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DE10240118A1 - Characterizing and identifying proteins specific for renal cell carcinoma, useful for diagnosis, prognosis, prevention and treatment, comprises comparing proteome patterns of healthy and diseased tissue - Google Patents

Characterizing and identifying proteins specific for renal cell carcinoma, useful for diagnosis, prognosis, prevention and treatment, comprises comparing proteome patterns of healthy and diseased tissue Download PDF

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DE10240118A1
DE10240118A1 DE10240118A DE10240118A DE10240118A1 DE 10240118 A1 DE10240118 A1 DE 10240118A1 DE 10240118 A DE10240118 A DE 10240118A DE 10240118 A DE10240118 A DE 10240118A DE 10240118 A1 DE10240118 A1 DE 10240118A1
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DE
Germany
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proteins
cell carcinoma
renal cell
protein
antibody
Prior art date
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Withdrawn
Application number
DE10240118A
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German (de)
Inventor
Bernd Dr.rer.nat. Mühlenweg
Barbara Prof. Dr. Seliger
Thomas Dr. Halder
Alois Dr. Harder
Michael Dr. Kersten
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Toplab 82152 Planegg De GmbH
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Wilex AG
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Publication date
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Priority to AU2003258690A priority patent/AU2003258690A1/en
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Withdrawn legal-status Critical Current

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
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    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2550/00Electrophoretic profiling, e.g. for proteome analysis

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Abstract

Characterizing and/or identifying proteins (I), specific for renal cell carcinoma (RCC) comprises preparing two extracts (E1, E2) containing soluble proteins, with E1 being from RCC, separating the extracts by two-dimensional (2D) gel electrophoresis to produce proteome patterns (P1, P2), each of many proteins, and comparing P1 and P2. Independent claims are also included for the following: (1) proteome (P) of RCC comprising a pattern of individual proteins produced by the new method; (2) RCC-associated proteins (Ia), optionally modified; (3) antibodies (Ab) directed against (Ia); (4) protein chip containing (Ia); (5) nucleic acid chip containing sequences (II) that encode (Ia); (6) method for identifying low molecular weight agents that affect RCC; and (7) synthetic DNA that encodes (Ia).

Description

Die vorliegende Erfindung bezieht sich auf ein Verfahren zur Charakterisierung oder/und Identifizierung von Proteinen, die für das Monitoren, die Diagnose und Prognose von Patienten mit primärem Nierenzellkarzinorn, für die Selektion von Patienten, die auf Therapie mit G250 spezifischen Antikörpern ansprechen, sowie als therapeutische Zielstrukturen für die Behandlung dieser Erkrankung eingesetzt werden können. Die Proteine oder Polypeptide oder diese kodierenden Nukleinsäuren können auch verwendet werden, um pharmakologisch aktive Substanzen zu identifizieren oder/und selbst als Immunogene für die Stimulierung spezifischer Immunantworten dienen.The present invention relates refer to a method for characterization and / or identification of proteins that are for monitoring, diagnosis and prognosis of patients with primary renal cell carcinoma, for the Selection of patients who are specific to therapy with G250 antibodies address, as well as therapeutic target structures for the treatment this disease can be used. The proteins or polypeptides or these coding nucleic acids can also used to identify pharmacologically active substances or / and even as immunogens for serve to stimulate specific immune responses.

Das humane Nierenzellkarzinom stellt die häufigste Neoplasie der Niere dar. Jedoch sind die molekularen Mechanismen, die zur Initiation sowie Progression beim Nierenzellkarzinom führen, relativ wenig geklärt. Untersuchungen zeigen, dass es sich um einen komplexen Mehrschrittprozess handelt, der mit der Akkumulation verschiedener genetischer Alterationen, unter anderem Amplifikationen des EGF-Rezeptors und/ oder Mutationen bzw. Verlust von Tumorsupressorgenen, wie dem von Hippel-Lindau-Gen, einhergeht.Human renal cell carcinoma poses the most frequent Kidney neoplasia. However, the molecular mechanisms which lead to initiation and progression in renal cell carcinoma, relatively little clarified. investigations show that it is a complex multi-step process, that with the accumulation of different genetic alterations, including amplifications of the EGF receptor and / or mutations or loss of tumor suppressor genes, such as that of the Hippel-Lindau gene, accompanied.

Nur das Tumorstadium, das durch die Tumorverbreitung, Beteiligung von regionalen Lymphknoten und das Vorhandensein von Fernmetastasen charakterisiert wird, wird heute von den Pathologen und Urologen als Indikator für die Patientenprognose breitflächig akzeptiert. Bisher ist wenig über die Funktion molekularer Regulation und Interaktion der genetischen Alterationen in der Entwicklung des Nierenzellkarzinoms sowie in der Metastasierung bekannt. Aus diesem Grund existieren bisher zur Zeit weder valide molekulare Marker, die für die Diagnose, Prognose und das Monitoren auf Therapieansprechen eingesetzt werden können. Solche Tumormarker sind von essentieller Bedeutung und führen langfristig zu einer effizienteren Behandlung des Nierenzellkarzinoms.Only the tumor stage caused by the Tumor spread, involvement of regional lymph nodes and that The presence of distant metastases is characterized today widely accepted by pathologists and urologists as an indicator of patient prognosis. So far, little is over the function of molecular regulation and interaction of genetic Alterations in the development of renal cell carcinoma as well as in known of metastasis. For this reason, there are so far Time neither valid molecular markers for diagnosis, prognosis and that monitoring for therapy response can be used. Such Tumor markers are essential and lead in the long term for more efficient treatment of renal cell carcinoma.

Viele der Gene/Proteine, die bei der Initiierung und Progression des Nierenzellkarzinoms involviert sind, sind ebenfalls nicht bekannt. Die Identifizierung solcher differenziell exprimierter Gene im Nierenzellkarzinom liefert die Basis zur Identifizierung von Markern für die biologischen Phänomene, wie Invasivität oder Metastasierung. Diese sind wiederum von großer klinischer Bedeutung, insbesondere für die Diagnose, Prognose und Behandlung des Nierenzellkarzinoms.Many of the genes / proteins involved in initiation and progression of renal cell carcinoma are involved, are also not known. Identifying such differential expressed genes in renal cell carcinoma provides the basis for identification of markers for the biological phenomena like invasiveness or metastasis. Again, these are of great clinical importance, in particular for the Diagnosis, prognosis and treatment of renal cell carcinoma.

Generell ist das Nierenzellkarzinom ein therapierefraktärer Tumor und konventionelle Therapien, wie Chirurgie, Bestrahlung und Chemotherapie, sind relativ erfolglos. Die hohe spontane Regressionsrate, die Existenz von lymphozytären Infiltraten und einige objektive Remissionen bei klinischen Studien mit verschiedenen Immuntherapeutika weisen daraufhin, dass das Nierenzellkarzinom ein attraktives Ziel für verschiedene immuntherapeutische Strategien darstellt. Eine dieser Strategien ist die Behandlung des Nierenzellkarzinoms mit einem monoklonalen Antikörper (mAb), der gegen G250 gerichtet ist, wobei G250 zu einem hohen Prozentsatz auf der Zelloberfläche von klarzelligen Nierenzellkarzinomen exprimiert wird (vgl. WO 02/062972). Um Patienten, die auf eine Therapie mit einem mAb, der gegen G250 gerichtet ist, ansprechen, zu präselektionieren, ist die Identifizierung von differenziell exprimierten Tumormarkern, die nach Antikörper-Behandlung entweder induziert oder inhibiert werden, wesentlich.General is renal cell carcinoma a refractory to therapy Tumor and conventional therapies such as surgery, radiation and Chemotherapy, are relatively unsuccessful. The high spontaneous regression rate, the existence of lymphocytic Infiltrates and some objective remissions in clinical trials with various immunotherapeutic agents indicate that renal cell carcinoma an attractive target for represents different immunotherapeutic strategies. One of these Strategies is treating renal cell carcinoma with one monoclonal antibodies (mAb) directed against G250, with G250 at a high percentage on the cell surface is expressed by clear cell renal cell carcinomas (cf. WO 02/062972). Around Patients on therapy with a mAb directed against G250 is to address, to preselect, is the identification of differentially expressed tumor markers, those after antibody treatment either induced or inhibited, essential.

Um Expressionsunterschiede zwischen normalen Zellen und Krebszellen sowie zwischen unbehandelten und behandelten Krebszellen zu evaluieren, werden verschiedene mRNA-, oder Protein-basierende Methoden eingesetzt. Zu diesen zählen neben der differenziellen Display-PCR, cDNA Microarrays und DNA-Chip Technologie die serielle Analyse der Genexpression (SAGE). Diese Methoden werden erfolgreich für die Erstellung von globalen und quantitativen mRNA-Expressionsprofilen von Zellen und Geweben verwendet. Nachteil dieser Analysen sind die fehlende Detektion posttranskriptioneller Mechanismen, wie z.B. (i) Proteinmodifikationen, (ii) Halbwertszeit spezifischer Proteine oder mRNAs, (iii) intrazelluläre Lokalisation und (iv) molekulare Assoziation von Proteinprodukten. Aus diesem Grunde ist komplementär zu den mRNA-Expressionsanalysen „Proteomics" zu sehen. Diese Technologie kann neben den quantitativen Proteinexpressionsprofilen außerdem Informationen über entsprechende Proteinmodifikationen liefern. Auch über Protein-Protein-Wechselwirkungen sowie die subzelluläre Protein-Lokalisation können bei geeigneter Versuchsdurchführung Informationen erhalten werden. Die Proteomanalyse basiert dabei technisch auf der Kombination von zweidimensionaler Gelelektrophorese (2DE) für die Separierung und Quantifizierung der Proteine und analytischen Methoden, wie Massenspektrometrie und N-terminale Proteinsequenzierung, die die Proteinidentifikation ermöglichen.To express differences in expression between normal cells and cancer cells as well as between untreated and To evaluate treated cancer cells, different mRNA, or protein-based methods are used. These include in addition differential display PCR, cDNA microarrays and DNA chip technology serial analysis of gene expression (SAGE). These methods will be successful for the creation of global and quantitative mRNA expression profiles used by cells and tissues. Disadvantages of these analyzes are the lack of detection of post-transcriptional mechanisms, e.g. (i) protein modifications, (ii) half-life of specific proteins or mRNAs, (iii) intracellular Localization and (iv) molecular association of protein products. For this reason it is complementary to the mRNA expression analysis "Proteomics" to see. This technology can be used in addition to quantitative protein expression profiles Moreover information about provide appropriate protein modifications. Also about protein-protein interactions as well as the subcellular Protein localization can with a suitable test execution Information will be obtained. The proteome analysis is based on this technically on the combination of two-dimensional gel electrophoresis (2DE) for the separation and quantification of proteins and analytical Methods such as mass spectrometry and N-terminal protein sequencing, that enable protein identification.

Eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung bestand darin, Tumormarker zur Identifizierung, zum Monitoring und zur Behandlung von Nierenzellkarzinomen bereitzustellen. Diese Aufgabe wird erfindungsgemäß gelöst durch ein Verfahren zur Charakterisierung oder/und Identifizierung von Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinen, welches folgende Schritte umfasst:

  • (a) Bereitstellen eines ersten und eines zweiten Extrakts, umfassend lösliche Proteine, worin zumindest der erste Extrakt aus Nierenzellkarzinomzellen gewonnen wird,
  • (b) Auftrennen des ersten und zweiten Extrakts mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese, wobei ein erstes und zweites Proteommuster, jeweils bestehend aus einer Vielzahl von Proteinspezies erhalten wird,
  • (c) Vergleichen des ersten und zweiten Proteommusters und
  • (d) Charakterisierung oder/und Identifizierung von Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinen.
An object of the present invention was to provide tumor markers for the identification, monitoring and treatment of renal cell carcinomas. This object is achieved according to the invention by a method for characterizing and / or identifying proteins specific to renal cell carcinoma, which comprises the following steps:
  • (a) providing a first and a second extract comprising soluble proteins, wherein at least the first extract is obtained from renal cell carcinoma cells,
  • (b) separating the first and second extract by means of two-dimensional gel electrophoresis, a first and second proteome pattern, each consisting of a large number of protein species, being obtained,
  • (c) comparing the first and second protein patterns and
  • (d) Characterization and / or identification of renal cell carcinoma specific proteins.

Ein Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Verfahren, welches geeignet ist, mittels einer differenziellen Proteomanalyse Nierenzellkarzinom spezifische Tumormarker zu identifizieren, die für eine optimierte Diagnose, Prognose oder/und Behandlung von Nierenzellkarzinompatienten eingesetzt werden können.An object of the present invention is a method which is suitable by means of a differential Proteome analysis to identify renal cell carcinoma specific tumor markers the for an optimized diagnosis, prognosis and / or treatment of renal cell carcinoma patients can be used.

In Tabelle 2 sind Proteine dargestellt, die in Nierenzellkarzinomzellen im Vergleich zu gesunden Nierenzellen diffentiell exprimiert sind. Eines oder mehrere dieser Proteine, insbesondere mindestens 5, mehr bevorzugt mindestens 10 dieser Gene, können zur Diagnose des Zustandes von Nierenzellen verwendet werden. Die in Tabelle 2 dargestellten Proteine eignen sich insbesondere als molekulare Marker für die Diagnose bzw. Prognose eines Nierenzellkarzinoms. Insbesondere sind die in Tabelle 2 dargestellten Gene bei der Initiierung oder/und Progression des Nierenzellkarzinoms involviert. Sie können deshalb als Marker für biologische Phänomene, wie beispielsweise Invasivität oder Metastasierung, verwendet werden und sind deshalb von großer Bedeutung für die Diagnose, Prognose bzw. Behandlung des Nierenzellkarzinoms.Proteins are shown in Table 2, those in renal cell carcinoma cells compared to healthy kidney cells are expressed differentially. One or more of these proteins, in particular at least 5, more preferably at least 10 of these genes, can used to diagnose the condition of kidney cells. The Proteins shown in Table 2 are particularly suitable as molecular markers for the diagnosis or prognosis of renal cell carcinoma. In particular are the genes shown in Table 2 upon initiation or / and Progression of renal cell carcinoma involved. So you can as a marker for biological phenomena, such as invasiveness or metastasis, are used and are therefore of great importance for the Diagnosis, prognosis and treatment of renal cell carcinoma.

Die erfindungsgemäß angewendete Proteomanalyse basiert insbesondere auf der Kombination von zweidimensionaler Gelelektrophorese für die Separierung und Quantifizierung von Proteinen, gekoppelt mit analytischen Methoden für die Proteinindentifikation, wie beispielsweise Massenspektrometrie und Proteinsequenzierung.The proteome analysis used according to the invention is based in particular on the combination of two-dimensional gel electrophoresis for the Separation and quantification of proteins, coupled with analytical Methods for protein identification, such as mass spectrometry and protein sequencing.

Die dabei aufgefundenen Proteine, welche in Tabelle 2 dargestellt sind, können insbesondere als Tumormarker oder als therapeutische Zielstruktur Verwendung finden. Darüber hinaus können diese Tumormarker in Immunoassays, wie bei der Protein-Chipherstellung, Verwendung finden. Zusätzlich können auch die kodierenden Nukleinsäuren zur DNA-Chip-Herstellung Verwendung finden.The proteins found in the process, which are shown in Table 2 can be used in particular as tumor markers or used as a therapeutic target structure. Furthermore can these tumor markers in immunoassays, like in protein chip manufacture, Find use. additionally can also the coding nucleic acids for DNA chip production Find use.

Die identifizierten Tumormarker fallen im Wesentlichen in folgende Untergruppen: am Metabolismus beteiligte Proteine, mit Proliferation/Apoptose assoziierte Proteine, Struktur/Zytoskelettproteine, Onkogen/Tumorsupressorgen-assoziierte Proteine, Transporter von Substanzen, Adhäsionsproteine, Proteinprozessierungs/Abbau-Proteine, Tumorantigene, Stressproteine, putative Tumorantigene und unbekannte Proteine.The identified tumor markers fall essentially in the following subgroups: involved in metabolism Proteins, proteins associated with proliferation / apoptosis, structure / cytoskeletal proteins, Oncogene / tumor suppressor gene associated proteins, transporters of Substances, adhesion proteins, Protein processing / degradation proteins, tumor antigens, stress proteins, putative tumor antigens and unknown proteins.

Ein Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist die Identifizierung von neuen Tumormarkern. Dabei soll mindestens eines der Proteine, die in Tabelle 1, 2 und 3 zusammengefasst sind, als genereller Tumormarker oder therapeutische Zielstruktur eingesetzt werden. Dabei sollen die in der Tabelle aufgeführten Tumormarker spezifisch beim Nierenzellkarzinom eingesetzt werden. Eine weitere Möglichkeit besteht in der Verwendung dieser Tumormarker in Immunoassays sowie in Protein- und DNA-Chip-Herstellung, welche dann wieder zum Monitoren eines großen Patientenstammes eingesetzt werden kann.An object of the present invention is the identification of new tumor markers. At least one of the proteins summarized in Tables 1, 2 and 3, used as a general tumor marker or therapeutic target structure become. The tumor markers listed in the table should be specific be used in renal cell carcinoma. One more way consists in using these tumor markers in immunoassays as well in protein and DNA chip production, which is then used again to monitor a large patient base can be.

Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist die Identifizierung von Tumormarkern beim Nierenzellkarzinom, deren Expression durch Behandlung mit Antikörpern, die gegen G250 gerichtet sind, beeinflusst wird. Eine Voraussetzung stellt die Frequenzanalyse von G250-Oberflächenexpression auf Nierenzellkarzinomzelllinien und normalen Nierenepithelzellen dar. Durchflusszytometrische Analyse von 35 Nierenzellkarzinomzelllinien ergab, dass ca. 50 % der analysierten klarzelligen Nierenzellkarzinomzelllinien, nicht aber autologe normale Nierenepithelien G250-Antigen auf der Zelloberfläche exprimierten. Die G250-Expression variierte mit einer spezifischen mittleren Fluoreszenzintensität (MFI) von 2,6-33,2 jedoch stark zwischen den einzelnen Nierenzellkarzinomzelllinien. Dies führte zur Klassifizierung von „Iow", „medium" und „high"-G250-„Expressors".Another object of the invention is the identification of tumor markers in renal cell carcinoma, their expression by treatment with antibodies directed against G250 are influenced. Frequency analysis is a prerequisite of G250 surface expression on renal cell carcinoma cell lines and normal renal epithelial cells Flow cytometric analysis of 35 renal cell carcinoma cell lines revealed that approximately 50% of the clear cell renal cell carcinoma cell lines analyzed, but not autologous normal renal epithelia G250 antigen on the cell surface expressed. G250 expression varied with a specific one medium fluorescence intensity (MFI) of 2.6-33.2, however, strongly between the individual renal cell carcinoma cell lines. This resulted for the classification of "Iow", "medium" and "high" -G250 "expressors".

Im weiteren Schritt wurden entsprechende „low", „medium" und „high" G250-exprimierende Zelllinien für unterschiedliche Zeitpunkte mit Antikörpern gegen G250 behandelt und das Protein-Expressionsmuster von unbehandelten mit dem von Antikörpern gegen G250-behandelten Tumorzellen verglichen. Die differenziell exprimierten Proteine wurden identifiziert, wobei die 2DE und Massenspektrometrie als Methoden eingesetzt wurden. Die identifizierten Proteine sind in Tabelle 1 zusammengefasst und können als Tumormarker in Immunoassays sowie für die Protein- und DNA-Chip-Herstellung, deren Einsatz dann eine Vorselektion eines großen Patientenstammes bezüglich eines putativen Ansprechens auf eine Antikörper-basierende Therapie ermöglicht, verwendet werden.In the next step, corresponding "low", "medium" and "high" G250 expressing cell lines for treated at different times with antibodies against G250 and the protein expression pattern of untreated with that of antibodies compared to G250-treated tumor cells. The differential expressed proteins were identified using 2DE and mass spectrometry were used as methods. The identified proteins are summarized in Table 1 and can be used as tumor markers in immunoassays also for protein and DNA chip production, the use of which is then a preselection of a big one Patient base regarding enables a putative response to antibody-based therapy, be used.

Bei den bei Anwendung des erfindungsgemäßen Verfahrens identifizierten und charakterisierten Proteine handelt es sich im wesentlichen umWhen using the method according to the invention identified and characterized proteins are in the essential around

  • – Strukturproteine- structural proteins
  • – Chaperone- chaperones
  • – Signaltransduktionsproteine- signal transduction proteins
  • – am Metabolismus beteiligte Proteine- at the Proteins involved in metabolism
  • – am Proteinabbau/Prozessierung beteiligte Proteine- at the Protein degradation / processing involved proteins
  • – an Apoptose/Zellzyklus beteiligte Proteine- on Proteins involved in apoptosis / cell cycle
  • – Transporterproteine- transporter proteins
  • – Tumorantigene- tumor antigens
  • – Immunophiline- immunophilins
  • – unbekannte Proteine.- unknown Proteins.

Hierbei wurden ausschließlich mindestens 1,5fach regulierte, sowohl in positiver als auch in negativer Richtung, statistisch signifikant differenziell regulierte Proteine berücksichtigt.Here, at least 1.5 times regulated, in both positive and negative directions, statistically significant differentially regulated proteins are taken into account.

Die in Tabelle 1 dargestellten Proteine können insbesondere. zum Monitoring des Behandlungserfolgs einer Behandlung mit Antikörpern gegen G250 eingesetzt werden. Darüber hinaus können sie herangezogen werden, um Kombinationspräparate zur Behandlung von Nierenzellkarzinomen bereitzustellen. Solche Kombinationspräparate enthalten neben dem Antikörper gegen G250 bevorzugt einen weiteren Wirkstoff, welcher das Major vault Protein, ein Protein ausgewählt aus Tabelle 3a oder 3b, oder ein Protein ausgewählt aus Vimentin, Moesin, Heat shock 27 kD Protein 1, Heat shock 90 kD Protein 1 Beta oder Aldehydreduktase beeinflusst. Durch die gezielte Kombination, ausgehend von den gefundenen, differenziell exprimierten Proteinen, kann einerseits der Behandlungserfolg verstärkt, andererseits gegebenenfalls auch die Ausbildung unerwünschter Nebenwirkungen unterdrückt werden.The proteins shown in Table 1 can in particular. to monitor the success of a treatment with antibodies against G250. In addition, they can to be used in combination products for the treatment of renal cell carcinoma provide. Such combination preparations contain in addition to the antibody against G250 prefers another active ingredient, which is the major vault protein, a protein selected from Table 3a or 3b, or selected a protein from Vimentin, Moesin, Heat shock 27 kD Protein 1, Heat shock 90 kD Protein 1 beta or aldehyde reductase influenced. Through the targeted Combination, based on the found, differentially expressed Proteins, on the one hand, can increase the success of treatment, on the other hand if necessary, the formation of undesirable side effects can also be suppressed.

Zur weiteren Verdeutlichung der vorliegenden Erfindung dienen folgende Beispiele, Abbildungen und Tabellen.To further clarify the present The following examples, figures and tables are used in the invention.

1 zeigt die G250-Expression in unterschiedlichen Nierenzellkarzinomzelllinien. 1 shows G250 expression in different renal cell carcinoma cell lines.

2 zeigt FACS-Diagramme von zwei unterschiedlichen G250-Phänotypen in Nierenzellkarzinomen. 2 shows FACS diagrams of two different G250 phenotypes in renal cell carcinoma.

Tabelle 1 zeigt Proteine, die in mit einem Antikörper G250 behandelten Nierenzellkarzinomzelllinen differenziell zu unbehandelten Nierenzellkarzinomzelllinien exprimiert werden.Table 1 shows proteins that are found in with an antibody G250 treated renal cell carcinoma cell lines differentially from untreated Renal cell carcinoma cell lines are expressed.

Tabelle 2 zeigt in Nierenzellkarzinomläsionen im Vergleich zu gesundem Nierenepithel differenziell exprimierte Proteine.Table 2 shows in renal cell carcinoma lesions Proteins differentially expressed compared to healthy renal epithelium.

Tabelle 3 zeigt signifikante Subgruppen von G250-regulierten Proteinen.Table 3 shows significant subgroups of G250 regulated proteins.

Beispiel 1:Example 1:

Expression von G250 auf der Oberfläche von Nierenzellkarzinomzelllinien zur Auswahl geeigneter Zelllinien zur Detektion von G250-regulierten Tumormarkern (Tabelle 1, 3)Expression of G250 the surface of renal cell carcinoma cell lines to select suitable cell lines for Detection of G250-regulated tumor markers (Table 1, 3)

(i) FACS-Analyse (i) FACS analysis

Es wurden insgesamt 35 humane Nierenzellkarzinomzelllinien, die von chirurgisch entferntem Nierentumorgewebe abstammen, sowie autologe Nierenzellepithelien auf G250-Oberflächenexpression analysiert. In 18 von 35 Nierenkarzinomzelllinien wurde mittels Durchflusszytometrie G250-Oberflächenexpression nachgewiesen, wobei die Expression zwischen den verschiedenen Zelllinien stark variierte (1 und 2).A total of 35 human renal cell carcinoma cell lines derived from surgically removed renal tumor tissue and autologous renal cell epithelia were analyzed for G250 surface expression. In 18 of 35 renal carcinoma cell lines, G250 surface expression was detected by flow cytometry, the expression of which varied greatly between the different cell lines ( 1 and 2 ).

Für die nachfolgenden Proteomanalysen wurden bisher 4 verschiedene G250-exprimierende Nierenzellkarzinomzelllinien ausgewählt: eine „low„-, eine „medium„- und zwei „high"-Expressor. Diese Zellen wurden in Anwesenheit bzw. Abwesenheit von G250 (5 μg/ml) für 24 bzw. 48 Stunden und 21 Tage inkubiert, bevor Proteinextrakte hergestellt wurden.For the following proteome analyzes were so far 4 different G250 expressing Renal cell carcinoma cell lines selected: one "low", one "medium" and two "high" expressors. These cells were grown in the presence or absence of G250 (5 μg / ml) for 24 or Incubated 48 hours and 21 days before protein extracts were made were.

(ii) 24 Stunden-Behandlung der Nierenzellkarzinomzelllinien mit G250(ii) 24 hour treatment of the renal cell carcinoma cell lines with G250

  • – Zellen ausplattieren, so dass ca. 50 % konfluent- cells plate out so that approx. 50% confluent
  • – 1 Tag in Medium stehen lassen- 1 Leave day in medium
  • – Zugabe von neuem Medium, davon 5 T125-Flaschen unbehandelt, 5 T125 Flaschen mit G250 5,3 μg/ml (entspricht 30 μ1 [5 mg/ml] auf 28 ml Medium)- encore of new medium, including 5 T125 bottles untreated, 5 T125 bottles with G250 5.3 μg / ml (corresponds to 30 μ1 [5 mg / ml] on 28 ml medium)
  • – nach 24 Stunden Ernte der Zellen- to 24 hour harvest of cells
  • – 2* waschen in PBS- 2 * wash in PBS
  • – Trypsinisieren- Trypsinize
  • – 3* waschen in PBS- 3 * wash in PBS
  • – Überstand abnehmen- Got over lose weight
  • – trockenes Pellet in flüssigen Stickstoff, anschließend bei -80 ° C lagern- dry Pellet in liquid Nitrogen, then at -80 ° C to store

(iii) 21 Tage-Behandlung der Nierenzellkarzinomzelllinien mit G250(iii) 21 day treatment of the renal cell carcinoma cell lines with G250

Zellen werden nicht gesplittet, Medium-Wechsel nach folgendem Plan
Tag 1: Zellaussaat, Medium + G250
Tag 4: Zugabe G250
Tag 8: Mediumwechsel + G250
Tag 11: Zugabe von G250
Tag 14: Zugabe von G250
Tag 15: Mediumwechsel + G250
Tag 19: Zugabe von G250
Tag 22: Zugabe von G250
Tag 23: Ernte
G250: Zugabe von 30 μl einer 5 mg/ml Lösung auf 25 ml Medium in T175-Flasche
Cells are not split, medium change according to the following plan
Day 1: cell seeding, medium + G250
Day 4: addition of G250
Day 8: Change of medium + G250
Day 11: addition of G250
Day 14: Add G250
Day 15: Change of medium + G250
Day 19: addition of G250
Day 22: addition of G250
Day 23: harvest
G250: Add 30 μl of a 5 mg / ml solution to 25 ml medium in a T175 bottle

Zellen werden gesplittet
Tag 1: 5 × 106 Zellen/T125 Flasche ± G250
Tag 4: Zugabe G250
Tag 8: Mediumwechsel + G250 / splitten
Tag 11: Zugabe von G250
Tag 14: Zugabe von G250
Tag 15: Mediumwechsel + G250/splitten
Tag 19: Zugabe von G250
Tag 22: Zugabe von G250/splitten
Tag 23: Ernte
G250: Zugabe von 30 μl einer 5 mg/ml Lösung auf 25 ml Medium in T175-Flasche
Cells are split
Day 1: 5 x 106 cells / T125 bottle ± G250
Day 4: addition of G250
Day 8: Medium change + G250 / split
Day 11: addition of G250
Day 14: Add G250
Day 15: Change of medium + G250 / split
Day 19: addition of G250
Day 22: Add G250 / split
Day 23: harvest
G250: Add 30 μl of a 5 mg / ml solution to 25 ml medium in a T175 bottle

Probenmaterialsample material

Als Probenmaterial dienen behandelte bzw unbehandelte Nierenkazinomzelllinien, z.B. MZ 1846RC. Zur statistischen Absicherung werden von jeder Probe fünf 2D-Gel-Replikate angefertigt, welche anschließend computerdensitometrisch vergleichend ausgewertet werden.Treated samples are used or untreated renal carcinoma cell lines, e.g. MZ 1846RC. For statistical As a safeguard, five 2D gel replicates are made from each sample, which is then computer densitometric be evaluated comparably.

Probenaufbereitungsample preparation

Das Zellpellet wird in flüssigem Stickstoff mit einem Mörser fein gemahlen. 3 mg werden hieraus in 200 μL Lysispuffer gelöst. Mit dem Ultraschallstab wird unter Eiswasserbadkühlung die Suspension behandelt (10 × 0,5 s). Nun wird mit 800 μl Lysispuffer verdünnt und 30 Minuten bei Raumtemperatur geschüttelt. Zum Schluss wird 10 Minuten bei 20 ° C und 14000 xg zentrifugiert, der Überstand abgenommen und portioniert bei –80 ° C eingefroren. Die Proteinkonzentration wird mittels der Bradfordmethode bestimmt.The cell pellet is in liquid nitrogen with a mortar finely ground. 3 mg are dissolved in 200 μL lysis buffer. With the suspension is treated on the ultrasonic rod while cooling in an ice water bath (10 × 0.5 s). Now with 800 μl Diluted lysis buffer and shaken at room temperature for 30 minutes. Finally, 10 Minutes at 20 ° C and 14000 xg centrifuged, the supernatant removed and portioned frozen at -80 ° C. The protein concentration is determined using the Bradford method.

Beispiel 2 (Tabelle 2):Example 2 (Table 2):

Tumormarker des Nierenzellkarzinoms, welche in Nierenzellkarzinomzellen und normalen Nierenzellen differenziell exprimiert werdenTumor marker of renal cell carcinoma, which are differential in renal cell carcinoma cells and normal kidney cells be expressed

Probenmaterialsample material

Es wird Nierengewebe von sechs Patienten verglichen, von denen drei Nierentumor-negativ und drei Nierentumor-positiv waren. Für die statistische Absicherung werden von jeder Probe fünf Proteomexponate angefertigt, welche anschließend computerdensitometrisch vergleichend ausgewertet werden.It will be kidney tissue from six patients compared, three of which were kidney tumor negative and three kidney tumor positive were. For the statistical validation, five proteome exhibits are made from each sample, which then be comparatively evaluated by computer densitometry.

Probenaufbereitungsample preparation

Das Nierengewebe wird in flüssigem Stickstoff mit einem Mörser fein gemahlen. 3 mg werden hieraus in 200 μL Lysispuffer gelöst. Mit dem Ultraschallstab wird unter Eiswasserbadkühlung die Suspension behandelt (10 × 0,5 s). Nun wird mit 800 μl Lysispuffer 1 verdünnt und 30 Minuten bei Raumtemperatur geschüttelt. Zum Schluss wird 10 Minuten bei 20 ° C und 14000 xg zentrifugiert, der Überstand abgenommen und portioniert bei –80 ° C eingefroren. Die Proteinkonzentration wird mittels der Bradfordmethode bestimmt.The kidney tissue is in liquid nitrogen with a mortar finely ground. 3 mg are dissolved in 200 μL lysis buffer. With the suspension is treated on the ultrasonic rod while cooling in an ice water bath (10 × 0.5 s). Now with 800 μl Diluted lysis buffer 1 and shaken at room temperature for 30 minutes. Finally, 10 Minutes at 20 ° C and 14000 xg centrifuged, the supernatant removed and portioned frozen at -80 ° C. The protein concentration is determined using the Bradford method.

Beispiel 3Example 3

Proteomanalyseproteome

Rehydration der Fokussierungsstreifen (Immobiline Dry Strips)Rehydration of the focus strips (Immobiline Dry Strips)

Die Fokussierungsstreifen (T = 4 %, C = 3 %, pH 4–7) werden im getrockneten und gefrorenen Zustand geliefert. Für den Gebrauch werden sie über Nacht in einem Reswelling Tray in Rehydratisierungspuffer gequollen. Für einen 18 cm lange Streifen verwendet man 400 μL Rehydratisierungspuffer.The focus strips (T = 4 %, C = 3%, pH 4-7) are delivered in the dried and frozen state. For use they are about Swollen in rehydration buffer overnight in a reswelling tray. For one 18 cm long strips are used with 400 μL rehydration buffer.

Fokussierung (erste Dimension)Focus (first dimension)

Die Kühlung der Fokussierungsapparatur wird auf 20 ° C eingestellt. Die über Nacht rehydrierten Streifen werden nach der Quellung kurz in bidestilliertes Wasser getaucht und auf einem feuchten Elektrodenpapier abgelegt, das wiederum auf einem trockenen Filterpapier liegt. Auf den Streifen legt man nun ein weiteres feuchtes Filterpapier und ein trockenes Filterpapier. Nun übt man leichten Druck aus, um die überschüssige Feuchtigkeit aus dem Streifen zu entfernen. Nach dem Auflegen der Fokussierungsstreifen in die Fokussierungskammer wird die Probe auf das Gel appliziert. Die Probelösungen werden mit Bromphenolblau gefärbt, um die Dichtigkeit der Applikationscups zu kontrollieren. Die Fokussierung läuft über Nacht und ist nach 38,7 kVh beendet. Fokussierungsprogramm für pH 4–7:

Figure 00120001
The cooling of the focusing apparatus is set to 20 ° C. After swelling, the strips rehydrated overnight are briefly immersed in double-distilled water and placed on a damp electrode paper, which in turn lies on a dry filter paper. Now place another damp filter paper and a dry filter paper on the strip. Now apply light pressure to remove the excess moisture from the strip. After placing the focusing strips in the focusing chamber, the sample is applied to the gel. The sample solutions are colored with bromophenol blue to check the tightness of the application cups. The focus runs overnight and is finished after 38.7 kVh. Focus program for pH 4–7:
Figure 00120001

Guss der Gele für die zweite DimensionPour the gels for the second dimension

Die 1,5 l Gellösung für den Gelguss wird am Vortag hergestellt und entgast. In einer verschlossenen Flasche wird die Lösung über Nacht in einem Kühlschrank auf ca. 4° C gekühlt. Das Reservoir der Gusskammer wird mit einem Trichter verschlossen und darin eine Glycerinlösung (500 ml) eingefüllt. Direkt vor dem Guss wird die vorbereitete Gellösung 3 aus dem Kühlschrank genommen und 72 μl TEMED bzw. 7,2 ml APS-Lösung eingerührt und diese Lösung durch einen Trichter in die Gusskammer gefüllt. Ist die gesamte Gellösung in der Kammer, nimmt man den Trichter weg und lässt die Glycerinlösung aus dem Reservoir einlaufen. Diese drückt die Gellösung aus den Einfüllschlauch und dem unteren Teil der Gusskammer, so dass sich die Gellösung nur noch in den Gusskassetten befindet. Möglichst schnell werden dann die Gele mit wassergesättigtem Butanol 7 überschichtet. Die Menge der Gellösung und der Glycerinlösung 6 richtet sich nach der Anzahl der eingesetzten Gusskassetten und ist auch abhängig vom Volumen der Gusskammer. Nach drei Stunden kann man die auspolymerisierten Gele aus der Kassette entnehmen.The 1.5 l gel solution for gel pouring is the day before manufactured and degassed. The is in a sealed bottle Overnight solution in a refrigerator to approx. 4 ° C cooled. The reservoir of the casting chamber is closed with a funnel and a glycerin solution in it (500 ml). The prepared gel solution 3 is removed from the refrigerator directly before the casting taken and 72 ul TEMED or 7.2 ml APS solution stirred and this solution filled into the casting chamber through a funnel. The entire gel solution is in the chamber, the funnel is removed and the glycerin solution is left out enter the reservoir. This expresses the gel solution the filling hose and the lower part of the casting chamber, so that the gel solution only is still in the cast cassettes. Then be as quick as possible the gels with water-saturated Layered butanol 7. The amount of gel solution and the glycerin solution 6 depends on the number of cast cassettes used and is also dependent the volume of the casting chamber. After three hours you can polymerize Remove the gels from the cassette.

Zweite DimensionSecond dimension

In der Hoefer Dalt-Kammer wird der Tankpuffer (20 l) angerührt und auf ca. 13 ° C gekühlt. Bis zum Gebrauch werden die Gele in ihren Kassetten mit bidestilliertem Wasser überschichtet. Auf die Oberseite eines jeden Gels wird ein kleiner Filterpapierstreifen mit 5 μL einer Proteinstandardlösung eingefügt (Marker). Die gefrorenen Fokussierungsstreifen werden zuerst in einem Reagenzglas mit 10 ml (für zwei Streifen in einem Reagenzglas) einer frischen DTT-Lösung 10 Minuten äquilibriert. Danach wird die Lösung gegen 10 ml einer frischen bromphenolblaugefärbten lodacetamidlösung ausgetauscht und wieder 10 Minuten geschüttelt.In the Hoefer Dalt chamber the Tank buffer (20 l) mixed and to about 13 ° C cooled. Until use, the gels in their cassettes are double-distilled Water layered. On top of each gel is a small strip of filter paper with 5 μL a protein standard solution added (Marker). The frozen focus strips are first in a 10 ml test tube (for two strips in a test tube) of a fresh DTT solution 10 Minutes equilibrated. After that, the solution exchanged for 10 ml of a fresh bromophenol blue-colored iodoacetamide solution and shaken again for 10 minutes.

Das Wasser in den Gusskassetten wird abgegossen, die fokussierten IPG Streifen kurz in den Tankpuffer getaucht, und horizontal auf das Gel appliziert.The water in the cast cassettes will poured, the focused IPG strips briefly in the tank buffer dipped and applied horizontally to the gel.

Marker und IPG Streifen werden nun mit einer heißen Agaroselösung überschichtet. Sobald die Agarose fest geworden ist, können die Gele in ihren Kassetten in die Hoefer Dalt-Kammer eingebaut werden. Überschüssiger Tankpuffer wird entfernt und das Elektrophoreseprogramm gestartet. Die Einlaufphase (Schritt 1) läuft 50 Vh. Die Hauptphase (Schritt 2) läuft solange, bis die Bromphenolblaufront das untere Ende des Gels erreicht hat. Die Gele werden nun aus den Kassetten entnommen und durch bidestilliertes Wasser gezogen. Elektrophoreseprogramm:

Figure 00140001
Markers and IPG strips are now overlaid with a hot agarose solution. As soon as the agarose has set, the gels can be installed in their cassettes in the Hoefer Dalt chamber. Excess tank buffer is removed and the electrophoresis program started. The running-in phase (step 1) runs 50 Vh. The main phase (step 2) continues until the bromophenol blue front has reached the lower end of the gel. The gels are now removed from the cassettes and drawn through double-distilled water. Elektrophoreseprogramm:
Figure 00140001

Färbung der GeleStaining of the gels

Jedes Gel wird in einer eigenen Schale gefärbt. Zuerst wird mit 330 ml eines Ethanol/Essigsäure-Gemischs 30 Minuten fixiert. Danach wird drei Stunden der SyproRuby-Lösung (330 μl) unter Lichtabschluss gefärbt. Mit 330 ml des Ethanol/Essigsäure-Gemischa wird dann der Hintergrund 30 Minuten unter Lichtabschluss entfärbt. Vor dem Scannen mit dem Fluoreszenzscanner wird das Gel zweimal durch bidestilliertes Wasser gezogen, um letzte Reste des Farbstoffs zu entfernen. Nach dem Scannen wird das Gel in einer kolloidalen Coomassiefärbelösung über Nacht geschüttelt. Am nächsten Tag werden die gefärbten Gele in bidestilliertem Wasser geschüttelt. Ist der Hintergrund entsprechend entfärbt, kann das Gel mit dem visuellen Scanner aufgenommen werden.Each gel is in its own bowl colored. First it is fixed with 330 ml of an ethanol / acetic acid mixture for 30 minutes. The SyproRuby solution (330 μl) is then stained for three hours with the light closed. With 330 ml of the ethanol / acetic acid mixture the background is then decolorized for 30 minutes with the light closed. In front the gel is scanned twice after scanning with the fluorescence scanner double-distilled water is drawn to remove the last residues of the dye remove. After scanning, the gel is placed in a colloidal Coomassie staining solution overnight shaken. The next Day will be colored Gels shaken in double-distilled water. Is the background decolorized accordingly, the gel can be scanned with the visual scanner.

Computerdensitometrie der 2D GeleComputer densitometry of the 2D gels

Die Evaluierung der Gele wird mit der Bildauswerte-Software PD Quest (Version 6.2.1, Fa. Bio Rad) durchgeführt. Dafür werden jeweils 5 2D-Gele pro Gruppe gegeneinander gematched. Die Auflösung der Tiff-Files der Gele (16bit) beträgt 254 dpi. Es werden solche Spots als signifikant angesehen, die folgende Kriterien erfüllen:

  • – Standardabweichung ein- und desselben Spots innerhalb einer Gruppe ist ≤ 30 %
  • – parametrischer Signifikanztest (student T-Test) wird angewendet
  • – die Spotveränderung zwischen 2 Gruppen weist einen „confidence level" von ≤ 0,05 auf
  • – Regulationsfaktor eines Spots zwischen 2 Gruppen ist ≥ 1,5
The gels are evaluated using the PD Quest image analysis software (version 6.2.1, Bio Rad). For this, 5 2D gels per group are matched against each other. The resolution of the Tiff files of the gels (16bit) is 254 dpi. Such spots are considered significant if they meet the following criteria:
  • - Standard deviation of one and the same spot within a group is ≤ 30%
  • - Parametric significance test (student t-test) is used
  • - The spot change between two groups has a "confidence level" of ≤ 0.05
  • - The regulation factor of a spot between 2 groups is ≥ 1.5

Zusätzlich werden auch solche Spots als signifikant erachtet, die eine komplette Deregulierung zwischen 2 Gruppen aufweisen. Dabei werden innerhalb der Gruppe des vorhandenen Spots auch Standardabweichungen > 30 % zugelassen.In addition, such spots deemed significant that a complete deregulation between Have 2 groups. Thereby within the group of the existing Spots also standard deviations> 30 % authorized.

MALDI – TOF-Massenspektrometrie (MS) der TargetproteineMALDI - TOF mass spectrometry (MS) of the target proteins

Die computerdensitometrisch detektierten Targetproteine werden nun aus dem Polyacrylamidgel ausgestochen und mit Trypsin verdaut. Die erhaltenen Peptide werden mit Acetonitril/0,1 % TFA aus dem Gel eluiert und sodann mit einer C18 ZipTip Säule entsaltzt. Diese Extrakte werden nun mit 2,5-Dihydroxybenzoesäure cokristallisiert und auf eine MALDI-MS-Targetplatte pipettiert.The detected by computer densitometry Target proteins are now cut out of the polyacrylamide gel and digested with trypsin. The peptides obtained are treated with acetonitrile / 0.1 % TFA eluted from the gel and then desalted with a C18 ZipTip column. These extracts are now cocrystallized with 2,5-dihydroxybenzoic acid and pipetted onto a MALDI-MS target plate.

Diese kristallisierten Peptide werden anschließend im MALDI-TOF-Massenspektrometer (Voyager STR, Applied Biosystems) mit einem N2-Laser (337 nm) ionisiert. Die Ionen werden durch Spannungen von 20–25 kV beschleunigt und zugleich deren Flugzeit, welche massenspezifisch ist, gemessen. Nach Auswertung der entstehenden Spektren lassen sich durch Datenbankrecherchen die einzelnen Proteine identifizieren.These crystallized peptides will subsequently in the MALDI-TOF mass spectrometer (Voyager STR, Applied Biosystems) ionized with an N2 laser (337 nm). The ions are caused by voltages from 20-25 kV accelerates and at the same time their flight time, which is mass-specific is measured. After evaluating the resulting spectra, leave identify the individual proteins through database searches.

Claims (45)

Verfahren zur Charakterisierung oder/und Identifizierung von Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinen, welches folgende Schritte umfasst: (a) Bereitstellen eines ersten und eines zweiten Extrakts, umfassend lösliche Proteine, worin zumindest der erste Extrakt aus Nierenzellkarzinomzellen gewonnen wird, (b) Auftrennen des ersten und zweiten Extrakts mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese, wobei ein erstes und zweites Proteommuster, jeweils bestehend aus einer Vielzahl von Proteinspezies, erhalten wird, (c) Vergleichen des ersten und zweiten Proteommusters und (d) Charakterisierung oder/und Identifizierung von Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinen.A method for the characterization and / or identification of renal cell carcinoma-specific proteins, comprising the following steps: (a) providing a first and a second extract comprising soluble proteins, wherein at least the first extract is obtained from renal cell carcinoma cells, (b) separating the first and second Extracts by means of two-dimensional gel electrophoresis, whereby first and second proteome patterns, each consisting of a multiplicity of protein species, are obtained, (c) comparing the first and second proteome patterns and (d) Characterization and / or identification of renal cell carcinoma specific proteins. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass der erste Extrakt aus Nierenzellkarzinomzellen, vorzugsweise aus Gewebebiopsien von Patienten, und der zweite Extrakt aus normalen Nierenzellen gewonnen wird.A method according to claim 1, characterized in that the first extract from renal cell carcinoma cells, preferably from tissue biopsies from patients, and the second extract obtained from normal kidney cells becomes. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass der erste Extrakt aus unbehandelten und der zweite Extrakt aus behandelten Nierenzellkarzinomzellen gewonnen wird.A method according to claim 1, characterized in that the first extract from untreated and the second extract from treated Renal cell carcinoma cells are obtained. Verfahren nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet, dass zur Behandlung der Nierenzellkarzinomzellen polyklonale oder/und monoklonale Antikörper, Antikörperfragmente, single-chain, bispezifische, chimärisierte oder/und humanisierte Antikörper verwendet werden, die mindestens gegen ein nierenzellkarzinomspezifisches Antigen gerichtet sind.A method according to claim 3, characterized in that for Treatment of renal cell carcinoma cells polyclonal and / or monoclonal Antibody, Antibody fragments, single-chain, bispecific, chimerized or / and humanized antibody used at least against a renal cell carcinoma specific Antigen. Verfahren nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass das spezifische Antigen G250 ist.A method according to claim 4, characterized in that the specific antigen is G250. Verfahren nach einem der Ansprüche 3 bis 5, dadurch gekennzeichnet, dass die zur Behandlung verwendeten Antikörper gegen das Antigen G250 gerichtet sind.Method according to one of claims 3 to 5, characterized in that that the antibodies used to treat the antigen G250 are directed. Verfahren nach einem der Ansprüche 3 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass der Antikörper der chimäre monoklonale Antikörper cG250 ist.Method according to one of claims 3 to 6, characterized in that that the antibody the chimeric monoclonal antibody cG250 is. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, worin die zweidimensionale Gelelektrophorese folgende Schritte umfasst: (a) Auftrennung der Extrakte in einer ersten Dimension entsprechend des isoelektrischen Punkts, (b) gefolgt von einer Auftrennung in einer zweiten Dimension entsprechend der Größe.A method according to any one of claims 1 to 7, wherein the two-dimensional Gel electrophoresis includes the following steps: (a) Separation of the extracts in a first dimension corresponding to the isoelectric point (b) followed by a split into a second Dimension according to the size. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, worin Nierenzellkarzinom spezifische Proteinspezies ausgewählt werden, die (a) an verschiedenen Positionen auf den zweidimensionalen Gelen, die von dem ersten bzw. zweiten Extrakt erhalten werden, lokalisiert sind oder/und (b) unterschiedliche Intensitäten auf den zweidimensionalen Gelen des ersten und zweiten Extrakts besitzen.A method according to any one of claims 1 to 8, wherein renal cell carcinoma specific protein species are selected which (a) on different positions on the two-dimensional gels, from the first and second extract are obtained, are localized or and (b) different intensities on the two-dimensional Have gels of the first and second extract. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass die Proteinspezies durch Peptid-Fingerprinting charakterisiert werden.Method according to one of claims 1 to 9, characterized in that that the protein species are characterized by peptide fingerprinting become. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass die Proteinspezies durch Massenspektroskopie charakterisiert werden oder/und wenigstens teilweise sequenziert werden.Method according to one of claims 1 to 9, characterized in that that the protein species are characterized by mass spectroscopy are or / and are at least partially sequenced. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 1 1, dadurch gekennzeichnet, dass die Zellen, aus denen die Extrakte gewonnen werden, Säugerzellen sind.Method according to one of claims 1 to 1 1, characterized in that that the cells from which the extracts are obtained are mammalian cells are. Verfahren nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass die verwendeten Zellen humane Zellen sind.A method according to claim 12, characterized in that the cells used are human cells. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 13, worin die Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinspezies ausgewählt werden aus Serumproteinen, Strukturproteinen, Signalübertragungsproteinen, Proteasom-Untereinheiten, Stressfaktoren, Tumorantigenen, Onkogenen, Apoptose- und Profliferations assoziierten Proteinen, Transporterproteinen, Adhäsionsproteinen oder/und Metabolismus- und Proteinprozessierungs assoziierten Proteinen.A method according to any one of claims 1 to 13, wherein the renal cell carcinoma specific protein species are selected from serum proteins, Structural proteins, signal transmission proteins, Proteasome subunits, stress factors, tumor antigens, oncogenes, Proteins associated with apoptosis and proliferation, transporter proteins, adhesion proteins or / and proteins associated with metabolism and protein processing. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, welches den zusätzlichen Schritt umfasst: (e) Charakterisierung oder/und Identifizierung von Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinen bei einem an Nierenzellkarzinom erkrankten Patienten.Method according to one of claims 1 to 14, which the additional Step includes: (e) characterization and / or identification of kidney cell carcinoma-specific proteins in a kidney cell carcinoma sick patient. Proteom einer Nierenzellkarzinomzelle, bestehend aus einem Muster von individuellen Proteinen, welches über ein Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 15 erhältlich ist.Proteome of a renal cell carcinoma cell, consisting of a pattern of individual proteins, which are processed using a method according to a of claims 1 to 15 available is. Proteom nach Anspruch 16, enthaltend wenigstens einen Teil der in Tabelle 1, 2 oder 3 dargestellten Proteine.A proteome according to claim 16 containing at least a portion of the proteins shown in Table 1, 2 or 3. Nierenzellkarzinom assoziierte Proteine oder/und modifizierte Proteine, ausgewählt aus der Gruppe Serumproteine, Strukturproteine, Signalübertragungsproteine, Proteasom-Untereinheiten, Stressfaktoren, Tumorantigene, Onkogene, Apoptose- und Profliferations assoziierte Proteine, Transporterproteine, Adhäsionsproteine oder/und Metabolismus- und Proteinprozessierungs assoziierte Proteine.Renal cell carcinoma-associated proteins or / and modified Proteins selected from the group of serum proteins, structural proteins, signal transmission proteins, Proteasome subunits Stress factors, tumor antigens, oncogenes, apoptosis and profliferations associated proteins, transporter proteins, adhesion proteins and / or metabolism and protein processing-associated proteins. Nierenzellkarzinom assoziierte Proteine oder/und modifizierte Proteine, wie in Tabelle 1, 2 oder 3 angegeben oder proteolytische Fragmente davon.Renal cell carcinoma-associated proteins or / and modified Proteins as indicated in Table 1, 2 or 3 or proteolytic Fragments of it. Antikörper, gerichtet gegen ein Protein nach einem der Ansprüche 18 oder 19.Antibody, directed against a protein according to one of claims 18 or 19. Verwendung eines Proteoms nach Anspruch 16 oder 17 oder/und eines Proteins nach einem der Ansprüche 18 oder 19 oder/und eines Antikörpers nach Anspruch 20 für die Diagnose, Prognose, Prävention oder Therapie von Nierenzellkarzinom.Use of a proteome according to claim 16 or 17 or / and of a protein according to one of claims 18 or 19 or / and one antibody according to claim 20 for the diagnosis, prognosis, prevention or therapy for renal cell carcinoma. Verwendung eines Proteoms von Anspruch 1'6 oder 17 oder/und eines Proteins nach einem der Ansprüche 18 oder 19 oder/und eines Antikörpers nach Anspruch 20 für die Identifizierung von pharmakologisch aktiven Substanzen.Use of a proteome of claims 1'6 or 17 or / and of a protein according to one of claims 18 or 19 or / and one antibody according to claim 20 for the identification of pharmacologically active substances. Verwendung der kodierenden Nukleinsäuresequenz oder/und einer Variante davon eines Proteins nach einem der Ansprüche 18 oder 19 für die Diagnose, Prognose, Prävention, Therapie von Nierenzellkarzinom oder/und die Identifizierung von pharmakologisch aktiven Substanzen.Use of the coding nucleic acid sequence or / and a variant thereof a protein according to one of claims 18 or 19 for diagnosis, Prognosis, prevention, Therapy for renal cell carcinoma and / or the identification of pharmacologically active substances. Verwendung nach Anspruch 23, dadurch gekennzeichnet, dass die Nukleinsäure eine DNA oder RNA, vorzugsweise eine DNA, insbesondere eine doppelsträngige DNA, ist.Use according to claim 23, characterized in that the nucleic acid a DNA or RNA, preferably a DNA, in particular a double-stranded DNA, is. Verwendung nach Anspruch 23, dadurch gekennzeichnet, dass die Nukleinsäure ihre antisense Sequenz aufweist.Use according to claim 23, characterized in that the nucleic acid has its antisense sequence. Verwendung von mindestens einem der Proteine nach einem der Ansprüche 18 oder 19 oder/und mindestens eines Antikörpers nach Anspruch 20 zur Herstellung eines Protein-chip-assays für die Diagnose oder/und Prognose von Nierenzellkarzinom, insbesondere zum Monitoren von Patienten.Use of at least one of the proteins according to one of the Expectations 18 or 19 or / and at least one antibody according to claim 20 for Production of a protein chip assay for diagnosis and / or prognosis of renal cell carcinoma, especially for monitoring patients. Proteinchip, erhältlich nach Anspruch 26.Protein chip, available according to claim 26. Verwendung von mindestens einer kodierenden Nukleinsäuresequenz oder/und einer Variante davon eines Proteins nach einem der Ansprüche 18 oder 19 zur Herstellung eines Nukleinsäure-Chip-assays, insbesondere eines DNA-chip-assays, für die Diagnose oder/und Prognose von Nierenzellkarzinom, insbesondere zum Monitoren von Patienten.Use of at least one coding nucleic acid sequence or / and a variant thereof of a protein according to one of claims 18 or 19 for the production of a nucleic acid chip assay, in particular a DNA chip assay, for the Diagnosis and / or prognosis of renal cell carcinoma, especially for Patient monitors. Nukleinsäure-Chip, erhältlich nach Anspruch 28.Nucleic acid chip, available according to claim 28. Verwendung von Antikörpern gegen eines der Proteine aus einem der Ansprüche 18 oder 19 zur Herstellung eines Immunoassays für die Diagnose oder/und Prognose von Nierenzellkarzinom, insbesondere zum Monitoren von Patienten.Use of antibodies against one of the proteins from one of claims 18 or 19 for production an immunoassay for the diagnosis or / and prognosis of renal cell carcinoma, in particular for monitoring patients. Verwendung von Antikörpern gegen wenigstens eines der Proteine aus einem der Ansprüche 18 oder 19 zur Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung zur Behandlung von Nierenzellkarzinom.Use of antibodies against at least one of the proteins from one of claims 18 or 19 for the manufacture of a pharmaceutical composition for treatment of renal cell carcinoma. Verwendung von polyklonalen Antikörpern, monoklonalen Antikörpern, F(ab')2, Fab' oder Fab Antikörperfragmenten, single-chain Antikörpern, bispezifischen Antikörpern, chimärisierten Antikörpern oder/und teilweise oder vollständig humanisierten Antikörpern gegen eines der Proteine nach einem der Ansprüche 18 oder 19 zur Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung in Kombination mit Zytokinen, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Interleukinen IL-2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1 1, 12, 13, 14, und 15, Interferonen IFN-α, IFN-β und IFN-γ, Tumor nekrose Faktor TNF-α, TNF-β, nerve growth factor (NGF), Liganden von CD40, FAS, CD 27 und CD 30, Macropphage inhibiting protein (MIP), Rantes, aktive Fragmente hiervon oder/und pharmazeutisch geeignete Analoga und Derivate sowie geeignete Kombinationen zur Behandlung von an Nierenzellkarzinom erkrankten Patienten.Use of polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, F (ab ') 2 , Fab' or Fab antibody fragments, single-chain antibodies, bispecific antibodies, chimerized antibodies or / and partially or completely humanized antibodies against one of the proteins according to one of claims 18 or 19 for the production of a pharmaceutical composition in combination with cytokines, selected from the group consisting of: interleukins IL-2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1 1, 12, 13, 14, and 15, Interferons IFN-α, IFN-β and IFN-γ, tumor necrosis factor TNF-α, TNF-β, nerve growth factor (NGF), ligands of CD40, FAS, CD 27 and CD 30, macro-inhibiting protein (MIP), Rantes, active fragments thereof and / or pharmaceutically suitable analogs and derivatives as well as suitable combinations for the treatment of patients suffering from renal cell carcinoma. Verwendung von Antikörpern, monoklonalen Antikörpern, F(ab')2, Fab' oder Fab Antikörperfragmenten, single-chain Antikörpern, bispezifischen Antikörpern, chimärisierten Antikörpern oder/und teilweise oder vollständig humanisierten Antikörpern gegen eines der Proteine nach einem der Ansprüche 18 oder 19 zur Herstellung einer pharmazeutischen Zusammensetzung in Kombination mit niedermolekularen Wirkstoffen (Molekulargewicht ≤ 2000 Da) zur Behandlung von an Nierenzellkarzinom erkrankten Patienten.Use of antibodies, monoclonal antibodies, F (ab ') 2 , Fab' or Fab antibody fragments, single-chain antibodies, bispecific antibodies, chimerized antibodies and / or partially or completely humanized antibodies against one of the proteins according to one of claims 18 or 19 for the manufacture of a pharmaceutical composition in combination with low molecular weight active substances (molecular weight ≤ 2000 Da) for the treatment of renal cell carcinoma sick patient. Verwendung von Antikörpern, monoklonalen Antikörpern, F(ab')2, Fab' oder Fab Antikörperfragmenten, single-chain Antikörpern, bispezifischen Antikörpern, chimärisierten Antikörpern oder/und teilweise oder vollständig humanisierten Antikörpern gegen eines der Proteine aus einem der Ansprüche 18 oder 19, dadurch gekennzeichnet, dass diese in Form von Konjugaten mit einer Markierungsgruppe und/oder cytotoxischen Gruppe vorliegen.Use of antibodies, monoclonal antibodies, F (ab ') 2 , Fab' or Fab antibody fragments, single-chain antibodies, bispecific antibodies, chimerized antibodies or / and partially or completely humanized antibodies against one of the proteins from one of claims 18 or 19, characterized in that they are in the form of conjugates with a labeling group and / or cytotoxic group. Verwendung nach Anspruch 34, dadurch gekennzeichnet, dass die cytotoxische Gruppe ausgewählt wird aus Radionukliden und Toxinen.Use according to claim 34, characterized in that the cytotoxic group is selected from radionuclides and toxins. Pharmazeutische Zusammensetzung, dadurch gekennzeichnet, dass sie als wirksame Komponente umfasst: (a) einen Antikörper, monoklonalen Antikörper, F(ab')2, Fab' oder Fab Antikörperfragment, single-chain (Einzelketten-) Antikörper, bispezifischen Antikörper, chimärisierten Antikörper oder/und teilweise oder vollständig humanisierten Antikörper, der gegen das Antigen G250 gerichtet ist und (b) zusätzlich einen Wirkstoff, insbesondere einen weiteren Antikörper oder/und einen niedermolekularen Wirkstoff, der wenigstens ein Protein aus Tabelle 1 derart beeinflusst, dass die pharmazeutische Zusammensetzung die therapeutische Wirkung eines ersten Antikörpers oder Derivats davon alleine, positiv beeinflusst (verstärkt).Pharmaceutical composition, characterized in that it comprises as active component: (a) an antibody, monoclonal antibody, F (ab ') 2 , Fab' or Fab antibody fragment, single-chain (single chain) antibody, bispecific antibody, chimerized antibody or / and partially or completely humanized antibody which is directed against the antigen G250 and (b) additionally an active ingredient, in particular another antibody or / and a low molecular weight active ingredient which influences at least one protein from Table 1 in such a way that the pharmaceutical composition influences the therapeutic Effect of a first antibody or derivative thereof alone, positively influenced (enhanced). Pharmazeutische Zusammensetzung nach Anspruch 35 bis 36, dadurch gekennzeichnet, dass der verwendete Antikörper cG250 ist.Pharmaceutical composition according to claim 35 to 36, characterized characterized that the antibody used is cG250. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 36 oder 37, durch gekennzeichnet, dass der weitere Wirkstoff das Major vault protein (MVP) beeinflusst.Pharmaceutical composition according to one of claims 36 or 37, characterized in that the further active ingredient is the major vault protein (MVP) affects. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 36 oder 37, dadurch gekennzeichnet, dass der weitere Wirkstoff Proteine, ausgewählt aus Tabelle 3a oder 3b, beeinflusst.Pharmaceutical composition according to one of claims 36 or 37, characterized in that the further active ingredient proteins, selected from Table 3a or 3b. Pharmazeutische Zusammensetzung nach einem der Ansprüche 36 bis 39, dadurch gekennzeichnet, dass der weitere Wirkstoff wenigstens eines der Proteine Major vault protein (MVP, Vimentin (NCBI 3402191, Moesin (NCBI 4505257), Heat shock 27 kD Protein 1 (NCBI 4504517), Heat shock 90kD Protein 1 beta (NCBI 6680307) oder Aldehyde Reductase (NCBI 1633300) beeinflusst.Pharmaceutical composition according to one of claims 36 to 39, characterized in that the further active ingredient at least one of the major vault protein (MVP, vimentin (NCBI 3402191, moesin (NCBI 4505257), Heat shock 27 kD Protein 1 (NCBI 4504517), Heat shock 90kD Protein 1 beta (NCBI 6680307) or aldehyde reductase (NCBI 1633300) influenced. Verfahren zum Auffinden von niedermolekularen Wirkstoffen, welche Nierenzellkarzinomzellen beeinflussen, dadurch gekennzeichnet, dass man zur Bestimmung der niedermolekularen Wirkstoffe ein Proteom nach Anspruch 16 oder 17 oder/und ein Protein nach einem der Ansprüche 18 oder 19 oder/und einen Antikörper nach Anspruch 20 verwendet.Process for finding low molecular weight active substances, which Renal cell carcinoma cells, characterized in that a proteome is used to determine the low molecular weight active substances Claim 16 or 17 or / and a protein according to one of Claims 18 or 19 or / and an antibody used according to claim 20. Synthetische DNA, kodierend für ein Protein nach einem der Ansprüche 18 oder 19.Synthetic DNA coding for a protein according to one of the Expectations 18 or 19. Protein nach Anspruch 18 oder 19, dadurch gekennzeichnet, dass es sich um ein rekombinant hergestelltes Protein handelt.Protein according to claim 18 or 19, characterized in that it is a recombinantly produced protein. Verwendung nach eines Proteins nach Anspruch 18 oder 19 oder eines rekombinanten Peptids nach Anspruch 43 zur Herstellung von gegen diese Proteine gerichteten Antikörpern.Use according to a protein according to claim 18 or 19 or of a recombinant peptide according to claim 43 for the production of antibodies directed against these proteins. Verwendung eines Antikörpers nach Anspruch 44 zur Herstellung eines diagnostischen oder/und therapeutischen Mittels zur Behandlung von Nierenzellkarzinomen.Use of an antibody according to claim 44 for the preparation of a diagnostic or / and therapeutic For the treatment of renal cell carcinoma.
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