HK40005244B - Methods and compositions for diagnosing, prognosing, and treating endometriosis - Google Patents

Claims (15)

1. Méthode d'identification chez un individu d'un génotype de variant rare associé statistiquement à l'endométriose, ledit variant étant détecté dans l'un quelconque des gènes de la figure 3, et ledit variant rare étant observé à une fréquence < 1 % dans la population générale.
2. Méthode selon la revendication 1, ledit génotype de variant rare identifié du gène étant en outre caractérisé fonctionnellement pour prédire l'impact du variant sur le produit génique.
3. Méthode de criblage d'un agent thérapeutique utile pour le traitement de l'endométriose comprenant l'identification d'un agent qui module la fonction ou l'expression d'un produit d'un gène de la figure 3 dans lequel un génotype de variant associé à l'endométriose a été identifié selon la méthode de la revendication 1.
4. Méthode selon la revendication 3, ledit variant ayant été fonctionnellement caractérisé selon la revendication 2 et étant prévu pour provoquer une perte partielle ou totale de fonction du produit protéique du gène, ou un gain de fonction pour le produit protéique du gène.
5. Méthode selon la revendication 1, ladite détection d'un génotype de variant rare, identifié selon la revendication 1, chez un individu étant utilisée pour étayer la recommandation d'un traitement ou d'un changement de thérapie pour l'individu, ou ledit individu étant inscrit à un essai clinique pour une thérapie.
6. Méthode selon la revendication 1, des techniques d'amplification, des techniques d'hybridation, un séquençage, une analyse par micro-réseaux ou toute combinaison de ceux-ci étant employés pour détecter le variant.
7. Méthode selon la revendication 1 ou 6, ledit variant étant détecté par des transferts Northern, une balise moléculaire, un test invader, une hybridation in situ par fluorescence ou ladite analyse par micro-réseaux étant une analyse par réseau CGH ou une analyse par micro-réseau SNP, ou ledit séquençage étant un séquençage Sanger de régions amplifiées par PCR, un séquençage à haut débit de régions d'intérêt spécifiques, un séquençage de signatures massivement parallèle (MPSS, Lynx Therapeutics), un séquençage Polony, un pyroséquençage 454, un séquençage Illumina (Solexa), un séquençage SOLiD, un séquençage sur semi-conducteur, un séquençage de nanobilles d'ADN, un séquençage de molécule unique Helioscope^™, un séquençage de molécule unique SMRT^™, un séquençage de molécule unique en temps réel (RNAP), un séquençage d'ADN par nanopores, un séquençage par hybridation, un séquençage microfluidique Sanger ou ladite réaction d'amplification comprenant une PCR, une PCR nichée, une amplification de transcription, une réplication de séquence auto-entretenue, une amplification de séquences à base d'acides nucléiques (NASBA), une amplification multiplex de sonde dépendant des ligatures (MLPA ), une réaction en chaîne par ligase (LCR), éventuellement les informations sur les acides nucléiques étant obtenues à partir d'une analyse in silico.
8. Méthode selon la revendication 1, ledit génotype de variant rare détecté étant comparé à ceux de sujets féminins qui ne sont pas atteints d'une endométriose ou ne sont pas susceptibles d'être atteints d'une endométriose.
9. Méthode selon la revendication 1, ladite détection du variant se faisant par séquençage du génome entier ou de l'exome entier.
10. Méthode selon la revendication 1, ledit gène de la figure 3 étant TGFBR3.
11. Méthode selon la revendication 1, ledit gène de la figure 3 étant TGFB1/1.
12. Méthode selon la revendication 1, ledit gène de la figure 3 étant PGRMC2.
13. Méthode selon la revendication 1, ledit gène de la figure 3 étant PTK2.
14. Méthode selon la revendication 1, ledit gène de la figure 3 étant TSHR.
15. Méthode selon la revendication 1, ledit variant étant détecté dans un échantillon et ledit échantillon :

    a. provenant du sang, de la salive, de l'urine, du sérum, des larmes, de la peau, des tissus ou des cheveux ;

    b. comprenant un acide nucléique purifié ; et/ou

    c. comprenant un acide nucléique amplifié.