CN1961074A - 包含与ⅱ型糖尿病有关的单核苷酸多态性的多核苷酸、包含该多核苷酸的微阵列和诊断试剂盒以及使用它们分析多核苷酸的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了用于诊断或治疗Ⅱ型糖尿病的多核苷酸,其包括选自核苷酸序列SEQ ID NOS:1-80的核苷酸序列的至少10个连续的核苷酸,并包括在所述核苷酸序列的101位的核苷酸,或其互补多核苷酸。
Description
技术领域
本发明涉及与II型糖尿病有关的多核苷酸,包含该多核苷酸的微阵列和诊断试剂盒,和分析与II型糖尿病有关的多核苷酸的方法。
背景技术
所有生物体的基因组在它们持续进化的过程中经受自发突变,产生先祖核酸序列(progenitor nucleic acid sequences)的变体形式(Gusella,Ann.Rev.Biochem.55,831-854(1986))。所述变体形式可赋予相对于先祖形式的进化优点或缺点,或可为中性形式(neutral)。在一些情况中,变体形式赋予致死的缺点,并且不遗传到该生物体的后代。在另外的情况中,变体形式将进化优点赋予物种,并最终整合入该物种大多数成员的DNA中且有效地变为祖先形式。在许多情况中,祖先及变体形式都幸存并在物种的种群中共存。序列的多种形式的共存引起多态性。
已知几种不同类型的多态性(polymorphisms),包括限制性片段长度多态性(RFLPs)、短串联重复(STRs)、可变数串联重复(VNTRs)和单核苷酸多态性(SNPs)。其中,SNPs具有相同物种的个体之间单核苷酸变异的形式。当SNPs在蛋白编码序列中发生时,任一种多态性形式可引起缺陷或变体蛋白的表达。在另一方面,当SNPs在非-编码序列中发生时,这些多态性中的一些可导致缺陷或变体蛋白的表达(例如,作为缺陷剪接(defective splicing)的结果)。其他的SNPs可以完全不具有表型效应(phenotypic effect)。
已知人SNPs以大约1,000bp中1个的频率发生。当这样的SNPs诱导表型的表达,如疾病时,含有该SNPs的多核苷酸可用作诊断疾病的引物或探针。特异性地与该SNP结合的单克隆抗体也可用于诊断疾病。目前,SNPs的核苷酸序列和功能的研究正由许多研究所进行。鉴定出的人SNPs的核苷酸序列和其他实验结果已经制成数据库以使其便于获得。
虽然迄今可利用的发现显示,具体的SNPs存在于人基因组或cDNAs上,但还没有揭示出所述SNPs的表型效应。除去少量的SNPs之外,大多数SNPs的功能也还没有公开。
已知糖尿病患者总数的90-95%罹患II型糖尿病。II型糖尿病是这样的病症,其在异常产生胰岛素或对于胰岛素具有低敏感性的患者中发生,由此导致血糖水平的巨大变化。当胰岛素分泌的紊乱导致II型糖尿病的条件时,不能将血糖转移到体细胞,这使得食物向能量的转化变得困难。已知遗传原因在II型糖尿病中起作用。II型糖尿病的其它危险因子是年龄超过45、糖尿病肥胖症(obesity)、高血压(hypertension)和高胆固醇水平(high cholesterol level)的家族史(familial history)。目前,主要通过使用空腹血糖(fasting blood glucose)(FSB)测试、口服葡萄糖耐量试验(OGTT)等测定病理的表型改变,即,血糖水平来进行糖尿病的诊断[National Institute of Diabetes和Digestive和KidneyDiseases of the National Institutes of Health,http://www.niddk.nih.gov,2003]。当作出II型糖尿病的诊断时,通过锻炼、特殊饮食、体重控制、药物治疗等可预防II型糖尿病或可延迟其发病。在这点上,可以说II型糖尿病是一种非常需要早期诊断的疾病。Millenium Pharmaceuticals Inc.报道可根据HNF1基因上存在的基因型变异(genotypic variations)来进行II型糖尿病的诊断和预测[PR newswire,Sept 1,1998]。Sequenom Inc.报道FOXA2(HNF3β)基因与II型糖尿病高度相关[PR Newswire,Oct 28,2003]。虽然有关于与II型糖尿病有关的一些基因的报道,但是已将发生II型糖尿病的研究集中在特定人群中一些染色体的特定基因上。为此,研究结果可根据人的种类变化。此外,还没有鉴定出造成II型糖尿病原因的所有成因基因(causative gene)。通过所述的分子生物技术来诊断II型糖尿病现在是罕见的。另外,在II型糖尿病发病前的早期诊断目前是不可行的。因此,越来越需要找到新的与II型糖尿病高度相关的SNPs和存在于整个人基因组中的相关基因,并需要使用所述的SNPs和相关基因进行II型糖尿病的早期诊断。
发明详述
本发明的技术目标
本发明提供了含有与II型糖尿病有关的单核苷酸多态性的多核苷酸。
本发明也提供了微阵列和II型糖尿病诊断试剂盒,其每个包括含有与II型糖尿病有关的单核苷酸多态性的多核苷酸
本发明也提供了分析与II型糖尿病有关的多核苷酸的方法。
本发明的公开
本发明提供了用于诊断或治疗II型糖尿病的多核苷酸,其包括选自核苷酸序列SEQ ID NOS:1-80的核苷酸序列的至少10个连续的核苷酸,并包括在所述核苷酸序列的多态性位点(第101位)的核苷酸,或其互补多核苷酸。
所述多核苷酸包括含有核苷酸序列的多态性位点的至少10个核苷酸的连续跨度(span),所述核苷酸序列选自SEQ ID NOS:1-80的核苷酸序列。所述多核苷酸长度为10至400个核苷酸,优选10至100个核苷酸,而且更优选10至50个核苷酸。在此,SEQ ID NOS:1-80中每个核苷酸序列的多态性位点位于101位。
SEQ ID NOS:1-80的每个核苷酸序列是多态性序列。该多态性序列指含有多态性位点的核苷酸序列,在该多态性位点处发生单核苷酸多态性(SNP)。所述多态性位点指多态性序列的位置,在该位置发生SNP。所述核苷酸序列可为DNAs或RNAs。
在本发明中,SEQ ID NOS:1-80的多态性序列的多态性位点(第101位)与II型糖尿病相关。这通过源自II型糖尿病患者和正常人的血样的DNA序列分析得到确认。SEQ ID NOS:1-80的多态性序列与II型糖尿病的关联和所述多态性序列的特点总结于表1-1、1-2、2-1和2-2。
表1-1
| ASSAY_ID | SNP | SNP序列(SEQ IDNO.) | 等位基因频率 | 基因型频率 | d=2 | ||||||||
| cas_A2 | con_A2 | Delta | cas_A1A1 | cas_A1A2 | cas_A2A2 | con_A1A1 | con_A1A2 | con_A2A2 | Chi_value | Chi_exact_p-Value | |||
| DMX_001 | C→T | 1和2 | 0.592 | 0.492 | 0.1 | 54 | 136 | 109 | 77 | 151 | 72 | 12.384 | 2.05E-03 |
| DMX_003 | A→G | 3和4 | 0.292 | 0.202 | 0.09 | 157 | 108 | 33 | 190 | 97 | 12 | 13.527 | 1.16E-03 |
| DMX_005 | A→G | 5和6 | 0.871 | 0.913 | 0.042 | 3 | 71 | 224 | 4 | 44 | 251 | 8.015 | 1.82E-02 |
| DMX_008 | G→A | 7和8 | 0.218 | 0.158 | 0.06 | 180 | 103 | 13 | 205 | 80 | 6 | 7.051 | 2.94E-02 |
| DMX_009 | T→G | 9和10 | 0.664 | 0.737 | 0.073 | 31 | 138 | 129 | 19 | 119 | 161 | 7.814 | 2.01E-02 |
| DMX_011 | A→G | 11和12 | 0.866 | 0.931 | 0.065 | 7 | 66 | 225 | 1 | 39 | 258 | 13.698 | 1.06E-03 |
| DMX_012 | C→G | 13和14 | 0.527 | 0.614 | 0.087 | 72 | 140 | 88 | 44 | 139 | 111 | 9.361 | 9.28E-03 |
| DMX_014 | A→C | 15和16 | 0.903 | 0.837 | 0.066 | 0 | 58 | 240 | 10 | 77 | 211 | 14.539 | 6.97E-04 |
| DMX_016 | A→G | 17和18 | 0.275 | 0.209 | 0.066 | 158 | 116 | 24 | 182 | 95 | 13 | 6.947 | 3.10E-02 |
| DMX_019 | T→C | 19和20 | 0.961 | 0.924 | 0.037 | 1 | 21 | 275 | 2 | 41 | 254 | 7.619 | 2.22E-02 |
| DMX_027 | G→C | 21和22 | 0.844 | 0.89 | 0.046 | 3 | 87 | 208 | 3 | 60 | 237 | 6.842 | 3.27E-02 |
| DMX_028 | T→C | 23和24 | 0.945 | 0.977 | 0.032 | 0 | 33 | 266 | 0 | 14 | 284 | 8.268 | 5.72E-03 |
| DMX_029 | C→A | 25和26 | 0.057 | 0.104 | 0.047 | 268 | 28 | 3 | 241 | 52 | 5 | 9.131 | 1.04E-02 |
| DMX_030 | C→T | 27和28 | 0.077 | 0.129 | 0.052 | 251 | 41 | 2 | 221 | 70 | 3 | 9.683 | 7.89E-03 |
| DMX_031 | A→T | 29和30 | 0.916 | 0.86 | 0.056 | 2 | 46 | 251 | 6 | 72 | 221 | 9.636 | 8.08E-03 |
| DMX_032 | T→A | 31和32 | 0.718 | 0.593 | 0.125 | 26 | 117 | 157 | 51 | 142 | 107 | 20 | 4.54E-05 |
| DMX_033 | T→C | 33和34 | 0.816 | 0.9 | 0.084 | 10 | 89 | 198 | 4 | 51 | 239 | 16.718 | 2.34E-04 |
| DMX_044 | A→T | 35和36 | 0.846 | 0.787 | 0.059 | 7 | 78 | 213 | 15 | 93 | 181 | 6.687 | 3.53E-02 |
| DMX_049 | T→A | 37和38 | 0.107 | 0.06 | 0.047 | 236 | 60 | 2 | 263 | 36 | 0 | 9.459 | 8.83E-03 |
| DMX_052 | C→T | 39和40 | 0.94 | 0.907 | 0.033 | 3 | 29 | 261 | 1 | 52 | 238 | 8.584 | 1.37E-02 |
表1-1(续)
| 优势率(OR):多模型 | HWE | 样品call rate | ||||
| 危险等位基因 | OR | CI | con_HW | cas_HW | cas_call_rate | con_call_rate |
| A2 TA2 GA1 AA2 AA1 TA1 AA1 CA2 CA2 GA2 CA1 GA1 TA1 CA1 CA2 TA2 AA1 TA2 TA2 GA2 T | 1.491.611.561.491.422.101.431.821.452.041.502.431.931.791.791.752.021.471.891.61 | (1.193,1.887)(1.245,2.123)(1.074,2.259)(1.104,1.996)(1.106,1.82)(1.414,3.11)(1.135,1.8)(1.274,2.551)(1.1,1.883)(1.215,3.413)(1.067,2.098)(1.286,4.585)(1.247,2.975)(1.215,2.64)(1.238,2.591)(1.374,2.227)(1.434,2.831)(1.099,1.996)(1.227,2.874)(1.035,2.506) | .027,HWE.01,HWE2.208,HWE.265,HWE.195,HWE.026,HWE.032,HWE1.527,HWE.089,HWE1.004,HWE.069,HWE.077,HWE1.514,HWE.51,HWE.214,HWE.148,HWE2.023,HWE.452,HWE.527,HWE.688,HWE | 1.195,HWE4.819,HWE.646,HWE.167,HWE424,HWE.948,HWE1.218,HWE1.834,HWE.241,HWE.549,HWE3.4,HWE.133,HWEHWD1.004,HWE.004,HWE.582,HWE.005,HWE.013,HWE.623,HWE4.52,HWE | 10.990.990.990.990.9910.990.990.990.99110.98110.990.990.990.98 | 1110.9710.990.980.990.970.9910.990.990.98110.980.9610.97 |
表1-2
| ASSAY_ID | SNP | SNP序列(SEQ IDNO) | 等位基因频率 | 基因型频率 | df=2 | ||||||||
| cas_A2 | con_A2 | Delta | cas_A1A1 | cas_A1A2 | cas_A2A2 | con_A1A1 | con_A1A2 | con_A2A2 | Chi_value | Chi_exact_p-Value | |||
| DMX_054 | C→A | 41和42 | 0.14 | 0.09 | 0.05 | 222 | 70 | 7 | 248 | 48 | 3 | 7.14 | 2.82E-02 |
| DMX_056 | A→G | 43和44 | 0.362 | 0.273 | 0.089 | 123 | 137 | 40 | 160 | 116 | 24 | 10.581 | 5.04E-03 |
| DMX_060 | G→A | 45和46 | 0.95 | 0.925 | 0.032 | 0 | 25 | 267 | 3 | 39 | 257 | 6.171 | 4.57E-02 |
| DMX_061 | T→C | 47和48 | 0.758 | 0.81 | 0.052 | 11 | 121 | 164 | 13 | 87 | 198 | 8.911 | 1.16E-02 |
| DMX_062 | C→T | 49和50 | 0.421 | 0.508 | 0.087 | 106 | 133 | 59 | 72 | 146 | 77 | 9.468 | 8.79E-03 |
| DMX_063 | G→C | 51和52 | 0.902 | 0.953 | 0.051 | 2 | 55 | 243 | 1 | 26 | 272 | 12.347 | 2.08E-03 |
| DMX_065 | C→T | 53和54 | 0.92 | 0.958 | 0.038 | 4 | 39 | 250 | 0 | 24 | 263 | 7.84 | 1.98E-02 |
| DMX_067 | G→A | 55和56 | 0.903 | 0.941 | 0.038 | 2 | 54 | 243 | 2 | 31 | 264 | 7.087 | 2.89E-02 |
| DMX_068 | A→G | 57和58 | 0.081 | 0.133 | 0.052 | 252 | 42 | 3 | 227 | 59 | 10 | 7.934 | 1.89E-02 |
| DMX_069 | T→C | 59和60 | 0.44 | 0.498 | 0.058 | 96 | 143 | 60 | 66 | 164 | 65 | 7.165 | 2.78E-02 |
| DMX_104 | T→C | 61和62 | 0.274 | 0.204 | 0.07 | 158 | 115 | 24 | 184 | 95 | 12 | 7.821 | 2.00E-02 |
| DMX_105 | A→C | 63和64 | 0.769 | 0.838 | 0.069 | 19 | 100 | 180 | 9 | 79 | 212 | 8.646 | 1.33E-02 |
| DMX_116 | T→C | 65和66 | 0.6 | 0.668 | 0.068 | 41 | 157 | 101 | 29 | 139 | 129 | 6.554 | 3.77E-02 |
| DMX_117 | T→C | 67和68 | 0.188 | 0.251 | 0.063 | 199 | 89 | 12 | 171 | 103 | 23 | 6.582 | 3.72E-02 |
| DMX_120 | A→G | 69和70 | 0.818 | 0.871 | 0.053 | 7 | 95 | 197 | 3 | 70 | 222 | 6.853 | 3.25E-02 |
| DMX_136 | T→C | 71和72 | 0.211 | 0.263 | 0.052 | 188 | 96 | 15 | 156 | 123 | 16 | 6.311 | 4.26E-02 |
| DMX_139 | A→G | 73和74 | 0.17 | 0.105 | 0.065 | 205 | 88 | 7 | 239 | 59 | 2 | 11.102 | 3.88E-03 |
| DMX_150 | A→G | 75和76 | 0.926 | 0.958 | 0.032 | 0 | 44 | 252 | 0 | 25 | 270 | 5.851 | 2.06E-02 |
| DMX_152 | A→C | 77和78 | 0.562 | 0.64 | 0.078 | 62 | 136 | 99 | 41 | 129 | 123 | 7.034 | 2.97E-02 |
| DMX_154 | A→G | 79和80 | 0.269 | 0.199 | 0.07 | 153 | 131 | 15 | 187 | 100 | 9 | 9.045 | 1.09E-02 |
表1-2(续)
| 优势率(OR):多模型 | HWE | 样品call rate | ||||
| 危险等位基因 | OR | CI | con_HW | cas_HW | cas_call_rate | con_call_rate |
| A2 AA2 GA2 AA1 TA1 CA1 GA1 CA1 GA1 AA1 TA2 CA1 AA1 TA1 TA1 AA1 TA2 GA1 AA1 AA2 G | 1.641.521.821.361.422.222.001.721.751.271.471.561.341.441.511.331.751.811.381.47 | (1.145,2.364)(1.179,1.923)(1.1,3.012)(1.031,1.798)(1.131,1.788)(1.395,3.534)(1.205,3.314)(1.109,2.653)(1.2,2.557)(1.007,1.59)(1.122,1.927)(1.165,2.077)(1.059,1.7)(1.095,1.902)(1.097,2.072)(1.02,1.746)(1.247,2.445)(1.095,3.006)(1.095,1.748)(1.129,1.942) | .504,HWE.283,HWE4.113,HWE1.122,HWE.034,HWE.504,HWE.043,HWE1.047,HWE6.304,HWE3.708,HWE.011,HWE.64,HWE.838,HWE2.116,HWE.497,HWE1.611,HWE.498,HWE.174,HWE.774,HWE.768,HWE | .819,HWE.041,HWE.042,HWE3.894,HWE.243,HWE.08,HWE9.409,HWE.077,HWE4.107,HWE.364,HWE.284,HWE1.497,HWE2.473,HWE.464,HWE.894,HWE.42,HWE.32,HWE.654,HWE1.715,HWE3.616,HWE | 110.970.990.9910.9810.9910.991111110.990.991 | 1110.990.9810.960.990.990.980.9710.990.990.980.9810.980.980.99 |
表2-1
| ASSAY_ID | rs | SNP位点 | SNP序列(SEQ IDNO) | 染色体# | 染色体位置 | 条带 | 基因 |
| DMX_001 | rs502612 | C→T | 1和2 | 1 | 167373461 | 1q24.2 | PRRX1 |
| DMX_003 | rs1483 | A→G | 3和4 | 1 | 223672376 | 1q42.13 | CDC42BPA |
| DMX_005 | rs632585 | A→G | 5和6 | 1 | 228802209 | 1q42.2 | between genes |
| DMX_008 | rs177560 | G→A | 7和8 | 11 | 16911751 | 11p15.1 | between genes |
| DMX_009 | rs1394720 | T→G | 9和10 | 11 | 4533242 | 11p15.4 | between genes |
| DMX_011 | rs488115 | A→G | 11和12 | 11 | 74409538 | 11q13.4 | between genes |
| DMX_012 | rs2063728 | C→G | 13和14 | 11 | 77863284 | 11q14.1 | FLJ23441 |
| DMX_014 | rs725834 | A→C | 15和16 | 13 | 99254859 | 13q32.3 | CLYBL |
| DMX_016 | rs767837 | A→G | 17和18 | 13 | 48218663 | 13q14.2 | between genes |
| DMX_019 | rs929703 | T→C | 19和20 | 14 | 77691031 | 14q24.3 | between genes |
| DMX_027 | rs739637 | G→C | 21和22 | 17 | 37534470 | 17q21.2 | RAB5C |
| DMX_028 | rs1990936 | T→C | 23和24 | 17 | 44307486 | 17q21.32 | between genes |
| DMX_029 | rs2051672 | C→A | 25和26 | 17 | 5847149 | 17p13.2 | between genes |
| DMX_030 | rs1038308 | C→T | 27和28 | 18 | 44538585 | 18q21.1 | KIAA0427 |
| DMX_031 | rs655080 | A→T | 29和30 | 18 | 57917416 | 18q21.33 | PIGN |
| DMX_032 | rs1943317 | T→A | 31和32 | 18 | 62419479 | 18q22.1 | between genes |
| DMX_033 | rs929476 | T→C | 33和34 | 19 | 33499519 | 19q12 | between genes |
| DMX_044 | rs1984388 | A→T | 35和36 | 22 | 30658575 | 22q12.3 | between genes |
| DMX_049 | rs1707709 | T→G | 37和38 | 3 | 166922235 | 3q26.1 | between genes |
| DMX_052 | rs1786 | C→T | 39和40 | 4 | 15340722 | 4p15.33 | between genes |
表2-1(续)
| 描述 | SNP功能 | 氨基酸变化 | 批注 |
| 配对的相关的同源框(homeobox)1CDC42结合蛋白激酶alpha(DMPK45类似物)----假想的蛋白FLJ23441柠檬酸裂解酶(Citrate lyase)beta类似物--RAB5C,RAS癌基因家族(oncogene family)--KIAA0427磷脂酰肌醇聚糖(Phosphatidylinositol glycan),N类----- | 内含子内含子基因之间基因之间基因之间基因之间内含子内含子基因之间基因之间内含子基因之间基因之间编码-同义的内含子基因之间基因之间基因之间基因之间基因之间 | 无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化 |
表2-2
| ASSAY_ID | rs | SNP位点 | SNP序列(SEQ IDNO) | 染色体# | 染色体位置 | 条带 | 基因 |
| DMX_054 | rs872883 | C→A | 41和42 | 4 | 6582619 | 4p16.1 | PPP2R2C |
| DMX_056 | rs752139 | A→G | 43和44 | 5 | 175943870 | 5q35.2 | PC-LKC |
| DMX_060 | rs1769972 | G→A | 45和46 | 6 | 106782512 | 6q21 | APG5L |
| DMX_061 | rs1322532 | T→C | 47和48 | 6 | 19175693 | 6p22.3 | 基因之间 |
| DMX_062 | rs2058501 | C→T | 49和50 | 7 | 120274187 | 7d31.31 | FLJ21986 |
| DMX_063 | rs1563047 | G→C | 51和52 | 7 | 134030698 | 7q33 | CALD1 |
| DMX_065 | rs38809 | C→T | 53和54 | 7 | 91792235 | 7q21.2 | PEX1 |
| DMX_067 | rs1054748 | G→A | 55和56 | 8 | 37837626 | 8p12 | RAB11FIP |
| DMX_068 | rs1434940 | A→G | 57和58 | 8 | 69660204 | 8q13.3 | VEST1 |
| DMX_069 | rs1059033 | T→C | 59和60 | 9 | 77736025 | 9q21.2 | GNAQ |
| DMX_104 | rs492220 | T→C | 61和62 | 1 | 94254590 | 1p22.1 | ABCA4 |
| DMX_105 | rs685328 | A→C | 63和64 | 10 | 117138050 | 10q25.3 | ATRNL1 |
| DMX_116 | rs1461986 | T→C | 65和66 | 13 | 75506683 | 13q22.2 | 基因之间 |
| DMX_117 | rs1815620 | T→C | 67和68 | 14 | 50995615 | 14q22.1 | 基因之间 |
| DMX_120 | rs293398 | A→G | 69和70 | 15 | 87459425 | 15q26.1 | ABHD2 |
| DMX_136 | rs1686492 | T→C | 71和72 | 2 | 10915411 | 2p25.1 | 基因之间 |
| DMX_139 | rs1237905 | A→G | 73和74 | 2 | 168278137 | 2q24.3 | 基因之间 |
| DMX_150 | rs589682 | A→G | 75和76 | 3 | 122172648 | 3q13.33 | STXBP5L |
| DMX_152 | rs607209 | A→C | 77和78 | 4 | 16808165 | 4p15.32 | 基因之间 |
| DMX_154 | rs197367 | A→G | 79和80 | 7 | 36219096 | 7p14.2 | ANLN |
表2-2(续)
| 描述 | SNP功能 | 氨基酸变化 | 批注 |
| 蛋白质磷酸酶(Protein phosphatase)2(之前的2A),调节亚基B(PR 52),gamma同种型原钙粘蛋白(Protocadherin)LKCAPG5自体吞噬(autophagy)545类似物(酿酒酵母(S.cerevisiae))-假想的蛋白FLJ21986钙调素结合蛋白(Caldesmon)1过氧化物酶体生源因子(Peroxisome biogenesis factor)1RAB11家族相互作用蛋白(family interaction protein)1(I类)前庭-1蛋白(Vestibule-l protein)鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白),q多肽ATP45;结合盒(binding cassette),sub45;家族A(ABC1),成员4引蛋白(Attractin)45类似物1--2-含abhydrolase区(2-containing abhydrolase domain)--突触融合蛋白(Syntaxin)结合蛋白545类似物-胞环蛋白(Anillin),肌动蛋白结合蛋白(actin binding protein)(残余物同源物(scraps homolog),果蝇(Drosophila)) | 内含子内含子内含子基因之间内含子内含子内含子未分类内含子内含子内含子内含子基因之间基因之间mrna-utr基因之间基因之间内含子基因之间编码-非同义的 | 无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化无变化K→R | NCBI build 119中的基因之间NCBI build 119中的KIAA0534NCBI build 119中的KIAA 1006 |
在表1-1和1-2中,栏中的内容定义如下。
-Assay ID代表标记物名称。
-SNP为SNP多态性位点的多态性碱基。此处,A1和A2分别代表低频等位基因(low mass allele)和高频等位基因(high mass allele),作为根据同源MassEXTEND(hME)技术(Sequenom)序列分析的结果,并为了实验的方便任意地设计。
-SNP序列代表含有SNP位点的序列,即,在101位含有等位基因A1或A2的序列。
-在等位基因频率栏,cas_A2、con_A2和Delta分别代表病例组的等位基因A2频率、正常组的等位基因A2频率和cas_A2与con_A2之差的绝对值。此处,cas_A2为病例组中的(基因型A2A2频率×2+基因型A1A2频率)/(样品数×2),而con_A2为正常组中的(基因型A2A2频率×2+基因型A1A2频率)/(样品数×2)。
-基因型频率代表每种基因型的频率。此处,cas_A1A1、cas_A1A2和cas_A2A2分别为病例组中具有基因型A1A1、A1A2和A2A2的个体的数目,而con_A1A1、con_A1A2和con_A2A2分别为正常组中具有基因型A1A1、A1A2和A2A2的个体的数目。
-df=2代表具有两个自由度的chi-平方值。chi-value代表chi-平方值,p-值基于chi-值确定。Chi_exact_p-Value代表卡方检验(chi-square test)的Fisher精确检验的p值。当基因型的数目小于5时,卡方检验的结果可能不准确。在这点上,需要通过Fisher精确检验确定更准确的统计显著性(p-值)。Chi_exact_p-Value是在Fisher精确检验中使用的变量。在本发明中,当p-值≤0.05时,认为病例组的基因型与正常组的不同,即,病例组和正常组之间有显著的区别。
-在危险等位基因栏,当参考等位基因是A2而且病例组的等位基因A2频率大于正常组的等位基因A2频率(即,cas_A2>con_A2)时,就把等位基因A2看作危险等位基因。而在相反的情况下,则把等位基因A1看作危险等位基因。
-优势率(odd ratio)代表病例组中危险等位基因的可能性与正常组中危险等位基因的可能性的比例。在本发明中,使用Mantel-Haenszel优势率方法。CI代表优势率的95%置信区间,并通过(置信区间的下限,置信区间的上限)表示。当1落在置信区间内时,认为危险等位基因与疾病的关联不显著。
-HWE代表Hardy-Weinberg平衡。此处,con_HWE和cas_HWE分别代表正常组和病例组中相对于Hardy-Weinberg平衡的偏差度。基于卡方检验(df=1)中chi_值=6.63(p-值=0.01,df=1),把大于6.63的值看作Hardy-Weinberg不平衡(HWD),而小于6.63的值看作Hardy-Weinberg平衡(HWE)。
-Call rate代表可以对其基因型进行解释的样品的数目比实验中应用的样品总数。此处,cas_call_rate和con_call_rate分别代表病例组和正常组中可解释基因型的样品的数目与应用的样品总数(300个体)的比例。
表1和2显示了基于NCBI build 123的SNP标记物的特性。
如表1-1、1-2、2-1和2-2所示,根据本发明的SEQ ID NOS:1-80的多态性标记物的卡方检验,chi_exact_p-Value在95%置信区间内的4.54×10-4-0.0104范围内。这显示,在SEQ ID NOS:1-80的多态性标记物中,等位基因发生频率的期望值和测量值之间有显著的差异。优势率范围为1.34-2.43,这显示SEQID NOS:1-80的多态性标记物与II型糖尿病有关。
本发明的SEQ ID NOS:1-80的SNPs以显著的频率在II型糖尿病患者组和正常组中发生。因此,本发明的多核苷酸可以有效地应用于II型糖尿病的诊断、指纹分析(fingerprinting analysis)和治疗。具体地,本发明的多核苷酸可用作诊断II型糖尿病的引物或探针。此外,本发明的多核苷酸可用作治疗II型糖尿病的反义DNA或组合物。
本发明也提供了等位基因特异性的用于诊断II型糖尿病的多核苷酸或其互补体,其与包括至少10个核苷酸的连续跨度的多核苷酸杂交,其含有选自核苷酸序列SEQ ID NOS:1-80的核苷酸序列的多态性位点的核苷酸。
等位基因-特异性的多核苷酸指特异性地与每个等位基因杂交的多核苷酸。即,等位基因-特异性的多核苷酸具有在SEQ ID NOS:1-80的多态性序列中区分多态性位点的核苷酸,并特异性地与每个这样的核苷酸杂交的能力。杂交在严谨条件下进行,例如,1M或更小的盐浓度和25℃或更高的温度。例如,5×SSPE(750mM NaCl,50mM Na磷酸盐,5mM EDTA,pH7.4)和25-30℃的条件对于等位基因-特异性探针杂交是适合的。
在本发明中,等位基因-特异性的多核苷酸可为引物。如本文所使用的,术语“引物”指单链寡核苷酸,其在合适的条件下,例如,在包含四种不同的三磷酸核苷和聚合酶如DNA或RNA聚合酶或逆转录酶的缓冲液中以及合适的温度下,作为模板-指导的进行DNA合成的起始点。所述引物的合适长度可根据使用目的变化,通常为15-30个核苷酸。通常,较短的引物分子需要较低的温度以与模板形成稳定的杂交体。引物序列不需要与模板完全互补,但必须足够互补以与模板杂交。优选地,引物的3’-末端与SEQ ID NOS:1-80的每个多态性位点(第101位)的核苷酸对比(align)。引物与含有多态性位点的目标DNA杂交并开始等位基因扩增(allelic amplification),其中引物呈现与目标DNA的完全同源性。引物是成对使用,其第二个引物与相反链杂交。扩增产物通过使用两条引物扩增得到,其意味着有特异性的等位基因形式。本发明的引物包括用于连接酶链式反应(LCR)的多核苷酸片段。
在本发明中,等位基因-特异性的多核苷酸可为探针。如本文所使用的,术语“探针”指杂交探针,即,能够序列-特异性地与核酸的互补链结合的寡核苷酸。这样的探针可为肽核酸,如由Nielsen等在Science 254,1497-1500(1991)中公开的。根据本发明的探针是等位基因-特异性的探针。在这点上,当在源自相同物种的两个成员的核酸片段中有多态性位点时,所述的探针与源自一个成员的DNA片段杂交,而不与源自另一个成员的DNA片段杂交。在此情况下,杂交条件应足够严谨以允许通过等位基因之间杂交强度的显著差异而只与一个等位基因杂交。优选地,探针的中部,即15个核苷酸的探针的第7位,或16个核苷酸的探针的第8或第9位,与SEQ ID NOS:1-80的核苷酸序列的每个多态性位点对应。因此,可引起等位基因之间杂交中的显著差异。本发明的探针可用于检测等位基因的诊断方法中。所述诊断方法包括基于核酸杂交的检测方法,例如,southern印迹。在将DNA芯片用于基于核酸杂交的检测方法的情况中,可以作为在DNA芯片的基板上固定的形式提供探针。
本发明也提供了用于诊断II型糖尿病的微阵列,其包括本发明的多核苷酸或其互补的多核苷酸。微阵列的多核苷酸可以为DNA或RNA。所述的微阵列除了包括本发明的多核苷酸外,与普通的微阵列相同。
本发明也提供了包括本发明的多核苷酸的II型糖尿病诊断试剂盒。该II型糖尿病诊断试剂盒除包括本发明的多核苷酸之外,可包括聚合所必需的试剂,例如,dNTPs、各种聚合酶和着色剂。
本发明也提供了在个体中诊断II型糖尿病的方法,其包括:将核酸样品从所述的个体分离;和测定SEQ ID NOS:1-80的多核苷酸或其互补多核苷酸中至少一个多态性位点(第101位)的核苷酸。此处,当样品核酸的至少一个多态性位点的核苷酸与表1-1、1-2、2-1、2-2、3、4和5中显示的至少一个危险等位基因相同时,可确定该个体具有较高的可能性被诊断为有发生II型糖尿病的危险。
将核酸样品从所述的个体中分离的步骤可通过常规的DNA分离方法进行。例如,可通过使用聚合酶链式反应(PCR)扩增目标核酸然后纯化来获得核酸样品。除PCR之外,可以应用LCR(Wu和Wallace,Genomics 4,560(1989),Landegren等,Science 241,1077(1988))、转录扩增(transcription amplification)(Kwoh等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86,1173(1989))、自动维持序列扩增(self-sustained sequence replication)(Guatelli等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87,1874(1990))或基于核酸序列的扩增(NASBA)。后两种方法与基于等温转录的等温反应相关,并产生30或100倍的RNA单链和DNA双链作为扩增产物。
根据本发明的实施方案,测定多态性位点的核苷酸的步骤包括,将核酸样品杂交到微阵列上并检测杂交结果,在所述的微阵列上固定了用于诊断或治疗II型糖尿病的多核苷酸或其互补多核苷酸,所述多核苷酸包括源自核苷酸序列SEQ ID NOS:1-80的至少10个连续核苷酸并包括多态性位点(第101位)的核苷酸。
微阵列和通过将探针多核苷酸固定在基板上来制备微阵列的方法在有关的技术领域中是熟知的。将本发明的与II型糖尿病相关的探针多核苷酸固定在基板上可使用常规方法容易地进行。核酸在微阵列上的杂交和杂交结果的检测在有关的技术领域中也是熟知的。例如,可以通过用产生可检测信号的标记物质,如荧光物质(例如,Cy3和Cy5)标记核酸样品,将标记的核酸样品杂交到微阵列上,并检测由标记物质产生的信号来进行杂交结果的检测。
根据本发明的另一个实施方案,作为测定多态性位点的核苷酸序列的结果,当检测到至少一个选自SEQ ID NOS:2.4,5,8,9,11,13,16,18,20,21,23,25,27,30,32,33,36,38,40,42,44,46,47,49,51,53,55,57,59,62,63,65,67,69,71,75,77,和80的含有危险等位基因的核苷酸序列时,可确定所述个体具有较高的可能性被诊断为处于发生II型糖尿病的危险中。如果在个体中检测到更多危险等位基因的核苷酸序列,那么可以确定所述个体具有更高的可能性被诊断为处于发生II型糖尿病的危险中。
在下文中,将通过实施例更具体地描述本发明。然而,仅仅为了说明而提供如下的实施例,因此本发明并不局限于如下实施例。
本发明的效果
本发明的多核苷酸可用于II型糖尿病的诊断、治疗或指纹分析。
包括本发明的多核苷酸的微阵列和诊断试剂盒可用于有效诊断II型糖尿病。
根据本发明分析与II型糖尿病有关的多核苷酸的方法可有效地检测II型糖尿病的存在或危险。
本发明的优选实施方式
实施例
实施例1
在此实施例中,DNA样品提取自患者组和正常组的血流,所述患者组由已被诊断为II型糖尿病患者并正在治疗中的300个韩国人组成,所述正常组由没有II型糖尿病症状并且与患者组同年龄的300个韩国人组成,并评价特异性的SNPs的出现频率。所述SNPs选自已知的数据库(NCBI dbSNP:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)或(Sequenom:http://www.realsnp.com/)。与选择的SNPs附近的序列杂交的引物用于测试DNA样品中SNPs的核苷酸。
1.DNA样品的制备
DNA样品从II型糖尿病患者和正常人的血流中提取。DNA提取根据已知的提取方法(Molecular cloning:A Laboratory Manual,p 392,Sambrook,Fritsch和Maniatis,2nd edition,Cold Spring Harbor Press,1989)和由Centrasystem制造的商业试剂盒的说明书进行。在提取的DNA样品中,只使用具有至少1.7的纯度(通过A260/A280nm)的DNA样品。
2.目标DNAs的扩增
目标DNAs为包含待分析的SNP的预定的DNA区域,它们通过PCR扩增。PCR通过如下列条件的常规方法进行。首先,制备目标基因组DNAs。然后,制备下述PCR混合物。
水(HPLC级) 2.24μl
10x缓冲液(15mM MgCl2,25mM MgCl2) 0.5μl
dNTP混合物(GIBCO)(每种25mM) 0.04μl
Taq pol(HotStar)(5U/μl) 0.02μl
正向/反向引物混合物(每种1μM) 0.02μl
DNA 1.00μl
总体积 5.00μl
此处,根据已知数据库中SNP的上游和下游序列设计正向和反向引物。这些引物在下面的表3中列出。
PCR的热循环如下:在95℃温育15分钟;95℃ 30秒,在56℃ 30秒,和在72℃ 1分钟进行45轮循环;在72℃温育3分钟并贮存于4℃。结果,得到扩增的DNA片段,其长度为200个或更少的核苷酸。
3.分析扩增的目标DNA片段中SNPs
使用从Sequenom可得到的同源MassExtension(hME)技术来进行扩增的目标DNA片段中SNPs的分析。MassExtension技术的原理如下。首先,设计立即终止于目标DNA片段中SNPs之前的引物(亦称为“延伸引物”)。然后,将引物与目标DNA片段杂交并进行DNA聚合。此时,聚合溶液含有一种试剂(例如ddTTP),该试剂使聚合反应在掺入与第一个等位核苷酸(例如,A等位基因)互补的核苷酸之后立即终止。这样一来,当第一个等位基因(例如,A等位基因)存在于目标DNA片段中时,得到的产物中只有与该第一个等位基因互补的核苷酸(例如,T核苷酸)从引物延伸。另一方面,当第二个等位基因(例如,G等位基因)存在于目标DNA片段中时,与该第二个等位基因互补的核苷酸(例如,C核苷酸)被添加到引物的3’-末端,然后引物被延伸直到加入与最接近的第一个等位核苷酸互补的核苷酸(例如,T核苷酸)为止。从引物延伸的产物的长度通过质谱法测定。由此,可以鉴定存在于目标DNA片段中的等位基因。实验条件举例如下。
首先,将未反应的dNTPs从PCR产物中去除。为此,加入1.53μl的去离子水,0.17μl的HME缓冲液,0.30μl的虾碱性磷酸酶(shrimp alkalinephosphatase,SAP)并在1.5ml试管中混合以制备SAP酶溶液。将试管在5,000rpm离心10秒。此后,将PCR产物加入SAP溶液管,密封、在37℃温育20分钟然后85℃ 5分钟,并贮存于4℃。
接着,使用扩增的目标DNA片段作为模板进行同源延伸。用于此延伸的反应溶液的组成如下。
水(纳米级去离子水) 1.728μl
hME延伸混合物(含有2.25mMd/ddNTPs的10x缓冲液) 0.200μl
延伸引物(每种100μM) 0.054μl
Thermosequenase(32U/μl) 0.018μl
总体积 2.00μl
将反应溶液与先前制备的目标DNA溶液彻底地混合,并进行spin-down离心。将含有产物混合物的试管或平板紧密地封好,在94℃温育2分钟,接着是94℃ 5秒、52℃ 5秒及72℃ 5秒40个循环的同源延伸,并贮存于4℃。所得到的同源延伸产物以树脂(SpectroCLEAN)洗涤。用于延伸的延伸引物在下面的表3中列出。
表3用于扩增的引物和用于目标DNAs同源延伸的延伸引物
| 标记物 | 扩增引物(SEQ ID NO) | 延伸引物(SEQ ID NO) | |
| 正向引物 | 反向引物 | ||
| DMX_001 | 81 | 82 | 83 |
| DMX_003 | 84 | 85 | 86 |
| DMX_005 | 87 | 88 | 89 |
| DMX_008 | 90 | 91 | 92 |
| DMX_009 | 93 | 94 | 95 |
| DMX_011 | 96 | 97 | 98 |
| DMX_012 | 99 | 100 | 101 |
| DMX_014 | 102 | 103 | 104 |
| DMX_016 | 105 | 106 | 107 |
| DMX_019 | 108 | 109 | 110 |
| DMX_027 | 111 | 112 | 113 |
| DMX_028 | 114 | 115 | 116 |
| DMX_029 | 117 | 118 | 119 |
| DMX_030 | 120 | 121 | 122 |
| DMX_031 | 123 | 124 | 125 |
| DMX_032 | 126 | 127 | 128 |
| DMX_033 | 129 | 130 | 131 |
| DMX_044 | 132 | 133 | 134 |
| DMX_049 | 135 | 136 | 137 |
| DMX_052 | 138 | 139 | 140 |
| DMX_054 | 141 | 142 | 143 |
| DMX_056 | 144 | 145 | 146 |
| DMX_060 | 147 | 148 | 149 |
| DMX_061 | 150 | 151 | 152 |
| DMX_062 | 153 | 154 | 155 |
| DMX_063 | 156 | 157 | 158 |
| DMX_065 | 159 | 160 | 161 |
| DMX_067 | 162 | 163 | 164 |
| DMX_068 | 165 | 166 | 167 |
| DMX_069 | 168 | 169 | 170 |
| DMX_104 | 171 | 172 | 173 |
| DMX_105 | 174 | 175 | 176 |
| DMX_116 | 177 | 178 | 179 |
| DMX_117 | 180 | 181 | 182 |
| DMX_120 | 183 | 184 | 185 |
| DMX_136 | 186 | 187 | 188 |
| DMX_139 | 189 | 190 | 191 |
| DMX_150 | 192 | 193 | 194 |
| DMX_152 | 195 | 196 | 197 |
| DMX_154 | 198 | 199 | 200 |
使用质谱法,MALDI-TOF(基质辅助的激光解吸和离子化-飞行时间法(Matrix Assisted Laser Desorption and Ionization-Time of Flight))来检测延伸产物中的多态性位点的核苷酸。MALDI-TOF根据如下原理操作。当将分析物暴露于激光束时,它与离子化的基质一起,在真空状态下飞向位于相对侧的检测器。此时,计算分析物到达检测器所花费的时间。具有越小质量的物质越快到达检测器。根据这些DNA片段和SNPs的已知核苷酸序列之间的质量差异测定目标DNA片段中SNPs的核苷酸。
使用MALDI-TOF检测目标DNAs多态性位点的核苷酸的结果表1-1、1-2、2-1和2-2中显示。每个等位基因可以以个体中的纯合子(homozygote)或杂合子(heterozygote)的形式存在。然而,给定种群中杂合子频率与纯合子频率之间的分布不超过统计上的显著性水平。根据孟德尔遗传定律(Mendel’sLaw of inheritance)和哈迪-温伯格定律(Hardy-Weinberg Law),构成种群的等位基因的基因组成(genetic makeup)以恒定的频率保持。当基因组成具有统计显著性时,可认为它具有生物学意义。本发明的SNPs以统计上的显著水平在II型糖尿病患者中出现,如表1-1、1-2、2-1和2-2中所示,并因此能够有效地用于诊断II型糖尿病。
序列表
<110>三星电子株式会社
<120>包含与II型糖尿病有关的单核苷酸多态性的多核苷酸、包含该多核苷酸的微阵列和诊断试剂盒以及使用它们分析多核苷酸的方法
<130>PN058287
<160>200
<170>KopatentIn 1.71
<210>1
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>1
taaaaacaga tgggtgatcc cagtcctcta aatataatcg gggatgccaa atcttttcaa 60
agagaattca tatatacaac ttaaaggcca aggagcccaa ctcaatcaaa atttgagcca 120
ggatatgcta agttcaatca gcttgaatat gggcaaagtg taagacctag ccagcacttc 180
agatatatac agagaaccac a 201
<210>2
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>2
taaaaacaga tgggtgatcc cagtcctcta aatataatcg gggatgccaa atcttttcaa 60
agagaattca tatatacaac ttaaaggcca aggagcccaa ttcaatcaaa atttgagcca 120
ggatatgcta agttcaatca gcttgaatat gggcaaagtg taagacctag ccagcacttc 180
agatatatac agagaaccac a 201
<210>3
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>3
gtctgttttt catgggataa tttttattga tctatatcca aattgaattt gaatatactt 60
tattcctatg taatctcctt tgtcctctca aagacattta attttttttt ccaatactgt 120
atttttccgt cctaaaattt ccatttgttt cttttatagt ttttatttta ttgctgagat 180
acttctatca tgtctttcac c 201
<210>4
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>4
gtctgttttt catgggataa tttttattga tctatatcca aattgaattt gaatatactt 60
tattcctatg taatctcctt tgtcctctca aagacattta gttttttttt ccaatactgt 120
atttttccgt cctaaaattt ccatttgttt cttttatagt ttttatttta ttgctgagat 180
acttctatca tgtctttcac c 201
<210>5
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>5
gcagcagtac ggacgttaca ggaaagccat tgctagctct gctcctttaa catgtgtaaa 60
aacatctgtg ggtgacaggc agcaccccag ctcctggggt agtgacagag gctctcagga 120
ctccttccta ttgagatgca cagtggtcta ggtgttcccc aggcaggaac ctgtggaatc 180
tttggctttt ccttgaccta g 201
<210>6
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>6
gcagcagtac ggacgttaca ggaaagccat tgctagctct gctcctttaa catgtgtaaa 60
aacatctgtg ggtgacaggc agcaccccag ctcctggggt ggtgacagag gctctcagga 120
ctccttccta ttgagatgca cagtggtcta ggtgttcccc aggcaggaac ctgtggaatc 180
tttggctttt ccttgaccta g 201
<210>7
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>7
aaaacaagac ttccagcgtt ttggtttgag caactgagtg gatgccagca ctgtttcctg 60
aaatgaataa gcctgggaga agtacaagtc aaaggggagg ggaggtgtta aaattgatca 120
agaactctat tttggacatg ttagtttgac atgttgatta aacgtccaag aggaaaagtc 180
acaaagccag tgagctatgg t 201
<210>8
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>8
aaaacaagac ttccagcgtt ttggtttgag caactgagtg gatgccagca ctgtttcctg 60
aaatgaataa gcctgggaga agtacaagtc aaaggggagg agaggtgtta aaattgatca 120
agaactctat tttggacatg ttagtttgac atgttgatta aacgtccaag aggaaaagtc 180
acaaagccag tgagctatgg t 201
<210>9
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>9
aaactgttca gtaatcctta atgtctagtt ctttccccaa agtacaattg cctgagtaaa 60
ttatcatagg taactttgag aaggaactat gataatcatg ttatataatg aggacttttc 120
tacaaggatt caggtacctc ttcaatgagt tctagatcta gaaactgaca caagtttggg 180
aactaggcaa gaaattgtga c 201
<210>10
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>10
aaactgttca gtaatcctta atgtctagtt ctttccccaa agtacaattg cctgagtaaa 60
ttatcatagg taactttgag aaggaactat gataatcatg gtatataatg aggacttttc 120
tacaaggatt caggtacctc ttcaatgagt tctagatcta gaaactgaca caagtttggg 180
aactaggcaa gaaattgtga c 201
<210>11
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>11
tggagggtgg cagggagctg gaggagcagt gaggacttgc ttgagcagtc ttgacaagat 60
gtggcaggcc cacagccttc actgcctcta ggccccctga atgggtcact gtggttcctt 120
cagacacaag agagacccct tattgcccca gtcccactga cagactctgc ctcccaggcc 180
cactggccct gcccagacat g 201
<210>12
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>12
tggagggtgg cagggagctg gaggagcagt gaggacttgc ttgagcagtc ttgacaagat 60
gtggcaggcc cacagccttc actgcctcta ggccccctga gtgggtcact gtggttcctt 120
cagacacaag agagacccct tattgcccca gtcccactga cagactctgc ctcccaggcc 180
cactggccct gcccagacat g 201
<210>13
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>13
ccaggattag aatccaggtt ttctgaatca tggttcacta ccctcagtga ctgaaataaa 60
tagtgatatt agccaataag aaacctcagg agaggatcca ccctaaagaa tacctttaca 120
gccacagtta ctcaagtcac ttgtttgtcc actcaattac tcagtattta ctgagttcct 180
gttaaaggca ctgggctaag t 201
<210>14
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>14
ccaggattag aatccaggtt ttctgaatca tggttcacta ccctcagtga ctgaaataaa 60
tagtgatatt agccaataag aaacctcagg agaggatcca gcctaaagaa tacctttaca 120
gccacagtta ctcaagtcac ttgtttgtcc actcaattac tcagtattta ctgagttcct 180
gttaaaggca ctgggctaag t 201
<210>15
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>15
taacaactta ccagttacta tattgacatt tatcaagtat tttctggagg tgatgcctta 60
gttgaaagat gagggaaaag ggaacatttc aggtataaag acaggcgaga caggaagact 120
acagggcagg gagcctttcg cttccctaaa aactgcactg cagctgcaca aatcccatta 180
ctctgtcttc atgtatagga t 201
<210>16
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>16
taacaactta ccagttacta tattgacatt tatcaagtat tttctggagg tgatgcctta 60
gttgaaagat gagggaaaag ggaacatttc aggtataaag ccaggcgaga caggaagact 120
acagggcagg gagcctttcg cttccctaaa aactgcactg cagctgcaca aatcccatta 180
ctctgtcttc atgtatagga t 201
<210>17
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>17
tgttttaagt tctcaccttt cccatgatgc aacagagaca actatgtcag aattcagaaa 60
aacaaagatg aaaatgtaat atccatgaag aataagacaa atcaaattat atcatacctg 120
aaagaaacgg aattttgttt ttaaggcaaa caagatccag cagatataat ttttggctct 180
tttgccacat acaaatcact a 201
<210>18
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>18
tgttttaagt tctcaccttt cccatgatgc aacagagaca actatgtcag aattcagaaa 60
aacaaagatg aaaatgtaat atccatgaag aataagacaa gtcaaattat atcatacctg 120
aaagaaacgg aattttgttt ttaaggcaaa caagatccag cagatataat ttttggctct 180
tttgccacat acaaatcact a 201
<210>19
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>19
cacaacccac tgacctcagg tagacctgtg tgtgcctacc tgggcctctg cctacctggt 60
ttctcttctc tattttcttg ttagaggatc ccactcacct tgatatgtct gctcctggaa 120
cctgtccctt ggaatcaagg attctgaaga tccaggcctc ttaggcttat ctccactccc 180
ccagtggccc tctgctgccc c 201
<210>20
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>20
cacaacccac tgacctcagg tagacctgtg tgtgcctacc tgggcctctg cctacctggt 60
ttctcttctc tattttcttg ttagaggatc ccactcacct cgatatgtct gctcctggaa 120
cctgtccctt ggaatcaagg attctgaaga tccaggcctc ttaggcttat ctccactccc 180
ccagtggccc tctgctgccc c 201
<210>21
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>21
ggcaagagcg agttggaatc caccccacac aatcccactg ttgcttctag gctctggcac 60
tcagaagccc accactgaga tgggcacaga gaaccctcaa gccaggagcc aaagcaggcc 120
tgagtggggg gtggagtttg gatttttatg tatgtgtctg ggggacgggg tctgcacagg 180
ctttgcagac ccagcccagg c 201
<210>22
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>22
ggcaagagcg agttggaatc caccccacac aatcccactg ttgcttctag gctctggcac 60
tcagaagccc accactgaga tgggcacaga gaaccctcaa cccaggagcc aaagcaggcc 120
tgagtggggg gtggagtttg gatttttatg tatgtgtctg ggggacgggg tctgcacagg 180
ctttgcagac ccagcccagg c 201
<210>23
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>23
gtgaagcggc agctgaggag acttcagtgc tcgccatggc cgacgaaaag cccaaggaag 60
gagtcaagac agaacaacga tcatattaat ttgaaggtgg tggggcagga tggttctatg 120
gtgcagttta agattaagag gcatacacca ctcagtaaac taatgaaagc ctattgtgaa 180
caacagggat tgtcaatgag g 201
<210>24
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>24
gtgaagcggc agctgaggag acttcagtgc tcgccatggc cgacgaaaag cccaaggaag 60
gagtcaagac agaacaacga tcatattaat ttgaaggtgg cggggcagga tggttctatg 120
gtgcagttta agattaagag gcatacacca ctcagtaaac taatgaaagc ctattgtgaa 180
caacagggat tgtcaatgag g 201
<210>25
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>25
ggggtctggg gagcagagaa accaggcatc tgtgagagag aaaaattagg acggacagag 60
aggagcacag aggaggggtg cagggagagt ccagggggct ccattcctcc tccagctatt 120
tatgtcttca ggcccaggtg cttcctacct atgggttctc caggttatcc ttgtgtcctc 180
tccttgtata aactccctct t 201
<210>26
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>26
ggggtctggg gagcagagaa accaggcatc tgtgagagag aaaaattagg acggacagag 60
aggagcacag aggaggggtg cagggagagt ccagggggct acattcctcc tccagctatt 120
tatgtcttca ggcccaggtg cttcctacct atgggttctc caggttatcc ttgtgtcctc 180
tccttgtata aactccctct t 201
<210>27
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>27
acaaggggga ggcaggcgca caccgcaatg ccaaagagac catgaccatc gagaacccaa 60
aactggagga cactgcaggg gacaccgggc acagcagcct cgaggccccc cgcagccctg 120
acaccctggc cccggtggct tctgagcggc tgcccccaca gcagtcaggg gggcccagag 180
gttgagacaa aacgtaaaga c 201
<210>28
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>28
acaaggggga ggcaggcgca caccgcaatg ccaaagagac catgaccatc gagaacccaa 60
aactggagga cactgcaggg gacaccgggc acagcagcct tgaggccccc cgcagccctg 120
acaccctggc cccggtggct tctgagcggc tgcccccaca gcagtcaggg gggcccagag 180
gttgagacaa aacgtaaaga c 201
<210>29
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>29
ttggtctaaa gtatactttg gtatcaggat tgcaactcta gatttcgtgc tgtttccatt 60
tgcctttatt tttagccttt ttgaatcact gtgttttaag attagttcct gtattctgcg 120
tagagttagg ttttgcttta tatgccaatt cgacaatttt ttttctttta actaaaaagg 180
tgagttgagc tcattcacat t 201
<210>30
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>30
ttggtctaaa gtatactttg gtatcaggat tgcaactcta gatttcgtgc tgtttccatt 60
tgcctttatt tttagccttt ttgaatcact gtgttttaag tttagttcct gtattctgcg 120
tagagttagg ttttgcttta tatgccaatt cgacaatttt ttttctttta actaaaaagg 180
tgagttgagc tcattcacat t 201
<210>31
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>31
acctaggcag ttttatctgt gtgcaaaatt tagaaatgtc attcctgtgg aaatgagcaa 60
atcataaata catcacagaa aagaagtcgc tatttttttg tctttaagtt gttttatagt 120
taaattgtgt cagagagttt gccatctatt ttattcctaa aaaggcctgg tggagaatat 180
atgactttcc ttgatgtaga g 201
<210>32
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>32
acctaggcag ttttatctgt gtgcaaaatt tagaaatgtc attcctgtgg aaatgagcaa 60
atcataaata catcacagaa aagaagtcgc tatttttttg actttaagtt gttttatagt 120
taaattgtgt cagagagttt gccatctatt ttattcctaa aaaggcctgg tggagaatat 180
atgactttcc ttgatgtaga g 201
<210>33
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>33
tgcctgtgcc atgaagctcc gcaggggccc ttccaaccct gggaatgtgt tgccaacaag 60
atcccttctg tccctgtcag gcagaggtgg cagagcactc tttggcagta agctttgtac 120
ccgaaccatt tcttttttca cagtctttag ataaggcagt ttgagttcat ttcaatagct 180
ggtacttccc gggttctgcc a 201
<210>34
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>34
tgcctgtgcc atgaagctcc gcaggggccc ttccaaccct gggaatgtgt tgccaacaag 60
atcccttctg tccctgtcag gcagaggtgg cagagcactc cttggcagta agctttgtac 120
ccgaaccatt tcttttttca cagtctttag ataaggcagt ttgagttcat ttcaatagct 180
ggtacttccc gggttctgcc a 201
<210>35
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>35
agcgtagtag caaactgctg gcccacagcc tgctatgaag taggagttca ttaccttctt 60
cgctccaggt cttgacatgg tccaaagact tgtcttttga agcagccctg ttgtatcctc 120
ttgagttgtc atgacattgt ctgctggtct tccagtggca aaatatccta gactttcaga 180
gctgaaaaaa aaaggtactt t 201
<210>36
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>36
agcgtagtag caaactgctg gcccacagcc tgctatgaag taggagttca ttaccttctt 60
cgctccaggt cttgacatgg tccaaagact tgtcttttga tgcagccctg ttgtatcctc 120
ttgagttgtc atgacattgt ctgctggtct tccagtggca aaatatccta gactttcaga 180
gctgaaaaaa aaaggtactt t 201
<210>37
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>37
gatattgctg ataaagagtt aagtgaagga agtacttaca ggttactaag gactgaaggt 60
ggtgtttttc aaaaaaaatc tcaaaccaaa agcaaaatta ttaaagaagt aatatgctat 120
aatcccagaa gatggatgta gaaagaagaa atctgagtgg aataaaggac cttctaccac 180
caatatcagt caatccaata a 201
<210>38
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>38
gatattgctg ataaagagtt aagtgaagga agtacttaca ggttactaag gactgaaggt 60
ggtgtttttc aaaaaaaatc tcaaaccaaa agcaaaatta gtaaagaagt aatatgctat 120
aatcccagaa gatggatgta gaaagaagaa atctgagtgg aataaaggac cttctaccac 180
caatatcagt caatccaata a 201
<210>39
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>39
ttatgtaatc tactcctagg tagctgatac tatagtaaga tgtaattttt ttttgtcttt 60
gcaaaggtgt tcttgttgct gacaaggaac agcagaatag cgaacaagtt tgtggctaaa 120
cattattccc agattttaaa aaatgttcag tgtgcacaat tgttactacc agatctttgt 180
cagaataatc tttctgtcac t 201
<210>40
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>40
ttatgtaatc tactcctagg tagctgatac tatagtaaga tgtaattttt ttttgtcttt 60
gcaaaggtgt tcttgttgct gacaaggaac agcagaatag tgaacaagtt tgtggctaaa 120
cattattccc agattttaaa aaatgttcag tgtgcacaat tgttactacc agatctttgt 180
cagaataatc tttctgtcac t 201
<210>41
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>41
gagaaacttc tttgcatttg tgagaaaata gtctattgaa ctgcttccaa tctatcaaga 60
tcttgctgta cttccttcat ttactctccc ctgcttttgg ctgaagaatt tttaggcaaa 120
tccaagactc ctgtcgtttc cccgttccat ctgcaggcat ctctgagtgt tgagggcatt 180
tcttgtagcc cagtgctgtt a 201
<210>42
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>42
gagaaacttc tttgcatttg tgagaaaata gtctattgaa ctgcttccaa tctatcaaga 60
tcttgctgta cttccttcat ttactctccc ctgcttttgg atgaagaatt tttaggcaaa 120
tccaagactc ctgtcgtttc cccgttccat ctgcaggcat ctctgagtgt tgagggcatt 180
tcttgtagcc cagtgctgtt a 201
<210>43
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>43
ggaagcctcc tctgcccttg cctctcttgg aactcgaggt ccaccctgac aaagccacac 60
tgggtcccag ccgcagtgtc tctcctggcc cagggagcac atacctggat cctcctcctt 120
caccgtaaag ttgtagctgg actgattgaa gatgggcagg ttatcattga tgtcctgcag 180
tcagagacag gtctgagtcc c 201
<210>44
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>44
ggaagcctcc tctgcccttg cctctcttgg aactcgaggt ccaccctgac aaagccacac 60
tgggtcccag ccgcagtgtc tctcctggcc cagggagcac gtacctggat cctcctcctt 120
caccgtaaag ttgtagctgg actgattgaa gatgggcagg ttatcattga tgtcctgcag 180
tcagagacag gtctgagtcc c 201
<210>45
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>45
aatcagttta agcccctcct tgttagatta ggttcttacg atatgcttag gttctgagtt 60
gttttatttc cctgtttgtt ttaccttaag cttttttaca gttcattgct gcctggtttg 120
agttggttcc ttattccttc tccttcaagt tgagttacaa ctagtaattg cttgcctaac 180
tttacctgat aagattttat a 201
<210>46
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>46
aatcagttta agcccctcct tgttagatta ggttcttacg atatgcttag gttctgagtt 60
gttttatttc cctgtttgtt ttaccttaag cttttttaca attcattgct gcctggtttg 120
agttggttcc ttattccttc tccttcaagt tgagttacaa ctagtaattg cttgcctaac 180
tttacctgat aagattttat a 201
<210>47
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>47
gcttgaggta gaaaatggag cagggtaggg accaagtgga aaataattgc catagctact 60
gagacaggag agaagaaaat gtgtatatga gaaaacagtt tgttttggct agaataaatg 120
atgcatgagg gcaaaaagcc agagtgtgct tataaaagta agtggtagct gaaactcatc 180
agaataatga caaaataaag g 201
<210>48
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>48
gcttgaggta gaaaatggag cagggtaggg accaagtgga aaataattgc catagctact 60
gagacaggag agaagaaaat gtgtatatga gaaaacagtt cgttttggct agaataaatg 120
atgcatgagg gcaaaaagcc agagtgtgct tataaaagta agtggtagct gaaactcatc 180
agaataatga caaaataaag g 201
<210>49
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>49
tctctgttga gtaacataac attttcatta acccttaaag gctatggagc cagaagcata 60
gcaagtaaac acccatgacc agccacttga ggtgaagaga ccagatttat ttagattttg 120
tagccatgtt gtatagttca ttcaggatct caagcttccg tacatacgat ttctcttaaa 180
tttaattctg aaaattaaaa t 201
<210>50
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>50
tctctgttga gtaacataac attttcatta acccttaaag gctatggagc cagaagcata 60
gcaagtaaac acccatgacc agccacttga ggtgaagaga tcagatttat ttagattttg 120
tagccatgtt gtatagttca ttcaggatct caagcttccg tacatacgat ttctcttaaa 180
tttaattctg aaaattaaaa t 201
<210>51
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>51
ggggcatgca tttgggaagc agctgtctgt cttcagtttg tgatagtaaa acccagtggt 60
gttatagctc atgctacctg gtagggtact gacatgggaa gagtgaagag agaagtgagt 120
cttggacctg gttcagacac tctctgggaa gaggaagaac acaaaggcca atgaaagaca 180
ggcaacgcgg gaagacgcat a 201
<210>52
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>52
ggggcatgca tttgggaagc agctgtctgt cttcagtttg tgatagtaaa acccagtggt 60
gttatagctc atgctacctg gtagggtact gacatgggaa cagtgaagag agaagtgagt 120
cttggacctg gttcagacac tctctgggaa gaggaagaac acaaaggcca atgaaagaca 180
ggcaacgcgg gaagacgcat a 201
<210>53
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>53
tcaacccaaa caggaaaaat ggcttttgga aaaactattc gaatttgatc tagaagatgt 60
tgttcaaggg aaacagcatg cagctcctag aaccaacaga cgaaaagatc aattcacttt 120
acattttgtc cactccatat ctagttaaaa aaaatctcaa ttcttttttt aaaaaacaaa 180
ttttaatgtg catatttaat a 201
<210>54
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>54
tcaacccaaa caggaaaaat ggcttttgga aaaactattc gaatttgatc tagaagatgt 60
tgttcaaggg aaacagcatg cagctcctag aaccaacaga tgaaaagatc aattcacttt 120
acattttgtc cactccatat ctagttaaaa aaaatctcaa ttcttttttt aaaaaacaaa 180
ttttaatgtg catatttaat a 201
<210>55
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>55
ctaatcttga catctctcct aggggaagaa tatcacaggc taatagcgtg gttgggggtg 60
aagatgatag cagttattaa atcaggaatc tcttttatgt gtgtccttgt tacattgagg 120
ttaagagaca aaatcattgg cagtgcaatc tctttccagg atttcgtttg ctgtggcatt 180
ggttatatca gagcacttta a 201
<210>56
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>56
ctaatcttga catctctcct aggggaagaa tatcacaggc taatagcgtg gttgggggtg 60
aagatgatag cagttattaa atcaggaatc tcttttatgt atgtccttgt tacattgagg 120
ttaagagaca aaatcattgg cagtgcaatc tctttccagg atttcgtttg ctgtggcatt 180
ggttatatca gagcacttta a 201
<210>57
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>57
taactaatat cataagtgac agcaaaataa actacaaact attgcataac tatctcaata 60
ttttaccaaa tatatgcctc ttatccaaca tgagaatcca atcttttatt taactatata 120
ctgaaaatgt cttttaagcc attcttcacc aaactaattt gtaaattatc ceataaaatt 180
ccttcctacc tttcaaagct t 201
<210>58
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>58
taactaatat cataagtgac agcaaaataa actacaaact attgcataac tatctcaata 60
ttttaccaaa tatatgcctc ttatccaaca tgagaatcca gtcttttatt taactatata 120
ctgaaaatgt cttttaagcc attcttcacc aaactaattt gtaaattatc ceataaaatt 180
ccttcctacc tttcaaagct t 201
<210>59
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>59
agcgtatact tgggggcagt gagtgggcct caaagaagtg gcaaaggcag ggccctcagg 60
ctggggtgtt gaggaagtcc tagatgacaa tcgtataata tattcatata aagacagagc 120
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atgtggtggc aaggtcagta a 201
<210>60
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>60
agcgtatact tgggggcagt gagtgggcct caaagaagtg gcaaaggcag ggccctcagg 60
ctggggtgtt gaggaagtcc tagatgacaa tcgtataata cattcatata aagacagagc 120
aatagcaaca tgtcctcagc cttacaaaag gaacttaaac gtgaaatttt cttccaaatt 180
atgtggtggc aaggtcagta a 201
<210>61
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>61
aggcaggctc tgaactcagg cacccccaga gctggatcct gttcgctcct cttaatggtc 60
atgcgtggga tcttatttaa cctctttaag ccctggcttc tcatctgcaa attggcaatg 120
ataatggtgc aagcctcatg gagctgtgag aattaaatga agcatatgtg tgtaaaagca 180
gttggcacag tacttggcat a 201
<210>62
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>62
aggcaggctc tgaactcagg cacccccaga gctggatcct gttcgctcct cttaatggtc 60
atgcgtggga tcttatttaa cctctttaag ccctggcttc ccatctgcaa attggcaatg 120
ataatggtgc aagcctcatg gagctgtgag aattaaatga agcatatgtg tgtaaaagca 180
gttggcacag tacttggcat a 201
<210>63
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>63
tataacataa atgagaaaaa ataacctatc aataataaca atgaagatga ataggcttaa 60
cttatctatt ttgtctcata aagcacaacc aactacatgc actaaagtag agccacattt 120
agaaccaagt gactcagaaa aactaaaaat aagagataga gaaggtttac caggcaaatg 180
gaaacaataa gaatgcagag a 201
<210>64
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>64
tataacataa atgagaaaaa ataacctatc aataataaca atgaagatga ataggcttaa 60
cttatctatt ttgtctcata aagcacaacc aactacatgc cctaaagtag agccacattt 120
agaaccaagt gactcagaaa aactaaaaat aagagataga gaaggtttac caggcaaatg 180
gaaacaataa gaatgcagag a 201
<210>65
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>65
ttcttctttc ctttcaaagg catttactta aaccagactt ttccctcatc tctctcgatc 60
actttggaga ctcaagctaa catactaact cttgctttca tacacacttt ctgtttcttc 120
ttcctgtagt taataacatc ggatggagtg tgttgtaata aatacaattg agggccagga 180
gcaatggctc actcctgtaa t 201
<210>66
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>66
ttcttctttc ctttcaaagg catttactta aaccagactt ttccctcatc tctctcgatc 60
actttggaga ctcaagctaa catactaact cttgctttca cacacacttt ctgtttcttc 120
ttcctgtagt taataacatc ggatggagtg tgttgtaata aatacaattg agggccagga 180
gcaatggctc actcctgtaa t 201
<210>67
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>67
acacggcagc gtagtgaagt gctgaacggt gctagcagct agttaaatag ttctcccctt 60
agattgaccc ttagatctat ttacctataa ctgaaatcca ttggttttac ttctgttctc 120
tgtagcaaca aagcgcaaaa atcactttct ctgacaaggt ctcatgctgt tcagtcattt 180
gctatttttt ctaactcttc t 201
<210>68
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>68
acacggcagc gtagtgaagt gctgaacggt gctagcagct agttaaatag ttctcccctt 60
agattgaccc ttagatctat ttacctataa ctgaaatcca ctggttttac ttctgttctc 120
tgtagcaaca aagcgcaaaa atcactttct ctgacaaggt ctcatgctgt tcagtcattt 180
gctatttttt ctaactcttc t 201
<210>69
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>69
gcagaaaaac agaacatcag ctgttaacct taaaaatcag ggaaatcaca agctaacaaa 60
aaagagaaaa tggtaactct catagccaag gtagctatgg aaacagcttc ccctggaatg 120
gtttcaagta gcctctgcta acaacagtca tcatgagagc tctggtagcc agtgctagag 180
acaggcagaa caaaacaatc t 201
<210>70
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>70
gcagaaaaac agaacatcag ctgttaacct taaaaatcag ggaaatcaca agctaacaaa 60
aaagagaaaa tggtaactct catagccaag gtagctatgg gaacagcttc ccctggaatg 120
gtttcaagta gcctctgcta acaacagtca tcatgagagc tctggtagcc agtgctagag 180
acaggcagaa caaaacaatc t 201
<210>71
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>71
atttcatatt tcaataactg gaatgttcag ctgaaggaca gtcttcagac actgatcagg 60
tattgtctcc atttctccgt gactgtttca gctctgcccc tcttcagctt catccccacg 120
tgggttttcc tcatcttgtg gggtagtttc cagggacaac agggatccat gcttctgccc 180
aagcaaatgc cactcttcta g 201
<210>72
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>72
atttcatatt tcaataactg gaatgttcag ctgaaggaca gtcttcagac actgatcagg 60
tattgtctcc atttctccgt gactgtttca gctctgcccc ccttcagctt catccccacg 120
tgggttttcc tcatcttgtg gggtagtttc cagggacaac agggatccat gcttctgccc 180
aagcaaatgc cactcttcta g 201
<210>73
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>73
gttctctgag cttaggttgt tctcattcta tttctctcaa aagcagctca aagcattacc 60
ctgaagtcta aataagatga aaacattctc aaaatatcta agctcttcta ggctaaaagg 120
aagaaattta atttctctcc tcgggagacc aatctgtaag tgcacaaact aattaaccac 180
tacctgctga agagggagac c 201
<210>74
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>74
gttctctgag cttaggttgt tctcattcta tttctctcaa aagcagctca aagcattacc 60
ctgaagtcta aataagatga aaacattctc aaaatatcta ggctcttcta ggctaaaagg 120
aagaaattta atttctctcc tcgggagacc aatctgtaag tgcacaaact aattaaccac 180
tacctgctga agagggagac c 201
<210>75
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>75
agaactgtat tgtagccctg ccattgtttc ccagtctggg gaagacttaa gcagaaacta 60
ggacttaatt ctgacatttt agttatttct ctgtaggggg aaggttccag attgagcatc 120
tgggcattgg gaaaaatctg gttagaaatt tgggccttcc tgcagattgc gttctctgca 180
gccttatggt accagtcagt t 201
<210>76
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>76
agaactgtat tgtagccctg ccattgtttc ccagtctggg gaagacttaa gcagaaacta 60
ggacttaatt ctgacatttt agttatttct ctgtaggggg gaggttccag attgagcatc 120
tgggcattgg gaaaaatctg gttagaaatt tgggccttcc tgcagattgc gttctctgca 180
gccttatggt accagtcagt t 201
<210>77
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>77
cagcattgat tgactcccgt gagcaaagaa gccattagca ctctcacact tcttccctcc 60
aaacctcccg ccacctccca gttttcgtta gctagagcat aattttactc tgtcaggact 120
gtagtatttg cattctgctt tgtagcaata attctcaaca attttttagt attaagtcta 180
tatttaaatg gattcaatgt t 201
<210>78
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>78
cagcattgat tgactcccgt gagcaaagaa gccattagca ctctcacact tcttccctcc 60
aaacctcccg ccacctccca gttttcgtta gctagagcat cattttactc tgtcaggact 120
gtagtatttg cattctgctt tgtagcaata attctcaaca attttttagt attaagtcta 180
tatttaaatg gattcaatgt t 201
<210>79
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>79
atggttttta actcttttct gaaaacattt tcagatgaca ttcctgaaag ctcactcttc 60
tcaccaatgc catcagagga aaaggctgct tcccctccca aacctctgct ttcaaatgcc 120
tcggcaactc cagttggcag aaggggccgt ctggccaatc ttgctgcaac tatttgctcc 180
tgggaagatg atgtaaatca c 201
<210>80
<211>201
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<400>80
atggttttta actcttttct gaaaacattt tcagatgaca ttcctgaaag ctcactcttc 60
tcaccaatgc catcagagga aaaggctgct tcccctccca gacctctgct ttcaaatgcc 120
tcggcaactc cagttggcag aaggggccgt ctggccaatc ttgctgcaac tatttgctcc 180
tgggaagatg atgtaaatca c 201
<210>81
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>81
acgttggatg atacaactta aaggccaagg 30
<210>82
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>82
acgttggatg gcccatattc aagctgattg 30
<210>83
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>83
ttaaaggcca aggagcccaa 20
<210>84
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>84
acgttggatg gtaatctcct ttgtcctctc 30
<210>85
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>85
acgttggatg caaatggaaa ttttaggacg g 31
<210>86
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>86
ttgtcctctc aaagacattt a 21
<210>87
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>87
acgttggatg ctcaatagga aggagtcctg 30
<210>88
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>88
acgttggatg aaacatctgt gggtgacagg 30
<210>89
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>89
ctgagagcct ctgtcac 17
<210>90
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>90
acgttggatg catgtcaaac taacatgtcc 30
<210>91
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>91
acgttggatg gggagaagta caagtcaaag 30
<210>92
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>92
ttcttgatca attttaacac ctc 23
<210>93
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>93
acgttggatg cataggtaac tttgagaagg 30
<210>94
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>94
acgttggatg aggtacctga atccttgtag 30
<210>95
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>95
gagaaggaac tatgataatc atg 23
<210>96
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>96
acgttggatg agcagtcttg acaagatgtg 30
<210>97
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>97
acgttggatg tgtgtctgaa ggaaccacag 30
<210>98
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>98
ctgcctctag gccccctga 19
<210>99
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>99
acgttggatg agccaataag aaacctcagg 30
<210>100
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>100
acgttggatg agtgacttga gtaactgtgg 30
<210>101
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>101
aaacctcagg agaggatcca 20
<210>102
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>102
acgttggatg tggaggtgat gccttagttg 30
<210>103
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>103
acgttggatg tgccctgtag tcttcctgtc 30
<210>104
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>104
agggaacatt tcaggtataa ag 22
<210>105
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>105
acgttggatg gatgaaaatg taatatccat g 31
<210>106
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>106
acgttggatg caaaattccg tttctttcag 30
<210>107
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>107
taatatccat gaagaataag acaa 24
<210>108
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>108
acgttggatg tgattccaag ggacaggttc 30
<210>109
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>109
acgttggatg cctacctggt ttctcttctc 30
<210>110
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>110
gttccaggag cagacatatc 20
<210>111
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>111
acgttggatg agaagcccac cactgagatg 30
<210>112
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>112
acgttggatg aaaatccaaa ctccaccccc 30
<210>113
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>113
gggcacagag aaccctcaa 19
<210>114
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>114
acgttggatg actgcaccat agaaccatcc 30
<210>115
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>115
acgttggatg caaggaagga gtcaagacag 30
<210>116
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>116
catagaacca tcctgcccc 19
<210>117
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>117
acgttggatg ggcctgaaga cataaatagc 30
<210>118
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>118
acgttggatg aaattaggac ggacagagag 30
<210>119
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>119
taaatagctg gaggaggaat g 21
<210>120
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>120
acgttggatg aacccaaaac tggaggacac 30
<210>121
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>121
acgttggatg agccgctcag aagccaccg 29
<210>122
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>122
accgggcaca gcagcct 17
<210>123
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>123
acgttggatg aactctacgc agaatacagg 30
<210>124
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>124
acgttggatg ttcgtgctgt ttccatttgc 30
<210>125
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>125
ctacgcagaa tacaggaact aa 22
<210>126
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>126
acgttggatg catcacagaa aagaagtcgc 30
<210>127
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>127
acgttggatg tagatggcaa actctctgac 30
<210>128
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>128
gaaaagaagt cgctattttt ttg 23
<210>129
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>129
acgttggatg ggttcgggta caaagcttac 30
<210>130
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>130
acgttggatg atgtgttgcc aacaagatcc 30
<210>131
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>131
gggtacaaag cttactgcca a 21
<210>132
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>132
acgttggatg gaccagcaga caatgtcatg 30
<210>133
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>133
acgttggatg ggtcttgaca tggtccaaag 30
<210>134
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>134
gaggatacaa cagggctgc 19
<210>135
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>135
acgttggatg gactgaaggt ggtgtttttc 30
<210>136
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>136
acgttggatg ccatcttctg ggattatagc 30
<210>137
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>137
aatctcaaac caaaagcaaa atta 24
<210>138
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>138
acgttggatg tgttgctgac aaggaacag 29
<210>139
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>139
acgttggatg ctgggaataa tgtttagcca c 31
<210>140
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>140
tgacaaggaa cagcagaata g 21
<210>141
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>141
acgttggatg ccttcattta ctctcccctg 30
<210>142
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>142
acgttggatg cgacaggagt cttggatttg 30
<210>143
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>143
ttactctccc ctgcttttgg 20
<210>144
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>144
acgttggatg tgacaaagcc acactgggt 29
<210>145
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>145
acgttggatg tacggtgaag gaggaggatc 30
<210>146
<211>18
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>146
tcctggccca gggagcac 18
<210>147
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>147
acgttggatg aaggaaccaa ctcaaaccag 30
<210>148
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>148
acgttggatg cgatatgctt aggttctgag 30
<210>149
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>149
ctcaaaccag gcagcaatga a 21
<210>150
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>150
acgttggatg gctttttgcc ctcatgcatc 30
<210>151
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>151
acgttggatg ctactgagac aggagagaag 30
<210>152
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>152
gcatcattta ttctagccaa aac 23
<210>153
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>153
acgttggatg aagtaaacac ccatgaccag 30
<210>154
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>154
acgttggatg gcttgagatc ctgaatgaac 30
<210>155
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>155
agccacttga ggtgaagaga 20
<210>156
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>156
acgttggatg gtccaagact cacttctctc 30
<210>157
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>157
acgttggatg acccagtggt gttatagctc 30
<210>158
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>158
agactcactt ctctcttcac t 21
<210>159
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>159
acgttggatg tgttcaaggg aaacagcatg 30
<210>160
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>160
acgttggatg ggagtggaca aaatgtaaag 30
<210>161
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>161
cagctcctag aaccaacaga 20
<210>162
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>162
acgttggatg tggaaagaga ttgcactgcc 30
<210>163
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>163
acgttggatg acaggctaat agcgtggttg 30
<210>164
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>164
cctcaatgta acaaggaca 19
<210>165
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>165
acgttggatg tgcctcttat ccaacatgag 30
<210>166
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>166
acgttggatg ggtgaagaat ggcttaaaag 30
<210>167
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>167
tcttatccaa catgagaatc ca 22
<210>168
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>168
acgttggatg taaggctgag gacatgttgc 30
<210>169
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>169
acgttggatg aaagaagtgg caaaggcagg 30
<210>170
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>170
gctctgtctt tatatgaat 19
<210>171
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>171
acgttggatg cttgcaccat tatcattgcc 30
<210>172
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>172
acgttggatg tcttaatggt catgcgtggg 30
<210>173
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>173
ttgccaattt gcagatg 17
<210>174
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>174
acgttggatg gtctcataaa gcacaaccaa c 31
<210>175
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>175
acgttggatg gtcacttggt tctaaatgtg g 31
<210>176
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>176
aagcacaacc aactacatgc 20
<210>177
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>177
acgttggatg actacaggaa gaagaaacag 30
<210>178
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>178
acgttggatg ctctcgatca ctttggagac 30
<210>179
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>179
agaagaaaca gaaagtgtgt 20
<210>180
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>180
acgttggatg gttgctacag agaacagaag 30
<210>181
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>181
acgttggatg gttctcccct tagattgacc 30
<210>182
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>182
gagaacagaa gtaaaacca 19
<210>183
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>183
acgttggatg tgactgttgt tagcagaggc 30
<210>184
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>184
acgttggatg ggtaactctc atagccaagg 30
<210>185
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>185
ttccagggga agctgtt 17
<210>186
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>186
acgttggatg ttctccgtga ctgtttcagc 30
<210>187
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>187
acgttggatg ggaaactacc ccacaagatg 30
<210>188
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>188
tgtttcagct ctgcccc 17
<210>189
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>189
acgttggatg gtctcccgag gagagaaatt 30
<210>190
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>190
acgttggatg ccctgaagtc taaataagat g 31
<210>191
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>191
tccttttagc ctagaagagc 20
<210>192
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>192
acgttggatg gggaagactt aagcagaaac 30
<210>193
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>193
acgttggatg caatgcccag atgctcaatc 30
<210>194
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>194
tatttctctg taggggg 17
<210>195
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>195
acgttggatg atactacagt cctgacagag 30
<210>196
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>196
acgttggatg acttcttccc tccaaacctc 30
<210>197
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>197
tacagtcctg acagagtaaa at 22
<210>198
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>198
acgttggatg gctcactctt ctcaccaatg 30
<210>199
<211>30
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>199
acgttggatg gttgccgagg catttgaaag 30
<210>200
<211>17
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>引物
<400>200
ggctgcttcc cctccca 17
Claims (9)
1.用于诊断或治疗II型糖尿病的多核苷酸,其包含选自核苷酸序列SEQID NOS:1-80的核苷酸序列的至少10个连续的核苷酸,并包含在所述核苷酸序列的201位的核苷酸,或其互补多核苷酸。
2.用于诊断或治疗II型糖尿病的多核苷酸,其与权利要求1的多核苷酸或其互补多核苷酸杂交。
3.权利要求1或2的多核苷酸,其长度为10至100个核苷酸。
4.权利要求1的多核苷酸,其为引物或探针。
5.用于诊断II型糖尿病的微阵列,其包含权利要求1的多核苷酸或其互补多核苷酸。
6.用于诊断II型糖尿病的试剂盒,其包含权利要求1的多核苷酸或其互补多核苷酸。
7.在个体中诊断II型糖尿病的方法,其包括:
(a)从个体中分离核酸样品;和
(b)在SEQ ID NOS:1-80的多核苷酸或其互补多核苷酸中测定至少一个多态性位点(第101位)的核苷酸。
8.权利要求7的方法,其中测定至少一个多态性位点的核苷酸的步骤包括:
将所述核酸样品在微阵列上杂交,在该微阵列上固定了权利要求1的多核苷酸或其互补多核苷酸;和
检测杂交结果。
9.权利要求7的方法,其中当检测到至少一个选自SEQ ID NOS:2.4,5,8,9,11,13,16,18,20,21,23,25,27,30,32,33,36,38,40,42,44,46,47,49,51,53,55,57,59,62,63,65,67,69,71,75,77,和80的含有危险等位基因的核苷酸序列时,可确定所述个体具有较高的可能性被诊断为处于发生II型糖尿病的危险中。
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