HK40016613B

HK40016613B - System and method with fiducials in non-rectilinear layouts

Info

Publication number: HK40016613B
Application number: HK62020006363.9A
Authority: HK
Inventors: S. Vieceli John; Nemiroski Alex; Belitz Paul; Langlois Robert; Shane BOWEN M.; Yuan Chan Danny; Murali K. Venkatesan Bala; Han Hui; Samiee Kevan; Tanner Stephen
Original assignee: Illumina, Inc.
Priority date: 2017-02-01
Filing date: 2018-01-31
Publication date: 2023-12-22

Claims

Ein Analysesystem, das konfiguriert ist, um aufeinanderfolgende Zyklen von Fluoreszenzabbildung durchzuführen, wobei das Analysesystem (10) Folgendes beinhaltet: ein Nukleinsäurearray (12), das Folgendes beinhaltet:
einen Träger, der Stellen (70) aufweist, die bei Betrieb biologische Proben aufnehmen, welche Nukleinsäuresequenzen beinhalten und sich voneinander unterscheiden, sodass sie in den aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung unterschiedlich reagieren; und

vier oder mehr Bezugsmarkenmerkmale (84) auf dem Träger, wobei die Bezugsmarkenmerkmale (84) ein fluoreszierendes Material aufweisen, das in allen der aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung reagiert, wobei die Bezugsmarkenmerkmale (84) auf dem Träger in einem nichtgeradlinigen Layout angeordnet sind;

und ein Abbildungssystem (28), das ein Zeilenabtastsystem beinhaltet;

wobei das Abbildungssystem (28) konfiguriert ist, um aufeinanderfolgende Zyklen von Fluoreszenzabbildung unter Nutzung einer Vielzahl von Abtastzeilen durchzuführen.
System gemäß Anspruch 1, wobei das nichtgeradlinige Layout Bezugsmarkenmerkmalspositionen beinhaltet, die sich in unterschiedlichen X-Abständen von einer ersten Kante des Trägers und in unterschiedlichen Y-Abständen von einer zweiten, orthogonalen Kante des Trägers befinden, wobei das nichtgeradlinige Layout optional ein hexagonales Layout beinhaltet.
System gemäß Anspruch 1, wobei das nichtgeradlinige Layout ein sich über den Träger hinweg nicht wiederholendes Layout beinhaltet.
System gemäß Anspruch 1, wobei sich die Stellen voneinander unterscheiden, sodass sie in aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung, die unter Nutzung von Licht mit unterschiedlichen Wellenlängen durchgeführt werden, unterschiedlich reagieren, wobei die aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung optional unter Nutzung von Licht mit mindestens zwei unterschiedlichen Wellenlängen durchgeführt werden und wobei das fluoreszierende Material der Bezugsmarkenmerkmale (84) auf beide der mindestens zwei unterschiedlichen Wellenlängen reagiert.
System gemäß Anspruch 1, wobei die Bezugsmarkenmerkmale eine Vielzahl von Vertiefungen (98) und in jeder der Vielzahl von Vertiefungen angeordnet ein Kügelchen (90) beinhalten, wobei das Kügelchen das fluoreszierende Material beinhaltet; wobei die Objekte, die in der mindestens einen Vertiefung (98) angeordnet sind, optional zu groß sind, um in den Stellen (92) des Trägers, die die biologischen Proben aufnehmen, aufgenommen zu werden.
System gemäß Anspruch 1, wobei die Stellen in einem regelmäßigen, sich wiederholenden Muster auf dem Träger angeordnet sind.
System gemäß Anspruch 1, wobei der Träger eine Vielzahl von Bildbereichen oder Messstreifen (48) der Stellen beinhaltet und wobei in jedem der Vielzahl von Bildbereichen oder Messstreifen eine Vielzahl der Bezugsmarkenmerkmale bereitgestellt ist.
System gemäß Anspruch 1, wobei die Bezugsmarkenmerkmale strukturiert sind, um Bilddaten zu produzieren, die Informationen codieren.
System gemäß Anspruch 1, das ferner mindestens ein zusätzliches Bezugsmarkenmerkmal (270) beinhaltet, das in oder auf dem Träger gebildet ist und das optisch reflektierend ist, um zum Lokalisieren, Anpassen der Stelle oder Zur-Deckung-Bringen des Trägers oder der Stellen während der Abbildung mindestens einen Teil der einfallenden Strahlung zurückzusenden.
Ein Verfahren zum Analysieren biologischer Proben durch die Verwendung aufeinanderfolgender Zyklen von Fluoreszenzabbildung, wobei das Verfahren Folgendes beinhaltet:
Anordnen biologischer Proben, die Nukleinsäuresequenzen beinhalten, an Stellen auf einem Träger eines Nukleinsäurearrays, wobei sich die biologischen Proben voneinander unterscheiden, sodass sie in den aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung unterschiedlich reagieren;

Anordnen von vier oder mehr Bezugsmarkenmerkmalen auf dem Träger, wobei jedes der Bezugsmarkenmerkmale ein fluoreszierendes Material beinhaltet, das in allen der aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung reagiert, wobei die Bezugsmarkenmerkmale auf dem Träger in einem nichtgeradlinigen Layout angeordnet sind; und

Abbilden, durch die Verwendung eines Zeilenabtastsystems, der biologischen Proben und der Bezugsmarkenmerkmale in den aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung unter Nutzung einer Vielzahl von Abtastzeilen.
Verfahren gemäß Anspruch 10, das ferner das Abbilden der biologischen Proben und der Bezugsmarkenmerkmale in den aufeinanderfolgenden Zyklen von Fluoreszenzabbildung mit unterschiedlichen Wellenlängen von Licht beinhaltet, um Bilddaten zu produzieren, die fluoreszierende Signale codieren, welche von den biologischen Proben und den Bezugsmarkenmerkmalen produziert werden.
Verfahren gemäß Anspruch 11, das ferner Folgendes beinhaltet:
Zugreifen auf Bilddaten, die aufeinanderfolgende Bilder der an den Stellen auf dem Träger angeordneten biologischen Proben codieren, wobei die Bilddaten ferner Bilder der Bezugsmarkenmerkmale auf dem Träger codieren;

Zur-Deckung-Bringen, für die aufeinanderfolgenden Bilder, der Stellen auf dem Träger durch den Bezug auf die Bezugsmarkenmerkmale; und

Verarbeiten der zur Deckung gebrachten aufeinanderfolgenden Bilder, um Daten, die von den aufeinanderfolgenden Bildern abgeleitet sind, in Sequenzdaten umzuwandeln.
Verfahren gemäß Anspruch 12, das ferner das Charakterisieren von Molekülen, die Marker aufweisen, an den Stellen in jedem der aufeinanderfolgenden Bilder beinhaltet.