HK1242331B - 不对称辅助基团 - Google Patents
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Description
本申请是于2013年7月12日申请的申请号为201380037512.9的发明专利申请“不对称辅助基团”的分案申请。
技术领域
本发明涉及用于合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的手性试剂。
背景技术
日本专利JP2005-89441A中公开了一种名为恶唑磷烷方法(oxazaphospholidinemethod)的用于生产核苷酸衍生物的方法。然而,该方法中单体的分离率低,并且需要特殊的非市售的封端剂。后期得到的单体不具有化学稳定性。此外,寡核苷酸衍生物的分离率不高。寡核苷酸衍生物的低收率被认为是由脱保护步骤下的降解反应引起的。
国际公开第WO2010/064146号小册子公开了一种生产核苷酸衍生物的方法。其中公开的方法需要特殊的非市售的封端剂。此外,寡核苷酸衍生物的分离率不高。该低产量被认为是由脱保护步骤下降解反应所引起的。当寡核苷酸衍生物的长度增长时,该趋势变得极度明显。
国际公开第WO2012/039448号小册子公开了一种用于生产立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的不对称辅助基团。
引用列表
专利文献
[专利文献1]JP 2005-89441 A专利文献1
[专利文献2]WO2010/064146 A专利文献2
[专利文献3]WO2012/039448 A专利文献3
发明内容
本发明的第一个方面涉及一种手性试剂或其盐。所述手性试剂有如下化学式(I):
在(I)式中,G1和G2独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基、式(II)、(III)或(V)的基团,或者G1和G2结合在一起形成式(IV)的基团。
在(II)式中,G21~G23独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。
在(III)式中,G31~G33独立地为C1-4烷基、C6-14芳基、C1-4烷氧基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
在(IV)式中,G41~G46独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。
在(V)式中,G51~G53独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基、C1-3烷基或C1-3烷氧基。
G3和G4独立地为氢原子、C1-3烷基、C6-14芳基或者G3和G4连同式(I)中的NH部分结合在一起形成包含3~16个碳原子的含杂原子的环。
作为一个优选实施例,该手性试剂有如下化学式(I')。
在式(I')中G1和G2与上文所述相同。即,G1和G2独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基,式(II)或式(III)的基团,或者G1和G2结合在一起形成式(IV)的基团。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1和G2各为式(II)的基团,其中G21~G23独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1和G2各为式(II)的基团,G21~G23各为氢原子。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(II)的基团,并且G21~G23独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(II)的基团,G21和G22各为氢原子,G23为硝基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(III)的基团,并且G31~G33独立地为C1-4烷基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(III)的基团,并且G31~G33独立地为C1-4烷基、C6芳基、C7-10芳烷基、C1-4烷基C6芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6芳基C1-4烷基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(III)的基团,并且G31~G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。C1-4烷基的实例是甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基和叔丁基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(III)的基团,并且G31~G33独立地为C1-4烷基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(III)的基团,并且G31~G33独立地为C6芳基,G32为C1-4烷基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1和G2结合在一起形成式(IV)的基团,G41~G46独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-4烷基。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1和G2结合在一起形成式(IV)的基团,其中,G41~G46各为氢原子。
作为一个优选实施例,该手性试剂有化学式(I')并且G1为氢原子,G2为式(V)的基团。进一步地,G51~G53各独立地为氢原子、硝基、甲基或甲氧基。作为更优选的实施例,G1为氢原子,G2为式(V)的基团,其中,G51和G52各为氢原子,G53为4-甲基。
作为一个优选实施例,手性试剂从III-a、III-b、V-a、VII-a、VII-b、IX-a、IX-b、XI-a、XIII-a和XIII-b中选择一个:
(S)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅲ-a)
(R)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((R)-1-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅲ-b)
(S)-2-(三甲基硅烷)-1-((S)-1-吡咯烷-2-基)乙醇(V-a)
(R)-2,2-二苯基-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅶ-a)
(S)-2,2-二苯基-1-((R)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅶ-b)
(R)-2-(4-硝基苯基)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅸ-a)
(S)-2-(4-硝基苯基)-1-((R)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅸ-b)
(R)-(9H-芴-9-基)((S)-吡咯烷-2-基)甲醇(Ⅺ-a)
(S)-2-对甲苯磺酰基-1-((S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(ⅩⅢ-a)
(R)-2-对甲苯磺酰基-1-((R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(ⅩⅢ-b)
本发明的第二个方面涉及由式(Va)或(Vb)表示的核苷3'-亚磷酰胺衍生物。
在式(Va)和(Vb)中,G1~G4与上述相同,G5是羟基的保护基团,且Bs是从由下式(Ⅵ)~(Ⅺ)表示的基团或其衍生物中选出的基团。
Bs的实例为腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶、5-甲基胞嘧啶或其衍生物。
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、烷基、烯基、炔基、烷基-Y1-、烯基-Y1-、炔基-Y1-、芳基-Y1-、杂芳基-Y1-、-ORb或-SRb,其中Rb是一个阻断部分。
Y1是O、NRd、S或Se。
Rd独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基、酰基、被取代的甲硅烷基、氨基甲酸酯、-P(O)(Re)2或-HP(O)(Re)。
Re独立地为氢、烷基、芳基、烯基、炔基、烷基-Y2-、烯基-Y2-、炔基-Y2-、芳基-Y2-,或杂芳基-Y2-,或阳离子Na+,Li+或K+。
Y2是O、NRd或S。
R3是-CH2-、-(CH2)2-、-CH2NH-或-CH2N(CH3)-表示的基团。
G5的实例是三苯甲基、4-单甲氧基三苯甲基、4,4'-二甲氧基三苯甲基、4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)和9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。
第二方面的优选实施例是,核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(VA')或(Vb')表示。
在式(VA')和(Vb')中,G1、G2、G5、Bs、R2和R3与上述相同。
本发明的第三方面涉及一种用于合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的方法。
第一步是包括非手性H-膦酸酯部分的分子与第一活化剂以及手性试剂或其盐反应,以形成一个单体的步骤。所述手性试剂具有化学式(I)或(I'),所述单体可由式(Va)、(Vb)、(Va')或(Vb')表示。所述单体与第二活化剂以及核苷发生反应,以形成缩合中间体。下一步骤是将缩合中间体转化为包含手性的X膦酸酯部分的核酸的步骤。
根据本发明的方法,可使用稳定的和市售的材料作为起始原料。可使用非手性起始原料产生立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物。
如一个实施例中所示,本发明的方法不会导致脱保护步骤下的降解。此外,该方法不要求特殊的封端剂,以产生磷原子修饰的寡核苷酸衍生物。
本发明的第四方面涉及一种用于通过使用手性单体合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸的衍生物的方法。
第一步是由式(Va)、(Vb)、(Va')或(Vb')表示的核苷3'-亚磷酰胺衍生物与第二活化剂以及核苷的反应,以形成缩合中间体。第二步是将所述缩合中间体转化为包含手性的X膦酸酯部分的核酸。
[引用并入]
正如每个单独的出版物或专利申请被特定单独地说明通过引用并入本文,本说明书在此公开的所有出版物和专利申请,以相同的程度通过引用将其全文并入本文。
附图说明
图1是通过使用4b的单体来生产寡核苷酸衍生物的UPLC图谱。
图2是通过使用25的单体来生产寡核苷酸衍生物的UPLC图谱。
具体实施方式
术语“核酸”包括:多聚核糖核苷酸或寡核糖核苷酸(RNA)、以及多聚脱氧核糖核苷酸或寡脱氧核糖核苷酸(DNA);由核碱基和/或修饰的核碱基的N-糖苷或C-糖苷衍生的RNA或DNA;由糖和/或修饰的糖衍生的核酸;由磷酸桥和/或修饰的磷原子桥衍生的核酸。该术语包括含有核碱基、修饰的核碱基、糖、修饰的糖、磷酸桥或修饰的磷原子桥的任何组合的核酸。术语“核酸”的实例包括,并且不限于,含有核糖部分的核酸、含有脱氧核糖部分的核酸、同时含有核糖和脱氧核糖部分的核酸、含有核糖和修饰核糖部分的核酸。前缀“多聚”是指含有约1~10,000个核苷酸单体单元的核酸,并且其中,前缀“寡聚”是指包含约1~200个核苷酸单体单元的核酸。
术语“核碱基”是指参与以序列特异性的方式将一条核酸链与另一条互补链结合的氢键结合的核酸的部分。最常见的天然存在的核碱基是腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)、5-甲基胞嘧啶和胸腺嘧啶(T)。
术语“修饰的核碱基”是指可以取代核碱基的部分。所述修饰核碱基模仿该核碱基的空间排列、电子特性或其它一些物理化学性质,并保留以序列特异性的方式将一条核酸链与另一条核酸链结合的氢键结合的性质。修饰的核碱基可以与所有5个天然存在的碱基(尿嘧啶、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶或鸟嘌呤)配对而基本上不影响熔解行为、被胞内酶的识别或寡核苷酸双链体的活性。
术语“核苷”是指其中核碱基或修饰的核碱基与糖或修饰的糖共价结合的部分。
术语“糖”是指处于封闭的和/或开放的形式的单糖。糖包括,但不限于,核糖、脱氧核糖、呋喃戊糖、吡喃戊糖和吡喃己糖部分。
术语“修饰的糖”是指可以替代糖的部分。所述修饰的糖模拟糖的空间排列、电子特性或其它一些物理化学性质。
术语“核苷酸”是指其中核碱基或修饰核碱基与糖或修饰的糖共价连接,且糖或修饰的糖与磷酸基团或修饰的磷原子的部分共价连接的部分。
术语“手性试剂”是指是手性的或对映异构纯(enantiopure)的,并可用于核酸合成中不对称诱导的化合物。
术语“手性配体”或“手性助剂”是指手性或对映异构纯的,并控制反应的立体化学结果的部分。
在缩合反应中,术语“活性剂”是指一种激活反应活性较小的位点并使其更容易被亲核试剂攻击的试剂。
术语“阻断部分”是指一组瞬间屏蔽官能团的反应活性的部分。该官能团可以通过除去阻断部分之后被解除屏蔽。
术语“硼化剂”、“硫亲电试剂”、“硒亲电试剂”指的是在修饰步骤中可用于分别引入BH3、S和Se的基团,来修饰磷原子的化合物。
术语“部分(moiety)”是指特定的分子的片段或官能团。化学部分通常被认为是嵌入或附加于分子的化学实体。
术语“固体支持物”是指能使合成核酸大量生产,并且可以根据需要再利用的任何支持物。如本文所用,该术语是指不溶于在进行合成核酸的反应步骤中使用的介质,并且被衍生以包括反应基团的聚合物。
术语“连接部分”是指任选位于末端核苷和固体支持物之间或在末端核苷和另一个核苷、核苷酸或核酸之间的任何部分。
如本文所用,“治疗”或“缓解”或“改善”在本文可互换使用。这些术语指的是一种用于获得有益或预期的效果,包括但不限于治疗益处和/或预防益处的方法。治疗益处意味着接受治疗的潜在疾病的根除或改善。另外,可通过一种或多种与潜在疾病相关的生理症状的根除或改善来获得治疗益处,这样尽管该患者仍然可能患有该潜在疾病,但可观察到其症状的改善。对于预防益处,所述组合物可以施用于处于患有某种特定疾病的风险的患者,或者可以施用于尽管可能并没有被诊断为某种疾病,但被报告出现一个或多个该疾病的生理症状的患者。
如本文所用,术语“治疗效果”,包括上述治疗益处和/或预防益处。所述预防益处包括延迟或消除疾病或病症的出现,延迟或消除疾病或病症的症状的发作,减缓、停止或逆转疾病或病症的发展,或上述任意组合。
“烷基”基团是指脂肪族烃基。烷基部分可以为饱和的烷基基团(指其不含有任何不饱和单元,例如碳-碳双键或碳-碳三键),或烷基部分可以为不饱和的烷基基团(指其含有至少一个不饱和单元)。不论是饱和的或不饱和的烷基部分,其可以是支链、直链或包括环状部分。烷基的连接点是在不属于环的一部分的碳原子上。
“烷基”部分可含有1~10个碳原子(尽管本定义还涵盖了术语“烷基”在没有规定的数值范围的出现,但本文中无论何时出现如“1~10”这样的数值范围,均指在给定范围内的每个整数;例如,“1~10个碳原子”是指烷基基团可以由1个碳原子、2个碳原子、3个碳原子等,多至并包括10个碳原子组成)。烷基包括支链和直链的烷基基团。本文所述的化合物的烷基基团可以规定为“C1-C6烷基”或是类似的规定。仅仅用来举例,“C1-C6烷基”表示在烷基链中有一个、两个、三个、四个、五个或六个碳原子,也就是说,该烷基链选自于甲基、乙基、丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基和叔丁基。典型的烷基,包括但不应以任何方式限于,甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、叔丁基、戊基、己基、烯丙基、环丙基甲基、环丁基甲基、环戊基甲基、环己基甲基和它们的类似物。在本发明的一个方面中,烷基是C1-C6烷基。
C1-3烷基是指具有1~3个碳原子的直链或支链烷基基团。C1-3烷基的实例是甲基、乙基、丙基和异丙基。C1-4烷基是指具有1~4个碳原子的直链或支链烷基基团。C1-4烷基的实例是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基和叔丁基。
如本文所用,术语“芳基”是指其中每个形成环的原子均为碳原子的芳香环。芳基环由五个、六个、七个、八个、九个或九个以上碳原子形成。芳基可为取代或未取代的。在本发明的一个方面中,芳基为苯基或萘基。根据其结构,芳基基团可以是单自由基(monoradical)或双自由基(diradical)(即亚芳基)。在本发明的一个方面中,芳基是C6-C10芳基。
C6-14芳基是指具有6~14个碳原子的芳基。C6-14芳基的实例是苯基、联苯基、萘基、蒽基、茚满基、邻苯二甲酰亚胺、萘酰亚胺基(naphthimidyl)、菲啶基和四氢萘基。
术语“芳烷基”是指被芳基取代的烷基。合适的芳烷基包括均可任选被取代的苄基、吡啶甲基以及它们的类似物。
“酰基部分”是指烷基-(C=O)、芳基-(C=O)或芳烷基-(C=O)基团。酰基部分可以有一个插入羰基和烃基基团之间的中间部分(Y),其为氧基、氨基、硫基或硒基。例如,酰基基团可以是烷基-Y-(C=O)、芳基-Y-(C=O)或芳烷基-Y-(C=O)。
“烯基”基团是含有至少一个碳-碳双键的直链、支链以及环状的烃基。烯基可以被取代。
“炔基”基团是含有至少一个碳-碳三键的直链、支链以及环状的烃基。炔基可以被取代。
“烷氧基”基团指连接氧的烷基,即(烷基)-O-基团,其中烷基如本文所定义。实例包括甲氧基(-OCH3)或乙氧基(-OCH2CH3)基团。
“烯氧基”基团是指连接氧的烯基,即(烯基)-O-基团,其中烯基如本文所定义。
“炔氧基”基团指连接氧的炔基,即(炔基)-O-基团,其中炔基如本文所定义。
“芳氧基”基团指连接氧的芳基,即(芳基)-O-基团,其中该芳基如本文所定义。实例包括苯氧基(-OC6H5)基团。
术语“烷硒基”是指具有与其相连的取代的硒基的烷基,即(烷基)-Se-基团,其中烷基如本文所定义。
术语“烯硒基”是指具有与其相连的取代的硒基的烯基,即(烯基)-Se-基团,其中烯基如本文所定义。
术语“炔硒基”是指具有与其相连的取代的硒基的炔基,即(炔基)-Se-基团,其中炔基如本文所定义。
术语“烷硫基”是指连接到一个桥联硫原子的烷基,即(烷基)-S-基团,其中烷基如本文所定义。例如,烷硫基是甲硫基及其类似物。
术语“烯硫基”指的是连接到一个桥联硫原子的烯基,即(烯基)-S-基团,其中烯基如本文所定义。
术语“炔硫基”指的是连接到一个桥联硫原子的炔基,即(炔基)-S-基团,其中炔基如本文所定义。
术语“烷氨基”指的是被至少一个烷基替代的氨基,即-NH(烷基)或-N(烷基)2,其中烷基如本文所定义。
术语“烯氨基”指的是被至少一个烯基替代的氨基,如-NH(烯基)或-N(烯基)2,其中烯基如本文所定义。
术语“炔氨基”指的是被至少一个炔基替代的氨基,如-NH(炔基)或-N(炔基)2,其中炔基如本文所定义。
术语“卤素”是指包括氟、氯、溴和碘。
“荧光基团”是指一种当被具有所选波长的光激发时,发射不同波长的光的分子。荧光基团包括,但不限于,吲哚基、荧光素、四甲基罗丹明、德克萨斯红、氟化硼二吡咯(BODIPY)、5-(2-氨基乙氨基)-1-萘磺酸(EDANS)、香豆素和荧光黄。
“铵离子”指化学式NH4 +的带正电荷的多原子阳离子。
“烷基铵离子”指至少有一个氢原子被烷基取代的铵离子,其中烷基如本文所定义。实例包括三乙基铵离子,N,N-二异丙基乙基铵离子。
“亚铵离子”具有通式结构R2C=NR2 +。所述R基团是指如本文所定义的烷基、烯基、炔基、芳基。“杂芳族亚铵离子”指的是其中氮及其连接的R基团形成杂芳环的亚铵离子。“杂环亚铵离子”是指其中氮及其连接的R基团形成杂环的亚铵离子。
除非本说明书内另有具体所指,术语“氨基”或“胺”指的是-N(Rh)2自由基基团,其中每个Rh独立地为氢、烷基、氟烷基、碳环基、碳环基烷基、芳基、芳烷基、杂环基、杂环基烷基、杂芳基或杂芳基烷基。当-N(Rh)2基团具有两个非氢的Rh时,它们可以与氮原子组合形成四、五、六或七元环。例如,-N(Rh)2是指包括,但不限于,1-吡咯烷基和4-吗啉基。任何一个或多个的氢、烷基、氟烷基、碳环基、碳环基烷基、芳基、芳烷基、杂环基、杂环基烷基、杂芳基或杂芳基烷基可任选地被一个或多个取代基取代,该取代基独立地为烷基、杂烷基、烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、芳基、芳基烷基、杂芳基、杂芳基烷基、羟基、卤素、氰基、三氟甲基、三氟甲氧基、硝基、三甲基硅烷、-ORi、-SRi、-OC(O)Ri、-N(Ri)2、-C(O)Ri、-C(O)ORi、-OC(O)N(Ri)2、-C(O)N(Ri)2、-N(Ri)C(O)OR、-N(Ri)C(O)Ri、-N(Ri)C(O)N(Ri)2、N(Ri)C(NRi)N(Ri)2、-N(Ri)S(O)tRi(其中t为1或2)、-S(O)或-S(O)tN(Ri)2(其中t为1或2),其中每个Ri独立地为氢、烷基、氟烷基、碳环基、碳环基烷基、芳基、芳烷基、杂环基、杂环基烷基、杂芳基或杂芳基烷基。
本文使用的“氨基甲酸酯”是指连接到含有式-C(O)OR的氨基的部分,其中R是烷基、氟烷基、碳环基、碳环基烷基、芳基、芳烷基、杂环基、杂环基烷基、杂芳基或杂芳基烷基。实例包括但不限于Boc(叔丁基-OC(O)-)、CBz(苯甲基-OC(O)-)、Teoc((CH3)3SiCH2CH2OC(O)-),alloc(烯丙基-OC(O)-)或Fmoc(9-芴甲基-OC(O)-)基团。
如本文所用的“取代的甲硅烷基”是指具有式R3Si-的部分。实例包括,但不限于,TBDMS(叔丁基二甲基硅烷基)、TBDPS(叔丁基二苯基硅烷基)或TMS(三甲基硅烷基)。
术语“巯基”指-SH基团,并包括被取代的巯基,即-SRJ基团,其中RJ各独立地为如本文所定义的被取代或未被取代的烷基、环烷基、烯基、炔基、芳基、芳烷基、杂环基或杂环基。
本发明的第一方面涉及一种手性试剂或其盐。所述手性试剂具有下述化学式(I)。术语“手性试剂”是指用于产生立体控制的磷原子修饰的核苷酸或寡核苷酸衍生物的化学组合物。手性试剂与核苷酸反应以形成手性中间体。
在(I)式中,G1和G2独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基、式(II)、(III)或(V)的基团,或者G1和G2结合在一起形成式(IV)的基团。
在(II)式中,G21~G23独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。G21~G23的优选实例为氢原子。
在(III)式中,G31~G33独立地为C1-4烷基、C6-14芳基、C1-4烷氧基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
C1-4烷基C6-14芳基的实例是甲基苯基和乙基苯基。C1-4烷氧基C6-14芳基的实例是甲氧基苯基和乙氧基苯基。C6-14芳基C1-4烷基的实例是苄基和苯乙基。G31~G33的优选实例独立地为甲基和苯基。
在(IV)式中,G41~G46独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。G41~G46的优选实例为氢原子。
在式(V)中,G51~G53独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基、C1-3烷基或C1-3烷氧基。
G3和G4独立地为氢原子、C1-3烷基、C6-14芳基或者G3和G4结合在一起形成含有3~16个碳原子的含杂原子的环。G3和G4的优选实例是G3和G4结合在一起与式(I)中的NH部分形成含有3~16个碳原子的含杂原子的环。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有下述化学式(I')。
在式(Ⅰ')中,G1和G2与上述相同,且G1和G2独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基、式(Ⅱ)或(Ⅲ)的基团,或G1和G2结合在一起形成式(Ⅳ)的基团。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1和G2各为式(II)的基团,其中G21~G23独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1和G2各为式(II)的基团,G21~G23各为氢原子。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1是氢原子,G2为式(II)的基团,G21~G23独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1是氢原子,G2为式(II)的基团,G21和G22各为氢原子,G23是硝基(-NO2)。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1是氢原子,G2为式(Ⅲ)的基团,G31~G33独立地为C1-4烷基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1是氢原子,G2为式(Ⅲ)的基团,G31~G33独立地为C1-4烷基、C6芳基、C7-10芳烷基、C1-4烷基C6芳基、C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I')且G1是氢原子,G2为式(Ⅲ)的基团,G31~G33独立地为C1-4烷基或C6芳基(苯基)。C1-4烷基的实例是甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基和叔丁基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1是氢原子,G2为式(Ⅲ)的基团,G31~G33独立地为C1-4烷基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1是氢原子,G2为式(Ⅲ)的基团,G31和G33为C6芳基(苯基),G32为C1-2烷基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1和G22一起形成式(Ⅳ)的基团,G41~G46独立地为氢原子、硝基、卤素原子、氰基或C1-3烷基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1和G2一起形成式(Ⅳ)的基团,其中G41~G46各为氢原子。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂具有化学式(I'),且G1是氢原子,G2为式(V)的基团。进一步地,G51~G53各独立地为氢原子、硝基、甲基或甲氧基。作为更优选的实施例,G1是氢原子,G2为式(V)的基团,其中,G51和G52各为氢原子,G53是4-甲基。
作为一个优选的实施例,所述手性试剂从III-a、III-b、V-a、VII-a、VII-b、IX-a、IX-b、XI-a、XIII-a和XIII-b中选择的一个:
(S)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅲ-a)
(R)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((R)-1-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅲ-b)
(S)-2-(三甲基硅烷)-1-((S)-1-吡咯烷-2-基)乙醇(Va)
(R)-2,2-二苯基-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅶ-a)
(S)-2,2-二苯基-1-((R)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅶ-b)
(R)-2-(4-硝基苯基)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅸ-a)
(S)-2-(4-硝基苯基)-1-((R)-吡咯烷-2-基)乙醇(Ⅸ-b)
(R)-(9H-芴-9-基)((S)-吡咯烷-2-基)甲醇(Ⅺ-a)
(S)-2-对甲苯磺酰基-1-((S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(ⅩⅢ-a)
(R)-2-对甲苯磺酰基-1-((R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(ⅩⅢ-b)
手性试剂与核酸或修饰核酸反应,生成不对称辅助基团。通过手性试剂与核酸或修饰核酸反应,得到核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其为生产立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的中间体。
本发明的第二个方面涉及由式(Va)或(Vb)表示的核苷3'-亚磷酰胺衍生物。式(Va)和(Vb)的化合物被称为用于合成寡核苷酸衍生物的单体。这些化合物也被称为恶唑磷烷(oxazaphospholidine)单体。由式(Vb)代表的化合物的糖部分被称为BNA和LNA(当R3是亚甲基时)。
在式(Va)和(Vb),G1~G4与上述相同,G5是羟基的保护基,且Bs从由式(VI)~(Ⅺ)或它们的衍生物表示的基团中选取。
Bs的实例为腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶、5-甲基胞嘧啶、或它们的衍生物。
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、烷基、烯基、炔基、烷基-Y1-、烯基-Y1-、炔基-Y1-、芳基-Y1-、杂芳基-Y1-、-ORb,或-SRb,其中Rb为阻断部分。
Y1为O、NRd、S或Se。
Rd独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基、酰基、取代的甲硅烷基、氨基甲酸酯、-P(O)(Re)2或-HP(O)(Re)。
Re独立地为氢、烷基、芳基、烯基、炔基、烷基-Y2-、烯基-Y2-、炔基-Y2-、芳基-Y2-或杂芳基-Y2-,或阳离子Na+、Li+或K+。
Y2为O、NRd或S。
烷基的优选实例是C1-10烷基,烯基的优选实例是C2-10烯基,炔基的优选实例是C2-10炔基,芳基的优选实例为C6-14芳基,杂芳基的优选实例是C6-14杂芳基。
R3是-CH2-、-(CH2)2-、-CH2NH-或-CH2N(CH3)-表示的基团。
G5的实例为三苯甲基、4-单甲氧基三苯甲基、4,4'-二甲氧基三苯甲基、4,4',4”-三甲氧基三苯甲基、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)和9-(对-甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(MOX)。
Bs是腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤或它们的衍生物。Bs是核碱基或修饰的核碱基。衍生物的实例被JP2005-89441A公开,并以下式表示。
在上述式中,R8~R10各独立地是C1-10烷基、C6-C10芳基、C6-C10芳烷基或C6-C1芳氧基。R8的优选实例是甲基、异丙基、苯基、苄基和苯氧基甲基。R9和R10的优选实例是C1-4烷基。
作为第二个方面的优选实施例,核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(VA')或(Vb')表示。
在式(Va')和(Vb')中,G1、G2、G5、Bs、R2和R3与上述相同。核苷3'-亚磷酰胺衍生物是用来产生立体控制的磷原子修饰的核苷酸和寡核苷酸的衍生物的手性单体。
核苷3'-亚磷酰胺衍生物的优选实施例是由式1a、1b、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、5b、6a、6b、7a、7b、8a、8b、9a、9b、10a、10b、11a、11b、12a、12b、13a、13b、14a、14b、15a、15b、16a、16b、17a、17b、18a、18b、19a、19b、20a、20b、21a、21b、22a、22b、23a、23b或24a表示。实施例部分描述了这些公式。
DMTr表示4,4'-二甲氧基三苯甲基,TOM表示三异丙基硅氧基甲基。
例如,日本专利JP2005-89441A公开于使用核苷3'-亚磷酰胺衍生物的实例。如其所公开的,通过重复缩合反应和脱保护反应的步骤,可延长寡核苷酸衍生物的链。
所述寡核苷酸衍生物的式子如式(X)所示。
在式(X)中,X表示硫(=S)、C1-3烷基、C1-3烷氧基、C1-3烷硫基、C6-C10芳基、C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧烷基(aryloxialkyl)。优选地,X表示硫(=S)。“n”是一个整数,表示或“n”可以是优选为优选优选并且更优选为
本发明的第三方面涉及一种用于合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的方法。第一步是包含非手性H-膦酸酯部分的分子与第一活化剂和手性试剂或其盐反应,形成单体的步骤。手性试剂具有化学式(I)或(I'),单体可由式(Va)、(Vb)、(Va')或(Vb')。单体与第二活化剂和核苷反应,形成缩合中间体。下一步是将缩合中间体转化为包含手性的X-膦酸酯部分的核酸的步骤。所述方法主要基于国际公开第WO2010/064146号小册子的公开内容。即,基本步骤被公开为其中的途径A和途径B。在所述方法中使用了本发明的手性试剂。
第一个图示涉及合成手性寡核苷酸。
活化步骤
非手性H-膦酸酯部分经过第一活化剂处理,形成第一中间体。在一个实施例中,第一活化剂在缩合步骤中添加到反应混合物中。第一活化剂的使用取决于反应条件,如用于该反应的溶剂。第一活化剂的实例是碳酰氯、氯甲酸三氯甲酯、双(三氯甲基)碳酸酯(BTC)、乙二酰氯、Ph3PCl2、(PhO)3PCl2、N,N'-双(2-氧代-3-恶唑烷基)次膦酰氯(BopCl),1,3-二甲基-2-(3-硝基-1,2,4-三唑-1-基)-2-吡咯烷-1-基-1,3,2-二氮杂磷杂环戊烷六氟磷酸盐(MNTP),或3硝基-1,2,4-三唑-1-基-三(吡咯烷-1-基)磷鐺六氟磷酸盐(PyNTP)。
非手性H-膦酸酯部分的实例是在上述图示中示出的化合物。DBU表示1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯。H+DBU可以是,例如,铵离子、烷基铵离子、杂亚铵离子或杂环亚胺离子,其中任何一个是一级、二级、三级或四级,或一价金属离子。
手性试剂反应
第一活化步骤后,活化的非手性H-膦酸酯部分与由式(I)或(I')表示的手性试剂反应,形成式(Va)、(Vb)、(Va')或(Vb')的手性中间体。
立体定向缩合步骤
式Va((Vb)、(Va')或(Vb'))的手性中间体经过第二活化剂处理和核苷处理,形成缩合中间体。所述核苷可以被固体化。第二活化剂的实例是4,5-二氰基咪唑(DCI)、4,5-二氯咪唑、1-苯基咪唑鐺三氟甲磺酸盐(PhIMT)、苯并咪唑三氟甲磺酸盐(BIT)、苯并三唑、3-硝基-1,2,4-三唑(NT)、四唑、5-乙硫基四唑(ETT)、5-苄巯基四唑(BTT)、5-(4-硝基苯基)四唑、N-氰基甲基吡咯烷鐺三氟甲磺酸盐(CMPT)、N-氰基甲基哌啶鐺三氟甲磺酸盐、N-氰基甲基二甲基铵三氟甲磺酸盐。式Va((Vb)、(Va')或(Vb'))的手性中间体可作为单体被分离。通常,式Va((Vb)、(Va')或(Vb'))的手性中间体不被分离,并在同一锅(pot)内与核苷或修饰的核苷反应,提供手性磷酸酯化合物,即缩合中间体。在其它实施例中,当通过固相合成实施该方法时,所述包含该化合物的固体支持物可从副产物、杂质和/或试剂中过滤出来。
封端步骤
如果最终得到的核酸比二聚体大,则用阻断部分将未反应的-OH基团封端,且该化合物的手性助剂,也可以用阻断部分封端,以形成封端的缩合中间体。如果最终得到的核酸是二聚体,则无需封端步骤。
修饰步骤
该化合物通过与亲电试剂发生反应而被修饰。该封端的缩合中间体可发生(实施)修饰步骤。在本方法的一些实施例中,通过使用硫亲电试剂、硒亲电试剂或硼化剂进行修饰步骤。修饰步骤的优选实例是氧化步骤和硫化步骤。
在本方法的一些实施例中,硫亲电试剂是具有下式之一的化合物:
S8(式B),Z1-S-S-Z2或Z1-S-V-Z2。
Z1和Z2独立地为烷基、氨基烷基、环烷基、杂环基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、烷氧基、芳氧基、杂芳氧基、酰基、酰胺、酰亚胺或硫代羰基,或Z1和Z2结合在一起形成可被取代或未被取代的三元至八元脂环或杂环环;V是SO2、O或NRf;Rf是氢、烷基、烯基、炔基或芳基。
在本方法的一些实施例中,硫亲电试剂是具有下式A、B、C、D、E或F的化合物:
在本方法的一些实施例中,硒亲电试剂是具有下式之一的化合物:
Se(式G)、Z3-Se-Se-Z4或Z3-Se-V-Z4
Z3和Z4独立地为烷基、氨基烷基、环烷基、杂环基、环烷基烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、烷氧基、芳氧基、杂芳氧基、酰基、酰胺、酰亚胺或硫代羰基,或Z3和Z4结合在一起形成可被取代或未被取代的三元至八元脂环或杂环环;V是SO2、O或NRf;Rf是氢、烷基、烯基、炔基或芳基。
在本方法的一些实施例中,硒亲电试剂是具有下式G、H、I、J、K或L的化合物:
在本方法的一些实施例中,所述硼化剂是硼烷-N,N-二异丙基乙胺(BH3 DIPEA)、硼烷-吡啶(BH3 Py)、硼烷-2-氯吡啶(BH3 CPy)、硼烷-苯胺(BH3 An)、硼烷-四氢呋喃(BH3THF)或硼烷-二甲基硫醚(BH3 Me2S)。
在本方法的一些实施例中,修饰步骤是氧化步骤。例如,日本专利JP2010-265304A和国际公开第WO2010/064146号公开了该氧化步骤。
链延伸循环和脱保护步骤
该封端的缩合中间体通过除去生长中的核酸链5'端的阻断部分而被解阻断,从而提供化合物。所述化合物可任选地重新进入链延伸循环,以形成缩合中间体、封端的缩合中间体、修饰的封端的缩合中间体和5'端脱保护的修饰封端的中间体。经过至少一轮链延伸循环后,5'端脱保护的修饰的封端中间体进一步通过除去手性辅助配体和其它保护基团,如核碱基、修饰的核碱基、糖和修饰的糖的保护基团来解阻断,从而提供核酸。在其他实施例中,该包含5'-OH部分的核苷是如本文所述从之前的链延伸循环而来的中间体。而在另一些其他实施例中,该包含5'-OH部分的核苷是由其它已知的核酸合成方法得到的中间体。在使用固体支持物的实施例中,磷原子修饰的核酸,随后被从固体支持物上切除。在某些实施例中,核酸被留下附着在用于纯化目的的固体支持物上,并在随后的纯化过程中从固体支持物上切除。
根据本发明的方法,能够使用稳定的和市售的材料作为起始原料。有可能通过使用非手性原料,生产立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物。
如一个实施例所示,本发明的方法不会导致脱保护步骤下的降解。此外,该方法不要求特殊的封端剂,来产生磷原子修饰的寡核苷酸衍生物。
本发明的第四方面涉及一种通过使用手性单体合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的方法。第一步是由式(Va)、(Vb)、(Va')或(Vb')表示的核苷3'-亚磷酰胺衍生物与第二活化剂和核苷反应,形成缩合中间体。第二步是将所述缩合中间体转化为包含手性X-膦酸酯部分的核酸。
第二个图示涉及通过使用由式Va((Vb)、(Va')或(Vb'))表示的单体合成手性寡核苷酸的反应。第二个图示基于公开在日本专利JP2005-89441A中的方法。
上述图示的具体条件类似于第一个图示。式Ⅴa(Vb)的原料,尤其是式Va'(或Vb')的原料,是化学稳定的。如一个实施例所示,本发明的方法不会导致脱保护步骤下的降解。此外,该方法不要求特殊的封端剂,以产生磷原子修饰的寡核苷酸衍生物。
用于去除助剂的机制如下图所示:
在上述图示中,Nu代表亲核试剂。上述机制被认为不同于之前用于去除助剂的机制。
实施例
缩写
ac:乙酰
bz:苯甲酰
CSO:(1S)-(+)-10-樟脑磺哑嗪
DBU:1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯
DCA:二氯乙酸
DCM:二氯甲烷,CH2Cl2
DMTr:4,4'-二甲氧基三苯甲基
Tr:三苯甲基
MeIm:N-甲基咪唑
NIS:N-碘代丁二酰亚胺
pac:苯氧基乙酰
Ph:苯基
PhIMT:N-苯基咪唑三氟甲磺酸
POS:3-苯基-1,2,4-二噻唑啉-5-酮
TBS:叔丁基二甲基硅基
TBDPS:叔丁基二苯基硅基
TOM:三异丙基硅氧基甲基
TFA:三氟乙酸
实施例1
(S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-甲醛(I-a)
根据在文献(Guga,P.Curr.Top.Med.Chem.2007,7,695-713.)中描述的步骤由L-脯氨酸合成化合物I-a。
实施例2
(R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-甲醛(I-b)
以类似合成化合物I-a的方式由D-脯氨酸合成化合物I-b。
实施例3
(S)-2-(甲基二苯基甲硅烷)-1-((S)-1-三苯甲基吡咯烷-1-基)乙醇(II-a)
由氯甲基二苯基甲基硅烷(4.02g,16.3mmol)和镁(402mg,16.3mmol)在四氢呋喃(14mL)中制备甲基二苯基硅基甲基氯化镁的四氢呋喃溶液。将I-a(2.79g,8.14mmol)的四氢呋喃(30mL)溶液,在冰冷却条件下添加到该甲基二苯基硅基甲基氯化镁的四氢呋喃溶液中。在冰冷却条件下搅拌1.5小时后,将混合物加热至室温并继续搅拌30分钟。将饱和NH4Cl水溶液(100mL)混合物在0℃加入到该反应混合物,并用乙醚(100mL)萃取三次。将合并的萃取液用Na2SO4干燥,过滤,并减压浓缩。将残余物通过硅胶色谱分离,得到无色泡沫状物的II-a(3.91g,87%)。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.48-7.08(25H,m),4.33-4.23(1H,m),3.16-2.89(3H,m),2.84(1H,brs),1.70-1.54(1H,m),1.35(1H,dd,J=14.7,6.3Hz),1.10(1H,dd,J=14.7,8.1Hz),1.18-1.05(1H,m),1.04-0.90(1H,m),0.34(3H,s),-0.17--0.36(1H,m).
实施例4
(S)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(III-a)
将II-a(3.91g,7.06mmol)溶解在3%DCA的DCM溶液(70mL)中,在室温下搅拌10分钟。将1M NaOH(200mL)加入该混合物,并用DCM(100mL)萃取三次。将合并的萃取液用Na2SO4干燥,过滤,并减压浓缩。将残余物通过硅胶色谱分离,得到淡黄色油状物的III-a(1.99g,90%)。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.57-7.52(5H,m),7.38-7.33(5H,m),3.77(1H,ddd,J=8.9,5.4,3.5Hz),3.01(1H,dt,J=7.4,3.6Hz),2.97-2.79(2H,m),2.27(2H,brs),1.76-1.53(4H,m),1.38(1H,dd,J=15.0,9.0Hz),1.24(1H,dd,J=15.0,5.4Hz),0.65(3H,s);13CNMR(100.4MHz,CDCl3)δ137.4,137.1,134.6,134.5,129.1,127.8,69.5,64.1,47.0,25.8,24.0,19.6,-3.4。MALDI TOF-MS m/z:C19H26NOSi[M+H]+计算值312.18,实测值312.06。
实施例5
(R)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-(R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(II-b)
以与得到化合物II-a类似的方式,使用I-b代替I-a,得到化合物II-b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.48-7.12(25H,m),4.33-4.24(1H,m),3.16-2.89(3H,m),2.86(1H,brs),1.69-1.52(1H,m),1.35(1H,dd,J=14.4,6.0Hz),1.10(1H,dd,J=14.4,8.4Hz),1.18-1.05(1H,m),1.03-0.89(1H,m),0.33(3H,s),-0.19--0.39(1H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)δ144.5,137.5,136.8,134.6,134.3,129.8,129.0,127.8,127.7,127.4,126.1,77.9,71.7,65.1,53.5,25.0,24.8,19.6,-4.0。MALDI TOF-MS m/z:C38H40NOSi[M+H]+计算值554.29,实测值554.09.
实施例6
(R)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-(R)-1-吡咯烷-2-基)乙醇(III-b)
以与得到化合物III-a类似的方式,使用II-b代替II-a,得到化合物III-b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.58-7.52(5H,m),7.38-7.33(5H,m),3.78(1H,ddd,J=9.0,5.1,3.6Hz),3.00(1H,dt,J=7.4,3.3Hz),2.97-2.78(2H,m),2.19(2H,brs),1.76-1.53(4H,m),1.38(1H,dd,J=14.6,9.0Hz),1.24(1H,dd,J=14.6,5.1Hz),0.66(3H,s);13CNMR(75.5MHz,CDCl3)δ137.5,137.1,134.5,134.4,129.0,127.7,69.2,64.2,46.9,25.8,24.0,19.7,-3.4。MALDI TOF-MS m/z:C19H26NOSi[M+H]+计算值312.18,实测值312.09。
实施例7
(S)-2-(三甲基硅烷)-1-(S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(IV-a)
以与得到化合物II-a类似的方式,使用“氯甲基三甲基硅烷”代替“氯甲基二苯基甲基硅烷”,得到化合物IV-a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.58-7.51(5H,m),7.31-7.14(10H,m),4.13(1H,dt,J=7.5,3.0Hz),3.39-3.31(1H,m),3.20-2.99(2H,m),2.84(1H,s),1.74-1.57(1H,m),1.29-1.10(2H,m),0.74(1H,dd,J=14.4,7.2Hz),0.46(1H,dd,J=14.4,7.2Hz),-0.15(9H,s)。MALDI TOF-MS m/z:C28H36NOSi[M+H]+计算值430.26,实测值430.09。
实施例8
(S)-2-(三甲基硅烷)-1-((S)-1-吡咯烷-2-基)乙醇(V-a)
以与得到化合物III-a类似的方式,使用IV-a代替II-a,得到化合物V-a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ3.76(1H,ddd,J=8.8,5.7,3.3Hz),3.08(1H,dt,J=7.8,3.3Hz),3.02-2.87(2H,m),2.48(2H,brs),1.81-1.58(4H,m),0.83(1H,dd,J=14.7,8.7Hz),0.68(1H,dd,J=14.7,6.0Hz),0.05(9H,s);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)δ69.6,64.3,46.9,25.8,23.9,22.0,-0.8。MALDI TOF-MS m/z:C9H22NOSi[M+H]+计算值188.15,实测值188.00.
实施例9
(R)-2,2-二苯基-1-((S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(VI-a)
在室温下将正丁基锂n-BuLi(1.67M己烷溶液,24mL,40mmol)逐滴加入二苯基甲烷(6.7mL,40mmol)的四氢呋喃(36mL)溶液并搅拌1小时。用甲苯反复共同蒸发的I-a(3.41g,10mmol)的无水四氢呋喃(40mL)溶液在0℃缓慢加入到上述混合物中,并继续搅拌45分钟。然后加入饱和NH4Cl水溶液(100mL)和乙醚(100mL),将有机层分离开,用乙醚(2x 100mL)萃取水层。合并有机层,并用硫酸钠干燥,过滤并减压浓缩。将残余物通过硅胶色谱柱纯化,得到白色泡沫状物的VI-a(1.41g,28%)。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.45-7.01(23H,m),6.67-6.61(2H,m),4.80(1H,d,J=10.8Hz),3.63(1H,d,J=10.8Hz),3.36-3.27(1H,m),3.23-3.09(1H,m),3.02-2.89(1H,m),2.66(1H,s),1.90-1.75(1H,m),1.32-1.04(2H,m),0--0.18(1H,m)。
实施例10
(R)-2,2-二苯基-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(VII-a)
以与得到化合物III-a类似的方式,使用VI-a代替II-a,得到化合物VII-a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.44-7.38(2H,m),7.33-7.14(8H,m),4.46(1H,dd,J=9.9,3.3Hz),3.91(1H,d,J=9.9Hz),3.02-2.88(2H,m),2.81-2.69(1H,m),2.52(2H,brs),1.88-1.56(4H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)d 142.3,142.0,128.6,128.5,128.4,128.2,126.5,126.4,73.5,60.1,55.8,46.6,25.8,23.4。MALDI TOF-MS m/z:C18H22NO[M+H]+计算值268.17,实测值268.06.
实施例11
(S)-2,2-二苯基-1-((R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(VI-b)
以与得到化合物VI-a类似的方式,使用I-b代替I-a。,得到化合物VI-b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.44-7.37(6H,m),7.30-7.01(17H,m),6.66-6.61(2H,m),4.80(1H,d,J=10.8Hz),3.63(1H,d,J=10.8Hz),3.36-3.28(1H,m),3.22-3.09(1H,m),3.01-2.89(1H,m),2.66(1H,s),1.90-1.75(1H,m),1.29-1.04(2H,m),0.00--0.19(1H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)d 144.2,142.9,141.6,130.0,128.5,128.4,127.9,127.8,127.4,126.4,126.2,77.9,75.9,61.9,55.4,53.4,24.7,24.5。MALDI TOF-MS m/z:C37H36NO[M+H]+计算值510.28,实测值510.11.
实施例12
(S)-2,2-二苯基-1-((R)-吡咯烷-2-基)乙醇(VII-b)
以与得到化合物VII-a类似的方式,使用VI-b代替VI-a,得到化合物VII-b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.45-7.14(10H,m),4.45(1H,dd,J=9.9,3.3Hz),3.91(1H,d,J=9.9Hz),3.00-2.89(2H,m),2.82-2.71(1H,m),2.40(2H,brs),1.87-1.55(4H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)δ142.3,142.0,128.5,128.3,128.1,126.3,126.2,73.4,60.1,55.9,46.5,25.8,23.5。MALDI TOF-MS m/z:C18H22NO[M+H]+计算值268.17,实测值268.03。
实施例13
(R)-2-(4-硝基苯基)-1-((S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(VIII-a)
以与得到化合物VI-a类似的方式,使用“4-硝基氯化苄”代替“二苯基甲烷”,得到化合物VIII-a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.09-8.03(2H,m),7.49-7.43(6H,m),7.28-7.09(11H,m),4.23(1H,ddd,J=8.3,5.6,3.0Hz),3.43-3.33(1H,m),3.23-3.11(1H,m),3.07-2.96(1H,m),2.83(1H,brs),2.74(1H,dd,J=13.8,8.4Hz),2.49(1H,dd,J=13.8,5.1Hz),1.83-1.67(1H,m),1.41-1.17(2H,m),0.27-0.08(1H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)δ147.3,146.3,144.3,129.8,129.6,127.5,126.3,123.4,77.9,74.8,63.5,53.2,39.5,25.0,24.9。MALDITOF-MS m/z:C31H31N2O3[M+H]+计算值479.23,实测值479.08。
实施例14
(R)-2-(4-硝基苯基)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇(IX-a)
以与得到化合物VII-a类似的方式,使用VIII-a代替VI-a,得到化合物IX-a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.15(2H,d,J=8.7Hz),7.42(2H,d,J=8.7Hz),3.86-3.79(1H,m),3.16-3.07(1H,m),2.99-2.68(6H,m),1.84-1.68(4H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)δ147.4,146.2,129.9,123.2,72.4,62.0,46.6,40.4,25.7,24.4。MALDI TOF-MS m/z:C12H17N2O3[M+H]+计算值237.12,实测值237.01。
实施例15
(S)-2-(4-硝基苯基)-1-((R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(VIII-b)
以与得到化合物VIII-a类似的方式,使用I-b代替I-a,得到化合物VIII-b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.09-8.04(2H,m),7.49-7.43(6H,m),7.28-7.09(11H,m),4.22(1H,ddd,J=8.4,5.6,3.0Hz),3.43-3.33(1H,m),3.24-3.10(1H,m),3.08-2.94(1H,m),2.81(1H,brs),2.75(1H,dd,J=14.0,8.1Hz),2.49(1H,dd,J=14.0,5.1Hz),1.81-1.67(1H,m),1.40-1.16(2H,m),0.26-0.09(1H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)δ147.3,144.3,129.8,129.6,129.4,126.3,123.5,77.9,74.8,63.5,53.2,39.5,25.0,24.9。MALDITOF-MSm/z:C31H31N2O3[M+H]+计算值479.23,实测值479.08。
实施例16
(S)-2-(4-硝基苯基)-1-((R)-吡咯烷-2-基)乙醇(IX-b)
以与得到化合物IX-a类似的方式,使用VIII-b代替VIII-a,得到化合物IX-b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)d 8.19-8.13(2H,m),7.45-7.39(2H,m),3.83(1H,ddd,J=7.7,5.4,3.9Hz),3.14(1H,dt,J=7.7,3.9Hz),3.01-2.87(2H,m),2.83(1H,d,J=3.3Hz),2.81(1H,s),2.62(2H,brs),1.79-1.72(4H,m);13C NMR(75.5MHz,CDCl3)δ147.3,146.5,130.0,123.5,72.7,61.7,46.7,40.1,25.8,24.2.MALDI TOF-MS m/z:C12H17N2O3[M+H]+计算值237.12,实测值237.02。
实施例17
(R)-(9H-芴-9-基)((S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)甲醇(X-a)
以与得到化合物VI-a类似的方式,使用芴代替二苯基甲烷,得到化合物X-a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.70(1H,d,J=7.5Hz),7.66(1H,d,J=7.8Hz),7.55(2H,d,J=7.5Hz),7.44-7.09(18H,m),6.87-6.62(1H,m),4.55-4.48(1H,m),4.06(1H,d,J=7.5Hz),3.43-3.34(1H,m),3.18-3.06(1H,m),2.98-2.88(1H,m),2.85(1H,brs),1.42-1.24(1H,m),1.18-1.04(1H,m),0.53-0.39(1H,m),-0.02--0.20(1H,m);MALDI TOF-MS m/z:C37H34NO[M+H]+计算值508.26,实测值508.12。
实施例18
(R)-(9H-芴-9-基)((S)-吡咯烷-2-基)甲醇(XI-a)
以与得到化合物III-a类似的方式,使用X-a代替II-a,得到化合物XI-a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.76(2H,d,J=7.5Hz),7.68(2H,t,J=8.0Hz),7.43-7.35(2H,m),7.34-7.25(2H,m),4.28(1H,d,J=6.3Hz),4.03(1H,dd,J=6.5,4.2Hz),3.19-3.11(1H,m),2.97-2.88(1H,m),2.86-2.76(1H,m),2.02(2H,brs),1.77-1.53(3H,m),1.38-1.23(1H,m);MALDI TOF-MS m/z:C18H20NO[M+H]+计算值266.15,实测值266.04。
实施例19
(S)-2-对甲苯磺酰基-1-(S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(XII-a)
以与得到化合物II-a类似的方式,使用氯甲基对甲苯砜代替氯甲基二苯甲基硅烷,得到化合物XII-a。
1H NMR(600MHz,CDCl3)d 7.66(2H,d,J=8.4Hz),7.48-7.44(6H,m),7.35(2H,d,J=7.2Hz),7.21-7.13(9H,m),4.39-4.36(1H,m),3.33(1H,s),3.24-3.20(1H,m),3.19-3.10(2H,m),2.98-2.92(2H,m),2.49(3H,s),1.55-1.49(1H,m),1.33-1.26(1H,m),1.12-1.04(1H,m),0.22-0.14(1H,m);13C NMR(150.9MHz,CDCl3)δ144.6,144.5,136.3,129.9,129.5,128.1,127.5,126.2,78.0,69.1,63.9,60.2,52.6,25.5,24.7,21.7.
实施例20
(S)-2-甲苯磺酰基-1-(S)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(XIII-a)
以与得到化合物III-a类似的方式,使用XII-a代替II-a,得到化合物XIII-a。
1H NMR(600MHz,CDCl3)δ7.82(2H,d,J=8.4Hz),7.37(2H,d,J=8.4Hz),4.01(1H,ddd,J=12.0,5.1,3.0Hz),3.32(1H,dd,J=14.4,3.0Hz),3.25(1H,dd,J=14.4,9.0Hz),3.16(1H,dt,J=7.8,5.1Hz),2.90-2.82(2H,m),2.46(3H,s),2.04(2H,brs),1.78-1.63(3H,m),1.62-1.55(1H,m);13C NMR(150.9MHz,CDCl3)δ144.5,136.7,129.7,127.7,67.4,61.8,60.1,46.7,25.7,21.4.MALDI TOF-MS m/z:C13H20NO3S[M+H]+计算值270.12,实测值270.04。
实施例21
(R)-2-对甲苯磺酰基-1-((R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(XII-b)
以与得到化合物XII-a类似的方式,使用I-b代替I-a,得到化合物XII-b。
1H NMR(600MHz,CDCl3)δ7.66(2H,d,J=8.4Hz),7.47-7.44(6H,m),7.35(2H,d,J=7.8Hz),7.21-7.13(9H,m),4.37(1H,dt,J=8.6,2.4Hz),3.33(1H,s),3.23-3.20(1H,m),3.19-3.12(2H,m),2.98-2.92(2H,m),2.49(3H,s),1.56-1.49(1H,m),1.32-1.26(1H,m),1.11-1.03(1H,m),0.23-0.15(1H,m);13C NMR(150.9MHz,CDCl3)δ144.6,144.5,136.3,129.9,129.6,128.1,127.6,126.2,78.0,69.1,63.9,60.2,52.6,25.5,24.7,21.7.
实施例22
(R)-2-对甲苯磺酰基-1-((R)-1-三苯甲基吡咯烷-2-基)乙醇(XIII-b)
以与得到化合物XIII-a.类似的方式,使用XII-b代替XII-a,得到化合物XIII-b。
1H NMR(600MHz,CDCl3)δ7.82(2H,d,J=8.4Hz),7.37(2H,d,J=8.4Hz),4.01(1H,ddd,J=9.0,5.1,3.0Hz),3.32(1H,dd,J=14.4,3.0Hz),3.25(1H,dd,J=14.4,9.0Hz),3.17(1H,dt,J=7.2,5.1Hz),2.89-2.83(2H,m),2.46(3H,s),2.04(2H,brs),1.79-1.64(3H,m),1.62-1.55(1H,m);13CNMR(150.9MHz,CDCl3)δ144.8,136.6,129.8,127.9,67.7,61.8,60.1,46.8,25.9,25.8,21.6.MALDI TOF-MS m/z:C13H20NO3S[M+H]+计算值270.12,实测值270.05。
实施例23
恶唑磷烷单体3a
III-a(560mg,1.80mmol)通过反复多次与干燥甲苯共同蒸发干燥,并在氩气中溶解于干燥乙醚(0.90mL)。将N-甲基吗啉(400L,3.60mmol)加入到该溶液中,并在0℃下在氩气中将所得溶液逐滴加入到PCl3(160L,1.80mmol)的无水乙醚溶液(0.90mL)中并搅拌。然后,将混合物温热至室温并搅拌30分钟。将在氮气下过滤除去所得的N-甲基吗啉盐酸盐,并将滤液在减压下浓缩至干燥,得到粗2-氯-1,3,2-恶唑磷烷衍生物。将粗物质溶解在新鲜蒸馏的四氢呋喃(3.6mL)中,以制备0.5M的溶液,无需进一步纯化,其被用于合成核苷3'-O-恶唑磷烷。
5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷((636mg,0.84mmol)通过用干燥甲苯反复共同蒸发干燥,并在氩气下溶解在新鲜蒸馏的四氢呋喃(2.5mL)。加入三乙胺(0.58mL,4.2mmol),并将该混合物冷却至-78℃。通过注射器逐滴加入0.5M相应粗制的2-氯-1,3,2-恶唑磷烷衍生物的新鲜蒸馏的四氢呋喃(3.6mL,1.80mmol)溶液,并将混合物在室温下搅拌15分钟。然后加入饱和的NaHCO3水溶液((70mL)和三氯甲烷(70mL),并且分离有机层并用饱和的NaHCO3水溶液(2x 70mL)清洗。用CHCl3(70mL)反萃取合并的水层。将有机层合并,经Na2SO4干燥,过滤,并减压浓缩。将残余物通过色谱法在硅胶柱上纯化,得到白色泡沫状物的3a(829mg,90%),。
1H NMR(300MHz,CDCl3)d 8.77(1H,brs),7.99(1H,s),7.54-6.98(24H,m),6.81-6.73(4H,m),6.35(1H,dd,J=8.0,6.3Hz),4.89-4.73(4H,m),4.68(2H,brs),4.05-3.98(1H,m),3.75(6H,s),3.62-3.46(1H,m),3.41-3.20(3H,m),3.18-3.04(1H,m),3.08(2H,t,J=6.6Hz),2.58-2.36(2H,m),1.94-1.59(2H,m),1.56(1H,dd,J=15.0,8.7Hz),1.43(1H,dd,J=15.0,5.7Hz),1.33-1.16(2H,m),0.62(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ153.5(1P,s).
实施例24
恶唑磷烷单体3b
以与得到化合物3a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物3b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.80(1H,brs),7.96(1H,s),7.54-6.96(24H,m),6.79-6.71(4H,m),6.19(1H,t,J=6.6Hz),4.90-4.73(4H,m),4.66(2H,brs),4.16-4.08(1H,m),3.76(6H,s),3.60-3.36(2H,m),3.29(1H,d,J=3.9Hz),3.27-3.12(2H,m),3.09(2H,t,J=6.6Hz),2.59-2.46(1H,m),2.07-1.97(1H,m),1.94-1.41(5H,m),1.36-1.18(1H,m),0.65(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.1(1P,s).
实施例25
恶唑磷烷单体1a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-6-N-(苯甲酰基)腺苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物1a。
1H NMR(600MHz,CDCl3)δ8.71(1H,s),8.12(1H,s),8.04(2H,d,J=7.8Hz),7.62-7.15(23H,m),6.80-6.75(4H,m),6.37(1H,dd,J=7.8,6.0Hz),4.94-4.88(1H,m),4.80(1H,ddd,J=12.0,6.0,5.4Hz),4.07-4.04(1H,m),3.76(6H,s),3.58-3.49(1H,m),3.41-3.34(1H,m),3.33(1H,dd,J=10.8,4.8Hz),3.25(1H,dd,J=10.8,4.8Hz),3.13-3.06(1H,m),2.66-2.58(1H,m),2.40-2.35(1H,m),1.91-1.84(1H,m),1.73-1.66(1H,m),1.56(1H,dd,J=15.0,9.0Hz),1.44(1H,dd,J=15.0,5.4Hz),1.47-1.41(1H,m),1.30-1.23(1H,m),0.63(3H,s);31P NMR(243.0MHz,CDCl3)δ151.8(1P,s).
实施例26
恶唑磷烷单体1b
以与得到化合物1a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物1b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.06(1H,brs),8.76(1H,s),8.12(1H,s),8.07-7.99(2H,m),7.64-7.14(22H,m),6.83-6.75(4H,m),6.25(1H,t,J=6.6Hz),4.86-4.75(2H,m),4.20-4.15(1H,m),3.77(6H,s),3.61-3.38(2H,m),3.36(1H,dd,J=10.2,4.2Hz),3.27(1H,dd,J=10.2,4.2Hz),3.27-3.13(1H,m),2.71-2.59(1H,m),2.12-2.01(1H,m),1.94-1.42(5H,m),1.36-1.20(1H,m),0.67(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.3(1P,s).
实施例27
恶唑磷烷单体2a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-4-N-(异丁酰基)胞苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物2a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.33(1H,brs),8.17(1H,d,J=7.5Hz),7.52-7.22(19H,m),7.07(1H,d,J=7.5Hz),6.88-6.81(4H,m),6.20(1H,t,J=6.2Hz),4.81-4.64(2H,m),3.93-3.87(1H,m),3.79(6H,s),3.59-3.43(1H,m),3.39-3.29(3H,m),3.16-3.02(1H,m),2.69-2.52(2H,m),2.12-2.00(1H,m),1.91-1.50(3H,m),1.47-1.32(2H,m),1.27-1.16(7H,m),0.60(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ154.8(1P,s).
实施例28
恶唑磷烷单体2b
以与得到化合物2a类似的方式,使用III-代替III-a,得到化合物2b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.33(1H,d,J=7.5Hz),8.23(1H,brs),7.57-7.22(19H,m),7.12(1H,d,J=7.5Hz),6.88-6.81(4H,m),6.15(1H,dd,J=6.6,4.2Hz),4.82-4.63(2H,m),4.03-3.97(1H,m),3.80(6H,s),3.55-3.26(4H,m),3.19-3.05(1H,m),2.59(1H,quintet,J=6.9Hz),2.39-2.27(1H,m),2.21-2.10(1H,m),1.90-1.56(3H,m),1.50-1.32(2H,m),1.26-1.17(7H,m),0.66(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.2(1P,s).
实施例29
恶唑磷烷单体4a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)胸苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物4a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.58-7.23(21H,m),6.86-6.79(4H,m),6.35(1H,dd,J=8.1,5.7Hz),4.79-4.67(2H,m),3.83-3.78(1H,m),3.78(6H,s),3.59-3.43(1H,m),3.34(1H,dd,J=10.5,2.4Hz),3.35-3.24(1H,m),3.20(1H,dd,J=10.5,2.4Hz),3.16-3.02(1H,m),2.36-2.26(1H,m),2.15-2.02(1H,m),1.92-1.77(1H,m),1.74-1.59(1H,m),1.52(1H,dd,J=14.7,9.0Hz),1.40(3H,s),1.45-1.15(3H,m),0.60(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ153.7(1P,s).
实施例30
恶唑磷烷单体4b
以与得到化合物4a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物4b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.46(1H,brs),7.59-7.20(20H,m),6.86-6.79(4H,m),6.26(1H,t,J=6.8Hz),4.78-4.65(2H,m),4.01-3.95(1H,m),3.78(6H,s),3.55-3.40(1H,m),3.42(1H,dd,J=10.5,2.7Hz),3.40-3.28(1H,m),3.22(1H,dd,J=10.5,3.0Hz),3.19-3.06(1H,m),2.16-1.95(2H,m),1.90-1.54(3H,m),1.49-1.35(1H,m),1.43(3H,s),1.34-1.17(2H,m),0.67(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ156.2(1P,s).
实施例31
恶唑磷烷单体5a
以与得到化合物3a.类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-甲基-6-N-(苯甲酰基)腺苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰乙基)鸟苷,得到化合物5a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.66(1H,s),8.13(1H,s),8.03(2H,d,J=7.2Hz),7.64-7.16(23H,m),6.79(4H,d,J=8.7Hz),6.08(1H,d,J=6.3Hz),4.91-4.81(1H,m),4.77-4.69(1H,m),4.64-4.57(1H,m),4.15-4.10(1H,m),3.76(6H,s),3.60-3.23(4H,m),3.35(3H,s),3.14-3.00(1H,m),1.90-1.19(6H,m),0.62(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.8(1P,s).
实施例32
恶唑磷烷单体5b
以与得到化合物5a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物5b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.12(1H,brs),8.73(1H,s),8.24(1H,s),8.07-8.01(2H,m),7.62-7.17(22H,m),6.83-6.77(4H,m),6.12(1H,d,J=4.8Hz),4.84-4.73(2H,m),4.43(1H,t,J=4.8Hz),4.25-4.19(1H,m),3.77(6H,s),3.55-3.20(4H,m),3.28(3H,s),3.16-3.03(1H,m),1.90-1.17(6H,m),0.65(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.0(1P,s).
实施例33
恶唑磷烷单体6a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-甲基-4-N-(异丁酰基)胞苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰乙基)鸟苷,得到化合物6a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.49(1H,d,J=7.2Hz),7.58-7.20(19H,m),6.96(1H,d,J=7.2Hz),6.90-6.82(4H,m),5.98(1H,s),4.84(1H,dd,J=13.1,7.5Hz),4.59(1H,dt,J=8.3,4.5Hz),4.19-4.13(1H,m),3.79(6H,s),3.78-3.72(1H,m),3.63-3.40(3H,m),3.55(3H,s),3.36-3.24(1H,m),3.09-2.95(1H,m),2.59(1H,septet,J=6.9Hz),1.85-1.53(5H,m),1.48-1.37(1H,m),1.24-1.17(6H,m),0.59(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.2(1P,s).
实施例34
恶唑磷烷单体6b
以与得到化合物6a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物6b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.62(1H,d,J=7.5Hz),7.57-7.23(19H,m),7.02(1H,d,J=7.5Hz),6.89-6.81(4H,m),5.92(1H,s),4.90(1H,dt,J=9.0,5.7Hz),4.61(1H,dt,J=8.7,4.8Hz),4.25-4.17(1H,m),3.81(6H,s),3.67(1H,d,J=4.5Hz),3.62-3.25(4H,m),3.38(3H,s),3.16-3.02(1H,m),2.58(1H,septet,J=6.9Hz),1.87-1.40(6H,m),1.26-1.14(6H,m),0.64(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ158.2(1P,s).
实施例35
恶唑磷烷单体7a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-甲基-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物7a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.67(1H,brs),8.01(1H,s),7.56-7.16(24H,m),6.83-6.74(4H,m),6.08(1H,d,J=6.9Hz),4.85-4.76(1H,m),4.84(2H,t,J=6.6Hz),4.65-4.56(1H,m),4.59(2H,brs),4.48(1H,dd,J=6.6,5.1Hz),4.09-4.05(1H,m),3.75(6H,s),3.60-3.42(2H,m),3.40-3.26(2H,m),3.35(3H,s),3.18-3.05(1H,m),3.08(2H,t,J=6.6Hz),1.89-1.49(3H,m),1.48-1.16(3H,m),0.59(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ156.9(1P,s).
实施例36
恶唑磷烷单体7b
以与得到化合物7a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物7b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.74(1H,brs),8.09(1H,s),7.56-6.94(24H,m),6.84-6.71(4H,m),6.09(1H,d,J=4.8Hz),4.83-4.70(2H,m),4.83(2H,t,J=6.6Hz),4.63(2H,brs),4.35(1H,t,J=5.0Hz),4.23-4.16(1H,m),3.75(6H,s),3.58-3.19(4H,m),3.32(3H,s),3.16-3.04(1H,m),3.07(2H,t,J=6.6Hz),1.90-1.55(3H,m),1.48-1.15(3H,m),0.64(3H,s);31PNMR(121.5MHz,CDCl3)δ154.6(1P,s).
实施例37
恶唑磷烷单体8a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-(甲基)尿苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物8a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.91(1H,d,J=7.8Hz),7.58-7.20(19H,m),6.88-6.80(4H,m),5.96(1H,d,J=3.3Hz),5.19(1H,d,J=7.8Hz),4.88-4.78(1H,m),4.66-4.57(1H,m),4.03-3.95(1H,m),3.90-3.74(1H,m),3.78(6H,s),3.77-3.71(1H,m),3.58-3.29(2H,m),3.45(3H,s),3.13-2.82(2H,m),1.88-1.53(3H,m),1.49-1.16(3H,m),0.60(3H,s);31PNMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.3(1P,s).
实施例38
恶唑磷烷单体8b
以与得到化合物8a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物8b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.10(1H,d,J=8.4Hz),7.58-7.20(19H,m),6.87-6.79(4H,m),5.89(1H,d,J=1.5Hz),5.21(1H,d,J=8.4Hz),4.92-4.82(1H,m),4.73-4.63(1H,m),4.15-4.08(1H,m),3.89-3.73(1H,m),3.78(6H,s),3.66-3.62(1H,m),3.57-3.27(2H,m),3.30(3H,s),3.17-2.82(2H,m),1.89-1.55(3H,m),1.55-1.40(1H,m),1.35-1.15(2H,m),0.66(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.5(1P,s).
实施例39
恶唑磷烷单体9a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-脱氧-2'-氟-6-N-(苯甲酰基)腺苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物9a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.64(1H,s),8.14(1H,s),8.06-8.01(2H,m),7.63-7.07(23H,m),6.78-6.70(4H,m),6.12(1H,dd,J=18.0,2.4Hz),5.24-5.01(2H,m),4.94-4.84(1H,m),4.17-4.06(1H,m),3.73(6H,s),3.55-3.40(3H,m),3.30-3.22(1H,m),3.03-2.88(1H,m),1.92-1.19(6H,m),0.62(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ150.5(1P,d,J=7.7Hz).
实施例40
恶唑磷烷单体9b
以与得到化合物9a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物9b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.07(1H,brs),8.80(1H,s),8.24(1H,s),8.08-8.01(2H,m),7.66-7.15(22H,m),6.81-6.75(4H,m),6.14(1H,dd,J=18.0,1.8Hz),5.16-4.91(3H,m),4.28-4.21(1H,m),3.76(6H,s),3.57-3.11(5H,m),1.82-1.16(6H,m),0.65(3H,s);31PNMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.8(1P,d,J=5.6Hz).
实施例41
恶唑磷烷单体10a
以与得到化合物3a类似的方式,使用“5'-O-(DMTr)-2'-脱氧-2'-氟-4-N-(异丁)胞苷代替5'-0-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物10a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.66(1H,brs),8.41(1H,d,J=7.5Hz),7.55-7.20(19H,m),7.01(1H,d,J=7.5Hz),6.89-6.81(4H,m),6.06(1H,d,J=15.9Hz),4.85(1H,dd,J=51.4,3.9Hz),4.84(1H,dd,J=12.9,7.5Hz),4.77-4.59(1H,m),4.15-4.08(1H,m),3.79(6H,s),3.63-3.29(4H,m),3.10-2.96(1H,m),2.65(1H,septet,J=6.9Hz),1.85-1.53(3H,m),1.48-1.17(3H,m),1.21(3H,d,J=4.8Hz),1.19(3H,d,J=4.8Hz),0.59(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.5(1P,d,J=6.6Hz).
实施例42
恶唑磷烷单体10b
以与得到化合物10a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物10b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.53(1H,d,J=7.5Hz),7.57-7.23(20H,m),7.10(1H,d,J=7.5Hz),6.89-6.81(4H,m),6.10(1H,d,J=15.9Hz),5.00-4.92(1H,m),4.84(1H,dd,J=51.5,3.3Hz),4.75-4.58(1H,m),4.24(1H,d,J=9.3Hz),3.81(6H,s),3.65-3.39(3H,m),3.32-3.06(2H,m),2.59(1H,septet,J=6.9Hz),1.88-1.53(4H,m),1.49-1.34(2H,m),1.27-1.18(6H,m),0.65(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ159.0(1P,d,J=4.4).
实施例43
恶唑磷烷单体11a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-脱氧-2'-氟-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物11a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.74(1H,brs),8.03(1H,s),7.55-6.94(24H,m),6.80-6.69(4H,m),6.21(1H,dd,J=14.9,3.6Hz),5.34(1H,dt,J=52.3,3.6Hz),5.01-4.75(2H,m),4.84(1H,t,J=6.6Hz),4.62(2H,brs),4.15-4.07(1H,m),3.73(6H,s),3.59-3.29(4H,m),3.15-3.00(1H,m),3.07(2H,t,J=6.6Hz),1.90-1.49(3H,m),1.47-1.12(3H,m),0.58(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.6(1P,d,J=10.9Hz).
实施例44
恶唑磷烷单体11b
以与得到化合物11a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物11b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.81(1H,brs),8.06(1H,s),7.55-6.95(24H,m),6.77-6.69(4H,m),6.06(1H,d,J=17.1Hz),5.24-5.08(1H,m),5.04-4.80(2H,m),4.87(1H,t,J=6.6Hz),4.62(2H,brs),4.25-4.19(1H,m),3.73(6H,s),3.58-3.02(5H,m),3.10(2H,t,J=6.6Hz),1.90-1.56(3H,m),1.50-1.15(3H,m),0.63(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ158.0(1P,d,J=4.4Hz).
实施例45
恶唑磷烷单体12a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-脱氧-2'-氟尿苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物12a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.85(1H,d,J=8.1Hz),7.58-7.20(19H,m),6.87-6.79(4H,m),5.98(1H,d,J=16.5Hz),5.23(1H,d,J=8.1Hz),4.86-4.61(3H,m),3.99(1H,d,J=6.9Hz),3.76(6H,d,J=3.0Hz),3.56-3.34(4H,m),3.10-2.96(1H,m),1.88-1.74(1H,m),1.72-1.52(2H,m),1.48-1.16(3H,m),0.61(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ154.3(1P,d,J=8.9Hz).
实施例46
恶唑磷烷单体12b
以与得到化合物12a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物12b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.01(1H,d,J=8.4Hz),7.58-7.20(19H,m),6.87-6.79(4H,m),6.03(1H,d,J=16.2Hz),5.29(1H,d,J=8.4Hz),4.96(1H,dd,J=13.1,7.5Hz),4.80-4.54(2H,m),4.15(1H,d,J=9.0Hz),3.78(6H,s),3.61-3.39(3H,m),3.37-3.25(1H,m),3.23-3.09(1H,m),1.91-1.56(3H,m),1.51-1.13(3H,m),0.66(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ158.9(1P,d,J=4.4Hz).
实施例47
恶唑磷烷单体13a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-TOM-6-N-(乙酰基)腺苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰乙基)鸟苷,得到化合物13a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.82(1H,brs),8.49(1H,s),8.10(1H,s),7.58-7.17(19H,m),6.83-6.73(4H,m),6.11(1H,d,J=6.6Hz),5.15(1H,dd,J=6.6,5.4Hz),4.98-4.77(4H,m),4.18-4.11(1H,m),3.76(6H,s),3.59-3.25(4H,m),3.16-3.02(1H,m),2.62(3H,s),1.91-1.53(3H,m),1.49-1.18(3H,m),0.96-0.80(3H,m),0.90(18H,s),0.62(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ156.7(1P,s).
实施例48
恶唑磷烷单体13b
以与得到化合物13a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物13b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.56(1H,brs),8.55(1H,s),8.13(1H,s),7.57-7.17(19H,m),6.82-6.73(4H,m),6.16(1H,d,J=5.7Hz),5.06(1H,t,J=5.6Hz),4.93(1H,d,J=5.1Hz),4.83(1H,d,J=5.1Hz),4.81-4.69(2H,m),4.27-4.19(1H,m),3.76(6H,s),3.55-3.40(2H,m),3.33-3.16(2H,m),3.12-2.97(1H,m),2.63(3H,s),1.88-1.52(3H,m),1.45-1.16(3H,m),0.91-0.79(3H,m),0.86(18H,s),0.64(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ154.8(1P,s)。
实施例49
恶唑磷烷单体14a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-TOM-4-N-(乙酰基)胞苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物14a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ10.04(1H,brs),8.30(1H,d,J=7.5Hz),7.51-7.21(19H,m),6.99(1H,d,J=7.5Hz),6.89-6.81(4H,m),6.12(1H,d,J=3.3Hz),5.07(1H,d,J=4.8Hz),5.05(1H,d,J=4.8Hz),4.84-4.75(1H,m),4.62-4.52(1H,m),4.31-4.25(1H,m),4.08-4.01(1H,m),3.78(6H,d,J=3.0Hz),3.55-3.23(4H,m),3.10-2.96(1H,m),2.24(3H,s),1.84-1.49(3H,m),1.46-0.96(24H,m),0.58(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ156.5(1P,s).
实施例50
恶唑磷烷单体14b
以与得到化合物14a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物14b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ10.19(1H,brs),8.46(1H,d,J=7.5Hz),7.54-7.23(19H,m),7.01(1H,d,J=7.5Hz),6.88-6.79(4H,m),6.19(1H,d,J=1.8Hz),5.11(1H,d,J=4.8Hz),5.07(1H,d,J=4.8Hz),4.81-4.71(1H,m),4.60-4.51(1H,m),4.26-4.18(2H,m),3.79(6H,s),3.63-3.55(1H,m),3.48-3.28(2H,m),3.21-2.94(2H,m),2.26(3H,s),1.81-1.49(3H,m),1.43-0.96(24H,m),0.62(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ156.4(1P,s).
实施例51
恶唑磷烷单体15a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'--O-TOM-2-N-(乙酰基)鸟苷代替5'-0-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物15a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.70(1H,s),7.63-7.13(21H,m),6.84-6.76(4H,m),5.77(1H,d,J=8.4Hz),5.41-5.33(1H,m),4.90(2H,s),4.78-4.68(2H,m),3.86(1H,brs),3.75(3H,s),3.74(3H,s),3.56-3.41(2H,m),3.32-2.90(3H,m),1.92-1.10(9H,m),0.97-0.87(21H,m),0.52(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ158.1(1P,s).
实施例52
恶唑磷烷单体15b
以与得到化合物15a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物15b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.77(1H,s),7.56-7.15(21H,m),6.82-6.75(4H,m),5.86(1H,d,J=7.5Hz),5.26-5.17(1H,m),4.95(1H,d,J=5.4Hz),4.85(1H,d,J=5.4Hz),4.78-4.71(1H,m),4.59-4.49(1H,m),4.10-4.05(1H,m),3.74(6H,s),3.52-3.37(2H,m),3.30-3.18(1H,m),3.11-2.85(2H,m),1.85-1.15(9H,m),0.93-0.84(21H,m),0.62(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ152.3(1P,s).
实施例53
恶唑磷烷单体16a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-TOM-尿苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物16a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.76(1H,d,J=8.1Hz),7.55-7.18(20H,m),6.88-6.80(4H,m),6.11(1H,d,J=6.0Hz),5.32(1H,d,J=8.1Hz),4.99(1H,d,J=5.1Hz),4.93(1H,d,J=5.1Hz),4.84-4.75(1H,m),4.54-4.46(1H,m),4.38(1H,t,J=5.7Hz),3.87-3.83(1H,m),3.78(3H,s),3.77(3H,s),3.56-3.42(1H,m),3.39-3.28(1H,m),3.36(1H,dd,J=11.0,2.7Hz),3.25(1H,dd,J=11.0,2.7Hz),3.16-3.03(1H,m),1.88-1.12(6H,m),1.08-0.97(21H,m),0.59(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ156.6(1P,s).
实施例54
恶唑磷烷单体16b
以与得到化合物16a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物16b。
1H NMR(600MHz,CDCl3)δ7.87(1H,d,J=7.8Hz),7.52-7.48(4H,m),7.38-7.21(16H,m),6.83-6.79(4H,m),6.14(1H,d,J=4.8Hz),5.33(1H,d,J=7.8Hz),4.99(1H,d,J=5.4Hz),4.89(1H,d,J=5.4Hz),4.67(1H,dd,J=13.8,7.2Hz),4.52(1H,dt,J=10.4,4.8Hz),4.31(1H,t,J=4.8Hz),4.06-4.03(1H,m),3.78(3H,s),3.77(3H,s),3.47(1H,dd,J=10.4,2.4Hz),3.47-3.39(1H,m),3.22-3.17(2H,m),3.00(1H,ddd,J=19.5,10.4,4.8Hz),1.82-1.74(1H,m),1.68-1.58(1H,m),1.56(1H,dd,J=14.4,8.4Hz),1.38(1H,dd,J=14.4,7.2Hz),1.31-1.25(1H,m),1.26-1.17(1H,m),1.08-0.98(21H,m),0.63(3H,s);31PNMR(243.0MHz,CDCl3)δ154.3(1P,s).
实施例55
恶唑磷烷单体17a
以与得到化合物3a.类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O,4'-C-亚甲基-6-N-(苯甲酰基)腺苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物17a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.10(1H,brs),8.76(1H,s),8.32(1H,s),8.04(2H,d,J=7.2Hz),7.64-7.18(22H,m),6.84(4H,d,J=8.7Hz),6.10(1H,s),4.76(1H,d J=6.9Hz),4.58(1H,s),4.61-4.51(1H,m),3.91(1H,d,J=7.8Hz),3.77(1H,d,J=7.8Hz),3.75(6H,s),3.50(1H,s),3.47-3.33(1H,m),3.31-3.19(1H,m),3.03-2.88(1H,m),1.84-1.09(6H,m),0.51(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ152.9(1P,s).
实施例56
恶唑磷烷单体17b
以与得到化合物17a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物17b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.81(1H,s),8.30(1H,s),8.07-8.00(2H,m),7.64-7.17(22H,m),6.86-6.79(4H,m),6.12(1H,s),4.81-4.72(1H,m),4.62(1H,d J=7.2Hz),4.57(1H,s),3.94(1H,d,J=7.8Hz),3.89(1H,d,J=7.8Hz),3.77(6H,s),3.48(2H,s),3.46-3.32(1H,m),3.24-3.13(1H,m),3.10-2.97(1H,m),1.84-1.49(3H,m),1.42-1.09(3H,m),0.58(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.3(1P,s).
实施例57
恶唑磷烷单体18a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O,4'-C-亚甲基-4-N-(异丁基)-5-甲基胞苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物18a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.88(1H,brs),7.58-7.18(20H,m),6.88-6.80(4H,m),5.65(1H,s),4.69-4.60(1H,m),4.52(1H,d,J=6.6Hz),4.49(1H,s),3.81-3.74(1H,m),3.75(3H,s),3.73(3H,s),3.64(1H,d,J=8.1Hz),3.56(1H,d,J=11.1Hz),3.53(1H,d,J=8.1Hz),3.46(1H,d,J=11.1Hz),3.56-3.40(1H,m),3.32-3.20(1H,m),3.14-3.00(1H,m),1.85-1.12(6H,m),1.60(3H,s),1.19(6H,d,J=6.9Hz),0.55(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.9(1P,s).
实施例58
恶唑磷烷单体18b
以与得到化合物18a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物18b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.86(1H,brs),7.56-7.19(20H,m),6.88-6.79(4H,m),5.69(1H,s),4.86-4.76(1H,m),4.46(1H,s),4.45(1H,d,J=7.5Hz),3.80-3.75(1H,m),3.79(6H,s),3.74(1H,d,J=8.1Hz),3.69(1H,d,J=8.1Hz),3.51(1H,d,J=11.1Hz),3.44-3.30(1H,m),3.39(1H,d,J=11.1Hz),3.29-3.17(1H,m),3.11-2.97(1H,m),1.86-1.52(3H,m),1.64(3H,s),1.45-1.10(3H,m),1.21(6H,d,J=6.6Hz),0.62(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ158.2(1P,s).
实施例59
恶唑磷烷单体19a
以与得到化合物3a.类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O,4'-C-亚甲基-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物19a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.71(1H,brs),8.16(1H,s),7.50-7.17(21H,m),7.09-7.01(3H,m),6.86-6.79(4H,m),6.03(1H,s),4.84(2H,t,J=6.6Hz),4.72(2H,s),4.68(1H,d,J=7.2Hz),4.55-4.46(1H,m),4.50(1H,s),3.90(1H,d,J=7.8Hz),3.77(1H,d,J=7.8Hz),3.75(6H,s),3.51(1H,d,J=10.8Hz),3.47(1H,d,J=10.8Hz),3.45-3.21(2H,m),3.08(2H,t,J=6.6Hz),3.03-2.89(1H,m),1.80-1.08(6H,m),0.47(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ153.2(1P,s).
实施例60
恶唑磷烷单体19b
以与得到化合物19a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物19b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.86(1H,brs),8.13(1H,s),7.55-7.17(21H,m),7.08-6.98(3H,m),6.95-6.78(4H,m),6.01(1H,s),4.86(2H,t,J=6.6Hz),4.82-4.73(1H,m),4.70(2H,s),4.64(1H,d,J=7.5Hz),4.49(1H,s),3.94(1H,d,J=7.8Hz),3.89(1H,d,J=7.8Hz),3.77(6H,s),3.46(2H,s),3.45-3.30(1H,m),3.24-3.12(1H,m),3.09(2H,t,J=6.6Hz),3.09-2.96(1H,m),1.81-1.50(3H,m),1.41-1.06(3H,m),0.58(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.4(1P,s).
实施例61
恶唑磷烷单体20a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O,4'-C-亚甲基-5-甲基尿苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰乙基)鸟苷,得到化合物20a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.71(1H,d,J=0.9Hz),7.50-7.17(20H,m),6.87-6.80(4H,m),5.61(1H,s),4.69-4.60(1H,m),4.55(1H,d,J=6.9Hz),4.41(1H,s),3.74(3H,s),3.73(3H,s),3.64(1H,d,J=7.8Hz),3.55(1H,d,J=7.8Hz),3.53(1H,d,J=10.8Hz),3.46(1H,d,J=10.8Hz),3.56-3.42(1H,m),3.35-3.24(1H,m),3.13-3.00(1H,m),1.85-1.45(3H,m),1.55(3H,d,J=0.9Hz),1.41-1.12(3H,m),0.56(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.1(1P,s).
实施例62
恶唑磷烷单体20b
以与得到化合物20a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物20b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.69(1H,s),7.56-7.19(20H,m),6.88-6.79(4H,m),5.66(1H,s),4.87-4.77(1H,m),4.47(1H,d,J=7.8Hz),4.40(1H,s),3.78(6H,s),3.74(1H,d,J=7.8Hz),3.68(1H,d,J=7.8Hz),3.50(1H,d,J=10.8Hz),3.46-3.32(1H,m),3.39(1H,d,J=10.8Hz),3.30-3.19(1H,m),3.12-2.98(1H,m),1.85-1.56(3H,m),1.59(3H,s),1.46-1.12(3H,m),0.63(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)d 158.1(1P,s).
实施例63
恶唑磷烷单体21a
以与得到化合物3a类似的方式,使用5'-O-(DMTr)-2'-O-甲氧基乙基-5-甲基尿苷代替5'-O-(DMTr)-2-N-(苯氧基乙酰基)-6-O-(氰基乙基)鸟苷,得到化合物21a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.62-7.18(21H,m),6.84(4H,d,J=8.7Hz),6.07(1H,d,J=5.7Hz),4.86-4.76(1H,m),4.63-4.54(1H,m),4.20(1H,t,J=5.4Hz),3.95-3.89(1H,m),3.78(6H,s),3.78-3.71(2H,m),3.60-3.48(2H,m),3.44-3.02(5H,m),3.31(3H,s),1.88-1.15(6H,m),1.35(3H,s),0.58(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)d 156.3(1P,s).
实施例64
恶唑磷烷单体21b
以与得到化合物21a类似的方式,使用III-b代替III-a,得到化合物21b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.71(1H,d,J=1.2Hz),7.55-7.22(20H,m),6.86-6.78(4H,m),5.99(1H,d,J=3.9Hz),4.78-4.62(2H,m),4.13-4.08(1H,m),4.07-4.02(1H,m),3.77(6H,s),3.77-3.70(1H,m),3.65-3.56(1H,m),3.52-3.36(4H,m),3.33-3.14(2H,m),3.29(3H,s),3.08-2.94(1H,m),1.86-1.72(1H,m),1.71-1.55(2H,m),1.30(3H,d,J=1.2Hz),1.47-1.16(3H,m)0.64(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ155.6(1P,s).
实施例65
恶唑磷烷单体22a
以与得到化合物4a类似的方式,使用VII-a代替III-a,得到化合物22a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.57(1H,d,J=0.9Hz),7.37-6.94(20H,m),6.87-6.78(4H,m),6.48(1H,dd,J=8.6,5.7Hz),5.42(1H,dd,J=11.0,5.1Hz),4.81-4.71(1H,m),4.02(1H,d,J=11.0Hz),3.83(1H,d,J=2.1Hz),3.79(6H,s),3.61-3.41(2H,m),3.24-3.09(1H,m),3.16(1H,dd,J=10.8,2.4Hz),3.02(1H,dd,J=10.8,2.4Hz),2.54-2.44(1H,m),2.34-2.22(1H,m),1.94-1.79(1H,m),1.74-1.56(1H,m),1.38(3H,s),1.38-1.28(2H,m);31PNMR(121.5MHz,CDCl3)δ160.9(1P,s).
实施例66
恶唑磷烷单体22b
以与得到化合物22a类似的方式,使用VII-b代替VII-a,得到化合物22b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ7.57(1H,d,J=1.5Hz),7.43-7.11(20H,m),6.85-6.78(4H,m),6.48(1H,dd,J=7.5,5.7Hz),5.58(1H,dd,J=11.4,5.1Hz),4.82-4.73(1H,m),4.17-4.02(2H,m),3.78(6H,s),3.56-3.40(3H,m),3.32(1H,dd,J=10.7,2.4Hz),3.22-3.07(1H,m),2.26-2.04(2H,m),1.95-1.81(1H,m),1.74-1.56(1H,m),1.40(3H,d,J=1.5Hz),1.44-1.34(2H,m);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ162.2(1P,s).
实施例67
恶唑磷烷单体23a
以与得到化合物4a类似的方式,使用IX-a代替III-a,得到化合物23a。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ9.22(1H,brs),8.05-7.99(2H,m),7.52(1H,d,J=1.2Hz),7.41-7.19(11H,m),6.87-6.79(4H,m),6.37(1H,dd,J=8.4,5.7Hz),4.88-4.75(2H,m),3.86-3.80(1H,m),3.79(6H,s),3.64-3.49(2H,m),3.27-3.12(3H,m),2.97(2H,d,J=6.6Hz),2.51-2.41(1H,m),2.33-2.20(1H,m),2.03-1.75(2H,m),1.72-1.59(1H,m),1.46-1.36(1H,m),1.40(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ157.5(1P,s).
实施例68
恶唑磷烷单体23b
以与得到化合物23a类似的方式,使用IX-b代替IX-a,得到化合物23b。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.67(1H,brs),8.18-8.11(2H,m),7.57(1H,d,J=1.2Hz),7.47-7.22(11H,m),6.86-6.79(4H,m),6.29(1H,t,J=6.6Hz),4.87(1H,dt,J=7.5,5.7Hz),4.80-4.72(1H,m),4.11-4.05(1H,m),3.79(6H,s),3.67-3.47(2H,m),3.43(1H,dd,J=10.8,2.7Hz),3.27(1H,dd,J=10.8,2.4Hz),3.25-3.13(1H,m),3.07-2.99(2H,m),2.19-2.12(2H,m),2.03-1.62(3H,m),1.46-1.30(1H,m),1.41(3H,s);31P NMR(121.5MHz,CDCl3)δ158.1(1P,s).
实施例69
恶唑磷烷单体24a
以与得到化合物4a类似的方式,使用XIII-a代替III-a,得到化合物24a。
1H NMR(600MHz,CDCl3)δ7.76(2H,d,J=9.0Hz),7.62(1H,d,J=1.2Hz),7.40(2H,d,J=7.2Hz),7.32-7.23(10H,m),6.85(4H,d,J=8.4Hz),6.41(1H,dd,J=8.4,5.4Hz),4.94(1H,dd,J=12.3,5.4Hz),4.84-4.79(1H,m),4.03-4.01(1H,m),3.79(6H,s),3.59-3.53(1H,m),3.52-3.44(2H,m),3.41(1H,dd,J=14.7,7.2Hz),3.37-3.30(2H,m),3.13(1H,ddd,J=19.3,10.3,4.1Hz),2.50-2.44(1H,m),2.39(3H,s),2.35-2.29(1H,m),1.91-1.72(2H,m),1.64-1.59(1H,m),1.40(3H,s),1.12-1.05(1H,m);31P NMR(243.0MHz,CDCl3)δ154.2(1P,s).
合成手性寡核苷酸的一般步骤:
根据表1中所示循环进行手性寡核苷酸的自动化固相合成。合成后,树脂经过25%NH3水溶液(1mL)在55℃下处理12个小时。将混合物冷却至室温,用膜过滤的方法除去树脂。滤液通过减压浓缩至干燥。将残留物溶解于H2O(3mL),用RP-UPLC-MS进行分析,采用0.1M三乙基乙酸铵缓冲液(pH=7.0)中的乙腈进行线性梯度洗脱(0-50%/30分钟),柱温为50℃,流速为0.3mL/min。
表1
比较实施例1
使用上述代表常规的单体的化合物25,生产寡聚核苷酸。图2示出通过比较实施例1得到的产物的图表。
分析
实施例中的单体是化学稳定的。单体的分离率均超过80%,高于常规方法的分离率。
我们使用基于第二个一般步骤的上述实施例中的手性试剂以及基于第一个一般步骤的上述实施例中的单体合成寡核苷酸衍生物。如图2所示,常规的单体会造成不完全的脱保护产物、副产物和失败的序列。而另一方面,如图1所示,即使造成了失败的序列,本发明的方法几乎不造成不完全的脱保护产物和副产物。可以看出,本发明的方法能够减少不完全的脱保护产物和副产物。因为本发明可以减少非期望的产物,所以易于分离目标寡核苷酸衍生物。
Claims (216)
1.一种手性试剂或其盐,其中,所述手性试剂有如下化学式(I'):
其中,所述G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为(III)的基团,
其中,所述G31~G33独立地为C1-4烷基、C1-4烷氧基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
2.根据权利要求1所述的手性试剂或其盐,其中G1是氢原子。
3.根据权利要求1-2任一项所述的手性试剂或其盐,其中,所述G2为式(III)的基团,其中,所述G31~G33独立地为C1-4烷基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
4.根据权利要求1-2任一项所述的手性试剂或其盐,其中,G2为式(III)的基团,其中,所述G31~G33独立地为C1-4烷基、C6芳基、C7-10芳烷基、C1-4烷基C6芳基、C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
5.根据权利要求1-2任一项所述的手性试剂或其盐,其中,G2为式(III)的基团,其中,所述G31~G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
6.根据权利要求1-2任一项所述的手性试剂或其盐,其中,所述G2为式(III)的基团,其中,所述G31~G33独立地为C1-4烷基。
7.根据权利要求1-2任一项所述的手性试剂或其盐,其中,所述G2为式(III)的基团,其中,所述G31和G33独立地为C6芳基,所述G32为C1-4烷基。
8.根据权利要求7所述的手性试剂或其盐,其中,G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
9.根据权利要求1所述的手性试剂或其盐,其中,所述手性试剂为(S)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇。
10.根据权利要求1所述的手性试剂或其盐,其中,所述手性试剂为(R)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((R)-1-吡咯烷-2-基)乙醇。
11.根据权利要求1所述的手性试剂或其盐,其中,所述手性试剂为(S)-2-(三甲基硅烷)-1-((S)-1-吡咯烷-2-基)乙醇。
12.一种核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(Va')或(Vb')表示,
其中所述G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中所述G31~G33独立地为C1-4烷基、C1-4烷氧基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基,
所述G5是羟基的保护基团,
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、C1-10烷基、C1-10烷基-Y1-、或C6-14芳基-Y1-,
Y1是O,
Rd为氢,
所述R3是-CH2-、-(CH2)2-、-CH2NH-或-CH2N(CH3)-表示的基团,以及
所述Bs是从由下式(Ⅵ)~(Ⅺ)表示的基团或它们的衍生物中选出的基团:
13.根据权利要求12所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(Va')表示:
14.根据权利要求13所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G1是氢原子。
15.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
16.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基、C6芳基、C7-10芳烷基、C1-4烷基C6芳基、C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
17.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
18.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
19.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31和G33为C6芳基且G28为C1-4烷基。
20.权利要求19的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
21.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R2是氢。
22.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R2为卤素。
23.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R2为C6-14芳基-Y1-。
24.根据权利要求14所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R2为C1-10烷基-Y1-。
25.根据权利要求12-24中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G5是三苯甲基、4-单甲氧基三苯甲基、4,4'-二甲氧基三苯甲基、4,4',4”-三甲氧基三苯甲基、9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
26.根据权利要求25所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
27.根据权利要求12-24和26中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中Bs是腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤或其衍生物。
28.根据权利要求27所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中Bs选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基、C6-C10芳基、C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
29.根据权利要求28所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R8是甲基、异丙基、苯基、苄基和苯氧基甲基。
30.根据权利要求28或29所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R9和R10是C1-4烷基。
31.根据权利要求12所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(Vb')表示:
32.根据权利要求31所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G1是氢原子。
33.根据权利要求32所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
34.根据权利要求32所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基、C6芳基、C7-10芳烷基、C1-4烷基C6芳基、C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
35.根据权利要求32所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
36.根据权利要求32所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
37.根据权利要求32所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2为式(III)的基团,其中G31和G33为C6芳基且G32为C1-4烷基。
38.根据权利要求37的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
39.根据权利要求31-38中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R3是-CH2-。
40.根据权利要求31-38中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R3是-(CH2)2-。
41.根据权利要求31-38中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R3是-CH2NH-。
42.根据权利要求31-38中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R3是-CH2N(CH3)-。
43.根据权利要求31-38中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G5是三苯甲基、4-单甲氧基三苯甲基、4,4'-二甲氧基三苯甲基、4,4',4”-三甲氧基三苯甲基、9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
44.根据权利要求43所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
45.根据权利要求31-38和44中任一项所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中Bs是腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤或其衍生物。
46.根据权利要求45所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中Bs选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基、C6-C10芳基、C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
47.根据权利要求46所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R8是甲基、异丙基、苯基、苄基和苯氧基甲基。
48.根据权利要求46或47所述的核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其中R9和R10是C1-4烷基。
49.一种核苷3'-亚磷酰胺衍生物,其为选自以下的化合物:
其中DMTr表示4,4'-二甲氧基三苯甲基。
50.一种用于合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的方法,其包括提供手性试剂或其盐,所述手性试剂具有以下化学式(I’):
其中G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中G31至G33独立地为C1-4烷基、C1-4烷氧基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基、或C6-14芳基C1-4烷基。
51.一种用于合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的方法,其中所述方法包括以下步骤:
包含非手性H-膦酸酯部分的分子与手性试剂或其盐反应,生成核苷3'-亚磷酰胺衍生物的单体;
单体与核苷反应,生成缩合中间体;以及
将缩合中间体转化为包含手性的X-膦酸酯部分的核酸,
其中,所述G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中,所述G31~G33独立地为C1-4烷基、C1-4烷氧基、C6-14芳基、C7-14芳烷基、C1-4烷基C6-14芳基、C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
52.根据权利要求50-51中任一项所述的方法,其中G1是氢原子。
53.根据权利要求52所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
54.根据权利要求52所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
55.根据权利要求52所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
56.根据权利要求52所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
57.根据权利要求52所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是C6芳基并且G32是C1-4烷基。
58.根据权利要求57所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中所述C1-4烷基是甲基。
59.根据权利要求50或51所述的方法,其中所述手性试剂为(S)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((S)-吡咯烷-2-基)乙醇。
60.根据权利要求50或51所述的方法,其中所述手性试剂为(R)-2-(甲基二苯基硅烷)-1-((R)-1-吡咯烷-2-基)乙醇。
61.根据权利要求50或51所述的方法,其中所述手性试剂为(S)-2-(三甲基硅烷)-1-((S)-1-吡咯烷-2-基)乙醇。
62.一种用于合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的方法,其中所述方法包括以下步骤:
由式(Va')或(Vb')表示的核苷3'-亚磷酰胺衍生物与活化剂和核苷反应,生成缩合中间体;以及将缩合中间体转化为包含手性的X-膦酸酯部分的核酸,
其中G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C1-4烷氧基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基,或C6-14芳基C1-4烷基,
G5是羟基的保护基团,
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、C1-10烷基、C1-10烷基-Y1-、或C6-14芳基-Y1-,
Y1是O,
Rd为氢原子,
R3是由-CH2-,-(CH2)2-,-CH2NH-或-CH2N(CH3)-表示的基团,以及
Bs为选自由下式(VI)至(XI)表示的基团或其衍生物的基团:
63.根据权利要求62所述的方法,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(Va')表示:
64.根据权利要求63所述的用于合成的方法,其中G1是氢原子。
65.根据权利要求64所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
66.根据权利要求64所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
67.根据权利要求64所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
68.根据权利要求64所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
69.根据权利要求64所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31和G33为C6芳基且G32为C1-4烷基。
70.根据权利要求69所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
71.根据权利要求64所述的方法,其中R2是氢。
72.根据权利要求64所述的方法,其中R2是卤素。
73.根据权利要求64所述的方法,其中R2为C6-14芳基-Y1-。
74.根据权利要求64所述的方法,其中R2是C1-10烷基-Y1-。
75.根据权利要求62-74中任一项所述的方法,其中G5是三苯甲基,4-单甲氧基三苯甲基,4,4'-二甲氧基三苯甲基,4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
76.根据权利要求75所述的方法,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
77.根据权利要求62-74和76中任一项所述的方法,其中Bs是腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶,鸟嘌呤,或其衍生物。
78.根据权利要求77所述的方法,其中Bs选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基,C6-C10芳基,C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
79.根据权利要求78的方法,其中R8是甲基,异丙基,苯基,苄基和苯氧基甲基。
80.根据权利要求78或79的方法,其中R9和R10是C1-4烷基。
81.根据权利要求62所述的方法,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(Vb')表示:
82.根据权利要求81所述的方法,其中G1是氢原子。
83.根据权利要求82所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
84.根据权利要求82所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
85.根据权利要求82所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
86.根据权利要求82所述的方法,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
87.根据权利要求82所述的方法,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是C6芳基,G32是C1-4烷基。
88.根据权利要求87的方法,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
89.根据权利要求81-88中任一项所述的方法,其中R3是-CH2-。
90.根据权利要求81-88中任一项所述的方法,其中R3是-(CH2)2-。
91.根据权利要求81-88中任一项所述的方法,其中R3是-CH2NH-。
92.根据权利要求81-88中任一项所述的方法,其中R3是-CH2N(CH3)-。
93.根据权利要求81-88中任一项所述的方法,其中G5是三苯甲基,4-单甲氧基三苯甲基,4,4'-二甲氧基三苯甲基,4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
94.根据权利要求93所述的方法,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
95.根据权利要求81-88和94中任一项所述的方法,其中Bs是腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶,鸟嘌呤,或其衍生物。
96.根据权利要求95所述的方法,其中Bs选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基,C6-C10芳基,C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
97.根据权利要求96的方法,其中R8是甲基,异丙基,苯基,苄基和苯氧基甲基。
98.根据权利要求96或97的方法,其中R9和R10是C1-4烷基。
99.一种用于合成立体控制的磷原子修饰的寡核苷酸衍生物的方法,其中所述方法包括以下步骤:
使核苷3'-亚磷酰胺衍生物与活化剂和核苷反应,生成缩合中间体;以及将缩合中间体转化为包含手性的X-膦酸酯部分的核酸,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物为选自以下的化合物:
其中DMTr表示4,4'-二甲氧基三苯甲基。
100.通过核苷3'-亚磷酰胺衍生物与活化剂和核苷反应形成的化合物,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物具有式(Va')或(Vb')的结构:
其中G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C1-4烷氧基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基,或C6-14芳基C1-4烷基,
G5是羟基的保护基团,
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、C1-10烷基、C1-10烷基-Y1-、或C6-14芳基-Y1-,
Y1是O,
Rd为氢原子,
R3是由-CH2-,-(CH2)2-,-CH2NH-或-CH2N(CH3)-表示的基团,和
Bs为选自由下式(VI)至(XI)表示的基团或其衍生物的基团:
101.根据权利要求100所述的化合物,其中核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(Va')表示:
102.根据权利要求101所述的化合物,其中G1是氢原子。
103.根据权利要求102所述的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
104.根据权利要求102所述的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
105.根据权利要求102所述的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
106.根据权利要求102所述的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
107.根据权利要求102所述的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是C6芳基,G32是C1-4烷基。
108.根据权利要求107的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
109.根据权利要求108的化合物,其中G31和G33是苯基。
110.根据权利要求102所述的化合物,其中R2是氢。
111.根据权利要求102所述的化合物,其中R2是卤素。
112.根据权利要求102所述的化合物,其中R2是C6-14芳基-Y1-。
113.根据权利要求102所述的化合物,其中R2是C1-10烷基-Y1-。
114.根据权利要求100-113中任一项所述的化合物,其中G5是三苯甲基,4-单甲氧基三苯甲基,4,4'-二甲氧基三苯甲基,4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
115.根据权利要求114所述的化合物,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
116.根据权利要求100-113和115中任一项所述的化合物,其中Bs是腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶,鸟嘌呤,或其衍生物。
117.根据权利要求116所述的化合物,其中Bs选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基,C6-C10芳基,C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
118.根据权利要求117的化合物,其中R8是甲基,异丙基,苯基,苄基和苯氧基甲基。
119.根据权利要求117或118所述的化合物,其中R9和R10是C1-4烷基。
120.根据权利要求100所述的化合物,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物由式(Vb')表示:
121.根据权利要求120所述的化合物,其中G1为氢原子。
122.根据权利要求121所述的化合物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
123.根据权利要求121所述的化合物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
124.根据权利要求121所述的化合物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
125.根据权利要求121所述的化合物,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
126.根据权利要求121所述的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是C6芳基并且G32是C1-4烷基。
127.根据权利要求126的化合物,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
128.根据权利要求127的化合物,其中G31和G33是苯基。
129.根据权利要求120-128中任一项所述的化合物,其中R3是-CH2-。
130.根据权利要求120-128中任一项所述的化合物,其中R3是-(CH2)2-。
131.根据权利要求120-128中任一项所述的化合物,其中R3是-CH2NH-。
132.根据权利要求120-128中任一项所述的化合物,其中R3是-CH2N(CH3)-。
133.根据权利要求120-128中任一项所述的化合物,其中G5是三苯甲基,4-单甲氧基三苯甲基,4,4'-二甲氧基三苯甲基,4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
134.根据权利要求133所述的化合物,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
135.根据权利要求120-128中任一项所述的化合物,其中Bs是腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶,鸟嘌呤,或其衍生物。
136.根据权利要求135所述的化合物,其中Bs选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基,C6-C10芳基,C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
137.根据权利要求136的化合物,其中R8是甲基,异丙基,苯基,苄基和苯氧基甲基。
138.根据权利要求136或137的化合物,其中R9和R10是C1-4烷基。
139.根据权利要求135所述的化合物,其中所述核苷3'-亚磷酰胺衍生物与活化剂和位于固体支持物上的核苷反应。
140.一种在固体支持物上的具有以下结构的寡核苷酸:
其中:
其中G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C1-4烷氧基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基,或C6-14芳基C1-4烷基,
G3和G4与他们的间隔原子一起形成吡咯烷基环,
G5是羟基的保护基团,
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、C1-10烷基、C1-10烷基-Y1-、或C6-14芳基-Y1-,
Y1是O,
Rd为氢原子,
每个Bs独立地为选自由下式(VI)至(XI)表示的基团或其衍生物的基团:
141.根据权利要求140所述的寡核苷酸,其中G1是氢原子。
142.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
143.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
144.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
145.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
146.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是C6芳基并且G32是C1-4烷基。
147.根据权利要求146所述的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中所述C1-4烷基是甲基。
148.根据权利要求147的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是苯基。
149.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中R2是氢。
150.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中R2是卤素。
151.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中R2是C6-14芳基-Y1-。
152.根据权利要求141所述的寡核苷酸,其中R2是C1-10烷基-Y1-。
153.根据权利要求140-152中任一项所述的寡核苷酸,其中G5是三苯甲基,4-单甲氧基三苯甲基,4,4'-二甲氧基三苯甲基,4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
154.根据权利要求153所述的寡核苷酸,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
155.根据权利要求140-152和154中任一项所述的寡核苷酸,其中Bs独立地为腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶,鸟嘌呤,或其衍生物。
156.根据权利要求155所述的寡核苷酸,其中每个Bs独立地选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基,C6-C10芳基,C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
157.根据权利要求156的寡核苷酸,其中R8是甲基,异丙基,苯基,苄基和苯氧基甲基。
158.根据权利要求156或157所述的寡核苷酸,其中R9和R10是C1-4烷基。
159.一种在固体支持物上的具有以下结构的寡核苷酸:
其中:
其中G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C1-4烷氧基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基,或C6-14芳基C1-4烷基,
G3和G4与他们的间隔原子一起形成吡咯烷基环,
G5是羟基的保护基团,
X是O或S,
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、C1-10烷基、C1-10烷基-Y1-、或C6-14芳基-Y1-,
Y1是O,
Rd为氢原子,
每个Bs独立地为选自由下式(VI)至(XI)表示的基团或其衍生物的基团:
160.根据权利要求159的寡核苷酸,其中X是S。
161.根据权利要求159的寡核苷酸,其中X是O。
162.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中G1是氢原子。
163.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
164.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
165.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
166.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
167.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是C6芳基,G32是C1-4烷基。
168.根据权利要求167的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
169.根据权利要求168的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是苯基。
170.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中R2是氢。
171.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中R2是卤素。
172.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中R2是C6-14芳基-Y1-。
173.根据权利要求160所述的寡核苷酸,其中R2是C1-10烷基-Y1-。
174.根据权利要求159-173中任一项所述的寡核苷酸,其中G5是三苯甲基,4-单甲氧基三苯甲基,4,4'-二甲氧基三苯甲基,4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
175.根据权利要求174所述的寡核苷酸,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
176.根据权利要求159-173和175中任一项所述的寡核苷酸,其中Bs独立地为腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶,鸟嘌呤,或其衍生物。
177.根据权利要求176所述的寡核苷酸,其中每个Bs独立地选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基,C6-C10芳基,C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
178.根据权利要求177的寡核苷酸,其中R8是甲基,异丙基,苯基,苄基和苯氧基甲基。
179.根据权利要求177或178的寡核苷酸,其中R9和R10是C1-4烷基。
180.一种在固体支持物上的具有以下结构的寡核苷酸:
其中:
其中G1和G2独立地为氢原子或者式(III)的基团,前提是G1和G2中的至少一者为式(III)的基团,
其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C1-4烷氧基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基,或C6-14芳基C1-4烷基,
G3和G4与他们的间隔原子一起形成吡咯烷基环,
G5是羟基的保护基团,
X是O或S,
n是1-150,
R2为氢、-OH、-SH、-NRdRd、-N3、卤素、C1-10烷基、C1-10烷基-Y1-、或C6-14芳基-Y1-,
Y1是O,
Rd为氢原子,
每个Bs独立地为选自由下式(VI)至(XI)表示的基团或其衍生物的基团:
181.根据权利要求180所述的寡核苷酸,其中X是S。
182.根据权利要求180所述的寡核苷酸,其中X是O。
183.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中n是2-100。
184.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中n是10-100。
185.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中n是10-50。
186.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中n是15-30。
187.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中G1是氢原子。
188.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6-14芳基,C7-14芳烷基,C1-4烷基C6-14芳基,C1-4烷氧基C6-14芳基或C6-14芳基C1-4烷基。
189.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基,C6芳基,C7-10芳烷基,C1-4烷基C6芳基,C1-4烷氧基C6芳基或C6芳基C1-4烷基。
190.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基或C6芳基。
191.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中G2为式(III)的基团,其中G31至G33独立地为C1-4烷基。
192.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是C6芳基并且G32是C1-4烷基。
193.根据权利要求192的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中C1-4烷基是甲基。
194.根据权利要求193的寡核苷酸,其中G2是式(III)的基团,其中G31和G33是苯基。
195.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中R2是氢。
196.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中R2是卤素。
197.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中R2为C6-14芳基-Y1-。
198.根据权利要求181所述的寡核苷酸,其中R2是C1-10烷基-Y1-。
199.根据权利要求180-198中任一项所述的寡核苷酸,其中G5是三苯甲基,4-单甲氧基三苯甲基,4,4'-二甲氧基三苯甲基,4,4',4”-三甲氧基三苯甲基,9-苯基黄嘌呤-9-基或9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基。
200.根据权利要求199所述的寡核苷酸,其中G5是4,4'-二甲氧基三苯甲基。
201.根据权利要求180-198和200中任一项所述的寡核苷酸,其中Bs独立地为腺嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶,鸟嘌呤,或其衍生物。
202.根据权利要求201所述的寡核苷酸,其中每个Bs独立地选自:
其中R8至R10中的每一个独立地为C1-10烷基,C6-C10芳基,C6-C10芳烷基或C6-C10芳氧基烷基。
203.根据权利要求202的寡核苷酸,其中R8是甲基,异丙基,苯基,苄基和苯氧基甲基。
204.根据权利要求202或203所述的寡核苷酸,其中R9和R10是C1-4烷基。
205.根据权利要求50-51和53-58中任一项所述的方法,其中产物是权利要求140-152、154、156和157中任一项所述的寡核苷酸。
206.根据权利要求50-51和53-58中任一项所述的方法,其中产物是权利要求159-173、175、177和178中任一项所述的寡核苷酸。
207.根据权利要求50-51和53-58中任一项所述的方法,其中产物是权利要求180-198、200、202和203中任一项所述的寡核苷酸。
208.根据权利要求62-74、76、78和79中任一项所述的方法,其中产物是权利要求140-152、154、156和157中任一项所述的寡核苷酸。
209.根据权利要求62-74、76、78和79中任一项所述的方法,其中产物是权利要求159-173、175、177和178中任一项所述的寡核苷酸。
210.根据权利要求62-74、76、78和79中任一项所述的方法,其中产物是权利要求180-198、200、202和203中任一项所述的寡核苷酸。
211.根据权利要求140-152、154、156和157中任一项所述的寡核苷酸,其通过权利要求50-51和53-58中任一项所述的方法制备。
212.权利要求159-173、175、177和178中任一项所述的寡核苷酸,其通过权利要求50-51和53-58中任一项所述的方法制备。
213.根据权利要求180-198、200、202和203中任一项所述的寡核苷酸,其通过权利要求50-51和53-58中任一项所述的方法制备。
214.根据权利要求140-152、154、156和157中任一项所述的寡核苷酸,其通过权利要求62-74、76、78和79中任一项所述的方法制备。
215.根据权利要求159-173、175、177和178中任一项所述的寡核苷酸,其通过权利要求62-74、76、78和79中任一项所述的方法制备。
216.根据权利要求180-198、200、202和203中任一项所述的寡核苷酸,其通过权利要求62-74、76、78和79中任一项所述的方法制备。
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