HK1111721B

HK1111721B - Sparc promoter mutations associated with drug resistance, and methods associated therewith

Info

Publication number: HK1111721B
Application number: HK08102424.4A
Authority: HK
Inventors: Isabella T. Tai
Original assignee: 不列颠哥伦比亚大学
Priority date: 2004-11-30
Filing date: 2005-11-30
Publication date: 2012-08-10

Claims

Procédé de prédiction de la sensibilité d'un sujet à un régime thérapeutique, le sujet ayant un cancer, ou étant soupçonné d'en avoir un, le procédé comprenant la détermination de la présence ou de l'absence d'une ou plusieurs mutations du promoteur de la protéine sécrétée, acide et riche en cystéine (SPARC) dans le cancer du sujet, dans lequel ladite présence ou absence d'une ou plusieurs mutations du promoteur de SPARC indique la sensibilité du cancer du suj et au régime thérapeutique, dans lequel une ou plusieurs mutations du promoteur de SPARC sont sélectionnées parmi les mutations suivantes relatives à SEQ N : 1 :
(a) 295delG et 301A>CC ;

(b) 315insA est 316G>A ;

(c) 341C>T, 342T>C, 344A>C, 347C>A, 354G>A, 356G>A, 359T>G et 363G>A ;

(d) 395C>T et 396A>T ;

(e) 488T>C;

(f) 533A>G;

(g) 734G>A;

(h) 734delG;

(i) 769T>A, 771G>C et 774G>C ;

(j) 784T>C, 786T>G et 788T>A ;

(k) 793T>G, 796T>A et 800T>C ;

(l) 820C>A et 824T>A ;

(m) 864T>A et 867T>A ;

(n) 895T>G, 899T>A, 901G>A est 904G>A ;

(o) 901G>A;

(p) 901 G>A, 904G>A, 929A>G et 934delC ;

(q) 922T>G, 928T>G et 935T>G ;

(r) 982T>C, 984T>G, 985G>A, 991G>A, 995G>A, 999C>T et 1000T>G ;

(s) 1063G>C ;

(t) 1079G>A ;

(u) 1085delC, 1086delA, 1087delG, 1089G>A, 1090T>C, 1091T>C et 1092G>T,

(v) 1161C>A, 1162T>C, 1163delA et 1164delT ; et

(w) 1215C>T, 1216delG, 1217delG, 1218delG, 1219delG, 1220delT, 1221delG, 1222delG, 1223delA, 1224delG, 1225delG, 1226delG, 1227delG, 1228delA, 1229delG, 1230delA, 1231delT, 1232delA, 1233delG, 1234delA, 1235delC, 1236delC et 1237C>T, et dans lequel le régime thérapeutique comprend l'administration d'un ou plusieurs agents chimiothérapeutiques.
Procédé selon la revendication 1, dans lequel la mutation du promoteur se traduit par des taux intracellulaires et/ou extracellulaires altérés d'un polypeptide codé par la séquence promotrice de SPARC.
Procédé selon la revendication 1 ou 2, dans lequel le régime thérapeutique comprend en outre une radiothérapie.
Procédé selon la revendication 1, dans lequel l'agent chimiothérapeutique est sélectionné parmi le 5-fluorouracile, l'irinotécan, le cisplatine, la doxorubicine ou des combinaisons de ceux-ci.
Procédé selon la revendication 1, dans lequel une ou plusieurs mutations du promoteur de SPARC indiquent la résistance du cancer au régime thérapeutique.
Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, comprenant en outre l'obtention d'informations sur le promoteur de SPARC pour le sujet.
Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, dans lequel les une ou plusieurs mutations du promoteur de SPARC sont déterminées à l'aide d'un échantillon d'acide nucléique provenant du sujet.
Procédé selon la revendication 7, dans lequel l'échantillon d'acide nucléique a été obtenu à partir du suj et.
Procédé selon la revendication 8, dans lequel l'échantillon d'acide nucléique est issu d'un échantillon biologique provenant du cancer du sujet.
Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, dans lequel ladite détermination de la présence ou de l'absence d'une ou plusieurs mutations du promoteur de SPARC dans le cancer du sujet est effectuée à l'aide d'une ou plusieurs des techniques suivantes :
(a) analyse de la longueur des fragments de restriction ;

(b) séquençage ;

(c) tests de microséquençage ;

(d) hybridation ;

(e) dosage INVADER ;

(f) tests d'hybridation de puces à ADN ;

(g) test de ligature d'oligonucléotides ;

(h) test à la 5' nucléase ;

(i) méthodes de relecture par la polymérase ;

(j) PCR allèle-spécifique ;

(k) spectroscopie de masse MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Inozation-Time Of Flight) ;

(l) test de la réaction en chaîne par ligase ;

(m) transduction électronique amplifiée par des enzymes ;

(n) test d'extension des paires de bases simples ; et

(o) lectures des données des séquences.
Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, dans lequel le cancer est sélectionné parmi les suivants : carcinome ; mélanome ; sarcome ; lymphome et leucémie.
Procédé selon la revendication 11, dans lequel le carcinome est sélectionné parmi les suivants : carcinome de cellule squameuse ; adénocarcinome; carcinome à petites cellules ; carcinome à grandes cellules et combinaisons de ceux-ci.
Procédé selon la revendication 12, dans lequel le carcinome est dérivé d'une tumeur primaire située dans le tissu nasopharyngien, la tête et le cou, le poumon, l'oesophage, l'estomac, l'intestin, le rectum, le rein, l'appareil urinaire, la prostate, les testicules, l'ovaire, l'utérus, le col de l'utérus, le vagin, la peau ou les glandes endocrines.
Procédé selon la revendication 11, dans lequel le sarcome est sélectionné parmi les suivants : sarcome musculaire ; sarcome adipeux ; sarcome fibreux ; sarcome vasculaire et sarcome neural.
Procédé selon la revendication 11, dans lequel le lymphome est sélectionné parmi les suivants : maladie de Hodgkin et lymphome non hodgkinien.
Procédé selon la revendication 11, dans lequel la leucémie est sélectionnée parmi les suivantes : leucémie lymphoïde et leucémie myéloïde.
Procédé selon la revendication 11, dans lequel le cancer est un carcinome colorectal, un carcinome de la prostate, un carcinome ovarien ou un ostéosarcome.
Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 17, dans lequel le cancer est un cancer inhibé par SPARC.
Procédé selon la revendication 18, dans lequel le cancer inhibé par SPARC est sélectionné parmi le carcinome colorectal, le carcinome de la prostate, le carcinome ovarien, l'ostéosarcome et le sarcome utérin.
Procédé de sélection d'un groupe de sujets pour déterminer l'efficacité d'un régime thérapeutique connu comme étant utile pour le traitement du cancer ou soupçonné de l'être, le procédé comprenant la détermination d'un génotype au niveau d'un ou plusieurs sites de mutation dans un promoteur de SPARC pour chaque sujet, dans lequel ledit génotype indique la sensibilité du sujet à un régime thérapeutique et dans lequel les une ou plusieurs mutations du promoteur de SPARC sont sélectionnées parmi les mutations suivantes relatives à SEQ N : 1 :
(a) 295delG et 301A>CC ;

(b) 315insA et 316G>A ;

(c) 341C>T, 342T>C, 344A>C, 347C>A, 354G>A, 356G>A, 359T>G et 363G>A ;

(d) 395C>T et 396A>T ;

(e) 488T>C ;

(f) 533A>G ;

(g) 734G>A ;

(h) 734delG ;

(i) 769T>A, 771G>C et 774G>C ;

(j) 784T>C, 786T>G et 788T>A ;

(k) 793T>G, 796T>A et 800T>C ;

(l) 820C>A et 824T>A;

(m) 864T>A et 867T>A ;

(n) 895T>G, 899T>A, 901G>A et 904G>A ;

(o) 901G>A;

(p) 901G>A, 904G>A, 929A>G et 934delC ;

(q) 922T>G, 928T>G et 935T>G ;

(r) 982T>C, 984T>G, 985G>A, 991G>A, 995G>A, 999C>T et 1000T>G ;

(s) 1063G>C ;

(t) 1079G>A ;

(u) 1085delC, 1086delA, 1087delG, 1089G>A, 1090T>C, 1091T>C et 1092G>T ;

(v) 1161C>A, 1162T>C, 1163delA et 1164delT ; et

(w) 1215C>T, 1216delG, 1217delG, 1218delG, 1219delG, 1220delT, 1221delG, 1222delG, 1223delA, 1224delG, 1225delG, 1226delG, 1227delG, 1228delA 1229delG, 1230delA, 1231delT, 1232delA, 1233delG, 1234delA, 1235delC, 1236delC et 1237C>T, et dans lequel le régime thérapeutique est une chimiothérapie.
Procédé selon la revendication 20, comprenant en outre la détermination de la sensibilité de chaque sujet au régime thérapeutique et la comparaison de la réponse du sujet au régime thérapeutique sur la base du génotype du sujet.
Procédé selon la revendication 20, dans lequel la chimiothérapie est le 5-fluorouracile, l'irinotécan, le cisplatine, la doxorubicine ou des combinaisons de ceux-ci.
Procédé d'identification d'un sujet ayant une sensibilité accrue à une chimiothérapie pour le traitement d'un cancer chez un sujet qui en a besoin, comprenant l'étape de sélection d'une population de sujets pour identifier les suj ets qui présentent une mutation de leur séquence promotrice de SPARC, dans lequel l'identification d'un sujet présentant une mutation prédit la sensibilité réduite à la chimiothérapie, dans lequel la mutation du promoteur de SPARC est sélectionnée parmi une ou plusieurs des mutations suivantes relatives à SEQ N° : 1 :
(a) 295delG et 301A>CC ;

(b) 315insA et 316G>A ;

(c) 341C>T, 342T>C, 344A>C, 347C>A, 354G>A, 356G>A, 359T>G et 363G>A ;

(d) 395C>T et 396A>T ;

(e) 488T>C ;

(f) 533A>G ;

(g) 734G>A ;

(h) 734delG;

(i) 769T>A, 771G>C et 774G>C ;

(j) 784T>C, 786T>G et 788T>A ;

(k) 793T>G, 796T>A et 800T>C ;

(l) 820C>A et 824T>A ;

(m) 864T>A et 867T>a,

(n) 895T>G, 899T>A, 901G>A et 904G>A ;

(o) 901G>A ;

(p) 901G>A, 904G>A, 929A>G et 934delC ;

(q) 922T>G, 928T>G et 935T>G ;

(r) 982T>C, 984T>G, 985G>A, 991G>A, 995G>A, 999C>T et 1000T>G ;

(s) 1063G>C ;

(t) 1079G>A ;

(u) 1085delC, 1086delA, 1087delG, 1089G>A, 1090T>C, 1091T>C et 1092G>T ;

(v) 1161C>A, 1162T>C, 1163delA et 1164delT ; et

(w) 1215C>T, 1216delG, 1217delG, 1218delG, 1219delG, 1220delT, 1221delG, 1222delG, 1223delA, 1224delG, 1225delG, 1226delG, 1227delG, 1228delA, 1229delG, 1230delA 1231delT, 1232delA, 1233delG, 1234delA, 1235delC, 1236delC et 1237C>T.