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DE102004016437A1 - Verfahren zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen - Google Patents

Verfahren zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen Download PDF

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DE102004016437A1
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expression profiles
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Joachim Gruen
Andreas Radbruch
Gerd-Ruediger Burmester
Christian Kaps
Andreas Gruetzkau
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OLIGENE GmbH
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Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur Erkennung von Signaturen in komplexen Genexpressionsprofilen, das die Schritte umfaßt von: a) zur Verfügung stellen einer zu untersuchenden biologischen Probe, b) zur Verfügung stellen mindestens eines geeigneten Expressionsprofils, wobei das mindestens eine Expressionsprofil einen oder mehrere Marker umfaßt, die ausschließlich für das Expressionsprofil typisch sind, c) Bestimmen des komplexen Expressionsprofils der biologischen Probe, d) Bestimmen der quantitativen zellulären Zusammensetzung der biologischen Probe mittels der in den Schritten b) und c) bestimmten Expressionsprofile. Weiterhin kann das erfindungsgemäße Verfahren die Schritte von e) Berechnung eines virtuellen Signals, das aufgrund der bestimmten Zusammensetzung der Expressionsprofile erwartet wird, f) Berechnung der Differenz aus dem tatsächlichen gemessenen komplexen Expressionsprofil und dem virtuellen Signal und g) Bestimmen der quantitativen Zusammensetzung des komplexen Expressionsprofils auf Basis der ermittelten Differenzen umfassen. Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin die Anwendung des erfindungsgemäßen Verfahrens in der Diagnose, Prognose und/oder Verfolgung einer Erkrankung. Schließlich werden entsprechende Computersysteme, Computerprogramme, computerlesbare Datenträgermedien und Laborroboter oder Auswertegeräte für molekulare Nachweismethoden offenbart.
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