DE102004031116A1 - Method for finding pain-relevant substances using pain-relevant proteins - Google Patents
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Abstract
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zum Auffinden schmerzrelevanter Substanzen unter Verwendung der Proteine KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567, CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL sowie die Verwendung der durch das erfindungsgemäße Verfahren identifizierten Verbindungen in Arzneimitteln und Diagnostika sowie in der Schmerztherapie. Die Erfindung betrifft ferner die neuen Nukleinsäure- und Aminosäure-Gesamtsequenzen des Maus BAB31214 Proteins sowie die Nukleinsäure- und Aminosäure-Teilsequenzen des humanen KIAA0378 Proteins und des Ratten PID12832121 Proteins.The invention relates to a method for finding pain relevant substances using the proteins KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL and the use of the compounds identified in the medicaments and diagnostics by the method according to the invention the pain therapy. The invention further relates to the novel nucleic acid and amino acid total sequences of the mouse BAB31214 protein as well as the nucleic acid and amino acid partial sequences of the human KIAA0378 protein and the rat PID12832121 protein.
Description
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zum Auffinden schmerzrelevanter Substanzen unter Verwendung der Proteine KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567, CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL sowie die Verwendung der durch das erfindungsgemäße Verfahren identifizierter Verbindungen in Arzneimitteln und Diagnostika sowie in der Schmerztherapie. Die Erfindung betrifft ferner die neue Nukleinsäure- und Aminosäure Gesamtsequenz, des Maus BAB31214 Proteins sowie die Nukleinsäure- und Aminosäureteilsequenzen des humanen KIAA0378 Proteins und des Ratten PID12832121 Proteins.The The invention relates to a method for finding pain relevant Substances using the proteins KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL and the use of the identified by the inventive method Compounds in medicines and diagnostics as well as in pain therapy. The invention further relates to the novel nucleic acid and amino acid total sequence, of the mouse BAB31214 protein as well as the nucleic acid and amino acid partial sequences human KIAA0378 protein and rat PID12832121 protein.
Im Stand der Technik stehen zur Therapie von Schmerzen unterschiedliche Arzneimittel, wie z.B. Acetylsalicylsäure, Paracetamol, Dipyrone, Tramadol, Morphin und Fentanyl, zur Verfügung. Daneben kommen auch Substanzen, wie Amitryptilin und Ketamin, zur Behandlung von Schmerzpatienten zum Einsatz. Die Therapie von Schmerzen gewinnt zunehmend an Bedeutung, sodass die Therapieschemata von Schmerzzuständen, insbesondere chronischen Schmerzzuständen, kontinuierlich verfeinert werden.in the Prior art are different for the therapy of pain Drugs, e.g. Acetylsalicylic acid, paracetamol, dipyrone, Tramadol, morphine and fentanyl are available. In addition, there are also substances such as amitryptiline and ketamine, for the treatment of pain patients for use. The treatment of pain is becoming increasingly important so that the regimens of pain, especially chronic Pain, be continuously refined.
So brachte die Schmerzforschung der letzten Jahre die grundlegende Erkenntnis, dass der Entwicklung insbesondere chronischer Schmerzzustände plastische Veränderungen des Nervensystems, insbesondere in den nozizeptiven Neuronen der Hinterwurzelganglien und der Neurone im Bereich der Dorsalhörner des Rückenmarks, zugrunde liegen (als Überblick siehe: Coderre et al. 1993; Zimmermann & Herdegen, 1996). Die neuronale Plastizität geht einher mit Veränderungen in der Expression bestimmter Gene und führt zur lang anhaltenden Veränderung des Phänotyps der betroffenen Neuronen. Das Konzept der neuronalen Plasti zität wurde bisher vor allem auf Entwicklungs-, Lern- und Regenerationsprozesse angewandt. Neuere Befunde aus der Schmerzforschung zeigen allerdings, dass dieses Konzept auch bei pathophysiologischen Vorgängen greift (Tölle, 1997).So The pain research of recent years brought the basic Recognizing that the development of chronic pain in particular is plastic changes of the nervous system, especially in the nociceptive neurons of the Posterior root ganglia and neurons in the dorsal horns of the Backmarks, underlying (as an overview see: Coderre et al. 1993; Zimmermann & Herdegen, 1996). The neuronal plasticity goes hand in hand with changes in the expression of certain genes and leads to long-lasting change of the phenotype the affected neurons. The concept of neural plasticity became so far mainly on development, learning and regeneration processes applied. However, recent findings from pain research show that this concept also applies to pathophysiological processes (Tölle, 1997).
Die Chronifizierung des Schmerzes ist tierexperimentell auf phänomenologischer Ebene bereits relativ gut charakterisiert. Die Induktion chronischer Schmerzzustände führt insbesondere zu folgenden Veränderungen:
- – erhöhte Empfindlichkeit und verringerte Reizschwelle peripherer Nozizeptoren,
- – Aktivierung so genannter stiller Nozizeptoren,
- – Reorganisation rezeptiver Felder,
- – Erregbarkeitszunahme im Rückenmark
- Increased sensitivity and reduced stimulation threshold of peripheral nociceptors,
- - activation of so-called silent nociceptors,
- - Reorganization of receptive fields,
- - increased excitability in the spinal cord
In der Schmerzwahrnehmung kommt neben den Nozizeptoren, als primäre sensorische Afferenzen, auch den nachgeschalteten Neuronen im Dorsalhorn des Rückenmarks eine besondere Bedeutung zu. Eine Chronifizierung des Schmerzes erfolgt durch die Erregbarkeitszunahme der nachgeschaltenen Neurone im Rückenmark Diese Erregbarkeitszunahme wird auch als „zentrale Sensitivierung" bezeichnet. Ebenfalls wird die Übertragung von Signalen (elektrischen Impulsen) von den Nozizeptoren auf die nachgeschaltete Neurone durch inhibitorische oder exzitatorische Interneurone moduliert. Dieser veränderten Signalübertragung wird auch einen Anteil an der Chronifizierung bzw. dem Versagen herkömmlicher Analgetika zugeschrieben.In Pain perception comes next to the nociceptors, as the primary sensory Afferents, including the downstream neurons in the dorsal horn of the Backmarks a special meaning too. A chronification of the pain takes place by the excitability increase of the downstream neurons in the spinal cord This increase in excitability is also called "central sensitization" will the transmission of signals (electrical impulses) from the nociceptors to the Downstream neurons by inhibitory or excitatory Interneurone modulated. This changed signal transmission will also be a part of the chronification or the failure conventional Attributed to analgesics.
Das dorsale Rückenmark stellt somit eine der wichtigsten Schaltstellen der nozizeptiven Neurotransmission dar. Hier werden nozizeptive Signale sowohl verarbeitet als auch moduliert. Das subzelluläre Kompartiment der beteiligten Neurone, das bei den oben aufgeführten Schmerz-assozierten Vorgängen die wichtigste Rolle spielt, stellt die prä- und postsynaptische Membran dar. Hier wird präsynaptisch die Transmitterauschüttung reguliert und es werden postsynaptisch die Neurotransmitter detektiert, was zu einer Aktivierung oder Inhibition des entsprechenden Neurons führt. Diese Funktionen werden in erster Linie von den synaptischen Membranproteinen der dorsalen Rückenmarksneuronen ausgeübt.The dorsal spinal cord thus represents one of the most important switching points of the nociceptive Neurotransmission. Here nociceptive signals are both processed as well as modulated. The subcellular compartment of the involved Neurons that are listed above Pain-related processes The most important role is played by the pre- and postsynaptic membrane Here becomes presynaptic the transmitter exchange regulates and postsynaptically detects the neurotransmitters, resulting in activation or inhibition of the corresponding neuron leads. These functions are primarily of the synaptic membrane proteins dorsal spinal cord neurons exercised.
Trotz zunehmend weiterentwickelter Therapien kann bei chronischen Schmerzzuständen jedoch oft keine dauerhafte Verbesserung für den Patienten erzielt werden. Unter anderem sind hierfür die dauerhaften Veränderungen beteiligter Nervenzellen ursächlich. In derartige dauerhafte Veränderungen von Nervenzellen sind Proteine, insbesondere die erwähnten synaptischen Membranproteine des dorsalen Rückenmarks, involviert, deren Identifizierung und Charakterisierung im Stand der Technik bislang unzureichend erfolgt ist. Solche Proteine spielen eine wichtige Rolle als molekulare Targets für die Entwicklung neuer Analgetika und insbesondere für entsprechende Screeningverfahren, d.h. für Verfahren, mit denen Substanzen aufgefunden identifiziert werden, die als Analgetika verwendet werden können.In spite of However, progressively more advanced therapies can be used in chronic pain conditions often no lasting improvement is achieved for the patient. Among others are for this the permanent changes involved nerve cells cause. In such permanent changes of nerve cells are proteins, in particular the mentioned synaptic Membrane proteins of the dorsal spinal cord, involved, their identification and characterization in the state The technique has been insufficient so far. Such proteins play an important role as molecular targets for the development of new analgesics and in particular for corresponding screening methods, i. for procedures that use substances be identified, which are used as analgesics can.
Der vorliegenden Erfindung liegt daher die Aufgabe zugrunde, zum einen Proteine zu identifizieren, die eine Rolle bei chronischen Schmerzzuständen spielen, sowie zum anderen ein Verfahren bereitzustellen, mit welchem unter Verwendung dieser identifizierten Proteine potenziell schmerzregulierende Substanzen aufzufinden sind.Of the The present invention is therefore based on the object, on the one hand Identify proteins that play a role in chronic pain conditions, and on the other hand to provide a method with which Use of these identified proteins is potentially pain-regulating Substances are to be found.
Zur Lösung der erfindungsgemäßen Aufgabe wurde daher zunächst unter Anwendung optimierter proteinchemischer Methoden eine selektive Analyse der in dem dorsalen Rückenmarksgewebe, genauer in den dorsalen Rückenmarksneuronen, lokalisierten synaptischen Membranproteine vorgenommen. Anhand nachfolgender Untersuchungen wurden diese als Proteine charakterisiert, die in die Schmerzregulierung involviert sind und somit neue Angriffspunkte zur Behandlung von Schmerzen, insbesondere chronischer Schmerzen, darstellen. Im Detail wurde die Auftrennung subzellulärer Fraktionen (Myelin, synaptische Membranen, leichte Membranen etc.) mittels zweidimensionaler 16-BAC/SDS-PAGE als einem für integrale Membranproteine kompatiblen Trennsystem vorgenommen und anhand der Ergebnisse eine Proteomkarte des dorsalen Rückenmarks erstellt. Ausgehend von synaptischen Membranen konnten nach genannter Auftrennung im zweidimensionalen 16-BAC-SDS-PAGE insgesamt 55 Proteine identifiziert werden. Hiervon wurden insbesondere erfindungsgemäß relevante Proteine weitergehend charakterisiert.to solution the task of the invention was therefore first using selective protein-chemical methods a selective Analysis of the dorsal spinal cord tissue, more precisely in the dorsal spinal cord neurons, made localized synaptic membrane proteins. Based on the following These studies have been characterized as proteins that are known in the pain regulation are involved and thus new targets for the treatment of pain, especially chronic pain. In detail, the separation of subcellular fractions (myelin, synaptic Membranes, light membranes, etc.) using two-dimensional 16-BAC / SDS-PAGE as one for integral membrane proteins made compatible separation system and Based on the results, a proteomic map of the dorsal spinal cord created. Starting from synaptic membranes could be named after Separation in the two-dimensional 16-BAC SDS-PAGE identified a total of 55 proteins become. Of these, in particular according to the invention relevant Proteins further characterized.
Erfindungsgemäß können die derart identifizierten Proteine in einem Verfahren eingesetzt werden, mit dem schmerzregulierende Substanzen aufgefunden werden können, die in der Therapie von insbesondere chronischen Schmerzen appliziert werden können.According to the invention can such identified proteins are used in a process can be found with the pain-regulating substances, the applied in the therapy of especially chronic pain can be.
Somit ist ein erster Gegenstand der vorliegenden Erfindung ein Verfahren zum Auffinden schmerzregulierender Substanzen, das die folgenden Schritte umfasst:
- (a) Inkubation einer zu testenden
Substanz unter geeigneten Bedingungen mit einer Zelle und/oder einer Präparation
aus einer solchen Zelle, die mindestens ein Protein ausgewählt aus
der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL und/oder mindestens
ein Protein umfassend eine Aminosäuresequenz gemäß einer
der
11 ,18 ,20 ,27 ,29 ,31 ,38 ,40 ,42 ,44 ,46 ,48 ,50 ,52 ,54 ,56 ,58 ,60 und/oder mindestens ein Protein, für das eine Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 codiert, und/oder ein Protein, das durch eine Nukleinsäure codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines der vorgenannten Protein synthetisiert hat, - (b) Messung der Bindung der Testsubstanz an das mindestens eine von der Zelle synthetisierte Protein oder funktionelle Fragment oder funktionelle Derivat hiervon oder Messung mindestens eines der durch die Bindung der Testsubstanz an das Protein oder funktionelle Fragment oder funktionelle Derivat hiervon veränderten funktionellen Parameters.
- (a) incubation of a substance to be tested under suitable conditions with a cell and / or a preparation from such a cell which comprises at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and / or PGRL and / or at least one protein comprising an amino acid sequence according to any one of
11 .18 .20 .27 .29 .31 .38 .40 .42 .44 .46 .48 .50 .52 .54 .56 .58 .60 and / or at least one protein for which a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of the12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 encoded, and / or a protein which is encoded by a nucleic acid which under stringent conditions with a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 or whose antisense has hybridized nucleic acid or synthesized a functional fragment or a functional variant of one of the aforementioned proteins, - (b) measuring the binding of the test substance to the at least one cell synthesized protein or functional fragment or functional derivative thereof or measuring at least one of the functional parameter altered by the binding of the test substance to the protein or functional fragment or functional derivative thereof.
Das erfindungsgemäße Verfahren basiert auf der Tatsache, dass die potentielle schmerzregulierende Wirksamkeit einer Substanz über die Wechselwirkung dieser Substanz mit einem Schmerz-regulierten Protein oder einem Protein mit einer schmerzrelevanten Verteilung im zentralen Nervensystem (ZNS), wie sie erfindungsgemäß beschrieben werden, identifiziert werden kann.The inventive method based on the fact that the potential pain-regulating effectiveness a substance over the interaction of this substance with a pain-regulated Protein or a protein with a pain-relevant distribution in the central nervous system (CNS), as described according to the invention can be identified.
„Schmerzregulierend" ist eine Substanz im Sinne dieser Erfindung dann, wenn sie einen potentiell regulierenden Einfluss auf das physiologische Schmerzgeschehen nimmt. Insbesondere stellt dieser regulierende Einfluss eine analgetische Wirkung dar. Unter einer „Substanz" wird erfindungsgemäß eine chemische Verbindung verstanden, die potentiell eine Wirkung im Körper entfalten kann, insbesondere jede als Arzneimittelwirkstoff geeignete Verbindung."Pain-regulating" is a substance in the sense of this invention, if they have a potential regulating Influences the physiological pain event. Especially this regulatory influence is an analgesic effect. Under a "substance" according to the invention is a chemical Understood compound that potentially have an effect in the body can, in particular any compound suitable as a drug.
Hierzu gehören beispielsweise niedermolekulare Wirkstoffe, Nukleinsäuren, Fette, Zucker, Peptide (Polypeptide) oder Proteine, Antikörper. „Niedermolekular" ist erfindungsgemäß ein Molekül mit einem Molekulargewicht < 2 kDa. Ein „Wirkstoff" im Sinne der Erfindung ist eine Verbindung, die in einem Organismus, an den sie verabreicht wurde, eine Veränderung, insbesondere eine heilende Wirkung, hervorruft. Es handelt sich hierbei vorzugsweise um organisch-chemisch synthetisierte Moleküle, insbesondere um Moleküle, die an die Verfahrens-Proteine und -Polypeptide (vorliegend die Bezeichnung für ein Protein bzw. Polypeptid, das in dem erfindungsgemäßen Verfahren eingesetzt werden kann) binden.These include, for example, low molecular weight drugs, nucleic acids, fats, sugars, peptides (polypeptides) or proteins, antibodies. According to the invention, "low molecular weight" is a molecule having a molecular weight <2 kDa. An "active substance" within the meaning of the invention is a compound which causes an alteration, in particular a curative effect, in an organism to which it has been administered. These are preferably organically-chemically synthesized molecules, in particular molecules which are linked to the process proteins and polypeptides (in the present case the name for a protein or polypeptide which is present in the inventive method can be used) bind.
Eine „zu testende Substanz" bzw. „Testsubstanz" gemäß der Erfindung ist eine wie vorstehend definierte Substanz, für die eine potentielle schmerzregulierende Wirkung angenommen wird Eine solche Testsubstanz wird mit einer erfindungsgemäßen Zelle bzw. einer Präparation aus solch einer Zelle unter geeigneten Bedingungen inkubiert, d.h. Testsubstanz und Zelle werden in einem wässrigen Medium für einen bestimmten Zeitraum (Inkubationszeit) zur Reaktion gebracht. Die Inkubationszeit ist abhängig von der Art der Substanz und der damit verbundenen Wechselwirkung mit einem Verfahrens-Protein. Sie kann wenige Sekunden bis mehrere Stunden betragen, bevorzugt beträgt sie zwischen 1 Minute und 60 Minuten. Das wässrige Medium kann vorzugsweise zwischen 4° C und 40° C temperiert werden, vorzugsweise liegt die Temperatur bei Raumtemperatur oder bei 37° C. Eine solche Temperierung des wässrigen Mediums kann beispielsweise in einem Brutschrank oder Wasserbad erfolgen. Bevorzugt enthält das wässrige Medium geeignete Salze und/oder Puffersysteme, die das wässrige Medium bei einem gewünschten pH-Wert halten, welcher vorzugsweise zwischen pH 6 und pH 8, bevorzugt pH 7,0 und pH 7,5 liegt. Weitere Substanzen, wie z.B. Coenzyme und Nährstoffe, können dem wässrigen Medium zugefügt werden. Dem Fachmann sind solche geeigneten Inkubationsbedingungen und deren Variationsmöglichkeiten gut bekannt. Im allgemeinen handelt es sich hierbei um physiologische Bedingungen (beispielsweise 37° C, pH 7,2) oder um Bedingungen, die eine optimale Messung gemäß des erfindungsgemäßen Verfahren ermöglichen.A "to be tested Substance "or" test substance "according to the invention is a substance as defined above, for which a potential pain-regulating Effect is assumed Such a test substance is with a cell of the invention or a preparation from such a cell is incubated under appropriate conditions, i. Test substance and cell are in an aqueous medium for a certain period (incubation period) reacted. The Incubation period is dependent on the nature of the substance and the associated interaction with a process protein. It can last a few seconds to several Hours, preferably amounts to between 1 minute and 60 minutes. The aqueous medium may preferably between 4 ° C and 40 ° C be tempered, preferably the temperature is at room temperature or at 37 ° C. Such tempering of the aqueous Medium can, for example, in an incubator or water bath respectively. Preferably contains the watery Medium suitable salts and / or buffer systems containing the aqueous medium at a desired pH, which is preferably between pH 6 and pH 8, preferably pH 7.0 and pH 7.5. Other substances, such as Coenzymes and Nutrient, can the aqueous Medium added become. Those skilled in the art will find such suitable incubation conditions and their variations well known. In general, these are physiological Conditions (for example 37 ° C, pH 7.2) or conditions that provide optimal measurement according to the method of the invention enable.
Unter einer erfindungsgemäßen „Zelle" wird eine Zelle verstanden, die ein Verfahrens-Protein oder ein erfindungsgemäßes Protein, wie es nachfolgend definiert wird, oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines solchen Proteins synthetisiert. Hier bei kann es sich um Zellen handeln, die ein Verfahrens-Protein oder erfindungsgemäßes Protein endogen exprimieren oder aber um Zellen, die gentechnisch manipuliert wurden, und auf diese Weise ein Verfahrens-Protein oder erfindungsgemäßes Protein exprimieren. Erfindungsgemäße Zellen können sowohl aus immortalisierten Zelllinien oder aus nativem Gewebe stammen. Die Zelle kann separat kultiviert werden oder einen Teil eines Gewebes, insbesondere eines Organs, darstellen, in dem die Zelle vereinzelt oder noch im Zellverband vorliegt. Vorzugsweise wird eine solche Zelle jedoch aus dem Gewebe isoliert und der Zellverband aufgelöst.Under A "cell" according to the invention becomes a cell understood that a process protein or a protein according to the invention, as defined below, or a functional fragment or synthesized a functional variant of such a protein. Here they can be cells that are a process protein or protein of the invention expressing endogenously or to cells that are genetically engineered and thus a process protein or protein of the invention express. Cells according to the invention can come from immortalized cell lines or from native tissue. The Cell can be cultured separately or part of a tissue, in particular, of an organ in which the cell is isolated or still present in the cell structure. Preferably, such Cell, however, isolated from the tissue and dissolved the cell structure.
Eine „Präparation" aus einer erfindungsgemäßen Zelle stellt ein durch chemische, biologische, mechanische oder physikalische Behandlung hergestelltes Präparat dar, wobei eine solche Behandlung die Zellstruktur verändert. Bei solchen Präparationen handelt es sich beispielsweise um Membranfragmente, isolierte Kompartimente der Zelle, isoliertes Cytosol, aus Gewebe gewonnenes Homogenat oder eine Suspension isolierter Zellorganellen.A "preparation" from a cell according to the invention provides by chemical, biological, mechanical or physical Treatment prepared preparation wherein such treatment alters the cell structure. at such preparations they are, for example, membrane fragments, isolated compartments the cell, isolated cytosol, tissue derived homogenate or a suspension of isolated cell organelles.
Bei einem in dem erfindungsgemäßen Verfahren verwendbaren „Protein" handelt es sich um ein Protein, aus der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567, CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL ausgewählt ist. Diese Proteine werden durch die aufgeführten Aminosäuren bzw. Nukleinsäuren codiert. Bei den vorgenannten Proteinen handelt es sich um Proteine, die als schmerzreguliert oder schmerzrelevant verteilt identifiziert wurden. Wie bereits erwähnt, wurde hierzu eine Proteomkarte des dorsalen Rückenmarks eines Tieres, insbesondere einer Ratte, durch die Auftrennung subzellulärer Fraktionen, wie Myelin, synaptische Membranen, leichte Membranen usw., gefolgt von der Identifizierung von Membranproteinen erstellt. Von insgesamt 55 identifizierten Proteinen wurden insbesondere die vorgenannten erfindungsgemäß relevanten Proteine näher analysiert. Hierzu wurde zunächst eine Veränderung der Expressionsmuster untersucht, indem die Expression der Proteine in einem Tier, in dem Schmerz ausgelöst wurde, mit einem Kontroll-Tier, das keinen schmerzauslösenden Maßnahmen unterzogen wurde, verglichen wurde. Des weiteren wurden in in situ – Hybridisierungsexperimenten die zelluläre Lokalisation der mRNA-Transkripte der vorgenannten erfindungsgemäß relevanten Proteine untersucht. Aufgrund der vorgenommenen Untersuchungen wurde eine veränderte Expression bzw. eine schmerzrelevante Verteilung der vorgenannten erfindungsgemäß relevanten Proteine in schmerzinduzierten Tieren festgestellt. Die vorgenannten Proteine KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567, CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL werden nachfolgend als „in dem erfindungsgemäßen Verfahren einsetzbare Proteine" oder „in dem erfindungsgemäßen Verfahren verwendbare Proteine" oder auch als „erfindungsgemäße Verfahrens-Proteine" bezeichnet. Für das erfindungsgemäße Verfahren ist es irrelevant, aus welcher Spezies die Verfahrens-Proteine stammen, es ist jedoch bevorzugt, die humane, Maus- oder Ratten-Variante einzusetzen.at one in the method according to the invention usable "protein" is a protein from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL selected is. These proteins are represented by the listed amino acids or nucleic acids coded. The aforementioned proteins are proteins, identified as pain-regulated or pain-relevant were. As already mentioned, this was a proteomic map of the dorsal spinal cord of an animal, in particular a rat, by the separation of subcellular fractions, such as myelin, synaptic membranes, light membranes, etc., followed by identification created by membrane proteins. From a total of 55 identified Proteins were particularly relevant to the abovementioned invention Proteins closer analyzed. This was initially a change The expression pattern is examined by expressing the proteins in an animal in which pain has been triggered, with a control animal, that does not cause pain activities was compared. Furthermore, in in situ hybridization experiments the cellular Localization of mRNA transcripts of the aforementioned invention relevant Proteins examined. Due to the investigations made a changed one Expression or a pain-relevant distribution of the aforementioned according to the invention relevant proteins found in pain-induced animals. The aforementioned proteins KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL are hereinafter referred to as "in the inventive method usable proteins "or" in the inventive method usable proteins "or Also referred to as "process proteins of the invention." For the inventive method it is irrelevant from which species the process proteins originate however, it is preferred to use the human, mouse or rat variant.
Nachfolgend werden die erfindungsgemäßen Verfahrens-Proteine näher beschrieben:following become the process proteins of the invention described in more detail:
KIAA0378KIAA0378
Hierbei
handelt es sich um das humane Protein KIAA0378, welches in der Datenbank
als sp:015083 bzw. embl:AB002376 registriert ist. Dieses Protein
ist in der Datenbank uncharakterisiert und mit einer unvollständigen Sequenz
registriert. Erfindungsgemäß ist es
gelungen, die fehlende N-terminale Aminosäuresequenz sowie die dazugehörige Nukleinsäuresequenz
zu identifizieren. Die komplettierte Aminosäuresequenz enthält nunmehr
149 zusätzliche
Aminosäurereste
am N-Terminus (siehe
KIAA0378
besteht hauptsächlich
aus einem ausgedehnten coiled-coil Bereich, der vermutlich eine Rolle
bei der Oligomerisierung des Proteins spielt. Lediglich die ersten
140 Aminosäurereste
liegen nicht in einer coiled-coil Struktur vor. Das Protein weist
weder eine Signal- noch eine Transmembran-Sequenz auf (siehe
Erfindungsgemäß konnte
ein spezifisches Expressionsmuster von KIAA0378 primärafferenten
Neuronen, nicht aber im Rückenmark
erstmals nachgewiesen werden (siehe
BAB31214/Q9BU64BAB31214 / Q9BU64
BAB31214
ist das murine Ortholog zu dem humanen Protein Q9BU64 (Accession
Nummern für
Protein- und cDNA-Eintrag lauten tr:Q9BU64 und embl:BC 002870).
In der Datenbank ist das murine Ortholog zu diesem humanen Protein
8430427C 03RIK bzw. Q9BU64 als Protein Q9CXA4 (Accession Nr. tr:Q9CXA4)
registriert. Die im Rahmen der Erfindung vorgenommenen Untersuchungen
haben jedoch ergeben, dass sich die humane Sequenz deutlich von
der murinen Sequenz unterscheidet; sie weicht am C-Terminus des
Proteins stark von der Maus-Sequenz ab und führt zu einem deutlich längeren ORF.
In der humanen Genomsequenz (Accession-Nummern embl:AC 013459 und
embl:AC 012073) wurde kein Gegenstück zu der kürzeren Maus-spezifischen Sequenz
gefunden. Anhand der Zusammensetzung von Maus EST-Sequenzen ist
es erfindungsgemäß gelungen,
eine Maus cDNA erhalten, die zwar von der in der Datenbank gespeicherten
Sequenz abweicht, jedoch der humanen Sequenz deutlich eher entspricht.
Daher ist die in der Datenbank unter der Accession-Nr. tr:Q9CXA4
gespeicherte Sequenz nicht korrekt. Die erfindungsgemäß erhaltene
Aminosäure-
bzw. Nukleinsäure-Sequenz
ist in den
BAB31214
enthält
einen coiled-coil-Bereich am N-Terminus, Position 1 bis 110. Es
ist anzunehmen, dass dieser Bereich eine Rolle bei der Oligomerisierung
des Proteins spielt und zur Interaktion mit anderen coiled-coil-Proteinen
dient. Die Untersuchungen des Expressionsmusters in verschiedenen
Geweben ergab eine Akkumulation der mRNA nur insbesondere im Gehirn
und daneben in der Milz (siehe
OPA-1/KIAA0567OPA-1 / KIAA0567
Hierbei handelt es sich um das humane Protein OPA-1/KIAA0567, das in der Datenbank mit O_060313 bezeichnet ist: Die orthologen Proteine aus der Ratte und der Maus sind in der Datenbank mit NP_598513 bzw. NP_598269 registriert. Vorliegend wird die Bezeichnung "OPA-1/KIAA0567" sowohl für das humane Protein als auch für die Maus- und Ratten-Proteine verwendet, sofern keine spezielle Spezies aufgeführt wird OPA-1/KIAA0567 weist eine GTPase Domäne, eine zentrale Dynamin-Domäne und eine hoch-basische N-terminale Region, die für die mitochondriale Lokalisation verantwortlich ist (Delettre et al., 2000), auf. Es wurde von Olichon et al. (2003) angenommen, dass OPA-1/KIAA0567 als Bestandteil der mitochrontrialen Netzwerke ein wichtiger Organisator der inneren Mitochondrienmembran ist, der für die Integrität der sog. Cristae verantwortlich ist. Es wurde im Stand der Technik festgestellt, dass eine Mutation im OPA-1/KIAA0567-Gen eine autosomal dominat vererbte Atrophie der Sehnerven (sog. Optic atrophy type 1) verursacht (Alexander et al., 2000), die zur Erblindung führt. Vermutet wurde daher, dass Mutationen im OPA-1/KIAA0567-Gen die mitochondriale Integrität stören und somit zu einer verringerten Energiegewinnung in den Nervenzellen des optischen Nervs führen. Es ist nämlich bekannt, dass Nervenzellen aufgrund ihres hohen Energiebedarfs extrem empfindlich auf mitochondriale Störungen reagieren. Es gibt daneben jedoch auch Ansätze im Stand der Technik, die aufgrund einer nachgewiesenen Expression des murinen Orthologs von OPA-1/KIAA0567 im Gehirn eine rein mitochondriale Lokalisation in Frage stellen (Misaka et al. 2002). Erfindungsgemäß wurde OPA-1/KIAA0567 nunmehr als Protein synaptischer Membranen des Dorsalhorns isoliert, dessen Expression hauptsächlich im Gehirn nachgewiesen werden konnte und für das eine ubiquitäre Expression, wie sie für mitochondriale Proteine typisch ist, nicht zu detektieren war. Diese erfindungsgemäßen Erkenntnisse und die Tatsache, dass OPA-1/KIAA0567 zu den mitochondrialen Proteinen gehört, die im nukleären Genom codiert werden und somit im Gegensatz zu den im mitochondrialen Genom codierten Proteinen auch in anderen Organellen vorkommen können, belegen, dass es sich bei OPA-1/KIAA0567 nicht um ein rein mitochondriales Protein handelt.These are the human protein OPA-1 / KIAA0567, which is designated in the database as O_060313: The rat and mouse orthologous proteins are registered in the database with NP_598513 and NP_598269, respectively. In the present case, the term "OPA-1 / KIAA0567" is used for both the human protein and the mouse and rat proteins unless specific species is listed. OPA-1 / KIAA0567 has a GTPase domain, a central dynamin domain and a high-basi N-terminal region responsible for mitochondrial localization (Delettre et al., 2000). It has been described by Olichon et al. (2003) assumed that OPA-1 / KIAA0567 as a component of mitochrontrial networks is an important organizer of the inner mitochondrial membrane, which is responsible for the integrity of the so-called Cristae. It has been found in the prior art that a mutation in the OPA-1 / KIAA0567 gene causes autosomal dominant hereditary optic atrophy type 1 (Alexander et al., 2000), which leads to blindness. It was therefore assumed that mutations in the OPA-1 / KIAA0567 gene disrupt the mitochondrial integrity and thus lead to reduced energy production in the nerve cells of the optic nerve. It is known that nerve cells are extremely sensitive to mitochondrial disorders due to their high energy requirements. However, there are also approaches in the prior art which question a purely mitochondrial localization due to a proven expression of the murine orthologue of OPA-1 / KIAA0567 in the brain (Misaka et al., 2002). According to the invention, OPA-1 / KIAA0567 was now isolated as a protein of synaptic membranes of the dorsal horn, whose expression could be detected mainly in the brain and for which ubiquitous expression, as is typical for mitochondrial proteins, could not be detected. These findings according to the invention and the fact that OPA-1 / KIAA0567 belongs to the mitochondrial proteins which are coded in the nuclear genome and thus can occur in other organelles, in contrast to the proteins coded in the mitochondrial genome, prove that OPA -1 / KIAA0567 is not a pure mitochondrial protein.
Die
der vorliegenden Erfindung zugrundeliegenden Untersuchungen des
Expressionsmusters in verschiedenen Geweben ergaben die stärkste Akkumulation
des OPA-1/KIAA0567 Transkriptes im Gehirn (siehe
CPG2/KIAA1756CPG2 / KIAA1756
Bei diesem Protein handelt es sich um das Cortical plasticity related protein 2 (CPG2), registriert unter der Accession-Nummer NP_062228. Es ist das Ratten-Orthologe zu dem humanen Protein KIAA1756 (Accession-Nummer BAB21847) und dem murinen Protein NP_700448. Vorliegend wird die Bezeichnung "CPG2/KIAA 1756" synonym für das humane sowie Maus- und Ratten-Proteine verwendet, sofern keine spezielle Spezies aufgeführt wird Das Ratten-CPG2-Protein wurde als Protein synaptischer Membranen des Dorsalhorns isoliert und hat eine Länge von 491 Aminosäuren, enthält neun Spektrin-Domänen mit ca. 100 Aminosäuren Länge und ist damit ähnlich zu dem Duchenne Muskeldystrophie Protein Dystrophin mit insgesamt 25 Spektrin-Domänen. Weiterhin enthält das CPG2 einen Aminosäurenabschnitt von 14 Aminosäuren, von denen 11 Aminosäuren identisch zu einem ähnlich langen Abschnitt des Dystrophin-Poteins sind (Nedivi et al., 1996). Es konnte eine zelluläre Lokalisation von Dystrophin im Gehirn und zwar als Bestandteil der postsynaptischen Dichte (PSD) festgestellt werden (Lidov et al., 1990). PSD spielt eine wichtige Rolle bei der synaptischen Plastizität. Auch CPG2 wurde im Hippocampus und im Kortex mit synaptischer Plastizität in Verbindung gebracht. Sowohl PSD als auch die synaptische Plastizität der Dorsalhorn-Neurone ist an der Chronifizierung des Schmerzgeschehens beteiligt. Neben der im Stand der Technik bekannten Tatsache, dass das mit CPG2 strukturell verwandte Protein Dystrophin im ZNS Bestandteil der PSD ist, wurde durch die erfindungsgemäßen Erkenntnisse belegt, dass CPG2 sowohl im Dorsalhorn des Rückenmarks als auch in der PSD expri miert wird und es damit an einer zentralen Stelle der Schmerzweiterleitung lokalisiert ist und zur Entwicklung nebenswirkungsarmer Analgetika geeignet ist.at this protein is the cortical plasticity related protein 2 (CPG2), registered under accession number NP_062228. It is the rat orthologue to the human protein KIAA1756 (Accession Number BAB21847) and the murine protein NP_700448. In the present case, the Designation "CPG2 / KIAA 1756 "synonymous with the humane and mouse and rat proteins, unless specific Species listed The rat CPG2 protein was used as a protein of synaptic membranes isolated from the Dorsalhorn and has a length of 491 amino acids, contains nine Spectrin domains with about 100 amino acids in length and is similar to the Duchenne muscular dystrophy protein dystrophin with total 25 spectrin domains. Furthermore contains the CPG2 has an amino acid segment of 14 amino acids, of which 11 amino acids identical to a similar one long section of the dystrophin potein (Nedivi et al., 1996). It could be a cellular Localization of dystrophin in the brain as part of the postsynaptic density (PSD) (Lidov et al., 1990). PSD plays an important role in synaptic plasticity. Also CPG2 was associated with synaptic plasticity in the hippocampus and cortex brought. Both PSD and the synaptic plasticity of the dorsal horn neurons is involved in the chronification of pain. Next the fact known in the art, that with CPG2 structurally related protein dystrophin in the CNS is part of the PSD has been by the findings of the invention evidenced that CPG2 in both the dorsal horn of the spinal cord and in the PSD is expressed and thus at a central point of pain transmission is localized and to the development of low-side-effects analgesics suitable is.
LETM1LETM1
Hierbei handelt es sich um das humane Leucin zipper/EF-hand containing transmembrane protein 1 (LETM1) Protein, das in der Datenbank mit NP_036450 bezeichnet ist: Die orthologen Proteine aus der Ratte und der Maus sind in der Datenbank mit NP_062668 bzw. XP_223541 registriert. Vorliegend wird die Bezeichnung "LETM1" synonym für das humane Protein sowie für die Proteine aus Maus und Ratte verwendet, sofern keine spezielle Spezies aufgeführt wird. Das humane LETM1 Gen konnte durch FISH-Analyse auf Chromosom 4p16.3 lokalisiert werden. Es handelt sich um ein 739 Aminosäuren langes Protein, enthält zwei Calcium-bindende „EF-Hand" Domänen, ein DNA-bindendes Leucin-Zipper-Motif, eine Transmembrandomäne und mehrere coiled-coil Domänen, die Protein-Protein-Interaktionen bewirken (Endele et al., 1999). Es wurde im Stand der Technik weiterhin festgestellt, dass das humane LETM1 Gen bei fast allen Patienten mit Wolf-Hirschhorn Syndrom (WHS) (Endele et al., 1999), einer Erbkrankheit, die sich vor allem durch kraniofaziale Dysmorphien auszeichnet, aufgrund einer chromosomalen Deletion am Ende des kurzen Arms von Chromosom 4 fehlt. Bei dieser Krankheit liegt eine schwere psychomotorische Retardierung vor, häufig begleitet von einer Muskelhypotonie und cerebralen Krampfanfällen. Es wird angenommen, dass das Fehlen von humanem LETM1 insbesondere für die cerebralen Krampfanfälle der WHS-Patienten verantwortlich ist (Zollino et al., 2003). Aufgrund der erfindungsgemäßen Erkenntnis, dass LETM1 als Protein synaptischer Membranen des Dorsalhorns isoliert wurde im Zusammenhang mit der Tatsache, dass humanes LETM1 eine Rolle bei der intrazellulären Calcium-Homöostase spielt, deren intrazelluläre Modulation wiederum einen interessanten Angriffspunkt für die spinale Analgesie darstellt, belegt, dass humanes LETM1 sowie LETM1 im allgemeinen ein molekulares Zielprotein zur Entwicklung nebenswirkungsarmer Analgetika ist.This is the human leucine zipper / EF-hand containing transmembrane protein 1 (LETM1) protein, which is designated NP_036450 in the database: The rat and mouse orthologous proteins are registered in the database with NP_062668 and XP_223541, respectively , In the present case, the term "LETM1" is used synonymously for the human protein as well as for the mouse and rat proteins, unless a specific species is listed. The human LETM1 gene could be localized by FISH analysis on chromosome 4p16.3. It is a protein 739 amino acids in length, contains two calcium-binding EF-hand domains, a DNA-binding leucine zipper motif, a transmembrane domain and several coiled-coil domains that mediate protein-protein interactions (Endele et al., 1999). It has also been found in the prior art that the human LETM1 gene is present in almost all wolf-staghorn patients Syndrome (WHS) (Endele et al., 1999), a hereditary disease characterized primarily by craniofacial dysmorphism, due to a chromosomal deletion missing at the end of the short arm of chromosome 4. This disease is associated with severe psychomotor retardation, often accompanied by hypotonia and cerebral seizures. The lack of human LETM1 is believed to be particularly responsible for the cerebral seizures of WHS patients (Zollino et al., 2003). Due to the finding according to the invention that LETM1 has been isolated as a protein of synaptic membranes of the dorsal horn in connection with the fact that human LETM1 plays a role in intracellular calcium homeostasis, whose intracellular modulation in turn represents an interesting target for spinal analgesia, proves that human LETM1 and LETM1 is generally a molecular target protein for the development of low-side-effects analgesics.
PID12832121/FLJ20420PID12832121 / FLJ20420
PID12832121/FLJ20420 wurde als Protein synaptischer Membranen des Dorsalhorns isoliert. Es ist das Ratten-Orthologe des Maus-Proteins 0610041L09RIK, das in der Datenbank mit tr:Q9CRB9 und für die cDNA mit NM 025336 verzeichnet ist: Das orthologe humane Protein ist in der Datenbank mit den Accession-Nummern für Protein und cDNA tr:Q9NX63 und embl:BC011596 registriert. Das Ratten-Orthologe ist in der Datenbank nicht registriert, es konnte jedoch erfindungsgemäß eine neue Teilsequenz der cDNA durch Zusammensetzung von EST Sequenzen erhalten werden. Vorliegend wird der Begriff "PID12832121/FLJ02420" synonym für das humane Protein und die Proteine aus Maus und Ratte verwendet, sofern keine spezielle Spezies aufgeführt wird Das Maus-Protein sowie die hierzu engen Verwandten enthalten eine (bislang unpublizierte) Homologiedomäne Mito-C4, die aus der MEMOREC Profilsammlung stammt (ME00694). In der Aminosäuresequenz der Maus liegt diese Domäne im Bereich der Aminosäuren 180 bis 220. Die Mito-C4 Domäne ist bislang mit keiner speziellen Funktion assoziiert. Es handelt sich um eine kurze Homologiedomäne von etwa 40 Aminosäuren mit vier Invarianten Cystein-Resten, die in vielen kleinen Proteinen vorkommt. Die meisten, wenn nicht alle Proteine, welche die Mito-C4 Domäne enthalten, sind im Mitochondrium lokalisiert, obwohl ihnen jeweils eine mitochondriale Targeting-Sequenz fehlt. Die Domäne besteht aus einer 'helical hairpin' Einheit, die durch zwei Disulfidbrücken stablilisiert ist. Dies erklärt u.a. die vier konservierten Cys-Reste. Außer dieser Mito-C4 Domäne findet man im PID12832121/FLJ20420 Protein keine weiteren Homologiedomänen. Die Region von Aminosäure 50 bis 180 enthält einen putativen coiled-coil Bereich, der wie oben erwähnt ein strukturelles Motiv darstellt, das häufig der Interaktion mit anderen coiled-coil Proteinen dient, insbesondere in der Bildung von homo-Dimeren. Dieser coiled-coil Bereich ist nur gering konserviert zwischen PID12832121/FLJ20420 und seinen engeren Verwandten. Die N-terminale Region ist dagegen stärker konserviert, es wurde jedoch keine Ähnlichkeit zu Proteinen außerhalb dieser Subfamilie gefunden. Weiterhin liegen keine Signal- oder Transmembran-Sequenzen vor. Aufgrund der erfindungsgemäßen Erkenntnis, dass PID12832121/FLJ20420 als Protein postsynaptischer Membranen des Dorsalhorns isoliert wurde ergibt sich, dass PID12832121/FLJ20420 zur Entwicklung nebenswirkungsarmer Analgetika geeignet ist.PID12832121 / FLJ20420 was isolated as a protein of synaptic membranes of the dorsal horn. It is the rat orthologue of the mouse protein 0610041L09RIK, the in the database with tr: Q9CRB9 and for the cDNA with NM 025336 listed is: The orthologous human protein is in the database with the accession numbers for protein and cDNA tr: Q9NX63 and embl: BC011596 registered. The rat orthologist is not registered in the database, but it could according to the invention a new Partial sequence of the cDNA obtained by composition of EST sequences become. In the present case, the term "PID12832121 / FLJ02420" is synonymous with the human protein and the Proteins from mouse and rat used unless special species listed will contain the mouse protein as well as the closely related relatives a (as yet unpublished) homology domain Mito-C4, from the MEMOREC Profile collection comes from (ME00694). This is in the amino acid sequence of the mouse domain in the area of amino acids 180 to 220. The Mito C4 domain is not associated with any special function so far. It deals a short homology domain of about 40 amino acids with four invariant cysteine residues found in many small proteins occurs. Most, if not all, of the proteins that make up the Mito C4 domain are localized in the mitochondrion, although they respectively a mitochondrial targeting sequence is missing. The domain exists from a 'helical hairpin 'unit, through two disulfide bridges is stabilized. This explains et al the four conserved Cys residues. Except this Mito-C4 domain finds no further homology domains in the PID12832121 / FLJ20420 protein. The Region of amino acid 50 to 180 contains a putative coiled-coil region which, as mentioned above, is a structural Motif represents that often the interaction with other coiled-coil proteins is used, in particular in the formation of homo-dimers. This coiled-coil area is only slightly conserved between PID12832121 / FLJ20420 and its closer relatives. The N-terminal region is more conserved, however, it did not resemble to proteins outside Found this subfamily. Furthermore, there are no signal or Transmembrane sequences. Due to the knowledge according to the invention, that PID12832121 / FLJ20420 as a protein of postsynaptic membranes of the Dorsalhorn was isolated that PID12832121 / FLJ20420 is suitable for the development of low-side-effects analgesics.
PGRLPGRL
Hierbei handelt es sich um das Prostaglandin regulatory like protein PGRL. Die orthologen PGRL Proteine aus Ratte, Maus und Mensch sind in der Datenbank für Protein und cDNA mit folgenden Accession-Nummern verzeichnet: Ratte: XP_222900 (Protein) und XM_222900 (cDNA), Maus: XP_110315 (Protein) und XM_110315 (cDNA), Mensch: NP_443100 (Protein) und NM_052868 (cDNA). Vorliegend wird der Begriff "PGRL" synonym für das humane Protein sowie die Proteine aus Maus und Ratte verwendet, sofern keine spezielle Spezies aufgeführt wird. PGRL besitzt eine Länge von 613 Aminosäuren und gehört zu der Ig Superfamilie. Es weist eine N-terminale Signalsequenz, vier Immunglobin-Domänen, drei N-verknüpfte Glykosylierungsstellen, eine Transmembrandomäne und einen kurzen cytoplasmatischen Bereich auf. Immunpräzipitations- und Mutations-Analysen zeigten, dass PGRL mit dem Tetraspaninprotein CD81 interagiert (Clark et al., 2001). Die erfindungsgemäße Erkenntnis, dass PGRL-Transkripte am stärksten im Gehirn (gefolgt von Testis, Herz und Niere und jeweils weiter abnehmend in Leber, Milz, Lunge und Skelettmuskel) nachzuweisen waren, belegt, dass PGRL in die Schmerzregulierung involviert ist und sich somit zur Entwicklung nebenwirkungsarmer Analgetika eignet.in this connection it is the prostaglandin regulatory like protein PGRL. The orthologous PGRL proteins from rat, mouse and human are in the database for Protein and cDNA listed with the following accession numbers: Rat: XP_222900 (protein) and XM_222900 (cDNA), mouse: XP_110315 (protein) and XM_110315 (cDNA), human: NP_443100 (protein) and NM_052868 (CDNA). In the present case, the term "PGRL" becomes synonymous for the human protein as well as the mouse and rat proteins, unless specific species is listed. PGRL has one length of 613 amino acids and heard to the Ig superfamily. It has an N-terminal signal sequence, four immunoglobin domains, three N-linked Glycosylation sites, a transmembrane domain and a short cytoplasmic Range up. immunoprecipitation and mutational analyzes showed that PGRL with the tetraspanin protein CD81 interacts (Clark et al., 2001). The knowledge according to the invention, that PGRL transcripts strongest in the brain (followed by testis, heart and kidney and each further decreasing in liver, spleen, lung and skeletal muscle) showed that PGRL is involved in pain management and thus suitable for the development of low-side-effects analgesics.
Erfindungsgemäß ist ebenfalls
ein Protein umfasst und kann in dem Verfahren der Erfindung eingesetzt
werden (Verfahrens-Protein), das durch eine Nukleinsäure codiert
wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäuresequenz
der
Sofern in der vorliegenden Beschreibung Bezug auf die Verfahrens-Proteine genommen wird, sind ebenfalls die funktionellen Fragmente und funktionellen Varianten der Proteine mitumfasst. Weiterhin werden erfindungsgemäß die Begriffe „Protein" und „Polypeptid" synonym verwendet.Provided in the present specification, reference to the process proteins are also the functional fragments and functional Variants of proteins included. Furthermore, according to the invention, the terms "protein" and "polypeptide" are used interchangeably.
Ebenfalls von der Erfindung erfasst sind funktionelle Fragmente und funktionelle Varianten der Verfahrens-Protein bzw. der nachfolgend definierten erfidungsgemäßen Proteine. „Funktionell" im Sinne der Erfindung bedeutet, dass die Proteine, Fragmente, Varianten eine Rolle bei Schmerzzuständen in dem Organismus, in dem sie vorkommen, spielen, insbesondere bei der Schmerzregulierung. Dies kann z.B. eine antinozizeptive, antihyperalgetische oder antiallodynische Wirkung sein.Also encompassed by the invention are functional fragments and functional Variants of the process protein or the defined below proteins according to the invention. "Functional" in the sense of the invention means that the proteins, fragments, variants play a role in pain in the organism in which they occur play, in particular at the pain regulation. This can e.g. an antinociceptive, antihyperalgesic or antiallodynic effect.
Ein erfindungsgemäßes Fragment bezieht sich sowohl auf Proteine als auch auf Polypeptide und Nukleinsäuren der vorliegenden Erfindung. Es kann sich hierbei um N-terminal, C-terminal oder intrasequenziell verkürzte Aminosäure- bzw. Nukleinsäuresquenzen handeln. Die Herstellung solcher erfindungsgemäßer Fragmente ist im Stand der Technik gut bekannt und kann von einem Fachmann unter Anwendung von Standardverfahren durchgeführt werden (s. z.B. Sambrook et al. 2001). Im allgemeinen erfolgt die Herstellung solcher Fragmente durch Modifizieren der Nukleinsäuresequenz, die das native Protein bzw. Polypeptid codiert, gefolgt von einer Transformation dieser Nukleinsäuresequenz in einen geeigneten Wirt und Expression dieser modifizierten Nukleinsäuresequenz, unter der Voraussetzung, dass die Modifikation der Nukleinsäure die funktionelle Aktivitäten des Proteins bzw. Polypeptids nicht zerstören. Fragmente von Nukleinsäuren im Sinne der Erfindung können beispielsweise durch Behandlung mit geeigneten Restriktionsenzymen hergestellt werden. Die Identifizierung erfindungsgemäßer Fragmente kann entweder über die Überprüfung ihrer Funktionalität durch die Messung ihrer biologischen Aktivität erfolgen oder auch anhand einer Sequenzierung der Fragmente und einem nachfolgenden Vergleich der erhaltenen Sequenz mit der nativen Sequenz. Verfahren zur Messung der biologischen Aktivität sowie Sequenzierungsverfahren sind im Stand der Technik zahlreich und gut bekannt.One fragment according to the invention refers to both proteins and polypeptides and nucleic acids of the present invention. This may be N-terminal, C-terminal or intrasequentially abbreviated amino acid or Nukleinsäuresquenzen act. The preparation of such fragments of the invention is in the state The technique is well known and can be applied by a professional performed by standard procedures (see, for example, Sambrook et al., 2001). In general, the Preparation of such fragments by modifying the nucleic acid sequence, which encodes the native protein or polypeptide, followed by a Transformation of this nucleic acid sequence into a suitable host and expression of this modified nucleic acid sequence, provided that the modification of the nucleic acid is the functional activities of the protein or polypeptide. Fragments of nucleic acids in the Meaning of the invention for example by treatment with suitable restriction enzymes getting produced. The identification of fragments according to the invention can either over the review of her Functionality through the measurement of their biological activity or by means of a sequencing of the fragments and a subsequent comparison the sequence obtained with the native sequence. Method of measuring the biological activity and sequencing methods are numerous in the art and well known.
Varianten der Erfindung beziehen sich ebenfalls sowohl auf die Proteine als auf die Polypeptide und die Nukleinsäuren gemäß der vorliegenden Erfindung. Als Varianten von Proteinen, Polypeptiden bzw. Nukleinsäuren oder Fragmenten hiervon, werden solche Proteine, Polypeptide, Nukleinsäuren oder Fragmente hiervon bezeichnet, die Sequenzunterschiede zu den entsprechenden nativen Sequenzen aufweisen. Bei diesen Sequenzabweichungen kann es sich um eine oder mehrere Insertion(en), Deletion(en) und/oder Substitution(en) von Aminosäu ren handeln, wobei eine Sequenzhomologie von mindestens 60 %, bevorzugt 70 %, stärker bevorzugt 80 %, ebenfalls stärker bevorzugt 85 %, noch stärker bevorzugt 90 % und am meisten bevorzugt 97 % vorliegt.variants The invention also relates to both the proteins to the polypeptides and the nucleic acids according to the present invention. As variants of proteins, polypeptides or nucleic acids or Fragments thereof, such proteins, polypeptides, nucleic acids or Fragments thereof, the sequence differences to the corresponding have native sequences. In these sequence deviations can it is one or more insertion (s), deletion (s) and / or Substitution (s) of amino acids act, with a sequence homology of at least 60%, preferably 70%, stronger preferably 80%, also stronger preferably 85%, even stronger preferably 90%, and most preferably 97%.
Um die prozentuale Identität zweier Nukleinsäure- bzw. Aminosäuresequenzen zu bestimmen, können die Sequenzen abgeglichen werden, um nachfolgend die Übereinstimmungen bzw. Abweichungen in der Sequenz zu bestimmen. Hierfür können z. B. Lücken in die Sequenz der ersten Aminosäure- bzw. Nukleinsäuresequenz eingeführt werden und die Aminosäuren bzw. Nukleotide an der sprechenden Position der zweiten Aminosäure- bzw. Nukleinsäuresequenz verglichen werden. Wenn eine Position in der ersten Aminosäuresequenz mit der gleichen Aminosäure bzw. dem gleichen Nukleotid besetzt ist, wie es an einer anderen Position in der zweiten Sequenz der Fall ist, dann sind beide Sequenzen an dieser Position identisch. Die prozentuale Identität zwischen zwei Sequenzen ist eine Funktion der Anzahl identischer Positionen geteilt durch die Sequenzen. Die Bestimmung der prozentualen Identität zweier Sequenzen kann anhand eines mathematischen Algorithmus durchgeführt werden. Ein bevorzugtes, jedoch nicht beschränkendes Beispiel eines mathematischen Algorithmus, der für den Vergleich zweier Sequenzen herangezogen werden kann, ist der Algorithmus von Karlin et al. (1993), PNAS USA, 90:5873-5877. Ein solcher Algorithmus ist in dem NBLAST-Programm integriert, mit dem Sequenzen identifiziert werden können, die eine gewünschte Identität zu den Sequenzen der vorliegenden Erfindung besitzen. Um einen Lücken-Abgleich (auch „gapped allignment") wie oben beschrieben, zu erhalten, kann das „Gapped BLAST"-Programm verwendet werden, wie in Altschul et al, 1997, Nucleic Acids Res, 25:3389-3402 beschrieben.Around the percentage identity two nucleic acid or amino acid sequences to determine the Sequences are adjusted to the following matches or to determine deviations in the sequence. For this purpose, for. B. gaps into the sequence of the first amino acid or nucleic acid sequence introduced and the amino acids or nucleotides at the speaking position of the second amino acid or nucleic acid sequence be compared. If a position in the first amino acid sequence with the same amino acid or the same nucleotide is occupied, as it is at another Position in the second sequence is the case, then both sequences identical at this position. The percent identity between two sequences is a function of the number of identical positions divided by the sequences. The determination of the percentage identity of two Sequences can be performed using a mathematical algorithm. A preferred but not limiting example of a mathematical one Algorithm for the comparison of two sequences can be used is the Algorithm of Karlin et al. (1993), PNAS USA, 90: 5873-5877. One such algorithm is integrated in the NBLAST program with which sequences can be identified the one you want identity to the sequences of the present invention. To make a gap adjustment (also "gapped allignment ") like described above, the "Gapped BLAST" program can be used, as in Altschul et al, 1997, Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402.
Unter den Begriff Varianten fallen insbesondere auch solche Aminosäure- und Nukleinsäuresequenzen, die gegenüber den physiologischen Sequenzen konservative Substitutionen aufweisen. Als konservative Substitution werden solche Substitutionen bezeichnet, bei denen Aminosäuren gegeneinander ausgetauscht werden, die aus der gleichen Klasse stammen. Insbesondere gibt es Aminosäuren mit aliphatischen Seitenketten, positiv oder negativ geladenen Seitenketten, aromatischen Gruppen in der Seitenkette oder Aminosäuren, deren Seitenketten Wasserstoffbrücken eingehen können, z.B. Seitenketten, die eine Hydroxyfunktion besitzen. Das bedeutet, dass beispielsweise eine Aminosäure mit einer polaren Seitenkette durch eine andere Aminosäure mit einer gleichfalls polaren Seitenkette ersetzt wird oder beispielsweise eine durch eine hydrophobe Seitenkette gekennzeichnete Aminosäure durch eine andere Aminosäure mit gleichfalls hydrophober Seitenkette substituiert wird, z.B. Serin (Threonin), durch Threonin (Serin) bzw. Leuzin (Isoleuzin) durch Isoleuzin (Leuzin). Insertionen und Substitutionen sind insbesondere an solchen Sequenzpositionen möglich, die keine Veränderung der dreidimensionalen Struktur durch Insertion(en) oder Deletion(en) herbeiführen, was beispielsweise mit Hilfe von CD-Spektren (Zirkulardichroismus-Spektren) leicht überprüfbar ist.Under the term variants also fall in particular such amino acid and Nucleic acid sequences, the opposite the physiological sequences have conservative substitutions. Conservative substitution refers to such substitutions where amino acids be exchanged for each other, who come from the same class. In particular, there are amino acids with aliphatic side chains, positively or negatively charged side chains, aromatic groups in the side chain or amino acids whose Side chains of hydrogen bonds can be able to e.g. Side chains that have a hydroxy function. That means, that, for example, an amino acid having a polar side chain with another amino acid a likewise polar side chain is replaced or for example an amino acid characterized by a hydrophobic side chain another amino acid is substituted with also hydrophobic side chain, e.g. Serine (threonine), by threonine (serine) or leucine (isoleucine) by isoleucine (leucine). Insertions and substitutions are particular possible at such sequence positions, the no change the three-dimensional structure by insertion (s) or deletion (s) bring, which, for example, with the aid of CD spectra (circular dichroism spectra) easily verifiable.
Geeignete
Verfahren zur Herstellung von Varianten, die gegenüber den
nativen Sequenzen Substitutionen aufweisen, werden beispielsweise
in den Druckschriften
Erfindungsgemäß wird in Schritt (b) des erfindungsgemäßen Verfahrens bestimmt, ob es sich bei der in dem Verfahren eingesetzten Testsubstanz um eine schmerzregulierende Substanz handelt. Dies kann entweder über die erfolgte Bindung der Testsubstanz an das Protein, beispielsweise durch die Verdrängung eines bekannten Liganden, oder durch die Bestimmung der Menge gebundener Substanz, oder durch die Bestimmung der Veränderung eines funktionellen Parameters als Folge der Wechselwirkung zwischen Testsubstanz und Protein erfolgen.According to the invention is in Step (b) of the method according to the invention determines whether it is in the test substance used in the process is a pain-regulating substance. This can either be over the Binding of the test substance to the protein, for example through the repression a known ligand, or by determining the amount of bound Substance, or by determining the change of a functional Parameters as a result of the interaction between test substance and Protein done.
In einer bevorzugten Ausführungsform erfolgt daher die Messung der Bindung einer Testsubstanz an ein Verfahrens-Protein über die Verdrängung eines bekannten markierten Liganden des Proteins (oder des funktionellen Fragments oder der funktionellen Variante hiervon) und/oder über die daran gebundene Aktivität einer markierten Testsubstanz. Unter „Bindung" der Testsubstanz an das Protein ist eine Wechselwirkung zwischen Protein und Testsubstanz zu verstehen, die zu einer Fixierung führt. Eine solche Wechselwirkung kann beispielsweise in der Regulation, Hemmung und/oder Aktivierung von Rezeptoren, Ionenkanälen und/oder Enzymen erfolgen. Unter „Verdrängung" eines bekannten markierten Liganden ist ein vollständiges oder teilweises Entfernen dieses Liganden von seiner Bindungsstelle zu verstehen. Der Ligand kann beispielsweise radioaktiv, fluoreszierend oder lumineszierend markiert werden. Durch eine solche Markierung ist der Ligand entsprechenden Nachweisreaktionen (z.B. der Radioaktivität, Fluoreszenz oder Lumineszenz) zugänglich. Unter einem Liganden ist jede Substanz zu verstehen, die hochspezifisch an ein Molekül bindet, das sich im Organismus, insbesondere auf der Oberfläche einer Zelle, befindet. Ein Beispiel hierfür ist ein Rezeptor. Dieser Ligand wird durch die ebenfalls an ein solches Molekül bindende Testsubstanz aus seiner Bindungsstelle verdrängt.In a preferred embodiment Therefore, the measurement of the binding of a test substance to a Process protein over the repression a known labeled ligand of the protein (or functional Fragment or the functional variant thereof) and / or via the attached activity of a labeled test substance. Under "binding" of the test substance to the protein is to understand an interaction between protein and test substance, which leads to a fixation. Such an interaction can be found, for example, in the regulation, Inhibition and / or activation of receptors, ion channels and / or Enzymes take place. Under "displacement" of a known labeled ligand is a complete or partial removal to understand this ligand from its binding site. The ligand For example, it may be radioactive, fluorescent or luminescent be marked. Such a label makes the ligand corresponding Detection reactions (e.g., radioactivity, fluorescence or luminescence) accessible. A ligand is any substance that is highly specific to a molecule binds, which is found in the organism, especially on the surface of a Cell, located. An example of this is a receptor. This Ligand is bound by the also binding to such a molecule Test substance displaced from its binding site.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform erfolgt die Messung eines durch die Bindung der Testsubstanz an ein Verfahrens-Protein veränderten Parameters. Unter „funktionellen Parametern" sind die Messgrößen eines Experiments zu verstehen, die mit der Funktion des Proteins in Zusammenhang stehen. Funktionelle Parameter können beispielsweise die Ge nexpression, das Ionenmillieu, der pH-Wert, das Membranenpotential, die Enzymaktivität oder die Konzentration der 2nd messenger sein. Vorzugsweise erfolgt die Messung mindestens eines durch die Testsubstanz veränderten funktionellen Parameter über eine Messung der Regulation, Hemmung und/oder Aktivierung von Rezeptoren, Ionenkanälen und/oder Enzymen, insbesondere über eine Messung der Veränderung der Genexpression, des Ionenmillieus, des pH, des Membranpotentials, der Enzymaktivität oder der Konzentration der 2nd messenger. Erfindungsgemäß kann somit die Wirkung der Testsubstanz über ihren Einfluss auf Rezeptoren, Ionenkanäle und/oder Enzyme direkt erfolgen, sie kann jedoch auch indirekt erfolgen, in dem Zustände wie Genexpression, Ionmillieu, pH, Membranpotential, Enzymaktivität oder Konzentration der 2nd messenger gemessen werden. Unter „2nd messenger" ist ein kleines Molekül zu verstehen, das als Folge eines extrazellulären Signals entweder im Cytosol gebildet wird oder in das Cytosol transportiert wird, um auf diese Weise Informationen an das Zellinnere weiterzuleiten (z.B. cAMP, IP3). Beispiele für 2nd messenger Botenstoffe des intrazellulären Signalwegs sind cyklisches AMP (cAMP), Inositoltriphosphat (IP3) oder Diacylglycerol (DAG).In a further preferred embodiment, the measurement of a parameter changed by the binding of the test substance to a process protein takes place. Under "functional parameters" are the measurement understanding the sizes of an experiment related to the function of the protein. Functional parameters can be, for example, the nexpression, the ion milieu, the pH, the membrane potential, the enzyme activity or the concentration of the 2 nd messengers. Preferably, at least one functional parameter changed by the test substance is measured by measuring the regulation, inhibition and / or activation of receptors, ion channels and / or enzymes, in particular by measuring the change in gene expression, ion milieu, pH, membrane potential, the enzyme activity or the concentration of the 2 nd messengers. Thus, according to the invention, the effect of the test substance can be directly affected by its influence on receptors, ion channels and / or enzymes, but it can also be done indirectly by measuring conditions such as gene expression, ionic milieu, pH, membrane potential, enzyme activity or concentration of the 2 nd messengers. "2 nd messenger" is understood to mean a small molecule which, as a consequence of an extracellular signal, is either formed in the cytosol or transported into the cytosol in order to forward information to the cell interior (eg cAMP, IP 3 ) 2 nd messenger messengers of the intracellular signaling pathway are cyclic AMP (cAMP), inositol triphosphate (IP3) or diacylglycerol (DAG).
Eine Testsubstanz ist anhand der Ergebnisse der vorstehend beschriebenen Messungen als schmerzregulierend zu charakterisieren, wenn sie durch ihr Eindringen in einen lebenden Organismus eine Verhaltensänderung bewirkt, die der Fachmann als schmerzhemmend (antinozizeptiv, antihyperalgetisch oder antiallodynisch) bezeichnet. In dem erfindungsgemäßen Verfahren kann eine Substanz beispielsweise als schmerzregulierend bezeichnet werden, wenn eine stärkere Bindung oder die Auslösung einer Änderung eines funktionellen Parameters in einem stärkeren Ausmaß, (beispielsweise 100 %) erfolgt, als es im Vergleich mit dem Durchschnitt der getesteten Substanzen erfolgt.A Test substance is based on the results of those described above Measure measurements as pain-regulating when passing through their invasion into a living organism is a behavioral change causes the expert as analgesic (antinociceptive, antihyperalgetic or antiallodynic). In the method according to the invention For example, a substance can be called a pain-regulating substance if stronger Binding or triggering a change a functional parameter to a greater extent, (for example 100%), as compared to the average of the tested ones Substances take place.
In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung wird die Zelle, die ein Verfahrens-Protein synthetisiert, vorzugsweise vor dem Schritt (a) des Verfahrens der vorliegenden Erfindung gentechnisch manipuliert. Hierunter wird eine Veränderung von Zellen, Geweben oder Organismen verstanden, in dem genetisches Material in die Zelle eingebracht wird Insbesondere handelt es sich bei diesem genetischen Material um eine oder mehrere Nukleinsäuren. Es ist bevorzugt, dass die gentechnische Manipulation die Messung mindestens eines durch eine Testsubstanz veränderten funktionellen Parameters erlaubt. In diesem Fall kann durch die genetische Manipulation eine Veränderung eines funktionellen Parameters überhaupt oder auch verbessert gemessen werden. Besonders bevorzugt ist es hierbei, dass durch die genetische Manipulation die Zelle eine nichtendogen exprimierte Form eines G-Proteins (GTP-bindendes Protein) exprimiert oder dass in die Zelle ein Reportergen eingefügt wird Bevorzugt wird daher ein G-Protein in die Zelle eingeführt, das entweder endogen nicht vorhanden ist, oder physiologisch nicht exprimiert wird. Hierbei kann es sich beispielsweise um ein chimäres G-Protein handeln, durch das eine Veränderung des Signalweges bewirkt werden kann, oder ein promiskuitives G-Protein, welches ein sehr bindungsfreudiges Protein darstellt. Der Begriff „G-Protein" stellt die international übliche Abkürzung für ein Guanosintriphosphat (GTP)-bindendes Protein dar. Es wird als Signalprotein durch G-Protein gekoppelte Rezeptoren aktiviert. Der Begriff „Reportergen" wird für Gene verwendet, deren Produkte sich anhand einfacher biochemischer oder histochemischer Methoden einfach nachweisen lassen. Beispiele hierfür sind das Luziferase-Gen, die alkalische Phosphatase oder das Green Fluorescent Protein (GFP). „Endogen exprimiert" bedeutet, dass eine Zelle oder Zelllinie unter geeigneten Kulturbedingungen ein Protein exprimiert, ohne dass eine Expression dieses Proteins (durch gentechnische Manipulation) induziert wurde. Die Einführung eines Reportergens in eine erfindungsgemäße Zelle erlaubt die Messung einer induzierten Expression des Genproduktes.In a preferred embodiment According to the invention, the cell synthesizing a process protein is preferably prior to step (a) of the method of the present invention manipulated. Below this is a change of cells, tissues or organisms understood in the genetic material in the cell In particular, this is genetic Material around one or more nucleic acids. It is preferred that the genetic manipulation involves the measurement of at least one changed a test substance functional parameter allowed. In this case, by the genetic manipulation a change a functional parameter at all or even improved. It is particularly preferred hereby that by genetic manipulation the cell is a non-endogenous expressed form of a G-protein (GTP-binding protein) expressed or that a reporter gene is inserted into the cell is therefore preferred a G protein is introduced into the cell that is either not endogenous is present or is not physiologically expressed. in this connection it may be, for example, a chimeric G protein, by that one change the signaling pathway, or a promiscuous G protein, which is a very binding protein. The term "G protein" is the internationally common abbreviation for a guanosine triphosphate (GTP) -binding protein. It is called signaling protein by G-protein activated coupled receptors. The term "reporter gene" is used for genes whose Products are characterized by simple biochemical or histochemical Just have methods proven. Examples are the Luciferase gene, the alkaline phosphatase or the green fluorescent protein (GFP). "Endogenous expresses "means that a cell or cell line under suitable culture conditions a protein expressed without any expression of this protein (by genetic manipulation) was induced. The introduction of a Reporter gene in a cell of the invention allows the measurement an induced expression of the gene product.
In einer ebenfalls bevorzugten Ausführungsform der Erfindung wird die gentechnisch manipulierte Zelle vor dem Schritt (a) des Verfahrens unter Bedingungen kultiviert, die eine Expression erlauben, vorzugsweise unter Selektionsdruck „Kultivieren" einer Zelle bedeutet, die Zelle unter Bedingungen zu halten, die ein Überleben dieser Zelle sowie der Nachfolgegeneration(en) gewährleisten, d.h. insbesondere, unter Bedingungen, die eine Expression erlauben. Bedingungen, die eine Expression erlauben, sind von dem Protein abhängig, das es zu expremieren gilt. Solche Bedingungen beziehen sich beispielsweise auf die Temperatur, den pH-Wert, das verwendete Medium, in welchem eine Zelle kultiviert wird, den Zusatz von induzierenden Substanzen, Nährstoffen und Co-Faktoren, Inkubationszeit und Sauerstoffgehalt. Eine Kultivierung unter „Selektionsdruck" bedeutet, dass nur ausgewählte Zellen weiter kultiviert werden. Hierdurch kann überprüft werden, ob die gentechnische Manipulation erfolgreich verlaufen ist. Es wird hierzu vorzugsweise in Zellen, die gentechnisch manipuliert werden, ein bestimmtes Gen eingeführt, dessen Genprodukt, einem sog. Selektionsmarker, nur den Zellen ein Überleben unter den gewählten Kulturbedingungen ermöglicht, die dieses Gen enthalten. Ein Beispiel hierfür ist die Einführung eines Antibiotikaresistenz-Gens.In a likewise preferred embodiment The invention relates to the genetically engineered cell prior to step (a) the process is cultured under conditions involving expression allow, preferably under selection pressure "cultivating" a cell means to keep the cell under conditions that will survive this cell as well ensure successor generation (s), i.e. especially under conditions that allow expression. Conditions that allow expression are from the protein dependent, that it is to be expressed. Such conditions relate, for example on the temperature, the pH, the medium used in which a cell is cultured, the Addition of inducing substances, nutrients and co-factors, Incubation time and oxygen content. A cultivation under "selection pressure" means that only selected Cells are further cultivated. This can be used to check whether the genetic engineering Manipulation has been successful. It is preferred for this purpose in cells that are genetically engineered, a particular gene introduced, its gene product, a so-called selection marker, only the cells a survival among the chosen ones Allows culture conditions, which contain this gene. An example of this is the introduction of a Antibiotic resistance gene.
Bei einer Zelle gemäß der vorliegenden Erfindung handelt es sich vorzugsweise um eine Amphibienzelle, Bakterienzelle, Hefezelle, Insektenzelle oder eine imortalisierte oder native Säugetierzelle. Beispiele für Amphibienzellen sind Xenupus Oocyten, für Bakterienzellen E. coli, Bacillus, Pseudaomonas, Streptomyces, und Samonella, für Hefezellen Saccharomyces cerevisiae, Pichia Pastoris, für Insektenzellen Sf9-Zellen, für immortalisierte Säugetierzellen Hela-Zellen und für native Säugetierzellen CHO-Zellen und COS-Zellen. Diese Aufzählung ist allerdings keinesfalls abschließend Die Wahl einer in dem erfindungsgemäßen Verfahren einzusetzenden Zelle ist von mehreren Faktoren abhängig, z.B. bei der Einführung eines Vektors in die Zelle insbesondere von dem verwendeten Vektor.A cell according to the present invention is preferably an amphibian cell, bacterial cell, yeast cell, insect cell or an imortalized or native mammalian cell. Examples of amphibian cells are Xenupus oocytes, for E. coli bacter cells, Bacillus, Pseudaomonas, Streptomyces, and Samonella, for yeast cells Saccharomyces cerevisiae, Pichia Pastoris, for insect cells Sf9 cells, for immortalized mammalian Hela cells and for mammalian native cells CHO cells and COS cells. However, this list is by no means exhaustive. The choice of a cell to be used in the method according to the invention depends on several factors, eg in the introduction of a vector into the cell, in particular of the vector used.
In
einer bevorzugten Ausführungsform
wird die Zelle gentechnisch so manipuliert, dass sie mindestens
eine Nukleinsäure
gemäß einer
der
Bei sämtlichen in der vorliegenden Erfindung genannten Vektoren kann es sich um einen Expressionsvektor handeln, d.h. um einen Vektor, der die Fähigkeit zur Expression und/oder Amplifikation der enthaltenen Nukleinsäuren in einer prokaryontischen und/oder eukaryontischen Zelle besitzt. Insbesondere betrifft die vorliegende Erfindung Plasmidvektoren, z.B. pBABEpuro, Phagen oder retrovirale Vektoren, insbesondere auch alle Vektorsysteme, die gentherapeutisch zur Anwendung kommen können, z.B. auch adenovirale und adenoviralassoziierte Vektorsysteme.at all Vectors mentioned in the present invention may be an expression vector, i. around a vector, the ability for expression and / or amplification of the nucleic acids contained in a prokaryotic and / or eukaryotic cell. Especially For example, the present invention relates to plasmid vectors, e.g. pBABEpuro, Phage or retroviral vectors, especially all vector systems, which may be used therapeutically, e.g. also adenoviral and adenoviral-associated vector systems.
Erfindungsgemäße Vektoren weisen bevorzugt Kontrollsequenzen auf, die eine Expression der erfindungsgemäßen Nukleinsäure ermöglichen bzw. verstärken und die Transkription regulieren. Solche Kontrollsequenzen schließen bspw. Polyadenylierungssignale, Promotoren, z.B. natürliche oder synthetische Promotoren, Enhancer zur Bewirkung der Transkription, Operatorsequenzen zur Regulierung der Transkription, Silencer zur gewebsspezifischen Transkription, Sequenzen, die geeignete Ribosomen-Bindungsstellen auf der mRNA codieren, Sequenzen, welche die mRNA stabilisieren und Sequenzen, welche die Termination der Transkription und/oder Translation regulieren. Dies stellt lediglich eine beispielhafte Aufzählung von möglichen Kontrollsequenzen dar. Weitere mögliche Kontrollsequenzen sind im Stand der Technik gut bekannt und sind bspw. beschrieben von Goeddel, 1990. Die Kontrollsequenzen können modifiziert werden, z.B. durch Deletion, Addition oder Substitution einer oder mehrerer Nukleinsäuren, um ihre Kontrollfunktion zu verstärken.Vectors of the invention preferably have control sequences which express the expression of enable nucleic acid according to the invention or reinforce and regulate transcription. Such control sequences include, for example. Polyadenylation signals, promoters, e.g. natural or synthetic promoters, Enhancer to effect transcription, operator sequences to Regulation of transcription, silencers for tissue-specific transcription, Sequences, the appropriate ribosome binding sites on the mRNA encode sequences that stabilize the mRNA and sequences, which regulate the termination of transcription and / or translation. This merely represents an exemplary listing of possible control sequences. Other possible Control sequences are well known in the art and are, for example,. described by Goeddel, 1990. The control sequences can be modified be, e.g. by deletion, addition or substitution of one or several nucleic acids, to strengthen their control function.
Es sind insbesondere zahlreiche verschiedene Promotoren für verschiedene Organismen bekannt. Zum Beispiel ist ein bevorzugter Promoter für Vektoren, die in Bacillus subtilis verwendet werden, der AprE-Promoter, ein bevorzugter Vektor, verwendet in E. coli, ist der T7/Lac-Promotor, ein bevorzugter Promoter, verwendet in Saccharomyces cerevisiue ist PGK1, ein bevorzugter Promotor, verwendet in Aspergillus niger ist glaA, ein bevorzugter Promotor, verwendet in Trichoderma reesei (reesei) ist cbhI. Promotoren, die für die Verwendung in prokaryontischen (Wirts)-Zellen geeignet sind, schließen z.B. beta-Lactamase (Vektor pGX2907 [ATCC39344], enthält das Replicon und das beta-Lactamase Gen), Lactose-Promotor-Systeme (Chang et al. (1978), Nature (London, 275: 615); Goeddel et al. (1979), Nature (London), 281: 544), Alkalische Phosphatase, das Tryptophan (trp)-Promotorsystem (Vektor pATH1 [ATCC37695]) und Hybridpromotoren, wie den tac-Promotor (isolierbar aus dem Plasmid pDR540 [ATCC37282]), ein. Jedoch auch andere bakterielle Promotoren, deren Nukleinsäuresequenzen allgemein bekannt sind, versetzen einen Fachmann in die Lage, diesen mit einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure zu ligieren, wobei auch Linker oder Adapter verwendet werden können, um gewünschte Restriktionsstellen zu erzeugen. Bevorzugt enthalten Promotoren, die in bakteriellen Systemen verwendet werden, ebenfalls eine Shine-Dalgarno-Sequenz, die funktionsfähig mit der Nukleinsäure verbunden ist.It In particular, there are many different promoters for different ones Organisms known. For example, a preferred vector promoter is used in Bacillus subtilis, the AprE promoter preferred vector used in E. coli is the T7 / Lac promoter, more preferred Promoter used in Saccharomyces cerevisiue is PGK1, a more preferred Promoter used in Aspergillus niger is glaA, a preferred one Promoter, used in Trichoderma reesei (reesei) is cbhI. Promoters the for the use in prokaryotic (host) cells are suitable, shut down e.g. beta-lactamase (vector pGX2907 [ATCC39344], contains the replicon and the beta-lactamase gene), lactose promoter systems (Chang et al., (1978) Nature (London, 275: 615); Goeddel et al. (1979), Nature (London), 281: 544), alkaline phosphatase, the tryptophan (trp) promoter system (Vector pATH1 [ATCC37695]) and hybrid promoters such as the tac promoter (isolable from plasmid pDR540 [ATCC37282]). But also other bacterial promoters whose nucleic acid sequences are well known enable a person skilled in the art to ligate it with a nucleic acid according to the invention, where also linker or adapter can be used to desired To create restriction sites. Preferably, promoters, which are used in bacterial systems, also a Shine-Dalgarno sequence, the functional with the nucleic acid connected is.
Geeignete Expressionsvektoren können bspw. aus Segmenten von chromosomaler, nicht-chromosomaler und synthetischer DNA bestehen. Hierfür sind zahlreiche Derivate von SV40 und Bakterienplasmiden bekannt. Beispiele sind Plasmide aus E. coli, wie col E1, pBK, pCR1, pBR322, pM69, pUC19 sowie deren Derivate, Plasmide, die für einen weiten Wirtsbereich verwendbar sind, wie RP4, und Phagen-DNAs, wie zahlreiche Derivate des Phagen-Lambda, z.B. NM989, sowie andere DNA-Phagen, z.B. M13, sowie filamentöse einzelsträngige DNA-Phagen, Hefeplasmide, Vektoren, die für die Verwendung in eukaryontischen Zellen geeignet sind, sowie Vektoren, die aus einer Kombination von Plasmid- und Phagen-DNA bestehen. Im Stand der Technik sind zahlreiche Expressionstechniken zur Verwendung erfindungsgemäßer Expressionsvektoren bekannt. Solche Techniken werden bspw. allgemein beschrieben in Sambrook et al., 2001.Suitable expression vectors may, for example, consist of segments of chromosomal, non-chromosomal and synthetic DNA. For this purpose, numerous derivatives of SV40 and bacterial plasmids are known. Examples are plasmids from E. coli such as col E1, pBK, pCR1, pBR322, pM69, pUC19 and their derivatives, plasmids useful for a broad host range, such as RP4, and phage DNAs, such as numerous derivatives of phage lambda , eg NM989, as well as other DNA phages, eg M13, as well as filamentous single-stranded DNA phages, yeast plasmids, vectors suitable for use in eukaryotic cells, as well as vectors consisting of a combination of plasmid and phage DNA. Numerous expression techniques for the use of expression vectors according to the invention are known in the prior art known. Such techniques are generally described, for example, in Sambrook et al., 2001.
Ein
weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft ein Protein (vorliegend
als „erfindungsgemäßes Protein" bezeichnet), welches
eine Aminosäuresequenz
gemäß einer
der
Ein
weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Protein (vorliegend als „erfindungsgemäßes Protein" bezeichnet), welches
durch eine Nukleinsäure
gemäß einer
der
Von der Erfindung umfasst sind weiterhin sowohl die vorstehend beschriebenen erfindungsgemäßen Proteine (humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten PID12832121/FLJ20420) als auch die Verfahrens-Proteine, die Modifikationen aufweisen. Hierbei können die Proteine beispielsweise posttranslational (nach der Translation) modifiziert sein, sie können z.B. glykosiliert, phosphoryliert, amidiert, methyliert, acetyliert, ADP-ribosyliert, hydroxyliert, mit einem Membrananker versehen, gespalten oder verkürzt vorliegen. Posttranslationale Modifikationen sind beispielsweise in Voet/Voet, Biochemistry, 1st Edition, 1990, S. 935-938 beschrieben.The invention also encompasses both the above-described proteins according to the invention (human KIAA0378, murine BAB31214 and rats PID12832121 / FLJ20420) and also the process proteins which have modifications. For example, the proteins may be posttranslationally modified (after translation), eg glycosylated, phosphorylated, amidated, methylated, acetylated, ADP-ribosylated, hydroxylated, membrane-anchored, cleaved or shortened. Post-translational modifications are described, for example, in Voet / Voet, Biochemistry, 1 st Edition, 1990, pp. 935-938.
Die Herstellung von Verfahrens-Proteinen und erfindungsgemäßen Proteinen kann anhand Standardverfahren erfolgen, die dem Fachmann gut bekannt sind. Beispielsweise kann ein solches Verfahren typischerweise die folgenden Schritte umfasst: (a) Kultivieren einer Zelle unter geeigneten Bedingungen, (b) Expression der/des Protein kodierenden Nukleinsäure bzw. Nukleinsäurekonstrukts unter geeigneten Bedingungen, und (c) Isolieren des Proteins aus den Zellen und/oder dem Kulturüberstand.The Production of process proteins and proteins according to the invention can be done by standard methods well known to those skilled in the art are. For example, such a method may typically be the comprising the steps of: (a) culturing a cell under suitable conditions Conditions, (b) expression of the nucleic acid encoding the protein or nucleic acid construct under appropriate conditions, and (c) isolating the protein the cells and / or the culture supernatant.
Geeignete Bedingungen zum Kultivieren einer Zelle wurden bereits oben beschrieben. Die Expression des Polypeptids kann typischerweise nach dem Stand der Technik in geeigneten Expressionssystemen erfolgen, vorzugsweise als sezerniertes Produkt stabiler Transfektanten, z.B. CHO-Zellen oder anderer tierischer Zellen, wie Cos7 oder SF9 (Insektenzellen), oder weiterer eukaryontischer Zellsysteme, beispielsweise Pichia pastoris. Vorzugsweise weisen die exprimierten erfindungsgemäßen Proteine jeweilige zur Sekretion in dem Zellsystem geeignete Leadersequenzen auf. Daher werden zur Expression eingesetzte erfindungsgemäße Vektoren codierende Abschnitte enthalten, die für eine funktionelle Leadersequenz codieren, z.B. wie in Brocks et al. (Immunotechnology 3:173-184, 1997) für Säuger und Insektenzellen beschrieben oder unter Verwendung von beispielsweise pPICZalpha-Vektoren (Invitrogen, Karlsruhe, Deutschland) zur Expression und Sekretion in der Hefe Pichia pastoris. Das Isolieren des erfindungsgemäßen Proteins aus der (Wirts-)Zelle kann durch Standardverfahren, wie Chromatographie-Verfahren, Präzipitationsverfahren usw., die zur Aufreinigung von Polypeptiden und Proteinen geeignet sind, erfolgen (s.a. Sambrook et al., 2001).suitable Conditions for cultivating a cell have already been described above. The expression of the polypeptide can typically be up to date the technique in suitable expression systems, preferably as a secreted product of stable transfectants, e.g. CHO cells or other animal cells, such as Cos7 or SF9 (insect cells), or other eukaryotic cell systems, for example Pichia pastoris. Preferably, the expressed proteins of the invention respective leader sequences suitable for secretion in the cell system on. Therefore, vectors of the invention used for expression contain coding sections that are responsible for a functional leader sequence encode, e.g. as in Brocks et al. (Immunotechnology 3: 173-184, 1997) for mammal and insect cells or using, for example, pPICZalpha vectors (Invitrogen, Karlsruhe, Germany) for expression and secretion in the yeast Pichia pastoris. Isolating the protein of the invention from the (host) cell can be determined by standard methods, such as chromatography, precipitation etc. suitable for purification of polypeptides and proteins are made (see Sambrook et al., 2001).
Ein weiterer Gegenstand des Verfahrens ist eine Nukleinsäure, die für ein Protein, das aus der Gruppe bestehend aus humanem KIAA0378, murinem BAB31214 und Ratten PID12832121/FLJ20420 ausgewählt ist, oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines solchen Proteins, codiert. Eine solche Nukleinsäure wird vorliegend als „erfindungsgemäße Nukleinsäure" bezeichnet.One Another object of the method is a nucleic acid, the for a Protein consisting of the group consisting of human KIAA0378, murine BAB31214 and rats PID12832121 / FLJ20420 is selected, or a functional Fragment or a functional variant of such a protein, coded. Such a nucleic acid is referred to herein as "nucleic acid according to the invention".
Ebenfalls
ein Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist eine Nukleinsäure, die
aus einer Nukleinsäuresequenz
gemäß einer
der
Bei allen in der vorliegenden Erfindung bezeichneten Nukleinsäuren kann es sich sowohl um DNA, genomische DNA, synthetische DNA, insbesondere cDNA, als auch um RNA, insbesondere mRNA, handeln. Die Nukleinsäuremoleküle können doppel- oder einzelstängig vorliegen. Einzelsträngige RNA oder DNA kann entweder der codierende (sense) oder der nicht-codierende (antisense) Strang sein.at all nucleic acids referred to in the present invention can It is both DNA, genomic DNA, synthetic DNA, in particular cDNA, as well as RNA, in particular mRNA act. The nucleic acid molecules can double or single-stranded available. single RNA or DNA can be either the coding (sense) or the non-coding (antisense) Be strand.
Ebenfalls umfasst sind Nukleinsäuren, die als Nukleinsäurekonstrukte auftreten, also einen für eines der erfindungsgemäßen Proteine codierenden Sequenzabschnitt sowie einen oder mehrere weitere Sequenzabschnitt(e) enthalten. Solche weiteren Sequenzabschnitte können beispielsweise Sequenzen sein, die für ein Leitpeptid codieren, das als Signal für die Sekretion des Proteins gemäß der Erfindungen in eukaryontischen Zellen gibt. Weitere Sequenzen, die von den erfindungsgemäßen Nukleinsäuren umfasst sein können, sind ebenfalls nicht-codierende Sequenzen, wie nicht-codierende 3'- und 5'-Sequenzen einschließlich z.B. regulatorische Sequenzen.Also includes are nucleic acids, as nucleic acid constructs occur, so one for one of the proteins according to the invention coding sequence section and one or more further sequence section (s) contain. Such further sequence segments may be, for example, sequences be that for encode a leader peptide that acts as a signal for secretion of the protein according to the inventions in eukaryotic cells. Other sequences comprising the nucleic acids according to the invention could be, are also non-coding Sequences such as 3 'and 5' non-coding sequences including e.g. regulatory sequences.
Die Nukleinsäuresequenzen der vorliegenden Erfindung können ebenfalls mit Nukleinsäuresequenzen fusioniert sein, die bspw. für eine Markersequenz codieren oder für eine Sequenz codieren, die ein Polypeptid codiert, welches bspw. die Isolierung oder Aufreinigung des Polypeptids der Erfindung erleichtert. Repräsentative Sequenzen schließen bspw. solche ein, die ein Glutation-S-Transferase (GST) Fusionsprotein, ein Polyhistidin (z.B. HIS 6) Hämagglutinin oder HSV-Tag codieren. Diese Aufzählung ist jedoch keinesfalls beschränkend Die Nukleinsäuren gemäß der Erfindung können bevorzugt isoliert vorliegen. Dies bedeutet, dass das Nukleinsäuremolekül oder die Nukleinsäuresequenz nicht von Nukleinsäuresequenzen flankiert wird, die normalerweise das Gen oder die Nukleinsäuresequenz flankieren (wie in genomischen Sequenzen) und/oder die vollständig oder teilweise aufgereinigt worden sind (wie bspw. in einer DNA- oder RNA-Bibliothek). Bspw. kann eine isolierte Nukleinsäure der Erfindung in Bezug auf das zelluläre Milieu, in welchem es natürlicherweise vorkommt, isoliert sein.The nucleic acid sequences of the present invention also with nucleic acid sequences be merged, for example, for encode a marker sequence or code for a sequence that a polypeptide encoding, for example, the isolation or purification of the polypeptide of the invention. Representative sequences include, for example. those containing a glutathione-S-transferase (GST) fusion protein Polyhistidine (e.g., HIS 6) hemagglutinin or encode HSV tag. However, this list is by no means restrictive The nucleic acids according to the invention can preferably isolated. This means that the nucleic acid molecule or the nucleic acid sequence not of nucleic acid sequences usually flanking the gene or the nucleic acid sequence flank (as in genomic sequences) and / or the complete or have been partially purified (such as in a DNA or RNA library). For example. can be an isolated nucleic acid of the Invention relating to the cellular environment in which it naturally Occurs, be isolated.
Erfindungsgemäß sind auch funktionelle Fragmente oder funktionelle Varianten der erfindungsgemäßen Nukleinsäuren bzw. Nukleinsäurekonstrukte umfasst, auf die obigen Ausführungen zu den Begriffen funktionell, Fragment und Variante entsprechende Anwendung finden.Also according to the invention functional fragments or functional variants of the nucleic acids according to the invention or nucleic acid constructs includes, to the above statements to the terms functional, fragment and variant corresponding Find application.
Die Herstellung erfindungsgemäßer Nukleinsäuren, Nukleinsäurekonstrukten oder funktionellen Fragmenten oder funktionellen Varianten hiervon kann mittels Standardverfahren durchgeführt werden, die dem Fachmann bekannt sind (siehe z.B. Sambrook et al. 2001). Insbesondere Anwendung in diesem Zusammenhang findet die PCR-Technik Eine Überprüfung der Sequenz hergestellter Nukleinsäuren gemäß der Erfindung kann anhand Sequezierungs- oder Hybridisierungs-Verfahren erfolgen, welche dem Fachmann ebenfalls geläufig sind.The Production of Nucleic Acids According to the Invention, Nucleic Acid Constructs or functional fragments or functional variants thereof can be carried out by standard methods known to those skilled in the art (see, e.g., Sambrook et al., 2001). In particular, application In this context, the PCR technique is a review of the Sequence of produced nucleic acids according to the invention can by means of sequencing or hybridization methods, which the expert also familiar are.
Ebenfalls
von der Erfindung umfasst sind Genprodukte der erfindungsgemäßen Nukleinsäuren. Bevorzugt
codiert das Genprodukt ein Protein bzw. Polypeptid der in den
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Vektor, der mindestens
- – eine Nukleinsäure enthält, die für ein Protein, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten PID12832121/FLJ20420, oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines solchen Proteins codiert und/oder
- – eine
Nukleinsäure
enthält,
die aus einer Nukleinsäuresequenz
gemäß einer
der
12 ,21 oder55 besteht, oder eine solche Nukleinsäuresequenz umfasst oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante einer solchen Nukleinsäure und/oder - – eine
Antisense Nukleinsäure
oder eine PNA enthält,
die eine Nukleinsäuresequenz
aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine Nukleinsäure zu binden,
die eines der Proteine humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten
PID12832121/FLJ20420 codiert bzw. spezifisch an eine Nukleinsäure gemäß der
12 ,21 oder55 bindet.
- A nucleic acid coding for a protein selected from the group consisting of human KIAA0378, murine BAB31214 and rat PID12832121 / FLJ20420, or a functional fragment or a functional variant of such a protein and / or
- Contains a nucleic acid which consists of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .21 or55 or comprises such a nucleic acid sequence or a functional fragment or a functional variant of such a nucleic acid and / or - Contains an antisense nucleic acid or a PNA which has a nucleic acid sequence capable of binding specifically to a nucleic acid which encodes one of the proteins human KIAA0378, murine BAB31214 and rat PID12832121 / FLJ20420 or specifically to a nucleic acid according to the
12 .21 or55 binds.
Bei einem solchen erfindungsgemäßen Vektor handelt es sich vorzugsweise um einen der oben beschriebenen Vektoren.at such a vector according to the invention it is preferably one of the vectors described above.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist eine Zelle, die mindestens
- – ein
Protein enthält,
das eine Aminosäuresequenz
gemäß einer
der
11 ,20 oder54 oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon umfasst oder aus einer der genannten Aminosäuresequenzen besteht und/oder - – ein
Protein enthält,
das durch eine Nukleinsäure
gemäß einer
der
12 ,21 oder55 codiert wird und/oder - – ein
Protein enthält,
das durch eine Nukleinsäure
codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure gemäß einer
der
12 ,21 oder55 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert und/oder - – eine Nukleinsäure enthält, die für ein Protein, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten PID12832121/FLJ20420, oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines solchen Proteins codiert und/oder
- – eine
Nukleinsäure
enthält,
die aus einer Nukleinsäuresequenz
gemäß einer
der
12 ,21 oder55 besteht, oder eine solche Nukleinsäuresequenz umfasst oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante einer solchen Nukleinsäure und/oder - – eine
Antisense Nukleinsäure
oder eine PNA enthält,
die eine Nukleinsäuresequenz
aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine Nukleinsäure zu binden,
die eines der Proteine humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten
PID12832121/FLJ20420 codiert bzw. spezifisch an eine Nukleinsäure gemäß der
12 ,21 oder55 bindet und/oder - – einen Vektor enthält, der eine der vorgenannten Nukleinsäuren enthält.
- Contains a protein which has an amino acid sequence according to one of the
11 .20 or54 or comprises a functional fragment or a functional variant thereof or consists of one of said amino acid sequences and / or - Contains a protein which is protected by a nucleic acid according to one of the
12 .21 or55 is coded and / or - Contains a protein which is encoded by a nucleic acid which under stringent conditions with a Nucleic acid according to one of the
12 .21 or55 or whose antisense nucleic acid hybridizes and / or - A nucleic acid coding for a protein selected from the group consisting of human KIAA0378, murine BAB31214 and rat PID12832121 / FLJ20420, or a functional fragment or a functional variant of such a protein and / or
- Contains a nucleic acid which consists of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .21 or55 or comprises such a nucleic acid sequence or a functional fragment or a functional variant of such a nucleic acid and / or - Contains an antisense nucleic acid or a PNA which has a nucleic acid sequence capable of binding specifically to a nucleic acid which encodes one of the proteins human KIAA0378, murine BAB31214 and rat PID12832121 / FLJ20420 or specifically to a nucleic acid according to the
12 .21 or55 binds and / or - - Contains a vector containing one of the aforementioned nucleic acids.
Vorzugsweise handelt es sich bei einer solchen erfindungsgemäßen Zelle um eine Amphibienzelle, Bakterienzelle, Hefezelle, Insektenzelle oder eine immortalisierte oder native Säugetierzelle. Beispiele für solche Zellen sind bereits oben beschrieben worden.Preferably If such a cell according to the invention is an amphibian cell, bacterial cell, Yeast cell, insect cell or immortalized or native mammalian cell. examples for such cells have already been described above.
Die Herstellung erfindungsgemäßer Zellen kann anhand von Verfahren, die im Stand der Technik gut bekannt sind (beispielsweise beschrieben bei Sambrook, 2001), erfolgen. Ein solches Verfahren kann die folgenden Schritte umfassen: (a) Herstellung einer/eines vorstehend beschriebenen erfindungsgemäßen Nukleinsäure oder erfindungsgemäßen Vektors, (b) Einbringen der Nukleinsäure und/oder des Vektors gemäß Schritt (a) in eine Zelle. Das Herstellen einer/eines vorstehend beschriebenen erfindungsgemäßen Nukleinsäure bzw. erfindungsgemäßen Vektors kann anhand dem Fachmann gut bekannter und nach den bereits oben beschriebenen Standardverfahren erfolgen. Das Einbringen der erfindungsgemäßen Nukleinsäure bzw. des erfindungsgemäßen Vektors in die Zelle kann unter Verwendung jeder geeigneter Standardverfahren erfolgen. Hierzu gehören bspw. Transformation, Elektroporation, Transfektion unter Verwendung von z.B. Kalziumchlorid, Lipofektion, Infektion, Transduktion etc. Diverse Standardverfahren sind bspw. in Sambrook et al., 2001, beschrieben.The Production of cells according to the invention can be determined by methods well known in the art are (for example described in Sambrook, 2001) done. Such a method may comprise the following steps: (a) Preparation of an Inventive Nucleic Acid According to the Invention or vector of the invention, (b) introducing the nucleic acid and / or the vector according to step (a) in a cell. The manufacture of one or more described above nucleic acid or vector of the invention can be well known to those skilled in the art and after the above done standard procedures. The introduction of the nucleic acid or of the invention vector of the invention into the cell can be made using any suitable standard method respectively. These include for example, transformation, electroporation, transfection using from e.g. Calcium chloride, lipofection, infection, transduction etc. Various standard methods are described, for example, in Sambrook et al., 2001.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Antikörper gegen eines der erfindungsgemäßen Proteine – humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten PID12832121/FLJ20420. Unter Antikörper versteht der Fachmann lösliche oder an Zellmembranen gebundene Moleküle, die durch ihre spezifische Wechselwirkung mit einem komplementären Zelloberflächenmolekül („Antigen") charakterisiert sind. Es handelt sich im allgemeinen um als Immunglobuline bezeichnete Proteine, die eine spezifische Bindungsstelle für Antigene aufweisen. Vorzugsweise handelt es sich um einen monoklonalen oder polyklonalen Antikörper. Monoklonale Antikörper sind selektiv gegen eine einzige antigene Determinante eines Antigens gerichtete Antikörper, während polyklonale Antikörper eine Mi schung aus Antikörpern darstellen, die gegen mehrere Determinanten eines Antigens gerichtet sind.One Another object of the invention is an antibody to one of the proteins of the invention - human KIAA0378, murine BAB31214 and rats PID12832121 / FLJ20420. Under antibody the expert understands soluble or molecules bound to cell membranes by their specific Interaction with a complementary cell surface molecule ("antigen") characterized are. They are generally referred to as immunoglobulins Proteins that have a specific binding site for antigens. Preferably it is a monoclonal or polyclonal antibody. monoclonal antibody are selective against a single antigenic determinant of an antigen directed antibodies, while polyclonal antibody a mixture of antibodies represent directed against several determinants of an antigen are.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist eine Antisense-Nukleinsäure, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst oder aus einer Nukleinsäuresequenz besteht, die in der Lage ist, spezifisch an eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein funktionelles Fragment oder ein funktionelle Variante einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure zu binden.One Another object of the invention is an antisense nucleic acid, the a nucleic acid sequence comprises or from a nucleic acid sequence which is capable of specific to a nucleic acid according to the invention or a functional fragment or a functional variant of a to bind nucleic acid according to the invention.
Unter einer Antisense-Nukleinsäure ist eine Nukleinsäure zu verstehen, die komplementär zu einer codierenden (Sense-) Nukleinsäure ist. Eine Antisense-Nukleinsäure kann als DNA oder RNA vorliegen. Eine Antisense-Nukleinsäure kann beispielsweise für sog. Antisense-Strategien eingesetzt werden, durch welche die mRNA- oder Protein-Konzentration beeinflusst, insbesondere herabgesetzt, werden kann. Beispielsweise können, abgeleitet von der Nukleinsäuresequenz der vollständigen cDNA oder von Teilbereichen hiervon Konstrukte erstellt werden, z.B. Antisense-Oligonukleotide (DNA oder RNA), die beispielsweise unter Verwendung modifizierter Nukleotidbausteine (z.B. O-Allyl-Ribose) eine erhöhte Stabilität gegenüber Nukleasen aufweisen. Diese modifizierten Antisense-Oligonukleotide können dann beispielsweise an eine komplementäre mRNA binden und so deren Translation verhindern bzw. erschweren. Weiterhin sind hierzu Antisense-Konstrukte sinnvoll, die unter Verwendung nichttraditioneller Basen wie Inosine, Queosine oder Wybutosine sowohl wie Acetyl-, Methyl-, Thio- und ähnlich modifizierte Formen von Adenin, Cytidin, Guanosin u, Thymidin und Uridin nicht oder in geringerem Masse durch endogene Nukleasen abgebaut werden können. Eine Antisense Nukleinsäure der vorliegenden Erfindung weist vorzugsweise eine Länge von 15 bis 100 Nukleotiden, stärker bevorzugt von 15 bis 50 Nukleotiden, stärker bevorzugt von 15 bis 30 Nukleotiden auf am stärksten bevorzugt 18 bis 25 Nukleotide.Under an antisense nucleic acid is a nucleic acid to understand the complementary to a coding (sense) nucleic acid. An antisense nucleic acid can present as DNA or RNA. An antisense nucleic acid can for example so-called antisense strategies used by which the mRNA or protein concentration influenced, in particular reduced, can be. For example, derived from the nucleic acid sequence the complete cDNA or substructures thereof constructs are created, e.g. Antisense oligonucleotides (DNA or RNA), for example using modified nucleotide building blocks (e.g., O-allyl ribose) an increased stability across from Have nucleases. These modified antisense oligonucleotides can then, for example, bind to a complementary mRNA and so their Prevent or hinder translation. Furthermore, this antisense constructs are useful, those using non-traditional bases such as inosine, quinine or Wybutosine as well as acetyl, methyl, thio and similarly modified Forms of adenine, cytidine, guanosine u, thymidine and uridine do not or degraded to a lesser extent by endogenous nucleases can. An antisense nucleic acid The present invention preferably has a length of 15 to 100 nucleotides, stronger preferably from 15 to 50 nucleotides, more preferably from 15 to 30 Nucleotides on strongest preferably 18 to 25 nucleotides.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist eine PNA, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst oder aus einer Nukleinsäuresequenz besteht, die in der Lage ist, spezifisch an eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein funktionelles Fragment oder ein funktionelle Variante einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure zu binden. PNA stellt hierbei die international übliche Abkürzung für Peptidic Nucleic Acid („peptidische Nukleinsäure") dar. Hierbei bilden pepditisch verknüpfte Aminosäuren eine Kette, wobei die Aminosäuren als Seitenkette eine für die Hybridisierung mit einer DNA oder RNA geeignete Base aufweisen. PNAs können durch Austausch des Phosphatrückgrats in Nukleinsäuresequenzen hergestellt werden. Eine PNA gemäß der vorliegenden Erfindung weist vorzugsweise eine Länge von 15 bis 100 Nukleotiden, stärker bevorzugt von 15 bis 50 Nukleotiden, am stärksten bevorzugt von 15 bis 30 Nukleotiden auf.One Another object of the invention is a PNA containing a nucleic acid sequence comprises or from a nucleic acid sequence which is capable of specific to a nucleic acid according to the invention or a functional fragment or a functional variant of a to bind nucleic acid according to the invention. PNA represents the internationally common abbreviation for Peptidic Nucleic Acid ("peptidic nucleic acid") Nucleic acid "). Form this linked pepditisch amino acids a chain, where the amino acids as a side chain one for have hybridization with a base suitable for DNA or RNA. PNAs can by replacing the phosphate backbone in nucleic acid sequences getting produced. A PNA according to the present Invention preferably has a length of 15 to 100 nucleotides, stronger preferably from 15 to 50 nucleotides, most preferably from 15 to 30 nucleotides on.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Ribozym, das eine Nukleinsäuresequenz umfasst, die in der Lage ist, spezifisch an eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein funktionelles Fragment oder ein funktionelle Variante einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure zu binden. Ebenfalls kann eine erfindungsgemäße Nukleinsäure Teil eines Ribozyms oder eines sonstigen DNA-Enzyms oder einer katalytischen RNA oder DNA sein. Unter einem Ribozym ist eine katalytisch aktive Ribonukleinsäure zu verstehen, die als enzymatisch aktive RNA-Molekül eine spezifische Spaltung der RNA Wert. Hierzu gehören auch selbst-spleißende RNAs. Beispiele für Ribozyme sind z.B. selbst-spleißende Introns, Ribonuklease P (aus E. coli), das Hammerkopf-Ribozym, das Haarnadel-Ribozym oder tRNAPhe. Soche Ribozyme können Nukleinsäureabschnitte enthalten, die an komplemtäre Nukleinsäuren (Nukleinsäureabschnitte) binden und diese spalten. Die Funktion von selbstspleißender RNA ist beispielsweise, aus prä-rRNAs und prä-tRNAs Introns zu entfernen, um diese zu reifen rRNAs bzw. tRNAs zu führen. Die Spleißreaktion wird durch den Kontakt eines G-Nukleotids mit dem Intron der RNA initiiert. Die RNA wird gespalten, das durch diese Spaltung erzeugte neue 3'-Ende der RNA, spaltet wierderum das andere Ende des Introns. Ein Ribozym gemäß der vorliegenden Erfindung weist weist vorzugsweise eine Länge von 20 bis 100 Nukleotiden, stärker bevorzugt von 40 bis 90 Nukleotiden, am stärksten bevorzugt von 50 bis 70 Nukleotiden auf.Another object of the invention is a ribozyme comprising a nucleic acid sequence which is capable of binding specifically to a nucleic acid according to the invention or a functional fragment or a functional variant of a nucleic acid according to the invention. Likewise, a nucleic acid according to the invention may be part of a ribozyme or another DNA enzyme or a catalytic RNA or DNA. A ribozyme is understood as meaning a catalytically active ribonucleic acid which, as an enzymatically active RNA molecule, has a specific cleavage of the RNA value. These include self-splicing RNAs. Examples of ribozymes are, for example, self-splicing introns, ribonuclease P (from E. coli), the hammerhead ribozyme, the hairpin ribozyme or tRNA Phe . Soche ribozymes may contain sections of nucleic acids that bind to and cleave complementary nucleic acids (sections of nucleic acid). For example, the function of self-splicing RNA is to remove introns from pre-rRNAs and pre-tRNAs, leading to mature rRNAs or tRNAs. The splicing reaction is initiated by the contact of a G nucleotide with the intron of the RNA. The RNA is cleaved, the new 3 'end of the RNA generated by this cleavage, in turn, cleaves the other end of the intron. A ribozyme according to the present invention preferably has a length of from 20 to 100 nucleotides, more preferably from 40 to 90 nucleotides, most preferably from 50 to 70 nucleotides.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist eine siRNA, die eine Nukleinsäuresequenz umfasst oder aus einer Nukleinsäuresequenz besteht, die in der Lage ist, spezifisch an eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein funktionelles Fragment oder ein funktionelle Variante einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure zu binden. siRNA steht für „short interference RNA". Sie stellt ein Zwischenprodukt des „RNA interference" (RNAi) Signalwegs dar. Hierbei wird ein doppelsträngiges RNA-Molekül durch die Dicer Ribonuklease in kleine interfe rierende RNAs (siRNAs) aufgebrochen. Einer der Stränge der siRNA, und zwar der zu einer Ziel-mRNA komplementäre Strang, bindet an diese mRNA, welche sodann durch die RDE-1 Nuklease degradiert wird. Eine siRNA gemäß der vorliegenden Erfindung weist vorzugsweise eine Länge von 10 bis 50 Nukleotiden, stärker bevorzugt von 15 bis 40 Nukleotiden, stärker bevorzugt von 20 bis 25 Nukleotiden auf. Und am stärksten bevorzugt 21 bis 23 Nukleotide. Darüber hinaus stellen sogenannte sh (small hairpin) RNAs einen weiteren Erfindungsgegenstand im Rahmen der vorliegenden Erfindung dar. Hierbei handelt es sich vorzugsweise um RNA-Sequenzen, von doppelter Länge, wie oben für siRNA beschrieben, die gleichfalls an eine erfindungsgemäße Nukleinsäure binden kann. Derartige shRNAs werden vorzugsweise durch Transkription aus einem Plasmid bereitgestellt, wobei das fertige RNA-Transkript durch Rückfaltung eine doppelsträngige RNA mit einer hairpin-Loop bilden kann. Vorzugsweise also weist eine derartige shRNA (eine besondere Form der siRNA) eine zu einem der Nukleinsäurestränge der erfindungsgemäßen Nukleinsäure komplementäre Sequenz auf, die als solche einen Doppelstrang mit einem hairpin-Loop bilden kann.One Another object of the invention is an siRNA which has a nucleic acid sequence comprises or from a nucleic acid sequence which is capable of specific to a nucleic acid according to the invention or a functional fragment or a functional variant of a to bind nucleic acid according to the invention. siRNA stands for "short interference RNA ". It is an intermediate of the "RNA interference" (RNAi) signaling pathway This is a double-stranded RNA molecule through Dicer ribonuclease into small interfering RNAs (siRNAs) broken up. One of the strands the siRNA, namely the strand complementary to a target mRNA, binds to this mRNA, which then degrades by the RDE-1 nuclease becomes. An siRNA according to the present Invention preferably has a length of 10 to 50 nucleotides, more preferred from 15 to 40 nucleotides, stronger preferably from 20 to 25 nucleotides. And most preferred 21 to 23 nucleotides. About that In addition, so-called sh (small hairpin) RNAs provide another Subject of the invention in the context of the present invention they are preferably double-length RNA sequences, such as above for described siRNA, which also bind to a nucleic acid according to the invention can. Such shRNAs are preferably expressed by transcription a plasmid, wherein the finished RNA transcript by refolding a double-stranded one RNA can form with a hairpin loop. Preferably, therefore Such a shRNA (a special form of siRNA) one to a the nucleic acid strands of nucleic acid sequence complementary to the invention which as such form a double strand with a hairpin loop can.
Derartige shRNA haben eine verlangsamte Dissoziationskinetiksuch shRNA have a slowed dissociation kinetics
Vorzugsweise weisen erfindungsgemäße siRNAs die allgemeine Struktur 5'-(N19-25)-3', stärker 5'-(N19-24)-3', noch stärker bevorzugt 5'-(N21-23)-3' auf, wobei N irgendeine Base ist. Hierbei können zumindest 90%, vorzugsweise 99% und insbesondere 100% der Nukleotide einer erfindungsgemäßen dsRNA komplementär zu einem Abschnitt der (m)RNA-Sequenz einer erfindungsgemäßen Sequenz sein. 90% komplementär bedeutet hierbei, dass bei einer bspw. gegebenen Länge von 20 Nukleotiden einer erfindungsgemäßen siRNA diese nur für höchstens 2 Nukleotide nicht mit dem entsprechenden Abschnitt auf der (m)RNA komplementär ist. Die Sequenz der erfindungsgemäßen doppelsträngigen RNA ist mit ihrer allgemeinen Struktur vorzugsweise vollständig komplementär zu einem Abschnitt der (m)RNA einer erfindungsgemäßen Sequenz.Preferably, siRNAs of the invention have the general structure 5 '- (N 19-25 ) -3', more strongly 5 '- (N 19-24 ) -3', even more preferably 5 '- (N 21-23 ) -3' where N is any base. In this case, at least 90%, preferably 99% and in particular 100% of the nucleotides of a dsRNA according to the invention can be complementary to a section of the (m) RNA sequence of a sequence according to the invention. 90% complementary here means that, for example, given a length of 20 nucleotides of an siRNA according to the invention, this is not complementary to the corresponding segment on the (m) RNA for at most 2 nucleotides. The sequence of the double-stranded RNA according to the invention, with its general structure, is preferably completely complementary to a section of the (m) RNA of a sequence according to the invention.
Weiterhin bevorzugt sind erfindungsgemäße siRNA, die die folgenden Sequenzmotive aufweisen: AANI9TT, NAN19NIN, NARN17YNN und/oder NANN17YNN, wobei N für ein beliebiges Nukleotid, A für Adenosin, T für Thymidin, R für Purine (A oder G) und Y für Pyrimidinbasen (C oder T) steht.Further preferred are siRNA according to the invention which have the following sequence motifs: AAN I9 TT, NAN 19 NIN, NARN 17 YNN and / or NANN 17 YNN, where N is an arbitrary nucleotide, A is adenosine, T is thymidine, R is purines (A or G) and Y is pyrimidine bases (C or T).
Grundsätzlich kann eine erfindungsgemäße dsRNA zu jedem beliebigen Abschnitt auf der mRNA oder dem Primärtranskript eine erfindungsgemäße Sequenz komplementär sein.In principle, a dsRNA according to the invention can be added to any desired section on the mRNA or the primary transcript will be complementary to a sequence according to the invention.
In einer eukaryontischen Zelle wird für die Herstellung einer mRNA das Gen in seiner gesamten Länge, sowohl Introns als auch Exons, in ein langes RNA-Molekül transkribiert, das Primärtranskript. Die Stabilität der mRNA erfolgt durch Prozessierung des Primärtranskripts am 5'-Ende mit einer Addition eines untypischen Nukleotids mit einem methylierten Guanin und einer Polyadenylierung am 3'-Ende. Bevor die RNA den Zellkern verlässt, werden durch RNA-Spleißen die Intronsequenzen entfernt und die Exons miteinander verbunden, insbesondere gegenüber der Spleißform, also der gereiften mRNA, ist eine erfindungsgemäße siRNA komplementär.In A eukaryotic cell is used for the production of an mRNA the gene in its entire length, both introns and exons, transcribed into a long RNA molecule, the primary transcript. The stability of mRNA is made by processing the primary transcript at the 5 'end with an addition of an untypical nucleotide with a methylated guanine and a Polyadenylation at the 3 'end. Before the RNA leaves the nucleus, be through RNA splicing removed the intron sequences and linked the exons together, especially opposite the splice form, that is, the mature mRNA, an siRNA according to the invention is complementary.
Eine besonders bevorzugte Ausführungsform ist eine sh/siRNA, die einen GC-Gehalt von mindestens 30%, in einer stärker bevorzugten Ausführungsform von bis 30% bis 70% und in einer stärker bevorzugten Ausführungsart von 40% bis 60% oder noch stärker bevorzugt zwischen 45 und 55 % aufweist.A particularly preferred embodiment is a sh / siRNA that has a GC content of at least 30%, in one stronger preferred embodiment from to 30% to 70%, and in a more preferred embodiment from 40% to 60% or even stronger preferably between 45 and 55%.
Eine weitere besonders bevorzugte Ausführungsform für eine erfindungsgemäße si(sh)RNA ist eine Zielsequenz, die die gleiche Häufigkeit aller Nukleotide auf dem Antisense Strang enthält. Schließlich ist es besonders bevorzugt, wenn 2'-Deoxythymidin für den 2-nt 3'-Überhang bei einer erfindungsgemäßen siRNA auftritt, da diese hierdurch vor Exonuklease-Aktivität geschützt wird Weiterhin bevorzugt ist es, wenn die Zielsequenz einer erfindungsgemäßen si/shRNA nur einmal in den Targetgenen auftritt bzw. auch singulär für das jeweilige Genom der behandelten Zellen ist.A Another particularly preferred embodiment of an inventive si (sh) RNA is a target sequence that has the same frequency of all nucleotides contains the antisense strand. After all it is particularly preferred for 2'-deoxythymidine to be the 2-nt 3'-overhang occurs in an siRNA according to the invention, since this is thereby protected from exonuclease activity. Further preferred it is when the target sequence of a si / shRNA according to the invention only once in the target genes occurs or singular for the respective genome of the treated Cells is.
Vorzugsweise können die Enden der doppelsträngigen RNA (siRNA o. shRNA) modifiziert werden, um einem Abbau in der Zelle oder einer Dissoziation in die Einzelstränge entgegenzuwirken, insbesondere um einen vorzeitigen Abbau durch Nukleasen zu umgehen.Preferably can the ends of the double-stranded ones RNA (siRNA o. ShRNA) can be modified to undergo degradation in the cell or to counteract a dissociation into the single strands, in particular to avoid premature degradation by nucleases.
Eine regelmäßig nicht gewünschte Dissoziation der Einzelstränge von si/shRNA tritt insbesondere bei Verwendung niedriger Konzentrationen oder kurzer Kettenlängen auf. Zur besonders wirksamen Hemmung der Dissoziation kann der durch die Nukleotidpaare bewirkte Zusammenhalt der doppelsträngigen Struktur von erfindungsgemäßer siRNA durch mindestens eine, vorzugsweise mehr chemische Verknüpfung/en erhöht werden. Eine erfindungsgemäße siRNA, deren Dissoziation vermindert ist, weist eine höhere Stabilität gegen enzymatischen und chemischen Abbau in der Zelle bzw. im Organismus oder ex-vivo auf.A regularly not desired Dissociation of single strands of si / shRNA occurs especially when using low concentrations or short chain lengths on. For particularly effective inhibition of dissociation by the the nucleotide pairs brought cohesion of the double-stranded structure of siRNA according to the invention by at least one, preferably more chemical linkage (s) increase. An siRNA according to the invention, their dissociation is reduced, has a higher stability against enzymatic and chemical degradation in the cell or organism or ex-vivo on.
Die chemische Verknüpfung der Einzelstränge einer erfindungsgemäßen siRNA wird zweckmäßigerweise durch eine kovalente oder ionische Bindung, Wasserstoffbrückenbindung, hydrophobe Wechselwirkung, vorzugsweise van-der-Waals oder Stapelungswechselwirkungen, oder durch Metall-ionenkoordination gebildet. Sie kann nach einem besonders vorteilhaften Ausgestaltungsmerkmal an mindestens einem, vorzugsweise an beiden, Ende/n hergestellt werden. Es hat sich weiter als vorteilhaft erwiesen, dass die chemische Verknüpfung mittels einer oder mehrerer Verbindungsgruppen gebildet wird, wobei die Verbindungsgruppen vorzugsweise Poly-(oxyphosphinicooxy-1,3-propan-diol)- und/oder Polyethylenglycol-Ketten sind Die chemische Verknüpfung kann auch durch in der doppelsträngigen Struktur anstelle von Purinen benutzte Purinanaloga gebildet werden. Von Vorteil ist es ferner, dass die chemische Verknüpfung durch in der doppelsträngigen Struktur eingeführte Azabenzoleinheiten gebildet wird Sie kann außerdem durch in der doppelsträngigen Struktur anstelle von Nukleotiden benutzte verzweigte Nukleotidanaloga gebildet werden.The chemical linkage the single strands an siRNA according to the invention is expediently by a covalent or ionic bond, hydrogen bonding, hydrophobic interaction, preferably van der Waals or stacking interactions, or formed by metal ion coordination. She can after one particularly advantageous embodiment feature on at least one, preferably at both ends. It has continued proved to be advantageous that the chemical linkage means one or more connection groups is formed, wherein the Compound groups preferably poly (oxyphosphinicooxy-1,3-propanediol) - and / or polyethylene glycol chains are The chemical linkage can also by in the double-stranded Structure instead of purines used purine analogues are formed. It is also advantageous that the chemical linkage by in the double-stranded structure introduced Azabenzene units can also be formed by in the double-stranded structure formed in place of nucleotides used branched nucleotide analogues become.
Es hat sich als zweckmäßig erwiesen, dass zur Herstellung der chemischen Verknüpfung mindestens eine der folgenden Gruppen benutzt wird Methylblau; bifunktionelle Gruppen, vorzugsweise Bis-(2-chlorethyl)-amin; N-acetyl-N'-(p-glyoxybenzoyl)-cystamin; 4-Thiouracil; Psoralen. Ferner kann die chemische Verknüpfung durch an den Enden des doppelsträngigen Bereichs angebrachte Thiophosphoryl-Gruppen gebildet werden. Vorzugsweise wird die chemische Verknüpfung an den Enden des doppelsträngigen Bereichs durch Tripelhelix-Bindungen hergestellt. Die chemische Verknüpfung kann zweckmäßigerweise durch ultraviolettes Licht induziert werden.It has proved to be useful at least one of the following to produce the chemical linkage Groups used is methyl blue; bifunctional groups, preferably Bis (2-chloroethyl) -amine; N-acetyl-N '- (p-glyoxybenzoyl) -cystamine; 4-thiouracil; Psoralen. Furthermore, the chemical linkage can be carried by at the ends of the ds Area attached thiophosphoryl groups are formed. Preferably becomes the chemical linkage at the ends of the double-stranded Area by triple helix bonds produced. The chemical linkage may suitably be induced by ultraviolet light.
Die Modifizierung der Nukleotide der dsRNA führt zu einer Deaktivierung einer an doppelsträngigen RNA abhängigen Proteinkinase (PKR), in der Zelle. Die PKR induziert Apop tose. Vorteilhafterweise ist mindestens eine 2'-Hydroxygruppe der Nukleotide der siRNA in der doppelsträngigen Struktur durch eine chemische Gruppe, vorzugsweise eine 2'-Amino- oder eine 2'-Methylgruppe, ersetzt. Mindestens ein Nukleotid in mindestens einem Strang der doppelsträngigen Struktur kann auch ein sogenanntes „locked nucleotide" mit einem, vorzugsweise durch eine 2'-O, 4'-C-Methylenbrücke, chemisch modifizierten Zuckerring sein. Vorteilshafterweise sind mehrere Nukleotide „locked nucleotides".The Modification of the nucleotides of the dsRNA leads to deactivation one at double-stranded RNA dependent Protein kinase (PKR), in the cell. The PKR induces apoptosis. advantageously, is at least one 2'-hydroxy group the nucleotides of the siRNA in the double-stranded structure by a chemical group, preferably a 2'-amino or a 2'-methyl group replaced. At least one Nucleotide in at least one strand of the double-stranded structure can also be a so-called "locked nucleotide "with one, preferably by a 2'-O, 4'-C-methylene bridge, chemical be modified sugar ring. Advantageously, several Nucleotides "locked nucleotides ".
Modifizierungen der Nukleotide von erfindungsgemäßer si/shRNA betrifft vor allem die Dissoziation der Nukleotide durch Verstärkung der Wasserstoffbrückenbindung. Die Stabilität der Nukleotide wird erhöht und gegen einen Angriff von RNAsen geschützt.modifications the nucleotides of si / shRNA according to the invention concerns especially the dissociation of the nucleotides by amplification of the nucleotides Hydrogen bonding. The stability the nucleotide is increased and protected against attack by RNAses.
Darüber hinaus kann durch Modifizierung des Rückgrates von der erfindungsgemäßen si/shRNA ein vorzeitiger Abbau verhindert werden. Insbesondere bevorzugt ist dsRNA, die (Phosphorthioat, 2'-O-Methyl-RNA, LNA, LNA/DNA-Gapmeren) modifiziert ist und daher eine längere Halbwertszeit in-vivo aufweist.Furthermore can be done by modifying the backbone from the si / shRNA according to the invention prevent premature degradation. Especially preferred is dsRNA encoding (phosphorothioate, 2'-O-methyl RNA, LNA, LNA / DNA gapmer) is modified and therefore a longer one Having half-life in vivo.
Die si/shRNA wird nach dem Fachmann bekannten Verfahren hergestellt, dabei werden Nukleotide, insbesondere auch Oligonukleotide, beispielsweise nach Art der Merryfield-Synthese, an einem unlöslichen Träger (H.G. Gassen, Chemical and Enzymatic Synthesis of Genfragments (Verlag Chemie, Weinheim 1982)) oder auf andere Art synthetisiert (Beyer/Walter, Lehrbuch der Organischen Chemie, 20. Auflage, (S. Hirzel Verlag, Stuttgart 1984), S. 816 ff). Die Gewinnung der VGLUT-mRNA kann durch Hybridisierung mittels Genom- und cDNA-Datenbanken erreicht werden. Erfindungsgemäße si/shRNA-Moleküle können bspw. synthetisch hergestellt werden über verschiedenen Anbietern, bspw. IBA GmbH (Göttingen, Deutschland), bezogen werden.The si / shRNA is prepared by methods known to those skilled in the art, this nucleotides, especially oligonucleotides, for example in the manner of the Merryfield synthesis, on an insoluble support (H.G. Gassen, Chemical and Enzymatic Synthesis of Gene Fragments (publ Chemie, Weinheim 1982)) or otherwise synthesized (Beyer / Walter, Textbook of Organic Chemistry, 20th Edition, (S. Hirzel Verlag, Stuttgart 1984), p. 816 ff). The recovery of VGLUT mRNA can be achieved by Hybridization by genome and cDNA databases can be achieved. Si / shRNA molecules according to the invention can, for example, be. be prepared synthetically various providers, for example IBA GmbH (Göttingen, Germany) become.
Erfindungsgemäße doppelsträngige RNA, insbesondere si/shRNA, kann in micellare Strukturen eingeschlossen sein, die die Separation von Substanzgruppen in-vitro und in-vivo beeinflussen. Hierbei liegt die si/shRNA vorzugsweise in Liposomen vor. Die Liposomen sind künstliche, kugelig in sich geschlossene Membranen, aus Phospholipiden, in die sowohl hydrophile Substanzen in den wässrigen Innenraum verkapselt, als auch lipophile Substanzen in den In nenbereich der Lipidmembran inkorporiert werden können. Die Voraussetzung für die Verwendung von Liposomen für experimentelle oder therapeutische Zwecke ist deren Verträglichkeit mit Zellen und Geweben. Die siRNA, die vorzugsweise in den Liposomen vorliegt, kann mit einer Peptidsequenz, vorzugsweise mit einer Lysin- und Arginin-reichen Sequenz, bspw. einer Sequenz aus dem viralen TAT-Protein (bspw. enthaltend AS 49-57) modifiziert sein, um dann als Transporterpeptid die Zellmembran leichter zu überwinden.Double-stranded RNA according to the invention, especially si / shRNA, can be included in micellar structures be the separation of substance groups in vitro and in vivo influence. In this case, the si / shRNA is preferably in liposomes in front. The liposomes are artificial, Globular self-contained membranes, phospholipids, in the encapsulating both hydrophilic substances in the aqueous interior, as well as lipophilic substances in the nenbereich of the lipid membrane can be incorporated. The requirement for the use of liposomes for experimental or therapeutic purposes is their compatibility with cells and tissues. The siRNA, preferably in the liposomes can be present with a peptide sequence, preferably with a lysine and arginine-rich sequence, for example, a sequence from the viral TAT protein (for example containing AS 49-57), to be used as transporter peptide to overcome the cell membrane more easily.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Aptamer, das eine Nukleinsäuresequenz umfasst oder aus einer Nukleinsäuresequenz besteht, die in der Lage ist, spezifisch an eine erfindungsgemäße Nukleinsäure oder ein funktionelles Fragment oder ein funktionelle Variante einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure zu binden. Unter einem Aptamer sind Nukleinsäuren oder Nukleinsäufragmente mit Protein-bindenden Eigenschaften zu verstehen. Dazu gehören auch sog. Spiegelmere, die durch Spiegelevolution gewonnene spiegelbildliche und damit stabile Oligonukleotide darstellen, die hochaffin und hochspezifisch ein Zielmolekül binden können (Klußmann et al., 1996). Ein Aptamer gemäß der vorliegenden Erfindung weist weist vorzugsweise eine Länge von 20 bis 100 Nukleotiden, stärker bevorzugt von 18 bis 80 Nukleotiden, am stärksten bevorzugt von 60 bis 80 Nukleotiden auf.One Another object of the invention is an aptamer which has a nucleic acid sequence comprises or from a nucleic acid sequence which is capable of specific to a nucleic acid according to the invention or a functional fragment or a functional variant of a to bind nucleic acid according to the invention. Under an aptamer are nucleic acids or nucleic fragment fragments to understand protein-binding properties. This includes so-called Spiegelmers, the mirror image obtained by mirror evolution and thus represent stable oligonucleotides that are highly affine and highly specific a target molecule can bind (Klußmann et al., 1996). An aptamer according to the present Invention preferably has a length of 20 to 100 nucleotides, stronger preferably from 18 to 80 nucleotides, most preferably from 60 to 80 nucleotides.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein transgenes nichthumanes Säugetier, das mindestens
- – ein Protein enthält, das
eine Aminosäuresequenz
gemäß einer
der
11 ,20 oder54 oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon umfasst oder aus einer der genannten Aminosäuresequenzen besteht und/oder - – ein
Protein enthält,
das durch eine Nukleinsäure
gemäß einer
der
12 ,21 oder55 codiert wird und/oder - – ein
Protein enthält,
das durch eine Nukleinsäure
codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure gemäß einer
der
12 ,21 oder55 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert und/oder - – eine Nukleinsäure enthält, die für ein Protein, ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten PID12832121/FLJ20420, oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines solchen Proteins codiert und/oder
- – eine
Nukleinsäure
enthält,
die aus einer Nukleinsäuresequenz
gemäß einer
der
12 ,21 oder55 besteht, oder eine solche Nukleinsäuresequenz umfasst oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante einer solchen Nukleinsäure und/oder - – eine
Antisense Nukleinsäure
oder eine PNA enthält,
die eine Nukleinsäuresequenz
aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine Nukleinsäure zu binden,
die eines der Proteine humanes KIAA0378, murines BAB31214 und Ratten
PID12832121/FLJ20420 codiert bzw. spezifisch an eine Nukleinsäure gemäß der
12 ,21 oder55 bindet und/oder - – einen Vektor enthält, der eine der vorgenannten Nukleinsäuren enthält und/oder
- – eine Zelle enthält, die eines/eine der vorgenannten Proteine, Nukleinsäuren und/oder den vorgenannten Vektor enthält.
- Contains a protein which has an amino acid sequence according to one of the
11 .20 or54 or comprises a functional fragment or a functional variant thereof or consists of one of said amino acid sequences and / or - Contains a protein which is protected by a nucleic acid according to one of the
12 .21 or55 is coded and / or - Contains a protein which is encoded by a nucleic acid which under stringent conditions with a nucleic acid according to one of the
12 .21 or55 or whose antisense nucleic acid hybridizes and / or - A nucleic acid coding for a protein selected from the group consisting of human KIAA0378, murine BAB31214 and rat PID12832121 / FLJ20420, or a functional fragment or a functional variant of such a protein and / or
- Contains a nucleic acid which consists of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .21 or55 or comprises such a nucleic acid sequence or a functional fragment or a functional variant of such a nucleic acid and / or - Contains an antisense nucleic acid or a PNA which has a nucleic acid sequence capable of binding specifically to a nucleic acid which encodes one of the proteins human KIAA0378, murine BAB31214 and rat PID12832121 / FLJ20420 or specifically to a nucleic acid according to the
12 .21 or55 binds and / or - Contains a vector containing one of the aforementioned nucleic acids and / or
- - Contains a cell containing one of the aforementioned proteins, nucleic acids and / or the aforementioned vector.
In einer bevorzugten Ausführungsform enthalten Keim- und somatische Zellen des transgenen nichthumanen Säugetiers eine der vorstehend beschriebenen Nukleinsäuren durch chromosomale Einbringung in das Genom des Tieres oder in das Genom eines der Vorfahren des genannten Tieres. Verfahren zum Einbringen von Nukleinsäuren in das Genom eines Tieres sind dem Fachmann gut bekannt.In a preferred embodiment contain germinal and somatic cells of the transgenic nonhuman mammal one of the above-described nucleic acids by chromosomal introduction into the genome of the animal or into the genome of one of the ancestors of the said animal. Method for introducing nucleic acids into the genome of an animal is well known to those skilled in the art.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform enthalten Keim- und somatische Zellen des transgenen nichthumanen Säugetiers eine der vorstehend beschriebenen Nukleinsäuren durch chromosomale Manipulation des Genoms des Tieres oder des Genoms eines der Vorfahren des genannten Tieres in nicht mehr exprimierbarer Form enthalten. Eine solche chromosomale Manipulation, die verhindert, dass die genetische Information (Nukleinsäure) nicht transkribiert wird, obwohl sie im Genom vorhanden ist, kann beispielsweise durch regulatorische Sequenzen, die zusätzlich zu dem codierenden Bereich der Nukleinsäure enthalten sind, bewirkt werden. Ebenfalls können codierende Abschnitte der Nukleinsäure entfernt werden, vorzugsweise durch Schneiden der Nukleinsäure mittels geeigneter Restriktionsenzyme. Hierfür geeignete Restriktionsenzyme können von dem Fachmann anhand der Restriktionsschnittstellen dieser Enzyme in Verbindung mit der Nukleinsäuresequenz leicht bestimmt werden.In a further preferred embodiment contain germinal and somatic cells of the transgenic nonhuman mammal one of the above-described nucleic acids by chromosomal manipulation of the genome of the animal or genome of one of the ancestors of the said Animal contained in no longer expressible form. Such chromosomal manipulation that prevents the genetic information (Nucleic acid) although it is present in the genome, it can not be transcribed for example, by regulatory sequences in addition to contain the coding region of the nucleic acid causes become. Likewise coding portions of the nucleic acid are removed, preferably by Cutting the nucleic acid by means of suitable restriction enzymes. Suitable restriction enzymes for this purpose can by the skilled person from the restriction sites of these enzymes in conjunction with the nucleic acid sequence be easily determined.
Es ist besonders bevorzugt, dass es sich bei dem transgenen nichthumanen Säugetier um ein Nagetier, insbesondere eine Ratte oder eine Maus, handelt.It it is particularly preferred that the transgenic non-human mammal is a rodent, especially a rat or a mouse.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist eine Verbindung, die durch das erfindungsgemäße Verfahren identifizierbar ist. Bevorzugt ist die Verbindung als schmerzregulierende Substanz identifizierbar. Besonders bevorzugt handelt es sich hierbei um eine Substanz bzw. eine schmerzregulierende Substanz, wie sie bereits oben beschrieben worden ist. „Identifizierbar" bedeutet in diesem Zusammenhang, dass das Ergebnis der Messung der Bindung in Schritt (b) des erfindungsgemäßen Verfahrens eine deutlich stärkere, vorzugsweise doppelt so starke, Bindung der Verbindung an das Protein aufweist als der Durchschnitt der zu testenden Substanzen, oder dass das Ergebnis der Änderung eines funktionellen Parameters in der Art des funktionellen Parameters oder im Ausmaß der Veränderung deutlich vom Durchschnitt der zu testenden Substanzen abweicht.One Another object of the invention is a compound by the inventive method is identifiable. Preferably, the compound is as a pain-regulating Substance identifiable. This is particularly preferred to a substance or a pain-regulating substance, as they already are has been described above. "Identifiable" means in this Related that the result of measuring the binding in step (B) of the method according to the invention a much stronger, preferably twice as strong, binding of the compound to the protein has as the average of the substances to be tested, or that the result of the change a functional parameter in the nature of the functional parameter or in the extent of change significantly different from the average of the substances to be tested.
In einer weiteren Ausführungsform der Erfindung kommen die Proteine bzw. Polypeptide, ggf. aber auch Nukleinsäuren, Nukleinsäurekonstrukte, Vektoren oder Zellen der Erfindung (hiernach unter dem Begriff „erfindungsgemäße Moleküle" zusammengefasst) als Arzneimittel oder zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung von Erkrankungen oder als Diagnostikum in Betracht.In a further embodiment the invention, the proteins or polypeptides, but possibly also nucleic acids, Nucleic acid constructs, Vectors or Cells of the Invention (hereinafter referred to as "molecules of the invention") as a medicament or for the manufacture of a medicament for the treatment of diseases or as a diagnostic.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist demnach ein Arzneimittel, das
- (a) mindestens ein Protein ausgewählt aus
der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL und/oder mindestens
ein Protein umfassend eine Aminosäuresequenz gemäß einer
der
11 ,18 ,20 ,27 ,29 ,31 ,38 ,40 ,42 ,44 ,46 ,48 ,50 ,52 ,54 ,56 ,58 ,60 und/oder mindestens ein Protein, für das eine Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 codiert, und/oder mindestens ein Protein, das durch eine Nukleinsäure codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines der vorgenannten Proteine, - (b) mindestens eine Nukleinsäure
codierend für
mindestens ein Protein ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL oder ein funktionelles
Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon und/oder mindestens
eine Nukleinsäure
umfassend oder bestehend aus eine(r) Nukleinsäuresequenz gemäß einer
der
12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 und/oder mindestens eine Nukleinsäure, insbesondere eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA, welche eine Sequenz aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine der vorgenannten Nukleinsäuren zu binden und/oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante der mindestens einen Nukleinsäure, - (c) mindestens einen Vektor enthaltend eine Nukleinsäure gemäß (b),
- (d) mindestens einen Antikörper gegen eines der Proteine oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a),
- (e) mindestens eine Zelle enthaltend mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a), mindestens eine Nukleinsäure gemäß (b), mindestens einen Vektor gemäß Punkt (c) oder mindestens einen Antikörper gemäß (d)
- (f) mindestens eine Verbindung gemäß einem der Ansprüche 25 oder 26 und/oder
- (g) mindestens einen Wirkstoff, der an mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a) bindet,
- (a) at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL and / or at least one protein comprising an amino acid sequence according to any one of
11 .18 .20 .27 .29 .31 .38 .40 .42 .44 .46 .48 .50 .52 .54 .56 .58 .60 and / or at least one protein for which a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of the12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 encoded, and / or at least one protein which is encoded by a nucleic acid which under stringent conditions with a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 or whose antisense nucleic acid hybridizes or a functional fragment or a functional variant of one of the abovementioned proteins, - (b) at least one nucleic acid coding for at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL or a functional fragment or a functional variant thereof and / or at least one nucleic acid comprising or consisting of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 and / or at least one nucleic acid, in particular an antisense nucleic acid or a PNA, which has a sequence which is capable of binding specifically to one of the abovementioned nucleic acids and / or a functional fragment or a functional variant of the at least one nucleic acid, - (c) at least one vector containing a nucleic acid according to (b),
- (d) at least one antibody against one of the proteins or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a),
- (e) at least one cell containing at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a), at least one nucleic acid according to (b), at least one vector according to point (c) or at least one antibody according to (d)
- (f) at least one compound according to one of claims 25 or 26 and / or
- (g) at least one active substance which binds to at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a),
Erfindungsgemäß wird auch eine Kombination erfindungsgemäßer Moleküle mit pharmazeutisch geeigneten Träger-, Hilfs- und/oder Zusatzstoffen offenbart. Entsprechende Herstellungswege sind bei „Remington's Pharmaceutical Sciences" (Mack Pub. Co., Easton, PA, 1980) offenbart, das Bestandteil der Offenbarung der vorliegenden Erfindung ist. Für die parenterale Verabreichung der erfindungsgemäßen Arzneimittel und Kombinationen kommen als Trägerstoffe bspw. steriles Wasser, sterile Kochsalzlösungen, Polyalkylenglykole, hydrogenierte Naphthalen und insbesondere biokompatible Lactidpolymere, Lac tid/Glycolidcopolymer oder Polyoxyethylen-/Polyoxypropylencopolymere in Betracht. Darüber hinaus können erfindungsgemäße Arzneimittel Füllsubstanzen oder Substanzen, wie Lactose, Mannitol, Substanzen zur kovalenten Anknüpfung von Polymeren, wie z.B. Polyethylenglykol an erfindungsgemäße Inhibitoren, Komplexierung mit Metallionen oder Einschluß von Materialien in oder auf besondere Präparationen von Polymerverbindung, wie z.B. Polylaktat, Polyglykolsäure, Hydrogel oder auf Liposomen, Mikroemulsion, Micellen, unilamelare oder multilamelare Vesikel, Erythrozyten-Fragmente oder Sphäroplasten, enthalten. Ebenfalls enthalten sein können Lösungsmittel, Verdünnungsmittel, Farbstoffe und/oder Bindemittel. Die jeweiligen Ausführungsformen der Arzneimittel sind in Abhängigkeit des physikalischen Verhaltens, beispielsweise in Hinblick auf die Löslichkeit, der Stabilität, Bioverfügbarkeit oder Abbaubarkeit, zu wählen. Kontrollierte oder konstante Freisetzung der erfindungsgemäßen Wirkstoffkomponente in der Zusammensetzung schließt Formulierungen auf der Basis lipophiler Depots ein (z.B. Fettsäuren, Wachse oder Öle). Im Rahmen der vorliegenden Erfindung werden auch Beschichtungen erfindungsgemäßer Moleküle oder Arzneimittel, die erfindungsgemäße Moleküle enthalten, offenbart, insbesondere Beschichtungen mit Polymeren, z.B. Poloxamere oder Poloxamine. Weiterhin können erfindungsgemäße Moleküle oder erfindungsgemäßer Arzneimittel protektive Beschichtungen, z.B. Proteaseinhibitoren oder Permeabilitätsverstärker, aufweisen.Also according to the invention a combination of molecules of the invention with pharmaceutical suitable vehicle, Auxiliary and / or additives disclosed. Appropriate production routes are at "Remington's Pharmaceutical Sciences "(Mack Pub. Co., Easton, PA, 1980), which is part of the disclosure of present invention. For the parenteral administration of the medicaments and combinations according to the invention come as carriers For example, sterile water, sterile saline solutions, polyalkylene glycols, hydrogenated Naphthalene and in particular biocompatible lactide polymers, lactide / glycolide copolymer or polyoxyethylene / polyoxypropylene copolymers. Furthermore can medicaments of the invention filling substances or substances such as lactose, mannitol, covalent substances linking of polymers, e.g. Polyethylene glycol to inhibitors of the invention, Complexation with metal ions or inclusion of materials in or on special preparations of polymer compound, e.g. Polylactate, polyglycolic acid, hydrogel or on liposomes, microemulsion, micelles, unilamelar or multilamelar Vesicles, erythrocyte fragments or spheroplasts. Also may be included Solvent, diluent, Dyes and / or binders. The respective embodiments the medicines are dependent physical behavior, for example, in terms of Solubility, stability, bioavailability or degradability, to choose. Controlled or constant release of the active ingredient component according to the invention in the composition closes Formulations based on lipophilic depots (e.g., fatty acids, waxes or oils). In the context of the present invention, coatings of molecules according to the invention or Medicaments containing molecules according to the invention, discloses, in particular coatings with polymers, e.g. poloxamers or poloxamines. Furthermore you can molecules of the invention or inventive drugs protective coatings, e.g. Protease inhibitors or permeability enhancers.
Die Wahl geeigneter Träger-, Hilfs- und/oder Zusatzstoffen sowie die Bestimmung der zu verabreichenden Dosis hängt davon von dem Verabreichungsweg des Arzneimittels ab. Ein erfindungsgemäßes Arzneimittel kann als flüssige Arzneiformen in Form von Injektionslösungen, Tropfen oder Säfte, als halbfeste Arzneiformen in Form von Granulaten, Tabletten, Pellets, Patches, Kapseln, Pflaster oder Aerosolen (z.B. Spray) verabreicht werden. Grundsätzlich werden im Rahmen der vorliegenden Erfindung für erfindungsgemäße Arzneimittel alle im Stand der Technik bekannten Verabreichungswege offenbart, z.B. parenteral, oral, peroral, intravenös, intraperitoneal, intradermal, intramuskulär, intranasal, buccal, rectal oder örtlich, zum Beispiel auf Infektionen an der Haut, der Schleimhäute und an den Augen. Bevorzugt erfolgt die Verabreichung eines erfindungsgemäßen Arzneimittels parenteral, d.h. beispielsweise subkutan, intramuskulär oder intravenös, oder oral oder intranasal. Für eine parenterale, topische oder inhalative Verabreichung eignen sich Lösungen, Suspensionen, leicht rekonstituierbare Trockenzubereitungen sowie Sprays. Für eine orale Applikation eig nen sich Zubereitungen in Form von Tabletten, Dragees, Kapseln, Granulaten, Tropfen, Säften und Sirupen. Für eine perkutane Verabreichungen liegen die erfindungsgemäßen Moleküle in einem Depot in gelöster Form oder in einem Pflaster, gegebenenfalls unter Zusatz von die Hautpenetration färdernden Mitteln, vor. Durch orale oder perkutane Verabreichung kann die Freisetzung der erfindungsgemäßen Moleküle verzögern werden. Die an den Patienten zu verabreichende Dosis ist von mehreren Faktoren abhängig, beispielsweise vom Gewicht des Patienten, von der Applikationsart, der Indikation und dem Grad der Erkrankung. Üblichweise werden 2 bis 500 mg/kg wenigstens eines erfindungsgemäßen Moleküls verabreicht. Wenn das Arzneimittel zur Gentherapie verwendet werden soll, sind beispielsweise physiologische Kochsalzlösung, Stabilisatoren, Proteinase- und/oder DNAse-Inhibitoren geeignete Hilfs- und/oder Zusatzstoffe.The Choice of suitable carrier, Auxiliary and / or additives and the determination of the administered Dose hangs thereof from the route of administration of the drug. An inventive drug can be considered liquid Dosage forms in the form of injectable solutions, drops or juices, as semi-solid dosage forms in the form of granules, tablets, pellets, Patches, capsules, patches or aerosols (e.g., spray) become. in principle are used in the context of the present invention for medicaments according to the invention discloses all routes of administration known in the art, e.g. parenteral, oral, peroral, intravenous, intraperitoneal, intradermal, intramuscularly, intranasal, buccal, rectal or local, For example, on infections of the skin, mucous membranes and in the eyes. Preferably, the administration of a medicament according to the invention takes place parenteral, i. for example, subcutaneously, intramuscularly or intravenously, or orally or intranasal. For suitable for parenteral, topical or inhalative administration solutions, Suspensions, easily reconstitutable dry preparations as well Sprays. For oral administration is to preparations in the form of tablets, Dragees, capsules, granules, drops, juices and syrups. For a percutaneous Administered are the molecules of the invention in a depot in dissolved form or in a patch, optionally with the addition of the skin penetration färdernden Means, before. By oral or percutaneous administration, the Delay release of the molecules of the invention. The dose to be administered to the patient is of several factors dependent, for example, the weight of the patient, the type of application, the indication and the degree of the disease. Usually 2 to 500 mg / kg administered at least one molecule of the invention. If the drug is to be used for gene therapy, then For example, physiological saline, stabilizers, proteinase and / or DNAse inhibitors suitable auxiliaries and / or additives.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Diagnostikum, das
- (a) mindestens ein Protein ausgewählt aus
der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL und/oder mindestens
ein Protein umfassend eine Aminosäuresequenz gemäß einer
der
11 ,18 ,20 ,27 ,29 ,31 ,38 ,40 ,42 ,44 ,46 ,48 ,50 ,52 ,54 ,56 ,58 ,60 und/oder mindestens ein Protein, für das eine Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 codiert, und/oder mindestens ein Protein, das durch eine Nukleinsäure codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante eines der vorgenannten Proteine, - (b) mindestens eine Nukleinsäure
codierend für
mindestens ein Protein ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL oder ein funktionelles
Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon und/oder mindestens
eine Nukleinsäure
umfassend oder bestehend aus eine(r) Nukleinsäuresequenz gemäß einer
der
12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 und/oder mindestens eine Nukleinsäure, insbesondere eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA, welche eine Sequenz aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine der vorgenannten Nukleinsäuren zu binden und/oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante der mindestens einen Nukleinsäure, - (c) mindestens einen Vektor enthaltend eine Nukleinsäure gemäß (b),
- (d) mindestens einen Antikörper gegen eines der Proteine oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a),
- (e) mindestens eine Zelle enthaltend mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a), mindestens eine Nukleinsäure gemäß (b), mindestens einen Vektor gemäß Punkt (c) oder mindestens einen Antikörper gemäß (d)
- (f) mindestens eine Verbindung gemäß einem der Ansprüche 25 oder 26 und/oder
- (g) mindestens einen Wirkstoff, der an mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a) bindet,
- (a) at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL and / or at least one protein comprising an amino acid sequence according to any one of
11 .18 .20 .27 .29 .31 .38 .40 .42 .44 .46 .48 .50 .52 .54 .56 .58 .60 and / or at least one protein for which a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of the12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 encoded, and / or at least one protein which is encoded by a nucleic acid, which under stringent conditions with a nucleic acid to comprising a nucleic acid sequence according to any one of12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 or whose antisense nucleic acid hybridizes or a functional fragment or a functional variant of one of the abovementioned proteins, - (b) at least one nucleic acid coding for at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL or a functional fragment or a functional variant thereof and / or at least one nucleic acid comprising or consisting of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 and / or at least one nucleic acid, in particular an antisense nucleic acid or a PNA, which has a sequence which is capable of binding specifically to one of the abovementioned nucleic acids and / or a functional fragment or a functional variant of the at least one nucleic acid, - (c) at least one vector containing a nucleic acid according to (b),
- (d) at least one antibody against one of the proteins or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a),
- (e) at least one cell containing at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a), at least one nucleic acid according to (b), at least one vector according to point (c) or at least one antibody according to (d)
- (f) at least one compound according to one of claims 25 or 26 and / or
- (g) at least one active substance which binds to at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a),
Ein „Diagnostikum" im Sinne der Erfindung stellt ein Hilfsmittel zur Diagnose, beispielsweise eines Krankheitsgeschehens, dar. Bevorzugt ist ein Diagnostikum, das eine Nukleinsäure enthält, bei der es sich um eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA handelt. Erfindungsgemäße Moleküle können ebenfalls zur in vitro-Diagnose verwendet werden.A "diagnostic" within the meaning of the invention provides a tool for diagnosis, for example of a disease, A diagnostic agent which contains a nucleic acid is preferred which is an antisense nucleic acid or a PNA. Molecules of the invention may also be used used for in vitro diagnosis.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist die Verwendung
- (a) mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe bestehend
aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567, CPG2/KIAA1756, LETM1,
PID12832121/FLJ20420 und PGRL und/oder mindestens eines Proteins
umfassend eine Aminosäuresequenz
gemäß einer
der
11 ,18 ,20 ,27 ,29 ,31 ,38 ,40 ,42 ,44 ,46 ,48 ,50 ,52 ,54 ,56 ,58 ,60 und/oder mindestens eines Proteins, für das eine Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 codiert, und/oder mindestens eines Proteins, das durch eine Nukleinsäure codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure umfassend eine Nuk leinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert oder eines funktionellen Fragments oder einer funktionellen Variante eines der vorgenannten Proteine, - (b) mindestens eine Nukleinsäure
codierend für
mindestens ein Protein ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL oder ein funktionelles
Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon und/oder mindestens
eine Nukleinsäure
umfassend oder bestehend aus eine(r) Nukleinsäuresequenz gemäß einer
der
12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 und/oder mindestens eine Nukleinsäure, insbesondere eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA, welche eine Sequenz aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine der vorgenannten Nukleinsäuren zu binden und/oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante der mindestens einen Nukleinsäure, - (c) mindestens eines Vektors enthaltend eine Nukleinsäure gemäß (b),
- (d) mindestens eines Antikörpers gegen eines der Proteine oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a),
- (e) mindestens einer Zelle enthaltend mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a), mindestens eine Nukleinsäure gemäß (b), mindestens einen Vektor gemäß Punkt (c) oder mindestens einen Antikörper gemäß (e)
- (f) mindestens einer Verbindung gemäß einem der Ansprüche 25 oder 26 und/oder
- (g) mindestens eines Wirkstoffs, der an mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a) bindet
- (a) at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and / or PGRL and / or at least one protein comprising an amino acid sequence according to any one of
11 .18 .20 .27 .29 .31 .38 .40 .42 .44 .46 .48 .50 .52 .54 .56 .58 .60 and / or at least one protein for which a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of the12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 coded, and / or at least one protein which is encoded by a nucleic acid which under stringent conditions with a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 or whose antisense nucleic acid hybridizes or a functional fragment or a functional variant of one of the aforementioned proteins, - (b) at least one nucleic acid coding for at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL or a functional fragment or a functional variant thereof and / or at least one nucleic acid comprising or consisting of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 and / or at least one nucleic acid, in particular an antisense nucleic acid or a PNA, which has a sequence which is capable of binding specifically to one of the abovementioned nucleic acids and / or a functional fragment or a functional variant of the at least one nucleic acid, - (c) at least one vector containing a nucleic acid according to (b),
- (d) at least one antibody against one of the proteins or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a),
- (e) at least one cell containing at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a), at least one nucleic acid according to (b), at least one vector according to point (c) or at least one antibody according to (e)
- (f) at least one compound according to one of claims 25 or 26 and / or
- (g) at least one active substance which binds to at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a) binds
Bei der Verwendung erfindungsgemäßer Molekülen als Arzneimittel zur Behandlung von Schmerz wird dem zu behandelnden Patienten vorzugsweise rekombinant hergestelltes Protein verabreicht. Alternativ werden dem Patienten zu transfizierende Zellen entnommen, diese in vitro mit erfindungsgemäßen (Expressions-) Vektoren transfiziert, kultiviert und dann als Retransplantat in den Patienten überführt. Die Transfektion wird vorzugsweise durch Nukleinsäuren, Nukleinsäurekonstrukte oder (Expressions-) Vektoren vorgenommen, die die Expression an einen regulierbaren Promotor koppeln. Das transfizierte Eigentransplantat kann lokal bspw. injiziert werden – abhängig von der spezifischen Erkrankung und den spezifischen Zielzellen.at the use of molecules according to the invention as Medicines for the treatment of pain will be the one to be treated Patients preferably administered recombinantly produced protein. Alternatively, cells are taken from the patient to be transfected, these in vitro with (expression) vectors according to the invention transfected, cultured and then transferred to the patient as a retransplant. The Transfection is preferably by nucleic acids, nucleic acid constructs or (expression) vectors that carry out the expression Pair a regulatable promoter. The transfected self-transplant may be injected locally, for example, depending on the specific disease and the specific target cells.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft die Verwendung
- (a) mindestens eine Nukleinsäure codierend
für mindestens
ein Protein ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BUb4, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL oder ein funktionelles
Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon und/oder mindestens
eine Nukleinsäure
umfassend oder bestehend aus eine(r) Nukleinsäuresequenz gemäß einer
der
12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 und/oder mindestens eine Nukleinsäure, insbesondere eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA, welche eine Sequenz aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine der vorgenannten Nukleinsäuren zu binden und/oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante der mindestens einen Nukleinsäure, - (b) mindestens eines Vektors enthaltend eine Nukleinsäure gemäß (a), und/oder
- (c) mindestens einer Zelle enthaltend mindestens eine Nukleinsäure gemäß (a) oder mindestens einen Vektor gemäß Punkt (b)
- (a) at least one nucleic acid coding for at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BUb4, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL or a functional fragment or a functional variant thereof and / or at least one nucleic acid comprising or consisting of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 and / or at least one nucleic acid, in particular an antisense nucleic acid or a PNA, which has a sequence which is capable of binding specifically to one of the abovementioned nucleic acids and / or a functional fragment or a functional variant of the at least one nucleic acid, - (B) at least one vector containing a nucleic acid according to (a), and / or
- (c) at least one cell containing at least one nucleic acid according to (a) or at least one vector according to item (b)
Erfindungsgemäß kann es sich hierbei um in vivo oder in vitro Gentherapie handeln. Unter "Gentherapie" ist eine Form der Therapie zu verstehen, bei der durch die Einführung von Nukleinsäuren in Zellen ein Effektorgen exprimiert wird Hierdurch kann beispielsweise ein defektes Gen ersetzt werden oder ein zusätzliches Gen eingeführt werden. Erfindungsgemäß kann es sich hierbei um in vivo oder in vitro Gentherapie handeln. Bei der in vitro Gentherapie werden Zellen aus dem Organismus entfernt, ex vivo mit Vektoren transfiziert und anschlie ßend wieder in denselben oder in einen anderen Organismus eingebracht zu werden. Bei der in vivo Gentherapie werden Vektoren, beispielsweise zur Bekämpfung von Tumoren, systemisch (z.B. über die Blutbahn) oder direkt in das Zielgewebe (z.B. in einen Tumor) verabreicht. Bevorzugt ist für den Einsatz in der Gentherapie die Verwendung einer Nukleinsäure, bei der es sich um eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA handelt, oder die Teil eines Ribozyms, sonstigen DNA-Enzyms oder katalytischen RNA oder DNA darstellt.According to the invention it can these are in vivo or in vitro gene therapy. Under "gene therapy" is a form of To understand the therapy in which by the introduction of nucleic acids in This means, for example, that an effector gene is expressed a defective gene will be replaced or an additional gene introduced. According to the invention it can these are in vivo or in vitro gene therapy. In the in vitro gene therapy, cells are removed from the organism, transfected with vectors in vivo and subsequently returned to the same or to be introduced into another organism. At the in vivo Gene therapy will be vectors, for example, to combat Tumors, systemic (e.g., via the bloodstream) or directly into the target tissue (e.g., a tumor) administered. Preference is for use in gene therapy, the use of a nucleic acid, in which is an antisense nucleic acid or a PNA, or part of a ribozyme, other DNA enzyme or catalytic Represents RNA or DNA.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft die Verwendung
- (a) mindestens eines Proteins ausgewählt aus
der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL und/oder mindestens
eines Proteins umfassend eine Aminosäuresequenz gemäß einer
der
11 ,18 ,20 ,27 ,29 ,31 ,38 ,40 ,42 ,44 ,46 ,48 ,50 ,52 ,54 ,56 ,58 ,60 und/oder mindestens eines Proteins, für das eine Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 codiert, und/oder mindestens eines Proteins, das durch eine Nukleinsäure codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert oder eines funktionellen Fragments oder einer funktionellen Variante eines der vorgenannten Proteine, - (b) mindestens eine Nukleinsäure
codierend für
mindestens ein Protein ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL oder ein funktionelles
Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon und/oder mindestens
eine Nukleinsäure
umfassend oder bestehend aus eine(r) Nukleinsäuresequenz gemäß einer
der
12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 und/oder mindestens eine Nukleinsäure, insbesondere eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA, welche eine Sequenz aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine der vorgenannten Nukleinsäuren zu binden und/oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante der mindestens einen Nukleinsäure, - (c) mindestens eines Vektors enthaltend eine Nukleinsäure gemäß (b),
- (d) mindestens eines Antikörpers gegen eines der Proteine oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a),
- (e) mindestens einer Zelle enthaltend mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a), mindestens eine Nukleinsäure gemäß (b), mindestens einen Vektor gemäß Punkt (c) oder mindestens einen Antikörper gemäß (d)
- (f) mindestens einer Verbindung gemäß einem der Ansprüche 25 oder 26 und/oder
- (g) mindestens eines Wirkstoffs, der an mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a) bindet,
- (a) at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and / or PGRL and / or at least one protein comprising an amino acid sequence according to any one of
11 .18 .20 .27 .29 .31 .38 .40 .42 .44 .46 .48 .50 .52 .54 .56 .58 .60 and / or at least one protein for which a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of the12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 coded, and / or at least one protein which is encoded by a nucleic acid which under stringent conditions with a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 or whose antisense nucleic acid hybridizes or a functional fragment or a functional variant of one of the aforementioned proteins, - (b) at least one nucleic acid coding for at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL or a functional fragment or a functional variant thereof and / or at least one nucleic acid comprising or consisting of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 and / or at least one nucleic acid, in particular an antisense nucleic acid or a PNA, which has a sequence which is capable of binding specifically to one of the abovementioned nucleic acids and / or a functional fragment or a functional variant of the at least one nucleic acid, - (c) at least one vector containing a nucleic acid according to (b),
- (d) at least one antibody against one of the proteins or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a),
- (e) at least one cell containing at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a), at least one nucleic acid according to (b), at least one vector according to point (c) or at least one antibody according to (d)
- (f) at least one compound according to one of claims 25 or 26 and / or
- (g) at least one active substance which binds to at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a),
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft die Verwendung
- (a) mindestens eines Proteins ausgewählt aus
der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL und/oder mindestens
eines Proteins umfassend eine Aminosäuresequenz gemäß einer
der
11 ,18 ,20 ,27 ,29 ,31 ,38 ,40 ,42 ,44 ,46 ,48 ,50 ,52 ,54 ,56 ,58 ,60 und/oder mindestens eines Proteins, für das eine Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 codiert, und/oder mindestens eines Proteins, das durch eine Nukleinsäure codiert wird, die unter stringenten Bedingungen mit einer Nukleinsäure umfassend eine Nukleinsäuresequenz gemäß einer der12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 oder deren Antisense Nukleinsäure hybridisiert oder eines funktionellen Fragments oder einer funktionellen Variante eines der vorgenannten Proteine, - (b) mindestens eine Nukleinsäure
codierend für
mindestens ein Protein ausgewählt
aus der Gruppe bestehend aus KIAA0378, BAB31214/Q9BU64, OPA1/KIAA0567,
CPG2/KIAA1756, LETM1, PID12832121/FLJ20420 und PGRL oder ein funktionelles
Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon und/oder mindestens
eine Nukleinsäure
umfassend oder bestehend aus eine(r) Nukleinsäuresequenz gemäß einer
der
12 ,19 ,21 ,28 ,30 ,32 ,39 ,41 ,43 ,45 ,47 ,49 ,51 ,53 ,55 ,57 ,59 ,61 und/oder mindestens eine Nukleinsäure, insbesondere eine Antisense Nukleinsäure oder eine PNA, welche eine Sequenz aufweist, die in der Lage ist, spezifisch an eine der vorgenannten Nukleinsäuren zu binden und/oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante der mindestens einen Nukleinsäure, - (c) mindestens eines Vektors enthaltend eine Nukleinsäure gemäß (b),
- (d) mindestens eines Antikörpers gegen eines der Proteine oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a), und/oder
- (e) mindestens einer Zelle enthaltend mindestens ein Protein oder ein funktionelles Fragment oder eine funktionelle Variante hiervon gemäß (a), mindestens eine Nukleinsäure gemäß (b), mindestens einen Vektor gemäß Punkt (c) oder mindestens einen Antikörper gemäß (d)
- (a) at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and / or PGRL and / or at least one protein comprising an amino acid sequence according to any one of
11 .18 .20 .27 .29 .31 .38 .40 .42 .44 .46 .48 .50 .52 .54 .56 .58 .60 and / or at least one protein for which a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of the12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 coded, and / or at least one protein which is encoded by a nucleic acid which under stringent conditions with a nucleic acid comprising a nucleic acid sequence according to one of12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 or whose antisense nucleic acid hybridizes or a functional fragment or a functional variant of one of the aforementioned proteins, - (b) at least one nucleic acid coding for at least one protein selected from the group consisting of KIAA0378, BAB31214 / Q9BU64, OPA1 / KIAA0567, CPG2 / KIAA1756, LETM1, PID12832121 / FLJ20420 and PGRL or a functional fragment or a functional variant thereof and / or at least one nucleic acid comprising or consisting of a nucleic acid sequence according to one of the
12 .19 .21 .28 .30 .32 .39 .41 .43 .45 .47 .49 .51 .53 .55 .57 .59 .61 and / or at least one nucleic acid, in particular an antisense nucleic acid or a PNA, which has a sequence which is capable of binding specifically to one of the abovementioned nucleic acids and / or a functional fragment or a functional variant of the at least one nucleic acid, - (c) at least one vector containing a nucleic acid according to (b),
- (D) at least one antibody against one of the proteins or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a), and / or
- (e) at least one cell containing at least one protein or a functional fragment or a functional variant thereof according to (a), at least one nucleic acid according to (b), at least one vector according to point (c) or at least one antibody according to (d)
Die vorliegende Erfindung wird nachfolgend anhand von Figuren und Beispielen illustriert ohne jedoch auf diese beschränkt zu werden.The The present invention will be described below with reference to figures and examples illustrated but not limited to these.
Figurencharacters
Nachfolgend
wird die Legende der Peptidmassen-Zuordnungstabellen aufgeführt, diese
gilt für
- Measured Mass (M):
- gemessene Peptidmasse
- Computed Mass:
- berechnete Masse
- Error(ppm):
- Abweichung der gemessenen von der berechneten Masse in parts per million.
- Avg/Mono:
- Bemittelte oder monoisotope Peptidmasse; für die Datenbanksuche wurden ausschließlich monoisotope Peptidmassen bestimmt (indiziert in der Auswertung durch M).
- Residues Start-To:
- Position der Aminosäurereste in der Proteinsequenz, die zu dem Peptid gehören, das einer gemessenen Peptidmasse innerhalb der gesetzten Fehlertoleranz entspricht.
- Missed Cut:
- von der Protease überlesene Spaltstellen
- Peptide Sequence:
- Sequenz des Peptides, dessen Masse mit einer gemessenen Masse übereinstimmt.
- (1)+O@M:
- Die gemessene Masse stimmt mit dem vorgeschlagenen Peptid dann überein, wenn der Methioninrest oxidiert vorliegt.
- Sequenzabdeckung:
- prozentualer Anteil der Gesamtsequenz des Kandidatenproteins, der mit den passenden gemessenen Peptidmassen abgedeckt wird.
- Measured Mass (M):
- measured peptide mass
- Computed Mass:
- calculated mass
- Error (ppm):
- Deviation of the measured from the calculated mass in parts per million.
- Avg / Mono:
- Averaged or monoisotopic peptide mass; for the database search only monoisotopic peptide masses were determined (indicated in the evaluation by M).
- Residuals Start-To:
- Position of amino acid residues in the protein sequence belonging to the peptide corresponding to a measured peptide mass within the set fault tolerance.
- Missed Cut:
- cleavage sites read by the protease
- Peptide Sequence:
- Sequence of the peptide whose mass matches a measured mass.
- (1) + O @ M:
- The mass measured is in agreement with the proposed peptide when the methionine residue is oxidized.
- Sequence coverage:
- percentage of the total sequence of the candidate protein covered with the appropriate measured peptide masses.
Die
Die
Die
Die
Die
Die
Die
BeispieleExamples
Beispiel 1: Präparation synaptischer Membranen (nach Tom Dieck et al., 1998)Example 1: Preparation synaptic membranes (according to Tom Dieck et al., 1998)
Ausgangsmaterial waren dorsale Hälften aus dem Rückenmark von Ratten. Das Gewebe wurde zunächst in Präparationspuffer I (0.32 M Sucrose, 5 mM HEPES/NaOH pH 7.4, Proteaseinhibitoren) zu 10 ml pro Gramm Feuchtgewicht an Gewebe aufgenommen und in einem Glas/Teflon-Homogenisator homogenisiert (12 Züge, 900 rpm). Das Homogenisat wurde für 10 min bei 1000 × g zentrifugiert. Der Überstand wurde für die Weiterverwendung aufgehoben, das Pellet nochmals in Puffer I aufgenommen. Die Homogenisierungsprozedur wurde wiederholt, nach Zentrifugation der Überstand mit dem ersten Überstand vereinigt (Überstände S1). Die S1-Fraktion wurde für 15 min bei 12000 × g zentrifugiert. Das Pellet wurde zur Weiterverarbeitung in Puffer I aufgenommen. Es erfolgte eine erneute Homogenisation (6 Züge, 900 rpm) und eine Zentrifugation bei 12000 × g für 20 Min. Das Pellet wurde zu 1,5 ml pro Gramm Feuchtgewicht an Ausgangsgewebe in Puffer II (0.32 M Sucrose, 5 mM Tris/HC1, pH 8,1, Proteaseinhibitoren) aufgenommen und auf einen diskontinuierlichen Sucrosegradienten mit der Schichtung (von unten nach oben): 1,2 M Sucrose, 1 M Sucrose, 0,8 M Sucrose geladen. Es erfolgte eine Dichtegradientenzentrifugation für 2h bei 85000 × g. Die Synaptosomenfraktion konnte an der Phasengrenze 1,2M Sucrose/1M Sucrose geerntet werden. Die Synaptosomen wurden einem osmotischen Schock ausgesetzt (fünffaches Volumen von 1 mM Tris/HCl, pH 8,1 unter Rühren bei 0°C für 30 min). Die Synaptosomenmembranen wurden durch Zentrifugation bei 33000 × g für 30 min pellettiert.Starting material were dorsal halves from rat spinal cord. The tissue was first taken up in preparation buffer I (0.32 M sucrose, 5 mM HEPES / NaOH pH 7.4, protease inhibitors) to 10 ml per gram wet weight of tissue and homogenized in a glass / Teflon homogenizer (12 puffs, 900 rpm). The homogenate was centrifuged for 10 min at 1000 x g. The supernatant was repealed for reuse, the pellet resuspended in buffer I. The homogenization procedure was repeated, after centrifugation the supernatant was combined with the first supernatant (supernatants S1). The S1 fraction was centrifuged for 15 min at 12,000 x g. The pellet was taken up in buffer I for further processing. Homogenization was repeated (6 puffs, 900 rpm) and centrifugation at 12,000 x g for 20 min. The pellet was added to 1.5 ml per gram wet weight of starting tissue in buffer II (0.32 M sucrose, 5 mM Tris / HC1, pH 8.1, protease inhibitors) and loaded onto a discontinuous sucrose gradient with layering (from bottom to top): 1.2 M sucrose, 1 M sucrose, 0.8 M sucrose. Density gradient centrifugation was performed for 2 hours at 85,000 x g. The synaptosomal fraction could be harvested at the phase boundary of 1.2M sucrose / 1M sucrose. The synaptosomes were exposed to osmotic shock (five volumes of 1 mM Tris / HCl, pH 8.1 with stirring at 0 ° C for 30 min). The synaptosomal membranes were pelleted by centrifugation at 33,000 x g for 30 min.
Beispiel 2: Subfraktionierung der Synaptosomenmembranen (Strategie nach Dreger et al., 2001)Example 2: Subfractionation of synaptosomal membranes (Dreger et al. strategy, 2001)
Nach Proteinbestimmung (Bradford-Methode, 1976: Bradford M.: A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principles of protein-dye binding. Anal. Biochem. 72, 248-254) wurden je 200 μg des Rohpräparates synaptischer Membranen für die weitere Fraktionierung eingesetzt. Das Präparat wurde entweder (a) auf 0.5% (w/v) Triton X-100 eingestellt und 15 min bei 4°C geschüttelt, danach für 15 min in einer Tischzentrifuge abzentrifugiert, oder (b) 10 min in der Tischzentrifuge abzentrifugiert, und entsprechend dem Ausgangsvolumen in 4M Harnstoff/0.1M Na2CO3-Lösung aufgenommen. Nach Resuspension wurde das Präparat für 30 min in einer Tisch-Ultrazentrifuge (Airfuge, Beckman-Coulter GmbH, Krefeld bei 2,8 psi) abzentrifugiert. Sowohl nach Prozedur (a) als auch nach Prozedur (b) wurden die Pellet-Fraktionen weiterverarbeitet. Die Subfraktionierung führte zur Anreicherung unterschiedlicher Substrukturen synaptischer Membranen und machte teilweise nicht-überlappende Proteinpopulationen der Analyse zugänglich.After protein determination (Bradford method, 1976: Bradford M .: A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein using the principles of protein-dye binding., Anal. Biochem., 72, 248-254) were each 200 .mu.g of the Prepared crude synaptic membranes used for further fractionation. The preparation was either (a) adjusted to 0.5% (w / v) Triton X-100 and shaken for 15 min at 4 ° C, then centrifuged for 15 min in a bench top centrifuge, or (b) centrifuged for 10 min in the bench top centrifuge, and taken up in 4M urea / 0.1M Na 2 CO 3 solution according to the starting volume. After resuspension, the preparation was centrifuged off for 30 min in a tabletop ultracentrifuge (Airfuge, Beckman-Coulter GmbH, Krefeld at 2.8 psi). Both after procedure (a) and after procedure (b), the pellet fractions were further processed. The subfractionation enriched different substructures of synaptic membranes and partially made non-overlapping protein populations accessible to analysis.
Beispiel 3: Separation der Proteine und Vorbereitung für die MassenspektrometrieExample 3: Separation of proteins and preparation for the mass spectrometry
Die Proteine wurden in Probenpuffer für die 16-Benzyldimethyl-hexadecylammoniumchlorid (16-BAC)-Gelelektrophorese aufgenommen und auf 4-10% Acrylamid-Gradientengelen aufgetrennt. In einer zweiten Auftrennung wurden die Proteine dann in einer SDS-PAGE aufgetrennt. Es wurde die Methode nach Hartinger et al., 1996, bitte Literaturangabe nachreichen angewendet. Die Proteingele wurden mit Coomassie G-250 gefärbt. Alle unterscheidbaren Proteinspots wurden manuell ausgeschnitten. Die Proteine wurden im Gel nach der Methode von Shevchenko et al. (1996) gespalten. Die Peptidmischungen wurden mittels Matrixunterstützter Laserdesorptions-Ionisations-Massenspektrometrie (MALDI-MS) vermessen. Die Proteine wurden Datenbank-gestützt mittels der Programme ProFound und Mascot identifiziert. In manchen Fällen wurden einzelne Peptide ausgewählt, um Fragmentionenspektrum zur Gewinnung partieller Sequenzinformation aufzunehmen.The Proteins were placed in sample buffer for 16-benzyldimethyl-hexadecylammonium chloride (16-BAC) gel electrophoresis recorded and separated on 4-10% acrylamide gradient gels. In a second separation, the proteins were then in an SDS-PAGE separated. The method according to Hartinger et al., 1996, was requested References applied later. The protein gels were with Coomassie G-250 dyed. All distinguishable protein spots were cut out manually. The proteins were gelated by the method of Shevchenko et al. (1996) split. The peptide mixtures were analyzed by matrix assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDI-MS). The proteins were database-aided by identified the programs ProFound and Mascot. In some cases, individual Peptides selected, fragment ion spectrum for obtaining partial sequence information take.
Beispiel 4: Northern Blot Analysen zur Erstellung eines mRNA-Expressionsprofils in verschiedenen Geweben der adulten RatteExample 4: Northern blot Analyzes for creating a mRNA expression profile in different Tissues of the adult rat
Zur Erstellung eines mRNA-Expressionsprofils der identifizierten Proteine in verschiedenen Geweben der adulten Ratte wurden Northern Blot Analysen unter den folgenden Bedingungen durchgeführt:to Generation of an mRNA expression profile of the identified proteins In various tissues of the adult rat were Northern blot Analyzes performed under the following conditions:
Radioaktive Markierung des cDNA-FragmentesRadioactive label of the cDNA fragment
- (Ready-To Go-DNA-Labelling Kit, Fa. Amersham Pharmacia)(Ready-To-Go DNA Labeling Kit, Amersham Pharmacia)
- – 50ng cDNA in 45μl Wasser verdünnen- 50ng cDNA in 45μl Dilute water
- – 3 min bei 100°C denaturieren,- 3 min at 100 ° C denature,
- – auf Eis abschrecken- on Shake off ice
- – zu dem DNA Labelling Bead hinzugeben- too Add to the DNA Labeling Bead
- – vorsichtig auf und ab pipettieren, bis sich das Bead vollständig aufgelöst hat- careful Pipette up and down until the bead has completely dissolved
- – Zugabe von 5μl [α-33P]dCTP 10mCi/ml [50μCI] (Fa. Hartmann Analytics, Braunschweig)Addition of 5 μl [α- 33 P] dCTP 10mCi / ml [50 μCI] (Hartmann Analytics, Brunswick)
- – nochmals vorsichtig auf und ab pipettieren- again Carefully pipette up and down
- – 1 h bei 37°C inkubieren- 1 h at 37 ° C incubate
- – 2 min auf Eis- 2 min on ice
- – kurz herunterzentrifugieren- short Spin down
- – Sonde über ProbeQuant G-50 Micro Column (Fa. Amersham Pharmacia) aufreinigen:- Probe via ProbeQuant Purify G-50 Micro Column (Amersham Pharmacia):
- – 3 Min. bei 2800 rpm zentrifugieren- 3 Centrifuge at 2800 rpm
- – Sonden in der Mitte auftragen- probes Apply in the middle
- – 3 Min. bei 2800 rpm zentrifugieren- 3 Centrifuge at 2800 rpm
- – 1μl in 15 ml Szintilatiorflüßigkeit geben: 33P Messung am LKB Counter- Add 1μl in 15 ml scintillator fluid: 33 P measurement on LKB Counter
- – Sollaktivität : 1-2 × 106cpm/ml Hybridiserungslösung- Target activity: 1-2 x 10 6 cpm / ml hybridization solution
Prähybridisierung der FilterPrehybridization of the filters
- 5ml Micro-HybTM Puffer (Fa. Invitrogen) zu den Filtern hinzugebenAdd 5ml Micro-Hyb ™ buffer (Invitrogen) to the filters
- + 5 μg COT-1 DNA (Fa. Invitrogen) (vorher 3 min bei 100°C denaturiert)+ 5 μg COT-1 DNA (Invitrogen) (previously denatured at 100 ° C for 3 min)
- + 5 μg Poly dA (Fa. Roche)+ 5 μg Poly dA (Roche)
- bei 42°C im Hybridisierungsofen für 2 Std prähybridisierenat 42 ° C in the hybridization oven for Prehybridize for 2 hours
Hybridisierung der FilterHybridization of the filters
- 33P DNA-Fragment für 3 min bei 100°C denaturieren Denature 33 P DNA fragment for 3 min at 100 ° C
- auf Eis abschreckenput off on ice
- zur Prähybridisierungslösung hinzugeben (Soll: 1-2 × 106cpm/ml Hybridisierungslösung) über Nacht bei 42°C hybridisieren (ca. 12-18 Std.)add to the prehybridization solution (should: 1-2 x 10 6 cpm / ml hybridization solution) hybridize overnight at 42 ° C (approximately 12-18 hrs)
Waschen der FilterWashing the filters
- 2 × 20 min mit 2 × SSC/1 % SDS bei 50°C2 × 20 min with 2 × SSC / 1 % SDS at 50 ° C
- 1 × 15 min mit 0,5 × SSC/1 % SDS bei 55°C1 × 15 min with 0.5 × SSC / 1 % SDS at 55 ° C
Auswertung der FilterEvaluation of the filters
- Exposition für 2-7 Tage mit ImageScreen (Fa. Fuji)Exposure for 2-7 days with ImageScreen (Fuji)
- Vermessung der Sreens mit dem StormImagerTM (Fa. Molecular Devices)Measurement of the screens with the StormImager TM (Molecular Devices)
Beispiel 5: In situ-Hybridisierung zur zellulären Lokalisation der mRNA-Transkripte im Nervengewebe der RatteExample 5: In situ hybridization to the cellular Localization of mRNA transcripts in the nerve tissue of the rat
Zur Analyse der zellulären Lokalisation der mRNA der identifizierten Proteine in schmerzrelevanten Geweben der adulten Ratte wurden in situ-Hybridisierungsexperimente unter folgenden Bedingungen duchgeführt.to Analysis of the cellular Localization of the mRNA of the identified proteins in pain-relevant tissues The adult rat underwent in situ hybridization experiments following conditions.
cRNA-ProbencRNA samples
Spezifische Fragmente der untersuchten cDNAs wurden in den Vektor pCRII-TOPO subkloniert und zur in vitro-Transkription herangezogen. Die Transkription unter Verwendung von 35S-UTP und die Aufreinigung der Transkripte wurde gemäß Schäfer et al. (1994) durchgeführt. Nach der Transkription wurden die Proben einer moderaten alkalischen Hydrolyse unterworfen wie von Angerer et al. (1987) beschrieben.Specific fragments of the cDNAs examined were subcloned into the vector pCRII-TOPO and used for in vitro transcription. Transcription using 35 S-UTP and purification of the transcripts was performed according to Schäfer et al. (1994). After transcription, the samples were subjected to moderate alkaline hydrolysis as described by Angerer et al. (1987).
In situ-HybridisierungIn situ hybridization
Die in situ-histochemische Analyse wurde anhand eines bereits publizierten Protokolls durchgeführt (Schäfer et al., 1992, Schäfer & Day, 1995). Hierbei wurden Kryostat-Schnitte mit einer Dicke von 12μm in 4%iger Formaldehydlösung für eine Stunde fixiert und anschließend drei Mal für 10 Minuten mit 10mM Phosphat-gepufferter Lösung (PBS), pH7.4 gewaschen. Ein abschließender Waschschritt erfolgte mit 10mM PBS mit 0.4% Triton X-100. Die Schnitte wurden kurz mit destilliertem Wasser abgespült und mit 0.1M Triethanolamin-Lösung pH 8.0 gewaschen gefolgt von einem Waschschritt mit 0.1M Triethanolamin pH 8.0 mit 0,25% (vol/vol) Essigsäureanhydrid für 10 min bei Raumtemperatur durchgeführt wurde. Nach Inkubation in einem 2 × SSC-Puffer wurden die Schnitte in einer aufsteigenden Alkoholreihe (50%, 70%) dehydriert und an der Luft getrocknet. Die radioaktiven Proben wurden in der Hybridisierungslösung (3 × SSC, 50mM NaPO4, 10mM Dithiothreitol, 1 × Denhardt's Lösung, 0,25g/l Hefe tRNA, 10% Dextransulfat und 50% Formamid) zu einer finalen Konzentration von 5 × 104 dpm/μl verdünnt. Es wurden 30-50μl dieser Lösung auf jeden Gewebeschnitt gegeben, mit einem Coverslip abgedeckt und für 14 Stunden bei 60°C inkubiert. Anschließend wurden die Schnitte in 2 × SSC und 1 × SSC für je 20 min gewaschen, gefolgt von einer Inkubation in einem RNase Puffer (10mM Tris, pH 8,0; 0,5M NaCl; 1mM EDTA) mit 1U/ml RNaseT1 und 20μg/ml RNaseA (Fa. Roche, Mannheim) für 30 min bei 37°C. Es folgten konsekutive Waschschritte in 1 × SSC, 0.5 × SSC, 0.2 × SSC und destilliertem Wasser. Die Schnitte wurden durch Inkubation in 50%igen und 70%igen Isopropanol dehydriert. Die Zusammensetzung und Herstellung der verwendeten Standardpuffer ist in Sambrook et al. (2001, Band 3, Appendix 1: A.1.2-A 1.20) beschrieben.The in situ histochemical analysis was carried out on the basis of an already published protocol (Schäfer et al., 1992, Schäfer & Day, 1995). Here, cryostat sections were fixed with a thickness of 12 .mu.m in 4% formaldehyde solution for one hour and then washed three times for 10 minutes with 10mM phosphate buffered solution (PBS), pH7.4. A final washing step was carried out with 10 mM PBS with 0.4% Triton X-100. The sections were rinsed briefly with distilled water and washed with 0.1M triethanolamine solution pH 8.0 followed by a wash with 0.1M triethanolamine pH 8.0 with 0.25% (vol / vol) acetic anhydride for 10 min at room temperature. After incubation in a 2xSSC buffer, the sections were dehydrated in an ascending alcohol series (50%, 70%) and air-dried. The radioactive samples in the hybridization solution (3X SSC, 50 mM NaPO 4 , 10 mM dithiothreitol, 1 × Denhardt's solution, 0.25 g / L yeast tRNA, 10% dextran sulfate and 50% formamide) were added to a final concentration of 5 × 10 4 dpm / μl diluted. 30-50μl of this solution was added to each tissue section, covered with a cover slip and incubated for 14 hours at 60 ° C. The sections were then washed in 2 x SSC and 1 x SSC for 20 min each, followed by incubation in an RNase buffer (10 mM Tris, pH 8.0, 0.5 M NaCl, 1 mM EDTA) with 1 U / ml RNase T1 and 20 μg / ml RNaseA (Roche, Mannheim) for 30 min at 37 ° C. Consecutive washes were followed in 1X SSC, 0.5X SSC, 0.2X SSC, and distilled water. The sections were dehydrated by incubation in 50% and 70% isopropanol. The composition and preparation of the standard buffers used is described in Sambrook et al. (2001, Volume 3, Appendix 1: A.1.2-A 1.20).
Bildanalyseimage analysis
Die Autoradiographie der 35S-markierten Gewebeschnitte erfolgte durch Eintauchen in eine „NTB-2 Nuclear Emulsion" (Eastman Kodak, Rochester, NY). Die Expositionszeiten betrugen zwischen 10 und 20 Tagen. Nach photographischer Entwicklung wurden die Autoradiogramme mit einem Olympus AX_70 Mikroskop und der MCID M4 Bildanalyse-Software (Imaging Research Inc., Ontario, Kanada) analysiert. Eine Cresylviolett-Färbung wurde als Gegenfärbung durchgeführt.The Autoradiography of the 35S-labeled tissue sections was performed by Immerse yourself in a "NTB-2 Nuclear Emulsion "(Eastman Kodak, Rochester, NY). Exposure times were between 10 and 20 days. After photographic development, the autoradiograms were with an Olympus AX_70 microscope and the MCID M4 image analysis software (Imaging Research Inc., Ontario, Canada). A cresyl violet stain was as a counterstain carried out.
Beispiel 6: mRNA-Regulation in Spinalganglien von Ratten aus chronischen SchmerzmodellenExample 6: mRNA Regulation in dorsal root ganglia of rats from chronic pain models
Zur Analyse der Regulation der KIAA0378-mRNA in Tierschmerzmodellen (Ratten) wurde eine PIQORTM -cDNA-Array Analyse durchgeführt. Hierzu werden aus Schmerz-behandelten Tieren und Kontroll-Tieren Spinalganglien entnommen und auf Genexpression hin analysiert. Die Vorgehensweise wird im Folgenden beschrieben:To analyze the regulation of KIAA0378 mRNA in animal pain models (rats) a PIQOR ™ cDNA array analysis was performed. For this purpose, spinal ganglia are taken from pain-treated animals and control animals and analyzed for gene expression. The procedure is described below:
6.1. PIQORTM cDNA Arrays6.1. PIQOR ™ cDNA arrays
Es wurde eine Kollektion von cDNA-Fragmenten (Spezies Mensch, Maus, Ratte) speziell zur Herstellung von PIQORTM cDNA Arrays erstellt. Um eine möglichst hohe Selektivität zu erreichen und falsch positive bzw. falsch negative Ergebnisse aufgrund von Kreuzhybridisierung zu vermeiden, wurden cDNA-Fragmente nach folgenden Kriterien hergestellt:
- – keine repetitiven Elemente (z.B. Alu, B1, MIRs, Mikrosatelliten) enthalten,
- – Sequenzhomologie zu allen anderen bekannten cDNAs (öffentliche Datenbanken) < 85%,
- – Die Fragmentlänge: 200 bis 400 Basenpaare (bp),
- – ausgewähltes Fragment deckt jeweils alle alternativen Spleiß- und Polyadenylierungsvarianten ab.
- - contain no repetitive elements (eg Alu, B1, MIRs, microsatellites),
- Sequence homology to all other known cDNAs (public databases) <85%,
- The fragment length: 200 to 400 base pairs (bp),
- Each fragment selected covers all alternative splicing and polyadenylation variants.
6.2. Herstellung themenspezifischer PIQORTM Arrays6.2. Production of topic-specific PIQOR TM arrays
Es wurden PIQORTM Arrays mit insgesamt 1241 cDNAs hergestellt. Bei 636 cDNAs handelt es sich um PIQORTM Fragmente (Spezies Ratte, inkl. 64 Maus-Fragmenten), 583 cDNAs wurden im Rahmen einer subtraktiven Hybridisierung isoliert (GT-Klone) und 16 cDNAs stammten aus anderen Ansätzen. Als Positivkontrollen wurden auf den Arrays sechs "housekeeping"-Gene und vier DNA-Fragmente aus E.coli (CR: control RNA) aufgetragen. Letztere wurden in Form von in vitro transkribierter RNA zu der Ratten-RNA gegeben, um den Markierungs- und Hybridisierungsprozess zu kontrollieren. Als Negativkontrollen wurden Lachssperma-DNA und Puffer aufgetragen. Von jedem klonierten cDNA-Fragment wurde eine Amplifikation des Inserts mit Vektor-Primern durchgeführt, die Amplifikate wurden im Agarosegel aufgetrennt und die Länge der Inserts kontrolliert. Die amplifizierten cDNAs wurden anschließend aufgereinigt und auf eine einheitliche Konzentration von ca. 100 ng/μl eingestellt. Gleiche Mengen der PCR-Amplifikate der klonierten cDNA-Fragmente wurden mit einem Dispensiergerät auf die Oberfläche derivatisierter Objektträger aufgetropft. Zur Qualitätskontrolle wurde die DNA der produzierten Charge mit einem fluoreszierenden Farbstoff angefärbt. Jede cDNA wurde vierfach aufgetragen, so dass insgesamt 4964 Spots je Array vorhanden waren.PIQOR ™ arrays were made with a total of 1241 cDNAs. 636 cDNAs are PIQOR ™ fragments (species rat, including 64 mouse fragments), 583 cDNAs were isolated by subtractive hybridization (GT clones) and 16 cDNAs were from other sources. As positive controls, six housekeeping genes and four DNA fragments from E. coli (CR: control RNA) were applied to the arrays. The latter were added to the rat RNA in the form of in vitro transcribed RNA to control the labeling and hybridization process. Salmon sperm DNA and buffer were applied as negative controls. From each cloned cDNA fragment, amplification of the insert was carried out with vector primers, the amplificates were separated in an agarose gel and the length of the inserts was controlled. The amplified cDNAs were then purified and adjusted to a uniform concentration of about 100 ng / μl. Equal amounts of the PCR amplicons of the cloned cDNA fragments were spotted onto the surface of derivatized slides using a dispenser. For quality control, the DNA of the produced batch was stained with a fluorescent dye. Each cDNA was applied four times, giving a total of 4964 spots per array.
6.3. Aufbereitung der Spinalganglien6.3. Preparation of the Dorsal root ganglia
Es wurde eine Behandlung von fünf Tieren je Bedingung sowie die Entnahme der Spinalganglien durchgeführt. Für die Hybridisierung wurde amplifizierte RNA (aRNA) aus durchgeführten Präparationen der PIQORTM-Fragmente schockgefrorener Gewebe verwendet.There was a treatment of five animals per condition as well as the removal of the dorsal root ganglia. For hybridization, amplified RNA (aRNA) from performed preparations of the PIQOR ™ fragments of shock frozen tissue was used.
6.4. Hybridisierung der PIQORTM cDNA Arrays6.4. Hybridization of the PIQOR ™ cDNA arrays
Für die Bestimmung der Expressionsprofile wurden jeweils 2 μg aRNA aus der Versuchsgruppe mit Cy5 und die gleiche Menge aRNA aus der Kontrollgruppe mit Cy3 markiert und gemeinsam auf einem PIQORTM cDNA Array hybridisiert. Die Markierung wurde durch reverse Transkription unter Einbau fluoreszierender Nukleotide (Cy5-dCTP bzw. Cy3-dCTP) erreicht. Die Tabellen 1 und 2 geben eine Übersicht über die durchgeführten Hybridisierungen.For the determination of the expression profiles, in each case 2 μg of aRNA from the test group were labeled with Cy5 and the same amount of aRNA from the control group was hybridized with Cy3 and hybridized together on a PIQOR ™ cDNA array. Labeling was achieved by reverse transcription with incorporation of fluorescent nucleotides (Cy5-dCTP and Cy3-dCTP, respectively). Tables 1 and 2 give an overview of the hybridizations performed.
Tabelle. 1: Zusammenfassung der ersten neun Hybridisierungen auf den PIQORTM cDNA Arrays Table. Figure 1: Summary of the first nine hybridizations on the PIQOR ™ cDNA arrays
Tabelle. 2: Zusammenfassung der weiteren fünf Hybridisierungen auf den PIQORTM cDNA Arrays Table. Figure 2: Summary of the other five hybridizations on the PIQOR ™ cDNA arrays
Ergebnisse der cDNA-Array-AnalysenResults of the cDNA array analyzes
Für das cDNA-Fragment des Proteins KIAA0378 wurde in dem Chung-Modell 7 Tage nach Operation eine Expression beobachtet, mit einem Quotienten von 1,01 war allerdings keine Regulation detektierbar. In allen anderen untersuchten Modellen (siehe Tabelle 1 und 2) war keine Expression zu detektieren.For the cDNA fragment The KIAA0378 protein became one in the Chung model 7 days after surgery Expression was observed, however, with a quotient of 1.01 no regulation detectable. In all other models studied (see Table 1 and 2) no expression was detected.
Die Durchführung des Experiments erfolgte anhand des PIQORTM Array-Hybridisierungsprotokolls (s. im folgenden unter I.-VII.). Nachfolgend werden Auszüge aus dem PIQORTM Array Hybridisierungsprotokoll in aufgeführt:The experiment was carried out using the PIQOR ™ array hybridization protocol (see below under I.-VII.). Excerpts from the PIQOR TM Array Hybridization Protocol are listed below:
I. mRNA AmplifikationsprotokollI. mRNA amplification protocol
I.1 ErststrangsyntheseI.1 first-strand synthesis
Die
folgenden Substanzen wurden in einem 1,5 ml RNase-freien Mikrozentrifugen-"tube" miteinander kombiniert:
4 μl 5 × Erststrangpuffer
(Gibco)
2 μl
0,1 M DTT (Gibco)
1 μl
100 μM T7-(T)24
Primer
1 μl
10 mM dNTPsThe following substances were combined in a 1.5 ml RNase-free microcentrifuge tube:
4 μl 5 × first strand buffer (Gibco)
2 μl 0.1 M DTT (Gibco)
1 μl of 100 μM T7 (T) 24 primer
1 μl of 10 mM dNTPs
10 μl der Gesamt-RNA wurden hinzugefügt (wobei empfohlen wird, 2 μg der Gesamt-RNA als Startmaterial für die Amplifikation zu verwenden). Dann wurde (gegebenenfalls mit hoher Drehzahl) gemischt. Die Mischung wurde bei 65 °C für 5 Min. inkubiert. Daraufhin wurde das Röhrchen ("tube") bei 42 °C für 2 Min. aufbewahrt. Schließlich wurden 2 μl SSII RT (400 U) (Gibco) hinzugefügt. Es musste sichergestellt werden, dass das Enzym in eine gut gemischte Reaktion hinzugefügt wurde. Die Inkubation wurde bei 42 °C für 1 Stunde durchgeführt und danach das inkubierte Material auf Eis gesetzt.10 μl of total RNA were added (with recommended 2 μg of total RNA as Starting material for to use the amplification). Then (optionally with high speed) mixed. The mixture was stirred at 65 ° C for 5 min. incubated. Then the tube became ("tube") stored at 42 ° C for 2 min. After all 2 μl SSII RT (400 U) (Gibco) added. It had to be ensured that the enzyme was in a well mixed Reaction added has been. The incubation was carried out at 42 ° C for 1 hour and then put the incubated material on ice.
I.2 ZweitstrangsyntheseI.2 Second-strand synthesis
Alle
Reagenzien und Strang"-tubes" wurden geeist. Es
wurde zu den Strang-"tubes" hinzugefügt:
91.3 μl DEPC H2O
30 μl 5 × Zweitstrangpuffer
(Gibco)
4 μl
DNA Polymerase I (40 U) (Gibco)
3 μl 10 mM dNTPs
1 μl E.coli
DNA Ligase (10 U) (Gibco)
0.7 μl RNase H (2 U) (Gibco)All reagents and strand "tubes" were iced. It was added to the strand "tubes":
91.3 μl DEPC H2O
30 μl 5 × second strand buffer (Gibco)
4 μl of DNA polymerase I (40 U) (Gibco)
3 μl of 10 mM dNTPs
1 μl of E. coli DNA ligase (10 U) (Gibco)
0.7 μl RNase H (2 U) (Gibco)
Es wurde stark gemixt (mit hoher Drehzahl). Bei 16 °C wurde für 2 Stunden inkubiert und optional bei –20 °C gelagert.It was heavily mixed (at high speed). At 16 ° C was incubated for 2 hours and optional stored at -20 ° C.
I.3 Reinigung ("clean-up") der ds-cDNA (siehe auch QIAquick·Spin Handbook)I.3 Purification ("clean-up") of the ds cDNA (see also QIAquick · Spin Handbook)
Es wurden 750 μl des Puffers PB zum Strang-"tube" hinzugefügt. Eine QIAquick Spinsäule wurde in ein 2 ml "collection tube" gesetzt. Die Probe wurde auf die QIAquick-Säule aufgebracht. Es wurde für 1 Min. zentrifugiert. Der Durchfluss wurde verworfen und die QIAquick-Säule zurück in das gleiche "tube" gesetzt. 0.75 ml Puffer PE wurden zur QIAquick-Säule hinzugefügt. Es wurde für 1 Min. zentrifugiert. Der Durchfluss wurde verworfen und die QIAquick-Säule zurück in das gleiche "tube" gesetzt. Der "tube" wurde für eine weitere Minute bei maximaler Geschwindigkeit zentrifugiert. Die QIAquick-Spin-Säule wurde in ein steriles („clean") 1.5-ml "tube" gesetzt. Um die ds-cDNA zu eluieren, wurden 30 μl RNase-freie H2O auf die Mitte der QIAquick Membran hinzugefügt. Es wurde 1 Min. bei Raumtemperatur inkubiert. Dann wurde bei einer maximalen Geschwindigkeit für 1 Min. zentrifugiert und schließlich auf 8 μl konzentriert.750 μl of buffer PB was added to the strand "tube". A QIAquick spin column was placed in a 2 ml collection tube. The sample was applied to the QIAquick column. It was centrifuged for 1 min. The flow was discarded and the QIAquick column set back into the same "tube". 0.75 ml of buffer PE was added to the QIAquick column. It was centrifuged for 1 min. The flow was discarded and the QIAquick column set back into the same "tube". The "tube" was centrifuged for a further minute at maximum speed. The QIAquick spin column was placed in a clean 1.5 ml tube To elute the ds cDNA, 30 μl of RNase-free H 2 O was added to the center of the QIAquick membrane Incubated for 1 min at room temperature, then centrifuged at maximum speed for 1 min and finally concentrated to 8 μl.
I.4 aRNA Synthese: T7 in vitro Transkription (Ambion)I.4 aRNA synthesis: T7 in vitro transcription (Ambion)
Es
wurden alle Reagenzien aufgetaut und auf Raumtemperatur gebracht.
Es sollte beachtet werden, dass Spermidin im Transkriptionspuffer
zu einem Niederschlag der "template
DNA" führen kann,
wenn die Reaktion auf Eis stattfindet. Es wurde ein NTP-Mix (pro "tube") hergestellt:
2 μl ATP Lösung (75
mM)
2 μl
GTP Lösung
(75 mM)
2 μl
CTP Lösung
(75 mM)
2 μl
UTP Lösung
(75 mM)
2 μl
10 × ReaktionspufferAll reagents were thawed and brought to room temperature. It should be noted that spermidine in the transcription buffer can lead to a precipitate of the template DNA when the reaction takes place on ice. An NTP mix (per "tube") was produced:
2 μl ATP solution (75 mM)
2 μl GTP solution (75 mM)
2 μl CTP solution (75 mM)
2 μl UTP solution (75 mM)
2 μl 10x reaction buffer
Dann
wurde zum ds-cDNA "tube" (gereinigt) hinzugefügt:
10 μl NTP-Mix
2 μl Enzym-Mix
(Ambion)Then "tube" (purified) was added to the ds-cDNA:
10 μl NTP mix
2 μl enzyme mix (Ambion)
Es wurde moderat gemischt (mit niedriger Drehzahl) und bei 37 °C für 6 Stunden inkubiert. Hierbei sollte beachtet werden, dass die IVT "tubes" in einem Wasserbad konstanter Temperatur oder einem Thermocycler mit einem Heiz-"lid" (0.2-ml "tube") inkubiert werden sollte.It was mixed moderately (at low speed) and at 37 ° C for 6 hours incubated. It should be noted that the IVT "tubes" in a water bath constant temperature or a thermocycler with a heating "lid" (0.2-ml "tube") should.
I.5 In Vitro Transkription "Clean-up" (siehe RNeasy" Mini Handbook)I.5 In Vitro Transcription "Clean-up" (see RNeasy "Mini Handbook)
Es
wurde in einem IVT Reaktions "tube" gemischt:
80 μl RNase-freie
H2O
350 μl
RLT PufferIt was mixed in an IVT reaction tube:
80 μl RNase-free H2O
350 μl RLT buffer
Dann wurden 250 μl 100%ige EtOH hinzugefügt. Diese Probe wurde zur RNeasy Spinsäule transferiert. Es wurde für 15 Sek bei maximaler Geschwindigkeit gedreht. Die Transferspinsäule wurde zu einem neuen "collection tube" transferiert.Then 250 μl 100% EtOH added. This sample was transferred to the RNeasy spin column. It was for 15 Sec rotated at maximum speed. The transfer spin column was to a new "collection tube "transferred.
500 μl RPE Puffer wurden hinzugefügt. Es wurde für 15 Sek bei maximaler Geschwindigkeit gedreht. Die Spinsäule wurde zu einem neuen "collection tube" transferiert. Es wurden 500 μl RPE Puffer hinzugefügt. Es wurde für 2 Min. bei maximaler Geschwindigkeit gedreht. Die Spinsäule wurde zu einem wiederum neuen "collection tube" transferiert. Es wurden 50 μl RNase-freies H2O zur Membran der Spinnsäule hinzugefügt und für 4 Min. inkubiert. Es wurde für 1 Min. bei maximaler Geschwindigkeit gedreht. Die Schritte 13-15 wurden unter Verwendung der Elution als Elution wiederholt. Daraufhin wurde die OD (1:50 Verdünnung) gemessen. Gegebenenfalls kann eine Lagerung bei –20 °C erfolgen.500 μl RPE buffer was added. It was shot at maximum speed for 15 sec. The spin column was transferred to a new collection tube. 500 μl RPE buffer was added. It was rotated for 2 min. At maximum speed. The spin column was transferred to a new collection tube. 50 μl of RNase-free H 2 O was added to the membrane of the spin column and incubated for 4 min. It was rotated for 1 min. At maximum speed. Steps 13-15 were repeated using elution as elution. Thereafter, the OD (1:50 dilution) was measured. Optionally, storage at -20 ° C take place.
II. MarkierungsreaktionII. Labeling reaction
Die folgenden Substanzen wurden in einem 1,5 ml RNase-freien Mikrozentrifugen-"tube" miteinander kombiniert: The following substances were combined in a 1.5 ml RNase-free microcentrifuge tube:
Es wurden 15 μl der aRNA (2 μg) und jeweils 2 μl der Kontroll-RNA 1 und 2 hinzugefügt. Dann wurde gevortext, mit hoher Drehzahl. Bei 65°C wurde für 5 Min. inkubiert und danach wurde die Inkubationslösung auf 42 °C gebracht. 1 μl (200 u) des SSII Enzyms, wobei sichergestellt sein soll, dass das Enzym gut gemixt ist, wurde der Reaktion hinzugegeben. Bei 42°C wurde für 30 Min. inkubiert. Dann wurden 2 μl des SSII Enzyms (wobei wiederum das Enzym gut gemixt der Reaktion hinzugefügt werden sollte) hinzugefügt, daraufhin bei 42°C für 30 Min. inkubiert, dann wurden 0.5 μl RNase H hinzugefügt. Bei 37°C wurde für 20 Min. inkubiert, um RNA zu hydrolisieren.It were 15 μl the aRNA (2 μg) and 2 μl each added to control RNA 1 and 2. Then was vortexed, with high speed. At 65 ° C was for Incubated for 5 min and then the incubation solution was on 42 ° C brought. 1 μl (200 u) of the SSII enzyme, while ensuring that the enzyme mixed well, the reaction was added. At 42 ° C was for 30 min. incubated. Then 2 μl of the SSII enzyme (again the enzyme is well mixed with the reaction added should be added), then at 42 ° C for 30 Min. Incubated, then 0.5 .mu.l RNase H added. At 37 ° C was for Incubated for 20 min to hydrolyze RNA.
III. Proben "clean-up" (siehe QIAquick' Spin Handbook)III. Samples "clean-up" (see QIAquick 'Spin Handbook)
Cy3- und Cy5-markierte Proben wurden kombiniert und 400 μl Puffer PB hinzugefügt. Eine QIAquick-Spinnsäule wurde in eine 2-ml "collection tube" hinzugefügt. Die Probe wurde auf die QIAquick-Säule aufgebracht und für 30-60 Sek zentrifugiert. Der Durchfluss wurde verworfen. Die QIAquick-Säule wurde in das gleiche "tube" zurückgegeben. Um zu waschen, wurden 0,75 ml Puffer PE zur QIAquick-Säule hinzugegeben und für 30-60 Sek zentrifugiert. Der Durchfluss wurde verworfen und die QIAquick-Säule zurück in das gleiche "tube" gestellt. Die Säule wurde für eine weitere Minute bei maximaler Geschwindigkeit zentrifugiert. Die QIAquick-Säule wurde in ein steriles ("clean") 1,5 ml "microfuge tube" gesetzt. Um die DNA zu eluieren, wurden 30 μl H2O pH 8 auf die Mitte der QIAquick-Membran hinzugefügt. Die Säule wurde für 1 Min. stehengelassen und dann für 1 Min. zentrifugiert. Es wurde in einem "SpeedVac" bei 45 °C bis zu einem Volumen von ~ 10μl konzentriert, wobei darauf geachtet werden soll, dass die Probe nicht austrocknet. 10 μl 2 × Hybridisierungslösung, auf 42 °C vorgewärmt, wurden hinzugefügt. Die Probe wurde bei Raumtemperatur im Dunkeln aufbewahrt, bis die Prä-Hybridisierung beendet war.Cy3 and Cy5 labeled samples were combined and 400 μl of buffer PB added. A QIAquick spin column was added to a 2 ml "collection tube". The sample was applied to the QIAquick column and centrifuged for 30-60 sec. The flow was discarded. The QIAquick column was returned to the same "tube". To wash, 0.75 ml of buffer PE was added to the QIAquick column and centrifuged for 30-60 sec. The flow was discarded and the QIAquick column returned to the same "tube". The column was centrifuged for a further minute at maximum speed. The QIAquick column was placed in a sterile ("clean") 1.5 ml "microfuge tube". To elute the DNA, 30 μl of H 2 O pH 8 was added to the center of the QIAquick membrane. The column was allowed to stand for 1 min and then centrifuged for 1 min. It was concentrated in a "SpeedVac" at 45 ° C to a volume of ~ 10μl, taking care that the sample does not dry out. 10 μl of 2 × hybridization solution prewarmed to 42 ° C was added. The sample was stored in the dark at room temperature until pre-hybridization was complete.
IV. PIQORTM Chip-VorbehandlungIV. PIQOR ™ Chip Pretreatment
Der PIQORTM -Chip wurde bei 98 °C in destilliertem Wasser für 2 Min. erhitzt. Der PIQORTM -Chip wurde in 96%igen Ethanol transferiert und durch Zentrifugation bei 500 × g für 3 Min. getrocknet und in eine staubfreie Kassette platziert.The PIQOR ™ chip was heated at 98 ° C in distilled water for 2 min. The PIQOR ™ chip was transferred to 96% ethanol and dried by centrifugation at 500 x g for 3 min and placed in a dust-free cassette.
V. Prä-HybridisierungV. Pre-hybridization
Die PIQORTM Prä-Hybridisierungslösung wurde bei 98°C für 2 Min. erhitzt, schnell gedreht und auf 42°C abgekühlt. Der PIQRTM -Chip wurde auf das "Pattern Slide" gesetzt. 20 μl der PIQORTM Pra-Hybridisierungslösung wurden auf das vorgegebene Rechteck des PIQORTM -Chips aufgebracht. Das Deckplättchen wurde auf den PIQORTM -Chip gesetzt und der Chip wurde in die befeuchtete Hybridisierungskassette (z.B. PIQORTM – HybChamb) eingefügt, die Hybridisierungskassette wurde verschlossen und bei 62°C für midestens 30 Min. inkubiert.The PIQOR ™ pre-hybridization solution was heated at 98 ° C for 2 min, spun quickly and cooled to 42 ° C. The PIQR ™ chip was placed on the "Pattern Slide". 20 μl of the PIQOR ™ Pra hybridization solution was applied to the given rectangle of the PIQOR ™ chip. The coverslip was placed on the PIQOR ™ chip and the chip was inserted into the moistened hybridization cassette (eg PIQOR ™ - HybChamb), the hybridization cassette was sealed and incubated at 62 ° C for at least 30 min.
VI. HybridisierungVI. hybridization
Die Hybridisierungskassette wurde auf 25 °C abgekühlt. Der PIQORTM -Chip wurde auf den "Pattern Slide" gesetzt. Das Deckblättchen wurde vorsichtig von dem PIQORTM -Chip entfernt. 20 μl der markierten Probe wurden auf das vorgegebene Rechteck des PIQORTM Chips aufgebracht. Das Deckblättchen wurde auf dem PIQORTM -Chip platziert (es sollte nicht das Deckblättchen der Prä-Hybridisierung wieder verwendet werden) und in die befeuchtete Hybridisierungskassette gesetzt und bei 62°C für mindestens 6 Stunden inkubiert.The hybridization cassette was cooled to 25 ° C. The PIQOR ™ chip was placed on the "Pattern Slide". The coverslip was carefully removed from the PIQOR ™ chip. 20 μl of the labeled sample was applied to the given rectangle of the PIQOR ™ chip. The coversheet was placed on the PIQOR ™ chip (the cover slip of the pre-hybridization should not be reused) and placed in the humidified hybridization cassette and incubated at 62 ° C for at least 6 hours.
VII. WaschenVII. Washing
Der PIQORTM -Chip wurde aus der Hybridisierungskassette entfernt (Abkühlung sollte vermieden werden!) und sofort in eine Waschschale, gefüllt mit 1 × Waschpuffer 1 für 5 Min. (Raumtemperatur 20 – 30 °C) gesetzt werden. Der Waschschritt wurde mit frischem 1 × Waschpuffer 1 wiederholt. Der Waschschritt wurde mit 1 × Waschpuffer 2 wiederholt. Es wurde durch Zentrifugation bei 500 × g für 3 Min. getrocknet. Dann erfolgte eine Überführung in eine staubfreie Kassette.The PIQOR ™ chip was removed from the hybridization cassette (cooling should be avoided!) And immediately placed in a wash bowl filled with 1X Wash Buffer 1 for 5 min (room temperature 20-30 ° C). The washing step was repeated with fresh 1X Wash Buffer 1. The washing step was repeated with 1 × wash buffer 2. It was dried by centrifugation at 500 x g for 3 min. Then it was transferred to a dust-free cassette.
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