HK40016613B

HK40016613B - System and method with fiducials in non-rectilinear layouts

Info

Publication number: HK40016613B
Application number: HK62020006363.9A
Authority: HK
Inventors: S. Vieceli John; Nemiroski Alex; Belitz Paul; Langlois Robert; Shane BOWEN M.; Yuan Chan Danny; Murali K. Venkatesan Bala; Han Hui; Samiee Kevan; Tanner Stephen
Original assignee: Illumina, Inc.
Priority date: 2017-02-01
Filing date: 2018-01-31
Publication date: 2023-12-22

Claims

Un système d'analyse configuré pour réaliser des cycles successifs d'imagerie fluorescente, le système d'analyse (10) comprenant : un ensemble d'acides nucléiques (12), comprenant :
un support ayant des emplacements (70) qui, en fonctionnement, reçoivent des échantillons biologiques comprenant des séquences d'acides nucléiques et qui diffèrent les uns des autres afin de réagir différemment lors des cycles successifs d'imagerie fluorescente ; et

quatre éléments de repère (84) ou plus sur le support, les éléments de repère (84) ayant un matériau fluorescent qui réagit dans tous les cycles successifs d'imagerie fluorescente, les éléments de repère (84) étant disposés sur le support selon une disposition non-rectiligne ;

et un système d'imagerie (28) comprenant un système de balayage en ligne ;

dans lequel le système d'imagerie (28) est configuré pour réaliser des cycles successifs d'imagerie fluorescente en utilisant une pluralité de lignes de balayage.
Le système de la revendication 1, dans lequel la disposition non-rectiligne comprend des positions d'élément de repère qui sont à des distances X différentes depuis un premier bord du support et à des distances Y différentes depuis un deuxième bord perpendiculaire du support, la disposition non-rectiligne comprenant facultativement une disposition hexagonale.
Le système de la revendication 1, dans lequel la disposition non-rectiligne comprend une disposition non répétitive d'un côté à l'autre du support.
Le système de la revendication 1, dans lequel les emplacements diffèrent les uns des autres afin de réagir différemment lors de cycles successifs d'imagerie fluorescente qui sont réalisés en utilisant de la lumière à différentes longueurs d'onde, les cycles successifs d'imagerie fluorescente étant facultativement réalisés en utilisant de la lumière à au moins deux longueurs d'onde différentes, et le matériau fluorescent des éléments de repère (84) étant réactif aux deux longueurs d'onde parmi les au moins deux longueurs d'onde différentes.
Le système de la revendication 1, dans lequel les éléments de repère comprennent une pluralité de creux (98) et une bille (90) disposée dans chaque creux de la pluralité de creux, la bille comprenant le matériau fluorescent ; dans lequel les objets disposés dans l'au moins un creux (98) sont facultativement trop grands pour être reçus dans les emplacements (92) du support qui reçoivent les échantillons biologiques.
Le système de la revendication 1, dans lequel les emplacements sont disposés selon un motif répétitif régulier sur le support.
Le système de la revendication 1, dans lequel le support comprend une pluralité de zones ou de couloirs d'image (48) des emplacements, et dans lequel des éléments de repère d'une pluralité d'éléments de repère sont disposés dans chaque zone ou chaque couloir de la pluralité de zones ou de couloirs d'image.
Le système de la revendication 1, dans lequel les éléments de repère sont structurés pour produire des données d'image qui codent des informations.
Le système de la revendication 1, comprenant en outre au moins un élément de repère supplémentaire (270) qui est formé dans ou sur le support et qui est réfléchissant optiquement afin, durant l'imagerie, de renvoyer au moins une portion de rayonnement incident pour situer le support ou les emplacements, régler leur emplacement, ou les enregistrer.
Un procédé d'analyse d'échantillons biologiques en utilisant des cycles successifs d'imagerie fluorescente, le procédé comprenant :
le fait de disposer des échantillons biologiques comprenant des séquences d'acides nucléiques à des emplacements sur un support d'un ensemble d'acides nucléiques, les échantillons biologiques étant amenés à différer les uns des autres afin de réagir différemment lors des cycles successifs d'imagerie fluorescente ;

le fait de disposer quatre éléments de repère ou plus sur le support, chaque élément parmi les éléments de repère comprenant un matériau fluorescent qui réagit dans tous les cycles successifs d'imagerie fluorescente, les éléments de repère étant disposés sur le support selon une disposition non-rectiligne ; et

le fait de former des images, en utilisant un système de balayage en ligne, des échantillons biologiques est des éléments de repère lors des cycles successifs d'imagerie fluorescente en utilisant une pluralité de lignes de balayage.
Le procédé de la revendication 10, comprenant en outre le fait de former des images des échantillons biologiques et des éléments de repère dans les cycles successifs d'imagerie fluorescente à des longueurs d'onde différentes de lumière afin de produire des données d'image qui codent des signaux fluorescents produits par les échantillons biologiques et les éléments de repère.
Le procédé de la revendication 11, comprenant en outre :
le fait d'accéder à des données d'image qui codent des images successives des échantillons biologiques disposés à des emplacements sur le support, les données d'image codant en outre des images des éléments de repère sur le support ;

le fait d'enregistrer, pour les images successives, les emplacements sur le support en référence aux éléments de repère ; et

le fait de traiter les images successives enregistrées afin de transformer des données dérivées des images successives en données de séquence.
Le procédé de la revendication 12, comprenant en outre le fait de caractériser des molécules ayant des marquages au niveau des emplacements dans chaque image parmi les images successives.