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CN121127248A - 用于抑制线粒体偕胺肟还原组分1 (MARC1)表达的RNAi剂、其药用组合物及使用方法 - Google Patents

用于抑制线粒体偕胺肟还原组分1 (MARC1)表达的RNAi剂、其药用组合物及使用方法

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CN121127248A
CN121127248A CN202480032316.0A CN202480032316A CN121127248A CN 121127248 A CN121127248 A CN 121127248A CN 202480032316 A CN202480032316 A CN 202480032316A CN 121127248 A CN121127248 A CN 121127248A
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CN
China
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rnai agent
marc1
nucleotides
nucleotide
antisense strand
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Application number
CN202480032316.0A
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J·范戴克
丁志鸣
徐昭
L·莫塞尔
D·布拉斯
A·温特尔
A·尼古拉斯
裴涛
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Arrowhead Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Arrowhead Pharmaceuticals Inc
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Publication date
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Abstract

本公开涉及能够抑制线粒体偕胺肟还原组分1 (MARC1)基因表达的RNAi剂,例如双链RNAi剂。还公开了包括MARC1 RNAi剂的药用组合物及其使用方法。本文公开的MARC1 RNAi剂可与包括包含N‑乙酰‑半乳糖胺的配体在内的靶向配体缀合,以促进向肝细胞的递送。体内递送MARC1 RNAi剂提供MARC1基因表达的抑制。RNAi剂可用于治疗部分由MARC1基因表达介导的包括以下的疾病、障碍或症状的方法:非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。

Description

用于抑制线粒体偕胺肟还原组分1 (MARC1)表达的RNAi剂、其 药用组合物及使用方法
相关申请的交叉参考
本申请要求于2023年3月16日提交的美国临时专利申请序列号63/490,694的优先权的权益,其内容通过参考以其全部结合至本文中。
序列表
本申请含有以xml格式提交并且特此通过参考以其全部结合的序列表(符合标准ST26)。该xml序列表文件名被为30716-WO_SeqListing.xml,创建于2024年3月5日,且大小为6388 kb。
技术领域
本公开涉及用于抑制线粒体偕胺肟还原组分1 (MARC1)的RNA干扰(RNAi)剂,例如双链RNAi剂,比如化学修饰的小(或短)干扰RNA (siRNA),包括MARC1 RNAi剂的药用组合物及其用于治疗MARC1相关疾病或障碍的使用方法。
背景技术
线粒体偕胺肟还原组分(MARC)蛋白于2006年首次发现并描述为线粒体苯甲酰胺肟前药转化系统中的含钼辅因子组分。人类基因组含有两个MARC基因:MTARC1和2 (通常分别被称为和简称为MARC1和2),其编码在序列和功能上共享显著同源性的MARC1和MARC2蛋白。
研究人员在MARC1蛋白中鉴定了一种罕见的错义变异(被称为p.A165T突变),其导致MARC1蛋白的功能丧失,该突变与预防肝硬化、降低肝脏脂肪和减少其他各种肝病生物标志物有关。(Emdin CA等人, A missense variant in Mitochondrial AmidoximeReducing Component 1 gene and protection against liver disease, PLoS Genet.(2020年4月); 16(4):e1008629)。MARC1中这种功能丧失突变纯合的个体表现出较低的肝脏脂肪水平,并且医生诊断为脂肪肝的可能性降低。MARC1中的功能丧失突变也与丙氨酸转氨酶、碱性磷酸酶、总胆固醇和LDL-胆固醇的低血液水平有关。
尽管关于MARC1与肝病进展的确切机制尚未完全理解,但MARC1的所报告的关联通过最近聚焦于肝病和自身免疫性肝炎的全基因组关联研究得到进一步验证,这进一步确认了MARC1中的错义突变及所导致的功能丧失对肝损伤和肝硬化为保护性的(Janik等人,MARC1 p.A165T variant is associated with decreased markers of liver injuryand enhanced antioxidant capacity in autoimmune hepatitis. Sci Rep (2021);11:24407)。这些汇总数据表明,降低MARC1蛋白可能能够降低血液胆固醇水平并保护肝脏免受肝硬化的影响,并且抑制MARC1为用于治疗肝病的潜在治疗靶点。
发明内容
需要能够选择性和有效地抑制MARC1基因表达的新的RNA干扰(RNAi)剂(被称为RNAi剂、RNAi触发剂或触发剂),例如双链RNAi剂,比如化学修饰的siRNA。进一步地,需要用作治疗剂或药物的新的MARC1特异性RNAi剂的组合物,其用于治疗MARC1相关疾病或障碍,比如非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。
本文公开的MARC1 RNAi剂的核苷酸序列和化学修饰与本领域先前公开或已知的那些不同。本文公开的MARC1 RNAi剂提供对MARC1基因表达的高度特异性、强效和有效的体内和/或体外抑制。
在一些实施方案中,有义链包含与表2、表4、表5或表6D的有义链序列中任何一种的15个连续核苷酸相差0或1个核苷酸的至少15个连续核苷酸的核苷酸序列,并且其中有义链具有在15个连续核苷酸上与反义链至少85%互补性的区域。
在一些实施方案中,本文公开了用于抑制MARC1基因表达的RNAi剂,其包含:
反义链,其中反义链的核苷酸1-19包含表2、表3或表6D的反义链序列的核苷酸1-19,和
有义链,其包含与反义链至少部分地互补的核苷酸序列,
其中反义链和/或有义链的所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸,并且RNAi剂与包含N-乙酰-半乳糖胺的靶向配体连接。
在一些实施方案中,本文公开了用于抑制MARC1基因表达的RNAi剂,其包含
与表2、表4、表5或表6D的有义链序列中任何一种的15个连续核苷酸相差0或1个核苷酸的至少15个连续核苷酸的核苷酸序列的有义链,并且其中有义链具有在15个连续核苷酸上与反义链至少85%互补性的区域。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂的至少一个核苷酸包括修饰的核苷间连接。
在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的修饰核苷酸选自:2’-O-甲基核苷酸、2’-氟核苷酸、2’-脱氧核苷酸、2’,3’-开环核苷酸模拟物、锁核苷酸、2’-F-阿拉伯糖核苷酸、2’-甲氧基乙基核苷酸、脱碱基核苷酸、核糖醇、反向核苷酸、反向2’-O-甲基核苷酸、反向2’-脱氧核苷酸、2’-氨基修饰的核苷酸、2’-烷基修饰的核苷酸、吗啉代核苷酸、含乙烯基膦酸酯的核苷酸、含环丙基膦酸酯的核苷酸和3’-O-甲基核苷酸。
在其他实施方案中,本文公开的RNAi剂的所有或基本上所有修饰的核苷酸均为2’-O-甲基核苷酸、2’-氟核苷酸或其组合。
在一些实施方案中,反义链由表3或表6D的修饰的反义链序列中任何一种的核苷酸序列组成、基本上由其组成、或包含其。
在一些实施方案中,有义链由表4、表5或表6D的任何修饰的有义链序列的核苷酸序列组成、基本上由其组成、或包含其。
在一些实施方案中,反义链包含表3或表6D的修饰序列中任何一种的核苷酸序列和有义链包含表4或表6D的修饰序列中任何一种的核苷酸序列。
本文公开的RNAi剂与包含N-乙酰-半乳糖胺的靶向配体连接。在进一步的实施方案中,靶向配体与有义链连接。在一些实施方案中,靶向配体与有义链的5’末端连接。
在一些实施方案中,有义链的长度在15-30个核苷酸之间,和反义链的长度在19-30个核苷酸之间。在其他实施方案中,有义链和反义链的长度各自在21-27个核苷酸之间。在其他实施方案中,有义链和反义链的长度各自在21-24个核苷酸之间。在仍然其他实施方案中,有义链和反义链的长度各自为21个核苷酸。
在一些实施方案中,RNAi剂具有两个平端。
在一些实施方案中,有义链包含一个或两个端帽。在其他实施方案中,有义链包含一个或两个反向脱碱基残基。
在一些实施方案中,RNAi剂包含形成表6A、6B、6C或6D中所示的双链体结构的双链体序列的有义链和反义链。
在一些实施方案中,有义链在核苷酸序列的3’末端、核苷酸序列的5’端或二者处进一步包括反向脱碱基残基。
在进一步的实施方案中,靶向配体包含以下或由其组成:
(NAG37),或
(NAG37s)。
本文还公开了包含所公开的RNAi剂的组合物,其中组合物进一步包含药学上可接受的赋形剂。
另外,本文提供了用于在人类受试者中体内抑制肝细胞中的MARC1基因表达的方法,该方法包括向受试者中引入有效量的所公开的MARC1 RNAi剂或所公开的组合物。
本文进一步提供了治疗MARC1相关疾病、障碍或症状的方法,该方法包括给予需要它的人类受试者治疗有效量的所公开的组合物。
在一些实施方案中,疾病为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、酒精性和非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、脂肪性肝病、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。
在一些实施方案中,RNAi剂以约0.05 mg/kg-约5.0 mg/kg人类受试者体重的剂量给予。在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂以含有约50 mg、约100 mg、约200 mg、约300 mg或约400 mg MARC1 RNAi剂的固定剂量的单次注射给予。
本文还提供了所公开的RNAi剂或所公开的组合物用于治疗至少部分地由MARC1基因表达介导的疾病、障碍或症状的用途。
本文进一步提供了所公开的RNAi剂或所公开的组合物用于制备用于治疗至少部分由MARC1基因表达介导的疾病、障碍或症状的药用组合物的用途。
具体实施方式
通过参考以下构成本公开的一部分的具体实施方式,可更易于理解所公开的RNAi剂、其组合物及使用方法。应当理解,本公开不限于本文具体地描述和/或显示的,并且本文中使用的术语仅用于通过实例描述特定实施方案的目的而不预期为限制。
应当意识到,尽管本文中包括的本公开的某些特征为了清晰起见,在单独实施方案的背景下于本文中进行描述,但它们也可在单个实施方案中组合提供。相反地,为了简洁起见在单个实施方案的背景下描述的所公开方法的各种特征也可单独地或以任何子组合提供。
定义
如本文使用的,“RNAi剂”意指含有RNA或RNA样(例如化学修饰的RNA)寡核苷酸分子的化学组成,所述分子能够以序列特异性方式降解或抑制(例如在适当条件下降解或抑制)目标mRNA的信使RNA (mRNA)转录本的翻译。如本文使用的,RNAi剂可通过RNA干扰机制(即通过与哺乳动物细胞的RNA干扰通路机制(RNA诱导的沉默复合物或RISC)相互作用来诱导RNA干扰)或通过任何替代机制或通路发挥作用。尽管据信RNAi剂(如该术语在本文中使用)主要地通过RNA干扰机制发挥作用,但所公开的RNAi剂不受任何特定通路或作用机制的约束或限制。本文公开的RNAi剂包含有义链和反义链,并且包括但不限于:小(或短)干扰RNA (siRNA)、双链RNA (dsRNA)、微小RNA (miRNA)、短发夹RNA (shRNA)和dicer底物。本文所述的RNAi剂的反义链至少部分地与所靶向的mRNA (即MARC1 mRNA)互补。RNAi剂可包括一个或多个修饰的核苷酸和/或一个或多个非磷酸二酯连接。
如本文使用的,当指涉给定基因的表达时,术语“沉默”、“降低”、“抑制”、“下调”或“敲低”意指当用本文所述的RNAi剂处理细胞、细胞群、组织、器官或受试者时,与没有如此处理的第二细胞、细胞群、组织、器官或受试者相比较,该基因的表达降低,如通过该基因在其中转录的细胞、细胞群、组织、器官或受试者中从该基因转录的RNA水平或者从mRNA翻译的多肽、蛋白或蛋白亚基的水平测量的。
如本文使用的,术语“序列”和“核苷酸序列”意指核碱基或核苷酸的连续序列或顺序,其使用标准命名法以字母的连续序列来描述。核酸分子可包含未修饰和/或修饰的核苷酸。核苷酸序列可包含未修饰和/或修饰的核苷酸。
如本文使用的,“碱基”、“核苷酸碱基”或“核碱基”为作为核苷酸组分的杂环嘧啶或嘌呤化合物,并且包括主要的嘌呤碱基腺嘌呤和鸟嘌呤,以及主要的嘧啶碱基胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶。核碱基可进一步被修饰为非限制性地包括通用碱基、疏水碱基、混杂碱基、尺寸扩展碱基和氟化碱基。(参见例如Modified Nucleosides in Biochemistry,Biotechnology and Medicine, Herdewijn, P.编辑. Wiley-VCH, 2008)。这种修饰核碱基(包括包含修饰核碱基的亚磷酰胺化合物)的合成为本领域已知的。
如本文使用的,术语“核苷酸”具有与本领域通常理解的相同含义。因此,如本文使用的,术语“核苷酸”是指包含糖部分、碱基部分和共价连接基团(linked group) (连接基团(linkage group))比如磷酸酯或硫代磷酸酯核苷间连接基团的糖苷,并且涵盖天然存在的核苷酸(比如DNA或RNA)和包含修饰的糖和/或碱基部分的非天然存在的核苷酸(其在本文中也称为核苷酸类似物)两者。在本文中,单个核苷酸可被称为单体或单元。
如本文使用的,并且除非另外指明,否则术语“互补”在用于相对于第二核碱基或核苷酸序列(例如RNAi剂反义链或单链反义寡核苷酸)来描述第一核碱基或核苷酸序列(例如RNAi剂有义链或靶向的mRNA)时,意指包括第一核苷酸序列的寡核苷酸或多核苷酸与包括第二核苷酸序列的寡核苷酸在某些标准条件下杂交(在哺乳动物生理条件下(或另外合适的体内或体外条件下)形成碱基对氢键)并形成双链体或双螺旋结构的能力。本领域的普通技术人员将能够选择最适合于杂交测试的条件组。互补序列包括沃森-克里克碱基对或非沃森-克里克碱基对,并且包括天然或修饰的核苷酸或核苷酸模拟物,至少达到满足以上杂交要求的程度。序列同一性或互补性与修饰无关。例如,为了确定同一性或互补性的目的,如本文定义的a和Af与U (或T)互补并且与A相同。
如本文使用的,“完美地互补”或“完全互补”意指在核碱基或核苷酸序列分子的杂交对中,第一寡核苷酸连续序列中的全部(100%)碱基都将与第二寡核苷酸连续序列中相同数量的碱基杂交。连续序列可包含第一或第二核苷酸序列的全部或一部分。
如本文使用的,“部分地互补”意指在核碱基或核苷酸序列分子的杂交对中,第一寡核苷酸连续序列中的至少70% (但非全部)的碱基将与第二寡核苷酸连续序列中相同数量的碱基杂交。连续序列可包含第一或第二核苷酸序列的全部或一部分。
如本文使用的,“基本上互补”意指在核碱基或核苷酸序列分子的杂交对中,第一寡核苷酸连续序列中的至少85% (但非全部)的碱基将与第二寡核苷酸连续序列中相同数量的碱基杂交。连续序列可包含第一或第二核苷酸序列的全部或一部分。
如本文使用的,术语“互补”、“完全互补”、“部分地互补”和“基本上互补”关于RNAi剂的有义链和反义链之间或者RNAi剂的反义链和MARC1 mRNA序列之间匹配的核碱基或核苷酸使用。
如本文使用的,术语“基本上相同”或“基本同一性”在应用于核酸序列时,意指核苷酸序列(或核苷酸序列的一部分)与参考序列相比较具有至少约85%序列同一性或更多,例如至少90%、至少95%或至少99%同一性。序列同一性百分比为通过在比较窗口上比较两个最佳对齐的序列来确定的。百分比通过以下来计算:确定两个序列中出现相同类型核酸碱基的位置数以得到匹配位置数,将匹配位置数除以比较窗口中的位置总数并将结果乘以100以得到序列同一性百分比。本文公开的发明涵盖与本文公开的那些基本上相同的核苷酸序列。
如本文使用的,术语“个体”、“患者”和“受试者”可互换地用于指任何动物物种的成员,包括但不限于鸟类、人类和其他灵长类动物,以及其他哺乳动物,包括商业相关的哺乳动物或动物模型,比如小鼠、大鼠、猴、牛、猪、马、绵羊、猫和犬。优选地,受试者为人类。
如本文使用的,术语“治疗(treat)”、“治疗(treatment)”等,意指为了在受试者中提供疾病的一种或多种症状的缓解或者其数量、严重程度和/或频率的减轻而采取的方法或步骤。如本文使用的,“治疗(treat)”和“治疗(treatment)”可包括在受试者中疾病的一种或多种症状的数量、严重程度和/或频率的预防、管理、预防性治疗和/或抑制或减少。
如本文使用的,短语“引入到细胞中”,当指涉RNAi剂时,意指将RNAi剂功能性地递送到细胞中。短语“功能性递送”意指以使得RNAi剂能够具有预期生物活性(例如基因表达的序列特异性抑制)的方式将RNAi剂递送至细胞。
除非另外说明,否则如本文使用的符号的使用意指任何一个或多个基团可与其连接,这与本文所述的发明范围一致。
如本文使用的,术语“异构体”是指具有相同分子式,但在其原子的性质或键合顺序方面,或在其原子的空间排列方面不同的化合物。在其原子的空间排列方面不同的异构体被称为“立体异构体”。不为彼此镜像的立体异构体被称为“非对映异构体”,并且为不可重叠的镜像的立体异构体被称为“对映体”,或者有时被称为光学异构体。与四个非相同取代基键合的碳原子被称为“手性中心”。
如本文使用的,除非结构中具体地鉴定为具有特定构象,否则对于其中存在不对称中心并因此产生对映体、非对映体或其他立体异构体构型的每种结构,本文公开的每种结构均预期代表所有这种可能的异构体,包括其光学纯和外消旋形式。例如,本文公开的结构预期涵盖非对映体的混合物以及单一立体异构体。
如本文权利要求中使用的,短语“由……组成”排除权利要求中未指定的任何要素、步骤或成分。当在本文的权利要求中使用时,短语“基本上由……组成”将权利要求的范围限于指定的材料或步骤以及不实质性影响所要求发明的基本和新颖特征的那些材料或步骤。
本领域的普通技术人员将易于理解和意识到,本文公开的化合物和组合物可具有某些处于质子化或去质子化状态的原子(例如N、O或S原子),这取决于其中化合物或组合物所处的环境。因此,如本文使用的,本文公开的结构设想了可质子化或去质子化的某些官能团,比如OH、SH或NH。如本领域的普通技术人员将易于理解的,本文的公开预期涵盖所公开的化合物和组合物,无论其基于环境(比如pH)的质子化状态如何。相应地,本文所述的具有不稳定质子或基本(basic)原子的化合物也应被理解为代表相应化合物的盐形式。本文所述的化合物可呈游离酸、游离碱或盐形式。本文所述化合物的药学上可接受的盐应被理解为在本发明的范围内。
如本文使用的,术语“连接”或“缀合”在指涉两种化合物或分子之间的连接时,意指两种化合物或分子通过共价键连接。除非说明,否则如本文使用的术语“连接”和“缀合”可以指具有或不具有任何中间原子或原子团的第一化合物和第二化合物之间的连接。
如本文使用的,术语“包括”在本文中用于意指短语“包括但不限于”,并且可与其互换使用。术语“或”在本文中用于意指术语“和/或”,并且可与其互换使用,除非上下文另外明确地指明。
除非另外定义,否则本文使用的所有技术和科学术语均具有与本领域普通技术人员通常理解的相同含义。尽管在本发明的实践或测试中可使用与本文所述的方法和材料类似或等效的那些,但以下描述了合适的方法和材料。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献均通过参考以其全部结合。在冲突的情况下,以本说明书包括定义为准。另外,材料、方法和实施例仅为说明性的而不预期为限制性的。
在明确地列举了某个值的情况下,应当理解,作为与所列举的值大约相同的数量或量的值也在本公开的范围内。在公开了组合的情况下,该组合中要素的每种子组合也均具体地公开并且均在本公开的范围内。相反地,在单独地公开了不同要素或要素组的情况下,也公开其组合。在公开的任何要素被公开为具有多个替代物的情况下,其中每个替代物单独地或以与其他替代物的任何组合被排除的本公开的实例也被特此公开;公开的多于一个要素可具有这种排除,并且具有这种排除的要素的所有组合被特此公开。
本发明的其他目的、特征、方面和优点将从以下详细描述、附图和从权利要求中显而易见。
详细描述
RNAi剂
本文描述了用于抑制MARC1基因表达的RNAi剂。每个MARC1 RNAi剂包含有义链和反义链。有义链的长度可为15-49个核苷酸。反义链的长度可为19-49个核苷酸。有义和反义链可为相同长度或者它们可为不同长度。在一些实施方案中,有义和反义链的长度各自独立地为19-27个核苷酸。在一些实施方案中,有义和反义链两者的长度各自为21-26个核苷酸。在一些实施方案中,有义和反义链的长度各自为21-24个核苷酸。在一些实施方案中,有义链的长度为约19个核苷酸而反义链的长度为约21个核苷酸。在一些实施方案中,有义链的长度为约21个核苷酸而反义链的长度为约23个核苷酸。在一些实施方案中,有义链的长度为23个核苷酸和反义链的长度为21个核苷酸。在一些实施方案中,有义和反义链两者的长度各自为21个核苷酸。在一些实施方案中,RNAi剂反义链的长度各自独立地为21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。在一些实施方案中,RNAi剂有义链的长度各自独立地为15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48或49个核苷酸。有义和反义链退火以形成双链体,并且在一些实施方案中,双链RNAi剂具有约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸的双链体长度。
用于形成MARC1 RNAi剂的核苷酸序列的实例提供于表2、3、4和5中。包括表2、3、4和5中的有义链和反义链序列的RNAi剂双链体的实例如表6A和6B所示。
在一些实施方案中,有义链和反义链之间完美互补、基本上互补或部分互补的区域的长度为15-26 (例如15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或26)个核苷酸,并且出现在反义链的5’端处或附近(例如该区域可与反义链的5’端相隔0、1、2、3或4个不完美地互补、基本上互补或部分地互补的核苷酸)。
本文所述的MARC1 RNAi剂的有义链包括与MARC1 mRNA中相同数量核苷酸的核心区段序列(在本文中也称为“核心区段”或“核心序列”)具有至少85%同一性的至少15个连续核苷酸。在一些实施方案中,有义链核心区段序列与反义链中的核心区段序列100% (完美地)互补或至少约85% (基本上)互补,并且因此有义链核心区段序列一般与MARC1 mRNA靶标中存在的相同长度的核苷酸序列(有时称为例如靶序列)完美地相同或具有至少约85%同一性。在一些实施方案中,该有义链核心区段的长度为15、16、17、18、19、20、21、22或23个核苷酸。在一些实施方案中,该有义链核心区段的长度为17个核苷酸。在一些实施方案中,该有义链核心区段的长度为19个核苷酸。在一些实施方案中,该有义链核心区段的长度为21个核苷酸。
本文所述的MARC1 RNAi剂的反义链包括与MARC1 mRNA中相同数量核苷酸的核心区段以及与相应有义链中相同数量核苷酸的核心区段具有至少85%互补性的至少15个连续核苷酸。在一些实施方案中,反义链核心区段与MARC1 mRNA靶标中存在的相同长度的核苷酸序列(例如靶序列)100% (完美地)互补或至少约85% (基本上)互补。在一些实施方案中,该反义链核心区段的长度为15、16、17、18、19、20、21、22或23个核苷酸。在一些实施方案中,该反义链核心区段的长度为21个核苷酸。在一些实施方案中,该反义链核心区段的长度为19个核苷酸。有义链核心区段序列可为与相应反义核心序列相同的长度,或者其可为不同长度。
MARC1 RNAi剂有义链和反义链退火以形成双链体。MARC1 RNAi剂的有义链和反义链可彼此部分互补、基本上互补或完全互补。在互补双链体区域内,有义链核心区段序列与反义核心区段序列至少85%互补或100%互补。在一些实施方案中,有义链核心区段序列含有至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24或至少25个核苷酸的序列,该序列与反义链核心区段序列的相应15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷酸序列至少85%或100%互补(即MARC1 RNAi剂的有义和反义核心区段序列具有至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20、至少21、至少22、至少23、至少24或至少25个核苷酸的至少85%碱基配对或100%碱基配对的区域)。
在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的反义链与表2或表3中的任何反义链序列相差0、1、2或3个核苷酸。在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的有义链与表2、表4或表5中的任何有义链序列相差0、1、2或3个核苷酸。
在一些实施方案中,有义链和/或反义链可任选和独立地在核心区段序列的3’端、5’端或3’和5’端两者处含有另外的1、2、3、4、5或6个核苷酸(延伸)。反义链的另外核苷酸(如果存在的话)可与MARC1 mRNA中的相应序列互补或不互补。有义链的另外核苷酸(如果存在的话)可与MARC1 mRNA中的相应序列相同或不相同。反义链的另外核苷酸(如果存在的话)可与相应有义链的另外核苷酸(如果存在的话)互补或不互补。
如本文使用的,延伸包含在有义链核心区段序列和/或反义链核心区段序列的5’和/或3’端处的1、2、3、4、5或6个核苷酸。有义链上的延伸核苷酸可与相应反义链中的核苷酸互补或不互补,所述反义链中的核苷酸为核心区段序列核苷酸或延伸核苷酸。相反地,反义链上的延伸核苷酸可与相应有义链中的核苷酸互补或不互补,所述有义链中的核苷酸为核心区段核苷酸或延伸核苷酸。在一些实施方案中,RNAi剂的有义链和反义链两者均含有3’和5’延伸。在一些实施方案中,一条链的3’延伸核苷酸中的一个或多个与另一条链的一个或多个5’延伸核苷酸碱基配对。在其他实施方案中,一条链的3’延伸核苷酸中的一个或多个不与另一条链的一个或多个5’延伸核苷酸碱基配对。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂具有带有3’延伸的反义链和带有5’延伸的有义链。在一些实施方案中,(一个或多个)延伸核苷酸未配对并形成突出端。如本文和本领域使用的,“突出端”是指位于有义链或反义链末端的一个或多个未配对核苷酸区段的延伸,其不形成本文公开的RNAi剂的杂交或双链化部分的一部分。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有长度为1、2、3、4、5或6个核苷酸的3’延伸的反义链。在其他实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有长度为1、2或3个核苷酸的3’延伸的反义链。在一些实施方案中,反义链延伸核苷酸中的一个或多个包含与相应MARC1 mRNA序列互补的核苷酸。在一些实施方案中,反义链延伸核苷酸中的一个或多个包含与相应MARC1 mRNA序列不互补的核苷酸。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有长度为1、2、3、4或5个核苷酸的3’延伸的有义链。在一些实施方案中,有义链延伸核苷酸中的一个或多个包含腺苷、尿嘧啶或胸苷核苷酸,AT二核苷酸,或者与MARC1 mRNA序列中的核苷酸对应或相同的核苷酸。在一些实施方案中,3’有义链延伸包括但不限于以下序列之一或由其组成:T、UT、TT、UU、UUT、TTT或TTTT (各自按5’至3’列出)。
有义链可具有3’延伸和/或5’延伸。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有长度为1、2、3、4、5或6个核苷酸的5’延伸的有义链。在一些实施方案中,有义链延伸核苷酸中的一个或多个包含与MARC1 mRNA序列中的核苷酸对应或相同的核苷酸。
用于形成MARC1 RNAi剂的序列的实例提供于表2、3、4、5和6D中。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包括表2、3或6D中任何序列的序列。在某些实施方案中,MARC1RNAi剂反义链包含表3或表6D中修饰序列的任何一种或由其组成。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包括表2、3或6D中任何序列的核苷酸(从5’端→3’端) 1-17、2-15、2-17、1-18、2-18、1-19、2-19、1-20、2-20、1-21或2-21的序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂有义链包括表2、4、5或6D中任何序列的序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂有义链包括表2、4、5或6D中任何序列的核苷酸(从5’端→3’端) 1-18、1-19、1-20、1-21、2-19、2-20、2-21、3-20、3-21或4-21的序列。在某些实施方案中,MARC1 RNAi剂有义链包含表4、5或6D中修饰序列的任何一种的修饰序列或由其组成。
在一些实施方案中,本文所述的RNAi剂的有义和反义链含有相同数量的核苷酸。在一些实施方案中,本文所述的RNAi剂的有义和反义链含有不同数量的核苷酸。在一些实施方案中,RNAi剂的有义链5’端和反义链3’端形成平端。在一些实施方案中,RNAi剂的有义链3’端和反义链5’端形成平端。在一些实施方案中,RNAi剂的两端均形成平端。在一些实施方案中,RNAi剂的两端均不为平端。如本文中使用的,“平端”是指其中两条退火链的末端核苷酸互补(形成互补碱基对)的双链RNAi剂的末端。
在一些实施方案中,RNAi剂的有义链5’端和反义链3’端形成散损端。在一些实施方案中,RNAi剂的有义链3’端和反义链5’端形成散损端。在一些实施方案中,RNAi剂的两端均形成散损端。在一些实施方案中,RNAi剂的两端均不为散损端。如本文使用的散损端是指其中两条退火链的末端核苷酸形成对(即不形成突出端)但不互补(即形成非互补对)的双链RNAi剂的末端。在一些实施方案中,双链RNAi剂一条链的末端处的一个或多个未配对核苷酸形成突出端。未配对的核苷酸可在有义链或反义链上,形成3’或5’突出端。在一些实施方案中,RNAi剂含有:一个平端和一个散损端、一个平端和一个5’突出端、一个平端和一个3’突出端、一个散损端和一个5’突出端、一个散损端和一个3’突出端、两个5’突出端、两个3’突出端、一个5’突出端和一个3’突出端、两个散损端或两个平端。一般地,当存在时,突出端位于有义链、反义链或有义链和反义链两者的3’末端处。
本文公开的MARC1 RNAi剂还可包含一个或多个修饰的核苷酸。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂的有义链的基本上所有核苷酸和反义链的基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。本文公开的MARC1 RNAi剂可进一步包含一个或多个修饰的核苷间连接,例如一个或多个硫代磷酸酯连接。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂含有一个或多个修饰的核苷酸和一个或多个修饰的核苷间连接。在一些实施方案中,2’-修饰的核苷酸与修饰的核苷间连接组合。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂作为盐、混合盐或游离酸制备或提供。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂作为药学上可接受的盐制备。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂作为药学上可接受的钠盐制备。本领域众所周知的这种形式在本文公开的本发明范围内。
修饰的核苷酸
修饰的核苷酸在用于各种寡核苷酸构建体中时,可保留化合物在细胞中的活性同时增加这些化合物的血清稳定性,并且还可最小化给予寡核苷酸构建体后在人类中激活干扰素活性的可能性。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂含有一个或多个修饰的核苷酸。如本文使用的,“修饰的核苷酸”为除核糖核苷酸(2’-羟基核苷酸)以外的核苷酸。在一些实施方案中,至少50% (例如至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%、至少97%、至少98%、至少99%或100%)的核苷酸为修饰的核苷酸。如本文使用的,修饰的核苷酸可包括但不限于脱氧核糖核苷酸、核苷酸模拟物、脱碱基核苷酸、2’-修饰的核苷酸、反向核苷酸、含修饰核碱基的核苷酸、桥接核苷酸、肽核酸(PNA)、2’,3’-开环核苷酸模拟物(非锁核碱基类似物)、锁核苷酸、3’-O-甲氧基(2’核苷间连接的)核苷酸、2’-F-阿拉伯糖核苷酸、5’-Me, 2’-氟核苷酸、吗啉代核苷酸、乙烯基膦酸酯脱氧核糖核苷酸、含乙烯基膦酸酯的核苷酸和含环丙基膦酸酯的核苷酸。2’-修饰的核苷酸(即在五元糖环的2’位处具有除羟基以外的基团的核苷酸)包括但不限于2’-O-甲基核苷酸(在本文或本领域中也被称为2’-甲氧基核苷酸)、2’-氟核苷酸(在本文或本领域中也被称为2’-脱氧-2’-氟核苷酸)、2’-脱氧核苷酸、2’-甲氧基乙基(2’-O-2-甲氧基乙基)核苷酸(在本文或本领域中也被称为2’-MOE核苷酸)、2’-氨基核苷酸和2’-烷基核苷酸。对于给定化合物中的所有位置不必一致地修饰。相反地,可在单个MARC1RNAi剂或者甚至其单个核苷酸中掺入多于一个修饰。MARC1 RNAi剂有义链和反义链可通过本领域已知的方法合成和/或修饰。一个核苷酸处的修饰独立于另一个核苷酸处的修饰。
修饰的核碱基包括合成和天然的核碱基,比如5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤(例如2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶或5-丙炔基胞嘧啶)、5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、肌苷、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-烷基(例如6-甲基、6-乙基、6-异丙基或6-正丁基)衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-烷基(例如2-甲基、2-乙基、2-异丙基或2-正丁基)及其他烷基衍生物、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶、2-硫代胞嘧啶,5-卤代尿嘧啶、胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫代尿嘧啶,8-卤代、8-氨基、8-巯基、8-硫代烷基、8-羟基及其他8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤,5-卤代(例如5-溴)、5-三氟甲基及其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶,7-甲基鸟嘌呤和7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。
在一些实施方案中,反义链的5’和/或3’端可包括脱碱基残基(Ab),其也可被称为“脱碱基位点”或“脱碱基核苷酸”。脱碱基残基(Ab)为在糖部分的1’位处缺少核碱基的核苷酸或核苷。在一些实施方案中,脱碱基残基可置于核苷酸序列的内部。在一些实施方案中,可将Ab或AbAb添加到反义链的3’端。在一些实施方案中,有义链的5’端可包括一个或多个另外的脱碱基残基(例如(Ab)或(AbAb))。在一些实施方案中,将UUAb、UAb或Ab添加到有义链的3’端。在一些实施方案中,脱碱基(脱氧核糖)残基可以用核糖醇(脱碱基核糖)残基替换。
在一些实施方案中,RNAi剂的所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。如本文使用的,其中存在的基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸的RNAi剂为在有义链和反义链两者中具有四个或更少(即0、1、2、3或4个)为核糖核苷酸(即未修饰)的核苷酸的RNAi剂。如本文使用的,其中存在的基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸的有义链为在有义链中具有两个或更少(即0、1或2个)为未修饰核糖核苷酸的核苷酸的有义链。如本文使用的,其中存在的基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸的反义链为在反义链中具有两个或更少(即0、1或2个)为未修饰核糖核苷酸的核苷酸的反义链。在一些实施方案中,RNAi剂的一个或多个核苷酸为未修饰的核糖核苷酸。某些修饰核苷酸的化学结构示于本文的表7中。
修饰的核苷间连接
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂的一个或多个核苷酸通过非标准连接或主链(即修饰的核苷间连接或修饰的主链)连接。修饰的核苷间连接或主链包括但不限于硫代磷酸酯基团(本文中表示为小写字母“s”)、手性硫代磷酸酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸三酯、烷基膦酸酯(例如甲基膦酸酯或3’-亚烷基膦酸酯)、手性膦酸酯、亚膦酸酯、氨基磷酸酯(例如3’-氨基氨基磷酸酯、氨基烷基氨基磷酸酯或硫羰氨基磷酸酯)、硫羰烷基膦酸酯、硫羰烷基磷酸三酯、吗啉代连接、具有正常3’-5’连接的硼烷磷酸酯、2’-5’连接的硼烷磷酸酯类似物或具有反向极性(其中相邻的核苷单元对3’-5’至5’-3’或2’-5’至5’-2’连接)的硼烷磷酸酯。在一些实施方案中,修饰的核苷间连接或主链缺少磷原子。缺少磷原子的修饰的核苷间连接包括但不限于短链烷基或环烷基糖间连接、混合杂原子和烷基或环烷基糖间连接或者一个或多个短链杂原子或杂环糖间连接。在一些实施方案中,修饰的核苷间主链包括但不限于硅氧烷主链、硫化物主链、亚砜主链、砜主链、甲乙酰基(formacetyl)和硫代甲乙酰基主链、亚甲基甲乙酰基和硫代甲乙酰基主链、含烯烃主链、氨基磺酸酯主链、亚甲基亚氨基和亚甲基肼基主链、磺酸酯和磺酰胺主链、酰胺主链和具有混合的N、O、S和CH2组分的其他主链。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂的有义链可含有1、2、3、4、5或6个硫代磷酸酯连接,MARC1 RNAi剂的反义链可含有1、2、3、4、5或6个硫代磷酸酯连接,或者有义链和反义链两者均可独立地含有1、2、3、4、5或6个硫代磷酸酯连接。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂的有义链可含有1、2、3或4个硫代磷酸酯连接,MARC1 RNAi剂的反义链可含有1、2、3或4个硫代磷酸酯连接,或者有义链和反义链两者均可独立地含有1、2、3或4个硫代磷酸酯连接。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂有义链含有至少两个硫代磷酸酯核苷间连接。在一些实施方案中,硫代磷酸酯核苷间连接在从有义链3’端起的1-3位处的核苷酸之间。在一些实施方案中,一个硫代磷酸酯核苷间连接在有义链核苷酸序列的5’端处,和另一个硫代磷酸酯连接在有义链核苷酸序列的3’端处。在一些实施方案中,两个硫代磷酸酯核苷间连接位于有义链的5’端处,和另一个硫代磷酸酯连接在有义链的3’端处。在一些实施方案中,有义链在核苷酸之间不包括任何硫代磷酸酯核苷间连接,但在5’和3’端两者上的末端核苷酸和任选地存在的反向脱碱基残基端帽之间含有一个、两个或三个硫代磷酸酯连接。在一些实施方案中,靶向配体经由硫代磷酸酯连接与有义链连接。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链含有四个硫代磷酸酯核苷间连接。在一些实施方案中,四个硫代磷酸酯核苷间连接在从反义链5’端起的1-3位处的核苷酸之间,以及从5’端起的19-21、20-22、21-23、22-24、23-25或24-26位处的核苷酸之间。在一些实施方案中,三个硫代磷酸酯核苷间连接位于从反义链5’端起的1-4位之间,并且第四个硫代磷酸酯核苷间连接位于从反义链5’端起的20-21位之间。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂在反义链中含有至少三个或四个硫代磷酸酯核苷间连接。
加帽残基或部分
在一些实施方案中,有义链可包括一个或多个加帽残基或部分,在本领域中有时被称为“帽”、“端帽”或“加帽残基”。如本文使用的,“加帽残基”为非核苷酸化合物或其他部分,其可在本文公开的RNAi剂的核苷酸序列的一个或多个末端处掺入。在一些情况下,加帽残基可给RNAi剂提供某些有益特性,比如,保护免受核酸外切酶降解。在一些实施方案中,添加反向脱碱基残基(invAb) (在本领域中也被称为“反向脱碱基位点”)作为加帽残基。(参见例如F. Czauderna, Nucleic Acids Res., 2003, 31(11), 2705-16;美国专利号5,998,203)。加帽残基为本领域通常已知的,并且包括例如反向脱碱基残基以及碳链,比如末端C3H7(丙基)、C6H13(己基)或C12H25(十二烷基)。在一些实施方案中,加帽残基存在于有义链的5’末端、3’末端或5’和3’末端两者处。在一些实施方案中,有义链的5’端和/或3’端可包括多于一个作为加帽残基的反向脱碱基脱氧核糖部分。
在一些实施方案中,将一个或多个反向脱碱基残基(invAb)添加到有义链的3’端。在一些实施方案中,将一个或多个反向脱碱基残基(invAb)添加到有义链的5’端。在一些实施方案中,将一个或多个反向脱碱基残基或反向脱碱基位点插入靶向配体和RNAi剂有义链的核苷酸序列之间。在一些实施方案中,在RNAi剂有义链的一个或多个末端处或附近包括一个或多个反向脱碱基残基或反向脱碱基位点使得能够增强RNAi剂的活性或其他期望的特性。
在一些实施方案中,将一个或多个反向脱碱基残基(invAb)添加到有义链的5’端。在一些实施方案中,可将一个或多个反向脱碱基残基插入靶向配体和RNAi剂有义链的核苷酸序列之间。反向脱碱基残基可经由磷酸酯、硫代磷酸酯(例如本文中显示为(invAb)s)或其他核苷间连接来连接。在一些实施方案中,在RNAi剂有义链的一个或多个末端处或附近包括一个或多个反向脱碱基残基可使得能够增强RNAi剂的活性或其他期望的特性。在一些实施方案中,反向脱碱基(脱氧核糖)残基可以用反向核糖醇(脱碱基核糖)残基替换。在一些实施方案中,反义链核心区段序列的3’端,或反义链序列的3’端可包括反向脱碱基残基。反向脱碱基脱氧核糖残基的化学结构示于以下表7中。
MARC1 RNAi剂
本文公开的MARC1 RNAi剂被设计为靶向MARC1基因(例如SEQ ID NO:1)上的特定位置。
智人(Homo sapiens),线粒体偕胺肟还原组分1 (MARC1),mRNA转录本(SEQ IDNO: 1) (7287个碱基),NCBI Reference Sequence: NM_022746.4:
1 cttgccgccg ccacctcgcg gagaagccag ccatgggcgc cgccggctcc tccgcgctgg
61 cgcgctttgt cctcctcgcg caatcccggc ccgggtggct cggggttgcc gcgctgggcc
121 tgaccgcggt ggcgctgggg gctgtcgcct ggcgccgcgc atggcccacg cggcgccggc
181 ggctgctgca gcaggtgggc acagtggcgc agctctggat ctaccctgtg aaatcctgca
241 agggggtgcc ggtgagcgag gcggagtgca cggccatggg gctgcgcagc ggcaacctgc
301 gggacaggtt ttggcttgtg atcaaccagg agggaaacat ggttactgct cgccaggaac
361 ctcgcctggt cctgatttcc ctgacctgcg atggtgacac cctgactctc agtgcagcct
421 acacaaagga cctactactg cctatcaaaa cgcccaccac aaatgcagtg cacaagtgca
481 gagtgcacgg cctggagata gagggcaggg actgtggcga ggccaccgcc cagtggataa
541 ccagcttcct gaagtcacag ccctaccgcc tggtgcactt cgagcctcac atgcgaccga
601 gacgtcctca tcaaatagca gacttgttcc gacccaagga ccagattgct tactcagaca
661 ccagcccatt cttgatcctt tctgaggcgt cgctggcgga tctcaactcc aggctagaga
721 agaaagttaa agcaaccaac ttcaggccca atattgtaat ttcaggatgc gatgtctatg
781 cagaggattc ttgggatgag cttcttattg gtgacgtgga actgaaaagg gtgatggctt
841 gttccagatg cattttaacc acagtggacc cagacaccgg tgtcatgagc aggaaggaac
901 cgctggaaac actgaagagt tatcgccagt gtgacccttc agaacgaaag ttatatggaa
961 aatcaccact ctttgggcag tattttgtgc tggaaaaccc agggaccatc aaagtgggag
1021 accctgtgta cctgctgggc cagtaatggg aaccgtatgt cctggaatattagatgcctt
1081 ttaaaaatgt tctcaaaaat gacaacactt gaagcatggt gtttcagaactgagacctct
1141 acattttctt taaatttgtg attttcacat ttttcgtctt ttggacttctggtgtctcaa
1201 tgcttcaatg tcccagtgca aaaagtaaag aaatatagtc tcaataacttagtaggactt
1261 cagtaagtca cttaaatgac aagacaggat tctgaaaact ccccgtttaactgattatgg
1321 aatagttctt tctcctgctt ctccgtttat ctaccaagag cgcagacttgcatcctgtca
1381 ctaccactcg ttagagaaag agaagaagag aaagaggaag agtgggtgggctggaagaat
1441 atcctagaat gtgttattgc ccctgttcat gaggtacgca atgaaaattaaattgcaccc
1501 caaatatggc tggaatgcca cttccctttt cttctcaagc cccgggctagcttttgaaat
1561 ggcataaaga ctgaggtgac cttcaggaag cactgcagat attaattttccatagatctg
1621 gatctggccc tgctgcttct cagacagcat tggatttcct aaaggtgctcaggaggatgg
1681 ttgtgtagtc atggaggacc cctggatcct tgccattccc ctcagctaatgacggagtgc
1741 tccttctcca gttccgggtg aaaaagttct gaattctgtg gaggagaagaaaagtgattc
1801 agtgatttca gatagactac tgaaaacctt taaaggggga aaaggaaagcatatgtcagt
1861 tgtttaaaac ccaatatcta ttttttaact gattgtataa ctctaagatctgatgaagta
1921 tattttttat tgccattttg tcctttgatt atattgggaa gttgactaaacttgaaaaat
1981 gtttttaaaa ctgtgaataa atggaagcta ctttgactag tttcagatcttactaacttc
2041 ttggcacaaa gttagactgt gaaagctgac tgaggctggg cacaggggctcatgcctgta
2101 attccagcac tttgggaggc caaggtggga gaatggcttg agcccaggagtttgagacca
2161 gcccagaaaa tataatggga tcctgtcgct acaaaatgtt tttaaaatgcactcggtgtg
2221 gtggtgtgtg cctgcagtcc tggctatggc tactcgggag gatgaggtagaaggattggt
2281 tgagcccagg agcgggagat tgaggctgca gtgagttatg attgcaccactacactccag
2341 cctgagtgat agagtgagac cctatctcta aaaaagaaac aggaaaaaaaaagaaagctg
2401 actgaggtga atgggcaaag ccagtaattc tgacacctga ccacagctgggtcttctgca
2461 taatggacct cctcacccac agcctcccag gcaagcaccc atgtttgaaggactatcaag
2521 tcaacatgct ttttaccaaa agctgcacat ttttcacttt gattttataaaagaggtcag
2581 taatcgctga aatctagctg agccctgaag taaagttctg agcaaagaggtgcatgtgct
2641 tgttttatgg ttggtgaatt attacagttt gttttctgca tgcttggcatgaggtgaata
2701 attacatcaa ttttccagag aacctgggcc atcaccttcc ccaacaagtccagttgatgt
2761 tgaaactaca gatagattga gacaaagcga agtgttcagc aagtagcattactaatggga
2821 ccgggggacc cgtgggagag tgagtgtaca caggatttag gaaaccatgtgaatatgggc
2881 tctctgggaa tagccaatag gtagggagca atcagaaacc caaggtttggtggctcttcc
2941 taggtattta taattagtgg caagtgaaag ccttagtcct gaatttctaaccacttgtaa
3001 gaactaacag ccacttctct gtgccccgtc cgggcagtaa ccatcattctccatggacag
3061 gctctcgggg tagctagctc tgcagggcag cacccacgtg gaagggagcacccagaaacc
3121 ctcctcactg ggcagacctg tccttctgtg cctcacagtg tgaggaagattcctgtttga
3181 agagagaagt tccagtgacc tctagaatct cagagtagtt gccaagctttctgtcagtga
3241 gatttaaagg ccatttactt gtgtttattt tatatttaat gagttggttaatgccagaga
3301 caaagctgat atcccattta ttttggatac tgagcatttg cacactattccacttgaaat
3361 atagaatcag gaatgtaggc catcccagac tttcagatct tacaacagcaaatgacagat
3421 gtttgagatc aggccaaaat atccaccctc ggtgggcatc tcctctgtgtggcaacttat
3481 gctgcagcca cagtggggag tcacaaactc agagctggag gtcttgaaaaggacaatgtg
3541 ggccaggctc cggaggggct gcctaaaggc ttgcttttgt gactctcctgcagaaaatgt
3601 tagaaacttc caaccgaaag acgagggcag caacttatac acacgaaggcagaaagaaat
3661 tggggaaggg gaggctgttg gaattcaggc cgttgtccta tagggagaaatactcctcct
3721 ctccttctcc ctttactgat aacggggcat ggtgaggaga tgagcttgtgagggtctgcc
3781 agtttggtaa gagtgcatgg ggaggttggg taaattagac tagccaaatgggacttcggg
3841 aaaccattta tgaggctgtc accaacagtg atggcaggct gaaattccaggcaagtgctc
3901 ccagcattcc aagagtgtat caaattaaag caacccatga tggtggagaacagatacatt
3961 aaagttcctt gaaaatgaca gagtggctct cagaccagac cttgattgtgggtataatcg
4021 gagtgttgct accacaccct aacactgcat ttcccgtgtt ttattggtccatggaattct
4081 gaaagtttgc ctttcgggat gcttctaaaa acaattccat ggaccagtaagtttggaaag
4141 tcctgcgtgc ctcacttctc ttcaaaggca aaaggctctg gagaggccttcatgaagaca
4201 tctgtgttta atgctgccct tcccaaaggt ctgtttttga ctgtcttttgagaaatgatc
4261 ctctgatctc taggcagaat gccagtgagc caaggaatcc cagttagcaggaggggtgca
4321 ctcatgggaa gactgaagaa gttaaaagtt cccgccaagt gaaggagacctatcttggga
4381 cacttcccct tgtcctctcc cttgcccctc ttgctggagt aaaaggatggaactgggact
4441 tgataggtta aaggaggtgt ggagaagtgt cttagaccag ctctcctgttgtgggcctta
4501 gggagaagca ctctctttct tcgggatcat tttccaaaca tgcatttttggatggatagg
4561 gtggatcagg gtgagggaag ggaaaccaaa ctctctctaa ccttgcccttacagcaatac
4621 ctgtgatgta agttacaaaa ccacctgtga tgaaagtgct ccaggatgcttcatgcacca
4681 gggaggggtg ccctgtttct cttctgctag cttctccttt cttttttttttttcttcttt
4741 tttttgagac agtgtctcac tctgttgcca ggctggagtg cagtggtgagatctcagctc
4801 actgcagcct ctgcctccca ggttcaagca attcttctgc ctcagcctcccgagtagctg
4861 gtgtgtctgg agttggttcc ttctggtggg ttcttggtct cgctgacttcaagaatgaag
4921 ccacagacct tcgcagtgag tgttacagct cttaaaggtg gcacggacccaaagtgagca
4981 gtagcaagat ttattgtgga gagcgaaaga acaaagcttc ggaaggggacccaaatgggc
5041 tgctgctgct ggctggggtg gccacctttt attcccttat ttgtccctgcccatgtcctg
5101 ctgattgctc cattttacag agtgctgatt ggtccatttt acagagtgctgattggtgca
5161 tttacaatcc tttagctaga cacagagtgc cgattggtga gtttttacagtgctgattgg
5221 tgcatttaca atcctttagc tagacacaga acactgactg gtgcatttataatcctctag
5281 ctagaaagaa aagttctcca agtccccact agacccagga agtccagctggcttcacctc
5341 tcactgggac tacaggtgca caccaccaca cccagctaat ttttgtatttttagtagaga
5401 cggggtttca ccatgttgtt caggatggtc tcgaactctt gatctcgtgatctgcccgcc
5461 tcggcctccc aaagtgctgg gattacagtt gtgagccacc acgcccggccctagcttttc
5521 ctttctgttg caagtcctct caactagtgt tgccttccac cctacaaagcagaattacct
5581 cagaagtcct atggccctga ctctatctat gtctgcacaa agcactactgtgctttgctg
5641 tctgcaagaa cagagattgt ttgcttcaac cactttctct gaatggatgaatgagttatg
5701 atgatatcta aagttaccca atttcaagca agaggaagaa tctggctcggtaccacagat
5761 gttcttggaa ttgggatagt aaaaaagtcc ctgaggcatc ccttggtctgctctgaccac
5821 actctcttca caggaagagg cttgggccac agctctgact ataactctgctcttcctcca
5881 aacacagctg aggaattggg tggtggggca cctgctccca tgctctgtggcctggctcag
5941 agagaagagt tgccttaatt acattattat tcttcctgga caggctgtaggttgtgtaaa
6001 gtaacaaaaa ggactgagaa gtgacttccc attcagcctc ttccaaggccatttttgata
6061 ggcaggtcaa attcactcac atttggttat ttgttggcca gtctagtgcattcacccttg
6121 ctggtcctca gtcatgctcc tttaccttta cagagcatcc tagactgctcttcctcttac
6181 cttccttgtg aaacccacaa cccctagtcc ctccccttcc ctggcatttgttatgccctc
6241 taccaatccc tgacctggta ttggtcagtc tccaatcctg gtggatccctgtgggaacta
6301 agttaagtct aacttttgtc tccctcttta gaatttactg ggagtactgtaaataaacta
6361 ttgttgttat aattatttct gattaacatt tttacaccta acaaagtctcagagagattg
6421 aatttactgg gttgaaggga ggagcacctt ccacatgacc tgcccagcaattaaagccgc
6481 ttgttagtcc gaggcccagg acggccgagg acagctggag agctcttcgttgcaggcagc
6541 tctggttaac atcaaccggg aaagctcttt gtaaacacat gaataattgatcgtccagcg
6601 ctcacatagc taccgcggat ctgagcccgt atgactcatt tgcgagccattcctgtcgtc
6661 tggatgccat aacattggag gaatgatgat cgtttcttgg aggttcttctgtggccagag
6721 ttgccaagac caaggctgta atggtttgtt atgatgacct ttgttattccattaggctca
6781 attgctttaa aaaatgatgt gtgcatactt taggaacgtt tttaccctttatgttgacct
6841 gacatcatag tttatattat aaaatgtatt aatgacagaa gagtgttttcatgtcccaag
6901 gacaaatttt aacaaccata atctgccctc agtcatcata aatataaatgtattggtcaa
6961 acagatctcg ttaatgtggc caagataaat gcaagtctat attttaaggcagtcgaagtc
7021 ctagagaata tatctggagc ttttgtgggg ctaagagatc ttgtatatatgctatcaaaa
7081 ggctgagaaa attaacatgt tcccccctct gattttgcat tggacagatataaatgtctt
7141 ggggatgtca agtaagattg ttcacatagt ttctggacac cattaatgcctgatggggtg
7201 aatcttagtt cttaaagcta tattctgctc attatgctca cagggcttttgaaaagagaa
7261 caaaataaag atttcaagtc ttagcaa
如本文定义的,将反义链序列设计为当反义链的5’末端核碱基在与MARC1基因碱基配对时与从该基因上给定位置的下游21个核苷酸(朝向3’端)的位置对齐时,在该基因上的该给定位置处靶向该基因。例如,如本文的表1和2所示,设计为在1275位处靶向MARC1基因的反义链序列要求在与该基因碱基配对时,反义链的5’末端核碱基与MARC1基因的1295位对齐。
如本文提供的,MARC1 RNAi剂不要求反义链1位(5’→ 3’)处的核碱基与基因互补,条件是反义链与基因在至少15个连续核苷酸的核心区段序列上存在至少85%互补性(例如至少85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%互补性)。例如,对于本文公开的设计为靶向MARC1基因1275位的MARC1 RNAi剂,MARC1 RNAi剂反义链的5’末端核碱基必须与基因的1295位对齐;然而,反义链的5’末端核碱基可以但不要求与MARC1基因的1295位互补,条件是反义链与基因在至少15个连续核苷酸的核心区段序列上存在至少85%互补性(例如至少85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100%互补性)。尤其如本文公开的实施例所示以及如本领域众所周知的,MARC1 RNAi剂的反义链对基因结合的特定位点(例如无论MARC1 RNAi剂是否被设计为在1275位、1190位或一些其他位置处靶向MARC1基因)对于由MARC1 RNAi剂达到的抑制水平以及由该分子达到的毒性概况为重要的。(参见例如Kamola等人,The siRNA Non-seed Region and Its Target Sequences are Auxiliary Determinants of Off-Target Effects, PLOS Computational Biology, 11(12), 图1 (2015))。
在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂在表1中所示的MARC1基因序列的位置处或附近靶向MARC1基因。在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的反义链包括与表1中公开的靶MARC1 19聚体序列完全、基本上或至少部分地互补的核心区段序列。
表1.MARC1 19聚体mRNA靶序列(取自智人MARC1,mRNA,GenBank NM_022746.4(SEQ ID NO:1))
SEQ ID No. MARC1 19聚体靶序列(5’→3’) SEQ ID NO:1上序列的相应位置 靶向的基因位置(如本文指涉的)
2 GGUUUUGGCUUGUGAUCAA 307-325 305
3 GUUUUGGCUUGUGAUCAAC 308-326 306
4 UUUUGGCUUGUGAUCAACC 309-327 307
5 CAGGAGGGAAACAUGGUUA 327-345 325
6 UCUCAGUGCAGCCUACACA 407-425 405
7 CUCAGUGCAGCCUACACAA 408-426 406
8 AGUGCAGCCUACACAAAGG 411-429 409
9 UGCAGCCUACACAAAGGAC 413-431 411
10 ACACAAAGGACCUACUACU 421-439 419
11 UAACCAGCUUCCUGAAGUC 538-556 536
12 CCGCCUGGUGCACUUCGAG 566-584 564
13 CGCCUGGUGCACUUCGAGC 567-585 565
14 GCCUGGUGCACUUCGAGCC 568-586 566
15 CCUGGUGCACUUCGAGCCU 569-587 567
16 CGUCCUCAUCAAAUAGCAG 603-621 601
17 UCAAAUAGCAGACUUGUUC 611-629 609
18 CAAAUAGCAGACUUGUUCC 612-630 610
19 AAAUAGCAGACUUGUUCCG 613-631 611
20 GGACCAGAUUGCUUACUCA 638-656 636
21 CAGAUUGCUUACUCAGACA 642-660 640
22 UUGCUUACUCAGACACCAG 646-664 644
23 GGCUAGAGAAGAAAGUUAA 712-730 710
24 AGAGAAGAAAGUUAAAGCA 716-734 714
25 AGAAGAAAGUUAAAGCAAC 718-736 716
26 GCCCAAUAUUGUAAUUUCA 746-764 744
27 CAGGAUGCGAUGUCUAUGC 763-781 761
28 UCCAGAUGCAUUUUAACCA 843-861 841
29 CUGGAAACACUGAAGAGUU 903-921 901
30 ACCCUUCAGAACGAAAGUU 934-952 932
31 CCCUUCAGAACGAAAGUUA 935-953 933
32 CAGAACGAAAGUUAUAUGG 940-958 938
33 GAACGAAAGUUAUAUGGAA 942-960 940
34 AAAGUUAUAUGGAAAAUCA 947-965 945
35 UGGAAAAUCACCACUCUUU 956-974 954
36 GAAAAUCACCACUCUUUGG 958-976 956
37 CAAAGUGGGAGACCCUGUG 1010-1028 1008
38 AAAGUGGGAGACCCUGUGU 1011-1029 1009
39 GUGGGAGACCCUGUGUACC 1014-1032 1012
40 UGGGAGACCCUGUGUACCU 1015-1033 1013
41 GGGAGACCCUGUGUACCUG 1016-1034 1014
42 GUCCUGGAAUAUUAGAUGC 1059-1077 1057
43 UCCUGGAAUAUUAGAUGCC 1060-1078 1058
44 CCUGGAAUAUUAGAUGCCU 1061-1079 1059
45 CUGGAAUAUUAGAUGCCUU 1062-1080 1060
46 UCUCAAAAAUGACAACACU 1091-1109 1089
47 UGACAACACUUGAAGCAUG 1100-1118 1098
48 AACACUUGAAGCAUGGUGU 1104-1122 1102
49 GAAGCAUGGUGUUUCAGAA 1111-1129 1109
50 AGCAUGGUGUUUCAGAACU 1113-1131 1111
51 AGAACUGAGACCUCUACAU 1126-1144 1124
52 AGACCUCUACAUUUUCUUU 1133-1151 1131
53 UGAUUUUCACAUUUUUCGU 1159-1177 1157
54 GUGUCUCAAUGCUUCAAUG 1192-1210 1190
55 UCUCAAUGCUUCAAUGUCC 1195-1213 1193
56 CUUAGUAGGACUUCAGUAA 1248-1266 1246
57 AUGACAAGACAGGAUUCUG 1276-1294 1274
58 UGACAAGACAGGAUUCUGA 1277-1295 1275
59 GACAAGACAGGAUUCUGAA 1278-1296 1276
60 ACAGGAUUCUGAAAACUCC 1284-1302 1282
61 CGUUUAACUGAUUAUGGAA 1304-1322 1302
62 UGAUUAUGGAAUAGUUCUU 1312-1330 1310
63 UUAUGGAAUAGUUCUUUCU 1315-1333 1313
64 UAUGGAAUAGUUCUUUCUC 1316-1334 1314
65 CCUGCUUCUCCGUUUAUCU 1334-1352 1332
66 GAAGAAUAUCCUAGAAUGU 1434-1452 1432
67 UUUCCAUAGAUCUGGAUCU 1607-1625 1605
68 GCUUCUCAGACAGCAUUGG 1635-1653 1633
69 UUCUCAGACAGCAUUGGAU 1637-1655 1635
70 ACAGCAUUGGAUUUCCUAA 1644-1662 1642
71 CAUUGGAUUUCCUAAAGGU 1648-1666 1646
72 UUGGAUUUCCUAAAGGUGC 1650-1668 1648
73 ACUGAAAACCUUUAAAGGG 1819-1837 1817
74 GGAAAGCAUAUGUCAGUUG 1844-1862 1842
75 UGUCAGUUGUUUAAAACCC 1854-1872 1852
76 AACUCUAAGAUCUGAUGAA 1899-1917 1897
77 ACUCUAAGAUCUGAUGAAG 1900-1918 1898
78 UCUAAGAUCUGAUGAAGUA 1902-1920 1900
79 AUUGCCAUUUUGUCCUUUG 1929-1947 1927
80 CCAUUUUGUCCUUUGAUUA 1933-1951 1931
81 GGGAAGUUGACUAAACUUG 1956-1974 1954
82 GGAAGUUGACUAAACUUGA 1957-1975 1955
83 UGUGAAUAAAUGGAAGCUA 1992-2010 1990
84 ACUAGUUUCAGAUCUUACU 2016-2034 2014
85 GUUUCAGAUCUUACUAACU 2020-2038 2018
86 UUCAGAUCUUACUAACUUC 2022-2040 2020
87 GCAUGUGCUUGUUUUAUGG 2632-2650 2630
88 GACAAAGCGAAGUGUUCAG 2781-2799 2779
89 CCAGUGACCUCUAGAAUCU 3192-3210 3190
90 GCAUUUGCACACUAUUCCA 3334-3352 3332
91 GACAGAUGUUUGAGAUCAG 3414-3432 3412
92 UGUGUGGCAACUUAUGCUG 3466-3484 3464
93 GACCAGACCUUGAUUGUGG 3993-4011 3991
94 GGAGAAGCACUCUCUUUCU 4502-4520 4500
95 AACCAAACUCUCUCUAACC 4584-4602 4582
96 CAAACUCUCUCUAACCUUG 4587-4605 4585
97 GAUGUAAGUUACAAAACCA 4625-4643 4623
98 CCACCUGUGAUGAAAGUGC 4641-4659 4639
99 ACUGGUGCAUUUAUAAUCC 5257-5275 5255
100 AGCUCUGACUAUAACUCUG 5851-5869 5849
101 CCUUUACAGAGCAUCCUAG 6145-6163 6143
102 AACUAAGUUAAGUCUAACU 6296-6314 6294
103 CAGAGAGAUUGAAUUUACU 6410-6428 6408
104 GCUCUGGUUAACAUCAACC 6539-6557 6537
105 UGACCUGACAUCAUAGUUU 6835-6853 6833
106 AUAAAAUGUAUUAAUGACA 6959-6977 6957
107 UCUUAAAGCUAUAUUCUGC 7210-7228 7208
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包括一种反义链,其中反义链的19位(5’→ 3’)能够与表1中公开的19聚体靶序列的1位形成碱基对。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包括一种反义链,其中反义链的1位(5’→ 3’)能够与表1中公开的19聚体靶序列的19位形成碱基对。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包括一种反义链,其中反义链的2位(5’→ 3’)能够与表1中公开的19聚体靶序列的18位形成碱基对。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包括一种反义链,其中反义链的2至18位(5’→ 3’)能够与位于表1中公开的19聚体靶序列的18至2位处的各个相应互补碱基形成碱基对。
对于本文公开的RNAi剂,反义链1位(从5’端→3’端)处的核苷酸可与MARC1基因完美地互补,或者可与MARC1基因非互补。在一些实施方案中,反义链1位(从5’端→3’端)处的核苷酸为U、A或dT。在一些实施方案中,反义链1位(从5’端→3’端)处的核苷酸与有义链形成A:U或U:A碱基对。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包含表2或表3中任何反义链序列的核苷酸(从5’端→ 3’端) 2-18、2-19、2-20或2-21的序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi有义链包含表2、表4、表5或表6D中任何有义链序列的核苷酸(从5’端→ 3’端) 3-21、2-21、1-21、3-20、2-20、1-20、3-19、2-19、1-19、3-18、2-18或1-18的序列。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包含表2或表3的任何反义链序列的核苷酸(从5’端→ 3’端) 2-18、2-19、2-20或2-21的序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi有义链包含表2、表4、表5或表6D的任何有义链序列的核苷酸(从5’端→ 3’端) 3-21、2-21、1-21、3-20、2-20、1-20、3-19、2-19、1-19、3-18、2-18或1-18的序列。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含:(i) 一种反义链,其包含表2、表3或表6D中任何反义链序列的核苷酸(从5’端→3’端) 2-18或2-19的序列;和(ii) 一种有义链,其包含表2、表4、表5或表6D中任何有义链序列的核苷酸(从5’端→ 3’端) 3-21、2-21、1-21、3-20、2-20、1-20、3-19、2-19、1-19、3-18、2-18或1-18的序列。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含:(i) 一种反义链,其包含表2、表3或表6D中任何反义链序列的核苷酸(从5’端→ 3’端) 2-18或2-19的序列;和(ii) 一种有义链,其包含表2、表4、表5或表6D的任何有义链序列的核苷酸(从5’端→ 3’端) 3-21、2-21、1-21、3-20、2-20、1-20、3-19、2-19、1-19、3-18、2-18或1-18的序列。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包括以下表2所示的核心19聚体核苷酸序列。
表2.MARC1 RNAi剂反义链和有义链核心区段碱基序列(N=任何核碱基)
包含表2中的序列或由其组成的MARC1 RNAi剂有义链和反义链可为修饰的核苷酸或未修饰的核苷酸。在一些实施方案中,具有包含表2中的序列或由其组成的有义和反义链序列的MARC1 RNAi剂全部或基本上全部为修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的反义链与表2中的任何反义链序列相差0、1、2或3个核苷酸。在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的有义链与表2中的任何有义链序列相差0、1、2或3个核苷酸。
如本文使用的,表2中公开的序列中列出的每个N可独立地选自任何和所有核碱基(包括在修饰和未修饰核苷酸两者上发现的那些)。在一些实施方案中,表2中公开的序列中列出的N核苷酸具有与另一条链上相应位置处的N核苷酸互补的核碱基。在一些实施方案中,表2中公开的序列中列出的N核苷酸具有与另一条链上相应位置处的N核苷酸不互补的核碱基。在一些实施方案中,表2中公开的序列中列出的N核苷酸具有与另一条链上相应位置处的N核苷酸相同的核碱基。在一些实施方案中,表2中公开的序列中列出的N核苷酸具有与另一条链上相应位置处的N核苷酸不同的核碱基。
某些修饰的MARC1 RNAi剂反义链,以及其基础未修饰的核碱基序列提供于表3中。某些修饰的MARC1 RNAi剂有义链,以及其基础未修饰的核碱基序列提供于表4中。在形成MARC1 RNAi剂时,以上表3和4以及表2中列出的每种基础碱基序列中的每个核苷酸均可为修饰的核苷酸。
本文所述的MARC1 RNAi剂为通过使反义链与有义链退火而形成的。含有表2、表4或表6D中列出的序列的有义链可与含有表2或表3或表6D中列出的序列的任何反义链杂交,条件是这两条序列具有在连续15、16、17、18、19、20或21个核苷酸序列上至少85%互补性的区域。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包含表2或表3或表6D中任何序列的核苷酸序列。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有表2、表3、表4或表6D中任何序列的有义链和反义链的核碱基序列的双链体或由其组成。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含作为钠盐、混合盐或游离酸制备或提供的双链体序列或由其组成。
含有修饰核苷酸的反义链的实例提供于表3和表6D中。含有修饰核苷酸的有义链的实例提供于表4、表5和表6D中。
如表3、4和5中使用的,以下符号用于表示修饰的核苷酸和连接基团:
A = 腺苷-3’-磷酸;
C = 胞苷-3’-磷酸;
G = 鸟苷-3’-磷酸;
U = 尿苷-3’-磷酸
I = 肌苷-3’-磷酸
a = 2-O-甲基腺苷-3’-磷酸
as = 2’-O-甲基腺苷-3’-硫代磷酸酯
c = 2’-O-甲基胞苷-3’-磷酸
cs = 2’-O-甲基胞苷-3’-硫代磷酸酯
g = 2’-O-甲基鸟苷-3’-磷酸
gs = 2’-O-甲基鸟苷-3’-硫代磷酸酯
t = 2’-O-甲基-5-甲基尿苷-3’-磷酸
ts = 2’-O-甲基-5-甲基尿苷-3’-硫代磷酸酯
u = 2’-O-甲基尿苷-3’-磷酸
us = 2’-O-甲基尿苷-3’-硫代磷酸酯
i = 2’-O-甲基肌苷-3’-磷酸
is = 2’-O-甲基肌苷-3’-硫代磷酸酯
Af = 2’-氟腺苷-3’-磷酸
Afs = 2’-氟腺苷-3’-硫代磷酸酯
Cf = 2’-氟胞苷-3’-磷酸
Cfs = 2’-氟胞苷-3’-硫代磷酸酯
Gf = 2’-氟鸟苷-3’-磷酸
Gfs = 2’-氟鸟苷-3’-硫代磷酸酯
Tf = 2’-氟-5’-甲基尿苷-3’-磷酸
Tfs = 2’-氟-5’-甲基尿苷-3’-硫代磷酸酯
Uf = 2’-氟尿苷-3’-磷酸
Ufs = 2’-氟尿苷-3’-硫代磷酸酯
AUNA= 2’,3’-开环-腺苷-3’-磷酸,参见表7
AUNAs = 2’,3’-开环-腺苷-3’-硫代磷酸酯,参见表7
CUNA= 2’,3’-开环-胞苷-3’-磷酸,参见表7
CUNAs = 2’,3’-开环-胞苷-3’-硫代磷酸酯,参见表7
GUNA= 2’,3’-开环-鸟苷-3’-磷酸,参见表7
GUNAs = 2’,3’-开环-鸟苷-3’-硫代磷酸酯,参见表7
UUNA= 2’,3’-开环-尿苷-3’-磷酸,参见表7
UUNAs = 2’,3’-开环-尿苷-3’-硫代磷酸酯,参见表7
a_2N = 2’-O-甲基-2-氨基腺苷-3’-磷酸,参见表7
a_2Ns = 2’-O-甲基-2-氨基腺苷-3’-硫代磷酸酯,参见表7
(invAb) = 反向脱碱基脱氧核糖核苷酸,参见表7
(invAb)s = 反向脱碱基脱氧核糖核苷酸-5’-硫代磷酸酯,参见表7
cPrpa = 5’-环丙基膦酸酯-2’-O-甲基腺苷-3’-磷酸(参见表7)
cPrpas = 5’-环丙基膦酸酯-2’-O-甲基腺苷-3’-硫代磷酸酯(参见表7)
cPrpu = 5’-环丙基膦酸酯-2’-O-甲基尿苷-3’-磷酸(参见表7)
cPrpus = 5’-环丙基膦酸酯-2’-O-甲基尿苷-3’-硫代磷酸酯(参见表7)
如本领域的普通技术人员将易于理解的,除非通过序列另外指明(比如通过硫代磷酸酯连接“s”),否则当存在于寡核苷酸中时,核苷酸单体通过5’-3’-磷酸二酯键相互地连接。如本领域的普通技术人员将清楚地理解的,如本文公开的修饰核苷酸序列中所示的对硫代磷酸酯连接的包括替换了一般存在于寡核苷酸中的磷酸二酯连接。进一步地,本领域的普通技术人员将易于理解,离体时,给定寡核苷酸序列3’端处的末端核苷酸将一般在给定单体的相应3’位处具有羟基(-OH)而不是磷酸酯部分。另外,对于本文公开的实施方案,当考虑相应链的5’→3’时,插入反向脱碱基残基,使得脱氧核糖的3’位连接于相应链上前一个单体的3’端处(参见例如表7)。此外,如普通技术人员将易于理解和意识到的,尽管本文描绘的硫代磷酸酯化学结构一般显示硫原子上的阴离子,但本文公开的发明涵盖所有硫代磷酸酯互变异构体和共振结构(例如在硫原子具有双键且阴离子在氧原子上的情况下)。除非本文另外明确地指明,否则在描述本文公开的MARC1 RNAi剂和MARC1 RNAi剂的组合物时使用本领域普通技术人员的这种理解。
与本文公开的MARC1 RNAi剂一起使用的靶向配体、靶向基团和连接基团的某些实例提供于以下表7中。更具体地讲,靶向基团和连接基团(其一起可形成靶向配体)包括(NAG37)和(NAG37)s,它们的化学结构提供于以下表7中。每条有义链和/或反义链可具有与序列的5’和/或3’端缀合的本文列出的任何靶向配体、靶向基团或连接基团,以及其他基团。
表3.MARC1 RNAi剂反义链序列
表4.MARC1 RNAi剂有义链序列(不显示接头、缀合物或加帽部分).
表5.MARC1 RNAi剂有义链序列(与(NAG37)靶向配体一起显示(对于结构信息参见表7)).
本文所述的MARC1 RNAi剂为通过使反义链与有义链退火形成的。含有表2、表4或表5中列出的序列的有义链可与含有表2或表3中列出的序列的任何反义链杂交,条件是这两个序列具有在连续15、16、17、18、19、20或21个核苷酸序列上至少85%互补性的区域。
在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的反义链与表3中的任何反义链序列相差0、1、2或3个核苷酸。在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂的有义链与表4或表5中的任何有义链序列相差0、1、2或3个核苷酸。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包含表2或表3中任何序列的核苷酸序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包含表2或表3中任何序列的核苷酸(从5’端→3’端) 1-17、2-17、1-18、2-18、1-19、2-19、1-20、2-20、1-21或2-21的序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂反义链包含表3中修饰序列的任何一种中的修饰序列或由其组成。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂有义链包含表2、表4或表5中任何序列的核苷酸序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂有义链包含表2、表4或表5中任何序列的核苷酸(从5’端→3’端) 1-17、2-17、3-17、4-17、1-18、2-18、3-18、4-18、1-19、2-19、3-19、4-19、1-20、2-20、3-20、4-20、1-21、2-21、3-21或4-21的序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂有义链包含表4或表5中修饰序列的任何一种中的修饰序列或由其组成。
对于本文公开的MARC1 RNAi剂,反义链1位(从5’端→3’端)处的核苷酸可与MARC1基因完美地互补,或者可与MARC1基因非互补。在一些实施方案中,反义链1位(从5’端→3’端)处的核苷酸为U、A或dT (或其修饰版本)。在一些实施方案中,反义链1位(从5’端→3’端)处的核苷酸与有义链形成A:U或U:A碱基对。
含有表2、表4或表5中列出的序列的有义链可与含有表2或表3中列出的序列的任何反义链杂交,条件是这两个序列具有在连续15、16、17、18、19、20或21个核苷酸序列上至少85%互补性的区域。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂具有由表4或表5中任何修饰序列中的修饰序列组成的有义链,以及由表3中任何修饰序列中的修饰序列组成的反义链。某些代表性序列配对通过表6A或6B中所示的双链体ID号例示。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含由本文呈现的双链体ID号中的任何一种代表的双链体、由其组成或基本上由其组成。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含由本文呈现的任何双链体ID号代表的任何双链体的有义链和反义链核苷酸序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含由本文呈现的任何双链体ID号代表的任何双链体的有义链和反义链核苷酸序列以及靶向基团和/或连接基团,其中靶向基团和/或连接基团与有义链或反义链共价连接(即缀合)。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包括本文呈现的任何双链体ID号的有义链和反义链修饰核苷酸序列。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含本文呈现的任何双链体ID号的有义链和反义链修饰核苷酸序列以及靶向基团和/或连接基团,其中靶向基团和/或连接基团与有义链或反义链共价连接。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有表2或表6A和6B的任何反义链/有义链双链体的核苷酸序列的反义链和有义链,并且进一步包含靶向基团或靶向配体。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有表2或表6A和6B的任何反义链/有义链双链体的核苷酸序列的反义链和有义链,并且进一步包含去唾液酸糖蛋白受体配体靶向基团。
具有或不具有接头的靶向基团可与表2、3、4或5中公开的任何有义链和/或反义链的5’或3’端连接。具有或不具有靶向基团的接头可附接于表2、3、4和5中公开的任何有义链和/或反义链的5’或3’端。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有表2、表6A或表6B的任何反义链/有义链双链体的核苷酸序列的反义链和有义链,并且进一步包含选自以下的靶向配体:(NAG37)和(NAG37)s,其各自如表7中定义。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有表3或表4中的任何反义链和/或有义链核苷酸序列的修饰核苷酸序列的反义链和有义链。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含具有表6A和6B的任何双链体的任何反义链和/或有义链核苷酸序列的修饰核苷酸序列的反义链和有义链,并且进一步包含去唾液酸糖蛋白受体配体靶向基团。
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂包含表6A和6B中的任何双链体、由其组成或基本上由其组成。
表6A.MARC1 RNAi剂双链体与相应的有义和反义链ID号以及修饰和未修饰核苷酸序列的序列ID号.
AS ID AS修饰的SEQ ID NO: AS未修饰的SEQ ID NO: SS ID SS修饰的SEQ ID NO: SS未修饰的SEQ ID NO:
AM16712-AS 1056 1542 AM16711-SS-NL 1252 1667
AM16714-AS 1057 1543 AM16713-SS-NL 1253 1668
AM16716-AS 1058 1544 AM16715-SS-NL 1254 1669
AM16718-AS 1059 1545 AM16717-SS-NL 1255 1670
AM16720-AS 1060 1546 AM16719-SS-NL 1256 1671
AM16722-AS 1061 1547 AM16721-SS-NL 1257 1672
AM16724-AS 1062 1548 AM16723-SS-NL 1258 1673
AM16726-AS 1063 1549 AM16725-SS-NL 1259 1674
AM16728-AS 1064 1550 AM16727-SS-NL 1260 1675
AM16730-AS 1065 1551 AM16729-SS-NL 1261 1676
AM16732-AS 1066 1552 AM16731-SS-NL 1262 1677
AM16734-AS 1067 1553 AM16733-SS-NL 1263 1678
AM16736-AS 1068 1554 AM16735-SS-NL 1264 1679
AM16738-AS 1069 1555 AM16737-SS-NL 1265 1680
AM16740-AS 1070 1556 AM16739-SS-NL 1266 1681
AM16742-AS 1071 1557 AM16741-SS-NL 1267 1682
AM16744-AS 1072 1558 AM16743-SS-NL 1268 1683
AM16746-AS 1073 1559 AM16745-SS-NL 1269 1684
AM16748-AS 1074 1560 AM16747-SS-NL 1270 1685
AM16750-AS 1075 1561 AM16749-SS-NL 1271 1686
AM16752-AS 1076 1562 AM16751-SS-NL 1272 1687
AM16754-AS 1077 1563 AM16753-SS-NL 1273 1688
AM16756-AS 1078 1564 AM16755-SS-NL 1274 1689
AM16758-AS 1079 1565 AM16757-SS-NL 1275 1690
AM16760-AS 1080 1566 AM16759-SS-NL 1276 1691
AM16762-AS 1081 1567 AM16761-SS-NL 1277 1692
AM16764-AS 1082 1568 AM16763-SS-NL 1278 1693
AM16766-AS 1083 1569 AM16765-SS-NL 1279 1694
AM16768-AS 1084 1570 AM16767-SS-NL 1280 1695
AM16770-AS 1085 1571 AM16769-SS-NL 1281 1696
AM16772-AS 1086 1572 AM16771-SS-NL 1282 1697
AM16774-AS 1087 1573 AM16773-SS-NL 1283 1698
AM17404-AS 1088 1556 AM16739-SS-NL 1266 1681
AM17405-AS 1089 1556 AM16739-SS-NL 1266 1681
AM17406-AS 1090 1560 AM16747-SS-NL 1270 1685
AM17407-AS 1091 1560 AM16747-SS-NL 1270 1685
AM17408-AS 1092 1563 AM16753-SS-NL 1273 1688
AM17409-AS 1093 1563 AM16753-SS-NL 1273 1688
AM17410-AS 1094 1564 AM16755-SS-NL 1274 1689
AM17411-AS 1095 1564 AM16755-SS-NL 1274 1689
AM17488-AS 1096 1574 AM17487-SS-NL 1284 1699
AM17490-AS 1097 1575 AM17489-SS-NL 1285 1700
AM17492-AS 1098 1576 AM17491-SS-NL 1286 1701
AM17494-AS 1099 1577 AM17493-SS-NL 1287 1702
AM17496-AS 1100 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM17498-AS 1101 1579 AM17497-SS-NL 1289 1704
AM17500-AS 1102 1580 AM17499-SS-NL 1290 1705
AM17502-AS 1103 1581 AM17501-SS-NL 1291 1706
AM17504-AS 1104 1582 AM17503-SS-NL 1292 1707
AM17498-AS 1101 1579 AM17505-SS-NL 1293 1708
AM17808-AS 1105 1583 AM17807-SS-NL 1294 1709
AM17810-AS 1106 1584 AM17809-SS-NL 1295 1710
AM17812-AS 1107 1585 AM17811-SS-NL 1296 1711
AM17814-AS 1108 1586 AM17813-SS-NL 1297 1712
AM17816-AS 1109 1587 AM17815-SS-NL 1298 1713
AM17818-AS 1110 1588 AM17817-SS-NL 1299 1714
AM17820-AS 1111 1589 AM17819-SS-NL 1300 1715
AM17822-AS 1112 1590 AM17821-SS-NL 1301 1716
AM17824-AS 1113 1591 AM17823-SS-NL 1302 1717
AM17826-AS 1114 1592 AM17825-SS-NL 1303 1718
AM17828-AS 1115 1593 AM17827-SS-NL 1304 1719
AM17830-AS 1116 1594 AM17829-SS-NL 1305 1720
AM17832-AS 1117 1595 AM17831-SS-NL 1306 1721
AM17834-AS 1118 1596 AM17833-SS-NL 1307 1722
AM17864-AS 1119 1597 AM17863-SS-NL 1308 1723
AM17866-AS 1120 1598 AM17865-SS-NL 1309 1724
AM17868-AS 1121 1599 AM17867-SS-NL 1310 1725
AM17870-AS 1122 1600 AM17869-SS-NL 1311 1726
AM17872-AS 1123 1601 AM17871-SS-NL 1312 1727
AM17874-AS 1124 1602 AM17873-SS-NL 1313 1728
AM17876-AS 1125 1603 AM17875-SS-NL 1314 1729
AM17878-AS 1126 1604 AM17877-SS-NL 1315 1730
AM17880-AS 1127 1605 AM17879-SS-NL 1316 1731
AM17882-AS 1128 1606 AM17881-SS-NL 1317 1732
AM18384-AS 1129 1574 AM17487-SS-NL 1284 1699
AM18385-AS 1130 1574 AM17487-SS-NL 1284 1699
AM18386-AS 1131 1574 AM17487-SS-NL 1284 1699
AM18387-AS 1132 1574 AM17487-SS-NL 1284 1699
AM18388-AS 1133 1580 AM17499-SS-NL 1290 1705
AM18389-AS 1134 1580 AM17499-SS-NL 1290 1705
AM18390-AS 1135 1580 AM17499-SS-NL 1290 1705
AM18391-AS 1136 1580 AM17499-SS-NL 1290 1705
AM18393-AS 1137 1607 AM18392-SS-NL 1318 1733
AM18394-AS 1138 1607 AM18392-SS-NL 1318 1733
AM18398-AS 1139 1564 AM16755-SS-NL 1274 1689
AM18399-AS 1140 1564 AM16755-SS-NL 1274 1689
AM18401-AS 1141 1608 AM18400-SS-NL 1319 1734
AM18402-AS 1142 1608 AM18400-SS-NL 1319 1734
AM18403-AS 1143 1608 AM18400-SS-NL 1319 1734
AM18404-AS 1144 1556 AM16739-SS-NL 1266 1681
AM18405-AS 1145 1556 AM16739-SS-NL 1266 1681
AM18407-AS 1146 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM18408-AS 1147 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM18409-AS 1148 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM18410-AS 1149 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM18411-AS 1150 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM18412-AS 1151 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM18413-AS 1152 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM18606-AS 1153 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM18607-AS 1154 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM18608-AS 1155 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM18609-AS 1156 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM18610-AS 1157 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM18611-AS 1158 1582 AM17503-SS-NL 1292 1707
AM18612-AS 1159 1582 AM17503-SS-NL 1292 1707
AM18614-AS 1160 1610 AM18613-SS-NL 1321 1736
AM18616-AS 1161 1611 AM18615-SS-NL 1322 1737
AM18629-AS 1162 1564 AM16755-SS-NL 1274 1689
AM18629-AS 1162 1564 AM18630-SS-NL 1323 1689
AM18629-AS 1162 1564 AM18631-SS-NL 1324 1689
AM18632-AS 1163 1564 AM16755-SS-NL 1274 1689
AM18632-AS 1163 1564 AM18630-SS-NL 1323 1689
AM18632-AS 1163 1564 AM18631-SS-NL 1324 1689
AM18634-AS 1164 1612 AM18633-SS-NL 1325 1738
AM18636-AS 1165 1613 AM18635-SS-NL 1326 1739
AM18638-AS 1166 1614 AM18637-SS-NL 1327 1740
AM18878-AS 1167 1615 AM18877-SS-NL 1328 1741
AM18880-AS 1168 1616 AM18879-SS-NL 1329 1742
AM18882-AS 1169 1617 AM18881-SS-NL 1330 1743
AM18884-AS 1170 1618 AM18883-SS-NL 1331 1744
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AM18888-AS 1172 1620 AM18887-SS-NL 1333 1746
AM18890-AS 1173 1621 AM18889-SS-NL 1334 1747
AM18892-AS 1174 1622 AM18891-SS-NL 1335 1748
AM18894-AS 1175 1623 AM18893-SS-NL 1336 1749
AM18896-AS 1176 1624 AM18895-SS-NL 1337 1750
AM18898-AS 1177 1625 AM18897-SS-NL 1338 1751
AM18900-AS 1178 1626 AM18899-SS-NL 1339 1752
AM18902-AS 1179 1627 AM18901-SS-NL 1340 1753
AM18904-AS 1180 1628 AM18903-SS-NL 1341 1754
AM18906-AS 1181 1629 AM18905-SS-NL 1342 1755
AM18908-AS 1182 1630 AM18907-SS-NL 1343 1756
AM18910-AS 1183 1631 AM18909-SS-NL 1344 1757
AM18912-AS 1184 1632 AM18911-SS-NL 1345 1758
AM18914-AS 1185 1633 AM18913-SS-NL 1346 1759
AM18916-AS 1186 1634 AM18915-SS-NL 1347 1760
AM18918-AS 1187 1635 AM18917-SS-NL 1348 1761
AM18920-AS 1188 1636 AM18919-SS-NL 1349 1762
AM18922-AS 1189 1637 AM18921-SS-NL 1350 1763
AM18924-AS 1190 1638 AM18923-SS-NL 1351 1764
AM18944-AS 1191 1639 AM18943-SS-NL 1352 1765
AM18946-AS 1192 1640 AM18945-SS-NL 1353 1766
AM18948-AS 1193 1641 AM18947-SS-NL 1354 1767
AM18950-AS 1194 1642 AM18949-SS-NL 1355 1768
AM18952-AS 1195 1643 AM18951-SS-NL 1356 1769
AM18954-AS 1196 1644 AM18953-SS-NL 1357 1770
AM18956-AS 1197 1645 AM18955-SS-NL 1358 1771
AM18958-AS 1198 1646 AM18957-SS-NL 1359 1772
AM18960-AS 1199 1647 AM18959-SS-NL 1360 1773
AM17500-AS 1102 1580 AM19119-SS-NL 1361 1774
AM19120-AS 1200 1580 AM19119-SS-NL 1361 1774
AM19121-AS 1201 1580 AM19119-SS-NL 1361 1774
AM19122-AS 1202 1580 AM19119-SS-NL 1361 1774
AM19123-AS 1203 1580 AM17499-SS-NL 1290 1705
AM19123-AS 1203 1580 AM19124-SS-NL 1362 1705
AM19121-AS 1201 1580 AM17499-SS-NL 1290 1705
AM19121-AS 1201 1580 AM19124-SS-NL 1362 1705
AM19125-AS 1204 1596 AM17833-SS-NL 1307 1722
AM19126-AS 1205 1596 AM17833-SS-NL 1307 1722
AM19127-AS 1206 1596 AM17833-SS-NL 1307 1722
AM19128-AS 1207 1596 AM17833-SS-NL 1307 1722
AM19127-AS 1206 1596 AM19129-SS-NL 1363 1722
AM19127-AS 1206 1596 AM19130-SS-NL 1364 1775
AM19131-AS 1208 1648 AM17833-SS-NL 1307 1722
AM19132-AS 1209 1649 AM17833-SS-NL 1307 1722
AM19181-AS 1210 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM19182-AS 1211 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM19183-AS 1212 1578 AM17495-SS-NL 1288 1703
AM19185-AS 1213 1650 AM19184-SS-NL 1365 1776
AM19186-AS 1214 1650 AM19184-SS-NL 1365 1776
AM18610-AS 1157 1578 AM19187-SS-NL 1366 1703
AM19189-AS 1215 1651 AM19188-SS-NL 1367 1777
AM19191-AS 1216 1652 AM19190-SS-NL 1368 1778
AM19193-AS 1217 1653 AM19192-SS-NL 1369 1779
AM19193-AS 1217 1653 AM19194-SS-NL 1370 1779
AM19219-AS 1218 1654 AM19218-SS-NL 1371 1780
AM19221-AS 1219 1655 AM19220-SS-NL 1372 1781
AM19223-AS 1220 1656 AM19222-SS-NL 1373 1782
AM18410-AS 1149 1609 AM19404-SS-NL 1374 1735
AM19405-AS 1221 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM19406-AS 1222 1609 AM18406-SS-NL 1320 1735
AM19407-AS 1223 1606 AM17881-SS-NL 1317 1732
AM19408-AS 1224 1606 AM17881-SS-NL 1317 1732
AM19408-AS 1224 1606 AM19409-SS-NL 1375 1732
AM19410-AS 1225 1606 AM17881-SS-NL 1317 1732
AM19411-AS 1226 1606 AM17881-SS-NL 1317 1732
AM19536-AS 1227 1650 AM19184-SS-NL 1365 1776
AM19538-AS 1228 1657 AM19537-SS-NL 1376 1783
AM19538.1-AS 1229 1658 AM19537-SS-NL 1376 1783
AM19539-AS 1230 1653 AM19194-SS-NL 1370 1779
AM19656-AS 1231 1604 AM17877-SS-NL 1315 1730
AM19657-AS 1232 1604 AM17877-SS-NL 1315 1730
AM19658-AS 1233 1560 AM16747-SS-NL 1270 1685
AM19659-AS 1234 1560 AM16747-SS-NL 1270 1685
AM19661-AS 1235 1659 AM19660-SS-NL 1377 1784
AM19663-AS 1236 1660 AM19662-SS-NL 1378 1785
CA004443 1237 1651 CS914989-NL 1394 1777
CA004444 1238 1652 CS914991-NL 1395 1778
CA004446 1239 1661 CS004445-NL 1379 1786
CA004447 1240 1651 CS914989-NL 1394 1777
CA004449 1241 1662 CS004448-NL 1380 1787
CA004481 1242 1663 CS004480-NL 1381 1788
CA004483 1243 1664 CS004482-NL 1382 1789
CA004798 1244 1658 CS915323-NL 1396 1783
CA005198 1245 1665 CS005197-NL 1383 1790
CA008056 1246 1585 CS913717-NL 1390 1711
CA008057 1247 1591 CS913729-NL 1391 1717
CA008058 1248 1596 CS913739-NL 1392 1722
CA008429 1249 1666 CS008428-NL 1389 1791
CA008430 1250 1608 CS914289-NL 1393 1734
表6B.MARC1 RNAi剂双链体与相应的有义和反义链ID号以及修饰和未修饰核苷酸序列的序列ID号.
双链体 AS ID AS修饰的SEQ ID NO: AS未修饰的SEQ ID NO: SS ID SS修饰的SEQ ID NO: SS未修饰的SEQ ID NO:
AD11764 AM16712-AS 1056 1542 AM16711-SS 1397 1667
AD11765 AM16714-AS 1057 1543 AM16713-SS 1398 1668
AD11766 AM16716-AS 1058 1544 AM16715-SS 1399 1669
AD11767 AM16718-AS 1059 1545 AM16717-SS 1400 1670
AD11768 AM16720-AS 1060 1546 AM16719-SS 1401 1671
AD11769 AM16722-AS 1061 1547 AM16721-SS 1402 1672
AD11770 AM16724-AS 1062 1548 AM16723-SS 1403 1673
AD11771 AM16726-AS 1063 1549 AM16725-SS 1404 1674
AD11772 AM16728-AS 1064 1550 AM16727-SS 1405 1675
AD11773 AM16730-AS 1065 1551 AM16729-SS 1406 1676
AD11774 AM16732-AS 1066 1552 AM16731-SS 1407 1677
AD11775 AM16734-AS 1067 1553 AM16733-SS 1408 1678
AD11776 AM16736-AS 1068 1554 AM16735-SS 1409 1679
AD11777 AM16738-AS 1069 1555 AM16737-SS 1410 1680
AD11778 AM16740-AS 1070 1556 AM16739-SS 1411 1681
AD11779 AM16742-AS 1071 1557 AM16741-SS 1412 1682
AD11780 AM16744-AS 1072 1558 AM16743-SS 1413 1683
AD11781 AM16746-AS 1073 1559 AM16745-SS 1414 1684
AD11782 AM16748-AS 1074 1560 AM16747-SS 1415 1685
AD11783 AM16750-AS 1075 1561 AM16749-SS 1416 1686
AD11784 AM16752-AS 1076 1562 AM16751-SS 1417 1687
AD11785 AM16754-AS 1077 1563 AM16753-SS 1418 1688
AD11786 AM16756-AS 1078 1564 AM16755-SS 1419 1689
AD11787 AM16758-AS 1079 1565 AM16757-SS 1420 1690
AD11788 AM16760-AS 1080 1566 AM16759-SS 1421 1691
AD11789 AM16762-AS 1081 1567 AM16761-SS 1422 1692
AD11790 AM16764-AS 1082 1568 AM16763-SS 1423 1693
AD11791 AM16766-AS 1083 1569 AM16765-SS 1424 1694
AD11792 AM16768-AS 1084 1570 AM16767-SS 1425 1695
AD11793 AM16770-AS 1085 1571 AM16769-SS 1426 1696
AD11794 AM16772-AS 1086 1572 AM16771-SS 1427 1697
AD11795 AM16774-AS 1087 1573 AM16773-SS 1428 1698
AD12285 AM17404-AS 1088 1556 AM16739-SS 1411 1681
AD12286 AM17405-AS 1089 1556 AM16739-SS 1411 1681
AD12287 AM17406-AS 1090 1560 AM16747-SS 1415 1685
AD12288 AM17407-AS 1091 1560 AM16747-SS 1415 1685
AD12289 AM17408-AS 1092 1563 AM16753-SS 1418 1688
AD12290 AM17409-AS 1093 1563 AM16753-SS 1418 1688
AD12291 AM17410-AS 1094 1564 AM16755-SS 1419 1689
AD12292 AM17411-AS 1095 1564 AM16755-SS 1419 1689
AD12363 AM17488-AS 1096 1574 AM17487-SS 1429 1699
AD12364 AM17490-AS 1097 1575 AM17489-SS 1430 1700
AD12365 AM17492-AS 1098 1576 AM17491-SS 1431 1701
AD12366 AM17494-AS 1099 1577 AM17493-SS 1432 1702
AD12367 AM17496-AS 1100 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD12368 AM17498-AS 1101 1579 AM17497-SS 1434 1704
AD12369 AM17500-AS 1102 1580 AM17499-SS 1435 1705
AD12370 AM17502-AS 1103 1581 AM17501-SS 1436 1706
AD12371 AM17504-AS 1104 1582 AM17503-SS 1437 1707
AD12372 AM17498-AS 1101 1579 AM17505-SS 1438 1708
AD12583 AM17808-AS 1105 1583 AM17807-SS 1439 1709
AD12584 AM17810-AS 1106 1584 AM17809-SS 1440 1710
AD12585 AM17812-AS 1107 1585 AM17811-SS 1441 1711
AD12586 AM17814-AS 1108 1586 AM17813-SS 1442 1712
AD12587 AM17816-AS 1109 1587 AM17815-SS 1443 1713
AD12588 AM17818-AS 1110 1588 AM17817-SS 1444 1714
AD12589 AM17820-AS 1111 1589 AM17819-SS 1445 1715
AD12590 AM17822-AS 1112 1590 AM17821-SS 1446 1716
AD12591 AM17824-AS 1113 1591 AM17823-SS 1447 1717
AD12592 AM17826-AS 1114 1592 AM17825-SS 1448 1718
AD12593 AM17828-AS 1115 1593 AM17827-SS 1449 1719
AD12594 AM17830-AS 1116 1594 AM17829-SS 1450 1720
AD12595 AM17832-AS 1117 1595 AM17831-SS 1451 1721
AD12596 AM17834-AS 1118 1596 AM17833-SS 1452 1722
AD12625 AM17864-AS 1119 1597 AM17863-SS 1453 1723
AD12626 AM17866-AS 1120 1598 AM17865-SS 1454 1724
AD12627 AM17868-AS 1121 1599 AM17867-SS 1455 1725
AD12628 AM17870-AS 1122 1600 AM17869-SS 1456 1726
AD12629 AM17872-AS 1123 1601 AM17871-SS 1457 1727
AD12630 AM17874-AS 1124 1602 AM17873-SS 1458 1728
AD12631 AM17876-AS 1125 1603 AM17875-SS 1459 1729
AD12632 AM17878-AS 1126 1604 AM17877-SS 1460 1730
AD12633 AM17880-AS 1127 1605 AM17879-SS 1461 1731
AD12634 AM17882-AS 1128 1606 AM17881-SS 1462 1732
AD12953 AM18384-AS 1129 1574 AM17487-SS 1429 1699
AD12954 AM18385-AS 1130 1574 AM17487-SS 1429 1699
AD12955 AM18386-AS 1131 1574 AM17487-SS 1429 1699
AD12956 AM18387-AS 1132 1574 AM17487-SS 1429 1699
AD12957 AM18388-AS 1133 1580 AM17499-SS 1435 1705
AD12958 AM18389-AS 1134 1580 AM17499-SS 1435 1705
AD12959 AM18390-AS 1135 1580 AM17499-SS 1435 1705
AD12960 AM18391-AS 1136 1580 AM17499-SS 1435 1705
AD12961 AM18393-AS 1137 1607 AM18392-SS 1463 1733
AD12962 AM18394-AS 1138 1607 AM18392-SS 1463 1733
AD12972 AM18398-AS 1139 1564 AM16755-SS 1419 1689
AD12973 AM18399-AS 1140 1564 AM16755-SS 1419 1689
AD12974 AM18401-AS 1141 1608 AM18400-SS 1464 1734
AD12975 AM18402-AS 1142 1608 AM18400-SS 1464 1734
AD12976 AM18403-AS 1143 1608 AM18400-SS 1464 1734
AD12977 AM18404-AS 1144 1556 AM16739-SS 1411 1681
AD12978 AM18405-AS 1145 1556 AM16739-SS 1411 1681
AD12979 AM18407-AS 1146 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD12980 AM18408-AS 1147 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD12981 AM18409-AS 1148 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD12982 AM18410-AS 1149 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD12983 AM18411-AS 1150 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD12984 AM18412-AS 1151 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD12985 AM18413-AS 1152 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD13113 AM18606-AS 1153 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13114 AM18607-AS 1154 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13115 AM18608-AS 1155 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13116 AM18609-AS 1156 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13117 AM18610-AS 1157 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13118 AM18611-AS 1158 1582 AM17503-SS 1437 1707
AD13119 AM18612-AS 1159 1582 AM17503-SS 1437 1707
AD13120 AM18614-AS 1160 1610 AM18613-SS 1466 1736
AD13121 AM18616-AS 1161 1611 AM18615-SS 1467 1737
AD13137 AM18629-AS 1162 1564 AM16755-SS 1419 1689
AD13138 AM18629-AS 1162 1564 AM18630-SS 1468 1689
AD13139 AM18629-AS 1162 1564 AM18631-SS 1469 1689
AD13140 AM18632-AS 1163 1564 AM16755-SS 1419 1689
AD13141 AM18632-AS 1163 1564 AM18630-SS 1468 1689
AD13142 AM18632-AS 1163 1564 AM18631-SS 1469 1689
AD13143 AM18634-AS 1164 1612 AM18633-SS 1470 1738
AD13144 AM18636-AS 1165 1613 AM18635-SS 1471 1739
AD13145 AM18638-AS 1166 1614 AM18637-SS 1472 1740
AD13278 AM18878-AS 1167 1615 AM18877-SS 1473 1741
AD13279 AM18880-AS 1168 1616 AM18879-SS 1474 1742
AD13280 AM18882-AS 1169 1617 AM18881-SS 1475 1743
AD13281 AM18884-AS 1170 1618 AM18883-SS 1476 1744
AD13282 AM18886-AS 1171 1619 AM18885-SS 1477 1745
AD13283 AM18888-AS 1172 1620 AM18887-SS 1478 1746
AD13284 AM18890-AS 1173 1621 AM18889-SS 1479 1747
AD13285 AM18892-AS 1174 1622 AM18891-SS 1480 1748
AD13286 AM18894-AS 1175 1623 AM18893-SS 1481 1749
AD13287 AM18896-AS 1176 1624 AM18895-SS 1482 1750
AD13288 AM18898-AS 1177 1625 AM18897-SS 1483 1751
AD13289 AM18900-AS 1178 1626 AM18899-SS 1484 1752
AD13290 AM18902-AS 1179 1627 AM18901-SS 1485 1753
AD13291 AM18904-AS 1180 1628 AM18903-SS 1486 1754
AD13292 AM18906-AS 1181 1629 AM18905-SS 1487 1755
AD13293 AM18908-AS 1182 1630 AM18907-SS 1488 1756
AD13294 AM18910-AS 1183 1631 AM18909-SS 1489 1757
AD13295 AM18912-AS 1184 1632 AM18911-SS 1490 1758
AD13296 AM18914-AS 1185 1633 AM18913-SS 1491 1759
AD13297 AM18916-AS 1186 1634 AM18915-SS 1492 1760
AD13298 AM18918-AS 1187 1635 AM18917-SS 1493 1761
AD13299 AM18920-AS 1188 1636 AM18919-SS 1494 1762
AD13300 AM18922-AS 1189 1637 AM18921-SS 1495 1763
AD13301 AM18924-AS 1190 1638 AM18923-SS 1496 1764
AD13322 AM18944-AS 1191 1639 AM18943-SS 1497 1765
AD13323 AM18946-AS 1192 1640 AM18945-SS 1498 1766
AD13324 AM18948-AS 1193 1641 AM18947-SS 1499 1767
AD13325 AM18950-AS 1194 1642 AM18949-SS 1500 1768
AD13326 AM18952-AS 1195 1643 AM18951-SS 1501 1769
AD13327 AM18954-AS 1196 1644 AM18953-SS 1502 1770
AD13328 AM18956-AS 1197 1645 AM18955-SS 1503 1771
AD13329 AM18958-AS 1198 1646 AM18957-SS 1504 1772
AD13330 AM18960-AS 1199 1647 AM18959-SS 1505 1773
AD13444 AM17500-AS 1102 1580 AM19119-SS 1506 1774
AD13445 AM19120-AS 1200 1580 AM19119-SS 1506 1774
AD13446 AM19121-AS 1201 1580 AM19119-SS 1506 1774
AD13447 AM19122-AS 1202 1580 AM19119-SS 1506 1774
AD13448 AM19123-AS 1203 1580 AM17499-SS 1435 1705
AD13449 AM19123-AS 1203 1580 AM19124-SS 1507 1705
AD13450 AM19121-AS 1201 1580 AM17499-SS 1435 1705
AD13451 AM19121-AS 1201 1580 AM19124-SS 1507 1705
AD13452 AM19125-AS 1204 1596 AM17833-SS 1452 1722
AD13453 AM19126-AS 1205 1596 AM17833-SS 1452 1722
AD13454 AM19127-AS 1206 1596 AM17833-SS 1452 1722
AD13455 AM19128-AS 1207 1596 AM17833-SS 1452 1722
AD13456 AM19127-AS 1206 1596 AM19129-SS 1508 1722
AD13457 AM19127-AS 1206 1596 AM19130-SS 1509 1775
AD13458 AM19131-AS 1208 1648 AM17833-SS 1452 1722
AD13459 AM19132-AS 1209 1649 AM17833-SS 1452 1722
AD13507 AM19181-AS 1210 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13508 AM19182-AS 1211 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13509 AM19183-AS 1212 1578 AM17495-SS 1433 1703
AD13510 AM19185-AS 1213 1650 AM19184-SS 1510 1776
AD13511 AM19186-AS 1214 1650 AM19184-SS 1510 1776
AD13512 AM18610-AS 1157 1578 AM19187-SS 1511 1703
AD13513 AM19189-AS 1215 1651 AM19188-SS 1512 1777
AD13514 AM19191-AS 1216 1652 AM19190-SS 1513 1778
AD13515 AM19193-AS 1217 1653 AM19192-SS 1514 1779
AD13516 AM19193-AS 1217 1653 AM19194-SS 1515 1779
AD13535 AM19219-AS 1218 1654 AM19218-SS 1516 1780
AD13536 AM19221-AS 1219 1655 AM19220-SS 1517 1781
AD13537 AM19223-AS 1220 1656 AM19222-SS 1518 1782
AD13705 AM18410-AS 1149 1609 AM19404-SS 1519 1735
AD13706 AM19405-AS 1221 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD13707 AM19406-AS 1222 1609 AM18406-SS 1465 1735
AD13708 AM19407-AS 1223 1606 AM17881-SS 1462 1732
AD13709 AM19408-AS 1224 1606 AM17881-SS 1462 1732
AD13710 AM19408-AS 1224 1606 AM19409-SS 1520 1732
AD13711 AM19410-AS 1225 1606 AM17881-SS 1462 1732
AD13712 AM19411-AS 1226 1606 AM17881-SS 1462 1732
AD13804 AM19536-AS 1227 1650 AM19184-SS 1510 1776
AD13805 AM19538-AS 1228 1657 AM19537-SS 1521 1783
AD13805.1 AM19538.1-AS 1229 1658 AM19537-SS 1521 1783
AD13806 AM19539-AS 1230 1653 AM19194-SS 1515 1779
AD13921 AM19656-AS 1231 1604 AM17877-SS 1460 1730
AD13922 AM19657-AS 1232 1604 AM17877-SS 1460 1730
AD13923 AM19658-AS 1233 1560 AM16747-SS 1415 1685
AD13924 AM19659-AS 1234 1560 AM16747-SS 1415 1685
AD13925 AM19661-AS 1235 1659 AM19660-SS 1522 1784
AD13926 AM19663-AS 1236 1660 AM19662-SS 1523 1785
AC003589 CA004443 1237 1651 CS914989 1539 1777
AC003590 CA004444 1238 1652 CS914991 1540 1778
AC003591 CA004446 1239 1661 CS004445 1524 1786
AC003592 CA004447 1240 1651 CS914989 1539 1777
AC003593 CA004449 1241 1662 CS004448 1525 1787
AC003625 CA004481 1242 1663 CS004480 1526 1788
AC003626 CA004483 1243 1664 CS004482 1527 1789
AC003891 CA004798 1244 1658 CS915323 1541 1783
AC004186 CA005198 1245 1665 CS005197 1528 1790
AC006749 CA008056 1246 1585 CS913717 1535 1711
AC006750 CA008057 1247 1591 CS913729 1536 1717
AC006751 CA008058 1248 1596 CS913739 1537 1722
AC007084 CA008429 1249 1666 CS008428 1534 1791
AC007085 CA008430 1250 1608 CS914289 1538 1734
表6C.参考MARC1基因(SEQ ID NO:1)上靶向的位置的MARC1 RNAi剂双链体与相应有义和反义链ID号
双链体ID 反义链ID 有义链ID 靶向的MARC1基因位置(SEQ ID NO:1的)
AD11764 AM16712-AS AM16711-SS 325
AD11765 AM16714-AS AM16713-SS 536
AD11766 AM16716-AS AM16715-SS 609
AD11767 AM16718-AS AM16717-SS 611
AD11768 AM16720-AS AM16719-SS 636
AD11769 AM16722-AS AM16721-SS 640
AD11770 AM16724-AS AM16723-SS 644
AD11771 AM16726-AS AM16725-SS 710
AD11772 AM16728-AS AM16727-SS 841
AD11773 AM16730-AS AM16729-SS 932
AD11774 AM16732-AS AM16731-SS 940
AD11775 AM16734-AS AM16733-SS 945
AD11776 AM16736-AS AM16735-SS 954
AD11777 AM16738-AS AM16737-SS 1057
AD11778 AM16740-AS AM16739-SS 1089
AD11779 AM16742-AS AM16741-SS 1098
AD11780 AM16744-AS AM16743-SS 1102
AD11781 AM16746-AS AM16745-SS 1111
AD11782 AM16748-AS AM16747-SS 1190
AD11783 AM16750-AS AM16749-SS 1193
AD11784 AM16752-AS AM16751-SS 1282
AD11785 AM16754-AS AM16753-SS 1310
AD11786 AM16756-AS AM16755-SS 1313
AD11787 AM16758-AS AM16757-SS 1605
AD11788 AM16760-AS AM16759-SS 1635
AD11789 AM16762-AS AM16761-SS 1646
AD11790 AM16764-AS AM16763-SS 1648
AD11791 AM16766-AS AM16765-SS 1852
AD11792 AM16768-AS AM16767-SS 1897
AD11793 AM16770-AS AM16769-SS 1898
AD11794 AM16772-AS AM16771-SS 1955
AD11795 AM16774-AS AM16773-SS 1990
AD12285 AM17404-AS AM16739-SS 1089
AD12286 AM17405-AS AM16739-SS 1089
AD12287 AM17406-AS AM16747-SS 1190
AD12288 AM17407-AS AM16747-SS 1190
AD12289 AM17408-AS AM16753-SS 1310
AD12290 AM17409-AS AM16753-SS 1310
AD12291 AM17410-AS AM16755-SS 1313
AD12292 AM17411-AS AM16755-SS 1313
AD12363 AM17488-AS AM17487-SS 305
AD12364 AM17490-AS AM17489-SS 761
AD12365 AM17492-AS AM17491-SS 956
AD12366 AM17494-AS AM17493-SS 1109
AD12367 AM17496-AS AM17495-SS 1275
AD12368 AM17498-AS AM17497-SS 1633
AD12369 AM17500-AS AM17499-SS 1817
AD12370 AM17502-AS AM17501-SS 1900
AD12371 AM17504-AS AM17503-SS 1954
AD12372 AM17498-AS AM17505-SS 1633
AD12583 AM17808-AS AM17807-SS 405
AD12584 AM17810-AS AM17809-SS 406
AD12585 AM17812-AS AM17811-SS 409
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AD12587 AM17816-AS AM17815-SS 564
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AC003589 CA004443 CS914989 1275
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AC003591 CA004446 CS004445 1275
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AC007084 CA008429 CS008428 1313
AC007085 CA008430 CS914289 1313
表6D.显示化学修饰的反义链和有义链序列的MARC1 RNAi剂双链体
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂作为盐、混合盐或游离酸制备或提供。本文所述的RNAi剂在递送至表达MARC1基因的细胞后,在体内和/或体外抑制或敲低一个或多个MARC1基因的表达。
靶向配体或基团、连接基团和递送媒介物
在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂与一个或多个包括但不限于靶向基团、连接基团、靶向配体、递送聚合物或递送媒介物的非核苷酸基团缀合。非核苷酸基团可增强RNAi剂的靶向、递送或附接。靶向基团和连接基团的实例提供于表7中。非核苷酸基团可与有义链和/或反义链的3’和/或5’端共价连接。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂含有与有义链的3’和/或5’端连接的非核苷酸基团。在一些实施方案中,非核苷酸基团与MARC1 RNAi剂有义链的5’端连接。非核苷酸基团可经由接头/连接基团直接或间接地与RNAi剂连接。在一些实施方案中,非核苷酸基团经由不稳定、可裂解或可逆的键或接头与RNAi剂连接。
在一些实施方案中,非核苷酸基团增强其附接的RNAi剂或缀合物的药代动力学或生物分布特性,以改善RNAi剂或缀合物的细胞或组织特异性分布和细胞特异性摄取。在一些实施方案中,非核苷酸基团增强RNAi剂的内吞作用。
靶向基团或靶向部分增强其附接的缀合物或RNAi剂的药代动力学或生物分布特性,以改善缀合物或RNAi剂的细胞特异性(在一些情况下包括器官特异性)分布和细胞特异性(或器官特异性)摄取。靶向基团可为单价、二价、三价、四价的,或者对其针对的靶标具有更高价态。代表性的靶向基团非限制性地包括对细胞表面分子具有亲和力的化合物、细胞受体配体、半抗原、抗体、单克隆抗体、抗体片段以及对细胞表面分子具有亲和力的抗体模拟物。
在一些实施方案中,靶向基团使用接头,比如PEG接头或者一个、两个或三个脱碱基和/或核糖醇(脱碱基核糖)残基(其在一些情况下充当接头),与RNAi剂连接。在一些实施方案中,靶向配体包含半乳糖衍生物簇。
可合成在5’末端和/或3’末端具有反应基团比如氨基(在本文中也称为胺)的本文所述的MARC1 RNAi剂。随后,反应基团可用于使用本领域典型的方法附接靶向部分。
在一些实施方案中,靶向基团包含去唾液酸糖蛋白受体配体。如本文使用的,去唾液酸糖蛋白受体配体为含有对去唾液酸糖蛋白受体具有亲和力的部分的配体。如本文指出的,去唾液酸糖蛋白受体在肝细胞上高度表达。在一些实施方案中,去唾液酸糖蛋白受体配体包括一种或多种半乳糖衍生物或由其组成。如本文使用的,术语半乳糖衍生物包括半乳糖和对去唾液酸糖蛋白受体具有等于或大于半乳糖的亲和力的半乳糖衍生物两者。半乳糖衍生物包括但不限于:半乳糖、半乳糖胺、N-甲酰半乳糖胺、N-乙酰-半乳糖胺、N-丙酰-半乳糖胺、N-正丁酰-半乳糖胺和N-异丁酰半乳糖胺(参见例如:S.T. Iobst和K. Drickamer,J.B.C., 1996, 271, 6686)。可用于在体内将寡核苷酸和其他分子靶向于肝脏的半乳糖衍生物和半乳糖衍生物簇为本领域已知的(参见例如Baenziger和Fiete, 1980, Cell, 22,611-620;Connolly等人, 1982, J. Biol. Chem., 257, 939-945)。
半乳糖衍生物已用于通过其与肝细胞表面上表达的去唾液酸糖蛋白受体的结合,在体内使分子靶向于肝细胞。去唾液酸糖蛋白受体配体与(一个或多个)去唾液酸糖蛋白受体的结合促进细胞特异性靶向于肝细胞以及分子内吞到肝细胞中。去唾液酸糖蛋白受体配体可为单体的(例如具有单个半乳糖衍生物,也被称为单价或单齿)或多聚体的(例如具有多个半乳糖衍生物)。可使用本领域已知的方法将半乳糖衍生物或半乳糖衍生物簇附接于RNAi剂有义或反义链的3’或5’端。
靶向配体比如半乳糖衍生物簇的制备描述于例如Arrowhead Pharmaceuticals,Inc.的国际专利申请公开号WO 2018/044350和Arrowhead Pharmaceuticals, Inc.的国际专利申请公开号WO 2017/156012中,两者的内容通过参考以其全部结合至本文中。
如本文使用的,半乳糖衍生物簇包含具有2-4个末端半乳糖衍生物的分子。末端半乳糖衍生物通过其C-1碳附接于分子。在一些实施方案中,半乳糖衍生物簇为半乳糖衍生物三聚体(也被称为三触角半乳糖衍生物或三价半乳糖衍生物)。在一些实施方案中,半乳糖衍生物簇包含N-乙酰-半乳糖胺部分。在一些实施方案中,半乳糖衍生物簇包含三个N-乙酰-半乳糖胺部分。在一些实施方案中,半乳糖衍生物簇为半乳糖衍生物四聚体(也被称为四触角半乳糖衍生物或四价半乳糖衍生物)。在一些实施方案中,半乳糖衍生物簇包含四个N-乙酰-半乳糖胺部分。
如本文使用的,半乳糖衍生物三聚体含有三个半乳糖衍生物,其各自与中心分支点连接。如本文使用的,半乳糖衍生物四聚体含有四个半乳糖衍生物,其各自与中心分支点连接。半乳糖衍生物可通过糖的C-1碳附接于中心分支点。在一些实施方案中,半乳糖衍生物经由接头或间隔子与分支点连接。在一些实施方案中,接头或间隔子为柔性亲水间隔子,比如PEG基团(参见例如美国专利号5,885,968;Biessen等人. J. Med. Chem. 1995第39卷第1538-1546页)。在一些实施方案中,PEG间隔子为PEG3间隔子。分支点可为允许附接三个半乳糖衍生物并进一步允许分支点附接于RNAi剂的任何小分子。分支点基团的一个实例为二赖氨酸或二谷氨酸。分支点附接于RNAi剂可通过接头或间隔子发生。在一些实施方案中,接头或间隔子包含柔性亲水间隔子,比如但不限于PEG间隔子。在一些实施方案中,接头包含刚性接头,比如环状基团。在一些实施方案中,半乳糖衍生物包含N-乙酰-半乳糖胺或由其组成。在一些实施方案中,半乳糖衍生物簇包含半乳糖衍生物四聚体,其可为例如N-乙酰-半乳糖胺四聚体。
本公开的实施方案包括用于在体内将MARC1 RNAi剂递送至肝脏细胞的药用组合物。这种药用组合物可包括例如与半乳糖衍生物簇缀合的MARC1 RNAi剂。在一些实施方案中,半乳糖衍生物簇包含半乳糖衍生物三聚体或半乳糖衍生物四聚体,所述半乳糖衍生物三聚体可为例如N-乙酰-半乳糖胺三聚体,所述半乳糖衍生物四聚体可为例如N-乙酰-半乳糖胺四聚体。
靶向配体或靶向基团可与本文公开的MARC1 RNAi剂的有义链或反义链的3’或5’端连接。
靶向配体包括但不限于如表7中定义的(NAG37)和(NAG37)s。其他靶向基团和靶向配体,包括半乳糖簇靶向配体,为本领域已知的。
在一些实施方案中,连接基团与RNAi剂缀合。连接基团促进所述剂与靶向基团、递送聚合物或递送媒介物的共价连接。连接基团可与RNAi剂有义链或反义链3’和/或5’端的连接。在一些实施方案中,连接基团与RNAi剂有义链连接。在一些实施方案中,连接基团与RNAi剂有义链的5’或3’端缀合。在一些实施方案中,连接基团与RNAi剂有义链的5’端缀合。连接基团的实例可包括但不限于:反应基团比如伯胺和炔烃、烷基、脱碱基核苷酸、核糖醇(脱碱基核糖)和/或PEG基团。
在一些实施方案中,靶向基团与RNAi剂的有义链和/或反义链上的核苷酸内部连接。在一些实施方案中,靶向基团经由接头与RNAi剂连接。
接头或连接基团为两个原子之间的连接,其经由一个或多个共价键将一个化学基团(比如RNAi剂)或感兴趣的区段与另一个化学基团(比如靶向基团或递送聚合物)或感兴趣的区段连接。不稳定连接含有不稳定键。连接可任选地包括增加两个连接原子之间距离的间隔子。间隔子可进一步增加连接的柔性和/或长度。间隔子包括但不限于烷基烯基、链炔基、芳基、芳烷基、芳烯基和芳炔基;其每一个可含有一个或多个杂原子、杂环、氨基酸、核苷酸和糖。间隔子基团为本领域众所周知的并且前述列表并非意指限制本说明书的范围。
在一些实施方案中,当两种或更多种RNAi剂包括在单个组合物中时,RNAi剂的每一种可与相同的靶向基团或两个不同的靶向基团(即具有不同化学结构的靶向基团)连接。在一些实施方案中,靶向基团在不使用另外接头的情况下与本文公开的MARC1 RNAi剂连接。在一些实施方案中,靶向基团本身被设计为具有接头或其他易于存在的促进缀合的位点。在一些实施方案中,当两种或更多种MARC1 RNAi剂包括在单个分子中时,RNAi剂的每一种可利用相同接头或不同接头(即具有不同化学结构的接头)。
表2、3、4、5或6D中列出的任何MARC1 RNAi剂核苷酸序列,无论为修饰还是未修饰的,均可含有(一个或多个) 3’和/或5’靶向基团或连接基团。表3、4或6D中列出的或本文以其他方式描述的含有3’或5’靶向基团或连接基团的任何MARC1 RNAi剂序列可备选地均不含3’或5’靶向基团或连接基团,或者可含有不同的3’或5’靶向基团或连接基团,包括但不限于表7中描绘的那些。表6A、6B、6C和6D中列出的任何MARC1 RNAi剂双链体,无论为修饰还是未修饰的,均可进一步包含靶向基团或连接基团,包括但不限于表7中描绘的那些,并且靶向基团或连接基团可附接于MARC1 RNAi剂双链体有义链或反义链的3’或5’末端。
靶向基团和连接基团(其在组合时可形成靶向配体)的实例提供于表7中。表5和表6D提供具有与5’或3’端连接的靶向基团或连接基团的MARC1 RNAi剂有义链的某些实施方案。
表7.表示各种修饰的核苷酸、靶向配体或靶向基团、加帽残基和连接基团的结构
在表7中以上结构的每一种中,NAG包含N-乙酰-半乳糖胺。在一些实施方案中,如本领域的普通技术人员将根据以上结构和本文提供的描述而理解为将被附接的,如以上表7中描绘的NAG可包含另一种对肝细胞上存在的去唾液酸糖蛋白受体具有亲和力的半乳糖衍生物。可使用本领域已知的其他连接基团。
在一些实施方案中,可使用递送媒介物将RNAi剂递送至细胞或组织。递送媒介物为改善RNAi剂向细胞或组织的递送的化合物。递送媒介物可包括但不限于以下或由以下组成:聚合物,比如两亲性聚合物,膜活性聚合物,肽,蜂毒肽,蜂毒肽样肽(MLP),脂质,可逆地修饰的聚合物或肽,或者可逆地修饰的膜活性多胺。在一些实施方案中,RNAi剂可与脂质、纳米颗粒、聚合物、脂质体、胶束、DPC或本领域可用的其他递送系统组合。RNAi剂还可化学缀合至靶向基团、脂质(包括但不限于胆固醇和胆固醇基衍生物)、纳米颗粒、聚合物、脂质体、胶束、DPC (参见例如WO 2000/053722、WO 2008/0022309、WO 2011/104169和WO 2012/083185、WO2013/032829、WO 2013/158141,其各自通过参考结合至本文中)、水凝胶、环糊精、可生物降解的纳米胶囊和生物粘附性微球、蛋白质载体或如本领域已知和可用的适合于核酸或寡核苷酸递送的其他递送系统。
药用组合物
本文公开的MARC1 RNAi剂可作为药用组合物或制剂(在本文中也被称为“药物”)制备。在一些实施方案中,药用组合物包括至少一种MARC1 RNAi剂。这些药用组合物特别地可用于抑制靶细胞、细胞群、组织或生物体中靶mRNA的表达。
药用组合物可用于治疗患有将受益于靶MARC1 mRNA水平的降低或靶基因表达的抑制的疾病、障碍或病症的受试者。药用组合物可用于治疗处于发展将受益于靶mRNA水平的降低或靶基因表达的抑制的疾病、障碍或病症的风险下的受试者。在一个实施方案中,方法包括给予待治疗的受试者如本文所述的与靶向配体连接的MARC1 RNAi剂。在一些实施方案中,将一种或多种药学上可接受的赋形剂(包括媒介物、载体、稀释剂和/或递送聚合物)添加到包括MARC1 RNAi剂的药用组合物中,从而形成适合于体内递送至包括人类在内的受试者的药用制剂或药物。
本文公开的包括MARC1 RNAi剂的药用组合物和方法降低细胞、细胞群、细胞群、组织、器官或受试者中靶mRNA的水平,包括通过给予受试者治疗有效量的本文所述的MARC1RNAi剂,从而抑制受试者中MARC1 mRNA的表达或翻译。在一些实施方案中,受试者先前已鉴定为肝细胞中具有靶基因的致病性上调。在一些实施方案中,受试者先前已鉴定或诊断为患有非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。在一些实施方案中,受试者将受益于受试者的肝脏中MARC1基因表达的降低。
在一些实施方案中,所述包括MARC1 RNAi剂的药用组合物被用于治疗或管理与非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病相关的临床表现。在一些实施方案中,向需要这种治疗的受试者给予治疗(包括预防)有效量的一种或多种药用组合物。在一些实施方案中,任何所公开的MARC1 RNAi剂的给予均可被用于在受试者中减少疾病症状的数量、严重程度和/或频率。
所述包括MARC1 RNAi剂的药用组合物可用于在患有将受益于MARC1 mRNA表达的降低或抑制和/或MARC1蛋白水平的降低的疾病或障碍的受试者中治疗至少一种症状。测量MARC1水平可按照本领域已知的已确立方法进行。
在一些实施方案中,给予受试者治疗有效量的一种或多种包括MARC1 RNAi剂的药用组合物,从而治疗症状。在其他实施方案中,给予受试者预防有效量的一种或多种MARC1RNAi剂,从而预防或抑制至少一种症状。
给予途径为MARC1 RNAi剂借以与身体接触的路径。一般而言,给予用于治疗哺乳动物的药物和寡核苷酸和核酸的方法为本领域众所周知的,并且可应用于本文所述组合物的给予。本文公开的MARC1 RNAi剂可经由任何合适的途径在适当地根据特定途径定制的制剂中给予。因此,本文所述的药用组合物可通过注射给予,例如静脉内、肌内、皮内、皮下、关节内或腹膜内。在一些实施方案中,本文所述的药用组合物经由皮下注射给予。
本文所述的包括MARC1 RNAi剂的药用组合物可使用本领域已知的寡核苷酸递送技术递送至细胞、细胞群、组织或受试者。一般而言,任何本领域认可的用于递送核酸分子(体外或体内)的合适方法均可适用于本文所述的组合物。例如,递送可通过局部(local)给予(例如直接注射、植入或局部给予)、全身给予或皮下、静脉内、腹膜内或胃肠外途径,包括颅内(例如脑室内、实质内和鞘内)、肌内、经皮、气道(气雾剂)、鼻腔、口服、直肠或局部(topical) (包括颊含和舌下)给予。在某些实施方案中,组合物通过皮下或静脉内输注或注射给予。
在一些实施方案中,本文所述的药用组合物包含一种或多种药学上可接受的赋形剂。本文所述的药用组合物被配制为用于给予受试者。
如本文使用的,药用组合物或药物包括药理学有效量的至少一种所述治疗化合物和一种或多种药学上可接受的赋形剂。药学上可接受的赋形剂(赋形剂)为除活性药用成分(API,治疗产品,例如MARC1 RNAi剂)以外,有意地包括在药物递送系统中的物质。赋形剂在预期剂量下不发挥或不预期发挥治疗作用。赋形剂可起作用以a) 在制造期间助于药物递送系统的加工;b) 保护、支持或增强API的稳定性、生物利用度或患者接受度;c) 助于产品鉴定;和/或d) 在储存或使用期间增强API的整体安全性、有效性或递送的任何其他属性。药学上可接受的赋形剂可以是或可以不是惰性物质。
赋形剂包括但不限于:吸收促进剂、抗粘附剂、消泡剂、抗氧化剂、粘合剂、缓冲剂、载剂、包衣剂、着色剂、递送促进剂、递送聚合物、洗涤剂、葡聚糖、右旋糖、稀释剂、崩解剂、乳化剂、增量剂、填充剂、调味剂、助流剂、保湿剂、润滑剂、油、聚合物、防腐剂、盐水、盐、溶剂、糖、表面活性剂、悬浮剂、持续释放基质、甜味剂、增稠剂、张度剂、媒介物、防水剂和润湿剂。
适合于注射使用的药用组合物包括无菌水溶液剂(在水溶性的情况下)或分散体以及用于临时制备无菌注射溶液剂或分散体的无菌粉剂。对于静脉内给予,合适的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor® ELTM (BASF, Parsippany, NJ)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。合适的载体应在制造和储存条件下为稳定的,并应保护免于微生物比如细菌和真菌的污染作用。载体可为含有例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液态聚乙二醇)及其合适的混合物的溶剂或分散介质。可例如通过使用包衣比如卵磷脂、通过在分散体的情况下维持所需的粒径以及通过使用表面活性剂来维持适当的流动性。在许多情况下,将为优选的是在组合物中包括等渗剂,例如糖,多元醇比如甘露醇、山梨醇,以及氯化钠。可通过在组合物中包括延缓吸收的物质,例如单硬脂酸铝和明胶,来引起注射组合物的延长吸收。
无菌注射溶液剂可通过以下来制备:根据需要,将在适当溶剂中的所需量的活性化合物与以上列举的成分的一种或组合合并,然后过滤灭菌。通常,分散体通过以下来制备:将活性化合物并入到无菌媒介物中,后者含有基本分散介质和来自以上列举的那些的所需其他成分。在用于制备无菌注射溶液剂的无菌粉剂的情况下,制备方法包括真空干燥和冷冻干燥,从其先前无菌过滤的溶液得到活性成分加任何另外期望成分的粉末。
在一些实施方案中,适合于皮下给予的本文公开的包括MARC1 RNAi剂的药用制剂可在水性磷酸钠缓冲液中制备(例如在水中的0.5 mM磷酸二氢钠,0.5 mM磷酸氢二钠中配制的MARC1 RNAi剂)。在一些实施方案中,适合于皮下给予的本文公开的包括MARC1 RNAi剂的药用制剂可在注射用水(无菌水)中制备。本文公开的适合于皮下给予的MARC1 RNAi剂可在等渗盐水(0.9%)中制备。
适合于关节内给予的制剂可呈药物(其可呈微晶形式)的无菌水性制剂的形式,例如呈水性微晶混悬剂的形式。脂质体制剂或可生物降解的聚合物系统也可用于呈递药物,以用于关节内和眼部给予两者。
也可制备适合于口服给予本文公开的MARC1 RNAi剂的制剂。在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂口服给予。在一些实施方案中,本文公开的MARC1 RNAi剂以用于口服给予的胶囊剂配制。
活性化合物可与将保护化合物免于从体内快速消除的载体一起制备,比如控释制剂,包括植入物和微囊化递送系统。可使用可生物降解、生物相容性的聚合物,比如乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、胶原蛋白、聚原酸酯和聚乳酸。用于制备这种制剂的方法将为本领域技术人员显而易见的。脂质体混悬液也可用作药学上可接受的载剂。这些可根据本领域技术人员已知的方法制备,例如如美国专利号4,522,811中所述的。
MARC1 RNAi剂可配制成剂量单位形式的组合物,以便于给予和剂量均匀性。剂量单位形式是指适合作为用于待治疗受试者的单位剂量的物理离散单位;每个单位含有与所需的药用载体缔合,经计算产生期望的治疗作用的预定量的活性化合物。本公开的剂量单位形式的规格由活性化合物的独特特性和待实现的治疗作用以及配制这种活性化合物用于个体治疗的本领域固有局限性决定,并直接地取决于此。
药用组合物可含有药用组合物中常见的其他另外组分。这种另外组分包括但不限于:止痒剂、收敛剂、局部麻醉剂、镇痛剂、抗组胺剂或抗炎剂(例如对乙酰氨基酚、NSAID、苯海拉明等)。还设想表达或包含本文定义的RNAi剂的细胞、组织或分离器官可用作“药用组合物”。如本文使用的,“药理学有效量”、“治疗有效量”或简称为“有效量”是指产生药理学、治疗或预防效果的RNAi剂的量。
在一些实施方案中,本文公开的方法除给予本文公开的RNAi剂以外还进一步包括给予第二治疗剂或治疗的步骤。在一些实施方案中,第二治疗剂为另一种MARC1 RNAi剂(例如靶向MARC1靶标内不同序列的MARC1 RNAi剂)。在其他实施方案中,第二治疗剂可为小分子药物、抗体、抗体片段或适体。
在一些实施方案中,所述(一种或多种) MARC1 RNAi剂任选地与一种或多种另外的治疗剂组合。MARC1 RNAi剂和另外的(一种或多种)治疗剂可以以单个组合物给予,或者它们可单独地给予。在一些实施方案中,该一种或多种另外的治疗剂以与该RNAi剂分开的剂型单独地给予(例如MARC1 RNAi剂通过皮下注射给予,而治疗给药方案的方法中涉及的另外治疗剂口服给予)。在一些实施方案中,所述(一种或多种) MARC1 RNAi剂经由皮下注射给予需要它的受试者,并且该一种或多种任选的另外治疗剂口服给予,它们一起提供用于与非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病相关的疾病和病症的治疗方案。在一些实施方案中,所述(一种或多种)MARC1 RNAi剂经由皮下注射给予需要它的受试者,并且该一种或多种任选的另外治疗剂经由单独的皮下注射给予。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂和一种或多种另外的治疗剂组合成单一剂型(例如配制成用于皮下注射的单一组合物的“混合物(cocktail)”)。MARC1RNAi剂(具有或不具有一种或多种另外的治疗剂)可与一种或多种赋形剂组合以形成药用组合物。
通常,MARC1 RNAi剂的有效量将在约0.1-约100 mg/kg体重/剂,例如约1.0-约50mg/kg体重/剂的范围内。在一些实施方案中,活性化合物的有效量将在约0.25-约5 mg/kg体重/剂的范围内。在一些实施方案中,活性成分的有效量将在约0.5-约4 mg/kg体重/剂的范围内。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂的有效量可为固定剂量。在一些实施方案中,固定剂量在约5 mg-约1,000 mg MARC1 RNAi剂的范围内。在一些实施方案中,固定剂量在10-400 mg MARC1 RNAi剂的范围内。在一些实施方案中,固定剂量在50-400 mg MARC1 RNAi剂的范围内。给药可为每周、每两周、每月、每季度或以任何其他间隔,这取决于给予的MARC1RNAi剂的剂量、特定MARC1 RNAi剂的活性水平以及特定受试者期望的抑制水平。本文的实例显示某些动物物种中的合适抑制水平。给予的量将取决于变量比如患者或受试者的整体健康状态、递送化合物的相对生物学功效、药物制剂、制剂中赋形剂的存在和类型以及给予途径。此外,应当理解,给予的初始剂量可增加超过以上上部水平,以快速地达到期望的血液水平或组织水平,或者初始剂量可低于最佳值。
为了治疗疾病或为了形成用于治疗疾病的药物或组合物,包括MARC1 RNAi剂的本文所述的药用组合物可与赋形剂或者与包括但不限于以下的第二治疗剂或治疗组合:第二或其他RNAi剂、小分子药物、抗体、抗体片段、肽和/或适体。
所述MARC1 RNAi剂在添加到药学上可接受的赋形剂或佐剂中时,可包装成试剂盒、容器、包装袋或分配器。本文所述的药用组合物可包装于预充式注射器、笔式注射器、自动注射器、输液袋/装置或小瓶中。
治疗和抑制表达的方法
本文公开的MARC1 RNAi剂可用于治疗患有将受益于该RNAi剂给予的疾病或障碍的受试者(例如人类或其他哺乳动物)。在一些实施方案中,本文公开的RNAi剂可用于治疗将受益于MARC1 mRNA表达和/或MARC1蛋白水平的降低和/或抑制的受试者(例如人类),例如已诊断具有或正患有与非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病相关的症状的受试者。
在一些实施方案中,给予受试者治疗有效量的任何一种或多种MARC1 RNAi剂。受试者的治疗可包括治疗性和/或预防性治疗。给予受试者治疗有效量的本文所述的任何一种或多种MARC1 RNAi剂。受试者可为成人、青少年、儿童或婴儿。本文所述的药用组合物的给予可为对人类或动物的。
本文所述的MARC1 RNAi剂可用于在患有MARC1相关疾病或障碍或者患有至少部分由MARC1基因表达介导的疾病或障碍的受试者治疗至少一种症状。在一些实施方案中,MARC1 RNAi剂用于治疗或管理患有将受益于或至少部分由MARC1 mRNA或MARC1蛋白水平的降低介导的疾病或障碍的受试者的临床表现。给予受试者治疗有效量的一种或多种本文所述的MARC1 RNAi剂或含有MARC1 RNAi剂的组合物。在一些实施方案中,本文公开的方法包括给予待治疗的受试者包含本文所述的MARC1 RNAi剂的组合物。在一些实施方案中,给予受试者预防有效量的任何一种或多种所述MARC1 RNAi剂,从而通过预防或抑制至少一种症状来治疗受试者。
在某些实施方案中,本公开提供用于在需要它的患者中治疗至少部分由MARC1基因表达介导的疾病、障碍、病症或病理状态的方法,其中该方法包括给予患者本文所述的任何MARC1 RNAi剂。
在一些实施方案中,相对于给予MARC1 RNAi剂之前的受试者或未接受MARC1 RNAi剂的受试者,给予所述MARC1 RNAi剂的受试者中MARC1基因的基因表达水平和/或mRNA水平降低至少约30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、95%、96%、97%、98%、99%或大于99%。受试者中MARC1 mRNA水平在受试者的细胞、细胞群和/或组织中可降低。在一些实施方案中,相对于给予MARC1 RNAi剂之前的受试者或未接受MARC1 RNAi剂的受试者,肝细胞中的MARC1基因表达抑制至少约30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%或大于65%。
在一些实施方案中,相对于给予MARC1 RNAi剂之前的受试者或未接受MARC1 RNAi剂的受试者,已给予所述MARC1 RNAi剂的受试者中MARC1蛋白水平降低至少约30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或大于99%。受试者中蛋白水平在受试者的细胞、细胞群、组织、血液和/或其他流体中可降低。
MARC1 mRNA水平和MARC1蛋白水平的降低可通过本领域已知的任何方法来评估。如本文使用的,MARC1 mRNA水平和/或蛋白水平的降低或减少在本文中被统称为MARC1的降低或减少或者抑制或降低MARC1的基因表达。本文中所示的实施例说明了用于评价MARC1基因表达抑制的已知方法。本领域的普通技术人员将进一步了解用于体内和/或体外评价MARC1基因表达抑制的合适方法。
在一些实施方案中,本文公开了治疗(包括预防性(prophylactic)或预防性(preventative)治疗)由非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病引起的疾病、障碍或病症的方法,其中该方法包括给予需要它的受试者治疗有效量的包括与具有表1中序列的MARC1 mRNA的部分至少部分地互补的反义链的MARC1 RNAi剂。在一些实施方案中,本文公开了治疗(包括预防性或预防性治疗)由非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病引起的疾病或症状的方法,其中该方法包括给予需要它的受试者治疗有效量的MARC1 RNAi剂,所述MARC1 RNAi剂包括包含表2、3或6D中任何序列的序列的反义链和包含表2、4、5或6D中任何序列的与反义链至少部分地互补的有义链。在一些实施方案中,本文公开了治疗(包括预防性或预防性治疗)由非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病引起的疾病或症状的方法,其中该方法包括给予需要它的受试者治疗有效量的MARC1 RNAi剂,所述MARC1 RNAi剂包括包含表2、4、5或6D中任何序列的有义链和包含表2、3或6D中任何序列的序列的与有义链至少部分地互补的反义链。
在一些实施方案中,本文公开了用于抑制细胞中MARC1基因表达的方法,其中该方法包括给予细胞包括与具有表1中序列的MARC1 mRNA的部分至少部分地互补的反义链的MARC1 RNAi剂。在一些实施方案中,本文公开了抑制细胞中MARC1基因表达的方法,其中该方法包括给予细胞MARC1 RNAi剂,所述MARC1 RNAi剂包括包含表2、3或6D中任何序列的序列的反义链和包含表2、4、5或6D中任何序列的与反义链至少部分地互补的有义链。在一些实施方案中,本文公开了抑制细胞中MARC1基因表达的方法,其中该方法包括给予MARC1RNAi剂,所述MARC1 RNAi剂包括包含表2、4、5或6D中任何序列的有义链和包含表2、3或6D中任何序列的序列的与有义链至少部分地互补的反义链。
MARC1 RNAi剂的使用提供用于治疗性(包括预防性)治疗与非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病的相关的疾病/障碍的方法,所述MARC1 RNAi剂介导RNA干扰以抑制产生MARC1蛋白必需的一个或多个基因的表达。MARC1 RNAi剂还可用于治疗或预防各种疾病、障碍或病症,包括非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。此外,描述了用于将MARC1 RNAi剂体内递送至肝脏细胞并且特别是肝细胞的组合物。
细胞、组织、器官和非人类生物体
考虑了包括本文所述MARC1 RNAi剂中至少一种的细胞、组织、器官和非人类生物体。该细胞、组织、器官或非人类生物体通过将RNAi剂递送至细胞、组织、器官或非人类生物体而制得。
另外的说明性实施方案
在此提供了所公开发明的某些另外说明性实施方案。这些实施方案仅为说明性的并且不限制本公开或所附权利要求的范围。
实施方案1. 用于抑制MARC1基因表达的RNAi剂,其包含:
反义链,其包含与表2、表3或表6D的反义链序列中任何一种的15个连续核苷酸相差0或1个核苷酸的至少15个连续核苷酸的核苷酸序列;和
有义链,其包含与反义链至少部分地互补的核苷酸序列,
实施方案2. 根据实施方案1所述的RNAi剂,其中反义链包含表2、表3或表6D中提供的序列中任何一种的核苷酸2-18。
实施方案3. 根据实施方案1或实施方案2所述的RNAi剂,其中有义链包含与表2、表4、表5或表6D的有义链序列中任何一种的15个连续核苷酸相差0或1个核苷酸的至少15个连续核苷酸的核苷酸序列,并且其中有义链具有在至少15个连续核苷酸上与反义链至少85%互补性的区域。
实施方案4. 根据实施方案1-3中任何一项所述的RNAi剂,其中RNAi剂的至少一个核苷酸包括修饰的核苷间连接。
实施方案5. 根据实施方案1-4中任何一项所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
实施方案6. 根据实施方案4-5中任何一项所述的RNAi剂,其中修饰的核苷酸独立地选自:2’-O-甲基核苷酸、2’-氟核苷酸、2’-脱氧核苷酸、2’,3’-开环核苷酸模拟物、锁核苷酸、2’-F-阿拉伯糖核苷酸、2’-甲氧基乙基核苷酸、脱碱基核苷酸、核糖醇、反向核苷酸、反向2’-O-甲基核苷酸、反向2’-脱氧核苷酸、2’-氨基修饰的核苷酸、2’-烷基修饰的核苷酸、吗啉代核苷酸、含乙烯基膦酸酯的核苷酸、含环丙基膦酸酯的核苷酸和3’-O-甲基核苷酸。
实施方案7. 根据实施方案5所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有修饰的核苷酸均为2’-O-甲基核苷酸、2’-氟核苷酸或其组合。
实施方案8. 根据实施方案1-7中任何一项所述的RNAi剂,其中反义链由表3的修饰的反义链序列中任何一种的核苷酸序列组成或基本上由其组成。
实施方案9. 根据实施方案1-8中任何一项所述的RNAi剂,其中有义链由表4、表5或表6D的任何修饰的有义链序列的核苷酸序列组成、基本上由其组成或包含其。
实施方案10. 根据实施方案1所述的RNAi剂,其中反义链包含表3或表6D的修饰序列中任何一种的核苷酸序列,和有义链包含表4、表5或表6D的修饰序列中任何一种的核苷酸序列。
实施方案11. 根据实施方案1-10中任何一项所述的RNAi剂,其中有义链的长度在18-30个核苷酸之间,和反义链的长度在18-30个核苷酸之间。
实施方案12. 根据实施方案11所述的RNAi剂,其中有义链和反义链的长度各自在18-27个核苷酸之间。
实施方案13. 根据实施方案12所述的RNAi剂,其中有义链和反义链的长度各自在18-24个核苷酸之间。
实施方案14. 根据实施方案13所述的RNAi剂,其中有义链和反义链的长度各自为21个核苷酸。
实施方案15. 根据实施方案14所述的RNAi剂,其中RNAi剂具有两个平端。
实施方案16. 根据实施方案1-15中任何一项所述的RNAi剂,其中有义链包含一个或两个端帽。
实施方案17. 根据实施方案1-16中任何一项所述的RNAi剂,其中有义链包含一个或两个反向脱碱基残基。
实施方案18. 根据实施方案1所述的RNAi剂,其中RNAi剂包含形成具有表6A和表6B中双链体的任何一种的结构的双链体的有义链和反义链。
实施方案19. 根据实施方案18所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
实施方案20. 根据实施方案1所述的RNAi剂,其包含由与以下核苷酸序列(5’→3’)之一相差0或1个核苷酸的核苷酸序列组成、基本上由其组成或包含其的反义链:
UGAAAGAACUAUUCCAUAAUC (SEQ ID NO: 1608);
ACAGAAUCCUGUCUUGUCGUU (SEQ ID NO: 1657);
UCCUUUAAAGGUUUUCAGUAG (SEQ ID NO: 1580);或
UAUUGAAGCAUUGAGACACCG (SEQ ID NO: 1659)。
实施方案21. 根据实施方案1-20中任何一项所述的RNAi剂,其中位于从5’-端起的2位和14位的反义链的核苷酸为2’-氟修饰核苷酸。
实施方案22. 根据实施方案21所述的RNAi剂,其中反义链2位处的核苷酸为2’-氟尿苷,和反义链14位处的核苷酸为2’-氟胞苷,并且其中反义链包含3或4个硫代磷酸酯核苷间连接。
实施方案23. 根据实施方案1-22中任何一项所述的RNAi剂,其中有义链由与以下核苷酸序列(5’→ 3’)之一相差0或1个核苷酸的核苷酸序列组成、基本上由其组成或包含其:
GAUUAUGGAAUAGUUCUUUCA (SEQ ID NO: 1734);
AACGACAAGACAGGAUUCUGU (SEQ ID NO: 1783);
CUACUGAAAACCUUUAAAIGA (SEQ ID NO: 1774);或
CGGUGUCUCAAUGCUUCAAUA (SEQ ID NO: 1784)。
实施方案24. 根据实施方案20-23中任何一项所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
实施方案25. 根据实施方案1所述的RNAi剂,其包含含有与以下核苷酸序列(5’→3’)之一相差0或1个核苷酸的修饰核苷酸序列、由其组成或基本上由其组成的反义链:
cPrpusGfaaaGfaacuaUfuCfcAfuaausc (SEQ ID NO: 1143);
asCfagAfauccugUfcUfuGfucgusu (SEQ ID NO: 1228);
isCfagAfauccugUfcUfuGfucgusu (SEQ ID NO: 1229);
cPrpusCfscsUfuUfaaaggUfuUfuCfaGfuasg (SEQ ID NO: 1200);或
usAfsusugaAfgcauUfgAfgAfcaccsg (SEQ ID NO: 1235),
其中a表示2’-O-甲基腺苷,c表示2’-O-甲基胞苷,g表示2’-O-甲基鸟苷,i表示2’-O-甲基肌苷;和u表示2’-O-甲基尿苷;Af表示2’-氟腺苷,Cf表示2’-氟胞苷,Gf表示2’-氟鸟苷,和Uf表示2’-氟尿苷;cPrpu表示5’-环丙基膦酸酯-2’-O-甲基尿苷;s表示硫代磷酸酯连接;并且其中有义链上的所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
实施方案26. 根据实施方案1所述的RNAi剂,其中有义链包含与以下核苷酸序列(5’→ 3’)之一相差0或1个核苷酸的修饰核苷酸序列、由其组成或基本上由其组成:
gauuauggAfAfUfaguucuuuca (SEQ ID NO: 1319);
aacgacaaGfAfCfaggauucugu (SEQ ID NO: 1376);
cuacugaaAfAfCfcuuuaaaiga (SEQ ID NO: 1361);或
cggugucuCfAfAfugcuucaaua (SEQ ID NO: 1377),
其中a表示2’-O-甲基腺苷,c表示2’-O-甲基胞苷,g表示2’-O-甲基鸟苷,u表示2’-O-甲基尿苷和i表示2’-O-甲基肌苷;Af表示2’-氟腺苷,Cf表示2’-氟胞苷,Gf表示2’-氟鸟苷,和Uf表示2’-氟尿苷;s表示硫代磷酸酯连接;并且其中有义链上的所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
实施方案27. 根据实施方案20-26中任何一项所述的RNAi剂,其中有义链在核苷酸序列的3’末端、在核苷酸序列的5’端或在两者处进一步包括反向脱碱基残基。
实施方案28. 根据实施方案1-27中任何一项所述的RNAi剂,其中RNAi剂与靶向配体连接。
实施方案29. 根据实施方案1-28中任何一项所述的RNAi剂,其中靶向配体包含:
实施方案30. 根据实施方案1-29中任何一项所述的RNAi剂,其中靶向配体与有义链连接。
实施方案31. 根据实施方案30所述的RNAi剂,其中靶向配体与有义链的5’末端连接。
实施方案32. 包含根据实施方案1-31中任何一项所述的RNAi剂的组合物,其中组合物进一步包含药学上可接受的赋形剂。
实施方案33. 根据实施方案32所述的组合物,其进一步包含能够抑制MARC1基因表达的第二RNAi剂。
实施方案34. 根据实施方案32-33中任何一项所述的组合物,其进一步包含一种或多种另外的治疗剂。
实施方案35. 根据实施方案32-34中任何一项所述的组合物,其中组合物被配制为用于给予。
实施方案36. 根据实施方案35所述的组合物,其中组合物通过皮下注射递送。
实施方案37. 根据实施方案32-36中任何一项所述的组合物,其中药学上可接受的赋形剂为磷酸钠缓冲液。
实施方案38. 根据实施方案32-36中任何一项所述的组合物,其中药学上可接受的赋形剂为等渗盐水或注射用水。
实施方案39. 用于抑制肝细胞中MARC1基因表达的方法,所述方法包括向受试者的细胞中引入有效量的根据实施方案1-31中任何一项所述的RNAi剂或根据实施方案32-38中任何一项所述的组合物。
实施方案40. 根据实施方案39所述的方法,其中受试者为人类受试者。
实施方案41. 根据实施方案39-40中任何一项所述的方法,其中肝细胞中或受试者中的MARC1 mRNA水平减少至少约50%。
实施方案42. 根据实施方案39-41中任何一项所述的方法,其中肝细胞中或受试者中的MARC1蛋白水平减少至少约50%。
实施方案43. 治疗MARC1相关疾病、障碍或症状的方法,所述方法包括给予需要它的人类受试者治疗有效量的根据实施方案32-38中任何一项所述的组合物。
实施方案44. 根据实施方案43所述的方法,其中疾病为高甘油三酯血症、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、酒精性和非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、脂肪性肝病、肝硬化、血液胆固醇水平升高、肝病、自身免疫性肝炎和/或其他MARC1相关疾病。
实施方案45. 根据实施方案39-44中任何一项所述的方法,其中血清MARC1蛋白水平在受试者中降低。
实施方案46. 根据实施方案39-45中任何一项所述的方法,其中RNAi剂以约0.05mg/kg-约5.0 mg/kg人类受试者体重的剂量给予人类受试者。
实施方案47. 根据实施方案1-31中任何一项所述的RNAi剂或根据实施方案32-38中任何一项所述的组合物用于治疗至少部分由MARC1基因表达减少介导的疾病、障碍或症状的用途。
实施方案48. 根据实施方案47所述的用途,其中疾病为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。
实施方案49. 根据实施方案1-31中任何一项所述的RNAi剂或根据实施方案32-38中任何一项所述的组合物用于制备用于治疗至少部分由MARC1基因表达减少介导的疾病、障碍或症状的药用组合物的用途。
以上提供的实施方案和项目现用以下非限制性实施例来说明。
实施例
实施例1. MARC1 RNAi剂的合成.
按照以下一般程序合成以上表6A和6B中所示的MARC1 RNAi剂双链体:
A.合成.
根据寡核苷酸合成中使用的固相上的亚磷酰胺技术合成RNAi剂的有义和反义链。这种标准合成为本领域通常已知的。取决于规模,使用MerMade96E® (Bioautomation)、MerMade12® (Bioautomation)或OP Pilot 100 (GE Healthcare)。合成在由受控孔径玻璃(CPG, 500 Å或600Å, 得自Prime Synthesis, Aston, PA, USA)制成的固体支持物上进行。将位于相应链3’端的单体附接于固体支持物作为合成的起点。所有RNA和2’-修饰的RNA亚磷酰胺均购自Thermo Fisher Scientific (Milwaukee, WI, USA)或Hongene Biotech(Shanghai, PRC)。2’-O-甲基亚磷酰胺包括以下:(5’-O-二甲氧基三苯甲基-N6-(苯甲酰基)-2’-O-甲基-腺苷-3’-O-(2-氰乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺、5’-O-二甲氧基-三苯甲基-N4-(乙酰基)-2’-O-甲基-胞苷-3’-O-(2-氰乙基-N,N-二异丙基-氨基)亚磷酰胺、(5’-O-二甲氧基三苯甲基-N2-(异丁酰基)-2’-O-甲基-鸟苷-3’-O-(2-氰乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺和5’-O-二甲氧基三苯甲基-2’-O-甲基-尿苷-3’-O-(2-氰乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺。2’-脱氧-2’-氟-亚磷酰胺带有与2’-O-甲基亚磷酰胺相同的保护基。5’-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-2’,3’-开环-尿苷、2’-苯甲酰基-3’-[(2-氰乙基)-(N,N-二异丙基)]-亚磷酰胺也购自Thermo Fisher Scientific或Hongene Biotech。5’-二甲氧基三苯甲基-2’-O-甲基-肌苷-3’-O-(2-氰乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺购自GlenResearch (Virginia)或Hongene Biotech。环丙基膦酸酯亚磷酰胺按照国际专利申请公开号WO 2017/214112合成(另参见Altenhofer等人, Chem. Communications (Royal Soc.Chem.), 57(55):6808-6811 (2021年7月))。反向脱碱基(3’-O-二甲氧基三苯甲基-2’-脱氧核糖-5’-O-(2-氰乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺)购自ChemGenes (Wilmington,MA, USA)或SAFC (St Louis, MO, USA)。5’-O-二甲氧基三苯甲基-N2,N6-(苯氧基乙酸酯)-2’-O-甲基-二氨基嘌呤-3’-O-(2-氰乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺得自ChemGenes或Hongene Biotech。
将含有靶向配体的亚磷酰胺溶解于无水二氯甲烷或无水乙腈(50 mM)中,同时将所有其余亚磷酰胺溶解于无水乙腈(50 mM)中,或者加入无水二甲基甲酰胺和分子筛(3Å)。5-苄硫基-1H-四唑(BTT,在乙腈中250 mM)、5-乙硫基-1H-四唑(ETT,在乙腈中250 mM)或4,5-二氰基咪唑(DCI)被用作活化剂溶液。偶联时间为12 min (RNA)、15 min (靶向配体)、90sec (2’OMe)和60 sec (2’F)。为了引入硫代磷酸酯连接,采用3-苯基-1,2,4-二噻唑啉-5-酮(POS,得自PolyOrg, Inc., Leominster, MA, USA)在无水乙腈中的100 mM溶液。以下实施例中合成和测试的MARC1 RNAi剂双链体的每一种均利用N-乙酰-半乳糖胺作为表7中所示靶向配体化学结构中的“NAG”。(NAG37)和(NAG37)s靶向配体亚磷酰胺化合物可按照Arrowhead Pharmaceuticals, Inc.的国际专利申请公开号WO 2018/044350合成。
B.支持物结合的寡聚物的裂解和脱保护.
固相合成结束之后,将干燥的固体支持物用在水中的40 wt.%甲胺和28%氢氧化铵溶液(Aldrich)的1:1体积溶液在30℃下处理1.5小时。将溶液蒸发并将固体残留物在水中重构。
C.纯化.
使用TSKgel SuperQ-5PW 13 μm柱和Shimadzu LC-8系统,通过阴离子交换HPLC纯化粗品寡聚物。缓冲液A为20 mM Tris,5 mM EDTA,pH 9.0并含有20%乙腈,并且缓冲液B与缓冲液A相同,添加了1.5 M氯化钠。记录260 nm处的UV迹线。汇集适当的级分,然后在使用装有Sephadex G25 fine的GE Healthcare XK 26/40柱的尺寸排阻HPLC上运行,运行缓冲液为过滤DI水或100 mM碳酸氢铵,pH 6.7和20%乙腈。
D.退火.
通过将等摩尔RNA溶液(有义和反义)合并于1x磷酸盐缓冲盐水(Corning,Cellgro)中来混合互补链,以形成RNAi剂。将一些RNAi剂冻干并储存于-15至-25℃下。双链体浓度通过在1x磷酸盐缓冲盐水中于UV-Vis分光光度计上测量溶液吸光度来测定。然后将260 nm处的溶液吸光度乘以转换系数和稀释系数以确定双链体浓度。使用的转换系数为0.050 mg/(mL∙cm)或由实验确定的消光系数计算得出。
实施例2. hMARC1 SEAP小鼠模型.
为了评估MARC1 RNAi剂,使用MARC1-SEAP小鼠模型。通过流体动力学尾静脉(HTV)注射用质粒在体内瞬时转染C57BL/6albino小鼠。经由流体动力学尾静脉(HTV)用含有插入到SEAP (分泌型人类胎盘碱性磷酸酶)报告基因的3’ UTR中的人类MARC1 cDNA序列(NCBI参考序列: NM_022746.4 (Seq ID No. 1))的33-2500区的质粒pMIR1015注射小鼠。经由HTV注射在总体积为动物体重10%的林格氏液中的含有hMARC1 cDNA的50 ug质粒,以创建MARC1-SEAP模型小鼠。用MARC1-SEAP转染后,随后给予小鼠MARC1 RNAi剂。通过MARC1 RNAi剂抑制MARC1表达导致SEAP表达的伴随抑制。通过Phospha-Light™ SEAP报告基因测定系统(ThermoFisher Cat #T1016)测量SEAP表达水平。处理之前,测量血清中的SEAP表达水平并根据平均SEAP水平将小鼠分组。
分析:可在MARC1 RNAi剂给予之前和之后两者于不同时间测量SEAP水平。
i)血清采集:用2-3%异氟烷麻醉小鼠,并将来自颌下区域的血样采集到血清分离管(Sarstedt AG&Co., Nümbrecht, Germany)中。使得血液在环境温度下凝固20 min。将试管以8000 ×g离心3 min以分离血清并储存于4℃下。
ii)血清SEAP水平:根据制造商的说明书,通过Phospha-Light™ SEAP报告基因测定系统(ThermoFisher)采集并测量血清。将每只动物的血清SEAP水平归一化至用盐水注射的对照组小鼠,以解释该模型中MARC1序列表达的非治疗相关下降。首先,将每只动物在一个时间点的SEAP水平除以该动物的处理前表达水平(“处理前”),以确定“归一化至处理前”的表达比率。然后,通过将单个动物的“归一化至处理前”比率除以生理盐水对照组中所有小鼠的平均“归一化至处理前”比率,将特定时间点的表达归一化至对照组。或者,在本文所述的一些实施例中,通过仅归一化至处理前水平来评价每只动物的血清SEAP水平。
实施例3. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表8所示。
表8. 对实施例3小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD11764 325 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD11765 536 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD11766 609 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD11767 611 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD11768 636 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD11769 640 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD11770 644 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD11771 710 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD11772 841 第1天SQ注射
11 2 mg/kg AD11773 932 第1天SQ注射
12 2 mg/kg AD11774 940 第1天SQ注射
13 2 mg/kg AD11775 945 第1天SQ注射
14 2 mg/kg AD11776 954 第1天SQ注射
15 2 mg/kg AD11777 1057 第1天SQ注射
16 2 mg/kg AD11778 1089 第1天SQ注射
17 2 mg/kg AD11779 1098 第1天SQ注射
18 2 mg/kg AD11780 1102 第1天SQ注射
19 2 mg/kg AD11781 1111 第1天SQ注射
20 2 mg/kg AD11782 1190 第1天SQ注射
21 2 mg/kg AD11783 1193 第1天SQ注射
22 2 mg/kg AD11784 1282 第1天SQ注射
23 2 mg/kg AD11785 1310 第1天SQ注射
24 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
25 2 mg/kg AD11787 1605 第1天SQ注射
26 2 mg/kg AD11788 1635 第1天SQ注射
27 2 mg/kg AD11789 1646 第1天SQ注射
28 2 mg/kg AD11790 1648 第1天SQ注射
29 2 mg/kg AD11791 1852 第1天SQ注射
30 2 mg/kg AD11792 1897 第1天SQ注射
31 2 mg/kg AD11793 1898 第1天SQ注射
32 2 mg/kg AD11794 1955 第1天SQ注射
33 2 mg/kg AD11795 1990 第1天SQ注射
在第-3、1、8、15、22和29天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表9中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表9. 实施例3的hMARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
在第8天,第5、7、8、12-16、18、22-25、30和31组显示SEAP减少。在第15天,第5、7、8和10-33组显示SEAP减少。在第22天,第5、7、8、10、12、13、15-18、20-26、31和32组显示SEAP减少。
实施例4. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg、4 mg/kg或6 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表10所示。
表10. 对实施例4小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 6 mg/kg AD11778 1089 第1天SQ注射
3 4 mg/kg AD11778 1089 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD11778 1089 第1天SQ注射
5 6 mg/kg AD11785 1310 第1天SQ注射
6 4 mg/kg AD11785 1310 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD11785 1310 第1天SQ注射
8 6 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
9 4 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
11 4 mg/kg AD11782 1190 第1天SQ注射
在第-5、1、8、15、22和29天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表11中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表11. 实施例4的hMARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-11组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例5. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表12所示。
表12. 对实施例5小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD12363 305 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12364 761 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD12365 956 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD12366 1109 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD12367 1275 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD12368 1633 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD12369 1817 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD12370 1900 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD12371 1954 第1天SQ注射
11 2 mg/kg AD12372 1633 第1天SQ注射
12 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
在第-9、1、8、15和22天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表13中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表13. 实施例5的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-12组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例6. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表14所示。
表14. 对实施例6小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12291 1313 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD12292 1313 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD12972 1313 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD12973 1313 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD12974 1313 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD12975 1313 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD12976 1313 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD12591 901 第1天SQ注射
在第-14、-7、1、8、15、22和29天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表15中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表15. 实施例6的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-10组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例7. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表16所示。
表16. 对实施例7小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12367 1275 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD13113 1275 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD13114 1275 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD13115 1275 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD13116 1275 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD13117 1275 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD12371 1954 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD13118 1954 第1天SQ注射
11 2 mg/kg AD13119 1954 第1天SQ注射
12 2 mg/kg AD12596 1014 第1天SQ注射
在第-14、-7、1、8、15、22和29天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表17中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表17. 实施例7的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
在第8天,第2、4、5、7和8组显示SEAP减少。在第15天,第2、5、7和8组显示SEAP减少。在第22天,第2、4、5、7和8组显示SEAP减少。
实施例8. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表18所示。
表18. 对实施例8小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12976 1313 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD13322 419 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD13323 601 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD13324 1124 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD13325 1131 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD13326 1157 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD13327 1246 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD13328 1332 第1天SQ注射
11 2 mg/kg AD13329 1432 第1天SQ注射
12 2 mg/kg AD13330 1842 第1天SQ注射
在第-14、-7、1、8、15、22和29天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表19中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表19. 实施例8的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-12组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例9. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表20所示。
表20. 对实施例9小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD12976 1313 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD13535 1059 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD13536 1058 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD13537 1060 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD12982 1089 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD13117 1275 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD12960 1817 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD12287 1190 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD12289 1310 第1天SQ注射
在第-7、1、8、15和22天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表21中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表21. 实施例9的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-10组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例10. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的MARC1 RNAi剂。给药方案如以下表22所示。
表22. 对实施例10小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD11778 1089 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12982 1089 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD13705 1089 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD13706 1089 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD13707 1089 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD12634 1931 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD13708 1931 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD13709 1931 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD13710 1931 第1天SQ注射
11 2 mg/kg AD13711 1931 第1天SQ注射
12 2 mg/kg AD13712 1931 第1天SQ注射
在第-7、1、8、15和22天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表23中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表23. 实施例10的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-12组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例11. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的RNAi剂。给药方案如以下表24所示。
表24. 对实施例11小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12976 1313 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD12367 1275 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD13117 1275 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD13508 1275 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD13511 1275 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD13510 1275 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD13514 1275 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD13804 1275 第1天SQ注射
11 2 mg/kg AD13805 1275 第1天SQ注射
12 2 mg/kg AD13806 1275 第1天SQ注射
在第-7、1、8、15和22天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表25中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表25. 实施例11的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-12组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例12. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以200 µL每20 g (10 mL/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的RNAi剂。给药方案如以下表26所示。
表26. 对实施例12小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD12976 1313 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12960 1817 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD13447 1817 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD13117 1275 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD12287 1190 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD13923 1190 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD13924 1190 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD13925 1190 第1天SQ注射
10 2 mg/kg AD13926 1190 第1天SQ注射
在第-7、1、8、15和22天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表27中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表27. 实施例12的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
第2-10组在所有时间点均显示SEAP降低。
实施例13. MARC1 RNAi剂在hMARC1-SEAP小鼠中的体内给予.
使用以上实施例2中所述的hMARC1-SEAP模型。在第1天,四只(n=4)雌性C57bl/6albino小鼠以250 µL每25 g体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2mg/kg)配制的RNAi剂。给药方案如以下表28所示。
表28. 对实施例13小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 等渗盐水 N/A 第1天SQ注射
2 2 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
3 2 mg/kg AD12976 1313 第1天SQ注射
4 2 mg/kg AD12369 1817 第1天SQ注射
5 2 mg/kg AD13447 1817 第1天SQ注射
6 2 mg/kg AD12367 1275 第1天SQ注射
7 2 mg/kg AD13805 1275 第1天SQ注射
8 2 mg/kg AD11782 1190 第1天SQ注射
9 2 mg/kg AD13925 1190 第1天SQ注射
在第-7、1、8、15和22天采集血清。根据以上实施例2中所述的程序确定SEAP表达水平。来自实验的数据显示于以下表29中,平均SEAP反映SEAP的归一化平均值。
表29. 实施例13的MARC1-SEAP小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均SEAP.
在第8天和第15天,第2-9组显示SEAP降低。在第22天,第2-4和6-9组显示SEAP降低。
实施例14. MARC1-GLuc AAV小鼠模型.
为了评估某些MARC1 RNAi剂,使用MARC1-GLuc (高斯萤光素酶(GaussiaLuciferase)) AAV (腺相关病毒)小鼠模型。用MARC1-GLuc AAV血清型8转导6-8周龄的雄性C57BL/6小鼠,在给予MARC1 RNAi剂或对照之前至少14天给予。MARC1-GLuc AAV的基因组含有插入到GLuc报告基因序列的3’ UTR中的人类MARC1 cDNA序列(GenBank NM_022746.4(SEQ ID NO:1))的33-2500区域。将在PBS中的5E12至1E13 GC/kg的相应病毒以250 µL/25g动物体重的总体积经由尾静脉注射到小鼠中,以创建MARC1-GLuc AAV模型小鼠。MARC1RNAi剂对MARC1表达的抑制导致GLuc表达的伴随抑制,所述伴随抑制被测量。在给予治疗之前(给药前第-7天和第1天之间),通过Pierce™高斯萤光素酶辉光测定试剂盒(ThermoFisher Scientific, Catalog #16161)测量血清中的GLuc表达,并且小鼠根据平均GLuc水平分组。
用2-3%异氟烷麻醉小鼠,并将来自颌下区域的血样采集到血清分离管(SarstedtAG&Co., Nümbrecht, Germany)中。使得血液在环境温度下凝固20 min。将试管以8000 ×g离心3 min以分离血清并储存于4℃下。根据制造商的说明书,通过Pierce™高斯萤光素酶辉光测定试剂盒采集并测量血清。每只动物的血清GLuc水平可归一化至用媒介物对照注射的对照组小鼠,以解释该模型MARC1表达中的非治疗相关偏移。为此,首先,将每只动物在一个时间点的GLuc水平除以该动物的处理前表达水平(第1天),以确定“归一化至处理前”的表达比率。然后,通过将单个动物的“归一化至处理前”比率除以正常媒介物对照组中所有小鼠的平均“归一化至处理前”比率,将特定时间点的表达归一化至对照组。备选地,通过仅归一化至处理前水平来评价每只动物的血清GLuc水平。
实施例15. MARC1 RNAi剂在MARC1-GLuc AAV小鼠中的体内测试.
使用在以上实施例14中所述的MARC1-GLUC AAV小鼠模型,其使用含有人类MARC1cDNA序列的33-2500区域的MARC1-GLuc AAV。在第1天,四只(n=4)雄性C57bl/6小鼠以250 µL每25 g体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以2 mg/kg)配制的RNAi剂。注射在皮肤和肌肉之间进行(即皮下注射)。给药方案根据以下表30。
表30. 对实施例15小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) 靶向位置(Seq ID No. 1) 给药方案
1 盐水 N/A 第1天单次SQ注射
2 2 mg/kg AD12363 305 第1天单次SQ注射
3 2 mg/kg AD12364 761 第1天单次SQ注射
4 2 mg/kg AD12365 956 第1天单次SQ注射
5 2 mg/kg AD12366 1109 第1天单次SQ注射
6 2 mg/kg AD12367 1275 第1天单次SQ注射
7 2 mg/kg AD12368 1633 第1天单次SQ注射
8 2 mg/kg AD12369 1817 第1天单次SQ注射
9 2 mg/kg AD12370 1900 第1天单次SQ注射
10 2 mg/kg AD12371 1954 第1天单次SQ注射
11 2 mg/kg AD11786 1313 第1天单次SQ注射
MARC1 RNAi剂中的每一种均包括在有义链的5’末端与包括三个N-乙酰-半乳糖胺基团的靶向配体(三齿配体)缀合的修饰核苷酸,其具有如本文的双链体结构中所述的修饰序列。(对于与MARC1 RNAi剂相关的特定修饰和结构信息,参见表3、4、5A、5B、5C和6,包括(NAG37)s配体)。MARC1 RNAi剂AD12363 (第2组)包括被设计为在MARC1基因305位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12364 (第3组)包括被设计为在MARC1基因761位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12365 (第4组)包括被设计为在MARC1基因956位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12366 (第5组)包括被设计为在MARC1基因1109位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12367 (第6组)包括被设计为在MARC1基因1275位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12368 (第7组)包括被设计为在MARC1基因1633位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12369 (第8组)包括被设计为在MARC1基因1817位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12370 (第9组)包括被设计为在MARC1基因1900位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD12371 (第10组)包括被设计为在MARC1基因1954位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列;MARC1 RNAi剂AD11786 (第11组)包括被设计为在MARC1基因1313位处抑制MARC1基因表达的核苷酸序列。(对于参考的MARC1基因,参见例如SEQ ID NO:1和表2)。
在第1、8、15和22天采集血清。根据以上实施例14中所述的程序确定GLuc表达水平。来自实验的数据显示于以下表31中,平均GLuc反映GLuc的归一化平均值。
表31. 实施例15的MARC1-GLuc-AAV小鼠中归一化至处理前和盐水对照的平均GLuc.
在第8天,第2-11组显示GLuc减少。在第15天,第4、6、9和11组显示GLuc减少。在第22天,第2组显示GLuc减少。
实施例16. MARC1 RNAi剂在大鼠中的体内给予.
在Sprague Dawley大鼠中测试MARC1 RNAi剂的MARC1抑制。在第1天,四只(n=4)雄性Sprague Dawley大鼠动物以1000 µL每25 g (4 mg/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以3 mg/kg)配制的RNAi剂。给药方案根据以下表32。
表32. 对实施例16小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 盐水 N/A 第1天SQ注射
2 3 mg/kg AD12583 405 第1天SQ注射
3 3 mg/kg AD12584 406 第1天SQ注射
4 3 mg/kg AD12585 409 第1天SQ注射
5 3 mg/kg AD12586 411 第1天SQ注射
6 3 mg/kg AD12587 564 第1天SQ注射
7 3 mg/kg AD12588 565 第1天SQ注射
8 3 mg/kg AD12589 566 第1天SQ注射
9 3 mg/kg AD12590 567 第1天SQ注射
10 3 mg/kg AD12591 901 第1天SQ注射
11 3 mg/kg AD12592 1008 第1天SQ注射
12 3 mg/kg AD12593 1009 第1天SQ注射
13 3 mg/kg AD12594 1012 第1天SQ注射
14 3 mg/kg AD12595 1013 第1天SQ注射
15 3 mg/kg AD12596 1014 第1天SQ注射
第2-15组的MARC1 RNAi剂的靶向的基因位置与人类MARC1具有交叉反应性。
在给药后第8天,处死动物,并采集肝脏组织。使用qPCR确定大鼠MARC1的表达,大鼠β-肌动蛋白作为对照。将每只动物在肝脏组织中的平均MARC1表达相对于给药前和对照组1 (盐水)归一化。来自实验的数据显示于以下表33中。
表33. 实施例16的第8天时大鼠肝脏中的MARC1平均相对表达.
在第8天,第3、4、8-10、14和15组显示rMARC1降低。
实施例17. MARC1 RNAi剂在大鼠中的体内给予.
在Sprague Dawley大鼠中测试MARC1 RNAi剂的MARC1抑制。在第1天,四只(n=4)雄性Sprague Dawley大鼠动物以1000 µL每25 g (4 mg/kg)体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予盐水或在盐水中(以3 mg/kg)配制的RNAi剂。给药方案如以下表34所示。
表34. 对实施例17小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 盐水 N/A 第1天SQ注射
2 3 mg/kg AD12596 1014 第1天SQ注射
3 3 mg/kg AD13452 1014 第1天SQ注射
4 3 mg/kg AD13453 1014 第1天SQ注射
5 3 mg/kg AD13454 1014 第1天SQ注射
6 3 mg/kg AD13455 1014 第1天SQ注射
7 3 mg/kg AD13456 1014 第1天SQ注射
8 3 mg/kg AD13457 1014 第1天SQ注射
9 3 mg/kg AD13458 1014 第1天SQ注射
10 3 mg/kg AD13459 1014 第1天SQ注射
第2-10组的MARC1 RNAi剂的靶向的基因位置与人类MARC1具有交叉反应性。
在给药后第8天,处死动物,并采集肝脏组织。使用qPCR确定大鼠MARC1的表达,大鼠β-肌动蛋白作为对照。将每只动物在肝脏组织中的平均MARC1表达相对于给药前和对照组1 (盐水)归一化。来自实验的数据显示于以下表35中。
表35. 实施例17的第8天时大鼠肝脏中的MARC1平均相对表达.
在第8天,第2-10组显示rMARC1降低。
实施例18. MARC1 RNAi剂在食蟹猴中的体内给予.
在食蟹猴中测试MARC1 RNAi剂的MARC1抑制。在第-7天,从所有动物采集肝脏活检并将其用作内部参考样品用于归一化的目的。在第1天,每组3只(n=3)动物的四组雌性食蟹猴(非幼稚)动物以0.3 mL/kg体重注射体积,在中肩胛区域用注射器和针头经由皮下(SQ)注射给予在盐水中(以3 mg/kg)配制的RNAi剂。在第15和43天,采集另外的肝脏活检。所有动物在镇静和肝脏活检采集之前禁食至少12但不多于18小时。给药方案根据以下表36。
表36. 对实施例18小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) MARC1 (Seq ID No. 1)的靶向位置 给药途径
1 3 mg/kg AD11786 1313 第1天SQ注射
2 3 mg/kg AD11778 1089 第1天SQ注射
3 3 mg/kg AD12363 305 第1天SQ注射
4 3 mg/kg AD12369 1817 第1天SQ注射
每次SQ注射之前,受试动物首先进行镇静。使用作为肌内(IM)注射给予(均未向股四头肌中注射)的氯胺酮HCl (10 mg/kg)完成镇静。基于每个给药日记录的体重计算MARC1RNAi剂的个体剂量。
对于每只动物,采集肝脏活检样品(各约200 mg(160-240 mg;±10%))用于探索性基因敲低分析。
在肝脏活检样品采集或剂量给予(当适用时)之前在第-7天、第1天、第15天、第29天和第43天,以及从发现处于垂死状态或以非计划间隔处死的任何动物中,采集血清样品。
使用qPCR确定cyno MARC1的表达,cyno ARL1作为对照。将每只动物在肝脏组织中的平均MARC1表达相对于每只单个受试动物的第-7天样品水平归一化。然后从单个归一化值计算每组的平均相对表达。来自实验的数据显示于以下表37中。
表37. 实施例18的归一化至处理前食蟹猴的平均MARC1.
到给药后第15天和第43天,第1-4组显示MARC1减少。
MARC1蛋白水平经由计划的LC-MS/MS测定进行量化。为此,将食蟹猴肝脏样品使用RIPA裂解和提取缓冲液(Thermo Scientific)均质化。使用磁珠方案提取蛋白并在存在内标物的情况下进行胰蛋白酶消化20小时。进行基于LC-MS/MS的肽定量,并量化两种MARC1特异性肽(以下列出的序列)、相应的内标物以及SLC25A3蛋白的特异性肽的响应曲线下面积。SLC25A3为一种磷酸盐载体蛋白,因其与线粒体膜中的MARC1蛋白并置而被选为归一化蛋白。食蟹猴受试动物肝脏中的SLC25A3归一化的MARC1蛋白浓度显示于以下表38中。
表38. 实施例18的食蟹猴肝脏中相对于给药前和SLC25A3表达的MARC1蛋白水平.
第4组(3 mg/kg AD12369)显示时间依赖性>50% MARC1蛋白敲低。
实施例19. MARC1 RNAi剂在食蟹猴中的体内给予.
在食蟹猴中测试MARC1 RNAi剂的MARC1抑制。在第1天和第29天,每组3只动物(n=3)的四组雄性食蟹猴(非幼稚)动物以0.3 mL/kg体重注射体积经由皮下(SQ)注射给予在盐水中(以3 mg/kg)配制的RNAi剂。给药方案根据以下表39。
表39. 对实施例19小鼠的给药
组别 剂量(RNAi剂) 给药途径 剂量体积 动物数(n =)
1 3.0 mg/kg AD12976 第1和29天SQ注射 0.3 ml/kg n = 3
2 3.0 mg/kg AD13805 第1和29天SQ注射 0.3 ml/kg n = 3
3 3.0 mg/kg AD13445 第1和29天SQ注射 0.3 ml/kg n = 3
4 3.0 mg/kg AD13925 第1和29天SQ注射 0.3 ml/kg n = 3
将受试动物称重,并在第1天和第29天,在中肩胛区域用注射器和针头经由皮下(SQ)给予给药。
在第-7 (给药前)、15、29和43天采集肝脏活检。随着镇静程序采集肝脏活检。动物在每次肝脏活检采集之前禁食过夜(至少12小时但少于18小时)。对于每只动物,采集肝脏活检样品(各~40 mg,30-60 mg,+/-10%)用于基因敲低分析。仅对于第2组动物,在第15天,采集另外的肝脏活检(各~40 mg,30-60 mg;±10%)。如果适用,还从发现处于垂死状态或以非计划内部处死的任何动物采集肝脏活检。
在肝脏活检样品采集或RNAi剂剂量给予(当适用时)之前,在第-7 (给药前)、1、15、29和43天采集血液。如果适用,还从发现处于垂死状态或以非计划内部处死的任何动物采集血液。将动物禁食过夜(至少12小时但少于24小时)用于计划的采集。禁食持续时间在两次采集之间一致(+/- 1小时)。动物对于非计划采集不禁食。采血部位为股静脉,隐静脉为备选采集部位。
使用作为肌内(IM)注射给予(均未向股四头肌中注射)的氯胺酮HCl (10 mg/kg)完成镇静。
使用qPCR确定cMARC1的表达,cyno ARL1作为内源性对照。将每只动物在肝在组织中的平均MARC1表达相对于每只单个受试动物的第-7天样品水平归一化。然后从单个归一化值计算每组的平均相对表达。来自实验的数据显示于以下表40中。
表40. 实施例19的归一化至处理前食蟹猴的平均MARC1.
到给药后第15天和第43天,第1-4组显示MARC1减少。
MARC1蛋白水平经由计划的LC-MS/MS测定进行量化。为此,将食蟹猴肝脏样品使用RIPA裂解和提取缓冲液(Thermo Scientific)均质化。使用磁珠方案提取蛋白并在存在内标物的情况下进行胰蛋白酶消化20小时。进行基于LC-MS/MS的肽定量,并量化两种MARC1特异性肽(以下列出的序列)、相应的内标物以及SLC25A3蛋白的特异性肽的响应曲线下面积。SLC25A3为一种磷酸盐载体蛋白,因其与线粒体膜中的MARC1蛋白并置而被选为归一化蛋白。食蟹猴受试动物肝脏中的SLC25A3归一化MARC1蛋白浓度显示于以下表41和表42。表41和表42显示了如按照LC-MS/MS测定通过其相应肽序列量化的MARC1蛋白水平。
表41. 实施例19的食蟹猴肝脏中相对于给药前和SLC25A3表达的MARC1蛋白水平(使用肽序列:DLLLPIK量化).
MARC1 RNAi剂在给药后至少43天内显示MARC1蛋白抑制。第1、2和4组在所有时间点均显示MARC1降低,而第3组在所有时间点均显示可忽略的降低。更具体地讲,在2x 3.0mg/kg剂量之后,AD13805在第43天达到MARC1的约71%的抑制(0.281)。
表42. 实施例19的食蟹猴肝脏中相对于给药前和SLC25A3表达的MARC1蛋白水平(使用肽序列:SPLFGQYFVLENPGTIK量化).
MARC1 RNAi剂在给药后至少43天内显示MARC1蛋白抑制。第1、2和4组在所有时间点均显示MARC1降低,而第3组在所有时间点均显示不太显著的降低(第15天的降低为可忽略的)。更具体地讲,在2x 3.0 mg/kg剂量之后,AD13805在第43天达到MARC1的约75%的抑制(0.245)。
其他实施方案
应当理解,尽管本发明已结合其具体实施方式进行了描述,但上述描述预期说明而非限制由所附权利要求的范围限定的本发明的范围。其他方面、优点和修改均在以下权利要求的范围内。

Claims (50)

1.用于抑制MARC1基因表达的RNAi剂,其包含:
反义链,其包含与表2、表3或表6D的反义链序列中任何一种的15个连续核苷酸相差0或1个核苷酸的至少15个连续核苷酸的核苷酸序列;和
有义链,其包含与所述反义链至少部分地互补的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的RNAi剂,其中所述反义链包含表2、表3或表6D中提供的序列中任何一种的核苷酸2-18。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的RNAi剂,其中所述有义链包含与表2、表4、表5或表6D的有义链序列中任何一种的15个连续核苷酸相差0或1个核苷酸的至少15个连续核苷酸的核苷酸序列,并且其中所述有义链具有在至少15个连续核苷酸上与所述反义链至少85%互补性的区域。
4.根据权利要求1-3中任何一项所述的RNAi剂,其中所述RNAi剂的至少一个核苷酸包括修饰的核苷间连接。
5.根据权利要求1-4中任何一项所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
6.根据权利要求4-5中任何一项所述的RNAi剂,其中所述修饰的核苷酸独立地选自:2’-O-甲基核苷酸、2’-氟核苷酸、2’-脱氧核苷酸、2’,3’-开环核苷酸模拟物、锁核苷酸、2’-F-阿拉伯糖核苷酸、2’-甲氧基乙基核苷酸、脱碱基核苷酸、核糖醇、反向核苷酸、反向2’-O-甲基核苷酸、反向2’-脱氧核苷酸、2’-氨基修饰的核苷酸、2’-烷基修饰的核苷酸、吗啉代核苷酸、含乙烯基膦酸酯的核苷酸、含环丙基膦酸酯的核苷酸和3’-O-甲基核苷酸。
7.根据权利要求5所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有修饰的核苷酸均为2’-O-甲基核苷酸、2’-氟核苷酸或其组合。
8.根据权利要求1-7中任何一项所述的RNAi剂,其中所述反义链由表3或表6D的修饰反义链序列中任何一种的核苷酸序列组成或基本上由其组成。
9.根据权利要求1-8中任何一项所述的RNAi剂,其中所述有义链由表4、表5或表6D的任何修饰的有义链序列的核苷酸序列组成、基本上由其组成、或包含其。
10.根据权利要求1所述的RNAi剂,其中所述反义链包含表3的修饰序列中任何一种的核苷酸序列,和所述有义链包含由表4、表5或表6D的修饰序列中任何一种的核苷酸序列。
11.根据权利要求1-10中任何一项所述的RNAi剂,其中所述有义链的长度在18-30个核苷酸之间,和所述反义链的长度在18-30个核苷酸之间。
12.根据权利要求11所述的RNAi剂,其中所述有义链和所述反义链的长度各自在18-27个核苷酸之间。
13.根据权利要求12所述的RNAi剂,其中所述有义链和所述反义链的长度各自在18-24个核苷酸之间。
14.根据权利要求13所述的RNAi剂,其中所述有义链和所述反义链的长度各自为21个核苷酸。
15.根据权利要求14所述的RNAi剂,其中所述RNAi剂具有两个平端。
16.根据权利要求1-15中任何一项所述的RNAi剂,其中所述有义链包含一个或两个端帽。
17.根据权利要求1-16中任何一项所述的RNAi剂,其中所述有义链包含一个或两个反向脱碱基残基。
18.根据权利要求1所述的RNAi剂,其中所述RNAi剂包含形成具有表6A和表6B中双链体的任何一种的结构的双链体的有义链和反义链。
19.根据权利要求18所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
20.根据权利要求1所述的RNAi剂,其包含由与以下核苷酸序列(5’→ 3’)之一相差0或1个核苷酸的核苷酸序列组成、基本上其组成或包含其的反义链:
UGAAAGAACUAUUCCAUAAUC (SEQ ID NO: 1608);
ACAGAAUCCUGUCUUGUCGUU (SEQ ID NO: 1657);
UCCUUUAAAGGUUUUCAGUAG (SEQ ID NO: 1580);或
UAUUGAAGCAUUGAGACACCG (SEQ ID NO: 1659)。
21.根据权利要求1-20中任何一项所述的RNAi剂,其中所述位于从5’端起的2位和14位的反义链的核苷酸为2’-氟修饰的核苷酸。
22.根据权利要求21所述的RNAi剂,其中所述反义链2位的核苷酸为2’-氟尿苷,和所述反义链14位的核苷酸为2’-氟胞苷,并且其中所述反义链包含3或4个硫代磷酸酯核苷间连接。
23.根据权利要求1-22中任何一项所述的RNAi剂,其中所述有义链由与以下核苷酸序列(5’→ 3’)之一相差0或1个核苷酸的核苷酸序列组成、基本上由其组成或包含其:
GAUUAUGGAAUAGUUCUUUCA (SEQ ID NO: 1734);
AACGACAAGACAGGAUUCUGU (SEQ ID NO: 1783);
CUACUGAAAACCUUUAAAIGA (SEQ ID NO: 1774);或
CGGUGUCUCAAUGCUUCAAUA (SEQ ID NO: 1784)。
24.根据权利要求20-23中任何一项所述的RNAi剂,其中所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
25.根据权利要求1所述的RNAi剂,其包含含有与以下核苷酸序列(5’→ 3’)之一相差0或1个核苷酸的修饰核苷酸序列、由其组成或基本上由其组成的反义链:
cPrpusGfaaaGfaacuaUfuCfcAfuaausc (SEQ ID NO: 1143);
asCfagAfauccugUfcUfuGfucgusu (SEQ ID NO: 1228);
isCfagAfauccugUfcUfuGfucgusu (SEQ ID NO: 1229)
cPrpusCfscsUfuUfaaaggUfuUfuCfaGfuasg (SEQ ID NO: 1200);或
usAfsusugaAfgcauUfgAfgAfcaccsg (SEQ ID NO: 1235),
其中a表示2’-O-甲基腺苷,c表示2’-O-甲基胞苷,g表示2’-O-甲基鸟苷,i表示2’-O-甲基肌苷;和u表示2’-O-甲基尿苷;Af表示2’-氟腺苷,Cf表示2’-氟胞苷,Gf表示2’-氟鸟苷,和Uf表示2’-氟尿苷;cPrpu表示5’-环丙基膦酸-2’-O-甲基尿苷;s表示硫代磷酸酯连接;并且其中所述有义链上的所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
26.根据权利要求1所述的RNAi剂,其中所述有义链包含与以下核苷酸序列(5’→ 3’)之一相差0或1个核苷酸的修饰核苷酸序列、由其组成或基本上由其组成:
gauuauggAfAfUfaguucuuuca (SEQ ID NO: 1319);
aacgacaaGfAfCfaggauucugu (SEQ ID NO: 1376);
cuacugaaAfAfCfcuuuaaaiga (SEQ ID NO: 1361);或
cggugucuCfAfAfugcuucaaua (SEQ ID NO: 1377),
其中a表示2’-O-甲基腺苷,c表示2’-O-甲基胞苷,g表示2’-O-甲基鸟苷,u表示2’-O-甲基尿苷和i表示2’-O-甲基肌苷;Af表示2’-氟腺苷,Cf表示2’-氟胞苷,Gf表示2’-氟鸟苷,和Uf表示2’-氟尿苷;s表示硫代磷酸酯连接;并且其中所述反义链上的所有或基本上所有核苷酸均为修饰的核苷酸。
27.根据权利要求20-26中任何一项所述的RNAi剂,其中所述有义链在所述核苷酸序列的3’末端、所述核苷酸序列的5’末端或两者处进一步包括反向脱碱基残基。
28.根据权利要求1-27中任何一项所述的RNAi剂,其中所述RNAi剂与靶向配体连接。
29.根据权利要求1-28中任何一项所述的RNAi剂,其中所述有义链包含:
,或
30.根据权利要求1-29中任何一项所述的RNAi剂,其中所述靶向配体与所述有义链连接。
31.根据权利要求30所述的RNAi剂,其中所述靶向配体与所述有义链的5’末端连接。
32.包含根据权利要求1-31中任何一项所述的RNAi剂的组合物,其中所述组合物进一步包含药学上可接受的赋形剂。
33.根据权利要求32所述的组合物,其进一步包含能够抑制MARC1基因表达的第二RNAi剂。
34.根据权利要求32-33中任何一项所述的组合物,其进一步包含一种或多种另外的治疗剂。
35.根据权利要求32-34中任何一项所述的组合物,其中所述组合物被配制为用于给予。
36.根据权利要求35所述的组合物,其中所述组合物通过皮下注射递送。
37.根据权利要求32-36中任何一项所述的组合物,其中所述药学上可接受的赋形剂为磷酸钠缓冲液。
38.根据权利要求32-36中任何一项所述的组合物,其中所述药学上可接受的赋形剂为等渗盐水或注射用水。
39.用于抑制MARC1基因在肝细胞中表达的方法,所述方法包括向受试者的细胞中引入有效量的根据权利要求1-31中任何一项所述的RNAi剂或根据权利要求32-38中任何一项所述的组合物。
40.根据权利要求39所述的方法,其中所述受试者为人类受试者。
41.根据权利要求39-40中任何一项所述的方法,其中所述肝细胞中或所述受试者中的MARC1 mRNA水平减低至少约50%。
42.根据权利要求39-41中任何一项所述的方法,其中所述肝细胞中或受试者中的MARC1蛋白水平降低至少约50%。
43.治疗MARC1相关疾病、障碍或症状的方法,所述方法包括给予需要它的人类受试者治疗有效量的根据权利要求32-38中任何一项所述的组合物。
44.根据权利要求43所述的方法,其中所述疾病为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。
45.根据权利要求39-44中任何一项所述的方法,其中所述受试者中的血清MARC1蛋白水平降低。
46.根据权利要求39-45中任何一项所述的方法,其中所述RNAi剂以约0.05 mg/kg-约5.0 mg/kg人类受试者体重的剂量给予人类受试者。
47.根据权利要求1-31中任何一项所述的RNAi剂或根据权利要求32-38中任何一项所述的组合物用于治疗至少部分由MARC1基因表达减少介导的疾病、障碍或症状的用途。
48.根据权利要求47所述的用途,其中所述疾病为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、酒精性脂肪性肝病、自身免疫性肝炎、肝纤维化、肝硬化、血液胆固醇水平升高、高甘油三酯血症、肝病和/或其他MARC1相关疾病。
49.根据权利要求1-31中任何一项所述的RNAi剂或根据权利要求32-38中任何一项所述的组合物用于制备用于治疗至少部分由MARC1基因表达减少介导的疾病、障碍或症状的药用组合物的用途。
50.根据权利要求47-49中任何一项所述的用途,其中所述RNAi剂以约0.05 mg/kg-约5.0 mg/kg人类受试者体重的剂量给予人类受试者。
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