CN111118203A

CN111118203A - 甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的a06染色体主效qtl位点、snp分子标记及应用

Info

Publication number: CN111118203A
Application number: CN202010116235.2A
Authority: CN
Inventors: 向阳; 杜才富; 梁龙兵; 唐敏强; 秦信蓉; 喻时周
Original assignee: GUIZHOU RAPE INSTITUTE
Current assignee: GUIZHOU RAPE INSTITUTE
Priority date: 2020-02-25
Filing date: 2020-02-25
Publication date: 2020-05-08
Anticipated expiration: 2040-02-25
Also published as: CN111118203B

Abstract

本发明提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基～第4570188位碱基之间。较佳地，对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率为12.43％。与第一SNP分子标记紧密连锁，其位于第4152373位碱基，为C或T，该突变导致多态性。与第二SNP分子标记紧密连锁，其位于第4570188位碱基，为A或T，该突变导致多态性。与峰值SNP分子标记紧密连锁，其位于第4336568位碱基，为C或G，该突变导致多态性。还提供了相关的SNP分子标记及应用。本发明的A06染色体主效QTL位点对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率高，对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，适于大规模推广应用。

Description

甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点、SNP分子标记及应用

技术领域

本发明涉及分子生物学及油菜育种技术领域，特别涉及甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状技术领域，具体是指一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点、SNP分子标记及应用。

背景技术

我国食用油的需求量以每年100万吨的速度刚性增长，预计到2025年植物油需求量是现有国内生产能力的3.5-4.0倍，但我国可耕地资源持续减少，因此提高油料作物单产是实现油料总产量增加的根本途径。油菜是我国第一大油料作物，年播种面积超过1亿亩，总产1500万吨以上，菜籽油占我国食用植物油总量的55％以上。目前我国油菜产业的种植面积和产量已连续多年出现下滑，产业安全度逐年下降，我国现已为世界上最大的油料进口国。提高单产水平、降低生产成本以促进农民增收，是促进我国油菜产业发展，保障食用植物油供给安全的核心举措。

目前我国油菜产量水平还较低，影响了农民的种植积极性。2001～2016年我国家审定的冬油菜品种的区试产量水平在2.26～3.75吨/hm²之间，远低于加拿大2013～2015年的新品种试验4.06吨/hm²的产量水平；近年来，我国油菜大田生产单产约1.92吨/hm²，而欧盟为3.12吨/hm²，加拿大为2.24吨/hm²。由于油菜单产偏低，经济效益偏低，已影响了农民种油菜的积极性，制约着油菜产业的正常发展。生产中亟需创制单产水平超过欧盟和加拿大的超高产油菜新品种。

适于全程机械化生产的品种缺乏，导致生产成本居高不下。我国油菜生产总成本高达640元/亩，其中劳动力投入及管理高于360元，占总成本的60～70％；而欧盟和加拿大油菜生产总成本不足300元/亩，其中劳动力投入及管理仅7.5元/亩，占总成本的2.5％左右。传统油菜品种高大倒伏，分枝披散交错，成熟度不一致，角果易裂，给机械化收获造成较大困难，生产中亟需半矮秆抗倒伏、株型紧凑、成熟期一致性好、抗裂角的适合机械化作业的油菜品种，而目前我国油菜机械化育种刚刚起步，生产上还极度缺乏适宜机械化品种。

分枝数是农作物产量相关的重要株型性状之一，即是适宜机械化株型塑造的主要因素，也是影响产量的重要农艺性状。研究表明，增加油菜单株分枝数可显著增加全株角果数，进而提高单株产量[Cambell D C,Kondra Z P.Relationships among growthpatterns,yield components and yield of rapeseed[J].Can J Plant,1978,58(1):87-93]。Sheikh等[Sheikh F A,Rather A G,Wani S A.Genetic variability and inter-relationship in Toria(Brassica campestris L.var.Toria)[J].Adv Plant Sci,1999,12(1):139-143]研究发现油菜分枝数与种子产量呈极显著正相关。

油菜分枝数为多基因控制的数量性状，表现为连续变异，受环境的影响较大。

因此，需要提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的主效QTL位点，其对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率高，对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择。

发明内容

为了克服上述现有技术中的缺点，本发明的一个目的在于提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，其对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率高，对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，适于大规模推广应用。

本发明的另一目的在于提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，其可以检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行有效选择，还可以用于第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种，加速甘蓝型油菜高产育种的进程，适于大规模推广应用。

本发明的另一目的在于提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，其设计巧妙，检测简便快捷，成本低，不受环境影响，适于大规模推广应用。

本发明的另一目的在于提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记的应用，可以检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行有效选择，还可以用于第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种，加速甘蓝型油菜高产育种的进程，适于大规模推广应用。

本发明的另一目的在于提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记的应用，其设计巧妙，检测简便快捷，成本低，不受环境影响，适于大规模推广应用。

为达到以上目的，在本发明的第一方面，提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，其特点是，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基～第4570188位碱基之间。

较佳地，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率为12.43％。

较佳地，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点与第一SNP分子标记紧密连锁，所述第一SNP分子标记位于所述第4152373位碱基，所述第4152373位碱基为C或T，该突变导致多态性。

较佳地，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点与第二SNP分子标记紧密连锁，所述第二SNP分子标记位于所述第4570188位碱基，所述第4570188位碱基为A或T，该突变导致多态性。

较佳地，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点与峰值SNP分子标记紧密连锁，所述峰值SNP分子标记位于所述的甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基，所述第4336568位碱基为C或G，该突变导致多态性。

在本发明的第二方面，提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，其特点是，所述SNP分子标记位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基，所述第4152373位碱基为C或T，该突变导致多态性。

在本发明的第三方面，提供上述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。

在本发明的第四方面，提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，其特点是，所述SNP分子标记位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4570188位碱基，所述第4570188位碱基为A或T，该突变导致多态性。

在本发明的第五方面，提供上述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。

在本发明的第六方面，提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的峰值SNP分子标记，其特点是，所述峰值SNP分子标记位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基，所述第4336568位碱基为C或G，该突变导致多态性。

在本发明的第七方面，提供上述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的峰值SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。

本发明的有益效果主要在于：

1、本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基～第4570188位碱基之间，其对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率高，对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，适于大规模推广应用。

2、本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，包括位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基的SNP分子标记、位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4570188位碱基的SNP分子标记和位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基的峰值SNP分子标记，其可以检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行有效选择，还可以用于第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种，加速甘蓝型油菜高产育种的进程，适于大规模推广应用。

3、本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，包括位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基的SNP分子标记、位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4570188位碱基的SNP分子标记和位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基的峰值SNP分子标记，其设计巧妙，检测简便快捷，成本低，不受环境影响，适于大规模推广应用。

4、本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记的应用，包括位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基的SNP分子标记的应用、位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4570188位碱基的SNP分子标记的应用和位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基的峰值SNP分子标记的应用，其可以检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行有效选择，还可以用于第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种，加速甘蓝型油菜高产育种的进程，适于大规模推广应用。

5、本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记的应用，包括位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基的SNP分子标记的应用、位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4570188位碱基的SNP分子标记的应用和位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基的峰值SNP分子标记的应用，其设计巧妙，检测简便快捷，成本低，不受环境影响，适于大规模推广应用。

本发明的这些和其它目的、特点和优势，通过下述的详细说明、附图和权利要求得以充分体现，并可通过所附权利要求中特地指出的手段、产品和它们的组合得以实现。

附图说明

图1是本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的分布结果的示意图。

图2是本发明中利用甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的峰值SNP分子标记进行等位分析的示意图。

具体实施方式

本发明人经过深入的研究，首次揭示一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点及其SNP分子标记，利用其可以有效地对甘蓝型油菜产量进行高效改良。

本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基～第4570188位碱基之间。

还提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基，所述第4152373位碱基为C或T，该突变导致多态性。即为上述的第一SNP分子标记。

还提供上述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。

还提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4570188位碱基，所述第4570188位碱基为A或T，该突变导致多态性。即为上述的第二SNP分子标记。

还提供一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的峰值SNP分子标记，位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基，所述第4336568位碱基为C或G，该突变导致多态性。

还提供上述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的峰值SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件如J.萨姆布鲁克等编著，分子克隆实验指南，第三版，科学出版社，2002中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1、甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的表型的测定

1.关联群体的第一次有效分枝数表型的测定

(1)对627份核心种质材料(来自贵州省油菜研究所种子库)的农艺和品质性状进行田间考种分析，选用300个来源世界各地的甘蓝型油菜高世代品系构成自然群体，其中包括98份资源、110份育种材料、92份品种或亲本；按区域划分，其中246份属于国内，54份属于国外来源。在贵阳市开阳县青禾乡和长顺县威远镇油菜基地完成3年2点的表型鉴定。

(2)采用直播定苗,行距40cm,株距25cm，行长3.5m，每个小区4行。试验材料田块四周种植保护行。

(3)第一次有效分枝数：在植株正常成熟后，每个小区取10株甘蓝型油菜，测量每株甘蓝型油菜的第一次有效分枝数个数，单位为个。将300份材料的所有环境的表型值平均，结果汇总如下：

表1 300份材料的所有环境的第一次有效分枝数表型值的平均值

关联群体的第一次有效分枝数分布结果表明第一次有效分枝数性状表现分布呈连续性分布，呈正态分布，证明第一次有效分枝数性状属于数量性状且存在主效基因位点，见图1所示。

2.关联群体高质量SNP数据集的获得

采用CTAB方法提取叶片总DNA，提取关联群体的每份材料的叶片总DNA，具体方法为：

将幼嫩叶片置10％乙醇中漂洗；然后剪取0.1-0.2g叶片放入碾钵中，利用液氮快速碾磨至粉末状，装入2mL离心管中；加入预热DNA提取液700μL；混匀后置65℃水浴锅中1h，每10-15min混匀1次；加入700μL混合液(苯酚：氯仿:异戊醇＝25∶24∶1)，轻轻颠倒混匀10min；室温下，10 000×g离心15min；吸取上清液至新的2mL离心管中；加入等体积混合液(氯仿∶异戊醇＝24∶1)，颠倒混匀，静置5min，10000×g，离心15min，用枪吸取上清液到新的离心管中；加入2倍体积无水乙醇，混匀后在–20℃静置1h，10 000×g，离心10min，弃上清液；再加入500μL预冷的75％乙醇洗涤沉淀，去上清液；经过连续2次洗涤沉淀后，晾干；加入含有2％RNase A溶液100μL，在37℃静置1h后4℃过夜；用等体积混合液(氯仿∶异戊醇＝24∶1)再次抽提DNA溶液，颠倒混匀，静置10min，10 000×g，离心15或20min，去除RNase A，吸取上清液(约60μL)，再次离心，1min；利用琼脂糖凝胶电泳(0.8％)和紫外分光光度计检测DNA浓度、质量及完整性；确定所有DNA样品的吸光度260/280比值在1.8-2.0之间。然后将DNA样品干冰运输至测序公司(华大基因科技有限公司)，每个材料测序深度大约为9×。

根据上文描述获得高质量DNA后，测序公司(华大基因科技有限公司)进行9×覆盖深度的测序后返回的数据，先使用FastQC软件进行测序质量评估，然后对测序序列进行adapter和低质量reads过滤。得到每个材料的双端测序的clean data，然后使用bwa软件进行mapping以及GATK软件进行变异检测，得到关联群体总的SNP数据集后，根据最小等位基因频率≥0.05，缺失率≤0.1和杂合率≤0.15进行SNP数据集质量过滤，最终得到高质量的群体SNP数据集用于后续分析。

3.全基因组关联分析

使用plink软件对上一步产生的高质量SNP数据集的VCF文件进行格式转换，然后使用EMMAX软件将得到的第一次有效分枝数表型和SNP数据集进行全基因关联分析，得到第一次有效分枝数性状每个位点的P值，当P值小于5×10^-6的SNP即为显著SNP，P值最小的SNP即为峰值SNP，将峰值SNP在群体中的不同等位基因类型将材料进行分组，进行方差分析，组间方差与总方差的比值的百分比，即为该峰值SNP的贡献率。

通过分析，将甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的主效QTL位点的区间限定在甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基～第4570188位碱基之间，对应的SNP为chrA06_4152373(C/T)，chrA06_4570188(A/T)，峰值SNP为：chrA06_4336568(C/G)，该QTL对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率为12.43％(根据峰值SNP的不同等位基因类型将材料分组，进行单因素方差分析，组间方差除以总方差的百分比即为贡献率)。

第一次有效分枝数性状的峰值SNP为：chrA06_4336568(C/G)，对应第一次有效分枝数表型分组为：当chrA06_4336568位置的SNP为CC时，材料的平均第一次有效分枝数为6.98个；CG时,材料的平均第一次有效分枝数为7.93个；GG时，材料的平均第一次有效分枝数为8.55个，见图2所示。

第一次有效分枝数性状的其中一个边界SNP为：chrA06_4152373(C/T)，对应第一次有效分枝数表型分组为：当chrA06_4152373位置的SNP为CC时，材料的平均第一次有效分枝数为6.98个；CT时,材料的平均第一次有效分枝数为7.30个；TT时，材料的平均第一次有效分枝数为8.58个，该边界SNP的贡献率为12.81％。

第一次有效分枝数性状的另一个边界SNP为：chrA06_4570188(A/T)，对应第一次有效分枝数表型分组为：当chrA06_4570188位置的SNP为AA时，材料的平均第一次有效分枝数为8.54个cm；AT时,材料的平均第一次有效分枝数为7.22个；TT时，材料的平均第一次有效分枝数为7.10个，该边界SNP的贡献率为11.54％。

甘蓝型油菜的全基因组序列已经公布，见http://www.genoscope.cns.fr/brassicanapus/。包含chrA06_4152373(C/T)的前后各400bp序列(共801bp)如SEQ ID NO:1所示，包含chrA06_4570188(A/T)的前后各400bp序列(共801bp)如SEQ ID NO:2所示，包含chrA06_4336568(C/G)的前后各400bp序列(共801bp)如SEQ ID NO:3所示。本领域技术人员可以采用常规方法根据上述序列设计检测SNP位点的特异性引物，从而检测SNP位点的基因型，由此可以检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行有效选择，还可以用于第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种，加速甘蓝型油菜高产育种的进程。

因此，本发明通过第一次有效分枝数性状的表型分析和全基因组重测序，然后进行全基因组关联分析，在甘蓝型油菜第A06号染色体上检测到一个甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的主效QTL位点，对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的贡献率为12.43％。该甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的主效QTL位点位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基～第4570188位碱基之间，边界显著SNP为chrA06_4152373(C/T)，chrA06_4570188(A/T)，峰值SNP为chrA06_4336568(C/G)，根据该与主效QTL位点紧密连锁的SNP分子标记，可以用于检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以用于预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少，可以用于对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行有效选择，还可以用于第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种，加速甘蓝型油菜高产育种的进程。

通过本发明公布的SNP分子标记进行分子标记辅助选择，鉴定方法简单，选择效率高，可预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数。选择目标明确，不受环境的影响。可在甘蓝型油菜生育早期鉴定出第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜单株，淘汰其它单株。

综上，本发明的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率高，对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，适于大规模推广应用。

由此可见，本发明的目的已经完整并有效的予以实现。本发明的功能及结构原理已在实施例中予以展示和说明，在不背离所述原理下，实施方式可作任意修改。所以，本发明包括了基于权利要求精神及权利要求范围的所有变形实施方式。

序列表

<110> 贵州省油菜研究所

<120> 甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点、SNP分子标记及应用

<160> 3

<210> 1

<211> 801

<212> DNA

<213> 甘蓝型油菜（Brassica napus, L.）

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)...(801)

<223> 包含chrA06_4152373（C/T）的前后各400bp序列的基因组序列

<400> 1

tcccggtggc agggtctagc gttgggtgga ggacgaacca gcgtgggatt atgtgcggag 60

gcaggcctaa gcacacgtag acgcacttct ccgcgtgacc catcagcgat cttgtcttgt 120

agaactccgg cgaaaccacc agcgaacgaa atctcttgga gacggcagat aacgccgctt 180

ggtccaatct ggaaacgcga gccaagcaac ttatagccac cgcatctggc aacgaatcaa 240

acgacgacga cggagacgtc tccttcttcc tccttttggc ggcggcggcg taattgtaca 300

tctcaatctg agattgattc acgattggaa gagtcaacaa cccctttgat taattaattt 360

actgaggagg aagatcgatc ttatttatat atatagaggg tacccctttt cttttttgtt 420

cataggttga aaaggaaaca cgcgattcct tattacagta actttatgtt tttccttatt 480

acagtaagac ttgactttgt gttttgtcct tttattcctc actatttggg ccgcaattag 540

gttattaggc ctattgagtt cagataaagc ccatttattt cttcccgtgg tttgcaagtt 600

attggctgtt gggatagaat ttccggaaac cctaaggcaa ctttatgatg tcatcttctg 660

tttttttttt ttttttgata accgagtgtc ctggccccac cgtggtggtc cagactagag 720

accgaaccct ttagcggcac ggacgcacac ccgtgggtgg gtcatggcca ggcaacggtc 780

ttcggtctcg ggcgccagag c 801

<210> 2

<211> 801

<212> DNA

<213> 甘蓝型油菜（Brassica napus, L.）

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)...(801)

<223> 包含chrA06_4570188（A/T）的前后各400bp序列的基因组序列

<400> 2

caaagcagag ttttagattt ggtagattaa gcgaagagat taagagatgg caacactagg 60

agatattgga gtagccgcaa cgatcaacat aatcactgcc atcatcttcc tgttggcgtt 120

tgcaattttg aggatccaac cttttaacga cagagtttat tttcccaaat ggtatctcaa 180

aggtataaga agcagcccgt tgcattcagg tgctcttgtc agcaagtttg tcaatgtaaa 240

cttaggctcc tacctacgtt tcttgaactg gatgcccgct gctctgaaga tgcccgagcc 300

tgagcttatt gatcatgccg gcttggattc tgccgtctac ttgaggattt acttgatagg 360

gtattaattg tttttgaacc tcttcttgct tttgcattgc atcatctata aaattatttc 420

tctgtttttt caggcttaaa atttttgtac cgatagcatt acttgcatgg tcgattcttg 480

tacctgttaa ttggacaagc gacgggctgc aactagcgaa gctacgtaac gtaacatcta 540

gtgatattga taagttatca atctctaata tcgaacgtgg atcagagagg ttttggactc 600

atctcgtgat ggcttatgcc ttcacattct ggacttgctt tgttctaatg aaagagtatg 660

agaaagtagc ttcaatgcgt ttatcctttc tccagtccga gcaaaggcgt cctgatcaat 720

tcacggtaaa gctacttact acatgatcag tttttgcctc ctgatgtaac actgctctga 780

accggttttg ctttcacagg t 801

<210> 3

<211> 801

<212> DNA

<213> 甘蓝型油菜（Brassica napus, L.）

<220>

<221> misc_feature

<222> (1)...(801)

<223> 包含chrA06_4336568 (C/G)的前后各400bp序列的基因组序列

<400> 3

tgtttccatc tgcgcaaaaa cacagagatt ggaataacaa aaccaatgaa ggaaacatgg 60

tttgatctgg aagactaaaa ctcatcacgg ataaaacttc tcgaccaaac atataaaatt 120

ttcaagctta atggcttatc caacaaattg aacctaacaa aagaaccgcc accaacttaa 180

ctaatacaag atcaacaaaa ataacatatt ggccattaca gcttaaactc aaaagaaaca 240

gagtagtacc tgcaaagcca tgaatgcttc aggaagttct tctagttcga acaaaaactt 300

gatgtacttc tctctcttat ctttctcatc cacagccatc tcaaatagct gcccatcttg 360

agtgcccagg atgatctcct tagttgaaac tgaatccagg ggaaagacta aataaaatca 420

atatccatgt gtgaaaaaat aaaagaagac tcatcacaac accaaagcat aaccttctgt 480

tatctgttgc ctgttccaag ccaccgagtt aaccagcaaa cctttcaagc ggctcaacac 540

acgcggctta ggccatttag catgagtgta aaaagtttca gctcctccaa caccagtgac 600

cgtagcaatg caatggctac caccagggtc aacaaaaacc ttgtgaatcg attgctcccc 660

agttcgacca acagagagat caatatctat aaatccatac aaaaacaaag attactatac 720

atttaaccac tgaaaataga aacaatatga tttagtatac cataagaact cccaactcca 780

aaatcatggc ggatgatcca t 801

Claims

1.一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，其特征在于，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基～第4570188位碱基之间。

2.如权利要求1所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，其特征在于，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点对甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的贡献率为12.43％。

3.如权利要求1所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，其特征在于，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点与第一SNP分子标记紧密连锁，所述第一SNP分子标记位于所述第4152373位碱基，所述第4152373位碱基为C或T，该突变导致多态性。

4.如权利要求1所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，其特征在于，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点与第二SNP分子标记紧密连锁，所述第二SNP分子标记位于所述第4570188位碱基，所述第4570188位碱基为A或T，该突变导致多态性。

5.如权利要求1所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点，其特征在于，所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点与峰值SNP分子标记紧密连锁，所述峰值SNP分子标记位于所述的甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基，所述第4336568位碱基为C或G，该突变导致多态性。

6.一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4152373位碱基，所述第4152373位碱基为C或T，该突变导致多态性。

7.根据权利要求6所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。

8.一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4570188位碱基，所述第4570188位碱基为A或T，该突变导致多态性。

9.根据权利要求8所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。

10.一种甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的峰值SNP分子标记，其特征在于，所述峰值SNP分子标记位于甘蓝型油菜的A06染色体的第4336568位碱基，所述第4336568位碱基为C或G，该突变导致多态性。

11.根据权利要求10所述的甘蓝型油菜第一次有效分枝数性状的A06染色体主效QTL位点的峰值SNP分子标记在检测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、预测甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少、对甘蓝型油菜第一次有效分枝数的多少进行选择或第一次有效分枝数多的甘蓝型油菜的分子标记辅助育种中的应用。