CN121175058A - 包含细菌聚生体的组合物 - Google Patents

Abstract

本发明提供了反映肠道微生物组复杂性并增加期望的最终代谢物产生的细菌菌株聚生体及其用途。

Description

包含细菌聚生体的组合物

技术领域

本发明涉及微生物学领域。本发明提供了包含细菌菌株聚生体的组合物及其用途。

背景技术

基于肠道微生物组的活体生物治疗产品（LBP）正在成为治疗大量慢性疾病的新颖模式。治疗目的是通过施用活微生物来诱导肠道微生物群的靶向调节，以逆转菌群失调并促进恢复。

来自健康供体的粪便微生物群转移（fecal microbiota transfer，FMT）目前是将患病微生物群恢复到健康状态的最成功的方法。然而，尚未完全理解健康微生物群的具体特性是什么，以及这些特性可能如何促进恢复，导致FMT对不同疾病的功效不一。此外，FMT发生不良事件的可能性引起了关键的安全性问题。

表征良好的确定的细菌聚生体代表了FMT的更安全且更受控的替代物。因为健康的微生物群典型地含有数百种菌株，所以单纯地在确定的产品中重建完整的分类多样性是难以实现的。然而，可以通过去除功能上冗余的菌株并聚焦于对特定治疗目标关键的那些微生物功能来降低复杂性。虽然原则上是直观的，但将这种功能概念转化为确定的聚生体并不简单，因为大多数肠道微生物群仍然未培养且未表征。另外，将微生物混合在一起并不保证它们彼此相互作用并占据需要微生物网络的功能生态位。因此，不能始终保证产品稳定性、标准化和重要功能的性能。

因此，需要设计具替代性和特异性的细菌物种聚生体，其可以反映肠道微生物组复杂性并且可以有效地用于预防或治疗肠道菌群失调和与这种病症相关的疾病或障碍。

另外，本领域已知肠道菌群失调损害短链脂肪酸（SCFA）的产生，短链脂肪酸是通过未消化的膳食碳水化合物的细菌发酵在肠腔内产生的具有一至六个碳的有机脂肪酸。乙酸、丙酸和丁酸是胃肠道（GIT）中产生的最丰富的SCFA。

在SCFA研究中，已经有许多关于丁酸的作用及其在人类健康中的潜在应用的研究。已知丁酸对上皮屏障功能和整体肠道健康具有有益作用。它是调节肠道内的人细胞和微生物细胞的多种功能的细胞介质，这些功能包括基因表达、免疫调节和氧化应激降低。哺乳动物细胞不产生大量的丁酸，因此唯一重要的来源是肠道微生物组和乳制品的摄取。

因此，需要开发特定的细菌物种聚生体，其既可以反映肠道微生物组复杂性又可以增加期望的最终代谢物（如丁酸）的产生，以预防或治疗肠道菌群失调和相关疾病或障碍。

发明内容

在此，诸位发明人提出了细菌菌株聚生体，其中肠道微生物组的总体功能基于“分工”的原理在细菌菌株之间划分。诸位发明人特别地选择了涵盖大肠中碳水化合物代谢的基本要素的肠道厌氧细菌。

使用连续共培养发酵，诸位发明人证实了在这类聚生体中可再现地建立了组成和代谢平衡，其中碳水化合物完全发酵类似于健康肠道微生物组。这种共培养的聚生体表现地不同于相同但单独培养的细菌菌株的等效混合物。

诸位发明人已经特别地设计了反映人肠道微生物组的碳水化合物降解代谢网络的细菌聚生体，该网络随时间的推移是稳定的并且避免中间代谢物的积累，同时可靠地产生最终代谢物。诸位发明人出人意料地发现，这类聚生体能够增强丁酸产生，而不会使聚生体不稳定。向丁酸的转变可以通过特别选择发挥所述代谢网络的丁酸产生功能的细菌菌株（如细菌菌株直肠阿加索杆菌（Agathobacter rectalis）和粪厌氧棒杆菌（Anaerostipescaccae））来实现。

诸位发明人证明了直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌的组合以及哈利厌氧丁酸菌（Anaerobutyricum hallii）和直肠阿加索杆菌的组合对丁酸产生的协同作用。共培养物的代谢谱超过了独立培养的每种菌株的丁酸产生的总和。

在第一方面，本发明涉及一种包含厌氧细菌菌株、特别是肠道微生物组的厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，并且包含不超过15种不同的细菌菌株，用于治疗由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍。

本发明特别地涉及一种包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，并且包含不超过15种不同的细菌菌株，用于治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍。

该肠道菌群失调特别地选自由以下组成的组：抗生素治疗后的肠道菌群失调、被万古霉素耐药性肠球菌感染后的肠道菌群失调、被碳青霉烯耐药性肠球菌感染后的肠道菌群失调和感染后腹泻后的肠道菌群失调。

该由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍特别地选自由以下组成的组：炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病；类风湿性关节炎；多发性硬化症；移植物抗宿主病；实体癌和液体癌，特别是胃肠癌、结直肠癌和急性髓系白血病。

特别地，该由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍选自由以下组成的组：抗生素治疗后、被万古霉素耐药性肠球菌感染后、被碳青霉烯耐药性肠球菌感染后或感染后腹泻后的菌群失调；炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病；类风湿性关节炎；多发性硬化症；移植物抗宿主病；实体癌和液体癌，特别是胃肠癌、结直肠癌和急性髓系白血病。

在一些实施例中，该聚生体包含i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸、乳酸、琥珀酸、乙酸、丁酸和/或丙酸的细菌菌株，其中这些主要底物选自由以下组成的组：糖、淀粉、纤维和蛋白质及其任何组合。

优选地，该聚生体包含一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株。

另外地或可替代地，该聚生体包含：

-一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株；

-一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株；和/或

-一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株。

另外地或可替代地，该聚生体包含：

-一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或

-一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株。

优选地：

- 该能够将主要底物转化为甲酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为甲酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将主要底物转化为乙酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为乙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将主要底物转化为丁酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为丁酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为乳酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为组合代谢物的总碳的至少30%转化为丙酸；

-- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为丙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为琥珀酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将甲酸转化为乙酸的菌株当在包含或补充有甲酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的甲酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为乙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将乙酸转化为丁酸的菌株当在包含或补充有乙酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的乙酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丁酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将乳酸转化为丁酸的菌株当在包含或补充有乳酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的乳酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丁酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

-- 该能够将乳酸转化为丙酸的菌株当在包含或补充有乳酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的乳酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；和/或

-- 该能够将琥珀酸转化为丙酸的菌株当在包含或补充有琥珀酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的甲酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇。

优选地，该组合物不包含一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属（Anaerotignum）新种、梭菌属E群球孢种（Clostridium_E sporosphaeroides）、粪球菌属A群灵巧种（Coprococcus_A catus）、弗赖辛球菌属物种（Frisingococcus sp.）、非典型韦荣球菌（Veillonella atypica）、小韦荣球菌小亚种（Veillonella parvula subsp.parvula）和大鼠韦荣球菌（Veillonella ratti）。更优选地，该组合物不包含一种或多种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、梭菌属E群（Clostridium_E）、粪球菌属A群（Coprococcus_A）、弗赖辛球菌属（Frisingococcus）和韦荣球菌属（Veillonella）。甚至更优选地，该组合物不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株。

优选地，在根据本发明的聚生体中：

- 该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自厌氧丁酸菌属（Anaerobutyricum）、拟杆菌属（Bacteroides）、布劳特氏菌属（Blautia）、柯林斯氏菌属（Collinsella）、粪球菌属（Coprococcus）、多尔氏菌属（Dorea）、丹毒梭菌属（Erysipelatoclostridium）、埃希菌属（Escherichia）、真杆菌属（Eubacterium）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、毛螺菌属（Lachnospira）、长链菌属（Longicatena）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和塞利单胞菌属（Sellimonas）；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；和/或

- 该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自氨基酸球菌属（Acidaminococcus）、尖形杆菌属（Acutalibacter）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、布劳特氏菌属、梭菌属（Clostridium）、梭菌属E群、梭菌属Q群（Clostridium_Q）、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属（Copromonas）、脱硫弧菌属（Desulfovibrio）、多尔氏菌属、肠梭菌属（Enterocloster）、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属（Hungatella）、洪加特菌属A群（Hungatella_A）、奥利弗巴斯蒂菌属（Oliverbapstia）、嗜胨菌属（Peptoniphilus）、消化链球菌属（Peptostreptococcus）、居海事城球杆菌属（Phocaeicola）、根瘤菌科属（Rhiziobiaceae genus）、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；和/或

- 该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自阿加索杆菌属（Agathobacter）、拟杆菌属、巴里库斯菌属（Bariatricus）、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属（Enterococcus）、干酪乳杆菌属/乳杆菌属（Lacticaseibacillus/Lactobacillus）、长链菌属、粪体菌属（Merdisoma）、消化链球菌属、罗斯氏菌属（Roseburia）、链球菌属（Streptococcus）和萨特氏菌属（Sutterella）；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属（Lactobacillus）；和/或

- 该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自尖形杆菌属新属（Acutalibacter nov genus）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属（Parabacteroides）、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属（Prevotella）；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属或普雷沃菌属；和/或

- 该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自布劳特氏菌属、真杆菌属、副梭菌属（Paraclostridium）、土孢杆菌属（Terrisporobacter）和肠杆菌属（Intestinibacter）；优选地选自布劳特氏菌属和真杆菌属；甚至更优选地选自布劳特氏菌属或肠杆菌属；和/或

- 该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自小杆菌属（Dialister）、解黄酮菌属（Flavonifractor）、考拉杆菌属（Phascolarctobacterium）、考拉杆菌属A群（Phascolarctobacterium_A）和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

优选地，在根据本发明的聚生体中：

该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；

该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自布劳特氏菌属、真杆菌属、土孢杆菌属和肠杆菌属；和/或

该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属。

优选地，在根据本发明的聚生体中：

该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；

该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；

该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自布劳特氏菌属、真杆菌属、土孢杆菌属和肠杆菌属；和/或

该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属和考拉杆菌属A群。

特别地，在根据本发明的聚生体中：

该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株来自瘤胃球菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株来自双歧杆菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株来自乳杆菌属；

该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株来自拟杆菌属或普雷沃菌属；

该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株来自布劳特氏菌属或土孢杆菌属，优选地来自布劳特氏菌属；和/或

该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株来自考拉杆菌属。

甚至更优选地，在根据本发明的聚生体中：

- 该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自物种克拉鲁斯拟杆菌（Bacteroides clarus）（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（Blautiahydrogenotrophica）（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（Collinsellaaerofaciens）（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（Coprococcuseutactus）（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（Dorea formicigenerans）（例如，ATCC27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（Dorea longicatena）（例如，DSM 13814、JCM11232）、多枝丹毒梭菌（Erysipelatoclostridium ramosum）（例如，ATCC 25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（Eubacterium ramulus）（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM31355）、普氏粪杆菌（Faecalibacterium prausnitzii）（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（Lachnospira (Eubacterium)eligens）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（Longicatena sp.）（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（Ruminococcus bromii）（例如，ATCC 27255）和肠塞利单胞菌（Sellimonas intestinalis）（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌（Lachnospira eligens）和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；最优选地来自物种布氏瘤胃球菌；和/或

-该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种肠氨基酸球菌（Acidaminococcus intestini）（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（Bifidobacterium adolescentis）（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（Bifidobacterium catenulatum）（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（Bifidobacterium longum）（例如，ATCC 15707、DSM 20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（Bifidobacterium pseudocatenulatum）（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM1200）、反刍双歧杆菌（Bifidobacterium ruminantium）（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（Clostridiumperfringens）（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（Clostridium_Q symbiosum）（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（Copromonas sp.）（特别是具有如SEQ ID NO: 2、3、4或8所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（Desulfovibrio piger）（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌（Dorea scindens）、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（Enterocloster sp.）（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（Escherichia coli）（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（Eubacteriumcallanderi）（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（Eubacteriumlimosum）（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（Hungatellaeffluvii）（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（Hungatella_A sp.）（特别是具有如SEQID NO: 5所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（Oliverbapstia sp.）（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（Peptoniphilusvaginalis）（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（Peptostreptococcus anaerobius）（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（Phocaeicola plebeius）（例如，DSM17135、JCM 12973）、根瘤菌科新属（Rhizobiaceae nov. genus）（特别是具有如SEQ ID NO:13所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；最优选地来自物种青春双歧杆菌；和/或

-该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自物种粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（Agathobacter/Roseburia faecis）（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（Bacteroides faecis）（例如，DSM 24798、JCM16478）、单形拟杆菌（Bacteroides uniformis）（例如，DSM 6597、ATCC 8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（Bariatricus comes）（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（Enterococcus faecium）（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（Enterococcus gallinarum）（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（Lacticaseibacillus rhamnosus/Lactobacillus rhamnosus）（例如，ATCC 7469、DSM20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（MerdisomaAerosacheriphilus）（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（Peptostreptococcus stomatis）（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（Roseburia hominis）（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（Streptococcus anginosus）（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（Sutterella wadsworthensis）（例如，ATCC 51579、DSM 14016）；优选地选自物种粪阿加索杆菌（Agathobacter faecis）（也称为粪罗斯氏菌（Roseburia faecis））、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌（Lacticaseibacillus rhamnosus）（也称为鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus））、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌（也称为鼠李糖乳杆菌）、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；最优选地来自物种鼠李糖乳杆菌；和/或

-该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（Bacteroides fragilis）（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（Bacteroides thetaiotaomicron）（例如，ATCC 29148、DSM 2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（Bacteroides xylanisolvens）（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、狄氏副拟杆菌（Parabacteroides distasonis）（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（Phocaeicola dorei）（例如，DSM 17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（Phocaeicola vulgatus）（例如，ATCC 8482、DSM1447、JCM 5826）和粪便普雷沃菌（Prevotella copri）（例如，DSM 18205、JCM 13464）；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；最优选地选自物种尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、粪便普雷沃菌和解木聚糖拟杆菌；

-该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、布劳特氏菌属A群韦氏种（Blautia_A wexlerae）、布劳特氏菌属A群鲁提种（Blautia_A luti）（例如，DSM 14534）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、解糖土孢杆菌（Terrisporobacter glycolicus）（例如，DSM 1288、ATTC 14880）、马约贝土孢杆菌（Terrisporobacter mayombei）（例如，DSM 6539）、奥思尼土孢杆菌（Terrisporobacter othiniensis）（例如，DSM 29186）和巴特利特肠杆菌（Intestinibacter bartlettii）（例如，DSM 16795）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌或巴特利特肠杆菌；和/或

-该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自物种人小杆菌（Dialister hominis）（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（Dialister invisus）（例如，DSM15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（Flavonifractor plautii）（例如，ATCC 29863、DSM4000）、屎考拉杆菌（Phascolarctobacterium faecium）（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（Phascolarctobacterium_A succinatutens）（例如，DSM 22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种；更优选地选自物种屎考拉杆菌。

在特定实施例中，在根据本发明的聚生体中：

-该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自物种克拉鲁斯拟杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种、布氏瘤胃球菌和肠塞利单胞菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种肠氨基酸球菌、尖形杆菌属新属（具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、产气荚膜梭菌、梭菌属E群球孢种、梭菌属Q群共生种、产气柯林斯氏菌、粪单胞菌属物种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种、大肠杆菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、恶臭洪加特菌、洪加特菌属A群物种、奥利弗巴斯蒂菌属物种、阴道嗜胨菌、厌氧消化链球菌、普莱贝居海事城球杆菌、根瘤菌科新属、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌和大鼠韦荣球菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自物种粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、粪拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、青春双歧杆菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、长链菌属物种、需氧嗜糖粪体菌、胃消化链球菌、人罗斯氏菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属（具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种、粪拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体）、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；和/或

-该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自物种人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌、考拉杆菌属A群产琥珀酸种、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌。

在特定实施例中，在根据本发明的聚生体中：

-该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自物种粪阿加索杆菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体）、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；和/或

-该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自物种人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在特定实施例中，在根据本发明的聚生体中：

-该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自物种单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、粪便普雷沃菌和解木聚糖拟杆菌；

-该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体）、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌和马约贝土孢杆菌；和/或

-该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自物种人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在特定实施例中，在根据本发明的聚生体中：

-该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株来自物种布氏瘤胃球菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌和反刍双歧杆菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株来自物种鼠李糖乳杆菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌和粪便普雷沃菌；

-该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌；和/或

-该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株来自物种屎考拉杆菌。

在特定实施例中，在根据本发明的聚生体中：

-该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株是布氏瘤胃球菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株是青春双歧杆菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株是鼠李糖乳杆菌；

-该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、粪便普雷沃菌和解木聚糖拟杆菌；

-该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株是产氢营养型布劳特氏菌；和/或

-该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株是屎考拉杆菌。

在特定实施例中，在根据本发明的聚生体中：

- 该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株包含布氏瘤胃球菌或由其组成；和/或

- 该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株包含青春双歧杆菌或由其组成；和/或

- 该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株包含鼠李糖干酪乳杆菌（也称为鼠李糖乳杆菌）或由其组成；和/或

- 该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自解木聚糖拟杆菌、粪便普雷沃菌和尖形杆菌属新属（具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）；优选地选自解木聚糖拟杆菌和粪便普雷沃菌；和/或

- 该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株包含产氢营养型布劳特氏菌或由其组成；和/或

- 该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株包含屎考拉杆菌或由其组成。

特别地，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌以及：

-选自由以下组成的组的细菌：解木聚糖拟杆菌、粪便普雷沃菌和细菌尖形杆菌属新属（具有与SEQ ID NO: 1有90%、95%或99%序列同一性的DNA基因组序列）；以及

-选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、双酶副梭菌（Paraclostridium bifermentans）、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌。

可替代地，该细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌以及：

-选自由以下组成的组的细菌：解木聚糖拟杆菌、粪便普雷沃菌和细菌尖形杆菌属新属（具有与SEQ ID NO: 1有90%、95%或99%序列同一性的DNA基因组序列）；以及

-选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：解糖土孢杆菌、奥思尼土孢杆菌、布劳特氏菌属A群鲁提种和布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体）。

优选地，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，在上述任何细菌聚生体中，产氢营养型布劳特氏菌可以被选自由以下组成的组的细菌替代：双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌，优选地被巴特利特肠杆菌替代。可替代地，在本文所述的任何细菌聚生体中，产氢营养型布劳特氏菌可以被细菌替代，该细菌选自由以下组成的组：布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌，优选地选自由以下组成的组：布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌，甚至更优选地选自由以下组成的组：奥思尼土孢杆菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有SEQ ID NO: 1的DNA基因组序列的细菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌、屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种、屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌。

特别地，本发明的组合物包含5与15种之间的不同的细菌菌株、优选6与10种之间的不同的细菌菌株。

优选地，本发明的组合物不含或基本上不含琥珀酸、甲酸和/或乳酸。

在一些实施例中，本发明的组合物包含：

- 丙酸、乙酸和/或丁酸；

- 药物赋形剂或载体；和/或

- 选自由以下组成的组的组分：冷冻保护介质，特别是甘油；培养基或分散培养基，特别是包含蛋白胨、酵母提取物、单糖、二糖、阿拉伯半乳聚糖、低聚果糖、纤维、甘油、可溶性淀粉、抗性淀粉、木聚糖、矿物质、辅因子、维生素和还原剂；水性凝胶；益生元和聚合物支持物；及其任何组合。

在其他方面，本发明涉及一种如本文所定义的组合物和一种包含这种组合物的生物反应器。

在其他方面，本发明涉及一种用于治疗受试者的肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍的方法，其中该方法包括向所述受试者施用本发明的组合物。

本发明最后涉及本发明的组合物用于制造用以治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍的药物的用途。

具体实施方式

定义

除非另外定义，否则本文所用的所有技术术语、符号和其他科学术语都旨在具有本发明所属领域的技术人员通常理解的含义。

为了可以更容易地理解本发明，下文定义了某些术语。在整个具体实施方式中阐述了另外的定义。

如本文所用，术语“微生物组”和“微生物群”是等效的，并且是指实际上共享给定的相同生境或宿主的共栖、共生且致病的微生物的生态群落。这些术语特别地是指人肠道（gut或intestinal）微生物组。

术语“细菌”、“细菌菌株（bacterium strain）”和“细菌菌株（bacterial strain）”可以可互换地使用，并且表示细菌分类域的任何细菌。由于其功能，属于古细菌分类域的甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）和暂定产甲烷马赛球菌属（CandidatusMethanomassiliicoccus）（在本文中也称为产甲烷马赛球菌属（Methanomassiliicoccus））的物种应当包括在这些术语中。优选地，术语“细菌”、“细菌菌株（bacterium strain）”和“细菌菌株（bacterial strain）”是指细菌分类域。

本文所用的物种的定义由其全基因组和/或其特性部分的序列同一性定义（视情况而定，可以经由参考公共数据库）。例如，具有至少95%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%（优选99.9%）的16S rRNA序列相似性的细菌被认为属于相同分类单元。如技术人员所知，由于研究界的分析方法和途径的发展，命名法不断发生变化。例如，梭菌属已经被细分为梭菌属E群、梭菌属Q群等。基因组到分类单元的先前和当前分配可以例如从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi或从https://gtdb.ecogenomic.org/检索。已经由研究界或部分研究界提出并且可能与本发明相关的命名法的变化包括将球孢梭菌（Clostridium sporosphaeroides）重新分类为梭菌属E群球孢种，将共生梭菌（Clostridium symbiosum）重新分类为梭菌属Q群共生种，将灵巧粪球菌（Coprococcus catus）重新分类为粪球菌属A群灵巧种，将洪加特菌属物种（Hungatellasp.）重新分类为洪加特菌属A群物种，将产琥珀酸考拉杆菌（Phascolarctobacteriumsuccinatutens）重新分类为考拉杆菌属A群产琥珀酸种，将布氏瘤胃球菌重新分类为瘤胃球菌属E群布氏种（Ruminococcus_E bromii）。每当使用属的传统术语（例如，梭菌属）时，它也意在涵盖新引入的相关属（例如，梭菌属E群、梭菌属Q群等）。

应当注意，细菌乳酸发酵梭菌（Clostridium lactatifermentans）最近已经重命名为乳酸发酵厌氧提格农菌（Anaerotignum lactatifermentans）。因此，如本文所用，术语“乳酸发酵梭菌”和“乳酸发酵厌氧提格农菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

还应当注意，细菌“直肠真杆菌（Eubacterium rectale）”已经重命名为“直肠阿加索杆菌”。因此，如本文所用，术语“直肠真杆菌”和“直肠阿加索杆菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，细菌“哈利真杆菌（Eubacterium hallii）”已经重命名为“哈利厌氧丁酸菌”。因此，如本文所用，术语“哈利真杆菌”和“哈利厌氧丁酸菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，细菌“粪阿加索杆菌”已经重命名为“粪罗斯氏菌”。因此，如本文所用，术语“粪阿加索杆菌”和“粪罗斯氏菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，细菌“鼠李糖乳杆菌”已经重命名为“鼠李糖干酪乳杆菌”。因此，如本文所用，术语“鼠李糖乳杆菌”和“鼠李糖干酪乳杆菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，细菌“挑剔真杆菌（Eubacterium eligens）”已经重命名为“挑剔毛螺菌”。因此，如本文所用，术语“挑剔真杆菌”和“挑剔毛螺菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，“巴特利特梭菌（Clostridium bartlettii）”已经重命名为“巴特利特肠杆菌”。因此，如本文所用，术语“巴特利特梭菌”和“巴特利特肠杆菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，“乙二醇梭菌（Clostridium glycolicum）”已经重命名为“解糖土孢杆菌”。因此，如本文所用，术语“乙二醇梭菌”和“解糖土孢杆菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，“马约贝梭菌（Clostridium mayombei）”已经重命名为“马约贝土孢杆菌”。因此，如本文所用，术语“马约贝梭菌”和“马约贝土孢杆菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

应当注意，“双酶梭菌（Clostridium bifermentans）”已经重命名为“双酶副梭菌”。因此，如本文所用，术语“双酶梭菌”和“双酶副梭菌”具有相同的含义，并且可以可互换地使用。

术语“聚生体”、“微生物聚生体”或“细菌聚生体”在本文中是指在相同的代谢或营养网络中起作用的至少三种微生物生物体、优选五种或更多种细菌。优选地，聚生体的微生物成员在聚生体中协作，特别是为了其生存。更优选地，聚生体的每种细菌 (i) 产生由聚生体的另一细菌利用的化合物和/或 (ii) 利用由聚生体的另一细菌产生的化合物。

术语“短链脂肪酸”（SCFA）也称为挥发性脂肪酸（VFA），并且具体地表示具有两个至六个碳原子的脂肪酸。

如本文所用，术语“中间代谢物”表示由细菌产生的代谢物，其被其他细菌用作能量源或底物。这类中间代谢物特别地可以包括来自纤维、蛋白质或其他有机化合物的降解产物。优选地，中间代谢物是甲酸、乳酸和琥珀酸中的一种或多种。更普遍地，术语“中间代谢物”可以指代不希望的代谢物，其存在或量在根据本发明的组合物中尽可能地受限制。

如本文所用，术语“最终代谢物”表示由细菌产生的未被其他细菌利用或仅部分地被其他细菌利用的代谢物。优选地，最终代谢物包括丁酸和乙酸和/或丙酸，更优选丁酸。更普遍地，术语“最终代谢物”可以指代期望的代谢物，其存在或量在根据本发明的组合物中富集。

除非本文另外指示或与上下文明显矛盾，否则如本文所用，在本发明的上下文中（尤其在权利要求的上下文中）所用的术语“一个/一种（a）”、“一个/一种（an）”、“该/这些（the）”和类似术语应解释为同时涵盖单数和复数。

如本文所用，术语“包括（including）”、“含有（containing）”和“包含（comprising）”在本文中以其开放的、非限制性的含义使用。

如本文所用，术语“基本上由……组成”是指给定实施例所需的那些要素。该术语指示包括任何列举的特性，并且允许任选地存在不实质性影响、也不改变所述实施例的特性或功能的要素。优选地，在包含细菌的组合物的背景下，它是指包含所列举的细菌并且任选地包含其他组分（如益生元）且排除其他微生物（如细菌）的组合物。在优选的实施例中，术语“基本上由……组成”是指包含所列举的细菌并且任选地包含其他组分（如益生元）且排除其他细菌的组合物。

术语“至少一个/至少一种”意指“一个或多个/一种或多种”或“一个或几个/一种或几种”。例如，它是指一个/一种、两个/两种、三个/三种或更多个/更多种。

细菌菌株聚生体

诸位发明人已经开发了特定的细菌物种聚生体，其既反映了肠道微生物组复杂性，又增加了期望的最终代谢物（尤其是丁酸）的产生。已经选择本文披露的聚生体的细菌菌株以实现彼此之间的代谢交叉喂养相互作用或协作。

优选地，本文披露的聚生体的细菌是肠道（intestinal或gut）微生物群的细菌，特别是人肠道（gut或intestinal）微生物群的细菌。优选地，这类细菌不是致病性细菌。这意味着已知根据本发明的细菌不能在受试者中触发任何疾病或障碍。优选地，本发明中使用的细菌是I类细菌菌株。

优选地，本发明中使用的聚生体的细菌是兼性或严格厌氧的。

优选地，聚生体的细菌是分离的或纯化的细菌，如从人肠道微生物组分离或纯化的细菌。在微生物学中，术语“分离”或“纯化”是指将细菌菌株从活微生物的天然混合群体（如肠道微生物群）中分离，或从这类肠道微生物群的样品（如粪便或大便样品）中提取。

优选地，本文披露的聚生体的细菌是活细菌。术语“活细菌（viable bacterium）”和“活细菌（live bacterium）”可以可互换地使用，并且表示具有在合适条件下生长的能力的细菌。细菌活力可以使用生化测定来测量。优选地，这些术语涉及以下细菌菌株，(i) 其活力超过50%（例如，在组合物（如药物组合物）中），典型地超过60%并且优选地超过90%，特别是如通过流式细胞术所确定。

优选地，本文披露的聚生体的细菌能够转化底物和/或代谢物。如本文所用，术语“转化（convert）”或“转化（conversion）”是指底物转化为代谢物或代谢物转化为另一种代谢物，特别是通过酶促反应，如在代谢途径内。

用于测量底物和/或代谢物转化的技术是本领域熟知的，如代谢组学、同位素标记和代谢通量分析以追踪代谢物的转化和流动、脉冲稳定同位素分析代谢组学、核磁共振（NMR）波谱、基于质谱的代谢组学（如LC-MS、GC-MS、HPLC-MS）或生物测定。这些分析技术能够检测、鉴定和定量代谢物及其转化产物。

为了产生反映肠道微生物群复杂性的聚生体，诸位发明人已经鉴定了由肠道微生物组的细菌执行/进行的关键功能/途径。当细菌组装成根据本发明的特定聚生体时，聚生体的细菌菌株中的每一种能够进行选自由以下途径组成的组的途径：A1、A2、A3、A4、A5、A6、B1、B2、B3、B5、C1和C2及其任何组合。任选地，聚生体的细菌菌株可以能够进行途径B4。优选地，聚生体不包含能够进行途径B4的任何细菌。下文定义了这些途径。

如本文所用，途径（A1）对应于主要底物的转化和甲酸的产生。因此，能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为甲酸的细菌菌株进行途径A1。

特别地，进行途径（A1）的细菌能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、至少25%、更优选至少30%转化为甲酸：即甲酸（FO）、乳酸（LT）、琥珀酸（SU）、乙酸（AA）、丙酸（PA）、丁酸（BA）和乙醇（Et），尤其是当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et）中总碳的至少20%、至少25%或至少30%（优选至少30%）以甲酸存在。

“单独培养（single culture）”意指在受控条件下在营养标准培养基上使来自单一物种或属的分离细菌生长的方法。

“标准培养基”意指将支持多种细菌生长的培养基。标准培养基通常包含碳源、钾源和/或磷源；氮源和/或硫源；以及镁源。

合适的标准培养基的实例是本领域技术人员熟知的YCFA和M2GSC。YCFA可以如Duncan等人, Roseburia intestinalis sp. Nov., a novel saccharolytic, butyrate-producing bacterium from human faeces [肠罗斯氏菌新种，一种来自人粪便的新型糖解、产丁酸细菌]. Int J Syst Evol Microbiol. [国际系统与进化微生物学杂志] 2002;52:1615-1620. Doi:10.1099/00207713-52-5-1615中所述制备。它主要由酪胨、酵母提取物、缓冲液（NaHCO3）、还原剂（半胱氨酸、刃天青）、矿物质源（K2HPO4、KH2PO4、NaCl、MgSO4、CaCl2）、维生素（生物素、钴胺素、氨基苯甲酸、叶酸、吡哆胺）构成。M2GSC可以如Miyazaki等人, Degradation and utilization of xylans by the rumen anaerobe Prevotellabryantii (formerly P. ruminicola subsp. Brevis) B14 [瘤胃厌氧菌布氏普雷沃菌（以前称为栖瘤胃普雷沃菌短亚种）B14对木聚糖的降解与利用]. Anaerobe [厌氧菌].1997;3:373-381. Doi:10.1006/anae.1997.0125中所述制备。它主要由酪胨、酵母提取物、缓冲液（NaHCO3）、葡萄糖、纤维二糖、可溶性淀粉、瘤胃液、还原剂（半胱氨酸、刃天青）、矿物质源（K2HPO4、KH2PO4、NaCl、MgSO4、CaCl2）构成。

如本文所用，途径（A2）对应于主要底物的转化和乙酸的产生。因此，能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乙酸的细菌菌株进行途径A2。

特别地，进行途径（A2）的细菌能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%、至少50%、更优选至少60%转化为乙酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et）中总碳的至少30%、至少50%或至少60%（优选60%）以乙酸存在。

如本文所用，途径（A3）对应于主要底物的转化和丁酸的产生。

特别地，进行途径（A3）的细菌能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%、至少50%、更优选至少60%转化为丁酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et）中总碳的至少30%、优选至少50%、更优选60%以丁酸存在。

如本文所用，途径（A4）对应于主要底物的转化和乳酸的产生。

特别地，进行途径（A4）的细菌能够将转化为以下的总碳的至少30%、至少50%、更优选至少60%转化为乳酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et）中总碳的至少30%、优选至少50%、更优选至少60%以乳酸存在。

如本文所用，途径（A5）对应于主要底物的转化和丙酸的产生。

特别地，进行途径（A5）的细菌能够将转化为以下的总碳的至少30%、至少50%、更优选至少60%转化为乙酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et）中总碳的至少30%、优选至少50%、更优选至少60%以乙酸存在。

如本文所用，途径（A6）对应于主要底物的转化和琥珀酸的产生。

特别地，进行途径（A6）的细菌能够将转化为以下的总碳的至少30%、至少50%、更优选至少60%转化为琥珀酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et）中总碳的至少30%、优选至少50%、更优选至少60%以琥珀酸存在。

如本文所用，途径（B1）对应于甲酸的转化和乙酸的产生。

特别地，进行途径（B1）的细菌能够降解培养基中至少20%的甲酸，并且将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%转化为乙酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在包含或补充有甲酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合的正积累的代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et | Δ_代谢物 > 0）中总碳的至少30%、优选至少50%、更优选至少65%以乙酸存在。

如本文所用，途径（B2）对应于乙酸的转化和丁酸的产生。

特别地，进行途径（B2）的细菌降解培养基中至少20%的乙酸，并且将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%转化为丁酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在标准培养基或包含或补充有FO、LT和/或SU的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合的正积累的代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et| Δ_代谢物 > 0）中总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%以丁酸存在。

如本文所用，途径（B3）对应于乳酸的转化和丁酸的产生。

特别地，进行途径（B3）的细菌降解培养基中至少20%的乳酸，并且将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%转化为丁酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在包含或补充有乳酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合的正积累的代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et | Δ_代谢物 > 0）中总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%以丁酸存在。如本文所用，途径（B4）对应于乳酸的转化和丙酸的产生。

特别地，进行途径（B4）的细菌降解培养基中至少20%的乳酸，并且将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%转化为丙酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在包含或补充有乳酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合的正积累的代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et | Δ_代谢物 > 0）中总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%以丙酸存在。

如本文所用，途径（B5）对应于琥珀酸的转化和丙酸的产生。

特别地，进行途径（B5）的细菌降解培养基中至少20%的琥珀酸，并且将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%转化为丙酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和乙醇，尤其是当在包含或补充有琥珀酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时。换句话说，在实验后，组合的正积累的代谢物（FO+LT+SU+AA+PA+BA+Et | Δ_代谢物 > 0）中总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%以丙酸存在。

如本文所用，途径（C1）对应于在还原氧的同时将主要底物转化为乳酸。

如本文所用，途径（C2）对应于H2、CO2和甲酸向乙酸的转化。

使用关于氢利用率或氧耐受性的文献数据将C反应分配给菌株，由此将氧还原分配给报告在需氧或微需氧条件下生长的菌株，并且将氢消耗分配给产乙酸或产甲烷的肠道细菌。能够将培养基中O2浓度维持在抑制聚生体的至少一种细菌菌株增殖的浓度以下的细菌菌株可以如文献中所述鉴定（液相中O2浓度< 2 mg/L和/或氧化还原电位< -250 mV；参见Ricciardi等人, Rapid detection assay for oxygen consumption in theLactobacillus casei group [干酪乳杆菌组氧气消耗的快速检测测定], Ann Microbiol[微生物学年鉴] 64, 1861-1864 (2014)）。能够将培养基中H2浓度维持在抑制聚生体的至少一种细菌菌株增殖的浓度以下的细菌菌株可以如文献中所述通过分析Hungate管的顶部空间中的H2量来鉴定（优选低于4%；参见Leclerc等人, H2/CO2 metabolism inacetogenic bacteria, isolated from the human colon [从人结肠中分离的产乙酸细菌中的H2/CO2代谢], Anaerobe [厌氧菌], 3(5), 307-315 (1997)；Pham等人, Lactate-utilizing community is associated with gut microbiota dysbiosis in colickyinfants [在疝气痛婴儿中乳酸利用群落与肠道微生物群菌群失调相关联]. Sci Rep.[科学报告]; 7(1):11176 (2017)）。

此外，细菌在本文中特别地通过其进行肠道微生物组的特定途径的能力（capacity或ability）来定义。这类能力是例如降解或转化特定底物（例如像淀粉）和产生特定产物或代谢物（例如像丁酸）的能力。通常，一种细菌能够降解或转化底物（例如，淀粉）并产生产物（例如，丁酸）。因此，能够降解或转化相同的一种或多种底物（例如，淀粉）并产生相同的一种或多种代谢物（例如，丁酸）的细菌进行相同的途径。

细菌的这类能力是本领域熟知的。测试细菌菌株是否能够进行代谢途径的实验是本领域已知的。例如，糖、淀粉或纤维的降解可以简单地通过向细菌提供这类底物同时观察或监测其生长来测试。例如，可以表征细菌在M2GSC培养基（例如，ATCC培养基2857）及其改良培养基上的生长和代谢物产生，由此碳源葡萄糖、纤维二糖和淀粉被包括中间代谢物和/或纤维在内的特定底物（优选地如在人肠道中所发现）替代。所产生的代谢物的浓度可以例如通过本领域技术人员可用的任何分析方法来定量，分析方法如折射率检测高压液相色谱（HPLC-RI；例如，如由Thermo Scientific Accela™所提供）。下文针对不同组的途径中的每一组提供了这类实验的另外的实例。在这类实例中，代谢物的浓度优选地通过在至少48小时生长期之前/之后离心液体培养样品、过滤上清液并使滤液经受折射率检测高压液相色谱（HPLC-RI）来确定。

特别地，为了测试细菌菌株是否能够进行途径（A1）-（A6），实验可以如下：当在pH6.5-7和37°C下在Hungate管中的YCFA培养基（酵母提取物、酪胨、脂肪酸）和/或M2GSC培养基（葡萄糖、可溶性淀粉、纤维二糖培养基）上严格厌氧地以单独培养生长至少48小时时，细菌菌株能够将转化为以下组合代谢物的总碳的定义的最小份额转化为目的代谢物：FO、LT、SU、AA、PA、BA和Et。

例如，细菌菌株有资格作为甲酸生产者（进行途径A1）的条件是：

例如，甲酸（途径A1）的最小份额是0.2、优选0.25、更优选0.3。乙酸（A2）、丁酸（A3）、乳酸（A4）、丙酸（A5）和琥珀酸（A6）的最小份额是0.3、优选0.5、更优选0.6。

为了测试细菌菌株是否能够进行途径（B1）、（B3）-（B5），实验可以如下：当在pH6.5-7和37°C下在Hungate管中的改良的M2GSC或YCFA培养基上严格厌氧地以单独培养生长至少48小时时，细菌菌株降解至少20%的目的中间代谢物（FO、LT、SU），并且将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%转化为相应的目的最终代谢物（AA、BA、PA）：FO、LT、SU、AA、PA、BA和Et（即，FO、LT、SU、AA、PA、BA和Et的正积累的组合代谢物）。改良的培养基M2FO、M2LT和M2SU特别地分别含有30 mM的甲酸（FO）、30 mM的DL-乳酸（LT）或30 mM的琥珀酸钠（SU）。

例如，细菌菌株有资格作为乳酸至丁酸转化者（进行途径B3）的条件是：

1)

2)

最后，为了测试细菌菌株是否能够进行途径（B2），实验可以如下：当在pH 6.5-7和37°C下在Hungate管中的YCFA、M2GSC培养基或如上所述的其改良形式上严格厌氧地以单独培养生长至少48小时时，细菌菌株降解培养基中至少20%的乙酸，并且将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%、优选至少50%、更优选至少65%转化为丁酸：FO、LT、SU、AA、PA、BA和Et（即，FO、LT、SU、AA、PA、BA和Et的正积累的组合代谢物）。

例如，细菌菌株有资格作为乙酸至丁酸转化者（进行途径B2）的条件是：

1)

2)

可以针对以上条件中的每一种测试单种菌株，以确定它是否能够进行如本文所述的一种或多种代谢途径。

优选地，包含在根据本发明的聚生体中的直肠阿加索杆菌细菌能够进行途径A4和/或B2、优选途径A4和B2，如上所述。

优选地，包含在根据本发明的聚生体中的粪厌氧棒杆菌细菌能够进行途径A3和/或B2和/或B3、优选途径A3、B2和B3，如上所述。

优选地，包含在根据本发明的聚生体中的哈利厌氧丁酸菌细菌能够进行途径A3和/或B2和/或B3和任选地C2、优选途径A3、B2和B3，如上所述。

本发明涉及肠道微生物组的厌氧细菌菌株的聚生体，其中所述聚生体包含i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及不超过15种不同的细菌菌株。

在一些实施例中，i) 直肠阿加索杆菌与ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌之间的细菌比率包括在10⁷ : 1与1 : 10⁷之间、优选在10⁵ : 1与1 : 10⁵之间、更优选在10³ :1与1 : 10³之间、特别优选在100 : 1与1 : 100之间、最优选在10 : 1与1 : 10之间。

在一些实施例中，直肠阿加索杆菌与粪厌氧棒杆菌之间的细菌比率包括在10⁷ :1与1 : 10⁷之间、优选在10⁵ : 1与1 : 10⁵之间、更优选在10³ : 1与1 : 10³之间、特别优选在100 : 1与1 : 100之间、最优选在10 : 1与1 : 10之间。

在一些实施例中，直肠阿加索杆菌与哈利厌氧丁酸菌之间的细菌比率包括在10⁷ :1与1 : 10⁷之间、优选在10⁵ : 1与1 : 10⁵之间、更优选在10³ : 1与1 : 10³之间、特别优选在100 : 1与1 : 100之间、最优选在10 : 1与1 : 10之间。

如本文所用，术语“细菌比率”是指细菌细胞的数量、细菌菌株的量或丰度的比率，特别是在培养基中。它典型地通过将i) 直肠阿加索杆菌的量除以ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌的量来计算。

优选地，细菌菌株的丰度或量使用光密度、qPCR、微阵列技术、扩增子测序、流式细胞术或其他微流体方法后的单细胞测序或单细胞基质辅助激光解吸电离-飞行时间（MALDI-TOF）、室计数、总细菌DNA定量或宏基因组测序和基因分组、蛋白质组学谱分析或复杂样品的总RNA测序来测量。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含不超过15、14、13、12、11、10、9或8种不同的细菌菌株。特别地，根据本发明的聚生体包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15种不同的细菌菌株，优选5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15种不同的细菌菌株，更优选8、9、10、11、12、13、14或15种不同的细菌菌株，并且甚至更优选8种不同的细菌菌株。特别地，根据本发明的聚生体可以包含5与15种之间的不同的细菌菌株、优选5与10种之间的不同的细菌菌株、更优选6与10种之间的不同的细菌菌株、甚至更优选7与9种之间的不同的细菌菌株。

优选地，聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 一种或几种另外的细菌菌株但不超过13、12、11、10、9、8、7、6种不同的细菌菌株。

在一些实施例中，聚生体包含i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸、乳酸、琥珀酸、乙酸、丁酸和/或丙酸的细菌菌株，其中这些主要底物选自由以下组成的组：糖、淀粉、纤维和蛋白质及其任何组合。

在一些实施例中，聚生体包含一种或多种能够进行一种或多种如上所述、特别是选自由以下途径组成的组的途径的细菌菌株：A1、A2、A3、A4、A5、A6、B1、B2、B3、B4、B5、C1和C2及其组合。优选地，聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 一种或几种能够进行一种或多种选自由以下途径组成的组的途径的细菌菌株：A1、A2、A3、A4、A5、A6、B1、B2、B3、B4、B5、C1和C2，优选A1、A2、A4、A5、A6、B1、B5、C1和C2，甚至更优选A1、A2、A4、A6、B1和B5。

优选地，本发明涉及肠道微生物组的不超过15种不同的厌氧细菌菌株的聚生体，其中所述聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 1与13种之间、优选5与10种之间、甚至更优选7与9种之间能够进行至少一种选自由以下途径组成的组的途径的不同的细菌菌株：A1、A2、A3、A4、A5、A6、B1、B2、B3、B4、B5、C1和C2，优选A1、A2、A4、A5、A6、B1、B5、C1和C2，甚至更优选A1、A2、A4、A6、B1和B5。

在一个具体实施例中，对于每种途径A1、A2、A3、A4、A5、A6、B1、B2、B3、B4、B5，优选地对于每种途径A1、A2、A4、A6、B1、B2、B3和B5，一种或多种细菌代表（即，一种或多种代表该物种或属的细菌）、优选一种细菌代表包含在聚生体中。此外，所表示的途径中的一些可以由一种或多于一种细菌菌株来完成。换句话说，一种细菌可以能够进行多种途径和/或一种途径可以由聚生体中存在的一种或多种细菌菌株进行。

在一个实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌（进行途径B2和A4）和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌（进行途径B2、B3、A3）以及iii)：

-一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为甲酸的细菌菌株（途径A1）；

-一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸转化为乙酸的细菌菌株（途径A2）；

-任选地一种或几种能够将主要底物转化为丁酸的细菌菌株（途径A3）；

-一种或几种任选地在还原氧的同时能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸的细菌菌株（途径A4和任选地途径C1）；

-任选地一种或几种能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株（途径A5）；

- 一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸转化为琥珀酸的细菌菌株（途径A6）；

-一种或几种能够将甲酸转化为乙酸、优选地能够将H2、CO2和甲酸转化为乙酸的细菌菌株（途径B1、优选途径C2）；

-任选地一种或几种能够将乙酸转化为丁酸的细菌菌株（途径B2）；

-任选地一种或几种能够将乳酸转化为丁酸的细菌菌株（途径B3）；

-任选地一种或几种能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株（途径B4）；和/或

-一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株（途径B5）。

在一个实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为甲酸的细菌菌株（途径A1）；

-一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸转化为乙酸的细菌菌株（途径A2）；

-一种或几种任选地在还原氧的同时能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸的细菌菌株（途径A4和任选地途径C1）；

-任选地一种或几种能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株（途径A5）；

- 一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸转化为琥珀酸的细菌菌株（途径A6）；

-一种或几种能够将甲酸转化为乙酸、优选地能够将H2、CO2和甲酸转化为乙酸的细菌菌株（途径B1、优选途径C2）；

-任选地一种或几种能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株（途径B4）；以及

-一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株（途径B5）。

优选地，所述聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株（途径B4）和/或能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株（途径A5）。

所述聚生体可以进一步包含一种或几种能够进行一种或多种选自由以下组成的组的途径的另外的细菌菌株：A3、A4、B2、B3及其任何组合。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株；

-一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株；和/或

-一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株。

另外地或可替代地，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或

-一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株。

另外地或可替代地，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株；

-一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或

-一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为甲酸的细菌菌株（途径A1）；

-一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸转化为乙酸的细菌菌株（途径A2）；

-一种或几种任选地在还原氧的同时能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸的细菌菌株（途径A4和任选地途径C1）；

-任选地一种或几种能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株（途径A5）；

-一种或几种能够将主要底物（如糖、淀粉、纤维和/或蛋白质）转化为乳酸转化为琥珀酸的细菌菌株（途径A6）；

-一种或几种能够将甲酸转化为乙酸、优选地能够将H2、CO2和甲酸转化为乙酸的细菌菌株（途径B1、优选途径C2）；以及

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株（途径B5）。

所述聚生体可以进一步包含一种或几种能够进行一种或多种选自由以下组成的组的途径的另外的细菌菌株：A3、A4、B2、B3及其任何组合。

优选地，所述聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株（途径B4）和/或能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株（途径A5）。

如上所提及，细菌可以通过其进行如本文披露的代谢途径的能力来分类。另外，下文提供了能够进行不同代谢途径的细菌属和物种的实例。因此，本领域技术人员能够选择细菌属或物种以满足本文披露的不同聚生体的条件。

每当通过分类单元或通过参考公共微生物保藏中心描述菌株时，所要求保护的是以登录号（例如，ATCC、DSMZ等）保藏的菌株或与保藏菌株密切相关（即，具有相同或非常相似的生理和生物化学特性）的菌株。常见的假设是，用某个分类单元的一种菌株获得的数据代表相同分类单元的其他菌株。例如，具有至少95%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%或99.9%（优选99.9%）的16S rRNA序列相似性的细菌被认为属于相同分类单元。每当基于多种菌株隶属于属/在属水平下的分类来描述或要求保护它们时，该属被定义为与所述属的具体列出的代表具有至少90%、93%、94%或95%（优选95%）的16S rRNA序列相似性的所有菌株。

能够进行途径（A1）的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属及其任何组合；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属。

特别地，能够进行途径（A1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（Anaerobutyricum/Eubacterium hallii）（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC 25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）及其任何组合；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；最优选地来自物种布氏瘤胃球菌。

能够进行途径（A2）的一种或多种细菌菌株可以选自氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属及其任何组合；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自布劳特氏菌属和双歧杆菌属。

特别地，能够进行途径（A2）的一种或多种细菌菌株可以选自物种肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM 20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、3、4或8所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ IDNO: 7所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM20736、JCM 6512）及其任何组合；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；最优选地来自物种青春双歧杆菌或产氢营养型布劳特氏菌、优选青春双歧杆菌。

能够进行途径（A3）的一种或多种细菌菌株可以选自氨基酸球菌属、阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属（Anaerostipes）、厌氧提格农菌属、巴里库斯菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属、嗜胨菌属和罗斯氏菌属及其任何组合；优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；更优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；甚至更优选地选自厌氧丁酸菌属和厌氧棒杆菌属。

特别地，能够进行途径（A3）的一种或多种细菌菌株可以选自物种肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505、CIP 108586）、直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（Agathobacter rectalis/Eubacterium rectale）（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM 13470）、哈氏厌氧棒杆菌（Anaerostipes hadrus）（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种（Anaerotignum sp）000436415、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC25781、DSM 1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC 27761）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、3、4或8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM4000）、长链菌属物种（特别是具有如 SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）及其任何组合；优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、规则粪球菌、粪球菌属A群灵巧种、粪单胞菌属物种、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、长链菌属物种、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；更优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌。

能够进行途径（A4）的一种或多种细菌菌株可以选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属及其任何组合；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地来自乳杆菌属或阿加索杆菌属。

特别地，能够进行途径（A4）的一种或多种细菌菌株可以选自物种直肠阿加索杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM6597、ATCC 8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC 7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM 14016）及其任何组合；优选地选自物种直肠阿加索杆菌（也称为直肠真杆菌）、粪阿加索杆菌（也称为粪罗斯氏菌）、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌（也称为鼠李糖乳杆菌）、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌（也称为直肠真杆菌）、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌（也称为鼠李糖乳杆菌）、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；甚至更优选地选自物种鼠李糖乳杆菌、直肠阿加索杆菌和青春双歧杆菌；最优选地来自物种鼠李糖乳杆菌。

能够进行途径（A5）的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属及其任何组合；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属。

特别地，能够进行途径（A5）的一种或多种细菌菌株可以选自物种乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM 14214）、厌氧提格农菌属物种000436415、脆弱拟杆菌（例如，ATCC25285、DSM 2151、JCM 11019）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM5826）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）及其任何组合；优选地选自脆弱拟杆菌和普通居海事城球杆菌。

能够进行途径（A6）的一种或多种细菌菌株可以选自尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属及其任何组合；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属和普雷沃菌属；最优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属。

特别地，能够进行途径（A6）的一种或多种细菌菌株可以选自物种尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（例如，ATCC 29148、DSM2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、狄氏副拟杆菌（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（例如，DSM 17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM5826）和粪便普雷沃菌（例如，DSM 18205、JCM 13464）及其任何组合；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；最优选地选自物种尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、粪便普雷沃菌和解木聚糖拟杆菌。

能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自布劳特氏菌属、真杆菌属、副梭菌属、土孢杆菌属和肠杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属或肠杆菌属。优选地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自真杆菌属、副梭菌属、土孢杆菌属和肠杆菌属，优选肠杆菌属。优选地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自布劳特氏菌属、真杆菌属、土孢杆菌属和肠杆菌属，优选地来自布劳特氏菌属或土孢杆菌属。特别地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属。

特别地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、奥思尼土孢杆菌（例如，DSM 29186）、布劳特氏菌属A群鲁提种（例如，DSM 14534）、布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM6421、JCM 9978）、双酶副梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、解糖土孢杆菌（例如，DSM1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、巴特利特肠杆菌（例如，DSM16795）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、奥思尼土孢杆菌（例如，DSM 29186）、布劳特氏菌属A群鲁提种（例如，DSM 14534）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO:17所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）及其任何组合。

优选地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、双酶副梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）及其任何组合；优选地来自物种产氢营养型布劳特氏菌或巴特利特肠杆菌。可替代地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM6539）、巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）及其任何组合；优选地来自物种产氢营养型布劳特氏菌或巴特利特肠杆菌。特别地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、双酶副梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）及其任何组合；优选地来自物种巴特利特肠杆菌。特别地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）及其任何组合；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌。可替代地，能够进行途径（B1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、奥思尼土孢杆菌（例如，DSM 29186）、布劳特氏菌属A群鲁提种（例如，DSM 14534）、布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）及其任何组合；优选地来自物种产氢营养型布劳特氏菌。

能够进行途径（B2）的一种或多种细菌菌株可以选自阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、脱硫弧菌属、迪索斯莫杆菌属（Dysosmobacter）、粪杆菌属、长链菌属和罗斯氏菌属及其任何组合；优选地选自阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、脱硫弧菌属、粪杆菌属和罗斯氏菌属。

特别地，能够进行途径（B2）的一种或多种细菌菌株可以选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM14662、JCM 13470）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 16所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、迪索斯莫杆菌属物种（Dysosmobacter sp.）（特别是具有如SEQ ID NO: 6所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、普氏粪杆菌（例如，ATCC27768、ATCC 27766、DSM 17677、JCM 31915）、长链菌属物种、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）及其任何组合；优选直肠阿加索杆菌、哈利厌氧丁酸菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、猪脱硫弧菌、普氏粪杆菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；更优选哈利厌氧丁酸菌、粪厌氧棒杆菌和直肠阿加索杆菌。

能够进行途径（B3）的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属和真杆菌属及其任何组合；优选地选自厌氧丁酸菌属和厌氧棒杆菌属。

特别地，能够进行途径（B3）的一种或多种细菌菌株可以选自物种哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM14662、JCM 13470）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）及其任何组合；优选地选自哈利厌氧丁酸菌和粪厌氧棒杆菌。

能够进行途径（B4）的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧提格农菌属、梭菌属（梭菌属E群）、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属及其任何组合；优选地选自厌氧提格农菌属、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属。

特别地，能够进行途径（B4）的一种或多种细菌菌株可以选自物种厌氧提格农菌属新种（特别是具有如SEQ ID NO: 14所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC 27761）、弗赖辛球菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 15所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、非典型韦荣球菌（例如，ATCC17744、DSM 20739）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）、大鼠韦荣球菌（例如，ATCC17746、DSM 20736、JCM 6512）及其任何组合；优选地选自厌氧提格农菌属新种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌和小韦荣球菌小亚种。

能够进行途径（B5）的一种或多种细菌菌株可以选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属及其任何组合；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

特别地，能够进行途径（B5）的一种或多种细菌菌株可以选自物种人小杆菌（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（例如，DSM 15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC29863、DSM 4000）、屎考拉杆菌（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（例如，DSM22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM20736、JCM 6512）及其任何组合；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种；更优选地选自物种屎考拉杆菌。

能够进行途径（C1）的一种或多种细菌菌株可以选自肠球菌属、埃希菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、乳球菌属（Lactococcus）和链球菌属及其任何组合；优选地选自肠球菌属、埃希菌属和干酪乳杆菌属。

特别地，能够进行途径（C1）的一种或多种细菌菌株可以选自物种粪便肠球菌（Enterococcus caccae）（例如，ATCC BAA-1240、DSM 19114）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC 7469、DSM 20021、JCM1136）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）（例如，ATCC 19435、DSM 20481）和唾液链球菌（Streptococcus salivarius）（例如，ATCC7073、DSM 20560、JCM 5707）及其任何组合；优选地选自粪肠球菌、大肠杆菌和鼠李糖干酪乳杆菌。

能够进行途径（C2）的一种或多种细菌菌株可以选自醋酸杆菌属（Acetobacterium）、厌氧丁酸菌属、布劳特氏菌属、暂定产甲烷马赛球菌属、梭菌属、真杆菌属、甲烷短杆菌属、副梭菌属、土孢杆菌属、肠杆菌属及其任何组合；优选地选自肠杆菌属、布劳特氏菌属和真杆菌属。能够进行途径（C2）的一种或多种细菌菌株还可以选自醋酸杆菌属、厌氧丁酸菌属、暂定产甲烷马赛球菌属、梭菌属、真杆菌属、甲烷短杆菌属、副梭菌属、土孢杆菌属、肠杆菌属及其任何组合；优选地选自肠杆菌属和真杆菌属。能够进行途径（C2）的一种或多种细菌菌株可以特别地选自醋酸杆菌属、厌氧丁酸菌属、布劳特氏菌属、暂定产甲烷马赛球菌属、梭菌属、真杆菌属和甲烷短杆菌属及其任何组合；优选地选自厌氧丁酸菌属、布劳特氏菌属和真杆菌属。

特别地，能够进行途径（C2）的一种或多种细菌菌株可以选自物种甲醇醋酸杆菌（Acetobacterium carbinolicum）（例如，ATCC BAA-990、DSM 2925）、苹果酸醋酸杆菌（Acetobacterium malicum）（例如，DSM 4132）、威氏醋酸杆菌（Acetobacteriumwieringae）（例如，ATCC 43740、DSM1911、JCM 2380）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM10507、JCM 14656）、延长布劳特氏菌（Blautia producta）（例如，ATCC 27340、DSM 2950、JCM 1471）、暂定肠产甲烷马赛球菌（Candidatus Methanomassiliicoccusintestinalis）、醋酸梭菌（Clostridium aceticum）（例如，ATCC 35044、DSM 1496、JCM15732）、乙二醇梭菌（或解糖土孢杆菌，例如ATCC 14880、DSM 1288、JCM 1401）、大梭菌（Clostridium magnum）（例如，ATCC 49199、DSM 2767）、马约贝梭菌（或马约贝土孢杆菌，例如ATCC 51428、DSM 2767、DSM 6539）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM3353、JCM 31263）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM）和史氏甲烷短杆菌（Methanobrevibacter smithii）（例如，ATCC 35061、DSM 861、JCM 328）、巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、双酶副梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）及其任何组合；优选地选自物种巴特利特肠杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、延长布劳特氏菌、粘液真杆菌和细枝真杆菌。例如，能够进行途径（C2）的一种或多种细菌菌株可以选自物种甲醇醋酸杆菌（例如，ATCC BAA-990、DSM 2925）、苹果酸醋酸杆菌（例如，DSM 4132）、威氏醋酸杆菌（例如，ATCC 43740、DSM1911、JCM 2380）、暂定肠产甲烷马赛球菌、醋酸梭菌（例如，ATCC 35044、DSM 1496、JCM 15732）、乙二醇梭菌（或解糖土孢杆菌，例如ATCC 14880、DSM 1288、JCM 1401）、大梭菌（例如，ATCC 49199、DSM 2767）、马约贝梭菌（或马约贝土孢杆菌，例如ATCC 51428、DSM 2767、DSM 6539）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM）、史氏甲烷短杆菌（例如，ATCC35061、DSM 861、JCM 328）、巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、双酶副梭菌（例如，DSM14991、JCM 1386）及其任何组合；优选地选自物种巴特利特肠杆菌、粘液真杆菌和细枝真杆菌。优选地，能够进行途径（C2）的一种或多种细菌菌株可以选自物种甲醇醋酸杆菌（例如，ATCC BAA-990、DSM 2925）、苹果酸醋酸杆菌（例如，DSM 4132）、威氏醋酸杆菌（例如，ATCC43740、DSM1911、JCM 2380）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、延长布劳特氏菌（例如，ATCC 27340、DSM 2950、JCM 1471）、暂定肠产甲烷马赛球菌、醋酸梭菌（例如，ATCC 35044、DSM 1496、JCM 15732）、乙二醇梭菌（例如，ATCC 14880、DSM 1288、JCM1401）、大梭菌（例如，ATCC 49199、DSM 2767）、马约贝梭菌（例如，ATCC 51428、DSM 2767）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM）和史氏甲烷短杆菌（例如，ATCC 35061、DSM 861、JCM 328）及其任何组合；优选地选自物种哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、延长布劳特氏菌、粘液真杆菌和细枝真杆菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、巴里库斯菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属、嗜胨菌属和罗斯氏菌属；优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；更优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属；

一种或多种选自以下属的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO:1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属；

-一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、副梭菌属、布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属或肠杆菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、脱硫弧菌属、迪索斯莫杆菌属、粪杆菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、脱硫弧菌属、粪杆菌属和罗斯氏菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属和真杆菌属；优选地选自厌氧丁酸菌属和厌氧棒杆菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、梭菌属、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；优选地选自厌氧提格农菌属、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；和/或

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、巴里库斯菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属、嗜胨菌属和罗斯氏菌属；优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；更优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属；

一种或多种选自以下属的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO:1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属；

-一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、副梭菌属和真杆菌属；优选地选自肠杆菌属；

-任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、脱硫弧菌属、迪索斯莫杆菌属、粪杆菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、脱硫弧菌属、粪杆菌属和罗斯氏菌属；

-任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属和真杆菌属；优选地选自厌氧丁酸菌属和厌氧棒杆菌属；

-任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、梭菌属、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；优选地选自厌氧提格农菌属、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；和/或

-一种或几种选自以下属的细菌菌株：小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、巴里库斯菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属、嗜胨菌属和罗斯氏菌属；优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；更优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属；

一种或多种选自以下属的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO:1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、脱硫弧菌属、迪索斯莫杆菌属、粪杆菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、脱硫弧菌属、粪杆菌属和罗斯氏菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属和真杆菌属；优选地选自厌氧丁酸菌属和厌氧棒杆菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、梭菌属、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；优选地选自厌氧提格农菌属、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；和/或

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、双酶副梭菌、布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属或肠杆菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属或土孢杆菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、双酶副梭菌和真杆菌属；优选地选自肠杆菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属和真杆菌属；优选地选自土孢杆菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：布劳特氏菌属和土孢杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属。

在一些实施例中，这种聚生体进一步包含iv)：

-一种或几种能够将乙酸转化为丁酸的选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、脱硫弧菌属、迪索斯莫杆菌属、粪杆菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、脱硫弧菌属、粪杆菌属和罗斯氏菌属；

-一种或几种能够将乳酸转化为丁酸的选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属和真杆菌属；优选地选自厌氧丁酸菌属和厌氧棒杆菌属；和/或

-一种或几种能够将主要底物转化为丁酸的选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、巴里库斯菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属、嗜胨菌属和罗斯氏菌属；优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；更优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属。

特别地，这种聚生体不包含梭菌属的细菌菌株。

优选地，这种聚生体不包含：

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、梭菌属E群球孢种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株；和/或

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、厌氧提格农菌属物种000436415、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM11019）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM2151、JCM 11019）和普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）；优选地选自厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

-- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属；

-- 一种或多种选自以下属的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO:9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、双酶副梭菌、布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属或肠杆菌属；以及

-一种或几种选自以下属的细菌菌株：小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

-- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属；

-- 一种或多种选自以下属的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO:9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属或土孢杆菌属；以及

-一种或几种选自以下属的细菌菌株：小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

-- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属；

-- 一种或多种选自以下属的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO:9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属；

-- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：肠杆菌属、土孢杆菌属、双酶副梭菌和真杆菌属；优选地选自肠杆菌属；以及

-一种或几种选自以下属的细菌菌株：小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；优选地选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；更优选地选自多尔氏菌属、粪杆菌属和瘤胃球菌属；甚至更优选地选自瘤胃球菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；更优选地选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属和根瘤菌科属；甚至更优选地选自双歧杆菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；更优选地选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、链球菌属和萨特氏菌属；甚至更优选地选自乳杆菌属；

- 任选地一种或几种选自以下属的细菌菌株：厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；优选地，菌株来自拟杆菌属或居海事城球杆菌属；

- 一种或多种选自以下属的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO:9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；更优选地选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；甚至更优选地选自拟杆菌属和普雷沃菌属；

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：布劳特氏菌属和真杆菌属；优选地选自布劳特氏菌属；以及

- 一种或几种选自以下属的细菌菌株：小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属；优选地选自小杆菌属、解黄酮菌属和考拉杆菌属和考拉杆菌属A群；更优选地选自考拉杆菌属。

在一些实施例中，这种聚生体进一步包含iv)：

-一种或几种能够将乙酸转化为丁酸的选自以下属的细菌菌株：阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、脱硫弧菌属、迪索斯莫杆菌属、粪杆菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；优选地选自阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、脱硫弧菌属、粪杆菌属和罗斯氏菌属；

-一种或几种能够将乳酸转化为丁酸的选自以下属的细菌菌株：厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属和真杆菌属；优选地选自厌氧丁酸菌属和厌氧棒杆菌属；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为丁酸的选自以下属的细菌菌株：氨基酸球菌属、阿加索杆菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、厌氧提格农菌属、巴里库斯菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属、嗜胨菌属和罗斯氏菌属；优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪球菌属、粪球菌属A群、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属；更优选地选自氨基酸球菌属、厌氧丁酸菌属、厌氧棒杆菌属、粪单胞菌属、真杆菌属、粪杆菌属、解黄酮菌属、长链菌属和罗斯氏菌属。

这种聚生体优选地不包含梭菌属的细菌菌株。

优选地，这种聚生体不包含：

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、梭菌属E群球孢种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株；和/或

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、厌氧提格农菌属物种000436415、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM11019）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM2151、JCM 11019）和普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）；优选地选自厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、3、4或8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505、CIP 108586）、直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM 13470）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种000436415、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、规则粪球菌（例如，ATCC27759）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC 27761）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ IDNO: 2、3、4所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC27768、ATCC 27766、JCM 31915）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、长链菌属物种（特别是具有如 SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）；优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、规则粪球菌、粪球菌属A群灵巧种、粪单胞菌属物种、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、长链菌属物种、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；更优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（例如，ATCC 29148、DSM 2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM16478）、狄氏副拟杆菌（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（例如，DSM17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和粪便普雷沃菌（例如，DSM 18205、JCM13464）；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、双酶梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选产氢营养型布劳特氏菌或巴特利特肠杆菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM13470）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、迪索斯莫杆菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 6所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、普氏粪杆菌（例如，ATCC 27768、ATCC 27766、DSM 17677、JCM 31915）、长链菌属物种、人罗斯氏菌（例如，DSM16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）；优选直肠阿加索杆菌、哈利厌氧丁酸菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、猪脱硫弧菌、普氏粪杆菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM 13470）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选地选自哈利厌氧丁酸菌和粪厌氧棒杆菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种（特别是具有如SEQ ID NO: 14所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC27761）、弗赖辛球菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 15所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、非典型韦荣球菌（例如，ATCC 17744、DSM20739）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）、大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM20736、JCM 6512）；优选地选自厌氧提格农菌属新种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌和小韦荣球菌小亚种；和/或

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：人小杆菌（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（例如，DSM 15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、屎考拉杆菌（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（例如，DSM 22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505、CIP 108586）、直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM 13470）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种000436415、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、规则粪球菌（例如，ATCC27759）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC 27761）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ IDNO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC27768、ATCC 27766、JCM 31915）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、长链菌属物种（特别是具有如 SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）；优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、规则粪球菌、粪球菌属A群灵巧种、粪单胞菌属物种、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、长链菌属物种、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；更优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（例如，ATCC 29148、DSM 2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM16478）、狄氏副拟杆菌（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（例如，DSM17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和粪便普雷沃菌（例如，DSM 18205、JCM13464）；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、双酶梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选产氢营养型布劳特氏菌或巴特利特肠杆菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM13470）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、迪索斯莫杆菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 6所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、普氏粪杆菌（例如，ATCC 27768、ATCC 27766、DSM 17677、JCM 31915）、长链菌属物种、人罗斯氏菌（例如，DSM16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）；优选直肠阿加索杆菌、哈利厌氧丁酸菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、猪脱硫弧菌、普氏粪杆菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM 13470）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选地选自哈利厌氧丁酸菌和粪厌氧棒杆菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种（特别是具有如SEQ ID NO: 14所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC27761）、弗赖辛球菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 15所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、非典型韦荣球菌（例如，ATCC 17744、DSM20739）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）、大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM20736、JCM 6512）；优选地选自厌氧提格农菌属新种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌和小韦荣球菌小亚种；和/或

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：人小杆菌（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（例如，DSM 15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、屎考拉杆菌（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（例如，DSM 22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505、CIP 108586）、直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM 13470）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种000436415、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、规则粪球菌（例如，ATCC27759）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC 27761）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ IDNO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC27768、ATCC 27766、JCM 31915）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、长链菌属物种（特别是具有如 SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）；优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、规则粪球菌、粪球菌属A群灵巧种、粪单胞菌属物种、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、长链菌属物种、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；更优选地选自物种肠氨基酸球菌、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（例如，ATCC 29148、DSM 2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM16478）、狄氏副拟杆菌（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（例如，DSM17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和粪便普雷沃菌（例如，DSM 18205、JCM13464）；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选产氢营养型布劳特氏菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM 17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM13470）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、厌氧提格农菌属物种、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、迪索斯莫杆菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 6所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、普氏粪杆菌（例如，ATCC 27768、ATCC 27766、DSM 17677、JCM 31915）、长链菌属物种、人罗斯氏菌（例如，DSM16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、JCM 31262）；优选直肠阿加索杆菌、哈利厌氧丁酸菌、粪厌氧棒杆菌、哈氏厌氧棒杆菌、猪脱硫弧菌、普氏粪杆菌、人罗斯氏菌和肠罗斯氏菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC 27751、DSM 3353、JCM 31263）、粪厌氧棒杆菌（例如，DSM 14662、JCM 13470）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选地选自哈利厌氧丁酸菌和粪厌氧棒杆菌；

-任选地一种或几种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种（特别是具有如SEQ ID NO: 14所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM 1294）、粪球菌属A群灵巧种（例如，ATCC27761）、弗赖辛球菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 15所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、非典型韦荣球菌（例如，ATCC 17744、DSM20739）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）、大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM20736、JCM 6512）；优选地选自厌氧提格农菌属新种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌和小韦荣球菌小亚种；和/或

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：人小杆菌（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（例如，DSM 15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、屎考拉杆菌（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（例如，DSM 22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、3、4或8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；以及

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、双酶梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选巴特利特肠杆菌或产氢营养型布劳特氏菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；以及

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、双酶梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选巴特利特肠杆菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；以及

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978），优选产氢营养型布劳特氏菌。

在一些实施例中，这种聚生体进一步包含iv)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM16840）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，ATCC27768、ATCC 27766、DSM 17677、JCM 31915）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、CIP 107878、JCM 31262）；

-一种或几种选自以下的细菌菌株：卡氏真杆菌（DSM 755、JCM 1380）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421）和细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM31355）；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、丁酸弗林蒂杆菌（Flintibacter butyricum）（例如，DSM27579）、长链菌属新种、肠罗斯氏菌。

特别地，这种聚生体不包含梭菌属的细菌菌株。

优选地，这种聚生体不包含：

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、梭菌属E群球孢种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株；和/或

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、厌氧提格农菌属物种000436415、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM11019）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM2151、JCM 11019）和普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）；优选地选自厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、3、4或8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（例如，ATCC 29148、DSM 2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM16478）、狄氏副拟杆菌（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（例如，DSM17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和粪便普雷沃菌（例如，DSM 18205、JCM13464）；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、双酶梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选巴特利特肠杆菌或产氢营养型布劳特氏菌；以及

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：人小杆菌（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（例如，DSM 15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、屎考拉杆菌（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（例如，DSM 22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（例如，ATCC 29148、DSM 2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM16478）、狄氏副拟杆菌（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（例如，DSM17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和粪便普雷沃菌（例如，DSM 18205、JCM13464）；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：巴特利特肠杆菌（例如，DSM 16795）、解糖土孢杆菌（例如，DSM 1288、ATCC 14880）、马约贝土孢杆菌（例如，DSM 6539）、双酶梭菌（例如，DSM 14991、JCM 1386）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选巴特利特肠杆菌；以及

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：人小杆菌（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（例如，DSM 15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、屎考拉杆菌（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（例如，DSM 22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：哈利厌氧丁酸菌/哈利真杆菌（例如，ATCC27751、DSM 3353、JCM 31263）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、规则粪球菌（例如，ATCC 27759）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、多枝丹毒梭菌（例如，ATCC25582、DSM 1402、JCM 1298）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，DSM 17677、ATCC 27768、ATCC 27766、JCM 31915）、挑剔毛螺菌（挑剔真杆菌）（例如，ATCC 27750、DSM 3376）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC27255）和肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）；优选地选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；更优选地选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌（例如，DSM 21505）、尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、链状双歧杆菌（例如，ATCC 27539、DSM 16992、JCM 1194）、长双歧杆菌（例如，ATCC 15707、DSM20219、JCM 1217）、假小链双歧杆菌（例如，ATCC 27919、DSM 20438、JCM 1200）、反刍双歧杆菌（例如，ATCC 49390、DSM 6489）、产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM 10507、JCM 14656）、产气荚膜梭菌（例如，ATCC 13124、DSM 756）、梭菌属E群球孢种（例如，ATCC 25781、DSM1294）、梭菌属Q群共生种（例如，ATCC 14940、DSM 934、JCM 1297）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪单胞菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 2、4、8所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、猪脱硫弧菌（例如，ATCC 29098、DSM 749）、产甲酸多尔氏菌（例如，ATCC 27755、DSM 3992、JCM 31256）、长链多尔氏菌（例如，DSM 13814、JCM 11232）、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 12所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、大肠杆菌（例如，ATCC 11775、DSM 30083、JCM 1649）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM20543、JCM 6421、JCM 9978）、恶臭洪加特菌（例如，DSM 24995）、洪加特菌属A群物种（特别是具有如SEQ ID NO: 5所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、阴道嗜胨菌（例如，DSM 101742）、厌氧消化链球菌（例如，ATCC 27337、DSM 2949）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM12973）、根瘤菌科新属（特别是具有如SEQ ID NO: 13所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌（例如，ATCC 27255）、肠塞利单胞菌（例如，JCM 30749）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；更优选地选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌（例如，DSM17629）、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM 16840）、克拉鲁斯拟杆菌（例如，DSM 22519、JCM 16067）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、单形拟杆菌（例如，DSM 6597、ATCC8492、JCM5828）、科姆斯巴里库斯菌（例如，ATCC 27758）、青春双歧杆菌（例如，ATCC 15703、DSM 20083、JCM 1251）、产气柯林斯氏菌（例如，ATCC 25986、DSM 3979、JCM 10188）、粪肠球菌（例如，ATCC 29212、DSM 2570）、屎肠球菌（例如，ATCC 19434、DSM 10477、JCM 8727）、鹑鸡肠球菌（例如，ATCC 49573、JCM 8728）、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌（例如，ATCC7469、DSM 20021、JCM1136）、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、需氧嗜糖粪体菌（特别是具有如SEQ ID NO: 10所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、胃消化链球菌（例如，DSM 17678、JCM 15636）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）、咽峡炎链球菌（例如，ATCC 33397、DSM 20563、JCM 12993）、华德萨特氏菌（例如，ATCC 51579、DSM14016）；优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；更优选地选自物种直肠阿加索杆菌/直肠真杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：尖形杆菌属新属（特别是具有如SEQ IDNO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM 16478）、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM 11019）、多形拟杆菌（例如，ATCC 29148、DSM 2079、JCM 5827）、解木聚糖拟杆菌（例如，DSM 18836、JCM 15633）、奥利弗巴斯蒂菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 7所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、粪拟杆菌（例如，DSM 24798、JCM16478）、狄氏副拟杆菌（例如，ATCC 8503、DSM 20701）、多氏居海事城球杆菌（例如，DSM17855、JCM 13471）、普莱贝居海事城球杆菌（例如，DSM 17135、JCM 12973）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和粪便普雷沃菌（例如，DSM 18205、JCM13464）；优选地选自尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；更优选地选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：产氢营养型布劳特氏菌（例如，DSM10507、JCM 14656）、卡氏真杆菌（例如，ATCC 49165、DSM 3662、JCM 10284）和粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421、JCM 9978）；优选产氢营养型布劳特氏菌；以及

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：人小杆菌（例如，DSM 109768）、无形小杆菌（例如，DSM 15470、JCM 17566）、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、屎考拉杆菌（例如，DSM 14760）、考拉杆菌属A群产琥珀酸种（例如，DSM 22533）、小韦荣球菌小亚种（例如，DSM 2008）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

在一些实施例中，这种聚生体进一步包含iv)：

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌（例如，DSM16840）、哈氏厌氧棒杆菌（例如，ATCC 29173、DSM 3319）、乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM 15684、JCM 31355）、普氏粪杆菌（例如，ATCC27768、ATCC 27766、DSM 17677、JCM 31915）、人罗斯氏菌（例如，DSM 16839）和肠罗斯氏菌（例如，DSM 14610、CIP 107878、JCM 31262）；

-一种或几种选自以下的细菌菌株：卡氏真杆菌（例如，DSM 755、JCM 1380）、粘液真杆菌（例如，ATCC 8486、DSM 20543、JCM 6421）和细枝真杆菌（例如，ATCC 29099、DSM15684、JCM 31355）；

-一种或几种选自以下物种的细菌菌株：肠氨基酸球菌、普氏粪杆菌、普氏解黄酮菌（例如，ATCC 29863、DSM 4000）、丁酸弗林蒂杆菌（例如，DSM 27579）、长链菌属新种、肠罗斯氏菌。

特别地，这种聚生体不包含梭菌属的细菌菌株。

优选地，这种聚生体不包含：

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、梭菌属E群球孢种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株；和/或

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、厌氧提格农菌属物种000436415、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM11019）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM2151、JCM 11019）和普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）；优选地选自厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 瘤胃球菌属的细菌；双歧杆菌属的细菌；乳杆菌属的细菌；布劳特氏菌属的细菌；考拉杆菌属的细菌；和拟杆菌属或普雷沃菌属的细菌。

特别地，这种聚生体不包含梭菌属的细菌菌株。

优选地，这种聚生体不包含：

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、梭菌属E群球孢种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株；和/或

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、厌氧提格农菌属物种000436415、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM11019）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM2151、JCM 11019）和普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）；优选地选自厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，iii) 瘤胃球菌属的细菌；双歧杆菌属的细菌；乳杆菌属的细菌；考拉杆菌属的细菌；和拟杆菌属或普雷沃菌属的细菌，以及iv) 布劳特氏菌属、真杆菌属、副梭菌属、土孢杆菌属或肠杆菌属的细菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，iii) 瘤胃球菌属的细菌；双歧杆菌属的细菌；乳杆菌属的细菌；考拉杆菌属的细菌；和拟杆菌属或普雷沃菌属的细菌，以及iv) 真杆菌属、副梭菌属、土孢杆菌属或肠杆菌属的细菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，iii) 瘤胃球菌属的细菌；双歧杆菌属的细菌；乳杆菌属的细菌；考拉杆菌属的细菌；和拟杆菌属或普雷沃菌属的细菌，以及iv) 真杆菌属的细菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，iii) 瘤胃球菌属的细菌；双歧杆菌属的细菌；乳杆菌属的细菌；考拉杆菌属的细菌；和拟杆菌属或普雷沃菌属的细菌，以及iv) 副梭菌属的细菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，iii) 瘤胃球菌属的细菌；双歧杆菌属的细菌；乳杆菌属的细菌；考拉杆菌属的细菌；和拟杆菌属或普雷沃菌属的细菌，以及iv) 土孢杆菌属的细菌。

在一个特定实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，iii) 瘤胃球菌属的细菌；双歧杆菌属的细菌；乳杆菌属的细菌；考拉杆菌属的细菌；和拟杆菌属或普雷沃菌属的细菌，以及iv) 肠杆菌属的细菌。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和产氢营养型布劳特氏菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和产氢营养型布劳特氏菌和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和产氢营养型布劳特氏菌和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 布氏瘤胃球菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 产氢营养型布劳特氏菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 布氏瘤胃球菌和产氢营养型布劳特氏菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 布氏瘤胃球菌、产氢营养型布劳特氏菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和双酶副梭菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和奥思尼土孢杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和布劳特氏菌属A群韦氏种（特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和解糖土孢杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和马约贝土孢杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和巴特利特肠杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和产氢营养型布劳特氏菌和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和双酶副梭菌和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和奥思尼土孢杆菌和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和布劳特氏菌属A群韦氏种和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和解糖土孢杆菌和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和马约贝土孢杆菌和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和巴特利特肠杆菌和布氏瘤胃球菌；以及：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和双酶副梭菌和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和奥思尼土孢杆菌和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和布劳特氏菌属A群韦氏种和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌、解糖土孢杆菌和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和马约贝土孢杆菌和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和粘液真杆菌和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 鼠李糖乳杆菌和巴特利特肠杆菌和布氏瘤胃球菌和青春双歧杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 解木聚糖拟杆菌或粪便普雷沃菌或尖形杆菌属的细菌（优选地具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）；以及iv)：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii)屎考拉杆菌；以及iv)

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；iii) 屎考拉杆菌；iv) 解木聚糖拟杆菌或粪便普雷沃菌或尖形杆菌属的细菌（优选地具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）；以及v)：

- 一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述；和/或

- 一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株，如上文所述。

在一个非常特定的实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；以及iii) 布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和选自由以下组成的组的细菌：解木聚糖拟杆菌、粪便普雷沃菌、尖形杆菌属的细菌（优选地具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）。

在一个非常特定的实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；以及iii) 布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和尖形杆菌属的细菌（优选地具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列）。

在一个非常特定的实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌或哈利厌氧丁酸菌；以及iii) 布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和选自由以下组成的组的细菌：解木聚糖拟杆菌、粪便普雷沃菌、尖形杆菌属的细菌（优选地具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体）。

在一个非常特定的实施例中，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：i) 直肠阿加索杆菌；ii) 粪厌氧棒杆菌或哈利厌氧丁酸菌；以及iii) 布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和尖形杆菌属的细菌（优选地具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列和/或具有如SEQ ID NO: 9所示的16RNA序列）。

优选地，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选巴特利特肠杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、解糖土孢杆菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、奥思尼土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌和奥思尼土孢杆菌；甚至更优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、土孢杆菌属和奥思尼土孢杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、解糖土孢杆菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、奥思尼土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌和奥思尼土孢杆菌；甚至更优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、土孢杆菌属和奥思尼土孢杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选巴特利特肠杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌和奥思尼土孢杆菌；甚至更优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、土孢杆菌属和奥思尼土孢杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、解糖土孢杆菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、奥思尼土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌和奥思尼土孢杆菌；甚至更优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、土孢杆菌属和奥思尼土孢杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和尖形杆菌属新属的细菌（具有与SEQ ID NO: 1有90%、95%或99%序列同一性的DNA基因组序列）；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选巴特利特肠杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和尖形杆菌属新属的细菌（具有与SEQ ID NO: 1有90%、95%或99%序列同一性的DNA基因组序列）；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、解糖土孢杆菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、奥思尼土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌和奥思尼土孢杆菌；甚至更优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、土孢杆菌属和奥思尼土孢杆菌。

在一些方面，细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌和尖形杆菌属新属的细菌（具有与SEQ ID NO: 1有90%、95%或99%序列同一性的DNA基因组序列）；和选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、解糖土孢杆菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、奥思尼土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌和奥思尼土孢杆菌；甚至更优选地选自由以下组成的组：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、土孢杆菌属和奥思尼土孢杆菌。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；双酶副梭菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；解糖土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；马约贝土孢杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；巴特利特肠杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

在一些方面，本发明的细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；粘液真杆菌；屎考拉杆菌；和具有与SEQ ID NO: 1有至少90%、优选至少95%、甚至更优选至少99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌。

优选地，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌。

可替代地，根据本发明的聚生体包含以下或由其组成：直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌。

特别地，这类聚生体不包含梭菌属的细菌菌株。

优选地，这类聚生体不包含：

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、梭菌属E群球孢种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株；和/或

-一种或多种选自以下物种的细菌菌株：乳酸发酵厌氧提格农菌（例如，DSM14214）、厌氧提格农菌属物种000436415、脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM 2151、JCM11019）、普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）和大鼠韦荣球菌（例如，ATCC 17746、DSM 20736、JCM 6512）；优选地选自脆弱拟杆菌（例如，ATCC 25285、DSM2151、JCM 11019）和普通居海事城球杆菌（例如，ATCC 8482、DSM 1447、JCM 5826）；优选地选自厌氧提格农菌属、拟杆菌属、居海事城球杆菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中聚生体不包含能够将主要底物转化为丙酸的细菌菌株。

在一些方面，直肠阿加索杆菌可以在聚生体中被如本文所述的能够进行途径B2和A4的任何细菌或细菌组合替代。

在一些方面，粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌可以在聚生体中被如本文所述的能够进行途径A3、B2和B3的任何细菌或细菌组合替代。

在一些实施例中，根据本发明的聚生体不包含粘液真杆菌和/或普氏粪杆菌。优选地，根据本发明的组合物不包含粘液真杆菌、普氏粪杆菌，也不包含来自 梭菌属的细菌。甚至更优选地，根据本发明的聚生体不包含粘液真杆菌、普氏粪杆菌和/或一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、球孢梭菌、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属。最优选地，根据本发明的聚生体不包含粘液真杆菌、普氏粪杆菌、来自梭菌属的细菌，也不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株。

在本文所述的任何实施例中，布劳特氏菌属可以被真杆菌属、副梭菌属、土孢杆菌属或肠杆菌属替代，尤其是当布劳特氏菌属因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，布劳特氏菌属可以被真杆菌属替代，尤其是当布劳特氏菌属因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，布劳特氏菌属可以被副梭菌属替代，尤其是当布劳特氏菌属因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，布劳特氏菌属可以被土孢杆菌属替代，尤其是当布劳特氏菌属因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，布劳特氏菌属可以被肠杆菌属替代，尤其是当布劳特氏菌属因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，物种产氢营养型布劳特氏菌可以被物种粘液真杆菌、双酶副梭菌、解糖土孢杆菌、巴特利特肠杆菌或马约贝土孢杆菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

特别地，在本文所述的任何实施例中，物种产氢营养型布劳特氏菌可以被物种粘液真杆菌、解糖土孢杆菌、奥思尼土孢杆菌、布劳特氏菌属A群韦氏种、布劳特氏菌属A群鲁提种、巴特利特肠杆菌或马约贝土孢杆菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

特别地，在本文所述的任何实施例中，物种产氢营养型布劳特氏菌可以被物种奥思尼土孢杆菌或布劳特氏菌属A群韦氏种替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被粘液真杆菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被双酶副梭菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被奥思尼土孢杆菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被布劳特氏菌属A群鲁提种替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被布劳特氏菌属A群韦氏种替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被解糖土孢杆菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被巴特利特肠杆菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，产氢营养型布劳特氏菌可以被马约贝土孢杆菌替代，尤其是当产氢营养型布劳特氏菌因其进行B1和/或C2途径、优选B1途径的能力而包含在聚生体中时。

在本文所述的任何实施例中，布劳特氏菌属A群韦氏种优选地是具有如SEQ IDNO: 17所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体、优选地具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列的细菌。

本发明的涉及甲酸模块的方面

在一方面，本发明涉及包含细菌甲酸模块的组合物。甲酸模块的细菌进行i) 途径B1和/或途径B1和C2。

优选地，本发明涉及组合物，该组合物包含细菌甲酸模块（即，一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株），特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述；以及

-乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含副梭菌属的细菌、优选物种双酶副梭菌的细菌，并且包含不超过15种不同的细菌菌株，并且包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸、乳酸、琥珀酸、乙酸、丁酸和/或丙酸的细菌菌株，其中主要底物选自由以下组成的组：糖、淀粉、纤维和蛋白质及其任何组合。

优选地，包含副梭菌属的细菌、优选物种双酶副梭菌的细菌的组合物包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株（A1）；例如，这样的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属，或选自物种哈利厌氧丁酸菌、克拉鲁斯拟杆菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO:11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌及其任何组合。特别优选的是瘤胃球菌属和物种布氏瘤胃球菌的（A1）转化者。

在一些方面，组合物包含含有副梭菌属的细菌、优选物种双酶副梭菌的细菌的甲酸模块以及：

--乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如“细菌菌株聚生体”部分中所述。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含副梭菌属的细菌、优选物种双酶副梭菌的细菌，并且包含：

-一种或几种进行途径A1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A4的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A5的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A6的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-任选地一种或几种进行途径C1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；和/或

-任选地一种或几种进行途径C2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含肠杆菌属的细菌、优选物种巴特利特肠杆菌的细菌，并且包含不超过15种不同的细菌菌株，并且包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，其中主要底物选自由以下组成的组：糖、淀粉、纤维和蛋白质及其任何组合。

优选地，包含肠杆菌属的细菌、优选物种巴特利特肠杆菌的细菌的组合物包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株（A1）；例如，这样的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属，或选自物种哈利厌氧丁酸菌、克拉鲁斯拟杆菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种（特别是具有如SEQ IDNO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌及其任何组合。特别优选的是瘤胃球菌属和物种布氏瘤胃球菌的（A1）转化者。

在一些方面，组合物包含含有肠杆菌属的细菌、优选物种巴特利特肠杆菌的细菌的甲酸模块以及：

--乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如“细菌菌株聚生体”部分中所述。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含肠杆菌属的细菌、优选物种巴特利特肠杆菌的细菌，并且包含：

-一种或几种进行途径A1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A4的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A5的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A6的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-任选地一种或几种进行途径C1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；和/或

-任选地一种或几种进行途径C2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株。

在一方面，本发明涉及厌氧细菌菌株的细菌聚生体，其中所述聚生体包含土孢杆菌属的细菌、优选物种解糖土孢杆菌或马约贝土孢杆菌的细菌，并且包含不超过15种不同的细菌菌株，并且包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株，其中主要底物选自由以下组成的组：糖、淀粉、纤维和蛋白质及其任何组合。

优选地，包含土孢杆菌属的细菌、优选物种解糖土孢杆菌的细菌的组合物包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株（A1）；例如，这样的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属，或选自物种哈利厌氧丁酸菌、克拉鲁斯拟杆菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种（特别是具有如SEQ IDNO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌及其任何组合。特别优选的是瘤胃球菌属和物种布氏瘤胃球菌的（A1）转化者。

在一些方面，组合物包含含有土孢杆菌属的细菌、优选物种解糖土孢杆菌的细菌的甲酸模块以及：

--乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含土孢杆菌属的细菌、优选物种解糖土孢杆菌的细菌，并且包含：

-一种或几种进行途径A1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A4的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A5的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A6的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-任选地一种或几种进行途径C1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；和/或

-任选地一种或几种进行途径C2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株。

优选地，包含土孢杆菌属的细菌、优选物种马约贝土孢杆菌的细菌的组合物包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株（A1）；例如，这样的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属，或选自物种哈利厌氧丁酸菌、克拉鲁斯拟杆菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种（特别是具有如SEQID NO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌及其任何组合。特别优选的是瘤胃球菌属和物种布氏瘤胃球菌的（A1）转化者。

在一些方面，组合物包含含有土孢杆菌属的细菌、优选物种马约贝土孢杆菌的细菌的甲酸模块以及：

--乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含土孢杆菌属的细菌、优选物种马约贝土孢杆菌的细菌，并且包含：

-一种或几种进行途径A1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A4的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A5的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A6的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-任选地一种或几种进行途径C1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；和/或

-任选地一种或几种进行途径C2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株。

优选地，包含土孢杆菌属的细菌、优选物种奥思尼土孢杆菌的细菌的组合物包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株（A1）；例如，这样的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属，或选自物种哈利厌氧丁酸菌、克拉鲁斯拟杆菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种（特别是具有如SEQID NO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌及其任何组合。特别优选的是瘤胃球菌属和物种布氏瘤胃球菌的（A1）转化者。

在一些方面，组合物包含含有土孢杆菌属的细菌、优选物种奥思尼土孢杆菌的细菌的甲酸模块以及：

--乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含土孢杆菌属的细菌、优选物种奥思尼土孢杆菌的细菌，并且包含：

-一种或几种进行途径A1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A4的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A5的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A6的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-任选地一种或几种进行途径C1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；和/或

-任选地一种或几种进行途径C2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株。

优选地，包含布劳特氏菌属的细菌、优选物种布劳特氏菌属A群鲁提种、产氢营养型布劳特氏菌或布劳特氏菌属A群韦氏种的细菌的组合物包含一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株（A1）；例如，这样的一种或多种细菌菌株可以选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属，或选自物种哈利厌氧丁酸菌、克拉鲁斯拟杆菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种（特别是具有如SEQ ID NO: 11所示的16SRNA序列或与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体）、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌及其任何组合。特别优选的是瘤胃球菌属和物种布氏瘤胃球菌的（A1）转化者。

在一些方面，组合物包含含有布劳特氏菌属的细菌、优选物种布劳特氏菌属A群鲁提种、产氢营养型布劳特氏菌或布劳特氏菌属A群韦氏种的细菌的甲酸模块以及：

--乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述。

在一方面，本发明涉及包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含布劳特氏菌属的细菌、优选物种布劳特氏菌属A群鲁提种、产氢营养型布劳特氏菌或布劳特氏菌属A群韦氏种的细菌，并且包含：

-一种或几种进行途径A1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A4的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A5的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径A6的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-一种或几种进行途径B3的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；

-任选地一种或几种进行途径C1的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株；和/或

-任选地一种或几种进行途径C2的细菌菌株，特别是如上文所述的细菌属或物种的细菌菌株。

甲酸模块可以特别地包含以下属组合：肠杆菌属和厌氧丁酸菌属；肠杆菌属和拟杆菌属；肠杆菌属和柯林斯氏菌属；肠杆菌属和粪球菌属；肠杆菌属和多尔氏菌属；肠杆菌属和丹毒梭菌属；肠杆菌属和真杆菌属；肠杆菌属和粪杆菌属；肠杆菌属和毛螺菌属；肠杆菌属和长链菌属；肠杆菌属和瘤胃球菌属；肠杆菌属和塞利单胞菌属；土孢杆菌属和厌氧丁酸菌属；土孢杆菌属和拟杆菌属；土孢杆菌属和柯林斯氏菌属；土孢杆菌属和粪球菌属；土孢杆菌属和多尔氏菌属；土孢杆菌属和丹毒梭菌属；土孢杆菌属和真杆菌属；土孢杆菌属和粪杆菌属；土孢杆菌属和毛螺菌属；土孢杆菌属和长链菌属；土孢杆菌属和瘤胃球菌属；土孢杆菌属和塞利单胞菌属；副梭菌属和厌氧丁酸菌属；副梭菌属和拟杆菌属；副梭菌属和柯林斯氏菌属；副梭菌属和粪球菌属；副梭菌属和多尔氏菌属；副梭菌属和丹毒梭菌属；副梭菌属和真杆菌属；副梭菌属和粪杆菌属；副梭菌属和毛螺菌属；副梭菌属和长链菌属；副梭菌属和瘤胃球菌属；副梭菌属和塞利单胞菌属。优选的是肠杆菌属和瘤胃球菌属、土孢杆菌属和瘤胃球菌属、副梭菌属和瘤胃球菌属的组合。

在一些方面，组合物包含含有如上所述的属组合的甲酸模块以及：

--乳酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株和一种或几种能够将乳酸转化为丁酸和/或丙酸的细菌菌株）；特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述，和/或

--琥珀酸模块（即，一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株），特别是如以上“细菌菌株聚生体”部分中所述。

组合物

在另外的方面，本发明涉及包含任何上述聚生体的组合物。

本发明的组合物可以是药物组合物、食品组合物或食品补充剂。

在优选的实施例中，本发明的组合物是药物组合物，该药物组合物包含如本文披露的细菌菌株聚生体和任选地药学上可接受的载体或赋形剂。

典型地，对于每种细菌菌株，根据本发明的组合物包含至少10⁴、至少10⁵、至少10⁶、优选至少10⁷个细菌细胞/ml或g，并且每种细菌菌株具有超过10%、20%、30%、40%、50%、优选超过70%的活力。

如本文所用，术语“药学上可接受的”是指当适当时向哺乳动物（尤其是人）施用时不产生不良（adverse）、过敏或其他不良（untoward）反应的分子实体和组合物。药学上可接受的赋形剂是指无毒固体、半固体或液体填充剂、稀释剂、包封材料或任何类型的配制助剂。可以用于根据本发明的组合物中的药学上可接受的赋形剂是技术人员熟知的，并且可以根据待治疗的疾病和施用途径而变化。

本发明的组合物可以通过适于沉积在待治疗的受试者的胃肠道、优选小肠和/或结肠中的任何方法施用。

优选地，本发明的组合物被配制为直肠施用形式或口服可摄取形式。

在一个实施例中，通过口服途径施用药物组合物。对于口服施用，药物组合物可以被配制成常规口服剂型，如片剂、胶囊剂、散剂、颗粒剂和液体制剂（如糖浆剂、酏剂和浓缩滴剂）。可以使用无毒固体载体或稀释剂，其包括例如药用级甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、滑石、纤维素、葡萄糖、蔗糖、碳酸镁等。对于压制片剂，粘合剂也是必需的，粘合剂是赋予粉末状材料粘聚性的试剂。例如，淀粉、明胶、糖（如乳糖或右旋糖）和天然或合成树胶可以用作粘合剂。片剂中还可能需要崩解剂以促进片剂的破碎。崩解剂包括淀粉、粘土、纤维素、藻胶、树胶和交联聚合物。此外，润滑剂和助流剂也可以包含在片剂中，以防止在制造过程中片剂材料粘附到表面并改善制造期间粉末材料的流动特性。胶体二氧化硅最常用作助流剂，并且化合物（如滑石或硬脂酸）最常用作润滑剂。还可以将熟知的增稠剂添加到组合物中，如玉米淀粉、琼脂、天然或合成树胶、树脂、甲基纤维素、羧甲基纤维素钠、瓜尔胶、黄原胶等。防腐剂也可以包含在组合物中，包括对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲醇和乙二胺四乙酸盐。

优选地，对于口服施用，组合物呈抗胃酸的口服形式，允许包含在组合物中的活性化合物通过胃并释放到肠中。可以用于肠溶包衣中的材料包括例如海藻酸、邻苯二甲酸乙酸纤维素、塑料、蜡、虫胶和脂肪酸（例如，硬脂酸或棕榈酸）。

在另一个实施例中，药物组合物通过直肠途径施用。合适的直肠途径形式包括但不限于栓剂和灌肠剂。特别地，可以通过本领域已知的方法将活性化合物掺入任何已知栓剂基质中。这类基质的实例包括可可脂、聚乙二醇（卡波蜡）、聚乙烯脱水山梨醇单硬脂酸酯以及这些与其他相容材料的混合物以改变熔点或溶出速率。

根据本发明的组合物可以被配制成在施用后基本上立即或在施用后的任何预定时间或时间段释放活性成分。

在其他实施例中，组合物可以是食品组合物或食品补充剂。

“食品组合物”意指包含食品成分（如常量营养素、微量营养素、维生素和/或矿物质）的任何组合物。食品组合物可以旨在供人或动物食用，并且可以是液体、糊剂或固体。食品组合物的实例包括但不限于乳制品（如奶酪、黄油、奶油、酸奶、发酵乳、冰淇淋）、熟食制品（如面包、饼干和蛋糕）、水果制品（如果汁、烩水果或果泥）、大豆食品、淀粉基食品、食用油组合物、涂抹酱、早餐谷物、婴儿配方食品、食品棒（例如，谷物棒、早餐棒、能量棒、营养棒）、口香糖、饮料、饮用补充剂（待添加到饮料中的粉末）。

如本文所用，术语“食品补充剂”是指与其他食品分开配制和施用以补充受试者（即，人或动物）的营养摄取的任何组合物。该补充剂可以呈本领域技术人员熟知的任何合适的形式，优选地呈膳食食品或口服补充剂的形式。

在一些实施例中，根据本发明的组合物包含选自由以下组成的组的组分：冷冻保护介质，特别是包含甘油；培养基或分散培养基，特别是包含蛋白胨、酵母提取物、单糖、二糖、阿拉伯半乳聚糖、低聚果糖、纤维、甘油、可溶性淀粉、抗性淀粉、木聚糖、矿物质、辅因子、维生素和还原剂；水性凝胶；益生元和聚合物支持物；及其任何组合。

在一些实施例中，本发明的组合物可以特别地包含一种或几种益生元。如本文所用，“益生元”是指可以诱导细菌菌株组合物和/或胃肠道微生物组的组成和/或活性两者的特定变化的成分，这些变化可以赋予宿主益处。优选地，益生元可以被细菌菌株聚生体降解，并且可以在施用于患者后增加其保质期。益生元的实例包括但不限于复合碳水化合物、多酚、氨基酸、肽、矿物质或促进聚生体细菌菌株存活的其他营养组分。

在一些实施例中，根据本发明的组合物不含或基本上不含琥珀酸、甲酸和/或乳酸。

特别地，根据本发明的组合物包含小于5 mM的量的琥珀酸、小于5 mM的量的甲酸和/或小于5 mM的量的乳酸。

在一些实施例中，根据本发明的组合物包含丙酸、乙酸和/或丁酸。

特别地，根据本发明的组合物包含至少10 mM的量的乙酸、至少2 mM的量的丙酸和/或至少2 mM的量的丁酸。

在一些实施例中，本发明的组合物包含甘油，特别是为了增强丁酸产生。

组合物的用途

在另外的方面，本发明还涉及聚生体或组合物作为药物的用途，尤其是在治疗特别是引起或导致肠道菌群失调的障碍或疾病中的用途。

如本文所用，术语“药物”是指具有针对障碍或疾病的治愈或预防特性的任何物质或组合物。

因此，本发明还涉及本发明的组合物，用于治疗疾病或障碍、用于改善受试者的一般健康状况和/或用于改变微生物组的组成。本发明还涉及组合物，用于制造用以治疗疾病或障碍、用以改善受试者的一般健康状况和/或用以改变微生物组的组成的药物。本发明还涉及如本文所述的组合物用于治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的障碍或疾病的用途。

在其他方面，本发明涉及用于治疗受试者的肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍的方法，其中该方法包括向所述受试者施用本发明的细菌菌株聚生体或组合物。

本发明还涉及本发明的细菌菌株聚生体或组合物用于制造用以治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍的药物的用途。

此外，本发明还涉及用于治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起的障碍或疾病、用于改善受试者的一般健康状况和/或用于改变微生物组的组成的方法，该方法包括向有需要的受试者施用治疗有效量的本发明的组合物。

术语“菌群失调”是本领域已知的，并且表示与健康状态相比微生物群的改变。微生物群状态可以通过确定关键标志物、中间代谢物和最终代谢物来表征。优选地，健康微生物群的特征在于不存在中间代谢物。因此，特征在于中间代谢物积累的状态被称为菌群失调。

优选地，当琥珀酸以至少5 mM、10 mM、25 mM或50 mM的量存在于肠中，和/或甲酸以至少5 mM、10 mM、25 mM或50 mM的量存在于肠中，和/或乳酸以至少5 mM、10 mM、25 mM或50 mM的量存在于肠中时，受试者患有肠道菌群失调。

如本文所用，术语“受试者”或“患者”是指动物，如狗、猫、马、牛、猪、绵羊和非人灵长类动物或非哺乳动物（如家禽），优选哺乳动物，更优选人（包括成人和儿童）。

待用本发明的组合物治疗的受试者是动物，优选哺乳动物。在一个实施例中，受试者是家养或养殖动物，如狗、猫、牛、绵羊、马或啮齿动物。在一个优选的实施例中，受试者是人，包括成人、儿童、新生儿和产前阶段的人。如本文所用，术语“受试者”、“个体”和“患者”是可互换的。

术语“治疗”是指旨在改善患者或受试者的健康状况的任何行为，如治疗、预防（prevention）、预防（prophylaxis）和延缓疾病。它指定了疾病的治愈性治疗和/或预防性治疗两者。治愈性治疗被定义为导致治愈的治疗，或减轻、改善和/或消除、减少和/或稳定疾病的症状或其直接或间接引起的痛苦的治疗。预防性治疗既包括导致预防疾病的治疗又包括降低和/或延迟疾病的发病率或其发生风险的治疗。在某些实施例中，这个术语是指改善或根除疾病、障碍或与其相关联的症状。术语“治疗”包括预防本文所述的疾病和延迟本文所述的疾病的进展。

“治疗有效量”是当向受试者施用时足以治疗目标疾病或障碍或足以产生期望的治疗效果的量。该量可以根据疾病及其严重程度、待治疗的患者或受试者的生理数据和特性（例如，年龄、体型和体重）以及施用途径而变化。

优选地，“有效治疗量”包含10³至10¹⁴ CFU（菌落形成单位）、优选10⁶至10⁹ CFU细菌/ml或µg药物组合物。

通常，需要向受试者提供在约10³至10⁹ CFU/kg、优选10⁶至10⁹ CFU/kg（受试者体重）范围内的剂量的以上组合物或聚生体，尽管可以施用更低或更高的剂量。

可替代地，可能需要向受试者提供在以下范围内的剂量的本发明的组合物：约50µg至1 mg/kg、优选50 µg至500 µg/kg、更优选50 µg至250 µg/kg、甚至更优选50 µg至100µg/kg（受试者体重），尽管可以施用更低或更高的剂量。

在实施例中，治疗有效量优选地被定义为对肠道炎症或疾病的任何症状（如腹泻、发热或疼痛）具有影响所需的量。

本发明的组合物可以作为单剂量或以多剂量施用。特别地，取决于受试者的年龄或生理状况，可以将每日剂量分开以促进施用，例如在早上施用一次并且在晚上施用另一次。

在一些实施例中，定期施用组合物，优选在每天与每月之间、更优选在每天与每两周之间、更优选在每天与每周之间。在一些特定实施例中，每天施用组合物。

用本发明的组合物治疗的持续时间可以包括在1天与几年之间、优选在1天与一年之间、更优选在1天与6个月之间。

药物组合物可用于多种适应症，如预防（prophylaxis）、治疗、预防（prevention）或延迟与肠道微生物组失衡相关或与微生物群菌群失调相关联的疾病的进展。普遍认为，菌群失调起源于生态失衡（例如，基于营养作用），其特征在于患者的微生物组中对于建立和/或维持健康微生物组必需的细菌菌株的量不成比例或不存在。

在一些实施例中，本文披露的聚生体和组合物可用于治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍。

在一些实施例中，疾病或障碍是菌群失调、优选肠道菌群失调。优选地，肠道菌群失调选自由以下组成的组：抗生素治疗后的肠道菌群失调、被万古霉素耐药性肠球菌感染后的肠道菌群失调、被碳青霉烯耐药性肠球菌感染后的肠道菌群失调和感染后腹泻后的肠道菌群失调。

可替代地，由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍选自由以下组成的组：炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病；类风湿性关节炎；多发性硬化症；移植物抗宿主病；实体癌和液体癌，胃肠癌、结直肠癌和急性髓系白血病。可替代地，由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍选自由以下组成的组：炎性肠病，溃疡性结肠炎、克罗恩病；类风湿性关节炎；多发性硬化症；移植物抗宿主病；胃肠癌、结直肠癌和急性髓系白血病。

特别地，本发明的组合物可以用于治疗涉及人微生物组、优选肠道微生物组的细菌的病状，如炎性或自身免疫性疾病、癌症、感染或脑障碍。一段时间以来，炎性肠病一直是基于微生物群的疗法的焦点（Caruso等人, Host-microbiota interactions ininflammatory bowel disease [炎性肠病中的宿主-微生物群相互作用]. Nat RevImmunol [自然综述：免疫学] 20, 411-426 (2020)）。实际上，微生物组的一些细菌可以在不触发任何感染的情况下分泌将诱导和/或增强炎性或自身免疫性疾病的分子（De Luca等人, The microbiome in autoimmune diseases [自身免疫性疾病中的微生物组], Clin.Exp. Immunol. [临床与实验免疫学] 195 (1) 第74-85页 (2019)）或癌症发展（Zitvogel等人, Cancer and the gut microbiota: an unexpected link [癌症与肠道微生物群：意想不到的关联], Sci. Transl. Med. [科学转化医学] 7, 271 (2015)）。最近，在微生物组研究中，疾病如类风湿性关节炎（Maeda等人, Host-microbiota interactions inrheumatoid arthritis [类风湿性关节炎中的宿主-微生物群相互作用], Exp Mol Med[实验与分子医学], 51, 1-6 (2019)）和多发性硬化症（Correale等人, The role of thegut microbiota in multiple sclerosis [肠道微生物群在多发性硬化症中的作用],Nat Rev Neurol [自然综述：神经病学] 18, 544-558 (2022)）已经逐渐成为焦点。因此，待通过根据本发明的组合物治疗的疾病或障碍可以特别地是以下菌群失调：i) 抗生素治疗后、ii) 免疫应答加剧后或iii) 与癌症相关。

在一些实施例中，障碍可以选自下组：抗生素治疗、被万古霉素耐药性肠球菌（VRE）感染、被碳青霉烯耐药性肠球菌（CRE）感染、感染后腹泻后的菌群失调；炎性肠病（IBD），包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）；类风湿性关节炎（RA）；多发性硬化症（MS）；移植物抗宿主病（GvHD）；实体癌和液体癌，特别是胃肠癌、结直肠癌（CRC）、急性髓系白血病（AML）；胃炎、结肠炎、胃肠炎、牙龈炎、医院感染和艰难梭菌（Clostridium difficile）感染（CDI）。在一个特定实施例中，待治疗的疾病或障碍选自抗生素治疗、被万古霉素耐药性肠球菌感染、被碳青霉烯耐药性肠球菌感染后的菌群失调；炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病；类风湿性关节炎；多发性硬化症；移植物抗宿主病；实体癌和液体癌，特别是胃肠癌、结直肠癌和急性髓系白血病。

根据本发明的组合物可以与用于肠道菌群失调或与肠道菌群失调相关的疾病或障碍的另一种疗法或治疗组合使用。

例如，本发明的组合物或聚生体可以与饮食干预、用药物或候选药物的治疗或益生元施用组合。术语“药物”包括合成的药物，但也包括生物药物或生物医疗产品，如疫苗、血液成分、体细胞、基因疗法、组织、重组治疗性蛋白等。特别地，术语“药物"包括活药物，并且优选地包括包含被选择或工程化以具有治疗特性的细菌细胞的配制品。

在一些实施例中，根据本发明的组合物或聚生体与抗生素剂、益生元剂、抗癌剂、选择性营养物、调节通过时间和/或用于清洁原位微生物组空间的药剂组合使用。

产生方法

本发明还涉及用于在适当的培养基中产生如本文披露的聚生体或组合物的方法。

术语“分散培养基”、“培养基（cultivation medium）”和“培养基（culturemedium）”在本文中可互换地使用，并且是指这样的液体或固体培养基、优选液体培养基，其中可以接种和/或培养一种或几种细菌菌株。培养基的组成取决于培养细菌的营养需求。该组成可以由技术人员基于其常识容易地调节。

典型地，培养基包含至少一种碳源（甘油、葡萄糖、半乳糖、麦芽糖、乳糖、蔗糖、果糖、纤维二糖）、纤维（优选果胶、阿拉伯半乳聚糖、β-葡聚糖、可溶性淀粉、抗性淀粉、低聚果糖、低聚半乳糖、木聚糖、阿拉伯木聚糖、纤维素）、蛋白质（优选酵母提取物、酪蛋白、脱脂乳、蛋白胨）、辅因子（短链脂肪酸、氯化血红素、FeSO4）、维生素（优选生物素、钴胺素、4-氨基苯甲酸、叶酸、盐酸吡哆胺）、矿物质（优选碳酸氢钠、磷酸氢二钾、磷酸二氢钾、氯化钠、硫酸铵、硫酸镁、氯化钙）和还原剂（优选半胱氨酸、柠檬酸钛(III)、酵母提取物、硫代乙醇酸钠、二硫苏糖醇、硫化钠、亚硫酸氢盐、抗坏血酸盐）。培养基还可以包含防止微生物污染的一种或多种化合物，例如被选择为对期望的细菌无效的抗生素。

技术人员可以容易地调节培养基以适应待培养细菌的营养需求。

广泛范围的固体或液体培养基是已知的，并且可以用于本发明的背景下。合适的培养基包括液体培养基和固体支持物。液体培养基通常包含水，并且因此也可以被称为水性培养基。固体培养基可以包含聚合物支持物，如琼脂。优选地，培养基是液体培养基。

在一个特定实施例中，培养基包含amicase、酵母提取物、矿物质溶液、磷酸钾、氯化钠、硫酸铵、硫酸镁、氯化钙、nutriose、菊粉、可溶性马铃薯淀粉、纤维二糖、氯化血红素、刃天青、维生素、半胱氨酸盐酸盐和/或NaHCO3。

在特定实施例中，本发明的产生方法在反应器中进行。“反应器”意指常规罐或用于发酵和/或生物转化的任何设备或系统，典型地选自生物反应器、生物过滤器、旋转生物接触器和其他气相和/或液相生物反应器。可以根据本发明使用的设备可以连续使用或批量加载使用，例如用于分批或补料分批发酵。已知分批培养（如在厌氧分批或补料分批发酵过程中）特别适合大规模产生细菌和细菌聚生体。

因此，本发明还涉及包含如本文所定义的聚生体或组合物的反应器或生物反应器。

优选地，产生方法在厌氧条件下进行。

在一些实施例中，根据本发明的方法，通过在厌氧分批发酵过程中或在厌氧补料分批发酵过程中共培养来培养/繁殖细菌菌株。

术语“分批发酵”是已知的，并且表示生物反应器中的这样的发酵过程，其中在发酵过程期间，没有材料从生物反应器中去除，也没有材料添加到生物反应器中。在本文中，术语“分批发酵”特别地表示这样的发酵过程，其中除了分析测试所需的微不足道的量之外，不去除在生物反应器中培养的培养悬浮液，并且其中不向生物反应器中添加新鲜培养基。此外，在发酵过程期间进出生物反应器的气态化合物流（例如用于维持厌氧培养条件的惰性气体的流入或如代谢废气的流出）不被认为是添加到生物反应器中或从其中去除的材料。

术语“补料分批发酵”是已知的，并且表示生物反应器中的这样的发酵过程，其中在发酵过程期间，除了分析测试所需的微不足道的量和气态化合物之外，没有材料、特别是没有培养悬浮液从生物反应器中去除。然而，在补料分批发酵过程中，在发酵过程期间将材料添加到生物反应器中，特别是添加新鲜培养基。添加的培养基可以是与在补料分批发酵过程开始时生物反应器中的培养基相同或不同的培养基。

在本发明的方法中，聚生体可以从接种物扩增。优选地，细菌菌株呈来自先前连续厌氧共培养过程的接种物的形式。

如本文所用，术语“接种物”是指含有活细菌的样品，旨在引入有利于其繁殖的环境、优选合适的培养基中，以产生更大量的所述活细菌或产生由所述细菌产生的化合物（例如像丁酸）。培养优选地以工业规模进行，即特别是高于200 ml、高于300 ml或高于500 ml并且更优选地以至少1 L、至少10 L、至少30 L、至少50 L、至少100 L、至少250 L或至少500L的体积进行。

术语“连续培养（continuous culture）”、“连续培养（continuous cultivation）”和“连续共培养”是已知的，并且是指在包含液体培养基的生物反应器中培养细菌菌株，其中在培养过程期间，添加和去除材料。特别地，术语“连续培养”是指这样的培养过程，其中新鲜培养基在培养过程期间以恒定流速替代等体积的培养悬浮液的流出物。

根据本发明的方法可以进一步包括收获或收集聚生体，特别是在繁殖后。

根据本发明的方法可以进一步包括一个或多个后处理步骤。术语“后处理”优选地是指进一步的加工步骤或下游处理，例如像保存处理。后处理可以是冷冻保存或冻干。

在一些实施例中，本发明的方法包括冷冻保存步骤，其包括：

-将收获的培养悬浮液与冷冻保护溶液混合，特别是为了获得培养悬浮液和冷冻保存剂（优选甘油）的1 : 1（v/v）混合物，或

-将收获的培养悬浮液离心并将获得的沉淀物重悬于冷冻保护溶液和分散培养基的混合物中，特别是冷冻保存剂的1 : 1（v/v）混合物中，优选甘油和分散培养基的混合物中，以及

-用液氮N2急速冷冻或逐渐冷冻到至少-20°C、特别是-20°C至-80°C的储存温度。

在另一个实施例中，后处理是冻干，其包括以下步骤：

-离心收获的培养悬浮液并用缓冲溶液洗涤获得的沉淀物；

-将沉淀物重悬于冻干溶液中并冻干；以及

-随后，在4°C或更低的温度下或在室温下储存。

在一个非常特定的实施例中，制造如本文所定义的聚生体或组合物的方法包括以下步骤：

I.提供作为来自先前连续厌氧共培养过程的接种物的细菌菌株聚生体的样品；

II.将接种物添加到生物反应器中的分散培养基中，从而形成细菌菌株的培养悬浮液；

III.通过在厌氧分批发酵过程中或在厌氧补料分批发酵过程中共培养来繁殖培养悬浮液中的细菌菌株；

IV.任选地收获细菌菌株聚生体；以及

V.任选地使收获的聚生体经受一个或多个后处理步骤，如冷冻保存或冻干。

在一些实施例中，这种方法进一步包括收获细菌菌株聚生体的步骤。

在一些实施例中，这种方法另外包括使收获的聚生体经受一个或多个后处理步骤（如冷冻保存或冻干）的步骤，特别是如上文所述。

试剂盒

本披露的组合物可以包装为试剂盒。因此，本发明还提供了试剂盒，该试剂盒包含本发明的聚生体，特别是用于制备如本文披露的组合物。

在一些实施例中，试剂盒可以另外包含用于培养/繁殖根据本发明的聚生体的说明书，特别是当聚生体作为接种物在试剂盒中提供时。

试剂盒可以另外包含用于制备如本文披露的组合物的说明书。

试剂盒可以可替代地包含含有本发明的聚生体的组合物，特别是药物组合物。

在一些实施例中，试剂盒可以包含作为准备施用的已经制备好的剂型的组合物，或者可替代地可以包含作为固体组合物（例如，呈冻干形式）的含有如所述的微生物聚生体的组合物，该固体组合物可以用溶剂重构以提供液体剂型或作为用于培养目的的接种物。

在一些实施例中，试剂盒用于治疗、预防、改善、减少或延迟肠道菌群失调或与肠道菌群失调相关的疾病或障碍的发作，该疾病或障碍如选自由以下组成的组的疾病或障碍：克罗恩病、炎性肠病、胃炎、结肠炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、癌症（包括胃肠癌或结直肠癌（CRC））、溃疡（如胃溃疡或十二指肠溃疡）、肠道感染（如由病毒或细菌引起）、自身免疫性疾病、胃肠炎、吉兰-巴雷综合征、移植物抗宿主病（GvHD）、牙龈炎、医院感染、艰难梭菌感染（CDI）、被万古霉素耐药性肠球菌（VRE）感染和感染后腹泻；优选地选自由以下组成的组：炎性肠病（IBD），溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）。

在一些实施例中，本发明的试剂盒可以另外包含用于使用试剂盒治疗肠道菌群失调或与肠道菌群失调相关的疾病或障碍（如本文所述）的说明书。

本说明书中引用的所有参考文献都通过引用并入本申请。本发明的其他特征和优点将在以下实例中变得更清楚，这些实例是出于说明的目的而不是通过限制的方式给出的。

附图说明

当考虑附图及其以下详细描述时，将更好地理解本发明。

图1：人肠道微生物组碳水化合物发酵骨架的简化。示出了肠道微生物组的关键功能的示意图，并且示出了由肠道微生物组的细菌进行的途径。（A1）对应于主要底物的转化和甲酸的产生；（A2）对应于主要底物的转化和乙酸的产生；（A3）对应于主要底物的转化和丁酸的产生；（A4）对应于主要底物的转化和乳酸的产生；（A5）对应于主要底物的转化和丙酸的产生；（A6）对应于主要底物的转化和琥珀酸的产生；（B1）对应于甲酸的转化和乙酸的产生；（B2）对应于乙酸的转化和丁酸的产生；（B3）对应于乳酸的转化和丁酸的产生；（B4）对应于乳酸的转化和丙酸的产生；（B5）对应于琥珀酸的转化和丙酸的产生；（C1）对应于在还原氧的同时将主要底物转化为乳酸；（C2）对应于H2、CO2和甲酸向乙酸的转化。关于能够执行（B2）、（B3）和（B4）代谢功能的菌株的修饰可以针对性地有利于中间代谢物的转化，特别是乳酸转化为丁酸。

图2a：聚生体C21和两种密切相关的聚生体（C22、C23）的连续发酵期间的代谢物浓度，每种聚生体一式两份（平均值）。所有六个发酵在第3天后都仅含有最终代谢物乙酸、丙酸和丁酸，并且没有中间代谢物琥珀酸、乳酸和甲酸。这有力地表明碳水化合物代谢的营养网络如所假设的那样运作。

图2b：如通过取3个连续时间点的变异系数（CV）（sd/平均值100）所测量的聚生体C21至C23的稳定性。当CV低于10%时，聚生体被定义为稳定的（即，已经达到平衡或稳定状态）。基于该标准，C21从第6天开始被认为是稳定的，除了高于10%的微小变化，而C22在14天后被认为是稳定的。对于所有代谢物，C23花费约13天保持在10% CV以下（每种聚生体一式两份）。

图3：纳米孔16S测序允许对存在的所有菌株进行相对定量。所有接种的菌株都存在于每种聚生体中，直到第15天。数字是指解木聚糖拟杆菌（1）、布氏瘤胃球菌（2）、直肠阿加索杆菌（3）、屎考拉杆菌（4）、产氢营养型布劳特氏菌（5）、粪厌氧棒杆菌（6）、鼠李糖干酪乳杆菌（7）和青春双歧杆菌（8）。

图4：具有能够执行（B2）、（B3）功能的选择的丁酸生产者（如直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌）的聚生体将中间代谢物消耗转向期望的最终代谢物。示出了在生物反应器中在连续发酵下随时间（x轴，[天]）的聚生体C2（布氏瘤胃球菌、普氏粪杆菌、鼠李糖乳杆菌、青春双歧杆菌、乳酸发酵厌氧提格农菌、粘液真杆菌、产气柯林斯氏菌、屎考拉杆菌、产氢营养型布劳特氏菌）与C21（以直肠阿加索杆菌代替普氏粪杆菌并以粪厌氧棒杆菌代替粘液真杆菌）相比的流出物中的中间代谢物和最终代谢物（SCFA）的浓度（y轴，[mM]）。在整个发酵过程中，聚生体C21显示出比聚生体C2显著更高的丁酸产生。同时，C21的丙酸产生保持低于针对C2测量的丙酸产生。

图5：就丁酸产生而言，直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌替代普氏粪杆菌和粘液真杆菌的作用超过了通过去除（B4）功能诱导的作用。示出了随时间（x轴，[天]）的聚生体C2与C15（以直肠阿加索杆菌代替普氏粪杆菌并以粪厌氧棒杆菌代替粘液真杆菌，但维持乳酸发酵厌氧提格农菌作为（B4）代谢者）相比的连续发酵的流出物中的中间代谢物和最终代谢物的浓度（y轴，[mM]）。即使在接种物中维持了作为功能组B4的代表的乳酸发酵厌氧提格农菌，聚生体C15仍显示出比C2更高的丁酸产生。

图6a和图6b：当在YCFA和补充有乳酸的YCFA上生长48小时时，哈利厌氧丁酸菌显示出与粪厌氧棒杆菌的代谢谱相似的代谢谱。特别地，当在补充有LT的培养基上生长时，哈利厌氧丁酸菌和粪厌氧棒杆菌的代谢谱显著不同于粘液真杆菌的代谢谱。虽然哈利厌氧丁酸菌和粪厌氧棒杆菌几乎仅产生丁酸，但显示粘液真杆菌是主要的乙酸生产者。

图7a和图7b：阿加索杆菌属新属是不能分配给本领域所述属的细菌菌株。该菌株在本文中通过全基因组序列（即，SEQ ID No. 1）、16SRNA序列（即，SEQ ID NO: 9）、革兰氏染色和代谢谱（当在YCFA上生长48小时时，转化为主要代谢物琥珀酸、乳酸、甲酸、乙酸、丙酸、丁酸和乙醇中的每一种的总碳）披露。

图8A、图8B：所有C21菌株都完全在无菌小鼠中定植。在管饲后15或16天无菌小鼠盲肠内容物中聚生体菌株的丰度揭示了C21聚生体的完全定植。8A：通过16S测序测量的盲肠内容物中菌株的相对丰度（纳米孔，每条线代表一只小鼠）。8B：青春双歧杆菌（SKRVN；通过qPCR测量，因为用于纳米孔测序的方法不扩增双歧杆菌属物种（Bifidobacterium sp.））以及布氏瘤胃球菌（SWYUN）、屎考拉杆菌（SDVAP）和鼠李糖乳杆菌（SKFKT）（作为参考）的细胞浓度。

图9：当将新鲜C21产品施用于无菌小鼠（单次施用）时，在连续共培养产生过程（管饲样品）中处于平衡的菌株的相对丰度被强烈保留。该图示出了在施用新鲜C21后第7天测量的小鼠粪便中的组成。尽管条件和底物不同，但粪便组成与反应器组成匹配，并且保持稳定直到第10天（研究结束，未显示），这表明聚生体在产生（连续发酵）期间达到的组成平衡代表无菌小鼠中聚生体的平衡。列出的菌株是SWYUN = 布氏瘤胃球菌；SKFKT = 鼠李糖乳杆菌；SKRVN = 青春双歧杆菌；SDVAP = 屎考拉杆菌；STEDK = 粪厌氧棒杆菌；SUMTT = 解木聚糖拟杆菌；SWUPP = 直肠阿加索杆菌；SIBFJ = 产氢营养型布劳特氏菌。

图10A、图10B：与安慰剂相比，C21诱导盲肠重量的减少，重现FMT的一部分生理作用。与安慰剂对照相比，14天后定殖C21的无菌（GF）小鼠的盲肠重量减少。这表明施用C21有助于部分恢复定殖的无菌小鼠中的正常肠道形态。

图11：与安慰剂相比，在管饲新鲜来自生物反应器的C21测试产品（单次施用）后，小鼠盲肠内容物中的短链脂肪酸（SCFA）浓度增加。圆形示出了SCFA浓度的后验平均估计值，并且线示出了95%最高概率密度区间。阴性对照：PBS（安慰剂）处理的无菌小鼠；阳性对照：SPF小鼠。在施用C21后14天，无菌小鼠盲肠中的代谢活性、尤其是SCFA乙酸、丁酸和丙酸的浓度高于安慰剂处理的小鼠中的代谢活性，这表明C21可以在盲肠中启动发酵活性，重现FMT的作用。

图12：C21降低肠球菌属的优势（GvHD风险模型）。在有患上GvHD风险的患者中，肠球菌属占优势。基于该模型，向无菌小鼠施用肠球菌属和C21两者。每个圆形、正方形、三角形、星形示出了总细菌丰度（实心符号）或绝对肠球菌属丰度（空心符号）。三角形和正方形：小鼠首先用肠球菌属定殖，随后用C21（三角形）或FMT（正方形）处理；圆形和星形：反过来，小鼠首先用C21（圆形）或FMT（星形）定殖，随后用肠球菌属定殖。研究的目标是验证C21是否能以与FMT（其在与aGvHD相关的肠球菌属过度生长中是治愈性的）相当的方式与肠球菌属竞争。在两种情况下，即用肠球菌属预定殖小鼠或定殖后激发，都观察到聚生体C21在无菌小鼠中的完全定植。C21部分重现了FMT对总体细菌丰度和肠球菌属的降低的相对丰度的作用。

图13：A、B.当以单一菌株培养生长时，产氢营养型布劳特氏菌和卡氏真杆菌显示出相似的代谢谱。

图14：具有产氢营养型布劳特氏菌或卡氏真杆菌作为甲酸至乙酸转化者的聚生体在体外发酵中都显示出显著的丁酸产生。

图15：具有产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群韦氏种（C36）和解糖土孢杆菌（C34）的聚生体在体外发酵中显示出显著的丁酸产生。

图16：乙酸至丁酸转化者（B2功能）和乳酸至丁酸转化者（B3功能）的有目的地选择可以协同地相互作用以最大化丁酸产生。特别地，选择的B2转化者（直肠阿加索杆菌 =SWUPP）与选择的B3转化者（粪厌氧棒杆菌 = STEDK；哈利厌氧丁酸菌 = SSJFA）的组合在48h后的总丁酸浓度，总丁酸浓度超过了在相同条件下直肠阿加索杆菌、粪厌氧棒杆菌、哈利厌氧丁酸菌的单一菌株培养物中丁酸积累的总和。

实例

实例1：基本原理、代谢途径和功能组

选择进行如本文披露的代谢途径的更多细菌菌株的组合以（参见图1）：

●降解肠道中的主要能量源，包括纤维和中间代谢物（组A1-A6）；

●通过减少经由呼吸的最终O2来保护厌氧（C1）并降低H2浓度（C2）；

●产生在肠中发现的主要最终代谢物（B1-B5）；

●不考虑接受者微生物组的组成，防止中间代谢物（甲酸、乳酸、琥珀酸）的富集。

为了分配相应的A或B反应，使用采用折射率的高压液相色谱（high-pressureliquid chromatography with refractive index，HPLC-RI）测量脂肪酸的消耗和/或产生。使用关于氢利用率或氧耐受性的文献数据将C反应分配给菌株，由此典型地，将氧还原分配给报告在需氧或微需氧条件下生长的菌株，并且将氢消耗分配给产乙酸或产甲烷的肠道细菌。

诸位发明人能够定义反映肠道微生物组细菌的关键功能的几种不同的聚生体。

实例2：鉴定细菌菌株

使用厌氧Hungate培养技术（Bryant, 1972）从健康供体中分离细菌菌株，并且表征其在YCFA或M2GSC培养基及其改良培养基上的生长和代谢物产生：1) 酵母提取物、酪蛋白胨、脂肪酸培养基（YCFA）；和2) 葡萄糖、可溶性淀粉、纤维二糖培养基（M2GSC）；3-5)M2GSC的变体，其中“GSC”碳源分别被更换为中间代谢物乳酸（M2LT）、甲酸（M2FO）和琥珀酸（M2SU）。培养是在37°C和pH 6.5-7下在Hungate管中严格厌氧的。基于培养基1和2将功能A1-A6（即，途径A1-A6）分配给菌株，并且基于培养基3-5中的生长将反应B1-B5分配给菌株。在培养基1和2上48 h后以及在培养基3-5上48 h和7天后评估生长，以考虑到中间代谢物的典型缓慢的利用率。YCFA和M2GSC培养基如文献中所述制备（Duncan等人, Roseburiaintestinalis sp. Nov., a novel saccharolytic, butyrate-producing bacteriumfrom human faeces [肠罗斯氏菌新种，一种来自人粪便的新型糖解、产丁酸细菌],International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [国际系统与进化微生物学杂志] 52, 1615-1620 (2002)；Miyazaki等人, Degradation andutilization of xylans by the rumen anaerobe Prevotella bryantii (formerly P.ruminicola subsp. Brevis) B14 [瘤胃厌氧菌布氏普雷沃菌（以前称为栖瘤胃普雷沃菌短亚种）B14对木聚糖的降解与利用]. Anaerobe [厌氧菌] 3, 373-381 (1997)）。M2SU、M2LT和M2FO分别含有30 mM的琥珀酸钠（SU）、DL-乳酸（LT）或甲酸（FO）。将液体培养基煮沸，用100%无O2 CO2冲洗，分装到CO2冲洗的Hungate管中，密封并在使用前高压灭菌。

诸位发明人能够选择进行本文披露的不同代谢途径的特定细菌菌株。

实例3：使用HPLC-RI分析代谢活性

使用HPLC-RI测量SCFA（丙酸、乙酸、丁酸）、中间代谢物（甲酸、乳酸、琥珀酸）和乙醇的浓度。将样品离心（14,000 g，10 min，4°C），使用0.2 µm再生纤维素膜过滤器（菲罗门公司（Phenomenex Inc.），德国阿沙芬堡）过滤到带压盖的1.5 mL短螺纹小瓶（VWR国际有限公司（VWR International GmbH），瑞士施利伦）中。使用连接到Rezex ROA-有机酸（8%）柱的Rezex ROA-有机酸（4%）预柱（配备有Security Guard Carbo-H柱芯（4 × 3.0 mm）），用VWRHitachi Chromaster 5450 RI检测器进行分析。在80°C的恒定柱温下，使用H2SO4（10 mM）和叠氮化钠（0.05 g/L）的混合物作为洗脱液，将40 μL的体积以0.6 mL/min的流速注入HPLC中。使用外标通过比较保留时间来确定浓度。使用EZChromElite软件（版本V3.3.2.SP2，日立高新技术科学公司（Hitachi High Tech Science Corporation））对峰进行积分。对于琥珀酸、乳酸和乙酸，检测限被定义为> 0.8 mM，或者对于所有其他SCFA，检测限被定义为> 0.5 mM。

针对每种选择的细菌菌株评估代谢物产生和/或降解的表征（数据未显示）。

实例4：制备用于接种的单一菌株

为了建立示例性聚生体，选择来自每个功能组（即，进行本文所述的途径）的一种菌株并将其组合用于共培养。为了接种生物反应器，使选择的菌株的菌株预培养物生长。因此，将0.1 mL冷冻保存的分离株（1 mL 48 h龄培养物与1 mL含有60%甘油的相应新鲜培养基混合，储存在-80°C下）接种在含有8 mL菌株的相应优选生长培养基的Hungate管中。光密度测量证实了生长。

经由流式细胞术评估菌株活力，并且选择接种体积以实现每种菌株的活细胞数量相等（数据未显示）。作为例外，为了提高缓慢生长者的竞争力并防止因抑制浓度的中间代谢物引起的生长抑制，以10倍体积添加缓慢生长的次级降解者（产氢营养型布劳特氏菌、粪厌氧棒杆菌、屎考拉杆菌和直肠阿加索杆菌）。

实例4：在发酵培养基中共培养

用于聚生体的共培养的培养基的构成如表1所示：

表1. PBMF010的组成

它不包含肉提取物或瘤胃液。碳源由纤维二糖（1.5 g/L）、Fibrulose F97（1 g/L，科思库拉集团瓦尔库安股份有限公司（Cosucra-Group Warcoing SA），比利时瓦尔库安（Warcoing））、可溶性马铃薯淀粉（1.5 g/L）和Nutriose®（2 g/L，罗盖特兄弟公司（Roquette Frères），法国莱特雷姆（Lestrem））组成。对于Hungate管和血清烧瓶实验，将培养基缓冲3倍以防止培养物的快速酸化。

实例5：生物反应器培养

C21、C22、C23聚生体各自一式两份发酵，得到总共6个发酵。在0.5 L SartoriusqPlus微生物型号生物反应器（赛多利斯公司（Sartorius AG），德国哥廷根，一式两份）中进行受控发酵。为了维持厌氧，用CO2连续冲洗生物反应器。使用供应商的软件EVE或DCU（赛多利斯公司）在整个发酵过程中监测培养基进料、温度、pH、搅拌速度和碱消耗。通过自动添加2.5 M NaOH来维持pH。

生物反应器共运行17天。发酵以初始24 h分批阶段（250 mL）的标准补料分批过程开始，随后添加250 mL发酵培养基并进行另一个24 h分批发酵。随后将反应器转换到连续模式以进行剩余的发酵。

以初始培养基体积的0.66% v/v接种补料分批发酵生物反应器，对应于补料分批发酵的最终体积的0.33%接种。选择以下发酵条件以反映人结肠的状况并防止缓慢生长的菌株可能被冲出（washout）：37°C，pH = 6.0，搅拌（120 rpm）和50 h的平均保留时间（D =0.02 h-1）。将生物反应器以补料分批模式初始化持续前48 h。在补料分批模式下，在t = 0时添加发酵培养基的前半部分，并且在t = 24 h发酵时添加第二半部分。

在48 h后，将生物反应器设置为连续模式。除非另外说明，否则每天采集生物反应器流出物样品，并且使用qPCR和/或纳米孔测序测量菌株组成并通过HPLC-RI测量代谢物。

所有聚生体都能够在这类条件下产生。

实例6：聚生体C21-C23的代谢活性

通过碱消耗和光密度监测生长。如上所述，使用HPLC-RI监测代谢物。图2a示出了C21、C22和C23的连续发酵（各自一式两份）期间的代谢物浓度。x轴指示培养时间[天]，y轴指示以[mM]计的浓度。所有6个发酵在第3天后都仅含有最终代谢物乙酸、丙酸和丁酸，并且没有中间代谢物琥珀酸、乳酸和甲酸。这表明碳水化合物代谢的营养网络如所假设的那样运作。图2b示出了如通过取3个连续时间点的变异系数（CV）（sd/平均值100）所测量的聚生体C21至C23的稳定性。优选地当CV低于10%时，聚生体被定义为稳定的（即，已经达到平衡或稳定状态）。基于该标准，C21从第6天开始被认为是稳定的，除了高于10%的微小变化，而C22在14天后被认为是稳定的。对于所有代谢物，C23花费约13天保持在10% CV以下。

因此，C21-23可以在生物反应器中培养，并且基于图1中定义的肠道微生物组的关键代谢途径显示出期望的特性，即纤维和蛋白质仅降解成最终代谢物，这清楚地表明（A1）、（A2）、（A4）、（A6）、（B1）、（B2）、（B3）和（B5）中定义的期望的相互作用和代谢活性在连续运行的生物反应器中得到建立。

实例7：菌株丰度定量

为了评估示例性聚生体C21、C22、C23的所有8种细菌菌株随时间在生物反应器中的存在，根据制造商的方案使用纳米孔16S条形码试剂盒在纳米孔上进行16S宏基因组测序，对每种聚生体的单一菌株进行qPCR定量。通过对鼠李糖乳杆菌进行qPCR、随后将测量的细胞浓度乘以所有其他菌株的相对比率来计算绝对丰度。因为16S条形码试剂盒中的引物不扩增双歧杆菌属物种61，所以另外用qPCR直接定量青春双歧杆菌。

图3示出了在示例性聚生体C21的共培养的第15天纳米孔16S测序的结果。为了评估所有8种细菌菌株随时间在生物反应器中的存在，通过根据制造商的方案使用纳米孔16S条形码试剂盒在纳米孔上进行16S宏基因组测序来确定相对丰度。示出了结果（5个重复）。数字是指解木聚糖拟杆菌（1）、布氏瘤胃球菌（2）、直肠阿加索杆菌（3）、屎考拉杆菌（4）、产氢营养型布劳特氏菌（5）、粪厌氧棒杆菌（6）、鼠李糖干酪乳杆菌（7）和青春双歧杆菌（8）。

所有接种的菌株都存在于每种聚生体中直到第15天，显示了培养的菌株的稳定性。对于示例性聚生体C22和C23也是如此（数据未显示）。

实例8：使用分批发酵产生体外组装的聚生体

除了连续发酵之外，还将所有聚生体（C21-C23）在血清烧瓶中以分批发酵培养。用与上述连续发酵相同的菌株混合物接种这些发酵，以根据血清烧瓶中的分批发酵评估连续发酵的可预测性程度。将每种聚生体的新鲜制备的菌株混合物一式三份接种到血清烧瓶中的9 mL 3倍缓冲的PBMF010培养基中。在气体气氛下产生培养基并将其用半胱氨酸还原，在大气压下用100% CO2填充顶部空间。将血清烧瓶在37°C下孵育2天并振荡。在24小时和48小时，测量OD和pH，并且取样以通过HPLC进行代谢物分析。

与C22-23相比，随时间的代谢组成显示C21的丙酸产生略高（数据未显示）。

实例9：聚生体的活力

为了定量生物反应器中活细胞的总量，使用采用两种核酸染料SYBR Green（SG）和碘化丙啶（PI）的双染色测定分析流出物。用Millipore Guava Easycyte HT流式细胞仪确定绝对计数。

诸位发明人表明，培养的细菌菌株的聚生体具有良好的活力。

比较实例10：根据本发明的聚生体的丁酸产生比本领域已知的聚生体更显著

本领域已经描述了包含活细菌菌株的特定聚生体的组合物（参见WO 2018/189284和WO 2020/079026），这些细菌菌株被选择为使得建立人肠微生物组的碳水化合物降解代谢网络，该网络随时间的推移是稳定的并且避免中间代谢物的积累，同时可靠地产生最终代谢物。根据本发明的聚生体显示出增强的丁酸产生。这在图4中示出，其中将已知的聚生体C2（在引用的公开案中称为“PB002”）连续培养，并且将其代谢谱与C21的代谢谱进行比较。

实例10和11的每种组合物中使用的细菌菌株显示在下表2中：

表2.聚生体的组成和相关代谢途径

如上所述（实例3至5）构成并共培养C2和C21。与C21、22、23培养物相比，C2在以下培养基上发酵，该培养基的构成如上所述（表1），但以抗性豌豆淀粉N-735（2 g/L；罗盖特兄弟公司，法国莱特雷姆）代替Nutriose。如实例6中所述测量代谢物活性。图4显示根据本发明的具有能够执行（B2）、（B3）功能的选择的丁酸生产者的聚生体将中间代谢物消耗转向期望的最终代谢物（即，丁酸）。示出了在生物反应器中在连续发酵下随时间（x轴，[天]）的聚生体C2与C21（以直肠阿加索杆菌代替普氏粪杆菌并以粪厌氧棒杆菌代替粘液真杆菌）相比的流出物中的中间代谢物和最终代谢物（SCFA）的浓度（y轴，[mM]）。在整个发酵过程中，聚生体C21显示出比聚生体C2显著更高的丁酸产生。同时，C21的丙酸产生保持低于针对C2测量的丙酸产生。

不希望受理论束缚，诸位发明人认为丁酸产生的增强是由于直肠阿加索杆菌（B2）和粪厌氧棒杆菌（B3）在本发明的聚生体的背景下共培养时是特别强的丁酸生产者。该作用可以通过在C21中不存在进行途径（B4）（乳酸至丙酸）的任何细菌菌株而进一步放大。乳酸至丙酸的转化功能由比较聚生体C2中的乳酸发酵厌氧提格农菌的菌株承担。

比较实例11：丁酸产生的增强是由于（B2）和（B3）代谢功能的代表的选择。

为了更好地理解丁酸转变的原因，对C2和C15中的丁酸产生进行了比较。C15是C2的如下表所显示的修饰形式，其中直肠阿加索杆菌代替普氏粪杆菌并且粪厌氧棒杆菌代替粘液真杆菌，但维持乳酸发酵厌氧提格农菌作为（B4）代谢者，并且维持途径（A1）、（A2）、（A4）的产气柯林斯氏菌。

C2和C15的连续发酵每次以500 mL的体积进行。将如上所述制备的7 mL接种物添加到500 mL新鲜培养基中。分别用C15接种两个反应器，并且用C2接种一个反应器。如上所述以分批发酵进行孵育持续24 + 24小时，随后进行连续发酵（流速为50 mL/h，恒定体积为500 mL）。将两个C15重复和C2的发酵进行14天。每天测量代谢物浓度。每天监测OD、pH和RedOx。另外，用C2和C15进行纳米孔全基因组测序，以分析发酵结束（14天）时每种菌株的存在和丰度。在将发酵转换到连续模式（第3天）后，在聚生体C15和C2中的任一种中都未测量到中间代谢物甲酸、乳酸和琥珀酸的积累。

图5示出了随时间（x轴，[天]）的聚生体C2与C15相比的流出物中的中间代谢物和最终代谢物的浓度（y轴，[mM]）。即使在接种物中维持了作为功能组B4（乳酸转化为丙酸）的代表的乳酸发酵厌氧提格农菌，聚生体C15仍显示出比C2更高的丁酸产生。就丁酸产生而言，直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌替代普氏粪杆菌和粘液真杆菌的作用超过了通过去除（B4）功能诱导的作用。

因此，承担（B2）和（B3）代谢功能的菌株的选择显现对丁酸产生是决定性的。

实例12：粪厌氧棒杆菌和哈利厌氧丁酸菌（B2）的可互换性

当在如上所述的单一菌株培养中测定时，粪厌氧棒杆菌和哈利厌氧丁酸菌显示出相似的代谢谱。当在YCFA培养基上以单一菌株培养生长时，其特征在于显著的乙酸降解和丁酸产生（图6a）。当在补充有乳酸的培养基上生长时，其特征在于中等乳酸和乙酸转化以及强丁酸产生（图6b）。相比之下，过去被认为是乳酸至丙酸转化者的粘液真杆菌（WO 2018/189284和WO 2020/079026中的PB002聚生体）实际上其特征在于在两种培养基上都主要产生乙酸。

因此，哈利厌氧丁酸菌是粪厌氧棒杆菌的有效替代物以用于承担B2功能（乳酸转化为丁酸），并且在任何情况下，在这方面都超过先前建议的粘液真杆菌的代谢活性。

实例13：尖形杆菌属的新属

能够将主要底物转化为琥珀酸并包含在如本文所述的聚生体C23中的一种或多种细菌菌株属于尖形杆菌属的新属，其不能被分配给保藏在参考数据库（如ATCC、DMZ）中的菌株。该菌株在本文中通过全基因组序列（如SEQ ID NO: 1所示）或16SRNA序列（如SEQ IDNO: 9所示）、革兰氏染色（图7a）和代谢谱（在YCFA上以单一菌株培养生长至少24 h后转化为目的代谢物的总碳的百分比，参见图7b）披露。

实例14：C21聚生体在无菌小鼠中的定植

测试C21（青春双歧杆菌、布氏瘤胃球菌、解木聚糖拟杆菌、鼠李糖乳杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、粪厌氧棒杆菌、屎考拉杆菌、直肠阿加索杆菌，在37°C、pH 6.0下共培养，新鲜来自生物反应器）在野生型C3H/HeN无菌雄性小鼠中的定植。向测试组的8只小鼠口服施用（管饲，单次施用）200 μL的5.55∙109个活细胞/mL的C21V1，代表每次施用1.11∙108个细胞。完整聚生体C21（所有菌株）在8只小鼠中定植（在安乐死（第15天或第16天）时存在于盲肠中）。通过青春双歧杆菌（SKRVN）以及布氏瘤胃球菌（SWYUN）、屎考拉杆菌（SDVAP）和鼠李糖乳杆菌（SKFKT）（作为参考）的16S扩增子测序（纳米孔）或qPCR验证所有菌株的存在（图8A、图8B）。在安乐死时，在C21处理的小鼠的盲肠样品中检测到所有C21V1菌株。这表明包含在C21中的所有菌株都在小鼠胃肠（GI）道中定植。第6天和第14天粪便中的菌株丰度相当（数据未显示）。

实例15：获得测试物的发酵中的菌株丰度与来自C21的粪便样品中的菌株丰度的比较

小鼠中的平衡菌株组成（参见实例14）与用于测试物产生的生物反应器中的菌株群落组成高度相似。解木聚糖拟杆菌（SUMTT）是小鼠和发酵样品中最丰富的物种，中位数分别为67.3%和62.2%。以下4种菌株在两种样品类型中具有相似数量级的中位数：直肠阿加索杆菌（SWUPP，小鼠：10.5%；发酵：8.0%），屎考拉杆菌（SDVAP，小鼠：7.2%；发酵：2.7%），产氢营养型布劳特氏菌（SIBFJ，小鼠：5.2%；发酵：6.8%）和粪厌氧棒杆菌（STEDK，小鼠：2.4%；发酵：3.6%）。鼠李糖干酪乳杆菌（SKFKT）在小鼠和发酵样品中丰度较低，中位数分别为0.4%和0.8%。青春双歧杆菌在小鼠中的相对丰度高于发酵样品（SKRVN，分别为6.4%和0.26%）。粪便样品中的布氏瘤胃球菌低于检测限（SWYUN，图9）。线代表小鼠粪便样品和获得测试物的连续发酵中的最小和最大相对丰度。分别在施用日以及施用后第4天和第13天对生物反应器取样。点代表中位数。

实例16：比较处理研究/盲肠重量

如下进行比较处理研究：实验组1：向8只雄性施用C21（如实例14中所述管饲C21）；对照组1：安慰剂（高压灭菌水，在第1天管饲），8只雄性；对照组2：来自无特定病原体（SPF）小鼠的粪便微生物群转移（FMT，在第1天通过管饲进行），8只雄性；对照组3：用于FMT制备的SPF小鼠，2只雄性。在管饲后第15天对一半小鼠实施安乐死，并且在第16天对另一半实施安乐死。

在安乐死时评估盲肠重量，并且盲肠重量在处理之间有所不同。C21处理的小鼠的盲肠重量低于安慰剂处理的小鼠，但前者的盲肠重量高于接受FMT的小鼠（图10A）。FMT处理的小鼠与SPF小鼠之间的盲肠重量没有显著差异。由于安乐死时的体重在各组之间无法区分，因此盲肠重量相对于体重的归一化产生等同的结果（图10B）。对于这些参数中的每一个，组内的变化非常小。在文献中已充分证实，无菌小鼠显示出比其SPF对应者更高的盲肠重量，这与细菌定殖后盲肠重量的减少一致（例如，Darnaud等人, Nature Communications[自然·通讯], 2021；El Aidy等人, Mucosal Immunology [粘膜免疫学], 2012）。来自本研究的数据表明，施用来自SPF小鼠的FMT的无菌小鼠具有与SPF小鼠的盲肠重量相似的盲肠重量。在无菌小鼠中施用C21后15天，盲肠重量与安慰剂组相比显著减少，但仍高于SPF小鼠的盲肠重量。这表明施用C21有助于部分恢复定殖的无菌小鼠中的正常肠道形态。

实例17：比较处理研究/SCFA浓度

通过LC-MS确定根据实例14和16处理的小鼠的盲肠内容物（纯化的和衍生的样品）中的短链脂肪酸（SCFA）浓度（以[umol/g]计的浓度；图11），并且证实了完全定植和类似于FMT的SCFA产生。具体地，测量了代谢物甲酸（FO）、乳酸（LT）、琥珀酸（SU）、乙酸（AC）、丁酸（BU）和丙酸（PR）。安慰剂处理的小鼠（阴性对照）的盲肠SCFA（AC、BU、PR）浓度比SPF小鼠（阳性对照组）低3-4个数量级。在C21和FMT处理的小鼠中，乙酸、丁酸和丙酸浓度显著高于安慰剂处理的小鼠。FMT处理的小鼠中的浓度与SPF小鼠没有显著差异。C21小鼠中的浓度典型地低于FMT和SPF。另外，C21处理的小鼠具有显著高于安慰剂组和FMT组的乳酸浓度。总体而言，这些数据表明C21和FMT都在盲肠中启动发酵活性。

实例18：粪便中脂质运载蛋白2（Lcn2）的浓度

使用ELISA（“R&D 小鼠Lcn2 ELISA duo-set”，研究与诊断系统公司（R&DSystems），参考DY1857），在第-1天（以定义基线水平）、第7天和第14天，在C21和FMT处理组以及实例14和16的SPF小鼠中定量脂质运载蛋白2（Lcn2）。在FMT处理的小鼠中，粪便Lcn2浓度在第3天与第7天之间没有变化。这表明FMT处理的小鼠中较高Lcn2产生的开始（指示先天性免疫应答）发生在第3天的样品收集之前。我们没有检测到粪便中的Lcn2浓度与盲肠中的Lcn2浓度的显著差异，这表明粪便中测量的浓度代表盲肠中的浓度。然而，FMT处理组中的盲肠Lcn2浓度（[ng/g]，数据未显示）显著高于两只SPF小鼠（阴性对照）中的盲肠Lcn2浓度。这表明FMT处理的小鼠中增加的Lcn2浓度不仅是Lcn2产生正常化至“正常”较高水平，而且实际上是主动应答。在第7天和第14天与C21处理的小鼠和安慰剂处理的小鼠相比，并且与实验开始时的Lcn2水平相比，FMT处理的小鼠粪便中的Lcn2水平升高。与实验开始相比，C21处理的小鼠和安慰剂处理的小鼠的Lcn2水平没有升高。

实例19：C21与屎肠球菌竞争定殖无菌BALB/c小鼠的肠道

在接受造血干细胞移植（HSCT）的患者中，肠球菌属物种（Enterococcus sp.）通常在预处理前以次优势水平存在，并且在HSCT后可能激增（bloom），这可能导致急性移植物抗宿主病。肠球菌属激增是由对底物的竞争和过量乳酸/甲酸产生对其他微生物组菌株的生长抑制驱动的。我们评估了在预防性或治愈性施用C21后，屎肠球菌（TX9）在单定殖屎肠球菌（TX9）的悉生BALB/c小鼠中的相对丰度是否会降低。将C21和TX9施用于混合的雄性和雌性小鼠（每组3-7只小鼠，单次施用），每次管饲之间间隔一周。C21：首先在第1天施用200 µL体积（5.38∙109个活细胞/mL，每次施用1.08∙108个细胞），或在第8天肠球菌属定殖后进行施用（4.19∙109个活细胞/mL，每次施用8.38∙108个细胞）。TX9：单次施用，200 µL体积，在第1天或在第8天；每次施用约108个细胞。所有C21菌株都在小鼠盲肠内容物中定植（未显示）。C21的施用降低了肠球菌属在悉生小鼠模型中的优势（图11）。实心符号示出了总细菌负荷，并且空心符号示出了估计的肠球菌属负荷（星形和正方形：FMT，圆形和三角形：C21；正方形和三角形代表这样的实验，其中小鼠首先用TX9定殖，随后进行FMT/C21处理；星形和圆形相反地代表首先进行预防性处理，然后用TX9定殖）。x = 0处的空心点（100%肠球菌属丰度）示出了单定殖肠球菌属的小鼠中的细菌负荷，并且x = -5处的空心点示出了肠球菌属施用前C21（圆形）和FMT（星形）处理的小鼠中的细菌负荷。黑色实线示出了如果肠球菌属绝对丰度维持至最大细菌负荷预期的总细菌负荷增加，并且虚线示出了对应的肠球菌属相对丰度（图12）。

实例20：产氢营养型布劳特氏菌可以被卡氏真杆菌替代以产生甚至更显著的丁酸

诸位发明人发现，与产氢营养型布劳特氏菌相比代谢组B1（甲酸至乙酸，在消耗H2下）的同样好或甚至更好的代表是卡氏真杆菌。当以如上所述的单一菌株培养生长时，卡氏真杆菌和产氢营养型布劳特氏菌显示出相似的代谢谱。在YCFA培养基上，代谢谱的特征在于显著的乙酸产生，卡氏真杆菌伴随着一些丁酸产生（图13A）。当在补充有甲酸的培养基上生长时，其特征在于强甲酸转化和乙酸产生（图13B）。当共培养具有相应B1代表的聚生体时，获得相似的结果（图14）。具体地，比较了以下聚生体：

虚线代表C21聚生体发酵，实线C14示出了C14聚生体发酵。与C21相比，粘液真杆菌在体外发酵三天后实现了稳健的甲酸降解、乙酸产生和甚至更显著的丁酸水平。不希望受理论束缚，诸位发明人假设C14中的丁酸产生更高并且丙酸产生减少，(a) 由于缺乏主要底物 > SU（SU > PA）途径，而且 (b) 由于在标准条件下粘液真杆菌有转化丙酸并产生丁酸的能力（图13A）。因此，卡氏真杆菌是产氢营养型布劳特氏菌的有效替代物以用于承担B1功能，并且在一些情况下甚至可能是首选的选择。

可以在单一菌株实验中鉴定更多的替代性B1执行者（甲酸至乙酸），并且经由全聚生体的发酵读数验证其性能。具体地，当在标准条件下在补充有FO的标准培养基（M2、M2GSC）上生长时，物种巴特利特肠杆菌、奥思尼土孢杆菌和布劳特氏菌属A群韦氏种的菌株可以成功地被鉴定为在48小时内消耗存在于单一菌株培养物中的基本上所有甲酸（数据未显示）。结果可以在具有相应B1代表的全聚生体的共培养实验中得到证实。具体地，比较了以下聚生体：

将聚生体在血清烧瓶和生物反应器中的标准培养基中培养，并且以24小时的间隔在6天内取样。通过HPLC-RI确定代谢物浓度。实线代表C21发酵中的代谢物浓度，点线代表C34发酵中的代谢物浓度，虚线代表C36发酵中的代谢物浓度（图15）。与C21相比，在其各自的聚生体中的奥思尼土孢杆菌（C34）和布劳特氏菌属A群韦氏种（C36）在体外发酵六天后实现了稳健的甲酸降解、乙酸产生和类似显著的丁酸水平。布劳特氏菌属A群韦氏种（C36）菌株通过16S RNA序列（SEQ ID NO: 17）进一步披露。

实例21：直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌当一起共培养时比它们各自以单一菌株培养生长产生更多的丁酸。

将直肠阿加索杆菌（SWUPP）和粪厌氧棒杆菌（STEDK）再激活并接种在8 mL bYCFA_SS培养基（以可溶性淀粉作为碳源的YCFA培养基，3 g/L）中，以测试其作为单培养物和共培养物的丁酸产生能力。将每种菌株的新鲜24 h龄培养物以1 : 100（v/v）的比率一式两份接种在Hungate管中的bYCFA_SS中。另外，将共培养物以1 : 1（v/v）（PB-SWUPP + PB-STEDK）在两个单独的厌氧Hungate管中预混合，然后以与单培养物相同的方式接种。将具有接种的培养物的Hungate管在37°C下孵育48 h。在48 h后，通过测量OD600 nm分析培养物，并且用HPLC-RI测量上清液的代谢谱。HPLC-RI测量结果显示在图16中。根据本发明的直肠阿加索杆菌（SWUPP）和粪厌氧棒杆菌（STEDK）的组合超过两种丁酸生产者的积累。直肠阿加索杆菌和粪厌氧棒杆菌协同地相互作用以驱动可用底物向丁酸的转化。这同样适用于单培养相比于共培养的哈利厌氧丁酸菌（PB-SSJFA）和直肠阿加索杆菌（PB-SWUPP）。共培养物的代谢谱超过了独立培养的每种菌株的丁酸产生的总和。

Claims (26)

1.一种包含厌氧细菌菌株的细菌聚生体的组合物，其中所述聚生体包含i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌，并且包含不超过15种不同的细菌菌株，用于治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍。

2.根据权利要求1所述用于使用的组合物，其中该肠道菌群失调选自由以下组成的组：抗生素治疗后的肠道菌群失调、被万古霉素耐药性肠球菌感染后的肠道菌群失调、被碳青霉烯耐药性肠球菌感染后的肠道菌群失调和感染后腹泻后的肠道菌群失调。

3.根据权利要求1所述用于使用的组合物，其中该由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍选自由以下组成的组：炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病；类风湿性关节炎；多发性硬化症；移植物抗宿主病；实体癌和液体癌，特别是胃肠癌、结直肠癌和急性髓系白血病。

4.根据权利要求1-3中任一项所述用于使用的组合物，其中该聚生体包含i) 直肠阿加索杆菌和ii) 粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌以及iii) 一种或几种能够将主要底物转化为甲酸、乳酸、琥珀酸、乙酸、丁酸和/或丙酸的细菌菌株，其中该主要底物选自由以下组成的组：糖、淀粉、纤维和蛋白质及其任何组合。

5.根据权利要求4所述用于使用的组合物，其中该聚生体包含一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株。

6.根据权利要求4或5所述用于使用的组合物，其中该聚生体包含：

-一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株；

-一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株；和/或

-一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株。

7.根据权利要求4-6中任一项所述用于使用的组合物，其中该聚生体包含：

-一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株；和/或

-一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株。

8.根据权利要求4-7中任一项所述用于使用的组合物，其中

- 该能够将主要底物转化为甲酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为甲酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将主要底物转化为乙酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为乙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将主要底物转化为丁酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为丁酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为乳酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为组合代谢物的总碳的至少30%转化为丙酸；

- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为丙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将主要底物转化为乳酸的菌株当在标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够将转化为以下组合代谢物的总碳的至少30%转化为琥珀酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将甲酸转化为乙酸的菌株当在包含或补充有甲酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的甲酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为乙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将乙酸转化为丁酸的菌株当在包含或补充有乙酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的乙酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丁酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将乳酸转化为丁酸的菌株当在包含或补充有乳酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的乳酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丁酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；

- 该能够将乳酸转化为丙酸的菌株当在包含或补充有乳酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的乳酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇；和/或

- 该能够将琥珀酸转化为丙酸的菌株当在包含或补充有琥珀酸的标准培养基上以单独培养生长至少48小时时能够降解至少20%的甲酸并将转化为以下组合代谢物的总碳的至少20%转化为丙酸：甲酸、乳酸、琥珀酸；乙酸、丙酸、丁酸和乙醇。

9.根据权利要求1-8中任一项所述用于使用的组合物，其中该组合物不包含一种或多种选自以下物种的细菌菌株：厌氧提格农菌属新种、梭菌属E群球孢种、粪球菌属A群灵巧种、弗赖辛球菌属物种、非典型韦荣球菌、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌；优选地选自厌氧提格农菌属、梭菌属E群、粪球菌属A群、弗赖辛球菌属和韦荣球菌属；甚至更优选地，其中该组合物不包含能够将乳酸转化为丙酸的细菌菌株。

10.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自厌氧丁酸菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、柯林斯氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、长链菌属、瘤胃球菌属和塞利单胞菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自氨基酸球菌属、尖形杆菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属、梭菌属E群、梭菌属Q群、柯林斯氏菌属、粪单胞菌属、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、肠梭菌属、埃希菌属、真杆菌属、洪加特菌属、洪加特菌属A群、奥利弗巴斯蒂菌属、嗜胨菌属、消化链球菌属、居海事城球杆菌属、根瘤菌科属、瘤胃球菌属、塞利单胞菌属和韦荣球菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、长链菌属、粪体菌属、消化链球菌属、罗斯氏菌属、链球菌属和萨特氏菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；

其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自布劳特氏菌属、真杆菌属、土孢杆菌属和肠杆菌属；和/或

其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属、考拉杆菌属A群和韦荣球菌属。

11.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自布劳特氏菌属、粪球菌属、多尔氏菌属、丹毒梭菌属、粪杆菌属、毛螺菌属和瘤胃球菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自双歧杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属Q群、梭菌属E群、脱硫弧菌属、多尔氏菌属、真杆菌属、奥利弗巴斯蒂菌属和根瘤菌科属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自阿加索杆菌属、拟杆菌属、巴里库斯菌属、柯林斯氏菌属、肠球菌属、干酪乳杆菌属/乳杆菌属、消化链球菌属、链球菌属和萨特氏菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自尖形杆菌属新属、拟杆菌属、副拟杆菌属、居海事城球杆菌属和普雷沃菌属；

其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自布劳特氏菌属、真杆菌属、土孢杆菌属和肠杆菌属；和/或

其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自小杆菌属、解黄酮菌属、考拉杆菌属和考拉杆菌属A群。

12.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株来自瘤胃球菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株来自双歧杆菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株来自乳杆菌属；

其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株来自拟杆菌属或普雷沃菌属；

其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株来自布劳特氏菌属或土孢杆菌属，优选地来自布劳特氏菌属；和/或

其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株来自考拉杆菌属。

13.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自物种克拉鲁斯拟杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、产气柯林斯氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、细枝真杆菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌、长链菌属物种、布氏瘤胃球菌和肠塞利单胞菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种肠氨基酸球菌、具有如SEQ ID NO: 9所示的16SRNA序列和与其具有至少97%、98%或99%序列同一性的其任何变体的尖形杆菌属新属、青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、产气荚膜梭菌、梭菌属E群球孢种、梭菌属Q群共生种、产气柯林斯氏菌、粪单胞菌属物种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种900066555、肠梭菌属物种、大肠杆菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、恶臭洪加特菌、洪加特菌属A群物种、奥利弗巴斯蒂菌属物种、阴道嗜胨菌、厌氧消化链球菌、普莱贝居海事城球杆菌、根瘤菌科新属、布氏瘤胃球菌、肠塞利单胞菌和大鼠韦荣球菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自物种粪阿加索杆菌/粪罗斯氏菌、克拉鲁斯拟杆菌、粪拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、青春双歧杆菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌/鼠李糖乳杆菌、长链菌属物种、需氧嗜糖粪体菌、胃消化链球菌、人罗斯氏菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种具有如SEQ IDNO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQ ID NO:9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体的尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种、粪拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体的布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；和/或

-其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自物种人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌、考拉杆菌属A群产琥珀酸种、小韦荣球菌小亚种和大鼠韦荣球菌。

14.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、规则粪球菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、多枝丹毒梭菌、普氏粪杆菌、挑剔毛螺菌和布氏瘤胃球菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、梭菌属Q群共生种、梭菌属E群球孢种、猪脱硫弧菌、产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、辛登斯多尔氏菌、多尔氏菌属物种、卡氏真杆菌、粘液真杆菌、奥利弗巴斯蒂菌属物种和根瘤菌科新属；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自物种粪阿加索杆菌、克拉鲁斯拟杆菌、单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌、胃消化链球菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌、狄氏副拟杆菌、多氏居海事城球杆菌、普莱贝居海事城球杆菌、普通居海事城球杆菌和粪便普雷沃菌；

-其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体的布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；和/或

-其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自物种人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

15.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株选自物种产甲酸多尔氏菌、长链多尔氏菌、普氏粪杆菌和布氏瘤胃球菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌、反刍双歧杆菌、产氢营养型布劳特氏菌、猪脱硫弧菌、长链多尔氏菌、卡氏真杆菌、粘液真杆菌和根瘤菌科新属；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株选自物种单形拟杆菌、科姆斯巴里库斯菌、产气柯林斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌、鹑鸡肠球菌、鼠李糖干酪乳杆菌、咽峡炎链球菌和华德萨特氏菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体的尖形杆菌属新属、粪便普雷沃菌和解木聚糖拟杆菌；

-其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体的布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌和马约贝土孢杆菌；和/或

-其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株选自物种人小杆菌、无形小杆菌、普氏解黄酮菌、屎考拉杆菌和考拉杆菌属A群产琥珀酸种。

16.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株来自物种布氏瘤胃球菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株选自物种青春双歧杆菌、链状双歧杆菌、长双歧杆菌、假小链双歧杆菌和反刍双歧杆菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株来自物种鼠李糖乳杆菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种尖形杆菌属新属、粪拟杆菌、脆弱拟杆菌、多形拟杆菌、解木聚糖拟杆菌和粪便普雷沃菌；

-其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株选自物种产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌；和/或

-其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株来自物种屎考拉杆菌。

17.根据权利要求3-9中任一项所述用于使用的组合物，

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为甲酸的细菌菌株是布氏瘤胃球菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乙酸的细菌菌株是青春双歧杆菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为乳酸的细菌菌株是鼠李糖乳杆菌；

-其中该一种或几种能够将主要底物转化为琥珀酸的细菌菌株选自物种特别是具有如SEQ ID NO: 1所示的DNA基因组序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体和/或具有如SEQID NO: 9所示的16RNA序列或与其具有至少95%、优选至少97%、更优选99%、99.5%、99.7%或99.9%序列同一性的变体的尖形杆菌属新属、粪便普雷沃菌和解木聚糖拟杆菌；

-其中该一种或几种能够将甲酸转化为乙酸的细菌菌株是产氢营养型布劳特氏菌；和/或

-其中该一种或几种能够将琥珀酸转化为丙酸的细菌菌株是屎考拉杆菌。

18.根据前述权利要求中任一项所述用于使用的组合物，其中该细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌和/或哈利厌氧丁酸菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；屎考拉杆菌以及：

-选自由以下组成的组的细菌：解木聚糖拟杆菌、粪便普雷沃菌和具有与SEQ ID NO: 1有90%、95%或99%序列同一性的DNA基因组序列的细菌尖形杆菌属新属；以及

-选自由以下组成的组的细菌：产氢营养型布劳特氏菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌；优选地选自由以下组成的组：解糖土孢杆菌、奥思尼土孢杆菌、布劳特氏菌属A群鲁提种和特别是具有如SEQ ID NO: 17所示的16SRNA序列或其至少90%、95%或99%同一性的变体的布劳特氏菌属A群韦氏种。

19.根据前述权利要求中任一项所述用于使用的组合物，其中该细菌聚生体包含以下或基本上由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有SEQ ID NO: 1的DNA基因组序列的细菌，

-并且其中在该细菌聚生体中，产氢营养型布劳特氏菌能够被细菌替代，该细菌选自由以下组成的组：布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌、巴特利特肠杆菌、卡氏真杆菌和粘液真杆菌，优选地选自由以下组成的组：布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种、奥思尼土孢杆菌、解糖土孢杆菌、马约贝土孢杆菌，甚至更优选地选自由以下组成的组：奥思尼土孢杆菌、布劳特氏菌属A群鲁提种、布劳特氏菌属A群韦氏种。

20.根据前述权利要求中任一项所述用于使用的组合物，其中该细菌聚生体包含以下或由其组成：

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌和粪便普雷沃菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；产氢营养型布劳特氏菌；屎考拉杆菌；和具有SEQ ID NO: 1的DNA基因组序列的细菌；

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；奥思尼土孢杆菌、屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌；或

-直肠阿加索杆菌；粪厌氧棒杆菌；布氏瘤胃球菌；青春双歧杆菌；鼠李糖乳杆菌；布劳特氏菌属A群韦氏种、屎考拉杆菌和解木聚糖拟杆菌。

21.根据前述权利要求中任一项所述用于使用的组合物，其中所述组合物包含5与15种之间的不同的细菌菌株、优选6与10种之间的不同的细菌菌株。

22.根据前述权利要求中任一项所述用于使用的组合物，其中该组合物进一步包含：

- 丙酸、乙酸和/或丁酸；

- 药物赋形剂或载体；和/或

- 选自由以下组成的组的组分：冷冻保护介质、甘油；培养基或分散培养基，特别是包含蛋白胨、酵母提取物、单糖、二糖、阿拉伯半乳聚糖、低聚果糖、纤维、甘油、可溶性淀粉、抗性淀粉、木聚糖、矿物质、辅因子、维生素和还原剂；水性凝胶；益生元和聚合物支持物；及其任何组合。

23.一种根据权利要求1-22中任一项所述的组合物。

24.一种生物反应器，该生物反应器包含根据权利要求23所述的组合物。

25.一种用于治疗受试者的肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍的方法，其中该方法包括向所述受试者施用根据权利要求23所述的组合物。

26.根据权利要求23所述的组合物用于制造用以治疗肠道菌群失调或由肠道菌群失调引起或与其相关的疾病或障碍的药物的用途。