FR2793808A1 - Procede d'analyse de la predisposition genetique d'un patient a au moins une maladie - Google Patents
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- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
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-
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Abstract
La présente invention concerne un procédé d'analyse de la prédisposition génétique d'un patient à au moins une maladie, consistant à mettre un échantillon liquide contenant au moins un type d'amplicons, issus de l'amplification d'au moins une région polymorphe d'intérêt en rapport avec la ou les maladies recherchées, en présence de sondes choisies de la façon suivante :- au moins une sonde spécifique de typage, dite à faible résolution, capable de s'hybrider sur la région polymorphe d'intérêt d'au moins un gène ou un groupe d'allèles de ce gène porté par l'amplicon et associé à ladite ou auxdites maladies, et - au moins une sonde spécifique de sous-typage, dite à haute résolution, capable de s'hybrider sur ladite région polymorphe d'intérêt de l'allèle ou du groupe d'allèles spécifique de la sonde de typage, dite à faible résolution,la ou les sondes à haute résolution permettant de discriminer le ou les allèles associés à la susceptibilité et/ ou le ou les allèles associés à la résistance à ladite ou auxdites maladies, selon leur hybridation ou leur non hybridation.L'invention trouve une application préférentielle dans le domaine du diagnostic.
Description
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DESCRIPTION
La présente invention concerne un procédé d'analyse de la prédisposition génétique d'un patient à au moins une maladie, telle que la polyarthrite rhumatoïde ou la spondylarthrite ankylosante.
La présente invention concerne un procédé d'analyse de la prédisposition génétique d'un patient à au moins une maladie, telle que la polyarthrite rhumatoïde ou la spondylarthrite ankylosante.
Chaque individu dispose d'un patrimoine génétique propre, hérité de ses ascendants. Ce contexte génétique particulier peut parfois activement participer à l'apparition et/ou au développement de certaines affections : infections par un agent pathogène (virus du SIDA par exemple), maladies autoimmunes (maladies rhumatismales par exemple). Les gènes du Complexe Majeur d'Histocompatibilité (CMH) notamment les gènes codant pour les antigènes HLA (Human Leukocyte Antigens), jouent un rôle prépondérant dans le développement des pathologies autoimmunes articulaires comme la polyarthrite rhumatoïde (Lawrence, 1970 ; 1978 ; 1979 ; 1983 ; 1986 ; 1987 ; 1988 ; Todd, 1988 ; Wordsworth, 1989 ; Nepom, 1989 ; Hiraiwa, 1990 ; Nepom, 1991) ou la spondylarthrite ankylosante (Brewerton, 1973 ; 1973 ; 1990).
Une partie importante de la composante génétique de la susceptibilité à la polyarthrite rhumatoïde a pu être associée aux gènes HLA-DRB, codant pour la chaîne P des molécules HLA-DR impliquées dans la présentation des peptides aux lymphocytes T, fonction pivot au c#ur des mécanismes de régulation de la réponse immunitaire. II a été montré plus précisément que la présence d'une séquence particulière de cinq acides aminés, correspondant aux positions 70 à 74 de la troisième région hypervariable des molécules HLA-DRss1, était retrouvée pour différents allèles rapportés comme étant associés à la polyarthrite rhumatoïde. L'implication de cet épitope partagé correspondant aux séquences QKRAA ou QRRAA ou RRRAA (code à une lettre des acides aminés) est désormais bien documentée. Cette explication moléculaire est également cohérente avec l'observation d'une sévérité graduelle de la maladie lorsque le génotype comprend aucun, un ou deux allèles de susceptibilité, communément appelée effet dose.
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La spondylarthrite ankylosante est une autre maladie inflammatoire, pour laquelle une très forte association avec l'antigène HLA-B27 (risque relatif: 69,1) est observée (Baarsma, 1992). En 1977, Schlosstein a publié la forte association entre HLA-B27 et différentes spondylarthropathies (Schlosstein, 1977). Différentes hypothèses sont avancées pour expliquer cette association, impliquant là encore la fonction de présentation de peptides spécifiques, des molécules HLA-B27.
Une association positive a été également publiée entre HLA-B27 et l'uvéite antérieure aiguë (risque relatif : 8,2).
La détection d'antigène (s) présente un intérêt clinique certain, comme en atteste la pratique courante de cette analyse prescrite en consultation de rhumatologie.
La détection d'allèle (s) est également possible en utilisant les techniques de biologie moléculaire d'amplification et d'analyse des régions spécifiques d'intérêt.
Ainsi, en 1985, Weiss a publié l'organisation, la séquence et l'expression du gène HLA-B27. En 1991, Hill a publié une technique d'amplification par PCR des régions polymorphes du gène HLA-B et la détection du HLA-B*2703 par hybridation avec une sonde spécifique (Hill, 1991). En 1992, Dominguez a publié la description de la première méthode de génotypage du B27, après amplification par PCR des régions polymorphes du gène HLA-B.
Actuellement en ce qui concerne la polyarthrite rhumatoïde, l'identification d'allèle(s) de susceptibilité est généralement faite en routine au cours d'un typage HLA-DR de faible résolution ou générique, permettant notamment la détection d 'antigène(s) HLA-DR4 ou d'allèle(s) HLA-DRBI *04.
Ces tests sont effectuées par les centres spécialisés dans l'étude des gènes HLA, tels les centres de transfusions sanguines ou certains hôpitaux spécialisés. Cette identification nécessite donc l'envoi d'un échantillon et l'utilisation d'une technologie assez lourde. Les conséquences négatives sont donc nombreuses, telles que : - les risques de perte de l'échantillon,
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- la longue durée de cette identification, - le coût relativement élevé de ladite identification, et - l'absence de contrôle par le demandeur sur le prestataire de services.
L'état de la technique est très limité en ce qui concerne les associations HLADR etpolyarthrite rhumatoide, qui utilisent une technologie de biologie moléculaire.
Dans le cadre de la spondylarthrite ankylosante, l'état de la technique est constitué essentiellement de techniques d'immunologie. C'est le cas de la demande de brevet WO-A-95/30152 qui permet l'identification de l'antigène B27. Ainsi, concernant la spondylarthrite ankylosante, une simple recherche d'antigène HLA-B27 est habituellement pratiquée en utilisant une technique sérologique (cytométrie de flux ou cytotoxicité, avec un anticorps spécifique anti-B27).
Ces techniques sont rapides mais des réactions faussement négatives sont parfois observées du fait du masquage des antigènes B27 par des autoanticorps ou des peptides (Neumüller, 1993 ; Kirveskari, 1997). De plus, comme toute technique d'analyse d'antigènes exprimés à la surface des lymphocytes, des précautions de bonne conservation des cellules sont nécessaires, parfois contraignantes.
Toujours dans ce domaine, l'état de la technique est également constitué de techniques de biologie moléculaire. Ainsi, le brevet US-A-4,971,902 concerne des sondes de diagnostic de la prédisposition d'un patient à la polyarthrite rhumatoïde.
Ces sondes sont basées sur la reconnaissance du groupe d'allèles DRBI *04.
Toutefois, si ce groupe d'allèles DRB 1 *04 est effectivement associé à la polyarthrite rhumatoïde, tous les allèles actuellement connus (DRB1*0401 à DRB 1 *0427) ne sont pas forcément associés à cette maladie. Il peut en résulter que si l'on se limite à un typage du groupe d'allèles DRB 1 *04, en fonction des allèles présents, on pourra obtenir, outre de vrais positifs ou de vrais négatifs, des faux positifs qui vont alarmer inutilement le médecin et le patient.
Qu'il s'agisse d'une technique sérologique (analyse des antigènes DR à l'aide d'une batterie de sérums de spécificité connue : résultats rendus selon la nomenclature DR1 à DR10) ou d'une technique de biologie moléculaire (analyse des allèles DRB1 : résultats rendus selon la nomenclature DRB1*01 à DRB1*10), le clinicien s'intéresse
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essentiellement à la présence d'antigène(s) DR4 ou d'allèle(s) DRB1*04, avec l'information effet dose éventuellement.
En cas de résultats suggérant une prédisposition à la maladie, un deuxième test est généralement pratiqué, utilisant une technique de biologie moléculaire dite de haute résolution dite de sous-typage du DR4, pour préciser l'allèle DRB1 *04 (DRBI *0401 à 0427 selon la nomenclature officielle en 1998), seuls les allèles DRB1*0401, 0404, 0405 et 0408 étant rapportés comme étant associés à la maladie.
Ces tests sont fiables mais longs, plusieurs jours, et coûteux.
Le procédé d'analyse revendiqué permet une analyse simplifiée sur le plan pratique, plus rapide, moins de deux heures, après préparation des amplicons, et peu onéreuse.
A cet effet, la présente invention concerne un procédé d'analyse de la prédisposition génétique d'un patient à au moins une maladie, consistant à mettre un échantillon liquide contenant au moins un type d'amplicons, issus de l'amplification d'au moins une région polymorphe d'intérêt en rapport avec la ou les maladies recherchées, en présence de sondes choisies de la façon suivante : - au moins une sonde spécifique de typage, dite à faible résolution, capable de s'hybrider sur la région polymorphe d'intérêt d'au moins un gène ou un groupe d'allèles de ce gène porté par l'amplicon et associé à ladite ou auxdites maladies, et - au moins une sonde spécifique de sous-typage, dite à haute résolution, capable de s'hybrider sur ladite région polymorphe d'intérêt de l'allèle ou du groupe d'allèles spécifique de la sonde de typage, dite à faible résolution, la ou les sondes à haute résolution permettant de discriminer le ou les allèles associés à la susceptibilité et/ou le ou les allèles associés à la résistance à ladite ou auxdites maladies, selon leur hybridation ou leur non hybridation.
Afin de détecter la présence d'un autre allèle, lorsqu'un seul allèle du gène ou du groupe d'allèles de ce gène a été détecté, par au moins une sonde spécifique de typage à faible résolution, correspondant au (x) groupe (s) le procédé
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consiste à mettre les amplicons en présence d'au moins une sonde spécifique d'au moins un autre allèle, correspondant au polymorphisme dudit gène ou dudit groupe d'allèles de ce gène détecté par la ou les sondes à faible résolution.
Chaque sonde à faible ou à haute résolution, spécifique de la ou des maladies recherchées, comporte au moins un motif caractéristique de ladite ou desdites maladies recherchées.
Dans le cas où l'on souhaite détecter des allèles HLA-DR de susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde et autres maladies associées, on utilise : - au moins une sonde à faible résolution capable de s'hybrider sur le groupe d'allèles DRB 1 *04, - au moins une sonde à haute résolution, associée à la susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde, capable de s'hybrider avec les allèles suivants : DRB1*0101, DRB 1 *0401, DRB1 *0404, DRB1 *0405, DRB 1 *0408 et DRB 1 * 1402, - au moins une sonde à haute résolution, associée à la résistance génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde, capable de s'hybrider avec les allèles suivants : DRB 1 *0402, DRB 1 *0403, DRB1 *0406 et DRB 1 *0407.
De plus, on utilise au moins une sonde à faible résolution capable de s'hybrider sur le groupe d'allèles DRB 1*01et sur l'allèle DRB 1 * 10.
Dans le cas où l'on souhaite détecter la présence d'un autre allèle lorsqu'un seul allèle du groupe d'allèles DRB 1 *04 a été détecté, on utilise au moins une sonde capable de s'hybrider sur les allèles suivants: DRB 1 *02, DRB 1 *03, DRB 1 *07, DRB 1 *08, DRB1*09, DRB1*11, DRB1*12, DRB1*13 et DRB1*14.
En ce qui concerne les sondes en rapport avec ces allèles, on utilise : - une sonde SEQID NO 3 pour le typage de DRB 1 *04, - deux sondes à haute résolution, associées à la susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde : - SEQ ID NO 4 pour DRB 1 *0401, - SEQ ID N07 pour DRB 1*0101, DRB 1 *0404, DRB 1 *0405, et
DRB 1 *0408, DRB 1 * 1402,
DRB 1 *0408, DRB 1 * 1402,
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- deux sondes à haute résolution, associées à la résistance génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde : - SEQ ID NO 5 pour DRB 1 *0402, et - SEQ ID NO 6 pour DRB 1 *0403, DRB 1 *0406, DRB 1 *0407.
Plus précisément, on utilise également une sonde à haute résolution, SEQ ID NO 8 spécifique de DRB1 *0405, associée à la susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde.
De plus, on utilise les deux sondes suivantes pour le typage : - SEQ ID NO 11pour le groupe d'allèles DRB 1 *01, et - SEQ ID NO 15 pour l'allèle DRB 1 * 10.
Dans le cas où l'on souhaite détecter la présence d'un autre allèle lorsqu'un seul allèle du groupe d'allèles DRB 1 *04 a été détecté, l'on utilise quatre sondes de typage suivantes : - SEQ ID NO 13pour DRB 1 *02, - SEQ ID NO 14 pour DRB 1 *07, DRB 1 *09, - SEQ ID NO 16 pour DRB 1 *08, DRB 1 * 12, et - SEQ ID NO 12 pour DRB 1 *03, DRB 1 * 11, DRB 1 * 13, DRB 1 * 14.
Quel que soit le cas de figure, chaque sonde à faible ou à haute résolution, spécifique des allèles de suscetibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde et autres maladies associées, comporte l'un des motifs caractéristiques suivants : QKRAA, QRRAA ou RRRAA.
Au moins une sonde de contrôle, capable de s'hybrider avec l'ensemble des gènes DRB1, est utilisée pour permettre la détection de tous les gènes DRB 1, tel que SEQ ID NO 1 : TTC GAC AGC GAC GTG GGG.
Si l'on veut en plus détecter des allèles de susceptibilité génétique à la Spondylarthrite Ankylosante et autres maladies associées, on utilise au moins une sonde à faible résolution, telle que SEQ ID NO 10, capable de s'hybrider sur le gène HLA-B, spécifique du groupe d'allèles HLA-B27.
Si l'on veut en plus détecter la susceptibilité génétique associée au Lupus Erythémateux Disséminé, à la Connectivite, au Syndrôme de Sjôgren et autres maladies
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associées, on utilise au moins une sonde à faible résolution, telle que SEQ ID NO 19, capable de s'hybrider sur le gène HLA-DR, spécifique du groupe d'allèles HLA- DRB 1 *03.
Quelle que soit la détection recherchée, au plus 38,89 % des bases d'une même sonde à faible résolution ou à haute résolution est remplacée par au moins une base analogue, telle que l'inosine.
Selon une variante de réalisation du procédé, chaque sonde spécifique à faible résolution ou à haute résolution, est placée dans un puits d'un plaque de microtitration indépendamment des autres sondes.
Selon une autre variante de réalisation du procédé, toutes les réactions sont réalisées simultanément.
Préalablement au procédé exposé ci-dessus, au moins une amplification de la ou des régions polymorphes d'intérêt est effectuée.
Une amplification de la ou des régions polymorphes d'intérêt associées au HLA-DR et une amplification de la ou des régions polymorphes d'intérêt associées au HLA-B sont effectuées simultanément.
Les exemples ci-joint sont donnés à titre d'exemple explicatif et n'ont aucun caractère limitatif. Ils permettront de mieux comprendre l'invention.
La présente invention concerne un procédé de détection de maladies génétiques qui est rapide et d'un faible coût. Cette nouvelle technologie peut être utilisée avec toutes les maladies génétiques et particulièrement avec la polyarthrite rhumatoïde, la spondylarthrite ankylosante et d'autres maladies auto-immunes, telles que les connectivités (lupus, sclérodermie, ...) également rencontrées lors de consultation de rhumatologie.
Il s'agit d'un procédé dédié à l'analyse de prédispositions génétiques d'un individu à certaines maladies, par une technique de biologie moléculaire permettant l'analyse simultanée de plusieurs gènes. Ce procédé peut être avantageusement
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appliqué à l'analyse des prédispositions génétiques d'un individu, pour une maladie ou un ensemble de maladies apparentées, associée (s) un ou plusieurs gènes. Ce procédé peut être appliqué à l'analyse des prédispositions génétiques d'un individu à certaines maladies auto-immunes inflammatoires comme la polyarthrite rhumatoïde et la spondylarthrite ankylosante.
L'intérêt de ce procédé est d'obtenir en une étape, avec un test multiple mais unique, un ensemble complet d'informations pertinentes d'intérêt clinique (diagnostique, pronostique et d'orientation thérapeutique). Le procédé se décompose en plusieurs étapes : 1) extraction d'acides nucléiques à partir d'un prélèvement biologique de l'individu, 2) amplification des régions d'intérêt, pour lesquelles un polymorphisme associé à une prédisposition génétique à une pathologie a été décrit, et 3) analyse simultanée des amplicons, utilisant un ensemble de réactions d'hybridation mettant en #uvre un jeu de sondes moléculaires permettant l'analyse précise d'allèles ou de groupes d'allèles donnés.
I - Exemple d'analyse simultanée des prédispositions génétiques d'un individu pour la polyarthrite rhumatoïde et la spondylarthrite ankylosante : 1 ) Extraction d'acides désoxyribonucléiques (ADN) à partir d'un échantillon de sang périphérique :
Cette extraction est réalisée de manière tout à fait classique. En fait, on peut utiliser n'importe quelle technique d'extraction d'ADN, permettant d'obtenir du matériel susceptible d'être ultérieurement amplifié par un procédé d'amplification comme la Polymerase Chain Reaction (PCR) Ces techniques de lyse des cellules, avec
Cette extraction est réalisée de manière tout à fait classique. En fait, on peut utiliser n'importe quelle technique d'extraction d'ADN, permettant d'obtenir du matériel susceptible d'être ultérieurement amplifié par un procédé d'amplification comme la Polymerase Chain Reaction (PCR) Ces techniques de lyse des cellules, avec
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extraction puis purification des acides nucléiques sont habituellement celles recommandées pour des analyses génétiques, ou techniques rapides utilisant des produits commerciaux, telles que QIAmp Blood Kit (Marque déposée) de QIAGEN S. A.
2 ) Amplification simultanée par PCR :
Cette amplification concerne les loci suivants - le locus HLA-DR : la région de l'exon 2 correspondant aux codons 5 à 94 selon la nomenclature officielle, des gènes HLA-DRB - le locus HLA-B : incluant la région de l'exon 2 correspondant aux codons 25 à 114 selon la nomenclature officielle, du gène HLA-B
Le tableau 1 ci-dessous décrit les amorces utilisées lors de l'amplification des deux loci précédemment décrit. Il donne également l'ensemble des conditions physicochimiques permettant la réalisation de cette amplification.
Cette amplification concerne les loci suivants - le locus HLA-DR : la région de l'exon 2 correspondant aux codons 5 à 94 selon la nomenclature officielle, des gènes HLA-DRB - le locus HLA-B : incluant la région de l'exon 2 correspondant aux codons 25 à 114 selon la nomenclature officielle, du gène HLA-B
Le tableau 1 ci-dessous décrit les amorces utilisées lors de l'amplification des deux loci précédemment décrit. Il donne également l'ensemble des conditions physicochimiques permettant la réalisation de cette amplification.
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Amorces- <SEP> PI <SEP> (amorce <SEP> 5'-DR) <SEP> : <SEP>
<tb> CCG <SEP> GAT <SEP> CCT <SEP> TCG <SEP> TGT <SEP> CCC <SEP> CAC <SEP> AGC <SEP> ACG <SEP> (5'>3')
<tb> - <SEP> P2 <SEP> (amorce <SEP> 3'-DR) <SEP> : <SEP>
<tb> TCG <SEP> CCG <SEP> CTG <SEP> CAC <SEP> TGT <SEP> GAA <SEP> G <SEP> (5'>3')
<tb> - <SEP> P3 <SEP> (amorce <SEP> 5'-B) <SEP> : <SEP>
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<tb> - <SEP> P4 <SEP> (amorce <SEP> 3'-B) <SEP> : <SEP>
<tb> ATC <SEP> TCG <SEP> GAC <SEP> CCG <SEP> GAG <SEP> ACT <SEP> (5'>3')
<tb> Mélange <SEP> - <SEP> tampon <SEP> 10X <SEP> TEMAG <SEP> (*) <SEP> : <SEP> 10 <SEP> l
<tb> réactionnel <SEP> - <SEP> dNTPs <SEP> (20 <SEP> mM) <SEP> : <SEP> 1 <SEP> l <SEP> (0. <SEP> 2 <SEP> mM <SEP> final)
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<tb> - <SEP> AmpliTaq <SEP> (5 <SEP> U/ l) <SEP> : <SEP> 0.5 <SEP> l <SEP> (2. <SEP> 5 <SEP> U)
<tb> - <SEP> ADN <SEP> : <SEP> 100-500 <SEP> ng
<tb> - <SEP> H2O <SEP> : <SEP> QSP <SEP> 100 <SEP> l
<tb> Programme <SEP> (5 <SEP> min <SEP> @ <SEP> 96 C) <SEP> + <SEP> 10 <SEP> x <SEP> (10 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 98 C <SEP> + <SEP> 30 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 65 C <SEP> + <SEP> 30 <SEP> sec <SEP> @
<tb> d'amplification <SEP> 72 C) <SEP> + <SEP> 30 <SEP> x <SEP> (20 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 96 C <SEP> + <SEP> 30 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 65 C <SEP> + <SEP> 30 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 72 C)
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<tb> d'amplification <SEP> 72 C) <SEP> + <SEP> 30 <SEP> x <SEP> (20 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 96 C <SEP> + <SEP> 30 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 65 C <SEP> + <SEP> 30 <SEP> sec <SEP> @ <SEP> 72 C)
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Tableau 1 : amplification simultanée des régions d'intérêt HLA-DR et HLA-B (*): Tampon 10X TEMAG : 500 mM Tris-HCI pH 8.8 , 150 mM Sulfate Ammonium, 15 mM MgCl2, 500 M EDTA, 0.1 % gélatine 3 ) Analyse simultanée des amplicons :
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Cette analyse utilise un ensemble de réactions d'hybridation mettant en #uvre un jeu de sondes oligonucléotidiques permettant l'analyse précise d'allèles ou de groupes d'allèles HLA-DRBI et HLA-B*27 importants pour l'étude de prédisposition génétique à la polyarthrite rhumatoïde et à la spondylarthrite ankylosante notamment.
Le tableau 2 décrit l'ensemble des sondes qui est utilisé pour la détection de ces deux maladies. Les indications qui sont données de la gauche vers la droite sont les suivantes : - la référence de la sonde attribué dans la nomenclature HLA, - le numéro de la séquence attribué dans ce document, - le gène HLA concerné, - la séquence constituant cette sonde, et - la localisation des codons (trois nucléotides) sur les gènes HLA.
<Desc/Clms Page number 12>
<tb>
<tb>
<tb>
Sonde <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> Gène <SEP> Séquence <SEP> (5'>3') <SEP> Localisation
<tb> NO <SEP> HLA <SEP> (codons)
<tb> C <SEP> + <SEP> 1 <SEP> DR <SEP> TTC <SEP> GAC <SEP> AGC <SEP> GAC <SEP> GTG <SEP> GGG <SEP> 40-45 <SEP>
<tb> C <SEP> - <SEP> 2 <SEP> - <SEP> TAT <SEP> GAA <SEP> ACT <SEP> TAT <SEP> GGG <SEP> GAT <SEP> AC <SEP> -
<tb> 4 <SEP> 3 <SEP> DR <SEP> GAT <SEP> ACT <SEP> TCT <SEP> ATC <SEP> ACC <SEP> A <SEP> 29-34
<tb> QK71 <SEP> 4 <SEP> DR <SEP> GAG <SEP> CAG <SEP> AAI <SEP> CGG <SEP> ICC <SEP> 69-73 <SEP>
<tb> GAG <SEP> CAG <SEP> AAG <SEP> CGG <SEP> GCC
<tb> IDE71 <SEP> 5 <SEP> DR <SEP> CTG <SEP> GAA <SEP> GAC <SEP> GAI <SEP> CGG <SEP> 68-72 <SEP>
<tb> CTG <SEP> GAA <SEP> GAC <SEP> GAG <SEP> CGG
<tb> E74 <SEP> 6 <SEP> DR <SEP> AGC <SEP> AIA <SEP> IGC <SEP> IGG <SEP> ICI <SEP> AII <SEP> 69-75
<tb> AGCAGA <SEP> GGC <SEP> GGG <SEP> CCG <SEP> AGG
<tb> QR71 <SEP> 7 <SEP> DR <SEP> CAG <SEP> AGG <SEP> CGI <SEP> GII <SEP> ICI <SEP> GTG <SEP> 70-75 <SEP>
<tb> CAG <SEP> AGG <SEP> CGG <SEP> GCC <SEP> GCG <SEP> GTG
<tb> S57 <SEP> 8 <SEP> DR <SEP> GCC <SEP> TAG <SEP> CGC <SEP> CGA <SEP> GTA <SEP> 55-60 <SEP>
<tb> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> 9 <SEP> B <SEP> AAA <SEP> TAC <SEP> CTC <SEP> ATG <SEP> GAG <SEP> TGG <SEP> GAG <SEP> CC <SEP> 25-32 <SEP> (*)
<tb> B27 <SEP> 10 <SEP> B <SEP> TGC <SEP> CTT <SEP> IGC <SEP> CTT <SEP> ICA <SEP> GAT <SEP> 90-95 <SEP> (*)
<tb> TGC <SEP> CTT <SEP> GGC <SEP> CTT <SEP> GCA <SEP> GAT
<tb> 1 <SEP> 11 <SEP> DR <SEP> TGG <SEP> CAG <SEP> CTT <SEP> AAG <SEP> TTT <SEP> GAA <SEP> 9-14 <SEP>
<tb> 52 <SEP> 12 <SEP> DR <SEP> TAC <SEP> TCT <SEP> ACG <SEP> TCT <SEP> GAG <SEP> T <SEP> 10-15 <SEP>
<tb> 2 <SEP> 13 <SEP> DR <SEP> CAG <SEP> CCT <SEP> AAG <SEP> AGG <SEP> GAG <SEP> TG <SEP> 10-15 <SEP>
<tb> 7+9 <SEP> 14 <SEP> DR <SEP> IAG <SEP> GTI <SEP> GAC <SEP> AIC <SEP> GTG <SEP> TGC <SEP> 74-79
<tb> CAG <SEP> GTG <SEP> GAC <SEP> ACC <SEP> GTG <SEP> TGC
<tb> 10 <SEP> 15 <SEP> DR <SEP> GGA <SEP> GGA <SEP> GGT <SEP> TAA <SEP> GTT <SEP> 8-13
<tb> 8+12 <SEP> 16 <SEP> DR <SEP> CTC <SEP> TAC <SEP> GGG <SEP> IGA <SEP> GT <SEP> 10-15
<tb> CTC <SEP> TAC <SEP> GGG <SEP> TGA <SEP> GT
<tb> 3 <SEP> 19 <SEP> DR <SEP> CCG <SEP> GGT <SEP> GGA <SEP> CAA <SEP> CIA <SEP> C <SEP> 73-78
<tb> CCG <SEP> GGT <SEP> GGA <SEP> CAA <SEP> CTA <SEP> C
<tb> D1 <SEP> 17 <SEP> DR <SEP> GAA <SEP> CAG <SEP> CCA <SEP> GAA <SEP> GGA <SEP> C <SEP> 61-66 <SEP>
<tb> D6 <SEP> 18 <SEP> B <SEP> CTC <SEP> GCT <SEP> CTG <SEP> GTT <SEP> GTA <SEP> GTA <SEP> G <SEP> 106-113 <SEP> (*)
<tb>
<tb> NO <SEP> HLA <SEP> (codons)
<tb> C <SEP> + <SEP> 1 <SEP> DR <SEP> TTC <SEP> GAC <SEP> AGC <SEP> GAC <SEP> GTG <SEP> GGG <SEP> 40-45 <SEP>
<tb> C <SEP> - <SEP> 2 <SEP> - <SEP> TAT <SEP> GAA <SEP> ACT <SEP> TAT <SEP> GGG <SEP> GAT <SEP> AC <SEP> -
<tb> 4 <SEP> 3 <SEP> DR <SEP> GAT <SEP> ACT <SEP> TCT <SEP> ATC <SEP> ACC <SEP> A <SEP> 29-34
<tb> QK71 <SEP> 4 <SEP> DR <SEP> GAG <SEP> CAG <SEP> AAI <SEP> CGG <SEP> ICC <SEP> 69-73 <SEP>
<tb> GAG <SEP> CAG <SEP> AAG <SEP> CGG <SEP> GCC
<tb> IDE71 <SEP> 5 <SEP> DR <SEP> CTG <SEP> GAA <SEP> GAC <SEP> GAI <SEP> CGG <SEP> 68-72 <SEP>
<tb> CTG <SEP> GAA <SEP> GAC <SEP> GAG <SEP> CGG
<tb> E74 <SEP> 6 <SEP> DR <SEP> AGC <SEP> AIA <SEP> IGC <SEP> IGG <SEP> ICI <SEP> AII <SEP> 69-75
<tb> AGCAGA <SEP> GGC <SEP> GGG <SEP> CCG <SEP> AGG
<tb> QR71 <SEP> 7 <SEP> DR <SEP> CAG <SEP> AGG <SEP> CGI <SEP> GII <SEP> ICI <SEP> GTG <SEP> 70-75 <SEP>
<tb> CAG <SEP> AGG <SEP> CGG <SEP> GCC <SEP> GCG <SEP> GTG
<tb> S57 <SEP> 8 <SEP> DR <SEP> GCC <SEP> TAG <SEP> CGC <SEP> CGA <SEP> GTA <SEP> 55-60 <SEP>
<tb> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> 9 <SEP> B <SEP> AAA <SEP> TAC <SEP> CTC <SEP> ATG <SEP> GAG <SEP> TGG <SEP> GAG <SEP> CC <SEP> 25-32 <SEP> (*)
<tb> B27 <SEP> 10 <SEP> B <SEP> TGC <SEP> CTT <SEP> IGC <SEP> CTT <SEP> ICA <SEP> GAT <SEP> 90-95 <SEP> (*)
<tb> TGC <SEP> CTT <SEP> GGC <SEP> CTT <SEP> GCA <SEP> GAT
<tb> 1 <SEP> 11 <SEP> DR <SEP> TGG <SEP> CAG <SEP> CTT <SEP> AAG <SEP> TTT <SEP> GAA <SEP> 9-14 <SEP>
<tb> 52 <SEP> 12 <SEP> DR <SEP> TAC <SEP> TCT <SEP> ACG <SEP> TCT <SEP> GAG <SEP> T <SEP> 10-15 <SEP>
<tb> 2 <SEP> 13 <SEP> DR <SEP> CAG <SEP> CCT <SEP> AAG <SEP> AGG <SEP> GAG <SEP> TG <SEP> 10-15 <SEP>
<tb> 7+9 <SEP> 14 <SEP> DR <SEP> IAG <SEP> GTI <SEP> GAC <SEP> AIC <SEP> GTG <SEP> TGC <SEP> 74-79
<tb> CAG <SEP> GTG <SEP> GAC <SEP> ACC <SEP> GTG <SEP> TGC
<tb> 10 <SEP> 15 <SEP> DR <SEP> GGA <SEP> GGA <SEP> GGT <SEP> TAA <SEP> GTT <SEP> 8-13
<tb> 8+12 <SEP> 16 <SEP> DR <SEP> CTC <SEP> TAC <SEP> GGG <SEP> IGA <SEP> GT <SEP> 10-15
<tb> CTC <SEP> TAC <SEP> GGG <SEP> TGA <SEP> GT
<tb> 3 <SEP> 19 <SEP> DR <SEP> CCG <SEP> GGT <SEP> GGA <SEP> CAA <SEP> CIA <SEP> C <SEP> 73-78
<tb> CCG <SEP> GGT <SEP> GGA <SEP> CAA <SEP> CTA <SEP> C
<tb> D1 <SEP> 17 <SEP> DR <SEP> GAA <SEP> CAG <SEP> CCA <SEP> GAA <SEP> GGA <SEP> C <SEP> 61-66 <SEP>
<tb> D6 <SEP> 18 <SEP> B <SEP> CTC <SEP> GCT <SEP> CTG <SEP> GTT <SEP> GTA <SEP> GTA <SEP> G <SEP> 106-113 <SEP> (*)
<tb>
<Desc/Clms Page number 13>
Tableau 2 : sondesoligonucléotidiques (*) sonde correspondant au brin complémentaire non-codant
Pour certaines sondes, une deuxième séquence en caractères italiques précise la séquence naturelles, c'est-à-dire uniquement constituée des quatre nucléotides adénosine (A), Thymine (T), guanine (G) et cytosine (C). Les autres séquences reprennent les mêmes nucléotides à l'exception de la substitution de certains par des nucléotides différents. Dans le cas présent, il s'agit de l'inosine.
Pour certaines sondes, une deuxième séquence en caractères italiques précise la séquence naturelles, c'est-à-dire uniquement constituée des quatre nucléotides adénosine (A), Thymine (T), guanine (G) et cytosine (C). Les autres séquences reprennent les mêmes nucléotides à l'exception de la substitution de certains par des nucléotides différents. Dans le cas présent, il s'agit de l'inosine.
Certaines séquences ne contiennent pas d'inosine, c'est le cas des SEQ ID NO 1,2, 3,8, 9, 11, 12, 13, 15, 17 et 18. D'autres en contiennent peu, c'est le cas de la SEQ ID NO 19, où il y a une inosine sur un total de seize nucléotides, soit 6,25 % de différences par rapport à la séquence de base. D'autres en contiennent beaucoup plus, comme pour la SEQ ID NO 6, où il y a sept inosines sur un total de dix-huit nucléotides, soit environ 38,89 % de différences par rapport à la séquence de base.
L'utilisation des inosines permet d'améliorer encore la spécificité des sondes vis-à-vis des séquences auxquelles elles vont s'hybrider. La spécificité des sondes de captures est bien précisée dans le tableau 3 ci-après.
<Desc/Clms Page number 14>
<tb>
<tb>
<tb>
Sonde <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> Spécificité
<tb> C <SEP> + <SEP> 1 <SEP> Tous <SEP> les <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP>
<tb> C <SEP> - <SEP> 2 <SEP> Aucun
<tb> 4 <SEP> 3 <SEP> DRB1*04
<tb> QK71 <SEP> 4 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0401 <SEP> notamment, <SEP> allèle <SEP> possédant <SEP> le <SEP> motif <SEP> QKRAA <SEP>
<tb> correspondant <SEP> à <SEP> l'épitope <SEP> partagé
<tb> IDE71 <SEP> 5 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0402 <SEP> notamment
<tb> E74 <SEP> 6 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0403, <SEP> 0406 <SEP> et <SEP> 0407 <SEP> notamment
<tb> QR71 <SEP> 7 <SEP> DRB1*0101, <SEP> 0404, <SEP> 0405, <SEP> 0408 <SEP> et <SEP> 1402 <SEP> notamment, <SEP> allèle
<tb> possédant <SEP> le <SEP> motif <SEP> QRRAA <SEP> correspondant <SEP> à <SEP> l'épitope <SEP> partagé
<tb> S57 <SEP> 8 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0405 <SEP> notamment
<tb> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> 9 <SEP> Tous <SEP> les <SEP> B*
<tb> B27 <SEP> 10 <SEP> B*27 <SEP> notamment
<tb> 1 <SEP> 11 <SEP> DRB1*01
<tb> 52 <SEP> 12 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> * <SEP> 03, <SEP> 11, <SEP> 13 <SEP> et <SEP> 14 <SEP> notamment
<tb> 2 <SEP> 13 <SEP> DRBI*02 <SEP>
<tb> 7+9 <SEP> 14 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *07 <SEP> et <SEP> 09 <SEP>
<tb> 10 <SEP> 15 <SEP> DRB1*10
<tb> 3 <SEP> 19 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *03 <SEP> notamment
<tb> 8+12 <SEP> 16 <SEP> DRB1*08 <SEP> et <SEP> 12 <SEP> notamment
<tb>
Tableau 3 : principales des sondes de capture
Dans ce tableau 3, le terme notamment est parfois associé à certains allèles.
<tb> C <SEP> + <SEP> 1 <SEP> Tous <SEP> les <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP>
<tb> C <SEP> - <SEP> 2 <SEP> Aucun
<tb> 4 <SEP> 3 <SEP> DRB1*04
<tb> QK71 <SEP> 4 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0401 <SEP> notamment, <SEP> allèle <SEP> possédant <SEP> le <SEP> motif <SEP> QKRAA <SEP>
<tb> correspondant <SEP> à <SEP> l'épitope <SEP> partagé
<tb> IDE71 <SEP> 5 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0402 <SEP> notamment
<tb> E74 <SEP> 6 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0403, <SEP> 0406 <SEP> et <SEP> 0407 <SEP> notamment
<tb> QR71 <SEP> 7 <SEP> DRB1*0101, <SEP> 0404, <SEP> 0405, <SEP> 0408 <SEP> et <SEP> 1402 <SEP> notamment, <SEP> allèle
<tb> possédant <SEP> le <SEP> motif <SEP> QRRAA <SEP> correspondant <SEP> à <SEP> l'épitope <SEP> partagé
<tb> S57 <SEP> 8 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *0405 <SEP> notamment
<tb> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> 9 <SEP> Tous <SEP> les <SEP> B*
<tb> B27 <SEP> 10 <SEP> B*27 <SEP> notamment
<tb> 1 <SEP> 11 <SEP> DRB1*01
<tb> 52 <SEP> 12 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> * <SEP> 03, <SEP> 11, <SEP> 13 <SEP> et <SEP> 14 <SEP> notamment
<tb> 2 <SEP> 13 <SEP> DRBI*02 <SEP>
<tb> 7+9 <SEP> 14 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *07 <SEP> et <SEP> 09 <SEP>
<tb> 10 <SEP> 15 <SEP> DRB1*10
<tb> 3 <SEP> 19 <SEP> DRB <SEP> 1 <SEP> *03 <SEP> notamment
<tb> 8+12 <SEP> 16 <SEP> DRB1*08 <SEP> et <SEP> 12 <SEP> notamment
<tb>
Tableau 3 : principales des sondes de capture
Dans ce tableau 3, le terme notamment est parfois associé à certains allèles.
L'explication réside dans le fait qu'il existe d'autres allèles. Ainsi avec la SEQ ID NO 5, on détecte le DRB 1 *0402 mais également le DRB 1 *0414. Ce dernier est très rare, tellement rare qu'aucune étude n'a été entreprise à ce jour, pour lier sa présence à celle de la polyarthrite rhumatoïde. Néanmoins, les motifs de ces deux allèles étant
<Desc/Clms Page number 15>
semblables au niveau des régions polymorphes d'intérêt, il y a de forte chance que leur susceptibilité soit identique vis-à-vis de cette maladie.
Les sondes Dl et D6, correspondant aux SEQ ID NO 17 et l8sont des sondes de détection.
Elles reconnaissent les régions observées chez tous les allèles d'un même gène.
Ainsi, la sonde SEQ ID NO 17 est choisie dans une région conservée du gène HLA DR, alors que la sonde SEQ ID NO 18 est choisie dans une région conservée du gène HLA B.
Cette analyse des sondes peut être effectuée sur des plaques de micro-titration ou micro-plaques dont le format est normalisé. Ces plaques comportent des barrettes isolées de huit puits, qui peuvent être assemblées selon le nombre de tests à réaliser. Pour des impératifs de commodité et de coût, l'utilisation de deux barrettes par tests et avantageuse.
L'objectif est d'obtenir des résultats avec un minimum de barrettes, car le coût de fabrication doit être le plus réduit possible tout en ayant des prestations de très haut niveau. Ce minimum correspond à deux barrettes.
Dans le cas de la polyarthrite rhumatoïde et de la spondylarthrite ankylosante, on peut donc utiliser deux barrettes, qui seront respectivement appelées RI et R2. Si pour la barrette RI, une possibilité est proposer, deux cas de figure sont possibles en ce qui concerne R2.
<Desc/Clms Page number 16>
<tb>
<tb>
<tb>
Barrette <SEP> RI <SEP> Barrette <SEP> R2 <SEP> Barrette <SEP> R2bis
<tb> C <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP>
<tb> C <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> B27 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> B27 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10
<tb> 4 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 1 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 11 <SEP> 1 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 11
<tb> QK71 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 52 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 52 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12
<tb> IDE71 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 2 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP>
<tb> E74 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 7+9 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 3 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 19 <SEP>
<tb> QR71 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 10 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 10 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7
<tb> S57 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 8+12 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 16 <SEP> 7+9+8+12 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14
<tb> et <SEP> 16
<tb>
Tableau 4 : du multi-test (répartition des sondes dans les puits)
La barrette RI comporte un contrôle positif (SEQ ID NO 1), qui permet de détecter tous les allèles du gène DRB *, ce qui permet de contrôler que l'amplification a bien concerné la région d'intérêt comprise entre les amorces P1et P2 décrites dans le tableau 1. Le contrôle négatif (SEQ ID NO 2) n'a pas d'objectif diagnostic, il n'est présent que pour répondre à certaines normes. Cette séquence n'est absolument pas spécifique du HLA, et correspond à une séquence aléatoire non retrouvée chez les gènes HLA.
<tb> C <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> C <SEP> + <SEP> (B) <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP>
<tb> C <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> B27 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> B27 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10
<tb> 4 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 1 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 11 <SEP> 1 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 11
<tb> QK71 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 52 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 52 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12
<tb> IDE71 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 2 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP>
<tb> E74 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 7+9 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 3 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 19 <SEP>
<tb> QR71 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 10 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 10 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7
<tb> S57 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 8+12 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 16 <SEP> 7+9+8+12 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14
<tb> et <SEP> 16
<tb>
Tableau 4 : du multi-test (répartition des sondes dans les puits)
La barrette RI comporte un contrôle positif (SEQ ID NO 1), qui permet de détecter tous les allèles du gène DRB *, ce qui permet de contrôler que l'amplification a bien concerné la région d'intérêt comprise entre les amorces P1et P2 décrites dans le tableau 1. Le contrôle négatif (SEQ ID NO 2) n'a pas d'objectif diagnostic, il n'est présent que pour répondre à certaines normes. Cette séquence n'est absolument pas spécifique du HLA, et correspond à une séquence aléatoire non retrouvée chez les gènes HLA.
La SEQ ID NO 3 permet le typage de l'ensemble des allèles qui constitue le groupe DRB 1 *04. Elle permet l'identification de tous les allèles DRB 1 *04, allèles appartenant au groupe défini par des techniques de typage HLA par sérologie, comme le groupe DR4. Il s'agit d'une sonde à faible résolution, c'est-à-dire que de nombreux allèles peuvent être reconnus par celle-ci.
Les SEQ ID NO 4 à 8 permettent, quant à elles, le sous-typage de certains des allèles qui constituent le groupe DRB 1 *04, en précisant le ou les allèles partageant une séquence particulière. Il s'agit de sondes à haute résolution, c'est-à-dire que quelques allèles, voire un seul, peuvent être ceconnus par une de ces sondes.
<Desc/Clms Page number 17>
Toutes ces sondes sont utilisées pour détecter les allèles possédant l'épitope partagé associés à la prédisposition génétique à la polyarthrite rhumatoïde. Plus particulièrement, les sondes SEQ ID NO 4 et 7 permettent de détecter les allèles associés à la susceptibilité à la polyarthrite rhumatoïde, , et les sondes SEQ ID NO 5 et 6 permettent de détecter les allèles associés à la résistance à ladite polyarthrite rhumatoïde. La sonde SEQ ID NO 8 permet de confirmer la présence d'un allèle DRB 1 *0405.
La barrette R2 comporte un contrôle positif (SEQ ID NO 9), qui permet de détecter les amplicons correspondant à l'exon 2 du gène HLA-B, ce qui permet de contrôler que l'amplification a bien concerné la région d'intérêt comprise entre les amorces P3 et P4 décrites dans le tableau 1.
Elle comporte d'autre part une SEQ ID 10, qui permet de détecter le groupe des allèles B*27, utilisée pour déterminer si un individu est prédisposé à développer une spondylarthrite ankylosante.
Pour le reste, cette barrette est constituée de sondes de faible résolution, à savoir les SEQ ID NO 11 à 16, qui permettent de compléter l'analyse des deux haplotypes de tout individu, natamment en indiquant si la présence d'allèles de susceptibilité ou de résistance à la polyarthrite rhumatoïde, révélée par la barrette RI, concerne l'un ou les deux haplotypes (effet dose).
Selon la balance entre allèle de susceptibilité, allèle de résistance et allèle neutre, les risques de développer une polyarthrite rhumatoïde plus ou moins sévère sont différents et les moyens thérapeutiques à mettre en #uvre seront adaptés à ce diagnostic.
Dans le cas de la barrette 2bis, on reprend sensiblement la même configuration que la barrette R2, à l'exception de deux modifications.
Premièrement, deux réactions ont été regroupées. Ainsi, un seul puits contient en son sein deux sondes différentes, à savoir SEQ ID NO 14 et SEQ ID NO 16.
<Desc/Clms Page number 18>
Le puits ainsi libéré permet l'ajout d'une nouvelle sonde SEQ ID NO 19 qui est associée à la présence d'allèles DRB 1 *03 (DR3). Il est en effet judicieux de pouvoir identifier de façon indépendante ce groupe d'allèles DRB 1 *03, retrouvé associé à d'autre maladies, comme le Lupus Erythémateux Disséminé, la Connectivite, le Syndrôme de Sjôgren, le diabète insulino-dépendant par exemple.
4 ) Préparation des réactifs permettant l'analyse des ampli cons préparés :
Le principe d'hybridation inverse utilisé, est celui décrit dans le document WOA-93/02213 de la demanderesse, dont le contenu est considéré comme contenu dans notre demande de brevet. Brièvement, les sondes spécifiques de capture sont adsorbées de façon passive sur le polystyrène des puits de barrettes montées en micro-plaques, grâce à une modification de leur extrémité 5' (présence d'une fonction -NH2). Les sondes de détection sont des oligonucléotides couplés de façon covalente à l'enzyme HRP (Horse Radish Peroxydase) grâce à une modification de leur extrémité 5' (présence d'une fonction -NH2). La composition du tampon d'hybridation a été modifiée comme suit : - 75 mM Na2HPO4, 2H2O, - 25 mM NaH2P04, H2O, - pH 6,8, - 500 mM NaCl, - 2 % PEG 4000, - 0,65 % de Tween 20, - 0,1 % de gélatine, - 0,14 g/1 d'ADN soniqué, - 0,001 % de Ciprofloxacine chlorhydrate, et - 0,02 % de Bromo-Nitro-Dioxane.
Le principe d'hybridation inverse utilisé, est celui décrit dans le document WOA-93/02213 de la demanderesse, dont le contenu est considéré comme contenu dans notre demande de brevet. Brièvement, les sondes spécifiques de capture sont adsorbées de façon passive sur le polystyrène des puits de barrettes montées en micro-plaques, grâce à une modification de leur extrémité 5' (présence d'une fonction -NH2). Les sondes de détection sont des oligonucléotides couplés de façon covalente à l'enzyme HRP (Horse Radish Peroxydase) grâce à une modification de leur extrémité 5' (présence d'une fonction -NH2). La composition du tampon d'hybridation a été modifiée comme suit : - 75 mM Na2HPO4, 2H2O, - 25 mM NaH2P04, H2O, - pH 6,8, - 500 mM NaCl, - 2 % PEG 4000, - 0,65 % de Tween 20, - 0,1 % de gélatine, - 0,14 g/1 d'ADN soniqué, - 0,001 % de Ciprofloxacine chlorhydrate, et - 0,02 % de Bromo-Nitro-Dioxane.
Un multi-test est constitué par une barrette RI et une barrette R2 ou R2bis, comme décrit dans le tableau 4.
<Desc/Clms Page number 19>
5 ) Mode opératoire : 1) Dénaturation des amplicons : aux 100 l de solution d'amplicons préparés, sont ajoutés 10 l de réactif de dénaturation (2N NaOH). Incubation 5 minutes à 18-
25 C.
25 C.
2) Ajout de 2 ml de tampon d'hybridation, de 0,2 ml de solution contenant les sondes de détection.
3) Répartition du mélange, à raison de 100 l dans chacun des seize puits sensibilisés correspondant à un multi-test. Couvrir d'une feuille autocollante.
4) Incubation 60 minutes à l'étuve à 37 C (35-39 C).
5) Elimination du matériel non hybridé par lavage à 18-25 C.
6) Révélation de la réaction enzymatique, en répartissant 100 l par puits de solution de substrat (OPD, orthophénylène diamine). Incuber 20 minutes à 18-25 C, à l'obscurité.
7) Lecture des résultats : directe ou enregistrement des densités optiques (lecture à 492 nm).
8) Interprétation des résultats.
II - Exemples et résultats :
Les résultats obtenus avec différents échantillons au typage HLA connu sont présentés ci-après : 1 ) Premier échantillon :
Les résultats obtenus avec différents échantillons au typage HLA connu sont présentés ci-après : 1 ) Premier échantillon :
<Desc/Clms Page number 20>
Les deux tableaux 5 et 6 suivants représentent les résultats obtenus avec deux barrettes RI et R2.
<tb>
<tb>
<tb>
Barrette <SEP> RI <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> - <SEP> Barrette <SEP> R2 <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> > <SEP> 2500 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> >2500 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 0
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 898 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> Il <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 256 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 1 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2044 <SEP> + <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 10 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 1 <SEP> @
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 9 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 16 <SEP> 3 <SEP>
<tb>
Tableau 5 : Barrette RI Tableau 6 : R2
Du fait de l'utilisation d'une barrette R2, deux analyses sont possibles.
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 0
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 898 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> Il <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 256 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 1 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2044 <SEP> + <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 10 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 1 <SEP> @
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 9 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 16 <SEP> 3 <SEP>
<tb>
Tableau 5 : Barrette RI Tableau 6 : R2
Du fait de l'utilisation d'une barrette R2, deux analyses sont possibles.
Premièrement, l'analyse du HLA-DR montre que : - la sonde SEQ ID NO 1 est positive : l'amplification HLA-DR et le test d'hybridation ont correctement fonctionné, - les sondes SEQ ID NO 3 et SEQ ID NO 4 sont positives : un allèle DRB 1 *0401 est présent, et - la sonde SEQ ID NO 13 est positive : un allèle DRB 1 *02 est présent.
En conclusion, il y a présence d'un seul allèle de susceptibilité à la polyarthrite rhumatoïde (DRB 1*0401), le second allèle étant DRB 1 *02 qui fait preuve de neutralité vi-à-vis de la polyarthrite rhumatoïde.
Deuxièmement, l'analyse du HLA-B montre que : - la sonde SEQ ID NO 9 est positive : l'amplification HLA-B et le test d'hybridation ont correctement fonctionné, et - la sonde SEQ ID NO 10 négative : il y a absence d'allèle B*27.
<Desc/Clms Page number 21>
Le patient dont l'échantillon a été testé n'est pas susceptible à la spondylarthrite ankylosante.
Le typage HLA de ce premier échantillon était : - HLA-DRB 1*0401 / 1602, et - HLA-B*5701.
2 ) Deuxième échantillon :
Les deux tableaux 7 et 8 suivants représentent les résultats obtenus avec deux barrettes RIet R2.
Les deux tableaux 7 et 8 suivants représentent les résultats obtenus avec deux barrettes RIet R2.
<tb>
<tb>
<tb>
Barrette <SEP> RI <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> - <SEP> Barrette <SEP> R2 <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> > <SEP> 2500 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> >2500 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 261 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> 1 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 312 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2300 <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 4 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 16 <SEP> 0 <SEP>
<tb>
Tableau 7 : Barrette RI Tableau 8 : R2
Il y a quatre sondes positives, qui sont : - la sonde SEQ ID NO 1 : l'amplification HLA-DR et le test d'hybridation ont bien fonctionné, - la sonde SEQ ID NO 3 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *04, - la sonde SEQ ID NO 5 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *0402, et
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> > <SEP> 2500 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> >2500 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 261 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> 1 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 312 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2300 <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 4 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 0 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 16 <SEP> 0 <SEP>
<tb>
Tableau 7 : Barrette RI Tableau 8 : R2
Il y a quatre sondes positives, qui sont : - la sonde SEQ ID NO 1 : l'amplification HLA-DR et le test d'hybridation ont bien fonctionné, - la sonde SEQ ID NO 3 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *04, - la sonde SEQ ID NO 5 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *0402, et
<Desc/Clms Page number 22>
- la sonde SEQ ID NO 9 : il y a présence d'au moins un allèle B* mais pas de B*27 puisque la SEQ ID NO 10 est négative.
Il s'agit donc présence d'un allèle DR4, mais d'un sous-type non impliqué dans la susceptibilité génétique à la PR (DRB 1 *0402). L'identification du deuxième allèle permet d'établir qu'il s'agit de DRB1*02.
Le typage HLA de ce troisième échantillon était : - HLA-DRB 1 *0402 / 02, et - HLA-B différent de B*27.
3 ) Troisième échantillon :
Les deux tableaux 9 et 10 suivants représentent les résultats obtenus avec deux barrettes RIet R2.
Les deux tableaux 9 et 10 suivants représentent les résultats obtenus avec deux barrettes RIet R2.
<tb>
<tb>
<tb>
Barrette <SEP> RI <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> - <SEP> Barrette <SEP> R2bis <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> >2500 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> >2500 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 2228 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 4 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> Il <SEP> 12 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 21 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 1278 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 1145 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 877 <SEP> + <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 0 <SEP> @
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 8 <SEP> SEQIDNO <SEP> 15 <SEP> 0 <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 0 <SEP> SEQIDNO <SEP> 16 <SEP> 5 <SEP> - <SEP>
<tb>
Tableau 9 : Barrette RI Tableau 10 : Barrette R2 Comme les deux exemples précédents, deux analyses sont possibles.
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> >2500 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> >2500 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 2228 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 4 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> Il <SEP> 12 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 21 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 1278 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 1145 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 877 <SEP> + <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 0 <SEP> @
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 8 <SEP> SEQIDNO <SEP> 15 <SEP> 0 <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 0 <SEP> SEQIDNO <SEP> 16 <SEP> 5 <SEP> - <SEP>
<tb>
Tableau 9 : Barrette RI Tableau 10 : Barrette R2 Comme les deux exemples précédents, deux analyses sont possibles.
<Desc/Clms Page number 23>
Premièrement, l'analyse du HLA-DR montre que : - la sonde SEQ ID NO 1 est positive : l'amplification HLA-DR et le test d'hybridation ont correctement fonctionné, - la sonde SEQ ID NO 3 est négative : il y a absence d'allèle DRB 1 *04, - les sondes SEQ ID NO 5 et SEQ ID NO 12 sont positives : un allèle DRB 1 * 11 ou 13 est présent, et - la sonde SEQ ID NO 13 est positive : il y a présence d'un allèle DRB 1 *02.
En conclusion, il n'y a aucun allèle de susceptibilité à la polyarthrite rhumatoïde, les deux allèles DR ont cependant été identifiés au niveau générique.
Deuxièmement, l'analyse du HLA-B montre que : - la sonde SEQ ID NO 9 est positive : l'amplification HLA-B et le test d'hybridation ont correctement fonctionné, et - la sonde SEQ ID NO 10 est positive : il y a présence d'au moins un allèle B*27.
Le typage HLA de ce troisième échantillon était : - HLA-DRB 1*02 / 1301, et - HLA-B*27.
4 ) Quatrième échantillon :
Les deux tableaux 11et 12 suivants représentent les résultats obtenus avec deux barrettes RI etR2bis.
Les deux tableaux 11et 12 suivants représentent les résultats obtenus avec deux barrettes RI etR2bis.
La configuration avec deux barrettes RI et surtout R2bis (Voir tableau 4) permet, en plus de l'analyse de la susceptibilité génétique à la polyarthrite rhumatoïde et à la spondylarthrite ankylosante, de mieux analyser la susceptibilité génétique au Lupus Erythémateux Disséminé, aux Connectivités, au Syndrôme de Sjôgren et autres maladies rencontrées lors d'une consultation de rhumatologie. Ceci est réalisé en combinant dans un seul puits les SEQ ID NO 14 et 16, qui renferment les sondes 7,8, 9 et 12, dont les spécificités sont décrites dans le tableau 3.
<Desc/Clms Page number 24>
<tb>
<tb>
<tb>
Barrette <SEP> RI <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> - <SEP> Barrette <SEP> R2 <SEP> DO <SEP> x <SEP> 1000 <SEP> + <SEP> / <SEP> - <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> > <SEP> 2500 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> >2500 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 275 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 11 <SEP> 0
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 241 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 1832 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 19 <SEP> 849 <SEP> + <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 67 <SEP> - <SEP>
<tb> +16
<tb>
Tableau 7 : Barrette RI Tableau 8 : R2
Il y a six sondes positives, qui sont : - la sonde SEQ ID NO 1 : l'amplification HLA-DR et le test d'hybridation ont bien fonctionné, - la sonde SEQ ID NO 3 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *04, - la sonde SEQ ID NO 4 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *0401, - la sonde SEQ ID NO 9 : il y a présence d'au moins un allèle B* mais pas de B*27 puisque la SEQ ID NO 10 est négative, - la sonde SEQ ID NO 12 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *03, 11, 13 ou 14, et - la sonde SEQ ID NO 19 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *03.
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 1 <SEP> > <SEP> 2500 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 9 <SEP> >2500 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 2 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 3 <SEP> 275 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 11 <SEP> 0
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 4 <SEP> 241 <SEP> + <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 12 <SEP> 1832 <SEP> +
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 5 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 13 <SEP> 2 <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 6 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 19 <SEP> 849 <SEP> + <SEP>
<tb> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 7 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 15 <SEP> 0 <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 8 <SEP> 0 <SEP> - <SEP> SEQ <SEP> ID <SEP> NO <SEP> 14 <SEP> 67 <SEP> - <SEP>
<tb> +16
<tb>
Tableau 7 : Barrette RI Tableau 8 : R2
Il y a six sondes positives, qui sont : - la sonde SEQ ID NO 1 : l'amplification HLA-DR et le test d'hybridation ont bien fonctionné, - la sonde SEQ ID NO 3 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *04, - la sonde SEQ ID NO 4 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *0401, - la sonde SEQ ID NO 9 : il y a présence d'au moins un allèle B* mais pas de B*27 puisque la SEQ ID NO 10 est négative, - la sonde SEQ ID NO 12 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *03, 11, 13 ou 14, et - la sonde SEQ ID NO 19 : il y a présence d'au moins un allèle DRB 1 *03.
II y a donc présence d'un allèle de susceptibilité génétique à la polyarthrite rhumatoïde du fait de l'existence de l'allèle DRB 1*0401, et d'un allèle de susceptibilité génétique au Lupus Erythémateux Disséminé du fait de l'existence de l'allèle DRB 1 *03 chez ce patient. II n'y a pas d'allèle concernant le B*27.
Le typage HLA de ce quatrième échantillon était : - HLA-DRB 1 *0401/ 0301, et
<Desc/Clms Page number 25>
- HLA-B différent de B*27.
III - Conclusions :
Comme le prouve ces quatre exemples, le procédé revendiqué permet de pratiquer simultanément, en une étape, la recherche de susceptibilité génétique à la polyarthrite rhumatoïde, basée sur une analyse totalement dédiée aux informations attendues par le clinicien (DR1, DR4, DR 10, sous-types du DRBI*04, présence du motif QKRAA, QRRAA et RRRAA, effet dose), et également la recherche du HLAB*27 souvent informative lors d'une consultation en rhumatologie.
Comme le prouve ces quatre exemples, le procédé revendiqué permet de pratiquer simultanément, en une étape, la recherche de susceptibilité génétique à la polyarthrite rhumatoïde, basée sur une analyse totalement dédiée aux informations attendues par le clinicien (DR1, DR4, DR 10, sous-types du DRBI*04, présence du motif QKRAA, QRRAA et RRRAA, effet dose), et également la recherche du HLAB*27 souvent informative lors d'une consultation en rhumatologie.
La pertinence de l'information HLA-DR et HLA-B27 est demandée lors d'une consultation en rhumatologie. Simplicité, praticabilité et rapidité du test, avec en corollaire un impact financier important, sont les avantages du procédé selon l'invention.
<Desc/Clms Page number 26>
Références bibliographiques incorporées à la présente description, en tant que de besoin Baarsma, 1992 : Baarsma GS, Current Eye Researc, 1992, 11suppl., 1-9 Benjamin, 1990 : Benjamin R, Parham P, Immunology Today, 1990, 11, 137-142, Guilt by association : HLA-B27 and ankylosing spondylitis Brewerton, 1973 : Brewerton DA, Caffrey M, Hart FD et al, Lancet, 1973, 1, 904-907. Ankylosing spondylitis and HL-A27.
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Hill, 1991 :
<Desc/Clms Page number 27>
Hill AVS et al, The Lancet, 1991, March 16, 337, 640-642) Hiraiwa, 1990 : Hiraiwa A, Yamanaka K, Kwok WW, Mickelson EM, Masewicz S, Hansen JA, Radka SF, Nepom GT, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1990,87, 8051-8055. Structural requirements for récognition of the HLA-Dwl4 class II epitope : a key HLA determinant associated with rheumatoid arthritis.
Khan, 1979 : Khan MA, Kushner I, Ballou SP et al, Lancet, 1979, 1, 921-922, Familial rheumatoid arthritis and HLA-DRW4.
Kirveskari, 1997 : Kirveskari J, Kellner H, Wuorela M, Soini H, Frankenberger B, Leirisalo-Repo M, Weiss EH, Granfors K, Br. J. Rheumatol., 1997, 36, 185-189, False-negative serological HLA-B27 typing results may be due to altered antigenic epitopes and can be detected by polymerase chain reaction.
Lawrence, 1970 : Lawrence J, Ann. Rheum. Dis., 1970, 29, 357-379 Nepom, 1989 : Nepom GT, Byers P, Seyfried C, Healey LA, Wilske KR, Stage D, Nepom BS, Arthritis Rheum. 1989,32, 15-21. HLA genes associated with rheumatoid arthritis.
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Nepom, 1991 : Nepom GT, Erlich H, Annu. Rev. Immunol., 1991, 9, 493-525. MHC class-II molecules and autoimmunity.
<Desc/Clms Page number 28>
Neumüller, 1993 : Neumüller J, Fischer M, Eberl R, Rheumatol. Int., 1993,13, 163-167. Failure of the serological détermination of HLA-B27 due to antigen masking in patients with ankylosing spondylitis Schlosstein, 1973 : Schlosstein L, Terasaki PI, Bluestone R, Pearson CM, N. Engl. J. Med., 1973,288, 704-706. High association of aHL-A antigen, w27, with ankylosing spondylitis Stastny, 1978 : Stastny P, N. Engl. J. Med., 1978,298, 869-871. Association of the B-cell alloantigen DRw4 with rheumatoid arthritis.
Stastny, 1983 : Stastny P, Bail EJ, Dry PJ, Nunez G, Immunol. Rev., 1983,70, 113-154. The human immune response region (HLA-D) and disease susceptibility.
Stastny, 1988 : Stastny P, Bail E, Kahn M, Olsen N, Pincus T, Gao X, Br. J. Rheumatol., 1988, 27, 132-138. HLA-DR4 and other genetic markers in rheumatoid arthritis.
Todd, 1988 : Todd JA, Acha-Orbea H, Bell JI, Chao N, Fronek Z, Jacob CO, McDermott M, Sinha AA, Timmerman L, McDevitt HO, Science, 1988,240, 1003-1009 Weiss, 1985 : Weiss EH, Kuon W, Doerner C, Lang M, Riethmüller G, Immunobiology, 1985,170, 367-380, A molecular approach to analyze HLA and disease associations Wordsworth, 1989 :
<Desc/Clms Page number 29>
Wordsworth BP, Lanchbury JS, Sakkas LI, Welsh KI, Panayi GS, Bell JI, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86,10049-10053
<Desc/Clms Page number 30>
Liste de séquences (1) INFORMATIONS GENERALES : (i) DEPOSANT : (A) NOM : BIOMERIEUX S.A.
(B) RUE : Chemin de l'Orme (C) VILLE : Marcy-l'Etoile (E) PAYS : France (F) CODE POSTAL : 69280 (G) TELEPHONE : (33) 78.87.20.00 (H) TELECOPIE : (33) 78.87.20.90 (ii) TITRE DE L'INVENTION: Procédé d'analyse de la prédisposition génétique d'un patient à au moins une maladie génétique (iii) NOMBRE DE SEQUENCES : 19 (iv) FORME DECHIFFRABLE PAR ORDINATEUR : (A) TYPE DE SUPPORT : Floppy disk (B) ORDINATEUR : IBM PC compatible (C) SYSTEME D'EXPLOITATION : PC-DOS/MS-DOS (D) LOGICIEL : PatentIn Release #1.0, version # 1.30 (OEB) (2) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 1 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non
<Desc/Clms Page number 31>
(ix) CARACTERISTIQUES : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 1 TTCGACAGCG ACGTGGGG
10 (3) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 2 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 20 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : amorce (D) AUTRES INFORMATIONS : (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 2 TATGAAACTT ATGGGGATAC
10 20 (4) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 3 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR
10 (3) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 2 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 20 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : amorce (D) AUTRES INFORMATIONS : (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 2 TATGAAACTT ATGGGGATAC
10 20 (4) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 3 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR
<Desc/Clms Page number 32>
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 3 GATACTTCTA TCACCA
10 (5) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 4 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 15 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (B) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 4 GAGCAGAAIC GG ICC
10 (6) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 5 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 15 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR
10 (5) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 4 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 15 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (B) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 4 GAGCAGAAIC GG ICC
10 (6) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 5 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 15 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR
<Desc/Clms Page number 33>
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 5 CTGGAAGACG AICGG
10 (7) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 6 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : amorce (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 6 AGCAIAIGCI GGICIAII
10 (8) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 7 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 7 CAGAGGCGIG IIICIGTG
10
10 (7) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 6 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : amorce (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 6 AGCAIAIGCI GGICIAII
10 (8) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 7 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 7 CAGAGGCGIG IIICIGTG
10
<Desc/Clms Page number 34>
(9) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 8 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 15 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 8 GCCTAGCGCC GAGTA
10 (10) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 9 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 23 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA B (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 9 AAATACCTCA TGGAGTGGGA GCC
10 20
10 (10) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 9 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 23 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA B (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 9 AAATACCTCA TGGAGTGGGA GCC
10 20
<Desc/Clms Page number 35>
(11) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 10 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA B (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 10 TGCCTTIGCC TTICAGAT
10 (12) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 11 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 11 TGGCAGCTTA AGTTTGAA
10 (13) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 12 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE :
10 (12) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 11 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 11 TGGCAGCTTA AGTTTGAA
10 (13) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 12 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE :
<Desc/Clms Page number 36>
(A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 12 TACTCTACGT CTGAGT
10 (14) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 13 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 17 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 13 CAGCCTAAGA GGGAGTG
10 ( 15) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 14 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique
10 (14) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 13 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 17 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 13 CAGCCTAAGA GGGAGTG
10 ( 15) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 14 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique
<Desc/Clms Page number 37>
(ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 14 IAGGTIGACA ICGTGTGC
10 (16) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 15 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 15 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 15 GGAGGAGGTT AAGTT
10 ( 17) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 16 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 14 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique
10 (16) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 15 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 15 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 15 GGAGGAGGTT AAGTT
10 ( 17) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 16 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 14 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique
<Desc/Clms Page number 38>
(iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 16 CTCTACGGGI GAGT
10 ( 18) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 17 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 17 GAACAGCCAG AAGGAC
10 (19) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 18 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 19 nucléotides (B) TYPE : nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES :
10 ( 18) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 17 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : acide nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 17 GAACAGCCAG AAGGAC
10 (19) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 18 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 19 nucléotides (B) TYPE : nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES :
<Desc/Clms Page number 39>
(A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA B (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 18 CTCGCTCTGG TTGTAGTAG
10 (20) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 19 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 19 CCGGGTGGAC AACIAC
10
10 (20) INFORMATION SUR LA SEQ ID NO 19 : (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE : (A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : nucléique (ii) TYPE DE MOLECULE : acide nucléique (iii) HYPOTHETIQUE : non (ix) CARACTERISTIQUES : (A) NOM/CLE : (D) AUTRES INFORMATIONS : séquence issue du HLA DR (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID NO 19 CCGGGTGGAC AACIAC
10
Claims (19)
1. Procédé d'analyse de la prédisposition génétique d'un patient à au moins une maladie, consistant à mettre un échantillon liquide contenant au moins un type d'amplicons, issus de l'amplification d'au moins une région polymorphe d'intérêt en rapport avec la ou les maladies recherchées, en présence de sondes choisies de la façon suivante : - au moins une sonde spécifique de typage, dite à faible résolution, capable de s'hybrider sur la région polymorphe d'intérêt d'au moins un gène ou un groupe d'allèles de ce gène porté par l'amplicon et associé à ladite ou auxdites maladies, et - au moins une sonde spécifique de sous-typage, dite à haute résolution, capable de s'hybrider sur ladite région polymorphe d'intérêt de l'allèle ou du groupe d'allèles spécifique de la sonde de typage, dite à faible résolution, la ou les sondes à haute résolution permettant de discriminer le ou les allèles associés à la susceptibilité et/ou le ou les allèles associés à la résistance à ladite ou auxdites maladies, selon leur hybridation ou leur non hybridation.
2. Procédé, selon la revendication 1, afin de détecter la présence d'un autre allèle, lorsqu'un seul allèle du gène ou du groupe d'allèles de ce gène a été détecté, par au moins une sonde spécifique de typage à faible résolution, correspondant au(x) autre (s) groupe (s) d'allèles, consistant à mettre les amplicons en présence d'au moins une sonde spécifique d'au moins un autre allèle, correspondant au polymorphisme dudit gène ou dudit groupe d'allèles de ce gène détecté par la ou les sondes à faible résolution.
3. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce que chaque sonde à faible ou à haute résolution, spécifique de la ou des maladies recherchées, comporte au moins un motif caractéristique de ladite ou desdites maladies recherchées.
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4. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, pour la détection d'allèles HLA-DR de susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde et autres maladies associées, caractérisé en ce que l'on utilise : - au moins une sonde à faible résolution capable de s'hybrider sur le groupe d'allèles DRB 1 *04, - au moins une sonde à haute résolution, associée à la susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde, capable de s'hybrider avec les allèles suivants : DRB1*0101, DRB 1 *0401, DRB 1 *0404, DRB 1 *0405, DRB 1 *0408 et DRB1 * 1402, - au moins une sonde à haute résolution, associée à la résistance génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde, capable de s'hybrider avec les allèles suivants : DRB 1 *0402, DRB 1 *0403, DRB 1 *0406 et DRB 1 *0407.
5. Procédé, selon la revendication 4, caractérisé en ce que l'on utilise au moins une sonde à faible résolution capable de s'hybrider sur le groupe d'allèles DRB 1*01et sur l'allèle DRB 1 * 10.
6. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 4 ou 5, afin de détecter la présence d'un autre allèle lorsqu'un seul allèle du groupe d'allèles DRB 1 *04 a été détecté, caractérisé en ce que l'on utilise au moins une sonde capable de s'hybrider sur les allèles suivants: DRB 1 *02, DRB 1 *03, DRB 1 *07, DRB 1 *08, DRB 1 *09, DRBl*ll,DRBl*12,DRBl*13etDRBl*14.
7. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 4 à 6, caractérisé en ce que l'on utilise : - une sonde SEQID NO 3 pour le typage de DRB 1 *04, - deux sondes à haute résolution, associées à la susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde : - SEQ ID NO 4 pour DRB 1 *0401, - SEQ ID NO 7 pour DRB 1*0101, DRB 1 *0404, DRB 1 *0405, et
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DRB 1 *0408, DRB 1 * 1402, - deux sondes à haute résolution, associées à la résistance génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde : - SEQ ID NO 5 pour DRB 1 *0402, et - SEQ ID NO 6 pour DRB 1 *0403, DRB 1 *0406, DRB 1 *0407.
8. Procédé, selon la revendication 7, caractérisé en ce que l'on utilise également une sonde à haute résolution, SEQ ID NO 8 spécifique de DRB 1 *0405, associée à la susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde.
9. Procédé, selon la revendication 5, caractérisé en ce que l'on utilise les deux sondes suivantes pour le typage : - SEQ ID NO 11 pour le groupe d'allèles DRB 1*01, et - SEQ ID NO 15 pour l'allèle DRB 1 * 10.
10. Procédé, selon la revendication 6, afin de détecter la présence d'un autre allèle lorsqu'un seul allèle du groupe d'allèles DRB 1*04 a été détecté, caractérisé en ce que l'on utilise quatre sondes de typage suivantes : - SEQ ID NO 13 pour DRB 1 *02, - SEQ ID NO 14 pour DRB 1 *07, DRB 1 *09, - SEQ ID NO 16 pour DRB 1 *08, DRB 1 * 12, et - SEQ ID NO 12 pour DRB1*03, DRB1*11, DRB1*13, DRB1*14.
11. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 4 à 10, caractérisé en ce que chaque sonde à faible ou à haute résolution, spécifique des allèles de susceptibilité génétique à la Polyarthrite Rhumatoïde et autres maladies associées, comporte l'un des motifs caractéristiques suivants : QKRAA, QRRAA ou RRRAA.
12. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 4 à 11, caractérisé en ce qu'au moins une sonde de contrôle, capable de s'hybrider avec l'ensemble des gènes
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DRB 1, est utilisée pour permettre la détection de tous les gènes DRB 1, tel que SEQ ID NO 1 : TTC GAC AGC GAC GTG GGG.
13. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 4 à 12, pour la détection d'allèles de susceptibilité génétique à la Spondylarthrite Ankylosante et autres maladies associées, caractérisé en ce que l'on utilise au moins une sonde à faible résolution, telle que SEQ ID NO 10, capable de s'hybrider sur le gène HLA-B, spécifique de groupe d'allèless HLA-B27.
14. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 4 à 13, pour la détection de la susceptibilité génétique associée au Lupus Erythémateux Disséminé, aux Connectivités, au Syndrôme de Sjôgren et autres maladies associées, caractérisé en ce que l'on utilise au moins une sonde à faible résolution, telle que SEQ ID NO 19, capable de s'hybrider sur le gène HLA-DR, spécifique du groupe d'allèles DRB1*03.
15. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 1 à 14, caractérisé en ce qu'au plus 38,89 % des bases d'une même sonde à faible résolution ou à haute résolution est remplacée par au moins une base analogue, telle que l'inosine.
16. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 1 à 15, caractérisé en ce que chaque sonde spécifique à faible résolution ou à haute résolution, est placée dans un puits d'un plaque de microtitration indépendamment des autres sondes.
17. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 1 à 16, caractérisé en ce que toutes les réactions sont réalisées simultanément.
18. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 1 à 17, caractérisé en ce que, préalablement, au moins une amplification de la ou des régions polymorphes d'intérêt est effectuée.
<Desc/Clms Page number 44>
19. Procédé, selon l'une quelconque des revendications 1 à 18, caractérisé en ce que, préalablement, une amplification de la ou des régions polymorphes d'intérêt associées au HLA-DR et une amplification de la ou des régions polymorphes d'intérêt associées au HLA-B sont effectuées simultanément.
Priority Applications (13)
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