌクレオチドの存在は、より保存的な腫瘍の病期分類を許容する。
【０１４０】 癌の悪性度分類。悪性度は、腫瘍がその同じ型の正常な組織にどのくらい近く
似ているかを記載するために使用される用語である。腫瘍の顕微鏡での外観は、
細胞形態、細胞構成、および分化の他のマーカーのようなパラメーターに基づい
て、腫瘍の悪性度を同定するために使用される。一般的な法則として、腫瘍の悪
性度は、その増殖の速度または攻撃性に対応し、未分化の腫瘍または高い悪性度
の腫瘍は、十分に分化した腫瘍または低い悪性度の腫瘍よりも攻撃性である。以
下の指針は一般に、腫瘍を悪性度分類するために使用される：１）ＧＸ悪性度は
、評価され得ない；２）Ｇ１ 十分に分化している；Ｇ２ 中程度に十分に分化
している；３）Ｇ３ 不十分にしか分化していない；４）Ｇ４ 未分化。本発明
のポリヌクレオチドは、これが腫瘍の細胞の分化の状態を決定することを補助し
得るのみでなく、これらはまた腫瘍の攻撃性（例えば、転移能）を決定する際に
価値がある、分化以外の因子を同定し得るので、腫瘍の悪性度を決定するにおい
て特に価値があり得る。
【０１４１】 肺癌の検出。本発明のポリヌクレオチドは、被験体において肺癌を検出するた
めに使用され得る。１ダースよりも多くの異なる種類の肺癌が存在するが、肺癌
の２つの主な型は、小細胞癌および非小細胞癌であり、これらは全ての肺癌症例
のうちの約９０％を包含する。小細胞癌（燕麦細胞癌とも呼ばれる）は通常、大
きい方の気管支の１つにおいて開始し、非常に迅速に増殖し、そして診断の時ま
でには大きくなる傾向がある。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）は、肺癌の３つの一
般的なサブタイプから構成される。類表皮癌（扁平上皮細胞癌とも呼ばれる）は
通常、大きい方の気管支の１つにおいて開始し、そして比較的ゆっくりと増殖す
る。これらの腫瘍のサイズは、非常に小さいサイズから非常に大きいサイズまで
の範囲であり得る。腺癌は、肺の外側の表面近くで増殖を開始し、そして大きさ
および増殖速度の両方において変化し得る。いくつかのゆっくりと増殖する腺癌
は、肺胞細胞癌として記載される。大細胞癌は、肺の表面近くで開始し、迅速に
増殖し、そして診断されるときには、増殖は通常、非常に大きい。肺癌の他のあ
まり一般的でない形態は、カルチノイド、円柱腫、粘液性類表皮癌、および悪性
中皮腫である。
【０１４２】 本発明のポリヌクレオチド（例えば、正常な細胞対癌性肺細胞（例えば、高い
転移能の腫瘍細胞または低い転移能の腫瘍細胞）において差次的に発現されるポ
リヌクレオチド、もしくは癌性肺細胞の型の間（例えば、高い転移性対低い転移
性）で差次的に発現されるポリヌクレオチド）は、肺癌の型を区別するために、
ならびにある患者の癌に特異的な特性を同定するために、および適切な治療を選
択するために、使用され得る。例えば、患者の生検が、低い転移能と関連するポ
リヌクレオチドを発現する場合、これは病変を除去するための外科手術において
患者の肺の比較的大きな部分を残すことを正当化し得る。あるいは、高い転移能
と関連するポリヌクレオチドの発現を伴う比較的小さな病変は、転移が病理学的
試験を介して同定され得ない場合であってさえも、肺組織および／またはその周
囲のリンパ節のより根治的な除去を正当化し得る。
【０１４３】 乳癌の検出。乳癌の大多数は、腺癌のサブタイプであり、これは以下のように
まとめられ得る：１）上皮内腺管癌（ＤＣＩＳ）（面皰癌を含む）；２）浸潤性
（または侵襲性）腺管癌（ＩＤＣ）；３）上皮内小葉癌（ＬＣＩＳ）；４）浸潤
性（または侵襲性）小葉癌（ＩＬＣ）；５）炎症性乳癌；６）髄様癌；７）粘液
性癌腫；８）乳頭のパゲット病；９）葉状腫瘍、および１０）管状腺癌。
【０１４４】 本発明のポリヌクレオチドの発現は、乳癌の診断および管理において、ならび
に乳癌の型の間を区別するために、使用され得る。乳癌の検出は、本発明の任意
の適切なポリヌクレオチドの発現レベルを、単独でかまたは組合わせてかのいず
れかで使用して、決定され得る。乳癌の攻撃性の性質および／または転移能の決
定はまた、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドのレベルを比較し、そして癌性
組織において変化することが知られる別の配列のレベル（例えば、ＥＲ発現）を
比較することによって、決定され得る。さらに、乳癌の発症は、ステロイドホル
モン（例えば、テストステロンもしくはエストロゲン）のレベルに対する差次的
に発現されるポリヌクレオチドの発現の比率、または他のホルモン（例えば、成
長ホルモン、インスリン）に対する差次的に発現されるポリヌクレオチドの発現
の比率を試験することによって、検出され得る。従って、特定のマーカーポリヌ
クレオチドの発現は、正常な乳房組織と癌性の乳房組織との間を区別するため、
起源の異なる細胞を有する乳癌の間を区別するため、異なる潜在的な転移速度を
有する乳癌の間を区別するなどのために、使用され得る。
【０１４５】 結腸癌の検出。適切な発現パターンを示す本発明のポリヌクレオチドは、被験
体において結腸癌を検出するために使用され得る。結腸直腸癌は、ヒトにおける
最も一般的な新生物の１つであり、そしておそらく遺伝性の新生物の最も頻繁な
形態である。予防および初期の検出は、結腸直腸癌を制御および治癒することに
おける重要な因子である。結腸直腸癌は、結腸の内層において形成する、細胞の
小さな、良性の増殖物であるポリープとして開始する。数年間の期間にわたって
、これらのポリープのいくつかはさらなる変異を蓄積し、そして癌性になる。複
数の家族性結腸直腸癌障害が同定されており、これは以下のようにまとめられる
：１）家族性腺腫様ポリポーシス（ＦＡＰ）；２）ガードナー症候群；３）遺伝
性非ポリポシース結腸癌（ＨＮＰＣＣ）；および４）アシュケナージユダヤ人に
おける家族性結腸直腸癌。本発明の適切なポリヌクレオチドの発現は、結腸直腸
癌の診断、予後、および管理において使用され得る。結腸癌の検出は、任意のこ
れらの配列の発現レベルを、単独でかまたは発現のレベルと組合わせて使用して
、決定され得る。結腸癌の攻撃性の性質および／または転移能の決定は、本発明
の１つ以上のポリヌクレオチドのレベルを比較し、そして癌組織において変化す
ることが知られる別の配列の総レベル（例えば、ｐ５３、ＤＣＣ ｒａｓ、ｌｏ
ｒ ＦＡＰの発現）を比較することによって、決定され得る（例えば、Ｆｅａｒ
ｏｎ ＥＲら、Ｃｅｌｌ（１９９０）６１（５）：７５９；Ｈａｍｉｌｔｏｎ
ＳＲら、Ｃａｎｃｅｒ（１９９３）７２：９５７；Ｂｏｄｍｅｒ Ｗら、Ｎａｔ
Ｇｅｎｅｔ．（１９９４）４（３）：２１７；Ｆｅａｒｏｎ ＥＲ、Ａｎｎ
ＮＹ Ａｃａｄ Ｓｃｉ．（１９９５）７６８：１０１を参照のこと）。例えば
、結腸癌の発症は、癌遺伝子（例えば、ｒａｓ）または腫瘍抑圧遺伝子（例えば
、ＦＡＰまたはｐ５３）のレベルに対する本発明のポリヌクレオチドのいずれか
の比率を試験することによって、検出され得る。従って、特定のマーカーポリヌ
クレオチドの発現が、正常な結腸組織と癌性の結腸組織との間を区別するため、
起源の異なる細胞を有する結腸癌の間を区別するため、異なる潜在的な転移速度
を有する結腸癌の間を区別するなどのために、使用され得る。
【０１４６】 （ペプチドアナログおよびアンタゴニストについてスクリーニングするための
ポリヌクレオチドの使用） 本発明のポリヌクレオチドおよび対応する全長遺伝子によってコードされるポ
リぺプチドは、コードされるポリぺプチドの中からレセプターのような結合パー
トナーを同定するために、ペプチドライブラリーをスクリーニングするために使
用され得る。ペプチドライブラリーは、当該分野において公知の方法に従って合
成され得る（例えば、米国特許第５，０１０，１７５号およびＷＯ９１／１７８
２３を参照のこと）。本発明のポリぺプチドのアゴニストまたはアンタゴニスト
は、シグナル伝達、抗体結合、レセプター結合、マイトジェンアッセイ、走化性
アッセイなどのような当該分野において公知の任意の利用可能な方法を使用して
、スクリーニングされ得る。アッセイ条件は理想的には、ネイティブな活性がイ
ンビボで示される条件、すなわち、生理学的ｐＨ、温度、およびイオン強度下の
条件に類似するべきである。適切なアゴニストまたはアンタゴニストは、被験体
において毒性の副作用を引き起こさない濃度で、ネイティブな活性の強力な阻害
または増強を示す。ネイティブなポリぺプチドへの結合について競合するアゴニ
ストまたはアンタゴニストは、ネイティブな濃度に等しいかまたはこれよりも大
きい濃度を必要とし得るが、そのポリぺプチドに不可逆的に結合し得るインヒビ
ターは、ほぼネイティブな濃度程度の濃度で添加され得る。
【０１４７】 このようなスクリーニングおよび実験は、本発明のポリヌクレオチドに対応す
る遺伝子またはｃＤＮＡによってコードされる、レセプターのような、新規なポ
リぺプチド結合パートナー、および新規な結合パートナーの少なくとも１つのペ
プチドアゴニストまたはアンタゴニストの同定を導き得る。このようなアゴニス
トおよびアンタゴニストは、レセプターがネイティブである細胞において、また
は遺伝子操作の結果としてレセプターを保持する細胞において、レセプター機能
を調節、増強、または阻害するために使用され得る。さらに、新規なレセプター
が公知のレセプターと生物学的に重要な特徴を共有する場合、アゴニスト／アン
タゴニスト結合についての情報は、公知のレセプターの改善されたアゴニスト／
アンタゴニストの開発を容易にし得る。
【０１４８】 （薬学的組成物および治療的使用） 本発明の薬学的組成物は、治療的に有効な量において、本発明のポリぺプチド
、抗体、またはポリヌクレオチド（アンチセンスヌクレオチドおよびリボザイム
を含む）を含み得る。本明細書中で使用される場合、用語「治療的に有効な量」
は、所望の疾患もしくは状態を処置、軽減、または予防するための、または検出
可能な治療的または予防的効果を示すための、治療剤の量をいう。効果は、例え
ば、化学マーカーまたは抗原レベルによって検出され得る。治療的効果はまた、
体温の低下のような身体的症状における減少を含む。被験体についての正確な有
効量は、被験体の大きさおよび健常度、状態の性質および程度、ならびに投与の
ために選択される治療薬または治療薬の組合せに依存する。従って、正確な有効
量を予め特定することは有用でない。しかし、所定の状態についての有効量は、
日常的な実験によって決定され、そして臨床医の判断の範囲内である。本発明の
目的のために、有効用量は、一般に、これが投与される個体において、約０．０
１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇ、または０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ
のＤＮＡ構築物である。
【０１４９】 薬学的組成物はまた、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的
に受容可能なキャリア」は、抗体またはポリぺプチドのような治療剤、遺伝子、
および他の治療剤の投与のためのキャリアをいう。この用語は、組成物を受容す
る個体に有害な抗体の産生をそれ自身は誘導せず、そして過度の毒性を伴わずに
投与され得る任意の薬学的キャリアをいう。適切なキャリアは、タンパク質、多
糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマーアミノ酸、アミノ酸コポリマー、お
よび不活性なウイルス粒子のような大きな、ゆっくりと代謝される高分子であり
得る。このようなキャリアは当業者に周知である。治療的組成物における薬学的
に受容可能なキャリアは、水、生理食塩水、グリセロール、およびエタノールの
ような液体を含み得る。湿潤化剤または乳化剤、ｐＨ緩衝化物質などのような補
助物質もまた、このようなビヒクルに存在し得る。典型的に、治療的組成物は、
注射可能な、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製され；注射の前に液体
ビヒクル中で溶液または懸濁液とするのに適切な固体形態もまた、調製され得る
。リポソームは、薬学的に受容可能なキャリアの規定内に含まれる。薬学的に受
容可能な塩もまた、薬学的組成物中に存在し得る（例えば、塩化水素塩、臭化水
素塩、リン酸塩、硫酸塩などのような鉱酸塩；および酢酸塩、プロピオン酸塩、
マロン酸塩、安息香酸塩などのような有機酸の塩）。薬学的に受容される腑形剤
の徹底的な考察は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ
Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ Ｐｕｂ． Ｃｏ．、Ｎｅｗ Ｊｏｕｒｓｅｙ １
９９１）において利用可能である。
【０１５０】 （送達方法） 一旦処方されると、本発明の組成物は、（１）被験体に直接的
に投与され得る（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリぺプチドとして）か；ま
たは（２）被験体に由来する細胞にエクスビボで送達され得る（例えば、エクス
ビボ遺伝子治療におけるように）。組成物の直接的な送達は一般に、非経口注射
（例えば、皮下、腹腔内、静脈内もしくは筋肉内、腫瘍内、または組織の間質腔
への注射）によって達成される。投与の他の態様としては、経口投与および肺投
与、坐薬、および経皮適用、針、および遺伝子銃またはハイポスプレイ（ｈｙｐ
ｏｓｐｒａｙ）が挙げられる。投薬処置は、単回用量スケジュールまたは複数用
量スケジュールであり得る。
【０１５１】 エクスビボ送達および被験体への形質転換された細胞の再移植のための方法は
、当該分野において公知であり、そして例えば、国際公開第ＷＯ９３／１４７７
８号において記載される。イクスビボ適用において有用な細胞の例としては、例
えば、幹細胞、特に造血幹細胞、リンパ細胞、マクロファージ、樹状細胞、また
は腫瘍細胞が挙げられる。一般に、エクスビボおよびインビトロ適用のための核
酸の送達は、例えば、デキストラン媒介性のトランスフェクション、リン酸カル
シウム沈澱、ポリブレン媒介性のトランスフェクション、プロトプラスト融合、
電気泳動、リポソーム中のポリヌクレオチドのカプセル化、および核へのＤＮＡ
の直接的なマイクロインジェクションによって達成され得、全て当該分野におい
て周知である。
【０１５２】 一旦本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子が、新生物、形成異常、およ
び過形成のような、増殖性障害と相関することが見出されると、この障害は、提
供されるポリヌクレオチド、対応するポリぺプチド、または他の対応する分子（
例えば、アンチセンス、リボザイムなど）に基づく治療剤の投与による処置に反
応し易い。
【０１５３】 本発明の薬学的組成物の投与の用量および手段は、治療的組成物の特異的な質
、患者の状態、年齢、および体重、疾患の進行、ならびに他の関連の因子に基づ
いて決定される。例えば、本発明のポリヌクレオチド治療的組成物薬剤の投与は
、局所投与または全身投与を含み、注射、経口投与、パーティクルガン（ｐａｒ
ｔｉｃｌｅ ｇｕｎ）、またはカテーテル法による投与、および局所的な投与が
挙げられる。好ましくは、治療的ポリヌクレオチド組成物は、本明細書中に開示
されるポリヌクレオチドの少なくとも１２、２２、２５、３０、または３５の連
続したｎｔのポリヌクレオチドに作動可能に連結されるプロモーターを含有する
発現構築物を含む。種々の方法が、治療的組成物を身体の特定の部位に直接的に
投与するために使用され得る。例えば、小さな転移性病変が位置づけられ、そし
て治療的組成物は、腫瘍の体内のいくつかの異なる位置において数回注射される
。あるいは、腫瘍を供給する動脈が同定され、そして治療的組成物は、組成物を
腫瘍に直接的に送達するために、このような動脈に注射される。壊死中心を有す
る腫瘍は吸引され、そして組成物は、腫瘍の今や空になった中心に直接的に注射
される。アンチセンス組成物は、例えば、組成物の局所的な適用によって腫瘍の
表面に直接的に投与される。Ｘ線画像化は、いくつかの上述の送達法を補助する
ために使用される。
【０１５４】 アンチセンスポリヌクレオチド、サブゲノムポリヌクレオチド、または特定の
組織に対する抗体を含有する治療的組成物のレセプター媒介性の標的化送達もま
た、使用され得る。レセプター媒介性のＤＮＡ送達技術は、例えば、Ｆｉｎｄｅ
ｉｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９３）１１：２０２；Ｃ
ｈｉｏｕら、Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｎｄ
Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ Ｏｆ Ｄｉｒｅｃｔ Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ
（Ｊ．Ａ．Ｗｏｌｆｆ編）（１９９４）；Ｗｕら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ
．（１９８８）２６３：６２１；Ｗｕら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．（１９
９４）２６９：５４２；Ｚｅｎｋｅら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ．
Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９９０）８７：３６５５；Ｗｕら、Ｊ． Ｂｉｏｌ．
Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：３３８において記載される。ポリヌクレオチド
を含有する治療的組成物は、遺伝子治療プロトコルにおける局所投与のために、
約１００ｎｇ〜約２００ｍｇのＤＮＡの範囲で投与される。約５００ｎｇから約
５０ｍｇ、約１ｍｇ〜約２ｍｇ、約５ｍｇ〜約５００ｇ、および約２０ｍｇ〜約
１００ｍｇのＤＮＡの濃度範囲がまた、遺伝子治療プロトコルの間に使用され得
る。作用の（例えば、コードされる遺伝子産物のレベルを増強するまたは阻害す
るための）方法、形質転換および発現の効力のような因子は、アンチセンスサブ
ゲノムポリヌクレオチドの最終的な効力のために必要とされる投薬量に影響する
考慮すべき事柄である。組織のより大きな領域にわたってより優れた発現が所望
される場合、アンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドのより多くの量、もしく
は投与の継続的なプロトコルにおいて再投与される同じ量、または例えば、腫瘍
部位の異なる近接のまたは近い組織部分への数回の投与が、ポジティブな治療的
結果を達成するために必要とされ得る。全ての場合において、臨床試験における
日常的な実験は、至適な治療的効果についての特定の範囲を決定する。抗炎症活
性を有するポリぺプチドまたはタンパク質をコードするポリヌクレオチド関連性
の遺伝子についての、適切な使用、用量、および投与は、米国特許第５，６５４
，１７３号において記載される。
【０１５５】 本発明の治療的ポリヌクレオチドおよびポリぺプチドは、遺伝子送達ビヒクル
を使用して送達され得る。遺伝子送達ビヒクルは、ウイルス起源または非ウイル
ス起源であり得る（概して、Ｊｏｌｌｙ、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａ
ｐｙ（１９９４）１：５１；Ｋｉｍｕｒａ、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａ
ｐｙ（１９９４）５：８４５；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈ
ｅｒａｐｙ（１９９５）１：８１５；およびＫａｐｌｉｔｔ、Ｎａｔｕｒｅ Ｇ
ｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４）６：１４８を参照のこと）。このようなコード配列
の発現は、内因性の哺乳動物または異種プロモーターを使用して誘導され得る。
コード配列の発現は、構成的または調節性のいずれかであり得る。
【０１５６】 所望のポリヌクレオチドの送達および所望の細胞における発現のためのウイル
スベースのベクターは、当該分野において周知である。例示的なウイルスベース
のビヒクルとしては、組換えレトロウイルス（例えば、ＷＯ９０／０７９３６；
ＷＯ９４／０３６２２；ＷＯ９３／２５６９８；ＷＯ９３／２５２３４；米国特
許第５，２１９，７４０号；ＷＯ９３／１１２３０；ＷＯ９３／１０２１８；米
国特許第４，７７７，１２７号；英国特許第２，２００，６５１号；ＥＰ ０
３４５ ２４２；およびＷＯ９１／０２８０５を参照のこと）、αウイルスベー
スのベクター（例えば、シンドビスウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス（
ＡＴＣＣ ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４７）、ロスリバーウイルス（Ａ
ＴＣＣ ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４６）、およびベネズエラウマ脳
炎ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ
ＶＲ １２４９；ＡＴＣＣ ＶＲ−５３２）、およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡ
Ｖ）ベクター（例えば、ＷＯ９４／１２６４９、ＷＯ９３／０３７６９；ＷＯ９
３／１９１９１；ＷＯ９４／２８９３８；ＷＯ９５／１１９８４、およびＷＯ９
５／００６５５を参照のこと）が挙げられるが、これらに制限されない。Ｃｕｒ
ｉｅｌ． Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７において記
載されるような殺傷されたアデノウイルスに連結されるＤＮＡの投与もまた、用
いられ得る。
【０１５７】 非ウイルス性送達ビヒクルおよび方法がまた用いられ得る。この方法としては
、以下が挙げられるがこれらに限定されない：殺傷されたアデノウイルスのみに
連結されたかまたは連結されていないポリカチオン性凝縮ＤＮＡ（例えば、Ｃｕ
ｒｉｅｌ，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７を参照のこと
）；リガンド連結ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１
６９８５（１９８９）を参照のこと）；真核細胞送達ビヒクル細胞（例えば、米
国特許第５，８１４，４８２号；ＷＯ ９５／０７９９４；ＷＯ ９６／１７０
７２；ＷＯ ９５／３０７６３；およびＷＯ ９７／４２３３８を参照のこと）
、ならびに細胞膜を用いた核電荷中和または融合。裸のＤＮＡがまた使用され得
る。例示的な裸のＤＮＡ導入方法は、ＷＯ ９０／１１０９２および米国特許第
５，５８０，８５９号に記載されている。遺伝子送達ビヒクルとして役立ち得る
リポソームは、米国特許第５，４２２，１２０号；ＷＯ ９５／１３７９６；Ｗ
Ｏ ９４／２３６９７；ＷＯ ９１／１４４４５；および欧州特許０５２４９６
８に記載されている。さらなるアプローチが、Ｐｈｉｌｉｐ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ
Ｂｉｏｌ．１４：２４１１（１９９４）、およびＷｏｆｆｅｎｄｉｎ，Ｐｒｏ
ｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９４）９１：１５８１に記載されてい
る。
【０１５８】 使用に適切なさらなる非ウイルス性送達としては、Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎら、Ｐ
ｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１（２４）：１１５８１（１
９９４）に記載のアプローチのような、機械的送達系が挙げられる。さらに、コ
ード配列およびこのような発現の産物は、光重合化ヒドロゲル物質の沈着、また
はイオン化放射線の使用を通じて送達され得る（米国特許第５，２０６，１５２
号およびＷＯ ９２／１１０３３を参照のこと）。コード配列の送達のために用
いられ得る遺伝子送達のための他の従来の方法としては、例えば、携帯式遺伝子
移入粒子銃（ｈａｎｄ−ｈｏｌｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｐａｒｔｉｃ
ｌｅ ｇｕｎ）の使用（例えば、米国特許第５，１４９，６５５号を参照のこと
）；移入した遺伝子を活性化するためのイオン化放射線の使用（例えば、米国特
許第５，２０６，１５２号およびＷＯ ９２／１１０３３を参照のこと）が挙げ
られる。
【０１５９】 本発明は、特に有利な実施形態を記載した、以下の実施例を参照して、ここで
例示される。しかし、これらの実施形態は、例示のためであり、いかなる方法で
も、本発明を限定するとは解釈されないことに注意のこと。
【０１６０】 （実施例） （実施例１） （生物学的物質によって発現された新規なポリヌクレオチドの生物学的物質の
供給源およびこのポリヌクレオチドの概要） 細胞株ならびにヒトの正常組織および腫瘍組織を用いて、細胞および組織から
単離されたｍＲＮＡより、ｃＤＮＡライブラリーを構築した。ほとんどの配列は
、約２７５〜３００ヌクレオチド長であった。この細胞株としては、Ｋｍ１２Ｌ
４−Ａ細胞株、高転移性結腸ガン細胞株（Ｍｏｒｉｋａ，Ｗ．Ａ．Ｋ．ら、Ｃａ
ｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９８８）４８：６８６３）が挙げられる。ＫＭ
１２Ｌ４−Ａ細胞株は、ＫＭ１２Ｃ細胞株から送達される。ＫＭ１２Ｃ細胞株（
転移性が欠しい（低転移性））は、Ｄｕｋｅｓ’段階Ｂ２外科標品由来の培養物
中で樹立された（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９８８）４
８：６８６３）。ＫＭＬ４−Ａは、ＫＭ１２Ｃ由来の高転移性亜株である（Ｙｅ
ａｔｍａｎら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．（１９９５）２３：４００７；
Ｂａｏ−Ｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ａｎｎｕ．Ｍｅｅｔ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａ
ｎｃｅｒ．Ｒｅｓ．（１９９５）２１：３２６９）。ＫＭ１２ＣおよびＫＭ１２
Ｃ由来細胞株（例えば、ＫＭ１２Ｌ４、ＫＭ１２Ｌ４−Ａなど）は、当該分野に
おいて、結腸ガンの研究のためのモデル細胞株として十分認識されている（例え
ば、Ｍｏｒｉａｋａｗａら、前出；Ｒａｄｉｎｓｋｙら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅ
ｒ Ｒｅｓ．（１９９５）１：１９；Ｙｅａｔｍａｎら（１９９５）前出；Ｙｅ
ａｔｍａｎら、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ（１９９６）１４：２
４６を参照のこと）。これらおよび他の細胞株および組織は、表６に記載されて
いる。
【０１６１】 単離されたポリヌクレオチドの配列を、ＸＢＬＡＳＴマスキングプログラムを
用いて、最初にマスクし、低複雑性配列を排除する（Ｃｌａｖｅｒｉｅ「Ｅｆｆ
ｅｃｔｉｖｅ Ｌａｒｇｅ−Ｓｃａｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｓｉｍｉｌａｒｉ
ｔｙ Ｓｅａｒｃｈｅｓ」：Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａ
ｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ、Ｄｏｏｌｉ
ｔｔｌｅ編、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２６６：２１２−２２７ Ａｃａｄｅ
ｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ、ＮＹ（１９９６）；特にＣｌａｖｅｒｉｅ、「Ａｕ
ｔｏｍａｔｅｄ ＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ
Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」Ａｄａｍｓら編、Ｃｈａｐ．３６、ｐ．２６７ Ａｃａ
ｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、１９９４およびＣｌａｖｅｒｉ
ｅら、Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：１９１）。一般的に、マス
クは、それらの低複雑性のために、関連する小さな目的の配列排除、複数の配列
（例えば、Ａｌｕリピート）に共通な反復領域への類似性に基づく複数の「ｈｉ
ｔ」の除去を除いて、最終の検索結果には影響しない。次いで、マスキング後に
残る配列を、ＢＬＡＳＴＮ ｖｓ．Ｇｅｎｂａｎｋ検索に用いた。この検索では
、７０％を超える重複、９９％の同一性および１×１０-40未満のｐ値を示した
配列は、破棄した。この検索からの配列はまた、包括的なパラメータが適合する
が、その配列が、リボソームまたはベクター由来であった場合、破棄した。
【０１６２】 前述の検索により得られた配列を、３つのグループ（以下に示す、１、２およ
び３）に分類し、そしてＢＬＡＳＴＸ ｖｓ．ＮＲＰ（非重複タンパク質）デー
タベース検索によって検索した：（１）不明（Ｇｅｎｂａｎｋ検索による該当無
し）、（２）弱い類似性（同一性は、４５％より大きく、そしてｐ値は、１×１
０-5未満である）、および（３）高い類似性（６０％より大きい重複、８０％よ
り大きい同一性、および１×１０-5未満のｐ値）。７０％より大きい重複、９９
％より大きい同一性、および１×１０-40未満のｐ値を有する配列を破棄した。
【０１６３】 残った配列を、不明（該当無し）、弱い類似性、および高い類似性（上述のパ
ラメータ）に分類した。２つの検索をこれらの配列において実行した。初めに、
ＢＬＡＳＴ ｖｓ．ＥＳＴデータベース検索を実施し、そして９９％より大きい
重複、９９％より大きい類似性、および１×１０-40未満のｐ値を有する配列を
破棄した。ヒト起源のデータベース配列と比較した場合、１×１０-65未満のｐ
値を有する配列もまた除去した。第２にＢＬＡＳＴＮ ｖｓ．Ｐａｔｅｎｔ Ｇ
ｅｎｅＳｅｑデータベースを実施して、そして９９％より大きい同一性、１×１
０-40未満のｐ値、および９９％より大きい重複を有する配列を破棄した。
【０１６４】 残っている配列を、他の規則およびデータセットにおける重複性を用いてスク
リーニングに共した。ヒト起源のデータベース配列との関係における１×１０-1 11 未満のｐ値を有する配列を、特に排除した。最終的に、添付した配列表に挙げ
た３３５１個の配列を得た。同定されたそれぞれのポリヌクレオチドは、少なく
とも一部のｍＲＮＡ転写産物からの配列を示す。新規であると決定されたポリヌ
クレオチドは、配列番号を割当てた。
【０１６５】 新しいポリヌクレオチドは、配列番号１〜３３５１が割当てられた。新しいポ
リヌクレオチドに対応している最初の１８４７のＤＮＡ配列を、表１の配列表に
表す。配列番号１８４８〜３３５１の新規のポリヌクレオチドに対応するＤＮＡ
配列は、表２の配列表に示される。表２のＤＮＡ配列（配列番号１〜１５０４と
番号付けた）は、配列表中の配列番号１８４８〜３３５１に対応する。例えば、
表２配列番号２は、配列番号１８４８であり、表２配列番号２は、配列番号１８
４９である、など。表４の各ＤＮＡ配列は、配列表中のその配列番号より１８４
７小さい数によって特異的に同定される。表１および２は、以下を示す：１）本
明細書における使用のために各配列に割当てられた配列番号、または対応する数
；２）この配列の内部識別子（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）とし
て用いられた配列名；３）クローン（これから配列が単離された）に割当てられ
た名前；および４）クラスター（これに配列が割当てられた）の数（クラスター
ＩＤ；クラスターＩＤが０の場合、この配列は、いずれのクラスターにも割当て
られない）。
【０１６６】 提供されたポリヌクレオチドは、部分的ｍＲＮＡ転写物を示すので、本発明の
２つ以上のポリヌクレオチドは、同じｍＲＮＡ転写物および同じ遺伝子の異なる
領域を示し得る。従って、２つ以上の配列番号が同じクローンに属すると同定さ
れるならば、いずれかの配列を用いて、全長ｍＲＮＡまたは全長遺伝子を入手し
得る。
【０１６７】 （実施例２：遺伝子産物の機能を同定するための公共データベース検索の結果
） 配列番号１〜３３５１を、個々の配列でベストの整列を決定するために３つ全
てのリーディングフレームにおいて、翻訳した。これらのアミノ酸配列およびヌ
クレオチド配列は、一般的に個々の配列に対して配置された照会配列として参照
される。照会および個々の配列は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．
ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／でワールドワイドウェブにわたって利用可能であ
るＢＬＡＳＴプログラムを用いて整列した。再度この配列を、上記の実施例１に
記載した、低複雑性をマスクするためのＸＢＬＡＳＴプログラムを用いて、反復
性配列またはポリＡ配列の検索を妨げる種々の範囲に対してマスクした。
【０１６８】 表３および４（特許請求の範囲の前に挿入）は、整列の結果を示す。表３は、
配列番号１〜１８４７の整列情報を含み、そして表４は、配列番号１８４８〜３
３５１の整列情報を含む。表４のＤＮＡ配列（配列番号１〜１５０４と番号付け
された）は、配列番号１８４８〜３３５１に対応する。表４における各ＤＮＡ配
列は、その配列番号よりも１８４７少ない数で特異的に同定される。表３および
４は、その配列番号または対応する数による各配列、Ｇｅｎｂａｎｋおよび非重
複性タンパク質（Ｎｏｎ−Ｒｅｄｄｕｎｄａｎｔ Ｐｒｏｔｅｉｎ）検索から最
も近縁のものおよび説明、ならびにｐ値の検索結果を示す。
【０１６９】 配列番号１〜１８４７のそれぞれについて、タンパク質またはＤＮＡ配列に対
する最適の整列が、表３に含まれ、そして配列番号１８４８〜３３５１のそれぞ
れについての最適の整列が、表４に含まれる。配列番号１〜３３５１によりコー
ドされるポリペプチドの活性は、表３または４に報告される最も近縁のものと同
じかまたは類似である。最も近縁のもののアクセッション番号が報告されており
、この最も近縁のものにより示される活性に対する参照を提供する。この整列の
ために用いた検索プログラムおよびデータベースはまた、同様に、ｐ値の計算に
ついても示す。
【０１７０】 最も近縁のもののポリヌクレオチド配列の全長配列またはフラグメントは、配
列番号１〜３３５１の全長の配列を同定しかつ単離するために、プローブおよび
プライマーとして使用され得る。最も近縁のものは、配列番号１〜３３５１の全
長の配列についてのライブラリーを構築するために使用されるべき組織型または
細胞型を示し得る。
【０１７１】 （実施例３） （タンパク質ファミリーのメンバー） 配列（配列番号１〜３３５１）を、上述の本明細書中で記載されるように、プ
ロフィール検索を行うために使用した。本発明のポリヌクレオチドのいくつかは
、公知のタンパク質ファミリーに属するポリぺプチドの特徴を有し（従って、こ
れらのタンパク質ファミリーの新規なメンバーを示す）、および／または公知の
機能的なドメインを含む、ポリぺプチドをコードすることが見出された（表５）
。表３の「開始」および「停止」は、示された配列番号を有する問合せ配列に対
して配列する個々の配列内での位置を示す。方向は、個々の配列に関して、問い
合わせ配列の配向を示し、ここで正方向（正）は、整列が配列表において提供さ
れる配列と同じ方向（左から右）であることを示し、そして逆方向（逆）は、整
列が配列表において提供される配列に相補的な配列を有することを示す。
【０１７２】 いくつかのポリヌクレオチドは、複数のプロフィールヒットを示した。なぜな
ら、例えば、特定の配列が重複するプロフィール領域を含み、および／またはこ
の配列が２つの異なる機能的ドメインを含むからである。これらのプロフィール
ヒットを、以下により詳細に記載する。
【０１７３】 （Ａｎｋリピート（ＡＮＫ））配列番号１８７、１２６８、１８０４、１８１
９、１８３０、１８３９、２６５２、３０１５および３２６７は、Ａｎｋリピー
ト含有タンパク質をコードするポリヌクレオチドを示す。アンキリンモチーフは
、２４タンデム３３アミノ酸モチーフを有するタンパク質アンキリンにちなんで
名付けられた３３個のアミノ酸配列である。Ａｎｋリピートは、元は、細胞周期
制御タンパク質ｃｄｃ１０において同定された（Ｂｒｅｅｄｅｎら、Ｎａｔｕｒ
ｅ（１９８７）３２９：６５１）。アンキリンリピートを含むタンパク質として
は、アンキリン、ミオトロピン、Ｉ−κＢタンパク質、細胞サイクルタンパク質
ｃｄｃ１０、Ｎｏｔｃｈレセプター（Ｍａｔｓｕｎｏら、Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎ
ｔ（１９９７）１２４（２１）：４２６５）；主要組織適合性複合体のクラスＩ
ＩＩ領域のＧ９ａ（またはＢＡＴ８）（Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．２９０：８１１−
８１８、１９９３）、ＦＡＢＰ、ＧＡＢＰ、５３ＢＰ２、Ｌｉｎ１２、ｇｌｐ−
１、ＳＷ１４、およびＳＷ１６が挙げられる。アンキリンリピートの機能は、タ
ンパク質相互作用における役割と適合する（Ｂｏｒｋ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９
９３）１７（４）：３６３；ＬａｍｂｅｒｔおよびＢｅｎｎｅｔ，Ｅｕｒ．Ｊ．
Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９３）２１１：１；Ｋｅｒｒら，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐ
．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９２）４：４９６；Ｂｅｎｎｅｔら，Ｊ．Ｂｉｏ
ｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８０）２５５：６４２４）。
【０１７４】 （種々の細胞活性と関連するＡＴＰアーゼ（ＡＴＰアーゼ））配列番号４３１
、６３９、２１３５、２６８４、２８５９、３１９７および３２６６における配
列は、「多様な細胞活性と関連するＡＴＰアーゼ」（ＡＡＡ）タンパク質ファン
ミリーの新規のメンバーをコードする配列に対応する。このＡＡＡタンパク質フ
ァミリーは、ＡＴＰ結合部位を含む約２２０個のアミノ酸の保存された領域を共
有する多数のＡＴＰアーゼから構成される（Ｆｒｏｅｈｌｉｃｈら，Ｊ Ｃｅｌ
ｌ Ｂｉｏｌ．（１９９１）１１４：４４３；Ｅｒｄｍａｎｎら，Ｃｅｌｌ（１
９９１）６４：４９９；Ｐｅｔｅｒｓら，ＥＭＢＯ Ｊ．（１９９０）９：１７
５７；Ｋｕｎａｕら，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９９３）７５：２０９−２２４；
Ｃｏｎｆａｌｏｎｉｅｒｉら，ＢｉｏＥｓｓａｙｓ（１９９５）１７：６３９；
ｈｔｔｐ：／／ｙｅａｍｏｂ．ｐｃｉ．ｃｈｅｍｉｅ．ｕｎｉ−ｔｕｅｂｉｎｇ
ｅｎ．ｄｅ／ＡＡＡ／Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．ｈｔｍｌ）。このファミリーの
いずれかに属するタンパク質は、１または２個のＡＡＡドメインを含む。一般に
、これらのタンパク質におけるＡＡＡドメインは、ＡＴＰ依存タンパク質クラン
プ（ｃｌａｍｐ）として作用する（Ｃｏｎｆａｌｏｎｉｅｒｉら（１９９５）Ｂ
ｉｏＥｓｓａｙｓ １７：６３９）。このドメインのＮ末端側の半分に位置する
ＡＴＰ結合「Ａ」および「Ｂ」モチーフに加えて、高度に保存された領域がドメ
インの中心部分に位置し、これはシグネチャー（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）パターン
の開発に使用された。このコンセンサスパターンは、［ＬＩＶＭＴ］−ｘ−［Ｌ
ＩＶＭＴ］ ［ＬＩＶＭＦ］−ｘ ［ＧＡＴＭＣ］−［ＳＴ］−［ＮＳ］−ｘ（
４）−［ＬＩＶＭ］−Ｄ−ｘ−Ａ−［ＬＩＦＡ］−ｘ−Ｒである。
【０１７５】 （ブロモドメイン（ｂｒｏｍｏｄｏｍａｉｎ））配列番号１８１４は、ブロモ
ドメイン領域を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを表し（Ｈａ
ｙｎｅｓら，１９９２，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：２６９３
−２６０３，Ｔａｍｋｕｎら，１９９２，Ｃｅｌｌ ６８：５６１−５７２，お
よびＴａｍｋｕｎ，１９９５，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖ．５：
４７３−４７７）、これは、約７０個のアミノ酸の保存された領域である。ブロ
モドメインは、タンパク質−タンパク質相互作用に関連すると考えられ、そして
転写活性に関連する多成分複合体の集合または活性にとって重要であり得る。ブ
ロモドメインの主要部にわたるコンセンサスパターンは、［ＳＴＡＮＶＦ］−ｘ
（２）−Ｆ−ｘ（４）−［ＤＮＳ］−ｘ（５，７）−［ＤＥＮＱＴＦ］−Ｙ−［
ＨＦＹ］−ｘ （２）−［ＬＩＶＭＦＹ］−ｘ（３）− ［ＬＩＶＭ］−ｘ（４
）−［ＬＩＶＭ］−ｘ（６，８）−Ｙ−ｘ（１２，１３）−［ＬＩＶＭ］−ｘ（
２）−Ｎ−［ＳＡＣＦ］−ｘ（２）−［ＦＹ］である。
【０１７６】 （塩基性領域およびロイシンジッパー転写因子（ＢＺＩＰ））配列番号４１０
、５５２、７６８、８２２、８３６、１２８８、１３６５、１４５４、１５４０
、１５４９、１５５６、１５５７、１５６３、１６２２、１６３０、１７０４、
１８０８、２３６３、２４２４、３１４７、３１５２、３１５８および３２０８
は、塩基性領域およびロイシンジッパー転写因子のファミリーの新規なメンバー
をコードするポリヌクレオチドを表す。真核生物ＤＮＡ結合転写因子のｂＺＩＰ
スーパーファミリー（Ｈｕｒｓｔ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｒｏｆ．（１９９５）２
：１０５；およびＥｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ
．Ｂｉｏｌ．（１９９４）４：１２）は、二量体化に必要とされるロイシンジッ
パーに続く塩基性領域媒介配列特異的ＤＮＡ結合を含むタンパク質を含む。この
タンパク質ファミリーについでのコンセンサスパターンは、［ＫＲ］−ｘ（１，
３）−［ＲＫＳＡＱ］−Ｎ−ｘ（２）−［ＳＡＱ］（２）−ｘ−［ＲＫＴＡＥＮ
Ｑ］−ｘ−Ｒ−ｘ−［ＲＫ］である。
【０１７７】 （ＥＦハンド（ＥＦｈａｎｄ））配列番号８２０、１７５５および３２８５は
、ＥＦハンドタンパク質のファミリーにおける新規のタンパク質をコードするポ
リヌクレオチドに対応する。多くのカルシウム結合タンパク質は、同じ進化的フ
ァミリーに属し、そしてＥＦハンドとして公知のカルシウム結合ドメインの１つ
の型を共有する（Ｋａｗａｓａｋｉら，Ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｐｒｏｆ（１９９５）
２：３０５−４９０）。この型のドメインは、１２個の残基のαらせんドメイン
が両側に隣接した１２個の残基ループからなる。ＥＦハンドループにおいて、カ
ルシウムイオは、五方両錐（ｐｅｎｔａｇｏｎａｌ ｂｉｐｙｒａｍｉｄａｌ）
立体配置で配位される。結合に関わるこの６個の残基は、位置１、３、５、７、
９および１２にあり；これらの残基は、Ｘ、Ｙ、Ｚ、−Ｙ、−Ｘおよび−Ｚによ
り示される。位置１２における不変ＧｌｕまたはＡｓｐは、Ｃａ（二座配位子）
に配位するために２つの酸素を提供する。コンセンサスパターンは、完全なＥＦ
ハンドループ、およびループに続き、かつ常に疎水性であろう第１の残基：Ｄ−
ｘ−［ＤＮＳ］−｛ＩＬＶＦＹＷ｝−［ＤＥＮＳＴＧ］−［ＤＮＱＧＨＲＫ］−
｛ＧＰ｝−［ＬＩＶＭＣ］−［ＤＥＮＱＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）−［ＤＥ］−［
ＬＩＶＭＦＹＷ］を含む。
【０１７８】 （Ｅｔｓ Ｄｏｍａｉｎ（Ｅｔｓ Ｎｔｅｒｍ））配列番号１８１１は、ＥＴ
ＳドメインにおいてＮ末端の相同性を有するポリヌクレオチドをコードするポリ
ヌクレオチドを示す。このファミリーのタンパク質は、ＤＮＡ結合に関わる保存
されたドメイン「ＥＴＳドメイン」を含む。このドメインは、プリンリッチ配列
を認識するようであり；それは、長さが約８５〜９０個のアミノ酸であり、そし
て芳香族残基および正に荷電した残基が豊富である（Ｗａｓｙｌｙｋら，Ｅｕｒ
．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９３）２１１：７１８）。このｅｔｓ遺伝子ファ
ミリーは、ＤＮＡ結合タンパク質の新規のクラスをコードし、この各々は、特異
的なＤＮＡ配列を結合し、そして共通のコアトリヌクレオチド配列ＧＧＡを含む
配列と特異的に相互作用するｅｔｓドメインを含む。ｅｔｓドメインに加えて、
ネイティブなｅｔｓタンパク質は、タンパク質の生物学的な特異性を調節し得る
他の配列を含む。Ｅｔｓ遺伝子およびタンパク質は、細胞増殖、分化および発生
を含む種々の必須の生物学的プロセスに関連し、そして３つのメンバーが、腫瘍
プロセスに関係する。
【０１７９】 （Ｇ−タンパク質αサブユニット（Ｇ−α））配列番号１８４６は、Ｇ−タン
パク質αサブユニットファミリーの新規ポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドを表す。グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇ−タンパク質）は、細胞
内エフェクター（例えば、セカンドメッセンジャー分子の濃度を変化させるイオ
ンチャネルおよび酵素）に、細胞外で活性化された内在性膜レセプターを共役す
る膜会合性のタンパク質のファミリーである。Ｇ−タンパク質は、静止状態にお
いて、原形質膜の内表面で三量体として会合する３つのサブユニット（α、β、
およびγ）から構成される。αサブユニットはＧＴＰを結合し、そしてＧＴＰア
ーゼ活性を示す。Ｇ−タンパク質αサブユニットは長さが３５０−４００アミノ
酸であり、そして４０〜４５ｋＤａの範囲における分子量を有する。１７個の異
なる型のαサブユニットが哺乳動物において同定されており、そして配列類似性
および機能の両方に基づいて、４つの主な群：α−ｓ、α−ｑ、α−ｉ、および
α−１２に分類される（Ｓｉｍｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９３）２５２：８
０２）。これらはしばしば、通常、ミリスチル酸および／またはパルミトイル酸
（ｐａｌｍｉｔｏｙｌａｔｅ）によりＮ末端でアシル化され、そして、これらの
脂肪酸改変は、膜会合および他のタンパク質との高親和性の相互作用のために重
要であり得る。
【０１８０】 （Ｃ末端ドメインが保存されたヘリカーゼ（ヘリカーゼ Ｃ））配列番号１４
９６、２８２６および２８７１は、ＤＥＡＤ／Ｈヘリカーゼファミリーの新規な
メンバーをコードするポリヌクレオチドを示す。多くの真核生物および原核生物
タンパク質が、それらの構造的類似性を基礎に特徴付けられている（Ｓｃｈｍｉ
ｄ Ｓ．Ｒら、Ｍｏｌ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９２）６：２８３；Ｌｉ
ｎｄｅｒ Ｐら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３３７：１２１；Ｗａｓｓａｒｍａ
ｎ Ｄ．Ａら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９１）３４９：４６３）。全ては、ＡＴＰ依
存性の核酸巻戻し（ｕｎｗｉｎｄｉｎｇ）に関与する。上記タンパク質の全ての
ＤＥＡＤボックスファミリーメンバーは、多くの保存された配列モチーフを共有
し、このうちのいくつかはＤＥＡＤファミリーに特異的であり、他は、他のＡＴ
Ｐ結合タンパク質によってか、またはヘリカーゼ「スーパーファミリー」に属す
るタンパク質によって共有される（Ｈｏｄｇｍａｎ Ｔ．Ｃ．、Ｎａｔｕｒｅ（
１９８８）３３３：２２およびＮａｔｕｒｅ（１９８８）３３３：５７８（Ｅｒ
ｒａｔａ）。これらのモチーフのうちの１つは、「Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｄ−ボックス」
と呼ばれ、ＡＴＰ−結合タンパク質のＢモチーフの特別なバージョンを示す。第
２のＡｓｐの代わりにＨｉｓを有するサブファミリーに属すいくつかの他のタン
パク質は、それ故「Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｈ−ボックス」タンパク質である（Ｗａｓｓａ
ｒｍａｎ Ｄ．Ａら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９１）３４９：４６３；Ｈａｒｏｓｈ
Ｉら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９１）１９：６３３１；
Ｋｏｏｎｉｎ Ｅ．Ｖら、Ｊ． Ｇｅｎ． Ｖｉｒｏｌ．（１９９２）７３：９
８９。以下の特徴的なパターンは、両方のサブファミリーについてのメンバーを
同定するために使用される：１）［ＬＩＶＭＦ］（２）−Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｄ−［Ｒ
ＫＥＮ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＧＳＴＮ］；および２）［ＧＳＡＨ］−ｘ−［Ｌ
ＩＶＭＦ］（３）−Ｄ−Ｅ−［ＡＬＩＶ］−Ｈ−［ＮＥＣＲ］。
【０１８１】 （ホメオボックスドメイン（ホメオボックス））配列番号１６７６、１８２０
および１８２１は、ホメオボックスドメインを有するタンパク質をコードするポ
リヌクレオチドを示す。このホメオボックスは、６０のアミノ酸のタンパク質ド
メインであり（Ｇｅｈｒｉｎｇ Ｉｎ：Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ ｔｏ ｔｈｅ Ｈ
ｏｅｍｏｂｏｘ Ｇｅｎｅｓ、Ｄｕｂｏｕｌｅ Ｄ編集、１−１０頁、Ｏｘｆｏ
ｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、（１９９４）；Ｂｕ
ｅｒｇｌｉｎ Ｉｎ：Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｏｍｅｏｂｏｘ
Ｇｅｎｅｓ、２５−７２頁、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ
、Ｏｘｆｏｒｄ、（１９９４）；Ｇｅｈｒｉｎｇ、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅ
ｍ．Ｓｃｉ．（１９９２） １７：２７７−２８０；Ｇｅｈｒｉｎｇら、Ａｎｎ
ｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．（１９８６）２０：１４７−１７３；Ｓｃｈｏｆｉｅ
ｌｄ、Ｔｒｅｎｄｓ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．（１９８７）１０：３−６）、多くの
Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａホメオティックおよびセグメンテーションタンパク質中で
最初に同定された。それは、脊椎動物を含む多くのその他の動物で非常に良く保
存されている。このドメインは、ヘリックス−ターン−ヘリックス型の構造によ
りＤＮＡを結合する。ホメオボックスドメインを含むいくつかのタンパク質は、
発生において重要な役割を演じる。これらタンパク質の大部分は、配列特異的Ｄ
ＮＡ結合転写因子である。このホメオボックスドメインはまた、酵母接合型タン
パク質の領域に非常に類似している。これらは、細胞型特異的様式で遺伝子発現
を制御することによって、酵母分化におけるマスタースイッチとして作用する、
配列特異的ＤＮＡ結合タンパク質である。
【０１８２】 このホメオボックスドメインの概略表示を以下に示す。ヘリックス−ターン−
ヘリックス領域はシンボル「Ｈ」（ヘリックス）、および「ｔ」（ターン）によ
り示される。
【０１８３】
【化１】 このパターンは、ホメオボックス配列２４残基長を検出し、そしてホメオボッ
クスドメインの位置３４〜５７に広がる。コンセンサスパターンは以下の通りで
ある：［ＬＩＶＭＦＹＧ］−［ＡＳＬＶＲ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＳＴＡＣＮ
］−ｘ−［ＬＩＶＭ］−ｘ（４）−［ＬＩＶ］−［ＲＫＮＱＥＳＴＡＩＹ］−［
ＬＩＶＦＳＴＮＫＨ］−Ｗ−［ＦＹＶＣ］−ｘ−［ＮＤＱＴＡＨ］−ｘ（５）−
［ＲＫＮＡＩＭＷ］。
【０１８４】 （ＭＡＰキナーゼキナーゼ（ｍｋｋ））配列番号２９、３１、１９６、３１７
５、３１９０および３２８１は、新規のＭＡＰキナーゼキナーゼファミリーのメ
ンバーを示す。ＭＡＰキナーゼ（ＭＡＰＫ）は、シグナル伝達に関与し、そして
細胞周期および細胞増殖の制御において重要である。ＭＡＰキナーゼキナーゼ（
ＭＡＰＫＫ）は、ＭＡＰキナーゼをリン酸化し、そして活性化する、二重特異性
プロテインキナーゼである。ＭＡＰＫＫホモログは、酵母、無脊椎動物、両生類
、および哺乳動物において見出されている。さらに、ＭＡＰＫＫ／ＭＡＰＫリン
酸化スイッチは、酵母におけるおよび脊椎動物における異なる経路において活性
化される基本的なモジュールを構成する。ＭＡＰＫＫは、核に達する前にシグナ
ルが通過しなければならない必要不可欠なトランスデューサーである。概説につ
いて、例えば、Ｂｉｏｌｏｇｉｑｕｅ Ｂｉｏｌ． Ｃｅｌｌ（１９９３）７９
：１９３−２０７；Ｎｉｓｈｉｄａら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ
（１９９３）１８：１２８−３１；Ｒｕｄｅｒｍａｎ Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃ
ｅｌｌ Ｂｉｏｌ（１９９３）５：２０７−１３：Ｄｈａｎａｓｅｋａｒａｎら
、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（１９９８）１７：１４４７−５５；Ｋｉｅｆｅｒら、Ｂｉ
ｏｃｈｅｍ Ｓｏｃ Ｔｒａｎｓ（１９９７）２５：４９１−８；およびＨｉｌ
ｌ．Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌ（１９９６）８：５３３−４４を参照のこと。
【０１８５】 （プロテインキナーゼ（ｐｒｏｔｋｉｎａｓｅ））配列番号１１５７、１４７
８、１４９６、２２８６、２９６９および３１９０は、プロテインキナーゼをコ
ードするポリヌクレオチドを示す。プロテインキナーゼは、種々の経路でタンパ
ク質のリン酸化を触媒し、そして癌に関与する。真核生物のプロテインキナーゼ
（Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．（１９９５）９：５７６；Ｈｕｎｔ
ｅｒ Ｔ，Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３：Ｈａｎｋｓ
Ｓ．Ｋら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３８；Ｈａｎｋｓ
、 Ｓ．Ｋ、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．（１９９１
）１：３６９；Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８）２４１：４
２）は、セリン／スレオニンおよびチロシンプロテインキナーゼの両方に共通の
保存された触媒コアを共有するタンパク質の非常に広範囲なファミリーに属する
酵素である。プロテインキナーゼの触媒ドメインにおいて多くの保存された領域
がある。第１の領域は、触媒ドメインのＮ末端の端に位置し、リジン残基の近傍
における残基のグリシンリッチストレッチであり、これはＡＴＰ結合に関与する
。第２の領域は、触媒ドメインの中心部分に位置し、酵素の触媒活性に重要であ
る保存されたアスパラギン酸残基を含む（Ｋｎｉｇｈｔｏｎ Ｄ．Ｒら、Ｓｃｉ
ｅｎｃｅ（１９９１）２５３：４０７）。プロテインキナーゼプロフィールは、
この第２の領域について２つの特徴的なパターンを含む：一方は、セリン／スレ
オニンキナーゼに特異的であり、そして他方はチロシンキナーゼに特異的である
。第３のプロフィールは、整列（Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．（１
９９５）９：５７６）に基づき、そして全触媒ドメインを覆う。
【０１８６】 コンセンサスパターンは以下のようである：１）［ＬＩＶ］−Ｇ−｛Ｐ｝−Ｇ
−｛Ｐ｝−［ＦＹＷＭＧＳＴＮＨ］−［ＳＧＡ］−｛ＰＷ｝−［ＬＩＶＣＡＴ］
−｛ＰＤ｝−ｘ−［ＧＳＴＡＣＬＩＶＭＦＹ］−ｘ（５，１８）−［ＬＩＶＭＦ
ＹＷＣＳＴＡＲ］−［ＡＩＶＰ］−［ＬＩＶＭＦＡＧＣＫＲ］−Ｋであり、ここ
でＫは、ＡＴＰを結合する；２）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ−Ｄ−
［ＬＩＶＭＦＹ］−Ｋ−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣＴ］（３）、ここでＤ
は、活性部位残基であり、；および３）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ
−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−［ＲＳＴＡＣ］−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］
、ここでＤは、活性部位残基である。
【０１８７】 分析されたタンパク質が、上記のタンパク質キナーゼ特徴の２つ０含む場合、
それがプロテインキナーゼである確率は１００％に近い。
【０１８８】 （Ｒａｓファミリータンパク質（ｒａｓ））配列番号１６８８および３２５８
は、小さなＧＴＰ／ＧＤＰ結合タンパク質であるｒａｓファミリーの新規メンバ
ーをコードするポリヌクレオチドを示す（Ｖａｌｅｎｃｉａら、１９９１、Ｂｉ
ｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３０：４６３７−４６４８）。Ｒａｓファミリーメンバ
ーは、一般に、全体のＧＴＰアーゼ活性の刺激因子として、特異的グアニンヌク
レオチド交換因子（ＧＥＦ）および特異的ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質（ＧＡ
Ｐ）を必要とする。ｒａｓ関連タンパク質のうち、最も高い程度の配列保存性は
、グアニンヌクレオチド結合に直接関与する４つの領域で見出される。最初の２
つは、リン酸およびＭｇ２＋結合部位（ＰＭ部位）の大部分を構成し、Ｇ−ドメ
インの前半分中に位置する。その他の２つの領域は、グアノシン結合に関与し、
そしてこの分子のＣ末端側の後半部分に位置する。ｒａｓ関連タンパク質のモチ
ーフおよび保存された構造的特徴は、Ｖａｌｅｎｃｉａら、１９９１、Ｂｉｏｃ
ｈｅｍｉｓｔｒｙ ３０：４６３７−４６４８に記載されている。ｒａｓタンパ
ク質の主要なコンセンサスパターンは：Ｄ−Ｔ−Ａ−Ｇ−Ｑ−Ｅ−Ｋ−［ＬＦ］
−Ｇ−Ｇ−Ｌ−Ｒ−［ＤＥ］−Ｇ−Ｙ−Ｙである。
【０１８９】 （チオレドキシンファミリー活性部位（Ｔｈｉｏｒｅｄｏｘ））配列番号１６
７７は、チオレドキシンファミリー活性部位を有するタンパク質をコードするポ
リヌクレオチドを示す。チオレドキシンは、活性中心のジスルフィド結合の可逆
性の酸化を介して種々のレドックス反応に関与する約１００アミノ酸残基の小タ
ンパク質である（Ｈｏｌｍｇｒｅｎ Ａ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．
（１９８５）５４：２３７；Ｇｌｅａｓｏｎ Ｆ．Ｋ．ら、ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒ
ｏｂｉｏｌ． Ｒｅｖ．（１９８８）５４：２７１；Ｈｏｌｍｇｒｅｎ Ａ．Ｊ
．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８９）２６４：１３９６３；Ｅｋｌｕｎｄ Ｈら
、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９１）１１：１３）。チオレドキシンは、２つのシス
テイン残基が分子内ジスルフィド結合において連結される還元形態または酸化形
態のいずれかで存在する。チオレドキシンは、原核生物および真核生物中に存在
し、そしてレドックス活性ジスルフィド結合の周囲の配列は、良好に保存されて
いる。すべてのＰＤＩは、チオレドキシンドメインの２または３（ＥＲｐ７２）
コピーを含む。コンセンサスパターンは：［ＬＩＶＭＦ］−［ＬＩＶＭＳＴＡ］
−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］−［ＦＹＷＳＴＨＥ］−ｘ（２）−［ＦＹＷＧＴＮ］
−Ｃ−［ＧＡＴＰＬＶＥ］−［ＰＨＹＷＳＴＡ］−Ｃ−ｘ（６）−［ＬＩＶＭＦ
ＹＷＴ］（ここでは２つのＣは、レドックス活性結合を形成する）。
【０１９０】 （トリプシン（トリプシン））配列番号１４１０は、トリプシンファミリーの
新規なセリンプロテアーゼに対応する。トリプシンファミリーからのセリンプロ
テアーゼの触媒活性は、ヒスチジン（これ自身はセリンに水素結合する）に水素
結合するアスパラギン酸残基に関与する電荷リレー系によって提供される。活性
部位セリン残基およびヒスチジン残基の近傍における配列は、このプロテアーゼ
のファミリー中で良好に保存されている（Ｂｒｅｎｎｅｒ Ｓ、Ｎａｔｕｒｅ（
１９８８）３３４：５２８）。トリプシンタンパク質ファミリーについてのコン
センサスパターンは：１）［ＬＩＶＭ］−［ＳＴ］−Ａ−［ＳＴＡＧ］−Ｈ−Ｃ
、ここでＨは活性部位残基である；および２）［ＤＮＳＴＡＧＣ］−［ＧＳＴＡ
ＰＩＭＶＱＨ］−ｘ（２）−Ｇ−［ＤＥ］−Ｓ−Ｇ−［ＧＳ］−［ＳＡＰＨＶ］
−［ＬＩＶＭＦＹＷＨ］−［ＬＩＶＭＦＹＳＴＡＮＱＨ］、ここではＳは、活性
部位残基である。このファミリーに属することが知られる全ての配列は、第１の
保存されたグリシンが喪失した１８個の異なるプロテアーゼを除いて、上記のコ
ンセンサス配列によって検出される。タンパク質がセリン活性部位特徴およびヒ
スチジン活性部位特徴の両方を含む場合、これが、トリプシンファミリーセリン
プロテアーゼである確率は、１００％である。
【０１９１】 （ＷＤドメイン、Ｇ−β反復（ＷＤドメイン））配列番号１３３６、１３８０
、１７１１、１７６２、１９０９、２２１８、３０４７、３１０８、および３２
９２は、ＷＤドメイン／Ｇ−β反復ファミリーの新規のメンバーを表す。β−ト
ランスデューシン（Ｇ−β）は、膜貫通レセプターによって生成されるシグナル
の伝達における中間体として作用するグアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇ
タンパク質）の３つのサブユニット（α、β、およびγ）のうちの１つである（
Ｇｉｌｍａｎ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８７）５６：６１５
）。αサブユニットは、ＧＴＰに結合し、これを加水分解し；βおよびγサブユ
ニットの機能は、それほど明確ではないが、ＧＴＰによるＧＤＰの置換に、なら
びに膜固着化およびレセプター認識に必要とされるようである。高等真核生物に
おいて、Ｇ−βは、約３４０アミノ酸残基の高度に保存されたタンパク質の小さ
な多重遺伝子ファミリーとして存在する。構造学的に、Ｇ−βは、約４０残基の
８つのタンデムな反復からなり、それぞれ中心的なＴｒｐ−Ａｓｐモチーフを含
む（この型の反復は、時折ＷＤ−４０反復と呼ばれる）。ＷＤドメイン／Ｇ−β
反復ファミリーのコンセンサスパターンは：［ＬＩＶＭＳＴＡＣ］−［ＬＩＶＭ
ＦＹＷＳＴＡＧＣ］−［ＬＩＭＳＴＡＧ］−［ＬＩＶＭＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）
−［ＤＮ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＷＳＴＡＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧ］
−Ｗ−［ＤＥＮ］−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧＣＮ］である。
【０１９２】 （発生シグナル伝達タンパク質のｗｎｔファミリー（Ｗｎｔ ｄｅｖ ｓｉｇ
ｎ））配列番号１５３８は、発生シグナル伝達タンパク質のｗｎｔファミリーの
新規なメンバーに対応する。Ｗｎｔ−１（以前はｉｎｔ−１として公知であった
）は、このファミリーの発生のメンバーであり（Ｎｕｓｓｅ Ｒ、Ｔｒｅｎｄｓ
Ｇｅｎｅｔ（１９８８）４：２９１）、細胞内連絡において役割を果たすと考
えられ、そして中枢神経系（ＣＮＳ）の発達において重要なシグナル伝達分子で
あるようである。全てのｗｎｔファミリータンパク質は、分泌タンパク質に特徴
的な以下の特徴を共有する：シグナルペプチド、いくつかの潜在的なＮグリコシ
ル化部位、およびジスルフィド結合におそらく関与する２２個の保存されたシス
テイン。ｗｎｔタンパク質は、分泌細胞の形質膜に接着し、それゆえわずかな細
胞直径のみにわたってシグナル伝達するようである。コンセンサスパターン（３
つのシステインを含む高度に保存された領域に基づく）は、以下のようである：
Ｃ−Ｋ−Ｃ−Ｈ−Ｇ−［ＬＩＶＭＴ］−Ｓ−Ｇ−ｘ−Ｃ。
【０１９３】 （タンパク質チロシンホスファターゼ（Ｙホスファターゼ））配列番号１４１
７は、タンパク質チロシンキナーゼをコードするポリヌクレオチドを表す。チロ
シン特異的タンパク質ホスファターゼ（ＥＣ ３．１．３．４８）（ＰＴＰａｓ
ｅ）（Ｆｉｓｃｈｅｒら，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２５３：４０１；Ｃｈａ
ｒｂｏｎｎｅａｕら，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９２）８
：４６３；Ｔｒｏｗｂｒｉｄｇｅ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６
６：２３５１７；Ｔｏｎｋｓら，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１
９８９）１４：４９７；およびＨｕｎｔｅｒ，Ｃｅｌｌ（１９８９）５８：１０
１３）は、チロシン残基に付着したリン酸基の除去を触媒する。これらの酵素は
、細胞成長、増殖、分化および形質転換の制御に非常に重要である。複数の形態
のＰＴＰａｓｅが特徴付けられ、そして２つの分類に分類され得る：可溶性ＰＴ
ＰａｓｅおよびＰＴＰａｓｅドメインを含む膜貫通レセプタータンパク質。構造
学的に、すべての既知のレセプターＰＴＰａｓｅは、可変長の細胞外ドメインか
らなり、膜貫通領域およびＣ末端触媒細胞質ドメインが続く。ＰＴＰａｓｅドメ
インは、約３００アミノ酸からなる。２つの保存されたシステインの検索によっ
て、これらが、活性に絶対的に必要であることが示された。さらに、そのすぐ近
傍の多くの保存された残基もまた、重要であることが示された。ＰＴＰａｓｅの
コンセンサスパターンは、［ＬＩＶＭＦ］−Ｈ−Ｃ−ｘ（２）−Ｇ−ｘ（３）−
［ＳＴＣ］−［ＳＴＡＧＰ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹ］であり；Ｃは活性部位残基
である。
【０１９４】 （ジンクフィンガー、Ｃ２Ｈ２型（Ｚｉｎｃｆｉｎｇ Ｃ２Ｈ２））配列番号
３０８、８０７、１３２４、１５０３、１５２７、３０８１、３１９３および３
３０６は、Ｃ２Ｈ２型ジンクフィンガータンパク質ファミリーの新規のメンバー
をコードするポリヌクレオチドに対応する。ジンクフィンガードメインー（Ｋｌ
ｕｇら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９８７）１２：４６４；
Ｅｖａｎｓら、Ｃｅｌｌ（１９８８）５２：１；Ｐａｙｒｅら、ＦＥＢＳ Ｌｅ
ｔｔ．（１９８８）２３４：２４５；Ｍｉｌｌｅｒら、ＥＭＢＯ Ｊ．（１９８
５）４：１６０９；およびＢｅｒｇ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．
ＵＳＡ（１９８８）８５：９９）は、核酸結合タンパク質構造である。保存され
た亜鉛リガンド残基に加えて、多くの他の位置もまた、Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガ
ーの構造完全性に重要であることが示された（Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｊ．Ｂｉ
ｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｄｙｎ．（１９９３）１１：５５７）。最も良好に保
存される位置は、第２のシステインの後ろの４つの残基に見出され：この位置は
、一般に芳香族残基または脂肪族残基である。Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガーについ
てのコンセンサスパターンは：Ｃ−ｘ（２，４）−Ｃ−ｘ（３）−［ＬＩＶＭＦ
ＹＷＣ］−ｘ（８）−Ｈ−ｘ（３，５）−Ｈである。２つのＣおよび２つのＨは
、亜鉛リガンドである。
【０１９５】 （Ｓｒｃ相同性２）配列番号１８６、２５９１、３３０７、および３３３９は
、Ｓｒｃ相同性２（ＳＨ２）タンパク質のファミリーの新規のメンバーをコード
するポリヌクレオチドを表す。Ｓｒｃ相同性２（ＳＨ２）ドメインは、腫瘍性タ
ンパク質ＳｒｃとＦｐｓとの間の保存された配列領域として第１に同定された約
１００アミノ酸残基のタンパク質ドメインである（Ｓａｄｏｗｓｋｉ Ｉ．ら，
Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．６：４３９６−４４０８（１９８６））。類似の
配列は、多くの他の細胞内シグナル伝達タンパク質に見出される（Ｒｕｓｓｅｌ
Ｒ．Ｂ．ら，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３０４：１５−２０（１９９２））。ＳＨ
２ドメインは、配列特異的様式およびリン酸化依存性様式で、ホスホチロシン含
有標的ペプチドと高い親和性で相互作用することによって細胞内シグナル伝達カ
スケードの調製モジュールとして機能する（Ｍａｒａｎｇｅｒｅ Ｌ．Ｅ．Ｍ．
，Ｐａｗｓｏｎ Ｔ．，Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｓｃｉ．Ｓｕｐｐｌ．１８：９７−１０
４（１９９４）；Ｐａｗｓｏｎ Ｔ．，Ｓｃｈｌｅｓｓｉｎｇｅｒ Ｊ．，Ｃｕ
ｒｒ．Ｂｉｏｌ．３：４３４−４４２（１９９３）；Ｍａｙｅｒ Ｂ．Ｊ．，Ｂ
ａｌｔｉｍｏｒｅ Ｄ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：８−１３（
１９９３）；Ｐａｗｓｏｎ Ｔ．，Ｎａｔｕｒｅ ３７３：５７３−５８０（１
９９５））。
【０１９６】 ＳＨ２ドメインは、２つのαへリックスおよび６〜７のβ鎖からなる保存され
た３Ｄ構造を有する。このドメインのコアは、２つの連結されたβシートからな
る連続するβ湾曲によって形成される（Ｋｕｒｉｙａｎ Ｊ．，Ｃｏｗｂｕｒｎ
Ｄ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：８２８−８３７（
１９９３））。ＳＨ２ドメインを検出するためのプロフィールは、総計すると９
２のマッチ位置である、８のギャップのないブロックおよび７のリンカー領域か
らなる構造学的アライメントに基づく。
【０１９７】 （Ｓｒｃ相同性３）配列番号２３４、１８３２および１８３５は、Ｓｒｃ相同
性３（ＳＨ３）タンパク質のファミリーの新規のメンバーをコードするポリヌク
レオチドを表す。Ｓｒｃ相同性３（ＳＨ３）ドメインは、いくつかの細胞質タン
パク質チロシンキナーゼの非触媒性部分における保存された配列（例えば、Ｓｒ
ｃ、Ａｂｌ、Ｌｃｋ）として第１に同定された約６０アミノ酸残基の小さなタン
パク質ドメインである（Ｍａｙｅｒ Ｂ．Ｊ．ら，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：２７
２−２７５（１９８８））。それ以来、広範な細胞内タンパク質または膜結合タ
ンパク質が、見出されている（Ｍｕｓａｃｃｈｉｏ Ａ．ら，ＦＥＢＳ Ｌｅｔ
ｔ．３０７：５５−６１（１９９２）；Ｐａｗｓｏｎ Ｔ．，Ｓｃｈｌｅｓｓｉ
ｎｇｅｒ Ｊ．，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．３：４３４−４４２（１９９３）；Ｍａ
ｙｅｒ Ｂ．Ｊ．，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ Ｄ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉ
ｏｌ．３：８−１３（１９９３）；Ｐａｗｓｏｎ Ｔ．，Ｎａｔｕｒｅ ３７３
：５７３−５８０（１９９５））。
【０１９８】 ＳＨ３ドメインは、２つの密に充填された逆平行βシートとして配置された５
または６のβ鎖からなる特徴的な折り畳みを有する。リンカー領域は、短いヘリ
ックスを含み得る（Ｋｕｒｉｙａｎ Ｊ．，Ｃｏｗｂｕｒｎ Ｄ．，Ｃｕｒｒ．
Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：８２８−８３７（１９９３））。
【０１９９】 ＳＨ３ドメインの機能は、特定のタンパク質複合体のアセンブリを、プロリン
リッチなペプチドへの結合を介して媒介することであり得る（Ｍｏｒｔｏｎ Ｃ
．Ｊ．，Ｃａｍｐｂｅｌｌ Ｉ．Ｄ．，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．４：６１５−６１
７（１９９４））。
【０２００】 一般的に、ＳＨ３ドメインは、所定のタンパク質におけるシグナルコピーとし
て見出されるが、２つのＳＨ３ドメインを有する有意な数のタンパク質および３
または４のコピーを有するいくつかが存在する。
【０２０１】 ＩＩＩ型フィブロネクチン。配列番号７４６および１１９２は、ＩＩＩ型フィ
ブロネクチンタンパク質のファミリーの新規なメンバーをコードするポリヌクレ
オチドを表す。リンホカイン、造血性増殖因子、および成長ホルモン関連分子に
ついての多数のレセプターが、共通の結合ドメインを共有することが見出されて
いる（Ｂａｚａｎ Ｊ．Ｆ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏ
ｍｍｕｎ．１６４：７８８−７９５（１９８９）；Ｂａｚａｎ Ｊ．Ｆ．，Ｐｒ
ｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６９３４−６９３８（
１９９０）；Ｃｏｓｍａｎ Ｄ．ら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．
１５：２６５−２７０（１９９０）；ｄ’Ａｎｄｒｅａ Ａ．Ｄ．，Ｆａｓｍａ
ｎ Ｇ．Ｄ．，Ｌｏｄｉｓｈ Ｈ．Ｆ．，Ｃｅｌｌ ５８ ：１０２３−１０２
４（１９８９）；ｄ’Ａｎｄｒｅａ Ａ．Ｄ．，Ｆａｓｍａｎ Ｇ．Ｄ．，Ｌｏ
ｄｉｓｈ Ｈ．Ｆ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．２：６４８−
６５１（１９９０））。
【０２０２】 保存性領域は、細胞外リガンド結合領域のすべてまたは一部を構成し、そして
約２００アミノ酸残基長である。成長ホルモンレセプター中で、このドメインの
Ｎ末端においてジスルフィド結合に関与する既知の２対のシステインが存在する
。
【０２０３】
【化２】 ２つのパターンがこのレセプターファミリーを検出する。第１のパターンは、
最初のＮ末端ジスルフィドループ由来であり、第２のパターンは、細胞外領域の
端のＣ末端に位置するトリプトファンリッチパターンである。
【０２０４】 このタンパク質ファミリーについてのコンセンサスは：Ｃ−［ＬＶＦＹＲ］−
ｘ（７，８）−［ＳＴＩＶＤＮ］−Ｃ−ｘ−Ｗ（２つのＣはジスルフィド結合に
よって連結されている）である。このタンパク質ファミリーについての第２のコ
ンセンサスは：［ＳＴＧＬ］−ｘ−Ｗ−［ＳＧ］−ｘ−Ｗ−Ｓである。
【０２０５】 ＬＩＭドメイン含有タンパク質。配列番号１２６９、１３０９、１３６０、お
よび１３８６は、ＬＩＭドメイン含有タンパク質のファミリーの新規なメンバー
をコードするポリヌクレオチドを表す。多数のタンパク質が、約６０アミノ酸残
基の保存性システインリッチドメインを含む（Ｆｒｅｙｄ Ｇ．ら、Ｎａｔｕｒ
ｅ ３４４：８７６−８７９（１９９０）；Ｂａｌｔｚ Ｒ．ら、Ｐｌａｎｔ
Ｃｅｌｌ ４：１４６５−１４６６（１９９２）；Ｓａｎｃｈｅｚ−Ｇａｒｃｉ
ａ Ｉ．，Ｒａｂｂｉｔｔｓ Ｔ．Ｈ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．１０：３
１５−３２０（１９９４））。
【０２０６】 ＬＩＭドメインにおいて、７つの保存性システイン残基および１つのヒスチジ
ンが存在する。これらの保存性残基が従う配列は、Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（１６
，２３）Ｈ−ｘ（２）−［ＣＨ］−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（１６，２
１）−Ｃ−ｘ（２，３）−［ＣＨＤ］である。ＬＩＭドメインは、２つの亜鉛イ
オンを結合する（Ｍｉｃｈｅｌｓｅｎ Ｊ．Ｗ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃ
ａｄ Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：４４０４−４４０８（１９９３））。ＬＩＭ
はＤＮＡを結合せず、むしろタンパク質−タンパク質相互作用のための界面とし
て作用するようである。このタンパク質ファミリーについてのコンセンサスは：
Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（１５，２１）−［ＦＹＷＨ］−Ｈ−ｘ（２）−［ＣＨ］
−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（３）−［ＬＩＶＭＦ］である。５つのＣお
よび１つのＨは亜鉛を結合する。
【０２０７】 Ｃ２ドメイン（プロテインキナーゼＣ様。配列番号１３２５および２２８２は
、Ｃ２ドメイン含有タンパク質のファミリーの新規なメンバーをコードするポリ
ヌクレオチドを表す。プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）のいくつかのアイソザイ
ムは、約１１６アミノ酸残基のＣ２として公知のドメインを含み、このドメイン
は、Ｃ１ドメイン（これはホルボールエステルおよびジアシルグリセロールを結
合する）の２つのコピーおよびプロテインキナーゼ触媒ドメインの間に位置する
（Ａｚｚｉ Ａ．ら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０８：５４７−５５７（
１９９２）；Ｓｔａｂｅｌ Ｓ．，Ｓｅｍｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌ．５：
２７７−２８４（１９９４））。
【０２０８】 Ｃ２ドメインは、カルシウム依存性リン脂質結合に関与する（Ｄａｖｌｅｔｏ
ｖ Ｂ．Ａ．，Ｓｕｅｄｈｏｆ Ｔ．Ｃ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：
２６３８６−２６３９０（１９９３））。Ｃ２ドメインに関連するドメインはま
た、カルシウムを結合しないタンパク質においても見出されているので、Ｃ２ド
メインについての他の推定の機能には、イノシトール−１，３，５−四リン酸へ
の結合が挙げられる（Ｆｕｋｕｄａ Ｍ．，ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６
９：２９２０６−２９２１１（１９９４））。
【０２０９】 Ｃ２ドメインについてのコンセンサスパターンは、このドメインの保存性部分
に位置し、連結ループはβ鎖２および３の間に位置する。Ｃ２ドメインにについ
てのプロフィールは、全体のドメインを網羅する。このタンパク質ファミリーに
ついてのコンセンサスは：［ＡＣＧ］−ｘ（２）−Ｌ−ｘ（２，３）−Ｄ−ｘ（
１，２）−［ＮＧＳＴＬＩＦ］−［ＧＴＭＲ］−ｘ−［ＳＴＡＰ］−Ｄ−［ＰＡ
］−［ＦＹ］である。
【０２１０】 セリンプロテアーゼ、トリプシンファミリー、活性部位。配列番号１４１０は
、セリンプロテアーゼのファミリー（トリプシンタンパク質）の新規なメンバー
をコードするポリヌクレオチドを表す。トリプシンファミリー由来のセリンプロ
テアーゼの触媒活性は、ヒスチジン（これ自体がセリンに水素結合している）に
水素結合したアスパラギン酸残基を含む電荷リレー系によって提供される。活性
部位のセリン残基およびヒスチジン残基の近傍の配列は、プロテアーゼのこのフ
ァミリーにおいて十分に保存されている（Ｂｒｅｎｎｅｒ Ｓ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５２８−５３０（１９８８））。
【０２１１】 このタンパク質ファミリーについてのコンセンサスは：［ＬＩＶＭ］−［ＳＴ
］−Ａ−［ＳＴＡＧ］−Ｈ−Ｃ［Ｈは活性部位の残基である］である。このタン
パク質ファミリーについての第２のコンセンサスは：［ＤＮＳＴＡＧＣ］−［Ｇ
ＳＴＡＰＩＭＶＱＨ］−ｘ（２）−Ｇ−［ＤＥ］−Ｓ−Ｇ−［ＧＳ］−［ＳＡＰ
ＨＶ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＨ］−［ＬＩＶＭＦＹＳＴＡＮＱＨ］［Ｓは活性部位
の残基である］である。
【０２１２】 ＲＮＡ認識モチーフドメイン（ＲＲＭ、ＲＢＤ、またはＲＮＰ）。配列番号１
４６４および１５１４は、ＲＮＡ認識モチーフドメインタンパク質のファミリー
の新規なメンバーをコードするポリヌクレオチドを表す（Ｂａｎｄｚｉｕｌｉｓ Ｒ．Ｊ．ら、Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．３：４３１−４３７（１９８９）；Ｄｒｅ
ｙｆｕｓｓ Ｇ．ら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１３：８６−９
１（１９８８））。
【０２１３】 推定のＲＮＡ結合ドメインの内部において、高度に保存されている２つの領域
が存在する。第１の領域は、６残基の疎水性セグメント（ＲＮＰ−２モチーフと
呼ばれる）であり；第２の領域はオクタペプチドモチーフ（ＲＮＰ−１またはＲ
ＮＰ−ＣＳと呼ばれる）である。このドメインにおける両方のモチーフの位置を
、以下の模式図に示す。
【０２１４】
【化３】 この型のドメインについてのコンセンサスパターンとして、ＲＮＰ−１モチー
フを使用した。このタンパク質ファミリーについてのコンセンサスは：［ＲＫ］
−Ｇ−｛ＥＤＲＫＨＰＣＧ｝−［ＡＧＳＣＩ］−［ＦＹ］−［ＬＩＶＡ］−ｘ−
［ＦＹＬＭ］である。
【０２１５】 ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼＣ、Ｙドメイン。配列番号
１７０７は、ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼＣ、Ｙドメイン
のファミリーのタンパク質の新規なメンバーをコードするポリヌクレオチドを表
す。ホスファチジルイノシトール特異的ホスホリパーゼＣ（ＥＣ３．１．４．１
１）は、真核生物の細胞内酵素であり、シグナル伝達プロセスにおいて重要な役
割を演じている（Ｍｅｌｄｒｕｍ Ｅ．ら、Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．
Ａｃｔａ １０９２：４９−７１（１９９１））。この酵素は、セカンドメッセ
ンジャー分子であるジアシルグリセロールおよびイノシトール−１，４，５−三
リン酸への、１−ホスファチジル−Ｄ−ミオ−イノシトール−３，４，５−三リ
ン酸の加水分解を触媒する。この触媒的プロセスは、調節タンパク質の可逆的リ
ン酸化および結合によって強固に調節されている（Ｒｈｅｅ Ｓ．Ｇ．，Ｃｈｏ
ｉ Ｋ．Ｄ．，Ａｄｖ．Ｓｅｃｏｎｄ Ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ Ｐｈｏｓｐｈｏｐ
ｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．２６：３５−６１（１９９２）；Ｒｈｅｅ Ｓ．Ｇ．，
Ｃｈｏｉ Ｋ．Ｄ．，Ｊ Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６７：１２３９３−１２３９
６（１９９２）；Ｓｔｅｒｎｗｅｉｓ Ｐ．Ｃ．，Ｓｍｒｃｋａ Ａ．Ｖ．，Ｔ
ｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１７：５０２−５０６（１９９２））。
【０２１６】 すべての真核生物ＰＩ−ＰＬＣは、２つの相同性領域を含み、これらは「Ｘ−
ボックス」および「Ｙ−ボックス」と呼ばれる。これらの２つの領域の順番は同
じ（ＮＨ２−Ｘ−Ｙ−ＣＯＯＨ）であるが、その間隔が異なる。大部分のアイソ
フォームにおいて、これらの２つの領域間の距離は、わずか５０〜１００残基で
あるが、γアイソフォームにおいては、１つのＰＨドメイン、２つのＳＨ２ドメ
イン、および１つのＳＨ３ドメインが２つのＰＬＣ特異的ドメイン間に挿入され
ている。これらの２つの保存性領域は、触媒活性のために重要であることが示さ
れてきた。Ｙ−ボックスのＣ末端において、Ｃａ依存性膜結合におそらく関与す
るＣ２ドメインが存在する。
【０２１７】 セリンカルボキシペプチダーゼ。配列番号１７４４は、セリンカルボキシペプ
チダーゼファミリーのタンパク質の新規なメンバーをコードするポリヌクレオチ
ドを表す。カルボキシペプチダーゼは、メタロカルボキシペプチダーゼまたはセ
リンカルボキシペプチダーゼ（ＥＣ３．４．１６．５およびＥＣ３．４．１６．
６）のいずれかであり得る。セリンカルボキシペプチダーゼの触媒活性は、トリ
プシンファミリーのセリンプロテアーゼの触媒活性と同様に、ヒスチジン（これ
自体がセリンに水素結合している）に水素結合したアスパラギン酸残基を含む電
荷リレー系によって提供される（Ｌｉａｏ Ｄ．Ｉ．，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ Ｓ
．Ｊ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：６５２８−６５３１（１９９０））
。
【０２１８】 活性部位のセリン残基およびヒスチジン残基の周辺の配列は、これらすべての
セリンカルボキシペプチダーゼにおいて高度に保存されている。このタンパク質
ファミリーについてのコンセンサスは：［ＬＩＶＭ］−ｘ−［ＧＴＡ］−Ｅ−Ｓ
−Ｙ−［ＡＧ］−［ＧＳ］［Ｓは活性部位の残基である］である。このタンパク
質ファミリーについての第２のコンセンサスは：［ＬＩＶＦ］−ｘ（２）−［Ｌ
ＩＶＳＴＡ］−ｘ−［ＩＶＰＳＴ］−ｘ−［ＧＳＤＮＱＬ］［ＳＡＧＶ］−［Ｓ
Ｇ］−Ｈ−ｘ−［ＩＶＡＱ］−Ｐ−ｘ（３）−［ＰＳＡ］である［Ｈは活性部位
の残基である］。
【０２１９】 ｄｓｒｍ二本鎖ＲＮＡ結合モチーフ。配列番号１８１８は、ｄｓｒｍ二本鎖Ｒ
ＮＡ結合モチーフタンパク質の新規なメンバーをコードするポリヌクレオチドを
表す。真核生物細胞において、多数のＲＮＡ結合タンパク質が、遺伝子発現の転
写後調節における鍵となる役割を果たす。これらのタンパク質の特徴付けは、い
くつかのＲＮＡ結合モチーフの同定をもたらす。いくつかのヒトおよび他の脊椎
動物の遺伝的障害が、ＲＮＡ結合タンパク質の異常な発現によって引き起こされ
る（Ｃ．Ｇ．ＢｕｒｄおよびＧ．Ｄｒｅｙｆｕｓｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６５：
６１５−６２１（１９９４））。
【０２２０】 二本鎖ＲＮＡ結合モチーフを含むタンパク質は、特異的ＲＮＡ標的に結合する
。二本鎖ＲＮＡ結合モチーフは、ヒトにおいて、インターフェロンによって誘導
されたプロテインキナーゼ（これは、ｄｓＲＮＡに対する細胞応答の一部である
）によって例証される。
【０２２１】 配列番号２５７７、３１８３、および３１９５は、４回膜貫通内在性膜タンパ
ク質ファミリーのメンバーをコードする。このファミリーは、ＩＩＩ型タンパク
質からなり、これらは、生合成の間に切断されないＮ末端膜アンカードメインを
含む内在性膜タンパク質であり、そして移行シグナルおよび膜アンカーとして機
能する。これらのタンパク質はまた、３つのさらなる膜貫通領域を有する。その
コンセンサスパターンは、Ｇ−ｘ（３）−［ＬＩＶＭＦ］−ｘ（２）−［ＧＳＡ
］−［ＬＩＶＭＦ］（２）−Ｇ−Ｃ−ｘ−［ＧＡ］−［ＳＴＡ］−ｘ（２０−［
ｅＧ］−ｘ（２０−［ＣｗＮ］−［ＬＩＶＭ］（２）である。
【０２２２】 配列番号２９４４は、カルパインラージサブユニット、ドメインＩＩＩを有す
るポリペプチドをコードする。カルパインとは、種々の生物学的役割を果たす、
細胞内プロテアーゼのファミリーである。カルパイン３（ｐ９４としてもまた公
知）は、骨格筋において優先的に発現され、そして２Ａ型肢帯筋ジストロフィー
において、役割を果たす（Ｓｏｒｉｍａｃｈｉ，Ｈ．ら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．
３２８：７２１−７３２，１９９７）。
【０２２３】 配列番号１９１１および１９８０は、Ｃ３ＨＣ４型ジンクフィンガードメイン
（ＲＩＮＧフィンガー）を有するポリペプチドをコードする。このドメインは、
２原子の亜鉛を結合する４０〜６０残基のシステインリッチドメインであり、そ
してタンパク質−タンパク質相互作用の媒介に関与すると考えられている。この
ファミリーの哺乳動物タンパク質としては、以下が挙げられる：Ｖ（Ｄ）Ｊ組換
え活性化タンパク質（これは、免疫グロブリンおよびＴ細胞レセプター遺伝子の
再構成を活性化する）；乳癌１型感受性タンパク質（ＢＲＣＡ１）；ｂｍｉ−１
癌原遺伝子；ｃｂｌ癌原遺伝子；およびｍｅｌ−１８タンパク質（これは、種々
の腫瘍細胞において発現され、そして特定のＤＮＡ配列を認識および結合する転
写抑制因子である）。このコンセンサスパターンは、Ｃ−ｘ−Ｈ−ｘ−［ＬＩＶ
ＭＦＹ］−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−［ＬＩＶＭＹＡ］である。
【０２２４】 配列番号３２７４は、約１００アミノ酸残基の、フォークヘッド型ドメインを
有する真核生物転写因子をコードする。この群のタンパク質は、以下が挙げられ
る転写因子である：哺乳動物転写因子ＨＮＦ−３−α、−β、および−γ；イン
ターロイキンエンハンサー結合因子；ならびにＨＴＬＦ（これは、ヒトＴ細胞白
血病ウイルスの長い末端反復の領域に結合する）。このコンセンサスパターンは
、［ＫＲ］−Ｐ−［ＰＴＱ］−［ＦＹＬＶＱＨ］−Ｓ−［ＦＹ］ｘ（２）−［Ｌ
ＩＶＭ］−Ｘ（３，４）−［ＡＣ］−［ＬＩＭ］である。
【０２２５】 配列番号３３４５は、ＰＤＺドメインを有するポリペプチドをコードする。数
ダースのシグナル伝達タンパク質は、ＰＤＺドメインとして公知である８０〜１
００の残基反復を有する、タンパク質のこの群に属する。これらのタンパク質の
うちのいくつかは、イオンチャンネルおよび／またはレセプターのＣ末端テトラ
ペプチドモチーフＸ−Ｓｅｒ／Ｔｈｒ／Ｘ−Ｖａｌ−ＣＯＯ−と相互作用する（
Ｐｏｎｔｉｎｇ，Ｃ．Ｐ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ．６；４６４−４６８，１
９９７）。
【０２２６】 配列番号３３５１は、ホルボールエステル／グリセロール結合タンパク質のフ
ァミリーのポリペプチドをコードする。ホルボールエステル（ＰＥ）は、ジアシ
ルグリセロール（ＤＡＧ）のアナログであり、そして強力な腫瘍プロモーターで
ある。ＤＡＧは、プロテインキナーゼＣとして公知であるセリン−スレオニンプ
ロテインキナーゼのファミリーを活性化する。プロテインキナーゼＣのＮ末端領
域は、ＰＥおよびＤＡＧを結合し、そして約５０アミノ酸残基のシステインリッ
チドメインの１つまたは２つのコピーを含む。このドメインを有する他のタンパ
ク質としては、ジアシルグリセロールキナーゼ；ｖａｖ癌遺伝子；およびＮ−キ
メリン（ｃｈｉｍａｅｒｉｎ）（脳特異的タンパク質）が挙げられる。ＤＡＧ／
ＰＥ結合ドメインは、このドメインにおいて保存される６つのシステインおよび
２つのヒスチジンを介して、２つの亜鉛イオンを結合する。このコンセンサスパ
ターンは、Ｈ−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＷ］−ｘ（８，１ｌ）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−
ｘ−（３）−［ＬＩＶＭＦＣ］−ｘ（５，１０）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（４）
−［ＨＤ］−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（５，９）−Ｃである。
【０２２７】 配列番号２２１６は、ＷＷ／ｒｓｐ５／ＷＷＰドメインを有するポリペプチド
をコードする。このタンパク質は、保存された芳香族位置（一般に、トリプトフ
ァン）および保存されたプロリンの存在に因んで命名される。このドメインを有
するタンパク質としては、ジストロフィン、脊椎動物ＹＡＰタンパク質、および
ＩＱＧＡＰ（ラットに作用する、ヒトＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質）が挙げら
れる。このコンセンサスパターンは、Ｗ−ｘ（９，１１）−［ＶＦＹ］−［ＦＹ
Ｗ］−ｘ（６，７）−［ＧＳＴＮＥ］−［ＧＳＴＱＣＲ］−［ＦＹＷ］−ｘ（２
）−Ｐである。
【０２２８】 配列番号２４２８は、触媒性ドメインを有する二重特異性ホスファターゼファ
ミリーのメンバーをコードし、そして配列番号２２８１および２３１０は、プロ
テインチロシンホスファターゼファミリーのメンバーをコードする。これらのフ
ァミリーは、関連があり、そしてチロシン特異的プロテインホスファターゼとし
て分類される。これらの酵素は、チロシン残基からのリン酸基の除去を触媒し、
そして細胞の成長、増殖、分化、および変換の制御において、重要である。この
コンセンサスパターンは、［ＬＩＶＭＦ］−Ｈ−Ｃ−ｘ（２）−Ｇ−ｘ−（３）
−［ＳＴＣ］−［ＳＴＡＧＰ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹ］である。
【０２２９】
【表１】
【０２３０】
【表２】
【０２３１】
【表３】
【０２３２】
【表４】
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ１２Ｎ 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/21 ４Ｈ０４５ 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ 5/10 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｍ Ｇ０１Ｎ 33/53 33/566 33/574 Ｚ 33/566 Ａ６１Ｋ 31/7088 33/574 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ // Ａ６１Ｋ 31/7088 5/00 Ａ 38/00 Ａ６１Ｋ 37/02 (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ， ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ， ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＢＺ，Ｃ Ａ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ， ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，Ｋ Ｅ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ， ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，Ｒ Ｕ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ， ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 ウィリアムズ， ルイス ティー． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 エスコベド， ジェイム アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 イニス， マイケル エイ． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 ガルシア， パブロ ドミンゲズ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 クリンガー， ジュリー アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 カッサム， アルタフ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 レインハード， クリストフ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 ランダッゾ， フィリッポ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 ケネディー， グイリア シー． アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 ポット， デイビッド アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 ランソン， ジョージ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94662 −8097， エミリービル， ピー．オー． ボックス 8097， カイロン コーポレ イション (72)発明者 ダーマナック， ラドジェ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 カーケンヤコフ， ラドマー アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 ダーマナック， スネザナ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 ディクソン， マーク アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 ラバット， イヴァン アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 レシュコウィティズ， ディナ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 キタ， デイビッド アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 ガルシア， ベロニカ アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 ジョーンズ， リー ウィリアム アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 (72)発明者 ストラチェ−クレイン， バージット アメリカ合衆国 カリフォルニア 94086， サニーベイル， アルマノー アベニュ ー 675 Ｆターム(参考） 4B024 AA12 BA80 CA04 CA09 CA20 DA01 DA02 DA05 DA11 DA12 GA11 HA11 HA13 HA14 4B063 QA01 QA19 QQ53 QR08 QR32 QR35 QR40 QR56 QR62 QS16 QS25 QS34 QS36 QX02 4B065 AA01X AA58X AA72X AA87X AA93Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA44 CA46 4C084 AA01 AA13 CA27 CA53 ZB26 4C086 AA02 EA16 MA01 NA14 ZB26 4H045 AA10 AA11 AA20 BA10 CA40 DA75 EA20 EA50 FA71 FA74

Claims (15)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 ポリヌクレオチドのライブラリーであって、該ライブラリー
    が配列番号１〜３３５１のうちの少なくとも１つの配列情報を含む、ライブラリ
    ー。
  2. 【請求項２】 前記ライブラリーが核酸アレイ上で提供される、請求項１に
    記載のライブラリー。
  3. 【請求項３】 前記ライブラリーがコンピューターで読み取り可能な形式で
    提供される、請求項１に記載のライブラリー。
  4. 【請求項４】 請求項１に記載のライブラリーであって、該ライブラリーが
    、コントロール細胞と比較して高い転移能の癌細胞中に示差的に発現される遺伝
    子に対応するポリヌクレオチドを含み、該コントロール細胞は、正常な細胞また
    は低い転移能の細胞であり、該発現は、転移性組織においてより大きく、そして
    配列が、配列番号１４、１３７、１５１、１５２、１７１、２００、２５４、２
    ６２、２７１、３４８、４１２、４７２、５０７、５２０、５３０、５８８、６
    ２３、６３７、６６０、６７８、６８０、７００、７１４、７７４、８１２、８
    ３４、９０１、９３７、９７６、１１６８、１３３３、１３５２、１５２０、１
    ５２４、１５４６、１５５０、１５７４、１５８０、１５９０、１５９９、１６
    ０７、１６２２、１７０６、１７５２、１７６８、１７６９、１７８０、１７８
    １、１７９９、１８０３、１８１１、１８５１、１８５６、１８６７、１８７２
    、１８７５、１８８４、１９１９、１９２３、１９３９、１９７５、２０２４、
    ２０４５、２０６０、２０７１、２１１８、２１１９、２１２８、２１３５、２
    １７７、２１８１、２１８４、２１８５、２１９０、２１９３、２２３２、２２
    ３９、２２８３、２３１１、２３１４、２３３８、２３７８、２３９３、２３９
    ４、２３９５、２３９８、２４６０、２４９０、２５０５、２５１４、２５４０
    、２５４２、２５９７、２６０７、２６４０、２６５７、２６６９、２６７０、
    ２６７４、２６７９、２６８４、２７０７、２７２４、２７５７、２７７６、２
    ８０４、２８１８、２９０６、２９５９、２９６４、２９６８、２９７６、２９
    ８０、２９８７、３０１０、３０４３、３０４７、３０５０、３０７１、３０７
    ２、３０９２、３０９５、３０９７、３１４０、３１５７、３１７３、３１８７
    、３２０３、３２１０、３２１２、３２２０、３２３６、３２４９、３２６４、
    ３２８４、３２８８、３３０５、３３０９、３３１８、３３３０、３３３１、お
    よび３３３５からなる群より選択される、ライブラリー。
  5. 【請求項５】 請求項１に記載のライブラリーであって、該ライブラリーが
    、結腸癌組織と比較して正常結腸組織において示差的に発現される遺伝子に対応
    するポリヌクレオチドを含み、該発現は、癌組織においてより大きく、そして配
    列が、配列番号７、１６４、７３４、８３６、９２８、９６５、９８７、１０２
    ６、１０４４、１１１９、１２２６、１２２７、１２５１、１３１６、１４２９
    、１４４２、１５４０、１５５３、１５６０、１５７７、１５８８、１６１０、
    １６２０、１６２６、１６７３、２４１６、２７４９、２９７６、３１２９およ
    び３１３２からなる群より選択される、ライブラリー。
  6. 【請求項６】 請求項１に記載のライブラリーであって、該ライブラリーは
    、結腸癌組織と比較して正常結腸組織において示差的に発現される遺伝子に対応
    するポリヌクレオチドを含み、該発現は、癌組織より正常組織においてより大き
    く、そして配列が、配列番号１０５、１９８、４６５、４８９、７４５、８５９
    、９７６、１０１１、１０４５、１１３８、１２２６、１２５１、１２５３、１
    ３９２、１４７４、１５５９、１５７１、１５８９、１５９１、１６０７、１６
    ０８、１６４３、１７５３、１７６４、１７６６、１７８２、１８１１、２７４
    ９、２７８４、２７９０、２８０５、２９７６、３１２８、３１２９、３１４６
    、３１５０、および３１５１からなる群より選択される、ライブラリー。
  7. 【請求項７】 請求項１に記載のライブラリーであって、該ライブラリーは
    、ヒト前立腺癌細胞と比較して正常ヒト前立腺細胞において示差的に発現される
    遺伝子に対応するポリヌクレオチドを含み、該発現は、癌細胞より正常細胞にお
    いてより大きく、そして配列が、配列番号５３、４４６、１４１０、１７５４、
    １８０１、１８４５、２０６０、２１４３、２６３２、２８９９、および３３３
    ８からなる群より選択される、ライブラリー。
  8. 【請求項８】 請求項１に記載のライブラリーであって、該ライブラリーは
    、ヒト前立腺癌細胞と比較して正常ヒト前立腺細胞において示差的に発現される
    遺伝子に対応するポリヌクレオチドを含み、該発現は、正常細胞より癌細胞にお
    いてより大きく、そして配列が、配列番号８６、９３、６８７、１２６９、１５
    ８１、１６４７、１６４９、１７１０、１７１７、１７７２、１９６０、２９８
    ７、３１２８、３１３２、３１５０、３２２２、および３２６８からなる群より
    選択される、ライブラリー。
  9. 【請求項９】 配列番号１〜３３５１の同定化配列あるいはそれらの縮重改
    変体またはフラグメントに少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド
    配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  10. 【請求項１０】 請求項９に記載のポリヌクレオチドを含む、組換え宿主細
    胞。
  11. 【請求項１１】 請求項９に記載のポリヌクレオチドによりコードされる、
    単離されたポリペプチド。
  12. 【請求項１２】 請求項１１に記載のポリペプチドを特異的に結合する、抗
    体。
  13. 【請求項１３】 請求項９に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  14. 【請求項１４】 哺乳動物細胞の癌状態と相関する示差的に発現された遺伝
    子を検出する方法であって、該方法が、以下： 癌であると疑われている細胞由来の試験サンプルにおいて、少なくとも１つの
    示差的に発現した遺伝子産物を検出する工程であって、該遺伝子産物が、配列番
    号１４、１３７、１５１、１５２、１７１、２００、２５４、２６２、２７１、
    ３４８、４１２、４７２、５０７、５２０、５３０、５８８、６２３、６３７、
    ６６０、６７８、６８０、７００、７１４、７７４、８１２、８３４、９０１、
    ９３７、９７６、１１６８、１３３３、１３５２、１５２０、１５２４、１５４
    ６、１５５０、１５７４、１５８０、１５９０、１５９９、１６０７、１６２２
    、１７０６、１７５２、１７６８、１７６９、１７８０、１７８１、１７９９、
    １８０３、１８１１、１８５１、１８５６、１８６７、１８７２、１８７５、１
    ８８４、１９１９、１９２３、１９３９、１９７５、２０２４、２０４５、２０
    ６０、２０７１、２１１８、２１１９、２１２８、２１３５、２１７７、２１８
    １、２１８４、２１８５、２１９０、２１９３、２２３２、２２３９、２２８３
    、２３１１、２３１４、２３３８、２３７８、２３９３、２３９４、２３９５、
    ２３９８、２４６０、２４９０、２５０５、２５１４、２５４０、２５４２、２
    ５９７、２６０７、２６４０、２６５７、２６６９、２６７０、２６７４、２６
    ７９、２６８４、２７０７、２７２４、２７５７、２７７６、２８０４、２８１
    ８、２９０６、２９５９、２９６４、２９６８、２９７６、２９８０、２９８７
    、３０１０、３０４３、３０４７、３０５０、３０７１、３０７２、３０９２、
    ３０９５、３０９７、３１４０、３１５７、３１７３、３１８７、３２０３、３
    ２１０、３２１２、３２２０、３２３６、３２４９、３２６４、３２８４、３２
    ８８、３３０５、３３０９、３３１８、３３３０、３３３１、および３３３５の
    うちの少なくとも１つの配列に対応する遺伝子によりコードされる、工程を包含
    し、該示差的に発現した遺伝子産物の検出が、該試験サンプルが由来した細胞の
    癌状態と相関する、方法。
  15. 【請求項１５】 哺乳動物細胞の癌状態と相関する示差的に発現された遺伝
    子を検出する方法であって、該方法が、以下： 癌であると疑われている細胞由来の試験サンプルにおいて、少なくとも１つの
    示差的に発現した遺伝子産物を検出する工程であって、該遺伝子産物が、配列番
    号７、１６４、７３４、８３６、９２８、９６５、９８７、１０２６、１０４４
    、１１１９、１２２６、１２２７、１２５１、１３１６、１４２９、１４４２、
    １５４０、１５５３、１５６０、１５７７、１５８８、１６１０、１６２０、１
    ６２６、１６７３、１９６０、２４１６、２７４９、２９７６、２９８７、３１
    ２８、３１２９、３１３２、３１５０、３２２２、および３２６８の少なくとも
    １つの配列に対応する遺伝子によりコードされる、工程を包含し、該示差的に発
    現した遺伝子産物の検出が、該試験サンプルが由来した細胞の癌状態と相関する
    、方法。
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