HK40005733B

HK40005733B - Engineered nuceic acid-targeting nucleic acids

Info

Publication number: HK40005733B
Application number: HK19129102.0A
Authority: HK
Inventors: Paul Daniel Donohoue; Andrew Paul May
Original assignee: Caribou Biosciences, Inc.
Priority date: 2016-12-06
Filing date: 2017-12-05
Publication date: 2021-11-05

Claims

Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II, comprenant :
(i) un premier polynucléotide monocaténaire à première tige discontinue associé à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II (dfs1-PN) comprenant, dans une direction 5' vers 3', une séquence nucléotidique 1 de fragment comprenant une extrémité terminale 5' du dfsl-PN et au moins 1 nucléotide, une séquence nucléotidique II d'élément de renflement, une séquence nucléotidique II d'élément de tige supérieure, une première séquence nucléotidique de lieur, une séquence nucléotidique I d'élément de tige supérieure, une séquence nucléotidique I d'élément de renflement, une séquence nucléotidique I d'élément de tige inférieure, une deuxième séquence nucléotidique de lieur, une séquence nucléotidique de connexion, une troisième séquence nucléotidique de lieur, et un élément en épingle à cheveux en 3' ; et

(ii) un second polynucléotide monocaténaire à première tige discontinue associé à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II (dfs2-PN) comprenant, dans une direction 5' vers 3',
une séquence de liaison à une cible d'acide nucléique, et une séquence nucléotidique 2 de fragment comprenant au moins 1 nucléotide et une extrémité terminale 3' du dfs2-PN ; dans laquelle la séquence nucléotidique I d'élément de tige supérieure et la séquence nucléotidique II d'élément de tige supérieure se lient par liaison hydrogène entre paires de bases pour former un élément de tige supérieure ; dans laquelle la séquence nucléotidique I d'élément de renflement et la séquence nucléotidique II d'élément de renflement forment un élément de renflement ; et dans laquelle au moins 1 nucléotide de la séquence nucléotidique 1 de fragment forme une paire de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique I d'élément de tige inférieure et au moins 1 nucléotide de la séquence nucléotidique 2 de fragment forme une paire de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique I d'élément de tige inférieure pour former un élément de tige inférieure ; dans laquelle le dfsl-PN et le dfs2-PN sont capables de former un complexe avec une protéine Cas9 apparentée.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II, comprenant :
(i) un premier polynucléotide monocaténaire à première tige discontinue associé à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II (dfs1-PN) comprenant, dans une direction 5' vers 3', une séquence nucléotidique 1 de fragment comprenant une extrémité terminale 5' du dfsl-PN et au moins 1 nucléotide, une première séquence nucléotidique de lieur, une séquence nucléotidique de connexion, une deuxième séquence nucléotidique de lieur, et un élément en épingle à cheveux en 3' ; et

(ii) un second polynucléotide monocaténaire à première tige discontinue associé à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II (dfs2-PN) comprenant, dans une direction 5' vers 3',
une séquence de liaison à une cible d'acide nucléique, une séquence nucléotidique II d'élément de tige inférieure, une séquence nucléotidique II d'élément de renflement, une séquence nucléotidique II d'élément de tige supérieure, une troisième séquence nucléotidique de lieur, une séquence nucléotidique I d'élément de tige supérieure, une séquence nucléotidique I d'élément de renflement, et une séquence nucléotidique 2 de fragment comprenant au moins 1 nucléotide et une extrémité terminale 3' du dfs2-PN ; dans laquelle la séquence nucléotidique I d'élément de tige supérieure et la séquence nucléotidique II d'élément de tige supérieure se lient par liaison hydrogène entre paires de bases pour former un élément de tige supérieure ; dans laquelle la séquence nucléotidique I d'élément de renflement et la séquence nucléotidique II d'élément de renflement forment un élément de renflement ; et dans laquelle au moins 1 nucléotide de la séquence nucléotidique 1 de fragment forme une paire de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique II d'élément de tige inférieure et au moins 1 nucléotide de la séquence nucléotidique 2 de fragment forme une paire de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique II d'élément de tige inférieure pour former un élément de tige inférieure ; dans laquelle le dfsl-PN et le dfs2-PN sont capables de former un complexe avec une protéine Cas9 apparentée.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 1, dans laquelle la séquence nucléotidique 1 de fragment comprend en outre l'extrémité terminale 5' du dfsl-PN et au moins 2 nucléotides, la séquence nucléotidique 2 de fragment comprend en outre au moins 2 nucléotides et l'extrémité terminale 3' du dfs2-PN et au moins 2 nucléotides de la séquence nucléotidique 1 de fragment forment 2 paires de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique I d'élément de tige inférieure et au moins 2 nucléotides de la séquence nucléotidique 2 de fragment forment 2 paires de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique I d'élément de tige inférieure pour former un élément de tige inférieure.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 2, dans laquelle la séquence nucléotidique 1 de fragment comprend en outre l'extrémité terminale 5' du dfsl-PN et au moins 2 nucléotides, la séquence nucléotidique 2 de fragment comprend en outre au moins 2 nucléotides et l'extrémité terminale 3' du dfs2-PN, et au moins 2 nucléotides de la séquence nucléotidique 1 de fragment forment 2 paires de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique II d'élément de tige inférieure et au moins 2 nucléotides de la séquence nucléotidique 2 de fragment forment 2 paires de nucléotides liés par liaison hydrogène avec la séquence nucléotidique II d'élément de tige inférieure pour former un élément de tige inférieure.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 1 ou la revendication 2, dans laquelle la séquence nucléotidique I de tige inférieure ou la séquence nucléotidique II de tige inférieure contient 9 nucléotides, la séquence nucléotidique I d'élément de renflement contient 3 nucléotides, la séquence nucléotidique II d'élément de renflement contient 1 nucléotide, et la séquence nucléotidique I d'élément de tige supérieure et la séquence nucléotidique II d'élément de tige supérieure contiennent chacune entre 3 et 20 nucléotides ; ou dans laquelle la séquence nucléotidique I de tige inférieure ou la séquence nucléotidique II de tige inférieure contient 6 nucléotides, la séquence nucléotidique I d'élément de renflement contient 4 nucléotides, la séquence nucléotidique II d'élément de renflement contient 2 nucléotides, et la séquence nucléotidique I d'élément de tige supérieure et la séquence nucléotidique II d'élément de tige supérieure contiennent chacune entre 4 et 20 nucléotides.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 1 ou la revendication 2, dans laquelle la séquence nucléotidique I de tige supérieure et la séquence nucléotidique II d'élément de tige supérieure contiennent chacune entre 2 et 22 nucléotides.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 1 ou la revendication 2, dans laquelle le dfsl-PN comprend en outre un élément en épingle à cheveux supplémentaire en 3' de l'élément en épingle à cheveux en 3'.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 1 ou la revendication 2, dans laquelle dfsl-PN comprend un ARN, et dfs2-PN comprend un ARN.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 1 ou la revendication 2, dans laquelle au moins une paire de nucléotides liés par liaison hydrogène à l'extrémité terminale 5' du dfsl-PN est liée par liaison hydrogène de type Watson-Crick ou liée par liaison hydrogène de type flottant ; et dans laquelle au moins une paire de nucléotides liés par liaison hydrogène à l'extrémité terminale 3' du dfs2-PN est liée par liaison hydrogène de type Watson-Crick ou liée par liaison hydrogène de type flottant.
Composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon la revendication 2, dans laquelle la séquence nucléotidique II d'élément de tige inférieure contient jusqu'à 10 nucléotides.
Composition de nucléoprotéine CRISPR Cas9 de type II, comprenant :
la composition associée à CRISPR-Cas9 de classe 2 type II selon une quelconque revendication précédente ; et

une protéine Cas9.
Composition de nucléoprotéine CRISPR Cas9 de type II selon la revendication 11, dans laquelle la protéine Cas9 est enzymatiquement inactive.
Procédé de liaison d'une séquence cible d'ADN bicaténaire, comprenant : la mise en contact de la séquence cible d'ADN bicaténaire avec la composition de nucléoprotéine CRISPR Cas9 de type II selon la revendication 11 ou la revendication 12, pour ainsi faciliter la liaison de la composition de nucléoprotéine CRISPR Cas9 de type II à la séquence cible d'acide nucléique, dans lequel le procédé n'est pas un procédé de traitement du corps d'un humain ou d'un animal par thérapie et n'est pas un procédé de modification de l'identité génétique des lignées germinales des êtres humains.
Procédé in vitro ou ex vivo de liaison d'une séquence cible d'ADN bicaténaire, comprenant :
la mise en contact de la séquence cible d'ADN bicaténaire avec la composition de nucléoprotéine CRISPR Cas9 de type II selon la revendication 11 ou la revendication 12, pour ainsi faciliter la liaison de la composition de nucléoprotéine CRISPR Cas9 de type II à la séquence cible d'acide nucléique,

dans lequel le procédé ne comprend pas un procédé de modification de l'identité génétique des lignées germinales d'un être humain.
Procédé selon la revendication 13 ou la revendication 14, dans lequel la liaison de la composition de nucléoprotéine CRISPR Cas9 de type II à la séquence cible d'ADN bicaténaire facilite le clivage de la séquence cible d'ADN bicaténaire.
Procédé selon la revendication 15, dans lequel le procédé est réalisé dans une cellule eucaryote et le procédé comprend en outre la fourniture d'un polynucléotide donneur à la cellule eucaryote, pour ainsi faciliter l'incorporation d'au moins une partie du polynucléotide donneur dans l'ADN génomique de la cellule eucaryote.
Procédé selon l'une quelconque des revendications 13 à 15, dans lequel le procédé est réalisé dans une cellule eucaryote.
Procédé selon la revendication 17, dans lequel la cellule eucaryote est une ou plusieurs cellules sélectionnées dans le groupe consistant en une cellule d'un organisme eucaryote unicellulaire, une cellule de protozoaire, une cellule provenant d'une plante, une cellule algale, une cellule fongique, une cellule provenant d'un animal invertébré, une cellule provenant d'un animal vertébré, et une cellule provenant d'un mammifère.