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HK40005733B - Engineered nuceic acid-targeting nucleic acids - Google Patents

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Info

Publication number
HK40005733B
HK40005733B HK19129102.0A HK19129102A HK40005733B HK 40005733 B HK40005733 B HK 40005733B HK 19129102 A HK19129102 A HK 19129102A HK 40005733 B HK40005733 B HK 40005733B
Authority
HK
Hong Kong
Prior art keywords
nucleotide sequence
cas9
sequence
nucleotides
crispr
Prior art date
Application number
HK19129102.0A
Other languages
English (en)
French (fr)
Chinese (zh)
Other versions
HK40005733A (en
Inventor
Paul Daniel Donohoue
Andrew Paul May
Original Assignee
Caribou Biosciences, Inc.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Caribou Biosciences, Inc. filed Critical Caribou Biosciences, Inc.
Publication of HK40005733A publication Critical patent/HK40005733A/xx
Publication of HK40005733B publication Critical patent/HK40005733B/en

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Claims (18)

  1. Eine Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung, umfassend:
    (i) ein erstes Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziiertes diskontinuierliches Einzelstrang-Polynukleotid (dfsl-PN), umfassend in einer 5'- zu 3'-Richtung
    eine Fragment-Nukleotidsequenz 1, die einen 5'-Terminus des dfs1-PN und mindestens 1 Nukleotid umfasst
    eine Bulge-Element-Nukleotidsequenz II,
    eine obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II,
    eine erste Linker-Nukleotidsequenz
    eine obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz I,
    eine Bulge-Element-Nukleotidsequenz I,
    eine untere Stamm-Element-Nukleotidsequenz I,
    eine zweite Linker-Nukleotidsequenz,
    eine Nexus-Nukleotidsequenz,
    eine dritte Linker-Nukleotidsequenz, und
    ein 3'-Haarnadel-Element; und
    (ii) ein zweites Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziiertes diskontinuierliches Erststamm-Einzelstrang-Polynukleotid (dfs2-PN), umfassend in einer 5'- zu 3'-Richtung
    eine Nukleinsäure-Zielbindungssequenz, und
    eine Fragment-Nukleotidsequenz 2, umfassend mindestens 1 Nukleotid und einen 3'-Terminus des dfs2-PN;
    wobei die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz I und die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II basenpaarweise eine Wasserstoffbindung eingehen, um ein oberes Stamm-Element zu bilden; wobei die Bulge-Element-Nukleotidsequenz I und die Bulge-Element-Nukleotidsequenz II ein Bulge-Element bilden; und wobei mindestens 1 Nukleotid der Fragment-Nukleotidsequenz 1 ein Paar von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stamm-Element-Nukleotidsequenz I bildet und mindestens 1 Nukleotid der Fragment-Nukleotidsequenz 2 ein Paar von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stamm-Element-Nukleotidsequenz I bildet, um ein unteres Stamm-Element zu bilden; wobei das dfs1-PN und das dfs2-PN in der Lage sind, einen Komplex mit einem kognaten Cas9-Protein zu bilden.
  2. Eine Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung, umfassend:
    (i) ein erstes Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziiertes diskontinuierliches erstes Stamm-Einzelstrang-Polynukleotid (dfsl-PN), umfassend in einer 5'- zu 3'-Richtung
    eine Fragment-Nukleotidsequenz 1, die einen 5'-Terminus des dfs1-PN und mindestens 1 Nukleotid umfasst
    eine erste Linker-Nukleotidsequenz,
    eine Nexus-Nukleotidsequenz,
    eine zweite Linker-Nukleotidsequenz, und
    ein 3'-Haarnadel-Element; und
    (ii) ein zweites Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziiertes diskontinuierliches erstes Stamm-Einzelstrang-Polynukleotid (dfs2-PN), umfassend in einer 5'-zu 3'-Richtung
    eine Nukleinsäure-Zielbindungssequenz
    eine untere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II,
    eine Bulge-Element-Nukleotidsequenz II,
    eine obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II,
    eine dritte Linker-Nukleotidsequenz,
    eine obere Stammelement-Nukleotidsequenz I,
    eine Bulge-Element-Nukleotidsequenz I, und
    eine Fragment-Nukleotidsequenz 2, umfassend mindestens 1 Nukleotid und einen 3'-Terminus des dfs2-PN umfasst;
    wobei die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz I und die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II basenpaarweise eine Wasserstoffbindung eingehen, um ein oberes Stamm-Element zu bilden; wobei die Bulge-Element-Nukleotidsequenz I und die Bulge-Element-Nukleotidsequenz II ein Bulge-Element bilden; und wobei mindestens 1 Nukleotid der Fragment-Nukleotidsequenz 1 ein Paar von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stamm-Element-Nukleotidsequenz II bildet und mindestens 1 Nukleotid der Fragment-Nukleotidsequenz 2 ein Paar von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stamm-Element-Nukleotidsequenz II bildet, um ein unteres Stamm-Element zu bilden wobei die dfs1-PN und die dfs2-PN in der Lage sind, einen Komplex mit einem kognaten Cas9-Protein zu bilden.
  3. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 1, wobei die Fragment-Nukleotidsequenz 1 weiterhin den 5'-Terminus des dfs1-PN und mindestens 2 Nukleotide umfasst, die Fragment-Nukleotidsequenz 2 weiterhin mindestens 2 Nukleotide und den 3'-Terminus des dfs2-PN umfasst, und mindestens 2 Nukleotide der Fragment-Nukleotidsequenz 1 2 Paare von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stamm-Element-Nukleotidsequenz I bilden und mindestens 2 Nukleotide der Fragment-Nukleotidsequenz 2 2 Paare von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stamm-Element-Nukleotidsequenz I bilden, um ein unteres Stamm-Element zu bilden.
  4. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 2, wobei die Fragment-Nukleotidsequenz 1 weiterhin den 5'-Terminus des dfs1-PN und mindestens 2 Nukleotide umfasst, die Fragment-Nukleotidsequenz 2 weiterhin mindestens 2 Nukleotide und den 3'-Terminus des dfs2-PN umfasst, und mindestens 2 Nukleotide der Fragment-Nukleotidsequenz 12 Paare von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stammelement-Nukleotidsequenz II bilden und mindestens 2 Nukleotide der Fragment-Nukleotidsequenz 2 2 Paare von wasserstoffgebundenen Nukleotiden mit der unteren Stamm-Element-Nukleotidsequenz II bilden, um ein unteres Stamm-Element zu bilden.
  5. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 1 oder Anspruch 2, wobei die untere Stamm-Nukleotidsequenz I oder die untere Stamm-Nukleotidsequenz II 9 Nukleotide ist, die Bulge-Element-Nukleotidsequenz I 3 Nukleotide ist, die Bulge-Element-Nukleotidsequenz II 1 Nukleotid ist und die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz I und die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II jeweils zwischen 3 und 20 Nukleotiden sind; oder wobei die untere Stamm-Elemnt-Nukleotidsequenz I oder die untere Stamm-Elment-Nukleotidsequenz II 6 Nukleotide ist, die Bulge-Element-Nukleotidsequenz I 4 Nukleotide beträgt, die Bulge-Element-Nukleotidsequenz II 2 Nukleotide beträgt und die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz I und die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II jeweils zwischen 4 und 20 Nukleotiden liegt.
  6. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 1 oder Anspruch 2, wobei die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz I und die obere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II jeweils zwischen 2 und 22 Nukleotiden liegt.
  7. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 1 oder Anspruch 2, wobei das dfsl-PN weiterhin ein zusätzliches Haarnadel-Element 3' des 3'-Haarnadel-Elements umfasst.
  8. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 1 oder Anspruch 2, wobei dfsl-PN RNA umfasst, und dfs2-PN RNA umfasst.
  9. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 1 oder Anspruch 2, wobei mindestens ein Paar von wasserstoffgebundenen Nukleotiden am 5'-Terminus des dfsl-PN Watson-Crick-wasserstoffgebunden oder Wobble-wasserstoffgebunden ist; und wobei mindestens ein Paar von wasserstoffgebundenen Nukleotiden am 3'-Terminus des dfs2-PN Watson-Crick-wasserstoffgebunden oder Wobble-wasserstoffgebunden ist.
  10. Die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß Anspruch 2, wobei die untere Stamm-Element-Nukleotidsequenz II bis zu 10 Nukleotide ist.
  11. Eine CRISPR-Typ-II-Cas9-Nukleoprotein-Zusammensetzung, umfassend:
    die Klasse 2 Typ II CRISPR-Cas9-assoziierte Zusammensetzung gemäß einem der vorhergehenden Ansprüche; und
    ein Cas9-Protein.
  12. Die CRISPR-Typ-II-Cas9-Nukleoprotein-Zusammensetzung gemäß Anspruch 11, wobei das Cas9-Protein enzymatisch inaktiv ist.
  13. Das Verfahren zum Binden einer doppelsträngigen DNA-Zielsequenz, umfassend: In Kontakt bringen der doppelsträngigen DNA-Zielsequenz mit der CRISPR-Typ-II-Cas9-Nukleoprotein-Zusammensetzung gemäß Anspruch 11 oder gemäß Anspruch 12, wodurch die Bindung der CRISPR-Typ-II-Cas9-Nukleoprotein-Zusammensetzung an die Nukleinsäure-Zielsequenz erleichtert wird, wobei das Verfahren kein Verfahren zur therapeutischen Behandlung des menschlichen oder tierischen Körpers ist und kein Verfahren zur Modifizierung der genetischen Identität der Keimbahn von Menschen ist.
  14. Ein in vitro oder ex vivo Verfahren zum Binden einer doppelsträngigen DNA-Zielsequenz, umfassend:
    In Kontakt bringen der doppelsträngigen DNA-Zielsequenz mit der CRISPR-Typ-II-Cas9-Nukleoprotein-Zusammensetzung gemäß Anspruch 11 oder Anspruch 12, wodurch die Bindung der CRISPR-Typ-II-Cas9-Nukleoprotein-Zusammensetzung an die Nukleinsäure-Zielsequenz erleichtert wird,
    wobei das Verfahren kein Verfahren zur Modifikation der genetischen Identität der Keimbahn eines Menschen umfasst.
  15. Das Verfahren gemäß Anspruch 13 oder Anspruch 14, wobei die Bindung der CRISPR-Typ-II-Cas9-Nukleoprotein-Zusammensetzung an die doppelsträngige DNA-Zielsequenz die Spaltung der doppelsträngigen DNA-Zielsequenz erleichtert.
  16. Das Verfahren gemäß Anspruch 15, wobei das Verfahren in einer eukaryotischen Zelle durchgeführt wird und das Verfahren ferner umfasst Bereitstellen eines Donor-Polynukleotids für die eukaryotische Zelle, wodurch der Einbau von mindestens einem Teil des Donor-Polynukleotids in die genomische DNA der eukaryotischen Zelle erleichtert wird.
  17. Das Verfahren gemäß einem der Ansprüche 13-15, wobei das Verfahren in einer eukaryotischen Zelle durchgeführt wird.
  18. Das Verfahren gemäß Anspruch 17, wobei die eukaryotische Zelle eine oder mehrere Zellen ist, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus einer Zelle eines einzelligen eukaryotischen Organismus, einer Protozoen-Zelle, einer Zelle aus einer Pflanze, einer Algenzelle, einer Pilzzelle, einer Zelle aus einem wirbellosen Tier, einer Zelle aus einem Wirbeltier und einer Zelle aus einem Säugetier.
HK19129102.0A 2016-12-06 2017-12-05 Engineered nuceic acid-targeting nucleic acids HK40005733B (en)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201615371188 2016-12-06
US201715787630 2017-10-18

Publications (2)

Publication Number Publication Date
HK40005733A HK40005733A (en) 2020-05-15
HK40005733B true HK40005733B (en) 2021-11-05

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