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HK1262001B - Nucleic acids encoding repetitive amino acid sequences rich in proline and alanine residues that have low repetitive nucleotide sequences - Google Patents

Nucleic acids encoding repetitive amino acid sequences rich in proline and alanine residues that have low repetitive nucleotide sequences Download PDF

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Publication number
HK1262001B
HK1262001B HK19121890.8A HK19121890A HK1262001B HK 1262001 B HK1262001 B HK 1262001B HK 19121890 A HK19121890 A HK 19121890A HK 1262001 B HK1262001 B HK 1262001B
Authority
HK
Hong Kong
Prior art keywords
seq
nucleic acid
nucleotide sequence
acid molecule
proline
Prior art date
Application number
HK19121890.8A
Other languages
English (en)
French (fr)
Chinese (zh)
Other versions
HK1262001A1 (en
Inventor
Uli Binder
Stefan Achatz
Arne Skerra
Original Assignee
Xl-Protein Gmbh
Technische Universität München
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Xl-Protein Gmbh, Technische Universität München filed Critical Xl-Protein Gmbh
Publication of HK1262001A1 publication Critical patent/HK1262001A1/en
Publication of HK1262001B publication Critical patent/HK1262001B/en

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Claims (23)

  1. Nucleinsäuremolekül, wobei das Nucleinsäuremolekül eine Nucleotidsequenz umfasst, die ein Polypeptid codiert, das aus mindestens 100 Aminosäureresten aus Prolin, Alanin und gegebenenfalls Serin besteht, wobei das Polypeptid ein Random Coil bildet, wobei die Nucleotidsequenz der Nucleinsäure eine Länge von mindestens 300 Nucleotiden aufweist, wobei die Nucleotidsequenz einen Nucleotide Repeat Score (NRS) von niedriger als 1000 aufweist, wobei der Nucleotide Repeat Score (NRS) gemäß der folgenden Formel: bestimmt wird, wobei
    Ntot die Länge der Nucleotidsequenz ist,
    n die Länge eines Repeats innerhalb der Nucleotidsequenz ist, und
    fi(n) die Häufigkeit des Repeats der Länge n ist,
    wobei, wenn es mehr als ein Repeat der Länge n gibt, k(n) die Anzahl der verschiedenen Sequenzen des Repeats der Länge n ist, ansonsten ist k(n) 1 für das Repeat der Länge n.
  2. Nucleinsäuremolekül nach Anspruch 1, wobei das codierte Polypeptid aus Prolin und Alanin besteht.
  3. Nucleinsäuremolekül nach Anspruch 2, wobei die Prolinreste mehr als etwa 10% und weniger als etwa 75% des codierten Polypeptids ausmachen.
  4. Nucleinsäuremolekül nach Anspruch 1, wobei das codierte Polypeptid aus Prolin, Alanin und Serin besteht.
  5. Nucleinsäuremolekül nach Anspruch 4, wobei die Prolinreste mehr als 4% und weniger als 40% des codierten Polypeptids ausmachen.
  6. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 5, wobei der Nucleotide Repeat Score (NRS) niedriger als 100, niedriger als 50 oder niedriger als 35 ist.
  7. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei die Nucleotidsequenz der Nucleinsäure eine Länge von mindestens 900 Nucleotiden aufweist.
  8. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 7, wobei das Nucleinsäuremolekül eine verstärkte genetische Stabilität aufweist.
  9. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 8, wobei die Nucleotidsequenz die Repeats umfasst, wobei die Repeats eine maximale Länge nmax aufweisen, wobei nmax gemäß der Formel: bestimmt wird und wobei Ntot die Länge der Nucleotidsequenz ist.
  10. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 9, wobei die Repeats eine maximale Länge von etwa 14, 15, 16 oder 17 Nucleotide bis etwa 55 Nucleotide aufweisen.
  11. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei das codierte Polypeptid eine repetitive Aminosäuresequenz mit einer Vielzahl von Aminosäurerepeats umfasst, wobei nicht mehr als 9 aufeinanderfolgende Aminosäurereste identisch sind und wobei das Polypeptid ein Random Coil bildet.
  12. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 3 und 6 bis 11, wobei das Nucleinsäuremolekül ausgewählt ist aus der Gruppe aus:
    (a) dem Nucleinsäuremolekül, das mindestens eine Nucleotidsequenz umfasst, die ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend ausSEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 96, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 192 und SEQ ID NO:193;
    (b) dem Nucleinsäuremolekül, das die Nucleotidsequenz umfasst, bestehend aus SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172 und/oder SEQ ID NO:173;
    (c) dem Nucleinsäuremolekül, das unter stringenten Bedingungen an den komplementären Strang der wie in (a) oder (b) definierten Nucleotidsequenz hybridisiert;
    (d) dem Nucleinsäuremolekül, das die Nucleotidsequenz umfasst, die mindestens 66,7% Identität mit der wie in einer beliebigen aus (a), (b) und (c) definierten Nucleotidsequenz aufweist; und
    (e) dem Nucleinsäuremolekül, das aufgrund des genetischen Codes gegenüber der wie in (a) oder (b) definierten Nucleotidsequenz degeneriert ist.
  13. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 und 4 bis 11, wobei das Nucleinsäuremolekül ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus:
    (a) dem Nucleinsäuremolekül, das mindestens eine Nucleotidsequenz umfasst, die ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21,SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 194 und SEQ ID NO:195;
    (b) dem Nucleinsäuremolekül, das die Nucleotidsequenz umfasst, die ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:174, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, und SEQ ID NO: 191;
    (c) dem Nucleinsäuremolekül, das unter stringenten Bedingungen an den komplementären Strang der wie in (a) oder (b) definierten Nucleotidsequenz hybridisiert;
    (d) dem Nucleinsäuremolekül, das die Nucleotidsequenz umfasst, die mindestens 56% Identität mit der wie in einer beliebigen aus (a), (b) und (c) definierten Nucleotidsequenz aufweist;
    (e) dem Nucleinsäuremolekül, das aufgrund des genetischen Codes gegenüber der wie in (a) oder (b) definierten Nucleotidsequenz degeneriert ist.
  14. Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 13, das in demselben Leseraster mit einer Nucleinsäure, die ein biologisch aktives Protein codiert, funktionell verknüpft ist.
  15. Nucleinsäuremolekül nach Anspruch 14, wobei das biologisch aktive Protein ein therapeutisch wirksames Protein ist.
  16. Vektor, der das Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 15 umfasst.
  17. Wirtszelle, die das Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 15 umfasst, Wirtszelle, die den Vektor nach Anspruch 16 umfasst.
  18. Verfahren zur Herstellung des Nucleinsäuremoleküls nach einem der Ansprüche 1 bis 15, wobei das Verfahren das Züchten der Wirtszelle nach Anspruch 17 und gegebenenfalls das Isolieren des hergestellten Nucleinsäuremoleküls umfasst.
  19. Verfahren zur Herstellung des Vektors nach Anspruch 16, wobei das Verfahren das Züchten der Wirtszelle nach Anspruch 17 und gegebenenfalls das Isolieren des hergestellten Vektors umfasst.
  20. Verfahren zur Herstellung eines Polypeptids, das von dem Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 15 codiert wird, wobei das Verfahren das Züchten/Heranziehen der Wirtszelle nach Anspruch 17 und gegebenenfalls das Isolieren des hergestellten Polypeptids umfasst.
  21. Verfahren zur Herstellung eines Arzneistoffkonjugats, wobei das Arzneistoffkonjugat das Polypeptid umfasst, das von dem Nucleinsäuremolekül nach einem der Ansprüche 1 bis 13 codiert wird, und des Weiteren (i) ein biologisch aktives Protein und/oder (ii) ein niedermolekulares Molekül und/oder (iii) ein Kohlenhydrat umfasst, wobei das Verfahren des Weiteren das Züchten der Wirtszelle nach Anspruch 17 und gegebenenfalls das Isolieren des hergestellten Polypeptids und/oder Arzneistoffkonjugats umfasst.
  22. Verfahren zur Herstellung des Arzneistoffkonjugats nach Anspruch 21, wobei das biologisch aktive Protein ein therapeutisch wirksames Protein ist.
  23. Verfahren zum Auswählen eines genetisch stabilen Nucleinsäuremoleküls, wobei das Nucleinsäuremolekül eine Nucleotidsequenz umfasst, die ein Polypeptid codiert, das aus mindestens 100 Aminosäureresten aus Prolin, Alanin und gegebenenfalls Serin besteht, wobei das Polypeptid ein Random Coil bildet, wobei die Nucleotidsequenz eine Länge von mindestens 300 Nucleotiden aufweist, wobei das Verfahren einen Schritt des Auswählens eines Nucleinsäuremoleküls umfasst, das eine Nucleotidsequenz umfasst, die einen Nucleotide Repeat Score (NRS) von niedriger als 1000 aufweist, wobei der Nucleotide Repeat Score (NRS) gemäß der Formel: bestimmt wird, wobei
    Ntot die Länge der Nucleotidsequenz ist,
    n die Länge eines Repeats innerhalb der Nucleotidsequenz ist, und
    fi(n) die Häufigkeit des Repeats der Länge n ist,
    wobei, wenn es mehr als ein Repeat der Länge n gibt, k(n) die Anzahl der verschiedenen Sequenzen des Repeats der Länge n ist, ansonsten ist k(n) 1 für das Repeat der Länge n.
HK19121890.8A 2015-12-22 2016-12-22 Nucleic acids encoding repetitive amino acid sequences rich in proline and alanine residues that have low repetitive nucleotide sequences HK1262001B (en)

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HK1262001A1 HK1262001A1 (en) 2020-01-10
HK1262001B true HK1262001B (en) 2021-07-30

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