HK1228033B - Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations - Google Patents

Claims (15)

1. Verfahren zur Bestimmung der Anwesenheit oder Abwesenheit einer chromosomalen Aneuploidie für eine Probe, umfassend:

   (a) Filtern, gemäß einer Lesungendichteverteilung, Teile eines Referenzgenoms, wodurch ein Lesungendichteprofil für eine Testprobe erzeugt wird, das die Lesungendichten der gefilterten Anteile umfasst, wobei:

   (i) Lesungendichten, die quantitative Messwerte der Anzahlen von gelesenen Sequenzen umfassen, die auf die Anteile des Referenzgenoms kartieren, wobei die gelesenen Sequenzen solche zirkulierender zellfreier Nukleinsäure aus einer Testprobe einer schwangere Frau sind, und

   (ii) die Lesungendichteverteilung eine Verteilung von durchschnittlichen, mittleren oder medianen Dichten ist und für Lesungendichten von Teilen für multiple Proben bestimmt ist;

   (b) Anpassen des Lesungendichteprofils für die Testprobe durch 1) Subtraktion eines trainierten medianen Werts von den Lesungendichten der Testprobe und 2) Entfernen von Komponenten der Lesungendichten der Testprobe, die mit einer oder mehreren Hauptkomponenten des Profils korrelieren, wobei die Hauptkomponenten (i) von einem Trainingsset von bekannten euploiden Proben durch eine Hauptkomponentenanalyse erhalten werden und (ii) eine oder mehrere systematische Fehler in einem Lesungendichteprofil repräsentieren, wodurch ein angepasstes Lesungendichteprofil umfassend angepasste Lesungendichten erhalten wird, wobei eine Vielzahl an systematischen Fehlern von dem angepassten Lesungendichteprofil entfernt wird;

   (c) Vergleich des angepassten Lesungendichteprofils mit einem Referenzprofil, das Lesungendichten umfasst, die von einer oder mehreren Referenzproben erhalten werden, wodurch ein Vergleich erhalten wird; und

   (d) Bestimmung der Anwesenheit oder Abwesenheit einer chromosomalen Aneuploidie für die Testprobe anhand des Vergleichs, wobei ein oder mehrere oder alle Verarbeitungsverfahren durch einen Prozessor, Mikroprozessor, einen Computer in Verbindung mit Speicher und/oder durch einen Mikroprozessor kontrollierten Apparat durchgeführt werden.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das Lesungendichteprofil in (b) durch 2 bis 10 Hauptkomponenten angepasst wird.
3. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, wobei der Vergleich in (c) das Bestimmen eines Levels an Signifikanz umfasst, wobei das Level an Signifikanz einen statistisch signifikanten Unterschied zwischen dem angepassten Lesungendichteprofil und dem Referenzprofil anzeigt und die Anwesenheit einer chromosomalen Aneuploidie bestimmt wird.
4. Verfahren nach Anspruch 3, wobei das Bestimmen des Levels an Signifikanz das Bestimmen eines p-Werts umfasst.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, wobei das Referenzprofil in (c) umfasst:

   (i) Lesungendichten, bestimmt für eine oder mehrere bekannte euploide Proben;

   (ii) Lesungendichten von gefilterten Teilen; und/oder

   (iii) Lesungendichten, die gemäß der einen oder mehreren Hauptkomponenten angepasst sind.
6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, wobei

   (i) die Lesungendichten von Teilen für die multiplen Proben in (a)(ii) mediane Lesungendichten sind;

   (ii) die Lesungendichten von gefilterten Teilen für die Testprobe mediane Lesungendichten sind; und/oder

   (iii) die Lesungendichten für das Referenzprofil in (c) mediane Lesungendichten sind.
7. Verfahren nach Anspruch 6, wobei die Lesungendichten für das Lesungendichteprofil für die Testprobe, die Lesungendichten für Teile der multiplen Proben in (a)(ii) und Lesungendichten für das Referenzprofil in (c) gemäß einem Prozess bestimmt werden, der eine Kerndichteschätzung verwendet.
8. Verfahren nach Anspruch 6 oder 7, wobei das Lesungendichteprofil für die Testprobe gemäß den medianen Lesungendichten für die Testprobe bestimmt wird und das Referenzprofil in (c) gemäß den medianen Lesungendichten für die eine oder mehreren Referenzproben bestimmt wird.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, wobei Teile eines Referenzgenoms im Schritt (a) gemäß eines Messwertes für die Unsicherheit der Lesungendichteverteilung gefiltert werden.
10. Verfahren nach Anspruch 9, wobei die Messung für die Unsicherheit eine MAD ist.
11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei das Lesungendichteprofil für die Testprobe und das Referenzprofil in (c) Z-Scores von Lesungendichten umfassen.
12. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, wobei das Lesungendichteprofil für die Testprobe für die Chromosomendosierung für die Testprobe repräsentativ ist und das Verfahren den Vergleich der Chromosomendosierung für das Lesungendichteprofil für die Testprobe mit der Chromosomendosierung für das Referenzgenom in (c) umfasst, wodurch ein Chromosomendosierungvergleich erhalten wird, wobei die Bestimmung der Anwesenheit oder Abwesenheit einer chromosomalen Aneuploidie für die Testprobe gemäß dem Chromosomendosierungvergleich erfolgt.
13. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 12, wobei die Bestimmung der Anwesenheit oder Abwesenheit einer chromosomalen Aneuploidie für die Testprobe die Identifizierung der Anwesenheit oder Abwesenheit einer Kopie eines Chromosoms, zwei Kopien eines Chromosoms, drei Kopien eines Chromosoms, vier Kopien eines Chromosoms, fünf Kopien eines Chromosoms, einer Deletion eines oder mehrerer Abschnitte eines Chromosoms oder einer Insertion eines oder mehrerer Abschnitte eines Chromosoms umfasst.
14. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 13, umfassend vor dem Schritt (a) das Erhalten dergelesenen Sequenzen.
15. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, umfassend vor dem Schritt (b) Anpassen des Lesungendichteprofils für die Testprobe mittels GC LOESS-Normalisierung.