HK1111721B

HK1111721B - Sparc promoter mutations associated with drug resistance, and methods associated therewith

Info

Publication number: HK1111721B
Application number: HK08102424.4A
Authority: HK
Inventors: Isabella T. Tai
Original assignee: 不列颠哥伦比亚大学
Priority date: 2004-11-30
Filing date: 2005-11-30
Publication date: 2012-08-10

Claims

Verfahren zum Vorhersagen des Ansprechens eines Subjekts auf ein Therapieschema, wobei das Subjekt Krebs hat oder im Verdacht steht, Krebs zu haben, und das Verfahren das Feststellen von An- oder Abwesenheit einer oder mehrerer Promotormutationen des sekretierten aziden cysteinreichen Proteins (SPARC) im Krebs des Subjekts umfasst, wobei An- oder Abwesenheit von einer oder mehreren SPARC-Promotor-Mutationen auf eine Sensitivität des Krebses des Subjekts gegenüber dem Therapieschema hinweist, wobei die eine oder die mehreren SPARC-Promotor-Mutationen ausgewählt sind aus den folgenden, relativ zu SEQ. ID Nr. 1 definierten Mutationen:
(a) 295delG und 301A>CC;

(b) 315insA und 316G>A;

(c) 341C>T, 342T>C, 344A>C, 347C>A, 354G>A, 356G>A, 359T>G und 363G>A;

(d) 395C>T und 396A>T;

(e) 488T>C;

(f) 533A>G;

(g) 734G>A;

(h) 734delG;

(i) 769T>A, 771 G>C und 774G>C;

(j) 784T>C, 786T>G und 788T>A;

(k) 793T>G, 796T>A und 800T>C;

(l) 820C>A und 824T>A;

(m) 864T>A und 867T>A;

(n) 895T>G, 899T>A, 901 G>A und 904G>A;

(o) 901 G>A;

(p) 901 G>A, 904G>A, 929A>G und 934delC;

(q) 922T>G, 928T>G und 935T>G;

(r) 982T>C, 984T>G, 985G>A, 991 G>A, 995G>A, 999C>T und 1000T>G;

(s) 1063G>C;

(t) 1079G>A;

(u) 1085delC, 1086delA, 1087delG, 1089G>A, 1090T>C, 1091 T>C und 1092G>T;

(v) 1161C>A, 1162T>C, 1163delA und 1164drlT; und

(w) 1215C>T, 1216delG, 1217delG, 1218delG, 1219delG, 1220delT, 1221delG, 1222delG, 1223delA, 1224delG, 1225delG, 1226delG, 1227delG, 1228delA, 1229delG, 1230delA, 1231delT, 1232delA, 1233delG, 1234delA, 1235delC, 1236delC und 1237C>T, und wobei das Therapieschema die Verabreichung eines oder mehrerer chemotherapeutischer Agentien umfasst.
Verfahren nach Anspruch 1, wobei die Promotormutation zu geänderten intrazellulären und/oder extrazellulären Mengen eines Polypeptids führt, das von der SPARC-Promotor-Sequenz kodiert ist.
Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, wobei das Therapieschema ferner eine Radiotherapie umfasst.
Verfahren nach Anspruch 1, wobei das chemotherapeutische Agens ausgewählt ist aus 5-Fluorouracil, Irinotecan, Cisplatin, Doxorubicin oder Kombinationen davon.
Verfahren nach Anspruch 1, wobei die eine oder die mehreren SPARC-Promotor-Mutationen auf die Resistenz des Krebses gegenüber dem Therapieschema hinweisen.
Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, ferner umfassend das Beschaffen von SPARC-Promotor-Information für das Subjekt.
Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei die eine oder die mehreren SPARC-Promotor-Mutationen unter Verwendung einer Nukleinsäureprobe von dem Subjekt bestimmt werden.
Verfahren nach Anspruch 7, wobei die Nukleinsäureprobe dem Subjekt entnommen wurde.
Verfahren nach Anspruch 8, wobei die Nukleinsäureprobe aus einer biologischen Probe stammt, die dem Krebs des Subjekts entnommen wurde.
Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, wobei das Bestimmen von An- oder Abwesenheit von einer oder mehreren SPARC-Promotor-Mutationen im Krebs des Subjekts mittels eines oder mehrerer der folgenden Techniken durchgeführt wird:
(a) Restriktionsfragmentlängenanalyse;

(b) Sequenzieren;

(c) Mikrosequenzierungstest;

(d) Hybridisierung;

(e) Invadertest;

(f) Gen-Chip-Hybridisierungstest;

(g) Oligonukleotid-Ligationstest;

(h) Ligations-Rolling-Circle-Amplifizierung;

(i) 5'Nukleasetest;

(j) Polymerase-Korrekturleseverfahren;

(k) Allel-spezifische PCR;

(l) matrixunterstützte Laserdesorptions-Ionisations-Flugzeit (MALDI-TOF)-Massenspektrometrie;

(m) Ligase-Kettenreaktionstest;

(n) Enzym-amplifizierte elektronische Transduktion;

(o) Einzelbasenpaar-Verlängerungstest; und

(p) Lesen von Sequenzdaten.
Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei der Krebs ausgewählt ist aus den folgenden: Karzinom, Melanom, Sarkom, Lymphom und Leukämie.
Verfahren nach Anspruch 11, wobei das Karzinom ausgewählt ist aus den folgenden: Schuppenzell-, Adeno-, Kleinzell-, Großzellkarzinom und Kombinationen davon.
Verfahren nach Anspruch 12, wobei das Karzinom von einem Primärtumor abgeleitet ist, der sich in einem nasopharyngealen Gewebe, in Kopf und Nacken, Lunge, Speiseröhre, Magen, Darm, Rektum, Niere, Harntrakt, Prostata, Hoden, Eierstock, Uterus, Zervix, Vagina, Haut oder endokrinen Drüsen befindet.
Verfahren nach Anspruch 11, wobei das Sarkom ausgewählt ist aus Muskel-, Fettgewebe-, fibrösem, vaskulärem und neuralem Sarkom.
Verfahren nach Anspruch 11, wobei das Lymphom ausgewählt ist aus Hodgkin'scher Krankheit und Non-Hodgkin's-Lymphom.
Verfahren nach Anspruch 11, wobei die Leukämie ausgewählt ist aus lymphoider und myeloider Leukämie.
Verfahren nach Anspruch 11, wobei der Krebs ein kolorektales Karzinom, Prostatakarzinom, Eierstockkarzinom oder Osteosarkom ist.
Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 17, wobei der Krebs ein SPARC-gehemmter Krebs ist.
Verfahren nach Anspruch 18, wobei der SPARC-gehemmte Krebs ausgewählt ist aus kolorektalem Karzinom, Prostatakarzinom, Eierstockkarzinom, Osteosarkom und uterines Sarkom.
Verfahren zum Auswählen einer Gruppe von Subjekten für das Bestimmen der Wirksamkeit eines Therapieschemas, von dem bekannt ist oder erwartet wird, dass es für die Behandlung von Krebs geeignet ist, wobei das Verfahren das Bestimmen eines Genotyps an einer oder mehreren Mutationsstellen in einem SPARC-Promotor für jedes Subjekt umfasst, wobei der Genotyp auf die Sensitivität des Subjekts gegenüber einem Therapieschema hinweist und wobei die eine oder die mehreren SPARC-Promotor-Mutationen ausgewählt sind aus den folgenden Mutationen, die im Hinblick auf SEQ. ID Nr. 1 definiert sind:
(a) 295delG und 301A>CC;

(b) 315insA und 316G>A;

(c) 341C>T, 342T>C, 344A>C, 347C>A, 354G>A, 356G>A, 359T>G und 363G>A;

(d) 395C>T und 396A>T;

(e) 488T>C;

(f) 533A>G;

(g) 734G>A;

(h) 734delG;

(i) 769T>A, 771 G>C und 774G>C;

(j) 784T>C, 786T>G und 788T>A;

(k) 793T>G, 796T>A und 800T>C;

(l) 820C>A und 824T>A;

(m) 864T>A und 867T>A;

(n) 895T>G, 899T>A, 901 G>A und 904G>A;

(o) 901 G>A;

(p) 901 G>A, 904G>A, 929A>G und 934delC;

(q) 922T>G, 928T>G und 935T>G;

(r) 982T>C, 984T>G, 985G>A, 991 G>A, 995G>A, 999C>T und 1000T>G;

(s) 1063G>C;

(t) 1079G>A;

(u) 1085delC, 1086delA, 1087delG, 1089G>A, 1090T>C, 1091 T>C und 1092G>T;

(v) 1161C>A, 1162T>C, 1163delA und 1164delT; und

(w) 1215C>T, 1216delG, 1217delG, 1218delG, 1219delG, 1220delT, 1221delG, 1222delG, 1223delA, 1224delG, 1225delG, 1226delG, 1227delG, 1228delA, 1229delG, 1230delA, 1231delT, 1232delA, 1233delG, 1234delA, 1235delC, 1236delC und 1237C>T, und wobei das Therapieschema eine Chemotherapie ist.
Verfahren nach Anspruch 20, ferner umfassend das Bestimmen der Sensitivität jedes Subjekts gegenüber dem Therapieschema und Vergleichen des Ansprechens des Subjekts auf das Therapieschema basierend auf dem Genotyp des Subjekts.
Verfahren nach Anspruch 20, wobei die Chemotherapie 5-Fluorouracil, Irinotecan, Cisplatin, Doxorubicin oder Kombinationen davon ist/sind.
Verfahren zum Identifizieren eines Subjekts mit einer erhöhten Sensitivität gegenüber einer Chemotherapie zum Behandeln eines Krebses in einem Subjekt, das dessen bedarf, umfassend den Schritt des Screenens einer Population von Subjekten, um jene Subjekte zu identifizieren, die eine Mutation in ihrer SPARC-Promotor-Sequenz haben, wobei die Identifizierung eines Subjekts mit einer Mutation ein reduziertes Ansprechen auf die Chemotherapie vorhersagt, wobei die SPARC-Promotor-Mutation ausgewählt ist aus einer oder mehreren der folgenden Mutationen, die im Hinblick auf SEQ. Nr. 1 definiert sind:
(a) 295delG und 301A>CC;

(b) 315insA und 316G>A;

(c) 341 C>T, 342T>C, 344A>C, 347C>A, 354G>A, 356G>A, 359T>G und 363G>A;

(d) 395C>T und 396A>T;

(e) 488T>C;

(f) 533A>G;

(g) 734G>A;

(h) 734delG;

(i) 769T>A, 771 G>C und 774G>C;

(j) 784T>C, 786T>G und 788T>A;

(k) 793T>G, 796T>A und 800T>C;

(l) 820C>A und 824T>A;

(m) 864T>A und 867T>A;

(n) 895T>G, 899T>A, 901 G>A und 904G>A;

(o) 901 G>A;

(p) 901 G>A, 904G>A, 929A>G und 934delC;

(q) 922T>G, 928T>G und 935T>G;

(r) 982T>C, 984T>G, 985G>A, 991 G>A, 995G>A, 999C>T und 1000T>G;

(s) 1063G>C;

(t) 1079G>A;

(u) 1085delC, 1086delA, 1087delG, 1089G>A, 1090T>C, 1091 T>C und 1092G>T;

(v) 1161C>A, 1162T>C, 1163delA und 1164delT; und

(w) 1215C>T, 1216delG, 1217delG, 1218delG, 1219delG, 1220delT, 1221delG, 1222delG, 1223delA, 1224delG, 1225delG, 1226delG, 1227delG, 1228delA, 1229delG, 1230delA, 1231delT, 1232delA, 1233delG, 1234delA, 1235delC, 1236delC und 1237C>T.