具体实施方式
以下对本发明的具体实施方式进行详细说明。应当理解的是,此处所描述的具体实施方式仅用于说明和解释本发明,并不用于限制本发明,本领域技术人员可以对本发明进行多种修改和变化而不背离本发明的范围或精神。例如,作为一个实施方式的部分而说明或描述的特征可以用于另一实施方式中,来产生更进一步的实施方式。
术语解释
除非另有说明,用于披露本发明的所有术语(包括技术和科学术语)的意义与本发明所属领域普通技术人员所通常理解的相同。通过进一步的指导,随后的定义用于更好地理解本发明的教导。本文中在本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的,不是旨在于限制本发明。
本文所使用的术语“和/或”、“或/和”、“及/或”的选择范围包括两个或两个以上相关所列项目中任一个项目,也包括相关所列项目的任意的和所有的组合,所述任意的和所有的组合包括任意的两个相关所列项目、任意的更多个相关所列项目、或者全部相关所列项目的组合。需要说明的是,当用至少两个选自“和/或”、“或/和”、“及/或”的连词组合连接至少三个项目时,应当理解,在本申请中,该技术方案毫无疑问地包括均用“逻辑与”连接的技术方案,还毫无疑问地包括均用“逻辑或”连接的技术方案。比如,“A及/或B”包括A、B和A+B三种并列方案。又比如,“A,及/或,B,及/或,C,及/或,D”的技术方案,包括A、B、C、D中任一项(也即均用“逻辑或”连接的技术方案),也包括A、B、C、D的任意的和所有的组合,也即包括A、B、C、D中任两项或任三项的组合,还包括A、B、C、D的四项组合(也即均用“逻辑与”连接的技术方案)。
本发明中所使用的术语“含有”、“包含”和“包括”是同义词,其是包容性或开放式的,不排除额外的、未被引述的成员、元素或方法步骤。
本发明中用端点表示的数值范围包括该范围内所包含的所有数值及分数,以及所引述的端点。
本发明中涉及浓度数值,其含义包括在一定范围内的波动。比如,可以在相应的精度范围内波动。比如2%,可以允许±0.1%范围内波动。对于数值较大或无需过于精细控制的数值,还允许其含义包括更大波动。比如100mM,可以允许±1%、±2%、±5%等范围内的波动。涉及分子量,允许其含义包括±10%的波动。
本发明中,涉及“多个”、“多种”等描述,如无特别限定,指在数量上指大于等于2。
本发明中,以开放式描述的技术特征中,包括所列举特征组成的封闭式技术方案,也包括包含所列举特征的开放式技术方案。
本发明中,“优选”、“更好”、“更佳”、“为宜”仅为描述效果更好的实施方式或实施例,应当理解,并不构成对本发明保护范围的限制。
本发明中,“任选地”、“任选的”、“任选”、“可选地”、“可选的”、“可选”,指可有可无,也即指选自“有”或“无”两种并列方案中的任一种。如果一个技术方案中出现多处“任选”或“可选”,如无特别说明,且无矛盾之处或相互制约关系,则每项“任选”或“可选”各自独立。
本发明中,术语“核酸”是指含有RNA或RNA样(例如化学修饰的RNA)寡核苷酸分子的组合物,所述寡核苷酸分子能够以序列特异性方式降解或抑制(例如,在适当的条件下降解或抑制)靶mRNA的信使RNA(mRNA)转录物的翻译。所述的核酸可以通过RNA干扰机制(即,通过与哺乳动物细胞的RNA干扰途径机制(RNA诱导沉默复合物或RISC)的相互作用而诱导RNA干扰)、或通过任何替代机制或途径来起作用。本文公开的包括正义链和反义链的核酸的下的限定范围包括但不限于:短(或小)干扰RNA(siRNA)、双链RNA(dsRNA)、微小RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)和切丁酶(dicer)底物。
本发明中,当提及给定基因的表达时,术语“沉默”、“降低”、“抑制”、“下调”或“敲减”,意指如通过基因在其中转录的细胞、细胞群、组织、器官或受试者中,由基因转录的RNA水平或者由mRNA翻译的多肽、蛋白质或蛋白质亚基的水平测量的,与未如此治疗的第二细胞、细胞群、组织、器官或受试者相比,当细胞、细胞群、组织、器官或受试者用本文所述的核酸进行治疗时,所述基因的表达是降低的。
本发明中,“完全互补的”意指在核碱基或核苷酸序列分子的杂交对中,第一寡核苷酸的邻接序列中的所有(100%)碱基,与第二寡核苷酸的邻接序列中的相同数目的碱基杂交。邻接序列可以包含第一核苷酸序列或第二核苷酸序列的全部或部分。
本发明中,“部分互补的”意指在核碱基或核苷酸序列分子的杂交对中,第一寡核苷酸的邻接序列中的至少70%但并非全部碱基,与第二寡核苷酸的邻接序列中的相同数目的碱基杂交。邻接序列可以包含第一核苷酸序列或第二核苷酸序列的全部或部分。
本发明中,“基本上互补的”意指在核碱基或核苷酸序列分子的杂交对中,第一寡核苷酸的邻接序列中的至少85%但并非全部碱基,与第二寡核苷酸的邻接序列中的相同数目的碱基杂交。邻接序列可以包含第一核苷酸序列或第二核苷酸序列的全部或部分。
本发明中,当提及“至少部分互补的”意指在核碱基或核苷酸序列分子的杂交对中,第一寡核苷酸与第二寡核苷酸为部分互补的、基本上互补的或完全互补的。
本发明中,术语“治疗”意指为了提供受试者中的一种或多种疾病症状的数目、严重性和/或频率的缓解或减轻而采取的方法或步骤。所述的治疗可以包括受试者中的一种或多种疾病症状的数目、严重性和/或频率的预防、管理、预防性治疗、和/或抑制或降低。
本发明中,术语“连接”意指两种化合物或分子通过共价键进行接合。除非另有说明,否则如本文使用的,术语“连接”可以指具有或不具有任何中间原子或原子群的第一化合物和第二化合物之间的连接。
核酸
本发明提供了一种(被修饰或未被修饰的)核酸,该核酸包括正义链和反义链,所述正义链含有与SEQ ID NO:1~57任意一项所示序列具有80%(如80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)以上的序列同一性的序列,所述反义链含有与SEQ ID NO:58~114任意一项所示序列的第1~21位核苷酸序列具有80%(如80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%)以上的序列同一性的序列。
在一些实施方式中,所述反义链具有15~30(如15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)个核苷酸(碱基)。
在一些实施方式中,所述正义链具有15~30(如15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30)个核苷酸(碱基)。
在具体实施时,本领域人员可以结合正义链和反义链的互补性考虑而对本发明中所提供的序列而进行组合,从而得到组合后的核酸(siRNA)。
在本发明的优选实施方式中,如表1所示,所述核酸选自正义链序列为SEQ ID NO:1且反义链序列为SEQ ID NO:58的siRNA-1、正义链序列为SEQ ID NO:2且反义链序列为SEQID NO:59的siRNA-2、正义链序列为SEQ ID NO:3且反义链序列为SEQ ID NO:60的siRNA-3、正义链序列为SEQ ID NO:4且反义链序列为SEQ ID NO:61的siRNA-4、正义链序列为SEQ IDNO:5且反义链序列为SEQ ID NO:62的siRNA-5……、siRNA-55、siRNA-56、siRNA-57中的至少一种。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:58~114任意一项所示序列的第1~21位核苷酸序列相差不超过0个、1个、2个或3个核苷酸的至少15、16、17、18、19、20或21个连续核苷酸,所述正义链含有与所述反义链至少部分互补的(如部分互补的、基本上互补的或完全互补的)核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述正义链含有与SEQ ID NO:1~57任意一项所示序列相差不超过0个、1个、2个或3个核苷酸的至少15、16、17、18、19、20或21个连续核苷酸。
本发明中,所述正义链和反义链可以具有相同的长度,也可以具有不同的长度。
上述核酸中所有核苷酸基团可以是未经化学修饰的,也可以含有至少一个修饰的核苷酸基团,且修饰可以在任意位置的核苷酸上。
在一些实施方式中,所述正义链和反义链可以是彼此部分互补、基本上互补或完全互补的。
在一些实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:71、72、73、74、75、76、77、78、79、109、113中任意一项所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,所述正义链含有与所述反义链至少部分互补的(如部分互补的、基本上互补的或完全互补的)核苷酸序列。当反义链具有上述序列时,双链RNA对KHK具有显著更优的抑制效果。
在一些优选的实施方式中,所述正义链含有与SEQ ID NO:14、15、16、17、18、19、20、21、22、52、56中任意一项所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:71所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:14所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:72所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:15所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:73所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:16所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:74所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:17所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:75所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:18所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:76所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:19所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:77所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:20所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:78所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:21所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:79所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:22所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:109所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:52所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有与SEQ ID NO:113所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SEQ ID NO:56所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些实施方式中,所述核酸中的正义链或反义链与本发明所提及的对应序列的序列同一性低于100%或相差1个以上核苷酸时,仍然具有与所述对应序列相近(如仍具有相当于对应序列80~120%、85~115%或90~110%的效力)或相当(如仍具有相当于对应序列95~105%的效力)的对KHK的抑制效果。例如,将所述核酸的反义链(如SEQ ID NO:58~114任意一项所示序列)的3’端的两个碱基替换为UU,AA,CC,GG或UG等,或任何两个核酸的组合。这样的核酸序列也属于本发明的保护范围。
本发明中所提到的上述关于裸序列(即未经修饰的序列)的技术方案,其效果优势并不依赖于修饰方法或靶向载体的选择。以下对其可以适用的修饰方案及进一步优选的修饰方案进行展开介绍:
根据本发明所述的核酸,其中,所述核酸含有核苷酸基团作为基本结构单元,所述核苷酸基团含有磷酸基团、核糖基团和碱基,优选情况下,所述核酸含有至少一个修饰的核苷酸基团。修饰后的核酸对KHK的抑制效率不低于50%(如50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%)。
根据本发明所述的核酸,其中,所述修饰的核苷酸基团为磷酸基团和/或核糖基团被修饰的核苷酸基团。带修饰的位点可以在正义链和/或反义链的第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30位核苷酸中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30位上。
例如,磷酸基团的修饰是指对磷酸基团中的氧进行修饰,包括硫代磷酸修饰(Phosphorthioate)和硼烷化磷酸盐修饰(Boranophosphate)等。如下式所示分别用硫、硼烷、胺基、烷基或烷氧基置换磷酸基团中的氧。这几种修饰都能稳定核酸的结构,保持碱基配对的高特异性和高亲和力。
以上结构式中,BASE表示碱基A、U、C、G或T。X可以是氧(O)或硫(S)。R在以上结构中可以是相同的,也可以是不同的,比如:氢(H)、氟(F)、甲氧基(OME)或甲氧乙基(MOE)、羟基、烯丙基、乙基胺基、炔丙基、氨基、氰基乙基、乙酰基等,R’和R”可以各自独立地是氢(H)、甲基(CH3)、乙基(CH2CH3)、丙基(CH2CH2CH3)、异丙基(CH(CH3)2)、烯丙基、炔丙基、酰氧基苄基、酰氧乙基。
核糖基团的修饰是指对核糖基团中2′-羟基(2′-OH)的修饰。在核糖基团的2′-羟基位置引入某些取代基如甲氧基或氟后,使核酸不易被核糖核酸酶切割,由此增加了核酸的稳定性,使核酸具有更强的抵抗核酸酶水解的性能。对核苷酸戊糖中2′-羟基的修饰包括2′-氟修饰(2′-fluoromodification,如2’-arabino-fluoro modification)、2′-甲氧基修饰(2′-OME)、2′-甲氧乙基修饰(2′-MOE)、2′-2,4-二硝基苯酚修饰(2′-DNPmodification)、环锁乙基修饰(2′,4′-constrained ethylmodification)、2′-氨基修饰(2′-Amino modification)、2′-脱氧修饰(2′-Deoxy modification)、BNA、无环核酸修饰、错位核酸修饰、L型核酸修饰等。BNA(内环桥接核苷酸)是指受约束的或不能接近的核苷酸。BNA可以含有五元环、六元环、或七元环的具有“固定的”C 3'-内切糖缩拢的桥联结构。通常将该桥并入该核糖环的2'-、4'-位处以提供2',4'-BNA核苷酸,如锁乙基修饰(LNA)、环锁乙基修饰(ENA)和乙基锁核酸修饰(cET BNA)。无环核酸是核苷酸的糖环被打开形成的核苷酸,如解锁核酸(UNA)核苷酸和甘油核酸(GNA)核苷酸。错位核酸修饰是指3’,5’-磷酸键链接被2’,5’-磷酸键链所代替。L型核酸修饰是指天然存在的D型核酸被替换为其镜像立体对应体L型核酸。
其中,BASE表示碱基A、U、C、G或T。R在以上结构中可以是相同的,也可以是不同的,比如:氢(H)、氟(F)、甲氧基(OME)或甲氧乙基(MOE)、羟基、烯丙基、乙基胺基、炔丙基、氰基乙基、乙酰基等。
根据本发明所述的核酸,其中,优选情况下,核糖基团被修饰的核苷酸基团为核糖基团的2’-OH被甲氧基或氟取代的核苷酸基团。
根据本发明的一种特别优选的实施方式,其中,所述核酸的正义链中含有尿嘧啶碱基或胞嘧啶碱基的核苷酸基团为所述核糖基团被修饰的核苷酸基团,即,所述核酸的正义链中含有尿嘧啶碱基或胞嘧啶碱基的核苷酸基团中的核糖基团的2’-OH被甲氧基或氟取代。更优选地,所述核酸的正义链和反义链的3’端均可以连接有dTdT;或者,所述核酸的反义链的3’端可以连接有AA或UU或任何两个核酸的组合(可以是但不局限于CC,GG或UG),使序列具有特异性对mRNA降解的诱因。具有以上修饰的核酸表现出更为优异的体内抑制效果,且上述修饰能够进一步降低本发明的核酸在体内的免疫原性。
本发明的核酸还可以包括在反义链5’端连接一单磷酸核苷的修饰。由于siRNA导链终端的5’-单磷酸对于RISC识别是重要的。其中5’-羟基的磷酸化对siRNA能否有效地装载到细胞内部的Ago2上起了一定程度的作用。在siRNA 中的导链5’端单磷酸盐与Argonaute-2(Ago2)有H键的相互作用,从而确保对mRNA的靶标有准确定位和精确切割。常用的5’-单磷酸核苷的衍生物有如下几种,此类磷酸核苷的衍生物已被证实在生物代谢介质中具有一定稳定性,对促进siRNA导链装载到细胞内部的Ago2有一定作用(NucleicAcids Research,2015,43,2993–3011)。根据本发明所述的核酸,其中,优选情况下,反式-乙烯基磷酸酯(VP)作为首选,也可以包括上面所述以外的单磷酸核苷的衍生物。
以上结构中,BASE表示碱基A、U、C、G或T。R在以上结构中可以是相同的,也可以是不同的,比如:氢(H)、氟(F)、甲氧基(OME)或甲氧乙基(MOE)、羟基、烯丙基、乙基胺基、炔丙基、氰基乙基、氨基、乙酰基等。
在本发明中,的含义一致,指某化学元素X与任何一个或多个基团连接。
在一些实施方式中,所述核酸中的至少一个核苷酸是修饰的核苷酸或包括修饰的间键。
在一些优选的实施方式中,所述修饰的核苷酸选自2'-O-甲基核苷酸、2'-氟核苷酸、2'-脱氧核苷酸、2',3'-开环核苷酸模拟物、锁定的核苷酸、2'-F-阿拉伯糖核苷酸、2'-甲氧基乙基核苷酸、脱碱基核苷酸、核糖醇、反向核苷酸、反向2'-O-甲基核苷酸、反向2'-脱氧核苷酸、2'-氨基修饰的核苷酸、2'-烷基修饰的核苷酸、吗啉代核苷酸、含有乙烯基膦酸酯的核苷酸、含有环丙基膦酸酯的核苷酸和3'-O-甲基核苷酸中的一种或多种;所述修饰的核苷酸进一步优选自2'-O-甲基核苷酸和2'-氟核苷酸中的一种或多种。
在一些优选的实施方式中,所述修饰的间键优选自硫代磷酸酯核苷酸间键和甲基膦酸酯核苷酸间键中的一种或多种;所述修饰的间键进一步优选自硫代磷酸酯单酯核苷酸间键、硫代磷酸二酯核苷酸间键中的一种或多种。
在一些实施方式中,所述反义链5'末端和3'末端处分别含有2个硫代磷酸酯核苷酸间键,且含有4~6个2'-氟核苷酸,其余核苷酸均为2'-O-甲基核苷酸。
在一些实施方式中,所述正义链的5'末端含有2个硫代磷酸酯核苷酸间键,且含有3~5个2'-氟核苷酸,其余核苷酸均为2'-O-甲基核苷酸。
在一些优选的实施方式中,所述反义链在从5'端计数的第2、4、6、14和16处核苷酸为2'-氟核苷酸。
在一些优选的实施方式中,所述正义链在从5'端计数的第7、9、10和11处核苷酸为2'-氟核苷酸。
在一些优选的实施方式中,所述反义链具有如表2中任意一种所示的反义链序列相差不超过0个、1个、2个或3个核苷酸的至少15、16、17、18、19、20、21、22或23个连续核苷酸,所述正义链具有如表2中任意一种所示的正义链序列相差不超过0个、1个、2个或3个核苷酸的至少15、16、17、18、19、20或21个连续核苷酸。
在一些优选的实施方式中,所述正义链和反义链形成具有表3中任意一种所示的siRNA。
在一些实施方式中,所述反义链从5'端到3'端含有与以下核苷酸序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列:
SN-52424:asUfsuGfaAfggugucuCfcAfgcuccsusu;
SN-52425:csAfsuUfgAfaggugucUfcCfagcucsusu;
SN-52426:asAfsgAfuGfacggaggCfaUfugaagsgsu;
SN-52427:usUfsaUfuUfgcucugaGfgCfucugcsasu;
SN-52428:asUfsuUfaUfuugcucuGfaGfgcucusgsc;
SN-52429:gsAfsuUfuAfuuugcucUfgAfggcucsusu;
SN-52430:asGfsaUfuUfauuugcuCfuGfaggcususu;
SN-52431:asAfsgAfuUfuauuugcUfcUfgaggcsusc;
SN-52432:csUfscUfgAfggaagauUfuAfuuugcsusu;
SN-52549:usCfsuGfcUfucucuucCfaUfgaggcsusu;
SN-52553:asGfsgCfaUfugaagguGfuCfuccagsusu;
所述正义链含有与所述反义链至少部分互补的核苷酸序列。
在一些实施方式中,所述正义链从5'端到3'端含有如以下任意一项核苷酸序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列:
SN-22424:gsgsagcuGfgAfGfAfcaccuucaau;
SN-22425:gsasgcugGfaGfAfCfaccuucaaug;
SN-22426:csusucaaUfgCfCfUfccgucaucuu;
SN-22427:gscsagagCfcUfCfAfgagcaaauaa;
SN-22428:asgsagccUfcAfGfAfgcaaauaaau;
SN-22429:gsasgccuCfaGfAfGfcaaauaaauc;
SN-22430:asgsccucAfgAfGfCfaaauaaaucu;
SN-22431:gscscucaGfaGfCfAfaauaaaucuu;
SN-22432:gscsaaauAfaAfUfCfuuccucagag;
SN-22549:gscscucaUfgGfAfAfgagaagcaga;
SN-22553:csusggagAfcAfCfCfuucaaugccu。
在本发明的各序列中,以小写字母表示的核苷酸代表该核苷酸为2'-O-甲基核苷酸;f表示其左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟核苷酸;s代表左右相邻的两个核苷酸之间通过硫代磷酸二酯键连接。
在具体实施时,本领域人员可以结合对正义链和反义链的互补性的考虑,而对上述所提到的正义链和反义链的序列进行组合。在一种优选的实施方式中,将编号倒数三位数一致的正义链和反义链序列进行组合,以得到相应的核酸(siRNA)。比如,将与SN-22424和SN-52424组合,将SN-22425和SN-52425组合,以得到相应的核酸(siRNA)。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52424所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22424所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52425所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22425所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52426所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22426所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52427所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22427所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52428所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22428所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52429所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22429所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52430所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22430所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52431所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22431所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52432所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22432所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52549所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22549所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
在一些优选的实施方式中,所述反义链含有如SN-52553所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列,且所述正义链含有与SN-22553所示序列相差0个、1个或2个核苷酸的核苷酸序列。
根据本发明所述的核酸,可以通过本领域常规的方法获得,例如通过固相合成和液相合成得到,所述固相合成已经有商业的订制服务,因此可以通过商购获得。所述修饰的核苷酸基团可以通过具有相应修饰的核苷酸单体引入。
基于如上合成的核酸(siRNA),本发明可以进一步构建与上述siRNA具有相同或相似功能的shRNA表达质粒,构建该表达质粒的方法为本领域技术人员所公知,在此不再赘述。
本发明还提供了如上所述的核酸的靶向基因位点。在一些实施方式中,所述靶向基因位点如表1第1列中的任意一项所标注。
表1
注:第1列指靶向基因的首个碱基在人KHK基因序列中的位置,以此类推;第3、5列中数字表示序列编号,例如,“1”表示SEQ ID NO:1。
其中,靶向基因的参考序列为人KHK的mRNA序列NM_006488.3。
靶向药物递送系统
本发明还提供了一种靶向药物递送系统,该靶向药物递送系统包括靶向基团、连接基团和通过连接基团与靶向基团连接的如上所述的核酸。
结合本领域常识而将本发明的核酸(siRNA)在应用于不同的靶向药物递送系统时,均具有较优的抑制效果。换言之,本发明中的裸序列以及修饰后的序列的效果优势并不依赖于靶向载体的选择。为了进一步提高siRNA的生物利用度和治疗效果,本发明还对靶向药物递送系统进行了优化,并得到了如下的技术方案。
在一些实施方式中,所述连接基团与所述核酸的正义链或反义链的3'端或5'端连接。
在一些具体实施方式中,所述连接基团与所述核酸的正义链的3'端连接。
在一些实施方式中,该靶向药物递送系统包括配体和与所述配体连接的所述的核酸。
在一些实施方式中,所述配体为是GalNAc衍生物。
在一些实施方式中,所述配体是通过单链、双链或三链支链接头连接的一种或多种GalNAc衍生物。
在一些优选的实施方式中,该靶向药物递送系统的结构如下式I所示:
式I中,Nu代表所述核酸(siRNA)。在一些实施方式中,该系统中的化合物部分可以通过磷酸二酯键与siRNA的正义链的5’端或3’端相连,也可以通过磷酸二酯键与siRNA的反义链的5’端或3’端相连。该靶向药物递送系统利用其左侧的结构特性能提高核酸药物(Nu)的细胞穿透能力,增强其在细胞内的稳定性,且制备工艺简单,实用性强。
细胞
本发明还提供了一种离体的细胞,其包含如前所述的核酸。
所述细胞可用于基因功能研究、疾病模型研究或药物筛选等用途。
药物组合物
本发明还提供了一种药物组合物,该药物组合物含有如上所述的核酸或靶向药物递送系统以及药学上可接受的载体。
可以通过常规的方法由所述核酸和所述药学上可接受的载体制备得到所述药物组合物。例如,所述药物组合物可以为注射液。所述注射液可以用于皮下、肌肉或静脉的注射。
根据本发明所述的药物组合物,其中,对核酸或靶向药物递送系统以及药学上可接受的载体的量没有特别的要求,一般地,相对于1重量份的所述核酸(或1重量份的以核酸计的靶向药物递送系统),所述药学上可接受的载体的含量可以为1-100000重量份(如1重量份、5重量份、10重量份、50重量份、100重量份、500重量份、1000重量份、5000重量份、10000重量份、50000重量份、100000重量份或以上任意两个数值之间的任意值)。
根据本发明所述的药物组合物,其中,所述药学上可接受的载体可以为本领域常规采用的各种载体,例如,可以包括pH值缓冲液、保护剂和渗透压调节剂中的至少一种。所述pH值缓冲液可以为pH值为7.5-8.5的三羟甲基胺基甲烷盐酸盐缓冲液和/或pH为5.5-8.5的磷酸盐缓冲液,优选为pH为5.5-8.5的磷酸盐缓冲液。所述保护剂可以为肌醇、山梨醇和蔗糖中的至少一种。以所述药物组合物的总重量为基准,所述保护剂的含量可以为0.01-30重量%(如0.01重量%、0.05重量%、0.1重量%、0.5重量%、1重量%、5重量%、10重量%、15重量%、20重量%、25重量%、30重量%或以上任意两个数值之间的任意值)。所述渗透压调节剂可以为氯化钠和/或氯化钾。所述渗透压调节剂的含量使所述药物组合物的渗透压为200-700毫渗摩尔/千克。根据所需渗透压,本领域技术人员可以确定所述渗透压调节剂的含量。
根据本发明一种优选的实施方式,所述药学上可接受的载体为脂质体。脂质体可以为任何一种能包裹核酸的脂质体,其直径可以是25-1000nm,可以包括但不限于胆固醇及其类似物或衍生物。
本发明所述药物组合物的使用剂量可以为本领域常规的剂量,所述剂量可以根据各种参数、尤其根据受试者的年龄、体重和性别来确定。例如,对于雌性,3-4月龄,体重25-30g的小鼠,以所述药物组合物中的所述核酸的量计,所述药物组合物的用量可以为0.01-100mg/kg体重,优选为1-10mg/kg体重。
方法及用途
本发明还提供了一种抑制细胞中已酮糖激酶的表达的方法,该方法包括:使所述细胞与如上所述的核酸、如上所述的靶向药物递送系统或如上所述的药物组合物接触,以抑制所述细胞中的已酮糖激酶的表达。
在一些实施方式中,所述细胞在受试者体内,例如,人类受试者,例如,患有已酮糖激酶相关疾病的受试者,或需要预防已酮糖激酶相关疾病风险的受试者。
在一些实施方式中,所述细胞位于体外。所述方法基于研究目的、或用于构建动物模型。
在一些实施方式中,使所述细胞与所述核酸接触抑制KHK的表达的至少50%、60%、70%、80%、90%、95%(例如,与所述细胞首次与所述核酸接触之前的KHK的表达水平相比;例如,在向所述受试者施用第一剂量的所述核酸之前)。在某些实施例中,抑制KHK的表达使受试者血清样品中的KHK蛋白水平降低至少50%、60%、70%、80%、90%或95%,例如,与所述细胞首次与所述核酸接触之前的KHK的表达水平相比。
本发明还提供了如上所述的核酸、如上所述的靶向药物递送系统或如上所述的药物组合物在以下任一方面的用途:1)治疗和/或预防与已酮糖激酶相关的疾病;2)制备用于治疗和/或预防与已酮糖激酶相关的疾病的药物。
在一些实施方式中,所述疾病为:(i)与已酮糖激酶增强或升高相关的疾病;或(ii)将受益于已酮糖激酶表达减少的疾病。
在一些实施方式中,所述疾病选自肝病、血脂异常、血糖控制病症、心血管疾病、肾病、高尿酸血症、痛风中的一种或几种。
在一些实施方式中,所述肝病选自以下的一种或几种:非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。
在一些实施方式中,所述血脂异常选自以下的一种或几种:高脂血症、高LDL胆固醇、低HDL胆固醇、高甘油三酯血症、餐后高甘油三酯血症、脂肪细胞功能障碍、内脏脂肪沉积、肥胖和代谢综合征。
在一些实施方式中,所述血糖控制病症选自以下的一种或几种:胰岛素抵抗、2型糖尿病和葡萄糖不耐受。
在一些实施方式中,所述心血管疾病选自以下的一种或几种:高血压和内皮细胞功能障碍。
在一些实施方式中,所述肾病选自以下的一种或几种:急性肾病症、小管功能障碍、近端小管的促炎性变化和慢性肾病。
本发明中,所述受试者可以为哺乳动物,包含灵长类动物(如人、非人灵长类动物,例如猴子和黑猩猩)、非灵长类动物(如牛、猪、马、山羊、兔子、绵羊、仓鼠、豚鼠、猫、狗、大鼠或小鼠)或鸟类。在一些实施方式中,所述受试者优选为灵长类动物,更优选为人。
可以通过多种途径给药,取决于是需要局部治疗还是全身治疗。给药量可以参照前述,在此不再赘述。
在一些实施方式中,给药方式包括但不限于口服,腹膜内或胃肠道外途径,包括颅内(例如,脑室内,实质内和鞘内),静脉,肌肉,皮下,经皮,气道(气雾剂),鼻腔,直肠和局部(包括颊和舌下)给药。
在一些实施方式中,所述核酸、所述的靶向药物递送系统或所述的药物组合物通过皮下给药、静脉内给药和/或肌肉内给药而施用于受试者。
实施例
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,优先参考本发明中给出的指引,还可以按照本领域的实验手册或常规条件,还可以参考本领域已知的其它实验方法,或者按照制造厂商所建议的条件。
下述的具体实施例中,涉及原料组分的量度参数,如无特别说明,可能存在称量精度范围内的细微偏差。涉及温度和时间参数,允许仪器测试精度或操作精度导致的可接受的偏差。
实施例1siRNA的体外筛选
在筛选得到表1所示的正义链和反义链序列后,对各正义链和反义链进行修饰,修饰后的序列如表2所示。
表2
表中,a/c/g/u=2’-OMe核苷酸;Af/Cf/Gf/Uf=2’-F核苷酸;s=硫代磷酸二酯键。
通过固相合成法,将表2中的正义链和反义链形成表3中修饰后的双链siRNA。
表3
表中,a/c/g/u=2’-OMe核苷酸;Af/Cf/Gf/Uf=2’-F核苷酸;s=硫代磷酸二酯键。
在96孔细胞培养皿内加入0.5毫升细胞培养液(DMEM,10%小牛血清,1%青霉素+链霉素溶液)含104Hep3B(Procell,Cat#CL-0102)细胞,在37℃,5%CO2的细胞培养器内过夜培养。在Opti-MEM培养液内加入RNAiMAX(1.5微升/孔)和表3中的小干扰核酸,加入细胞培养孔使最后每孔浓度为1nM或10nM,继续在37℃,5% CO2的细胞培养期内培养48小时。为提取RNA,将细胞培养上清液吸净,用PBS冲洗,吸净后,加入50μL配制好的裂解液(按Cells-to-CT试剂盒(ThermoFisher Scientific,Cat#4391851c)建议)混匀,静置10min后,加入2.5μL Stop solution终止2min。根据High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits(Thermo Fisher,货号:4368814)的建议做RT-PCR,每个反应内含10μL裂解后液体。用实时荧光PCR法测基因表达定量,人KHK的TaqMan探针为Hs01071998_m1,内参基因(人HPRT1)的探针为Hs02800695_m1(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)。PCR条件为95℃ 20秒1个循环,95℃ 1秒和60℃20秒40个循环,实时荧光PCR仪为QuantStudioTM6Pro实时荧光定量PCR系统(Thermo Fisher)。KHK基因表达是以2^-ΔΔCt计算,人HPRT1基因表达作为内参。KHK基因表达量以和仅有RNAiMAX的细胞组为对照的相对值表达,结果见表4。
表4.siRNA在Hep3B细胞中对KHK基因表达的抑制作用
由表4结果可知,本发明的siRNA均能不同程度地抑制KHK基因表达,其中,SN-252424、SN-252425、SN-252426、SN-252427、SN-252428、SN-252429、SN-252430、SN-252431、SN-252432、SN-252549和SN-252553的抑制效果显著更优,在1nM的使用量下,对KHK基因表达的沉默表达量均达到70%以上。
实施例2siRNA的剂量依赖性试验
为了更进一步验证siRNA化合物的活性,将SN-252424、SN-252425、SN-252426、SN-252427、SN-252428、SN-252429、SN-252430、SN-252431、SN-252432、SN-252549和SN-252553在Hep3B细胞中进行了剂量依赖性试验。将RNAiMAX(1.5微升/孔)和小干扰核酸分别在Opti-MEM培养液中混合后加入细胞培养孔,使最后每孔浓度为0.005,0.01,0.04,0.12,0.37,1.1,3.3或10nM,继续在37℃,5% CO2的细胞培养期内培养48小时。RNA提取及相对定量如前所述。siRNA化合物抑制KHK基因表达的IC50如表5所示。
表5siRNA化合物在Hep3B细胞中对KHK基因表达抑制的IC50值
| 编号 |
IC50,nM |
| SN-252424 |
0.15 |
| SN-252426 |
0.18 |
| SN-252427 |
0.24 |
| SN-252428 |
0.09 |
| SN-252429 |
0.15 |
| SN-252425 |
0.25 |
| SN-252430 |
0.09 |
| SN-252431 |
0.04 |
| SN-252432 |
0.61 |
| SN-252549 |
0.79 |
| SN-252553 |
0.34 |
可见,上述siRNA均能够较优地抑制KHK基因的表达。
此外,将上述优势组的siRNA与Tri-GalNAc偶联(其具体结构见前述式I,所涉及的序列见表6),可以进一步增强siRNA药物的肝靶向性。
表6
| siRNA编号 |
正义链(5'-3') |
反义链(5'-3') |
| SN-68424 |
gsgsagcuGfgAfGfAfcaccuucaau-Tri-GalNAc |
asUfsuGfaAfggugucuCfcAfgcuccsusu |
| SN-68425 |
gsasgcugGfaGfAfCfaccuucaaug-Tri-GalNAc |
csAfsuUfgAfaggugucUfcCfagcucsusu |
| SN-68426 |
csusucaaUfgCfCfUfccgucaucuu-Tri-GalNAc |
asAfsgAfuGfacggaggCfaUfugaagsgsu |
| SN-68427 |
gscsagagCfcUfCfAfgagcaaauaa-Tri-GalNAc |
usUfsaUfuUfgcucugaGfgCfucugcsasu |
| SN-68428 |
asgsagccUfcAfGfAfgcaaauaaau-Tri-GalNAc |
asUfsuUfaUfuugcucuGfaGfgcucusgsc |
| SN-68429 |
gsasgccuCfaGfAfGfcaaauaaauc-Tri-GalNAc |
gsAfsuUfuAfuuugcucUfgAfggcucsusu |
| SN-68430 |
asgsccucAfgAfGfCfaaauaaaucu-Tri-GalNAc |
asGfsaUfuUfauuugcuCfuGfaggcususu |
| SN-68431 |
gscscucaGfaGfCfAfaauaaaucuu-Tri-GalNAc |
asAfsgAfuUfuauuugcUfcUfgaggcsusc |
| SN-68432 |
gscsaaauAfaAfUfCfuuccucagag-Tri-GalNAc |
csUfscUfgAfggaagauUfuAfuuugcsusu |
| SN-68549 |
gscscucaUfgGfAfAfgagaagcaga-Tri-GalNAc |
usCfsuGfcUfucucuucCfaUfgaggcsusu |
| SN-68553 |
csusggagAfcAfCfCfuucaaugccu-Tri-GalNAc |
asGfsgCfaUfugaagguGfuCfuccagsusu |
表中,a/c/g/u=2’-OMe核苷酸;Af/Cf/Gf/Uf=2’-F核苷酸;s=硫代磷酸二酯键。
将表6所示的siRNA药物于人源KHK转基因小鼠中验证药效时,仍然具有显著的药效优势,其能够以更低的剂量实现更优的药效。
另外,通过比较未经修饰的siRNA在细胞中对KHK基因表达的沉默效应后,可以确认上述siRNA在裸序列层面即具有明显效果优势。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式,其描述较为具体和详细,但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本发明的保护范围。