HK1192765B - Molecular testing of multiple pregnancies - Google Patents

Claims (15)

1. Verfahren zum Analysieren einer biologischen Probe einer schwangeren Frau mit einer Vielzahl von Föten, um zu bestimmen, ob mindestens zwei Föten einer schwangeren Frau dizygot sind, wobei die biologische Probe fötale und maternale DNA umfasst, das Verfahren umfassend:

   Bestimmen eines Genotyps der schwangeren Frau an jedem von einem oder mehreren ersten Loci in einer ersten Chromosomenregion, wobei die schwangere Frau an jedem der einen oder mehreren ersten Loci homozygot oder an jedem der einen oder mehreren ersten Loci heterozygot ist, wobei jeder der ersten Loci ein entsprechendes primäres Allel und ein entsprechendes sekundäres Allel in der biologischen Probe zeigt, wobei das entsprechende primäre Allel für jeden der ersten Loci ergiebiger ist als das entsprechende sekundäre Allel;

   Messen, an den einen oder mehreren ersten Loci, einer ersten Menge der einen oder mehreren primären Allele und/oder einer zweiten Menge der einen oder mehreren sekundären Allele in der biologischen Probe;

   Erhalten eines normalisierten Parameters für die erste Menge oder die zweite Menge; und

   Vergleichen des normalisierten Parameters mit einem Cutoff-Wert zum Bestimmen, ob der normalisierte Parameter sich statistisch von einem erwarteten Wert für den normalisierten Parameter unterscheidet, wenn die Föten für die erste Chromosomenregion genetisch identisch sind, wobei der erwartete Wert von einer Messung der biologischen Probe erhalten wird; und

   Bestimmen, ob die mindestens zwei Föten der schwangeren Frau dizygot sind, beruhend auf dem Vergleich des normalisierten Parameters mit dem Cutoff-Wert.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das Erhalten des normalisierten Parameters Folgendes umfasst:

   Messen einer dritten Menge einer oder mehrerer Sequenzen von einem oder mehreren Loci in einer anderen Chromosomenregion; und

   Verwenden der dritten Menge zum Berechnen des normalisierten Parameters.
3. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das Messen der ersten Menge und/oder der zweiten Menge das Messen der ersten Menge und der zweiten Menge umfasst und wobei das Erhalten des normalisierten Parameters Folgendes umfasst:

   Messen, an den einen oder mehreren ersten Loci, einer ersten Menge der einen oder mehreren primären Allele und einer zweiten Menge der einen oder mehreren sekundären Allele in der biologischen Probe;

   Bestimmen eines ersten Parameters von der ersten Menge und der zweiten Menge, wobei der erste Parameter eine relative Menge zwischen der ersten Menge und der zweiten Menge bereitstellt; und

   Verwenden des ersten Parameters als der normalisierte Werte der ersten Menge.
4. Verfahren nach Anspruch 1, wobei der erwartete Wert eine fötale DNA-Konzentration in der biologischen Probe ist, wobei das Verfahren ferner Folgendes umfasst:

   Berechnen der fötalen DNA-Konzentration unter Verwendung von genetischen Markern durch:

   Messen einer dritten Menge von DNA-Fragmenten mit einer fötusspezifischen Sequenz, die ausgewählt ist aus einer oder mehreren fötusspezifischen Sequenzen, wobei alle Föten die fötusspezifische Sequenz haben;

   Erhalten eines normalisierten Werts für die dritte Menge; und

   Verwenden des normalisierten Werts als die fötale DNA-Konzentration.
5. Verfahren nach Anspruch 4, ferner umfassend:

   Identifizieren eines oder mehrerer sekundärer Loci, an denen die Föten ein entsprechendes erstes Allel haben und die Mutter kein entsprechendes erstes Allel hat, wobei die fötusspezifischen Sequenzen die entsprechenden ersten Allele sind, wobei das Erhalten eines normalisierten Werts für die dritte Menge Folgendes umfasst:

   Messen einer Gesamtmenge von Allelen an dem einen oder den mehreren sekundären Loci;

   Berechnen der fötalen DNA-Konzentration von einem Verhältnis der dritten Menge und der Gesamtmenge.
6. Verfahren nach Anspruch 1, wobei der eine oder die mehreren Loci den Locus des RHD-Gens umfassen, wobei die Mutter für ein Allel homozygot ist, das durch das Fehlen des RHD-Gens gekennzeichnet ist, und wobei mindestens einer der Föten RhD-positiv ist.
7. Verfahren nach Anspruch 1, ferner umfassend:

   Bestimmen eines Genotyps der schwangeren Frau an jedem von einem oder mehreren Loci in einer zweiten Chromosomenregion, wobei die schwangere Frau an jedem der einen oder mehreren zweiten Loci homozygot oder an jedem der einen oder mehreren zweiten Loci heterozygot ist, wobei jeder der zweiten Loci ein entsprechendes primäres Allel und ein entsprechendes sekundäres Allel in der biologischen Probe zeigt;

   Messen, an dem einen oder den mehreren zweiten Loci, einer dritten Menge der einen oder mehreren primären Allele und/oder einer vierten Menge der einen oder mehreren sekundären Allele in der biologischen Probe;

   Erhalten eines zweiten normalisierten Parameters für die dritte Menge oder die vierte Menge; und

   Verwenden des zweiten normalisierten Parameters zum Erhalten des erwarteten Werts.
8. Verfahren nach Anspruch 7, ferner umfassend:

   Berechnen zusätzlicher normalisierter Parameter für andere Chromosomenregionen;

   Kalkulieren eines ersten statistischen Werts von den normalisierten Parametern einer ersten Gruppe von Chromosomenregionen; und

   Verwenden des ersten statistischen Werts als der erwartete Wert.
9. Verfahren nach Anspruch 8, wobei das entsprechende primäre Allel für alle Loci der Chromosomenregionen der ersten Gruppe ergiebiger ist als das entsprechende sekundäre Allel.
10. Verfahren nach Anspruch 8, wobei der erste statistische Wert ein Ort einer Spitze in den Werten der normalisierten Parameter in einem Histogramm der normalisierten Parameter für die erste Gruppe von Chromosomenregionen ist.
11. Verfahren nach Anspruch 8, ferner umfassend:

    Kalkulieren eines zweiten statistischen Werts von den Parametern einer zweiten Gruppe von Chromosomenregionen, was die erste Chromosomenregion einschließt,

    wobei das Vergleichen des normalisierten Parameters mit dem Cutoff-Wert Folgendes umfasst:

    Vergleichen des zweiten statistischen Werts mit dem Cutoff-Wert.
12. Verfahren nach Anspruch 11, ferner umfassend:

    Identifizieren der ersten und zweiten Gruppen von Chromosomenregionen durch Analysieren eines Histogramms der berechneten Parameter, wobei die erste Gruppe von Chromosomenregionen einer ersten Spitze im Histogramm und die zweite Gruppe von Chromosomenregionen einer zweiten Spitze im Histogramm entspricht.
13. Verfahren nach Anspruch 7, ferner umfassend:

    Berechnen zusätzlicher normalisierter Parameter für andere Chromosomenregionen,

    wobei das Vergleichen des normalisierten Parameters mit dem Cutoff-Wert zum Bestimmen, ob sich der normalisierte Parameter statistisch vom erwarteten Wert unterscheidet, durch Folgendes erreicht wird:

    Kalkulieren einer Abweichung in den Werten der normalisierten Parameter; und

    Vergleichen der Abweichung mit einem Schwellenwert.
14. Verfahren nach Anspruch 1,wobei die schwangere Frau an dem einen oder den mehreren ersten Loci homozygot ist; wobei die zweite Menge aus einer oder mehreren fötusspezifischen Sequenzen in der biologischen Probe ist, wobei das eine oder die mehreren sekundären Allele den fötusspezifischen Sequenzen entsprechen; und wobei der normalisierte Parameter für die zweite Menge ist.
15. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die erste Menge und die zweite Menge gemessen werden, das Verfahren ferner umfassend:

    beruhend auf dem Vergleich des normalisierten Parameters mit dem Cutoff-Wert, Bestimmen, ob mindestens zwei der Föten einen unterschiedlichen Haplotyp der ersten Chromosomenregion von einem ersten Elternteil geerbt haben;

    für jede einer Vielzahl von zweiten Chromosomenregionen:

    an jedem der einen oder mehreren Loci in der entsprechenden Chromosomenregion:

    Messen eines oder mehrerer Allele in der biologischen Probe; und

    Bestimmen einer entsprechenden Menge jedes gemessenen Allels;

    beruhend auf den entsprechenden Mengen der gemessenen Allele, Bestimmen, ob mindestens zwei der Föten einen unterschiedlichen Haplotyp der entsprechenden zweiten Chromosomenregion von einem ersten Elternteil geerbt haben;

    Bestimmen einer dritten Menge der Chromosomenregionen, wobei mindestens zwei der Föten einen unterschiedlichen Haplotyp vom ersten Elternteil geerbt haben; und

    Vergleichen der dritten Menge mit einem oder mehreren Cutoff-Werten zum Bestimmen, ob mindestens zwei der Föten dizygot sind.