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HK1262001B - Nucleic acids encoding repetitive amino acid sequences rich in proline and alanine residues that have low repetitive nucleotide sequences - Google Patents

Nucleic acids encoding repetitive amino acid sequences rich in proline and alanine residues that have low repetitive nucleotide sequences Download PDF

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Publication number
HK1262001B
HK1262001B HK19121890.8A HK19121890A HK1262001B HK 1262001 B HK1262001 B HK 1262001B HK 19121890 A HK19121890 A HK 19121890A HK 1262001 B HK1262001 B HK 1262001B
Authority
HK
Hong Kong
Prior art keywords
seq
nucleic acid
nucleotide sequence
acid molecule
proline
Prior art date
Application number
HK19121890.8A
Other languages
German (de)
English (en)
Chinese (zh)
Other versions
HK1262001A1 (en
Inventor
Uli Binder
Stefan Achatz
Arne Skerra
Original Assignee
Xl-Protein Gmbh
Technische Universität München
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Xl-Protein Gmbh, Technische Universität München filed Critical Xl-Protein Gmbh
Publication of HK1262001A1 publication Critical patent/HK1262001A1/en
Publication of HK1262001B publication Critical patent/HK1262001B/en

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Claims (23)

  1. Molécule d'acide nucléique, dans laquelle ladite molécule d'acide nucléique comprend une séquence de nucléotides codant un polypeptide consistant en au moins 100 résidus d'acides aminés de proline, d'alanine et, optionnellement, de sérine, dans laquelle ledit polypeptide forme un enroulement aléatoire, dans laquelle la séquence de nucléotides dudit acide nucléique présente une longueur d'au moins 300 nucléotides, dans laquelle ladite séquence de nucléotides présente un Score de Répétition de Nucléotides (Nucleotide Repeat Score, NRS) inférieur à 1 000, dans laquelle ledit Score de Répétition de Nucléotides (NRS) est déterminé en fonction de la formule : dans laquelle
    Ntot est la longueur de ladite séquence de nucléotides,
    n est la longueur d'une répétition à l'intérieur de ladite séquence de nucléotides, et
    fi(n) est la fréquence de ladite répétition de longueur n,
    dans laquelle s'il y a plus d'une répétition de longueur n, k(n) est le nombre desdites séquences différentes de ladite répétition de longueur n, sinon k(n) est 1 pour ladite répétition de longueur n.
  2. Molécule d'acide nucléique selon la revendication 1, dans laquelle ledit polypeptide codé consiste en proline et alanine.
  3. Molécule d'acide nucléique selon la revendication 2, dans laquelle lesdits résidus de proline constituent plus d'environ 10 % et moins d'environ 75 % dudit polypeptide codé.
  4. Molécule d'acide nucléique selon la revendication 1, dans laquelle ledit polypeptide codé consiste en proline, alanine et sérine.
  5. Molécule d'acide nucléique selon la revendication 4, dans laquelle lesdits résidus de proline constituent plus de 4 % et moins de 40 % dudit polypeptide codé.
  6. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, dans laquelle ledit Score de Répétition de Nucléotides (NRS) est inférieur à 100, inférieur à 50 ou inférieur à 35.
  7. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, dans laquelle la séquence de nucléotides dudit acide nucléique présente une longueur d'au moins 900 nucléotides.
  8. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans laquelle ladite molécule d'acide nucléique présente une meilleure stabilité génétique.
  9. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, dans laquelle ladite séquence de nucléotides comprend lesdites répétitions, dans laquelle lesdites répétitions présentent une longueur maximale nmax, dans laquelle nmax est déterminée en fonction de la formule : et dans laquelle Ntot est la longueur de ladite séquence de nucléotides.
  10. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, dans laquelle lesdites répétitions présentent une longueur maximale d'environ 14, 15, 16 ou 17 nucléotides à environ 55 nucléotides.
  11. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, dans laquelle ledit polypeptide codé comprend une séquence d'acides aminés répétitive avec une pluralité de répétitions d'acides aminés, dans laquelle pas plus de 9 résidus d'acides aminés consécutifs sont identiques et dans laquelle ledit polypeptide forme un enroulement aléatoire.
  12. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 3 et 6 à 11, dans laquelle ladite molécule d'acide nucléique est sélectionnée dans le groupe consistant en :
    (a) la molécule d'acide nucléique comprenant au moins une séquence de nucléotides sélectionnée dans le groupe consistant en SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94,SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 192 et SEQ ID NO: 193 ;
    (b) la molécule d'acide nucléique comprenant la séquence de nucléotides consistant en SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172 et/ou SEQ ID NO: 173 ;
    (c) la molécule d'acide nucléique s'hybridant dans des conditions stringentes au brin complémentaire de la séquence de nucléotides telle que définie en (a) ou (b) ;
    (d) la molécule d'acide nucléique comprenant la séquence de nucléotides présentant au moins 66,7 % d'identité avec la séquence de nucléotides telle que définie en l'un quelconque parmi (a), (b) et (c) ; et
    (e) la molécule d'acide nucléique étant dégénérée en tant que résultat du code génétique en la séquence de nucléotides telle que définie en (a) ou (b).
  13. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 et 4 à 11, dans laquelle ladite molécule d'acide nucléique est sélectionnée dans le groupe consistant en :
    (a) la molécule d'acide nucléique comprenant au moins une séquence de nucléotides sélectionnée dans le groupe consistant en SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 194 et SEQ ID NO: 195 ;
    (b) la molécule d'acide nucléique comprenant la séquence de nucléotides sélectionnée dans le groupe consistant en SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, et SEQ ID NO: 191 ;
    (c) la molécule d'acide nucléique s'hybridant dans des conditions stringentes au brin complémentaire de la séquence de nucléotides telle que définie en (a) ou (b) ;
    (d) la molécule d'acide nucléique comprenant la séquence de nucléotides présentant au moins 56 % d'identité avec la séquence de nucléotides telle que définie en l'un quelconque parmi (a), (b) et (c) ;
    (e) la molécule d'acide nucléique étant dégénérée en tant que résultat du code génétique en la séquence de nucléotides telle que définie en (a) ou (b).
  14. Molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 13 reliée de façon fonctionnelle dans la même phase de lecture à un acide nucléique codant une protéine biologiquement active.
  15. Molécule d'acide nucléique selon la revendication 14, dans laquelle ladite protéine biologiquement active est une protéine thérapeutiquement efficace.
  16. Vecteur comprenant la molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 15.
  17. Cellule hôte comprenant la molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 15, cellule hôte comprenant le vecteur selon la revendication 16.
  18. Procédé destiné à préparer la molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 15, dans lequel le procédé comprend le fait de cultiver la cellule hôte selon la revendication 17 et optionnellement d'isoler la molécule d'acide nucléique produite.
  19. Procédé destiné à préparer le vecteur selon la revendication 16, dans lequel le procédé comprend le fait de cultiver la cellule hôte selon la revendication 17 et optionnellement d'isoler le vecteur produit.
  20. Procédé destiné à préparer un polypeptide codé par la molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 15, dans lequel le procédé comprend le fait de cultiver/élever la cellule hôte selon la revendication 17 et optionnellement d'isoler le polypeptide produit.
  21. Procédé destiné à préparer un conjugat de médicaments, dans lequel ledit conjugat de médicaments comprend le polypeptide codé par la molécule d'acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 13 et comprend en outre (i)une protéine biologiquement active et/ou (ii) une petite molécule et/ou (iii) un hydrate de carbone, dans lequel le procédé comprend en outre le fait de cultiver la cellule hôte selon la revendication 17 et optionnellement d'isoler le polypeptide et/ou le conjugat de médicaments produits.
  22. Procédé destiné à préparer le conjugat de médicaments selon la revendication 21, dans lequel ladite protéine biologiquement active est une protéine thérapeutiquement efficace.
  23. Procédé destiné à sélectionner une molécule d'acide nucléique génétiquement stable, dans lequel ladite molécule d'acide nucléique comprend une séquence de nucléotides codant un polypeptide consistant en au moins 100 résidus d'acides aminés de proline, d'alanine et, optionnellement, de sérine, dans lequel ledit polypeptide forme un enroulement aléatoire, dans lequel ladite séquence de nucléotides présente une longueur d'au moins 300 nucléotides, le procédé comprenant une étape consistant à sélectionner une molécule d'acide nucléique comprenant une séquence de nucléotides présentant un Score de Répétition de Nucléotides (NRS) inférieur à 1 000, dans lequel ledit Score de Répétition de Nucléotides (NRS) est déterminé en fonction de la formule : dans lequel
    Ntot est la longueur de ladite séquence de nucléotides,
    n est la longueur d'une répétition à l'intérieur de ladite séquence de nucléotides, et
    fi(n) est la fréquence de ladite répétition de longueur n,
    dans lequel s'il y a plus d'une répétition de longueur n, k(n) est le nombre desdites séquences différentes de ladite répétition de longueur n, sinon k(n) est 1 pour ladite répétition de longueur n.
HK19121890.8A 2015-12-22 2016-12-22 Nucleic acids encoding repetitive amino acid sequences rich in proline and alanine residues that have low repetitive nucleotide sequences HK1262001B (en)

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