HK1192765B - Molecular testing of multiple pregnancies - Google Patents

Claims (15)

1. Procédé d'analyse d'un échantillon biologique d'une femme enceinte d'une pluralité de foetus pour déterminer si au moins deux foetus d'une femme enceinte sont dizygotes, l'échantillon biologique comprenant l'ADN foetal et maternel, le procédé comprenant :

   la détermination d'un génotype de la femme enceinte à chacun d'un premier locus ou de plusieurs premiers loci à l'intérieur d'une première région chromosomique, la femme enceinte étant homozygote à chacun desdits un ou plusieurs premiers loci, ou étant hétérozygote à chacun desdits un ou plusieurs premiers loci, chacun des premiers loci présentant un allèle primaire respectif et un allèle secondaire respectif dans l'échantillon biologique, l'allèle primaire respectif étant plus abondant que l'allèle secondaire respectif pour chacun des premiers loci ;

   la mesure, auxdits un ou plusieurs premiers loci, d'une première quantité desdits un ou plusieurs allèles primaires et/ou une deuxième quantité desdits un ou plusieurs allèles secondaires dans l'échantillon biologique ;

   l'obtention d'un paramètre normalisé pour la première quantité et la deuxième quantité ; et

   la comparaison du paramètre normalisé à une valeur seuil pour déterminer si le paramètre normalisé est statistiquement différent d'une valeur attendue pour le paramètre normalisé si les foetus sont génétiquement identiques pour la première région chromosomique, la valeur attendue étant obtenue à partir d'une mesure d'un échantillon biologique ; et

   la détermination de savoir si au moins deux foetus de la femme enceinte sont dizygotes en fonction de la comparaison du paramètre normalisé à la valeur seuil.
2. Procédé selon la revendication 1, dans lequel l'obtention du paramètre normalisé comprend :

   la mesure d'une troisième quantité d'une ou plusieurs séquences provenant d'un locus ou de plusieurs loci à l'intérieur d'une région chromosomique différente ; et

   l'utilisation d'une troisième quantité pour calculer le paramètre normalisé.
3. Procédé selon la revendication 1, dans lequel la mesure de la première quantité et/ou de la deuxième quantité comprend la mesure de la première quantité et de la deuxième quantité, et dans lequel l'obtention du paramètre normalisé comprend :

   la mesure, aux dits un ou plusieurs premiers loci, d'une première quantité desdits un ou plusieurs allèles primaires et d'une deuxième quantité desdits un ou plusieurs allèles secondaires dans l'échantillon biologique ;

   la détermination d'un premier paramètre à partir de la première quantité et de la deuxième quantité, le premier paramètre fournissant une quantité relative entre la première quantité et la deuxième quantité ; et

   l'utilisation du premier paramètre comme valeur normalisée de la première quantité.
4. Procédé selon la revendication 1, dans lequel la valeur attendue est une concentration d'ADN foetal dans un échantillon biologique, le procédé comprenant en outre :

   le calcul de la concentration d'ADN foetal au moyen de marqueurs génétiques en :

   mesurant une troisième quantité de fragments d'ADN ayant une séquence spécifique au foetus choisie parmi une ou plusieurs séquences spécifiques au foetus, tous les foetus présentant la séquence spécifique au foetus ;

   obtenant une valeur normalisée pour la troisième quantité ; et

   l'utilisation de la valeur normalisée comme concentration d'ADN foetal.
5. Procédé selon la revendication 4, comprenant en outre :

   l'identification d'un deuxième locus ou de plusieurs deuxièmes loci où les foetus ont un premier allèle respectif et la mère n'a pas le premier allèle respectif, les séquences spécifiques au foetus représentant les premiers allèles respectifs, l'obtention d'une valeur normalisée pour la troisième quantité comprenant :

   la mesure d'une quantité totale d'allèles aux dits un ou plusieurs deuxièmes loci ;

   le calcul de la concentration d'ADN foetal à partir d'un rapport entre la troisième quantité et la quantité totale.
6. Procédé selon la revendication 1, dans lequel lesdits un ou plusieurs loci comprennent le locus du gène RHD, la mère étant homozygote pour un allèle représenté par l'absence du gène RHD et au moins un des foetus étant RHD positifs.
7. Procédé selon la revendication 1, comprenant en outre :

   la détermination d'un génoytpe de la femme enceinte à chacun d'un deuxième locus ou de plusieurs deuxièmes loci à l'intérieur d'une deuxième région chromosomique, la femme enceinte étant homozygote à chacun desdits un ou plusieurs deuxièmes loci, ou étant hétérozygote à chacun desdits un ou plusieurs deuxièmes loci, chacun des deuxièmes loci présentant un allèle primaire respectif et un allèle secondaire respectif dans l'échantillon biologique ;

   la mesure, auxdits un ou plusieurs deuxièmes loci, d'une troisième quantité desdits un ou plusieurs allèles primaires et/ou d'une quatrième quantité desdits un ou plusieurs allèles secondaires dans l'échantillon biologique ;

   l'obtention d'un deuxième paramètre normalisé pour la troisième quantité ou la quatrième quantité ; et

   l'utilisation du deuxième paramètre normalisé pour obtenir la valeur attendue.
8. Procédé selon la revendication 7, comprenant en outre :

   le calcul de paramètres normalisés supplémentaires pour d'autres régions chromosomiques,

   le calcul d'une première valeur statistique à partir de paramètres normalisés d'un premier groupe de régions chromosomiques ; et

   l'utilisation de la première valeur statistique comme valeur attendue.
9. Procédé selon la revendication 8, dans lequel l'allèle primaire respectif est plus abondant que l'allèle secondaire respectif pour tous les loci des régions chromosomiques du premier groupe.
10. Procédé selon la revendication 8, dans lequel la première valeur statistique correspond à un emplacement d'un pic dans les valeurs des paramètres normalisés dans un histogramme de paramètres normalisés pour le premier groupe de régions chromosomiques.
11. Procédé selon la revendication 8, comprenant en outre :

    le calcul d'une deuxième valeur statistique à partir des paramètres d'un deuxième groupe de régions chromosomiques qui comprend la première région chromosomique,

    la comparaison du paramètre normalisé à la valeur seuil comprenant :

    la comparaison de la deuxième valeur statistique à la valeur seuil.
12. Procédé selon la revendication 11, comprenant en outre :

    l'identification des premier et deuxième groupes de régions chromosomiques en analysant un histogramme des paramètres calculés, le premier groupe de régions chromosomiques correspondant à un premier pic dans l'histogramme et le deuxième groupe de régions chromosomiques correspondant à un deuxième pic dans l'histogramme.
13. Procédé selon la revendication 7, comprenant en outre :

    le calcul de paramètres normalisés supplémentaires pour d'autres régions chromosomiques, la comparaison du paramètre normalisé à la valeur seuil pour déterminer si le paramètre normalisé est statistiquement différent de la valeur attendue étant effectuée en :

    calculant une variance dans les valeurs des paramètres normalisés ; et

    comparant la variance à une valeur seuil.
14. Procédé selon la revendication 1, dans lequel la femme enceinte est homozygote auxdits un ou plusieurs premiers loci ; la deuxième quantité est d'une ou plusieurs séquences spécifiques au foetus dans l'échantillon biologique, lesdits un ou plusieurs allèles secondaires correspondant aux séquences spécifiques au foetus ; et le paramètre normalisé est pour la deuxième quantité.
15. Procédé selon la revendication 1, dans lequel la première quantité et la deuxième quantité sont mesurées, le procédé comprenant en outre :

    en fonction de la comparaison du paramètre normalisé à la valeur seuil, la détermination de savoir si au moins deux des foetus ont hérité d'un haplotype différent de la première région chromosomique d'un premier parent ;

    pour chacune d'une pluralité de deuxièmes régions chromosomiques :

    à chacun d'un locus ou de plusieurs loci dans la région chromosomique respective :

    la mesure d'un ou plusieurs allèles dans l'échantillon biologique ; et

    la détermination d'une quantité respective de chaque allèle mesuré ;

    en fonction des quantités respectives d'allèles mesurés, la détermination de savoir si au moins deux des foetus ont hérité d'un haplotype différent de la deuxième région chromosomique respective provenant d'un premier parent ;

    la détermination d'une troisième quantité de régions chromosomiques, au moins deux des foetus ayant hérité d'un haplotype différent du premier parent ; et

    la comparaison de la troisième quantité d'une ou plusieurs deuxièmes valeurs seuils pour déterminer si au moins deux des foetus sont dizygotes.