HK1020759B - Method for typing and detecting hbv - Google Patents

Claims (5)

1. Procédé de détection, dans un échantillon biologique, de deux génotypes de souches de HBV et de mutants de HBV ayant une résistance médicamenteuse, comprenant les étapes consistant à :

   (i) si besoin est, libérer, isoler ou concentrer les acides polynucléiques présents dans ledit échantillon ;

   (ii) si besoin est, amplifier la partie pertinente d'un gène de HBV approprié présent dans ledit échantillon avec au moins une paire appropriée d'amorces ;

   (iii) hybrider les acides polynucléiques de l'étape (i) ou de la (ii) avec une combinaison d'au moins une sonde provenant de chacun des groupes suivants :

   - SEQ ID 77, 81, 139-141, 190-194

   - SEQ ID 78, 142-147, 149

   - SEQ ID 79, 150-161, 204

   - SEQ ID 82, 162-169, 208

   - SEQ ID 170-176, 213

   - SEQ ID 178-189, 214-219

   - facultativement une ou plusieurs des SEQ ID 80, 148 et 177 et au moins une sonde provenant de chacun des groupes suivants :

   - SEQ ID 114, 115, 127-129, 227-234, 243, 249, 250, 261

   - SEQ ID 116, 117, 130-133, 244-248, 251-260, 262-266 et/ou au moins une sonde parmi les : SEQ ID 267 et 269, chacune avec la SEQ ID 268,

   (iv) détecter les hybrides formés à l'étape (iii) ;

   (v) en déduire, à partir du signal (des signaux) différentiel(s) d'hybridation obtenu(s) à l'étape (iv), les génotypes de HBV et les mutants de HBV ayant une résistance médicamenteuse qui sont présents dans ledit échantillon.
2. Procédé selon la revendication 1, dans lequel les sondes d'oligonucléotides de l'étape (iii) sont caractérisées en ce qu'elles détectent spécifiquement des mutations de résistance médicamenteuse dans le motif YMDD, avec lesdites sondes étant les :

   - SEQ ID 77, 140 et 193

   - SEQ ID 78,

   - SEQ ID 153, 154 et 204

   - SEQ ID 165 et 208

   - SEQ ID 172 et 213

   - SEQ ID 186, 216 et 219

   - SEQ ID 80 et 177

   - SEQ ID 115 et 127

   - SEQ ID 116 et 132.
3. Kit de dosage pour détecter, dans un échantillon biologique, deux génotypes de souches de HBV et des mutants du HBV ayant une résistance médicamenteuse, selon le procédé de la revendication 1, comprenant les composants suivants :

   (i) quand cela est approprié, un moyen pour libérer, isoler ou concentrer les acides polynucléiques présents dans ledit échantillon ;

   (ii) quand cela est approprié, au moins une paire appropriée d'amorces ;

   (iii) au moins une sonde provenant de chacun des groupes suivants :

   - SEQ ID 77, 81, 139-141, 190-194

   - SEQ ID 78, 142-147, 149

   - SEQ ID 79, 150-161, 204

   - SEQ ID 82, 162-169, 208

   - SEQ ID 170-176, 213

   - SEQ ID 178-189, 214-219

   - facultativement une ou plusieurs des SEQ ID 80, 148 et 177 et au moins une sonde provenant de chacun des groupes suivants :

   - SEQ ID 114, 115, 127-129, 227-234, 243, 249, 250, 261

   - SEQ ID 116, 117, 130-133, 244-248, 251-260, 262-266 et/ou au moins une sonde parmi les : SEQ ID 267 et 269, chacune avec la SEQ ID 268, possiblement fixée à un support solide ;

   (iv) un tampon d'hybridation ou des composants nécessaires à produire ledit tampon ;

   (v) une solution de lavage ou des composants nécessaires à produire ladite solution ;

   (vi) quand cela est approprié, un moyen de détection des hybrides qui résultent de la précédente hybridation ;

   (vii) quand cela est nécessaire, un moyen pour fixer ladite sonde à un emplacement connu sur un support solide.
4. Mutant de HBV comprenant une séquence nucléotidique qui contient une mutation de résistance médicamenteuse dans le gène pol de RT de HBV, dans lequel la mutation conduit à un changement d'acide aminé dans le motif YMDD de la polymérase de HBV, dans lequel le changement d'acide aminé est d'un M en un V à la position 552 comme indiqué dans la figure 1.
5. Procédé d'identification, dans un échantillon, d'un mutant de HBV, tel que défini dans la revendication 4, comprenant les étapes consistant à :

   (i) libérer, isoler ou concentrer les acides polynucléiques présents dans ledit échantillon ;

   (ii) facultativement, amplifier au moins une partie du gène de HBV présent dans ledit échantillon avec au moins une paire appropriée d'amorces ;

   (iii)déterminer la présence ou l'absence d'une mutation dans le gène pol de RT de HBV, conduisant à un changement d'acide aminé dans le motif YMDD de la polymérase de HBV, dans lequel le changement d'acide aminé est d'un M en un V à la position 552 comme indiqué dans la figure 1, et en identifiant de ce fait l'existence dans ledit échantillon d'une souche de HBV ayant une résistance médicamenteuse.