HK1020759B - Method for typing and detecting hbv - Google Patents

Claims (5)

1. Verfahren zum Nachweisen sowohl von HBV-Genotypen von Stämmen als auch arzneimittelresistenten HBV-Mutanten in einer biologischen Probe, umfassend

   (i) bei Bedarf Freisetzen, Isolieren oder Konzentrieren der in der Probe vorhandenen Polynukleinsäuren;

   (ii) bei Bedarf Amplifizieren des relevanten Teils eines in der Probe vorhandenen geeigneten HBV-Gens mit mindestens einem geeigneten Primer-Paar,

   (iii) Hybridisieren der Polynukleinsäuren von Schritt (i) oder (ii) mit einer Kombination von mindestens einer Sonde aus jeder der nachstehenden Gruppen:

   - SEQ ID NO: 77, 81, 139-141, 190-194

   - SEQ ID NO: 78, 142-147, 149

   - SEQ ID NO: 79, 150-161, 204

   - SEQ ID NO: 82, 162-169, 208

   - SEQ ID NO: 170-176, 213

   - SEQ ID NO: 178-189, 214-219,

   - gegebenenfalls ein oder mehrere der SEQ ID NO: 80, 148 und 177, und mindestens eine Sonde aus jeder der folgenden Gruppen:

   - SEQ ID NO: 114, 115, 127-129, 227-234, 243, 249, 250, 261

   - SEQ ID NO: 116, 117, 130-133, 244-248, 251-260, 262-266 und/oder mindestens eine Sonde aus:

   - SEQ ID NO: 267 und 269, jeweils zusammen mit SEQ ID NO: 268

   (iv) Nachweisen der in Schritt (iii) gebildeten Hybride;

   (v) Herleiten der HBV-Genotypen und arzneimittelresistenten HBV-Mutanten, die in der Probe zugegen sind, aus dem oder den in Schritt (iv) erhaltenen differentiellen Hybridisierungssignal(en)..
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die Oligonukleotidsonden aus Schritt (iii) dadurch gekennzeichnet sind, dass sie Arzneimittel-Resistenz-Mutationen in dem YMDD-Motiv spezifisch nachweisen, wobei die Sonden die folgenden sind:

   - SEQ ID NO: 77, 140 und 193,

   - SEQ ID NO: 78,

   - SEQ ID NO: 153, 154 und 204,

   - SEQ ID NO: 165 und 208,

   - SEQ ID NO: 172 und 213,

   - SEQ ID NO: 186, 216 und 219,

   - SEQ ID NO: 80 und 177,

   - SEQ ID NO: 115 und 127,

   - SEQ ID NO: 116 und 132.
3. Assay-Kit zum Nachweisen von HBV-Genotypen von Stämmen und arzneimittelresistenten HBV-Mutanten, die in einer biologischen Probe zugegen sind, gemäß dem Verfahren nach Anspruch 1, umfassend die folgenden Komponenten:

   (i) wenn geeignet, ein Mittel zum Freisetzen, Isolieren oder Konzentrieren der in der Probe vorhandenen Polynukleinsäuren;

   (ii) wenn geeignet, mindestens ein geeignetes Primer-Paar;

   (iii) mindesten eine Sonde aus jeder der folgenden Gruppen:

   - SEQ ID NO: 77, 81, 139-141, 190-194

   - SEQ ID NO: 78, 142-147, 149

   - SEQ ID NO: 79, 150-161, 204

   - SEQ ID NO: 82, 162-169, 208

   - SEQ ID NO: 170-176, 213

   - SEQ ID NO: 178-189, 214-219

   - gegebenenfalls ein oder mehrere der SEQ ID-NO: 80, 148 und 177, und mindestens eine Sonde aus jeder der folgenden Gruppen:

   - SEQ ID NO: 114, 115, 127-129, 227-234, 243, 249, 250, 261

   - SEQ ID NO: 116, 117, 130-133, 244-248, 251-260, 262-266 und/oder mindestens eine Sonde aus:

   - SEQ ID NO: 267 und 269, jeweils zusammen mit SEQ ID NO: 268, die möglicherweise an einem festen Träger befestigt sind;

   (iv) einen Hybridisierungspuffer oder Komponenten, die zur Herstellung des Puffers notwendig sind;

   (v) eine Waschlösung oder Komponenten, die zur Herstellung der Lösung notwendig sind;

   (vi) wenn geeignet, ein Mittel zum Nachweisen der Hybride, die aus der vorhergehenden Hybridisierung hervorgehen;

   (vii) wenn geeignet, ein Mittel zum Befestigen der Sonde an einer bekannten Stelle auf einem festen Träger.
4. HBV-Mutante, umfassend eine Nukleotidsequenz, die eine arzneimittelresistente Mutation im HBV RT pol-Gen enthält, wobei die Mutation zu einer Aminosäureänderung in dem YMDD-Motiv der HBV-Polymerase führt, und die Aminosäureänderung von M nach V an Position 552 wie in Abbildung 1 angegeben ist.
5. Verfahren zum Identifizieren einer HBV-Mutante nach Anspruch 4 in einer Probe, umfassend

   (i) Freisetzen, Isolieren oder Konzentrieren der in der Probe vorhandenen Polynukleinsäuren;

   (ii) gegebenenfalls Amplifizieren von mindestens einem Teil des in der Probe vorhandenen HBV-Gens mit mindestens einem Primer-Paar,

   (iii) Bestimmen der Anwesenheit oder Abwesenheit einer Mutation in dem HBV RT pol-Gen, die zu einer Aminosäureänderung in dem YMDD-Motiv der HBV-Polymerase führt, wobei die Aminosäureänderung von M nach V an Position 552 wie in Abbildung 1 angegeben ist, und dadurch Identifizieren der Existenz eines HBVarzneimittelresistenten Stammes in der Probe.