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CN117887848A - 一种卵巢良恶性病变的生物标志物及其应用 - Google Patents

一种卵巢良恶性病变的生物标志物及其应用 Download PDF

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CN117887848A CN202410059293.4A CN202410059293A CN117887848A CN 117887848 A CN117887848 A CN 117887848A CN 202410059293 A CN202410059293 A CN 202410059293A CN 117887848 A CN117887848 A CN 117887848A
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Abstract

本发明提供了一种卵巢良恶性病变的生物标志物及其应用,涉及卵巢良恶性病变的检测技术领域,所述的标志物至少包括L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因至少一个靶区域内甲基化的核酸序列。本发明通过筛选出四个基因L1TD1、TBPL2、HIST1H4I、ZNF154作为用于对卵巢良恶性病变进行检测的目标基因(靶基因),并确定各目标基因中最佳的甲基化区域,从而实现各目标基因能够相互联合可用于卵巢癌检测。由于卵巢癌种类多样,选择多基因甲基化区域联合检测,形成功能互补,显著提高对卵巢癌的诊断性能。该检测对卵巢癌的检出具有临床价值。

Description

一种卵巢良恶性病变的生物标志物及其应用
技术领域
本发明涉及卵巢良恶性病变的检测技术领域,尤其涉及一种卵巢良恶性病变的生物标志物及其应用。
背景技术
卵巢癌是女性生殖道死亡率最高肿瘤,在我国每年大约有2.5万女性死于卵巢癌。卵巢癌可发生在不同年龄断,如生殖细胞肿瘤中的内胚窦瘤好发于青少女性或女性儿童,交界性肿瘤好发于30-40岁的妇女,但总体而言,卵巢癌大多数发生在50岁以上的女性。卵巢癌居妇科恶性肿瘤第3位,排在宫颈癌和子宫内膜癌之后,占女性生殖道肿瘤的23%。
卵巢癌根据组织学来源分四类,分别为上皮性肿瘤、生殖细胞肿瘤、性索间质肿瘤和转移性肿瘤。其中以上皮性肿瘤最为常见,发病率占70%的卵巢恶性肿瘤,可分为浆液性腺癌、粘液性腺癌、子宫内膜样腺癌、透明细胞癌等。年轻妇女和幼女多见的是生殖细胞肿瘤,病理类型主要为为成熟畸胎瘤、无性细胞瘤和卵黄囊瘤,占20%的卵巢恶性肿瘤。具有分泌功能的卵巢恶性肿瘤多为性索间质肿瘤,包括颗粒细胞瘤等。卵巢转移性肿瘤最常见的是胃和结肠。
卵巢癌死亡率高的原因有卵巢癌早期症状不明显,难发现;病理类型多,缺乏特异的肿瘤标记物;卵巢癌诊断多为晚期,治疗效果较差,预后差。卵巢癌检测和监测最广泛使用的方式是基于血液的癌症抗原125(CA125)检测。它对早期疾病的特异性高,但敏感性低。因此,CA125必须与其他诊断技术相结合,其中高CA125的女性进行经阴道超声检查。不幸的是,由于初始CA125检测的低灵敏度,这种组合仍然只有有限的灵敏度。即使对高危妇女进行了筛查,这项检测也不能提供相当大的优势,仍不能及早发现早期肿瘤从而影响患者预后和生存率。因此,CA125检测的低灵敏度和高假阴性率减少了经阴道超声检查的机会;另一方面,经阴道超声对早期肿瘤的低敏感性提示其对预后的影响可以忽略不计。卵巢癌的早期检测亟需保持特异度高的情况下,提高灵敏度,同时操作要简单、廉价,并且对患者产生最小的不适。
表观遗传最主要的形式DNA甲基化,它的改变现已证实与癌症发生密切相关,并且可作为遗传和非遗传因素的标记,生活方式、生殖和环境暴露都有可能改变DNA甲基化状态,对卵巢癌的发生发展有影响。DNA甲基化检测具有一定的优势,DNA甲基化一种相对稳定的分子,可以在聚合酶链反应(PCR)中扩增,在血液中提供高分析灵敏度。本发明筛选出高敏感高特异的卵巢癌DNA甲基化标记,优选基因甲基化的位点和数量,为早期筛查和诊断卵巢癌提供新的思路与方法。
发明内容
本发明的目的在于筛选出高敏感高特异的卵巢癌DNA甲基化标志物,优选基因甲基化的位点和数量,为早期筛查和诊断卵巢癌提供新的思路与方法。
本发明提供了一种卵巢良恶性病变的生物标志物,所述标志物至少包括L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因至少一个靶区域内甲基化的核酸序列;其中,所述靶区域选自L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因中以下任意一段甲基化序列及区域:
靶基因 染色体位置
L1TD1 chr1:62660555-62660946
TBPL2 chr14:55907197-55907433
HIST1H4I chr6:27107138-27107394
ZNF154 chr19:58220189-58220517
进一步的,上述所述的卵巢良恶性病变的生物标志物应用于制备卵巢癌诊断产品中。优选的,所述诊断产品包括试剂盒、制剂或芯片中的任意一种。
进一步的,所述试剂盒至少包括用于检测L1TD1基因甲基化的第一引物对和第一探针,所述第一引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.11所示,所述第一探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示。
进一步的,所述试剂盒还至少包括用于检测TBPL2基因甲基化的第二引物对和第二探针,所述第二引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示,所述第二探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。
进一步的,所述试剂盒还至少包括用于检测HIST1H4I基因甲基化的第三引物对和第三探针,所述第三引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示,所述第三探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。
进一步的,所述试剂盒还至少包括用于检测ZNF154基因甲基化的第四引物对和第四探针,所述第四引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示,所述第四探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
进一步的,应用所述诊断产品对卵巢良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对基因甲基化诊断卵巢癌的结果判读的方式如下:
用ΔCp值反应特定基因靶区域的甲基化水平,其ΔCp值为:
ΔCp(L1TD1)=Cp(L1TD1)-Cp(COL2A1);
ΔCp(TBPL2)=Cp(TBPL2)-Cp(COL2A1);
ΔCp(HIST1H4I)=Cp(HIST1H4I)-Cp(COL2A1);
ΔCp(ZNF154)=Cp(ZNF154)-Cp(COL2A1);
其中,COL2A1为内参基因。
进一步的,应用所述诊断产品对卵巢良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对卵巢良恶性病变预测判读的方式如下:
编号 基因靶区 临界值 判读 临界值 判读
内参 COL2A1 Cp≤38 在控 Cp>38或未起峰 失控
1 L1TD1 ΔCp>8.75 阴性 ΔCp≤8.75 阳性
2 TBPL2 ΔCp>8.56 阴性 ΔCp≤8.56 阳性
3 HIST1H4I ΔCp>11.82 阴性 ΔCp≤11.82 阳性
4 ZNF154 ΔCp>9.62 阴性 ΔCp≤9.62 阳性
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
本发明通过筛选出四个基因L1TD1、TBPL2、HIST1H4I、ZNF154作为用于对卵巢良恶性病变进行检测的目标基因(靶基因),并确定各目标基因中最佳的甲基化区域,从而实现各目标基因能够相互联合可用于卵巢癌检测。由于卵巢癌种类多样,选择多基因甲基化区域联合检测,形成功能互补,显著提高对卵巢癌的诊断性能。该检测对卵巢癌的检出具有临床价值。
除了上面所描述的目的、特征和优点之外,本发明还有其它的目的、特征和优点。下面将参照图,对本发明作进一步详细的说明。
附图说明
构成本申请的一部分的附图用来提供对本发明的进一步理解,本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明,并不构成对本发明的不当限定。在附图中:
图1(A)是本发明实验例1中L1TD1(chr1:62660555-62660946)基因甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线(ROC);
图1(B)是本发明实验例1中TBPL2(chr14:55907197-55907433)基因甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线(ROC);
图1(C)是本发明实验例1中HIST1H4I(chr6:27107138-27107394)基因甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线(ROC);
图1(D)是本发明实验例1中ZNF154(chr19:58220189-58220517)基因甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线(ROC)。
其中,Cut-off为临界值,Sensitivity为灵敏度,Specificity为特异度。
具体实施方式
以下是本发明的具体实施例并结合附图,对本发明的技术方案作进一步的描述,但本发明并不限于这些实施例。
除非另有定义,本文所使用的所有的技术和科学术语与本发明的技术领域技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的,不是旨在于限制本发明。
实施例1:
本发明提供的用于卵巢癌早期筛查诊断的基因甲基化标志物,所述标志物至少包括L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因以及内参基因COL2A至少一个靶区域内甲基化的核酸序列;其中,所述靶区域选自L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因以及内参基因COL2A中每个基因中以下任意一段甲基化序列及区域如表1所示。
表1L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因中的染色体位置
靶基因 染色体位置
L1TD1 chr1:62660555-62660946
TBPL2 chr14:55907197-55907433
HIST1H4I chr6:27107138-27107394
ZNF154 chr19:58220189-58220517
COL2A chr12:48,366,748-48,398,285
具体的,针对上述目标基因进行PCR扩增的引物探针设计:
将用于检测上述目标基因的试剂分为用于检测L1TD1基因的第一试剂、用于检测TBPL2基因的第二试剂、用于检测HIST1H4I基因的第三试剂、用于检测ZNF154基因的第四试剂以及用于检测内参基因COL2A的第五试剂;其中:
第一试剂为适用于采用PCR法检测L1TD1基因甲基化的试剂,第一试剂检测的靶区域为选自chr1:62660555-62660946的部分区域;
第二试剂为适用于采用PCR法检测TBPL2基因甲基化的试剂,第二试剂检测的靶区域选自chr14:55907197-55907433的部分区域;
第三试剂为适用于采用PCR法检测HIST1H4I基因甲基化的试剂,第三试剂检测的靶区域选自chr6:27107138-27107394的部分区域;
第四试剂为适用于采用PCR法检测ZNF154基因甲基化的试剂,第四试剂检测的靶区域选自chr19:58220189-58220517的部分区域;
第五试剂为适用于采用PCR法检测内参基因COL2A甲基化的试剂,第五试剂检测的靶区域选自chr12:48,366,748-48,398,285的部分区域。
第一试剂包括第一引物对和第一探针,检测上述靶区域第一引物对和第一探针的序列见表2所示;第二试剂包括第二引物对和第二探针,检测上述靶区域第二引物对和第二探针的序列见表3所示;第三试剂包括第三引物对和第三探针,检测上述靶区域第三引物对和第三探针的序列见表4所示;第四试剂包括第四引物对和第四探针,检测上述靶区域第四引物对和第四探针的序列见表5所示;第五试剂包括第五引物对和第五探针,检测上述靶区域第五引物对和第五探针的序列见表6所示;
表2检测L1TD1基因甲基化的第一引物对和第一探针的核苷酸序列
注意:探针序列中小写字母为锁核酸碱基,本表格中,所展示的探针序列为进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
具体的,L1TD1基因的甲基化区域序列选自UCSC Genome Browser on Human(GRCh37/hg19),>hg19_dna range=chr1:62660555-62660946strand=+repeatMasking=none中的DNA链:
TCGCTCCTCAGTCGTCCAGGCGGATTCCTTTTTCGCCAGGTAAGGCTGGCCCGGGTGCATGGGGCCCGGCGTGCCCTGGGTAAGGCTGGCCCAGGCGCGTGGGGTCCGGGGCGCGCCGGGTAAGGCTGGGCCAGGCGCGTGGGGTCCGGGGTGCCCCGGGTAAGGCTGGTCCAGGGGCGTGGGGTCCGGGGTGCCCCGGGTAAGGCTGGTCTAGGCGCGTGGGGTCCGCAGCGCCCCAAGTAAGGCTGGTCCAGGAGCGTGAGGTCCAGGGTGCCCCGGATAAGGCTGGTCCAGGCGCGAAGGGCGCGGGGTGCCCCGGGTAAGGCTGGCCCAGGTACGTGAGGCCCGAGGTGCCCCAGGCAAGGCTGATCCGGGTGCGTGCGTGGGGCCCG
该DNA序列进行重亚硫酸盐转换(未甲基化的C转换为T,甲基化的C保持不变),得到转换后的DNA链:
TCGTTTTTTAGTCGTTTAGGCGGATTTTTTTTTCGTTAGGTAAGGTTGGTTCGGGTGTATGGGGTTCGGCGTGTTTTGGGTAAGGTTGGTTTAGGCGCGTGGGGTTCGGGGCGCGTCGGGTAAGGTTGGGTTAGGCGCGTGGGGTTCGGGGTGTTTCGGGTAAGGTTGGTTTAGGGGCGTGGGGTTCGGGGTGTTTCGGGTAAGGTTGGTTTAGGCGCGTGGGGTTCGTAGCGTTTTAAGTAAGGTTGGTTTAGGAGCGTGAGGTTTAGGGTGTTTCGGATAAGGTTGGTTTAGGCGCGAAGGGCGCGGGGTGTTTCGGGTAAGGTTGGTTTAGGTACGTGAGGTTCGAGGTGTTTTAGGTAAGGTTGATTCGGGTGCGTGCGTGGGGTTCG
该转换后DNA链序列中下划线部分即为最终所得到的L1TD1(chr1:62660555-62660946)的引物探针序列位置。
表3检测TBPL2基因甲基化的第二引物对和第二探针的核苷酸序列
注意:探针序列中小写字母为锁核酸碱基,本表格中,所展示的探针序列为进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
具体的,TBPL2基因的甲基化区域序列选自UCSC Genome Browser on Human(GRCh37/hg19),>hg19_dna range=chr14:55907197-55907433strand=+repeatMasking=none中的DNA链:
GCGGGTAAGAGGGTAAGCGCGGAGCGAGCAGCCTCGGAACCCGCTCCGGCCAGGGCGCAGAGGCCATTTATGAGCCTGGGGGCAGCGAGGCGGGGCGGCCCTCGGCCCAGGTTCCTGCAGAGGGCGCGAGAGAAGCGTTGGGCGATGGGCTTGGAGCGGGATGCGGAACCCAGCTACCGGCCCATGGGCGCTGGGAAGCGGAGATGGGCTAGGGGTGGGCCGGAGAGGGGCGTCTCG
该DNA序列进行重亚硫酸盐转换(未甲基化的C转换为T,甲基化的C保持不变),得到转换后的DNA链:
GCGGGTAAGAGGGTAAGCGCGGAGCGAGTAGTTTCGGAATTCGTTTCGGTTAGGGCGTAGAGGTTATTT ATGAGTTTGGGGGTAGCGAGGCGGGGCGGTTTTCGGTTTAGGTTTTTGTAGAGGGCGCGAGAGAAGCGTTGGGCGATGGGTTTGGAGCGGGATGCGGAATTTAGTTATCGGTTTATGGGCGTTGGGAAGCGGAGATGGGTTAGGGGTGGGTCGGAGAGGGGCGTTTCG
该转换后DNA链序列中下划线部分即为最终所得到的TBPL2(chr14:55907197-55907433)的引物探针序列位置。
表4检测HIST1H4I基因甲基化的第三引物对和第三探针的核苷酸序列
注意:探针序列中小写字母为锁核酸碱基,本表格中,所展示的探针序列为进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
具体的,HIST1H4I基因的甲基化区域序列选自UCSC Genome Browser on Human(GRCh37/hg19),>hg19_dna range=chr6:27107138-27107394strand=+repeatMasking=none中的DNA链:
GCGCCACCGCAAGGTGCTGCGCGACAACATCCAGGGTATCACCAAGCCAGCCATTCGGCGCCTTGCTCGCCGCGGCGGCGTGAAGCGCATTTCTGGCCTCATCTATGAGGAGACCCGCGGAGTGTTGAAGGTGTTCCTGGAGAACGTGATCCGGGACGCCGTGACCTACACGGAGCACGCCAAGCGCAAGACGGTCACCGCCATGGACGTGGTCTACGCGCTCAAGCGCCAGGGCCGCACCCTCTATGGC
TTCGGCG
该DNA序列进行重亚硫酸盐转换(未甲基化的C转换为T,甲基化的C保持不变),得到转换后的DNA链:
GCGTTATCGTAAGGTGTTGCGCGATAATATTTAGGGTATTATTAAGTTAGTTATTCGGCGTTTTGTTCGTCGCGGCGGCGTGAAGCGTATTTTTGGTTTTATTTATGAGGAGATTCGCGGAGTGTTGAAGGTGTTTTTGGAGAACGTGATTCGGGACGTCGTGATTTATACGGAGTACGTTAAGCGTAAGACGGTTATCGTTATGGACGTGGTTTACGCGTTT AAGCGTTAGGGTCGTATTTTTTATGGTTTCGGCG
该转换后DNA链序列中下划线部分即为最终所得到的HIST1H4I(chr6:27107138-27107394)的引物探针序列位置。
表5检测ZNF154基因甲基化的第四引物对和第四探针的核苷酸序列
注意:探针序列中小写字母为锁核酸碱基,本表格中,所展示的探针序列为进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
具体的,ZNF154基因的甲基化区域序列选自UCSC Genome Browser on Human(GRCh37/hg19),>hg19_dna range=chr19:58220189-58220517strand=+repeatMasking=none中的DNA链:
ACGAACGCCTCAGTGTCCCCGACCCTGGGCAGCGGGGACTCGAGCAGGCGCCCCTCACTGATGGCTTTAGAACGTGGGTGGGGGAAGGTGTGTGAGGACGGGAAGACGCCGCACTCACCTGAGTTGGCGTCCTCAGAGTGGCCGCTGCCATCAGACTCTGCGGGTAGAGCTGGGCCGGGAGCGACGGGCGACATTGGTAGGGACCCGGGGACAGCGGTCCCTATCCCAGGCCTGACGTGGGTCCCCCAGGGCGGCGTCGCCAAGGCTTAGACGCTTTCGTGCAGGAGGGACGACGACTCCCCTCACGCCTTCGTGGCCCCAACTCGGCG
该DNA序列进行重亚硫酸盐转换(未甲基化的C转换为T,甲基化的C保持不变),得到转换后的DNA链:
ACGAACGTTTTAGTGTTTTCGATTTTGGGTAGCGGGGATTCGAGTAGGCGTTTTTTATTGATGGTTTTAGAACGTGGGTGGGGGAAGGTGTGTGAGGACGGGAAGACGTCGTATTTATTTGAGTTGGCGTTTTTAGAGTGGTCGTTGTTATTAGATTTTGCGGGTAGAGTTGGGTCGGGAGCGACGGGCGATATTGGTAGGGATTCGGGGATAGCGGTTTTTATTTTAGGTTTGACGTGGGTTTTTTAGGGCGGCGTCGTTAAGGTTTAGACGTTTTCGTGTAGGAGGGACGACGATTTTTTTTACGTTTTCGTGGTTTTAATTCGGCG
该转换后DNA链序列中下划线部分即为最终所得到的ZNF154(chr19:58220189-58220517)的引物探针序列位置。
表6检测COL2A基因甲基化的第五引物对和第五探针的核苷酸序列
注意:探针序列中小写字母为锁核酸碱基,本表格中,所展示的探针序列为进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
实施例2
本发明提供的试剂盒用于卵巢癌早期筛查诊断L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因甲基化检测试验的检测试验方法,其包括如下步骤:
一、样本DNA提取
采用外周血游离DNA提取试剂,进行血浆中DNA提取,同时进行DNA质量监控(得率、纯度、完整度),DNA总量在1ug-10ug之间,OD260/280在1.9-2.0之间,提示得率、纯度比较好,可以进行下一步测试。
二、DNA重亚硫酸盐转化
采用公司自主开发的重亚硫酸盐转化试剂盒(甲基化检测样本前处理试剂盒(湖南宏雅基因技术有限公司湘长械备20200131号))作为DNA重亚硫酸盐转化试剂,对提取的DNA进行重亚硫酸盐转化,DNA中未甲基化的胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶(C)不变,得到重亚硫酸盐转化后的DNA(B-DNA)。本实例中重亚硫酸盐的转化效率为99.7%-100.0%,高于市场上大多数中亚硫酸盐转化试剂盒。
三、甲基化特异荧光定量PCR扩增
3.1配置荧光定量PCR反应体系,见表7。
表7PCR反应体系(25ul/人份)
DNA:重亚硫酸盐转化后样本DNA,或阴阳性质控品
3.2、PCR反应
按表8程序参数进行PCR反应。
表8PCR上机程序参数
注:适配机型LC480、BAI7500荧光定量PCR仪器
四、基因甲基化结果判读
4.1质量控制合格:内参基因呈S型扩增且LC480测试的Cp≤38为在控;4.2用ΔCp值反应特定基因靶区域的甲基化水平
ΔCp(L1TD1)=Cp(L1TD1)-Cp(COL2A1);
ΔCp(TBPL2)=Cp(TBPL2)-Cp(COL2A1);
ΔCp(HIST1H4I)=Cp(HIST1H4I)-Cp(COL2A1);
ΔCp(ZNF154)=Cp(ZNF154)-Cp(COL2A1);
注:ABI7500仪器用Ct值替换Cp值。
4.3基因甲基化诊断卵巢良恶性病变的结果判读
表9基因甲基化诊断卵巢良恶性病变的结果判读
实验例1:
选取已知明确病理信息结果的118例外周血样本。卵巢正常34例;卵巢良性病变34例,其中多囊卵巢22例,黄体囊肿10例,滤泡囊肿2例;卵巢良性肿瘤15例,其中良性上皮性肿瘤7例,卵泡膜瘤4例,纤维瘤4例;恶性卵巢癌35例,其中浆液性癌16例,粘液性癌10例,透明细胞癌7例,颗粒细胞癌2例。
按照实验例1,对外周血样本中DNA进行L1TD1、TBPL2、HIST1H4I、ZNF154甲基化检测,本发明的试剂对卵巢癌的鉴定能力,分析如下:
L1TD1(chr1:62660555-62660946)甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线下面积(AUC)为0.888(图1(A)所示);
TBPL2(chr14:55907197-55907433)甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线下面积(AUC)为0.888(图1(B)所示);
HIST1H4I(chr6:27107138-27107394)甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线下面积(AUC)为0.846(图1(C)所示);
ZNF154(chr19:58220189-58220517)甲基化诊断卵巢癌的受试者特征曲线下面积(AUC)为0.862(图1(D)所示)。
按照实施例1中的对L1TD1、TBPL2、HIST1H4I、ZNF154甲基化结果的判读,分析单个基因(表10)、两个基因(表11)、三个基因(表12)、四个基因(表13)联合诊断卵巢癌的性能。
表10基因甲基化诊断卵巢癌的灵敏度和特异度
靶标 灵敏度% 特异度%
L1TD1 91.4 84.3
TBPL2 88.6 88.0
HIST1H4I 97.1 57.8
ZNF154 85.7 83.1
表11双基因甲基化联合诊断卵巢癌的灵敏度和特异度
表12三基因甲基化联合诊断卵巢癌的灵敏度和特异度
表13四基因甲基化联合诊断卵巢癌的灵敏度和特异度
本实验例以卵巢活检病理结果为参照,对L1TD1、TBPL2、HIST141、ZNF154单独或联合诊断的性能分析,可根据临床需求,作为高风险人群筛查,可选择特异性高的单基因或多基因联合,比如TBPL2基因甲基化诊断卵巢癌的敏感度为88.6%,特异度在单基因中最高,为88.0%;基因L1TD1和TBPL2联合,判读方式为两个基因同时阳性结果为阳性时,在敏感度为85.7%时,特异度在多基因联合时最高,为91.6%。作为临床辅助诊断试验时,可选择敏感度高的多基因联合,比如,L1TD1、TBPL2和HIST141联合,任意两个基因为阳性,判读为阳性时,在保证特异度为较高(83.1%)时,敏感度达到94.3%。
本发明相对于现有技术具有的优势包括:本发明是一种新型的卵巢癌标记物基因甲基化,无创采样,自动化检测外周血中特异基因甲基化程度,用来诊断卵巢癌,甲基化异常是癌症发生的必经之路,是癌症发生的前置事件,相比于现有的CA125标记物更加早期。多基因的联合,可采用信任阳性的判读方式,提高灵敏度,用于高风险人群的筛查;可采用信任阴性的判读方式,提高特异性,用于临床的辅助诊断。本发明提供的一种卵巢良恶性病变的生物标志物,有利于卵巢的早发现,早诊断,早治疗。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (9)

1.一种卵巢良恶性病变的生物标志物,其特征在于,所述标志物至少包括L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因至少一个靶区域内甲基化的核酸序列;其中,所述靶区域选自L1TD1基因、TBPL2基因、HIST1H4I基因、ZNF154基因中以下任意一段甲基化序列及区域:
靶基因 染色体位置 L1TD1 chr1:62660555-62660946 TBPL2 chr14:55907197-55907433 HIST1H4I chr6:27107138-27107394 ZNF154 chr19:58220189-58220517
2.权利要求1所述的卵巢良恶性病变的生物标志物在制备卵巢癌诊断产品中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述诊断产品包括试剂盒、制剂或芯片中的任意一种。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述试剂盒至少包括用于检测L1TD1基因甲基化的第一引物对和第一探针,所述第一引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.10和SEQ IDNO.11所示,所述第一探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示。
5.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述试剂盒至少包括用于检测TBPL2基因甲基化的第二引物对和第二探针,所述第二引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.7和SEQ IDNO.8所示,所述第二探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示。
6.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述试剂盒至少包括用于检测HIST1H4I基因甲基化的第三引物对和第三探针,所述第三引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.4和SEQID NO.5所示,所述第三探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。
7.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述试剂盒至少包括用于检测ZNF154基因甲基化的第四引物对和第四探针,所述第四引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ IDNO.2所示,所述第四探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
8.根据权利要求4-7任意一项所述的应用,其特征在于,应用所述诊断产品对卵巢良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对基因甲基化诊断卵巢癌的结果判读的方式如下:
用ΔCp值反应特定基因靶区域的甲基化水平,其ΔCp值为:
ΔCp(L1TD1)=Cp(L1TD1)-Cp(COL2A1);
ΔCp(TBPL2)=Cp(TBPL2)-Cp(COL2A1);
ΔCp(HIST1H4I)=Cp(HIST1H4I)-Cp(COL2A1);
ΔCp(ZNF154)=Cp(ZNF154)-Cp(COL2A1);
其中,COL2A1为内参基因。
9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于,应用所述诊断产品对卵巢良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对卵巢良恶性病变预测判读的方式如下:
编号 基因靶区 临界值 判读 临界值 判读 内参 COL2A1 Cp≤38 在控 Cp>38或未起峰 失控 1 L1TD1 ΔCp>8.75 阴性 ΔCp≤8.75 阳性 2 TBPL2 ΔCp>8.56 阴性 ΔCp≤8.56 阳性 3 HIST1H4I ΔCp>11.82 阴性 ΔCp≤11.82 阳性 4 ZNF154 ΔCp>9.62 阴性 ΔCp≤9.62 阳性
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