DE10240118A1 - Characterizing and identifying proteins specific for renal cell carcinoma, useful for diagnosis, prognosis, prevention and treatment, comprises comparing proteome patterns of healthy and diseased tissue - Google Patents
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Abstract
Description
Die vorliegende Erfindung bezieht sich auf ein Verfahren zur Charakterisierung oder/und Identifizierung von Proteinen, die für das Monitoren, die Diagnose und Prognose von Patienten mit primärem Nierenzellkarzinorn, für die Selektion von Patienten, die auf Therapie mit G250 spezifischen Antikörpern ansprechen, sowie als therapeutische Zielstrukturen für die Behandlung dieser Erkrankung eingesetzt werden können. Die Proteine oder Polypeptide oder diese kodierenden Nukleinsäuren können auch verwendet werden, um pharmakologisch aktive Substanzen zu identifizieren oder/und selbst als Immunogene für die Stimulierung spezifischer Immunantworten dienen.The present invention relates refer to a method for characterization and / or identification of proteins that are for monitoring, diagnosis and prognosis of patients with primary renal cell carcinoma, for the Selection of patients who are specific to therapy with G250 antibodies address, as well as therapeutic target structures for the treatment this disease can be used. The proteins or polypeptides or these coding nucleic acids can also used to identify pharmacologically active substances or / and even as immunogens for serve to stimulate specific immune responses.
Das humane Nierenzellkarzinom stellt die häufigste Neoplasie der Niere dar. Jedoch sind die molekularen Mechanismen, die zur Initiation sowie Progression beim Nierenzellkarzinom führen, relativ wenig geklärt. Untersuchungen zeigen, dass es sich um einen komplexen Mehrschrittprozess handelt, der mit der Akkumulation verschiedener genetischer Alterationen, unter anderem Amplifikationen des EGF-Rezeptors und/ oder Mutationen bzw. Verlust von Tumorsupressorgenen, wie dem von Hippel-Lindau-Gen, einhergeht.Human renal cell carcinoma poses the most frequent Kidney neoplasia. However, the molecular mechanisms which lead to initiation and progression in renal cell carcinoma, relatively little clarified. investigations show that it is a complex multi-step process, that with the accumulation of different genetic alterations, including amplifications of the EGF receptor and / or mutations or loss of tumor suppressor genes, such as that of the Hippel-Lindau gene, accompanied.
Nur das Tumorstadium, das durch die Tumorverbreitung, Beteiligung von regionalen Lymphknoten und das Vorhandensein von Fernmetastasen charakterisiert wird, wird heute von den Pathologen und Urologen als Indikator für die Patientenprognose breitflächig akzeptiert. Bisher ist wenig über die Funktion molekularer Regulation und Interaktion der genetischen Alterationen in der Entwicklung des Nierenzellkarzinoms sowie in der Metastasierung bekannt. Aus diesem Grund existieren bisher zur Zeit weder valide molekulare Marker, die für die Diagnose, Prognose und das Monitoren auf Therapieansprechen eingesetzt werden können. Solche Tumormarker sind von essentieller Bedeutung und führen langfristig zu einer effizienteren Behandlung des Nierenzellkarzinoms.Only the tumor stage caused by the Tumor spread, involvement of regional lymph nodes and that The presence of distant metastases is characterized today widely accepted by pathologists and urologists as an indicator of patient prognosis. So far, little is over the function of molecular regulation and interaction of genetic Alterations in the development of renal cell carcinoma as well as in known of metastasis. For this reason, there are so far Time neither valid molecular markers for diagnosis, prognosis and that monitoring for therapy response can be used. Such Tumor markers are essential and lead in the long term for more efficient treatment of renal cell carcinoma.
Viele der Gene/Proteine, die bei der Initiierung und Progression des Nierenzellkarzinoms involviert sind, sind ebenfalls nicht bekannt. Die Identifizierung solcher differenziell exprimierter Gene im Nierenzellkarzinom liefert die Basis zur Identifizierung von Markern für die biologischen Phänomene, wie Invasivität oder Metastasierung. Diese sind wiederum von großer klinischer Bedeutung, insbesondere für die Diagnose, Prognose und Behandlung des Nierenzellkarzinoms.Many of the genes / proteins involved in initiation and progression of renal cell carcinoma are involved, are also not known. Identifying such differential expressed genes in renal cell carcinoma provides the basis for identification of markers for the biological phenomena like invasiveness or metastasis. Again, these are of great clinical importance, in particular for the Diagnosis, prognosis and treatment of renal cell carcinoma.
Generell ist das Nierenzellkarzinom ein therapierefraktärer Tumor und konventionelle Therapien, wie Chirurgie, Bestrahlung und Chemotherapie, sind relativ erfolglos. Die hohe spontane Regressionsrate, die Existenz von lymphozytären Infiltraten und einige objektive Remissionen bei klinischen Studien mit verschiedenen Immuntherapeutika weisen daraufhin, dass das Nierenzellkarzinom ein attraktives Ziel für verschiedene immuntherapeutische Strategien darstellt. Eine dieser Strategien ist die Behandlung des Nierenzellkarzinoms mit einem monoklonalen Antikörper (mAb), der gegen G250 gerichtet ist, wobei G250 zu einem hohen Prozentsatz auf der Zelloberfläche von klarzelligen Nierenzellkarzinomen exprimiert wird (vgl. WO 02/062972). Um Patienten, die auf eine Therapie mit einem mAb, der gegen G250 gerichtet ist, ansprechen, zu präselektionieren, ist die Identifizierung von differenziell exprimierten Tumormarkern, die nach Antikörper-Behandlung entweder induziert oder inhibiert werden, wesentlich.General is renal cell carcinoma a refractory to therapy Tumor and conventional therapies such as surgery, radiation and Chemotherapy, are relatively unsuccessful. The high spontaneous regression rate, the existence of lymphocytic Infiltrates and some objective remissions in clinical trials with various immunotherapeutic agents indicate that renal cell carcinoma an attractive target for represents different immunotherapeutic strategies. One of these Strategies is treating renal cell carcinoma with one monoclonal antibodies (mAb) directed against G250, with G250 at a high percentage on the cell surface is expressed by clear cell renal cell carcinomas (cf. WO 02/062972). Around Patients on therapy with a mAb directed against G250 is to address, to preselect, is the identification of differentially expressed tumor markers, those after antibody treatment either induced or inhibited, essential.
Um Expressionsunterschiede zwischen normalen Zellen und Krebszellen sowie zwischen unbehandelten und behandelten Krebszellen zu evaluieren, werden verschiedene mRNA-, oder Protein-basierende Methoden eingesetzt. Zu diesen zählen neben der differenziellen Display-PCR, cDNA Microarrays und DNA-Chip Technologie die serielle Analyse der Genexpression (SAGE). Diese Methoden werden erfolgreich für die Erstellung von globalen und quantitativen mRNA-Expressionsprofilen von Zellen und Geweben verwendet. Nachteil dieser Analysen sind die fehlende Detektion posttranskriptioneller Mechanismen, wie z.B. (i) Proteinmodifikationen, (ii) Halbwertszeit spezifischer Proteine oder mRNAs, (iii) intrazelluläre Lokalisation und (iv) molekulare Assoziation von Proteinprodukten. Aus diesem Grunde ist komplementär zu den mRNA-Expressionsanalysen „Proteomics" zu sehen. Diese Technologie kann neben den quantitativen Proteinexpressionsprofilen außerdem Informationen über entsprechende Proteinmodifikationen liefern. Auch über Protein-Protein-Wechselwirkungen sowie die subzelluläre Protein-Lokalisation können bei geeigneter Versuchsdurchführung Informationen erhalten werden. Die Proteomanalyse basiert dabei technisch auf der Kombination von zweidimensionaler Gelelektrophorese (2DE) für die Separierung und Quantifizierung der Proteine und analytischen Methoden, wie Massenspektrometrie und N-terminale Proteinsequenzierung, die die Proteinidentifikation ermöglichen.To express differences in expression between normal cells and cancer cells as well as between untreated and To evaluate treated cancer cells, different mRNA, or protein-based methods are used. These include in addition differential display PCR, cDNA microarrays and DNA chip technology serial analysis of gene expression (SAGE). These methods will be successful for the creation of global and quantitative mRNA expression profiles used by cells and tissues. Disadvantages of these analyzes are the lack of detection of post-transcriptional mechanisms, e.g. (i) protein modifications, (ii) half-life of specific proteins or mRNAs, (iii) intracellular Localization and (iv) molecular association of protein products. For this reason it is complementary to the mRNA expression analysis "Proteomics" to see. This technology can be used in addition to quantitative protein expression profiles Moreover information about provide appropriate protein modifications. Also about protein-protein interactions as well as the subcellular Protein localization can with a suitable test execution Information will be obtained. The proteome analysis is based on this technically on the combination of two-dimensional gel electrophoresis (2DE) for the separation and quantification of proteins and analytical Methods such as mass spectrometry and N-terminal protein sequencing, that enable protein identification.
Eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung bestand darin, Tumormarker zur Identifizierung, zum Monitoring und zur Behandlung von Nierenzellkarzinomen bereitzustellen. Diese Aufgabe wird erfindungsgemäß gelöst durch ein Verfahren zur Charakterisierung oder/und Identifizierung von Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinen, welches folgende Schritte umfasst:
- (a) Bereitstellen eines ersten und eines zweiten Extrakts, umfassend lösliche Proteine, worin zumindest der erste Extrakt aus Nierenzellkarzinomzellen gewonnen wird,
- (b) Auftrennen des ersten und zweiten Extrakts mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese, wobei ein erstes und zweites Proteommuster, jeweils bestehend aus einer Vielzahl von Proteinspezies erhalten wird,
- (c) Vergleichen des ersten und zweiten Proteommusters und
- (d) Charakterisierung oder/und Identifizierung von Nierenzellkarzinom spezifischen Proteinen.
- (a) providing a first and a second extract comprising soluble proteins, wherein at least the first extract is obtained from renal cell carcinoma cells,
- (b) separating the first and second extract by means of two-dimensional gel electrophoresis, a first and second proteome pattern, each consisting of a large number of protein species, being obtained,
- (c) comparing the first and second protein patterns and
- (d) Characterization and / or identification of renal cell carcinoma specific proteins.
Ein Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ein Verfahren, welches geeignet ist, mittels einer differenziellen Proteomanalyse Nierenzellkarzinom spezifische Tumormarker zu identifizieren, die für eine optimierte Diagnose, Prognose oder/und Behandlung von Nierenzellkarzinompatienten eingesetzt werden können.An object of the present invention is a method which is suitable by means of a differential Proteome analysis to identify renal cell carcinoma specific tumor markers the for an optimized diagnosis, prognosis and / or treatment of renal cell carcinoma patients can be used.
In Tabelle 2 sind Proteine dargestellt, die in Nierenzellkarzinomzellen im Vergleich zu gesunden Nierenzellen diffentiell exprimiert sind. Eines oder mehrere dieser Proteine, insbesondere mindestens 5, mehr bevorzugt mindestens 10 dieser Gene, können zur Diagnose des Zustandes von Nierenzellen verwendet werden. Die in Tabelle 2 dargestellten Proteine eignen sich insbesondere als molekulare Marker für die Diagnose bzw. Prognose eines Nierenzellkarzinoms. Insbesondere sind die in Tabelle 2 dargestellten Gene bei der Initiierung oder/und Progression des Nierenzellkarzinoms involviert. Sie können deshalb als Marker für biologische Phänomene, wie beispielsweise Invasivität oder Metastasierung, verwendet werden und sind deshalb von großer Bedeutung für die Diagnose, Prognose bzw. Behandlung des Nierenzellkarzinoms.Proteins are shown in Table 2, those in renal cell carcinoma cells compared to healthy kidney cells are expressed differentially. One or more of these proteins, in particular at least 5, more preferably at least 10 of these genes, can used to diagnose the condition of kidney cells. The Proteins shown in Table 2 are particularly suitable as molecular markers for the diagnosis or prognosis of renal cell carcinoma. In particular are the genes shown in Table 2 upon initiation or / and Progression of renal cell carcinoma involved. So you can as a marker for biological phenomena, such as invasiveness or metastasis, are used and are therefore of great importance for the Diagnosis, prognosis and treatment of renal cell carcinoma.
Die erfindungsgemäß angewendete Proteomanalyse basiert insbesondere auf der Kombination von zweidimensionaler Gelelektrophorese für die Separierung und Quantifizierung von Proteinen, gekoppelt mit analytischen Methoden für die Proteinindentifikation, wie beispielsweise Massenspektrometrie und Proteinsequenzierung.The proteome analysis used according to the invention is based in particular on the combination of two-dimensional gel electrophoresis for the Separation and quantification of proteins, coupled with analytical Methods for protein identification, such as mass spectrometry and protein sequencing.
Die dabei aufgefundenen Proteine, welche in Tabelle 2 dargestellt sind, können insbesondere als Tumormarker oder als therapeutische Zielstruktur Verwendung finden. Darüber hinaus können diese Tumormarker in Immunoassays, wie bei der Protein-Chipherstellung, Verwendung finden. Zusätzlich können auch die kodierenden Nukleinsäuren zur DNA-Chip-Herstellung Verwendung finden.The proteins found in the process, which are shown in Table 2 can be used in particular as tumor markers or used as a therapeutic target structure. Furthermore can these tumor markers in immunoassays, like in protein chip manufacture, Find use. additionally can also the coding nucleic acids for DNA chip production Find use.
Die identifizierten Tumormarker fallen im Wesentlichen in folgende Untergruppen: am Metabolismus beteiligte Proteine, mit Proliferation/Apoptose assoziierte Proteine, Struktur/Zytoskelettproteine, Onkogen/Tumorsupressorgen-assoziierte Proteine, Transporter von Substanzen, Adhäsionsproteine, Proteinprozessierungs/Abbau-Proteine, Tumorantigene, Stressproteine, putative Tumorantigene und unbekannte Proteine.The identified tumor markers fall essentially in the following subgroups: involved in metabolism Proteins, proteins associated with proliferation / apoptosis, structure / cytoskeletal proteins, Oncogene / tumor suppressor gene associated proteins, transporters of Substances, adhesion proteins, Protein processing / degradation proteins, tumor antigens, stress proteins, putative tumor antigens and unknown proteins.
Ein Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist die Identifizierung von neuen Tumormarkern. Dabei soll mindestens eines der Proteine, die in Tabelle 1, 2 und 3 zusammengefasst sind, als genereller Tumormarker oder therapeutische Zielstruktur eingesetzt werden. Dabei sollen die in der Tabelle aufgeführten Tumormarker spezifisch beim Nierenzellkarzinom eingesetzt werden. Eine weitere Möglichkeit besteht in der Verwendung dieser Tumormarker in Immunoassays sowie in Protein- und DNA-Chip-Herstellung, welche dann wieder zum Monitoren eines großen Patientenstammes eingesetzt werden kann.An object of the present invention is the identification of new tumor markers. At least one of the proteins summarized in Tables 1, 2 and 3, used as a general tumor marker or therapeutic target structure become. The tumor markers listed in the table should be specific be used in renal cell carcinoma. One more way consists in using these tumor markers in immunoassays as well in protein and DNA chip production, which is then used again to monitor a large patient base can be.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist die Identifizierung von Tumormarkern beim Nierenzellkarzinom, deren Expression durch Behandlung mit Antikörpern, die gegen G250 gerichtet sind, beeinflusst wird. Eine Voraussetzung stellt die Frequenzanalyse von G250-Oberflächenexpression auf Nierenzellkarzinomzelllinien und normalen Nierenepithelzellen dar. Durchflusszytometrische Analyse von 35 Nierenzellkarzinomzelllinien ergab, dass ca. 50 % der analysierten klarzelligen Nierenzellkarzinomzelllinien, nicht aber autologe normale Nierenepithelien G250-Antigen auf der Zelloberfläche exprimierten. Die G250-Expression variierte mit einer spezifischen mittleren Fluoreszenzintensität (MFI) von 2,6-33,2 jedoch stark zwischen den einzelnen Nierenzellkarzinomzelllinien. Dies führte zur Klassifizierung von „Iow", „medium" und „high"-G250-„Expressors".Another object of the invention is the identification of tumor markers in renal cell carcinoma, their expression by treatment with antibodies directed against G250 are influenced. Frequency analysis is a prerequisite of G250 surface expression on renal cell carcinoma cell lines and normal renal epithelial cells Flow cytometric analysis of 35 renal cell carcinoma cell lines revealed that approximately 50% of the clear cell renal cell carcinoma cell lines analyzed, but not autologous normal renal epithelia G250 antigen on the cell surface expressed. G250 expression varied with a specific one medium fluorescence intensity (MFI) of 2.6-33.2, however, strongly between the individual renal cell carcinoma cell lines. This resulted for the classification of "Iow", "medium" and "high" -G250 "expressors".
Im weiteren Schritt wurden entsprechende „low", „medium" und „high" G250-exprimierende Zelllinien für unterschiedliche Zeitpunkte mit Antikörpern gegen G250 behandelt und das Protein-Expressionsmuster von unbehandelten mit dem von Antikörpern gegen G250-behandelten Tumorzellen verglichen. Die differenziell exprimierten Proteine wurden identifiziert, wobei die 2DE und Massenspektrometrie als Methoden eingesetzt wurden. Die identifizierten Proteine sind in Tabelle 1 zusammengefasst und können als Tumormarker in Immunoassays sowie für die Protein- und DNA-Chip-Herstellung, deren Einsatz dann eine Vorselektion eines großen Patientenstammes bezüglich eines putativen Ansprechens auf eine Antikörper-basierende Therapie ermöglicht, verwendet werden.In the next step, corresponding "low", "medium" and "high" G250 expressing cell lines for treated at different times with antibodies against G250 and the protein expression pattern of untreated with that of antibodies compared to G250-treated tumor cells. The differential expressed proteins were identified using 2DE and mass spectrometry were used as methods. The identified proteins are summarized in Table 1 and can be used as tumor markers in immunoassays also for protein and DNA chip production, the use of which is then a preselection of a big one Patient base regarding enables a putative response to antibody-based therapy, be used.
Bei den bei Anwendung des erfindungsgemäßen Verfahrens identifizierten und charakterisierten Proteine handelt es sich im wesentlichen umWhen using the method according to the invention identified and characterized proteins are in the essential around
- – Strukturproteine- structural proteins
- – Chaperone- chaperones
- – Signaltransduktionsproteine- signal transduction proteins
- – am Metabolismus beteiligte Proteine- at the Proteins involved in metabolism
- – am Proteinabbau/Prozessierung beteiligte Proteine- at the Protein degradation / processing involved proteins
- – an Apoptose/Zellzyklus beteiligte Proteine- on Proteins involved in apoptosis / cell cycle
- – Transporterproteine- transporter proteins
- – Tumorantigene- tumor antigens
- – Immunophiline- immunophilins
- – unbekannte Proteine.- unknown Proteins.
Hierbei wurden ausschließlich mindestens 1,5fach regulierte, sowohl in positiver als auch in negativer Richtung, statistisch signifikant differenziell regulierte Proteine berücksichtigt.Here, at least 1.5 times regulated, in both positive and negative directions, statistically significant differentially regulated proteins are taken into account.
Die in Tabelle 1 dargestellten Proteine können insbesondere. zum Monitoring des Behandlungserfolgs einer Behandlung mit Antikörpern gegen G250 eingesetzt werden. Darüber hinaus können sie herangezogen werden, um Kombinationspräparate zur Behandlung von Nierenzellkarzinomen bereitzustellen. Solche Kombinationspräparate enthalten neben dem Antikörper gegen G250 bevorzugt einen weiteren Wirkstoff, welcher das Major vault Protein, ein Protein ausgewählt aus Tabelle 3a oder 3b, oder ein Protein ausgewählt aus Vimentin, Moesin, Heat shock 27 kD Protein 1, Heat shock 90 kD Protein 1 Beta oder Aldehydreduktase beeinflusst. Durch die gezielte Kombination, ausgehend von den gefundenen, differenziell exprimierten Proteinen, kann einerseits der Behandlungserfolg verstärkt, andererseits gegebenenfalls auch die Ausbildung unerwünschter Nebenwirkungen unterdrückt werden.The proteins shown in Table 1 can in particular. to monitor the success of a treatment with antibodies against G250. In addition, they can to be used in combination products for the treatment of renal cell carcinoma provide. Such combination preparations contain in addition to the antibody against G250 prefers another active ingredient, which is the major vault protein, a protein selected from Table 3a or 3b, or selected a protein from Vimentin, Moesin, Heat shock 27 kD Protein 1, Heat shock 90 kD Protein 1 beta or aldehyde reductase influenced. Through the targeted Combination, based on the found, differentially expressed Proteins, on the one hand, can increase the success of treatment, on the other hand if necessary, the formation of undesirable side effects can also be suppressed.
Zur weiteren Verdeutlichung der vorliegenden Erfindung dienen folgende Beispiele, Abbildungen und Tabellen.To further clarify the present The following examples, figures and tables are used in the invention.
Tabelle 1 zeigt Proteine, die in mit einem Antikörper G250 behandelten Nierenzellkarzinomzelllinen differenziell zu unbehandelten Nierenzellkarzinomzelllinien exprimiert werden.Table 1 shows proteins that are found in with an antibody G250 treated renal cell carcinoma cell lines differentially from untreated Renal cell carcinoma cell lines are expressed.
Tabelle 2 zeigt in Nierenzellkarzinomläsionen im Vergleich zu gesundem Nierenepithel differenziell exprimierte Proteine.Table 2 shows in renal cell carcinoma lesions Proteins differentially expressed compared to healthy renal epithelium.
Tabelle 3 zeigt signifikante Subgruppen von G250-regulierten Proteinen.Table 3 shows significant subgroups of G250 regulated proteins.
Beispiel 1:Example 1:
Expression von G250 auf der Oberfläche von Nierenzellkarzinomzelllinien zur Auswahl geeigneter Zelllinien zur Detektion von G250-regulierten Tumormarkern (Tabelle 1, 3)Expression of G250 the surface of renal cell carcinoma cell lines to select suitable cell lines for Detection of G250-regulated tumor markers (Table 1, 3)
(i) FACS-Analyse (i) FACS analysis
Es wurden insgesamt 35 humane Nierenzellkarzinomzelllinien,
die von chirurgisch entferntem Nierentumorgewebe abstammen, sowie
autologe Nierenzellepithelien auf G250-Oberflächenexpression analysiert.
In 18 von 35 Nierenkarzinomzelllinien wurde mittels Durchflusszytometrie
G250-Oberflächenexpression
nachgewiesen, wobei die Expression zwischen den verschiedenen Zelllinien
stark variierte (
Für die nachfolgenden Proteomanalysen wurden bisher 4 verschiedene G250-exprimierende Nierenzellkarzinomzelllinien ausgewählt: eine „low„-, eine „medium„- und zwei „high"-Expressor. Diese Zellen wurden in Anwesenheit bzw. Abwesenheit von G250 (5 μg/ml) für 24 bzw. 48 Stunden und 21 Tage inkubiert, bevor Proteinextrakte hergestellt wurden.For the following proteome analyzes were so far 4 different G250 expressing Renal cell carcinoma cell lines selected: one "low", one "medium" and two "high" expressors. These cells were grown in the presence or absence of G250 (5 μg / ml) for 24 or Incubated 48 hours and 21 days before protein extracts were made were.
(ii) 24 Stunden-Behandlung der Nierenzellkarzinomzelllinien mit G250(ii) 24 hour treatment of the renal cell carcinoma cell lines with G250
- – Zellen ausplattieren, so dass ca. 50 % konfluent- cells plate out so that approx. 50% confluent
- – 1 Tag in Medium stehen lassen- 1 Leave day in medium
- – Zugabe von neuem Medium, davon 5 T125-Flaschen unbehandelt, 5 T125 Flaschen mit G250 5,3 μg/ml (entspricht 30 μ1 [5 mg/ml] auf 28 ml Medium)- encore of new medium, including 5 T125 bottles untreated, 5 T125 bottles with G250 5.3 μg / ml (corresponds to 30 μ1 [5 mg / ml] on 28 ml medium)
- – nach 24 Stunden Ernte der Zellen- to 24 hour harvest of cells
- – 2* waschen in PBS- 2 * wash in PBS
- – Trypsinisieren- Trypsinize
- – 3* waschen in PBS- 3 * wash in PBS
- – Überstand abnehmen- Got over lose weight
- – trockenes Pellet in flüssigen Stickstoff, anschließend bei -80 ° C lagern- dry Pellet in liquid Nitrogen, then at -80 ° C to store
(iii) 21 Tage-Behandlung der Nierenzellkarzinomzelllinien mit G250(iii) 21 day treatment of the renal cell carcinoma cell lines with G250
Zellen werden nicht gesplittet, Medium-Wechsel
nach folgendem Plan
Tag 1: Zellaussaat, Medium + G250
Tag
4: Zugabe G250
Tag 8: Mediumwechsel + G250
Tag 11: Zugabe
von G250
Tag 14: Zugabe von G250
Tag 15: Mediumwechsel
+ G250
Tag 19: Zugabe von G250
Tag 22: Zugabe von G250
Tag
23: Ernte
G250: Zugabe von 30 μl einer 5 mg/ml Lösung auf
25 ml Medium in T175-FlascheCells are not split, medium change according to the following plan
Day 1: cell seeding, medium + G250
Day 4: addition of G250
Day 8: Change of medium + G250
Day 11: addition of G250
Day 14: Add G250
Day 15: Change of medium + G250
Day 19: addition of G250
Day 22: addition of G250
Day 23: harvest
G250: Add 30 μl of a 5 mg / ml solution to 25 ml medium in a T175 bottle
Zellen werden gesplittet
Tag
1: 5 × 106
Zellen/T125 Flasche ± G250
Tag
4: Zugabe G250
Tag 8: Mediumwechsel + G250 / splitten
Tag
11: Zugabe von G250
Tag 14: Zugabe von G250
Tag 15: Mediumwechsel
+ G250/splitten
Tag 19: Zugabe von G250
Tag 22: Zugabe
von G250/splitten
Tag 23: Ernte
G250: Zugabe von 30 μl einer 5
mg/ml Lösung
auf 25 ml Medium in T175-Flasche Cells are split
Day 1: 5 x 106 cells / T125 bottle ± G250
Day 4: addition of G250
Day 8: Medium change + G250 / split
Day 11: addition of G250
Day 14: Add G250
Day 15: Change of medium + G250 / split
Day 19: addition of G250
Day 22: Add G250 / split
Day 23: harvest
G250: Add 30 μl of a 5 mg / ml solution to 25 ml medium in a T175 bottle
Probenmaterialsample material
Als Probenmaterial dienen behandelte bzw unbehandelte Nierenkazinomzelllinien, z.B. MZ 1846RC. Zur statistischen Absicherung werden von jeder Probe fünf 2D-Gel-Replikate angefertigt, welche anschließend computerdensitometrisch vergleichend ausgewertet werden.Treated samples are used or untreated renal carcinoma cell lines, e.g. MZ 1846RC. For statistical As a safeguard, five 2D gel replicates are made from each sample, which is then computer densitometric be evaluated comparably.
Probenaufbereitungsample preparation
Das Zellpellet wird in flüssigem Stickstoff mit einem Mörser fein gemahlen. 3 mg werden hieraus in 200 μL Lysispuffer gelöst. Mit dem Ultraschallstab wird unter Eiswasserbadkühlung die Suspension behandelt (10 × 0,5 s). Nun wird mit 800 μl Lysispuffer verdünnt und 30 Minuten bei Raumtemperatur geschüttelt. Zum Schluss wird 10 Minuten bei 20 ° C und 14000 xg zentrifugiert, der Überstand abgenommen und portioniert bei –80 ° C eingefroren. Die Proteinkonzentration wird mittels der Bradfordmethode bestimmt.The cell pellet is in liquid nitrogen with a mortar finely ground. 3 mg are dissolved in 200 μL lysis buffer. With the suspension is treated on the ultrasonic rod while cooling in an ice water bath (10 × 0.5 s). Now with 800 μl Diluted lysis buffer and shaken at room temperature for 30 minutes. Finally, 10 Minutes at 20 ° C and 14000 xg centrifuged, the supernatant removed and portioned frozen at -80 ° C. The protein concentration is determined using the Bradford method.
Beispiel 2 (Tabelle 2):Example 2 (Table 2):
Tumormarker des Nierenzellkarzinoms, welche in Nierenzellkarzinomzellen und normalen Nierenzellen differenziell exprimiert werdenTumor marker of renal cell carcinoma, which are differential in renal cell carcinoma cells and normal kidney cells be expressed
Probenmaterialsample material
Es wird Nierengewebe von sechs Patienten verglichen, von denen drei Nierentumor-negativ und drei Nierentumor-positiv waren. Für die statistische Absicherung werden von jeder Probe fünf Proteomexponate angefertigt, welche anschließend computerdensitometrisch vergleichend ausgewertet werden.It will be kidney tissue from six patients compared, three of which were kidney tumor negative and three kidney tumor positive were. For the statistical validation, five proteome exhibits are made from each sample, which then be comparatively evaluated by computer densitometry.
Probenaufbereitungsample preparation
Das Nierengewebe wird in flüssigem Stickstoff mit einem Mörser fein gemahlen. 3 mg werden hieraus in 200 μL Lysispuffer gelöst. Mit dem Ultraschallstab wird unter Eiswasserbadkühlung die Suspension behandelt (10 × 0,5 s). Nun wird mit 800 μl Lysispuffer 1 verdünnt und 30 Minuten bei Raumtemperatur geschüttelt. Zum Schluss wird 10 Minuten bei 20 ° C und 14000 xg zentrifugiert, der Überstand abgenommen und portioniert bei –80 ° C eingefroren. Die Proteinkonzentration wird mittels der Bradfordmethode bestimmt.The kidney tissue is in liquid nitrogen with a mortar finely ground. 3 mg are dissolved in 200 μL lysis buffer. With the suspension is treated on the ultrasonic rod while cooling in an ice water bath (10 × 0.5 s). Now with 800 μl Diluted lysis buffer 1 and shaken at room temperature for 30 minutes. Finally, 10 Minutes at 20 ° C and 14000 xg centrifuged, the supernatant removed and portioned frozen at -80 ° C. The protein concentration is determined using the Bradford method.
Beispiel 3Example 3
Proteomanalyseproteome
Rehydration der Fokussierungsstreifen (Immobiline Dry Strips)Rehydration of the focus strips (Immobiline Dry Strips)
Die Fokussierungsstreifen (T = 4 %, C = 3 %, pH 4–7) werden im getrockneten und gefrorenen Zustand geliefert. Für den Gebrauch werden sie über Nacht in einem Reswelling Tray in Rehydratisierungspuffer gequollen. Für einen 18 cm lange Streifen verwendet man 400 μL Rehydratisierungspuffer.The focus strips (T = 4 %, C = 3%, pH 4-7) are delivered in the dried and frozen state. For use they are about Swollen in rehydration buffer overnight in a reswelling tray. For one 18 cm long strips are used with 400 μL rehydration buffer.
Fokussierung (erste Dimension)Focus (first dimension)
Die Kühlung der Fokussierungsapparatur wird auf 20 ° C eingestellt. Die über Nacht rehydrierten Streifen werden nach der Quellung kurz in bidestilliertes Wasser getaucht und auf einem feuchten Elektrodenpapier abgelegt, das wiederum auf einem trockenen Filterpapier liegt. Auf den Streifen legt man nun ein weiteres feuchtes Filterpapier und ein trockenes Filterpapier. Nun übt man leichten Druck aus, um die überschüssige Feuchtigkeit aus dem Streifen zu entfernen. Nach dem Auflegen der Fokussierungsstreifen in die Fokussierungskammer wird die Probe auf das Gel appliziert. Die Probelösungen werden mit Bromphenolblau gefärbt, um die Dichtigkeit der Applikationscups zu kontrollieren. Die Fokussierung läuft über Nacht und ist nach 38,7 kVh beendet. Fokussierungsprogramm für pH 4–7: The cooling of the focusing apparatus is set to 20 ° C. After swelling, the strips rehydrated overnight are briefly immersed in double-distilled water and placed on a damp electrode paper, which in turn lies on a dry filter paper. Now place another damp filter paper and a dry filter paper on the strip. Now apply light pressure to remove the excess moisture from the strip. After placing the focusing strips in the focusing chamber, the sample is applied to the gel. The sample solutions are colored with bromophenol blue to check the tightness of the application cups. The focus runs overnight and is finished after 38.7 kVh. Focus program for pH 4–7:
Guss der Gele für die zweite DimensionPour the gels for the second dimension
Die 1,5 l Gellösung für den Gelguss wird am Vortag hergestellt und entgast. In einer verschlossenen Flasche wird die Lösung über Nacht in einem Kühlschrank auf ca. 4° C gekühlt. Das Reservoir der Gusskammer wird mit einem Trichter verschlossen und darin eine Glycerinlösung (500 ml) eingefüllt. Direkt vor dem Guss wird die vorbereitete Gellösung 3 aus dem Kühlschrank genommen und 72 μl TEMED bzw. 7,2 ml APS-Lösung eingerührt und diese Lösung durch einen Trichter in die Gusskammer gefüllt. Ist die gesamte Gellösung in der Kammer, nimmt man den Trichter weg und lässt die Glycerinlösung aus dem Reservoir einlaufen. Diese drückt die Gellösung aus den Einfüllschlauch und dem unteren Teil der Gusskammer, so dass sich die Gellösung nur noch in den Gusskassetten befindet. Möglichst schnell werden dann die Gele mit wassergesättigtem Butanol 7 überschichtet. Die Menge der Gellösung und der Glycerinlösung 6 richtet sich nach der Anzahl der eingesetzten Gusskassetten und ist auch abhängig vom Volumen der Gusskammer. Nach drei Stunden kann man die auspolymerisierten Gele aus der Kassette entnehmen.The 1.5 l gel solution for gel pouring is the day before manufactured and degassed. The is in a sealed bottle Overnight solution in a refrigerator to approx. 4 ° C cooled. The reservoir of the casting chamber is closed with a funnel and a glycerin solution in it (500 ml). The prepared gel solution 3 is removed from the refrigerator directly before the casting taken and 72 ul TEMED or 7.2 ml APS solution stirred and this solution filled into the casting chamber through a funnel. The entire gel solution is in the chamber, the funnel is removed and the glycerin solution is left out enter the reservoir. This expresses the gel solution the filling hose and the lower part of the casting chamber, so that the gel solution only is still in the cast cassettes. Then be as quick as possible the gels with water-saturated Layered butanol 7. The amount of gel solution and the glycerin solution 6 depends on the number of cast cassettes used and is also dependent the volume of the casting chamber. After three hours you can polymerize Remove the gels from the cassette.
Zweite DimensionSecond dimension
In der Hoefer Dalt-Kammer wird der Tankpuffer (20 l) angerührt und auf ca. 13 ° C gekühlt. Bis zum Gebrauch werden die Gele in ihren Kassetten mit bidestilliertem Wasser überschichtet. Auf die Oberseite eines jeden Gels wird ein kleiner Filterpapierstreifen mit 5 μL einer Proteinstandardlösung eingefügt (Marker). Die gefrorenen Fokussierungsstreifen werden zuerst in einem Reagenzglas mit 10 ml (für zwei Streifen in einem Reagenzglas) einer frischen DTT-Lösung 10 Minuten äquilibriert. Danach wird die Lösung gegen 10 ml einer frischen bromphenolblaugefärbten lodacetamidlösung ausgetauscht und wieder 10 Minuten geschüttelt.In the Hoefer Dalt chamber the Tank buffer (20 l) mixed and to about 13 ° C cooled. Until use, the gels in their cassettes are double-distilled Water layered. On top of each gel is a small strip of filter paper with 5 μL a protein standard solution added (Marker). The frozen focus strips are first in a 10 ml test tube (for two strips in a test tube) of a fresh DTT solution 10 Minutes equilibrated. After that, the solution exchanged for 10 ml of a fresh bromophenol blue-colored iodoacetamide solution and shaken again for 10 minutes.
Das Wasser in den Gusskassetten wird abgegossen, die fokussierten IPG Streifen kurz in den Tankpuffer getaucht, und horizontal auf das Gel appliziert.The water in the cast cassettes will poured, the focused IPG strips briefly in the tank buffer dipped and applied horizontally to the gel.
Marker und IPG Streifen werden nun mit einer heißen Agaroselösung überschichtet. Sobald die Agarose fest geworden ist, können die Gele in ihren Kassetten in die Hoefer Dalt-Kammer eingebaut werden. Überschüssiger Tankpuffer wird entfernt und das Elektrophoreseprogramm gestartet. Die Einlaufphase (Schritt 1) läuft 50 Vh. Die Hauptphase (Schritt 2) läuft solange, bis die Bromphenolblaufront das untere Ende des Gels erreicht hat. Die Gele werden nun aus den Kassetten entnommen und durch bidestilliertes Wasser gezogen. Elektrophoreseprogramm: Markers and IPG strips are now overlaid with a hot agarose solution. As soon as the agarose has set, the gels can be installed in their cassettes in the Hoefer Dalt chamber. Excess tank buffer is removed and the electrophoresis program started. The running-in phase (step 1) runs 50 Vh. The main phase (step 2) continues until the bromophenol blue front has reached the lower end of the gel. The gels are now removed from the cassettes and drawn through double-distilled water. Elektrophoreseprogramm:
Färbung der GeleStaining of the gels
Jedes Gel wird in einer eigenen Schale gefärbt. Zuerst wird mit 330 ml eines Ethanol/Essigsäure-Gemischs 30 Minuten fixiert. Danach wird drei Stunden der SyproRuby-Lösung (330 μl) unter Lichtabschluss gefärbt. Mit 330 ml des Ethanol/Essigsäure-Gemischa wird dann der Hintergrund 30 Minuten unter Lichtabschluss entfärbt. Vor dem Scannen mit dem Fluoreszenzscanner wird das Gel zweimal durch bidestilliertes Wasser gezogen, um letzte Reste des Farbstoffs zu entfernen. Nach dem Scannen wird das Gel in einer kolloidalen Coomassiefärbelösung über Nacht geschüttelt. Am nächsten Tag werden die gefärbten Gele in bidestilliertem Wasser geschüttelt. Ist der Hintergrund entsprechend entfärbt, kann das Gel mit dem visuellen Scanner aufgenommen werden.Each gel is in its own bowl colored. First it is fixed with 330 ml of an ethanol / acetic acid mixture for 30 minutes. The SyproRuby solution (330 μl) is then stained for three hours with the light closed. With 330 ml of the ethanol / acetic acid mixture the background is then decolorized for 30 minutes with the light closed. In front the gel is scanned twice after scanning with the fluorescence scanner double-distilled water is drawn to remove the last residues of the dye remove. After scanning, the gel is placed in a colloidal Coomassie staining solution overnight shaken. The next Day will be colored Gels shaken in double-distilled water. Is the background decolorized accordingly, the gel can be scanned with the visual scanner.
Computerdensitometrie der 2D GeleComputer densitometry of the 2D gels
Die Evaluierung der Gele wird mit der Bildauswerte-Software PD Quest (Version 6.2.1, Fa. Bio Rad) durchgeführt. Dafür werden jeweils 5 2D-Gele pro Gruppe gegeneinander gematched. Die Auflösung der Tiff-Files der Gele (16bit) beträgt 254 dpi. Es werden solche Spots als signifikant angesehen, die folgende Kriterien erfüllen:
- – Standardabweichung ein- und desselben Spots innerhalb einer Gruppe ist ≤ 30 %
- – parametrischer Signifikanztest (student T-Test) wird angewendet
- – die Spotveränderung zwischen 2 Gruppen weist einen „confidence level" von ≤ 0,05 auf
- – Regulationsfaktor eines Spots zwischen 2 Gruppen ist ≥ 1,5
- - Standard deviation of one and the same spot within a group is ≤ 30%
- - Parametric significance test (student t-test) is used
- - The spot change between two groups has a "confidence level" of ≤ 0.05
- - The regulation factor of a spot between 2 groups is ≥ 1.5
Zusätzlich werden auch solche Spots als signifikant erachtet, die eine komplette Deregulierung zwischen 2 Gruppen aufweisen. Dabei werden innerhalb der Gruppe des vorhandenen Spots auch Standardabweichungen > 30 % zugelassen.In addition, such spots deemed significant that a complete deregulation between Have 2 groups. Thereby within the group of the existing Spots also standard deviations> 30 % authorized.
MALDI – TOF-Massenspektrometrie (MS) der TargetproteineMALDI - TOF mass spectrometry (MS) of the target proteins
Die computerdensitometrisch detektierten Targetproteine werden nun aus dem Polyacrylamidgel ausgestochen und mit Trypsin verdaut. Die erhaltenen Peptide werden mit Acetonitril/0,1 % TFA aus dem Gel eluiert und sodann mit einer C18 ZipTip Säule entsaltzt. Diese Extrakte werden nun mit 2,5-Dihydroxybenzoesäure cokristallisiert und auf eine MALDI-MS-Targetplatte pipettiert.The detected by computer densitometry Target proteins are now cut out of the polyacrylamide gel and digested with trypsin. The peptides obtained are treated with acetonitrile / 0.1 % TFA eluted from the gel and then desalted with a C18 ZipTip column. These extracts are now cocrystallized with 2,5-dihydroxybenzoic acid and pipetted onto a MALDI-MS target plate.
Diese kristallisierten Peptide werden anschließend im MALDI-TOF-Massenspektrometer (Voyager STR, Applied Biosystems) mit einem N2-Laser (337 nm) ionisiert. Die Ionen werden durch Spannungen von 20–25 kV beschleunigt und zugleich deren Flugzeit, welche massenspezifisch ist, gemessen. Nach Auswertung der entstehenden Spektren lassen sich durch Datenbankrecherchen die einzelnen Proteine identifizieren.These crystallized peptides will subsequently in the MALDI-TOF mass spectrometer (Voyager STR, Applied Biosystems) ionized with an N2 laser (337 nm). The ions are caused by voltages from 20-25 kV accelerates and at the same time their flight time, which is mass-specific is measured. After evaluating the resulting spectra, leave identify the individual proteins through database searches.
Claims (45)
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