[go: up one dir, main page]

CN119570930B - 生物标志物patj-dt在诊断或预后预测结直肠癌中的应用 - Google Patents

生物标志物patj-dt在诊断或预后预测结直肠癌中的应用

Info

Publication number
CN119570930B
CN119570930B CN202311140841.8A CN202311140841A CN119570930B CN 119570930 B CN119570930 B CN 119570930B CN 202311140841 A CN202311140841 A CN 202311140841A CN 119570930 B CN119570930 B CN 119570930B
Authority
CN
China
Prior art keywords
colorectal cancer
patj
biomarker
sample
lncrna
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202311140841.8A
Other languages
English (en)
Other versions
CN119570930A (zh
Inventor
杨敏
张芳
李铁钢
张日新
侯玉芳
周明瑄
闫征
甘文强
吕思霖
杨柳
曾紫凡
赵雯怡
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute of Materia Medica of CAMS and PUMC
Original Assignee
Institute of Materia Medica of CAMS and PUMC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute of Materia Medica of CAMS and PUMC filed Critical Institute of Materia Medica of CAMS and PUMC
Priority to CN202311140841.8A priority Critical patent/CN119570930B/zh
Publication of CN119570930A publication Critical patent/CN119570930A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN119570930B publication Critical patent/CN119570930B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16HHEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/20ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了生物标志物PATJ‑DT在诊断或预后预测结直肠癌中的应用,具体提供了检测生物标志物的试剂在制备诊断或预后预测结直肠癌的产品中的应用,本发明还提供了诊断或预后预测结直肠癌的产品、系统、装置。本发明首次发现生物标志物PATJ‑DT在结直肠癌患者中的表达水平降低,通过检测生物标志物PATJ‑DT,可以诊断受试者是否患有结直肠癌或患结直肠癌的风险,还可预测结直肠癌患者的预后效果,具有较高的实际应用价值。

Description

生物标志物PATJ-DT在诊断或预后预测结直肠癌中的应用
技术领域
本发明属于生物技术领域,涉及生物标志物PATJ-DT在诊断或预后预测结直肠癌中的应用。
背景技术
结直肠癌,又称为大肠癌、直肠癌、大肠直肠癌、结肠直肠癌、或肠癌,为源自结肠或直肠(为大肠的一部份)的癌症,因为细胞不正常的生长,可能侵犯或转移至身体其他部。症状可能包括粪便中带血、排便习惯改变、体重减轻、以及疲倦感。75~95%的大肠癌发病人群没有或少见遗传因素。其他危险因素包括年龄增大、男性、“脂肪”高摄入量、酒精或红肉、加工肉品、肥胖、吸烟和缺乏体能锻炼。大约10%的病例与缺乏运动有关。饮酒的危害在超过每天一杯后逐步提升。
长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的RNA分子。虽然不具有蛋白质编码能力,但表现出细胞功能。越来越多的证据表明,长链非编码RNA在肿瘤生物学中起着至关重要的作用。
发明内容
为了弥补现有技术的不足,提出了一种生物标志物PATJ-DT,具体为此标志物在结直肠癌的诊断或预后预测中的应用。
为此,本发明提供了如下的技术方案:
本发明在第一方面提供了检测生物标志物的试剂在制备诊断或预后预测结直肠癌的产品中的应用,所述生物标志物为PATJ-DT。
在某些具体的实施方案中,所述生物标志物PATJ-DT的基因号为118732297。包括基因及其编码的蛋白及其同源物,突变,和同等型。该术语涵盖全长,未加工的生物标志物,以及源自细胞中加工的任何形式的生物标志物。该术语涵盖生物标志物的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。
进一步,所述产品包括试剂,试剂的试剂盒、芯片或试纸。
进一步,所述试剂包括以下方法中使用的试剂:TaqMan探针法、测序法、芯片法、飞行质谱仪检测、限制性片段长度多态性法、单链构象多态性法、等位基因特异性PCR、SNaPshot法、SNPlex法、变性高效液相色谱法、变性梯度凝胶电泳法。
进一步,所述产品通过测定样本中的PATJ-DT的表达水平来确定受试者是否患有结直肠癌或患结直肠癌的风险。
在某些具体的实施方案中,本发明可以用于评估不怀疑或倾向于怀疑患有结直肠癌的受试者的疾病状况。所选的受试对象可以是以下任意一种:未曾被诊断为患有结直肠癌的受试者,本发明所述系统所评估出的未被诊断为患有结直肠癌的受试者,未曾或最近(例如:一年内)没有进行肠道检测的受试者,未曾诊断出炎性疾病、损伤性疾病、非肿瘤性息肉性疾病的受试者,未曾出现便血、腹痛、腹部肿块的受试者,不表达临床上显著大量的由胞外基质合成、降解产物、以及参与这些过程的酶组成的纤维化生物标志物的受试者,超声(US)、计算机断层扫描(CT)和磁共振成像(MRI)或瞬时弹性成像(TE)(FibroScan)的结果提示未患有结直肠疾病的受试者。
进一步,所述样本包括:细胞上清、细胞裂解物、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、滤泡液、精液、羊水、乳液、全血、血液衍生的细胞、尿液、脑脊髓液、口腔拭子的提取物、唾液、痰液、泪液、汗液、粘液、肿瘤裂解物、组织培养液、组织提取物、匀浆化的组织、肿瘤组织、细胞提取物。
本发明所述的生物标志物可选择性的从样本中提取并测量。例如:方法和步骤可包括将样本与提取介质接触,从样本中提取生物标记并测量提取的脂质(例如:色谱法分离生物标记之后通过质谱法测量)。
本发明可选择性的包括测量的一种或多种(例如:每种)生物标志物的内标。在测量之前,可将内标与样本混合。在样本制备前已知初始水平的内标,可用于相应生物标志物的测量信号的标准化。
在一些方面,标记附着于一种或多种探针并具有以下性质中的一种或多种:(i)提供可检测信号;(ii)与第二标记相互作用以修饰由第二标记提供的可检测信号,例如,FRET(荧光共振能量转移);(iii)稳定杂交,例如,形成双链体;以及(iv)提供结合复合物或亲和组的成员,例如亲和力、抗体-抗原、离子复合物、半抗原-配体(例如,生物素-亲和素)。在另外其他方面,标记的使用可以使用大量已知技术中的任何一种(该已知技术采用已知标记、键、连接基团、试剂、反应条件以及分析和纯化方法)来实现。
术语“探针”是指能够选择性结合特定预期目标生物分子的任何分子。在一些实施方案中,本文中,术语“探针”是指可间接地或直接地、共价地或非共价地结合至本文公开的任何底物和/或反应产物和/或蛋白酶的任何分子或与其相关,并且其相关或结合可使用本文公开的方法检测。在一些实施方案中,探针是荧光探针、抗体或基于吸光度的探针。如果是基于吸光度的探针,发色团pNA(对硝基苯胺)可用作检测和/或定量本文公开的靶核酸序列的探针。在一些实施方案中,探针可以是包含荧光分子或底物的核酸序列,该荧光分子或底物在暴露于酶时变为发荧光的,并且该核酸序列与一种核酸序列的片段互补。
在本发明的具体实施方案中,会出现以下情况,样本制备过程有时会在测量前导致生物标志物的大量损失。用于疾病预测的样本制备和分离、测量使用相同的仪器(例如:相同的LC-MS)可提高测量的准确度和精确度,用于疾病预测的样本制备和分离、测量使用不同的仪器(例如:不同的实验室)会导致不可预测的生物标志物检测信号的变化。因此,在本发明中可优选的使用内标,以在样本制备和测量时校正相应生物标志物的损失和/或信号水平变化。
进一步,所述受试者包括人或非人哺乳动物。
进一步,所述受试者为人。
进一步,所述试剂包括检测PATJ-DT的特异性引物、探针、反义寡核苷酸、适配体或抗体。
进一步,所述的特异性引物是检测PATJ-DT lncRNA的引物。
进一步,所述特异性检测PATJ-DT lncRNA的引物如SEQ ID NO:1与SEQ ID NO:2所示。
进一步,所述产品包括:通过反转录PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交、芯片或高通量测序平台检测PATJ-DT基因表达水平以预测结直肠癌患者预后的产品。
进一步,所述反转录PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交、芯片或高通量测序平台检测PATJ-DT基因表达水平以预测结直肠癌患者预后的产品至少包括一对特异性扩增PATJ-DT的引物。
在一些实施方案中,可以使用定量PCR测定lncRNA的表达水平。定量或实时PCR是本领域技术人员众所周知的且容易获得的技术,不需要精确的描述。在不应被认为限制本发明范围的特定实施方案中,使用定量PCR测定表达谱可以如下进行。
本发明关于生物标志物所使用的术语“水平”可以是样本中生物标志物的任何定量或定性,例如,量(例如:质量)或浓度(例如:w/w,w/v或摩尔浓度)。当水平为浓度时,水平为相对于样本制备(例如:提取)之前的样本原始体积(重量)。
本发明的方法包括通过测量生物样本中的一种或多种生物标志物水平来检测生物样本中的一种或多种生物标志物。测量方法可以是任何有效的生物标志物的测量方法。例如:可以为生物样本(例如:血液,血浆或血清)中生物标志物水平的任何体外测量方法。
本发明第二方面提供了一种利用生物标志物PATJ-DT预测结直肠癌的系统,包括:结果判定单元,用于将数据处理单元得到的生物标志物的临界值与设定诊断值进行比较。
进一步,所述系统包括核酸样本分离单元,用于从检测对象提供的样本中分离出核酸样本。
进一步,所述系统包括测序单元,用于对核酸样本进行测序,以获得测序结果。
进一步,所述系统包括数据处理单元,用于根据测序结果,对生物标志物的表达水平进行检测,将所得到的表达水平进行分析,得出生物标志物的临界值。
生物标志物的水平(例如:检测的结果)或评分(例如:模型计算的结果)和可比较的水平或可比较的评分去做对应的比较,使用诸如参考范围、区分范围、诊断、分类的阈值或截断值、非正常值等来判断受试对象是否存在结直肠癌或患结直肠癌的风险度。上述生物标志物的可比较的水平可以是某结直肠癌状态未知的受试对象的生物标志物水平或评分。
本发明第三方面提供了一种诊断或预后预测结直肠癌的产品,所述产品包括检测PATJ-DT表达水平的试剂。
进一步,所述试剂包括检测所述PATJ-DT的特异性引物、探针、反义寡核苷酸、适配体或抗体。
进一步,所述特异性的引物是能够检测所述PATJ-DT lncRNA的引物。
进一步,所述特异性检测PATJ-DT lncRNA的引物如SEQ ID NO:1与SEQ ID NO:2所示。
在一些实施方案中,用于诊断和/或预测结直肠癌预后的试剂盒包含对目的lncRNA具有特异性的一个或多个寡核苷酸探针,和用于纯化探针-靶核酸复合物的试剂。寡核苷酸探针包含与目的lncRNA的区域互补的序列。寡核苷酸探针可以是DNA或RNA。寡核苷酸探针优选是DNA。对lncRNA具有特异性的寡核苷酸探针的长度可以是30至80个核苷酸,例如40至70个核苷酸,40至60个核苷酸或大约50个核苷酸。
本发明第四方面提供了一种利用生物标志物PATJ-DT预测结直肠癌患者预后风险的系统,所述系统包括结果预测模块,用于将生物标志物PATJ-DT的表达水平与设定的预测值进行对比,得到结直肠癌患者的预后风险判断。
进一步,所述系统还包括输入模块,用于输入结直肠癌患者样本中检测出的PATJ-DT表达水平。
进一步,所述系统还包括输出模块,用于将处理好的结果中结直肠癌患者的预后风险进行标记并输出。
在一些实施方案中,使用测序(例如下一代测序)确定lncRNA的表达水平。可以在使用逆转录酶将提取的RNA转换为cDNA后进行测序,也可以直接对RNA分子进行测序。在不应被认为限制本发明范围的特定实施方案中,可以如下进行使用下一代测序对表达水平的测量。简而言之,从样品(例如血液样品)中提取RNA。除去rRNA后,然后将RNA样品逆转录为cDNA。可以通过本领域技术人员已知的任何下一代测序技术来测序文库。
在一些实施方案中,lncRNA的表达水平可以通过使用核酸微阵列来测定。核酸微阵列由附着至基质的不同核酸探针组成,基质可以是微芯片、载玻片或微球大小的珠。微芯片可以由聚合物、塑料、树脂、多糖、二氧化硅或二氧化硅基材料、碳、金属、无机玻璃或硝化纤维素组成。探针可以是核酸,例如cDNA(“cDNA微阵列”)或寡核苷酸(“寡核苷酸微阵列”)。为了测定靶核酸样品的表达谱,标记所述样品,使其在杂交条件下与微阵列接触,导致在与附着至微阵列表面的探针序列互补的靶核酸之间形成复合物。然后检测标记的杂交复合物的存在。微阵列杂交技术的许多变形对本领域技术人员而言是可用的。
本发明第五方面提供了生物标志物PATJ-DT在构建诊断或预后预测结直肠癌的计算模型中的应用。
本发明第六方面生物标志物PATJ-DT在制备治疗结直肠癌的药物组合物中的应用。
根据本发明,术语“药物组合物”涉及给患者施用的组合物,优选人患者。本发明的药物组合物包括上述化合物。任选地,其还包括能改变本发明化合物特征的分子,从而例如稳定、调节和/或激活其功能。所述组合物可采用固体、液体或气体形式,尤其可采用一种或多种粉末、片剂、溶液或气雾剂形式。任选地,本发明的药物组合物另外包括药学上可接受载体或赋形剂。合适的药物载体和赋形剂示例为本领域熟知且包括磷酸盐缓冲盐水溶液、水、乳液如油/水乳液、各种类型的润湿剂、无菌溶液、包括DMSO在内的有机溶剂等。含有这类载体或赋形剂的组合物能通过熟知的常规方法配制。这些药物组合物能以合适剂量给对象施用。剂量方案由主治医生和临床因素确定。如医学领域熟知,用于任意患者的剂量取决于许多因素,包括患者尺寸、体表面积、年龄、待施用的具体化合物、性别、施用时间和途径、总体健康状况和同步施用的其它药物。用于给定情况的治疗有效量易通过常规实验测定并在普通临床医生或医生的技术和判断范围内。
本文所用的术语“ncRNA”或“非编码RNA”指定未翻译成蛋白的功能RNA分子。从中转录非编码RNA的DNA序列通常在本领域称为RNA基因。术语“lncRNA”或“长非编码RNA”常用于本领域并指定含大于200个核苷酸的ncRNA。
术语“核酸序列”或“核苷酸序列”包括DNA如cDNA,或在一个优选实施方式中,是基因组DNA和RNA。应理解本文所用的术语“RNA”包括所有RNA形式,包括在一个优选实施方式中的lncRNA或ncRNA。术语“核酸序列”根据本发明可与术语“多核苷酸”互换使用。
使用双尾Welch t检验和/或Wilcoxon Mann-Whitney检验,对两组之间的表达水平进行了分析。显著的差异表达被鉴定为p<0.05。对每个lncRNA和每种测试条件,计算倍数变化和AUC(曲线下面积)。
附图说明
图1是测试集PATJ-DT在正常组织和结直肠癌组织中的差异性表达柱状图;
图2是验证集PATJ-DT在正常组织和结直肠癌组织中的差异性表达柱状图;
图3是用PATJ-DT进行结直肠癌诊断的ROC曲线图,其中,A为使用GTEx-TCGA数据库数据为样本绘制的ROC曲线图,B为使用临床样本数据绘制的ROC曲线图;
图4是用PATJ-DT进行结直肠癌预后预测的ROC曲线图,其中,T表示癌肿瘤本身的生长情况,包括肿瘤的大小和它的浸润范围;N表示区域淋巴结的转移程度;M表示远位脏器有无血行运转;
图5是用PATJ-DT进行结直肠癌预后预测后得到的生存曲线图。
具体实施方式
以下实施例详细的介绍了生物标志物PATJ-DT在诊断结直肠癌的准确性和预测结直肠癌患者预后的准确性。
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的实验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。
用于将标志物组合与疾病关联起来的对数函数优选采用通过应用统计方法开发和获得的算法。例如,适宜的统计方法是判别分析(DA)(即线性、二次、规则DA)、Kernel方法(即SVM)、非参数方法(即k近邻分类器)、PLS(部分最小二乘)、基于树的方法(即逻辑回归、CART、随机森林方法)、广义线性模型(即对数回归)、基于主分量的方法(即SIMCA)、广义叠加模型、基于模糊逻辑的方法、基于神经网络和遗传算法的方法。熟练技术人员在选择适宜的统计方法来评估本发明的标志物组合并由此获得适宜的数学算法方面不会有问题。
受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,简称ROC曲线):是根据一系列不同的二分类方式(分界值或决定阈),以敏感性(真阳性率)为纵坐标,1-特异性(假阳性率)为横坐标绘制的曲线。ROC曲线下面积是重要的试验准确度指标,ROC曲线下面积越大,试验的诊断价值越大。
实施例生物标志物PATJ-DT与结直肠癌的诊断与预后预测相关
1、实验对象
本实验中用于测试的TCGA结直肠癌队列的lncRNA测序数据和临床信息下载自GDC网站,GTEx数据库中正常结肠队列的基因表达数据下载自UCSC xene网站。在进行TCGA数据库以及GTEx数据库的去批次处理后共有741例样本用于差异表达及结直肠癌诊断分析,其中正常组织359例,结直肠癌组织382例;此外,在剔除了TCGA数据库中正常、重复、缺失样本后,共有619例样本用于预后分析。
本实验中用于验证的样本来自真实世界样本,均为结直肠癌患者29例,其中分别取正常组织29例,结直肠癌组织29例,用于验证生物标志物PATJ-DT诊断结直肠癌的正确性。
所述结直肠癌患者的纳入排除标准如下:
纳入标准:①患者均首次诊断为结直肠癌,根据世界卫生组织消化系统肿瘤(第四版)分类和美国癌症联合委员会分期系统完成结直肠癌病理诊断和分期,并经由两位病理医师独立阅片及诊断;②均接受结直肠癌根治术,清扫淋巴结数量不少于10个;③手术治疗前均未行抗肿瘤治疗,包括新辅助化疗、放疗、靶向治疗或生物治疗。
排除标准:①临床病例资料不全;②未行系统性淋巴结清扫或改为姑息手术;③既往肿瘤病史或同时合并其他部位肿瘤;④患者非因肿瘤死亡或于术后1月内死亡;⑤围手术期合并严重心、肺功能或肝、肾功能不全。
详细采样对象信息如表1所示。
表1 29例结直肠癌患者信息
2、实验方法
1)差异表达分析
测试集:使用SPSS软件对筛选集中PATJ-DT的测序数据进行差异表达分析,比较在筛选集中结直肠癌组织与癌旁组织之间的基因差异表达。
验证集:
①RNA提取
使用RNeasy试剂盒(Beyotime,Shanghai,456中国,R0027)从组织中提取总RNA。具体如下:
a.样品准备:取20mg动物组织,置于1.5ml离心管中,加入6颗左右氧化锆珠,迅速加入600μl冰浴预冷的裂解液,用微型电动匀浆器匀浆。研磨或匀浆后,轻轻吹打匀浆液8-10次,室温放置3-5分钟。然后约14,000g离心2分钟,将上清液移至新的离心管中。
b.加入等体积结合液至裂解液中,轻轻颠倒混匀3-5次。
c.将裂解液和结合液的混合物转移到纯化柱内,放入离心机16,000g离心1分钟,弃去下层液体。
d.在纯化柱上加入600μL洗涤液I,16,000g离心1分钟,弃去下层液体。在纯化柱上加入600μL洗涤液II,16,000g离心1分钟,弃去下层液体。此步骤重复两次。
e.16,000g离心2分钟去除纯化柱上残余的液体。
f.弃去收集管,RNA纯化柱置于RNA洗脱管中,在纯化柱中心加入50μL洗脱液,室温放置3分钟,16,000g离心30秒。得到的洗脱液再次加到纯化柱中心重复洗脱,16,000g离心30秒,得到纯化的RNA.
②逆转录:
a.测定样本RNA的浓度和质量:
对于浓度高于143ng/μL且OD230/260和OD280/260符合标准的样本RNA进行反转录。
b.去除RNA中的DNA:
先在冰上配制gDNA Eraser和5×gDNA Eraser Buffer的混合溶液,并分装到各反应管,然后加入1μg总RNA和无酶水。
以上反应体系在42℃加热两分钟,去除DNA。
c.反转录反应:
先在冰上配制除第一步反应液外的混合溶液,然后加入第一步反应液。
以上反应体系在37℃加热15分钟,在85℃加热30秒。每管加入180μLRNase FreedH2O稀释。
③PCR
a.引物设计
引物由公司合成,针对PATJ-DT的相关引物序列如下:
F:5’-CTGCGTGTAGAGCGAGACC-3’(SEQ ID NO:1);
R:5’-GTTAAGCGGATTGACCCAACG-3’(SEQ ID NO:2)。
b.配制反应体系:
TB Green Premix Ex Taq II试剂避光,PCR正反引物提前混合。
先在冰上配制除cDNA外的混合溶液,分装到八联排,然后加入cDNA.
c.八联排离心,上机。
实时定量PCR检测分析使用两步法PCR标准扩增程序,反应条件:以cDNA为模版,进行qRT-PCR,以GAPDH为内参照进行扩增,反应条件:第一步预变性(98℃30秒)和第二步PCR扩增(95℃5秒,60℃30秒,40个循环)。
通过qRT-PCR仪特定软件程序记录并分析检测数据结果,根据公式倍数=2-ΔΔCt计算各检测目的基因的相对表达量。
2)诊断效能分析
采用R包“pROC”绘制受试者工作曲线(ROC),分析经筛选得到的在结直肠癌组织和正常组织之间呈现显著性差异表达的lncRNA分别在筛选集和验证集中的AUC值、灵敏度、特异性,以判断其对结直肠癌的诊断效能。
其中,使用所述lncRNA的表达量(Log2表达量)进行评估分析,选择最大的Youden指数所对应的点作为其cutoff值,即最佳划分阈值通过Youden指数最大的一点来确定。
3)生存分析
本实施例在TCGA数据集中通过Kaplan-Meier分析评估所述lncRNA对结直肠癌患者总生存期(Overall survival,OS)的预后影响。根据所述lncRNA表达的最佳切点将患者分为两组。
4)预后预测效能分析
采用R包“pROC”绘制受试者工作曲线(ROC),分析所述lncRNA在TCGA数据集中对结直肠癌的预后预测的效能。
5)统计分析方法
采用Wilcoxon符号秩和检验评估所述lncRNA的表达差异。生存分析采用Log-rank检验。其余数据采用Student’s t检验(正态分布变量)或Wilcoxon秩和检验(非正态分布变量)进行分析。所有统计检验均采用R(版本:3.6.3)进行,显著性阈值设为0.05。
3、实验结果
1)差异表达分析
测试集:测试集中差异表达的分析结果如图1所示,与正常组织相比,PATJ-DT在结直肠癌组织中的表达水平显著下调。
验证集:验证集中差异表达的分析结果如图2所示,与正常组织相比,PATJ-DT在结直肠癌组织中的表达水平显著下调。
2)生物标志物PATJ-DT诊断结直肠癌的ROC曲线分析
以生物标志物PATJ-DT为变量,使用GTEx-TCGA数据库样本和真实世界收集样本,绘制正常组织与结直肠癌组织的ROC曲线,其结果如图3所示,其中图3A中结果显示,在GTEx-TCGA数据库的样本绘制的ROC曲线中,显示AUC值为0.816;图3B中结果显示,在29对临床收集的样本绘制的ROC曲线中,显示AUC值为0.824,表明生物标志物PATJ-DT可以作为诊断结直肠癌的生物标志物。
3)生物标志物PATJ-DT预测结直肠癌预后的ROC曲线和生存曲线分析
以生物标志物PATJ-DT为变量,使用TCGA数据库的样本数据,绘制结直肠癌患者的预后ROC曲线,其结果如图4所示,结果表明,相较于常规使用M+N+T的预后预测方法,AUC值为0.703,使用M+N+T+PATJ-DT的预测方法对结直肠癌患者进行预后分析,其AUC值为0.732,高于前者,表明生物标志物PATJ-DT能够提高对结直肠癌患者预后预测的准确性。
以生物标志物PATJ-DT为变量,使用TCGA数据库的样本数据,绘制结直肠癌预后的高水平和低水平的生存曲线,其结果如图5所示,高水平组的患者的整体生存期(OS)显著高于低水平组的患者。

Claims (9)

1.检测生物标志物表达水平的试剂在制备诊断结直肠癌的产品中的应用,其特征在于,所述生物标志物为PATJ-DT。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述产品包括试剂。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述试剂包括以下方法中使用的试剂:TaqMan探针法。
4.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述产品包括试剂盒。
5.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述产品通过测定样本中的PATJ-DT的表达水平来确定受试者是否患有结直肠癌。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,
所述样本为:肿瘤组织;
所述受试者为人。
7.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,所述试剂包括检测PATJ-DT表达水平的特异性引物、探针。
8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于,所述的特异性引物是检测PATJ-DT lncRNA的引物。
9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,所述检测PATJ-DT lncRNA的引物的核苷酸序列为SEQ ID NO:1与SEQ ID NO:2所示。
CN202311140841.8A 2023-09-06 2023-09-06 生物标志物patj-dt在诊断或预后预测结直肠癌中的应用 Active CN119570930B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202311140841.8A CN119570930B (zh) 2023-09-06 2023-09-06 生物标志物patj-dt在诊断或预后预测结直肠癌中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202311140841.8A CN119570930B (zh) 2023-09-06 2023-09-06 生物标志物patj-dt在诊断或预后预测结直肠癌中的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN119570930A CN119570930A (zh) 2025-03-07
CN119570930B true CN119570930B (zh) 2025-11-18

Family

ID=94811410

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202311140841.8A Active CN119570930B (zh) 2023-09-06 2023-09-06 生物标志物patj-dt在诊断或预后预测结直肠癌中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN119570930B (zh)

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110408705A (zh) * 2019-08-29 2019-11-05 北京泱深生物信息技术有限公司 一种结直肠癌的检测标志物及其应用

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11618926B2 (en) * 2017-02-28 2023-04-04 Baylor Research Institute Methods for diagnosing, prognosing, and treating colorectal cancer using biomarker expression

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110408705A (zh) * 2019-08-29 2019-11-05 北京泱深生物信息技术有限公司 一种结直肠癌的检测标志物及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN119570930A (zh) 2025-03-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2011525106A (ja) 瀰漫性b大細胞型リンパ腫のマーカーおよびその使用方法
CA2890161A1 (en) Biomarker combinations for colorectal tumors
CN114164273B (zh) 一种鳞癌的预后标志物、预后风险评估模型的建立方法及其应用
CN110229899B (zh) 用于结直肠癌早期诊断或预后预测的血浆标记物组合
CN117604101B (zh) 一种基因标志物组合、试剂盒及检测方法
CN106399304A (zh) 一种与乳腺癌相关的snp标记
JP6608424B2 (ja) 前癌性結腸直腸ポリープおよび結腸直腸癌を特定するための方法およびキット
US9914974B2 (en) Molecular biomarker set for early detection of ovarian cancer
TWI598444B (zh) 用以評估乳癌罹患風險之方法及基因標記
CN119570930B (zh) 生物标志物patj-dt在诊断或预后预测结直肠癌中的应用
CN119998464A (zh) 用于预测甲状腺癌转移的标志物组合及其应用
CN114480636B (zh) 胆汁细菌作为肝门部胆管癌诊断及预后标志物的用途
CN111763736B (zh) 用于诊断甲状腺乳头状癌淋巴结转移的液体活检试剂盒
CN116287180A (zh) 检测标志物的试剂在制备用于诊断哮喘的试剂盒中的应用
CN114854852A (zh) 一组神经胶质瘤标志物及应用
CN107130028B (zh) Syce3在结直肠癌诊断和治疗效果评价中的应用
CN106868128B (zh) 一组辅助诊断乳腺癌的生物标记物及其应用
CN116254335B (zh) Adam12生物标志物在冠状动脉扩张症诊断中的应用
CN119842908B (zh) 一种用于宫颈癌和/或宫颈癌前病变检测的甲基化标志物组合及其应用、产品、检测装置、计算机可读存储介质、电子终端和计算机程序
CN119570928A (zh) 用于结直肠癌诊断和预后预测的lncRNA组合
CN110184358A (zh) 甲状腺癌早期诊断用的oit3基因及其应用
CN106834476A (zh) 一种乳腺癌检测试剂盒
CN106811528B (zh) 一种乳腺癌治病基因新突变及其应用
CN106636351A (zh) 一种与乳腺癌相关的snp标记及其应用
CN119570929A (zh) Linc01409在结直肠癌诊断和预后预测中的新用途

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant