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CN120866034A - 一种用于提取核酸的装置、试剂盒和方法 - Google Patents

一种用于提取核酸的装置、试剂盒和方法

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Publication number
CN120866034A
CN120866034A CN202511282082.8A CN202511282082A CN120866034A CN 120866034 A CN120866034 A CN 120866034A CN 202511282082 A CN202511282082 A CN 202511282082A CN 120866034 A CN120866034 A CN 120866034A
Authority
CN
China
Prior art keywords
nucleic acid
sealing
reagent
container
magnetic beads
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202511282082.8A
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English (en)
Inventor
占伟
胡陈超
郭玉淅
杨毅
曹甜甜
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
XIAMEN ZEESAN BIOTECH CO Ltd
Original Assignee
XIAMEN ZEESAN BIOTECH CO Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by XIAMEN ZEESAN BIOTECH CO Ltd filed Critical XIAMEN ZEESAN BIOTECH CO Ltd
Priority to CN202511282082.8A priority Critical patent/CN120866034A/zh
Publication of CN120866034A publication Critical patent/CN120866034A/zh
Pending legal-status Critical Current

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C12N15/1006Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers
    • C12N15/1013Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers by using magnetic beads

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Abstract

本发明涉及核酸提取领域,具体涉及一种用于提取核酸的装置、试剂盒和方法,所述用于提取核酸的装置、试剂盒和方法能够显著降低提取核酸过程中发生交叉污染的可能性。

Description

一种用于提取核酸的装置、试剂盒和方法
本发明是申请号为202010198860.6的母案的分案申请,该母案的申请日为2020年3月20日,发明名称为“一种用于提取核酸的装置、试剂盒和方法”。
技术领域
本发明涉及核酸提取领域,具体涉及一种用于提取核酸的装置、试剂盒和方法,所述用于提取核酸的装置、试剂盒和方法能够显著降低提取核酸过程中发生交叉污染的可能性。
背景技术
目前,核酸的提取成为生物医药领域甚至农林牧渔等领域内所有学科进行科学研究的基础。而能否提取出高质量的核酸则是分子生物学试验中的关键,提取方法的灵敏度以及提取结果的准确性也将直接关系到后续试验。因此,核酸提取方法被不断的改进和完善。目前,核酸提取广泛应用的方法包括,经典的酚氯仿抽提法、新发展的硅胶膜吸附法、磁珠分离法等。
基于大范围检测或同时对多个生物试样进行检测的需要,目前大多使用自动化装置进行核酸提取。然而,已发现,在使用自动化装置对多个样品进行核酸提取的过程中,样品间的交叉污染,仍然是显著的问题。
因此,需要对用于提取核酸的方法和装置进行进一步改进,以避免或减少样品间的交叉污染。
发明内容
为了解决上述问题,本申请的发明人经过反复摸索,开发了一种用于提取核酸的试剂盒和装置,能够显著降低提取核酸过程中样品之间的交叉污染的可能性,减少或甚至杜绝假阳性的检测结果。基于此,本申请还提供了用于提取核酸的方法,提取过程简单方便,更适宜自动化操作。
因此,在本申请的第一方面,提供了一种用于提取核酸的试剂盒,其中,所述试剂盒包含密封试剂和用于提取核酸的试剂,所述密封试剂在液体状态下的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且,所述密封试剂在液体状态下与所述用于提取核酸的试剂不互溶。
在某些实施方案中,所述密封试剂为液体,例如与水性溶液不互溶的液体,例如与水不互溶的有机物,例如与水不互溶的、不挥发的有机物。
在某些实施方案中,所述密封试剂为固体,并且其在预定的条件下能够转变为液体,且所述液体的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且所述液体与所述用于提取核酸的试剂不互溶(例如,其与水性溶液不互溶,且不挥发)。在某些实施方案中,所述预定的条件选自加热,光照和/或化学处理。例如,在某些实施方案中,所述密封试剂为固体,并且其在加热的条件下能够转变为液体,且所述液体的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且所述液体与所述用于提取核酸的试剂不互溶(例如,其与水性溶液不互溶,且不挥发)。
例如,在某些实施方案中,所述密封试剂在温度T1以下(包括T1)为固态,在温度T2以上(包括T2)为液态,T2>T1。由此,通过加热密封试剂,使其温度达到T2或以上,即可使固态的密封试剂液化,形成液态的密封试剂。而通过冷却密封试剂,使其温度达到T1或以下,即可使液态的密封试剂固化,形成固态的密封试剂。在某些实施方案中,T1=20~40℃,例如30~40℃。在某些实施方案中,T2=45~95℃,例如60~90℃,例如70~80℃。
在某些实施方案中,所述密封试剂选自:矿物油,动物油,植物油,合成油,石蜡,硅油,或其任何组合。
如本文中所使用的,术语“不互溶”是指两种或两种以上的液体置于同一容器时,彼此之间不会互相溶解,当它们接触时,会自发产生分界的界面,形成分层。
如本文中所使用的,术语“分层”是指两种或两种以上不互溶的液体置于同一容器时,由于具有密度差,而自发形成上下分布的结构,密度大的液体下沉,密度小的液体上浮,形成分层。
如本文中所使用的,本发明的密封试剂在液体状态下与用于提取核酸的试剂不互溶,且其密度小于用于提取核酸的试剂的密度。因此,当本发明的密封试剂在液体状态下与用于提取核酸的试剂处于同一容器中时,二者将形成分层结构,且,本发明的密封试剂将位于上层,隔离(即,密封)位于下层的用于提取核酸的试剂(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸),既阻止下层试剂(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸)逸散至外界环境,也阻止外界环境中的物质进入和污染下层。在本申请中,优选的是,核酸分子不能溶解于本发明的密封试剂中。由此,本发明的密封试剂能够更好发挥隔离作用。此外,可以理解的是,只要能够实现此功能的物质都可以作为本申请的密封试剂,因此,本申请的密封试剂并不局限于上述列举的物质。
在某些实施方案中,所述用于提取核酸的试剂包括选自以下的一种或多种:裂解液(例如,细胞裂解液),核酸洗涤液,和核酸洗脱液。
在某些优选的实施方案中,所述用于提取核酸的试剂包括,彼此分开放置的细胞裂解液,核酸洗涤液,和核酸洗脱液。
如本文中所使用的,术语“用于提取核酸的试剂”是指在核酸提取过程中所用到的试剂。用于提取核酸的试剂通常包括裂解液、核酸洗涤液和核酸洗脱液。
如本文中所使用的,术语“裂解液”是指使样品中的核酸游离于其中的溶液。此类裂解液是本领域技术人员所熟知的,并且可方便地配制或商购获得。在某些实施方案中,裂解液能够裂解细胞,使细胞中包含的核酸(例如,基因组DNA,质粒DNA,线粒体DNA,叶绿体DNA,总RNA,mRNA,tRNA,miRNA等)释放出来,并溶解/游离于裂解液中。在此类实施方案中,裂解液也称为细胞裂解液。
如本文中所使用的,术语“核酸洗涤液”是指在核酸提取过程中,用于从包含核酸的体系中移除杂质(例如细胞碎片,蛋白质,多糖,质膜等)的溶液。此类核酸洗涤液是本领域技术人员所熟知的,并且可方便地配制或商购获得。在本文中,“核酸洗涤液”和“洗涤液”可互换使用。
如本文中所使用的,术语“核酸洗脱液”是指在核酸提取过程中,用于从包含核酸的体系中分离出核酸的溶液,其能够溶解核酸,并且能稳定储存核酸。此类核酸洗脱液是本领域技术人员所熟知的,并且可方便地配制或商购获得。在本文中,“核酸洗脱液”和“洗脱液”可互换使用。
本领域技术人员可以理解的是,可根据待提取核酸的样品的类型(例如细胞培养物、离体组织、体液等)、拟提取的核酸的类型(例如DNA,如基因组DNA,质粒DNA,线粒体DNA,叶绿体DNA等;或者RNA,如总RNA,mRNA,tRNA,miRNA等)、所使用的提取方法等因素,而对裂解液(例如,细胞裂解液),核酸洗涤液和核酸洗脱液的成分进行调整。并且,此类调整完全在本领域技术人员的能力范围之内。
例如,当待提取的核酸为细胞培养物中的质粒DNA时,裂解液通常可包含裂解细胞的试剂(例如,SDS,Triton X-100,NP-40,异硫氰酸胍(GITC)等)和盐(例如,Tris,EDTA,NaCl等)。当待提取的核酸是基因组DNA时,裂解液通常还可包含十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)。例如,常用的用于提取DNA的细胞裂解液配方可以为4M盐酸胍,50mM Tris-HCl,10mM EDTA,15% Triton X100,pH 6.5。常用的用于洗涤DNA的洗涤液可包括盐(例如,Tris,EDTA,NaCl等)和乙醇等。例如,常用的用于洗涤DNA的洗涤液配方可以为100 mM NaCl,50mMTris-HCl(pH 7.8),75%无水乙醇。常用的用于洗脱DNA的洗脱液可以为TE溶液或无菌水,其中,TE溶液通常是由Tris和EDTA配制而成的。例如,常用的用于洗脱DNA的洗脱液配方可以为10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,pH 8.5。
例如,当待提取的核酸为细胞中的总RNA时,裂解液通常可包含裂解细胞的试剂(例如,Trizol等),RNA酶抑制剂(例如,8-羟基喹啉,β-巯基乙醇,DEPC等),蛋白质变性剂(例如,GIT,GuHCl等)。常用的用于洗涤RNA的洗涤液可包括RNA酶抑制剂(例如,8-羟基喹啉,β-巯基乙醇,DEPC等)和乙醇等。常用的用于洗脱RNA的洗脱液可以为不含RNase的无菌水。
易于理解的是,本发明所涉及的裂解液、核酸洗涤液和核酸洗脱液并不局限于上述列举的配方和成分,更不局限于实施例中所应用的配方和成分,并且如上文所述,可根据实际需要进行调整和变化。
在某些实施方案中,所述试剂盒还包括,能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠)。在某些实施方案中,所述试剂盒还包括,能够吸附磁体的工具(例如,磁棒,磁力架等)。
如本文中所使用的,术语“能够吸附核酸的磁体”是指表面经改良和修饰的磁性物质(例如,磁性颗粒),其能在微观界面上与核酸分子特异性地识别和结合。在某些实施方案中,所述磁性物质为顺磁性物质(例如,顺磁性颗粒),并且优选地为超顺磁性物质(例如,超顺磁性颗粒)。具有顺磁性的磁体在磁场中能够迅速聚集,离开磁场后又能够均匀散开,因此,是特别有利的。利用磁性物质来吸附/提取核酸的方法(也称为“磁珠法”)是本领域公知的,并且已经开发出了多种用于提取核酸的磁珠,包括例如DNA提取磁珠和RNA提取磁珠,例如硅胶质膜磁珠,氨基磁珠,羟基磁珠,醛基磁珠,纤维素包被磁珠等。此类磁珠是商购可得的。在某些情况下,使用磁珠法来提取核酸是特别有利的,因为该方法可方便地实现自动化操作。因此,在某些优选的实施方案中,本发明的装置和试剂盒可用于通过磁珠法来提取核酸。
在某些实施方案中,所述核酸包含DNA或RNA。
如本文中所使用的,术语“核酸”是指单链和双链的脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)。在本申请中,核酸包括但不限于,DNA,例如质粒DNA,基因组DNA,线粒体DNA,叶绿体DNA等;和RNA,例如总RNA,mRNA,tRNA,miRNA等。
在某些实施方案中,所述试剂盒包含:
第一容器,其含有裂解液(例如,细胞裂解液);
第二容器,其含有核酸洗涤液;
第三容器,其含有核酸洗脱液;
第四容器,其含有密封试剂。
在某些实施方案中,所述试剂盒还包括,能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠)。在某些实施方案中,所述试剂盒还包括,能够吸附磁体的工具(例如,磁棒,磁力架等)。
在某些实施方案中,所述磁体是单独放置的,或者,置于第一容器中。在某些实施方案中,所述磁体置于所述第一容器的底部。
在某些实施方案中,所述第一、第二、第三和/或第四容器各自独立地为期望的形状,例如管状。
在某些实施方案中,所述第一、第二、第三和第四容器是各自独立放置的,或者,并列放置的。例如,所述第一、第二、第三和第四容器按顺序并列放置。
在一些实施方案中,第一容器、第二容器和第三容器依次并排排列,三者之间的相对位置关系是固定的。可选地,两个容器之间可以通过连接部连接,以维持彼此的位置关系。
在某些实施方案中,所述第一、第二、第三和/或第四容器各自独立地是封闭的。例如,所述第一、第二、第三和/或第四容器各自独立地可通过密封膜或密封盖密封。
在某些实施方案中,所述试剂盒包含:
第一容器,其含有第一密封试剂和裂解液(例如,细胞裂解液);
第二容器,其含有第二密封试剂和核酸洗涤液;
第三容器,其含有第三密封试剂和核酸洗脱液。
在某些实施方案中,所述试剂盒还包括,能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠)。在某些实施方案中,所述试剂盒还包括,能够吸附磁体的工具(例如,磁棒,磁力架等)。
在某些实施方案中,所述磁体是单独放置的,或者,置于第一容器中。在某些实施方案中,所述磁体置于所述第一容器的底部。
在某些实施方案中,所述第一、第二和/或第三容器各自独立地为期望的形状,例如管状。
在某些实施方案中,所述第一、第二和第三容器是各自独立放置的,或者,并列放置的。例如,所述第一、第二和第三容器按顺序并列放置。
在某些实施方案中,所述第一、第二和第三容器各自独立地是封闭的。例如,所述第一、第二和/或第三容器各自独立地可通过密封膜或密封盖密封。
在某些实施方案中,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地是相同或不同的。
在某些实施方案中,核酸洗脱液的体积与第三密封试剂的体积之比小于1:1。在某些优选的实施方案中,核酸洗脱液的体积与第三密封试剂的体积之比小于1:1.5,例如,体积比为1:1.6,1:1.7,1:1.8,1:1.9,1:2,1:2.5,1:3,1:3.5,1:5,1:10。
在某些实施方案中,所述磁珠选自下述的一种或多种:硅胶质膜磁珠,氨基磁珠,羟基磁珠,醛基磁珠,纤维素包被磁珠。
本领域核酸提取中常见的磁珠是硅胶质膜包被的磁珠,以及,在其上进行氨基基团修饰的氨基磁珠,在其上进行羟基基团修饰的羟基磁珠,在其上进行醛基基团修饰的醛基磁珠,和纤维素包被的磁珠。本发明的磁珠包括但不限于上述提及的磁珠。
在本申请的第二方面,提供了一种提取核酸的方法,所述方法包括,使用如上所述的试剂盒。
在某些实施方案中,所述方法包括:
(1)提供包含核酸的样品;
(2)将所述样品转移至第一容器,并与其中的裂解液接触,且所述裂解液中含有磁珠;
(3)取出前一步骤中的磁珠,将所述磁珠转移至第二容器,并与其中的核酸洗涤液接触;
(4)取出前一步骤中的磁珠,将所述磁珠转移至第三容器,并与其中的核酸洗脱液接触,从而,将核酸提取至核酸洗脱液中。
在某些实施方案中,在步骤(2)中,第一密封试剂保持位于裂解液的上方,且隔离(即,密封)裂解液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸)。
在某些实施方案中,在步骤(3)中,第二密封试剂保持位于核酸洗涤液的上方,且隔离(即,密封)核酸洗涤液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸)。
在某些实施方案中,在步骤(4)中,第三密封试剂保持位于核酸洗脱液的上方,且隔离(即,密封)核酸洗脱液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸)。
在某些实施方案中,在震荡条件下进行步骤(4)。在某些实施方案中,在震荡条件下进行步骤(4),并且所述第三密封试剂与核酸洗脱液形成油包水结构,其中,所述第三密封试剂包绕所述核酸洗脱液。
在某些实施方案中,核酸洗脱液的体积与第三密封试剂的体积之比小于1:1。在某些优选的实施方案中,核酸洗脱液的体积与第三密封试剂的体积之比小于1:1.5,例如,体积比为1:1.6,1:1.7,1:1.8,1:1.9,1:2,1:2.5,1:3,1:3.5,1:5,1:10。在此类实施方案中,由于核酸洗脱液的体积小于(或远小于)第三密封试剂的体积,并且它们不互溶,因此,在震荡的条件下,核酸洗脱液会以液滴的形态悬浮于第三密封试剂中,形成第三密封试剂完全包裹住核酸洗脱液的状态。
在本申请的第三方面,提供了一种提取核酸的方法,所述方法包括:
(1)提供包含核酸的样品;
(2)在第一密封试剂存在的条件下,将所述样品与裂解液(例如,细胞裂解液)、能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠)接触,其中,所述第一密封试剂的密度小于所述裂解液,且与所述裂解液不互溶;
(3)取出前一步骤中的磁体(例如,磁珠),并在第二密封试剂存在的条件下,将所述磁体(例如,磁珠)与核酸洗涤液接触,其中,所述第二密封试剂的密度小于所述核酸洗涤液,且与所述核酸洗涤液不互溶;
(4)取出前一步骤中的磁体(例如,磁珠),并在第三密封试剂存在的条件下,将所述磁体(例如,磁珠)与核酸洗脱液接触,其中,所述第三密封试剂的密度小于所述核酸洗脱液,且与所述核酸洗脱液不互溶;从而,将核酸提取至核酸洗脱液中。
在本申请方法的步骤(1)中,所述包含核酸的样品可获自任何来源,包括但不限于,动物(例如,细胞、组织、器官和体液),植物(例如,细胞、细胞器和组织),真菌,细菌,病毒,原生生物,以及环境样本(例如,饮用水、污水、海水等)。
在本申请的方法中,步骤(2)至步骤(4)中的任意一个步骤或任意几个步骤,可以通过人工操作,也可以通过自动化装置操作。在本申请的某些实施方案中,步骤(2)至(4)使用自动化装置(例如核酸提取仪)来进行。
在某些实施方案中,在本申请方法的步骤(2)中,可以使用移液枪或任意能够承载核酸样品的工具伸入密封试剂液面下,将所述样品与裂解液和磁体接触。
在某些实施方案中,在步骤(2)中,第一密封试剂保持位于裂解液的上方,且隔离(即,密封)裂解液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸)。
在某些实施方案中,在本申请方法的步骤(3)和(4)中,通过能够吸附磁体的工具(例如,磁棒,磁力架)将所述磁体(例如,磁珠)从裂解液中取出,并与洗涤液接触;和,将所述磁体(例如,磁珠)从洗涤液中取出,并与洗脱液接触。
在某些实施方案中,在步骤(3)中,第二密封试剂保持位于核酸洗涤液的上方,且隔离(即,密封)核酸洗涤液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸)。
在某些实施方案中,在步骤(4)中,第三密封试剂保持位于核酸洗脱液的上方,且隔离(即,密封)核酸洗脱液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸)。
在某些实施方案中,在震荡条件下进行步骤(4)。在某些实施方案中,在震荡条件下进行步骤(4),并且所述第三密封试剂与核酸洗脱液形成油包水结构,其中,所述第三密封试剂包绕所述核酸洗脱液。在某些实施方案中,在本申请方法的步骤(4)中,核酸洗脱液以液滴的形态悬浮于第三密封试剂中。在某些优选的实施方案中,核酸洗脱液以液滴的形态分散悬浮于第三密封试剂中。在某些优选的实施方案中,核酸洗脱液以液滴的形态聚集悬浮于第三密封试剂中。
在某些实施方案中,核酸洗脱液的体积与第三密封试剂的体积之比小于1:1。在某些优选的实施方案中,核酸洗脱液的体积与第三密封试剂的体积之比小于1:1.5,例如,体积比为1:1.6,1:1.7,1:1.8,1:1.9,1:2,1:2.5,1:3,1:3.5,1:5,1:10。在此类实施方案中,由于核酸洗脱液的体积小于(或远小于)第三密封试剂的体积,并且它们不互溶,因此,在震荡的条件下,核酸洗脱液会以液滴的形态悬浮于第三密封试剂中,形成第三密封试剂完全包裹住核酸洗脱液的状态。
易于理解,上文第一方面中针对密封试剂、裂解液、洗涤液、洗脱液、磁体、核酸等的详细描述同样适用于第三方面所描述的方法。
因此,在某些实施方案中,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地是相同或不同的。
在某些实施方案中,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地为与水性溶液不互溶的液体,例如与水不互溶的有机物,例如与水不互溶的、不挥发的有机物。
在某些实施方案中,所述密封试剂为固体,并且其在预定的条件下能够转变为液体,且所述液体的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且所述液体与所述用于提取核酸的试剂不互溶(例如,其与水性溶液不互溶,且不挥发)。在某些实施方案中,所述预定的条件选自加热,光照和/或化学处理。例如,在某些实施方案中,所述密封试剂为固体,并且其在加热的条件下能够转变为液体,且所述液体的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且所述液体与所述用于提取核酸的试剂不互溶(例如,其与水性溶液不互溶,且不挥发)。
例如,在某些实施方案中,所述密封试剂在温度T1以下(包括T1)为固态,在温度T2以上(包括T2)为液态,T2>T1。由此,通过加热密封试剂,使其温度达到T2或以上,即可使固态的密封试剂液化,形成液态的密封试剂。而通过冷却密封试剂,使其温度达到T1或以下,即可使液态的密封试剂固化,形成固态的密封试剂。在某些实施方案中,T1=20~40℃,例如30~40℃。在某些实施方案中,T2=45~95℃,例如60~90℃,例如70~80℃。
在某些实施方案中,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地选自:矿物油,动物油,植物油,合成油,石蜡,硅油,或其任何组合。
在某些实施方案中,在进行步骤(2)之前,在第一容器中提供第一密封试剂、裂解液(例如,细胞裂解液)和能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠),其中,所述第一密封试剂与所述裂解液形成分层,且位于所述裂解液上层;并且,所述磁体位于裂解液层。
在某些实施方案中,在进行步骤(3)之前,在第二容器中提供第二密封试剂和核酸洗涤液,其中,所述第二密封试剂与所述核酸洗涤液形成分层,且位于所述核酸洗涤液上层。在某些实施方案中,进行步骤(3)一次或多次(例如,1次,2次或3次)。
在某些实施方案中,在进行步骤(4)之前,在第三容器中提供第三密封试剂和核酸洗脱液,其中,所述第三密封试剂与所述核酸洗脱液形成分层,且位于所述核酸洗脱液上层。在某些实施方案中,进行步骤(4)一次或多次(例如,1次,2次或3次)。
在某些实施方案中,所述第一、第二和/或第三容器各自独立地为期望的形状,例如管状。
在某些实施方案中,所述第一、第二和第三容器是各自独立放置的,或者,并列放置的。例如,所述第一、第二和第三容器按顺序并列放置。
在某些实施方案中,所述磁珠选自下述的一种或多种:硅胶质膜磁珠,氨基磁珠,羟基磁珠,醛基磁珠,纤维素包被磁珠。
在某些实施方案中,所述包含核酸的样品是包含细胞的样品。
在某些实施方案中,所述核酸包含DNA或RNA。
在某些实施方案中,使用自动化装置(例如核酸提取仪),进行步骤(2)至步骤(4)。
在本申请的第四方面,提供了如上所述的试剂盒用于提取核酸的用途。
在本申请的第五方面,提供了一种用于提取核酸的装置,其包含:第一容器101,第二容器102和第三容器103,其中,
第一容器101包含第一密封试剂层104、裂解液层105和磁珠106,并且,第一密封试剂层104位于裂解液层105上方,且磁珠106位于裂解液层105中;
第二容器102包含第二密封试剂层107和核酸洗涤液层108,并且,第二密封试剂层107位于核酸洗涤液层108上方;和
第三容器103包含第三密封试剂层109和核酸洗脱液层110,并且,第三密封试剂层109位于核酸洗脱液层110上方。
易于理解,上文第一方面中针对密封试剂、裂解液、洗涤液、洗脱液、磁体、核酸等的详细描述同样适用于第五方面所描述的装置。
在某些实施方案中,所述第一容器101,第二容器102和/或第三容器103是管状的。
在某些实施方案中,所述第一容器101,第二容器102和第三容器103是并列放置的,例如按顺序放置。
在某些实施方案中,所述第一容器101,第二容器102和第三容器103各自独立地是封闭的或不封闭的。
在某些实施方案中,所述第一容器101,第二容器102和第三容器103被封口膜111所封闭。
发明的有益效果
本申请提供的核酸提取装置、试剂盒及方法,能够显著降低提取核酸过程中样品之间交叉污染的可能性,减少或甚至杜绝假阳性的检测结果。此外,本申请的核酸提取装置及方法易于操作,安全性高,适宜自动化实施且能够有效防止环境污染和样品间交叉污染。
附图说明
图1显示了实验组所使用的核酸提取装置(试剂容器),其包含并列放置的第一容器/第一管101,第二容器/第二管102和第三容器/第三管103,以及位于第一容器/第一管101,第二容器/第二管102和第三容器/第三管103上方且密封其管口的封口膜111;其中,第一容器/第一管101包含第一密封试剂层104、裂解液层105和磁珠106,并且,第一密封试剂层104位于裂解液层105上方,且磁珠106位于裂解液层105中;第二容器/第二管102包含第二密封试剂层107和核酸洗涤液层108,并且,第二密封试剂层107位于核酸洗涤液层108上方;第三容器/第三管103包含第三密封试剂层109和核酸洗脱液层110,并且,第三密封试剂层109位于核酸洗脱液层110上方。
图2显示了对照组所使用的核酸提取装置(试剂容器),其包含并列放置的第一管201,第二管202和第三管203,以及位于第一管201,第二管202和第三管203上方且密封其管口的封口膜208;其中,第一管201包含裂解液层204和磁珠205,并且,且磁珠205位于裂解液层204中;第二管202包含核酸洗涤液层206;第三管203包含核酸洗脱液层207。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述,但是本领域技术人员将会理解,下列实施例仅用于说明本发明,而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体条件者,按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1:核酸提取过程
1.1试剂的预灌装
如图1所示,在3支3ml试管组成的试剂容器内分别预灌装如下试剂:第一管101装有位于下层的1ml裂解液105(其配方为4M盐酸胍,50mM Tris-HCl,10mM EDTA,15% TritonX100,pH 6.5)和硅胶质膜磁珠106(含四氧化三铁与二氧化硅),以及,位于上层的第一密封试剂104,第一密封试剂104为矿物油(购自西格玛奥德里奇(上海)贸易有限公司,货号M8410)0.5ml;第二管102装有位于下层的1ml洗涤液108(其配方为100 mM NaCl,50mMTris-HCl(pH 7.8),75%无水乙醇),以及,位于上层的第二密封试剂107,第二密封试剂为矿物油(购自西格玛奥德里奇(上海)贸易有限公司,货号M8410)0.5ml;第三管103装有位于下层的0.1ml洗脱液110(其配方为10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA,pH 8.5),以及,位于上层的第三密封试剂109,第三密封试剂为矿物油(购自西格玛奥德里奇(上海)贸易有限公司,货号M8410)0.3ml。
将上述试剂容器的顶部通过封口膜密封111。
1.2样本加入
撕开试剂容器的封口膜111,然后用移液器吸取0.5ml质粒DNA样本加入到上述第一管101的下层试剂中(移液器的枪头需要穿过上层的第一密封试剂104)。
1.3上机提取
根据制造商的说明书,使用核酸提取仪(致善生物科技股份有限公司,Lab-Aid824s核酸提取仪,货号501007)来进行核酸提取。简言之,将试剂容器放入核酸提取仪中,根据说明书插入磁棒套,打开仪器操作软件,调用“NA-DNA”程序,单击“运行”按钮执行程序。该提取程序所设置的提取步骤如下:样本裂解、磁珠与核酸结合、洗涤磁珠与核酸的复合物、洗脱核酸。仪器自动完成样本的核酸提取。
仪器自动运行结束后,使用移液器将提取好的核酸吸出,备用。吸出核酸时需要注意,溶解有核酸的洗脱液位于密封试剂的下层或者以液滴的形态悬浮于密封试剂之中。
实施例2:提取核酸过程中防污染效果对比实验
2.1对比实验设置
如表1和表2所示,实验分为对照组和实验组,每组分别设置7个亚组(即,4个全阴组+3个阴阳组),每个亚组24个样本;其中,全阴组所使用的样本全部为阴性样本;并且,在阴阳组中,阴性样本和阳性样本交叉设置(如表3所示)。在本实验中,阳性样本为质粒DNA,阴性样本为灭菌的纯净水。
实验组提取核酸的过程如实施例1所示(图1),在每个试管上层均加入密封试剂,而对照组则不添加密封试剂,其余均与实验组相同(图2)。
表1. 对照组样本的设置
表2. 实验组样本的设置
表3. 阴阳组样本的设置
2.2核酸检测
按照实时荧光PCR 检测试剂盒(厦门致善生物科技股份有限公司,货号801010)说明书,在实时荧光PCR仪(上海宏石医疗科技有限公司,型号SLAN-96S)中分别对上述实验组和对照组的核酸样品进行检测。
2.3实验结果
检测结果如表4和表5所示。由表4可以看出,对照组设置的3个阴阳组均出现了不同程度的交叉污染,这是由于未添加密封试剂,部分阴性样本被阳性样本核酸污染,导致检测结果不准确。而添加了密封试剂的实验组无论阴性还是阳性样本均准确的检出(表5),这证实了密封液能够起到防止核酸样品之间交叉污染的作用。
表4. 对照组样品检测结果
表5. 实验组样品检测结果
值得注意的是,在实际应用中,随着核酸样本提取量的大量增加,在不添加密封试剂的情况下,提取的过程中还有可能出现整批样本之间的交叉污染。
尽管本发明的具体实施方式已经得到详细的描述,但本领域技术人员将理解:根据已经公开的所有教导,可以对细节进行各种修改和变动,并且这些改变均在本发明的保护范围之内。本发明的全部范围由所附权利要求及其任何等同物给出。

Claims (10)

1.一种用于提取核酸的试剂盒,其中,所述试剂盒包含密封试剂和用于提取核酸的试剂,所述密封试剂在液体状态下的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且,所述密封试剂在液体状态下与所述用于提取核酸的试剂不互溶;
优选地,所述密封试剂为液体,例如与水性溶液不互溶的液体,例如与水不互溶的有机物,例如与水不互溶的、不挥发的有机物;或者,所述密封试剂为固体,并且其在预定的条件下能够转变为液体,且所述液体的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且所述液体与所述用于提取核酸的试剂不互溶(例如,其与水性溶液不互溶,且不挥发);优选地,所述预定的条件选自加热,光照和/或化学处理;
优选地,所述密封试剂选自:矿物油,动物油,植物油,合成油,石蜡,硅油,或其任何组合;
优选地,所述用于提取核酸的试剂包括选自以下的一种或多种:裂解液(例如,细胞裂解液),核酸洗涤液,和核酸洗脱液;
优选地,所述用于提取核酸的试剂包括,彼此分开放置的细胞裂解液,核酸洗涤液,和核酸洗脱液;
优选地,所述试剂盒还包括,能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠);
优选地,所述核酸包含DNA或RNA。
2.权利要求1所述的试剂盒,其中,所述试剂盒包含:
第一容器,其含有裂解液(例如,细胞裂解液);
第二容器,其含有核酸洗涤液;
第三容器,其含有核酸洗脱液;
第四容器,其含有密封试剂;
优选地,所述试剂盒还包括,能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠);优选地,所述磁体是单独放置的,或者,置于第一容器中;
优选地,所述第一、第二、第三和/或第四容器各自独立地为期望的形状,例如管状;
优选地,所述第一、第二、第三和第四容器是各自独立放置的,或者,并列放置的;例如,所述第一、第二、第三和第四容器按顺序并列放置;
优选地,所述第一、第二、第三和/或第四容器各自独立地是封闭的;例如,通过密封膜或密封盖密封。
3.权利要求1所述的试剂盒,其中,所述试剂盒包含:
第一容器,其含有第一密封试剂和裂解液(例如,细胞裂解液);
第二容器,其含有第二密封试剂和核酸洗涤液;
第三容器,其含有第三密封试剂和核酸洗脱液;
优选地,所述试剂盒还包括,能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠);优选地,所述磁体是单独放置的,或者,置于第一容器中;
优选地,所述第一、第二和/或第三容器各自独立地为期望的形状,例如管状;
优选地,所述第一、第二和第三容器是各自独立放置的,或者,并列放置的;例如,所述第一、第二和第三容器按顺序并列放置;
优选地,所述第一、第二和第三容器各自独立地是封闭的;例如,通过密封膜或密封盖密封;
优选地,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地是相同或不同的。
4.权利要求1-3任一项所述的试剂盒,其中,所述磁珠选自下述的一种或多种:硅胶质膜磁珠,氨基磁珠,羟基磁珠,醛基磁珠,纤维素包被磁珠。
5.一种提取核酸的方法,所述方法包括,使用权利要求1-4任一项所述的试剂盒。
6.一种提取核酸的方法,所述方法包括:
(1)提供包含核酸的样品;
(2)在第一密封试剂存在的条件下,将所述样品与裂解液(例如,细胞裂解液)、能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠)接触,其中,所述第一密封试剂的密度小于所述裂解液,且与所述裂解液不互溶;
(3)取出前一步骤中的磁体(例如,磁珠),并在第二密封试剂存在的条件下,将所述磁体(例如,磁珠)与核酸洗涤液接触,其中,所述第二密封试剂的密度小于所述核酸洗涤液,且与所述核酸洗涤液不互溶;
(4)取出前一步骤中的磁体(例如,磁珠),并在第三密封试剂存在的条件下,将所述磁体(例如,磁珠)与核酸洗脱液接触,其中,所述第三密封试剂的密度小于所述核酸洗脱液,且与所述核酸洗脱液不互溶;从而,将核酸提取至核酸洗脱液中。
7.权利要求6的方法,其中,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地是相同或不同的;
优选地,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地为与水性溶液不互溶的液体,例如与水不互溶的有机物,例如与水不互溶的、不挥发的有机物;或者,所述密封试剂为固体,并且其在预定的条件下能够转变为液体,且所述液体的密度小于所述用于提取核酸的试剂的密度,并且所述液体与所述用于提取核酸的试剂不互溶(例如,其与水性溶液不互溶,且不挥发);优选地,所述预定的条件选自加热,光照和/或化学处理;
优选地,所述第一、第二和第三密封试剂各自独立地选自:矿物油,动物油,植物油,合成油,石蜡,硅油,或其任何组合;
优选地,在进行步骤(2)之前,在第一容器中提供第一密封试剂、裂解液(例如,细胞裂解液)和能够吸附核酸的磁体(例如,磁珠),其中,所述第一密封试剂与所述裂解液形成分层,且位于所述裂解液上层;并且,所述磁体位于裂解液层;
优选地,在进行步骤(3)之前,在第二容器中提供第二密封试剂和核酸洗涤液,其中,所述第二密封试剂与所述核酸洗涤液形成分层,且位于所述核酸洗涤液上层;优选地,进行步骤(3)一次或多次(例如,1次,2次或3次);
优选地,在进行步骤(4)之前,在第三容器中提供第三密封试剂和核酸洗脱液,其中,所述第三密封试剂与所述核酸洗脱液形成分层,且位于所述核酸洗脱液上层;优选地,进行步骤(4)一次或多次(例如,1次,2次或3次);
优选地,在步骤(2)中,第一密封试剂保持位于裂解液的上方,且隔离(即,密封)裂解液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸);
优选地,在步骤(3)中,第二密封试剂保持位于核酸洗涤液的上方,且隔离(即,密封)核酸洗涤液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸);
优选地,在步骤(4)中,第三密封试剂保持位于核酸洗脱液的上方,且隔离(即,密封)核酸洗脱液(以及其中可能包含的其他物质,例如核酸);或者,优选地,在震荡条件下进行步骤(4),并且,进一步优选地,所述第三密封试剂与核酸洗脱液形成油包水结构,其中,所述第三密封试剂包绕所述核酸洗脱液;
优选地,所述第一、第二和/或第三容器各自独立地为期望的形状,例如管状;
优选地,所述第一、第二和第三容器是各自独立放置的,或者,并列放置的;例如,所述第一、第二和第三容器按顺序并列放置;
优选地,所述磁珠选自下述的一种或多种:硅胶质膜磁珠,氨基磁珠,羟基磁珠,醛基磁珠,纤维素包被磁珠;
优选地,所述包含核酸的样品是包含细胞的样品;
优选地,所述核酸包含DNA或RNA;
优选地,使用自动化装置(例如核酸提取仪),进行步骤(2)至步骤(4)。
8.权利要求1-4任一项所述的试剂盒用于提取核酸的用途。
9.一种用于提取核酸的装置,其包含:第一容器(101),第二容器(102)和第三容器(103),其中,
第一容器(101)包含第一密封试剂层(104)、裂解液层(105)和磁珠(106),并且,第一密封试剂层(104)位于裂解液层(105)上方,且磁珠(106)位于裂解液层(105)中;
第二容器(102)包含第二密封试剂层(107)和核酸洗涤液层(108),并且,第二密封试剂层(107)位于核酸洗涤液层(108)上方;和
第三容器(103)包含第三密封试剂层(109)和核酸洗脱液层(110),并且,第三密封试剂层(109)位于核酸洗脱液层(110)上方。
10.权利要求9的装置,其中,所述第一容器(101),第二容器(102)和/或第三容器(103)是管状的;
优选地,所述第一容器(101),第二容器(102)和第三容器(103)是并列放置的,例如按顺序放置;
优选地,所述第一容器(101),第二容器(102)和第三容器(103)各自独立地是封闭的或不封闭的;
优选地,所述第一容器(101),第二容器(102)和第三容器(103)被封口膜(111)所封闭。
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