CN113038957A - 微生物群 - Google Patents

Abstract

本文提供了重新分离的微生物菌株。在一些情况下，细菌菌株包括约氏乳杆菌、卷曲乳杆菌、普拉氏粪便杆菌、嗜粘蛋白艾克曼菌、长双歧杆菌和/或婴儿长双歧杆菌菌株的属、种和/或菌株。这些细菌菌株可用于治疗生态失调、炎症和其他疾病。

Description

微生物群

相关申请的交叉引用

本申请要求于2018年4月10日提交的美国临时申请号 62/655,562的权益，其通过引用整体并入本文并用于所有目的。

背景技术

微生物组和基因组研究领域的最新发展提供人类肠道的微生物组成从根本上影响人类健康、疾病发作和进展的证据。然而，关于微生物组与宿主的关系、由于微生物组组成而导致宿主的功能和代谢变化以及用于治疗应用的微生物组合物的潜在发展方面仍是未知的。

发明内容

本公开内容提供了包含一种或多种用于预防和/或治疗受试者(例如，啮齿类动物或人类)的疾病或病况的细菌菌株的组合物、方法和试剂盒。在一些情况下，包含至少一种细菌菌株的组合物可以口服施用，并且可以与一种或多种药学上可接受的赋形剂组合施用。在一些情况下，可以将本公开内容的治疗性菌群(例如，包括嗜粘蛋白艾克曼菌菌株、普拉氏粪便杆菌菌株、卷曲乳杆菌菌株)与一种或多种其他治疗剂(例如，小分子药物、治疗性肽或蛋白质等)组合施用于受试者。

在各个方面，本公开内容提供了一种治疗有需要的受试者的炎症或炎性疾病的方法，其包括向所述受试者施用有效量的细菌群体，所述细菌群体包含表1的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号1-4相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号5-40相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号184-199相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1 的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号214-216相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号 223-226相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号111-115相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，所述炎性疾病是过敏、特应性、哮喘、自身免疫性疾病、自身炎性疾病、超敏反应、儿童过敏性哮喘、过敏性哮喘、炎性肠病、乳糜泻、克罗恩病(Crohn’s disease)、结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、憩室炎、肠易激综合征、短肠综合征、郁滞肠袢综合征、慢性持续性腹泻、婴儿顽固性腹泻、旅行者腹泻、免疫增生性小肠疾病、慢性前列腺炎、后肠综合征、热带口炎性腹泻、惠普耳氏病(Crohn’s disease)、沃尔曼病(Wolman disease)、关节炎、类风湿性关节炎、贝切特氏病(Behcet’s disease)、葡萄膜炎、坏疽性脓皮症、结节性红斑、创伤性脑损伤、银屑病关节炎、青少年特发性关节炎、多发性硬化症、系统性红斑狼疮(SLE)、重症肌无力、青少年型糖尿病、1型糖尿病、格林-巴利综合征(Guillain-Barre syndrome)、桥本脑炎(Hashimoto’s encephalitis)、桥本甲状腺炎、强直性脊柱炎、银屑病、干燥综合征、血管炎、肾小球肾炎、自身免疫性甲状腺炎、大疱性类天疱疮、结节病、鱼鳞病、格雷夫斯眼病、爱迪生氏病(Addison’s disease)、白癜风、寻常痤疮、盆腔炎、再灌注损伤、肉状瘤病、移植排斥、间质性膀胱炎、动脉粥样硬化或特应性皮炎。在一些情况下，所述受试者小于约24个月大。在一些情况下，所述受试者是新生儿。

在各个方面，本公开内容提供了一种治疗有需要的受试者的生态失调的方法，其包括向所述受试者施用有效量的细菌群体，所述细菌群体包含表1的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号1-4相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号5-40相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号184-199相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号214-216相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号223-226 相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号111-115相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，所述受试者小于约24个月大。在一些情况下，所述受试者是新生儿。

在各个方面，本公开内容提供了一种治疗有需要的受试者的病毒性呼吸道感染的方法，其包括向所述受试者施用有效量的细菌群体，所述细菌群体包含表1的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号1-4相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号5-40相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号184-199相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表 1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号214-216相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号223-226相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号111-115相关的一种或多种细菌菌株。在一些情况下，所述受试者小于约24个月大。在一些情况下，所述受试者是新生儿。在一些情况下，所述细菌群体被配制成口服剂型。在一些情况下，所述口服剂型还包含赋形剂。在一些情况下，所述赋形剂包括消耗氧气的赋形剂。在一些情况下，所述口服剂型为滴剂、液体剂、冷冻液体剂、悬浮剂、乳剂或粉剂的形式。在一些情况下，所述细菌群体产生一种或多种生物活性化合物。在一些情况下，所述一种或多种生物活性化合物包含一种或多种脂肪酸、一种或多种脂质、一种或多种磷脂、上述任一项的衍生物或其任何组合。在一些情况下，所述一种或多种脂肪酸包括短链脂肪酸。在一些情况下，所述一种或多种磷脂包括一种或多种磷脂酰胆碱或其一种或多种衍生物。

在各个方面，本公开内容提供了一种包含表1的一种或多种细菌菌株的组合物。在一些情况下，这样的组合物可进一步包含表1的所述一种或多种细菌菌株的至少约10⁷个细胞。在一些情况下，所述组合物可进一步包含表1的所述一种或多种细菌菌株的约10⁷至约10¹¹个细胞，或约10⁸至约10⁹个细胞。在一些情况下，所述组合物包含表1的三种或更多种细菌菌株。在一些情况下，表1的所述三种或多种细菌菌株具有协同作用。在一些情况下，所述组合物包含表1的四种或更多种细菌菌株。在一些情况下，表1的所述四种或更多种细菌菌株具有协同作用。在一些情况下，所述组合物包含表1的五种或更多种细菌菌株。在一些情况下，表1的所述五种或更多种细菌菌株具有协同作用。在一些情况下，表1的所述三种或更多种细菌菌株是基本上纯的。在一些情况下，所述组合物包含至少一种约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)或卷曲乳杆菌(Lactobacillus crispatus)菌株、至少一种普拉氏粪便杆菌 (Faecalibacterium prausnitzii)菌株和至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansia muciniphila)菌株以及任选地至少一种双歧杆菌属 (Bifidobacterium)菌株。在一些情况下，所述组合物包含两种或更多种不同的卷曲乳杆菌菌株。在一些情况下，所述组合物包含两种或更多种不同的普拉氏粪便杆菌菌株。在一些情况下，所述组合物包含两种或更多种不同的嗜粘蛋白艾克曼菌菌株。在一些情况下，所述组合物包含两种或更多种不同的双歧杆菌属菌株。

在各个方面，本公开内容提供了一种包含三种或更多种表1细菌种的组合物，其中所述组合物包含三种或更多种表1的细菌菌株。

在各个方面，本公开内容提供了一种包含四种或更多种表1细菌种的组合物，其中所述组合物包含四种或更多种表1的细菌菌株。

在各个方面，本公开内容提供了一种包含一种或多种乳杆菌属种(Lactobacillus sp.)、粪便杆菌属种(Faecalibacterium sp.)或艾克曼菌属种(Akkermansia sp.)的菌株的组合物，其中一种或多种菌株来自表1。在一些情况下，所述组合物包含乳杆菌属种、粪便杆菌属种和艾克曼菌属种中的两种或更多种的菌株，所述菌株来自表1。在一些情况下，所述组合物包含乳杆菌属种、粪便杆菌属种和艾克曼菌属种的菌株，所述菌株来自表1。在一些情况下，所述组合物包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7 菌株、普拉氏粪便杆菌ST38菌株和卷曲乳杆菌ST100菌株中的任一种，或其任何组合。在一些情况下，所述组合物包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7 菌株、普拉氏粪便杆菌ST38菌株和卷曲乳杆菌ST100菌株。在一些情况下，所述组合物产生一种或多种生物活性化合物。在一些情况下，所述一种或多种生物活性化合物包含一种或多种脂肪酸、一种或多种脂质、一种或多种磷脂以上任一项的衍生物或其任何组合。在一些情况下，所述一种或多种脂肪酸包括短链脂肪酸。在一些情况下，所述一种或多种磷脂包括一种或多种磷脂酰胆碱或其一种或多种衍生物。在一些情况下，所述组合物被配制成口服剂型。在一些情况下，所述口服剂型还包含赋形剂。在一些情况下，所述赋形剂包括消耗氧气的赋形剂。在一些情况下，所述口服剂型为滴剂、液体剂、冷冻液体剂、悬浮剂、乳剂或粉剂的形式。

在各个方面，本公开内容提供了一种容器，其包含含有表1的一种或多种细菌菌株的组合物。在一些情况下，这样的容器包含一种组合物，所述组合物包含一种或多种表1中所示的任何一种菌株。在一些情况下，所述组合物被配制成气雾剂、蒸气剂、喷雾剂或薄雾剂。

在各个方面，本公开内容提供了一种试剂盒，其包括(1)包含含有表1的一种或多种细菌菌株的组合物的容器以及(2)指导使用者使用所述组合物的说明书。在一些情况下，所述试剂盒包含本文所述的容器。在一些情况下，这样的容器可用于治疗需要其的受试者的炎症或炎性疾病。

通过以下在其中仅示出和描述了本公开内容的说明性实施方案的详细描述，本公开内容的其他方面和优点对于本领域技术人员将变得显而易见。将会认识到，本公开内容能够具有其他和不同的实施方案，并且其若干细节能够在各种显而易见的方面进行修改，所有这些都不脱离本公开内容。因此，附图和说明应被视为本质上是说明性的，而非限制性的。

援引并入

在本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，程度如同具体地和单独地指出每一个出版物、专利或专利申请通过引用并入。

附图说明

本发明的新颖特征在所附权利要求中具体阐述。通过参考以下对其中利用到本发明的原理的说明性实施方式加以阐述的详细描述和附图，将会获得对本发明的特征和优点的更好理解，在这些附图中：

图1A示出了使用蟑螂变应原(CRA)鼠模型从三项独立研究中获得的小鼠血浆中的IgE浓度值(以ng/mL计)。根据本公开内容，使用未处理(NT)的小鼠、蟑螂变应原(CRA)处理的小鼠以及使用包含由约氏乳杆菌、普拉氏粪便杆菌和嗜粘蛋白艾克曼菌组成的微生物群(例如，缩写为“TC3”的治疗群)的CRA和口服补充剂处理的小鼠。

图1B示出了根据本公开内容，从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的小鼠血浆中CRA特异性IgE浓度值(通过测量450nm处的光密度确定)。

图1C示出了根据本公开内容，从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的小鼠血浆中组胺浓度值(以ng/mL计)。

图1D示出了根据本公开内容，从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的小鼠肺匀浆中的IL-4浓度值(以pg/mL计)。

图1E示出了根据本公开内容，从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的小鼠肺匀浆中的IL-13浓度值(以pg/mL计)。

图1F示出了根据本公开内容，从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的CRA特异性IgE与CRA特异性IgG3的血浆浓度比。

图1G示出了根据本公开内容，通过qPCR确定并从NT小鼠、CRA 处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的肺组织中IL-4浓度的倍数变化。

图1H示出了根据本公开内容，通过qPCR确定并从NT小鼠、CRA 处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的肺组织中IL-13浓度的倍数变化。

图1I示出了根据本公开内容，通过从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的肺组织中调节性T(T_reg)细胞(CD4⁺、CD127^-、CD25⁺、Foxp3⁺细胞)的相对百分比。

图1J示出了根据本公开内容，通过从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的肺组织中2型T辅助(T_H2)细胞(CD3⁺、CD4⁺、IL-4⁺、ST2⁺细胞)的相对百分比。

图1K示出了根据本公开内容，通过从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和含TC3的口服补充剂处理的小鼠的三项独立研究中获得的肺组织中嗜酸性粒细胞(CD11c^-、CD11b⁺、SiglecF⁺细胞)的相对百分比。

图1L示出了根据本公开内容，通过从NT小鼠、CRA处理的小鼠以及经CRA和口服TC3补充剂处理的小鼠中的三项独立研究获得的肺组织中嗜中性粒细胞(CD11b⁺、Gr-1⁺细胞)的相对百分比。

图2A示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中肥大细胞(CD49b⁺、CD193⁺、 FcεRI⁺、c-kit⁺细胞)的相对百分比。

图2B示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中嗜碱性粒细胞(CD49b⁺、 CD123⁺、FcεRI⁺细胞)的相对百分比。

图2C示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中嗜酸性粒细胞(CD11c^-、CD11b⁺、SiglecF⁺细胞)的相对百分比。

图2D示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中嗜中性粒细胞(CD11b⁺、Gr- 1⁺细胞)的相对百分比。

图2E示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中肺泡巨噬细胞(CD11c⁺、 CD11b^-、CD64⁺、SiglecF⁺细胞)的相对百分比。

图2F示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中T_H2细胞(CD3⁺、CD4⁺、IL- 4⁺、GATA-3⁺细胞)的相对百分比。

图2G示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中17型T辅助(T_H17)细胞 (CD3⁺、CD4⁺、RORγt⁺、IL-17A⁺细胞)的相对百分比。

图2H示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中T_reg细胞(CD4⁺、CD127^-、 CD25⁺、Foxp3⁺细胞)的相对百分比。

图2I示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中CRA-特异性T₂H细胞(CD3⁺、 CD4⁺、IL-4⁺、GATA-3⁺细胞)的相对百分比。

图2J示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中滤泡性B辅助性T(T_FH)细胞(CD3⁺、CD4⁺、CXCR5⁺、PD-1⁺细胞)的相对百分比。

图2K示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的髓样癌淋巴结(mLN)组织中T_reg细胞(CD4⁺、CD127^-、CD25⁺、Foxp3⁺细胞)的相对百分比。

图2L示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中B调节(B_reg)细胞与B调节1(B_R1)细胞(CD19⁺、CD5⁺、CD1d⁺细胞)的比率。

图2M示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中生发中心(GC)B细胞(CD19⁺、 CD95⁺、GL7⁺细胞)的相对百分比。

图2N示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中血浆细胞(CD19^-、CD138⁺、 CD93⁺细胞)的相对百分比。

图2O示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的小鼠血浆中的IgE浓度值(以ng/mL 计)。

图2P示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的小鼠血浆中CRA-特异性IgE与CRA- 特异性IgG3的浓度比率。

图2Q示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的小鼠血浆中的组胺浓度值(以ng/mL 计)。

图2R示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的小鼠血浆中CRA特异性IgE的浓度值(通过测量450nm处的光密度确定)。

图2S示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的小鼠血浆中CRA特异性IgG3的浓度值(通过测量450nm处的光密度确定)。

图2T示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中IL-4的浓度值(以pg/mL 计)。

图2U示出了根据本公开内容，通过从用PBS、CRA、TC3(ATCC，冷冻的)、TC3(WT，冷冻的)、TC3(ATCC，活的)或TC3(WT，活的)处理的六只小鼠队列获得的肺组织中IL-13的浓度值(以pg/mL 计)。

图3示出了使用嗜粘蛋白艾克曼菌菌株的全基因组比较产生的系统树。AM-ST7用黑色框起来。

图4示出了单核苷酸多态性(SNP)树，其将AM-ST7的遗传变体的三种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株AM-ST7_1、AM-ST7_2和AM-ST7_3与其他嗜粘蛋白艾克曼菌菌株进行比较。数据示出了三种AM-ST7变体密切相关。

图5示出了单核苷酸多态性(SNP)树，其将AM-ST7的遗传变体的三种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株AM-ST7_1、AM-ST7_2和AM-ST7_3与其他嗜粘蛋白艾克曼菌菌株进行比较。数据示出了三种AM-ST7变体密切相关。

图6示出了汇总各种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株之间的比较SNP数据的表。

图7示出了MicroSEQ ID方案的一般概述。

图8和图9示出了使用普拉氏粪便杆菌菌株的全基因组比较产生的系统树。普拉氏粪便杆菌ST38用黑色框起来。

图10和图11示出了使用卷曲乳杆菌菌株的全基因组比较产生的系统树。卷曲乳杆菌ST100(LC-ST100)用黑色框起来。

图12示出了嗜粘蛋白艾克曼菌原始培养基(上)和嗜粘蛋白艾克曼菌细胞提取物(下)M级分的ELSD色谱图的快照，信号峰对应于化合物1-3(其化学结构如图13所示)。

图13示出了磷脂酰胆碱前体或磷脂酰胆碱样化合物1-3的建议结构。

图14示出了三种菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38 和卷曲乳杆菌ST100的抗生素抗性结果的汇总表(*表示临床和实验室标准协会推荐的值)。使用肉汤溶液法确定抗生素抗性。

图15A示出了嗜粘蛋白艾克曼菌菌株AM 2、AM 3、AM 5、AM 6 和AM 7产生的乙酸盐量与ATCC参考菌株相当，其中AM 3和AM 7 处于较低端。

图15B示出了普拉氏粪便杆菌菌株FP 12、FP 13、FP 14、FP 15和 FP 16比ATCC参考菌株产生更高的乙酸盐量。出乎预料地，菌株FP 15 和FP 16产生的乙酸盐量是ATCC参考菌株的两倍。

图15C示出了与ATCC参考菌株或CMC培养基对照相比，普拉氏粪便杆菌菌株FP 12、FP 13、FP 14、FP 15和FP 16产生明显更高的异丁酸盐量。

图16示出了使用过敏性气道炎症小鼠模型的实验研究的时间表和设置的实例，以评估产生肠道细菌菌株的磷脂酰胆碱或磷脂酰胆碱衍生的化合物对过敏性气道炎症的保护作用。

具体实施方式

尽管本文已经示出并描述了本发明的各种实施方案，但对于本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。本领域技术人员在不脱离本发明的情况下可以想到多种变化、改变和替代。应当理解，可以采用本文所述的本发明实施方案的各种替代方案。

本公开内容提供了包含微生物组合物诸如治疗性微生物群的方法和组合物。本文所述的微生物组合物可包含一种或多种不同的细菌种(例如，艾克曼菌属种、粪便杆菌属种、乳杆菌属种和/或表1所列的那些) 和/或一种或多种不同的细菌菌株(例如，表1(以隔离号列出的菌株) 和/或表2(以隔离号和菌株号列出的菌株)中列出的那些中的任何一种或多种)。这样的微生物组合物可以具有有益的和/或治疗的性质，因此在施用于受试者时，可以用于预防和/或治疗所述受试者(例如，啮齿类动物或人)中的广谱疾病或病况。本文所述的微生物组合物可以使用各种施用途径来施用，包括以口服剂型(例如，胶囊剂、片剂、乳剂、悬浮剂等)施用。

本文所述的微生物组合物可包含细菌种艾克曼菌属种、粪便杆菌属种、乳杆菌属种中的任何一种或多种或其任何组合。微生物组合物可包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7菌株、普拉氏粪便杆菌ST38菌株或卷曲乳杆菌ST100菌株或其任何组合。微生物组合物可以是协同菌群。这种群的协同作用可包括提高受试者的治疗功效和/或提高对所述受试者有益的长期健康效应(例如，预防疾病或病况)。本公开内容的微生物组合物可以包含可产生一种或多种有益和/或治疗有效的化合物的一种或多种细菌种和/或菌株。这样的化合物可以具有抗炎作用。本文所述的组合物和方法可包含一种或多种细菌种或菌株的一种或多种细菌细胞，其产生有益的脂肪酸，包括短链脂肪酸(SCFA)、饱和和不饱和脂肪酸，诸如ω-3和/或ω-6脂肪酸(例如，亚麻酸)和/或影响或改变此类脂肪酸的代谢。本文所述的组合物和方法可以包含产生和/或影响或改变磷脂和/或其衍生物的代谢的一种或多种细菌种或菌株的一种或多种细菌细胞。这样的磷脂和/或其衍生物可以是磷脂酰胆碱和/或其衍生物。本公开内容提供了一种或多种可以产生一种或多种磷脂(例如，磷脂酰胆碱和/或其衍生物)和/或其衍生物的艾克曼菌属种的种或菌株。产生一种或多种磷脂的艾克曼菌属菌株可以是嗜粘蛋白艾克曼菌ST7。可以由嗜粘蛋白艾克曼菌ST7产生的至少一种磷脂可以是磷脂酰胆碱和/或其衍生物。这样的化合物可以与图14所示的化合物1-3具有结构相似性。

本文所述的治疗性群可用于治疗和/或预防疾病和病况，诸如生态失调、炎症(例如，慢性和/或过敏性炎症)、自身免疫性疾病、感染和/或癌症。

每当术语“至少”、“大于”或“大于或等于”在一系列两个或更多个数值中的第一个数值之前时，术语“至少”、“大于”或“大于或等于”应用于该系列数值中的每个数值。例如，大于或等于1、2或3相当于大于或等于1、大于或等于2或者大于或等于3。

每当术语“不超过”、“小于”或“小于或等于”在一系列两个或更多个数值中的第一个数值之前时，术语“不超过”、“小于”或“小于或等于”应用于该系列数值中的每个数值。例如，小于或等于3、2或 1相当于小于或等于3、小于或等于2或者小于或等于1。

如本文所用，如果一种物质基本上不含其他组分，则该物质是“纯的”或“基本上纯的”。当应用于细菌时，术语“纯化”(purify)、“纯化”(purifying)和“纯化的”(purified)可以指在最初生成或产生时 (例如，无论是在自然环境中还是在实验环境中)，或者在首次生产后的任何时间内，已从与其相关的至少一些组分中分离出来的细菌。如果细菌或细菌群体是在生产时或生产后诸如从包含该细菌或细菌群体的材料或环境中分离出来，或者通过培养传代而分离，则可以认为是纯化的，并且纯化的细菌或细菌群体可能包含的其他物质最高达至少约10％、约 20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或高于约90％，但仍被视为“分离的”。纯化的细菌和细菌群体的纯度按重量计(w/w)可以大于至少约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于至少约99％。在本文提供的微生物组合物的情况下，可以从包含细菌类型的材料或环境中产生和/或存在的一种或多种其他细菌中独立地纯化存在于组合物中的一种或多种细菌类型(种或菌株)。微生物组合物及其细菌组分通常从残留的栖息地产物中纯化。

分离出的细菌可能已(1)从最初获得时与其相关的至少某些成分中分离出来(无论是自然环境还是实验环境)，和/或(2)已由人手工生产、制备、纯化和/或制造，例如，使用人工培养条件，诸如(但不限于) 在平板和/或发酵桶中培养。分离的细菌可以包括那些被培养的细菌，即使这种培养不是单一培养。分离的细菌可以与至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多的最初与之相关的其他成分分离。分离的细菌的纯度可以大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％。本文提供的生物样品的细菌群体可以包含一种或多种细菌，然后该细菌可以从此类样品中分离出。分离的细菌可以以非天然存在的形式提供。

如本文所用，术语“有效量”和“有效剂量”可以互换使用，并且通常是指产生期望的生理反应(例如，减轻炎症、感染或生态失调)所需的量。可以凭经验确定用于施用治疗性群的有效量和时间表。施用的剂量范围可以足够大以产生其中疾病或病况的一种或多种症状受到影响 (例如，减轻或延迟)的期望的效果。剂量不能太大以至于引起实质性的不良副作用，诸如交叉反应、过敏反应等。通常，剂量将随年龄、病况、性别、疾病类型、疾病或病况的程度、施用途径或方案中是否包括其他药物而变化，并且依其可以确定。出现任何禁忌症时，可调整剂量。剂量可以变化，并且可以每天一次或多次剂量施用，持续一天或几天。例如，对于给定的参数，有效量将显示出至少约5％、10％、15％、20％、 25％、40％、50％、60％、75％、80％、90％或至少100％的增加或减少。功效也可以表示为“倍数”增加或减少。例如，治疗有效量相对于对照可以具有至少约1.2倍、1.5倍、2倍、5倍或更多的功效。对于预防性使用，在发作初期之前或期间(例如，在自身免疫疾病的初始体征和症状出现时)将治疗有效量的本文所述的微生物组合物施用于受试者。

如本文所使用的，术语“受试者”、“患者”、“个体”等通常可以互换。另外，被描述为“患者”的个体可能没有患有给定的疾病，而可能仅在寻求医疗建议。如本文所用，“治疗”或治疗病况、疾病或病症或与病况、疾病或病症相关的症状是指获得有益结果，包括临床结果的方法。有益的临床结果可包括但不限于缓解或改善一种或多种症状或病况，减轻病况、病症或疾病的程度，稳定病况、病症或疾病的状态，预防病况、病症或疾病的发展，阻止病况、障碍或疾病的扩散，延迟或减慢病况、病症或疾病的进展，延迟或减慢病况、病症或疾病的发作，改善或减轻病况、病症或疾病状态以及部分或全部的缓解。“治疗”也可能意味着延长受试者的生存期，使其超出未进行治疗时的预期。“治疗”还可以意味着暂时抑制病况、病症或疾病的进展，暂时减缓病况、病症或疾病的进展，尽管在一些情况下，它可能包括永久停止病况、病症或疾病的进展。如本文所用，术语治疗(treatment)、治疗(treat)或治疗(treating)是指减少以蛋白酶表达为特征的疾病或病况的一种或多种症状或以蛋白酶表达为特征的疾病或病况的症状的影响的方法。因此，本文公开的方法或治疗可以指疾病或病况的确定的疾病、病况或症状(例如，炎症、感染或生态失调)的严重性至少降低约10％、20％、30％、 40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％。例如，如果与对照相比，受试者的一种或多种疾病症状减少了10％，则认为该疾病的治疗方法为治疗。因此，与天然或对照水平相比，减少可以是至少约10％、20％、 30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％或在约10％至约100％之间减少的任何百分比。此外，如本文所用，提及降低、减少或抑制包括与对照水平相比至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、 80％、90％或更大的变化，且此类术语可包括但不一定包括完全消除。包含所限定的微生物组合物的组合物可以通过鼻十二指肠导管、通过灌肠或通过内窥镜检查、肠镜检查或结肠镜检查或以可食用的胶囊剂、片剂、溶液剂、悬浮液剂等口服施用于受试者的胃肠道。可以在合适的赋形剂 (例如，包含盐溶液、缓冲液等)中稀释治疗性微生物组合物。

如本文所述，术语“疾病”和“病况”在本文中可以互换使用，并且通常是指能够用本文公开的试剂盒、方法和/或组合物诊断和/或治疗的患者或受试者的生存状态或健康状态。疾病可以是炎性疾病、感染性疾病或自身免疫性疾病。疾病可以是受试者的微生物组或与之相关，诸如肠道微生物组。疾病可以是生态失调，诸如肠道生态失调。

如本文所述，术语“生态失调”可以表示与健康或普通人群相比胃肠道微生物区的差异。与健康或普通人群相比，生态失调可能包括胃肠道微生物区共生物种多样性的差异。生态失调也可以包括有益微生物的减少和/或病原菌(致病或潜在致病的微生物)的增加和/或总体微生物区种多样性的减少。许多因素会损害肠道菌群的有益成员，从而导致生态失调，所述因素包括(但不限于)抗生素的使用、心理和生理压力、辐射以及饮食的变化。生态失调可以包括和/或促进细菌机会病原体诸如粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(Enterococcusfaecium)或难辨梭菌(Clostridium difficile)的过度生长。与健康受试者(例如，对应的受试者没有炎性疾病、感染，并且在大约1、2、3、4、5或6个月内和/或与健康或普通人群相比未施用抗生素)相比，生物失调可以包括种或属的细菌或真菌细胞数量的减少(总微生物群体的绝对数量或比例) (例如，至少约5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、 50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更低)。与健康受试者(例如，对应的受试者没有炎性疾病、感染，并且在大约 1、2、3、4、5或6个月内和/或与健康或普通人群相比未施用抗生素) 相比，生物失调包括种或属中细菌或真菌细胞数量的增加(总微生物群体的绝对数量或比例)(例如，至少约5％、10％、15％、20％、25％、 30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、 85％、90％、95％或更高)。患有胃肠道感染、胃肠道炎症、腹泻、结肠炎或在约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10周内接受抗生素的受试者可被视为患有生态失调。受损的微生物区可能包含小肠细菌或真菌过度生长。抗生素施用(例如，全身性地，诸如通过静脉内注射或口服)可能是正常微生物群发生重大改变的常见和重要的原因。因此，如本文所用，术语“抗生素诱导的生态失调”可以指由施用抗生素引起或在其之后引起的生态失调。生态失调可能与各种疾病和病况相关，诸如炎症(例如，慢性和/或过敏性炎症)、自身免疫性疾病、感染和/或癌症。因此，患有生态失调的受试者可能患有炎性疾病(例如，慢性和/或过敏性炎性疾病)、自身免疫性疾病、感染和/或癌症。

如本文所述，术语“诊断”通常是指在受试者中存在疾病(例如自身免疫、炎性自身免疫、癌症、传染性、免疫性、生态失调等)的相对概率。类似地，术语“预后”通常是指受试者的疾病状态可能发生某些未来结果的相对概率。

如本文所述，术语“生物样品”或“样品”在本文中可互换使用，并且通常是指获得自或衍生自受试者(例如，人)的材料。生物样品可包括组织切片，诸如活检和尸检样品以及取自用于组织学目的的冷冻切片。这样的样品可包括体液诸如血液和血液级分或产物(例如血清、血浆、血小板、红细胞等)、粪便和粪便级分或产物(例如粪便水，诸如但不限于通过诸如离心和过滤的方法从其它粪便成分和固体中分离的粪便水)、痰、组织、培养的细胞(例如原代培养物、外植体和转化的细胞)、粪便、尿液、滑液、关节组织、滑膜组织、滑膜细胞、成纤维细胞样滑膜细胞、巨噬细胞样滑膜细胞、免疫细胞、造血细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、树突细胞、T细胞等。样品可获自真核生物，诸如哺乳动物诸如灵长类动物，例如黑猩猩或人类；牛；狗；猫；啮齿类动物，例如豚鼠、大鼠、小鼠；兔；或者鸟；爬行动物；或鱼。

如本文所述，种的缩写“sp.”可以表示指示属的至少一个种(例如， 1、2、3、4、5或更多的种)。种的缩写“spp.”可以表示指示属的2个或更多个种(例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多)。通常，第一细菌和第二细菌可以在各种分类学水平上进行区分，例如属水平(例如，艾克曼菌属种)、种水平(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌)、菌株水平 (例如，嗜粘蛋白艾克曼菌ST7或AM-ST7)和/或变体(例如，遗传变体)水平(例如，AM-ST7_1)，或通过任何其他分类方法。本文提供的方法和组合物可在指定属或指定类内包含单个种，或在指定属或指定类内包含2个或更多个(例如，多个包括2个以上)种。此外，本文所述的方法和组合物可包含一种或多种指定种的菌株。本公开内容的菌株(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌(Akkermansiamuciniphila)ST7或AM-ST7)可包含一种或多种遗传变体(例如，AM-ST7_1、AM-ST7_2和/或AM- ST7_3)。因此，本公开内容的方法和组合物可以包含指定菌株的一种或多种不同变体。这样的遗传菌株变体可以彼此具有高遗传相似性，如图 4-图6中针对变体AM-ST7_1、AM-ST7_2和AM-ST7_3所示。

如本文所述，术语“细菌组合物”、“细菌群体”和“菌群”可以在本文中互换使用。

如本文所述，在化学化合物的上下文中，术语“衍生物”通常是指此类化合物的任何化学衍生物，包括任何异构体、构象异构体或者其他结构、化学或生物学相关的化合物。例如，术语“磷脂酰胆碱衍生物”通常指任何磷脂酰胆碱衍生物、任何磷脂酰胆碱样化合物、任何磷脂酰胆碱异构体、构象异构体或与磷脂酰胆碱类化合物在结构、化学或生物学上相关的其他化合物。此外，术语“磷脂酰胆碱衍生物”和“磷脂酰胆碱样化合物”在本文中可以互换使用。在一个实例中，本公开内容的细菌菌株(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌菌株)可以产生一种或多种磷脂酰胆碱样化合物。这样的化合物可以具有治疗作用，并且可以用于预防和/或治疗受试者的疾病或病况。

本公开内容提供了细菌群的鉴定、表征和用途，用于治疗疾病或病况，所述疾病或病况包括但不限于生态失调、哮喘、过敏、感染和炎性疾病。基因组学和下一代测序技术的进步能够鉴定和表征存在于人类肠道中的特定细菌菌株。受试者中一种或多种这样的细菌菌株的存在或不存在可以与受试者的疾病或病况相关，诸如生态失调病况、哮喘、过敏病况、感染或炎性病状。包含此类细菌菌株(例如，表1中列出的菌株) 的菌群的表征和分层可以提供用于鉴定包含细菌的组合物的平台，所述细菌可以协同作用以治疗和/或预防一种或多种上述病况。

微生物群

通常，本公开内容的微生物群可包含一种或多种属于疣微菌门(Verrucomicrobia)、硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和/或拟杆菌门(Bacteroidetes)或其任何组合的属、种、菌株和/或菌株变体。微生物群可以包含属于粪便杆菌属种、艾克曼菌属种、乳杆菌属种或其任何组合中的一种或多种的细菌。

微生物群可包含少于约20、19、18、17、16、15、14、13、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2种不同种的细菌。微生物群可包含少于约20 种不同种的细菌。该组合物可包括少于约20种不同种的细菌。微生物群可包含少于约15种不同种的细菌。微生物群可包含少于15种不同的细菌。微生物群可包含少于约10种不同种的细菌。微生物群可包含少于10 种不同的细菌。微生物群可包含少于约9种不同种的细菌。微生物群可包含少于9种不同种的细菌。微生物群可包含少于约8种不同种的细菌。微生物群可包含少于8种不同种的细菌。微生物群可包含少于约7种不同种的细菌。微生物群可包含少于7种不同种的细菌。微生物群可包含约6种以上不同种的细菌。微生物群可包含6种以上不同种的细菌。微生物群可包含少于约5种不同种的细菌。微生物群可包含少于5种不同种的细菌。微生物群可包含少于约4种不同种的细菌。微生物群可包含少于4种不同种的细菌。微生物群可包含少于约3种不同种的细菌。微生物群可包含少于3种不同种的细菌。微生物群可包含少于约2种不同种的细菌。微生物群可包含少于2种不同种的细菌。

本公开内容提供了用于治疗疾病或病况的组合物和方法，其可包含微生物组合物，所述微生物组合物包含、基本上由或由一种或多种(i) 乳杆菌属菌株，一种或多种(ii)粪便杆菌属菌株，一种或多种(iii)艾克曼菌属菌株，和/或一种或多种(iv)双歧杆菌属菌株组成。所述组合物可包含至少一种约氏乳杆菌或卷曲乳杆菌菌株、至少一种普拉氏粪便杆菌菌株、至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株以及在一些情况下至少一种长双歧杆菌菌株或另一种合适的双歧杆菌属菌株。约氏乳杆菌和卷曲乳杆菌是乳杆菌属中的一个种，属于硬壁菌门。普拉氏粪便杆菌是粪便杆菌(Faecalibacterium)属中唯一已知的种，它属于硬壁菌门。嗜粘蛋白艾克曼菌是艾克曼菌属中的一个种，属于疣微菌门。双歧杆菌属是一种革兰氏阳性菌的属，属于放线菌门。

本公开内容提供了可以包含微生物组合物的组合物和方法，所述微生物组合物包含可以是约氏乳杆菌或卷曲乳杆菌的乳杆菌属种。该乳杆菌属种可以是约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)、鼠李糖乳杆菌 (Lactobacillus rhamnosus)、玉米乳杆菌(Lactobacillus zeae)、酸鱼乳杆菌(Lactobacillus acidipiscis)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、敏捷乳杆菌(Lactobacillusagilis)、鸟乳杆菌(Lactobacillusaviarius)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、人阴道乳杆菌(Lactobacillus coleohominis)、卷曲乳杆菌(Lactobacillus crispatus)、面包乳杆菌(Lactobacillus crustorum)、弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus)、食二酸乳杆菌(Lactobacillus diolivorans)、谷糠乳杆菌(Lactobacillus farraginis)、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、府中乳杆菌 (Lactobacillusfuchuensis)、哈尔滨乳杆菌(Lactobacillusharbinensis)、瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)、稀氏乳杆菌(Lactobacillus hilgardii)、肠乳杆菌(Lactobacillus intestinalis)、詹氏乳杆菌(Lactobacillus jensenii)、马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、高加索酸奶乳杆菌(Lactobacilluskefiri)、林氏乳杆菌(Lactobacillus lindneri)、马里乳杆菌(Lactobacillus mali)、食木薯乳杆菌(Lactobacillus manihotivorans)、粘膜乳杆菌(Lactobacillus mucosae)、酒类乳杆菌 (Lactobacillusoeni)、寡发酵乳杆菌(Lactobacillusoligofermentans)、面包乳杆菌(Lactobacillus panis)、美洲虎乳杆菌(Lactobacilluspantheris)、类短乳杆菌(Lactobacillusparabrevis)、类丘状菌落乳杆菌(Lactobacillus paracollinoides)、类高加索酸奶粒乳杆菌(Lactobacillusparakefiri)、类植物乳杆菌(Lactobacillusparaplantarum)、戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、桥乳杆菌(Lactobacilluspontis)、路氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)、罗西氏乳杆菌(Lactobacillusrossiae)、唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)、白面粉乳杆菌(Lactobacillussiliginis)、Lactobacillussucicola、牛粪乳杆菌(Lactobacillusvaccinostercus)、阴道乳杆菌(Lactobacillus vaginalis)、酒乳杆菌(Lactobacillus vini)、格氏乳球菌(Laclococcusgarvieae)或乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)或其组合。

本公开内容提供了可以包含微生物组合物的组合物和方法，所述微生物组合物包括嗜粘蛋白艾克曼菌的艾克曼菌属种。艾克曼菌属种可以是嗜粘蛋白艾克曼菌或嗜聚糖艾克曼菌(Akkermansia glycaniphila)或其组合。

本公开内容提供其中双歧杆菌属种可以是粪双歧杆菌 (Bifidobacteriumfaecale)的组合物和方法。双歧杆菌属种可以是角形双歧杆菌(Bifidobacteriumangulatum)、动物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis)、星状双歧杆菌(Bifidobacteriumasteroides)；两歧双歧杆菌 (Bifidobacterium bifidum)；牛双歧杆菌(Bifidobacterium boum)；短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)、链状双歧杆菌(Bifidobacterium catenulatum)、猪双歧杆菌(Bifidobacterium choerinum)、棒状双歧杆菌(Bifidobacterium coryneforme)、家兔双歧杆菌(Bifidobacterium cuniculi)、齿双歧杆菌(Bifidobacterium dentium)、没食子双歧杆菌 (Bifidobacteriumgallicum)、鸡双歧杆菌(Bifidobacteriumgallinarum)、印度双歧杆菌(Bifidobacterium indicum)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、婴儿长双歧杆菌(Bifidobacterium longuminfantis)、大双歧杆菌(Bifidobacterium magnum)、瘤胃双歧杆菌(Bifidobacteriummerycicum)、最小双歧杆菌(Bifidobacteriumminimum)、假链状双歧杆菌(Bifidobacteriumpseudocatenulatum)、假长双歧杆菌(Bifidobacterium pseudolongum)、嗜冷双歧杆菌(Bifidobacteriumpsychraerophilum)、小鸡双歧杆菌(Bifidobacteriumpullorum)、反刍双歧杆菌(Bifidobacterium ruminantium)、波伦亚双歧杆菌(Bifidobacteriumsaeculare)、史卡杜维双歧杆菌(Bifidobacterium scardovii)、猴双歧杆菌(Bifidobacterium simiae)、粪便双歧杆菌(Bifidobacterium stercoris)、纤细双歧杆菌 (Bifidobacterium subtile)、热嗜酸性双歧杆菌(Bifidobacteriumthermacidophilum)、嗜热双歧杆菌(Bifidobacterium thermophilum)或尿双歧杆菌(Bifidobacterium urinalis)或其组合。

本公开内容提供了可包含至少一种艾克曼菌属种的微生物组合物。微生物组合物可包含至少一种粪便杆菌属种。微生物组合物可包含至少一种乳杆菌属种。微生物组合物可包含至少一种艾克曼菌属种和至少一种粪便杆菌属种。微生物组合物可包含至少一种艾克曼菌属种和至少一种乳杆菌属种(乳杆菌属)。微生物组合物可包含至少一种粪便杆菌属种(粪便杆菌属种)和至少一种乳杆菌属种。本公开内容提供了微生物组合物，其可以包含至少一种艾克曼菌属种、至少一种粪便杆菌属种和至少一种乳杆菌属种(例如，下表1中所列的任何一种，其次为左栏)。

本文所述的组合物和方法可包含一种或多种可在种水平上进行描述和表征的细菌群体(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌)。本文所述的组合物和方法还可包含一种或多种可在菌株水平上进行描述和表征的细菌群体 (例如，嗜粘蛋白艾克曼菌ST7))。本文所述的组合物和方法还可包含一种或多种可在遗传变体水平上描述和表征的细菌群体(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌ST7_1)，其中所示菌株的遗传变异可以密切相关，例如图4和图5所描述的那些。

本公开内容提供了组合物和方法，其可以包含以下表1中所示的分离菌编号1-251所示的一种或多种细菌种和/或菌株，或此类菌株(即，表1的每个分离菌编号对应分离的细菌菌株)的任何组合。

表1–用于治疗性群的菌株的实例

本公开内容提供了可包含表1的至少一种细菌菌株的组合物和方法。本公开内容提供了可包含表1的至少两种细菌菌株的组合物和方法。本公开内容提供了可包含表1的至少三种细菌菌株的组合物和方法。本公开内容提供了可以包含至少约4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25种或至少约30种表1的细菌菌株的组合物和方法。

本公开内容提供了可以包含下表2中描述的细菌菌株1-25中的一种或多种或菌株1-25的任何组合的组合物和方法。表2的分离菌株已被编号为菌株1-25。这种菌株的分离菌编号对应于表1中所示的分离菌编号。

表2–用于治疗性群的菌株的实例

本公开内容提供了可以包含各种微生物组合物的组合物和方法。这样的组合物可以包含细菌菌株1-25中的任何一种(例如，表2中列出的那些)，或细菌菌株1-25的任何组合。因此，微生物组合物可以包含至少一种表2的细菌菌株。微生物组合物可包含至少约两种表2的细菌菌株。微生物组合物可包含至少约三种表2的细菌菌株。微生物组合物可包含至少约4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、 19、20、21、22、23、24或至少约25种表2的细菌菌株。

如本文所述的微生物组合物可包含一种或多种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株、一种或多种普拉氏粪便杆菌菌株和/或一种或多种卷曲乳杆菌菌株。本文所述的组合物和方法可包含微生物组合物(例如，治疗性微生物组合物)，该微生物组合物可以至少包含嗜粘蛋白艾克曼菌菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7(例如，菌株1)。本文所述的组合物和方法可包含微生物组合物(例如，治疗性微生物组合物)，该微生物组合物可以至少包含普拉氏粪便杆菌菌株普拉氏粪便杆菌ST38(例如，菌株17)。本文所述的组合物和方法可包含微生物组合物(例如，治疗性微生物组合物)，该微生物组合物可以至少包含卷曲乳杆菌菌株卷曲乳杆菌ST100(例如，菌株21)。

本公开内容的微生物组合物可包含细菌菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38或卷曲乳杆菌ST100中的任何一种或多种，或其任何组合。本文所述的微生物组合物可包含至少细菌菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌ST100。

本文所述的微生物组合物可以以协同方式实现某些生物学作用(例如，治疗作用)。协同菌群可包含细菌菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38或卷曲乳杆菌ST100中的任何一种或多种，或其任何组合。微生物组合物的这种协同作用可包括不同细菌菌株的细胞之间的代谢相互作用(例如，第一菌株的细胞产生可被第二菌株的细胞代谢使用的代谢物)。当施用于受试者(例如，啮齿类动物或人)时，微生物组合物的这种协同作用可包括治疗作用。当施用于有需要的受试者时，本文所述的细菌组合物的代谢活性可以具有协同治疗作用，诸如抗炎作用。

本文所述的可包含细菌菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38或卷曲乳杆菌ST100中的任何一种或多种或其任何组合的微生物组合物可以是协同菌群。这种群的协同作用可包括提高受试者的治疗功效和对所述受试者有益的长期功效。本公开内容的微生物组合物可以包括可产生一种或多种治疗有效的化合物的一种或多种细菌种和/或菌株。这样的化合物可以具有抗炎作用。

此类化合物的产生可有助于种或菌株或包含此种或菌株的微生物组合物的有益效果。本公开内容的治疗组合物和群可以产生各种化合物和 /或代谢物，当施用于有需要的受试者时，它们可以具有治疗和/或预防特性。这样的化合物和代谢物可以包括脂肪酸(例如，SCFA，诸如乙酸或丁酸)、脂质、磷脂(例如，磷脂酰胆碱和/或其衍生物)和/或具有有益 (例如，促进健康)特性(例如，当施用于受试者时)的其他代谢物。

本文所述的组合物和方法可包含产生短链脂肪酸(SCFA)的一种或多种细菌种或菌株的一种或多种细菌细胞。本文所述的组合物和方法可包含产生磷脂和/或其衍生物的一种或多种细菌种或菌株的一种或多种细菌细胞。这样的磷脂和/或其衍生物可以是磷脂酰胆碱和/或其衍生物。本公开内容提供了一种或多种可以产生一种或多种磷脂和/或其衍生物的艾克曼菌属种的种或菌株。产生一种或多种磷脂的艾克曼菌属菌株可以是嗜粘蛋白艾克曼菌ST7。可以由艾克曼菌属种(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌ST7)产生的至少一种磷脂可以是磷脂酰胆碱、磷脂酰胆碱样化合物和/或其化学衍生物。这样的化合物可以是或可以与图13所示的化合物1-3具有结构相似性。这样的化合物可以是或可以与磷脂酰胆碱衍生的化合物中的任何一种具有结构相似性，包括[3-[2-氨基乙氧基(羟基) 磷酰基]氧基-2-羟丙基]十四烷酸酯、[3-[2-氨基乙氧基(羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十五烷酸酯或[3-[2-氨基乙氧基(羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十六烷酸酯或其化学衍生物。

治疗性微生物群

通常，本公开内容的治疗性微生物群(或种群)可包含一种或多种属于疣微菌门、硬壁菌门、蛋白菌门、放线菌门和/或拟杆菌门或其任何组合的属、种、菌株和/或菌株变体。治疗性微生物群可以包含属于粪便杆菌属种、艾克曼菌属种、乳杆菌属种或其任何组合中的一种或多种的细菌。

治疗性微生物群可包含少于约20、19、18、17、16、15、14、13、 11、10、9、8、7、6、5、4、3或2种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约20种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于20种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约15种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于15种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约 10种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于10种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约9种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于9种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约8种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于8种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约7种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于7种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含约6种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含6种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约5种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于5种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约4种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于4种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约3种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于3种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于约 2种不同种的细菌。治疗性微生物群可包含少于2种不同种的细菌。

本公开内容的治疗性微生物群(即，治疗性群，在本文中也简称为“TC”)可以为需要其的受试者提供治疗有效量的所述菌群。治疗性群可以包括、基本上由或由表1中所列的任何一种细菌种或其任何组合组成。本公开内容提供了可包含至少一种艾克曼菌属种的治疗性微生物组合物。治疗性微生物组合物可包含至少一种粪便杆菌属种。治疗性微生物组合物可包含至少一种乳杆菌属种。治疗性微生物组合物可包含至少一种艾克曼菌属种和至少一种粪便杆菌属种。治疗性微生物组合物可包含至少一种艾克曼菌属种和至少一种乳杆菌属种(乳杆菌属种)。治疗性微生物组合物可包含至少一种粪便杆菌属种(粪便杆菌属种)和至少一种乳杆菌属种。本公开内容提供了可包含至少一种艾克曼菌属种、至少一种粪便杆菌属种和至少一种乳杆菌属种的治疗性微生物组合物。治疗性微生物组合物可包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或至少25种表1中的细菌种。

此类种可以是卷曲乳杆菌、普拉氏粪便杆菌、嗜粘蛋白艾克曼菌和 /或双歧杆菌属种。本公开内容的治疗性微生物群可包含细菌种卷曲乳杆菌、普拉氏粪便杆菌、嗜粘蛋白艾克曼菌和/或双歧杆菌属种。可以将此类群施用于需要治疗疾病诸如生态失调、哮喘、炎症和/或过敏的患者。

本公开内容的治疗性菌群可包含表1和/或表2中所列的任何一种或多种细菌菌株，或其任何组合。本公开内容提供了可包含表1的至少一种细菌菌株的治疗性微生物组合物和方法。本公开内容提供了可包含表1的至少两种细菌菌株的治疗性微生物组合物和方法。本公开内容提供了可包含表1的至少三种细菌菌株的治疗性微生物组合物和方法。本公开内容提供了可以包含至少约4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或至少约30种表1 的细菌菌株的治疗性微生物组合物和方法。本公开内容提供了可以包含各种微生物组合物的治疗性微生物组合物和方法。这样的治疗性微生物组合物可以包含细菌菌株1-25(例如，表2中列出的那些)种的任何一种，或细菌菌株1-25的任何组合。因此，治疗性微生物组合物可以包含至少一种表2的细菌菌株。治疗性微生物组合物可包含至少约两种表2 的细菌菌株。治疗性微生物组合物可包含至少约三种表2的细菌菌株。治疗性微生物组合物可包含至少约4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或至少约25种表2的细菌菌株。

本公开内容的治疗性菌群可包含至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株。这样的至少一种菌株可以是嗜粘蛋白艾克曼菌ST7。本公开内容的治疗性菌群可包含至少一种普拉氏粪便杆菌菌株。这样的至少一种菌株可以是普拉氏粪便杆菌ST38。本公开内容的治疗性菌群可包含至少一种卷曲乳杆菌菌株。这样的菌株可以是卷曲乳杆菌ST100。本公开内容的治疗性菌群可包含至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株和至少一种普拉氏粪便杆菌菌株。所述至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株可以是嗜粘蛋白艾克曼菌 ST7，并且所述至少一种普拉氏粪便杆菌菌株可以是普拉氏粪便杆菌 ST38。本公开内容的治疗性菌群可包含至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株和至少一种卷曲乳杆菌菌株。所述至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株可以是嗜粘蛋白艾克曼菌ST7，并且所述至少一种卷曲乳杆菌菌株可以是卷曲乳杆菌ST100。本公开内容的治疗性菌群可包含至少一种普拉氏粪便杆菌菌株和至少一种卷曲乳杆菌菌株。所述至少一种普拉氏粪便杆菌菌株可以是普拉氏粪便杆菌ST38，并且所述至少一种卷曲乳杆菌菌株可以是卷曲乳杆菌ST100。本公开内容的治疗性菌群可以包含至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株、至少一种普拉氏粪便杆菌菌株和至少一种卷曲乳杆菌菌株。所述至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株可以是嗜粘蛋白艾克曼菌 ST7，所述至少一种普拉氏粪便杆菌菌株可以是普拉氏粪便杆菌ST38，并且所述至少一种卷曲乳杆菌菌株可以是卷曲乳杆菌ST100。本公开内容的治疗性菌群可以包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38 或卷曲乳杆菌ST100。这些菌株中的任何一种，或其任何组合，都可以与表1的菌株1-25的任何一种和/或表2的菌株的任何一种结合。

本公开内容的治疗性菌群可以包含某种菌株的一种或多种变体(例如，遗传变体)。例如，治疗性群可以包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7(或 AM ST7)变体AM-ST7_1、AM-ST7_2和AM-ST7_3中的任何一种或多种(参见例如，图4-图6)。

本文所公开的治疗性群或组合物可具有一种或多种有益和/或治疗特性。这样的治疗特性可以包括抗炎特性、抗过敏特性、抗感染特性或抗癌特性。此类特性可包括一种或多种促炎性标志物和/或代谢物的减少。这些可以包括某些免疫球蛋白类(例如，IgE)、组胺、促炎性趋化因子或细胞因子(例如，IL-4、IL-13等)、某些T辅助细胞(例如，T_H2或 T_H17细胞)或某些免疫细胞诸如嗜酸性粒细胞、嗜中性粒细胞、肥大细胞或嗜碱性粒细胞。抗炎化合物、标志物和/或代谢物可以是细胞因子、微生物脂质、微生物碳水化合物、微生物脂肪酸或微生物氨基酸。抗炎化合物可以是IL-17。促炎化合物可以是细胞因子、微生物脂质、微生物碳水化合物或微生物氨基酸。促炎化合物可以是IL-4、IL-10、IL-8、IL- 13、TNF-α或MUC5B，或其任何组合。微生物脂质可以是磷脂。磷脂可以是磷脂酰胆碱或磷脂酰胆碱样化合物(例如，图13中列出的那些或其衍生物或具有包括以下化合物的磷脂酰胆碱衍生的化合物中的任何一种的化学名称的那些：[3-[2-氨基乙氧基(羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十四烷酸酯、[3-[2-氨基乙氧基(羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十五烷酸酯或[3-[2-氨基乙氧基(羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十六烷酸酯，其结构相似的衍生物或图13中所示的那些磷脂酰胆碱衍生的化合物)。

本公开内容的微生物组合物可以包含可产生一种或多种治疗有效的化合物的一种或多种细菌种和/或菌株。这样的化合物可以是小分子(例如，脂肪酸、脂质等)、肽、多肽和/或核酸。当向受试者(例如口服制剂)施用时，此类化合物可对所述受试者(例如，啮齿类动物或人)具有有益作用。这样的有益作用可以包括抗炎作用。这样的抗炎作用可以是全身性的，即可以在生物体(例如哺乳动物，诸如人)的身体的各个部位引起抗炎作用。本文描述的治疗性群可以包含一种或多种细菌属、种或菌株的细菌细胞，其可以产生具有有益(例如治疗的)特性的小分子代谢物。有益的小分子可以包括脂肪酸，诸如产生短链脂肪酸(SCFA)和/或脂质，诸如磷脂。特别地，本文描述的组合物和方法可以包含产生磷脂和/或其衍生物的一种或多种细菌属、种或菌株的一种或多种细菌细胞。此类磷脂和/或其衍生物可以是磷脂酰胆碱、磷脂酰胆碱样化合物和 /或磷脂酰胆碱衍生物(例如，化学上和/或结构上与磷脂酰胆碱相似的分子)。本公开内容提供了一种或多种艾克曼菌属种的种和/或菌株，其可以产生一种或多种磷脂和/或其衍生物。产生一种或多种磷脂的艾克曼菌属菌株可以是嗜粘蛋白艾克曼菌ST7。可以由嗜粘蛋白艾克曼菌ST7产生的至少一种磷脂可以是磷脂酰胆碱和/或其衍生物。这样的化合物可以与图14所示的化合物1-3具有结构相似性。通过艾克曼菌属种(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌ST7)产生的一种或多种磷脂酰胆碱或其衍生物可在受试者(例如人)中具有抗炎作用。

一旦施用于受试者，本公开内容的治疗性群可影响受试者(例如人或非人动物)中一种或多种化合物的代谢。例如，就具有预防和/或治疗特性(例如抗炎特性)而言，影响受试者中一种或多种化合物的代谢可能对于所述受试者是有益的。本公开内容的治疗性群可以影响和/或改变受试者中脂肪酸和/或脂质的代谢。治疗性群可以影响和/或改变磷脂和不饱和或多不饱和脂肪酸的代谢。这样的脂肪酸可以包括ω-3和/或ω-6 脂肪酸。治疗性群可引起的代谢作用包括亚油酸(例如α-亚麻酸)、花生四烯酸和其他脂肪酸的代谢。可以以导致受试者炎症减轻的方式影响此类脂肪酸的代谢。治疗性群可能会影响用于代谢某些化合物(诸如脂肪酸、脂质等)的代谢途径。影响此类代谢途径可包括至少部分完全抑制某些代谢途径，诸如导致产生促炎化合物或代谢物和/或与炎症相关的化合物或代谢物的途径。治疗性群可以直接和/或间接影响和/或改变代谢途径。例如，本公开内容的治疗性群可以通过减少可以介导炎症并因此抵消该脂质的抗炎作用的α-亚麻酸代谢物的量而直接和/或间接增加α-亚麻酸的抗炎作用。因此，治疗性群可以有益地影响和/或改变受试者的代谢。这可以导致减少炎症(例如，慢性和/或过敏性炎症)、代谢疾病或病症、过敏、生态失调、癌症或其任何组合的发病率。

本公开内容的治疗性群可以产生有益的脂肪酸、SCFA、脂质和/或磷脂(例如，磷脂酰胆碱或其衍生物)。由治疗性群产生的任何此类化合物的量可以是由不包含治疗性群的所有细菌属、种和/或菌株的群产生的量的至少约1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.2、2.5、 2.8、3、3.5、4、5、6、7、8、9、10、20、50或100倍。

本公开内容的治疗性群可包含嗜粘蛋白艾克曼菌属种。这样的治疗性群可以产生一个或多个磷脂酰胆碱和/或其衍生物。包含嗜粘蛋白艾克曼菌属种的群可产生的磷脂酰胆碱或其衍生物是不含嗜粘蛋白艾克曼菌属种的群的至少约1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.2、 2.5、2.8、3、3.5、4、5、6、7、8、9、10、20、50或100倍。

本文提供的治疗有效的微生物群可指包括细菌群体的治疗有效的组合物，所述细菌群体包含、基本上由或由乳杆菌属种和/或菌株、粪便杆菌属种和/或菌株和/或艾克曼菌属种和/或菌株中的任何1、2、3、4、5、 6、7或8种，或其任何组合组成。本文所述的微生物组合物可包含一种或多种双歧杆菌属种和/或菌株。该组合物可包含少于约20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2种不同种的细菌。

本文提供的组合物可以口服施用，并且可以包括浓度为至少约每克 10³、10⁴、10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹或更高单位的活微生物(cfu/g)。本文提供的组合物可以口服施用，并且包括约10⁷至约10¹¹ cfu/g的活微生物。该组合物可以包括约10⁴至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10⁵至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10⁶至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10⁷至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10⁸至约10¹⁵ cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包含约10⁹至约10¹⁵cfu/g。该组合物可以包括约10¹⁰至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10¹¹至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10¹²至约 10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10¹³至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10¹⁴至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。该组合物可以包括约10³至约10¹⁵cfu/g的细菌种或菌株。

本文提供的细菌组合物可以口服施用(例如，以固体剂的形式或以液体诸如溶液或悬浮液的形式)，并且每种细菌种或菌株可包括至少约 10⁷至约10¹¹cfu。本文提供的组合物可以口服施用，并且每个细菌种或菌株可包括至少约10⁷至约10¹³cfu。本文提供的组合物可以口服施用，并且每个细菌种或菌株可包括至少约10⁵至约10¹⁰cfu。本文提供的组合物可以口服施用，并且每个细菌种或菌株可包括至少约10⁴至约10⁹cfu。本文提供的组合物可以口服施用，并且每个细菌种或菌株可包括至少约 10⁵至约10⁸cfu。

药物组合物

本公开内容的微生物组合物(例如，治疗性菌群)可以用作和/或作为药物组合物施用。这样的药物组合物可以包含一种或多种药学上可接受的赋形剂和/或载体。

“药学上可接受的赋形剂”和“药学上可接受的载体”可以指有助于向受试者施用活性剂(例如，微生物组合物)并被其吸收的物质，并且可以包括在本公开内容的组合物中而不会对受试者(例如，啮齿类动物或人类)引起明显有害毒理作用。药学上可接受的赋形剂的非限制性实例可包括水、NaCl、生理盐水溶液、乳酸林格氏溶液、正常蔗糖、正常葡萄糖、粘合剂、填充剂、崩解剂、润滑剂、包衣剂、甜味剂、调味剂、盐溶液(诸如林格氏溶液)、醇、油、明胶、碳水化合物诸如乳糖、直链淀粉或淀粉、脂肪酸酯、羟甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮和着色剂等。这样的制剂可以被灭菌和/或与不会与本公开内容的化合物发生有害反应的助剂混合，所述助剂诸如润滑剂、防腐剂、稳定剂、湿润剂、乳化剂、用于影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂和/或芳香物质等。赋形剂可以消耗氧气，例如降低组合物或药物组合物的氧含量或其中的氧含量。在例如细菌是厌氧细菌的情况下，降低氧含量可以增加该组合物中细菌细胞的活力。

本文提供的微生物组合物可以口服、胃肠道或直肠施用。施用可以是单次推注剂量的形式，或者可以例如通过连续的灌注泵进行。本文提供的微生物群可以与一种或多种赋形剂组合，所述赋形剂例如崩解剂、填充剂、助流剂或防腐剂。本文提供的微生物群可以形成胶囊的一部分。合适的胶囊包括硬壳胶囊或软壳胶囊。任何基于脂质或基于聚合物的胶体均可用于形成胶囊。可用于胶体制剂的示例性聚合物包括明胶、植物多糖或其衍生物，诸如卡拉胶以及改性形式的淀粉和纤维素，例如羟丙甲纤维素。任选地，可以向胶凝剂溶液中添加其他成分，例如增塑剂，诸如甘油和/或山梨糖醇以降低胶囊的硬度、着色剂、防腐剂、崩解剂、润滑剂和表面处理。

本公开内容的微生物组合物可以被配制成单位剂型，每个剂量包含例如每剂量具有最小脲酶活性的约0.005mg至约2000mg的限定微生物群。术语“单位剂型”可以指适合作为人类受试者和其他哺乳动物的单位剂量的物理上离散的单位，每个单位包含预定量的经计算产生期望的治疗效果的活性物质，以及合适的药物赋形剂。为了制备固体组合物，诸如片剂，可以将主要活性成分与药物赋形剂混合以形成包含本公开内容的化合物的均匀混合物的固体预制剂组合物。当将这些预制剂组合物称为均相时，活性成分通常均匀地分散在整个组合物中，从而可以容易地将组合物细分为同等有效的单位剂型，诸如片剂、丸剂和胶囊剂。然后可以将该固体预制剂细分为上述类型的单位剂型，其包含例如0.005 mg至约1000mg的本文提供的微生物组合物。

本公开内容的微生物组合物可以配制成单位剂型，每个剂量含有约 0.1mg至约50mg、约0.1mg至约40mg、约0.1mg至约20mg、约0.1 mg至约10mg、约0.2mg至约20mg、约0.3mg至约15mg、约0.4mg 至约10mg、约0.5mg至约1mg；约0.5mg至约100mg、约0.5mg至约50mg、约0.5mg至约30mg、约0.5mg至约20mg、约0.5mg至约 10mg、约0.5mg至约5mg；约1mg from至约50mg、约1mg至约30 mg、约1mg至约20mg、约1mg至约10mg、约1mg至约5mg；约 5mg至约50mg、约5mg至约20mg、约5mg至约10mg；约10mg 至约100mg、约20mg至约200mg、约30mg至约150mg、约40mg 至约100mg、约50mg至约100mg的单独或组合的乳杆菌属种(例如，卷曲乳杆菌ST100)、粪便杆菌属种(例如，普拉氏粪便杆菌ST38)和 /或艾克曼菌属种(例如嗜粘蛋白艾克曼菌ST7)。

可以与本公开内容的微生物组合物组合使用的片剂或丸剂可以被包衣或以其他方式混合以提供具有延长作用的优点的剂型。片剂或丸剂可包含内部剂量和外部剂量成分，后者为前者的包膜形式。这两种成分可以由肠溶层分开，该肠溶层用于抵抗胃中的崩解作用并允许内部成分完整地进入十二指肠或延迟释放。多种材料可用于此类肠溶层或包衣，此类材料包括多种聚合酸以及聚合酸与诸如虫胶、鲸蜡醇和乙酸纤维素的材料的混合物。可以掺入本公开内容的组合物用于口服或通过注射施用的液体形式包括水溶液、适当调味的糖浆、水性或油悬浮液以及具有食用油诸如棉籽油、芝麻油、椰子油或花生油的调味乳剂，以及酏剂和类似的药物载体。

治疗方法

本文所述的治疗性微生物组合物和方法可用于预防和/或治疗受试者(例如，啮齿类动物或人)的疾病或病况。

使用本文所述的微生物组合物(例如，包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38或卷曲乳杆菌ST100或其组合中的一种或多种的那些)的治疗性治疗可包括在疾病、病况或病症的诊断或发展之前和/或之后向受试者施用治疗有效量的所述微生物组合物(例如，作为药物组合物)。因此，可以通过利用本文描述的组合物和方法来提供在有此需要的受试者中治疗疾病(例如，炎性疾病、感染和/或生态失调)的方法。

本公开内容的治疗组合物的一种或多种细菌可以冻干形式或从其中悬浮(例如，液体)的形式递送。可以向有此需要的受试者施用的剂量可以取决于施用途径、制剂的性质、受试者病况的性质，例如免疫系统或胃肠道疾病的不成熟性、受试者的体型、体重、表面积、年龄和性别和/或正在施用的其他药物，以及临床医生的判断。合适的剂量可以在0.01-1,000mg/kg的范围内。某些典型的剂量范围可以是每天约1μg/kg 体重至约1g/kg体重。剂量范围可以是每天约0.01mg/kg至约100mg/kg 体重。剂量可以是例如1mg/kg、2mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、20mg/kg、 50mg/kg或100mg/kg。备选地或附加地，剂量可以表示为cfu或cfu/g 干重。因此，剂量可以变化，但是可以在约10²至约10¹²cfu/g的当量范围内，例如lx10²cfu/g、5x10²cfu/g、1x10³cfu/g、5x10³cfu/g、1x10⁴cfu/g、 5x10⁴cfu/g、1x10⁵cfu/g、5x10⁵cfu/g、1x10⁶cfu/g、5x10⁶cfu/g、1x10⁷cfu/g、 5x10⁷cfu/g、1x10⁸cfu/g、5x10⁸cfu/g、1x10⁹cfu/g、5x10⁹cfu/g、lx10¹⁰ cfu/g、5x10¹⁰cfu/g、lx10¹¹cfu/g、5x10¹¹cfu/g或lx10¹²cfu/g或更高的任何一种施用的细菌(单独地)或细菌总种群的干重。剂量可以在约10²至约10¹²cfu的范围内，例如，1x10²cfu、5x10²cfu、1x10³cfu、5x10³cfu、 1x10⁴cfu、5x10⁴cfu、1x10⁵cfu、5x10⁵cfu、1x10⁶cfu、5x10⁶cfu、1x10⁷ cfu、5x10⁷cfu、1x10⁸cfu、5x10⁸cfu、1x10⁹cfu、5x10⁹cfu、1x10¹⁰cfu、 5x10¹⁰cfu、1x10¹¹cfu、5x10¹¹cfu或1x10¹²cfu的所施用的细菌中的任一种(单独地)或细菌总种群(例如，嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38或卷曲乳杆菌ST100或其任何组合)。

本公开内容的方法和组合物可以施用于有此需要的受试者。受试者可能患有疾病或病况。受试者可能是新生儿、婴儿、幼儿、儿童、少年、成人或任何年龄的受试者。新生儿可能小于约3天大。新生儿可能小于约1周大。新生儿可能小于约2周大。新生儿可能小于约3周大。新生儿可能小于约4周大。婴儿可能小于约8周大。婴儿可能至少约2个月大。婴儿可能至少约6个月大。婴儿可能至少约12个月大。

本公开内容的方法和组合物可以施用于不同年龄和成熟度的受试者。所述微生物组合物可用于治疗年龄在约2岁至约18岁之间或可能至少约18岁的受试者。受试者的年龄可能在2至18岁之间，或者至少是18 岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者至少约18(例如，19、20、25、30、40、50、60、70、80、90)岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁大之间，或者是约19岁大。受试者的年龄可能在约2到约18岁之间，或者是19岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者是约20岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者可能是20岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者可能是约25岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者可能是25岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者可能是约30岁或更大。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者可能是30岁。受试者的年龄可能在约2至约18岁之间，或者可能是约40岁。受试者的年龄可能在约2 至约18岁之间，或者可能是40岁。受试者的年龄可能小于约50岁。受试者的年龄可能小于约60岁大。受试者的年龄可能至少约60岁。受试者的年龄可能至少约80岁。

本文所述的组合物和方法可用于预防和/或治疗各种病症、病况或疾病，并且可施用不同的时间段。治疗期可以在受试者和个体之间变化，并且可以取决于本文所述的多种因素，例如，疾病状态、年龄等。受试者可能被治疗至少约一天至至少约一周。受试者可能被治疗至少约一周至至少约一个月。受试者可能被治疗至少约一个月至至少约一年。受试者可能被治疗至少约两个月。受试者可能被治疗至少约六个月。受试者可能被治疗至少十二个月。受试者可能被治疗至少两年。可以连续几天、连续几周和/或连续几个月对受试者进行治疗。

本公开内容的方法和组合物可以用于预防和/或治疗各种病症、病况或疾病。此类病症、病况或疾病可能是由生态失调引起的。该生态失调可以是肠道微生物组合物的生态失调。生态失调可以描述为人类肠道内的微生物失衡。微生物失衡可能包括潜在致病细菌的过度生长，导致肠道菌群功能和代谢成分发生变化。

待预防和/或治疗的疾病可以是炎性疾病。炎性疾病可以是过敏、特应性、哮喘、自身免疫性疾病、自身炎性疾病、超敏反应、儿童过敏性哮喘、过敏性哮喘、炎性肠病、乳糜泻、克罗恩病、结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、憩室炎、肠易激综合征、短肠综合征、郁滞肠袢综合征、慢性持续性腹泻、婴儿顽固性腹泻、旅行者腹泻、免疫增生性小肠疾病、慢性前列腺炎、后肠综合征、热带口炎性腹泻、惠普耳氏病、沃尔曼病、关节炎、类风湿性关节炎、贝切特氏病、葡萄膜炎、坏疽性脓皮症、结节性红斑、创伤性脑损伤、银屑病关节炎、青少年特发性关节炎、多发性硬化症、系统性红斑狼疮(SLE)、重症肌无力、青少年型糖尿病、1型糖尿病、格林-巴利综合征、桥本脑炎、桥本甲状腺炎、强直性脊柱炎、银屑病、干燥综合征、血管炎、肾小球肾炎、自身免疫性甲状腺炎、大疱性类天疱疮、结节病、鱼鳞病、格雷夫斯眼病、爱迪生氏病、白癜风、寻常痤疮、盆腔炎、再灌注损伤、肉状瘤病、移植排斥、间质性膀胱炎、动脉粥样硬化或特应性皮炎。

使用本文描述的微生物群治疗和/或预防的炎性疾病可能是儿科病况，诸如儿科过敏性哮喘或炎性肠病。儿科受试者可能患有便秘、腹泻、腹胀、尿急和/或腹痛。

如本文所述的治疗有效的菌群可以包括、基本上由以下细菌种组成或由以下细菌种组成：约氏乳杆菌或卷曲乳杆菌、普拉氏粪便杆菌、嗜粘蛋白艾克曼菌或双歧杆菌属种、其菌株和/或其任何组合。此类微生物组合物可用于治疗小儿适应症，包括小儿生态失调和小儿炎症性疾病。这样的菌群可包含细菌菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38或卷曲乳杆菌ST100中的任何一种或多种，或其任何组合。本文所述的微生物组合物可包含至少细菌菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌ST100。

容器、试剂盒和说明

本公开内容提供了可以与本文所述的微生物(例如，细菌)组合物 (例如，治疗性微生物组合物)组合使用的容器和试剂盒。本公开内容进一步提供了可以指导使用者(例如，人类使用者)使用微生物组合物以及包含这种微生物组合物的容器和试剂盒的说明。

本公开内容的容器可用于生长、储存、运输、等分和/或施用治疗性微生物组合物。容器可用于将治疗性微生物组合物施用于受试者(例如，人类受试者)。这样的容器可以例如提供适合于微生物种群(例如包括一个或多个厌氧细菌细胞的那些种群)的生长、运输和/或储存(例如，冷藏或冷冻储存)的条件。在这种情况下，可以使用容器在治疗性微生物组合物的生长、运输和/或储存过程中提供一定的氧气含量或浓度，以保持细菌的活力。容器可进一步用于提供合适的体积、数量和时间表，以将微生物组合物施用于受试者(例如，自我施用)。

本公开内容的试剂盒提供用于使用本文所述的微生物组合物的各种组件。这样的组件可以包括容器、测试样品、用于分析组合物(例如，其活力、存储介质的pH等)的设备。通常，试剂盒允许用户友好、准确而可靠地使用本文所述的治疗组合物，包括但不限于加药、施用、储存、运输等。

本公开内容提供了与本文所述的治疗组合物组合使用试剂盒和/或容器的说明。这样的说明可以是书面说明或口头说明，或其组合。这样的说明可以指导使用者使用治疗性微生物组合物以及包含这种微生物组合物的容器和试剂盒。

步骤和方法

一般样品制备。可以使用各种方法收集和制备样品，诸如包含一种或多种细菌种的生物样品。样品可以是从诸如啮齿类动物或人类的受试者获得的粪便样品。

粪便样品可从受试者收集。递送后，可以将这些样品分成等分试样 (例如，0.5g等分试样)。每个样品的一个试管可以立即在-80℃下冷冻。每个样品的一个试管可以在+4℃下保存几个小时(例如，一个试管大约6h，另一个试管大约24h)。可以在室温下温育另外两个试管，并在同一时间点(例如，6和24h)收集。在终点，可以将样品在-80℃下快速冷冻，用于随后如下所述的粪便DNA提取。

可以将粪便的等分试样(例如，0.5g)重悬于10mL SM缓冲液中，并通过剧烈涡旋至少5min使其匀浆。然后将试管在冰上冷却5min，然后在+4℃下以5000rpm离心10min。上清液可以转移到新试管中，离心步骤可以重复一次或多次。上清液随后可通过0.45-milliporePES注射器安装式膜滤器过滤两次。然后可以将NaCl和PEG-8000粉末添加到滤液中，以使最终浓度分别为0.5M和10％(重量)。一旦样品溶解后，可以在+4℃下温育整晚。随后可以将样品在+4℃下以5000rpm离心20min 以收集沉淀物。可以将丸粒重悬于400μl SM缓冲液中，并用等体积的氯仿轻轻摇动进行提取。然后可以使用台式离心机将乳液以2500rpm离心5min。可以将水相

吸入干净的Eppendorf管中，并与40 μl的10mM CaCl₂和50mM MgCl₂的溶液混合。加入8U的TURBO DNase(Ambion/ThermoFisher Scientific)和20U的RNase I(ThermoFisher Scientific)后，可在37℃下进行1h的自由DNA/RNA消化，然后在70℃下将酶灭活10min。然后可以将蛋白酶K(40μg)和20μl的10％SDS 加入到试管中，并在56℃继续温育20min。最后，可以通过加入100μl 噬菌体裂解缓冲液(例如，4.5M异硫氰酸胍、44mM柠檬酸钠pH7.0、 0.88％肌氨酰、0.72％2-巯基乙醇)裂解病毒颗粒，并在65℃下温育10 min。然后可通过用等体积的苯酚/氯仿/异戊醇25:24:1(Fisher Scientific) 轻轻涡旋将裂解液提取两次，然后在室温下以8000rpm离心5min。可以使用DNeasy血液和组织试剂盒(Qiagen)对所得的水相进行最后一轮纯化，例如，按照制造商的说明，最终洗脱体积为50μl。

测序。可以使用多种技术来分析和表征本公开内容的微生物组合物。例如，iTag扩增子测序可以是条形码的16S rRNA基因扩增子测序方法，可用于确定群落中每个分类单元的相对丰度，和/或比较感兴趣的受试者组之间的分类学谱。扩增子测序分析可以在治疗组内和治疗组之间提供有关总体微生物谱及其随时间变化的信息。本公开内容的微生物组合物也可以使用鸟枪法宏基因组测序来表征，这是一种有效的环境测序方法，其提供了有关生物多样性和微生物群落功能的信息。可以使用短链脂肪酸(SCFA)分析来分析和表征本公开内容的微生物组合物。由于SCFA 可能是肠道微生物群的主要发酵产物，并可为肠道微生物群与宿主生理学之间的关系提供重要信息，因此它们的分析可提供有关肠道微生物群组合物的状态、组成和活性的信息。可以使用钙卫蛋白分析来分析和表征宿主的健康和疾病状况以及宿主微生物组的组成和活性。钙卫蛋白的粪便样品分析可提供有关肠道炎症的信息。此外，钙卫蛋白的粪便样品分析可以提供有关受试者的微生物群组成的信息。可以对原核生物群落 (16S V4区域)、真核生物群落(18S)、真菌群落(ITS2)和古细菌群落(16S V4-V5区域)或其任何组合进行分类学分析的扩增子测序分析。

分离样品(例如，菌株)的鉴定可以通过全长16S rRNA基因的PCR 扩增来进行。这种方法可以使用一种或多种正向引物和/或一种或多种反向引物，然后进行毛细管测序。可以在核糖体数据库计划(RDP)中对全长16S rRNA基因序列读段进行比对，使用核酸分析和测序程序(例如，ARB、mother等)手动进行整理，以将读段分类为操作分类单位 (OTU)。然后可以将每个种水平OTU的全长16S rRNA基因序列与 RDP参考数据库进行比较，以将分类学名称分配给属和/或菌株水平，然后对特征性或候选新种进行BLASTn搜索。

测序结果可以与数据库(例如人类微生物组计划(HMP)的数据库) 进行比较，并且可以使用培养细菌中16S rRNA基因序列的97％序列相似性来定义一个种，当仅部分16SrRNA基因时序列可能可用。可以使用例如基于苯酚-氯仿的DNA分离程序从每个唯一的OTU的至少一个代表中提取基因组DNA。然后可以在Illumina HiSeq平台上对DNA进行测序，产生100bp的读段长度，可以将其组装并注释以进行进一步分析。使用针对土壤的MPBiomedical FastDNA SPIN试剂盒可以直接从每个样品(例如，粪便样品)中提取DNA，以进行全群落宏基因组学和16S rRNA基因扩增子测序。为了与完整的群落样品进行比较，可以在接种初始粪便样品后72小时从琼脂平板上刮下非融合培养物，并使用相同或相似的DNA分离过程从该群落中提取DNA。通过使用New England Biolabs提供的Q5高保真聚合酶试剂盒对16S rRNA基因的可变区1和 2进行PCR扩增，可生成16S rRNA基因扩增子文库。

鸟枪法测序。根据制造商的随机六聚体引物方案，可以使用 SuperScript IV逆转录酶(RT)试剂盒(Invitrogen/ThermoFisher Scientific) 或类似设备，将几微升(例如，5-20μL)粪便核酸样品(无论浓度如何) 进行逆转录反应。然后使用MDA技术通过IllustraGenomeomiPhi V2试剂盒(GE Healthcare)扩增一微升的逆转录核酸，并对每个样品重复。来自所有三个MDA反应的产物，连同其余的RT产物，可以合并在一起，并使用DNeasy血液&组织试剂盒进行另一轮纯化。可以使用Qubit dsDNA HS分析试剂盒(Invitrogen/ThermoFisher Scientific)对扩增的 DNA进行定量，并可以使用Nextera XT DNA文库制备试剂盒(Illumina) 进行随机鸟枪文库制备，并按照标准制造商的方案进行基于珠子的归一化。可在Illumina MiSeq平台(Illumina，圣地亚哥，加利福尼亚)上使用例如2×300bp的配对端化学的专有的修改方案对准备加载的文库进行测序。

使用16S rRNA扩增子测序进行微生物群分析的DNA提取和文库制备。可以根据制造商的指导原则使用QIAamp快速DNA粪便迷你试剂盒(Qiagen，Hilden，德国)从2200mg粪便的等分试样中提取总粪便 DNA，但也可以对其进行修改，使其包括研磨珠步骤。可以将样品放入 2mL旋口试管中，其中装有1mL的InhibitEX缓冲液和各种直径的惰性珠(ThistleScientific)的混合物(一个3.5mm玻璃珠、200.tl 1mm锆珠、200.tl 0.1mm锆珠)。在FastPrep-24仪器(MP Biomedicals)中以 2x30s的频率研磨，并在冰上冷却30s的间歇步骤后，可通过在95℃加热5min来裂解样品。随后，根据标准Qiagen方案处理样品。

细菌16S核糖体RNA基因的高变区V3和V4可通过使用Phusion High-Fidelity PCRMaster Mix(ThermoFisher Scientific)、合适的引物和突出的衔接子序列(与细菌16SrRNA基因互补的序列部分用下划线标出)通过PCR从15ng的总DNA模板中扩增。可使用以下PCR程序： 98℃30s，25个循环的98℃10s，55℃15s，72℃20s，最终延伸72℃5 min。使用Agencourt AMPure XP磁珠(Beckman-Coulter)纯化后，扩增子文库可以进行第二次PCR反应，以使用Nextera XT索引试剂盒v2 (Illumina)连接双重Illumina Nextera索引。纯化后(如上所述)，然后可以使用Qubit dsDNA HS分析试剂盒对dsDNA文库进行定量，并以等摩尔浓度合并。可在Illumina MiSeq平台(Illumina，圣地亚哥，加利福尼亚州)上使用2×300bp的配对端化学的专有的修改方案对准备加载的文库进行测序。

16S rRNA扩增子测序数据分析。可以使用FastQC(例如，版本 v0.11.3)显示原始读段的质量。然后将读段导入R(例如，版本v3.3.0) 中，以使用DADA2软件包(例如，版本v1.03)进行数据分析。可以校正测序过程中引入的错误，以生成核糖体序列变异体(RSV)。可以使用USEARCH v8.1.1861中实现的基于从头和基于参考的嵌合体过滤以及ChimeraSlayer gold数据库v20110519来输出和进一步过滤嵌合体。其余的RSV根据mothurv1.38相对于RDP数据库版本11.4进行了分类，并使用SPINGO进行了种水平分类。仅保留具有细菌或古细菌的域分类的RSV进行进一步分析。用FastTree生成以中点为根的RSV序列的系统树。

微生物菌株和种的培养。本公开内容的细菌菌株可以获自多种来源。细菌菌株可以从活来源获得，或者可以从市售供应商处购买，或其组合。可以从粪便样品(例如，从诸如啮齿类动物或人的动物)获得本公开内容的微生物群可以包括的微生物。可以从人粪便样品中获得本公开内容的微生物群可包括的微生物(例如，细菌)。

粪便样品通常在厌氧条件下储存和处理(参见例如，实施例1和实施例2)。新鲜粪便样品可以在通过后1小时内在厌氧条件下存储和处理，以保持厌氧细菌的活力。所有样品处理和培养步骤均可在厌氧条件下进行。通常可以在使用前至少24h将培养基、PBS和所有其他可用于培养的材料置于厌氧箱中，以还原为厌氧条件。例如，厌氧培养方法可包括使用Hungate培养管，该培养管用丁基橡胶隔片(Bellco Glass)密封。

粪便样品的均质化可以使用减少的PBS(例如，每ml PBS使用0.1 g样品)进行，并且可以在大的(13.5cm直径)培养皿中连续稀释并直接铺在分别补充有约0.002g/ml葡萄糖、麦芽糖和纤维二糖的YCFA琼脂上。在一些情况下，YCFA培养基用作细菌的生长培养基。YCFA培养基通常可包含(每100ml)酪胨(1.0g)、酵母提取物(0.25g)、 NaHCO₃(0.4g)、半胱氨酸(0.1g)、(0.045g)、KH₂PO₄(0.045g)、NaCl(0.09g)、(NH₄)₂SO₄(0.09g)、MgSO₄·7H₂O(0.009g)、 CaCl₂(0.009g)、刃天青(0.1mg)、血红素(1mg)、生物素(1μg)、钴胺素(1μg)、对氨基苯甲酸(3μg)、叶酸(5μg)和吡哆胺(15μg)。此外，还存在某些短链脂肪酸(SCFA)，包括(最终浓度)乙酸盐(33 mM)；丙酸盐(9mM)；异丁酸酯、异戊酸酯和戊酸酯(各1mM)。半胱氨酸可以在煮沸后添加到培养基中，然后分配到Hungate管中，同时用CO₂冲洗。高压灭菌后，添加硫胺素和核黄素的过滤灭菌溶液，最终浓度分别为0.05μg/ml。对于某些实验，酪胨含量可以降低到0.2％。可以根据需要添加碳水化合物或其他能源，通常将培养基的最终pH调整为6.8±0.1。

可以通过直接在YCFAG培养基上铺展特定体积(例如，约1μl)的粪便材料来从样品中分离出细菌菌株。在37℃的厌氧帐篷(大约80％N₂、 12％Co₂和8％₂和8％H₂)中经过特定的温育时间(例如，12h至16h) 后，每个样品都选择500个半透明菌落并在新鲜平板上进行亚培养(每板50个，呈网格状方式)。持续生长后，可以根据形态推测鉴定细菌菌落。忽略大多数菌落(例如，95％)，其余菌落用于纯化和进一步分析，包括革兰氏染色。分离的菌株(即分离的样品)的菌落可以常规地通过在37℃下以7.5ml等分试样的M2GSC培养基生长菌落16至18h来维持，并使用无氧的CO₂进行厌氧维持。从粪便物中分离得到的分离样品也可以进行宏基因组测序，以分析存在的整个细菌群落。

实施例

提供这些实施例仅出于说明的目的，并非限制本文提供的权利要求的范围。

实施例1

准备用于分离厌氧菌落的厌氧室

该实施例描述了在准备处理和分离厌氧室内的厌氧细菌菌株时进行的说明性步骤。

在使用前至少一天，将所有无菌且预先还原的消耗性塑料和培养基放入厌氧室中，以使氧气完全还原。此外，将所有试管、小瓶和烧瓶留在有开盖的厌氧室内，以便在夜间进行气体交换和还原。

在使用前至少一天将以下消耗品放入厌氧室：>100mL PBS+0.5 mg/mL半胱氨酸(PBS+Cys)；1mL过滤器端头、1.5mL试管、在PBS 中含0.75mL 50％甘油的2mL旋口冷冻管。

制备琼脂和肉汤培养基，并至少在使用前一天转移到厌氧室。厌氧培养基含有1mMNa₂S·9H₂O或0.5mg/mL半胱氨酸作为还原剂，以促进严格厌氧菌的生长。将琼脂平板倒入厌氧室内，以防止高压灭菌后培养基成分的氧化。

实施例2

液体培养菌落的生长、分离和选择

该实施例描述了在选择性培养基上衍生自人样品的专性和兼性厌氧细菌菌株的培养。传代培养后，将菌落转移到液体培养基中，随后准备进行PCR和测序。菌落也保留为甘油储备。

将人类样品收集在厌氧运输介质(Anaerobic Systems As-915)或粪便收集小瓶中，该小瓶密封在装有厌氧气氛产生系统的塑料袋中(例如， AnaeroPouch Thermo FisherR686001)。立即将所有样品转移到厌氧室中，以最小化运输时间和潜在的氧气暴露量，以确保厌氧菌株的活力。

通过将0.9mL PBS+Cys等分到13个试管中(体积为1.5mL)来制备系列稀释管。使用一次性软膏刀或接种环，将20-30mg的样品转移到含有0.9mL PBS+Cys的第一个1.5mL试管中。将所得混合物涡旋约30 秒，并将0.1mL所得均质溶液转移至含有0.9mL PBS+Cys的第二个1.5 mL试管中。然后重复该步骤，直到所有13个试管都包含样品的系列稀释液(在小瓶1-13中稀释10⁰-10^-12倍)。

使用一次性曲棍球棒撒布机，将来自包含稀释液10^-5至10^-12(小瓶 6-13)的样品管的～0.1mL加入，以分离到含有选择性琼脂生长培养基的琼脂平板中。然后将琼脂平板用石蜡膜密封以防止蒸发，并将其置于37℃的培养箱中72小时。鉴定出符合目标菌落形态的菌落，并将其置于预先还原的新琼脂平板上进行分离。将琼脂平板用石蜡膜密封，并置于 37℃的培养箱中再培养72小时。

例如，约氏乳杆菌菌落的目标形态是圆形的白色菌落，具有完整的边缘和凸出的高度，直径为2-3mm。普拉氏粪便杆菌菌落的目标形态为圆形，呈棕褐色，具有完整的边缘，呈扁平至凸形的高度，直径为2-3 mm。嗜粘蛋白艾克曼菌菌落的目标形态显示为圆形和浑浊，具有完整的边缘和凸出的高度，直径为1-2mm。

通过从培养板中挑选目标分离菌落并将其重悬于1mL预先还原的液体肉汤中，将分离的菌落转移到液体培养基中。平行接种目标生物的阳性和阴性对照，分别比较其生长情况和监测污染情况。然后将所有液体菌落样品在37℃下温育72小时。

使用阳性和阴性对照，鉴定出阳性匹配肉汤培养物。通过将0.75mL 的肉汤培养液转移到含有0.75mL PBS中的0.75mL 50％甘油的2mL冷冻管中来制备阳性匹配肉汤培养的甘油储备。然后从厌氧室中取出密封的冷冻管样品，并在-80℃下保存。剩余的肉汤培养样品用于基于16S的 PCR进行分离菌鉴定，如以下实施例(实施例3)所述。

实施例3

基于16S的PCR分离鉴定

该实施例描述了进行基于16S的PCR用于分离菌鉴定的方法。

将肉汤培养物样品离心以形成细胞微丸(cell pellet)，并小心地除去所得的上清液，以使形成的细胞微丸完整。然后将细胞微丸重悬于0.5- 1mL超纯水中。

使用以下PCR组件(NEB E5000S)和体积制备最终反应体积为50 μL的PCRMastermix：10X缓冲液(5μL)、10mM dNTP(1μL)、10 μM 27F正向引物(1μL)、10μM 1492R反向引物(1μL)、标签聚合酶(0.25μL)和无菌水(40.25μL)。将PCR Mastermix(48.5μL)和1.5 μL重悬浮的细菌细胞放入0.2mL PCR试管中并涡旋，然后再将PCR反应样品暴露于以下热循环仪方案中：

PCR反应完成后，可以使用GENEWIZ或类似的供应商将样品提交进行Sanger测序。

实施例4

精制和分离细菌菌株的列表和鉴定

该实施例示出了使用如上所述的分离方案(实施例2)产生所有分离菌(分离菌编号1-251)。使用上述基于16S的PCR方案(实施例3)，根据分类法进一步鉴定了所有分离菌。

总体上，鉴定并表征了251种分离的细菌菌株(例如，分离菌)。从健康的雌性儿童(人类)、健康的雄性和雌性成年人(人类)以及雌性C57/blk6小鼠(小家鼠)获得粪便样品。

下表3示出了所有分离菌株1-251的分离菌编号、种、样品来源和分离培养基。

下表4示出了所有分离菌基于16S的PCR结果，包括质量评分和同一性。

下表5示出了所有细菌分离菌1-251的分类学鉴定，包括门、纲、科、属和种。

表3–分离样品(菌株)1-251的种、来源和分离培养基信息

表4–分离样品1-251获得的基于16S的PCR结果

表5–所有隔离样品1-251的分类信息

实施例5

25个分离的细菌菌株的表征

该实施例列出了来自表3的分离菌株的实例，这些菌株已被指定了菌株名称，并已表征了短链脂肪酸(SCFA)的产生、抗生素抗性和/或通过全基因组测序进行了分析。

下表6示出了分离样品的25个实例，包括其属和种，它们表征了短链脂肪酸产生、抗生素抗性和/或全基因组测序。

表6–分离菌表征

实施例6

所有分离样品(菌株)1-251的种列表

该实施例按其种列出了本文所述的分离菌，并进一步提供了有关其菌株、门和属的信息。如上所述，分离菌属于细菌界。

下表7显示251个分离的细菌菌落属于64个不同的种。嗜粘蛋白是所有分离菌落中最丰富的种，共有36个分离菌。分离菌数>10的其他种是普拉氏(prausnitzii)、费格森(fergusonii)、普通(vulgatus)和脆弱(fragilis)。

表7–所有分离样品(菌株)1-251的种列表

实施例7

微生物群TC3减少小鼠模型中的免疫激活

该实施例示出了由约氏乳杆菌、普拉氏粪便杆菌和嗜粘蛋白艾克曼菌组成的三元微生物群(TC3)有效地降低了在过敏致敏小鼠模型中显示的免疫激活，如图1A-图1L所示。美国模式培养物保藏所(ATCC) 提供了用于本研究的TC3微生物菌群的细菌菌株约氏乳杆菌、普拉氏粪便杆菌和嗜粘蛋白艾克曼菌。

为了研究口服TC3补充剂的保护作用，使用了蟑螂变应原(CRA) 小鼠模型。将C57BL/6小鼠(7-8周大)气管内致敏(1-3天)，然后用蟑螂变应原(仅CRA和TC3队列)攻击1周。同时向CRA和TC3队列的小鼠补充磷酸盐缓冲盐水(PBS，CRA队列的阴性媒介物对照)或微生物群TC3(TC3队列)。在第一周中，每天进行补充，然后在剩余的两周中每周两次进行补充。所有补充均通过使用重悬于100μl PBS中的细菌进行口服填喂法进行。研究结束时，对小鼠实施安乐死，并收集各种组织(肺、脾、回肠)进行离体分析。

在未处理的(NT)小鼠、蟑螂变应原(CRA)处理的小鼠以及经CRA 和含微生物群(TC3)的口服补充剂处理的小鼠中进行了三项独立研究。然后使用ELISA在所有队列(图1A-图1C)中测量IgE、CRA特异性 IgE和组胺的血浆浓度值(ng/mL或pg/mL)。此外，通过分别进行ELISA 和qPCR来测量肺组织中炎性细胞因子IL-4和IL-13的绝对浓度值(以 pg/mL为单位，图1D-图1E)和倍数变化(图1G-图1H)。

此外，使用流式细胞术(荧光辅助细胞分选)测量所有三个研究组的肺组织中调节性T细胞(图1I)、2型辅助性T细胞(图1J)、嗜酸性粒细胞(图1K)和嗜中性粒细胞(图1L)的丰度。

与仅接触CRA的队列相比，使用标准t检验，在用微生物群TC3处理的队列中观察到循环IgE和炎性细胞因子显著降低。此外，口服补充 TC3群增加了抗炎、调节性T细胞的数量，并减少了肺组织中2型炎性辅助T细胞群的数量。

实施例8

分离菌1-251在过敏性致敏小鼠模型中的用途

该实施例示出了使用表3中列出的任何一种分离的细菌菌株1-251 进行口服补充以有效降低过敏致敏小鼠模型中的免疫激活。

如上所述(实施例6)的蟑螂变应原(CRA)鼠模型用于研究表3中列出的分离菌1-251在作为口服补充剂施用的微生物群中的保护作用。

来自表3的分离的细菌菌株约氏乳杆菌、普拉氏粪便杆菌和嗜粘蛋白艾克曼菌(在图2A-图2U中标记为野生型WT)与由供应商ATCC提供的菌株(图2A-图2U)相比，在过敏致敏(CRA)鼠模型中显示出相同的免疫激活减少。

实施例9

嗜粘蛋白艾克曼菌ST7(AM-ST7)的菌株特性和性质的测定

该实施例示出了对嗜粘蛋白艾克曼菌ST7(或AM-ST7)的菌株特性和性质的测定。

从健康人的粪便中分离出在该实施例中使用的嗜粘蛋白艾克曼菌 ST7。

全基因组测序和比较分析

对嗜粘蛋白艾克曼菌ST7的基因组进行了测序和分析。为此，从 AM-ST7提取DNA，然后进行下一代DNA测序和基因组组装。使用离子流测序仪对AM-ST7基因组文库进行测序，使用SPAdes汇编程序对序列数据进行汇编，并使用Harvest将读段与参考基因组进行比对。对 AM-ST7基因组测序的平均深度为469X覆盖，可进行高置信度SNP调用，以与嗜粘蛋白艾克曼菌BAA-835菌株进行比较。为此，用快速核心基因组多重比对仪(Parsnp v1.2)对照代表性细菌基因组(参考嗜粘蛋白艾克曼菌ATCC BAA-835)的参考对基因组支架进行多重比对。然后将比对用于创建系统树，以使用进化枝簇比较和鉴定与AM-ST7细菌基因组最接近的相关菌株(图3)。如预期的那样，由于嗜粘蛋白艾克曼菌的保藏性质，AM-ST7与BAA-835很接近。

还进行了AM-ST7和典型菌株嗜粘蛋白艾克曼菌BAA-835之间的比较基因组分析(图4-图5)。嗜粘蛋白艾克曼菌ST7基因组与嗜粘蛋白艾克曼菌BAA-835具有94％的核苷酸同一性，其总核苷酸分别为 2,751,252和2,664,102，GC含量分别为55.5％和55.8％。基因组分析显示了嗜粘蛋白艾克曼菌ST7和嗜粘蛋白艾克曼菌BAA-835分别具有220 vs 218个子系统和2,815vs 2,577个编码区。快速注释子系统技术(RAST) 用于预测功能分析和基因标注。这项分析表明，嗜粘蛋白艾克曼菌ST7 基因组包含与嗜粘蛋白艾克曼菌BAA-835相同的主要功能类别，但有少量不同的基因。不受任何理论的束缚，这些差异可以对应于AM-ST7特有的功能(例如，治疗)差异(图6)。

除了提供高分辨率的微生物鉴定外，还使用高性能数据挖掘算法和高度精选的动态比较器数据库(例如，

)来检查基因组中是否存在毒力、抗生素抗性和病毒遗传成分。

是一个高度精选的专有基因组数据库，包含150,000多种细菌、病毒、真菌和原生生物的基因组和基因序列。为了处理序列数据，使用了一种基于高性能数据挖掘的K-mer算法，该算法可将亿万个宏基因组样品的短读段快速消歧为产生特定序列的离散微生物。该管线(pipeline)有两个可分离的比较器。第一个由预计算阶段和每个样品的计算组成。预计算阶段的输入是参考微生物数据库，其输出是整个基因组系统树，以及固定长度的k-mer指纹集(生物标记)，这些指纹集在树的不同节点上得到唯一识别。第二个每个样品的计算阶段在几分钟内就针对指纹集搜索了数亿个短序列读段。分析所得的统计数据以给出树的所有节点的细粒度组成和相对丰度估计。通过顺序运行比较器，可以增强区分能力。第一个比较器发现其中与用一组参考菌株唯一识别的n-mer存在精确匹配的读段；然后，第二个比较器对照参考对整个读段进行统计评分，以验证该读段确实唯一地被该组识别。类似地，使用CosmosID，Inc.生物信息学软件包，对照 CosmosID精选的抗生素抗性和毒力基因数据库查询未装配的序列读段，鉴定样品的抗性和毒力，即样品中抗生素抗性和毒力基因的集合。AM- ST7基因组的该分析发现，它不具有抗生素抗性盒或致病岛(致病因子)。此外，该分析发现AM-ST7不包含哺乳动物病毒。

然后通过标准的Kirby-Bauer磁盘扩散测试确定抗生素敏感性。AM- ST7对下列抗生素敏感(cm＝抑制区域)：阿奇霉素(2.5cm)、阿莫西林/克拉维酸(4cm)、万古霉素(1.5cm)、四环素(3cm)、杆菌肽 (2cm)和左氧氟沙星(1.2cm)。

批量表征

生产的所有AM-ST7原料药批次均经过以下表征以确认同一性。

全长16S rRNA基因测序。使用基因型微生物鉴定服务(包括用于使用16S核糖体RNA基因测序对未知细菌样品进行基因型鉴定的 MicroSEQ快速微生物鉴定系统(AppliedBiosystems))确认每批AM- ST7细胞的同一性。16S核糖体RNA基因已被用于鉴定细菌分离物，该方法可扩增、测序和分析16S rRNA基因的全部1,500个碱基对，包括几个具有独特DNA序列的高变区，可用于确认细菌种鉴定和确定细菌样品的系统发育相关性。为了获得种水平的鉴定，应按照内部标准操作程序对样品进行处理，然后得出质量控制值、细菌种鉴定和同一性百分比评分。

宏观菌落形态分析。使用标准操作程序评估每个AM-ST7原料药批次中细胞的鉴定，以在cGMP下对嗜粘蛋白艾克曼菌进行微生物评估。该程序包括原料药的宏观菌落形态分析。简而言之，在无氧条件下在粘蛋白琼脂上培养原料药的代表性等分试样。视觉评估所得细胞的菌落形态，以确定细胞是否落入AM-ST7菌落形态的已知规格之内。评估的菌落形态特征包括菌落形状、菌落边缘(边缘)、菌落高度、菌落大小、菌落质地、外观、色素沉着和光学性质。

微观细胞形态分析。使用标准操作程序评估每个AM-ST7原料药批次中细胞的鉴定，以在cGMP下对嗜粘蛋白艾克曼菌进行微生物评估。该程序包括原料药的微观细胞形态分析。为了对每种培养物中存在的细胞形态进行微观分析，将10μL浓缩细胞原液环划线到载玻片上。然后将细胞加热固定并使用标准程序进行革兰氏染色。革兰氏染色后，加入盖玻片，并使用1000X油浸物镜观察载玻片。检查载玻片以确定原料药细胞是否符合AM-ST7的已知细胞形态和革兰氏染色特性。

该数据表明了在用于预防和治疗疾病和病况(例如，生态失调、炎症等)的本文所述的治疗组合物中可以使用的嗜粘蛋白艾克曼菌ST7菌株(AM-ST7)的各种特性。

实施例10

普拉氏粪便杆菌ST38(或FP-ST38)的菌株特性和性质的测定

该实施例示出了对普拉氏粪便杆菌ST38(或FP-ST38)的菌株特性和性质的测定。从健康人的粪便中分离出在该实施例中使用的普拉氏粪便杆菌ST38(或FP-ST38)。

全基因组测序和比较分析

如上文实施例8中所述，已经对普拉氏粪便杆菌ST38的基因组进行了测序和分析。将多重-比对用于创建系统树，以使用进化枝簇比较和鉴定与我们的细菌基因组最接近的相关菌株。值得注意的是，FP-ST38簇在与参考菌株不同的进化枝中(图8-图9)。

抗生素抗性、毒力因子和病毒

如上文实施例8所述，检查该菌株的基因组是否存在毒力、抗生素抗性和病毒遗传成分。FP-ST38基因组的分析发现，它不具有抗生素抗性盒或致病岛(致病因子)。此外，以上分析发现FP-ST38不包含哺乳动物病毒。

通过标准的Kirby-Bauer磁盘扩散测试确定抗生素敏感性。FP-ST38 对下列抗生素敏感(cm＝抑制区域)：阿莫西林/克拉维酸(2.5cm)、头孢曲松(2cm)、四环素(5cm)、阿米卡星(2cm)和杆菌肽(3.4cm)。

批量表征

所生产的所有FP-ST38原料药批次均采用与上述实施例8中所述相同的表征程序。

通常，如上文实施例8中所述进行批量表征。

该数据表明了在用于预防和治疗疾病和病况(例如，生态失调、炎症等)的本文所述的治疗组合物中可以使用的普拉氏粪便杆菌ST38菌株(或FP-ST38)的各种特性。

实施例11

卷曲乳杆菌ST100(LC-ST-100)的菌株特性和性质的测定

该实施例示出了对卷曲乳杆菌ST100的菌株特性和性质的测定。从健康人成年女性的阴道拭子中分离出卷曲乳杆菌ST100。

全基因组测序和比较分析

如上文实施例8中所述，已经对卷曲乳杆菌ST100(LC-ST-100)的基因组进行了测序和分析。将多重-比对用于创建系统树，以使用进化枝簇比较和鉴定与我们的细菌基因组最接近的相关菌株。值得注意的是，簇在与参考菌株不同的进化枝中(图10-图11)。

还进行了LC-ST100基因组与相关菌株卷曲乳杆菌CTV-05的比较分析，该菌株已在人类临床试验中安全地用作阴道栓剂。LC-ST100的基因组与CTV-05具有78％的核苷酸同一性，揭示出相似的基因组大小(分别为2,465,006和2,299,477)和GC含量(分别为38.8％和37.1％)。使用RAST-快速注释子系统技术对这两种菌株的预测功能能力进行的比较表明，这两种菌株之间存在明显的重叠，其中在类别、子类别和子系统水平上有96-88％的重叠。有趣的是，与CTV-05菌株相比，LC-ST100 还包含与氮代谢和芳香族化合物代谢有关的其他基因。提案人正在继续努力表征LC-ST100独特的基因组特性，以及代谢和表型差异。

抗生素抗性、毒力因子和病毒

如上文实施例8所述，检查该菌株的基因组是否存在毒力、抗生素抗性和病毒遗传成分。LC-ST100基因组的以上分析发现，它不具有抗生素抗性盒或致病岛(致病因子)。此外，以上分析发现LC-ST100不包含哺乳动物病毒。

通过标准的Kirby-Bauer磁盘扩散测试确定抗生素敏感性。LC- ST100对下列抗生素敏感(cm＝抑制区域)：阿奇霉素(3.5cm)、阿莫西林/克拉维酸(5cm)、克林霉素(4cm)、万古霉素(3.8cm)、头孢曲松(3.5cm)、四环素(4.2cm)、氨苄青霉素(4cm)、杆菌肽(2.5 cm)。

批量表征

所生产的所有LC-ST100原料药批次均采用与上述实施例8中所述相同的表征程序。

通常，如上文实施例8中所述进行批量表征。

该数据表明了可以在用于预防和治疗疾病和病况(例如，生态失调、炎症等)的本文所述的治疗组合物中使用的卷曲乳杆菌ST100菌株的各种特性。

实施例12

三种菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌 ST100的化学分析

该实施例示出了对菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌 ST38和卷曲乳杆菌ST100的化学和代谢分析。首先，对比三种菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌ST100各自的原始培养基分析了它们的废培养基和细胞的化学特征。使用液相色谱与质谱联用(LC/MS)分析对样品进行分析，重点是中等极性化合物。其次，使用气相色谱与质谱联用(GC/MS)对这些样品中的小链脂肪酸 (SCFA)进行定量。第三，对这3种株菌分别进行了念珠菌属种和红酵母属种的体外生物活性测试。

材料和方法

通常，所有样品均以冻干形式提供。将每个样品的子集悬浮在溶剂中，以通过LC/MS和GC/MS进行分析。在进行这些分析之后，将每个样品的其他子集进行提取和分级(以富集中等极性范围)。通过LC/MS 分析级分。在针对念珠菌属和红酵母属的生物测定中，在3种浓度的磁盘扩散测定中分析了细胞提取物。

下表8描述了该实施例中测试的样品。

表8–样品描述

分析准备和直接分析。通过将30mg样品材料转移到4mL玻璃小瓶中，然后加入500μL甲醇和500μL水或1mL DMSO，生成用于 LC/MS分析的样品。然后将样品超声处理长达10min，离心除去未溶解的颗粒，然后过滤。

制备细胞提取。在分级分离/生物测定之前，提取低压冻干的细胞以去除细胞壁碎片。将细胞调节至终浓度为50mg/mL(表9)，超声处理 15min，然后涡旋振荡2min，然后进行第二次超声处理步骤15min。然后，将10mL的悬浮液转移至另一个小瓶中，在10,000RCF下离心5 min。将上清液转移至新的小瓶中。

表9–样品量和提取量

样品	量[mg]	90％甲醇(aq.)[mL]	最终浓度[mg/mL]
				1	584	11.67	50
4	631	12.62	50
				7	610	12.2	50

磁盘扩散测试。根据DIN 58940-3(DIN-Taschenbuch 222，5版本) 使用菌株00549fBCD000864(Rho.Glutinis，测试菌株#1)DSM 70821 和00539fDSM011226(Ca.glabrata，测试菌株#2)DSM 11226制备抗菌活性的磁盘扩散试验。为了体外测试这三种治疗性菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌ST100的生物学活性，将73.4mg环己酰亚胺溶解在7.34mL 90％MeOH(aq.)溶液中，得到 10mg/mL溶液。使用紫外线将3片铝箔(10x10cm)灭菌30min。在每片箔片上放置四个无菌滤盘。将稀释液1-3(15μL)移至前三个滤盘中。用10μl环己酰亚胺溶液制备第四个滤盘。使所有点完全干燥。

使用盐溶液将测试菌株稀释至1.000.000cfu/mL。琼脂平板使用改良的YNB-琼脂制备。将测试菌株溶液(400μL)移至平板中央，并使用无菌Grigalski-软膏刀均匀分布。大约5min后，将滤盘放置在直接用石蜡膜封闭的板上，并在25℃下温育24h。24h后，测量抑制区域并记录在下表10中。

表10–磁盘扩散测定结果

*磁盘直径＝6mm

**阳性对照＝2μg环己酰亚胺/磁盘

样品分级。将原始培养基样品和废培养基样品直接使用2g样品分级。如本文所述提取约500mg低压冻干的细胞并分级。将该材料吸附在硅藻土(14g)上，并使用Polygoprep60μm 125x15mm色谱柱进行分级，生成18个级分。

SCFA的定量。将样品溶解在1mL超纯水中，然后离心。收集上清液并转移至GC小瓶中。为了进行质量控制，通过从每个样品中取一小等分试样来生成混合的合并样品(QC样品)。在整个序列中以规则的间隔对样品进行分析。通过加标最低的两个水平的QC样品，测试定量化合物的基质效应。小链脂肪酸(SCFA)方法是专为使用高极性色谱柱的短链脂肪酸设计的GC-MS方法。样品用盐酸酸化。

下表11-13示出了分别由三种菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌ST100产生的级分。

表11–由卷曲乳杆菌产生的级分

废培养基	量[mg]	原始培养基	量[mg]	细胞提取物	量[mg]
						C-3030-A	925.0	C-3031-A	1789.5	C-3043-A	25.4
C-3030-B	1095.6	C-3031-B	603.4	C-3043-B	12.0
						C-3030-C	81.5	C-3031-C	61.4	C-3043-C	6.3
C-3030-D	38.2	C-3031-D	35.5	C-3043-D	4.3
						C-3030-E	83.9	C-3031-E	122.6	C-3043-E	8.1
C-3030-F	66.8	C-3031-F	38.3	C-3043-F	3.6
						C-3030-G	19.9	C-3031-G	14.2	C-3043-G	3.5
C-3030-H	10.3	C-3031-H	8.1	C-3043-H	5.2
						C-3030-I	6.0	C-3031-I	4.4	C-3043-I	3.9
C-3030-K	4.7	C-3031-K	3.1	C-3043-K	3.3
						C-3030-L	5.7	C-3031-L	2.5	C-3043-L	5.8
C-3030-M	12.6	C-3031-M	1.9	C-3043-M	5.1
						C-3030-N	6.7	C-3031-N	1.7	C-3043-N	1.4
C-3030-O	4.4	C-3031-O	1.5	C-3043-O	2.5
						C-3030-P	2.6	C-3031-P	1.0	C-3043-P	1.7
C-3030-R	1.2	C-3031-R	1.2	C-3043-R	3.8
						C-3030-S	0.0	C-3031-S	1.0	C-3043-S	0.9
C-3030-T	0.4	C-3031-T	0.2	C-3043-T	2.4

表12–由嗜粘蛋白艾克曼菌产生的级分

废培养基	量[mg]	原始培养基	量[mg]	细胞提取物	量[mg]
						C-3032-A	1060.7	C-3033-A	1390.8	C-3044-A	27.0
C-3032-B	375.1	C-3033-B	685.4	C-3044-B	8.4
						C-3032-C	58.8	C-3033-C	82.3	C-3044-C	3.9
C-3032-D	29.2	C-3033-D	43.2	C-3044-D	3.1
						C-3032-E	126.2	C-3033-E	152.2	C-3044-E	5.8
C-3032-F	48.6	C-3033-F	33.4	C-3044-F	2.2
						C-3032-G	23.8	C-3033-G	10.5	C-3044-G	3.1
C-3032-H	5.9	C-3033-H	7.9	C-3044-H	1.8
						C-3032-I	2.3	C-3033-I	2.8	C-3044-I	1.9
C-3032-K	1.6	C-3033-K	2.0	C-3044-K	2.6
						C-3032-L	1.0	C-3033-L	1.8	C-3044-L	1.9
C-3032-M	1.5	C-3033-M	1.7	C-3044-M	2.1
						C-3032-N	0.7	C-3033-N	1.6	C-3044-N	2.3
C-3032-O	0.5	C-3033-O	1.4	C-3044-O	3.1
						C-3032-P	0.4	C-3033-P	1.0	C-3044-P	3.2
C-3032-R	0.5	C-3033-R	0.7	C-3044-R	3.1
						C-3032-S	0.4	C-3033-S	0.8	C-3044-S	1.4
C-3032-T	0.2	C-3033-T	0.3	C-3044-T	0.5

表13–由普拉氏粪便杆菌产生的级分

LC/MS分析结果

对9个样品的分析制剂进行的LC/MS分析表明，在中等极性范围内(约5-30min)没有明显的信号。为了进一步提出这一发现，对样品进行了制备性提取和RP-HPLC分级，以查看是否可以实现中等极性范围的富集(表11-13)。减去原始培养基的谱后，来自嗜粘蛋白艾克曼菌细胞的一个级分，C-3044M级分，显示出显著的感兴趣的峰(图12)。

MS数据表明这些化合物是磷脂酰胆碱的前体和/或磷脂酰胆碱样化合物(化合物1-3)，其化学结构如图13所示。该数据证实，嗜粘蛋白艾克曼菌产生大量抗炎化合物，包括磷脂酰胆碱及其衍生物，至少部分地产生本文所述的含嗜粘蛋白艾克曼菌的微生物群的治疗特性。

GC/MS分析结果

样品的GC/MS分析筛查了十种SCFA，如下表14所示。在所有样品中均检测到乙酸。在嗜粘蛋白艾克曼菌和普拉氏粪便杆菌中检测到甲酸。在普拉氏粪便杆菌中检测到丙酸，在卷曲乳杆菌中检测到2-甲基丙酸。在细胞中检出了丁酸，并在普拉氏粪便杆菌的废培养基中(而非原始的培养基)中确认了普拉氏粪便杆菌产生了丁酸。

表14–SCFA*的量化

*重复分析细胞和废培养基，并将其与原始培养基进行比较。原始培养基以灰色突出显示。描述能力计算为实验样品内标准偏差与QC样品内标准偏差之比。比率大于2.5的变量最有可能描述与实验设计有关的变化。<LOD表示测量值低于检测极限。

抗菌测试结果

针对Ca.glabrata和Rho.glutinis筛查所有三种菌株的原始培养基、废培养基和细胞提取物时，未观察到针对这些菌株的抗微生物活性(表 A2)。

该研究的数据表明，本文分析的样品获自主要由极性区域的化合物组成的微生物群的细菌。样品的分级可独立分析中等极性范围。数据进一步表明，鉴定出三种磷脂酰胆碱衍生物(化合物1-3，图13)为嗜粘蛋白艾克曼菌的产物。还检测到另一种分子量为386Da的化合物。对小链脂肪酸(SCFA)含量的分析证实普拉氏粪便杆菌会产生丁酸，而乙酸、甲酸、丙酸和2-甲基-丙酸在三种菌株中可能检测到差异。此外，针对念珠菌属和红酵母属的抗菌活性测试是阴性的。

特别地，三种磷脂酰胆碱衍生物1-3(图13)的产生表明嗜粘蛋白艾克曼菌(以及本文所述的群的其他菌株)产生了大量具有生物学活性 (包括抗炎活性)的化合物，因此可以至少部分解释本公开内容的微生物群的治疗性质。

实施例13

嗜粘蛋白艾克曼菌和普拉氏粪便杆菌菌株的抗生素抗性分析

该实施例示出了对菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38或卷曲乳杆菌ST100的抗生素抗性的分析。使用肉汤溶液法确定该实施例中的抗生素抗性。

使用肉汤溶液法确定该实施例中的抗生素抗性。该程序涉及在分配到试管中的液体生长培养基中制备两倍的抗生素稀释液(例如，1、2、 4、8和16μg/mL)。含抗生素的试管接种约1-5×10⁵CFU/mL的标准细菌悬浮液。在37℃温育过夜后，检查管中如浑浊所证明的可见的细菌生长。阻止生长的最低抗生素浓度代表最小抑菌浓度(MIC)。

图14示出了测试的抗生素和从抗生素抗性实验获得的结果。嗜粘蛋白艾克曼菌ST7似乎对阿奇霉素、克林霉素和四环素敏感。普拉氏粪便杆菌ST38似乎对阿米卡星、阿奇霉素、克林霉素、四环素和万古霉素敏感。卷曲乳杆菌ST100似乎对氨苄青霉素、阿奇霉素、克林霉素、四环素和万古霉素敏感。

实施例14

嗜粘蛋白艾克曼菌和普拉氏粪便杆菌的培养上清液中短链脂肪酸产生的分析

该实施例示出了分别对嗜粘蛋白艾克曼菌(图15A)和普拉氏粪便杆菌菌株(图15B-图15D)的脑心浸液(BHI)培养物和切碎的肉类碳水化合物(CMC)培养物上清液中短链脂肪酸(SCFA)产生的分析。

通过液相色谱-质谱法(LC-MS/MS)对培养基中短链脂肪酸进行定量。用稳定的标记内标加标培养基样品，然后用有机溶剂沉淀蛋白质。离心沉淀蛋白质沉淀物后，将上清液衍生化。稀释反应混合物，并将等分试样注射到包括配备有C18反相UHPLC柱的Agilent1290/AB Sciex QTrap 5500 LC MS/MS系统的LC-MS系统上。质谱仪使用电喷雾电离(ESI)在负模下运行。针对相应内标离子峰的面积测量了目标分析物离子的峰面积。使用从每次运行前准备的校准标准品生成的加权线性最小二乘回归分析进行定量。使用AB SCIEX软件Analyst 1.6.2收集和处理 LC-MS/MS原始数据。使用Microsoft Excel 2016进行数据归纳和分析，该研究的结果如图15A-图15C所示。

图15A示出了嗜粘蛋白艾克曼菌菌株AM 2、AM 3、AM 5、AM 6 和AM 7产生的乙酸盐量与ATCC参考菌株相当，其中AM 3和AM 7 处于较低端。

图15B示出了普拉氏粪便杆菌菌株FP 12、FP 13、FP 14、FP 15和 FP 16比ATCC参考菌株产生更高量的乙酸盐。惊奇地，菌株FP 15和 FP 16产生的乙酸盐量是ATCC参考菌株的两倍。

图15C示出了与ATCC参考菌株或CMC培养基对照相比，普拉氏粪便杆菌菌株FP 12、FP 13、FP 14、FP 15和FP 16产生明显更高量的异丁酸盐。

这些发现表明，与这些种的常规菌株相比，本文所述的嗜粘蛋白艾克曼菌和普拉氏粪便杆菌分离菌在短链脂肪酸诸如乙酸盐和异丁酸盐的产生上可以是优越的。

实施例15

治疗群产生有益的代谢产物

该实施例证实本公开内容的治疗性群产生可以具有有益(例如，治疗性和/或预防性)性质的各种代谢物(例如，脂肪酸诸如SCFA、脂质诸如磷脂等)。

如上文实施例12和实施例14中所述，分析包含含有菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌ST100的群的细胞培养物的上清液中的代谢产物。对上清液的分析表明，该群产生大量的脂肪酸和脂质(例如，磷脂，包括磷脂酰胆碱及其衍生物)。

包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7、普拉氏粪便杆菌ST38和卷曲乳杆菌 ST100的群被施用于患有在蟑螂变应原(CRA)鼠模型中诱发的炎性疾病的动物。如实施例6中所述使用小鼠模型。与对照动物相比，接受治疗性群的动物显示出明显减轻的炎症。炎性标志物的分析表明促炎性标志物(例如，IL-4、IL-13、T_H2细胞等)减少。

组织样品(例如，血液样品)的离体分析表明治疗性群产生有益代谢产物与减少炎症之间存在相关性。该数据表明，由本文所述的治疗性群产生的特定分子诸如脂肪酸、脂质和/或磷脂可减轻受试者的炎症。

实施例16

嗜粘蛋白艾克曼菌产生有益的代谢物

该实施例证明嗜粘蛋白艾克曼菌(例如，菌株嗜粘蛋白艾克曼菌ST7) 产生可以具有有益(例如，治疗性和/或预防性)性质的各种代谢物(例如，脂肪酸诸如SCFA、脂质诸如磷脂等)。

如上文实施例12和实施例14中所述，分析包含嗜粘蛋白艾克曼菌的细胞培养物的上清液中的代谢产物。对上清液的分析表明，嗜粘蛋白艾克曼菌产生大量的脂肪酸和脂质。尤其是，结果表明嗜粘蛋白艾克曼菌产生某些磷脂，包括磷脂酰胆碱及其衍生物(例如，图13所示的化合物1-3)。

向患有在蟑螂变应原(CRA)鼠模型中诱导的炎性疾病的动物施用包含含有嗜粘蛋白艾克曼菌的群的药物组合物。如实施例6中所述使用小鼠模型。与对照动物相比，接受治疗性群的动物显示出明显减轻的炎症。组织样品(例如，血液样品)的分析表明，炎症的减轻可以与嗜粘蛋白艾克曼菌产生的磷脂酰胆碱和/或磷脂酰胆碱衍生物相关。接受不具有嗜粘蛋白艾克曼菌的药物组合物的对照队列显示出磷脂酰胆碱和/或磷脂酰胆碱衍生物的量显著降低，并且炎症水平更高。

该数据表明，嗜粘蛋白艾克曼菌菌株的磷脂酰胆碱和/或磷脂酰胆碱衍生物的产生可导致炎症减轻，表明微生物菌群的特定代谢活性可对受试者具有治疗和/或预防作用，例如，减少和/或预防生态失调和/或炎症。

实施例17

群生产磷脂酰胆碱样化合物防止过敏性气道炎症

该实施例证明了包括嗜粘蛋白艾克曼菌(嗜粘蛋白艾克曼菌ST7菌株)的治疗性微生物群产生了磷脂酰胆碱及其衍生物，并在蟑螂变应原 (CRA)致敏模型中防止过敏性气道炎症。

图16示出了用于研究本文所述的可产生磷脂酰胆碱样化合物的微生物群的有益的抗炎特性的实验概述。该28天的实验程序包括4个队列C57BL/6小鼠(7-8周大)，其在第8、9和10天气管内致敏，随后在研究的第21天和第28天用蟑螂变应原(CRA)攻击。在第1、3、5、7、9、11和13天通过口服管饲法分别对4个队列(队列A-D)施用包含以下之一的悬浮液：A)AM-ST7菌株；B)包含AM-ST7、FP-ST38和 LC-ST100的细菌群，其中可以使用不同的嗜粘蛋白艾克曼菌(AM)菌株，每种菌株产生不同量(例如，以不同速率)的磷脂酰胆碱样化合物 (例如，图13所示的那些)；C)10mg磷脂酰胆碱衍生的化合物，包括[3-[2-氨基乙氧基(羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十四烷酸酯、[3-[2-氨基乙氧基(羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十五烷酸酯或[3-[2-氨基乙氧基 (羟基)磷酰基]氧基-2-羟丙基]十六烷酸酯、其结构相似的衍生物或图 13所示的那些磷脂酰胆碱衍生的化合物；或D)安慰剂。在第7、14、 21和28天收集用于微生物组和脂质代谢物分析的粪便样品。在第7和 28天收集用于免疫和脂质代谢物分析的血液样。

数据表明，用能够产生磷脂酰胆碱样化合物的细菌治疗的小鼠显示出炎症显著减少。在用AM-ST7和包含AM-ST7以及FP-ST38和LC- ST100的菌群治疗的小鼠中发现了这一点。粪便和血液样品分析通过显示出显著减少的促炎性标志物含量和增加的抗炎性化合物含量来支持这些数据。特别地，产生的磷脂酰胆碱和/或磷脂酰胆碱样化合物的量可以与疾病负担的减少相关。

总而言之，这项研究表明，产生磷脂酰胆碱和/或磷脂酰胆碱样化合物的细菌可以抵抗炎症。

实施例18

微生物群生产磷脂酰胆碱样化合物防止过敏性气道炎症

该实施例证实本公开内容的治疗性微生物群可以改变受试者中某些化合物的代谢，从而导致这些群的治疗功能增强。

向患有在蟑螂变应原(CRA)鼠模型中诱导的炎性疾病的动物施用包含含有艾克曼菌属种、粪便杆菌属种和/或乳杆菌属种的群的药物组合物。如实施例6中所述使用小鼠模型。

与对照动物相比，接受治疗性群的动物显示出明显减轻的炎症。对组织样品(例如，血液样品)的分析表明，用治疗性群治疗的动物含有较高量的抗炎化合物和代谢物诸如α-亚麻酸，以及减少量的促炎症化合物和代谢物诸如作为α-亚麻酸的代谢产物的花生四烯酸。

该数据表明，除了抗炎化合物的产生之外，本公开内容的治疗性微生物群还可以以降低受试者中抗炎化合物或代谢物与促炎化合物或代谢物的比率的方式改变受试者中某些化合物的代谢，从而治疗和/或预防受试者的疾病或病况。

尽管本文已经示出并描述了本发明的优选实施方案，但对于本领域技术人员将会显而易见的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。并非旨在通过说明书中提供的具体实施例来限制本发明。尽管已经参考前述说明书描述了本发明，但是本文实施方案的描述和说明并不意味着以限制性的意义来解释。本领域技术人员在不脱离本发明的情况下现将想到多种变化、改变和替代。此外，应当理解，本发明的所有方面不限于本文阐述的具体描述、配置或相对比例，其取决于各种条件和变量。应当理解，本文所述的本发明实施方案的各种替代方案可用于实施本发明。因此，考虑到本发明还应当涵盖任何这样的替代、修改、变化或等同物。以下权利要求旨在限定本发明的范围，并由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同物。

Claims (72)

1.一种治疗有需要的受试者的炎症或炎性疾病的方法，其包括向所述受试者施用有效量的细菌群体，所述细菌群体包含表1的一种或多种细菌菌株。

2.根据权利要求1所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号1-4相关的一种或多种细菌菌株。

3.根据权利要求1所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号5-40相关的一种或多种细菌菌株。

4.根据权利要求1所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号184-199相关的一种或多种细菌菌株。

5.根据权利要求1所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号214-216相关的一种或多种细菌菌株。

6.根据权利要求1所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号223-226相关的一种或多种细菌菌株。

7.根据权利要求1所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号111-115相关的一种或多种细菌菌株。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述炎性疾病是过敏、特应性、哮喘、自身免疫性疾病、自身炎性疾病、超敏反应、儿童过敏性哮喘、过敏性哮喘、炎性肠病、乳糜泻、克罗恩病、结肠炎、溃疡性结肠炎、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、憩室炎、肠易激综合征、短肠综合征、郁滞肠袢综合征、慢性持续性腹泻、婴儿顽固性腹泻、旅行者腹泻、免疫增生性小肠疾病、慢性前列腺炎、后肠综合征、热带口炎性腹泻、惠普耳氏病、沃尔曼病、关节炎、类风湿性关节炎、贝切特氏病、葡萄膜炎、坏疽性脓皮症、结节性红斑、创伤性脑损伤、银屑病关节炎、青少年特发性关节炎、多发性硬化症、系统性红斑狼疮(SLE)、重症肌无力、青少年型糖尿病、1型糖尿病、格林-巴利综合征、桥本脑炎、桥本甲状腺炎、强直性脊柱炎、银屑病、干燥综合征、血管炎、肾小球肾炎、自身免疫性甲状腺炎、大疱性类天疱疮、结节病、鱼鳞病、格雷夫斯眼病、爱迪生氏病、白癜风、寻常痤疮、盆腔炎、再灌注损伤、肉状瘤病、移植排斥、间质性膀胱炎、动脉粥样硬化或特应性皮炎。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者小于约24个月大。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述受试者是新生儿。

11.一种治疗有需要的受试者的生态失调的方法，其包括向所述受试者施用有效量的细菌群体，所述细菌群体包含一种或多种表1的细菌菌株。

12.根据权利要求11所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号1-4相关的一种或多种细菌菌株。

13.根据权利要求11所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号5-40相关的一种或多种细菌菌株。

14.根据权利要求11所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号184-199相关的一种或多种细菌菌株。

15.根据权利要求11所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号214-216相关的一种或多种细菌菌株。

16.根据权利要求11所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号223-226相关的一种或多种细菌菌株。

17.根据权利要求11所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号111-115相关的一种或多种细菌菌株。

18.根据权利要求11所述的方法，其中所述受试者小于约24个月大。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述受试者是新生儿。

20.一种治疗有需要的受试者的病毒性呼吸道感染的方法，其包括向所述受试者施用有效量的细菌群体，所述细菌群体包含表1的一种或多种细菌菌株。

21.根据权利要求20所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号1-4相关的一种或多种细菌菌株。

22.根据权利要求20所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号5-40相关的一种或多种细菌菌株。

23.根据权利要求20所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号184-199相关的一种或多种细菌菌株。

24.根据权利要求20所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号214-216相关的一种或多种细菌菌株。

25.根据权利要求20所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号223-226相关的一种或多种细菌菌株。

26.根据权利要求20所述的方法，其中表1的一种或多种细菌菌株包括与分离菌编号111-115相关的一种或多种细菌菌株。

27.根据权利要求20所述的方法，其中所述受试者小于约24个月大。

28.根据权利要求27所述的方法，其中所述受试者是新生儿。

29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述细菌群体被配制成口服剂型。

30.根据权利要求29所述的方法，其中所述口服剂型还包含赋形剂。

31.根据权利要求30所述的方法，其中所述赋形剂包括消耗氧气的赋形剂。

32.根据权利要求29所述的方法，其中所述口服剂型为滴剂、液体剂、冷冻液体剂、悬浮剂、乳剂或粉剂的形式。

33.根据权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述细菌群体产生一种或多种生物活性化合物。

34.根据权利要求33所述的方法，其中所述一种或多种生物活性化合物包含一种或多种脂肪酸、一种或多种脂质、一种或多种磷脂或其任何组合。

35.根据权利要求34所述的方法，其中所述一种或多种脂肪酸包括短链脂肪酸。

36.根据权利要求35所述的方法，其中所述一种或多种磷脂包括一种或多种磷脂酰胆碱或其一种或多种衍生物。

37.一种包含表1的一种或多种细菌菌株的组合物。

38.根据权利要求37所述的组合物，其进一步包含表1的所述一种或多种细菌菌株的至少约10⁷个细胞。

39.根据权利要求38所述的组合物，其进一步包含表1的所述一种或多种细菌菌株的约10⁷至约10¹¹个细胞，或约10⁸至约10⁹个细胞。

40.根据权利要求38所述的组合物，其中所述组合物包含表1的三种或更多种细菌菌株。

41.根据权利要求40所述的组合物，其中表1的所述三个或更多种细菌菌株具有协同作用。

42.根据权利要求38所述的组合物，其中所述组合物包含表1的四种或更多种细菌菌株。

43.根据权利要求42所述的组合物，其中表1的所述四个或更多种细菌菌株具有协同作用。

44.根据权利要求38所述的组合物，其中所述组合物包含表1的五种或更多种细菌菌株。

45.根据权利要求44所述的组合物，其中表1的所述五种或更多种细菌菌株具有协同作用。

46.根据权利要求40所述的组合物，其中表1的所述三种或更多种细菌菌株是基本上纯的。

47.根据权利要求37所述的组合物，其中所述组合物包含至少一种约氏乳杆菌或卷曲乳杆菌菌株、至少一种普拉氏粪便杆菌菌株和至少一种嗜粘蛋白艾克曼菌菌株以及任选地至少一种双歧杆菌属菌株。

48.根据权利要求47所述的组合物，其中所述组合物包含两种或更多种不同的卷曲乳杆菌菌株。

49.根据权利要求47所述的组合物，其中所述组合物包含两种或更多种不同的普拉氏粪便杆菌菌株。

50.根据权利要求47所述的组合物，其中所述组合物包含两种或更多种不同的嗜粘蛋白艾克曼菌菌株。

51.根据权利要求47所述的组合物，其中所述组合物包含两种或更多种不同的双歧杆菌属菌株。

52.一种包含三种或更多种表1的细菌种的组合物，其中所述组合物包含三种或更多种表1的细菌菌株。

53.一种包含四种或更多种表1细菌种的组合物，其中所述组合物包含四种或更多种表1的细菌菌株。

54.一种包含一种或多种乳杆菌属种、粪便杆菌属种或艾克曼菌属种的菌株的组合物，其中一种或多种菌株来自表1。

55.根据权利要求54所述的组合物，其中所述组合物包含乳杆菌属种、粪便杆菌属种和艾克曼菌属种中的两种或更多种的菌株，所述菌株来自表1。

56.根据权利要求55所述的组合物，其中所述组合物包含乳杆菌属种、粪便杆菌属种和艾克曼菌属种的菌株，所述菌株来自表1。

57.根据权利要求56所述的组合物，其中所述组合物包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7菌株、普拉氏粪便杆菌ST38菌株和卷曲乳杆菌ST100菌株中的任一种，或其任何组合。

58.根据权利要求57所述的组合物，其中所述组合物包含嗜粘蛋白艾克曼菌ST7菌株、普拉氏粪便杆菌ST38菌株和卷曲乳杆菌ST100菌株。

59.根据权利要求37-58中任一项所述的组合物，其中所述组合物产生一种或多种生物活性化合物。

60.根据权利要求59所述的组合物，其中所述一种或多种生物活性化合物包含一种或多种脂肪酸、一种或多种脂质、一种或多种磷脂或其任何组合。

61.根据权利要求60所述的组合物，其中所述一种或多种脂肪酸包括短链脂肪酸。

62.根据权利要求60所述的组合物，其中所述一种或多种磷脂包括一种或多种磷脂酰胆碱或其一种或多种衍生物。

63.根据权利要求37-62中任一项所述的组合物，其中所述组合物被配制成口服剂型。

64.根据权利要求63所述的组合物，其中所述口服剂型还包含赋形剂。

65.根据权利要求64所述的组合物，其中所述赋形剂包括消耗氧气的赋形剂。

66.根据权利要求63所述的组合物，其中所述口服剂型为滴剂、液体剂、冷冻液体剂、悬浮剂、乳剂或粉剂的形式。

67.一种容器，其包含含有表1的一种或多种细菌菌株的组合物。

68.根据权利要求67所述的容器，其包含权利要求37-66中任一项所述的组合物。

69.根据权利要求67所述的容器，其中所述组合物被配制成气雾剂、蒸气剂、喷雾剂或薄雾剂。

70.一种试剂盒，其包括(1)包含含有表1的一种或多种细菌菌株的组合物的容器以及(2)指导使用者使用所述组合物的说明书。

71.根据权利要求70所述的试剂盒，其包括根据权利要求67-69中任一项所述的容器。

72.根据权利要求37至66中任一项所述的组合物，其用于治疗需要其的受试者的炎症或炎性疾病。

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